Date: 2019-12-25 23:10:09 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 16750 203
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:NMF | 2 | 1.000 | 0.956 | 0.984 | ** | |
| CV:hclust | 2 | 1.000 | 0.994 | 0.988 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.970 | 0.984 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 1.000 | 0.983 | 0.992 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.991 | ** | |
| CV:pam | 6 | 0.996 | 0.919 | 0.961 | ** | 2 |
| CV:skmeans | 3 | 0.988 | 0.978 | 0.985 | ** | |
| SD:pam | 2 | 0.979 | 0.951 | 0.980 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 0.964 | 0.931 | 0.951 | ** | |
| ATC:pam | 6 | 0.962 | 0.900 | 0.948 | ** | 2 |
| MAD:pam | 4 | 0.956 | 0.943 | 0.975 | ** | |
| CV:mclust | 3 | 0.944 | 0.954 | 0.960 | * | |
| MAD:NMF | 2 | 0.938 | 0.930 | 0.972 | * | |
| SD:mclust | 2 | 0.910 | 0.926 | 0.970 | * | |
| ATC:NMF | 2 | 0.881 | 0.920 | 0.966 | ||
| MAD:skmeans | 3 | 0.879 | 0.906 | 0.960 | ||
| SD:skmeans | 4 | 0.775 | 0.861 | 0.917 | ||
| MAD:mclust | 4 | 0.745 | 0.818 | 0.893 | ||
| SD:hclust | 5 | 0.634 | 0.565 | 0.752 | ||
| MAD:hclust | 4 | 0.604 | 0.688 | 0.803 | ||
| SD:kmeans | 3 | 0.554 | 0.614 | 0.812 | ||
| MAD:kmeans | 3 | 0.468 | 0.726 | 0.843 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.422 | 0.832 | 0.896 | ||
| CV:kmeans | 4 | 0.335 | 0.684 | 0.715 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.956 0.984 0.440 0.563 0.563
#> CV:NMF 2 0.964 0.931 0.951 0.441 0.574 0.574
#> MAD:NMF 2 0.938 0.930 0.972 0.502 0.498 0.498
#> ATC:NMF 2 0.881 0.920 0.966 0.483 0.522 0.522
#> SD:skmeans 2 0.522 0.842 0.906 0.502 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 0.858 0.882 0.953 0.471 0.534 0.534
#> MAD:skmeans 2 0.508 0.824 0.890 0.503 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.993 0.997 0.501 0.499 0.499
#> SD:mclust 2 0.910 0.926 0.970 0.364 0.653 0.653
#> CV:mclust 2 0.401 0.862 0.884 0.454 0.529 0.529
#> MAD:mclust 2 0.404 0.805 0.854 0.394 0.622 0.622
#> ATC:mclust 2 1.000 0.980 0.991 0.397 0.603 0.603
#> SD:kmeans 2 0.397 0.832 0.865 0.429 0.574 0.574
#> CV:kmeans 2 0.207 0.723 0.780 0.355 0.670 0.670
#> MAD:kmeans 2 0.439 0.658 0.784 0.486 0.499 0.499
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.970 0.984 0.498 0.503 0.503
#> SD:pam 2 0.979 0.951 0.980 0.384 0.627 0.627
#> CV:pam 2 1.000 0.967 0.972 0.339 0.676 0.676
#> MAD:pam 2 0.401 0.534 0.809 0.488 0.522 0.522
#> ATC:pam 2 1.000 0.966 0.986 0.500 0.500 0.500
#> SD:hclust 2 0.389 0.832 0.879 0.377 0.676 0.676
#> CV:hclust 2 1.000 0.994 0.988 0.319 0.670 0.670
#> MAD:hclust 2 0.179 0.472 0.755 0.415 0.574 0.574
#> ATC:hclust 2 0.422 0.832 0.896 0.473 0.503 0.503
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.882 0.941 0.971 0.441 0.721 0.540
#> CV:NMF 3 0.853 0.902 0.939 0.471 0.655 0.458
#> MAD:NMF 3 0.869 0.887 0.953 0.253 0.785 0.602
#> ATC:NMF 3 0.602 0.694 0.831 0.345 0.695 0.478
#> SD:skmeans 3 0.615 0.766 0.871 0.319 0.665 0.425
#> CV:skmeans 3 0.988 0.978 0.985 0.413 0.736 0.534
#> MAD:skmeans 3 0.879 0.906 0.960 0.327 0.747 0.533
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.983 0.992 0.301 0.815 0.641
#> SD:mclust 3 0.655 0.820 0.906 0.802 0.639 0.467
#> CV:mclust 3 0.944 0.954 0.960 0.400 0.795 0.625
#> MAD:mclust 3 0.648 0.779 0.893 0.576 0.646 0.464
#> ATC:mclust 3 0.858 0.871 0.940 0.564 0.714 0.548
#> SD:kmeans 3 0.554 0.614 0.812 0.476 0.680 0.488
#> CV:kmeans 3 0.185 0.416 0.708 0.449 0.753 0.641
#> MAD:kmeans 3 0.468 0.726 0.843 0.327 0.759 0.552
#> ATC:kmeans 3 0.703 0.883 0.899 0.284 0.831 0.673
#> SD:pam 3 0.871 0.875 0.952 0.507 0.778 0.652
#> CV:pam 3 0.675 0.789 0.888 0.597 0.807 0.714
#> MAD:pam 3 0.642 0.807 0.894 0.319 0.596 0.366
#> ATC:pam 3 0.808 0.754 0.884 0.274 0.827 0.665
#> SD:hclust 3 0.410 0.562 0.752 0.554 0.747 0.625
#> CV:hclust 3 0.758 0.893 0.946 0.310 0.940 0.911
#> MAD:hclust 3 0.510 0.575 0.775 0.474 0.722 0.555
#> ATC:hclust 3 0.551 0.689 0.811 0.334 0.848 0.698
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.880 0.884 0.945 0.1375 0.833 0.592
#> CV:NMF 4 0.850 0.905 0.928 0.1077 0.917 0.767
#> MAD:NMF 4 0.713 0.752 0.889 0.1381 0.855 0.636
#> ATC:NMF 4 0.826 0.818 0.925 0.1273 0.867 0.643
#> SD:skmeans 4 0.775 0.861 0.917 0.1226 0.849 0.588
#> CV:skmeans 4 0.803 0.870 0.917 0.0895 0.916 0.757
#> MAD:skmeans 4 0.832 0.835 0.917 0.1115 0.866 0.627
#> ATC:skmeans 4 0.862 0.874 0.931 0.1406 0.884 0.674
#> SD:mclust 4 0.701 0.837 0.880 0.1098 0.797 0.495
#> CV:mclust 4 0.859 0.884 0.910 0.1118 0.938 0.826
#> MAD:mclust 4 0.745 0.818 0.893 0.1378 0.738 0.418
#> ATC:mclust 4 0.594 0.597 0.784 0.1422 0.848 0.624
#> SD:kmeans 4 0.519 0.597 0.740 0.1340 0.828 0.563
#> CV:kmeans 4 0.335 0.684 0.715 0.2156 0.711 0.475
#> MAD:kmeans 4 0.688 0.743 0.824 0.1287 0.825 0.548
#> ATC:kmeans 4 0.724 0.696 0.781 0.1371 0.917 0.774
#> SD:pam 4 0.749 0.815 0.896 0.2431 0.778 0.519
#> CV:pam 4 0.669 0.820 0.904 0.1396 0.893 0.781
#> MAD:pam 4 0.956 0.943 0.975 0.1472 0.845 0.593
#> ATC:pam 4 0.887 0.865 0.936 0.1263 0.872 0.670
#> SD:hclust 4 0.568 0.548 0.779 0.2010 0.760 0.491
#> CV:hclust 4 0.579 0.769 0.886 0.3048 0.917 0.865
#> MAD:hclust 4 0.604 0.688 0.803 0.1508 0.776 0.498
#> ATC:hclust 4 0.583 0.658 0.781 0.1091 0.915 0.771
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.885 0.856 0.913 0.0556 0.935 0.780
#> CV:NMF 5 0.827 0.810 0.855 0.0587 0.957 0.859
#> MAD:NMF 5 0.642 0.636 0.797 0.0777 0.891 0.649
#> ATC:NMF 5 0.831 0.826 0.908 0.0840 0.849 0.520
#> SD:skmeans 5 0.720 0.660 0.788 0.0568 0.913 0.682
#> CV:skmeans 5 0.815 0.845 0.864 0.0604 0.913 0.712
#> MAD:skmeans 5 0.765 0.565 0.764 0.0684 0.913 0.692
#> ATC:skmeans 5 0.808 0.649 0.826 0.0453 0.946 0.798
#> SD:mclust 5 0.756 0.772 0.853 0.0738 0.945 0.792
#> CV:mclust 5 0.826 0.847 0.889 0.0621 0.961 0.868
#> MAD:mclust 5 0.781 0.644 0.815 0.0926 0.911 0.700
#> ATC:mclust 5 0.605 0.679 0.818 0.0619 0.890 0.640
#> SD:kmeans 5 0.612 0.510 0.680 0.0692 0.985 0.942
#> CV:kmeans 5 0.411 0.670 0.686 0.0990 0.939 0.827
#> MAD:kmeans 5 0.683 0.639 0.733 0.0707 0.935 0.760
#> ATC:kmeans 5 0.692 0.668 0.788 0.0709 0.900 0.674
#> SD:pam 5 0.750 0.634 0.818 0.0464 0.979 0.925
#> CV:pam 5 0.760 0.804 0.894 0.0634 0.945 0.861
#> MAD:pam 5 0.845 0.794 0.909 0.0518 0.952 0.822
#> ATC:pam 5 0.836 0.835 0.914 0.0904 0.880 0.614
#> SD:hclust 5 0.634 0.565 0.752 0.0862 0.903 0.687
#> CV:hclust 5 0.687 0.807 0.892 0.2289 0.794 0.611
#> MAD:hclust 5 0.750 0.718 0.803 0.0615 0.933 0.770
#> ATC:hclust 5 0.686 0.600 0.715 0.0783 0.925 0.764
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.816 0.732 0.851 0.0369 0.980 0.917
#> CV:NMF 6 0.825 0.791 0.798 0.0422 0.924 0.741
#> MAD:NMF 6 0.698 0.625 0.804 0.0442 0.882 0.556
#> ATC:NMF 6 0.895 0.873 0.924 0.0380 0.917 0.645
#> SD:skmeans 6 0.784 0.629 0.769 0.0405 0.901 0.591
#> CV:skmeans 6 0.831 0.776 0.851 0.0430 0.951 0.800
#> MAD:skmeans 6 0.789 0.684 0.805 0.0431 0.887 0.549
#> ATC:skmeans 6 0.784 0.706 0.830 0.0455 0.903 0.624
#> SD:mclust 6 0.755 0.737 0.758 0.0276 0.928 0.725
#> CV:mclust 6 0.849 0.756 0.868 0.0588 0.926 0.722
#> MAD:mclust 6 0.860 0.814 0.911 0.0218 0.905 0.626
#> ATC:mclust 6 0.738 0.721 0.799 0.0527 0.890 0.580
#> SD:kmeans 6 0.649 0.599 0.715 0.0443 0.885 0.585
#> CV:kmeans 6 0.488 0.732 0.686 0.0723 0.943 0.805
#> MAD:kmeans 6 0.723 0.543 0.684 0.0447 0.889 0.551
#> ATC:kmeans 6 0.725 0.583 0.705 0.0473 0.904 0.608
#> SD:pam 6 0.761 0.740 0.807 0.0441 0.897 0.629
#> CV:pam 6 0.996 0.919 0.961 0.0277 0.975 0.929
#> MAD:pam 6 0.845 0.780 0.882 0.0195 0.980 0.915
#> ATC:pam 6 0.962 0.900 0.948 0.0244 0.980 0.907
#> SD:hclust 6 0.664 0.650 0.731 0.0331 0.880 0.579
#> CV:hclust 6 0.758 0.893 0.898 0.0710 0.924 0.764
#> MAD:hclust 6 0.786 0.694 0.797 0.0363 0.988 0.950
#> ATC:hclust 6 0.699 0.488 0.677 0.0378 0.878 0.575
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.389 0.832 0.879 0.3774 0.676 0.676
#> 3 3 0.410 0.562 0.752 0.5536 0.747 0.625
#> 4 4 0.568 0.548 0.779 0.2010 0.760 0.491
#> 5 5 0.634 0.565 0.752 0.0862 0.903 0.687
#> 6 6 0.664 0.650 0.731 0.0331 0.880 0.579
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR307898 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR307899 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR307900 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR307901 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307902 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307903 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307904 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307905 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307906 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307907 2 0.1633 0.861 0.024 0.976
#> SRR307908 2 0.1633 0.861 0.024 0.976
#> SRR307909 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307910 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307911 2 0.8267 0.792 0.260 0.740
#> SRR307912 2 0.8267 0.792 0.260 0.740
#> SRR307913 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR307914 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR307915 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR307916 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR307917 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307918 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307919 2 0.8267 0.792 0.260 0.740
#> SRR307920 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR307921 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR307922 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR307923 2 0.2236 0.850 0.036 0.964
#> SRR307924 2 0.2236 0.850 0.036 0.964
#> SRR307925 2 0.8267 0.792 0.260 0.740
#> SRR307926 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR307927 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR307928 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR307929 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR307930 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR307931 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR307932 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR307933 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR315297 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR315298 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR315299 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315300 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315301 2 0.8207 0.795 0.256 0.744
#> SRR315302 2 0.8207 0.795 0.256 0.744
#> SRR315303 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315305 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315306 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315307 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315309 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315310 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315311 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315312 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315313 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR315314 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR315315 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR315316 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR315318 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR315324 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR315325 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR315326 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR315327 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR315328 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR315329 2 0.7299 0.816 0.204 0.796
#> SRR315330 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR315331 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR315332 2 0.8081 0.798 0.248 0.752
#> SRR315333 2 0.8081 0.798 0.248 0.752
#> SRR315334 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR315335 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR315336 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR315337 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR317035 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR317036 2 0.2778 0.840 0.048 0.952
#> SRR317037 2 0.2603 0.842 0.044 0.956
#> SRR317038 2 0.2603 0.842 0.044 0.956
#> SRR317039 2 0.2236 0.850 0.036 0.964
#> SRR317040 2 0.2236 0.850 0.036 0.964
#> SRR317041 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR317042 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR317043 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR317044 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR317048 2 0.8267 0.794 0.260 0.740
#> SRR317049 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR317050 2 0.2948 0.837 0.052 0.948
#> SRR317051 2 0.2948 0.837 0.052 0.948
#> SRR317052 2 0.6887 0.698 0.184 0.816
#> SRR317053 2 0.6887 0.698 0.184 0.816
#> SRR317054 2 0.2603 0.842 0.044 0.956
#> SRR317055 2 0.2603 0.842 0.044 0.956
#> SRR317056 2 0.2043 0.853 0.032 0.968
#> SRR317057 2 0.2043 0.853 0.032 0.968
#> SRR317059 2 0.8144 0.574 0.252 0.748
#> SRR317060 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR317061 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR317062 2 0.1633 0.861 0.024 0.976
#> SRR317063 2 0.1633 0.861 0.024 0.976
#> SRR317064 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR317067 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR317068 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR317069 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR768413 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR768414 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR387661 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR387662 2 0.6973 0.693 0.188 0.812
#> SRR768411 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR768412 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR534289 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534292 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534293 2 0.8207 0.795 0.256 0.744
#> SRR534294 2 0.8207 0.795 0.256 0.744
#> SRR534295 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534296 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534297 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534298 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534299 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534300 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534301 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534302 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534303 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534304 2 0.7815 0.800 0.232 0.768
#> SRR534305 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534306 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534307 2 0.8207 0.795 0.256 0.744
#> SRR534308 2 0.8207 0.795 0.256 0.744
#> SRR534309 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534310 2 0.7528 0.810 0.216 0.784
#> SRR534311 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534312 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534313 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534314 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534315 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534316 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534317 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534320 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534321 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534322 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534323 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534324 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534325 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534326 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534329 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534330 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534331 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534332 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534333 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR534334 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR545688 1 0.8144 0.848 0.748 0.252
#> SRR545689 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545690 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545691 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545696 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545697 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545698 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545699 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545700 1 0.4022 0.927 0.920 0.080
#> SRR545701 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR545708 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR545709 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0672 0.858 0.008 0.992
#> SRR545714 2 0.0672 0.858 0.008 0.992
#> SRR545715 2 0.0672 0.858 0.008 0.992
#> SRR545716 2 0.0672 0.858 0.008 0.992
#> SRR545717 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR545718 2 0.2778 0.858 0.048 0.952
#> SRR545719 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.860 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR307898 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR307899 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR307900 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR307901 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307902 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307903 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307904 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307905 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307906 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307907 2 0.6468 0.1689 0.004 0.552 0.444
#> SRR307908 2 0.6468 0.1689 0.004 0.552 0.444
#> SRR307909 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307910 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307911 2 0.4326 0.5208 0.012 0.844 0.144
#> SRR307912 2 0.4326 0.5208 0.012 0.844 0.144
#> SRR307913 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR307914 3 0.6180 0.3999 0.008 0.332 0.660
#> SRR307915 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR307916 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR307917 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307918 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307919 2 0.4326 0.5208 0.012 0.844 0.144
#> SRR307920 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR307921 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR307922 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR307923 3 0.8600 0.3878 0.136 0.284 0.580
#> SRR307924 3 0.8600 0.3878 0.136 0.284 0.580
#> SRR307925 2 0.4326 0.5208 0.012 0.844 0.144
#> SRR307926 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR307927 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR307928 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR307929 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR307930 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR307931 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR307932 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR307933 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR315297 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR315298 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR315299 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315300 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315301 2 0.4195 0.5258 0.012 0.852 0.136
#> SRR315302 2 0.4195 0.5258 0.012 0.852 0.136
#> SRR315303 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR315304 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR315305 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315306 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315307 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR315308 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR315309 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315310 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315311 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315312 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315313 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR315314 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR315315 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR315316 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR315318 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR315319 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
#> SRR315320 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
#> SRR315321 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
#> SRR315322 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
#> SRR315323 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR315324 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR315325 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR315326 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR315327 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR315328 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR315329 2 0.1860 0.6169 0.000 0.948 0.052
#> SRR315330 3 0.6180 0.3999 0.008 0.332 0.660
#> SRR315331 3 0.6180 0.3999 0.008 0.332 0.660
#> SRR315332 2 0.6497 0.3699 0.016 0.648 0.336
#> SRR315333 2 0.6497 0.3699 0.016 0.648 0.336
#> SRR315334 3 0.6180 0.3999 0.008 0.332 0.660
#> SRR315335 3 0.6180 0.3999 0.008 0.332 0.660
#> SRR315336 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR315337 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR317035 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR317036 3 0.7388 0.5858 0.136 0.160 0.704
#> SRR317037 3 0.7441 0.5810 0.136 0.164 0.700
#> SRR317038 3 0.7441 0.5810 0.136 0.164 0.700
#> SRR317039 3 0.8600 0.3878 0.136 0.284 0.580
#> SRR317040 3 0.8600 0.3878 0.136 0.284 0.580
#> SRR317041 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
#> SRR317042 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR317043 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR317044 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR317045 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR317046 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
#> SRR317047 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
#> SRR317048 2 0.5536 0.3994 0.012 0.752 0.236
#> SRR317049 3 0.6180 0.3999 0.008 0.332 0.660
#> SRR317050 3 0.4228 0.6430 0.008 0.148 0.844
#> SRR317051 3 0.4228 0.6430 0.008 0.148 0.844
#> SRR317052 3 0.4195 0.6580 0.136 0.012 0.852
#> SRR317053 3 0.4195 0.6580 0.136 0.012 0.852
#> SRR317054 3 0.7441 0.5810 0.136 0.164 0.700
#> SRR317055 3 0.7441 0.5810 0.136 0.164 0.700
#> SRR317056 3 0.8650 0.3684 0.136 0.292 0.572
#> SRR317057 3 0.8650 0.3684 0.136 0.292 0.572
#> SRR317059 3 0.5171 0.6330 0.204 0.012 0.784
#> SRR317060 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR317061 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR317062 2 0.6468 0.1689 0.004 0.552 0.444
#> SRR317063 2 0.6468 0.1689 0.004 0.552 0.444
#> SRR317064 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR317065 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR317066 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR317067 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR317068 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR317069 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR768413 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR768414 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR387661 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR387662 3 0.0424 0.6849 0.008 0.000 0.992
#> SRR768411 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR768412 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR534289 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR534290 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR534291 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534292 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534293 2 0.4195 0.5258 0.012 0.852 0.136
#> SRR534294 2 0.4195 0.5258 0.012 0.852 0.136
#> SRR534295 2 0.2651 0.5893 0.012 0.928 0.060
#> SRR534296 2 0.2651 0.5893 0.012 0.928 0.060
#> SRR534297 2 0.2651 0.5893 0.012 0.928 0.060
#> SRR534298 2 0.2651 0.5893 0.012 0.928 0.060
#> SRR534299 2 0.0592 0.6117 0.012 0.988 0.000
#> SRR534300 2 0.0592 0.6117 0.012 0.988 0.000
#> SRR534301 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534302 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534303 2 0.0592 0.6117 0.012 0.988 0.000
#> SRR534304 2 0.0592 0.6117 0.012 0.988 0.000
#> SRR534305 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534306 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534307 2 0.4195 0.5258 0.012 0.852 0.136
#> SRR534308 2 0.4195 0.5258 0.012 0.852 0.136
#> SRR534309 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534310 2 0.0747 0.6159 0.000 0.984 0.016
#> SRR534311 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534312 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534313 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534314 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534315 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534316 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534317 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR534318 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR534319 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534320 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534321 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534322 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534323 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534324 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534325 1 0.3607 0.8750 0.880 0.112 0.008
#> SRR534326 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR534327 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR534328 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534329 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534330 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534331 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534332 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534333 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR534334 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR534335 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545685 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545686 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545687 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR545688 1 0.5905 0.7174 0.648 0.000 0.352
#> SRR545689 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545690 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545691 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545692 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545693 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545694 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545695 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545696 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545697 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545698 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545699 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545700 1 0.3192 0.8778 0.888 0.112 0.000
#> SRR545701 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545702 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545703 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545704 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545705 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545706 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545707 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR545708 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR545709 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545710 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545711 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545712 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545713 3 0.9065 -0.0357 0.136 0.416 0.448
#> SRR545714 3 0.9065 -0.0357 0.136 0.416 0.448
#> SRR545715 3 0.9065 -0.0357 0.136 0.416 0.448
#> SRR545716 3 0.9065 -0.0357 0.136 0.416 0.448
#> SRR545717 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR545718 2 0.6990 0.5358 0.108 0.728 0.164
#> SRR545719 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545720 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545721 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545722 2 0.8803 0.3997 0.136 0.544 0.320
#> SRR545723 2 0.8763 0.4062 0.136 0.552 0.312
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR307898 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR307899 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR307900 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR307901 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307902 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307903 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307904 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307905 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307906 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307907 3 0.7367 -0.06895 0.000 0.160 0.436 0.404
#> SRR307908 3 0.7367 -0.06895 0.000 0.160 0.436 0.404
#> SRR307909 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307910 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307911 3 0.4898 0.57962 0.000 0.116 0.780 0.104
#> SRR307912 3 0.4898 0.57962 0.000 0.116 0.780 0.104
#> SRR307913 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR307914 4 0.5913 0.60612 0.000 0.048 0.352 0.600
#> SRR307915 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR307916 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR307917 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307918 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307919 3 0.4898 0.57962 0.000 0.116 0.780 0.104
#> SRR307920 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR307921 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR307922 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR307923 2 0.6635 0.38343 0.000 0.620 0.152 0.228
#> SRR307924 2 0.6635 0.38343 0.000 0.620 0.152 0.228
#> SRR307925 3 0.4898 0.57962 0.000 0.116 0.780 0.104
#> SRR307926 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR307927 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR307928 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR307929 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR307930 4 0.0707 0.79660 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR307931 4 0.0707 0.79660 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR307932 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR307933 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR315297 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR315298 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR315299 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315300 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315301 3 0.3286 0.51902 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR315302 3 0.3286 0.51902 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR315303 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315306 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315307 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315310 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315311 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315312 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315313 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR315314 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR315315 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR315316 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR315318 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR315320 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR315321 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR315322 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR315323 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR315324 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR315325 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR315326 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR315327 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR315328 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR315329 3 0.5933 0.45608 0.000 0.408 0.552 0.040
#> SRR315330 4 0.5913 0.60612 0.000 0.048 0.352 0.600
#> SRR315331 4 0.5913 0.60612 0.000 0.048 0.352 0.600
#> SRR315332 3 0.5417 0.14467 0.000 0.040 0.676 0.284
#> SRR315333 3 0.5417 0.14467 0.000 0.040 0.676 0.284
#> SRR315334 4 0.5913 0.60612 0.000 0.048 0.352 0.600
#> SRR315335 4 0.5913 0.60612 0.000 0.048 0.352 0.600
#> SRR315336 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR315337 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR317035 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR317036 2 0.7516 0.01359 0.000 0.472 0.200 0.328
#> SRR317037 2 0.7606 0.00259 0.000 0.468 0.228 0.304
#> SRR317038 2 0.7606 0.00259 0.000 0.468 0.228 0.304
#> SRR317039 2 0.6635 0.38343 0.000 0.620 0.152 0.228
#> SRR317040 2 0.6635 0.38343 0.000 0.620 0.152 0.228
#> SRR317041 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR317042 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR317043 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR317044 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR317047 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR317048 3 0.3910 0.44975 0.000 0.024 0.820 0.156
#> SRR317049 4 0.5913 0.60612 0.000 0.048 0.352 0.600
#> SRR317050 4 0.5356 0.69654 0.000 0.072 0.200 0.728
#> SRR317051 4 0.5356 0.69654 0.000 0.072 0.200 0.728
#> SRR317052 4 0.5858 0.08263 0.000 0.468 0.032 0.500
#> SRR317053 4 0.5858 0.08263 0.000 0.468 0.032 0.500
#> SRR317054 2 0.7606 0.00259 0.000 0.468 0.228 0.304
#> SRR317055 2 0.7606 0.00259 0.000 0.468 0.228 0.304
#> SRR317056 2 0.7211 0.24353 0.000 0.548 0.248 0.204
#> SRR317057 2 0.7211 0.24353 0.000 0.548 0.248 0.204
#> SRR317059 2 0.7399 -0.08000 0.048 0.468 0.056 0.428
#> SRR317060 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR317061 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR317062 3 0.7367 -0.06895 0.000 0.160 0.436 0.404
#> SRR317063 3 0.7367 -0.06895 0.000 0.160 0.436 0.404
#> SRR317064 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR317067 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR317068 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR317069 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR768413 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR768414 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR387661 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR387662 4 0.1022 0.83142 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR768411 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR768412 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR534289 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534292 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534293 3 0.3286 0.51902 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR534294 3 0.3286 0.51902 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR534295 3 0.3962 0.59743 0.000 0.152 0.820 0.028
#> SRR534296 3 0.3962 0.59743 0.000 0.152 0.820 0.028
#> SRR534297 3 0.3962 0.59743 0.000 0.152 0.820 0.028
#> SRR534298 3 0.3962 0.59743 0.000 0.152 0.820 0.028
#> SRR534299 3 0.4999 0.43107 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR534300 3 0.4999 0.43107 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR534301 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534302 2 0.5512 -0.44997 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534303 3 0.4999 0.43107 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR534304 3 0.4999 0.43107 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR534305 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534306 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534307 3 0.3286 0.51902 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR534308 3 0.3286 0.51902 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR534309 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534310 3 0.5512 0.43261 0.000 0.492 0.492 0.016
#> SRR534311 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0336 0.85697 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR534326 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.2408 0.65389 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR545686 2 0.2408 0.65389 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR545687 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR545688 1 0.5323 0.64736 0.628 0.000 0.020 0.352
#> SRR545689 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.86035 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR545708 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.3427 0.63465 0.000 0.860 0.028 0.112
#> SRR545714 2 0.3427 0.63465 0.000 0.860 0.028 0.112
#> SRR545715 2 0.3427 0.63465 0.000 0.860 0.028 0.112
#> SRR545716 2 0.3427 0.63465 0.000 0.860 0.028 0.112
#> SRR545717 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR545718 2 0.3837 0.41475 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.71384 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.2973 0.62912 0.000 0.856 0.144 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR307898 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR307899 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR307900 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR307901 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR307902 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR307903 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR307904 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR307905 2 0.6783 -0.451 0.000 0.380 0.336 0.000 0.284
#> SRR307906 2 0.6783 -0.451 0.000 0.380 0.336 0.000 0.284
#> SRR307907 4 0.7581 0.253 0.000 0.044 0.264 0.380 0.312
#> SRR307908 4 0.7581 0.253 0.000 0.044 0.264 0.380 0.312
#> SRR307909 2 0.6783 -0.451 0.000 0.380 0.336 0.000 0.284
#> SRR307910 2 0.6783 -0.451 0.000 0.380 0.336 0.000 0.284
#> SRR307911 5 0.2983 0.690 0.000 0.076 0.000 0.056 0.868
#> SRR307912 5 0.2983 0.690 0.000 0.076 0.000 0.056 0.868
#> SRR307913 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR307914 4 0.5314 0.484 0.000 0.000 0.052 0.528 0.420
#> SRR307915 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR307916 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR307917 2 0.6783 -0.451 0.000 0.380 0.336 0.000 0.284
#> SRR307918 2 0.6783 -0.451 0.000 0.380 0.336 0.000 0.284
#> SRR307919 5 0.2983 0.690 0.000 0.076 0.000 0.056 0.868
#> SRR307920 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR307921 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR307922 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR307923 2 0.6430 0.445 0.000 0.608 0.036 0.160 0.196
#> SRR307924 2 0.6430 0.445 0.000 0.608 0.036 0.160 0.196
#> SRR307925 5 0.2983 0.690 0.000 0.076 0.000 0.056 0.868
#> SRR307926 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR307927 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR307928 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR307929 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR307930 4 0.2325 0.740 0.000 0.000 0.028 0.904 0.068
#> SRR307931 4 0.2325 0.740 0.000 0.000 0.028 0.904 0.068
#> SRR307932 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR307933 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR315297 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR315298 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR315299 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315300 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315301 5 0.3243 0.651 0.000 0.004 0.116 0.032 0.848
#> SRR315302 5 0.3243 0.651 0.000 0.004 0.116 0.032 0.848
#> SRR315303 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315306 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315307 2 0.0404 0.642 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0404 0.642 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315310 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315311 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315312 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315313 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR315314 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR315315 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR315316 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR315318 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
#> SRR315320 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
#> SRR315321 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
#> SRR315322 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
#> SRR315323 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR315324 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR315325 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR315326 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR315327 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR315328 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR315329 3 0.5312 0.423 0.000 0.188 0.684 0.004 0.124
#> SRR315330 4 0.5314 0.484 0.000 0.000 0.052 0.528 0.420
#> SRR315331 4 0.5314 0.484 0.000 0.000 0.052 0.528 0.420
#> SRR315332 5 0.3579 0.415 0.000 0.000 0.004 0.240 0.756
#> SRR315333 5 0.3579 0.415 0.000 0.000 0.004 0.240 0.756
#> SRR315334 4 0.5314 0.484 0.000 0.000 0.052 0.528 0.420
#> SRR315335 4 0.5314 0.484 0.000 0.000 0.052 0.528 0.420
#> SRR315336 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR315337 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR317035 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR317036 2 0.7375 0.222 0.000 0.468 0.048 0.256 0.228
#> SRR317037 2 0.7771 0.237 0.000 0.468 0.108 0.188 0.236
#> SRR317038 2 0.7771 0.237 0.000 0.468 0.108 0.188 0.236
#> SRR317039 2 0.6430 0.445 0.000 0.608 0.036 0.160 0.196
#> SRR317040 2 0.6430 0.445 0.000 0.608 0.036 0.160 0.196
#> SRR317041 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
#> SRR317042 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR317043 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR317044 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
#> SRR317047 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
#> SRR317048 5 0.2712 0.683 0.000 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR317049 4 0.5314 0.484 0.000 0.000 0.052 0.528 0.420
#> SRR317050 4 0.6098 0.578 0.000 0.068 0.064 0.640 0.228
#> SRR317051 4 0.6098 0.578 0.000 0.068 0.064 0.640 0.228
#> SRR317052 2 0.6358 0.138 0.000 0.468 0.040 0.428 0.064
#> SRR317053 2 0.6358 0.138 0.000 0.468 0.040 0.428 0.064
#> SRR317054 2 0.7771 0.237 0.000 0.468 0.108 0.188 0.236
#> SRR317055 2 0.7771 0.237 0.000 0.468 0.108 0.188 0.236
#> SRR317056 2 0.6740 0.346 0.000 0.536 0.036 0.136 0.292
#> SRR317057 2 0.6740 0.346 0.000 0.536 0.036 0.136 0.292
#> SRR317059 2 0.5973 0.174 0.000 0.468 0.060 0.452 0.020
#> SRR317060 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR317061 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR317062 4 0.7581 0.253 0.000 0.044 0.264 0.380 0.312
#> SRR317063 4 0.7581 0.253 0.000 0.044 0.264 0.380 0.312
#> SRR317064 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR317067 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR317068 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR317069 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR768413 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR768414 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR387661 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR387662 4 0.1671 0.783 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR768411 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR768412 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR534289 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534292 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534293 5 0.1041 0.691 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR534294 5 0.1041 0.691 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR534295 5 0.3960 0.665 0.000 0.044 0.100 0.032 0.824
#> SRR534296 5 0.3960 0.665 0.000 0.044 0.100 0.032 0.824
#> SRR534297 5 0.3960 0.665 0.000 0.044 0.100 0.032 0.824
#> SRR534298 5 0.3960 0.665 0.000 0.044 0.100 0.032 0.824
#> SRR534299 5 0.6396 -0.151 0.000 0.376 0.172 0.000 0.452
#> SRR534300 5 0.6396 -0.151 0.000 0.376 0.172 0.000 0.452
#> SRR534301 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534302 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534303 5 0.6396 -0.151 0.000 0.376 0.172 0.000 0.452
#> SRR534304 5 0.6396 -0.151 0.000 0.376 0.172 0.000 0.452
#> SRR534305 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534306 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534307 5 0.3243 0.651 0.000 0.004 0.116 0.032 0.848
#> SRR534308 5 0.3243 0.651 0.000 0.004 0.116 0.032 0.848
#> SRR534309 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534310 3 0.5037 0.755 0.000 0.376 0.584 0.000 0.040
#> SRR534311 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0960 0.833 0.972 0.000 0.016 0.008 0.004
#> SRR534326 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3459 0.558 0.000 0.832 0.052 0.000 0.116
#> SRR545686 2 0.3459 0.558 0.000 0.832 0.052 0.000 0.116
#> SRR545687 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR545688 1 0.4875 0.598 0.576 0.000 0.020 0.400 0.004
#> SRR545689 1 0.0162 0.842 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0162 0.842 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.843 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR545708 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR545709 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0162 0.648 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.3369 0.595 0.000 0.856 0.024 0.092 0.028
#> SRR545714 2 0.3369 0.595 0.000 0.856 0.024 0.092 0.028
#> SRR545715 2 0.3369 0.595 0.000 0.856 0.024 0.092 0.028
#> SRR545716 2 0.3369 0.595 0.000 0.856 0.024 0.092 0.028
#> SRR545717 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR545718 2 0.5277 0.171 0.000 0.664 0.228 0.000 0.108
#> SRR545719 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.649 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.5417 0.421 0.000 0.648 0.236 0.000 0.116
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR307898 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR307899 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR307900 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR307901 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.3962 0.681 0.000 0.012 0.732 0.232 0.024 0.000
#> SRR307906 3 0.3962 0.681 0.000 0.012 0.732 0.232 0.024 0.000
#> SRR307907 6 0.8283 0.229 0.000 0.200 0.156 0.200 0.068 0.376
#> SRR307908 6 0.8283 0.229 0.000 0.200 0.156 0.200 0.068 0.376
#> SRR307909 3 0.3962 0.681 0.000 0.012 0.732 0.232 0.024 0.000
#> SRR307910 3 0.3962 0.681 0.000 0.012 0.732 0.232 0.024 0.000
#> SRR307911 4 0.4328 0.762 0.000 0.180 0.000 0.720 0.000 0.100
#> SRR307912 4 0.4328 0.762 0.000 0.180 0.000 0.720 0.000 0.100
#> SRR307913 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR307914 6 0.6225 0.452 0.000 0.108 0.020 0.272 0.036 0.564
#> SRR307915 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR307916 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR307917 3 0.3962 0.681 0.000 0.012 0.732 0.232 0.024 0.000
#> SRR307918 3 0.3962 0.681 0.000 0.012 0.732 0.232 0.024 0.000
#> SRR307919 4 0.4328 0.762 0.000 0.180 0.000 0.720 0.000 0.100
#> SRR307920 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR307921 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR307922 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR307923 2 0.5451 0.478 0.000 0.652 0.000 0.100 0.048 0.200
#> SRR307924 2 0.5451 0.478 0.000 0.652 0.000 0.100 0.048 0.200
#> SRR307925 4 0.4328 0.762 0.000 0.180 0.000 0.720 0.000 0.100
#> SRR307926 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR307927 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR307928 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR307929 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR307930 6 0.1194 0.715 0.000 0.008 0.000 0.004 0.032 0.956
#> SRR307931 6 0.1194 0.715 0.000 0.008 0.000 0.004 0.032 0.956
#> SRR307932 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR315297 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR315298 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR315299 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315300 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315301 4 0.5214 0.740 0.000 0.112 0.116 0.700 0.000 0.072
#> SRR315302 4 0.5214 0.740 0.000 0.112 0.116 0.700 0.000 0.072
#> SRR315303 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315306 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315307 2 0.3634 0.565 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.3634 0.565 0.000 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315310 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315311 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315312 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315313 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR315320 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR315321 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR315322 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR315323 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR315324 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR315325 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR315326 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR315327 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR315328 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR315329 2 0.5727 -0.105 0.000 0.452 0.420 0.012 0.116 0.000
#> SRR315330 6 0.6225 0.452 0.000 0.108 0.020 0.272 0.036 0.564
#> SRR315331 6 0.6225 0.452 0.000 0.108 0.020 0.272 0.036 0.564
#> SRR315332 4 0.5046 0.516 0.000 0.112 0.000 0.608 0.000 0.280
#> SRR315333 4 0.5046 0.516 0.000 0.112 0.000 0.608 0.000 0.280
#> SRR315334 6 0.6225 0.452 0.000 0.108 0.020 0.272 0.036 0.564
#> SRR315335 6 0.6225 0.452 0.000 0.108 0.020 0.272 0.036 0.564
#> SRR315336 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315337 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR317035 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR317036 2 0.6766 0.300 0.000 0.492 0.000 0.164 0.092 0.252
#> SRR317037 2 0.6564 0.303 0.000 0.468 0.000 0.332 0.076 0.124
#> SRR317038 2 0.6564 0.303 0.000 0.468 0.000 0.332 0.076 0.124
#> SRR317039 2 0.5451 0.478 0.000 0.652 0.000 0.100 0.048 0.200
#> SRR317040 2 0.5451 0.478 0.000 0.652 0.000 0.100 0.048 0.200
#> SRR317041 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR317042 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR317043 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR317044 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR317047 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
#> SRR317048 4 0.0725 0.773 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR317049 6 0.6225 0.452 0.000 0.108 0.020 0.272 0.036 0.564
#> SRR317050 6 0.6081 0.532 0.000 0.092 0.016 0.164 0.092 0.636
#> SRR317051 6 0.6081 0.532 0.000 0.092 0.016 0.164 0.092 0.636
#> SRR317052 2 0.5313 0.231 0.000 0.476 0.000 0.004 0.088 0.432
#> SRR317053 2 0.5313 0.231 0.000 0.476 0.000 0.004 0.088 0.432
#> SRR317054 2 0.6564 0.303 0.000 0.468 0.000 0.332 0.076 0.124
#> SRR317055 2 0.6564 0.303 0.000 0.468 0.000 0.332 0.076 0.124
#> SRR317056 2 0.6039 0.401 0.000 0.584 0.000 0.196 0.048 0.172
#> SRR317057 2 0.6039 0.401 0.000 0.584 0.000 0.196 0.048 0.172
#> SRR317059 2 0.5977 0.295 0.000 0.476 0.000 0.004 0.224 0.296
#> SRR317060 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR317061 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR317062 6 0.8283 0.229 0.000 0.200 0.156 0.200 0.068 0.376
#> SRR317063 6 0.8283 0.229 0.000 0.200 0.156 0.200 0.068 0.376
#> SRR317064 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR317067 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR317068 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR317069 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR768413 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR768414 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR387661 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR387662 6 0.0632 0.771 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR768411 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR768412 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR534289 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.3352 0.784 0.000 0.112 0.000 0.816 0.000 0.072
#> SRR534294 4 0.3352 0.784 0.000 0.112 0.000 0.816 0.000 0.072
#> SRR534295 4 0.4798 0.751 0.000 0.200 0.020 0.716 0.032 0.032
#> SRR534296 4 0.4798 0.751 0.000 0.200 0.020 0.716 0.032 0.032
#> SRR534297 4 0.4798 0.751 0.000 0.200 0.020 0.716 0.032 0.032
#> SRR534298 4 0.4798 0.751 0.000 0.200 0.020 0.716 0.032 0.032
#> SRR534299 3 0.4246 0.488 0.000 0.000 0.580 0.400 0.020 0.000
#> SRR534300 3 0.4246 0.488 0.000 0.000 0.580 0.400 0.020 0.000
#> SRR534301 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.4246 0.488 0.000 0.000 0.580 0.400 0.020 0.000
#> SRR534304 3 0.4246 0.488 0.000 0.000 0.580 0.400 0.020 0.000
#> SRR534305 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534307 4 0.5214 0.740 0.000 0.112 0.116 0.700 0.000 0.072
#> SRR534308 4 0.5214 0.740 0.000 0.112 0.116 0.700 0.000 0.072
#> SRR534309 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0146 0.746 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0777 0.967 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR534326 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.2473 0.549 0.000 0.856 0.136 0.008 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.2473 0.549 0.000 0.856 0.136 0.008 0.000 0.000
#> SRR545687 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR545688 5 0.4125 1.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.748 0.128
#> SRR545689 1 0.0146 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545690 1 0.0146 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545691 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR545708 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR545709 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.3563 0.589 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.5023 0.569 0.000 0.692 0.188 0.004 0.024 0.092
#> SRR545714 2 0.5023 0.569 0.000 0.692 0.188 0.004 0.024 0.092
#> SRR545715 2 0.5023 0.569 0.000 0.692 0.188 0.004 0.024 0.092
#> SRR545716 2 0.5023 0.569 0.000 0.692 0.188 0.004 0.024 0.092
#> SRR545717 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR545718 3 0.5479 0.391 0.000 0.296 0.588 0.092 0.024 0.000
#> SRR545719 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.3547 0.591 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.1812 0.467 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.397 0.832 0.865 0.4287 0.574 0.574
#> 3 3 0.554 0.614 0.812 0.4763 0.680 0.488
#> 4 4 0.519 0.597 0.740 0.1340 0.828 0.563
#> 5 5 0.612 0.510 0.680 0.0692 0.985 0.942
#> 6 6 0.649 0.599 0.715 0.0443 0.885 0.585
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.7056 0.853 0.808 0.192
#> SRR307898 1 0.3431 0.830 0.936 0.064
#> SRR307899 1 0.2778 0.818 0.952 0.048
#> SRR307900 1 0.2778 0.818 0.952 0.048
#> SRR307901 2 0.7602 0.836 0.220 0.780
#> SRR307902 2 0.7602 0.836 0.220 0.780
#> SRR307903 2 0.7602 0.836 0.220 0.780
#> SRR307904 2 0.7602 0.836 0.220 0.780
#> SRR307905 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR307906 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR307907 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR307908 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR307909 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR307910 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR307911 2 0.8144 0.823 0.252 0.748
#> SRR307912 2 0.8144 0.823 0.252 0.748
#> SRR307913 2 0.5294 0.845 0.120 0.880
#> SRR307914 2 0.7602 0.835 0.220 0.780
#> SRR307915 2 0.8499 0.806 0.276 0.724
#> SRR307916 2 0.8499 0.806 0.276 0.724
#> SRR307917 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR307918 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR307919 2 0.8144 0.823 0.252 0.748
#> SRR307920 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR307921 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR307922 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR307923 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR307924 2 0.0938 0.854 0.012 0.988
#> SRR307925 2 0.8144 0.823 0.252 0.748
#> SRR307926 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR307927 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR307928 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR307929 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR307930 1 0.9460 0.755 0.636 0.364
#> SRR307931 1 0.9460 0.755 0.636 0.364
#> SRR307932 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR307933 2 0.7376 0.839 0.208 0.792
#> SRR315297 1 0.3431 0.830 0.936 0.064
#> SRR315298 1 0.3431 0.830 0.936 0.064
#> SRR315299 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR315300 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR315301 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR315302 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR315303 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR315304 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR315305 1 0.7528 0.772 0.784 0.216
#> SRR315306 1 0.7883 0.778 0.764 0.236
#> SRR315307 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR315308 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR315309 1 0.8327 0.780 0.736 0.264
#> SRR315310 1 0.6343 0.739 0.840 0.160
#> SRR315311 1 0.7528 0.772 0.784 0.216
#> SRR315312 1 0.7528 0.772 0.784 0.216
#> SRR315313 2 0.7602 0.836 0.220 0.780
#> SRR315314 2 0.6438 0.845 0.164 0.836
#> SRR315315 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR315316 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR315318 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR315319 2 0.0938 0.851 0.012 0.988
#> SRR315320 2 0.0938 0.851 0.012 0.988
#> SRR315321 2 0.0938 0.851 0.012 0.988
#> SRR315322 2 0.0938 0.851 0.012 0.988
#> SRR315323 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR315324 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR315325 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR315326 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR315327 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR315328 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR315329 2 0.7815 0.831 0.232 0.768
#> SRR315330 2 0.8144 0.824 0.252 0.748
#> SRR315331 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR315332 2 0.8499 0.806 0.276 0.724
#> SRR315333 2 0.8499 0.806 0.276 0.724
#> SRR315334 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR315335 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR315336 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR315337 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR317035 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR317036 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR317037 2 0.2043 0.844 0.032 0.968
#> SRR317038 2 0.2043 0.844 0.032 0.968
#> SRR317039 2 0.1843 0.844 0.028 0.972
#> SRR317040 2 0.1843 0.844 0.028 0.972
#> SRR317041 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR317042 1 0.9460 0.755 0.636 0.364
#> SRR317043 1 0.9460 0.755 0.636 0.364
#> SRR317044 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR317045 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR317046 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR317047 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR317048 2 0.2778 0.845 0.048 0.952
#> SRR317049 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR317050 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR317051 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR317052 1 0.9460 0.755 0.636 0.364
#> SRR317053 1 0.9460 0.755 0.636 0.364
#> SRR317054 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR317055 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR317056 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR317057 2 0.2236 0.841 0.036 0.964
#> SRR317059 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR317060 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR317061 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR317062 2 0.0938 0.852 0.012 0.988
#> SRR317063 2 0.0938 0.852 0.012 0.988
#> SRR317064 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR317065 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR317066 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR317067 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR317068 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR317069 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR768413 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR768414 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR387661 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR387662 1 0.5946 0.726 0.856 0.144
#> SRR768411 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR768412 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR534289 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR534290 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR534291 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534292 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534293 2 0.8499 0.806 0.276 0.724
#> SRR534294 2 0.8499 0.806 0.276 0.724
#> SRR534295 2 0.7950 0.829 0.240 0.760
#> SRR534296 2 0.7950 0.829 0.240 0.760
#> SRR534297 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR534298 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR534299 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR534300 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534301 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534302 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534303 2 0.7745 0.833 0.228 0.772
#> SRR534304 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534305 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534306 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534307 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR534308 2 0.8207 0.822 0.256 0.744
#> SRR534309 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534310 2 0.7674 0.834 0.224 0.776
#> SRR534311 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534312 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534313 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534314 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534315 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534316 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534317 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR534318 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR534319 1 0.4562 0.850 0.904 0.096
#> SRR534320 1 0.4562 0.850 0.904 0.096
#> SRR534321 1 0.4562 0.850 0.904 0.096
#> SRR534322 1 0.4562 0.850 0.904 0.096
#> SRR534323 1 0.4562 0.850 0.904 0.096
#> SRR534324 1 0.4562 0.850 0.904 0.096
#> SRR534325 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534326 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR534327 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR534328 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534329 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534330 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534331 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534332 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534333 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR534334 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR534335 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545685 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR545686 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545687 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR545688 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR545689 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR545690 1 0.7950 0.846 0.760 0.240
#> SRR545691 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545692 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545693 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545694 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545695 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR545696 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR545697 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR545698 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR545699 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR545700 1 0.4690 0.852 0.900 0.100
#> SRR545701 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545702 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545703 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545704 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545705 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545706 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545707 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR545708 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR545709 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545710 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545711 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545712 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545713 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545714 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545715 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545716 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545717 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR545718 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
#> SRR545719 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545720 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545721 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545722 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> SRR545723 2 0.0672 0.852 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.2486 0.94180 0.932 0.008 0.060
#> SRR307898 1 0.2625 0.93690 0.916 0.000 0.084
#> SRR307899 1 0.2625 0.93690 0.916 0.000 0.084
#> SRR307900 1 0.2625 0.93690 0.916 0.000 0.084
#> SRR307901 2 0.6045 0.43231 0.000 0.620 0.380
#> SRR307902 2 0.6095 0.41964 0.000 0.608 0.392
#> SRR307903 2 0.6095 0.41964 0.000 0.608 0.392
#> SRR307904 2 0.6126 0.40962 0.000 0.600 0.400
#> SRR307905 2 0.6421 0.38669 0.004 0.572 0.424
#> SRR307906 2 0.6421 0.38669 0.004 0.572 0.424
#> SRR307907 3 0.4291 0.53937 0.000 0.180 0.820
#> SRR307908 3 0.4291 0.53937 0.000 0.180 0.820
#> SRR307909 2 0.6633 0.34255 0.008 0.548 0.444
#> SRR307910 2 0.6633 0.34255 0.008 0.548 0.444
#> SRR307911 3 0.2356 0.64937 0.000 0.072 0.928
#> SRR307912 3 0.2356 0.64937 0.000 0.072 0.928
#> SRR307913 3 0.5420 0.57278 0.008 0.240 0.752
#> SRR307914 3 0.4755 0.61263 0.008 0.184 0.808
#> SRR307915 3 0.2845 0.65512 0.012 0.068 0.920
#> SRR307916 3 0.2845 0.65512 0.012 0.068 0.920
#> SRR307917 2 0.6421 0.38669 0.004 0.572 0.424
#> SRR307918 2 0.6410 0.39232 0.004 0.576 0.420
#> SRR307919 3 0.2356 0.64937 0.000 0.072 0.928
#> SRR307920 3 0.6386 -0.01743 0.004 0.412 0.584
#> SRR307921 1 0.2550 0.94148 0.932 0.012 0.056
#> SRR307922 1 0.2550 0.94148 0.932 0.012 0.056
#> SRR307923 3 0.6308 0.27114 0.000 0.492 0.508
#> SRR307924 3 0.6308 0.27114 0.000 0.492 0.508
#> SRR307925 3 0.2590 0.65052 0.004 0.072 0.924
#> SRR307926 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR307927 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR307928 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR307929 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR307930 3 0.9899 0.33465 0.280 0.320 0.400
#> SRR307931 3 0.9899 0.33465 0.280 0.320 0.400
#> SRR307932 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR307933 2 0.5216 0.55569 0.000 0.740 0.260
#> SRR315297 1 0.2625 0.93690 0.916 0.000 0.084
#> SRR315298 1 0.2625 0.93690 0.916 0.000 0.084
#> SRR315299 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR315300 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR315301 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR315302 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR315303 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 3 0.6869 0.50529 0.264 0.048 0.688
#> SRR315306 3 0.6904 0.50373 0.268 0.048 0.684
#> SRR315307 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 3 0.6904 0.50373 0.268 0.048 0.684
#> SRR315310 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR315311 3 0.6869 0.50529 0.264 0.048 0.688
#> SRR315312 3 0.6869 0.50529 0.264 0.048 0.688
#> SRR315313 2 0.6095 0.41964 0.000 0.608 0.392
#> SRR315314 2 0.3686 0.66209 0.000 0.860 0.140
#> SRR315315 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR315316 2 0.6154 0.39949 0.000 0.592 0.408
#> SRR315318 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.4575 0.57449 0.004 0.812 0.184
#> SRR315320 2 0.4575 0.57449 0.004 0.812 0.184
#> SRR315321 2 0.4575 0.57449 0.004 0.812 0.184
#> SRR315322 2 0.4575 0.57449 0.004 0.812 0.184
#> SRR315323 3 0.6373 -0.00809 0.004 0.408 0.588
#> SRR315324 3 0.6386 -0.01743 0.004 0.412 0.584
#> SRR315325 3 0.6386 -0.01743 0.004 0.412 0.584
#> SRR315326 3 0.6386 -0.01743 0.004 0.412 0.584
#> SRR315327 3 0.6386 -0.01743 0.004 0.412 0.584
#> SRR315328 3 0.6386 -0.01743 0.004 0.412 0.584
#> SRR315329 3 0.6386 -0.01743 0.004 0.412 0.584
#> SRR315330 3 0.3129 0.65056 0.008 0.088 0.904
#> SRR315331 3 0.2866 0.65492 0.008 0.076 0.916
#> SRR315332 3 0.2939 0.65546 0.012 0.072 0.916
#> SRR315333 3 0.2939 0.65546 0.012 0.072 0.916
#> SRR315334 3 0.2774 0.65516 0.008 0.072 0.920
#> SRR315335 3 0.2774 0.65516 0.008 0.072 0.920
#> SRR315336 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR315337 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR317035 2 0.1919 0.72658 0.024 0.956 0.020
#> SRR317036 3 0.7268 0.31718 0.028 0.448 0.524
#> SRR317037 3 0.7283 0.30488 0.028 0.460 0.512
#> SRR317038 3 0.7283 0.30488 0.028 0.460 0.512
#> SRR317039 3 0.7283 0.31124 0.028 0.460 0.512
#> SRR317040 3 0.7278 0.31192 0.028 0.456 0.516
#> SRR317041 2 0.6026 0.45006 0.024 0.732 0.244
#> SRR317042 3 0.9899 0.33465 0.280 0.320 0.400
#> SRR317043 3 0.9899 0.33465 0.280 0.320 0.400
#> SRR317044 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.5277 0.56262 0.024 0.796 0.180
#> SRR317047 2 0.5277 0.56262 0.024 0.796 0.180
#> SRR317048 3 0.6129 0.49120 0.008 0.324 0.668
#> SRR317049 3 0.4755 0.61263 0.008 0.184 0.808
#> SRR317050 3 0.7268 0.32369 0.028 0.448 0.524
#> SRR317051 3 0.7268 0.32369 0.028 0.448 0.524
#> SRR317052 3 0.9878 0.34642 0.264 0.340 0.396
#> SRR317053 3 0.9878 0.34642 0.264 0.340 0.396
#> SRR317054 3 0.7274 0.31840 0.028 0.452 0.520
#> SRR317055 3 0.7274 0.31840 0.028 0.452 0.520
#> SRR317056 3 0.7283 0.31259 0.028 0.460 0.512
#> SRR317057 3 0.7283 0.31259 0.028 0.460 0.512
#> SRR317059 1 0.7220 0.52240 0.660 0.284 0.056
#> SRR317060 1 0.2550 0.94148 0.932 0.012 0.056
#> SRR317061 1 0.2550 0.94148 0.932 0.012 0.056
#> SRR317062 2 0.6235 -0.10071 0.000 0.564 0.436
#> SRR317063 2 0.6244 -0.11219 0.000 0.560 0.440
#> SRR317064 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.1129 0.73771 0.004 0.976 0.020
#> SRR317067 2 0.1129 0.73771 0.004 0.976 0.020
#> SRR317068 2 0.1919 0.72658 0.024 0.956 0.020
#> SRR317069 2 0.1919 0.72658 0.024 0.956 0.020
#> SRR768413 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR768414 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR387661 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR387662 3 0.6337 0.50671 0.264 0.028 0.708
#> SRR768411 1 0.2625 0.93690 0.916 0.000 0.084
#> SRR768412 1 0.2625 0.93690 0.916 0.000 0.084
#> SRR534289 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR534292 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR534293 3 0.2845 0.65512 0.012 0.068 0.920
#> SRR534294 3 0.2845 0.65512 0.012 0.068 0.920
#> SRR534295 3 0.3116 0.61945 0.000 0.108 0.892
#> SRR534296 3 0.3116 0.61945 0.000 0.108 0.892
#> SRR534297 3 0.3349 0.62099 0.004 0.108 0.888
#> SRR534298 3 0.3349 0.62099 0.004 0.108 0.888
#> SRR534299 2 0.6500 0.27751 0.004 0.532 0.464
#> SRR534300 2 0.6359 0.39879 0.004 0.592 0.404
#> SRR534301 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR534302 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR534303 2 0.6509 0.25689 0.004 0.524 0.472
#> SRR534304 2 0.6500 0.27751 0.004 0.532 0.464
#> SRR534305 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR534306 2 0.6140 0.40502 0.000 0.596 0.404
#> SRR534307 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR534308 3 0.2680 0.65464 0.008 0.068 0.924
#> SRR534309 2 0.6154 0.39949 0.000 0.592 0.408
#> SRR534310 2 0.6154 0.39949 0.000 0.592 0.408
#> SRR534311 1 0.0592 0.95413 0.988 0.012 0.000
#> SRR534312 1 0.0592 0.95413 0.988 0.012 0.000
#> SRR534313 1 0.0592 0.95413 0.988 0.012 0.000
#> SRR534314 1 0.0592 0.95413 0.988 0.012 0.000
#> SRR534315 1 0.0592 0.95413 0.988 0.012 0.000
#> SRR534316 1 0.0592 0.95413 0.988 0.012 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.1411 0.95204 0.964 0.000 0.036
#> SRR534320 1 0.1411 0.95204 0.964 0.000 0.036
#> SRR534321 1 0.1411 0.95204 0.964 0.000 0.036
#> SRR534322 1 0.1411 0.95204 0.964 0.000 0.036
#> SRR534323 1 0.1411 0.95204 0.964 0.000 0.036
#> SRR534324 1 0.1411 0.95204 0.964 0.000 0.036
#> SRR534325 1 0.0592 0.95413 0.988 0.012 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR534329 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR534330 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR534331 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR534332 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR534333 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR534334 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3482 0.64525 0.000 0.872 0.128
#> SRR545686 2 0.4615 0.61308 0.020 0.836 0.144
#> SRR545687 1 0.2550 0.94148 0.932 0.012 0.056
#> SRR545688 1 0.2550 0.94148 0.932 0.012 0.056
#> SRR545689 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR545690 1 0.1182 0.95344 0.976 0.012 0.012
#> SRR545691 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.1643 0.95113 0.956 0.000 0.044
#> SRR545696 1 0.1643 0.95113 0.956 0.000 0.044
#> SRR545697 1 0.1643 0.95113 0.956 0.000 0.044
#> SRR545698 1 0.1643 0.95113 0.956 0.000 0.044
#> SRR545699 1 0.1643 0.95113 0.956 0.000 0.044
#> SRR545700 1 0.1643 0.95113 0.956 0.000 0.044
#> SRR545701 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.1129 0.73771 0.004 0.976 0.020
#> SRR545708 2 0.1129 0.73771 0.004 0.976 0.020
#> SRR545709 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.3192 0.66264 0.000 0.888 0.112
#> SRR545714 2 0.3826 0.64600 0.008 0.868 0.124
#> SRR545715 2 0.4277 0.63066 0.016 0.852 0.132
#> SRR545716 2 0.3846 0.65632 0.016 0.876 0.108
#> SRR545717 2 0.1129 0.73771 0.004 0.976 0.020
#> SRR545718 2 0.1129 0.73771 0.004 0.976 0.020
#> SRR545719 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.74477 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.4172 0.62485 0.004 0.840 0.156
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.4646 0.8510 0.796 0.008 0.044 0.152
#> SRR307898 1 0.5124 0.8413 0.764 0.004 0.072 0.160
#> SRR307899 1 0.5079 0.8441 0.768 0.004 0.072 0.156
#> SRR307900 1 0.5079 0.8441 0.768 0.004 0.072 0.156
#> SRR307901 2 0.5132 -0.2048 0.004 0.548 0.448 0.000
#> SRR307902 2 0.5158 -0.2737 0.004 0.524 0.472 0.000
#> SRR307903 2 0.5158 -0.2737 0.004 0.524 0.472 0.000
#> SRR307904 3 0.5151 0.4079 0.004 0.464 0.532 0.000
#> SRR307905 3 0.5789 0.4579 0.008 0.368 0.600 0.024
#> SRR307906 3 0.5803 0.4536 0.008 0.372 0.596 0.024
#> SRR307907 3 0.4462 0.4952 0.000 0.044 0.792 0.164
#> SRR307908 3 0.4462 0.4952 0.000 0.044 0.792 0.164
#> SRR307909 3 0.5803 0.4769 0.008 0.348 0.616 0.028
#> SRR307910 3 0.5803 0.4769 0.008 0.348 0.616 0.028
#> SRR307911 3 0.4401 0.4115 0.000 0.004 0.724 0.272
#> SRR307912 3 0.4401 0.4115 0.000 0.004 0.724 0.272
#> SRR307913 4 0.6422 0.5368 0.000 0.120 0.248 0.632
#> SRR307914 4 0.6189 0.4057 0.000 0.060 0.372 0.568
#> SRR307915 4 0.4972 0.2071 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR307916 4 0.4972 0.2071 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR307917 3 0.5803 0.4536 0.008 0.372 0.596 0.024
#> SRR307918 3 0.5803 0.4536 0.008 0.372 0.596 0.024
#> SRR307919 3 0.4401 0.4115 0.000 0.004 0.724 0.272
#> SRR307920 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR307921 1 0.4639 0.8503 0.800 0.012 0.040 0.148
#> SRR307922 1 0.4639 0.8503 0.800 0.012 0.040 0.148
#> SRR307923 4 0.7375 0.4547 0.000 0.336 0.176 0.488
#> SRR307924 4 0.7352 0.4697 0.000 0.328 0.176 0.496
#> SRR307925 3 0.4632 0.3721 0.000 0.004 0.688 0.308
#> SRR307926 3 0.4898 0.1662 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR307927 3 0.4898 0.1662 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR307928 3 0.4898 0.1662 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR307929 3 0.4898 0.1662 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR307930 4 0.5127 0.6393 0.152 0.056 0.016 0.776
#> SRR307931 4 0.5127 0.6393 0.152 0.056 0.016 0.776
#> SRR307932 3 0.5147 0.4163 0.004 0.460 0.536 0.000
#> SRR307933 2 0.5088 -0.1243 0.004 0.572 0.424 0.000
#> SRR315297 1 0.5010 0.8472 0.772 0.004 0.068 0.156
#> SRR315298 1 0.5010 0.8472 0.772 0.004 0.068 0.156
#> SRR315299 4 0.5950 0.5952 0.116 0.004 0.176 0.704
#> SRR315300 4 0.5950 0.5952 0.116 0.004 0.176 0.704
#> SRR315301 3 0.4677 0.3645 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR315302 3 0.4677 0.3645 0.000 0.004 0.680 0.316
#> SRR315303 2 0.0000 0.8035 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.8035 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.5138 0.6314 0.112 0.004 0.112 0.772
#> SRR315306 4 0.5082 0.6321 0.112 0.004 0.108 0.776
#> SRR315307 2 0.0188 0.8030 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315308 2 0.0188 0.8030 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315309 4 0.5024 0.6327 0.112 0.004 0.104 0.780
#> SRR315310 4 0.5602 0.6160 0.116 0.004 0.144 0.736
#> SRR315311 4 0.5138 0.6314 0.112 0.004 0.112 0.772
#> SRR315312 4 0.5138 0.6314 0.112 0.004 0.112 0.772
#> SRR315313 2 0.5155 -0.2636 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR315314 2 0.4677 0.2541 0.004 0.680 0.316 0.000
#> SRR315315 3 0.5137 0.4305 0.004 0.452 0.544 0.000
#> SRR315316 3 0.5137 0.4305 0.004 0.452 0.544 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.8035 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.7230 0.3946 0.004 0.556 0.272 0.168
#> SRR315320 2 0.7195 0.4009 0.004 0.560 0.272 0.164
#> SRR315321 2 0.7195 0.4009 0.004 0.560 0.272 0.164
#> SRR315322 2 0.7195 0.4009 0.004 0.560 0.272 0.164
#> SRR315323 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR315324 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR315325 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR315326 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR315327 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR315328 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR315329 3 0.5230 0.5344 0.004 0.152 0.760 0.084
#> SRR315330 3 0.4855 0.2853 0.000 0.004 0.644 0.352
#> SRR315331 3 0.4855 0.3038 0.000 0.004 0.644 0.352
#> SRR315332 3 0.5105 0.1216 0.000 0.004 0.564 0.432
#> SRR315333 3 0.5105 0.1216 0.000 0.004 0.564 0.432
#> SRR315334 3 0.4761 0.3419 0.000 0.004 0.664 0.332
#> SRR315335 3 0.4761 0.3419 0.000 0.004 0.664 0.332
#> SRR315336 4 0.5989 0.5950 0.116 0.004 0.180 0.700
#> SRR315337 4 0.5950 0.5952 0.116 0.004 0.176 0.704
#> SRR317035 2 0.4858 0.7157 0.008 0.796 0.084 0.112
#> SRR317036 4 0.7977 0.5398 0.044 0.268 0.148 0.540
#> SRR317037 4 0.7891 0.5491 0.044 0.252 0.148 0.556
#> SRR317038 4 0.7891 0.5491 0.044 0.252 0.148 0.556
#> SRR317039 4 0.7557 0.4485 0.008 0.340 0.160 0.492
#> SRR317040 4 0.7455 0.4545 0.008 0.340 0.148 0.504
#> SRR317041 2 0.7662 0.2844 0.008 0.512 0.272 0.208
#> SRR317042 4 0.4760 0.6294 0.160 0.052 0.004 0.784
#> SRR317043 4 0.4760 0.6294 0.160 0.052 0.004 0.784
#> SRR317044 2 0.0592 0.7991 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR317045 2 0.0592 0.7991 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR317046 2 0.7340 0.3935 0.008 0.556 0.268 0.168
#> SRR317047 2 0.7340 0.3935 0.008 0.556 0.268 0.168
#> SRR317048 4 0.6461 0.5428 0.000 0.128 0.240 0.632
#> SRR317049 4 0.6189 0.4057 0.000 0.060 0.372 0.568
#> SRR317050 4 0.7216 0.5848 0.044 0.152 0.160 0.644
#> SRR317051 4 0.7216 0.5848 0.044 0.152 0.160 0.644
#> SRR317052 4 0.6154 0.6104 0.156 0.128 0.012 0.704
#> SRR317053 4 0.6154 0.6104 0.156 0.128 0.012 0.704
#> SRR317054 4 0.7868 0.5517 0.044 0.248 0.148 0.560
#> SRR317055 4 0.7868 0.5517 0.044 0.248 0.148 0.560
#> SRR317056 4 0.7244 0.5269 0.004 0.256 0.180 0.560
#> SRR317057 4 0.7244 0.5269 0.004 0.256 0.180 0.560
#> SRR317059 1 0.8531 0.2051 0.464 0.184 0.052 0.300
#> SRR317060 1 0.4639 0.8503 0.800 0.012 0.040 0.148
#> SRR317061 1 0.4639 0.8503 0.800 0.012 0.040 0.148
#> SRR317062 2 0.7449 0.0642 0.000 0.500 0.208 0.292
#> SRR317063 2 0.7449 0.0642 0.000 0.500 0.208 0.292
#> SRR317064 2 0.0000 0.8035 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0188 0.8030 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR317066 2 0.2958 0.7661 0.004 0.896 0.072 0.028
#> SRR317067 2 0.2958 0.7661 0.004 0.896 0.072 0.028
#> SRR317068 2 0.4540 0.7286 0.008 0.816 0.072 0.104
#> SRR317069 2 0.4540 0.7286 0.008 0.816 0.072 0.104
#> SRR768413 4 0.5950 0.5952 0.116 0.004 0.176 0.704
#> SRR768414 4 0.5950 0.5952 0.116 0.004 0.176 0.704
#> SRR387661 4 0.5950 0.5952 0.116 0.004 0.176 0.704
#> SRR387662 4 0.5950 0.5952 0.116 0.004 0.176 0.704
#> SRR768411 1 0.4634 0.8590 0.792 0.004 0.048 0.156
#> SRR768412 1 0.4634 0.8590 0.792 0.004 0.048 0.156
#> SRR534289 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.5143 0.4239 0.004 0.456 0.540 0.000
#> SRR534292 3 0.5143 0.4239 0.004 0.456 0.540 0.000
#> SRR534293 3 0.5097 0.1282 0.000 0.004 0.568 0.428
#> SRR534294 3 0.5097 0.1282 0.000 0.004 0.568 0.428
#> SRR534295 3 0.4331 0.4917 0.004 0.028 0.800 0.168
#> SRR534296 3 0.4331 0.4917 0.004 0.028 0.800 0.168
#> SRR534297 3 0.4376 0.4913 0.004 0.028 0.796 0.172
#> SRR534298 3 0.4376 0.4913 0.004 0.028 0.796 0.172
#> SRR534299 3 0.5365 0.4682 0.004 0.412 0.576 0.008
#> SRR534300 3 0.5137 0.4305 0.004 0.452 0.544 0.000
#> SRR534301 3 0.5143 0.4239 0.004 0.456 0.540 0.000
#> SRR534302 3 0.5143 0.4239 0.004 0.456 0.540 0.000
#> SRR534303 3 0.5212 0.4757 0.004 0.404 0.588 0.004
#> SRR534304 3 0.5233 0.4693 0.004 0.412 0.580 0.004
#> SRR534305 3 0.5137 0.4305 0.004 0.452 0.544 0.000
#> SRR534306 3 0.5143 0.4239 0.004 0.456 0.540 0.000
#> SRR534307 3 0.4584 0.3871 0.000 0.004 0.696 0.300
#> SRR534308 3 0.4584 0.3871 0.000 0.004 0.696 0.300
#> SRR534309 3 0.5137 0.4305 0.004 0.452 0.544 0.000
#> SRR534310 3 0.5137 0.4305 0.004 0.452 0.544 0.000
#> SRR534311 1 0.1821 0.8961 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR534312 1 0.1821 0.8961 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR534313 1 0.1821 0.8961 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR534314 1 0.1821 0.8961 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR534315 1 0.1821 0.8961 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR534316 1 0.1821 0.8961 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR534317 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.2599 0.8904 0.912 0.004 0.020 0.064
#> SRR534320 1 0.2599 0.8904 0.912 0.004 0.020 0.064
#> SRR534321 1 0.2599 0.8904 0.912 0.004 0.020 0.064
#> SRR534322 1 0.2599 0.8904 0.912 0.004 0.020 0.064
#> SRR534323 1 0.2599 0.8904 0.912 0.004 0.020 0.064
#> SRR534324 1 0.2599 0.8904 0.912 0.004 0.020 0.064
#> SRR534325 1 0.1821 0.8961 0.948 0.012 0.008 0.032
#> SRR534326 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR534329 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR534330 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR534331 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR534332 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR534333 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR534334 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.4704 0.6467 0.004 0.764 0.204 0.028
#> SRR545686 2 0.6028 0.5675 0.004 0.696 0.184 0.116
#> SRR545687 1 0.4639 0.8503 0.800 0.012 0.040 0.148
#> SRR545688 1 0.4639 0.8503 0.800 0.012 0.040 0.148
#> SRR545689 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR545690 1 0.1871 0.8916 0.948 0.012 0.016 0.024
#> SRR545691 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.2731 0.8855 0.908 0.004 0.028 0.060
#> SRR545696 1 0.2731 0.8855 0.908 0.004 0.028 0.060
#> SRR545697 1 0.2731 0.8855 0.908 0.004 0.028 0.060
#> SRR545698 1 0.2731 0.8855 0.908 0.004 0.028 0.060
#> SRR545699 1 0.2731 0.8855 0.908 0.004 0.028 0.060
#> SRR545700 1 0.2731 0.8855 0.908 0.004 0.028 0.060
#> SRR545701 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.3103 0.7667 0.008 0.892 0.072 0.028
#> SRR545708 2 0.3103 0.7667 0.008 0.892 0.072 0.028
#> SRR545709 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.4749 0.6812 0.004 0.796 0.076 0.124
#> SRR545714 2 0.5145 0.6529 0.008 0.772 0.076 0.144
#> SRR545715 2 0.5397 0.6270 0.008 0.752 0.080 0.160
#> SRR545716 2 0.5097 0.6614 0.008 0.776 0.076 0.140
#> SRR545717 2 0.3103 0.7667 0.008 0.892 0.072 0.028
#> SRR545718 2 0.3103 0.7667 0.008 0.892 0.072 0.028
#> SRR545719 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0376 0.8036 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR545722 2 0.0188 0.8043 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.6050 0.5585 0.004 0.664 0.256 0.076
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.4841 0.7962 0.748 0.000 0.012 0.120 0.120
#> SRR307898 1 0.5121 0.7992 0.732 0.000 0.020 0.128 0.120
#> SRR307899 1 0.5121 0.7992 0.732 0.000 0.020 0.128 0.120
#> SRR307900 1 0.5121 0.7992 0.732 0.000 0.020 0.128 0.120
#> SRR307901 2 0.5812 -0.1555 0.000 0.476 0.432 0.000 0.092
#> SRR307902 2 0.5818 -0.1875 0.000 0.464 0.444 0.000 0.092
#> SRR307903 2 0.5818 -0.1875 0.000 0.464 0.444 0.000 0.092
#> SRR307904 3 0.5523 0.4296 0.000 0.348 0.572 0.000 0.080
#> SRR307905 3 0.6301 0.4942 0.000 0.180 0.592 0.016 0.212
#> SRR307906 3 0.6301 0.4942 0.000 0.180 0.592 0.016 0.212
#> SRR307907 3 0.3643 0.5478 0.000 0.008 0.836 0.076 0.080
#> SRR307908 3 0.3643 0.5478 0.000 0.008 0.836 0.076 0.080
#> SRR307909 3 0.7039 0.4745 0.004 0.168 0.544 0.044 0.240
#> SRR307910 3 0.7039 0.4745 0.004 0.168 0.544 0.044 0.240
#> SRR307911 3 0.3912 0.4874 0.000 0.004 0.768 0.208 0.020
#> SRR307912 3 0.4001 0.4858 0.000 0.004 0.764 0.208 0.024
#> SRR307913 4 0.7431 0.4847 0.004 0.060 0.176 0.496 0.264
#> SRR307914 4 0.7054 0.4434 0.004 0.016 0.284 0.472 0.224
#> SRR307915 4 0.6466 0.2069 0.008 0.004 0.368 0.492 0.128
#> SRR307916 4 0.6466 0.2069 0.008 0.004 0.368 0.492 0.128
#> SRR307917 3 0.6304 0.4928 0.000 0.184 0.592 0.016 0.208
#> SRR307918 3 0.6304 0.4928 0.000 0.184 0.592 0.016 0.208
#> SRR307919 3 0.3912 0.4874 0.000 0.004 0.768 0.208 0.020
#> SRR307920 3 0.5148 0.4339 0.000 0.060 0.668 0.008 0.264
#> SRR307921 1 0.4687 0.7982 0.756 0.000 0.008 0.116 0.120
#> SRR307922 1 0.4687 0.7982 0.756 0.000 0.008 0.116 0.120
#> SRR307923 4 0.8328 0.1244 0.000 0.216 0.152 0.356 0.276
#> SRR307924 4 0.8320 0.1808 0.000 0.196 0.164 0.364 0.276
#> SRR307925 3 0.4999 0.4347 0.004 0.004 0.692 0.244 0.056
#> SRR307926 3 0.6166 0.1837 0.004 0.004 0.532 0.348 0.112
#> SRR307927 3 0.6166 0.1837 0.004 0.004 0.532 0.348 0.112
#> SRR307928 3 0.6166 0.1837 0.004 0.004 0.532 0.348 0.112
#> SRR307929 3 0.6166 0.1837 0.004 0.004 0.532 0.348 0.112
#> SRR307930 4 0.3073 0.6349 0.052 0.008 0.000 0.872 0.068
#> SRR307931 4 0.3073 0.6349 0.052 0.008 0.000 0.872 0.068
#> SRR307932 3 0.5491 0.4806 0.000 0.312 0.600 0.000 0.088
#> SRR307933 2 0.5812 -0.1555 0.000 0.476 0.432 0.000 0.092
#> SRR315297 1 0.5073 0.8005 0.732 0.000 0.016 0.128 0.124
#> SRR315298 1 0.5073 0.8005 0.732 0.000 0.016 0.128 0.124
#> SRR315299 4 0.3150 0.6152 0.044 0.004 0.072 0.872 0.008
#> SRR315300 4 0.3150 0.6152 0.044 0.004 0.072 0.872 0.008
#> SRR315301 3 0.5094 0.4145 0.004 0.004 0.688 0.240 0.064
#> SRR315302 3 0.5094 0.4145 0.004 0.004 0.688 0.240 0.064
#> SRR315303 2 0.0404 0.6711 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR315304 2 0.0510 0.6710 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR315305 4 0.2465 0.6401 0.044 0.004 0.028 0.912 0.012
#> SRR315306 4 0.2578 0.6417 0.044 0.004 0.024 0.908 0.020
#> SRR315307 2 0.1282 0.6419 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR315308 2 0.1282 0.6419 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR315309 4 0.2578 0.6417 0.044 0.004 0.024 0.908 0.020
#> SRR315310 4 0.2710 0.6307 0.044 0.004 0.040 0.900 0.012
#> SRR315311 4 0.2465 0.6401 0.044 0.004 0.028 0.912 0.012
#> SRR315312 4 0.2465 0.6401 0.044 0.004 0.028 0.912 0.012
#> SRR315313 2 0.5818 -0.1875 0.000 0.464 0.444 0.000 0.092
#> SRR315314 2 0.5717 0.0245 0.000 0.540 0.368 0.000 0.092
#> SRR315315 3 0.5285 0.5092 0.000 0.288 0.632 0.000 0.080
#> SRR315316 3 0.5265 0.5132 0.000 0.284 0.636 0.000 0.080
#> SRR315318 2 0.0290 0.6737 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR315319 5 0.7183 0.9407 0.000 0.396 0.172 0.036 0.396
#> SRR315320 5 0.7201 0.9504 0.000 0.380 0.176 0.036 0.408
#> SRR315321 5 0.7201 0.9504 0.000 0.380 0.176 0.036 0.408
#> SRR315322 5 0.7203 0.9497 0.000 0.388 0.176 0.036 0.400
#> SRR315323 3 0.5297 0.4222 0.000 0.060 0.640 0.008 0.292
#> SRR315324 3 0.5171 0.4321 0.000 0.060 0.664 0.008 0.268
#> SRR315325 3 0.5148 0.4339 0.000 0.060 0.668 0.008 0.264
#> SRR315326 3 0.5148 0.4339 0.000 0.060 0.668 0.008 0.264
#> SRR315327 3 0.5148 0.4339 0.000 0.060 0.668 0.008 0.264
#> SRR315328 3 0.5148 0.4339 0.000 0.060 0.668 0.008 0.264
#> SRR315329 3 0.5148 0.4339 0.000 0.060 0.668 0.008 0.264
#> SRR315330 3 0.5586 0.3231 0.004 0.004 0.624 0.288 0.080
#> SRR315331 3 0.5453 0.3545 0.004 0.004 0.644 0.272 0.076
#> SRR315332 3 0.6028 0.1122 0.008 0.004 0.520 0.388 0.080
#> SRR315333 3 0.6028 0.1122 0.008 0.004 0.520 0.388 0.080
#> SRR315334 3 0.5308 0.3852 0.004 0.004 0.664 0.256 0.072
#> SRR315335 3 0.5276 0.3863 0.004 0.004 0.664 0.260 0.068
#> SRR315336 4 0.3212 0.6157 0.044 0.004 0.076 0.868 0.008
#> SRR315337 4 0.3212 0.6157 0.044 0.004 0.076 0.868 0.008
#> SRR317035 2 0.5639 0.1888 0.000 0.648 0.044 0.044 0.264
#> SRR317036 4 0.8405 0.2824 0.012 0.184 0.144 0.416 0.244
#> SRR317037 4 0.8221 0.3101 0.012 0.176 0.112 0.424 0.276
#> SRR317038 4 0.8221 0.3101 0.012 0.176 0.112 0.424 0.276
#> SRR317039 4 0.8333 0.1671 0.004 0.220 0.136 0.388 0.252
#> SRR317040 4 0.8333 0.1671 0.004 0.220 0.136 0.388 0.252
#> SRR317041 5 0.7580 0.8641 0.000 0.360 0.172 0.068 0.400
#> SRR317042 4 0.3009 0.6347 0.052 0.008 0.000 0.876 0.064
#> SRR317043 4 0.3009 0.6347 0.052 0.008 0.000 0.876 0.064
#> SRR317044 2 0.2136 0.5901 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR317045 2 0.2136 0.5901 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR317046 2 0.7241 -0.9501 0.000 0.396 0.172 0.040 0.392
#> SRR317047 2 0.7241 -0.9501 0.000 0.396 0.172 0.040 0.392
#> SRR317048 4 0.7481 0.4815 0.004 0.068 0.168 0.496 0.264
#> SRR317049 4 0.7054 0.4434 0.004 0.016 0.284 0.472 0.224
#> SRR317050 4 0.7702 0.4574 0.008 0.080 0.176 0.492 0.244
#> SRR317051 4 0.7702 0.4574 0.008 0.080 0.176 0.492 0.244
#> SRR317052 4 0.5499 0.5633 0.052 0.068 0.004 0.720 0.156
#> SRR317053 4 0.5499 0.5633 0.052 0.068 0.004 0.720 0.156
#> SRR317054 4 0.8199 0.3193 0.012 0.172 0.112 0.428 0.276
#> SRR317055 4 0.8199 0.3193 0.012 0.172 0.112 0.428 0.276
#> SRR317056 4 0.8308 0.2976 0.004 0.124 0.220 0.376 0.276
#> SRR317057 4 0.8308 0.2976 0.004 0.124 0.220 0.376 0.276
#> SRR317059 1 0.8263 0.0444 0.404 0.108 0.008 0.232 0.248
#> SRR317060 1 0.4687 0.7982 0.756 0.000 0.008 0.116 0.120
#> SRR317061 1 0.4687 0.7982 0.756 0.000 0.008 0.116 0.120
#> SRR317062 2 0.8446 -0.5543 0.000 0.328 0.192 0.196 0.284
#> SRR317063 2 0.8442 -0.5539 0.000 0.332 0.192 0.196 0.280
#> SRR317064 2 0.0404 0.6711 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR317065 2 0.0566 0.6682 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR317066 2 0.4981 0.3546 0.000 0.704 0.044 0.020 0.232
#> SRR317067 2 0.4981 0.3546 0.000 0.704 0.044 0.020 0.232
#> SRR317068 2 0.5593 0.2079 0.000 0.648 0.044 0.040 0.268
#> SRR317069 2 0.5593 0.2079 0.000 0.648 0.044 0.040 0.268
#> SRR768413 4 0.3087 0.6153 0.044 0.004 0.076 0.872 0.004
#> SRR768414 4 0.3087 0.6153 0.044 0.004 0.076 0.872 0.004
#> SRR387661 4 0.3212 0.6157 0.044 0.004 0.076 0.868 0.008
#> SRR387662 4 0.3212 0.6157 0.044 0.004 0.076 0.868 0.008
#> SRR768411 1 0.4795 0.8081 0.752 0.000 0.012 0.116 0.120
#> SRR768412 1 0.4795 0.8081 0.752 0.000 0.012 0.116 0.120
#> SRR534289 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.5359 0.4929 0.000 0.304 0.616 0.000 0.080
#> SRR534292 3 0.5359 0.4929 0.000 0.304 0.616 0.000 0.080
#> SRR534293 3 0.5981 0.1210 0.008 0.004 0.524 0.388 0.076
#> SRR534294 3 0.5981 0.1210 0.008 0.004 0.524 0.388 0.076
#> SRR534295 3 0.3266 0.5430 0.000 0.008 0.852 0.108 0.032
#> SRR534296 3 0.3266 0.5430 0.000 0.008 0.852 0.108 0.032
#> SRR534297 3 0.4511 0.5103 0.004 0.008 0.772 0.148 0.068
#> SRR534298 3 0.4511 0.5103 0.004 0.008 0.772 0.148 0.068
#> SRR534299 3 0.6430 0.5054 0.004 0.280 0.580 0.028 0.108
#> SRR534300 3 0.6502 0.4880 0.004 0.296 0.560 0.024 0.116
#> SRR534301 3 0.5359 0.4929 0.000 0.304 0.616 0.000 0.080
#> SRR534302 3 0.5359 0.4929 0.000 0.304 0.616 0.000 0.080
#> SRR534303 3 0.6374 0.5152 0.004 0.268 0.592 0.028 0.108
#> SRR534304 3 0.6393 0.5123 0.004 0.272 0.588 0.028 0.108
#> SRR534305 3 0.5336 0.5092 0.000 0.288 0.628 0.000 0.084
#> SRR534306 3 0.5433 0.5085 0.000 0.288 0.620 0.000 0.092
#> SRR534307 3 0.4862 0.4432 0.004 0.004 0.712 0.224 0.056
#> SRR534308 3 0.4862 0.4432 0.004 0.004 0.712 0.224 0.056
#> SRR534309 3 0.5265 0.5132 0.000 0.284 0.636 0.000 0.080
#> SRR534310 3 0.5265 0.5132 0.000 0.284 0.636 0.000 0.080
#> SRR534311 1 0.0290 0.8648 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR534312 1 0.0290 0.8648 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR534313 1 0.0290 0.8648 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR534314 1 0.0290 0.8648 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR534315 1 0.0290 0.8648 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR534316 1 0.0290 0.8648 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR534317 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534318 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.2233 0.8636 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR534320 1 0.2233 0.8636 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR534321 1 0.2233 0.8636 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR534322 1 0.2233 0.8636 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR534323 1 0.2233 0.8636 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR534324 1 0.2233 0.8636 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR534325 1 0.0566 0.8651 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR534326 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534327 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534328 1 0.2694 0.8491 0.864 0.004 0.000 0.004 0.128
#> SRR534329 1 0.2694 0.8491 0.864 0.004 0.000 0.004 0.128
#> SRR534330 1 0.2694 0.8491 0.864 0.004 0.000 0.004 0.128
#> SRR534331 1 0.2694 0.8491 0.864 0.004 0.000 0.004 0.128
#> SRR534332 1 0.2694 0.8491 0.864 0.004 0.000 0.004 0.128
#> SRR534333 1 0.2694 0.8491 0.864 0.004 0.000 0.004 0.128
#> SRR534334 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545685 2 0.5370 -0.0791 0.000 0.680 0.136 0.004 0.180
#> SRR545686 2 0.6298 -0.2284 0.000 0.636 0.136 0.048 0.180
#> SRR545687 1 0.4641 0.8005 0.760 0.000 0.008 0.116 0.116
#> SRR545688 1 0.4641 0.8005 0.760 0.000 0.008 0.116 0.116
#> SRR545689 1 0.2389 0.8523 0.880 0.004 0.000 0.000 0.116
#> SRR545690 1 0.2389 0.8523 0.880 0.004 0.000 0.000 0.116
#> SRR545691 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545692 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545693 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545694 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.3239 0.8454 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR545696 1 0.3239 0.8454 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR545697 1 0.3239 0.8454 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR545698 1 0.3239 0.8454 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR545699 1 0.3239 0.8454 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR545700 1 0.3239 0.8454 0.828 0.000 0.004 0.012 0.156
#> SRR545701 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545702 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545703 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545704 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545705 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545706 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545707 2 0.4774 0.3970 0.000 0.732 0.044 0.020 0.204
#> SRR545708 2 0.4742 0.4021 0.000 0.736 0.044 0.020 0.200
#> SRR545709 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0162 0.6770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545711 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.5222 0.2328 0.000 0.744 0.088 0.056 0.112
#> SRR545714 2 0.5422 0.1861 0.000 0.728 0.088 0.060 0.124
#> SRR545715 2 0.5422 0.1861 0.000 0.728 0.088 0.060 0.124
#> SRR545716 2 0.5306 0.2162 0.000 0.736 0.084 0.056 0.124
#> SRR545717 2 0.4774 0.3970 0.000 0.732 0.044 0.020 0.204
#> SRR545718 2 0.4742 0.4021 0.000 0.736 0.044 0.020 0.200
#> SRR545719 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0162 0.6748 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.6771 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.6610 -0.6440 0.000 0.520 0.164 0.016 0.300
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.5272 0.7219 0.684 0.000 0.004 0.036 0.116 0.160
#> SRR307898 1 0.5623 0.7235 0.648 0.000 0.004 0.040 0.144 0.164
#> SRR307899 1 0.5623 0.7235 0.648 0.000 0.004 0.040 0.144 0.164
#> SRR307900 1 0.5623 0.7235 0.648 0.000 0.004 0.040 0.144 0.164
#> SRR307901 3 0.3595 0.5972 0.000 0.288 0.704 0.000 0.008 0.000
#> SRR307902 3 0.3575 0.6023 0.000 0.284 0.708 0.000 0.008 0.000
#> SRR307903 3 0.3575 0.6023 0.000 0.284 0.708 0.000 0.008 0.000
#> SRR307904 3 0.2871 0.6597 0.000 0.192 0.804 0.000 0.004 0.000
#> SRR307905 3 0.4600 0.5844 0.000 0.068 0.764 0.016 0.116 0.036
#> SRR307906 3 0.4600 0.5844 0.000 0.068 0.764 0.016 0.116 0.036
#> SRR307907 3 0.5678 -0.0552 0.000 0.000 0.476 0.420 0.072 0.032
#> SRR307908 3 0.5678 -0.0552 0.000 0.000 0.476 0.420 0.072 0.032
#> SRR307909 3 0.5944 0.5207 0.000 0.064 0.644 0.024 0.188 0.080
#> SRR307910 3 0.5944 0.5207 0.000 0.064 0.644 0.024 0.188 0.080
#> SRR307911 4 0.6065 0.2464 0.000 0.000 0.420 0.444 0.052 0.084
#> SRR307912 4 0.6065 0.2464 0.000 0.000 0.420 0.444 0.052 0.084
#> SRR307913 4 0.5093 0.3760 0.000 0.028 0.024 0.724 0.100 0.124
#> SRR307914 4 0.4449 0.4339 0.000 0.008 0.032 0.744 0.036 0.180
#> SRR307915 4 0.6918 0.3874 0.000 0.000 0.140 0.488 0.140 0.232
#> SRR307916 4 0.6918 0.3874 0.000 0.000 0.140 0.488 0.140 0.232
#> SRR307917 3 0.4600 0.5844 0.000 0.068 0.764 0.016 0.116 0.036
#> SRR307918 3 0.4600 0.5844 0.000 0.068 0.764 0.016 0.116 0.036
#> SRR307919 4 0.6065 0.2464 0.000 0.000 0.420 0.444 0.052 0.084
#> SRR307920 3 0.6126 0.2968 0.000 0.000 0.472 0.184 0.328 0.016
#> SRR307921 1 0.5304 0.7217 0.684 0.000 0.004 0.040 0.116 0.156
#> SRR307922 1 0.5304 0.7217 0.684 0.000 0.004 0.040 0.116 0.156
#> SRR307923 4 0.5599 0.1498 0.000 0.160 0.008 0.668 0.056 0.108
#> SRR307924 4 0.5394 0.2134 0.000 0.136 0.008 0.692 0.056 0.108
#> SRR307925 4 0.6879 0.3204 0.000 0.000 0.328 0.428 0.088 0.156
#> SRR307926 4 0.6731 0.4623 0.000 0.000 0.232 0.512 0.112 0.144
#> SRR307927 4 0.6731 0.4623 0.000 0.000 0.232 0.512 0.112 0.144
#> SRR307928 4 0.6731 0.4623 0.000 0.000 0.232 0.512 0.112 0.144
#> SRR307929 4 0.6731 0.4623 0.000 0.000 0.232 0.512 0.112 0.144
#> SRR307930 6 0.4023 0.8441 0.040 0.000 0.000 0.200 0.012 0.748
#> SRR307931 6 0.4023 0.8441 0.040 0.000 0.000 0.200 0.012 0.748
#> SRR307932 3 0.2778 0.6676 0.000 0.168 0.824 0.000 0.008 0.000
#> SRR307933 3 0.3672 0.5763 0.000 0.304 0.688 0.000 0.008 0.000
#> SRR315297 1 0.5554 0.7242 0.648 0.000 0.004 0.032 0.144 0.172
#> SRR315298 1 0.5554 0.7242 0.648 0.000 0.004 0.032 0.144 0.172
#> SRR315299 6 0.2776 0.8847 0.032 0.000 0.000 0.104 0.004 0.860
#> SRR315300 6 0.2776 0.8847 0.032 0.000 0.000 0.104 0.004 0.860
#> SRR315301 4 0.6222 0.3855 0.000 0.000 0.312 0.520 0.064 0.104
#> SRR315302 4 0.6279 0.3811 0.000 0.000 0.316 0.512 0.068 0.104
#> SRR315303 2 0.1180 0.8143 0.000 0.960 0.004 0.008 0.024 0.004
#> SRR315304 2 0.1180 0.8143 0.000 0.960 0.004 0.008 0.024 0.004
#> SRR315305 6 0.2887 0.8974 0.036 0.000 0.000 0.120 0.000 0.844
#> SRR315306 6 0.2843 0.8962 0.036 0.000 0.000 0.116 0.000 0.848
#> SRR315307 2 0.2082 0.7816 0.000 0.916 0.004 0.040 0.036 0.004
#> SRR315308 2 0.2082 0.7816 0.000 0.916 0.004 0.040 0.036 0.004
#> SRR315309 6 0.2843 0.8962 0.036 0.000 0.000 0.116 0.000 0.848
#> SRR315310 6 0.2776 0.8938 0.032 0.000 0.000 0.104 0.004 0.860
#> SRR315311 6 0.2887 0.8974 0.036 0.000 0.000 0.120 0.000 0.844
#> SRR315312 6 0.2887 0.8974 0.036 0.000 0.000 0.120 0.000 0.844
#> SRR315313 3 0.3575 0.6023 0.000 0.284 0.708 0.000 0.008 0.000
#> SRR315314 3 0.3899 0.4934 0.000 0.364 0.628 0.000 0.008 0.000
#> SRR315315 3 0.2737 0.6696 0.000 0.160 0.832 0.004 0.004 0.000
#> SRR315316 3 0.2737 0.6696 0.000 0.160 0.832 0.004 0.004 0.000
#> SRR315318 2 0.1180 0.8143 0.000 0.960 0.004 0.008 0.024 0.004
#> SRR315319 5 0.6976 0.9944 0.000 0.288 0.056 0.308 0.348 0.000
#> SRR315320 5 0.6976 0.9944 0.000 0.288 0.056 0.308 0.348 0.000
#> SRR315321 5 0.6976 0.9944 0.000 0.288 0.056 0.308 0.348 0.000
#> SRR315322 5 0.6976 0.9944 0.000 0.288 0.056 0.308 0.348 0.000
#> SRR315323 3 0.6191 0.2549 0.000 0.000 0.424 0.184 0.376 0.016
#> SRR315324 3 0.6141 0.2896 0.000 0.000 0.464 0.184 0.336 0.016
#> SRR315325 3 0.6126 0.2968 0.000 0.000 0.472 0.184 0.328 0.016
#> SRR315326 3 0.6126 0.2968 0.000 0.000 0.472 0.184 0.328 0.016
#> SRR315327 3 0.6126 0.2968 0.000 0.000 0.472 0.184 0.328 0.016
#> SRR315328 3 0.6126 0.2968 0.000 0.000 0.472 0.184 0.328 0.016
#> SRR315329 3 0.6126 0.2968 0.000 0.000 0.472 0.184 0.328 0.016
#> SRR315330 4 0.6254 0.4517 0.000 0.000 0.256 0.544 0.056 0.144
#> SRR315331 4 0.6369 0.4320 0.000 0.000 0.276 0.524 0.064 0.136
#> SRR315332 4 0.6922 0.4566 0.000 0.000 0.184 0.472 0.100 0.244
#> SRR315333 4 0.6922 0.4566 0.000 0.000 0.184 0.472 0.100 0.244
#> SRR315334 4 0.6387 0.4062 0.000 0.000 0.300 0.508 0.064 0.128
#> SRR315335 4 0.6476 0.4044 0.000 0.000 0.300 0.500 0.072 0.128
#> SRR315336 6 0.2858 0.8852 0.032 0.000 0.000 0.124 0.000 0.844
#> SRR315337 6 0.2858 0.8852 0.032 0.000 0.000 0.124 0.000 0.844
#> SRR317035 2 0.6606 0.3899 0.000 0.600 0.080 0.116 0.164 0.040
#> SRR317036 4 0.6194 0.1457 0.008 0.172 0.000 0.600 0.060 0.160
#> SRR317037 4 0.6658 0.2382 0.008 0.116 0.020 0.604 0.120 0.132
#> SRR317038 4 0.6658 0.2382 0.008 0.116 0.020 0.604 0.120 0.132
#> SRR317039 4 0.6188 0.0641 0.008 0.192 0.004 0.608 0.056 0.132
#> SRR317040 4 0.6214 0.0510 0.008 0.196 0.004 0.604 0.056 0.132
#> SRR317041 4 0.7050 -0.9123 0.004 0.288 0.040 0.344 0.320 0.004
#> SRR317042 6 0.4167 0.8379 0.044 0.004 0.000 0.192 0.012 0.748
#> SRR317043 6 0.4167 0.8379 0.044 0.004 0.000 0.192 0.012 0.748
#> SRR317044 2 0.2917 0.7432 0.000 0.868 0.004 0.076 0.040 0.012
#> SRR317045 2 0.2917 0.7432 0.000 0.868 0.004 0.076 0.040 0.012
#> SRR317046 5 0.6974 0.9888 0.000 0.292 0.056 0.300 0.352 0.000
#> SRR317047 5 0.6974 0.9888 0.000 0.292 0.056 0.300 0.352 0.000
#> SRR317048 4 0.5086 0.3744 0.000 0.032 0.020 0.724 0.100 0.124
#> SRR317049 4 0.4449 0.4339 0.000 0.008 0.032 0.744 0.036 0.180
#> SRR317050 4 0.5302 0.3597 0.008 0.064 0.000 0.680 0.052 0.196
#> SRR317051 4 0.5302 0.3597 0.008 0.064 0.000 0.680 0.052 0.196
#> SRR317052 6 0.5692 0.6549 0.044 0.032 0.000 0.272 0.036 0.616
#> SRR317053 6 0.5692 0.6549 0.044 0.032 0.000 0.272 0.036 0.616
#> SRR317054 4 0.6621 0.2463 0.008 0.112 0.020 0.608 0.120 0.132
#> SRR317055 4 0.6621 0.2463 0.008 0.112 0.020 0.608 0.120 0.132
#> SRR317056 4 0.4438 0.3063 0.000 0.092 0.004 0.772 0.048 0.084
#> SRR317057 4 0.4438 0.3063 0.000 0.092 0.004 0.772 0.048 0.084
#> SRR317059 1 0.8143 0.2246 0.404 0.080 0.004 0.252 0.096 0.164
#> SRR317060 1 0.5304 0.7217 0.684 0.000 0.004 0.040 0.116 0.156
#> SRR317061 1 0.5304 0.7217 0.684 0.000 0.004 0.040 0.116 0.156
#> SRR317062 4 0.5250 -0.1912 0.000 0.244 0.008 0.652 0.072 0.024
#> SRR317063 4 0.5250 -0.1912 0.000 0.244 0.008 0.652 0.072 0.024
#> SRR317064 2 0.1180 0.8143 0.000 0.960 0.004 0.008 0.024 0.004
#> SRR317065 2 0.1180 0.8143 0.000 0.960 0.004 0.008 0.024 0.004
#> SRR317066 2 0.6347 0.4768 0.000 0.628 0.096 0.072 0.160 0.044
#> SRR317067 2 0.6347 0.4768 0.000 0.628 0.096 0.072 0.160 0.044
#> SRR317068 2 0.6625 0.4075 0.000 0.600 0.084 0.104 0.168 0.044
#> SRR317069 2 0.6625 0.4075 0.000 0.600 0.084 0.104 0.168 0.044
#> SRR768413 6 0.2771 0.8865 0.032 0.000 0.000 0.116 0.000 0.852
#> SRR768414 6 0.2771 0.8865 0.032 0.000 0.000 0.116 0.000 0.852
#> SRR387661 6 0.2858 0.8852 0.032 0.000 0.000 0.124 0.000 0.844
#> SRR387662 6 0.2815 0.8863 0.032 0.000 0.000 0.120 0.000 0.848
#> SRR768411 1 0.5494 0.7274 0.656 0.000 0.004 0.032 0.144 0.164
#> SRR768412 1 0.5494 0.7274 0.656 0.000 0.004 0.032 0.144 0.164
#> SRR534289 2 0.0291 0.8311 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR534290 2 0.0291 0.8311 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR534291 3 0.2595 0.6698 0.000 0.160 0.836 0.000 0.000 0.004
#> SRR534292 3 0.2595 0.6698 0.000 0.160 0.836 0.000 0.000 0.004
#> SRR534293 4 0.6862 0.4631 0.000 0.000 0.192 0.480 0.092 0.236
#> SRR534294 4 0.6862 0.4631 0.000 0.000 0.192 0.480 0.092 0.236
#> SRR534295 3 0.5905 -0.0429 0.000 0.000 0.492 0.384 0.076 0.048
#> SRR534296 3 0.5905 -0.0429 0.000 0.000 0.492 0.384 0.076 0.048
#> SRR534297 3 0.6806 -0.1535 0.000 0.000 0.404 0.376 0.112 0.108
#> SRR534298 3 0.6745 -0.1409 0.000 0.000 0.412 0.376 0.112 0.100
#> SRR534299 3 0.5146 0.6277 0.000 0.156 0.712 0.012 0.064 0.056
#> SRR534300 3 0.4832 0.6387 0.000 0.160 0.732 0.012 0.052 0.044
#> SRR534301 3 0.2595 0.6698 0.000 0.160 0.836 0.000 0.000 0.004
#> SRR534302 3 0.2595 0.6698 0.000 0.160 0.836 0.000 0.000 0.004
#> SRR534303 3 0.5108 0.6305 0.000 0.152 0.716 0.012 0.068 0.052
#> SRR534304 3 0.5082 0.6318 0.000 0.156 0.716 0.012 0.068 0.048
#> SRR534305 3 0.2848 0.6694 0.000 0.160 0.828 0.004 0.008 0.000
#> SRR534306 3 0.2848 0.6694 0.000 0.160 0.828 0.004 0.008 0.000
#> SRR534307 4 0.6273 0.3649 0.000 0.000 0.332 0.500 0.064 0.104
#> SRR534308 4 0.6273 0.3649 0.000 0.000 0.332 0.500 0.064 0.104
#> SRR534309 3 0.2737 0.6696 0.000 0.160 0.832 0.004 0.004 0.000
#> SRR534310 3 0.2737 0.6696 0.000 0.160 0.832 0.004 0.004 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.8203 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.2455 0.8141 0.872 0.000 0.000 0.004 0.112 0.012
#> SRR534320 1 0.2455 0.8141 0.872 0.000 0.000 0.004 0.112 0.012
#> SRR534321 1 0.2455 0.8141 0.872 0.000 0.000 0.004 0.112 0.012
#> SRR534322 1 0.2455 0.8141 0.872 0.000 0.000 0.004 0.112 0.012
#> SRR534323 1 0.2455 0.8141 0.872 0.000 0.000 0.004 0.112 0.012
#> SRR534324 1 0.2455 0.8141 0.872 0.000 0.000 0.004 0.112 0.012
#> SRR534325 1 0.0520 0.8205 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR534326 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.2883 0.8028 0.844 0.000 0.000 0.012 0.132 0.012
#> SRR534329 1 0.2883 0.8028 0.844 0.000 0.000 0.012 0.132 0.012
#> SRR534330 1 0.2883 0.8028 0.844 0.000 0.000 0.012 0.132 0.012
#> SRR534331 1 0.2883 0.8028 0.844 0.000 0.000 0.012 0.132 0.012
#> SRR534332 1 0.2883 0.8028 0.844 0.000 0.000 0.012 0.132 0.012
#> SRR534333 1 0.2883 0.8028 0.844 0.000 0.000 0.012 0.132 0.012
#> SRR534334 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.5054 0.3368 0.000 0.696 0.036 0.160 0.108 0.000
#> SRR545686 2 0.5249 0.1712 0.000 0.636 0.024 0.264 0.072 0.004
#> SRR545687 1 0.5239 0.7243 0.688 0.000 0.004 0.036 0.116 0.156
#> SRR545688 1 0.5239 0.7243 0.688 0.000 0.004 0.036 0.116 0.156
#> SRR545689 1 0.2755 0.8053 0.856 0.000 0.000 0.012 0.120 0.012
#> SRR545690 1 0.2755 0.8053 0.856 0.000 0.000 0.012 0.120 0.012
#> SRR545691 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.3348 0.7916 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR545696 1 0.3348 0.7916 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR545697 1 0.3348 0.7916 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR545698 1 0.3348 0.7916 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR545699 1 0.3348 0.7916 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR545700 1 0.3348 0.7916 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR545701 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.5749 0.5404 0.000 0.680 0.088 0.044 0.144 0.044
#> SRR545708 2 0.5703 0.5394 0.000 0.684 0.084 0.044 0.144 0.044
#> SRR545709 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0146 0.8318 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.3511 0.6038 0.000 0.796 0.008 0.172 0.012 0.012
#> SRR545714 2 0.3611 0.5846 0.000 0.784 0.008 0.184 0.012 0.012
#> SRR545715 2 0.3611 0.5846 0.000 0.784 0.008 0.184 0.012 0.012
#> SRR545716 2 0.3481 0.6014 0.000 0.792 0.008 0.180 0.012 0.008
#> SRR545717 2 0.5749 0.5404 0.000 0.680 0.088 0.044 0.144 0.044
#> SRR545718 2 0.5749 0.5404 0.000 0.680 0.088 0.044 0.144 0.044
#> SRR545719 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0146 0.8298 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0146 0.8298 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.6790 -0.7462 0.000 0.412 0.056 0.204 0.328 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.522 0.842 0.906 0.5022 0.499 0.499
#> 3 3 0.615 0.766 0.871 0.3186 0.665 0.425
#> 4 4 0.775 0.861 0.917 0.1226 0.849 0.588
#> 5 5 0.720 0.660 0.788 0.0568 0.913 0.682
#> 6 6 0.784 0.629 0.769 0.0405 0.901 0.591
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.6438 0.8878 0.836 0.164
#> SRR307898 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307899 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307900 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307901 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.9775 -0.1095 0.412 0.588
#> SRR307912 2 0.9775 -0.1095 0.412 0.588
#> SRR307913 1 0.6801 0.8910 0.820 0.180
#> SRR307914 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307915 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307916 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307917 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.9775 -0.1095 0.412 0.588
#> SRR307920 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR307923 2 0.7219 0.8807 0.200 0.800
#> SRR307924 2 0.7219 0.8807 0.200 0.800
#> SRR307925 1 0.9710 0.6316 0.600 0.400
#> SRR307926 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307927 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307928 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307929 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR307930 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR307931 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0672 0.8290 0.008 0.992
#> SRR315297 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315298 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315299 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315300 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315301 1 0.8081 0.8516 0.752 0.248
#> SRR315302 1 0.8081 0.8516 0.752 0.248
#> SRR315303 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315304 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315305 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315306 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315307 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315308 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315309 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315310 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315311 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315312 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315313 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.5519 0.8650 0.128 0.872
#> SRR315315 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315319 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315320 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315321 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315322 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR315323 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR315330 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315331 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315332 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315333 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315334 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315335 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315336 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR315337 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR317035 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317036 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317037 1 0.0376 0.8460 0.996 0.004
#> SRR317038 1 0.0376 0.8460 0.996 0.004
#> SRR317039 1 0.0376 0.8460 0.996 0.004
#> SRR317040 1 0.0376 0.8460 0.996 0.004
#> SRR317041 2 0.7219 0.8806 0.200 0.800
#> SRR317042 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317045 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317046 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317047 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317048 1 0.1414 0.8543 0.980 0.020
#> SRR317049 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR317050 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317051 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317052 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317054 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317055 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317056 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317057 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317059 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317063 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317064 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317065 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317066 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317067 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317068 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR317069 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR768413 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR768414 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR387661 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR387662 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR768411 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR768412 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534289 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR534290 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR534291 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534293 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534294 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534295 2 0.3114 0.7755 0.056 0.944
#> SRR534296 2 0.3114 0.7755 0.056 0.944
#> SRR534297 2 0.9732 -0.0786 0.404 0.596
#> SRR534298 2 0.9732 -0.0786 0.404 0.596
#> SRR534299 2 0.0376 0.8234 0.004 0.996
#> SRR534300 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0376 0.8234 0.004 0.996
#> SRR534304 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534307 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534308 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534309 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR534318 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR534319 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534320 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534321 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534322 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534323 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534324 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR534325 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR534327 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR534328 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR534335 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545685 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545686 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545687 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.8493 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545692 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545693 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545694 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545695 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR545696 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR545697 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR545698 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR545699 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR545700 1 0.7139 0.8937 0.804 0.196
#> SRR545701 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545702 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545703 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545704 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545705 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545706 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545707 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545708 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545709 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545710 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545711 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545712 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545713 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545714 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545715 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545716 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545717 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545718 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545719 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545720 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545721 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545722 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
#> SRR545723 2 0.7139 0.8833 0.196 0.804
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307902 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307903 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307904 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307905 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307906 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307907 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307908 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307909 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307910 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307911 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307912 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307913 3 0.489 0.435 0.000 0.228 0.772
#> SRR307914 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307915 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307916 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307917 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307918 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307919 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307920 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR307921 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR307924 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR307925 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307927 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307928 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307929 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR307930 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR307931 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR307932 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR307933 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR315297 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315300 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315301 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315306 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315307 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315310 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315311 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315312 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR315313 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR315314 3 0.617 0.631 0.000 0.412 0.588
#> SRR315315 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR315316 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR315318 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.489 0.684 0.000 0.772 0.228
#> SRR315320 2 0.489 0.684 0.000 0.772 0.228
#> SRR315321 2 0.489 0.684 0.000 0.772 0.228
#> SRR315322 2 0.489 0.684 0.000 0.772 0.228
#> SRR315323 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR315324 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR315325 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR315326 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR315327 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR315328 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR315329 3 0.424 0.708 0.000 0.176 0.824
#> SRR315330 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315332 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR315336 1 0.562 0.696 0.692 0.000 0.308
#> SRR315337 1 0.562 0.696 0.692 0.000 0.308
#> SRR317035 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317037 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317038 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317039 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317040 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317041 2 0.493 0.681 0.000 0.768 0.232
#> SRR317042 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR317043 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR317044 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.489 0.684 0.000 0.772 0.228
#> SRR317047 2 0.489 0.684 0.000 0.772 0.228
#> SRR317048 3 0.627 -0.245 0.000 0.456 0.544
#> SRR317049 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR317050 2 0.799 0.442 0.064 0.532 0.404
#> SRR317051 2 0.799 0.442 0.064 0.532 0.404
#> SRR317052 1 0.782 0.697 0.672 0.152 0.176
#> SRR317053 1 0.782 0.697 0.672 0.152 0.176
#> SRR317054 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317055 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317056 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317057 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317059 1 0.355 0.814 0.868 0.132 0.000
#> SRR317060 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317063 2 0.614 0.516 0.000 0.596 0.404
#> SRR317064 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR768414 1 0.424 0.845 0.824 0.000 0.176
#> SRR387661 1 0.562 0.696 0.692 0.000 0.308
#> SRR387662 1 0.562 0.696 0.692 0.000 0.308
#> SRR768411 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534292 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534293 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534296 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534297 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534298 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534299 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534300 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534301 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534302 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534303 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534304 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534305 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534306 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534307 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.000 0.736 0.000 0.000 1.000
#> SRR534309 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534310 3 0.614 0.643 0.000 0.404 0.596
#> SRR534311 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.394 0.740 0.000 0.844 0.156
#> SRR545686 2 0.400 0.737 0.000 0.840 0.160
#> SRR545687 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.000 0.927 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.484 0.688 0.000 0.776 0.224
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.4072 0.8018 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR307902 3 0.4072 0.8018 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR307903 3 0.4072 0.8018 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR307904 3 0.3975 0.8130 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR307905 3 0.3764 0.8259 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR307906 3 0.3764 0.8259 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR307907 3 0.0188 0.7795 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR307908 3 0.0188 0.7795 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR307909 3 0.3764 0.8259 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR307910 3 0.3764 0.8259 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR307911 3 0.2408 0.7561 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR307912 3 0.2408 0.7561 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR307913 4 0.0592 0.8881 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR307914 4 0.3486 0.7956 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR307915 4 0.1302 0.8832 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR307916 4 0.1302 0.8832 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR307917 3 0.3764 0.8259 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR307918 3 0.3764 0.8259 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR307919 3 0.2408 0.7561 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR307920 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 4 0.1510 0.8847 0.000 0.016 0.028 0.956
#> SRR307924 4 0.1109 0.8872 0.000 0.004 0.028 0.968
#> SRR307925 3 0.3649 0.6580 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR307926 4 0.4605 0.5183 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR307927 4 0.4605 0.5183 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR307928 4 0.4605 0.5183 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR307929 4 0.4605 0.5183 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR307930 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR307931 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR307932 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR307933 3 0.4040 0.8051 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR315300 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR315301 3 0.3219 0.6380 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR315302 3 0.3219 0.6380 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR315303 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR315306 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR315307 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR315310 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR315311 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR315312 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR315313 3 0.4072 0.8018 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR315314 3 0.4624 0.6768 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR315315 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR315316 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.4353 0.7378 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR315320 2 0.4353 0.7378 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR315321 2 0.4353 0.7378 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR315322 2 0.4353 0.7378 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR315323 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315324 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315325 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315326 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315327 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315328 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315329 3 0.0469 0.7868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315330 3 0.4925 -0.0614 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR315331 3 0.4898 -0.0266 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR315332 4 0.4624 0.6362 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR315333 4 0.4624 0.6362 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR315334 3 0.3444 0.6108 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR315335 3 0.3444 0.6108 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR315336 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR315337 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR317035 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR317036 4 0.2976 0.8146 0.000 0.120 0.008 0.872
#> SRR317037 4 0.3597 0.7871 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR317038 4 0.3547 0.7912 0.000 0.144 0.016 0.840
#> SRR317039 4 0.1059 0.8865 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR317040 4 0.3161 0.8112 0.000 0.124 0.012 0.864
#> SRR317041 2 0.4644 0.7263 0.000 0.748 0.228 0.024
#> SRR317042 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR317043 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR317044 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.4353 0.7378 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR317047 2 0.4353 0.7378 0.000 0.756 0.232 0.012
#> SRR317048 4 0.0592 0.8881 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317049 4 0.3486 0.7956 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR317050 4 0.2760 0.8382 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR317051 4 0.2760 0.8382 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR317052 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR317053 4 0.0336 0.8907 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR317054 4 0.2060 0.8677 0.000 0.052 0.016 0.932
#> SRR317055 4 0.1888 0.8727 0.000 0.044 0.016 0.940
#> SRR317056 4 0.3649 0.7829 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR317057 4 0.3649 0.7829 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR317059 1 0.0469 0.9879 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR317060 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.5022 0.7108 0.000 0.736 0.220 0.044
#> SRR317063 2 0.5022 0.7108 0.000 0.736 0.220 0.044
#> SRR317064 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR317067 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR317068 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR317069 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR768413 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR768414 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR387661 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR387662 4 0.0672 0.8906 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR768411 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534292 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534293 4 0.4643 0.6316 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR534294 4 0.4643 0.6316 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR534295 3 0.0188 0.7795 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR534296 3 0.0188 0.7795 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR534297 3 0.0188 0.7795 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR534298 3 0.0188 0.7795 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR534299 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534300 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534301 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534302 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534303 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534304 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534305 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534306 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534307 3 0.3123 0.6489 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR534308 3 0.3123 0.6489 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR534309 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534310 3 0.3837 0.8252 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3583 0.7896 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR545686 2 0.3402 0.8003 0.000 0.832 0.164 0.004
#> SRR545687 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR545708 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0336 0.9363 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR545715 2 0.0336 0.9363 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR545716 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR545718 2 0.0336 0.9377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9412 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.4088 0.7431 0.000 0.764 0.232 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.3895 0.6046 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.3857 0.6128 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.3857 0.6128 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.3305 0.6745 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.2497 0.6582 0.000 0.112 0.880 0.004 0.004
#> SRR307906 3 0.2497 0.6582 0.000 0.112 0.880 0.004 0.004
#> SRR307907 3 0.5243 0.3507 0.000 0.000 0.540 0.048 0.412
#> SRR307908 3 0.5243 0.3507 0.000 0.000 0.540 0.048 0.412
#> SRR307909 3 0.4403 0.6178 0.000 0.112 0.784 0.092 0.012
#> SRR307910 3 0.4403 0.6178 0.000 0.112 0.784 0.092 0.012
#> SRR307911 3 0.6102 0.3257 0.000 0.000 0.560 0.176 0.264
#> SRR307912 3 0.6203 0.3125 0.000 0.000 0.544 0.188 0.268
#> SRR307913 5 0.4318 0.2428 0.000 0.000 0.020 0.292 0.688
#> SRR307914 5 0.3424 0.3526 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR307915 4 0.5916 0.0507 0.000 0.000 0.120 0.544 0.336
#> SRR307916 4 0.5916 0.0507 0.000 0.000 0.120 0.544 0.336
#> SRR307917 3 0.2497 0.6582 0.000 0.112 0.880 0.004 0.004
#> SRR307918 3 0.2497 0.6582 0.000 0.112 0.880 0.004 0.004
#> SRR307919 3 0.6102 0.3257 0.000 0.000 0.560 0.176 0.264
#> SRR307920 3 0.4220 0.4636 0.000 0.004 0.688 0.008 0.300
#> SRR307921 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 5 0.4518 0.2018 0.000 0.004 0.016 0.320 0.660
#> SRR307924 5 0.4366 0.2000 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR307925 3 0.6678 0.1666 0.000 0.000 0.436 0.300 0.264
#> SRR307926 5 0.6824 0.1341 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340
#> SRR307927 5 0.6824 0.1341 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340
#> SRR307928 3 0.6824 -0.1735 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340
#> SRR307929 5 0.6824 0.1341 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340
#> SRR307930 4 0.3282 0.6921 0.008 0.000 0.000 0.804 0.188
#> SRR307931 4 0.3282 0.6921 0.008 0.000 0.000 0.804 0.188
#> SRR307932 3 0.3210 0.6801 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.3895 0.6046 0.000 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0451 0.8034 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR315300 4 0.0451 0.8034 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR315301 5 0.6244 -0.1385 0.000 0.000 0.412 0.144 0.444
#> SRR315302 5 0.6244 -0.1385 0.000 0.000 0.412 0.144 0.444
#> SRR315303 2 0.1043 0.9227 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR315304 2 0.1043 0.9227 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR315305 4 0.1408 0.8097 0.008 0.000 0.000 0.948 0.044
#> SRR315306 4 0.1484 0.8078 0.008 0.000 0.000 0.944 0.048
#> SRR315307 2 0.1341 0.9139 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR315308 2 0.1410 0.9116 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR315309 4 0.1484 0.8078 0.008 0.000 0.000 0.944 0.048
#> SRR315310 4 0.1251 0.8102 0.008 0.000 0.000 0.956 0.036
#> SRR315311 4 0.1408 0.8097 0.008 0.000 0.000 0.948 0.044
#> SRR315312 4 0.1408 0.8097 0.008 0.000 0.000 0.948 0.044
#> SRR315313 3 0.3857 0.6128 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.4283 0.3286 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.1043 0.9227 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR315319 5 0.5475 0.3530 0.000 0.232 0.124 0.000 0.644
#> SRR315320 5 0.5475 0.3530 0.000 0.232 0.124 0.000 0.644
#> SRR315321 5 0.5450 0.3547 0.000 0.228 0.124 0.000 0.648
#> SRR315322 5 0.5475 0.3530 0.000 0.232 0.124 0.000 0.644
#> SRR315323 3 0.4280 0.4564 0.000 0.004 0.676 0.008 0.312
#> SRR315324 3 0.4260 0.4585 0.000 0.004 0.680 0.008 0.308
#> SRR315325 3 0.4240 0.4603 0.000 0.004 0.684 0.008 0.304
#> SRR315326 3 0.4240 0.4603 0.000 0.004 0.684 0.008 0.304
#> SRR315327 3 0.4240 0.4603 0.000 0.004 0.684 0.008 0.304
#> SRR315328 3 0.4240 0.4603 0.000 0.004 0.684 0.008 0.304
#> SRR315329 3 0.4240 0.4603 0.000 0.004 0.684 0.008 0.304
#> SRR315330 5 0.6553 0.1185 0.000 0.000 0.292 0.236 0.472
#> SRR315331 5 0.6545 0.0126 0.000 0.000 0.344 0.208 0.448
#> SRR315332 5 0.6188 0.1882 0.000 0.000 0.136 0.416 0.448
#> SRR315333 5 0.6188 0.1882 0.000 0.000 0.136 0.416 0.448
#> SRR315334 5 0.6408 -0.0855 0.000 0.000 0.388 0.172 0.440
#> SRR315335 5 0.6408 -0.0855 0.000 0.000 0.388 0.172 0.440
#> SRR315336 4 0.0290 0.8067 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR315337 4 0.0290 0.8067 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR317035 2 0.3859 0.8360 0.000 0.816 0.096 0.004 0.084
#> SRR317036 5 0.4504 0.0220 0.000 0.008 0.000 0.428 0.564
#> SRR317037 5 0.5041 0.1139 0.000 0.012 0.020 0.380 0.588
#> SRR317038 5 0.5041 0.1139 0.000 0.012 0.020 0.380 0.588
#> SRR317039 5 0.4943 0.0292 0.000 0.008 0.016 0.420 0.556
#> SRR317040 5 0.4950 0.0189 0.000 0.008 0.016 0.424 0.552
#> SRR317041 5 0.5270 0.3572 0.000 0.208 0.120 0.000 0.672
#> SRR317042 4 0.3282 0.6921 0.008 0.000 0.000 0.804 0.188
#> SRR317043 4 0.3282 0.6921 0.008 0.000 0.000 0.804 0.188
#> SRR317044 2 0.1608 0.9034 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR317045 2 0.1608 0.9034 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR317046 5 0.5475 0.3530 0.000 0.232 0.124 0.000 0.644
#> SRR317047 5 0.5475 0.3530 0.000 0.232 0.124 0.000 0.644
#> SRR317048 5 0.4275 0.2468 0.000 0.000 0.020 0.284 0.696
#> SRR317049 5 0.3424 0.3526 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR317050 5 0.4045 0.1817 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR317051 5 0.4045 0.1817 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR317052 4 0.4201 0.4742 0.008 0.000 0.000 0.664 0.328
#> SRR317053 4 0.4201 0.4742 0.008 0.000 0.000 0.664 0.328
#> SRR317054 5 0.4950 0.1076 0.000 0.008 0.020 0.384 0.588
#> SRR317055 5 0.4950 0.1076 0.000 0.008 0.020 0.384 0.588
#> SRR317056 5 0.2020 0.4102 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR317057 5 0.2020 0.4102 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR317059 1 0.4789 0.3430 0.584 0.000 0.000 0.024 0.392
#> SRR317060 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 5 0.2359 0.4259 0.000 0.060 0.000 0.036 0.904
#> SRR317063 5 0.2359 0.4259 0.000 0.060 0.000 0.036 0.904
#> SRR317064 2 0.1043 0.9227 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR317065 2 0.1043 0.9227 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR317066 2 0.3683 0.8466 0.000 0.828 0.096 0.004 0.072
#> SRR317067 2 0.3683 0.8466 0.000 0.828 0.096 0.004 0.072
#> SRR317068 2 0.3802 0.8400 0.000 0.820 0.096 0.004 0.080
#> SRR317069 2 0.3802 0.8400 0.000 0.820 0.096 0.004 0.080
#> SRR768413 4 0.0290 0.8067 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR768414 4 0.0290 0.8067 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR387661 4 0.0290 0.8067 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR387662 4 0.0290 0.8067 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534293 5 0.6242 0.1961 0.000 0.000 0.144 0.408 0.448
#> SRR534294 5 0.6242 0.1961 0.000 0.000 0.144 0.408 0.448
#> SRR534295 3 0.5185 0.3839 0.000 0.000 0.568 0.048 0.384
#> SRR534296 3 0.5185 0.3839 0.000 0.000 0.568 0.048 0.384
#> SRR534297 3 0.6497 0.2197 0.000 0.000 0.420 0.188 0.392
#> SRR534298 3 0.6497 0.2197 0.000 0.000 0.420 0.188 0.392
#> SRR534299 3 0.5216 0.6412 0.000 0.208 0.692 0.092 0.008
#> SRR534300 3 0.5165 0.6439 0.000 0.208 0.696 0.088 0.008
#> SRR534301 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.5165 0.6439 0.000 0.208 0.696 0.088 0.008
#> SRR534304 3 0.5165 0.6439 0.000 0.208 0.696 0.088 0.008
#> SRR534305 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.6274 0.1455 0.000 0.000 0.432 0.148 0.420
#> SRR534308 3 0.6274 0.1455 0.000 0.000 0.432 0.148 0.420
#> SRR534309 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.3177 0.6816 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.5127 0.5940 0.000 0.692 0.124 0.000 0.184
#> SRR545686 2 0.5641 0.4951 0.000 0.612 0.120 0.000 0.268
#> SRR545687 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.2408 0.8781 0.000 0.892 0.096 0.004 0.008
#> SRR545708 2 0.2408 0.8781 0.000 0.892 0.096 0.004 0.008
#> SRR545709 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1200 0.9256 0.000 0.964 0.016 0.008 0.012
#> SRR545714 2 0.1200 0.9256 0.000 0.964 0.016 0.008 0.012
#> SRR545715 2 0.1200 0.9256 0.000 0.964 0.016 0.008 0.012
#> SRR545716 2 0.1200 0.9256 0.000 0.964 0.016 0.008 0.012
#> SRR545717 2 0.2408 0.8781 0.000 0.892 0.096 0.004 0.008
#> SRR545718 2 0.2408 0.8781 0.000 0.892 0.096 0.004 0.008
#> SRR545719 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9363 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.5635 0.4637 0.000 0.620 0.128 0.000 0.252
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR307898 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR307899 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR307900 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR307901 3 0.6735 0.2306 0.000 0.240 0.368 0.040 0.352 0.000
#> SRR307902 3 0.6773 0.2330 0.000 0.236 0.368 0.044 0.352 0.000
#> SRR307903 3 0.6810 0.2350 0.000 0.232 0.368 0.048 0.352 0.000
#> SRR307904 3 0.6997 0.2406 0.000 0.212 0.364 0.072 0.352 0.000
#> SRR307905 5 0.5104 -0.0424 0.000 0.012 0.368 0.060 0.560 0.000
#> SRR307906 5 0.5104 -0.0424 0.000 0.012 0.368 0.060 0.560 0.000
#> SRR307907 4 0.4094 0.6782 0.000 0.000 0.168 0.744 0.088 0.000
#> SRR307908 4 0.4094 0.6782 0.000 0.000 0.168 0.744 0.088 0.000
#> SRR307909 5 0.5862 -0.0173 0.000 0.012 0.300 0.112 0.560 0.016
#> SRR307910 5 0.5862 -0.0173 0.000 0.012 0.300 0.112 0.560 0.016
#> SRR307911 4 0.4102 0.6816 0.000 0.000 0.088 0.784 0.100 0.028
#> SRR307912 4 0.3671 0.6849 0.000 0.000 0.056 0.816 0.100 0.028
#> SRR307913 4 0.5701 0.2286 0.000 0.000 0.008 0.496 0.364 0.132
#> SRR307914 4 0.5507 0.5121 0.000 0.000 0.040 0.624 0.244 0.092
#> SRR307915 4 0.2647 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.868 0.044 0.088
#> SRR307916 4 0.2647 0.6732 0.000 0.000 0.000 0.868 0.044 0.088
#> SRR307917 5 0.5104 -0.0424 0.000 0.012 0.368 0.060 0.560 0.000
#> SRR307918 5 0.5104 -0.0424 0.000 0.012 0.368 0.060 0.560 0.000
#> SRR307919 4 0.4102 0.6816 0.000 0.000 0.088 0.784 0.100 0.028
#> SRR307920 3 0.2996 0.1936 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR307921 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR307922 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR307923 5 0.6319 -0.0718 0.000 0.000 0.020 0.360 0.420 0.200
#> SRR307924 5 0.6319 -0.0718 0.000 0.000 0.020 0.360 0.420 0.200
#> SRR307925 4 0.3891 0.6800 0.000 0.000 0.048 0.804 0.100 0.048
#> SRR307926 4 0.3050 0.7009 0.000 0.000 0.040 0.864 0.048 0.048
#> SRR307927 4 0.3050 0.7009 0.000 0.000 0.040 0.864 0.048 0.048
#> SRR307928 4 0.3050 0.7009 0.000 0.000 0.040 0.864 0.048 0.048
#> SRR307929 4 0.3050 0.7009 0.000 0.000 0.040 0.864 0.048 0.048
#> SRR307930 6 0.0458 0.9190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR307931 6 0.0458 0.9190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR307932 3 0.6935 0.2425 0.000 0.204 0.372 0.068 0.356 0.000
#> SRR307933 3 0.6650 0.2225 0.000 0.248 0.364 0.032 0.356 0.000
#> SRR315297 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR315298 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR315299 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR315300 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR315301 4 0.2473 0.7376 0.000 0.000 0.136 0.856 0.008 0.000
#> SRR315302 4 0.2473 0.7376 0.000 0.000 0.136 0.856 0.008 0.000
#> SRR315303 2 0.1531 0.8640 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068 0.000
#> SRR315304 2 0.1471 0.8664 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR315305 6 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 6 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.1908 0.8444 0.000 0.900 0.004 0.000 0.096 0.000
#> SRR315308 2 0.1958 0.8413 0.000 0.896 0.004 0.000 0.100 0.000
#> SRR315309 6 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 6 0.0713 0.9239 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR315311 6 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 6 0.0000 0.9254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 3 0.6773 0.2330 0.000 0.236 0.368 0.044 0.352 0.000
#> SRR315314 5 0.6461 -0.2555 0.000 0.280 0.352 0.016 0.352 0.000
#> SRR315315 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR315316 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR315318 2 0.1471 0.8664 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR315319 3 0.5022 0.1466 0.000 0.040 0.584 0.024 0.352 0.000
#> SRR315320 3 0.5022 0.1466 0.000 0.040 0.584 0.024 0.352 0.000
#> SRR315321 3 0.5022 0.1466 0.000 0.040 0.584 0.024 0.352 0.000
#> SRR315322 3 0.5022 0.1466 0.000 0.040 0.584 0.024 0.352 0.000
#> SRR315323 3 0.3371 0.1604 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.3198 0.1834 0.000 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.2996 0.1936 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.2996 0.1936 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.2996 0.1936 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.2996 0.1936 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.2996 0.1936 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR315330 4 0.3329 0.7337 0.000 0.000 0.120 0.828 0.016 0.036
#> SRR315331 4 0.2957 0.7366 0.000 0.000 0.120 0.844 0.004 0.032
#> SRR315332 4 0.2568 0.7247 0.000 0.000 0.056 0.876 0.000 0.068
#> SRR315333 4 0.2506 0.7241 0.000 0.000 0.052 0.880 0.000 0.068
#> SRR315334 4 0.2790 0.7367 0.000 0.000 0.132 0.844 0.000 0.024
#> SRR315335 4 0.2748 0.7377 0.000 0.000 0.128 0.848 0.000 0.024
#> SRR315336 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR315337 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR317035 2 0.4446 0.6280 0.000 0.612 0.040 0.000 0.348 0.000
#> SRR317036 5 0.6074 0.1093 0.000 0.000 0.004 0.220 0.412 0.364
#> SRR317037 5 0.6241 0.1487 0.000 0.000 0.008 0.272 0.420 0.300
#> SRR317038 5 0.6241 0.1487 0.000 0.000 0.008 0.272 0.420 0.300
#> SRR317039 5 0.6003 0.0952 0.000 0.000 0.004 0.200 0.424 0.372
#> SRR317040 5 0.6003 0.0952 0.000 0.000 0.004 0.200 0.424 0.372
#> SRR317041 3 0.5064 0.1366 0.000 0.040 0.568 0.024 0.368 0.000
#> SRR317042 6 0.0458 0.9190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317043 6 0.0458 0.9190 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317044 2 0.2234 0.8218 0.000 0.872 0.004 0.000 0.124 0.000
#> SRR317045 2 0.2234 0.8218 0.000 0.872 0.004 0.000 0.124 0.000
#> SRR317046 3 0.5034 0.1458 0.000 0.040 0.580 0.024 0.356 0.000
#> SRR317047 3 0.5034 0.1458 0.000 0.040 0.580 0.024 0.356 0.000
#> SRR317048 4 0.5708 0.2215 0.000 0.000 0.008 0.492 0.368 0.132
#> SRR317049 4 0.5507 0.5121 0.000 0.000 0.040 0.624 0.244 0.092
#> SRR317050 5 0.6678 0.0717 0.000 0.000 0.032 0.268 0.372 0.328
#> SRR317051 5 0.6678 0.0717 0.000 0.000 0.032 0.268 0.372 0.328
#> SRR317052 6 0.2048 0.8147 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR317053 6 0.2048 0.8147 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR317054 5 0.6241 0.1487 0.000 0.000 0.008 0.272 0.420 0.300
#> SRR317055 5 0.6241 0.1487 0.000 0.000 0.008 0.272 0.420 0.300
#> SRR317056 4 0.6132 0.2263 0.000 0.000 0.052 0.448 0.408 0.092
#> SRR317057 4 0.6132 0.2263 0.000 0.000 0.052 0.448 0.408 0.092
#> SRR317059 1 0.5339 0.3707 0.568 0.000 0.004 0.000 0.312 0.116
#> SRR317060 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR317061 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR317062 4 0.6144 0.2335 0.000 0.000 0.056 0.448 0.408 0.088
#> SRR317063 4 0.6144 0.2335 0.000 0.000 0.056 0.448 0.408 0.088
#> SRR317064 2 0.1471 0.8664 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR317065 2 0.1471 0.8664 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR317066 2 0.4480 0.6328 0.000 0.616 0.044 0.000 0.340 0.000
#> SRR317067 2 0.4480 0.6328 0.000 0.616 0.044 0.000 0.340 0.000
#> SRR317068 2 0.4458 0.6238 0.000 0.608 0.040 0.000 0.352 0.000
#> SRR317069 2 0.4458 0.6238 0.000 0.608 0.040 0.000 0.352 0.000
#> SRR768413 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR768414 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR387661 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR387662 6 0.1556 0.9105 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR768411 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR768412 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR534292 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR534293 4 0.2512 0.7267 0.000 0.000 0.060 0.880 0.000 0.060
#> SRR534294 4 0.2512 0.7267 0.000 0.000 0.060 0.880 0.000 0.060
#> SRR534295 4 0.4014 0.6765 0.000 0.000 0.148 0.756 0.096 0.000
#> SRR534296 4 0.4014 0.6765 0.000 0.000 0.148 0.756 0.096 0.000
#> SRR534297 4 0.3864 0.6893 0.000 0.000 0.092 0.796 0.096 0.016
#> SRR534298 4 0.3864 0.6893 0.000 0.000 0.092 0.796 0.096 0.016
#> SRR534299 5 0.7727 -0.2082 0.000 0.188 0.300 0.140 0.356 0.016
#> SRR534300 5 0.7641 -0.2182 0.000 0.188 0.308 0.136 0.356 0.012
#> SRR534301 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR534302 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR534303 5 0.7727 -0.2082 0.000 0.188 0.300 0.140 0.356 0.016
#> SRR534304 5 0.7675 -0.2115 0.000 0.188 0.300 0.144 0.356 0.012
#> SRR534305 3 0.7020 0.2434 0.000 0.188 0.372 0.084 0.356 0.000
#> SRR534306 3 0.7020 0.2434 0.000 0.188 0.372 0.084 0.356 0.000
#> SRR534307 4 0.2531 0.7370 0.000 0.000 0.132 0.856 0.012 0.000
#> SRR534308 4 0.2531 0.7370 0.000 0.000 0.132 0.856 0.012 0.000
#> SRR534309 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR534310 3 0.7053 0.2432 0.000 0.188 0.368 0.088 0.356 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.4513 -0.0993 0.000 0.440 0.532 0.004 0.024 0.000
#> SRR545686 2 0.5518 0.3771 0.000 0.544 0.316 0.004 0.136 0.000
#> SRR545687 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR545688 1 0.0777 0.9740 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.3950 0.6997 0.000 0.720 0.040 0.000 0.240 0.000
#> SRR545708 2 0.3950 0.6997 0.000 0.720 0.040 0.000 0.240 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1701 0.8609 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR545714 2 0.1701 0.8609 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR545715 2 0.1701 0.8609 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR545716 2 0.1588 0.8632 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR545717 2 0.3950 0.6997 0.000 0.720 0.040 0.000 0.240 0.000
#> SRR545718 2 0.3950 0.6997 0.000 0.720 0.040 0.000 0.240 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.4880 0.0672 0.000 0.364 0.580 0.012 0.044 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.979 0.951 0.980 0.3844 0.627 0.627
#> 3 3 0.871 0.875 0.952 0.5067 0.778 0.652
#> 4 4 0.749 0.815 0.896 0.2431 0.778 0.519
#> 5 5 0.750 0.634 0.818 0.0464 0.979 0.925
#> 6 6 0.761 0.740 0.807 0.0441 0.897 0.629
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307914 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307915 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307916 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307917 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307925 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307926 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307927 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307928 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307929 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR307930 2 0.5519 0.850 0.128 0.872
#> SRR307931 2 0.4939 0.873 0.108 0.892
#> SRR307932 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR315299 1 0.9129 0.498 0.672 0.328
#> SRR315300 1 0.1184 0.970 0.984 0.016
#> SRR315301 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315302 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315303 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315305 2 0.9922 0.212 0.448 0.552
#> SRR315306 2 0.9754 0.332 0.408 0.592
#> SRR315307 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315309 2 0.7815 0.704 0.232 0.768
#> SRR315310 1 0.2778 0.939 0.952 0.048
#> SRR315311 1 0.0672 0.977 0.992 0.008
#> SRR315312 1 0.0376 0.980 0.996 0.004
#> SRR315313 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315331 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315332 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315333 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315334 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315335 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR315336 2 0.2423 0.945 0.040 0.960
#> SRR315337 2 0.6148 0.820 0.152 0.848
#> SRR317035 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317036 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317037 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317038 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317039 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317040 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317041 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317042 1 0.2778 0.938 0.952 0.048
#> SRR317043 1 0.1184 0.970 0.984 0.016
#> SRR317044 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317048 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317049 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317050 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317051 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317052 1 0.9170 0.492 0.668 0.332
#> SRR317053 2 0.9933 0.196 0.452 0.548
#> SRR317054 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317055 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317056 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317057 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR317059 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR768413 2 0.9580 0.407 0.380 0.620
#> SRR768414 2 0.9661 0.377 0.392 0.608
#> SRR387661 2 0.6148 0.820 0.152 0.848
#> SRR387662 2 0.6712 0.789 0.176 0.824
#> SRR768411 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR534294 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR534295 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534298 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR534308 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR534309 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.978 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307908 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307909 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307910 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307911 2 0.621 0.148696 0.000 0.572 0.428
#> SRR307912 3 0.623 0.295401 0.000 0.436 0.564
#> SRR307913 2 0.489 0.683566 0.000 0.772 0.228
#> SRR307914 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307915 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307916 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307917 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 2 0.629 -0.000446 0.000 0.532 0.468
#> SRR307920 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307924 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307925 3 0.424 0.717824 0.000 0.176 0.824
#> SRR307926 2 0.586 0.480673 0.000 0.656 0.344
#> SRR307927 2 0.617 0.305581 0.000 0.588 0.412
#> SRR307928 2 0.435 0.744617 0.000 0.816 0.184
#> SRR307929 2 0.435 0.744617 0.000 0.816 0.184
#> SRR307930 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.388 0.824902 0.848 0.000 0.152
#> SRR315298 1 0.418 0.797942 0.828 0.000 0.172
#> SRR315299 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 2 0.540 0.602072 0.000 0.720 0.280
#> SRR315302 2 0.628 0.151418 0.000 0.540 0.460
#> SRR315303 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315320 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315322 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315323 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315324 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315325 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 2 0.604 0.394774 0.000 0.620 0.380
#> SRR315331 3 0.525 0.621331 0.000 0.264 0.736
#> SRR315332 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.571 0.522599 0.000 0.320 0.680
#> SRR315335 3 0.445 0.724511 0.000 0.192 0.808
#> SRR315336 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 3 0.620 0.234616 0.000 0.424 0.576
#> SRR317037 2 0.579 0.505296 0.000 0.668 0.332
#> SRR317038 2 0.581 0.496759 0.000 0.664 0.336
#> SRR317039 2 0.559 0.559567 0.000 0.696 0.304
#> SRR317040 2 0.576 0.513298 0.000 0.672 0.328
#> SRR317041 2 0.216 0.883118 0.000 0.936 0.064
#> SRR317042 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 2 0.556 0.566386 0.000 0.700 0.300
#> SRR317049 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317050 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317051 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317052 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317053 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR317054 2 0.611 0.356570 0.000 0.604 0.396
#> SRR317055 3 0.631 0.005226 0.000 0.488 0.512
#> SRR317056 2 0.556 0.567356 0.000 0.700 0.300
#> SRR317057 2 0.576 0.515283 0.000 0.672 0.328
#> SRR317059 1 0.216 0.922597 0.936 0.000 0.064
#> SRR317060 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317063 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317064 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR768414 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR387661 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR387662 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 3 0.000 0.887866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 3 0.614 0.371747 0.000 0.404 0.596
#> SRR534298 3 0.621 0.315080 0.000 0.428 0.572
#> SRR534299 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534300 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 2 0.153 0.904087 0.000 0.960 0.040
#> SRR534304 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 3 0.186 0.848207 0.000 0.052 0.948
#> SRR534308 3 0.141 0.860966 0.000 0.036 0.964
#> SRR534309 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.000 0.990232 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.000 0.941889 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.4888 0.6529 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR307902 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR307903 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR307904 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR307905 3 0.4761 0.6970 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR307906 3 0.4761 0.6970 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR307907 3 0.0592 0.7060 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR307908 3 0.0336 0.7024 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR307909 3 0.4776 0.6950 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR307910 3 0.4776 0.6950 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR307911 3 0.3080 0.7171 0.000 0.096 0.880 0.024
#> SRR307912 3 0.3117 0.7153 0.000 0.092 0.880 0.028
#> SRR307913 4 0.6262 0.6792 0.000 0.132 0.208 0.660
#> SRR307914 4 0.4250 0.7534 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR307915 4 0.2530 0.8720 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR307916 4 0.2081 0.8834 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR307917 3 0.4761 0.6970 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR307918 3 0.4761 0.6970 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR307919 3 0.2773 0.7237 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR307920 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0592 0.8834 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR307924 2 0.2216 0.8226 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR307925 3 0.6136 0.1969 0.000 0.060 0.584 0.356
#> SRR307926 3 0.2918 0.6393 0.000 0.008 0.876 0.116
#> SRR307927 3 0.3032 0.6310 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR307928 3 0.2988 0.6428 0.000 0.012 0.876 0.112
#> SRR307929 3 0.2859 0.6432 0.000 0.008 0.880 0.112
#> SRR307930 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR307933 3 0.4996 0.5014 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR315297 1 0.3074 0.8182 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR315298 1 0.3311 0.7899 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR315299 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 3 0.0469 0.6903 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315302 3 0.0469 0.6903 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315303 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR315314 2 0.4981 -0.3748 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR315315 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR315316 3 0.4817 0.6860 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.3649 0.7303 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR315320 2 0.3764 0.7174 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR315321 2 0.3726 0.7219 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR315322 2 0.3649 0.7303 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR315323 3 0.1118 0.7118 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR315324 3 0.1211 0.7097 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 2 0.6042 0.4172 0.000 0.580 0.368 0.052
#> SRR315331 3 0.3157 0.5677 0.000 0.004 0.852 0.144
#> SRR315332 4 0.4222 0.7574 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR315333 4 0.4250 0.7534 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR315334 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0592 0.6933 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR315336 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.5713 0.4405 0.000 0.620 0.040 0.340
#> SRR317037 2 0.4868 0.6784 0.000 0.748 0.040 0.212
#> SRR317038 2 0.4853 0.6716 0.000 0.744 0.036 0.220
#> SRR317039 2 0.4789 0.7083 0.000 0.772 0.056 0.172
#> SRR317040 2 0.4164 0.6474 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR317041 2 0.3649 0.7303 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR317042 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.3649 0.7303 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR317047 2 0.3649 0.7303 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR317048 4 0.5599 0.6366 0.000 0.228 0.072 0.700
#> SRR317049 4 0.4250 0.7534 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR317050 4 0.2589 0.8715 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR317051 4 0.2530 0.8738 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR317052 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317053 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317054 2 0.5696 0.5978 0.000 0.692 0.076 0.232
#> SRR317055 2 0.6052 0.4989 0.000 0.640 0.076 0.284
#> SRR317056 2 0.7159 0.3499 0.000 0.548 0.272 0.180
#> SRR317057 2 0.7769 0.0229 0.000 0.432 0.272 0.296
#> SRR317059 1 0.1022 0.9573 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR317060 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.2589 0.8041 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR317063 2 0.2408 0.8146 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387661 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387662 4 0.0000 0.9180 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR534292 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR534293 4 0.3873 0.7934 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR534294 4 0.3873 0.7934 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR534295 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 3 0.1474 0.7173 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR534298 3 0.1211 0.7143 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR534299 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR534300 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR534301 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR534302 3 0.4843 0.6789 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR534303 3 0.4830 0.6826 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR534304 3 0.4830 0.6826 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR534305 3 0.4776 0.6950 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR534306 3 0.4790 0.6921 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.6980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534309 3 0.4776 0.6950 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR534310 3 0.4776 0.6950 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.8951 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.2589 0.8088 0.000 0.884 0.116 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.0703 0.8421 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR307898 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.4192 0.5883 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.3607 0.4743 0.000 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR307908 3 0.3607 0.4743 0.000 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR307909 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR307910 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.1043 0.5836 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR307912 3 0.1043 0.5836 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR307913 4 0.7087 0.5219 0.000 0.104 0.288 0.524 0.084
#> SRR307914 4 0.5751 0.5859 0.000 0.000 0.348 0.552 0.100
#> SRR307915 4 0.2127 0.8208 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR307916 4 0.1197 0.8415 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR307917 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.1121 0.5845 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR307920 3 0.4287 0.4015 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR307921 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.3517 0.4905 0.000 0.832 0.068 0.000 0.100
#> SRR307924 2 0.4072 0.3798 0.000 0.792 0.108 0.000 0.100
#> SRR307925 4 0.5534 0.2018 0.000 0.068 0.424 0.508 0.000
#> SRR307926 3 0.3492 0.4713 0.000 0.000 0.796 0.016 0.188
#> SRR307927 3 0.3284 0.4885 0.000 0.000 0.828 0.024 0.148
#> SRR307928 3 0.3353 0.4713 0.000 0.008 0.796 0.000 0.196
#> SRR307929 3 0.2068 0.5227 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR307930 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307932 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.4235 0.5541 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.2648 0.7474 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR315298 1 0.2852 0.7274 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315301 3 0.3508 0.4526 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR315302 3 0.3366 0.4710 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR315303 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315310 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315313 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.4273 0.5092 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.4302 -0.8563 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR315320 5 0.4291 1.0000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR315321 5 0.4291 1.0000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR315322 5 0.4291 1.0000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR315323 3 0.4434 0.4006 0.000 0.004 0.536 0.000 0.460
#> SRR315324 3 0.4644 0.3874 0.000 0.012 0.528 0.000 0.460
#> SRR315325 3 0.4287 0.4015 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR315326 3 0.4287 0.4015 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR315327 3 0.4287 0.4015 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR315328 3 0.4287 0.4015 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR315329 3 0.4287 0.4015 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR315330 2 0.6871 -0.5228 0.000 0.388 0.352 0.004 0.256
#> SRR315331 3 0.4080 0.4338 0.000 0.000 0.728 0.020 0.252
#> SRR315332 4 0.5474 0.6073 0.000 0.000 0.348 0.576 0.076
#> SRR315333 4 0.5474 0.6073 0.000 0.000 0.348 0.576 0.076
#> SRR315334 3 0.3366 0.4710 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR315335 3 0.3366 0.4710 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR315336 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315337 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317035 2 0.0162 0.7841 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.7050 -0.3203 0.000 0.540 0.264 0.120 0.076
#> SRR317037 2 0.4836 0.1617 0.000 0.716 0.096 0.188 0.000
#> SRR317038 2 0.4869 0.1506 0.000 0.712 0.096 0.192 0.000
#> SRR317039 2 0.4238 0.3110 0.000 0.768 0.068 0.164 0.000
#> SRR317040 2 0.4737 0.1357 0.000 0.708 0.068 0.224 0.000
#> SRR317041 2 0.4045 -0.4701 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR317042 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.4249 -0.7269 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR317047 2 0.4249 -0.7269 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR317048 4 0.6499 0.5002 0.000 0.172 0.112 0.632 0.084
#> SRR317049 4 0.5751 0.5859 0.000 0.000 0.348 0.552 0.100
#> SRR317050 4 0.5105 0.6736 0.000 0.000 0.264 0.660 0.076
#> SRR317051 4 0.5105 0.6736 0.000 0.000 0.264 0.660 0.076
#> SRR317052 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317053 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317054 2 0.5013 0.0642 0.000 0.684 0.084 0.232 0.000
#> SRR317055 2 0.5379 -0.0775 0.000 0.636 0.096 0.268 0.000
#> SRR317056 2 0.7108 -0.4232 0.000 0.496 0.312 0.056 0.136
#> SRR317057 2 0.8000 -0.4360 0.000 0.400 0.312 0.152 0.136
#> SRR317059 1 0.0162 0.8551 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.5263 -0.0967 0.000 0.660 0.240 0.000 0.100
#> SRR317063 2 0.5237 -0.0836 0.000 0.664 0.236 0.000 0.100
#> SRR317064 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR387661 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR387662 4 0.0000 0.8594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.3586 0.7252 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR534294 4 0.3586 0.7252 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR534295 3 0.0963 0.5701 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR534296 3 0.1043 0.5704 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR534297 3 0.0290 0.5682 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR534298 3 0.0609 0.5694 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR534299 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR534300 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR534301 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.4114 0.6266 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR534304 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.3177 0.4820 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR534308 3 0.3143 0.4822 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR534309 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.4101 0.6291 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR534329 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR534330 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR534331 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR534332 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR534333 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR534334 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.8577 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.4201 0.7233 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR545690 1 0.4192 0.7247 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR545691 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR545696 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR545697 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR545698 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR545699 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR545700 1 0.4291 0.7020 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR545701 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.7901 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.4030 -0.4543 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.3309 0.55352 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR307898 1 0.2562 0.73430 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR307899 1 0.0146 0.95340 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.0632 0.83166 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307907 5 0.1007 0.56515 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR307908 5 0.1387 0.56440 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR307909 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307910 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.4749 0.38102 0.000 0.032 0.648 0.000 0.292 0.028
#> SRR307912 3 0.4781 0.38646 0.000 0.032 0.652 0.000 0.284 0.032
#> SRR307913 4 0.7512 0.10229 0.000 0.060 0.048 0.400 0.324 0.168
#> SRR307914 5 0.3950 -0.00372 0.000 0.000 0.000 0.432 0.564 0.004
#> SRR307915 4 0.3721 0.73523 0.000 0.032 0.000 0.784 0.016 0.168
#> SRR307916 4 0.3424 0.74381 0.000 0.032 0.000 0.796 0.004 0.168
#> SRR307917 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.4749 0.38102 0.000 0.032 0.648 0.000 0.292 0.028
#> SRR307920 5 0.6490 0.45574 0.000 0.320 0.184 0.000 0.456 0.040
#> SRR307921 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.6071 0.52723 0.000 0.404 0.296 0.000 0.300 0.000
#> SRR307924 2 0.6067 0.51247 0.000 0.404 0.284 0.000 0.312 0.000
#> SRR307925 4 0.5831 0.39271 0.000 0.012 0.300 0.580 0.048 0.060
#> SRR307926 5 0.4173 0.51555 0.000 0.032 0.032 0.004 0.764 0.168
#> SRR307927 5 0.6367 0.28291 0.000 0.032 0.300 0.004 0.496 0.168
#> SRR307928 5 0.3885 0.51648 0.000 0.032 0.024 0.000 0.776 0.168
#> SRR307929 3 0.6376 -0.08838 0.000 0.032 0.412 0.000 0.388 0.168
#> SRR307930 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307932 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0632 0.83166 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.2378 0.74959 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.2562 0.71783 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315301 5 0.0000 0.56269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315302 5 0.0632 0.56297 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR315303 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315307 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315310 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0632 0.83166 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 5 0.4651 0.40720 0.000 0.476 0.000 0.000 0.484 0.040
#> SRR315320 5 0.4543 0.46787 0.000 0.384 0.000 0.000 0.576 0.040
#> SRR315321 5 0.4378 0.48380 0.000 0.328 0.000 0.000 0.632 0.040
#> SRR315322 5 0.4363 0.48408 0.000 0.324 0.000 0.000 0.636 0.040
#> SRR315323 5 0.6490 0.45574 0.000 0.320 0.184 0.000 0.456 0.040
#> SRR315324 5 0.6435 0.45463 0.000 0.336 0.168 0.000 0.456 0.040
#> SRR315325 5 0.6490 0.45574 0.000 0.320 0.184 0.000 0.456 0.040
#> SRR315326 5 0.6490 0.45574 0.000 0.320 0.184 0.000 0.456 0.040
#> SRR315327 5 0.6490 0.45574 0.000 0.320 0.184 0.000 0.456 0.040
#> SRR315328 5 0.6490 0.45574 0.000 0.320 0.184 0.000 0.456 0.040
#> SRR315329 5 0.6490 0.45574 0.000 0.320 0.184 0.000 0.456 0.040
#> SRR315330 5 0.0000 0.56269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315331 5 0.0000 0.56269 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315332 5 0.3851 -0.06206 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR315333 5 0.3851 -0.06206 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR315334 5 0.0632 0.56297 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR315335 5 0.2793 0.47665 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR315336 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315337 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317035 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317036 5 0.4878 0.15637 0.000 0.424 0.000 0.060 0.516 0.000
#> SRR317037 2 0.5780 0.55707 0.000 0.672 0.056 0.052 0.052 0.168
#> SRR317038 2 0.6141 0.51914 0.000 0.644 0.056 0.052 0.080 0.168
#> SRR317039 2 0.5659 0.69188 0.000 0.644 0.152 0.148 0.056 0.000
#> SRR317040 2 0.5755 0.51806 0.000 0.612 0.064 0.236 0.088 0.000
#> SRR317041 2 0.2250 0.31008 0.000 0.896 0.000 0.000 0.064 0.040
#> SRR317042 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317044 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.3387 0.06384 0.000 0.796 0.000 0.000 0.164 0.040
#> SRR317047 2 0.3387 0.06384 0.000 0.796 0.000 0.000 0.164 0.040
#> SRR317048 4 0.7880 0.08726 0.000 0.116 0.044 0.388 0.284 0.168
#> SRR317049 5 0.3950 -0.00372 0.000 0.000 0.000 0.432 0.564 0.004
#> SRR317050 5 0.3866 -0.11105 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR317051 5 0.3866 -0.11105 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR317052 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317053 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317054 2 0.5726 0.52548 0.000 0.672 0.036 0.080 0.044 0.168
#> SRR317055 2 0.5675 0.45712 0.000 0.660 0.008 0.104 0.060 0.168
#> SRR317056 5 0.5350 0.22100 0.000 0.416 0.028 0.040 0.512 0.004
#> SRR317057 5 0.5902 0.32402 0.000 0.356 0.024 0.104 0.512 0.004
#> SRR317059 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 5 0.5305 -0.07988 0.000 0.404 0.104 0.000 0.492 0.000
#> SRR317063 5 0.5339 -0.09222 0.000 0.404 0.108 0.000 0.488 0.000
#> SRR317064 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR387661 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR387662 4 0.0000 0.89736 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.2912 0.67214 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR534294 4 0.2912 0.67214 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR534295 3 0.3620 0.35564 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR534296 3 0.3620 0.35564 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR534297 3 0.4166 0.36739 0.000 0.028 0.648 0.000 0.324 0.000
#> SRR534298 3 0.4109 0.36636 0.000 0.024 0.648 0.000 0.328 0.000
#> SRR534299 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534304 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534307 5 0.2558 0.54321 0.000 0.004 0.156 0.000 0.840 0.000
#> SRR534308 5 0.2632 0.53676 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.86493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR534329 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR534330 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR534331 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR534332 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR534333 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR534334 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.95803 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 6 0.3221 0.93048 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR545690 6 0.3244 0.92548 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR545691 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR545696 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR545697 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR545698 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR545699 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR545700 6 0.2854 0.98885 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR545701 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.3620 0.90295 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.2358 0.34564 0.000 0.900 0.012 0.000 0.048 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.910 0.926 0.970 0.3635 0.653 0.653
#> 3 3 0.655 0.820 0.906 0.8023 0.639 0.467
#> 4 4 0.701 0.837 0.880 0.1098 0.797 0.495
#> 5 5 0.756 0.772 0.853 0.0738 0.945 0.792
#> 6 6 0.755 0.737 0.758 0.0276 0.928 0.725
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR307898 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR307899 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307914 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307916 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307917 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR307923 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307925 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307926 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.795 0.6935 0.240 0.760
#> SRR307931 2 0.788 0.6995 0.236 0.764
#> SRR307932 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR315299 2 0.961 0.4054 0.384 0.616
#> SRR315300 1 0.988 0.1874 0.564 0.436
#> SRR315301 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315305 2 0.861 0.6204 0.284 0.716
#> SRR315306 2 0.861 0.6204 0.284 0.716
#> SRR315307 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315309 2 0.833 0.6551 0.264 0.736
#> SRR315310 1 0.973 0.2879 0.596 0.404
#> SRR315311 2 1.000 0.0794 0.488 0.512
#> SRR315312 1 0.983 0.2270 0.576 0.424
#> SRR315313 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315332 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315333 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315334 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.745 0.7337 0.212 0.788
#> SRR315337 2 0.788 0.6995 0.236 0.764
#> SRR317035 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317036 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317037 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317038 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317039 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317040 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317041 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317042 2 0.946 0.4544 0.364 0.636
#> SRR317043 2 0.980 0.3186 0.416 0.584
#> SRR317044 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317048 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317049 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317050 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317051 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317052 2 0.821 0.6683 0.256 0.744
#> SRR317053 2 0.802 0.6874 0.244 0.756
#> SRR317054 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317055 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317056 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317057 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317059 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317067 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317068 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR768413 2 0.808 0.6812 0.248 0.752
#> SRR768414 2 0.808 0.6812 0.248 0.752
#> SRR387661 2 0.753 0.7282 0.216 0.784
#> SRR387662 2 0.795 0.6935 0.240 0.760
#> SRR768411 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR768412 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534289 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534294 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534295 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534298 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534308 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534325 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545696 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545697 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545698 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545699 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545700 1 0.000 0.9692 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.000 0.9673 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.4750 0.795 0.000 0.216 0.784
#> SRR307902 3 0.4750 0.795 0.000 0.216 0.784
#> SRR307903 3 0.4750 0.795 0.000 0.216 0.784
#> SRR307904 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307905 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307906 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307907 3 0.0424 0.863 0.000 0.008 0.992
#> SRR307908 3 0.0747 0.860 0.000 0.016 0.984
#> SRR307909 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307910 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307911 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307912 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.6305 0.298 0.000 0.516 0.484
#> SRR307914 3 0.5678 0.405 0.000 0.316 0.684
#> SRR307915 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307916 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307917 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307918 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307919 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.5948 0.592 0.000 0.640 0.360
#> SRR307924 2 0.5968 0.585 0.000 0.636 0.364
#> SRR307925 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307928 3 0.0237 0.864 0.000 0.004 0.996
#> SRR307929 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.9466 0.328 0.188 0.456 0.356
#> SRR307931 2 0.9566 0.298 0.200 0.440 0.360
#> SRR307932 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR307933 3 0.4842 0.788 0.000 0.224 0.776
#> SRR315297 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 3 0.3816 0.742 0.148 0.000 0.852
#> SRR315300 3 0.3816 0.742 0.148 0.000 0.852
#> SRR315301 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 1 0.6235 0.325 0.564 0.000 0.436
#> SRR315306 1 0.6398 0.371 0.580 0.004 0.416
#> SRR315307 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 1 0.7567 0.403 0.576 0.048 0.376
#> SRR315310 3 0.6204 0.135 0.424 0.000 0.576
#> SRR315311 1 0.6192 0.367 0.580 0.000 0.420
#> SRR315312 1 0.6192 0.367 0.580 0.000 0.420
#> SRR315313 3 0.4750 0.795 0.000 0.216 0.784
#> SRR315314 3 0.4974 0.776 0.000 0.236 0.764
#> SRR315315 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR315316 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR315318 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR315320 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR315321 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR315322 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR315323 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315326 3 0.0747 0.860 0.000 0.016 0.984
#> SRR315327 3 0.0747 0.860 0.000 0.016 0.984
#> SRR315328 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315330 3 0.2165 0.827 0.000 0.064 0.936
#> SRR315331 3 0.0237 0.864 0.000 0.004 0.996
#> SRR315332 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR315336 3 0.3551 0.761 0.132 0.000 0.868
#> SRR315337 3 0.3551 0.761 0.132 0.000 0.868
#> SRR317035 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317037 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317038 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317039 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317040 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317041 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317042 1 0.6673 0.680 0.732 0.068 0.200
#> SRR317043 1 0.6673 0.680 0.732 0.068 0.200
#> SRR317044 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317047 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317048 2 0.6026 0.563 0.000 0.624 0.376
#> SRR317049 3 0.4842 0.617 0.000 0.224 0.776
#> SRR317050 2 0.5926 0.598 0.000 0.644 0.356
#> SRR317051 2 0.6603 0.620 0.020 0.648 0.332
#> SRR317052 1 0.8148 0.580 0.644 0.156 0.200
#> SRR317053 1 0.8392 0.548 0.624 0.176 0.200
#> SRR317054 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317055 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317056 2 0.5948 0.592 0.000 0.640 0.360
#> SRR317057 2 0.5948 0.592 0.000 0.640 0.360
#> SRR317059 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.5397 0.705 0.000 0.720 0.280
#> SRR317063 2 0.4555 0.782 0.000 0.800 0.200
#> SRR317064 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.4291 0.700 0.180 0.000 0.820
#> SRR768414 3 0.4346 0.694 0.184 0.000 0.816
#> SRR387661 3 0.2959 0.793 0.100 0.000 0.900
#> SRR387662 3 0.2537 0.811 0.080 0.000 0.920
#> SRR768411 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534292 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534293 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534297 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534298 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534299 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534300 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534301 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534302 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534303 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534304 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534305 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534306 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534307 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000
#> SRR534309 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534310 3 0.4555 0.807 0.000 0.200 0.800
#> SRR534311 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3038 0.836 0.000 0.896 0.104
#> SRR545686 2 0.0892 0.876 0.000 0.980 0.020
#> SRR545687 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.884 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.4399 0.789 0.000 0.812 0.188
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.5670 0.811 0.720 0.000 0.128 0.152
#> SRR307898 1 0.5670 0.811 0.720 0.000 0.128 0.152
#> SRR307899 1 0.5670 0.811 0.720 0.000 0.128 0.152
#> SRR307900 1 0.5670 0.811 0.720 0.000 0.128 0.152
#> SRR307901 3 0.1302 0.906 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 4 0.4454 0.693 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR307908 4 0.4454 0.693 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR307909 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307910 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307911 4 0.4500 0.687 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR307912 4 0.4500 0.687 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR307913 4 0.3958 0.725 0.000 0.144 0.032 0.824
#> SRR307914 4 0.3856 0.727 0.000 0.136 0.032 0.832
#> SRR307915 4 0.4406 0.699 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR307916 4 0.4406 0.699 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR307917 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 4 0.4500 0.687 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR307920 4 0.4776 0.599 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR307921 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR307922 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR307923 4 0.5713 0.545 0.000 0.360 0.036 0.604
#> SRR307924 4 0.5538 0.605 0.000 0.320 0.036 0.644
#> SRR307925 4 0.4500 0.687 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR307926 4 0.4331 0.707 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR307927 4 0.4356 0.704 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR307928 4 0.4331 0.707 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR307929 4 0.4331 0.707 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR307930 4 0.4304 0.626 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR307931 4 0.4331 0.622 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR307932 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 3 0.2589 0.793 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR315297 1 0.5568 0.818 0.728 0.000 0.120 0.152
#> SRR315298 1 0.5619 0.814 0.724 0.000 0.124 0.152
#> SRR315299 4 0.2814 0.727 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR315300 4 0.2469 0.724 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR315301 4 0.4331 0.707 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR315302 4 0.4331 0.707 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR315303 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0188 0.693 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR315306 4 0.0000 0.691 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0188 0.693 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR315310 4 0.0817 0.700 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR315311 4 0.0188 0.693 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR315312 4 0.0000 0.691 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 3 0.4008 0.593 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.5432 0.656 0.000 0.740 0.124 0.136
#> SRR315320 2 0.4534 0.757 0.000 0.800 0.132 0.068
#> SRR315321 2 0.4514 0.759 0.000 0.800 0.136 0.064
#> SRR315322 2 0.4534 0.757 0.000 0.800 0.132 0.068
#> SRR315323 3 0.0921 0.941 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR315324 3 0.0921 0.941 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR315325 3 0.0921 0.941 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR315326 3 0.1807 0.911 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR315327 3 0.4284 0.619 0.000 0.020 0.780 0.200
#> SRR315328 3 0.1022 0.937 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR315329 3 0.2081 0.868 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR315330 4 0.5731 0.715 0.000 0.116 0.172 0.712
#> SRR315331 4 0.4331 0.707 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR315332 4 0.4431 0.696 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR315333 4 0.4406 0.699 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR315334 4 0.4331 0.707 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR315335 4 0.4431 0.696 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR315336 4 0.3074 0.728 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR315337 4 0.3074 0.728 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR317035 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 4 0.4746 0.607 0.000 0.304 0.008 0.688
#> SRR317037 4 0.4746 0.607 0.000 0.304 0.008 0.688
#> SRR317038 4 0.4746 0.607 0.000 0.304 0.008 0.688
#> SRR317039 4 0.5372 0.347 0.000 0.444 0.012 0.544
#> SRR317040 4 0.5174 0.517 0.000 0.368 0.012 0.620
#> SRR317041 2 0.4581 0.762 0.000 0.800 0.120 0.080
#> SRR317042 4 0.2345 0.687 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR317043 4 0.2814 0.677 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR317044 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0188 0.957 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR317046 2 0.4491 0.758 0.000 0.800 0.140 0.060
#> SRR317047 2 0.4514 0.758 0.000 0.800 0.136 0.064
#> SRR317048 4 0.5195 0.651 0.000 0.276 0.032 0.692
#> SRR317049 4 0.3962 0.729 0.000 0.124 0.044 0.832
#> SRR317050 4 0.4868 0.606 0.000 0.304 0.012 0.684
#> SRR317051 4 0.4914 0.598 0.000 0.312 0.012 0.676
#> SRR317052 4 0.4406 0.607 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR317053 4 0.4431 0.604 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR317054 4 0.4769 0.604 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR317055 4 0.4769 0.604 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR317056 4 0.5389 0.616 0.000 0.308 0.032 0.660
#> SRR317057 4 0.5389 0.616 0.000 0.308 0.032 0.660
#> SRR317059 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR317060 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR317061 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR317062 4 0.5473 0.592 0.000 0.324 0.032 0.644
#> SRR317063 4 0.5349 0.572 0.000 0.336 0.024 0.640
#> SRR317064 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.3024 0.728 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR768414 4 0.3024 0.728 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR387661 4 0.3074 0.728 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR387662 4 0.3074 0.728 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR768411 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR768412 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR534289 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 4 0.4406 0.699 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR534294 4 0.4406 0.699 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR534295 4 0.4454 0.693 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR534296 4 0.4500 0.685 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR534297 4 0.4605 0.659 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR534298 4 0.4605 0.659 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR534299 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534300 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534304 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 4 0.4431 0.696 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR534308 4 0.4431 0.696 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR534309 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.963 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR534326 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3577 0.797 0.000 0.832 0.156 0.012
#> SRR545686 2 0.2530 0.852 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR545687 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR545688 1 0.3074 0.901 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR545689 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR545690 1 0.1302 0.929 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR545691 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.4244 0.764 0.000 0.800 0.168 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR307898 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR307899 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR307900 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR307901 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307902 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307903 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307904 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307905 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307906 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307907 4 0.2685 0.7158 0.000 0.000 0.092 0.880 0.028
#> SRR307908 4 0.2685 0.7158 0.000 0.000 0.092 0.880 0.028
#> SRR307909 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307910 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307911 4 0.0510 0.7779 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR307912 4 0.0609 0.7778 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR307913 5 0.5255 0.5072 0.000 0.036 0.004 0.464 0.496
#> SRR307914 4 0.4675 -0.3221 0.000 0.004 0.008 0.544 0.444
#> SRR307915 4 0.1831 0.7454 0.000 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR307916 4 0.1831 0.7454 0.000 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR307917 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307918 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307919 4 0.0510 0.7779 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR307920 4 0.3993 0.5583 0.000 0.000 0.216 0.756 0.028
#> SRR307921 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR307922 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR307923 5 0.5728 0.5834 0.000 0.072 0.004 0.424 0.500
#> SRR307924 5 0.5886 0.5788 0.000 0.076 0.008 0.424 0.492
#> SRR307925 4 0.0510 0.7779 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR307926 4 0.1195 0.7611 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR307927 4 0.0693 0.7748 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR307928 4 0.1195 0.7611 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR307929 4 0.0807 0.7727 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR307930 5 0.3688 0.5858 0.000 0.060 0.000 0.124 0.816
#> SRR307931 5 0.3688 0.5858 0.000 0.060 0.000 0.124 0.816
#> SRR307932 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307933 3 0.0579 0.9347 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR315297 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR315298 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR315299 4 0.4350 0.4263 0.000 0.000 0.004 0.588 0.408
#> SRR315300 4 0.4210 0.4199 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR315301 4 0.1195 0.7611 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR315302 4 0.1195 0.7611 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR315303 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 5 0.3876 0.3067 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR315306 5 0.3857 0.3131 0.000 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR315307 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 5 0.3636 0.3752 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR315310 4 0.4219 0.4116 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR315311 5 0.3876 0.3067 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR315312 5 0.3876 0.3067 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR315313 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR315314 3 0.0451 0.9371 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR315315 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR315316 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR315318 2 0.0510 0.9091 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR315319 2 0.6394 0.0517 0.000 0.504 0.000 0.204 0.292
#> SRR315320 2 0.5122 0.5661 0.000 0.688 0.000 0.200 0.112
#> SRR315321 2 0.3109 0.6906 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR315322 2 0.4555 0.6244 0.000 0.732 0.000 0.200 0.068
#> SRR315323 3 0.3210 0.7364 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR315324 3 0.3398 0.7287 0.000 0.000 0.780 0.216 0.004
#> SRR315325 3 0.3242 0.7329 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR315326 3 0.3727 0.7140 0.000 0.000 0.768 0.216 0.016
#> SRR315327 3 0.3993 0.6976 0.000 0.000 0.756 0.216 0.028
#> SRR315328 3 0.3398 0.7287 0.000 0.000 0.780 0.216 0.004
#> SRR315329 3 0.3909 0.7032 0.000 0.000 0.760 0.216 0.024
#> SRR315330 4 0.1331 0.7468 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040
#> SRR315331 4 0.1195 0.7611 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR315332 4 0.1942 0.7507 0.000 0.000 0.012 0.920 0.068
#> SRR315333 4 0.1942 0.7507 0.000 0.000 0.012 0.920 0.068
#> SRR315334 4 0.1195 0.7611 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR315335 4 0.0404 0.7770 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315336 4 0.4574 0.4274 0.000 0.000 0.012 0.576 0.412
#> SRR315337 4 0.4547 0.4359 0.000 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR317035 2 0.2574 0.8400 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR317036 5 0.6111 0.6581 0.000 0.180 0.000 0.260 0.560
#> SRR317037 5 0.6111 0.6581 0.000 0.180 0.000 0.260 0.560
#> SRR317038 5 0.6111 0.6581 0.000 0.180 0.000 0.260 0.560
#> SRR317039 5 0.6387 0.6381 0.000 0.216 0.000 0.272 0.512
#> SRR317040 5 0.6237 0.6521 0.000 0.196 0.000 0.264 0.540
#> SRR317041 2 0.5211 0.5538 0.000 0.676 0.000 0.212 0.112
#> SRR317042 5 0.3669 0.5780 0.000 0.056 0.000 0.128 0.816
#> SRR317043 5 0.3669 0.5780 0.000 0.056 0.000 0.128 0.816
#> SRR317044 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.5211 0.5538 0.000 0.676 0.000 0.212 0.112
#> SRR317047 2 0.5211 0.5538 0.000 0.676 0.000 0.212 0.112
#> SRR317048 5 0.5683 0.5781 0.000 0.068 0.004 0.428 0.500
#> SRR317049 4 0.4585 -0.1674 0.000 0.004 0.008 0.592 0.396
#> SRR317050 5 0.5309 0.6032 0.000 0.060 0.000 0.364 0.576
#> SRR317051 5 0.5197 0.6242 0.000 0.064 0.000 0.316 0.620
#> SRR317052 5 0.3688 0.5955 0.000 0.124 0.000 0.060 0.816
#> SRR317053 5 0.4114 0.5974 0.000 0.164 0.000 0.060 0.776
#> SRR317054 5 0.6139 0.6562 0.000 0.184 0.000 0.260 0.556
#> SRR317055 5 0.6139 0.6562 0.000 0.184 0.000 0.260 0.556
#> SRR317056 5 0.5583 0.5874 0.000 0.072 0.000 0.424 0.504
#> SRR317057 5 0.5583 0.5874 0.000 0.072 0.000 0.424 0.504
#> SRR317059 1 0.4445 0.8060 0.676 0.000 0.000 0.024 0.300
#> SRR317060 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR317061 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR317062 5 0.6868 0.5910 0.000 0.244 0.008 0.304 0.444
#> SRR317063 5 0.6765 0.5861 0.000 0.260 0.004 0.284 0.452
#> SRR317064 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.2574 0.8400 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR317069 2 0.2574 0.8400 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR768413 4 0.4350 0.4263 0.000 0.000 0.004 0.588 0.408
#> SRR768414 4 0.4350 0.4263 0.000 0.000 0.004 0.588 0.408
#> SRR387661 4 0.4547 0.4359 0.000 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR387662 4 0.4547 0.4359 0.000 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR768411 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR768412 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR534289 2 0.1197 0.8931 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR534290 2 0.1197 0.8931 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR534291 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534292 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534293 4 0.1831 0.7454 0.000 0.000 0.004 0.920 0.076
#> SRR534294 4 0.1894 0.7484 0.000 0.000 0.008 0.920 0.072
#> SRR534295 4 0.0609 0.7778 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR534296 4 0.0609 0.7778 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR534297 4 0.0609 0.7778 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR534298 4 0.0609 0.7778 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR534299 3 0.1043 0.9131 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR534300 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534301 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534302 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534303 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534304 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534305 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534306 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534307 4 0.0404 0.7770 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR534308 4 0.0404 0.7770 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR534309 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534310 3 0.0290 0.9409 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR534320 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR534321 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR534322 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR534323 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR534324 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR534325 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR534326 2 0.0290 0.9124 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.8734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3109 0.6906 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR545686 2 0.4665 0.6716 0.000 0.740 0.000 0.148 0.112
#> SRR545687 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR545688 1 0.4562 0.8094 0.676 0.000 0.000 0.032 0.292
#> SRR545689 1 0.3829 0.8296 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR545690 1 0.3829 0.8296 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR545691 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR545696 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR545697 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR545698 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR545699 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR545700 1 0.0451 0.8733 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR545701 2 0.0290 0.9124 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR545702 2 0.0290 0.9124 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0290 0.9124 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0963 0.8999 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR545709 2 0.0880 0.9019 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545710 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.2020 0.8569 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR545714 2 0.2574 0.8400 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR545715 2 0.2574 0.8400 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR545716 2 0.2574 0.8400 0.000 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR545717 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0162 0.9138 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.1251 0.8973 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR545722 2 0.0000 0.9149 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.3109 0.6906 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.0914 0.719 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR307898 1 0.0717 0.723 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR307899 1 0.0717 0.723 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR307900 1 0.0603 0.724 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR307901 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307902 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307903 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307904 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307905 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307906 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307907 4 0.5067 0.627 0.000 0.000 0.088 0.556 0.356 NA
#> SRR307908 4 0.5067 0.627 0.000 0.000 0.088 0.556 0.356 NA
#> SRR307909 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307910 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307911 4 0.4301 0.622 0.004 0.000 0.016 0.580 0.400 NA
#> SRR307912 4 0.4301 0.622 0.004 0.000 0.016 0.580 0.400 NA
#> SRR307913 4 0.1957 0.639 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 NA
#> SRR307914 4 0.1951 0.648 0.000 0.000 0.000 0.908 0.016 NA
#> SRR307915 4 0.5198 0.627 0.056 0.000 0.016 0.528 0.400 NA
#> SRR307916 4 0.5428 0.624 0.076 0.000 0.016 0.508 0.400 NA
#> SRR307917 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307918 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307919 4 0.4301 0.622 0.004 0.000 0.016 0.580 0.400 NA
#> SRR307920 4 0.6442 0.388 0.000 0.000 0.304 0.436 0.236 NA
#> SRR307921 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR307922 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR307923 4 0.2378 0.631 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 NA
#> SRR307924 4 0.2378 0.631 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 NA
#> SRR307925 4 0.4301 0.622 0.004 0.000 0.016 0.580 0.400 NA
#> SRR307926 4 0.3541 0.667 0.000 0.000 0.012 0.728 0.260 NA
#> SRR307927 4 0.3990 0.657 0.004 0.000 0.016 0.676 0.304 NA
#> SRR307928 4 0.3337 0.667 0.000 0.000 0.004 0.736 0.260 NA
#> SRR307929 4 0.3935 0.660 0.004 0.000 0.016 0.688 0.292 NA
#> SRR307930 4 0.5163 0.532 0.112 0.000 0.000 0.608 0.004 NA
#> SRR307931 4 0.5200 0.531 0.116 0.000 0.000 0.604 0.004 NA
#> SRR307932 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR307933 3 0.0146 0.941 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 NA
#> SRR315297 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR315298 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR315299 4 0.6999 0.588 0.112 0.000 0.016 0.528 0.172 NA
#> SRR315300 4 0.6999 0.588 0.112 0.000 0.016 0.528 0.172 NA
#> SRR315301 4 0.3695 0.664 0.000 0.000 0.016 0.712 0.272 NA
#> SRR315302 4 0.3778 0.662 0.000 0.000 0.016 0.696 0.288 NA
#> SRR315303 2 0.2416 0.828 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315304 2 0.0260 0.801 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315305 4 0.5554 0.546 0.124 0.000 0.000 0.608 0.024 NA
#> SRR315306 4 0.5554 0.546 0.124 0.000 0.000 0.608 0.024 NA
#> SRR315307 2 0.3309 0.820 0.000 0.720 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315308 2 0.3409 0.817 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315309 4 0.5368 0.547 0.112 0.000 0.000 0.624 0.020 NA
#> SRR315310 4 0.6974 0.587 0.116 0.000 0.012 0.524 0.164 NA
#> SRR315311 4 0.5589 0.544 0.128 0.000 0.000 0.604 0.024 NA
#> SRR315312 4 0.5596 0.549 0.128 0.000 0.000 0.612 0.028 NA
#> SRR315313 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315314 3 0.0146 0.940 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR315315 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315316 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315318 2 0.0632 0.802 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR315319 2 0.6468 0.449 0.000 0.432 0.000 0.324 0.028 NA
#> SRR315320 2 0.6415 0.574 0.000 0.448 0.000 0.236 0.024 NA
#> SRR315321 2 0.6156 0.651 0.000 0.504 0.000 0.180 0.024 NA
#> SRR315322 2 0.6223 0.636 0.000 0.484 0.000 0.184 0.024 NA
#> SRR315323 3 0.3343 0.763 0.000 0.000 0.796 0.176 0.004 NA
#> SRR315324 3 0.3409 0.754 0.000 0.000 0.788 0.184 0.004 NA
#> SRR315325 3 0.3343 0.763 0.000 0.000 0.796 0.176 0.004 NA
#> SRR315326 3 0.3409 0.754 0.000 0.000 0.788 0.184 0.004 NA
#> SRR315327 3 0.3679 0.733 0.000 0.000 0.772 0.192 0.012 NA
#> SRR315328 3 0.3343 0.763 0.000 0.000 0.796 0.176 0.004 NA
#> SRR315329 3 0.3409 0.754 0.000 0.000 0.788 0.184 0.004 NA
#> SRR315330 4 0.4181 0.668 0.000 0.000 0.000 0.700 0.248 NA
#> SRR315331 4 0.3337 0.667 0.000 0.000 0.004 0.736 0.260 NA
#> SRR315332 4 0.5147 0.627 0.052 0.000 0.016 0.532 0.400 NA
#> SRR315333 4 0.5147 0.627 0.052 0.000 0.016 0.532 0.400 NA
#> SRR315334 4 0.3717 0.664 0.000 0.000 0.016 0.708 0.276 NA
#> SRR315335 4 0.4245 0.633 0.004 0.000 0.016 0.604 0.376 NA
#> SRR315336 4 0.6555 0.592 0.108 0.000 0.004 0.564 0.152 NA
#> SRR315337 4 0.6885 0.592 0.108 0.000 0.016 0.544 0.160 NA
#> SRR317035 2 0.4015 0.793 0.000 0.616 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR317036 4 0.5000 0.538 0.024 0.148 0.000 0.704 0.004 NA
#> SRR317037 4 0.4960 0.539 0.024 0.148 0.000 0.708 0.004 NA
#> SRR317038 4 0.4960 0.539 0.024 0.148 0.000 0.708 0.004 NA
#> SRR317039 4 0.5452 0.494 0.024 0.160 0.000 0.652 0.004 NA
#> SRR317040 4 0.4986 0.521 0.016 0.156 0.000 0.696 0.004 NA
#> SRR317041 2 0.6425 0.577 0.000 0.412 0.000 0.212 0.024 NA
#> SRR317042 4 0.5301 0.523 0.112 0.000 0.000 0.596 0.008 NA
#> SRR317043 4 0.5301 0.523 0.112 0.000 0.000 0.596 0.008 NA
#> SRR317044 2 0.3464 0.816 0.000 0.688 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR317045 2 0.3428 0.817 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR317046 2 0.6388 0.581 0.000 0.412 0.000 0.200 0.024 NA
#> SRR317047 2 0.6372 0.587 0.000 0.416 0.000 0.196 0.024 NA
#> SRR317048 4 0.2178 0.630 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 NA
#> SRR317049 4 0.2145 0.651 0.000 0.000 0.000 0.900 0.028 NA
#> SRR317050 4 0.3352 0.626 0.056 0.000 0.000 0.820 0.004 NA
#> SRR317051 4 0.3925 0.615 0.088 0.004 0.000 0.784 0.004 NA
#> SRR317052 4 0.6372 0.479 0.116 0.056 0.000 0.536 0.008 NA
#> SRR317053 4 0.6429 0.473 0.080 0.092 0.000 0.536 0.008 NA
#> SRR317054 4 0.5077 0.530 0.024 0.148 0.000 0.696 0.004 NA
#> SRR317055 4 0.5039 0.531 0.024 0.148 0.000 0.700 0.004 NA
#> SRR317056 4 0.2178 0.630 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 NA
#> SRR317057 4 0.2219 0.630 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 NA
#> SRR317059 1 0.0622 0.710 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR317060 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR317061 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR317062 4 0.4863 0.485 0.000 0.168 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR317063 4 0.4968 0.486 0.000 0.164 0.000 0.664 0.004 NA
#> SRR317064 2 0.1387 0.817 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR317065 2 0.1267 0.814 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR317066 2 0.3428 0.816 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR317067 2 0.3428 0.816 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR317068 2 0.4015 0.793 0.000 0.616 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR317069 2 0.4015 0.793 0.000 0.616 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR768413 4 0.6921 0.589 0.112 0.000 0.016 0.540 0.160 NA
#> SRR768414 4 0.6946 0.589 0.112 0.000 0.016 0.536 0.160 NA
#> SRR387661 4 0.6885 0.592 0.108 0.000 0.016 0.544 0.160 NA
#> SRR387662 4 0.6999 0.588 0.112 0.000 0.016 0.528 0.172 NA
#> SRR768411 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR768412 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR534289 2 0.1812 0.817 0.000 0.912 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR534290 2 0.1701 0.816 0.000 0.920 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR534291 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534292 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534293 4 0.5295 0.625 0.064 0.000 0.016 0.520 0.400 NA
#> SRR534294 4 0.5247 0.626 0.060 0.000 0.016 0.524 0.400 NA
#> SRR534295 4 0.4949 0.621 0.004 0.000 0.024 0.576 0.372 NA
#> SRR534296 4 0.4949 0.621 0.004 0.000 0.024 0.576 0.372 NA
#> SRR534297 4 0.4876 0.622 0.004 0.000 0.020 0.580 0.372 NA
#> SRR534298 4 0.4876 0.622 0.004 0.000 0.020 0.580 0.372 NA
#> SRR534299 3 0.0508 0.930 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000 NA
#> SRR534300 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534301 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534302 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534303 3 0.0260 0.937 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 NA
#> SRR534304 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534305 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534306 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534307 4 0.4301 0.622 0.004 0.000 0.016 0.580 0.400 NA
#> SRR534308 4 0.4301 0.622 0.004 0.000 0.016 0.580 0.400 NA
#> SRR534309 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534310 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534311 1 0.3690 0.671 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534312 1 0.3690 0.671 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534313 1 0.3690 0.671 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534314 1 0.3690 0.671 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534315 1 0.3690 0.671 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534316 1 0.3690 0.671 0.684 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534317 2 0.1714 0.821 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534318 2 0.0632 0.802 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534319 5 0.4219 0.984 0.388 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR534320 5 0.4219 0.984 0.388 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR534321 5 0.4219 0.984 0.388 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR534322 5 0.4219 0.984 0.388 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR534323 5 0.4219 0.984 0.388 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR534324 5 0.4219 0.984 0.388 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR534325 1 0.0914 0.719 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR534326 2 0.0260 0.801 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534327 2 0.0260 0.801 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534328 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534329 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534330 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534331 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534332 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534333 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR534334 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR534335 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545685 2 0.6145 0.653 0.000 0.504 0.000 0.176 0.024 NA
#> SRR545686 2 0.5592 0.681 0.000 0.484 0.000 0.148 0.000 NA
#> SRR545687 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR545688 1 0.0458 0.725 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR545689 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR545690 1 0.3758 0.667 0.668 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR545691 2 0.1556 0.819 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545692 2 0.2092 0.824 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545693 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545694 2 0.1075 0.812 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545695 5 0.4453 0.984 0.372 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR545696 5 0.4453 0.984 0.372 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR545697 5 0.4453 0.984 0.372 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR545698 5 0.4453 0.984 0.372 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR545699 5 0.4453 0.984 0.372 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR545700 5 0.4453 0.984 0.372 0.000 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR545701 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545702 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545703 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545704 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545705 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545706 2 0.0146 0.799 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545707 2 0.3446 0.816 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545708 2 0.3499 0.814 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545709 2 0.0777 0.802 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR545710 2 0.1663 0.820 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545711 2 0.2883 0.827 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545712 2 0.3076 0.825 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545713 2 0.3607 0.806 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545714 2 0.4004 0.795 0.000 0.620 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR545715 2 0.4015 0.793 0.000 0.616 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR545716 2 0.4015 0.793 0.000 0.616 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR545717 2 0.3428 0.816 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545718 2 0.3428 0.816 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545719 2 0.2416 0.824 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545720 2 0.0000 0.800 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545721 2 0.3288 0.824 0.000 0.724 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545722 2 0.3126 0.826 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545723 2 0.6107 0.659 0.000 0.516 0.000 0.176 0.024 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.956 0.984 0.4399 0.563 0.563
#> 3 3 0.882 0.941 0.971 0.4409 0.721 0.540
#> 4 4 0.880 0.884 0.945 0.1375 0.833 0.592
#> 5 5 0.885 0.856 0.913 0.0556 0.935 0.780
#> 6 6 0.816 0.732 0.851 0.0369 0.980 0.917
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.0376 0.9814 0.004 0.996
#> SRR307913 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307914 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.9850 0.2434 0.428 0.572
#> SRR307916 2 0.9970 0.1106 0.468 0.532
#> SRR307917 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307925 2 0.8861 0.5560 0.304 0.696
#> SRR307926 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307930 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307931 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315301 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315305 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315306 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315309 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315310 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315311 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315312 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315332 1 0.9998 0.0219 0.508 0.492
#> SRR315333 2 0.9993 0.0512 0.484 0.516
#> SRR315334 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR315336 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR315337 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317039 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317040 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317041 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317048 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317049 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317050 2 0.2043 0.9539 0.032 0.968
#> SRR317051 2 0.4690 0.8786 0.100 0.900
#> SRR317052 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317054 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317055 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317056 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317057 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317059 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR768413 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR768414 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR387661 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR387662 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534293 1 0.9661 0.3490 0.608 0.392
#> SRR534294 1 0.9661 0.3490 0.608 0.392
#> SRR534295 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.6048 0.8173 0.148 0.852
#> SRR534298 2 0.1184 0.9699 0.016 0.984
#> SRR534299 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534308 2 0.0376 0.9814 0.004 0.996
#> SRR534309 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9794 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307907 2 0.6008 0.498 0 0.628 0.372
#> SRR307908 2 0.6111 0.441 0 0.604 0.396
#> SRR307909 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307911 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307912 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307913 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307914 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307915 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307916 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307917 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR307921 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.5926 0.532 0 0.644 0.356
#> SRR307924 3 0.4399 0.749 0 0.188 0.812
#> SRR307925 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307930 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307931 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR315299 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315300 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315301 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315305 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315306 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315309 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315310 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315311 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315312 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315320 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315321 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315322 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315323 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315324 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315325 2 0.4452 0.796 0 0.808 0.192
#> SRR315326 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315327 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315328 2 0.4452 0.796 0 0.808 0.192
#> SRR315329 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR315330 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315332 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315336 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR315337 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317036 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317037 3 0.3816 0.814 0 0.148 0.852
#> SRR317038 3 0.0747 0.972 0 0.016 0.984
#> SRR317039 3 0.3551 0.835 0 0.132 0.868
#> SRR317040 3 0.2165 0.918 0 0.064 0.936
#> SRR317041 2 0.4555 0.787 0 0.800 0.200
#> SRR317042 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317043 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR317047 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR317048 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317049 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317050 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317051 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317052 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317053 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317054 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317055 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317056 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317057 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR317059 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR317063 2 0.4399 0.801 0 0.812 0.188
#> SRR317064 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR768414 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR387661 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR387662 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534293 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR534294 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.0592 0.977 0 0.012 0.988
#> SRR534296 3 0.0592 0.977 0 0.012 0.988
#> SRR534297 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR534298 3 0.0424 0.981 0 0.008 0.992
#> SRR534299 2 0.4062 0.798 0 0.836 0.164
#> SRR534300 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534303 2 0.6192 0.292 0 0.580 0.420
#> SRR534304 2 0.5016 0.693 0 0.760 0.240
#> SRR534305 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.988 0 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0592 0.935 0 0.988 0.012
#> SRR545686 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.942 0 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.1964 0.907 0 0.944 0.056
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR307898 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR307899 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR307900 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR307901 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.2976 0.8683 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR307906 2 0.2480 0.8964 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR307907 3 0.0817 0.8887 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307908 3 0.0817 0.8887 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307909 2 0.1042 0.9432 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR307910 2 0.0336 0.9510 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR307911 4 0.4830 0.4015 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR307912 4 0.4790 0.4294 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR307913 3 0.0921 0.8855 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR307914 3 0.0188 0.8921 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR307915 3 0.0592 0.8896 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR307916 3 0.1557 0.8638 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR307917 2 0.1970 0.9180 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR307918 2 0.1356 0.9364 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR307919 4 0.4817 0.4114 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR307920 3 0.0817 0.8887 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307921 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR307922 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR307923 3 0.6561 0.3267 0.000 0.092 0.564 0.344
#> SRR307924 3 0.5947 0.3037 0.000 0.044 0.572 0.384
#> SRR307925 4 0.4746 0.4545 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR307926 3 0.0000 0.8918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.8918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.8918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.8918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307930 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR307931 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR307932 2 0.0336 0.9502 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR315298 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR315299 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315300 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315301 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315302 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315303 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315306 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315307 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315310 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315311 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315312 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315313 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.2868 0.8531 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR315316 2 0.3123 0.8322 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.1557 0.8750 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR315320 3 0.1767 0.8813 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315321 3 0.1677 0.8840 0.000 0.040 0.948 0.012
#> SRR315322 3 0.1488 0.8882 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR315323 3 0.0895 0.8902 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315324 3 0.1209 0.8884 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR315325 3 0.0927 0.8912 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR315326 3 0.1209 0.8884 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR315327 3 0.1209 0.8884 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR315328 3 0.0895 0.8902 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315329 3 0.1022 0.8873 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR315330 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315331 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315332 3 0.4522 0.4887 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR315333 3 0.3907 0.6568 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR315334 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315335 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315336 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR315337 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317035 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR317036 3 0.3726 0.6907 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR317037 3 0.1022 0.8838 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR317038 3 0.1022 0.8838 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR317039 4 0.5550 0.1741 0.000 0.020 0.428 0.552
#> SRR317040 3 0.4994 0.0839 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR317041 3 0.1767 0.8813 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR317042 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317043 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317044 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 3 0.2973 0.7826 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR317047 3 0.2466 0.8368 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR317048 3 0.0921 0.8855 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR317049 3 0.0188 0.8921 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR317050 3 0.2647 0.8136 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR317051 3 0.2530 0.8187 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR317052 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317053 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317054 3 0.1022 0.8838 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR317055 3 0.1022 0.8838 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR317056 3 0.0188 0.8921 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR317057 3 0.0000 0.8918 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317059 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR317060 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR317061 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR317062 3 0.1356 0.8830 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR317063 3 0.1452 0.8806 0.000 0.036 0.956 0.008
#> SRR317064 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR317067 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR317068 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR317069 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR768413 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR768414 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR387661 4 0.0592 0.9076 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR387662 4 0.0817 0.9012 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR768411 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR768412 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR534289 2 0.0188 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR534290 2 0.0188 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR534291 2 0.2704 0.8647 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR534292 2 0.2760 0.8608 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR534293 3 0.4730 0.3810 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR534294 3 0.4855 0.2772 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR534295 3 0.1545 0.8799 0.000 0.008 0.952 0.040
#> SRR534296 3 0.1256 0.8868 0.000 0.008 0.964 0.028
#> SRR534297 3 0.4331 0.5560 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR534298 3 0.4228 0.6542 0.000 0.008 0.760 0.232
#> SRR534299 2 0.3763 0.8254 0.000 0.832 0.144 0.024
#> SRR534300 2 0.1940 0.9063 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR534301 2 0.1637 0.9172 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR534302 2 0.2281 0.8891 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR534303 2 0.6732 0.4889 0.000 0.612 0.168 0.220
#> SRR534304 2 0.4452 0.7852 0.000 0.796 0.156 0.048
#> SRR534305 2 0.3024 0.8411 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR534306 2 0.2868 0.8520 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR534307 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR534308 3 0.0469 0.8915 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR534309 2 0.3172 0.8275 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR534310 2 0.3172 0.8275 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0188 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR534319 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.3688 0.7002 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR545686 2 0.5000 -0.1085 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR545687 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR545688 1 0.0336 0.9957 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR545689 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR545708 2 0.0672 0.9481 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR545709 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0188 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545713 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR545714 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR545715 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR545716 2 0.0336 0.9510 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR545717 2 0.0804 0.9463 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR545718 2 0.0672 0.9481 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR545719 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0188 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545722 2 0.0188 0.9522 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545723 3 0.3486 0.7264 0.000 0.188 0.812 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.2659 0.9230 0.888 0.000 0.060 0.052 0.000
#> SRR307898 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.3074 0.8184 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR307906 2 0.2424 0.8866 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR307907 5 0.2891 0.7384 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR307908 5 0.2891 0.7384 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR307909 2 0.2773 0.8537 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR307910 2 0.2605 0.8708 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.5243 0.6297 0.000 0.000 0.680 0.188 0.132
#> SRR307912 3 0.5223 0.5942 0.000 0.000 0.672 0.220 0.108
#> SRR307913 5 0.3934 0.6706 0.000 0.000 0.276 0.008 0.716
#> SRR307914 5 0.0162 0.8616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR307915 5 0.4630 0.4109 0.000 0.000 0.396 0.016 0.588
#> SRR307916 3 0.4827 -0.0652 0.000 0.000 0.504 0.020 0.476
#> SRR307917 2 0.2280 0.8961 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.2179 0.9022 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.5227 0.6085 0.000 0.000 0.676 0.208 0.116
#> SRR307920 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.1768 0.9525 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR307922 1 0.3543 0.8739 0.828 0.000 0.112 0.060 0.000
#> SRR307923 4 0.5674 0.6428 0.000 0.016 0.224 0.656 0.104
#> SRR307924 4 0.5990 0.5703 0.000 0.008 0.224 0.612 0.156
#> SRR307925 3 0.4885 0.4996 0.000 0.000 0.668 0.276 0.056
#> SRR307926 5 0.3707 0.6686 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR307927 5 0.3707 0.6686 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR307928 5 0.3684 0.6726 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR307929 5 0.3838 0.6677 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR307930 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307932 2 0.0162 0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0510 0.9316 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR315300 4 0.0880 0.9212 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR315301 5 0.0880 0.8473 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR315302 5 0.1341 0.8345 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR315303 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0290 0.9331 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR315306 4 0.0162 0.9329 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315310 4 0.0404 0.9328 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315311 4 0.0290 0.9331 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR315312 4 0.0404 0.9328 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0955 0.9404 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR315316 2 0.3010 0.7729 0.000 0.824 0.172 0.000 0.004
#> SRR315318 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315320 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315321 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315322 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315323 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315324 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315325 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315326 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315327 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315328 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315329 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315330 5 0.0609 0.8529 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315331 5 0.0794 0.8506 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR315332 3 0.5498 0.6393 0.000 0.000 0.612 0.096 0.292
#> SRR315333 3 0.5329 0.6040 0.000 0.000 0.596 0.068 0.336
#> SRR315334 5 0.2561 0.7367 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR315335 5 0.4114 0.1882 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR315336 4 0.0404 0.9328 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR315337 4 0.0510 0.9316 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR317035 2 0.2074 0.9080 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR317036 5 0.3814 0.6980 0.000 0.000 0.068 0.124 0.808
#> SRR317037 5 0.3934 0.6706 0.000 0.000 0.276 0.008 0.716
#> SRR317038 5 0.3934 0.6706 0.000 0.000 0.276 0.008 0.716
#> SRR317039 4 0.4134 0.7407 0.000 0.000 0.224 0.744 0.032
#> SRR317040 4 0.5437 0.6323 0.000 0.000 0.220 0.652 0.128
#> SRR317041 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317042 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317047 5 0.0000 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317048 5 0.3934 0.6706 0.000 0.000 0.276 0.008 0.716
#> SRR317049 5 0.0162 0.8616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317050 5 0.0955 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968
#> SRR317051 5 0.0955 0.8462 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968
#> SRR317052 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317053 4 0.0000 0.9325 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317054 5 0.3934 0.6706 0.000 0.000 0.276 0.008 0.716
#> SRR317055 5 0.3934 0.6706 0.000 0.000 0.276 0.008 0.716
#> SRR317056 5 0.0162 0.8616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317057 5 0.0162 0.8616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317059 1 0.3016 0.8973 0.848 0.000 0.132 0.020 0.000
#> SRR317060 1 0.1908 0.9432 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.1792 0.9480 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR317062 5 0.0162 0.8616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317063 5 0.0162 0.8616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317064 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.1965 0.9124 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.1965 0.9124 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.2020 0.9099 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.2280 0.8965 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0609 0.9298 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR768414 4 0.0609 0.9298 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR387661 4 0.0609 0.9298 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR387662 4 0.1341 0.9002 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR768411 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0324 0.9565 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR534292 2 0.0451 0.9548 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR534293 3 0.5240 0.6609 0.000 0.000 0.660 0.096 0.244
#> SRR534294 3 0.5237 0.6629 0.000 0.000 0.664 0.100 0.236
#> SRR534295 3 0.3966 0.5835 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR534296 3 0.3966 0.5835 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR534297 3 0.5004 0.6565 0.000 0.000 0.672 0.072 0.256
#> SRR534298 3 0.4780 0.6418 0.000 0.000 0.672 0.048 0.280
#> SRR534299 3 0.4455 0.3376 0.000 0.404 0.588 0.008 0.000
#> SRR534300 2 0.0963 0.9380 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0162 0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.5101 0.4308 0.000 0.356 0.604 0.032 0.008
#> SRR534304 3 0.4595 0.3419 0.000 0.400 0.588 0.008 0.004
#> SRR534305 2 0.1430 0.9287 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR534306 2 0.0771 0.9506 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR534307 3 0.4192 0.4863 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR534308 3 0.4182 0.4922 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR534309 3 0.4562 0.0492 0.000 0.492 0.500 0.000 0.008
#> SRR534310 2 0.4276 0.3396 0.000 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR534311 1 0.0162 0.9756 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0162 0.9756 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0162 0.9756 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0162 0.9756 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0162 0.9756 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0162 0.9756 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 5 0.0510 0.8485 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR545686 5 0.3508 0.4179 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR545687 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.1410 0.9596 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.1965 0.9124 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.1965 0.9124 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1965 0.9071 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.2377 0.8767 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.1732 0.9194 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.1270 0.9343 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.1965 0.9124 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.1965 0.9124 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 5 0.0404 0.8523 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.4350 0.8022 0.696 0.000 0.000 0.020 0.256 0.028
#> SRR307898 1 0.3487 0.8390 0.756 0.000 0.000 0.020 0.224 0.000
#> SRR307899 1 0.3345 0.8486 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204 0.000
#> SRR307900 1 0.3345 0.8486 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204 0.000
#> SRR307901 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.5228 0.6110 0.000 0.612 0.000 0.196 0.192 0.000
#> SRR307906 2 0.4974 0.6582 0.000 0.648 0.000 0.160 0.192 0.000
#> SRR307907 3 0.4931 0.2850 0.000 0.000 0.592 0.324 0.084 0.000
#> SRR307908 3 0.5024 0.2597 0.000 0.000 0.572 0.340 0.088 0.000
#> SRR307909 2 0.6407 0.3781 0.000 0.484 0.000 0.248 0.236 0.032
#> SRR307910 2 0.5884 0.5441 0.000 0.568 0.000 0.172 0.236 0.024
#> SRR307911 4 0.4128 0.6192 0.000 0.000 0.048 0.788 0.064 0.100
#> SRR307912 4 0.2983 0.6132 0.000 0.000 0.032 0.832 0.000 0.136
#> SRR307913 5 0.6128 0.8183 0.000 0.000 0.340 0.316 0.344 0.000
#> SRR307914 3 0.2209 0.7035 0.000 0.000 0.904 0.040 0.052 0.004
#> SRR307915 4 0.6674 -0.5501 0.000 0.000 0.208 0.412 0.336 0.044
#> SRR307916 4 0.6733 -0.5117 0.000 0.000 0.204 0.424 0.320 0.052
#> SRR307917 2 0.4634 0.7015 0.000 0.688 0.000 0.124 0.188 0.000
#> SRR307918 2 0.4545 0.7090 0.000 0.696 0.000 0.112 0.192 0.000
#> SRR307919 4 0.4166 0.6159 0.000 0.000 0.044 0.784 0.068 0.104
#> SRR307920 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307921 1 0.3819 0.8043 0.700 0.000 0.000 0.020 0.280 0.000
#> SRR307922 1 0.4530 0.7611 0.648 0.000 0.000 0.020 0.308 0.024
#> SRR307923 6 0.6633 0.0724 0.000 0.028 0.132 0.024 0.408 0.408
#> SRR307924 5 0.6458 -0.1920 0.000 0.016 0.136 0.024 0.428 0.396
#> SRR307925 4 0.3110 0.5731 0.000 0.000 0.012 0.792 0.000 0.196
#> SRR307926 3 0.6129 -0.8440 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340 0.000
#> SRR307927 3 0.6129 -0.8440 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340 0.000
#> SRR307928 3 0.6129 -0.8440 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340 0.000
#> SRR307929 5 0.6129 0.8132 0.000 0.000 0.340 0.320 0.340 0.000
#> SRR307930 6 0.0458 0.9145 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR307931 6 0.0363 0.9180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR307932 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.3345 0.8486 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204 0.000
#> SRR315298 1 0.3345 0.8486 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204 0.000
#> SRR315299 6 0.0146 0.9252 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315300 6 0.0458 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR315301 3 0.1663 0.7068 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR315302 3 0.2402 0.6621 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 6 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 6 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 6 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 6 0.0146 0.9252 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315311 6 0.0146 0.9252 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315312 6 0.0146 0.9252 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315313 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0146 0.9003 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.1007 0.8820 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR315316 2 0.2219 0.8123 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315320 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315321 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315322 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315330 3 0.3469 0.6289 0.000 0.000 0.808 0.104 0.088 0.000
#> SRR315331 3 0.4328 0.5402 0.000 0.000 0.720 0.180 0.100 0.000
#> SRR315332 4 0.4519 0.6168 0.000 0.000 0.148 0.724 0.008 0.120
#> SRR315333 4 0.4746 0.5245 0.000 0.000 0.232 0.676 0.008 0.084
#> SRR315334 3 0.4783 0.4163 0.000 0.000 0.636 0.276 0.088 0.000
#> SRR315335 3 0.5190 -0.0456 0.000 0.000 0.464 0.448 0.088 0.000
#> SRR315336 6 0.0291 0.9225 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR315337 6 0.0146 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR317035 2 0.4565 0.6927 0.000 0.684 0.000 0.096 0.220 0.000
#> SRR317036 3 0.4316 0.4723 0.000 0.000 0.728 0.020 0.208 0.044
#> SRR317037 5 0.6126 0.8138 0.000 0.000 0.344 0.312 0.344 0.000
#> SRR317038 3 0.6126 -0.8445 0.000 0.000 0.344 0.312 0.344 0.000
#> SRR317039 6 0.4726 0.4260 0.000 0.008 0.004 0.024 0.424 0.540
#> SRR317040 6 0.5848 0.1918 0.000 0.000 0.104 0.024 0.416 0.456
#> SRR317041 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317042 6 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 6 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317048 5 0.6128 0.8183 0.000 0.000 0.340 0.316 0.344 0.000
#> SRR317049 3 0.2839 0.6682 0.000 0.000 0.860 0.092 0.044 0.004
#> SRR317050 3 0.3652 0.6281 0.000 0.000 0.820 0.080 0.072 0.028
#> SRR317051 3 0.4000 0.6013 0.000 0.000 0.796 0.092 0.076 0.036
#> SRR317052 6 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317053 6 0.0000 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317054 5 0.6125 0.8178 0.000 0.000 0.340 0.312 0.348 0.000
#> SRR317055 5 0.6125 0.8178 0.000 0.000 0.340 0.312 0.348 0.000
#> SRR317056 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317057 3 0.0260 0.7497 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR317059 1 0.4064 0.7582 0.644 0.000 0.000 0.020 0.336 0.000
#> SRR317060 1 0.3859 0.7984 0.692 0.000 0.000 0.020 0.288 0.000
#> SRR317061 1 0.3819 0.8043 0.700 0.000 0.000 0.020 0.280 0.000
#> SRR317062 3 0.3123 0.6215 0.000 0.000 0.824 0.040 0.136 0.000
#> SRR317063 3 0.2999 0.6369 0.000 0.000 0.836 0.040 0.124 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.4633 0.6866 0.000 0.676 0.000 0.100 0.224 0.000
#> SRR317067 2 0.4657 0.6828 0.000 0.672 0.000 0.100 0.228 0.000
#> SRR317068 2 0.4791 0.6595 0.000 0.652 0.000 0.104 0.244 0.000
#> SRR317069 2 0.4911 0.6247 0.000 0.624 0.000 0.100 0.276 0.000
#> SRR768413 6 0.0146 0.9252 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR768414 6 0.0146 0.9252 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR387661 6 0.0146 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR387662 6 0.0146 0.9250 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR768411 1 0.3345 0.8486 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204 0.000
#> SRR768412 1 0.3345 0.8486 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0458 0.8959 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0632 0.8925 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.3932 0.6301 0.000 0.000 0.108 0.776 0.004 0.112
#> SRR534294 4 0.3932 0.6301 0.000 0.000 0.108 0.776 0.004 0.112
#> SRR534295 4 0.4061 0.5735 0.000 0.000 0.164 0.748 0.088 0.000
#> SRR534296 4 0.3806 0.5800 0.000 0.000 0.164 0.768 0.068 0.000
#> SRR534297 4 0.3501 0.6365 0.000 0.000 0.116 0.804 0.000 0.080
#> SRR534298 4 0.3384 0.6343 0.000 0.000 0.120 0.812 0.000 0.068
#> SRR534299 4 0.4620 0.3577 0.000 0.368 0.000 0.584 0.000 0.048
#> SRR534300 2 0.2135 0.8200 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0260 0.8992 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0458 0.8965 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR534303 4 0.4368 0.4385 0.000 0.272 0.000 0.672 0.000 0.056
#> SRR534304 4 0.4332 0.3729 0.000 0.352 0.000 0.616 0.000 0.032
#> SRR534305 2 0.2697 0.8179 0.000 0.864 0.000 0.092 0.044 0.000
#> SRR534306 2 0.2856 0.8085 0.000 0.856 0.000 0.068 0.076 0.000
#> SRR534307 4 0.4801 0.4585 0.000 0.000 0.280 0.632 0.088 0.000
#> SRR534308 4 0.4801 0.4585 0.000 0.000 0.280 0.632 0.088 0.000
#> SRR534309 2 0.4234 0.1812 0.000 0.544 0.000 0.440 0.016 0.000
#> SRR534310 2 0.3953 0.4834 0.000 0.656 0.000 0.328 0.016 0.000
#> SRR534311 1 0.0692 0.9111 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR534312 1 0.0692 0.9111 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR534313 1 0.0692 0.9111 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR534314 1 0.0547 0.9117 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR534315 1 0.0547 0.9117 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR534316 1 0.0547 0.9117 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0146 0.9131 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534320 1 0.0146 0.9131 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534321 1 0.0146 0.9131 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9131 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 3 0.2668 0.4977 0.000 0.168 0.828 0.000 0.004 0.000
#> SRR545687 1 0.3432 0.8430 0.764 0.000 0.000 0.020 0.216 0.000
#> SRR545688 1 0.3460 0.8410 0.760 0.000 0.000 0.020 0.220 0.000
#> SRR545689 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0146 0.9128 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.4328 0.7214 0.000 0.716 0.000 0.092 0.192 0.000
#> SRR545708 2 0.4299 0.7237 0.000 0.720 0.000 0.092 0.188 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.2491 0.8076 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545714 2 0.2854 0.7684 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR545715 2 0.1501 0.8649 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR545716 2 0.1327 0.8704 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR545717 2 0.4328 0.7207 0.000 0.716 0.000 0.092 0.192 0.000
#> SRR545718 2 0.4299 0.7237 0.000 0.720 0.000 0.092 0.188 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9014 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0146 0.9003 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545723 3 0.0000 0.7531 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.988 0.319 0.670 0.670
#> 3 3 0.758 0.893 0.946 0.310 0.940 0.911
#> 4 4 0.579 0.769 0.886 0.305 0.917 0.865
#> 5 5 0.687 0.807 0.892 0.229 0.794 0.611
#> 6 6 0.758 0.893 0.898 0.071 0.924 0.764
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR307898 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR307899 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR307900 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR307901 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR307912 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR307913 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307914 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307916 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307917 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR307920 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR307922 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR307923 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR307924 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR307925 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR307926 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307931 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR315298 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR315299 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315300 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315301 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR315302 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR315303 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315305 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315306 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315309 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315310 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315311 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315312 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315332 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315333 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315334 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR315337 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317039 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR317040 2 0.2603 0.955 0.044 0.956
#> SRR317041 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317042 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317043 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317048 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317049 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317050 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317051 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317052 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317054 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317055 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317056 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR317057 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR317059 1 0.7219 0.805 0.800 0.200
#> SRR317060 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR317061 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR317062 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR768413 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR768414 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR387661 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR387662 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR768412 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534289 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR534294 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR534295 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534298 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR534308 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR534309 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534312 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534313 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534314 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534315 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534316 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534317 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534320 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534321 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534322 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534323 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534324 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534325 1 0.3114 0.984 0.944 0.056
#> SRR534326 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534329 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534330 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534331 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534332 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534333 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR534334 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545688 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545689 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545690 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545691 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545696 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545697 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545698 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545699 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545700 1 0.2603 0.996 0.956 0.044
#> SRR545701 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR307908 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR307909 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307911 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR307912 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR307913 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR307914 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR307915 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR307916 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR307917 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR307920 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR307921 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR307924 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR307925 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR307926 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR307927 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR307928 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR307929 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR307930 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307931 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315300 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315301 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR315302 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR315303 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315306 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315310 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315311 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315312 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315320 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315321 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315322 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315323 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315324 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315325 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315326 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315327 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315328 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315329 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR315330 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR315331 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR315332 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR315333 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR315334 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR315335 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR315336 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR315337 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR317037 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR317038 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR317039 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR317040 3 0.5988 1.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR317041 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR317042 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317043 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR317047 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
#> SRR317048 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR317049 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR317050 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR317051 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR317052 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317054 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR317055 2 0.4555 0.626 0.000 0.800 0.200
#> SRR317056 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR317057 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR317059 1 0.4555 0.550 0.800 0.200 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR317063 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR317064 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR768414 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR387661 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR387662 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR534294 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR534295 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR534296 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR534297 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR534298 2 0.2261 0.877 0.000 0.932 0.068
#> SRR534299 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR534308 2 0.2356 0.874 0.000 0.928 0.072
#> SRR534309 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0592 0.972 0.988 0.012 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.1163 0.906 0.000 0.972 0.028
#> SRR545686 2 0.1163 0.906 0.000 0.972 0.028
#> SRR545687 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.922 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.4750 0.672 0.000 0.784 0.216
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307907 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR307908 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR307909 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR307912 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR307913 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307914 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR307915 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307916 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307917 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR307920 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR307921 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR307924 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR307925 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR307926 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307927 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307928 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307929 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307930 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR307931 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR307932 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315300 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315301 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR315302 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR315303 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315306 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315307 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315310 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315311 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315312 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315313 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315320 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315321 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315322 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315323 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315324 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315325 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315326 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315327 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315328 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315329 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR315330 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR315331 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR315332 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR315333 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR315334 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR315335 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR315336 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR315337 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR317035 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR317037 4 0.3528 0.872 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR317038 4 0.3528 0.872 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR317039 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR317040 3 0.4103 1.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR317041 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR317042 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR317043 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR317044 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR317047 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR317048 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR317049 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR317050 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR317051 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR317052 2 0.3764 0.566 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR317053 2 0.3764 0.566 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR317054 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR317055 4 0.2921 0.976 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR317056 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR317057 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR317059 1 0.3751 0.589 0.800 0.196 0.000 0.004
#> SRR317060 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR317063 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR317064 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR768414 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR387661 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR387662 2 0.4888 0.169 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR768411 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR534294 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR534295 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR534296 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR534297 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR534298 2 0.3877 0.744 0.000 0.840 0.048 0.112
#> SRR534299 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534307 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR534308 2 0.3899 0.743 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR534309 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0469 0.966 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR534329 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR534330 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR534331 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR534332 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR534333 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR534334 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.1610 0.800 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR545686 2 0.1610 0.800 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR545687 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.980 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545690 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545691 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545696 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545697 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545698 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545699 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545700 1 0.1411 0.969 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR545701 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.821 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.6338 0.480 0.000 0.644 0.236 0.120
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR307908 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307911 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR307912 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR307913 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307914 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR307915 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307916 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307917 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307919 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR307920 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR307924 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR307925 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR307926 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307927 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307928 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307929 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR307930 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR307931 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315300 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315301 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR315302 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR315303 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315306 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315310 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315311 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315312 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR315316 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315320 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315321 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315322 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR315330 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR315331 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR315332 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR315333 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR315334 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR315335 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR315336 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR315337 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317036 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR317037 4 0.1915 0.911 0.000 0.040 0.032 0.928 0.000
#> SRR317038 4 0.1915 0.911 0.000 0.040 0.032 0.928 0.000
#> SRR317039 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR317040 5 0.3109 1.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR317041 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR317042 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR317043 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR317044 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR317045 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR317046 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR317047 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR317048 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR317049 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR317050 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR317051 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR317052 2 0.3659 0.632 0.000 0.768 0.012 0.220 0.000
#> SRR317053 2 0.3659 0.632 0.000 0.768 0.012 0.220 0.000
#> SRR317054 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR317055 4 0.0703 0.983 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR317056 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR317057 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR317059 1 0.3511 0.629 0.800 0.184 0.012 0.004 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR317063 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768413 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR768414 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR387661 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR387662 2 0.4789 0.382 0.000 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR534294 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR534295 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR534296 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR534297 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR534298 3 0.3741 0.780 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> SRR534299 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR534304 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR534305 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR534306 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR534307 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR534308 3 0.3741 0.778 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR534309 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR534310 2 0.0703 0.858 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0404 0.917 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR534329 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR534330 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR534331 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR534332 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR534333 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR534334 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.4074 0.219 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.4074 0.219 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545690 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545691 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545696 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545697 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545698 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545699 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545700 1 0.3109 0.864 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR545701 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.0703 0.649 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR307898 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR307899 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR307900 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR307901 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307906 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307907 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR307908 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR307909 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307910 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307911 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR307912 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR307913 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307914 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR307915 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307916 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307917 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307918 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307919 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR307920 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR307921 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR307922 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR307923 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR307924 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR307925 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR307926 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307927 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307928 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307929 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307930 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR307931 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR307932 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR315298 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR315299 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315300 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315301 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR315302 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR315303 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315306 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315307 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315310 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315311 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315312 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315313 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR315316 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR315318 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315320 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315321 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315322 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315323 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315324 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315325 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315326 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315327 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315328 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315329 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR315330 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR315331 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR315332 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR315333 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR315334 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR315335 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR315336 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR315337 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR317035 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR317036 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR317037 4 0.1838 0.914 0.000 0.040 0.000 0.928 0.012 0.020
#> SRR317038 4 0.1838 0.914 0.000 0.040 0.000 0.928 0.012 0.020
#> SRR317039 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR317040 3 0.0260 1.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR317041 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR317042 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR317043 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR317044 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR317045 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR317046 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR317047 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR317048 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR317049 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR317050 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR317051 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR317052 6 0.4293 0.676 0.000 0.448 0.000 0.004 0.012 0.536
#> SRR317053 6 0.4293 0.676 0.000 0.448 0.000 0.004 0.012 0.536
#> SRR317054 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR317055 4 0.1075 0.983 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR317056 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR317057 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR317059 1 0.5986 0.611 0.536 0.184 0.000 0.004 0.012 0.264
#> SRR317060 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR317061 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR317062 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR317063 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR317064 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR317067 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR317068 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR317069 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR768413 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR768414 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR387661 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR387662 6 0.3812 0.967 0.000 0.264 0.000 0.000 0.024 0.712
#> SRR768411 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR768412 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR534289 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR534294 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR534295 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR534296 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR534297 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR534298 5 0.4121 0.810 0.000 0.208 0.000 0.004 0.732 0.056
#> SRR534299 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR534304 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR534305 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR534306 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR534307 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR534308 5 0.4121 0.809 0.000 0.208 0.004 0.000 0.732 0.056
#> SRR534309 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR534310 2 0.1844 0.896 0.000 0.924 0.004 0.048 0.000 0.024
#> SRR534311 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534312 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534313 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534314 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534315 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534316 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534317 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534320 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534321 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534322 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534323 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534324 1 0.3023 0.900 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR534325 1 0.3287 0.893 0.768 0.012 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR534326 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.3659 0.227 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR545686 2 0.3659 0.227 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR545687 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR545688 1 0.3221 0.896 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR545689 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0260 0.818 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545708 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545709 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545718 2 0.0146 0.968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545719 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.971 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 5 0.0632 0.706 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.207 0.723 0.780 0.3553 0.670 0.670
#> 3 3 0.185 0.416 0.708 0.4485 0.753 0.641
#> 4 4 0.335 0.684 0.715 0.2156 0.711 0.475
#> 5 5 0.411 0.670 0.686 0.0990 0.939 0.827
#> 6 6 0.488 0.732 0.686 0.0723 0.943 0.805
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR307898 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR307899 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR307900 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR307901 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR307906 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR307907 2 0.904 0.677 0.320 0.680
#> SRR307908 2 0.904 0.677 0.320 0.680
#> SRR307909 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR307910 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR307911 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR307912 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR307913 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR307914 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR307915 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR307916 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR307917 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR307918 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR307919 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR307920 2 0.839 0.693 0.268 0.732
#> SRR307921 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR307922 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR307923 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR307924 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR307925 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR307926 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR307927 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR307928 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR307929 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR307930 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR307931 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR307932 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR315298 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR315299 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315300 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315301 2 0.949 0.645 0.368 0.632
#> SRR315302 2 0.949 0.645 0.368 0.632
#> SRR315303 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315305 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315306 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315307 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315309 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315310 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315311 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315312 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315313 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.402 0.703 0.080 0.920
#> SRR315316 2 0.402 0.703 0.080 0.920
#> SRR315318 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.839 0.693 0.268 0.732
#> SRR315320 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315321 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315322 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315323 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315324 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315325 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315326 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315327 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315328 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315329 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR315330 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR315331 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR315332 2 0.895 0.672 0.312 0.688
#> SRR315333 2 0.895 0.672 0.312 0.688
#> SRR315334 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR315335 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR315336 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR315337 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR317035 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR317036 2 0.839 0.693 0.268 0.732
#> SRR317037 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR317038 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR317039 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR317040 2 0.939 0.635 0.356 0.644
#> SRR317041 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR317042 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR317043 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR317044 2 0.358 0.707 0.068 0.932
#> SRR317045 2 0.358 0.707 0.068 0.932
#> SRR317046 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR317047 2 0.844 0.691 0.272 0.728
#> SRR317048 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR317049 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR317050 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR317051 2 0.881 0.676 0.300 0.700
#> SRR317052 2 0.955 0.407 0.376 0.624
#> SRR317053 2 0.955 0.407 0.376 0.624
#> SRR317054 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR317055 2 0.973 0.584 0.404 0.596
#> SRR317056 2 0.949 0.645 0.368 0.632
#> SRR317057 2 0.949 0.645 0.368 0.632
#> SRR317059 1 0.992 0.741 0.552 0.448
#> SRR317060 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR317061 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR317062 2 0.904 0.677 0.320 0.680
#> SRR317063 2 0.904 0.677 0.320 0.680
#> SRR317064 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR317067 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR317068 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR317069 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR768413 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR768414 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR387661 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR387662 2 0.969 0.345 0.396 0.604
#> SRR768411 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR768412 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR534289 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.963 0.629 0.388 0.612
#> SRR534294 2 0.963 0.629 0.388 0.612
#> SRR534295 2 0.904 0.677 0.320 0.680
#> SRR534296 2 0.904 0.677 0.320 0.680
#> SRR534297 2 0.909 0.674 0.324 0.676
#> SRR534298 2 0.909 0.674 0.324 0.676
#> SRR534299 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.295 0.720 0.052 0.948
#> SRR534304 2 0.295 0.720 0.052 0.948
#> SRR534305 2 0.260 0.721 0.044 0.956
#> SRR534306 2 0.260 0.721 0.044 0.956
#> SRR534307 2 0.949 0.645 0.368 0.632
#> SRR534308 2 0.949 0.645 0.368 0.632
#> SRR534309 2 0.260 0.721 0.044 0.956
#> SRR534310 2 0.260 0.721 0.044 0.956
#> SRR534311 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534312 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534313 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534314 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534315 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534316 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534317 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534320 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534321 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534322 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534323 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534324 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534325 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534326 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534329 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534330 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534331 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534332 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534333 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR534334 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.574 0.729 0.136 0.864
#> SRR545686 2 0.456 0.743 0.096 0.904
#> SRR545687 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR545688 1 0.929 0.975 0.656 0.344
#> SRR545689 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545690 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545691 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545696 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545697 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545698 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545699 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545700 1 0.943 0.985 0.640 0.360
#> SRR545701 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR545708 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR545709 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.163 0.740 0.024 0.976
#> SRR545714 2 0.163 0.740 0.024 0.976
#> SRR545715 2 0.163 0.740 0.024 0.976
#> SRR545716 2 0.163 0.740 0.024 0.976
#> SRR545717 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR545718 2 0.311 0.740 0.056 0.944
#> SRR545719 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.000 0.742 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.775 0.708 0.228 0.772
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR307898 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR307899 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR307900 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR307901 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR307902 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR307903 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR307904 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR307905 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR307906 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR307907 2 0.8570 -0.48137 0.096 0.476 0.428
#> SRR307908 2 0.8570 -0.48137 0.096 0.476 0.428
#> SRR307909 2 0.6100 0.49264 0.096 0.784 0.120
#> SRR307910 2 0.6100 0.49264 0.096 0.784 0.120
#> SRR307911 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR307912 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR307913 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR307914 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR307915 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR307916 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR307917 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR307918 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR307919 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR307920 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR307921 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR307922 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR307923 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR307924 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR307925 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR307926 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR307927 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR307928 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR307929 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR307930 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR307931 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR307932 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR307933 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR315297 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR315298 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR315299 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR315300 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR315301 3 0.8655 0.61929 0.108 0.380 0.512
#> SRR315302 3 0.8655 0.61929 0.108 0.380 0.512
#> SRR315303 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR315306 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR315307 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR315308 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR315309 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR315310 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR315311 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR315312 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR315313 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.3550 0.53398 0.024 0.896 0.080
#> SRR315316 2 0.3550 0.53398 0.024 0.896 0.080
#> SRR315318 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR315319 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315320 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315321 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315322 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315323 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315324 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315325 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315326 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315327 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315328 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315329 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR315330 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR315331 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR315332 2 0.9014 -0.39022 0.136 0.484 0.380
#> SRR315333 2 0.9014 -0.39022 0.136 0.484 0.380
#> SRR315334 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR315335 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR315336 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR315337 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR317035 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR317036 2 0.8872 -0.31468 0.132 0.520 0.348
#> SRR317037 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR317038 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR317039 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR317040 3 0.8326 0.58716 0.080 0.432 0.488
#> SRR317041 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR317042 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR317043 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR317044 2 0.3325 0.54306 0.020 0.904 0.076
#> SRR317045 2 0.3325 0.54306 0.020 0.904 0.076
#> SRR317046 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR317047 2 0.8472 -0.05404 0.100 0.540 0.360
#> SRR317048 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR317049 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR317050 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR317051 2 0.8995 -0.36729 0.136 0.492 0.372
#> SRR317052 2 0.9825 -0.25477 0.368 0.388 0.244
#> SRR317053 2 0.9825 -0.25477 0.368 0.388 0.244
#> SRR317054 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR317055 3 0.9472 0.67873 0.204 0.316 0.480
#> SRR317056 3 0.8655 0.61929 0.108 0.380 0.512
#> SRR317057 3 0.8655 0.61929 0.108 0.380 0.512
#> SRR317059 1 0.6262 0.71507 0.696 0.284 0.020
#> SRR317060 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR317061 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR317062 2 0.8570 -0.48137 0.096 0.476 0.428
#> SRR317063 2 0.8570 -0.48137 0.096 0.476 0.428
#> SRR317064 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR317065 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR317066 2 0.6100 0.49264 0.096 0.784 0.120
#> SRR317067 2 0.6100 0.49264 0.096 0.784 0.120
#> SRR317068 2 0.6100 0.49264 0.096 0.784 0.120
#> SRR317069 2 0.6100 0.49264 0.096 0.784 0.120
#> SRR768413 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR768414 1 0.9843 -0.19412 0.376 0.376 0.248
#> SRR387661 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR387662 2 0.9843 -0.25269 0.376 0.376 0.248
#> SRR768411 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR768412 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR534289 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR534290 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR534291 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR534292 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR534293 3 0.8546 0.64144 0.108 0.348 0.544
#> SRR534294 3 0.8546 0.64144 0.108 0.348 0.544
#> SRR534295 2 0.8570 -0.48137 0.096 0.476 0.428
#> SRR534296 2 0.8570 -0.48137 0.096 0.476 0.428
#> SRR534297 2 0.8574 -0.49114 0.096 0.472 0.432
#> SRR534298 2 0.8574 -0.49114 0.096 0.472 0.432
#> SRR534299 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR534300 2 0.0475 0.60729 0.004 0.992 0.004
#> SRR534301 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR534302 2 0.0237 0.60938 0.000 0.996 0.004
#> SRR534303 2 0.2492 0.57191 0.016 0.936 0.048
#> SRR534304 2 0.2492 0.57191 0.016 0.936 0.048
#> SRR534305 2 0.2116 0.58194 0.012 0.948 0.040
#> SRR534306 2 0.2116 0.58194 0.012 0.948 0.040
#> SRR534307 3 0.8655 0.61929 0.108 0.380 0.512
#> SRR534308 3 0.8655 0.61929 0.108 0.380 0.512
#> SRR534309 2 0.2116 0.58194 0.012 0.948 0.040
#> SRR534310 2 0.2116 0.58194 0.012 0.948 0.040
#> SRR534311 1 0.4399 0.84987 0.812 0.188 0.000
#> SRR534312 1 0.4399 0.84987 0.812 0.188 0.000
#> SRR534313 1 0.4399 0.84987 0.812 0.188 0.000
#> SRR534314 1 0.4399 0.84987 0.812 0.188 0.000
#> SRR534315 1 0.4399 0.84987 0.812 0.188 0.000
#> SRR534316 1 0.4399 0.84987 0.812 0.188 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.4629 0.84969 0.808 0.188 0.004
#> SRR534320 1 0.4629 0.84969 0.808 0.188 0.004
#> SRR534321 1 0.4629 0.84969 0.808 0.188 0.004
#> SRR534322 1 0.4629 0.84969 0.808 0.188 0.004
#> SRR534323 1 0.4629 0.84969 0.808 0.188 0.004
#> SRR534324 1 0.4629 0.84969 0.808 0.188 0.004
#> SRR534325 1 0.4784 0.84248 0.796 0.200 0.004
#> SRR534326 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR534329 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR534330 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR534331 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR534332 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR534333 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR534334 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.6414 0.26262 0.036 0.716 0.248
#> SRR545686 2 0.5826 0.34437 0.032 0.764 0.204
#> SRR545687 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR545688 1 0.5253 0.84806 0.792 0.188 0.020
#> SRR545689 1 0.6348 0.83678 0.752 0.188 0.060
#> SRR545690 1 0.6348 0.83678 0.752 0.188 0.060
#> SRR545691 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR545696 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR545697 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR545698 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR545699 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR545700 1 0.6527 0.83473 0.744 0.188 0.068
#> SRR545701 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR545708 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR545709 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.2689 0.56610 0.032 0.932 0.036
#> SRR545714 2 0.2689 0.56610 0.032 0.932 0.036
#> SRR545715 2 0.2689 0.56610 0.032 0.932 0.036
#> SRR545716 2 0.2689 0.56610 0.032 0.932 0.036
#> SRR545717 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR545718 2 0.6091 0.49260 0.092 0.784 0.124
#> SRR545719 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.60969 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.7920 0.00211 0.068 0.572 0.360
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR307898 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR307899 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR307900 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR307901 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR307902 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR307903 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR307904 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR307905 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR307906 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR307907 4 0.6669 0.569 0.048 0.316 NA 0.604
#> SRR307908 4 0.6669 0.569 0.048 0.316 NA 0.604
#> SRR307909 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR307910 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR307911 4 0.8006 0.484 0.020 0.240 NA 0.500
#> SRR307912 4 0.8006 0.484 0.020 0.240 NA 0.500
#> SRR307913 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR307914 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR307915 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR307916 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR307917 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR307918 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR307919 4 0.8006 0.484 0.020 0.240 NA 0.500
#> SRR307920 4 0.7861 0.489 0.072 0.288 NA 0.552
#> SRR307921 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR307922 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR307923 4 0.7931 0.484 0.016 0.240 NA 0.500
#> SRR307924 4 0.7931 0.484 0.016 0.240 NA 0.500
#> SRR307925 4 0.8006 0.484 0.020 0.240 NA 0.500
#> SRR307926 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR307927 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR307928 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR307929 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR307930 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR307931 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR307932 2 0.0817 0.847 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR307933 2 0.0817 0.847 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR315297 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR315298 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR315299 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315300 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315301 4 0.6662 0.600 0.052 0.188 NA 0.684
#> SRR315302 4 0.6662 0.600 0.052 0.188 NA 0.684
#> SRR315303 2 0.0469 0.849 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR315304 2 0.0469 0.849 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR315305 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315306 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315307 2 0.0817 0.847 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR315308 2 0.0817 0.847 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR315309 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315310 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315311 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315312 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315313 2 0.0469 0.849 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR315314 2 0.0469 0.849 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR315315 2 0.4661 0.711 0.008 0.800 NA 0.052
#> SRR315316 2 0.4661 0.711 0.008 0.800 NA 0.052
#> SRR315318 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR315319 4 0.7861 0.489 0.072 0.288 NA 0.552
#> SRR315320 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315321 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315322 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315323 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315324 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315325 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315326 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315327 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315328 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315329 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR315330 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR315331 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR315332 4 0.7364 0.578 0.084 0.308 NA 0.568
#> SRR315333 4 0.7364 0.578 0.084 0.308 NA 0.568
#> SRR315334 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR315335 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR315336 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR315337 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR317035 2 0.7449 0.500 0.064 0.636 NA 0.144
#> SRR317036 4 0.7390 0.562 0.080 0.328 NA 0.552
#> SRR317037 4 0.9260 0.556 0.124 0.176 NA 0.424
#> SRR317038 4 0.9260 0.556 0.124 0.176 NA 0.424
#> SRR317039 4 0.7931 0.484 0.016 0.240 NA 0.500
#> SRR317040 4 0.7910 0.486 0.016 0.240 NA 0.504
#> SRR317041 4 0.7861 0.489 0.072 0.288 NA 0.552
#> SRR317042 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR317043 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR317044 2 0.4581 0.716 0.008 0.804 NA 0.048
#> SRR317045 2 0.4581 0.716 0.008 0.804 NA 0.048
#> SRR317046 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR317047 4 0.7752 0.489 0.072 0.288 NA 0.560
#> SRR317048 4 0.9224 0.556 0.120 0.176 NA 0.428
#> SRR317049 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR317050 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR317051 4 0.7381 0.576 0.084 0.312 NA 0.564
#> SRR317052 4 0.9550 0.447 0.276 0.264 NA 0.344
#> SRR317053 4 0.9550 0.447 0.276 0.264 NA 0.344
#> SRR317054 4 0.9260 0.556 0.124 0.176 NA 0.424
#> SRR317055 4 0.9260 0.556 0.124 0.176 NA 0.424
#> SRR317056 4 0.6662 0.600 0.052 0.188 NA 0.684
#> SRR317057 4 0.6662 0.600 0.052 0.188 NA 0.684
#> SRR317059 1 0.5290 0.770 0.776 0.144 NA 0.040
#> SRR317060 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR317061 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR317062 4 0.6669 0.569 0.048 0.316 NA 0.604
#> SRR317063 4 0.6669 0.569 0.048 0.316 NA 0.604
#> SRR317064 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR317065 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR317066 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR317067 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR317068 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR317069 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR768413 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR768414 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR387661 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR387662 4 0.9527 0.424 0.300 0.240 NA 0.344
#> SRR768411 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR768412 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR534289 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534290 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534291 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534292 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534293 4 0.6522 0.601 0.052 0.180 NA 0.696
#> SRR534294 4 0.6522 0.601 0.052 0.180 NA 0.696
#> SRR534295 4 0.6669 0.569 0.048 0.316 NA 0.604
#> SRR534296 4 0.6669 0.569 0.048 0.316 NA 0.604
#> SRR534297 4 0.6713 0.574 0.048 0.308 NA 0.608
#> SRR534298 4 0.6713 0.574 0.048 0.308 NA 0.608
#> SRR534299 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534300 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534301 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534302 2 0.0469 0.848 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR534303 2 0.3606 0.770 0.008 0.856 NA 0.020
#> SRR534304 2 0.3606 0.770 0.008 0.856 NA 0.020
#> SRR534305 2 0.3317 0.780 0.008 0.868 NA 0.012
#> SRR534306 2 0.3188 0.784 0.008 0.872 NA 0.008
#> SRR534307 4 0.6662 0.600 0.052 0.188 NA 0.684
#> SRR534308 4 0.6662 0.600 0.052 0.188 NA 0.684
#> SRR534309 2 0.3317 0.780 0.008 0.868 NA 0.012
#> SRR534310 2 0.3317 0.780 0.008 0.868 NA 0.012
#> SRR534311 1 0.2629 0.935 0.912 0.060 NA 0.024
#> SRR534312 1 0.2629 0.935 0.912 0.060 NA 0.024
#> SRR534313 1 0.2629 0.935 0.912 0.060 NA 0.024
#> SRR534314 1 0.2629 0.935 0.912 0.060 NA 0.024
#> SRR534315 1 0.2629 0.935 0.912 0.060 NA 0.024
#> SRR534316 1 0.2629 0.935 0.912 0.060 NA 0.024
#> SRR534317 2 0.0188 0.849 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR534318 2 0.0188 0.849 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR534319 1 0.2904 0.934 0.904 0.060 NA 0.024
#> SRR534320 1 0.2904 0.934 0.904 0.060 NA 0.024
#> SRR534321 1 0.2904 0.934 0.904 0.060 NA 0.024
#> SRR534322 1 0.2904 0.934 0.904 0.060 NA 0.024
#> SRR534323 1 0.2904 0.934 0.904 0.060 NA 0.024
#> SRR534324 1 0.2904 0.934 0.904 0.060 NA 0.024
#> SRR534325 1 0.3006 0.908 0.888 0.092 NA 0.012
#> SRR534326 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR534327 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR534328 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR534329 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR534330 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR534331 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR534332 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR534333 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR534334 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR534335 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545685 2 0.6692 -0.240 0.040 0.492 NA 0.444
#> SRR545686 2 0.6203 0.056 0.040 0.592 NA 0.356
#> SRR545687 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR545688 1 0.3331 0.925 0.888 0.056 NA 0.016
#> SRR545689 1 0.4381 0.914 0.824 0.060 NA 0.008
#> SRR545690 1 0.4381 0.914 0.824 0.060 NA 0.008
#> SRR545691 2 0.0188 0.849 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.849 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR545693 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545694 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545695 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR545696 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR545697 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR545698 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR545699 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR545700 1 0.4551 0.911 0.812 0.060 NA 0.008
#> SRR545701 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545702 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545703 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545704 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545705 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545706 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545707 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR545708 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR545709 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545710 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545711 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545712 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545713 2 0.3571 0.727 0.036 0.868 NA 0.088
#> SRR545714 2 0.3571 0.727 0.036 0.868 NA 0.088
#> SRR545715 2 0.3571 0.727 0.036 0.868 NA 0.088
#> SRR545716 2 0.3571 0.727 0.036 0.868 NA 0.088
#> SRR545717 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR545718 2 0.7489 0.499 0.064 0.632 NA 0.144
#> SRR545719 2 0.0188 0.849 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR545720 2 0.0188 0.849 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR545721 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545722 2 0.0779 0.848 0.000 0.980 NA 0.004
#> SRR545723 4 0.7777 0.479 0.064 0.296 NA 0.552
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR307898 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR307899 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR307900 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR307901 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR307902 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR307903 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR307904 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR307905 2 0.7628 0.401 0.024 0.512 0.092 0.280 NA
#> SRR307906 2 0.7628 0.401 0.024 0.512 0.092 0.280 NA
#> SRR307907 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR307908 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR307909 2 0.7628 0.401 0.024 0.512 0.092 0.280 NA
#> SRR307910 2 0.7628 0.401 0.024 0.512 0.092 0.280 NA
#> SRR307911 3 0.7745 0.386 0.016 0.168 0.472 0.060 NA
#> SRR307912 3 0.7745 0.386 0.016 0.168 0.472 0.060 NA
#> SRR307913 3 0.8300 0.242 0.076 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR307914 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR307915 3 0.8300 0.242 0.076 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR307916 3 0.8300 0.242 0.076 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR307917 2 0.7628 0.401 0.024 0.512 0.092 0.280 NA
#> SRR307918 2 0.7628 0.401 0.024 0.512 0.092 0.280 NA
#> SRR307919 3 0.7745 0.386 0.016 0.168 0.472 0.060 NA
#> SRR307920 3 0.7934 0.456 0.044 0.216 0.404 0.020 NA
#> SRR307921 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR307922 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR307923 3 0.7783 0.386 0.016 0.168 0.472 0.064 NA
#> SRR307924 3 0.7783 0.386 0.016 0.168 0.472 0.064 NA
#> SRR307925 3 0.7745 0.386 0.016 0.168 0.472 0.060 NA
#> SRR307926 3 0.8301 0.242 0.080 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR307927 3 0.8301 0.242 0.080 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR307928 3 0.8301 0.242 0.080 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR307929 3 0.8301 0.242 0.080 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR307930 4 0.8466 0.994 0.220 0.180 0.216 0.380 NA
#> SRR307931 4 0.8466 0.994 0.220 0.180 0.216 0.380 NA
#> SRR307932 2 0.0898 0.825 0.000 0.972 0.000 0.008 NA
#> SRR307933 2 0.0898 0.825 0.000 0.972 0.000 0.008 NA
#> SRR315297 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR315298 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR315299 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315300 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315301 3 0.5597 0.522 0.036 0.144 0.724 0.016 NA
#> SRR315302 3 0.5597 0.522 0.036 0.144 0.724 0.016 NA
#> SRR315303 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR315304 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR315305 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315306 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315307 2 0.0798 0.826 0.000 0.976 0.000 0.008 NA
#> SRR315308 2 0.0798 0.826 0.000 0.976 0.000 0.008 NA
#> SRR315309 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315310 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315311 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315312 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315313 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR315314 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR315315 2 0.5196 0.658 0.004 0.748 0.064 0.052 NA
#> SRR315316 2 0.5196 0.658 0.004 0.748 0.064 0.052 NA
#> SRR315318 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR315319 3 0.7934 0.456 0.044 0.216 0.404 0.020 NA
#> SRR315320 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315321 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315322 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315323 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315324 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315325 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315326 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315327 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315328 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315329 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR315330 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR315331 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR315332 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR315333 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR315334 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR315335 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR315336 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR315337 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR317035 2 0.7630 0.401 0.028 0.512 0.092 0.284 NA
#> SRR317036 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR317037 3 0.8413 0.241 0.080 0.112 0.488 0.228 NA
#> SRR317038 3 0.8413 0.241 0.080 0.112 0.488 0.228 NA
#> SRR317039 3 0.7783 0.386 0.016 0.168 0.472 0.064 NA
#> SRR317040 3 0.7783 0.386 0.016 0.168 0.472 0.064 NA
#> SRR317041 3 0.7934 0.456 0.044 0.216 0.404 0.020 NA
#> SRR317042 4 0.8466 0.994 0.220 0.180 0.216 0.380 NA
#> SRR317043 4 0.8466 0.994 0.220 0.180 0.216 0.380 NA
#> SRR317044 2 0.5134 0.662 0.004 0.752 0.060 0.052 NA
#> SRR317045 2 0.5134 0.662 0.004 0.752 0.060 0.052 NA
#> SRR317046 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR317047 3 0.7862 0.456 0.044 0.216 0.404 0.016 NA
#> SRR317048 3 0.8300 0.242 0.076 0.112 0.496 0.232 NA
#> SRR317049 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR317050 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR317051 3 0.7209 0.392 0.080 0.252 0.568 0.072 NA
#> SRR317052 4 0.8476 0.970 0.208 0.192 0.216 0.380 NA
#> SRR317053 4 0.8476 0.970 0.208 0.192 0.216 0.380 NA
#> SRR317054 3 0.8367 0.242 0.076 0.112 0.492 0.228 NA
#> SRR317055 3 0.8367 0.242 0.076 0.112 0.492 0.228 NA
#> SRR317056 3 0.5597 0.522 0.036 0.144 0.724 0.016 NA
#> SRR317057 3 0.5597 0.522 0.036 0.144 0.724 0.016 NA
#> SRR317059 1 0.5919 0.717 0.716 0.096 0.024 0.112 NA
#> SRR317060 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR317061 1 0.4596 0.832 0.792 0.032 0.012 0.120 NA
#> SRR317062 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR317063 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR317064 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR317065 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR317066 2 0.7570 0.401 0.024 0.512 0.092 0.288 NA
#> SRR317067 2 0.7570 0.401 0.024 0.512 0.092 0.288 NA
#> SRR317068 2 0.7570 0.401 0.024 0.512 0.092 0.288 NA
#> SRR317069 2 0.7570 0.401 0.024 0.512 0.092 0.288 NA
#> SRR768413 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR768414 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR387661 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR387662 4 0.8328 0.996 0.220 0.180 0.216 0.384 NA
#> SRR768411 1 0.4640 0.832 0.792 0.032 0.012 0.112 NA
#> SRR768412 1 0.4640 0.832 0.792 0.032 0.012 0.112 NA
#> SRR534289 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR534290 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR534291 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR534292 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR534293 3 0.5402 0.518 0.036 0.136 0.740 0.016 NA
#> SRR534294 3 0.5402 0.518 0.036 0.136 0.740 0.016 NA
#> SRR534295 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR534296 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR534297 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR534298 3 0.5086 0.492 0.044 0.220 0.712 0.012 NA
#> SRR534299 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR534300 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR534301 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR534302 2 0.0404 0.831 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR534303 2 0.4622 0.695 0.000 0.780 0.052 0.044 NA
#> SRR534304 2 0.4622 0.695 0.000 0.780 0.052 0.044 NA
#> SRR534305 2 0.4334 0.711 0.000 0.796 0.036 0.044 NA
#> SRR534306 2 0.4174 0.718 0.000 0.804 0.028 0.044 NA
#> SRR534307 3 0.5597 0.522 0.036 0.144 0.724 0.016 NA
#> SRR534308 3 0.5597 0.522 0.036 0.144 0.724 0.016 NA
#> SRR534309 2 0.4334 0.711 0.000 0.796 0.036 0.044 NA
#> SRR534310 2 0.4334 0.711 0.000 0.796 0.036 0.044 NA
#> SRR534311 1 0.1616 0.865 0.948 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534312 1 0.1616 0.865 0.948 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534313 1 0.1616 0.865 0.948 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534314 1 0.1616 0.865 0.948 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534315 1 0.1616 0.865 0.948 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534316 1 0.1616 0.865 0.948 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534317 2 0.0162 0.831 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR534318 2 0.0162 0.831 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR534319 1 0.1834 0.865 0.940 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534320 1 0.1834 0.865 0.940 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534321 1 0.1834 0.865 0.940 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534322 1 0.1834 0.865 0.940 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534323 1 0.1834 0.865 0.940 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534324 1 0.1834 0.865 0.940 0.032 0.004 0.008 NA
#> SRR534325 1 0.2625 0.857 0.908 0.044 0.016 0.020 NA
#> SRR534326 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR534327 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR534328 1 0.4719 0.832 0.780 0.032 0.008 0.052 NA
#> SRR534329 1 0.4719 0.832 0.780 0.032 0.008 0.052 NA
#> SRR534330 1 0.4719 0.832 0.780 0.032 0.008 0.052 NA
#> SRR534331 1 0.4719 0.832 0.780 0.032 0.008 0.052 NA
#> SRR534332 1 0.4719 0.832 0.780 0.032 0.008 0.052 NA
#> SRR534333 1 0.4719 0.832 0.780 0.032 0.008 0.052 NA
#> SRR534334 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR534335 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545685 2 0.6403 -0.141 0.012 0.516 0.376 0.016 NA
#> SRR545686 2 0.5617 0.250 0.012 0.636 0.292 0.016 NA
#> SRR545687 1 0.4692 0.832 0.792 0.032 0.016 0.108 NA
#> SRR545688 1 0.4692 0.832 0.792 0.032 0.016 0.108 NA
#> SRR545689 1 0.4218 0.842 0.816 0.032 0.008 0.040 NA
#> SRR545690 1 0.4218 0.842 0.816 0.032 0.008 0.040 NA
#> SRR545691 2 0.0162 0.831 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR545692 2 0.0000 0.831 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR545693 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545694 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545695 1 0.4740 0.832 0.780 0.032 0.008 0.056 NA
#> SRR545696 1 0.4740 0.832 0.780 0.032 0.008 0.056 NA
#> SRR545697 1 0.4740 0.832 0.780 0.032 0.008 0.056 NA
#> SRR545698 1 0.4740 0.832 0.780 0.032 0.008 0.056 NA
#> SRR545699 1 0.4740 0.832 0.780 0.032 0.008 0.056 NA
#> SRR545700 1 0.4740 0.832 0.780 0.032 0.008 0.056 NA
#> SRR545701 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545702 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545703 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545704 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545705 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545706 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545707 2 0.7630 0.401 0.028 0.512 0.092 0.284 NA
#> SRR545708 2 0.7630 0.401 0.028 0.512 0.092 0.284 NA
#> SRR545709 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545710 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545711 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545712 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545713 2 0.2415 0.777 0.016 0.916 0.044 0.016 NA
#> SRR545714 2 0.2415 0.777 0.016 0.916 0.044 0.016 NA
#> SRR545715 2 0.2415 0.777 0.016 0.916 0.044 0.016 NA
#> SRR545716 2 0.2415 0.777 0.016 0.916 0.044 0.016 NA
#> SRR545717 2 0.7630 0.401 0.028 0.512 0.092 0.284 NA
#> SRR545718 2 0.7630 0.401 0.028 0.512 0.092 0.284 NA
#> SRR545719 2 0.0162 0.831 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR545720 2 0.0162 0.831 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR545721 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545722 2 0.0290 0.831 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR545723 3 0.7637 0.451 0.020 0.240 0.404 0.020 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.3955 0.80615 0.812 0.016 0.028 0.000 0.092 0.052
#> SRR307898 1 0.3955 0.80615 0.812 0.016 0.028 0.000 0.092 0.052
#> SRR307899 1 0.3955 0.80615 0.812 0.016 0.028 0.000 0.092 0.052
#> SRR307900 1 0.3955 0.80615 0.812 0.016 0.028 0.000 0.092 0.052
#> SRR307901 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR307902 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR307903 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR307904 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR307905 2 0.7721 0.32474 0.008 0.448 0.108 0.128 0.040 0.268
#> SRR307906 2 0.7721 0.32474 0.008 0.448 0.108 0.128 0.040 0.268
#> SRR307907 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR307908 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR307909 2 0.7721 0.32474 0.008 0.448 0.108 0.128 0.040 0.268
#> SRR307910 2 0.7721 0.32474 0.008 0.448 0.108 0.128 0.040 0.268
#> SRR307911 4 0.8307 0.34051 0.004 0.124 0.232 0.384 0.184 0.072
#> SRR307912 4 0.8307 0.34051 0.004 0.124 0.232 0.384 0.184 0.072
#> SRR307913 5 0.7554 0.99550 0.056 0.060 0.012 0.376 0.392 0.104
#> SRR307914 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR307915 5 0.7472 0.99661 0.056 0.060 0.008 0.376 0.396 0.104
#> SRR307916 5 0.7472 0.99661 0.056 0.060 0.008 0.376 0.396 0.104
#> SRR307917 2 0.7721 0.32474 0.008 0.448 0.108 0.128 0.040 0.268
#> SRR307918 2 0.7721 0.32474 0.008 0.448 0.108 0.128 0.040 0.268
#> SRR307919 4 0.8307 0.34051 0.004 0.124 0.232 0.384 0.184 0.072
#> SRR307920 3 0.7279 0.97726 0.036 0.176 0.448 0.292 0.004 0.044
#> SRR307921 1 0.3966 0.80627 0.812 0.016 0.028 0.000 0.088 0.056
#> SRR307922 1 0.3966 0.80627 0.812 0.016 0.028 0.000 0.088 0.056
#> SRR307923 4 0.8274 0.34051 0.004 0.124 0.240 0.384 0.180 0.068
#> SRR307924 4 0.8274 0.34051 0.004 0.124 0.240 0.384 0.180 0.068
#> SRR307925 4 0.8307 0.34051 0.004 0.124 0.232 0.384 0.184 0.072
#> SRR307926 5 0.7472 0.99661 0.056 0.060 0.008 0.376 0.396 0.104
#> SRR307927 5 0.7472 0.99661 0.056 0.060 0.008 0.376 0.396 0.104
#> SRR307928 5 0.7472 0.99661 0.056 0.060 0.008 0.376 0.396 0.104
#> SRR307929 5 0.7472 0.99661 0.056 0.060 0.008 0.376 0.396 0.104
#> SRR307930 6 0.6687 0.98195 0.152 0.120 0.004 0.176 0.000 0.548
#> SRR307931 6 0.6687 0.98195 0.152 0.120 0.004 0.176 0.000 0.548
#> SRR307932 2 0.1794 0.78682 0.000 0.932 0.024 0.000 0.028 0.016
#> SRR307933 2 0.1794 0.78682 0.000 0.932 0.024 0.000 0.028 0.016
#> SRR315297 1 0.3955 0.80615 0.812 0.016 0.028 0.000 0.092 0.052
#> SRR315298 1 0.3955 0.80615 0.812 0.016 0.028 0.000 0.092 0.052
#> SRR315299 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315300 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315301 4 0.5286 0.50362 0.020 0.076 0.084 0.740 0.064 0.016
#> SRR315302 4 0.5286 0.50362 0.020 0.076 0.084 0.740 0.064 0.016
#> SRR315303 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR315304 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR315305 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315306 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315307 2 0.1794 0.78682 0.000 0.932 0.024 0.000 0.028 0.016
#> SRR315308 2 0.1794 0.78682 0.000 0.932 0.024 0.000 0.028 0.016
#> SRR315309 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315310 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315311 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315312 6 0.6921 0.98411 0.152 0.120 0.004 0.176 0.008 0.540
#> SRR315313 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR315314 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR315315 2 0.5136 0.59585 0.000 0.684 0.212 0.024 0.064 0.016
#> SRR315316 2 0.5136 0.59585 0.000 0.684 0.212 0.024 0.064 0.016
#> SRR315318 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR315319 3 0.7279 0.97726 0.036 0.176 0.448 0.292 0.004 0.044
#> SRR315320 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315321 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315322 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315323 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315324 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315325 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315326 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315327 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315328 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315329 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR315330 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR315331 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR315332 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR315333 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR315334 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR315335 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR315336 6 0.6580 0.98173 0.152 0.120 0.000 0.180 0.000 0.548
#> SRR315337 6 0.6580 0.98173 0.152 0.120 0.000 0.180 0.000 0.548
#> SRR317035 2 0.7725 0.32452 0.008 0.448 0.112 0.124 0.040 0.268
#> SRR317036 4 0.6425 0.45213 0.044 0.136 0.020 0.640 0.036 0.124
#> SRR317037 5 0.7516 0.99329 0.060 0.060 0.008 0.380 0.388 0.104
#> SRR317038 5 0.7516 0.99329 0.060 0.060 0.008 0.380 0.388 0.104
#> SRR317039 4 0.8274 0.34051 0.004 0.124 0.240 0.384 0.180 0.068
#> SRR317040 4 0.8274 0.34051 0.004 0.124 0.240 0.384 0.180 0.068
#> SRR317041 3 0.7279 0.97726 0.036 0.176 0.448 0.292 0.004 0.044
#> SRR317042 6 0.7046 0.98292 0.152 0.120 0.008 0.180 0.008 0.532
#> SRR317043 6 0.7026 0.97932 0.148 0.124 0.008 0.176 0.008 0.536
#> SRR317044 2 0.5083 0.60539 0.000 0.692 0.204 0.024 0.064 0.016
#> SRR317045 2 0.5083 0.60539 0.000 0.692 0.204 0.024 0.064 0.016
#> SRR317046 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR317047 3 0.6923 0.98976 0.036 0.176 0.468 0.292 0.000 0.028
#> SRR317048 5 0.7554 0.99550 0.056 0.060 0.012 0.376 0.392 0.104
#> SRR317049 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR317050 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR317051 4 0.6390 0.45175 0.044 0.132 0.020 0.644 0.036 0.124
#> SRR317052 6 0.6754 0.95449 0.140 0.136 0.004 0.180 0.000 0.540
#> SRR317053 6 0.6754 0.95449 0.140 0.136 0.004 0.180 0.000 0.540
#> SRR317054 5 0.7555 0.99444 0.056 0.060 0.012 0.380 0.388 0.104
#> SRR317055 5 0.7555 0.99444 0.056 0.060 0.012 0.380 0.388 0.104
#> SRR317056 4 0.5286 0.50362 0.020 0.076 0.084 0.740 0.064 0.016
#> SRR317057 4 0.5286 0.50362 0.020 0.076 0.084 0.740 0.064 0.016
#> SRR317059 1 0.4822 0.75984 0.768 0.052 0.032 0.004 0.088 0.056
#> SRR317060 1 0.3966 0.80627 0.812 0.016 0.028 0.000 0.088 0.056
#> SRR317061 1 0.3966 0.80627 0.812 0.016 0.028 0.000 0.088 0.056
#> SRR317062 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR317063 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR317064 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR317065 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR317066 2 0.7720 0.32466 0.008 0.448 0.100 0.128 0.044 0.272
#> SRR317067 2 0.7720 0.32466 0.008 0.448 0.100 0.128 0.044 0.272
#> SRR317068 2 0.7720 0.32466 0.008 0.448 0.100 0.128 0.044 0.272
#> SRR317069 2 0.7720 0.32466 0.008 0.448 0.100 0.128 0.044 0.272
#> SRR768413 6 0.6555 0.98277 0.152 0.120 0.000 0.176 0.000 0.552
#> SRR768414 6 0.6555 0.98277 0.152 0.120 0.000 0.176 0.000 0.552
#> SRR387661 6 0.6580 0.98173 0.152 0.120 0.000 0.180 0.000 0.548
#> SRR387662 6 0.6555 0.98277 0.152 0.120 0.000 0.176 0.000 0.552
#> SRR768411 1 0.3979 0.80629 0.812 0.016 0.032 0.000 0.088 0.052
#> SRR768412 1 0.3979 0.80629 0.812 0.016 0.032 0.000 0.088 0.052
#> SRR534289 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534290 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534291 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534292 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534293 4 0.5234 0.49913 0.020 0.072 0.084 0.744 0.064 0.016
#> SRR534294 4 0.5234 0.49913 0.020 0.072 0.084 0.744 0.064 0.016
#> SRR534295 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR534296 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR534297 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR534298 4 0.3841 0.52718 0.012 0.116 0.028 0.816 0.016 0.012
#> SRR534299 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534300 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534301 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534302 2 0.0820 0.79964 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR534303 2 0.4828 0.63683 0.000 0.720 0.184 0.024 0.056 0.016
#> SRR534304 2 0.4828 0.63683 0.000 0.720 0.184 0.024 0.056 0.016
#> SRR534305 2 0.4750 0.64081 0.000 0.724 0.184 0.020 0.056 0.016
#> SRR534306 2 0.4668 0.64463 0.000 0.728 0.184 0.016 0.056 0.016
#> SRR534307 4 0.5286 0.50362 0.020 0.076 0.084 0.740 0.064 0.016
#> SRR534308 4 0.5286 0.50362 0.020 0.076 0.084 0.740 0.064 0.016
#> SRR534309 2 0.4750 0.64081 0.000 0.724 0.184 0.020 0.056 0.016
#> SRR534310 2 0.4750 0.64081 0.000 0.724 0.184 0.020 0.056 0.016
#> SRR534311 1 0.1406 0.83239 0.952 0.016 0.020 0.004 0.000 0.008
#> SRR534312 1 0.1406 0.83239 0.952 0.016 0.020 0.004 0.000 0.008
#> SRR534313 1 0.1406 0.83239 0.952 0.016 0.020 0.004 0.000 0.008
#> SRR534314 1 0.1406 0.83239 0.952 0.016 0.020 0.008 0.000 0.004
#> SRR534315 1 0.1406 0.83239 0.952 0.016 0.020 0.008 0.000 0.004
#> SRR534316 1 0.1406 0.83239 0.952 0.016 0.020 0.008 0.000 0.004
#> SRR534317 2 0.0405 0.80025 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR534318 2 0.0363 0.80031 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR534319 1 0.1490 0.83230 0.948 0.016 0.024 0.004 0.000 0.008
#> SRR534320 1 0.1490 0.83230 0.948 0.016 0.024 0.004 0.000 0.008
#> SRR534321 1 0.1490 0.83230 0.948 0.016 0.024 0.004 0.000 0.008
#> SRR534322 1 0.1490 0.83230 0.948 0.016 0.024 0.008 0.000 0.004
#> SRR534323 1 0.1490 0.83230 0.948 0.016 0.024 0.008 0.000 0.004
#> SRR534324 1 0.1490 0.83230 0.948 0.016 0.024 0.008 0.000 0.004
#> SRR534325 1 0.2782 0.81367 0.888 0.040 0.016 0.004 0.008 0.044
#> SRR534326 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR534327 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR534328 1 0.5227 0.75762 0.688 0.016 0.044 0.000 0.200 0.052
#> SRR534329 1 0.5227 0.75762 0.688 0.016 0.044 0.000 0.200 0.052
#> SRR534330 1 0.5227 0.75762 0.688 0.016 0.044 0.000 0.200 0.052
#> SRR534331 1 0.5227 0.75762 0.688 0.016 0.044 0.000 0.200 0.052
#> SRR534332 1 0.5227 0.75762 0.688 0.016 0.044 0.000 0.200 0.052
#> SRR534333 1 0.5227 0.75762 0.688 0.016 0.044 0.000 0.200 0.052
#> SRR534334 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR534335 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545685 2 0.6091 -0.00441 0.000 0.560 0.104 0.288 0.012 0.036
#> SRR545686 2 0.5330 0.31556 0.000 0.648 0.052 0.252 0.012 0.036
#> SRR545687 1 0.3966 0.80627 0.812 0.016 0.028 0.000 0.088 0.056
#> SRR545688 1 0.3966 0.80627 0.812 0.016 0.028 0.000 0.088 0.056
#> SRR545689 1 0.4801 0.78326 0.744 0.016 0.044 0.000 0.140 0.056
#> SRR545690 1 0.4801 0.78326 0.744 0.016 0.044 0.000 0.140 0.056
#> SRR545691 2 0.0405 0.80025 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR545692 2 0.0291 0.80000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR545693 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545694 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545695 1 0.5368 0.75781 0.688 0.016 0.052 0.000 0.180 0.064
#> SRR545696 1 0.5368 0.75781 0.688 0.016 0.052 0.000 0.180 0.064
#> SRR545697 1 0.5368 0.75781 0.688 0.016 0.052 0.000 0.180 0.064
#> SRR545698 1 0.5371 0.75781 0.688 0.016 0.056 0.000 0.180 0.060
#> SRR545699 1 0.5371 0.75781 0.688 0.016 0.056 0.000 0.180 0.060
#> SRR545700 1 0.5371 0.75781 0.688 0.016 0.056 0.000 0.180 0.060
#> SRR545701 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545702 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545703 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545704 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545705 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545706 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545707 2 0.7725 0.32452 0.008 0.448 0.112 0.124 0.040 0.268
#> SRR545708 2 0.7725 0.32452 0.008 0.448 0.112 0.124 0.040 0.268
#> SRR545709 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545710 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545711 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545712 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545713 2 0.2220 0.75088 0.000 0.908 0.016 0.060 0.004 0.012
#> SRR545714 2 0.2220 0.75088 0.000 0.908 0.016 0.060 0.004 0.012
#> SRR545715 2 0.2220 0.75088 0.000 0.908 0.016 0.060 0.004 0.012
#> SRR545716 2 0.2220 0.75088 0.000 0.908 0.016 0.060 0.004 0.012
#> SRR545717 2 0.7725 0.32452 0.008 0.448 0.112 0.124 0.040 0.268
#> SRR545718 2 0.7725 0.32452 0.008 0.448 0.112 0.124 0.040 0.268
#> SRR545719 2 0.0363 0.80031 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR545720 2 0.0363 0.80031 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR545721 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545722 2 0.0725 0.79905 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR545723 3 0.6930 0.91191 0.008 0.204 0.448 0.292 0.004 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.858 0.882 0.953 0.4707 0.534 0.534
#> 3 3 0.988 0.978 0.985 0.4130 0.736 0.534
#> 4 4 0.803 0.870 0.917 0.0895 0.916 0.757
#> 5 5 0.815 0.845 0.864 0.0604 0.913 0.712
#> 6 6 0.831 0.776 0.851 0.0430 0.951 0.800
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR307906 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR307907 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR307910 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR307911 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR307912 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR307913 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR307914 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR307915 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR307916 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR307917 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR307918 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR307919 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR307920 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307923 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR307924 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR307925 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR307926 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR307927 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR307928 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR307929 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR307930 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307931 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315301 2 0.4431 0.865 0.092 0.908
#> SRR315302 2 0.4431 0.865 0.092 0.908
#> SRR315303 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315305 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315306 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315309 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315310 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315311 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315312 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR315331 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR315332 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR315333 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR315334 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR315335 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR315336 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR315337 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317035 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR317036 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR317037 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR317038 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR317039 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR317040 2 0.1843 0.924 0.028 0.972
#> SRR317041 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317048 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR317049 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR317050 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR317051 2 0.9954 0.171 0.460 0.540
#> SRR317052 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317054 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR317055 1 0.7674 0.727 0.776 0.224
#> SRR317056 2 0.4431 0.865 0.092 0.908
#> SRR317057 2 0.4431 0.865 0.092 0.908
#> SRR317059 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR317067 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR317068 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR317069 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR768413 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR768414 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR387661 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR387662 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.9850 0.269 0.428 0.572
#> SRR534294 2 0.9850 0.269 0.428 0.572
#> SRR534295 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.0672 0.937 0.008 0.992
#> SRR534298 2 0.0672 0.937 0.008 0.992
#> SRR534299 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.4562 0.860 0.096 0.904
#> SRR534308 2 0.4562 0.860 0.096 0.904
#> SRR534309 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR545708 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR545709 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR545718 2 0.0938 0.935 0.012 0.988
#> SRR545719 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR307906 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR307907 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR307910 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR307911 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR307912 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR307913 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR307914 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR307915 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR307916 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR307917 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR307918 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR307919 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR307920 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR307921 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR307924 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR307925 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR307926 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR307927 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR307928 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR307929 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR307930 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR307931 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR307932 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315300 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315301 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315306 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315307 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315310 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315311 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315312 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315313 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315320 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315321 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315322 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315323 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315324 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315325 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315326 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315327 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315328 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315329 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR315330 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315332 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR315336 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR315337 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR317035 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR317036 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317037 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR317038 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR317039 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR317040 3 0.0237 0.982 0.000 0.004 0.996
#> SRR317041 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR317042 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR317043 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR317044 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR317047 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
#> SRR317048 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR317049 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317050 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317051 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317052 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR317053 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR317054 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR317055 3 0.1529 0.960 0.040 0.000 0.960
#> SRR317056 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317057 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317059 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317063 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR317067 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR317068 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR317069 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR768413 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR768414 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR387661 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR387662 1 0.3129 0.931 0.904 0.008 0.088
#> SRR768411 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534297 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534298 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR545686 3 0.2448 0.920 0.000 0.076 0.924
#> SRR545687 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR545708 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR545709 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR545718 2 0.0475 0.994 0.004 0.992 0.004
#> SRR545719 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 3 0.1031 0.973 0.000 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR307906 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR307907 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR307908 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR307909 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR307910 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR307911 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307912 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307913 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR307914 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR307915 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR307916 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR307917 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR307918 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR307919 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307920 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR307921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307924 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307925 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307926 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR307927 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR307928 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR307929 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR307930 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR307931 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR307932 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315300 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315301 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR315302 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR315303 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315306 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315307 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315310 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315311 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315312 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315313 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315316 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315320 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315321 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315322 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315323 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315324 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315325 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315326 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315327 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315328 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315329 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR315330 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR315331 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR315332 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR315333 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR315334 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR315335 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR315336 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR315337 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR317035 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR317036 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR317037 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR317038 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR317039 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR317040 3 0.3486 0.793 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR317041 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR317042 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR317043 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR317044 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR317045 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR317046 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR317047 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR317048 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR317049 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR317050 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR317051 3 0.4040 0.721 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR317052 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR317053 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR317054 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR317055 4 0.5193 0.351 0.008 0.000 0.412 0.580
#> SRR317056 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR317057 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR317059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR317063 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR317064 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR317067 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR317068 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR317069 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR768413 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR768414 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR387661 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR387662 4 0.2530 0.781 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR768411 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR534294 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR534295 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR534296 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR534297 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR534298 3 0.2281 0.860 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR534299 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534304 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534305 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534306 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534307 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR534308 3 0.2011 0.864 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR534309 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534310 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
#> SRR545686 3 0.1388 0.848 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR545687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR545708 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR545709 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0376 0.961 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR545714 2 0.0376 0.961 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR545715 2 0.0376 0.961 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR545716 2 0.0376 0.961 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR545717 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR545718 2 0.4570 0.844 0.008 0.812 0.064 0.116
#> SRR545719 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.1356 0.851 0.000 0.008 0.960 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307898 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307899 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307900 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307901 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR307906 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR307907 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR307908 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR307909 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR307910 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR307911 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR307912 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR307913 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR307914 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR307915 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR307916 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR307917 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR307918 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR307919 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR307920 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR307921 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307922 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR307923 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR307924 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR307925 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR307926 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR307927 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR307928 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR307929 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR307930 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR307931 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR315298 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR315299 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315300 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315301 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR315302 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR315303 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315306 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315310 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315311 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315312 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.3558 0.733 0.000 0.824 0.036 0.004 0.136
#> SRR315316 2 0.3558 0.733 0.000 0.824 0.036 0.004 0.136
#> SRR315318 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315320 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315321 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315322 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315323 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315324 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315325 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315326 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315327 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315328 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315329 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR315330 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR315331 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR315332 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR315333 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR315334 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR315335 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR315336 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR315337 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR317035 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR317036 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR317037 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR317038 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR317039 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR317040 3 0.4624 0.645 0.000 0.000 0.740 0.096 0.164
#> SRR317041 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR317042 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR317043 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR317044 2 0.3558 0.733 0.000 0.824 0.036 0.004 0.136
#> SRR317045 2 0.3558 0.733 0.000 0.824 0.036 0.004 0.136
#> SRR317046 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR317047 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
#> SRR317048 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR317049 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR317050 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR317051 3 0.5332 0.649 0.000 0.004 0.680 0.196 0.120
#> SRR317052 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR317053 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR317054 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR317055 3 0.6534 0.305 0.000 0.000 0.416 0.388 0.196
#> SRR317056 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR317057 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR317059 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR317060 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR317061 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR317062 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR317063 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR317064 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR317067 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR317068 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR317069 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR768413 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR768414 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR387661 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR387662 4 0.0794 1.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR768411 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR768412 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534289 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR534294 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR534295 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR534296 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR534297 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR534298 3 0.2984 0.718 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> SRR534299 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.3193 0.775 0.000 0.852 0.032 0.004 0.112
#> SRR534304 2 0.3193 0.775 0.000 0.852 0.032 0.004 0.112
#> SRR534305 2 0.3059 0.785 0.000 0.860 0.028 0.004 0.108
#> SRR534306 2 0.3059 0.785 0.000 0.860 0.028 0.004 0.108
#> SRR534307 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR534308 3 0.0807 0.725 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR534309 2 0.3059 0.785 0.000 0.860 0.028 0.004 0.108
#> SRR534310 2 0.3059 0.785 0.000 0.860 0.028 0.004 0.108
#> SRR534311 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534318 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534319 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR534326 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534327 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534328 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR534329 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR534330 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR534331 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR534332 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR534333 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR534334 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534335 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545685 3 0.4173 0.676 0.000 0.016 0.748 0.012 0.224
#> SRR545686 3 0.4436 0.667 0.000 0.028 0.736 0.012 0.224
#> SRR545687 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545688 1 0.0162 0.995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545689 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545690 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545691 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545692 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545693 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545694 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545695 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545696 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545697 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545698 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545699 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545700 1 0.0404 0.993 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR545701 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545702 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545703 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545704 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545705 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545706 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545707 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR545708 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR545709 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545710 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545711 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545712 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545713 2 0.2377 0.763 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR545714 2 0.2377 0.763 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR545715 2 0.2377 0.763 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR545716 2 0.2377 0.763 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR545717 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR545718 5 0.4633 1.000 0.000 0.348 0.004 0.016 0.632
#> SRR545719 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545720 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545721 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545722 2 0.0162 0.945 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545723 3 0.4065 0.680 0.000 0.008 0.752 0.016 0.224
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR307906 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR307907 4 0.4416 0.337 0.000 0.000 0.020 0.600 0.372 0.008
#> SRR307908 4 0.4416 0.337 0.000 0.000 0.020 0.600 0.372 0.008
#> SRR307909 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR307910 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR307911 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR307912 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR307913 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR307914 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR307915 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR307916 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR307917 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR307918 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR307919 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR307920 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR307921 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR307923 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR307924 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR307925 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR307926 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR307927 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR307928 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR307929 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR307930 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR307931 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR307932 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR315299 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315300 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315301 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR315302 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR315303 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315306 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315307 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR315309 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315310 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315311 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315312 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315313 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.5182 0.494 0.000 0.628 0.224 0.144 0.004 0.000
#> SRR315316 2 0.5182 0.494 0.000 0.628 0.224 0.144 0.004 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315320 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315321 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315322 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315323 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315324 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315325 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315326 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315327 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315328 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315329 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR315330 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR315331 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR315332 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR315333 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR315334 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR315335 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR315336 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR315337 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR317035 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR317036 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR317037 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR317038 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR317039 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR317040 4 0.5675 0.233 0.000 0.000 0.124 0.568 0.288 0.020
#> SRR317041 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR317042 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR317043 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR317044 2 0.5182 0.494 0.000 0.628 0.224 0.144 0.004 0.000
#> SRR317045 2 0.5182 0.494 0.000 0.628 0.224 0.144 0.004 0.000
#> SRR317046 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR317047 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR317048 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR317049 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR317050 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR317051 4 0.6283 0.319 0.000 0.000 0.044 0.424 0.408 0.124
#> SRR317052 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR317053 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR317054 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR317055 4 0.5161 0.511 0.008 0.000 0.048 0.692 0.060 0.192
#> SRR317056 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR317057 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR317059 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR317062 4 0.4416 0.337 0.000 0.000 0.020 0.600 0.372 0.008
#> SRR317063 4 0.4416 0.337 0.000 0.000 0.020 0.600 0.372 0.008
#> SRR317064 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR317067 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR317068 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR317069 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR768413 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR768414 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR387661 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR387662 6 0.0146 1.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR768411 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR534294 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR534295 4 0.4416 0.337 0.000 0.000 0.020 0.600 0.372 0.008
#> SRR534296 4 0.4416 0.337 0.000 0.000 0.020 0.600 0.372 0.008
#> SRR534297 4 0.4405 0.339 0.000 0.000 0.020 0.604 0.368 0.008
#> SRR534298 4 0.4405 0.339 0.000 0.000 0.020 0.604 0.368 0.008
#> SRR534299 2 0.0146 0.919 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0146 0.919 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.4921 0.546 0.000 0.660 0.216 0.120 0.004 0.000
#> SRR534304 2 0.4921 0.546 0.000 0.660 0.216 0.120 0.004 0.000
#> SRR534305 2 0.4650 0.587 0.000 0.688 0.212 0.096 0.004 0.000
#> SRR534306 2 0.4650 0.587 0.000 0.688 0.212 0.096 0.004 0.000
#> SRR534307 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR534308 5 0.4803 0.197 0.000 0.000 0.044 0.424 0.528 0.004
#> SRR534309 2 0.4650 0.587 0.000 0.688 0.212 0.096 0.004 0.000
#> SRR534310 2 0.4650 0.587 0.000 0.688 0.212 0.096 0.004 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545685 5 0.0551 0.763 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR545686 5 0.0508 0.759 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR545687 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0806 0.975 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.1074 0.972 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545707 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR545708 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR545709 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.2325 0.816 0.000 0.884 0.100 0.008 0.008 0.000
#> SRR545714 2 0.2325 0.816 0.000 0.884 0.100 0.008 0.008 0.000
#> SRR545715 2 0.2325 0.816 0.000 0.884 0.100 0.008 0.008 0.000
#> SRR545716 2 0.2325 0.816 0.000 0.884 0.100 0.008 0.008 0.000
#> SRR545717 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR545718 3 0.2884 1.000 0.000 0.164 0.824 0.004 0.008 0.000
#> SRR545719 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0146 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0260 0.921 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR545723 5 0.0436 0.769 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.967 0.972 0.3388 0.676 0.676
#> 3 3 0.675 0.789 0.888 0.5967 0.807 0.714
#> 4 4 0.669 0.820 0.904 0.1396 0.893 0.781
#> 5 5 0.760 0.804 0.894 0.0634 0.945 0.861
#> 6 6 0.996 0.919 0.961 0.0277 0.975 0.929
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> SRR307906 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> SRR307907 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR307908 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR307909 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> SRR307910 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR307912 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR307913 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307914 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307915 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307916 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307917 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR307920 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR307921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> SRR307924 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> SRR307925 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR307926 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307927 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307928 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307929 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307930 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307931 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR307932 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR315299 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315300 2 0.6531 0.857 0.168 0.832
#> SRR315301 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315302 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315303 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315305 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315306 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315307 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315309 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315310 2 0.9661 0.449 0.392 0.608
#> SRR315311 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315312 2 0.4939 0.926 0.108 0.892
#> SRR315313 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315320 2 0.2603 0.965 0.044 0.956
#> SRR315321 2 0.2603 0.965 0.044 0.956
#> SRR315322 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315323 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR315324 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR315325 2 0.3114 0.962 0.056 0.944
#> SRR315326 2 0.3274 0.961 0.060 0.940
#> SRR315327 2 0.2778 0.964 0.048 0.952
#> SRR315328 2 0.2778 0.964 0.048 0.952
#> SRR315329 2 0.2236 0.966 0.036 0.964
#> SRR315330 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315331 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315332 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315333 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315334 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315335 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315336 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR315337 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317035 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317036 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317037 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317038 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317039 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR317040 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317041 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317042 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317043 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317044 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.2603 0.965 0.044 0.956
#> SRR317047 2 0.2948 0.963 0.052 0.948
#> SRR317048 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317049 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317050 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317051 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317052 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317053 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317054 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317055 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317056 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317057 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR317059 2 0.7299 0.809 0.204 0.796
#> SRR317060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR317063 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR317064 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> SRR317067 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> SRR317068 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR768413 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR768414 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR387661 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR387662 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR768411 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR534294 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR534295 2 0.2948 0.963 0.052 0.948
#> SRR534296 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR534297 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR534298 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR534299 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR534308 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR534309 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0672 0.991 0.992 0.008
#> SRR534326 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> SRR545708 2 0.0376 0.966 0.004 0.996
#> SRR545709 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.1843 0.967 0.028 0.972
#> SRR545714 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR545715 2 0.3584 0.959 0.068 0.932
#> SRR545716 2 0.2603 0.965 0.044 0.956
#> SRR545717 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> SRR545718 2 0.0672 0.967 0.008 0.992
#> SRR545719 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0237 0.816 0.000 0.996 0.004
#> SRR307906 2 0.0237 0.816 0.000 0.996 0.004
#> SRR307907 2 0.5216 0.666 0.000 0.740 0.260
#> SRR307908 2 0.5706 0.607 0.000 0.680 0.320
#> SRR307909 2 0.0237 0.816 0.000 0.996 0.004
#> SRR307910 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307911 2 0.5835 0.584 0.000 0.660 0.340
#> SRR307912 3 0.6308 -0.093 0.000 0.492 0.508
#> SRR307913 3 0.6079 0.372 0.000 0.388 0.612
#> SRR307914 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR307915 3 0.4796 0.774 0.000 0.220 0.780
#> SRR307916 3 0.4796 0.774 0.000 0.220 0.780
#> SRR307917 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 2 0.5835 0.584 0.000 0.660 0.340
#> SRR307920 2 0.5291 0.673 0.000 0.732 0.268
#> SRR307921 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0237 0.816 0.000 0.996 0.004
#> SRR307924 2 0.0892 0.811 0.000 0.980 0.020
#> SRR307925 3 0.4931 0.766 0.000 0.232 0.768
#> SRR307926 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR307927 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR307928 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR307929 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR307930 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR307931 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR307932 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315300 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315301 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR315302 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR315303 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315306 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315307 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315310 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315311 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315312 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315313 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.6045 0.545 0.000 0.620 0.380
#> SRR315320 2 0.4750 0.714 0.000 0.784 0.216
#> SRR315321 2 0.5363 0.666 0.000 0.724 0.276
#> SRR315322 2 0.6062 0.538 0.000 0.616 0.384
#> SRR315323 2 0.4452 0.730 0.000 0.808 0.192
#> SRR315324 2 0.3816 0.755 0.000 0.852 0.148
#> SRR315325 2 0.6062 0.538 0.000 0.616 0.384
#> SRR315326 2 0.6062 0.538 0.000 0.616 0.384
#> SRR315327 2 0.6008 0.558 0.000 0.628 0.372
#> SRR315328 2 0.5968 0.570 0.000 0.636 0.364
#> SRR315329 2 0.5621 0.636 0.000 0.692 0.308
#> SRR315330 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR315331 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR315332 3 0.5138 0.724 0.000 0.252 0.748
#> SRR315333 3 0.5948 0.464 0.000 0.360 0.640
#> SRR315334 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR315335 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR315336 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR315337 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR317035 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317036 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317037 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317038 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317039 2 0.1964 0.796 0.000 0.944 0.056
#> SRR317040 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317041 2 0.6062 0.538 0.000 0.616 0.384
#> SRR317042 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR317043 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR317044 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.4931 0.702 0.000 0.768 0.232
#> SRR317047 2 0.6026 0.552 0.000 0.624 0.376
#> SRR317048 3 0.4555 0.795 0.000 0.200 0.800
#> SRR317049 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317050 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317051 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317052 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR317053 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR317054 2 0.5905 0.567 0.000 0.648 0.352
#> SRR317055 2 0.5905 0.567 0.000 0.648 0.352
#> SRR317056 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317057 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317059 2 0.8230 0.400 0.088 0.564 0.348
#> SRR317060 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.5529 0.632 0.000 0.704 0.296
#> SRR317063 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR317064 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.3482 0.759 0.000 0.872 0.128
#> SRR317067 2 0.0747 0.812 0.000 0.984 0.016
#> SRR317068 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR768414 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR387661 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR387662 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR768411 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 3 0.5016 0.745 0.000 0.240 0.760
#> SRR534294 3 0.5016 0.745 0.000 0.240 0.760
#> SRR534295 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR534296 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR534297 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR534298 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR534299 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR534308 2 0.5882 0.575 0.000 0.652 0.348
#> SRR534309 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0237 0.987 0.996 0.004 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR534329 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR534330 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR534331 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR534332 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR534333 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR534334 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545690 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545691 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545696 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545697 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545698 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545699 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545700 1 0.1411 0.982 0.964 0.000 0.036
#> SRR545701 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0237 0.816 0.000 0.996 0.004
#> SRR545708 2 0.0237 0.816 0.000 0.996 0.004
#> SRR545709 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1031 0.809 0.000 0.976 0.024
#> SRR545714 2 0.4654 0.708 0.000 0.792 0.208
#> SRR545715 2 0.4887 0.693 0.000 0.772 0.228
#> SRR545716 2 0.2261 0.791 0.000 0.932 0.068
#> SRR545717 2 0.1964 0.796 0.000 0.944 0.056
#> SRR545718 2 0.0592 0.813 0.000 0.988 0.012
#> SRR545719 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.816 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.1411 0.786 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0188 0.8717 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR307906 2 0.0188 0.8717 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR307907 2 0.5213 0.6918 0.000 0.724 0.052 0.224
#> SRR307908 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR307909 2 0.0188 0.8717 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR307910 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307911 2 0.5203 0.6867 0.000 0.720 0.048 0.232
#> SRR307912 2 0.6042 0.3418 0.000 0.560 0.048 0.392
#> SRR307913 4 0.6504 0.0283 0.000 0.452 0.072 0.476
#> SRR307914 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR307915 4 0.5464 0.5806 0.000 0.228 0.064 0.708
#> SRR307916 4 0.5464 0.5806 0.000 0.228 0.064 0.708
#> SRR307917 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 2 0.4956 0.6959 0.000 0.732 0.036 0.232
#> SRR307920 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0188 0.8717 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR307924 2 0.0707 0.8660 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR307925 4 0.4008 0.6043 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR307926 2 0.5631 0.6621 0.000 0.696 0.072 0.232
#> SRR307927 2 0.5631 0.6621 0.000 0.696 0.072 0.232
#> SRR307928 2 0.5631 0.6621 0.000 0.696 0.072 0.232
#> SRR307929 2 0.5631 0.6621 0.000 0.696 0.072 0.232
#> SRR307930 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR307931 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR307932 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315300 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315301 3 0.7525 0.2378 0.000 0.276 0.492 0.232
#> SRR315302 3 0.7614 0.1982 0.000 0.300 0.468 0.232
#> SRR315303 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315306 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315307 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315310 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315311 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315312 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315313 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315320 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315321 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315322 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315323 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315324 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315325 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315326 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315327 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315328 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315329 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR315330 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR315331 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR315332 4 0.5827 0.4621 0.000 0.316 0.052 0.632
#> SRR315333 4 0.6176 0.1650 0.000 0.424 0.052 0.524
#> SRR315334 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR315335 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR315336 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315337 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR317035 2 0.4088 0.7174 0.000 0.764 0.004 0.232
#> SRR317036 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317037 2 0.5631 0.6621 0.000 0.696 0.072 0.232
#> SRR317038 2 0.5631 0.6621 0.000 0.696 0.072 0.232
#> SRR317039 2 0.1474 0.8516 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR317040 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317041 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR317042 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR317043 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR317044 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR317047 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR317048 4 0.5318 0.6053 0.000 0.196 0.072 0.732
#> SRR317049 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317050 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317051 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317052 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR317053 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR317054 2 0.5662 0.6562 0.000 0.692 0.072 0.236
#> SRR317055 2 0.5662 0.6562 0.000 0.692 0.072 0.236
#> SRR317056 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317057 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317059 2 0.7420 0.5269 0.104 0.612 0.052 0.232
#> SRR317060 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.5213 0.6918 0.000 0.724 0.052 0.224
#> SRR317063 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR317064 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.2589 0.8125 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR317067 2 0.0592 0.8677 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR317068 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR768414 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR387661 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR387662 4 0.0707 0.8171 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR768411 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.5519 0.5374 0.000 0.264 0.052 0.684
#> SRR534294 4 0.5573 0.5266 0.000 0.272 0.052 0.676
#> SRR534295 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR534296 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR534297 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR534298 2 0.5279 0.6834 0.000 0.716 0.052 0.232
#> SRR534299 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534307 2 0.7704 0.0451 0.000 0.432 0.336 0.232
#> SRR534308 2 0.7680 0.0923 0.000 0.444 0.324 0.232
#> SRR534309 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0188 0.9640 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR534329 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR534330 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR534331 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR534332 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR534333 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR534334 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.1474 0.8456 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR545686 2 0.1474 0.8456 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.9681 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545690 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545691 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545696 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545697 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545698 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545699 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545700 1 0.2843 0.9374 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR545701 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0188 0.8717 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545708 2 0.0188 0.8717 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545709 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0817 0.8643 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR545714 2 0.3486 0.7586 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR545715 2 0.3486 0.7586 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR545716 2 0.1792 0.8432 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR545717 2 0.1557 0.8497 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR545718 2 0.0469 0.8691 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR545719 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.8727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.2469 0.9280 0.000 0.108 0.892 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0162 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR307906 2 0.0162 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR307907 2 0.3487 0.6816 0.000 0.780 0.008 0.000 0.212
#> SRR307908 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR307909 2 0.0162 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR307910 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307911 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR307912 2 0.5973 0.3054 0.000 0.616 0.008 0.160 0.216
#> SRR307913 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR307914 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR307915 5 0.3300 0.9858 0.000 0.204 0.000 0.004 0.792
#> SRR307916 5 0.3300 0.9858 0.000 0.204 0.000 0.004 0.792
#> SRR307917 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307919 2 0.3398 0.6800 0.000 0.780 0.004 0.000 0.216
#> SRR307920 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0162 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR307924 2 0.0609 0.8775 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR307925 4 0.6243 0.2203 0.000 0.240 0.000 0.544 0.216
#> SRR307926 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR307927 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR307928 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR307929 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR307930 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR307931 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR307932 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315300 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315301 3 0.6337 -0.2705 0.000 0.260 0.524 0.000 0.216
#> SRR315302 3 0.6458 -0.3164 0.000 0.292 0.492 0.000 0.216
#> SRR315303 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315306 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315307 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315310 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315311 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315312 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315313 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315321 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315322 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315330 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR315331 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR315332 4 0.6859 -0.1429 0.000 0.376 0.008 0.400 0.216
#> SRR315333 2 0.6712 -0.1650 0.000 0.484 0.008 0.292 0.216
#> SRR315334 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR315335 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR315336 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR315337 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR317035 2 0.3398 0.6800 0.000 0.780 0.004 0.000 0.216
#> SRR317036 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317037 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR317038 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR317039 2 0.1270 0.8538 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR317040 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317041 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317042 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR317043 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR317044 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317047 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317048 5 0.3687 0.9267 0.000 0.180 0.000 0.028 0.792
#> SRR317049 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317050 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317051 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317052 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR317053 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR317054 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR317055 5 0.3177 0.9916 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR317056 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317057 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317059 2 0.5757 0.3985 0.136 0.640 0.008 0.000 0.216
#> SRR317060 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.3487 0.6816 0.000 0.780 0.008 0.000 0.212
#> SRR317063 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR317064 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.2230 0.7960 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR317067 2 0.0510 0.8803 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR317068 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR768414 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR387661 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR387662 4 0.3242 0.8767 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR768411 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.6755 0.1009 0.000 0.276 0.012 0.496 0.216
#> SRR534294 4 0.6700 0.0712 0.000 0.288 0.008 0.488 0.216
#> SRR534295 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR534296 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR534297 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR534298 2 0.3519 0.6762 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR534299 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534307 2 0.6545 -0.2047 0.000 0.460 0.324 0.000 0.216
#> SRR534308 2 0.6516 -0.1687 0.000 0.472 0.312 0.000 0.216
#> SRR534309 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0324 0.8595 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR534329 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR534330 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR534331 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR534332 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR534333 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR534334 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0290 0.8844 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0290 0.8844 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.8643 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545690 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545691 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545696 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545697 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545698 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545699 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545700 1 0.6060 0.7123 0.576 0.000 0.000 0.216 0.208
#> SRR545701 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0162 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545708 2 0.0162 0.8872 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545709 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0703 0.8747 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR545714 2 0.2929 0.7277 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR545715 2 0.2929 0.7277 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR545716 2 0.1544 0.8404 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545717 2 0.1341 0.8506 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR545718 2 0.0404 0.8826 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545719 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.0000 0.9110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR307906 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR307907 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR307908 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR307909 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR307910 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR307911 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR307912 2 0.3342 0.727 0.000 0.760 0.012 0.00 0.000 0.228
#> SRR307913 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR307914 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR307915 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR307916 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR307917 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR307919 2 0.1524 0.931 0.000 0.932 0.008 0.00 0.000 0.060
#> SRR307920 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0363 0.953 0.000 0.988 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR307924 2 0.0713 0.948 0.000 0.972 0.000 0.00 0.000 0.028
#> SRR307925 6 0.3508 0.433 0.000 0.292 0.004 0.00 0.000 0.704
#> SRR307926 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR307927 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR307928 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR307929 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR307930 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR307931 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315299 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315300 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315301 3 0.4769 0.271 0.000 0.364 0.576 0.00 0.000 0.060
#> SRR315302 3 0.4851 0.210 0.000 0.404 0.536 0.00 0.000 0.060
#> SRR315303 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315305 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315306 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315309 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315310 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315311 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315312 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315320 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315321 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315322 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR315330 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR315331 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR315332 2 0.4172 0.154 0.000 0.528 0.012 0.00 0.000 0.460
#> SRR315333 2 0.3954 0.477 0.000 0.636 0.012 0.00 0.000 0.352
#> SRR315334 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR315335 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR315336 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR315337 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.1411 0.936 0.000 0.936 0.004 0.06 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317037 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR317038 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR317039 2 0.0865 0.945 0.000 0.964 0.000 0.00 0.000 0.036
#> SRR317040 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317041 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317042 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR317043 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317046 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317047 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317048 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR317049 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317050 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317051 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317052 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR317053 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR317054 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR317055 4 0.1267 1.000 0.000 0.000 0.000 0.94 0.000 0.060
#> SRR317056 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317057 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317059 2 0.4205 0.720 0.184 0.744 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317063 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR317064 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR768413 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR768414 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR387661 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR387662 6 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534293 6 0.4099 0.329 0.000 0.372 0.016 0.00 0.000 0.612
#> SRR534294 6 0.4047 0.317 0.000 0.384 0.012 0.00 0.000 0.604
#> SRR534295 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR534296 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR534297 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR534298 2 0.1625 0.929 0.000 0.928 0.012 0.00 0.000 0.060
#> SRR534299 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534307 2 0.4700 0.417 0.000 0.600 0.340 0.00 0.000 0.060
#> SRR534308 2 0.4660 0.448 0.000 0.612 0.328 0.00 0.000 0.060
#> SRR534309 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0146 0.996 0.996 0.000 0.000 0.00 0.000 0.004
#> SRR534326 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534328 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR534329 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR534330 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR534331 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR534332 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR534333 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0363 0.952 0.000 0.988 0.012 0.00 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0622 0.951 0.000 0.980 0.012 0.00 0.000 0.008
#> SRR545687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545689 5 0.2178 0.834 0.132 0.000 0.000 0.00 0.868 0.000
#> SRR545690 5 0.2697 0.765 0.188 0.000 0.000 0.00 0.812 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545695 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR545696 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR545697 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR545698 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR545699 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR545700 5 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0632 0.950 0.000 0.976 0.000 0.00 0.000 0.024
#> SRR545714 2 0.1267 0.933 0.000 0.940 0.000 0.00 0.000 0.060
#> SRR545715 2 0.1267 0.933 0.000 0.940 0.000 0.00 0.000 0.060
#> SRR545716 2 0.0790 0.947 0.000 0.968 0.000 0.00 0.000 0.032
#> SRR545717 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.1267 0.938 0.000 0.940 0.000 0.06 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.401 0.862 0.884 0.4537 0.529 0.529
#> 3 3 0.944 0.954 0.960 0.4004 0.795 0.625
#> 4 4 0.859 0.884 0.910 0.1118 0.938 0.826
#> 5 5 0.826 0.847 0.889 0.0621 0.961 0.868
#> 6 6 0.849 0.756 0.868 0.0588 0.926 0.722
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR307898 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR307899 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR307900 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR307901 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307907 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307908 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307909 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307911 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307912 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307913 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR307914 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307915 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR307916 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR307917 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307919 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307920 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR307921 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR307922 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR307923 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307924 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307925 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR307926 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR307927 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR307928 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR307929 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR307930 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR307931 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR307932 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR315298 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR315299 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315300 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315301 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR315302 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR315303 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315305 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315306 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315307 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315309 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315310 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315311 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315312 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315313 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.2603 0.934 0.044 0.956
#> SRR315316 2 0.2603 0.934 0.044 0.956
#> SRR315318 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR315319 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315320 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315321 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315322 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315323 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315324 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315325 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315326 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315327 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315328 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315329 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR315330 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR315331 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR315332 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR315333 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR315334 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR315335 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR315336 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR315337 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR317035 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR317036 1 0.9209 0.758 0.664 0.336
#> SRR317037 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR317038 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR317039 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR317040 1 0.9170 0.766 0.668 0.332
#> SRR317041 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR317042 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR317043 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR317044 2 0.1843 0.955 0.028 0.972
#> SRR317045 2 0.1843 0.955 0.028 0.972
#> SRR317046 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR317047 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
#> SRR317048 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR317049 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR317050 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR317051 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR317052 1 0.6712 0.820 0.824 0.176
#> SRR317053 1 0.6801 0.820 0.820 0.180
#> SRR317054 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR317055 1 0.6973 0.819 0.812 0.188
#> SRR317056 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR317057 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR317059 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR317060 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR317061 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR317062 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR317063 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR317064 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR317067 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR768413 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR768414 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR387661 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR387662 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR768411 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR768412 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534289 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534293 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR534294 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR534295 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR534296 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR534297 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR534298 1 0.9129 0.767 0.672 0.328
#> SRR534299 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.1184 0.969 0.016 0.984
#> SRR534304 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534307 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR534308 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR534309 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534312 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534313 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534314 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534315 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534316 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534317 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534320 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534321 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534322 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534323 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534324 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534325 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534326 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534329 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534330 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534331 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534332 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534333 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR534334 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545685 1 0.9000 0.776 0.684 0.316
#> SRR545686 1 0.9044 0.774 0.680 0.320
#> SRR545687 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545688 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545689 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545690 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545691 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545696 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545697 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545698 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545699 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545700 1 0.2043 0.801 0.968 0.032
#> SRR545701 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.5946 0.769 0.144 0.856
#> SRR545714 2 0.5946 0.769 0.144 0.856
#> SRR545715 2 0.6048 0.766 0.148 0.852
#> SRR545716 2 0.5946 0.769 0.144 0.856
#> SRR545717 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR545723 1 0.8386 0.797 0.732 0.268
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR307898 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR307899 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR307900 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 3 0.3412 0.915 0.000 0.124 0.876
#> SRR307908 3 0.3551 0.908 0.000 0.132 0.868
#> SRR307909 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307911 3 0.2537 0.941 0.000 0.080 0.920
#> SRR307912 3 0.2537 0.941 0.000 0.080 0.920
#> SRR307913 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR307914 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR307915 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR307916 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR307917 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.2625 0.939 0.000 0.084 0.916
#> SRR307920 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR307921 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR307922 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR307923 3 0.2537 0.941 0.000 0.080 0.920
#> SRR307924 3 0.2537 0.941 0.000 0.080 0.920
#> SRR307925 3 0.2537 0.941 0.000 0.080 0.920
#> SRR307926 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR307927 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR307928 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR307929 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR307930 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR307931 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR307932 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR307933 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR315297 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR315298 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR315299 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315300 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315301 3 0.1163 0.939 0.000 0.028 0.972
#> SRR315302 3 0.1163 0.939 0.000 0.028 0.972
#> SRR315303 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315306 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315307 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR315308 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315310 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315311 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315312 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315313 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.4514 0.801 0.012 0.832 0.156
#> SRR315316 2 0.4514 0.801 0.012 0.832 0.156
#> SRR315318 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315320 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315321 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315322 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315323 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315324 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315325 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315326 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315327 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315328 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315329 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR315330 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR315331 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR315332 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR315333 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR315334 3 0.1860 0.942 0.000 0.052 0.948
#> SRR315335 3 0.1860 0.942 0.000 0.052 0.948
#> SRR315336 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR315337 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR317035 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 3 0.2537 0.941 0.000 0.080 0.920
#> SRR317037 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR317038 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR317039 3 0.2537 0.941 0.000 0.080 0.920
#> SRR317040 3 0.2625 0.939 0.000 0.084 0.916
#> SRR317041 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR317042 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR317043 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR317044 2 0.4514 0.801 0.012 0.832 0.156
#> SRR317045 2 0.4514 0.801 0.012 0.832 0.156
#> SRR317046 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR317047 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
#> SRR317048 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR317049 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR317050 3 0.1964 0.942 0.000 0.056 0.944
#> SRR317051 3 0.2165 0.942 0.000 0.064 0.936
#> SRR317052 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR317053 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR317054 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR317055 3 0.2066 0.916 0.060 0.000 0.940
#> SRR317056 3 0.1163 0.939 0.000 0.028 0.972
#> SRR317057 3 0.1289 0.940 0.000 0.032 0.968
#> SRR317059 1 0.3539 0.885 0.888 0.012 0.100
#> SRR317060 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR317061 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR317062 3 0.3482 0.912 0.000 0.128 0.872
#> SRR317063 3 0.3340 0.919 0.000 0.120 0.880
#> SRR317064 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.1031 0.967 0.000 0.976 0.024
#> SRR317067 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR768414 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR387661 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR387662 3 0.3445 0.937 0.016 0.088 0.896
#> SRR768411 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR768412 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 3 0.1643 0.942 0.000 0.044 0.956
#> SRR534294 3 0.1643 0.942 0.000 0.044 0.956
#> SRR534295 3 0.2796 0.937 0.000 0.092 0.908
#> SRR534296 3 0.2878 0.935 0.000 0.096 0.904
#> SRR534297 3 0.2711 0.939 0.000 0.088 0.912
#> SRR534298 3 0.2711 0.939 0.000 0.088 0.912
#> SRR534299 2 0.0424 0.981 0.000 0.992 0.008
#> SRR534300 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0592 0.978 0.000 0.988 0.012
#> SRR534304 2 0.0592 0.978 0.000 0.988 0.012
#> SRR534305 2 0.0592 0.978 0.000 0.988 0.012
#> SRR534306 2 0.0592 0.978 0.000 0.988 0.012
#> SRR534307 3 0.1163 0.939 0.000 0.028 0.972
#> SRR534308 3 0.1163 0.939 0.000 0.028 0.972
#> SRR534309 2 0.0592 0.978 0.000 0.988 0.012
#> SRR534310 2 0.0592 0.978 0.000 0.988 0.012
#> SRR534311 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534312 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534313 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534314 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534315 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534316 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR534319 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534320 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534321 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534322 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534323 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534324 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534325 1 0.2749 0.928 0.924 0.012 0.064
#> SRR534326 2 0.0237 0.984 0.004 0.996 0.000
#> SRR534327 2 0.0237 0.984 0.004 0.996 0.000
#> SRR534328 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534329 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534330 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534331 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534332 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534333 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR534334 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR534335 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR545685 3 0.1129 0.936 0.004 0.020 0.976
#> SRR545686 3 0.1163 0.939 0.000 0.028 0.972
#> SRR545687 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545688 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545689 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545690 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545691 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR545692 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR545693 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0237 0.984 0.004 0.996 0.000
#> SRR545695 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545696 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545697 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545698 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545699 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545700 1 0.0592 0.996 0.988 0.012 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR545704 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0237 0.985 0.000 0.996 0.004
#> SRR545707 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 3 0.5706 0.647 0.000 0.320 0.680
#> SRR545714 3 0.5706 0.649 0.000 0.320 0.680
#> SRR545715 3 0.5706 0.647 0.000 0.320 0.680
#> SRR545716 3 0.5760 0.632 0.000 0.328 0.672
#> SRR545717 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 3 0.0237 0.927 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.5440 0.774 0.000 0.020 0.596 0.384
#> SRR307908 3 0.5626 0.765 0.000 0.028 0.588 0.384
#> SRR307909 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR307912 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR307913 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR307914 3 0.5204 0.781 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR307915 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR307916 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR307917 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR307920 3 0.0817 0.613 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR307921 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR307924 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR307925 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR307926 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR307927 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR307928 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR307929 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR307930 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR307931 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR307932 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315300 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315301 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR315302 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR315303 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315306 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315307 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315310 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315311 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315312 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315313 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.4290 0.670 0.000 0.772 0.016 0.212
#> SRR315316 2 0.4290 0.670 0.000 0.772 0.016 0.212
#> SRR315318 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.2469 0.671 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR315320 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315322 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 3 0.5217 0.781 0.000 0.012 0.608 0.380
#> SRR315331 3 0.5204 0.781 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR315332 3 0.5204 0.781 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR315333 3 0.5204 0.781 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR315334 3 0.5204 0.781 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR315335 3 0.5204 0.781 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR315336 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR315337 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317035 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 3 0.5326 0.779 0.000 0.016 0.604 0.380
#> SRR317037 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR317038 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR317039 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR317040 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR317041 3 0.3726 0.737 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR317042 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317043 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317044 2 0.4290 0.670 0.000 0.772 0.016 0.212
#> SRR317045 2 0.4290 0.670 0.000 0.772 0.016 0.212
#> SRR317046 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 3 0.0000 0.601 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR317049 3 0.5204 0.781 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR317050 3 0.5217 0.781 0.000 0.012 0.608 0.380
#> SRR317051 3 0.5217 0.781 0.000 0.012 0.608 0.380
#> SRR317052 3 0.5220 0.739 0.000 0.008 0.568 0.424
#> SRR317053 3 0.5220 0.739 0.000 0.008 0.568 0.424
#> SRR317054 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR317055 3 0.3975 0.719 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR317056 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR317057 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR317059 1 0.2048 0.904 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR317060 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 3 0.5440 0.774 0.000 0.020 0.596 0.384
#> SRR317063 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR317064 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR768414 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR387661 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR387662 4 0.0188 1.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR768411 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR534294 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR534295 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR534296 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR534297 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR534298 3 0.5231 0.780 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR534299 2 0.0469 0.973 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0469 0.973 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534304 2 0.0469 0.973 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534305 2 0.0469 0.973 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534306 2 0.0469 0.973 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534307 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR534308 3 0.4978 0.778 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR534309 2 0.0469 0.973 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534310 2 0.0469 0.973 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.1902 0.909 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR534326 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.4761 0.778 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR545686 3 0.4804 0.777 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR545687 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 3 0.7825 0.373 0.000 0.284 0.412 0.304
#> SRR545714 3 0.7802 0.390 0.000 0.276 0.420 0.304
#> SRR545715 3 0.7790 0.398 0.000 0.272 0.424 0.304
#> SRR545716 3 0.7845 0.356 0.000 0.292 0.404 0.304
#> SRR545717 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.3837 0.742 0.000 0.000 0.776 0.224
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.1410 0.906 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR307906 2 0.1410 0.906 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR307907 5 0.1211 0.781 0.000 0.016 0.024 0.000 0.960
#> SRR307908 5 0.1211 0.781 0.000 0.016 0.024 0.000 0.960
#> SRR307909 2 0.2179 0.882 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR307910 2 0.1965 0.891 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR307911 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR307912 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR307913 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR307914 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR307915 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR307916 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR307917 2 0.1341 0.907 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR307918 2 0.1341 0.907 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR307919 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR307920 3 0.3242 0.889 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR307921 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR307924 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR307925 5 0.0968 0.795 0.000 0.012 0.012 0.004 0.972
#> SRR307926 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR307927 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR307928 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR307929 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR307930 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307931 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307932 2 0.2616 0.878 0.000 0.888 0.076 0.000 0.036
#> SRR307933 2 0.2491 0.883 0.000 0.896 0.068 0.000 0.036
#> SRR315297 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315300 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315301 5 0.1116 0.792 0.000 0.004 0.028 0.004 0.964
#> SRR315302 5 0.1116 0.792 0.000 0.004 0.028 0.004 0.964
#> SRR315303 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315306 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315307 2 0.2676 0.877 0.000 0.884 0.080 0.000 0.036
#> SRR315308 2 0.3237 0.853 0.000 0.848 0.104 0.000 0.048
#> SRR315309 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315310 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315311 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315312 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315313 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.6289 0.204 0.000 0.452 0.152 0.000 0.396
#> SRR315316 2 0.6289 0.204 0.000 0.452 0.152 0.000 0.396
#> SRR315318 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.3816 0.728 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR315320 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315321 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315322 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315323 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315324 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315325 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315326 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315327 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315328 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315329 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR315330 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR315331 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR315332 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR315333 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR315334 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR315335 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR315336 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR315337 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR317035 2 0.1341 0.907 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR317036 5 0.1106 0.793 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR317037 5 0.4675 0.562 0.000 0.000 0.020 0.380 0.600
#> SRR317038 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR317039 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR317040 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR317041 5 0.4182 0.276 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR317042 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR317043 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR317044 2 0.6289 0.204 0.000 0.452 0.152 0.000 0.396
#> SRR317045 2 0.6289 0.204 0.000 0.452 0.152 0.000 0.396
#> SRR317046 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR317047 3 0.2605 0.975 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR317048 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR317049 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR317050 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR317051 5 0.0693 0.797 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR317052 5 0.3904 0.618 0.000 0.012 0.008 0.216 0.764
#> SRR317053 5 0.3904 0.618 0.000 0.012 0.008 0.216 0.764
#> SRR317054 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR317055 5 0.4686 0.559 0.000 0.000 0.020 0.384 0.596
#> SRR317056 5 0.1116 0.792 0.000 0.004 0.028 0.004 0.964
#> SRR317057 5 0.1116 0.792 0.000 0.004 0.028 0.004 0.964
#> SRR317059 1 0.1310 0.954 0.956 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR317060 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 5 0.1117 0.784 0.000 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR317063 5 0.1018 0.786 0.000 0.016 0.016 0.000 0.968
#> SRR317064 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR768414 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR387661 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR387662 4 0.3003 1.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR768411 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0324 0.915 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR534293 5 0.0833 0.793 0.000 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR534294 5 0.0833 0.793 0.000 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR534295 5 0.0693 0.792 0.000 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR534296 5 0.0807 0.790 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR534297 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR534298 5 0.0807 0.795 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR534299 2 0.5123 0.703 0.000 0.696 0.144 0.000 0.160
#> SRR534300 2 0.3037 0.862 0.000 0.860 0.100 0.000 0.040
#> SRR534301 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.5538 0.632 0.000 0.644 0.144 0.000 0.212
#> SRR534304 2 0.5519 0.641 0.000 0.648 0.148 0.000 0.204
#> SRR534305 2 0.5229 0.690 0.000 0.684 0.144 0.000 0.172
#> SRR534306 2 0.5229 0.690 0.000 0.684 0.144 0.000 0.172
#> SRR534307 5 0.1116 0.792 0.000 0.004 0.028 0.004 0.964
#> SRR534308 5 0.1116 0.792 0.000 0.004 0.028 0.004 0.964
#> SRR534309 2 0.5268 0.686 0.000 0.680 0.148 0.000 0.172
#> SRR534310 2 0.5268 0.686 0.000 0.680 0.148 0.000 0.172
#> SRR534311 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.1043 0.911 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0912 0.971 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR534326 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545685 5 0.4030 0.388 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR545686 5 0.3932 0.447 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR545687 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0162 0.916 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0771 0.913 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR545693 2 0.0162 0.915 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0290 0.916 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0290 0.916 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0290 0.916 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0290 0.916 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0963 0.911 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR545713 5 0.6634 0.182 0.000 0.288 0.260 0.000 0.452
#> SRR545714 5 0.6634 0.182 0.000 0.288 0.260 0.000 0.452
#> SRR545715 5 0.6634 0.182 0.000 0.288 0.260 0.000 0.452
#> SRR545716 5 0.6634 0.182 0.000 0.288 0.260 0.000 0.452
#> SRR545717 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.1410 0.907 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.916 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.1341 0.908 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.1197 0.909 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR545723 5 0.4192 0.257 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0146 0.87319 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0146 0.87319 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.3383 0.74828 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004 0.000
#> SRR307906 2 0.3383 0.74828 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004 0.000
#> SRR307907 5 0.0858 0.81368 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR307908 5 0.0858 0.81368 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR307909 2 0.3565 0.71206 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004 0.000
#> SRR307910 2 0.3565 0.71206 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004 0.000
#> SRR307911 5 0.1341 0.81303 0.000 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR307912 5 0.1341 0.81303 0.000 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR307913 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR307914 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR307915 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR307916 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR307917 2 0.3360 0.75132 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR307918 2 0.3360 0.75132 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR307919 5 0.1341 0.81303 0.000 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR307920 3 0.2389 0.76744 0.000 0.000 0.864 0.008 0.128 0.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 5 0.1418 0.81166 0.000 0.000 0.024 0.032 0.944 0.000
#> SRR307924 5 0.1418 0.81166 0.000 0.000 0.024 0.032 0.944 0.000
#> SRR307925 5 0.1341 0.81303 0.000 0.000 0.024 0.028 0.948 0.000
#> SRR307926 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR307927 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR307928 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR307929 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR307930 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.4311 0.63449 0.000 0.692 0.000 0.260 0.040 0.008
#> SRR307933 2 0.4268 0.63819 0.000 0.692 0.000 0.264 0.036 0.008
#> SRR315297 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 5 0.2221 0.80637 0.000 0.000 0.032 0.072 0.896 0.000
#> SRR315302 5 0.2221 0.80637 0.000 0.000 0.032 0.072 0.896 0.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.4310 0.63259 0.000 0.684 0.000 0.272 0.036 0.008
#> SRR315308 2 0.4677 0.53989 0.000 0.620 0.000 0.328 0.044 0.008
#> SRR315309 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 4 0.6949 0.34047 0.000 0.188 0.000 0.488 0.200 0.124
#> SRR315316 4 0.6949 0.34047 0.000 0.188 0.000 0.488 0.200 0.124
#> SRR315318 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.3046 0.69544 0.000 0.000 0.800 0.012 0.188 0.000
#> SRR315320 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315321 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315322 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315330 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR315331 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR315332 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR315333 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR315334 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR315335 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR315336 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.3337 0.75331 0.000 0.736 0.000 0.260 0.004 0.000
#> SRR317036 5 0.2968 0.73168 0.000 0.052 0.004 0.092 0.852 0.000
#> SRR317037 4 0.5116 0.24976 0.000 0.000 0.004 0.524 0.400 0.072
#> SRR317038 4 0.5116 0.24976 0.000 0.000 0.004 0.524 0.400 0.072
#> SRR317039 5 0.1261 0.81449 0.000 0.000 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR317040 5 0.0993 0.81525 0.000 0.000 0.012 0.024 0.964 0.000
#> SRR317041 5 0.4719 0.07166 0.000 0.004 0.460 0.036 0.500 0.000
#> SRR317042 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 4 0.6949 0.34047 0.000 0.188 0.000 0.488 0.200 0.124
#> SRR317045 4 0.6949 0.34047 0.000 0.188 0.000 0.488 0.200 0.124
#> SRR317046 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 3 0.0000 0.89134 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317048 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR317049 5 0.1806 0.78572 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR317050 5 0.1858 0.78288 0.000 0.000 0.004 0.092 0.904 0.000
#> SRR317051 5 0.1958 0.77776 0.000 0.000 0.004 0.100 0.896 0.000
#> SRR317052 6 0.5330 0.07954 0.000 0.000 0.000 0.108 0.396 0.496
#> SRR317053 6 0.5313 0.11581 0.000 0.000 0.000 0.108 0.384 0.508
#> SRR317054 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR317055 4 0.5081 0.28731 0.000 0.000 0.004 0.544 0.380 0.072
#> SRR317056 5 0.2221 0.80637 0.000 0.000 0.032 0.072 0.896 0.000
#> SRR317057 5 0.2221 0.80637 0.000 0.000 0.032 0.072 0.896 0.000
#> SRR317059 1 0.2099 0.90010 0.904 0.000 0.004 0.080 0.008 0.004
#> SRR317060 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 5 0.0858 0.81368 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR317063 5 0.0858 0.81368 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.3956 0.72004 0.000 0.704 0.000 0.264 0.032 0.000
#> SRR317067 2 0.3360 0.75049 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR317068 2 0.3360 0.75049 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR317069 2 0.3360 0.75049 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR768413 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768414 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387661 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387662 6 0.0000 0.93406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0363 0.87102 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0603 0.86958 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR534293 5 0.1498 0.80997 0.000 0.000 0.032 0.028 0.940 0.000
#> SRR534294 5 0.1498 0.80997 0.000 0.000 0.032 0.028 0.940 0.000
#> SRR534295 5 0.0858 0.81368 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR534296 5 0.0858 0.81368 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR534297 5 0.0891 0.81491 0.000 0.000 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR534298 5 0.0891 0.81491 0.000 0.000 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR534299 2 0.4814 0.35009 0.000 0.532 0.000 0.412 0.056 0.000
#> SRR534300 2 0.3345 0.71865 0.000 0.788 0.000 0.184 0.028 0.000
#> SRR534301 2 0.0363 0.87102 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0363 0.87102 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR534303 4 0.5655 -0.02630 0.000 0.396 0.000 0.476 0.120 0.008
#> SRR534304 4 0.5508 -0.06449 0.000 0.412 0.000 0.472 0.112 0.004
#> SRR534305 4 0.5292 -0.12145 0.000 0.432 0.000 0.468 0.100 0.000
#> SRR534306 4 0.5226 -0.15931 0.000 0.444 0.000 0.464 0.092 0.000
#> SRR534307 5 0.2164 0.80723 0.000 0.000 0.032 0.068 0.900 0.000
#> SRR534308 5 0.2164 0.80723 0.000 0.000 0.032 0.068 0.900 0.000
#> SRR534309 4 0.5322 -0.09727 0.000 0.424 0.000 0.472 0.104 0.000
#> SRR534310 4 0.5322 -0.09727 0.000 0.424 0.000 0.472 0.104 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.1958 0.84117 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.1371 0.94781 0.948 0.000 0.004 0.040 0.004 0.004
#> SRR534326 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.4563 0.00291 0.000 0.008 0.504 0.020 0.468 0.000
#> SRR545686 5 0.4734 0.22455 0.000 0.012 0.412 0.028 0.548 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0363 0.87256 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.2346 0.81810 0.000 0.868 0.000 0.124 0.008 0.000
#> SRR545693 2 0.0458 0.87156 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0790 0.86428 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.99647 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.1082 0.85953 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR545704 2 0.0937 0.86188 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.3360 0.75132 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004 0.000
#> SRR545708 2 0.3337 0.75331 0.000 0.736 0.000 0.260 0.004 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.87425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0363 0.87300 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.1556 0.85099 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR545713 5 0.8215 -0.12339 0.000 0.164 0.040 0.232 0.324 0.240
#> SRR545714 5 0.8215 -0.12339 0.000 0.164 0.040 0.232 0.324 0.240
#> SRR545715 5 0.8215 -0.12339 0.000 0.164 0.040 0.232 0.324 0.240
#> SRR545716 5 0.8215 -0.12339 0.000 0.164 0.040 0.232 0.324 0.240
#> SRR545717 2 0.3337 0.75331 0.000 0.736 0.000 0.260 0.004 0.000
#> SRR545718 2 0.3337 0.75331 0.000 0.736 0.000 0.260 0.004 0.000
#> SRR545719 2 0.0146 0.87384 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0146 0.87384 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.2664 0.79788 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.2300 0.82125 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.4228 0.25026 0.000 0.000 0.588 0.020 0.392 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.964 0.931 0.951 0.4414 0.574 0.574
#> 3 3 0.853 0.902 0.939 0.4708 0.655 0.458
#> 4 4 0.850 0.905 0.928 0.1077 0.917 0.767
#> 5 5 0.827 0.810 0.855 0.0587 0.957 0.859
#> 6 6 0.825 0.791 0.798 0.0422 0.924 0.741
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR307898 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR307899 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR307900 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR307901 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307902 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307903 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307904 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307905 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307906 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307907 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307908 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307909 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307910 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307911 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307912 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307913 2 0.9044 0.650 0.320 0.680
#> SRR307914 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307915 2 0.9044 0.650 0.320 0.680
#> SRR307916 2 0.9044 0.650 0.320 0.680
#> SRR307917 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307918 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307919 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307920 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307921 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR307922 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR307923 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307924 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307925 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR307926 2 0.8955 0.664 0.312 0.688
#> SRR307927 2 0.9000 0.657 0.316 0.684
#> SRR307928 2 0.8955 0.664 0.312 0.688
#> SRR307929 2 0.9000 0.657 0.316 0.684
#> SRR307930 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR307931 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR307932 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR307933 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR315297 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR315298 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR315299 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315300 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315301 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315302 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315303 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR315304 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR315305 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315306 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315307 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR315308 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR315309 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315310 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315311 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315312 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315313 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR315314 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR315315 2 0.1184 0.943 0.016 0.984
#> SRR315316 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> SRR315318 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR315319 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315320 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315321 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315322 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315323 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315324 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315325 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315326 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315327 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315328 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315329 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315330 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315331 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315332 2 0.5059 0.908 0.112 0.888
#> SRR315333 2 0.4161 0.927 0.084 0.916
#> SRR315334 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315335 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR315336 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR315337 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR317035 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR317036 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317037 2 0.9000 0.657 0.316 0.684
#> SRR317038 2 0.8955 0.664 0.312 0.688
#> SRR317039 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317040 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317041 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317042 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR317043 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR317044 2 0.0376 0.944 0.004 0.996
#> SRR317045 2 0.0376 0.944 0.004 0.996
#> SRR317046 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317047 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317048 2 0.9044 0.650 0.320 0.680
#> SRR317049 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317050 2 0.3733 0.932 0.072 0.928
#> SRR317051 2 0.3733 0.932 0.072 0.928
#> SRR317052 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR317053 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR317054 2 0.9044 0.650 0.320 0.680
#> SRR317055 2 0.9044 0.650 0.320 0.680
#> SRR317056 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317057 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317059 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR317060 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR317061 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR317062 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317063 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR317064 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR317065 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR317066 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR317067 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR317068 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR317069 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR768413 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR768414 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR387661 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR387662 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR768411 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR768412 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534289 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534290 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534291 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534292 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534293 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534294 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534295 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534296 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534297 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534298 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534299 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534300 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534301 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534302 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534303 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534305 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534306 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534307 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534308 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
#> SRR534309 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534310 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534311 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534312 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534313 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534314 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534315 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534316 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534317 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534318 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534319 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534320 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534321 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534322 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534323 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534324 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534325 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534326 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534327 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534328 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534329 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534330 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534331 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534332 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534333 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR534334 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR534335 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545685 2 0.3274 0.936 0.060 0.940
#> SRR545686 2 0.3274 0.936 0.060 0.940
#> SRR545687 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545688 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545689 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545690 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545691 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545692 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545693 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545694 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545695 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545696 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545697 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545698 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545699 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545700 1 0.3584 0.974 0.932 0.068
#> SRR545701 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545702 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545703 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545704 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545705 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545706 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545707 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545708 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545709 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545710 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545711 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545712 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545713 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545715 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545718 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545719 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545720 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545721 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545722 2 0.0376 0.945 0.004 0.996
#> SRR545723 2 0.3584 0.934 0.068 0.932
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR307902 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR307903 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR307904 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR307905 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR307906 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR307907 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR307908 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR307909 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR307910 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR307911 3 0.3038 0.851 0.000 0.104 0.896
#> SRR307912 3 0.2796 0.856 0.000 0.092 0.908
#> SRR307913 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR307914 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR307915 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR307916 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR307917 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR307918 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR307919 3 0.2959 0.852 0.000 0.100 0.900
#> SRR307920 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR307921 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 3 0.3816 0.820 0.000 0.148 0.852
#> SRR307924 3 0.3551 0.832 0.000 0.132 0.868
#> SRR307925 3 0.2796 0.856 0.000 0.092 0.908
#> SRR307926 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR307927 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR307928 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR307929 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR307930 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR307931 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR307932 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR307933 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315297 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315300 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315301 3 0.1411 0.870 0.000 0.036 0.964
#> SRR315302 3 0.1163 0.870 0.000 0.028 0.972
#> SRR315303 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315304 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315305 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315306 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315307 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315308 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315309 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315310 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315311 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315312 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315313 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315314 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315315 2 0.0424 0.987 0.000 0.992 0.008
#> SRR315316 2 0.0424 0.987 0.000 0.992 0.008
#> SRR315318 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR315319 3 0.2959 0.840 0.000 0.100 0.900
#> SRR315320 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315321 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315322 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315323 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315324 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315325 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315326 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315327 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315328 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315329 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR315330 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR315331 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR315332 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR315333 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR315334 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR315335 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR315336 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR315337 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR317035 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR317036 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR317037 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR317038 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR317039 3 0.3116 0.848 0.000 0.108 0.892
#> SRR317040 3 0.3038 0.851 0.000 0.104 0.896
#> SRR317041 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR317042 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR317043 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR317044 2 0.0424 0.987 0.000 0.992 0.008
#> SRR317045 2 0.0424 0.987 0.000 0.992 0.008
#> SRR317046 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR317047 3 0.1964 0.867 0.000 0.056 0.944
#> SRR317048 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR317049 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR317050 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR317051 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR317052 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR317053 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR317054 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR317055 3 0.2165 0.863 0.000 0.064 0.936
#> SRR317056 3 0.1163 0.870 0.000 0.028 0.972
#> SRR317057 3 0.1163 0.870 0.000 0.028 0.972
#> SRR317059 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR317063 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR317064 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR317065 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR317066 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR317067 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR317068 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR317069 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR768413 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR768414 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR387661 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR387662 3 0.6625 0.601 0.316 0.024 0.660
#> SRR768411 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534290 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534291 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534292 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534293 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR534294 3 0.0892 0.869 0.000 0.020 0.980
#> SRR534295 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR534296 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR534297 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR534298 3 0.0747 0.868 0.000 0.016 0.984
#> SRR534299 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534300 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534301 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534302 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534303 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534304 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534305 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534306 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534307 3 0.1163 0.870 0.000 0.028 0.972
#> SRR534308 3 0.1163 0.870 0.000 0.028 0.972
#> SRR534309 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534310 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534311 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534318 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534319 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR534326 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534327 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534328 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR534329 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR534330 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR534331 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR534332 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR534333 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR534334 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR534335 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545685 3 0.6204 0.267 0.000 0.424 0.576
#> SRR545686 3 0.6302 0.073 0.000 0.480 0.520
#> SRR545687 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545690 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545691 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545692 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545693 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545694 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545695 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545696 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545697 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545698 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545699 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545700 1 0.0237 0.998 0.996 0.004 0.000
#> SRR545701 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545702 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545703 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545704 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545705 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545706 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545707 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR545708 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR545709 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545710 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545711 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545712 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545713 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545714 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545715 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545716 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545717 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR545718 2 0.1964 0.958 0.000 0.944 0.056
#> SRR545719 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545720 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545721 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545722 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR545723 3 0.5431 0.603 0.000 0.284 0.716
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR307906 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR307907 3 0.0657 0.921 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR307908 3 0.0657 0.921 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR307909 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR307910 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR307911 3 0.2882 0.864 0.000 0.084 0.892 0.024
#> SRR307912 3 0.2742 0.873 0.000 0.076 0.900 0.024
#> SRR307913 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR307914 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR307915 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR307916 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR307917 2 0.3606 0.874 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR307918 2 0.3606 0.874 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR307919 3 0.2949 0.861 0.000 0.088 0.888 0.024
#> SRR307920 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR307921 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307923 3 0.3497 0.808 0.000 0.124 0.852 0.024
#> SRR307924 3 0.3266 0.833 0.000 0.108 0.868 0.024
#> SRR307925 3 0.2742 0.873 0.000 0.076 0.900 0.024
#> SRR307926 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR307927 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR307928 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR307929 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR307930 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR307931 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR307932 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315300 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315301 3 0.1182 0.922 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR315302 3 0.1182 0.922 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR315303 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315306 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315307 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315310 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315311 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315312 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315313 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0779 0.960 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR315316 2 0.0779 0.960 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR315318 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315320 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315321 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315322 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315323 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315324 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315325 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315326 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315327 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315328 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315329 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR315330 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR315331 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR315332 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR315333 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR315334 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR315335 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR315336 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR315337 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR317035 2 0.3606 0.874 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR317036 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR317037 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR317038 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR317039 3 0.2949 0.859 0.000 0.088 0.888 0.024
#> SRR317040 3 0.2882 0.866 0.000 0.084 0.892 0.024
#> SRR317041 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR317042 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR317043 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR317044 2 0.0779 0.960 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR317045 2 0.0779 0.960 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR317046 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR317047 3 0.2816 0.902 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR317048 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR317049 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR317050 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR317051 3 0.0592 0.920 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR317052 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR317053 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR317054 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR317055 4 0.5663 0.496 0.000 0.024 0.440 0.536
#> SRR317056 3 0.1182 0.922 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR317057 3 0.1297 0.920 0.000 0.016 0.964 0.020
#> SRR317059 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 3 0.0779 0.921 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR317063 3 0.0657 0.921 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR317064 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR317067 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR317068 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR317069 2 0.3658 0.871 0.000 0.836 0.020 0.144
#> SRR768413 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR768414 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR387661 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR387662 4 0.3790 0.807 0.036 0.028 0.068 0.868
#> SRR768411 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 3 0.1182 0.923 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR534294 3 0.1182 0.923 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR534295 3 0.0779 0.921 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR534296 3 0.0779 0.921 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR534297 3 0.0779 0.921 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR534298 3 0.0779 0.921 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR534299 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.0657 0.962 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR534304 2 0.0657 0.962 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR534305 2 0.0657 0.962 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR534306 2 0.0524 0.963 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR534307 3 0.1182 0.922 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR534308 3 0.1182 0.922 0.000 0.016 0.968 0.016
#> SRR534309 2 0.0657 0.962 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR534310 2 0.0657 0.962 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR534311 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534326 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534329 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534330 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534331 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534332 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534333 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534334 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.3229 0.880 0.000 0.072 0.880 0.048
#> SRR545686 3 0.3266 0.845 0.000 0.108 0.868 0.024
#> SRR545687 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545690 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545691 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545696 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545697 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545698 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545699 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545700 1 0.0469 0.994 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR545701 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.3606 0.874 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR545708 2 0.3606 0.874 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR545709 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0524 0.963 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR545714 2 0.0524 0.963 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR545715 2 0.0804 0.958 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR545716 2 0.0524 0.963 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR545717 2 0.3606 0.874 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR545718 2 0.3606 0.874 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR545719 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.968 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.3088 0.891 0.000 0.060 0.888 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR307898 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR307899 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR307900 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR307901 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR307906 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR307907 3 0.1732 0.745 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR307908 3 0.1671 0.745 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR307909 2 0.5345 0.533 0.000 0.520 0.008 0.036 0.436
#> SRR307910 2 0.5341 0.538 0.000 0.524 0.008 0.036 0.432
#> SRR307911 3 0.4973 0.692 0.000 0.048 0.632 0.000 0.320
#> SRR307912 3 0.4891 0.696 0.000 0.044 0.640 0.000 0.316
#> SRR307913 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR307914 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR307915 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR307916 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR307917 2 0.5330 0.548 0.000 0.532 0.008 0.036 0.424
#> SRR307918 2 0.5324 0.552 0.000 0.536 0.008 0.036 0.420
#> SRR307919 3 0.5002 0.692 0.000 0.052 0.636 0.000 0.312
#> SRR307920 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR307921 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR307922 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR307923 3 0.5538 0.661 0.000 0.092 0.596 0.000 0.312
#> SRR307924 3 0.5342 0.675 0.000 0.076 0.612 0.000 0.312
#> SRR307925 3 0.5158 0.693 0.000 0.044 0.632 0.008 0.316
#> SRR307926 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR307927 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR307928 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR307929 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR307930 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR307931 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR315298 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR315299 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315300 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315301 3 0.3086 0.745 0.000 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR315302 3 0.3231 0.744 0.000 0.004 0.800 0.000 0.196
#> SRR315303 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315306 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315310 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315311 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315312 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.2818 0.810 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132
#> SRR315316 2 0.3805 0.735 0.000 0.784 0.032 0.000 0.184
#> SRR315318 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315320 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315321 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315322 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315323 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315324 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315325 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315326 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315327 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315328 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315329 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR315330 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR315331 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR315332 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR315333 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR315334 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR315335 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR315336 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR315337 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR317035 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR317036 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR317037 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR317038 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR317039 3 0.5080 0.687 0.000 0.056 0.628 0.000 0.316
#> SRR317040 3 0.5036 0.689 0.000 0.052 0.628 0.000 0.320
#> SRR317041 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR317042 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR317043 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR317044 2 0.1851 0.857 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR317045 2 0.1851 0.857 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR317046 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR317047 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
#> SRR317048 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR317049 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR317050 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR317051 3 0.0671 0.740 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR317052 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR317053 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR317054 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR317055 3 0.7152 0.392 0.000 0.020 0.428 0.260 0.292
#> SRR317056 3 0.3521 0.739 0.000 0.004 0.764 0.000 0.232
#> SRR317057 3 0.3579 0.738 0.000 0.004 0.756 0.000 0.240
#> SRR317059 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR317060 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR317061 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR317062 3 0.2377 0.741 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR317063 3 0.2377 0.741 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR317064 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR317067 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR317068 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR317069 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR768413 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR768414 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR387661 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR387662 4 0.0451 1.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR768411 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR768412 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR534289 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 3 0.3715 0.733 0.000 0.004 0.736 0.000 0.260
#> SRR534294 3 0.3715 0.733 0.000 0.004 0.736 0.000 0.260
#> SRR534295 3 0.2813 0.733 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR534296 3 0.2891 0.731 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR534297 3 0.3177 0.721 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR534298 3 0.3143 0.722 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR534299 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.2677 0.819 0.000 0.872 0.016 0.000 0.112
#> SRR534304 2 0.1357 0.875 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR534305 2 0.0609 0.892 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR534306 2 0.0510 0.893 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR534307 3 0.3607 0.737 0.000 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR534308 3 0.3662 0.735 0.000 0.004 0.744 0.000 0.252
#> SRR534309 2 0.0703 0.890 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR534310 2 0.0703 0.890 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR534311 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR534326 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR534329 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR534330 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR534331 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR534332 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR534333 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR534334 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 3 0.4870 0.679 0.000 0.020 0.700 0.032 0.248
#> SRR545686 3 0.5032 0.668 0.000 0.052 0.688 0.012 0.248
#> SRR545687 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR545688 1 0.0963 0.948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR545689 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545690 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545691 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545696 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545697 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545698 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545699 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545700 1 0.2462 0.925 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR545701 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR545708 2 0.5336 0.543 0.000 0.528 0.008 0.036 0.428
#> SRR545709 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1399 0.878 0.000 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR545714 2 0.1211 0.883 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR545715 2 0.1310 0.880 0.000 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR545716 2 0.1310 0.880 0.000 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR545717 2 0.5324 0.552 0.000 0.536 0.008 0.036 0.420
#> SRR545718 2 0.5324 0.552 0.000 0.536 0.008 0.036 0.420
#> SRR545719 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 3 0.4779 0.682 0.000 0.016 0.704 0.032 0.248
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR307898 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR307899 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR307900 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.3852 0.995 0.000 0.324 0.664 0.000 0.000 0.012
#> SRR307906 3 0.3852 0.995 0.000 0.324 0.664 0.000 0.000 0.012
#> SRR307907 5 0.3371 0.399 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR307908 5 0.3244 0.418 0.000 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR307909 3 0.3972 0.992 0.000 0.320 0.664 0.004 0.000 0.012
#> SRR307910 3 0.3972 0.992 0.000 0.320 0.664 0.004 0.000 0.012
#> SRR307911 5 0.5458 0.256 0.000 0.048 0.040 0.380 0.532 0.000
#> SRR307912 5 0.5403 0.260 0.000 0.044 0.040 0.380 0.536 0.000
#> SRR307913 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR307914 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR307915 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR307916 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR307917 3 0.3867 0.993 0.000 0.328 0.660 0.000 0.000 0.012
#> SRR307918 3 0.3867 0.993 0.000 0.328 0.660 0.000 0.000 0.012
#> SRR307919 5 0.5458 0.256 0.000 0.048 0.040 0.380 0.532 0.000
#> SRR307920 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR307921 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR307923 5 0.5826 0.217 0.000 0.080 0.040 0.376 0.504 0.000
#> SRR307924 5 0.5611 0.239 0.000 0.060 0.040 0.380 0.520 0.000
#> SRR307925 5 0.5458 0.256 0.000 0.048 0.040 0.380 0.532 0.000
#> SRR307926 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR307927 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR307928 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR307929 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR307930 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR315299 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 5 0.3050 0.460 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR315302 5 0.3330 0.429 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.4294 0.607 0.000 0.764 0.036 0.140 0.060 0.000
#> SRR315316 2 0.5135 0.421 0.000 0.676 0.036 0.200 0.088 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315320 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315321 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315322 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315323 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315324 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315325 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315326 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315327 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315328 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315329 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR315330 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR315331 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR315332 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR315333 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR315334 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR315335 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR315336 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 3 0.3852 0.995 0.000 0.324 0.664 0.000 0.000 0.012
#> SRR317036 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR317037 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR317038 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR317039 5 0.5554 0.253 0.000 0.056 0.040 0.376 0.528 0.000
#> SRR317040 5 0.5403 0.261 0.000 0.044 0.040 0.380 0.536 0.000
#> SRR317041 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR317042 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.3514 0.720 0.000 0.824 0.036 0.108 0.032 0.000
#> SRR317045 2 0.3514 0.720 0.000 0.824 0.036 0.108 0.032 0.000
#> SRR317046 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR317047 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
#> SRR317048 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR317049 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR317050 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR317051 5 0.2355 0.490 0.000 0.000 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR317052 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317053 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317054 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR317055 4 0.6415 1.000 0.000 0.008 0.076 0.580 0.160 0.176
#> SRR317056 5 0.3578 0.382 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR317057 5 0.3592 0.377 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR317059 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR317062 5 0.3607 0.347 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR317063 5 0.3592 0.351 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 3 0.3852 0.995 0.000 0.324 0.664 0.000 0.000 0.012
#> SRR317067 3 0.3852 0.995 0.000 0.324 0.664 0.000 0.000 0.012
#> SRR317068 3 0.3972 0.992 0.000 0.320 0.664 0.004 0.000 0.012
#> SRR317069 3 0.3972 0.992 0.000 0.320 0.664 0.004 0.000 0.012
#> SRR768413 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768414 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387661 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387662 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 5 0.3672 0.353 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR534294 5 0.3672 0.353 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR534295 5 0.3756 0.313 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR534296 5 0.3828 0.266 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR534297 5 0.3860 0.224 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR534298 5 0.3860 0.224 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR534299 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 2 0.3777 0.679 0.000 0.804 0.020 0.108 0.068 0.000
#> SRR534304 2 0.1956 0.847 0.000 0.908 0.004 0.080 0.008 0.000
#> SRR534305 2 0.0622 0.942 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR534306 2 0.0146 0.957 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534307 5 0.3634 0.364 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR534308 5 0.3634 0.364 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR534309 2 0.0603 0.941 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR534310 2 0.1049 0.919 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.4348 0.872 0.724 0.000 0.152 0.124 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0260 0.805 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 5 0.5223 0.488 0.000 0.004 0.124 0.192 0.664 0.016
#> SRR545686 5 0.5242 0.487 0.000 0.008 0.124 0.192 0.664 0.012
#> SRR545687 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.5080 0.857 0.624 0.000 0.236 0.140 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.804 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 3 0.3867 0.993 0.000 0.328 0.660 0.000 0.000 0.012
#> SRR545708 3 0.3852 0.995 0.000 0.324 0.664 0.000 0.000 0.012
#> SRR545709 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1716 0.881 0.000 0.932 0.004 0.028 0.036 0.000
#> SRR545714 2 0.1321 0.908 0.000 0.952 0.004 0.020 0.024 0.000
#> SRR545715 2 0.1867 0.868 0.000 0.924 0.004 0.036 0.036 0.000
#> SRR545716 2 0.1341 0.901 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> SRR545717 3 0.3867 0.993 0.000 0.328 0.660 0.000 0.000 0.012
#> SRR545718 3 0.3883 0.987 0.000 0.332 0.656 0.000 0.000 0.012
#> SRR545719 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 5 0.5167 0.490 0.000 0.000 0.124 0.192 0.664 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.179 0.472 0.755 0.4153 0.574 0.574
#> 3 3 0.510 0.575 0.775 0.4743 0.722 0.555
#> 4 4 0.604 0.688 0.803 0.1508 0.776 0.498
#> 5 5 0.750 0.718 0.803 0.0615 0.933 0.770
#> 6 6 0.786 0.694 0.797 0.0363 0.988 0.950
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.9998 0.246 0.492 0.508
#> SRR307898 2 0.9996 0.254 0.488 0.512
#> SRR307899 1 0.9988 -0.237 0.520 0.480
#> SRR307900 1 0.9988 -0.237 0.520 0.480
#> SRR307901 1 0.9661 0.611 0.608 0.392
#> SRR307902 1 0.9661 0.611 0.608 0.392
#> SRR307903 1 0.9661 0.611 0.608 0.392
#> SRR307904 1 0.9000 0.617 0.684 0.316
#> SRR307905 1 0.9922 0.549 0.552 0.448
#> SRR307906 1 0.9922 0.549 0.552 0.448
#> SRR307907 2 0.9977 -0.393 0.472 0.528
#> SRR307908 2 0.9977 -0.393 0.472 0.528
#> SRR307909 1 0.9933 0.546 0.548 0.452
#> SRR307910 1 0.9933 0.546 0.548 0.452
#> SRR307911 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR307912 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR307913 2 0.9996 -0.453 0.488 0.512
#> SRR307914 1 0.9896 0.564 0.560 0.440
#> SRR307915 2 0.9933 -0.388 0.452 0.548
#> SRR307916 2 0.9933 -0.388 0.452 0.548
#> SRR307917 1 0.9922 0.549 0.552 0.448
#> SRR307918 1 0.9922 0.549 0.552 0.448
#> SRR307919 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR307920 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR307921 2 0.9635 0.439 0.388 0.612
#> SRR307922 2 0.9635 0.439 0.388 0.612
#> SRR307923 2 0.2423 0.662 0.040 0.960
#> SRR307924 2 0.2423 0.662 0.040 0.960
#> SRR307925 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR307926 2 0.9996 -0.453 0.488 0.512
#> SRR307927 2 0.9996 -0.453 0.488 0.512
#> SRR307928 2 0.9996 -0.453 0.488 0.512
#> SRR307929 2 0.9996 -0.453 0.488 0.512
#> SRR307930 2 0.9988 0.269 0.480 0.520
#> SRR307931 2 0.9988 0.269 0.480 0.520
#> SRR307932 1 0.9000 0.617 0.684 0.316
#> SRR307933 1 0.9661 0.611 0.608 0.392
#> SRR315297 1 0.9988 -0.232 0.520 0.480
#> SRR315298 1 0.9988 -0.232 0.520 0.480
#> SRR315299 2 0.9996 0.284 0.488 0.512
#> SRR315300 2 0.9996 0.284 0.488 0.512
#> SRR315301 1 0.9996 0.483 0.512 0.488
#> SRR315302 1 0.9996 0.483 0.512 0.488
#> SRR315303 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR315304 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR315305 2 0.9710 0.437 0.400 0.600
#> SRR315306 2 0.9710 0.437 0.400 0.600
#> SRR315307 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR315308 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR315309 2 0.9710 0.437 0.400 0.600
#> SRR315310 2 0.9996 0.284 0.488 0.512
#> SRR315311 2 0.9996 0.284 0.488 0.512
#> SRR315312 2 0.9996 0.284 0.488 0.512
#> SRR315313 1 0.9661 0.611 0.608 0.392
#> SRR315314 1 0.9661 0.611 0.608 0.392
#> SRR315315 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR315316 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR315318 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR315319 2 0.1843 0.662 0.028 0.972
#> SRR315320 2 0.1843 0.662 0.028 0.972
#> SRR315321 2 0.1843 0.662 0.028 0.972
#> SRR315322 2 0.1843 0.662 0.028 0.972
#> SRR315323 1 0.8861 0.608 0.696 0.304
#> SRR315324 1 0.8861 0.608 0.696 0.304
#> SRR315325 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR315326 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR315327 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR315328 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR315329 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR315330 2 0.9977 -0.393 0.472 0.528
#> SRR315331 2 0.9977 -0.393 0.472 0.528
#> SRR315332 2 0.9954 -0.418 0.460 0.540
#> SRR315333 2 0.9954 -0.418 0.460 0.540
#> SRR315334 1 0.9909 0.566 0.556 0.444
#> SRR315335 1 0.9909 0.566 0.556 0.444
#> SRR315336 2 1.0000 0.238 0.496 0.504
#> SRR315337 2 1.0000 0.238 0.496 0.504
#> SRR317035 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317036 2 0.5629 0.642 0.132 0.868
#> SRR317037 2 0.5629 0.642 0.132 0.868
#> SRR317038 2 0.5629 0.642 0.132 0.868
#> SRR317039 2 0.2423 0.662 0.040 0.960
#> SRR317040 2 0.2423 0.662 0.040 0.960
#> SRR317041 2 0.1843 0.662 0.028 0.972
#> SRR317042 2 0.9427 0.490 0.360 0.640
#> SRR317043 2 0.9427 0.490 0.360 0.640
#> SRR317044 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317045 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317046 2 0.1843 0.662 0.028 0.972
#> SRR317047 2 0.1843 0.662 0.028 0.972
#> SRR317048 2 0.9996 -0.453 0.488 0.512
#> SRR317049 1 0.9896 0.564 0.560 0.440
#> SRR317050 2 0.6801 0.627 0.180 0.820
#> SRR317051 2 0.6801 0.627 0.180 0.820
#> SRR317052 2 0.6973 0.617 0.188 0.812
#> SRR317053 2 0.6973 0.617 0.188 0.812
#> SRR317054 2 0.5629 0.642 0.132 0.868
#> SRR317055 2 0.5629 0.642 0.132 0.868
#> SRR317056 2 0.2423 0.662 0.040 0.960
#> SRR317057 2 0.2423 0.662 0.040 0.960
#> SRR317059 2 0.6973 0.617 0.188 0.812
#> SRR317060 2 0.8713 0.560 0.292 0.708
#> SRR317061 2 0.8713 0.560 0.292 0.708
#> SRR317062 2 0.0938 0.656 0.012 0.988
#> SRR317063 2 0.0938 0.656 0.012 0.988
#> SRR317064 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317065 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317066 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317067 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317068 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR317069 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR768413 1 0.9170 0.178 0.668 0.332
#> SRR768414 1 0.9170 0.178 0.668 0.332
#> SRR387661 1 0.9170 0.178 0.668 0.332
#> SRR387662 1 0.9170 0.178 0.668 0.332
#> SRR768411 1 0.9988 -0.232 0.520 0.480
#> SRR768412 1 0.9988 -0.232 0.520 0.480
#> SRR534289 2 0.4431 0.569 0.092 0.908
#> SRR534290 2 0.4431 0.569 0.092 0.908
#> SRR534291 1 0.9944 0.544 0.544 0.456
#> SRR534292 1 0.9944 0.544 0.544 0.456
#> SRR534293 2 0.9954 -0.418 0.460 0.540
#> SRR534294 2 0.9954 -0.418 0.460 0.540
#> SRR534295 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR534296 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR534297 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR534298 1 0.9954 0.540 0.540 0.460
#> SRR534299 1 0.9977 0.526 0.528 0.472
#> SRR534300 1 0.9977 0.526 0.528 0.472
#> SRR534301 1 0.9815 0.604 0.580 0.420
#> SRR534302 1 0.9815 0.604 0.580 0.420
#> SRR534303 1 0.9977 0.526 0.528 0.472
#> SRR534304 1 0.9977 0.526 0.528 0.472
#> SRR534305 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR534306 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR534307 1 0.9996 0.483 0.512 0.488
#> SRR534308 1 0.9996 0.483 0.512 0.488
#> SRR534309 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR534310 1 0.9580 0.619 0.620 0.380
#> SRR534311 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534312 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534313 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534314 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534315 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534316 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534317 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR534318 2 0.4431 0.569 0.092 0.908
#> SRR534319 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR534320 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR534321 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR534322 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR534323 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR534324 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR534325 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534326 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR534327 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR534328 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534329 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534330 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534331 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534332 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534333 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR534334 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR534335 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545685 2 0.0000 0.658 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.658 0.000 1.000
#> SRR545687 2 0.8713 0.560 0.292 0.708
#> SRR545688 2 0.8713 0.560 0.292 0.708
#> SRR545689 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR545690 2 0.8144 0.599 0.252 0.748
#> SRR545691 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545692 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545693 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545694 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545695 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR545696 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR545697 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR545698 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR545699 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR545700 2 0.8661 0.576 0.288 0.712
#> SRR545701 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545702 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545703 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545704 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545705 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545706 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545707 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545708 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545709 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545710 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545711 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545712 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545713 2 0.0000 0.658 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.658 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.658 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.658 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545718 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545719 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545720 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545721 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545722 2 0.0938 0.653 0.012 0.988
#> SRR545723 2 0.0376 0.659 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.2590 0.4582 0.924 0.072 0.004
#> SRR307898 1 0.2682 0.4586 0.920 0.076 0.004
#> SRR307899 1 0.7272 0.3993 0.700 0.096 0.204
#> SRR307900 1 0.7272 0.3993 0.700 0.096 0.204
#> SRR307901 1 0.7043 0.2341 0.532 0.020 0.448
#> SRR307902 1 0.7043 0.2341 0.532 0.020 0.448
#> SRR307903 1 0.7043 0.2341 0.532 0.020 0.448
#> SRR307904 3 0.7029 -0.0215 0.440 0.020 0.540
#> SRR307905 3 0.1781 0.8003 0.020 0.020 0.960
#> SRR307906 3 0.1781 0.8003 0.020 0.020 0.960
#> SRR307907 1 0.5845 0.3280 0.688 0.004 0.308
#> SRR307908 1 0.5845 0.3280 0.688 0.004 0.308
#> SRR307909 3 0.1774 0.7996 0.016 0.024 0.960
#> SRR307910 3 0.1774 0.7996 0.016 0.024 0.960
#> SRR307911 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR307912 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR307913 3 0.4974 0.6581 0.236 0.000 0.764
#> SRR307914 1 0.6267 0.0843 0.548 0.000 0.452
#> SRR307915 3 0.3826 0.7397 0.124 0.008 0.868
#> SRR307916 3 0.3826 0.7397 0.124 0.008 0.868
#> SRR307917 3 0.1781 0.8003 0.020 0.020 0.960
#> SRR307918 3 0.1781 0.8003 0.020 0.020 0.960
#> SRR307919 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR307920 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR307921 1 0.5623 0.2162 0.716 0.280 0.004
#> SRR307922 1 0.5623 0.2162 0.716 0.280 0.004
#> SRR307923 2 0.1315 0.7869 0.008 0.972 0.020
#> SRR307924 2 0.1315 0.7869 0.008 0.972 0.020
#> SRR307925 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR307926 3 0.4974 0.6581 0.236 0.000 0.764
#> SRR307927 3 0.4974 0.6581 0.236 0.000 0.764
#> SRR307928 3 0.4974 0.6581 0.236 0.000 0.764
#> SRR307929 3 0.4974 0.6581 0.236 0.000 0.764
#> SRR307930 1 0.3043 0.4583 0.908 0.084 0.008
#> SRR307931 1 0.3043 0.4583 0.908 0.084 0.008
#> SRR307932 3 0.7029 -0.0215 0.440 0.020 0.540
#> SRR307933 1 0.7043 0.2341 0.532 0.020 0.448
#> SRR315297 1 0.7444 0.3920 0.684 0.096 0.220
#> SRR315298 1 0.7444 0.3920 0.684 0.096 0.220
#> SRR315299 1 0.8609 0.3630 0.596 0.160 0.244
#> SRR315300 1 0.8609 0.3630 0.596 0.160 0.244
#> SRR315301 1 0.6148 0.2828 0.640 0.004 0.356
#> SRR315302 1 0.6148 0.2828 0.640 0.004 0.356
#> SRR315303 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR315304 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR315305 1 0.7337 0.1769 0.644 0.300 0.056
#> SRR315306 1 0.7337 0.1769 0.644 0.300 0.056
#> SRR315307 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR315308 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR315309 1 0.7337 0.1769 0.644 0.300 0.056
#> SRR315310 1 0.8609 0.3630 0.596 0.160 0.244
#> SRR315311 1 0.8609 0.3630 0.596 0.160 0.244
#> SRR315312 1 0.8609 0.3630 0.596 0.160 0.244
#> SRR315313 1 0.7043 0.2341 0.532 0.020 0.448
#> SRR315314 1 0.7043 0.2341 0.532 0.020 0.448
#> SRR315315 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR315316 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR315318 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR315319 2 0.0424 0.7942 0.000 0.992 0.008
#> SRR315320 2 0.0424 0.7942 0.000 0.992 0.008
#> SRR315321 2 0.0424 0.7942 0.000 0.992 0.008
#> SRR315322 2 0.0424 0.7942 0.000 0.992 0.008
#> SRR315323 3 0.7153 0.3583 0.300 0.048 0.652
#> SRR315324 3 0.7153 0.3583 0.300 0.048 0.652
#> SRR315325 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR315326 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR315327 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR315328 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR315329 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR315330 1 0.5845 0.3280 0.688 0.004 0.308
#> SRR315331 1 0.5845 0.3280 0.688 0.004 0.308
#> SRR315332 3 0.3695 0.7579 0.108 0.012 0.880
#> SRR315333 3 0.3695 0.7579 0.108 0.012 0.880
#> SRR315334 1 0.6476 0.0824 0.548 0.004 0.448
#> SRR315335 1 0.6476 0.0824 0.548 0.004 0.448
#> SRR315336 1 0.3415 0.4598 0.900 0.080 0.020
#> SRR315337 1 0.3415 0.4598 0.900 0.080 0.020
#> SRR317035 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317036 2 0.3193 0.7627 0.100 0.896 0.004
#> SRR317037 2 0.3193 0.7627 0.100 0.896 0.004
#> SRR317038 2 0.3193 0.7627 0.100 0.896 0.004
#> SRR317039 2 0.1315 0.7869 0.008 0.972 0.020
#> SRR317040 2 0.1315 0.7869 0.008 0.972 0.020
#> SRR317041 2 0.0424 0.7942 0.000 0.992 0.008
#> SRR317042 2 0.7466 0.3875 0.444 0.520 0.036
#> SRR317043 2 0.7466 0.3875 0.444 0.520 0.036
#> SRR317044 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317045 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317046 2 0.0424 0.7942 0.000 0.992 0.008
#> SRR317047 2 0.0424 0.7942 0.000 0.992 0.008
#> SRR317048 3 0.4974 0.6581 0.236 0.000 0.764
#> SRR317049 1 0.6267 0.0843 0.548 0.000 0.452
#> SRR317050 2 0.4110 0.7372 0.152 0.844 0.004
#> SRR317051 2 0.4110 0.7372 0.152 0.844 0.004
#> SRR317052 2 0.4733 0.7223 0.196 0.800 0.004
#> SRR317053 2 0.4733 0.7223 0.196 0.800 0.004
#> SRR317054 2 0.3193 0.7627 0.100 0.896 0.004
#> SRR317055 2 0.3193 0.7627 0.100 0.896 0.004
#> SRR317056 2 0.1315 0.7869 0.008 0.972 0.020
#> SRR317057 2 0.1315 0.7869 0.008 0.972 0.020
#> SRR317059 2 0.4062 0.7321 0.164 0.836 0.000
#> SRR317060 2 0.6398 0.4757 0.416 0.580 0.004
#> SRR317061 2 0.6398 0.4757 0.416 0.580 0.004
#> SRR317062 2 0.4399 0.6963 0.000 0.812 0.188
#> SRR317063 2 0.4399 0.6963 0.000 0.812 0.188
#> SRR317064 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317065 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317066 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317067 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317068 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR317069 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR768413 1 0.5859 0.2455 0.656 0.000 0.344
#> SRR768414 1 0.5859 0.2455 0.656 0.000 0.344
#> SRR387661 1 0.5859 0.2455 0.656 0.000 0.344
#> SRR387662 1 0.5859 0.2455 0.656 0.000 0.344
#> SRR768411 1 0.7444 0.3920 0.684 0.096 0.220
#> SRR768412 1 0.7444 0.3920 0.684 0.096 0.220
#> SRR534289 2 0.4836 0.7309 0.080 0.848 0.072
#> SRR534290 2 0.4836 0.7309 0.080 0.848 0.072
#> SRR534291 3 0.2176 0.7915 0.032 0.020 0.948
#> SRR534292 3 0.2176 0.7915 0.032 0.020 0.948
#> SRR534293 3 0.3695 0.7579 0.108 0.012 0.880
#> SRR534294 3 0.3695 0.7579 0.108 0.012 0.880
#> SRR534295 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR534296 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR534297 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR534298 3 0.1267 0.8081 0.024 0.004 0.972
#> SRR534299 3 0.2050 0.7856 0.028 0.020 0.952
#> SRR534300 3 0.2050 0.7856 0.028 0.020 0.952
#> SRR534301 3 0.6445 0.4012 0.308 0.020 0.672
#> SRR534302 3 0.6445 0.4012 0.308 0.020 0.672
#> SRR534303 3 0.2050 0.7856 0.028 0.020 0.952
#> SRR534304 3 0.2050 0.7856 0.028 0.020 0.952
#> SRR534305 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR534306 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR534307 1 0.6148 0.2828 0.640 0.004 0.356
#> SRR534308 1 0.6148 0.2828 0.640 0.004 0.356
#> SRR534309 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR534310 1 0.7059 0.2146 0.520 0.020 0.460
#> SRR534311 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534312 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534313 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534314 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534315 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534316 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534317 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR534318 2 0.4836 0.7309 0.080 0.848 0.072
#> SRR534319 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR534320 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR534321 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR534322 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR534323 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR534324 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR534325 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534326 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR534327 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR534328 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534329 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534330 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534331 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534332 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534333 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR534334 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR534335 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545685 2 0.1411 0.8021 0.000 0.964 0.036
#> SRR545686 2 0.1411 0.8021 0.000 0.964 0.036
#> SRR545687 2 0.6398 0.4757 0.416 0.580 0.004
#> SRR545688 2 0.6398 0.4757 0.416 0.580 0.004
#> SRR545689 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR545690 2 0.6633 0.4942 0.444 0.548 0.008
#> SRR545691 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545692 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545693 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545694 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545695 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR545696 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR545697 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR545698 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR545699 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR545700 2 0.7740 0.4372 0.444 0.508 0.048
#> SRR545701 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545702 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545703 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545704 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545705 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545706 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545707 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545708 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545709 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545710 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545711 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545712 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545713 2 0.1411 0.8021 0.000 0.964 0.036
#> SRR545714 2 0.1411 0.8021 0.000 0.964 0.036
#> SRR545715 2 0.1411 0.8021 0.000 0.964 0.036
#> SRR545716 2 0.1411 0.8021 0.000 0.964 0.036
#> SRR545717 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545718 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545719 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545720 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545721 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545722 2 0.1753 0.8038 0.000 0.952 0.048
#> SRR545723 2 0.1289 0.8012 0.000 0.968 0.032
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.7148 0.262 0.496 0.000 0.364 0.140
#> SRR307898 1 0.7139 0.270 0.500 0.000 0.360 0.140
#> SRR307899 1 0.6681 0.426 0.588 0.000 0.120 0.292
#> SRR307900 1 0.6681 0.426 0.588 0.000 0.120 0.292
#> SRR307901 3 0.1302 0.735 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR307902 3 0.1302 0.735 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR307903 3 0.1302 0.735 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR307904 3 0.3682 0.649 0.008 0.044 0.864 0.084
#> SRR307905 4 0.6570 0.488 0.016 0.044 0.436 0.504
#> SRR307906 4 0.6570 0.488 0.016 0.044 0.436 0.504
#> SRR307907 3 0.4889 0.508 0.004 0.000 0.636 0.360
#> SRR307908 3 0.4889 0.508 0.004 0.000 0.636 0.360
#> SRR307909 4 0.6834 0.493 0.028 0.044 0.428 0.500
#> SRR307910 4 0.6834 0.493 0.028 0.044 0.428 0.500
#> SRR307911 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR307912 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR307913 4 0.5405 0.532 0.040 0.004 0.256 0.700
#> SRR307914 3 0.4907 0.410 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR307915 4 0.4356 0.618 0.044 0.004 0.140 0.812
#> SRR307916 4 0.4356 0.618 0.044 0.004 0.140 0.812
#> SRR307917 4 0.6570 0.488 0.016 0.044 0.436 0.504
#> SRR307918 4 0.6570 0.488 0.016 0.044 0.436 0.504
#> SRR307919 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR307920 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR307921 1 0.7583 0.568 0.624 0.180 0.072 0.124
#> SRR307922 1 0.7583 0.568 0.624 0.180 0.072 0.124
#> SRR307923 2 0.1820 0.916 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR307924 2 0.1820 0.916 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR307925 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR307926 4 0.5405 0.532 0.040 0.004 0.256 0.700
#> SRR307927 4 0.5405 0.532 0.040 0.004 0.256 0.700
#> SRR307928 4 0.5405 0.532 0.040 0.004 0.256 0.700
#> SRR307929 4 0.5405 0.532 0.040 0.004 0.256 0.700
#> SRR307930 1 0.7577 0.269 0.484 0.004 0.328 0.184
#> SRR307931 1 0.7577 0.269 0.484 0.004 0.328 0.184
#> SRR307932 3 0.3682 0.649 0.008 0.044 0.864 0.084
#> SRR307933 3 0.1302 0.735 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR315297 1 0.6726 0.414 0.584 0.000 0.124 0.292
#> SRR315298 1 0.6726 0.414 0.584 0.000 0.124 0.292
#> SRR315299 1 0.5527 0.437 0.616 0.000 0.028 0.356
#> SRR315300 1 0.5527 0.437 0.616 0.000 0.028 0.356
#> SRR315301 3 0.4679 0.522 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR315302 3 0.4679 0.522 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR315303 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR315304 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR315305 1 0.6715 0.573 0.656 0.136 0.016 0.192
#> SRR315306 1 0.6715 0.573 0.656 0.136 0.016 0.192
#> SRR315307 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR315308 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR315309 1 0.6715 0.573 0.656 0.136 0.016 0.192
#> SRR315310 1 0.5527 0.437 0.616 0.000 0.028 0.356
#> SRR315311 1 0.5527 0.437 0.616 0.000 0.028 0.356
#> SRR315312 1 0.5527 0.437 0.616 0.000 0.028 0.356
#> SRR315313 3 0.1302 0.735 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR315314 3 0.1302 0.735 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR315315 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315316 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315318 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR315319 2 0.0921 0.932 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR315320 2 0.0921 0.932 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR315321 2 0.0921 0.932 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR315322 2 0.0921 0.932 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR315323 3 0.5797 0.391 0.016 0.072 0.724 0.188
#> SRR315324 3 0.5797 0.391 0.016 0.072 0.724 0.188
#> SRR315325 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315326 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315327 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315328 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315329 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR315330 3 0.4889 0.508 0.004 0.000 0.636 0.360
#> SRR315331 3 0.4889 0.508 0.004 0.000 0.636 0.360
#> SRR315332 4 0.3900 0.612 0.020 0.000 0.164 0.816
#> SRR315333 4 0.3900 0.612 0.020 0.000 0.164 0.816
#> SRR315334 3 0.4898 0.414 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR315335 3 0.4898 0.414 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR315336 1 0.7516 0.254 0.472 0.000 0.328 0.200
#> SRR315337 1 0.7516 0.254 0.472 0.000 0.328 0.200
#> SRR317035 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR317036 2 0.3595 0.840 0.084 0.868 0.040 0.008
#> SRR317037 2 0.3595 0.840 0.084 0.868 0.040 0.008
#> SRR317038 2 0.3595 0.840 0.084 0.868 0.040 0.008
#> SRR317039 2 0.1820 0.916 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR317040 2 0.1820 0.916 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR317041 2 0.0921 0.932 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR317042 1 0.6665 0.425 0.568 0.356 0.016 0.060
#> SRR317043 1 0.6665 0.425 0.568 0.356 0.016 0.060
#> SRR317044 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR317045 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR317046 2 0.0921 0.932 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR317047 2 0.0921 0.932 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR317048 4 0.5405 0.532 0.040 0.004 0.256 0.700
#> SRR317049 3 0.4907 0.410 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR317050 2 0.4413 0.784 0.140 0.812 0.040 0.008
#> SRR317051 2 0.4413 0.784 0.140 0.812 0.040 0.008
#> SRR317052 2 0.4578 0.718 0.156 0.800 0.016 0.028
#> SRR317053 2 0.4578 0.718 0.156 0.800 0.016 0.028
#> SRR317054 2 0.3595 0.840 0.084 0.868 0.040 0.008
#> SRR317055 2 0.3595 0.840 0.084 0.868 0.040 0.008
#> SRR317056 2 0.1820 0.916 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR317057 2 0.1820 0.916 0.000 0.944 0.036 0.020
#> SRR317059 2 0.4463 0.750 0.144 0.808 0.040 0.008
#> SRR317060 1 0.6610 0.171 0.484 0.456 0.040 0.020
#> SRR317061 1 0.6610 0.171 0.484 0.456 0.040 0.020
#> SRR317062 2 0.4199 0.757 0.000 0.804 0.032 0.164
#> SRR317063 2 0.4199 0.757 0.000 0.804 0.032 0.164
#> SRR317064 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR317065 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR317066 2 0.0657 0.948 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR317067 2 0.0657 0.948 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR317068 2 0.0657 0.948 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR317069 2 0.0657 0.948 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR768413 4 0.7777 0.138 0.316 0.000 0.260 0.424
#> SRR768414 4 0.7777 0.138 0.316 0.000 0.260 0.424
#> SRR387661 4 0.7777 0.138 0.316 0.000 0.260 0.424
#> SRR387662 4 0.7777 0.138 0.316 0.000 0.260 0.424
#> SRR768411 1 0.6726 0.414 0.584 0.000 0.124 0.292
#> SRR768412 1 0.6726 0.414 0.584 0.000 0.124 0.292
#> SRR534289 2 0.2589 0.848 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR534290 2 0.2589 0.848 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR534291 4 0.6427 0.495 0.016 0.044 0.368 0.572
#> SRR534292 4 0.6427 0.495 0.016 0.044 0.368 0.572
#> SRR534293 4 0.3853 0.613 0.020 0.000 0.160 0.820
#> SRR534294 4 0.3853 0.613 0.020 0.000 0.160 0.820
#> SRR534295 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR534296 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR534297 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR534298 4 0.4599 0.640 0.016 0.000 0.248 0.736
#> SRR534299 4 0.6342 0.503 0.016 0.044 0.344 0.596
#> SRR534300 4 0.6342 0.503 0.016 0.044 0.344 0.596
#> SRR534301 3 0.5925 0.284 0.008 0.044 0.644 0.304
#> SRR534302 3 0.5925 0.284 0.008 0.044 0.644 0.304
#> SRR534303 4 0.6342 0.503 0.016 0.044 0.344 0.596
#> SRR534304 4 0.6342 0.503 0.016 0.044 0.344 0.596
#> SRR534305 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR534306 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR534307 3 0.4679 0.522 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR534308 3 0.4679 0.522 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR534309 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR534310 3 0.1767 0.738 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR534311 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534318 2 0.2589 0.848 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR534319 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR534320 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR534321 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR534322 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR534323 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR534324 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR534325 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534327 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534328 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534335 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.6610 0.171 0.484 0.456 0.040 0.020
#> SRR545688 1 0.6610 0.171 0.484 0.456 0.040 0.020
#> SRR545689 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.3400 0.710 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545692 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545693 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545694 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545695 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR545696 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR545697 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR545698 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR545699 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR545700 1 0.3495 0.706 0.844 0.140 0.000 0.016
#> SRR545701 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545702 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545703 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545704 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545705 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545706 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545707 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545708 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545709 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545710 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545711 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545712 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545718 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545719 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545720 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545721 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545722 2 0.0469 0.950 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR545723 2 0.0188 0.945 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 4 0.5668 0.4650 0.084 0.000 0.332 0.580 0.004
#> SRR307898 4 0.5701 0.4703 0.088 0.000 0.328 0.580 0.004
#> SRR307899 4 0.7318 0.6123 0.180 0.000 0.096 0.540 0.184
#> SRR307900 4 0.7318 0.6123 0.180 0.000 0.096 0.540 0.184
#> SRR307901 3 0.1195 0.7150 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR307902 3 0.1195 0.7150 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR307903 3 0.1195 0.7150 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR307904 3 0.2511 0.6381 0.000 0.028 0.892 0.000 0.080
#> SRR307905 5 0.5111 0.4347 0.004 0.028 0.452 0.000 0.516
#> SRR307906 5 0.5111 0.4347 0.004 0.028 0.452 0.000 0.516
#> SRR307907 3 0.5523 0.4599 0.000 0.000 0.592 0.088 0.320
#> SRR307908 3 0.5523 0.4599 0.000 0.000 0.592 0.088 0.320
#> SRR307909 5 0.5694 0.4579 0.004 0.028 0.428 0.024 0.516
#> SRR307910 5 0.5694 0.4579 0.004 0.028 0.428 0.024 0.516
#> SRR307911 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR307912 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR307913 5 0.4679 0.5011 0.004 0.004 0.200 0.056 0.736
#> SRR307914 3 0.5182 0.3529 0.000 0.000 0.544 0.044 0.412
#> SRR307915 5 0.5419 0.5487 0.028 0.004 0.064 0.204 0.700
#> SRR307916 5 0.5419 0.5487 0.028 0.004 0.064 0.204 0.700
#> SRR307917 5 0.5111 0.4347 0.004 0.028 0.452 0.000 0.516
#> SRR307918 5 0.5111 0.4347 0.004 0.028 0.452 0.000 0.516
#> SRR307919 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR307920 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR307921 4 0.6655 0.5540 0.172 0.152 0.056 0.616 0.004
#> SRR307922 4 0.6655 0.5540 0.172 0.152 0.056 0.616 0.004
#> SRR307923 2 0.1701 0.8998 0.000 0.944 0.028 0.012 0.016
#> SRR307924 2 0.1701 0.8998 0.000 0.944 0.028 0.012 0.016
#> SRR307925 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR307926 5 0.4679 0.5011 0.004 0.004 0.200 0.056 0.736
#> SRR307927 5 0.4679 0.5011 0.004 0.004 0.200 0.056 0.736
#> SRR307928 5 0.4679 0.5011 0.004 0.004 0.200 0.056 0.736
#> SRR307929 5 0.4679 0.5011 0.004 0.004 0.200 0.056 0.736
#> SRR307930 4 0.4199 0.5000 0.000 0.004 0.296 0.692 0.008
#> SRR307931 4 0.4199 0.5000 0.000 0.004 0.296 0.692 0.008
#> SRR307932 3 0.2511 0.6381 0.000 0.028 0.892 0.000 0.080
#> SRR307933 3 0.1195 0.7150 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR315297 4 0.7377 0.6077 0.180 0.000 0.092 0.528 0.200
#> SRR315298 4 0.7377 0.6077 0.180 0.000 0.092 0.528 0.200
#> SRR315299 4 0.5254 0.6020 0.084 0.000 0.000 0.644 0.272
#> SRR315300 4 0.5254 0.6020 0.084 0.000 0.000 0.644 0.272
#> SRR315301 3 0.5016 0.4523 0.000 0.000 0.608 0.044 0.348
#> SRR315302 3 0.5016 0.4523 0.000 0.000 0.608 0.044 0.348
#> SRR315303 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.5585 0.6040 0.084 0.108 0.000 0.720 0.088
#> SRR315306 4 0.5585 0.6040 0.084 0.108 0.000 0.720 0.088
#> SRR315307 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.5585 0.6040 0.084 0.108 0.000 0.720 0.088
#> SRR315310 4 0.5254 0.6020 0.084 0.000 0.000 0.644 0.272
#> SRR315311 4 0.5254 0.6020 0.084 0.000 0.000 0.644 0.272
#> SRR315312 4 0.5254 0.6020 0.084 0.000 0.000 0.644 0.272
#> SRR315313 3 0.1195 0.7150 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR315314 3 0.1195 0.7150 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR315315 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0794 0.9102 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0794 0.9102 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0794 0.9102 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0794 0.9102 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.4303 0.4071 0.000 0.056 0.752 0.000 0.192
#> SRR315324 3 0.4303 0.4071 0.000 0.056 0.752 0.000 0.192
#> SRR315325 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR315330 3 0.5523 0.4599 0.000 0.000 0.592 0.088 0.320
#> SRR315331 3 0.5523 0.4599 0.000 0.000 0.592 0.088 0.320
#> SRR315332 5 0.5455 0.5453 0.028 0.000 0.092 0.180 0.700
#> SRR315333 5 0.5455 0.5453 0.028 0.000 0.092 0.180 0.700
#> SRR315334 3 0.5125 0.3531 0.000 0.000 0.544 0.040 0.416
#> SRR315335 3 0.5125 0.3531 0.000 0.000 0.544 0.040 0.416
#> SRR315336 4 0.5422 0.4819 0.000 0.000 0.296 0.616 0.088
#> SRR315337 4 0.5422 0.4819 0.000 0.000 0.296 0.616 0.088
#> SRR317035 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.3490 0.8343 0.048 0.856 0.028 0.068 0.000
#> SRR317037 2 0.3490 0.8343 0.048 0.856 0.028 0.068 0.000
#> SRR317038 2 0.3490 0.8343 0.048 0.856 0.028 0.068 0.000
#> SRR317039 2 0.1701 0.8998 0.000 0.944 0.028 0.012 0.016
#> SRR317040 2 0.1701 0.8998 0.000 0.944 0.028 0.012 0.016
#> SRR317041 2 0.1195 0.9065 0.000 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR317042 4 0.5503 0.3858 0.072 0.328 0.000 0.596 0.004
#> SRR317043 4 0.5503 0.3858 0.072 0.328 0.000 0.596 0.004
#> SRR317044 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0794 0.9102 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0794 0.9102 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR317048 5 0.4679 0.5011 0.004 0.004 0.200 0.056 0.736
#> SRR317049 3 0.5182 0.3529 0.000 0.000 0.544 0.044 0.412
#> SRR317050 2 0.4267 0.7779 0.052 0.800 0.028 0.120 0.000
#> SRR317051 2 0.4267 0.7779 0.052 0.800 0.028 0.120 0.000
#> SRR317052 2 0.3210 0.7430 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR317053 2 0.3210 0.7430 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR317054 2 0.3490 0.8343 0.048 0.856 0.028 0.068 0.000
#> SRR317055 2 0.3490 0.8343 0.048 0.856 0.028 0.068 0.000
#> SRR317056 2 0.1701 0.8998 0.000 0.944 0.028 0.012 0.016
#> SRR317057 2 0.1701 0.8998 0.000 0.944 0.028 0.012 0.016
#> SRR317059 2 0.4398 0.7706 0.100 0.796 0.028 0.076 0.000
#> SRR317060 2 0.7217 -0.0482 0.220 0.428 0.028 0.324 0.000
#> SRR317061 2 0.7217 -0.0482 0.220 0.428 0.028 0.324 0.000
#> SRR317062 2 0.3196 0.7506 0.000 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR317063 2 0.3196 0.7506 0.000 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR317064 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0566 0.9244 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0566 0.9244 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0566 0.9244 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0566 0.9244 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.6816 0.3609 0.004 0.000 0.240 0.412 0.344
#> SRR768414 4 0.6816 0.3609 0.004 0.000 0.240 0.412 0.344
#> SRR387661 4 0.6816 0.3609 0.004 0.000 0.240 0.412 0.344
#> SRR387662 4 0.6816 0.3609 0.004 0.000 0.240 0.412 0.344
#> SRR768411 4 0.7377 0.6077 0.180 0.000 0.092 0.528 0.200
#> SRR768412 4 0.7377 0.6077 0.180 0.000 0.092 0.528 0.200
#> SRR534289 2 0.2470 0.8353 0.000 0.884 0.104 0.012 0.000
#> SRR534290 2 0.2470 0.8353 0.000 0.884 0.104 0.012 0.000
#> SRR534291 5 0.5015 0.4335 0.004 0.028 0.392 0.000 0.576
#> SRR534292 5 0.5015 0.4335 0.004 0.028 0.392 0.000 0.576
#> SRR534293 5 0.5404 0.5463 0.028 0.000 0.088 0.180 0.704
#> SRR534294 5 0.5404 0.5463 0.028 0.000 0.088 0.180 0.704
#> SRR534295 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR534296 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR534297 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR534298 5 0.3160 0.6367 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR534299 5 0.7491 0.4108 0.028 0.028 0.320 0.152 0.472
#> SRR534300 5 0.7491 0.4108 0.028 0.028 0.320 0.152 0.472
#> SRR534301 3 0.4546 0.2748 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR534302 3 0.4546 0.2748 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR534303 5 0.7491 0.4108 0.028 0.028 0.320 0.152 0.472
#> SRR534304 5 0.7491 0.4108 0.028 0.028 0.320 0.152 0.472
#> SRR534305 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.5016 0.4523 0.000 0.000 0.608 0.044 0.348
#> SRR534308 3 0.5016 0.4523 0.000 0.000 0.608 0.044 0.348
#> SRR534309 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0794 0.7186 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.2470 0.8353 0.000 0.884 0.104 0.012 0.000
#> SRR534319 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR534320 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR534321 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR534322 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR534323 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR534324 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR534325 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 2 0.7217 -0.0482 0.220 0.428 0.028 0.324 0.000
#> SRR545688 2 0.7217 -0.0482 0.220 0.428 0.028 0.324 0.000
#> SRR545689 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.1043 0.9649 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR545696 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR545697 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR545698 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR545699 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR545700 1 0.0703 0.9557 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR545701 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0404 0.9258 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0162 0.9213 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 6 0.6507 0.5191 0.088 0.000 0.164 0.000 NA 0.544
#> SRR307898 6 0.6480 0.5218 0.088 0.000 0.160 0.000 NA 0.548
#> SRR307899 6 0.6536 0.5891 0.100 0.000 0.000 0.184 NA 0.548
#> SRR307900 6 0.6536 0.5891 0.100 0.000 0.000 0.184 NA 0.548
#> SRR307901 3 0.0551 0.7403 0.000 0.004 0.984 0.000 NA 0.008
#> SRR307902 3 0.0551 0.7403 0.000 0.004 0.984 0.000 NA 0.008
#> SRR307903 3 0.0291 0.7420 0.000 0.004 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR307904 3 0.1858 0.6817 0.000 0.004 0.904 0.092 NA 0.000
#> SRR307905 4 0.3830 0.3466 0.000 0.004 0.376 0.620 NA 0.000
#> SRR307906 4 0.3830 0.3466 0.000 0.004 0.376 0.620 NA 0.000
#> SRR307907 3 0.7121 0.1991 0.008 0.000 0.428 0.240 NA 0.068
#> SRR307908 3 0.7121 0.1991 0.008 0.000 0.428 0.240 NA 0.068
#> SRR307909 4 0.5054 0.3584 0.000 0.004 0.352 0.580 NA 0.008
#> SRR307910 4 0.5054 0.3584 0.000 0.004 0.352 0.580 NA 0.008
#> SRR307911 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR307912 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR307913 4 0.3753 0.4704 0.000 0.000 0.028 0.748 NA 0.004
#> SRR307914 4 0.6592 0.1538 0.000 0.000 0.276 0.404 NA 0.028
#> SRR307915 4 0.4398 0.4883 0.004 0.000 0.008 0.600 NA 0.012
#> SRR307916 4 0.4398 0.4883 0.004 0.000 0.008 0.600 NA 0.012
#> SRR307917 4 0.3830 0.3466 0.000 0.004 0.376 0.620 NA 0.000
#> SRR307918 4 0.3830 0.3466 0.000 0.004 0.376 0.620 NA 0.000
#> SRR307919 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR307920 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR307921 6 0.5633 0.5480 0.088 0.136 0.000 0.000 NA 0.660
#> SRR307922 6 0.5633 0.5480 0.088 0.136 0.000 0.000 NA 0.660
#> SRR307923 2 0.2665 0.8601 0.000 0.868 0.000 0.016 NA 0.012
#> SRR307924 2 0.2665 0.8601 0.000 0.868 0.000 0.016 NA 0.012
#> SRR307925 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR307926 4 0.3753 0.4704 0.000 0.000 0.028 0.748 NA 0.004
#> SRR307927 4 0.3753 0.4704 0.000 0.000 0.028 0.748 NA 0.004
#> SRR307928 4 0.3753 0.4704 0.000 0.000 0.028 0.748 NA 0.004
#> SRR307929 4 0.3753 0.4704 0.000 0.000 0.028 0.748 NA 0.004
#> SRR307930 6 0.4895 0.5536 0.016 0.004 0.164 0.000 NA 0.704
#> SRR307931 6 0.4895 0.5536 0.016 0.004 0.164 0.000 NA 0.704
#> SRR307932 3 0.1858 0.6817 0.000 0.004 0.904 0.092 NA 0.000
#> SRR307933 3 0.0551 0.7403 0.000 0.004 0.984 0.000 NA 0.008
#> SRR315297 6 0.6628 0.5861 0.100 0.000 0.000 0.200 NA 0.532
#> SRR315298 6 0.6628 0.5861 0.100 0.000 0.000 0.200 NA 0.532
#> SRR315299 6 0.5204 0.5971 0.016 0.000 0.000 0.204 NA 0.652
#> SRR315300 6 0.5204 0.5971 0.016 0.000 0.000 0.204 NA 0.652
#> SRR315301 3 0.6442 0.1667 0.000 0.000 0.436 0.304 NA 0.024
#> SRR315302 3 0.6442 0.1667 0.000 0.000 0.436 0.304 NA 0.024
#> SRR315303 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315304 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315305 6 0.4564 0.5964 0.016 0.092 0.000 0.020 NA 0.760
#> SRR315306 6 0.4564 0.5964 0.016 0.092 0.000 0.020 NA 0.760
#> SRR315307 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315308 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315309 6 0.4564 0.5964 0.016 0.092 0.000 0.020 NA 0.760
#> SRR315310 6 0.5204 0.5971 0.016 0.000 0.000 0.204 NA 0.652
#> SRR315311 6 0.5204 0.5971 0.016 0.000 0.000 0.204 NA 0.652
#> SRR315312 6 0.5204 0.5971 0.016 0.000 0.000 0.204 NA 0.652
#> SRR315313 3 0.0551 0.7403 0.000 0.004 0.984 0.000 NA 0.008
#> SRR315314 3 0.0551 0.7403 0.000 0.004 0.984 0.000 NA 0.008
#> SRR315315 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR315316 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR315318 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315319 2 0.1391 0.8990 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315320 2 0.1391 0.8990 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315321 2 0.1391 0.8990 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315322 2 0.1391 0.8990 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR315323 3 0.3572 0.5003 0.000 0.032 0.764 0.204 NA 0.000
#> SRR315324 3 0.3572 0.5003 0.000 0.032 0.764 0.204 NA 0.000
#> SRR315325 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR315326 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR315327 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR315328 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR315329 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR315330 3 0.7121 0.1991 0.008 0.000 0.428 0.240 NA 0.068
#> SRR315331 3 0.7121 0.1991 0.008 0.000 0.428 0.240 NA 0.068
#> SRR315332 4 0.4644 0.4989 0.004 0.000 0.024 0.584 NA 0.008
#> SRR315333 4 0.4644 0.4989 0.004 0.000 0.024 0.584 NA 0.008
#> SRR315334 4 0.6530 0.1545 0.000 0.000 0.276 0.408 NA 0.024
#> SRR315335 4 0.6530 0.1545 0.000 0.000 0.276 0.408 NA 0.024
#> SRR315336 6 0.5968 0.5337 0.016 0.000 0.164 0.020 NA 0.600
#> SRR315337 6 0.5968 0.5337 0.016 0.000 0.164 0.020 NA 0.600
#> SRR317035 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR317036 2 0.4053 0.7649 0.008 0.744 0.000 0.000 NA 0.048
#> SRR317037 2 0.4020 0.7649 0.008 0.744 0.000 0.000 NA 0.044
#> SRR317038 2 0.4020 0.7649 0.008 0.744 0.000 0.000 NA 0.044
#> SRR317039 2 0.2665 0.8601 0.000 0.868 0.000 0.016 NA 0.012
#> SRR317040 2 0.2665 0.8601 0.000 0.868 0.000 0.016 NA 0.012
#> SRR317041 2 0.2190 0.8846 0.008 0.908 0.000 0.000 NA 0.044
#> SRR317042 6 0.4190 0.4214 0.012 0.304 0.000 0.000 NA 0.668
#> SRR317043 6 0.4190 0.4214 0.012 0.304 0.000 0.000 NA 0.668
#> SRR317044 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR317045 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR317046 2 0.1082 0.9021 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR317047 2 0.1082 0.9021 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR317048 4 0.3753 0.4704 0.000 0.000 0.028 0.748 NA 0.004
#> SRR317049 4 0.6592 0.1538 0.000 0.000 0.276 0.404 NA 0.028
#> SRR317050 2 0.4518 0.7122 0.000 0.696 0.000 0.000 NA 0.104
#> SRR317051 2 0.4518 0.7122 0.000 0.696 0.000 0.000 NA 0.104
#> SRR317052 2 0.3488 0.7088 0.008 0.744 0.000 0.000 NA 0.244
#> SRR317053 2 0.3488 0.7088 0.008 0.744 0.000 0.000 NA 0.244
#> SRR317054 2 0.3773 0.7719 0.000 0.752 0.000 0.000 NA 0.044
#> SRR317055 2 0.3773 0.7719 0.000 0.752 0.000 0.000 NA 0.044
#> SRR317056 2 0.2844 0.8568 0.000 0.860 0.000 0.016 NA 0.020
#> SRR317057 2 0.2844 0.8568 0.000 0.860 0.000 0.016 NA 0.020
#> SRR317059 2 0.4607 0.7546 0.060 0.744 0.000 0.000 NA 0.056
#> SRR317060 2 0.7018 -0.0299 0.088 0.400 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR317061 2 0.7018 -0.0299 0.088 0.400 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR317062 2 0.3418 0.7493 0.000 0.784 0.000 0.192 NA 0.016
#> SRR317063 2 0.3418 0.7493 0.000 0.784 0.000 0.192 NA 0.016
#> SRR317064 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR317065 2 0.0458 0.9102 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR317066 2 0.0146 0.9115 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR317067 2 0.0146 0.9115 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR317068 2 0.0260 0.9112 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR317069 2 0.0260 0.9112 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR768413 6 0.6543 0.3847 0.000 0.000 0.020 0.324 NA 0.356
#> SRR768414 6 0.6543 0.3847 0.000 0.000 0.020 0.324 NA 0.356
#> SRR387661 6 0.6543 0.3847 0.000 0.000 0.020 0.324 NA 0.356
#> SRR387662 6 0.6543 0.3847 0.000 0.000 0.020 0.324 NA 0.356
#> SRR768411 6 0.6628 0.5861 0.100 0.000 0.000 0.200 NA 0.532
#> SRR768412 6 0.6628 0.5861 0.100 0.000 0.000 0.200 NA 0.532
#> SRR534289 2 0.2113 0.8356 0.000 0.896 0.092 0.000 NA 0.008
#> SRR534290 2 0.2113 0.8356 0.000 0.896 0.092 0.000 NA 0.008
#> SRR534291 4 0.5004 0.3398 0.000 0.004 0.348 0.576 NA 0.000
#> SRR534292 4 0.5004 0.3398 0.000 0.004 0.348 0.576 NA 0.000
#> SRR534293 4 0.4634 0.5003 0.004 0.000 0.024 0.588 NA 0.008
#> SRR534294 4 0.4634 0.5003 0.004 0.000 0.024 0.588 NA 0.008
#> SRR534295 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR534296 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR534297 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR534298 4 0.0865 0.5930 0.000 0.000 0.036 0.964 NA 0.000
#> SRR534299 4 0.6399 0.3461 0.004 0.008 0.212 0.388 NA 0.004
#> SRR534300 4 0.6399 0.3461 0.004 0.008 0.212 0.388 NA 0.004
#> SRR534301 3 0.4822 0.3221 0.000 0.004 0.628 0.296 NA 0.000
#> SRR534302 3 0.4822 0.3221 0.000 0.004 0.628 0.296 NA 0.000
#> SRR534303 4 0.6399 0.3461 0.004 0.008 0.212 0.388 NA 0.004
#> SRR534304 4 0.6399 0.3461 0.004 0.008 0.212 0.388 NA 0.004
#> SRR534305 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR534306 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR534307 3 0.6442 0.1667 0.000 0.000 0.436 0.304 NA 0.024
#> SRR534308 3 0.6442 0.1667 0.000 0.000 0.436 0.304 NA 0.024
#> SRR534309 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR534310 3 0.0508 0.7475 0.000 0.004 0.984 0.012 NA 0.000
#> SRR534311 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534312 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534313 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534314 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534315 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534316 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534318 2 0.2113 0.8356 0.000 0.896 0.092 0.000 NA 0.008
#> SRR534319 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR534320 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR534321 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR534322 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR534323 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR534324 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR534325 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534328 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534329 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534330 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534331 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534332 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534333 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545685 2 0.0508 0.9109 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR545686 2 0.0508 0.9109 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR545687 2 0.7018 -0.0299 0.088 0.400 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR545688 2 0.7018 -0.0299 0.088 0.400 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR545689 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545690 1 0.0790 0.9700 0.968 0.032 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545695 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR545696 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR545697 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR545698 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR545699 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR545700 1 0.0632 0.9622 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545713 2 0.0363 0.9113 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545714 2 0.0363 0.9113 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545715 2 0.0363 0.9113 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545716 2 0.0363 0.9113 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9123 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR545723 2 0.0603 0.9100 0.000 0.980 0.000 0.000 NA 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.439 0.658 0.784 0.4862 0.499 0.499
#> 3 3 0.468 0.726 0.843 0.3270 0.759 0.552
#> 4 4 0.688 0.743 0.824 0.1287 0.825 0.548
#> 5 5 0.683 0.639 0.733 0.0707 0.935 0.760
#> 6 6 0.723 0.543 0.684 0.0447 0.889 0.551
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.9881 0.5677 0.436 0.564
#> SRR307898 2 0.9795 0.5906 0.416 0.584
#> SRR307899 2 0.9795 0.5906 0.416 0.584
#> SRR307900 2 0.9795 0.5906 0.416 0.584
#> SRR307901 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0672 0.7486 0.008 0.992
#> SRR307910 2 0.0672 0.7486 0.008 0.992
#> SRR307911 2 0.2236 0.7536 0.036 0.964
#> SRR307912 2 0.2423 0.7543 0.040 0.960
#> SRR307913 2 0.9933 -0.1844 0.452 0.548
#> SRR307914 2 0.6247 0.7124 0.156 0.844
#> SRR307915 2 0.8661 0.6623 0.288 0.712
#> SRR307916 2 0.8661 0.6623 0.288 0.712
#> SRR307917 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.2236 0.7536 0.036 0.964
#> SRR307920 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0376 0.6055 0.996 0.004
#> SRR307923 1 0.9732 0.7219 0.596 0.404
#> SRR307924 1 0.9732 0.7219 0.596 0.404
#> SRR307925 2 0.3274 0.7542 0.060 0.940
#> SRR307926 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR307927 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR307928 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR307929 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR307930 1 0.2603 0.6182 0.956 0.044
#> SRR307931 1 0.2603 0.6182 0.956 0.044
#> SRR307932 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315297 2 0.9881 0.5742 0.436 0.564
#> SRR315298 2 0.9881 0.5742 0.436 0.564
#> SRR315299 2 0.9795 0.5874 0.416 0.584
#> SRR315300 2 0.9795 0.5874 0.416 0.584
#> SRR315301 2 0.2603 0.7539 0.044 0.956
#> SRR315302 2 0.2603 0.7539 0.044 0.956
#> SRR315303 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315304 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315305 1 0.9933 -0.4131 0.548 0.452
#> SRR315306 1 0.8763 0.0348 0.704 0.296
#> SRR315307 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315308 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315309 1 0.8763 0.0348 0.704 0.296
#> SRR315310 2 0.9944 0.5549 0.456 0.544
#> SRR315311 1 0.9522 -0.2156 0.628 0.372
#> SRR315312 1 0.9686 -0.2814 0.604 0.396
#> SRR315313 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315318 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315319 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315320 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315321 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315322 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR315323 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR315331 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR315332 2 0.7883 0.6862 0.236 0.764
#> SRR315333 2 0.8016 0.6830 0.244 0.756
#> SRR315334 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR315335 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR315336 2 0.9608 0.6063 0.384 0.616
#> SRR315337 2 0.9661 0.6034 0.392 0.608
#> SRR317035 1 0.9635 0.7218 0.612 0.388
#> SRR317036 1 0.1633 0.6132 0.976 0.024
#> SRR317037 1 0.2423 0.6204 0.960 0.040
#> SRR317038 1 0.2423 0.6204 0.960 0.040
#> SRR317039 1 0.2423 0.6200 0.960 0.040
#> SRR317040 1 0.2236 0.6187 0.964 0.036
#> SRR317041 1 0.3114 0.6247 0.944 0.056
#> SRR317042 1 0.1414 0.6111 0.980 0.020
#> SRR317043 1 0.1414 0.6111 0.980 0.020
#> SRR317044 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317045 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317046 1 0.9635 0.7218 0.612 0.388
#> SRR317047 1 0.9635 0.7218 0.612 0.388
#> SRR317048 1 0.9044 0.6892 0.680 0.320
#> SRR317049 2 0.6343 0.7109 0.160 0.840
#> SRR317050 1 0.1414 0.6111 0.980 0.020
#> SRR317051 1 0.1414 0.6111 0.980 0.020
#> SRR317052 1 0.1633 0.6132 0.976 0.024
#> SRR317053 1 0.1633 0.6132 0.976 0.024
#> SRR317054 1 0.2236 0.6187 0.964 0.036
#> SRR317055 1 0.2236 0.6187 0.964 0.036
#> SRR317056 1 0.8713 0.6832 0.708 0.292
#> SRR317057 1 0.8713 0.6832 0.708 0.292
#> SRR317059 1 0.0376 0.6055 0.996 0.004
#> SRR317060 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR317062 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317063 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317064 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317065 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317066 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317067 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR317068 1 0.9635 0.7218 0.612 0.388
#> SRR317069 1 0.9635 0.7218 0.612 0.388
#> SRR768413 2 0.9795 0.5874 0.416 0.584
#> SRR768414 2 0.9795 0.5874 0.416 0.584
#> SRR387661 2 0.9661 0.6034 0.392 0.608
#> SRR387662 2 0.9686 0.6008 0.396 0.604
#> SRR768411 2 1.0000 0.5135 0.500 0.500
#> SRR768412 2 1.0000 0.5135 0.500 0.500
#> SRR534289 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR534290 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR534291 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.8713 0.6600 0.292 0.708
#> SRR534294 2 0.8713 0.6600 0.292 0.708
#> SRR534295 2 0.1414 0.7514 0.020 0.980
#> SRR534296 2 0.1414 0.7514 0.020 0.980
#> SRR534297 2 0.2603 0.7546 0.044 0.956
#> SRR534298 2 0.1843 0.7532 0.028 0.972
#> SRR534299 2 0.3431 0.7508 0.064 0.936
#> SRR534300 2 0.0376 0.7469 0.004 0.996
#> SRR534301 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.1843 0.7532 0.028 0.972
#> SRR534304 2 0.0672 0.7486 0.008 0.992
#> SRR534305 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR534308 2 0.3879 0.7510 0.076 0.924
#> SRR534309 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.7461 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534317 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR534318 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR534319 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR534320 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR534321 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR534322 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR534323 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR534324 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR534325 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534326 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR534327 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR534328 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR534334 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR534335 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545685 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545686 1 0.9635 0.7218 0.612 0.388
#> SRR545687 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.6032 1.000 0.000
#> SRR545691 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545692 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545693 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545694 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545695 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR545696 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR545697 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR545698 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR545699 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR545700 2 0.9983 0.5447 0.476 0.524
#> SRR545701 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545702 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545703 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545704 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545705 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545706 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545707 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545708 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545709 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545710 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545711 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545712 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545713 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545714 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545715 1 0.9608 0.7210 0.616 0.384
#> SRR545716 1 0.9686 0.7225 0.604 0.396
#> SRR545717 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545718 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545719 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545720 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545721 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545722 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
#> SRR545723 1 0.9795 0.7251 0.584 0.416
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.6451 0.41228 0.608 0.008 0.384
#> SRR307898 3 0.6483 0.00599 0.452 0.004 0.544
#> SRR307899 3 0.6489 -0.00314 0.456 0.004 0.540
#> SRR307900 3 0.6495 -0.01226 0.460 0.004 0.536
#> SRR307901 3 0.5016 0.72073 0.000 0.240 0.760
#> SRR307902 3 0.4002 0.80141 0.000 0.160 0.840
#> SRR307903 3 0.4002 0.80141 0.000 0.160 0.840
#> SRR307904 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR307905 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR307906 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR307907 3 0.2866 0.81826 0.008 0.076 0.916
#> SRR307908 3 0.2866 0.81826 0.008 0.076 0.916
#> SRR307909 3 0.7221 0.75239 0.148 0.136 0.716
#> SRR307910 3 0.7221 0.75239 0.148 0.136 0.716
#> SRR307911 3 0.0892 0.79654 0.020 0.000 0.980
#> SRR307912 3 0.0892 0.79654 0.020 0.000 0.980
#> SRR307913 2 0.7599 0.49210 0.084 0.656 0.260
#> SRR307914 3 0.5961 0.64973 0.136 0.076 0.788
#> SRR307915 3 0.5461 0.64506 0.244 0.008 0.748
#> SRR307916 3 0.5461 0.64506 0.244 0.008 0.748
#> SRR307917 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR307918 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR307919 3 0.0892 0.79654 0.020 0.000 0.980
#> SRR307920 3 0.3340 0.82023 0.000 0.120 0.880
#> SRR307921 1 0.6927 0.66168 0.700 0.240 0.060
#> SRR307922 1 0.7553 0.56985 0.620 0.320 0.060
#> SRR307923 2 0.4915 0.74433 0.036 0.832 0.132
#> SRR307924 2 0.5136 0.73538 0.044 0.824 0.132
#> SRR307925 3 0.4861 0.69983 0.192 0.008 0.800
#> SRR307926 3 0.1163 0.79407 0.028 0.000 0.972
#> SRR307927 3 0.1163 0.79407 0.028 0.000 0.972
#> SRR307928 3 0.1163 0.79407 0.028 0.000 0.972
#> SRR307929 3 0.1163 0.79407 0.028 0.000 0.972
#> SRR307930 1 0.8213 0.51336 0.568 0.344 0.088
#> SRR307931 1 0.8213 0.51336 0.568 0.344 0.088
#> SRR307932 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR307933 3 0.5016 0.72073 0.000 0.240 0.760
#> SRR315297 1 0.5443 0.54704 0.736 0.004 0.260
#> SRR315298 1 0.5443 0.54704 0.736 0.004 0.260
#> SRR315299 1 0.6565 0.24276 0.576 0.008 0.416
#> SRR315300 1 0.6339 0.38451 0.632 0.008 0.360
#> SRR315301 3 0.1031 0.79533 0.024 0.000 0.976
#> SRR315302 3 0.1031 0.79533 0.024 0.000 0.976
#> SRR315303 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR315304 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR315305 1 0.5631 0.65557 0.792 0.044 0.164
#> SRR315306 1 0.5719 0.66163 0.792 0.052 0.156
#> SRR315307 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR315308 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR315309 1 0.5719 0.66163 0.792 0.052 0.156
#> SRR315310 1 0.5831 0.52399 0.708 0.008 0.284
#> SRR315311 1 0.5618 0.66193 0.796 0.048 0.156
#> SRR315312 1 0.5618 0.66193 0.796 0.048 0.156
#> SRR315313 3 0.4002 0.80141 0.000 0.160 0.840
#> SRR315314 3 0.5058 0.71594 0.000 0.244 0.756
#> SRR315315 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR315316 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR315318 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR315319 2 0.0424 0.90607 0.000 0.992 0.008
#> SRR315320 2 0.0747 0.90161 0.000 0.984 0.016
#> SRR315321 2 0.0747 0.90161 0.000 0.984 0.016
#> SRR315322 2 0.0747 0.90161 0.000 0.984 0.016
#> SRR315323 3 0.6975 0.75908 0.144 0.124 0.732
#> SRR315324 3 0.3482 0.81905 0.000 0.128 0.872
#> SRR315325 3 0.3340 0.82023 0.000 0.120 0.880
#> SRR315326 3 0.3412 0.81971 0.000 0.124 0.876
#> SRR315327 3 0.3412 0.81971 0.000 0.124 0.876
#> SRR315328 3 0.3340 0.82023 0.000 0.120 0.880
#> SRR315329 3 0.3340 0.82023 0.000 0.120 0.880
#> SRR315330 3 0.1529 0.78794 0.040 0.000 0.960
#> SRR315331 3 0.1163 0.79407 0.028 0.000 0.972
#> SRR315332 3 0.4963 0.69412 0.200 0.008 0.792
#> SRR315333 3 0.4963 0.69412 0.200 0.008 0.792
#> SRR315334 3 0.1163 0.79407 0.028 0.000 0.972
#> SRR315335 3 0.1163 0.79407 0.028 0.000 0.972
#> SRR315336 3 0.5988 0.41759 0.304 0.008 0.688
#> SRR315337 3 0.5928 0.43726 0.296 0.008 0.696
#> SRR317035 2 0.1163 0.88992 0.028 0.972 0.000
#> SRR317036 2 0.8043 0.26700 0.324 0.592 0.084
#> SRR317037 2 0.7605 0.46939 0.252 0.660 0.088
#> SRR317038 2 0.7605 0.46939 0.252 0.660 0.088
#> SRR317039 2 0.6986 0.60653 0.180 0.724 0.096
#> SRR317040 2 0.7564 0.50567 0.232 0.672 0.096
#> SRR317041 2 0.5852 0.67842 0.180 0.776 0.044
#> SRR317042 1 0.7816 0.61269 0.628 0.288 0.084
#> SRR317043 1 0.7844 0.60963 0.624 0.292 0.084
#> SRR317044 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR317045 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR317046 2 0.1399 0.88849 0.028 0.968 0.004
#> SRR317047 2 0.1399 0.88849 0.028 0.968 0.004
#> SRR317048 2 0.7572 0.56831 0.128 0.688 0.184
#> SRR317049 3 0.5961 0.64973 0.136 0.076 0.788
#> SRR317050 2 0.8530 0.16693 0.344 0.548 0.108
#> SRR317051 2 0.8362 0.17326 0.348 0.556 0.096
#> SRR317052 1 0.8370 0.37320 0.500 0.416 0.084
#> SRR317053 1 0.8370 0.37320 0.500 0.416 0.084
#> SRR317054 2 0.7525 0.51454 0.228 0.676 0.096
#> SRR317055 2 0.7525 0.51454 0.228 0.676 0.096
#> SRR317056 2 0.7163 0.61900 0.136 0.720 0.144
#> SRR317057 2 0.7163 0.61900 0.136 0.720 0.144
#> SRR317059 1 0.7581 0.41591 0.548 0.408 0.044
#> SRR317060 1 0.6998 0.62321 0.664 0.292 0.044
#> SRR317061 1 0.7034 0.63110 0.668 0.284 0.048
#> SRR317062 2 0.2682 0.84727 0.004 0.920 0.076
#> SRR317063 2 0.2590 0.84479 0.004 0.924 0.072
#> SRR317064 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR317065 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR317066 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR317067 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR317068 2 0.0592 0.89986 0.012 0.988 0.000
#> SRR317069 2 0.0592 0.89986 0.012 0.988 0.000
#> SRR768413 1 0.6577 0.23159 0.572 0.008 0.420
#> SRR768414 1 0.6577 0.23159 0.572 0.008 0.420
#> SRR387661 3 0.5896 0.44679 0.292 0.008 0.700
#> SRR387662 3 0.6617 0.22743 0.436 0.008 0.556
#> SRR768411 1 0.2945 0.68498 0.908 0.004 0.088
#> SRR768412 1 0.2945 0.68498 0.908 0.004 0.088
#> SRR534289 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR534290 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR534291 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534292 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534293 3 0.4963 0.69232 0.200 0.008 0.792
#> SRR534294 3 0.4963 0.69232 0.200 0.008 0.792
#> SRR534295 3 0.1315 0.80645 0.008 0.020 0.972
#> SRR534296 3 0.1315 0.80645 0.008 0.020 0.972
#> SRR534297 3 0.4802 0.74180 0.156 0.020 0.824
#> SRR534298 3 0.4802 0.74180 0.156 0.020 0.824
#> SRR534299 3 0.7918 0.70647 0.204 0.136 0.660
#> SRR534300 3 0.7221 0.75239 0.148 0.136 0.716
#> SRR534301 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534302 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534303 3 0.7221 0.75239 0.148 0.136 0.716
#> SRR534304 3 0.7221 0.75239 0.148 0.136 0.716
#> SRR534305 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534306 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534307 3 0.0892 0.79654 0.020 0.000 0.980
#> SRR534308 3 0.0892 0.79654 0.020 0.000 0.980
#> SRR534309 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534310 3 0.3619 0.81797 0.000 0.136 0.864
#> SRR534311 1 0.4702 0.69458 0.788 0.212 0.000
#> SRR534312 1 0.4702 0.69458 0.788 0.212 0.000
#> SRR534313 1 0.4702 0.69458 0.788 0.212 0.000
#> SRR534314 1 0.4702 0.69458 0.788 0.212 0.000
#> SRR534315 1 0.4702 0.69458 0.788 0.212 0.000
#> SRR534316 1 0.4702 0.69458 0.788 0.212 0.000
#> SRR534317 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR534318 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR534319 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR534320 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR534321 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR534322 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR534323 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR534324 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR534325 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR534326 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR534327 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR534328 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR534329 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR534330 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR534331 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR534332 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR534333 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR534334 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR534335 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545685 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545686 2 0.1163 0.88992 0.028 0.972 0.000
#> SRR545687 1 0.6936 0.63195 0.672 0.284 0.044
#> SRR545688 1 0.6936 0.63195 0.672 0.284 0.044
#> SRR545689 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR545690 1 0.4750 0.69212 0.784 0.216 0.000
#> SRR545691 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545692 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545693 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545694 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545695 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR545696 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR545697 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR545698 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR545699 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR545700 1 0.4110 0.63988 0.844 0.004 0.152
#> SRR545701 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545702 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545703 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545704 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545705 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545706 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545707 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545708 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545709 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545710 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545711 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545712 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545713 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545714 2 0.0237 0.90344 0.004 0.996 0.000
#> SRR545715 2 0.0237 0.90344 0.004 0.996 0.000
#> SRR545716 2 0.0237 0.90344 0.004 0.996 0.000
#> SRR545717 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545718 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545719 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545720 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545721 2 0.0237 0.90722 0.000 0.996 0.004
#> SRR545722 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
#> SRR545723 2 0.0424 0.90807 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 4 0.6776 0.499 0.176 0.000 0.216 0.608
#> SRR307898 4 0.7178 0.445 0.156 0.000 0.324 0.520
#> SRR307899 4 0.7153 0.451 0.160 0.000 0.308 0.532
#> SRR307900 4 0.7121 0.455 0.160 0.000 0.300 0.540
#> SRR307901 3 0.2216 0.857 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR307902 3 0.2011 0.866 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR307903 3 0.2011 0.866 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR307904 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR307905 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR307906 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR307907 3 0.1452 0.848 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR307908 3 0.1452 0.848 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR307909 3 0.6643 0.705 0.072 0.068 0.696 0.164
#> SRR307910 3 0.6643 0.705 0.072 0.068 0.696 0.164
#> SRR307911 3 0.2546 0.827 0.000 0.008 0.900 0.092
#> SRR307912 3 0.3032 0.819 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR307913 4 0.5647 0.550 0.044 0.176 0.036 0.744
#> SRR307914 4 0.4107 0.564 0.016 0.004 0.176 0.804
#> SRR307915 4 0.5637 0.491 0.076 0.004 0.204 0.716
#> SRR307916 4 0.5637 0.491 0.076 0.004 0.204 0.716
#> SRR307917 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR307918 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR307919 3 0.2546 0.827 0.000 0.008 0.900 0.092
#> SRR307920 3 0.1743 0.871 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR307921 4 0.6106 0.476 0.348 0.060 0.000 0.592
#> SRR307922 4 0.6603 0.488 0.328 0.100 0.000 0.572
#> SRR307923 4 0.5884 0.447 0.012 0.320 0.032 0.636
#> SRR307924 4 0.5732 0.492 0.012 0.292 0.032 0.664
#> SRR307925 3 0.6592 0.406 0.076 0.004 0.552 0.368
#> SRR307926 3 0.3810 0.757 0.000 0.008 0.804 0.188
#> SRR307927 3 0.3810 0.757 0.000 0.008 0.804 0.188
#> SRR307928 3 0.3810 0.757 0.000 0.008 0.804 0.188
#> SRR307929 3 0.3810 0.757 0.000 0.008 0.804 0.188
#> SRR307930 4 0.5784 0.571 0.180 0.076 0.016 0.728
#> SRR307931 4 0.5784 0.571 0.180 0.076 0.016 0.728
#> SRR307932 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR307933 3 0.2216 0.857 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR315297 4 0.6042 0.471 0.224 0.000 0.104 0.672
#> SRR315298 4 0.6042 0.471 0.224 0.000 0.104 0.672
#> SRR315299 4 0.5226 0.528 0.128 0.000 0.116 0.756
#> SRR315300 4 0.5277 0.526 0.132 0.000 0.116 0.752
#> SRR315301 3 0.3351 0.793 0.000 0.008 0.844 0.148
#> SRR315302 3 0.3351 0.793 0.000 0.008 0.844 0.148
#> SRR315303 2 0.2101 0.930 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR315304 2 0.2101 0.930 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR315305 4 0.2868 0.550 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR315306 4 0.3172 0.555 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR315307 2 0.2101 0.930 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR315308 2 0.2101 0.930 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR315309 4 0.3172 0.555 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR315310 4 0.4174 0.537 0.140 0.000 0.044 0.816
#> SRR315311 4 0.3074 0.544 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR315312 4 0.3074 0.544 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR315313 3 0.2011 0.866 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR315314 3 0.3266 0.775 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR315315 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR315316 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR315318 2 0.1807 0.935 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR315319 2 0.2515 0.922 0.012 0.912 0.004 0.072
#> SRR315320 2 0.2380 0.930 0.008 0.920 0.008 0.064
#> SRR315321 2 0.2456 0.928 0.008 0.916 0.008 0.068
#> SRR315322 2 0.2441 0.925 0.012 0.916 0.004 0.068
#> SRR315323 3 0.6136 0.730 0.052 0.064 0.728 0.156
#> SRR315324 3 0.2048 0.870 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR315325 3 0.1743 0.871 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR315326 3 0.1743 0.871 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR315327 3 0.1743 0.871 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR315328 3 0.1743 0.871 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR315329 3 0.1743 0.871 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR315330 3 0.4049 0.725 0.000 0.008 0.780 0.212
#> SRR315331 3 0.4011 0.730 0.000 0.008 0.784 0.208
#> SRR315332 4 0.6250 0.366 0.076 0.004 0.288 0.632
#> SRR315333 4 0.6204 0.384 0.076 0.004 0.280 0.640
#> SRR315334 3 0.3681 0.769 0.000 0.008 0.816 0.176
#> SRR315335 3 0.3681 0.769 0.000 0.008 0.816 0.176
#> SRR315336 4 0.6215 0.451 0.072 0.000 0.328 0.600
#> SRR315337 4 0.6197 0.456 0.072 0.000 0.324 0.604
#> SRR317035 2 0.2521 0.912 0.024 0.912 0.000 0.064
#> SRR317036 4 0.7513 0.416 0.224 0.284 0.000 0.492
#> SRR317037 4 0.7951 0.331 0.216 0.360 0.008 0.416
#> SRR317038 4 0.7951 0.331 0.216 0.360 0.008 0.416
#> SRR317039 4 0.7877 0.383 0.212 0.328 0.008 0.452
#> SRR317040 4 0.7889 0.384 0.216 0.324 0.008 0.452
#> SRR317041 2 0.6169 0.576 0.208 0.684 0.008 0.100
#> SRR317042 4 0.6422 0.519 0.280 0.104 0.000 0.616
#> SRR317043 4 0.6422 0.519 0.280 0.104 0.000 0.616
#> SRR317044 2 0.2179 0.928 0.012 0.924 0.000 0.064
#> SRR317045 2 0.2179 0.928 0.012 0.924 0.000 0.064
#> SRR317046 2 0.2748 0.908 0.020 0.904 0.004 0.072
#> SRR317047 2 0.2748 0.908 0.020 0.904 0.004 0.072
#> SRR317048 4 0.6037 0.534 0.044 0.228 0.032 0.696
#> SRR317049 4 0.4063 0.565 0.016 0.004 0.172 0.808
#> SRR317050 4 0.6415 0.529 0.212 0.116 0.008 0.664
#> SRR317051 4 0.6447 0.528 0.216 0.116 0.008 0.660
#> SRR317052 4 0.7417 0.461 0.284 0.208 0.000 0.508
#> SRR317053 4 0.7417 0.461 0.284 0.208 0.000 0.508
#> SRR317054 4 0.7916 0.358 0.212 0.348 0.008 0.432
#> SRR317055 4 0.7916 0.358 0.212 0.348 0.008 0.432
#> SRR317056 4 0.6246 0.521 0.044 0.256 0.032 0.668
#> SRR317057 4 0.6246 0.521 0.044 0.256 0.032 0.668
#> SRR317059 4 0.7876 0.320 0.352 0.280 0.000 0.368
#> SRR317060 4 0.6946 0.416 0.380 0.116 0.000 0.504
#> SRR317061 4 0.6757 0.429 0.376 0.100 0.000 0.524
#> SRR317062 2 0.5152 0.721 0.012 0.748 0.036 0.204
#> SRR317063 2 0.5152 0.721 0.012 0.748 0.036 0.204
#> SRR317064 2 0.1807 0.935 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR317065 2 0.1807 0.935 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR317066 2 0.2076 0.933 0.008 0.932 0.004 0.056
#> SRR317067 2 0.2076 0.933 0.008 0.932 0.004 0.056
#> SRR317068 2 0.2255 0.918 0.012 0.920 0.000 0.068
#> SRR317069 2 0.2255 0.918 0.012 0.920 0.000 0.068
#> SRR768413 4 0.4956 0.536 0.108 0.000 0.116 0.776
#> SRR768414 4 0.4956 0.536 0.108 0.000 0.116 0.776
#> SRR387661 4 0.6197 0.456 0.072 0.000 0.324 0.604
#> SRR387662 4 0.5325 0.527 0.096 0.000 0.160 0.744
#> SRR768411 4 0.5250 0.374 0.316 0.000 0.024 0.660
#> SRR768412 4 0.5250 0.374 0.316 0.000 0.024 0.660
#> SRR534289 2 0.0712 0.950 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR534290 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR534291 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534292 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534293 4 0.6155 0.399 0.076 0.004 0.272 0.648
#> SRR534294 4 0.6155 0.399 0.076 0.004 0.272 0.648
#> SRR534295 3 0.1452 0.848 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR534296 3 0.1452 0.848 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR534297 3 0.5598 0.676 0.072 0.008 0.728 0.192
#> SRR534298 3 0.5559 0.681 0.072 0.008 0.732 0.188
#> SRR534299 3 0.7180 0.633 0.076 0.068 0.640 0.216
#> SRR534300 3 0.6643 0.705 0.072 0.068 0.696 0.164
#> SRR534301 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534302 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534303 3 0.6575 0.708 0.072 0.064 0.700 0.164
#> SRR534304 3 0.6601 0.709 0.072 0.068 0.700 0.160
#> SRR534305 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534306 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534307 3 0.3196 0.801 0.000 0.008 0.856 0.136
#> SRR534308 3 0.3196 0.801 0.000 0.008 0.856 0.136
#> SRR534309 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534310 3 0.1792 0.872 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR534311 1 0.2597 0.801 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534312 1 0.2597 0.801 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534313 1 0.2597 0.801 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534314 1 0.2597 0.801 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534315 1 0.2597 0.801 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534316 1 0.2597 0.801 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534317 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR534319 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR534320 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR534321 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR534322 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR534323 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR534324 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR534325 1 0.2412 0.801 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR534326 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR534327 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR534328 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534329 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534330 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534331 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534332 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534333 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR534334 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR534335 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545685 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545686 2 0.1629 0.929 0.024 0.952 0.000 0.024
#> SRR545687 4 0.6757 0.429 0.376 0.100 0.000 0.524
#> SRR545688 4 0.6757 0.429 0.376 0.100 0.000 0.524
#> SRR545689 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR545690 1 0.2597 0.802 0.904 0.084 0.004 0.008
#> SRR545691 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545692 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545693 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545694 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545695 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR545696 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR545697 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR545698 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR545699 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR545700 1 0.4423 0.747 0.792 0.000 0.040 0.168
#> SRR545701 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545704 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545705 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545706 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545707 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545708 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545710 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545711 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545712 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545713 2 0.0564 0.953 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR545714 2 0.1151 0.939 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR545715 2 0.1151 0.939 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR545716 2 0.1151 0.939 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR545717 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545718 2 0.0376 0.953 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR545719 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0188 0.953 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0564 0.951 0.004 0.988 0.004 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 4 0.7997 0.3381 0.160 0.000 0.124 0.372 0.344
#> SRR307898 4 0.8086 0.4772 0.152 0.000 0.196 0.432 0.220
#> SRR307899 4 0.8031 0.4883 0.160 0.000 0.176 0.444 0.220
#> SRR307900 4 0.8008 0.4907 0.160 0.000 0.172 0.448 0.220
#> SRR307901 3 0.1484 0.7542 0.000 0.048 0.944 0.008 0.000
#> SRR307902 3 0.0955 0.7669 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR307903 3 0.1082 0.7668 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR307904 3 0.0703 0.7679 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0865 0.7679 0.000 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR307906 3 0.0865 0.7679 0.000 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR307907 3 0.3488 0.7031 0.000 0.000 0.808 0.168 0.024
#> SRR307908 3 0.3488 0.7031 0.000 0.000 0.808 0.168 0.024
#> SRR307909 3 0.5322 0.3985 0.028 0.024 0.612 0.336 0.000
#> SRR307910 3 0.5322 0.3985 0.028 0.024 0.612 0.336 0.000
#> SRR307911 3 0.5179 0.5674 0.000 0.000 0.640 0.288 0.072
#> SRR307912 3 0.5535 0.4355 0.000 0.000 0.536 0.392 0.072
#> SRR307913 5 0.4974 0.3850 0.000 0.048 0.004 0.288 0.660
#> SRR307914 5 0.4497 0.0527 0.000 0.000 0.008 0.424 0.568
#> SRR307915 4 0.5321 0.4805 0.032 0.000 0.112 0.724 0.132
#> SRR307916 4 0.5321 0.4805 0.032 0.000 0.112 0.724 0.132
#> SRR307917 3 0.0865 0.7679 0.000 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR307918 3 0.0865 0.7679 0.000 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR307919 3 0.5179 0.5674 0.000 0.000 0.640 0.288 0.072
#> SRR307920 3 0.2026 0.7616 0.000 0.012 0.928 0.044 0.016
#> SRR307921 5 0.6245 0.3350 0.176 0.016 0.000 0.208 0.600
#> SRR307922 5 0.5943 0.3909 0.160 0.016 0.000 0.184 0.640
#> SRR307923 5 0.5016 0.4615 0.000 0.120 0.000 0.176 0.704
#> SRR307924 5 0.4901 0.4524 0.000 0.096 0.000 0.196 0.708
#> SRR307925 4 0.5487 0.2787 0.032 0.000 0.252 0.664 0.052
#> SRR307926 3 0.5744 0.4859 0.000 0.000 0.564 0.332 0.104
#> SRR307927 3 0.5744 0.4859 0.000 0.000 0.564 0.332 0.104
#> SRR307928 3 0.5744 0.4859 0.000 0.000 0.564 0.332 0.104
#> SRR307929 3 0.5744 0.4859 0.000 0.000 0.564 0.332 0.104
#> SRR307930 5 0.5675 0.1440 0.100 0.004 0.000 0.288 0.608
#> SRR307931 5 0.5675 0.1440 0.100 0.004 0.000 0.288 0.608
#> SRR307932 3 0.0703 0.7679 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.1484 0.7542 0.000 0.048 0.944 0.008 0.000
#> SRR315297 4 0.6146 0.5158 0.188 0.000 0.024 0.628 0.160
#> SRR315298 4 0.6146 0.5158 0.188 0.000 0.024 0.628 0.160
#> SRR315299 4 0.5979 0.5441 0.104 0.000 0.028 0.636 0.232
#> SRR315300 4 0.5928 0.5444 0.104 0.000 0.028 0.644 0.224
#> SRR315301 3 0.5393 0.5421 0.000 0.000 0.608 0.312 0.080
#> SRR315302 3 0.5393 0.5421 0.000 0.000 0.608 0.312 0.080
#> SRR315303 2 0.4104 0.7607 0.000 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR315304 2 0.4010 0.7684 0.000 0.760 0.000 0.032 0.208
#> SRR315305 4 0.5818 0.2445 0.092 0.000 0.000 0.464 0.444
#> SRR315306 5 0.5773 -0.1217 0.092 0.000 0.000 0.396 0.512
#> SRR315307 2 0.4104 0.7607 0.000 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR315308 2 0.4134 0.7571 0.000 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR315309 5 0.5773 -0.1217 0.092 0.000 0.000 0.396 0.512
#> SRR315310 4 0.6228 0.4508 0.104 0.000 0.020 0.560 0.316
#> SRR315311 4 0.5854 0.2516 0.096 0.000 0.000 0.468 0.436
#> SRR315312 4 0.5854 0.2516 0.096 0.000 0.000 0.468 0.436
#> SRR315313 3 0.1082 0.7668 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR315314 3 0.1628 0.7477 0.000 0.056 0.936 0.008 0.000
#> SRR315315 3 0.0865 0.7680 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR315316 3 0.0865 0.7680 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR315318 2 0.4010 0.7684 0.000 0.760 0.000 0.032 0.208
#> SRR315319 2 0.4725 0.6980 0.000 0.680 0.004 0.036 0.280
#> SRR315320 2 0.4774 0.7015 0.000 0.680 0.004 0.040 0.276
#> SRR315321 2 0.4774 0.7015 0.000 0.680 0.004 0.040 0.276
#> SRR315322 2 0.4818 0.6905 0.000 0.672 0.004 0.040 0.284
#> SRR315323 3 0.5294 0.4590 0.020 0.012 0.632 0.320 0.016
#> SRR315324 3 0.2569 0.7525 0.000 0.012 0.896 0.076 0.016
#> SRR315325 3 0.2026 0.7616 0.000 0.012 0.928 0.044 0.016
#> SRR315326 3 0.2026 0.7616 0.000 0.012 0.928 0.044 0.016
#> SRR315327 3 0.2026 0.7616 0.000 0.012 0.928 0.044 0.016
#> SRR315328 3 0.2026 0.7616 0.000 0.012 0.928 0.044 0.016
#> SRR315329 3 0.2026 0.7616 0.000 0.012 0.928 0.044 0.016
#> SRR315330 3 0.5600 0.5099 0.000 0.000 0.588 0.316 0.096
#> SRR315331 3 0.5630 0.5029 0.000 0.000 0.580 0.324 0.096
#> SRR315332 4 0.5407 0.4628 0.032 0.000 0.160 0.712 0.096
#> SRR315333 4 0.5407 0.4628 0.032 0.000 0.160 0.712 0.096
#> SRR315334 3 0.5584 0.5096 0.000 0.000 0.584 0.324 0.092
#> SRR315335 3 0.5584 0.5096 0.000 0.000 0.584 0.324 0.092
#> SRR315336 4 0.7502 0.4948 0.072 0.000 0.192 0.480 0.256
#> SRR315337 4 0.7430 0.5030 0.072 0.000 0.180 0.492 0.256
#> SRR317035 2 0.4315 0.7308 0.016 0.728 0.000 0.012 0.244
#> SRR317036 5 0.5190 0.5925 0.116 0.148 0.000 0.016 0.720
#> SRR317037 5 0.5591 0.5851 0.112 0.188 0.000 0.020 0.680
#> SRR317038 5 0.5591 0.5851 0.112 0.188 0.000 0.020 0.680
#> SRR317039 5 0.4816 0.5884 0.084 0.172 0.000 0.008 0.736
#> SRR317040 5 0.4869 0.5880 0.088 0.172 0.000 0.008 0.732
#> SRR317041 5 0.6323 0.0376 0.104 0.432 0.004 0.008 0.452
#> SRR317042 5 0.6042 0.4697 0.152 0.036 0.000 0.156 0.656
#> SRR317043 5 0.6042 0.4697 0.152 0.036 0.000 0.156 0.656
#> SRR317044 2 0.4329 0.7348 0.000 0.716 0.000 0.032 0.252
#> SRR317045 2 0.4329 0.7348 0.000 0.716 0.000 0.032 0.252
#> SRR317046 2 0.4467 0.7136 0.016 0.712 0.004 0.008 0.260
#> SRR317047 2 0.4467 0.7136 0.016 0.712 0.004 0.008 0.260
#> SRR317048 5 0.4974 0.3850 0.000 0.048 0.004 0.288 0.660
#> SRR317049 5 0.4497 0.0527 0.000 0.000 0.008 0.424 0.568
#> SRR317050 5 0.4626 0.5702 0.092 0.056 0.000 0.064 0.788
#> SRR317051 5 0.4601 0.5740 0.100 0.060 0.000 0.052 0.788
#> SRR317052 5 0.6540 0.5629 0.160 0.116 0.000 0.092 0.632
#> SRR317053 5 0.6540 0.5629 0.160 0.116 0.000 0.092 0.632
#> SRR317054 5 0.5434 0.5895 0.104 0.180 0.000 0.020 0.696
#> SRR317055 5 0.5434 0.5895 0.104 0.180 0.000 0.020 0.696
#> SRR317056 5 0.5211 0.4273 0.000 0.076 0.004 0.256 0.664
#> SRR317057 5 0.5211 0.4273 0.000 0.076 0.004 0.256 0.664
#> SRR317059 5 0.6889 0.5576 0.204 0.144 0.000 0.072 0.580
#> SRR317060 5 0.6358 0.4689 0.224 0.040 0.000 0.124 0.612
#> SRR317061 5 0.6465 0.4482 0.228 0.036 0.000 0.140 0.596
#> SRR317062 5 0.6024 -0.0464 0.000 0.416 0.004 0.100 0.480
#> SRR317063 5 0.5984 -0.0447 0.000 0.416 0.004 0.096 0.484
#> SRR317064 2 0.4010 0.7684 0.000 0.760 0.000 0.032 0.208
#> SRR317065 2 0.4010 0.7684 0.000 0.760 0.000 0.032 0.208
#> SRR317066 2 0.4224 0.7608 0.000 0.744 0.000 0.040 0.216
#> SRR317067 2 0.4224 0.7608 0.000 0.744 0.000 0.040 0.216
#> SRR317068 2 0.4161 0.7429 0.012 0.740 0.000 0.012 0.236
#> SRR317069 2 0.4161 0.7429 0.012 0.740 0.000 0.012 0.236
#> SRR768413 4 0.6046 0.5403 0.092 0.000 0.028 0.612 0.268
#> SRR768414 4 0.6046 0.5403 0.092 0.000 0.028 0.612 0.268
#> SRR387661 4 0.7430 0.5030 0.072 0.000 0.180 0.492 0.256
#> SRR387662 4 0.6100 0.5474 0.072 0.000 0.048 0.620 0.260
#> SRR768411 4 0.6644 0.4312 0.276 0.000 0.004 0.484 0.236
#> SRR768412 4 0.6644 0.4312 0.276 0.000 0.004 0.484 0.236
#> SRR534289 2 0.0162 0.8835 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR534290 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0703 0.7679 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0703 0.7679 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.5356 0.4598 0.032 0.000 0.160 0.716 0.092
#> SRR534294 4 0.5356 0.4598 0.032 0.000 0.160 0.716 0.092
#> SRR534295 3 0.3696 0.6761 0.000 0.000 0.772 0.212 0.016
#> SRR534296 3 0.3696 0.6761 0.000 0.000 0.772 0.212 0.016
#> SRR534297 4 0.5256 -0.1401 0.032 0.000 0.420 0.540 0.008
#> SRR534298 4 0.5161 -0.1708 0.032 0.000 0.432 0.532 0.004
#> SRR534299 3 0.5883 0.2799 0.032 0.024 0.556 0.376 0.012
#> SRR534300 3 0.5276 0.4119 0.028 0.024 0.624 0.324 0.000
#> SRR534301 3 0.0703 0.7679 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0703 0.7679 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.5457 0.4024 0.028 0.024 0.612 0.332 0.004
#> SRR534304 3 0.5426 0.4117 0.028 0.024 0.620 0.324 0.004
#> SRR534305 3 0.1026 0.7680 0.000 0.024 0.968 0.004 0.004
#> SRR534306 3 0.1153 0.7675 0.000 0.024 0.964 0.008 0.004
#> SRR534307 3 0.5341 0.5542 0.000 0.000 0.620 0.300 0.080
#> SRR534308 3 0.5341 0.5542 0.000 0.000 0.620 0.300 0.080
#> SRR534309 3 0.0865 0.7680 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR534310 3 0.0865 0.7680 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR534311 1 0.2995 0.8355 0.872 0.032 0.000 0.008 0.088
#> SRR534312 1 0.2995 0.8355 0.872 0.032 0.000 0.008 0.088
#> SRR534313 1 0.2995 0.8355 0.872 0.032 0.000 0.008 0.088
#> SRR534314 1 0.2995 0.8355 0.872 0.032 0.000 0.008 0.088
#> SRR534315 1 0.2995 0.8355 0.872 0.032 0.000 0.008 0.088
#> SRR534316 1 0.2995 0.8355 0.872 0.032 0.000 0.008 0.088
#> SRR534317 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.3044 0.7861 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR534320 1 0.3044 0.7861 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR534321 1 0.3044 0.7861 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR534322 1 0.3044 0.7861 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR534323 1 0.3044 0.7861 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR534324 1 0.3044 0.7861 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR534325 1 0.2995 0.8355 0.872 0.032 0.000 0.008 0.088
#> SRR534326 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR534329 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR534330 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR534331 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR534332 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR534333 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR534334 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0290 0.8834 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR545686 2 0.1809 0.8596 0.012 0.928 0.000 0.000 0.060
#> SRR545687 5 0.6535 0.4393 0.228 0.036 0.000 0.148 0.588
#> SRR545688 5 0.6535 0.4393 0.228 0.036 0.000 0.148 0.588
#> SRR545689 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR545690 1 0.2712 0.8359 0.880 0.032 0.000 0.000 0.088
#> SRR545691 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.3001 0.7851 0.844 0.000 0.008 0.144 0.004
#> SRR545696 1 0.3001 0.7851 0.844 0.000 0.008 0.144 0.004
#> SRR545697 1 0.3001 0.7851 0.844 0.000 0.008 0.144 0.004
#> SRR545698 1 0.3001 0.7851 0.844 0.000 0.008 0.144 0.004
#> SRR545699 1 0.3001 0.7851 0.844 0.000 0.008 0.144 0.004
#> SRR545700 1 0.3001 0.7851 0.844 0.000 0.008 0.144 0.004
#> SRR545701 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0451 0.8820 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR545708 2 0.0451 0.8820 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR545709 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0963 0.8731 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR545714 2 0.1121 0.8686 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR545715 2 0.1121 0.8686 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR545716 2 0.0963 0.8731 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR545717 2 0.0451 0.8820 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR545718 2 0.0451 0.8820 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR545719 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0162 0.8837 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR545722 2 0.0000 0.8849 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0833 0.8775 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 6 0.8235 -0.0421 0.116 0.000 0.072 0.192 0.264 0.356
#> SRR307898 6 0.8680 -0.2439 0.124 0.000 0.120 0.252 0.252 0.252
#> SRR307899 4 0.8628 0.1915 0.136 0.000 0.100 0.268 0.252 0.244
#> SRR307900 4 0.8604 0.1890 0.136 0.000 0.096 0.276 0.248 0.244
#> SRR307901 3 0.1629 0.7575 0.000 0.024 0.940 0.004 0.028 0.004
#> SRR307902 3 0.1381 0.7607 0.000 0.020 0.952 0.004 0.020 0.004
#> SRR307903 3 0.1546 0.7582 0.000 0.020 0.944 0.004 0.028 0.004
#> SRR307904 3 0.0692 0.7629 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0881 0.7611 0.000 0.012 0.972 0.008 0.008 0.000
#> SRR307906 3 0.0767 0.7620 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008 0.000
#> SRR307907 3 0.5443 0.3485 0.000 0.000 0.608 0.268 0.100 0.024
#> SRR307908 3 0.5443 0.3485 0.000 0.000 0.608 0.268 0.100 0.024
#> SRR307909 3 0.5790 0.2919 0.076 0.012 0.540 0.352 0.016 0.004
#> SRR307910 3 0.5790 0.2919 0.076 0.012 0.540 0.352 0.016 0.004
#> SRR307911 3 0.5726 -0.1495 0.000 0.000 0.456 0.416 0.116 0.012
#> SRR307912 4 0.5601 0.2120 0.000 0.000 0.388 0.496 0.104 0.012
#> SRR307913 5 0.5945 0.2434 0.000 0.012 0.004 0.220 0.552 0.212
#> SRR307914 5 0.5794 -0.0225 0.000 0.000 0.008 0.392 0.460 0.140
#> SRR307915 4 0.4154 0.4356 0.072 0.000 0.052 0.808 0.028 0.040
#> SRR307916 4 0.4154 0.4356 0.072 0.000 0.052 0.808 0.028 0.040
#> SRR307917 3 0.0767 0.7620 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008 0.000
#> SRR307918 3 0.0622 0.7626 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000
#> SRR307919 3 0.5726 -0.1495 0.000 0.000 0.456 0.416 0.116 0.012
#> SRR307920 3 0.3552 0.7008 0.004 0.008 0.820 0.068 0.100 0.000
#> SRR307921 6 0.5391 0.5514 0.072 0.000 0.004 0.072 0.172 0.680
#> SRR307922 6 0.5364 0.5587 0.068 0.004 0.004 0.068 0.164 0.692
#> SRR307923 5 0.5820 0.3565 0.000 0.056 0.000 0.116 0.612 0.216
#> SRR307924 5 0.5641 0.3217 0.000 0.028 0.000 0.144 0.612 0.216
#> SRR307925 4 0.3924 0.4208 0.076 0.000 0.124 0.788 0.008 0.004
#> SRR307926 4 0.6188 0.2489 0.000 0.000 0.384 0.436 0.156 0.024
#> SRR307927 4 0.6185 0.2528 0.000 0.000 0.380 0.440 0.156 0.024
#> SRR307928 4 0.6188 0.2489 0.000 0.000 0.384 0.436 0.156 0.024
#> SRR307929 4 0.6165 0.2488 0.000 0.000 0.384 0.440 0.152 0.024
#> SRR307930 6 0.5779 0.4018 0.044 0.000 0.000 0.192 0.148 0.616
#> SRR307931 6 0.5779 0.4018 0.044 0.000 0.000 0.192 0.148 0.616
#> SRR307932 3 0.0547 0.7633 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.1706 0.7570 0.000 0.024 0.936 0.004 0.032 0.004
#> SRR315297 4 0.7390 0.0863 0.216 0.000 0.008 0.424 0.116 0.236
#> SRR315298 4 0.7390 0.0863 0.216 0.000 0.008 0.424 0.116 0.236
#> SRR315299 4 0.6476 0.1723 0.108 0.000 0.012 0.544 0.068 0.268
#> SRR315300 4 0.6460 0.1760 0.108 0.000 0.012 0.548 0.068 0.264
#> SRR315301 4 0.6166 0.1941 0.000 0.000 0.404 0.428 0.140 0.028
#> SRR315302 4 0.6166 0.1941 0.000 0.000 0.404 0.428 0.140 0.028
#> SRR315303 5 0.4598 0.5799 0.000 0.464 0.004 0.000 0.504 0.028
#> SRR315304 5 0.4600 0.5733 0.000 0.468 0.004 0.000 0.500 0.028
#> SRR315305 6 0.6210 0.2251 0.080 0.000 0.000 0.372 0.072 0.476
#> SRR315306 6 0.6054 0.3267 0.080 0.000 0.000 0.304 0.072 0.544
#> SRR315307 5 0.4598 0.5799 0.000 0.464 0.004 0.000 0.504 0.028
#> SRR315308 5 0.4598 0.5799 0.000 0.464 0.004 0.000 0.504 0.028
#> SRR315309 6 0.6027 0.3334 0.080 0.000 0.000 0.296 0.072 0.552
#> SRR315310 4 0.6408 -0.0558 0.108 0.000 0.000 0.460 0.068 0.364
#> SRR315311 6 0.6282 0.2193 0.088 0.000 0.000 0.368 0.072 0.472
#> SRR315312 6 0.6282 0.2193 0.088 0.000 0.000 0.368 0.072 0.472
#> SRR315313 3 0.1546 0.7582 0.000 0.020 0.944 0.004 0.028 0.004
#> SRR315314 3 0.1860 0.7511 0.000 0.036 0.928 0.004 0.028 0.004
#> SRR315315 3 0.0951 0.7638 0.000 0.020 0.968 0.000 0.008 0.004
#> SRR315316 3 0.1096 0.7633 0.000 0.020 0.964 0.004 0.008 0.004
#> SRR315318 5 0.4600 0.5733 0.000 0.468 0.004 0.000 0.500 0.028
#> SRR315319 5 0.4587 0.6344 0.000 0.372 0.004 0.000 0.588 0.036
#> SRR315320 5 0.4759 0.6340 0.004 0.360 0.004 0.004 0.596 0.032
#> SRR315321 5 0.4759 0.6340 0.004 0.360 0.004 0.004 0.596 0.032
#> SRR315322 5 0.4566 0.6364 0.000 0.364 0.004 0.000 0.596 0.036
#> SRR315323 3 0.6168 0.3567 0.052 0.008 0.524 0.332 0.084 0.000
#> SRR315324 3 0.4276 0.6809 0.004 0.008 0.768 0.104 0.112 0.004
#> SRR315325 3 0.3599 0.6992 0.004 0.008 0.816 0.068 0.104 0.000
#> SRR315326 3 0.3740 0.6985 0.004 0.008 0.812 0.068 0.104 0.004
#> SRR315327 3 0.3740 0.6985 0.004 0.008 0.812 0.068 0.104 0.004
#> SRR315328 3 0.3740 0.6985 0.004 0.008 0.812 0.068 0.104 0.004
#> SRR315329 3 0.3740 0.6985 0.004 0.008 0.812 0.068 0.104 0.004
#> SRR315330 4 0.6288 0.2674 0.000 0.000 0.360 0.452 0.156 0.032
#> SRR315331 4 0.6264 0.2672 0.000 0.000 0.360 0.456 0.152 0.032
#> SRR315332 4 0.3093 0.4623 0.076 0.000 0.060 0.852 0.000 0.012
#> SRR315333 4 0.3093 0.4623 0.076 0.000 0.060 0.852 0.000 0.012
#> SRR315334 4 0.6150 0.2553 0.000 0.000 0.380 0.452 0.140 0.028
#> SRR315335 4 0.6032 0.2582 0.000 0.000 0.380 0.464 0.132 0.024
#> SRR315336 4 0.8130 0.2677 0.060 0.000 0.112 0.348 0.192 0.288
#> SRR315337 4 0.8076 0.2648 0.060 0.000 0.108 0.360 0.184 0.288
#> SRR317035 2 0.5927 -0.4586 0.004 0.444 0.000 0.000 0.368 0.184
#> SRR317036 6 0.5020 0.5065 0.000 0.068 0.000 0.044 0.200 0.688
#> SRR317037 6 0.5074 0.4950 0.000 0.076 0.000 0.036 0.212 0.676
#> SRR317038 6 0.5074 0.4950 0.000 0.076 0.000 0.036 0.212 0.676
#> SRR317039 6 0.5458 0.3371 0.000 0.072 0.000 0.036 0.296 0.596
#> SRR317040 6 0.5456 0.3560 0.000 0.068 0.000 0.040 0.292 0.600
#> SRR317041 6 0.6033 -0.0240 0.000 0.192 0.004 0.004 0.328 0.472
#> SRR317042 6 0.3018 0.6187 0.024 0.020 0.000 0.044 0.036 0.876
#> SRR317043 6 0.2951 0.6179 0.024 0.020 0.000 0.040 0.036 0.880
#> SRR317044 5 0.4444 0.6041 0.000 0.436 0.000 0.000 0.536 0.028
#> SRR317045 5 0.4444 0.6041 0.000 0.436 0.000 0.000 0.536 0.028
#> SRR317046 5 0.5910 0.4812 0.000 0.404 0.004 0.000 0.416 0.176
#> SRR317047 5 0.5910 0.4812 0.000 0.404 0.004 0.000 0.416 0.176
#> SRR317048 5 0.5945 0.2434 0.000 0.012 0.004 0.216 0.552 0.216
#> SRR317049 5 0.5794 -0.0225 0.000 0.000 0.008 0.392 0.460 0.140
#> SRR317050 6 0.4800 0.5287 0.000 0.032 0.000 0.060 0.212 0.696
#> SRR317051 6 0.4728 0.5408 0.000 0.036 0.000 0.060 0.192 0.712
#> SRR317052 6 0.3834 0.6152 0.024 0.028 0.000 0.016 0.124 0.808
#> SRR317053 6 0.3834 0.6152 0.024 0.028 0.000 0.016 0.124 0.808
#> SRR317054 6 0.4971 0.5040 0.000 0.072 0.000 0.036 0.204 0.688
#> SRR317055 6 0.4971 0.5040 0.000 0.072 0.000 0.036 0.204 0.688
#> SRR317056 5 0.5880 0.3015 0.000 0.024 0.000 0.184 0.572 0.220
#> SRR317057 5 0.5880 0.3015 0.000 0.024 0.000 0.184 0.572 0.220
#> SRR317059 6 0.4656 0.5889 0.052 0.048 0.004 0.000 0.156 0.740
#> SRR317060 6 0.3964 0.5752 0.060 0.028 0.004 0.004 0.096 0.808
#> SRR317061 6 0.3659 0.5683 0.060 0.028 0.004 0.004 0.072 0.832
#> SRR317062 5 0.6315 0.5469 0.000 0.196 0.000 0.072 0.564 0.168
#> SRR317063 5 0.6338 0.5493 0.000 0.200 0.000 0.072 0.560 0.168
#> SRR317064 5 0.4600 0.5733 0.000 0.468 0.004 0.000 0.500 0.028
#> SRR317065 5 0.4600 0.5733 0.000 0.468 0.004 0.000 0.500 0.028
#> SRR317066 5 0.4818 0.5822 0.004 0.448 0.008 0.000 0.512 0.028
#> SRR317067 5 0.4818 0.5822 0.004 0.448 0.008 0.000 0.512 0.028
#> SRR317068 2 0.5948 -0.4161 0.004 0.472 0.004 0.000 0.352 0.168
#> SRR317069 2 0.5948 -0.4161 0.004 0.472 0.004 0.000 0.352 0.168
#> SRR768413 4 0.6772 0.1932 0.080 0.000 0.012 0.508 0.124 0.276
#> SRR768414 4 0.6772 0.1932 0.080 0.000 0.012 0.508 0.124 0.276
#> SRR387661 4 0.8097 0.2660 0.060 0.000 0.112 0.360 0.184 0.284
#> SRR387662 4 0.7312 0.2433 0.064 0.000 0.036 0.460 0.176 0.264
#> SRR768411 1 0.7635 -0.1287 0.316 0.000 0.004 0.260 0.140 0.280
#> SRR768412 1 0.7635 -0.1287 0.316 0.000 0.004 0.260 0.140 0.280
#> SRR534289 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0692 0.7629 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0806 0.7623 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.3146 0.4601 0.080 0.000 0.060 0.848 0.000 0.012
#> SRR534294 4 0.3146 0.4601 0.080 0.000 0.060 0.848 0.000 0.012
#> SRR534295 3 0.5252 0.1997 0.000 0.000 0.572 0.336 0.080 0.012
#> SRR534296 3 0.5252 0.1997 0.000 0.000 0.572 0.336 0.080 0.012
#> SRR534297 4 0.5016 0.2398 0.076 0.000 0.256 0.652 0.012 0.004
#> SRR534298 4 0.4988 0.2333 0.072 0.000 0.260 0.652 0.012 0.004
#> SRR534299 3 0.5638 0.2539 0.080 0.020 0.520 0.376 0.004 0.000
#> SRR534300 3 0.5499 0.3098 0.072 0.020 0.552 0.352 0.004 0.000
#> SRR534301 3 0.0692 0.7629 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0692 0.7629 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.5848 0.2894 0.072 0.020 0.528 0.364 0.012 0.004
#> SRR534304 3 0.5831 0.3031 0.072 0.020 0.536 0.356 0.012 0.004
#> SRR534305 3 0.1237 0.7632 0.000 0.020 0.956 0.000 0.020 0.004
#> SRR534306 3 0.1697 0.7587 0.000 0.020 0.936 0.004 0.036 0.004
#> SRR534307 4 0.5945 0.1747 0.000 0.000 0.424 0.436 0.116 0.024
#> SRR534308 4 0.5945 0.1747 0.000 0.000 0.424 0.436 0.116 0.024
#> SRR534309 3 0.1096 0.7633 0.000 0.020 0.964 0.004 0.008 0.004
#> SRR534310 3 0.1096 0.7633 0.000 0.020 0.964 0.004 0.008 0.004
#> SRR534311 1 0.4860 0.7351 0.680 0.012 0.004 0.004 0.060 0.240
#> SRR534312 1 0.4860 0.7351 0.680 0.012 0.004 0.004 0.060 0.240
#> SRR534313 1 0.4860 0.7351 0.680 0.012 0.004 0.004 0.060 0.240
#> SRR534314 1 0.4860 0.7351 0.680 0.012 0.004 0.004 0.060 0.240
#> SRR534315 1 0.4860 0.7351 0.680 0.012 0.004 0.004 0.060 0.240
#> SRR534316 1 0.4860 0.7351 0.680 0.012 0.004 0.004 0.060 0.240
#> SRR534317 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.2543 0.7142 0.892 0.000 0.004 0.064 0.024 0.016
#> SRR534320 1 0.2543 0.7142 0.892 0.000 0.004 0.064 0.024 0.016
#> SRR534321 1 0.2543 0.7142 0.892 0.000 0.004 0.064 0.024 0.016
#> SRR534322 1 0.2543 0.7142 0.892 0.000 0.004 0.064 0.024 0.016
#> SRR534323 1 0.2543 0.7142 0.892 0.000 0.004 0.064 0.024 0.016
#> SRR534324 1 0.2543 0.7142 0.892 0.000 0.004 0.064 0.024 0.016
#> SRR534325 1 0.4860 0.7351 0.680 0.012 0.004 0.004 0.060 0.240
#> SRR534326 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.4782 0.7340 0.688 0.012 0.000 0.008 0.060 0.232
#> SRR534329 1 0.4782 0.7340 0.688 0.012 0.000 0.008 0.060 0.232
#> SRR534330 1 0.4782 0.7340 0.688 0.012 0.000 0.008 0.060 0.232
#> SRR534331 1 0.4757 0.7358 0.692 0.012 0.000 0.008 0.060 0.228
#> SRR534332 1 0.4757 0.7358 0.692 0.012 0.000 0.008 0.060 0.228
#> SRR534333 1 0.4757 0.7358 0.692 0.012 0.000 0.008 0.060 0.228
#> SRR534334 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0508 0.9092 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR545686 2 0.2685 0.7545 0.000 0.868 0.000 0.000 0.060 0.072
#> SRR545687 6 0.3922 0.5714 0.060 0.028 0.004 0.012 0.076 0.820
#> SRR545688 6 0.3922 0.5714 0.060 0.028 0.004 0.012 0.076 0.820
#> SRR545689 1 0.4305 0.7363 0.712 0.012 0.000 0.000 0.044 0.232
#> SRR545690 1 0.4305 0.7363 0.712 0.012 0.000 0.000 0.044 0.232
#> SRR545691 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.1719 0.7209 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016 0.000
#> SRR545696 1 0.1719 0.7209 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016 0.000
#> SRR545697 1 0.1719 0.7209 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016 0.000
#> SRR545698 1 0.1719 0.7209 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016 0.000
#> SRR545699 1 0.1719 0.7209 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016 0.000
#> SRR545700 1 0.1719 0.7209 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016 0.000
#> SRR545701 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.1439 0.8949 0.004 0.952 0.008 0.004 0.024 0.008
#> SRR545708 2 0.1325 0.8929 0.004 0.956 0.004 0.004 0.024 0.008
#> SRR545709 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0291 0.9191 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1003 0.8914 0.000 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR545714 2 0.1218 0.8836 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028 0.012
#> SRR545715 2 0.1218 0.8836 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028 0.012
#> SRR545716 2 0.1218 0.8836 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028 0.012
#> SRR545717 2 0.1439 0.8949 0.004 0.952 0.008 0.004 0.024 0.008
#> SRR545718 2 0.1439 0.8949 0.004 0.952 0.008 0.004 0.024 0.008
#> SRR545719 2 0.0000 0.9174 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0146 0.9197 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0146 0.9173 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0146 0.9173 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.1364 0.8695 0.000 0.944 0.004 0.000 0.048 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.508 0.824 0.890 0.5026 0.498 0.498
#> 3 3 0.879 0.906 0.960 0.3268 0.747 0.533
#> 4 4 0.832 0.835 0.917 0.1115 0.866 0.627
#> 5 5 0.765 0.565 0.764 0.0684 0.913 0.692
#> 6 6 0.789 0.684 0.805 0.0431 0.887 0.549
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307898 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307899 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307900 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307901 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307902 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307903 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307904 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307905 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307906 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307907 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307908 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307909 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307910 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307911 1 0.7139 0.8602 0.804 0.196
#> SRR307912 1 0.7139 0.8602 0.804 0.196
#> SRR307913 2 0.9608 -0.0979 0.384 0.616
#> SRR307914 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307915 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307916 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307917 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307918 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307919 1 0.7139 0.8602 0.804 0.196
#> SRR307920 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307921 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR307922 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR307923 2 0.2948 0.8188 0.052 0.948
#> SRR307924 2 0.2948 0.8188 0.052 0.948
#> SRR307925 1 0.7219 0.8607 0.800 0.200
#> SRR307926 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307927 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307928 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307929 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR307930 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR307931 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR307932 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR307933 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315298 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315299 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315300 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315301 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315302 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315303 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315304 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315305 1 0.8327 0.8429 0.736 0.264
#> SRR315306 2 0.9996 -0.4357 0.488 0.512
#> SRR315307 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315308 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315309 2 0.9710 -0.1591 0.400 0.600
#> SRR315310 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315311 1 0.9710 0.6698 0.600 0.400
#> SRR315312 1 0.9580 0.7027 0.620 0.380
#> SRR315313 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315314 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315315 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315316 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315319 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315320 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315321 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315322 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR315323 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315324 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315325 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315326 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315327 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315328 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315329 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR315330 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315331 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315332 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315333 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315334 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315335 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315336 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR315337 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR317035 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317036 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317039 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317040 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317041 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317042 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317043 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317045 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317046 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317047 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317048 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317049 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR317050 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317051 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317052 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317054 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317055 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317056 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317057 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317059 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317060 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317061 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR317062 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317063 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317064 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317065 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317066 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317067 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317068 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR317069 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR768413 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR768414 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR387661 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR387662 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR768411 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR768412 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534289 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR534290 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR534291 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534292 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534293 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534294 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534295 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534296 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534297 1 0.2236 0.8280 0.964 0.036
#> SRR534298 1 0.0938 0.8227 0.988 0.012
#> SRR534299 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534300 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534301 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534302 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534303 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534304 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534305 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534306 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534307 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534308 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534309 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534310 1 0.0000 0.8199 1.000 0.000
#> SRR534311 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534312 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534313 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534314 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534315 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534316 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534317 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR534318 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR534319 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534320 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534321 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534322 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534323 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534324 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR534325 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534326 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR534327 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR534328 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534329 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534330 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534331 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534332 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534333 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR534334 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR534335 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545685 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545686 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545687 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR545688 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR545689 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR545690 2 0.0000 0.8068 0.000 1.000
#> SRR545691 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545692 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545693 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545694 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545695 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR545696 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR545697 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR545698 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR545699 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR545700 1 0.7883 0.8649 0.764 0.236
#> SRR545701 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545702 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545703 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545704 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545705 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545706 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545707 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545708 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545709 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545710 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545711 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545712 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545713 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545714 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545715 2 0.7674 0.8575 0.224 0.776
#> SRR545716 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545717 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545718 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545719 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545720 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545721 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545722 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
#> SRR545723 2 0.7883 0.8602 0.236 0.764
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.4555 0.732 0.800 0.000 0.200
#> SRR307898 1 0.6079 0.361 0.612 0.000 0.388
#> SRR307899 1 0.6079 0.361 0.612 0.000 0.388
#> SRR307900 1 0.6079 0.361 0.612 0.000 0.388
#> SRR307901 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307902 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307903 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307904 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307905 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307906 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307907 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307909 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307910 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307911 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307912 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.6746 0.705 0.192 0.732 0.076
#> SRR307914 3 0.4504 0.727 0.196 0.000 0.804
#> SRR307915 3 0.6045 0.405 0.380 0.000 0.620
#> SRR307916 3 0.6111 0.366 0.396 0.000 0.604
#> SRR307917 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307918 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307919 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307920 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307921 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0237 0.957 0.000 0.996 0.004
#> SRR307924 2 0.0237 0.957 0.000 0.996 0.004
#> SRR307925 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR307930 1 0.4555 0.739 0.800 0.200 0.000
#> SRR307931 1 0.4555 0.739 0.800 0.200 0.000
#> SRR307932 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR307933 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315297 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315301 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315306 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315310 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315311 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315312 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR315313 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315314 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315315 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315316 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315318 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315324 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315325 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315326 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315327 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315328 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315329 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR315330 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315332 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR315336 3 0.6111 0.337 0.396 0.000 0.604
#> SRR315337 3 0.6111 0.337 0.396 0.000 0.604
#> SRR317035 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.6126 0.362 0.400 0.600 0.000
#> SRR317037 2 0.4555 0.768 0.200 0.800 0.000
#> SRR317038 2 0.4555 0.768 0.200 0.800 0.000
#> SRR317039 2 0.4555 0.768 0.200 0.800 0.000
#> SRR317040 2 0.4555 0.768 0.200 0.800 0.000
#> SRR317041 2 0.4555 0.768 0.200 0.800 0.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 2 0.4861 0.772 0.192 0.800 0.008
#> SRR317049 3 0.4504 0.727 0.196 0.000 0.804
#> SRR317050 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR317051 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR317052 1 0.4555 0.739 0.800 0.200 0.000
#> SRR317053 1 0.4555 0.739 0.800 0.200 0.000
#> SRR317054 2 0.4555 0.768 0.200 0.800 0.000
#> SRR317055 2 0.4555 0.768 0.200 0.800 0.000
#> SRR317056 2 0.4733 0.770 0.196 0.800 0.004
#> SRR317057 2 0.4733 0.770 0.196 0.800 0.004
#> SRR317059 1 0.4555 0.739 0.800 0.200 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0237 0.957 0.000 0.996 0.004
#> SRR317063 2 0.0237 0.957 0.000 0.996 0.004
#> SRR317064 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 1 0.0424 0.950 0.992 0.000 0.008
#> SRR768414 1 0.0424 0.950 0.992 0.000 0.008
#> SRR387661 3 0.6111 0.337 0.396 0.000 0.604
#> SRR387662 3 0.6111 0.337 0.396 0.000 0.604
#> SRR768411 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534292 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534293 3 0.0237 0.949 0.004 0.000 0.996
#> SRR534294 3 0.0237 0.949 0.004 0.000 0.996
#> SRR534295 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR534297 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR534298 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR534299 3 0.4784 0.736 0.200 0.004 0.796
#> SRR534300 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534301 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534302 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534303 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534304 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534305 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534306 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534307 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR534309 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534310 3 0.0237 0.952 0.000 0.004 0.996
#> SRR534311 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.956 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0237 0.957 0.004 0.996 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.960 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.7085 0.508 0.568 0.000 0.200 0.232
#> SRR307898 1 0.7239 0.470 0.544 0.000 0.248 0.208
#> SRR307899 1 0.7239 0.470 0.544 0.000 0.248 0.208
#> SRR307900 1 0.7244 0.473 0.544 0.000 0.244 0.212
#> SRR307901 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 3 0.0469 0.936 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR307908 3 0.0469 0.936 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR307909 3 0.3486 0.787 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307910 3 0.3486 0.787 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR307911 3 0.1557 0.920 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR307912 3 0.1557 0.920 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR307913 4 0.1302 0.790 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR307914 4 0.1637 0.777 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR307915 4 0.0000 0.789 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307916 4 0.0000 0.789 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.1557 0.920 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR307920 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 1 0.3907 0.696 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR307922 1 0.3907 0.696 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR307923 4 0.3610 0.674 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR307924 4 0.1902 0.775 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR307925 4 0.5000 -0.201 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR307926 3 0.2589 0.879 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR307927 3 0.2589 0.879 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR307928 3 0.2589 0.879 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR307929 3 0.2589 0.879 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR307930 4 0.2408 0.773 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR307931 4 0.2408 0.773 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR307932 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.4866 0.496 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR315298 1 0.4866 0.496 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR315299 4 0.0707 0.790 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR315300 4 0.0707 0.790 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR315301 3 0.1867 0.912 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR315302 3 0.1867 0.912 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR315303 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.1118 0.786 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR315306 4 0.1118 0.786 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR315307 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.1118 0.786 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR315310 4 0.1118 0.786 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR315311 4 0.1118 0.786 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR315312 4 0.1118 0.786 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR315313 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.3172 0.817 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR315324 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 3 0.2760 0.867 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR315331 3 0.2760 0.867 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR315332 4 0.2647 0.720 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR315333 4 0.2469 0.731 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR315334 3 0.2011 0.907 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR315335 3 0.2011 0.907 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR315336 4 0.4516 0.623 0.012 0.000 0.252 0.736
#> SRR315337 4 0.4420 0.640 0.012 0.000 0.240 0.748
#> SRR317035 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 4 0.6963 0.261 0.112 0.424 0.000 0.464
#> SRR317037 2 0.6928 -0.201 0.108 0.456 0.000 0.436
#> SRR317038 2 0.6928 -0.201 0.108 0.456 0.000 0.436
#> SRR317039 4 0.6842 0.237 0.100 0.436 0.000 0.464
#> SRR317040 4 0.6884 0.245 0.104 0.432 0.000 0.464
#> SRR317041 2 0.3681 0.760 0.176 0.816 0.000 0.008
#> SRR317042 4 0.2814 0.753 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR317043 4 0.2814 0.753 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR317044 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317048 4 0.1792 0.783 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR317049 4 0.0707 0.790 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR317050 4 0.2408 0.771 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR317051 4 0.2704 0.757 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR317052 4 0.6876 0.511 0.140 0.288 0.000 0.572
#> SRR317053 4 0.6876 0.511 0.140 0.288 0.000 0.572
#> SRR317054 4 0.6929 0.207 0.108 0.444 0.000 0.448
#> SRR317055 4 0.6929 0.207 0.108 0.444 0.000 0.448
#> SRR317056 4 0.1792 0.783 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR317057 4 0.1792 0.783 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR317059 1 0.7121 0.324 0.544 0.292 0.000 0.164
#> SRR317060 1 0.3024 0.782 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR317061 1 0.3024 0.782 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR317062 2 0.1716 0.910 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR317063 2 0.1716 0.910 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR317064 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0707 0.790 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR768414 4 0.0707 0.790 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR387661 4 0.4420 0.640 0.012 0.000 0.240 0.748
#> SRR387662 4 0.2329 0.756 0.012 0.000 0.072 0.916
#> SRR768411 1 0.3074 0.823 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR768412 1 0.3074 0.823 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR534289 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 4 0.2469 0.731 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR534294 4 0.2469 0.731 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR534295 3 0.0469 0.936 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR534296 3 0.0469 0.936 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR534297 3 0.3764 0.767 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR534298 3 0.3649 0.781 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR534299 3 0.5697 0.569 0.052 0.000 0.656 0.292
#> SRR534300 3 0.3444 0.792 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR534301 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 3 0.3486 0.787 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR534304 3 0.3444 0.792 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR534305 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 3 0.1867 0.912 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR534308 3 0.1867 0.912 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR534309 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR534320 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR534321 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR534322 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR534323 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR534324 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR534325 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.3024 0.782 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR545688 1 0.3024 0.782 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR545689 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.864 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545696 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545697 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545698 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545699 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545700 1 0.1792 0.857 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545701 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 4 0.8088 0.0895 0.148 0.000 0.304 0.392 0.156
#> SRR307898 3 0.8377 0.0329 0.148 0.000 0.336 0.256 0.260
#> SRR307899 3 0.8383 0.0253 0.148 0.000 0.332 0.256 0.264
#> SRR307900 3 0.8447 -0.0162 0.160 0.000 0.312 0.256 0.272
#> SRR307901 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.2516 0.7023 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR307908 3 0.2516 0.7023 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR307909 3 0.5961 0.4340 0.032 0.000 0.660 0.168 0.140
#> SRR307910 3 0.5961 0.4340 0.032 0.000 0.660 0.168 0.140
#> SRR307911 3 0.4494 0.5618 0.000 0.000 0.608 0.012 0.380
#> SRR307912 3 0.6158 0.3563 0.000 0.000 0.452 0.132 0.416
#> SRR307913 5 0.4192 0.0917 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR307914 4 0.4278 -0.0544 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR307915 5 0.5149 0.1468 0.036 0.000 0.004 0.388 0.572
#> SRR307916 5 0.5149 0.1468 0.036 0.000 0.004 0.388 0.572
#> SRR307917 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.4494 0.5618 0.000 0.000 0.608 0.012 0.380
#> SRR307920 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307921 4 0.4817 0.2851 0.300 0.000 0.000 0.656 0.044
#> SRR307922 4 0.5481 0.2967 0.172 0.000 0.000 0.656 0.172
#> SRR307923 5 0.4283 0.0209 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR307924 5 0.4283 0.0209 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR307925 5 0.6838 0.1585 0.036 0.000 0.188 0.228 0.548
#> SRR307926 3 0.4726 0.5388 0.000 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR307927 3 0.4726 0.5388 0.000 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR307928 3 0.4726 0.5388 0.000 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR307929 3 0.4726 0.5388 0.000 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR307930 4 0.2891 0.3181 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR307931 4 0.2891 0.3181 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR307932 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.6456 0.0564 0.180 0.000 0.000 0.428 0.392
#> SRR315298 4 0.6456 0.0564 0.180 0.000 0.000 0.428 0.392
#> SRR315299 4 0.5019 0.0603 0.036 0.000 0.000 0.568 0.396
#> SRR315300 4 0.5019 0.0603 0.036 0.000 0.000 0.568 0.396
#> SRR315301 3 0.4517 0.5561 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR315302 3 0.4517 0.5561 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR315303 2 0.4210 0.6207 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR315304 2 0.4210 0.6207 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR315305 4 0.3734 0.2482 0.036 0.000 0.000 0.796 0.168
#> SRR315306 4 0.3309 0.2652 0.036 0.000 0.000 0.836 0.128
#> SRR315307 2 0.4210 0.6207 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR315308 2 0.4210 0.6207 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR315309 4 0.3309 0.2652 0.036 0.000 0.000 0.836 0.128
#> SRR315310 4 0.4430 0.1819 0.036 0.000 0.000 0.708 0.256
#> SRR315311 4 0.3734 0.2482 0.036 0.000 0.000 0.796 0.168
#> SRR315312 4 0.3734 0.2482 0.036 0.000 0.000 0.796 0.168
#> SRR315313 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.4201 0.6244 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR315319 2 0.4227 0.6119 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR315320 2 0.4219 0.6166 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR315321 2 0.4227 0.6119 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR315322 2 0.4227 0.6119 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR315323 3 0.5757 0.4574 0.032 0.000 0.680 0.168 0.120
#> SRR315324 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315330 3 0.5010 0.5279 0.000 0.000 0.572 0.036 0.392
#> SRR315331 3 0.5010 0.5279 0.000 0.000 0.572 0.036 0.392
#> SRR315332 5 0.5176 0.1467 0.036 0.000 0.004 0.400 0.560
#> SRR315333 5 0.5176 0.1467 0.036 0.000 0.004 0.400 0.560
#> SRR315334 3 0.4940 0.5327 0.000 0.000 0.576 0.032 0.392
#> SRR315335 3 0.4940 0.5327 0.000 0.000 0.576 0.032 0.392
#> SRR315336 4 0.6888 0.0299 0.004 0.000 0.320 0.400 0.276
#> SRR315337 4 0.6869 0.0317 0.004 0.000 0.308 0.412 0.276
#> SRR317035 2 0.4746 0.6231 0.000 0.600 0.000 0.024 0.376
#> SRR317036 4 0.4126 0.1843 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR317037 4 0.4182 0.1737 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR317038 4 0.4182 0.1737 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR317039 4 0.4182 0.1737 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR317040 4 0.4182 0.1737 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR317041 5 0.7642 -0.0777 0.112 0.116 0.000 0.384 0.388
#> SRR317042 4 0.2966 0.3145 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR317043 4 0.3003 0.3133 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR317044 2 0.4210 0.6207 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR317045 2 0.4210 0.6207 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR317046 2 0.4768 0.6161 0.000 0.592 0.000 0.024 0.384
#> SRR317047 2 0.4768 0.6161 0.000 0.592 0.000 0.024 0.384
#> SRR317048 5 0.4201 0.0897 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR317049 4 0.4249 -0.0640 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR317050 4 0.3684 0.2656 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR317051 4 0.3707 0.2627 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR317052 4 0.3895 0.2360 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR317053 4 0.3895 0.2360 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR317054 4 0.4182 0.1737 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR317055 4 0.4182 0.1737 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR317056 5 0.4227 0.0829 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR317057 5 0.4227 0.0829 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR317059 4 0.5315 0.2163 0.068 0.000 0.000 0.600 0.332
#> SRR317060 4 0.5979 0.2673 0.220 0.000 0.000 0.588 0.192
#> SRR317061 4 0.5052 0.2682 0.340 0.000 0.000 0.612 0.048
#> SRR317062 5 0.4789 0.0949 0.000 0.024 0.000 0.392 0.584
#> SRR317063 5 0.4789 0.0949 0.000 0.024 0.000 0.392 0.584
#> SRR317064 2 0.4201 0.6244 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR317065 2 0.4201 0.6244 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR317066 2 0.4201 0.6244 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR317067 2 0.4201 0.6244 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR317068 2 0.4824 0.6193 0.000 0.596 0.000 0.028 0.376
#> SRR317069 2 0.4824 0.6193 0.000 0.596 0.000 0.028 0.376
#> SRR768413 4 0.5010 0.0635 0.036 0.000 0.000 0.572 0.392
#> SRR768414 4 0.5010 0.0635 0.036 0.000 0.000 0.572 0.392
#> SRR387661 4 0.6869 0.0317 0.004 0.000 0.308 0.412 0.276
#> SRR387662 4 0.5019 0.0603 0.036 0.000 0.000 0.568 0.396
#> SRR768411 1 0.3710 0.6827 0.784 0.000 0.000 0.192 0.024
#> SRR768412 1 0.3710 0.6827 0.784 0.000 0.000 0.192 0.024
#> SRR534289 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 5 0.5176 0.1467 0.036 0.000 0.004 0.400 0.560
#> SRR534294 5 0.5176 0.1467 0.036 0.000 0.004 0.400 0.560
#> SRR534295 3 0.3983 0.5963 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR534296 3 0.3983 0.5963 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR534297 5 0.6968 -0.0607 0.032 0.000 0.308 0.168 0.492
#> SRR534298 5 0.7001 -0.0886 0.032 0.000 0.320 0.168 0.480
#> SRR534299 3 0.6448 0.3752 0.044 0.000 0.616 0.180 0.160
#> SRR534300 3 0.5922 0.4388 0.032 0.000 0.664 0.168 0.136
#> SRR534301 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.5961 0.4340 0.032 0.000 0.660 0.168 0.140
#> SRR534304 3 0.5922 0.4388 0.032 0.000 0.664 0.168 0.136
#> SRR534305 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.4517 0.5561 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR534308 3 0.4517 0.5561 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR534309 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.7594 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534312 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534313 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534314 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534315 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534316 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534329 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534330 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534331 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534332 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534333 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0510 0.8280 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR545687 4 0.4403 0.1997 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008
#> SRR545688 4 0.4403 0.1997 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008
#> SRR545689 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR545690 1 0.0963 0.9589 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9542 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.8368 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 6 0.6672 0.2707 0.100 0.000 0.076 0.296 0.016 0.512
#> SRR307898 4 0.5629 0.3491 0.100 0.000 0.008 0.584 0.016 0.292
#> SRR307899 4 0.5750 0.3398 0.100 0.000 0.012 0.572 0.016 0.300
#> SRR307900 4 0.5847 0.3325 0.100 0.000 0.016 0.564 0.016 0.304
#> SRR307901 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307907 4 0.3266 -0.2516 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR307908 4 0.3266 -0.2516 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR307909 3 0.4762 0.2985 0.000 0.000 0.648 0.076 0.004 0.272
#> SRR307910 3 0.4762 0.2985 0.000 0.000 0.648 0.076 0.004 0.272
#> SRR307911 4 0.0692 0.5201 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR307912 4 0.3347 0.5334 0.000 0.000 0.104 0.824 0.004 0.068
#> SRR307913 5 0.2405 0.6951 0.000 0.000 0.004 0.100 0.880 0.016
#> SRR307914 4 0.5148 0.0288 0.000 0.000 0.016 0.476 0.460 0.048
#> SRR307915 4 0.6473 0.3232 0.004 0.000 0.184 0.448 0.028 0.336
#> SRR307916 4 0.6473 0.3232 0.004 0.000 0.184 0.448 0.028 0.336
#> SRR307917 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307919 4 0.0692 0.5201 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR307920 3 0.4456 0.8211 0.000 0.000 0.524 0.448 0.028 0.000
#> SRR307921 6 0.6144 0.5783 0.148 0.000 0.244 0.004 0.040 0.564
#> SRR307922 6 0.6294 0.5810 0.128 0.000 0.252 0.004 0.060 0.556
#> SRR307923 5 0.1492 0.7333 0.000 0.000 0.000 0.024 0.940 0.036
#> SRR307924 5 0.1492 0.7333 0.000 0.000 0.000 0.024 0.940 0.036
#> SRR307925 4 0.6022 0.3669 0.000 0.000 0.188 0.492 0.012 0.308
#> SRR307926 4 0.0993 0.5319 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024 0.000
#> SRR307927 4 0.0993 0.5319 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024 0.000
#> SRR307928 4 0.0993 0.5319 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024 0.000
#> SRR307929 4 0.0993 0.5319 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024 0.000
#> SRR307930 6 0.4634 0.5983 0.004 0.000 0.204 0.064 0.016 0.712
#> SRR307931 6 0.4634 0.5983 0.004 0.000 0.204 0.064 0.016 0.712
#> SRR307932 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR315297 6 0.6771 0.0918 0.108 0.000 0.108 0.224 0.016 0.544
#> SRR315298 6 0.6771 0.0918 0.108 0.000 0.108 0.224 0.016 0.544
#> SRR315299 6 0.4731 0.1350 0.004 0.000 0.092 0.232 0.000 0.672
#> SRR315300 6 0.4731 0.1350 0.004 0.000 0.092 0.232 0.000 0.672
#> SRR315301 4 0.0458 0.5246 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR315302 4 0.0458 0.5246 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR315303 5 0.2597 0.8075 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR315304 5 0.2597 0.8075 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR315305 6 0.2099 0.4519 0.004 0.000 0.080 0.008 0.004 0.904
#> SRR315306 6 0.1026 0.5196 0.004 0.000 0.008 0.008 0.012 0.968
#> SRR315307 5 0.2597 0.8075 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR315308 5 0.2562 0.8085 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR315309 6 0.1026 0.5196 0.004 0.000 0.008 0.008 0.012 0.968
#> SRR315310 6 0.3791 0.3155 0.004 0.000 0.092 0.116 0.000 0.788
#> SRR315311 6 0.2205 0.4484 0.004 0.000 0.088 0.008 0.004 0.896
#> SRR315312 6 0.2205 0.4484 0.004 0.000 0.088 0.008 0.004 0.896
#> SRR315313 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR315318 5 0.2631 0.8052 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR315319 5 0.2003 0.8039 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR315320 5 0.2003 0.8039 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR315321 5 0.2003 0.8039 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR315322 5 0.2003 0.8039 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR315323 3 0.5211 0.3654 0.000 0.000 0.664 0.096 0.032 0.208
#> SRR315324 3 0.4333 0.7556 0.000 0.000 0.596 0.376 0.028 0.000
#> SRR315325 3 0.4456 0.8211 0.000 0.000 0.524 0.448 0.028 0.000
#> SRR315326 3 0.4456 0.8211 0.000 0.000 0.524 0.448 0.028 0.000
#> SRR315327 3 0.4456 0.8211 0.000 0.000 0.524 0.448 0.028 0.000
#> SRR315328 3 0.4456 0.8211 0.000 0.000 0.524 0.448 0.028 0.000
#> SRR315329 3 0.4456 0.8211 0.000 0.000 0.524 0.448 0.028 0.000
#> SRR315330 4 0.0405 0.5397 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR315331 4 0.0405 0.5397 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR315332 4 0.5987 0.3332 0.004 0.000 0.180 0.476 0.004 0.336
#> SRR315333 4 0.5987 0.3332 0.004 0.000 0.180 0.476 0.004 0.336
#> SRR315334 4 0.0291 0.5376 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR315335 4 0.0146 0.5401 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315336 4 0.4076 0.3067 0.004 0.000 0.004 0.564 0.000 0.428
#> SRR315337 4 0.4199 0.2842 0.004 0.000 0.008 0.544 0.000 0.444
#> SRR317035 5 0.7222 0.4382 0.012 0.232 0.244 0.000 0.436 0.076
#> SRR317036 6 0.6449 0.4588 0.012 0.000 0.256 0.008 0.276 0.448
#> SRR317037 6 0.6315 0.4306 0.012 0.000 0.260 0.000 0.312 0.416
#> SRR317038 6 0.6315 0.4306 0.012 0.000 0.260 0.000 0.312 0.416
#> SRR317039 6 0.6311 0.4219 0.012 0.000 0.256 0.000 0.316 0.416
#> SRR317040 6 0.6298 0.4352 0.012 0.000 0.256 0.000 0.308 0.424
#> SRR317041 5 0.6630 -0.0593 0.032 0.008 0.256 0.000 0.476 0.228
#> SRR317042 6 0.5083 0.5876 0.016 0.000 0.252 0.000 0.088 0.644
#> SRR317043 6 0.5083 0.5876 0.016 0.000 0.252 0.000 0.088 0.644
#> SRR317044 5 0.2562 0.8085 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR317045 5 0.2562 0.8085 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR317046 5 0.6513 0.4831 0.012 0.124 0.244 0.000 0.552 0.068
#> SRR317047 5 0.6513 0.4831 0.012 0.124 0.244 0.000 0.552 0.068
#> SRR317048 5 0.2405 0.6951 0.000 0.000 0.004 0.100 0.880 0.016
#> SRR317049 4 0.5288 0.0461 0.000 0.000 0.024 0.476 0.452 0.048
#> SRR317050 6 0.6447 0.4833 0.012 0.000 0.252 0.012 0.252 0.472
#> SRR317051 6 0.6375 0.4851 0.012 0.000 0.256 0.008 0.252 0.472
#> SRR317052 6 0.5801 0.5450 0.016 0.000 0.256 0.000 0.168 0.560
#> SRR317053 6 0.5801 0.5450 0.016 0.000 0.256 0.000 0.168 0.560
#> SRR317054 6 0.6315 0.4306 0.012 0.000 0.260 0.000 0.312 0.416
#> SRR317055 6 0.6315 0.4306 0.012 0.000 0.260 0.000 0.312 0.416
#> SRR317056 5 0.1625 0.7383 0.000 0.000 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR317057 5 0.1625 0.7383 0.000 0.000 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR317059 6 0.6730 0.5267 0.068 0.000 0.260 0.000 0.196 0.476
#> SRR317060 6 0.6543 0.5704 0.136 0.000 0.264 0.000 0.084 0.516
#> SRR317061 6 0.6347 0.5724 0.160 0.000 0.264 0.000 0.052 0.524
#> SRR317062 5 0.1584 0.7398 0.000 0.000 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR317063 5 0.1524 0.7402 0.000 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR317064 5 0.2631 0.8052 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR317065 5 0.2631 0.8052 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR317066 5 0.2738 0.8063 0.000 0.176 0.000 0.000 0.820 0.004
#> SRR317067 5 0.2738 0.8063 0.000 0.176 0.000 0.000 0.820 0.004
#> SRR317068 5 0.7347 0.4152 0.012 0.248 0.244 0.000 0.412 0.084
#> SRR317069 5 0.7347 0.4152 0.012 0.248 0.244 0.000 0.412 0.084
#> SRR768413 6 0.4843 0.1295 0.004 0.000 0.092 0.252 0.000 0.652
#> SRR768414 6 0.4843 0.1295 0.004 0.000 0.092 0.252 0.000 0.652
#> SRR387661 4 0.4199 0.2842 0.004 0.000 0.008 0.544 0.000 0.444
#> SRR387662 6 0.5094 0.0731 0.004 0.000 0.092 0.308 0.000 0.596
#> SRR768411 1 0.4057 0.5725 0.704 0.000 0.008 0.004 0.016 0.268
#> SRR768412 1 0.4057 0.5725 0.704 0.000 0.008 0.004 0.016 0.268
#> SRR534289 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.6000 0.3350 0.004 0.000 0.184 0.476 0.004 0.332
#> SRR534294 4 0.6000 0.3350 0.004 0.000 0.184 0.476 0.004 0.332
#> SRR534295 4 0.1610 0.4181 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR534296 4 0.1610 0.4181 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR534297 4 0.5972 0.3989 0.000 0.000 0.240 0.484 0.004 0.272
#> SRR534298 4 0.5958 0.4016 0.000 0.000 0.240 0.488 0.004 0.268
#> SRR534299 3 0.4699 0.2724 0.004 0.000 0.652 0.056 0.004 0.284
#> SRR534300 3 0.4673 0.3122 0.000 0.000 0.660 0.072 0.004 0.264
#> SRR534301 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.4742 0.3024 0.000 0.000 0.652 0.076 0.004 0.268
#> SRR534304 3 0.4742 0.3024 0.000 0.000 0.652 0.076 0.004 0.268
#> SRR534305 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534307 4 0.0458 0.5246 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR534308 4 0.0458 0.5246 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.3838 0.8394 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.2058 0.8824 0.012 0.908 0.072 0.000 0.008 0.000
#> SRR545687 6 0.6346 0.5701 0.168 0.000 0.264 0.000 0.048 0.520
#> SRR545688 6 0.6346 0.5701 0.168 0.000 0.264 0.000 0.048 0.520
#> SRR545689 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0260 0.9658 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0363 0.9634 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0291 0.9893 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR545708 2 0.0291 0.9893 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR545709 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0291 0.9893 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR545718 2 0.0291 0.9893 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR545719 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0713 0.9638 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.401 0.534 0.809 0.4876 0.522 0.522
#> 3 3 0.642 0.807 0.894 0.3188 0.596 0.366
#> 4 4 0.956 0.943 0.975 0.1472 0.845 0.593
#> 5 5 0.845 0.794 0.909 0.0518 0.952 0.822
#> 6 6 0.845 0.780 0.882 0.0195 0.980 0.915
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.9944 0.3492 0.544 0.456
#> SRR307898 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307902 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307903 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307904 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307905 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307906 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307907 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307908 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307909 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307910 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307911 1 0.8386 0.4359 0.732 0.268
#> SRR307912 1 0.8327 0.4436 0.736 0.264
#> SRR307913 2 0.7950 0.4506 0.240 0.760
#> SRR307914 1 0.4939 0.6888 0.892 0.108
#> SRR307915 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR307916 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR307917 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307918 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307919 1 0.8661 0.3945 0.712 0.288
#> SRR307920 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307921 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR307922 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR307923 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR307925 1 0.6343 0.6170 0.840 0.160
#> SRR307926 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR307927 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR307928 1 0.9754 0.0250 0.592 0.408
#> SRR307929 1 0.4815 0.6834 0.896 0.104
#> SRR307930 1 0.9998 0.3052 0.508 0.492
#> SRR307931 1 0.9983 0.3262 0.524 0.476
#> SRR307932 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR307933 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315297 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR315301 1 0.6801 0.5929 0.820 0.180
#> SRR315302 1 0.6148 0.6275 0.848 0.152
#> SRR315303 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315305 1 0.9635 0.4098 0.612 0.388
#> SRR315306 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR315307 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315309 1 0.9850 0.3764 0.572 0.428
#> SRR315310 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR315311 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR315312 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR315313 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315314 2 0.9427 0.4435 0.360 0.640
#> SRR315315 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315316 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315318 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.9710 0.4148 0.400 0.600
#> SRR315324 2 0.9686 0.4176 0.396 0.604
#> SRR315325 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315326 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315327 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315328 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315329 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR315330 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR315331 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR315332 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR315333 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR315334 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR315335 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR315336 1 0.4431 0.6919 0.908 0.092
#> SRR315337 1 0.4431 0.6919 0.908 0.092
#> SRR317035 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317036 2 0.9933 -0.0738 0.452 0.548
#> SRR317037 2 0.8608 0.3709 0.284 0.716
#> SRR317038 2 0.7950 0.4281 0.240 0.760
#> SRR317039 2 0.7453 0.4553 0.212 0.788
#> SRR317040 2 0.8386 0.3492 0.268 0.732
#> SRR317041 2 0.2423 0.6719 0.040 0.960
#> SRR317042 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR317043 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR317044 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317048 2 0.4562 0.6152 0.096 0.904
#> SRR317049 1 0.4939 0.6888 0.892 0.108
#> SRR317050 1 0.9977 0.3311 0.528 0.472
#> SRR317051 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR317052 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR317053 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR317054 2 0.9286 0.1701 0.344 0.656
#> SRR317055 2 0.9427 0.1078 0.360 0.640
#> SRR317056 2 1.0000 -0.2993 0.496 0.504
#> SRR317057 1 1.0000 0.2933 0.500 0.500
#> SRR317059 2 1.0000 -0.2098 0.500 0.500
#> SRR317060 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR317061 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR317062 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.2423 0.6848 0.040 0.960
#> SRR317067 2 0.2423 0.6848 0.040 0.960
#> SRR317068 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR768413 1 0.2236 0.7033 0.964 0.036
#> SRR768414 1 0.0672 0.7059 0.992 0.008
#> SRR387661 1 0.4431 0.6919 0.908 0.092
#> SRR387662 1 0.4298 0.6931 0.912 0.088
#> SRR768411 1 0.0672 0.7052 0.992 0.008
#> SRR768412 1 0.5294 0.6466 0.880 0.120
#> SRR534289 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534292 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534293 1 0.4431 0.6919 0.908 0.092
#> SRR534294 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR534295 1 0.9983 -0.1464 0.524 0.476
#> SRR534296 2 0.9963 0.2883 0.464 0.536
#> SRR534297 1 0.8713 0.3858 0.708 0.292
#> SRR534298 1 0.8813 0.3685 0.700 0.300
#> SRR534299 2 0.9710 0.4148 0.400 0.600
#> SRR534300 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534301 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534302 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534303 2 0.9815 0.3827 0.420 0.580
#> SRR534304 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534305 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534306 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534307 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR534308 1 0.4562 0.6901 0.904 0.096
#> SRR534309 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534310 2 0.9732 0.4123 0.404 0.596
#> SRR534311 1 0.9963 0.2832 0.536 0.464
#> SRR534312 1 0.9922 0.3171 0.552 0.448
#> SRR534313 1 0.9954 0.2921 0.540 0.460
#> SRR534314 2 0.9983 -0.1437 0.476 0.524
#> SRR534315 2 0.9983 -0.1437 0.476 0.524
#> SRR534316 2 0.9983 -0.1437 0.476 0.524
#> SRR534317 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.7058 1.000 0.000
#> SRR534325 2 0.9710 0.0896 0.400 0.600
#> SRR534326 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR534328 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR534329 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR534330 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR534331 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR534332 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR534333 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR534334 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR545688 1 0.9732 0.3947 0.596 0.404
#> SRR545689 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR545690 2 0.8713 0.3594 0.292 0.708
#> SRR545691 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.0376 0.7059 0.996 0.004
#> SRR545696 1 0.0376 0.7059 0.996 0.004
#> SRR545697 1 0.0376 0.7059 0.996 0.004
#> SRR545698 1 0.0376 0.7059 0.996 0.004
#> SRR545699 1 0.0376 0.7059 0.996 0.004
#> SRR545700 1 0.0376 0.7059 0.996 0.004
#> SRR545701 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.7056 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 2 0.8911 0.427 0.204 0.572 0.224
#> SRR307898 3 0.0424 0.783 0.008 0.000 0.992
#> SRR307899 3 0.0237 0.786 0.004 0.000 0.996
#> SRR307900 3 0.0237 0.786 0.004 0.000 0.996
#> SRR307901 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR307902 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR307903 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR307904 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR307905 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR307906 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR307907 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR307908 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR307909 3 0.5216 0.810 0.000 0.260 0.740
#> SRR307910 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR307911 3 0.4121 0.843 0.000 0.168 0.832
#> SRR307912 3 0.3267 0.834 0.000 0.116 0.884
#> SRR307913 2 0.4291 0.754 0.000 0.820 0.180
#> SRR307914 3 0.6111 0.175 0.000 0.396 0.604
#> SRR307915 3 0.5058 0.560 0.000 0.244 0.756
#> SRR307916 3 0.5465 0.473 0.000 0.288 0.712
#> SRR307917 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR307918 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR307919 3 0.4346 0.845 0.000 0.184 0.816
#> SRR307920 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR307921 1 0.0237 0.926 0.996 0.000 0.004
#> SRR307922 1 0.0592 0.922 0.988 0.000 0.012
#> SRR307923 2 0.0424 0.898 0.000 0.992 0.008
#> SRR307924 2 0.0424 0.898 0.000 0.992 0.008
#> SRR307925 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.0424 0.793 0.000 0.008 0.992
#> SRR307927 3 0.0424 0.793 0.000 0.008 0.992
#> SRR307928 3 0.1643 0.808 0.000 0.044 0.956
#> SRR307929 3 0.0424 0.793 0.000 0.008 0.992
#> SRR307930 2 0.6621 0.664 0.052 0.720 0.228
#> SRR307931 2 0.7923 0.572 0.120 0.652 0.228
#> SRR307932 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR307933 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR315297 1 0.4796 0.782 0.780 0.000 0.220
#> SRR315298 1 0.4796 0.782 0.780 0.000 0.220
#> SRR315299 3 0.1964 0.745 0.056 0.000 0.944
#> SRR315300 3 0.4504 0.565 0.196 0.000 0.804
#> SRR315301 3 0.3879 0.841 0.000 0.152 0.848
#> SRR315302 3 0.3038 0.831 0.000 0.104 0.896
#> SRR315303 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 1 0.4796 0.782 0.780 0.000 0.220
#> SRR315306 1 0.5024 0.779 0.776 0.004 0.220
#> SRR315307 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 2 0.9020 0.398 0.220 0.560 0.220
#> SRR315310 1 0.6140 0.507 0.596 0.000 0.404
#> SRR315311 1 0.4796 0.782 0.780 0.000 0.220
#> SRR315312 1 0.4796 0.782 0.780 0.000 0.220
#> SRR315313 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR315314 2 0.6308 -0.348 0.000 0.508 0.492
#> SRR315315 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR315316 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR315318 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR315323 2 0.6305 -0.325 0.000 0.516 0.484
#> SRR315324 2 0.6274 -0.235 0.000 0.544 0.456
#> SRR315325 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR315326 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR315327 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR315328 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR315329 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR315330 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR315332 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR315336 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.9561 0.151 0.316 0.468 0.216
#> SRR317037 2 0.6000 0.706 0.040 0.760 0.200
#> SRR317038 2 0.4834 0.729 0.004 0.792 0.204
#> SRR317039 2 0.4291 0.755 0.000 0.820 0.180
#> SRR317040 2 0.4702 0.724 0.000 0.788 0.212
#> SRR317041 2 0.2261 0.851 0.068 0.932 0.000
#> SRR317042 1 0.7966 0.667 0.652 0.128 0.220
#> SRR317043 1 0.4796 0.782 0.780 0.000 0.220
#> SRR317044 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 2 0.3116 0.818 0.000 0.892 0.108
#> SRR317049 3 0.6126 0.161 0.000 0.400 0.600
#> SRR317050 2 0.4796 0.716 0.000 0.780 0.220
#> SRR317051 2 0.9410 0.259 0.276 0.504 0.220
#> SRR317052 1 0.9702 0.168 0.416 0.364 0.220
#> SRR317053 1 0.9713 0.131 0.404 0.376 0.220
#> SRR317054 2 0.4796 0.716 0.000 0.780 0.220
#> SRR317055 2 0.4796 0.716 0.000 0.780 0.220
#> SRR317056 2 0.4796 0.716 0.000 0.780 0.220
#> SRR317057 2 0.4796 0.716 0.000 0.780 0.220
#> SRR317059 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.3816 0.639 0.148 0.000 0.852
#> SRR768414 3 0.4121 0.610 0.168 0.000 0.832
#> SRR387661 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR387662 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534292 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534293 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534296 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534297 3 0.4605 0.846 0.000 0.204 0.796
#> SRR534298 3 0.4654 0.846 0.000 0.208 0.792
#> SRR534299 3 0.6309 0.367 0.000 0.496 0.504
#> SRR534300 3 0.4931 0.838 0.000 0.232 0.768
#> SRR534301 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534302 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534303 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534304 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534305 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534306 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534307 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.788 0.000 0.000 1.000
#> SRR534309 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534310 3 0.4796 0.846 0.000 0.220 0.780
#> SRR534311 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.905 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 4 0.3444 0.763 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR307898 4 0.3311 0.778 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR307899 4 0.4624 0.507 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR307900 4 0.4585 0.524 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR307901 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307909 3 0.0921 0.959 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR307910 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307911 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307912 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307913 4 0.1940 0.871 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR307914 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307915 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307916 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 1 0.0188 0.993 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR307922 1 0.0921 0.971 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR307923 2 0.1302 0.933 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR307924 4 0.4193 0.629 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR307925 3 0.0707 0.968 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR307926 3 0.0469 0.975 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR307927 3 0.0469 0.975 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR307928 3 0.0672 0.974 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR307929 3 0.0336 0.978 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR307930 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315298 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 3 0.0657 0.973 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR315302 3 0.0336 0.978 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315303 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 3 0.1022 0.954 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.2216 0.887 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR315324 3 0.3610 0.750 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 4 0.4866 0.355 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR315331 3 0.3975 0.667 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR315332 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0336 0.978 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315335 3 0.0469 0.975 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR315336 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.5143 0.433 0.012 0.628 0.000 0.360
#> SRR317037 2 0.3791 0.748 0.004 0.796 0.000 0.200
#> SRR317038 2 0.3610 0.752 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR317039 2 0.2921 0.830 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR317040 2 0.3764 0.729 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR317041 2 0.1302 0.934 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR317042 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317048 4 0.2868 0.812 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR317049 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317050 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317051 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317052 4 0.3649 0.736 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR317053 4 0.3610 0.742 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR317054 2 0.4103 0.665 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR317055 2 0.4222 0.637 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR317056 4 0.0188 0.931 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317057 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317059 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387661 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387662 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 4 0.0000 0.934 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534298 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534299 3 0.2868 0.834 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR534300 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534304 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.1637 0.939 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR545688 1 0.1211 0.960 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545689 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 4 0.4307 0.103 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR307898 5 0.3561 0.446 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR307899 5 0.3003 0.531 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR307900 5 0.3039 0.528 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR307901 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.3586 0.720 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR307908 3 0.3586 0.720 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR307909 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307910 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.3876 0.669 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR307912 3 0.3074 0.781 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR307913 5 0.4367 0.495 0.000 0.060 0.000 0.192 0.748
#> SRR307914 5 0.1410 0.590 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR307915 4 0.1410 0.822 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR307916 4 0.1410 0.822 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR307917 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.3876 0.669 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR307920 3 0.0162 0.891 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR307921 5 0.4264 0.136 0.376 0.000 0.000 0.004 0.620
#> SRR307922 5 0.4451 0.229 0.340 0.000 0.000 0.016 0.644
#> SRR307923 5 0.4382 0.457 0.000 0.288 0.000 0.024 0.688
#> SRR307924 5 0.4589 0.501 0.000 0.212 0.000 0.064 0.724
#> SRR307925 3 0.4165 0.605 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR307926 3 0.4101 0.582 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR307927 3 0.4074 0.596 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR307928 3 0.4242 0.464 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR307929 3 0.3999 0.629 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR307930 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307932 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.4074 0.385 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR315298 4 0.4074 0.385 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR315299 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315301 5 0.4074 0.182 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR315302 5 0.4088 0.169 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR315303 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315310 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.2648 0.789 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR315322 2 0.3752 0.556 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR315323 3 0.2074 0.789 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.3266 0.655 0.000 0.200 0.796 0.000 0.004
#> SRR315325 3 0.0162 0.891 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315326 3 0.0510 0.886 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR315327 3 0.2424 0.825 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR315328 3 0.0162 0.891 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315329 3 0.0162 0.891 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315330 5 0.0510 0.591 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR315331 5 0.4074 0.182 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR315332 5 0.4235 0.147 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR315333 5 0.4235 0.147 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR315334 5 0.4074 0.182 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR315335 5 0.4074 0.182 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR315336 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315337 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.7046 -0.106 0.012 0.416 0.000 0.288 0.284
#> SRR317037 2 0.4025 0.746 0.004 0.796 0.000 0.140 0.060
#> SRR317038 2 0.3868 0.750 0.000 0.800 0.000 0.140 0.060
#> SRR317039 2 0.2471 0.816 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR317040 2 0.3242 0.713 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR317041 2 0.1043 0.916 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR317042 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317048 5 0.4599 0.509 0.000 0.100 0.000 0.156 0.744
#> SRR317049 5 0.1410 0.590 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR317050 4 0.3913 0.404 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR317051 4 0.3895 0.412 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR317052 4 0.3143 0.596 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR317053 4 0.3109 0.603 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR317054 2 0.4367 0.678 0.000 0.748 0.000 0.192 0.060
#> SRR317055 2 0.4497 0.654 0.000 0.732 0.000 0.208 0.060
#> SRR317056 5 0.3266 0.518 0.000 0.004 0.000 0.200 0.796
#> SRR317057 5 0.3143 0.514 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR317059 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.4074 0.531 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR317061 1 0.4074 0.531 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR317062 5 0.3857 0.450 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR317063 2 0.3932 0.486 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR317064 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR387661 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR387662 4 0.0000 0.871 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR768411 1 0.4074 0.531 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR768412 1 0.4074 0.531 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR534289 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.2230 0.751 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR534294 4 0.2329 0.745 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR534295 3 0.3534 0.726 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR534296 3 0.3242 0.760 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR534297 3 0.1965 0.845 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR534298 3 0.2020 0.843 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR534299 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534304 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.3876 0.669 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR534308 3 0.3876 0.669 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR534309 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.892 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.4074 0.531 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR545688 1 0.4074 0.531 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR545689 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 5 0.5249 -0.070870 0.000 0.028 0.000 0.464 0.468 0.040
#> SRR307898 5 0.4088 0.476589 0.000 0.000 0.004 0.240 0.716 0.040
#> SRR307899 5 0.4386 0.502684 0.000 0.000 0.000 0.200 0.708 0.092
#> SRR307900 5 0.4406 0.475764 0.000 0.000 0.000 0.224 0.696 0.080
#> SRR307901 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.3516 0.774198 0.000 0.000 0.788 0.000 0.164 0.048
#> SRR307908 3 0.3516 0.774198 0.000 0.000 0.788 0.000 0.164 0.048
#> SRR307909 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307910 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.4701 0.669864 0.000 0.000 0.684 0.000 0.168 0.148
#> SRR307912 3 0.3493 0.768838 0.000 0.000 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR307913 5 0.5062 0.547617 0.000 0.036 0.000 0.112 0.696 0.156
#> SRR307914 5 0.0363 0.595134 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR307915 4 0.3381 0.685429 0.000 0.000 0.000 0.800 0.044 0.156
#> SRR307916 4 0.3381 0.685429 0.000 0.000 0.000 0.800 0.044 0.156
#> SRR307917 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.4701 0.669864 0.000 0.000 0.684 0.000 0.168 0.148
#> SRR307920 3 0.1007 0.881265 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR307921 5 0.4079 0.000892 0.380 0.000 0.000 0.004 0.608 0.008
#> SRR307922 5 0.4266 0.094910 0.348 0.000 0.000 0.016 0.628 0.008
#> SRR307923 5 0.3110 0.555850 0.000 0.128 0.000 0.020 0.836 0.016
#> SRR307924 5 0.3281 0.577107 0.000 0.088 0.000 0.056 0.840 0.016
#> SRR307925 3 0.5241 0.555656 0.000 0.000 0.636 0.008 0.196 0.160
#> SRR307926 3 0.5282 0.562793 0.000 0.000 0.600 0.000 0.228 0.172
#> SRR307927 3 0.5237 0.576698 0.000 0.000 0.608 0.000 0.220 0.172
#> SRR307928 3 0.5533 0.444623 0.000 0.000 0.544 0.000 0.284 0.172
#> SRR307929 3 0.5078 0.606236 0.000 0.000 0.632 0.000 0.208 0.160
#> SRR307930 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307932 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0146 0.896400 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR315297 4 0.4926 0.298015 0.000 0.000 0.000 0.584 0.336 0.080
#> SRR315298 4 0.4926 0.298015 0.000 0.000 0.000 0.584 0.336 0.080
#> SRR315299 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315301 5 0.5457 0.164770 0.000 0.000 0.356 0.000 0.512 0.132
#> SRR315302 5 0.4866 0.195469 0.000 0.000 0.364 0.000 0.568 0.068
#> SRR315303 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR315304 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR315308 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315310 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR315320 2 0.1152 0.917238 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR315321 2 0.3268 0.751577 0.000 0.812 0.000 0.000 0.144 0.044
#> SRR315322 2 0.3563 0.471235 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR315323 3 0.2842 0.784906 0.000 0.104 0.852 0.000 0.000 0.044
#> SRR315324 3 0.3683 0.659402 0.000 0.192 0.764 0.000 0.000 0.044
#> SRR315325 3 0.1007 0.881265 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR315326 3 0.1152 0.880277 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR315327 3 0.2263 0.855712 0.000 0.000 0.896 0.000 0.056 0.048
#> SRR315328 3 0.1007 0.881265 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR315329 3 0.1007 0.881265 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR315330 5 0.1434 0.591307 0.000 0.000 0.012 0.000 0.940 0.048
#> SRR315331 5 0.4482 0.312614 0.000 0.000 0.324 0.000 0.628 0.048
#> SRR315332 5 0.3841 0.225473 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> SRR315333 5 0.3841 0.225473 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> SRR315334 5 0.4482 0.312614 0.000 0.000 0.324 0.000 0.628 0.048
#> SRR315335 5 0.4392 0.305094 0.000 0.000 0.332 0.000 0.628 0.040
#> SRR315336 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315337 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.6045 -0.129337 0.012 0.428 0.000 0.168 0.392 0.000
#> SRR317037 2 0.4332 0.705481 0.000 0.756 0.000 0.044 0.044 0.156
#> SRR317038 2 0.4332 0.705481 0.000 0.756 0.000 0.044 0.044 0.156
#> SRR317039 2 0.2320 0.821442 0.000 0.864 0.000 0.132 0.004 0.000
#> SRR317040 2 0.3398 0.697976 0.000 0.768 0.000 0.216 0.004 0.012
#> SRR317041 2 0.0937 0.920866 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317042 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR317045 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317048 5 0.5151 0.555978 0.000 0.056 0.000 0.092 0.696 0.156
#> SRR317049 5 0.0363 0.595134 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR317050 4 0.3854 0.085195 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR317051 4 0.3854 0.085195 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR317052 4 0.2823 0.589852 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR317053 4 0.2793 0.596542 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR317054 2 0.4881 0.650242 0.000 0.716 0.000 0.084 0.044 0.156
#> SRR317055 2 0.5063 0.625977 0.000 0.700 0.000 0.100 0.044 0.156
#> SRR317056 5 0.2494 0.577834 0.000 0.000 0.000 0.120 0.864 0.016
#> SRR317057 5 0.2494 0.577834 0.000 0.000 0.000 0.120 0.864 0.016
#> SRR317059 1 0.0665 0.797363 0.980 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR317060 1 0.3804 0.571805 0.656 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008
#> SRR317061 1 0.3804 0.571805 0.656 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008
#> SRR317062 5 0.2980 0.524266 0.000 0.180 0.000 0.000 0.808 0.012
#> SRR317063 5 0.4185 -0.058415 0.000 0.492 0.000 0.000 0.496 0.012
#> SRR317064 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR317067 2 0.0146 0.953827 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR387661 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR387662 4 0.0000 0.869465 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR768411 1 0.3898 0.570660 0.652 0.000 0.000 0.000 0.336 0.012
#> SRR768412 1 0.3804 0.571805 0.656 0.000 0.000 0.000 0.336 0.008
#> SRR534289 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.1320 0.828045 0.000 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> SRR534294 4 0.1644 0.817913 0.000 0.000 0.000 0.932 0.040 0.028
#> SRR534295 3 0.2558 0.803651 0.000 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004
#> SRR534296 3 0.2362 0.817718 0.000 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR534297 3 0.0777 0.887693 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR534298 3 0.0858 0.885947 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR534299 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534300 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534304 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.5008 0.639427 0.000 0.000 0.644 0.000 0.168 0.188
#> SRR534308 3 0.5008 0.639427 0.000 0.000 0.644 0.000 0.168 0.188
#> SRR534309 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.897820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0260 0.800706 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR534312 1 0.0260 0.800706 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR534313 1 0.0260 0.800706 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR534314 1 0.0260 0.800706 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR534315 1 0.0260 0.800706 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR534316 1 0.0260 0.800706 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR534317 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.1444 0.780027 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR534320 1 0.1444 0.780027 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR534321 1 0.1444 0.780027 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR534322 1 0.1444 0.780027 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR534323 1 0.1444 0.780027 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR534324 1 0.1444 0.780027 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR534325 1 0.0260 0.800706 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR534326 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 6 0.3330 0.936942 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR534329 6 0.3330 0.936942 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR534330 6 0.3330 0.936942 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR534331 6 0.3330 0.936942 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR534332 6 0.3330 0.936942 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR534333 6 0.3330 0.936942 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR534334 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.4045 0.568646 0.648 0.000 0.000 0.008 0.336 0.008
#> SRR545688 1 0.4045 0.568646 0.648 0.000 0.000 0.008 0.336 0.008
#> SRR545689 1 0.1204 0.761462 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR545690 1 0.1204 0.761462 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR545691 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 6 0.2883 0.938523 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR545696 6 0.2883 0.938523 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR545697 6 0.2883 0.938523 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR545698 6 0.2883 0.938523 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR545699 6 0.2883 0.938523 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR545700 6 0.2883 0.938523 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR545701 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.956117 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.404 0.805 0.854 0.3937 0.622 0.622
#> 3 3 0.648 0.779 0.893 0.5764 0.646 0.464
#> 4 4 0.745 0.818 0.893 0.1378 0.738 0.418
#> 5 5 0.781 0.644 0.815 0.0926 0.911 0.700
#> 6 6 0.860 0.814 0.911 0.0218 0.905 0.626
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.9661 0.0717 0.392 0.608
#> SRR307898 2 0.9710 0.0361 0.400 0.600
#> SRR307899 1 0.6973 0.9103 0.812 0.188
#> SRR307900 1 0.6973 0.9103 0.812 0.188
#> SRR307901 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307914 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.9248 0.2722 0.340 0.660
#> SRR307916 2 0.9881 -0.1307 0.436 0.564
#> SRR307917 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.7883 0.8710 0.764 0.236
#> SRR307922 2 0.9732 0.0177 0.404 0.596
#> SRR307923 2 0.0672 0.8692 0.008 0.992
#> SRR307924 2 0.0672 0.8692 0.008 0.992
#> SRR307925 2 0.1843 0.8521 0.028 0.972
#> SRR307926 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307930 1 0.9044 0.7857 0.680 0.320
#> SRR307931 1 0.8909 0.7987 0.692 0.308
#> SRR307932 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR315298 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR315299 1 0.9427 0.7374 0.640 0.360
#> SRR315300 1 0.9286 0.7628 0.656 0.344
#> SRR315301 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315305 1 0.9286 0.7628 0.656 0.344
#> SRR315306 1 0.9393 0.7456 0.644 0.356
#> SRR315307 2 0.2603 0.8643 0.044 0.956
#> SRR315308 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315309 1 0.9393 0.7452 0.644 0.356
#> SRR315310 1 0.9286 0.7628 0.656 0.344
#> SRR315311 1 0.9286 0.7628 0.656 0.344
#> SRR315312 1 0.9286 0.7628 0.656 0.344
#> SRR315313 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR315319 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR315320 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR315321 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR315322 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315332 2 0.7674 0.5705 0.224 0.776
#> SRR315333 2 0.7453 0.5905 0.212 0.788
#> SRR315334 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.8555 0.4540 0.280 0.720
#> SRR315337 2 0.8443 0.4752 0.272 0.728
#> SRR317035 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317036 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317039 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317040 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317041 2 0.5842 0.8393 0.140 0.860
#> SRR317042 2 0.9909 -0.2209 0.444 0.556
#> SRR317043 2 0.9909 -0.2209 0.444 0.556
#> SRR317044 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317045 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317046 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317047 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317048 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317049 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317050 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317051 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317052 2 0.9896 -0.2054 0.440 0.560
#> SRR317053 2 0.9491 0.1098 0.368 0.632
#> SRR317054 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317055 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317056 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317057 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317059 1 0.9710 0.6144 0.600 0.400
#> SRR317060 1 0.7056 0.9078 0.808 0.192
#> SRR317061 1 0.6973 0.9103 0.812 0.188
#> SRR317062 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317065 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317066 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317067 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317068 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR317069 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR768413 1 0.9580 0.6995 0.620 0.380
#> SRR768414 1 0.9460 0.7303 0.636 0.364
#> SRR387661 2 0.5629 0.7319 0.132 0.868
#> SRR387662 2 0.9754 -0.0365 0.408 0.592
#> SRR768411 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR768412 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534289 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR534290 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR534291 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.9248 0.2722 0.340 0.660
#> SRR534294 2 0.8608 0.4371 0.284 0.716
#> SRR534295 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.3879 0.8074 0.076 0.924
#> SRR534298 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.8081 0.5269 0.248 0.752
#> SRR534300 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0938 0.8656 0.012 0.988
#> SRR534304 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534308 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.8744 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534312 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534313 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534314 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534315 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534316 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534317 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR534318 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR534319 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534320 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534321 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534322 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534323 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534324 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534325 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534326 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR534327 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR534328 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534329 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534330 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534331 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534332 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534333 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR534334 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR534335 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545685 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545686 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545687 1 0.6887 0.9124 0.816 0.184
#> SRR545688 1 0.6973 0.9103 0.812 0.188
#> SRR545689 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545690 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545691 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545692 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545693 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545694 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545695 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545696 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545697 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545698 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545699 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545700 1 0.6148 0.9265 0.848 0.152
#> SRR545701 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545702 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545703 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545704 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545705 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545706 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545707 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545708 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545709 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545710 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545711 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545712 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545713 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545714 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545715 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545716 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545717 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545718 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545719 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545720 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545721 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545722 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
#> SRR545723 2 0.6148 0.8361 0.152 0.848
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 3 0.7872 0.339 0.276 0.092 0.632
#> SRR307898 3 0.5327 0.519 0.272 0.000 0.728
#> SRR307899 3 0.6045 0.192 0.380 0.000 0.620
#> SRR307900 3 0.6111 0.129 0.396 0.000 0.604
#> SRR307901 3 0.1643 0.897 0.000 0.044 0.956
#> SRR307902 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307907 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307909 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307910 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307911 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307912 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.7685 0.504 0.060 0.596 0.344
#> SRR307914 2 0.7309 0.393 0.032 0.552 0.416
#> SRR307915 3 0.2878 0.847 0.096 0.000 0.904
#> SRR307916 3 0.3038 0.837 0.104 0.000 0.896
#> SRR307917 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR307922 1 0.9120 0.491 0.504 0.156 0.340
#> SRR307923 2 0.7685 0.504 0.060 0.596 0.344
#> SRR307924 2 0.7328 0.500 0.040 0.596 0.364
#> SRR307925 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.9991 -0.134 0.312 0.344 0.344
#> SRR307931 3 0.9996 -0.256 0.320 0.336 0.344
#> SRR307932 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR307933 3 0.2711 0.842 0.000 0.088 0.912
#> SRR315297 1 0.6045 0.559 0.620 0.000 0.380
#> SRR315298 1 0.6111 0.530 0.604 0.000 0.396
#> SRR315299 3 0.2261 0.878 0.068 0.000 0.932
#> SRR315300 3 0.3192 0.821 0.112 0.000 0.888
#> SRR315301 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.5098 0.665 0.000 0.752 0.248
#> SRR315304 2 0.3941 0.744 0.000 0.844 0.156
#> SRR315305 1 0.7328 0.589 0.612 0.044 0.344
#> SRR315306 1 0.7284 0.602 0.620 0.044 0.336
#> SRR315307 2 0.3267 0.774 0.000 0.884 0.116
#> SRR315308 2 0.5327 0.642 0.000 0.728 0.272
#> SRR315309 1 0.9001 0.496 0.512 0.144 0.344
#> SRR315310 1 0.6260 0.412 0.552 0.000 0.448
#> SRR315311 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR315312 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR315313 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315314 3 0.2165 0.873 0.000 0.064 0.936
#> SRR315315 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0592 0.836 0.000 0.988 0.012
#> SRR315322 2 0.5529 0.618 0.000 0.704 0.296
#> SRR315323 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315324 3 0.1289 0.911 0.000 0.032 0.968
#> SRR315325 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315330 3 0.3038 0.818 0.000 0.104 0.896
#> SRR315331 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315332 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR315336 3 0.0747 0.932 0.016 0.000 0.984
#> SRR315337 3 0.0592 0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR317035 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.7396 0.565 0.060 0.644 0.296
#> SRR317037 2 0.7396 0.565 0.060 0.644 0.296
#> SRR317038 2 0.7396 0.565 0.060 0.644 0.296
#> SRR317039 2 0.7396 0.565 0.060 0.644 0.296
#> SRR317040 2 0.7396 0.565 0.060 0.644 0.296
#> SRR317041 2 0.2066 0.802 0.060 0.940 0.000
#> SRR317042 1 0.9172 0.535 0.524 0.180 0.296
#> SRR317043 1 0.9172 0.535 0.524 0.180 0.296
#> SRR317044 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 2 0.7685 0.504 0.060 0.596 0.344
#> SRR317049 2 0.6944 0.271 0.016 0.516 0.468
#> SRR317050 2 0.7665 0.509 0.060 0.600 0.340
#> SRR317051 2 0.7622 0.520 0.060 0.608 0.332
#> SRR317052 1 0.9591 0.472 0.472 0.232 0.296
#> SRR317053 1 0.9889 0.324 0.408 0.296 0.296
#> SRR317054 2 0.7396 0.565 0.060 0.644 0.296
#> SRR317055 2 0.7396 0.565 0.060 0.644 0.296
#> SRR317056 2 0.7685 0.504 0.060 0.596 0.344
#> SRR317057 2 0.7685 0.504 0.060 0.596 0.344
#> SRR317059 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR317060 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR317061 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR317062 2 0.5529 0.618 0.000 0.704 0.296
#> SRR317063 2 0.5529 0.618 0.000 0.704 0.296
#> SRR317064 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.3412 0.768 0.000 0.876 0.124
#> SRR317067 2 0.3482 0.765 0.000 0.872 0.128
#> SRR317068 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.4235 0.719 0.176 0.000 0.824
#> SRR768414 3 0.4452 0.690 0.192 0.000 0.808
#> SRR387661 3 0.0424 0.938 0.008 0.000 0.992
#> SRR387662 3 0.0747 0.932 0.016 0.000 0.984
#> SRR768411 1 0.5529 0.664 0.704 0.000 0.296
#> SRR768412 1 0.5529 0.664 0.704 0.000 0.296
#> SRR534289 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534293 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534297 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534298 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534299 3 0.3038 0.837 0.104 0.000 0.896
#> SRR534300 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534303 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534304 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.5529 0.664 0.704 0.000 0.296
#> SRR534326 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR545688 1 0.7027 0.658 0.660 0.044 0.296
#> SRR545689 1 0.4931 0.707 0.768 0.000 0.232
#> SRR545690 1 0.4931 0.707 0.768 0.000 0.232
#> SRR545691 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.776 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.844 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307898 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR307899 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR307900 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR307901 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 4 0.4992 0.411 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR307908 4 0.4992 0.411 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR307909 3 0.2647 0.841 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR307910 3 0.2647 0.841 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR307911 4 0.4898 0.523 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR307912 4 0.4898 0.523 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR307913 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR307914 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR307915 4 0.4790 0.567 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR307916 4 0.4790 0.567 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR307917 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 4 0.4888 0.529 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR307920 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307922 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307923 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR307924 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR307925 4 0.4817 0.559 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR307926 4 0.4866 0.540 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR307927 4 0.4877 0.534 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR307928 4 0.4877 0.534 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR307929 4 0.4925 0.503 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR307930 4 0.3172 0.692 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR307931 4 0.3172 0.692 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR307932 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR315298 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR315299 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR315300 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR315301 4 0.4888 0.529 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR315302 4 0.4907 0.516 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR315303 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0336 0.982 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR315309 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR315311 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.1474 0.928 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR315322 2 0.1302 0.941 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR315323 3 0.2647 0.841 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR315324 3 0.2647 0.841 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR315325 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 4 0.4950 0.567 0.000 0.004 0.376 0.620
#> SRR315331 4 0.4843 0.550 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR315332 4 0.4790 0.567 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR315333 4 0.4790 0.567 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR315334 4 0.4866 0.540 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR315335 4 0.4855 0.545 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR315336 4 0.3219 0.685 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR315337 4 0.3219 0.685 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR317035 2 0.1118 0.954 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR317036 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317037 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317038 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317039 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317040 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317041 2 0.2760 0.838 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR317042 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.1940 0.913 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR317047 2 0.1940 0.913 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR317048 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317049 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317050 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317051 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317052 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317053 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317054 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317055 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317056 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317057 4 0.4713 0.562 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR317059 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317060 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317061 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317062 4 0.4746 0.549 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR317063 4 0.4888 0.463 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR317064 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.1716 0.925 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR768413 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR768414 4 0.0707 0.716 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR387661 4 0.3311 0.681 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR387662 4 0.1389 0.713 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR768411 4 0.0707 0.712 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR768412 4 0.0707 0.712 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR534289 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 4 0.4790 0.567 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR534294 4 0.4790 0.567 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR534295 4 0.4948 0.480 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR534296 4 0.4948 0.480 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR534297 4 0.4941 0.488 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR534298 4 0.4941 0.488 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR534299 3 0.4282 0.803 0.060 0.000 0.816 0.124
#> SRR534300 3 0.2647 0.841 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR534301 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 3 0.2647 0.841 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR534304 3 0.2647 0.841 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR534305 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 4 0.4933 0.495 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR534308 4 0.4916 0.510 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR534309 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.961 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 4 0.3764 0.477 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR534326 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545688 4 0.0000 0.716 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545689 1 0.3400 0.750 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR545690 1 0.3400 0.750 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR545691 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 4 0.5091 0.1164 0.044 0.000 0.004 0.624 0.328
#> SRR307898 4 0.5347 -0.0770 0.044 0.000 0.004 0.528 0.424
#> SRR307899 4 0.5347 -0.0589 0.044 0.000 0.004 0.528 0.424
#> SRR307900 4 0.5341 -0.0503 0.044 0.000 0.004 0.532 0.420
#> SRR307901 3 0.0162 0.9541 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0703 0.9461 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR307906 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307907 4 0.6428 -0.2567 0.000 0.000 0.176 0.440 0.384
#> SRR307908 4 0.6428 -0.2567 0.000 0.000 0.176 0.440 0.384
#> SRR307909 3 0.3803 0.7601 0.000 0.000 0.804 0.140 0.056
#> SRR307910 3 0.3759 0.7666 0.000 0.000 0.808 0.136 0.056
#> SRR307911 5 0.4949 0.4026 0.000 0.000 0.032 0.396 0.572
#> SRR307912 5 0.4949 0.4026 0.000 0.000 0.032 0.396 0.572
#> SRR307913 4 0.4698 0.2547 0.000 0.304 0.004 0.664 0.028
#> SRR307914 4 0.4735 0.2562 0.000 0.296 0.004 0.668 0.032
#> SRR307915 5 0.4789 0.3973 0.000 0.000 0.024 0.392 0.584
#> SRR307916 5 0.4789 0.3973 0.000 0.000 0.024 0.392 0.584
#> SRR307917 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 5 0.4949 0.4026 0.000 0.000 0.032 0.396 0.572
#> SRR307920 3 0.1043 0.9332 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR307921 4 0.2304 0.3975 0.044 0.000 0.000 0.908 0.048
#> SRR307922 4 0.5030 0.3254 0.044 0.000 0.000 0.604 0.352
#> SRR307923 4 0.4636 0.2531 0.000 0.308 0.004 0.664 0.024
#> SRR307924 4 0.4636 0.2531 0.000 0.308 0.004 0.664 0.024
#> SRR307925 5 0.4876 0.4009 0.000 0.000 0.028 0.396 0.576
#> SRR307926 5 0.5024 0.3631 0.000 0.000 0.032 0.440 0.528
#> SRR307927 5 0.5019 0.3680 0.000 0.000 0.032 0.436 0.532
#> SRR307928 5 0.5024 0.3631 0.000 0.000 0.032 0.440 0.528
#> SRR307929 5 0.4949 0.4026 0.000 0.000 0.032 0.396 0.572
#> SRR307930 4 0.4752 0.3478 0.028 0.180 0.004 0.752 0.036
#> SRR307931 4 0.4832 0.3484 0.032 0.180 0.004 0.748 0.036
#> SRR307932 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0162 0.9541 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.5335 -0.0426 0.044 0.000 0.004 0.536 0.416
#> SRR315298 4 0.5335 -0.0426 0.044 0.000 0.004 0.536 0.416
#> SRR315299 4 0.3925 0.3052 0.032 0.000 0.004 0.784 0.180
#> SRR315300 4 0.3929 0.3096 0.036 0.000 0.004 0.788 0.172
#> SRR315301 5 0.5024 0.3631 0.000 0.000 0.032 0.440 0.528
#> SRR315302 5 0.5024 0.3631 0.000 0.000 0.032 0.440 0.528
#> SRR315303 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0451 0.3951 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR315306 4 0.1041 0.3992 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR315307 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.1124 0.3989 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR315310 4 0.2575 0.3580 0.012 0.000 0.004 0.884 0.100
#> SRR315311 4 0.0566 0.3961 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR315312 4 0.0771 0.3925 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR315313 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0162 0.9541 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.2903 0.8536 0.000 0.000 0.872 0.080 0.048
#> SRR315324 3 0.1179 0.9407 0.000 0.004 0.964 0.016 0.016
#> SRR315325 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0794 0.9417 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR315328 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315330 4 0.4866 -0.0772 0.000 0.000 0.028 0.580 0.392
#> SRR315331 4 0.4948 -0.1817 0.000 0.000 0.028 0.536 0.436
#> SRR315332 5 0.4798 0.3990 0.000 0.000 0.024 0.396 0.580
#> SRR315333 5 0.4798 0.3990 0.000 0.000 0.024 0.396 0.580
#> SRR315334 5 0.4989 0.3864 0.000 0.000 0.032 0.416 0.552
#> SRR315335 5 0.4949 0.4026 0.000 0.000 0.032 0.396 0.572
#> SRR315336 4 0.4408 0.2556 0.032 0.000 0.008 0.736 0.224
#> SRR315337 4 0.4812 0.1827 0.032 0.000 0.008 0.672 0.288
#> SRR317035 2 0.2843 0.8325 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR317036 5 0.6744 -0.0834 0.000 0.324 0.000 0.272 0.404
#> SRR317037 5 0.6744 -0.0838 0.000 0.324 0.000 0.272 0.404
#> SRR317038 5 0.6749 -0.0822 0.000 0.328 0.000 0.272 0.400
#> SRR317039 5 0.6754 -0.0817 0.000 0.332 0.000 0.272 0.396
#> SRR317040 5 0.6744 -0.0834 0.000 0.324 0.000 0.272 0.404
#> SRR317041 2 0.4941 0.5283 0.000 0.628 0.000 0.044 0.328
#> SRR317042 4 0.4264 0.3101 0.000 0.004 0.000 0.620 0.376
#> SRR317043 4 0.4264 0.3101 0.000 0.004 0.000 0.620 0.376
#> SRR317044 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.2843 0.8325 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR317047 2 0.2843 0.8325 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR317048 4 0.4655 0.2498 0.000 0.312 0.004 0.660 0.024
#> SRR317049 4 0.5435 0.2477 0.000 0.204 0.004 0.668 0.124
#> SRR317050 5 0.6754 -0.0924 0.000 0.312 0.000 0.284 0.404
#> SRR317051 5 0.6754 -0.0917 0.000 0.312 0.000 0.284 0.404
#> SRR317052 4 0.4537 0.2988 0.000 0.012 0.000 0.592 0.396
#> SRR317053 4 0.4527 0.3010 0.000 0.012 0.000 0.596 0.392
#> SRR317054 5 0.6754 -0.0817 0.000 0.332 0.000 0.272 0.396
#> SRR317055 5 0.6754 -0.0817 0.000 0.332 0.000 0.272 0.396
#> SRR317056 4 0.4617 0.2557 0.000 0.304 0.004 0.668 0.024
#> SRR317057 4 0.4617 0.2557 0.000 0.304 0.004 0.668 0.024
#> SRR317059 4 0.5419 0.3067 0.044 0.008 0.000 0.548 0.400
#> SRR317060 4 0.5151 0.3094 0.044 0.000 0.000 0.560 0.396
#> SRR317061 4 0.5151 0.3094 0.044 0.000 0.000 0.560 0.396
#> SRR317062 4 0.4596 0.0755 0.000 0.492 0.004 0.500 0.004
#> SRR317063 2 0.4572 0.0654 0.000 0.540 0.004 0.452 0.004
#> SRR317064 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.2843 0.8325 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR317069 2 0.2843 0.8325 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR768413 4 0.4221 0.2980 0.044 0.000 0.004 0.764 0.188
#> SRR768414 4 0.4114 0.3061 0.044 0.000 0.004 0.776 0.176
#> SRR387661 4 0.4812 0.1827 0.032 0.000 0.008 0.672 0.288
#> SRR387662 4 0.4775 0.1702 0.032 0.000 0.004 0.660 0.304
#> SRR768411 4 0.5455 -0.0237 0.052 0.000 0.004 0.528 0.416
#> SRR768412 4 0.5511 -0.0215 0.056 0.000 0.004 0.524 0.416
#> SRR534289 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0794 0.9439 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR534293 5 0.4789 0.3973 0.000 0.000 0.024 0.392 0.584
#> SRR534294 5 0.4798 0.3990 0.000 0.000 0.024 0.396 0.580
#> SRR534295 5 0.6458 0.2568 0.000 0.000 0.180 0.396 0.424
#> SRR534296 5 0.6458 0.2568 0.000 0.000 0.180 0.396 0.424
#> SRR534297 5 0.6436 0.2567 0.000 0.000 0.176 0.396 0.428
#> SRR534298 5 0.6436 0.2567 0.000 0.000 0.176 0.396 0.428
#> SRR534299 3 0.4510 0.7358 0.184 0.000 0.752 0.008 0.056
#> SRR534300 3 0.2616 0.8687 0.000 0.000 0.888 0.076 0.036
#> SRR534301 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.3573 0.7639 0.000 0.000 0.812 0.152 0.036
#> SRR534304 3 0.2740 0.8523 0.000 0.000 0.876 0.096 0.028
#> SRR534305 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534307 5 0.5019 0.4012 0.000 0.000 0.036 0.396 0.568
#> SRR534308 5 0.5019 0.4012 0.000 0.000 0.036 0.396 0.568
#> SRR534309 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.9569 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534320 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534321 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534322 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534323 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534324 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534325 1 0.6775 0.1808 0.412 0.000 0.004 0.360 0.224
#> SRR534326 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.2843 0.8325 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR545687 4 0.5151 0.3094 0.044 0.000 0.000 0.560 0.396
#> SRR545688 4 0.5151 0.3094 0.044 0.000 0.000 0.560 0.396
#> SRR545689 1 0.2929 0.8184 0.840 0.000 0.000 0.008 0.152
#> SRR545690 1 0.2929 0.8184 0.840 0.000 0.000 0.008 0.152
#> SRR545691 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545696 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545697 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545698 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545699 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545700 1 0.0162 0.9657 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545701 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.1544 0.9109 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR545716 2 0.1043 0.9343 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545717 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9656 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 4 0.2762 0.68356 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR307898 4 0.0717 0.90149 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR307899 4 0.0458 0.89912 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR307900 4 0.0458 0.89912 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR307901 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307907 4 0.3868 -0.01404 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR307908 4 0.3515 0.51982 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR307909 3 0.3797 0.28741 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000
#> SRR307910 3 0.3737 0.34995 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR307911 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR307912 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR307913 5 0.3872 0.57777 0.000 0.004 0.000 0.392 0.604 0.000
#> SRR307914 5 0.3915 0.54679 0.000 0.004 0.000 0.412 0.584 0.000
#> SRR307915 4 0.0363 0.89973 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR307916 4 0.0363 0.89973 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307919 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR307920 3 0.1765 0.77676 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR307921 5 0.3563 0.63193 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR307922 5 0.0713 0.70329 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR307923 5 0.3841 0.59476 0.000 0.004 0.000 0.380 0.616 0.000
#> SRR307924 5 0.3862 0.58302 0.000 0.004 0.000 0.388 0.608 0.000
#> SRR307925 4 0.0632 0.90156 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR307926 4 0.1007 0.90011 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR307927 4 0.1007 0.90011 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR307928 4 0.1007 0.90011 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR307929 4 0.1387 0.89378 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR307930 5 0.3695 0.59785 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR307931 5 0.3695 0.59785 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR307932 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.0458 0.89912 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR315298 4 0.0458 0.89912 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR315299 4 0.0865 0.88918 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR315300 4 0.0865 0.88918 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR315301 4 0.1327 0.89542 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR315302 4 0.1501 0.89080 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315305 5 0.3867 0.38123 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR315306 5 0.3706 0.59294 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0260 0.94334 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR315309 5 0.3706 0.59294 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR315310 4 0.3717 0.00999 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR315311 5 0.3867 0.38123 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR315312 5 0.3868 0.36984 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0146 0.94641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0260 0.94334 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR315323 3 0.3747 0.34810 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.3672 0.41065 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0146 0.86299 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315330 4 0.3802 0.61987 0.000 0.000 0.044 0.748 0.208 0.000
#> SRR315331 4 0.1152 0.90032 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004 0.000
#> SRR315332 4 0.0000 0.89842 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315333 4 0.0146 0.89918 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315334 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR315335 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR315336 4 0.1225 0.89409 0.000 0.000 0.012 0.952 0.036 0.000
#> SRR315337 4 0.1124 0.89296 0.000 0.000 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR317035 2 0.3727 0.51323 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR317036 5 0.0146 0.68546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317037 5 0.0146 0.68546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317038 5 0.0146 0.68546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317039 5 0.0146 0.68546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317040 5 0.0146 0.68546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317041 5 0.2854 0.46499 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR317042 5 0.0547 0.69918 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR317043 5 0.0632 0.70147 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.3797 0.45504 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR317047 2 0.3810 0.43971 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR317048 5 0.3852 0.58926 0.000 0.004 0.000 0.384 0.612 0.000
#> SRR317049 5 0.4111 0.45184 0.000 0.004 0.004 0.456 0.536 0.000
#> SRR317050 5 0.1908 0.72444 0.000 0.004 0.000 0.096 0.900 0.000
#> SRR317051 5 0.1531 0.71745 0.000 0.004 0.000 0.068 0.928 0.000
#> SRR317052 5 0.0260 0.69185 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR317053 5 0.0000 0.68558 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317054 5 0.0146 0.68546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317055 5 0.0146 0.68546 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317056 5 0.3830 0.59924 0.000 0.004 0.000 0.376 0.620 0.000
#> SRR317057 5 0.3841 0.59476 0.000 0.004 0.000 0.380 0.616 0.000
#> SRR317059 5 0.0363 0.69457 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR317060 5 0.1765 0.72440 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR317061 5 0.1765 0.72440 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR317062 5 0.5287 0.58320 0.000 0.144 0.000 0.272 0.584 0.000
#> SRR317063 5 0.3543 0.57387 0.000 0.200 0.000 0.032 0.768 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.3482 0.62505 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR317069 2 0.3717 0.52005 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR768413 4 0.0865 0.88918 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR768414 4 0.0865 0.88918 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR387661 4 0.1124 0.89296 0.000 0.000 0.008 0.956 0.036 0.000
#> SRR387662 4 0.1010 0.89129 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036 0.000
#> SRR768411 4 0.0458 0.89912 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR768412 4 0.0458 0.89912 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.0363 0.89973 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534294 4 0.0363 0.89973 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534295 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR534296 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR534297 4 0.1501 0.89076 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR534298 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR534299 3 0.4091 0.13771 0.000 0.000 0.520 0.472 0.000 0.008
#> SRR534300 3 0.3515 0.48614 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 3 0.3756 0.32780 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR534304 3 0.3684 0.38871 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534307 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR534308 4 0.1610 0.88696 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.86619 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534320 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534321 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534322 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534323 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534324 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534325 5 0.5625 0.44933 0.176 0.000 0.000 0.304 0.520 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.97653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.3563 0.59690 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR545687 5 0.1958 0.72377 0.004 0.000 0.000 0.100 0.896 0.000
#> SRR545688 5 0.1908 0.72341 0.004 0.000 0.000 0.096 0.900 0.000
#> SRR545689 1 0.2146 0.85390 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR545690 1 0.2146 0.85390 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545696 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545697 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545698 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545699 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545700 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0146 0.94688 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545715 2 0.2664 0.78094 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR545716 2 0.2416 0.80803 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.95004 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.938 0.930 0.972 0.5018 0.498 0.498
#> 3 3 0.869 0.887 0.953 0.2530 0.785 0.602
#> 4 4 0.713 0.752 0.889 0.1381 0.855 0.636
#> 5 5 0.642 0.636 0.797 0.0777 0.891 0.649
#> 6 6 0.698 0.625 0.804 0.0442 0.882 0.556
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307898 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307899 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307905 1 0.9850 0.2827 0.572 0.428
#> SRR307906 2 0.9710 0.3013 0.400 0.600
#> SRR307907 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0672 0.9710 0.008 0.992
#> SRR307909 1 0.9922 0.2211 0.552 0.448
#> SRR307910 2 0.9993 0.0101 0.484 0.516
#> SRR307911 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307912 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307913 1 0.1414 0.9478 0.980 0.020
#> SRR307914 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307915 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307916 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307917 2 0.1843 0.9521 0.028 0.972
#> SRR307918 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307919 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307920 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307923 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.0376 0.9746 0.004 0.996
#> SRR307925 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307926 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307927 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307928 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307929 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307930 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307931 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315301 1 0.1633 0.9445 0.976 0.024
#> SRR315302 1 0.0376 0.9603 0.996 0.004
#> SRR315303 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315305 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315306 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315309 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315310 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315311 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315312 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.2236 0.9441 0.036 0.964
#> SRR315318 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.2423 0.9400 0.040 0.960
#> SRR315324 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR315330 1 0.7056 0.7521 0.808 0.192
#> SRR315331 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315332 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315333 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315334 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315335 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315336 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR315337 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317036 2 0.9866 0.2263 0.432 0.568
#> SRR317037 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317039 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317040 2 0.5519 0.8373 0.128 0.872
#> SRR317041 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317048 1 0.4161 0.8900 0.916 0.084
#> SRR317049 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317050 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317051 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317052 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317054 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317055 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317056 1 0.7056 0.7609 0.808 0.192
#> SRR317057 1 0.5737 0.8324 0.864 0.136
#> SRR317059 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR768413 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR768414 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR387661 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR387662 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0376 0.9746 0.004 0.996
#> SRR534293 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534294 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534295 1 0.2603 0.9273 0.956 0.044
#> SRR534296 1 0.4298 0.8855 0.912 0.088
#> SRR534297 1 0.5737 0.8329 0.864 0.136
#> SRR534298 1 0.6623 0.7879 0.828 0.172
#> SRR534299 1 0.9710 0.3603 0.600 0.400
#> SRR534300 2 0.7745 0.6882 0.228 0.772
#> SRR534301 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534303 1 0.8713 0.5995 0.708 0.292
#> SRR534304 1 0.9710 0.3603 0.600 0.400
#> SRR534305 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534307 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534308 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534309 1 1.0000 0.0517 0.504 0.496
#> SRR534310 2 0.8443 0.6082 0.272 0.728
#> SRR534311 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9634 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9781 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 3 0.2625 0.8415 0.084 0.000 0.916
#> SRR307898 3 0.3116 0.8196 0.108 0.000 0.892
#> SRR307899 3 0.3340 0.8080 0.120 0.000 0.880
#> SRR307900 3 0.3686 0.7866 0.140 0.000 0.860
#> SRR307901 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.6026 0.4705 0.000 0.376 0.624
#> SRR307906 3 0.6168 0.3877 0.000 0.412 0.588
#> SRR307907 3 0.4654 0.7290 0.000 0.208 0.792
#> SRR307908 3 0.4605 0.7326 0.000 0.204 0.796
#> SRR307909 2 0.5988 0.3446 0.000 0.632 0.368
#> SRR307910 2 0.6062 0.2970 0.000 0.616 0.384
#> SRR307911 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307912 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307913 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR307914 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR307915 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307916 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307917 3 0.6291 0.2289 0.000 0.468 0.532
#> SRR307918 3 0.6267 0.2788 0.000 0.452 0.548
#> SRR307919 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307920 3 0.6267 0.2788 0.000 0.452 0.548
#> SRR307921 1 0.3879 0.8053 0.848 0.000 0.152
#> SRR307922 1 0.6280 0.0814 0.540 0.000 0.460
#> SRR307923 3 0.6045 0.4568 0.000 0.380 0.620
#> SRR307924 3 0.4605 0.7302 0.000 0.204 0.796
#> SRR307925 3 0.0475 0.8965 0.004 0.004 0.992
#> SRR307926 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307927 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307928 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307929 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR307930 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 1 0.4346 0.7796 0.816 0.000 0.184
#> SRR315298 1 0.4346 0.7796 0.816 0.000 0.184
#> SRR315299 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315302 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315303 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 2 0.0747 0.9566 0.000 0.984 0.016
#> SRR315316 2 0.6045 0.3097 0.000 0.620 0.380
#> SRR315318 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315325 2 0.4235 0.7577 0.000 0.824 0.176
#> SRR315326 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315331 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315332 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315333 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315334 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315335 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR315336 3 0.0237 0.8970 0.004 0.000 0.996
#> SRR315337 3 0.0237 0.8970 0.004 0.000 0.996
#> SRR317035 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 3 0.4521 0.7364 0.180 0.004 0.816
#> SRR317037 2 0.0424 0.9644 0.000 0.992 0.008
#> SRR317038 2 0.1337 0.9473 0.016 0.972 0.012
#> SRR317039 2 0.0829 0.9590 0.004 0.984 0.012
#> SRR317040 2 0.8693 0.4357 0.176 0.592 0.232
#> SRR317041 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317042 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 3 0.0237 0.8955 0.000 0.004 0.996
#> SRR317049 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR317050 3 0.1529 0.8731 0.040 0.000 0.960
#> SRR317051 3 0.4291 0.7384 0.180 0.000 0.820
#> SRR317052 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR317053 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR317054 2 0.0424 0.9644 0.000 0.992 0.008
#> SRR317055 2 0.0424 0.9644 0.000 0.992 0.008
#> SRR317056 3 0.1411 0.8752 0.000 0.036 0.964
#> SRR317057 3 0.1289 0.8780 0.000 0.032 0.968
#> SRR317059 1 0.0424 0.9656 0.992 0.000 0.008
#> SRR317060 1 0.0424 0.9656 0.992 0.000 0.008
#> SRR317061 1 0.0424 0.9656 0.992 0.000 0.008
#> SRR317062 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR768414 3 0.0000 0.8966 0.000 0.000 1.000
#> SRR387661 3 0.0237 0.8970 0.004 0.000 0.996
#> SRR387662 3 0.0237 0.8970 0.004 0.000 0.996
#> SRR768411 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.3340 0.8367 0.000 0.880 0.120
#> SRR534292 2 0.1031 0.9488 0.000 0.976 0.024
#> SRR534293 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR534294 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR534295 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR534296 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR534297 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR534298 3 0.0475 0.8965 0.004 0.004 0.992
#> SRR534299 2 0.6994 0.2585 0.424 0.556 0.020
#> SRR534300 2 0.0237 0.9674 0.000 0.996 0.004
#> SRR534301 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 3 0.5178 0.6786 0.000 0.256 0.744
#> SRR534304 3 0.6126 0.4175 0.000 0.400 0.600
#> SRR534305 3 0.6302 0.1897 0.000 0.480 0.520
#> SRR534306 2 0.2711 0.8779 0.000 0.912 0.088
#> SRR534307 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR534308 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> SRR534309 3 0.5216 0.6729 0.000 0.260 0.740
#> SRR534310 3 0.5650 0.5917 0.000 0.312 0.688
#> SRR534311 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0237 0.9681 0.996 0.000 0.004
#> SRR534326 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0424 0.9656 0.992 0.000 0.008
#> SRR545688 1 0.0424 0.9656 0.992 0.000 0.008
#> SRR545689 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9707 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 4 0.5331 0.50816 0.332 0.000 0.024 0.644
#> SRR307898 4 0.6949 0.26262 0.408 0.000 0.112 0.480
#> SRR307899 3 0.7745 0.08327 0.352 0.000 0.412 0.236
#> SRR307900 3 0.7180 0.26995 0.348 0.000 0.504 0.148
#> SRR307901 2 0.2011 0.86486 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR307902 2 0.2704 0.82636 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR307903 2 0.3266 0.78125 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR307904 2 0.3649 0.74028 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR307905 3 0.3123 0.68464 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR307906 3 0.3219 0.68041 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR307907 3 0.4511 0.57462 0.000 0.268 0.724 0.008
#> SRR307908 3 0.5566 0.56368 0.000 0.224 0.704 0.072
#> SRR307909 3 0.5360 0.20609 0.000 0.436 0.552 0.012
#> SRR307910 2 0.5409 -0.00949 0.000 0.496 0.492 0.012
#> SRR307911 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307912 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307913 3 0.4866 0.30008 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR307914 4 0.4992 0.05058 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR307915 3 0.0469 0.73107 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR307916 3 0.0592 0.73011 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR307917 3 0.3942 0.63524 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR307918 3 0.4008 0.63172 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR307919 3 0.0188 0.73261 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR307920 3 0.4697 0.44294 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR307921 4 0.0817 0.82966 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR307922 4 0.0469 0.83218 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR307923 4 0.0188 0.83342 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR307924 4 0.0707 0.83159 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR307925 3 0.0469 0.73107 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR307926 3 0.0188 0.73261 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR307927 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307930 4 0.2149 0.79850 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR307931 4 0.2011 0.80336 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR307932 2 0.3801 0.71977 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR307933 2 0.2760 0.82243 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR315297 1 0.1174 0.96456 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR315298 1 0.1452 0.94900 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR315299 3 0.4164 0.51443 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR315300 3 0.4040 0.53530 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR315301 3 0.3024 0.65081 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR315302 3 0.2345 0.68697 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR315303 2 0.0817 0.90594 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR315304 2 0.0188 0.91592 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315305 4 0.3837 0.66021 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR315306 4 0.3172 0.73894 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR315307 2 0.0469 0.91219 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR315308 2 0.1022 0.90109 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR315309 4 0.2469 0.78483 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR315310 3 0.4877 0.23755 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR315311 4 0.4830 0.34656 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR315312 3 0.4866 0.25021 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR315313 2 0.2647 0.83006 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR315314 2 0.0469 0.91231 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR315315 2 0.4431 0.58013 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR315316 3 0.4277 0.57539 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0188 0.91558 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315321 2 0.0188 0.91600 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315322 2 0.1302 0.89325 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR315323 2 0.4790 0.40937 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR315324 2 0.3444 0.76271 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR315325 3 0.4643 0.46500 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR315326 2 0.3801 0.72003 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR315327 2 0.4072 0.67651 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR315328 2 0.4134 0.66277 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR315329 2 0.3975 0.69260 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR315330 3 0.4761 0.30759 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR315331 3 0.3873 0.56782 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR315332 3 0.0707 0.72872 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR315333 3 0.0921 0.72527 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR315334 3 0.0336 0.73183 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315335 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315336 4 0.4977 0.15365 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR315337 3 0.4955 0.14840 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR317035 2 0.0188 0.91541 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR317036 4 0.0188 0.83342 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR317037 4 0.3649 0.65303 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR317038 4 0.2589 0.75330 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR317039 4 0.0188 0.83240 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR317040 4 0.0336 0.83212 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR317041 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317042 4 0.0469 0.83381 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR317043 4 0.0592 0.83289 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR317044 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317048 3 0.5168 0.03649 0.000 0.004 0.504 0.492
#> SRR317049 3 0.4981 0.13007 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR317050 4 0.0469 0.83362 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR317051 4 0.0336 0.83384 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR317052 4 0.0469 0.83381 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR317053 4 0.0469 0.83381 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR317054 4 0.2676 0.77572 0.000 0.092 0.012 0.896
#> SRR317055 4 0.2021 0.80981 0.000 0.040 0.024 0.936
#> SRR317056 3 0.4454 0.52289 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR317057 3 0.4925 0.30677 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR317059 4 0.0336 0.83223 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR317060 4 0.3219 0.74022 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR317061 4 0.3266 0.73742 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR317062 2 0.1807 0.88401 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR317063 2 0.2796 0.84129 0.000 0.892 0.016 0.092
#> SRR317064 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.3870 0.69796 0.004 0.788 0.000 0.208
#> SRR317069 2 0.4998 0.00585 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR768413 3 0.3975 0.54522 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR768414 3 0.3975 0.54522 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR387661 3 0.4605 0.40621 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR387662 3 0.3764 0.56931 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR768411 1 0.0524 0.98805 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR768412 1 0.1305 0.95484 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR534289 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.4713 0.41982 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR534292 3 0.4746 0.39812 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR534293 3 0.0592 0.73011 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR534294 3 0.0592 0.73011 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR534295 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534298 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534299 3 0.4831 0.57047 0.016 0.280 0.704 0.000
#> SRR534300 3 0.4998 0.01510 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR534301 2 0.3975 0.69234 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR534302 2 0.4888 0.32181 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR534303 3 0.3157 0.69077 0.000 0.144 0.852 0.004
#> SRR534304 3 0.3810 0.66663 0.000 0.188 0.804 0.008
#> SRR534305 3 0.4382 0.55803 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR534306 2 0.4955 0.21026 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.73309 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534309 3 0.2973 0.69064 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR534310 3 0.2973 0.69064 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534320 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534321 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534322 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534323 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534324 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 4 0.4817 0.38605 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR545688 4 0.4454 0.54577 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR545689 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.99345 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545696 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545697 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545698 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545699 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545700 1 0.0188 0.99316 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0707 0.90603 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR545714 2 0.1716 0.86779 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR545715 2 0.0188 0.91558 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545716 2 0.0188 0.91558 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545717 2 0.0469 0.91116 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR545718 2 0.0469 0.91116 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR545719 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0188 0.91558 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR545723 2 0.0000 0.91749 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 3 0.4807 0.5506 0.140 0.000 0.728 0.132 0.000
#> SRR307898 3 0.3489 0.6139 0.144 0.000 0.820 0.036 0.000
#> SRR307899 3 0.2818 0.6272 0.132 0.000 0.856 0.012 0.000
#> SRR307900 3 0.2953 0.6201 0.144 0.000 0.844 0.012 0.000
#> SRR307901 2 0.2891 0.7049 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0898 0.8137 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR307903 2 0.3336 0.6444 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR307904 2 0.2629 0.7374 0.000 0.860 0.004 0.000 0.136
#> SRR307905 5 0.6428 0.3258 0.000 0.364 0.180 0.000 0.456
#> SRR307906 5 0.6615 0.2780 0.000 0.356 0.220 0.000 0.424
#> SRR307907 3 0.3961 0.7072 0.000 0.028 0.760 0.000 0.212
#> SRR307908 3 0.3897 0.7091 0.000 0.028 0.768 0.000 0.204
#> SRR307909 5 0.3928 0.4422 0.000 0.296 0.004 0.000 0.700
#> SRR307910 5 0.4367 0.3085 0.000 0.372 0.008 0.000 0.620
#> SRR307911 5 0.4306 0.1918 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR307912 5 0.3857 0.4692 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR307913 5 0.0671 0.5718 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR307914 5 0.4341 -0.2626 0.000 0.000 0.004 0.404 0.592
#> SRR307915 5 0.1168 0.5839 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR307916 5 0.1168 0.5839 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR307917 3 0.6710 0.0903 0.000 0.340 0.408 0.000 0.252
#> SRR307918 3 0.5233 0.4578 0.000 0.288 0.636 0.000 0.076
#> SRR307919 3 0.4201 0.0193 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR307920 3 0.4521 0.6945 0.000 0.088 0.748 0.000 0.164
#> SRR307921 4 0.1704 0.6686 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000
#> SRR307922 4 0.1041 0.6841 0.004 0.000 0.032 0.964 0.000
#> SRR307923 4 0.2488 0.7072 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> SRR307924 4 0.3741 0.6495 0.000 0.004 0.000 0.732 0.264
#> SRR307925 5 0.2773 0.5603 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR307926 3 0.3857 0.6263 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR307927 5 0.3636 0.3302 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR307928 3 0.3861 0.6514 0.000 0.004 0.712 0.000 0.284
#> SRR307929 5 0.4030 0.1893 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR307930 4 0.4850 0.6805 0.000 0.000 0.232 0.696 0.072
#> SRR307931 4 0.5115 0.6784 0.000 0.000 0.232 0.676 0.092
#> SRR307932 2 0.2660 0.7416 0.000 0.864 0.008 0.000 0.128
#> SRR307933 2 0.4291 0.0693 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.3089 0.8720 0.872 0.000 0.076 0.040 0.012
#> SRR315298 1 0.3316 0.8573 0.860 0.000 0.072 0.056 0.012
#> SRR315299 5 0.6770 -0.1323 0.000 0.000 0.340 0.276 0.384
#> SRR315300 5 0.6441 0.1379 0.000 0.000 0.344 0.188 0.468
#> SRR315301 3 0.3585 0.6983 0.000 0.004 0.772 0.004 0.220
#> SRR315302 3 0.3554 0.7000 0.000 0.004 0.776 0.004 0.216
#> SRR315303 2 0.4029 0.5844 0.000 0.680 0.004 0.000 0.316
#> SRR315304 2 0.3949 0.6030 0.000 0.696 0.004 0.000 0.300
#> SRR315305 4 0.6332 0.5817 0.000 0.000 0.264 0.524 0.212
#> SRR315306 4 0.6135 0.6166 0.000 0.000 0.248 0.560 0.192
#> SRR315307 2 0.3990 0.5922 0.000 0.688 0.004 0.000 0.308
#> SRR315308 2 0.4029 0.5844 0.000 0.680 0.004 0.000 0.316
#> SRR315309 4 0.5975 0.6366 0.000 0.000 0.224 0.588 0.188
#> SRR315310 4 0.6766 0.3948 0.000 0.000 0.300 0.400 0.300
#> SRR315311 4 0.6625 0.4867 0.000 0.000 0.268 0.456 0.276
#> SRR315312 4 0.6798 0.3421 0.000 0.000 0.300 0.376 0.324
#> SRR315313 2 0.4015 0.4108 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.2127 0.7681 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.5200 0.5807 0.000 0.688 0.152 0.000 0.160
#> SRR315316 2 0.6125 0.0504 0.000 0.500 0.136 0.000 0.364
#> SRR315318 2 0.1124 0.8101 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR315319 2 0.4283 0.5842 0.000 0.692 0.004 0.012 0.292
#> SRR315320 2 0.4932 0.5788 0.000 0.668 0.004 0.048 0.280
#> SRR315321 2 0.4505 0.4688 0.000 0.620 0.004 0.008 0.368
#> SRR315322 2 0.4796 0.2938 0.000 0.516 0.004 0.012 0.468
#> SRR315323 5 0.3635 0.4227 0.000 0.248 0.004 0.000 0.748
#> SRR315324 2 0.4440 0.2721 0.000 0.528 0.004 0.000 0.468
#> SRR315325 3 0.4168 0.7112 0.000 0.052 0.764 0.000 0.184
#> SRR315326 3 0.5195 0.6484 0.000 0.168 0.688 0.000 0.144
#> SRR315327 3 0.4647 0.7012 0.000 0.092 0.736 0.000 0.172
#> SRR315328 3 0.4982 0.6809 0.000 0.088 0.692 0.000 0.220
#> SRR315329 3 0.5120 0.6499 0.000 0.164 0.696 0.000 0.140
#> SRR315330 3 0.3745 0.7045 0.000 0.000 0.780 0.024 0.196
#> SRR315331 3 0.3455 0.7023 0.000 0.000 0.784 0.008 0.208
#> SRR315332 5 0.1830 0.5750 0.000 0.000 0.068 0.008 0.924
#> SRR315333 5 0.2520 0.5677 0.000 0.000 0.056 0.048 0.896
#> SRR315334 3 0.3039 0.7037 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR315335 3 0.4256 0.3493 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR315336 3 0.2376 0.5740 0.000 0.000 0.904 0.052 0.044
#> SRR315337 3 0.3736 0.4572 0.000 0.000 0.808 0.140 0.052
#> SRR317035 2 0.1059 0.8131 0.000 0.968 0.004 0.008 0.020
#> SRR317036 4 0.3177 0.6903 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR317037 4 0.6229 0.3689 0.000 0.148 0.004 0.536 0.312
#> SRR317038 4 0.5986 0.4233 0.000 0.116 0.004 0.556 0.324
#> SRR317039 4 0.2719 0.7080 0.000 0.004 0.000 0.852 0.144
#> SRR317040 4 0.3047 0.7031 0.000 0.004 0.004 0.832 0.160
#> SRR317041 2 0.4240 0.5898 0.000 0.700 0.004 0.012 0.284
#> SRR317042 4 0.4989 0.6925 0.000 0.000 0.124 0.708 0.168
#> SRR317043 4 0.4960 0.6900 0.000 0.000 0.112 0.708 0.180
#> SRR317044 2 0.2770 0.7663 0.000 0.864 0.004 0.008 0.124
#> SRR317045 2 0.3474 0.7149 0.000 0.796 0.004 0.008 0.192
#> SRR317046 2 0.4044 0.6302 0.000 0.732 0.004 0.012 0.252
#> SRR317047 2 0.4305 0.5766 0.000 0.688 0.004 0.012 0.296
#> SRR317048 5 0.0671 0.5718 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR317049 5 0.3752 0.0459 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR317050 4 0.4268 0.5081 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR317051 4 0.4249 0.5234 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR317052 4 0.4573 0.7005 0.000 0.000 0.092 0.744 0.164
#> SRR317053 4 0.4457 0.7042 0.000 0.000 0.092 0.756 0.152
#> SRR317054 4 0.3990 0.5764 0.000 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR317055 4 0.3949 0.5893 0.000 0.004 0.000 0.696 0.300
#> SRR317056 5 0.0865 0.5720 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR317057 5 0.0865 0.5720 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR317059 4 0.0000 0.6902 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317060 4 0.0703 0.6869 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR317061 4 0.0609 0.6878 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR317062 2 0.4891 0.2350 0.000 0.500 0.004 0.016 0.480
#> SRR317063 2 0.5051 0.2118 0.000 0.488 0.004 0.024 0.484
#> SRR317064 2 0.1952 0.7931 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR317065 2 0.1662 0.8027 0.000 0.936 0.004 0.004 0.056
#> SRR317066 2 0.1924 0.7981 0.000 0.924 0.004 0.008 0.064
#> SRR317067 2 0.2054 0.7947 0.000 0.916 0.004 0.008 0.072
#> SRR317068 2 0.4694 0.5771 0.000 0.676 0.004 0.288 0.032
#> SRR317069 4 0.5119 -0.0938 0.000 0.464 0.004 0.504 0.028
#> SRR768413 5 0.6399 0.1561 0.000 0.000 0.360 0.176 0.464
#> SRR768414 5 0.6399 0.1573 0.000 0.000 0.360 0.176 0.464
#> SRR387661 3 0.3359 0.5081 0.000 0.000 0.844 0.084 0.072
#> SRR387662 5 0.6180 0.2220 0.000 0.000 0.404 0.136 0.460
#> SRR768411 1 0.1444 0.9472 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> SRR768412 1 0.1982 0.9317 0.932 0.000 0.028 0.012 0.028
#> SRR534289 2 0.0162 0.8179 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534290 2 0.1638 0.8083 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> SRR534291 2 0.5320 0.2370 0.000 0.572 0.060 0.000 0.368
#> SRR534292 5 0.5114 0.0706 0.000 0.472 0.036 0.000 0.492
#> SRR534293 5 0.2569 0.5681 0.000 0.000 0.068 0.040 0.892
#> SRR534294 5 0.2325 0.5717 0.000 0.000 0.068 0.028 0.904
#> SRR534295 5 0.4300 0.0563 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR534296 5 0.4192 0.1813 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR534297 5 0.1270 0.5807 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR534298 5 0.1571 0.5797 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR534299 5 0.3612 0.5056 0.000 0.228 0.008 0.000 0.764
#> SRR534300 5 0.4905 0.0562 0.000 0.476 0.024 0.000 0.500
#> SRR534301 2 0.3731 0.6912 0.000 0.800 0.040 0.000 0.160
#> SRR534302 2 0.4793 0.5184 0.000 0.684 0.056 0.000 0.260
#> SRR534303 5 0.4981 0.5032 0.000 0.188 0.108 0.000 0.704
#> SRR534304 5 0.5594 0.4427 0.000 0.284 0.108 0.000 0.608
#> SRR534305 3 0.4268 0.5340 0.000 0.268 0.708 0.000 0.024
#> SRR534306 3 0.4602 0.4850 0.000 0.316 0.656 0.000 0.028
#> SRR534307 3 0.3109 0.6885 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR534308 3 0.3210 0.6793 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR534309 5 0.6341 0.0723 0.000 0.160 0.396 0.000 0.444
#> SRR534310 3 0.6352 0.1607 0.000 0.176 0.488 0.000 0.336
#> SRR534311 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.8170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.1270 0.8119 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534326 2 0.0162 0.8171 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.8170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534329 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534330 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534331 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534332 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534333 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534334 2 0.0510 0.8178 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR534335 2 0.0404 0.8180 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.8170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0324 0.8180 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR545687 4 0.2516 0.6343 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR545688 4 0.1965 0.6615 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR545689 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545690 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545691 2 0.0000 0.8170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.8170 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0162 0.8171 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.1043 0.8149 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR545695 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545696 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545697 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545698 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545699 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545700 1 0.0162 0.9861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545701 2 0.0290 0.8179 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR545702 2 0.0290 0.8179 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR545703 2 0.1571 0.8085 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR545704 2 0.1282 0.8133 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR545705 2 0.0162 0.8177 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545706 2 0.0162 0.8177 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545707 2 0.1608 0.8060 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR545708 2 0.0162 0.8177 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545709 2 0.1704 0.8060 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR545710 2 0.0324 0.8182 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR545711 2 0.1041 0.8159 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR545712 2 0.1831 0.8031 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR545713 2 0.4812 0.6689 0.000 0.736 0.108 0.152 0.004
#> SRR545714 2 0.3010 0.7396 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR545715 2 0.2536 0.7743 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR545716 2 0.2439 0.7795 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR545717 2 0.2488 0.7769 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR545718 2 0.2488 0.7769 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR545719 2 0.1704 0.8060 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR545720 2 0.0510 0.8178 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR545721 2 0.2124 0.7933 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR545722 2 0.2389 0.7819 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR545723 2 0.0162 0.8179 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 3 0.4701 0.63345 0.068 0.000 0.752 0.068 0.004 0.108
#> SRR307898 3 0.3779 0.67560 0.056 0.000 0.820 0.080 0.004 0.040
#> SRR307899 3 0.4388 0.66690 0.056 0.000 0.784 0.092 0.012 0.056
#> SRR307900 3 0.4562 0.66626 0.056 0.000 0.776 0.092 0.020 0.056
#> SRR307901 2 0.1563 0.85090 0.000 0.932 0.056 0.000 0.012 0.000
#> SRR307902 2 0.1152 0.86320 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044 0.000
#> SRR307903 2 0.1531 0.84255 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000
#> SRR307904 2 0.2178 0.79656 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR307905 4 0.7077 0.08043 0.000 0.312 0.072 0.364 0.252 0.000
#> SRR307906 2 0.7381 0.00911 0.000 0.396 0.168 0.260 0.176 0.000
#> SRR307907 3 0.1863 0.76179 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR307908 3 0.1204 0.76871 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR307909 4 0.4094 0.45860 0.000 0.224 0.008 0.728 0.040 0.000
#> SRR307910 4 0.4109 0.42975 0.000 0.268 0.004 0.700 0.024 0.004
#> SRR307911 3 0.5658 0.38678 0.000 0.000 0.508 0.176 0.316 0.000
#> SRR307912 4 0.5383 0.22014 0.000 0.000 0.112 0.472 0.416 0.000
#> SRR307913 5 0.2523 0.55922 0.000 0.004 0.016 0.036 0.896 0.048
#> SRR307914 5 0.4381 0.58030 0.000 0.000 0.144 0.024 0.752 0.080
#> SRR307915 4 0.3956 0.47042 0.000 0.000 0.032 0.704 0.264 0.000
#> SRR307916 4 0.3766 0.48332 0.000 0.000 0.032 0.736 0.232 0.000
#> SRR307917 3 0.5133 0.33935 0.000 0.380 0.552 0.020 0.048 0.000
#> SRR307918 3 0.4071 0.57323 0.000 0.248 0.712 0.004 0.036 0.000
#> SRR307919 3 0.3727 0.68696 0.000 0.000 0.784 0.128 0.088 0.000
#> SRR307920 3 0.2457 0.77356 0.000 0.036 0.880 0.000 0.084 0.000
#> SRR307921 6 0.3448 0.54236 0.188 0.008 0.008 0.000 0.008 0.788
#> SRR307922 6 0.1533 0.65793 0.016 0.016 0.012 0.000 0.008 0.948
#> SRR307923 6 0.3711 0.50982 0.000 0.000 0.000 0.020 0.260 0.720
#> SRR307924 5 0.4189 0.28176 0.000 0.000 0.000 0.020 0.604 0.376
#> SRR307925 4 0.4117 0.47520 0.000 0.000 0.032 0.672 0.296 0.000
#> SRR307926 3 0.4578 0.49560 0.000 0.004 0.568 0.032 0.396 0.000
#> SRR307927 5 0.4347 0.17702 0.000 0.004 0.288 0.040 0.668 0.000
#> SRR307928 3 0.4313 0.55109 0.000 0.004 0.604 0.020 0.372 0.000
#> SRR307929 5 0.4857 -0.27060 0.000 0.004 0.424 0.048 0.524 0.000
#> SRR307930 6 0.4968 0.31851 0.000 0.000 0.056 0.432 0.004 0.508
#> SRR307931 6 0.4981 0.28316 0.000 0.000 0.056 0.452 0.004 0.488
#> SRR307932 2 0.2750 0.78076 0.000 0.844 0.020 0.000 0.136 0.000
#> SRR307933 2 0.3706 0.35657 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 1 0.5846 0.50709 0.608 0.000 0.028 0.216 0.008 0.140
#> SRR315298 1 0.6053 0.42698 0.564 0.000 0.020 0.232 0.008 0.176
#> SRR315299 4 0.1642 0.50286 0.000 0.000 0.028 0.936 0.004 0.032
#> SRR315300 4 0.1485 0.50556 0.000 0.000 0.028 0.944 0.004 0.024
#> SRR315301 3 0.2300 0.73931 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR315302 3 0.2340 0.73628 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR315303 5 0.3337 0.62123 0.000 0.260 0.000 0.004 0.736 0.000
#> SRR315304 5 0.3636 0.53601 0.000 0.320 0.000 0.004 0.676 0.000
#> SRR315305 4 0.3972 0.06851 0.000 0.000 0.012 0.664 0.004 0.320
#> SRR315306 4 0.4024 -0.11105 0.000 0.000 0.004 0.592 0.004 0.400
#> SRR315307 5 0.3383 0.61689 0.000 0.268 0.000 0.004 0.728 0.000
#> SRR315308 5 0.3398 0.62499 0.000 0.252 0.000 0.008 0.740 0.000
#> SRR315309 4 0.3955 -0.19141 0.000 0.000 0.000 0.560 0.004 0.436
#> SRR315310 4 0.1738 0.49088 0.000 0.000 0.016 0.928 0.004 0.052
#> SRR315311 4 0.2163 0.45663 0.000 0.000 0.008 0.892 0.004 0.096
#> SRR315312 4 0.1738 0.49088 0.000 0.000 0.016 0.928 0.004 0.052
#> SRR315313 2 0.1958 0.81518 0.000 0.896 0.100 0.000 0.004 0.000
#> SRR315314 2 0.1261 0.86680 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024 0.000
#> SRR315315 2 0.3606 0.72433 0.000 0.800 0.140 0.008 0.052 0.000
#> SRR315316 2 0.5866 0.39900 0.000 0.576 0.024 0.204 0.196 0.000
#> SRR315318 2 0.3601 0.50715 0.000 0.684 0.000 0.004 0.312 0.000
#> SRR315319 5 0.4075 0.68070 0.000 0.128 0.064 0.004 0.784 0.020
#> SRR315320 5 0.5277 0.64724 0.000 0.120 0.084 0.004 0.704 0.088
#> SRR315321 5 0.4149 0.68169 0.000 0.116 0.084 0.008 0.780 0.012
#> SRR315322 5 0.3941 0.68034 0.000 0.108 0.076 0.004 0.796 0.016
#> SRR315323 5 0.4639 0.65087 0.000 0.096 0.104 0.052 0.748 0.000
#> SRR315324 5 0.4542 0.66870 0.000 0.176 0.100 0.008 0.716 0.000
#> SRR315325 3 0.1970 0.77592 0.000 0.028 0.912 0.000 0.060 0.000
#> SRR315326 3 0.2001 0.77197 0.000 0.048 0.912 0.000 0.040 0.000
#> SRR315327 3 0.2003 0.77358 0.000 0.044 0.912 0.000 0.044 0.000
#> SRR315328 3 0.2629 0.76373 0.000 0.040 0.868 0.000 0.092 0.000
#> SRR315329 3 0.2070 0.77088 0.000 0.048 0.908 0.000 0.044 0.000
#> SRR315330 3 0.1411 0.76815 0.000 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR315331 3 0.1387 0.76803 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR315332 4 0.4286 0.49084 0.000 0.000 0.164 0.728 0.108 0.000
#> SRR315333 4 0.4410 0.48424 0.000 0.000 0.164 0.716 0.120 0.000
#> SRR315334 3 0.1757 0.76814 0.000 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR315335 3 0.2848 0.74235 0.000 0.000 0.828 0.004 0.160 0.008
#> SRR315336 3 0.4039 0.31619 0.000 0.000 0.568 0.424 0.000 0.008
#> SRR315337 4 0.4184 -0.17713 0.000 0.000 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR317035 2 0.1615 0.85139 0.000 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004
#> SRR317036 6 0.5666 0.42561 0.000 0.000 0.120 0.028 0.260 0.592
#> SRR317037 5 0.5378 -0.11332 0.000 0.028 0.016 0.028 0.548 0.380
#> SRR317038 5 0.5347 -0.16056 0.000 0.024 0.016 0.028 0.532 0.400
#> SRR317039 6 0.1649 0.65535 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> SRR317040 6 0.3345 0.58817 0.000 0.000 0.000 0.028 0.184 0.788
#> SRR317041 5 0.3891 0.67833 0.000 0.140 0.072 0.008 0.780 0.000
#> SRR317042 4 0.3993 -0.25120 0.000 0.000 0.000 0.520 0.004 0.476
#> SRR317043 4 0.3989 -0.23269 0.000 0.000 0.000 0.528 0.004 0.468
#> SRR317044 5 0.3584 0.57025 0.000 0.308 0.000 0.004 0.688 0.000
#> SRR317045 5 0.3468 0.60800 0.000 0.284 0.000 0.004 0.712 0.000
#> SRR317046 5 0.4822 0.20983 0.000 0.476 0.036 0.008 0.480 0.000
#> SRR317047 5 0.4268 0.61695 0.000 0.264 0.036 0.008 0.692 0.000
#> SRR317048 5 0.2523 0.55922 0.000 0.004 0.016 0.036 0.896 0.048
#> SRR317049 5 0.4170 0.58921 0.000 0.000 0.144 0.024 0.768 0.064
#> SRR317050 6 0.7343 0.35541 0.000 0.000 0.136 0.228 0.236 0.400
#> SRR317051 6 0.7317 0.35177 0.000 0.000 0.136 0.236 0.220 0.408
#> SRR317052 6 0.3995 0.26032 0.000 0.000 0.000 0.480 0.004 0.516
#> SRR317053 6 0.3979 0.30521 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR317054 6 0.5628 0.44524 0.000 0.028 0.016 0.044 0.384 0.528
#> SRR317055 6 0.5687 0.47971 0.000 0.028 0.016 0.052 0.360 0.544
#> SRR317056 5 0.3582 0.61657 0.000 0.004 0.136 0.008 0.808 0.044
#> SRR317057 5 0.3668 0.61360 0.000 0.004 0.132 0.008 0.804 0.052
#> SRR317059 6 0.1129 0.66001 0.012 0.012 0.008 0.000 0.004 0.964
#> SRR317060 6 0.1379 0.65827 0.008 0.016 0.008 0.008 0.004 0.956
#> SRR317061 6 0.1379 0.65827 0.008 0.016 0.008 0.008 0.004 0.956
#> SRR317062 5 0.3809 0.62758 0.000 0.016 0.140 0.004 0.796 0.044
#> SRR317063 5 0.3911 0.62409 0.000 0.012 0.132 0.012 0.796 0.048
#> SRR317064 5 0.3979 0.17111 0.000 0.456 0.000 0.004 0.540 0.000
#> SRR317065 2 0.3830 0.35134 0.000 0.620 0.000 0.004 0.376 0.000
#> SRR317066 2 0.3982 0.08953 0.000 0.536 0.000 0.004 0.460 0.000
#> SRR317067 2 0.4129 -0.07137 0.000 0.496 0.000 0.004 0.496 0.004
#> SRR317068 2 0.2420 0.81825 0.000 0.888 0.000 0.004 0.032 0.076
#> SRR317069 2 0.4168 0.34722 0.000 0.584 0.000 0.000 0.016 0.400
#> SRR768413 4 0.1857 0.49766 0.000 0.000 0.028 0.924 0.004 0.044
#> SRR768414 4 0.1857 0.49766 0.000 0.000 0.028 0.924 0.004 0.044
#> SRR387661 4 0.4096 -0.17381 0.000 0.000 0.484 0.508 0.000 0.008
#> SRR387662 4 0.2039 0.50511 0.000 0.000 0.052 0.916 0.012 0.020
#> SRR768411 1 0.3571 0.81372 0.828 0.000 0.052 0.008 0.016 0.096
#> SRR768412 1 0.3137 0.84289 0.856 0.000 0.020 0.012 0.020 0.092
#> SRR534289 2 0.0632 0.87044 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR534290 2 0.0405 0.87482 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR534291 2 0.5650 0.28559 0.000 0.544 0.016 0.116 0.324 0.000
#> SRR534292 2 0.6239 -0.02697 0.000 0.420 0.012 0.220 0.348 0.000
#> SRR534293 4 0.4357 0.49987 0.000 0.000 0.156 0.732 0.108 0.004
#> SRR534294 4 0.4348 0.49922 0.000 0.000 0.160 0.732 0.104 0.004
#> SRR534295 3 0.3344 0.72894 0.000 0.000 0.804 0.044 0.152 0.000
#> SRR534296 3 0.5082 0.23871 0.000 0.000 0.512 0.080 0.408 0.000
#> SRR534297 4 0.5598 0.25809 0.000 0.000 0.152 0.492 0.356 0.000
#> SRR534298 4 0.5637 0.24785 0.000 0.000 0.156 0.480 0.364 0.000
#> SRR534299 4 0.5989 0.23395 0.000 0.184 0.012 0.500 0.304 0.000
#> SRR534300 4 0.5425 0.14602 0.000 0.404 0.008 0.496 0.092 0.000
#> SRR534301 2 0.2517 0.81122 0.000 0.876 0.016 0.008 0.100 0.000
#> SRR534302 2 0.3668 0.74045 0.000 0.800 0.032 0.024 0.144 0.000
#> SRR534303 4 0.6153 0.35524 0.000 0.180 0.040 0.552 0.228 0.000
#> SRR534304 4 0.5777 0.36470 0.000 0.256 0.024 0.576 0.144 0.000
#> SRR534305 3 0.3473 0.65151 0.000 0.192 0.780 0.004 0.024 0.000
#> SRR534306 3 0.2778 0.67942 0.000 0.168 0.824 0.000 0.008 0.000
#> SRR534307 3 0.1983 0.76775 0.000 0.000 0.908 0.020 0.072 0.000
#> SRR534308 3 0.2066 0.76741 0.000 0.000 0.904 0.024 0.072 0.000
#> SRR534309 3 0.6279 0.46997 0.000 0.192 0.580 0.132 0.096 0.000
#> SRR534310 3 0.4488 0.62696 0.000 0.196 0.724 0.024 0.056 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0547 0.87429 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR534318 2 0.0146 0.87572 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534319 1 0.0291 0.95846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR534320 1 0.0291 0.95846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR534321 1 0.0291 0.95846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR534322 1 0.0291 0.95846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR534323 1 0.0291 0.95846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR534324 1 0.0291 0.95846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR534325 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0363 0.87435 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR534327 2 0.0363 0.87435 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.87555 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0146 0.87533 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545685 2 0.0935 0.86861 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR545686 2 0.0458 0.87410 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR545687 6 0.2662 0.63798 0.072 0.016 0.008 0.008 0.008 0.888
#> SRR545688 6 0.2298 0.64961 0.048 0.016 0.008 0.008 0.008 0.912
#> SRR545689 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0458 0.87328 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR545692 2 0.0458 0.87328 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR545693 2 0.0363 0.87435 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.87555 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.96201 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0260 0.87572 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR545702 2 0.0260 0.87572 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR545703 2 0.0146 0.87533 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545704 2 0.0146 0.87533 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545705 2 0.0363 0.87551 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR545706 2 0.0458 0.87493 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR545707 2 0.0405 0.87488 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR545708 2 0.0458 0.87410 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR545709 2 0.0291 0.87499 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR545710 2 0.0146 0.87533 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545711 2 0.0291 0.87482 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR545712 2 0.0508 0.87259 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR545713 2 0.1401 0.85500 0.000 0.948 0.020 0.000 0.004 0.028
#> SRR545714 2 0.1082 0.85802 0.000 0.956 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR545715 2 0.0692 0.86911 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR545716 2 0.0508 0.87259 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR545717 2 0.0603 0.87275 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR545718 2 0.0603 0.87138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR545719 2 0.0405 0.87382 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR545720 2 0.0146 0.87533 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545721 2 0.0405 0.87364 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR545722 2 0.0508 0.87259 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR545723 2 0.1594 0.85138 0.000 0.932 0.016 0.000 0.052 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.422 0.832 0.896 0.4729 0.503 0.503
#> 3 3 0.551 0.689 0.811 0.3336 0.848 0.698
#> 4 4 0.583 0.658 0.781 0.1091 0.915 0.771
#> 5 5 0.686 0.600 0.715 0.0783 0.925 0.764
#> 6 6 0.699 0.488 0.677 0.0378 0.878 0.575
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR307898 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR307899 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR307900 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR307901 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR307902 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR307903 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR307904 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR307905 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR307906 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR307907 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR307908 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR307909 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.4431 0.857 0.092 0.908
#> SRR307914 2 0.7883 0.766 0.236 0.764
#> SRR307915 2 0.2778 0.860 0.048 0.952
#> SRR307916 2 0.2778 0.860 0.048 0.952
#> SRR307917 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR307918 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR307919 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR307921 2 0.9129 0.601 0.328 0.672
#> SRR307922 2 0.9129 0.601 0.328 0.672
#> SRR307923 2 0.9732 0.470 0.404 0.596
#> SRR307924 2 0.9732 0.470 0.404 0.596
#> SRR307925 2 0.2778 0.860 0.048 0.952
#> SRR307926 2 0.3733 0.863 0.072 0.928
#> SRR307927 2 0.3733 0.863 0.072 0.928
#> SRR307928 2 0.3733 0.863 0.072 0.928
#> SRR307929 2 0.3733 0.863 0.072 0.928
#> SRR307930 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR307931 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR307932 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR307933 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315297 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315298 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315299 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315300 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315301 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR315302 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR315303 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR315304 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR315305 2 0.4298 0.853 0.088 0.912
#> SRR315306 2 0.4298 0.853 0.088 0.912
#> SRR315307 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR315308 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR315309 2 0.4298 0.853 0.088 0.912
#> SRR315310 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315311 2 0.4161 0.856 0.084 0.916
#> SRR315312 2 0.4161 0.856 0.084 0.916
#> SRR315313 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315314 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315315 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR315316 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR315318 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR315319 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR315320 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR315321 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR315322 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR315323 2 0.0376 0.858 0.004 0.996
#> SRR315324 2 0.0376 0.858 0.004 0.996
#> SRR315325 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315326 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315327 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315328 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315329 2 0.7602 0.791 0.220 0.780
#> SRR315330 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR315331 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR315332 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315333 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315334 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR315337 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR317035 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317036 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317037 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317038 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317039 1 0.5946 0.848 0.856 0.144
#> SRR317040 1 0.0376 0.899 0.996 0.004
#> SRR317041 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317042 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317043 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317044 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR317045 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR317046 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317047 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317048 2 0.4431 0.857 0.092 0.908
#> SRR317049 2 0.7883 0.766 0.236 0.764
#> SRR317050 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317051 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317052 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317054 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317055 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317056 2 0.8144 0.752 0.252 0.748
#> SRR317057 2 0.8144 0.752 0.252 0.748
#> SRR317059 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317061 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317062 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR317063 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR317064 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317065 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR317066 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR317067 1 0.9209 0.486 0.664 0.336
#> SRR317068 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR317069 1 0.7376 0.788 0.792 0.208
#> SRR768413 2 0.5629 0.828 0.132 0.868
#> SRR768414 2 0.5629 0.828 0.132 0.868
#> SRR387661 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR387662 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR768411 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR768412 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR534289 1 0.5059 0.868 0.888 0.112
#> SRR534290 1 0.5059 0.868 0.888 0.112
#> SRR534291 2 0.5178 0.848 0.116 0.884
#> SRR534292 2 0.5178 0.848 0.116 0.884
#> SRR534293 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR534294 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR534295 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.2778 0.860 0.048 0.952
#> SRR534298 2 0.2778 0.860 0.048 0.952
#> SRR534299 2 0.5737 0.825 0.136 0.864
#> SRR534300 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR534302 2 0.4022 0.864 0.080 0.920
#> SRR534303 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.857 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR534306 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR534307 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR534308 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR534309 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR534310 2 0.7139 0.808 0.196 0.804
#> SRR534311 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534317 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR534318 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR534319 2 0.3733 0.857 0.072 0.928
#> SRR534320 2 0.3733 0.857 0.072 0.928
#> SRR534321 2 0.3733 0.857 0.072 0.928
#> SRR534322 2 0.3733 0.857 0.072 0.928
#> SRR534323 2 0.3733 0.857 0.072 0.928
#> SRR534324 2 0.3733 0.857 0.072 0.928
#> SRR534325 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534326 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR534327 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR534328 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR534334 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR534335 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR545685 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545686 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545687 2 0.4815 0.849 0.104 0.896
#> SRR545688 2 0.4815 0.849 0.104 0.896
#> SRR545689 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545691 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR545692 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR545693 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR545694 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545695 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR545696 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR545697 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR545698 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR545699 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR545700 2 0.6973 0.775 0.188 0.812
#> SRR545701 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545702 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545703 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545704 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545705 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR545706 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR545707 1 0.5059 0.868 0.888 0.112
#> SRR545708 1 0.0672 0.899 0.992 0.008
#> SRR545709 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545710 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
#> SRR545711 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545712 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545713 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545714 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545715 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545716 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545717 1 0.5059 0.868 0.888 0.112
#> SRR545718 1 0.5059 0.868 0.888 0.112
#> SRR545719 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545720 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545721 1 0.0000 0.900 1.000 0.000
#> SRR545722 1 0.4298 0.887 0.912 0.088
#> SRR545723 1 0.4161 0.889 0.916 0.084
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR307898 3 0.1289 0.731 0.032 0.000 0.968
#> SRR307899 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR307900 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR307901 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR307902 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR307903 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR307904 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR307905 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR307906 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR307907 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR307909 3 0.5291 0.528 0.268 0.000 0.732
#> SRR307910 3 0.5291 0.528 0.268 0.000 0.732
#> SRR307911 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR307912 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR307913 1 0.6661 0.297 0.588 0.012 0.400
#> SRR307914 3 0.8518 0.276 0.356 0.104 0.540
#> SRR307915 1 0.2711 0.716 0.912 0.000 0.088
#> SRR307916 1 0.2711 0.716 0.912 0.000 0.088
#> SRR307917 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR307918 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR307919 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR307920 3 0.1337 0.739 0.016 0.012 0.972
#> SRR307921 3 0.9463 0.263 0.256 0.244 0.500
#> SRR307922 3 0.9463 0.263 0.256 0.244 0.500
#> SRR307923 3 0.9033 0.314 0.180 0.272 0.548
#> SRR307924 3 0.9033 0.314 0.180 0.272 0.548
#> SRR307925 1 0.2711 0.716 0.912 0.000 0.088
#> SRR307926 1 0.6786 0.227 0.540 0.012 0.448
#> SRR307927 1 0.6786 0.227 0.540 0.012 0.448
#> SRR307928 1 0.6786 0.227 0.540 0.012 0.448
#> SRR307929 1 0.6786 0.227 0.540 0.012 0.448
#> SRR307930 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR307933 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315297 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR315298 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR315299 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR315300 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR315301 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR315304 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR315305 3 0.4235 0.643 0.176 0.000 0.824
#> SRR315306 3 0.4235 0.643 0.176 0.000 0.824
#> SRR315307 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR315308 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR315309 3 0.4235 0.643 0.176 0.000 0.824
#> SRR315310 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR315311 1 0.2261 0.714 0.932 0.000 0.068
#> SRR315312 1 0.2261 0.714 0.932 0.000 0.068
#> SRR315313 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315314 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315315 3 0.0424 0.741 0.008 0.000 0.992
#> SRR315316 3 0.0424 0.741 0.008 0.000 0.992
#> SRR315318 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR315319 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR315320 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR315321 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR315322 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR315323 3 0.5517 0.527 0.268 0.004 0.728
#> SRR315324 3 0.5517 0.527 0.268 0.004 0.728
#> SRR315325 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315326 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315327 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315328 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315329 3 0.1182 0.739 0.012 0.012 0.976
#> SRR315330 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR315332 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR315333 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR315334 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR315335 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR315336 3 0.1163 0.733 0.028 0.000 0.972
#> SRR315337 3 0.1163 0.733 0.028 0.000 0.972
#> SRR317035 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317039 2 0.5582 0.844 0.088 0.812 0.100
#> SRR317040 2 0.0475 0.901 0.004 0.992 0.004
#> SRR317041 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317042 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317043 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317044 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR317045 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR317046 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 1 0.6661 0.297 0.588 0.012 0.400
#> SRR317049 3 0.8518 0.276 0.356 0.104 0.540
#> SRR317050 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317051 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317052 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317054 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317055 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317056 3 0.9379 0.198 0.348 0.180 0.472
#> SRR317057 3 0.9379 0.198 0.348 0.180 0.472
#> SRR317059 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR317060 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317061 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317062 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR317063 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR317064 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR317065 2 0.0237 0.901 0.004 0.996 0.000
#> SRR317066 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR317067 2 0.8233 0.564 0.116 0.612 0.272
#> SRR317068 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR317069 2 0.6910 0.776 0.144 0.736 0.120
#> SRR768413 1 0.0892 0.699 0.980 0.000 0.020
#> SRR768414 1 0.0892 0.699 0.980 0.000 0.020
#> SRR387661 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR387662 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR768411 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR768412 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR534289 2 0.4479 0.872 0.044 0.860 0.096
#> SRR534290 2 0.4479 0.872 0.044 0.860 0.096
#> SRR534291 1 0.6627 0.391 0.644 0.020 0.336
#> SRR534292 1 0.6627 0.391 0.644 0.020 0.336
#> SRR534293 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR534294 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR534295 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR534296 3 0.6111 0.239 0.396 0.000 0.604
#> SRR534297 1 0.2711 0.716 0.912 0.000 0.088
#> SRR534298 1 0.2711 0.716 0.912 0.000 0.088
#> SRR534299 1 0.0000 0.693 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 3 0.5291 0.528 0.268 0.000 0.732
#> SRR534301 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR534302 1 0.7043 0.221 0.532 0.020 0.448
#> SRR534303 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR534304 1 0.4796 0.647 0.780 0.000 0.220
#> SRR534305 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.741 0.000 0.000 1.000
#> SRR534307 3 0.2448 0.704 0.076 0.000 0.924
#> SRR534308 3 0.2448 0.704 0.076 0.000 0.924
#> SRR534309 3 0.0424 0.741 0.008 0.000 0.992
#> SRR534310 3 0.0424 0.741 0.008 0.000 0.992
#> SRR534311 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534312 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534313 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534314 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534315 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534316 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.3530 0.892 0.032 0.900 0.068
#> SRR534318 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR534319 1 0.2165 0.715 0.936 0.000 0.064
#> SRR534320 1 0.2165 0.715 0.936 0.000 0.064
#> SRR534321 1 0.2165 0.715 0.936 0.000 0.064
#> SRR534322 1 0.2165 0.715 0.936 0.000 0.064
#> SRR534323 1 0.2165 0.715 0.936 0.000 0.064
#> SRR534324 1 0.2165 0.715 0.936 0.000 0.064
#> SRR534325 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR534327 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR534328 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534329 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534330 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534331 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534332 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534333 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR534335 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR545685 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545686 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 3 0.4002 0.655 0.160 0.000 0.840
#> SRR545688 3 0.4002 0.655 0.160 0.000 0.840
#> SRR545689 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545690 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR545692 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR545693 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR545694 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545695 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR545696 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR545697 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR545698 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR545699 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR545700 1 0.1860 0.672 0.948 0.052 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545704 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545705 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR545706 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR545707 2 0.4479 0.872 0.044 0.860 0.096
#> SRR545708 2 0.0892 0.900 0.020 0.980 0.000
#> SRR545709 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545710 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
#> SRR545711 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545712 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545713 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545714 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545715 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.4479 0.872 0.044 0.860 0.096
#> SRR545718 2 0.4479 0.872 0.044 0.860 0.096
#> SRR545719 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.901 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.3742 0.891 0.036 0.892 0.072
#> SRR545723 2 0.3649 0.892 0.036 0.896 0.068
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307898 3 0.3528 0.6837 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR307899 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR307900 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR307901 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR307902 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR307903 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR307904 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR307905 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR307906 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR307907 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307909 3 0.5619 0.5429 0.056 0.000 0.676 0.268
#> SRR307910 3 0.5619 0.5429 0.056 0.000 0.676 0.268
#> SRR307911 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR307912 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR307913 4 0.6454 0.3832 0.344 0.000 0.084 0.572
#> SRR307914 3 0.9229 -0.0970 0.244 0.080 0.344 0.332
#> SRR307915 1 0.3529 0.8060 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR307916 1 0.3529 0.8060 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR307917 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR307918 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR307919 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR307920 3 0.1474 0.7765 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR307921 4 0.9214 -0.0263 0.100 0.192 0.312 0.396
#> SRR307922 4 0.9214 -0.0263 0.100 0.192 0.312 0.396
#> SRR307923 3 0.9445 0.0523 0.112 0.220 0.356 0.312
#> SRR307924 3 0.9445 0.0523 0.112 0.220 0.356 0.312
#> SRR307925 1 0.3529 0.8060 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR307926 4 0.6973 0.4375 0.300 0.000 0.144 0.556
#> SRR307927 4 0.6973 0.4375 0.300 0.000 0.144 0.556
#> SRR307928 4 0.6973 0.4375 0.300 0.000 0.144 0.556
#> SRR307929 4 0.6973 0.4375 0.300 0.000 0.144 0.556
#> SRR307930 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307931 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307932 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR307933 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315297 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR315298 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR315299 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR315300 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR315301 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315303 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR315304 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR315305 3 0.4746 0.6577 0.056 0.000 0.776 0.168
#> SRR315306 3 0.4746 0.6577 0.056 0.000 0.776 0.168
#> SRR315307 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR315308 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR315309 3 0.4746 0.6577 0.056 0.000 0.776 0.168
#> SRR315310 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR315311 1 0.4914 0.5613 0.676 0.000 0.012 0.312
#> SRR315312 1 0.4914 0.5613 0.676 0.000 0.012 0.312
#> SRR315313 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315314 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315315 3 0.3172 0.7058 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR315316 3 0.3172 0.7058 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR315318 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR315319 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR315320 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR315321 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR315322 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR315323 3 0.5769 0.5448 0.056 0.004 0.676 0.264
#> SRR315324 3 0.5769 0.5448 0.056 0.004 0.676 0.264
#> SRR315325 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315326 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315327 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315328 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315329 3 0.1389 0.7769 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR315330 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.7793 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315332 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR315333 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR315334 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR315335 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR315336 3 0.2081 0.7442 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR315337 3 0.2081 0.7442 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR317035 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317037 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317039 2 0.5690 0.8119 0.024 0.744 0.068 0.164
#> SRR317040 2 0.0895 0.8708 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR317041 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317042 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317043 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317044 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR317045 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR317046 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317048 4 0.6454 0.3832 0.344 0.000 0.084 0.572
#> SRR317049 3 0.9229 -0.0970 0.244 0.080 0.344 0.332
#> SRR317050 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317051 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317052 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317053 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317054 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317055 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317056 4 0.9663 0.1168 0.236 0.140 0.280 0.344
#> SRR317057 4 0.9663 0.1168 0.236 0.140 0.280 0.344
#> SRR317059 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317060 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317061 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317062 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR317063 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR317064 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR317065 2 0.0927 0.8704 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR317066 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR317067 2 0.8377 0.5653 0.080 0.544 0.180 0.196
#> SRR317068 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR317069 2 0.6337 0.7544 0.020 0.684 0.088 0.208
#> SRR768413 1 0.2048 0.7970 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR768414 1 0.2048 0.7970 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR387661 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR387662 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR768411 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR768412 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR534289 2 0.4698 0.8446 0.008 0.804 0.068 0.120
#> SRR534290 2 0.4698 0.8446 0.008 0.804 0.068 0.120
#> SRR534291 4 0.5775 0.3134 0.408 0.000 0.032 0.560
#> SRR534292 4 0.5775 0.3134 0.408 0.000 0.032 0.560
#> SRR534293 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR534294 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR534295 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR534296 4 0.5203 0.4301 0.048 0.000 0.232 0.720
#> SRR534297 1 0.3529 0.8060 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR534298 1 0.3529 0.8060 0.836 0.000 0.012 0.152
#> SRR534299 1 0.0336 0.8193 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR534300 3 0.5619 0.5429 0.056 0.000 0.676 0.268
#> SRR534301 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR534302 4 0.6936 0.4399 0.292 0.000 0.144 0.564
#> SRR534303 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR534304 4 0.6008 -0.1336 0.464 0.000 0.040 0.496
#> SRR534305 3 0.2704 0.7222 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR534306 3 0.2704 0.7222 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR534307 3 0.4916 0.2923 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR534308 3 0.4916 0.2923 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR534309 3 0.3172 0.7058 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR534310 3 0.3172 0.7058 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR534311 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534312 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534313 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534314 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534315 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534316 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.3938 0.8629 0.004 0.848 0.064 0.084
#> SRR534318 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR534319 1 0.2867 0.8338 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR534320 1 0.2867 0.8338 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR534321 1 0.2867 0.8338 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR534322 1 0.2867 0.8338 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR534323 1 0.2867 0.8338 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR534324 1 0.2867 0.8338 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR534325 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR534327 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR534328 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534329 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534330 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534331 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534332 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534333 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR534335 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR545685 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545686 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545687 3 0.4378 0.6756 0.040 0.000 0.796 0.164
#> SRR545688 3 0.4378 0.6756 0.040 0.000 0.796 0.164
#> SRR545689 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545690 2 0.0188 0.8693 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR545692 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR545693 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR545694 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545695 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR545696 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR545697 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR545698 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR545699 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR545700 1 0.1576 0.8127 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR545701 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545704 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545705 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR545706 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR545707 2 0.4698 0.8446 0.008 0.804 0.068 0.120
#> SRR545708 2 0.1389 0.8708 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR545709 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545710 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
#> SRR545711 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545712 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545713 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545714 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545715 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.4698 0.8446 0.008 0.804 0.068 0.120
#> SRR545718 2 0.4698 0.8446 0.008 0.804 0.068 0.120
#> SRR545719 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.8700 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.4220 0.8603 0.008 0.836 0.068 0.088
#> SRR545723 2 0.4147 0.8617 0.008 0.840 0.064 0.088
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 3 0.0290 0.8003 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR307898 3 0.4307 0.6790 0.000 0.000 0.772 0.128 0.100
#> SRR307899 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR307900 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR307901 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR307902 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR307903 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR307904 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR307905 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR307906 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR307907 3 0.0290 0.8003 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR307908 3 0.0290 0.8003 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR307909 3 0.6140 0.4416 0.000 0.000 0.528 0.320 0.152
#> SRR307910 3 0.6140 0.4416 0.000 0.000 0.528 0.320 0.152
#> SRR307911 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR307912 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR307913 5 0.7011 0.3822 0.212 0.000 0.028 0.264 0.496
#> SRR307914 5 0.6773 0.4082 0.144 0.028 0.108 0.072 0.648
#> SRR307915 1 0.4060 0.6282 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR307916 1 0.4060 0.6282 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR307917 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR307918 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR307919 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR307920 3 0.1357 0.7989 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR307921 5 0.3410 0.3829 0.000 0.000 0.068 0.092 0.840
#> SRR307922 5 0.3410 0.3829 0.000 0.000 0.068 0.092 0.840
#> SRR307923 5 0.3542 0.4131 0.000 0.028 0.112 0.020 0.840
#> SRR307924 5 0.3542 0.4131 0.000 0.028 0.112 0.020 0.840
#> SRR307925 1 0.4074 0.6242 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR307926 5 0.7761 0.3865 0.172 0.000 0.104 0.268 0.456
#> SRR307927 5 0.7761 0.3865 0.172 0.000 0.104 0.268 0.456
#> SRR307928 5 0.7761 0.3865 0.172 0.000 0.104 0.268 0.456
#> SRR307929 5 0.7761 0.3865 0.172 0.000 0.104 0.268 0.456
#> SRR307930 3 0.0290 0.8003 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR307931 3 0.0290 0.8003 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR307932 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR307933 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315297 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR315298 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR315299 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR315300 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR315301 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315303 2 0.0703 0.7406 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR315304 2 0.0703 0.7406 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR315305 3 0.5725 0.5759 0.000 0.000 0.620 0.224 0.156
#> SRR315306 3 0.5725 0.5759 0.000 0.000 0.620 0.224 0.156
#> SRR315307 2 0.0703 0.7406 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR315308 2 0.0703 0.7406 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR315309 3 0.5725 0.5759 0.000 0.000 0.620 0.224 0.156
#> SRR315310 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR315311 1 0.4783 0.3511 0.532 0.000 0.004 0.452 0.012
#> SRR315312 1 0.4783 0.3511 0.532 0.000 0.004 0.452 0.012
#> SRR315313 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315314 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315315 3 0.3857 0.7046 0.000 0.000 0.808 0.108 0.084
#> SRR315316 3 0.3857 0.7046 0.000 0.000 0.808 0.108 0.084
#> SRR315318 2 0.0794 0.7416 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR315319 2 0.0794 0.7416 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR315320 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR315321 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR315322 2 0.0703 0.7406 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR315323 3 0.6158 0.4435 0.000 0.000 0.528 0.316 0.156
#> SRR315324 3 0.6158 0.4435 0.000 0.000 0.528 0.316 0.156
#> SRR315325 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315326 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315327 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315328 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315329 3 0.1282 0.8000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR315330 3 0.0290 0.8003 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR315331 3 0.0290 0.8003 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR315332 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR315333 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR315334 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR315335 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR315336 3 0.2505 0.7529 0.000 0.000 0.888 0.092 0.020
#> SRR315337 3 0.2505 0.7529 0.000 0.000 0.888 0.092 0.020
#> SRR317035 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317039 2 0.4965 0.5942 0.000 0.520 0.000 0.028 0.452
#> SRR317040 2 0.2471 0.7421 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR317041 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317042 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317043 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317044 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR317045 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR317046 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317048 5 0.7011 0.3822 0.212 0.000 0.028 0.264 0.496
#> SRR317049 5 0.6773 0.4082 0.144 0.028 0.108 0.072 0.648
#> SRR317050 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317051 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317052 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317054 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317055 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317056 5 0.6594 0.4444 0.144 0.088 0.044 0.056 0.668
#> SRR317057 5 0.6594 0.4444 0.144 0.088 0.044 0.056 0.668
#> SRR317059 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317061 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317062 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR317063 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR317064 2 0.0794 0.7416 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR317065 2 0.0794 0.7416 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR317066 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR317067 5 0.4165 -0.0974 0.000 0.320 0.008 0.000 0.672
#> SRR317068 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR317069 2 0.6287 0.5172 0.000 0.460 0.020 0.088 0.432
#> SRR768413 1 0.2206 0.7394 0.912 0.000 0.004 0.068 0.016
#> SRR768414 1 0.2206 0.7394 0.912 0.000 0.004 0.068 0.016
#> SRR387661 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR387662 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR768411 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.4227 0.6522 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR534290 2 0.4227 0.6522 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR534291 5 0.6634 0.3451 0.288 0.000 0.000 0.260 0.452
#> SRR534292 5 0.6634 0.3451 0.288 0.000 0.000 0.260 0.452
#> SRR534293 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR534294 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR534295 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR534296 4 0.5567 0.5450 0.000 0.000 0.160 0.644 0.196
#> SRR534297 1 0.4074 0.6242 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR534298 1 0.4074 0.6242 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR534299 1 0.0162 0.7631 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534300 3 0.6140 0.4416 0.000 0.000 0.528 0.320 0.152
#> SRR534301 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR534302 5 0.7734 0.3975 0.172 0.000 0.104 0.260 0.464
#> SRR534303 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR534304 4 0.3480 0.3907 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR534305 3 0.3102 0.7346 0.000 0.000 0.860 0.056 0.084
#> SRR534306 3 0.3102 0.7346 0.000 0.000 0.860 0.056 0.084
#> SRR534307 3 0.5922 0.1698 0.000 0.000 0.504 0.388 0.108
#> SRR534308 3 0.5922 0.1698 0.000 0.000 0.504 0.388 0.108
#> SRR534309 3 0.3857 0.7046 0.000 0.000 0.808 0.108 0.084
#> SRR534310 3 0.3857 0.7046 0.000 0.000 0.808 0.108 0.084
#> SRR534311 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.4074 0.6937 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR534318 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR534319 1 0.3109 0.7460 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR534320 1 0.3109 0.7460 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR534321 1 0.3109 0.7460 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR534322 1 0.3109 0.7460 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR534323 1 0.3109 0.7460 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR534324 1 0.3109 0.7460 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR534325 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR534327 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR534328 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR534335 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR545685 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545686 2 0.0000 0.7379 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 3 0.5590 0.5954 0.000 0.000 0.640 0.204 0.156
#> SRR545688 3 0.5590 0.5954 0.000 0.000 0.640 0.204 0.156
#> SRR545689 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 2 0.0162 0.7380 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR545692 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR545693 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR545694 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545695 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.1197 0.7628 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.1965 0.7457 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR545702 2 0.1965 0.7457 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR545703 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545704 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545705 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR545706 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR545707 2 0.4227 0.6522 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR545708 2 0.2605 0.7391 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR545709 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545710 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR545711 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545712 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545713 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545714 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545715 2 0.1965 0.7457 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR545716 2 0.1965 0.7457 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR545717 2 0.4227 0.6522 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR545718 2 0.4227 0.6522 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR545719 2 0.1965 0.7457 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR545720 2 0.1965 0.7457 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR545721 2 0.1965 0.7457 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR545722 2 0.4150 0.6841 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR545723 2 0.4126 0.6888 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 3 0.1444 0.82949 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307898 3 0.4738 0.61420 0.000 0.000 0.600 0.336 0.000 0.064
#> SRR307899 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR307900 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR307902 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR307903 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR307904 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR307905 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR307906 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR307907 3 0.1701 0.82996 0.000 0.000 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR307908 3 0.1701 0.82996 0.000 0.000 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR307909 6 0.7220 0.38512 0.000 0.000 0.304 0.140 0.156 0.400
#> SRR307910 6 0.7220 0.38512 0.000 0.000 0.304 0.140 0.156 0.400
#> SRR307911 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR307912 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR307913 4 0.7340 0.58996 0.140 0.000 0.008 0.428 0.276 0.148
#> SRR307914 5 0.6682 -0.17186 0.100 0.000 0.072 0.128 0.612 0.088
#> SRR307915 1 0.5034 0.35798 0.468 0.000 0.000 0.072 0.000 0.460
#> SRR307916 1 0.5034 0.35798 0.468 0.000 0.000 0.072 0.000 0.460
#> SRR307917 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR307918 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR307919 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR307920 3 0.1296 0.85690 0.000 0.000 0.948 0.004 0.044 0.004
#> SRR307921 5 0.3442 0.25138 0.000 0.000 0.012 0.060 0.824 0.104
#> SRR307922 5 0.3442 0.25138 0.000 0.000 0.012 0.060 0.824 0.104
#> SRR307923 5 0.4118 0.24068 0.000 0.000 0.076 0.076 0.792 0.056
#> SRR307924 5 0.4118 0.24068 0.000 0.000 0.076 0.076 0.792 0.056
#> SRR307925 6 0.5034 -0.40717 0.464 0.000 0.000 0.072 0.000 0.464
#> SRR307926 4 0.7614 0.65215 0.100 0.000 0.064 0.464 0.252 0.120
#> SRR307927 4 0.7614 0.65215 0.100 0.000 0.064 0.464 0.252 0.120
#> SRR307928 4 0.7614 0.65215 0.100 0.000 0.064 0.464 0.252 0.120
#> SRR307929 4 0.7614 0.65215 0.100 0.000 0.064 0.464 0.252 0.120
#> SRR307930 3 0.1444 0.82949 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307931 3 0.1444 0.82949 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307932 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR307933 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315297 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR315298 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR315299 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR315300 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR315301 3 0.0405 0.84622 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR315302 3 0.0405 0.84622 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR315303 2 0.1204 0.65182 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR315304 2 0.1204 0.65182 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR315305 6 0.6379 0.27089 0.000 0.000 0.344 0.040 0.156 0.460
#> SRR315306 6 0.6379 0.27089 0.000 0.000 0.344 0.040 0.156 0.460
#> SRR315307 2 0.1204 0.65182 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR315308 2 0.1204 0.65182 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR315309 6 0.6379 0.27089 0.000 0.000 0.344 0.040 0.156 0.460
#> SRR315310 6 0.4932 0.45843 0.072 0.000 0.000 0.372 0.000 0.556
#> SRR315311 1 0.5812 0.21998 0.460 0.000 0.000 0.192 0.000 0.348
#> SRR315312 1 0.5812 0.21998 0.460 0.000 0.000 0.192 0.000 0.348
#> SRR315313 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315314 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315315 3 0.3464 0.65867 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.3464 0.65867 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.1267 0.65138 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR315319 2 0.1267 0.65138 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR315320 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR315321 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR315322 2 0.1204 0.65182 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR315323 6 0.7217 0.38364 0.000 0.000 0.304 0.136 0.160 0.400
#> SRR315324 6 0.7217 0.38364 0.000 0.000 0.304 0.136 0.160 0.400
#> SRR315325 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315326 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315327 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315328 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315329 3 0.1152 0.85889 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR315330 3 0.1444 0.82949 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315331 3 0.1444 0.82949 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315332 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR315333 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR315334 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR315335 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR315336 3 0.3885 0.75270 0.000 0.000 0.756 0.180 0.000 0.064
#> SRR315337 3 0.3885 0.75270 0.000 0.000 0.756 0.180 0.000 0.064
#> SRR317035 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317039 5 0.4574 0.23432 0.000 0.440 0.000 0.000 0.524 0.036
#> SRR317040 2 0.2219 0.61019 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR317041 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317042 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317043 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317044 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR317045 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317048 4 0.7340 0.58996 0.140 0.000 0.008 0.428 0.276 0.148
#> SRR317049 5 0.6682 -0.17186 0.100 0.000 0.072 0.128 0.612 0.088
#> SRR317050 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317051 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317052 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317054 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317055 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317056 5 0.6623 -0.01806 0.100 0.060 0.008 0.112 0.632 0.088
#> SRR317057 5 0.6623 -0.01806 0.100 0.060 0.008 0.112 0.632 0.088
#> SRR317059 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317061 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317062 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR317063 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR317064 2 0.1267 0.65138 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR317065 2 0.1267 0.65138 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR317066 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR317067 5 0.3314 0.52462 0.000 0.224 0.000 0.012 0.764 0.000
#> SRR317068 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR317069 5 0.4756 0.38467 0.000 0.380 0.000 0.000 0.564 0.056
#> SRR768413 1 0.2822 0.70985 0.868 0.000 0.000 0.068 0.008 0.056
#> SRR768414 1 0.2822 0.70985 0.868 0.000 0.000 0.068 0.008 0.056
#> SRR387661 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR387662 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0972 0.73735 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR768412 1 0.0972 0.73735 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR534289 5 0.3860 0.10787 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR534290 5 0.3860 0.10787 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR534291 4 0.7256 0.55999 0.216 0.000 0.000 0.408 0.256 0.120
#> SRR534292 4 0.7256 0.55999 0.216 0.000 0.000 0.408 0.256 0.120
#> SRR534293 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR534294 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR534295 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR534296 4 0.0937 0.49110 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR534297 6 0.5034 -0.40717 0.464 0.000 0.000 0.072 0.000 0.464
#> SRR534298 1 0.5034 0.35071 0.464 0.000 0.000 0.072 0.000 0.464
#> SRR534299 1 0.1141 0.74963 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR534300 6 0.7220 0.38512 0.000 0.000 0.304 0.140 0.156 0.400
#> SRR534301 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR534302 4 0.7640 0.65201 0.100 0.000 0.064 0.456 0.260 0.120
#> SRR534303 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR534304 6 0.4941 0.46138 0.072 0.000 0.000 0.376 0.000 0.552
#> SRR534305 3 0.3445 0.70687 0.000 0.000 0.732 0.260 0.000 0.008
#> SRR534306 3 0.3445 0.70687 0.000 0.000 0.732 0.260 0.000 0.008
#> SRR534307 4 0.3717 0.00126 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR534308 4 0.3717 0.00126 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.3464 0.65867 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.3464 0.65867 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> SRR534311 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.3860 0.07193 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR534318 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR534319 1 0.3960 0.70786 0.752 0.000 0.000 0.072 0.000 0.176
#> SRR534320 1 0.3960 0.70786 0.752 0.000 0.000 0.072 0.000 0.176
#> SRR534321 1 0.3960 0.70786 0.752 0.000 0.000 0.072 0.000 0.176
#> SRR534322 1 0.3960 0.70786 0.752 0.000 0.000 0.072 0.000 0.176
#> SRR534323 1 0.3960 0.70786 0.752 0.000 0.000 0.072 0.000 0.176
#> SRR534324 1 0.3960 0.70786 0.752 0.000 0.000 0.072 0.000 0.176
#> SRR534325 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR534327 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR534328 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR534335 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR545685 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.65755 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 6 0.6366 0.20546 0.000 0.000 0.344 0.020 0.216 0.420
#> SRR545688 6 0.6366 0.20546 0.000 0.000 0.344 0.020 0.216 0.420
#> SRR545689 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 2 0.1141 0.65636 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR545692 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR545693 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR545694 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.75062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.75062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.75062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.75062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.75062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.75062 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.2491 0.59053 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545702 2 0.2491 0.59053 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545703 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545704 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545705 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR545706 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR545707 5 0.3860 0.10787 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR545708 2 0.2996 0.51473 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR545709 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545710 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR545711 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545712 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545713 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545714 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545715 2 0.2491 0.59053 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545716 2 0.2491 0.59053 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545717 5 0.3860 0.10787 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR545718 5 0.3860 0.10787 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR545719 2 0.2491 0.59053 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545720 2 0.2491 0.59053 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545721 2 0.2491 0.59053 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR545722 2 0.3868 0.01093 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR545723 2 0.3867 0.03694 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.970 0.984 0.4982 0.503 0.503
#> 3 3 0.703 0.883 0.899 0.2837 0.831 0.673
#> 4 4 0.724 0.696 0.781 0.1371 0.917 0.774
#> 5 5 0.692 0.668 0.788 0.0709 0.900 0.674
#> 6 6 0.725 0.583 0.705 0.0473 0.904 0.608
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307898 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307899 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307900 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR307910 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR307911 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR307914 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR307916 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR307917 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307921 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR307922 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307923 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307925 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR307926 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307931 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315297 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315298 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315299 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315300 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315301 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315303 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR315304 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR315305 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315306 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315307 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR315308 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR315309 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315310 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315311 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315312 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315313 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0672 0.9769 0.008 0.992
#> SRR315315 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315318 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR315319 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR315320 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR315321 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR315322 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR315323 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315324 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315332 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315333 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR315334 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR315337 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR317035 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317036 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317037 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317038 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317039 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317040 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317041 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317044 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR317045 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR317046 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317047 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317048 2 0.9491 0.4529 0.368 0.632
#> SRR317049 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR317050 1 0.9954 0.0955 0.540 0.460
#> SRR317051 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317052 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317054 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317055 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317056 2 0.9635 0.4024 0.388 0.612
#> SRR317057 2 0.8443 0.6524 0.272 0.728
#> SRR317059 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317062 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR317063 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR317064 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317065 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317066 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR317067 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR317068 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR317069 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR768413 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR768414 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR387661 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR387662 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR768411 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR768412 2 0.5059 0.8870 0.112 0.888
#> SRR534289 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR534290 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR534291 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534293 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534294 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534295 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534298 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534299 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534300 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534301 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534304 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534305 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534308 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.9818 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534317 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR534318 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR534319 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534320 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534321 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534322 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534323 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534324 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR534325 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534326 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR534327 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR534328 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR534334 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR534335 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545685 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545686 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR545687 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR545688 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR545689 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000
#> SRR545691 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545692 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545693 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545694 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545695 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR545696 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR545697 2 0.1184 0.9789 0.016 0.984
#> SRR545698 2 0.4022 0.9226 0.080 0.920
#> SRR545699 2 0.4022 0.9226 0.080 0.920
#> SRR545700 2 0.4022 0.9226 0.080 0.920
#> SRR545701 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545702 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545703 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545704 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545705 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545706 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545707 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545708 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545709 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545710 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545711 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545712 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545713 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545714 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545715 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545716 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545717 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545718 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545719 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545720 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545721 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545722 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
#> SRR545723 1 0.1184 0.9866 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 3 0.1950 0.8996 0.008 0.040 0.952
#> SRR307898 3 0.0747 0.9331 0.016 0.000 0.984
#> SRR307899 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR307900 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR307901 3 0.2096 0.8892 0.004 0.052 0.944
#> SRR307902 3 0.1878 0.8983 0.004 0.044 0.952
#> SRR307903 3 0.1878 0.8983 0.004 0.044 0.952
#> SRR307904 3 0.0747 0.9333 0.016 0.000 0.984
#> SRR307905 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307906 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307907 3 0.0000 0.9303 0.000 0.000 1.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.9303 0.000 0.000 1.000
#> SRR307909 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR307910 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR307911 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR307912 3 0.6062 0.1211 0.384 0.000 0.616
#> SRR307913 3 0.9853 -0.0714 0.256 0.344 0.400
#> SRR307914 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307915 1 0.4121 0.8817 0.832 0.000 0.168
#> SRR307916 1 0.4002 0.8804 0.840 0.000 0.160
#> SRR307917 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307918 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307919 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR307920 3 0.0747 0.9333 0.016 0.000 0.984
#> SRR307921 3 0.4397 0.8086 0.116 0.028 0.856
#> SRR307922 3 0.4397 0.7854 0.028 0.116 0.856
#> SRR307923 3 0.2063 0.8956 0.008 0.044 0.948
#> SRR307924 3 0.1015 0.9206 0.008 0.012 0.980
#> SRR307925 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR307926 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307927 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307928 3 0.0747 0.9333 0.016 0.000 0.984
#> SRR307929 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR307930 3 0.2063 0.8956 0.008 0.044 0.948
#> SRR307931 3 0.2063 0.8956 0.008 0.044 0.948
#> SRR307932 3 0.0747 0.9333 0.016 0.000 0.984
#> SRR307933 3 0.1878 0.8983 0.004 0.044 0.952
#> SRR315297 1 0.5178 0.8851 0.744 0.000 0.256
#> SRR315298 1 0.5216 0.8845 0.740 0.000 0.260
#> SRR315299 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR315300 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR315301 3 0.0747 0.9331 0.016 0.000 0.984
#> SRR315302 3 0.1163 0.9294 0.028 0.000 0.972
#> SRR315303 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR315304 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR315305 1 0.5216 0.8832 0.740 0.000 0.260
#> SRR315306 1 0.5178 0.8830 0.744 0.000 0.256
#> SRR315307 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR315308 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR315309 1 0.5254 0.8804 0.736 0.000 0.264
#> SRR315310 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR315311 1 0.3879 0.8792 0.848 0.000 0.152
#> SRR315312 1 0.3879 0.8792 0.848 0.000 0.152
#> SRR315313 3 0.1765 0.9019 0.004 0.040 0.956
#> SRR315314 3 0.3573 0.7970 0.004 0.120 0.876
#> SRR315315 3 0.0747 0.9331 0.016 0.000 0.984
#> SRR315316 3 0.0747 0.9331 0.016 0.000 0.984
#> SRR315318 2 0.0000 0.9246 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR315320 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR315321 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR315322 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR315323 1 0.5431 0.8636 0.716 0.000 0.284
#> SRR315324 3 0.0237 0.9295 0.004 0.000 0.996
#> SRR315325 3 0.0237 0.9295 0.004 0.000 0.996
#> SRR315326 3 0.1878 0.8983 0.004 0.044 0.952
#> SRR315327 3 0.1765 0.9019 0.004 0.040 0.956
#> SRR315328 3 0.1267 0.9144 0.004 0.024 0.972
#> SRR315329 3 0.0237 0.9295 0.004 0.000 0.996
#> SRR315330 3 0.0000 0.9303 0.000 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.1163 0.9294 0.028 0.000 0.972
#> SRR315332 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR315333 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR315334 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR315335 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR315336 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR315337 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR317035 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317036 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317037 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317038 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317039 2 0.1337 0.9239 0.016 0.972 0.012
#> SRR317040 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317041 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317042 2 0.4256 0.8790 0.096 0.868 0.036
#> SRR317043 2 0.4235 0.8757 0.176 0.824 0.000
#> SRR317044 2 0.0983 0.9241 0.004 0.980 0.016
#> SRR317045 2 0.0983 0.9241 0.004 0.980 0.016
#> SRR317046 2 0.1753 0.9182 0.048 0.952 0.000
#> SRR317047 2 0.2625 0.9098 0.084 0.916 0.000
#> SRR317048 2 0.4652 0.8695 0.080 0.856 0.064
#> SRR317049 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR317050 2 0.7233 0.6312 0.264 0.672 0.064
#> SRR317051 2 0.4256 0.8790 0.096 0.868 0.036
#> SRR317052 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317053 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317054 2 0.1182 0.9246 0.012 0.976 0.012
#> SRR317055 2 0.1182 0.9246 0.012 0.976 0.012
#> SRR317056 2 0.7762 0.6883 0.212 0.668 0.120
#> SRR317057 2 0.8156 0.6335 0.196 0.644 0.160
#> SRR317059 2 0.3192 0.9019 0.112 0.888 0.000
#> SRR317060 2 0.4796 0.8507 0.220 0.780 0.000
#> SRR317061 2 0.6295 0.8062 0.236 0.728 0.036
#> SRR317062 2 0.2492 0.9030 0.016 0.936 0.048
#> SRR317063 2 0.1620 0.9192 0.012 0.964 0.024
#> SRR317064 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR317065 2 0.0892 0.9233 0.020 0.980 0.000
#> SRR317066 2 0.2269 0.9080 0.016 0.944 0.040
#> SRR317067 2 0.2269 0.9080 0.016 0.944 0.040
#> SRR317068 2 0.1015 0.9251 0.008 0.980 0.012
#> SRR317069 2 0.1015 0.9241 0.008 0.980 0.012
#> SRR768413 1 0.5216 0.8823 0.740 0.000 0.260
#> SRR768414 1 0.5178 0.8839 0.744 0.000 0.256
#> SRR387661 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR387662 3 0.4399 0.7095 0.188 0.000 0.812
#> SRR768411 1 0.2261 0.8015 0.932 0.000 0.068
#> SRR768412 1 0.1399 0.7607 0.968 0.004 0.028
#> SRR534289 2 0.1031 0.9219 0.000 0.976 0.024
#> SRR534290 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR534291 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR534292 3 0.5098 0.6163 0.248 0.000 0.752
#> SRR534293 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR534294 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR534295 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR534296 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR534297 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR534298 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR534299 1 0.2537 0.8338 0.920 0.000 0.080
#> SRR534300 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR534301 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR534302 3 0.0892 0.9333 0.020 0.000 0.980
#> SRR534303 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR534304 1 0.5254 0.8833 0.736 0.000 0.264
#> SRR534305 3 0.0747 0.9331 0.016 0.000 0.984
#> SRR534306 3 0.0424 0.9331 0.008 0.000 0.992
#> SRR534307 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR534308 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR534309 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR534310 3 0.1529 0.9236 0.040 0.000 0.960
#> SRR534311 2 0.5178 0.8223 0.256 0.744 0.000
#> SRR534312 2 0.5178 0.8223 0.256 0.744 0.000
#> SRR534313 2 0.5178 0.8223 0.256 0.744 0.000
#> SRR534314 2 0.5178 0.8223 0.256 0.744 0.000
#> SRR534315 2 0.5178 0.8223 0.256 0.744 0.000
#> SRR534316 2 0.5178 0.8223 0.256 0.744 0.000
#> SRR534317 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR534318 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR534319 1 0.3686 0.8746 0.860 0.000 0.140
#> SRR534320 1 0.3686 0.8746 0.860 0.000 0.140
#> SRR534321 1 0.3686 0.8746 0.860 0.000 0.140
#> SRR534322 1 0.3686 0.8746 0.860 0.000 0.140
#> SRR534323 1 0.3686 0.8746 0.860 0.000 0.140
#> SRR534324 1 0.3686 0.8746 0.860 0.000 0.140
#> SRR534325 2 0.5178 0.8223 0.256 0.744 0.000
#> SRR534326 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR534327 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR534328 2 0.4887 0.8415 0.228 0.772 0.000
#> SRR534329 2 0.4887 0.8415 0.228 0.772 0.000
#> SRR534330 2 0.4887 0.8415 0.228 0.772 0.000
#> SRR534331 2 0.4887 0.8415 0.228 0.772 0.000
#> SRR534332 2 0.4887 0.8415 0.228 0.772 0.000
#> SRR534333 2 0.4887 0.8415 0.228 0.772 0.000
#> SRR534334 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR534335 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545685 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545686 2 0.2625 0.9098 0.084 0.916 0.000
#> SRR545687 1 0.4883 0.8673 0.788 0.004 0.208
#> SRR545688 1 0.5012 0.8649 0.788 0.008 0.204
#> SRR545689 2 0.4346 0.8686 0.184 0.816 0.000
#> SRR545690 2 0.4346 0.8686 0.184 0.816 0.000
#> SRR545691 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545692 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545693 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545694 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545695 1 0.3038 0.8306 0.896 0.000 0.104
#> SRR545696 1 0.3038 0.8306 0.896 0.000 0.104
#> SRR545697 1 0.3038 0.8306 0.896 0.000 0.104
#> SRR545698 1 0.1525 0.7635 0.964 0.004 0.032
#> SRR545699 1 0.1525 0.7635 0.964 0.004 0.032
#> SRR545700 1 0.1525 0.7635 0.964 0.004 0.032
#> SRR545701 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545702 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545703 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545704 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545705 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545706 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545707 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545708 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545709 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545710 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545711 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545712 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545713 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545714 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545715 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545716 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545717 2 0.0983 0.9236 0.004 0.980 0.016
#> SRR545718 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545719 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545720 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545721 2 0.0592 0.9240 0.012 0.988 0.000
#> SRR545722 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
#> SRR545723 2 0.0747 0.9245 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 3 0.3224 0.8967 0.120 0.000 0.864 0.016
#> SRR307898 3 0.2281 0.9100 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR307899 3 0.1174 0.9150 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR307900 3 0.1388 0.9117 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR307901 3 0.2469 0.9077 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR307902 3 0.2408 0.9093 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR307903 3 0.2408 0.9093 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR307904 3 0.0592 0.9205 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR307905 3 0.0707 0.9197 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR307906 3 0.0469 0.9205 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR307907 3 0.2216 0.9101 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR307908 3 0.2216 0.9101 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR307909 4 0.1022 0.8629 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR307910 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR307911 3 0.0895 0.9155 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR307912 4 0.5229 0.2619 0.008 0.000 0.428 0.564
#> SRR307913 1 0.9463 0.0948 0.368 0.316 0.136 0.180
#> SRR307914 3 0.4525 0.7988 0.116 0.000 0.804 0.080
#> SRR307915 4 0.1411 0.8580 0.020 0.000 0.020 0.960
#> SRR307916 4 0.1406 0.8569 0.024 0.000 0.016 0.960
#> SRR307917 3 0.0336 0.9203 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR307918 3 0.0336 0.9203 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR307919 3 0.0895 0.9155 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR307920 3 0.0707 0.9209 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR307921 1 0.9345 0.0998 0.444 0.180 0.208 0.168
#> SRR307922 3 0.8366 0.1551 0.340 0.252 0.388 0.020
#> SRR307923 3 0.5033 0.7597 0.268 0.004 0.708 0.020
#> SRR307924 3 0.4855 0.7646 0.268 0.000 0.712 0.020
#> SRR307925 4 0.1209 0.8629 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR307926 3 0.0469 0.9205 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR307927 3 0.0469 0.9205 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR307928 3 0.0592 0.9205 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR307929 3 0.0592 0.9203 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR307930 3 0.4323 0.8285 0.204 0.000 0.776 0.020
#> SRR307931 3 0.4323 0.8285 0.204 0.000 0.776 0.020
#> SRR307932 3 0.0592 0.9205 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR307933 3 0.2469 0.9077 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR315297 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR315298 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR315299 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR315300 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR315301 3 0.2216 0.9107 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR315302 3 0.2216 0.9107 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR315303 2 0.4406 0.3897 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.4406 0.3897 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0779 0.8568 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR315306 4 0.2676 0.8265 0.092 0.000 0.012 0.896
#> SRR315307 2 0.4406 0.3897 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.4406 0.3897 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.3182 0.7990 0.096 0.000 0.028 0.876
#> SRR315310 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR315311 4 0.1305 0.8493 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR315312 4 0.1305 0.8493 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR315313 3 0.2408 0.9093 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR315314 3 0.2799 0.9047 0.108 0.008 0.884 0.000
#> SRR315315 3 0.0188 0.9200 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.9191 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0336 0.7354 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0592 0.7347 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.3356 0.6462 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.2530 0.6903 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR315322 2 0.4406 0.3897 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR315323 4 0.2965 0.8486 0.072 0.000 0.036 0.892
#> SRR315324 3 0.2868 0.8951 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR315325 3 0.0707 0.9209 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR315326 3 0.2408 0.9093 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR315327 3 0.2408 0.9093 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR315328 3 0.2408 0.9093 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR315329 3 0.2408 0.9093 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR315330 3 0.2345 0.9087 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR315331 3 0.2281 0.9100 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR315332 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR315333 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR315334 3 0.0895 0.9155 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR315335 3 0.0895 0.9155 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR315336 3 0.2973 0.9070 0.096 0.000 0.884 0.020
#> SRR315337 3 0.2089 0.9172 0.048 0.000 0.932 0.020
#> SRR317035 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317037 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317038 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317039 2 0.4855 0.5483 0.268 0.712 0.000 0.020
#> SRR317040 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317041 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317042 2 0.5535 0.2829 0.420 0.560 0.000 0.020
#> SRR317043 2 0.5576 0.2326 0.444 0.536 0.000 0.020
#> SRR317044 2 0.3751 0.6234 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR317045 2 0.3751 0.6234 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR317046 2 0.4222 0.4288 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317048 2 0.6855 0.1966 0.388 0.516 0.004 0.092
#> SRR317049 3 0.4591 0.7942 0.116 0.000 0.800 0.084
#> SRR317050 2 0.7276 0.0457 0.404 0.448 0.000 0.148
#> SRR317051 2 0.5543 0.2829 0.424 0.556 0.000 0.020
#> SRR317052 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317053 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317054 2 0.4502 0.5942 0.236 0.748 0.000 0.016
#> SRR317055 2 0.4610 0.5903 0.236 0.744 0.000 0.020
#> SRR317056 2 0.7736 -0.0270 0.408 0.412 0.008 0.172
#> SRR317057 2 0.7736 -0.0270 0.408 0.412 0.008 0.172
#> SRR317059 2 0.4477 0.3522 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.5161 0.4161 0.676 0.300 0.000 0.024
#> SRR317061 1 0.6374 0.2528 0.592 0.324 0.000 0.084
#> SRR317062 2 0.5241 0.5474 0.232 0.728 0.020 0.020
#> SRR317063 2 0.4248 0.5908 0.220 0.768 0.000 0.012
#> SRR317064 2 0.0592 0.7347 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.4319 0.5842 0.228 0.760 0.000 0.012
#> SRR317067 2 0.4248 0.5908 0.220 0.768 0.000 0.012
#> SRR317068 2 0.4353 0.6017 0.232 0.756 0.000 0.012
#> SRR317069 2 0.3969 0.6244 0.180 0.804 0.000 0.016
#> SRR768413 4 0.4015 0.8069 0.052 0.000 0.116 0.832
#> SRR768414 4 0.4094 0.8056 0.056 0.000 0.116 0.828
#> SRR387661 3 0.1174 0.9150 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR387662 3 0.4917 0.4678 0.008 0.000 0.656 0.336
#> SRR768411 1 0.4999 -0.4352 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR768412 1 0.4961 -0.3459 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR534289 2 0.3528 0.6259 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.3123 0.6538 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0921 0.9185 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR534292 3 0.7073 0.3811 0.256 0.000 0.564 0.180
#> SRR534293 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR534294 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR534295 3 0.0707 0.9156 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR534296 3 0.0707 0.9156 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR534297 4 0.1356 0.8625 0.008 0.000 0.032 0.960
#> SRR534298 4 0.1305 0.8625 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR534299 4 0.2125 0.8451 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR534300 4 0.1022 0.8629 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR534301 3 0.0592 0.9205 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR534302 3 0.0592 0.9205 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR534303 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR534304 4 0.1118 0.8631 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR534305 3 0.0188 0.9200 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR534306 3 0.1867 0.9147 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR534307 3 0.0707 0.9156 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR534308 3 0.0707 0.9156 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR534309 3 0.0707 0.9156 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR534310 3 0.0707 0.9156 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR534311 1 0.4891 0.6756 0.680 0.308 0.000 0.012
#> SRR534312 1 0.4891 0.6756 0.680 0.308 0.000 0.012
#> SRR534313 1 0.4891 0.6756 0.680 0.308 0.000 0.012
#> SRR534314 1 0.4891 0.6756 0.680 0.308 0.000 0.012
#> SRR534315 1 0.4891 0.6756 0.680 0.308 0.000 0.012
#> SRR534316 1 0.4891 0.6756 0.680 0.308 0.000 0.012
#> SRR534317 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.1302 0.7242 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR534319 4 0.3494 0.7935 0.172 0.000 0.004 0.824
#> SRR534320 4 0.3494 0.7935 0.172 0.000 0.004 0.824
#> SRR534321 4 0.3494 0.7935 0.172 0.000 0.004 0.824
#> SRR534322 4 0.3494 0.7935 0.172 0.000 0.004 0.824
#> SRR534323 4 0.3494 0.7935 0.172 0.000 0.004 0.824
#> SRR534324 4 0.3494 0.7935 0.172 0.000 0.004 0.824
#> SRR534325 1 0.4820 0.6628 0.692 0.296 0.000 0.012
#> SRR534326 2 0.0336 0.7340 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.7355 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.4964 0.6376 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR534329 1 0.4964 0.6376 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR534330 1 0.4964 0.6376 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR534331 1 0.4964 0.6376 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR534332 1 0.4964 0.6376 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR534333 1 0.4964 0.6376 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR534334 2 0.0000 0.7355 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0336 0.7355 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0469 0.7350 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.4454 0.3607 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR545687 4 0.4304 0.6579 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR545688 4 0.4304 0.6579 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR545689 1 0.5105 0.5357 0.564 0.432 0.000 0.004
#> SRR545690 1 0.5105 0.5357 0.564 0.432 0.000 0.004
#> SRR545691 2 0.0336 0.7340 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0188 0.7358 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.7355 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.1022 0.7289 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR545695 4 0.5070 0.5433 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR545696 4 0.5070 0.5433 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR545697 4 0.5070 0.5433 0.416 0.000 0.004 0.580
#> SRR545698 4 0.4967 0.4895 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR545699 4 0.4967 0.4895 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR545700 4 0.4967 0.4895 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR545701 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0469 0.7350 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0336 0.7355 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0336 0.7340 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0336 0.7340 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.2469 0.6941 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.1792 0.7149 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0188 0.7358 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0188 0.7358 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0469 0.7350 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.2469 0.6941 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.7355 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.3764 0.6027 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.1792 0.7149 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0817 0.7279 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0188 0.7358 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0336 0.7340 0.008 0.992 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 3 0.4263 0.8281 0.060 0.000 0.760 0.000 0.180
#> SRR307898 3 0.3814 0.8519 0.068 0.000 0.808 0.000 0.124
#> SRR307899 3 0.2333 0.8605 0.040 0.000 0.916 0.028 0.016
#> SRR307900 3 0.2499 0.8568 0.040 0.000 0.908 0.036 0.016
#> SRR307901 3 0.3918 0.8422 0.044 0.008 0.804 0.000 0.144
#> SRR307902 3 0.3875 0.8441 0.044 0.008 0.808 0.000 0.140
#> SRR307903 3 0.3875 0.8441 0.044 0.008 0.808 0.000 0.140
#> SRR307904 3 0.1787 0.8713 0.016 0.000 0.936 0.004 0.044
#> SRR307905 3 0.1547 0.8696 0.016 0.000 0.948 0.004 0.032
#> SRR307906 3 0.1173 0.8738 0.012 0.000 0.964 0.004 0.020
#> SRR307907 3 0.3767 0.8512 0.068 0.000 0.812 0.000 0.120
#> SRR307908 3 0.3767 0.8512 0.068 0.000 0.812 0.000 0.120
#> SRR307909 4 0.0771 0.8665 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR307910 4 0.0609 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR307911 3 0.2333 0.8605 0.040 0.000 0.916 0.028 0.016
#> SRR307912 4 0.5319 0.5138 0.036 0.000 0.300 0.640 0.024
#> SRR307913 5 0.5862 0.5613 0.040 0.072 0.108 0.052 0.728
#> SRR307914 3 0.5727 0.4117 0.032 0.000 0.596 0.044 0.328
#> SRR307915 4 0.1314 0.8588 0.012 0.000 0.012 0.960 0.016
#> SRR307916 4 0.1413 0.8573 0.012 0.000 0.012 0.956 0.020
#> SRR307917 3 0.1059 0.8743 0.008 0.000 0.968 0.004 0.020
#> SRR307918 3 0.0898 0.8753 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR307919 3 0.2333 0.8605 0.040 0.000 0.916 0.028 0.016
#> SRR307920 3 0.1661 0.8767 0.024 0.000 0.940 0.000 0.036
#> SRR307921 5 0.3885 0.5694 0.020 0.056 0.048 0.028 0.848
#> SRR307922 5 0.3948 0.5935 0.004 0.112 0.076 0.000 0.808
#> SRR307923 5 0.4873 0.2964 0.032 0.012 0.280 0.000 0.676
#> SRR307924 5 0.4770 0.2006 0.036 0.000 0.320 0.000 0.644
#> SRR307925 4 0.1012 0.8658 0.000 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR307926 3 0.0898 0.8753 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR307927 3 0.1173 0.8738 0.012 0.000 0.964 0.004 0.020
#> SRR307928 3 0.1469 0.8734 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR307929 3 0.1267 0.8731 0.012 0.000 0.960 0.004 0.024
#> SRR307930 5 0.5232 -0.2721 0.044 0.000 0.456 0.000 0.500
#> SRR307931 5 0.5232 -0.2721 0.044 0.000 0.456 0.000 0.500
#> SRR307932 3 0.1626 0.8722 0.016 0.000 0.940 0.000 0.044
#> SRR307933 3 0.3918 0.8422 0.044 0.008 0.804 0.000 0.144
#> SRR315297 4 0.0771 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315298 4 0.0771 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315299 4 0.0771 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315300 4 0.0771 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315301 3 0.3875 0.8513 0.072 0.000 0.804 0.000 0.124
#> SRR315302 3 0.3767 0.8533 0.068 0.000 0.812 0.000 0.120
#> SRR315303 2 0.5403 0.4221 0.392 0.556 0.000 0.008 0.044
#> SRR315304 2 0.5394 0.4281 0.388 0.560 0.000 0.008 0.044
#> SRR315305 4 0.1704 0.8345 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068
#> SRR315306 4 0.3768 0.6857 0.008 0.000 0.004 0.760 0.228
#> SRR315307 2 0.5394 0.4281 0.388 0.560 0.000 0.008 0.044
#> SRR315308 2 0.5403 0.4221 0.392 0.556 0.000 0.008 0.044
#> SRR315309 4 0.4959 0.6070 0.028 0.000 0.032 0.704 0.236
#> SRR315310 4 0.0771 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315311 4 0.2437 0.8355 0.032 0.000 0.004 0.904 0.060
#> SRR315312 4 0.2437 0.8355 0.032 0.000 0.004 0.904 0.060
#> SRR315313 3 0.3918 0.8422 0.044 0.008 0.804 0.000 0.144
#> SRR315314 3 0.4311 0.8327 0.044 0.024 0.788 0.000 0.144
#> SRR315315 3 0.1018 0.8799 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> SRR315316 3 0.0671 0.8737 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR315318 2 0.1280 0.7409 0.008 0.960 0.000 0.008 0.024
#> SRR315319 2 0.1996 0.7372 0.032 0.928 0.000 0.004 0.036
#> SRR315320 2 0.4371 0.0668 0.012 0.644 0.000 0.000 0.344
#> SRR315321 2 0.3317 0.5588 0.004 0.804 0.000 0.004 0.188
#> SRR315322 2 0.5403 0.4221 0.392 0.556 0.000 0.008 0.044
#> SRR315323 4 0.4513 0.7810 0.044 0.000 0.060 0.792 0.104
#> SRR315324 3 0.4039 0.8314 0.044 0.004 0.784 0.000 0.168
#> SRR315325 3 0.2284 0.8716 0.028 0.004 0.912 0.000 0.056
#> SRR315326 3 0.3918 0.8422 0.044 0.008 0.804 0.000 0.144
#> SRR315327 3 0.3875 0.8431 0.044 0.008 0.808 0.000 0.140
#> SRR315328 3 0.3875 0.8441 0.044 0.008 0.808 0.000 0.140
#> SRR315329 3 0.3752 0.8459 0.044 0.004 0.812 0.000 0.140
#> SRR315330 3 0.3934 0.8488 0.076 0.000 0.800 0.000 0.124
#> SRR315331 3 0.3924 0.8528 0.068 0.000 0.808 0.004 0.120
#> SRR315332 4 0.0771 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315333 4 0.0771 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR315334 3 0.1978 0.8702 0.044 0.000 0.928 0.004 0.024
#> SRR315335 3 0.2333 0.8605 0.040 0.000 0.916 0.028 0.016
#> SRR315336 3 0.3909 0.8519 0.064 0.000 0.808 0.004 0.124
#> SRR315337 3 0.4103 0.8539 0.056 0.000 0.812 0.024 0.108
#> SRR317035 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317036 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317037 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317038 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317039 5 0.5006 0.6175 0.048 0.328 0.000 0.000 0.624
#> SRR317040 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317041 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317042 5 0.5073 0.6374 0.080 0.196 0.000 0.012 0.712
#> SRR317043 5 0.5196 0.6010 0.136 0.160 0.000 0.004 0.700
#> SRR317044 5 0.4800 0.4389 0.012 0.476 0.000 0.004 0.508
#> SRR317045 5 0.4800 0.4389 0.012 0.476 0.000 0.004 0.508
#> SRR317046 2 0.4927 0.4514 0.388 0.584 0.000 0.004 0.024
#> SRR317047 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317048 5 0.5389 0.6426 0.048 0.180 0.024 0.024 0.724
#> SRR317049 3 0.5918 0.3544 0.032 0.000 0.568 0.052 0.348
#> SRR317050 5 0.5093 0.6387 0.060 0.172 0.000 0.036 0.732
#> SRR317051 5 0.5126 0.6367 0.084 0.196 0.000 0.012 0.708
#> SRR317052 2 0.4981 0.4160 0.412 0.560 0.000 0.004 0.024
#> SRR317053 2 0.4973 0.4237 0.408 0.564 0.000 0.004 0.024
#> SRR317054 5 0.5026 0.5832 0.040 0.372 0.000 0.000 0.588
#> SRR317055 5 0.5014 0.5882 0.040 0.368 0.000 0.000 0.592
#> SRR317056 5 0.5677 0.6195 0.064 0.136 0.024 0.048 0.728
#> SRR317057 5 0.5677 0.6195 0.064 0.136 0.024 0.048 0.728
#> SRR317059 2 0.4988 0.4087 0.416 0.556 0.000 0.004 0.024
#> SRR317060 5 0.5262 0.4806 0.224 0.096 0.000 0.004 0.676
#> SRR317061 5 0.5188 0.5317 0.156 0.088 0.000 0.028 0.728
#> SRR317062 5 0.4928 0.5634 0.016 0.396 0.004 0.004 0.580
#> SRR317063 5 0.4830 0.5344 0.016 0.420 0.000 0.004 0.560
#> SRR317064 2 0.2116 0.7349 0.028 0.924 0.000 0.008 0.040
#> SRR317065 2 0.2519 0.7279 0.060 0.900 0.000 0.004 0.036
#> SRR317066 5 0.4990 0.5202 0.016 0.428 0.004 0.004 0.548
#> SRR317067 5 0.4990 0.5202 0.016 0.428 0.004 0.004 0.548
#> SRR317068 5 0.5037 0.5790 0.040 0.376 0.000 0.000 0.584
#> SRR317069 5 0.4736 0.5592 0.020 0.404 0.000 0.000 0.576
#> SRR768413 4 0.4978 0.7388 0.040 0.000 0.140 0.752 0.068
#> SRR768414 4 0.5037 0.7359 0.040 0.000 0.140 0.748 0.072
#> SRR387661 3 0.2333 0.8605 0.040 0.000 0.916 0.028 0.016
#> SRR387662 3 0.5620 0.2487 0.036 0.000 0.552 0.388 0.024
#> SRR768411 1 0.6523 0.3597 0.460 0.000 0.000 0.208 0.332
#> SRR768412 1 0.6396 0.3968 0.488 0.000 0.000 0.188 0.324
#> SRR534289 2 0.4181 0.5056 0.032 0.780 0.016 0.000 0.172
#> SRR534290 2 0.3433 0.5979 0.024 0.832 0.008 0.000 0.136
#> SRR534291 3 0.1710 0.8676 0.016 0.000 0.940 0.004 0.040
#> SRR534292 3 0.7348 0.3245 0.136 0.000 0.532 0.108 0.224
#> SRR534293 4 0.0609 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR534294 4 0.0609 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR534295 3 0.2149 0.8625 0.036 0.000 0.924 0.028 0.012
#> SRR534296 3 0.2149 0.8625 0.036 0.000 0.924 0.028 0.012
#> SRR534297 4 0.1377 0.8632 0.004 0.000 0.020 0.956 0.020
#> SRR534298 4 0.1012 0.8658 0.000 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR534299 4 0.4219 0.7469 0.116 0.000 0.000 0.780 0.104
#> SRR534300 4 0.0771 0.8665 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR534301 3 0.1356 0.8749 0.012 0.000 0.956 0.004 0.028
#> SRR534302 3 0.1153 0.8741 0.008 0.000 0.964 0.004 0.024
#> SRR534303 4 0.0771 0.8664 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR534304 4 0.0609 0.8663 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR534305 3 0.0898 0.8784 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR534306 3 0.2959 0.8605 0.036 0.000 0.864 0.000 0.100
#> SRR534307 3 0.2026 0.8668 0.044 0.000 0.928 0.012 0.016
#> SRR534308 3 0.2026 0.8668 0.044 0.000 0.928 0.012 0.016
#> SRR534309 3 0.1267 0.8706 0.024 0.000 0.960 0.012 0.004
#> SRR534310 3 0.1267 0.8706 0.024 0.000 0.960 0.012 0.004
#> SRR534311 1 0.5520 0.6533 0.680 0.132 0.000 0.012 0.176
#> SRR534312 1 0.5520 0.6533 0.680 0.132 0.000 0.012 0.176
#> SRR534313 1 0.5520 0.6533 0.680 0.132 0.000 0.012 0.176
#> SRR534314 1 0.5520 0.6533 0.680 0.132 0.000 0.012 0.176
#> SRR534315 1 0.5520 0.6533 0.680 0.132 0.000 0.012 0.176
#> SRR534316 1 0.5520 0.6533 0.680 0.132 0.000 0.012 0.176
#> SRR534317 2 0.1282 0.7443 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR534318 2 0.1792 0.7015 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR534319 4 0.5240 0.5950 0.216 0.000 0.000 0.672 0.112
#> SRR534320 4 0.5240 0.5950 0.216 0.000 0.000 0.672 0.112
#> SRR534321 4 0.5240 0.5950 0.216 0.000 0.000 0.672 0.112
#> SRR534322 4 0.5240 0.5950 0.216 0.000 0.000 0.672 0.112
#> SRR534323 4 0.5240 0.5950 0.216 0.000 0.000 0.672 0.112
#> SRR534324 4 0.5240 0.5950 0.216 0.000 0.000 0.672 0.112
#> SRR534325 1 0.5566 0.6399 0.672 0.124 0.000 0.012 0.192
#> SRR534326 2 0.0963 0.7442 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR534327 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR534328 1 0.3727 0.5832 0.768 0.216 0.000 0.000 0.016
#> SRR534329 1 0.3727 0.5832 0.768 0.216 0.000 0.000 0.016
#> SRR534330 1 0.3727 0.5832 0.768 0.216 0.000 0.000 0.016
#> SRR534331 1 0.3883 0.5868 0.764 0.216 0.000 0.004 0.016
#> SRR534332 1 0.3883 0.5868 0.764 0.216 0.000 0.004 0.016
#> SRR534333 1 0.3883 0.5868 0.764 0.216 0.000 0.004 0.016
#> SRR534334 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR534335 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545685 2 0.1121 0.7402 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR545686 2 0.4965 0.4239 0.404 0.568 0.000 0.004 0.024
#> SRR545687 5 0.4522 0.3175 0.024 0.000 0.000 0.316 0.660
#> SRR545688 5 0.4503 0.3276 0.024 0.000 0.000 0.312 0.664
#> SRR545689 1 0.4681 0.5366 0.696 0.252 0.000 0.000 0.052
#> SRR545690 1 0.4681 0.5366 0.696 0.252 0.000 0.000 0.052
#> SRR545691 2 0.0880 0.7448 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545692 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545693 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545694 2 0.1341 0.7298 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR545695 1 0.6557 0.2038 0.448 0.000 0.000 0.340 0.212
#> SRR545696 1 0.6557 0.2038 0.448 0.000 0.000 0.340 0.212
#> SRR545697 1 0.6557 0.2038 0.448 0.000 0.000 0.340 0.212
#> SRR545698 1 0.6438 0.3022 0.496 0.000 0.000 0.292 0.212
#> SRR545699 1 0.6438 0.3022 0.496 0.000 0.000 0.292 0.212
#> SRR545700 1 0.6438 0.3022 0.496 0.000 0.000 0.292 0.212
#> SRR545701 2 0.1282 0.7443 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR545702 2 0.1282 0.7443 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR545703 2 0.1121 0.7402 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR545704 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545705 2 0.0963 0.7442 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR545706 2 0.0963 0.7442 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR545707 2 0.2338 0.6621 0.004 0.884 0.000 0.000 0.112
#> SRR545708 2 0.1041 0.7454 0.032 0.964 0.000 0.004 0.000
#> SRR545709 2 0.2011 0.6949 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> SRR545710 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545711 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545712 2 0.1197 0.7371 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR545713 2 0.2338 0.6621 0.004 0.884 0.000 0.000 0.112
#> SRR545714 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545715 2 0.1282 0.7443 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR545716 2 0.1282 0.7443 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR545717 2 0.4602 0.1906 0.028 0.656 0.000 0.000 0.316
#> SRR545718 2 0.2124 0.6847 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> SRR545719 2 0.1282 0.7443 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR545720 2 0.1282 0.7443 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR545721 2 0.1934 0.7357 0.052 0.928 0.000 0.004 0.016
#> SRR545722 2 0.1043 0.7431 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR545723 2 0.0880 0.7448 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 3 0.3622 0.5237 0.004 0.000 0.800 0.000 0.072 0.124
#> SRR307898 3 0.4094 0.5040 0.004 0.000 0.700 0.000 0.032 0.264
#> SRR307899 6 0.4821 -0.2066 0.000 0.000 0.416 0.028 0.016 0.540
#> SRR307900 6 0.4880 -0.2032 0.000 0.000 0.412 0.032 0.016 0.540
#> SRR307901 3 0.0603 0.6088 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR307902 3 0.0405 0.6108 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR307903 3 0.0405 0.6108 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR307904 3 0.4154 0.5135 0.016 0.000 0.676 0.000 0.012 0.296
#> SRR307905 3 0.4717 0.4669 0.028 0.000 0.608 0.004 0.012 0.348
#> SRR307906 3 0.4241 0.4832 0.020 0.000 0.628 0.000 0.004 0.348
#> SRR307907 3 0.3194 0.5560 0.004 0.000 0.808 0.000 0.020 0.168
#> SRR307908 3 0.3194 0.5560 0.004 0.000 0.808 0.000 0.020 0.168
#> SRR307909 4 0.0000 0.8492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307910 4 0.0000 0.8492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307911 6 0.4772 -0.2234 0.000 0.000 0.444 0.028 0.012 0.516
#> SRR307912 4 0.5214 0.0605 0.000 0.000 0.068 0.480 0.008 0.444
#> SRR307913 5 0.5183 0.7295 0.028 0.036 0.036 0.012 0.720 0.168
#> SRR307914 6 0.6690 -0.0542 0.012 0.000 0.224 0.020 0.336 0.408
#> SRR307915 4 0.0909 0.8412 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR307916 4 0.0909 0.8412 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR307917 3 0.3938 0.5062 0.016 0.000 0.660 0.000 0.000 0.324
#> SRR307918 3 0.3938 0.5062 0.016 0.000 0.660 0.000 0.000 0.324
#> SRR307919 6 0.4687 -0.2276 0.000 0.000 0.448 0.028 0.008 0.516
#> SRR307920 3 0.3073 0.5738 0.008 0.000 0.788 0.000 0.000 0.204
#> SRR307921 5 0.3784 0.7287 0.000 0.012 0.112 0.008 0.808 0.060
#> SRR307922 5 0.4003 0.7075 0.000 0.016 0.156 0.000 0.772 0.056
#> SRR307923 5 0.4775 0.5967 0.000 0.004 0.256 0.000 0.656 0.084
#> SRR307924 5 0.4820 0.5898 0.000 0.004 0.256 0.000 0.652 0.088
#> SRR307925 4 0.0260 0.8483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307926 3 0.4241 0.4832 0.020 0.000 0.628 0.000 0.004 0.348
#> SRR307927 3 0.4450 0.4755 0.020 0.000 0.616 0.000 0.012 0.352
#> SRR307928 3 0.4271 0.5088 0.020 0.000 0.664 0.000 0.012 0.304
#> SRR307929 3 0.4462 0.4727 0.020 0.000 0.612 0.000 0.012 0.356
#> SRR307930 3 0.5277 0.1483 0.004 0.000 0.556 0.000 0.340 0.100
#> SRR307931 3 0.5277 0.1483 0.004 0.000 0.556 0.000 0.340 0.100
#> SRR307932 3 0.3875 0.5269 0.016 0.000 0.700 0.000 0.004 0.280
#> SRR307933 3 0.0820 0.6055 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR315297 4 0.0260 0.8485 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR315298 4 0.0260 0.8485 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR315299 4 0.0146 0.8491 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315300 4 0.0146 0.8491 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315301 3 0.3979 0.5099 0.004 0.000 0.712 0.000 0.028 0.256
#> SRR315302 3 0.4023 0.5070 0.004 0.000 0.704 0.000 0.028 0.264
#> SRR315303 1 0.5764 0.5342 0.544 0.336 0.000 0.000 0.072 0.048
#> SRR315304 1 0.5764 0.5342 0.544 0.336 0.000 0.000 0.072 0.048
#> SRR315305 4 0.1082 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR315306 4 0.3969 0.5337 0.000 0.000 0.000 0.668 0.312 0.020
#> SRR315307 1 0.5764 0.5342 0.544 0.336 0.000 0.000 0.072 0.048
#> SRR315308 1 0.5764 0.5342 0.544 0.336 0.000 0.000 0.072 0.048
#> SRR315309 4 0.4971 0.4936 0.004 0.000 0.004 0.640 0.268 0.084
#> SRR315310 4 0.0146 0.8491 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315311 4 0.1873 0.8278 0.008 0.000 0.000 0.924 0.048 0.020
#> SRR315312 4 0.1873 0.8278 0.008 0.000 0.000 0.924 0.048 0.020
#> SRR315313 3 0.0508 0.6104 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR315314 3 0.1148 0.5949 0.000 0.020 0.960 0.000 0.016 0.004
#> SRR315315 3 0.3847 0.4823 0.008 0.000 0.644 0.000 0.000 0.348
#> SRR315316 3 0.4039 0.3987 0.008 0.000 0.568 0.000 0.000 0.424
#> SRR315318 2 0.4274 0.6793 0.120 0.772 0.000 0.000 0.068 0.040
#> SRR315319 2 0.4738 0.5819 0.188 0.712 0.000 0.000 0.068 0.032
#> SRR315320 2 0.3890 0.6744 0.000 0.784 0.036 0.000 0.152 0.028
#> SRR315321 2 0.4179 0.7129 0.008 0.772 0.020 0.000 0.152 0.048
#> SRR315322 1 0.5764 0.5342 0.544 0.336 0.000 0.000 0.072 0.048
#> SRR315323 4 0.5136 0.7071 0.032 0.000 0.076 0.740 0.072 0.080
#> SRR315324 3 0.0914 0.6039 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR315325 3 0.2989 0.5795 0.008 0.000 0.812 0.000 0.004 0.176
#> SRR315326 3 0.0508 0.6104 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR315327 3 0.0820 0.6055 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR315328 3 0.0260 0.6119 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR315329 3 0.0405 0.6126 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR315330 3 0.3652 0.5295 0.004 0.000 0.768 0.000 0.032 0.196
#> SRR315331 3 0.4023 0.5070 0.004 0.000 0.704 0.000 0.028 0.264
#> SRR315332 4 0.0000 0.8492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315333 4 0.0146 0.8491 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315334 6 0.4635 -0.2711 0.000 0.000 0.480 0.024 0.008 0.488
#> SRR315335 6 0.4588 -0.2265 0.000 0.000 0.448 0.028 0.004 0.520
#> SRR315336 3 0.4677 0.4762 0.004 0.000 0.676 0.024 0.032 0.264
#> SRR315337 3 0.4959 0.4352 0.004 0.000 0.612 0.028 0.028 0.328
#> SRR317035 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317036 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317037 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317038 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317039 5 0.3470 0.7895 0.028 0.200 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR317040 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317041 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317042 5 0.3075 0.7980 0.032 0.108 0.004 0.008 0.848 0.000
#> SRR317043 5 0.3089 0.7864 0.060 0.092 0.000 0.004 0.844 0.000
#> SRR317044 5 0.4997 0.6834 0.016 0.300 0.004 0.000 0.628 0.052
#> SRR317045 5 0.4997 0.6834 0.016 0.300 0.004 0.000 0.628 0.052
#> SRR317046 1 0.4743 0.5124 0.564 0.388 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317047 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317048 5 0.5361 0.7664 0.032 0.080 0.032 0.008 0.720 0.128
#> SRR317049 6 0.6768 -0.0357 0.012 0.000 0.208 0.028 0.344 0.408
#> SRR317050 5 0.2991 0.8009 0.024 0.096 0.008 0.012 0.860 0.000
#> SRR317051 5 0.2981 0.7990 0.032 0.100 0.004 0.008 0.856 0.000
#> SRR317052 1 0.4652 0.5710 0.600 0.352 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317053 1 0.4652 0.5710 0.600 0.352 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317054 5 0.3470 0.7895 0.028 0.200 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR317055 5 0.3470 0.7895 0.028 0.200 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR317056 5 0.5373 0.7592 0.036 0.068 0.032 0.012 0.724 0.128
#> SRR317057 5 0.5373 0.7592 0.036 0.068 0.032 0.012 0.724 0.128
#> SRR317059 1 0.4559 0.5854 0.628 0.324 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR317060 5 0.3499 0.7246 0.132 0.044 0.000 0.000 0.812 0.012
#> SRR317061 5 0.3212 0.7834 0.056 0.072 0.004 0.016 0.852 0.000
#> SRR317062 5 0.5679 0.7416 0.012 0.232 0.060 0.000 0.636 0.060
#> SRR317063 5 0.5277 0.7115 0.012 0.276 0.020 0.000 0.632 0.060
#> SRR317064 2 0.4926 0.5733 0.180 0.704 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR317065 2 0.4956 0.4794 0.240 0.668 0.000 0.000 0.064 0.028
#> SRR317066 5 0.5386 0.7286 0.004 0.256 0.044 0.000 0.636 0.060
#> SRR317067 5 0.5345 0.7256 0.004 0.260 0.040 0.000 0.636 0.060
#> SRR317068 5 0.3470 0.7895 0.028 0.200 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR317069 5 0.3271 0.7784 0.008 0.232 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR768413 4 0.5727 0.4144 0.040 0.000 0.000 0.536 0.076 0.348
#> SRR768414 4 0.5727 0.4144 0.040 0.000 0.000 0.536 0.076 0.348
#> SRR387661 6 0.4746 -0.2140 0.000 0.000 0.420 0.028 0.012 0.540
#> SRR387662 6 0.5878 0.0125 0.000 0.000 0.184 0.296 0.008 0.512
#> SRR768411 6 0.7325 -0.0434 0.316 0.000 0.000 0.104 0.252 0.328
#> SRR768412 1 0.7260 -0.0169 0.332 0.000 0.000 0.096 0.244 0.328
#> SRR534289 2 0.3099 0.7854 0.000 0.848 0.096 0.000 0.044 0.012
#> SRR534290 2 0.2437 0.8318 0.000 0.888 0.072 0.000 0.036 0.004
#> SRR534291 3 0.4529 0.4850 0.028 0.000 0.628 0.000 0.012 0.332
#> SRR534292 6 0.6184 -0.1687 0.056 0.000 0.392 0.004 0.080 0.468
#> SRR534293 4 0.0146 0.8491 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534294 4 0.0146 0.8491 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534295 6 0.4602 -0.2696 0.000 0.000 0.476 0.028 0.004 0.492
#> SRR534296 6 0.4602 -0.2696 0.000 0.000 0.476 0.028 0.004 0.492
#> SRR534297 4 0.0508 0.8465 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR534298 4 0.0260 0.8483 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR534299 4 0.5052 0.7071 0.064 0.000 0.000 0.708 0.080 0.148
#> SRR534300 4 0.0000 0.8492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 3 0.3853 0.5190 0.016 0.000 0.680 0.000 0.000 0.304
#> SRR534302 3 0.3938 0.5062 0.016 0.000 0.660 0.000 0.000 0.324
#> SRR534303 4 0.0146 0.8488 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534304 4 0.0000 0.8492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.3795 0.4661 0.004 0.000 0.632 0.000 0.000 0.364
#> SRR534306 3 0.1753 0.6055 0.004 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084
#> SRR534307 6 0.4635 -0.2640 0.000 0.000 0.476 0.024 0.008 0.492
#> SRR534308 6 0.4635 -0.2640 0.000 0.000 0.476 0.024 0.008 0.492
#> SRR534309 3 0.4517 0.3198 0.004 0.000 0.528 0.024 0.000 0.444
#> SRR534310 3 0.4508 0.3208 0.004 0.000 0.536 0.024 0.000 0.436
#> SRR534311 1 0.5619 0.5547 0.640 0.056 0.000 0.000 0.108 0.196
#> SRR534312 1 0.5619 0.5547 0.640 0.056 0.000 0.000 0.108 0.196
#> SRR534313 1 0.5619 0.5547 0.640 0.056 0.000 0.000 0.108 0.196
#> SRR534314 1 0.5619 0.5547 0.640 0.056 0.000 0.000 0.108 0.196
#> SRR534315 1 0.5619 0.5547 0.640 0.056 0.000 0.000 0.108 0.196
#> SRR534316 1 0.5619 0.5547 0.640 0.056 0.000 0.000 0.108 0.196
#> SRR534317 2 0.1411 0.8670 0.060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR534318 2 0.1080 0.8967 0.000 0.960 0.004 0.000 0.032 0.004
#> SRR534319 4 0.5597 0.6557 0.104 0.000 0.000 0.652 0.068 0.176
#> SRR534320 4 0.5597 0.6557 0.104 0.000 0.000 0.652 0.068 0.176
#> SRR534321 4 0.5597 0.6557 0.104 0.000 0.000 0.652 0.068 0.176
#> SRR534322 4 0.5597 0.6557 0.104 0.000 0.000 0.652 0.068 0.176
#> SRR534323 4 0.5597 0.6557 0.104 0.000 0.000 0.652 0.068 0.176
#> SRR534324 4 0.5597 0.6557 0.104 0.000 0.000 0.652 0.068 0.176
#> SRR534325 1 0.5619 0.5547 0.640 0.056 0.000 0.000 0.108 0.196
#> SRR534326 2 0.0767 0.9022 0.008 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR534327 2 0.0717 0.9048 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR534328 1 0.4424 0.6232 0.740 0.088 0.000 0.000 0.016 0.156
#> SRR534329 1 0.4424 0.6232 0.740 0.088 0.000 0.000 0.016 0.156
#> SRR534330 1 0.4424 0.6232 0.740 0.088 0.000 0.000 0.016 0.156
#> SRR534331 1 0.4492 0.6213 0.732 0.088 0.000 0.000 0.016 0.164
#> SRR534332 1 0.4492 0.6213 0.732 0.088 0.000 0.000 0.016 0.164
#> SRR534333 1 0.4492 0.6213 0.732 0.088 0.000 0.000 0.016 0.164
#> SRR534334 2 0.0603 0.9044 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR534335 2 0.0603 0.9047 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR545685 2 0.0837 0.9032 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR545686 1 0.4664 0.5680 0.596 0.356 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR545687 5 0.3331 0.6761 0.000 0.000 0.012 0.160 0.808 0.020
#> SRR545688 5 0.3331 0.6761 0.000 0.000 0.012 0.160 0.808 0.020
#> SRR545689 1 0.4989 0.6155 0.708 0.088 0.000 0.000 0.048 0.156
#> SRR545690 1 0.4989 0.6155 0.708 0.088 0.000 0.000 0.048 0.156
#> SRR545691 2 0.0767 0.9022 0.008 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR545692 2 0.0748 0.9041 0.000 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR545693 2 0.0603 0.9044 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR545694 2 0.0922 0.9013 0.000 0.968 0.004 0.000 0.024 0.004
#> SRR545695 6 0.7437 -0.1060 0.312 0.000 0.000 0.236 0.128 0.324
#> SRR545696 6 0.7437 -0.1060 0.312 0.000 0.000 0.236 0.128 0.324
#> SRR545697 6 0.7437 -0.1060 0.312 0.000 0.000 0.236 0.128 0.324
#> SRR545698 6 0.7321 -0.0386 0.324 0.000 0.000 0.184 0.132 0.360
#> SRR545699 6 0.7321 -0.0386 0.324 0.000 0.000 0.184 0.132 0.360
#> SRR545700 6 0.7321 -0.0386 0.324 0.000 0.000 0.184 0.132 0.360
#> SRR545701 2 0.1411 0.8670 0.060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545702 2 0.1411 0.8670 0.060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545703 2 0.0837 0.9032 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR545704 2 0.0748 0.9041 0.000 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR545705 2 0.0767 0.9022 0.008 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR545706 2 0.0767 0.9022 0.008 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR545707 2 0.1340 0.8897 0.000 0.948 0.008 0.000 0.040 0.004
#> SRR545708 2 0.1219 0.8746 0.048 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545709 2 0.1268 0.8926 0.000 0.952 0.008 0.000 0.036 0.004
#> SRR545710 2 0.0603 0.9047 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR545711 2 0.0748 0.9041 0.000 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR545712 2 0.0837 0.9032 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR545713 2 0.1340 0.8897 0.000 0.948 0.008 0.000 0.040 0.004
#> SRR545714 2 0.0458 0.9045 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR545715 2 0.1411 0.8670 0.060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545716 2 0.1411 0.8670 0.060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545717 2 0.3862 0.7017 0.000 0.792 0.108 0.000 0.088 0.012
#> SRR545718 2 0.1340 0.8897 0.000 0.948 0.008 0.000 0.040 0.004
#> SRR545719 2 0.1411 0.8670 0.060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545720 2 0.1411 0.8670 0.060 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545721 2 0.1471 0.8629 0.064 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR545722 2 0.0458 0.9045 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR545723 2 0.0767 0.9022 0.008 0.976 0.000 0.000 0.012 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.5014 0.499 0.499
#> 3 3 1.000 0.983 0.992 0.3011 0.815 0.641
#> 4 4 0.862 0.874 0.931 0.1406 0.884 0.674
#> 5 5 0.808 0.649 0.826 0.0453 0.946 0.798
#> 6 6 0.784 0.706 0.830 0.0455 0.903 0.624
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307898 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307899 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307900 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307901 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307914 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307916 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307917 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307921 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307922 1 0.184 0.970 0.972 0.028
#> SRR307923 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307925 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307926 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307931 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315297 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315298 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315299 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315300 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315301 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315303 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315304 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315305 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315306 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315307 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315308 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315309 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315310 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315311 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315312 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.697 0.770 0.188 0.812
#> SRR315315 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315318 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315319 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315320 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315321 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315322 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR315323 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315332 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315333 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315334 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR315337 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR317035 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317036 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317037 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317038 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317039 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317040 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317041 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317042 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317044 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317045 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317046 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317047 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317048 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317049 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR317050 1 0.416 0.910 0.916 0.084
#> SRR317051 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317052 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317054 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317055 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317056 1 0.224 0.962 0.964 0.036
#> SRR317057 1 0.482 0.887 0.896 0.104
#> SRR317059 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317062 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317063 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317064 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317065 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317066 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317067 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317068 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR317069 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR768413 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR768414 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR387661 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR387662 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR768411 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR768412 1 0.574 0.846 0.864 0.136
#> SRR534289 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534290 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534294 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534295 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534298 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534308 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534317 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534318 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534319 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534320 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534321 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534322 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534323 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534324 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR534325 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534326 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534327 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534334 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR534335 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545685 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545686 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545687 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR545688 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR545689 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545691 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545692 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545693 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545694 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545695 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR545696 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR545697 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR545698 2 0.141 0.978 0.020 0.980
#> SRR545699 2 0.141 0.978 0.020 0.980
#> SRR545700 2 0.141 0.978 0.020 0.980
#> SRR545701 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545702 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545703 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545704 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545705 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545706 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545707 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545708 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545709 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545710 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545711 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545712 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545713 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545714 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545715 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545716 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545717 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545718 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545719 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545720 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545721 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545722 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR545723 1 0.000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307898 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307899 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307900 3 0.1860 0.940 0.052 0.000 0.948
#> SRR307901 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307907 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307909 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR307910 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR307911 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307912 1 0.3619 0.842 0.864 0.000 0.136
#> SRR307913 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR307914 3 0.2356 0.919 0.072 0.000 0.928
#> SRR307915 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR307916 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR307917 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR307922 3 0.0237 0.985 0.000 0.004 0.996
#> SRR307923 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307924 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307925 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR307926 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307930 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315298 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315299 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315300 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315301 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315305 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315306 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315307 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315310 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315311 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315312 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315313 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315314 3 0.0237 0.985 0.000 0.004 0.996
#> SRR315315 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR315323 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315324 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315330 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315332 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315333 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR315334 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315336 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317039 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317040 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317041 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317042 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR317043 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317048 1 0.4931 0.700 0.768 0.232 0.000
#> SRR317049 3 0.5363 0.626 0.276 0.000 0.724
#> SRR317050 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR317051 2 0.2448 0.921 0.076 0.924 0.000
#> SRR317052 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317054 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317055 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317056 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR317057 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR317059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317060 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR317061 1 0.3879 0.815 0.848 0.152 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR768413 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR768414 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR387661 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR387662 3 0.4605 0.747 0.204 0.000 0.796
#> SRR768411 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534292 1 0.4121 0.796 0.832 0.000 0.168
#> SRR534293 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534294 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534295 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534297 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534298 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534299 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534301 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534303 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534304 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534305 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.990 0.000 0.000 1.000
#> SRR534311 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR534312 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR534313 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR534314 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR534315 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR534316 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534320 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534321 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534322 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534323 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534324 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR534325 2 0.0592 0.990 0.012 0.988 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR534329 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR534330 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR534331 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR534332 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR534333 2 0.0237 0.995 0.004 0.996 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR545688 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR545689 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545690 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307898 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307899 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307900 3 0.3266 0.792 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR307901 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307909 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307910 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307911 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307912 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307913 4 0.0592 0.923 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR307914 3 0.4356 0.615 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR307915 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307916 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 4 0.2814 0.878 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR307922 3 0.2773 0.857 0.116 0.004 0.880 0.000
#> SRR307923 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307924 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307925 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307930 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307931 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307932 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315298 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315303 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR315304 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR315308 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315322 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR315323 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315332 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315336 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315337 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317035 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317036 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317037 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317038 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317039 1 0.4277 0.705 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR317040 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317041 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.4996 -0.321 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR317047 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317048 1 0.3908 0.651 0.784 0.004 0.000 0.212
#> SRR317049 3 0.4941 0.286 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR317050 1 0.4543 0.513 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR317051 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317052 1 0.4730 0.651 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR317053 1 0.4746 0.648 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR317054 1 0.4304 0.703 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR317055 1 0.4304 0.703 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR317056 1 0.4713 0.444 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR317057 1 0.4746 0.431 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR317059 1 0.4697 0.657 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317068 1 0.4304 0.703 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.4804 0.161 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR768413 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR387661 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR387662 3 0.4933 0.297 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR768411 4 0.4304 0.747 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR768412 4 0.4661 0.659 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR534289 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 4 0.4037 0.791 0.040 0.000 0.136 0.824
#> SRR534293 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534298 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534299 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534300 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534304 4 0.0000 0.930 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 4 0.2469 0.890 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR534320 4 0.2469 0.890 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR534321 4 0.2469 0.890 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR534322 4 0.2469 0.890 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR534323 4 0.2469 0.890 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR534324 4 0.2469 0.890 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR534325 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.769 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 1 0.4916 0.541 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR545687 4 0.2814 0.878 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR545688 4 0.2814 0.878 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR545689 1 0.0817 0.771 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0817 0.771 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 4 0.3726 0.814 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR545696 4 0.3726 0.814 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR545697 4 0.3726 0.814 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR545698 4 0.4382 0.733 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR545699 4 0.4382 0.733 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR545700 4 0.4382 0.733 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR545701 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 3 0.4559 0.55599 0.100 0.000 0.748 0.000 0.152
#> SRR307898 3 0.1043 0.94500 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR307899 3 0.0671 0.94954 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR307900 3 0.3527 0.62882 0.000 0.000 0.792 0.192 0.016
#> SRR307901 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR307902 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR307903 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR307904 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0162 0.95766 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR307908 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR307909 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307910 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307911 3 0.0162 0.95766 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR307912 4 0.1341 0.77048 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR307913 4 0.6432 0.19936 0.196 0.000 0.000 0.484 0.320
#> SRR307914 3 0.6523 -0.14999 0.000 0.000 0.460 0.332 0.208
#> SRR307915 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307916 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.0162 0.95766 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307921 5 0.5735 0.33061 0.376 0.000 0.000 0.092 0.532
#> SRR307922 5 0.5889 0.46096 0.392 0.000 0.104 0.000 0.504
#> SRR307923 5 0.6674 0.63114 0.260 0.000 0.304 0.000 0.436
#> SRR307924 5 0.6806 0.63086 0.260 0.000 0.300 0.004 0.436
#> SRR307925 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307927 3 0.0162 0.95766 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0162 0.95766 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR307930 5 0.6478 0.53781 0.184 0.000 0.396 0.000 0.420
#> SRR307931 5 0.6478 0.53781 0.184 0.000 0.396 0.000 0.420
#> SRR307932 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315297 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315298 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315301 3 0.0880 0.95066 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315302 3 0.0880 0.95066 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315303 1 0.5992 0.15209 0.472 0.416 0.000 0.000 0.112
#> SRR315304 1 0.5407 0.01444 0.472 0.472 0.000 0.000 0.056
#> SRR315305 4 0.0609 0.80437 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR315306 4 0.5952 0.28727 0.164 0.000 0.000 0.584 0.252
#> SRR315307 2 0.5353 -0.04337 0.472 0.476 0.000 0.000 0.052
#> SRR315308 1 0.5992 0.15209 0.472 0.416 0.000 0.000 0.112
#> SRR315309 4 0.5993 0.27154 0.164 0.000 0.000 0.576 0.260
#> SRR315310 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315313 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315314 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315315 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.2914 0.82626 0.076 0.872 0.000 0.000 0.052
#> SRR315319 2 0.3033 0.82049 0.084 0.864 0.000 0.000 0.052
#> SRR315320 2 0.0404 0.90546 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR315321 2 0.3180 0.81595 0.076 0.856 0.000 0.000 0.068
#> SRR315322 1 0.5992 0.15209 0.472 0.416 0.000 0.000 0.112
#> SRR315323 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315325 3 0.0510 0.95696 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR315326 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315327 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315328 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315329 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR315330 3 0.1043 0.94500 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR315331 3 0.1043 0.94500 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR315332 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315333 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0162 0.95766 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR315336 3 0.1043 0.94500 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR315337 3 0.0671 0.94954 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR317035 1 0.4302 0.06815 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR317036 1 0.4302 0.06815 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR317037 1 0.4302 0.06815 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR317038 1 0.4302 0.06815 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR317039 1 0.4830 -0.01684 0.684 0.060 0.000 0.000 0.256
#> SRR317040 1 0.4300 0.07839 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR317041 1 0.4302 0.06815 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR317042 1 0.3983 -0.13585 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR317043 1 0.3730 -0.05573 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR317044 2 0.3476 0.80018 0.076 0.836 0.000 0.000 0.088
#> SRR317045 2 0.3476 0.80018 0.076 0.836 0.000 0.000 0.088
#> SRR317046 2 0.3480 0.63120 0.248 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.4307 -0.04078 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR317048 1 0.6333 0.08890 0.496 0.000 0.000 0.176 0.328
#> SRR317049 4 0.6552 -0.08521 0.000 0.000 0.348 0.444 0.208
#> SRR317050 1 0.5371 -0.31026 0.524 0.000 0.000 0.056 0.420
#> SRR317051 1 0.3966 -0.12878 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR317052 1 0.4294 0.09747 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000
#> SRR317053 1 0.4300 0.07839 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR317054 1 0.5004 -0.01360 0.672 0.072 0.000 0.000 0.256
#> SRR317055 1 0.5004 -0.01360 0.672 0.072 0.000 0.000 0.256
#> SRR317056 1 0.6555 0.07778 0.460 0.000 0.000 0.220 0.320
#> SRR317057 1 0.6555 0.07778 0.460 0.000 0.000 0.220 0.320
#> SRR317059 1 0.4294 0.09747 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.3932 -0.06015 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR317061 1 0.4138 -0.14519 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR317062 2 0.5740 0.49545 0.144 0.612 0.000 0.000 0.244
#> SRR317063 2 0.4355 0.72593 0.076 0.760 0.000 0.000 0.164
#> SRR317064 2 0.3090 0.81739 0.088 0.860 0.000 0.000 0.052
#> SRR317065 2 0.3090 0.81739 0.088 0.860 0.000 0.000 0.052
#> SRR317066 2 0.4237 0.73990 0.076 0.772 0.000 0.000 0.152
#> SRR317067 2 0.4197 0.74431 0.076 0.776 0.000 0.000 0.148
#> SRR317068 1 0.5140 0.00582 0.664 0.084 0.000 0.000 0.252
#> SRR317069 1 0.5493 -0.04068 0.632 0.112 0.000 0.000 0.256
#> SRR768413 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR768414 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR387661 3 0.0671 0.94954 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR387662 4 0.4273 0.09160 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR768411 4 0.5737 0.33784 0.084 0.000 0.000 0.460 0.456
#> SRR768412 5 0.6625 -0.25489 0.276 0.000 0.000 0.268 0.456
#> SRR534289 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 4 0.7032 0.21596 0.028 0.000 0.264 0.492 0.216
#> SRR534293 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534294 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0162 0.95766 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR534297 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534298 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534299 4 0.0290 0.81352 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR534300 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534304 4 0.0000 0.81648 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0703 0.95459 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR534307 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.95958 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534312 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534313 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534314 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534315 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534316 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534317 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 4 0.2424 0.75463 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR534320 4 0.2424 0.75463 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR534321 4 0.2424 0.75463 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR534322 4 0.2424 0.75463 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR534323 4 0.2424 0.75463 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR534324 4 0.2424 0.75463 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR534325 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534326 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534329 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534330 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534331 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534332 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534333 1 0.4278 0.41186 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR534334 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.4302 0.02237 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 1 0.6781 -0.33503 0.376 0.000 0.000 0.280 0.344
#> SRR545688 1 0.6781 -0.33503 0.376 0.000 0.000 0.280 0.344
#> SRR545689 1 0.5467 0.41535 0.548 0.068 0.000 0.000 0.384
#> SRR545690 1 0.5467 0.41535 0.548 0.068 0.000 0.000 0.384
#> SRR545691 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 4 0.4980 0.49464 0.036 0.000 0.000 0.584 0.380
#> SRR545696 4 0.4980 0.49464 0.036 0.000 0.000 0.584 0.380
#> SRR545697 4 0.4980 0.49464 0.036 0.000 0.000 0.584 0.380
#> SRR545698 4 0.5737 0.33784 0.084 0.000 0.000 0.460 0.456
#> SRR545699 4 0.5737 0.33784 0.084 0.000 0.000 0.460 0.456
#> SRR545700 4 0.5737 0.33784 0.084 0.000 0.000 0.460 0.456
#> SRR545701 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.91224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 3 0.5147 0.4609 0.000 0.000 0.548 0.000 0.096 0.356
#> SRR307898 3 0.3698 0.8219 0.000 0.000 0.788 0.000 0.096 0.116
#> SRR307899 3 0.2371 0.8283 0.000 0.000 0.900 0.052 0.016 0.032
#> SRR307900 3 0.4091 0.6234 0.000 0.000 0.736 0.216 0.016 0.032
#> SRR307901 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR307902 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR307903 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR307904 3 0.0405 0.8627 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR307905 3 0.1738 0.8409 0.000 0.000 0.928 0.052 0.016 0.004
#> SRR307906 3 0.0767 0.8614 0.000 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004
#> SRR307907 3 0.3520 0.8292 0.000 0.000 0.804 0.000 0.096 0.100
#> SRR307908 3 0.3520 0.8292 0.000 0.000 0.804 0.000 0.096 0.100
#> SRR307909 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307910 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.1594 0.8408 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR307912 4 0.3231 0.6747 0.000 0.000 0.200 0.784 0.016 0.000
#> SRR307913 5 0.3292 0.5206 0.004 0.000 0.036 0.068 0.852 0.040
#> SRR307914 3 0.6837 0.1474 0.000 0.000 0.444 0.284 0.204 0.068
#> SRR307915 4 0.0260 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307916 4 0.0260 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307917 3 0.0405 0.8627 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR307918 3 0.0405 0.8627 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR307919 3 0.1594 0.8408 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR307920 3 0.1713 0.8599 0.000 0.000 0.928 0.000 0.044 0.028
#> SRR307921 6 0.3017 0.6894 0.000 0.000 0.000 0.020 0.164 0.816
#> SRR307922 6 0.2668 0.6866 0.000 0.000 0.004 0.000 0.168 0.828
#> SRR307923 6 0.5825 0.4405 0.000 0.000 0.224 0.000 0.288 0.488
#> SRR307924 6 0.6401 0.4676 0.000 0.000 0.180 0.040 0.292 0.488
#> SRR307925 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307926 3 0.0622 0.8608 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR307927 3 0.1500 0.8413 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR307928 3 0.0363 0.8624 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR307929 3 0.1594 0.8398 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR307930 6 0.5561 0.4075 0.000 0.000 0.244 0.000 0.204 0.552
#> SRR307931 6 0.5561 0.4075 0.000 0.000 0.244 0.000 0.204 0.552
#> SRR307932 3 0.0520 0.8629 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR307933 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR315297 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315301 3 0.3782 0.8178 0.000 0.000 0.780 0.000 0.096 0.124
#> SRR315302 3 0.3566 0.8284 0.000 0.000 0.800 0.000 0.096 0.104
#> SRR315303 5 0.5516 0.5779 0.268 0.124 0.000 0.000 0.592 0.016
#> SRR315304 5 0.5548 0.5830 0.260 0.132 0.000 0.000 0.592 0.016
#> SRR315305 4 0.0937 0.8659 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR315306 4 0.3789 0.2840 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR315307 5 0.5548 0.5830 0.260 0.132 0.000 0.000 0.592 0.016
#> SRR315308 5 0.5516 0.5779 0.268 0.124 0.000 0.000 0.592 0.016
#> SRR315309 4 0.4385 0.1847 0.000 0.000 0.012 0.540 0.008 0.440
#> SRR315310 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315311 4 0.0260 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR315312 4 0.0260 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR315313 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR315314 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR315315 3 0.0405 0.8652 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR315316 3 0.0260 0.8626 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR315318 5 0.4159 0.6476 0.000 0.396 0.000 0.000 0.588 0.016
#> SRR315319 5 0.4936 0.6220 0.036 0.408 0.000 0.000 0.540 0.016
#> SRR315320 2 0.0260 0.9699 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR315321 5 0.3659 0.6883 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR315322 5 0.5516 0.5779 0.268 0.124 0.000 0.000 0.592 0.016
#> SRR315323 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315324 3 0.3372 0.8306 0.000 0.000 0.816 0.000 0.084 0.100
#> SRR315325 3 0.2201 0.8549 0.000 0.000 0.900 0.000 0.052 0.048
#> SRR315326 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR315327 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR315328 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR315329 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR315330 3 0.3862 0.8127 0.000 0.000 0.772 0.000 0.096 0.132
#> SRR315331 3 0.3698 0.8219 0.000 0.000 0.788 0.000 0.096 0.116
#> SRR315332 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315333 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315334 3 0.0622 0.8616 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR315335 3 0.1594 0.8408 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR315336 3 0.3838 0.8225 0.000 0.000 0.784 0.004 0.096 0.116
#> SRR315337 3 0.3809 0.8289 0.000 0.000 0.812 0.052 0.048 0.088
#> SRR317035 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317036 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317037 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317038 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317039 6 0.3604 0.7498 0.168 0.008 0.000 0.000 0.036 0.788
#> SRR317040 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317041 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317042 6 0.2896 0.7610 0.160 0.000 0.000 0.000 0.016 0.824
#> SRR317043 6 0.3253 0.7469 0.192 0.000 0.000 0.000 0.020 0.788
#> SRR317044 5 0.3927 0.7085 0.000 0.344 0.000 0.000 0.644 0.012
#> SRR317045 5 0.3927 0.7085 0.000 0.344 0.000 0.000 0.644 0.012
#> SRR317046 2 0.6105 -0.3763 0.180 0.476 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317047 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317048 5 0.3038 0.5623 0.080 0.000 0.004 0.012 0.860 0.044
#> SRR317049 4 0.6590 0.3097 0.000 0.000 0.216 0.512 0.204 0.068
#> SRR317050 6 0.3374 0.7573 0.092 0.000 0.000 0.024 0.048 0.836
#> SRR317051 6 0.2981 0.7607 0.160 0.000 0.000 0.000 0.020 0.820
#> SRR317052 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317053 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317054 6 0.3721 0.7481 0.160 0.016 0.000 0.000 0.036 0.788
#> SRR317055 6 0.3721 0.7481 0.160 0.016 0.000 0.000 0.036 0.788
#> SRR317056 5 0.2955 0.5609 0.088 0.000 0.000 0.016 0.860 0.036
#> SRR317057 5 0.3044 0.5599 0.076 0.000 0.000 0.028 0.860 0.036
#> SRR317059 1 0.6452 -0.1999 0.376 0.280 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR317060 6 0.2883 0.7374 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR317061 6 0.2730 0.7449 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR317062 5 0.3103 0.7059 0.000 0.208 0.000 0.000 0.784 0.008
#> SRR317063 5 0.2996 0.7179 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR317064 5 0.4821 0.6953 0.036 0.356 0.000 0.000 0.592 0.016
#> SRR317065 5 0.4915 0.6429 0.036 0.396 0.000 0.000 0.552 0.016
#> SRR317066 5 0.3101 0.7243 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR317067 5 0.3126 0.7245 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR317068 6 0.3859 0.7364 0.176 0.016 0.000 0.000 0.036 0.772
#> SRR317069 6 0.3853 0.7468 0.148 0.028 0.000 0.000 0.036 0.788
#> SRR768413 4 0.0260 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR768414 4 0.0260 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR387661 3 0.2371 0.8283 0.000 0.000 0.900 0.052 0.016 0.032
#> SRR387662 4 0.4105 0.4396 0.000 0.000 0.348 0.632 0.020 0.000
#> SRR768411 1 0.5745 0.2963 0.588 0.000 0.000 0.268 0.104 0.040
#> SRR768412 1 0.5290 0.4047 0.668 0.000 0.000 0.188 0.104 0.040
#> SRR534289 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0603 0.8619 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR534292 3 0.7955 -0.0916 0.140 0.000 0.376 0.288 0.152 0.044
#> SRR534293 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534294 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534295 3 0.1367 0.8460 0.000 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR534296 3 0.1500 0.8413 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012 0.000
#> SRR534297 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534298 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534299 4 0.2679 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.864 0.096 0.040
#> SRR534300 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534301 3 0.0405 0.8627 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR534302 3 0.0405 0.8627 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR534303 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534304 4 0.0000 0.8941 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0260 0.8630 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR534306 3 0.3518 0.8298 0.000 0.000 0.804 0.000 0.092 0.104
#> SRR534307 3 0.0520 0.8618 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534308 3 0.0520 0.8618 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534309 3 0.0260 0.8626 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0260 0.8626 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 4 0.3949 0.7455 0.136 0.000 0.000 0.788 0.040 0.036
#> SRR534320 4 0.3949 0.7455 0.136 0.000 0.000 0.788 0.040 0.036
#> SRR534321 4 0.3949 0.7455 0.136 0.000 0.000 0.788 0.040 0.036
#> SRR534322 4 0.3949 0.7455 0.136 0.000 0.000 0.788 0.040 0.036
#> SRR534323 4 0.3949 0.7455 0.136 0.000 0.000 0.788 0.040 0.036
#> SRR534324 4 0.3949 0.7455 0.136 0.000 0.000 0.788 0.040 0.036
#> SRR534325 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.5661 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 1 0.6473 -0.2154 0.364 0.320 0.000 0.000 0.300 0.016
#> SRR545687 6 0.2491 0.6818 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR545688 6 0.2491 0.6818 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR545689 1 0.0260 0.5634 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0260 0.5634 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.5929 0.1840 0.528 0.000 0.000 0.332 0.100 0.040
#> SRR545696 1 0.5929 0.1840 0.528 0.000 0.000 0.332 0.100 0.040
#> SRR545697 1 0.5929 0.1840 0.528 0.000 0.000 0.332 0.100 0.040
#> SRR545698 1 0.5723 0.2935 0.588 0.000 0.000 0.272 0.100 0.040
#> SRR545699 1 0.5723 0.2935 0.588 0.000 0.000 0.272 0.100 0.040
#> SRR545700 1 0.5723 0.2935 0.588 0.000 0.000 0.272 0.100 0.040
#> SRR545701 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0363 0.9605 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.966 0.986 0.4997 0.500 0.500
#> 3 3 0.808 0.754 0.884 0.2744 0.827 0.665
#> 4 4 0.887 0.865 0.936 0.1263 0.872 0.670
#> 5 5 0.836 0.835 0.914 0.0904 0.880 0.614
#> 6 6 0.962 0.900 0.948 0.0244 0.980 0.907
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307898 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307899 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307900 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.2948 0.935 0.052 0.948
#> SRR307914 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307916 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307917 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307921 2 0.7528 0.723 0.216 0.784
#> SRR307922 1 0.9552 0.398 0.624 0.376
#> SRR307923 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> SRR307924 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307925 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307926 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> SRR307931 2 0.0376 0.983 0.004 0.996
#> SRR307932 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315297 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315298 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315299 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315300 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315301 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315303 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315304 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315305 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315306 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315307 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315308 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315309 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315310 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315311 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315312 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315318 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315319 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315320 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315321 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315322 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315332 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315333 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315334 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR315337 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR317035 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317036 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317037 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317038 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317039 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317040 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317041 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317044 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317045 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317046 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317047 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317048 1 0.9323 0.466 0.652 0.348
#> SRR317049 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR317050 1 0.7056 0.757 0.808 0.192
#> SRR317051 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> SRR317052 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317053 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317054 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317055 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317056 1 0.9686 0.344 0.604 0.396
#> SRR317057 2 0.9815 0.273 0.420 0.580
#> SRR317059 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317062 1 0.3879 0.907 0.924 0.076
#> SRR317063 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317064 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317065 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317066 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317067 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317068 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR317069 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR768413 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR768414 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR387661 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR387662 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR768411 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR768412 2 0.9170 0.502 0.332 0.668
#> SRR534289 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534290 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534291 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534294 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534295 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534298 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534308 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534317 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534318 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534319 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534320 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534321 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534322 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534323 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534324 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534326 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534327 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534334 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR534335 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545685 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545686 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545687 2 0.5629 0.843 0.132 0.868
#> SRR545688 2 0.8081 0.670 0.248 0.752
#> SRR545689 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545691 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545692 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545693 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545694 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545695 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR545696 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR545697 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR545698 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR545699 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR545700 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR545701 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545702 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545703 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545704 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545705 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545706 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545707 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545708 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545709 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545710 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545711 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545712 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545713 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545714 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545715 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545716 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545717 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545718 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545719 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545720 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545721 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545722 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR545723 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 3 0.6204 0.8360 0.424 0.000 0.576
#> SRR307898 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307899 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307900 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307901 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307902 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307903 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307904 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307905 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307906 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307907 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307908 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307909 1 0.1031 0.5141 0.976 0.000 0.024
#> SRR307910 1 0.3116 0.2880 0.892 0.000 0.108
#> SRR307911 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307912 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307913 3 0.6168 0.8190 0.412 0.000 0.588
#> SRR307914 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307915 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR307916 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR307917 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307918 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307919 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307920 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307921 3 0.4868 0.2983 0.056 0.100 0.844
#> SRR307922 3 0.0747 0.1250 0.000 0.016 0.984
#> SRR307923 3 0.5678 0.6759 0.316 0.000 0.684
#> SRR307924 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307925 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR307926 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307927 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307928 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307929 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307930 3 0.6126 0.8027 0.400 0.000 0.600
#> SRR307931 3 0.5948 0.7437 0.360 0.000 0.640
#> SRR307932 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR307933 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315297 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315301 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315302 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315303 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315304 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315305 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315306 1 0.1031 0.5141 0.976 0.000 0.024
#> SRR315307 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315308 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315309 3 0.6295 0.8777 0.472 0.000 0.528
#> SRR315310 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315311 1 0.6280 0.6897 0.540 0.460 0.000
#> SRR315312 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR315313 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315314 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315315 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315316 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315318 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315319 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315320 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315321 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315322 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR315323 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315324 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315325 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315326 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315327 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315328 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315329 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315330 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315331 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315332 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315333 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR315334 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315335 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315336 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR315337 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR317035 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317036 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317037 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317038 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317039 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317040 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317041 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317042 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317043 2 0.2537 0.5599 0.000 0.920 0.080
#> SRR317044 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317045 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317046 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317047 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317048 3 0.5882 -0.6874 0.000 0.348 0.652
#> SRR317049 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR317050 3 0.5785 -0.6629 0.000 0.332 0.668
#> SRR317051 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317052 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317053 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317054 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317055 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317056 3 0.5254 -0.5469 0.000 0.264 0.736
#> SRR317057 3 0.1289 0.0758 0.000 0.032 0.968
#> SRR317059 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR317060 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR317061 2 0.0747 0.4392 0.016 0.984 0.000
#> SRR317062 3 0.5678 -0.6378 0.000 0.316 0.684
#> SRR317063 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317064 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317065 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317066 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317067 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317068 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR317069 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR768413 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR768414 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR387661 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR387662 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR768411 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR768412 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534289 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR534290 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR534291 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534292 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534293 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR534294 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR534295 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534296 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534297 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR534298 1 0.1031 0.5141 0.976 0.000 0.024
#> SRR534299 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534300 1 0.1031 0.5141 0.976 0.000 0.024
#> SRR534301 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534302 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534303 1 0.0000 0.5554 1.000 0.000 0.000
#> SRR534304 1 0.1031 0.5141 0.976 0.000 0.024
#> SRR534305 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534306 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534307 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534308 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534309 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534310 3 0.6286 0.8878 0.464 0.000 0.536
#> SRR534311 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534312 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534313 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534314 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534315 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534316 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR534318 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR534319 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534320 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534321 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534322 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534323 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534324 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR534325 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR534327 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR534328 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534329 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534330 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534331 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534332 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534333 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR534335 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545685 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545686 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545687 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545688 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545689 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR545690 2 0.0000 0.4683 0.000 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545692 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545693 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545694 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545695 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545696 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545697 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545698 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545699 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545700 1 0.6286 0.6893 0.536 0.464 0.000
#> SRR545701 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545702 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545703 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545704 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545705 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545706 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545707 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545708 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545709 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545710 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545711 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545712 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545713 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545714 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545715 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545716 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545717 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545718 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545719 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545720 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545721 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545722 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
#> SRR545723 2 0.6286 0.8982 0.000 0.536 0.464
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 3 0.0921 0.910 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR307898 3 0.0336 0.924 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR307899 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307900 4 0.4977 0.295 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR307901 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307902 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307908 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307909 4 0.3649 0.718 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR307910 4 0.3801 0.711 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR307911 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307912 3 0.2704 0.799 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR307913 3 0.3958 0.747 0.032 0.144 0.824 0.000
#> SRR307914 3 0.4446 0.734 0.028 0.000 0.776 0.196
#> SRR307915 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307916 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 3 0.4964 0.672 0.032 0.000 0.724 0.244
#> SRR307922 3 0.7924 0.387 0.032 0.184 0.540 0.244
#> SRR307923 3 0.2036 0.887 0.032 0.000 0.936 0.032
#> SRR307924 3 0.4964 0.672 0.032 0.000 0.724 0.244
#> SRR307925 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307930 3 0.4872 0.676 0.028 0.000 0.728 0.244
#> SRR307931 3 0.4872 0.676 0.028 0.000 0.728 0.244
#> SRR307932 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315297 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315298 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315301 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315302 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315303 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315306 4 0.0921 0.799 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR315307 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315309 4 0.1109 0.798 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR315310 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315311 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315312 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315313 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315314 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315323 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315324 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315325 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315330 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315331 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315332 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315333 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315336 3 0.4008 0.701 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR315337 3 0.4008 0.701 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR317035 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317039 2 0.1022 0.945 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR317040 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317041 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317042 2 0.7603 0.177 0.280 0.476 0.000 0.244
#> SRR317043 1 0.4328 0.574 0.748 0.008 0.000 0.244
#> SRR317044 2 0.0469 0.962 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR317045 2 0.0336 0.965 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317048 2 0.2131 0.912 0.032 0.932 0.036 0.000
#> SRR317049 3 0.4872 0.676 0.028 0.000 0.728 0.244
#> SRR317050 2 0.8397 0.343 0.108 0.536 0.112 0.244
#> SRR317051 2 0.7571 0.200 0.272 0.484 0.000 0.244
#> SRR317052 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317053 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317054 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317055 2 0.0336 0.965 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR317056 2 0.4465 0.753 0.056 0.800 0.144 0.000
#> SRR317057 2 0.4500 0.708 0.032 0.776 0.192 0.000
#> SRR317059 1 0.4948 0.259 0.560 0.440 0.000 0.000
#> SRR317060 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.1610 0.932 0.032 0.952 0.016 0.000
#> SRR317063 2 0.1022 0.945 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.1022 0.945 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR317067 2 0.1022 0.945 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR317068 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR317069 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR768413 3 0.4925 0.387 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR768414 3 0.4925 0.387 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR387661 3 0.2345 0.851 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR387662 3 0.4624 0.422 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR768411 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534294 4 0.0000 0.813 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 4 0.4008 0.690 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR534298 4 0.4008 0.690 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR534299 4 0.4382 0.593 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR534300 4 0.4103 0.680 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR534301 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 4 0.4008 0.690 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR534304 4 0.4008 0.690 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR534305 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 4 0.4830 0.457 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR534320 4 0.4843 0.448 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR534321 4 0.4830 0.457 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR534322 4 0.4564 0.555 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR534323 4 0.4776 0.485 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR534324 4 0.4776 0.485 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR534325 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 4 0.2921 0.740 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR545688 4 0.3764 0.671 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR545689 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.1022 0.943 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.1022 0.924 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545696 1 0.1022 0.924 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545697 1 0.1022 0.924 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545698 1 0.1022 0.924 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545699 1 0.1022 0.924 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545700 1 0.1022 0.924 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR545701 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0188 0.967 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 3 0.4045 0.5386 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR307898 3 0.2891 0.8070 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR307899 3 0.2771 0.8184 0.000 0.000 0.860 0.012 0.128
#> SRR307900 3 0.5700 0.4172 0.000 0.000 0.600 0.280 0.120
#> SRR307901 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR307902 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR307903 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR307904 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR307908 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR307909 4 0.1544 0.8091 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR307910 4 0.2732 0.7175 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR307911 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307912 3 0.1544 0.8866 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR307913 5 0.1043 0.7657 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR307914 5 0.2813 0.6771 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR307915 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307916 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307920 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR307921 5 0.1549 0.7673 0.000 0.016 0.040 0.000 0.944
#> SRR307922 5 0.0771 0.7679 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR307923 5 0.0880 0.7574 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR307924 5 0.1478 0.7575 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR307925 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307926 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307930 5 0.2516 0.6742 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR307931 5 0.1608 0.7349 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR307932 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315297 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315298 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315299 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315301 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315302 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315303 5 0.3796 0.7149 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR315304 2 0.0510 0.9519 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR315305 4 0.2280 0.7760 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR315306 4 0.3561 0.6397 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR315307 2 0.2648 0.7797 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR315308 5 0.4305 0.3287 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR315309 4 0.2690 0.7445 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR315310 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315311 4 0.0290 0.8546 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315312 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315313 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315314 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315315 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315318 5 0.3966 0.6720 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR315319 2 0.0510 0.9519 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR315320 5 0.3876 0.7089 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR315321 5 0.3796 0.7149 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR315322 5 0.3796 0.7149 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR315323 3 0.2773 0.7721 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR315324 3 0.0963 0.9360 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR315325 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315326 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315327 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315328 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315329 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315330 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315331 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315332 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315333 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315334 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315336 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315337 3 0.0451 0.9389 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR317035 2 0.1300 0.9353 0.028 0.956 0.000 0.000 0.016
#> SRR317036 2 0.2293 0.8866 0.084 0.900 0.000 0.000 0.016
#> SRR317037 2 0.2625 0.8626 0.108 0.876 0.000 0.000 0.016
#> SRR317038 2 0.2625 0.8626 0.108 0.876 0.000 0.000 0.016
#> SRR317039 5 0.2929 0.7799 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR317040 2 0.0510 0.9519 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR317041 2 0.2677 0.8582 0.112 0.872 0.000 0.000 0.016
#> SRR317042 5 0.1568 0.7615 0.036 0.020 0.000 0.000 0.944
#> SRR317043 1 0.4065 0.7287 0.720 0.016 0.000 0.000 0.264
#> SRR317044 5 0.3796 0.7149 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR317045 5 0.3796 0.7149 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR317046 2 0.0510 0.9519 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR317047 2 0.0798 0.9485 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR317048 5 0.1168 0.7704 0.000 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR317049 5 0.2648 0.6933 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR317050 5 0.1710 0.7657 0.024 0.020 0.012 0.000 0.944
#> SRR317051 5 0.1568 0.7615 0.036 0.020 0.000 0.000 0.944
#> SRR317052 2 0.2777 0.8493 0.120 0.864 0.000 0.000 0.016
#> SRR317053 2 0.2046 0.9013 0.068 0.916 0.000 0.000 0.016
#> SRR317054 2 0.2179 0.8393 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR317055 2 0.4182 0.0968 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR317056 5 0.1168 0.7704 0.000 0.008 0.032 0.000 0.960
#> SRR317057 5 0.1124 0.7683 0.000 0.004 0.036 0.000 0.960
#> SRR317059 2 0.2825 0.8447 0.124 0.860 0.000 0.000 0.016
#> SRR317060 1 0.2561 0.8313 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR317061 1 0.3661 0.7283 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR317062 5 0.1331 0.7811 0.000 0.040 0.008 0.000 0.952
#> SRR317063 5 0.1792 0.7853 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR317064 5 0.3983 0.6658 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR317065 2 0.0510 0.9519 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR317066 5 0.1270 0.7819 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR317067 5 0.2732 0.7806 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR317068 5 0.3752 0.7203 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR317069 5 0.3837 0.7149 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR768413 3 0.4268 0.2010 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR768414 3 0.4674 0.2539 0.000 0.000 0.568 0.416 0.016
#> SRR387661 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR387662 4 0.3966 0.4628 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR768411 1 0.4157 0.7264 0.716 0.000 0.020 0.000 0.264
#> SRR768412 1 0.3109 0.7905 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR534289 5 0.4015 0.6647 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR534290 2 0.0404 0.9517 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR534291 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534294 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534295 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534297 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534298 4 0.2020 0.7797 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR534299 4 0.0740 0.8503 0.008 0.000 0.004 0.980 0.008
#> SRR534300 3 0.4273 0.2003 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534303 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534304 4 0.0000 0.8581 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR534306 3 0.0880 0.9376 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR534307 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.9408 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 4 0.4415 0.3401 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008
#> SRR534320 4 0.4425 0.3293 0.392 0.000 0.000 0.600 0.008
#> SRR534321 4 0.4415 0.3401 0.388 0.000 0.000 0.604 0.008
#> SRR534322 4 0.4127 0.5002 0.312 0.000 0.000 0.680 0.008
#> SRR534323 4 0.4327 0.4065 0.360 0.000 0.000 0.632 0.008
#> SRR534324 4 0.4354 0.3887 0.368 0.000 0.000 0.624 0.008
#> SRR534325 1 0.0794 0.8834 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0510 0.9519 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR545687 5 0.3282 0.6067 0.008 0.000 0.000 0.188 0.804
#> SRR545688 5 0.3264 0.6317 0.016 0.000 0.000 0.164 0.820
#> SRR545689 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.3924 0.7947 0.800 0.000 0.032 0.156 0.012
#> SRR545696 1 0.3924 0.7947 0.800 0.000 0.032 0.156 0.012
#> SRR545697 1 0.4802 0.7756 0.756 0.000 0.032 0.156 0.056
#> SRR545698 1 0.2971 0.8101 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR545699 1 0.2971 0.8101 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR545700 1 0.2971 0.8101 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR545701 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 5 0.3876 0.7089 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR545708 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0703 0.9410 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR545714 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 5 0.3876 0.7089 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR545718 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9603 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 3 0.3068 0.856 0.000 0.000 0.840 0.000 0.088 0.072
#> SRR307898 3 0.1802 0.927 0.000 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072
#> SRR307899 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR307900 3 0.1610 0.896 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR307901 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307902 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307903 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307904 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307907 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307908 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR307909 4 0.1341 0.945 0.000 0.000 0.028 0.948 0.000 0.024
#> SRR307910 4 0.1075 0.931 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR307911 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR307912 3 0.0937 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR307913 5 0.0146 0.874 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR307914 5 0.3672 0.470 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR307915 4 0.1267 0.925 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR307916 4 0.2219 0.851 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR307917 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR307920 3 0.0713 0.937 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR307921 5 0.0603 0.875 0.000 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR307922 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR307923 5 0.0547 0.867 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR307924 5 0.0547 0.867 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR307925 4 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR307926 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307927 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307930 5 0.4616 0.502 0.000 0.000 0.280 0.000 0.648 0.072
#> SRR307931 5 0.4144 0.609 0.000 0.000 0.200 0.000 0.728 0.072
#> SRR307932 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307933 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315297 4 0.0363 0.955 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR315298 4 0.0363 0.955 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR315299 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315300 4 0.0363 0.955 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR315301 3 0.1701 0.928 0.000 0.000 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR315302 3 0.1802 0.927 0.000 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072
#> SRR315303 5 0.0547 0.874 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR315304 2 0.0547 0.967 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR315305 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315306 4 0.0777 0.946 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> SRR315307 2 0.2416 0.815 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR315308 5 0.3862 0.120 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR315309 4 0.0725 0.947 0.000 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR315310 4 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315311 4 0.2260 0.846 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR315312 4 0.2378 0.831 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR315313 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315314 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315315 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315318 5 0.2854 0.692 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR315319 2 0.0458 0.968 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR315320 5 0.0865 0.873 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR315321 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR315322 5 0.0865 0.865 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR315323 3 0.2527 0.766 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR315324 3 0.1588 0.927 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR315325 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315326 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315327 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315328 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315329 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR315330 3 0.1701 0.928 0.000 0.000 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR315331 3 0.1802 0.927 0.000 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072
#> SRR315332 4 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315333 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315334 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR315336 3 0.1802 0.927 0.000 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072
#> SRR315337 3 0.1074 0.936 0.000 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR317035 2 0.0909 0.962 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317036 2 0.0909 0.962 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317037 2 0.0909 0.962 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317038 2 0.0909 0.962 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317039 5 0.0632 0.876 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR317040 2 0.0547 0.967 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317041 2 0.0909 0.962 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317042 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR317043 1 0.1594 0.921 0.932 0.016 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR317044 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR317045 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR317046 2 0.0547 0.967 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317047 2 0.0692 0.966 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317048 5 0.0146 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317049 5 0.3742 0.494 0.000 0.000 0.348 0.004 0.648 0.000
#> SRR317050 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR317051 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR317052 2 0.0909 0.962 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317053 2 0.0806 0.964 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317054 2 0.3717 0.344 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR317055 5 0.3563 0.508 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> SRR317056 5 0.0146 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317057 5 0.0146 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317059 2 0.0909 0.962 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR317060 1 0.0363 0.972 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR317061 1 0.2491 0.790 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR317062 5 0.0146 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317063 5 0.0146 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317064 5 0.2883 0.687 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR317065 2 0.0458 0.968 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR317066 5 0.0146 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317067 5 0.0146 0.876 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR317068 5 0.0547 0.876 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR317069 5 0.0865 0.873 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR768413 3 0.3847 0.136 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR768414 3 0.3804 0.234 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR387661 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR387662 4 0.1556 0.882 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0993 0.958 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR768412 1 0.0458 0.970 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR534289 5 0.1387 0.850 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR534290 2 0.1610 0.892 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534293 4 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR534294 4 0.0000 0.957 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534295 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534297 4 0.1074 0.946 0.000 0.000 0.028 0.960 0.000 0.012
#> SRR534298 4 0.0713 0.941 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR534299 6 0.3244 0.682 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR534300 3 0.5152 0.202 0.000 0.000 0.532 0.376 0.000 0.092
#> SRR534301 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 4 0.0363 0.955 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR534304 4 0.0632 0.945 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR534305 3 0.0713 0.937 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR534306 3 0.1444 0.929 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR534307 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0363 0.937 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0260 0.937 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 6 0.1444 0.950 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR534320 6 0.1444 0.950 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR534321 6 0.1444 0.950 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR534322 6 0.1444 0.950 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR534323 6 0.1444 0.950 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR534324 6 0.1444 0.950 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR534325 1 0.0363 0.968 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0547 0.967 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR545687 5 0.4569 0.224 0.000 0.000 0.000 0.040 0.564 0.396
#> SRR545688 5 0.0547 0.869 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR545689 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 6 0.1713 0.947 0.044 0.000 0.000 0.028 0.000 0.928
#> SRR545696 6 0.1713 0.947 0.044 0.000 0.000 0.028 0.000 0.928
#> SRR545697 6 0.1713 0.947 0.044 0.000 0.000 0.028 0.000 0.928
#> SRR545698 6 0.1713 0.947 0.044 0.000 0.000 0.028 0.000 0.928
#> SRR545699 6 0.1713 0.947 0.044 0.000 0.000 0.028 0.000 0.928
#> SRR545700 6 0.1713 0.947 0.044 0.000 0.000 0.028 0.000 0.928
#> SRR545701 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 5 0.0937 0.872 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.1957 0.858 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 5 0.0865 0.873 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.3971 0.603 0.603
#> 3 3 0.858 0.871 0.940 0.5638 0.714 0.548
#> 4 4 0.594 0.597 0.784 0.1422 0.848 0.624
#> 5 5 0.605 0.679 0.818 0.0619 0.890 0.640
#> 6 6 0.738 0.721 0.799 0.0527 0.890 0.580
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307898 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307899 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307900 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307901 1 0.6247 0.825 0.844 0.156
#> SRR307902 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307905 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307906 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307907 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307909 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307910 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307911 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307912 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307913 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307914 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307915 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307916 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307917 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307920 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307921 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307922 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307923 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307925 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307926 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307927 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307928 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307930 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307931 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR307933 1 0.9209 0.512 0.664 0.336
#> SRR315297 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315298 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315299 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315300 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315301 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315304 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315305 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315306 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315307 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315308 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315309 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315310 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315311 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315312 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315313 2 0.1414 0.976 0.020 0.980
#> SRR315314 1 0.3584 0.925 0.932 0.068
#> SRR315315 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315318 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR315319 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR315320 1 0.4431 0.899 0.908 0.092
#> SRR315321 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR315322 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315323 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.5946 0.828 0.144 0.856
#> SRR315327 2 0.2236 0.959 0.036 0.964
#> SRR315328 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315332 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315333 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315334 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315336 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR315337 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317035 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317036 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317037 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317038 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317039 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317040 1 0.6623 0.800 0.828 0.172
#> SRR317041 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317042 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317043 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.3114 0.940 0.056 0.944
#> SRR317045 2 0.1843 0.968 0.028 0.972
#> SRR317046 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317047 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317048 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317049 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317050 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317051 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317052 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317053 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317054 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317055 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317056 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317057 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317059 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR317060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317061 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317062 2 0.1843 0.968 0.028 0.972
#> SRR317063 2 0.1843 0.968 0.028 0.972
#> SRR317064 2 0.9922 0.172 0.448 0.552
#> SRR317065 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR317066 2 0.1843 0.968 0.028 0.972
#> SRR317067 2 0.1843 0.968 0.028 0.972
#> SRR317068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR317069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR768413 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR768414 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR387661 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR387662 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR768411 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR768412 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534289 1 0.0938 0.976 0.988 0.012
#> SRR534290 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR534291 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534292 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534293 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534294 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534295 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534296 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534297 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534298 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534299 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534300 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534303 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534304 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534308 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534309 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534310 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534311 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534312 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534313 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534314 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534315 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534316 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534317 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534318 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534319 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534320 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534321 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534322 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534323 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534324 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534325 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534326 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534327 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534328 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534329 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534330 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534331 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534332 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534333 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR534334 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR534335 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545685 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545686 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR545687 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545688 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545689 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545690 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545691 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545692 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545693 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545694 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545695 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545696 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545697 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545698 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545699 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545700 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR545701 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545702 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545703 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR545704 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545705 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545706 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545707 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545708 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545709 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR545710 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545711 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545712 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545713 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR545714 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545715 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545716 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> SRR545718 1 0.2043 0.959 0.968 0.032
#> SRR545719 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545720 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545721 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545722 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR545723 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 1 0.2066 0.904 0.940 0.000 0.060
#> SRR307898 1 0.2625 0.884 0.916 0.000 0.084
#> SRR307899 1 0.4796 0.714 0.780 0.000 0.220
#> SRR307900 1 0.3412 0.842 0.876 0.000 0.124
#> SRR307901 3 0.0829 0.954 0.012 0.004 0.984
#> SRR307902 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307903 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307904 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307905 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307906 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307907 3 0.0892 0.957 0.020 0.000 0.980
#> SRR307908 3 0.0892 0.957 0.020 0.000 0.980
#> SRR307909 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR307910 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR307911 3 0.1163 0.952 0.028 0.000 0.972
#> SRR307912 3 0.4605 0.761 0.204 0.000 0.796
#> SRR307913 1 0.2261 0.901 0.932 0.000 0.068
#> SRR307914 1 0.3551 0.840 0.868 0.000 0.132
#> SRR307915 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR307916 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR307917 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307918 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307919 3 0.1753 0.937 0.048 0.000 0.952
#> SRR307920 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307921 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR307923 1 0.2066 0.904 0.940 0.000 0.060
#> SRR307924 1 0.2066 0.904 0.940 0.000 0.060
#> SRR307925 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR307926 3 0.6280 0.148 0.460 0.000 0.540
#> SRR307927 1 0.5785 0.506 0.668 0.000 0.332
#> SRR307928 3 0.1289 0.949 0.032 0.000 0.968
#> SRR307929 3 0.0892 0.956 0.020 0.000 0.980
#> SRR307930 1 0.2066 0.904 0.940 0.000 0.060
#> SRR307931 1 0.2066 0.904 0.940 0.000 0.060
#> SRR307932 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR307933 3 0.0829 0.954 0.012 0.004 0.984
#> SRR315297 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315301 3 0.2165 0.926 0.064 0.000 0.936
#> SRR315302 3 0.1860 0.934 0.052 0.000 0.948
#> SRR315303 1 0.2663 0.905 0.932 0.024 0.044
#> SRR315304 1 0.2663 0.905 0.932 0.024 0.044
#> SRR315305 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315306 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315307 1 0.2663 0.905 0.932 0.024 0.044
#> SRR315308 1 0.2663 0.905 0.932 0.024 0.044
#> SRR315309 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315310 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315311 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315312 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR315313 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315314 3 0.1453 0.937 0.008 0.024 0.968
#> SRR315315 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315316 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315318 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR315322 1 0.2663 0.905 0.932 0.024 0.044
#> SRR315323 1 0.2261 0.901 0.932 0.000 0.068
#> SRR315324 1 0.3038 0.870 0.896 0.000 0.104
#> SRR315325 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315326 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315327 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315328 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315329 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315330 3 0.2796 0.900 0.092 0.000 0.908
#> SRR315331 3 0.2165 0.926 0.064 0.000 0.936
#> SRR315332 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR315333 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR315334 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315335 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR315336 3 0.5363 0.654 0.276 0.000 0.724
#> SRR315337 1 0.5988 0.409 0.632 0.000 0.368
#> SRR317035 2 0.5948 0.490 0.360 0.640 0.000
#> SRR317036 2 0.6339 0.484 0.360 0.632 0.008
#> SRR317037 2 0.6339 0.484 0.360 0.632 0.008
#> SRR317038 2 0.6339 0.484 0.360 0.632 0.008
#> SRR317039 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317040 1 0.2165 0.894 0.936 0.064 0.000
#> SRR317041 2 0.6339 0.484 0.360 0.632 0.008
#> SRR317042 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317044 1 0.6386 0.336 0.584 0.412 0.004
#> SRR317045 1 0.6386 0.336 0.584 0.412 0.004
#> SRR317046 2 0.6565 0.344 0.416 0.576 0.008
#> SRR317047 2 0.6339 0.484 0.360 0.632 0.008
#> SRR317048 1 0.1529 0.918 0.960 0.000 0.040
#> SRR317049 1 0.2537 0.891 0.920 0.000 0.080
#> SRR317050 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317051 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317052 1 0.5541 0.620 0.740 0.252 0.008
#> SRR317053 1 0.6129 0.478 0.668 0.324 0.008
#> SRR317054 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317055 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317056 1 0.1529 0.918 0.960 0.000 0.040
#> SRR317057 1 0.1529 0.918 0.960 0.000 0.040
#> SRR317059 1 0.6129 0.465 0.668 0.324 0.008
#> SRR317060 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 1 0.6386 0.336 0.584 0.412 0.004
#> SRR317063 1 0.6386 0.336 0.584 0.412 0.004
#> SRR317064 2 0.0237 0.907 0.004 0.996 0.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR317066 1 0.6386 0.336 0.584 0.412 0.004
#> SRR317067 1 0.6386 0.336 0.584 0.412 0.004
#> SRR317068 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR317069 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR768413 1 0.1163 0.924 0.972 0.000 0.028
#> SRR768414 1 0.0592 0.932 0.988 0.000 0.012
#> SRR387661 3 0.2711 0.904 0.088 0.000 0.912
#> SRR387662 3 0.4178 0.802 0.172 0.000 0.828
#> SRR768411 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR768412 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR534289 2 0.6161 0.569 0.020 0.708 0.272
#> SRR534290 2 0.6090 0.584 0.020 0.716 0.264
#> SRR534291 3 0.1289 0.949 0.032 0.000 0.968
#> SRR534292 3 0.4002 0.815 0.160 0.000 0.840
#> SRR534293 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534294 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534295 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534296 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534297 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR534298 1 0.1163 0.924 0.972 0.000 0.028
#> SRR534299 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534300 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR534301 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534302 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534303 1 0.0237 0.935 0.996 0.000 0.004
#> SRR534304 1 0.0424 0.934 0.992 0.000 0.008
#> SRR534305 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534306 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534307 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534308 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534309 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534310 3 0.0747 0.958 0.016 0.000 0.984
#> SRR534311 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534312 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534313 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534314 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534315 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534316 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534317 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534329 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534330 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534331 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534332 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534333 1 0.0747 0.928 0.984 0.000 0.016
#> SRR534334 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545686 2 0.6318 0.491 0.356 0.636 0.008
#> SRR545687 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0237 0.934 0.996 0.000 0.004
#> SRR545690 1 0.0237 0.934 0.996 0.000 0.004
#> SRR545691 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0983 0.894 0.016 0.980 0.004
#> SRR545718 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 1 0.6528 0.2962 0.704 0.060 0.076 0.160
#> SRR307898 1 0.5669 0.3352 0.708 0.000 0.200 0.092
#> SRR307899 1 0.4103 0.3469 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR307900 1 0.3311 0.4222 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR307901 3 0.0672 0.8815 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR307902 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR307903 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR307904 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 3 0.0657 0.8835 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR307908 3 0.1975 0.8549 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR307909 1 0.2060 0.5258 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR307910 1 0.1724 0.5224 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR307911 3 0.3873 0.7133 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR307912 3 0.4304 0.6575 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR307913 1 0.4376 0.4126 0.796 0.012 0.176 0.016
#> SRR307914 1 0.4500 0.2916 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR307915 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR307916 1 0.4420 0.5127 0.748 0.000 0.012 0.240
#> SRR307917 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307919 3 0.4103 0.6864 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR307920 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307921 1 0.6562 0.2112 0.532 0.060 0.008 0.400
#> SRR307922 1 0.6440 0.1806 0.532 0.060 0.004 0.404
#> SRR307923 1 0.7167 0.2661 0.632 0.060 0.232 0.076
#> SRR307924 1 0.6881 0.2746 0.640 0.060 0.248 0.052
#> SRR307925 1 0.0657 0.5121 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR307926 3 0.4543 0.6020 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR307927 3 0.4985 0.2839 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR307928 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307930 1 0.6528 0.2962 0.704 0.060 0.076 0.160
#> SRR307931 1 0.6528 0.2962 0.704 0.060 0.076 0.160
#> SRR307932 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307933 3 0.0672 0.8815 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR315297 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR315298 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR315299 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR315300 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR315301 3 0.5557 0.5905 0.308 0.000 0.652 0.040
#> SRR315302 3 0.5489 0.6089 0.296 0.000 0.664 0.040
#> SRR315303 1 0.6967 0.2962 0.672 0.060 0.168 0.100
#> SRR315304 1 0.7226 0.2696 0.652 0.060 0.168 0.120
#> SRR315305 1 0.4718 0.4733 0.708 0.000 0.012 0.280
#> SRR315306 1 0.5285 0.1335 0.524 0.000 0.008 0.468
#> SRR315307 1 0.7177 0.2754 0.656 0.060 0.168 0.116
#> SRR315308 1 0.7177 0.2754 0.656 0.060 0.168 0.116
#> SRR315309 1 0.5165 0.0822 0.512 0.000 0.004 0.484
#> SRR315310 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR315311 1 0.4420 0.5117 0.748 0.000 0.012 0.240
#> SRR315312 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR315313 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315314 3 0.0672 0.8815 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR315315 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315322 1 0.7226 0.2696 0.652 0.060 0.168 0.120
#> SRR315323 1 0.3668 0.4148 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR315324 1 0.6878 0.2419 0.616 0.060 0.284 0.040
#> SRR315325 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315326 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315327 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315328 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315329 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315330 3 0.5807 0.5236 0.344 0.000 0.612 0.044
#> SRR315331 3 0.5557 0.5911 0.308 0.000 0.652 0.040
#> SRR315332 1 0.3047 0.5275 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR315333 1 0.4137 0.5256 0.780 0.000 0.012 0.208
#> SRR315334 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315336 3 0.6000 0.2351 0.452 0.000 0.508 0.040
#> SRR315337 1 0.5578 0.2627 0.648 0.000 0.312 0.040
#> SRR317035 4 0.7628 0.3338 0.348 0.212 0.000 0.440
#> SRR317036 4 0.7375 0.3654 0.348 0.172 0.000 0.480
#> SRR317037 4 0.7375 0.3654 0.348 0.172 0.000 0.480
#> SRR317038 4 0.7375 0.3654 0.348 0.172 0.000 0.480
#> SRR317039 4 0.4888 0.1477 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR317040 4 0.7341 0.3564 0.360 0.164 0.000 0.476
#> SRR317041 4 0.7375 0.3654 0.348 0.172 0.000 0.480
#> SRR317042 4 0.4866 0.1652 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR317043 4 0.4866 0.1652 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR317044 2 0.4559 0.7219 0.164 0.792 0.040 0.004
#> SRR317045 2 0.6394 0.4980 0.256 0.656 0.068 0.020
#> SRR317046 4 0.7375 0.3654 0.348 0.172 0.000 0.480
#> SRR317047 4 0.7375 0.3654 0.348 0.172 0.000 0.480
#> SRR317048 1 0.5634 0.3761 0.744 0.060 0.172 0.024
#> SRR317049 1 0.4008 0.3657 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR317050 4 0.5105 0.0854 0.432 0.000 0.004 0.564
#> SRR317051 4 0.4866 0.1652 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR317052 4 0.7259 0.3585 0.352 0.156 0.000 0.492
#> SRR317053 4 0.7323 0.3613 0.352 0.164 0.000 0.484
#> SRR317054 4 0.4866 0.1652 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR317055 4 0.4866 0.1652 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR317056 1 0.5275 0.3901 0.760 0.052 0.172 0.016
#> SRR317057 1 0.5275 0.3901 0.760 0.052 0.172 0.016
#> SRR317059 4 0.5938 0.2386 0.232 0.092 0.000 0.676
#> SRR317060 4 0.4866 0.1652 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR317061 4 0.4866 0.1652 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR317062 2 0.6296 0.5924 0.108 0.692 0.184 0.016
#> SRR317063 2 0.4593 0.7728 0.096 0.820 0.068 0.016
#> SRR317064 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317065 2 0.0336 0.9498 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR317066 2 0.6017 0.6313 0.084 0.716 0.180 0.020
#> SRR317067 2 0.5763 0.6680 0.084 0.740 0.156 0.020
#> SRR317068 4 0.4981 -0.0191 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR317069 4 0.4877 0.1572 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR768413 1 0.1109 0.5137 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR768414 1 0.1305 0.5125 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR387661 3 0.4431 0.6296 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR387662 3 0.4866 0.4801 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR768411 1 0.1209 0.5146 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR768412 1 0.1209 0.5146 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR534289 3 0.4661 0.5870 0.016 0.256 0.728 0.000
#> SRR534290 3 0.5222 0.5375 0.032 0.280 0.688 0.000
#> SRR534291 3 0.1474 0.8545 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR534292 3 0.1978 0.8401 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR534293 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534294 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534295 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 1 0.1004 0.5116 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR534298 1 0.0921 0.5118 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR534299 1 0.1284 0.5230 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR534300 1 0.0779 0.5127 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR534301 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534303 1 0.0895 0.5124 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR534304 1 0.0817 0.5136 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR534305 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0336 0.8861 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR534307 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.8874 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.5427 0.3328 0.568 0.000 0.016 0.416
#> SRR534312 1 0.5427 0.3328 0.568 0.000 0.016 0.416
#> SRR534313 1 0.5427 0.3328 0.568 0.000 0.016 0.416
#> SRR534314 1 0.5444 0.3210 0.560 0.000 0.016 0.424
#> SRR534315 1 0.5444 0.3210 0.560 0.000 0.016 0.424
#> SRR534316 1 0.5435 0.3264 0.564 0.000 0.016 0.420
#> SRR534317 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534320 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534321 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534322 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534323 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534324 1 0.4295 0.5106 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR534325 1 0.5432 0.4315 0.652 0.000 0.032 0.316
#> SRR534326 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.5478 0.2651 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR534329 1 0.5478 0.2651 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR534330 1 0.5478 0.2651 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR534331 1 0.5472 0.2679 0.544 0.000 0.016 0.440
#> SRR534332 1 0.5472 0.2679 0.544 0.000 0.016 0.440
#> SRR534333 1 0.5472 0.2679 0.544 0.000 0.016 0.440
#> SRR534334 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 4 0.7375 0.3654 0.348 0.172 0.000 0.480
#> SRR545687 4 0.4877 0.1603 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR545688 4 0.4877 0.1603 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR545689 4 0.4898 0.0300 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR545690 4 0.4888 0.0362 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR545691 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.4011 0.5250 0.784 0.000 0.008 0.208
#> SRR545696 1 0.4049 0.5239 0.780 0.000 0.008 0.212
#> SRR545697 1 0.4086 0.5223 0.776 0.000 0.008 0.216
#> SRR545698 1 0.3978 0.5310 0.796 0.000 0.012 0.192
#> SRR545699 1 0.3978 0.5310 0.796 0.000 0.012 0.192
#> SRR545700 1 0.3978 0.5310 0.796 0.000 0.012 0.192
#> SRR545701 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.3278 0.8151 0.020 0.864 0.116 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9555 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 5 0.6483 0.2935 0.008 0.008 0.112 0.400 0.472
#> SRR307898 4 0.6633 0.1351 0.008 0.000 0.388 0.436 0.168
#> SRR307899 3 0.4392 0.3800 0.008 0.000 0.612 0.380 0.000
#> SRR307900 3 0.4562 0.0386 0.008 0.000 0.500 0.492 0.000
#> SRR307901 3 0.2249 0.7874 0.008 0.096 0.896 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.1408 0.8296 0.008 0.044 0.948 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.1408 0.8296 0.008 0.044 0.948 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0609 0.8387 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR307905 3 0.0963 0.8317 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR307906 3 0.0771 0.8381 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000
#> SRR307907 3 0.1205 0.8322 0.004 0.040 0.956 0.000 0.000
#> SRR307908 3 0.1205 0.8322 0.004 0.040 0.956 0.000 0.000
#> SRR307909 4 0.2956 0.6749 0.008 0.000 0.140 0.848 0.004
#> SRR307910 4 0.3706 0.6540 0.020 0.000 0.184 0.792 0.004
#> SRR307911 3 0.2179 0.7929 0.004 0.000 0.896 0.100 0.000
#> SRR307912 3 0.3671 0.6770 0.008 0.000 0.756 0.236 0.000
#> SRR307913 4 0.5661 0.5066 0.072 0.004 0.280 0.632 0.012
#> SRR307914 3 0.4562 -0.0511 0.008 0.000 0.500 0.492 0.000
#> SRR307915 4 0.4988 0.6416 0.068 0.000 0.072 0.764 0.096
#> SRR307916 4 0.4988 0.6416 0.068 0.000 0.072 0.764 0.096
#> SRR307917 3 0.0000 0.8423 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0000 0.8423 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307919 3 0.2971 0.7401 0.008 0.000 0.836 0.156 0.000
#> SRR307920 3 0.0162 0.8419 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR307921 5 0.4673 0.5055 0.004 0.008 0.012 0.316 0.660
#> SRR307922 5 0.4769 0.5015 0.004 0.008 0.016 0.316 0.656
#> SRR307923 4 0.7185 0.1988 0.008 0.008 0.320 0.408 0.256
#> SRR307924 4 0.6785 0.1545 0.008 0.008 0.392 0.440 0.152
#> SRR307925 4 0.2411 0.6773 0.008 0.000 0.108 0.884 0.000
#> SRR307926 3 0.3863 0.6261 0.012 0.000 0.740 0.248 0.000
#> SRR307927 3 0.4522 0.1675 0.008 0.000 0.552 0.440 0.000
#> SRR307928 3 0.0510 0.8400 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR307929 3 0.0609 0.8387 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR307930 5 0.6518 0.2870 0.008 0.008 0.116 0.400 0.468
#> SRR307931 5 0.6483 0.2914 0.008 0.008 0.112 0.400 0.472
#> SRR307932 3 0.0671 0.8397 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR307933 3 0.2462 0.7713 0.008 0.112 0.880 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.3876 0.5823 0.068 0.000 0.004 0.812 0.116
#> SRR315298 4 0.3876 0.5823 0.068 0.000 0.004 0.812 0.116
#> SRR315299 4 0.3778 0.5834 0.068 0.000 0.004 0.820 0.108
#> SRR315300 4 0.4588 0.6109 0.068 0.000 0.036 0.784 0.112
#> SRR315301 3 0.5433 0.5752 0.008 0.000 0.664 0.232 0.096
#> SRR315302 3 0.3559 0.7150 0.008 0.000 0.804 0.176 0.012
#> SRR315303 4 0.8625 0.1369 0.272 0.168 0.212 0.340 0.008
#> SRR315304 4 0.8625 0.1369 0.272 0.168 0.212 0.340 0.008
#> SRR315305 4 0.6247 0.3562 0.024 0.000 0.084 0.520 0.372
#> SRR315306 5 0.3863 0.5908 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR315307 4 0.8625 0.1369 0.272 0.168 0.212 0.340 0.008
#> SRR315308 4 0.8625 0.1369 0.272 0.168 0.212 0.340 0.008
#> SRR315309 5 0.3835 0.5956 0.000 0.000 0.012 0.244 0.744
#> SRR315310 4 0.3827 0.5827 0.068 0.000 0.004 0.816 0.112
#> SRR315311 4 0.5451 0.6367 0.076 0.000 0.076 0.728 0.120
#> SRR315312 4 0.5404 0.6365 0.080 0.000 0.072 0.732 0.116
#> SRR315313 3 0.1484 0.8272 0.008 0.048 0.944 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.2462 0.7714 0.008 0.112 0.880 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR315318 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315320 2 0.0324 0.9267 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315322 4 0.8625 0.1369 0.272 0.168 0.212 0.340 0.008
#> SRR315323 4 0.4798 0.3045 0.024 0.000 0.396 0.580 0.000
#> SRR315324 3 0.5434 -0.0669 0.012 0.008 0.484 0.476 0.020
#> SRR315325 3 0.0162 0.8419 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR315326 3 0.1484 0.8272 0.008 0.048 0.944 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.1557 0.8244 0.008 0.052 0.940 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.1408 0.8296 0.008 0.044 0.948 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.1408 0.8296 0.008 0.044 0.948 0.000 0.000
#> SRR315330 3 0.5737 0.5188 0.008 0.000 0.628 0.252 0.112
#> SRR315331 3 0.5314 0.6115 0.008 0.000 0.684 0.208 0.100
#> SRR315332 4 0.2179 0.6791 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR315333 4 0.4416 0.6718 0.048 0.000 0.096 0.800 0.056
#> SRR315334 3 0.0290 0.8423 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR315336 3 0.5945 0.4576 0.008 0.000 0.596 0.276 0.120
#> SRR315337 3 0.5411 0.4589 0.008 0.000 0.624 0.304 0.064
#> SRR317035 1 0.6576 0.5757 0.540 0.288 0.008 0.156 0.008
#> SRR317036 1 0.5526 0.6597 0.676 0.228 0.008 0.076 0.012
#> SRR317037 1 0.4976 0.6957 0.744 0.160 0.008 0.076 0.012
#> SRR317038 1 0.4980 0.6934 0.736 0.172 0.008 0.076 0.008
#> SRR317039 5 0.1251 0.7407 0.008 0.000 0.000 0.036 0.956
#> SRR317040 1 0.5714 0.6614 0.676 0.216 0.008 0.076 0.024
#> SRR317041 1 0.5474 0.6549 0.672 0.236 0.008 0.076 0.008
#> SRR317042 5 0.0451 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR317043 5 0.0451 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR317044 2 0.4657 0.6873 0.024 0.792 0.108 0.060 0.016
#> SRR317045 2 0.5496 0.5833 0.024 0.720 0.164 0.076 0.016
#> SRR317046 1 0.5192 0.6869 0.720 0.184 0.008 0.076 0.012
#> SRR317047 1 0.4976 0.6957 0.744 0.160 0.008 0.076 0.012
#> SRR317048 4 0.6334 0.4363 0.112 0.008 0.300 0.568 0.012
#> SRR317049 4 0.4542 0.1563 0.008 0.000 0.456 0.536 0.000
#> SRR317050 5 0.1571 0.7439 0.004 0.000 0.000 0.060 0.936
#> SRR317051 5 0.0451 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR317052 1 0.5036 0.6950 0.744 0.156 0.008 0.076 0.016
#> SRR317053 1 0.5036 0.6950 0.744 0.156 0.008 0.076 0.016
#> SRR317054 5 0.0451 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR317055 5 0.0451 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR317056 4 0.5797 0.4967 0.072 0.008 0.284 0.624 0.012
#> SRR317057 4 0.5797 0.4967 0.072 0.008 0.284 0.624 0.012
#> SRR317059 1 0.6517 0.6809 0.648 0.156 0.008 0.072 0.116
#> SRR317060 5 0.0451 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR317061 5 0.0451 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR317062 2 0.6423 0.4254 0.020 0.624 0.220 0.116 0.020
#> SRR317063 2 0.5141 0.6108 0.024 0.736 0.180 0.044 0.016
#> SRR317064 2 0.1710 0.8765 0.016 0.940 0.040 0.004 0.000
#> SRR317065 2 0.0162 0.9279 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR317066 2 0.5481 0.5520 0.020 0.700 0.208 0.056 0.016
#> SRR317067 2 0.5562 0.5664 0.024 0.708 0.188 0.060 0.020
#> SRR317068 5 0.1809 0.7220 0.012 0.000 0.000 0.060 0.928
#> SRR317069 5 0.1329 0.7394 0.008 0.000 0.004 0.032 0.956
#> SRR768413 4 0.3093 0.6609 0.008 0.000 0.168 0.824 0.000
#> SRR768414 4 0.3093 0.6609 0.008 0.000 0.168 0.824 0.000
#> SRR387661 3 0.3280 0.7199 0.012 0.000 0.812 0.176 0.000
#> SRR387662 3 0.3671 0.6752 0.008 0.000 0.756 0.236 0.000
#> SRR768411 4 0.3477 0.6743 0.032 0.000 0.116 0.840 0.012
#> SRR768412 4 0.4618 0.6760 0.032 0.000 0.116 0.780 0.072
#> SRR534289 3 0.5810 0.3463 0.008 0.356 0.568 0.060 0.008
#> SRR534290 2 0.6618 0.0410 0.008 0.456 0.388 0.144 0.004
#> SRR534291 3 0.1043 0.8292 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR534292 3 0.1571 0.8151 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR534293 4 0.3675 0.5887 0.068 0.000 0.004 0.828 0.100
#> SRR534294 4 0.3622 0.5908 0.068 0.000 0.004 0.832 0.096
#> SRR534295 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR534297 4 0.2798 0.6741 0.008 0.000 0.140 0.852 0.000
#> SRR534298 4 0.3013 0.6663 0.008 0.000 0.160 0.832 0.000
#> SRR534299 4 0.4360 0.6771 0.032 0.000 0.100 0.800 0.068
#> SRR534300 4 0.2798 0.6735 0.008 0.000 0.140 0.852 0.000
#> SRR534301 3 0.0000 0.8423 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534302 3 0.0404 0.8412 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR534303 4 0.2753 0.6750 0.008 0.000 0.136 0.856 0.000
#> SRR534304 4 0.2843 0.6735 0.008 0.000 0.144 0.848 0.000
#> SRR534305 3 0.0162 0.8419 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0992 0.8376 0.008 0.024 0.968 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0162 0.8423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.5184 0.6795 0.688 0.000 0.000 0.176 0.136
#> SRR534312 1 0.5184 0.6795 0.688 0.000 0.000 0.176 0.136
#> SRR534313 1 0.5184 0.6795 0.688 0.000 0.000 0.176 0.136
#> SRR534314 1 0.5184 0.6795 0.688 0.000 0.000 0.176 0.136
#> SRR534315 1 0.5184 0.6795 0.688 0.000 0.000 0.176 0.136
#> SRR534316 1 0.5184 0.6795 0.688 0.000 0.000 0.176 0.136
#> SRR534317 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 4 0.3888 0.5827 0.072 0.000 0.004 0.812 0.112
#> SRR534320 4 0.3888 0.5827 0.072 0.000 0.004 0.812 0.112
#> SRR534321 4 0.3888 0.5827 0.072 0.000 0.004 0.812 0.112
#> SRR534322 4 0.3888 0.5827 0.072 0.000 0.004 0.812 0.112
#> SRR534323 4 0.3888 0.5827 0.072 0.000 0.004 0.812 0.112
#> SRR534324 4 0.3888 0.5827 0.072 0.000 0.004 0.812 0.112
#> SRR534325 4 0.7782 0.1038 0.352 0.000 0.104 0.396 0.148
#> SRR534326 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.5159 0.6830 0.688 0.000 0.000 0.188 0.124
#> SRR534329 1 0.5159 0.6830 0.688 0.000 0.000 0.188 0.124
#> SRR534330 1 0.5159 0.6830 0.688 0.000 0.000 0.188 0.124
#> SRR534331 1 0.5027 0.6864 0.700 0.000 0.000 0.188 0.112
#> SRR534332 1 0.4981 0.6869 0.704 0.000 0.000 0.188 0.108
#> SRR534333 1 0.4981 0.6869 0.704 0.000 0.000 0.188 0.108
#> SRR534334 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 1 0.5500 0.6505 0.668 0.240 0.008 0.076 0.008
#> SRR545687 5 0.1442 0.7493 0.004 0.000 0.012 0.032 0.952
#> SRR545688 5 0.1442 0.7493 0.004 0.000 0.012 0.032 0.952
#> SRR545689 5 0.5458 0.0549 0.380 0.000 0.000 0.068 0.552
#> SRR545690 5 0.5449 0.0688 0.376 0.000 0.000 0.068 0.556
#> SRR545691 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 4 0.4489 0.6671 0.032 0.000 0.084 0.792 0.092
#> SRR545696 4 0.4489 0.6671 0.032 0.000 0.084 0.792 0.092
#> SRR545697 4 0.4432 0.6658 0.032 0.000 0.080 0.796 0.092
#> SRR545698 4 0.4702 0.6703 0.032 0.000 0.100 0.776 0.092
#> SRR545699 4 0.4702 0.6703 0.032 0.000 0.100 0.776 0.092
#> SRR545700 4 0.4702 0.6703 0.032 0.000 0.100 0.776 0.092
#> SRR545701 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0324 0.9267 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR545704 2 0.0162 0.9283 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0162 0.9281 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0486 0.9241 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.1547 0.8858 0.004 0.948 0.032 0.016 0.000
#> SRR545718 2 0.0324 0.9267 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR545719 2 0.0162 0.9283 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 5 0.5572 0.2182 0.000 0.000 0.140 0.000 0.464 0.396
#> SRR307898 5 0.5592 0.5577 0.000 0.000 0.304 0.020 0.568 0.108
#> SRR307899 5 0.4674 0.6164 0.000 0.000 0.332 0.060 0.608 0.000
#> SRR307900 5 0.4638 0.6455 0.000 0.000 0.232 0.096 0.672 0.000
#> SRR307901 3 0.2794 0.8452 0.004 0.036 0.868 0.004 0.088 0.000
#> SRR307902 3 0.1536 0.9110 0.004 0.016 0.940 0.000 0.040 0.000
#> SRR307903 3 0.1536 0.9110 0.004 0.016 0.940 0.000 0.040 0.000
#> SRR307904 3 0.1663 0.8497 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR307905 3 0.1714 0.8443 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR307906 3 0.0713 0.9135 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR307907 3 0.1985 0.8946 0.004 0.008 0.916 0.000 0.064 0.008
#> SRR307908 3 0.2044 0.8907 0.004 0.008 0.912 0.000 0.068 0.008
#> SRR307909 5 0.4332 0.5030 0.000 0.000 0.048 0.288 0.664 0.000
#> SRR307910 5 0.4862 0.5392 0.012 0.000 0.080 0.244 0.664 0.000
#> SRR307911 3 0.1500 0.8905 0.000 0.000 0.936 0.012 0.052 0.000
#> SRR307912 5 0.4534 0.3911 0.000 0.000 0.476 0.032 0.492 0.000
#> SRR307913 5 0.5424 0.6518 0.028 0.004 0.276 0.076 0.616 0.000
#> SRR307914 5 0.4803 0.5399 0.000 0.004 0.424 0.044 0.528 0.000
#> SRR307915 4 0.2933 0.7845 0.000 0.000 0.004 0.796 0.200 0.000
#> SRR307916 4 0.2838 0.7977 0.000 0.000 0.004 0.808 0.188 0.000
#> SRR307917 3 0.0000 0.9253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307918 3 0.0146 0.9256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR307919 3 0.3690 0.3486 0.000 0.000 0.700 0.012 0.288 0.000
#> SRR307920 3 0.0260 0.9254 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR307921 6 0.4173 0.5029 0.004 0.000 0.016 0.012 0.272 0.696
#> SRR307922 6 0.3357 0.6064 0.004 0.000 0.008 0.000 0.224 0.764
#> SRR307923 5 0.5490 0.5297 0.000 0.004 0.360 0.012 0.540 0.084
#> SRR307924 5 0.5143 0.5435 0.000 0.004 0.376 0.020 0.560 0.040
#> SRR307925 5 0.4291 0.5036 0.000 0.000 0.044 0.292 0.664 0.000
#> SRR307926 5 0.4392 0.4539 0.000 0.004 0.476 0.016 0.504 0.000
#> SRR307927 5 0.4840 0.5904 0.004 0.004 0.372 0.044 0.576 0.000
#> SRR307928 3 0.0865 0.9108 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR307929 3 0.1714 0.8443 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR307930 5 0.5558 0.1612 0.000 0.000 0.136 0.000 0.448 0.416
#> SRR307931 5 0.5558 0.1612 0.000 0.000 0.136 0.000 0.448 0.416
#> SRR307932 3 0.0547 0.9214 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR307933 3 0.3489 0.8037 0.004 0.068 0.820 0.004 0.104 0.000
#> SRR315297 4 0.0146 0.8985 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR315298 4 0.0291 0.8964 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR315299 4 0.1152 0.8869 0.000 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR315300 4 0.0692 0.8995 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR315301 5 0.4325 0.4199 0.000 0.000 0.456 0.000 0.524 0.020
#> SRR315302 5 0.4175 0.4111 0.000 0.000 0.464 0.000 0.524 0.012
#> SRR315303 5 0.6714 0.6260 0.100 0.044 0.248 0.056 0.552 0.000
#> SRR315304 5 0.6874 0.6183 0.100 0.056 0.248 0.056 0.540 0.000
#> SRR315305 6 0.6272 0.0356 0.004 0.000 0.088 0.364 0.060 0.484
#> SRR315306 6 0.0820 0.8601 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000 0.972
#> SRR315307 5 0.6874 0.6183 0.100 0.056 0.248 0.056 0.540 0.000
#> SRR315308 5 0.6714 0.6260 0.100 0.044 0.248 0.056 0.552 0.000
#> SRR315309 6 0.0790 0.8521 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR315310 4 0.0508 0.8994 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR315311 4 0.3831 0.7802 0.004 0.000 0.024 0.780 0.172 0.020
#> SRR315312 4 0.3121 0.8029 0.000 0.000 0.004 0.804 0.180 0.012
#> SRR315313 3 0.2039 0.8835 0.004 0.016 0.908 0.000 0.072 0.000
#> SRR315314 3 0.3643 0.7734 0.004 0.076 0.808 0.004 0.108 0.000
#> SRR315315 3 0.0146 0.9255 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR315316 3 0.0146 0.9255 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR315318 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR315319 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR315320 2 0.0146 0.9175 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR315322 5 0.6822 0.6211 0.100 0.052 0.248 0.056 0.544 0.000
#> SRR315323 5 0.5212 0.6443 0.016 0.000 0.300 0.080 0.604 0.000
#> SRR315324 5 0.4997 0.5382 0.000 0.004 0.396 0.028 0.552 0.020
#> SRR315325 3 0.0363 0.9252 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR315326 3 0.2398 0.8648 0.004 0.016 0.888 0.004 0.088 0.000
#> SRR315327 3 0.1738 0.9065 0.004 0.016 0.928 0.000 0.052 0.000
#> SRR315328 3 0.1464 0.9128 0.004 0.016 0.944 0.000 0.036 0.000
#> SRR315329 3 0.1370 0.9144 0.004 0.012 0.948 0.000 0.036 0.000
#> SRR315330 5 0.4517 0.4264 0.000 0.000 0.444 0.000 0.524 0.032
#> SRR315331 5 0.4325 0.4194 0.000 0.000 0.456 0.000 0.524 0.020
#> SRR315332 5 0.4344 0.4938 0.000 0.000 0.044 0.304 0.652 0.000
#> SRR315333 5 0.4463 0.3918 0.000 0.000 0.036 0.376 0.588 0.000
#> SRR315334 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR315335 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR315336 5 0.4504 0.4497 0.000 0.000 0.432 0.000 0.536 0.032
#> SRR315337 5 0.4627 0.4663 0.000 0.000 0.436 0.012 0.532 0.020
#> SRR317035 1 0.6472 0.4370 0.424 0.312 0.000 0.004 0.244 0.016
#> SRR317036 1 0.5639 0.6388 0.612 0.168 0.000 0.004 0.200 0.016
#> SRR317037 1 0.5609 0.6399 0.616 0.164 0.000 0.004 0.200 0.016
#> SRR317038 1 0.5639 0.6388 0.612 0.168 0.000 0.004 0.200 0.016
#> SRR317039 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317040 1 0.5703 0.6388 0.616 0.156 0.000 0.004 0.200 0.024
#> SRR317041 1 0.5639 0.6388 0.612 0.168 0.000 0.004 0.200 0.016
#> SRR317042 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.3325 0.7516 0.000 0.832 0.080 0.000 0.080 0.008
#> SRR317045 2 0.4308 0.6506 0.004 0.756 0.120 0.000 0.112 0.008
#> SRR317046 1 0.5717 0.6369 0.608 0.168 0.000 0.004 0.200 0.020
#> SRR317047 1 0.5688 0.6388 0.612 0.164 0.000 0.004 0.200 0.020
#> SRR317048 5 0.5424 0.6518 0.028 0.004 0.276 0.076 0.616 0.000
#> SRR317049 5 0.4649 0.5852 0.000 0.000 0.380 0.048 0.572 0.000
#> SRR317050 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317051 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317052 1 0.5703 0.6388 0.616 0.156 0.000 0.004 0.200 0.024
#> SRR317053 1 0.5703 0.6388 0.616 0.156 0.000 0.004 0.200 0.024
#> SRR317054 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317055 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317056 5 0.5566 0.6531 0.036 0.004 0.268 0.080 0.612 0.000
#> SRR317057 5 0.5501 0.6538 0.032 0.004 0.268 0.080 0.616 0.000
#> SRR317059 1 0.6602 0.6213 0.548 0.156 0.000 0.004 0.200 0.092
#> SRR317060 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317061 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317062 2 0.5790 0.2096 0.000 0.544 0.200 0.000 0.248 0.008
#> SRR317063 2 0.4125 0.6615 0.000 0.764 0.120 0.000 0.108 0.008
#> SRR317064 2 0.1753 0.8984 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084 0.000
#> SRR317065 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR317066 2 0.4810 0.5446 0.000 0.688 0.184 0.000 0.120 0.008
#> SRR317067 2 0.4789 0.5517 0.000 0.692 0.176 0.000 0.124 0.008
#> SRR317068 6 0.0291 0.8744 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR317069 6 0.0000 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768413 5 0.4301 0.5444 0.000 0.000 0.064 0.240 0.696 0.000
#> SRR768414 5 0.4271 0.5401 0.000 0.000 0.060 0.244 0.696 0.000
#> SRR387661 5 0.4337 0.4263 0.000 0.000 0.480 0.020 0.500 0.000
#> SRR387662 5 0.4378 0.5603 0.000 0.000 0.368 0.032 0.600 0.000
#> SRR768411 5 0.4310 0.5109 0.004 0.000 0.044 0.268 0.684 0.000
#> SRR768412 5 0.4310 0.5109 0.004 0.000 0.044 0.268 0.684 0.000
#> SRR534289 5 0.6338 0.1816 0.004 0.304 0.304 0.004 0.384 0.000
#> SRR534290 5 0.5855 0.2130 0.004 0.372 0.148 0.004 0.472 0.000
#> SRR534291 3 0.1806 0.8455 0.000 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR534292 3 0.2070 0.8278 0.000 0.000 0.892 0.008 0.100 0.000
#> SRR534293 4 0.2491 0.7579 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR534294 4 0.3101 0.6210 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR534295 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534296 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534297 5 0.4253 0.5085 0.000 0.000 0.044 0.284 0.672 0.000
#> SRR534298 5 0.4274 0.5156 0.000 0.000 0.048 0.276 0.676 0.000
#> SRR534299 5 0.4320 0.4799 0.004 0.000 0.036 0.296 0.664 0.000
#> SRR534300 5 0.4312 0.5179 0.000 0.000 0.052 0.272 0.676 0.000
#> SRR534301 3 0.0146 0.9256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR534302 3 0.0000 0.9253 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534303 5 0.4291 0.5036 0.000 0.000 0.044 0.292 0.664 0.000
#> SRR534304 5 0.4350 0.5075 0.000 0.000 0.048 0.292 0.660 0.000
#> SRR534305 3 0.0622 0.9254 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR534306 3 0.1218 0.9171 0.004 0.012 0.956 0.000 0.028 0.000
#> SRR534307 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534308 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534309 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534310 3 0.0520 0.9252 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR534311 1 0.4117 0.5852 0.752 0.000 0.000 0.016 0.048 0.184
#> SRR534312 1 0.4117 0.5852 0.752 0.000 0.000 0.016 0.048 0.184
#> SRR534313 1 0.4117 0.5852 0.752 0.000 0.000 0.016 0.048 0.184
#> SRR534314 1 0.4117 0.5852 0.752 0.000 0.000 0.016 0.048 0.184
#> SRR534315 1 0.4117 0.5852 0.752 0.000 0.000 0.016 0.048 0.184
#> SRR534316 1 0.4117 0.5852 0.752 0.000 0.000 0.016 0.048 0.184
#> SRR534317 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR534318 2 0.0146 0.9193 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534319 4 0.0405 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR534320 4 0.0405 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR534321 4 0.0405 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR534322 4 0.0405 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR534323 4 0.0405 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR534324 4 0.0405 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR534325 1 0.7038 0.3543 0.512 0.000 0.032 0.064 0.232 0.160
#> SRR534326 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR534328 1 0.3846 0.6068 0.784 0.000 0.000 0.016 0.048 0.152
#> SRR534329 1 0.3846 0.6068 0.784 0.000 0.000 0.016 0.048 0.152
#> SRR534330 1 0.3846 0.6068 0.784 0.000 0.000 0.016 0.048 0.152
#> SRR534331 1 0.3846 0.6068 0.784 0.000 0.000 0.016 0.048 0.152
#> SRR534332 1 0.3846 0.6068 0.784 0.000 0.000 0.016 0.048 0.152
#> SRR534333 1 0.3846 0.6068 0.784 0.000 0.000 0.016 0.048 0.152
#> SRR534334 2 0.1007 0.9129 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR545686 1 0.5639 0.6388 0.612 0.168 0.000 0.004 0.200 0.016
#> SRR545687 6 0.0260 0.8749 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR545688 6 0.0260 0.8749 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR545689 6 0.3743 0.5099 0.252 0.000 0.000 0.000 0.024 0.724
#> SRR545690 6 0.3541 0.5562 0.232 0.000 0.000 0.000 0.020 0.748
#> SRR545691 2 0.1531 0.9029 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR545692 2 0.1531 0.9029 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.1349 0.9084 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR545695 5 0.4172 0.2306 0.004 0.000 0.008 0.424 0.564 0.000
#> SRR545696 5 0.4178 0.2226 0.004 0.000 0.008 0.428 0.560 0.000
#> SRR545697 5 0.4195 0.1858 0.004 0.000 0.008 0.440 0.548 0.000
#> SRR545698 5 0.4450 0.4339 0.004 0.000 0.036 0.328 0.632 0.000
#> SRR545699 5 0.4450 0.4339 0.004 0.000 0.036 0.328 0.632 0.000
#> SRR545700 5 0.4450 0.4339 0.004 0.000 0.036 0.328 0.632 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0547 0.9178 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR545707 2 0.0260 0.9193 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR545708 2 0.1411 0.9070 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0146 0.9191 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545711 2 0.1531 0.9029 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR545712 2 0.1531 0.9029 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.1531 0.9029 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR545716 2 0.1531 0.9029 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR545717 2 0.0622 0.9101 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR545718 2 0.0146 0.9175 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0363 0.9188 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR545721 2 0.0260 0.9179 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9188 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 16750 rows and 203 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.881 0.920 0.966 0.483 0.522 0.522
#> 3 3 0.602 0.694 0.831 0.345 0.695 0.478
#> 4 4 0.826 0.818 0.925 0.127 0.867 0.643
#> 5 5 0.831 0.826 0.908 0.084 0.849 0.520
#> 6 6 0.895 0.873 0.924 0.038 0.917 0.645
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR307897 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307898 2 0.0376 0.9506 0.004 0.996
#> SRR307899 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307900 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307901 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307904 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307905 1 0.8144 0.6310 0.748 0.252
#> SRR307906 2 0.7056 0.7714 0.192 0.808
#> SRR307907 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307908 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307909 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307910 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307911 2 0.9944 0.2402 0.456 0.544
#> SRR307912 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307913 1 0.0376 0.9778 0.996 0.004
#> SRR307914 2 0.8661 0.6340 0.288 0.712
#> SRR307915 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307916 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307917 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307918 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307919 2 0.8443 0.6602 0.272 0.728
#> SRR307920 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307921 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307922 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307923 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307924 2 0.0376 0.9506 0.004 0.996
#> SRR307925 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR307926 2 0.3274 0.9082 0.060 0.940
#> SRR307927 2 0.9815 0.3468 0.420 0.580
#> SRR307928 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307929 2 0.9608 0.4394 0.384 0.616
#> SRR307930 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307931 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307932 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315297 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315298 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315299 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315300 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315301 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315302 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315303 2 0.8386 0.6665 0.268 0.732
#> SRR315304 2 0.4939 0.8651 0.108 0.892
#> SRR315305 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315306 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315307 2 0.1184 0.9427 0.016 0.984
#> SRR315308 1 0.9896 0.1342 0.560 0.440
#> SRR315309 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315310 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315311 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315312 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315313 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315315 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315316 2 0.2423 0.9245 0.040 0.960
#> SRR315318 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315319 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315321 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315322 2 0.8443 0.6602 0.272 0.728
#> SRR315323 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315324 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315325 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315328 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315329 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315330 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315331 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315332 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315333 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR315334 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315335 2 0.8909 0.5993 0.308 0.692
#> SRR315336 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR315337 2 0.5294 0.8531 0.120 0.880
#> SRR317035 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317036 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317037 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317039 2 0.9129 0.5618 0.328 0.672
#> SRR317040 2 0.0938 0.9454 0.012 0.988
#> SRR317041 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317042 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317045 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317046 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317047 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317048 1 0.6343 0.7865 0.840 0.160
#> SRR317049 1 0.9933 0.0889 0.548 0.452
#> SRR317050 1 0.0376 0.9778 0.996 0.004
#> SRR317051 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR317052 2 0.8813 0.6142 0.300 0.700
#> SRR317053 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317054 2 0.1184 0.9427 0.016 0.984
#> SRR317055 2 0.4298 0.8839 0.088 0.912
#> SRR317056 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR317057 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR317059 1 0.0672 0.9738 0.992 0.008
#> SRR317060 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR317062 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317063 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317064 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317065 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317066 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317067 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR317068 2 0.8955 0.5925 0.312 0.688
#> SRR317069 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR768413 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR768414 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR387661 2 0.9209 0.5465 0.336 0.664
#> SRR387662 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR768411 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR768412 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534291 2 0.5178 0.8570 0.116 0.884
#> SRR534292 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534293 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534294 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534295 2 0.7674 0.7298 0.224 0.776
#> SRR534296 2 0.9933 0.2526 0.452 0.548
#> SRR534297 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534298 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534299 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534300 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534301 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534302 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534303 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534304 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534305 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534306 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534307 2 0.1184 0.9427 0.016 0.984
#> SRR534308 2 0.1843 0.9338 0.028 0.972
#> SRR534309 2 0.5737 0.8362 0.136 0.864
#> SRR534310 2 0.0672 0.9480 0.008 0.992
#> SRR534311 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545687 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545688 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9816 1.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR307897 2 0.5678 0.6072 0.316 0.684 0.000
#> SRR307898 2 0.5926 0.5535 0.356 0.644 0.000
#> SRR307899 3 0.2165 0.6600 0.064 0.000 0.936
#> SRR307900 3 0.0424 0.6646 0.008 0.000 0.992
#> SRR307901 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR307902 2 0.0424 0.9008 0.000 0.992 0.008
#> SRR307903 2 0.0424 0.9008 0.000 0.992 0.008
#> SRR307904 3 0.5733 0.6345 0.000 0.324 0.676
#> SRR307905 3 0.1529 0.6944 0.000 0.040 0.960
#> SRR307906 3 0.4796 0.7103 0.000 0.220 0.780
#> SRR307907 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR307908 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR307909 3 0.6305 -0.4793 0.484 0.000 0.516
#> SRR307910 1 0.5497 0.6184 0.708 0.000 0.292
#> SRR307911 3 0.2796 0.7136 0.000 0.092 0.908
#> SRR307912 3 0.0000 0.6697 0.000 0.000 1.000
#> SRR307913 3 0.1315 0.6780 0.020 0.008 0.972
#> SRR307914 3 0.6473 0.5191 0.312 0.020 0.668
#> SRR307915 3 0.6309 -0.5143 0.496 0.000 0.504
#> SRR307916 3 0.6302 -0.4794 0.480 0.000 0.520
#> SRR307917 3 0.5733 0.6345 0.000 0.324 0.676
#> SRR307918 3 0.5835 0.6160 0.000 0.340 0.660
#> SRR307919 3 0.5559 0.7112 0.028 0.192 0.780
#> SRR307920 3 0.6008 0.5690 0.000 0.372 0.628
#> SRR307921 1 0.0000 0.7205 1.000 0.000 0.000
#> SRR307922 2 0.5882 0.5629 0.348 0.652 0.000
#> SRR307923 2 0.5733 0.5962 0.324 0.676 0.000
#> SRR307924 2 0.9985 -0.0276 0.324 0.360 0.316
#> SRR307925 3 0.2356 0.6014 0.072 0.000 0.928
#> SRR307926 3 0.7285 0.6092 0.048 0.320 0.632
#> SRR307927 3 0.2625 0.7109 0.000 0.084 0.916
#> SRR307928 3 0.5835 0.6160 0.000 0.340 0.660
#> SRR307929 3 0.2959 0.7150 0.000 0.100 0.900
#> SRR307930 2 0.5733 0.5962 0.324 0.676 0.000
#> SRR307931 2 0.5733 0.5962 0.324 0.676 0.000
#> SRR307932 3 0.5810 0.6208 0.000 0.336 0.664
#> SRR307933 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR315297 1 0.4235 0.7572 0.824 0.000 0.176
#> SRR315298 1 0.4121 0.7562 0.832 0.000 0.168
#> SRR315299 1 0.3879 0.6744 0.848 0.000 0.152
#> SRR315300 1 0.6180 0.6204 0.584 0.000 0.416
#> SRR315301 2 0.2959 0.8352 0.100 0.900 0.000
#> SRR315302 2 0.4569 0.8104 0.072 0.860 0.068
#> SRR315303 3 0.3267 0.7170 0.000 0.116 0.884
#> SRR315304 3 0.4178 0.7163 0.000 0.172 0.828
#> SRR315305 1 0.0892 0.7204 0.980 0.000 0.020
#> SRR315306 1 0.0000 0.7205 1.000 0.000 0.000
#> SRR315307 3 0.5138 0.6995 0.000 0.252 0.748
#> SRR315308 3 0.1529 0.6944 0.000 0.040 0.960
#> SRR315309 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR315310 1 0.4002 0.7232 0.840 0.000 0.160
#> SRR315311 1 0.4796 0.6908 0.780 0.000 0.220
#> SRR315312 1 0.6307 0.4733 0.512 0.000 0.488
#> SRR315313 2 0.0424 0.9008 0.000 0.992 0.008
#> SRR315314 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR315315 3 0.6286 0.3825 0.000 0.464 0.536
#> SRR315316 3 0.5706 0.6388 0.000 0.320 0.680
#> SRR315318 2 0.0747 0.8957 0.000 0.984 0.016
#> SRR315319 2 0.1031 0.8898 0.000 0.976 0.024
#> SRR315320 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR315321 2 0.0892 0.8928 0.000 0.980 0.020
#> SRR315322 3 0.3192 0.7166 0.000 0.112 0.888
#> SRR315323 3 0.1950 0.6468 0.040 0.008 0.952
#> SRR315324 2 0.2625 0.8466 0.084 0.916 0.000
#> SRR315325 3 0.5926 0.5936 0.000 0.356 0.644
#> SRR315326 2 0.0424 0.9008 0.000 0.992 0.008
#> SRR315327 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR315328 2 0.2625 0.8260 0.000 0.916 0.084
#> SRR315329 2 0.2625 0.8260 0.000 0.916 0.084
#> SRR315330 2 0.3267 0.8215 0.116 0.884 0.000
#> SRR315331 2 0.3686 0.7996 0.140 0.860 0.000
#> SRR315332 3 0.4121 0.4488 0.168 0.000 0.832
#> SRR315333 3 0.5327 0.2186 0.272 0.000 0.728
#> SRR315334 3 0.5905 0.5993 0.000 0.352 0.648
#> SRR315335 3 0.3686 0.7175 0.000 0.140 0.860
#> SRR315336 2 0.6282 0.5890 0.324 0.664 0.012
#> SRR315337 3 0.9281 0.3743 0.340 0.172 0.488
#> SRR317035 2 0.0424 0.9008 0.000 0.992 0.008
#> SRR317036 2 0.6468 -0.1117 0.004 0.552 0.444
#> SRR317037 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR317038 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
#> SRR317039 1 0.4842 0.5061 0.776 0.224 0.000
#> SRR317040 2 0.9951 0.0376 0.324 0.380 0.296
#> SRR317041 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR317042 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR317043 1 0.0000 0.7205 1.000 0.000 0.000
#> SRR317044 2 0.0424 0.9009 0.000 0.992 0.008
#> SRR317045 2 0.1031 0.8896 0.000 0.976 0.024
#> SRR317046 2 0.2711 0.8446 0.088 0.912 0.000
#> SRR317047 2 0.2356 0.8580 0.072 0.928 0.000
#> SRR317048 3 0.1832 0.6775 0.036 0.008 0.956
#> SRR317049 3 0.5958 0.5296 0.300 0.008 0.692
#> SRR317050 1 0.0661 0.7169 0.988 0.004 0.008
#> SRR317051 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR317052 1 0.6825 -0.2491 0.496 0.012 0.492
#> SRR317053 2 0.5982 0.5891 0.328 0.668 0.004
#> SRR317054 1 0.6286 -0.1436 0.536 0.464 0.000
#> SRR317055 1 0.5859 0.2465 0.656 0.344 0.000
#> SRR317056 3 0.0424 0.6756 0.000 0.008 0.992
#> SRR317057 3 0.0424 0.6756 0.000 0.008 0.992
#> SRR317059 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR317060 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR317061 1 0.0000 0.7205 1.000 0.000 0.000
#> SRR317062 2 0.6095 0.1143 0.000 0.608 0.392
#> SRR317063 3 0.6295 0.3589 0.000 0.472 0.528
#> SRR317064 2 0.6111 0.1384 0.000 0.604 0.396
#> SRR317065 2 0.1031 0.8899 0.000 0.976 0.024
#> SRR317066 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR317067 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR317068 1 0.1289 0.7013 0.968 0.032 0.000
#> SRR317069 2 0.6140 0.4605 0.404 0.596 0.000
#> SRR768413 3 0.0237 0.6669 0.004 0.000 0.996
#> SRR768414 3 0.0237 0.6669 0.004 0.000 0.996
#> SRR387661 3 0.6294 0.5434 0.288 0.020 0.692
#> SRR387662 3 0.0237 0.6669 0.004 0.000 0.996
#> SRR768411 3 0.1529 0.6380 0.040 0.000 0.960
#> SRR768412 3 0.1031 0.6521 0.024 0.000 0.976
#> SRR534289 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR534290 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR534291 3 0.4931 0.7076 0.000 0.232 0.768
#> SRR534292 3 0.0892 0.6836 0.000 0.020 0.980
#> SRR534293 1 0.5138 0.7548 0.748 0.000 0.252
#> SRR534294 1 0.5497 0.7391 0.708 0.000 0.292
#> SRR534295 3 0.4654 0.7124 0.000 0.208 0.792
#> SRR534296 3 0.2959 0.7151 0.000 0.100 0.900
#> SRR534297 3 0.0424 0.6641 0.008 0.000 0.992
#> SRR534298 3 0.0747 0.6580 0.016 0.000 0.984
#> SRR534299 3 0.1163 0.6478 0.028 0.000 0.972
#> SRR534300 3 0.5706 0.0030 0.320 0.000 0.680
#> SRR534301 3 0.5760 0.6304 0.000 0.328 0.672
#> SRR534302 3 0.5706 0.6388 0.000 0.320 0.680
#> SRR534303 3 0.2796 0.5754 0.092 0.000 0.908
#> SRR534304 3 0.4346 0.4145 0.184 0.000 0.816
#> SRR534305 3 0.6126 0.5214 0.000 0.400 0.600
#> SRR534306 2 0.1753 0.8657 0.000 0.952 0.048
#> SRR534307 3 0.5785 0.6264 0.000 0.332 0.668
#> SRR534308 3 0.5785 0.6264 0.000 0.332 0.668
#> SRR534309 3 0.5254 0.6898 0.000 0.264 0.736
#> SRR534310 3 0.5785 0.6264 0.000 0.332 0.668
#> SRR534311 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534312 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534313 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534314 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534315 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534316 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534317 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR534318 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR534319 1 0.5706 0.7574 0.680 0.000 0.320
#> SRR534320 1 0.5706 0.7574 0.680 0.000 0.320
#> SRR534321 1 0.5706 0.7574 0.680 0.000 0.320
#> SRR534322 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534323 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534324 1 0.5733 0.7565 0.676 0.000 0.324
#> SRR534325 1 0.5760 0.7547 0.672 0.000 0.328
#> SRR534326 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR534328 1 0.5785 0.7527 0.668 0.000 0.332
#> SRR534329 1 0.5785 0.7527 0.668 0.000 0.332
#> SRR534330 1 0.5785 0.7527 0.668 0.000 0.332
#> SRR534331 1 0.5810 0.7502 0.664 0.000 0.336
#> SRR534332 1 0.5810 0.7502 0.664 0.000 0.336
#> SRR534333 1 0.5810 0.7502 0.664 0.000 0.336
#> SRR534334 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR534335 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
#> SRR545685 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR545686 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545687 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR545688 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR545689 1 0.0424 0.7232 0.992 0.000 0.008
#> SRR545690 1 0.0237 0.7190 0.996 0.004 0.000
#> SRR545691 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR545692 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR545693 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR545695 1 0.5810 0.7502 0.664 0.000 0.336
#> SRR545696 1 0.5810 0.7502 0.664 0.000 0.336
#> SRR545697 1 0.5810 0.7502 0.664 0.000 0.336
#> SRR545698 1 0.6111 0.6894 0.604 0.000 0.396
#> SRR545699 1 0.6111 0.6894 0.604 0.000 0.396
#> SRR545700 1 0.6126 0.6844 0.600 0.000 0.400
#> SRR545701 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR545704 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR545709 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0237 0.9026 0.000 0.996 0.004
#> SRR545712 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR545717 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR545718 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR545719 2 0.0424 0.9007 0.008 0.992 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9032 0.000 1.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
#> SRR545723 2 0.0237 0.9024 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR307897 4 0.4790 0.35506 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR307898 4 0.0188 0.88336 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR307899 3 0.3910 0.75563 0.024 0.000 0.820 0.156
#> SRR307900 3 0.1297 0.87429 0.020 0.000 0.964 0.016
#> SRR307901 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307902 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307903 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307904 3 0.0592 0.88141 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR307905 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307906 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307907 2 0.1059 0.92136 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR307908 2 0.0469 0.92891 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR307909 1 0.7307 0.12024 0.444 0.000 0.404 0.152
#> SRR307910 4 0.5466 0.53925 0.292 0.000 0.040 0.668
#> SRR307911 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307912 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307913 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307914 3 0.3311 0.75376 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR307915 1 0.7046 0.06854 0.448 0.000 0.432 0.120
#> SRR307916 1 0.5778 0.04591 0.500 0.000 0.472 0.028
#> SRR307917 3 0.0336 0.88678 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR307918 3 0.0592 0.88141 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR307919 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307920 3 0.3975 0.63155 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR307921 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307922 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307923 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307924 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307925 3 0.3074 0.75798 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR307926 3 0.0188 0.88906 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR307927 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307928 3 0.0188 0.88912 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR307929 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR307930 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307931 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR307932 3 0.0921 0.87229 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR307933 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.5126 0.24869 0.444 0.000 0.004 0.552
#> SRR315298 4 0.5105 0.28254 0.432 0.000 0.004 0.564
#> SRR315299 4 0.0469 0.87901 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR315300 4 0.4281 0.71416 0.180 0.000 0.028 0.792
#> SRR315301 4 0.4916 0.23531 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR315302 4 0.5137 0.53210 0.000 0.296 0.024 0.680
#> SRR315303 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315304 3 0.0188 0.88912 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR315305 4 0.0188 0.88392 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR315306 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315307 3 0.0188 0.88912 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR315308 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315309 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315310 4 0.0707 0.87363 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR315311 4 0.2002 0.84797 0.044 0.000 0.020 0.936
#> SRR315312 4 0.5195 0.57494 0.276 0.000 0.032 0.692
#> SRR315313 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315314 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315315 2 0.4999 -0.00661 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR315316 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315318 2 0.2011 0.87865 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR315319 2 0.3688 0.74546 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR315320 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.3486 0.76966 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR315322 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315323 3 0.4164 0.60091 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR315324 2 0.2469 0.84276 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR315325 3 0.4948 0.16138 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR315326 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315327 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315328 2 0.0817 0.92169 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR315329 2 0.1557 0.89859 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR315330 2 0.4907 0.28277 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR315331 4 0.4477 0.51124 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR315332 3 0.4728 0.64883 0.216 0.000 0.752 0.032
#> SRR315333 4 0.2647 0.78784 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR315334 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315335 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315336 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR315337 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317035 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317036 2 0.7072 0.33721 0.000 0.524 0.336 0.140
#> SRR317037 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317039 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317040 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317041 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR317042 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317044 2 0.3751 0.75753 0.000 0.800 0.196 0.004
#> SRR317045 2 0.4454 0.58802 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR317046 2 0.0336 0.93149 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR317047 2 0.0188 0.93420 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR317048 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317049 3 0.3400 0.74673 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR317050 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317051 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317052 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317053 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317054 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317055 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317056 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317057 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317059 4 0.4222 0.61519 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR317060 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317061 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR317062 2 0.7206 0.14292 0.000 0.460 0.400 0.140
#> SRR317063 3 0.6597 0.23455 0.000 0.372 0.540 0.088
#> SRR317064 2 0.4925 0.31559 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR317065 2 0.2704 0.83898 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR317066 2 0.3610 0.75651 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR317067 2 0.3610 0.75624 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR317068 4 0.0188 0.88394 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR317069 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR768413 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR768414 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR387661 3 0.3649 0.71474 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR387662 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR768411 3 0.4643 0.48763 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR768412 3 0.4406 0.57778 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR534289 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534291 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534292 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534293 4 0.5038 0.55448 0.296 0.000 0.020 0.684
#> SRR534294 4 0.4610 0.64903 0.236 0.000 0.020 0.744
#> SRR534295 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534296 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534297 3 0.1389 0.85868 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR534298 3 0.0707 0.87932 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR534299 3 0.4843 0.31574 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR534300 3 0.5105 0.20441 0.432 0.000 0.564 0.004
#> SRR534301 3 0.0817 0.87715 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR534302 3 0.0188 0.88912 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR534303 3 0.4605 0.46269 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR534304 3 0.5085 0.35560 0.376 0.000 0.616 0.008
#> SRR534305 3 0.4730 0.38972 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR534306 2 0.1118 0.91309 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR534307 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534309 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534310 3 0.0000 0.89082 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545687 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545688 4 0.0000 0.88608 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR545689 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.93969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.93678 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR307897 3 0.3196 0.7277 0.000 0.004 0.804 0.192 0.000
#> SRR307898 3 0.1478 0.8633 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR307899 3 0.0162 0.8925 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR307900 3 0.0451 0.8930 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR307901 3 0.2891 0.7518 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.2286 0.8274 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> SRR307903 3 0.1357 0.8754 0.000 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR307904 5 0.3366 0.6759 0.000 0.004 0.212 0.000 0.784
#> SRR307905 5 0.1410 0.8012 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR307906 5 0.3395 0.6645 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR307907 3 0.0000 0.8918 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR307908 3 0.0290 0.8895 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR307909 5 0.5987 0.4837 0.304 0.000 0.000 0.140 0.556
#> SRR307910 4 0.5335 0.5465 0.096 0.000 0.000 0.644 0.260
#> SRR307911 3 0.4182 0.3851 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR307912 5 0.1043 0.8091 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR307913 5 0.0162 0.8033 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR307914 5 0.2554 0.7795 0.000 0.000 0.036 0.072 0.892
#> SRR307915 5 0.5486 0.4720 0.352 0.000 0.000 0.076 0.572
#> SRR307916 5 0.5193 0.4746 0.364 0.000 0.000 0.052 0.584
#> SRR307917 3 0.1671 0.8698 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR307918 3 0.1270 0.8827 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR307919 3 0.1197 0.8851 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR307920 3 0.0609 0.8925 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR307921 4 0.1386 0.8585 0.016 0.000 0.032 0.952 0.000
#> SRR307922 4 0.2179 0.8163 0.000 0.004 0.100 0.896 0.000
#> SRR307923 4 0.0955 0.8630 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR307924 4 0.1628 0.8467 0.000 0.000 0.008 0.936 0.056
#> SRR307925 5 0.1701 0.7994 0.048 0.000 0.000 0.016 0.936
#> SRR307926 3 0.0290 0.8931 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR307927 3 0.3039 0.7700 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR307928 3 0.0609 0.8925 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR307929 3 0.3305 0.7316 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR307930 4 0.3607 0.6583 0.000 0.004 0.244 0.752 0.000
#> SRR307931 4 0.4211 0.4283 0.000 0.004 0.360 0.636 0.000
#> SRR307932 3 0.3109 0.7642 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR307933 3 0.1851 0.8399 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.4928 0.5806 0.284 0.000 0.000 0.660 0.056
#> SRR315298 4 0.4907 0.5842 0.280 0.000 0.000 0.664 0.056
#> SRR315299 4 0.1544 0.8408 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR315300 4 0.5430 0.5991 0.148 0.000 0.000 0.660 0.192
#> SRR315301 3 0.1341 0.8678 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR315302 3 0.0609 0.8854 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR315303 5 0.0794 0.8076 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR315304 5 0.0771 0.8075 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR315305 4 0.0290 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR315306 4 0.0000 0.8716 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR315307 5 0.1124 0.8056 0.000 0.004 0.036 0.000 0.960
#> SRR315308 5 0.0510 0.8078 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR315309 4 0.0162 0.8718 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR315310 4 0.2470 0.8117 0.012 0.000 0.000 0.884 0.104
#> SRR315311 4 0.3085 0.7912 0.032 0.000 0.000 0.852 0.116
#> SRR315312 4 0.5905 0.4130 0.136 0.000 0.000 0.572 0.292
#> SRR315313 3 0.0955 0.8850 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR315314 3 0.3534 0.6511 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.1502 0.8813 0.000 0.004 0.940 0.000 0.056
#> SRR315316 5 0.3913 0.5230 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR315318 2 0.3039 0.7923 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR315319 2 0.3863 0.7248 0.000 0.740 0.012 0.000 0.248
#> SRR315320 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315321 2 0.3551 0.7590 0.000 0.772 0.008 0.000 0.220
#> SRR315322 5 0.0703 0.8079 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR315323 5 0.3355 0.7306 0.184 0.000 0.000 0.012 0.804
#> SRR315324 2 0.3944 0.6868 0.000 0.756 0.004 0.224 0.016
#> SRR315325 3 0.0880 0.8896 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR315326 3 0.0451 0.8922 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR315327 3 0.0000 0.8918 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0510 0.8929 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR315329 3 0.0404 0.8932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR315330 3 0.1892 0.8504 0.000 0.004 0.916 0.080 0.000
#> SRR315331 3 0.1341 0.8684 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR315332 5 0.3883 0.7231 0.184 0.000 0.000 0.036 0.780
#> SRR315333 5 0.4559 0.0237 0.008 0.000 0.000 0.480 0.512
#> SRR315334 3 0.0404 0.8932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR315335 3 0.2377 0.8344 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR315336 3 0.1544 0.8605 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR315337 3 0.1908 0.8429 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR317035 2 0.0162 0.9341 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR317036 3 0.5085 0.6310 0.000 0.012 0.704 0.072 0.212
#> SRR317037 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317038 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317039 4 0.0000 0.8716 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317040 4 0.0290 0.8715 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR317041 2 0.0162 0.9341 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR317042 4 0.0162 0.8718 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR317043 4 0.0000 0.8716 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317044 2 0.3783 0.7249 0.000 0.740 0.000 0.008 0.252
#> SRR317045 2 0.4147 0.6378 0.000 0.676 0.000 0.008 0.316
#> SRR317046 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR317047 2 0.0162 0.9336 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR317048 5 0.0324 0.8048 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR317049 5 0.2006 0.7821 0.000 0.000 0.012 0.072 0.916
#> SRR317050 4 0.0000 0.8716 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317051 4 0.0000 0.8716 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR317052 4 0.0963 0.8612 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR317053 4 0.1908 0.8240 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR317054 4 0.0290 0.8715 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR317055 4 0.0290 0.8715 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR317056 5 0.0290 0.8067 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR317057 5 0.0451 0.8058 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR317059 4 0.4341 0.3577 0.404 0.000 0.004 0.592 0.000
#> SRR317060 4 0.0290 0.8715 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR317061 4 0.0290 0.8715 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR317062 2 0.6938 0.3122 0.000 0.488 0.100 0.060 0.352
#> SRR317063 2 0.6192 0.3750 0.000 0.528 0.048 0.048 0.376
#> SRR317064 2 0.3932 0.6276 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR317065 2 0.3177 0.7774 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR317066 2 0.3741 0.7145 0.000 0.732 0.000 0.004 0.264
#> SRR317067 2 0.3636 0.7071 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR317068 4 0.0451 0.8687 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR317069 4 0.0162 0.8712 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR768413 5 0.3615 0.7516 0.036 0.000 0.156 0.000 0.808
#> SRR768414 5 0.2813 0.7880 0.024 0.000 0.108 0.000 0.868
#> SRR387661 3 0.0162 0.8925 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR387662 5 0.3932 0.5060 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR768411 1 0.1956 0.8877 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR768412 1 0.3395 0.6542 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR534289 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534290 2 0.0404 0.9273 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR534291 5 0.3612 0.6180 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR534292 5 0.1410 0.8017 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR534293 4 0.5086 0.6562 0.156 0.000 0.000 0.700 0.144
#> SRR534294 4 0.5049 0.6603 0.148 0.000 0.000 0.704 0.148
#> SRR534295 3 0.2127 0.8494 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR534296 3 0.3949 0.5316 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR534297 5 0.1952 0.7966 0.084 0.000 0.000 0.004 0.912
#> SRR534298 5 0.1942 0.7977 0.068 0.000 0.000 0.012 0.920
#> SRR534299 5 0.3835 0.6590 0.260 0.000 0.000 0.008 0.732
#> SRR534300 5 0.4934 0.4873 0.364 0.000 0.000 0.036 0.600
#> SRR534301 3 0.2516 0.8189 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR534302 3 0.4278 0.1579 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR534303 5 0.3967 0.6531 0.264 0.000 0.000 0.012 0.724
#> SRR534304 5 0.4902 0.5766 0.304 0.000 0.000 0.048 0.648
#> SRR534305 3 0.0404 0.8932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR534306 3 0.0290 0.8932 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR534307 3 0.0404 0.8932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR534308 3 0.0404 0.8932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR534309 3 0.3366 0.7013 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR534310 3 0.1544 0.8742 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR534311 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 4 0.0404 0.8711 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR545688 4 0.0404 0.8711 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR545689 1 0.0162 0.9818 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR545690 1 0.0671 0.9652 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR545691 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545692 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545704 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545709 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545710 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545713 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545717 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545718 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9365 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR307897 6 0.4129 0.0216 0.000 0.004 0.496 0.000 0.004 0.496
#> SRR307898 3 0.1610 0.8787 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR307899 3 0.0964 0.9193 0.012 0.000 0.968 0.000 0.016 0.004
#> SRR307900 3 0.1514 0.9081 0.036 0.000 0.944 0.004 0.012 0.004
#> SRR307901 3 0.3076 0.6709 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR307902 3 0.1610 0.8674 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR307903 3 0.0363 0.9201 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR307904 5 0.4247 0.4947 0.000 0.000 0.296 0.040 0.664 0.000
#> SRR307905 5 0.4199 0.6635 0.000 0.000 0.100 0.164 0.736 0.000
#> SRR307906 3 0.4641 0.6098 0.000 0.000 0.668 0.092 0.240 0.000
#> SRR307907 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307908 3 0.0146 0.9218 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR307909 4 0.2618 0.8829 0.024 0.000 0.000 0.860 0.000 0.116
#> SRR307910 4 0.2595 0.8564 0.004 0.000 0.000 0.836 0.000 0.160
#> SRR307911 3 0.3672 0.7718 0.000 0.000 0.776 0.056 0.168 0.000
#> SRR307912 5 0.4315 0.0481 0.004 0.000 0.012 0.488 0.496 0.000
#> SRR307913 5 0.0603 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR307914 5 0.1349 0.8417 0.000 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR307915 4 0.2350 0.8934 0.100 0.000 0.000 0.880 0.000 0.020
#> SRR307916 4 0.2149 0.8898 0.104 0.000 0.000 0.888 0.004 0.004
#> SRR307917 3 0.0806 0.9199 0.000 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR307918 3 0.0508 0.9218 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR307919 3 0.1088 0.9165 0.000 0.000 0.960 0.016 0.024 0.000
#> SRR307920 3 0.0260 0.9223 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR307921 6 0.0922 0.8894 0.004 0.000 0.004 0.000 0.024 0.968
#> SRR307922 6 0.1003 0.8878 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020 0.964
#> SRR307923 6 0.2191 0.8364 0.000 0.000 0.004 0.000 0.120 0.876
#> SRR307924 6 0.3647 0.4616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR307925 4 0.2714 0.8814 0.064 0.000 0.000 0.872 0.060 0.004
#> SRR307926 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR307927 3 0.2201 0.8871 0.000 0.000 0.900 0.052 0.048 0.000
#> SRR307928 3 0.0363 0.9219 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR307929 3 0.2858 0.8408 0.000 0.000 0.844 0.032 0.124 0.000
#> SRR307930 6 0.2036 0.8582 0.000 0.000 0.064 0.008 0.016 0.912
#> SRR307931 6 0.2545 0.8509 0.000 0.000 0.068 0.024 0.020 0.888
#> SRR307932 3 0.2581 0.8469 0.000 0.000 0.856 0.016 0.128 0.000
#> SRR307933 3 0.1075 0.8980 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR315297 4 0.3679 0.8405 0.052 0.000 0.000 0.772 0.000 0.176
#> SRR315298 4 0.3874 0.8364 0.068 0.000 0.000 0.760 0.000 0.172
#> SRR315299 4 0.2558 0.8464 0.004 0.000 0.000 0.840 0.000 0.156
#> SRR315300 4 0.2442 0.9008 0.068 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048
#> SRR315301 3 0.0632 0.9165 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR315302 3 0.0146 0.9218 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR315303 5 0.0622 0.8558 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> SRR315304 5 0.0622 0.8558 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> SRR315305 6 0.1858 0.8592 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR315306 6 0.1010 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR315307 5 0.0622 0.8558 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> SRR315308 5 0.0622 0.8558 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> SRR315309 6 0.0547 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR315310 4 0.3139 0.8439 0.028 0.000 0.000 0.812 0.000 0.160
#> SRR315311 4 0.1814 0.8528 0.000 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR315312 4 0.1196 0.8805 0.008 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040
#> SRR315313 3 0.0146 0.9220 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR315314 3 0.3868 0.0267 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000 0.000
#> SRR315315 3 0.0622 0.9213 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000
#> SRR315316 3 0.4473 0.6050 0.000 0.000 0.676 0.252 0.072 0.000
#> SRR315318 5 0.2631 0.7640 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR315319 5 0.1444 0.8491 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR315320 2 0.1745 0.9046 0.000 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR315321 5 0.1910 0.8304 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR315322 5 0.0622 0.8558 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> SRR315323 4 0.2670 0.8716 0.040 0.000 0.000 0.872 0.084 0.004
#> SRR315324 2 0.5323 0.4832 0.000 0.628 0.004 0.204 0.004 0.160
#> SRR315325 3 0.0291 0.9225 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR315326 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315327 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315328 3 0.0146 0.9222 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR315329 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR315330 3 0.1814 0.8637 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR315331 3 0.1007 0.9075 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR315332 4 0.2182 0.8930 0.076 0.000 0.000 0.900 0.020 0.004
#> SRR315333 4 0.2575 0.8999 0.044 0.000 0.000 0.880 0.004 0.072
#> SRR315334 3 0.0748 0.9207 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016 0.004
#> SRR315335 3 0.2218 0.8725 0.000 0.000 0.884 0.012 0.104 0.000
#> SRR315336 3 0.1674 0.8883 0.000 0.000 0.924 0.004 0.004 0.068
#> SRR315337 3 0.2214 0.8664 0.000 0.000 0.892 0.012 0.004 0.092
#> SRR317035 2 0.2454 0.7943 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR317036 5 0.4839 0.6955 0.000 0.000 0.048 0.116 0.728 0.108
#> SRR317037 2 0.2252 0.8996 0.000 0.908 0.000 0.044 0.028 0.020
#> SRR317038 2 0.4452 0.7444 0.000 0.764 0.000 0.084 0.100 0.052
#> SRR317039 6 0.0993 0.8935 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR317040 6 0.3707 0.8078 0.000 0.000 0.004 0.100 0.100 0.796
#> SRR317041 2 0.3023 0.6772 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR317042 6 0.0935 0.8932 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR317043 6 0.1462 0.8900 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008 0.936
#> SRR317044 5 0.2234 0.8158 0.000 0.124 0.000 0.000 0.872 0.004
#> SRR317045 5 0.1765 0.8383 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR317046 2 0.0146 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR317047 2 0.0260 0.9661 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR317048 5 0.0603 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR317049 5 0.1838 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.016 0.916 0.068
#> SRR317050 6 0.1124 0.8916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008 0.956
#> SRR317051 6 0.1398 0.8907 0.000 0.000 0.000 0.052 0.008 0.940
#> SRR317052 6 0.3571 0.8266 0.000 0.000 0.020 0.116 0.048 0.816
#> SRR317053 6 0.3443 0.8337 0.000 0.000 0.032 0.108 0.032 0.828
#> SRR317054 6 0.0603 0.8931 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR317055 6 0.0603 0.8931 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR317056 5 0.0520 0.8550 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR317057 5 0.0603 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR317059 6 0.5191 0.6640 0.208 0.000 0.008 0.092 0.020 0.672
#> SRR317060 6 0.0547 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR317061 6 0.0547 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR317062 5 0.1267 0.8400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR317063 5 0.1141 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR317064 5 0.1444 0.8485 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR317065 5 0.2730 0.7506 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR317066 5 0.1858 0.8403 0.000 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> SRR317067 5 0.1765 0.8384 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR317068 6 0.2320 0.8348 0.000 0.024 0.000 0.080 0.004 0.892
#> SRR317069 6 0.0777 0.8906 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR768413 4 0.3567 0.7117 0.000 0.000 0.100 0.800 0.100 0.000
#> SRR768414 4 0.3370 0.7295 0.000 0.000 0.064 0.812 0.124 0.000
#> SRR387661 3 0.0767 0.9213 0.000 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004
#> SRR387662 3 0.4641 0.6779 0.000 0.000 0.684 0.200 0.116 0.000
#> SRR768411 1 0.2163 0.8917 0.892 0.000 0.000 0.092 0.016 0.000
#> SRR768412 1 0.2491 0.8632 0.868 0.000 0.000 0.112 0.020 0.000
#> SRR534289 2 0.0291 0.9667 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR534290 2 0.0935 0.9405 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR534291 5 0.5074 -0.0201 0.000 0.000 0.452 0.076 0.472 0.000
#> SRR534292 5 0.2783 0.7578 0.000 0.000 0.016 0.148 0.836 0.000
#> SRR534293 4 0.2860 0.8916 0.048 0.000 0.000 0.852 0.000 0.100
#> SRR534294 4 0.2812 0.8932 0.048 0.000 0.000 0.856 0.000 0.096
#> SRR534295 3 0.1682 0.9025 0.000 0.000 0.928 0.020 0.052 0.000
#> SRR534296 3 0.2775 0.8534 0.000 0.000 0.856 0.040 0.104 0.000
#> SRR534297 4 0.2856 0.8718 0.076 0.000 0.000 0.856 0.068 0.000
#> SRR534298 4 0.2688 0.8769 0.064 0.000 0.000 0.868 0.068 0.000
#> SRR534299 4 0.2908 0.8754 0.104 0.000 0.000 0.848 0.048 0.000
#> SRR534300 4 0.2568 0.9002 0.068 0.000 0.000 0.876 0.000 0.056
#> SRR534301 3 0.0692 0.9197 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR534302 3 0.2119 0.8898 0.000 0.000 0.904 0.036 0.060 0.000
#> SRR534303 4 0.2301 0.8874 0.096 0.000 0.000 0.884 0.020 0.000
#> SRR534304 4 0.2493 0.9007 0.076 0.000 0.000 0.884 0.004 0.036
#> SRR534305 3 0.0146 0.9222 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534306 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534307 3 0.0146 0.9222 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534308 3 0.0146 0.9222 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR534309 3 0.1168 0.9140 0.000 0.000 0.956 0.028 0.016 0.000
#> SRR534310 3 0.0458 0.9211 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR534311 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534312 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534313 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534314 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534315 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534316 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534317 2 0.0146 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534318 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534319 1 0.0363 0.9710 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR534320 1 0.0260 0.9732 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR534321 1 0.0363 0.9710 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR534322 1 0.1327 0.9309 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR534323 1 0.1327 0.9309 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR534324 1 0.1327 0.9309 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR534325 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534326 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534327 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534328 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534329 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534330 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534331 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534332 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534333 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR534334 2 0.0146 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR534335 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545685 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545686 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545687 6 0.0692 0.8920 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR545688 6 0.0692 0.8920 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR545689 1 0.1267 0.9247 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR545690 1 0.1556 0.9040 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR545691 2 0.0146 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545692 2 0.0146 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545693 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545694 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545695 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545696 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545697 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545698 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545699 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545700 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545701 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545702 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545703 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545704 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545705 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545706 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545707 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545708 2 0.0146 0.9685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545709 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545710 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545711 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545712 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545713 2 0.0508 0.9596 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR545714 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545715 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545716 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545717 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545718 2 0.0146 0.9686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR545719 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545720 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545721 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545722 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR545723 2 0.0000 0.9701 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0