Date: 2019-12-25 23:17:54 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 5966 384
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 0.982 | 0.991 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.957 | 0.982 | ** | |
| SD:pam | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:kmeans | 3 | 1.000 | 0.959 | 0.986 | ** | 2 |
| ATC:pam | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.981 | 0.992 | ** | |
| SD:NMF | 2 | 0.998 | 0.963 | 0.984 | ** | |
| ATC:skmeans | 2 | 0.984 | 0.943 | 0.978 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 0.978 | 0.947 | 0.979 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 0.957 | 0.953 | 0.980 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 0.957 | 0.944 | 0.977 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 0.949 | 0.939 | 0.975 | * | |
| ATC:hclust | 4 | 0.940 | 0.867 | 0.959 | * | 2 |
| CV:mclust | 4 | 0.918 | 0.923 | 0.960 | * | 2,3 |
| MAD:mclust | 4 | 0.917 | 0.901 | 0.951 | * | |
| MAD:skmeans | 4 | 0.914 | 0.932 | 0.958 | * | 2 |
| MAD:NMF | 2 | 0.867 | 0.905 | 0.962 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.796 | 0.931 | 0.962 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.728 | 0.915 | 0.949 | ||
| MAD:kmeans | 3 | 0.646 | 0.885 | 0.882 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.602 | 0.823 | 0.917 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.554 | 0.815 | 0.889 | ||
| CV:pam | 3 | 0.541 | 0.778 | 0.866 | ||
| CV:kmeans | NA | NA | NA | NA |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.998 0.963 0.984 0.474 0.525 0.525
#> CV:NMF 2 0.949 0.939 0.975 0.473 0.531 0.531
#> MAD:NMF 2 0.867 0.905 0.962 0.478 0.520 0.520
#> ATC:NMF 2 0.602 0.823 0.917 0.428 0.543 0.543
#> SD:skmeans 2 0.957 0.944 0.977 0.444 0.563 0.563
#> CV:skmeans 2 0.957 0.953 0.980 0.480 0.524 0.524
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.972 0.987 0.474 0.530 0.530
#> ATC:skmeans 2 0.984 0.943 0.978 0.381 0.614 0.614
#> SD:mclust 2 0.886 0.936 0.972 0.258 0.736 0.736
#> CV:mclust 2 1.000 0.983 0.992 0.130 0.883 0.883
#> MAD:mclust 2 0.601 0.853 0.888 0.317 0.584 0.584
#> ATC:mclust 2 1.000 0.981 0.992 0.295 0.704 0.704
#> SD:kmeans 2 1.000 0.957 0.982 0.182 0.847 0.847
#> CV:kmeans 2 0.896 0.939 0.968 0.400 0.606 0.606
#> MAD:kmeans 2 0.896 0.948 0.975 0.386 0.611 0.611
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.996 0.998 0.157 0.847 0.847
#> SD:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.154 0.847 0.847
#> CV:pam 2 0.895 0.941 0.975 0.384 0.621 0.621
#> MAD:pam 2 0.978 0.947 0.979 0.353 0.651 0.651
#> ATC:pam 2 1.000 0.995 0.998 0.150 0.847 0.847
#> SD:hclust 2 1.000 0.982 0.991 0.166 0.847 0.847
#> CV:hclust 2 0.728 0.915 0.949 0.414 0.604 0.604
#> MAD:hclust 2 0.796 0.931 0.962 0.409 0.604 0.604
#> ATC:hclust 2 1.000 0.999 1.000 0.153 0.847 0.847
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.751 0.861 0.912 0.250 0.838 0.707
#> CV:NMF 3 0.500 0.678 0.801 0.331 0.770 0.581
#> MAD:NMF 3 0.537 0.627 0.824 0.291 0.831 0.684
#> ATC:NMF 3 0.572 0.746 0.873 0.240 0.788 0.650
#> SD:skmeans 3 0.704 0.746 0.876 0.424 0.782 0.628
#> CV:skmeans 3 0.729 0.844 0.920 0.373 0.790 0.607
#> MAD:skmeans 3 0.871 0.898 0.950 0.403 0.759 0.564
#> ATC:skmeans 3 0.761 0.829 0.929 0.529 0.785 0.657
#> SD:mclust 3 0.554 0.815 0.889 0.616 0.874 0.832
#> CV:mclust 3 0.936 0.940 0.970 3.037 0.595 0.541
#> MAD:mclust 3 0.879 0.942 0.955 0.715 0.555 0.403
#> ATC:mclust 3 0.557 0.803 0.819 0.324 0.965 0.950
#> SD:kmeans 3 0.788 0.845 0.942 1.509 0.701 0.649
#> CV:kmeans 3 0.625 0.857 0.870 0.430 0.699 0.530
#> MAD:kmeans 3 0.646 0.885 0.882 0.476 0.696 0.528
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.959 0.986 1.350 0.777 0.737
#> SD:pam 3 0.439 0.593 0.820 2.659 0.595 0.522
#> CV:pam 3 0.541 0.778 0.866 0.653 0.725 0.562
#> MAD:pam 3 0.831 0.880 0.940 0.812 0.687 0.528
#> ATC:pam 3 0.531 0.826 0.903 2.623 0.584 0.508
#> SD:hclust 3 0.867 0.920 0.965 0.795 0.830 0.800
#> CV:hclust 3 0.480 0.596 0.781 0.370 0.787 0.651
#> MAD:hclust 3 0.558 0.716 0.800 0.289 0.954 0.924
#> ATC:hclust 3 0.922 0.913 0.955 0.440 0.998 0.998
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.572 0.740 0.809 0.1807 0.792 0.539
#> CV:NMF 4 0.446 0.586 0.752 0.1235 0.867 0.646
#> MAD:NMF 4 0.435 0.577 0.719 0.1359 0.802 0.538
#> ATC:NMF 4 0.553 0.627 0.814 0.0797 0.914 0.826
#> SD:skmeans 4 0.858 0.887 0.940 0.1691 0.800 0.527
#> CV:skmeans 4 0.816 0.890 0.926 0.1075 0.862 0.627
#> MAD:skmeans 4 0.914 0.932 0.958 0.1034 0.874 0.651
#> ATC:skmeans 4 0.607 0.696 0.764 0.1974 0.788 0.530
#> SD:mclust 4 0.554 0.855 0.883 0.4772 0.671 0.497
#> CV:mclust 4 0.918 0.923 0.960 0.3256 0.823 0.634
#> MAD:mclust 4 0.917 0.901 0.951 0.2846 0.847 0.670
#> ATC:mclust 4 0.403 0.568 0.744 0.4232 0.746 0.628
#> SD:kmeans 4 0.599 0.825 0.857 0.3816 0.721 0.530
#> CV:kmeans 4 0.512 0.847 0.851 0.1123 0.993 0.982
#> MAD:kmeans 4 0.529 0.790 0.823 0.1393 0.996 0.989
#> ATC:kmeans 4 0.623 0.527 0.788 0.5159 0.981 0.970
#> SD:pam 4 0.859 0.868 0.943 0.2498 0.826 0.619
#> CV:pam 4 0.696 0.752 0.865 0.1691 0.825 0.554
#> MAD:pam 4 0.859 0.864 0.931 0.1379 0.863 0.645
#> ATC:pam 4 0.701 0.766 0.894 0.2898 0.766 0.508
#> SD:hclust 4 0.832 0.898 0.953 0.0254 0.998 0.998
#> CV:hclust 4 0.473 0.556 0.764 0.0739 0.965 0.915
#> MAD:hclust 4 0.512 0.547 0.754 0.1436 0.782 0.618
#> ATC:hclust 4 0.940 0.867 0.959 0.1467 0.927 0.914
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.586 0.584 0.767 0.06946 0.924 0.753
#> CV:NMF 5 0.492 0.493 0.676 0.06630 0.916 0.718
#> MAD:NMF 5 0.501 0.498 0.696 0.08435 0.909 0.697
#> ATC:NMF 5 0.521 0.615 0.792 0.02302 0.944 0.882
#> SD:skmeans 5 0.826 0.825 0.906 0.05344 0.961 0.851
#> CV:skmeans 5 0.795 0.775 0.869 0.05476 0.964 0.866
#> MAD:skmeans 5 0.847 0.800 0.886 0.05138 0.970 0.886
#> ATC:skmeans 5 0.663 0.650 0.785 0.07135 0.954 0.832
#> SD:mclust 5 0.586 0.622 0.754 0.14985 0.901 0.721
#> CV:mclust 5 0.823 0.883 0.901 0.04817 0.980 0.936
#> MAD:mclust 5 0.721 0.684 0.841 0.05382 0.962 0.881
#> ATC:mclust 5 0.691 0.763 0.860 0.29990 0.794 0.545
#> SD:kmeans 5 0.654 0.573 0.796 0.11495 0.974 0.929
#> CV:kmeans 5 0.606 0.771 0.790 0.07933 0.996 0.989
#> MAD:kmeans 5 0.565 0.693 0.749 0.06836 0.979 0.946
#> ATC:kmeans 5 0.636 0.795 0.845 0.17265 0.699 0.521
#> SD:pam 5 0.760 0.690 0.783 0.08826 0.869 0.603
#> CV:pam 5 0.871 0.852 0.935 0.07311 0.912 0.676
#> MAD:pam 5 0.897 0.872 0.943 0.09927 0.898 0.645
#> ATC:pam 5 0.702 0.766 0.888 0.01587 0.976 0.921
#> SD:hclust 5 0.870 0.909 0.956 0.00613 0.997 0.995
#> CV:hclust 5 0.514 0.599 0.760 0.07639 0.882 0.709
#> MAD:hclust 5 0.508 0.685 0.745 0.06475 0.844 0.625
#> ATC:hclust 5 0.938 0.893 0.959 0.06684 0.981 0.975
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.609 0.577 0.729 0.03836 0.948 0.807
#> CV:NMF 6 0.535 0.477 0.682 0.03770 0.937 0.753
#> MAD:NMF 6 0.540 0.438 0.680 0.03788 0.912 0.668
#> ATC:NMF 6 0.507 0.573 0.759 0.03534 0.958 0.912
#> SD:skmeans 6 0.830 0.659 0.817 0.03893 0.965 0.851
#> CV:skmeans 6 0.779 0.698 0.829 0.03240 0.979 0.912
#> MAD:skmeans 6 0.797 0.719 0.844 0.03209 0.982 0.923
#> ATC:skmeans 6 0.688 0.655 0.796 0.04971 0.927 0.713
#> SD:mclust 6 0.620 0.757 0.774 0.09157 0.875 0.582
#> CV:mclust 6 0.730 0.756 0.808 0.06630 0.934 0.774
#> MAD:mclust 6 0.731 0.657 0.799 0.05724 0.895 0.656
#> ATC:mclust 6 0.579 0.565 0.763 0.06508 0.946 0.807
#> SD:kmeans 6 0.627 0.577 0.747 0.07425 0.842 0.574
#> CV:kmeans 6 0.644 0.732 0.751 0.05483 0.996 0.989
#> MAD:kmeans 6 0.611 0.670 0.726 0.03898 1.000 1.000
#> ATC:kmeans 6 0.636 0.526 0.774 0.08545 0.967 0.906
#> SD:pam 6 0.861 0.844 0.913 0.06435 0.917 0.666
#> CV:pam 6 0.866 0.841 0.925 0.00583 0.998 0.990
#> MAD:pam 6 0.883 0.820 0.926 0.00944 0.996 0.982
#> ATC:pam 6 0.709 0.732 0.862 0.06815 0.905 0.687
#> SD:hclust 6 0.836 0.896 0.946 0.06131 1.000 1.000
#> CV:hclust 6 0.503 0.187 0.678 0.03809 0.775 0.554
#> MAD:hclust 6 0.523 0.679 0.739 0.04950 0.911 0.741
#> ATC:hclust 6 0.978 0.922 0.968 0.02824 1.000 1.000
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 597, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1194, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1790, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2386, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2983, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 597, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1194, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1790, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2386, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2983, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 597)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1194)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1790)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2386)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2983)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.991 0.16587 0.847 0.847
#> 3 3 0.867 0.920 0.965 0.79517 0.830 0.800
#> 4 4 0.832 0.898 0.953 0.02545 0.998 0.998
#> 5 5 0.870 0.909 0.956 0.00613 0.997 0.995
#> 6 6 0.836 0.896 0.946 0.06131 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490224 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490225 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490226 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490227 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490228 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490229 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490230 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490231 2 0.625 0.823 0.156 0.844
#> SRR490232 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490233 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490234 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490235 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490236 2 0.595 0.838 0.144 0.856
#> SRR490237 2 0.595 0.838 0.144 0.856
#> SRR490238 2 0.595 0.838 0.144 0.856
#> SRR490239 2 0.595 0.838 0.144 0.856
#> SRR490240 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490260 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490261 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490262 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490263 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490264 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490265 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490266 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490267 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490268 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490269 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490271 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490272 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490273 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490274 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490275 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490276 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490277 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490278 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490279 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490280 1 0.311 0.945 0.944 0.056
#> SRR490281 1 0.311 0.945 0.944 0.056
#> SRR490282 1 0.311 0.945 0.944 0.056
#> SRR490283 1 0.311 0.945 0.944 0.056
#> SRR490284 2 0.662 0.802 0.172 0.828
#> SRR490285 2 0.662 0.802 0.172 0.828
#> SRR490286 2 0.662 0.802 0.172 0.828
#> SRR490287 2 0.662 0.802 0.172 0.828
#> SRR490288 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490321 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490322 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490323 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490324 2 0.634 0.818 0.160 0.840
#> SRR490325 2 0.634 0.818 0.160 0.840
#> SRR490326 2 0.634 0.818 0.160 0.840
#> SRR490327 2 0.634 0.818 0.160 0.840
#> SRR490328 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490424 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490425 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490426 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490427 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490428 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490453 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490533 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490534 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490535 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490536 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490220 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490221 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490222 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490223 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490224 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490225 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490226 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490227 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490228 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490229 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490230 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490231 1 0.0747 0.423 0.984 0.016 0.000
#> SRR490232 2 0.5397 0.450 0.280 0.720 0.000
#> SRR490233 2 0.5397 0.450 0.280 0.720 0.000
#> SRR490234 2 0.5397 0.450 0.280 0.720 0.000
#> SRR490235 2 0.5397 0.450 0.280 0.720 0.000
#> SRR490236 1 0.1163 0.431 0.972 0.028 0.000
#> SRR490237 1 0.1163 0.431 0.972 0.028 0.000
#> SRR490238 1 0.1163 0.431 0.972 0.028 0.000
#> SRR490239 1 0.1163 0.431 0.972 0.028 0.000
#> SRR490240 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490241 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490242 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490243 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490256 2 0.2878 0.864 0.096 0.904 0.000
#> SRR490257 2 0.2878 0.864 0.096 0.904 0.000
#> SRR490258 2 0.2878 0.864 0.096 0.904 0.000
#> SRR490259 2 0.2878 0.864 0.096 0.904 0.000
#> SRR490260 1 0.6252 0.576 0.556 0.444 0.000
#> SRR490261 1 0.6252 0.576 0.556 0.444 0.000
#> SRR490262 1 0.6252 0.576 0.556 0.444 0.000
#> SRR490263 1 0.6252 0.576 0.556 0.444 0.000
#> SRR490264 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490265 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490266 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490267 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490268 2 0.2796 0.870 0.092 0.908 0.000
#> SRR490269 2 0.2796 0.870 0.092 0.908 0.000
#> SRR490270 2 0.2796 0.870 0.092 0.908 0.000
#> SRR490271 2 0.2796 0.870 0.092 0.908 0.000
#> SRR490272 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490273 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490274 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490275 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490276 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490277 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490278 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490279 1 0.6244 0.584 0.560 0.440 0.000
#> SRR490280 3 0.4887 0.825 0.228 0.000 0.772
#> SRR490281 3 0.4887 0.825 0.228 0.000 0.772
#> SRR490282 3 0.4887 0.825 0.228 0.000 0.772
#> SRR490283 3 0.4887 0.825 0.228 0.000 0.772
#> SRR490284 1 0.0000 0.388 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.388 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.388 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.388 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490289 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490290 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490291 2 0.0237 0.983 0.004 0.996 0.000
#> SRR490292 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490293 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490320 2 0.3551 0.798 0.132 0.868 0.000
#> SRR490321 2 0.3551 0.798 0.132 0.868 0.000
#> SRR490322 2 0.3551 0.798 0.132 0.868 0.000
#> SRR490323 2 0.3551 0.798 0.132 0.868 0.000
#> SRR490324 1 0.0592 0.415 0.988 0.012 0.000
#> SRR490325 1 0.0592 0.415 0.988 0.012 0.000
#> SRR490326 1 0.0592 0.415 0.988 0.012 0.000
#> SRR490327 1 0.0592 0.415 0.988 0.012 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490420 2 0.0892 0.966 0.020 0.980 0.000
#> SRR490421 2 0.0892 0.966 0.020 0.980 0.000
#> SRR490422 2 0.0892 0.966 0.020 0.980 0.000
#> SRR490423 2 0.0892 0.966 0.020 0.980 0.000
#> SRR490424 1 0.6305 0.481 0.516 0.484 0.000
#> SRR490425 1 0.6305 0.481 0.516 0.484 0.000
#> SRR490426 1 0.6305 0.481 0.516 0.484 0.000
#> SRR490427 1 0.6305 0.481 0.516 0.484 0.000
#> SRR490428 2 0.2165 0.910 0.064 0.936 0.000
#> SRR490429 2 0.2165 0.910 0.064 0.936 0.000
#> SRR490430 2 0.2165 0.910 0.064 0.936 0.000
#> SRR490431 2 0.2165 0.910 0.064 0.936 0.000
#> SRR490432 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490433 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490434 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490435 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490436 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490437 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490438 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490439 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490448 2 0.0592 0.975 0.012 0.988 0.000
#> SRR490449 2 0.0592 0.975 0.012 0.988 0.000
#> SRR490450 2 0.0592 0.975 0.012 0.988 0.000
#> SRR490451 2 0.0592 0.975 0.012 0.988 0.000
#> SRR490452 2 0.2165 0.911 0.064 0.936 0.000
#> SRR490453 2 0.2165 0.911 0.064 0.936 0.000
#> SRR490454 2 0.2165 0.911 0.064 0.936 0.000
#> SRR490455 2 0.2165 0.911 0.064 0.936 0.000
#> SRR490456 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490457 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490458 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490459 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490460 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490461 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490462 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490463 2 0.0424 0.979 0.008 0.992 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.978 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490533 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490534 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490535 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490220 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490221 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490222 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490223 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490224 1 0.1211 0.129 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490225 1 0.1211 0.129 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490226 1 0.1211 0.129 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490227 1 0.1211 0.129 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490228 1 0.1867 0.105 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490229 1 0.1867 0.105 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490230 1 0.1867 0.105 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490231 1 0.1867 0.105 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490232 2 0.4431 0.407 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR490233 2 0.4431 0.407 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR490234 2 0.4431 0.407 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR490235 2 0.4431 0.407 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.1118 0.126 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490237 1 0.1118 0.126 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490238 1 0.1118 0.126 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490239 1 0.1118 0.126 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490240 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490241 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490242 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490243 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490256 2 0.2589 0.837 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490257 2 0.2589 0.837 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490258 2 0.2589 0.837 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490259 2 0.2589 0.837 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.4898 0.556 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.4898 0.556 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.4898 0.556 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.4898 0.556 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490268 2 0.2530 0.844 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR490269 2 0.2530 0.844 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR490270 2 0.2530 0.844 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR490271 2 0.2530 0.844 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.4888 0.558 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR490280 4 0.4866 1.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR490281 4 0.4866 1.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR490282 4 0.4866 1.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR490283 4 0.4866 1.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR490284 1 0.4998 -0.177 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR490285 1 0.4998 -0.177 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR490286 1 0.4998 -0.177 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR490287 1 0.4998 -0.177 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR490288 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490289 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490290 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490291 2 0.0188 0.981 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490292 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490293 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490320 2 0.3024 0.777 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR490321 2 0.3024 0.777 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR490322 2 0.3024 0.777 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR490323 2 0.3024 0.777 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.4925 -0.143 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR490325 1 0.4925 -0.143 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR490326 1 0.4925 -0.143 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR490327 1 0.4925 -0.143 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR490328 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490420 2 0.0817 0.961 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490421 2 0.0817 0.961 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490422 2 0.0817 0.961 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490423 2 0.0817 0.961 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490424 1 0.4972 0.506 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.4972 0.506 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.4972 0.506 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.4972 0.506 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR490428 2 0.2081 0.884 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490429 2 0.2081 0.884 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490430 2 0.2081 0.884 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490431 2 0.2081 0.884 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490432 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490433 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490434 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490435 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490436 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490437 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490438 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490439 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490448 2 0.0469 0.973 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490449 2 0.0469 0.973 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490450 2 0.0469 0.973 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490451 2 0.0469 0.973 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490452 2 0.2081 0.885 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490453 2 0.2081 0.885 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490454 2 0.2081 0.885 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490455 2 0.2081 0.885 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490456 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490457 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490458 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490459 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490460 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490461 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490462 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490463 2 0.0336 0.978 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490532 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490533 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490534 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490535 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490217 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490218 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490219 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490220 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490221 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490222 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490223 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490224 3 0.1908 -0.256 0.000 0.092 0.908 0.000 0.00
#> SRR490225 3 0.1908 -0.256 0.000 0.092 0.908 0.000 0.00
#> SRR490226 3 0.1908 -0.256 0.000 0.092 0.908 0.000 0.00
#> SRR490227 3 0.1908 -0.256 0.000 0.092 0.908 0.000 0.00
#> SRR490228 3 0.3339 -0.299 0.040 0.124 0.836 0.000 0.00
#> SRR490229 3 0.3339 -0.299 0.040 0.124 0.836 0.000 0.00
#> SRR490230 3 0.3339 -0.299 0.040 0.124 0.836 0.000 0.00
#> SRR490231 3 0.3339 -0.299 0.040 0.124 0.836 0.000 0.00
#> SRR490232 4 0.3949 0.337 0.000 0.004 0.300 0.696 0.00
#> SRR490233 4 0.3949 0.337 0.000 0.004 0.300 0.696 0.00
#> SRR490234 4 0.3949 0.337 0.000 0.004 0.300 0.696 0.00
#> SRR490235 4 0.3949 0.337 0.000 0.004 0.300 0.696 0.00
#> SRR490236 3 0.1668 -0.214 0.028 0.032 0.940 0.000 0.00
#> SRR490237 3 0.1668 -0.214 0.028 0.032 0.940 0.000 0.00
#> SRR490238 3 0.1668 -0.214 0.028 0.032 0.940 0.000 0.00
#> SRR490239 3 0.1668 -0.214 0.028 0.032 0.940 0.000 0.00
#> SRR490240 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490241 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490242 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490243 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490244 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490245 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490246 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490247 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490248 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490249 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490250 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490251 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490252 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490253 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490254 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490255 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490256 4 0.2338 0.824 0.000 0.004 0.112 0.884 0.00
#> SRR490257 4 0.2338 0.824 0.000 0.004 0.112 0.884 0.00
#> SRR490258 4 0.2338 0.824 0.000 0.004 0.112 0.884 0.00
#> SRR490259 4 0.2338 0.824 0.000 0.004 0.112 0.884 0.00
#> SRR490260 3 0.4481 0.645 0.000 0.008 0.576 0.416 0.00
#> SRR490261 3 0.4481 0.645 0.000 0.008 0.576 0.416 0.00
#> SRR490262 3 0.4481 0.645 0.000 0.008 0.576 0.416 0.00
#> SRR490263 3 0.4481 0.645 0.000 0.008 0.576 0.416 0.00
#> SRR490264 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490265 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490266 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490267 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490268 4 0.2286 0.831 0.000 0.004 0.108 0.888 0.00
#> SRR490269 4 0.2286 0.831 0.000 0.004 0.108 0.888 0.00
#> SRR490270 4 0.2286 0.831 0.000 0.004 0.108 0.888 0.00
#> SRR490271 4 0.2286 0.831 0.000 0.004 0.108 0.888 0.00
#> SRR490272 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490273 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490274 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490275 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490276 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490277 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490278 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490279 3 0.4473 0.647 0.000 0.008 0.580 0.412 0.00
#> SRR490280 1 0.3561 1.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.26
#> SRR490281 1 0.3561 1.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.26
#> SRR490282 1 0.3561 1.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.26
#> SRR490283 1 0.3561 1.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.26
#> SRR490284 2 0.4104 0.777 0.088 0.788 0.124 0.000 0.00
#> SRR490285 2 0.4104 0.777 0.088 0.788 0.124 0.000 0.00
#> SRR490286 2 0.4104 0.777 0.088 0.788 0.124 0.000 0.00
#> SRR490287 2 0.4104 0.777 0.088 0.788 0.124 0.000 0.00
#> SRR490288 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490289 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490290 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490291 4 0.0162 0.980 0.000 0.000 0.004 0.996 0.00
#> SRR490292 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490293 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490294 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490295 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490296 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490297 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490298 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490299 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490300 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490301 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490302 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490303 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490304 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490305 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490306 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490307 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490308 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490309 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490310 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490311 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490312 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490313 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490314 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490315 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490316 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490317 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490318 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490319 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490320 4 0.2798 0.760 0.000 0.008 0.140 0.852 0.00
#> SRR490321 4 0.2798 0.760 0.000 0.008 0.140 0.852 0.00
#> SRR490322 4 0.2798 0.760 0.000 0.008 0.140 0.852 0.00
#> SRR490323 4 0.2798 0.760 0.000 0.008 0.140 0.852 0.00
#> SRR490324 2 0.4394 0.783 0.220 0.732 0.048 0.000 0.00
#> SRR490325 2 0.4394 0.783 0.220 0.732 0.048 0.000 0.00
#> SRR490326 2 0.4394 0.783 0.220 0.732 0.048 0.000 0.00
#> SRR490327 2 0.4394 0.783 0.220 0.732 0.048 0.000 0.00
#> SRR490328 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490329 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490330 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490331 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490332 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490333 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490334 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490335 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490336 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490337 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490338 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490339 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490340 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490341 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490342 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490343 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490344 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490345 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490346 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490347 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490348 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490349 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490350 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490351 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490352 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490353 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490354 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490355 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490356 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490357 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490358 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490359 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490360 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490361 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490362 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490363 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490364 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490365 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490366 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490367 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490368 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490369 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490370 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490371 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490372 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490373 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490374 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490375 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490376 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490377 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490378 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490379 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490380 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490381 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490382 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490383 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490384 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490385 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490386 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490387 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490388 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490389 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490390 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490391 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490392 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490393 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490394 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490395 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490396 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490397 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490398 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490399 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490400 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490401 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490402 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490403 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490404 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490405 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490406 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490407 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490408 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490409 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490410 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490411 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490412 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490413 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490414 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490415 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490416 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490417 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490418 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490419 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490420 4 0.0771 0.958 0.000 0.004 0.020 0.976 0.00
#> SRR490421 4 0.0771 0.958 0.000 0.004 0.020 0.976 0.00
#> SRR490422 4 0.0771 0.958 0.000 0.004 0.020 0.976 0.00
#> SRR490423 4 0.0771 0.958 0.000 0.004 0.020 0.976 0.00
#> SRR490424 3 0.4641 0.608 0.000 0.012 0.532 0.456 0.00
#> SRR490425 3 0.4641 0.608 0.000 0.012 0.532 0.456 0.00
#> SRR490426 3 0.4641 0.608 0.000 0.012 0.532 0.456 0.00
#> SRR490427 3 0.4641 0.608 0.000 0.012 0.532 0.456 0.00
#> SRR490428 4 0.1892 0.875 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490429 4 0.1892 0.875 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490430 4 0.1892 0.875 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490431 4 0.1892 0.875 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490432 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490433 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490434 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490435 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490436 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490437 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490438 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490439 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490440 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490441 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490442 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490443 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490444 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490445 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490446 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490447 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490448 4 0.0404 0.972 0.000 0.000 0.012 0.988 0.00
#> SRR490449 4 0.0404 0.972 0.000 0.000 0.012 0.988 0.00
#> SRR490450 4 0.0404 0.972 0.000 0.000 0.012 0.988 0.00
#> SRR490451 4 0.0404 0.972 0.000 0.000 0.012 0.988 0.00
#> SRR490452 4 0.1892 0.876 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490453 4 0.1892 0.876 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490454 4 0.1892 0.876 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490455 4 0.1892 0.876 0.000 0.004 0.080 0.916 0.00
#> SRR490456 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490457 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490458 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490459 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490460 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490461 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490462 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490463 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992 0.00
#> SRR490464 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490465 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490466 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490467 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490468 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490469 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490470 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490471 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490472 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490473 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490474 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490475 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490476 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490477 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490478 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490479 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR490480 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490481 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490482 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490483 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490484 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490485 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490486 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490487 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490488 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490489 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490490 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490491 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490492 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490493 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490494 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490495 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490496 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490497 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490498 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490499 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490500 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490501 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490502 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490503 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490504 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490505 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490506 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490507 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490508 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490509 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490510 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490511 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490512 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490513 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490514 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490515 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490516 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490517 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490518 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490519 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490520 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490521 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490522 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490523 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490524 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490525 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490526 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490527 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490528 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490529 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490530 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490531 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490532 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490533 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490534 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490535 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490536 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490537 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490538 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490539 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490540 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490541 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490542 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490543 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490544 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490545 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490546 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490547 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490548 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490549 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490550 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490551 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490552 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490553 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490554 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490555 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490556 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490557 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490558 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490559 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490560 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490561 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490562 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490563 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490564 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490565 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490566 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490567 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490568 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490569 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490570 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490571 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490572 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490573 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490574 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490575 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490576 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490577 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490578 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490579 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490580 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490581 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490582 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490583 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490584 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490585 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490586 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490587 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490588 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490589 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490590 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490591 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490592 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490593 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490594 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490595 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490596 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490597 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490598 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR490599 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490220 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490221 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490222 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490223 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490224 5 0.5020 -0.226 0.044 0.000 0.000 0.120 0.708 0.128
#> SRR490225 5 0.5020 -0.226 0.044 0.000 0.000 0.120 0.708 0.128
#> SRR490226 5 0.5020 -0.226 0.044 0.000 0.000 0.120 0.708 0.128
#> SRR490227 5 0.5020 -0.226 0.044 0.000 0.000 0.120 0.708 0.128
#> SRR490228 5 0.7092 -0.393 0.232 0.000 0.000 0.104 0.440 0.224
#> SRR490229 5 0.7092 -0.393 0.232 0.000 0.000 0.104 0.440 0.224
#> SRR490230 5 0.7092 -0.393 0.232 0.000 0.000 0.104 0.440 0.224
#> SRR490231 5 0.7092 -0.393 0.232 0.000 0.000 0.104 0.440 0.224
#> SRR490232 2 0.3737 0.137 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR490233 2 0.3737 0.137 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR490234 2 0.3737 0.137 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR490235 2 0.3737 0.137 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR490236 5 0.4907 -0.206 0.132 0.000 0.000 0.024 0.704 0.140
#> SRR490237 5 0.4907 -0.206 0.132 0.000 0.000 0.024 0.704 0.140
#> SRR490238 5 0.4907 -0.206 0.132 0.000 0.000 0.024 0.704 0.140
#> SRR490239 5 0.4907 -0.206 0.132 0.000 0.000 0.024 0.704 0.140
#> SRR490240 2 0.0713 0.953 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490241 2 0.0713 0.953 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490242 2 0.0713 0.953 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490243 2 0.0713 0.953 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490249 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490250 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490251 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490252 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490253 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490254 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490255 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490256 2 0.2631 0.741 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR490257 2 0.2631 0.741 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR490258 2 0.2631 0.741 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR490259 2 0.2631 0.741 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR490260 5 0.3482 0.642 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR490261 5 0.3482 0.642 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR490262 5 0.3482 0.642 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR490263 5 0.3482 0.642 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR490264 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490265 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490266 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490267 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490268 2 0.2597 0.749 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR490269 2 0.2597 0.749 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR490270 2 0.2597 0.749 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR490271 2 0.2597 0.749 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR490272 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490273 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490274 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490275 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490276 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490277 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490278 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490279 5 0.3464 0.644 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490280 1 0.3454 1.000 0.768 0.000 0.208 0.024 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.3454 1.000 0.768 0.000 0.208 0.024 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.3454 1.000 0.768 0.000 0.208 0.024 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.3454 1.000 0.768 0.000 0.208 0.024 0.000 0.000
#> SRR490284 4 0.0632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR490285 4 0.0632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR490286 4 0.0632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR490287 4 0.0632 1.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR490288 2 0.0547 0.960 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490289 2 0.0547 0.960 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490290 2 0.0547 0.960 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490291 2 0.0547 0.960 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490292 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490293 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490294 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490295 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490300 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490301 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490302 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490303 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.0260 0.969 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490317 2 0.0260 0.969 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490318 2 0.0260 0.969 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490319 2 0.0260 0.969 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490320 2 0.3050 0.623 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR490321 2 0.3050 0.623 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR490322 2 0.3050 0.623 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR490323 2 0.3050 0.623 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR490324 6 0.2996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR490325 6 0.2996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR490326 6 0.2996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR490327 6 0.2996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR490328 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490417 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490418 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490419 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490420 2 0.1327 0.913 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490421 2 0.1327 0.913 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490422 2 0.1327 0.913 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490423 2 0.1327 0.913 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490424 5 0.3769 0.602 0.000 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR490425 5 0.3769 0.602 0.000 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR490426 5 0.3769 0.602 0.000 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR490427 5 0.3769 0.602 0.000 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR490428 2 0.2340 0.795 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490429 2 0.2340 0.795 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490430 2 0.2340 0.795 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490431 2 0.2340 0.795 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490432 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490433 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490434 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490435 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490436 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490437 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490438 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490439 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490445 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490446 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490447 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490448 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490449 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490450 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490451 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490452 2 0.2340 0.796 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490453 2 0.2340 0.796 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490454 2 0.2340 0.796 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490455 2 0.2340 0.796 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR490456 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490457 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490458 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490459 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490460 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490461 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490462 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490463 2 0.0790 0.949 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490469 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490470 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490471 2 0.0363 0.966 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490500 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490501 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490502 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490503 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490532 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490533 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490534 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490535 2 0.0146 0.972 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.957 0.982 0.1818 0.847 0.847
#> 3 3 0.788 0.845 0.942 1.5088 0.701 0.649
#> 4 4 0.599 0.825 0.857 0.3816 0.721 0.530
#> 5 5 0.654 0.573 0.796 0.1149 0.974 0.929
#> 6 6 0.627 0.577 0.747 0.0743 0.842 0.574
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490224 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490225 2 0.929 0.504 0.344 0.656
#> SRR490226 2 0.925 0.512 0.340 0.660
#> SRR490227 2 0.929 0.504 0.344 0.656
#> SRR490228 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490229 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490230 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490231 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490232 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490233 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490234 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490235 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490236 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490237 2 0.921 0.520 0.336 0.664
#> SRR490238 2 0.921 0.520 0.336 0.664
#> SRR490239 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490240 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490260 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490261 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490262 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490263 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490264 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490265 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490266 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490267 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490268 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490269 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490271 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490272 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490273 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490274 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490275 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490276 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490277 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490278 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490279 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490280 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490284 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490285 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490286 2 0.932 0.496 0.348 0.652
#> SRR490287 2 0.929 0.504 0.344 0.656
#> SRR490288 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490321 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490322 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490323 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490324 2 0.904 0.552 0.320 0.680
#> SRR490325 2 0.895 0.567 0.312 0.688
#> SRR490326 2 0.891 0.575 0.308 0.692
#> SRR490327 2 0.929 0.504 0.344 0.656
#> SRR490328 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490424 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490425 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490426 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490427 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490428 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490453 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490533 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490534 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490535 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490536 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.000 0.980 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.6126 0.32178 0.400 0.600 0.000
#> SRR490217 2 0.6111 0.33332 0.396 0.604 0.000
#> SRR490218 2 0.6079 0.35758 0.388 0.612 0.000
#> SRR490219 2 0.6225 0.22955 0.432 0.568 0.000
#> SRR490220 2 0.6204 0.25622 0.424 0.576 0.000
#> SRR490221 2 0.5948 0.43214 0.360 0.640 0.000
#> SRR490222 2 0.6026 0.39184 0.376 0.624 0.000
#> SRR490223 2 0.6154 0.30470 0.408 0.592 0.000
#> SRR490224 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490225 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490226 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490227 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490228 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490229 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490230 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490231 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490232 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490233 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490234 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490235 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490236 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490237 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490238 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490239 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490240 2 0.6307 0.02242 0.488 0.512 0.000
#> SRR490241 2 0.6192 0.26851 0.420 0.580 0.000
#> SRR490242 2 0.6235 0.21716 0.436 0.564 0.000
#> SRR490243 2 0.6244 0.20350 0.440 0.560 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 2 0.3941 0.78859 0.156 0.844 0.000
#> SRR490249 2 0.3192 0.83921 0.112 0.888 0.000
#> SRR490250 2 0.1753 0.90150 0.048 0.952 0.000
#> SRR490251 2 0.3941 0.78873 0.156 0.844 0.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490256 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490257 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490258 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490259 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490260 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490261 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490262 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490263 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490264 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490265 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490266 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490267 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490268 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490269 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490270 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490271 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490272 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490273 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490274 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490275 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490276 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490277 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490278 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490279 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490280 1 0.6168 0.10300 0.588 0.000 0.412
#> SRR490281 1 0.5835 0.30764 0.660 0.000 0.340
#> SRR490282 1 0.5706 0.35700 0.680 0.000 0.320
#> SRR490283 1 0.5760 0.33738 0.672 0.000 0.328
#> SRR490284 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490285 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490286 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490287 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490288 1 0.2959 0.74004 0.900 0.100 0.000
#> SRR490289 1 0.5968 0.44561 0.636 0.364 0.000
#> SRR490290 1 0.6126 0.36039 0.600 0.400 0.000
#> SRR490291 1 0.6095 0.37926 0.608 0.392 0.000
#> SRR490292 1 0.6274 0.18694 0.544 0.456 0.000
#> SRR490293 1 0.6295 0.12961 0.528 0.472 0.000
#> SRR490294 1 0.6291 0.14477 0.532 0.468 0.000
#> SRR490295 1 0.6291 0.14477 0.532 0.468 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 2 0.5760 0.50508 0.328 0.672 0.000
#> SRR490301 2 0.5621 0.54649 0.308 0.692 0.000
#> SRR490302 2 0.5706 0.52222 0.320 0.680 0.000
#> SRR490303 2 0.5650 0.53896 0.312 0.688 0.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 2 0.6235 0.21593 0.436 0.564 0.000
#> SRR490313 2 0.6192 0.26678 0.420 0.580 0.000
#> SRR490314 2 0.6204 0.25502 0.424 0.576 0.000
#> SRR490315 2 0.6215 0.24226 0.428 0.572 0.000
#> SRR490316 2 0.6215 0.24320 0.428 0.572 0.000
#> SRR490317 2 0.5988 0.41165 0.368 0.632 0.000
#> SRR490318 2 0.6079 0.35958 0.388 0.612 0.000
#> SRR490319 2 0.5948 0.42900 0.360 0.640 0.000
#> SRR490320 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490321 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490322 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490323 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490324 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490325 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490326 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490327 1 0.0424 0.82773 0.992 0.000 0.008
#> SRR490328 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490373 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490374 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490375 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490420 1 0.6192 0.29890 0.580 0.420 0.000
#> SRR490421 1 0.6267 0.20014 0.548 0.452 0.000
#> SRR490422 2 0.6308 0.00557 0.492 0.508 0.000
#> SRR490423 1 0.6267 0.19955 0.548 0.452 0.000
#> SRR490424 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490425 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490426 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490427 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490428 1 0.0892 0.82380 0.980 0.020 0.000
#> SRR490429 1 0.5254 0.56932 0.736 0.264 0.000
#> SRR490430 1 0.3267 0.72275 0.884 0.116 0.000
#> SRR490431 1 0.5216 0.57311 0.740 0.260 0.000
#> SRR490432 2 0.4235 0.76257 0.176 0.824 0.000
#> SRR490433 2 0.3941 0.78756 0.156 0.844 0.000
#> SRR490434 2 0.1964 0.89346 0.056 0.944 0.000
#> SRR490435 2 0.0592 0.93238 0.012 0.988 0.000
#> SRR490436 2 0.4346 0.75201 0.184 0.816 0.000
#> SRR490437 2 0.4346 0.75201 0.184 0.816 0.000
#> SRR490438 2 0.4346 0.75201 0.184 0.816 0.000
#> SRR490439 2 0.4346 0.75201 0.184 0.816 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490448 2 0.5254 0.62924 0.264 0.736 0.000
#> SRR490449 2 0.4887 0.68861 0.228 0.772 0.000
#> SRR490450 2 0.4974 0.67605 0.236 0.764 0.000
#> SRR490451 2 0.5254 0.62924 0.264 0.736 0.000
#> SRR490452 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490453 1 0.0592 0.83146 0.988 0.012 0.000
#> SRR490454 1 0.0592 0.83146 0.988 0.012 0.000
#> SRR490455 1 0.0424 0.83476 0.992 0.008 0.000
#> SRR490456 2 0.3879 0.79226 0.152 0.848 0.000
#> SRR490457 2 0.3482 0.82001 0.128 0.872 0.000
#> SRR490458 2 0.3752 0.80166 0.144 0.856 0.000
#> SRR490459 2 0.3412 0.82446 0.124 0.876 0.000
#> SRR490460 2 0.4346 0.75201 0.184 0.816 0.000
#> SRR490461 2 0.4002 0.78265 0.160 0.840 0.000
#> SRR490462 2 0.4235 0.76256 0.176 0.824 0.000
#> SRR490463 2 0.4235 0.76256 0.176 0.824 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 1 0.5465 0.54525 0.712 0.288 0.000
#> SRR490533 1 0.5859 0.49230 0.656 0.344 0.000
#> SRR490534 1 0.6111 0.37466 0.604 0.396 0.000
#> SRR490535 1 0.5882 0.48858 0.652 0.348 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490541 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490542 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490543 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490569 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490570 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490571 2 0.0237 0.93879 0.004 0.996 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.94215 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 1 0.4364 0.7515 0.764 0.220 0.000 0.016
#> SRR490217 1 0.4284 0.7528 0.764 0.224 0.000 0.012
#> SRR490218 1 0.4319 0.7535 0.760 0.228 0.000 0.012
#> SRR490219 1 0.4364 0.7515 0.764 0.220 0.000 0.016
#> SRR490220 1 0.2593 0.8338 0.904 0.080 0.000 0.016
#> SRR490221 1 0.2542 0.8355 0.904 0.084 0.000 0.012
#> SRR490222 1 0.2412 0.8363 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR490223 1 0.2542 0.8355 0.904 0.084 0.000 0.012
#> SRR490224 4 0.0921 0.9023 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR490225 4 0.0921 0.9023 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR490226 4 0.0921 0.9023 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR490227 4 0.0921 0.9023 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR490228 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490229 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490230 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490231 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490232 4 0.4382 0.7008 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR490233 4 0.4624 0.6340 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR490234 4 0.4697 0.6022 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR490235 4 0.4713 0.5937 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR490236 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490237 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490238 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490239 4 0.0817 0.9027 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490240 1 0.2282 0.8177 0.924 0.052 0.000 0.024
#> SRR490241 1 0.2335 0.8231 0.920 0.060 0.000 0.020
#> SRR490242 1 0.2335 0.8231 0.920 0.060 0.000 0.020
#> SRR490243 1 0.2363 0.8205 0.920 0.056 0.000 0.024
#> SRR490244 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 1 0.4134 0.7408 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR490249 1 0.4134 0.7408 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR490250 1 0.4164 0.7396 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR490251 1 0.4134 0.7408 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR490252 1 0.3172 0.8145 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR490253 1 0.3266 0.8124 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR490254 1 0.3266 0.8124 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR490255 1 0.3266 0.8124 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR490256 1 0.4008 0.5436 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR490257 1 0.3873 0.5726 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR490258 1 0.4008 0.5436 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR490259 1 0.3975 0.5510 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR490260 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490261 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490262 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490263 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490264 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490265 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490266 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490267 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490268 1 0.3837 0.5791 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR490269 1 0.3649 0.6112 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR490270 1 0.3764 0.5923 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR490271 1 0.2647 0.7187 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR490272 4 0.3123 0.8698 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR490273 4 0.3123 0.8698 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR490274 4 0.3123 0.8698 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR490275 4 0.3123 0.8698 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR490276 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490277 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490278 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490279 4 0.2345 0.9083 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490280 4 0.1520 0.8587 0.020 0.000 0.024 0.956
#> SRR490281 4 0.1411 0.8630 0.020 0.000 0.020 0.960
#> SRR490282 4 0.1411 0.8630 0.020 0.000 0.020 0.960
#> SRR490283 4 0.1411 0.8630 0.020 0.000 0.020 0.960
#> SRR490284 4 0.0336 0.8927 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490285 4 0.0336 0.8927 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490286 4 0.0336 0.8927 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490287 4 0.0336 0.8927 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490288 1 0.2179 0.7747 0.924 0.012 0.000 0.064
#> SRR490289 1 0.2319 0.8036 0.924 0.036 0.000 0.040
#> SRR490290 1 0.2227 0.8056 0.928 0.036 0.000 0.036
#> SRR490291 1 0.2319 0.8036 0.924 0.036 0.000 0.040
#> SRR490292 1 0.2300 0.8146 0.924 0.048 0.000 0.028
#> SRR490293 1 0.2300 0.8146 0.924 0.048 0.000 0.028
#> SRR490294 1 0.2300 0.8146 0.924 0.048 0.000 0.028
#> SRR490295 1 0.2300 0.8146 0.924 0.048 0.000 0.028
#> SRR490296 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490300 1 0.2805 0.8392 0.888 0.100 0.000 0.012
#> SRR490301 1 0.2805 0.8392 0.888 0.100 0.000 0.012
#> SRR490302 1 0.2805 0.8392 0.888 0.100 0.000 0.012
#> SRR490303 1 0.2805 0.8392 0.888 0.100 0.000 0.012
#> SRR490304 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 1 0.4327 0.7449 0.768 0.216 0.000 0.016
#> SRR490313 1 0.4434 0.7486 0.756 0.228 0.000 0.016
#> SRR490314 1 0.4353 0.7495 0.756 0.232 0.000 0.012
#> SRR490315 1 0.4434 0.7486 0.756 0.228 0.000 0.016
#> SRR490316 1 0.2376 0.8290 0.916 0.068 0.000 0.016
#> SRR490317 1 0.2473 0.8348 0.908 0.080 0.000 0.012
#> SRR490318 1 0.2412 0.8363 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR490319 1 0.2473 0.8348 0.908 0.080 0.000 0.012
#> SRR490320 4 0.3024 0.8763 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR490321 4 0.3172 0.8660 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR490322 4 0.3172 0.8660 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR490323 4 0.3172 0.8660 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR490324 4 0.0188 0.8944 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490325 4 0.0188 0.8944 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490326 4 0.0188 0.8944 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490327 4 0.0188 0.8944 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490328 1 0.3219 0.8121 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR490329 1 0.3266 0.8096 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR490330 1 0.3219 0.8121 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR490331 1 0.3688 0.7760 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR490332 1 0.3172 0.8145 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR490333 1 0.3942 0.7397 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR490334 1 0.4331 0.6612 0.712 0.288 0.000 0.000
#> SRR490335 1 0.3400 0.8013 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR490336 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490337 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490338 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490339 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490340 1 0.2469 0.8369 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR490341 1 0.2704 0.8315 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR490342 1 0.2973 0.8227 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR490343 1 0.2530 0.8358 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR490344 1 0.4564 0.6979 0.672 0.328 0.000 0.000
#> SRR490345 1 0.4776 0.6247 0.624 0.376 0.000 0.000
#> SRR490346 1 0.4564 0.6979 0.672 0.328 0.000 0.000
#> SRR490347 1 0.4643 0.6766 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490356 1 0.4661 0.6725 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR490357 1 0.4697 0.6610 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR490358 1 0.4661 0.6725 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR490359 1 0.4679 0.6668 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0592 0.8908 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0592 0.8908 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0592 0.8908 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0592 0.8908 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.1118 0.8773 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.1118 0.8773 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.1022 0.8803 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.1022 0.8803 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.1059 0.9823 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR490373 3 0.1059 0.9823 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR490374 3 0.1059 0.9823 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR490375 3 0.1059 0.9823 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR490376 1 0.4933 0.5151 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.4855 0.0692 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.4804 0.1394 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.4454 0.4079 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0336 0.8943 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.3764 0.6321 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.3726 0.6399 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.3528 0.6783 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.3172 0.7328 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR490408 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.3219 0.8145 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR490417 1 0.3356 0.8068 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR490418 1 0.3764 0.7718 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR490419 1 0.3528 0.7955 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR490420 1 0.2670 0.7994 0.908 0.040 0.000 0.052
#> SRR490421 1 0.2408 0.8094 0.920 0.044 0.000 0.036
#> SRR490422 1 0.2399 0.8129 0.920 0.048 0.000 0.032
#> SRR490423 1 0.2408 0.8094 0.920 0.044 0.000 0.036
#> SRR490424 4 0.2345 0.9089 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490425 4 0.2345 0.9089 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490426 4 0.2345 0.9089 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490427 4 0.2345 0.9089 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR490428 1 0.2647 0.7190 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR490429 1 0.2385 0.7925 0.920 0.028 0.000 0.052
#> SRR490430 1 0.2198 0.7660 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR490431 1 0.2385 0.7924 0.920 0.028 0.000 0.052
#> SRR490432 1 0.2593 0.8383 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR490433 1 0.2593 0.8383 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR490434 1 0.2530 0.8367 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR490435 1 0.2530 0.8367 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR490436 1 0.2530 0.8387 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR490437 1 0.2530 0.8387 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR490438 1 0.2530 0.8387 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR490439 1 0.2530 0.8387 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR490440 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490445 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490446 2 0.3356 0.8155 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR490447 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490448 1 0.2334 0.8363 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR490449 1 0.2334 0.8363 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR490450 1 0.2334 0.8363 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR490451 1 0.2334 0.8363 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR490452 1 0.3873 0.5723 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR490453 1 0.3074 0.6835 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR490454 1 0.2973 0.6930 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR490455 1 0.3311 0.6574 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR490456 1 0.2593 0.8383 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR490457 1 0.2469 0.8376 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.2469 0.8376 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.2469 0.8376 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.2401 0.8372 0.904 0.092 0.000 0.004
#> SRR490461 1 0.2530 0.8384 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR490462 1 0.2593 0.8383 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR490463 1 0.2530 0.8384 0.896 0.100 0.000 0.004
#> SRR490464 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 1 0.4522 0.6038 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR490469 1 0.4406 0.6428 0.700 0.300 0.000 0.000
#> SRR490470 1 0.4585 0.5785 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR490471 1 0.4585 0.5785 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490484 2 0.3486 0.8019 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR490485 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490486 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490487 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490488 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490489 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490490 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490491 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490492 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490500 1 0.4955 0.2603 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR490501 1 0.4955 0.2603 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR490502 1 0.4955 0.2603 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR490503 1 0.4955 0.2603 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR490504 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.3074 0.8315 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.3074 0.8315 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.3074 0.8315 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.3074 0.8315 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.3311 0.8198 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.2060 0.7794 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR490533 1 0.2111 0.7895 0.932 0.024 0.000 0.044
#> SRR490534 1 0.2036 0.8004 0.936 0.032 0.000 0.032
#> SRR490535 1 0.2089 0.7845 0.932 0.020 0.000 0.048
#> SRR490536 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0336 0.8960 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0336 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0336 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0336 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0336 0.8928 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.3726 0.6401 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.3074 0.7447 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.3569 0.6708 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.3486 0.6854 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.1118 0.8872 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490569 2 0.0921 0.8863 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490570 2 0.1022 0.8871 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0921 0.8863 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.8963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 1 0.5168 0.3438 0.504 0.492 0.000 0.004
#> SRR490597 2 0.5004 0.0926 0.392 0.604 0.000 0.004
#> SRR490598 2 0.5004 0.0920 0.392 0.604 0.000 0.004
#> SRR490599 2 0.5004 0.0920 0.392 0.604 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 1 0.443 0.53035 0.732 0.216 0.000 0.052 0.000
#> SRR490217 1 0.443 0.53035 0.732 0.216 0.000 0.052 0.000
#> SRR490218 1 0.443 0.53035 0.732 0.216 0.000 0.052 0.000
#> SRR490219 1 0.437 0.54366 0.740 0.208 0.000 0.052 0.000
#> SRR490220 1 0.194 0.70943 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR490221 1 0.194 0.70943 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR490222 1 0.194 0.70943 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR490223 1 0.194 0.70943 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR490224 3 0.230 0.82965 0.008 0.100 0.892 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.230 0.82965 0.008 0.100 0.892 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.230 0.82965 0.008 0.100 0.892 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.230 0.82965 0.008 0.100 0.892 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.223 0.82732 0.004 0.104 0.892 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.218 0.82827 0.004 0.100 0.896 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.218 0.82827 0.004 0.100 0.896 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.218 0.82827 0.004 0.100 0.896 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.482 0.29550 0.456 0.020 0.524 0.000 0.000
#> SRR490233 3 0.483 0.22343 0.480 0.020 0.500 0.000 0.000
#> SRR490234 3 0.483 0.19699 0.488 0.020 0.492 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.483 -0.20476 0.492 0.020 0.488 0.000 0.000
#> SRR490236 3 0.208 0.83133 0.008 0.084 0.908 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.208 0.83133 0.008 0.084 0.908 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.208 0.83133 0.008 0.084 0.908 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.208 0.83133 0.008 0.084 0.908 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.131 0.71179 0.960 0.012 0.012 0.016 0.000
#> SRR490241 1 0.120 0.71240 0.964 0.008 0.012 0.016 0.000
#> SRR490242 1 0.131 0.71179 0.960 0.012 0.012 0.016 0.000
#> SRR490243 1 0.131 0.71179 0.960 0.012 0.012 0.016 0.000
#> SRR490244 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 1 0.462 0.50320 0.716 0.224 0.000 0.060 0.000
#> SRR490249 1 0.473 0.47800 0.704 0.232 0.000 0.064 0.000
#> SRR490250 1 0.482 0.45895 0.696 0.236 0.000 0.068 0.000
#> SRR490251 1 0.471 0.48586 0.708 0.228 0.000 0.064 0.000
#> SRR490252 1 0.369 0.63565 0.816 0.124 0.000 0.060 0.000
#> SRR490253 1 0.385 0.61220 0.800 0.144 0.000 0.056 0.000
#> SRR490254 1 0.389 0.60540 0.796 0.148 0.000 0.056 0.000
#> SRR490255 1 0.389 0.60540 0.796 0.148 0.000 0.056 0.000
#> SRR490256 1 0.353 0.57605 0.784 0.012 0.204 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.350 0.58049 0.788 0.012 0.200 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.353 0.57605 0.784 0.012 0.204 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.353 0.57605 0.784 0.012 0.204 0.000 0.000
#> SRR490260 3 0.236 0.83042 0.096 0.012 0.892 0.000 0.000
#> SRR490261 3 0.242 0.82909 0.100 0.012 0.888 0.000 0.000
#> SRR490262 3 0.242 0.82909 0.100 0.012 0.888 0.000 0.000
#> SRR490263 3 0.247 0.82738 0.104 0.012 0.884 0.000 0.000
#> SRR490264 3 0.167 0.83738 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.167 0.83738 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.167 0.83738 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.167 0.83738 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.346 0.58420 0.792 0.012 0.196 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.339 0.59276 0.800 0.012 0.188 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.346 0.58420 0.792 0.012 0.196 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.332 0.60088 0.808 0.012 0.180 0.000 0.000
#> SRR490272 3 0.343 0.76876 0.192 0.012 0.796 0.000 0.000
#> SRR490273 3 0.346 0.76550 0.196 0.012 0.792 0.000 0.000
#> SRR490274 3 0.346 0.76550 0.196 0.012 0.792 0.000 0.000
#> SRR490275 3 0.346 0.76550 0.196 0.012 0.792 0.000 0.000
#> SRR490276 3 0.208 0.83411 0.084 0.008 0.908 0.000 0.000
#> SRR490277 3 0.241 0.82561 0.108 0.008 0.884 0.000 0.000
#> SRR490278 3 0.246 0.82389 0.112 0.008 0.880 0.000 0.000
#> SRR490279 3 0.214 0.83306 0.088 0.008 0.904 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.352 0.76040 0.000 0.232 0.764 0.000 0.004
#> SRR490281 3 0.352 0.76040 0.000 0.232 0.764 0.000 0.004
#> SRR490282 3 0.352 0.76040 0.000 0.232 0.764 0.000 0.004
#> SRR490283 3 0.352 0.76040 0.000 0.232 0.764 0.000 0.004
#> SRR490284 3 0.309 0.79854 0.004 0.180 0.816 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.309 0.79854 0.004 0.180 0.816 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.309 0.79854 0.004 0.180 0.816 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.309 0.79854 0.004 0.180 0.816 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.239 0.69651 0.900 0.072 0.028 0.000 0.000
#> SRR490289 1 0.224 0.69947 0.908 0.068 0.024 0.000 0.000
#> SRR490290 1 0.224 0.69947 0.908 0.068 0.024 0.000 0.000
#> SRR490291 1 0.224 0.69947 0.908 0.068 0.024 0.000 0.000
#> SRR490292 1 0.206 0.71347 0.924 0.052 0.008 0.016 0.000
#> SRR490293 1 0.206 0.71347 0.924 0.052 0.008 0.016 0.000
#> SRR490294 1 0.206 0.71347 0.924 0.052 0.008 0.016 0.000
#> SRR490295 1 0.206 0.71347 0.924 0.052 0.008 0.016 0.000
#> SRR490296 4 0.347 0.55687 0.092 0.072 0.000 0.836 0.000
#> SRR490297 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490298 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490299 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490300 1 0.263 0.70749 0.884 0.088 0.000 0.028 0.000
#> SRR490301 1 0.263 0.70749 0.884 0.088 0.000 0.028 0.000
#> SRR490302 1 0.263 0.70749 0.884 0.088 0.000 0.028 0.000
#> SRR490303 1 0.263 0.70749 0.884 0.088 0.000 0.028 0.000
#> SRR490304 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490305 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490306 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490307 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490308 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 1 0.433 0.54356 0.740 0.212 0.000 0.048 0.000
#> SRR490313 1 0.450 0.52762 0.728 0.216 0.000 0.056 0.000
#> SRR490314 1 0.443 0.54181 0.736 0.208 0.000 0.056 0.000
#> SRR490315 1 0.443 0.54181 0.736 0.208 0.000 0.056 0.000
#> SRR490316 1 0.241 0.69784 0.892 0.092 0.000 0.016 0.000
#> SRR490317 1 0.251 0.69735 0.888 0.092 0.000 0.020 0.000
#> SRR490318 1 0.251 0.69735 0.888 0.092 0.000 0.020 0.000
#> SRR490319 1 0.256 0.69773 0.884 0.096 0.000 0.020 0.000
#> SRR490320 3 0.388 0.73970 0.224 0.020 0.756 0.000 0.000
#> SRR490321 3 0.397 0.73731 0.224 0.024 0.752 0.000 0.000
#> SRR490322 3 0.397 0.73731 0.224 0.024 0.752 0.000 0.000
#> SRR490323 3 0.397 0.73731 0.224 0.024 0.752 0.000 0.000
#> SRR490324 3 0.267 0.81387 0.004 0.140 0.856 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.267 0.81387 0.004 0.140 0.856 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.267 0.81387 0.004 0.140 0.856 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.267 0.81387 0.004 0.140 0.856 0.000 0.000
#> SRR490328 1 0.528 0.45707 0.672 0.124 0.000 0.204 0.000
#> SRR490329 1 0.552 0.39677 0.636 0.124 0.000 0.240 0.000
#> SRR490330 1 0.542 0.42235 0.652 0.124 0.000 0.224 0.000
#> SRR490331 1 0.578 0.30030 0.596 0.132 0.000 0.272 0.000
#> SRR490332 1 0.535 0.41296 0.656 0.112 0.000 0.232 0.000
#> SRR490333 1 0.579 0.22666 0.568 0.112 0.000 0.320 0.000
#> SRR490334 1 0.586 0.14021 0.532 0.108 0.000 0.360 0.000
#> SRR490335 1 0.554 0.35748 0.624 0.112 0.000 0.264 0.000
#> SRR490336 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490337 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490338 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490339 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490340 1 0.339 0.67025 0.840 0.100 0.000 0.060 0.000
#> SRR490341 1 0.345 0.66667 0.836 0.100 0.000 0.064 0.000
#> SRR490342 1 0.369 0.64619 0.820 0.104 0.000 0.076 0.000
#> SRR490343 1 0.339 0.67025 0.840 0.100 0.000 0.060 0.000
#> SRR490344 1 0.567 0.12453 0.592 0.300 0.000 0.108 0.000
#> SRR490345 1 0.583 -0.03025 0.564 0.320 0.000 0.116 0.000
#> SRR490346 1 0.571 0.10415 0.588 0.300 0.000 0.112 0.000
#> SRR490347 1 0.581 -0.00725 0.568 0.316 0.000 0.116 0.000
#> SRR490348 4 0.382 0.56190 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR490349 4 0.382 0.56190 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR490350 4 0.382 0.56190 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR490351 4 0.382 0.56190 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR490352 4 0.361 0.57360 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490353 4 0.361 0.57360 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490354 4 0.361 0.57360 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490355 4 0.361 0.57360 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490356 1 0.644 -0.57191 0.468 0.344 0.000 0.188 0.000
#> SRR490357 1 0.653 -0.62589 0.448 0.348 0.000 0.204 0.000
#> SRR490358 1 0.646 -0.58257 0.464 0.344 0.000 0.192 0.000
#> SRR490359 1 0.651 -0.61656 0.452 0.348 0.000 0.200 0.000
#> SRR490360 4 0.384 0.53467 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR490361 4 0.384 0.53467 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR490362 4 0.384 0.53467 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR490363 4 0.382 0.54057 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR490364 4 0.533 0.20684 0.064 0.352 0.000 0.584 0.000
#> SRR490365 4 0.521 0.24044 0.056 0.352 0.000 0.592 0.000
#> SRR490366 4 0.521 0.24044 0.056 0.352 0.000 0.592 0.000
#> SRR490367 4 0.521 0.24044 0.056 0.352 0.000 0.592 0.000
#> SRR490368 4 0.359 0.57438 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR490369 4 0.359 0.57438 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR490370 4 0.359 0.57438 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR490371 4 0.359 0.57438 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR490372 5 0.199 0.94695 0.004 0.068 0.008 0.000 0.920
#> SRR490373 5 0.199 0.94695 0.004 0.068 0.008 0.000 0.920
#> SRR490374 5 0.199 0.94695 0.004 0.068 0.008 0.000 0.920
#> SRR490375 5 0.199 0.94695 0.004 0.068 0.008 0.000 0.920
#> SRR490376 1 0.634 -0.47337 0.476 0.356 0.000 0.168 0.000
#> SRR490377 2 0.676 0.90353 0.340 0.388 0.000 0.272 0.000
#> SRR490378 2 0.676 0.90932 0.336 0.392 0.000 0.272 0.000
#> SRR490379 2 0.672 0.83124 0.264 0.412 0.000 0.324 0.000
#> SRR490380 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 4 0.368 0.55796 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR490385 4 0.364 0.56766 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR490386 4 0.364 0.56766 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR490387 4 0.364 0.56766 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR490388 4 0.386 0.49527 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR490389 4 0.386 0.49527 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR490390 4 0.386 0.49527 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR490391 4 0.386 0.49527 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR490392 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490393 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490394 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490395 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490396 4 0.382 0.50948 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR490397 4 0.377 0.52367 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR490398 4 0.377 0.52367 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR490399 4 0.377 0.52367 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR490400 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490401 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490402 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490403 4 0.361 0.57232 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490404 4 0.639 -0.38516 0.176 0.352 0.000 0.472 0.000
#> SRR490405 4 0.630 -0.31976 0.164 0.348 0.000 0.488 0.000
#> SRR490406 4 0.624 -0.28206 0.156 0.348 0.000 0.496 0.000
#> SRR490407 4 0.609 -0.18367 0.136 0.348 0.000 0.516 0.000
#> SRR490408 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490409 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490410 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490411 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490412 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 1 0.511 0.39048 0.660 0.076 0.000 0.264 0.000
#> SRR490417 1 0.531 0.31446 0.620 0.076 0.000 0.304 0.000
#> SRR490418 1 0.533 0.30795 0.616 0.076 0.000 0.308 0.000
#> SRR490419 1 0.533 0.30628 0.616 0.076 0.000 0.308 0.000
#> SRR490420 1 0.181 0.70460 0.936 0.008 0.044 0.012 0.000
#> SRR490421 1 0.140 0.71154 0.956 0.008 0.020 0.016 0.000
#> SRR490422 1 0.140 0.71154 0.956 0.008 0.020 0.016 0.000
#> SRR490423 1 0.150 0.71087 0.952 0.008 0.024 0.016 0.000
#> SRR490424 3 0.217 0.83813 0.064 0.024 0.912 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.224 0.83817 0.068 0.024 0.908 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.224 0.83817 0.068 0.024 0.908 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.224 0.83817 0.068 0.024 0.908 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.219 0.67503 0.900 0.008 0.092 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.148 0.69949 0.944 0.008 0.048 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.170 0.69434 0.932 0.008 0.060 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.148 0.69949 0.944 0.008 0.048 0.000 0.000
#> SRR490432 1 0.192 0.70910 0.928 0.036 0.000 0.036 0.000
#> SRR490433 1 0.200 0.70750 0.924 0.040 0.000 0.036 0.000
#> SRR490434 1 0.259 0.68856 0.892 0.056 0.000 0.052 0.000
#> SRR490435 1 0.279 0.67881 0.880 0.056 0.000 0.064 0.000
#> SRR490436 1 0.221 0.70862 0.912 0.056 0.000 0.032 0.000
#> SRR490437 1 0.229 0.70689 0.908 0.056 0.000 0.036 0.000
#> SRR490438 1 0.229 0.70689 0.908 0.056 0.000 0.036 0.000
#> SRR490439 1 0.229 0.70689 0.908 0.056 0.000 0.036 0.000
#> SRR490440 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490441 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490442 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490443 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490444 4 0.386 0.54823 0.084 0.108 0.000 0.808 0.000
#> SRR490445 4 0.386 0.54823 0.084 0.108 0.000 0.808 0.000
#> SRR490446 4 0.386 0.54823 0.084 0.108 0.000 0.808 0.000
#> SRR490447 4 0.386 0.54823 0.084 0.108 0.000 0.808 0.000
#> SRR490448 1 0.175 0.71449 0.936 0.032 0.000 0.032 0.000
#> SRR490449 1 0.175 0.71449 0.936 0.032 0.000 0.032 0.000
#> SRR490450 1 0.167 0.71505 0.940 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR490451 1 0.167 0.71505 0.940 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR490452 1 0.334 0.60338 0.812 0.016 0.172 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.263 0.66028 0.876 0.016 0.108 0.000 0.000
#> SRR490454 1 0.263 0.66028 0.876 0.016 0.108 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.273 0.65394 0.868 0.016 0.116 0.000 0.000
#> SRR490456 1 0.215 0.70385 0.916 0.044 0.000 0.040 0.000
#> SRR490457 1 0.215 0.70385 0.916 0.044 0.000 0.040 0.000
#> SRR490458 1 0.215 0.70385 0.916 0.044 0.000 0.040 0.000
#> SRR490459 1 0.215 0.70385 0.916 0.044 0.000 0.040 0.000
#> SRR490460 1 0.158 0.71470 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR490461 1 0.167 0.71397 0.940 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR490462 1 0.175 0.71238 0.936 0.032 0.000 0.032 0.000
#> SRR490463 1 0.167 0.71397 0.940 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR490464 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 1 0.584 0.07033 0.516 0.100 0.000 0.384 0.000
#> SRR490469 1 0.581 0.10412 0.528 0.100 0.000 0.372 0.000
#> SRR490470 1 0.584 0.05813 0.512 0.100 0.000 0.388 0.000
#> SRR490471 1 0.584 0.05813 0.512 0.100 0.000 0.388 0.000
#> SRR490472 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490473 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490474 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490475 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490476 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 5 0.000 0.99146 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490481 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490482 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490483 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490484 4 0.363 0.53945 0.104 0.072 0.000 0.824 0.000
#> SRR490485 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490486 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490487 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490488 4 0.342 0.56435 0.084 0.076 0.000 0.840 0.000
#> SRR490489 4 0.342 0.56435 0.084 0.076 0.000 0.840 0.000
#> SRR490490 4 0.342 0.56435 0.084 0.076 0.000 0.840 0.000
#> SRR490491 4 0.342 0.56435 0.084 0.076 0.000 0.840 0.000
#> SRR490492 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490493 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490494 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490495 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490496 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490497 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490498 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490499 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490500 4 0.600 -0.26674 0.432 0.112 0.000 0.456 0.000
#> SRR490501 4 0.600 -0.26096 0.428 0.112 0.000 0.460 0.000
#> SRR490502 4 0.600 -0.26096 0.428 0.112 0.000 0.460 0.000
#> SRR490503 4 0.600 -0.26096 0.428 0.112 0.000 0.460 0.000
#> SRR490504 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490505 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490506 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490507 4 0.143 0.59679 0.004 0.052 0.000 0.944 0.000
#> SRR490508 4 0.337 0.56374 0.044 0.120 0.000 0.836 0.000
#> SRR490509 4 0.344 0.56295 0.048 0.120 0.000 0.832 0.000
#> SRR490510 4 0.344 0.56295 0.048 0.120 0.000 0.832 0.000
#> SRR490511 4 0.344 0.56295 0.048 0.120 0.000 0.832 0.000
#> SRR490512 4 0.342 0.56518 0.084 0.076 0.000 0.840 0.000
#> SRR490513 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490514 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490515 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490516 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490517 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490518 4 0.330 0.56928 0.080 0.072 0.000 0.848 0.000
#> SRR490519 4 0.330 0.56928 0.080 0.072 0.000 0.848 0.000
#> SRR490520 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490521 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490522 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490523 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490524 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490525 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490526 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490527 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490528 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490529 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490530 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490531 4 0.336 0.56766 0.084 0.072 0.000 0.844 0.000
#> SRR490532 1 0.250 0.70112 0.900 0.064 0.032 0.004 0.000
#> SRR490533 1 0.263 0.70263 0.892 0.072 0.032 0.004 0.000
#> SRR490534 1 0.263 0.70263 0.892 0.072 0.032 0.004 0.000
#> SRR490535 1 0.297 0.70135 0.880 0.072 0.032 0.016 0.000
#> SRR490536 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490537 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490538 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490539 4 0.127 0.59819 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490540 4 0.397 0.56984 0.004 0.276 0.004 0.716 0.000
#> SRR490541 4 0.397 0.56984 0.004 0.276 0.004 0.716 0.000
#> SRR490542 4 0.397 0.56984 0.004 0.276 0.004 0.716 0.000
#> SRR490543 4 0.397 0.56984 0.004 0.276 0.004 0.716 0.000
#> SRR490544 4 0.345 0.59186 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490545 4 0.345 0.59186 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490546 4 0.345 0.59186 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490547 4 0.345 0.59186 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490548 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490549 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490550 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490551 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490552 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490553 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490554 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490555 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490556 4 0.334 0.59473 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR490557 4 0.334 0.59473 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR490558 4 0.334 0.59473 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR490559 4 0.334 0.59473 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR490560 4 0.340 0.59394 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR490561 4 0.340 0.59394 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR490562 4 0.340 0.59394 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR490563 4 0.340 0.59394 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR490564 4 0.642 -0.35285 0.188 0.336 0.000 0.476 0.000
#> SRR490565 4 0.626 -0.22227 0.164 0.332 0.000 0.504 0.000
#> SRR490566 4 0.634 -0.28173 0.176 0.332 0.000 0.492 0.000
#> SRR490567 4 0.634 -0.28173 0.176 0.332 0.000 0.492 0.000
#> SRR490568 4 0.273 0.53983 0.016 0.116 0.000 0.868 0.000
#> SRR490569 4 0.251 0.54262 0.008 0.116 0.000 0.876 0.000
#> SRR490570 4 0.273 0.53983 0.016 0.116 0.000 0.868 0.000
#> SRR490571 4 0.273 0.53983 0.016 0.116 0.000 0.868 0.000
#> SRR490572 4 0.356 0.58477 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490573 4 0.356 0.58477 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490574 4 0.356 0.58477 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490575 4 0.356 0.58477 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490576 4 0.345 0.59221 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490577 4 0.345 0.59221 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490578 4 0.345 0.59221 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490579 4 0.345 0.59221 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490580 4 0.342 0.58756 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490581 4 0.342 0.58756 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490582 4 0.342 0.58756 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490583 4 0.342 0.58756 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490584 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490585 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490586 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490587 4 0.342 0.59322 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490588 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490589 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490590 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490591 4 0.337 0.59286 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490592 4 0.356 0.57627 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490593 4 0.356 0.57627 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490594 4 0.356 0.57627 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490595 4 0.356 0.57627 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490596 1 0.682 -0.78389 0.340 0.336 0.000 0.324 0.000
#> SRR490597 4 0.680 -0.71197 0.296 0.336 0.000 0.368 0.000
#> SRR490598 4 0.679 -0.69523 0.288 0.336 0.000 0.376 0.000
#> SRR490599 4 0.679 -0.69523 0.288 0.336 0.000 0.376 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 1 0.5263 -0.06085 0.552 0.060 0.000 0.020 0.000 0.368
#> SRR490217 1 0.5263 -0.06085 0.552 0.060 0.000 0.020 0.000 0.368
#> SRR490218 1 0.5212 -0.04214 0.556 0.056 0.000 0.020 0.000 0.368
#> SRR490219 1 0.5263 -0.06085 0.552 0.060 0.000 0.020 0.000 0.368
#> SRR490220 1 0.2923 0.61589 0.848 0.000 0.000 0.052 0.000 0.100
#> SRR490221 1 0.2923 0.61589 0.848 0.000 0.000 0.052 0.000 0.100
#> SRR490222 1 0.2971 0.61302 0.844 0.000 0.000 0.052 0.000 0.104
#> SRR490223 1 0.2923 0.61589 0.848 0.000 0.000 0.052 0.000 0.100
#> SRR490224 5 0.1092 0.81287 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR490225 5 0.1092 0.81287 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR490226 5 0.1092 0.81287 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR490227 5 0.1092 0.81287 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR490228 5 0.1572 0.80606 0.000 0.000 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR490229 5 0.1572 0.80606 0.000 0.000 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR490230 5 0.1572 0.80606 0.000 0.000 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR490231 5 0.1572 0.80606 0.000 0.000 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR490232 1 0.6287 -0.05483 0.488 0.000 0.000 0.028 0.292 0.192
#> SRR490233 1 0.6237 0.00521 0.504 0.000 0.000 0.028 0.276 0.192
#> SRR490234 1 0.6148 0.09019 0.528 0.000 0.000 0.028 0.252 0.192
#> SRR490235 1 0.6195 0.04754 0.516 0.000 0.000 0.028 0.264 0.192
#> SRR490236 5 0.1296 0.81277 0.004 0.000 0.000 0.032 0.952 0.012
#> SRR490237 5 0.1194 0.81323 0.004 0.000 0.000 0.032 0.956 0.008
#> SRR490238 5 0.1194 0.81323 0.004 0.000 0.000 0.032 0.956 0.008
#> SRR490239 5 0.1194 0.81323 0.004 0.000 0.000 0.032 0.956 0.008
#> SRR490240 1 0.1492 0.64284 0.940 0.000 0.000 0.036 0.000 0.024
#> SRR490241 1 0.1492 0.64284 0.940 0.000 0.000 0.036 0.000 0.024
#> SRR490242 1 0.1408 0.64297 0.944 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR490243 1 0.1492 0.64284 0.940 0.000 0.000 0.036 0.000 0.024
#> SRR490244 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 1 0.5375 -0.12222 0.536 0.068 0.000 0.020 0.000 0.376
#> SRR490249 1 0.5375 -0.12222 0.536 0.068 0.000 0.020 0.000 0.376
#> SRR490250 1 0.5375 -0.12222 0.536 0.068 0.000 0.020 0.000 0.376
#> SRR490251 1 0.5375 -0.12222 0.536 0.068 0.000 0.020 0.000 0.376
#> SRR490252 1 0.4166 0.58016 0.760 0.012 0.000 0.148 0.000 0.080
#> SRR490253 1 0.4734 0.53569 0.728 0.040 0.000 0.152 0.000 0.080
#> SRR490254 1 0.4763 0.53516 0.728 0.044 0.000 0.148 0.000 0.080
#> SRR490255 1 0.4832 0.52826 0.720 0.044 0.000 0.156 0.000 0.080
#> SRR490256 1 0.4557 0.45872 0.724 0.000 0.000 0.020 0.076 0.180
#> SRR490257 1 0.4454 0.46707 0.732 0.000 0.000 0.020 0.068 0.180
#> SRR490258 1 0.4506 0.46273 0.728 0.000 0.000 0.020 0.072 0.180
#> SRR490259 1 0.4506 0.46273 0.728 0.000 0.000 0.020 0.072 0.180
#> SRR490260 5 0.5010 0.78734 0.112 0.000 0.000 0.024 0.688 0.176
#> SRR490261 5 0.5010 0.78734 0.112 0.000 0.000 0.024 0.688 0.176
#> SRR490262 5 0.5010 0.78734 0.112 0.000 0.000 0.024 0.688 0.176
#> SRR490263 5 0.5010 0.78734 0.112 0.000 0.000 0.024 0.688 0.176
#> SRR490264 5 0.4442 0.80834 0.076 0.000 0.000 0.028 0.748 0.148
#> SRR490265 5 0.4442 0.80834 0.076 0.000 0.000 0.028 0.748 0.148
#> SRR490266 5 0.4442 0.80834 0.076 0.000 0.000 0.028 0.748 0.148
#> SRR490267 5 0.4442 0.80834 0.076 0.000 0.000 0.028 0.748 0.148
#> SRR490268 1 0.4422 0.47113 0.736 0.000 0.000 0.020 0.068 0.176
#> SRR490269 1 0.4422 0.47113 0.736 0.000 0.000 0.020 0.068 0.176
#> SRR490270 1 0.4475 0.46709 0.732 0.000 0.000 0.020 0.072 0.176
#> SRR490271 1 0.4313 0.47926 0.744 0.000 0.000 0.020 0.060 0.176
#> SRR490272 5 0.5912 0.70396 0.204 0.000 0.000 0.024 0.568 0.204
#> SRR490273 5 0.5912 0.70396 0.204 0.000 0.000 0.024 0.568 0.204
#> SRR490274 5 0.5912 0.70396 0.204 0.000 0.000 0.024 0.568 0.204
#> SRR490275 5 0.5912 0.70396 0.204 0.000 0.000 0.024 0.568 0.204
#> SRR490276 5 0.4959 0.79091 0.092 0.000 0.000 0.028 0.692 0.188
#> SRR490277 5 0.5324 0.77404 0.128 0.000 0.000 0.028 0.656 0.188
#> SRR490278 5 0.5324 0.77404 0.128 0.000 0.000 0.028 0.656 0.188
#> SRR490279 5 0.5047 0.78821 0.100 0.000 0.000 0.028 0.684 0.188
#> SRR490280 5 0.2826 0.77172 0.000 0.000 0.000 0.052 0.856 0.092
#> SRR490281 5 0.2826 0.77172 0.000 0.000 0.000 0.052 0.856 0.092
#> SRR490282 5 0.2826 0.77172 0.000 0.000 0.000 0.052 0.856 0.092
#> SRR490283 5 0.2826 0.77172 0.000 0.000 0.000 0.052 0.856 0.092
#> SRR490284 5 0.2457 0.78129 0.000 0.000 0.000 0.036 0.880 0.084
#> SRR490285 5 0.2457 0.78129 0.000 0.000 0.000 0.036 0.880 0.084
#> SRR490286 5 0.2457 0.78129 0.000 0.000 0.000 0.036 0.880 0.084
#> SRR490287 5 0.2457 0.78129 0.000 0.000 0.000 0.036 0.880 0.084
#> SRR490288 1 0.2662 0.60459 0.856 0.000 0.000 0.024 0.000 0.120
#> SRR490289 1 0.2815 0.60839 0.848 0.000 0.000 0.032 0.000 0.120
#> SRR490290 1 0.2815 0.60839 0.848 0.000 0.000 0.032 0.000 0.120
#> SRR490291 1 0.2815 0.60839 0.848 0.000 0.000 0.032 0.000 0.120
#> SRR490292 1 0.2745 0.62548 0.864 0.000 0.000 0.068 0.000 0.068
#> SRR490293 1 0.2745 0.62548 0.864 0.000 0.000 0.068 0.000 0.068
#> SRR490294 1 0.2745 0.62548 0.864 0.000 0.000 0.068 0.000 0.068
#> SRR490295 1 0.2745 0.62548 0.864 0.000 0.000 0.068 0.000 0.068
#> SRR490296 4 0.4166 0.80316 0.028 0.324 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR490297 4 0.4109 0.80611 0.024 0.328 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR490298 4 0.4109 0.80611 0.024 0.328 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR490299 4 0.4109 0.80611 0.024 0.328 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR490300 1 0.3341 0.62312 0.816 0.000 0.000 0.116 0.000 0.068
#> SRR490301 1 0.3341 0.62312 0.816 0.000 0.000 0.116 0.000 0.068
#> SRR490302 1 0.3341 0.62312 0.816 0.000 0.000 0.116 0.000 0.068
#> SRR490303 1 0.3341 0.62312 0.816 0.000 0.000 0.116 0.000 0.068
#> SRR490304 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490305 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490306 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490307 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0146 0.99029 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0146 0.99029 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0146 0.99029 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0146 0.99029 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490312 1 0.5203 -0.03296 0.560 0.056 0.000 0.020 0.000 0.364
#> SRR490313 1 0.5302 -0.06975 0.552 0.064 0.000 0.020 0.000 0.364
#> SRR490314 1 0.5253 -0.05055 0.556 0.060 0.000 0.020 0.000 0.364
#> SRR490315 1 0.5253 -0.05055 0.556 0.060 0.000 0.020 0.000 0.364
#> SRR490316 1 0.3202 0.58811 0.816 0.000 0.000 0.040 0.000 0.144
#> SRR490317 1 0.3240 0.58480 0.812 0.000 0.000 0.040 0.000 0.148
#> SRR490318 1 0.3240 0.58480 0.812 0.000 0.000 0.040 0.000 0.148
#> SRR490319 1 0.3240 0.58480 0.812 0.000 0.000 0.040 0.000 0.148
#> SRR490320 5 0.6012 0.69494 0.216 0.000 0.000 0.040 0.576 0.168
#> SRR490321 5 0.6034 0.68969 0.220 0.000 0.000 0.040 0.572 0.168
#> SRR490322 5 0.6012 0.69494 0.216 0.000 0.000 0.040 0.576 0.168
#> SRR490323 5 0.6012 0.69494 0.216 0.000 0.000 0.040 0.576 0.168
#> SRR490324 5 0.2009 0.79315 0.000 0.000 0.000 0.024 0.908 0.068
#> SRR490325 5 0.2009 0.79315 0.000 0.000 0.000 0.024 0.908 0.068
#> SRR490326 5 0.2009 0.79315 0.000 0.000 0.000 0.024 0.908 0.068
#> SRR490327 5 0.2009 0.79315 0.000 0.000 0.000 0.024 0.908 0.068
#> SRR490328 1 0.5004 0.25829 0.516 0.004 0.000 0.420 0.000 0.060
#> SRR490329 1 0.4985 0.21169 0.472 0.004 0.000 0.468 0.000 0.056
#> SRR490330 1 0.5025 0.22724 0.492 0.004 0.000 0.444 0.000 0.060
#> SRR490331 1 0.5127 0.20403 0.480 0.008 0.000 0.452 0.000 0.060
#> SRR490332 1 0.4634 0.22384 0.496 0.008 0.000 0.472 0.000 0.024
#> SRR490333 4 0.5077 0.08448 0.404 0.036 0.000 0.536 0.000 0.024
#> SRR490334 4 0.5086 0.15731 0.384 0.044 0.000 0.552 0.000 0.020
#> SRR490335 4 0.4627 -0.11332 0.456 0.008 0.000 0.512 0.000 0.024
#> SRR490336 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490337 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490338 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490339 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490340 1 0.3852 0.58670 0.760 0.000 0.000 0.176 0.000 0.064
#> SRR490341 1 0.3916 0.58145 0.752 0.000 0.000 0.184 0.000 0.064
#> SRR490342 1 0.4229 0.54087 0.712 0.000 0.000 0.220 0.000 0.068
#> SRR490343 1 0.3916 0.58145 0.752 0.000 0.000 0.184 0.000 0.064
#> SRR490344 1 0.5964 -0.38577 0.480 0.124 0.000 0.024 0.000 0.372
#> SRR490345 1 0.6134 -0.50273 0.452 0.148 0.000 0.024 0.000 0.376
#> SRR490346 1 0.5964 -0.38577 0.480 0.124 0.000 0.024 0.000 0.372
#> SRR490347 1 0.6027 -0.43197 0.468 0.132 0.000 0.024 0.000 0.376
#> SRR490348 2 0.1564 0.72575 0.000 0.936 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR490349 2 0.1492 0.72772 0.000 0.940 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR490350 2 0.1492 0.72772 0.000 0.940 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR490351 2 0.1492 0.72772 0.000 0.940 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR490352 2 0.0405 0.74177 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.0405 0.74177 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490354 2 0.0405 0.74177 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490355 2 0.0405 0.74177 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490356 2 0.6694 -0.58737 0.280 0.460 0.000 0.056 0.000 0.204
#> SRR490357 2 0.6694 -0.58737 0.280 0.460 0.000 0.056 0.000 0.204
#> SRR490358 2 0.6704 -0.59548 0.284 0.456 0.000 0.056 0.000 0.204
#> SRR490359 2 0.6694 -0.58737 0.280 0.460 0.000 0.056 0.000 0.204
#> SRR490360 2 0.1257 0.72514 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR490361 2 0.1257 0.72514 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR490362 2 0.1257 0.72514 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR490363 2 0.1257 0.72514 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR490364 2 0.4090 0.49652 0.044 0.784 0.000 0.048 0.000 0.124
#> SRR490365 2 0.3983 0.51244 0.040 0.792 0.000 0.048 0.000 0.120
#> SRR490366 2 0.3983 0.51244 0.040 0.792 0.000 0.048 0.000 0.120
#> SRR490367 2 0.3983 0.51244 0.040 0.792 0.000 0.048 0.000 0.120
#> SRR490368 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490369 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490370 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490371 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490372 3 0.1679 0.95247 0.000 0.000 0.936 0.016 0.036 0.012
#> SRR490373 3 0.1750 0.94908 0.000 0.000 0.932 0.016 0.040 0.012
#> SRR490374 3 0.1679 0.95247 0.000 0.000 0.936 0.016 0.036 0.012
#> SRR490375 3 0.1679 0.95247 0.000 0.000 0.936 0.016 0.036 0.012
#> SRR490376 6 0.6525 0.80666 0.356 0.244 0.000 0.024 0.000 0.376
#> SRR490377 6 0.6589 0.92120 0.304 0.300 0.000 0.024 0.000 0.372
#> SRR490378 6 0.6589 0.92148 0.300 0.304 0.000 0.024 0.000 0.372
#> SRR490379 6 0.6572 0.87999 0.272 0.332 0.000 0.024 0.000 0.372
#> SRR490380 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0363 0.73757 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490385 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490386 2 0.0260 0.74032 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490387 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490388 2 0.2066 0.66887 0.000 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR490389 2 0.2066 0.66887 0.000 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR490390 2 0.2066 0.66887 0.000 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR490391 2 0.2066 0.66887 0.000 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> SRR490392 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490393 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490394 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490395 2 0.0146 0.74236 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490396 2 0.1950 0.67474 0.000 0.912 0.000 0.024 0.000 0.064
#> SRR490397 2 0.1867 0.67948 0.000 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR490398 2 0.1867 0.67948 0.000 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR490399 2 0.1867 0.67948 0.000 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR490400 2 0.0260 0.74131 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490401 2 0.0260 0.74131 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490402 2 0.0260 0.74131 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490403 2 0.0260 0.74131 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490404 2 0.5070 0.19163 0.140 0.704 0.000 0.048 0.000 0.108
#> SRR490405 2 0.4959 0.23256 0.128 0.716 0.000 0.048 0.000 0.108
#> SRR490406 2 0.4837 0.27280 0.120 0.728 0.000 0.048 0.000 0.104
#> SRR490407 2 0.4712 0.31122 0.108 0.740 0.000 0.048 0.000 0.104
#> SRR490408 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490409 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490410 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490411 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490412 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.3868 -0.15265 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR490417 4 0.4141 0.06629 0.432 0.012 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR490418 4 0.4282 0.10911 0.420 0.020 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR490419 4 0.4129 0.09247 0.424 0.012 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR490420 1 0.1720 0.64205 0.928 0.000 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR490421 1 0.1720 0.64205 0.928 0.000 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR490422 1 0.1720 0.64205 0.928 0.000 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR490423 1 0.1720 0.64205 0.928 0.000 0.000 0.040 0.000 0.032
#> SRR490424 5 0.4132 0.81294 0.056 0.000 0.000 0.028 0.772 0.144
#> SRR490425 5 0.4132 0.81294 0.056 0.000 0.000 0.028 0.772 0.144
#> SRR490426 5 0.4132 0.81294 0.056 0.000 0.000 0.028 0.772 0.144
#> SRR490427 5 0.4132 0.81294 0.056 0.000 0.000 0.028 0.772 0.144
#> SRR490428 1 0.2728 0.59110 0.860 0.000 0.000 0.040 0.000 0.100
#> SRR490429 1 0.2404 0.61307 0.884 0.000 0.000 0.036 0.000 0.080
#> SRR490430 1 0.2404 0.60787 0.884 0.000 0.000 0.036 0.000 0.080
#> SRR490431 1 0.2404 0.61307 0.884 0.000 0.000 0.036 0.000 0.080
#> SRR490432 1 0.2491 0.63155 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR490433 1 0.2562 0.62616 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR490434 1 0.2730 0.60995 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR490435 1 0.2823 0.59873 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR490436 1 0.3053 0.62951 0.812 0.000 0.000 0.168 0.000 0.020
#> SRR490437 1 0.3088 0.62718 0.808 0.000 0.000 0.172 0.000 0.020
#> SRR490438 1 0.3088 0.62718 0.808 0.000 0.000 0.172 0.000 0.020
#> SRR490439 1 0.3088 0.62718 0.808 0.000 0.000 0.172 0.000 0.020
#> SRR490440 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490441 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490442 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490443 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490444 4 0.4677 0.74557 0.016 0.272 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR490445 4 0.4677 0.74557 0.016 0.272 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR490446 4 0.4677 0.74557 0.016 0.272 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR490447 4 0.4677 0.74557 0.016 0.272 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR490448 1 0.2653 0.64180 0.844 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490449 1 0.2653 0.64180 0.844 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490450 1 0.2653 0.64180 0.844 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490451 1 0.2653 0.64180 0.844 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490452 1 0.3811 0.53123 0.796 0.000 0.000 0.032 0.036 0.136
#> SRR490453 1 0.3586 0.54612 0.812 0.000 0.000 0.032 0.028 0.128
#> SRR490454 1 0.3509 0.54991 0.816 0.000 0.000 0.032 0.024 0.128
#> SRR490455 1 0.3586 0.54612 0.812 0.000 0.000 0.032 0.028 0.128
#> SRR490456 1 0.2562 0.62616 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR490457 1 0.2562 0.62616 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.2562 0.62616 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.2562 0.62616 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.2558 0.63594 0.840 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004
#> SRR490461 1 0.2668 0.62919 0.828 0.000 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR490462 1 0.2595 0.63386 0.836 0.000 0.000 0.160 0.000 0.004
#> SRR490463 1 0.2593 0.64003 0.844 0.000 0.000 0.148 0.000 0.008
#> SRR490464 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.4916 0.03645 0.436 0.044 0.000 0.512 0.000 0.008
#> SRR490469 4 0.4916 0.03645 0.436 0.044 0.000 0.512 0.000 0.008
#> SRR490470 4 0.4916 0.03645 0.436 0.044 0.000 0.512 0.000 0.008
#> SRR490471 4 0.4916 0.03645 0.436 0.044 0.000 0.512 0.000 0.008
#> SRR490472 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490473 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490474 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490475 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490476 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.99182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.4408 0.77727 0.052 0.292 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.4094 0.80585 0.024 0.324 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.4018 0.80677 0.020 0.324 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR490489 4 0.4018 0.80677 0.020 0.324 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.4018 0.80677 0.020 0.324 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR490491 4 0.4018 0.80677 0.020 0.324 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR490492 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490500 4 0.5379 0.34004 0.312 0.084 0.000 0.584 0.000 0.020
#> SRR490501 4 0.5379 0.34004 0.312 0.084 0.000 0.584 0.000 0.020
#> SRR490502 4 0.5365 0.34844 0.308 0.084 0.000 0.588 0.000 0.020
#> SRR490503 4 0.5379 0.34004 0.312 0.084 0.000 0.584 0.000 0.020
#> SRR490504 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490505 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490506 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490507 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490508 4 0.4959 0.70699 0.008 0.304 0.000 0.616 0.000 0.072
#> SRR490509 4 0.4974 0.69993 0.008 0.308 0.000 0.612 0.000 0.072
#> SRR490510 4 0.4959 0.70699 0.008 0.304 0.000 0.616 0.000 0.072
#> SRR490511 4 0.4959 0.70699 0.008 0.304 0.000 0.616 0.000 0.072
#> SRR490512 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.4034 0.80791 0.020 0.328 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.3984 0.80037 0.016 0.336 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.3984 0.80037 0.016 0.336 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.3969 0.80660 0.016 0.332 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.3439 0.62488 0.808 0.000 0.000 0.120 0.000 0.072
#> SRR490533 1 0.3439 0.62488 0.808 0.000 0.000 0.120 0.000 0.072
#> SRR490534 1 0.3439 0.62488 0.808 0.000 0.000 0.120 0.000 0.072
#> SRR490535 1 0.3563 0.61901 0.796 0.000 0.000 0.132 0.000 0.072
#> SRR490536 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490537 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490538 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490539 2 0.4933 -0.19889 0.000 0.504 0.000 0.432 0.000 0.064
#> SRR490540 2 0.3423 0.67177 0.000 0.812 0.000 0.088 0.000 0.100
#> SRR490541 2 0.3423 0.67177 0.000 0.812 0.000 0.088 0.000 0.100
#> SRR490542 2 0.3423 0.67177 0.000 0.812 0.000 0.088 0.000 0.100
#> SRR490543 2 0.3423 0.67177 0.000 0.812 0.000 0.088 0.000 0.100
#> SRR490544 2 0.1265 0.75020 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR490545 2 0.1265 0.75020 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR490546 2 0.1265 0.75020 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR490547 2 0.1265 0.75020 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR490548 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490549 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490550 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490551 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490552 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490553 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490554 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490555 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490557 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490558 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490559 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490560 2 0.1082 0.75050 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR490561 2 0.1082 0.75050 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR490562 2 0.1082 0.75050 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR490563 2 0.1082 0.75050 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR490564 2 0.5147 0.22613 0.132 0.704 0.000 0.068 0.000 0.096
#> SRR490565 2 0.4990 0.28525 0.116 0.720 0.000 0.068 0.000 0.096
#> SRR490566 2 0.5109 0.24234 0.128 0.708 0.000 0.068 0.000 0.096
#> SRR490567 2 0.5031 0.27410 0.120 0.716 0.000 0.068 0.000 0.096
#> SRR490568 4 0.5503 0.28020 0.000 0.416 0.000 0.456 0.000 0.128
#> SRR490569 4 0.5503 0.28020 0.000 0.416 0.000 0.456 0.000 0.128
#> SRR490570 4 0.5503 0.28020 0.000 0.416 0.000 0.456 0.000 0.128
#> SRR490571 4 0.5503 0.28020 0.000 0.416 0.000 0.456 0.000 0.128
#> SRR490572 2 0.3493 0.62746 0.000 0.800 0.000 0.136 0.000 0.064
#> SRR490573 2 0.3493 0.62746 0.000 0.800 0.000 0.136 0.000 0.064
#> SRR490574 2 0.3493 0.62746 0.000 0.800 0.000 0.136 0.000 0.064
#> SRR490575 2 0.3493 0.62746 0.000 0.800 0.000 0.136 0.000 0.064
#> SRR490576 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490577 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490578 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490579 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490580 2 0.1049 0.75139 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR490581 2 0.1049 0.75139 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR490582 2 0.1049 0.75139 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR490583 2 0.1049 0.75139 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR490584 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490585 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490586 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490587 2 0.1219 0.75005 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR490588 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490589 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490590 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490591 2 0.1196 0.75130 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490592 2 0.0508 0.74753 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490593 2 0.0603 0.74874 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR490594 2 0.0603 0.74874 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR490595 2 0.0603 0.74874 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR490596 2 0.6091 -0.21973 0.204 0.592 0.000 0.072 0.000 0.132
#> SRR490597 2 0.5910 -0.08984 0.176 0.620 0.000 0.072 0.000 0.132
#> SRR490598 2 0.5910 -0.08984 0.176 0.620 0.000 0.072 0.000 0.132
#> SRR490599 2 0.5910 -0.08984 0.176 0.620 0.000 0.072 0.000 0.132
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.957 0.944 0.977 0.4436 0.563 0.563
#> 3 3 0.704 0.746 0.876 0.4244 0.782 0.628
#> 4 4 0.858 0.887 0.940 0.1691 0.800 0.527
#> 5 5 0.826 0.825 0.906 0.0534 0.961 0.851
#> 6 6 0.830 0.659 0.817 0.0389 0.965 0.851
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 1 0.3879 0.90996 0.924 0.076
#> SRR490217 1 0.4431 0.89279 0.908 0.092
#> SRR490218 1 0.3431 0.92219 0.936 0.064
#> SRR490219 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490220 1 0.9635 0.35467 0.612 0.388
#> SRR490221 2 0.9393 0.46331 0.356 0.644
#> SRR490222 2 0.8955 0.55683 0.312 0.688
#> SRR490223 2 0.9661 0.37534 0.392 0.608
#> SRR490224 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.9286 0.46926 0.656 0.344
#> SRR490241 2 0.8608 0.61164 0.284 0.716
#> SRR490242 2 0.9427 0.45416 0.360 0.640
#> SRR490243 2 0.9998 0.05226 0.492 0.508
#> SRR490244 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.9866 0.23961 0.432 0.568
#> SRR490249 2 0.2423 0.93890 0.040 0.960
#> SRR490250 2 0.0672 0.96812 0.008 0.992
#> SRR490251 2 0.6973 0.76261 0.188 0.812
#> SRR490252 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490290 1 0.0672 0.97241 0.992 0.008
#> SRR490291 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0938 0.96912 0.988 0.012
#> SRR490294 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0672 0.97237 0.992 0.008
#> SRR490296 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.9686 0.36442 0.396 0.604
#> SRR490301 2 0.9580 0.40584 0.380 0.620
#> SRR490302 2 0.9661 0.37505 0.392 0.608
#> SRR490303 2 0.9661 0.37505 0.392 0.608
#> SRR490304 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490312 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490313 1 0.2236 0.94805 0.964 0.036
#> SRR490314 1 0.5408 0.85359 0.876 0.124
#> SRR490315 1 0.1633 0.95891 0.976 0.024
#> SRR490316 1 0.1633 0.95925 0.976 0.024
#> SRR490317 2 0.9323 0.47990 0.348 0.652
#> SRR490318 2 0.8861 0.57094 0.304 0.696
#> SRR490319 2 1.0000 -0.00775 0.500 0.500
#> SRR490320 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490420 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490421 1 0.6438 0.80055 0.836 0.164
#> SRR490422 1 0.9248 0.47917 0.660 0.340
#> SRR490423 1 0.6048 0.82235 0.852 0.148
#> SRR490424 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490432 2 0.2603 0.93534 0.044 0.956
#> SRR490433 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.5408 0.84907 0.124 0.876
#> SRR490437 2 0.3114 0.92338 0.056 0.944
#> SRR490438 2 0.1633 0.95402 0.024 0.976
#> SRR490439 2 0.1184 0.96105 0.016 0.984
#> SRR490440 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.4939 0.86749 0.108 0.892
#> SRR490449 2 0.3274 0.91938 0.060 0.940
#> SRR490450 2 0.5737 0.83445 0.136 0.864
#> SRR490451 2 0.6247 0.80933 0.156 0.844
#> SRR490452 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490456 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.1633 0.95406 0.024 0.976
#> SRR490461 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.1633 0.95413 0.024 0.976
#> SRR490463 2 0.1633 0.95406 0.024 0.976
#> SRR490464 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.97860 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.3114 0.92972 0.944 0.056
#> SRR490533 1 0.6343 0.81005 0.840 0.160
#> SRR490534 1 0.8016 0.68242 0.756 0.244
#> SRR490535 1 0.7056 0.76535 0.808 0.192
#> SRR490536 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.97481 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 1 0.5327 0.5917 0.728 0.272 0.000
#> SRR490217 1 0.5835 0.5010 0.660 0.340 0.000
#> SRR490218 1 0.6126 0.4179 0.600 0.400 0.000
#> SRR490219 1 0.4346 0.7107 0.816 0.184 0.000
#> SRR490220 3 0.4346 0.7377 0.184 0.000 0.816
#> SRR490221 3 0.4002 0.7557 0.160 0.000 0.840
#> SRR490222 3 0.3148 0.8025 0.048 0.036 0.916
#> SRR490223 3 0.4235 0.7441 0.176 0.000 0.824
#> SRR490224 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0747 0.9214 0.984 0.000 0.016
#> SRR490233 1 0.1163 0.9097 0.972 0.000 0.028
#> SRR490234 1 0.1289 0.9056 0.968 0.000 0.032
#> SRR490235 1 0.1031 0.9137 0.976 0.000 0.024
#> SRR490236 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 3 0.4291 0.7408 0.180 0.000 0.820
#> SRR490241 3 0.0747 0.8189 0.016 0.000 0.984
#> SRR490242 3 0.0747 0.8189 0.016 0.000 0.984
#> SRR490243 3 0.1289 0.8156 0.032 0.000 0.968
#> SRR490244 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.3482 0.7054 0.128 0.872 0.000
#> SRR490249 2 0.0592 0.8198 0.012 0.988 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490251 2 0.2261 0.7703 0.068 0.932 0.000
#> SRR490252 3 0.2625 0.7887 0.000 0.084 0.916
#> SRR490253 3 0.2796 0.7850 0.000 0.092 0.908
#> SRR490254 3 0.2796 0.7850 0.000 0.092 0.908
#> SRR490255 3 0.2796 0.7850 0.000 0.092 0.908
#> SRR490256 1 0.6260 0.0516 0.552 0.000 0.448
#> SRR490257 1 0.6295 -0.0339 0.528 0.000 0.472
#> SRR490258 1 0.6291 -0.0193 0.532 0.000 0.468
#> SRR490259 1 0.6295 -0.0339 0.528 0.000 0.472
#> SRR490260 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 3 0.6260 0.2596 0.448 0.000 0.552
#> SRR490269 3 0.6260 0.2596 0.448 0.000 0.552
#> SRR490270 3 0.6260 0.2596 0.448 0.000 0.552
#> SRR490271 3 0.6260 0.2596 0.448 0.000 0.552
#> SRR490272 1 0.0237 0.9317 0.996 0.000 0.004
#> SRR490273 1 0.0424 0.9284 0.992 0.000 0.008
#> SRR490274 1 0.0424 0.9284 0.992 0.000 0.008
#> SRR490275 1 0.0424 0.9284 0.992 0.000 0.008
#> SRR490276 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.4702 0.6574 0.788 0.000 0.212
#> SRR490289 3 0.6309 0.1310 0.496 0.000 0.504
#> SRR490290 3 0.6079 0.4126 0.388 0.000 0.612
#> SRR490291 3 0.6308 0.1438 0.492 0.000 0.508
#> SRR490292 3 0.4931 0.6840 0.232 0.000 0.768
#> SRR490293 3 0.4605 0.7172 0.204 0.000 0.796
#> SRR490294 3 0.4654 0.7130 0.208 0.000 0.792
#> SRR490295 3 0.4654 0.7130 0.208 0.000 0.792
#> SRR490296 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490297 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490298 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490299 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490300 3 0.4399 0.7337 0.188 0.000 0.812
#> SRR490301 3 0.4235 0.7444 0.176 0.000 0.824
#> SRR490302 3 0.4346 0.7373 0.184 0.000 0.816
#> SRR490303 3 0.4399 0.7337 0.188 0.000 0.812
#> SRR490304 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490305 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490306 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490307 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490308 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 1 0.0747 0.9177 0.984 0.016 0.000
#> SRR490313 1 0.5859 0.4918 0.656 0.344 0.000
#> SRR490314 1 0.5678 0.5206 0.684 0.316 0.000
#> SRR490315 1 0.5216 0.6047 0.740 0.260 0.000
#> SRR490316 3 0.4233 0.7527 0.160 0.004 0.836
#> SRR490317 3 0.1482 0.8173 0.020 0.012 0.968
#> SRR490318 3 0.1337 0.8177 0.012 0.016 0.972
#> SRR490319 3 0.1015 0.8191 0.008 0.012 0.980
#> SRR490320 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.6305 0.4253 0.000 0.516 0.484
#> SRR490329 2 0.6291 0.4612 0.000 0.532 0.468
#> SRR490330 2 0.6305 0.4253 0.000 0.516 0.484
#> SRR490331 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490332 3 0.2625 0.7479 0.000 0.084 0.916
#> SRR490333 3 0.4555 0.5579 0.000 0.200 0.800
#> SRR490334 3 0.5216 0.4113 0.000 0.260 0.740
#> SRR490335 3 0.4235 0.6069 0.000 0.176 0.824
#> SRR490336 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490337 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490338 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490339 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490340 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490341 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490342 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490343 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0424 0.8236 0.000 0.992 0.008
#> SRR490357 2 0.0424 0.8236 0.000 0.992 0.008
#> SRR490358 2 0.0424 0.8236 0.000 0.992 0.008
#> SRR490359 2 0.0424 0.8236 0.000 0.992 0.008
#> SRR490360 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490408 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490409 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490410 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490411 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490412 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490417 3 0.0592 0.8160 0.000 0.012 0.988
#> SRR490418 3 0.0892 0.8114 0.000 0.020 0.980
#> SRR490419 3 0.0747 0.8137 0.000 0.016 0.984
#> SRR490420 3 0.4654 0.7125 0.208 0.000 0.792
#> SRR490421 3 0.3619 0.7709 0.136 0.000 0.864
#> SRR490422 3 0.4121 0.7505 0.168 0.000 0.832
#> SRR490423 3 0.4452 0.7298 0.192 0.000 0.808
#> SRR490424 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 3 0.6260 0.2596 0.448 0.000 0.552
#> SRR490429 3 0.4842 0.6782 0.224 0.000 0.776
#> SRR490430 3 0.6045 0.4195 0.380 0.000 0.620
#> SRR490431 3 0.5327 0.6180 0.272 0.000 0.728
#> SRR490432 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490433 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490434 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490435 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490436 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490437 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490438 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490439 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490441 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490442 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490443 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490444 2 0.6252 0.5067 0.000 0.556 0.444
#> SRR490445 2 0.6252 0.5067 0.000 0.556 0.444
#> SRR490446 2 0.6252 0.5067 0.000 0.556 0.444
#> SRR490447 2 0.6252 0.5067 0.000 0.556 0.444
#> SRR490448 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490449 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490450 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490451 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490452 1 0.5835 0.3801 0.660 0.000 0.340
#> SRR490453 3 0.6280 0.2293 0.460 0.000 0.540
#> SRR490454 3 0.6280 0.2293 0.460 0.000 0.540
#> SRR490455 3 0.6280 0.2293 0.460 0.000 0.540
#> SRR490456 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490457 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490458 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490459 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490460 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490461 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490462 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490463 3 0.0000 0.8205 0.000 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 3 0.0592 0.8160 0.000 0.012 0.988
#> SRR490469 3 0.0592 0.8160 0.000 0.012 0.988
#> SRR490470 3 0.0592 0.8160 0.000 0.012 0.988
#> SRR490471 3 0.0592 0.8160 0.000 0.012 0.988
#> SRR490472 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490473 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490474 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490475 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490476 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490481 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490482 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490483 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490484 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490485 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490486 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490487 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490488 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490489 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490490 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490491 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490492 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490493 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490494 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490495 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490496 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490497 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490498 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490499 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490500 3 0.4178 0.6148 0.000 0.172 0.828
#> SRR490501 3 0.4178 0.6148 0.000 0.172 0.828
#> SRR490502 3 0.4235 0.6074 0.000 0.176 0.824
#> SRR490503 3 0.4235 0.6074 0.000 0.176 0.824
#> SRR490504 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490505 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490506 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490507 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490508 2 0.6168 0.5398 0.000 0.588 0.412
#> SRR490509 2 0.6168 0.5398 0.000 0.588 0.412
#> SRR490510 2 0.6168 0.5398 0.000 0.588 0.412
#> SRR490511 2 0.6168 0.5398 0.000 0.588 0.412
#> SRR490512 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490513 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490514 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490515 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490516 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490517 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490518 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490519 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490520 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490521 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490522 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490523 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490524 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490525 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490526 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490527 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490528 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490529 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490530 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490531 2 0.6260 0.5023 0.000 0.552 0.448
#> SRR490532 3 0.5678 0.5461 0.316 0.000 0.684
#> SRR490533 3 0.5621 0.5606 0.308 0.000 0.692
#> SRR490534 3 0.5591 0.5661 0.304 0.000 0.696
#> SRR490535 3 0.5621 0.5606 0.308 0.000 0.692
#> SRR490536 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490537 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490538 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490539 2 0.2356 0.8041 0.000 0.928 0.072
#> SRR490540 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0237 0.8260 0.000 0.996 0.004
#> SRR490565 2 0.0237 0.8260 0.000 0.996 0.004
#> SRR490566 2 0.0237 0.8260 0.000 0.996 0.004
#> SRR490567 2 0.0237 0.8260 0.000 0.996 0.004
#> SRR490568 2 0.2261 0.8056 0.000 0.932 0.068
#> SRR490569 2 0.2261 0.8056 0.000 0.932 0.068
#> SRR490570 2 0.2261 0.8056 0.000 0.932 0.068
#> SRR490571 2 0.2261 0.8056 0.000 0.932 0.068
#> SRR490572 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.0237 0.8260 0.000 0.996 0.004
#> SRR490597 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.8282 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 3 0.6095 0.5951 0.072 0.252 0.668 0.008
#> SRR490217 3 0.6905 0.2737 0.084 0.400 0.508 0.008
#> SRR490218 2 0.6916 0.1565 0.088 0.524 0.380 0.008
#> SRR490219 3 0.5376 0.6935 0.076 0.164 0.752 0.008
#> SRR490220 1 0.0336 0.9013 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR490221 1 0.0336 0.9013 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR490222 1 0.0336 0.9013 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR490223 1 0.0336 0.9013 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR490224 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.4967 0.2293 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR490233 3 0.4998 0.1051 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR490234 1 0.4999 -0.0493 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR490235 3 0.4998 0.1058 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.9021 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.2124 0.9116 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR490249 2 0.2124 0.9116 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR490250 2 0.2124 0.9116 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR490251 2 0.2124 0.9116 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR490252 2 0.6778 0.2815 0.336 0.552 0.000 0.112
#> SRR490253 2 0.6375 0.4633 0.272 0.624 0.000 0.104
#> SRR490254 2 0.6399 0.4542 0.276 0.620 0.000 0.104
#> SRR490255 2 0.6402 0.4641 0.268 0.624 0.000 0.108
#> SRR490256 1 0.2469 0.8497 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR490257 1 0.2408 0.8533 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR490258 1 0.2469 0.8497 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR490259 1 0.2408 0.8534 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR490260 3 0.3266 0.7862 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR490261 3 0.3400 0.7730 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR490262 3 0.3266 0.7862 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR490263 3 0.3400 0.7730 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR490264 3 0.1716 0.8759 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR490265 3 0.2011 0.8647 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR490266 3 0.2011 0.8648 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR490267 3 0.2216 0.8557 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR490268 1 0.1118 0.8975 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490269 1 0.1118 0.8975 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490270 1 0.1118 0.8975 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490271 1 0.1118 0.8975 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490272 3 0.4040 0.6814 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR490273 3 0.4134 0.6624 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR490274 3 0.4193 0.6492 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490275 3 0.4331 0.6139 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR490276 3 0.2281 0.8527 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR490277 3 0.3444 0.7684 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR490278 3 0.3444 0.7684 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR490279 3 0.3024 0.8063 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.2860 0.8416 0.888 0.004 0.100 0.008
#> SRR490289 1 0.2528 0.8599 0.908 0.004 0.080 0.008
#> SRR490290 1 0.2528 0.8599 0.908 0.004 0.080 0.008
#> SRR490291 1 0.2528 0.8599 0.908 0.004 0.080 0.008
#> SRR490292 1 0.0188 0.9018 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0188 0.9018 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490294 1 0.0188 0.9018 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0188 0.9018 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490296 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490297 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490298 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490299 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490300 1 0.4131 0.8524 0.836 0.004 0.064 0.096
#> SRR490301 1 0.4179 0.8494 0.832 0.004 0.060 0.104
#> SRR490302 1 0.4102 0.8522 0.836 0.004 0.056 0.104
#> SRR490303 1 0.4254 0.8464 0.828 0.004 0.064 0.104
#> SRR490304 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490305 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490306 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490307 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490308 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 3 0.2744 0.8522 0.064 0.020 0.908 0.008
#> SRR490313 3 0.6743 0.0859 0.068 0.452 0.472 0.008
#> SRR490314 3 0.6679 0.1297 0.064 0.440 0.488 0.008
#> SRR490315 3 0.6717 0.1910 0.068 0.420 0.504 0.008
#> SRR490316 1 0.1059 0.8991 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR490317 1 0.1388 0.8990 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR490318 1 0.1174 0.8994 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR490319 1 0.1975 0.8934 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR490320 3 0.0592 0.9042 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490321 3 0.0592 0.9042 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490322 3 0.0592 0.9042 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490323 3 0.0592 0.9042 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490329 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490330 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490331 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490332 4 0.0592 0.9291 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490333 4 0.0469 0.9314 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490334 4 0.0469 0.9314 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490335 4 0.0469 0.9314 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490336 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490337 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490338 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490339 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490340 1 0.4699 0.6050 0.676 0.004 0.000 0.320
#> SRR490341 1 0.4699 0.6050 0.676 0.004 0.000 0.320
#> SRR490342 1 0.5004 0.4455 0.604 0.004 0.000 0.392
#> SRR490343 1 0.4699 0.6050 0.676 0.004 0.000 0.320
#> SRR490344 2 0.1452 0.9403 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR490345 2 0.1452 0.9403 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR490346 2 0.1452 0.9403 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR490347 2 0.1452 0.9403 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR490348 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490349 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490350 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490351 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490352 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490353 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490354 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490355 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490356 2 0.0336 0.9659 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0336 0.9659 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0336 0.9659 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0336 0.9659 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490361 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490362 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490363 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490364 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490365 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490366 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490367 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490368 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490369 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490370 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490371 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490372 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0927 0.9549 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR490377 2 0.0927 0.9549 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR490378 2 0.0927 0.9549 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR490379 2 0.0927 0.9549 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR490380 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490385 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490386 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490387 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490388 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490389 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490390 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490391 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490392 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490393 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490394 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490395 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490396 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490397 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490398 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490399 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490400 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490401 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490402 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490403 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490404 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490405 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490406 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490407 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490408 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490409 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490410 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490411 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490412 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 4 0.2081 0.8724 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR490417 4 0.1867 0.8840 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR490418 4 0.1867 0.8840 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR490419 4 0.1867 0.8840 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR490420 1 0.0469 0.9044 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490421 1 0.0469 0.9044 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490422 1 0.0469 0.9044 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490423 1 0.0469 0.9044 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490424 3 0.0592 0.9039 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490425 3 0.0469 0.9056 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490426 3 0.0921 0.8976 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR490427 3 0.1118 0.8930 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490428 1 0.0469 0.9026 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR490429 1 0.0469 0.9026 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR490430 1 0.0469 0.9026 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR490431 1 0.0469 0.9026 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR490432 1 0.2149 0.8904 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490433 1 0.2408 0.8821 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490434 1 0.2868 0.8593 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR490435 1 0.3486 0.8076 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR490436 1 0.2011 0.8941 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490437 1 0.2011 0.8941 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490438 1 0.2011 0.8941 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490439 1 0.2011 0.8941 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490440 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490441 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490442 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490443 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490444 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490445 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490446 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490447 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490448 1 0.1557 0.9016 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490449 1 0.1637 0.9009 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490450 1 0.1637 0.9009 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490451 1 0.1637 0.9009 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490452 1 0.2921 0.8162 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR490453 1 0.1022 0.8988 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR490454 1 0.1022 0.8988 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR490455 1 0.1022 0.8988 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR490456 1 0.2469 0.8797 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490457 1 0.2469 0.8797 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490458 1 0.2469 0.8797 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490459 1 0.2469 0.8797 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490460 1 0.1940 0.8958 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490461 1 0.2011 0.8944 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490462 1 0.2011 0.8944 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490463 1 0.2011 0.8944 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490464 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 4 0.2647 0.8334 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR490469 4 0.2647 0.8334 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR490470 4 0.2647 0.8334 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR490471 4 0.2647 0.8334 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR490472 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490473 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490474 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490475 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490476 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490481 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490482 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490483 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490484 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490485 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490486 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490487 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490488 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490489 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490490 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490491 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490492 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490493 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490494 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490495 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490496 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490497 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490498 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490499 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490500 4 0.0592 0.9280 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490501 4 0.0592 0.9280 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490502 4 0.0592 0.9280 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490503 4 0.0592 0.9280 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490504 4 0.3311 0.8275 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR490505 4 0.3311 0.8275 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR490506 4 0.3311 0.8275 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR490507 4 0.3266 0.8305 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR490508 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490509 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490510 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490511 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490512 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490513 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490514 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490515 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490516 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490517 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490518 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490519 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490520 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490521 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490522 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490523 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490524 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490525 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490526 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490527 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490528 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490529 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490530 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490531 4 0.0336 0.9404 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490532 1 0.4139 0.7748 0.800 0.000 0.176 0.024
#> SRR490533 1 0.4832 0.7669 0.768 0.000 0.176 0.056
#> SRR490534 1 0.4532 0.7954 0.792 0.000 0.156 0.052
#> SRR490535 1 0.5972 0.7142 0.692 0.000 0.176 0.132
#> SRR490536 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490537 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490538 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490539 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490540 2 0.0592 0.9708 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490541 2 0.0592 0.9708 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490542 2 0.0592 0.9708 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490543 2 0.0592 0.9708 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490544 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490545 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490546 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490547 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490548 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490549 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490550 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490551 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490552 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490553 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490554 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490555 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490556 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490557 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490558 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490559 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490560 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490561 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490562 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490563 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490564 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490565 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490566 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490567 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490568 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490569 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490570 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490571 4 0.3356 0.8244 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490572 2 0.1022 0.9571 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490573 2 0.1022 0.9571 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490574 2 0.1022 0.9571 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490575 2 0.1022 0.9571 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490576 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490577 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490578 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490579 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490580 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490581 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490582 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490583 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490584 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490585 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490586 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490587 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490588 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490589 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490590 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490591 2 0.0469 0.9734 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490592 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490593 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490594 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490595 2 0.0336 0.9742 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490596 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490597 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490598 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490599 2 0.0188 0.9730 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 5 0.3073 0.799 0.008 0.068 0.052 0.000 0.872
#> SRR490217 5 0.2879 0.804 0.008 0.080 0.032 0.000 0.880
#> SRR490218 5 0.2879 0.803 0.008 0.080 0.032 0.000 0.880
#> SRR490219 5 0.3096 0.782 0.008 0.040 0.084 0.000 0.868
#> SRR490220 1 0.4300 0.127 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR490221 1 0.4300 0.127 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR490222 1 0.4300 0.127 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR490223 1 0.4300 0.127 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR490224 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.5447 0.323 0.400 0.000 0.536 0.000 0.064
#> SRR490233 3 0.5478 0.266 0.420 0.000 0.516 0.000 0.064
#> SRR490234 3 0.5501 0.188 0.444 0.000 0.492 0.000 0.064
#> SRR490235 3 0.5483 0.253 0.424 0.000 0.512 0.000 0.064
#> SRR490236 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0703 0.812 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490241 1 0.0703 0.812 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490242 1 0.0703 0.812 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490243 1 0.0703 0.812 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490244 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 5 0.2806 0.805 0.004 0.152 0.000 0.000 0.844
#> SRR490249 5 0.2848 0.804 0.004 0.156 0.000 0.000 0.840
#> SRR490250 5 0.2806 0.805 0.004 0.152 0.000 0.000 0.844
#> SRR490251 5 0.2848 0.804 0.004 0.156 0.000 0.000 0.840
#> SRR490252 2 0.6015 0.228 0.380 0.536 0.000 0.040 0.044
#> SRR490253 2 0.5894 0.330 0.336 0.580 0.000 0.040 0.044
#> SRR490254 2 0.5907 0.321 0.340 0.576 0.000 0.040 0.044
#> SRR490255 2 0.5894 0.330 0.336 0.580 0.000 0.040 0.044
#> SRR490256 1 0.3558 0.714 0.828 0.000 0.108 0.000 0.064
#> SRR490257 1 0.3291 0.735 0.848 0.000 0.088 0.000 0.064
#> SRR490258 1 0.3291 0.735 0.848 0.000 0.088 0.000 0.064
#> SRR490259 1 0.3291 0.735 0.848 0.000 0.088 0.000 0.064
#> SRR490260 3 0.3578 0.814 0.132 0.000 0.820 0.000 0.048
#> SRR490261 3 0.3710 0.802 0.144 0.000 0.808 0.000 0.048
#> SRR490262 3 0.3578 0.814 0.132 0.000 0.820 0.000 0.048
#> SRR490263 3 0.3710 0.802 0.144 0.000 0.808 0.000 0.048
#> SRR490264 3 0.2754 0.862 0.080 0.000 0.880 0.000 0.040
#> SRR490265 3 0.2754 0.862 0.080 0.000 0.880 0.000 0.040
#> SRR490266 3 0.2871 0.856 0.088 0.000 0.872 0.000 0.040
#> SRR490267 3 0.2871 0.856 0.088 0.000 0.872 0.000 0.040
#> SRR490268 1 0.1410 0.802 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490269 1 0.1410 0.802 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490270 1 0.1410 0.802 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490271 1 0.1410 0.802 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490272 3 0.4615 0.664 0.252 0.000 0.700 0.000 0.048
#> SRR490273 3 0.4712 0.639 0.268 0.000 0.684 0.000 0.048
#> SRR490274 3 0.4689 0.645 0.264 0.000 0.688 0.000 0.048
#> SRR490275 3 0.4822 0.603 0.288 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR490276 3 0.3058 0.847 0.096 0.000 0.860 0.000 0.044
#> SRR490277 3 0.3764 0.793 0.156 0.000 0.800 0.000 0.044
#> SRR490278 3 0.3723 0.798 0.152 0.000 0.804 0.000 0.044
#> SRR490279 3 0.3317 0.831 0.116 0.000 0.840 0.000 0.044
#> SRR490280 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 5 0.4270 0.444 0.320 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR490289 5 0.4127 0.463 0.312 0.000 0.008 0.000 0.680
#> SRR490290 5 0.4251 0.452 0.316 0.000 0.012 0.000 0.672
#> SRR490291 5 0.4270 0.444 0.320 0.000 0.012 0.000 0.668
#> SRR490292 1 0.3424 0.636 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR490293 1 0.3424 0.636 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR490294 1 0.3424 0.636 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR490295 1 0.3424 0.636 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR490296 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 1 0.5621 0.460 0.608 0.000 0.028 0.044 0.320
#> SRR490301 1 0.5621 0.460 0.608 0.000 0.028 0.044 0.320
#> SRR490302 1 0.5543 0.466 0.612 0.000 0.024 0.044 0.320
#> SRR490303 1 0.5621 0.460 0.608 0.000 0.028 0.044 0.320
#> SRR490304 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 5 0.3001 0.732 0.008 0.004 0.144 0.000 0.844
#> SRR490313 5 0.3371 0.774 0.008 0.040 0.104 0.000 0.848
#> SRR490314 5 0.3317 0.766 0.008 0.032 0.112 0.000 0.848
#> SRR490315 5 0.3233 0.764 0.008 0.028 0.112 0.000 0.852
#> SRR490316 5 0.2930 0.688 0.164 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR490317 5 0.2971 0.696 0.156 0.000 0.000 0.008 0.836
#> SRR490318 5 0.2890 0.694 0.160 0.000 0.000 0.004 0.836
#> SRR490319 5 0.3039 0.698 0.152 0.000 0.000 0.012 0.836
#> SRR490320 3 0.1965 0.889 0.024 0.000 0.924 0.000 0.052
#> SRR490321 3 0.1965 0.889 0.024 0.000 0.924 0.000 0.052
#> SRR490322 3 0.1965 0.889 0.024 0.000 0.924 0.000 0.052
#> SRR490323 3 0.2054 0.887 0.028 0.000 0.920 0.000 0.052
#> SRR490324 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.0963 0.880 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR490329 4 0.0794 0.885 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR490330 4 0.0963 0.880 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR490331 4 0.1043 0.878 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR490332 4 0.0794 0.884 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490333 4 0.0794 0.884 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490334 4 0.0703 0.887 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490335 4 0.0794 0.884 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490336 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490337 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490338 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490340 1 0.6408 0.357 0.508 0.000 0.000 0.272 0.220
#> SRR490341 1 0.6402 0.357 0.508 0.000 0.000 0.276 0.216
#> SRR490342 1 0.6545 0.278 0.460 0.000 0.000 0.324 0.216
#> SRR490343 1 0.6402 0.357 0.508 0.000 0.000 0.276 0.216
#> SRR490344 5 0.2929 0.794 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR490345 5 0.3039 0.786 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR490346 5 0.2966 0.792 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR490347 5 0.2966 0.792 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR490348 2 0.1410 0.905 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490349 2 0.1410 0.905 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490350 2 0.1410 0.905 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490351 2 0.1410 0.905 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490352 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490353 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490354 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490355 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490356 2 0.2561 0.830 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR490357 2 0.2561 0.830 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR490358 2 0.2561 0.830 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR490359 2 0.2561 0.830 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR490360 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490361 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490362 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490363 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490364 2 0.1341 0.925 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490365 2 0.1270 0.929 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490366 2 0.1270 0.929 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490367 2 0.1270 0.929 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490368 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490369 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490370 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490371 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490372 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 5 0.3424 0.738 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR490377 5 0.3452 0.734 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR490378 5 0.3452 0.734 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR490379 5 0.3424 0.735 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR490380 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490385 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490386 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490387 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490388 2 0.0963 0.938 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490389 2 0.0963 0.938 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490390 2 0.0963 0.938 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490391 2 0.0963 0.938 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490392 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490393 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490394 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490395 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490396 2 0.0880 0.939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490397 2 0.0880 0.939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490398 2 0.0880 0.939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490399 2 0.0880 0.939 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490400 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490401 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490402 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490403 2 0.0290 0.949 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490404 2 0.1043 0.936 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490405 2 0.1043 0.936 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490406 2 0.1043 0.936 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490407 2 0.1043 0.936 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490408 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490409 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490410 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490411 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490412 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.3242 0.688 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR490417 4 0.2020 0.832 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR490418 4 0.1908 0.839 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR490419 4 0.2020 0.832 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR490420 1 0.0794 0.812 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490421 1 0.0794 0.812 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490422 1 0.0794 0.812 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490423 1 0.0794 0.812 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490424 3 0.1493 0.900 0.024 0.000 0.948 0.000 0.028
#> SRR490425 3 0.1579 0.898 0.024 0.000 0.944 0.000 0.032
#> SRR490426 3 0.2426 0.875 0.064 0.000 0.900 0.000 0.036
#> SRR490427 3 0.2491 0.872 0.068 0.000 0.896 0.000 0.036
#> SRR490428 1 0.1341 0.803 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490429 1 0.1270 0.805 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR490430 1 0.1341 0.803 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490431 1 0.1270 0.805 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR490432 1 0.0794 0.813 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490433 1 0.1121 0.806 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR490434 1 0.1908 0.768 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490435 1 0.2179 0.748 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR490436 1 0.1012 0.812 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490437 1 0.1012 0.812 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490438 1 0.1012 0.812 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490439 1 0.1012 0.812 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490440 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490441 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490442 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490443 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490444 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490445 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490446 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490447 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490448 1 0.0703 0.813 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR490449 1 0.0703 0.813 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR490450 1 0.0609 0.813 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490451 1 0.0609 0.813 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490452 1 0.3569 0.712 0.828 0.000 0.104 0.000 0.068
#> SRR490453 1 0.1544 0.799 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR490454 1 0.1544 0.799 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR490455 1 0.1544 0.799 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR490456 1 0.1197 0.804 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR490457 1 0.1197 0.804 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR490458 1 0.1197 0.804 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR490459 1 0.1197 0.804 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR490460 1 0.0794 0.813 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490461 1 0.0794 0.813 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490462 1 0.0794 0.813 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490463 1 0.0794 0.813 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.4375 0.228 0.420 0.000 0.000 0.576 0.004
#> SRR490469 4 0.4390 0.203 0.428 0.000 0.000 0.568 0.004
#> SRR490470 4 0.4375 0.228 0.420 0.000 0.000 0.576 0.004
#> SRR490471 4 0.4375 0.228 0.420 0.000 0.000 0.576 0.004
#> SRR490472 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490473 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490474 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490475 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490476 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.1764 0.856 0.064 0.000 0.000 0.928 0.008
#> SRR490501 4 0.1764 0.856 0.064 0.000 0.000 0.928 0.008
#> SRR490502 4 0.1764 0.856 0.064 0.000 0.000 0.928 0.008
#> SRR490503 4 0.1764 0.856 0.064 0.000 0.000 0.928 0.008
#> SRR490504 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490505 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490506 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490507 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490508 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490509 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490510 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490511 4 0.2624 0.847 0.000 0.012 0.000 0.872 0.116
#> SRR490512 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.898 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 1 0.5614 0.606 0.696 0.000 0.176 0.084 0.044
#> SRR490533 1 0.5873 0.594 0.676 0.000 0.172 0.108 0.044
#> SRR490534 1 0.5538 0.627 0.708 0.000 0.156 0.092 0.044
#> SRR490535 1 0.6121 0.571 0.652 0.000 0.176 0.128 0.044
#> SRR490536 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490537 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490538 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490539 4 0.4457 0.773 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR490540 2 0.2230 0.847 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR490541 2 0.2230 0.847 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR490542 2 0.2230 0.847 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR490543 2 0.2230 0.847 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR490544 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490545 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490546 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490547 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490548 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490549 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490550 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490551 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490552 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490553 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490554 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490555 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490557 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490558 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490559 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490560 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.1121 0.935 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490565 2 0.1121 0.935 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490566 2 0.1121 0.935 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490567 2 0.1121 0.935 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490568 4 0.4548 0.766 0.000 0.128 0.000 0.752 0.120
#> SRR490569 4 0.4548 0.766 0.000 0.128 0.000 0.752 0.120
#> SRR490570 4 0.4548 0.766 0.000 0.128 0.000 0.752 0.120
#> SRR490571 4 0.4548 0.766 0.000 0.128 0.000 0.752 0.120
#> SRR490572 2 0.2824 0.824 0.000 0.864 0.000 0.020 0.116
#> SRR490573 2 0.2915 0.819 0.000 0.860 0.000 0.024 0.116
#> SRR490574 2 0.3002 0.813 0.000 0.856 0.000 0.028 0.116
#> SRR490575 2 0.2915 0.819 0.000 0.860 0.000 0.024 0.116
#> SRR490576 2 0.0404 0.943 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490577 2 0.0404 0.943 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490578 2 0.0404 0.943 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490579 2 0.0404 0.943 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490580 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490581 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490582 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490583 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490584 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490585 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490586 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490587 2 0.0162 0.947 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490588 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490589 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490590 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490591 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490592 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490593 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490594 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490595 2 0.0162 0.949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490596 2 0.1043 0.937 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490597 2 0.1043 0.937 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490598 2 0.1043 0.937 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490599 2 0.1043 0.937 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.0000 0.81293 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490217 6 0.0000 0.81293 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490218 6 0.0000 0.81293 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490219 6 0.0146 0.81303 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490220 6 0.5692 0.22182 0.320 0.000 0.000 0.000 0.180 0.500
#> SRR490221 6 0.5704 0.22216 0.316 0.000 0.000 0.000 0.184 0.500
#> SRR490222 6 0.5694 0.22711 0.312 0.000 0.000 0.000 0.184 0.504
#> SRR490223 6 0.5682 0.23107 0.316 0.000 0.000 0.000 0.180 0.504
#> SRR490224 3 0.0363 0.88399 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0547 0.88080 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0547 0.88080 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0547 0.88080 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0260 0.88549 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0260 0.88549 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0260 0.88549 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0260 0.88549 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.3606 0.39088 0.724 0.000 0.264 0.000 0.004 0.008
#> SRR490233 1 0.3463 0.42265 0.748 0.000 0.240 0.000 0.004 0.008
#> SRR490234 1 0.3357 0.43320 0.764 0.000 0.224 0.000 0.004 0.008
#> SRR490235 1 0.3411 0.42802 0.756 0.000 0.232 0.000 0.004 0.008
#> SRR490236 3 0.0713 0.87694 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0790 0.87488 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0713 0.87694 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0713 0.87694 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.3136 0.44678 0.768 0.000 0.000 0.000 0.228 0.004
#> SRR490241 1 0.3023 0.44384 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR490242 1 0.3163 0.44310 0.764 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004
#> SRR490243 1 0.3163 0.44310 0.764 0.000 0.000 0.000 0.232 0.004
#> SRR490244 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.0146 0.81367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR490249 6 0.0146 0.81367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR490250 6 0.0146 0.81367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR490251 6 0.0146 0.81367 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR490252 5 0.5803 0.34118 0.112 0.392 0.000 0.004 0.480 0.012
#> SRR490253 5 0.5714 0.34050 0.100 0.404 0.000 0.004 0.480 0.012
#> SRR490254 5 0.5714 0.34050 0.100 0.404 0.000 0.004 0.480 0.012
#> SRR490255 5 0.5714 0.34050 0.100 0.404 0.000 0.004 0.480 0.012
#> SRR490256 1 0.1887 0.52924 0.924 0.000 0.048 0.000 0.016 0.012
#> SRR490257 1 0.1820 0.53129 0.928 0.000 0.044 0.000 0.016 0.012
#> SRR490258 1 0.1820 0.53129 0.928 0.000 0.044 0.000 0.016 0.012
#> SRR490259 1 0.1750 0.53278 0.932 0.000 0.040 0.000 0.016 0.012
#> SRR490260 3 0.3867 0.30143 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.3869 -0.29049 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR490262 3 0.3867 0.30143 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000 0.000
#> SRR490263 3 0.3868 0.27853 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000
#> SRR490264 3 0.3578 0.59386 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.3592 0.58752 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.3620 0.57422 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.3620 0.57433 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0508 0.54518 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR490269 1 0.0508 0.54518 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR490270 1 0.0508 0.54518 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR490271 1 0.0508 0.54518 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR490272 1 0.3810 -0.05785 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.3789 -0.01223 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.3789 -0.01223 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.3782 0.00275 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000
#> SRR490276 3 0.3843 0.38888 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR490277 3 0.3868 0.28757 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR490278 3 0.3868 0.28757 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR490279 3 0.3864 0.32039 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 6 0.4921 0.38212 0.436 0.000 0.004 0.000 0.052 0.508
#> SRR490289 6 0.4910 0.40616 0.424 0.000 0.004 0.000 0.052 0.520
#> SRR490290 6 0.4905 0.41418 0.420 0.000 0.004 0.000 0.052 0.524
#> SRR490291 6 0.4910 0.40616 0.424 0.000 0.004 0.000 0.052 0.520
#> SRR490292 5 0.5779 0.28456 0.392 0.000 0.000 0.000 0.432 0.176
#> SRR490293 5 0.5779 0.28456 0.392 0.000 0.000 0.000 0.432 0.176
#> SRR490294 5 0.5779 0.28456 0.392 0.000 0.000 0.000 0.432 0.176
#> SRR490295 5 0.5779 0.28456 0.392 0.000 0.000 0.000 0.432 0.176
#> SRR490296 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490297 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490298 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490299 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490300 5 0.6838 0.46192 0.184 0.000 0.012 0.068 0.512 0.224
#> SRR490301 5 0.6838 0.46192 0.184 0.000 0.012 0.068 0.512 0.224
#> SRR490302 5 0.6773 0.46045 0.188 0.000 0.008 0.068 0.512 0.224
#> SRR490303 5 0.6838 0.46192 0.184 0.000 0.012 0.068 0.512 0.224
#> SRR490304 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490305 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490306 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490307 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.0260 0.81110 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490313 6 0.0146 0.81303 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490314 6 0.0146 0.81303 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490315 6 0.0146 0.81303 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490316 6 0.2837 0.76139 0.088 0.000 0.000 0.000 0.056 0.856
#> SRR490317 6 0.2680 0.76861 0.076 0.000 0.000 0.000 0.056 0.868
#> SRR490318 6 0.2837 0.76139 0.088 0.000 0.000 0.000 0.056 0.856
#> SRR490319 6 0.2733 0.76636 0.080 0.000 0.000 0.000 0.056 0.864
#> SRR490320 3 0.3518 0.69119 0.256 0.000 0.732 0.000 0.000 0.012
#> SRR490321 3 0.3494 0.69551 0.252 0.000 0.736 0.000 0.000 0.012
#> SRR490322 3 0.3541 0.68690 0.260 0.000 0.728 0.000 0.000 0.012
#> SRR490323 3 0.3518 0.69119 0.256 0.000 0.732 0.000 0.000 0.012
#> SRR490324 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.1391 0.72523 0.000 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR490329 4 0.1391 0.72523 0.000 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR490330 4 0.1391 0.72523 0.000 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR490331 4 0.1320 0.72811 0.000 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> SRR490332 4 0.3050 0.50915 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR490333 4 0.2883 0.54647 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR490334 4 0.2823 0.55781 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR490335 4 0.2883 0.54572 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR490336 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490337 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490338 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490339 4 0.0260 0.75398 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490340 5 0.6073 0.42314 0.060 0.000 0.000 0.316 0.532 0.092
#> SRR490341 5 0.5913 0.41437 0.056 0.000 0.000 0.336 0.532 0.076
#> SRR490342 5 0.5687 0.40128 0.036 0.000 0.000 0.356 0.532 0.076
#> SRR490343 5 0.5946 0.41684 0.056 0.000 0.000 0.332 0.532 0.080
#> SRR490344 6 0.0458 0.80899 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR490345 6 0.0632 0.80347 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR490346 6 0.0458 0.80899 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR490347 6 0.0547 0.80646 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR490348 2 0.3534 0.67343 0.000 0.740 0.000 0.000 0.244 0.016
#> SRR490349 2 0.3290 0.71804 0.000 0.776 0.000 0.000 0.208 0.016
#> SRR490350 2 0.3320 0.71342 0.000 0.772 0.000 0.000 0.212 0.016
#> SRR490351 2 0.3320 0.71342 0.000 0.772 0.000 0.000 0.212 0.016
#> SRR490352 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490353 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490354 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490355 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490356 2 0.3961 0.71235 0.000 0.764 0.000 0.000 0.124 0.112
#> SRR490357 2 0.3961 0.71235 0.000 0.764 0.000 0.000 0.124 0.112
#> SRR490358 2 0.3961 0.71235 0.000 0.764 0.000 0.000 0.124 0.112
#> SRR490359 2 0.3961 0.71235 0.000 0.764 0.000 0.000 0.124 0.112
#> SRR490360 2 0.0260 0.91922 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490361 2 0.0260 0.91922 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490362 2 0.0260 0.91922 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490363 2 0.0260 0.91922 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490364 2 0.2605 0.82451 0.000 0.864 0.000 0.000 0.108 0.028
#> SRR490365 2 0.2605 0.82451 0.000 0.864 0.000 0.000 0.108 0.028
#> SRR490366 2 0.2605 0.82451 0.000 0.864 0.000 0.000 0.108 0.028
#> SRR490367 2 0.2605 0.82451 0.000 0.864 0.000 0.000 0.108 0.028
#> SRR490368 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 6 0.2134 0.75497 0.000 0.052 0.000 0.000 0.044 0.904
#> SRR490377 6 0.2190 0.74998 0.000 0.060 0.000 0.000 0.040 0.900
#> SRR490378 6 0.2190 0.74998 0.000 0.060 0.000 0.000 0.040 0.900
#> SRR490379 6 0.2318 0.74236 0.000 0.064 0.000 0.000 0.044 0.892
#> SRR490380 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0520 0.91447 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR490389 2 0.0520 0.91447 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR490390 2 0.0520 0.91447 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR490391 2 0.0520 0.91447 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR490392 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0405 0.91598 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490397 2 0.0405 0.91598 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490398 2 0.0405 0.91598 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490399 2 0.0405 0.91598 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490400 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.1003 0.90341 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490405 2 0.1003 0.90341 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490406 2 0.1003 0.90341 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490407 2 0.1003 0.90341 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490408 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490409 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490410 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490411 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490412 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.5255 0.02812 0.112 0.000 0.000 0.548 0.340 0.000
#> SRR490417 4 0.4654 0.31464 0.080 0.000 0.000 0.652 0.268 0.000
#> SRR490418 4 0.4586 0.33349 0.076 0.000 0.000 0.660 0.264 0.000
#> SRR490419 4 0.4577 0.32576 0.072 0.000 0.000 0.656 0.272 0.000
#> SRR490420 1 0.2762 0.47100 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR490421 1 0.2793 0.46773 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR490422 1 0.2823 0.46496 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR490423 1 0.2793 0.46773 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR490424 3 0.3076 0.71464 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.3101 0.71102 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.3351 0.66171 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.3446 0.63475 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0865 0.54544 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR490429 1 0.1141 0.54186 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR490430 1 0.1007 0.54433 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR490431 1 0.1141 0.54186 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR490432 1 0.4835 0.14403 0.540 0.000 0.000 0.048 0.408 0.004
#> SRR490433 1 0.4989 0.12286 0.528 0.000 0.000 0.060 0.408 0.004
#> SRR490434 1 0.5537 -0.00100 0.472 0.000 0.000 0.116 0.408 0.004
#> SRR490435 1 0.5655 -0.03644 0.456 0.000 0.000 0.132 0.408 0.004
#> SRR490436 5 0.4587 0.05449 0.456 0.000 0.000 0.036 0.508 0.000
#> SRR490437 5 0.4587 0.05449 0.456 0.000 0.000 0.036 0.508 0.000
#> SRR490438 5 0.4587 0.05449 0.456 0.000 0.000 0.036 0.508 0.000
#> SRR490439 5 0.4587 0.05449 0.456 0.000 0.000 0.036 0.508 0.000
#> SRR490440 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490441 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490442 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490443 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490444 4 0.4161 0.59020 0.000 0.004 0.000 0.608 0.376 0.012
#> SRR490445 4 0.4161 0.59020 0.000 0.004 0.000 0.608 0.376 0.012
#> SRR490446 4 0.4161 0.59020 0.000 0.004 0.000 0.608 0.376 0.012
#> SRR490447 4 0.4161 0.59020 0.000 0.004 0.000 0.608 0.376 0.012
#> SRR490448 1 0.4552 0.20251 0.572 0.000 0.000 0.040 0.388 0.000
#> SRR490449 1 0.4610 0.19608 0.568 0.000 0.000 0.044 0.388 0.000
#> SRR490450 1 0.4610 0.19608 0.568 0.000 0.000 0.044 0.388 0.000
#> SRR490451 1 0.4428 0.21313 0.580 0.000 0.000 0.032 0.388 0.000
#> SRR490452 1 0.1194 0.54156 0.956 0.000 0.032 0.000 0.004 0.008
#> SRR490453 1 0.0622 0.54720 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR490454 1 0.0622 0.54720 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR490455 1 0.0622 0.54720 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR490456 1 0.5045 0.08957 0.512 0.000 0.000 0.076 0.412 0.000
#> SRR490457 1 0.5087 0.08022 0.508 0.000 0.000 0.080 0.412 0.000
#> SRR490458 1 0.5045 0.08957 0.512 0.000 0.000 0.076 0.412 0.000
#> SRR490459 1 0.5045 0.08957 0.512 0.000 0.000 0.076 0.412 0.000
#> SRR490460 1 0.4569 0.18114 0.564 0.000 0.000 0.040 0.396 0.000
#> SRR490461 1 0.4619 0.18400 0.564 0.000 0.000 0.044 0.392 0.000
#> SRR490462 1 0.4619 0.18400 0.564 0.000 0.000 0.044 0.392 0.000
#> SRR490463 1 0.4619 0.18400 0.564 0.000 0.000 0.044 0.392 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.5535 -0.26496 0.132 0.000 0.000 0.440 0.428 0.000
#> SRR490469 4 0.5535 -0.26496 0.132 0.000 0.000 0.440 0.428 0.000
#> SRR490470 4 0.5535 -0.26496 0.132 0.000 0.000 0.440 0.428 0.000
#> SRR490471 4 0.5535 -0.26496 0.132 0.000 0.000 0.440 0.428 0.000
#> SRR490472 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490473 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490474 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490475 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490476 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.88787 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490493 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490494 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490495 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490496 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490497 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490498 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490499 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490500 4 0.3804 0.12240 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR490501 4 0.3804 0.12240 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR490502 4 0.3797 0.13316 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR490503 4 0.3804 0.12240 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR490504 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490505 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490506 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490507 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490508 4 0.4046 0.59551 0.000 0.004 0.000 0.620 0.368 0.008
#> SRR490509 4 0.4046 0.59551 0.000 0.004 0.000 0.620 0.368 0.008
#> SRR490510 4 0.4046 0.59551 0.000 0.004 0.000 0.620 0.368 0.008
#> SRR490511 4 0.4046 0.59551 0.000 0.004 0.000 0.620 0.368 0.008
#> SRR490512 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.75594 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490525 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490526 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490527 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490528 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490529 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490530 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490531 4 0.0146 0.75533 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490532 1 0.5285 0.42018 0.700 0.000 0.084 0.076 0.136 0.004
#> SRR490533 1 0.5720 0.37199 0.660 0.000 0.084 0.112 0.140 0.004
#> SRR490534 1 0.5521 0.38516 0.676 0.000 0.072 0.100 0.148 0.004
#> SRR490535 1 0.6019 0.32665 0.628 0.000 0.088 0.136 0.144 0.004
#> SRR490536 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490537 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490538 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490539 4 0.5291 0.55561 0.000 0.076 0.000 0.544 0.368 0.012
#> SRR490540 2 0.4334 0.49159 0.000 0.608 0.000 0.012 0.368 0.012
#> SRR490541 2 0.4334 0.49159 0.000 0.608 0.000 0.012 0.368 0.012
#> SRR490542 2 0.4334 0.49159 0.000 0.608 0.000 0.012 0.368 0.012
#> SRR490543 2 0.4334 0.49159 0.000 0.608 0.000 0.012 0.368 0.012
#> SRR490544 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490545 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490546 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490547 2 0.0547 0.91459 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0458 0.91638 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR490553 2 0.0458 0.91638 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR490554 2 0.0458 0.91638 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR490555 2 0.0458 0.91638 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.2431 0.81676 0.000 0.860 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR490565 2 0.2431 0.81676 0.000 0.860 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR490566 2 0.2431 0.81676 0.000 0.860 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR490567 2 0.2431 0.81676 0.000 0.860 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR490568 4 0.5457 0.54620 0.000 0.076 0.000 0.532 0.372 0.020
#> SRR490569 4 0.5457 0.54620 0.000 0.076 0.000 0.532 0.372 0.020
#> SRR490570 4 0.5457 0.54620 0.000 0.076 0.000 0.532 0.372 0.020
#> SRR490571 4 0.5457 0.54620 0.000 0.076 0.000 0.532 0.372 0.020
#> SRR490572 2 0.5200 0.40168 0.000 0.552 0.000 0.068 0.368 0.012
#> SRR490573 2 0.5200 0.40168 0.000 0.552 0.000 0.068 0.368 0.012
#> SRR490574 2 0.5246 0.39462 0.000 0.548 0.000 0.072 0.368 0.012
#> SRR490575 2 0.5200 0.40168 0.000 0.552 0.000 0.068 0.368 0.012
#> SRR490576 2 0.0777 0.91000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR490577 2 0.0777 0.91000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR490578 2 0.0777 0.91000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR490579 2 0.0777 0.91000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR490580 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0363 0.91796 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490585 2 0.0363 0.91796 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490586 2 0.0363 0.91796 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490587 2 0.0363 0.91796 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.92087 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.1528 0.88512 0.000 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR490597 2 0.1528 0.88512 0.000 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR490598 2 0.1528 0.88512 0.000 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR490599 2 0.1528 0.88512 0.000 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.1540 0.847 0.847
#> 3 3 0.439 0.593 0.820 2.6586 0.595 0.522
#> 4 4 0.859 0.868 0.943 0.2498 0.826 0.619
#> 5 5 0.760 0.690 0.783 0.0883 0.869 0.603
#> 6 6 0.861 0.844 0.913 0.0644 0.917 0.666
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490228 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR490229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490261 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490263 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490265 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490266 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490267 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490268 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490269 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490272 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490273 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490280 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490287 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490321 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490322 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490323 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490324 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490424 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490425 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490426 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490427 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490428 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490453 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490534 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490535 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490536 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.2878 0.78020 0.096 0.904 0
#> SRR490217 2 0.3412 0.74187 0.124 0.876 0
#> SRR490218 2 0.3551 0.72954 0.132 0.868 0
#> SRR490219 2 0.2878 0.77628 0.096 0.904 0
#> SRR490220 2 0.6308 -0.05238 0.492 0.508 0
#> SRR490221 2 0.6307 -0.03989 0.488 0.512 0
#> SRR490222 2 0.6305 -0.02335 0.484 0.516 0
#> SRR490223 2 0.6280 0.04604 0.460 0.540 0
#> SRR490224 1 0.6126 0.29436 0.600 0.400 0
#> SRR490225 1 0.6140 0.28817 0.596 0.404 0
#> SRR490226 1 0.6154 0.28186 0.592 0.408 0
#> SRR490227 1 0.6180 0.26811 0.584 0.416 0
#> SRR490228 1 0.6126 0.29436 0.600 0.400 0
#> SRR490229 1 0.6126 0.29436 0.600 0.400 0
#> SRR490230 1 0.6111 0.30035 0.604 0.396 0
#> SRR490231 1 0.6154 0.28210 0.592 0.408 0
#> SRR490232 1 0.6299 0.13548 0.524 0.476 0
#> SRR490233 1 0.6308 0.09006 0.508 0.492 0
#> SRR490234 1 0.6280 0.17619 0.540 0.460 0
#> SRR490235 1 0.6192 0.26102 0.580 0.420 0
#> SRR490236 1 0.6244 0.22106 0.560 0.440 0
#> SRR490237 1 0.6235 0.22951 0.564 0.436 0
#> SRR490238 1 0.6260 0.20363 0.552 0.448 0
#> SRR490239 1 0.6192 0.26087 0.580 0.420 0
#> SRR490240 1 0.6274 0.18374 0.544 0.456 0
#> SRR490241 1 0.6154 0.27917 0.592 0.408 0
#> SRR490242 1 0.6267 0.19352 0.548 0.452 0
#> SRR490243 1 0.6299 0.13465 0.524 0.476 0
#> SRR490244 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490245 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490246 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490247 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490248 2 0.2625 0.79407 0.084 0.916 0
#> SRR490249 2 0.0892 0.85154 0.020 0.980 0
#> SRR490250 2 0.1289 0.84268 0.032 0.968 0
#> SRR490251 2 0.2711 0.79153 0.088 0.912 0
#> SRR490252 2 0.6235 0.09148 0.436 0.564 0
#> SRR490253 2 0.6225 0.10077 0.432 0.568 0
#> SRR490254 2 0.6235 0.09148 0.436 0.564 0
#> SRR490255 2 0.6235 0.09148 0.436 0.564 0
#> SRR490256 1 0.6126 0.29459 0.600 0.400 0
#> SRR490257 1 0.6215 0.24609 0.572 0.428 0
#> SRR490258 1 0.6215 0.24584 0.572 0.428 0
#> SRR490259 1 0.6192 0.26130 0.580 0.420 0
#> SRR490260 1 0.6235 0.22942 0.564 0.436 0
#> SRR490261 1 0.6291 0.15664 0.532 0.468 0
#> SRR490262 1 0.6260 0.20407 0.552 0.448 0
#> SRR490263 1 0.6215 0.24580 0.572 0.428 0
#> SRR490264 1 0.6302 0.12471 0.520 0.480 0
#> SRR490265 2 0.6295 0.00968 0.472 0.528 0
#> SRR490266 1 0.6291 0.15658 0.532 0.468 0
#> SRR490267 1 0.6308 0.09023 0.508 0.492 0
#> SRR490268 1 0.6154 0.28195 0.592 0.408 0
#> SRR490269 1 0.6111 0.29891 0.604 0.396 0
#> SRR490270 1 0.6045 0.32409 0.620 0.380 0
#> SRR490271 1 0.6079 0.31085 0.612 0.388 0
#> SRR490272 1 0.6291 0.15140 0.532 0.468 0
#> SRR490273 1 0.6267 0.19219 0.548 0.452 0
#> SRR490274 1 0.6295 0.14636 0.528 0.472 0
#> SRR490275 1 0.6140 0.27606 0.596 0.404 0
#> SRR490276 1 0.6295 0.14628 0.528 0.472 0
#> SRR490277 1 0.6267 0.19476 0.548 0.452 0
#> SRR490278 1 0.6286 0.16655 0.536 0.464 0
#> SRR490279 1 0.6154 0.28192 0.592 0.408 0
#> SRR490280 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490281 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490282 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490283 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490284 1 0.6286 0.16671 0.536 0.464 0
#> SRR490285 1 0.6308 0.09024 0.508 0.492 0
#> SRR490286 1 0.6286 0.16671 0.536 0.464 0
#> SRR490287 1 0.6299 0.13588 0.524 0.476 0
#> SRR490288 1 0.6215 0.24282 0.572 0.428 0
#> SRR490289 1 0.5291 0.46385 0.732 0.268 0
#> SRR490290 1 0.5988 0.33577 0.632 0.368 0
#> SRR490291 1 0.5859 0.37876 0.656 0.344 0
#> SRR490292 1 0.4702 0.51275 0.788 0.212 0
#> SRR490293 1 0.2625 0.59212 0.916 0.084 0
#> SRR490294 1 0.4399 0.53146 0.812 0.188 0
#> SRR490295 1 0.3038 0.58718 0.896 0.104 0
#> SRR490296 1 0.5621 0.49216 0.692 0.308 0
#> SRR490297 1 0.5560 0.49821 0.700 0.300 0
#> SRR490298 1 0.5591 0.49521 0.696 0.304 0
#> SRR490299 1 0.5098 0.53428 0.752 0.248 0
#> SRR490300 1 0.1289 0.62333 0.968 0.032 0
#> SRR490301 1 0.1163 0.62380 0.972 0.028 0
#> SRR490302 1 0.0892 0.62529 0.980 0.020 0
#> SRR490303 1 0.1163 0.62381 0.972 0.028 0
#> SRR490304 1 0.5926 0.45068 0.644 0.356 0
#> SRR490305 1 0.5760 0.47600 0.672 0.328 0
#> SRR490306 1 0.5882 0.45869 0.652 0.348 0
#> SRR490307 1 0.5859 0.46244 0.656 0.344 0
#> SRR490308 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490309 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490310 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490311 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490312 2 0.4178 0.67359 0.172 0.828 0
#> SRR490313 2 0.3412 0.74571 0.124 0.876 0
#> SRR490314 2 0.4504 0.62972 0.196 0.804 0
#> SRR490315 2 0.4702 0.59972 0.212 0.788 0
#> SRR490316 2 0.6244 0.08655 0.440 0.560 0
#> SRR490317 2 0.6244 0.07688 0.440 0.560 0
#> SRR490318 2 0.6252 0.08341 0.444 0.556 0
#> SRR490319 2 0.6235 0.09025 0.436 0.564 0
#> SRR490320 1 0.6168 0.27515 0.588 0.412 0
#> SRR490321 1 0.6225 0.23566 0.568 0.432 0
#> SRR490322 1 0.6079 0.30696 0.612 0.388 0
#> SRR490323 1 0.6062 0.31103 0.616 0.384 0
#> SRR490324 1 0.6168 0.27513 0.588 0.412 0
#> SRR490325 1 0.6299 0.13575 0.524 0.476 0
#> SRR490326 1 0.6180 0.26804 0.584 0.416 0
#> SRR490327 1 0.6168 0.27513 0.588 0.412 0
#> SRR490328 1 0.5835 0.39060 0.660 0.340 0
#> SRR490329 1 0.6045 0.34022 0.620 0.380 0
#> SRR490330 1 0.2711 0.61579 0.912 0.088 0
#> SRR490331 1 0.6299 0.15506 0.524 0.476 0
#> SRR490332 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490333 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490334 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490335 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490336 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490337 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490338 1 0.5905 0.45481 0.648 0.352 0
#> SRR490339 1 0.5835 0.46655 0.660 0.340 0
#> SRR490340 1 0.0892 0.62532 0.980 0.020 0
#> SRR490341 1 0.1289 0.62307 0.968 0.032 0
#> SRR490342 1 0.1031 0.62485 0.976 0.024 0
#> SRR490343 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490344 2 0.2711 0.78456 0.088 0.912 0
#> SRR490345 2 0.2711 0.78456 0.088 0.912 0
#> SRR490346 2 0.2711 0.78456 0.088 0.912 0
#> SRR490347 2 0.2625 0.78972 0.084 0.916 0
#> SRR490348 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490349 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490350 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490351 2 0.0237 0.85762 0.004 0.996 0
#> SRR490352 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490353 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490354 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490355 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490356 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490357 2 0.0424 0.85636 0.008 0.992 0
#> SRR490358 2 0.1860 0.83081 0.052 0.948 0
#> SRR490359 2 0.0747 0.85361 0.016 0.984 0
#> SRR490360 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490361 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490362 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490363 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490364 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490365 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490366 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490367 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490368 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490369 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490370 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490371 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490372 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490373 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490374 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490375 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490376 2 0.2261 0.80871 0.068 0.932 0
#> SRR490377 2 0.2261 0.80869 0.068 0.932 0
#> SRR490378 2 0.1411 0.83936 0.036 0.964 0
#> SRR490379 2 0.2165 0.81304 0.064 0.936 0
#> SRR490380 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490381 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490382 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490383 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490384 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490385 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490386 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490387 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490388 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490389 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490390 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490391 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490392 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490393 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490394 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490395 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490396 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490397 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490398 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490399 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490400 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490401 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490402 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490403 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490404 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490405 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490406 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490407 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490408 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490409 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490410 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490411 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490412 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490413 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490414 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490415 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490416 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490417 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490418 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490419 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490420 1 0.0237 0.62220 0.996 0.004 0
#> SRR490421 1 0.0000 0.62239 1.000 0.000 0
#> SRR490422 1 0.0237 0.62220 0.996 0.004 0
#> SRR490423 1 0.0592 0.62066 0.988 0.012 0
#> SRR490424 1 0.4121 0.54447 0.832 0.168 0
#> SRR490425 1 0.5254 0.45629 0.736 0.264 0
#> SRR490426 1 0.5327 0.45324 0.728 0.272 0
#> SRR490427 1 0.5216 0.46163 0.740 0.260 0
#> SRR490428 1 0.1753 0.61107 0.952 0.048 0
#> SRR490429 1 0.0000 0.62239 1.000 0.000 0
#> SRR490430 1 0.0747 0.62002 0.984 0.016 0
#> SRR490431 1 0.0592 0.62093 0.988 0.012 0
#> SRR490432 1 0.0424 0.62521 0.992 0.008 0
#> SRR490433 1 0.0424 0.62517 0.992 0.008 0
#> SRR490434 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490435 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490436 1 0.0237 0.62220 0.996 0.004 0
#> SRR490437 1 0.0237 0.62389 0.996 0.004 0
#> SRR490438 1 0.0237 0.62389 0.996 0.004 0
#> SRR490439 1 0.0592 0.62505 0.988 0.012 0
#> SRR490440 1 0.6252 0.32830 0.556 0.444 0
#> SRR490441 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490442 1 0.6252 0.32822 0.556 0.444 0
#> SRR490443 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490444 1 0.3482 0.59756 0.872 0.128 0
#> SRR490445 1 0.4452 0.57335 0.808 0.192 0
#> SRR490446 1 0.2537 0.61288 0.920 0.080 0
#> SRR490447 1 0.1964 0.61874 0.944 0.056 0
#> SRR490448 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490449 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490450 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490451 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490452 1 0.1163 0.61757 0.972 0.028 0
#> SRR490453 1 0.0424 0.62172 0.992 0.008 0
#> SRR490454 1 0.0000 0.62239 1.000 0.000 0
#> SRR490455 1 0.0237 0.62235 0.996 0.004 0
#> SRR490456 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490457 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490458 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490459 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490460 1 0.0424 0.62521 0.992 0.008 0
#> SRR490461 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490462 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490463 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490464 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490465 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490466 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490467 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490468 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490469 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490470 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490471 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490472 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490473 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490474 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490475 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490476 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490477 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490478 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490479 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR490480 1 0.5926 0.45104 0.644 0.356 0
#> SRR490481 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490482 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490483 1 0.5926 0.45086 0.644 0.356 0
#> SRR490484 1 0.3038 0.60451 0.896 0.104 0
#> SRR490485 1 0.4796 0.55246 0.780 0.220 0
#> SRR490486 1 0.3752 0.59000 0.856 0.144 0
#> SRR490487 1 0.3482 0.59629 0.872 0.128 0
#> SRR490488 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490489 1 0.5882 0.45874 0.652 0.348 0
#> SRR490490 1 0.5926 0.45068 0.644 0.356 0
#> SRR490491 1 0.5882 0.45874 0.652 0.348 0
#> SRR490492 1 0.5733 0.47914 0.676 0.324 0
#> SRR490493 1 0.5706 0.48235 0.680 0.320 0
#> SRR490494 1 0.5733 0.47914 0.676 0.324 0
#> SRR490495 1 0.5733 0.47914 0.676 0.324 0
#> SRR490496 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490497 1 0.6026 0.42787 0.624 0.376 0
#> SRR490498 1 0.6008 0.43275 0.628 0.372 0
#> SRR490499 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490500 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490501 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490502 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490503 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490504 1 0.6244 0.33445 0.560 0.440 0
#> SRR490505 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490506 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490507 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490508 1 0.6079 0.41104 0.612 0.388 0
#> SRR490509 1 0.6062 0.41652 0.616 0.384 0
#> SRR490510 1 0.5968 0.44183 0.636 0.364 0
#> SRR490511 1 0.5968 0.44183 0.636 0.364 0
#> SRR490512 1 0.4750 0.55446 0.784 0.216 0
#> SRR490513 1 0.5363 0.51704 0.724 0.276 0
#> SRR490514 1 0.5291 0.52193 0.732 0.268 0
#> SRR490515 1 0.4796 0.55262 0.780 0.220 0
#> SRR490516 1 0.5968 0.44203 0.636 0.364 0
#> SRR490517 1 0.5988 0.43725 0.632 0.368 0
#> SRR490518 1 0.6045 0.42261 0.620 0.380 0
#> SRR490519 1 0.6026 0.42775 0.624 0.376 0
#> SRR490520 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490521 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490522 1 0.5948 0.44629 0.640 0.360 0
#> SRR490523 1 0.5926 0.45068 0.644 0.356 0
#> SRR490524 1 0.5785 0.47428 0.668 0.332 0
#> SRR490525 1 0.5810 0.47088 0.664 0.336 0
#> SRR490526 1 0.5835 0.46694 0.660 0.340 0
#> SRR490527 1 0.5859 0.46323 0.656 0.344 0
#> SRR490528 1 0.5948 0.44625 0.640 0.360 0
#> SRR490529 1 0.6026 0.42837 0.624 0.376 0
#> SRR490530 1 0.6079 0.41234 0.612 0.388 0
#> SRR490531 1 0.6095 0.40694 0.608 0.392 0
#> SRR490532 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490533 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490534 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490535 1 0.0592 0.62622 0.988 0.012 0
#> SRR490536 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490537 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490538 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490539 1 0.6260 0.32199 0.552 0.448 0
#> SRR490540 2 0.2066 0.82537 0.060 0.940 0
#> SRR490541 2 0.2165 0.81946 0.064 0.936 0
#> SRR490542 2 0.2165 0.82053 0.064 0.936 0
#> SRR490543 2 0.2165 0.82059 0.064 0.936 0
#> SRR490544 2 0.2165 0.81973 0.064 0.936 0
#> SRR490545 2 0.1753 0.83395 0.048 0.952 0
#> SRR490546 2 0.2448 0.80535 0.076 0.924 0
#> SRR490547 2 0.2066 0.82374 0.060 0.940 0
#> SRR490548 2 0.2711 0.79741 0.088 0.912 0
#> SRR490549 2 0.0747 0.85370 0.016 0.984 0
#> SRR490550 2 0.0747 0.85371 0.016 0.984 0
#> SRR490551 2 0.2066 0.82340 0.060 0.940 0
#> SRR490552 2 0.2066 0.82326 0.060 0.940 0
#> SRR490553 2 0.2066 0.82328 0.060 0.940 0
#> SRR490554 2 0.1529 0.84005 0.040 0.960 0
#> SRR490555 2 0.2066 0.82333 0.060 0.940 0
#> SRR490556 2 0.0237 0.85752 0.004 0.996 0
#> SRR490557 2 0.2711 0.78477 0.088 0.912 0
#> SRR490558 2 0.3116 0.75304 0.108 0.892 0
#> SRR490559 2 0.1964 0.82130 0.056 0.944 0
#> SRR490560 2 0.2356 0.81030 0.072 0.928 0
#> SRR490561 2 0.2448 0.80535 0.076 0.924 0
#> SRR490562 2 0.2448 0.80535 0.076 0.924 0
#> SRR490563 2 0.2356 0.81032 0.072 0.928 0
#> SRR490564 2 0.0892 0.84909 0.020 0.980 0
#> SRR490565 2 0.1411 0.83799 0.036 0.964 0
#> SRR490566 2 0.1411 0.83758 0.036 0.964 0
#> SRR490567 2 0.1529 0.83427 0.040 0.960 0
#> SRR490568 2 0.5859 0.25598 0.344 0.656 0
#> SRR490569 2 0.5560 0.37088 0.300 0.700 0
#> SRR490570 2 0.6026 0.13660 0.376 0.624 0
#> SRR490571 2 0.5591 0.36023 0.304 0.696 0
#> SRR490572 2 0.4555 0.61338 0.200 0.800 0
#> SRR490573 2 0.4605 0.60435 0.204 0.796 0
#> SRR490574 2 0.5431 0.41902 0.284 0.716 0
#> SRR490575 2 0.4605 0.60362 0.204 0.796 0
#> SRR490576 2 0.2537 0.80017 0.080 0.920 0
#> SRR490577 2 0.2537 0.80017 0.080 0.920 0
#> SRR490578 2 0.2537 0.80017 0.080 0.920 0
#> SRR490579 2 0.2711 0.79190 0.088 0.912 0
#> SRR490580 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490581 2 0.0237 0.85763 0.004 0.996 0
#> SRR490582 2 0.0592 0.85525 0.012 0.988 0
#> SRR490583 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490584 2 0.1860 0.83030 0.052 0.948 0
#> SRR490585 2 0.1529 0.83971 0.040 0.960 0
#> SRR490586 2 0.1411 0.84240 0.036 0.964 0
#> SRR490587 2 0.1289 0.84506 0.032 0.968 0
#> SRR490588 2 0.1163 0.84752 0.028 0.972 0
#> SRR490589 2 0.1031 0.84951 0.024 0.976 0
#> SRR490590 2 0.1529 0.83981 0.040 0.960 0
#> SRR490591 2 0.1163 0.84759 0.028 0.972 0
#> SRR490592 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490593 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490594 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490595 2 0.0000 0.85867 0.000 1.000 0
#> SRR490596 2 0.1643 0.83152 0.044 0.956 0
#> SRR490597 2 0.1163 0.84427 0.028 0.972 0
#> SRR490598 2 0.1163 0.84524 0.028 0.972 0
#> SRR490599 2 0.1031 0.84682 0.024 0.976 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.1398 0.9337 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR490217 2 0.0672 0.9573 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR490218 2 0.0657 0.9570 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR490219 2 0.0469 0.9587 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.2589 0.8065 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR490221 1 0.3801 0.6683 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR490222 1 0.2868 0.7817 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR490223 1 0.3569 0.7025 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0336 0.9612 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490252 2 0.5878 0.4306 0.312 0.632 0.000 0.056
#> SRR490253 2 0.3958 0.7632 0.160 0.816 0.000 0.024
#> SRR490254 2 0.3658 0.7904 0.144 0.836 0.000 0.020
#> SRR490255 2 0.4831 0.6731 0.208 0.752 0.000 0.040
#> SRR490256 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.1302 0.9545 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490283 3 0.1302 0.9544 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.1109 0.9002 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR490289 1 0.5897 0.2793 0.588 0.044 0.000 0.368
#> SRR490290 1 0.7890 0.0167 0.372 0.292 0.000 0.336
#> SRR490291 1 0.7442 0.0931 0.456 0.176 0.000 0.368
#> SRR490292 1 0.2730 0.8428 0.896 0.016 0.000 0.088
#> SRR490293 1 0.2760 0.8084 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR490294 1 0.2466 0.8403 0.900 0.004 0.000 0.096
#> SRR490295 1 0.2999 0.8026 0.864 0.004 0.000 0.132
#> SRR490296 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490300 4 0.4804 0.4743 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR490301 4 0.3123 0.7798 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR490302 4 0.4500 0.6069 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR490303 4 0.4250 0.6598 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR490304 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0592 0.9558 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.0707 0.9527 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.1867 0.9043 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0817 0.9494 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.2943 0.8769 0.076 0.892 0.000 0.032
#> SRR490317 2 0.2670 0.8924 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR490318 2 0.2949 0.8704 0.088 0.888 0.000 0.024
#> SRR490319 2 0.2483 0.8991 0.032 0.916 0.000 0.052
#> SRR490320 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.2589 0.7812 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0188 0.9222 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0469 0.9143 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.4948 0.2330 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR490329 4 0.4888 0.3067 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR490330 4 0.0188 0.8779 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490331 4 0.4843 0.3241 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR490332 4 0.0336 0.8771 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490333 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490334 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490335 4 0.0188 0.8785 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490336 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490337 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490338 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490339 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490340 4 0.4250 0.6597 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR490341 4 0.4122 0.7032 0.236 0.004 0.000 0.760
#> SRR490342 4 0.4072 0.6874 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR490343 4 0.4277 0.6547 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR490344 2 0.0336 0.9609 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490345 2 0.0188 0.9637 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490346 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0469 0.9579 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490348 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.1302 0.9277 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490377 2 0.0469 0.9576 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490378 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0817 0.8655 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490409 4 0.0707 0.8685 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR490410 4 0.0817 0.8655 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490411 4 0.0817 0.8655 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490412 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 4 0.4222 0.6648 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR490417 4 0.1637 0.8501 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR490418 4 0.1022 0.8657 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR490419 4 0.1867 0.8430 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR490420 1 0.1474 0.8830 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490421 1 0.3486 0.7317 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR490422 1 0.3024 0.7857 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR490423 1 0.2530 0.8254 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR490424 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0921 0.9043 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR490430 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0188 0.9230 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490432 4 0.4907 0.3880 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR490433 4 0.4830 0.4560 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR490434 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490435 4 0.4500 0.6070 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR490436 1 0.4431 0.5120 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR490437 1 0.4967 0.0572 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR490438 1 0.4898 0.1931 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR490439 1 0.4941 0.1198 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR490440 4 0.0336 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490441 4 0.0469 0.8740 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490442 4 0.0469 0.8742 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490443 4 0.0469 0.8740 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490444 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490445 4 0.0657 0.8745 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490446 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490447 4 0.0817 0.8697 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490448 4 0.4500 0.6069 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR490449 4 0.4500 0.6069 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR490450 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490451 4 0.4500 0.6067 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR490452 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0707 0.9106 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490454 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.9258 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490456 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490457 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490458 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490459 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490460 4 0.4877 0.4188 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR490461 4 0.4522 0.6002 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR490462 4 0.4713 0.5270 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR490463 4 0.4916 0.3758 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR490464 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490469 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490470 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490471 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490472 4 0.0469 0.8739 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490473 4 0.0336 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490474 4 0.0592 0.8713 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490475 4 0.0336 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490476 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490500 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490501 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490504 4 0.0336 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490505 4 0.0336 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490506 4 0.0592 0.8715 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490507 4 0.0336 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490508 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.8797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490532 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490533 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490534 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490535 4 0.4477 0.6130 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR490536 4 0.0469 0.8739 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490537 4 0.0469 0.8739 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490538 4 0.0336 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490539 4 0.0592 0.8713 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490540 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0188 0.9637 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490544 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0817 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490549 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0336 0.9607 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490552 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.2281 0.8688 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR490558 2 0.1211 0.9325 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490559 2 0.1211 0.9313 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490560 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.2345 0.8653 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.1389 0.9245 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.2647 0.8404 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.2081 0.8851 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490568 4 0.3486 0.7100 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR490569 4 0.4008 0.6395 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR490570 4 0.3266 0.7331 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR490571 4 0.4431 0.5520 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR490572 2 0.4356 0.5619 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR490573 2 0.4522 0.5016 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR490574 2 0.4855 0.2939 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR490575 2 0.4585 0.4729 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR490576 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0188 0.9636 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490580 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.1724 0.9268 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR490597 2 0.0336 0.9609 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0592 0.9549 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0592 0.9546 0.016 0.984 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.0693 0.75615 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR490217 2 0.0510 0.76466 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490218 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0162 0.76999 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490220 1 0.3596 0.44188 0.776 0.212 0.000 0.000 0.012
#> SRR490221 1 0.3300 0.44530 0.792 0.204 0.000 0.000 0.004
#> SRR490222 1 0.3663 0.44770 0.776 0.208 0.000 0.000 0.016
#> SRR490223 1 0.3596 0.45394 0.784 0.200 0.000 0.000 0.016
#> SRR490224 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490225 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490226 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490227 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490228 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490229 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490230 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490231 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490232 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490233 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490234 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490235 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490236 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490237 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490238 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490239 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490240 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490241 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490242 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490243 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490244 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490252 1 0.4287 0.04318 0.540 0.460 0.000 0.000 0.000
#> SRR490253 2 0.3857 0.37162 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000
#> SRR490254 2 0.3774 0.38868 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR490255 2 0.3983 0.34292 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR490256 1 0.2852 0.58580 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490257 1 0.3837 0.59621 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR490258 1 0.3452 0.59223 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR490259 1 0.3274 0.59014 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR490260 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490261 1 0.4273 0.60517 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR490262 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490263 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490264 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490265 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490266 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490267 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490268 1 0.2648 0.58358 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR490269 1 0.0000 0.55745 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.2179 0.57805 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR490271 1 0.1478 0.57065 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR490272 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490273 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490274 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490275 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490276 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490277 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490278 1 0.4278 0.60525 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR490279 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490280 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.1205 0.95081 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR490283 3 0.1121 0.94970 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490285 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490286 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490287 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490288 1 0.4273 0.58248 0.748 0.036 0.000 0.004 0.212
#> SRR490289 1 0.5696 0.44752 0.676 0.084 0.000 0.204 0.036
#> SRR490290 1 0.6054 0.29085 0.568 0.172 0.000 0.260 0.000
#> SRR490291 1 0.6029 0.34696 0.596 0.172 0.000 0.228 0.004
#> SRR490292 1 0.2608 0.52076 0.888 0.088 0.000 0.020 0.004
#> SRR490293 1 0.2569 0.52872 0.896 0.068 0.000 0.032 0.004
#> SRR490294 1 0.2482 0.53824 0.904 0.064 0.000 0.016 0.016
#> SRR490295 1 0.2344 0.52917 0.904 0.064 0.000 0.032 0.000
#> SRR490296 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 1 0.4570 0.26691 0.632 0.020 0.000 0.348 0.000
#> SRR490301 4 0.5168 0.36694 0.356 0.052 0.000 0.592 0.000
#> SRR490302 1 0.5028 0.14530 0.564 0.036 0.000 0.400 0.000
#> SRR490303 4 0.5176 0.07909 0.468 0.040 0.000 0.492 0.000
#> SRR490304 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0162 0.76999 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490313 2 0.0162 0.76999 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490314 2 0.0451 0.76318 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490315 2 0.0162 0.76999 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490316 2 0.1704 0.70118 0.068 0.928 0.000 0.000 0.004
#> SRR490317 2 0.1270 0.71898 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR490318 2 0.2329 0.61921 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR490319 2 0.1357 0.71850 0.048 0.948 0.000 0.004 0.000
#> SRR490320 1 0.4430 0.60238 0.540 0.004 0.000 0.000 0.456
#> SRR490321 1 0.5779 0.52296 0.456 0.088 0.000 0.000 0.456
#> SRR490322 1 0.4273 0.60517 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR490323 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490324 1 0.4542 0.59927 0.536 0.008 0.000 0.000 0.456
#> SRR490325 1 0.4731 0.59261 0.528 0.016 0.000 0.000 0.456
#> SRR490326 1 0.5106 0.57504 0.508 0.036 0.000 0.000 0.456
#> SRR490327 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490328 4 0.4273 0.18371 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR490329 4 0.4268 0.20391 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR490330 4 0.0510 0.90437 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490331 4 0.4192 0.33401 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR490332 4 0.1121 0.88280 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490333 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490334 4 0.0404 0.90667 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490335 4 0.0290 0.90930 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490336 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490337 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490338 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490340 1 0.4555 -0.01678 0.520 0.008 0.000 0.472 0.000
#> SRR490341 4 0.4505 0.34416 0.384 0.012 0.000 0.604 0.000
#> SRR490342 4 0.4403 0.34948 0.384 0.008 0.000 0.608 0.000
#> SRR490343 1 0.4306 -0.06170 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.2230 0.67193 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR490349 2 0.2377 0.65175 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR490350 2 0.2891 0.56576 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR490351 2 0.2329 0.65989 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR490352 2 0.3210 0.46599 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490353 2 0.3210 0.46599 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490354 2 0.3177 0.47853 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR490355 2 0.3999 -0.23710 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR490356 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.2966 0.54567 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR490361 2 0.2929 0.55440 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR490362 2 0.2966 0.54496 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR490363 2 0.3039 0.52433 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR490364 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.3074 0.51326 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR490369 2 0.3816 0.00283 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR490370 2 0.3210 0.46622 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490371 2 0.3424 0.35980 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR490372 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0451 0.76460 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490377 2 0.0324 0.76841 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490378 2 0.0404 0.76551 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490379 2 0.0609 0.75925 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490380 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1851 0.70198 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490385 2 0.2230 0.66920 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR490386 2 0.1965 0.69389 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490387 2 0.1121 0.74322 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490388 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.2813 0.58127 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR490393 2 0.2813 0.58148 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR490394 2 0.2852 0.57240 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR490395 2 0.2773 0.58947 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR490396 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.2648 0.61271 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR490401 2 0.2605 0.61937 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR490402 2 0.2424 0.64583 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR490403 2 0.2280 0.66343 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR490404 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.77269 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.2230 0.83028 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR490409 4 0.1965 0.85018 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR490410 4 0.2471 0.80891 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR490411 4 0.2230 0.83028 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR490412 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.4305 0.09929 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR490417 4 0.2377 0.79675 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR490418 4 0.2127 0.82200 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR490419 4 0.2852 0.74393 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR490420 1 0.0290 0.55690 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490421 1 0.1410 0.54626 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490422 1 0.0963 0.55234 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR490423 1 0.0794 0.55397 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490424 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490425 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490426 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490427 1 0.4283 0.60528 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR490428 1 0.0794 0.56445 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490429 1 0.0609 0.55569 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.55745 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.55745 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490432 1 0.3949 0.29400 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR490433 1 0.4138 0.20420 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR490434 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490435 1 0.4242 0.11173 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR490436 1 0.2020 0.53318 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR490437 1 0.3336 0.44846 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR490438 1 0.3074 0.48287 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR490439 1 0.3300 0.47345 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR490440 4 0.1341 0.88248 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR490441 4 0.1341 0.88248 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR490442 4 0.1410 0.88010 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR490443 4 0.1410 0.88010 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR490444 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490445 4 0.0981 0.90262 0.012 0.008 0.000 0.972 0.008
#> SRR490446 4 0.0566 0.90597 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR490447 4 0.1732 0.84993 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR490448 1 0.4242 0.11216 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR490449 1 0.4242 0.11216 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR490450 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490451 1 0.4242 0.11177 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR490452 1 0.0404 0.56065 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490453 1 0.0451 0.55863 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490454 1 0.0404 0.56066 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490455 1 0.0609 0.56249 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490456 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490457 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490458 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490459 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490460 1 0.3999 0.27653 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR490461 1 0.4227 0.12794 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR490462 1 0.4138 0.20320 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR490463 1 0.3895 0.31588 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490469 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490470 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490471 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490472 4 0.1478 0.87716 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR490473 4 0.1341 0.88248 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR490474 4 0.1732 0.86463 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR490475 4 0.1908 0.85518 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR490476 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.99683 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.0162 0.91157 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490501 4 0.0510 0.90416 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490504 4 0.1341 0.88248 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR490505 4 0.1478 0.87755 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR490506 4 0.1410 0.87993 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR490507 4 0.1341 0.88248 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR490508 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.91379 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 1 0.4262 0.08567 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR490533 1 0.4249 0.10216 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR490534 1 0.4256 0.09390 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR490535 1 0.4256 0.09355 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR490536 4 0.2280 0.83421 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR490537 4 0.1792 0.86548 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR490538 4 0.3074 0.75509 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR490539 4 0.3242 0.73462 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR490540 5 0.4294 0.95251 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR490541 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490542 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490543 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490544 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490545 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490546 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490547 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490548 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490549 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490550 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490551 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490552 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490553 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490554 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490555 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490556 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490557 5 0.5568 0.79072 0.000 0.384 0.000 0.076 0.540
#> SRR490558 5 0.4942 0.91405 0.000 0.432 0.000 0.028 0.540
#> SRR490559 5 0.4942 0.91400 0.000 0.432 0.000 0.028 0.540
#> SRR490560 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490561 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490562 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490563 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490564 2 0.6275 -0.10365 0.176 0.516 0.000 0.000 0.308
#> SRR490565 2 0.6367 -0.27436 0.168 0.460 0.000 0.000 0.372
#> SRR490566 2 0.6593 -0.17458 0.216 0.432 0.000 0.000 0.352
#> SRR490567 2 0.6532 -0.26418 0.196 0.420 0.000 0.000 0.384
#> SRR490568 4 0.5403 0.53020 0.000 0.108 0.000 0.644 0.248
#> SRR490569 4 0.6021 0.30418 0.000 0.144 0.000 0.552 0.304
#> SRR490570 4 0.5116 0.57494 0.000 0.084 0.000 0.668 0.248
#> SRR490571 4 0.6287 0.26009 0.000 0.240 0.000 0.536 0.224
#> SRR490572 5 0.5182 0.87298 0.000 0.412 0.000 0.044 0.544
#> SRR490573 5 0.5182 0.87298 0.000 0.412 0.000 0.044 0.544
#> SRR490574 5 0.5535 0.80576 0.000 0.392 0.000 0.072 0.536
#> SRR490575 5 0.5288 0.85309 0.000 0.404 0.000 0.052 0.544
#> SRR490576 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490577 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490578 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490579 5 0.4283 0.96842 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR490580 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490581 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490582 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490583 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490584 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490585 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490586 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490587 5 0.4287 0.96928 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR490588 5 0.4297 0.94941 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR490589 5 0.4294 0.95767 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR490590 5 0.4294 0.95767 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR490591 5 0.4297 0.94941 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR490592 5 0.4294 0.95767 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR490593 5 0.4297 0.94941 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR490594 5 0.4294 0.95767 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR490595 5 0.4294 0.95767 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR490596 2 0.4522 0.34386 0.068 0.736 0.000 0.000 0.196
#> SRR490597 2 0.4846 -0.50563 0.028 0.588 0.000 0.000 0.384
#> SRR490598 2 0.4787 -0.23245 0.036 0.640 0.000 0.000 0.324
#> SRR490599 2 0.4862 -0.43158 0.032 0.604 0.000 0.000 0.364
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.0436 0.90104 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR490217 6 0.0547 0.89816 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR490218 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490219 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490220 1 0.4174 0.71809 0.732 0.000 0.000 0.000 0.084 0.184
#> SRR490221 1 0.3869 0.75118 0.772 0.000 0.000 0.000 0.100 0.128
#> SRR490222 1 0.4269 0.71084 0.724 0.000 0.000 0.000 0.092 0.184
#> SRR490223 1 0.4449 0.70180 0.712 0.000 0.000 0.000 0.124 0.164
#> SRR490224 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490225 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490226 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490227 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490228 5 0.0790 0.90238 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490229 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490230 5 0.0547 0.91119 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR490231 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490232 5 0.1327 0.92878 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR490233 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490234 5 0.1387 0.92648 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR490235 5 0.1267 0.93070 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR490236 5 0.0790 0.93225 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490237 5 0.0937 0.93407 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR490238 5 0.0865 0.93284 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490239 5 0.0632 0.93023 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490240 5 0.1663 0.91247 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR490241 5 0.1663 0.91247 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR490242 5 0.1663 0.91247 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR490243 5 0.1663 0.91247 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490249 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490250 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490251 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490252 1 0.2178 0.78373 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR490253 1 0.3851 0.15168 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR490254 6 0.3866 -0.00368 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR490255 1 0.3828 0.21528 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR490256 5 0.3862 0.10013 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR490257 5 0.3464 0.57103 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR490258 5 0.3747 0.37118 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR490259 5 0.3817 0.26245 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR490260 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490261 5 0.1444 0.92178 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR490262 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490263 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490264 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490265 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490266 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490267 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490268 1 0.3867 -0.01572 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR490269 1 0.1863 0.80521 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR490270 1 0.3684 0.37343 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR490271 1 0.3175 0.62407 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR490272 5 0.1141 0.93388 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR490273 5 0.1204 0.93301 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR490274 5 0.1075 0.93454 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR490275 5 0.1267 0.93094 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR490276 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490277 5 0.1556 0.91956 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR490278 5 0.1501 0.92200 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR490279 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490280 3 0.2706 0.92683 0.060 0.016 0.880 0.000 0.044 0.000
#> SRR490281 3 0.2836 0.92141 0.060 0.016 0.872 0.000 0.052 0.000
#> SRR490282 3 0.3341 0.89000 0.060 0.016 0.836 0.000 0.088 0.000
#> SRR490283 3 0.3290 0.89401 0.060 0.016 0.840 0.000 0.084 0.000
#> SRR490284 5 0.1285 0.88245 0.052 0.004 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR490285 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490286 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490287 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490288 5 0.4819 0.16204 0.440 0.000 0.000 0.004 0.512 0.044
#> SRR490289 1 0.4550 0.78662 0.756 0.000 0.000 0.108 0.080 0.056
#> SRR490290 1 0.3927 0.79846 0.780 0.000 0.000 0.128 0.008 0.084
#> SRR490291 1 0.4613 0.76595 0.736 0.000 0.000 0.084 0.032 0.148
#> SRR490292 1 0.2752 0.79185 0.856 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036
#> SRR490293 1 0.1908 0.82389 0.916 0.000 0.000 0.000 0.056 0.028
#> SRR490294 1 0.3062 0.76778 0.824 0.000 0.000 0.000 0.144 0.032
#> SRR490295 1 0.2066 0.82091 0.904 0.000 0.000 0.000 0.072 0.024
#> SRR490296 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490300 1 0.3802 0.78251 0.772 0.000 0.000 0.180 0.036 0.012
#> SRR490301 1 0.4695 0.28579 0.508 0.000 0.000 0.448 0.000 0.044
#> SRR490302 1 0.2973 0.82604 0.836 0.000 0.000 0.136 0.004 0.024
#> SRR490303 1 0.3907 0.69439 0.704 0.000 0.000 0.268 0.000 0.028
#> SRR490304 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490313 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490314 6 0.0291 0.90016 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR490315 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490316 6 0.0806 0.88772 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008 0.972
#> SRR490317 6 0.0777 0.88674 0.024 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972
#> SRR490318 6 0.2558 0.75362 0.156 0.000 0.000 0.000 0.004 0.840
#> SRR490319 6 0.0748 0.89087 0.016 0.000 0.000 0.004 0.004 0.976
#> SRR490320 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490321 5 0.1075 0.93465 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR490322 5 0.1387 0.92564 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR490323 5 0.1075 0.93468 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR490324 5 0.0713 0.92913 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490325 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490326 5 0.0260 0.91824 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490327 5 0.0363 0.91645 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490328 4 0.3838 0.16814 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR490329 4 0.3868 0.00967 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR490330 4 0.0632 0.91749 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490331 4 0.3854 0.11765 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR490332 4 0.1957 0.83157 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR490333 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490334 4 0.0790 0.91183 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR490335 4 0.0458 0.92388 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490336 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490337 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490338 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490339 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490340 1 0.3221 0.71719 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR490341 1 0.3833 0.34304 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR490342 1 0.4067 0.33151 0.548 0.000 0.000 0.444 0.000 0.008
#> SRR490343 1 0.3244 0.70728 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR490344 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490345 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490346 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490347 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490348 6 0.2135 0.85712 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR490349 6 0.2092 0.85672 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR490350 6 0.2562 0.82497 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR490351 6 0.2219 0.85177 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR490352 6 0.2941 0.77787 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR490353 6 0.2969 0.77310 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR490354 6 0.2883 0.78708 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR490355 2 0.3866 -0.11019 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR490356 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490357 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490358 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490359 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490360 6 0.2854 0.79385 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR490361 6 0.2697 0.81187 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490362 6 0.2730 0.80791 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490363 6 0.2793 0.80064 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR490364 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490365 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490366 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490367 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490368 6 0.2854 0.79177 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR490369 6 0.3866 0.17962 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR490370 6 0.2996 0.76882 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR490371 6 0.3390 0.66532 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR490372 3 0.0865 0.97157 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0865 0.97157 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0865 0.97157 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0865 0.97157 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 6 0.0405 0.90108 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR490377 6 0.0146 0.90414 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR490378 6 0.0363 0.90175 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR490379 6 0.0458 0.90049 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR490380 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 6 0.1556 0.87939 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR490385 6 0.2092 0.85843 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR490386 6 0.1863 0.86861 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR490387 6 0.1267 0.88753 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR490388 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490389 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490390 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490391 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490392 6 0.2631 0.81855 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490393 6 0.2562 0.82562 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR490394 6 0.2664 0.81491 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490395 6 0.2597 0.82210 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR490396 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490397 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490398 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490399 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490400 6 0.2491 0.83162 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR490401 6 0.2416 0.83747 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR490402 6 0.2300 0.84592 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR490403 6 0.2178 0.85350 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR490404 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490405 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490406 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490407 6 0.0000 0.90535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490408 4 0.2092 0.84591 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR490409 4 0.1814 0.86960 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR490410 4 0.2300 0.82388 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR490411 4 0.2092 0.84591 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2631 0.79258 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR490417 4 0.3330 0.55291 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR490418 4 0.3198 0.60850 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR490419 4 0.3563 0.42920 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR490420 1 0.1610 0.81686 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR490421 1 0.1267 0.82422 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490422 1 0.1327 0.82346 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490423 1 0.1387 0.82256 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR490424 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490425 5 0.1204 0.93273 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR490426 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490427 5 0.1007 0.93500 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490428 1 0.2178 0.78492 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR490429 1 0.1267 0.82422 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490430 1 0.1387 0.82256 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR490431 1 0.1327 0.82351 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490432 1 0.1745 0.84673 0.924 0.000 0.000 0.056 0.020 0.000
#> SRR490433 1 0.1663 0.84669 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR490434 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490435 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490436 1 0.1267 0.82422 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490437 1 0.1644 0.84251 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028 0.000
#> SRR490438 1 0.1564 0.83722 0.936 0.000 0.000 0.024 0.040 0.000
#> SRR490439 1 0.1564 0.83701 0.936 0.000 0.000 0.024 0.040 0.000
#> SRR490440 4 0.1387 0.89448 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490441 4 0.1387 0.89448 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490442 4 0.1444 0.89231 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR490443 4 0.1444 0.89231 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR490444 4 0.0717 0.92252 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490445 4 0.1616 0.90416 0.028 0.020 0.000 0.940 0.000 0.012
#> SRR490446 4 0.1398 0.89568 0.052 0.008 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490447 4 0.1858 0.85341 0.092 0.004 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR490448 1 0.1858 0.84609 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000
#> SRR490449 1 0.1858 0.84609 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000
#> SRR490450 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490451 1 0.1858 0.84618 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000
#> SRR490452 1 0.2092 0.79180 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR490453 1 0.1610 0.81701 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR490454 1 0.1814 0.80844 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR490455 1 0.2762 0.71517 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR490456 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490457 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.1745 0.84764 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012 0.000
#> SRR490461 1 0.1858 0.84609 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004 0.000
#> SRR490462 1 0.1812 0.84742 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR490463 1 0.1926 0.84799 0.912 0.000 0.000 0.068 0.020 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490469 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490470 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490471 1 0.1765 0.84487 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR490472 4 0.1556 0.88610 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR490473 4 0.1387 0.89448 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490474 4 0.1714 0.87598 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490475 4 0.2378 0.82143 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.98471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490500 4 0.0632 0.91924 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490501 4 0.0937 0.90566 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR490502 4 0.0146 0.93056 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490503 4 0.0632 0.91944 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490504 4 0.1444 0.89243 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR490505 4 0.1501 0.88941 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490506 4 0.1501 0.88899 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490507 4 0.1387 0.89448 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490508 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.93280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.2378 0.81916 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR490533 1 0.2631 0.79983 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR490534 1 0.2219 0.82838 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR490535 1 0.2491 0.81118 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR490536 4 0.3076 0.69786 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR490537 4 0.2178 0.84232 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR490538 4 0.3854 0.16797 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR490539 4 0.3847 0.19850 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.1204 0.89434 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490541 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490542 2 0.0937 0.90755 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490543 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490544 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490545 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490546 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490547 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490548 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490549 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490550 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490551 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490552 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490553 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490554 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490555 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490556 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490557 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490558 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490559 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490560 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490561 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490562 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490563 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490564 2 0.3360 0.67888 0.004 0.732 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR490565 2 0.2980 0.76504 0.008 0.800 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR490566 2 0.3345 0.73821 0.020 0.776 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR490567 2 0.2968 0.77954 0.016 0.816 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR490568 2 0.4417 0.21990 0.000 0.556 0.000 0.416 0.000 0.028
#> SRR490569 2 0.3508 0.55092 0.000 0.704 0.000 0.292 0.000 0.004
#> SRR490570 2 0.3684 0.37083 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.5529 0.33034 0.000 0.516 0.000 0.336 0.000 0.148
#> SRR490572 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490573 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490574 2 0.0622 0.91452 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR490575 2 0.0508 0.91749 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR490576 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490577 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490578 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490579 2 0.0458 0.92103 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490580 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490581 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490582 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490583 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490584 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490585 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490586 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490587 2 0.0547 0.92206 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490588 2 0.0790 0.91584 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490589 2 0.0865 0.91333 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490590 2 0.0790 0.91584 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490591 2 0.0790 0.91584 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490592 2 0.0937 0.91050 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490593 2 0.0937 0.91050 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490594 2 0.0937 0.91050 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490595 2 0.0937 0.91050 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490596 6 0.4399 -0.01258 0.024 0.460 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR490597 2 0.2871 0.76858 0.004 0.804 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR490598 2 0.3795 0.45259 0.004 0.632 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR490599 2 0.3136 0.72712 0.004 0.768 0.000 0.000 0.000 0.228
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.886 0.936 0.972 0.2577 0.736 0.736
#> 3 3 0.554 0.815 0.889 0.6164 0.874 0.832
#> 4 4 0.554 0.855 0.883 0.4772 0.671 0.497
#> 5 5 0.586 0.622 0.754 0.1498 0.901 0.721
#> 6 6 0.620 0.757 0.774 0.0916 0.875 0.582
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490224 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490225 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490226 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490227 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490228 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490229 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490230 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490231 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490232 2 0.1184 0.9674 0.016 0.984
#> SRR490233 2 0.1184 0.9674 0.016 0.984
#> SRR490234 2 0.0938 0.9716 0.012 0.988
#> SRR490235 2 0.0938 0.9716 0.012 0.988
#> SRR490236 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490237 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490238 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490239 1 0.7299 0.8160 0.796 0.204
#> SRR490240 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490260 1 0.9775 0.4491 0.588 0.412
#> SRR490261 2 1.0000 -0.1776 0.496 0.504
#> SRR490262 2 0.9970 -0.0686 0.468 0.532
#> SRR490263 2 0.9970 -0.0686 0.468 0.532
#> SRR490264 1 0.8016 0.7676 0.756 0.244
#> SRR490265 1 0.8443 0.7289 0.728 0.272
#> SRR490266 1 0.8443 0.7289 0.728 0.272
#> SRR490267 1 0.8813 0.6843 0.700 0.300
#> SRR490268 2 0.0376 0.9797 0.004 0.996
#> SRR490269 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.0376 0.9797 0.004 0.996
#> SRR490271 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490272 2 0.8661 0.5266 0.288 0.712
#> SRR490273 2 0.5408 0.8304 0.124 0.876
#> SRR490274 2 0.8661 0.5267 0.288 0.712
#> SRR490275 2 0.5519 0.8245 0.128 0.872
#> SRR490276 1 0.9000 0.6562 0.684 0.316
#> SRR490277 2 0.9996 -0.1478 0.488 0.512
#> SRR490278 2 0.9944 -0.0180 0.456 0.544
#> SRR490279 1 0.9850 0.4067 0.572 0.428
#> SRR490280 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490285 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490286 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490287 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490288 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.2043 0.9497 0.032 0.968
#> SRR490321 2 0.1184 0.9674 0.016 0.984
#> SRR490322 2 0.1414 0.9631 0.020 0.980
#> SRR490323 2 0.1414 0.9631 0.020 0.980
#> SRR490324 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490325 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490326 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490327 1 0.4939 0.8722 0.892 0.108
#> SRR490328 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490424 1 0.9983 0.2612 0.524 0.476
#> SRR490425 2 0.9896 0.0509 0.440 0.560
#> SRR490426 2 0.9608 0.2585 0.384 0.616
#> SRR490427 2 0.9795 0.1459 0.416 0.584
#> SRR490428 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.0672 0.9757 0.008 0.992
#> SRR490453 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.0672 0.9757 0.008 0.992
#> SRR490533 2 0.0672 0.9757 0.008 0.992
#> SRR490534 2 0.0672 0.9757 0.008 0.992
#> SRR490535 2 0.0672 0.9757 0.008 0.992
#> SRR490536 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490217 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490218 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490219 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490220 2 0.4062 0.8743 0.164 0.836 0.000
#> SRR490221 2 0.3941 0.8757 0.156 0.844 0.000
#> SRR490222 2 0.3879 0.8763 0.152 0.848 0.000
#> SRR490223 2 0.4002 0.8752 0.160 0.840 0.000
#> SRR490224 1 0.3886 0.6993 0.880 0.024 0.096
#> SRR490225 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490226 1 0.3886 0.6993 0.880 0.024 0.096
#> SRR490227 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490228 1 0.4045 0.6898 0.872 0.024 0.104
#> SRR490229 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490230 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490231 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490232 1 0.1031 0.7248 0.976 0.024 0.000
#> SRR490233 1 0.1753 0.6994 0.952 0.048 0.000
#> SRR490234 1 0.2796 0.6425 0.908 0.092 0.000
#> SRR490235 1 0.5098 0.4490 0.752 0.248 0.000
#> SRR490236 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490237 1 0.3528 0.7065 0.892 0.016 0.092
#> SRR490238 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490239 1 0.3805 0.7032 0.884 0.024 0.092
#> SRR490240 2 0.6192 0.5370 0.420 0.580 0.000
#> SRR490241 2 0.5760 0.7078 0.328 0.672 0.000
#> SRR490242 2 0.5560 0.7481 0.300 0.700 0.000
#> SRR490243 2 0.6079 0.6040 0.388 0.612 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 2 0.1031 0.8728 0.024 0.976 0.000
#> SRR490249 2 0.1031 0.8728 0.024 0.976 0.000
#> SRR490250 2 0.0892 0.8751 0.020 0.980 0.000
#> SRR490251 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490252 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490253 2 0.3879 0.8763 0.152 0.848 0.000
#> SRR490254 2 0.3879 0.8763 0.152 0.848 0.000
#> SRR490255 2 0.3879 0.8763 0.152 0.848 0.000
#> SRR490256 1 0.6079 0.0787 0.612 0.388 0.000
#> SRR490257 2 0.6291 0.4214 0.468 0.532 0.000
#> SRR490258 2 0.6309 0.3408 0.496 0.504 0.000
#> SRR490259 2 0.6307 0.3648 0.488 0.512 0.000
#> SRR490260 1 0.0983 0.7427 0.980 0.004 0.016
#> SRR490261 1 0.0661 0.7420 0.988 0.004 0.008
#> SRR490262 1 0.0661 0.7420 0.988 0.004 0.008
#> SRR490263 1 0.0237 0.7385 0.996 0.004 0.000
#> SRR490264 1 0.1525 0.7397 0.964 0.004 0.032
#> SRR490265 1 0.1399 0.7410 0.968 0.004 0.028
#> SRR490266 1 0.1399 0.7410 0.968 0.004 0.028
#> SRR490267 1 0.0983 0.7427 0.980 0.004 0.016
#> SRR490268 1 0.6252 -0.1485 0.556 0.444 0.000
#> SRR490269 1 0.6299 -0.2618 0.524 0.476 0.000
#> SRR490270 1 0.6295 -0.2481 0.528 0.472 0.000
#> SRR490271 2 0.6291 0.4186 0.468 0.532 0.000
#> SRR490272 1 0.0237 0.7385 0.996 0.004 0.000
#> SRR490273 1 0.0424 0.7369 0.992 0.008 0.000
#> SRR490274 1 0.0237 0.7385 0.996 0.004 0.000
#> SRR490275 1 0.0424 0.7369 0.992 0.008 0.000
#> SRR490276 1 0.1267 0.7420 0.972 0.004 0.024
#> SRR490277 1 0.0661 0.7420 0.988 0.004 0.008
#> SRR490278 1 0.0237 0.7385 0.996 0.004 0.000
#> SRR490279 1 0.0829 0.7430 0.984 0.004 0.012
#> SRR490280 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490281 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490282 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490283 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490284 1 0.5723 0.5643 0.744 0.016 0.240
#> SRR490285 1 0.5849 0.5878 0.756 0.028 0.216
#> SRR490286 1 0.5967 0.5831 0.752 0.032 0.216
#> SRR490287 1 0.5967 0.5831 0.752 0.032 0.216
#> SRR490288 2 0.5098 0.8124 0.248 0.752 0.000
#> SRR490289 2 0.4178 0.8712 0.172 0.828 0.000
#> SRR490290 2 0.4178 0.8717 0.172 0.828 0.000
#> SRR490291 2 0.4291 0.8679 0.180 0.820 0.000
#> SRR490292 2 0.5706 0.7214 0.320 0.680 0.000
#> SRR490293 2 0.5678 0.7262 0.316 0.684 0.000
#> SRR490294 2 0.5591 0.7431 0.304 0.696 0.000
#> SRR490295 2 0.5327 0.7837 0.272 0.728 0.000
#> SRR490296 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490297 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490298 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490299 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490300 2 0.4235 0.8694 0.176 0.824 0.000
#> SRR490301 2 0.4235 0.8694 0.176 0.824 0.000
#> SRR490302 2 0.4235 0.8694 0.176 0.824 0.000
#> SRR490303 2 0.4235 0.8694 0.176 0.824 0.000
#> SRR490304 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490305 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490306 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490307 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490313 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490314 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490315 2 0.1163 0.8705 0.028 0.972 0.000
#> SRR490316 2 0.3941 0.8759 0.156 0.844 0.000
#> SRR490317 2 0.3879 0.8767 0.152 0.848 0.000
#> SRR490318 2 0.3941 0.8759 0.156 0.844 0.000
#> SRR490319 2 0.3941 0.8759 0.156 0.844 0.000
#> SRR490320 1 0.0592 0.7341 0.988 0.012 0.000
#> SRR490321 1 0.1163 0.7212 0.972 0.028 0.000
#> SRR490322 1 0.1163 0.7210 0.972 0.028 0.000
#> SRR490323 1 0.1753 0.6993 0.952 0.048 0.000
#> SRR490324 1 0.5239 0.6547 0.808 0.032 0.160
#> SRR490325 1 0.5298 0.6514 0.804 0.032 0.164
#> SRR490326 1 0.5239 0.6547 0.808 0.032 0.160
#> SRR490327 1 0.5355 0.6467 0.800 0.032 0.168
#> SRR490328 2 0.4062 0.8730 0.164 0.836 0.000
#> SRR490329 2 0.4002 0.8740 0.160 0.840 0.000
#> SRR490330 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490331 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490332 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490333 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490334 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490335 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490336 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490337 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490338 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490339 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490340 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490341 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490342 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490343 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490344 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490345 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490346 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490347 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490348 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490349 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490350 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490351 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490352 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490353 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490354 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490355 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490356 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490357 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490358 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490359 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490360 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490361 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490362 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490363 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490364 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490365 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490366 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490367 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490368 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490369 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490370 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490371 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490372 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490373 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490374 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490375 1 0.6286 0.1528 0.536 0.000 0.464
#> SRR490376 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490377 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490378 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490379 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490385 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490386 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490387 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490388 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490389 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490390 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490391 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490392 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490393 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490394 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490395 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490396 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490397 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490398 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490399 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490400 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490401 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490402 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490403 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490404 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490405 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490406 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490407 2 0.0424 0.8805 0.008 0.992 0.000
#> SRR490408 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490409 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490410 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490411 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490417 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490418 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490419 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490420 2 0.5650 0.7264 0.312 0.688 0.000
#> SRR490421 2 0.5363 0.7737 0.276 0.724 0.000
#> SRR490422 2 0.5327 0.7783 0.272 0.728 0.000
#> SRR490423 2 0.5497 0.7538 0.292 0.708 0.000
#> SRR490424 1 0.0829 0.7430 0.984 0.004 0.012
#> SRR490425 1 0.0829 0.7430 0.984 0.004 0.012
#> SRR490426 1 0.0829 0.7430 0.984 0.004 0.012
#> SRR490427 1 0.0829 0.7430 0.984 0.004 0.012
#> SRR490428 2 0.6244 0.4899 0.440 0.560 0.000
#> SRR490429 2 0.5621 0.7320 0.308 0.692 0.000
#> SRR490430 2 0.6192 0.5298 0.420 0.580 0.000
#> SRR490431 2 0.5810 0.6903 0.336 0.664 0.000
#> SRR490432 2 0.4346 0.8625 0.184 0.816 0.000
#> SRR490433 2 0.4346 0.8625 0.184 0.816 0.000
#> SRR490434 2 0.4291 0.8653 0.180 0.820 0.000
#> SRR490435 2 0.4291 0.8653 0.180 0.820 0.000
#> SRR490436 2 0.4555 0.8508 0.200 0.800 0.000
#> SRR490437 2 0.4504 0.8539 0.196 0.804 0.000
#> SRR490438 2 0.4399 0.8599 0.188 0.812 0.000
#> SRR490439 2 0.4452 0.8572 0.192 0.808 0.000
#> SRR490440 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490441 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490442 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490443 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490444 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490445 2 0.4062 0.8730 0.164 0.836 0.000
#> SRR490446 2 0.4062 0.8730 0.164 0.836 0.000
#> SRR490447 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490448 2 0.4842 0.8297 0.224 0.776 0.000
#> SRR490449 2 0.4555 0.8509 0.200 0.800 0.000
#> SRR490450 2 0.4654 0.8443 0.208 0.792 0.000
#> SRR490451 2 0.4931 0.8219 0.232 0.768 0.000
#> SRR490452 1 0.6140 0.0218 0.596 0.404 0.000
#> SRR490453 2 0.5810 0.6903 0.336 0.664 0.000
#> SRR490454 2 0.6045 0.6134 0.380 0.620 0.000
#> SRR490455 2 0.6095 0.5898 0.392 0.608 0.000
#> SRR490456 2 0.4291 0.8651 0.180 0.820 0.000
#> SRR490457 2 0.4291 0.8651 0.180 0.820 0.000
#> SRR490458 2 0.4291 0.8651 0.180 0.820 0.000
#> SRR490459 2 0.4291 0.8651 0.180 0.820 0.000
#> SRR490460 2 0.4452 0.8571 0.192 0.808 0.000
#> SRR490461 2 0.4399 0.8599 0.188 0.812 0.000
#> SRR490462 2 0.4346 0.8627 0.184 0.816 0.000
#> SRR490463 2 0.4346 0.8627 0.184 0.816 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 2 0.4235 0.8676 0.176 0.824 0.000
#> SRR490469 2 0.4291 0.8651 0.180 0.820 0.000
#> SRR490470 2 0.4291 0.8651 0.180 0.820 0.000
#> SRR490471 2 0.4235 0.8676 0.176 0.824 0.000
#> SRR490472 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490473 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490474 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490475 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490481 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490482 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490483 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490484 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490485 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490486 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490487 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490488 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490489 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490490 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490491 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490492 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490493 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490494 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490495 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490496 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490497 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490498 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490499 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490500 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490501 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490502 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490503 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490504 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490505 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490506 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490507 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490508 2 0.3340 0.8796 0.120 0.880 0.000
#> SRR490509 2 0.3686 0.8775 0.140 0.860 0.000
#> SRR490510 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490511 2 0.3816 0.8762 0.148 0.852 0.000
#> SRR490512 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490513 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490514 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490515 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490516 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490517 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490518 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490519 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490520 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490521 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490522 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490523 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490524 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490525 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490526 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490527 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490528 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490529 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490530 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490531 2 0.4121 0.8719 0.168 0.832 0.000
#> SRR490532 2 0.6235 0.4869 0.436 0.564 0.000
#> SRR490533 2 0.6244 0.4785 0.440 0.560 0.000
#> SRR490534 2 0.6204 0.5162 0.424 0.576 0.000
#> SRR490535 2 0.6235 0.4869 0.436 0.564 0.000
#> SRR490536 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490537 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490538 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490539 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490540 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490541 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490542 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490543 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490544 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490545 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490546 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490547 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490550 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490551 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490552 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490553 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490554 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490555 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490556 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490557 2 0.0237 0.8830 0.004 0.996 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490561 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490562 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490563 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490564 2 0.0747 0.8848 0.016 0.984 0.000
#> SRR490565 2 0.1163 0.8851 0.028 0.972 0.000
#> SRR490566 2 0.1163 0.8850 0.028 0.972 0.000
#> SRR490567 2 0.0592 0.8844 0.012 0.988 0.000
#> SRR490568 2 0.1163 0.8847 0.028 0.972 0.000
#> SRR490569 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490570 2 0.0747 0.8843 0.016 0.984 0.000
#> SRR490571 2 0.0892 0.8846 0.020 0.980 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.8820 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490577 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490578 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490579 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490580 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490581 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490582 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490583 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490584 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490585 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490586 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490587 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490588 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490589 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490590 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490591 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490592 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490593 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490594 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490595 2 0.0237 0.8810 0.004 0.996 0.000
#> SRR490596 2 0.0892 0.8851 0.020 0.980 0.000
#> SRR490597 2 0.0237 0.8830 0.004 0.996 0.000
#> SRR490598 2 0.0237 0.8831 0.004 0.996 0.000
#> SRR490599 2 0.0424 0.8838 0.008 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490217 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490218 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490219 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490220 4 0.4590 0.8439 0.036 0.192 0.000 0.772
#> SRR490221 4 0.4590 0.8439 0.036 0.192 0.000 0.772
#> SRR490222 4 0.4590 0.8439 0.036 0.192 0.000 0.772
#> SRR490223 4 0.4590 0.8439 0.036 0.192 0.000 0.772
#> SRR490224 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490225 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490226 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490227 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490228 1 0.0895 0.8859 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR490229 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490230 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490231 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490232 4 0.5080 0.2678 0.420 0.004 0.000 0.576
#> SRR490233 4 0.5291 0.5155 0.324 0.024 0.000 0.652
#> SRR490234 4 0.5308 0.6075 0.280 0.036 0.000 0.684
#> SRR490235 4 0.5646 0.6165 0.272 0.056 0.000 0.672
#> SRR490236 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490237 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490238 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490239 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490240 4 0.4378 0.8533 0.040 0.164 0.000 0.796
#> SRR490241 4 0.4104 0.8589 0.028 0.164 0.000 0.808
#> SRR490242 4 0.4332 0.8510 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR490243 4 0.4289 0.8511 0.032 0.172 0.000 0.796
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.1716 0.9200 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490249 2 0.1716 0.9200 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490250 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490251 2 0.1716 0.9200 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490252 4 0.4500 0.8454 0.032 0.192 0.000 0.776
#> SRR490253 4 0.4500 0.8454 0.032 0.192 0.000 0.776
#> SRR490254 4 0.4500 0.8454 0.032 0.192 0.000 0.776
#> SRR490255 4 0.4500 0.8454 0.032 0.192 0.000 0.776
#> SRR490256 4 0.5326 0.8062 0.136 0.116 0.000 0.748
#> SRR490257 4 0.5092 0.8401 0.096 0.140 0.000 0.764
#> SRR490258 4 0.5522 0.7975 0.148 0.120 0.000 0.732
#> SRR490259 4 0.5167 0.8313 0.108 0.132 0.000 0.760
#> SRR490260 1 0.0817 0.8870 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490261 1 0.1716 0.8618 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490262 1 0.1389 0.8747 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490263 1 0.1867 0.8544 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490264 1 0.0707 0.8867 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490265 1 0.0817 0.8870 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490266 1 0.0817 0.8870 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490267 1 0.0921 0.8861 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR490268 4 0.4856 0.8130 0.136 0.084 0.000 0.780
#> SRR490269 4 0.4599 0.8411 0.112 0.088 0.000 0.800
#> SRR490270 4 0.4547 0.8482 0.104 0.092 0.000 0.804
#> SRR490271 4 0.4285 0.8644 0.076 0.104 0.000 0.820
#> SRR490272 1 0.3257 0.7607 0.844 0.004 0.000 0.152
#> SRR490273 1 0.4608 0.5573 0.692 0.004 0.000 0.304
#> SRR490274 1 0.3945 0.6737 0.780 0.004 0.000 0.216
#> SRR490275 1 0.4936 0.4476 0.624 0.004 0.000 0.372
#> SRR490276 1 0.0817 0.8870 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490277 1 0.1940 0.8525 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490278 1 0.1940 0.8504 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490279 1 0.0817 0.8870 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490280 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490281 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490282 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490283 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490284 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490285 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490286 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490287 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490288 4 0.4553 0.8523 0.040 0.180 0.000 0.780
#> SRR490289 4 0.4267 0.8507 0.024 0.188 0.000 0.788
#> SRR490290 4 0.4267 0.8507 0.024 0.188 0.000 0.788
#> SRR490291 4 0.4459 0.8484 0.032 0.188 0.000 0.780
#> SRR490292 4 0.4008 0.8658 0.032 0.148 0.000 0.820
#> SRR490293 4 0.4057 0.8661 0.032 0.152 0.000 0.816
#> SRR490294 4 0.4057 0.8662 0.032 0.152 0.000 0.816
#> SRR490295 4 0.4105 0.8661 0.032 0.156 0.000 0.812
#> SRR490296 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490297 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490298 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490299 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490300 4 0.4004 0.8663 0.024 0.164 0.000 0.812
#> SRR490301 4 0.3900 0.8666 0.020 0.164 0.000 0.816
#> SRR490302 4 0.3900 0.8666 0.020 0.164 0.000 0.816
#> SRR490303 4 0.4004 0.8663 0.024 0.164 0.000 0.812
#> SRR490304 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490305 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490306 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490307 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490313 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490314 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490315 2 0.1902 0.9186 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR490316 4 0.4590 0.8439 0.036 0.192 0.000 0.772
#> SRR490317 4 0.4590 0.8439 0.036 0.192 0.000 0.772
#> SRR490318 4 0.4590 0.8439 0.036 0.192 0.000 0.772
#> SRR490319 4 0.4630 0.8400 0.036 0.196 0.000 0.768
#> SRR490320 1 0.4122 0.6391 0.760 0.004 0.000 0.236
#> SRR490321 1 0.5371 0.4177 0.616 0.020 0.000 0.364
#> SRR490322 1 0.5018 0.5003 0.656 0.012 0.000 0.332
#> SRR490323 1 0.5127 0.4558 0.632 0.012 0.000 0.356
#> SRR490324 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490325 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490326 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490327 1 0.1305 0.8750 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR490328 4 0.3937 0.8528 0.012 0.188 0.000 0.800
#> SRR490329 4 0.3937 0.8528 0.012 0.188 0.000 0.800
#> SRR490330 4 0.3978 0.8504 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR490331 4 0.3978 0.8504 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR490332 4 0.3808 0.8615 0.012 0.176 0.000 0.812
#> SRR490333 4 0.3852 0.8589 0.012 0.180 0.000 0.808
#> SRR490334 4 0.3808 0.8615 0.012 0.176 0.000 0.812
#> SRR490335 4 0.3852 0.8589 0.012 0.180 0.000 0.808
#> SRR490336 4 0.3810 0.8508 0.008 0.188 0.000 0.804
#> SRR490337 4 0.3810 0.8508 0.008 0.188 0.000 0.804
#> SRR490338 4 0.3810 0.8508 0.008 0.188 0.000 0.804
#> SRR490339 4 0.3895 0.8535 0.012 0.184 0.000 0.804
#> SRR490340 4 0.3836 0.8657 0.016 0.168 0.000 0.816
#> SRR490341 4 0.3764 0.8637 0.012 0.172 0.000 0.816
#> SRR490342 4 0.3836 0.8657 0.016 0.168 0.000 0.816
#> SRR490343 4 0.3764 0.8637 0.012 0.172 0.000 0.816
#> SRR490344 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490345 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490346 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490347 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490348 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490349 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490350 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490351 2 0.1867 0.9226 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR490352 2 0.1867 0.9226 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR490353 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490354 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490355 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490356 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490357 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490358 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490359 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490360 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490361 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490362 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490363 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490364 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490365 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490366 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490367 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490368 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490369 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490370 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490371 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490372 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490373 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490374 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490375 1 0.3508 0.8246 0.872 0.064 0.060 0.004
#> SRR490376 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490377 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490378 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490379 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490385 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490386 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490387 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490388 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490389 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490390 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490391 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490392 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490393 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490394 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490395 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490396 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490397 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490398 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490399 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490400 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490401 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490402 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490403 2 0.1716 0.9206 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490404 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490405 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490406 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490407 2 0.1792 0.9230 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490408 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490409 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490410 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490411 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 4 0.1722 0.8831 0.008 0.048 0.000 0.944
#> SRR490417 4 0.1722 0.8831 0.008 0.048 0.000 0.944
#> SRR490418 4 0.1722 0.8831 0.008 0.048 0.000 0.944
#> SRR490419 4 0.1722 0.8831 0.008 0.048 0.000 0.944
#> SRR490420 4 0.1584 0.8775 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR490421 4 0.1767 0.8813 0.012 0.044 0.000 0.944
#> SRR490422 4 0.1584 0.8775 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR490423 4 0.1584 0.8775 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR490424 1 0.1118 0.8842 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490425 1 0.1118 0.8842 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490426 1 0.1211 0.8827 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490427 1 0.1118 0.8842 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490428 4 0.3271 0.8765 0.012 0.132 0.000 0.856
#> SRR490429 4 0.3166 0.8809 0.016 0.116 0.000 0.868
#> SRR490430 4 0.3547 0.8712 0.016 0.144 0.000 0.840
#> SRR490431 4 0.2300 0.8847 0.016 0.064 0.000 0.920
#> SRR490432 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490433 4 0.1938 0.8848 0.012 0.052 0.000 0.936
#> SRR490434 4 0.2021 0.8852 0.012 0.056 0.000 0.932
#> SRR490435 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490436 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490437 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490438 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490439 4 0.2222 0.8860 0.016 0.060 0.000 0.924
#> SRR490440 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490441 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490442 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490443 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490444 4 0.3219 0.8629 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490445 4 0.3356 0.8560 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490446 4 0.3636 0.8605 0.008 0.172 0.000 0.820
#> SRR490447 4 0.3266 0.8606 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR490448 4 0.2179 0.8867 0.012 0.064 0.000 0.924
#> SRR490449 4 0.1854 0.8834 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490450 4 0.2676 0.8860 0.012 0.092 0.000 0.896
#> SRR490451 4 0.2988 0.8826 0.012 0.112 0.000 0.876
#> SRR490452 4 0.4093 0.8649 0.072 0.096 0.000 0.832
#> SRR490453 4 0.1854 0.8819 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490454 4 0.2402 0.8866 0.012 0.076 0.000 0.912
#> SRR490455 4 0.2329 0.8864 0.012 0.072 0.000 0.916
#> SRR490456 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490457 4 0.2101 0.8862 0.012 0.060 0.000 0.928
#> SRR490458 4 0.2179 0.8868 0.012 0.064 0.000 0.924
#> SRR490459 4 0.1938 0.8844 0.012 0.052 0.000 0.936
#> SRR490460 4 0.1767 0.8816 0.012 0.044 0.000 0.944
#> SRR490461 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490462 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490463 4 0.1854 0.8829 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 4 0.1975 0.8834 0.016 0.048 0.000 0.936
#> SRR490469 4 0.1975 0.8834 0.016 0.048 0.000 0.936
#> SRR490470 4 0.1975 0.8834 0.016 0.048 0.000 0.936
#> SRR490471 4 0.1975 0.8834 0.016 0.048 0.000 0.936
#> SRR490472 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490473 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490474 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490475 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490481 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490482 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490483 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490484 4 0.0921 0.8727 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490485 4 0.0921 0.8729 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490486 4 0.0921 0.8730 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490487 4 0.0779 0.8653 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490488 4 0.0707 0.8676 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR490489 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490490 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490491 4 0.0817 0.8700 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490492 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490493 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490494 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490495 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490496 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490497 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490498 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490499 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490500 4 0.1635 0.8819 0.008 0.044 0.000 0.948
#> SRR490501 4 0.1635 0.8819 0.008 0.044 0.000 0.948
#> SRR490502 4 0.1635 0.8819 0.008 0.044 0.000 0.948
#> SRR490503 4 0.1635 0.8819 0.008 0.044 0.000 0.948
#> SRR490504 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490505 2 0.4632 0.6605 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490506 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490507 2 0.4632 0.6605 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490508 4 0.4072 0.7613 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490509 4 0.4477 0.6434 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR490510 4 0.4222 0.7255 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR490511 4 0.4250 0.7184 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490512 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490513 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490514 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490515 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490516 4 0.1118 0.8772 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR490517 4 0.1022 0.8748 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR490518 4 0.1118 0.8770 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR490519 4 0.1302 0.8808 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR490520 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490521 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490522 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490523 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490524 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490525 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490526 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490527 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490528 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490529 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490530 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490531 4 0.0592 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490532 4 0.4171 0.8684 0.060 0.116 0.000 0.824
#> SRR490533 4 0.3996 0.8718 0.060 0.104 0.000 0.836
#> SRR490534 4 0.4055 0.8708 0.060 0.108 0.000 0.832
#> SRR490535 4 0.4055 0.8708 0.060 0.108 0.000 0.832
#> SRR490536 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490537 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490538 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490539 2 0.4608 0.6682 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR490540 2 0.2081 0.9223 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490541 2 0.2081 0.9223 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490542 2 0.2081 0.9223 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490543 2 0.2081 0.9223 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490544 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490545 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490546 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490547 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490548 2 0.2593 0.9076 0.004 0.892 0.000 0.104
#> SRR490549 2 0.2401 0.9171 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR490550 2 0.2334 0.9198 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR490551 2 0.2466 0.9142 0.004 0.900 0.000 0.096
#> SRR490552 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490553 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490554 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490555 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490556 2 0.3494 0.8414 0.004 0.824 0.000 0.172
#> SRR490557 2 0.4401 0.6966 0.004 0.724 0.000 0.272
#> SRR490558 2 0.3982 0.7820 0.004 0.776 0.000 0.220
#> SRR490559 2 0.3751 0.8136 0.004 0.800 0.000 0.196
#> SRR490560 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490561 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490562 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490563 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490564 4 0.4933 0.3688 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR490565 4 0.4697 0.5866 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR490566 4 0.4920 0.5556 0.004 0.368 0.000 0.628
#> SRR490567 4 0.4888 0.4345 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR490568 2 0.4543 0.6344 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR490569 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490570 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490571 2 0.4632 0.6658 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR490572 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490573 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490574 2 0.2466 0.9124 0.004 0.900 0.000 0.096
#> SRR490575 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490576 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490577 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490578 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490579 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490580 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490581 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490582 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490583 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490584 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490585 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490586 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490587 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490588 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490589 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490590 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490591 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490592 2 0.2266 0.9219 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR490593 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490594 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490595 2 0.2197 0.9216 0.004 0.916 0.000 0.080
#> SRR490596 4 0.4817 0.5062 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR490597 2 0.4925 0.2389 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR490598 2 0.4977 0.1003 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR490599 2 0.4996 -0.0223 0.000 0.516 0.000 0.484
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490217 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490218 2 0.1399 0.7917 0.020 0.952 0.000 0.028 0.000
#> SRR490219 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490220 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490221 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490222 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490223 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490224 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.6085 0.2070 0.280 0.000 0.556 0.164 0.000
#> SRR490233 3 0.6584 -0.1260 0.344 0.004 0.464 0.188 0.000
#> SRR490234 1 0.6925 0.3808 0.388 0.008 0.368 0.236 0.000
#> SRR490235 3 0.6730 -0.2705 0.364 0.004 0.420 0.212 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.6836 0.6722 0.488 0.036 0.128 0.348 0.000
#> SRR490241 1 0.6811 0.6725 0.488 0.036 0.124 0.352 0.000
#> SRR490242 1 0.6866 0.6719 0.488 0.040 0.124 0.348 0.000
#> SRR490243 1 0.6836 0.6722 0.488 0.036 0.128 0.348 0.000
#> SRR490244 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490249 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490250 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490251 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490252 4 0.6430 -0.5868 0.432 0.056 0.052 0.460 0.000
#> SRR490253 4 0.6368 -0.5619 0.420 0.056 0.048 0.476 0.000
#> SRR490254 4 0.6368 -0.5619 0.420 0.056 0.048 0.476 0.000
#> SRR490255 4 0.6368 -0.5619 0.420 0.056 0.048 0.476 0.000
#> SRR490256 1 0.6972 0.6554 0.472 0.024 0.188 0.316 0.000
#> SRR490257 1 0.6910 0.6625 0.480 0.024 0.176 0.320 0.000
#> SRR490258 1 0.6949 0.6581 0.476 0.024 0.184 0.316 0.000
#> SRR490259 1 0.6925 0.6616 0.480 0.024 0.180 0.316 0.000
#> SRR490260 3 0.0955 0.8042 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR490261 3 0.2580 0.7689 0.064 0.000 0.892 0.044 0.000
#> SRR490262 3 0.2504 0.7710 0.064 0.000 0.896 0.040 0.000
#> SRR490263 3 0.2719 0.7627 0.068 0.000 0.884 0.048 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.8086 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0162 0.8087 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0324 0.8088 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR490267 3 0.0162 0.8087 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.6848 0.6652 0.484 0.020 0.180 0.316 0.000
#> SRR490269 1 0.6727 0.6789 0.500 0.020 0.160 0.320 0.000
#> SRR490270 1 0.6727 0.6790 0.500 0.020 0.160 0.320 0.000
#> SRR490271 1 0.6716 0.6848 0.508 0.024 0.148 0.320 0.000
#> SRR490272 3 0.4155 0.6714 0.144 0.000 0.780 0.076 0.000
#> SRR490273 3 0.5929 0.2992 0.260 0.000 0.584 0.156 0.000
#> SRR490274 3 0.5345 0.5072 0.196 0.000 0.668 0.136 0.000
#> SRR490275 3 0.6109 0.2235 0.272 0.000 0.556 0.172 0.000
#> SRR490276 3 0.0162 0.8088 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490277 3 0.2359 0.7759 0.060 0.000 0.904 0.036 0.000
#> SRR490278 3 0.2632 0.7648 0.072 0.000 0.888 0.040 0.000
#> SRR490279 3 0.1041 0.8030 0.004 0.000 0.964 0.032 0.000
#> SRR490280 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490281 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490282 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490283 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490284 3 0.1638 0.7892 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR490285 3 0.1478 0.7915 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR490286 3 0.1478 0.7915 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR490287 3 0.1478 0.7915 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR490288 1 0.6916 0.6694 0.488 0.048 0.116 0.348 0.000
#> SRR490289 1 0.6890 0.6717 0.496 0.052 0.108 0.344 0.000
#> SRR490290 1 0.6851 0.6713 0.492 0.048 0.108 0.352 0.000
#> SRR490291 1 0.6851 0.6713 0.492 0.048 0.108 0.352 0.000
#> SRR490292 1 0.6836 0.6721 0.488 0.036 0.128 0.348 0.000
#> SRR490293 1 0.6836 0.6721 0.488 0.036 0.128 0.348 0.000
#> SRR490294 1 0.6836 0.6721 0.488 0.036 0.128 0.348 0.000
#> SRR490295 1 0.6866 0.6715 0.488 0.040 0.124 0.348 0.000
#> SRR490296 1 0.5729 0.6496 0.572 0.060 0.016 0.352 0.000
#> SRR490297 1 0.5704 0.6555 0.580 0.060 0.016 0.344 0.000
#> SRR490298 1 0.5704 0.6555 0.580 0.060 0.016 0.344 0.000
#> SRR490299 1 0.5717 0.6531 0.576 0.060 0.016 0.348 0.000
#> SRR490300 1 0.6861 0.6730 0.496 0.052 0.104 0.348 0.000
#> SRR490301 1 0.6781 0.6761 0.504 0.052 0.096 0.348 0.000
#> SRR490302 1 0.6781 0.6761 0.504 0.052 0.096 0.348 0.000
#> SRR490303 1 0.6861 0.6730 0.496 0.052 0.104 0.348 0.000
#> SRR490304 1 0.5717 0.6531 0.576 0.060 0.016 0.348 0.000
#> SRR490305 1 0.5717 0.6531 0.576 0.060 0.016 0.348 0.000
#> SRR490306 1 0.5803 0.6541 0.572 0.060 0.020 0.348 0.000
#> SRR490307 1 0.5717 0.6531 0.576 0.060 0.016 0.348 0.000
#> SRR490308 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490313 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490314 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490315 2 0.1485 0.7886 0.020 0.948 0.000 0.032 0.000
#> SRR490316 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490317 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490318 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490319 1 0.6983 0.6650 0.488 0.056 0.112 0.344 0.000
#> SRR490320 3 0.5083 0.5813 0.140 0.000 0.700 0.160 0.000
#> SRR490321 3 0.5572 0.4694 0.192 0.000 0.644 0.164 0.000
#> SRR490322 3 0.5413 0.5162 0.172 0.000 0.664 0.164 0.000
#> SRR490323 3 0.5478 0.4994 0.180 0.000 0.656 0.164 0.000
#> SRR490324 3 0.1197 0.7968 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR490325 3 0.1197 0.7968 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR490326 3 0.1197 0.7968 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR490327 3 0.1197 0.7968 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR490328 1 0.5883 0.6499 0.516 0.056 0.020 0.408 0.000
#> SRR490329 1 0.5883 0.6499 0.516 0.056 0.020 0.408 0.000
#> SRR490330 1 0.5883 0.6499 0.516 0.056 0.020 0.408 0.000
#> SRR490331 1 0.6045 0.6402 0.500 0.056 0.028 0.416 0.000
#> SRR490332 1 0.5893 0.6624 0.524 0.052 0.024 0.400 0.000
#> SRR490333 1 0.5814 0.6629 0.528 0.052 0.020 0.400 0.000
#> SRR490334 1 0.5814 0.6629 0.528 0.052 0.020 0.400 0.000
#> SRR490335 1 0.5814 0.6629 0.528 0.052 0.020 0.400 0.000
#> SRR490336 1 0.5763 0.6386 0.560 0.060 0.016 0.364 0.000
#> SRR490337 1 0.5774 0.6345 0.556 0.060 0.016 0.368 0.000
#> SRR490338 1 0.5763 0.6386 0.560 0.060 0.016 0.364 0.000
#> SRR490339 1 0.5763 0.6386 0.560 0.060 0.016 0.364 0.000
#> SRR490340 1 0.5980 0.6558 0.512 0.052 0.028 0.408 0.000
#> SRR490341 1 0.5980 0.6558 0.512 0.052 0.028 0.408 0.000
#> SRR490342 1 0.5980 0.6558 0.512 0.052 0.028 0.408 0.000
#> SRR490343 1 0.6050 0.6550 0.508 0.052 0.032 0.408 0.000
#> SRR490344 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490345 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490346 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490347 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490348 2 0.0798 0.8026 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR490349 2 0.0510 0.8051 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0510 0.8051 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0609 0.8056 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0510 0.8051 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0404 0.8052 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0404 0.8052 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0290 0.8040 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.1082 0.7967 0.028 0.964 0.000 0.008 0.000
#> SRR490357 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490358 2 0.0992 0.8004 0.024 0.968 0.000 0.008 0.000
#> SRR490359 2 0.1082 0.7967 0.028 0.964 0.000 0.008 0.000
#> SRR490360 2 0.0609 0.8056 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0609 0.8056 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0609 0.8056 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0609 0.8056 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.1701 0.7660 0.016 0.936 0.000 0.048 0.000
#> SRR490365 2 0.1914 0.7500 0.016 0.924 0.000 0.060 0.000
#> SRR490366 2 0.2069 0.7257 0.012 0.912 0.000 0.076 0.000
#> SRR490367 2 0.2233 0.7147 0.016 0.904 0.000 0.080 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0162 0.7969 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0290 0.7947 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR490372 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490373 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490374 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490375 3 0.4395 0.6752 0.000 0.000 0.748 0.188 0.064
#> SRR490376 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490377 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490378 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490379 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490380 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0404 0.8053 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0290 0.8040 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0290 0.8040 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0162 0.8017 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0566 0.8055 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR490389 2 0.0671 0.8057 0.016 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR490390 2 0.0566 0.8055 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR490391 2 0.0771 0.8043 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR490392 2 0.0290 0.8040 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0451 0.8032 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR490397 2 0.0451 0.8032 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR490398 2 0.0451 0.8032 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR490399 2 0.0451 0.8032 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0404 0.7923 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.7984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490405 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490406 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490407 2 0.0898 0.8034 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR490408 4 0.6326 0.6627 0.172 0.336 0.000 0.492 0.000
#> SRR490409 4 0.6326 0.6627 0.172 0.336 0.000 0.492 0.000
#> SRR490410 4 0.6326 0.6627 0.172 0.336 0.000 0.492 0.000
#> SRR490411 4 0.6377 0.6568 0.180 0.336 0.000 0.484 0.000
#> SRR490412 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 1 0.4629 0.7348 0.740 0.036 0.020 0.204 0.000
#> SRR490417 1 0.4537 0.7344 0.744 0.036 0.016 0.204 0.000
#> SRR490418 1 0.4504 0.7343 0.748 0.036 0.016 0.200 0.000
#> SRR490419 1 0.4504 0.7343 0.748 0.036 0.016 0.200 0.000
#> SRR490420 1 0.4911 0.7377 0.708 0.020 0.040 0.232 0.000
#> SRR490421 1 0.4911 0.7376 0.708 0.020 0.040 0.232 0.000
#> SRR490422 1 0.4796 0.7357 0.724 0.020 0.040 0.216 0.000
#> SRR490423 1 0.4883 0.7373 0.712 0.020 0.040 0.228 0.000
#> SRR490424 3 0.1399 0.8024 0.020 0.000 0.952 0.028 0.000
#> SRR490425 3 0.1872 0.7953 0.020 0.000 0.928 0.052 0.000
#> SRR490426 3 0.2769 0.7669 0.032 0.000 0.876 0.092 0.000
#> SRR490427 3 0.1943 0.7937 0.020 0.000 0.924 0.056 0.000
#> SRR490428 1 0.6427 0.7086 0.556 0.036 0.096 0.312 0.000
#> SRR490429 1 0.6002 0.7206 0.592 0.032 0.068 0.308 0.000
#> SRR490430 1 0.6392 0.7048 0.548 0.036 0.088 0.328 0.000
#> SRR490431 1 0.5228 0.7380 0.672 0.020 0.048 0.260 0.000
#> SRR490432 1 0.4748 0.7352 0.732 0.024 0.036 0.208 0.000
#> SRR490433 1 0.4716 0.7339 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490434 1 0.4716 0.7339 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490435 1 0.4716 0.7339 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490436 1 0.4765 0.7350 0.728 0.020 0.040 0.212 0.000
#> SRR490437 1 0.4703 0.7329 0.736 0.020 0.040 0.204 0.000
#> SRR490438 1 0.4703 0.7329 0.736 0.020 0.040 0.204 0.000
#> SRR490439 1 0.4734 0.7344 0.732 0.020 0.040 0.208 0.000
#> SRR490440 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490441 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490442 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490443 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490444 1 0.4987 0.6684 0.648 0.044 0.004 0.304 0.000
#> SRR490445 1 0.5207 0.6625 0.620 0.044 0.008 0.328 0.000
#> SRR490446 1 0.5294 0.6678 0.620 0.044 0.012 0.324 0.000
#> SRR490447 1 0.4880 0.6743 0.660 0.040 0.004 0.296 0.000
#> SRR490448 1 0.4911 0.7377 0.708 0.020 0.040 0.232 0.000
#> SRR490449 1 0.4734 0.7343 0.732 0.020 0.040 0.208 0.000
#> SRR490450 1 0.4966 0.7380 0.700 0.020 0.040 0.240 0.000
#> SRR490451 1 0.5153 0.7371 0.680 0.024 0.040 0.256 0.000
#> SRR490452 1 0.6248 0.7161 0.572 0.024 0.104 0.300 0.000
#> SRR490453 1 0.5318 0.7354 0.656 0.020 0.048 0.276 0.000
#> SRR490454 1 0.5641 0.7301 0.624 0.020 0.064 0.292 0.000
#> SRR490455 1 0.5641 0.7302 0.624 0.020 0.064 0.292 0.000
#> SRR490456 1 0.4723 0.7346 0.736 0.028 0.032 0.204 0.000
#> SRR490457 1 0.4979 0.7383 0.708 0.028 0.036 0.228 0.000
#> SRR490458 1 0.4892 0.7376 0.720 0.028 0.036 0.216 0.000
#> SRR490459 1 0.4895 0.7374 0.720 0.032 0.032 0.216 0.000
#> SRR490460 1 0.4703 0.7329 0.736 0.020 0.040 0.204 0.000
#> SRR490461 1 0.4716 0.7339 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490462 1 0.4716 0.7339 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490463 1 0.4716 0.7339 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490464 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 1 0.4691 0.7349 0.740 0.032 0.028 0.200 0.000
#> SRR490469 1 0.4716 0.7356 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490470 1 0.4716 0.7356 0.736 0.024 0.036 0.204 0.000
#> SRR490471 1 0.4691 0.7348 0.740 0.028 0.032 0.200 0.000
#> SRR490472 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490473 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490474 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490475 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490476 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490481 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490482 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490483 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490484 1 0.2734 0.6860 0.888 0.028 0.008 0.076 0.000
#> SRR490485 1 0.1469 0.6314 0.948 0.016 0.000 0.036 0.000
#> SRR490486 1 0.1444 0.6327 0.948 0.012 0.000 0.040 0.000
#> SRR490487 1 0.1731 0.6510 0.940 0.012 0.008 0.040 0.000
#> SRR490488 1 0.1205 0.6207 0.956 0.004 0.000 0.040 0.000
#> SRR490489 1 0.1124 0.6209 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490490 1 0.1124 0.6209 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490491 1 0.1124 0.6209 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490492 1 0.1124 0.6262 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490493 1 0.1124 0.6262 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490494 1 0.1124 0.6262 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490495 1 0.1124 0.6262 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490496 1 0.0955 0.6268 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR490497 1 0.0955 0.6268 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR490498 1 0.0955 0.6268 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR490499 1 0.0955 0.6268 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR490500 1 0.4360 0.7302 0.760 0.032 0.016 0.192 0.000
#> SRR490501 1 0.4326 0.7291 0.764 0.032 0.016 0.188 0.000
#> SRR490502 1 0.4326 0.7291 0.764 0.032 0.016 0.188 0.000
#> SRR490503 1 0.4326 0.7291 0.764 0.032 0.016 0.188 0.000
#> SRR490504 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490505 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490506 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490507 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490508 1 0.6759 -0.1212 0.416 0.220 0.004 0.360 0.000
#> SRR490509 1 0.6868 -0.2570 0.392 0.256 0.004 0.348 0.000
#> SRR490510 1 0.6637 -0.1056 0.424 0.228 0.000 0.348 0.000
#> SRR490511 1 0.6706 -0.2091 0.404 0.248 0.000 0.348 0.000
#> SRR490512 1 0.1124 0.6209 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490513 1 0.1124 0.6209 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490514 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490515 1 0.1124 0.6209 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490516 1 0.1012 0.6444 0.968 0.020 0.000 0.012 0.000
#> SRR490517 1 0.0898 0.6423 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR490518 1 0.0771 0.6446 0.976 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR490519 1 0.1830 0.6665 0.932 0.028 0.000 0.040 0.000
#> SRR490520 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490521 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490522 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490523 1 0.1124 0.6209 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000
#> SRR490524 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490525 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490526 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490527 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490528 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490529 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490530 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490531 1 0.1041 0.6242 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490532 1 0.5507 0.7316 0.640 0.024 0.052 0.284 0.000
#> SRR490533 1 0.5507 0.7316 0.640 0.024 0.052 0.284 0.000
#> SRR490534 1 0.5444 0.7341 0.652 0.024 0.052 0.272 0.000
#> SRR490535 1 0.5507 0.7316 0.640 0.024 0.052 0.284 0.000
#> SRR490536 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490537 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490538 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490539 4 0.6300 0.6648 0.168 0.336 0.000 0.496 0.000
#> SRR490540 2 0.4996 0.1667 0.052 0.664 0.004 0.280 0.000
#> SRR490541 2 0.4691 0.2008 0.044 0.680 0.000 0.276 0.000
#> SRR490542 2 0.4887 0.1574 0.044 0.668 0.004 0.284 0.000
#> SRR490543 2 0.4974 0.1282 0.048 0.660 0.004 0.288 0.000
#> SRR490544 2 0.4443 -0.3386 0.004 0.524 0.000 0.472 0.000
#> SRR490545 2 0.4448 -0.3556 0.004 0.516 0.000 0.480 0.000
#> SRR490546 2 0.4300 -0.3402 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR490547 2 0.4443 -0.3336 0.004 0.524 0.000 0.472 0.000
#> SRR490548 4 0.5083 0.5431 0.036 0.432 0.000 0.532 0.000
#> SRR490549 4 0.4882 0.5228 0.024 0.444 0.000 0.532 0.000
#> SRR490550 4 0.4546 0.4960 0.008 0.460 0.000 0.532 0.000
#> SRR490551 4 0.4953 0.5355 0.028 0.440 0.000 0.532 0.000
#> SRR490552 2 0.4451 -0.3825 0.004 0.504 0.000 0.492 0.000
#> SRR490553 2 0.4451 -0.3796 0.004 0.504 0.000 0.492 0.000
#> SRR490554 2 0.4305 -0.3613 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR490555 2 0.4306 -0.3751 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR490556 4 0.5715 0.5878 0.088 0.388 0.000 0.524 0.000
#> SRR490557 4 0.6226 0.5797 0.156 0.340 0.000 0.504 0.000
#> SRR490558 4 0.5900 0.5890 0.108 0.376 0.000 0.516 0.000
#> SRR490559 4 0.5766 0.5850 0.092 0.392 0.000 0.516 0.000
#> SRR490560 4 0.4448 0.4495 0.004 0.480 0.000 0.516 0.000
#> SRR490561 4 0.4559 0.4413 0.008 0.480 0.000 0.512 0.000
#> SRR490562 4 0.4449 0.4376 0.004 0.484 0.000 0.512 0.000
#> SRR490563 4 0.4562 0.4031 0.008 0.496 0.000 0.496 0.000
#> SRR490564 1 0.6362 0.4557 0.444 0.104 0.016 0.436 0.000
#> SRR490565 4 0.6362 -0.4479 0.432 0.104 0.016 0.448 0.000
#> SRR490566 4 0.6363 -0.4640 0.440 0.104 0.016 0.440 0.000
#> SRR490567 1 0.6363 0.4510 0.440 0.104 0.016 0.440 0.000
#> SRR490568 4 0.6837 0.6052 0.236 0.304 0.008 0.452 0.000
#> SRR490569 4 0.6745 0.6070 0.240 0.304 0.004 0.452 0.000
#> SRR490570 4 0.6596 0.6132 0.236 0.308 0.000 0.456 0.000
#> SRR490571 4 0.6745 0.6070 0.240 0.304 0.004 0.452 0.000
#> SRR490572 4 0.5111 0.5198 0.036 0.464 0.000 0.500 0.000
#> SRR490573 4 0.5046 0.5177 0.032 0.468 0.000 0.500 0.000
#> SRR490574 4 0.5289 0.5537 0.048 0.452 0.000 0.500 0.000
#> SRR490575 4 0.5046 0.5177 0.032 0.468 0.000 0.500 0.000
#> SRR490576 4 0.4448 0.4449 0.004 0.480 0.000 0.516 0.000
#> SRR490577 2 0.4307 -0.4040 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR490578 4 0.4306 0.4159 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR490579 4 0.4307 0.4017 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR490580 4 0.4656 0.4495 0.012 0.480 0.000 0.508 0.000
#> SRR490581 4 0.4743 0.4598 0.016 0.472 0.000 0.512 0.000
#> SRR490582 4 0.4653 0.4670 0.012 0.472 0.000 0.516 0.000
#> SRR490583 4 0.4740 0.4703 0.016 0.468 0.000 0.516 0.000
#> SRR490584 2 0.4306 -0.3751 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR490585 2 0.4306 -0.3751 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR490586 2 0.4305 -0.3613 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR490587 2 0.4306 -0.3751 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR490588 4 0.4546 0.4960 0.008 0.460 0.000 0.532 0.000
#> SRR490589 4 0.4648 0.4840 0.012 0.464 0.000 0.524 0.000
#> SRR490590 4 0.4546 0.4960 0.008 0.460 0.000 0.532 0.000
#> SRR490591 4 0.4641 0.4991 0.012 0.456 0.000 0.532 0.000
#> SRR490592 2 0.4045 0.0596 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR490593 2 0.4126 -0.0247 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR490594 2 0.4210 -0.1520 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR490595 2 0.4219 -0.1649 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR490596 1 0.6498 0.4206 0.436 0.120 0.016 0.428 0.000
#> SRR490597 1 0.7131 -0.0109 0.372 0.248 0.016 0.364 0.000
#> SRR490598 1 0.7015 0.1301 0.404 0.212 0.016 0.368 0.000
#> SRR490599 1 0.6971 0.1941 0.404 0.200 0.016 0.380 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490217 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490218 6 0.3426 0.9515 0.068 0.124 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490219 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490220 1 0.5874 0.6929 0.636 0.136 0.000 0.100 0.128 0.000
#> SRR490221 1 0.5874 0.6929 0.636 0.136 0.000 0.100 0.128 0.000
#> SRR490222 1 0.5874 0.6929 0.636 0.136 0.000 0.100 0.128 0.000
#> SRR490223 1 0.5874 0.6929 0.636 0.136 0.000 0.100 0.128 0.000
#> SRR490224 5 0.0146 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR490225 5 0.0000 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 5 0.0000 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 5 0.0146 0.7974 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490228 5 0.0551 0.7950 0.004 0.008 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR490229 5 0.0291 0.7960 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR490230 5 0.0291 0.7960 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR490231 5 0.0291 0.7960 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR490232 5 0.4187 0.4298 0.356 0.016 0.000 0.004 0.624 0.000
#> SRR490233 5 0.4486 0.3274 0.384 0.028 0.000 0.004 0.584 0.000
#> SRR490234 5 0.4937 -0.0518 0.472 0.052 0.000 0.004 0.472 0.000
#> SRR490235 5 0.5063 0.0312 0.432 0.064 0.000 0.004 0.500 0.000
#> SRR490236 5 0.0000 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 5 0.0000 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 5 0.0000 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 5 0.0000 0.7962 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.5413 0.6552 0.652 0.120 0.000 0.036 0.192 0.000
#> SRR490241 1 0.5385 0.6749 0.660 0.136 0.000 0.036 0.168 0.000
#> SRR490242 1 0.5445 0.6670 0.652 0.136 0.000 0.036 0.176 0.000
#> SRR490243 1 0.5467 0.6610 0.648 0.132 0.000 0.036 0.184 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490249 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490250 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490251 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490252 1 0.5746 0.6817 0.612 0.236 0.000 0.092 0.060 0.000
#> SRR490253 1 0.5775 0.6681 0.600 0.252 0.000 0.092 0.056 0.000
#> SRR490254 1 0.5794 0.6637 0.596 0.256 0.000 0.092 0.056 0.000
#> SRR490255 1 0.5813 0.6617 0.592 0.260 0.000 0.092 0.056 0.000
#> SRR490256 1 0.5057 0.5301 0.612 0.096 0.000 0.004 0.288 0.000
#> SRR490257 1 0.5249 0.5591 0.608 0.112 0.000 0.008 0.272 0.000
#> SRR490258 1 0.5263 0.5379 0.600 0.108 0.000 0.008 0.284 0.000
#> SRR490259 1 0.5095 0.5832 0.632 0.104 0.000 0.008 0.256 0.000
#> SRR490260 5 0.1556 0.7979 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR490261 5 0.2300 0.7808 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR490262 5 0.2454 0.7713 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR490263 5 0.2378 0.7768 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR490264 5 0.0547 0.8006 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR490265 5 0.0713 0.8014 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490266 5 0.0713 0.8010 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490267 5 0.1007 0.8022 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490268 1 0.4843 0.5949 0.656 0.096 0.000 0.004 0.244 0.000
#> SRR490269 1 0.4988 0.6187 0.668 0.096 0.000 0.016 0.220 0.000
#> SRR490270 1 0.5069 0.6200 0.664 0.096 0.000 0.020 0.220 0.000
#> SRR490271 1 0.4966 0.6343 0.680 0.096 0.000 0.020 0.204 0.000
#> SRR490272 5 0.3052 0.7114 0.216 0.004 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR490273 5 0.3670 0.5990 0.284 0.012 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR490274 5 0.3470 0.6579 0.248 0.012 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR490275 5 0.3766 0.5717 0.304 0.012 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR490276 5 0.1204 0.8003 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR490277 5 0.2260 0.7824 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR490278 5 0.2340 0.7789 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR490279 5 0.1714 0.7954 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR490280 5 0.5877 0.6299 0.004 0.040 0.076 0.040 0.664 0.176
#> SRR490281 5 0.5877 0.6299 0.004 0.040 0.076 0.040 0.664 0.176
#> SRR490282 5 0.5877 0.6299 0.004 0.040 0.076 0.040 0.664 0.176
#> SRR490283 5 0.5877 0.6299 0.004 0.040 0.076 0.040 0.664 0.176
#> SRR490284 5 0.2969 0.7661 0.008 0.036 0.000 0.020 0.872 0.064
#> SRR490285 5 0.2969 0.7661 0.008 0.036 0.000 0.020 0.872 0.064
#> SRR490286 5 0.2969 0.7661 0.008 0.036 0.000 0.020 0.872 0.064
#> SRR490287 5 0.2969 0.7661 0.008 0.036 0.000 0.020 0.872 0.064
#> SRR490288 1 0.5633 0.6916 0.660 0.116 0.000 0.088 0.136 0.000
#> SRR490289 1 0.5633 0.6916 0.660 0.116 0.000 0.088 0.136 0.000
#> SRR490290 1 0.5642 0.6935 0.660 0.116 0.000 0.092 0.132 0.000
#> SRR490291 1 0.5633 0.6916 0.660 0.116 0.000 0.088 0.136 0.000
#> SRR490292 1 0.5304 0.6790 0.680 0.100 0.000 0.056 0.164 0.000
#> SRR490293 1 0.5252 0.6726 0.680 0.100 0.000 0.048 0.172 0.000
#> SRR490294 1 0.5279 0.6759 0.680 0.100 0.000 0.052 0.168 0.000
#> SRR490295 1 0.5304 0.6790 0.680 0.100 0.000 0.056 0.164 0.000
#> SRR490296 1 0.5386 0.6312 0.604 0.204 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490297 1 0.5386 0.6312 0.604 0.204 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490298 1 0.5386 0.6312 0.604 0.204 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490299 1 0.5386 0.6312 0.604 0.204 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490300 1 0.5680 0.6962 0.656 0.120 0.000 0.092 0.132 0.000
#> SRR490301 1 0.5688 0.6977 0.656 0.120 0.000 0.096 0.128 0.000
#> SRR490302 1 0.5680 0.6962 0.656 0.120 0.000 0.092 0.132 0.000
#> SRR490303 1 0.5680 0.6962 0.656 0.120 0.000 0.092 0.132 0.000
#> SRR490304 1 0.5337 0.6373 0.612 0.196 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490305 1 0.5337 0.6373 0.612 0.196 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490306 1 0.5337 0.6373 0.612 0.196 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490307 1 0.5337 0.6373 0.612 0.196 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490313 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490314 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490315 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490316 1 0.5868 0.6911 0.636 0.136 0.000 0.096 0.132 0.000
#> SRR490317 1 0.6044 0.6911 0.628 0.140 0.000 0.100 0.128 0.004
#> SRR490318 1 0.5874 0.6929 0.636 0.136 0.000 0.100 0.128 0.000
#> SRR490319 1 0.5908 0.6920 0.632 0.140 0.000 0.100 0.128 0.000
#> SRR490320 5 0.4109 0.6221 0.268 0.024 0.000 0.004 0.700 0.004
#> SRR490321 5 0.4191 0.5928 0.284 0.024 0.000 0.004 0.684 0.004
#> SRR490322 5 0.4130 0.6153 0.272 0.024 0.000 0.004 0.696 0.004
#> SRR490323 5 0.4130 0.6155 0.272 0.024 0.000 0.004 0.696 0.004
#> SRR490324 5 0.2649 0.7742 0.008 0.032 0.000 0.020 0.892 0.048
#> SRR490325 5 0.2649 0.7742 0.008 0.032 0.000 0.020 0.892 0.048
#> SRR490326 5 0.2649 0.7742 0.008 0.032 0.000 0.020 0.892 0.048
#> SRR490327 5 0.2649 0.7742 0.008 0.032 0.000 0.020 0.892 0.048
#> SRR490328 1 0.5155 0.6839 0.668 0.180 0.000 0.132 0.020 0.000
#> SRR490329 1 0.5232 0.6852 0.664 0.180 0.000 0.132 0.024 0.000
#> SRR490330 1 0.5195 0.6856 0.668 0.180 0.000 0.128 0.024 0.000
#> SRR490331 1 0.5558 0.6869 0.644 0.192 0.000 0.116 0.048 0.000
#> SRR490332 1 0.4795 0.6924 0.696 0.180 0.000 0.112 0.012 0.000
#> SRR490333 1 0.4981 0.6886 0.680 0.188 0.000 0.116 0.016 0.000
#> SRR490334 1 0.4780 0.6841 0.684 0.184 0.000 0.128 0.004 0.000
#> SRR490335 1 0.4952 0.6897 0.684 0.184 0.000 0.116 0.016 0.000
#> SRR490336 1 0.5531 0.6108 0.576 0.240 0.000 0.180 0.004 0.000
#> SRR490337 1 0.5537 0.6101 0.576 0.236 0.000 0.184 0.004 0.000
#> SRR490338 1 0.5531 0.6108 0.576 0.240 0.000 0.180 0.004 0.000
#> SRR490339 1 0.5521 0.6124 0.580 0.228 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR490340 1 0.5085 0.7001 0.696 0.156 0.000 0.108 0.040 0.000
#> SRR490341 1 0.5000 0.7037 0.704 0.156 0.000 0.100 0.040 0.000
#> SRR490342 1 0.5000 0.7040 0.704 0.156 0.000 0.100 0.040 0.000
#> SRR490343 1 0.5118 0.6995 0.692 0.160 0.000 0.108 0.040 0.000
#> SRR490344 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490345 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490346 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490347 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490348 6 0.3139 0.9561 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490349 6 0.3139 0.9561 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490350 6 0.3139 0.9561 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490351 6 0.3139 0.9561 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490352 6 0.3139 0.9558 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490353 6 0.3139 0.9558 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490354 6 0.3139 0.9558 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490355 6 0.3139 0.9558 0.032 0.152 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490356 6 0.3481 0.9464 0.072 0.124 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR490357 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490358 6 0.3426 0.9515 0.068 0.124 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490359 6 0.3481 0.9464 0.072 0.124 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR490360 6 0.3134 0.9572 0.036 0.144 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490361 6 0.3101 0.9566 0.032 0.148 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490362 6 0.3101 0.9566 0.032 0.148 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490363 6 0.3101 0.9566 0.032 0.148 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490364 6 0.4198 0.8299 0.060 0.232 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR490365 6 0.4357 0.8116 0.072 0.232 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR490366 6 0.4451 0.7764 0.072 0.248 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR490367 6 0.4495 0.7580 0.072 0.256 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR490368 6 0.3102 0.9526 0.028 0.156 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490369 6 0.3102 0.9526 0.028 0.156 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490370 6 0.3102 0.9526 0.028 0.156 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490371 6 0.3102 0.9526 0.028 0.156 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490372 5 0.5925 0.6257 0.004 0.040 0.080 0.040 0.660 0.176
#> SRR490373 5 0.5925 0.6257 0.004 0.040 0.080 0.040 0.660 0.176
#> SRR490374 5 0.5925 0.6257 0.004 0.040 0.080 0.040 0.660 0.176
#> SRR490375 5 0.5925 0.6257 0.004 0.040 0.080 0.040 0.660 0.176
#> SRR490376 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490377 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490378 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490379 6 0.3412 0.9558 0.064 0.128 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490385 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490386 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490387 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490388 6 0.3377 0.9579 0.056 0.136 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490389 6 0.3377 0.9579 0.056 0.136 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490390 6 0.3332 0.9581 0.048 0.144 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490391 6 0.3377 0.9579 0.056 0.136 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490392 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490393 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490394 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490395 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490396 6 0.3283 0.9512 0.036 0.160 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR490397 6 0.3176 0.9538 0.032 0.156 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490398 6 0.3318 0.9393 0.032 0.172 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR490399 6 0.3213 0.9506 0.032 0.160 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490400 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490401 6 0.3102 0.9529 0.028 0.156 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR490402 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490403 6 0.3065 0.9546 0.028 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR490404 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490405 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490406 6 0.3370 0.9559 0.064 0.124 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR490407 6 0.3412 0.9558 0.064 0.128 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR490408 2 0.3843 0.7391 0.104 0.784 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR490409 2 0.3843 0.7391 0.104 0.784 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR490410 2 0.3843 0.7391 0.104 0.784 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR490411 2 0.3974 0.7311 0.116 0.772 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2830 0.6230 0.836 0.020 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490417 1 0.3088 0.6211 0.808 0.020 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR490418 1 0.3189 0.6153 0.796 0.020 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490419 1 0.3088 0.6205 0.808 0.020 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR490420 1 0.2538 0.6326 0.860 0.016 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490421 1 0.2624 0.6333 0.856 0.020 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490422 1 0.2624 0.6333 0.856 0.020 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490423 1 0.2766 0.6352 0.852 0.020 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR490424 5 0.2404 0.7908 0.112 0.000 0.000 0.016 0.872 0.000
#> SRR490425 5 0.2613 0.7820 0.140 0.000 0.000 0.012 0.848 0.000
#> SRR490426 5 0.2915 0.7516 0.184 0.000 0.000 0.008 0.808 0.000
#> SRR490427 5 0.2841 0.7695 0.164 0.000 0.000 0.012 0.824 0.000
#> SRR490428 1 0.4295 0.6903 0.772 0.076 0.000 0.040 0.112 0.000
#> SRR490429 1 0.3025 0.6765 0.856 0.052 0.000 0.080 0.012 0.000
#> SRR490430 1 0.4298 0.7061 0.776 0.092 0.000 0.048 0.084 0.000
#> SRR490431 1 0.2308 0.6413 0.880 0.004 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR490432 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490433 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490434 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490435 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490436 1 0.2538 0.6305 0.860 0.016 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490437 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490438 1 0.2538 0.6305 0.860 0.016 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490439 1 0.2538 0.6305 0.860 0.016 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490440 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490444 1 0.5906 0.2963 0.424 0.208 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR490445 1 0.5863 0.4842 0.480 0.236 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR490446 1 0.5819 0.4855 0.488 0.220 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR490447 1 0.5855 0.2287 0.412 0.192 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR490448 1 0.2402 0.6274 0.868 0.012 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490449 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490450 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490451 1 0.2402 0.6274 0.868 0.012 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490452 1 0.4413 0.6464 0.752 0.024 0.000 0.092 0.132 0.000
#> SRR490453 1 0.3048 0.6429 0.844 0.012 0.000 0.116 0.028 0.000
#> SRR490454 1 0.3196 0.6512 0.840 0.016 0.000 0.108 0.036 0.000
#> SRR490455 1 0.2833 0.6454 0.860 0.012 0.000 0.104 0.024 0.000
#> SRR490456 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490457 1 0.2667 0.6353 0.852 0.020 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.2581 0.6321 0.856 0.016 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.2538 0.6308 0.860 0.016 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490461 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490462 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490463 1 0.2494 0.6288 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.2706 0.6366 0.852 0.024 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR490469 1 0.2766 0.6387 0.852 0.020 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR490470 1 0.2766 0.6387 0.852 0.020 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR490471 1 0.2766 0.6387 0.852 0.020 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR490472 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.1644 0.9514 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.1531 0.9530 0.068 0.004 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.1588 0.9525 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.4153 0.4540 0.340 0.024 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.2572 0.8866 0.136 0.012 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.2730 0.8683 0.152 0.012 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.3136 0.8086 0.188 0.016 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.1866 0.9456 0.084 0.008 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490489 4 0.1866 0.9456 0.084 0.008 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.1918 0.9419 0.088 0.008 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR490491 4 0.1866 0.9456 0.084 0.008 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490492 4 0.1588 0.9525 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.1588 0.9525 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.1644 0.9519 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.1588 0.9525 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490500 1 0.3460 0.6028 0.760 0.020 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR490501 1 0.3487 0.6023 0.756 0.020 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR490502 1 0.3619 0.6007 0.744 0.024 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR490503 1 0.3539 0.6036 0.756 0.024 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR490504 2 0.3703 0.7470 0.092 0.796 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR490505 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.3514 0.7484 0.088 0.804 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.4931 0.5778 0.200 0.652 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.4950 0.5797 0.184 0.652 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.5078 0.5379 0.208 0.632 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.4942 0.5801 0.192 0.652 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR490512 4 0.1866 0.9456 0.084 0.008 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.1753 0.9473 0.084 0.004 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.1806 0.9441 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.1700 0.9496 0.080 0.004 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.2442 0.8672 0.144 0.004 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.2558 0.8489 0.156 0.004 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.2558 0.8489 0.156 0.004 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.3487 0.6845 0.224 0.020 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.1531 0.9530 0.068 0.004 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.1531 0.9530 0.068 0.004 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.1471 0.9529 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.3583 0.6242 0.820 0.040 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR490533 1 0.3583 0.6257 0.820 0.040 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR490534 1 0.3514 0.6206 0.824 0.036 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR490535 1 0.3443 0.6180 0.828 0.032 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR490536 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.3464 0.7492 0.084 0.808 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.5557 0.1820 0.080 0.488 0.000 0.020 0.000 0.412
#> SRR490541 2 0.5408 0.1601 0.072 0.492 0.000 0.016 0.000 0.420
#> SRR490542 2 0.5404 0.1746 0.072 0.496 0.000 0.016 0.000 0.416
#> SRR490543 2 0.5539 0.2324 0.080 0.504 0.000 0.020 0.000 0.396
#> SRR490544 2 0.3403 0.6809 0.020 0.768 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR490545 2 0.2871 0.7073 0.004 0.804 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR490546 2 0.3320 0.6832 0.016 0.772 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR490547 2 0.3217 0.6690 0.008 0.768 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR490548 2 0.3227 0.7645 0.088 0.828 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR490549 2 0.3372 0.7588 0.084 0.816 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR490550 2 0.3268 0.7632 0.076 0.824 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR490551 2 0.3175 0.7653 0.080 0.832 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490552 2 0.2631 0.7375 0.008 0.840 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR490553 2 0.2669 0.7345 0.008 0.836 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490554 2 0.2669 0.7345 0.008 0.836 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490555 2 0.2669 0.7345 0.008 0.836 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490556 2 0.3551 0.7277 0.148 0.792 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490557 2 0.3773 0.6507 0.204 0.752 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR490558 2 0.3679 0.6965 0.176 0.772 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR490559 2 0.3730 0.7091 0.168 0.772 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490560 2 0.2748 0.7612 0.024 0.848 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR490561 2 0.2868 0.7600 0.028 0.840 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR490562 2 0.2831 0.7573 0.024 0.840 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490563 2 0.2988 0.7485 0.024 0.824 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR490564 1 0.6932 0.5634 0.500 0.288 0.000 0.120 0.052 0.040
#> SRR490565 1 0.6965 0.5206 0.472 0.320 0.000 0.120 0.048 0.040
#> SRR490566 1 0.6966 0.5476 0.488 0.300 0.000 0.120 0.052 0.040
#> SRR490567 1 0.6987 0.5331 0.480 0.308 0.000 0.120 0.052 0.040
#> SRR490568 2 0.5774 0.6040 0.216 0.628 0.000 0.112 0.028 0.016
#> SRR490569 2 0.5842 0.5992 0.216 0.624 0.000 0.112 0.032 0.016
#> SRR490570 2 0.5774 0.6040 0.216 0.628 0.000 0.112 0.028 0.016
#> SRR490571 2 0.5798 0.5984 0.220 0.624 0.000 0.112 0.028 0.016
#> SRR490572 2 0.3165 0.7695 0.040 0.836 0.000 0.008 0.000 0.116
#> SRR490573 2 0.3036 0.7646 0.028 0.840 0.000 0.008 0.000 0.124
#> SRR490574 2 0.2933 0.7743 0.040 0.856 0.000 0.008 0.000 0.096
#> SRR490575 2 0.3139 0.7676 0.036 0.836 0.000 0.008 0.000 0.120
#> SRR490576 2 0.2473 0.7502 0.008 0.856 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490577 2 0.2692 0.7454 0.012 0.840 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR490578 2 0.2473 0.7502 0.008 0.856 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490579 2 0.2513 0.7482 0.008 0.852 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490580 2 0.3626 0.7423 0.068 0.788 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR490581 2 0.3548 0.7483 0.068 0.796 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490582 2 0.3493 0.7509 0.064 0.800 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490583 2 0.3548 0.7471 0.068 0.796 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490584 2 0.2706 0.7317 0.008 0.832 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR490585 2 0.2669 0.7345 0.008 0.836 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490586 2 0.2669 0.7345 0.008 0.836 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490587 2 0.2743 0.7297 0.008 0.828 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR490588 2 0.3315 0.7614 0.076 0.820 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR490589 2 0.3439 0.7578 0.072 0.808 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR490590 2 0.3396 0.7593 0.072 0.812 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490591 2 0.3396 0.7593 0.072 0.812 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490592 2 0.4721 0.1808 0.048 0.532 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR490593 2 0.4395 0.2756 0.028 0.568 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR490594 2 0.4420 0.4488 0.040 0.620 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR490595 2 0.4446 0.4332 0.040 0.612 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR490596 1 0.6879 0.5463 0.504 0.292 0.000 0.112 0.052 0.040
#> SRR490597 1 0.6975 0.3808 0.444 0.360 0.000 0.100 0.052 0.044
#> SRR490598 1 0.6946 0.4421 0.464 0.340 0.000 0.100 0.052 0.044
#> SRR490599 1 0.6990 0.4595 0.468 0.328 0.000 0.108 0.052 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.998 0.963 0.984 0.4742 0.525 0.525
#> 3 3 0.751 0.861 0.912 0.2496 0.838 0.707
#> 4 4 0.572 0.740 0.809 0.1807 0.792 0.539
#> 5 5 0.586 0.584 0.767 0.0695 0.924 0.753
#> 6 6 0.609 0.577 0.729 0.0384 0.948 0.807
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.2043 0.9594 0.032 0.968
#> SRR490217 2 0.6887 0.7729 0.184 0.816
#> SRR490218 2 0.2043 0.9595 0.032 0.968
#> SRR490219 2 0.4298 0.9006 0.088 0.912
#> SRR490220 1 0.0376 0.9737 0.996 0.004
#> SRR490221 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490222 1 0.0938 0.9682 0.988 0.012
#> SRR490223 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.2043 0.9597 0.032 0.968
#> SRR490249 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.3274 0.9311 0.060 0.940
#> SRR490253 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0672 0.9817 0.008 0.992
#> SRR490255 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490290 1 0.1184 0.9652 0.984 0.016
#> SRR490291 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490294 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490300 1 0.3584 0.9191 0.932 0.068
#> SRR490301 1 0.8016 0.6914 0.756 0.244
#> SRR490302 1 0.2043 0.9522 0.968 0.032
#> SRR490303 1 0.5059 0.8724 0.888 0.112
#> SRR490304 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.9988 0.0557 0.480 0.520
#> SRR490313 2 0.5408 0.8568 0.124 0.876
#> SRR490314 2 0.5294 0.8617 0.120 0.880
#> SRR490315 2 0.3584 0.9224 0.068 0.932
#> SRR490316 1 0.0376 0.9737 0.996 0.004
#> SRR490317 1 0.2423 0.9453 0.960 0.040
#> SRR490318 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490319 1 0.4022 0.9069 0.920 0.080
#> SRR490320 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.2603 0.9475 0.044 0.956
#> SRR490329 2 0.0672 0.9817 0.008 0.992
#> SRR490330 2 0.4690 0.8861 0.100 0.900
#> SRR490331 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.4298 0.9001 0.088 0.912
#> SRR490333 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490340 1 0.9427 0.4607 0.640 0.360
#> SRR490341 1 0.5294 0.8642 0.880 0.120
#> SRR490342 2 0.5408 0.8561 0.124 0.876
#> SRR490343 1 0.8327 0.6578 0.736 0.264
#> SRR490344 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490412 2 0.9996 0.0233 0.488 0.512
#> SRR490413 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0376 0.9737 0.996 0.004
#> SRR490415 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.2236 0.9556 0.036 0.964
#> SRR490417 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0376 0.9852 0.004 0.996
#> SRR490420 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490432 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490433 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490434 1 0.3114 0.9312 0.944 0.056
#> SRR490435 1 0.4562 0.8907 0.904 0.096
#> SRR490436 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490437 1 0.0938 0.9681 0.988 0.012
#> SRR490438 1 0.2423 0.9453 0.960 0.040
#> SRR490439 1 0.2778 0.9382 0.952 0.048
#> SRR490440 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.0376 0.9737 0.996 0.004
#> SRR490449 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0672 0.9710 0.992 0.008
#> SRR490451 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490452 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490456 1 0.9522 0.4304 0.628 0.372
#> SRR490457 1 0.7950 0.6977 0.760 0.240
#> SRR490458 1 0.9580 0.4097 0.620 0.380
#> SRR490459 1 0.9248 0.5062 0.660 0.340
#> SRR490460 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490462 1 0.1414 0.9621 0.980 0.020
#> SRR490463 1 0.0672 0.9710 0.992 0.008
#> SRR490464 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0376 0.9737 0.996 0.004
#> SRR490466 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0938 0.9780 0.012 0.988
#> SRR490470 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0376 0.9852 0.004 0.996
#> SRR490472 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490476 2 0.5737 0.8403 0.136 0.864
#> SRR490477 1 0.5842 0.8381 0.860 0.140
#> SRR490478 1 0.8144 0.6755 0.748 0.252
#> SRR490479 2 0.9209 0.4875 0.336 0.664
#> SRR490480 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.0000 0.9762 1.000 0.000
#> SRR490533 1 0.1184 0.9653 0.984 0.016
#> SRR490534 1 0.1184 0.9652 0.984 0.016
#> SRR490535 1 0.2043 0.9523 0.968 0.032
#> SRR490536 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9886 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 3 0.4326 0.7512 0.012 0.144 0.844
#> SRR490217 3 0.3771 0.7771 0.012 0.112 0.876
#> SRR490218 3 0.5315 0.6814 0.012 0.216 0.772
#> SRR490219 3 0.3459 0.7869 0.012 0.096 0.892
#> SRR490220 1 0.3682 0.8704 0.876 0.008 0.116
#> SRR490221 1 0.5884 0.7929 0.788 0.064 0.148
#> SRR490222 1 0.5497 0.8038 0.804 0.048 0.148
#> SRR490223 1 0.4121 0.8440 0.832 0.000 0.168
#> SRR490224 1 0.3551 0.8527 0.868 0.000 0.132
#> SRR490225 1 0.3816 0.8414 0.852 0.000 0.148
#> SRR490226 1 0.4178 0.8176 0.828 0.000 0.172
#> SRR490227 1 0.4887 0.7503 0.772 0.000 0.228
#> SRR490228 1 0.5138 0.7156 0.748 0.000 0.252
#> SRR490229 1 0.5363 0.6760 0.724 0.000 0.276
#> SRR490230 1 0.5098 0.7216 0.752 0.000 0.248
#> SRR490231 1 0.4842 0.7558 0.776 0.000 0.224
#> SRR490232 1 0.2711 0.8906 0.912 0.000 0.088
#> SRR490233 1 0.2066 0.8955 0.940 0.000 0.060
#> SRR490234 1 0.2356 0.8927 0.928 0.000 0.072
#> SRR490235 1 0.2356 0.8938 0.928 0.000 0.072
#> SRR490236 1 0.4504 0.7938 0.804 0.000 0.196
#> SRR490237 1 0.4002 0.8326 0.840 0.000 0.160
#> SRR490238 1 0.4062 0.8269 0.836 0.000 0.164
#> SRR490239 1 0.3941 0.8365 0.844 0.000 0.156
#> SRR490240 1 0.1860 0.8912 0.948 0.000 0.052
#> SRR490241 1 0.1647 0.8948 0.960 0.004 0.036
#> SRR490242 1 0.1860 0.8887 0.948 0.000 0.052
#> SRR490243 1 0.1860 0.8888 0.948 0.000 0.052
#> SRR490244 3 0.2537 0.8635 0.080 0.000 0.920
#> SRR490245 3 0.3038 0.8598 0.104 0.000 0.896
#> SRR490246 3 0.2796 0.8623 0.092 0.000 0.908
#> SRR490247 3 0.4702 0.7545 0.212 0.000 0.788
#> SRR490248 3 0.5884 0.5840 0.012 0.272 0.716
#> SRR490249 3 0.5450 0.6626 0.012 0.228 0.760
#> SRR490250 3 0.6282 0.4683 0.012 0.324 0.664
#> SRR490251 3 0.5360 0.6760 0.012 0.220 0.768
#> SRR490252 1 0.6518 0.6287 0.752 0.168 0.080
#> SRR490253 2 0.8143 0.3793 0.360 0.560 0.080
#> SRR490254 2 0.7825 0.5064 0.300 0.620 0.080
#> SRR490255 2 0.6778 0.7089 0.188 0.732 0.080
#> SRR490256 1 0.1753 0.8956 0.952 0.000 0.048
#> SRR490257 1 0.1753 0.8909 0.952 0.000 0.048
#> SRR490258 1 0.1860 0.8958 0.948 0.000 0.052
#> SRR490259 1 0.2066 0.8924 0.940 0.000 0.060
#> SRR490260 1 0.1860 0.8943 0.948 0.000 0.052
#> SRR490261 1 0.1860 0.8941 0.948 0.000 0.052
#> SRR490262 1 0.1289 0.8980 0.968 0.000 0.032
#> SRR490263 1 0.1529 0.8969 0.960 0.000 0.040
#> SRR490264 1 0.3412 0.8750 0.876 0.000 0.124
#> SRR490265 1 0.2959 0.8773 0.900 0.000 0.100
#> SRR490266 1 0.2711 0.8809 0.912 0.000 0.088
#> SRR490267 1 0.3116 0.8776 0.892 0.000 0.108
#> SRR490268 1 0.1289 0.8967 0.968 0.000 0.032
#> SRR490269 1 0.1411 0.8959 0.964 0.000 0.036
#> SRR490270 1 0.1529 0.8960 0.960 0.000 0.040
#> SRR490271 1 0.1529 0.8946 0.960 0.000 0.040
#> SRR490272 1 0.2066 0.8956 0.940 0.000 0.060
#> SRR490273 1 0.1529 0.8981 0.960 0.000 0.040
#> SRR490274 1 0.1964 0.8951 0.944 0.000 0.056
#> SRR490275 1 0.1529 0.8985 0.960 0.000 0.040
#> SRR490276 1 0.2261 0.8887 0.932 0.000 0.068
#> SRR490277 1 0.1860 0.8960 0.948 0.000 0.052
#> SRR490278 1 0.1860 0.8976 0.948 0.000 0.052
#> SRR490279 1 0.2066 0.8939 0.940 0.000 0.060
#> SRR490280 3 0.2711 0.8631 0.088 0.000 0.912
#> SRR490281 3 0.2625 0.8634 0.084 0.000 0.916
#> SRR490282 3 0.2625 0.8634 0.084 0.000 0.916
#> SRR490283 3 0.2625 0.8634 0.084 0.000 0.916
#> SRR490284 3 0.2625 0.8634 0.084 0.000 0.916
#> SRR490285 3 0.2625 0.8634 0.084 0.000 0.916
#> SRR490286 3 0.2711 0.8631 0.088 0.000 0.912
#> SRR490287 3 0.2625 0.8634 0.084 0.000 0.916
#> SRR490288 1 0.3116 0.8875 0.892 0.000 0.108
#> SRR490289 1 0.3377 0.8788 0.896 0.012 0.092
#> SRR490290 1 0.3276 0.8910 0.908 0.024 0.068
#> SRR490291 1 0.4172 0.8697 0.868 0.028 0.104
#> SRR490292 1 0.2590 0.8947 0.924 0.004 0.072
#> SRR490293 1 0.2096 0.8934 0.944 0.004 0.052
#> SRR490294 1 0.2711 0.8896 0.912 0.000 0.088
#> SRR490295 1 0.2356 0.8961 0.928 0.000 0.072
#> SRR490296 2 0.1129 0.9260 0.020 0.976 0.004
#> SRR490297 2 0.1129 0.9260 0.020 0.976 0.004
#> SRR490298 2 0.0892 0.9266 0.020 0.980 0.000
#> SRR490299 2 0.1267 0.9244 0.024 0.972 0.004
#> SRR490300 1 0.4058 0.8761 0.880 0.044 0.076
#> SRR490301 1 0.7106 0.5795 0.696 0.232 0.072
#> SRR490302 1 0.4174 0.8735 0.872 0.036 0.092
#> SRR490303 1 0.6372 0.7181 0.764 0.152 0.084
#> SRR490304 2 0.1129 0.9260 0.020 0.976 0.004
#> SRR490305 2 0.0983 0.9277 0.016 0.980 0.004
#> SRR490306 2 0.0829 0.9287 0.012 0.984 0.004
#> SRR490307 2 0.0983 0.9274 0.016 0.980 0.004
#> SRR490308 3 0.2878 0.8615 0.096 0.000 0.904
#> SRR490309 3 0.3340 0.8500 0.120 0.000 0.880
#> SRR490310 3 0.3116 0.8574 0.108 0.000 0.892
#> SRR490311 3 0.3116 0.8580 0.108 0.000 0.892
#> SRR490312 3 0.2446 0.8104 0.012 0.052 0.936
#> SRR490313 3 0.3120 0.7963 0.012 0.080 0.908
#> SRR490314 3 0.3845 0.7736 0.012 0.116 0.872
#> SRR490315 3 0.3918 0.7704 0.012 0.120 0.868
#> SRR490316 1 0.7841 0.5643 0.636 0.092 0.272
#> SRR490317 1 0.9963 -0.0811 0.360 0.292 0.348
#> SRR490318 1 0.8312 0.4438 0.576 0.100 0.324
#> SRR490319 2 0.9667 0.0920 0.264 0.464 0.272
#> SRR490320 1 0.3686 0.8637 0.860 0.000 0.140
#> SRR490321 1 0.3482 0.8660 0.872 0.000 0.128
#> SRR490322 1 0.3340 0.8636 0.880 0.000 0.120
#> SRR490323 1 0.3482 0.8562 0.872 0.000 0.128
#> SRR490324 3 0.3619 0.8342 0.136 0.000 0.864
#> SRR490325 3 0.3267 0.8515 0.116 0.000 0.884
#> SRR490326 3 0.3192 0.8546 0.112 0.000 0.888
#> SRR490327 3 0.3267 0.8519 0.116 0.000 0.884
#> SRR490328 2 0.3500 0.8625 0.116 0.880 0.004
#> SRR490329 2 0.2537 0.8944 0.080 0.920 0.000
#> SRR490330 2 0.3482 0.8526 0.128 0.872 0.000
#> SRR490331 2 0.1453 0.9306 0.024 0.968 0.008
#> SRR490332 1 0.4805 0.7015 0.812 0.176 0.012
#> SRR490333 2 0.6804 0.1224 0.460 0.528 0.012
#> SRR490334 2 0.5698 0.6375 0.252 0.736 0.012
#> SRR490335 1 0.6724 0.2780 0.568 0.420 0.012
#> SRR490336 2 0.0829 0.9287 0.012 0.984 0.004
#> SRR490337 2 0.0424 0.9298 0.008 0.992 0.000
#> SRR490338 2 0.0661 0.9297 0.008 0.988 0.004
#> SRR490339 2 0.0829 0.9287 0.012 0.984 0.004
#> SRR490340 1 0.2187 0.8805 0.948 0.028 0.024
#> SRR490341 1 0.1620 0.8886 0.964 0.012 0.024
#> SRR490342 1 0.5581 0.6647 0.788 0.176 0.036
#> SRR490343 1 0.1919 0.8862 0.956 0.020 0.024
#> SRR490344 2 0.6082 0.6440 0.012 0.692 0.296
#> SRR490345 2 0.4514 0.8484 0.012 0.832 0.156
#> SRR490346 2 0.5450 0.7573 0.012 0.760 0.228
#> SRR490347 2 0.5578 0.7393 0.012 0.748 0.240
#> SRR490348 2 0.2590 0.9208 0.004 0.924 0.072
#> SRR490349 2 0.2590 0.9199 0.004 0.924 0.072
#> SRR490350 2 0.2590 0.9208 0.004 0.924 0.072
#> SRR490351 2 0.2590 0.9208 0.004 0.924 0.072
#> SRR490352 2 0.2590 0.9199 0.004 0.924 0.072
#> SRR490353 2 0.2356 0.9216 0.000 0.928 0.072
#> SRR490354 2 0.2590 0.9199 0.004 0.924 0.072
#> SRR490355 2 0.2356 0.9216 0.000 0.928 0.072
#> SRR490356 2 0.3587 0.9051 0.020 0.892 0.088
#> SRR490357 2 0.4209 0.8812 0.020 0.860 0.120
#> SRR490358 2 0.4921 0.8366 0.020 0.816 0.164
#> SRR490359 2 0.3832 0.8973 0.020 0.880 0.100
#> SRR490360 2 0.3043 0.9124 0.008 0.908 0.084
#> SRR490361 2 0.2955 0.9144 0.008 0.912 0.080
#> SRR490362 2 0.2774 0.9179 0.008 0.920 0.072
#> SRR490363 2 0.2866 0.9164 0.008 0.916 0.076
#> SRR490364 2 0.2866 0.9172 0.008 0.916 0.076
#> SRR490365 2 0.2866 0.9172 0.008 0.916 0.076
#> SRR490366 2 0.2774 0.9189 0.008 0.920 0.072
#> SRR490367 2 0.2774 0.9189 0.008 0.920 0.072
#> SRR490368 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490369 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490370 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490371 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490372 3 0.2165 0.8608 0.064 0.000 0.936
#> SRR490373 3 0.1964 0.8577 0.056 0.000 0.944
#> SRR490374 3 0.2066 0.8595 0.060 0.000 0.940
#> SRR490375 3 0.2165 0.8608 0.064 0.000 0.936
#> SRR490376 2 0.5797 0.6754 0.008 0.712 0.280
#> SRR490377 2 0.4963 0.7991 0.008 0.792 0.200
#> SRR490378 2 0.4861 0.8087 0.008 0.800 0.192
#> SRR490379 2 0.4808 0.8141 0.008 0.804 0.188
#> SRR490380 3 0.2165 0.8602 0.064 0.000 0.936
#> SRR490381 3 0.3116 0.8577 0.108 0.000 0.892
#> SRR490382 3 0.3192 0.8557 0.112 0.000 0.888
#> SRR490383 3 0.3038 0.8595 0.104 0.000 0.896
#> SRR490384 2 0.2774 0.9179 0.008 0.920 0.072
#> SRR490385 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490386 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490387 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490388 2 0.3031 0.9151 0.012 0.912 0.076
#> SRR490389 2 0.3031 0.9151 0.012 0.912 0.076
#> SRR490390 2 0.2939 0.9173 0.012 0.916 0.072
#> SRR490391 2 0.3031 0.9151 0.012 0.912 0.076
#> SRR490392 2 0.2774 0.9179 0.008 0.920 0.072
#> SRR490393 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490394 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490395 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490396 2 0.3031 0.9151 0.012 0.912 0.076
#> SRR490397 2 0.3031 0.9151 0.012 0.912 0.076
#> SRR490398 2 0.2866 0.9172 0.008 0.916 0.076
#> SRR490399 2 0.2866 0.9172 0.008 0.916 0.076
#> SRR490400 2 0.2584 0.9204 0.008 0.928 0.064
#> SRR490401 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490402 2 0.2584 0.9204 0.008 0.928 0.064
#> SRR490403 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490404 2 0.3359 0.9098 0.016 0.900 0.084
#> SRR490405 2 0.3272 0.9118 0.016 0.904 0.080
#> SRR490406 2 0.3272 0.9118 0.016 0.904 0.080
#> SRR490407 2 0.3272 0.9118 0.016 0.904 0.080
#> SRR490408 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490409 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490410 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490411 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490412 3 0.7228 0.6974 0.104 0.188 0.708
#> SRR490413 3 0.5733 0.5459 0.324 0.000 0.676
#> SRR490414 3 0.5443 0.6725 0.260 0.004 0.736
#> SRR490415 3 0.5560 0.5988 0.300 0.000 0.700
#> SRR490416 1 0.2804 0.8606 0.924 0.060 0.016
#> SRR490417 1 0.4453 0.7570 0.836 0.152 0.012
#> SRR490418 1 0.5122 0.6843 0.788 0.200 0.012
#> SRR490419 1 0.5406 0.6402 0.764 0.224 0.012
#> SRR490420 1 0.0592 0.8966 0.988 0.000 0.012
#> SRR490421 1 0.0592 0.8966 0.988 0.000 0.012
#> SRR490422 1 0.0592 0.8966 0.988 0.000 0.012
#> SRR490423 1 0.0592 0.8966 0.988 0.000 0.012
#> SRR490424 1 0.3482 0.8557 0.872 0.000 0.128
#> SRR490425 1 0.3482 0.8557 0.872 0.000 0.128
#> SRR490426 1 0.3412 0.8581 0.876 0.000 0.124
#> SRR490427 1 0.3340 0.8607 0.880 0.000 0.120
#> SRR490428 1 0.1031 0.8968 0.976 0.000 0.024
#> SRR490429 1 0.0424 0.8970 0.992 0.000 0.008
#> SRR490430 1 0.0747 0.8987 0.984 0.000 0.016
#> SRR490431 1 0.0424 0.8970 0.992 0.000 0.008
#> SRR490432 1 0.0892 0.8954 0.980 0.000 0.020
#> SRR490433 1 0.0892 0.8954 0.980 0.000 0.020
#> SRR490434 1 0.1315 0.8948 0.972 0.008 0.020
#> SRR490435 1 0.1129 0.8955 0.976 0.004 0.020
#> SRR490436 1 0.0983 0.8944 0.980 0.004 0.016
#> SRR490437 1 0.1129 0.8945 0.976 0.004 0.020
#> SRR490438 1 0.1129 0.8945 0.976 0.004 0.020
#> SRR490439 1 0.1267 0.8935 0.972 0.004 0.024
#> SRR490440 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490441 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490442 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490443 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490444 2 0.0983 0.9269 0.016 0.980 0.004
#> SRR490445 2 0.0983 0.9269 0.016 0.980 0.004
#> SRR490446 2 0.0983 0.9269 0.016 0.980 0.004
#> SRR490447 2 0.0983 0.9269 0.016 0.980 0.004
#> SRR490448 1 0.0747 0.8962 0.984 0.000 0.016
#> SRR490449 1 0.0892 0.8954 0.980 0.000 0.020
#> SRR490450 1 0.0892 0.8954 0.980 0.000 0.020
#> SRR490451 1 0.0592 0.8966 0.988 0.000 0.012
#> SRR490452 1 0.1411 0.8956 0.964 0.000 0.036
#> SRR490453 1 0.1289 0.8962 0.968 0.000 0.032
#> SRR490454 1 0.1031 0.8968 0.976 0.000 0.024
#> SRR490455 1 0.1411 0.8956 0.964 0.000 0.036
#> SRR490456 1 0.1482 0.8924 0.968 0.012 0.020
#> SRR490457 1 0.1315 0.8936 0.972 0.008 0.020
#> SRR490458 1 0.1337 0.8926 0.972 0.012 0.016
#> SRR490459 1 0.1337 0.8926 0.972 0.012 0.016
#> SRR490460 1 0.1129 0.8955 0.976 0.004 0.020
#> SRR490461 1 0.1129 0.8945 0.976 0.004 0.020
#> SRR490462 1 0.1267 0.8943 0.972 0.004 0.024
#> SRR490463 1 0.1031 0.8948 0.976 0.000 0.024
#> SRR490464 3 0.2959 0.8605 0.100 0.000 0.900
#> SRR490465 3 0.2625 0.8641 0.084 0.000 0.916
#> SRR490466 3 0.3116 0.8574 0.108 0.000 0.892
#> SRR490467 3 0.3038 0.8592 0.104 0.000 0.896
#> SRR490468 1 0.3031 0.8447 0.912 0.076 0.012
#> SRR490469 1 0.2845 0.8523 0.920 0.068 0.012
#> SRR490470 1 0.3120 0.8405 0.908 0.080 0.012
#> SRR490471 1 0.3031 0.8447 0.912 0.076 0.012
#> SRR490472 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490473 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490474 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490475 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490476 2 0.8109 0.4177 0.108 0.620 0.272
#> SRR490477 3 0.7031 0.7267 0.196 0.088 0.716
#> SRR490478 3 0.5492 0.8100 0.080 0.104 0.816
#> SRR490479 3 0.8535 0.4873 0.112 0.332 0.556
#> SRR490480 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490481 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490482 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490483 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490484 2 0.3272 0.8576 0.104 0.892 0.004
#> SRR490485 2 0.1267 0.9243 0.024 0.972 0.004
#> SRR490486 2 0.1267 0.9243 0.024 0.972 0.004
#> SRR490487 2 0.1647 0.9188 0.036 0.960 0.004
#> SRR490488 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490489 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490490 2 0.1267 0.9242 0.024 0.972 0.004
#> SRR490491 2 0.1399 0.9228 0.028 0.968 0.004
#> SRR490492 2 0.1832 0.9158 0.036 0.956 0.008
#> SRR490493 2 0.1711 0.9185 0.032 0.960 0.008
#> SRR490494 2 0.1765 0.9156 0.040 0.956 0.004
#> SRR490495 2 0.1647 0.9180 0.036 0.960 0.004
#> SRR490496 2 0.1129 0.9260 0.020 0.976 0.004
#> SRR490497 2 0.1129 0.9260 0.020 0.976 0.004
#> SRR490498 2 0.1267 0.9244 0.024 0.972 0.004
#> SRR490499 2 0.1129 0.9260 0.020 0.976 0.004
#> SRR490500 2 0.6816 0.0687 0.472 0.516 0.012
#> SRR490501 2 0.6381 0.4787 0.340 0.648 0.012
#> SRR490502 2 0.5659 0.6465 0.248 0.740 0.012
#> SRR490503 2 0.6675 0.3079 0.404 0.584 0.012
#> SRR490504 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490505 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490506 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490507 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490508 2 0.0475 0.9297 0.004 0.992 0.004
#> SRR490509 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490510 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490511 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490512 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490513 2 0.1267 0.9242 0.024 0.972 0.004
#> SRR490514 2 0.1267 0.9242 0.024 0.972 0.004
#> SRR490515 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490516 2 0.0983 0.9269 0.016 0.980 0.004
#> SRR490517 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490518 2 0.0983 0.9269 0.016 0.980 0.004
#> SRR490519 2 0.0983 0.9269 0.016 0.980 0.004
#> SRR490520 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490521 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490522 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490523 2 0.1129 0.9256 0.020 0.976 0.004
#> SRR490524 2 0.1647 0.9180 0.036 0.960 0.004
#> SRR490525 2 0.1647 0.9180 0.036 0.960 0.004
#> SRR490526 2 0.1647 0.9180 0.036 0.960 0.004
#> SRR490527 2 0.1399 0.9226 0.028 0.968 0.004
#> SRR490528 2 0.1525 0.9204 0.032 0.964 0.004
#> SRR490529 2 0.1267 0.9245 0.024 0.972 0.004
#> SRR490530 2 0.1399 0.9226 0.028 0.968 0.004
#> SRR490531 2 0.1129 0.9260 0.020 0.976 0.004
#> SRR490532 1 0.0892 0.8967 0.980 0.000 0.020
#> SRR490533 1 0.0892 0.8967 0.980 0.000 0.020
#> SRR490534 1 0.0892 0.8954 0.980 0.000 0.020
#> SRR490535 1 0.1267 0.8968 0.972 0.004 0.024
#> SRR490536 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490537 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490538 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490539 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490540 2 0.1289 0.9317 0.000 0.968 0.032
#> SRR490541 2 0.1289 0.9319 0.000 0.968 0.032
#> SRR490542 2 0.1163 0.9318 0.000 0.972 0.028
#> SRR490543 2 0.0892 0.9317 0.000 0.980 0.020
#> SRR490544 2 0.1031 0.9313 0.000 0.976 0.024
#> SRR490545 2 0.0892 0.9315 0.000 0.980 0.020
#> SRR490546 2 0.1163 0.9310 0.000 0.972 0.028
#> SRR490547 2 0.1031 0.9313 0.000 0.976 0.024
#> SRR490548 2 0.1163 0.9318 0.000 0.972 0.028
#> SRR490549 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490550 2 0.1860 0.9267 0.000 0.948 0.052
#> SRR490551 2 0.1753 0.9277 0.000 0.952 0.048
#> SRR490552 2 0.0592 0.9315 0.000 0.988 0.012
#> SRR490553 2 0.0592 0.9315 0.000 0.988 0.012
#> SRR490554 2 0.0892 0.9317 0.000 0.980 0.020
#> SRR490555 2 0.0592 0.9315 0.000 0.988 0.012
#> SRR490556 2 0.1643 0.9296 0.000 0.956 0.044
#> SRR490557 2 0.0592 0.9317 0.000 0.988 0.012
#> SRR490558 2 0.1411 0.9311 0.000 0.964 0.036
#> SRR490559 2 0.1529 0.9304 0.000 0.960 0.040
#> SRR490560 2 0.0592 0.9315 0.000 0.988 0.012
#> SRR490561 2 0.0424 0.9314 0.000 0.992 0.008
#> SRR490562 2 0.0592 0.9315 0.000 0.988 0.012
#> SRR490563 2 0.0592 0.9315 0.000 0.988 0.012
#> SRR490564 2 0.3325 0.9128 0.020 0.904 0.076
#> SRR490565 2 0.3325 0.9128 0.020 0.904 0.076
#> SRR490566 2 0.3325 0.9128 0.020 0.904 0.076
#> SRR490567 2 0.3183 0.9149 0.016 0.908 0.076
#> SRR490568 2 0.0592 0.9301 0.000 0.988 0.012
#> SRR490569 2 0.0592 0.9301 0.000 0.988 0.012
#> SRR490570 2 0.0592 0.9301 0.000 0.988 0.012
#> SRR490571 2 0.0592 0.9301 0.000 0.988 0.012
#> SRR490572 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490573 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490574 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490575 2 0.0237 0.9303 0.000 0.996 0.004
#> SRR490576 2 0.0747 0.9315 0.000 0.984 0.016
#> SRR490577 2 0.0747 0.9315 0.000 0.984 0.016
#> SRR490578 2 0.0747 0.9315 0.000 0.984 0.016
#> SRR490579 2 0.0747 0.9315 0.000 0.984 0.016
#> SRR490580 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490581 2 0.2400 0.9220 0.004 0.932 0.064
#> SRR490582 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490583 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490584 2 0.1163 0.9310 0.000 0.972 0.028
#> SRR490585 2 0.1163 0.9311 0.000 0.972 0.028
#> SRR490586 2 0.1289 0.9306 0.000 0.968 0.032
#> SRR490587 2 0.1031 0.9313 0.000 0.976 0.024
#> SRR490588 2 0.1860 0.9267 0.000 0.948 0.052
#> SRR490589 2 0.1964 0.9269 0.000 0.944 0.056
#> SRR490590 2 0.1753 0.9289 0.000 0.952 0.048
#> SRR490591 2 0.2066 0.9258 0.000 0.940 0.060
#> SRR490592 2 0.2680 0.9190 0.008 0.924 0.068
#> SRR490593 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490594 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490595 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR490596 2 0.3234 0.9140 0.020 0.908 0.072
#> SRR490597 2 0.3091 0.9158 0.016 0.912 0.072
#> SRR490598 2 0.3234 0.9140 0.020 0.908 0.072
#> SRR490599 2 0.3234 0.9140 0.020 0.908 0.072
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.5581 0.04610 0.000 0.532 0.448 0.020
#> SRR490217 3 0.5750 0.22434 0.000 0.440 0.532 0.028
#> SRR490218 3 0.5392 0.15779 0.000 0.460 0.528 0.012
#> SRR490219 3 0.5700 0.30884 0.000 0.412 0.560 0.028
#> SRR490220 1 0.6311 0.24482 0.492 0.456 0.004 0.048
#> SRR490221 2 0.6570 0.15279 0.368 0.564 0.016 0.052
#> SRR490222 2 0.6394 0.26310 0.316 0.612 0.012 0.060
#> SRR490223 2 0.6325 0.24981 0.340 0.600 0.016 0.044
#> SRR490224 1 0.3170 0.81903 0.892 0.008 0.044 0.056
#> SRR490225 1 0.3069 0.82117 0.896 0.008 0.060 0.036
#> SRR490226 1 0.3424 0.81622 0.884 0.016 0.048 0.052
#> SRR490227 1 0.4001 0.78729 0.844 0.008 0.104 0.044
#> SRR490228 1 0.4493 0.78387 0.820 0.008 0.080 0.092
#> SRR490229 1 0.4651 0.76209 0.804 0.004 0.112 0.080
#> SRR490230 1 0.4535 0.76998 0.812 0.004 0.104 0.080
#> SRR490231 1 0.4354 0.78300 0.824 0.004 0.088 0.084
#> SRR490232 1 0.3089 0.82255 0.896 0.052 0.008 0.044
#> SRR490233 1 0.3417 0.81836 0.880 0.060 0.008 0.052
#> SRR490234 1 0.2920 0.82413 0.904 0.044 0.008 0.044
#> SRR490235 1 0.3349 0.81762 0.880 0.064 0.004 0.052
#> SRR490236 1 0.5081 0.77363 0.800 0.036 0.064 0.100
#> SRR490237 1 0.4689 0.78856 0.820 0.036 0.044 0.100
#> SRR490238 1 0.4861 0.78379 0.812 0.040 0.048 0.100
#> SRR490239 1 0.4666 0.78644 0.820 0.028 0.052 0.100
#> SRR490240 1 0.3380 0.81645 0.876 0.088 0.008 0.028
#> SRR490241 1 0.3543 0.81428 0.868 0.092 0.008 0.032
#> SRR490242 1 0.4075 0.78823 0.832 0.128 0.008 0.032
#> SRR490243 1 0.3924 0.79174 0.840 0.124 0.008 0.028
#> SRR490244 3 0.2555 0.84855 0.032 0.008 0.920 0.040
#> SRR490245 3 0.1369 0.84721 0.016 0.004 0.964 0.016
#> SRR490246 3 0.1284 0.84538 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR490247 3 0.3732 0.81218 0.092 0.000 0.852 0.056
#> SRR490248 2 0.4542 0.58670 0.004 0.768 0.208 0.020
#> SRR490249 2 0.4737 0.52123 0.000 0.728 0.252 0.020
#> SRR490250 2 0.3870 0.61670 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR490251 2 0.4391 0.54862 0.000 0.740 0.252 0.008
#> SRR490252 2 0.5172 0.48163 0.220 0.736 0.008 0.036
#> SRR490253 2 0.4356 0.61538 0.140 0.812 0.004 0.044
#> SRR490254 2 0.4025 0.64346 0.128 0.832 0.004 0.036
#> SRR490255 2 0.3556 0.70155 0.096 0.864 0.004 0.036
#> SRR490256 1 0.2855 0.82890 0.904 0.052 0.004 0.040
#> SRR490257 1 0.3342 0.82253 0.880 0.080 0.008 0.032
#> SRR490258 1 0.2896 0.82748 0.904 0.056 0.008 0.032
#> SRR490259 1 0.2613 0.82937 0.916 0.052 0.008 0.024
#> SRR490260 1 0.2007 0.83368 0.940 0.020 0.004 0.036
#> SRR490261 1 0.2019 0.83377 0.940 0.024 0.004 0.032
#> SRR490262 1 0.2115 0.83327 0.936 0.024 0.004 0.036
#> SRR490263 1 0.2007 0.83368 0.940 0.020 0.004 0.036
#> SRR490264 1 0.3781 0.81300 0.864 0.064 0.012 0.060
#> SRR490265 1 0.3540 0.81829 0.876 0.064 0.012 0.048
#> SRR490266 1 0.3574 0.81588 0.872 0.064 0.008 0.056
#> SRR490267 1 0.3703 0.81444 0.868 0.064 0.012 0.056
#> SRR490268 1 0.2467 0.83293 0.920 0.052 0.004 0.024
#> SRR490269 1 0.2456 0.83458 0.924 0.040 0.008 0.028
#> SRR490270 1 0.1811 0.83531 0.948 0.028 0.004 0.020
#> SRR490271 1 0.2904 0.82859 0.904 0.060 0.012 0.024
#> SRR490272 1 0.2774 0.82463 0.908 0.044 0.004 0.044
#> SRR490273 1 0.2946 0.82342 0.900 0.048 0.004 0.048
#> SRR490274 1 0.2860 0.82357 0.904 0.048 0.004 0.044
#> SRR490275 1 0.2772 0.82498 0.908 0.040 0.004 0.048
#> SRR490276 1 0.3257 0.81999 0.888 0.052 0.008 0.052
#> SRR490277 1 0.3540 0.81794 0.876 0.048 0.012 0.064
#> SRR490278 1 0.3005 0.82387 0.900 0.048 0.008 0.044
#> SRR490279 1 0.3174 0.82101 0.892 0.048 0.008 0.052
#> SRR490280 3 0.0524 0.84457 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490281 3 0.0524 0.84457 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490282 3 0.0524 0.84457 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490283 3 0.0524 0.84457 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490284 3 0.2814 0.84424 0.032 0.008 0.908 0.052
#> SRR490285 3 0.2954 0.84406 0.028 0.008 0.900 0.064
#> SRR490286 3 0.4200 0.81902 0.088 0.012 0.840 0.060
#> SRR490287 3 0.4134 0.82295 0.084 0.012 0.844 0.060
#> SRR490288 1 0.6835 0.67718 0.688 0.152 0.076 0.084
#> SRR490289 1 0.5166 0.76932 0.776 0.008 0.108 0.108
#> SRR490290 1 0.5423 0.77384 0.776 0.104 0.028 0.092
#> SRR490291 1 0.6602 0.70854 0.708 0.064 0.120 0.108
#> SRR490292 1 0.6843 0.25806 0.488 0.432 0.012 0.068
#> SRR490293 1 0.6322 0.49932 0.616 0.312 0.008 0.064
#> SRR490294 1 0.6863 0.30732 0.512 0.404 0.012 0.072
#> SRR490295 1 0.6307 0.48143 0.620 0.312 0.012 0.056
#> SRR490296 4 0.3610 0.89204 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR490297 4 0.3972 0.89210 0.008 0.204 0.000 0.788
#> SRR490298 4 0.3791 0.89197 0.004 0.200 0.000 0.796
#> SRR490299 4 0.3791 0.89241 0.004 0.200 0.000 0.796
#> SRR490300 1 0.4747 0.81138 0.808 0.044 0.024 0.124
#> SRR490301 1 0.5871 0.73743 0.732 0.108 0.016 0.144
#> SRR490302 1 0.4502 0.81342 0.820 0.040 0.020 0.120
#> SRR490303 1 0.5267 0.78687 0.784 0.072 0.028 0.116
#> SRR490304 4 0.3975 0.89540 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR490305 4 0.4008 0.89479 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR490306 4 0.4008 0.89479 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR490307 4 0.4072 0.89298 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490308 3 0.2686 0.84906 0.040 0.012 0.916 0.032
#> SRR490309 3 0.3385 0.83941 0.072 0.008 0.880 0.040
#> SRR490310 3 0.3077 0.84116 0.068 0.004 0.892 0.036
#> SRR490311 3 0.2954 0.84378 0.064 0.008 0.900 0.028
#> SRR490312 3 0.5764 0.21298 0.000 0.452 0.520 0.028
#> SRR490313 3 0.5407 0.12082 0.000 0.484 0.504 0.012
#> SRR490314 2 0.5497 -0.00717 0.000 0.524 0.460 0.016
#> SRR490315 2 0.5600 0.22179 0.000 0.596 0.376 0.028
#> SRR490316 2 0.8180 0.15508 0.236 0.544 0.160 0.060
#> SRR490317 2 0.7821 0.22432 0.092 0.584 0.240 0.084
#> SRR490318 2 0.8495 0.08302 0.172 0.520 0.232 0.076
#> SRR490319 2 0.8812 -0.00199 0.152 0.464 0.292 0.092
#> SRR490320 1 0.5620 0.75982 0.760 0.048 0.144 0.048
#> SRR490321 1 0.6510 0.70845 0.708 0.088 0.148 0.056
#> SRR490322 1 0.4176 0.82522 0.848 0.024 0.076 0.052
#> SRR490323 1 0.5878 0.73933 0.740 0.044 0.160 0.056
#> SRR490324 3 0.5165 0.78529 0.112 0.016 0.784 0.088
#> SRR490325 3 0.5390 0.77589 0.124 0.016 0.768 0.092
#> SRR490326 3 0.4814 0.80054 0.096 0.012 0.804 0.088
#> SRR490327 3 0.5344 0.77699 0.116 0.016 0.772 0.096
#> SRR490328 4 0.6780 0.41047 0.296 0.112 0.004 0.588
#> SRR490329 4 0.6273 0.64028 0.184 0.136 0.004 0.676
#> SRR490330 4 0.7369 0.45876 0.296 0.156 0.008 0.540
#> SRR490331 4 0.5546 0.83132 0.052 0.268 0.000 0.680
#> SRR490332 1 0.4634 0.77514 0.792 0.048 0.004 0.156
#> SRR490333 1 0.5981 0.65306 0.696 0.104 0.004 0.196
#> SRR490334 1 0.6653 0.43852 0.568 0.104 0.000 0.328
#> SRR490335 1 0.5493 0.72490 0.744 0.108 0.004 0.144
#> SRR490336 4 0.4040 0.89414 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR490337 4 0.4134 0.88919 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR490338 4 0.4008 0.89490 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR490339 4 0.4040 0.89400 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR490340 1 0.6608 0.59264 0.624 0.268 0.008 0.100
#> SRR490341 1 0.6282 0.64023 0.660 0.244 0.008 0.088
#> SRR490342 2 0.7391 -0.06099 0.400 0.464 0.008 0.128
#> SRR490343 1 0.6056 0.67488 0.692 0.208 0.008 0.092
#> SRR490344 2 0.3958 0.71069 0.000 0.816 0.160 0.024
#> SRR490345 2 0.2973 0.76455 0.000 0.884 0.096 0.020
#> SRR490346 2 0.2750 0.76749 0.004 0.908 0.056 0.032
#> SRR490347 2 0.3278 0.74918 0.000 0.864 0.116 0.020
#> SRR490348 2 0.4775 0.72891 0.000 0.784 0.076 0.140
#> SRR490349 2 0.4352 0.75907 0.000 0.816 0.080 0.104
#> SRR490350 2 0.4764 0.74099 0.000 0.788 0.088 0.124
#> SRR490351 2 0.4477 0.75343 0.000 0.808 0.084 0.108
#> SRR490352 2 0.3047 0.77695 0.000 0.872 0.012 0.116
#> SRR490353 2 0.3271 0.76303 0.000 0.856 0.012 0.132
#> SRR490354 2 0.2988 0.78011 0.000 0.876 0.012 0.112
#> SRR490355 2 0.3161 0.77031 0.000 0.864 0.012 0.124
#> SRR490356 2 0.2643 0.73144 0.016 0.916 0.016 0.052
#> SRR490357 2 0.2392 0.73937 0.008 0.924 0.016 0.052
#> SRR490358 2 0.2744 0.72536 0.012 0.912 0.024 0.052
#> SRR490359 2 0.2075 0.74997 0.016 0.936 0.004 0.044
#> SRR490360 2 0.2494 0.79449 0.000 0.916 0.036 0.048
#> SRR490361 2 0.2623 0.79666 0.000 0.908 0.028 0.064
#> SRR490362 2 0.3176 0.79074 0.000 0.880 0.036 0.084
#> SRR490363 2 0.3080 0.78921 0.000 0.880 0.024 0.096
#> SRR490364 2 0.1209 0.79293 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR490365 2 0.1118 0.79415 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490366 2 0.1118 0.79415 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490367 2 0.1211 0.79508 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490368 2 0.2149 0.79295 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR490369 2 0.2149 0.79295 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR490370 2 0.2149 0.79295 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR490371 2 0.2149 0.79295 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR490372 3 0.2484 0.84654 0.012 0.024 0.924 0.040
#> SRR490373 3 0.2484 0.84654 0.012 0.024 0.924 0.040
#> SRR490374 3 0.2484 0.84654 0.012 0.024 0.924 0.040
#> SRR490375 3 0.2484 0.84654 0.012 0.024 0.924 0.040
#> SRR490376 2 0.4838 0.61852 0.000 0.724 0.252 0.024
#> SRR490377 2 0.4244 0.73189 0.000 0.804 0.160 0.036
#> SRR490378 2 0.4745 0.68456 0.000 0.756 0.208 0.036
#> SRR490379 2 0.4904 0.68121 0.000 0.744 0.216 0.040
#> SRR490380 3 0.2262 0.84737 0.012 0.016 0.932 0.040
#> SRR490381 3 0.2742 0.84834 0.040 0.008 0.912 0.040
#> SRR490382 3 0.2901 0.84785 0.036 0.016 0.908 0.040
#> SRR490383 3 0.3047 0.84741 0.048 0.012 0.900 0.040
#> SRR490384 2 0.2335 0.79748 0.000 0.920 0.020 0.060
#> SRR490385 2 0.2197 0.79563 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR490386 2 0.1978 0.79691 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR490387 2 0.2342 0.79575 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR490388 2 0.1209 0.79272 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR490389 2 0.0921 0.79360 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490390 2 0.0921 0.79360 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490391 2 0.1305 0.79378 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR490392 2 0.2342 0.79595 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR490393 2 0.2197 0.79577 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR490394 2 0.2266 0.79465 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR490395 2 0.2266 0.79465 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR490396 2 0.0921 0.79360 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490397 2 0.1118 0.79499 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490398 2 0.1211 0.79501 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490399 2 0.1118 0.79499 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490400 2 0.2011 0.79496 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR490401 2 0.2081 0.79415 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490402 2 0.2081 0.79415 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490403 2 0.2081 0.79415 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490404 2 0.1396 0.77278 0.004 0.960 0.004 0.032
#> SRR490405 2 0.1191 0.77159 0.004 0.968 0.004 0.024
#> SRR490406 2 0.1082 0.77372 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR490407 2 0.1082 0.77395 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR490408 4 0.4304 0.86994 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR490409 4 0.4277 0.87448 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR490410 4 0.4304 0.86994 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR490411 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490412 3 0.8287 0.62497 0.132 0.208 0.560 0.100
#> SRR490413 3 0.6399 0.43456 0.340 0.016 0.596 0.048
#> SRR490414 3 0.5643 0.65463 0.232 0.012 0.708 0.048
#> SRR490415 3 0.6232 0.52536 0.304 0.016 0.632 0.048
#> SRR490416 1 0.3658 0.79812 0.836 0.020 0.000 0.144
#> SRR490417 1 0.5291 0.65534 0.700 0.032 0.004 0.264
#> SRR490418 1 0.5847 0.42759 0.560 0.036 0.000 0.404
#> SRR490419 1 0.5773 0.53687 0.612 0.032 0.004 0.352
#> SRR490420 1 0.1902 0.83990 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR490421 1 0.1978 0.83862 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR490422 1 0.1978 0.83913 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR490423 1 0.1970 0.83982 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR490424 1 0.2830 0.83144 0.900 0.000 0.060 0.040
#> SRR490425 1 0.2983 0.82677 0.892 0.000 0.068 0.040
#> SRR490426 1 0.2670 0.83186 0.908 0.000 0.052 0.040
#> SRR490427 1 0.2660 0.83180 0.908 0.000 0.056 0.036
#> SRR490428 1 0.1543 0.84070 0.956 0.008 0.004 0.032
#> SRR490429 1 0.1909 0.84172 0.940 0.008 0.004 0.048
#> SRR490430 1 0.1509 0.84007 0.960 0.012 0.008 0.020
#> SRR490431 1 0.2140 0.84152 0.932 0.008 0.008 0.052
#> SRR490432 1 0.1867 0.83756 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490433 1 0.1867 0.83806 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490434 1 0.2593 0.83020 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR490435 1 0.2899 0.82735 0.880 0.004 0.004 0.112
#> SRR490436 1 0.1822 0.84168 0.944 0.004 0.008 0.044
#> SRR490437 1 0.1489 0.84072 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR490438 1 0.1635 0.84052 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR490439 1 0.1732 0.84226 0.948 0.004 0.008 0.040
#> SRR490440 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490441 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490442 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490443 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490444 4 0.4040 0.89323 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR490445 4 0.4072 0.89184 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490446 4 0.4072 0.89184 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490447 4 0.3873 0.89559 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR490448 1 0.2773 0.82655 0.880 0.000 0.004 0.116
#> SRR490449 1 0.2831 0.82625 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR490450 1 0.3052 0.81924 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR490451 1 0.2944 0.82333 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR490452 1 0.1890 0.84060 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR490453 1 0.2124 0.83900 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR490454 1 0.1970 0.83919 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR490455 1 0.1807 0.84005 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR490456 1 0.2401 0.83325 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR490457 1 0.2530 0.83241 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR490458 1 0.2238 0.83764 0.920 0.004 0.004 0.072
#> SRR490459 1 0.2520 0.83427 0.904 0.004 0.004 0.088
#> SRR490460 1 0.1970 0.83891 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR490461 1 0.1970 0.83891 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR490462 1 0.2266 0.83526 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR490463 1 0.2266 0.83619 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR490464 3 0.2032 0.84863 0.036 0.000 0.936 0.028
#> SRR490465 3 0.2131 0.84824 0.036 0.000 0.932 0.032
#> SRR490466 3 0.2224 0.84718 0.040 0.000 0.928 0.032
#> SRR490467 3 0.2123 0.84951 0.028 0.004 0.936 0.032
#> SRR490468 1 0.3313 0.83470 0.880 0.028 0.008 0.084
#> SRR490469 1 0.2774 0.84091 0.908 0.024 0.008 0.060
#> SRR490470 1 0.3245 0.83598 0.884 0.028 0.008 0.080
#> SRR490471 1 0.3174 0.83527 0.888 0.028 0.008 0.076
#> SRR490472 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490473 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490474 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490475 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490476 4 0.9549 -0.01294 0.128 0.240 0.260 0.372
#> SRR490477 3 0.7357 0.63794 0.208 0.072 0.632 0.088
#> SRR490478 3 0.4377 0.80039 0.032 0.020 0.824 0.124
#> SRR490479 3 0.9131 0.45763 0.124 0.212 0.464 0.200
#> SRR490480 4 0.3925 0.87722 0.016 0.176 0.000 0.808
#> SRR490481 4 0.3881 0.87398 0.016 0.172 0.000 0.812
#> SRR490482 4 0.3768 0.88512 0.008 0.184 0.000 0.808
#> SRR490483 4 0.3881 0.87398 0.016 0.172 0.000 0.812
#> SRR490484 4 0.4171 0.79985 0.060 0.116 0.000 0.824
#> SRR490485 4 0.4010 0.86066 0.028 0.156 0.000 0.816
#> SRR490486 4 0.4105 0.85875 0.032 0.156 0.000 0.812
#> SRR490487 4 0.3876 0.82265 0.040 0.124 0.000 0.836
#> SRR490488 4 0.3940 0.85557 0.020 0.152 0.004 0.824
#> SRR490489 4 0.3945 0.84535 0.024 0.144 0.004 0.828
#> SRR490490 4 0.4038 0.83635 0.032 0.136 0.004 0.828
#> SRR490491 4 0.4093 0.85777 0.024 0.156 0.004 0.816
#> SRR490492 4 0.4008 0.84947 0.032 0.148 0.000 0.820
#> SRR490493 4 0.4152 0.85847 0.032 0.160 0.000 0.808
#> SRR490494 4 0.4057 0.85020 0.032 0.152 0.000 0.816
#> SRR490495 4 0.4008 0.84625 0.032 0.148 0.000 0.820
#> SRR490496 4 0.3852 0.88987 0.008 0.192 0.000 0.800
#> SRR490497 4 0.3978 0.88793 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR490498 4 0.3978 0.88793 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR490499 4 0.3852 0.88987 0.008 0.192 0.000 0.800
#> SRR490500 1 0.6499 0.53296 0.612 0.112 0.000 0.276
#> SRR490501 1 0.6987 0.46301 0.576 0.136 0.004 0.284
#> SRR490502 1 0.7028 0.22138 0.496 0.124 0.000 0.380
#> SRR490503 1 0.6779 0.52637 0.612 0.136 0.004 0.248
#> SRR490504 4 0.4428 0.87887 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR490505 4 0.4428 0.87887 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR490506 4 0.4428 0.87887 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR490507 4 0.4428 0.87887 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR490508 4 0.4134 0.88777 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR490509 4 0.4072 0.89144 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490510 4 0.4252 0.89194 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR490511 4 0.4252 0.89194 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR490512 4 0.3937 0.88582 0.012 0.188 0.000 0.800
#> SRR490513 4 0.3853 0.86356 0.020 0.160 0.000 0.820
#> SRR490514 4 0.3812 0.84271 0.028 0.140 0.000 0.832
#> SRR490515 4 0.3808 0.87719 0.012 0.176 0.000 0.812
#> SRR490516 4 0.3764 0.89552 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR490517 4 0.3726 0.89518 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR490518 4 0.3764 0.89554 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR490519 4 0.3837 0.89564 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR490520 4 0.3688 0.89462 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR490521 4 0.3688 0.89462 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR490522 4 0.3610 0.89288 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR490523 4 0.3569 0.89184 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR490524 4 0.4035 0.87697 0.020 0.176 0.000 0.804
#> SRR490525 4 0.3969 0.88017 0.016 0.180 0.000 0.804
#> SRR490526 4 0.3969 0.88011 0.016 0.180 0.000 0.804
#> SRR490527 4 0.3751 0.89167 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490528 4 0.3791 0.89186 0.004 0.200 0.000 0.796
#> SRR490529 4 0.3610 0.89282 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR490530 4 0.3610 0.89282 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR490531 4 0.3649 0.89399 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR490532 1 0.2814 0.82303 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR490533 1 0.3355 0.80923 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR490534 1 0.2814 0.82273 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR490535 1 0.3306 0.81144 0.840 0.000 0.004 0.156
#> SRR490536 4 0.4428 0.87887 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR490537 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490538 4 0.4250 0.87823 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR490539 4 0.4428 0.87887 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR490540 4 0.4605 0.79264 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR490541 4 0.4746 0.73196 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR490542 4 0.4624 0.78521 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR490543 4 0.4564 0.80691 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR490544 2 0.4406 0.47353 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR490545 2 0.4697 0.29517 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR490546 2 0.4164 0.56149 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR490547 2 0.4331 0.50308 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR490548 2 0.2704 0.77108 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR490549 2 0.2281 0.78950 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR490550 2 0.2647 0.77402 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR490551 2 0.2868 0.75958 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490552 2 0.4999 -0.32663 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR490553 2 0.4830 0.14867 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR490554 2 0.4817 0.16079 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490555 2 0.4989 -0.24336 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR490556 2 0.2408 0.78531 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR490557 2 0.2973 0.75100 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR490558 2 0.2589 0.77673 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490559 2 0.2704 0.77067 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR490560 2 0.3726 0.66001 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR490561 2 0.3942 0.61868 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490562 2 0.3907 0.62623 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR490563 2 0.3569 0.68472 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR490564 2 0.2275 0.77083 0.020 0.928 0.004 0.048
#> SRR490565 2 0.2125 0.78065 0.012 0.932 0.004 0.052
#> SRR490566 2 0.2189 0.76802 0.020 0.932 0.004 0.044
#> SRR490567 2 0.1953 0.77698 0.012 0.940 0.004 0.044
#> SRR490568 4 0.4428 0.87877 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR490569 4 0.4456 0.87478 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR490570 4 0.4456 0.87478 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR490571 4 0.4456 0.87478 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR490572 4 0.4522 0.82002 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR490573 4 0.4522 0.82236 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR490574 4 0.4454 0.83779 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR490575 4 0.4500 0.82862 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR490576 4 0.4998 0.39186 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR490577 2 0.4941 -0.07383 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR490578 2 0.4989 -0.24148 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR490579 2 0.4992 -0.25844 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR490580 2 0.2216 0.79136 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR490581 2 0.2216 0.79136 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR490582 2 0.2216 0.79136 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR490583 2 0.2281 0.78986 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR490584 2 0.3837 0.64108 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR490585 2 0.4222 0.54537 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR490586 2 0.3975 0.61118 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR490587 2 0.4134 0.57130 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR490588 2 0.2345 0.78749 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR490589 2 0.2345 0.78749 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR490590 2 0.2469 0.78254 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR490591 2 0.2469 0.78254 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR490592 2 0.2011 0.79525 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR490593 2 0.2216 0.79250 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR490594 2 0.2081 0.79479 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490595 2 0.2081 0.79437 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490596 2 0.1913 0.76466 0.020 0.940 0.000 0.040
#> SRR490597 2 0.1305 0.78723 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR490598 2 0.1305 0.78708 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR490599 2 0.1452 0.78380 0.008 0.956 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.595 0.461574 0.000 0.600 0.296 0.024 0.080
#> SRR490217 2 0.622 0.263169 0.000 0.504 0.396 0.028 0.072
#> SRR490218 2 0.646 0.136398 0.000 0.448 0.440 0.040 0.072
#> SRR490219 2 0.617 0.056204 0.000 0.456 0.444 0.016 0.084
#> SRR490220 2 0.603 0.121113 0.356 0.536 0.008 0.000 0.100
#> SRR490221 2 0.703 0.146973 0.312 0.508 0.016 0.020 0.144
#> SRR490222 2 0.618 0.312236 0.252 0.580 0.008 0.000 0.160
#> SRR490223 2 0.548 0.502256 0.216 0.672 0.012 0.000 0.100
#> SRR490224 1 0.492 0.054192 0.692 0.012 0.044 0.000 0.252
#> SRR490225 1 0.523 0.053576 0.688 0.012 0.076 0.000 0.224
#> SRR490226 1 0.535 -0.024683 0.664 0.012 0.072 0.000 0.252
#> SRR490227 1 0.585 -0.151738 0.628 0.012 0.120 0.000 0.240
#> SRR490228 5 0.551 0.683755 0.468 0.000 0.064 0.000 0.468
#> SRR490229 5 0.565 0.684323 0.460 0.000 0.076 0.000 0.464
#> SRR490230 5 0.574 0.679284 0.452 0.000 0.084 0.000 0.464
#> SRR490231 1 0.560 -0.691625 0.476 0.000 0.072 0.000 0.452
#> SRR490232 1 0.420 0.306527 0.760 0.024 0.012 0.000 0.204
#> SRR490233 1 0.388 0.348458 0.784 0.016 0.012 0.000 0.188
#> SRR490234 1 0.397 0.362877 0.780 0.020 0.012 0.000 0.188
#> SRR490235 1 0.415 0.355100 0.768 0.032 0.008 0.000 0.192
#> SRR490236 5 0.563 0.701133 0.452 0.020 0.036 0.000 0.492
#> SRR490237 5 0.556 0.690673 0.456 0.020 0.032 0.000 0.492
#> SRR490238 5 0.556 0.685977 0.452 0.020 0.032 0.000 0.496
#> SRR490239 5 0.541 0.700270 0.456 0.016 0.028 0.000 0.500
#> SRR490240 1 0.373 0.406212 0.804 0.032 0.000 0.004 0.160
#> SRR490241 1 0.380 0.412939 0.808 0.044 0.000 0.004 0.144
#> SRR490242 1 0.425 0.376258 0.776 0.064 0.000 0.004 0.156
#> SRR490243 1 0.415 0.411284 0.792 0.060 0.000 0.008 0.140
#> SRR490244 3 0.340 0.753274 0.024 0.008 0.844 0.004 0.120
#> SRR490245 3 0.245 0.749473 0.016 0.000 0.896 0.004 0.084
#> SRR490246 3 0.284 0.751691 0.012 0.004 0.872 0.004 0.108
#> SRR490247 3 0.377 0.742259 0.032 0.000 0.808 0.008 0.152
#> SRR490248 2 0.415 0.760576 0.012 0.828 0.080 0.032 0.048
#> SRR490249 2 0.389 0.773467 0.008 0.840 0.080 0.032 0.040
#> SRR490250 2 0.371 0.772984 0.008 0.848 0.084 0.028 0.032
#> SRR490251 2 0.387 0.757615 0.004 0.836 0.088 0.028 0.044
#> SRR490252 2 0.465 0.652038 0.156 0.764 0.008 0.008 0.064
#> SRR490253 2 0.382 0.718767 0.100 0.832 0.008 0.008 0.052
#> SRR490254 2 0.390 0.727686 0.088 0.832 0.008 0.012 0.060
#> SRR490255 2 0.376 0.761881 0.064 0.848 0.008 0.024 0.056
#> SRR490256 1 0.356 0.440983 0.820 0.024 0.008 0.000 0.148
#> SRR490257 1 0.394 0.451773 0.812 0.052 0.012 0.000 0.124
#> SRR490258 1 0.361 0.443291 0.820 0.028 0.008 0.000 0.144
#> SRR490259 1 0.325 0.460470 0.844 0.020 0.008 0.000 0.128
#> SRR490260 1 0.288 0.472816 0.868 0.020 0.004 0.000 0.108
#> SRR490261 1 0.298 0.465014 0.860 0.020 0.004 0.000 0.116
#> SRR490262 1 0.303 0.459323 0.856 0.020 0.004 0.000 0.120
#> SRR490263 1 0.298 0.467396 0.860 0.020 0.004 0.000 0.116
#> SRR490264 1 0.511 0.244898 0.696 0.052 0.020 0.000 0.232
#> SRR490265 1 0.499 0.259498 0.700 0.048 0.016 0.000 0.236
#> SRR490266 1 0.493 0.266440 0.708 0.048 0.016 0.000 0.228
#> SRR490267 1 0.509 0.203391 0.684 0.048 0.016 0.000 0.252
#> SRR490268 1 0.301 0.467423 0.868 0.016 0.004 0.008 0.104
#> SRR490269 1 0.354 0.437299 0.824 0.016 0.004 0.008 0.148
#> SRR490270 1 0.328 0.456870 0.852 0.016 0.004 0.012 0.116
#> SRR490271 1 0.353 0.443483 0.836 0.020 0.008 0.008 0.128
#> SRR490272 1 0.381 0.402370 0.800 0.036 0.004 0.000 0.160
#> SRR490273 1 0.400 0.376510 0.780 0.036 0.004 0.000 0.180
#> SRR490274 1 0.385 0.384768 0.792 0.032 0.004 0.000 0.172
#> SRR490275 1 0.377 0.393042 0.796 0.028 0.004 0.000 0.172
#> SRR490276 1 0.377 0.392302 0.796 0.028 0.004 0.000 0.172
#> SRR490277 1 0.383 0.372632 0.784 0.024 0.004 0.000 0.188
#> SRR490278 1 0.361 0.397504 0.808 0.024 0.004 0.000 0.164
#> SRR490279 1 0.365 0.399890 0.804 0.024 0.004 0.000 0.168
#> SRR490280 3 0.165 0.744628 0.012 0.008 0.944 0.000 0.036
#> SRR490281 3 0.165 0.744628 0.012 0.008 0.944 0.000 0.036
#> SRR490282 3 0.165 0.744628 0.012 0.008 0.944 0.000 0.036
#> SRR490283 3 0.165 0.744628 0.012 0.008 0.944 0.000 0.036
#> SRR490284 3 0.432 0.708147 0.036 0.024 0.792 0.004 0.144
#> SRR490285 3 0.444 0.704114 0.040 0.024 0.784 0.004 0.148
#> SRR490286 3 0.503 0.687878 0.056 0.028 0.740 0.004 0.172
#> SRR490287 3 0.494 0.691747 0.056 0.024 0.744 0.004 0.172
#> SRR490288 1 0.820 -0.005171 0.468 0.088 0.132 0.040 0.272
#> SRR490289 1 0.740 0.056387 0.508 0.016 0.132 0.052 0.292
#> SRR490290 1 0.727 0.192166 0.572 0.072 0.048 0.060 0.248
#> SRR490291 1 0.819 0.000599 0.456 0.052 0.136 0.064 0.292
#> SRR490292 2 0.707 0.096859 0.292 0.488 0.004 0.024 0.192
#> SRR490293 2 0.737 -0.111768 0.332 0.436 0.008 0.028 0.196
#> SRR490294 2 0.751 -0.025178 0.264 0.452 0.012 0.028 0.244
#> SRR490295 2 0.738 -0.111237 0.292 0.432 0.004 0.028 0.244
#> SRR490296 4 0.451 0.793974 0.076 0.048 0.000 0.796 0.080
#> SRR490297 4 0.473 0.783775 0.096 0.052 0.000 0.780 0.072
#> SRR490298 4 0.442 0.788314 0.088 0.040 0.000 0.800 0.072
#> SRR490299 4 0.480 0.782556 0.088 0.052 0.000 0.776 0.084
#> SRR490300 5 0.690 0.358928 0.432 0.044 0.016 0.068 0.440
#> SRR490301 5 0.802 0.373546 0.292 0.100 0.016 0.140 0.452
#> SRR490302 1 0.701 -0.484604 0.432 0.052 0.016 0.068 0.432
#> SRR490303 5 0.747 0.448626 0.372 0.088 0.020 0.068 0.452
#> SRR490304 4 0.334 0.849521 0.040 0.068 0.000 0.864 0.028
#> SRR490305 4 0.341 0.850169 0.040 0.072 0.000 0.860 0.028
#> SRR490306 4 0.314 0.851340 0.028 0.076 0.000 0.872 0.024
#> SRR490307 4 0.355 0.846587 0.040 0.076 0.000 0.852 0.032
#> SRR490308 3 0.422 0.724023 0.032 0.008 0.760 0.000 0.200
#> SRR490309 3 0.494 0.691828 0.060 0.012 0.712 0.000 0.216
#> SRR490310 3 0.471 0.703555 0.044 0.012 0.724 0.000 0.220
#> SRR490311 3 0.451 0.709720 0.044 0.008 0.740 0.000 0.208
#> SRR490312 2 0.565 0.312206 0.000 0.548 0.376 0.004 0.072
#> SRR490313 2 0.559 0.432642 0.000 0.600 0.320 0.008 0.072
#> SRR490314 2 0.558 0.509284 0.000 0.636 0.276 0.016 0.072
#> SRR490315 2 0.488 0.632272 0.000 0.720 0.212 0.016 0.052
#> SRR490316 2 0.854 -0.035977 0.176 0.416 0.184 0.016 0.208
#> SRR490317 2 0.846 -0.020490 0.124 0.424 0.228 0.020 0.204
#> SRR490318 2 0.854 -0.134656 0.136 0.392 0.260 0.016 0.196
#> SRR490319 3 0.885 0.180273 0.168 0.276 0.332 0.020 0.204
#> SRR490320 1 0.758 0.036975 0.496 0.040 0.128 0.036 0.300
#> SRR490321 1 0.776 -0.008847 0.472 0.044 0.140 0.036 0.308
#> SRR490322 1 0.696 0.089609 0.540 0.024 0.104 0.028 0.304
#> SRR490323 1 0.756 -0.017405 0.488 0.036 0.152 0.028 0.296
#> SRR490324 3 0.699 0.491434 0.088 0.040 0.496 0.016 0.360
#> SRR490325 3 0.678 0.519675 0.076 0.040 0.504 0.012 0.368
#> SRR490326 3 0.636 0.561903 0.048 0.036 0.528 0.012 0.376
#> SRR490327 3 0.686 0.500507 0.088 0.032 0.500 0.016 0.364
#> SRR490328 1 0.789 -0.024673 0.348 0.024 0.024 0.312 0.292
#> SRR490329 4 0.760 0.023390 0.292 0.024 0.016 0.424 0.244
#> SRR490330 4 0.752 -0.030526 0.332 0.028 0.012 0.420 0.208
#> SRR490331 4 0.833 0.436828 0.132 0.100 0.064 0.504 0.200
#> SRR490332 1 0.608 0.301876 0.616 0.016 0.000 0.144 0.224
#> SRR490333 1 0.674 0.213299 0.548 0.028 0.000 0.232 0.192
#> SRR490334 1 0.684 0.152470 0.500 0.020 0.000 0.288 0.192
#> SRR490335 1 0.676 0.265636 0.592 0.064 0.000 0.148 0.196
#> SRR490336 4 0.400 0.833228 0.064 0.068 0.000 0.828 0.040
#> SRR490337 4 0.261 0.854182 0.016 0.072 0.000 0.896 0.016
#> SRR490338 4 0.420 0.832427 0.060 0.076 0.000 0.816 0.048
#> SRR490339 4 0.422 0.828720 0.064 0.068 0.000 0.816 0.052
#> SRR490340 1 0.778 -0.011860 0.440 0.252 0.000 0.084 0.224
#> SRR490341 1 0.786 -0.069032 0.388 0.300 0.000 0.076 0.236
#> SRR490342 2 0.785 0.001300 0.256 0.432 0.000 0.092 0.220
#> SRR490343 1 0.774 -0.023389 0.440 0.268 0.000 0.080 0.212
#> SRR490344 2 0.380 0.781935 0.000 0.836 0.088 0.040 0.036
#> SRR490345 2 0.369 0.794287 0.004 0.852 0.056 0.048 0.040
#> SRR490346 2 0.302 0.797079 0.000 0.884 0.036 0.036 0.044
#> SRR490347 2 0.383 0.785474 0.004 0.844 0.060 0.040 0.052
#> SRR490348 2 0.476 0.656418 0.000 0.696 0.032 0.260 0.012
#> SRR490349 2 0.459 0.702494 0.000 0.728 0.036 0.224 0.012
#> SRR490350 2 0.425 0.706856 0.000 0.744 0.024 0.224 0.008
#> SRR490351 2 0.429 0.739151 0.000 0.760 0.032 0.196 0.012
#> SRR490352 2 0.329 0.767390 0.000 0.816 0.008 0.172 0.004
#> SRR490353 2 0.354 0.740723 0.000 0.788 0.008 0.200 0.004
#> SRR490354 2 0.304 0.789040 0.000 0.840 0.008 0.148 0.004
#> SRR490355 2 0.313 0.785141 0.000 0.832 0.004 0.156 0.008
#> SRR490356 2 0.316 0.774686 0.032 0.880 0.008 0.020 0.060
#> SRR490357 2 0.309 0.774308 0.032 0.884 0.008 0.020 0.056
#> SRR490358 2 0.309 0.774308 0.032 0.884 0.008 0.020 0.056
#> SRR490359 2 0.268 0.782881 0.032 0.900 0.000 0.024 0.044
#> SRR490360 2 0.264 0.811497 0.000 0.888 0.016 0.088 0.008
#> SRR490361 2 0.259 0.810735 0.000 0.888 0.012 0.092 0.008
#> SRR490362 2 0.291 0.806461 0.000 0.868 0.016 0.108 0.008
#> SRR490363 2 0.259 0.810035 0.000 0.884 0.008 0.100 0.008
#> SRR490364 2 0.254 0.809745 0.004 0.900 0.000 0.052 0.044
#> SRR490365 2 0.254 0.809745 0.004 0.900 0.000 0.052 0.044
#> SRR490366 2 0.254 0.809745 0.004 0.900 0.000 0.052 0.044
#> SRR490367 2 0.261 0.810575 0.004 0.896 0.000 0.056 0.044
#> SRR490368 2 0.183 0.811555 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR490369 2 0.214 0.811436 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR490370 2 0.195 0.811345 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR490371 2 0.201 0.811452 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR490372 3 0.348 0.739346 0.008 0.012 0.812 0.000 0.168
#> SRR490373 3 0.352 0.737688 0.008 0.012 0.808 0.000 0.172
#> SRR490374 3 0.348 0.739069 0.008 0.012 0.812 0.000 0.168
#> SRR490375 3 0.352 0.737207 0.008 0.012 0.808 0.000 0.172
#> SRR490376 2 0.541 0.685973 0.000 0.708 0.184 0.052 0.056
#> SRR490377 2 0.448 0.777972 0.000 0.796 0.096 0.060 0.048
#> SRR490378 2 0.514 0.718126 0.000 0.716 0.188 0.076 0.020
#> SRR490379 2 0.518 0.749131 0.000 0.740 0.136 0.080 0.044
#> SRR490380 3 0.347 0.748660 0.020 0.012 0.840 0.004 0.124
#> SRR490381 3 0.428 0.723273 0.040 0.008 0.776 0.004 0.172
#> SRR490382 3 0.450 0.714793 0.044 0.008 0.756 0.004 0.188
#> SRR490383 3 0.453 0.715601 0.044 0.008 0.752 0.004 0.192
#> SRR490384 2 0.252 0.811407 0.000 0.900 0.024 0.068 0.008
#> SRR490385 2 0.205 0.812008 0.000 0.916 0.008 0.072 0.004
#> SRR490386 2 0.198 0.810672 0.000 0.924 0.008 0.060 0.008
#> SRR490387 2 0.212 0.811845 0.000 0.912 0.008 0.076 0.004
#> SRR490388 2 0.179 0.806218 0.004 0.936 0.000 0.044 0.016
#> SRR490389 2 0.168 0.806863 0.004 0.940 0.000 0.044 0.012
#> SRR490390 2 0.179 0.807060 0.004 0.936 0.000 0.044 0.016
#> SRR490391 2 0.179 0.806218 0.004 0.936 0.000 0.044 0.016
#> SRR490392 2 0.248 0.811378 0.000 0.892 0.008 0.092 0.008
#> SRR490393 2 0.218 0.812545 0.000 0.912 0.008 0.072 0.008
#> SRR490394 2 0.235 0.811211 0.000 0.896 0.008 0.092 0.004
#> SRR490395 2 0.214 0.811123 0.000 0.904 0.008 0.088 0.000
#> SRR490396 2 0.179 0.806321 0.004 0.936 0.000 0.044 0.016
#> SRR490397 2 0.157 0.807009 0.004 0.944 0.000 0.044 0.008
#> SRR490398 2 0.168 0.806315 0.004 0.940 0.000 0.044 0.012
#> SRR490399 2 0.176 0.807440 0.004 0.936 0.000 0.048 0.012
#> SRR490400 2 0.164 0.810645 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490401 2 0.176 0.810792 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR490402 2 0.170 0.811141 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR490403 2 0.176 0.810764 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR490404 2 0.261 0.788964 0.024 0.904 0.000 0.032 0.040
#> SRR490405 2 0.262 0.789329 0.028 0.904 0.000 0.032 0.036
#> SRR490406 2 0.261 0.788964 0.024 0.904 0.000 0.032 0.040
#> SRR490407 2 0.261 0.787765 0.024 0.904 0.000 0.032 0.040
#> SRR490408 4 0.202 0.844092 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR490409 4 0.196 0.846584 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR490410 4 0.202 0.844092 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR490411 4 0.196 0.846584 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR490412 3 0.906 0.270764 0.128 0.176 0.336 0.056 0.304
#> SRR490413 3 0.764 0.228126 0.224 0.032 0.408 0.012 0.324
#> SRR490414 3 0.718 0.393233 0.180 0.028 0.492 0.008 0.292
#> SRR490415 3 0.742 0.247233 0.208 0.028 0.428 0.008 0.328
#> SRR490416 1 0.475 0.280449 0.660 0.000 0.000 0.300 0.040
#> SRR490417 1 0.536 0.131711 0.532 0.000 0.000 0.412 0.056
#> SRR490418 4 0.515 0.041594 0.396 0.000 0.000 0.560 0.044
#> SRR490419 1 0.530 0.082583 0.480 0.000 0.000 0.472 0.048
#> SRR490420 1 0.282 0.510254 0.884 0.000 0.004 0.052 0.060
#> SRR490421 1 0.254 0.519820 0.900 0.004 0.000 0.052 0.044
#> SRR490422 1 0.288 0.515374 0.880 0.004 0.000 0.064 0.052
#> SRR490423 1 0.261 0.524701 0.896 0.004 0.000 0.052 0.048
#> SRR490424 1 0.557 0.170353 0.672 0.004 0.072 0.020 0.232
#> SRR490425 1 0.532 0.164359 0.688 0.004 0.072 0.012 0.224
#> SRR490426 1 0.500 0.222792 0.716 0.004 0.056 0.012 0.212
#> SRR490427 1 0.490 0.312844 0.740 0.004 0.052 0.020 0.184
#> SRR490428 1 0.217 0.505422 0.924 0.004 0.008 0.020 0.044
#> SRR490429 1 0.241 0.517294 0.916 0.008 0.008 0.032 0.036
#> SRR490430 1 0.286 0.483888 0.884 0.008 0.008 0.016 0.084
#> SRR490431 1 0.236 0.519958 0.916 0.008 0.004 0.036 0.036
#> SRR490432 1 0.308 0.512758 0.868 0.004 0.000 0.072 0.056
#> SRR490433 1 0.319 0.509670 0.860 0.004 0.000 0.084 0.052
#> SRR490434 1 0.356 0.500835 0.828 0.000 0.000 0.108 0.064
#> SRR490435 1 0.369 0.486135 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR490436 1 0.413 0.467571 0.808 0.024 0.000 0.052 0.116
#> SRR490437 1 0.412 0.458133 0.796 0.008 0.000 0.064 0.132
#> SRR490438 1 0.419 0.470440 0.796 0.012 0.000 0.064 0.128
#> SRR490439 1 0.423 0.458347 0.800 0.024 0.000 0.052 0.124
#> SRR490440 4 0.185 0.848880 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR490441 4 0.191 0.848083 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR490442 4 0.191 0.848083 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR490443 4 0.185 0.848880 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR490444 4 0.148 0.852986 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR490445 4 0.148 0.852986 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR490446 4 0.170 0.853303 0.004 0.068 0.000 0.928 0.000
#> SRR490447 4 0.150 0.853767 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000
#> SRR490448 1 0.392 0.490341 0.804 0.000 0.000 0.104 0.092
#> SRR490449 1 0.386 0.486883 0.808 0.000 0.000 0.100 0.092
#> SRR490450 1 0.458 0.436046 0.748 0.000 0.000 0.140 0.112
#> SRR490451 1 0.420 0.471763 0.780 0.000 0.000 0.128 0.092
#> SRR490452 1 0.328 0.522209 0.864 0.004 0.008 0.048 0.076
#> SRR490453 1 0.326 0.520004 0.860 0.000 0.008 0.052 0.080
#> SRR490454 1 0.295 0.520599 0.876 0.000 0.004 0.056 0.064
#> SRR490455 1 0.288 0.522091 0.888 0.004 0.008 0.040 0.060
#> SRR490456 1 0.407 0.483841 0.800 0.004 0.000 0.104 0.092
#> SRR490457 1 0.361 0.496996 0.824 0.000 0.000 0.112 0.064
#> SRR490458 1 0.345 0.506563 0.844 0.004 0.000 0.088 0.064
#> SRR490459 1 0.350 0.506232 0.840 0.004 0.000 0.092 0.064
#> SRR490460 1 0.257 0.525450 0.896 0.004 0.000 0.068 0.032
#> SRR490461 1 0.237 0.529795 0.908 0.004 0.000 0.056 0.032
#> SRR490462 1 0.308 0.517925 0.868 0.004 0.000 0.072 0.056
#> SRR490463 1 0.304 0.516397 0.864 0.000 0.000 0.080 0.056
#> SRR490464 3 0.360 0.743114 0.024 0.000 0.796 0.000 0.180
#> SRR490465 3 0.383 0.740073 0.024 0.004 0.784 0.000 0.188
#> SRR490466 3 0.365 0.741532 0.028 0.000 0.796 0.000 0.176
#> SRR490467 3 0.388 0.739376 0.028 0.004 0.784 0.000 0.184
#> SRR490468 1 0.418 0.490538 0.808 0.020 0.004 0.120 0.048
#> SRR490469 1 0.346 0.523153 0.860 0.020 0.004 0.072 0.044
#> SRR490470 1 0.382 0.516124 0.840 0.032 0.004 0.084 0.040
#> SRR490471 1 0.435 0.490139 0.800 0.028 0.004 0.120 0.048
#> SRR490472 4 0.191 0.847565 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR490473 4 0.185 0.848880 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR490474 4 0.207 0.847180 0.000 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR490475 4 0.185 0.848880 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR490476 3 0.972 0.191301 0.112 0.188 0.272 0.172 0.256
#> SRR490477 3 0.748 0.478234 0.140 0.048 0.480 0.016 0.316
#> SRR490478 3 0.514 0.705007 0.024 0.024 0.724 0.024 0.204
#> SRR490479 3 0.888 0.376387 0.104 0.116 0.404 0.092 0.284
#> SRR490480 4 0.188 0.827938 0.032 0.012 0.000 0.936 0.020
#> SRR490481 4 0.198 0.827407 0.032 0.012 0.000 0.932 0.024
#> SRR490482 4 0.190 0.835098 0.028 0.016 0.000 0.936 0.020
#> SRR490483 4 0.189 0.829962 0.028 0.012 0.000 0.936 0.024
#> SRR490484 4 0.426 0.664642 0.124 0.000 0.000 0.776 0.100
#> SRR490485 4 0.212 0.817999 0.040 0.008 0.000 0.924 0.028
#> SRR490486 4 0.227 0.813041 0.048 0.008 0.000 0.916 0.028
#> SRR490487 4 0.342 0.740318 0.088 0.000 0.000 0.840 0.072
#> SRR490488 4 0.177 0.830274 0.020 0.008 0.000 0.940 0.032
#> SRR490489 4 0.147 0.826629 0.024 0.004 0.000 0.952 0.020
#> SRR490490 4 0.192 0.811630 0.036 0.000 0.000 0.928 0.036
#> SRR490491 4 0.191 0.813119 0.028 0.000 0.000 0.928 0.044
#> SRR490492 4 0.368 0.740754 0.096 0.004 0.000 0.828 0.072
#> SRR490493 4 0.385 0.747147 0.096 0.012 0.000 0.824 0.068
#> SRR490494 4 0.423 0.716754 0.116 0.012 0.000 0.796 0.076
#> SRR490495 4 0.398 0.740724 0.096 0.012 0.000 0.816 0.076
#> SRR490496 4 0.226 0.835939 0.024 0.020 0.000 0.920 0.036
#> SRR490497 4 0.210 0.839034 0.024 0.020 0.000 0.928 0.028
#> SRR490498 4 0.235 0.834401 0.028 0.020 0.000 0.916 0.036
#> SRR490499 4 0.209 0.834220 0.028 0.016 0.000 0.928 0.028
#> SRR490500 1 0.710 0.098285 0.492 0.036 0.000 0.276 0.196
#> SRR490501 1 0.760 0.073281 0.472 0.088 0.000 0.268 0.172
#> SRR490502 4 0.710 -0.221238 0.392 0.032 0.000 0.408 0.168
#> SRR490503 1 0.756 0.083229 0.476 0.084 0.000 0.268 0.172
#> SRR490504 4 0.201 0.848094 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR490505 4 0.201 0.848094 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR490506 4 0.201 0.848094 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR490507 4 0.195 0.849559 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR490508 4 0.154 0.852696 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR490509 4 0.170 0.852273 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR490510 4 0.170 0.852273 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR490511 4 0.154 0.852696 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR490512 4 0.142 0.839900 0.016 0.016 0.000 0.956 0.012
#> SRR490513 4 0.210 0.838468 0.024 0.020 0.000 0.928 0.028
#> SRR490514 4 0.212 0.818041 0.032 0.008 0.000 0.924 0.036
#> SRR490515 4 0.199 0.834119 0.032 0.016 0.000 0.932 0.020
#> SRR490516 4 0.141 0.850538 0.008 0.036 0.000 0.952 0.004
#> SRR490517 4 0.157 0.852161 0.008 0.044 0.000 0.944 0.004
#> SRR490518 4 0.172 0.853167 0.008 0.052 0.000 0.936 0.004
#> SRR490519 4 0.172 0.853167 0.008 0.052 0.000 0.936 0.004
#> SRR490520 4 0.124 0.848296 0.008 0.028 0.000 0.960 0.004
#> SRR490521 4 0.133 0.849712 0.008 0.032 0.000 0.956 0.004
#> SRR490522 4 0.133 0.849467 0.008 0.032 0.000 0.956 0.004
#> SRR490523 4 0.146 0.849710 0.008 0.032 0.000 0.952 0.008
#> SRR490524 4 0.297 0.825096 0.060 0.024 0.000 0.884 0.032
#> SRR490525 4 0.294 0.818638 0.064 0.020 0.000 0.884 0.032
#> SRR490526 4 0.327 0.817264 0.064 0.024 0.000 0.868 0.044
#> SRR490527 4 0.261 0.834415 0.040 0.024 0.000 0.904 0.032
#> SRR490528 4 0.200 0.839854 0.028 0.020 0.000 0.932 0.020
#> SRR490529 4 0.181 0.844155 0.020 0.024 0.000 0.940 0.016
#> SRR490530 4 0.190 0.846004 0.016 0.028 0.000 0.936 0.020
#> SRR490531 4 0.180 0.846577 0.012 0.028 0.000 0.940 0.020
#> SRR490532 1 0.463 0.437738 0.736 0.000 0.000 0.088 0.176
#> SRR490533 1 0.529 0.371302 0.676 0.000 0.000 0.140 0.184
#> SRR490534 1 0.462 0.436494 0.740 0.000 0.000 0.096 0.164
#> SRR490535 1 0.513 0.371356 0.680 0.000 0.000 0.100 0.220
#> SRR490536 4 0.207 0.847693 0.000 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR490537 4 0.195 0.848916 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR490538 4 0.201 0.848708 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR490539 4 0.201 0.848735 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR490540 4 0.289 0.791786 0.000 0.160 0.000 0.836 0.004
#> SRR490541 4 0.320 0.754406 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR490542 4 0.293 0.787011 0.000 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR490543 4 0.281 0.799454 0.000 0.152 0.000 0.844 0.004
#> SRR490544 2 0.445 0.092892 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR490545 4 0.453 0.157453 0.000 0.448 0.000 0.544 0.008
#> SRR490546 2 0.440 0.280597 0.000 0.564 0.000 0.432 0.004
#> SRR490547 2 0.445 0.072956 0.000 0.508 0.000 0.488 0.004
#> SRR490548 2 0.330 0.771878 0.000 0.816 0.000 0.168 0.016
#> SRR490549 2 0.292 0.808857 0.004 0.868 0.000 0.104 0.024
#> SRR490550 2 0.301 0.780536 0.000 0.832 0.000 0.160 0.008
#> SRR490551 2 0.342 0.760795 0.000 0.804 0.000 0.180 0.016
#> SRR490552 4 0.432 0.341604 0.000 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR490553 4 0.444 0.085312 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004
#> SRR490554 4 0.445 0.020306 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR490555 4 0.437 0.277876 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR490556 2 0.268 0.809357 0.000 0.880 0.000 0.092 0.028
#> SRR490557 2 0.361 0.779413 0.000 0.812 0.004 0.156 0.028
#> SRR490558 2 0.300 0.802320 0.000 0.856 0.000 0.116 0.028
#> SRR490559 2 0.286 0.804886 0.000 0.864 0.000 0.112 0.024
#> SRR490560 2 0.422 0.535504 0.000 0.660 0.000 0.332 0.008
#> SRR490561 2 0.433 0.475495 0.000 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR490562 2 0.424 0.526595 0.000 0.656 0.000 0.336 0.008
#> SRR490563 2 0.417 0.561073 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR490564 2 0.317 0.782553 0.044 0.880 0.004 0.028 0.044
#> SRR490565 2 0.302 0.789475 0.032 0.888 0.004 0.032 0.044
#> SRR490566 2 0.322 0.785595 0.036 0.880 0.008 0.032 0.044
#> SRR490567 2 0.284 0.793021 0.024 0.896 0.004 0.032 0.044
#> SRR490568 4 0.202 0.848610 0.000 0.080 0.000 0.912 0.008
#> SRR490569 4 0.219 0.845583 0.000 0.092 0.000 0.900 0.008
#> SRR490570 4 0.214 0.847018 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008
#> SRR490571 4 0.214 0.847018 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008
#> SRR490572 4 0.263 0.815465 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR490573 4 0.254 0.822868 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR490574 4 0.249 0.825881 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR490575 4 0.254 0.822868 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR490576 4 0.422 0.497735 0.000 0.332 0.000 0.660 0.008
#> SRR490577 4 0.439 0.233235 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> SRR490578 4 0.432 0.336375 0.000 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR490579 4 0.430 0.361146 0.000 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR490580 2 0.236 0.810183 0.000 0.892 0.000 0.096 0.012
#> SRR490581 2 0.219 0.810973 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR490582 2 0.229 0.811679 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR490583 2 0.246 0.810849 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR490584 2 0.421 0.478105 0.000 0.636 0.000 0.360 0.004
#> SRR490585 2 0.433 0.375912 0.000 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR490586 2 0.431 0.399368 0.000 0.604 0.000 0.392 0.004
#> SRR490587 2 0.437 0.330825 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> SRR490588 2 0.263 0.806261 0.000 0.876 0.000 0.108 0.016
#> SRR490589 2 0.267 0.807054 0.000 0.876 0.000 0.104 0.020
#> SRR490590 2 0.273 0.803599 0.000 0.868 0.000 0.116 0.016
#> SRR490591 2 0.256 0.809378 0.000 0.884 0.000 0.096 0.020
#> SRR490592 2 0.263 0.808357 0.000 0.876 0.000 0.108 0.016
#> SRR490593 2 0.242 0.798736 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR490594 2 0.229 0.808270 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR490595 2 0.241 0.808276 0.000 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR490596 2 0.364 0.760220 0.056 0.852 0.004 0.024 0.064
#> SRR490597 2 0.316 0.790774 0.028 0.880 0.004 0.036 0.052
#> SRR490598 2 0.321 0.790097 0.024 0.876 0.004 0.036 0.060
#> SRR490599 2 0.323 0.780048 0.036 0.876 0.004 0.028 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 2 0.5813 0.5197 0.000 0.616 0.256 0.024 0.064 0.040
#> SRR490217 2 0.5896 0.4913 0.000 0.588 0.292 0.040 0.048 0.032
#> SRR490218 2 0.6764 0.2976 0.000 0.488 0.336 0.052 0.076 0.048
#> SRR490219 2 0.6022 0.2834 0.000 0.508 0.380 0.032 0.044 0.036
#> SRR490220 2 0.5774 0.2517 0.308 0.572 0.004 0.000 0.060 0.056
#> SRR490221 2 0.6100 0.3219 0.252 0.580 0.004 0.008 0.124 0.032
#> SRR490222 2 0.5560 0.4853 0.184 0.656 0.008 0.000 0.116 0.036
#> SRR490223 2 0.4926 0.5754 0.172 0.720 0.012 0.000 0.056 0.040
#> SRR490224 1 0.5346 0.1141 0.652 0.008 0.032 0.000 0.236 0.072
#> SRR490225 1 0.5380 0.1908 0.660 0.004 0.052 0.000 0.216 0.068
#> SRR490226 1 0.5050 0.1719 0.684 0.008 0.036 0.000 0.220 0.052
#> SRR490227 1 0.5570 0.1205 0.632 0.000 0.060 0.000 0.228 0.080
#> SRR490228 5 0.6011 0.7074 0.312 0.000 0.056 0.000 0.540 0.092
#> SRR490229 5 0.6061 0.7077 0.312 0.000 0.060 0.000 0.536 0.092
#> SRR490230 5 0.6075 0.7055 0.304 0.000 0.060 0.000 0.540 0.096
#> SRR490231 5 0.5953 0.7106 0.328 0.000 0.048 0.000 0.532 0.092
#> SRR490232 1 0.3299 0.4842 0.844 0.024 0.008 0.000 0.100 0.024
#> SRR490233 1 0.2989 0.4970 0.864 0.024 0.004 0.000 0.084 0.024
#> SRR490234 1 0.2631 0.5403 0.884 0.020 0.004 0.000 0.076 0.016
#> SRR490235 1 0.2727 0.5169 0.880 0.028 0.000 0.000 0.064 0.028
#> SRR490236 5 0.5450 0.6974 0.376 0.004 0.028 0.000 0.540 0.052
#> SRR490237 5 0.5359 0.6931 0.392 0.004 0.024 0.000 0.532 0.048
#> SRR490238 5 0.5441 0.6922 0.392 0.008 0.020 0.000 0.528 0.052
#> SRR490239 5 0.5412 0.6992 0.384 0.004 0.028 0.000 0.536 0.048
#> SRR490240 1 0.2556 0.5865 0.892 0.032 0.000 0.000 0.048 0.028
#> SRR490241 1 0.2265 0.5896 0.912 0.032 0.004 0.000 0.028 0.024
#> SRR490242 1 0.2602 0.5749 0.888 0.040 0.000 0.000 0.052 0.020
#> SRR490243 1 0.2466 0.5849 0.896 0.052 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR490244 3 0.4127 0.6584 0.020 0.004 0.784 0.000 0.108 0.084
#> SRR490245 3 0.3065 0.6593 0.012 0.000 0.852 0.000 0.088 0.048
#> SRR490246 3 0.2758 0.6605 0.012 0.000 0.872 0.000 0.080 0.036
#> SRR490247 3 0.4072 0.6442 0.024 0.000 0.784 0.000 0.088 0.104
#> SRR490248 2 0.3520 0.7565 0.000 0.840 0.084 0.020 0.036 0.020
#> SRR490249 2 0.3573 0.7662 0.004 0.844 0.076 0.028 0.024 0.024
#> SRR490250 2 0.3314 0.7663 0.000 0.856 0.068 0.020 0.032 0.024
#> SRR490251 2 0.3592 0.7651 0.000 0.840 0.072 0.024 0.040 0.024
#> SRR490252 2 0.4910 0.6243 0.156 0.728 0.004 0.004 0.060 0.048
#> SRR490253 2 0.3510 0.7344 0.048 0.840 0.004 0.000 0.048 0.060
#> SRR490254 2 0.3333 0.7516 0.040 0.856 0.004 0.004 0.044 0.052
#> SRR490255 2 0.3576 0.7499 0.044 0.844 0.004 0.008 0.048 0.052
#> SRR490256 1 0.2606 0.6226 0.888 0.020 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR490257 1 0.3682 0.6231 0.816 0.028 0.000 0.000 0.060 0.096
#> SRR490258 1 0.2325 0.6241 0.900 0.008 0.000 0.000 0.044 0.048
#> SRR490259 1 0.2680 0.6298 0.880 0.012 0.000 0.000 0.048 0.060
#> SRR490260 1 0.3366 0.6259 0.832 0.016 0.000 0.000 0.052 0.100
#> SRR490261 1 0.3191 0.6259 0.844 0.016 0.000 0.000 0.044 0.096
#> SRR490262 1 0.3256 0.6237 0.840 0.016 0.000 0.000 0.048 0.096
#> SRR490263 1 0.3147 0.6289 0.844 0.012 0.000 0.000 0.044 0.100
#> SRR490264 1 0.4024 0.4724 0.800 0.040 0.004 0.000 0.100 0.056
#> SRR490265 1 0.4057 0.5020 0.800 0.040 0.004 0.000 0.084 0.072
#> SRR490266 1 0.4072 0.4884 0.796 0.036 0.004 0.000 0.100 0.064
#> SRR490267 1 0.4193 0.4505 0.784 0.036 0.004 0.000 0.116 0.060
#> SRR490268 1 0.2476 0.6229 0.892 0.004 0.004 0.000 0.040 0.060
#> SRR490269 1 0.2784 0.6057 0.872 0.004 0.004 0.000 0.072 0.048
#> SRR490270 1 0.2580 0.6292 0.884 0.004 0.004 0.000 0.036 0.072
#> SRR490271 1 0.2194 0.6127 0.912 0.008 0.004 0.000 0.036 0.040
#> SRR490272 1 0.2515 0.5810 0.892 0.016 0.000 0.000 0.052 0.040
#> SRR490273 1 0.2358 0.5770 0.900 0.016 0.000 0.000 0.056 0.028
#> SRR490274 1 0.2519 0.5691 0.892 0.016 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR490275 1 0.2295 0.5704 0.904 0.016 0.000 0.000 0.052 0.028
#> SRR490276 1 0.2445 0.5752 0.896 0.020 0.000 0.000 0.056 0.028
#> SRR490277 1 0.2239 0.5691 0.908 0.020 0.000 0.000 0.048 0.024
#> SRR490278 1 0.2318 0.5754 0.904 0.020 0.000 0.000 0.048 0.028
#> SRR490279 1 0.2303 0.5701 0.904 0.020 0.000 0.000 0.052 0.024
#> SRR490280 3 0.1994 0.6550 0.008 0.004 0.920 0.000 0.052 0.016
#> SRR490281 3 0.1994 0.6550 0.008 0.004 0.920 0.000 0.052 0.016
#> SRR490282 3 0.1994 0.6550 0.008 0.004 0.920 0.000 0.052 0.016
#> SRR490283 3 0.1994 0.6550 0.008 0.004 0.920 0.000 0.052 0.016
#> SRR490284 3 0.5426 0.5768 0.016 0.012 0.660 0.000 0.168 0.144
#> SRR490285 3 0.5807 0.5528 0.020 0.016 0.624 0.000 0.180 0.160
#> SRR490286 3 0.5936 0.5485 0.032 0.012 0.616 0.000 0.180 0.160
#> SRR490287 3 0.6106 0.5360 0.040 0.012 0.600 0.000 0.196 0.152
#> SRR490288 6 0.8106 0.3101 0.264 0.068 0.140 0.004 0.120 0.404
#> SRR490289 6 0.7309 0.3438 0.232 0.008 0.168 0.008 0.108 0.476
#> SRR490290 6 0.7257 0.3388 0.308 0.072 0.040 0.016 0.080 0.484
#> SRR490291 6 0.7800 0.3768 0.196 0.052 0.136 0.012 0.116 0.488
#> SRR490292 2 0.7263 -0.0268 0.096 0.448 0.008 0.008 0.144 0.296
#> SRR490293 2 0.7295 -0.1081 0.104 0.420 0.004 0.004 0.172 0.296
#> SRR490294 2 0.7247 0.0136 0.092 0.460 0.004 0.008 0.192 0.244
#> SRR490295 2 0.7651 -0.1535 0.128 0.404 0.008 0.008 0.184 0.268
#> SRR490296 4 0.4360 0.4945 0.016 0.004 0.000 0.636 0.008 0.336
#> SRR490297 4 0.4241 0.5143 0.016 0.004 0.000 0.644 0.004 0.332
#> SRR490298 4 0.4179 0.5273 0.016 0.000 0.000 0.652 0.008 0.324
#> SRR490299 4 0.4075 0.5555 0.012 0.004 0.000 0.668 0.004 0.312
#> SRR490300 5 0.7218 0.5206 0.156 0.056 0.008 0.024 0.468 0.288
#> SRR490301 5 0.7811 0.4414 0.116 0.112 0.012 0.040 0.428 0.292
#> SRR490302 5 0.7341 0.4547 0.136 0.048 0.020 0.028 0.460 0.308
#> SRR490303 5 0.7635 0.4943 0.124 0.120 0.008 0.032 0.460 0.256
#> SRR490304 4 0.2642 0.7712 0.012 0.004 0.000 0.864 0.004 0.116
#> SRR490305 4 0.2265 0.7847 0.008 0.008 0.000 0.896 0.004 0.084
#> SRR490306 4 0.2211 0.7858 0.008 0.008 0.000 0.900 0.004 0.080
#> SRR490307 4 0.2368 0.7828 0.008 0.008 0.000 0.888 0.004 0.092
#> SRR490308 3 0.5012 0.6064 0.064 0.000 0.680 0.000 0.216 0.040
#> SRR490309 3 0.5368 0.5814 0.080 0.000 0.644 0.000 0.232 0.044
#> SRR490310 3 0.5285 0.5869 0.076 0.004 0.660 0.000 0.224 0.036
#> SRR490311 3 0.4994 0.6097 0.060 0.000 0.684 0.000 0.212 0.044
#> SRR490312 2 0.5417 0.4890 0.000 0.628 0.264 0.004 0.064 0.040
#> SRR490313 2 0.5087 0.5354 0.000 0.648 0.272 0.008 0.044 0.028
#> SRR490314 2 0.5045 0.5896 0.000 0.684 0.224 0.012 0.048 0.032
#> SRR490315 2 0.4238 0.7203 0.000 0.784 0.128 0.016 0.036 0.036
#> SRR490316 2 0.8587 -0.2693 0.100 0.328 0.200 0.000 0.156 0.216
#> SRR490317 2 0.8181 -0.2816 0.044 0.340 0.248 0.000 0.148 0.220
#> SRR490318 2 0.8533 -0.3672 0.076 0.296 0.252 0.000 0.164 0.212
#> SRR490319 3 0.8582 0.2031 0.080 0.204 0.304 0.000 0.188 0.224
#> SRR490320 6 0.7633 0.3657 0.264 0.040 0.132 0.000 0.124 0.440
#> SRR490321 6 0.7817 0.3539 0.256 0.048 0.128 0.000 0.144 0.424
#> SRR490322 6 0.7550 0.3344 0.284 0.036 0.100 0.000 0.148 0.432
#> SRR490323 6 0.7786 0.3303 0.240 0.036 0.152 0.000 0.148 0.424
#> SRR490324 3 0.7132 0.3762 0.048 0.016 0.376 0.000 0.216 0.344
#> SRR490325 3 0.7526 0.3624 0.048 0.024 0.344 0.008 0.236 0.340
#> SRR490326 3 0.7339 0.3952 0.040 0.024 0.364 0.004 0.236 0.332
#> SRR490327 3 0.7178 0.3862 0.024 0.024 0.372 0.008 0.220 0.352
#> SRR490328 6 0.7400 0.4583 0.132 0.016 0.036 0.148 0.124 0.544
#> SRR490329 6 0.7268 0.4139 0.096 0.008 0.032 0.264 0.100 0.500
#> SRR490330 6 0.7284 0.4327 0.132 0.000 0.028 0.280 0.096 0.464
#> SRR490331 6 0.8272 0.2772 0.048 0.044 0.096 0.304 0.112 0.396
#> SRR490332 6 0.5839 0.3539 0.292 0.032 0.000 0.044 0.040 0.592
#> SRR490333 6 0.5968 0.4125 0.272 0.040 0.000 0.084 0.016 0.588
#> SRR490334 6 0.6053 0.4544 0.232 0.028 0.000 0.124 0.020 0.596
#> SRR490335 6 0.6211 0.4137 0.260 0.064 0.000 0.048 0.040 0.588
#> SRR490336 4 0.3503 0.7317 0.016 0.008 0.004 0.808 0.008 0.156
#> SRR490337 4 0.1578 0.7923 0.000 0.004 0.000 0.936 0.012 0.048
#> SRR490338 4 0.3349 0.7506 0.004 0.016 0.004 0.828 0.016 0.132
#> SRR490339 4 0.3980 0.7104 0.016 0.020 0.004 0.780 0.012 0.168
#> SRR490340 6 0.6629 0.3562 0.140 0.224 0.004 0.012 0.064 0.556
#> SRR490341 6 0.6722 0.2584 0.128 0.308 0.004 0.008 0.060 0.492
#> SRR490342 6 0.6411 0.2266 0.088 0.348 0.004 0.012 0.048 0.500
#> SRR490343 6 0.6731 0.2657 0.132 0.304 0.004 0.012 0.052 0.496
#> SRR490344 2 0.3356 0.7720 0.000 0.852 0.072 0.024 0.036 0.016
#> SRR490345 2 0.2864 0.7875 0.000 0.884 0.040 0.036 0.024 0.016
#> SRR490346 2 0.2487 0.7886 0.000 0.904 0.020 0.020 0.036 0.020
#> SRR490347 2 0.3300 0.7782 0.000 0.860 0.044 0.028 0.048 0.020
#> SRR490348 2 0.4552 0.4370 0.000 0.568 0.012 0.404 0.004 0.012
#> SRR490349 2 0.4132 0.5615 0.000 0.632 0.004 0.352 0.004 0.008
#> SRR490350 2 0.4289 0.5807 0.000 0.636 0.012 0.340 0.004 0.008
#> SRR490351 2 0.4408 0.5962 0.000 0.644 0.012 0.324 0.004 0.016
#> SRR490352 2 0.3779 0.6780 0.000 0.708 0.000 0.276 0.008 0.008
#> SRR490353 2 0.3672 0.6765 0.000 0.712 0.000 0.276 0.004 0.008
#> SRR490354 2 0.3650 0.6872 0.000 0.716 0.000 0.272 0.004 0.008
#> SRR490355 2 0.3799 0.6706 0.000 0.704 0.000 0.280 0.008 0.008
#> SRR490356 2 0.2058 0.7822 0.000 0.916 0.000 0.012 0.024 0.048
#> SRR490357 2 0.1729 0.7850 0.000 0.936 0.004 0.012 0.012 0.036
#> SRR490358 2 0.2145 0.7811 0.000 0.916 0.004 0.012 0.028 0.040
#> SRR490359 2 0.1767 0.7824 0.000 0.932 0.000 0.012 0.020 0.036
#> SRR490360 2 0.3007 0.7880 0.000 0.836 0.004 0.140 0.008 0.012
#> SRR490361 2 0.3061 0.7736 0.000 0.816 0.004 0.168 0.004 0.008
#> SRR490362 2 0.3570 0.7306 0.000 0.752 0.000 0.228 0.004 0.016
#> SRR490363 2 0.3121 0.7682 0.000 0.804 0.000 0.180 0.004 0.012
#> SRR490364 2 0.2386 0.7873 0.000 0.900 0.000 0.024 0.024 0.052
#> SRR490365 2 0.2252 0.7913 0.000 0.908 0.000 0.028 0.020 0.044
#> SRR490366 2 0.2345 0.7910 0.000 0.904 0.000 0.028 0.028 0.040
#> SRR490367 2 0.2427 0.7929 0.000 0.900 0.000 0.032 0.032 0.036
#> SRR490368 2 0.2001 0.8014 0.000 0.900 0.000 0.092 0.004 0.004
#> SRR490369 2 0.2101 0.8004 0.000 0.892 0.000 0.100 0.004 0.004
#> SRR490370 2 0.2009 0.8018 0.000 0.904 0.000 0.084 0.004 0.008
#> SRR490371 2 0.2051 0.8008 0.000 0.896 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490372 3 0.4722 0.6214 0.020 0.016 0.720 0.000 0.196 0.048
#> SRR490373 3 0.4779 0.6198 0.020 0.016 0.712 0.000 0.204 0.048
#> SRR490374 3 0.4829 0.6193 0.024 0.016 0.712 0.000 0.200 0.048
#> SRR490375 3 0.4829 0.6193 0.024 0.016 0.712 0.000 0.200 0.048
#> SRR490376 2 0.5431 0.6811 0.000 0.692 0.164 0.080 0.036 0.028
#> SRR490377 2 0.4307 0.7630 0.000 0.784 0.088 0.088 0.028 0.012
#> SRR490378 2 0.5028 0.7303 0.000 0.720 0.116 0.124 0.024 0.016
#> SRR490379 2 0.4818 0.7389 0.000 0.732 0.108 0.128 0.020 0.012
#> SRR490380 3 0.3970 0.6243 0.012 0.004 0.740 0.000 0.224 0.020
#> SRR490381 3 0.4642 0.5861 0.052 0.000 0.688 0.000 0.240 0.020
#> SRR490382 3 0.4630 0.5859 0.048 0.000 0.684 0.000 0.248 0.020
#> SRR490383 3 0.4523 0.5925 0.044 0.000 0.696 0.000 0.240 0.020
#> SRR490384 2 0.2033 0.8019 0.000 0.916 0.004 0.056 0.020 0.004
#> SRR490385 2 0.2149 0.8026 0.000 0.900 0.000 0.080 0.016 0.004
#> SRR490386 2 0.1732 0.8011 0.000 0.920 0.000 0.072 0.004 0.004
#> SRR490387 2 0.1901 0.8016 0.000 0.912 0.000 0.076 0.008 0.004
#> SRR490388 2 0.1059 0.7899 0.000 0.964 0.000 0.016 0.004 0.016
#> SRR490389 2 0.1262 0.7897 0.000 0.956 0.000 0.016 0.008 0.020
#> SRR490390 2 0.1237 0.7911 0.000 0.956 0.000 0.020 0.004 0.020
#> SRR490391 2 0.1232 0.7886 0.000 0.956 0.000 0.016 0.004 0.024
#> SRR490392 2 0.2261 0.8002 0.000 0.884 0.000 0.104 0.008 0.004
#> SRR490393 2 0.1901 0.8013 0.000 0.912 0.000 0.076 0.004 0.008
#> SRR490394 2 0.2163 0.8009 0.000 0.892 0.000 0.096 0.004 0.008
#> SRR490395 2 0.2051 0.8001 0.000 0.896 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490396 2 0.0748 0.7910 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR490397 2 0.0951 0.7928 0.000 0.968 0.000 0.020 0.008 0.004
#> SRR490398 2 0.0922 0.7937 0.000 0.968 0.000 0.024 0.004 0.004
#> SRR490399 2 0.0837 0.7923 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR490400 2 0.1615 0.8012 0.000 0.928 0.000 0.064 0.004 0.004
#> SRR490401 2 0.1674 0.8011 0.000 0.924 0.000 0.068 0.004 0.004
#> SRR490402 2 0.1471 0.8007 0.000 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR490403 2 0.1674 0.8013 0.000 0.924 0.000 0.068 0.004 0.004
#> SRR490404 2 0.1458 0.7877 0.000 0.948 0.000 0.016 0.020 0.016
#> SRR490405 2 0.1458 0.7872 0.000 0.948 0.000 0.016 0.016 0.020
#> SRR490406 2 0.1458 0.7871 0.000 0.948 0.000 0.016 0.016 0.020
#> SRR490407 2 0.1369 0.7872 0.000 0.952 0.000 0.016 0.016 0.016
#> SRR490408 4 0.0777 0.7913 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR490409 4 0.0858 0.7900 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR490410 4 0.0858 0.7900 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR490411 4 0.0858 0.7910 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR490412 3 0.9165 0.1477 0.148 0.080 0.308 0.072 0.276 0.116
#> SRR490413 3 0.7635 0.0316 0.296 0.012 0.340 0.000 0.240 0.112
#> SRR490414 3 0.7180 0.3120 0.216 0.012 0.476 0.004 0.216 0.076
#> SRR490415 3 0.7539 0.0361 0.292 0.012 0.352 0.000 0.248 0.096
#> SRR490416 1 0.6229 -0.0575 0.440 0.000 0.000 0.228 0.012 0.320
#> SRR490417 6 0.6398 0.2249 0.332 0.000 0.000 0.292 0.012 0.364
#> SRR490418 4 0.6319 -0.3614 0.244 0.000 0.000 0.388 0.012 0.356
#> SRR490419 6 0.6461 0.2767 0.284 0.000 0.000 0.332 0.016 0.368
#> SRR490420 1 0.4120 0.5693 0.692 0.000 0.000 0.008 0.024 0.276
#> SRR490421 1 0.4319 0.5305 0.648 0.000 0.000 0.008 0.024 0.320
#> SRR490422 1 0.4475 0.5329 0.636 0.000 0.000 0.008 0.032 0.324
#> SRR490423 1 0.4124 0.5244 0.648 0.000 0.000 0.008 0.012 0.332
#> SRR490424 1 0.6073 0.4093 0.588 0.004 0.044 0.000 0.156 0.208
#> SRR490425 1 0.5898 0.3423 0.596 0.000 0.040 0.000 0.192 0.172
#> SRR490426 1 0.5655 0.4578 0.644 0.000 0.056 0.000 0.140 0.160
#> SRR490427 1 0.5201 0.5339 0.672 0.000 0.032 0.000 0.108 0.188
#> SRR490428 1 0.3154 0.6214 0.800 0.000 0.000 0.004 0.012 0.184
#> SRR490429 1 0.3761 0.6101 0.768 0.000 0.004 0.004 0.032 0.192
#> SRR490430 1 0.2715 0.6418 0.860 0.000 0.004 0.000 0.024 0.112
#> SRR490431 1 0.3837 0.6058 0.752 0.000 0.004 0.004 0.028 0.212
#> SRR490432 1 0.4562 0.5241 0.640 0.000 0.000 0.020 0.024 0.316
#> SRR490433 1 0.4643 0.5367 0.648 0.000 0.000 0.024 0.028 0.300
#> SRR490434 1 0.5078 0.4798 0.608 0.000 0.000 0.052 0.024 0.316
#> SRR490435 1 0.5593 0.3398 0.552 0.000 0.000 0.100 0.020 0.328
#> SRR490436 1 0.6556 0.2363 0.468 0.068 0.000 0.008 0.100 0.356
#> SRR490437 1 0.6324 0.2469 0.456 0.024 0.000 0.008 0.144 0.368
#> SRR490438 1 0.6532 0.2652 0.476 0.056 0.000 0.008 0.116 0.344
#> SRR490439 1 0.6411 0.3026 0.504 0.060 0.000 0.008 0.100 0.328
#> SRR490440 4 0.0458 0.7933 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490441 4 0.0547 0.7930 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490442 4 0.0632 0.7924 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490443 4 0.0777 0.7913 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR490444 4 0.1078 0.7941 0.000 0.008 0.000 0.964 0.012 0.016
#> SRR490445 4 0.0976 0.7947 0.000 0.016 0.000 0.968 0.008 0.008
#> SRR490446 4 0.1078 0.7947 0.000 0.008 0.000 0.964 0.012 0.016
#> SRR490447 4 0.1167 0.7939 0.000 0.008 0.000 0.960 0.012 0.020
#> SRR490448 1 0.5273 0.3092 0.524 0.000 0.000 0.056 0.020 0.400
#> SRR490449 1 0.5381 0.2164 0.484 0.000 0.000 0.056 0.024 0.436
#> SRR490450 6 0.5527 -0.0194 0.416 0.000 0.000 0.084 0.016 0.484
#> SRR490451 1 0.5649 0.1068 0.456 0.000 0.000 0.088 0.020 0.436
#> SRR490452 1 0.4105 0.5111 0.648 0.000 0.000 0.004 0.016 0.332
#> SRR490453 1 0.4313 0.4652 0.604 0.000 0.000 0.004 0.020 0.372
#> SRR490454 1 0.4291 0.4771 0.620 0.000 0.000 0.008 0.016 0.356
#> SRR490455 1 0.3940 0.5176 0.652 0.000 0.000 0.004 0.008 0.336
#> SRR490456 1 0.5126 0.2884 0.512 0.000 0.000 0.048 0.016 0.424
#> SRR490457 1 0.5254 0.3982 0.560 0.000 0.000 0.068 0.016 0.356
#> SRR490458 1 0.4795 0.4591 0.588 0.000 0.000 0.024 0.024 0.364
#> SRR490459 1 0.4894 0.4477 0.584 0.000 0.000 0.040 0.016 0.360
#> SRR490460 1 0.4636 0.5277 0.648 0.004 0.004 0.012 0.024 0.308
#> SRR490461 1 0.4250 0.5305 0.664 0.000 0.004 0.008 0.016 0.308
#> SRR490462 1 0.4611 0.4179 0.576 0.000 0.004 0.012 0.016 0.392
#> SRR490463 1 0.4714 0.4439 0.592 0.000 0.004 0.020 0.016 0.368
#> SRR490464 3 0.3800 0.6238 0.060 0.000 0.776 0.000 0.160 0.004
#> SRR490465 3 0.4151 0.6210 0.060 0.008 0.756 0.000 0.172 0.004
#> SRR490466 3 0.3786 0.6274 0.052 0.000 0.772 0.000 0.172 0.004
#> SRR490467 3 0.3985 0.6203 0.056 0.004 0.764 0.000 0.172 0.004
#> SRR490468 1 0.6219 0.3566 0.544 0.016 0.004 0.056 0.060 0.320
#> SRR490469 1 0.5876 0.4569 0.588 0.016 0.004 0.032 0.068 0.292
#> SRR490470 1 0.6054 0.4558 0.592 0.016 0.004 0.044 0.076 0.268
#> SRR490471 1 0.6239 0.3620 0.544 0.020 0.004 0.048 0.064 0.320
#> SRR490472 4 0.0777 0.7913 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR490473 4 0.0692 0.7922 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000
#> SRR490474 4 0.0777 0.7913 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR490475 4 0.0692 0.7922 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000
#> SRR490476 3 0.9533 0.1888 0.068 0.156 0.248 0.100 0.204 0.224
#> SRR490477 3 0.8179 0.3985 0.108 0.052 0.392 0.008 0.232 0.208
#> SRR490478 3 0.6563 0.5892 0.032 0.028 0.580 0.008 0.168 0.184
#> SRR490479 3 0.9312 0.2619 0.080 0.128 0.288 0.068 0.240 0.196
#> SRR490480 4 0.2778 0.7352 0.000 0.000 0.000 0.824 0.008 0.168
#> SRR490481 4 0.2631 0.7480 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008 0.152
#> SRR490482 4 0.2821 0.7474 0.000 0.000 0.000 0.832 0.016 0.152
#> SRR490483 4 0.2631 0.7481 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008 0.152
#> SRR490484 4 0.5186 0.2882 0.064 0.004 0.000 0.560 0.008 0.364
#> SRR490485 4 0.3644 0.6252 0.008 0.000 0.000 0.732 0.008 0.252
#> SRR490486 4 0.3667 0.6300 0.012 0.000 0.000 0.740 0.008 0.240
#> SRR490487 4 0.4864 0.3866 0.036 0.000 0.000 0.600 0.020 0.344
#> SRR490488 4 0.2669 0.7520 0.000 0.000 0.000 0.836 0.008 0.156
#> SRR490489 4 0.2389 0.7634 0.000 0.000 0.000 0.864 0.008 0.128
#> SRR490490 4 0.2706 0.7465 0.000 0.000 0.000 0.832 0.008 0.160
#> SRR490491 4 0.2980 0.7179 0.000 0.000 0.000 0.800 0.008 0.192
#> SRR490492 4 0.4911 0.3140 0.040 0.004 0.000 0.564 0.008 0.384
#> SRR490493 4 0.5021 0.2817 0.056 0.004 0.000 0.556 0.004 0.380
#> SRR490494 4 0.5214 0.1592 0.068 0.004 0.000 0.516 0.004 0.408
#> SRR490495 4 0.5073 0.2183 0.048 0.004 0.000 0.528 0.008 0.412
#> SRR490496 4 0.2768 0.7488 0.000 0.000 0.000 0.832 0.012 0.156
#> SRR490497 4 0.2692 0.7522 0.000 0.000 0.000 0.840 0.012 0.148
#> SRR490498 4 0.3018 0.7393 0.000 0.004 0.000 0.816 0.012 0.168
#> SRR490499 4 0.2872 0.7495 0.000 0.004 0.000 0.832 0.012 0.152
#> SRR490500 6 0.6664 0.4854 0.152 0.072 0.000 0.152 0.036 0.588
#> SRR490501 6 0.6966 0.4665 0.132 0.108 0.000 0.140 0.048 0.572
#> SRR490502 6 0.6632 0.4347 0.100 0.056 0.000 0.220 0.048 0.576
#> SRR490503 6 0.6804 0.4697 0.136 0.120 0.000 0.132 0.032 0.580
#> SRR490504 4 0.0632 0.7926 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490505 4 0.0458 0.7933 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490506 4 0.0547 0.7930 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490507 4 0.0458 0.7933 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490508 4 0.0725 0.7940 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> SRR490509 4 0.0964 0.7945 0.000 0.016 0.000 0.968 0.004 0.012
#> SRR490510 4 0.1059 0.7944 0.000 0.016 0.000 0.964 0.004 0.016
#> SRR490511 4 0.0820 0.7941 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR490512 4 0.2218 0.7723 0.000 0.000 0.000 0.884 0.012 0.104
#> SRR490513 4 0.2841 0.7426 0.000 0.000 0.000 0.824 0.012 0.164
#> SRR490514 4 0.3171 0.7035 0.000 0.000 0.000 0.784 0.012 0.204
#> SRR490515 4 0.2912 0.7360 0.000 0.000 0.000 0.816 0.012 0.172
#> SRR490516 4 0.1913 0.7807 0.000 0.000 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR490517 4 0.1913 0.7814 0.000 0.000 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR490518 4 0.1625 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR490519 4 0.1542 0.7893 0.000 0.004 0.000 0.936 0.008 0.052
#> SRR490520 4 0.1686 0.7843 0.000 0.000 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR490521 4 0.1745 0.7837 0.000 0.000 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR490522 4 0.1625 0.7853 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR490523 4 0.1967 0.7805 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR490524 4 0.3452 0.7153 0.012 0.000 0.000 0.788 0.016 0.184
#> SRR490525 4 0.3908 0.6893 0.024 0.004 0.000 0.764 0.016 0.192
#> SRR490526 4 0.3605 0.7044 0.016 0.000 0.000 0.776 0.016 0.192
#> SRR490527 4 0.3214 0.7378 0.004 0.004 0.000 0.812 0.016 0.164
#> SRR490528 4 0.2680 0.7643 0.004 0.000 0.000 0.856 0.016 0.124
#> SRR490529 4 0.2581 0.7632 0.000 0.000 0.000 0.856 0.016 0.128
#> SRR490530 4 0.2450 0.7691 0.000 0.000 0.000 0.868 0.016 0.116
#> SRR490531 4 0.2404 0.7712 0.000 0.000 0.000 0.872 0.016 0.112
#> SRR490532 1 0.5300 0.1879 0.496 0.000 0.000 0.036 0.036 0.432
#> SRR490533 6 0.5702 0.0512 0.420 0.000 0.004 0.068 0.028 0.480
#> SRR490534 1 0.5303 0.1231 0.464 0.000 0.000 0.028 0.044 0.464
#> SRR490535 6 0.5545 0.1000 0.388 0.000 0.004 0.036 0.048 0.524
#> SRR490536 4 0.0858 0.7900 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR490537 4 0.0858 0.7900 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR490538 4 0.0858 0.7900 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR490539 4 0.0858 0.7900 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR490540 4 0.2101 0.7453 0.000 0.100 0.000 0.892 0.004 0.004
#> SRR490541 4 0.2420 0.7201 0.000 0.128 0.000 0.864 0.004 0.004
#> SRR490542 4 0.2163 0.7466 0.000 0.096 0.000 0.892 0.004 0.008
#> SRR490543 4 0.2001 0.7506 0.000 0.092 0.000 0.900 0.004 0.004
#> SRR490544 4 0.3996 0.2139 0.000 0.388 0.000 0.604 0.004 0.004
#> SRR490545 4 0.3984 0.4051 0.000 0.320 0.000 0.664 0.008 0.008
#> SRR490546 4 0.4062 0.0240 0.000 0.440 0.000 0.552 0.000 0.008
#> SRR490547 4 0.3954 0.2657 0.000 0.372 0.000 0.620 0.004 0.004
#> SRR490548 2 0.3607 0.7531 0.000 0.768 0.000 0.204 0.012 0.016
#> SRR490549 2 0.3198 0.7812 0.004 0.816 0.000 0.160 0.012 0.008
#> SRR490550 2 0.3264 0.7685 0.000 0.796 0.000 0.184 0.012 0.008
#> SRR490551 2 0.3198 0.7649 0.000 0.796 0.000 0.188 0.008 0.008
#> SRR490552 4 0.3360 0.5448 0.000 0.264 0.000 0.732 0.000 0.004
#> SRR490553 4 0.3769 0.3262 0.000 0.356 0.000 0.640 0.000 0.004
#> SRR490554 4 0.3830 0.2767 0.000 0.376 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR490555 4 0.3565 0.4593 0.000 0.304 0.000 0.692 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.2933 0.7963 0.004 0.860 0.000 0.096 0.008 0.032
#> SRR490557 2 0.3850 0.7472 0.004 0.764 0.000 0.196 0.012 0.024
#> SRR490558 2 0.3401 0.7849 0.004 0.820 0.000 0.136 0.012 0.028
#> SRR490559 2 0.3184 0.7856 0.004 0.828 0.000 0.140 0.008 0.020
#> SRR490560 2 0.4199 0.3321 0.000 0.544 0.000 0.444 0.004 0.008
#> SRR490561 2 0.4312 0.2935 0.000 0.528 0.000 0.456 0.008 0.008
#> SRR490562 2 0.4274 0.3836 0.000 0.560 0.000 0.424 0.008 0.008
#> SRR490563 2 0.4090 0.4786 0.000 0.604 0.000 0.384 0.004 0.008
#> SRR490564 2 0.2856 0.7738 0.008 0.876 0.000 0.020 0.024 0.072
#> SRR490565 2 0.2878 0.7735 0.008 0.876 0.000 0.020 0.028 0.068
#> SRR490566 2 0.2683 0.7763 0.008 0.888 0.000 0.020 0.024 0.060
#> SRR490567 2 0.2742 0.7765 0.008 0.884 0.000 0.020 0.024 0.064
#> SRR490568 4 0.1218 0.7904 0.000 0.028 0.000 0.956 0.004 0.012
#> SRR490569 4 0.1194 0.7866 0.000 0.032 0.000 0.956 0.004 0.008
#> SRR490570 4 0.0632 0.7924 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490571 4 0.1151 0.7902 0.000 0.032 0.000 0.956 0.000 0.012
#> SRR490572 4 0.1588 0.7673 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR490573 4 0.1644 0.7647 0.000 0.076 0.000 0.920 0.004 0.000
#> SRR490574 4 0.1471 0.7719 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR490575 4 0.1531 0.7698 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004 0.000
#> SRR490576 4 0.3126 0.5750 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR490577 4 0.3584 0.4476 0.000 0.308 0.000 0.688 0.000 0.004
#> SRR490578 4 0.3330 0.5058 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR490579 4 0.3330 0.5070 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.2544 0.7958 0.000 0.864 0.000 0.120 0.012 0.004
#> SRR490581 2 0.2365 0.8011 0.004 0.892 0.000 0.084 0.012 0.008
#> SRR490582 2 0.2512 0.7981 0.000 0.868 0.000 0.116 0.008 0.008
#> SRR490583 2 0.2611 0.7974 0.000 0.864 0.000 0.116 0.012 0.008
#> SRR490584 2 0.4096 0.2281 0.000 0.508 0.000 0.484 0.000 0.008
#> SRR490585 4 0.4086 -0.0734 0.000 0.464 0.000 0.528 0.000 0.008
#> SRR490586 2 0.4227 0.1935 0.000 0.496 0.000 0.492 0.004 0.008
#> SRR490587 4 0.4062 0.0241 0.000 0.440 0.000 0.552 0.000 0.008
#> SRR490588 2 0.3232 0.7844 0.000 0.824 0.000 0.140 0.020 0.016
#> SRR490589 2 0.3058 0.7871 0.004 0.836 0.000 0.136 0.008 0.016
#> SRR490590 2 0.3134 0.7812 0.000 0.824 0.000 0.148 0.012 0.016
#> SRR490591 2 0.3058 0.7867 0.004 0.836 0.000 0.136 0.008 0.016
#> SRR490592 2 0.3141 0.7885 0.000 0.828 0.000 0.140 0.020 0.012
#> SRR490593 2 0.3002 0.7911 0.000 0.836 0.000 0.136 0.020 0.008
#> SRR490594 2 0.3208 0.7914 0.004 0.832 0.000 0.132 0.016 0.016
#> SRR490595 2 0.3101 0.7906 0.000 0.832 0.000 0.136 0.020 0.012
#> SRR490596 2 0.3243 0.7645 0.024 0.864 0.004 0.012 0.056 0.040
#> SRR490597 2 0.2545 0.7815 0.016 0.900 0.000 0.016 0.040 0.028
#> SRR490598 2 0.2712 0.7789 0.008 0.892 0.004 0.016 0.036 0.044
#> SRR490599 2 0.3403 0.7670 0.024 0.856 0.004 0.016 0.056 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.728 0.915 0.949 0.4144 0.604 0.604
#> 3 3 0.480 0.596 0.781 0.3699 0.787 0.651
#> 4 4 0.473 0.556 0.764 0.0739 0.965 0.915
#> 5 5 0.514 0.599 0.760 0.0764 0.882 0.709
#> 6 6 0.503 0.187 0.678 0.0381 0.775 0.554
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490217 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490218 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490219 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490220 2 0.6712 0.843 0.176 0.824
#> SRR490221 2 0.6712 0.843 0.176 0.824
#> SRR490222 2 0.6712 0.843 0.176 0.824
#> SRR490223 2 0.6712 0.843 0.176 0.824
#> SRR490224 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490233 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490234 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490235 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490236 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490240 2 0.6048 0.866 0.148 0.852
#> SRR490241 2 0.6048 0.866 0.148 0.852
#> SRR490242 2 0.6048 0.866 0.148 0.852
#> SRR490243 2 0.6048 0.866 0.148 0.852
#> SRR490244 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490249 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490250 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490251 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490252 2 0.3584 0.926 0.068 0.932
#> SRR490253 2 0.3584 0.926 0.068 0.932
#> SRR490254 2 0.3584 0.926 0.068 0.932
#> SRR490255 2 0.3584 0.926 0.068 0.932
#> SRR490256 1 0.1184 0.964 0.984 0.016
#> SRR490257 1 0.1184 0.964 0.984 0.016
#> SRR490258 1 0.1184 0.964 0.984 0.016
#> SRR490259 1 0.1184 0.964 0.984 0.016
#> SRR490260 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490273 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490274 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490275 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490276 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490277 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490278 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490279 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR490280 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.7056 0.765 0.808 0.192
#> SRR490289 1 0.7056 0.765 0.808 0.192
#> SRR490290 1 0.7056 0.765 0.808 0.192
#> SRR490291 1 0.7056 0.765 0.808 0.192
#> SRR490292 2 0.4815 0.906 0.104 0.896
#> SRR490293 2 0.4815 0.906 0.104 0.896
#> SRR490294 2 0.4815 0.906 0.104 0.896
#> SRR490295 2 0.4815 0.906 0.104 0.896
#> SRR490296 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490297 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490298 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490299 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490300 2 0.4562 0.911 0.096 0.904
#> SRR490301 2 0.4562 0.911 0.096 0.904
#> SRR490302 2 0.4562 0.911 0.096 0.904
#> SRR490303 2 0.4562 0.911 0.096 0.904
#> SRR490304 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490305 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490306 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490307 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490308 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490313 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490314 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490315 2 0.6048 0.868 0.148 0.852
#> SRR490316 2 0.9922 0.323 0.448 0.552
#> SRR490317 2 0.9922 0.323 0.448 0.552
#> SRR490318 2 0.9922 0.323 0.448 0.552
#> SRR490319 2 0.9922 0.323 0.448 0.552
#> SRR490320 1 0.2236 0.948 0.964 0.036
#> SRR490321 1 0.2236 0.948 0.964 0.036
#> SRR490322 1 0.2236 0.948 0.964 0.036
#> SRR490323 1 0.2236 0.948 0.964 0.036
#> SRR490324 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.4161 0.919 0.084 0.916
#> SRR490329 2 0.4161 0.919 0.084 0.916
#> SRR490330 2 0.4161 0.919 0.084 0.916
#> SRR490331 2 0.4161 0.919 0.084 0.916
#> SRR490332 2 0.3431 0.928 0.064 0.936
#> SRR490333 2 0.3431 0.928 0.064 0.936
#> SRR490334 2 0.3431 0.928 0.064 0.936
#> SRR490335 2 0.3431 0.928 0.064 0.936
#> SRR490336 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490337 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490338 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490339 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490340 2 0.4690 0.909 0.100 0.900
#> SRR490341 2 0.4690 0.909 0.100 0.900
#> SRR490342 2 0.4690 0.909 0.100 0.900
#> SRR490343 2 0.4690 0.909 0.100 0.900
#> SRR490344 2 0.5519 0.886 0.128 0.872
#> SRR490345 2 0.5519 0.886 0.128 0.872
#> SRR490346 2 0.5519 0.886 0.128 0.872
#> SRR490347 2 0.5519 0.886 0.128 0.872
#> SRR490348 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490357 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490358 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490359 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490360 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490365 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490366 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490367 2 0.2236 0.939 0.036 0.964
#> SRR490368 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490369 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490370 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490371 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490372 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.4562 0.909 0.096 0.904
#> SRR490377 2 0.4562 0.909 0.096 0.904
#> SRR490378 2 0.4562 0.909 0.096 0.904
#> SRR490379 2 0.4562 0.909 0.096 0.904
#> SRR490380 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490389 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490390 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490391 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490392 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490393 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490394 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490395 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490396 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490397 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490398 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490399 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490400 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490401 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490402 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490403 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490404 2 0.3114 0.932 0.056 0.944
#> SRR490405 2 0.3114 0.932 0.056 0.944
#> SRR490406 2 0.3114 0.932 0.056 0.944
#> SRR490407 2 0.3114 0.932 0.056 0.944
#> SRR490408 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.6531 0.846 0.168 0.832
#> SRR490417 2 0.6531 0.846 0.168 0.832
#> SRR490418 2 0.6531 0.846 0.168 0.832
#> SRR490419 2 0.6531 0.846 0.168 0.832
#> SRR490420 2 0.9754 0.424 0.408 0.592
#> SRR490421 2 0.9754 0.424 0.408 0.592
#> SRR490422 2 0.9754 0.424 0.408 0.592
#> SRR490423 2 0.9754 0.424 0.408 0.592
#> SRR490424 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.7139 0.764 0.804 0.196
#> SRR490429 1 0.7139 0.764 0.804 0.196
#> SRR490430 1 0.7139 0.764 0.804 0.196
#> SRR490431 1 0.7139 0.764 0.804 0.196
#> SRR490432 2 0.6148 0.862 0.152 0.848
#> SRR490433 2 0.6148 0.862 0.152 0.848
#> SRR490434 2 0.6148 0.862 0.152 0.848
#> SRR490435 2 0.6148 0.862 0.152 0.848
#> SRR490436 2 0.5059 0.898 0.112 0.888
#> SRR490437 2 0.5059 0.898 0.112 0.888
#> SRR490438 2 0.5059 0.898 0.112 0.888
#> SRR490439 2 0.5059 0.898 0.112 0.888
#> SRR490440 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.9754 0.421 0.408 0.592
#> SRR490449 2 0.9754 0.421 0.408 0.592
#> SRR490450 2 0.9754 0.421 0.408 0.592
#> SRR490451 2 0.9754 0.421 0.408 0.592
#> SRR490452 1 0.2778 0.938 0.952 0.048
#> SRR490453 1 0.2778 0.938 0.952 0.048
#> SRR490454 1 0.2778 0.938 0.952 0.048
#> SRR490455 1 0.2778 0.938 0.952 0.048
#> SRR490456 2 0.6247 0.858 0.156 0.844
#> SRR490457 2 0.6247 0.858 0.156 0.844
#> SRR490458 2 0.6247 0.858 0.156 0.844
#> SRR490459 2 0.6247 0.858 0.156 0.844
#> SRR490460 2 0.6887 0.828 0.184 0.816
#> SRR490461 2 0.6887 0.828 0.184 0.816
#> SRR490462 2 0.6887 0.828 0.184 0.816
#> SRR490463 2 0.6887 0.828 0.184 0.816
#> SRR490464 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.2603 0.937 0.044 0.956
#> SRR490469 2 0.2603 0.937 0.044 0.956
#> SRR490470 2 0.2603 0.937 0.044 0.956
#> SRR490471 2 0.2603 0.937 0.044 0.956
#> SRR490472 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490481 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490482 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490483 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490484 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> SRR490485 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> SRR490486 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> SRR490487 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> SRR490488 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490489 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490490 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490491 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490492 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490493 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490494 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490495 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490496 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490497 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490498 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490499 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490500 2 0.2043 0.940 0.032 0.968
#> SRR490501 2 0.2043 0.940 0.032 0.968
#> SRR490502 2 0.2043 0.940 0.032 0.968
#> SRR490503 2 0.2043 0.940 0.032 0.968
#> SRR490504 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490513 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490514 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490515 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490516 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490517 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490518 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490519 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490520 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490521 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490522 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490523 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490524 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490525 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490526 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490527 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490528 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490529 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490530 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490531 2 0.1184 0.944 0.016 0.984
#> SRR490532 1 0.5842 0.845 0.860 0.140
#> SRR490533 1 0.5842 0.845 0.860 0.140
#> SRR490534 1 0.5842 0.845 0.860 0.140
#> SRR490535 1 0.5842 0.845 0.860 0.140
#> SRR490536 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490549 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490550 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490551 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490552 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490557 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490558 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490559 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490560 2 0.0376 0.942 0.004 0.996
#> SRR490561 2 0.0376 0.942 0.004 0.996
#> SRR490562 2 0.0376 0.942 0.004 0.996
#> SRR490563 2 0.0376 0.942 0.004 0.996
#> SRR490564 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490565 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490566 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490567 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490568 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490581 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490582 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490583 2 0.0938 0.944 0.012 0.988
#> SRR490584 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490589 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490590 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490591 2 0.0672 0.943 0.008 0.992
#> SRR490592 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.941 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.5737 0.881 0.136 0.864
#> SRR490597 2 0.5737 0.881 0.136 0.864
#> SRR490598 2 0.5737 0.881 0.136 0.864
#> SRR490599 2 0.5737 0.881 0.136 0.864
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490217 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490218 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490219 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490220 3 0.8918 0.70379 0.128 0.380 0.492
#> SRR490221 3 0.8918 0.70379 0.128 0.380 0.492
#> SRR490222 3 0.8918 0.70379 0.128 0.380 0.492
#> SRR490223 3 0.8918 0.70379 0.128 0.380 0.492
#> SRR490224 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.2796 0.89377 0.908 0.000 0.092
#> SRR490233 1 0.2796 0.89377 0.908 0.000 0.092
#> SRR490234 1 0.2796 0.89377 0.908 0.000 0.092
#> SRR490235 1 0.2796 0.89377 0.908 0.000 0.092
#> SRR490236 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 3 0.8196 0.77030 0.084 0.356 0.560
#> SRR490241 3 0.8196 0.77030 0.084 0.356 0.560
#> SRR490242 3 0.8196 0.77030 0.084 0.356 0.560
#> SRR490243 3 0.8196 0.77030 0.084 0.356 0.560
#> SRR490244 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.7327 0.42013 0.132 0.708 0.160
#> SRR490249 2 0.7327 0.42013 0.132 0.708 0.160
#> SRR490250 2 0.7327 0.42013 0.132 0.708 0.160
#> SRR490251 2 0.7327 0.42013 0.132 0.708 0.160
#> SRR490252 2 0.6890 0.12462 0.028 0.632 0.340
#> SRR490253 2 0.6890 0.12462 0.028 0.632 0.340
#> SRR490254 2 0.6890 0.12462 0.028 0.632 0.340
#> SRR490255 2 0.6890 0.12462 0.028 0.632 0.340
#> SRR490256 1 0.3482 0.87527 0.872 0.000 0.128
#> SRR490257 1 0.3482 0.87527 0.872 0.000 0.128
#> SRR490258 1 0.3482 0.87527 0.872 0.000 0.128
#> SRR490259 1 0.3482 0.87527 0.872 0.000 0.128
#> SRR490260 1 0.1411 0.91326 0.964 0.000 0.036
#> SRR490261 1 0.1411 0.91326 0.964 0.000 0.036
#> SRR490262 1 0.1411 0.91326 0.964 0.000 0.036
#> SRR490263 1 0.1411 0.91326 0.964 0.000 0.036
#> SRR490264 1 0.0237 0.92021 0.996 0.000 0.004
#> SRR490265 1 0.0237 0.92021 0.996 0.000 0.004
#> SRR490266 1 0.0237 0.92021 0.996 0.000 0.004
#> SRR490267 1 0.0237 0.92021 0.996 0.000 0.004
#> SRR490268 1 0.2537 0.89798 0.920 0.000 0.080
#> SRR490269 1 0.2537 0.89798 0.920 0.000 0.080
#> SRR490270 1 0.2537 0.89798 0.920 0.000 0.080
#> SRR490271 1 0.2537 0.89798 0.920 0.000 0.080
#> SRR490272 1 0.1031 0.91688 0.976 0.000 0.024
#> SRR490273 1 0.1031 0.91688 0.976 0.000 0.024
#> SRR490274 1 0.1031 0.91688 0.976 0.000 0.024
#> SRR490275 1 0.1031 0.91688 0.976 0.000 0.024
#> SRR490276 1 0.0592 0.91931 0.988 0.000 0.012
#> SRR490277 1 0.0592 0.91931 0.988 0.000 0.012
#> SRR490278 1 0.0592 0.91931 0.988 0.000 0.012
#> SRR490279 1 0.0592 0.91931 0.988 0.000 0.012
#> SRR490280 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.7084 0.63530 0.628 0.036 0.336
#> SRR490289 1 0.7084 0.63530 0.628 0.036 0.336
#> SRR490290 1 0.7084 0.63530 0.628 0.036 0.336
#> SRR490291 1 0.7084 0.63530 0.628 0.036 0.336
#> SRR490292 3 0.6625 0.73517 0.024 0.316 0.660
#> SRR490293 3 0.6625 0.73517 0.024 0.316 0.660
#> SRR490294 3 0.6625 0.73517 0.024 0.316 0.660
#> SRR490295 3 0.6625 0.73517 0.024 0.316 0.660
#> SRR490296 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490297 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490298 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490299 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490300 3 0.6255 0.73162 0.012 0.320 0.668
#> SRR490301 3 0.6255 0.73162 0.012 0.320 0.668
#> SRR490302 3 0.6255 0.73162 0.012 0.320 0.668
#> SRR490303 3 0.6255 0.73162 0.012 0.320 0.668
#> SRR490304 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490305 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490306 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490307 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490308 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490313 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490314 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490315 2 0.7273 0.42823 0.132 0.712 0.156
#> SRR490316 1 0.9940 -0.47738 0.364 0.280 0.356
#> SRR490317 1 0.9940 -0.47738 0.364 0.280 0.356
#> SRR490318 1 0.9940 -0.47738 0.364 0.280 0.356
#> SRR490319 1 0.9940 -0.47738 0.364 0.280 0.356
#> SRR490320 1 0.2537 0.88974 0.920 0.000 0.080
#> SRR490321 1 0.2537 0.88974 0.920 0.000 0.080
#> SRR490322 1 0.2537 0.88974 0.920 0.000 0.080
#> SRR490323 1 0.2537 0.88974 0.920 0.000 0.080
#> SRR490324 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 3 0.7487 0.56438 0.036 0.464 0.500
#> SRR490329 3 0.7487 0.56438 0.036 0.464 0.500
#> SRR490330 3 0.7487 0.56438 0.036 0.464 0.500
#> SRR490331 3 0.7487 0.56438 0.036 0.464 0.500
#> SRR490332 3 0.6553 0.66735 0.008 0.412 0.580
#> SRR490333 3 0.6553 0.66735 0.008 0.412 0.580
#> SRR490334 3 0.6553 0.66735 0.008 0.412 0.580
#> SRR490335 3 0.6553 0.66735 0.008 0.412 0.580
#> SRR490336 2 0.6295 -0.31238 0.000 0.528 0.472
#> SRR490337 2 0.6295 -0.31238 0.000 0.528 0.472
#> SRR490338 2 0.6295 -0.31238 0.000 0.528 0.472
#> SRR490339 2 0.6295 -0.31238 0.000 0.528 0.472
#> SRR490340 3 0.6422 0.73332 0.016 0.324 0.660
#> SRR490341 3 0.6422 0.73332 0.016 0.324 0.660
#> SRR490342 3 0.6422 0.73332 0.016 0.324 0.660
#> SRR490343 3 0.6422 0.73332 0.016 0.324 0.660
#> SRR490344 2 0.7635 0.35586 0.112 0.676 0.212
#> SRR490345 2 0.7635 0.35586 0.112 0.676 0.212
#> SRR490346 2 0.7635 0.35586 0.112 0.676 0.212
#> SRR490347 2 0.7635 0.35586 0.112 0.676 0.212
#> SRR490348 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490349 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490350 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490351 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490352 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490353 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490354 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490355 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490356 2 0.6783 -0.01355 0.016 0.588 0.396
#> SRR490357 2 0.6783 -0.01355 0.016 0.588 0.396
#> SRR490358 2 0.6783 -0.01355 0.016 0.588 0.396
#> SRR490359 2 0.6783 -0.01355 0.016 0.588 0.396
#> SRR490360 2 0.2959 0.66284 0.000 0.900 0.100
#> SRR490361 2 0.2959 0.66284 0.000 0.900 0.100
#> SRR490362 2 0.2959 0.66284 0.000 0.900 0.100
#> SRR490363 2 0.2959 0.66284 0.000 0.900 0.100
#> SRR490364 2 0.6641 -0.32042 0.008 0.544 0.448
#> SRR490365 2 0.6641 -0.32042 0.008 0.544 0.448
#> SRR490366 2 0.6641 -0.32042 0.008 0.544 0.448
#> SRR490367 2 0.6641 -0.32042 0.008 0.544 0.448
#> SRR490368 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490369 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490370 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490371 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490372 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.6332 0.53033 0.088 0.768 0.144
#> SRR490377 2 0.6332 0.53033 0.088 0.768 0.144
#> SRR490378 2 0.6332 0.53033 0.088 0.768 0.144
#> SRR490379 2 0.6332 0.53033 0.088 0.768 0.144
#> SRR490380 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490385 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490386 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490387 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490388 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490389 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490390 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490391 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490392 2 0.1643 0.68796 0.000 0.956 0.044
#> SRR490393 2 0.1643 0.68796 0.000 0.956 0.044
#> SRR490394 2 0.1643 0.68796 0.000 0.956 0.044
#> SRR490395 2 0.1643 0.68796 0.000 0.956 0.044
#> SRR490396 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490397 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490398 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490399 2 0.2711 0.67334 0.000 0.912 0.088
#> SRR490400 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490401 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490402 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490403 2 0.1860 0.68593 0.000 0.948 0.052
#> SRR490404 2 0.6881 0.00144 0.020 0.592 0.388
#> SRR490405 2 0.6881 0.00144 0.020 0.592 0.388
#> SRR490406 2 0.6881 0.00144 0.020 0.592 0.388
#> SRR490407 2 0.6881 0.00144 0.020 0.592 0.388
#> SRR490408 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490409 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490410 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490411 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490412 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 3 0.8442 0.76422 0.100 0.352 0.548
#> SRR490417 3 0.8442 0.76422 0.100 0.352 0.548
#> SRR490418 3 0.8442 0.76422 0.100 0.352 0.548
#> SRR490419 3 0.8442 0.76422 0.100 0.352 0.548
#> SRR490420 3 0.9686 0.50053 0.308 0.240 0.452
#> SRR490421 3 0.9686 0.50053 0.308 0.240 0.452
#> SRR490422 3 0.9686 0.50053 0.308 0.240 0.452
#> SRR490423 3 0.9686 0.50053 0.308 0.240 0.452
#> SRR490424 1 0.0892 0.91791 0.980 0.000 0.020
#> SRR490425 1 0.0892 0.91791 0.980 0.000 0.020
#> SRR490426 1 0.0892 0.91791 0.980 0.000 0.020
#> SRR490427 1 0.0892 0.91791 0.980 0.000 0.020
#> SRR490428 1 0.7143 0.59589 0.576 0.028 0.396
#> SRR490429 1 0.7143 0.59589 0.576 0.028 0.396
#> SRR490430 1 0.7143 0.59589 0.576 0.028 0.396
#> SRR490431 1 0.7143 0.59589 0.576 0.028 0.396
#> SRR490432 3 0.8280 0.76814 0.088 0.360 0.552
#> SRR490433 3 0.8280 0.76814 0.088 0.360 0.552
#> SRR490434 3 0.8280 0.76814 0.088 0.360 0.552
#> SRR490435 3 0.8280 0.76814 0.088 0.360 0.552
#> SRR490436 3 0.7656 0.75154 0.052 0.376 0.572
#> SRR490437 3 0.7656 0.75154 0.052 0.376 0.572
#> SRR490438 3 0.7656 0.75154 0.052 0.376 0.572
#> SRR490439 3 0.7656 0.75154 0.052 0.376 0.572
#> SRR490440 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490441 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490442 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490443 2 0.0592 0.68509 0.000 0.988 0.012
#> SRR490444 2 0.2796 0.65993 0.000 0.908 0.092
#> SRR490445 2 0.2796 0.65993 0.000 0.908 0.092
#> SRR490446 2 0.2796 0.65993 0.000 0.908 0.092
#> SRR490447 2 0.2796 0.65993 0.000 0.908 0.092
#> SRR490448 3 0.9672 0.50385 0.304 0.240 0.456
#> SRR490449 3 0.9672 0.50385 0.304 0.240 0.456
#> SRR490450 3 0.9672 0.50385 0.304 0.240 0.456
#> SRR490451 3 0.9672 0.50385 0.304 0.240 0.456
#> SRR490452 1 0.4605 0.83116 0.796 0.000 0.204
#> SRR490453 1 0.4605 0.83116 0.796 0.000 0.204
#> SRR490454 1 0.4605 0.83116 0.796 0.000 0.204
#> SRR490455 1 0.4605 0.83116 0.796 0.000 0.204
#> SRR490456 3 0.8346 0.76681 0.092 0.360 0.548
#> SRR490457 3 0.8346 0.76681 0.092 0.360 0.548
#> SRR490458 3 0.8346 0.76681 0.092 0.360 0.548
#> SRR490459 3 0.8346 0.76681 0.092 0.360 0.548
#> SRR490460 3 0.8588 0.75488 0.112 0.344 0.544
#> SRR490461 3 0.8588 0.75488 0.112 0.344 0.544
#> SRR490462 3 0.8588 0.75488 0.112 0.344 0.544
#> SRR490463 3 0.8588 0.75488 0.112 0.344 0.544
#> SRR490464 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 2 0.6783 -0.02672 0.016 0.588 0.396
#> SRR490469 2 0.6783 -0.02672 0.016 0.588 0.396
#> SRR490470 2 0.6783 -0.02672 0.016 0.588 0.396
#> SRR490471 2 0.6783 -0.02672 0.016 0.588 0.396
#> SRR490472 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490473 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490474 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490475 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490476 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.92114 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490481 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490482 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490483 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490484 2 0.6235 -0.15498 0.000 0.564 0.436
#> SRR490485 2 0.6235 -0.15498 0.000 0.564 0.436
#> SRR490486 2 0.6235 -0.15498 0.000 0.564 0.436
#> SRR490487 2 0.6235 -0.15498 0.000 0.564 0.436
#> SRR490488 2 0.6204 -0.09735 0.000 0.576 0.424
#> SRR490489 2 0.6204 -0.09735 0.000 0.576 0.424
#> SRR490490 2 0.6204 -0.09735 0.000 0.576 0.424
#> SRR490491 2 0.6204 -0.09735 0.000 0.576 0.424
#> SRR490492 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490493 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490494 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490495 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490496 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490497 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490498 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490499 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490500 3 0.6291 0.53938 0.000 0.468 0.532
#> SRR490501 3 0.6291 0.53938 0.000 0.468 0.532
#> SRR490502 3 0.6291 0.53938 0.000 0.468 0.532
#> SRR490503 3 0.6291 0.53938 0.000 0.468 0.532
#> SRR490504 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490505 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490506 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490507 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490508 2 0.3116 0.65813 0.000 0.892 0.108
#> SRR490509 2 0.3116 0.65813 0.000 0.892 0.108
#> SRR490510 2 0.3116 0.65813 0.000 0.892 0.108
#> SRR490511 2 0.3116 0.65813 0.000 0.892 0.108
#> SRR490512 2 0.5760 0.29827 0.000 0.672 0.328
#> SRR490513 2 0.5760 0.29827 0.000 0.672 0.328
#> SRR490514 2 0.5760 0.29827 0.000 0.672 0.328
#> SRR490515 2 0.5760 0.29827 0.000 0.672 0.328
#> SRR490516 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490517 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490518 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490519 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490520 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490521 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490522 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490523 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490524 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490525 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490526 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490527 2 0.5905 0.24201 0.000 0.648 0.352
#> SRR490528 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490529 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490530 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490531 2 0.5882 0.24774 0.000 0.652 0.348
#> SRR490532 1 0.6579 0.68307 0.652 0.020 0.328
#> SRR490533 1 0.6579 0.68307 0.652 0.020 0.328
#> SRR490534 1 0.6579 0.68307 0.652 0.020 0.328
#> SRR490535 1 0.6579 0.68307 0.652 0.020 0.328
#> SRR490536 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490537 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490538 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490539 2 0.0592 0.67800 0.000 0.988 0.012
#> SRR490540 2 0.2066 0.63600 0.000 0.940 0.060
#> SRR490541 2 0.2066 0.63600 0.000 0.940 0.060
#> SRR490542 2 0.2066 0.63600 0.000 0.940 0.060
#> SRR490543 2 0.2066 0.63600 0.000 0.940 0.060
#> SRR490544 2 0.0592 0.68225 0.000 0.988 0.012
#> SRR490545 2 0.0592 0.68225 0.000 0.988 0.012
#> SRR490546 2 0.0592 0.68225 0.000 0.988 0.012
#> SRR490547 2 0.0592 0.68225 0.000 0.988 0.012
#> SRR490548 2 0.4452 0.57132 0.000 0.808 0.192
#> SRR490549 2 0.4452 0.57132 0.000 0.808 0.192
#> SRR490550 2 0.4452 0.57132 0.000 0.808 0.192
#> SRR490551 2 0.4452 0.57132 0.000 0.808 0.192
#> SRR490552 2 0.1031 0.68732 0.000 0.976 0.024
#> SRR490553 2 0.1031 0.68732 0.000 0.976 0.024
#> SRR490554 2 0.1031 0.68732 0.000 0.976 0.024
#> SRR490555 2 0.1031 0.68732 0.000 0.976 0.024
#> SRR490556 2 0.2448 0.67886 0.000 0.924 0.076
#> SRR490557 2 0.2448 0.67886 0.000 0.924 0.076
#> SRR490558 2 0.2448 0.67886 0.000 0.924 0.076
#> SRR490559 2 0.2448 0.67886 0.000 0.924 0.076
#> SRR490560 2 0.2261 0.68207 0.000 0.932 0.068
#> SRR490561 2 0.2261 0.68207 0.000 0.932 0.068
#> SRR490562 2 0.2261 0.68207 0.000 0.932 0.068
#> SRR490563 2 0.2261 0.68207 0.000 0.932 0.068
#> SRR490564 3 0.6944 0.54444 0.016 0.468 0.516
#> SRR490565 3 0.6944 0.54444 0.016 0.468 0.516
#> SRR490566 3 0.6944 0.54444 0.016 0.468 0.516
#> SRR490567 3 0.6944 0.54444 0.016 0.468 0.516
#> SRR490568 2 0.2356 0.62337 0.000 0.928 0.072
#> SRR490569 2 0.2356 0.62337 0.000 0.928 0.072
#> SRR490570 2 0.2356 0.62337 0.000 0.928 0.072
#> SRR490571 2 0.2356 0.62337 0.000 0.928 0.072
#> SRR490572 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490573 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490574 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490575 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490576 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490577 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490578 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490579 2 0.0892 0.68672 0.000 0.980 0.020
#> SRR490580 2 0.2537 0.67695 0.000 0.920 0.080
#> SRR490581 2 0.2537 0.67695 0.000 0.920 0.080
#> SRR490582 2 0.2537 0.67695 0.000 0.920 0.080
#> SRR490583 2 0.2537 0.67695 0.000 0.920 0.080
#> SRR490584 2 0.0892 0.68691 0.000 0.980 0.020
#> SRR490585 2 0.0892 0.68691 0.000 0.980 0.020
#> SRR490586 2 0.0892 0.68691 0.000 0.980 0.020
#> SRR490587 2 0.0892 0.68691 0.000 0.980 0.020
#> SRR490588 2 0.2448 0.67907 0.000 0.924 0.076
#> SRR490589 2 0.2448 0.67907 0.000 0.924 0.076
#> SRR490590 2 0.2448 0.67907 0.000 0.924 0.076
#> SRR490591 2 0.2448 0.67907 0.000 0.924 0.076
#> SRR490592 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490593 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490594 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490595 2 0.0747 0.68405 0.000 0.984 0.016
#> SRR490596 3 0.7945 0.71156 0.064 0.388 0.548
#> SRR490597 3 0.7945 0.71156 0.064 0.388 0.548
#> SRR490598 3 0.7945 0.71156 0.064 0.388 0.548
#> SRR490599 3 0.7945 0.71156 0.064 0.388 0.548
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490217 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490218 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490219 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490220 1 0.8220 0.6691 0.500 0.324 0.088 0.088
#> SRR490221 1 0.8220 0.6691 0.500 0.324 0.088 0.088
#> SRR490222 1 0.8220 0.6691 0.500 0.324 0.088 0.088
#> SRR490223 1 0.8220 0.6691 0.500 0.324 0.088 0.088
#> SRR490224 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.3392 0.7891 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR490233 3 0.3392 0.7891 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR490234 3 0.3392 0.7891 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR490235 3 0.3392 0.7891 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR490236 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.7227 0.7191 0.568 0.304 0.020 0.108
#> SRR490241 1 0.7227 0.7191 0.568 0.304 0.020 0.108
#> SRR490242 1 0.7227 0.7191 0.568 0.304 0.020 0.108
#> SRR490243 1 0.7227 0.7191 0.568 0.304 0.020 0.108
#> SRR490244 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.8068 0.2823 0.120 0.588 0.108 0.184
#> SRR490249 2 0.8068 0.2823 0.120 0.588 0.108 0.184
#> SRR490250 2 0.8068 0.2823 0.120 0.588 0.108 0.184
#> SRR490251 2 0.8068 0.2823 0.120 0.588 0.108 0.184
#> SRR490252 2 0.6313 0.1109 0.340 0.592 0.004 0.064
#> SRR490253 2 0.6313 0.1109 0.340 0.592 0.004 0.064
#> SRR490254 2 0.6313 0.1109 0.340 0.592 0.004 0.064
#> SRR490255 2 0.6313 0.1109 0.340 0.592 0.004 0.064
#> SRR490256 3 0.4532 0.6922 0.052 0.000 0.792 0.156
#> SRR490257 3 0.4532 0.6922 0.052 0.000 0.792 0.156
#> SRR490258 3 0.4532 0.6922 0.052 0.000 0.792 0.156
#> SRR490259 3 0.4532 0.6922 0.052 0.000 0.792 0.156
#> SRR490260 3 0.1722 0.8718 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR490261 3 0.1722 0.8718 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR490262 3 0.1722 0.8718 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR490263 3 0.1722 0.8718 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR490264 3 0.0188 0.9019 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490265 3 0.0188 0.9019 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490266 3 0.0188 0.9019 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490267 3 0.0188 0.9019 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490268 3 0.3224 0.7980 0.016 0.000 0.864 0.120
#> SRR490269 3 0.3224 0.7980 0.016 0.000 0.864 0.120
#> SRR490270 3 0.3224 0.7980 0.016 0.000 0.864 0.120
#> SRR490271 3 0.3224 0.7980 0.016 0.000 0.864 0.120
#> SRR490272 3 0.1256 0.8865 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490273 3 0.1256 0.8865 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490274 3 0.1256 0.8865 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490275 3 0.1256 0.8865 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490276 3 0.0592 0.8977 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR490277 3 0.0592 0.8977 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR490278 3 0.0592 0.8977 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR490279 3 0.0592 0.8977 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR490280 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 3 0.7711 -0.5300 0.168 0.008 0.416 0.408
#> SRR490289 3 0.7711 -0.5300 0.168 0.008 0.416 0.408
#> SRR490290 3 0.7711 -0.5300 0.168 0.008 0.416 0.408
#> SRR490291 3 0.7711 -0.5300 0.168 0.008 0.416 0.408
#> SRR490292 1 0.6762 0.6805 0.628 0.256 0.016 0.100
#> SRR490293 1 0.6762 0.6805 0.628 0.256 0.016 0.100
#> SRR490294 1 0.6762 0.6805 0.628 0.256 0.016 0.100
#> SRR490295 1 0.6762 0.6805 0.628 0.256 0.016 0.100
#> SRR490296 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490297 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490298 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490299 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490300 1 0.6230 0.6820 0.652 0.256 0.004 0.088
#> SRR490301 1 0.6230 0.6820 0.652 0.256 0.004 0.088
#> SRR490302 1 0.6230 0.6820 0.652 0.256 0.004 0.088
#> SRR490303 1 0.6230 0.6820 0.652 0.256 0.004 0.088
#> SRR490304 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490305 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490306 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490307 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490308 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490313 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490314 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490315 2 0.8034 0.2903 0.120 0.592 0.108 0.180
#> SRR490316 1 0.9699 0.2106 0.332 0.216 0.300 0.152
#> SRR490317 1 0.9699 0.2106 0.332 0.216 0.300 0.152
#> SRR490318 1 0.9699 0.2106 0.332 0.216 0.300 0.152
#> SRR490319 1 0.9699 0.2106 0.332 0.216 0.300 0.152
#> SRR490320 3 0.3279 0.7928 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR490321 3 0.3279 0.7928 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR490322 3 0.3279 0.7928 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR490323 3 0.3279 0.7928 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR490324 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 1 0.6673 0.5563 0.536 0.396 0.020 0.048
#> SRR490329 1 0.6673 0.5563 0.536 0.396 0.020 0.048
#> SRR490330 1 0.6673 0.5563 0.536 0.396 0.020 0.048
#> SRR490331 1 0.6673 0.5563 0.536 0.396 0.020 0.048
#> SRR490332 1 0.5513 0.6370 0.628 0.348 0.008 0.016
#> SRR490333 1 0.5513 0.6370 0.628 0.348 0.008 0.016
#> SRR490334 1 0.5513 0.6370 0.628 0.348 0.008 0.016
#> SRR490335 1 0.5513 0.6370 0.628 0.348 0.008 0.016
#> SRR490336 1 0.5399 0.3451 0.520 0.468 0.000 0.012
#> SRR490337 1 0.5399 0.3451 0.520 0.468 0.000 0.012
#> SRR490338 1 0.5399 0.3451 0.520 0.468 0.000 0.012
#> SRR490339 1 0.5399 0.3451 0.520 0.468 0.000 0.012
#> SRR490340 1 0.6334 0.6822 0.648 0.260 0.008 0.084
#> SRR490341 1 0.6334 0.6822 0.648 0.260 0.008 0.084
#> SRR490342 1 0.6334 0.6822 0.648 0.260 0.008 0.084
#> SRR490343 1 0.6334 0.6822 0.648 0.260 0.008 0.084
#> SRR490344 2 0.8346 0.1997 0.200 0.552 0.088 0.160
#> SRR490345 2 0.8346 0.1997 0.200 0.552 0.088 0.160
#> SRR490346 2 0.8346 0.1997 0.200 0.552 0.088 0.160
#> SRR490347 2 0.8346 0.1997 0.200 0.552 0.088 0.160
#> SRR490348 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490349 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490350 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490351 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490352 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490354 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490355 2 0.0524 0.6633 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490356 2 0.6783 -0.1213 0.404 0.508 0.004 0.084
#> SRR490357 2 0.6783 -0.1213 0.404 0.508 0.004 0.084
#> SRR490358 2 0.6783 -0.1213 0.404 0.508 0.004 0.084
#> SRR490359 2 0.6783 -0.1213 0.404 0.508 0.004 0.084
#> SRR490360 2 0.3271 0.6304 0.132 0.856 0.000 0.012
#> SRR490361 2 0.3271 0.6304 0.132 0.856 0.000 0.012
#> SRR490362 2 0.3271 0.6304 0.132 0.856 0.000 0.012
#> SRR490363 2 0.3271 0.6304 0.132 0.856 0.000 0.012
#> SRR490364 2 0.6273 -0.3012 0.456 0.488 0.000 0.056
#> SRR490365 2 0.6273 -0.3012 0.456 0.488 0.000 0.056
#> SRR490366 2 0.6273 -0.3012 0.456 0.488 0.000 0.056
#> SRR490367 2 0.6273 -0.3012 0.456 0.488 0.000 0.056
#> SRR490368 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490369 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490370 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490371 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490372 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.7044 0.4314 0.144 0.672 0.064 0.120
#> SRR490377 2 0.7044 0.4314 0.144 0.672 0.064 0.120
#> SRR490378 2 0.7044 0.4314 0.144 0.672 0.064 0.120
#> SRR490379 2 0.7044 0.4314 0.144 0.672 0.064 0.120
#> SRR490380 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0895 0.6689 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR490385 2 0.0895 0.6689 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR490386 2 0.0895 0.6689 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR490387 2 0.0895 0.6689 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR490388 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490389 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490390 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490391 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490392 2 0.1938 0.6711 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR490393 2 0.1938 0.6711 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR490394 2 0.1938 0.6711 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR490395 2 0.1938 0.6711 0.052 0.936 0.000 0.012
#> SRR490396 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490397 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490398 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490399 2 0.2861 0.6545 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR490400 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490401 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490402 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490403 2 0.1890 0.6698 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490404 2 0.6821 -0.1076 0.396 0.512 0.004 0.088
#> SRR490405 2 0.6821 -0.1076 0.396 0.512 0.004 0.088
#> SRR490406 2 0.6821 -0.1076 0.396 0.512 0.004 0.088
#> SRR490407 2 0.6821 -0.1076 0.396 0.512 0.004 0.088
#> SRR490408 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.7439 0.7177 0.560 0.300 0.028 0.112
#> SRR490417 1 0.7439 0.7177 0.560 0.300 0.028 0.112
#> SRR490418 1 0.7439 0.7177 0.560 0.300 0.028 0.112
#> SRR490419 1 0.7439 0.7177 0.560 0.300 0.028 0.112
#> SRR490420 1 0.9522 0.3227 0.412 0.192 0.172 0.224
#> SRR490421 1 0.9522 0.3227 0.412 0.192 0.172 0.224
#> SRR490422 1 0.9522 0.3227 0.412 0.192 0.172 0.224
#> SRR490423 1 0.9522 0.3227 0.412 0.192 0.172 0.224
#> SRR490424 3 0.1118 0.8871 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR490425 3 0.1118 0.8871 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR490426 3 0.1118 0.8871 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR490427 3 0.1118 0.8871 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR490428 4 0.7156 0.8667 0.184 0.004 0.236 0.576
#> SRR490429 4 0.7156 0.8667 0.184 0.004 0.236 0.576
#> SRR490430 4 0.7156 0.8667 0.184 0.004 0.236 0.576
#> SRR490431 4 0.7156 0.8667 0.184 0.004 0.236 0.576
#> SRR490432 1 0.7254 0.7189 0.572 0.300 0.024 0.104
#> SRR490433 1 0.7254 0.7189 0.572 0.300 0.024 0.104
#> SRR490434 1 0.7254 0.7189 0.572 0.300 0.024 0.104
#> SRR490435 1 0.7254 0.7189 0.572 0.300 0.024 0.104
#> SRR490436 1 0.6730 0.7044 0.588 0.324 0.016 0.072
#> SRR490437 1 0.6730 0.7044 0.588 0.324 0.016 0.072
#> SRR490438 1 0.6730 0.7044 0.588 0.324 0.016 0.072
#> SRR490439 1 0.6730 0.7044 0.588 0.324 0.016 0.072
#> SRR490440 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0592 0.6719 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.2589 0.6319 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490445 2 0.2589 0.6319 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490446 2 0.2589 0.6319 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490447 2 0.2589 0.6319 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490448 1 0.9488 0.3354 0.416 0.192 0.164 0.228
#> SRR490449 1 0.9488 0.3354 0.416 0.192 0.164 0.228
#> SRR490450 1 0.9488 0.3354 0.416 0.192 0.164 0.228
#> SRR490451 1 0.9488 0.3354 0.416 0.192 0.164 0.228
#> SRR490452 3 0.5883 0.0568 0.040 0.000 0.572 0.388
#> SRR490453 3 0.5883 0.0568 0.040 0.000 0.572 0.388
#> SRR490454 3 0.5883 0.0568 0.040 0.000 0.572 0.388
#> SRR490455 3 0.5883 0.0568 0.040 0.000 0.572 0.388
#> SRR490456 1 0.7272 0.7166 0.568 0.304 0.024 0.104
#> SRR490457 1 0.7272 0.7166 0.568 0.304 0.024 0.104
#> SRR490458 1 0.7272 0.7166 0.568 0.304 0.024 0.104
#> SRR490459 1 0.7272 0.7166 0.568 0.304 0.024 0.104
#> SRR490460 1 0.7691 0.7148 0.552 0.296 0.044 0.108
#> SRR490461 1 0.7691 0.7148 0.552 0.296 0.044 0.108
#> SRR490462 1 0.7691 0.7148 0.552 0.296 0.044 0.108
#> SRR490463 1 0.7691 0.7148 0.552 0.296 0.044 0.108
#> SRR490464 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.5955 -0.0238 0.412 0.552 0.004 0.032
#> SRR490469 2 0.5955 -0.0238 0.412 0.552 0.004 0.032
#> SRR490470 2 0.5955 -0.0238 0.412 0.552 0.004 0.032
#> SRR490471 2 0.5955 -0.0238 0.412 0.552 0.004 0.032
#> SRR490472 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9044 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490481 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490482 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490483 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490484 2 0.5407 -0.2270 0.484 0.504 0.000 0.012
#> SRR490485 2 0.5407 -0.2270 0.484 0.504 0.000 0.012
#> SRR490486 2 0.5407 -0.2270 0.484 0.504 0.000 0.012
#> SRR490487 2 0.5407 -0.2270 0.484 0.504 0.000 0.012
#> SRR490488 2 0.5402 -0.1790 0.472 0.516 0.000 0.012
#> SRR490489 2 0.5402 -0.1790 0.472 0.516 0.000 0.012
#> SRR490490 2 0.5402 -0.1790 0.472 0.516 0.000 0.012
#> SRR490491 2 0.5402 -0.1790 0.472 0.516 0.000 0.012
#> SRR490492 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490493 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490494 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490495 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490496 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490497 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490498 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490499 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490500 1 0.5628 0.5080 0.556 0.420 0.000 0.024
#> SRR490501 1 0.5628 0.5080 0.556 0.420 0.000 0.024
#> SRR490502 1 0.5628 0.5080 0.556 0.420 0.000 0.024
#> SRR490503 1 0.5628 0.5080 0.556 0.420 0.000 0.024
#> SRR490504 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.2814 0.6285 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.2814 0.6285 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.2814 0.6285 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.2814 0.6285 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.5174 0.2362 0.368 0.620 0.000 0.012
#> SRR490513 2 0.5174 0.2362 0.368 0.620 0.000 0.012
#> SRR490514 2 0.5174 0.2362 0.368 0.620 0.000 0.012
#> SRR490515 2 0.5174 0.2362 0.368 0.620 0.000 0.012
#> SRR490516 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490517 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490518 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490519 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490520 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490521 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490522 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490523 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490524 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490525 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490526 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490527 2 0.5231 0.2049 0.384 0.604 0.000 0.012
#> SRR490528 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490529 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490530 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490531 2 0.5217 0.2099 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR490532 4 0.7091 0.8710 0.208 0.000 0.224 0.568
#> SRR490533 4 0.7091 0.8710 0.208 0.000 0.224 0.568
#> SRR490534 4 0.7091 0.8710 0.208 0.000 0.224 0.568
#> SRR490535 4 0.7091 0.8710 0.208 0.000 0.224 0.568
#> SRR490536 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0336 0.6638 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.1824 0.6191 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490541 2 0.1824 0.6191 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490542 2 0.1824 0.6191 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490543 2 0.1824 0.6191 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490544 2 0.0779 0.6674 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR490545 2 0.0779 0.6674 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR490546 2 0.0779 0.6674 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR490547 2 0.0779 0.6674 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR490548 2 0.4214 0.5564 0.204 0.780 0.000 0.016
#> SRR490549 2 0.4214 0.5564 0.204 0.780 0.000 0.016
#> SRR490550 2 0.4214 0.5564 0.204 0.780 0.000 0.016
#> SRR490551 2 0.4214 0.5564 0.204 0.780 0.000 0.016
#> SRR490552 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.2334 0.6624 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490557 2 0.2334 0.6624 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490558 2 0.2334 0.6624 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490559 2 0.2334 0.6624 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490560 2 0.2197 0.6656 0.080 0.916 0.000 0.004
#> SRR490561 2 0.2197 0.6656 0.080 0.916 0.000 0.004
#> SRR490562 2 0.2197 0.6656 0.080 0.916 0.000 0.004
#> SRR490563 2 0.2197 0.6656 0.080 0.916 0.000 0.004
#> SRR490564 1 0.6661 0.5336 0.524 0.396 0.004 0.076
#> SRR490565 1 0.6661 0.5336 0.524 0.396 0.004 0.076
#> SRR490566 1 0.6661 0.5336 0.524 0.396 0.004 0.076
#> SRR490567 1 0.6661 0.5336 0.524 0.396 0.004 0.076
#> SRR490568 2 0.2412 0.5895 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR490569 2 0.2412 0.5895 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR490570 2 0.2412 0.5895 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR490571 2 0.2412 0.5895 0.084 0.908 0.000 0.008
#> SRR490572 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0707 0.6722 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.2676 0.6577 0.092 0.896 0.000 0.012
#> SRR490581 2 0.2676 0.6577 0.092 0.896 0.000 0.012
#> SRR490582 2 0.2676 0.6577 0.092 0.896 0.000 0.012
#> SRR490583 2 0.2676 0.6577 0.092 0.896 0.000 0.012
#> SRR490584 2 0.0592 0.6718 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0592 0.6718 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0592 0.6718 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0592 0.6718 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.2334 0.6627 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490589 2 0.2334 0.6627 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490590 2 0.2334 0.6627 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490591 2 0.2334 0.6627 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR490592 2 0.0817 0.6702 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0817 0.6702 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0817 0.6702 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0817 0.6702 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490596 1 0.7394 0.6734 0.548 0.304 0.016 0.132
#> SRR490597 1 0.7394 0.6734 0.548 0.304 0.016 0.132
#> SRR490598 1 0.7394 0.6734 0.548 0.304 0.016 0.132
#> SRR490599 1 0.7394 0.6734 0.548 0.304 0.016 0.132
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490217 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490218 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490219 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490220 1 0.7503 0.5802 0.556 0.036 0.076 0.236 0.096
#> SRR490221 1 0.7503 0.5802 0.556 0.036 0.076 0.236 0.096
#> SRR490222 1 0.7503 0.5802 0.556 0.036 0.076 0.236 0.096
#> SRR490223 1 0.7503 0.5802 0.556 0.036 0.076 0.236 0.096
#> SRR490224 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490229 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490230 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490231 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490232 3 0.3475 0.7616 0.012 0.004 0.804 0.000 0.180
#> SRR490233 3 0.3475 0.7616 0.012 0.004 0.804 0.000 0.180
#> SRR490234 3 0.3475 0.7616 0.012 0.004 0.804 0.000 0.180
#> SRR490235 3 0.3475 0.7616 0.012 0.004 0.804 0.000 0.180
#> SRR490236 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490237 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490238 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490239 3 0.0324 0.9329 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490240 1 0.5956 0.6492 0.628 0.016 0.000 0.228 0.128
#> SRR490241 1 0.5956 0.6492 0.628 0.016 0.000 0.228 0.128
#> SRR490242 1 0.5956 0.6492 0.628 0.016 0.000 0.228 0.128
#> SRR490243 1 0.5956 0.6492 0.628 0.016 0.000 0.228 0.128
#> SRR490244 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.5994 0.8947 0.088 0.572 0.016 0.324 0.000
#> SRR490249 2 0.5994 0.8947 0.088 0.572 0.016 0.324 0.000
#> SRR490250 2 0.5994 0.8947 0.088 0.572 0.016 0.324 0.000
#> SRR490251 2 0.5994 0.8947 0.088 0.572 0.016 0.324 0.000
#> SRR490252 4 0.5918 0.0578 0.360 0.024 0.000 0.556 0.060
#> SRR490253 4 0.5918 0.0578 0.360 0.024 0.000 0.556 0.060
#> SRR490254 4 0.5918 0.0578 0.360 0.024 0.000 0.556 0.060
#> SRR490255 4 0.5918 0.0578 0.360 0.024 0.000 0.556 0.060
#> SRR490256 3 0.4240 0.6272 0.024 0.004 0.732 0.000 0.240
#> SRR490257 3 0.4240 0.6272 0.024 0.004 0.732 0.000 0.240
#> SRR490258 3 0.4240 0.6272 0.024 0.004 0.732 0.000 0.240
#> SRR490259 3 0.4240 0.6272 0.024 0.004 0.732 0.000 0.240
#> SRR490260 3 0.2069 0.8791 0.012 0.000 0.912 0.000 0.076
#> SRR490261 3 0.2069 0.8791 0.012 0.000 0.912 0.000 0.076
#> SRR490262 3 0.2069 0.8791 0.012 0.000 0.912 0.000 0.076
#> SRR490263 3 0.2069 0.8791 0.012 0.000 0.912 0.000 0.076
#> SRR490264 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490265 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490266 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490267 3 0.0162 0.9349 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490268 3 0.3391 0.7541 0.012 0.000 0.800 0.000 0.188
#> SRR490269 3 0.3391 0.7541 0.012 0.000 0.800 0.000 0.188
#> SRR490270 3 0.3391 0.7541 0.012 0.000 0.800 0.000 0.188
#> SRR490271 3 0.3391 0.7541 0.012 0.000 0.800 0.000 0.188
#> SRR490272 3 0.1522 0.9070 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> SRR490273 3 0.1522 0.9070 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> SRR490274 3 0.1522 0.9070 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> SRR490275 3 0.1522 0.9070 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> SRR490276 3 0.0880 0.9219 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490277 3 0.0880 0.9219 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490278 3 0.0880 0.9219 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490279 3 0.0880 0.9219 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490280 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 5 0.6538 0.6984 0.088 0.072 0.240 0.000 0.600
#> SRR490289 5 0.6538 0.6984 0.088 0.072 0.240 0.000 0.600
#> SRR490290 5 0.6538 0.6984 0.088 0.072 0.240 0.000 0.600
#> SRR490291 5 0.6538 0.6984 0.088 0.072 0.240 0.000 0.600
#> SRR490292 1 0.5707 0.5290 0.716 0.072 0.008 0.140 0.064
#> SRR490293 1 0.5707 0.5290 0.716 0.072 0.008 0.140 0.064
#> SRR490294 1 0.5707 0.5290 0.716 0.072 0.008 0.140 0.064
#> SRR490295 1 0.5707 0.5290 0.716 0.072 0.008 0.140 0.064
#> SRR490296 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490297 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490298 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490299 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490300 1 0.5191 0.5429 0.740 0.064 0.000 0.140 0.056
#> SRR490301 1 0.5191 0.5429 0.740 0.064 0.000 0.140 0.056
#> SRR490302 1 0.5191 0.5429 0.740 0.064 0.000 0.140 0.056
#> SRR490303 1 0.5191 0.5429 0.740 0.064 0.000 0.140 0.056
#> SRR490304 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490305 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490306 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490307 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490308 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490313 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490314 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490315 2 0.5961 0.8974 0.084 0.572 0.016 0.328 0.000
#> SRR490316 1 0.9175 0.0199 0.400 0.164 0.220 0.104 0.112
#> SRR490317 1 0.9175 0.0199 0.400 0.164 0.220 0.104 0.112
#> SRR490318 1 0.9175 0.0199 0.400 0.164 0.220 0.104 0.112
#> SRR490319 1 0.9175 0.0199 0.400 0.164 0.220 0.104 0.112
#> SRR490320 3 0.4716 0.6733 0.028 0.112 0.772 0.000 0.088
#> SRR490321 3 0.4716 0.6733 0.028 0.112 0.772 0.000 0.088
#> SRR490322 3 0.4716 0.6733 0.028 0.112 0.772 0.000 0.088
#> SRR490323 3 0.4716 0.6733 0.028 0.112 0.772 0.000 0.088
#> SRR490324 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 1 0.5707 0.6058 0.616 0.048 0.004 0.308 0.024
#> SRR490329 1 0.5707 0.6058 0.616 0.048 0.004 0.308 0.024
#> SRR490330 1 0.5707 0.6058 0.616 0.048 0.004 0.308 0.024
#> SRR490331 1 0.5707 0.6058 0.616 0.048 0.004 0.308 0.024
#> SRR490332 1 0.4335 0.6382 0.708 0.004 0.000 0.268 0.020
#> SRR490333 1 0.4335 0.6382 0.708 0.004 0.000 0.268 0.020
#> SRR490334 1 0.4335 0.6382 0.708 0.004 0.000 0.268 0.020
#> SRR490335 1 0.4335 0.6382 0.708 0.004 0.000 0.268 0.020
#> SRR490336 1 0.4657 0.4822 0.604 0.008 0.000 0.380 0.008
#> SRR490337 1 0.4657 0.4822 0.604 0.008 0.000 0.380 0.008
#> SRR490338 1 0.4657 0.4822 0.604 0.008 0.000 0.380 0.008
#> SRR490339 1 0.4657 0.4822 0.604 0.008 0.000 0.380 0.008
#> SRR490340 1 0.5284 0.5399 0.740 0.056 0.004 0.140 0.060
#> SRR490341 1 0.5284 0.5399 0.740 0.056 0.004 0.140 0.060
#> SRR490342 1 0.5284 0.5399 0.740 0.056 0.004 0.140 0.060
#> SRR490343 1 0.5284 0.5399 0.740 0.056 0.004 0.140 0.060
#> SRR490344 2 0.6884 0.6029 0.228 0.416 0.008 0.348 0.000
#> SRR490345 2 0.6884 0.6029 0.228 0.416 0.008 0.348 0.000
#> SRR490346 2 0.6884 0.6029 0.228 0.416 0.008 0.348 0.000
#> SRR490347 2 0.6884 0.6029 0.228 0.416 0.008 0.348 0.000
#> SRR490348 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490349 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490350 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490351 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490352 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490353 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490354 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490355 4 0.0162 0.6652 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490356 1 0.6846 0.2615 0.456 0.152 0.000 0.368 0.024
#> SRR490357 1 0.6846 0.2615 0.456 0.152 0.000 0.368 0.024
#> SRR490358 1 0.6846 0.2615 0.456 0.152 0.000 0.368 0.024
#> SRR490359 1 0.6846 0.2615 0.456 0.152 0.000 0.368 0.024
#> SRR490360 4 0.4293 0.4746 0.160 0.064 0.000 0.772 0.004
#> SRR490361 4 0.4293 0.4746 0.160 0.064 0.000 0.772 0.004
#> SRR490362 4 0.4293 0.4746 0.160 0.064 0.000 0.772 0.004
#> SRR490363 4 0.4293 0.4746 0.160 0.064 0.000 0.772 0.004
#> SRR490364 1 0.6168 0.4664 0.512 0.068 0.000 0.392 0.028
#> SRR490365 1 0.6168 0.4664 0.512 0.068 0.000 0.392 0.028
#> SRR490366 1 0.6168 0.4664 0.512 0.068 0.000 0.392 0.028
#> SRR490367 1 0.6168 0.4664 0.512 0.068 0.000 0.392 0.028
#> SRR490368 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490369 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490370 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490371 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490372 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 4 0.6398 -0.1810 0.176 0.272 0.008 0.544 0.000
#> SRR490377 4 0.6398 -0.1810 0.176 0.272 0.008 0.544 0.000
#> SRR490378 4 0.6398 -0.1810 0.176 0.272 0.008 0.544 0.000
#> SRR490379 4 0.6398 -0.1810 0.176 0.272 0.008 0.544 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 4 0.0693 0.6753 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR490385 4 0.0693 0.6753 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR490386 4 0.0693 0.6753 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR490387 4 0.0693 0.6753 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR490388 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490389 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490390 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490391 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490392 4 0.1728 0.6764 0.036 0.020 0.000 0.940 0.004
#> SRR490393 4 0.1728 0.6764 0.036 0.020 0.000 0.940 0.004
#> SRR490394 4 0.1728 0.6764 0.036 0.020 0.000 0.940 0.004
#> SRR490395 4 0.1728 0.6764 0.036 0.020 0.000 0.940 0.004
#> SRR490396 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490397 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490398 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490399 4 0.2866 0.6660 0.100 0.024 0.000 0.872 0.004
#> SRR490400 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490401 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490402 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490403 4 0.2037 0.6834 0.064 0.012 0.000 0.920 0.004
#> SRR490404 1 0.6944 0.2506 0.448 0.156 0.000 0.368 0.028
#> SRR490405 1 0.6944 0.2506 0.448 0.156 0.000 0.368 0.028
#> SRR490406 1 0.6944 0.2506 0.448 0.156 0.000 0.368 0.028
#> SRR490407 1 0.6944 0.2506 0.448 0.156 0.000 0.368 0.028
#> SRR490408 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490409 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490410 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490411 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.6023 0.6411 0.616 0.012 0.000 0.224 0.148
#> SRR490417 1 0.6023 0.6411 0.616 0.012 0.000 0.224 0.148
#> SRR490418 1 0.6023 0.6411 0.616 0.012 0.000 0.224 0.148
#> SRR490419 1 0.6023 0.6411 0.616 0.012 0.000 0.224 0.148
#> SRR490420 1 0.7703 0.2386 0.476 0.020 0.088 0.100 0.316
#> SRR490421 1 0.7703 0.2386 0.476 0.020 0.088 0.100 0.316
#> SRR490422 1 0.7703 0.2386 0.476 0.020 0.088 0.100 0.316
#> SRR490423 1 0.7703 0.2386 0.476 0.020 0.088 0.100 0.316
#> SRR490424 3 0.1518 0.9074 0.004 0.004 0.944 0.000 0.048
#> SRR490425 3 0.1518 0.9074 0.004 0.004 0.944 0.000 0.048
#> SRR490426 3 0.1518 0.9074 0.004 0.004 0.944 0.000 0.048
#> SRR490427 3 0.1518 0.9074 0.004 0.004 0.944 0.000 0.048
#> SRR490428 5 0.3566 0.6981 0.080 0.020 0.052 0.000 0.848
#> SRR490429 5 0.3566 0.6981 0.080 0.020 0.052 0.000 0.848
#> SRR490430 5 0.3566 0.6981 0.080 0.020 0.052 0.000 0.848
#> SRR490431 5 0.3566 0.6981 0.080 0.020 0.052 0.000 0.848
#> SRR490432 1 0.5887 0.6444 0.632 0.012 0.000 0.220 0.136
#> SRR490433 1 0.5887 0.6444 0.632 0.012 0.000 0.220 0.136
#> SRR490434 1 0.5887 0.6444 0.632 0.012 0.000 0.220 0.136
#> SRR490435 1 0.5887 0.6444 0.632 0.012 0.000 0.220 0.136
#> SRR490436 1 0.5589 0.6549 0.648 0.012 0.000 0.248 0.092
#> SRR490437 1 0.5589 0.6549 0.648 0.012 0.000 0.248 0.092
#> SRR490438 1 0.5589 0.6549 0.648 0.012 0.000 0.248 0.092
#> SRR490439 1 0.5589 0.6549 0.648 0.012 0.000 0.248 0.092
#> SRR490440 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490441 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490442 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490443 4 0.0963 0.6830 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR490444 4 0.2648 0.6244 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR490445 4 0.2648 0.6244 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR490446 4 0.2648 0.6244 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR490447 4 0.2648 0.6244 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR490448 1 0.7627 0.2474 0.480 0.020 0.080 0.100 0.320
#> SRR490449 1 0.7627 0.2474 0.480 0.020 0.080 0.100 0.320
#> SRR490450 1 0.7627 0.2474 0.480 0.020 0.080 0.100 0.320
#> SRR490451 1 0.7627 0.2474 0.480 0.020 0.080 0.100 0.320
#> SRR490452 5 0.6322 0.3749 0.044 0.056 0.444 0.000 0.456
#> SRR490453 5 0.6322 0.3749 0.044 0.056 0.444 0.000 0.456
#> SRR490454 5 0.6322 0.3749 0.044 0.056 0.444 0.000 0.456
#> SRR490455 5 0.6322 0.3749 0.044 0.056 0.444 0.000 0.456
#> SRR490456 1 0.5939 0.6467 0.624 0.012 0.000 0.228 0.136
#> SRR490457 1 0.5939 0.6467 0.624 0.012 0.000 0.228 0.136
#> SRR490458 1 0.5939 0.6467 0.624 0.012 0.000 0.228 0.136
#> SRR490459 1 0.5939 0.6467 0.624 0.012 0.000 0.228 0.136
#> SRR490460 1 0.6323 0.6353 0.604 0.012 0.008 0.224 0.152
#> SRR490461 1 0.6323 0.6353 0.604 0.012 0.008 0.224 0.152
#> SRR490462 1 0.6323 0.6353 0.604 0.012 0.008 0.224 0.152
#> SRR490463 1 0.6323 0.6353 0.604 0.012 0.008 0.224 0.152
#> SRR490464 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.5289 -0.0479 0.448 0.008 0.000 0.512 0.032
#> SRR490469 4 0.5289 -0.0479 0.448 0.008 0.000 0.512 0.032
#> SRR490470 4 0.5289 -0.0479 0.448 0.008 0.000 0.512 0.032
#> SRR490471 4 0.5289 -0.0479 0.448 0.008 0.000 0.512 0.032
#> SRR490472 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490473 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490474 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490475 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9365 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490481 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490482 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490483 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490484 1 0.4637 0.3949 0.568 0.004 0.000 0.420 0.008
#> SRR490485 1 0.4637 0.3949 0.568 0.004 0.000 0.420 0.008
#> SRR490486 1 0.4637 0.3949 0.568 0.004 0.000 0.420 0.008
#> SRR490487 1 0.4637 0.3949 0.568 0.004 0.000 0.420 0.008
#> SRR490488 1 0.4670 0.3338 0.548 0.004 0.000 0.440 0.008
#> SRR490489 1 0.4670 0.3338 0.548 0.004 0.000 0.440 0.008
#> SRR490490 1 0.4670 0.3338 0.548 0.004 0.000 0.440 0.008
#> SRR490491 1 0.4670 0.3338 0.548 0.004 0.000 0.440 0.008
#> SRR490492 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490493 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490494 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490495 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490496 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490497 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490498 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490499 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490500 1 0.5007 0.6042 0.640 0.024 0.000 0.320 0.016
#> SRR490501 1 0.5007 0.6042 0.640 0.024 0.000 0.320 0.016
#> SRR490502 1 0.5007 0.6042 0.640 0.024 0.000 0.320 0.016
#> SRR490503 1 0.5007 0.6042 0.640 0.024 0.000 0.320 0.016
#> SRR490504 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490505 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490506 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490507 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490508 4 0.2732 0.6338 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR490509 4 0.2732 0.6338 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR490510 4 0.2732 0.6338 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR490511 4 0.2732 0.6338 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR490512 4 0.4630 0.2003 0.416 0.004 0.000 0.572 0.008
#> SRR490513 4 0.4630 0.2003 0.416 0.004 0.000 0.572 0.008
#> SRR490514 4 0.4630 0.2003 0.416 0.004 0.000 0.572 0.008
#> SRR490515 4 0.4630 0.2003 0.416 0.004 0.000 0.572 0.008
#> SRR490516 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490517 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490518 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490519 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490520 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490521 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490522 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490523 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490524 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490525 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490526 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490527 4 0.4651 0.1871 0.428 0.004 0.000 0.560 0.008
#> SRR490528 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490529 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490530 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490531 4 0.4645 0.1913 0.424 0.004 0.000 0.564 0.008
#> SRR490532 5 0.6425 0.6463 0.072 0.304 0.056 0.000 0.568
#> SRR490533 5 0.6425 0.6463 0.072 0.304 0.056 0.000 0.568
#> SRR490534 5 0.6425 0.6463 0.072 0.304 0.056 0.000 0.568
#> SRR490535 5 0.6425 0.6463 0.072 0.304 0.056 0.000 0.568
#> SRR490536 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490537 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490538 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490539 4 0.0162 0.6689 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490540 4 0.2125 0.5366 0.052 0.024 0.000 0.920 0.004
#> SRR490541 4 0.2125 0.5366 0.052 0.024 0.000 0.920 0.004
#> SRR490542 4 0.2125 0.5366 0.052 0.024 0.000 0.920 0.004
#> SRR490543 4 0.2125 0.5366 0.052 0.024 0.000 0.920 0.004
#> SRR490544 4 0.0566 0.6743 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR490545 4 0.0566 0.6743 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR490546 4 0.0566 0.6743 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR490547 4 0.0566 0.6743 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR490548 4 0.4305 0.5556 0.216 0.036 0.000 0.744 0.004
#> SRR490549 4 0.4305 0.5556 0.216 0.036 0.000 0.744 0.004
#> SRR490550 4 0.4305 0.5556 0.216 0.036 0.000 0.744 0.004
#> SRR490551 4 0.4305 0.5556 0.216 0.036 0.000 0.744 0.004
#> SRR490552 4 0.0880 0.6859 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490553 4 0.0880 0.6859 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490554 4 0.0880 0.6859 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490555 4 0.0880 0.6859 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490556 4 0.2408 0.6788 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490557 4 0.2408 0.6788 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490558 4 0.2408 0.6788 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490559 4 0.2408 0.6788 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490560 4 0.2295 0.6825 0.088 0.008 0.000 0.900 0.004
#> SRR490561 4 0.2295 0.6825 0.088 0.008 0.000 0.900 0.004
#> SRR490562 4 0.2295 0.6825 0.088 0.008 0.000 0.900 0.004
#> SRR490563 4 0.2295 0.6825 0.088 0.008 0.000 0.900 0.004
#> SRR490564 1 0.6187 0.5746 0.588 0.096 0.000 0.288 0.028
#> SRR490565 1 0.6187 0.5746 0.588 0.096 0.000 0.288 0.028
#> SRR490566 1 0.6187 0.5746 0.588 0.096 0.000 0.288 0.028
#> SRR490567 1 0.6187 0.5746 0.588 0.096 0.000 0.288 0.028
#> SRR490568 4 0.2835 0.4510 0.080 0.036 0.000 0.880 0.004
#> SRR490569 4 0.2835 0.4510 0.080 0.036 0.000 0.880 0.004
#> SRR490570 4 0.2835 0.4510 0.080 0.036 0.000 0.880 0.004
#> SRR490571 4 0.2835 0.4510 0.080 0.036 0.000 0.880 0.004
#> SRR490572 4 0.0880 0.6837 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490573 4 0.0880 0.6837 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490574 4 0.0880 0.6837 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490575 4 0.0880 0.6837 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490576 4 0.0794 0.6832 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490577 4 0.0794 0.6832 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490578 4 0.0794 0.6832 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490579 4 0.0794 0.6832 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR490580 4 0.2720 0.6699 0.096 0.020 0.000 0.880 0.004
#> SRR490581 4 0.2720 0.6699 0.096 0.020 0.000 0.880 0.004
#> SRR490582 4 0.2720 0.6699 0.096 0.020 0.000 0.880 0.004
#> SRR490583 4 0.2720 0.6699 0.096 0.020 0.000 0.880 0.004
#> SRR490584 4 0.0703 0.6830 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490585 4 0.0703 0.6830 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490586 4 0.0703 0.6830 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490587 4 0.0703 0.6830 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490588 4 0.2408 0.6802 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490589 4 0.2408 0.6802 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490590 4 0.2408 0.6802 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490591 4 0.2408 0.6802 0.096 0.008 0.000 0.892 0.004
#> SRR490592 4 0.0671 0.6786 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490593 4 0.0671 0.6786 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490594 4 0.0671 0.6786 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490595 4 0.0671 0.6786 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490596 1 0.6344 0.5357 0.648 0.084 0.000 0.164 0.104
#> SRR490597 1 0.6344 0.5357 0.648 0.084 0.000 0.164 0.104
#> SRR490598 1 0.6344 0.5357 0.648 0.084 0.000 0.164 0.104
#> SRR490599 1 0.6344 0.5357 0.648 0.084 0.000 0.164 0.104
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490217 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490218 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490219 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490220 2 0.7814 0.00998 0.144 0.492 0.072 0.212 0.028 0.052
#> SRR490221 2 0.7814 0.00998 0.144 0.492 0.072 0.212 0.028 0.052
#> SRR490222 2 0.7814 0.00998 0.144 0.492 0.072 0.212 0.028 0.052
#> SRR490223 2 0.7814 0.00998 0.144 0.492 0.072 0.212 0.028 0.052
#> SRR490224 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490229 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490230 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490231 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490232 3 0.4063 0.74615 0.184 0.000 0.760 0.004 0.016 0.036
#> SRR490233 3 0.4063 0.74615 0.184 0.000 0.760 0.004 0.016 0.036
#> SRR490234 3 0.4063 0.74615 0.184 0.000 0.760 0.004 0.016 0.036
#> SRR490235 3 0.4063 0.74615 0.184 0.000 0.760 0.004 0.016 0.036
#> SRR490236 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490237 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490238 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490239 3 0.0291 0.90292 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR490240 2 0.6015 0.09612 0.188 0.576 0.000 0.208 0.012 0.016
#> SRR490241 2 0.6015 0.09612 0.188 0.576 0.000 0.208 0.012 0.016
#> SRR490242 2 0.6015 0.09612 0.188 0.576 0.000 0.208 0.012 0.016
#> SRR490243 2 0.6015 0.09612 0.188 0.576 0.000 0.208 0.012 0.016
#> SRR490244 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.3383 0.83756 0.004 0.148 0.000 0.032 0.004 0.812
#> SRR490249 6 0.3383 0.83756 0.004 0.148 0.000 0.032 0.004 0.812
#> SRR490250 6 0.3383 0.83756 0.004 0.148 0.000 0.032 0.004 0.812
#> SRR490251 6 0.3383 0.83756 0.004 0.148 0.000 0.032 0.004 0.812
#> SRR490252 2 0.5848 0.25444 0.080 0.604 0.000 0.264 0.028 0.024
#> SRR490253 2 0.5848 0.25444 0.080 0.604 0.000 0.264 0.028 0.024
#> SRR490254 2 0.5848 0.25444 0.080 0.604 0.000 0.264 0.028 0.024
#> SRR490255 2 0.5848 0.25444 0.080 0.604 0.000 0.264 0.028 0.024
#> SRR490256 3 0.4753 0.65221 0.240 0.000 0.688 0.004 0.032 0.036
#> SRR490257 3 0.4753 0.65221 0.240 0.000 0.688 0.004 0.032 0.036
#> SRR490258 3 0.4753 0.65221 0.240 0.000 0.688 0.004 0.032 0.036
#> SRR490259 3 0.4753 0.65221 0.240 0.000 0.688 0.004 0.032 0.036
#> SRR490260 3 0.2405 0.85243 0.080 0.000 0.892 0.004 0.008 0.016
#> SRR490261 3 0.2405 0.85243 0.080 0.000 0.892 0.004 0.008 0.016
#> SRR490262 3 0.2405 0.85243 0.080 0.000 0.892 0.004 0.008 0.016
#> SRR490263 3 0.2405 0.85243 0.080 0.000 0.892 0.004 0.008 0.016
#> SRR490264 3 0.0146 0.90441 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0146 0.90441 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0146 0.90441 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0146 0.90441 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 3 0.4066 0.73739 0.196 0.000 0.752 0.004 0.012 0.036
#> SRR490269 3 0.4066 0.73739 0.196 0.000 0.752 0.004 0.012 0.036
#> SRR490270 3 0.4066 0.73739 0.196 0.000 0.752 0.004 0.012 0.036
#> SRR490271 3 0.4066 0.73739 0.196 0.000 0.752 0.004 0.012 0.036
#> SRR490272 3 0.1542 0.88105 0.052 0.000 0.936 0.004 0.000 0.008
#> SRR490273 3 0.1542 0.88105 0.052 0.000 0.936 0.004 0.000 0.008
#> SRR490274 3 0.1542 0.88105 0.052 0.000 0.936 0.004 0.000 0.008
#> SRR490275 3 0.1542 0.88105 0.052 0.000 0.936 0.004 0.000 0.008
#> SRR490276 3 0.0935 0.89343 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR490277 3 0.0935 0.89343 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR490278 3 0.0935 0.89343 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR490279 3 0.0935 0.89343 0.032 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR490280 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.4637 -0.11865 0.780 0.036 0.104 0.012 0.040 0.028
#> SRR490289 1 0.4637 -0.11865 0.780 0.036 0.104 0.012 0.040 0.028
#> SRR490290 1 0.4637 -0.11865 0.780 0.036 0.104 0.012 0.040 0.028
#> SRR490291 1 0.4637 -0.11865 0.780 0.036 0.104 0.012 0.040 0.028
#> SRR490292 2 0.7494 -0.23320 0.060 0.384 0.004 0.364 0.144 0.044
#> SRR490293 2 0.7494 -0.23320 0.060 0.384 0.004 0.364 0.144 0.044
#> SRR490294 2 0.7494 -0.23320 0.060 0.384 0.004 0.364 0.144 0.044
#> SRR490295 2 0.7494 -0.23320 0.060 0.384 0.004 0.364 0.144 0.044
#> SRR490296 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490300 2 0.6860 -0.20310 0.032 0.424 0.000 0.380 0.124 0.040
#> SRR490301 2 0.6860 -0.20310 0.032 0.424 0.000 0.380 0.124 0.040
#> SRR490302 2 0.6860 -0.20310 0.032 0.424 0.000 0.380 0.124 0.040
#> SRR490303 2 0.6860 -0.20310 0.032 0.424 0.000 0.380 0.124 0.040
#> SRR490304 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490313 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490314 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490315 6 0.2988 0.84027 0.000 0.144 0.000 0.028 0.000 0.828
#> SRR490316 2 0.9697 -0.50310 0.220 0.248 0.124 0.188 0.112 0.108
#> SRR490317 2 0.9697 -0.50310 0.220 0.248 0.124 0.188 0.112 0.108
#> SRR490318 2 0.9697 -0.50310 0.220 0.248 0.124 0.188 0.112 0.108
#> SRR490319 2 0.9697 -0.50310 0.220 0.248 0.124 0.188 0.112 0.108
#> SRR490320 3 0.6447 0.40135 0.216 0.000 0.576 0.012 0.084 0.112
#> SRR490321 3 0.6447 0.40135 0.216 0.000 0.576 0.012 0.084 0.112
#> SRR490322 3 0.6447 0.40135 0.216 0.000 0.576 0.012 0.084 0.112
#> SRR490323 3 0.6447 0.40135 0.216 0.000 0.576 0.012 0.084 0.112
#> SRR490324 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.4987 0.31403 0.040 0.708 0.004 0.200 0.016 0.032
#> SRR490329 2 0.4987 0.31403 0.040 0.708 0.004 0.200 0.016 0.032
#> SRR490330 2 0.4987 0.31403 0.040 0.708 0.004 0.200 0.016 0.032
#> SRR490331 2 0.4987 0.31403 0.040 0.708 0.004 0.200 0.016 0.032
#> SRR490332 2 0.4428 0.26375 0.036 0.688 0.000 0.260 0.000 0.016
#> SRR490333 2 0.4428 0.26375 0.036 0.688 0.000 0.260 0.000 0.016
#> SRR490334 2 0.4428 0.26375 0.036 0.688 0.000 0.260 0.000 0.016
#> SRR490335 2 0.4428 0.26375 0.036 0.688 0.000 0.260 0.000 0.016
#> SRR490336 2 0.3178 0.40531 0.004 0.804 0.000 0.176 0.000 0.016
#> SRR490337 2 0.3178 0.40531 0.004 0.804 0.000 0.176 0.000 0.016
#> SRR490338 2 0.3178 0.40531 0.004 0.804 0.000 0.176 0.000 0.016
#> SRR490339 2 0.3178 0.40531 0.004 0.804 0.000 0.176 0.000 0.016
#> SRR490340 2 0.6882 -0.18919 0.044 0.420 0.000 0.392 0.104 0.040
#> SRR490341 2 0.6882 -0.18919 0.044 0.420 0.000 0.392 0.104 0.040
#> SRR490342 2 0.6882 -0.18919 0.044 0.420 0.000 0.392 0.104 0.040
#> SRR490343 2 0.6882 -0.18919 0.044 0.420 0.000 0.392 0.104 0.040
#> SRR490344 6 0.5463 0.58975 0.012 0.308 0.000 0.096 0.004 0.580
#> SRR490345 6 0.5463 0.58975 0.012 0.308 0.000 0.096 0.004 0.580
#> SRR490346 6 0.5463 0.58975 0.012 0.308 0.000 0.096 0.004 0.580
#> SRR490347 6 0.5463 0.58975 0.012 0.308 0.000 0.096 0.004 0.580
#> SRR490348 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490349 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490350 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490351 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490352 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490354 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490355 2 0.3989 -0.64107 0.000 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR490356 2 0.7285 0.02505 0.032 0.456 0.000 0.256 0.060 0.196
#> SRR490357 2 0.7285 0.02505 0.032 0.456 0.000 0.256 0.060 0.196
#> SRR490358 2 0.7285 0.02505 0.032 0.456 0.000 0.256 0.060 0.196
#> SRR490359 2 0.7285 0.02505 0.032 0.456 0.000 0.256 0.060 0.196
#> SRR490360 2 0.5419 -0.42548 0.004 0.484 0.000 0.428 0.008 0.076
#> SRR490361 2 0.5419 -0.42548 0.004 0.484 0.000 0.428 0.008 0.076
#> SRR490362 2 0.5419 -0.42548 0.004 0.484 0.000 0.428 0.008 0.076
#> SRR490363 2 0.5419 -0.42548 0.004 0.484 0.000 0.428 0.008 0.076
#> SRR490364 2 0.6234 0.31479 0.020 0.544 0.000 0.312 0.056 0.068
#> SRR490365 2 0.6234 0.31479 0.020 0.544 0.000 0.312 0.056 0.068
#> SRR490366 2 0.6234 0.31479 0.020 0.544 0.000 0.312 0.056 0.068
#> SRR490367 2 0.6234 0.31479 0.020 0.544 0.000 0.312 0.056 0.068
#> SRR490368 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490369 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490370 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490371 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490372 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.5977 0.03835 0.004 0.456 0.000 0.204 0.000 0.336
#> SRR490377 2 0.5977 0.03835 0.004 0.456 0.000 0.204 0.000 0.336
#> SRR490378 2 0.5977 0.03835 0.004 0.456 0.000 0.204 0.000 0.336
#> SRR490379 2 0.5977 0.03835 0.004 0.456 0.000 0.204 0.000 0.336
#> SRR490380 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.4080 -0.60909 0.000 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR490385 2 0.4080 -0.60909 0.000 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR490386 2 0.4080 -0.60909 0.000 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR490387 2 0.4080 -0.60909 0.000 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR490388 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490389 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490390 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490391 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490392 2 0.4588 -0.54505 0.000 0.548 0.000 0.420 0.008 0.024
#> SRR490393 2 0.4588 -0.54505 0.000 0.548 0.000 0.420 0.008 0.024
#> SRR490394 2 0.4588 -0.54505 0.000 0.548 0.000 0.420 0.008 0.024
#> SRR490395 2 0.4588 -0.54505 0.000 0.548 0.000 0.420 0.008 0.024
#> SRR490396 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490397 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490398 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490399 2 0.4589 -0.40287 0.000 0.580 0.000 0.384 0.008 0.028
#> SRR490400 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490401 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490402 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490403 2 0.4419 -0.49103 0.000 0.568 0.000 0.408 0.008 0.016
#> SRR490404 2 0.7348 0.01873 0.036 0.452 0.000 0.252 0.060 0.200
#> SRR490405 2 0.7348 0.01873 0.036 0.452 0.000 0.252 0.060 0.200
#> SRR490406 2 0.7348 0.01873 0.036 0.452 0.000 0.252 0.060 0.200
#> SRR490407 2 0.7348 0.01873 0.036 0.452 0.000 0.252 0.060 0.200
#> SRR490408 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 2 0.6064 0.07019 0.208 0.568 0.000 0.196 0.012 0.016
#> SRR490417 2 0.6064 0.07019 0.208 0.568 0.000 0.196 0.012 0.016
#> SRR490418 2 0.6064 0.07019 0.208 0.568 0.000 0.196 0.012 0.016
#> SRR490419 2 0.6064 0.07019 0.208 0.568 0.000 0.196 0.012 0.016
#> SRR490420 1 0.8476 0.49437 0.320 0.304 0.080 0.200 0.080 0.016
#> SRR490421 1 0.8476 0.49437 0.320 0.304 0.080 0.200 0.080 0.016
#> SRR490422 1 0.8476 0.49437 0.320 0.304 0.080 0.200 0.080 0.016
#> SRR490423 1 0.8476 0.49437 0.320 0.304 0.080 0.200 0.080 0.016
#> SRR490424 3 0.1933 0.87133 0.032 0.000 0.920 0.004 0.000 0.044
#> SRR490425 3 0.1933 0.87133 0.032 0.000 0.920 0.004 0.000 0.044
#> SRR490426 3 0.1933 0.87133 0.032 0.000 0.920 0.004 0.000 0.044
#> SRR490427 3 0.1933 0.87133 0.032 0.000 0.920 0.004 0.000 0.044
#> SRR490428 1 0.4631 -0.30166 0.720 0.036 0.012 0.008 0.212 0.012
#> SRR490429 1 0.4631 -0.30166 0.720 0.036 0.012 0.008 0.212 0.012
#> SRR490430 1 0.4631 -0.30166 0.720 0.036 0.012 0.008 0.212 0.012
#> SRR490431 1 0.4631 -0.30166 0.720 0.036 0.012 0.008 0.212 0.012
#> SRR490432 2 0.6041 0.07549 0.196 0.572 0.000 0.204 0.012 0.016
#> SRR490433 2 0.6041 0.07549 0.196 0.572 0.000 0.204 0.012 0.016
#> SRR490434 2 0.6041 0.07549 0.196 0.572 0.000 0.204 0.012 0.016
#> SRR490435 2 0.6041 0.07549 0.196 0.572 0.000 0.204 0.012 0.016
#> SRR490436 2 0.5852 0.17251 0.124 0.604 0.000 0.236 0.016 0.020
#> SRR490437 2 0.5852 0.17251 0.124 0.604 0.000 0.236 0.016 0.020
#> SRR490438 2 0.5852 0.17251 0.124 0.604 0.000 0.236 0.016 0.020
#> SRR490439 2 0.5852 0.17251 0.124 0.604 0.000 0.236 0.016 0.020
#> SRR490440 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.3789 -0.54038 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.4033 -0.30880 0.004 0.588 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490445 2 0.4033 -0.30880 0.004 0.588 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490446 2 0.4033 -0.30880 0.004 0.588 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490447 2 0.4033 -0.30880 0.004 0.588 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490448 1 0.8453 0.49351 0.320 0.304 0.072 0.204 0.084 0.016
#> SRR490449 1 0.8453 0.49351 0.320 0.304 0.072 0.204 0.084 0.016
#> SRR490450 1 0.8453 0.49351 0.320 0.304 0.072 0.204 0.084 0.016
#> SRR490451 1 0.8453 0.49351 0.320 0.304 0.072 0.204 0.084 0.016
#> SRR490452 3 0.7292 -0.13136 0.340 0.016 0.388 0.008 0.200 0.048
#> SRR490453 3 0.7292 -0.13136 0.340 0.016 0.388 0.008 0.200 0.048
#> SRR490454 3 0.7292 -0.13136 0.340 0.016 0.388 0.008 0.200 0.048
#> SRR490455 3 0.7292 -0.13136 0.340 0.016 0.388 0.008 0.200 0.048
#> SRR490456 2 0.5911 0.10185 0.196 0.584 0.000 0.196 0.012 0.012
#> SRR490457 2 0.5911 0.10185 0.196 0.584 0.000 0.196 0.012 0.012
#> SRR490458 2 0.5911 0.10185 0.196 0.584 0.000 0.196 0.012 0.012
#> SRR490459 2 0.5911 0.10185 0.196 0.584 0.000 0.196 0.012 0.012
#> SRR490460 2 0.6149 0.04969 0.208 0.564 0.008 0.200 0.008 0.012
#> SRR490461 2 0.6149 0.04969 0.208 0.564 0.008 0.200 0.008 0.012
#> SRR490462 2 0.6149 0.04969 0.208 0.564 0.008 0.200 0.008 0.012
#> SRR490463 2 0.6149 0.04969 0.208 0.564 0.008 0.200 0.008 0.012
#> SRR490464 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 2 0.2696 0.37231 0.032 0.884 0.000 0.052 0.032 0.000
#> SRR490469 2 0.2696 0.37231 0.032 0.884 0.000 0.052 0.032 0.000
#> SRR490470 2 0.2696 0.37231 0.032 0.884 0.000 0.052 0.032 0.000
#> SRR490471 2 0.2696 0.37231 0.032 0.884 0.000 0.052 0.032 0.000
#> SRR490472 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.90560 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490484 2 0.2768 0.40355 0.000 0.832 0.000 0.156 0.000 0.012
#> SRR490485 2 0.2768 0.40355 0.000 0.832 0.000 0.156 0.000 0.012
#> SRR490486 2 0.2768 0.40355 0.000 0.832 0.000 0.156 0.000 0.012
#> SRR490487 2 0.2768 0.40355 0.000 0.832 0.000 0.156 0.000 0.012
#> SRR490488 2 0.2653 0.39929 0.000 0.844 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490489 2 0.2653 0.39929 0.000 0.844 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490490 2 0.2653 0.39929 0.000 0.844 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490491 2 0.2653 0.39929 0.000 0.844 0.000 0.144 0.000 0.012
#> SRR490492 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490500 2 0.4944 0.33726 0.020 0.684 0.000 0.236 0.040 0.020
#> SRR490501 2 0.4944 0.33726 0.020 0.684 0.000 0.236 0.040 0.020
#> SRR490502 2 0.4944 0.33726 0.020 0.684 0.000 0.236 0.040 0.020
#> SRR490503 2 0.4944 0.33726 0.020 0.684 0.000 0.236 0.040 0.020
#> SRR490504 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.3409 -0.20154 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.3409 -0.20154 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.3409 -0.20154 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.3409 -0.20154 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.1007 0.34541 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.1007 0.34541 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.1007 0.34541 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.1007 0.34541 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.35557 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0146 0.35329 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490532 5 0.4444 1.00000 0.176 0.040 0.036 0.004 0.744 0.000
#> SRR490533 5 0.4444 1.00000 0.176 0.040 0.036 0.004 0.744 0.000
#> SRR490534 5 0.4444 1.00000 0.176 0.040 0.036 0.004 0.744 0.000
#> SRR490535 5 0.4444 1.00000 0.176 0.040 0.036 0.004 0.744 0.000
#> SRR490536 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.3847 -0.62449 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR490540 4 0.4103 0.91925 0.000 0.448 0.000 0.544 0.004 0.004
#> SRR490541 4 0.4103 0.91925 0.000 0.448 0.000 0.544 0.004 0.004
#> SRR490542 4 0.4103 0.91925 0.000 0.448 0.000 0.544 0.004 0.004
#> SRR490543 4 0.4103 0.91925 0.000 0.448 0.000 0.544 0.004 0.004
#> SRR490544 2 0.3982 -0.61587 0.000 0.536 0.000 0.460 0.000 0.004
#> SRR490545 2 0.3982 -0.61587 0.000 0.536 0.000 0.460 0.000 0.004
#> SRR490546 2 0.3982 -0.61587 0.000 0.536 0.000 0.460 0.000 0.004
#> SRR490547 2 0.3982 -0.61587 0.000 0.536 0.000 0.460 0.000 0.004
#> SRR490548 2 0.4778 -0.12602 0.000 0.588 0.000 0.360 0.008 0.044
#> SRR490549 2 0.4778 -0.12602 0.000 0.588 0.000 0.360 0.008 0.044
#> SRR490550 2 0.4778 -0.12602 0.000 0.588 0.000 0.360 0.008 0.044
#> SRR490551 2 0.4778 -0.12602 0.000 0.588 0.000 0.360 0.008 0.044
#> SRR490552 2 0.3817 -0.55653 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.3817 -0.55653 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.3817 -0.55653 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.3817 -0.55653 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.4303 -0.42328 0.000 0.588 0.000 0.392 0.008 0.012
#> SRR490557 2 0.4303 -0.42328 0.000 0.588 0.000 0.392 0.008 0.012
#> SRR490558 2 0.4303 -0.42328 0.000 0.588 0.000 0.392 0.008 0.012
#> SRR490559 2 0.4303 -0.42328 0.000 0.588 0.000 0.392 0.008 0.012
#> SRR490560 2 0.4200 -0.42612 0.000 0.592 0.000 0.392 0.004 0.012
#> SRR490561 2 0.4200 -0.42612 0.000 0.592 0.000 0.392 0.004 0.012
#> SRR490562 2 0.4200 -0.42612 0.000 0.592 0.000 0.392 0.004 0.012
#> SRR490563 2 0.4200 -0.42612 0.000 0.592 0.000 0.392 0.004 0.012
#> SRR490564 2 0.6490 0.24866 0.032 0.564 0.000 0.256 0.056 0.092
#> SRR490565 2 0.6490 0.24866 0.032 0.564 0.000 0.256 0.056 0.092
#> SRR490566 2 0.6490 0.24866 0.032 0.564 0.000 0.256 0.056 0.092
#> SRR490567 2 0.6490 0.24866 0.032 0.564 0.000 0.256 0.056 0.092
#> SRR490568 4 0.4594 0.92338 0.000 0.404 0.000 0.560 0.004 0.032
#> SRR490569 4 0.4594 0.92338 0.000 0.404 0.000 0.560 0.004 0.032
#> SRR490570 4 0.4594 0.92338 0.000 0.404 0.000 0.560 0.004 0.032
#> SRR490571 4 0.4594 0.92338 0.000 0.404 0.000 0.560 0.004 0.032
#> SRR490572 2 0.3810 -0.56679 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.3810 -0.56679 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.3810 -0.56679 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.3810 -0.56679 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.3823 -0.57050 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.3823 -0.57050 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.3823 -0.57050 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.3823 -0.57050 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.4537 -0.42223 0.000 0.576 0.000 0.392 0.008 0.024
#> SRR490581 2 0.4537 -0.42223 0.000 0.576 0.000 0.392 0.008 0.024
#> SRR490582 2 0.4537 -0.42223 0.000 0.576 0.000 0.392 0.008 0.024
#> SRR490583 2 0.4537 -0.42223 0.000 0.576 0.000 0.392 0.008 0.024
#> SRR490584 2 0.3828 -0.57312 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.3828 -0.57312 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.3828 -0.57312 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.3828 -0.57312 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.4284 -0.41592 0.000 0.596 0.000 0.384 0.008 0.012
#> SRR490589 2 0.4284 -0.41592 0.000 0.596 0.000 0.384 0.008 0.012
#> SRR490590 2 0.4284 -0.41592 0.000 0.596 0.000 0.384 0.008 0.012
#> SRR490591 2 0.4284 -0.41592 0.000 0.596 0.000 0.384 0.008 0.012
#> SRR490592 2 0.3975 -0.59497 0.000 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR490593 2 0.3975 -0.59497 0.000 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR490594 2 0.3975 -0.59497 0.000 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR490595 2 0.3975 -0.59497 0.000 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR490596 2 0.7615 -0.15036 0.152 0.444 0.000 0.268 0.060 0.076
#> SRR490597 2 0.7615 -0.15036 0.152 0.444 0.000 0.268 0.060 0.076
#> SRR490598 2 0.7615 -0.15036 0.152 0.444 0.000 0.268 0.060 0.076
#> SRR490599 2 0.7615 -0.15036 0.152 0.444 0.000 0.268 0.060 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> There is no best k.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.896 0.939 0.968 0.3998 0.606 0.606
#> 3 3 0.625 0.857 0.870 0.4303 0.699 0.530
#> 4 4 0.512 0.847 0.851 0.1123 0.993 0.982
#> 5 5 0.606 0.771 0.790 0.0793 0.996 0.989
#> 6 6 0.644 0.732 0.751 0.0548 0.996 0.989
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] NA
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.8661 0.6169 0.288 0.712
#> SRR490217 2 0.8081 0.6871 0.248 0.752
#> SRR490218 2 0.8016 0.6937 0.244 0.756
#> SRR490219 2 0.7815 0.7123 0.232 0.768
#> SRR490220 2 0.7219 0.7590 0.200 0.800
#> SRR490221 2 0.6973 0.7753 0.188 0.812
#> SRR490222 2 0.7219 0.7590 0.200 0.800
#> SRR490223 2 0.7219 0.7590 0.200 0.800
#> SRR490224 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490225 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490226 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490227 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490228 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490229 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490230 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490231 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490232 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490233 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490234 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490235 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490236 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490237 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490238 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490239 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490240 2 0.3584 0.9095 0.068 0.932
#> SRR490241 2 0.1633 0.9492 0.024 0.976
#> SRR490242 2 0.1633 0.9492 0.024 0.976
#> SRR490243 2 0.2423 0.9354 0.040 0.960
#> SRR490244 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490245 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490246 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490247 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490248 2 0.9552 0.4303 0.376 0.624
#> SRR490249 2 0.8081 0.6911 0.248 0.752
#> SRR490250 2 0.7674 0.7281 0.224 0.776
#> SRR490251 2 0.8016 0.6974 0.244 0.756
#> SRR490252 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490257 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490258 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490259 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490260 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490261 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490262 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490263 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490264 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490265 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490266 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490267 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490268 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490269 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490270 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490271 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490272 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490273 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490274 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490275 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490276 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490277 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490278 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490279 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490280 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490281 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490282 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490283 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490284 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490285 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490286 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490287 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490288 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490289 1 0.9661 0.3544 0.608 0.392
#> SRR490290 1 0.9881 0.2170 0.564 0.436
#> SRR490291 2 0.9993 0.0822 0.484 0.516
#> SRR490292 2 0.7139 0.7646 0.196 0.804
#> SRR490293 2 0.4690 0.8777 0.100 0.900
#> SRR490294 2 0.4815 0.8735 0.104 0.896
#> SRR490295 2 0.5408 0.8522 0.124 0.876
#> SRR490296 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0376 0.9652 0.004 0.996
#> SRR490301 2 0.0376 0.9652 0.004 0.996
#> SRR490302 2 0.0672 0.9636 0.008 0.992
#> SRR490303 2 0.0376 0.9652 0.004 0.996
#> SRR490304 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490309 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490310 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490311 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490312 2 0.9661 0.3824 0.392 0.608
#> SRR490313 2 0.9635 0.3931 0.388 0.612
#> SRR490314 2 0.9460 0.4544 0.364 0.636
#> SRR490315 2 0.9427 0.4640 0.360 0.640
#> SRR490316 2 0.8267 0.6670 0.260 0.740
#> SRR490317 2 0.8713 0.6093 0.292 0.708
#> SRR490318 2 0.7883 0.7063 0.236 0.764
#> SRR490319 2 0.6712 0.7909 0.176 0.824
#> SRR490320 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490321 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490322 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490323 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490324 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490325 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490326 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490327 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490328 2 0.0376 0.9652 0.004 0.996
#> SRR490329 2 0.0376 0.9652 0.004 0.996
#> SRR490330 2 0.0376 0.9652 0.004 0.996
#> SRR490331 2 0.0376 0.9652 0.004 0.996
#> SRR490332 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0672 0.9617 0.008 0.992
#> SRR490337 2 0.0672 0.9617 0.008 0.992
#> SRR490338 2 0.0672 0.9617 0.008 0.992
#> SRR490339 2 0.0672 0.9617 0.008 0.992
#> SRR490340 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.2778 0.9284 0.048 0.952
#> SRR490345 2 0.2236 0.9391 0.036 0.964
#> SRR490346 2 0.6712 0.7909 0.176 0.824
#> SRR490347 2 0.1633 0.9493 0.024 0.976
#> SRR490348 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490373 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490374 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490375 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490376 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490381 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490382 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490383 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490384 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490413 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490414 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490415 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490416 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.9129 0.5367 0.328 0.672
#> SRR490421 2 0.7299 0.7535 0.204 0.796
#> SRR490422 2 0.6973 0.7753 0.188 0.812
#> SRR490423 2 0.7056 0.7699 0.192 0.808
#> SRR490424 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490425 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490426 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490427 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490428 1 0.6973 0.7800 0.812 0.188
#> SRR490429 1 0.7950 0.6971 0.760 0.240
#> SRR490430 1 0.7883 0.7044 0.764 0.236
#> SRR490431 1 0.8267 0.6611 0.740 0.260
#> SRR490432 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.7219 0.7591 0.200 0.800
#> SRR490449 2 0.5737 0.8388 0.136 0.864
#> SRR490450 2 0.5737 0.8388 0.136 0.864
#> SRR490451 2 0.5842 0.8343 0.140 0.860
#> SRR490452 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490453 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490454 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490455 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490456 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490465 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490466 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490467 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490468 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490477 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490478 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490479 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490480 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490533 1 0.1843 0.9747 0.972 0.028
#> SRR490534 1 0.1843 0.9747 0.972 0.028
#> SRR490535 1 0.1414 0.9824 0.980 0.020
#> SRR490536 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0376 0.9654 0.004 0.996
#> SRR490597 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9684 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 3 0.7710 0.8063 0.100 0.240 0.660
#> SRR490217 3 0.7523 0.8140 0.080 0.260 0.660
#> SRR490218 3 0.7523 0.8140 0.080 0.260 0.660
#> SRR490219 3 0.7384 0.8157 0.068 0.272 0.660
#> SRR490220 3 0.6834 0.8299 0.048 0.260 0.692
#> SRR490221 3 0.6217 0.8320 0.024 0.264 0.712
#> SRR490222 3 0.6526 0.8314 0.036 0.260 0.704
#> SRR490223 3 0.7022 0.8282 0.056 0.260 0.684
#> SRR490224 1 0.0747 0.9761 0.984 0.000 0.016
#> SRR490225 1 0.0747 0.9761 0.984 0.000 0.016
#> SRR490226 1 0.0747 0.9761 0.984 0.000 0.016
#> SRR490227 1 0.0747 0.9761 0.984 0.000 0.016
#> SRR490228 1 0.0892 0.9750 0.980 0.000 0.020
#> SRR490229 1 0.1031 0.9737 0.976 0.000 0.024
#> SRR490230 1 0.1031 0.9737 0.976 0.000 0.024
#> SRR490231 1 0.1031 0.9737 0.976 0.000 0.024
#> SRR490232 1 0.6302 0.0261 0.520 0.000 0.480
#> SRR490233 3 0.6192 0.2813 0.420 0.000 0.580
#> SRR490234 3 0.6095 0.3498 0.392 0.000 0.608
#> SRR490235 3 0.5905 0.4326 0.352 0.000 0.648
#> SRR490236 1 0.1163 0.9747 0.972 0.000 0.028
#> SRR490237 1 0.1163 0.9747 0.972 0.000 0.028
#> SRR490238 1 0.1163 0.9747 0.972 0.000 0.028
#> SRR490239 1 0.1163 0.9747 0.972 0.000 0.028
#> SRR490240 3 0.5480 0.8288 0.004 0.264 0.732
#> SRR490241 3 0.5291 0.8276 0.000 0.268 0.732
#> SRR490242 3 0.5291 0.8276 0.000 0.268 0.732
#> SRR490243 3 0.5480 0.8288 0.004 0.264 0.732
#> SRR490244 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 3 0.7778 0.8057 0.104 0.240 0.656
#> SRR490249 3 0.7363 0.8160 0.064 0.280 0.656
#> SRR490250 3 0.7250 0.8174 0.056 0.288 0.656
#> SRR490251 3 0.7308 0.8146 0.060 0.284 0.656
#> SRR490252 3 0.5621 0.8116 0.000 0.308 0.692
#> SRR490253 3 0.5650 0.8113 0.000 0.312 0.688
#> SRR490254 3 0.5650 0.8113 0.000 0.312 0.688
#> SRR490255 3 0.5650 0.8113 0.000 0.312 0.688
#> SRR490256 3 0.5882 0.4356 0.348 0.000 0.652
#> SRR490257 3 0.5882 0.4356 0.348 0.000 0.652
#> SRR490258 3 0.5882 0.4356 0.348 0.000 0.652
#> SRR490259 3 0.5882 0.4356 0.348 0.000 0.652
#> SRR490260 1 0.1289 0.9698 0.968 0.000 0.032
#> SRR490261 1 0.1289 0.9698 0.968 0.000 0.032
#> SRR490262 1 0.1289 0.9698 0.968 0.000 0.032
#> SRR490263 1 0.1289 0.9698 0.968 0.000 0.032
#> SRR490264 1 0.0892 0.9763 0.980 0.000 0.020
#> SRR490265 1 0.0892 0.9763 0.980 0.000 0.020
#> SRR490266 1 0.0892 0.9763 0.980 0.000 0.020
#> SRR490267 1 0.0892 0.9763 0.980 0.000 0.020
#> SRR490268 3 0.5905 0.4326 0.352 0.000 0.648
#> SRR490269 3 0.5905 0.4326 0.352 0.000 0.648
#> SRR490270 3 0.5905 0.4326 0.352 0.000 0.648
#> SRR490271 3 0.5905 0.4326 0.352 0.000 0.648
#> SRR490272 1 0.1529 0.9680 0.960 0.000 0.040
#> SRR490273 1 0.1529 0.9680 0.960 0.000 0.040
#> SRR490274 1 0.1529 0.9680 0.960 0.000 0.040
#> SRR490275 1 0.1529 0.9680 0.960 0.000 0.040
#> SRR490276 1 0.1753 0.9658 0.952 0.000 0.048
#> SRR490277 1 0.1753 0.9658 0.952 0.000 0.048
#> SRR490278 1 0.2448 0.9389 0.924 0.000 0.076
#> SRR490279 1 0.1753 0.9658 0.952 0.000 0.048
#> SRR490280 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 3 0.5882 0.4358 0.348 0.000 0.652
#> SRR490289 3 0.7676 0.6776 0.216 0.112 0.672
#> SRR490290 3 0.7750 0.7215 0.184 0.140 0.676
#> SRR490291 3 0.7721 0.7603 0.152 0.168 0.680
#> SRR490292 3 0.5551 0.8213 0.020 0.212 0.768
#> SRR490293 3 0.5070 0.8232 0.004 0.224 0.772
#> SRR490294 3 0.5070 0.8232 0.004 0.224 0.772
#> SRR490295 3 0.5070 0.8232 0.004 0.224 0.772
#> SRR490296 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490297 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490298 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490299 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490300 3 0.5431 0.8182 0.000 0.284 0.716
#> SRR490301 3 0.5431 0.8182 0.000 0.284 0.716
#> SRR490302 3 0.5431 0.8182 0.000 0.284 0.716
#> SRR490303 3 0.5431 0.8182 0.000 0.284 0.716
#> SRR490304 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490305 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490306 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490307 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490308 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 3 0.8043 0.7952 0.128 0.228 0.644
#> SRR490313 3 0.8024 0.7926 0.132 0.220 0.648
#> SRR490314 3 0.7814 0.8078 0.104 0.244 0.652
#> SRR490315 3 0.7844 0.8058 0.108 0.240 0.652
#> SRR490316 3 0.6546 0.8292 0.044 0.240 0.716
#> SRR490317 3 0.6796 0.8267 0.056 0.236 0.708
#> SRR490318 3 0.6546 0.8292 0.044 0.240 0.716
#> SRR490319 3 0.5977 0.8316 0.020 0.252 0.728
#> SRR490320 1 0.2537 0.9276 0.920 0.000 0.080
#> SRR490321 1 0.2537 0.9276 0.920 0.000 0.080
#> SRR490322 1 0.2448 0.9321 0.924 0.000 0.076
#> SRR490323 1 0.2537 0.9276 0.920 0.000 0.080
#> SRR490324 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490329 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490330 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490331 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490332 3 0.5760 0.7763 0.000 0.328 0.672
#> SRR490333 2 0.6260 -0.1334 0.000 0.552 0.448
#> SRR490334 2 0.6062 0.1884 0.000 0.616 0.384
#> SRR490335 3 0.6267 0.5051 0.000 0.452 0.548
#> SRR490336 2 0.2796 0.9057 0.000 0.908 0.092
#> SRR490337 2 0.2796 0.9057 0.000 0.908 0.092
#> SRR490338 2 0.2796 0.9057 0.000 0.908 0.092
#> SRR490339 2 0.2796 0.9057 0.000 0.908 0.092
#> SRR490340 3 0.5363 0.8240 0.000 0.276 0.724
#> SRR490341 3 0.5397 0.8220 0.000 0.280 0.720
#> SRR490342 3 0.5397 0.8220 0.000 0.280 0.720
#> SRR490343 3 0.5397 0.8220 0.000 0.280 0.720
#> SRR490344 3 0.5835 0.8008 0.000 0.340 0.660
#> SRR490345 3 0.6081 0.7988 0.004 0.344 0.652
#> SRR490346 3 0.6651 0.8108 0.024 0.320 0.656
#> SRR490347 3 0.5882 0.7964 0.000 0.348 0.652
#> SRR490348 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0237 0.9315 0.000 0.996 0.004
#> SRR490353 2 0.0237 0.9315 0.000 0.996 0.004
#> SRR490354 2 0.0237 0.9315 0.000 0.996 0.004
#> SRR490355 2 0.0237 0.9315 0.000 0.996 0.004
#> SRR490356 3 0.6045 0.7710 0.000 0.380 0.620
#> SRR490357 3 0.6045 0.7710 0.000 0.380 0.620
#> SRR490358 3 0.6045 0.7710 0.000 0.380 0.620
#> SRR490359 3 0.6045 0.7710 0.000 0.380 0.620
#> SRR490360 2 0.5529 0.3100 0.000 0.704 0.296
#> SRR490361 2 0.2796 0.8356 0.000 0.908 0.092
#> SRR490362 2 0.1643 0.8982 0.000 0.956 0.044
#> SRR490363 2 0.2625 0.8475 0.000 0.916 0.084
#> SRR490364 2 0.0237 0.9317 0.000 0.996 0.004
#> SRR490365 2 0.0237 0.9317 0.000 0.996 0.004
#> SRR490366 2 0.0237 0.9317 0.000 0.996 0.004
#> SRR490367 2 0.0237 0.9317 0.000 0.996 0.004
#> SRR490368 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 3 0.6062 0.7684 0.000 0.384 0.616
#> SRR490377 3 0.6062 0.7684 0.000 0.384 0.616
#> SRR490378 3 0.6140 0.7408 0.000 0.404 0.596
#> SRR490379 3 0.6095 0.7581 0.000 0.392 0.608
#> SRR490380 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 3 0.6026 0.7766 0.000 0.376 0.624
#> SRR490405 3 0.6062 0.7684 0.000 0.384 0.616
#> SRR490406 3 0.6062 0.7684 0.000 0.384 0.616
#> SRR490407 3 0.6062 0.7684 0.000 0.384 0.616
#> SRR490408 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490409 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490410 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490411 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490412 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490417 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490418 3 0.5621 0.8024 0.000 0.308 0.692
#> SRR490419 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490420 3 0.6662 0.8271 0.052 0.232 0.716
#> SRR490421 3 0.5977 0.8306 0.020 0.252 0.728
#> SRR490422 3 0.5881 0.8305 0.016 0.256 0.728
#> SRR490423 3 0.5775 0.8302 0.012 0.260 0.728
#> SRR490424 1 0.1411 0.9714 0.964 0.000 0.036
#> SRR490425 1 0.1529 0.9692 0.960 0.000 0.040
#> SRR490426 1 0.1529 0.9692 0.960 0.000 0.040
#> SRR490427 1 0.1529 0.9692 0.960 0.000 0.040
#> SRR490428 3 0.6999 0.5825 0.268 0.052 0.680
#> SRR490429 3 0.7184 0.6272 0.240 0.072 0.688
#> SRR490430 3 0.6710 0.6677 0.196 0.072 0.732
#> SRR490431 3 0.6977 0.6571 0.212 0.076 0.712
#> SRR490432 3 0.5497 0.8171 0.000 0.292 0.708
#> SRR490433 3 0.5497 0.8171 0.000 0.292 0.708
#> SRR490434 3 0.5529 0.8143 0.000 0.296 0.704
#> SRR490435 3 0.5529 0.8143 0.000 0.296 0.704
#> SRR490436 3 0.5529 0.8130 0.000 0.296 0.704
#> SRR490437 3 0.5529 0.8130 0.000 0.296 0.704
#> SRR490438 3 0.5529 0.8130 0.000 0.296 0.704
#> SRR490439 3 0.5529 0.8130 0.000 0.296 0.704
#> SRR490440 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490441 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490442 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490443 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490444 2 0.2261 0.9184 0.000 0.932 0.068
#> SRR490445 2 0.2356 0.9168 0.000 0.928 0.072
#> SRR490446 2 0.2356 0.9168 0.000 0.928 0.072
#> SRR490447 2 0.2356 0.9168 0.000 0.928 0.072
#> SRR490448 3 0.5977 0.8306 0.020 0.252 0.728
#> SRR490449 3 0.5480 0.8288 0.004 0.264 0.732
#> SRR490450 3 0.5480 0.8288 0.004 0.264 0.732
#> SRR490451 3 0.5480 0.8288 0.004 0.264 0.732
#> SRR490452 3 0.5988 0.3972 0.368 0.000 0.632
#> SRR490453 3 0.5882 0.4357 0.348 0.000 0.652
#> SRR490454 3 0.5905 0.4285 0.352 0.000 0.648
#> SRR490455 3 0.5882 0.4357 0.348 0.000 0.652
#> SRR490456 3 0.5497 0.8171 0.000 0.292 0.708
#> SRR490457 3 0.5497 0.8171 0.000 0.292 0.708
#> SRR490458 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490459 3 0.5560 0.8108 0.000 0.300 0.700
#> SRR490460 3 0.5327 0.8266 0.000 0.272 0.728
#> SRR490461 3 0.5327 0.8266 0.000 0.272 0.728
#> SRR490462 3 0.5397 0.8236 0.000 0.280 0.720
#> SRR490463 3 0.5363 0.8252 0.000 0.276 0.724
#> SRR490464 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 2 0.4002 0.8168 0.000 0.840 0.160
#> SRR490469 2 0.5291 0.5915 0.000 0.732 0.268
#> SRR490470 2 0.4062 0.8105 0.000 0.836 0.164
#> SRR490471 2 0.4062 0.8104 0.000 0.836 0.164
#> SRR490472 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490473 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490474 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490475 2 0.0592 0.9324 0.000 0.988 0.012
#> SRR490476 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490481 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490482 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490483 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490484 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490485 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490486 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490487 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490488 2 0.2878 0.9035 0.000 0.904 0.096
#> SRR490489 2 0.2878 0.9035 0.000 0.904 0.096
#> SRR490490 2 0.2878 0.9035 0.000 0.904 0.096
#> SRR490491 2 0.2878 0.9035 0.000 0.904 0.096
#> SRR490492 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490493 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490494 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490495 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490496 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490497 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490498 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490499 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490500 2 0.2711 0.9072 0.000 0.912 0.088
#> SRR490501 2 0.2711 0.9072 0.000 0.912 0.088
#> SRR490502 2 0.2711 0.9072 0.000 0.912 0.088
#> SRR490503 2 0.2711 0.9072 0.000 0.912 0.088
#> SRR490504 2 0.1031 0.9293 0.000 0.976 0.024
#> SRR490505 2 0.1031 0.9293 0.000 0.976 0.024
#> SRR490506 2 0.1031 0.9293 0.000 0.976 0.024
#> SRR490507 2 0.1031 0.9293 0.000 0.976 0.024
#> SRR490508 2 0.1860 0.9220 0.000 0.948 0.052
#> SRR490509 2 0.1753 0.9232 0.000 0.952 0.048
#> SRR490510 2 0.1860 0.9220 0.000 0.948 0.052
#> SRR490511 2 0.1860 0.9220 0.000 0.948 0.052
#> SRR490512 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490513 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490514 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490515 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR490516 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490517 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490518 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490519 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490520 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490521 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490522 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490523 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490524 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490525 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490526 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490527 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490528 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490529 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490530 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490531 2 0.2625 0.9084 0.000 0.916 0.084
#> SRR490532 3 0.5497 0.5092 0.292 0.000 0.708
#> SRR490533 3 0.5690 0.5178 0.288 0.004 0.708
#> SRR490534 3 0.5588 0.5337 0.276 0.004 0.720
#> SRR490535 3 0.5706 0.4735 0.320 0.000 0.680
#> SRR490536 2 0.0892 0.9311 0.000 0.980 0.020
#> SRR490537 2 0.0892 0.9311 0.000 0.980 0.020
#> SRR490538 2 0.0892 0.9311 0.000 0.980 0.020
#> SRR490539 2 0.0892 0.9311 0.000 0.980 0.020
#> SRR490540 2 0.0747 0.9243 0.000 0.984 0.016
#> SRR490541 2 0.0747 0.9243 0.000 0.984 0.016
#> SRR490542 2 0.0747 0.9243 0.000 0.984 0.016
#> SRR490543 2 0.0747 0.9243 0.000 0.984 0.016
#> SRR490544 2 0.0747 0.9236 0.000 0.984 0.016
#> SRR490545 2 0.0747 0.9236 0.000 0.984 0.016
#> SRR490546 2 0.0747 0.9236 0.000 0.984 0.016
#> SRR490547 2 0.0747 0.9236 0.000 0.984 0.016
#> SRR490548 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.5138 0.4806 0.000 0.748 0.252
#> SRR490565 2 0.4002 0.7184 0.000 0.840 0.160
#> SRR490566 2 0.4702 0.5962 0.000 0.788 0.212
#> SRR490567 2 0.4346 0.6656 0.000 0.816 0.184
#> SRR490568 2 0.5733 0.3120 0.000 0.676 0.324
#> SRR490569 2 0.3752 0.7892 0.000 0.856 0.144
#> SRR490570 2 0.4235 0.7316 0.000 0.824 0.176
#> SRR490571 2 0.4346 0.7156 0.000 0.816 0.184
#> SRR490572 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9332 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 3 0.5859 0.8025 0.000 0.344 0.656
#> SRR490597 3 0.6008 0.7803 0.000 0.372 0.628
#> SRR490598 3 0.6008 0.7803 0.000 0.372 0.628
#> SRR490599 3 0.6008 0.7803 0.000 0.372 0.628
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 1 0.6023 0.834 0.712 NA 0.012 0.108
#> SRR490217 1 0.5878 0.837 0.712 NA 0.004 0.120
#> SRR490218 1 0.5878 0.837 0.712 NA 0.004 0.120
#> SRR490219 1 0.5878 0.837 0.712 NA 0.004 0.120
#> SRR490220 1 0.3443 0.873 0.848 NA 0.000 0.136
#> SRR490221 1 0.3443 0.873 0.848 NA 0.000 0.136
#> SRR490222 1 0.3443 0.873 0.848 NA 0.000 0.136
#> SRR490223 1 0.3443 0.873 0.848 NA 0.000 0.136
#> SRR490224 3 0.2587 0.944 0.012 NA 0.908 0.004
#> SRR490225 3 0.2587 0.944 0.012 NA 0.908 0.004
#> SRR490226 3 0.2587 0.944 0.012 NA 0.908 0.004
#> SRR490227 3 0.2658 0.943 0.012 NA 0.904 0.004
#> SRR490228 3 0.3160 0.935 0.008 NA 0.868 0.004
#> SRR490229 3 0.3519 0.931 0.020 NA 0.856 0.004
#> SRR490230 3 0.3519 0.931 0.020 NA 0.856 0.004
#> SRR490231 3 0.3519 0.931 0.020 NA 0.856 0.004
#> SRR490232 1 0.7107 0.326 0.544 NA 0.320 0.004
#> SRR490233 1 0.6471 0.566 0.652 NA 0.212 0.004
#> SRR490234 1 0.6188 0.616 0.684 NA 0.180 0.004
#> SRR490235 1 0.5712 0.674 0.728 NA 0.136 0.004
#> SRR490236 3 0.2796 0.940 0.008 NA 0.892 0.004
#> SRR490237 3 0.2926 0.939 0.012 NA 0.888 0.004
#> SRR490238 3 0.2926 0.939 0.012 NA 0.888 0.004
#> SRR490239 3 0.2926 0.939 0.012 NA 0.888 0.004
#> SRR490240 1 0.3324 0.872 0.852 NA 0.000 0.136
#> SRR490241 1 0.3324 0.872 0.852 NA 0.000 0.136
#> SRR490242 1 0.3324 0.872 0.852 NA 0.000 0.136
#> SRR490243 1 0.3324 0.872 0.852 NA 0.000 0.136
#> SRR490244 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490245 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490246 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490247 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490248 1 0.5884 0.845 0.732 NA 0.016 0.116
#> SRR490249 1 0.5662 0.849 0.732 NA 0.004 0.128
#> SRR490250 1 0.5662 0.849 0.732 NA 0.004 0.128
#> SRR490251 1 0.5662 0.849 0.732 NA 0.004 0.128
#> SRR490252 1 0.4452 0.866 0.796 NA 0.000 0.156
#> SRR490253 1 0.4685 0.864 0.784 NA 0.000 0.156
#> SRR490254 1 0.4898 0.860 0.772 NA 0.000 0.156
#> SRR490255 1 0.4898 0.860 0.772 NA 0.000 0.156
#> SRR490256 1 0.5347 0.694 0.756 NA 0.132 0.004
#> SRR490257 1 0.5347 0.694 0.756 NA 0.132 0.004
#> SRR490258 1 0.5347 0.694 0.756 NA 0.132 0.004
#> SRR490259 1 0.5347 0.694 0.756 NA 0.132 0.004
#> SRR490260 3 0.3587 0.926 0.032 NA 0.860 0.004
#> SRR490261 3 0.3587 0.926 0.032 NA 0.860 0.004
#> SRR490262 3 0.3587 0.926 0.032 NA 0.860 0.004
#> SRR490263 3 0.3587 0.926 0.032 NA 0.860 0.004
#> SRR490264 3 0.2658 0.942 0.012 NA 0.904 0.004
#> SRR490265 3 0.2658 0.942 0.012 NA 0.904 0.004
#> SRR490266 3 0.2658 0.942 0.012 NA 0.904 0.004
#> SRR490267 3 0.2658 0.942 0.012 NA 0.904 0.004
#> SRR490268 1 0.5406 0.690 0.752 NA 0.128 0.004
#> SRR490269 1 0.5406 0.690 0.752 NA 0.128 0.004
#> SRR490270 1 0.5406 0.690 0.752 NA 0.128 0.004
#> SRR490271 1 0.5406 0.690 0.752 NA 0.128 0.004
#> SRR490272 3 0.4001 0.916 0.048 NA 0.840 0.004
#> SRR490273 3 0.4001 0.916 0.048 NA 0.840 0.004
#> SRR490274 3 0.4001 0.916 0.048 NA 0.840 0.004
#> SRR490275 3 0.4001 0.916 0.048 NA 0.840 0.004
#> SRR490276 3 0.4179 0.913 0.060 NA 0.832 0.004
#> SRR490277 3 0.4102 0.916 0.056 NA 0.836 0.004
#> SRR490278 3 0.5134 0.851 0.120 NA 0.772 0.004
#> SRR490279 3 0.4179 0.913 0.060 NA 0.832 0.004
#> SRR490280 3 0.0376 0.950 0.000 NA 0.992 0.004
#> SRR490281 3 0.0376 0.950 0.000 NA 0.992 0.004
#> SRR490282 3 0.0376 0.950 0.000 NA 0.992 0.004
#> SRR490283 3 0.0376 0.950 0.000 NA 0.992 0.004
#> SRR490284 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490285 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490286 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490287 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490288 1 0.5611 0.695 0.736 NA 0.124 0.004
#> SRR490289 1 0.5914 0.805 0.748 NA 0.044 0.080
#> SRR490290 1 0.5894 0.809 0.748 NA 0.040 0.084
#> SRR490291 1 0.5843 0.817 0.748 NA 0.032 0.092
#> SRR490292 1 0.3787 0.873 0.840 NA 0.000 0.124
#> SRR490293 1 0.3787 0.873 0.840 NA 0.000 0.124
#> SRR490294 1 0.3787 0.873 0.840 NA 0.000 0.124
#> SRR490295 1 0.3787 0.873 0.840 NA 0.000 0.124
#> SRR490296 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490297 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490298 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490299 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490300 1 0.5325 0.854 0.744 NA 0.000 0.160
#> SRR490301 1 0.5325 0.854 0.744 NA 0.000 0.160
#> SRR490302 1 0.5325 0.854 0.744 NA 0.000 0.160
#> SRR490303 1 0.5325 0.854 0.744 NA 0.000 0.160
#> SRR490304 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490305 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490306 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490307 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490308 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490309 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490310 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490311 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490312 1 0.6127 0.833 0.728 NA 0.036 0.092
#> SRR490313 1 0.5882 0.837 0.728 NA 0.016 0.096
#> SRR490314 1 0.5826 0.840 0.728 NA 0.012 0.100
#> SRR490315 1 0.5882 0.837 0.728 NA 0.016 0.096
#> SRR490316 1 0.4059 0.872 0.832 NA 0.004 0.124
#> SRR490317 1 0.4147 0.871 0.832 NA 0.008 0.120
#> SRR490318 1 0.4059 0.872 0.832 NA 0.004 0.124
#> SRR490319 1 0.3931 0.873 0.832 NA 0.000 0.128
#> SRR490320 3 0.4900 0.870 0.092 NA 0.788 0.004
#> SRR490321 3 0.4837 0.874 0.088 NA 0.792 0.004
#> SRR490322 3 0.4773 0.879 0.084 NA 0.796 0.004
#> SRR490323 3 0.4837 0.874 0.088 NA 0.792 0.004
#> SRR490324 3 0.0967 0.949 0.004 NA 0.976 0.004
#> SRR490325 3 0.0967 0.949 0.004 NA 0.976 0.004
#> SRR490326 3 0.0967 0.949 0.004 NA 0.976 0.004
#> SRR490327 3 0.0967 0.949 0.004 NA 0.976 0.004
#> SRR490328 1 0.4804 0.865 0.776 NA 0.000 0.160
#> SRR490329 1 0.4804 0.865 0.776 NA 0.000 0.160
#> SRR490330 1 0.4804 0.865 0.776 NA 0.000 0.160
#> SRR490331 1 0.4804 0.865 0.776 NA 0.000 0.160
#> SRR490332 1 0.6033 0.775 0.680 NA 0.000 0.204
#> SRR490333 1 0.6988 0.369 0.500 NA 0.000 0.380
#> SRR490334 4 0.7047 -0.155 0.440 NA 0.000 0.440
#> SRR490335 1 0.6720 0.592 0.580 NA 0.000 0.300
#> SRR490336 4 0.2918 0.875 0.008 NA 0.000 0.876
#> SRR490337 4 0.2918 0.875 0.008 NA 0.000 0.876
#> SRR490338 4 0.2918 0.875 0.008 NA 0.000 0.876
#> SRR490339 4 0.2918 0.875 0.008 NA 0.000 0.876
#> SRR490340 1 0.4735 0.869 0.784 NA 0.000 0.148
#> SRR490341 1 0.4735 0.869 0.784 NA 0.000 0.148
#> SRR490342 1 0.4735 0.869 0.784 NA 0.000 0.148
#> SRR490343 1 0.4735 0.869 0.784 NA 0.000 0.148
#> SRR490344 1 0.5581 0.846 0.728 NA 0.000 0.140
#> SRR490345 1 0.5767 0.839 0.712 NA 0.000 0.152
#> SRR490346 1 0.5674 0.843 0.720 NA 0.000 0.148
#> SRR490347 1 0.5719 0.841 0.716 NA 0.000 0.152
#> SRR490348 4 0.2530 0.866 0.004 NA 0.000 0.896
#> SRR490349 4 0.2530 0.866 0.004 NA 0.000 0.896
#> SRR490350 4 0.2530 0.866 0.004 NA 0.000 0.896
#> SRR490351 4 0.2530 0.866 0.004 NA 0.000 0.896
#> SRR490352 4 0.2401 0.869 0.004 NA 0.000 0.904
#> SRR490353 4 0.2401 0.869 0.004 NA 0.000 0.904
#> SRR490354 4 0.2401 0.869 0.004 NA 0.000 0.904
#> SRR490355 4 0.2401 0.869 0.004 NA 0.000 0.904
#> SRR490356 1 0.6061 0.826 0.696 NA 0.004 0.172
#> SRR490357 1 0.6216 0.811 0.680 NA 0.004 0.188
#> SRR490358 1 0.6061 0.826 0.696 NA 0.004 0.172
#> SRR490359 1 0.6061 0.826 0.696 NA 0.004 0.172
#> SRR490360 4 0.7134 0.138 0.312 NA 0.000 0.532
#> SRR490361 4 0.5859 0.639 0.140 NA 0.000 0.704
#> SRR490362 4 0.5613 0.676 0.120 NA 0.000 0.724
#> SRR490363 4 0.5812 0.647 0.136 NA 0.000 0.708
#> SRR490364 4 0.2342 0.873 0.008 NA 0.000 0.912
#> SRR490365 4 0.2342 0.873 0.008 NA 0.000 0.912
#> SRR490366 4 0.2342 0.873 0.008 NA 0.000 0.912
#> SRR490367 4 0.2342 0.873 0.008 NA 0.000 0.912
#> SRR490368 4 0.2053 0.874 0.004 NA 0.000 0.924
#> SRR490369 4 0.1902 0.877 0.004 NA 0.000 0.932
#> SRR490370 4 0.2053 0.874 0.004 NA 0.000 0.924
#> SRR490371 4 0.1902 0.877 0.004 NA 0.000 0.932
#> SRR490372 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490373 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490374 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490375 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490376 1 0.6357 0.803 0.656 NA 0.000 0.184
#> SRR490377 1 0.6563 0.777 0.632 NA 0.000 0.208
#> SRR490378 1 0.6860 0.726 0.592 NA 0.000 0.244
#> SRR490379 1 0.6685 0.757 0.616 NA 0.000 0.224
#> SRR490380 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490381 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490382 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490383 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490384 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490385 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490386 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490387 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490388 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490389 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490390 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490391 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490392 4 0.2401 0.867 0.004 NA 0.000 0.904
#> SRR490393 4 0.2334 0.868 0.004 NA 0.000 0.908
#> SRR490394 4 0.2334 0.868 0.004 NA 0.000 0.908
#> SRR490395 4 0.2334 0.868 0.004 NA 0.000 0.908
#> SRR490396 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490397 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490398 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490399 4 0.2480 0.866 0.008 NA 0.000 0.904
#> SRR490400 4 0.2125 0.872 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490401 4 0.2125 0.872 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490402 4 0.2125 0.872 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490403 4 0.2125 0.872 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490404 1 0.5911 0.816 0.692 NA 0.000 0.196
#> SRR490405 1 0.5982 0.808 0.684 NA 0.000 0.204
#> SRR490406 1 0.5982 0.808 0.684 NA 0.000 0.204
#> SRR490407 1 0.5982 0.808 0.684 NA 0.000 0.204
#> SRR490408 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490409 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490410 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490411 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490412 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490413 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490414 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490415 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490416 1 0.4405 0.864 0.800 NA 0.000 0.152
#> SRR490417 1 0.4405 0.864 0.800 NA 0.000 0.152
#> SRR490418 1 0.4829 0.853 0.776 NA 0.000 0.156
#> SRR490419 1 0.4711 0.858 0.784 NA 0.000 0.152
#> SRR490420 1 0.3847 0.866 0.844 NA 0.012 0.124
#> SRR490421 1 0.3495 0.871 0.844 NA 0.000 0.140
#> SRR490422 1 0.3495 0.871 0.844 NA 0.000 0.140
#> SRR490423 1 0.3495 0.871 0.844 NA 0.000 0.140
#> SRR490424 3 0.3610 0.929 0.028 NA 0.856 0.004
#> SRR490425 3 0.3610 0.929 0.028 NA 0.856 0.004
#> SRR490426 3 0.3610 0.929 0.028 NA 0.856 0.004
#> SRR490427 3 0.3668 0.927 0.028 NA 0.852 0.004
#> SRR490428 1 0.5578 0.744 0.768 NA 0.104 0.032
#> SRR490429 1 0.5679 0.764 0.768 NA 0.088 0.048
#> SRR490430 1 0.5637 0.754 0.768 NA 0.096 0.040
#> SRR490431 1 0.5679 0.764 0.768 NA 0.088 0.048
#> SRR490432 1 0.4452 0.863 0.796 NA 0.000 0.156
#> SRR490433 1 0.4452 0.863 0.796 NA 0.000 0.156
#> SRR490434 1 0.4452 0.863 0.796 NA 0.000 0.156
#> SRR490435 1 0.4452 0.863 0.796 NA 0.000 0.156
#> SRR490436 1 0.4776 0.855 0.776 NA 0.000 0.164
#> SRR490437 1 0.4776 0.855 0.776 NA 0.000 0.164
#> SRR490438 1 0.4776 0.855 0.776 NA 0.000 0.164
#> SRR490439 1 0.4776 0.855 0.776 NA 0.000 0.164
#> SRR490440 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490441 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490442 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490443 4 0.1474 0.889 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR490444 4 0.3581 0.869 0.032 NA 0.000 0.852
#> SRR490445 4 0.3581 0.869 0.032 NA 0.000 0.852
#> SRR490446 4 0.3581 0.869 0.032 NA 0.000 0.852
#> SRR490447 4 0.3581 0.869 0.032 NA 0.000 0.852
#> SRR490448 1 0.3760 0.872 0.836 NA 0.000 0.136
#> SRR490449 1 0.3760 0.872 0.836 NA 0.000 0.136
#> SRR490450 1 0.3760 0.872 0.836 NA 0.000 0.136
#> SRR490451 1 0.3760 0.872 0.836 NA 0.000 0.136
#> SRR490452 1 0.5707 0.665 0.728 NA 0.144 0.004
#> SRR490453 1 0.5512 0.685 0.744 NA 0.128 0.004
#> SRR490454 1 0.5512 0.685 0.744 NA 0.128 0.004
#> SRR490455 1 0.5512 0.685 0.744 NA 0.128 0.004
#> SRR490456 1 0.4285 0.865 0.804 NA 0.000 0.156
#> SRR490457 1 0.4370 0.863 0.800 NA 0.000 0.156
#> SRR490458 1 0.4370 0.863 0.800 NA 0.000 0.156
#> SRR490459 1 0.4370 0.863 0.800 NA 0.000 0.156
#> SRR490460 1 0.3606 0.872 0.840 NA 0.000 0.140
#> SRR490461 1 0.3708 0.871 0.832 NA 0.000 0.148
#> SRR490462 1 0.3708 0.871 0.832 NA 0.000 0.148
#> SRR490463 1 0.3708 0.871 0.832 NA 0.000 0.148
#> SRR490464 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490465 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490466 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490467 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490468 4 0.6521 0.534 0.256 NA 0.000 0.620
#> SRR490469 4 0.6764 0.339 0.332 NA 0.000 0.556
#> SRR490470 4 0.6547 0.527 0.260 NA 0.000 0.616
#> SRR490471 4 0.6547 0.525 0.260 NA 0.000 0.616
#> SRR490472 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490473 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490474 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490475 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490476 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490477 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490478 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490479 3 0.0188 0.951 0.000 NA 0.996 0.004
#> SRR490480 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490481 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490482 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490483 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490484 4 0.3217 0.869 0.012 NA 0.000 0.860
#> SRR490485 4 0.3032 0.873 0.008 NA 0.000 0.868
#> SRR490486 4 0.3032 0.873 0.008 NA 0.000 0.868
#> SRR490487 4 0.3088 0.871 0.008 NA 0.000 0.864
#> SRR490488 4 0.3142 0.871 0.008 NA 0.000 0.860
#> SRR490489 4 0.3142 0.871 0.008 NA 0.000 0.860
#> SRR490490 4 0.3142 0.871 0.008 NA 0.000 0.860
#> SRR490491 4 0.3142 0.871 0.008 NA 0.000 0.860
#> SRR490492 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490493 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490494 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490495 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490496 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490497 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490498 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490499 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490500 4 0.2976 0.873 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490501 4 0.3224 0.870 0.016 NA 0.000 0.864
#> SRR490502 4 0.2976 0.873 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490503 4 0.3224 0.870 0.016 NA 0.000 0.864
#> SRR490504 4 0.2125 0.884 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490505 4 0.2125 0.884 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490506 4 0.2125 0.884 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490507 4 0.2125 0.884 0.004 NA 0.000 0.920
#> SRR490508 4 0.3088 0.875 0.008 NA 0.000 0.864
#> SRR490509 4 0.2976 0.878 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490510 4 0.2976 0.878 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490511 4 0.2976 0.878 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490512 4 0.2976 0.874 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490513 4 0.2976 0.874 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490514 4 0.2976 0.874 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490515 4 0.2976 0.874 0.008 NA 0.000 0.872
#> SRR490516 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490517 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490518 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490519 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490520 4 0.2859 0.876 0.008 NA 0.000 0.880
#> SRR490521 4 0.2859 0.876 0.008 NA 0.000 0.880
#> SRR490522 4 0.2859 0.876 0.008 NA 0.000 0.880
#> SRR490523 4 0.2859 0.876 0.008 NA 0.000 0.880
#> SRR490524 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490525 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490526 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490527 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490528 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490529 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490530 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490531 4 0.2799 0.877 0.008 NA 0.000 0.884
#> SRR490532 1 0.5354 0.698 0.756 NA 0.124 0.004
#> SRR490533 1 0.5354 0.698 0.756 NA 0.124 0.004
#> SRR490534 1 0.5354 0.698 0.756 NA 0.124 0.004
#> SRR490535 1 0.5354 0.698 0.756 NA 0.124 0.004
#> SRR490536 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490537 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490538 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490539 4 0.1557 0.890 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR490540 4 0.2124 0.880 0.008 NA 0.000 0.924
#> SRR490541 4 0.2124 0.880 0.008 NA 0.000 0.924
#> SRR490542 4 0.2124 0.880 0.008 NA 0.000 0.924
#> SRR490543 4 0.2048 0.881 0.008 NA 0.000 0.928
#> SRR490544 4 0.0524 0.890 0.004 NA 0.000 0.988
#> SRR490545 4 0.0524 0.890 0.004 NA 0.000 0.988
#> SRR490546 4 0.0524 0.890 0.004 NA 0.000 0.988
#> SRR490547 4 0.1109 0.887 0.004 NA 0.000 0.968
#> SRR490548 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490549 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490550 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490551 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490552 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490553 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490554 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490555 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490556 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490557 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490558 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490559 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490560 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490561 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490562 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490563 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490564 4 0.6794 0.242 0.328 NA 0.000 0.556
#> SRR490565 4 0.6477 0.446 0.264 NA 0.000 0.620
#> SRR490566 4 0.6674 0.336 0.300 NA 0.000 0.584
#> SRR490567 4 0.6592 0.385 0.284 NA 0.000 0.600
#> SRR490568 4 0.7149 0.154 0.316 NA 0.000 0.528
#> SRR490569 4 0.6563 0.506 0.208 NA 0.000 0.632
#> SRR490570 4 0.6656 0.474 0.220 NA 0.000 0.620
#> SRR490571 4 0.6656 0.474 0.220 NA 0.000 0.620
#> SRR490572 4 0.0592 0.890 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490573 4 0.0592 0.890 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490574 4 0.0592 0.890 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490575 4 0.0592 0.890 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490576 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490577 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490578 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490579 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490580 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490581 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490582 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490583 4 0.1978 0.875 0.004 NA 0.000 0.928
#> SRR490584 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490585 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490586 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490587 4 0.0188 0.891 0.004 NA 0.000 0.996
#> SRR490588 4 0.1305 0.885 0.004 NA 0.000 0.960
#> SRR490589 4 0.1209 0.886 0.004 NA 0.000 0.964
#> SRR490590 4 0.1109 0.887 0.004 NA 0.000 0.968
#> SRR490591 4 0.1209 0.886 0.004 NA 0.000 0.964
#> SRR490592 4 0.2334 0.869 0.004 NA 0.000 0.908
#> SRR490593 4 0.2401 0.867 0.004 NA 0.000 0.904
#> SRR490594 4 0.2334 0.869 0.004 NA 0.000 0.908
#> SRR490595 4 0.2334 0.869 0.004 NA 0.000 0.908
#> SRR490596 1 0.5080 0.857 0.764 NA 0.000 0.144
#> SRR490597 1 0.5369 0.844 0.740 NA 0.000 0.164
#> SRR490598 1 0.5234 0.851 0.752 NA 0.000 0.152
#> SRR490599 1 0.5280 0.849 0.748 NA 0.000 0.156
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 1 0.6375 0.7579 0.668 NA 0.016 0.056 0.144
#> SRR490217 1 0.6340 0.7603 0.668 NA 0.012 0.060 0.144
#> SRR490218 1 0.6340 0.7603 0.668 NA 0.012 0.060 0.144
#> SRR490219 1 0.6294 0.7605 0.668 NA 0.008 0.064 0.144
#> SRR490220 1 0.3135 0.8076 0.876 NA 0.004 0.064 0.044
#> SRR490221 1 0.3135 0.8076 0.876 NA 0.004 0.064 0.044
#> SRR490222 1 0.3135 0.8076 0.876 NA 0.004 0.064 0.044
#> SRR490223 1 0.3135 0.8076 0.876 NA 0.004 0.064 0.044
#> SRR490224 3 0.3759 0.8794 0.028 NA 0.812 0.000 0.148
#> SRR490225 3 0.3759 0.8794 0.028 NA 0.812 0.000 0.148
#> SRR490226 3 0.3759 0.8794 0.028 NA 0.812 0.000 0.148
#> SRR490227 3 0.3801 0.8786 0.028 NA 0.808 0.000 0.152
#> SRR490228 3 0.4307 0.8666 0.044 NA 0.764 0.000 0.184
#> SRR490229 3 0.4307 0.8666 0.044 NA 0.764 0.000 0.184
#> SRR490230 3 0.4307 0.8666 0.044 NA 0.764 0.000 0.184
#> SRR490231 3 0.4307 0.8666 0.044 NA 0.764 0.000 0.184
#> SRR490232 1 0.6910 0.3192 0.476 NA 0.224 0.000 0.284
#> SRR490233 1 0.6460 0.4842 0.548 NA 0.152 0.000 0.284
#> SRR490234 1 0.6289 0.5242 0.568 NA 0.132 0.000 0.284
#> SRR490235 1 0.5780 0.5957 0.616 NA 0.084 0.000 0.284
#> SRR490236 3 0.4220 0.8687 0.032 NA 0.760 0.000 0.200
#> SRR490237 3 0.4404 0.8645 0.040 NA 0.748 0.000 0.204
#> SRR490238 3 0.4297 0.8674 0.036 NA 0.756 0.000 0.200
#> SRR490239 3 0.4404 0.8646 0.040 NA 0.748 0.000 0.204
#> SRR490240 1 0.2476 0.8059 0.904 NA 0.000 0.064 0.012
#> SRR490241 1 0.2541 0.8068 0.900 NA 0.000 0.068 0.012
#> SRR490242 1 0.2476 0.8059 0.904 NA 0.000 0.064 0.012
#> SRR490243 1 0.2476 0.8059 0.904 NA 0.000 0.064 0.012
#> SRR490244 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 1 0.6341 0.7605 0.672 NA 0.012 0.068 0.128
#> SRR490249 1 0.6293 0.7623 0.672 NA 0.008 0.072 0.128
#> SRR490250 1 0.6293 0.7623 0.672 NA 0.008 0.072 0.128
#> SRR490251 1 0.6293 0.7623 0.672 NA 0.008 0.072 0.128
#> SRR490252 1 0.4068 0.8039 0.816 NA 0.000 0.108 0.036
#> SRR490253 1 0.4063 0.8040 0.816 NA 0.000 0.108 0.032
#> SRR490254 1 0.4282 0.8014 0.804 NA 0.000 0.108 0.036
#> SRR490255 1 0.4282 0.8014 0.804 NA 0.000 0.108 0.036
#> SRR490256 1 0.5609 0.6150 0.648 NA 0.084 0.000 0.252
#> SRR490257 1 0.5609 0.6150 0.648 NA 0.084 0.000 0.252
#> SRR490258 1 0.5609 0.6150 0.648 NA 0.084 0.000 0.252
#> SRR490259 1 0.5609 0.6150 0.648 NA 0.084 0.000 0.252
#> SRR490260 3 0.4480 0.8497 0.044 NA 0.732 0.000 0.220
#> SRR490261 3 0.4480 0.8497 0.044 NA 0.732 0.000 0.220
#> SRR490262 3 0.4480 0.8497 0.044 NA 0.732 0.000 0.220
#> SRR490263 3 0.4480 0.8497 0.044 NA 0.732 0.000 0.220
#> SRR490264 3 0.3969 0.8754 0.040 NA 0.796 0.000 0.156
#> SRR490265 3 0.3969 0.8754 0.040 NA 0.796 0.000 0.156
#> SRR490266 3 0.4122 0.8721 0.044 NA 0.784 0.000 0.164
#> SRR490267 3 0.3969 0.8754 0.040 NA 0.796 0.000 0.156
#> SRR490268 1 0.5632 0.6016 0.636 NA 0.088 0.000 0.264
#> SRR490269 1 0.5632 0.6016 0.636 NA 0.088 0.000 0.264
#> SRR490270 1 0.5632 0.6016 0.636 NA 0.088 0.000 0.264
#> SRR490271 1 0.5632 0.6016 0.636 NA 0.088 0.000 0.264
#> SRR490272 3 0.4490 0.8460 0.052 NA 0.724 0.000 0.224
#> SRR490273 3 0.4490 0.8460 0.052 NA 0.724 0.000 0.224
#> SRR490274 3 0.4490 0.8460 0.052 NA 0.724 0.000 0.224
#> SRR490275 3 0.4490 0.8460 0.052 NA 0.724 0.000 0.224
#> SRR490276 3 0.4585 0.8466 0.052 NA 0.728 0.000 0.216
#> SRR490277 3 0.4585 0.8466 0.052 NA 0.728 0.000 0.216
#> SRR490278 3 0.5436 0.7839 0.116 NA 0.664 0.000 0.216
#> SRR490279 3 0.4650 0.8439 0.056 NA 0.724 0.000 0.216
#> SRR490280 3 0.0162 0.8966 0.000 NA 0.996 0.000 0.004
#> SRR490281 3 0.0162 0.8966 0.000 NA 0.996 0.000 0.004
#> SRR490282 3 0.0162 0.8966 0.000 NA 0.996 0.000 0.004
#> SRR490283 3 0.0162 0.8966 0.000 NA 0.996 0.000 0.004
#> SRR490284 3 0.0451 0.8942 0.000 NA 0.988 0.000 0.008
#> SRR490285 3 0.0566 0.8954 0.000 NA 0.984 0.000 0.012
#> SRR490286 3 0.0566 0.8954 0.000 NA 0.984 0.000 0.012
#> SRR490287 3 0.0566 0.8954 0.000 NA 0.984 0.000 0.012
#> SRR490288 1 0.5224 0.6740 0.704 NA 0.084 0.000 0.196
#> SRR490289 1 0.5206 0.7451 0.732 NA 0.028 0.036 0.184
#> SRR490290 1 0.5193 0.7427 0.732 NA 0.032 0.036 0.184
#> SRR490291 1 0.5187 0.7467 0.732 NA 0.028 0.040 0.184
#> SRR490292 1 0.3960 0.8036 0.828 NA 0.000 0.060 0.032
#> SRR490293 1 0.3960 0.8036 0.828 NA 0.000 0.060 0.032
#> SRR490294 1 0.3960 0.8036 0.828 NA 0.000 0.060 0.032
#> SRR490295 1 0.3960 0.8036 0.828 NA 0.000 0.060 0.032
#> SRR490296 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490297 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490298 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490299 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490300 1 0.5070 0.7759 0.732 NA 0.000 0.092 0.020
#> SRR490301 1 0.5070 0.7759 0.732 NA 0.000 0.092 0.020
#> SRR490302 1 0.5070 0.7759 0.732 NA 0.000 0.092 0.020
#> SRR490303 1 0.5070 0.7759 0.732 NA 0.000 0.092 0.020
#> SRR490304 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490305 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490306 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490307 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 1 0.6718 0.7541 0.652 NA 0.032 0.068 0.156
#> SRR490313 1 0.6591 0.7577 0.656 NA 0.020 0.068 0.148
#> SRR490314 1 0.6501 0.7595 0.660 NA 0.016 0.068 0.148
#> SRR490315 1 0.6501 0.7595 0.660 NA 0.016 0.068 0.148
#> SRR490316 1 0.4055 0.8051 0.832 NA 0.008 0.056 0.072
#> SRR490317 1 0.4055 0.8051 0.832 NA 0.008 0.056 0.072
#> SRR490318 1 0.4055 0.8051 0.832 NA 0.008 0.056 0.072
#> SRR490319 1 0.3841 0.8079 0.836 NA 0.000 0.060 0.072
#> SRR490320 3 0.5830 0.7509 0.120 NA 0.632 0.000 0.236
#> SRR490321 3 0.5830 0.7509 0.120 NA 0.632 0.000 0.236
#> SRR490322 3 0.5788 0.7563 0.116 NA 0.636 0.000 0.236
#> SRR490323 3 0.5830 0.7509 0.120 NA 0.632 0.000 0.236
#> SRR490324 3 0.0613 0.8961 0.004 NA 0.984 0.000 0.004
#> SRR490325 3 0.0613 0.8961 0.004 NA 0.984 0.000 0.004
#> SRR490326 3 0.0613 0.8961 0.004 NA 0.984 0.000 0.004
#> SRR490327 3 0.0613 0.8961 0.004 NA 0.984 0.000 0.004
#> SRR490328 1 0.3905 0.8072 0.828 NA 0.000 0.088 0.024
#> SRR490329 1 0.4153 0.8037 0.812 NA 0.000 0.088 0.024
#> SRR490330 1 0.4153 0.8037 0.812 NA 0.000 0.088 0.024
#> SRR490331 1 0.4153 0.8037 0.812 NA 0.000 0.088 0.024
#> SRR490332 1 0.5487 0.6924 0.664 NA 0.000 0.132 0.004
#> SRR490333 1 0.6537 0.3657 0.508 NA 0.000 0.268 0.004
#> SRR490334 1 0.6731 0.1928 0.452 NA 0.000 0.312 0.004
#> SRR490335 1 0.6327 0.4866 0.552 NA 0.000 0.224 0.004
#> SRR490336 4 0.4180 0.7916 0.036 NA 0.000 0.744 0.000
#> SRR490337 4 0.4180 0.7916 0.036 NA 0.000 0.744 0.000
#> SRR490338 4 0.4180 0.7916 0.036 NA 0.000 0.744 0.000
#> SRR490339 4 0.4180 0.7916 0.036 NA 0.000 0.744 0.000
#> SRR490340 1 0.4389 0.8014 0.792 NA 0.000 0.084 0.020
#> SRR490341 1 0.4389 0.8014 0.792 NA 0.000 0.084 0.020
#> SRR490342 1 0.4439 0.8000 0.788 NA 0.000 0.084 0.020
#> SRR490343 1 0.4439 0.8000 0.788 NA 0.000 0.084 0.020
#> SRR490344 1 0.6166 0.7644 0.672 NA 0.000 0.100 0.116
#> SRR490345 1 0.6345 0.7592 0.656 NA 0.000 0.108 0.120
#> SRR490346 1 0.6319 0.7649 0.668 NA 0.004 0.100 0.116
#> SRR490347 1 0.6259 0.7633 0.664 NA 0.000 0.108 0.116
#> SRR490348 4 0.2563 0.7937 0.000 NA 0.000 0.872 0.008
#> SRR490349 4 0.2563 0.7937 0.000 NA 0.000 0.872 0.008
#> SRR490350 4 0.2563 0.7937 0.000 NA 0.000 0.872 0.008
#> SRR490351 4 0.2563 0.7937 0.000 NA 0.000 0.872 0.008
#> SRR490352 4 0.2462 0.7949 0.000 NA 0.000 0.880 0.008
#> SRR490353 4 0.2462 0.7949 0.000 NA 0.000 0.880 0.008
#> SRR490354 4 0.2462 0.7949 0.000 NA 0.000 0.880 0.008
#> SRR490355 4 0.2462 0.7949 0.000 NA 0.000 0.880 0.008
#> SRR490356 1 0.7235 0.6818 0.544 NA 0.000 0.176 0.084
#> SRR490357 1 0.7290 0.6721 0.536 NA 0.000 0.184 0.084
#> SRR490358 1 0.7235 0.6818 0.544 NA 0.000 0.176 0.084
#> SRR490359 1 0.7235 0.6818 0.544 NA 0.000 0.176 0.084
#> SRR490360 4 0.7494 0.0818 0.260 NA 0.000 0.480 0.072
#> SRR490361 4 0.6882 0.4198 0.156 NA 0.000 0.584 0.072
#> SRR490362 4 0.6670 0.4763 0.132 NA 0.000 0.608 0.072
#> SRR490363 4 0.6882 0.4198 0.156 NA 0.000 0.584 0.072
#> SRR490364 4 0.3238 0.7813 0.000 NA 0.000 0.836 0.028
#> SRR490365 4 0.3238 0.7813 0.000 NA 0.000 0.836 0.028
#> SRR490366 4 0.3238 0.7813 0.000 NA 0.000 0.836 0.028
#> SRR490367 4 0.3238 0.7813 0.000 NA 0.000 0.836 0.028
#> SRR490368 4 0.2017 0.8047 0.000 NA 0.000 0.912 0.008
#> SRR490369 4 0.1956 0.8065 0.000 NA 0.000 0.916 0.008
#> SRR490370 4 0.2017 0.8047 0.000 NA 0.000 0.912 0.008
#> SRR490371 4 0.1956 0.8065 0.000 NA 0.000 0.916 0.008
#> SRR490372 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 1 0.7426 0.6760 0.536 NA 0.000 0.184 0.128
#> SRR490377 1 0.7538 0.6474 0.516 NA 0.000 0.208 0.124
#> SRR490378 1 0.7623 0.6248 0.500 NA 0.000 0.224 0.124
#> SRR490379 1 0.7582 0.6358 0.508 NA 0.000 0.216 0.124
#> SRR490380 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 4 0.3007 0.7874 0.004 NA 0.000 0.864 0.028
#> SRR490385 4 0.2953 0.7893 0.004 NA 0.000 0.868 0.028
#> SRR490386 4 0.3007 0.7874 0.004 NA 0.000 0.864 0.028
#> SRR490387 4 0.2953 0.7893 0.004 NA 0.000 0.868 0.028
#> SRR490388 4 0.3366 0.7769 0.008 NA 0.000 0.844 0.032
#> SRR490389 4 0.3059 0.7864 0.004 NA 0.000 0.860 0.028
#> SRR490390 4 0.3059 0.7864 0.004 NA 0.000 0.860 0.028
#> SRR490391 4 0.3059 0.7864 0.004 NA 0.000 0.860 0.028
#> SRR490392 4 0.2568 0.7958 0.004 NA 0.000 0.888 0.016
#> SRR490393 4 0.2775 0.7918 0.004 NA 0.000 0.876 0.020
#> SRR490394 4 0.2568 0.7958 0.004 NA 0.000 0.888 0.016
#> SRR490395 4 0.2568 0.7958 0.004 NA 0.000 0.888 0.016
#> SRR490396 4 0.2972 0.7874 0.004 NA 0.000 0.864 0.024
#> SRR490397 4 0.2972 0.7874 0.004 NA 0.000 0.864 0.024
#> SRR490398 4 0.2972 0.7874 0.004 NA 0.000 0.864 0.024
#> SRR490399 4 0.2972 0.7874 0.004 NA 0.000 0.864 0.024
#> SRR490400 4 0.2293 0.8001 0.000 NA 0.000 0.900 0.016
#> SRR490401 4 0.2293 0.8001 0.000 NA 0.000 0.900 0.016
#> SRR490402 4 0.2293 0.8001 0.000 NA 0.000 0.900 0.016
#> SRR490403 4 0.2293 0.8001 0.000 NA 0.000 0.900 0.016
#> SRR490404 1 0.7120 0.6653 0.552 NA 0.000 0.212 0.076
#> SRR490405 1 0.7143 0.6604 0.548 NA 0.000 0.216 0.076
#> SRR490406 1 0.7096 0.6704 0.556 NA 0.000 0.208 0.076
#> SRR490407 1 0.7096 0.6704 0.556 NA 0.000 0.208 0.076
#> SRR490408 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490409 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490410 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490411 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490412 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.4139 0.7978 0.808 NA 0.000 0.088 0.016
#> SRR490417 1 0.4350 0.7924 0.792 NA 0.000 0.088 0.016
#> SRR490418 1 0.4817 0.7725 0.752 NA 0.000 0.092 0.016
#> SRR490419 1 0.4590 0.7847 0.772 NA 0.000 0.088 0.016
#> SRR490420 1 0.3841 0.7962 0.848 NA 0.012 0.052 0.056
#> SRR490421 1 0.3510 0.8035 0.856 NA 0.000 0.064 0.048
#> SRR490422 1 0.3510 0.8035 0.856 NA 0.000 0.064 0.048
#> SRR490423 1 0.3510 0.8035 0.856 NA 0.000 0.064 0.048
#> SRR490424 3 0.4615 0.8572 0.044 NA 0.736 0.000 0.208
#> SRR490425 3 0.4646 0.8553 0.044 NA 0.732 0.000 0.212
#> SRR490426 3 0.4646 0.8553 0.044 NA 0.732 0.000 0.212
#> SRR490427 3 0.4676 0.8531 0.044 NA 0.728 0.000 0.216
#> SRR490428 1 0.5436 0.7147 0.724 NA 0.048 0.024 0.176
#> SRR490429 1 0.5459 0.7241 0.724 NA 0.040 0.032 0.176
#> SRR490430 1 0.5194 0.7343 0.740 NA 0.028 0.032 0.172
#> SRR490431 1 0.5459 0.7241 0.724 NA 0.040 0.032 0.176
#> SRR490432 1 0.3750 0.7998 0.824 NA 0.000 0.084 0.004
#> SRR490433 1 0.3750 0.7998 0.824 NA 0.000 0.084 0.004
#> SRR490434 1 0.3750 0.7998 0.824 NA 0.000 0.084 0.004
#> SRR490435 1 0.3750 0.7998 0.824 NA 0.000 0.084 0.004
#> SRR490436 1 0.4624 0.7815 0.752 NA 0.000 0.096 0.004
#> SRR490437 1 0.4624 0.7815 0.752 NA 0.000 0.096 0.004
#> SRR490438 1 0.4624 0.7815 0.752 NA 0.000 0.096 0.004
#> SRR490439 1 0.4624 0.7815 0.752 NA 0.000 0.096 0.004
#> SRR490440 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490441 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490442 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490443 4 0.2964 0.8178 0.000 NA 0.000 0.856 0.024
#> SRR490444 4 0.5192 0.7751 0.080 NA 0.000 0.724 0.028
#> SRR490445 4 0.5192 0.7751 0.080 NA 0.000 0.724 0.028
#> SRR490446 4 0.5192 0.7751 0.080 NA 0.000 0.724 0.028
#> SRR490447 4 0.5192 0.7751 0.080 NA 0.000 0.724 0.028
#> SRR490448 1 0.3274 0.8047 0.868 NA 0.000 0.060 0.048
#> SRR490449 1 0.3274 0.8047 0.868 NA 0.000 0.060 0.048
#> SRR490450 1 0.3274 0.8047 0.868 NA 0.000 0.060 0.048
#> SRR490451 1 0.3274 0.8047 0.868 NA 0.000 0.060 0.048
#> SRR490452 1 0.5927 0.5980 0.628 NA 0.096 0.000 0.252
#> SRR490453 1 0.5832 0.6070 0.636 NA 0.088 0.000 0.252
#> SRR490454 1 0.5832 0.6070 0.636 NA 0.088 0.000 0.252
#> SRR490455 1 0.5832 0.6070 0.636 NA 0.088 0.000 0.252
#> SRR490456 1 0.3439 0.8009 0.844 NA 0.000 0.092 0.004
#> SRR490457 1 0.3439 0.8009 0.844 NA 0.000 0.092 0.004
#> SRR490458 1 0.3439 0.8009 0.844 NA 0.000 0.092 0.004
#> SRR490459 1 0.3439 0.8009 0.844 NA 0.000 0.092 0.004
#> SRR490460 1 0.3093 0.8072 0.872 NA 0.000 0.080 0.016
#> SRR490461 1 0.3209 0.8075 0.864 NA 0.000 0.088 0.016
#> SRR490462 1 0.3265 0.8071 0.860 NA 0.000 0.092 0.016
#> SRR490463 1 0.3209 0.8075 0.864 NA 0.000 0.088 0.016
#> SRR490464 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.6612 0.3352 0.308 NA 0.000 0.452 0.000
#> SRR490469 4 0.6625 0.1664 0.368 NA 0.000 0.412 0.000
#> SRR490470 4 0.6602 0.3471 0.304 NA 0.000 0.456 0.000
#> SRR490471 4 0.6612 0.3352 0.308 NA 0.000 0.452 0.000
#> SRR490472 4 0.3309 0.8159 0.000 NA 0.000 0.836 0.036
#> SRR490473 4 0.3309 0.8159 0.000 NA 0.000 0.836 0.036
#> SRR490474 4 0.3309 0.8159 0.000 NA 0.000 0.836 0.036
#> SRR490475 4 0.3309 0.8159 0.000 NA 0.000 0.836 0.036
#> SRR490476 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.8976 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.4073 0.7939 0.032 NA 0.000 0.752 0.000
#> SRR490481 4 0.4073 0.7939 0.032 NA 0.000 0.752 0.000
#> SRR490482 4 0.4073 0.7939 0.032 NA 0.000 0.752 0.000
#> SRR490483 4 0.4073 0.7939 0.032 NA 0.000 0.752 0.000
#> SRR490484 4 0.4365 0.7884 0.036 NA 0.000 0.736 0.004
#> SRR490485 4 0.4288 0.7904 0.032 NA 0.000 0.740 0.004
#> SRR490486 4 0.4258 0.7922 0.032 NA 0.000 0.744 0.004
#> SRR490487 4 0.4365 0.7884 0.036 NA 0.000 0.736 0.004
#> SRR490488 4 0.4429 0.7808 0.028 NA 0.000 0.712 0.004
#> SRR490489 4 0.4429 0.7808 0.028 NA 0.000 0.712 0.004
#> SRR490490 4 0.4429 0.7808 0.028 NA 0.000 0.712 0.004
#> SRR490491 4 0.4429 0.7808 0.028 NA 0.000 0.712 0.004
#> SRR490492 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490493 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490494 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490495 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490496 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490497 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490498 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490499 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490500 4 0.4689 0.7576 0.048 NA 0.000 0.688 0.000
#> SRR490501 4 0.4689 0.7576 0.048 NA 0.000 0.688 0.000
#> SRR490502 4 0.4689 0.7576 0.048 NA 0.000 0.688 0.000
#> SRR490503 4 0.4689 0.7576 0.048 NA 0.000 0.688 0.000
#> SRR490504 4 0.3355 0.8144 0.000 NA 0.000 0.832 0.036
#> SRR490505 4 0.3355 0.8144 0.000 NA 0.000 0.832 0.036
#> SRR490506 4 0.3355 0.8144 0.000 NA 0.000 0.832 0.036
#> SRR490507 4 0.3355 0.8144 0.000 NA 0.000 0.832 0.036
#> SRR490508 4 0.4196 0.8022 0.016 NA 0.000 0.768 0.024
#> SRR490509 4 0.4161 0.8034 0.016 NA 0.000 0.772 0.024
#> SRR490510 4 0.4125 0.8045 0.016 NA 0.000 0.776 0.024
#> SRR490511 4 0.4125 0.8045 0.016 NA 0.000 0.776 0.024
#> SRR490512 4 0.4197 0.7944 0.032 NA 0.000 0.752 0.004
#> SRR490513 4 0.4197 0.7944 0.032 NA 0.000 0.752 0.004
#> SRR490514 4 0.4197 0.7944 0.032 NA 0.000 0.752 0.004
#> SRR490515 4 0.4197 0.7944 0.032 NA 0.000 0.752 0.004
#> SRR490516 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490517 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490518 4 0.3929 0.7975 0.028 NA 0.000 0.764 0.000
#> SRR490519 4 0.3929 0.7975 0.028 NA 0.000 0.764 0.000
#> SRR490520 4 0.4042 0.7953 0.032 NA 0.000 0.756 0.000
#> SRR490521 4 0.4042 0.7953 0.032 NA 0.000 0.756 0.000
#> SRR490522 4 0.4042 0.7953 0.032 NA 0.000 0.756 0.000
#> SRR490523 4 0.4042 0.7953 0.032 NA 0.000 0.756 0.000
#> SRR490524 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490525 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490526 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490527 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490528 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490529 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490530 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490531 4 0.4010 0.7959 0.032 NA 0.000 0.760 0.000
#> SRR490532 1 0.5603 0.6515 0.676 NA 0.076 0.000 0.216
#> SRR490533 1 0.5656 0.6478 0.672 NA 0.080 0.000 0.216
#> SRR490534 1 0.5433 0.6649 0.688 NA 0.064 0.000 0.216
#> SRR490535 1 0.5708 0.6433 0.668 NA 0.084 0.000 0.216
#> SRR490536 4 0.3327 0.8123 0.000 NA 0.000 0.828 0.028
#> SRR490537 4 0.3327 0.8123 0.000 NA 0.000 0.828 0.028
#> SRR490538 4 0.3327 0.8123 0.000 NA 0.000 0.828 0.028
#> SRR490539 4 0.3327 0.8123 0.000 NA 0.000 0.828 0.028
#> SRR490540 4 0.3464 0.7897 0.000 NA 0.000 0.836 0.068
#> SRR490541 4 0.3464 0.7897 0.000 NA 0.000 0.836 0.068
#> SRR490542 4 0.3464 0.7897 0.000 NA 0.000 0.836 0.068
#> SRR490543 4 0.3464 0.7897 0.000 NA 0.000 0.836 0.068
#> SRR490544 4 0.1818 0.8194 0.000 NA 0.000 0.932 0.024
#> SRR490545 4 0.1661 0.8209 0.000 NA 0.000 0.940 0.024
#> SRR490546 4 0.1741 0.8202 0.000 NA 0.000 0.936 0.024
#> SRR490547 4 0.1965 0.8176 0.000 NA 0.000 0.924 0.024
#> SRR490548 4 0.2172 0.8059 0.000 NA 0.000 0.908 0.016
#> SRR490549 4 0.2110 0.8072 0.000 NA 0.000 0.912 0.016
#> SRR490550 4 0.2110 0.8072 0.000 NA 0.000 0.912 0.016
#> SRR490551 4 0.2006 0.8081 0.000 NA 0.000 0.916 0.012
#> SRR490552 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490553 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490554 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490555 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490556 4 0.0807 0.8238 0.000 NA 0.000 0.976 0.012
#> SRR490557 4 0.0807 0.8238 0.000 NA 0.000 0.976 0.012
#> SRR490558 4 0.0807 0.8238 0.000 NA 0.000 0.976 0.012
#> SRR490559 4 0.0807 0.8238 0.000 NA 0.000 0.976 0.012
#> SRR490560 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490561 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490562 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490563 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490564 4 0.6852 0.2901 0.272 NA 0.000 0.532 0.036
#> SRR490565 4 0.6799 0.3233 0.260 NA 0.000 0.544 0.036
#> SRR490566 4 0.6835 0.3002 0.268 NA 0.000 0.536 0.036
#> SRR490567 4 0.6817 0.3105 0.264 NA 0.000 0.540 0.036
#> SRR490568 4 0.7811 -0.0162 0.296 NA 0.000 0.428 0.096
#> SRR490569 4 0.7466 0.3263 0.208 NA 0.000 0.516 0.096
#> SRR490570 4 0.7488 0.3136 0.212 NA 0.000 0.512 0.096
#> SRR490571 4 0.7510 0.3007 0.216 NA 0.000 0.508 0.096
#> SRR490572 4 0.1893 0.8223 0.000 NA 0.000 0.928 0.024
#> SRR490573 4 0.1893 0.8223 0.000 NA 0.000 0.928 0.024
#> SRR490574 4 0.1893 0.8223 0.000 NA 0.000 0.928 0.024
#> SRR490575 4 0.1893 0.8223 0.000 NA 0.000 0.928 0.024
#> SRR490576 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490577 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490578 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490579 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490580 4 0.2069 0.8063 0.000 NA 0.000 0.912 0.012
#> SRR490581 4 0.2069 0.8063 0.000 NA 0.000 0.912 0.012
#> SRR490582 4 0.2069 0.8063 0.000 NA 0.000 0.912 0.012
#> SRR490583 4 0.2069 0.8063 0.000 NA 0.000 0.912 0.012
#> SRR490584 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490585 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490586 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490587 4 0.0451 0.8239 0.000 NA 0.000 0.988 0.008
#> SRR490588 4 0.1408 0.8156 0.000 NA 0.000 0.948 0.008
#> SRR490589 4 0.1331 0.8166 0.000 NA 0.000 0.952 0.008
#> SRR490590 4 0.1331 0.8166 0.000 NA 0.000 0.952 0.008
#> SRR490591 4 0.1331 0.8166 0.000 NA 0.000 0.952 0.008
#> SRR490592 4 0.2616 0.7972 0.000 NA 0.000 0.880 0.020
#> SRR490593 4 0.2616 0.7972 0.000 NA 0.000 0.880 0.020
#> SRR490594 4 0.2616 0.7972 0.000 NA 0.000 0.880 0.020
#> SRR490595 4 0.2616 0.7972 0.000 NA 0.000 0.880 0.020
#> SRR490596 1 0.5769 0.7774 0.704 NA 0.000 0.108 0.076
#> SRR490597 1 0.5947 0.7691 0.688 NA 0.000 0.124 0.076
#> SRR490598 1 0.5904 0.7717 0.692 NA 0.000 0.120 0.076
#> SRR490599 1 0.5904 0.7717 0.692 NA 0.000 0.120 0.076
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 1 0.6000 0.6985 0.552 0.020 0.004 0.164 NA NA
#> SRR490217 1 0.6010 0.6983 0.552 0.020 0.004 0.168 NA NA
#> SRR490218 1 0.6010 0.6983 0.552 0.020 0.004 0.168 NA NA
#> SRR490219 1 0.6010 0.6983 0.552 0.020 0.004 0.168 NA NA
#> SRR490220 1 0.3082 0.7797 0.864 0.016 0.004 0.036 NA NA
#> SRR490221 1 0.3135 0.7796 0.860 0.016 0.004 0.036 NA NA
#> SRR490222 1 0.3082 0.7797 0.864 0.016 0.004 0.036 NA NA
#> SRR490223 1 0.3082 0.7797 0.864 0.016 0.004 0.036 NA NA
#> SRR490224 3 0.3074 0.8462 0.004 0.000 0.792 0.000 NA NA
#> SRR490225 3 0.3074 0.8462 0.004 0.000 0.792 0.000 NA NA
#> SRR490226 3 0.3074 0.8462 0.004 0.000 0.792 0.000 NA NA
#> SRR490227 3 0.3104 0.8453 0.004 0.000 0.788 0.000 NA NA
#> SRR490228 3 0.4480 0.8259 0.024 0.000 0.712 0.016 NA NA
#> SRR490229 3 0.4624 0.8220 0.032 0.000 0.704 0.016 NA NA
#> SRR490230 3 0.4624 0.8220 0.032 0.000 0.704 0.016 NA NA
#> SRR490231 3 0.4624 0.8220 0.032 0.000 0.704 0.016 NA NA
#> SRR490232 1 0.5641 0.4395 0.504 0.000 0.124 0.008 NA NA
#> SRR490233 1 0.5004 0.5546 0.568 0.000 0.060 0.008 NA NA
#> SRR490234 1 0.4845 0.5717 0.580 0.000 0.048 0.008 NA NA
#> SRR490235 1 0.4348 0.6082 0.600 0.000 0.016 0.008 NA NA
#> SRR490236 3 0.3927 0.8387 0.008 0.000 0.748 0.020 NA NA
#> SRR490237 3 0.4113 0.8362 0.016 0.000 0.740 0.020 NA NA
#> SRR490238 3 0.3927 0.8387 0.008 0.000 0.748 0.020 NA NA
#> SRR490239 3 0.4113 0.8362 0.016 0.000 0.740 0.020 NA NA
#> SRR490240 1 0.1508 0.7762 0.948 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490241 1 0.1508 0.7762 0.948 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490242 1 0.1508 0.7762 0.948 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490243 1 0.1508 0.7762 0.948 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490244 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490245 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490246 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490247 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490248 1 0.5875 0.7066 0.564 0.020 0.004 0.140 NA NA
#> SRR490249 1 0.5875 0.7066 0.564 0.020 0.004 0.140 NA NA
#> SRR490250 1 0.5875 0.7066 0.564 0.020 0.004 0.140 NA NA
#> SRR490251 1 0.5875 0.7066 0.564 0.020 0.004 0.140 NA NA
#> SRR490252 1 0.3851 0.7716 0.808 0.032 0.000 0.028 NA NA
#> SRR490253 1 0.3808 0.7726 0.812 0.032 0.000 0.028 NA NA
#> SRR490254 1 0.3935 0.7699 0.800 0.032 0.000 0.028 NA NA
#> SRR490255 1 0.4015 0.7678 0.792 0.032 0.000 0.028 NA NA
#> SRR490256 1 0.4241 0.6360 0.644 0.000 0.016 0.004 NA NA
#> SRR490257 1 0.4241 0.6360 0.644 0.000 0.016 0.004 NA NA
#> SRR490258 1 0.4241 0.6360 0.644 0.000 0.016 0.004 NA NA
#> SRR490259 1 0.4241 0.6360 0.644 0.000 0.016 0.004 NA NA
#> SRR490260 3 0.4579 0.7870 0.036 0.000 0.652 0.008 NA NA
#> SRR490261 3 0.4579 0.7870 0.036 0.000 0.652 0.008 NA NA
#> SRR490262 3 0.4579 0.7870 0.036 0.000 0.652 0.008 NA NA
#> SRR490263 3 0.4579 0.7870 0.036 0.000 0.652 0.008 NA NA
#> SRR490264 3 0.3134 0.8442 0.004 0.000 0.784 0.004 NA NA
#> SRR490265 3 0.3134 0.8442 0.004 0.000 0.784 0.004 NA NA
#> SRR490266 3 0.3370 0.8408 0.012 0.000 0.772 0.004 NA NA
#> SRR490267 3 0.3370 0.8408 0.012 0.000 0.772 0.004 NA NA
#> SRR490268 1 0.4076 0.6228 0.636 0.000 0.012 0.000 NA NA
#> SRR490269 1 0.4076 0.6228 0.636 0.000 0.012 0.000 NA NA
#> SRR490270 1 0.4076 0.6228 0.636 0.000 0.012 0.000 NA NA
#> SRR490271 1 0.4076 0.6228 0.636 0.000 0.012 0.000 NA NA
#> SRR490272 3 0.4299 0.7840 0.040 0.000 0.652 0.000 NA NA
#> SRR490273 3 0.4299 0.7840 0.040 0.000 0.652 0.000 NA NA
#> SRR490274 3 0.4299 0.7840 0.040 0.000 0.652 0.000 NA NA
#> SRR490275 3 0.4299 0.7840 0.040 0.000 0.652 0.000 NA NA
#> SRR490276 3 0.4424 0.7708 0.044 0.000 0.632 0.000 NA NA
#> SRR490277 3 0.4424 0.7710 0.044 0.000 0.632 0.000 NA NA
#> SRR490278 3 0.5209 0.6912 0.112 0.000 0.564 0.000 NA NA
#> SRR490279 3 0.4482 0.7669 0.048 0.000 0.628 0.000 NA NA
#> SRR490280 3 0.0405 0.8679 0.000 0.000 0.988 0.008 NA NA
#> SRR490281 3 0.0405 0.8679 0.000 0.000 0.988 0.008 NA NA
#> SRR490282 3 0.0405 0.8679 0.000 0.000 0.988 0.008 NA NA
#> SRR490283 3 0.0405 0.8679 0.000 0.000 0.988 0.008 NA NA
#> SRR490284 3 0.0603 0.8681 0.000 0.000 0.980 0.000 NA NA
#> SRR490285 3 0.0603 0.8681 0.000 0.000 0.980 0.000 NA NA
#> SRR490286 3 0.0603 0.8681 0.000 0.000 0.980 0.000 NA NA
#> SRR490287 3 0.0603 0.8681 0.000 0.000 0.980 0.000 NA NA
#> SRR490288 1 0.4724 0.6719 0.640 0.000 0.016 0.020 NA NA
#> SRR490289 1 0.4515 0.6968 0.672 0.000 0.012 0.020 NA NA
#> SRR490290 1 0.4558 0.7011 0.672 0.004 0.008 0.020 NA NA
#> SRR490291 1 0.4558 0.7011 0.672 0.004 0.008 0.020 NA NA
#> SRR490292 1 0.3387 0.7759 0.852 0.012 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490293 1 0.3479 0.7765 0.848 0.016 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490294 1 0.3479 0.7765 0.848 0.016 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490295 1 0.3479 0.7765 0.848 0.016 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490296 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490297 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490298 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490299 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490300 1 0.5394 0.7416 0.700 0.028 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490301 1 0.5394 0.7416 0.700 0.028 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490302 1 0.5394 0.7416 0.700 0.028 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490303 1 0.5394 0.7416 0.700 0.028 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490304 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490305 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490306 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490307 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490308 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490309 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490310 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490311 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490312 1 0.5740 0.7162 0.596 0.020 0.008 0.120 NA NA
#> SRR490313 1 0.5656 0.7163 0.596 0.020 0.004 0.120 NA NA
#> SRR490314 1 0.5656 0.7163 0.596 0.020 0.004 0.120 NA NA
#> SRR490315 1 0.5656 0.7163 0.596 0.020 0.004 0.120 NA NA
#> SRR490316 1 0.4637 0.7712 0.748 0.016 0.004 0.092 NA NA
#> SRR490317 1 0.4675 0.7706 0.744 0.016 0.004 0.092 NA NA
#> SRR490318 1 0.4637 0.7712 0.748 0.016 0.004 0.092 NA NA
#> SRR490319 1 0.4498 0.7726 0.752 0.016 0.000 0.092 NA NA
#> SRR490320 3 0.6047 0.6275 0.140 0.000 0.524 0.012 NA NA
#> SRR490321 3 0.6017 0.6348 0.136 0.000 0.528 0.012 NA NA
#> SRR490322 3 0.5986 0.6417 0.132 0.000 0.532 0.012 NA NA
#> SRR490323 3 0.6017 0.6348 0.136 0.000 0.528 0.012 NA NA
#> SRR490324 3 0.0665 0.8690 0.000 0.000 0.980 0.004 NA NA
#> SRR490325 3 0.0665 0.8690 0.000 0.000 0.980 0.004 NA NA
#> SRR490326 3 0.0665 0.8690 0.000 0.000 0.980 0.004 NA NA
#> SRR490327 3 0.0665 0.8690 0.000 0.000 0.980 0.004 NA NA
#> SRR490328 1 0.4677 0.7746 0.764 0.012 0.000 0.064 NA NA
#> SRR490329 1 0.4818 0.7721 0.756 0.016 0.000 0.064 NA NA
#> SRR490330 1 0.4818 0.7721 0.756 0.016 0.000 0.064 NA NA
#> SRR490331 1 0.4872 0.7715 0.752 0.016 0.000 0.068 NA NA
#> SRR490332 1 0.5975 0.6384 0.620 0.076 0.000 0.036 NA NA
#> SRR490333 1 0.7046 0.2926 0.468 0.220 0.000 0.036 NA NA
#> SRR490334 1 0.7107 0.2470 0.452 0.232 0.000 0.036 NA NA
#> SRR490335 1 0.6883 0.4156 0.508 0.176 0.000 0.036 NA NA
#> SRR490336 2 0.4363 0.7500 0.012 0.660 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490337 2 0.4363 0.7500 0.012 0.660 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490338 2 0.4363 0.7500 0.012 0.660 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490339 2 0.4363 0.7500 0.012 0.660 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490340 1 0.4058 0.7753 0.808 0.016 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490341 1 0.4171 0.7744 0.800 0.016 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490342 1 0.4171 0.7744 0.800 0.016 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490343 1 0.4122 0.7752 0.804 0.016 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490344 1 0.5901 0.7150 0.580 0.032 0.000 0.124 NA NA
#> SRR490345 1 0.5918 0.7131 0.576 0.032 0.000 0.124 NA NA
#> SRR490346 1 0.5901 0.7150 0.580 0.032 0.000 0.124 NA NA
#> SRR490347 1 0.5901 0.7150 0.580 0.032 0.000 0.124 NA NA
#> SRR490348 2 0.3652 0.7439 0.000 0.820 0.000 0.072 NA NA
#> SRR490349 2 0.3652 0.7439 0.000 0.820 0.000 0.072 NA NA
#> SRR490350 2 0.3652 0.7439 0.000 0.820 0.000 0.072 NA NA
#> SRR490351 2 0.3652 0.7439 0.000 0.820 0.000 0.072 NA NA
#> SRR490352 2 0.3376 0.7491 0.000 0.836 0.000 0.060 NA NA
#> SRR490353 2 0.3376 0.7491 0.000 0.836 0.000 0.060 NA NA
#> SRR490354 2 0.3376 0.7491 0.000 0.836 0.000 0.060 NA NA
#> SRR490355 2 0.3376 0.7491 0.000 0.836 0.000 0.060 NA NA
#> SRR490356 1 0.7288 0.6506 0.500 0.120 0.000 0.096 NA NA
#> SRR490357 1 0.7437 0.6308 0.480 0.140 0.000 0.096 NA NA
#> SRR490358 1 0.7288 0.6506 0.500 0.120 0.000 0.096 NA NA
#> SRR490359 1 0.7288 0.6506 0.500 0.120 0.000 0.096 NA NA
#> SRR490360 2 0.7530 0.0267 0.220 0.416 0.000 0.196 NA NA
#> SRR490361 2 0.7014 0.3324 0.136 0.512 0.000 0.188 NA NA
#> SRR490362 2 0.6921 0.3632 0.124 0.524 0.000 0.188 NA NA
#> SRR490363 2 0.7036 0.3233 0.136 0.508 0.000 0.192 NA NA
#> SRR490364 2 0.3446 0.7443 0.004 0.832 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490365 2 0.3446 0.7443 0.004 0.832 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490366 2 0.3446 0.7443 0.004 0.832 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490367 2 0.3446 0.7443 0.004 0.832 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490368 2 0.2126 0.7636 0.000 0.904 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490369 2 0.2011 0.7665 0.000 0.912 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490370 2 0.2126 0.7636 0.000 0.904 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490371 2 0.2011 0.7665 0.000 0.912 0.000 0.020 NA NA
#> SRR490372 3 0.0436 0.8676 0.000 0.000 0.988 0.004 NA NA
#> SRR490373 3 0.0436 0.8676 0.000 0.000 0.988 0.004 NA NA
#> SRR490374 3 0.0436 0.8676 0.000 0.000 0.988 0.004 NA NA
#> SRR490375 3 0.0436 0.8676 0.000 0.000 0.988 0.004 NA NA
#> SRR490376 1 0.6850 0.6529 0.488 0.092 0.000 0.148 NA NA
#> SRR490377 1 0.6990 0.6387 0.472 0.108 0.000 0.148 NA NA
#> SRR490378 1 0.7023 0.6349 0.468 0.112 0.000 0.148 NA NA
#> SRR490379 1 0.6990 0.6387 0.472 0.108 0.000 0.148 NA NA
#> SRR490380 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490381 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490382 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490383 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490384 2 0.3393 0.7391 0.008 0.828 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490385 2 0.3328 0.7403 0.008 0.832 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490386 2 0.3328 0.7403 0.008 0.832 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490387 2 0.3218 0.7430 0.004 0.836 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490388 2 0.3338 0.7389 0.012 0.840 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490389 2 0.3338 0.7389 0.012 0.840 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490390 2 0.3338 0.7389 0.012 0.840 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490391 2 0.3338 0.7389 0.012 0.840 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490392 2 0.2964 0.7454 0.004 0.856 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490393 2 0.3012 0.7446 0.004 0.852 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490394 2 0.2964 0.7454 0.004 0.856 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490395 2 0.2964 0.7454 0.004 0.856 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490396 2 0.3338 0.7389 0.012 0.840 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490397 2 0.3239 0.7410 0.008 0.844 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490398 2 0.3338 0.7389 0.012 0.840 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490399 2 0.3239 0.7410 0.008 0.844 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490400 2 0.2630 0.7525 0.000 0.872 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490401 2 0.2630 0.7525 0.000 0.872 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490402 2 0.2630 0.7525 0.000 0.872 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490403 2 0.2630 0.7525 0.000 0.872 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490404 1 0.6900 0.6589 0.532 0.140 0.000 0.088 NA NA
#> SRR490405 1 0.7012 0.6440 0.516 0.156 0.000 0.088 NA NA
#> SRR490406 1 0.6958 0.6512 0.524 0.148 0.000 0.088 NA NA
#> SRR490407 1 0.6958 0.6512 0.524 0.148 0.000 0.088 NA NA
#> SRR490408 2 0.3715 0.7698 0.000 0.764 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490409 2 0.3715 0.7698 0.000 0.764 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490410 2 0.3715 0.7698 0.000 0.764 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490411 2 0.3715 0.7698 0.000 0.764 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490412 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490413 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490414 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490415 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490416 1 0.3057 0.7640 0.856 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490417 1 0.3149 0.7639 0.852 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490418 1 0.3659 0.7466 0.804 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490419 1 0.3376 0.7581 0.832 0.020 0.000 0.012 NA NA
#> SRR490420 1 0.2907 0.7645 0.872 0.008 0.004 0.008 NA NA
#> SRR490421 1 0.2756 0.7682 0.880 0.012 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490422 1 0.2756 0.7682 0.880 0.012 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490423 1 0.2756 0.7682 0.880 0.012 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490424 3 0.4637 0.8115 0.024 0.000 0.684 0.012 NA NA
#> SRR490425 3 0.4780 0.8067 0.032 0.000 0.676 0.012 NA NA
#> SRR490426 3 0.4780 0.8067 0.032 0.000 0.676 0.012 NA NA
#> SRR490427 3 0.4780 0.8067 0.032 0.000 0.676 0.012 NA NA
#> SRR490428 1 0.4534 0.6838 0.692 0.000 0.012 0.016 NA NA
#> SRR490429 1 0.4534 0.6838 0.692 0.000 0.012 0.016 NA NA
#> SRR490430 1 0.4346 0.6945 0.712 0.000 0.008 0.016 NA NA
#> SRR490431 1 0.4534 0.6838 0.692 0.000 0.012 0.016 NA NA
#> SRR490432 1 0.3220 0.7710 0.856 0.016 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490433 1 0.3220 0.7710 0.856 0.016 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490434 1 0.3273 0.7706 0.852 0.016 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490435 1 0.3273 0.7706 0.852 0.016 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490436 1 0.4380 0.7473 0.772 0.032 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490437 1 0.4380 0.7473 0.772 0.032 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490438 1 0.4380 0.7473 0.772 0.032 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490439 1 0.4380 0.7473 0.772 0.032 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490440 2 0.3776 0.7692 0.000 0.760 0.000 0.052 NA NA
#> SRR490441 2 0.3776 0.7692 0.000 0.760 0.000 0.052 NA NA
#> SRR490442 2 0.3776 0.7692 0.000 0.760 0.000 0.052 NA NA
#> SRR490443 2 0.3776 0.7692 0.000 0.760 0.000 0.052 NA NA
#> SRR490444 2 0.6042 0.7139 0.072 0.612 0.000 0.072 NA NA
#> SRR490445 2 0.6089 0.7130 0.072 0.608 0.000 0.076 NA NA
#> SRR490446 2 0.6089 0.7130 0.072 0.608 0.000 0.076 NA NA
#> SRR490447 2 0.6089 0.7130 0.072 0.608 0.000 0.076 NA NA
#> SRR490448 1 0.2717 0.7725 0.884 0.012 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490449 1 0.2717 0.7725 0.884 0.012 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490450 1 0.2717 0.7725 0.884 0.012 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490451 1 0.2717 0.7725 0.884 0.012 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490452 1 0.5070 0.6131 0.612 0.000 0.028 0.012 NA NA
#> SRR490453 1 0.4831 0.6298 0.628 0.000 0.016 0.012 NA NA
#> SRR490454 1 0.4910 0.6264 0.624 0.000 0.020 0.012 NA NA
#> SRR490455 1 0.4831 0.6298 0.628 0.000 0.016 0.012 NA NA
#> SRR490456 1 0.2332 0.7716 0.904 0.016 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490457 1 0.2332 0.7716 0.904 0.016 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490458 1 0.2332 0.7716 0.904 0.016 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490459 1 0.2332 0.7716 0.904 0.016 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490460 1 0.2005 0.7736 0.924 0.016 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490461 1 0.2005 0.7736 0.924 0.016 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490462 1 0.2005 0.7736 0.924 0.016 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490463 1 0.2005 0.7736 0.924 0.016 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490464 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490465 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490466 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490467 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490468 2 0.6599 0.2627 0.352 0.384 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490469 1 0.6555 -0.1042 0.408 0.340 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490470 2 0.6597 0.2747 0.348 0.388 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490471 2 0.6599 0.2627 0.352 0.384 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490472 2 0.4121 0.7632 0.000 0.732 0.000 0.056 NA NA
#> SRR490473 2 0.4121 0.7632 0.000 0.732 0.000 0.056 NA NA
#> SRR490474 2 0.4121 0.7632 0.000 0.732 0.000 0.056 NA NA
#> SRR490475 2 0.4121 0.7632 0.000 0.732 0.000 0.056 NA NA
#> SRR490476 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490477 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490478 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490479 3 0.0000 0.8702 0.000 0.000 1.000 0.000 NA NA
#> SRR490480 2 0.3885 0.7526 0.012 0.684 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490481 2 0.3885 0.7526 0.012 0.684 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490482 2 0.3885 0.7526 0.012 0.684 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490483 2 0.3885 0.7526 0.012 0.684 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490484 2 0.4042 0.7482 0.016 0.664 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490485 2 0.4042 0.7482 0.016 0.664 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490486 2 0.4042 0.7482 0.016 0.664 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490487 2 0.4042 0.7482 0.016 0.664 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490488 2 0.4525 0.7238 0.012 0.616 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490489 2 0.4525 0.7238 0.012 0.616 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490490 2 0.4525 0.7238 0.012 0.616 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490491 2 0.4525 0.7238 0.012 0.616 0.000 0.008 NA NA
#> SRR490492 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490493 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490494 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490495 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490496 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490497 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490498 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490499 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490500 2 0.4975 0.7160 0.044 0.612 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490501 2 0.4975 0.7160 0.044 0.612 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490502 2 0.4975 0.7160 0.044 0.612 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490503 2 0.4975 0.7160 0.044 0.612 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490504 2 0.4008 0.7635 0.000 0.740 0.000 0.064 NA NA
#> SRR490505 2 0.4008 0.7635 0.000 0.740 0.000 0.064 NA NA
#> SRR490506 2 0.4008 0.7635 0.000 0.740 0.000 0.064 NA NA
#> SRR490507 2 0.4008 0.7635 0.000 0.740 0.000 0.064 NA NA
#> SRR490508 2 0.4449 0.7529 0.004 0.664 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490509 2 0.4430 0.7534 0.004 0.668 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490510 2 0.4430 0.7534 0.004 0.668 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490511 2 0.4430 0.7534 0.004 0.668 0.000 0.048 NA NA
#> SRR490512 2 0.3835 0.7483 0.012 0.668 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490513 2 0.3819 0.7491 0.012 0.672 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490514 2 0.3819 0.7491 0.012 0.672 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490515 2 0.3819 0.7491 0.012 0.672 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490516 2 0.3748 0.7540 0.012 0.688 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490517 2 0.3748 0.7540 0.012 0.688 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490518 2 0.3748 0.7540 0.012 0.688 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490519 2 0.3748 0.7540 0.012 0.688 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490520 2 0.3867 0.7548 0.012 0.688 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490521 2 0.3867 0.7548 0.012 0.688 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490522 2 0.3867 0.7548 0.012 0.688 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490523 2 0.3867 0.7548 0.012 0.688 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490524 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490525 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490526 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490527 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490528 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490529 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490530 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490531 2 0.3729 0.7542 0.012 0.692 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490532 1 0.4835 0.6745 0.676 0.000 0.012 0.024 NA NA
#> SRR490533 1 0.4835 0.6745 0.676 0.000 0.012 0.024 NA NA
#> SRR490534 1 0.4835 0.6745 0.676 0.000 0.012 0.024 NA NA
#> SRR490535 1 0.4835 0.6745 0.676 0.000 0.012 0.024 NA NA
#> SRR490536 2 0.4136 0.7625 0.000 0.732 0.000 0.076 NA NA
#> SRR490537 2 0.4136 0.7625 0.000 0.732 0.000 0.076 NA NA
#> SRR490538 2 0.4136 0.7625 0.000 0.732 0.000 0.076 NA NA
#> SRR490539 2 0.4136 0.7625 0.000 0.732 0.000 0.076 NA NA
#> SRR490540 2 0.3962 0.7454 0.000 0.796 0.000 0.104 NA NA
#> SRR490541 2 0.3962 0.7454 0.000 0.796 0.000 0.104 NA NA
#> SRR490542 2 0.3962 0.7454 0.000 0.796 0.000 0.104 NA NA
#> SRR490543 2 0.3962 0.7454 0.000 0.796 0.000 0.104 NA NA
#> SRR490544 2 0.1630 0.7816 0.000 0.940 0.000 0.024 NA NA
#> SRR490545 2 0.1448 0.7829 0.000 0.948 0.000 0.024 NA NA
#> SRR490546 2 0.1536 0.7822 0.000 0.944 0.000 0.024 NA NA
#> SRR490547 2 0.1944 0.7785 0.000 0.924 0.000 0.036 NA NA
#> SRR490548 2 0.2585 0.7583 0.000 0.880 0.000 0.024 NA NA
#> SRR490549 2 0.2532 0.7601 0.000 0.884 0.000 0.024 NA NA
#> SRR490550 2 0.2532 0.7601 0.000 0.884 0.000 0.024 NA NA
#> SRR490551 2 0.2532 0.7601 0.000 0.884 0.000 0.024 NA NA
#> SRR490552 2 0.0363 0.7844 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490553 2 0.0363 0.7844 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490554 2 0.0363 0.7844 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490555 2 0.0363 0.7844 0.000 0.988 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490556 2 0.0146 0.7848 0.000 0.996 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490557 2 0.0146 0.7848 0.000 0.996 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490558 2 0.0146 0.7848 0.000 0.996 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490559 2 0.0146 0.7848 0.000 0.996 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490560 2 0.0000 0.7848 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490561 2 0.0000 0.7848 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490562 2 0.0000 0.7848 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490563 2 0.0000 0.7848 0.000 1.000 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490564 2 0.7196 0.1686 0.284 0.468 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490565 2 0.7090 0.2622 0.252 0.500 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490566 2 0.7160 0.2056 0.272 0.480 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490567 2 0.7134 0.2290 0.264 0.488 0.000 0.040 NA NA
#> SRR490568 2 0.8536 -0.1118 0.272 0.316 0.000 0.160 NA NA
#> SRR490569 2 0.8180 0.2823 0.172 0.424 0.000 0.160 NA NA
#> SRR490570 2 0.8252 0.2509 0.180 0.412 0.000 0.160 NA NA
#> SRR490571 2 0.8287 0.2245 0.188 0.404 0.000 0.160 NA NA
#> SRR490572 2 0.1984 0.7815 0.000 0.912 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490573 2 0.1984 0.7815 0.000 0.912 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490574 2 0.1984 0.7815 0.000 0.912 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490575 2 0.1984 0.7815 0.000 0.912 0.000 0.032 NA NA
#> SRR490576 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490577 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490578 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490579 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490580 2 0.2151 0.7661 0.000 0.904 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490581 2 0.2151 0.7661 0.000 0.904 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490582 2 0.2151 0.7661 0.000 0.904 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490583 2 0.2151 0.7661 0.000 0.904 0.000 0.016 NA NA
#> SRR490584 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490585 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490586 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490587 2 0.0260 0.7844 0.000 0.992 0.000 0.000 NA NA
#> SRR490588 2 0.1340 0.7778 0.000 0.948 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490589 2 0.1340 0.7778 0.000 0.948 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490590 2 0.1340 0.7778 0.000 0.948 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490591 2 0.1340 0.7778 0.000 0.948 0.000 0.004 NA NA
#> SRR490592 2 0.3095 0.7429 0.000 0.844 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490593 2 0.3095 0.7429 0.000 0.844 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490594 2 0.3095 0.7429 0.000 0.844 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490595 2 0.3095 0.7429 0.000 0.844 0.000 0.044 NA NA
#> SRR490596 1 0.5358 0.7484 0.696 0.036 0.000 0.080 NA NA
#> SRR490597 1 0.5768 0.7350 0.668 0.064 0.000 0.080 NA NA
#> SRR490598 1 0.5604 0.7412 0.680 0.052 0.000 0.080 NA NA
#> SRR490599 1 0.5768 0.7350 0.668 0.064 0.000 0.080 NA NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.957 0.953 0.980 0.4796 0.524 0.524
#> 3 3 0.729 0.844 0.920 0.3728 0.790 0.607
#> 4 4 0.816 0.890 0.926 0.1075 0.862 0.627
#> 5 5 0.795 0.775 0.869 0.0548 0.964 0.866
#> 6 6 0.779 0.698 0.829 0.0324 0.979 0.912
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490217 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490218 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490219 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490220 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490221 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490222 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490223 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490241 1 0.7883 0.683 0.764 0.236
#> SRR490242 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490243 1 0.1184 0.969 0.984 0.016
#> SRR490244 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490248 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490249 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490250 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490251 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490290 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490291 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490294 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.5178 0.870 0.116 0.884
#> SRR490301 2 0.2043 0.952 0.032 0.968
#> SRR490302 2 0.7139 0.767 0.196 0.804
#> SRR490303 2 0.5059 0.874 0.112 0.888
#> SRR490304 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490312 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490313 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490314 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490315 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490316 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490317 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490318 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490319 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.9286 0.502 0.344 0.656
#> SRR490329 2 0.2423 0.945 0.040 0.960
#> SRR490330 2 0.2778 0.938 0.048 0.952
#> SRR490331 2 0.2948 0.935 0.052 0.948
#> SRR490332 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.9427 0.466 0.360 0.640
#> SRR490341 2 0.9044 0.554 0.320 0.680
#> SRR490342 2 0.6148 0.827 0.152 0.848
#> SRR490343 2 0.7139 0.768 0.196 0.804
#> SRR490344 1 0.0672 0.977 0.992 0.008
#> SRR490345 1 0.6973 0.761 0.812 0.188
#> SRR490346 1 0.5737 0.834 0.864 0.136
#> SRR490347 1 0.6438 0.796 0.836 0.164
#> SRR490348 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.2603 0.942 0.044 0.956
#> SRR490357 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> SRR490358 2 0.4022 0.908 0.080 0.920
#> SRR490359 2 0.4431 0.896 0.092 0.908
#> SRR490360 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.9000 0.560 0.316 0.684
#> SRR490377 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR490378 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> SRR490379 2 0.3114 0.931 0.056 0.944
#> SRR490380 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.9608 0.380 0.384 0.616
#> SRR490405 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> SRR490406 2 0.3114 0.931 0.056 0.944
#> SRR490407 2 0.4690 0.888 0.100 0.900
#> SRR490408 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.3431 0.924 0.064 0.936
#> SRR490417 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> SRR490418 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490420 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490432 2 0.6531 0.806 0.168 0.832
#> SRR490433 2 0.5408 0.860 0.124 0.876
#> SRR490434 2 0.3431 0.923 0.064 0.936
#> SRR490435 2 0.2948 0.934 0.052 0.948
#> SRR490436 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> SRR490437 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> SRR490438 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> SRR490439 2 0.0376 0.973 0.004 0.996
#> SRR490440 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490451 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490452 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490456 2 0.6247 0.822 0.156 0.844
#> SRR490457 2 0.5408 0.860 0.124 0.876
#> SRR490458 2 0.4022 0.908 0.080 0.920
#> SRR490459 2 0.5629 0.851 0.132 0.868
#> SRR490460 1 0.9732 0.306 0.596 0.404
#> SRR490461 2 0.9988 0.108 0.480 0.520
#> SRR490462 2 0.8861 0.585 0.304 0.696
#> SRR490463 1 0.9909 0.174 0.556 0.444
#> SRR490464 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490533 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490534 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490535 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.4690 0.883 0.100 0.900
#> SRR490569 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.976 0.000 1.000
#> SRR490596 1 0.1414 0.966 0.980 0.020
#> SRR490597 1 0.9129 0.522 0.672 0.328
#> SRR490598 2 0.9933 0.182 0.452 0.548
#> SRR490599 1 0.8861 0.570 0.696 0.304
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490217 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490218 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490219 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.2959 0.8874 0.900 0.000 0.100
#> SRR490221 1 0.2959 0.8874 0.900 0.000 0.100
#> SRR490222 1 0.2959 0.8874 0.900 0.000 0.100
#> SRR490223 1 0.2959 0.8874 0.900 0.000 0.100
#> SRR490224 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.6309 0.1938 0.500 0.000 0.500
#> SRR490241 3 0.5882 0.3144 0.348 0.000 0.652
#> SRR490242 3 0.6286 -0.0835 0.464 0.000 0.536
#> SRR490243 3 0.6235 0.0246 0.436 0.000 0.564
#> SRR490244 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490249 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490250 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490251 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490252 3 0.6140 0.1928 0.000 0.404 0.596
#> SRR490253 3 0.6192 0.1447 0.000 0.420 0.580
#> SRR490254 3 0.6267 0.0373 0.000 0.452 0.548
#> SRR490255 3 0.6192 0.1447 0.000 0.420 0.580
#> SRR490256 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490290 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490291 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490292 1 0.5465 0.6741 0.712 0.000 0.288
#> SRR490293 1 0.6274 0.3268 0.544 0.000 0.456
#> SRR490294 1 0.6286 0.3044 0.536 0.000 0.464
#> SRR490295 1 0.6274 0.3264 0.544 0.000 0.456
#> SRR490296 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490297 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490298 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490299 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490300 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490301 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490302 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490303 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490304 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490305 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490306 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490307 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490308 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490313 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490314 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490315 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490316 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490317 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490318 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490319 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 3 0.4551 0.8658 0.020 0.140 0.840
#> SRR490329 3 0.3941 0.8714 0.000 0.156 0.844
#> SRR490330 3 0.3941 0.8714 0.000 0.156 0.844
#> SRR490331 3 0.3941 0.8714 0.000 0.156 0.844
#> SRR490332 3 0.1163 0.8416 0.000 0.028 0.972
#> SRR490333 3 0.1860 0.8494 0.000 0.052 0.948
#> SRR490334 3 0.2261 0.8543 0.000 0.068 0.932
#> SRR490335 3 0.1643 0.8468 0.000 0.044 0.956
#> SRR490336 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490337 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490338 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490339 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490340 3 0.1529 0.8061 0.040 0.000 0.960
#> SRR490341 3 0.0592 0.8253 0.012 0.000 0.988
#> SRR490342 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490343 3 0.0747 0.8226 0.016 0.000 0.984
#> SRR490344 1 0.4349 0.8290 0.852 0.128 0.020
#> SRR490345 1 0.6673 0.4727 0.636 0.344 0.020
#> SRR490346 1 0.6195 0.6110 0.704 0.276 0.020
#> SRR490347 1 0.6357 0.5735 0.684 0.296 0.020
#> SRR490348 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.3752 0.7714 0.000 0.856 0.144
#> SRR490357 2 0.3752 0.7714 0.000 0.856 0.144
#> SRR490358 2 0.3752 0.7714 0.000 0.856 0.144
#> SRR490359 2 0.3752 0.7714 0.000 0.856 0.144
#> SRR490360 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.1753 0.8583 0.048 0.952 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.3589 0.8170 0.052 0.900 0.048
#> SRR490405 2 0.1753 0.8630 0.000 0.952 0.048
#> SRR490406 2 0.2173 0.8576 0.008 0.944 0.048
#> SRR490407 2 0.1753 0.8630 0.000 0.952 0.048
#> SRR490408 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490409 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490410 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490411 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490412 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490417 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490418 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490419 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490420 1 0.3879 0.8414 0.848 0.000 0.152
#> SRR490421 1 0.4931 0.7533 0.768 0.000 0.232
#> SRR490422 1 0.5397 0.6864 0.720 0.000 0.280
#> SRR490423 1 0.5138 0.7269 0.748 0.000 0.252
#> SRR490424 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490432 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490433 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490434 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490435 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490436 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490437 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490438 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490439 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490441 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490442 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490443 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490444 3 0.5254 0.7578 0.000 0.264 0.736
#> SRR490445 3 0.5327 0.7452 0.000 0.272 0.728
#> SRR490446 3 0.5291 0.7515 0.000 0.268 0.732
#> SRR490447 3 0.5291 0.7515 0.000 0.268 0.732
#> SRR490448 1 0.3686 0.8526 0.860 0.000 0.140
#> SRR490449 1 0.4178 0.8214 0.828 0.000 0.172
#> SRR490450 1 0.3879 0.8421 0.848 0.000 0.152
#> SRR490451 1 0.4235 0.8175 0.824 0.000 0.176
#> SRR490452 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490456 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490457 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490458 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490459 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490460 3 0.0237 0.8295 0.004 0.000 0.996
#> SRR490461 3 0.0892 0.8211 0.020 0.000 0.980
#> SRR490462 3 0.0237 0.8295 0.004 0.000 0.996
#> SRR490463 3 0.0424 0.8277 0.008 0.000 0.992
#> SRR490464 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490469 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490470 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490471 3 0.0000 0.8315 0.000 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490473 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490474 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490475 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490476 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490481 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490482 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490483 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490484 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490485 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490486 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490487 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490488 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490489 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490490 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490491 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490492 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490493 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490494 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490495 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490496 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490497 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490498 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490499 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490500 3 0.2448 0.8562 0.000 0.076 0.924
#> SRR490501 3 0.2448 0.8562 0.000 0.076 0.924
#> SRR490502 3 0.2448 0.8562 0.000 0.076 0.924
#> SRR490503 3 0.2448 0.8562 0.000 0.076 0.924
#> SRR490504 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490505 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490506 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490507 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490508 3 0.4887 0.8062 0.000 0.228 0.772
#> SRR490509 3 0.5098 0.7798 0.000 0.248 0.752
#> SRR490510 3 0.5098 0.7798 0.000 0.248 0.752
#> SRR490511 3 0.5098 0.7798 0.000 0.248 0.752
#> SRR490512 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490513 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490514 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490515 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490516 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490517 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490518 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490519 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490520 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490521 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490522 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490523 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490524 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490525 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490526 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490527 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490528 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490529 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490530 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490531 3 0.4121 0.8726 0.000 0.168 0.832
#> SRR490532 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490533 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490534 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490535 1 0.0000 0.9613 1.000 0.000 0.000
#> SRR490536 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490537 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490538 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490539 2 0.5948 0.3868 0.000 0.640 0.360
#> SRR490540 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.3879 0.7627 0.000 0.848 0.152
#> SRR490565 2 0.3879 0.7627 0.000 0.848 0.152
#> SRR490566 2 0.3879 0.7627 0.000 0.848 0.152
#> SRR490567 2 0.3879 0.7627 0.000 0.848 0.152
#> SRR490568 2 0.6142 0.6451 0.040 0.748 0.212
#> SRR490569 2 0.4842 0.6494 0.000 0.776 0.224
#> SRR490570 2 0.4555 0.6852 0.000 0.800 0.200
#> SRR490571 2 0.4887 0.6432 0.000 0.772 0.228
#> SRR490572 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 1 0.8821 0.3199 0.524 0.348 0.128
#> SRR490597 2 0.6025 0.7047 0.076 0.784 0.140
#> SRR490598 2 0.4931 0.7485 0.032 0.828 0.140
#> SRR490599 2 0.5241 0.7414 0.048 0.820 0.132
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490217 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490218 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490219 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490220 1 0.4963 0.583 0.696 0.020 0.284 0.000
#> SRR490221 1 0.4882 0.607 0.708 0.020 0.272 0.000
#> SRR490222 1 0.4882 0.606 0.708 0.020 0.272 0.000
#> SRR490223 1 0.4936 0.591 0.700 0.020 0.280 0.000
#> SRR490224 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490233 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490234 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490235 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0469 0.892 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR490241 1 0.0469 0.894 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490242 1 0.0524 0.894 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR490243 1 0.0524 0.894 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR490244 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 3 0.2363 0.916 0.024 0.056 0.920 0.000
#> SRR490249 3 0.2363 0.916 0.024 0.056 0.920 0.000
#> SRR490250 3 0.2363 0.916 0.024 0.056 0.920 0.000
#> SRR490251 3 0.2363 0.916 0.024 0.056 0.920 0.000
#> SRR490252 1 0.1661 0.876 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR490253 1 0.1743 0.874 0.940 0.056 0.000 0.004
#> SRR490254 1 0.1902 0.869 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR490255 1 0.1902 0.869 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR490256 3 0.1211 0.940 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490257 3 0.1118 0.944 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490258 3 0.1118 0.944 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490259 3 0.1118 0.944 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490260 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490268 3 0.2408 0.875 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR490269 3 0.2589 0.861 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR490270 3 0.2647 0.857 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR490271 3 0.2589 0.861 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR490272 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490289 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490290 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490291 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0657 0.892 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR490293 1 0.0657 0.892 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR490294 1 0.0657 0.892 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR490295 1 0.0657 0.892 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR490296 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490297 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490298 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490299 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490300 1 0.3870 0.782 0.788 0.004 0.000 0.208
#> SRR490301 1 0.3870 0.782 0.788 0.004 0.000 0.208
#> SRR490302 1 0.3870 0.782 0.788 0.004 0.000 0.208
#> SRR490303 1 0.3870 0.782 0.788 0.004 0.000 0.208
#> SRR490304 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490305 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490306 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490307 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490308 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490313 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490314 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490315 3 0.2282 0.919 0.024 0.052 0.924 0.000
#> SRR490316 3 0.1151 0.951 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR490317 3 0.1284 0.950 0.012 0.024 0.964 0.000
#> SRR490318 3 0.1284 0.950 0.012 0.024 0.964 0.000
#> SRR490319 3 0.1406 0.948 0.016 0.024 0.960 0.000
#> SRR490320 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 4 0.2861 0.824 0.092 0.012 0.004 0.892
#> SRR490329 4 0.2021 0.859 0.056 0.012 0.000 0.932
#> SRR490330 4 0.2021 0.859 0.056 0.012 0.000 0.932
#> SRR490331 4 0.2021 0.859 0.056 0.012 0.000 0.932
#> SRR490332 4 0.4866 0.201 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR490333 4 0.4331 0.527 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR490334 4 0.4164 0.577 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR490335 4 0.4331 0.524 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR490336 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490337 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490338 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490339 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490340 1 0.2334 0.889 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR490341 1 0.2197 0.891 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR490342 1 0.2334 0.889 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR490343 1 0.2334 0.889 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR490344 3 0.5879 0.599 0.080 0.248 0.672 0.000
#> SRR490345 3 0.6621 0.269 0.084 0.408 0.508 0.000
#> SRR490346 3 0.6391 0.457 0.084 0.328 0.588 0.000
#> SRR490347 3 0.6468 0.422 0.084 0.348 0.568 0.000
#> SRR490348 2 0.1978 0.929 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR490349 2 0.1978 0.929 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR490350 2 0.1978 0.929 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR490351 2 0.1978 0.929 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR490352 2 0.1792 0.929 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490353 2 0.1792 0.929 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490354 2 0.1716 0.929 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490355 2 0.1792 0.929 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490356 2 0.2868 0.792 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.2647 0.809 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.3024 0.780 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.2760 0.800 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0376 0.893 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490361 2 0.0524 0.896 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR490362 2 0.0524 0.896 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR490363 2 0.0524 0.896 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR490364 2 0.1716 0.929 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490365 2 0.1716 0.929 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490366 2 0.1716 0.929 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490367 2 0.1716 0.929 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR490368 2 0.1637 0.929 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR490369 2 0.1637 0.929 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR490370 2 0.1637 0.929 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR490371 2 0.1637 0.929 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR490372 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.1854 0.874 0.020 0.948 0.024 0.008
#> SRR490377 2 0.1042 0.888 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR490378 2 0.1042 0.888 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR490379 2 0.1229 0.886 0.020 0.968 0.004 0.008
#> SRR490380 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490385 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490386 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490387 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490388 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490389 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490390 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490391 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490392 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490393 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490394 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490395 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490396 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490397 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490398 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490399 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490400 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490401 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490402 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490403 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490404 2 0.1716 0.853 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.1716 0.853 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.1716 0.853 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.1716 0.853 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490409 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490410 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490411 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490412 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.3024 0.862 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR490417 1 0.3074 0.860 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR490418 1 0.3219 0.850 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR490419 1 0.3172 0.854 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR490420 1 0.2081 0.870 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR490421 1 0.1716 0.881 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR490422 1 0.1661 0.887 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR490423 1 0.1824 0.884 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR490424 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490428 3 0.1022 0.947 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR490429 3 0.1211 0.941 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490430 3 0.3356 0.781 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR490431 3 0.1474 0.931 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR490432 1 0.2281 0.893 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490433 1 0.2281 0.893 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490434 1 0.2281 0.893 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490435 1 0.2281 0.893 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490436 1 0.1302 0.900 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490437 1 0.1302 0.900 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490438 1 0.1302 0.900 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490439 1 0.1302 0.900 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490440 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490441 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490442 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490443 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490444 4 0.1489 0.881 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR490445 4 0.1489 0.881 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR490446 4 0.1489 0.881 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR490447 4 0.1398 0.883 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR490448 1 0.2704 0.842 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR490449 1 0.2345 0.860 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR490450 1 0.2530 0.852 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR490451 1 0.2469 0.855 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR490452 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490453 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490454 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490455 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490456 1 0.2216 0.893 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490457 1 0.2281 0.892 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490458 1 0.2281 0.892 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490459 1 0.2281 0.892 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490460 1 0.1557 0.900 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490461 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR490462 1 0.1557 0.900 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490463 1 0.1661 0.901 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR490464 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 1 0.3356 0.842 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR490469 1 0.3311 0.846 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR490470 1 0.3356 0.842 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR490471 1 0.3356 0.842 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR490472 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490473 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490474 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490475 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490476 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490481 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490482 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490483 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490484 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490485 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490486 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490487 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490488 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490489 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490490 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490491 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490492 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490493 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490494 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490495 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490496 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490497 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490498 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490499 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490500 4 0.2704 0.796 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR490501 4 0.2760 0.792 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR490502 4 0.2704 0.796 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR490503 4 0.2760 0.792 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR490504 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490505 4 0.3710 0.775 0.004 0.192 0.000 0.804
#> SRR490506 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490507 4 0.3710 0.775 0.004 0.192 0.000 0.804
#> SRR490508 4 0.0657 0.896 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490509 4 0.0779 0.894 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490510 4 0.0779 0.894 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490511 4 0.0779 0.894 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490512 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490513 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490514 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490515 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490516 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490517 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490518 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490519 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490520 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490521 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490522 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490523 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490524 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490525 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490526 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490527 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490528 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490529 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490530 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490531 4 0.0188 0.903 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490532 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490533 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490534 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490535 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490536 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490537 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490538 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490539 4 0.3751 0.771 0.004 0.196 0.000 0.800
#> SRR490540 2 0.2944 0.912 0.004 0.868 0.000 0.128
#> SRR490541 2 0.2831 0.917 0.004 0.876 0.000 0.120
#> SRR490542 2 0.2944 0.912 0.004 0.868 0.000 0.128
#> SRR490543 2 0.2944 0.912 0.004 0.868 0.000 0.128
#> SRR490544 2 0.2868 0.911 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490545 2 0.2868 0.911 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490546 2 0.2814 0.914 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR490547 2 0.2760 0.916 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR490548 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490549 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490550 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490551 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490552 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490553 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490554 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490555 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490556 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490557 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490558 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490559 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490560 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490561 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490562 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490563 2 0.2868 0.910 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490564 2 0.4485 0.823 0.152 0.796 0.000 0.052
#> SRR490565 2 0.4485 0.823 0.152 0.796 0.000 0.052
#> SRR490566 2 0.4485 0.823 0.152 0.796 0.000 0.052
#> SRR490567 2 0.4485 0.823 0.152 0.796 0.000 0.052
#> SRR490568 4 0.5072 0.715 0.012 0.252 0.016 0.720
#> SRR490569 4 0.4546 0.723 0.012 0.256 0.000 0.732
#> SRR490570 4 0.4576 0.717 0.012 0.260 0.000 0.728
#> SRR490571 4 0.4516 0.729 0.012 0.252 0.000 0.736
#> SRR490572 2 0.3355 0.887 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR490573 2 0.3355 0.887 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR490574 2 0.3355 0.887 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR490575 2 0.3355 0.887 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR490576 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490577 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490578 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490579 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490580 2 0.2408 0.923 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR490581 2 0.2408 0.923 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR490582 2 0.2408 0.923 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR490583 2 0.2469 0.922 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR490584 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490585 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490586 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490587 2 0.2921 0.909 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490588 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490589 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490590 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490591 2 0.2589 0.920 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR490592 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490593 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490594 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490595 2 0.1557 0.928 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490596 2 0.7289 0.247 0.200 0.532 0.268 0.000
#> SRR490597 2 0.4098 0.690 0.204 0.784 0.012 0.000
#> SRR490598 2 0.4011 0.690 0.208 0.784 0.008 0.000
#> SRR490599 2 0.3893 0.707 0.196 0.796 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 5 0.4306 0.2040 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR490217 5 0.4306 0.2040 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR490218 5 0.4306 0.2040 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR490219 5 0.4306 0.2040 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR490220 1 0.6018 0.4459 0.568 0.000 0.160 0.000 0.272
#> SRR490221 1 0.5972 0.4551 0.572 0.000 0.152 0.000 0.276
#> SRR490222 1 0.5886 0.4787 0.584 0.000 0.144 0.000 0.272
#> SRR490223 1 0.6036 0.4402 0.564 0.000 0.160 0.000 0.276
#> SRR490224 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.0451 0.9436 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490233 3 0.0451 0.9436 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490234 3 0.0451 0.9436 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490235 3 0.0451 0.9436 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490236 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0963 0.8341 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490241 1 0.0963 0.8341 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490242 1 0.0963 0.8341 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490243 1 0.0963 0.8341 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490244 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 5 0.4305 0.2174 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR490249 5 0.4300 0.2474 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR490250 5 0.4300 0.2474 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR490251 5 0.4304 0.2281 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR490252 1 0.4309 0.7276 0.768 0.084 0.000 0.000 0.148
#> SRR490253 1 0.4390 0.7221 0.760 0.084 0.000 0.000 0.156
#> SRR490254 1 0.4428 0.7178 0.756 0.084 0.000 0.000 0.160
#> SRR490255 1 0.4428 0.7178 0.756 0.084 0.000 0.000 0.160
#> SRR490256 3 0.2006 0.8694 0.072 0.000 0.916 0.000 0.012
#> SRR490257 3 0.1809 0.8828 0.060 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR490258 3 0.1942 0.8739 0.068 0.000 0.920 0.000 0.012
#> SRR490259 3 0.1942 0.8739 0.068 0.000 0.920 0.000 0.012
#> SRR490260 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0162 0.9483 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490264 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 3 0.2707 0.7936 0.132 0.000 0.860 0.000 0.008
#> SRR490269 3 0.2798 0.7827 0.140 0.000 0.852 0.000 0.008
#> SRR490270 3 0.2843 0.7766 0.144 0.000 0.848 0.000 0.008
#> SRR490271 3 0.2843 0.7766 0.144 0.000 0.848 0.000 0.008
#> SRR490272 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 3 0.0290 0.9469 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490289 3 0.0290 0.9469 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490290 3 0.0290 0.9469 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490291 3 0.0404 0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490292 1 0.3305 0.7711 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR490293 1 0.3305 0.7711 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR490294 1 0.3305 0.7711 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR490295 1 0.3305 0.7711 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR490296 4 0.0486 0.8350 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR490297 4 0.0486 0.8350 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR490298 4 0.0486 0.8350 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR490299 4 0.0486 0.8350 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR490300 1 0.6133 0.6091 0.564 0.000 0.000 0.216 0.220
#> SRR490301 1 0.6180 0.5994 0.556 0.000 0.000 0.224 0.220
#> SRR490302 1 0.6180 0.5994 0.556 0.000 0.000 0.224 0.220
#> SRR490303 1 0.6180 0.5994 0.556 0.000 0.000 0.224 0.220
#> SRR490304 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490305 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490306 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490307 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 3 0.4249 0.0256 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR490313 3 0.4256 0.0097 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR490314 3 0.4256 0.0097 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR490315 3 0.4256 0.0097 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR490316 3 0.4067 0.6117 0.020 0.000 0.748 0.004 0.228
#> SRR490317 3 0.4155 0.6057 0.024 0.000 0.744 0.004 0.228
#> SRR490318 3 0.4155 0.6057 0.024 0.000 0.744 0.004 0.228
#> SRR490319 3 0.4375 0.5775 0.032 0.000 0.728 0.004 0.236
#> SRR490320 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.3804 0.6887 0.044 0.000 0.000 0.796 0.160
#> SRR490329 4 0.3691 0.6957 0.040 0.000 0.000 0.804 0.156
#> SRR490330 4 0.3655 0.6975 0.036 0.000 0.000 0.804 0.160
#> SRR490331 4 0.3577 0.7019 0.032 0.000 0.000 0.808 0.160
#> SRR490332 4 0.4771 0.5126 0.224 0.004 0.000 0.712 0.060
#> SRR490333 4 0.3978 0.6596 0.148 0.004 0.000 0.796 0.052
#> SRR490334 4 0.3758 0.6868 0.128 0.004 0.000 0.816 0.052
#> SRR490335 4 0.3960 0.6654 0.140 0.004 0.000 0.800 0.056
#> SRR490336 4 0.0613 0.8334 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008
#> SRR490337 4 0.0613 0.8334 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008
#> SRR490338 4 0.0613 0.8334 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008
#> SRR490339 4 0.0613 0.8334 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008
#> SRR490340 1 0.5185 0.7204 0.672 0.000 0.000 0.100 0.228
#> SRR490341 1 0.5211 0.7182 0.668 0.000 0.000 0.100 0.232
#> SRR490342 1 0.5211 0.7182 0.668 0.000 0.000 0.100 0.232
#> SRR490343 1 0.5211 0.7182 0.668 0.000 0.000 0.100 0.232
#> SRR490344 5 0.4481 0.4662 0.024 0.016 0.228 0.000 0.732
#> SRR490345 5 0.4837 0.4751 0.020 0.060 0.180 0.000 0.740
#> SRR490346 5 0.4734 0.4771 0.020 0.040 0.208 0.000 0.732
#> SRR490347 5 0.4845 0.4770 0.020 0.052 0.196 0.000 0.732
#> SRR490348 2 0.2719 0.8161 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR490349 2 0.2674 0.8199 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR490350 2 0.2719 0.8161 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR490351 2 0.2719 0.8161 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR490352 2 0.1732 0.8571 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490353 2 0.1732 0.8571 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490354 2 0.1732 0.8571 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490355 2 0.1732 0.8571 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490356 5 0.4977 0.1246 0.028 0.472 0.000 0.000 0.500
#> SRR490357 5 0.4907 0.0949 0.024 0.484 0.000 0.000 0.492
#> SRR490358 5 0.5048 0.1135 0.032 0.476 0.000 0.000 0.492
#> SRR490359 5 0.4979 0.1051 0.028 0.480 0.000 0.000 0.492
#> SRR490360 2 0.2690 0.7935 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR490361 2 0.2732 0.7959 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR490362 2 0.2605 0.7969 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR490363 2 0.2690 0.7957 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR490364 2 0.2351 0.8295 0.000 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR490365 2 0.2351 0.8295 0.000 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR490366 2 0.2351 0.8295 0.000 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR490367 2 0.2351 0.8295 0.000 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR490368 2 0.0609 0.8603 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490369 2 0.0510 0.8615 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490370 2 0.0609 0.8603 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490371 2 0.0510 0.8615 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490372 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 5 0.3816 0.3340 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR490377 5 0.3796 0.3372 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR490378 5 0.3774 0.3352 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR490379 5 0.3816 0.3278 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR490380 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1197 0.8507 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490385 2 0.1197 0.8507 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490386 2 0.1197 0.8507 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490387 2 0.1197 0.8507 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490388 2 0.1478 0.8375 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490389 2 0.1478 0.8375 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490390 2 0.1478 0.8375 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490391 2 0.1478 0.8375 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490392 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490393 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490394 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490395 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490396 2 0.1544 0.8352 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490397 2 0.1544 0.8352 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490398 2 0.1478 0.8375 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490399 2 0.1544 0.8352 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490400 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490401 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490402 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490403 2 0.0880 0.8566 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490404 2 0.4331 0.2051 0.004 0.596 0.000 0.000 0.400
#> SRR490405 2 0.4321 0.2175 0.004 0.600 0.000 0.000 0.396
#> SRR490406 2 0.4321 0.2175 0.004 0.600 0.000 0.000 0.396
#> SRR490407 2 0.4321 0.2175 0.004 0.600 0.000 0.000 0.396
#> SRR490408 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490409 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490410 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490411 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490412 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2677 0.8034 0.872 0.000 0.000 0.112 0.016
#> SRR490417 1 0.2677 0.8036 0.872 0.000 0.000 0.112 0.016
#> SRR490418 1 0.3011 0.7844 0.844 0.000 0.000 0.140 0.016
#> SRR490419 1 0.2966 0.7874 0.848 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR490420 1 0.1493 0.8267 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR490421 1 0.1211 0.8316 0.960 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR490422 1 0.0992 0.8338 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR490423 1 0.0992 0.8338 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR490424 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 3 0.1522 0.9038 0.044 0.000 0.944 0.000 0.012
#> SRR490429 3 0.1740 0.8908 0.056 0.000 0.932 0.000 0.012
#> SRR490430 3 0.3427 0.6942 0.192 0.000 0.796 0.000 0.012
#> SRR490431 3 0.2189 0.8576 0.084 0.000 0.904 0.000 0.012
#> SRR490432 1 0.1205 0.8366 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR490433 1 0.1205 0.8366 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR490434 1 0.1205 0.8366 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR490435 1 0.1205 0.8366 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR490436 1 0.1809 0.8342 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR490437 1 0.1877 0.8337 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR490438 1 0.1877 0.8337 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR490439 1 0.1877 0.8337 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR490440 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490441 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490442 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490443 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490444 4 0.4992 0.7210 0.012 0.092 0.000 0.728 0.168
#> SRR490445 4 0.5042 0.7184 0.012 0.096 0.000 0.724 0.168
#> SRR490446 4 0.5042 0.7184 0.012 0.096 0.000 0.724 0.168
#> SRR490447 4 0.5042 0.7184 0.012 0.096 0.000 0.724 0.168
#> SRR490448 1 0.2125 0.8093 0.920 0.000 0.052 0.004 0.024
#> SRR490449 1 0.2053 0.8127 0.924 0.000 0.048 0.004 0.024
#> SRR490450 1 0.2053 0.8127 0.924 0.000 0.048 0.004 0.024
#> SRR490451 1 0.2053 0.8127 0.924 0.000 0.048 0.004 0.024
#> SRR490452 3 0.0579 0.9404 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR490453 3 0.0693 0.9376 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR490454 3 0.0693 0.9376 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR490455 3 0.0693 0.9376 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR490456 1 0.1041 0.8374 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR490457 1 0.1041 0.8374 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR490458 1 0.1041 0.8374 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR490459 1 0.1041 0.8374 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR490460 1 0.0162 0.8353 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490461 1 0.0162 0.8353 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490462 1 0.0162 0.8353 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490463 1 0.0162 0.8353 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.3789 0.7320 0.768 0.000 0.000 0.212 0.020
#> SRR490469 1 0.3724 0.7395 0.776 0.000 0.000 0.204 0.020
#> SRR490470 1 0.3789 0.7320 0.768 0.000 0.000 0.212 0.020
#> SRR490471 1 0.3789 0.7320 0.768 0.000 0.000 0.212 0.020
#> SRR490472 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490473 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490474 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490475 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490476 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9509 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490481 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490482 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490483 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490484 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490485 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490486 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490487 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490488 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490489 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490490 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490491 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490492 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490493 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490494 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490495 4 0.0324 0.8362 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490496 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490497 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490498 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490499 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490500 4 0.2237 0.7878 0.040 0.004 0.000 0.916 0.040
#> SRR490501 4 0.2387 0.7809 0.048 0.004 0.000 0.908 0.040
#> SRR490502 4 0.2313 0.7845 0.044 0.004 0.000 0.912 0.040
#> SRR490503 4 0.2387 0.7809 0.048 0.004 0.000 0.908 0.040
#> SRR490504 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490505 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490506 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490507 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490508 4 0.3495 0.7662 0.000 0.028 0.000 0.812 0.160
#> SRR490509 4 0.3655 0.7624 0.000 0.036 0.000 0.804 0.160
#> SRR490510 4 0.3655 0.7624 0.000 0.036 0.000 0.804 0.160
#> SRR490511 4 0.3655 0.7624 0.000 0.036 0.000 0.804 0.160
#> SRR490512 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490513 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490514 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490515 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490516 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490517 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490518 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490519 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490520 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490521 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490522 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490523 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490524 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490525 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490526 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490527 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490528 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490529 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490530 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490531 4 0.0162 0.8370 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490532 3 0.0566 0.9412 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR490533 3 0.0566 0.9412 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR490534 3 0.0566 0.9412 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR490535 3 0.0566 0.9412 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR490536 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490537 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490538 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490539 4 0.5792 0.6228 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR490540 2 0.3639 0.7516 0.000 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR490541 2 0.3550 0.7564 0.000 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR490542 2 0.3550 0.7564 0.000 0.796 0.000 0.020 0.184
#> SRR490543 2 0.3639 0.7516 0.000 0.792 0.000 0.024 0.184
#> SRR490544 2 0.2438 0.8569 0.000 0.900 0.000 0.040 0.060
#> SRR490545 2 0.2438 0.8569 0.000 0.900 0.000 0.040 0.060
#> SRR490546 2 0.2438 0.8569 0.000 0.900 0.000 0.040 0.060
#> SRR490547 2 0.2438 0.8569 0.000 0.900 0.000 0.040 0.060
#> SRR490548 2 0.1121 0.8694 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR490549 2 0.1197 0.8684 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR490550 2 0.1357 0.8682 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR490551 2 0.1357 0.8682 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR490552 2 0.2588 0.8541 0.000 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR490553 2 0.2588 0.8541 0.000 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR490554 2 0.2588 0.8541 0.000 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR490555 2 0.2588 0.8541 0.000 0.892 0.000 0.048 0.060
#> SRR490556 2 0.1430 0.8669 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR490557 2 0.1430 0.8669 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR490558 2 0.1430 0.8669 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR490559 2 0.1430 0.8669 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR490560 2 0.2522 0.8559 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR490561 2 0.2522 0.8559 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR490562 2 0.2522 0.8559 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR490563 2 0.2522 0.8559 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR490564 2 0.4570 0.6037 0.044 0.732 0.000 0.008 0.216
#> SRR490565 2 0.4498 0.6112 0.040 0.736 0.000 0.008 0.216
#> SRR490566 2 0.4570 0.6037 0.044 0.732 0.000 0.008 0.216
#> SRR490567 2 0.4498 0.6112 0.040 0.736 0.000 0.008 0.216
#> SRR490568 4 0.7045 0.3209 0.004 0.204 0.012 0.392 0.388
#> SRR490569 4 0.6756 0.3391 0.004 0.216 0.000 0.400 0.380
#> SRR490570 4 0.6756 0.3391 0.004 0.216 0.000 0.400 0.380
#> SRR490571 4 0.6756 0.3391 0.004 0.216 0.000 0.400 0.380
#> SRR490572 2 0.3863 0.7691 0.000 0.796 0.000 0.052 0.152
#> SRR490573 2 0.3863 0.7691 0.000 0.796 0.000 0.052 0.152
#> SRR490574 2 0.3863 0.7691 0.000 0.796 0.000 0.052 0.152
#> SRR490575 2 0.3863 0.7691 0.000 0.796 0.000 0.052 0.152
#> SRR490576 2 0.2592 0.8539 0.000 0.892 0.000 0.052 0.056
#> SRR490577 2 0.2592 0.8539 0.000 0.892 0.000 0.052 0.056
#> SRR490578 2 0.2592 0.8539 0.000 0.892 0.000 0.052 0.056
#> SRR490579 2 0.2592 0.8539 0.000 0.892 0.000 0.052 0.056
#> SRR490580 2 0.1357 0.8682 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR490581 2 0.1484 0.8679 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR490582 2 0.1357 0.8682 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR490583 2 0.1357 0.8682 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR490584 2 0.2522 0.8559 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR490585 2 0.2592 0.8542 0.000 0.892 0.000 0.052 0.056
#> SRR490586 2 0.2522 0.8559 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR490587 2 0.2592 0.8542 0.000 0.892 0.000 0.052 0.056
#> SRR490588 2 0.1197 0.8684 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR490589 2 0.1197 0.8684 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR490590 2 0.1197 0.8684 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR490591 2 0.1197 0.8684 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR490592 2 0.0404 0.8626 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490593 2 0.0404 0.8626 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490594 2 0.0404 0.8626 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490595 2 0.0404 0.8626 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490596 5 0.7323 0.4100 0.064 0.324 0.128 0.004 0.480
#> SRR490597 5 0.5648 0.1744 0.064 0.448 0.000 0.004 0.484
#> SRR490598 5 0.5648 0.1744 0.064 0.448 0.000 0.004 0.484
#> SRR490599 5 0.5649 0.1638 0.064 0.452 0.000 0.004 0.480
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.3734 0.6303 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020 0.716
#> SRR490217 6 0.3711 0.6318 0.000 0.000 0.260 0.000 0.020 0.720
#> SRR490218 6 0.3734 0.6303 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020 0.716
#> SRR490219 6 0.3688 0.6322 0.000 0.000 0.256 0.000 0.020 0.724
#> SRR490220 1 0.6869 0.2449 0.452 0.000 0.072 0.000 0.224 0.252
#> SRR490221 1 0.6909 0.2281 0.440 0.000 0.072 0.000 0.228 0.260
#> SRR490222 1 0.6856 0.2400 0.448 0.000 0.068 0.000 0.228 0.256
#> SRR490223 1 0.6925 0.2342 0.444 0.000 0.076 0.000 0.228 0.252
#> SRR490224 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.1218 0.9256 0.004 0.000 0.956 0.000 0.012 0.028
#> SRR490233 3 0.1218 0.9256 0.004 0.000 0.956 0.000 0.012 0.028
#> SRR490234 3 0.1218 0.9256 0.004 0.000 0.956 0.000 0.012 0.028
#> SRR490235 3 0.1218 0.9256 0.004 0.000 0.956 0.000 0.012 0.028
#> SRR490236 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.1745 0.6931 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR490241 1 0.1745 0.6931 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR490242 1 0.1686 0.6941 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR490243 1 0.1745 0.6931 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR490244 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.3622 0.6323 0.004 0.000 0.236 0.000 0.016 0.744
#> SRR490249 6 0.3622 0.6323 0.004 0.000 0.236 0.000 0.016 0.744
#> SRR490250 6 0.3622 0.6323 0.004 0.000 0.236 0.000 0.016 0.744
#> SRR490251 6 0.3622 0.6323 0.004 0.000 0.236 0.000 0.016 0.744
#> SRR490252 1 0.6122 0.2716 0.548 0.064 0.000 0.004 0.300 0.084
#> SRR490253 1 0.6228 0.2445 0.536 0.072 0.000 0.004 0.304 0.084
#> SRR490254 1 0.6272 0.2347 0.532 0.076 0.000 0.004 0.304 0.084
#> SRR490255 1 0.6272 0.2347 0.532 0.076 0.000 0.004 0.304 0.084
#> SRR490256 3 0.2763 0.8582 0.072 0.000 0.876 0.000 0.024 0.028
#> SRR490257 3 0.2706 0.8623 0.068 0.000 0.880 0.000 0.024 0.028
#> SRR490258 3 0.2893 0.8505 0.076 0.000 0.868 0.000 0.024 0.032
#> SRR490259 3 0.2872 0.8498 0.080 0.000 0.868 0.000 0.024 0.028
#> SRR490260 3 0.0632 0.9352 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490261 3 0.0547 0.9370 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490262 3 0.0632 0.9352 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490263 3 0.0632 0.9352 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490264 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 3 0.3351 0.8017 0.120 0.000 0.828 0.000 0.024 0.028
#> SRR490269 3 0.3435 0.7915 0.128 0.000 0.820 0.000 0.024 0.028
#> SRR490270 3 0.3435 0.7915 0.128 0.000 0.820 0.000 0.024 0.028
#> SRR490271 3 0.3435 0.7915 0.128 0.000 0.820 0.000 0.024 0.028
#> SRR490272 3 0.0632 0.9352 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490273 3 0.0632 0.9352 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490274 3 0.0632 0.9352 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490275 3 0.0632 0.9352 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490276 3 0.0547 0.9370 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490277 3 0.0547 0.9370 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490278 3 0.0547 0.9370 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490279 3 0.0547 0.9370 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490280 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 3 0.1590 0.9149 0.008 0.000 0.936 0.000 0.008 0.048
#> SRR490289 3 0.1655 0.9128 0.008 0.000 0.932 0.000 0.008 0.052
#> SRR490290 3 0.1655 0.9128 0.008 0.000 0.932 0.000 0.008 0.052
#> SRR490291 3 0.1655 0.9128 0.008 0.000 0.932 0.000 0.008 0.052
#> SRR490292 1 0.5248 0.1938 0.512 0.000 0.000 0.000 0.388 0.100
#> SRR490293 1 0.5248 0.1938 0.512 0.000 0.000 0.000 0.388 0.100
#> SRR490294 1 0.5278 0.1940 0.512 0.000 0.000 0.000 0.384 0.104
#> SRR490295 1 0.5278 0.1940 0.512 0.000 0.000 0.000 0.384 0.104
#> SRR490296 4 0.0291 0.7932 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR490297 4 0.0291 0.7932 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR490298 4 0.0291 0.7932 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR490299 4 0.0291 0.7932 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR490300 5 0.6950 0.1932 0.320 0.000 0.000 0.216 0.396 0.068
#> SRR490301 5 0.6901 0.1915 0.324 0.000 0.000 0.212 0.400 0.064
#> SRR490302 5 0.6941 0.1908 0.324 0.000 0.000 0.212 0.396 0.068
#> SRR490303 5 0.6950 0.1932 0.320 0.000 0.000 0.216 0.396 0.068
#> SRR490304 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.3867 0.5863 0.000 0.000 0.328 0.000 0.012 0.660
#> SRR490313 6 0.3852 0.5906 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012 0.664
#> SRR490314 6 0.3852 0.5906 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012 0.664
#> SRR490315 6 0.3852 0.5906 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012 0.664
#> SRR490316 3 0.6354 0.0976 0.036 0.000 0.512 0.004 0.164 0.284
#> SRR490317 3 0.6354 0.0960 0.036 0.000 0.512 0.004 0.164 0.284
#> SRR490318 3 0.6367 0.0834 0.036 0.000 0.508 0.004 0.164 0.288
#> SRR490319 3 0.6412 0.0831 0.040 0.000 0.508 0.004 0.164 0.284
#> SRR490320 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.6218 0.2802 0.036 0.000 0.004 0.556 0.196 0.208
#> SRR490329 4 0.5863 0.3345 0.028 0.000 0.000 0.584 0.196 0.192
#> SRR490330 4 0.5887 0.3279 0.028 0.000 0.000 0.580 0.196 0.196
#> SRR490331 4 0.5887 0.3268 0.028 0.000 0.000 0.580 0.200 0.192
#> SRR490332 4 0.4564 0.5263 0.092 0.000 0.000 0.740 0.140 0.028
#> SRR490333 4 0.4094 0.5877 0.076 0.000 0.000 0.780 0.120 0.024
#> SRR490334 4 0.4042 0.5935 0.072 0.000 0.000 0.784 0.120 0.024
#> SRR490335 4 0.4170 0.5823 0.076 0.000 0.000 0.776 0.120 0.028
#> SRR490336 4 0.0603 0.7881 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR490337 4 0.0603 0.7881 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR490338 4 0.0603 0.7881 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR490339 4 0.0603 0.7881 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR490340 5 0.6624 0.1012 0.384 0.000 0.000 0.092 0.420 0.104
#> SRR490341 5 0.6655 0.1126 0.380 0.000 0.000 0.096 0.420 0.104
#> SRR490342 5 0.6685 0.1189 0.376 0.000 0.000 0.100 0.420 0.104
#> SRR490343 5 0.6624 0.1038 0.384 0.000 0.000 0.092 0.420 0.104
#> SRR490344 6 0.3552 0.4879 0.008 0.016 0.068 0.000 0.076 0.832
#> SRR490345 6 0.3413 0.4758 0.004 0.020 0.060 0.000 0.076 0.840
#> SRR490346 6 0.3527 0.4889 0.004 0.020 0.068 0.000 0.076 0.832
#> SRR490347 6 0.3385 0.4850 0.004 0.016 0.064 0.000 0.076 0.840
#> SRR490348 2 0.3312 0.7460 0.000 0.792 0.000 0.000 0.180 0.028
#> SRR490349 2 0.3312 0.7460 0.000 0.792 0.000 0.000 0.180 0.028
#> SRR490350 2 0.3377 0.7387 0.000 0.784 0.000 0.000 0.188 0.028
#> SRR490351 2 0.3312 0.7460 0.000 0.792 0.000 0.000 0.180 0.028
#> SRR490352 2 0.2748 0.7881 0.000 0.848 0.000 0.000 0.128 0.024
#> SRR490353 2 0.2748 0.7849 0.000 0.848 0.000 0.000 0.128 0.024
#> SRR490354 2 0.2748 0.7881 0.000 0.848 0.000 0.000 0.128 0.024
#> SRR490355 2 0.2748 0.7881 0.000 0.848 0.000 0.000 0.128 0.024
#> SRR490356 5 0.6524 0.3996 0.024 0.248 0.000 0.000 0.392 0.336
#> SRR490357 5 0.6481 0.4019 0.020 0.260 0.000 0.000 0.392 0.328
#> SRR490358 5 0.6536 0.4044 0.024 0.256 0.000 0.000 0.392 0.328
#> SRR490359 5 0.6536 0.4044 0.024 0.256 0.000 0.000 0.392 0.328
#> SRR490360 2 0.4896 0.5801 0.000 0.652 0.000 0.000 0.132 0.216
#> SRR490361 2 0.4819 0.6022 0.000 0.664 0.000 0.000 0.132 0.204
#> SRR490362 2 0.4756 0.6093 0.000 0.672 0.000 0.000 0.128 0.200
#> SRR490363 2 0.4783 0.6030 0.000 0.668 0.000 0.000 0.128 0.204
#> SRR490364 2 0.3633 0.6888 0.004 0.784 0.000 0.004 0.176 0.032
#> SRR490365 2 0.3633 0.6888 0.004 0.784 0.000 0.004 0.176 0.032
#> SRR490366 2 0.3633 0.6888 0.004 0.784 0.000 0.004 0.176 0.032
#> SRR490367 2 0.3633 0.6888 0.004 0.784 0.000 0.004 0.176 0.032
#> SRR490368 2 0.0909 0.8193 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490369 2 0.0909 0.8193 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490370 2 0.0909 0.8193 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490371 2 0.0909 0.8193 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR490372 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 6 0.4401 0.4318 0.000 0.112 0.008 0.000 0.144 0.736
#> SRR490377 6 0.4382 0.4147 0.000 0.124 0.000 0.000 0.156 0.720
#> SRR490378 6 0.4382 0.4147 0.000 0.124 0.000 0.000 0.156 0.720
#> SRR490379 6 0.4382 0.4147 0.000 0.124 0.000 0.000 0.156 0.720
#> SRR490380 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1984 0.8037 0.000 0.912 0.000 0.000 0.056 0.032
#> SRR490385 2 0.1984 0.8037 0.000 0.912 0.000 0.000 0.056 0.032
#> SRR490386 2 0.1984 0.8037 0.000 0.912 0.000 0.000 0.056 0.032
#> SRR490387 2 0.1984 0.8037 0.000 0.912 0.000 0.000 0.056 0.032
#> SRR490388 2 0.2726 0.7555 0.000 0.856 0.000 0.000 0.112 0.032
#> SRR490389 2 0.2726 0.7555 0.000 0.856 0.000 0.000 0.112 0.032
#> SRR490390 2 0.2726 0.7555 0.000 0.856 0.000 0.000 0.112 0.032
#> SRR490391 2 0.2726 0.7555 0.000 0.856 0.000 0.000 0.112 0.032
#> SRR490392 2 0.1461 0.8168 0.000 0.940 0.000 0.000 0.044 0.016
#> SRR490393 2 0.1320 0.8114 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR490394 2 0.1391 0.8159 0.000 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR490395 2 0.1391 0.8159 0.000 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR490396 2 0.2798 0.7540 0.000 0.852 0.000 0.000 0.112 0.036
#> SRR490397 2 0.2798 0.7540 0.000 0.852 0.000 0.000 0.112 0.036
#> SRR490398 2 0.2798 0.7540 0.000 0.852 0.000 0.000 0.112 0.036
#> SRR490399 2 0.2798 0.7540 0.000 0.852 0.000 0.000 0.112 0.036
#> SRR490400 2 0.1320 0.8106 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR490401 2 0.1320 0.8106 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR490402 2 0.1320 0.8106 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR490403 2 0.1320 0.8106 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR490404 2 0.6398 -0.3382 0.012 0.364 0.000 0.000 0.332 0.292
#> SRR490405 2 0.6371 -0.2914 0.012 0.384 0.000 0.000 0.328 0.276
#> SRR490406 2 0.6371 -0.2914 0.012 0.384 0.000 0.000 0.328 0.276
#> SRR490407 2 0.6371 -0.2914 0.012 0.384 0.000 0.000 0.328 0.276
#> SRR490408 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490409 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490410 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490411 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.3370 0.6308 0.812 0.000 0.000 0.140 0.044 0.004
#> SRR490417 1 0.3370 0.6303 0.812 0.000 0.000 0.140 0.044 0.004
#> SRR490418 1 0.3593 0.6029 0.788 0.000 0.000 0.164 0.044 0.004
#> SRR490419 1 0.3521 0.6124 0.796 0.000 0.000 0.156 0.044 0.004
#> SRR490420 1 0.2755 0.6879 0.876 0.000 0.016 0.000 0.068 0.040
#> SRR490421 1 0.2698 0.6888 0.880 0.000 0.016 0.000 0.064 0.040
#> SRR490422 1 0.2663 0.6900 0.880 0.000 0.012 0.000 0.068 0.040
#> SRR490423 1 0.2755 0.6879 0.876 0.000 0.016 0.000 0.068 0.040
#> SRR490424 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490428 3 0.3883 0.7515 0.144 0.000 0.788 0.000 0.028 0.040
#> SRR490429 3 0.4030 0.7354 0.152 0.000 0.776 0.000 0.032 0.040
#> SRR490430 3 0.4792 0.5523 0.260 0.000 0.668 0.000 0.032 0.040
#> SRR490431 3 0.4196 0.6986 0.180 0.000 0.752 0.000 0.028 0.040
#> SRR490432 1 0.1716 0.7079 0.932 0.000 0.000 0.036 0.028 0.004
#> SRR490433 1 0.1642 0.7088 0.936 0.000 0.000 0.032 0.028 0.004
#> SRR490434 1 0.1716 0.7079 0.932 0.000 0.000 0.036 0.028 0.004
#> SRR490435 1 0.1716 0.7079 0.932 0.000 0.000 0.036 0.028 0.004
#> SRR490436 1 0.3733 0.6158 0.784 0.000 0.000 0.028 0.168 0.020
#> SRR490437 1 0.3733 0.6158 0.784 0.000 0.000 0.028 0.168 0.020
#> SRR490438 1 0.3733 0.6158 0.784 0.000 0.000 0.028 0.168 0.020
#> SRR490439 1 0.3733 0.6158 0.784 0.000 0.000 0.028 0.168 0.020
#> SRR490440 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490441 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490442 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490443 4 0.5685 0.4899 0.000 0.240 0.000 0.528 0.232 0.000
#> SRR490444 4 0.5615 0.5709 0.016 0.088 0.000 0.604 0.276 0.016
#> SRR490445 4 0.5615 0.5709 0.016 0.088 0.000 0.604 0.276 0.016
#> SRR490446 4 0.5615 0.5709 0.016 0.088 0.000 0.604 0.276 0.016
#> SRR490447 4 0.5615 0.5709 0.016 0.088 0.000 0.604 0.276 0.016
#> SRR490448 1 0.2937 0.6808 0.864 0.000 0.020 0.000 0.080 0.036
#> SRR490449 1 0.2937 0.6808 0.864 0.000 0.020 0.000 0.080 0.036
#> SRR490450 1 0.2937 0.6808 0.864 0.000 0.020 0.000 0.080 0.036
#> SRR490451 1 0.2937 0.6808 0.864 0.000 0.020 0.000 0.080 0.036
#> SRR490452 3 0.1401 0.9213 0.004 0.000 0.948 0.000 0.020 0.028
#> SRR490453 3 0.1693 0.9139 0.012 0.000 0.936 0.000 0.020 0.032
#> SRR490454 3 0.1616 0.9163 0.012 0.000 0.940 0.000 0.020 0.028
#> SRR490455 3 0.1616 0.9163 0.012 0.000 0.940 0.000 0.020 0.028
#> SRR490456 1 0.1552 0.7088 0.940 0.000 0.000 0.036 0.020 0.004
#> SRR490457 1 0.1536 0.7085 0.940 0.000 0.000 0.040 0.016 0.004
#> SRR490458 1 0.1605 0.7072 0.936 0.000 0.000 0.044 0.016 0.004
#> SRR490459 1 0.1605 0.7072 0.936 0.000 0.000 0.044 0.016 0.004
#> SRR490460 1 0.1578 0.7081 0.936 0.000 0.000 0.012 0.048 0.004
#> SRR490461 1 0.1578 0.7081 0.936 0.000 0.000 0.012 0.048 0.004
#> SRR490462 1 0.1578 0.7081 0.936 0.000 0.000 0.012 0.048 0.004
#> SRR490463 1 0.1578 0.7081 0.936 0.000 0.000 0.012 0.048 0.004
#> SRR490464 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.4435 0.3924 0.648 0.000 0.000 0.308 0.040 0.004
#> SRR490469 1 0.4347 0.4228 0.668 0.000 0.000 0.288 0.040 0.004
#> SRR490470 1 0.4419 0.3983 0.652 0.000 0.000 0.304 0.040 0.004
#> SRR490471 1 0.4435 0.3924 0.648 0.000 0.000 0.308 0.040 0.004
#> SRR490472 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490473 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490474 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490475 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0405 0.7928 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR490489 4 0.0405 0.7928 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR490490 4 0.0291 0.7939 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR490491 4 0.0405 0.7928 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR490492 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490500 4 0.2822 0.6929 0.032 0.004 0.000 0.864 0.096 0.004
#> SRR490501 4 0.2822 0.6929 0.032 0.004 0.000 0.864 0.096 0.004
#> SRR490502 4 0.2822 0.6929 0.032 0.004 0.000 0.864 0.096 0.004
#> SRR490503 4 0.2822 0.6929 0.032 0.004 0.000 0.864 0.096 0.004
#> SRR490504 4 0.5834 0.4834 0.000 0.236 0.000 0.520 0.240 0.004
#> SRR490505 4 0.5834 0.4834 0.000 0.236 0.000 0.520 0.240 0.004
#> SRR490506 4 0.5834 0.4834 0.000 0.236 0.000 0.520 0.240 0.004
#> SRR490507 4 0.5834 0.4834 0.000 0.236 0.000 0.520 0.240 0.004
#> SRR490508 4 0.3912 0.6582 0.000 0.044 0.000 0.732 0.224 0.000
#> SRR490509 4 0.4091 0.6506 0.000 0.056 0.000 0.720 0.224 0.000
#> SRR490510 4 0.4142 0.6452 0.000 0.056 0.000 0.712 0.232 0.000
#> SRR490511 4 0.4091 0.6506 0.000 0.056 0.000 0.720 0.224 0.000
#> SRR490512 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0146 0.7951 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490532 3 0.1930 0.9056 0.012 0.000 0.924 0.000 0.028 0.036
#> SRR490533 3 0.1829 0.9087 0.008 0.000 0.928 0.000 0.028 0.036
#> SRR490534 3 0.1930 0.9056 0.012 0.000 0.924 0.000 0.028 0.036
#> SRR490535 3 0.1930 0.9056 0.012 0.000 0.924 0.000 0.028 0.036
#> SRR490536 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490537 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490538 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490539 4 0.5703 0.4864 0.000 0.240 0.000 0.524 0.236 0.000
#> SRR490540 2 0.4449 0.6031 0.000 0.672 0.000 0.004 0.272 0.052
#> SRR490541 2 0.4449 0.6031 0.000 0.672 0.000 0.004 0.272 0.052
#> SRR490542 2 0.4449 0.6031 0.000 0.672 0.000 0.004 0.272 0.052
#> SRR490543 2 0.4449 0.6031 0.000 0.672 0.000 0.004 0.272 0.052
#> SRR490544 2 0.2147 0.8043 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084 0.000
#> SRR490545 2 0.2147 0.8043 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084 0.000
#> SRR490546 2 0.2147 0.8043 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084 0.000
#> SRR490547 2 0.2147 0.8043 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084 0.000
#> SRR490548 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490549 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490550 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490551 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490552 2 0.2122 0.8064 0.000 0.900 0.000 0.024 0.076 0.000
#> SRR490553 2 0.2122 0.8064 0.000 0.900 0.000 0.024 0.076 0.000
#> SRR490554 2 0.2122 0.8064 0.000 0.900 0.000 0.024 0.076 0.000
#> SRR490555 2 0.2122 0.8064 0.000 0.900 0.000 0.024 0.076 0.000
#> SRR490556 2 0.1485 0.8192 0.000 0.944 0.000 0.024 0.028 0.004
#> SRR490557 2 0.1562 0.8192 0.000 0.940 0.000 0.024 0.032 0.004
#> SRR490558 2 0.1562 0.8192 0.000 0.940 0.000 0.024 0.032 0.004
#> SRR490559 2 0.1562 0.8192 0.000 0.940 0.000 0.024 0.032 0.004
#> SRR490560 2 0.1765 0.8136 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR490561 2 0.1765 0.8136 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR490562 2 0.1765 0.8136 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR490563 2 0.1765 0.8136 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR490564 2 0.5529 0.1475 0.036 0.536 0.000 0.000 0.368 0.060
#> SRR490565 2 0.5520 0.1600 0.036 0.540 0.000 0.000 0.364 0.060
#> SRR490566 2 0.5520 0.1600 0.036 0.540 0.000 0.000 0.364 0.060
#> SRR490567 2 0.5529 0.1475 0.036 0.536 0.000 0.000 0.368 0.060
#> SRR490568 6 0.7478 0.2420 0.000 0.172 0.008 0.132 0.312 0.376
#> SRR490569 6 0.7382 0.2268 0.000 0.180 0.000 0.148 0.312 0.360
#> SRR490570 6 0.7366 0.2302 0.000 0.176 0.000 0.148 0.312 0.364
#> SRR490571 6 0.7369 0.2294 0.000 0.172 0.000 0.152 0.312 0.364
#> SRR490572 2 0.3744 0.6928 0.000 0.756 0.000 0.044 0.200 0.000
#> SRR490573 2 0.3744 0.6928 0.000 0.756 0.000 0.044 0.200 0.000
#> SRR490574 2 0.3744 0.6928 0.000 0.756 0.000 0.044 0.200 0.000
#> SRR490575 2 0.3744 0.6928 0.000 0.756 0.000 0.044 0.200 0.000
#> SRR490576 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490577 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490578 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490579 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490580 2 0.1518 0.8183 0.000 0.944 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR490581 2 0.1518 0.8183 0.000 0.944 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR490582 2 0.1518 0.8183 0.000 0.944 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR490583 2 0.1518 0.8183 0.000 0.944 0.000 0.024 0.024 0.008
#> SRR490584 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490585 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490586 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490587 2 0.2066 0.8078 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR490588 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490589 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490590 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490591 2 0.1405 0.8190 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR490592 2 0.1003 0.8169 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490593 2 0.1003 0.8169 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490594 2 0.1003 0.8169 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490595 2 0.1003 0.8169 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR490596 5 0.7764 0.3089 0.064 0.216 0.052 0.000 0.360 0.308
#> SRR490597 5 0.7049 0.3695 0.064 0.292 0.000 0.000 0.348 0.296
#> SRR490598 5 0.7052 0.3657 0.064 0.288 0.000 0.000 0.344 0.304
#> SRR490599 5 0.7017 0.3663 0.060 0.304 0.000 0.000 0.344 0.292
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.895 0.941 0.975 0.38412 0.621 0.621
#> 3 3 0.541 0.778 0.866 0.65344 0.725 0.562
#> 4 4 0.696 0.752 0.865 0.16905 0.825 0.554
#> 5 5 0.871 0.852 0.935 0.07311 0.912 0.676
#> 6 6 0.866 0.841 0.925 0.00583 0.998 0.990
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.9580 0.3881 0.380 0.620
#> SRR490217 2 0.7299 0.7446 0.204 0.796
#> SRR490218 2 0.4562 0.8839 0.096 0.904
#> SRR490219 2 0.6148 0.8174 0.152 0.848
#> SRR490220 2 0.5946 0.8273 0.144 0.856
#> SRR490221 2 0.1414 0.9598 0.020 0.980
#> SRR490222 2 0.3274 0.9216 0.060 0.940
#> SRR490223 2 0.5842 0.8323 0.140 0.860
#> SRR490224 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490240 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.9323 0.4684 0.348 0.652
#> SRR490249 2 0.5519 0.8469 0.128 0.872
#> SRR490250 2 0.5294 0.8565 0.120 0.880
#> SRR490251 2 0.4815 0.8750 0.104 0.896
#> SRR490252 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.1414 0.9469 0.980 0.020
#> SRR490257 1 0.8081 0.6885 0.752 0.248
#> SRR490258 1 0.5629 0.8445 0.868 0.132
#> SRR490259 1 0.7139 0.7688 0.804 0.196
#> SRR490260 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.6148 0.8226 0.848 0.152
#> SRR490269 1 0.5519 0.8488 0.872 0.128
#> SRR490270 1 0.9608 0.3973 0.616 0.384
#> SRR490271 1 0.7219 0.7635 0.800 0.200
#> SRR490272 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.7139 0.7689 0.804 0.196
#> SRR490289 2 0.9552 0.3985 0.376 0.624
#> SRR490290 2 0.8661 0.5992 0.288 0.712
#> SRR490291 2 0.9044 0.5325 0.320 0.680
#> SRR490292 2 0.2236 0.9451 0.036 0.964
#> SRR490293 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.9866 0.2346 0.432 0.568
#> SRR490313 2 0.9608 0.3773 0.384 0.616
#> SRR490314 2 0.7602 0.7197 0.220 0.780
#> SRR490315 2 0.7219 0.7503 0.200 0.800
#> SRR490316 2 0.6531 0.7962 0.168 0.832
#> SRR490317 2 0.6887 0.7739 0.184 0.816
#> SRR490318 2 0.5946 0.8273 0.144 0.856
#> SRR490319 2 0.0672 0.9705 0.008 0.992
#> SRR490320 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0938 0.9670 0.012 0.988
#> SRR490347 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.7602 0.7202 0.220 0.780
#> SRR490421 2 0.1414 0.9598 0.020 0.980
#> SRR490422 2 0.0672 0.9705 0.008 0.992
#> SRR490423 2 0.0376 0.9739 0.004 0.996
#> SRR490424 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.9922 0.2043 0.552 0.448
#> SRR490429 2 0.9129 0.5153 0.328 0.672
#> SRR490430 2 0.5178 0.8620 0.116 0.884
#> SRR490431 2 0.7950 0.6867 0.240 0.760
#> SRR490432 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.4562 0.8847 0.096 0.904
#> SRR490449 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490452 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490453 1 0.7219 0.7632 0.800 0.200
#> SRR490454 1 0.7219 0.7632 0.800 0.200
#> SRR490455 1 0.6887 0.7843 0.816 0.184
#> SRR490456 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.8327 0.6679 0.736 0.264
#> SRR490533 1 0.9044 0.5512 0.680 0.320
#> SRR490534 2 0.9977 0.0859 0.472 0.528
#> SRR490535 1 0.7139 0.7690 0.804 0.196
#> SRR490536 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9774 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.4178 0.7014 0.172 0.828 0.000
#> SRR490217 2 0.2356 0.7885 0.072 0.928 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0892 0.8147 0.020 0.980 0.000
#> SRR490220 2 0.4602 0.7430 0.040 0.852 0.108
#> SRR490221 2 0.2796 0.7729 0.000 0.908 0.092
#> SRR490222 2 0.2878 0.7726 0.000 0.904 0.096
#> SRR490223 2 0.4045 0.7510 0.024 0.872 0.104
#> SRR490224 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.1163 0.9227 0.972 0.000 0.028
#> SRR490234 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.2356 0.8914 0.928 0.000 0.072
#> SRR490236 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 2 0.3116 0.7604 0.000 0.892 0.108
#> SRR490241 2 0.3116 0.7604 0.000 0.892 0.108
#> SRR490242 2 0.3192 0.7592 0.000 0.888 0.112
#> SRR490243 2 0.3116 0.7604 0.000 0.892 0.108
#> SRR490244 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.3038 0.7647 0.104 0.896 0.000
#> SRR490249 2 0.0237 0.8186 0.004 0.996 0.000
#> SRR490250 2 0.0237 0.8186 0.004 0.996 0.000
#> SRR490251 2 0.0237 0.8186 0.004 0.996 0.000
#> SRR490252 2 0.1643 0.8012 0.000 0.956 0.044
#> SRR490253 2 0.3038 0.7617 0.000 0.896 0.104
#> SRR490254 2 0.1964 0.7946 0.000 0.944 0.056
#> SRR490255 2 0.2537 0.7795 0.000 0.920 0.080
#> SRR490256 1 0.6299 0.7620 0.772 0.132 0.096
#> SRR490257 1 0.8691 0.0919 0.452 0.444 0.104
#> SRR490258 1 0.7959 0.5156 0.620 0.288 0.092
#> SRR490259 1 0.7948 0.5548 0.632 0.268 0.100
#> SRR490260 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.8040 0.4872 0.608 0.300 0.092
#> SRR490269 1 0.8104 0.5147 0.616 0.280 0.104
#> SRR490270 2 0.8586 0.1610 0.376 0.520 0.104
#> SRR490271 1 0.8262 0.4647 0.592 0.304 0.104
#> SRR490272 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.8338 0.2665 0.516 0.400 0.084
#> SRR490289 2 0.6510 0.6534 0.156 0.756 0.088
#> SRR490290 2 0.6986 0.6165 0.180 0.724 0.096
#> SRR490291 2 0.5137 0.7259 0.064 0.832 0.104
#> SRR490292 2 0.3412 0.7565 0.000 0.876 0.124
#> SRR490293 2 0.4291 0.7282 0.000 0.820 0.180
#> SRR490294 2 0.3192 0.7592 0.000 0.888 0.112
#> SRR490295 2 0.5560 0.5916 0.000 0.700 0.300
#> SRR490296 3 0.4399 0.8290 0.000 0.188 0.812
#> SRR490297 3 0.3752 0.8655 0.000 0.144 0.856
#> SRR490298 3 0.3192 0.8859 0.000 0.112 0.888
#> SRR490299 3 0.4654 0.8082 0.000 0.208 0.792
#> SRR490300 2 0.3816 0.7586 0.000 0.852 0.148
#> SRR490301 2 0.6225 0.1055 0.000 0.568 0.432
#> SRR490302 3 0.6267 0.2678 0.000 0.452 0.548
#> SRR490303 3 0.6291 0.2907 0.000 0.468 0.532
#> SRR490304 3 0.3192 0.8857 0.000 0.112 0.888
#> SRR490305 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490306 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490307 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490308 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.5706 0.4642 0.320 0.680 0.000
#> SRR490313 2 0.4178 0.7001 0.172 0.828 0.000
#> SRR490314 2 0.1163 0.8116 0.028 0.972 0.000
#> SRR490315 2 0.0892 0.8154 0.020 0.980 0.000
#> SRR490316 2 0.3116 0.7604 0.000 0.892 0.108
#> SRR490317 2 0.1751 0.8084 0.028 0.960 0.012
#> SRR490318 2 0.3038 0.7637 0.000 0.896 0.104
#> SRR490319 2 0.2356 0.7865 0.000 0.928 0.072
#> SRR490320 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.1031 0.8149 0.000 0.976 0.024
#> SRR490329 2 0.1289 0.8120 0.000 0.968 0.032
#> SRR490330 2 0.3412 0.7515 0.000 0.876 0.124
#> SRR490331 2 0.0747 0.8178 0.000 0.984 0.016
#> SRR490332 2 0.4452 0.7208 0.000 0.808 0.192
#> SRR490333 2 0.6260 -0.0680 0.000 0.552 0.448
#> SRR490334 2 0.4555 0.7051 0.000 0.800 0.200
#> SRR490335 2 0.5465 0.4921 0.000 0.712 0.288
#> SRR490336 3 0.5650 0.6729 0.000 0.312 0.688
#> SRR490337 3 0.5733 0.6659 0.000 0.324 0.676
#> SRR490338 3 0.6126 0.5577 0.000 0.400 0.600
#> SRR490339 3 0.5497 0.7008 0.000 0.292 0.708
#> SRR490340 2 0.6026 0.4391 0.000 0.624 0.376
#> SRR490341 2 0.3482 0.7546 0.000 0.872 0.128
#> SRR490342 2 0.6267 0.2407 0.000 0.548 0.452
#> SRR490343 2 0.3879 0.7469 0.000 0.848 0.152
#> SRR490344 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0592 0.8196 0.000 0.988 0.012
#> SRR490349 2 0.0424 0.8196 0.000 0.992 0.008
#> SRR490350 2 0.0237 0.8195 0.000 0.996 0.004
#> SRR490351 2 0.0424 0.8198 0.000 0.992 0.008
#> SRR490352 2 0.4291 0.7641 0.000 0.820 0.180
#> SRR490353 2 0.2796 0.8039 0.000 0.908 0.092
#> SRR490354 2 0.1031 0.8190 0.000 0.976 0.024
#> SRR490355 2 0.4399 0.7596 0.000 0.812 0.188
#> SRR490356 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.1964 0.8131 0.000 0.944 0.056
#> SRR490366 2 0.1643 0.8153 0.000 0.956 0.044
#> SRR490367 2 0.1529 0.8163 0.000 0.960 0.040
#> SRR490368 2 0.3941 0.7777 0.000 0.844 0.156
#> SRR490369 2 0.4002 0.7756 0.000 0.840 0.160
#> SRR490370 2 0.3340 0.7932 0.000 0.880 0.120
#> SRR490371 2 0.4555 0.7506 0.000 0.800 0.200
#> SRR490372 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0424 0.8198 0.000 0.992 0.008
#> SRR490385 2 0.0237 0.8196 0.000 0.996 0.004
#> SRR490386 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490408 3 0.3192 0.8850 0.000 0.112 0.888
#> SRR490409 3 0.3192 0.8850 0.000 0.112 0.888
#> SRR490410 3 0.3192 0.8850 0.000 0.112 0.888
#> SRR490411 3 0.3192 0.8850 0.000 0.112 0.888
#> SRR490412 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 3 0.0000 0.8110 0.000 0.000 1.000
#> SRR490417 3 0.2165 0.8311 0.000 0.064 0.936
#> SRR490418 3 0.1411 0.8425 0.000 0.036 0.964
#> SRR490419 3 0.0747 0.8133 0.000 0.016 0.984
#> SRR490420 3 0.9488 0.0596 0.208 0.312 0.480
#> SRR490421 3 0.6527 0.1606 0.008 0.404 0.588
#> SRR490422 2 0.6154 0.5044 0.000 0.592 0.408
#> SRR490423 3 0.2625 0.7853 0.000 0.084 0.916
#> SRR490424 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 2 0.8699 0.1463 0.376 0.512 0.112
#> SRR490429 2 0.9743 0.3223 0.248 0.440 0.312
#> SRR490430 2 0.5982 0.6640 0.028 0.744 0.228
#> SRR490431 2 0.9321 0.4242 0.224 0.520 0.256
#> SRR490432 3 0.3340 0.7494 0.000 0.120 0.880
#> SRR490433 3 0.3686 0.7102 0.000 0.140 0.860
#> SRR490434 3 0.0237 0.8102 0.000 0.004 0.996
#> SRR490435 3 0.2625 0.7730 0.000 0.084 0.916
#> SRR490436 3 0.2261 0.7990 0.000 0.068 0.932
#> SRR490437 3 0.0892 0.8072 0.000 0.020 0.980
#> SRR490438 3 0.2625 0.7907 0.000 0.084 0.916
#> SRR490439 3 0.1163 0.8014 0.000 0.028 0.972
#> SRR490440 3 0.3192 0.8850 0.000 0.112 0.888
#> SRR490441 3 0.3619 0.8703 0.000 0.136 0.864
#> SRR490442 3 0.4842 0.7744 0.000 0.224 0.776
#> SRR490443 3 0.3551 0.8731 0.000 0.132 0.868
#> SRR490444 2 0.5733 0.5733 0.000 0.676 0.324
#> SRR490445 2 0.4235 0.7676 0.000 0.824 0.176
#> SRR490446 2 0.5363 0.6525 0.000 0.724 0.276
#> SRR490447 2 0.5098 0.6989 0.000 0.752 0.248
#> SRR490448 2 0.7592 0.6429 0.112 0.680 0.208
#> SRR490449 2 0.6111 0.5201 0.000 0.604 0.396
#> SRR490450 3 0.6302 -0.1702 0.000 0.480 0.520
#> SRR490451 2 0.5968 0.6338 0.000 0.636 0.364
#> SRR490452 1 0.2537 0.8855 0.920 0.000 0.080
#> SRR490453 1 0.7413 0.6557 0.692 0.204 0.104
#> SRR490454 1 0.5944 0.7790 0.792 0.120 0.088
#> SRR490455 1 0.6091 0.7725 0.784 0.124 0.092
#> SRR490456 3 0.6267 0.1278 0.000 0.452 0.548
#> SRR490457 2 0.6095 0.4322 0.000 0.608 0.392
#> SRR490458 2 0.6252 0.2500 0.000 0.556 0.444
#> SRR490459 3 0.5650 0.4923 0.000 0.312 0.688
#> SRR490460 3 0.6111 0.0741 0.000 0.396 0.604
#> SRR490461 2 0.5397 0.6794 0.000 0.720 0.280
#> SRR490462 3 0.5327 0.5196 0.000 0.272 0.728
#> SRR490463 2 0.6204 0.4265 0.000 0.576 0.424
#> SRR490464 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 3 0.0424 0.8127 0.000 0.008 0.992
#> SRR490469 3 0.0237 0.8118 0.000 0.004 0.996
#> SRR490470 3 0.0000 0.8110 0.000 0.000 1.000
#> SRR490471 3 0.1031 0.8141 0.000 0.024 0.976
#> SRR490472 3 0.3412 0.8785 0.000 0.124 0.876
#> SRR490473 3 0.3267 0.8829 0.000 0.116 0.884
#> SRR490474 3 0.3267 0.8835 0.000 0.116 0.884
#> SRR490475 3 0.3340 0.8804 0.000 0.120 0.880
#> SRR490476 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9412 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490481 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490482 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490483 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490484 3 0.2711 0.8804 0.000 0.088 0.912
#> SRR490485 3 0.3192 0.8857 0.000 0.112 0.888
#> SRR490486 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490487 3 0.2959 0.8869 0.000 0.100 0.900
#> SRR490488 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490489 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490490 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490491 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490492 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490493 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490494 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490495 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490496 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490497 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490498 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490499 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490500 3 0.2959 0.8869 0.000 0.100 0.900
#> SRR490501 3 0.2959 0.8869 0.000 0.100 0.900
#> SRR490502 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490503 3 0.2796 0.8827 0.000 0.092 0.908
#> SRR490504 3 0.5835 0.5646 0.000 0.340 0.660
#> SRR490505 3 0.4346 0.8236 0.000 0.184 0.816
#> SRR490506 3 0.3816 0.8607 0.000 0.148 0.852
#> SRR490507 3 0.4121 0.8422 0.000 0.168 0.832
#> SRR490508 3 0.3192 0.8864 0.000 0.112 0.888
#> SRR490509 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490510 3 0.5216 0.7211 0.000 0.260 0.740
#> SRR490511 3 0.3412 0.8784 0.000 0.124 0.876
#> SRR490512 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490513 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490514 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490515 3 0.3116 0.8873 0.000 0.108 0.892
#> SRR490516 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490517 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490518 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490519 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490520 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490521 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490522 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490523 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490524 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490525 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490526 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490527 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490528 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490529 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490530 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490531 3 0.3038 0.8884 0.000 0.104 0.896
#> SRR490532 1 0.7525 0.6446 0.684 0.208 0.108
#> SRR490533 1 0.8085 0.4272 0.584 0.332 0.084
#> SRR490534 1 0.9531 0.1388 0.456 0.344 0.200
#> SRR490535 1 0.5931 0.7812 0.792 0.084 0.124
#> SRR490536 3 0.4605 0.8018 0.000 0.204 0.796
#> SRR490537 3 0.3340 0.8804 0.000 0.120 0.880
#> SRR490538 3 0.3482 0.8758 0.000 0.128 0.872
#> SRR490539 3 0.4291 0.8297 0.000 0.180 0.820
#> SRR490540 2 0.4555 0.7511 0.000 0.800 0.200
#> SRR490541 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490542 2 0.3941 0.7784 0.000 0.844 0.156
#> SRR490543 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490544 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490545 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490546 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490547 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490548 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490549 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490550 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490551 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490552 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490553 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490554 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490555 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490556 2 0.5905 0.4925 0.000 0.648 0.352
#> SRR490557 3 0.6291 0.1754 0.000 0.468 0.532
#> SRR490558 3 0.6308 0.0723 0.000 0.492 0.508
#> SRR490559 3 0.6274 0.2220 0.000 0.456 0.544
#> SRR490560 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490561 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490562 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490563 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490564 2 0.4504 0.7539 0.000 0.804 0.196
#> SRR490565 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490566 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490567 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490568 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490569 2 0.4452 0.7570 0.000 0.808 0.192
#> SRR490570 2 0.4452 0.7560 0.000 0.808 0.192
#> SRR490571 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490572 2 0.5859 0.5118 0.000 0.656 0.344
#> SRR490573 2 0.6079 0.3942 0.000 0.612 0.388
#> SRR490574 2 0.6235 0.2311 0.000 0.564 0.436
#> SRR490575 2 0.5431 0.6362 0.000 0.716 0.284
#> SRR490576 2 0.4750 0.7349 0.000 0.784 0.216
#> SRR490577 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490578 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490579 2 0.5621 0.5933 0.000 0.692 0.308
#> SRR490580 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490581 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490582 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490583 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490584 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490585 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490586 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490587 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490588 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490589 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490590 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490591 2 0.4605 0.7481 0.000 0.796 0.204
#> SRR490592 2 0.3879 0.7794 0.000 0.848 0.152
#> SRR490593 2 0.4346 0.7614 0.000 0.816 0.184
#> SRR490594 2 0.4002 0.7753 0.000 0.840 0.160
#> SRR490595 2 0.3941 0.7770 0.000 0.844 0.156
#> SRR490596 2 0.1860 0.8150 0.000 0.948 0.052
#> SRR490597 2 0.1643 0.8164 0.000 0.956 0.044
#> SRR490598 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0592 0.8196 0.000 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 1 0.5932 0.7029 0.696 0.132 0.172 0.000
#> SRR490217 1 0.5050 0.7761 0.756 0.176 0.068 0.000
#> SRR490218 1 0.3810 0.8004 0.804 0.188 0.008 0.000
#> SRR490219 1 0.4281 0.7960 0.792 0.180 0.028 0.000
#> SRR490220 1 0.1394 0.7217 0.964 0.008 0.016 0.012
#> SRR490221 1 0.1716 0.7686 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR490222 1 0.1661 0.7575 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR490223 1 0.1585 0.7554 0.952 0.040 0.004 0.004
#> SRR490224 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490233 3 0.1209 0.9189 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490234 3 0.0188 0.9424 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490235 3 0.2401 0.8709 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR490236 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0469 0.7273 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490241 1 0.0469 0.7273 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490242 1 0.0469 0.7273 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490243 1 0.0469 0.7273 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490244 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 1 0.5031 0.7679 0.768 0.140 0.092 0.000
#> SRR490249 1 0.3852 0.8003 0.808 0.180 0.012 0.000
#> SRR490250 1 0.3710 0.8008 0.804 0.192 0.004 0.000
#> SRR490251 1 0.3895 0.7999 0.804 0.184 0.012 0.000
#> SRR490252 1 0.2831 0.7883 0.876 0.120 0.000 0.004
#> SRR490253 1 0.1716 0.7673 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR490254 1 0.2530 0.7862 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR490255 1 0.2197 0.7740 0.916 0.080 0.000 0.004
#> SRR490256 3 0.4957 0.6164 0.320 0.000 0.668 0.012
#> SRR490257 1 0.5150 0.1217 0.596 0.000 0.396 0.008
#> SRR490258 3 0.5383 0.3291 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR490259 3 0.5392 0.3168 0.460 0.000 0.528 0.012
#> SRR490260 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490268 3 0.5050 0.4274 0.408 0.000 0.588 0.004
#> SRR490269 3 0.5383 0.3572 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR490270 1 0.4820 0.3771 0.692 0.000 0.296 0.012
#> SRR490271 3 0.5402 0.2982 0.472 0.000 0.516 0.012
#> SRR490272 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 3 0.5402 0.1684 0.472 0.012 0.516 0.000
#> SRR490289 1 0.4499 0.6907 0.792 0.048 0.160 0.000
#> SRR490290 1 0.4417 0.6807 0.796 0.044 0.160 0.000
#> SRR490291 1 0.2860 0.7493 0.904 0.044 0.048 0.004
#> SRR490292 1 0.0937 0.7352 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR490293 1 0.2060 0.7248 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR490294 1 0.1059 0.7376 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR490295 1 0.3172 0.6167 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR490296 4 0.0524 0.8788 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490297 4 0.0524 0.8810 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490298 4 0.0524 0.8810 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490299 4 0.0657 0.8774 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR490300 1 0.5257 0.6995 0.752 0.104 0.000 0.144
#> SRR490301 4 0.5512 0.4863 0.300 0.040 0.000 0.660
#> SRR490302 4 0.5003 0.5722 0.308 0.016 0.000 0.676
#> SRR490303 4 0.5432 0.6449 0.216 0.068 0.000 0.716
#> SRR490304 4 0.0524 0.8810 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490305 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490306 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490307 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490308 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 1 0.6746 0.5122 0.568 0.116 0.316 0.000
#> SRR490313 1 0.5800 0.7122 0.708 0.128 0.164 0.000
#> SRR490314 1 0.4332 0.7953 0.792 0.176 0.032 0.000
#> SRR490315 1 0.4182 0.7978 0.796 0.180 0.024 0.000
#> SRR490316 1 0.1792 0.7688 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR490317 1 0.3757 0.7973 0.828 0.152 0.020 0.000
#> SRR490318 1 0.1792 0.7692 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR490319 1 0.2345 0.7821 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR490320 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 1 0.4300 0.7684 0.820 0.088 0.000 0.092
#> SRR490329 1 0.4292 0.7648 0.820 0.080 0.000 0.100
#> SRR490330 1 0.5874 0.6931 0.696 0.112 0.000 0.192
#> SRR490331 1 0.4656 0.7790 0.792 0.136 0.000 0.072
#> SRR490332 1 0.4436 0.6993 0.800 0.052 0.000 0.148
#> SRR490333 4 0.5396 0.0963 0.464 0.012 0.000 0.524
#> SRR490334 1 0.6750 0.5818 0.612 0.208 0.000 0.180
#> SRR490335 1 0.6000 0.1701 0.508 0.040 0.000 0.452
#> SRR490336 4 0.0707 0.8730 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR490337 4 0.1792 0.8440 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR490338 4 0.2918 0.7993 0.116 0.008 0.000 0.876
#> SRR490339 4 0.0657 0.8773 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR490340 1 0.5183 0.0473 0.584 0.008 0.000 0.408
#> SRR490341 1 0.1610 0.7498 0.952 0.032 0.000 0.016
#> SRR490342 4 0.5853 0.2099 0.460 0.032 0.000 0.508
#> SRR490343 1 0.3707 0.6688 0.840 0.028 0.000 0.132
#> SRR490344 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490345 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490346 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490347 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490348 1 0.3764 0.7890 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR490349 1 0.3688 0.7940 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR490350 1 0.3610 0.7986 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR490351 1 0.3726 0.7921 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.3649 0.6237 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.4855 0.0671 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR490354 1 0.4103 0.7558 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.1716 0.8192 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490356 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490357 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490358 1 0.3528 0.8009 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR490359 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490360 1 0.3610 0.7988 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR490361 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490362 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490363 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490364 1 0.3837 0.7816 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR490365 1 0.4898 0.4998 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR490366 1 0.4746 0.5957 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR490367 1 0.4855 0.5332 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.4331 0.4548 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.4431 0.4161 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.4888 0.0509 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.2011 0.8070 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490377 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490378 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490379 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 1 0.3764 0.7897 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR490385 1 0.3726 0.7920 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR490386 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490387 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490388 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490389 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490390 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490391 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490392 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490393 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490394 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490395 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490396 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490397 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490398 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490399 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490400 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490401 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490402 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490403 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490404 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490405 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490406 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490407 1 0.3569 0.8008 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490408 2 0.4998 0.0246 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR490409 2 0.4888 0.2798 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490410 4 0.4998 0.0501 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR490411 2 0.4999 0.0069 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR490412 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 4 0.6303 0.6451 0.192 0.148 0.000 0.660
#> SRR490417 4 0.6956 0.4526 0.148 0.288 0.000 0.564
#> SRR490418 4 0.5199 0.7288 0.100 0.144 0.000 0.756
#> SRR490419 4 0.7313 0.3624 0.176 0.316 0.000 0.508
#> SRR490420 1 0.9473 -0.0486 0.400 0.172 0.156 0.272
#> SRR490421 1 0.6961 -0.0524 0.512 0.120 0.000 0.368
#> SRR490422 1 0.6732 0.3346 0.612 0.220 0.000 0.168
#> SRR490423 4 0.7625 0.1967 0.208 0.360 0.000 0.432
#> SRR490424 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.4955 0.2974 0.648 0.000 0.344 0.008
#> SRR490429 1 0.8823 -0.0840 0.384 0.352 0.208 0.056
#> SRR490430 1 0.3002 0.6840 0.892 0.012 0.012 0.084
#> SRR490431 1 0.7373 0.4287 0.632 0.160 0.160 0.048
#> SRR490432 4 0.5753 0.6807 0.248 0.072 0.000 0.680
#> SRR490433 4 0.3907 0.7395 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR490434 4 0.4540 0.7476 0.196 0.032 0.000 0.772
#> SRR490435 4 0.4524 0.7565 0.204 0.028 0.000 0.768
#> SRR490436 4 0.4295 0.7327 0.240 0.008 0.000 0.752
#> SRR490437 4 0.3649 0.7587 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR490438 4 0.4456 0.6959 0.280 0.004 0.000 0.716
#> SRR490439 4 0.3751 0.7608 0.196 0.004 0.000 0.800
#> SRR490440 2 0.4989 0.0994 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR490441 2 0.4941 0.2079 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR490442 2 0.5016 0.3175 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR490443 2 0.2081 0.8134 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490444 2 0.1256 0.8524 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR490445 2 0.2868 0.7428 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR490446 2 0.1474 0.8466 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR490447 2 0.2589 0.7873 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR490448 1 0.5626 0.5128 0.724 0.204 0.060 0.012
#> SRR490449 1 0.6214 0.1498 0.576 0.360 0.000 0.064
#> SRR490450 1 0.7382 0.1632 0.520 0.260 0.000 0.220
#> SRR490451 2 0.5636 0.3851 0.424 0.552 0.000 0.024
#> SRR490452 3 0.2266 0.8766 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR490453 3 0.5007 0.5487 0.356 0.000 0.636 0.008
#> SRR490454 3 0.4089 0.7452 0.212 0.004 0.780 0.004
#> SRR490455 3 0.4360 0.7063 0.248 0.000 0.744 0.008
#> SRR490456 1 0.5273 -0.1654 0.536 0.008 0.000 0.456
#> SRR490457 1 0.5213 0.2513 0.652 0.020 0.000 0.328
#> SRR490458 1 0.4985 -0.1954 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR490459 4 0.4872 0.5880 0.356 0.004 0.000 0.640
#> SRR490460 2 0.6464 0.5182 0.308 0.596 0.000 0.096
#> SRR490461 1 0.5380 0.5457 0.744 0.136 0.000 0.120
#> SRR490462 4 0.7746 0.2688 0.376 0.232 0.000 0.392
#> SRR490463 1 0.6404 0.2630 0.608 0.296 0.000 0.096
#> SRR490464 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.6973 0.4011 0.196 0.584 0.000 0.220
#> SRR490469 2 0.7586 -0.0698 0.196 0.416 0.000 0.388
#> SRR490470 4 0.6973 0.5405 0.196 0.220 0.000 0.584
#> SRR490471 4 0.7589 0.1271 0.196 0.396 0.000 0.408
#> SRR490472 2 0.3172 0.7459 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR490473 2 0.3688 0.6955 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR490474 2 0.4134 0.6049 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR490475 2 0.4222 0.6098 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR490476 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9452 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490481 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490482 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490483 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490484 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490485 4 0.0524 0.8810 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490486 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490487 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490488 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490489 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490490 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490491 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490492 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490493 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490494 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490495 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490496 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490497 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490498 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490499 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490500 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490501 4 0.0188 0.8791 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490502 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490503 4 0.0336 0.8811 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490504 2 0.1022 0.8497 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490505 2 0.1637 0.8298 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR490506 2 0.1792 0.8268 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490507 2 0.3942 0.6584 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490508 4 0.2530 0.8210 0.004 0.100 0.000 0.896
#> SRR490509 4 0.3172 0.7634 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR490510 4 0.5721 0.5362 0.056 0.284 0.000 0.660
#> SRR490511 4 0.4454 0.5455 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR490512 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490513 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490514 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490515 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490516 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490517 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490518 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490519 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490520 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490521 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490522 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490523 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490524 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490525 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490526 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490527 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490528 4 0.0592 0.8806 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490529 4 0.1302 0.8636 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR490530 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490531 4 0.0469 0.8829 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490532 3 0.5923 0.5947 0.296 0.040 0.652 0.012
#> SRR490533 3 0.5268 0.3090 0.452 0.000 0.540 0.008
#> SRR490534 1 0.8221 -0.1287 0.388 0.208 0.384 0.020
#> SRR490535 3 0.5050 0.7635 0.132 0.088 0.776 0.004
#> SRR490536 2 0.1557 0.8325 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490537 2 0.1867 0.8220 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR490538 2 0.1792 0.8234 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR490539 2 0.1557 0.8324 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490540 2 0.0469 0.8596 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0188 0.8629 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.3649 0.6299 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0188 0.8629 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0336 0.8614 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0188 0.8629 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0336 0.8611 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490558 2 0.0188 0.8629 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490559 2 0.0188 0.8629 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490560 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.2281 0.7902 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0188 0.8628 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.0817 0.8555 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0817 0.8529 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0921 0.8507 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490569 2 0.1118 0.8437 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490570 2 0.2281 0.7902 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0592 0.8572 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0188 0.8630 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0817 0.8531 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0336 0.8615 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.8642 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.4406 0.4280 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.2408 0.7823 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.4134 0.5301 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.4585 0.3376 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR490596 1 0.4790 0.5899 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR490597 1 0.4941 0.4740 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR490598 1 0.3610 0.7989 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR490599 1 0.4382 0.7127 0.704 0.296 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.2516 0.79847 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.1341 0.88008 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0510 0.90887 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.0703 0.89306 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR490221 2 0.2813 0.77373 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR490222 2 0.4415 0.37240 0.388 0.604 0.000 0.000 0.008
#> SRR490223 2 0.2488 0.82299 0.124 0.872 0.004 0.000 0.000
#> SRR490224 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490233 3 0.1732 0.88440 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR490234 3 0.0609 0.94870 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490235 3 0.4268 0.15987 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.1270 0.88335 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0609 0.90769 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490253 2 0.0290 0.91328 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490255 2 0.0880 0.90112 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR490256 1 0.2773 0.78502 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.2732 0.79041 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.3336 0.70494 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.3143 0.73819 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR490260 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.3949 0.52024 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0510 0.89875 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0880 0.89162 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.1732 0.86532 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR490272 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 3 0.6245 0.28396 0.168 0.316 0.516 0.000 0.000
#> SRR490289 2 0.4309 0.71669 0.084 0.768 0.148 0.000 0.000
#> SRR490290 2 0.3098 0.77967 0.016 0.836 0.148 0.000 0.000
#> SRR490291 2 0.2735 0.84114 0.084 0.880 0.036 0.000 0.000
#> SRR490292 1 0.4192 0.29158 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR490293 1 0.2233 0.83104 0.892 0.104 0.000 0.004 0.000
#> SRR490294 1 0.4161 0.33824 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR490295 1 0.1608 0.85973 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR490296 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0162 0.96001 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490300 2 0.5408 0.70599 0.112 0.728 0.000 0.108 0.052
#> SRR490301 4 0.5029 0.52718 0.060 0.292 0.000 0.648 0.000
#> SRR490302 4 0.5928 0.48348 0.212 0.192 0.000 0.596 0.000
#> SRR490303 4 0.5611 0.65492 0.104 0.172 0.000 0.692 0.032
#> SRR490304 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.3837 0.55736 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.2424 0.80870 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.0609 0.90682 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0404 0.91124 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490317 2 0.0671 0.90831 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000
#> SRR490318 2 0.0609 0.90800 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490320 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.1082 0.90105 0.028 0.964 0.000 0.008 0.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490330 2 0.3055 0.79255 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016
#> SRR490331 2 0.0703 0.90627 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490332 2 0.6230 0.13181 0.408 0.484 0.000 0.092 0.016
#> SRR490333 2 0.5737 0.01774 0.084 0.460 0.000 0.456 0.000
#> SRR490334 2 0.6950 0.54903 0.108 0.592 0.000 0.164 0.136
#> SRR490335 2 0.4597 0.24584 0.012 0.564 0.000 0.424 0.000
#> SRR490336 4 0.0404 0.95342 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490337 4 0.1478 0.90351 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR490338 4 0.2127 0.85916 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR490339 4 0.0162 0.96009 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490340 1 0.1830 0.86427 0.924 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR490341 2 0.4009 0.54450 0.312 0.684 0.000 0.004 0.000
#> SRR490342 1 0.6410 0.32957 0.496 0.200 0.000 0.304 0.000
#> SRR490343 1 0.4378 0.61773 0.716 0.248 0.000 0.036 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.1341 0.88668 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490349 2 0.0510 0.91051 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490350 2 0.0404 0.91244 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490351 2 0.0703 0.90663 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490352 5 0.3424 0.67472 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR490353 5 0.4278 0.19367 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR490354 2 0.1608 0.87361 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490355 5 0.2074 0.83848 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR490356 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.1341 0.88470 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490365 2 0.3730 0.58024 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR490366 2 0.3305 0.69195 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR490367 2 0.3612 0.61836 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR490368 5 0.3932 0.52287 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR490369 5 0.4150 0.39194 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR490370 2 0.4300 0.04210 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR490371 5 0.2329 0.82347 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR490372 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0794 0.90397 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR490385 2 0.0880 0.90172 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490386 2 0.0290 0.91355 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490387 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.91610 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490408 5 0.4268 0.23868 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR490409 5 0.4150 0.39278 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR490410 5 0.4302 0.11588 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR490411 5 0.4256 0.26108 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR490412 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.0794 0.88952 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR490417 1 0.5391 0.44377 0.616 0.000 0.000 0.300 0.084
#> SRR490418 1 0.5091 0.34746 0.584 0.000 0.000 0.372 0.044
#> SRR490419 1 0.2077 0.84150 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008
#> SRR490420 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490424 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.2966 0.76193 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.1270 0.88108 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0162 0.90318 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490432 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490433 1 0.0290 0.90059 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490434 1 0.0162 0.90266 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490435 1 0.1671 0.85025 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR490436 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490437 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490438 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490439 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490440 5 0.4256 0.27215 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR490441 5 0.4101 0.42911 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR490442 5 0.4306 0.51491 0.000 0.012 0.000 0.328 0.660
#> SRR490443 5 0.0510 0.89212 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR490444 5 0.0404 0.89558 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490445 5 0.2891 0.77036 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR490446 5 0.1557 0.87365 0.008 0.052 0.000 0.000 0.940
#> SRR490447 5 0.2771 0.81416 0.012 0.128 0.000 0.000 0.860
#> SRR490448 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490451 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490452 3 0.3143 0.71652 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.2690 0.79457 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR490454 3 0.4262 0.17604 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.4138 0.39895 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR490456 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490457 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490462 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490463 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490469 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490470 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490471 1 0.0000 0.90443 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490472 5 0.2074 0.83075 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR490473 5 0.2648 0.79085 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR490474 5 0.3210 0.70890 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR490475 5 0.3424 0.68587 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR490476 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.96766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490501 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490504 5 0.0290 0.89596 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR490505 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490506 5 0.0290 0.89589 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR490507 5 0.2966 0.74961 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR490508 4 0.2074 0.86560 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR490509 4 0.2813 0.78244 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR490510 4 0.5187 0.53616 0.000 0.084 0.000 0.656 0.260
#> SRR490511 4 0.3814 0.59561 0.000 0.004 0.000 0.720 0.276
#> SRR490512 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0963 0.93149 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR490530 4 0.0162 0.95999 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490531 4 0.0000 0.96334 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 3 0.5047 0.00595 0.472 0.032 0.496 0.000 0.000
#> SRR490533 1 0.4045 0.46158 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR490534 1 0.1792 0.86171 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR490535 3 0.4138 0.34698 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR490536 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490537 5 0.0404 0.89441 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR490538 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490539 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490540 5 0.0703 0.89076 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490541 5 0.0162 0.89754 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490542 5 0.3452 0.67195 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR490543 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490544 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490545 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490546 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490547 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490548 5 0.0290 0.89656 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490549 5 0.0290 0.89654 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490550 5 0.0162 0.89740 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490551 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490552 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490553 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490554 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490555 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490556 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490557 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490558 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490559 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490560 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490561 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490562 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490563 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490564 5 0.2563 0.82363 0.008 0.120 0.000 0.000 0.872
#> SRR490565 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490566 5 0.0794 0.88840 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR490567 5 0.0963 0.88466 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490568 5 0.1121 0.88127 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR490569 5 0.0963 0.88441 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490570 5 0.2471 0.81266 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR490571 5 0.0880 0.88764 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR490572 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490573 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490574 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490575 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490576 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490577 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490578 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490579 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490580 5 0.0290 0.89657 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490581 5 0.1270 0.87634 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR490582 5 0.0404 0.89527 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490583 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490584 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490585 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490586 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490587 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490588 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490589 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490590 5 0.0162 0.89745 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490591 5 0.0000 0.89827 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490592 5 0.4227 0.31033 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR490593 5 0.2516 0.80766 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR490594 5 0.4088 0.45388 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR490595 5 0.4219 0.31733 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR490596 2 0.3336 0.69134 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR490597 2 0.3895 0.52645 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR490598 2 0.0404 0.91234 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490599 2 0.2471 0.81276 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.2260 0.79302 0.000 0.000 0.140 0.000 NA 0.860
#> SRR490217 6 0.1267 0.87150 0.000 0.000 0.060 0.000 NA 0.940
#> SRR490218 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490219 6 0.0458 0.90342 0.000 0.000 0.016 0.000 NA 0.984
#> SRR490220 1 0.0692 0.88592 0.976 0.000 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR490221 6 0.2668 0.76833 0.168 0.000 0.000 0.000 NA 0.828
#> SRR490222 6 0.4100 0.36710 0.388 0.008 0.000 0.000 NA 0.600
#> SRR490223 6 0.2377 0.81654 0.124 0.000 0.004 0.000 NA 0.868
#> SRR490224 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490232 3 0.2854 0.79296 0.000 0.000 0.792 0.000 NA 0.000
#> SRR490233 3 0.2994 0.78887 0.004 0.000 0.788 0.000 NA 0.000
#> SRR490234 3 0.2854 0.79296 0.000 0.000 0.792 0.000 NA 0.000
#> SRR490235 3 0.5635 0.34074 0.256 0.000 0.536 0.000 NA 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490248 6 0.1075 0.88111 0.000 0.000 0.048 0.000 NA 0.952
#> SRR490249 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490250 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490251 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490252 6 0.0547 0.90248 0.020 0.000 0.000 0.000 NA 0.980
#> SRR490253 6 0.0260 0.90793 0.008 0.000 0.000 0.000 NA 0.992
#> SRR490254 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490255 6 0.0790 0.89597 0.032 0.000 0.000 0.000 NA 0.968
#> SRR490256 1 0.3655 0.78439 0.788 0.000 0.136 0.000 NA 0.000
#> SRR490257 1 0.3821 0.77224 0.772 0.000 0.148 0.000 NA 0.000
#> SRR490258 1 0.4215 0.71058 0.724 0.000 0.196 0.000 NA 0.000
#> SRR490259 1 0.4106 0.72351 0.736 0.000 0.188 0.000 NA 0.000
#> SRR490260 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490268 1 0.5344 0.57909 0.588 0.000 0.240 0.000 NA 0.000
#> SRR490269 1 0.2814 0.83098 0.820 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> SRR490270 1 0.2814 0.83098 0.820 0.000 0.008 0.000 NA 0.000
#> SRR490271 1 0.3522 0.81490 0.784 0.000 0.044 0.000 NA 0.000
#> SRR490272 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490275 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490288 3 0.6525 0.23050 0.172 0.000 0.480 0.000 NA 0.296
#> SRR490289 6 0.4944 0.66985 0.088 0.000 0.144 0.000 NA 0.716
#> SRR490290 6 0.3954 0.73906 0.020 0.000 0.148 0.000 NA 0.780
#> SRR490291 6 0.3610 0.79905 0.088 0.000 0.036 0.000 NA 0.824
#> SRR490292 1 0.5086 0.27315 0.532 0.000 0.000 0.000 NA 0.384
#> SRR490293 1 0.3225 0.81326 0.828 0.000 0.000 0.000 NA 0.092
#> SRR490294 1 0.5157 0.33837 0.544 0.000 0.000 0.000 NA 0.360
#> SRR490295 1 0.3017 0.82895 0.844 0.000 0.000 0.000 NA 0.072
#> SRR490296 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490299 4 0.0146 0.94746 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.004
#> SRR490300 6 0.7049 0.50592 0.088 0.052 0.000 0.104 NA 0.544
#> SRR490301 4 0.6461 0.43438 0.048 0.000 0.000 0.508 NA 0.232
#> SRR490302 4 0.6934 0.39732 0.160 0.000 0.000 0.492 NA 0.136
#> SRR490303 4 0.6896 0.51546 0.084 0.032 0.000 0.548 NA 0.124
#> SRR490304 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490312 6 0.3766 0.55600 0.000 0.000 0.304 0.000 NA 0.684
#> SRR490313 6 0.2531 0.79843 0.000 0.000 0.132 0.000 NA 0.856
#> SRR490314 6 0.0909 0.89842 0.000 0.000 0.020 0.000 NA 0.968
#> SRR490315 6 0.0725 0.90318 0.000 0.000 0.012 0.000 NA 0.976
#> SRR490316 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490317 6 0.0717 0.90148 0.008 0.000 0.016 0.000 NA 0.976
#> SRR490318 6 0.0547 0.90283 0.020 0.000 0.000 0.000 NA 0.980
#> SRR490319 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490320 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490328 6 0.1124 0.89119 0.036 0.000 0.000 0.008 NA 0.956
#> SRR490329 6 0.0146 0.90934 0.000 0.000 0.000 0.004 NA 0.996
#> SRR490330 6 0.2744 0.78750 0.000 0.016 0.000 0.144 NA 0.840
#> SRR490331 6 0.0632 0.90076 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.976
#> SRR490332 6 0.5596 0.12591 0.408 0.016 0.000 0.092 NA 0.484
#> SRR490333 4 0.5227 -0.00664 0.092 0.000 0.000 0.456 NA 0.452
#> SRR490334 6 0.6204 0.54559 0.104 0.136 0.000 0.164 NA 0.596
#> SRR490335 6 0.4136 0.22019 0.012 0.000 0.000 0.428 NA 0.560
#> SRR490336 4 0.0363 0.94099 0.000 0.000 0.000 0.988 NA 0.012
#> SRR490337 4 0.1387 0.88814 0.000 0.000 0.000 0.932 NA 0.068
#> SRR490338 4 0.1957 0.84355 0.000 0.000 0.000 0.888 NA 0.112
#> SRR490339 4 0.0146 0.94749 0.000 0.000 0.000 0.996 NA 0.004
#> SRR490340 1 0.1701 0.85490 0.920 0.000 0.000 0.008 NA 0.072
#> SRR490341 6 0.3601 0.54398 0.312 0.000 0.000 0.004 NA 0.684
#> SRR490342 1 0.5737 0.34822 0.500 0.000 0.000 0.304 NA 0.196
#> SRR490343 1 0.3933 0.62056 0.716 0.000 0.000 0.036 NA 0.248
#> SRR490344 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490345 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490346 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490347 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490348 6 0.1204 0.88063 0.000 0.056 0.000 0.000 NA 0.944
#> SRR490349 6 0.0458 0.90495 0.000 0.016 0.000 0.000 NA 0.984
#> SRR490350 6 0.0363 0.90696 0.000 0.012 0.000 0.000 NA 0.988
#> SRR490351 6 0.0632 0.90101 0.000 0.024 0.000 0.000 NA 0.976
#> SRR490352 2 0.3076 0.67138 0.000 0.760 0.000 0.000 NA 0.240
#> SRR490353 2 0.3847 0.17164 0.000 0.544 0.000 0.000 NA 0.456
#> SRR490354 6 0.1444 0.86750 0.000 0.072 0.000 0.000 NA 0.928
#> SRR490355 2 0.1863 0.83721 0.000 0.896 0.000 0.000 NA 0.104
#> SRR490356 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490357 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490358 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490359 6 0.0547 0.90495 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.980
#> SRR490360 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490361 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490362 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490363 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490364 6 0.3983 0.73682 0.000 0.056 0.000 0.000 NA 0.736
#> SRR490365 6 0.5697 0.37863 0.000 0.272 0.000 0.000 NA 0.520
#> SRR490366 6 0.5444 0.50518 0.000 0.216 0.000 0.000 NA 0.576
#> SRR490367 6 0.5635 0.41819 0.000 0.256 0.000 0.000 NA 0.536
#> SRR490368 2 0.3531 0.52307 0.000 0.672 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR490369 2 0.3737 0.38171 0.000 0.608 0.000 0.000 NA 0.392
#> SRR490370 6 0.3862 0.04422 0.000 0.476 0.000 0.000 NA 0.524
#> SRR490371 2 0.2092 0.82294 0.000 0.876 0.000 0.000 NA 0.124
#> SRR490372 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490376 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490377 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490378 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490379 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490384 6 0.0713 0.89828 0.000 0.028 0.000 0.000 NA 0.972
#> SRR490385 6 0.0790 0.89578 0.000 0.032 0.000 0.000 NA 0.968
#> SRR490386 6 0.0260 0.90812 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.992
#> SRR490387 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490388 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490389 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490390 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490391 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490392 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490393 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490394 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490395 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490396 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490397 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490398 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490399 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490400 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490401 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490402 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490403 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490404 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490405 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490406 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490407 6 0.0000 0.91062 0.000 0.000 0.000 0.000 NA 1.000
#> SRR490408 2 0.3833 0.23655 0.000 0.556 0.000 0.444 NA 0.000
#> SRR490409 2 0.3717 0.40077 0.000 0.616 0.000 0.384 NA 0.000
#> SRR490410 2 0.3862 0.12813 0.000 0.524 0.000 0.476 NA 0.000
#> SRR490411 2 0.3817 0.27050 0.000 0.568 0.000 0.432 NA 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490416 1 0.0632 0.88307 0.976 0.000 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490417 1 0.4827 0.46078 0.620 0.084 0.000 0.296 NA 0.000
#> SRR490418 1 0.4583 0.34439 0.580 0.044 0.000 0.376 NA 0.000
#> SRR490419 1 0.1866 0.83705 0.908 0.008 0.000 0.084 NA 0.000
#> SRR490420 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490424 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490428 1 0.2664 0.75815 0.816 0.000 0.184 0.000 NA 0.000
#> SRR490429 1 0.1141 0.87161 0.948 0.000 0.052 0.000 NA 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490431 1 0.0146 0.89353 0.996 0.000 0.004 0.000 NA 0.000
#> SRR490432 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490433 1 0.0260 0.89121 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR490434 1 0.0146 0.89318 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> SRR490435 1 0.1501 0.84458 0.924 0.000 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490436 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490437 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490438 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490439 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490440 2 0.3823 0.27093 0.000 0.564 0.000 0.436 NA 0.000
#> SRR490441 2 0.3672 0.43648 0.000 0.632 0.000 0.368 NA 0.000
#> SRR490442 2 0.3953 0.50952 0.000 0.656 0.000 0.328 NA 0.016
#> SRR490443 2 0.0458 0.89051 0.000 0.984 0.000 0.016 NA 0.000
#> SRR490444 2 0.0363 0.89400 0.000 0.988 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR490445 2 0.2597 0.76932 0.000 0.824 0.000 0.000 NA 0.176
#> SRR490446 2 0.1398 0.87177 0.008 0.940 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR490447 2 0.2446 0.81728 0.012 0.864 0.000 0.000 NA 0.124
#> SRR490448 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490451 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490452 3 0.3261 0.70154 0.204 0.000 0.780 0.000 NA 0.000
#> SRR490453 1 0.2859 0.78547 0.828 0.000 0.156 0.000 NA 0.000
#> SRR490454 3 0.4212 0.19567 0.424 0.000 0.560 0.000 NA 0.000
#> SRR490455 1 0.4131 0.38244 0.600 0.000 0.384 0.000 NA 0.000
#> SRR490456 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490457 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490458 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490459 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490460 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490462 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490463 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490468 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490469 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490470 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490471 1 0.0000 0.89486 1.000 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490472 2 0.1863 0.83019 0.000 0.896 0.000 0.104 NA 0.000
#> SRR490473 2 0.2378 0.79016 0.000 0.848 0.000 0.152 NA 0.000
#> SRR490474 2 0.2883 0.70790 0.000 0.788 0.000 0.212 NA 0.000
#> SRR490475 2 0.3076 0.68450 0.000 0.760 0.000 0.240 NA 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.96266 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490500 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490501 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490504 2 0.0260 0.89443 0.000 0.992 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490506 2 0.0260 0.89436 0.000 0.992 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR490507 2 0.2697 0.74433 0.000 0.812 0.000 0.188 NA 0.000
#> SRR490508 4 0.1863 0.85552 0.000 0.104 0.000 0.896 NA 0.000
#> SRR490509 4 0.2527 0.77384 0.000 0.168 0.000 0.832 NA 0.000
#> SRR490510 4 0.4684 0.53632 0.000 0.256 0.000 0.656 NA 0.088
#> SRR490511 4 0.3426 0.59060 0.000 0.276 0.000 0.720 NA 0.004
#> SRR490512 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490529 4 0.0865 0.91894 0.000 0.036 0.000 0.964 NA 0.000
#> SRR490530 4 0.0146 0.94739 0.000 0.004 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.95074 0.000 0.000 0.000 1.000 NA 0.000
#> SRR490532 3 0.6124 -0.10501 0.404 0.000 0.412 0.000 NA 0.016
#> SRR490533 1 0.5683 0.31753 0.484 0.000 0.348 0.000 NA 0.000
#> SRR490534 1 0.4046 0.78462 0.748 0.000 0.084 0.000 NA 0.000
#> SRR490535 3 0.5411 0.38848 0.260 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490537 2 0.0363 0.89285 0.000 0.988 0.000 0.012 NA 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490540 2 0.0632 0.88915 0.000 0.976 0.000 0.000 NA 0.024
#> SRR490541 2 0.0146 0.89606 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR490542 2 0.3126 0.66462 0.000 0.752 0.000 0.000 NA 0.248
#> SRR490543 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490548 2 0.0260 0.89502 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR490549 2 0.0146 0.89593 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR490550 2 0.0146 0.89593 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR490551 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490564 2 0.2445 0.82086 0.008 0.868 0.000 0.000 NA 0.120
#> SRR490565 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490566 2 0.0713 0.88683 0.000 0.972 0.000 0.000 NA 0.028
#> SRR490567 2 0.0865 0.88303 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.036
#> SRR490568 2 0.1007 0.87951 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.044
#> SRR490569 2 0.0865 0.88283 0.000 0.964 0.000 0.000 NA 0.036
#> SRR490570 2 0.2219 0.81225 0.000 0.864 0.000 0.000 NA 0.136
#> SRR490571 2 0.0790 0.88605 0.000 0.968 0.000 0.000 NA 0.032
#> SRR490572 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490580 2 0.0260 0.89501 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR490581 2 0.1204 0.87202 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.056
#> SRR490582 2 0.0458 0.89223 0.000 0.984 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR490583 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490590 2 0.0146 0.89595 0.000 0.996 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR490591 2 0.0000 0.89681 0.000 1.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR490592 2 0.3797 0.30595 0.000 0.580 0.000 0.000 NA 0.420
#> SRR490593 2 0.2260 0.80785 0.000 0.860 0.000 0.000 NA 0.140
#> SRR490594 2 0.3672 0.45184 0.000 0.632 0.000 0.000 NA 0.368
#> SRR490595 2 0.3789 0.31564 0.000 0.584 0.000 0.000 NA 0.416
#> SRR490596 6 0.2996 0.68988 0.000 0.228 0.000 0.000 NA 0.772
#> SRR490597 6 0.3499 0.52888 0.000 0.320 0.000 0.000 NA 0.680
#> SRR490598 6 0.0260 0.90815 0.000 0.008 0.000 0.000 NA 0.992
#> SRR490599 6 0.2219 0.80973 0.000 0.136 0.000 0.000 NA 0.864
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.992 0.1297 0.883 0.883
#> 3 3 0.936 0.940 0.970 3.0371 0.595 0.541
#> 4 4 0.918 0.923 0.960 0.3256 0.823 0.634
#> 5 5 0.823 0.883 0.901 0.0482 0.980 0.936
#> 6 6 0.730 0.756 0.808 0.0663 0.934 0.774
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490224 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490225 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490226 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490227 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490228 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490229 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490230 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490231 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490232 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490233 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490234 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490235 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490236 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490237 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490238 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490239 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490240 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490241 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490242 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490243 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490244 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0938 0.984 0.988 0.012
#> SRR490246 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490257 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490258 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490259 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490260 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490261 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490262 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490263 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490264 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490265 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490266 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490267 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490268 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490269 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490270 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490271 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490272 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490273 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490274 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490275 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490276 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490277 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490278 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490279 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490280 2 0.9209 0.505 0.336 0.664
#> SRR490281 2 0.8955 0.556 0.312 0.688
#> SRR490282 2 0.9044 0.539 0.320 0.680
#> SRR490283 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR490284 2 0.0938 0.984 0.012 0.988
#> SRR490285 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490286 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> SRR490287 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490288 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490289 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490290 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490291 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490292 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490293 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490294 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490295 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490296 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490321 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490322 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490323 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490324 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> SRR490325 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490326 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> SRR490327 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> SRR490328 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490341 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490342 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490343 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490344 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490372 2 0.8144 0.669 0.252 0.748
#> SRR490373 2 0.9209 0.505 0.336 0.664
#> SRR490374 2 0.9087 0.531 0.324 0.676
#> SRR490375 2 0.9209 0.505 0.336 0.664
#> SRR490376 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.4815 0.882 0.896 0.104
#> SRR490381 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490421 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490422 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490423 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490424 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490425 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490426 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490427 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490428 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490429 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490430 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490431 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490432 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490433 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490434 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490435 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490436 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490437 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490438 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490439 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490440 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490449 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490450 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490451 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490452 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490453 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490454 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490455 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490456 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490457 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490458 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490459 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490460 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490461 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490462 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490463 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490464 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490469 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490470 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490471 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490472 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490501 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490502 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490533 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490534 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490535 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR490536 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.2878 0.86886 0.096 0.904 0.000
#> SRR490217 2 0.1964 0.93022 0.056 0.944 0.000
#> SRR490218 2 0.4346 0.71638 0.184 0.816 0.000
#> SRR490219 2 0.1031 0.97271 0.024 0.976 0.000
#> SRR490220 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490221 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490222 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490223 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490241 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490242 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490243 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 3 0.0424 0.94045 0.008 0.000 0.992
#> SRR490246 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490249 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490250 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490251 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490252 1 0.3816 0.82561 0.852 0.148 0.000
#> SRR490253 1 0.3551 0.84830 0.868 0.132 0.000
#> SRR490254 1 0.6062 0.41490 0.616 0.384 0.000
#> SRR490255 1 0.4002 0.80979 0.840 0.160 0.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 1 0.6309 -0.06023 0.500 0.000 0.500
#> SRR490281 1 0.6062 0.33965 0.616 0.000 0.384
#> SRR490282 1 0.6252 0.15733 0.556 0.000 0.444
#> SRR490283 1 0.5591 0.54661 0.696 0.000 0.304
#> SRR490284 1 0.0424 0.95533 0.992 0.000 0.008
#> SRR490285 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0237 0.95751 0.996 0.000 0.004
#> SRR490287 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0592 0.96357 0.988 0.012 0.000
#> SRR490290 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490291 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490292 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490293 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490294 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490295 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490296 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490297 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490298 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490299 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490300 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490301 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490302 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490303 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490304 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490305 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490306 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490307 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 2 0.1529 0.95342 0.040 0.960 0.000
#> SRR490313 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490314 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490315 2 0.1031 0.97266 0.024 0.976 0.000
#> SRR490316 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490317 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490318 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490319 1 0.0892 0.96394 0.980 0.020 0.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0237 0.95751 0.996 0.000 0.004
#> SRR490325 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0237 0.95751 0.996 0.000 0.004
#> SRR490327 1 0.0237 0.95751 0.996 0.000 0.004
#> SRR490328 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490329 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490330 1 0.0892 0.96402 0.980 0.020 0.000
#> SRR490331 1 0.0892 0.96402 0.980 0.020 0.000
#> SRR490332 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490333 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490334 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490335 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490336 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490337 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490338 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490339 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490340 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490341 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490342 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490343 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490344 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490345 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490346 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490347 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490357 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490358 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490359 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490360 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490361 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490362 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490363 2 0.0592 0.97838 0.012 0.988 0.000
#> SRR490364 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490365 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490366 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490367 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 1 0.5650 0.51758 0.688 0.000 0.312
#> SRR490373 3 0.6299 0.10848 0.476 0.000 0.524
#> SRR490374 1 0.6305 0.00625 0.516 0.000 0.484
#> SRR490375 3 0.6307 0.06416 0.488 0.000 0.512
#> SRR490376 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490377 2 0.0892 0.97614 0.020 0.980 0.000
#> SRR490378 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490379 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490380 3 0.1289 0.91363 0.032 0.000 0.968
#> SRR490381 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490389 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490390 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490391 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490397 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490398 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490399 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490405 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490406 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490407 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490408 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490409 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490410 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490411 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490417 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490418 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490419 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490420 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490421 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490422 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490423 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0237 0.96066 0.996 0.004 0.000
#> SRR490430 1 0.0424 0.96219 0.992 0.008 0.000
#> SRR490431 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490432 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490433 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490434 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490435 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490436 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490437 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490438 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490439 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490440 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490441 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490442 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490443 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490444 1 0.1289 0.95815 0.968 0.032 0.000
#> SRR490445 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490446 1 0.1163 0.96100 0.972 0.028 0.000
#> SRR490447 1 0.1163 0.96095 0.972 0.028 0.000
#> SRR490448 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490449 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490450 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490451 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490452 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490456 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490457 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490458 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490459 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490460 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490461 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490462 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490463 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 3 0.0237 0.94396 0.004 0.000 0.996
#> SRR490467 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490469 1 0.0747 0.96466 0.984 0.016 0.000
#> SRR490470 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490471 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490472 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490473 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490474 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490475 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.94749 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490481 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490482 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490483 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490484 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490485 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490486 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490487 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490488 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490489 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490490 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490491 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490492 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490493 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490494 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490495 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490496 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490497 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490498 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490499 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490500 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490501 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490502 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490503 1 0.0892 0.96411 0.980 0.020 0.000
#> SRR490504 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490505 1 0.3192 0.88195 0.888 0.112 0.000
#> SRR490506 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490507 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490508 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490509 1 0.2066 0.93417 0.940 0.060 0.000
#> SRR490510 1 0.1411 0.95508 0.964 0.036 0.000
#> SRR490511 1 0.1643 0.94847 0.956 0.044 0.000
#> SRR490512 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490513 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490514 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490515 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490516 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490517 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490518 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490519 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490520 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490521 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490522 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490523 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490524 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490525 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490526 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490527 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490528 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490529 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490530 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490531 1 0.1031 0.96330 0.976 0.024 0.000
#> SRR490532 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490533 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490534 1 0.0237 0.96066 0.996 0.004 0.000
#> SRR490535 1 0.0000 0.95897 1.000 0.000 0.000
#> SRR490536 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490537 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490538 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490539 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490540 2 0.3941 0.76381 0.156 0.844 0.000
#> SRR490541 2 0.1753 0.93882 0.048 0.952 0.000
#> SRR490542 2 0.2066 0.92130 0.060 0.940 0.000
#> SRR490543 2 0.3686 0.79194 0.140 0.860 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490549 2 0.0424 0.97813 0.008 0.992 0.000
#> SRR490550 2 0.0424 0.97813 0.008 0.992 0.000
#> SRR490551 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490557 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490558 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490559 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0892 0.97470 0.020 0.980 0.000
#> SRR490565 2 0.1031 0.97050 0.024 0.976 0.000
#> SRR490566 2 0.1031 0.97050 0.024 0.976 0.000
#> SRR490567 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490568 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490569 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490570 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490571 1 0.3116 0.88661 0.892 0.108 0.000
#> SRR490572 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490573 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490574 2 0.0747 0.97813 0.016 0.984 0.000
#> SRR490575 2 0.0592 0.97837 0.012 0.988 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0237 0.97753 0.004 0.996 0.000
#> SRR490581 2 0.0424 0.97814 0.008 0.992 0.000
#> SRR490582 2 0.0237 0.97753 0.004 0.996 0.000
#> SRR490583 2 0.0592 0.97838 0.012 0.988 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.97674 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.3267 0.83921 0.116 0.884 0.000
#> SRR490597 2 0.1031 0.97266 0.024 0.976 0.000
#> SRR490598 2 0.1411 0.95853 0.036 0.964 0.000
#> SRR490599 2 0.1163 0.96828 0.028 0.972 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.2081 0.9099 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.2011 0.9137 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.2281 0.8972 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.1792 0.9246 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490221 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490222 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490223 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490224 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490225 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490226 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490227 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490228 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490229 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490230 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490231 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490232 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490233 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490234 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490237 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490238 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490239 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490240 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490241 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490242 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490243 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490244 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0336 0.9899 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.1792 0.9246 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.1637 0.9312 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.1557 0.9342 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.1716 0.9279 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490252 1 0.1824 0.8813 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR490253 1 0.1209 0.9083 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR490254 1 0.3945 0.6629 0.780 0.216 0.000 0.004
#> SRR490255 1 0.2266 0.8546 0.912 0.084 0.000 0.004
#> SRR490256 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490261 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490262 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490263 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490264 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490265 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490266 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490267 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490268 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490273 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490274 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490275 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490276 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490277 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490278 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490279 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490280 1 0.4677 0.5344 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR490281 1 0.4401 0.6185 0.724 0.000 0.272 0.004
#> SRR490282 1 0.4560 0.5748 0.700 0.000 0.296 0.004
#> SRR490283 1 0.4220 0.6586 0.748 0.000 0.248 0.004
#> SRR490284 1 0.0895 0.9188 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR490285 1 0.0376 0.9263 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490286 1 0.0657 0.9231 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR490287 1 0.0524 0.9248 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490288 1 0.0469 0.9281 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490289 1 0.1792 0.9150 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490290 1 0.1389 0.9213 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490291 1 0.1557 0.9190 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490292 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490293 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490294 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490295 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490296 4 0.2466 0.8684 0.096 0.004 0.000 0.900
#> SRR490297 4 0.1743 0.9199 0.056 0.004 0.000 0.940
#> SRR490298 4 0.1824 0.9151 0.060 0.004 0.000 0.936
#> SRR490299 4 0.1824 0.9151 0.060 0.004 0.000 0.936
#> SRR490300 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490301 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490302 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490303 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490304 4 0.1489 0.9325 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR490305 4 0.1398 0.9365 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR490306 4 0.1489 0.9326 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR490307 4 0.1743 0.9199 0.056 0.004 0.000 0.940
#> SRR490308 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.2011 0.9138 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.1940 0.9173 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.1867 0.9210 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.2011 0.9136 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR490316 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490317 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490318 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490319 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490320 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490321 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490322 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490323 1 0.0188 0.9275 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490324 1 0.0779 0.9211 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR490325 1 0.0524 0.9248 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490326 1 0.0779 0.9211 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR490327 1 0.0779 0.9211 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR490328 1 0.4697 0.5151 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR490329 1 0.4933 0.3133 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR490330 4 0.4996 -0.0247 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR490331 1 0.5143 0.2281 0.540 0.004 0.000 0.456
#> SRR490332 1 0.1716 0.9160 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490333 1 0.2281 0.9029 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490334 1 0.2530 0.8977 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR490335 1 0.2011 0.9096 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490336 4 0.2944 0.8213 0.128 0.004 0.000 0.868
#> SRR490337 4 0.1576 0.9285 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR490338 4 0.3494 0.7524 0.172 0.004 0.000 0.824
#> SRR490339 4 0.2334 0.8789 0.088 0.004 0.000 0.908
#> SRR490340 1 0.0707 0.9271 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490341 1 0.0336 0.9285 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490342 1 0.0469 0.9282 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490343 1 0.0188 0.9283 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490344 2 0.1792 0.9249 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.1557 0.9342 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.1716 0.9280 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.1637 0.9313 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0336 0.9658 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0188 0.9677 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0188 0.9677 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0188 0.9677 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0188 0.9677 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0188 0.9677 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0188 0.9677 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0188 0.9677 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490372 1 0.3355 0.7867 0.836 0.000 0.160 0.004
#> SRR490373 1 0.4781 0.4923 0.660 0.000 0.336 0.004
#> SRR490374 1 0.4720 0.5187 0.672 0.000 0.324 0.004
#> SRR490375 1 0.4800 0.4837 0.656 0.000 0.340 0.004
#> SRR490376 2 0.1557 0.9344 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.1557 0.9342 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0921 0.9537 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.1302 0.9429 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0592 0.9796 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0188 0.9668 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490409 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490410 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490411 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490412 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2469 0.8938 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490417 1 0.2704 0.8795 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR490418 1 0.3444 0.8147 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR490419 1 0.2868 0.8679 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR490420 1 0.2281 0.9017 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490421 1 0.2281 0.9017 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490422 1 0.2345 0.8995 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR490423 1 0.2345 0.8995 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR490424 1 0.1022 0.9260 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490425 1 0.0707 0.9279 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490426 1 0.0921 0.9268 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR490427 1 0.0921 0.9267 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR490428 1 0.1940 0.9117 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490429 1 0.2216 0.9035 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490430 1 0.2149 0.9059 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490431 1 0.2216 0.9035 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490432 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490433 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490434 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490435 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490436 1 0.1474 0.9199 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490437 1 0.1792 0.9146 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490438 1 0.1637 0.9175 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490439 1 0.1118 0.9241 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490440 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490441 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490442 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490443 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490444 4 0.0927 0.9566 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR490445 4 0.0927 0.9566 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR490446 4 0.1151 0.9510 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR490447 4 0.0927 0.9566 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR490448 1 0.2281 0.9017 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR490449 1 0.2345 0.8995 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR490450 1 0.2345 0.8995 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR490451 1 0.2345 0.8995 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR490452 1 0.2149 0.9059 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490453 1 0.2149 0.9059 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490454 1 0.2149 0.9059 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490455 1 0.2149 0.9059 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490456 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490457 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490458 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490459 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490460 1 0.2345 0.8995 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR490461 1 0.2345 0.8995 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR490462 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490463 1 0.2408 0.8969 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490464 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 1 0.2401 0.9027 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR490469 1 0.2149 0.9061 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490470 1 0.2266 0.9069 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR490471 1 0.2334 0.9049 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR490472 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490473 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490474 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490475 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490476 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490481 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490482 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490483 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490484 4 0.1743 0.9198 0.056 0.004 0.000 0.940
#> SRR490485 4 0.0779 0.9560 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR490486 4 0.0657 0.9584 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR490487 4 0.0895 0.9535 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR490488 4 0.1109 0.9477 0.028 0.004 0.000 0.968
#> SRR490489 4 0.0657 0.9588 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR490490 4 0.1004 0.9508 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR490491 4 0.0657 0.9588 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR490492 4 0.0376 0.9616 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490493 4 0.0524 0.9602 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490494 4 0.0376 0.9616 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490495 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490496 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490497 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490498 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490499 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490500 1 0.2197 0.9088 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR490501 1 0.2197 0.9088 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR490502 1 0.2197 0.9088 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR490503 1 0.2197 0.9088 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR490504 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490505 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490506 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490507 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490508 4 0.0336 0.9619 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490509 4 0.0469 0.9610 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490510 4 0.0336 0.9619 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490511 4 0.0336 0.9619 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490512 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490513 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490514 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490515 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490516 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490517 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490518 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490519 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490520 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490521 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490522 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490523 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490524 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490525 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490526 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490527 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490528 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490529 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490530 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490531 4 0.0188 0.9623 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490532 1 0.2216 0.9035 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490533 1 0.2216 0.9035 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490534 1 0.2216 0.9035 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490535 1 0.2216 0.9035 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490536 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490537 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490538 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490539 4 0.0592 0.9598 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490540 2 0.4040 0.6577 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR490541 2 0.3024 0.8059 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR490542 2 0.3486 0.7488 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR490543 2 0.4103 0.6450 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR490544 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490545 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490546 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490547 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0188 0.9676 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0188 0.9676 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0376 0.9665 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490551 2 0.0376 0.9665 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490552 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490553 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490554 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490555 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.0376 0.9669 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490557 2 0.0376 0.9669 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490558 2 0.0524 0.9648 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR490559 2 0.0376 0.9669 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR490560 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490561 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490562 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490563 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490564 2 0.2281 0.8970 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.2149 0.9042 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.2345 0.8921 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.2081 0.9087 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR490568 4 0.2813 0.8811 0.024 0.080 0.000 0.896
#> SRR490569 4 0.2813 0.8811 0.024 0.080 0.000 0.896
#> SRR490570 4 0.3015 0.8645 0.024 0.092 0.000 0.884
#> SRR490571 4 0.2813 0.8811 0.024 0.080 0.000 0.896
#> SRR490572 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490573 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490574 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490575 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490576 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490577 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490578 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490579 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490580 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0188 0.9676 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490585 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490586 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490587 2 0.0188 0.9675 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490588 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9685 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.3649 0.7378 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR490597 2 0.2345 0.8922 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.2469 0.8826 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.2345 0.8926 0.100 0.900 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.2719 0.8938 0.068 0.884 0.000 0.000 0.048
#> SRR490217 2 0.2719 0.8938 0.068 0.884 0.000 0.000 0.048
#> SRR490218 2 0.3130 0.8671 0.096 0.856 0.000 0.000 0.048
#> SRR490219 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490220 1 0.0865 0.8820 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR490221 1 0.1116 0.8806 0.964 0.004 0.000 0.004 0.028
#> SRR490222 1 0.1243 0.8795 0.960 0.008 0.000 0.004 0.028
#> SRR490223 1 0.1116 0.8806 0.964 0.004 0.000 0.004 0.028
#> SRR490224 1 0.2813 0.8578 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR490225 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490226 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490227 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490228 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490229 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490230 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490231 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490232 1 0.2773 0.8595 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR490233 1 0.2471 0.8684 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490234 1 0.2516 0.8673 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490235 1 0.2230 0.8743 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490236 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490237 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490238 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490239 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490240 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490241 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490242 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490243 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490244 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0324 0.9883 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR490246 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490249 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490250 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490251 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490252 1 0.2234 0.8506 0.916 0.044 0.000 0.004 0.036
#> SRR490253 1 0.2234 0.8514 0.916 0.044 0.000 0.004 0.036
#> SRR490254 1 0.4251 0.6377 0.756 0.200 0.000 0.004 0.040
#> SRR490255 1 0.2713 0.8236 0.888 0.072 0.000 0.004 0.036
#> SRR490256 1 0.2230 0.8735 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490257 1 0.2074 0.8782 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR490258 1 0.2127 0.8757 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR490259 1 0.2179 0.8746 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR490260 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490261 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490262 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490263 1 0.2773 0.8597 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR490264 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490265 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490266 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490267 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490268 1 0.2230 0.8735 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490269 1 0.2230 0.8735 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490270 1 0.2230 0.8735 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490271 1 0.2230 0.8735 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490272 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490273 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490274 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490275 1 0.2813 0.8579 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR490276 1 0.2773 0.8595 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR490277 1 0.2852 0.8560 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490278 1 0.2690 0.8625 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490279 1 0.2813 0.8579 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR490280 1 0.6162 0.4432 0.532 0.000 0.308 0.000 0.160
#> SRR490281 1 0.6049 0.5168 0.564 0.000 0.272 0.000 0.164
#> SRR490282 1 0.6133 0.4621 0.540 0.000 0.300 0.000 0.160
#> SRR490283 1 0.5856 0.5960 0.604 0.000 0.224 0.000 0.172
#> SRR490284 1 0.3419 0.8440 0.804 0.000 0.016 0.000 0.180
#> SRR490285 1 0.3048 0.8534 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> SRR490286 1 0.3048 0.8534 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> SRR490287 1 0.3171 0.8512 0.816 0.000 0.008 0.000 0.176
#> SRR490288 1 0.1106 0.8881 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR490289 1 0.1408 0.8865 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR490290 1 0.1444 0.8866 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR490291 1 0.1597 0.8848 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR490292 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490293 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490294 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490295 1 0.0771 0.8844 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490296 4 0.1478 0.8677 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR490297 4 0.1478 0.8677 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR490298 4 0.1478 0.8677 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR490299 4 0.1478 0.8677 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR490300 1 0.0898 0.8830 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR490301 1 0.0898 0.8830 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR490302 1 0.0771 0.8828 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490303 1 0.0898 0.8830 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR490304 4 0.1197 0.8899 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR490305 4 0.1043 0.8990 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR490306 4 0.1121 0.8947 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490307 4 0.1197 0.8902 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.2654 0.8964 0.064 0.888 0.000 0.000 0.048
#> SRR490313 2 0.2654 0.8963 0.064 0.888 0.000 0.000 0.048
#> SRR490314 2 0.2588 0.8989 0.060 0.892 0.000 0.000 0.048
#> SRR490315 2 0.2719 0.8937 0.068 0.884 0.000 0.000 0.048
#> SRR490316 1 0.1329 0.8785 0.956 0.008 0.000 0.004 0.032
#> SRR490317 1 0.1442 0.8771 0.952 0.012 0.000 0.004 0.032
#> SRR490318 1 0.1329 0.8785 0.956 0.008 0.000 0.004 0.032
#> SRR490319 1 0.1329 0.8785 0.956 0.008 0.000 0.004 0.032
#> SRR490320 1 0.2516 0.8684 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490321 1 0.2516 0.8696 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490322 1 0.2773 0.8591 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR490323 1 0.2561 0.8671 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR490324 1 0.3318 0.8465 0.808 0.000 0.012 0.000 0.180
#> SRR490325 1 0.3318 0.8466 0.808 0.000 0.012 0.000 0.180
#> SRR490326 1 0.3355 0.8442 0.804 0.000 0.012 0.000 0.184
#> SRR490327 1 0.3209 0.8491 0.812 0.000 0.008 0.000 0.180
#> SRR490328 1 0.3730 0.6230 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR490329 1 0.4126 0.4409 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR490330 4 0.4300 0.0252 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR490331 1 0.4219 0.3382 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR490332 1 0.1282 0.8830 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR490333 1 0.1608 0.8795 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR490334 1 0.1671 0.8781 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR490335 1 0.1410 0.8818 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490336 4 0.1792 0.8337 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR490337 4 0.1341 0.8792 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR490338 4 0.1792 0.8326 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR490339 4 0.1608 0.8538 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR490340 1 0.0798 0.8837 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR490341 1 0.0798 0.8837 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR490342 1 0.0798 0.8837 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR490343 1 0.0898 0.8830 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR490344 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490345 2 0.2450 0.9038 0.052 0.900 0.000 0.000 0.048
#> SRR490346 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490347 2 0.2520 0.9017 0.056 0.896 0.000 0.000 0.048
#> SRR490348 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490349 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490350 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490351 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490352 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490354 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490355 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490356 2 0.3141 0.8661 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR490357 2 0.3141 0.8661 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR490358 2 0.3141 0.8661 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR490359 2 0.3141 0.8661 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR490360 2 0.0324 0.9396 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490361 2 0.0324 0.9396 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490362 2 0.0324 0.9396 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490363 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490364 2 0.2886 0.8716 0.008 0.844 0.000 0.000 0.148
#> SRR490365 2 0.2997 0.8695 0.012 0.840 0.000 0.000 0.148
#> SRR490366 2 0.2886 0.8716 0.008 0.844 0.000 0.000 0.148
#> SRR490367 2 0.2886 0.8716 0.008 0.844 0.000 0.000 0.148
#> SRR490368 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490369 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490370 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490371 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490372 1 0.5478 0.6782 0.656 0.000 0.180 0.000 0.164
#> SRR490373 1 0.6212 0.4049 0.516 0.000 0.324 0.000 0.160
#> SRR490374 1 0.6170 0.4210 0.524 0.000 0.320 0.000 0.156
#> SRR490375 1 0.6215 0.3806 0.508 0.000 0.336 0.000 0.156
#> SRR490376 2 0.1741 0.9200 0.040 0.936 0.000 0.000 0.024
#> SRR490377 2 0.1626 0.9206 0.044 0.940 0.000 0.000 0.016
#> SRR490378 2 0.0898 0.9336 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR490379 2 0.0992 0.9319 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR490380 3 0.0794 0.9502 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490385 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490386 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490387 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490388 2 0.2536 0.8844 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR490389 2 0.2629 0.8791 0.004 0.860 0.000 0.000 0.136
#> SRR490390 2 0.2439 0.8894 0.004 0.876 0.000 0.000 0.120
#> SRR490391 2 0.2629 0.8791 0.004 0.860 0.000 0.000 0.136
#> SRR490392 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490393 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490394 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490395 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490396 2 0.1908 0.9074 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490397 2 0.1671 0.9148 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490398 2 0.1197 0.9272 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490399 2 0.1732 0.9136 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490400 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490401 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490402 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490403 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490404 2 0.3326 0.8631 0.024 0.824 0.000 0.000 0.152
#> SRR490405 2 0.3141 0.8661 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR490406 2 0.3141 0.8661 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR490407 2 0.3141 0.8661 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR490408 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490409 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490410 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490411 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490412 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.1908 0.8716 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490417 1 0.2127 0.8615 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR490418 1 0.3003 0.7752 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR490419 1 0.2690 0.8170 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR490420 1 0.1638 0.8835 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR490421 1 0.1638 0.8835 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR490422 1 0.1831 0.8796 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR490423 1 0.1831 0.8796 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR490424 1 0.2378 0.8891 0.904 0.000 0.000 0.048 0.048
#> SRR490425 1 0.2446 0.8874 0.900 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR490426 1 0.2370 0.8884 0.904 0.000 0.000 0.040 0.056
#> SRR490427 1 0.2446 0.8874 0.900 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR490428 1 0.1430 0.8855 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR490429 1 0.1341 0.8848 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR490430 1 0.1430 0.8855 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR490431 1 0.1341 0.8848 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR490432 1 0.1851 0.8749 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR490433 1 0.1908 0.8733 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490434 1 0.1851 0.8740 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR490435 1 0.1908 0.8733 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490436 1 0.1281 0.8844 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR490437 1 0.1364 0.8848 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR490438 1 0.1281 0.8844 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR490439 1 0.1281 0.8844 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR490440 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490441 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490442 5 0.4166 0.9719 0.000 0.004 0.000 0.348 0.648
#> SRR490443 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490444 4 0.1901 0.8641 0.012 0.004 0.000 0.928 0.056
#> SRR490445 4 0.1670 0.8691 0.012 0.000 0.000 0.936 0.052
#> SRR490446 4 0.1725 0.8782 0.020 0.000 0.000 0.936 0.044
#> SRR490447 4 0.1901 0.8641 0.012 0.004 0.000 0.928 0.056
#> SRR490448 1 0.1768 0.8818 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR490449 1 0.1892 0.8787 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR490450 1 0.1892 0.8787 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR490451 1 0.1831 0.8795 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR490452 1 0.1502 0.8855 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR490453 1 0.1410 0.8849 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490454 1 0.1410 0.8849 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490455 1 0.1410 0.8849 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490456 1 0.1908 0.8733 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490457 1 0.1908 0.8733 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490458 1 0.1851 0.8740 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR490459 1 0.1851 0.8740 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR490460 1 0.1831 0.8789 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR490461 1 0.1608 0.8800 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR490462 1 0.1732 0.8774 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR490463 1 0.1792 0.8755 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1608 0.8799 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR490469 1 0.1410 0.8829 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490470 1 0.1478 0.8815 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490471 1 0.1478 0.8815 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR490472 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490473 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490474 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490475 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490476 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0510 0.9155 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR490481 4 0.0162 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.1544 0.8526 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR490485 4 0.0404 0.9169 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490486 4 0.0290 0.9180 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490487 4 0.0880 0.9019 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490488 4 0.1082 0.9083 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR490489 4 0.0898 0.9136 0.020 0.000 0.000 0.972 0.008
#> SRR490490 4 0.1168 0.9048 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008
#> SRR490491 4 0.0703 0.9107 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490492 4 0.0162 0.9175 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490493 4 0.0162 0.9175 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490494 4 0.0290 0.9161 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490495 4 0.0162 0.9175 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 1 0.1732 0.8775 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR490501 1 0.1732 0.8775 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR490502 1 0.1732 0.8775 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR490503 1 0.1732 0.8775 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR490504 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490505 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490506 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490507 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490508 4 0.2891 0.6286 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR490509 4 0.3452 0.4265 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR490510 4 0.3109 0.5652 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR490511 4 0.3274 0.5074 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR490512 4 0.0290 0.9180 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0290 0.9179 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0693 0.9164 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR490521 4 0.0451 0.9176 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR490522 4 0.0693 0.9164 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR490523 4 0.0671 0.9159 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR490524 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0162 0.9183 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490527 4 0.0290 0.9183 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.9171 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 1 0.1638 0.8831 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR490533 1 0.1704 0.8829 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR490534 1 0.1638 0.8831 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR490535 1 0.1638 0.8831 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR490536 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490537 5 0.4030 0.9717 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR490538 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490539 5 0.4015 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR490540 2 0.4752 0.6511 0.000 0.724 0.000 0.092 0.184
#> SRR490541 2 0.3620 0.7984 0.000 0.824 0.000 0.068 0.108
#> SRR490542 2 0.4036 0.7501 0.000 0.788 0.000 0.068 0.144
#> SRR490543 2 0.4786 0.6439 0.000 0.720 0.000 0.092 0.188
#> SRR490544 2 0.0451 0.9386 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490545 2 0.0451 0.9386 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490546 2 0.0324 0.9394 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490547 2 0.0324 0.9394 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490548 2 0.0727 0.9368 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR490549 2 0.0613 0.9379 0.004 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR490550 2 0.0566 0.9374 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR490551 2 0.0613 0.9379 0.004 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR490552 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490553 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490554 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490555 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.0671 0.9360 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR490557 2 0.0671 0.9360 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR490558 2 0.0671 0.9360 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR490559 2 0.0671 0.9360 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR490560 2 0.0451 0.9386 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490561 2 0.0451 0.9386 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490562 2 0.0451 0.9386 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490563 2 0.0451 0.9386 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490564 2 0.4766 0.7747 0.132 0.732 0.000 0.000 0.136
#> SRR490565 2 0.4634 0.7908 0.120 0.744 0.000 0.000 0.136
#> SRR490566 2 0.4634 0.7907 0.120 0.744 0.000 0.000 0.136
#> SRR490567 2 0.4401 0.8140 0.104 0.764 0.000 0.000 0.132
#> SRR490568 5 0.5394 0.8899 0.008 0.056 0.000 0.328 0.608
#> SRR490569 5 0.5394 0.8899 0.008 0.056 0.000 0.328 0.608
#> SRR490570 5 0.5394 0.8899 0.008 0.056 0.000 0.328 0.608
#> SRR490571 5 0.5394 0.8899 0.008 0.056 0.000 0.328 0.608
#> SRR490572 2 0.0290 0.9390 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR490573 2 0.0451 0.9384 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490574 2 0.0451 0.9384 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490575 2 0.0451 0.9384 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490576 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490577 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490578 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490579 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490580 2 0.0613 0.9379 0.004 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR490581 2 0.0451 0.9385 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR490582 2 0.0451 0.9385 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR490583 2 0.0613 0.9379 0.004 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR490584 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490585 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490586 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490587 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490588 2 0.0451 0.9385 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR490589 2 0.0290 0.9387 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR490590 2 0.0566 0.9374 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR490591 2 0.0290 0.9387 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR490592 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490593 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490594 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490595 2 0.0162 0.9399 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490596 2 0.4840 0.6325 0.248 0.688 0.000 0.000 0.064
#> SRR490597 2 0.3814 0.8275 0.124 0.808 0.000 0.000 0.068
#> SRR490598 2 0.3780 0.8219 0.132 0.808 0.000 0.000 0.060
#> SRR490599 2 0.3323 0.8608 0.100 0.844 0.000 0.000 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 2 0.5785 0.7034 0.144 0.620 0.000 0.004 0.196 0.036
#> SRR490217 2 0.5684 0.7128 0.132 0.632 0.000 0.004 0.196 0.036
#> SRR490218 2 0.5823 0.6989 0.152 0.616 0.000 0.004 0.192 0.036
#> SRR490219 2 0.5601 0.7233 0.116 0.644 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490220 1 0.1945 0.6936 0.920 0.004 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR490221 1 0.2796 0.6501 0.876 0.016 0.000 0.008 0.080 0.020
#> SRR490222 1 0.2687 0.6590 0.884 0.016 0.000 0.008 0.072 0.020
#> SRR490223 1 0.2796 0.6502 0.876 0.016 0.000 0.008 0.080 0.020
#> SRR490224 5 0.3774 0.8983 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR490225 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490226 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490227 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490228 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490229 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490230 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490231 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490232 5 0.3857 0.7966 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR490233 1 0.3810 -0.5198 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR490234 1 0.3851 -0.5789 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR490235 1 0.3482 -0.0601 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR490236 5 0.3789 0.8922 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR490237 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490238 5 0.3789 0.8922 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR490239 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490240 1 0.1010 0.7182 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR490241 1 0.1155 0.7205 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR490242 1 0.1155 0.7205 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR490243 1 0.1010 0.7182 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR490244 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.1152 0.9405 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000
#> SRR490246 3 0.0146 0.9902 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490249 2 0.5601 0.7233 0.116 0.644 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490250 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490251 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490252 1 0.4188 0.5161 0.776 0.056 0.000 0.008 0.140 0.020
#> SRR490253 1 0.4067 0.5278 0.784 0.048 0.000 0.008 0.140 0.020
#> SRR490254 1 0.5522 0.3382 0.652 0.148 0.000 0.008 0.168 0.024
#> SRR490255 1 0.4571 0.4679 0.744 0.076 0.000 0.008 0.152 0.020
#> SRR490256 1 0.3482 -0.0424 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR490257 1 0.3101 0.3265 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR490258 1 0.3371 0.1042 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR490259 1 0.3592 -0.0980 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR490260 5 0.3797 0.8842 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR490261 5 0.3789 0.8931 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR490262 5 0.3774 0.8974 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR490263 5 0.3828 0.8520 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR490264 5 0.3782 0.8955 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR490265 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490266 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490267 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490268 1 0.3782 -0.3982 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR490269 1 0.3706 -0.2535 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR490270 1 0.3747 -0.3301 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR490271 1 0.3747 -0.3277 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR490272 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490273 5 0.3782 0.8939 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR490274 5 0.3765 0.8997 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR490275 5 0.3774 0.8974 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR490276 5 0.3804 0.8782 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR490277 5 0.3782 0.8942 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR490278 5 0.3867 0.7320 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR490279 5 0.3797 0.8845 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000
#> SRR490280 5 0.6467 0.6600 0.292 0.000 0.204 0.000 0.468 0.036
#> SRR490281 5 0.6305 0.7073 0.312 0.000 0.164 0.000 0.488 0.036
#> SRR490282 5 0.6377 0.6891 0.304 0.000 0.180 0.000 0.480 0.036
#> SRR490283 5 0.6137 0.7377 0.320 0.000 0.136 0.000 0.508 0.036
#> SRR490284 5 0.4716 0.8775 0.404 0.000 0.004 0.000 0.552 0.040
#> SRR490285 5 0.4716 0.8775 0.404 0.000 0.004 0.000 0.552 0.040
#> SRR490286 5 0.4716 0.8775 0.404 0.000 0.004 0.000 0.552 0.040
#> SRR490287 5 0.4716 0.8775 0.404 0.000 0.004 0.000 0.552 0.040
#> SRR490288 1 0.3097 0.7358 0.852 0.000 0.000 0.072 0.064 0.012
#> SRR490289 1 0.2916 0.7446 0.864 0.000 0.000 0.072 0.052 0.012
#> SRR490290 1 0.3033 0.7419 0.856 0.000 0.000 0.076 0.056 0.012
#> SRR490291 1 0.3033 0.7419 0.856 0.000 0.000 0.076 0.056 0.012
#> SRR490292 1 0.1010 0.7182 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR490293 1 0.1155 0.7205 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR490294 1 0.1010 0.7182 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR490295 1 0.1010 0.7182 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR490296 4 0.1387 0.8877 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR490297 4 0.1204 0.8959 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR490298 4 0.1141 0.8989 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR490299 4 0.1267 0.8936 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490300 1 0.1590 0.7210 0.936 0.000 0.000 0.008 0.048 0.008
#> SRR490301 1 0.1477 0.7192 0.940 0.000 0.000 0.004 0.048 0.008
#> SRR490302 1 0.1477 0.7271 0.940 0.000 0.000 0.008 0.048 0.004
#> SRR490303 1 0.1523 0.7183 0.940 0.000 0.000 0.008 0.044 0.008
#> SRR490304 4 0.1267 0.8936 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490305 4 0.1075 0.9016 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR490306 4 0.1141 0.8993 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR490307 4 0.1204 0.8966 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490313 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490314 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490315 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490316 1 0.3152 0.6261 0.860 0.040 0.000 0.008 0.072 0.020
#> SRR490317 1 0.3430 0.6017 0.840 0.044 0.000 0.008 0.088 0.020
#> SRR490318 1 0.3222 0.6185 0.852 0.032 0.000 0.008 0.088 0.020
#> SRR490319 1 0.3363 0.6059 0.844 0.040 0.000 0.008 0.088 0.020
#> SRR490320 1 0.3838 -0.5508 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR490321 1 0.3828 -0.5273 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR490322 5 0.3843 0.8323 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR490323 1 0.3838 -0.5502 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR490324 5 0.4716 0.8775 0.404 0.000 0.004 0.000 0.552 0.040
#> SRR490325 5 0.4656 0.8799 0.404 0.000 0.004 0.000 0.556 0.036
#> SRR490326 5 0.4656 0.8799 0.404 0.000 0.004 0.000 0.556 0.036
#> SRR490327 5 0.4656 0.8799 0.404 0.000 0.004 0.000 0.556 0.036
#> SRR490328 1 0.4529 0.4254 0.628 0.000 0.000 0.332 0.028 0.012
#> SRR490329 1 0.4481 0.3452 0.572 0.000 0.000 0.400 0.020 0.008
#> SRR490330 4 0.4400 0.0196 0.456 0.000 0.000 0.524 0.008 0.012
#> SRR490331 1 0.4886 0.2337 0.520 0.000 0.000 0.432 0.036 0.012
#> SRR490332 1 0.1421 0.7395 0.944 0.000 0.000 0.028 0.028 0.000
#> SRR490333 1 0.1549 0.7451 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020 0.000
#> SRR490334 1 0.1760 0.7433 0.928 0.000 0.000 0.048 0.020 0.004
#> SRR490335 1 0.1549 0.7469 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020 0.000
#> SRR490336 4 0.1814 0.8555 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR490337 4 0.1444 0.8846 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR490338 4 0.1957 0.8408 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR490339 4 0.1714 0.8649 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490340 1 0.1218 0.7379 0.956 0.000 0.000 0.012 0.028 0.004
#> SRR490341 1 0.1116 0.7303 0.960 0.000 0.000 0.008 0.028 0.004
#> SRR490342 1 0.1036 0.7315 0.964 0.000 0.000 0.008 0.024 0.004
#> SRR490343 1 0.1080 0.7260 0.960 0.000 0.000 0.004 0.032 0.004
#> SRR490344 2 0.5665 0.7175 0.120 0.636 0.000 0.004 0.200 0.040
#> SRR490345 2 0.5601 0.7233 0.116 0.644 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490346 2 0.5639 0.7201 0.120 0.640 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490347 2 0.5601 0.7235 0.116 0.644 0.000 0.004 0.196 0.040
#> SRR490348 2 0.0363 0.8314 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490349 2 0.0363 0.8314 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490350 2 0.0603 0.8312 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR490351 2 0.0547 0.8319 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490352 2 0.0806 0.8309 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR490353 2 0.0603 0.8312 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR490354 2 0.0891 0.8317 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR490355 2 0.0891 0.8304 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR490356 2 0.5944 0.6414 0.048 0.524 0.000 0.000 0.340 0.088
#> SRR490357 2 0.5878 0.6559 0.048 0.548 0.000 0.000 0.316 0.088
#> SRR490358 2 0.6006 0.6376 0.052 0.516 0.000 0.000 0.344 0.088
#> SRR490359 2 0.5934 0.6427 0.048 0.528 0.000 0.000 0.336 0.088
#> SRR490360 2 0.1750 0.8350 0.016 0.932 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR490361 2 0.1605 0.8351 0.016 0.940 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR490362 2 0.1585 0.8359 0.012 0.940 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR490363 2 0.1679 0.8352 0.016 0.936 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR490364 2 0.5467 0.6937 0.036 0.608 0.000 0.000 0.276 0.080
#> SRR490365 2 0.5467 0.6937 0.036 0.608 0.000 0.000 0.276 0.080
#> SRR490366 2 0.5467 0.6937 0.036 0.608 0.000 0.000 0.276 0.080
#> SRR490367 2 0.5403 0.6949 0.032 0.612 0.000 0.000 0.276 0.080
#> SRR490368 2 0.0858 0.8324 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR490369 2 0.0972 0.8314 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR490370 2 0.1049 0.8324 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR490371 2 0.0891 0.8310 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR490372 5 0.6014 0.7712 0.348 0.000 0.112 0.000 0.504 0.036
#> SRR490373 5 0.6516 0.6400 0.284 0.000 0.220 0.000 0.460 0.036
#> SRR490374 5 0.6532 0.6355 0.284 0.000 0.224 0.000 0.456 0.036
#> SRR490375 5 0.6577 0.6210 0.284 0.000 0.236 0.000 0.444 0.036
#> SRR490376 2 0.5046 0.7595 0.092 0.700 0.000 0.004 0.172 0.032
#> SRR490377 2 0.4710 0.7733 0.084 0.728 0.000 0.004 0.160 0.024
#> SRR490378 2 0.3189 0.8209 0.036 0.844 0.000 0.000 0.100 0.020
#> SRR490379 2 0.3792 0.8092 0.048 0.808 0.000 0.004 0.116 0.024
#> SRR490380 3 0.0891 0.9490 0.024 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1124 0.8333 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR490385 2 0.1049 0.8327 0.000 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR490386 2 0.1124 0.8331 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR490387 2 0.1124 0.8331 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR490388 2 0.5338 0.7019 0.032 0.620 0.000 0.000 0.272 0.076
#> SRR490389 2 0.5271 0.7031 0.028 0.624 0.000 0.000 0.272 0.076
#> SRR490390 2 0.5252 0.7066 0.028 0.628 0.000 0.000 0.268 0.076
#> SRR490391 2 0.5271 0.7031 0.028 0.624 0.000 0.000 0.272 0.076
#> SRR490392 2 0.0891 0.8304 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR490393 2 0.0972 0.8317 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR490394 2 0.0891 0.8304 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR490395 2 0.0891 0.8304 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR490396 2 0.4726 0.7565 0.028 0.696 0.000 0.000 0.220 0.056
#> SRR490397 2 0.4515 0.7726 0.024 0.724 0.000 0.000 0.192 0.060
#> SRR490398 2 0.3686 0.8062 0.016 0.792 0.000 0.000 0.156 0.036
#> SRR490399 2 0.4656 0.7627 0.024 0.708 0.000 0.000 0.204 0.064
#> SRR490400 2 0.1124 0.8330 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR490401 2 0.1124 0.8330 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR490402 2 0.1196 0.8336 0.000 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> SRR490403 2 0.1124 0.8330 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR490404 2 0.6256 0.6130 0.072 0.488 0.000 0.000 0.352 0.088
#> SRR490405 2 0.5954 0.6370 0.048 0.520 0.000 0.000 0.344 0.088
#> SRR490406 2 0.6113 0.6264 0.060 0.504 0.000 0.000 0.348 0.088
#> SRR490407 2 0.5954 0.6370 0.048 0.520 0.000 0.000 0.344 0.088
#> SRR490408 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490409 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490410 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490411 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490412 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2917 0.7413 0.852 0.000 0.000 0.104 0.040 0.004
#> SRR490417 1 0.2776 0.7431 0.860 0.000 0.000 0.104 0.032 0.004
#> SRR490418 1 0.3029 0.7321 0.840 0.000 0.000 0.120 0.036 0.004
#> SRR490419 1 0.2848 0.7424 0.856 0.000 0.000 0.104 0.036 0.004
#> SRR490420 1 0.2876 0.7383 0.860 0.000 0.000 0.080 0.056 0.004
#> SRR490421 1 0.2828 0.7431 0.864 0.000 0.000 0.072 0.060 0.004
#> SRR490422 1 0.2928 0.7415 0.856 0.000 0.000 0.084 0.056 0.004
#> SRR490423 1 0.2928 0.7415 0.856 0.000 0.000 0.084 0.056 0.004
#> SRR490424 1 0.4286 0.4673 0.720 0.000 0.000 0.068 0.208 0.004
#> SRR490425 1 0.4602 0.2832 0.668 0.000 0.000 0.068 0.260 0.004
#> SRR490426 1 0.4443 0.3887 0.696 0.000 0.000 0.068 0.232 0.004
#> SRR490427 1 0.4581 0.3022 0.672 0.000 0.000 0.068 0.256 0.004
#> SRR490428 1 0.3161 0.7195 0.840 0.000 0.000 0.080 0.076 0.004
#> SRR490429 1 0.2936 0.7356 0.856 0.000 0.000 0.080 0.060 0.004
#> SRR490430 1 0.2994 0.7324 0.852 0.000 0.000 0.080 0.064 0.004
#> SRR490431 1 0.2936 0.7356 0.856 0.000 0.000 0.080 0.060 0.004
#> SRR490432 1 0.3002 0.7395 0.848 0.000 0.000 0.100 0.048 0.004
#> SRR490433 1 0.3002 0.7423 0.848 0.000 0.000 0.100 0.048 0.004
#> SRR490434 1 0.2917 0.7409 0.852 0.000 0.000 0.104 0.040 0.004
#> SRR490435 1 0.2937 0.7414 0.852 0.000 0.000 0.100 0.044 0.004
#> SRR490436 1 0.0725 0.7370 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR490437 1 0.0777 0.7437 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR490438 1 0.0603 0.7407 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR490439 1 0.0725 0.7369 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR490440 6 0.2003 0.9715 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR490441 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490442 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490443 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490444 4 0.2680 0.8270 0.032 0.000 0.000 0.860 0.000 0.108
#> SRR490445 4 0.2697 0.8373 0.044 0.000 0.000 0.864 0.000 0.092
#> SRR490446 4 0.2608 0.8428 0.048 0.000 0.000 0.872 0.000 0.080
#> SRR490447 4 0.2609 0.8388 0.036 0.000 0.000 0.868 0.000 0.096
#> SRR490448 1 0.2889 0.7402 0.856 0.000 0.000 0.096 0.044 0.004
#> SRR490449 1 0.2954 0.7416 0.852 0.000 0.000 0.096 0.048 0.004
#> SRR490450 1 0.2870 0.7407 0.856 0.000 0.000 0.100 0.040 0.004
#> SRR490451 1 0.2937 0.7418 0.852 0.000 0.000 0.100 0.044 0.004
#> SRR490452 1 0.3052 0.7325 0.852 0.000 0.000 0.076 0.064 0.008
#> SRR490453 1 0.2936 0.7356 0.856 0.000 0.000 0.080 0.060 0.004
#> SRR490454 1 0.2994 0.7324 0.852 0.000 0.000 0.080 0.064 0.004
#> SRR490455 1 0.3052 0.7285 0.848 0.000 0.000 0.080 0.068 0.004
#> SRR490456 1 0.2622 0.7444 0.868 0.000 0.000 0.104 0.024 0.004
#> SRR490457 1 0.2776 0.7426 0.860 0.000 0.000 0.104 0.032 0.004
#> SRR490458 1 0.2622 0.7444 0.868 0.000 0.000 0.104 0.024 0.004
#> SRR490459 1 0.2622 0.7444 0.868 0.000 0.000 0.104 0.024 0.004
#> SRR490460 1 0.2679 0.7477 0.868 0.000 0.000 0.096 0.032 0.004
#> SRR490461 1 0.2393 0.7493 0.884 0.000 0.000 0.092 0.020 0.004
#> SRR490462 1 0.2679 0.7477 0.868 0.000 0.000 0.096 0.032 0.004
#> SRR490463 1 0.2917 0.7409 0.852 0.000 0.000 0.104 0.040 0.004
#> SRR490464 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1265 0.7483 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR490469 1 0.1196 0.7476 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR490470 1 0.1196 0.7476 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR490471 1 0.1196 0.7476 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR490472 6 0.2003 0.9715 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR490473 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490474 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490475 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490476 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9949 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0520 0.9178 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR490481 4 0.0405 0.9178 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490482 4 0.0405 0.9178 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490483 4 0.0405 0.9178 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490484 4 0.2003 0.8042 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.9170 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.9170 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0632 0.9102 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0891 0.9118 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490489 4 0.0622 0.9154 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR490490 4 0.0891 0.9118 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490491 4 0.0603 0.9146 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR490492 4 0.1320 0.9082 0.036 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR490493 4 0.1461 0.9033 0.044 0.000 0.000 0.940 0.000 0.016
#> SRR490494 4 0.1320 0.9094 0.036 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR490495 4 0.1245 0.9100 0.032 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR490496 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490497 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490498 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490499 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490500 1 0.1462 0.7452 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000
#> SRR490501 1 0.1398 0.7446 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008 0.000
#> SRR490502 1 0.1462 0.7452 0.936 0.000 0.000 0.056 0.008 0.000
#> SRR490503 1 0.1398 0.7446 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008 0.000
#> SRR490504 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490505 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490506 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490507 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490508 4 0.3668 0.4634 0.004 0.000 0.000 0.668 0.000 0.328
#> SRR490509 4 0.3955 0.1205 0.004 0.000 0.000 0.560 0.000 0.436
#> SRR490510 4 0.3862 0.2939 0.004 0.000 0.000 0.608 0.000 0.388
#> SRR490511 4 0.3890 0.2545 0.004 0.000 0.000 0.596 0.000 0.400
#> SRR490512 4 0.0405 0.9178 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490513 4 0.0363 0.9168 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490514 4 0.0363 0.9168 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490515 4 0.0405 0.9178 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR490516 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490517 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490518 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490519 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490520 4 0.0603 0.9173 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR490521 4 0.0508 0.9179 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR490522 4 0.0603 0.9173 0.004 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR490523 4 0.0622 0.9182 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR490524 4 0.0363 0.9168 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490525 4 0.0260 0.9174 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490526 4 0.0260 0.9174 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490527 4 0.0363 0.9168 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490528 4 0.0260 0.9174 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490529 4 0.0260 0.9175 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490530 4 0.0458 0.9162 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490531 4 0.0363 0.9168 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490532 1 0.3090 0.7349 0.848 0.000 0.000 0.088 0.056 0.008
#> SRR490533 1 0.3099 0.7334 0.848 0.000 0.000 0.084 0.060 0.008
#> SRR490534 1 0.3099 0.7334 0.848 0.000 0.000 0.084 0.060 0.008
#> SRR490535 1 0.3099 0.7334 0.848 0.000 0.000 0.084 0.060 0.008
#> SRR490536 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490537 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490538 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490539 6 0.1957 0.9759 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR490540 2 0.4678 0.2527 0.012 0.544 0.000 0.024 0.000 0.420
#> SRR490541 2 0.4412 0.4990 0.012 0.644 0.000 0.024 0.000 0.320
#> SRR490542 2 0.4524 0.4264 0.012 0.612 0.000 0.024 0.000 0.352
#> SRR490543 2 0.4665 0.2694 0.012 0.552 0.000 0.024 0.000 0.412
#> SRR490544 2 0.0291 0.8312 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490545 2 0.0291 0.8312 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490546 2 0.0146 0.8315 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490547 2 0.0405 0.8310 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490548 2 0.2848 0.8210 0.004 0.848 0.000 0.000 0.124 0.024
#> SRR490549 2 0.2760 0.8227 0.004 0.856 0.000 0.000 0.116 0.024
#> SRR490550 2 0.2618 0.8233 0.000 0.860 0.000 0.000 0.116 0.024
#> SRR490551 2 0.2760 0.8228 0.004 0.856 0.000 0.000 0.116 0.024
#> SRR490552 2 0.0260 0.8307 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490553 2 0.0291 0.8311 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490554 2 0.0291 0.8311 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490555 2 0.0260 0.8307 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490556 2 0.2432 0.8254 0.000 0.876 0.000 0.000 0.100 0.024
#> SRR490557 2 0.2432 0.8254 0.000 0.876 0.000 0.000 0.100 0.024
#> SRR490558 2 0.2432 0.8254 0.000 0.876 0.000 0.000 0.100 0.024
#> SRR490559 2 0.2432 0.8254 0.000 0.876 0.000 0.000 0.100 0.024
#> SRR490560 2 0.0508 0.8316 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR490561 2 0.0603 0.8325 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR490562 2 0.0508 0.8316 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR490563 2 0.0405 0.8305 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490564 2 0.7009 0.5194 0.224 0.428 0.000 0.008 0.284 0.056
#> SRR490565 2 0.6814 0.5612 0.200 0.456 0.000 0.004 0.284 0.056
#> SRR490566 2 0.6948 0.5280 0.220 0.436 0.000 0.008 0.284 0.052
#> SRR490567 2 0.6874 0.5681 0.192 0.460 0.000 0.008 0.284 0.056
#> SRR490568 6 0.4156 0.8748 0.040 0.040 0.000 0.136 0.004 0.780
#> SRR490569 6 0.4060 0.8785 0.040 0.044 0.000 0.120 0.004 0.792
#> SRR490570 6 0.4060 0.8785 0.040 0.044 0.000 0.120 0.004 0.792
#> SRR490571 6 0.4117 0.8773 0.040 0.040 0.000 0.132 0.004 0.784
#> SRR490572 2 0.1588 0.8058 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR490573 2 0.1644 0.8030 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR490574 2 0.1588 0.8058 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR490575 2 0.1588 0.8058 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR490576 2 0.0291 0.8304 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490577 2 0.0146 0.8304 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490578 2 0.0146 0.8304 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490579 2 0.0405 0.8305 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR490580 2 0.2432 0.8254 0.000 0.876 0.000 0.000 0.100 0.024
#> SRR490581 2 0.2527 0.8251 0.000 0.868 0.000 0.000 0.108 0.024
#> SRR490582 2 0.2432 0.8254 0.000 0.876 0.000 0.000 0.100 0.024
#> SRR490583 2 0.2480 0.8246 0.000 0.872 0.000 0.000 0.104 0.024
#> SRR490584 2 0.0146 0.8304 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490585 2 0.0146 0.8304 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490586 2 0.0146 0.8304 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490587 2 0.0146 0.8304 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490588 2 0.2333 0.8268 0.000 0.884 0.000 0.000 0.092 0.024
#> SRR490589 2 0.2282 0.8284 0.000 0.888 0.000 0.000 0.088 0.024
#> SRR490590 2 0.2333 0.8268 0.000 0.884 0.000 0.000 0.092 0.024
#> SRR490591 2 0.2122 0.8294 0.000 0.900 0.000 0.000 0.076 0.024
#> SRR490592 2 0.0363 0.8326 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR490593 2 0.0692 0.8313 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR490594 2 0.0291 0.8316 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490595 2 0.0260 0.8316 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490596 2 0.6595 0.5698 0.240 0.496 0.000 0.008 0.220 0.036
#> SRR490597 2 0.6191 0.6709 0.160 0.576 0.000 0.008 0.216 0.040
#> SRR490598 2 0.6261 0.6522 0.176 0.560 0.000 0.008 0.220 0.036
#> SRR490599 2 0.6110 0.6789 0.152 0.588 0.000 0.008 0.212 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.949 0.939 0.975 0.4733 0.531 0.531
#> 3 3 0.500 0.678 0.801 0.3311 0.770 0.581
#> 4 4 0.446 0.586 0.752 0.1235 0.867 0.646
#> 5 5 0.492 0.493 0.676 0.0663 0.916 0.718
#> 6 6 0.535 0.477 0.682 0.0377 0.937 0.753
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490220 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490221 1 0.5178 0.8674 0.884 0.116
#> SRR490222 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490223 1 0.0938 0.9694 0.988 0.012
#> SRR490224 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490244 1 0.1414 0.9636 0.980 0.020
#> SRR490245 1 0.0672 0.9723 0.992 0.008
#> SRR490246 1 0.5059 0.8736 0.888 0.112
#> SRR490247 1 0.3274 0.9286 0.940 0.060
#> SRR490248 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490252 1 0.2603 0.9433 0.956 0.044
#> SRR490253 1 0.4298 0.9009 0.912 0.088
#> SRR490254 2 0.8555 0.6191 0.280 0.720
#> SRR490255 2 0.9833 0.2745 0.424 0.576
#> SRR490256 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490280 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490281 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490282 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490283 2 0.0938 0.9623 0.012 0.988
#> SRR490284 1 0.5737 0.8439 0.864 0.136
#> SRR490285 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490290 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490291 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490294 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0376 0.9687 0.004 0.996
#> SRR490298 2 0.0376 0.9687 0.004 0.996
#> SRR490299 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490300 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490301 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490302 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490303 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.4161 0.9037 0.916 0.084
#> SRR490309 2 0.9881 0.2358 0.436 0.564
#> SRR490310 2 0.7674 0.7172 0.224 0.776
#> SRR490311 2 0.9710 0.3434 0.400 0.600
#> SRR490312 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.9754 0.3280 0.408 0.592
#> SRR490317 2 0.9954 0.1650 0.460 0.540
#> SRR490318 2 0.9977 0.1224 0.472 0.528
#> SRR490319 2 0.8813 0.5824 0.300 0.700
#> SRR490320 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.1633 0.9601 0.976 0.024
#> SRR490325 1 0.4431 0.8957 0.908 0.092
#> SRR490326 1 0.4939 0.8775 0.892 0.108
#> SRR490327 1 0.0672 0.9721 0.992 0.008
#> SRR490328 2 0.6148 0.8161 0.152 0.848
#> SRR490329 2 0.6887 0.7739 0.184 0.816
#> SRR490330 2 0.2948 0.9266 0.052 0.948
#> SRR490331 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490332 1 0.3733 0.9161 0.928 0.072
#> SRR490333 1 0.9608 0.3724 0.616 0.384
#> SRR490334 1 0.8608 0.6045 0.716 0.284
#> SRR490335 1 0.2236 0.9504 0.964 0.036
#> SRR490336 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490340 1 0.0672 0.9722 0.992 0.008
#> SRR490341 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490342 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490343 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0376 0.9687 0.004 0.996
#> SRR490359 2 0.0376 0.9687 0.004 0.996
#> SRR490360 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490372 2 0.7376 0.7406 0.208 0.792
#> SRR490373 2 0.0376 0.9686 0.004 0.996
#> SRR490374 2 0.1843 0.9492 0.028 0.972
#> SRR490375 2 0.1184 0.9589 0.016 0.984
#> SRR490376 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490380 2 0.2423 0.9382 0.040 0.960
#> SRR490381 2 0.3733 0.9071 0.072 0.928
#> SRR490382 1 0.8861 0.5652 0.696 0.304
#> SRR490383 2 0.2603 0.9343 0.044 0.956
#> SRR490384 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490412 2 0.4161 0.8947 0.084 0.916
#> SRR490413 1 0.8661 0.6028 0.712 0.288
#> SRR490414 2 0.4161 0.8937 0.084 0.916
#> SRR490415 2 0.9460 0.4344 0.364 0.636
#> SRR490416 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490417 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490418 1 0.2778 0.9394 0.952 0.048
#> SRR490419 1 0.3584 0.9205 0.932 0.068
#> SRR490420 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490432 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490433 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490434 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490435 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490436 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490437 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490438 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490439 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490451 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490452 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490456 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490457 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490458 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490459 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490460 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490462 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490463 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490464 1 0.5842 0.8380 0.860 0.140
#> SRR490465 2 0.6531 0.7959 0.168 0.832
#> SRR490466 2 0.7950 0.6912 0.240 0.760
#> SRR490467 2 0.6623 0.7907 0.172 0.828
#> SRR490468 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490469 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490470 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490471 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490476 2 0.9850 0.2677 0.428 0.572
#> SRR490477 2 0.9815 0.2939 0.420 0.580
#> SRR490478 1 0.9977 0.0892 0.528 0.472
#> SRR490479 2 0.8608 0.6124 0.284 0.716
#> SRR490480 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0376 0.9687 0.004 0.996
#> SRR490488 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.1414 0.9557 0.020 0.980
#> SRR490493 2 0.2236 0.9418 0.036 0.964
#> SRR490494 2 0.2603 0.9344 0.044 0.956
#> SRR490495 2 0.0376 0.9687 0.004 0.996
#> SRR490496 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490500 1 0.1184 0.9664 0.984 0.016
#> SRR490501 1 0.1184 0.9664 0.984 0.016
#> SRR490502 1 0.1633 0.9600 0.976 0.024
#> SRR490503 1 0.0376 0.9748 0.996 0.004
#> SRR490504 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.0672 0.9722 0.992 0.008
#> SRR490533 1 0.1184 0.9665 0.984 0.016
#> SRR490534 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000
#> SRR490535 1 0.0376 0.9748 0.996 0.004
#> SRR490536 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.1633 0.9522 0.024 0.976
#> SRR490565 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0672 0.9655 0.008 0.992
#> SRR490567 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9717 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 3 0.5733 0.73405 0.000 0.324 0.676
#> SRR490217 3 0.5678 0.73545 0.000 0.316 0.684
#> SRR490218 3 0.5760 0.73270 0.000 0.328 0.672
#> SRR490219 3 0.5621 0.73441 0.000 0.308 0.692
#> SRR490220 1 0.5678 0.72608 0.684 0.000 0.316
#> SRR490221 3 0.7380 0.42656 0.228 0.088 0.684
#> SRR490222 3 0.6359 -0.00277 0.364 0.008 0.628
#> SRR490223 3 0.6161 0.25975 0.272 0.020 0.708
#> SRR490224 1 0.4178 0.84641 0.828 0.000 0.172
#> SRR490225 1 0.4291 0.84477 0.820 0.000 0.180
#> SRR490226 1 0.4504 0.83718 0.804 0.000 0.196
#> SRR490227 1 0.4121 0.84650 0.832 0.000 0.168
#> SRR490228 1 0.5810 0.75009 0.664 0.000 0.336
#> SRR490229 1 0.6154 0.67263 0.592 0.000 0.408
#> SRR490230 1 0.5882 0.74828 0.652 0.000 0.348
#> SRR490231 1 0.5905 0.74387 0.648 0.000 0.352
#> SRR490232 1 0.3752 0.84980 0.856 0.000 0.144
#> SRR490233 1 0.3686 0.85095 0.860 0.000 0.140
#> SRR490234 1 0.3192 0.85685 0.888 0.000 0.112
#> SRR490235 1 0.4062 0.84508 0.836 0.000 0.164
#> SRR490236 3 0.6260 -0.43823 0.448 0.000 0.552
#> SRR490237 1 0.6274 0.61672 0.544 0.000 0.456
#> SRR490238 3 0.6235 -0.41000 0.436 0.000 0.564
#> SRR490239 1 0.6225 0.65175 0.568 0.000 0.432
#> SRR490240 1 0.4702 0.82402 0.788 0.000 0.212
#> SRR490241 1 0.4291 0.84146 0.820 0.000 0.180
#> SRR490242 1 0.4121 0.84591 0.832 0.000 0.168
#> SRR490243 1 0.3879 0.84979 0.848 0.000 0.152
#> SRR490244 1 0.6793 0.44349 0.536 0.012 0.452
#> SRR490245 1 0.3918 0.83705 0.856 0.004 0.140
#> SRR490246 1 0.7274 0.44132 0.520 0.028 0.452
#> SRR490247 1 0.7301 0.59397 0.640 0.052 0.308
#> SRR490248 3 0.5397 0.73360 0.000 0.280 0.720
#> SRR490249 3 0.5621 0.73739 0.000 0.308 0.692
#> SRR490250 3 0.5678 0.73568 0.000 0.316 0.684
#> SRR490251 3 0.5810 0.73056 0.000 0.336 0.664
#> SRR490252 3 0.6976 0.45492 0.236 0.064 0.700
#> SRR490253 3 0.7101 0.47775 0.240 0.068 0.692
#> SRR490254 3 0.7304 0.69362 0.084 0.228 0.688
#> SRR490255 3 0.7851 0.68493 0.100 0.256 0.644
#> SRR490256 1 0.3879 0.85216 0.848 0.000 0.152
#> SRR490257 1 0.4178 0.84580 0.828 0.000 0.172
#> SRR490258 1 0.3752 0.85513 0.856 0.000 0.144
#> SRR490259 1 0.3192 0.85809 0.888 0.000 0.112
#> SRR490260 1 0.3116 0.85798 0.892 0.000 0.108
#> SRR490261 1 0.3038 0.85846 0.896 0.000 0.104
#> SRR490262 1 0.3340 0.85644 0.880 0.000 0.120
#> SRR490263 1 0.3340 0.85703 0.880 0.000 0.120
#> SRR490264 1 0.3752 0.85552 0.856 0.000 0.144
#> SRR490265 1 0.3619 0.85482 0.864 0.000 0.136
#> SRR490266 1 0.4121 0.84886 0.832 0.000 0.168
#> SRR490267 1 0.3686 0.85480 0.860 0.000 0.140
#> SRR490268 1 0.3412 0.85508 0.876 0.000 0.124
#> SRR490269 1 0.3482 0.85467 0.872 0.000 0.128
#> SRR490270 1 0.3267 0.85653 0.884 0.000 0.116
#> SRR490271 1 0.3551 0.85340 0.868 0.000 0.132
#> SRR490272 1 0.3686 0.85303 0.860 0.000 0.140
#> SRR490273 1 0.3340 0.85510 0.880 0.000 0.120
#> SRR490274 1 0.3816 0.84929 0.852 0.000 0.148
#> SRR490275 1 0.3752 0.85165 0.856 0.000 0.144
#> SRR490276 1 0.4654 0.82941 0.792 0.000 0.208
#> SRR490277 1 0.4452 0.83599 0.808 0.000 0.192
#> SRR490278 1 0.4504 0.83481 0.804 0.000 0.196
#> SRR490279 1 0.4504 0.83426 0.804 0.000 0.196
#> SRR490280 3 0.6109 0.63201 0.048 0.192 0.760
#> SRR490281 3 0.5940 0.62409 0.036 0.204 0.760
#> SRR490282 3 0.5688 0.62335 0.044 0.168 0.788
#> SRR490283 3 0.6380 0.60600 0.076 0.164 0.760
#> SRR490284 1 0.7644 0.63998 0.604 0.060 0.336
#> SRR490285 1 0.4504 0.81764 0.804 0.000 0.196
#> SRR490286 1 0.4842 0.80661 0.776 0.000 0.224
#> SRR490287 1 0.4887 0.80108 0.772 0.000 0.228
#> SRR490288 1 0.1860 0.85472 0.948 0.000 0.052
#> SRR490289 1 0.1643 0.86181 0.956 0.000 0.044
#> SRR490290 1 0.2663 0.85450 0.932 0.024 0.044
#> SRR490291 1 0.2066 0.86219 0.940 0.000 0.060
#> SRR490292 3 0.6244 -0.28909 0.440 0.000 0.560
#> SRR490293 1 0.6154 0.61910 0.592 0.000 0.408
#> SRR490294 3 0.5968 -0.07025 0.364 0.000 0.636
#> SRR490295 1 0.6180 0.60238 0.584 0.000 0.416
#> SRR490296 2 0.1950 0.81665 0.040 0.952 0.008
#> SRR490297 2 0.1129 0.83338 0.020 0.976 0.004
#> SRR490298 2 0.1647 0.82097 0.036 0.960 0.004
#> SRR490299 2 0.0237 0.83809 0.000 0.996 0.004
#> SRR490300 1 0.6763 0.58664 0.552 0.012 0.436
#> SRR490301 3 0.6308 -0.50149 0.492 0.000 0.508
#> SRR490302 1 0.6483 0.67909 0.600 0.008 0.392
#> SRR490303 3 0.6302 -0.49326 0.480 0.000 0.520
#> SRR490304 2 0.0424 0.83739 0.000 0.992 0.008
#> SRR490305 2 0.0424 0.83739 0.000 0.992 0.008
#> SRR490306 2 0.0424 0.83739 0.000 0.992 0.008
#> SRR490307 2 0.0424 0.83739 0.000 0.992 0.008
#> SRR490308 3 0.7866 -0.08167 0.388 0.060 0.552
#> SRR490309 2 0.9376 0.15892 0.260 0.512 0.228
#> SRR490310 3 0.8071 0.51427 0.072 0.380 0.548
#> SRR490311 3 0.8077 0.56640 0.176 0.172 0.652
#> SRR490312 3 0.5465 0.72850 0.000 0.288 0.712
#> SRR490313 3 0.5363 0.72585 0.000 0.276 0.724
#> SRR490314 3 0.4931 0.70831 0.000 0.232 0.768
#> SRR490315 3 0.5397 0.72843 0.000 0.280 0.720
#> SRR490316 3 0.7190 0.72422 0.044 0.320 0.636
#> SRR490317 3 0.6970 0.72192 0.048 0.276 0.676
#> SRR490318 3 0.6341 0.73525 0.016 0.312 0.672
#> SRR490319 3 0.6673 0.72474 0.020 0.344 0.636
#> SRR490320 1 0.5948 0.60566 0.640 0.000 0.360
#> SRR490321 1 0.5621 0.67813 0.692 0.000 0.308
#> SRR490322 1 0.4178 0.83675 0.828 0.000 0.172
#> SRR490323 1 0.5859 0.64370 0.656 0.000 0.344
#> SRR490324 1 0.5848 0.73811 0.720 0.012 0.268
#> SRR490325 1 0.6330 0.61691 0.600 0.004 0.396
#> SRR490326 1 0.6195 0.72213 0.704 0.020 0.276
#> SRR490327 1 0.5420 0.77511 0.752 0.008 0.240
#> SRR490328 2 0.4629 0.62178 0.188 0.808 0.004
#> SRR490329 2 0.5902 0.40831 0.316 0.680 0.004
#> SRR490330 2 0.3816 0.68580 0.148 0.852 0.000
#> SRR490331 2 0.0424 0.83782 0.008 0.992 0.000
#> SRR490332 1 0.4280 0.77146 0.856 0.124 0.020
#> SRR490333 1 0.5864 0.51117 0.704 0.288 0.008
#> SRR490334 1 0.6217 0.53896 0.712 0.264 0.024
#> SRR490335 1 0.3722 0.81051 0.888 0.088 0.024
#> SRR490336 2 0.0424 0.83739 0.000 0.992 0.008
#> SRR490337 2 0.0424 0.83739 0.000 0.992 0.008
#> SRR490338 2 0.0424 0.83739 0.000 0.992 0.008
#> SRR490339 2 0.0661 0.83810 0.004 0.988 0.008
#> SRR490340 1 0.2982 0.85596 0.920 0.024 0.056
#> SRR490341 1 0.3695 0.85539 0.880 0.012 0.108
#> SRR490342 1 0.2955 0.85858 0.912 0.008 0.080
#> SRR490343 1 0.6684 0.61022 0.676 0.032 0.292
#> SRR490344 3 0.5327 0.72976 0.000 0.272 0.728
#> SRR490345 3 0.5785 0.73272 0.000 0.332 0.668
#> SRR490346 3 0.5397 0.73206 0.000 0.280 0.720
#> SRR490347 3 0.5650 0.73531 0.000 0.312 0.688
#> SRR490348 2 0.5968 0.07495 0.000 0.636 0.364
#> SRR490349 2 0.5968 0.07649 0.000 0.636 0.364
#> SRR490350 2 0.6235 -0.24949 0.000 0.564 0.436
#> SRR490351 2 0.6225 -0.23376 0.000 0.568 0.432
#> SRR490352 2 0.3816 0.68004 0.000 0.852 0.148
#> SRR490353 2 0.3752 0.68373 0.000 0.856 0.144
#> SRR490354 2 0.5678 0.27677 0.000 0.684 0.316
#> SRR490355 2 0.5591 0.30597 0.000 0.696 0.304
#> SRR490356 3 0.5291 0.72921 0.000 0.268 0.732
#> SRR490357 3 0.5216 0.72629 0.000 0.260 0.740
#> SRR490358 3 0.4887 0.71134 0.000 0.228 0.772
#> SRR490359 3 0.4887 0.71134 0.000 0.228 0.772
#> SRR490360 2 0.6302 -0.39622 0.000 0.520 0.480
#> SRR490361 2 0.6126 -0.10066 0.000 0.600 0.400
#> SRR490362 2 0.6305 -0.41003 0.000 0.516 0.484
#> SRR490363 2 0.6168 -0.15294 0.000 0.588 0.412
#> SRR490364 3 0.5785 0.73302 0.000 0.332 0.668
#> SRR490365 3 0.5785 0.73302 0.000 0.332 0.668
#> SRR490366 3 0.5810 0.73113 0.000 0.336 0.664
#> SRR490367 3 0.5810 0.73113 0.000 0.336 0.664
#> SRR490368 3 0.6126 0.67229 0.000 0.400 0.600
#> SRR490369 3 0.6192 0.64060 0.000 0.420 0.580
#> SRR490370 3 0.6192 0.64059 0.000 0.420 0.580
#> SRR490371 3 0.6215 0.62678 0.000 0.428 0.572
#> SRR490372 3 0.2681 0.54884 0.040 0.028 0.932
#> SRR490373 3 0.3845 0.62877 0.012 0.116 0.872
#> SRR490374 3 0.2846 0.58368 0.020 0.056 0.924
#> SRR490375 3 0.3415 0.59693 0.020 0.080 0.900
#> SRR490376 3 0.6008 0.70876 0.000 0.372 0.628
#> SRR490377 3 0.6062 0.69815 0.000 0.384 0.616
#> SRR490378 3 0.6252 0.60557 0.000 0.444 0.556
#> SRR490379 3 0.6260 0.59691 0.000 0.448 0.552
#> SRR490380 3 0.4228 0.64856 0.008 0.148 0.844
#> SRR490381 3 0.5982 0.60300 0.004 0.328 0.668
#> SRR490382 3 0.7164 0.43184 0.140 0.140 0.720
#> SRR490383 3 0.6012 0.64629 0.032 0.220 0.748
#> SRR490384 3 0.6095 0.68315 0.000 0.392 0.608
#> SRR490385 3 0.6111 0.67787 0.000 0.396 0.604
#> SRR490386 3 0.6111 0.67787 0.000 0.396 0.604
#> SRR490387 3 0.6062 0.69255 0.000 0.384 0.616
#> SRR490388 3 0.5810 0.73106 0.000 0.336 0.664
#> SRR490389 3 0.5810 0.73106 0.000 0.336 0.664
#> SRR490390 3 0.5905 0.72066 0.000 0.352 0.648
#> SRR490391 3 0.5882 0.72368 0.000 0.348 0.652
#> SRR490392 3 0.6215 0.62683 0.000 0.428 0.572
#> SRR490393 3 0.6140 0.66636 0.000 0.404 0.596
#> SRR490394 3 0.6286 0.55316 0.000 0.464 0.536
#> SRR490395 3 0.6235 0.61092 0.000 0.436 0.564
#> SRR490396 3 0.5988 0.70863 0.000 0.368 0.632
#> SRR490397 3 0.5988 0.70863 0.000 0.368 0.632
#> SRR490398 3 0.5988 0.70863 0.000 0.368 0.632
#> SRR490399 3 0.5988 0.70863 0.000 0.368 0.632
#> SRR490400 3 0.6045 0.69693 0.000 0.380 0.620
#> SRR490401 3 0.6095 0.68315 0.000 0.392 0.608
#> SRR490402 3 0.6111 0.67787 0.000 0.396 0.604
#> SRR490403 3 0.6111 0.67787 0.000 0.396 0.604
#> SRR490404 3 0.5560 0.73656 0.000 0.300 0.700
#> SRR490405 3 0.5678 0.73621 0.000 0.316 0.684
#> SRR490406 3 0.5706 0.73583 0.000 0.320 0.680
#> SRR490407 3 0.5678 0.73650 0.000 0.316 0.684
#> SRR490408 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490412 2 0.5181 0.69047 0.084 0.832 0.084
#> SRR490413 1 0.9776 0.29732 0.440 0.284 0.276
#> SRR490414 2 0.8705 0.12708 0.116 0.524 0.360
#> SRR490415 3 0.9336 0.03933 0.164 0.412 0.424
#> SRR490416 1 0.3263 0.84294 0.912 0.040 0.048
#> SRR490417 1 0.3502 0.82020 0.896 0.084 0.020
#> SRR490418 1 0.5348 0.73404 0.796 0.176 0.028
#> SRR490419 1 0.4589 0.73854 0.820 0.172 0.008
#> SRR490420 1 0.0747 0.86109 0.984 0.000 0.016
#> SRR490421 1 0.1031 0.86284 0.976 0.000 0.024
#> SRR490422 1 0.0747 0.86233 0.984 0.000 0.016
#> SRR490423 1 0.0892 0.85992 0.980 0.000 0.020
#> SRR490424 1 0.2066 0.85124 0.940 0.000 0.060
#> SRR490425 1 0.2165 0.85249 0.936 0.000 0.064
#> SRR490426 1 0.2066 0.85124 0.940 0.000 0.060
#> SRR490427 1 0.2165 0.85249 0.936 0.000 0.064
#> SRR490428 1 0.1031 0.86206 0.976 0.000 0.024
#> SRR490429 1 0.1031 0.86000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490430 1 0.0592 0.86173 0.988 0.000 0.012
#> SRR490431 1 0.0592 0.86131 0.988 0.000 0.012
#> SRR490432 1 0.1031 0.86165 0.976 0.000 0.024
#> SRR490433 1 0.0747 0.86073 0.984 0.000 0.016
#> SRR490434 1 0.1031 0.85958 0.976 0.000 0.024
#> SRR490435 1 0.0424 0.85980 0.992 0.000 0.008
#> SRR490436 1 0.2537 0.86087 0.920 0.000 0.080
#> SRR490437 1 0.2537 0.86299 0.920 0.000 0.080
#> SRR490438 1 0.2625 0.86230 0.916 0.000 0.084
#> SRR490439 1 0.2959 0.85991 0.900 0.000 0.100
#> SRR490440 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490448 1 0.1529 0.85602 0.960 0.000 0.040
#> SRR490449 1 0.1289 0.85802 0.968 0.000 0.032
#> SRR490450 1 0.1411 0.85736 0.964 0.000 0.036
#> SRR490451 1 0.0983 0.85995 0.980 0.004 0.016
#> SRR490452 1 0.1163 0.85839 0.972 0.000 0.028
#> SRR490453 1 0.1753 0.85425 0.952 0.000 0.048
#> SRR490454 1 0.1289 0.85790 0.968 0.000 0.032
#> SRR490455 1 0.1031 0.85887 0.976 0.000 0.024
#> SRR490456 1 0.0424 0.85980 0.992 0.000 0.008
#> SRR490457 1 0.1529 0.85546 0.960 0.000 0.040
#> SRR490458 1 0.0237 0.86082 0.996 0.000 0.004
#> SRR490459 1 0.0592 0.86062 0.988 0.000 0.012
#> SRR490460 1 0.0747 0.86151 0.984 0.000 0.016
#> SRR490461 1 0.0747 0.86184 0.984 0.000 0.016
#> SRR490462 1 0.0237 0.86030 0.996 0.000 0.004
#> SRR490463 1 0.0592 0.85997 0.988 0.000 0.012
#> SRR490464 1 0.8620 0.41624 0.536 0.112 0.352
#> SRR490465 2 0.9364 0.05360 0.184 0.484 0.332
#> SRR490466 2 0.8911 0.28197 0.260 0.564 0.176
#> SRR490467 2 0.9091 0.03765 0.152 0.504 0.344
#> SRR490468 1 0.1989 0.86268 0.948 0.004 0.048
#> SRR490469 1 0.2066 0.86236 0.940 0.000 0.060
#> SRR490470 1 0.2066 0.86250 0.940 0.000 0.060
#> SRR490471 1 0.2301 0.86281 0.936 0.004 0.060
#> SRR490472 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490476 1 0.9992 -0.12096 0.352 0.328 0.320
#> SRR490477 3 0.9659 0.37608 0.252 0.284 0.464
#> SRR490478 3 0.9949 0.05159 0.356 0.284 0.360
#> SRR490479 3 0.9589 0.34291 0.200 0.376 0.424
#> SRR490480 2 0.2165 0.78955 0.064 0.936 0.000
#> SRR490481 2 0.2200 0.79957 0.056 0.940 0.004
#> SRR490482 2 0.1765 0.81626 0.040 0.956 0.004
#> SRR490483 2 0.1878 0.81231 0.044 0.952 0.004
#> SRR490484 2 0.3715 0.70011 0.128 0.868 0.004
#> SRR490485 2 0.1163 0.82540 0.028 0.972 0.000
#> SRR490486 2 0.1411 0.81885 0.036 0.964 0.000
#> SRR490487 2 0.2878 0.75012 0.096 0.904 0.000
#> SRR490488 2 0.1989 0.80427 0.048 0.948 0.004
#> SRR490489 2 0.1765 0.81227 0.040 0.956 0.004
#> SRR490490 2 0.2400 0.78605 0.064 0.932 0.004
#> SRR490491 2 0.1878 0.80819 0.044 0.952 0.004
#> SRR490492 2 0.3425 0.74438 0.112 0.884 0.004
#> SRR490493 2 0.4473 0.67277 0.164 0.828 0.008
#> SRR490494 2 0.3918 0.70893 0.140 0.856 0.004
#> SRR490495 2 0.3272 0.74493 0.104 0.892 0.004
#> SRR490496 2 0.1129 0.83169 0.020 0.976 0.004
#> SRR490497 2 0.0983 0.83389 0.016 0.980 0.004
#> SRR490498 2 0.1129 0.83169 0.020 0.976 0.004
#> SRR490499 2 0.0829 0.83580 0.012 0.984 0.004
#> SRR490500 1 0.4551 0.74945 0.840 0.140 0.020
#> SRR490501 1 0.4586 0.79759 0.856 0.096 0.048
#> SRR490502 1 0.4485 0.75561 0.844 0.136 0.020
#> SRR490503 1 0.4289 0.80652 0.868 0.092 0.040
#> SRR490504 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 2 0.1289 0.82225 0.032 0.968 0.000
#> SRR490513 2 0.1399 0.82626 0.028 0.968 0.004
#> SRR490514 2 0.1525 0.82309 0.032 0.964 0.004
#> SRR490515 2 0.1031 0.82856 0.024 0.976 0.000
#> SRR490516 2 0.0475 0.83826 0.004 0.992 0.004
#> SRR490517 2 0.0661 0.83732 0.008 0.988 0.004
#> SRR490518 2 0.0237 0.83818 0.004 0.996 0.000
#> SRR490519 2 0.0475 0.83826 0.004 0.992 0.004
#> SRR490520 2 0.0592 0.83530 0.012 0.988 0.000
#> SRR490521 2 0.0592 0.83550 0.012 0.988 0.000
#> SRR490522 2 0.0747 0.83329 0.016 0.984 0.000
#> SRR490523 2 0.0892 0.83096 0.020 0.980 0.000
#> SRR490524 2 0.1399 0.82626 0.028 0.968 0.004
#> SRR490525 2 0.1267 0.82907 0.024 0.972 0.004
#> SRR490526 2 0.1129 0.83176 0.020 0.976 0.004
#> SRR490527 2 0.0829 0.83606 0.012 0.984 0.004
#> SRR490528 2 0.1399 0.82626 0.028 0.968 0.004
#> SRR490529 2 0.1129 0.83169 0.020 0.976 0.004
#> SRR490530 2 0.0829 0.83596 0.012 0.984 0.004
#> SRR490531 2 0.1267 0.82907 0.024 0.972 0.004
#> SRR490532 1 0.5042 0.79632 0.836 0.104 0.060
#> SRR490533 1 0.6722 0.66130 0.720 0.220 0.060
#> SRR490534 1 0.2879 0.84825 0.924 0.024 0.052
#> SRR490535 1 0.4902 0.80490 0.844 0.092 0.064
#> SRR490536 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.1163 0.82621 0.000 0.972 0.028
#> SRR490545 2 0.0892 0.83052 0.000 0.980 0.020
#> SRR490546 2 0.1411 0.81993 0.000 0.964 0.036
#> SRR490547 2 0.1031 0.82965 0.000 0.976 0.024
#> SRR490548 2 0.6140 -0.09588 0.000 0.596 0.404
#> SRR490549 2 0.5988 0.07757 0.000 0.632 0.368
#> SRR490550 2 0.4399 0.61126 0.000 0.812 0.188
#> SRR490551 2 0.5138 0.46934 0.000 0.748 0.252
#> SRR490552 2 0.0424 0.83700 0.000 0.992 0.008
#> SRR490553 2 0.1031 0.82910 0.000 0.976 0.024
#> SRR490554 2 0.0592 0.83519 0.000 0.988 0.012
#> SRR490555 2 0.0424 0.83700 0.000 0.992 0.008
#> SRR490556 2 0.5905 0.14677 0.000 0.648 0.352
#> SRR490557 2 0.4178 0.64149 0.000 0.828 0.172
#> SRR490558 2 0.5178 0.46105 0.000 0.744 0.256
#> SRR490559 2 0.5968 0.09385 0.000 0.636 0.364
#> SRR490560 2 0.1031 0.82910 0.000 0.976 0.024
#> SRR490561 2 0.1163 0.82621 0.000 0.972 0.028
#> SRR490562 2 0.1031 0.82910 0.000 0.976 0.024
#> SRR490563 2 0.1163 0.82621 0.000 0.972 0.028
#> SRR490564 3 0.5815 0.73593 0.004 0.304 0.692
#> SRR490565 3 0.5982 0.73349 0.004 0.328 0.668
#> SRR490566 3 0.5982 0.73349 0.004 0.328 0.668
#> SRR490567 3 0.5810 0.73073 0.000 0.336 0.664
#> SRR490568 2 0.0237 0.83775 0.000 0.996 0.004
#> SRR490569 2 0.0237 0.83775 0.000 0.996 0.004
#> SRR490570 2 0.0237 0.83775 0.000 0.996 0.004
#> SRR490571 2 0.0237 0.83775 0.000 0.996 0.004
#> SRR490572 2 0.0237 0.83821 0.000 0.996 0.004
#> SRR490573 2 0.0237 0.83821 0.000 0.996 0.004
#> SRR490574 2 0.0237 0.83821 0.000 0.996 0.004
#> SRR490575 2 0.0237 0.83821 0.000 0.996 0.004
#> SRR490576 2 0.2356 0.78561 0.000 0.928 0.072
#> SRR490577 2 0.1964 0.80207 0.000 0.944 0.056
#> SRR490578 2 0.2448 0.78106 0.000 0.924 0.076
#> SRR490579 2 0.1860 0.80599 0.000 0.948 0.052
#> SRR490580 3 0.6302 0.50561 0.000 0.480 0.520
#> SRR490581 3 0.6286 0.54738 0.000 0.464 0.536
#> SRR490582 3 0.6299 0.51660 0.000 0.476 0.524
#> SRR490583 2 0.6274 -0.31381 0.000 0.544 0.456
#> SRR490584 2 0.3686 0.69343 0.000 0.860 0.140
#> SRR490585 2 0.2066 0.79779 0.000 0.940 0.060
#> SRR490586 2 0.2625 0.77166 0.000 0.916 0.084
#> SRR490587 2 0.1643 0.81323 0.000 0.956 0.044
#> SRR490588 2 0.6079 -0.01808 0.000 0.612 0.388
#> SRR490589 2 0.6302 -0.39271 0.000 0.520 0.480
#> SRR490590 2 0.6111 -0.05705 0.000 0.604 0.396
#> SRR490591 2 0.6215 -0.19866 0.000 0.572 0.428
#> SRR490592 2 0.5733 0.24861 0.000 0.676 0.324
#> SRR490593 3 0.6291 0.53973 0.000 0.468 0.532
#> SRR490594 2 0.5988 0.07127 0.000 0.632 0.368
#> SRR490595 2 0.6204 -0.18567 0.000 0.576 0.424
#> SRR490596 3 0.6026 0.70103 0.000 0.376 0.624
#> SRR490597 3 0.6062 0.69234 0.000 0.384 0.616
#> SRR490598 3 0.6168 0.65477 0.000 0.412 0.588
#> SRR490599 3 0.6204 0.63131 0.000 0.424 0.576
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.5875 0.5693 0.000 0.692 0.204 0.104
#> SRR490217 2 0.5452 0.6363 0.000 0.736 0.156 0.108
#> SRR490218 2 0.5929 0.5739 0.000 0.688 0.204 0.108
#> SRR490219 2 0.5484 0.6173 0.000 0.732 0.164 0.104
#> SRR490220 1 0.6558 0.4978 0.596 0.108 0.296 0.000
#> SRR490221 2 0.8012 0.2057 0.156 0.556 0.236 0.052
#> SRR490222 2 0.7793 -0.1766 0.260 0.492 0.240 0.008
#> SRR490223 2 0.7965 -0.1633 0.200 0.476 0.308 0.016
#> SRR490224 1 0.5452 0.5360 0.616 0.024 0.360 0.000
#> SRR490225 1 0.5698 0.5278 0.608 0.036 0.356 0.000
#> SRR490226 1 0.5827 0.3789 0.532 0.032 0.436 0.000
#> SRR490227 1 0.5476 0.4788 0.584 0.020 0.396 0.000
#> SRR490228 3 0.5753 0.4925 0.248 0.072 0.680 0.000
#> SRR490229 3 0.5953 0.4695 0.268 0.076 0.656 0.000
#> SRR490230 3 0.5990 0.4355 0.284 0.072 0.644 0.000
#> SRR490231 3 0.5941 0.4437 0.276 0.072 0.652 0.000
#> SRR490232 1 0.5036 0.6026 0.696 0.024 0.280 0.000
#> SRR490233 1 0.5062 0.5977 0.692 0.024 0.284 0.000
#> SRR490234 1 0.4882 0.6145 0.708 0.020 0.272 0.000
#> SRR490235 1 0.5231 0.5895 0.676 0.028 0.296 0.000
#> SRR490236 3 0.6251 0.5123 0.196 0.140 0.664 0.000
#> SRR490237 3 0.6265 0.4765 0.220 0.124 0.656 0.000
#> SRR490238 3 0.6303 0.5190 0.192 0.148 0.660 0.000
#> SRR490239 3 0.6289 0.4557 0.236 0.116 0.648 0.000
#> SRR490240 1 0.5548 0.5411 0.628 0.032 0.340 0.000
#> SRR490241 1 0.5697 0.5850 0.656 0.052 0.292 0.000
#> SRR490242 1 0.5742 0.5879 0.664 0.060 0.276 0.000
#> SRR490243 1 0.5417 0.5935 0.676 0.040 0.284 0.000
#> SRR490244 3 0.6961 0.5248 0.244 0.132 0.612 0.012
#> SRR490245 1 0.6348 0.3286 0.600 0.060 0.332 0.008
#> SRR490246 3 0.7016 0.5206 0.236 0.132 0.616 0.016
#> SRR490247 1 0.8179 0.0809 0.508 0.176 0.276 0.040
#> SRR490248 2 0.4773 0.6600 0.000 0.788 0.120 0.092
#> SRR490249 2 0.4728 0.6795 0.000 0.792 0.104 0.104
#> SRR490250 2 0.5171 0.6700 0.000 0.760 0.128 0.112
#> SRR490251 2 0.4552 0.7221 0.000 0.800 0.072 0.128
#> SRR490252 2 0.6891 0.3207 0.200 0.652 0.120 0.028
#> SRR490253 2 0.6690 0.3951 0.184 0.680 0.096 0.040
#> SRR490254 2 0.5794 0.6511 0.080 0.764 0.064 0.092
#> SRR490255 2 0.6089 0.6626 0.104 0.736 0.040 0.120
#> SRR490256 1 0.5361 0.6283 0.716 0.060 0.224 0.000
#> SRR490257 1 0.5387 0.6179 0.696 0.048 0.256 0.000
#> SRR490258 1 0.5448 0.6220 0.700 0.056 0.244 0.000
#> SRR490259 1 0.4610 0.6394 0.744 0.020 0.236 0.000
#> SRR490260 1 0.4319 0.6473 0.760 0.012 0.228 0.000
#> SRR490261 1 0.4248 0.6512 0.768 0.012 0.220 0.000
#> SRR490262 1 0.4353 0.6471 0.756 0.012 0.232 0.000
#> SRR490263 1 0.4248 0.6500 0.768 0.012 0.220 0.000
#> SRR490264 1 0.5557 0.5792 0.652 0.040 0.308 0.000
#> SRR490265 1 0.5535 0.5853 0.656 0.040 0.304 0.000
#> SRR490266 1 0.5733 0.5679 0.640 0.048 0.312 0.000
#> SRR490267 1 0.5334 0.5988 0.680 0.036 0.284 0.000
#> SRR490268 1 0.4767 0.6256 0.724 0.020 0.256 0.000
#> SRR490269 1 0.4706 0.6270 0.732 0.020 0.248 0.000
#> SRR490270 1 0.4675 0.6318 0.736 0.020 0.244 0.000
#> SRR490271 1 0.4576 0.6262 0.728 0.012 0.260 0.000
#> SRR490272 1 0.4797 0.6308 0.720 0.020 0.260 0.000
#> SRR490273 1 0.4797 0.6283 0.720 0.020 0.260 0.000
#> SRR490274 1 0.4898 0.6258 0.716 0.024 0.260 0.000
#> SRR490275 1 0.4767 0.6301 0.724 0.020 0.256 0.000
#> SRR490276 1 0.5565 0.5305 0.624 0.032 0.344 0.000
#> SRR490277 1 0.5558 0.5445 0.640 0.036 0.324 0.000
#> SRR490278 1 0.5492 0.5507 0.640 0.032 0.328 0.000
#> SRR490279 1 0.5596 0.5419 0.632 0.036 0.332 0.000
#> SRR490280 3 0.7671 0.3835 0.020 0.424 0.432 0.124
#> SRR490281 3 0.7386 0.3878 0.016 0.432 0.448 0.104
#> SRR490282 3 0.7392 0.3979 0.020 0.432 0.452 0.096
#> SRR490283 3 0.7151 0.4008 0.020 0.436 0.468 0.076
#> SRR490284 3 0.6750 0.5637 0.148 0.116 0.688 0.048
#> SRR490285 3 0.6037 0.4829 0.244 0.072 0.676 0.008
#> SRR490286 3 0.6098 0.5485 0.172 0.088 0.716 0.024
#> SRR490287 3 0.6065 0.5331 0.196 0.084 0.704 0.016
#> SRR490288 1 0.4241 0.6123 0.808 0.016 0.164 0.012
#> SRR490289 1 0.4468 0.6274 0.780 0.012 0.196 0.012
#> SRR490290 1 0.4025 0.6253 0.832 0.004 0.128 0.036
#> SRR490291 1 0.4574 0.6092 0.768 0.016 0.208 0.008
#> SRR490292 1 0.7877 -0.2548 0.360 0.280 0.360 0.000
#> SRR490293 1 0.7740 -0.1265 0.404 0.232 0.364 0.000
#> SRR490294 3 0.7860 0.4145 0.272 0.356 0.372 0.000
#> SRR490295 1 0.7710 -0.0380 0.448 0.256 0.296 0.000
#> SRR490296 4 0.4044 0.7689 0.152 0.024 0.004 0.820
#> SRR490297 4 0.3575 0.7907 0.124 0.020 0.004 0.852
#> SRR490298 4 0.3630 0.7881 0.128 0.020 0.004 0.848
#> SRR490299 4 0.2856 0.8154 0.072 0.024 0.004 0.900
#> SRR490300 3 0.7812 0.3362 0.340 0.196 0.456 0.008
#> SRR490301 3 0.7505 0.4273 0.284 0.196 0.516 0.004
#> SRR490302 3 0.7431 0.3021 0.344 0.144 0.504 0.008
#> SRR490303 3 0.7329 0.4421 0.272 0.180 0.544 0.004
#> SRR490304 4 0.1733 0.8269 0.024 0.028 0.000 0.948
#> SRR490305 4 0.2036 0.8253 0.032 0.032 0.000 0.936
#> SRR490306 4 0.1798 0.8244 0.016 0.040 0.000 0.944
#> SRR490307 4 0.2586 0.8223 0.048 0.040 0.000 0.912
#> SRR490308 1 0.8791 -0.2893 0.344 0.280 0.336 0.040
#> SRR490309 4 0.8944 0.0978 0.272 0.128 0.132 0.468
#> SRR490310 2 0.9229 0.0894 0.112 0.428 0.196 0.264
#> SRR490311 2 0.9180 -0.2600 0.164 0.428 0.288 0.120
#> SRR490312 2 0.5880 0.5163 0.000 0.680 0.232 0.088
#> SRR490313 2 0.5727 0.5042 0.000 0.688 0.236 0.076
#> SRR490314 2 0.5180 0.5532 0.000 0.740 0.196 0.064
#> SRR490315 2 0.5458 0.5501 0.000 0.720 0.204 0.076
#> SRR490316 2 0.5487 0.6666 0.036 0.776 0.088 0.100
#> SRR490317 2 0.6144 0.5634 0.036 0.720 0.168 0.076
#> SRR490318 2 0.5342 0.6703 0.012 0.768 0.120 0.100
#> SRR490319 2 0.4535 0.7189 0.028 0.824 0.040 0.108
#> SRR490320 3 0.7943 0.3403 0.360 0.244 0.392 0.004
#> SRR490321 1 0.8113 -0.2797 0.392 0.268 0.332 0.008
#> SRR490322 1 0.7143 -0.0144 0.484 0.136 0.380 0.000
#> SRR490323 1 0.7983 -0.3360 0.372 0.256 0.368 0.004
#> SRR490324 3 0.7739 0.3403 0.356 0.200 0.440 0.004
#> SRR490325 3 0.8297 0.4434 0.296 0.284 0.404 0.016
#> SRR490326 3 0.8282 0.3797 0.344 0.228 0.408 0.020
#> SRR490327 3 0.7833 0.3332 0.368 0.192 0.432 0.008
#> SRR490328 4 0.5251 0.6996 0.160 0.012 0.064 0.764
#> SRR490329 4 0.6926 0.2814 0.360 0.012 0.084 0.544
#> SRR490330 4 0.4912 0.7336 0.132 0.012 0.064 0.792
#> SRR490331 4 0.3025 0.8042 0.016 0.024 0.060 0.900
#> SRR490332 1 0.6254 0.5212 0.736 0.092 0.084 0.088
#> SRR490333 1 0.7100 0.3541 0.640 0.080 0.056 0.224
#> SRR490334 1 0.7552 0.3557 0.636 0.124 0.088 0.152
#> SRR490335 1 0.5697 0.5779 0.764 0.052 0.120 0.064
#> SRR490336 4 0.3700 0.8018 0.096 0.036 0.008 0.860
#> SRR490337 4 0.1452 0.8247 0.008 0.036 0.000 0.956
#> SRR490338 4 0.2759 0.8204 0.052 0.044 0.000 0.904
#> SRR490339 4 0.3222 0.8170 0.076 0.036 0.004 0.884
#> SRR490340 1 0.5509 0.6094 0.768 0.080 0.124 0.028
#> SRR490341 1 0.5942 0.5902 0.732 0.116 0.132 0.020
#> SRR490342 1 0.5942 0.5843 0.732 0.116 0.132 0.020
#> SRR490343 1 0.7621 0.0486 0.508 0.360 0.096 0.036
#> SRR490344 2 0.5457 0.6008 0.000 0.728 0.184 0.088
#> SRR490345 2 0.5051 0.6677 0.000 0.768 0.132 0.100
#> SRR490346 2 0.5690 0.5994 0.000 0.708 0.196 0.096
#> SRR490347 2 0.5220 0.6386 0.000 0.752 0.156 0.092
#> SRR490348 4 0.5284 0.2120 0.000 0.368 0.016 0.616
#> SRR490349 4 0.5279 0.1349 0.000 0.400 0.012 0.588
#> SRR490350 4 0.5294 -0.2246 0.000 0.484 0.008 0.508
#> SRR490351 4 0.5548 0.1350 0.000 0.388 0.024 0.588
#> SRR490352 4 0.4950 0.2394 0.000 0.376 0.004 0.620
#> SRR490353 4 0.4500 0.4342 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR490354 4 0.5151 -0.1321 0.000 0.464 0.004 0.532
#> SRR490355 4 0.5143 -0.1014 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR490356 2 0.3399 0.7128 0.004 0.872 0.032 0.092
#> SRR490357 2 0.3302 0.7180 0.008 0.876 0.020 0.096
#> SRR490358 2 0.3221 0.6890 0.008 0.888 0.036 0.068
#> SRR490359 2 0.3614 0.7004 0.008 0.868 0.044 0.080
#> SRR490360 2 0.4964 0.5617 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR490361 2 0.5257 0.4102 0.000 0.548 0.008 0.444
#> SRR490362 2 0.5085 0.5689 0.000 0.616 0.008 0.376
#> SRR490363 2 0.5268 0.5236 0.000 0.592 0.012 0.396
#> SRR490364 2 0.3427 0.7364 0.000 0.860 0.028 0.112
#> SRR490365 2 0.3787 0.7428 0.000 0.840 0.036 0.124
#> SRR490366 2 0.3552 0.7464 0.000 0.848 0.024 0.128
#> SRR490367 2 0.3598 0.7442 0.000 0.848 0.028 0.124
#> SRR490368 2 0.3688 0.7542 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR490369 2 0.4008 0.7411 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR490370 2 0.3801 0.7507 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR490371 2 0.4040 0.7376 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR490372 3 0.5525 0.5716 0.020 0.328 0.644 0.008
#> SRR490373 3 0.6731 0.5255 0.012 0.336 0.576 0.076
#> SRR490374 3 0.5761 0.5603 0.012 0.332 0.632 0.024
#> SRR490375 3 0.6633 0.5548 0.016 0.316 0.600 0.068
#> SRR490376 2 0.6121 0.6599 0.000 0.680 0.164 0.156
#> SRR490377 2 0.6316 0.6774 0.000 0.660 0.156 0.184
#> SRR490378 2 0.6547 0.5908 0.000 0.568 0.092 0.340
#> SRR490379 2 0.7023 0.6067 0.000 0.544 0.144 0.312
#> SRR490380 3 0.5813 0.3561 0.012 0.472 0.504 0.012
#> SRR490381 3 0.8000 0.3580 0.012 0.324 0.448 0.216
#> SRR490382 3 0.7867 0.5857 0.104 0.172 0.608 0.116
#> SRR490383 2 0.7796 0.0705 0.020 0.504 0.316 0.160
#> SRR490384 2 0.3718 0.7582 0.000 0.820 0.012 0.168
#> SRR490385 2 0.3895 0.7582 0.000 0.804 0.012 0.184
#> SRR490386 2 0.3881 0.7588 0.000 0.812 0.016 0.172
#> SRR490387 2 0.3764 0.7585 0.000 0.816 0.012 0.172
#> SRR490388 2 0.3142 0.7490 0.000 0.860 0.008 0.132
#> SRR490389 2 0.3142 0.7490 0.000 0.860 0.008 0.132
#> SRR490390 2 0.3142 0.7502 0.000 0.860 0.008 0.132
#> SRR490391 2 0.3032 0.7471 0.000 0.868 0.008 0.124
#> SRR490392 2 0.4158 0.7516 0.000 0.768 0.008 0.224
#> SRR490393 2 0.3810 0.7579 0.000 0.804 0.008 0.188
#> SRR490394 2 0.4295 0.7466 0.000 0.752 0.008 0.240
#> SRR490395 2 0.3945 0.7524 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR490396 2 0.3391 0.7548 0.004 0.844 0.004 0.148
#> SRR490397 2 0.3377 0.7528 0.000 0.848 0.012 0.140
#> SRR490398 2 0.3257 0.7555 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR490399 2 0.3208 0.7548 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR490400 2 0.3448 0.7585 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR490401 2 0.3808 0.7588 0.000 0.812 0.012 0.176
#> SRR490402 2 0.3895 0.7582 0.000 0.804 0.012 0.184
#> SRR490403 2 0.3583 0.7583 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR490404 2 0.3172 0.7390 0.004 0.872 0.012 0.112
#> SRR490405 2 0.3172 0.7387 0.004 0.872 0.012 0.112
#> SRR490406 2 0.2918 0.7414 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR490407 2 0.2859 0.7386 0.000 0.880 0.008 0.112
#> SRR490408 4 0.1305 0.8203 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR490409 4 0.1209 0.8217 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR490410 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490411 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490412 2 0.8084 0.4793 0.072 0.552 0.120 0.256
#> SRR490413 1 0.8755 -0.2650 0.380 0.276 0.304 0.040
#> SRR490414 3 0.9460 0.3789 0.108 0.284 0.360 0.248
#> SRR490415 3 0.8487 0.5276 0.096 0.152 0.536 0.216
#> SRR490416 1 0.5037 0.5345 0.772 0.012 0.048 0.168
#> SRR490417 1 0.5230 0.4756 0.736 0.016 0.028 0.220
#> SRR490418 1 0.5800 0.3440 0.652 0.012 0.032 0.304
#> SRR490419 1 0.5521 0.3712 0.672 0.008 0.028 0.292
#> SRR490420 1 0.1543 0.6709 0.956 0.004 0.032 0.008
#> SRR490421 1 0.1771 0.6731 0.948 0.004 0.036 0.012
#> SRR490422 1 0.1953 0.6738 0.944 0.012 0.032 0.012
#> SRR490423 1 0.1953 0.6674 0.940 0.004 0.044 0.012
#> SRR490424 1 0.4279 0.6197 0.780 0.012 0.204 0.004
#> SRR490425 1 0.5068 0.5143 0.676 0.012 0.308 0.004
#> SRR490426 1 0.4429 0.6119 0.764 0.012 0.220 0.004
#> SRR490427 1 0.4533 0.6016 0.752 0.012 0.232 0.004
#> SRR490428 1 0.2483 0.6836 0.920 0.012 0.056 0.012
#> SRR490429 1 0.2040 0.6816 0.936 0.004 0.048 0.012
#> SRR490430 1 0.2483 0.6836 0.920 0.012 0.056 0.012
#> SRR490431 1 0.2141 0.6823 0.936 0.012 0.040 0.012
#> SRR490432 1 0.2635 0.6840 0.908 0.004 0.072 0.016
#> SRR490433 1 0.2142 0.6818 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR490434 1 0.1820 0.6762 0.944 0.000 0.036 0.020
#> SRR490435 1 0.1510 0.6790 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR490436 1 0.4561 0.6643 0.788 0.036 0.172 0.004
#> SRR490437 1 0.4331 0.6696 0.800 0.028 0.168 0.004
#> SRR490438 1 0.4190 0.6708 0.816 0.032 0.148 0.004
#> SRR490439 1 0.4406 0.6627 0.788 0.024 0.184 0.004
#> SRR490440 4 0.0921 0.8235 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490441 4 0.1022 0.8227 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR490442 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490443 4 0.0921 0.8235 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490444 4 0.0779 0.8242 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490445 4 0.0657 0.8238 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490446 4 0.0592 0.8239 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490447 4 0.0592 0.8239 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490448 1 0.3104 0.6470 0.892 0.004 0.060 0.044
#> SRR490449 1 0.3189 0.6433 0.888 0.004 0.060 0.048
#> SRR490450 1 0.2860 0.6520 0.904 0.004 0.048 0.044
#> SRR490451 1 0.3670 0.6219 0.860 0.004 0.044 0.092
#> SRR490452 1 0.2731 0.6626 0.908 0.004 0.060 0.028
#> SRR490453 1 0.2652 0.6563 0.912 0.004 0.056 0.028
#> SRR490454 1 0.2521 0.6658 0.916 0.004 0.060 0.020
#> SRR490455 1 0.2363 0.6663 0.920 0.000 0.056 0.024
#> SRR490456 1 0.1706 0.6786 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR490457 1 0.2214 0.6712 0.928 0.000 0.044 0.028
#> SRR490458 1 0.1798 0.6775 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR490459 1 0.1706 0.6805 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR490460 1 0.2307 0.6826 0.928 0.008 0.048 0.016
#> SRR490461 1 0.1968 0.6831 0.940 0.008 0.044 0.008
#> SRR490462 1 0.2089 0.6745 0.940 0.012 0.028 0.020
#> SRR490463 1 0.1593 0.6703 0.956 0.004 0.024 0.016
#> SRR490464 1 0.9150 -0.2031 0.400 0.248 0.272 0.080
#> SRR490465 2 0.9711 -0.3302 0.148 0.332 0.288 0.232
#> SRR490466 1 0.9903 -0.2593 0.296 0.188 0.244 0.272
#> SRR490467 2 0.9537 -0.2770 0.124 0.364 0.280 0.232
#> SRR490468 1 0.3377 0.6802 0.884 0.032 0.068 0.016
#> SRR490469 1 0.4162 0.6755 0.844 0.052 0.088 0.016
#> SRR490470 1 0.3974 0.6782 0.852 0.040 0.092 0.016
#> SRR490471 1 0.3862 0.6782 0.860 0.044 0.080 0.016
#> SRR490472 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490473 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490474 4 0.0921 0.8235 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490475 4 0.0921 0.8235 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490476 2 0.9921 -0.2953 0.244 0.308 0.204 0.244
#> SRR490477 2 0.9466 -0.2461 0.156 0.416 0.236 0.192
#> SRR490478 2 0.9964 -0.3645 0.248 0.292 0.232 0.228
#> SRR490479 2 0.9131 -0.0901 0.124 0.464 0.212 0.200
#> SRR490480 4 0.4119 0.7112 0.188 0.004 0.012 0.796
#> SRR490481 4 0.3591 0.7449 0.168 0.000 0.008 0.824
#> SRR490482 4 0.3498 0.7518 0.160 0.000 0.008 0.832
#> SRR490483 4 0.3625 0.7496 0.160 0.000 0.012 0.828
#> SRR490484 4 0.4664 0.6351 0.248 0.004 0.012 0.736
#> SRR490485 4 0.2760 0.7820 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR490486 4 0.3182 0.7797 0.132 0.004 0.004 0.860
#> SRR490487 4 0.4011 0.7004 0.208 0.000 0.008 0.784
#> SRR490488 4 0.2053 0.7982 0.072 0.004 0.000 0.924
#> SRR490489 4 0.2010 0.8041 0.060 0.004 0.004 0.932
#> SRR490490 4 0.2715 0.7850 0.100 0.004 0.004 0.892
#> SRR490491 4 0.1824 0.8060 0.060 0.004 0.000 0.936
#> SRR490492 4 0.5345 0.5656 0.292 0.012 0.016 0.680
#> SRR490493 4 0.5920 0.4073 0.368 0.016 0.020 0.596
#> SRR490494 4 0.5542 0.5322 0.308 0.012 0.020 0.660
#> SRR490495 4 0.5369 0.5619 0.296 0.012 0.016 0.676
#> SRR490496 4 0.3048 0.7979 0.108 0.016 0.000 0.876
#> SRR490497 4 0.3099 0.8019 0.104 0.020 0.000 0.876
#> SRR490498 4 0.2867 0.7999 0.104 0.012 0.000 0.884
#> SRR490499 4 0.3048 0.7977 0.108 0.016 0.000 0.876
#> SRR490500 1 0.6947 0.4848 0.688 0.100 0.100 0.112
#> SRR490501 1 0.7292 0.4219 0.656 0.156 0.092 0.096
#> SRR490502 1 0.6451 0.5148 0.720 0.072 0.088 0.120
#> SRR490503 1 0.7024 0.4656 0.680 0.132 0.100 0.088
#> SRR490504 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490505 4 0.1209 0.8217 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR490506 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490507 4 0.1109 0.8228 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR490508 4 0.0817 0.8234 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490509 4 0.0817 0.8234 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490510 4 0.0817 0.8234 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490511 4 0.0921 0.8235 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490512 4 0.2011 0.8050 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR490513 4 0.2546 0.8051 0.092 0.008 0.000 0.900
#> SRR490514 4 0.2831 0.7882 0.120 0.004 0.000 0.876
#> SRR490515 4 0.2773 0.7860 0.116 0.000 0.004 0.880
#> SRR490516 4 0.1624 0.8255 0.028 0.020 0.000 0.952
#> SRR490517 4 0.1677 0.8232 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR490518 4 0.1610 0.8253 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR490519 4 0.1837 0.8256 0.028 0.028 0.000 0.944
#> SRR490520 4 0.1004 0.8219 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR490521 4 0.1209 0.8226 0.032 0.004 0.000 0.964
#> SRR490522 4 0.0895 0.8237 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR490523 4 0.1022 0.8210 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR490524 4 0.3523 0.7720 0.136 0.008 0.008 0.848
#> SRR490525 4 0.3519 0.7839 0.120 0.020 0.004 0.856
#> SRR490526 4 0.3328 0.8013 0.100 0.024 0.004 0.872
#> SRR490527 4 0.3403 0.7895 0.112 0.020 0.004 0.864
#> SRR490528 4 0.2266 0.8053 0.084 0.004 0.000 0.912
#> SRR490529 4 0.2847 0.8058 0.084 0.016 0.004 0.896
#> SRR490530 4 0.2256 0.8179 0.056 0.020 0.000 0.924
#> SRR490531 4 0.2778 0.8090 0.080 0.016 0.004 0.900
#> SRR490532 1 0.6101 0.3471 0.644 0.004 0.068 0.284
#> SRR490533 1 0.6662 0.2686 0.588 0.008 0.084 0.320
#> SRR490534 1 0.4681 0.5699 0.800 0.004 0.072 0.124
#> SRR490535 1 0.5742 0.4270 0.696 0.004 0.068 0.232
#> SRR490536 4 0.0817 0.8238 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490537 4 0.0921 0.8235 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490538 4 0.0817 0.8238 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490539 4 0.0817 0.8238 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490540 4 0.1302 0.8180 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR490541 4 0.1389 0.8173 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490542 4 0.1302 0.8180 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR490543 4 0.1302 0.8180 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR490544 4 0.3873 0.6461 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR490545 4 0.3219 0.7252 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490546 4 0.4277 0.5540 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR490547 4 0.3975 0.6246 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR490548 2 0.4543 0.6488 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR490549 2 0.4761 0.6361 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR490550 2 0.4855 0.5032 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR490551 2 0.4761 0.5630 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490552 4 0.3123 0.7328 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR490553 4 0.3764 0.6539 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR490554 4 0.3356 0.7059 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490555 4 0.3219 0.7195 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490556 2 0.4741 0.6427 0.004 0.668 0.000 0.328
#> SRR490557 2 0.4817 0.5269 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490558 2 0.4855 0.6014 0.004 0.644 0.000 0.352
#> SRR490559 2 0.4781 0.6298 0.004 0.660 0.000 0.336
#> SRR490560 4 0.3837 0.6525 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR490561 4 0.4072 0.6043 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490562 4 0.3837 0.6487 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR490563 4 0.4431 0.4993 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR490564 2 0.4524 0.7281 0.012 0.816 0.052 0.120
#> SRR490565 2 0.4190 0.7500 0.004 0.816 0.032 0.148
#> SRR490566 2 0.4551 0.7475 0.004 0.796 0.044 0.156
#> SRR490567 2 0.4182 0.7462 0.004 0.820 0.036 0.140
#> SRR490568 4 0.1004 0.8230 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR490569 4 0.1004 0.8230 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR490570 4 0.1004 0.8230 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR490571 4 0.1004 0.8230 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR490572 4 0.1716 0.8101 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR490573 4 0.1637 0.8118 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR490574 4 0.1716 0.8101 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR490575 4 0.1792 0.8075 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR490576 4 0.4564 0.4382 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR490577 4 0.4431 0.4876 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR490578 4 0.4746 0.3204 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR490579 4 0.4454 0.4850 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR490580 2 0.4356 0.6910 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR490581 2 0.4522 0.7244 0.004 0.728 0.004 0.264
#> SRR490582 2 0.4509 0.6956 0.004 0.708 0.000 0.288
#> SRR490583 2 0.4543 0.6544 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR490584 4 0.4985 -0.0797 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR490585 4 0.4605 0.4137 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR490586 4 0.4804 0.2748 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR490587 4 0.4331 0.5335 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR490588 2 0.4500 0.6591 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR490589 2 0.4500 0.6591 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR490590 2 0.4564 0.6414 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR490591 2 0.4500 0.6591 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR490592 2 0.4331 0.6943 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR490593 2 0.4053 0.7481 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR490594 2 0.4356 0.6934 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR490595 2 0.4331 0.6939 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR490596 2 0.3631 0.7564 0.004 0.824 0.004 0.168
#> SRR490597 2 0.3585 0.7559 0.004 0.828 0.004 0.164
#> SRR490598 2 0.3892 0.7555 0.004 0.800 0.004 0.192
#> SRR490599 2 0.4089 0.7518 0.004 0.780 0.004 0.212
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.6343 0.15030 0.004 0.468 0.428 0.080 0.020
#> SRR490217 2 0.6088 0.33942 0.004 0.536 0.372 0.072 0.016
#> SRR490218 2 0.6301 0.17644 0.004 0.468 0.432 0.076 0.020
#> SRR490219 2 0.6034 0.31373 0.004 0.536 0.380 0.060 0.020
#> SRR490220 5 0.6551 0.48795 0.228 0.128 0.048 0.000 0.596
#> SRR490221 2 0.7156 0.16729 0.084 0.536 0.068 0.016 0.296
#> SRR490222 2 0.7116 0.00979 0.120 0.492 0.052 0.004 0.332
#> SRR490223 2 0.7094 -0.01003 0.064 0.484 0.096 0.004 0.352
#> SRR490224 5 0.6064 0.49485 0.252 0.020 0.116 0.000 0.612
#> SRR490225 5 0.6347 0.48798 0.240 0.024 0.144 0.000 0.592
#> SRR490226 5 0.6298 0.48933 0.228 0.020 0.156 0.000 0.596
#> SRR490227 5 0.6013 0.49760 0.236 0.020 0.120 0.000 0.624
#> SRR490228 5 0.6886 0.01316 0.132 0.040 0.328 0.000 0.500
#> SRR490229 5 0.6918 0.06004 0.140 0.040 0.316 0.000 0.504
#> SRR490230 5 0.6943 0.07951 0.140 0.044 0.304 0.000 0.512
#> SRR490231 5 0.6872 0.11811 0.140 0.044 0.284 0.000 0.532
#> SRR490232 5 0.4875 0.50040 0.336 0.008 0.024 0.000 0.632
#> SRR490233 5 0.5325 0.50066 0.332 0.012 0.044 0.000 0.612
#> SRR490234 5 0.4939 0.45559 0.380 0.008 0.020 0.000 0.592
#> SRR490235 5 0.5561 0.49901 0.340 0.028 0.036 0.000 0.596
#> SRR490236 5 0.6208 0.15141 0.064 0.064 0.256 0.000 0.616
#> SRR490237 5 0.6284 0.17621 0.080 0.056 0.252 0.000 0.612
#> SRR490238 5 0.6249 0.14310 0.068 0.060 0.264 0.000 0.608
#> SRR490239 5 0.6284 0.17621 0.080 0.056 0.252 0.000 0.612
#> SRR490240 5 0.4880 0.53427 0.256 0.040 0.012 0.000 0.692
#> SRR490241 5 0.5259 0.52091 0.276 0.056 0.012 0.000 0.656
#> SRR490242 5 0.5257 0.51107 0.284 0.060 0.008 0.000 0.648
#> SRR490243 5 0.5034 0.50901 0.300 0.048 0.004 0.000 0.648
#> SRR490244 3 0.6437 0.50529 0.164 0.028 0.612 0.004 0.192
#> SRR490245 1 0.6694 0.01615 0.488 0.016 0.356 0.004 0.136
#> SRR490246 3 0.6932 0.47269 0.140 0.028 0.572 0.020 0.240
#> SRR490247 1 0.8372 -0.29234 0.348 0.140 0.336 0.008 0.168
#> SRR490248 2 0.5109 0.47047 0.000 0.660 0.284 0.044 0.012
#> SRR490249 2 0.5275 0.51536 0.000 0.660 0.268 0.060 0.012
#> SRR490250 2 0.5477 0.48565 0.000 0.628 0.296 0.064 0.012
#> SRR490251 2 0.5570 0.54299 0.000 0.656 0.248 0.076 0.020
#> SRR490252 2 0.5092 0.48637 0.052 0.708 0.004 0.016 0.220
#> SRR490253 2 0.4631 0.55691 0.048 0.760 0.004 0.016 0.172
#> SRR490254 2 0.4172 0.64674 0.032 0.820 0.012 0.032 0.104
#> SRR490255 2 0.4561 0.65617 0.036 0.796 0.008 0.052 0.108
#> SRR490256 5 0.5564 0.46668 0.356 0.048 0.016 0.000 0.580
#> SRR490257 5 0.5390 0.48767 0.332 0.048 0.012 0.000 0.608
#> SRR490258 5 0.5600 0.47640 0.348 0.052 0.016 0.000 0.584
#> SRR490259 5 0.5321 0.47121 0.364 0.032 0.016 0.000 0.588
#> SRR490260 5 0.5643 0.41115 0.396 0.028 0.032 0.000 0.544
#> SRR490261 5 0.5741 0.43660 0.376 0.036 0.032 0.000 0.556
#> SRR490262 5 0.5710 0.45200 0.364 0.036 0.032 0.000 0.568
#> SRR490263 5 0.5750 0.43153 0.380 0.032 0.036 0.000 0.552
#> SRR490264 5 0.6842 0.35129 0.356 0.028 0.144 0.000 0.472
#> SRR490265 5 0.6669 0.38375 0.352 0.024 0.132 0.000 0.492
#> SRR490266 5 0.6691 0.39394 0.328 0.020 0.152 0.000 0.500
#> SRR490267 5 0.6624 0.37040 0.352 0.020 0.136 0.000 0.492
#> SRR490268 5 0.4570 0.47940 0.348 0.020 0.000 0.000 0.632
#> SRR490269 5 0.4341 0.46553 0.364 0.008 0.000 0.000 0.628
#> SRR490270 5 0.4402 0.47540 0.352 0.012 0.000 0.000 0.636
#> SRR490271 5 0.4298 0.47383 0.352 0.008 0.000 0.000 0.640
#> SRR490272 5 0.5419 0.46583 0.340 0.048 0.012 0.000 0.600
#> SRR490273 5 0.5353 0.46674 0.332 0.040 0.016 0.000 0.612
#> SRR490274 5 0.5104 0.48822 0.324 0.028 0.016 0.000 0.632
#> SRR490275 5 0.5034 0.46601 0.348 0.020 0.016 0.000 0.616
#> SRR490276 5 0.5493 0.52368 0.240 0.048 0.040 0.000 0.672
#> SRR490277 5 0.5321 0.52317 0.236 0.048 0.032 0.000 0.684
#> SRR490278 5 0.5279 0.52222 0.252 0.044 0.028 0.000 0.676
#> SRR490279 5 0.5369 0.52254 0.232 0.048 0.036 0.000 0.684
#> SRR490280 3 0.5926 0.61346 0.012 0.152 0.700 0.076 0.060
#> SRR490281 3 0.5864 0.61259 0.012 0.152 0.704 0.076 0.056
#> SRR490282 3 0.5637 0.60976 0.012 0.160 0.716 0.048 0.064
#> SRR490283 3 0.5706 0.61277 0.012 0.160 0.712 0.060 0.056
#> SRR490284 3 0.5123 0.57558 0.096 0.004 0.728 0.012 0.160
#> SRR490285 3 0.5760 0.55122 0.152 0.004 0.660 0.008 0.176
#> SRR490286 3 0.5032 0.57390 0.104 0.004 0.724 0.004 0.164
#> SRR490287 3 0.5508 0.57025 0.140 0.004 0.688 0.008 0.160
#> SRR490288 1 0.6562 0.29404 0.572 0.016 0.212 0.004 0.196
#> SRR490289 1 0.6798 0.28263 0.548 0.008 0.208 0.016 0.220
#> SRR490290 1 0.6174 0.43360 0.680 0.020 0.144 0.036 0.120
#> SRR490291 1 0.7129 0.23228 0.500 0.016 0.236 0.012 0.236
#> SRR490292 5 0.8523 -0.07901 0.228 0.284 0.192 0.000 0.296
#> SRR490293 5 0.8332 0.02758 0.232 0.264 0.148 0.000 0.356
#> SRR490294 5 0.8340 -0.14655 0.152 0.296 0.212 0.000 0.340
#> SRR490295 5 0.8278 0.03117 0.276 0.288 0.120 0.000 0.316
#> SRR490296 4 0.5370 0.60136 0.272 0.024 0.032 0.664 0.008
#> SRR490297 4 0.4241 0.71062 0.176 0.016 0.020 0.780 0.008
#> SRR490298 4 0.4243 0.69824 0.180 0.008 0.028 0.776 0.008
#> SRR490299 4 0.4495 0.70155 0.176 0.016 0.032 0.768 0.008
#> SRR490300 5 0.7936 0.10130 0.192 0.156 0.188 0.000 0.464
#> SRR490301 5 0.7586 0.07496 0.128 0.148 0.216 0.000 0.508
#> SRR490302 5 0.7560 0.17937 0.204 0.100 0.192 0.000 0.504
#> SRR490303 5 0.7346 0.09696 0.116 0.120 0.236 0.000 0.528
#> SRR490304 4 0.2550 0.75934 0.084 0.020 0.004 0.892 0.000
#> SRR490305 4 0.2300 0.76201 0.072 0.024 0.000 0.904 0.000
#> SRR490306 4 0.2270 0.76011 0.076 0.020 0.000 0.904 0.000
#> SRR490307 4 0.3209 0.74844 0.120 0.028 0.000 0.848 0.004
#> SRR490308 5 0.9024 -0.09375 0.200 0.264 0.188 0.028 0.320
#> SRR490309 4 0.9365 -0.25589 0.280 0.148 0.100 0.336 0.136
#> SRR490310 2 0.9451 -0.22247 0.088 0.332 0.140 0.212 0.228
#> SRR490311 2 0.8835 -0.31532 0.156 0.352 0.160 0.032 0.300
#> SRR490312 2 0.5956 0.27255 0.004 0.516 0.404 0.064 0.012
#> SRR490313 2 0.6103 0.29191 0.004 0.524 0.388 0.064 0.020
#> SRR490314 2 0.5773 0.36368 0.004 0.560 0.368 0.056 0.012
#> SRR490315 2 0.6059 0.39062 0.004 0.560 0.348 0.068 0.020
#> SRR490316 2 0.5944 0.39131 0.048 0.676 0.204 0.012 0.060
#> SRR490317 2 0.6494 -0.01714 0.040 0.536 0.352 0.008 0.064
#> SRR490318 2 0.5891 0.44407 0.048 0.684 0.204 0.024 0.040
#> SRR490319 2 0.5070 0.59864 0.028 0.764 0.136 0.040 0.032
#> SRR490320 3 0.7690 0.50731 0.244 0.128 0.484 0.000 0.144
#> SRR490321 3 0.7938 0.49554 0.272 0.164 0.456 0.008 0.100
#> SRR490322 3 0.7561 0.45769 0.288 0.096 0.472 0.000 0.144
#> SRR490323 3 0.7638 0.51730 0.232 0.132 0.496 0.000 0.140
#> SRR490324 3 0.7556 0.55711 0.224 0.088 0.524 0.008 0.156
#> SRR490325 3 0.8343 0.53324 0.276 0.148 0.412 0.012 0.152
#> SRR490326 3 0.7905 0.54794 0.272 0.124 0.456 0.004 0.144
#> SRR490327 3 0.7671 0.52807 0.284 0.100 0.476 0.004 0.136
#> SRR490328 4 0.7136 0.35473 0.220 0.004 0.164 0.552 0.060
#> SRR490329 4 0.7697 -0.04088 0.372 0.008 0.156 0.400 0.064
#> SRR490330 4 0.6666 0.41532 0.188 0.000 0.164 0.596 0.052
#> SRR490331 4 0.5350 0.62957 0.068 0.016 0.152 0.736 0.028
#> SRR490332 1 0.6741 0.39280 0.632 0.208 0.052 0.060 0.048
#> SRR490333 1 0.6610 0.43178 0.656 0.156 0.036 0.108 0.044
#> SRR490334 1 0.7692 0.21961 0.544 0.232 0.092 0.092 0.040
#> SRR490335 1 0.7182 0.41682 0.632 0.116 0.112 0.060 0.080
#> SRR490336 4 0.5460 0.66717 0.148 0.048 0.060 0.732 0.012
#> SRR490337 4 0.2178 0.76307 0.048 0.024 0.008 0.920 0.000
#> SRR490338 4 0.4380 0.72305 0.128 0.032 0.028 0.800 0.012
#> SRR490339 4 0.4711 0.70503 0.160 0.024 0.036 0.768 0.012
#> SRR490340 1 0.6344 0.43330 0.684 0.132 0.060 0.028 0.096
#> SRR490341 1 0.7040 0.30781 0.584 0.216 0.104 0.008 0.088
#> SRR490342 1 0.6789 0.33974 0.616 0.172 0.092 0.004 0.116
#> SRR490343 2 0.7264 -0.12684 0.404 0.440 0.056 0.020 0.080
#> SRR490344 2 0.5530 0.42634 0.000 0.604 0.328 0.052 0.016
#> SRR490345 2 0.5288 0.53920 0.000 0.664 0.260 0.064 0.012
#> SRR490346 2 0.5515 0.43595 0.000 0.608 0.324 0.052 0.016
#> SRR490347 2 0.5446 0.51380 0.000 0.632 0.288 0.072 0.008
#> SRR490348 4 0.4666 0.41927 0.000 0.284 0.040 0.676 0.000
#> SRR490349 4 0.4687 0.33812 0.000 0.336 0.028 0.636 0.000
#> SRR490350 4 0.4825 0.10367 0.000 0.408 0.024 0.568 0.000
#> SRR490351 4 0.4546 0.40034 0.000 0.304 0.028 0.668 0.000
#> SRR490352 4 0.4101 0.29980 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR490353 4 0.3796 0.46118 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR490354 4 0.4341 0.18445 0.000 0.404 0.004 0.592 0.000
#> SRR490355 4 0.4383 0.11175 0.000 0.424 0.004 0.572 0.000
#> SRR490356 2 0.2737 0.69253 0.004 0.900 0.040 0.040 0.016
#> SRR490357 2 0.2555 0.70640 0.000 0.904 0.028 0.052 0.016
#> SRR490358 2 0.2702 0.69559 0.008 0.904 0.032 0.040 0.016
#> SRR490359 2 0.2911 0.69787 0.004 0.892 0.040 0.044 0.020
#> SRR490360 2 0.4825 0.41213 0.000 0.568 0.024 0.408 0.000
#> SRR490361 4 0.4304 -0.10573 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR490362 2 0.4464 0.39882 0.000 0.584 0.008 0.408 0.000
#> SRR490363 2 0.4192 0.41507 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR490364 2 0.3191 0.72244 0.000 0.868 0.040 0.076 0.016
#> SRR490365 2 0.3310 0.72677 0.000 0.860 0.040 0.084 0.016
#> SRR490366 2 0.3297 0.72476 0.000 0.860 0.048 0.080 0.012
#> SRR490367 2 0.3528 0.72447 0.000 0.848 0.052 0.084 0.016
#> SRR490368 2 0.3123 0.73447 0.000 0.812 0.004 0.184 0.000
#> SRR490369 2 0.3231 0.72932 0.000 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR490370 2 0.3231 0.72925 0.000 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR490371 2 0.3266 0.72832 0.000 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR490372 3 0.7028 0.50526 0.044 0.160 0.560 0.008 0.228
#> SRR490373 3 0.7403 0.53802 0.036 0.188 0.556 0.036 0.184
#> SRR490374 3 0.6880 0.52856 0.040 0.168 0.580 0.008 0.204
#> SRR490375 3 0.6961 0.51418 0.040 0.172 0.568 0.008 0.212
#> SRR490376 2 0.6674 0.41289 0.000 0.488 0.300 0.204 0.008
#> SRR490377 2 0.6875 0.38908 0.000 0.448 0.276 0.268 0.008
#> SRR490378 2 0.6842 0.31828 0.000 0.408 0.212 0.372 0.008
#> SRR490379 4 0.6949 -0.30825 0.000 0.368 0.244 0.380 0.008
#> SRR490380 3 0.7035 0.53455 0.028 0.264 0.536 0.012 0.160
#> SRR490381 3 0.9003 0.44786 0.036 0.160 0.360 0.220 0.224
#> SRR490382 5 0.7921 -0.35696 0.048 0.056 0.372 0.104 0.420
#> SRR490383 2 0.8514 -0.03178 0.028 0.428 0.252 0.128 0.164
#> SRR490384 2 0.3495 0.73953 0.000 0.812 0.028 0.160 0.000
#> SRR490385 2 0.3280 0.73565 0.000 0.812 0.012 0.176 0.000
#> SRR490386 2 0.3454 0.73916 0.000 0.816 0.028 0.156 0.000
#> SRR490387 2 0.3098 0.74074 0.000 0.836 0.016 0.148 0.000
#> SRR490388 2 0.2331 0.72957 0.000 0.900 0.020 0.080 0.000
#> SRR490389 2 0.2233 0.72979 0.000 0.904 0.016 0.080 0.000
#> SRR490390 2 0.2362 0.72749 0.000 0.900 0.024 0.076 0.000
#> SRR490391 2 0.2293 0.73107 0.000 0.900 0.016 0.084 0.000
#> SRR490392 2 0.3700 0.70338 0.000 0.752 0.008 0.240 0.000
#> SRR490393 2 0.2890 0.73974 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR490394 2 0.3741 0.67830 0.000 0.732 0.004 0.264 0.000
#> SRR490395 2 0.3196 0.73225 0.000 0.804 0.004 0.192 0.000
#> SRR490396 2 0.2193 0.73437 0.000 0.900 0.008 0.092 0.000
#> SRR490397 2 0.2249 0.73553 0.000 0.896 0.008 0.096 0.000
#> SRR490398 2 0.2286 0.73784 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR490399 2 0.2233 0.73724 0.000 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR490400 2 0.2753 0.74081 0.000 0.856 0.008 0.136 0.000
#> SRR490401 2 0.2753 0.74081 0.000 0.856 0.008 0.136 0.000
#> SRR490402 2 0.2674 0.74048 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR490403 2 0.2674 0.74048 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR490404 2 0.1670 0.71292 0.000 0.936 0.012 0.052 0.000
#> SRR490405 2 0.1857 0.71989 0.000 0.928 0.008 0.060 0.004
#> SRR490406 2 0.1857 0.71989 0.000 0.928 0.008 0.060 0.004
#> SRR490407 2 0.1502 0.71698 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR490408 4 0.0510 0.76186 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490409 4 0.0510 0.76186 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490410 4 0.0510 0.76186 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490411 4 0.0510 0.76186 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490412 2 0.8029 0.25970 0.116 0.552 0.152 0.112 0.068
#> SRR490413 1 0.8827 -0.32457 0.352 0.204 0.268 0.024 0.152
#> SRR490414 3 0.8602 0.59309 0.144 0.164 0.492 0.108 0.092
#> SRR490415 3 0.8316 0.51958 0.068 0.072 0.496 0.164 0.200
#> SRR490416 1 0.4795 0.50367 0.744 0.000 0.008 0.148 0.100
#> SRR490417 1 0.4413 0.49870 0.776 0.016 0.004 0.164 0.040
#> SRR490418 1 0.4834 0.43129 0.692 0.004 0.004 0.260 0.040
#> SRR490419 1 0.4305 0.46379 0.744 0.000 0.004 0.216 0.036
#> SRR490420 1 0.2800 0.51754 0.876 0.008 0.004 0.008 0.104
#> SRR490421 1 0.3069 0.51379 0.848 0.008 0.004 0.004 0.136
#> SRR490422 1 0.3348 0.50305 0.836 0.012 0.004 0.008 0.140
#> SRR490423 1 0.3316 0.50890 0.840 0.008 0.008 0.008 0.136
#> SRR490424 1 0.6264 0.20757 0.568 0.004 0.156 0.004 0.268
#> SRR490425 1 0.6504 0.14441 0.532 0.004 0.184 0.004 0.276
#> SRR490426 1 0.6237 0.17942 0.564 0.004 0.144 0.004 0.284
#> SRR490427 1 0.6330 0.21753 0.564 0.004 0.172 0.004 0.256
#> SRR490428 1 0.4686 0.26601 0.636 0.004 0.008 0.008 0.344
#> SRR490429 1 0.4370 0.37327 0.700 0.004 0.012 0.004 0.280
#> SRR490430 1 0.4588 0.35286 0.680 0.008 0.008 0.008 0.296
#> SRR490431 1 0.4692 0.33400 0.672 0.004 0.016 0.008 0.300
#> SRR490432 1 0.4428 0.33986 0.692 0.000 0.020 0.004 0.284
#> SRR490433 1 0.4518 0.28754 0.660 0.000 0.004 0.016 0.320
#> SRR490434 1 0.3914 0.44143 0.760 0.000 0.004 0.016 0.220
#> SRR490435 1 0.3883 0.44329 0.764 0.000 0.004 0.016 0.216
#> SRR490436 1 0.6135 -0.21234 0.484 0.068 0.024 0.000 0.424
#> SRR490437 1 0.6260 -0.22950 0.468 0.056 0.040 0.000 0.436
#> SRR490438 5 0.6216 0.27492 0.440 0.068 0.028 0.000 0.464
#> SRR490439 5 0.5751 0.29513 0.448 0.044 0.020 0.000 0.488
#> SRR490440 4 0.0290 0.76254 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR490441 4 0.0290 0.76254 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR490442 4 0.0510 0.76186 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490443 4 0.0404 0.76232 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490444 4 0.0693 0.76296 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR490445 4 0.0671 0.76120 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490446 4 0.0798 0.76256 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR490447 4 0.0798 0.76228 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR490448 1 0.3446 0.52573 0.840 0.000 0.008 0.036 0.116
#> SRR490449 1 0.3368 0.53365 0.856 0.004 0.008 0.040 0.092
#> SRR490450 1 0.3187 0.53363 0.860 0.000 0.008 0.036 0.096
#> SRR490451 1 0.4138 0.53070 0.808 0.008 0.004 0.084 0.096
#> SRR490452 1 0.3063 0.53030 0.864 0.000 0.012 0.020 0.104
#> SRR490453 1 0.2297 0.53214 0.912 0.000 0.008 0.020 0.060
#> SRR490454 1 0.2811 0.52538 0.876 0.000 0.012 0.012 0.100
#> SRR490455 1 0.2589 0.52847 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR490456 1 0.4288 0.39017 0.720 0.008 0.000 0.016 0.256
#> SRR490457 1 0.3967 0.45567 0.772 0.000 0.008 0.020 0.200
#> SRR490458 1 0.4520 0.33414 0.680 0.000 0.008 0.016 0.296
#> SRR490459 1 0.4499 0.34147 0.684 0.000 0.008 0.016 0.292
#> SRR490460 1 0.3873 0.45449 0.768 0.008 0.000 0.012 0.212
#> SRR490461 1 0.4122 0.30792 0.688 0.004 0.000 0.004 0.304
#> SRR490462 1 0.3163 0.52010 0.848 0.012 0.000 0.012 0.128
#> SRR490463 1 0.3055 0.50921 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144
#> SRR490464 3 0.9326 0.35523 0.256 0.152 0.332 0.068 0.192
#> SRR490465 3 0.9198 0.53740 0.116 0.148 0.416 0.184 0.136
#> SRR490466 3 0.9038 0.50081 0.244 0.104 0.408 0.144 0.100
#> SRR490467 3 0.9167 0.54240 0.092 0.176 0.412 0.176 0.144
#> SRR490468 1 0.5819 0.25008 0.608 0.088 0.004 0.008 0.292
#> SRR490469 1 0.5606 0.10698 0.564 0.072 0.004 0.000 0.360
#> SRR490470 1 0.5726 0.04861 0.548 0.080 0.004 0.000 0.368
#> SRR490471 1 0.5619 0.16714 0.584 0.080 0.004 0.000 0.332
#> SRR490472 4 0.0727 0.76290 0.004 0.012 0.004 0.980 0.000
#> SRR490473 4 0.0671 0.76291 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR490474 4 0.0566 0.76312 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> SRR490475 4 0.0671 0.76292 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR490476 2 0.9894 -0.52576 0.156 0.244 0.240 0.164 0.196
#> SRR490477 3 0.9459 0.47577 0.120 0.236 0.352 0.128 0.164
#> SRR490478 3 0.9851 0.38489 0.148 0.236 0.260 0.156 0.200
#> SRR490479 3 0.9374 0.48251 0.104 0.264 0.348 0.140 0.144
#> SRR490480 4 0.3895 0.57084 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR490481 4 0.4218 0.56096 0.332 0.008 0.000 0.660 0.000
#> SRR490482 4 0.4135 0.55297 0.340 0.004 0.000 0.656 0.000
#> SRR490483 4 0.4066 0.58024 0.324 0.004 0.000 0.672 0.000
#> SRR490484 4 0.4273 0.32452 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR490485 4 0.3561 0.64772 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR490486 4 0.3491 0.67864 0.228 0.004 0.000 0.768 0.000
#> SRR490487 4 0.4276 0.47306 0.380 0.004 0.000 0.616 0.000
#> SRR490488 4 0.2471 0.72490 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR490489 4 0.2471 0.72517 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR490490 4 0.3196 0.69496 0.192 0.000 0.004 0.804 0.000
#> SRR490491 4 0.2674 0.72414 0.140 0.000 0.004 0.856 0.000
#> SRR490492 4 0.4913 0.20067 0.488 0.012 0.008 0.492 0.000
#> SRR490493 1 0.4837 0.00892 0.556 0.016 0.004 0.424 0.000
#> SRR490494 1 0.4743 -0.16060 0.512 0.016 0.000 0.472 0.000
#> SRR490495 1 0.4572 -0.07626 0.540 0.004 0.004 0.452 0.000
#> SRR490496 4 0.3861 0.64622 0.264 0.008 0.000 0.728 0.000
#> SRR490497 4 0.3916 0.65271 0.256 0.012 0.000 0.732 0.000
#> SRR490498 4 0.4016 0.63893 0.272 0.012 0.000 0.716 0.000
#> SRR490499 4 0.3835 0.65344 0.260 0.008 0.000 0.732 0.000
#> SRR490500 1 0.5938 0.43488 0.688 0.176 0.012 0.080 0.044
#> SRR490501 1 0.6212 0.35945 0.628 0.252 0.008 0.064 0.048
#> SRR490502 1 0.5880 0.45102 0.700 0.152 0.008 0.076 0.064
#> SRR490503 1 0.6358 0.38744 0.644 0.220 0.020 0.048 0.068
#> SRR490504 4 0.0671 0.76114 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR490505 4 0.0671 0.76081 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR490506 4 0.0510 0.76186 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490507 4 0.0671 0.76291 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR490508 4 0.0671 0.76201 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490509 4 0.0693 0.76335 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR490510 4 0.0451 0.76278 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR490511 4 0.0693 0.76335 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR490512 4 0.2674 0.72136 0.140 0.004 0.000 0.856 0.000
#> SRR490513 4 0.3160 0.69989 0.188 0.004 0.000 0.808 0.000
#> SRR490514 4 0.3491 0.67291 0.228 0.004 0.000 0.768 0.000
#> SRR490515 4 0.3491 0.66874 0.228 0.004 0.000 0.768 0.000
#> SRR490516 4 0.2077 0.75202 0.084 0.008 0.000 0.908 0.000
#> SRR490517 4 0.2136 0.74735 0.088 0.008 0.000 0.904 0.000
#> SRR490518 4 0.2069 0.75588 0.076 0.012 0.000 0.912 0.000
#> SRR490519 4 0.2069 0.75756 0.076 0.012 0.000 0.912 0.000
#> SRR490520 4 0.1704 0.74823 0.068 0.004 0.000 0.928 0.000
#> SRR490521 4 0.2011 0.74617 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> SRR490522 4 0.1638 0.75041 0.064 0.004 0.000 0.932 0.000
#> SRR490523 4 0.1831 0.74606 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000
#> SRR490524 4 0.4173 0.60501 0.300 0.012 0.000 0.688 0.000
#> SRR490525 4 0.3942 0.64926 0.260 0.012 0.000 0.728 0.000
#> SRR490526 4 0.3779 0.67282 0.236 0.012 0.000 0.752 0.000
#> SRR490527 4 0.4380 0.64009 0.260 0.032 0.000 0.708 0.000
#> SRR490528 4 0.3530 0.69356 0.204 0.012 0.000 0.784 0.000
#> SRR490529 4 0.3849 0.67265 0.232 0.016 0.000 0.752 0.000
#> SRR490530 4 0.3203 0.71878 0.168 0.012 0.000 0.820 0.000
#> SRR490531 4 0.3462 0.69863 0.196 0.012 0.000 0.792 0.000
#> SRR490532 1 0.4917 0.43854 0.728 0.012 0.020 0.212 0.028
#> SRR490533 1 0.5384 0.39473 0.692 0.012 0.036 0.232 0.028
#> SRR490534 1 0.4149 0.50626 0.816 0.016 0.016 0.116 0.036
#> SRR490535 1 0.4691 0.45709 0.756 0.012 0.024 0.184 0.024
#> SRR490536 4 0.0290 0.76254 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR490537 4 0.0579 0.76348 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR490538 4 0.0451 0.76296 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR490539 4 0.0290 0.76254 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR490540 4 0.0671 0.76081 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR490541 4 0.0865 0.76016 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR490542 4 0.0671 0.76081 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR490543 4 0.0671 0.76081 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR490544 4 0.3752 0.51731 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR490545 4 0.3242 0.61959 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR490546 4 0.3999 0.41277 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR490547 4 0.3796 0.50374 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR490548 2 0.3983 0.71244 0.008 0.760 0.008 0.220 0.004
#> SRR490549 2 0.3889 0.69789 0.004 0.748 0.004 0.240 0.004
#> SRR490550 2 0.4253 0.54676 0.004 0.660 0.000 0.332 0.004
#> SRR490551 2 0.4111 0.63956 0.004 0.708 0.008 0.280 0.000
#> SRR490552 4 0.2966 0.65245 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR490553 4 0.3480 0.56646 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR490554 4 0.3274 0.61272 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR490555 4 0.3039 0.64463 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR490556 2 0.4319 0.70810 0.008 0.748 0.012 0.220 0.012
#> SRR490557 2 0.4159 0.65683 0.008 0.716 0.008 0.268 0.000
#> SRR490558 2 0.4329 0.69551 0.012 0.736 0.008 0.236 0.008
#> SRR490559 2 0.4091 0.70877 0.008 0.756 0.012 0.220 0.004
#> SRR490560 4 0.4084 0.44992 0.004 0.328 0.000 0.668 0.000
#> SRR490561 4 0.4375 0.22020 0.004 0.420 0.000 0.576 0.000
#> SRR490562 4 0.4118 0.43456 0.004 0.336 0.000 0.660 0.000
#> SRR490563 4 0.4425 0.10476 0.004 0.452 0.000 0.544 0.000
#> SRR490564 2 0.3671 0.70741 0.024 0.860 0.032 0.056 0.028
#> SRR490565 2 0.3572 0.71966 0.024 0.860 0.028 0.072 0.016
#> SRR490566 2 0.3825 0.70621 0.028 0.852 0.028 0.060 0.032
#> SRR490567 2 0.3606 0.71738 0.024 0.860 0.028 0.068 0.020
#> SRR490568 4 0.0566 0.76175 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR490569 4 0.0693 0.76072 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR490570 4 0.0566 0.76175 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR490571 4 0.0566 0.76175 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR490572 4 0.0955 0.75813 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR490573 4 0.0955 0.75813 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR490574 4 0.0955 0.75813 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR490575 4 0.0955 0.75813 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR490576 4 0.4161 0.29955 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR490577 4 0.4030 0.39286 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR490578 4 0.4235 0.20301 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR490579 4 0.4210 0.24009 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR490580 2 0.3681 0.73106 0.008 0.796 0.004 0.184 0.008
#> SRR490581 2 0.3373 0.73609 0.008 0.816 0.000 0.168 0.008
#> SRR490582 2 0.3631 0.72808 0.008 0.792 0.004 0.192 0.004
#> SRR490583 2 0.3675 0.71614 0.008 0.772 0.004 0.216 0.000
#> SRR490584 4 0.4306 -0.06744 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR490585 4 0.4030 0.39082 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR490586 4 0.4235 0.20408 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR490587 4 0.3966 0.42779 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR490588 2 0.3952 0.70449 0.004 0.752 0.008 0.232 0.004
#> SRR490589 2 0.3920 0.71691 0.008 0.768 0.008 0.212 0.004
#> SRR490590 2 0.4043 0.70614 0.008 0.752 0.008 0.228 0.004
#> SRR490591 2 0.4013 0.70942 0.008 0.756 0.008 0.224 0.004
#> SRR490592 2 0.3398 0.71896 0.000 0.780 0.004 0.216 0.000
#> SRR490593 2 0.3003 0.73236 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR490594 2 0.3578 0.72476 0.008 0.784 0.004 0.204 0.000
#> SRR490595 2 0.3366 0.72039 0.004 0.784 0.000 0.212 0.000
#> SRR490596 2 0.3030 0.73118 0.016 0.876 0.008 0.088 0.012
#> SRR490597 2 0.3084 0.73043 0.016 0.876 0.012 0.084 0.012
#> SRR490598 2 0.3238 0.73191 0.020 0.864 0.008 0.096 0.012
#> SRR490599 2 0.3448 0.73373 0.020 0.848 0.008 0.112 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 3 0.6197 0.111835 0.008 0.364 0.504 0.052 0.004 0.068
#> SRR490217 2 0.6554 0.255970 0.012 0.476 0.364 0.064 0.004 0.080
#> SRR490218 3 0.6360 -0.060047 0.016 0.408 0.448 0.048 0.000 0.080
#> SRR490219 2 0.5844 0.229517 0.012 0.492 0.404 0.032 0.000 0.060
#> SRR490220 5 0.5606 0.499638 0.032 0.092 0.040 0.000 0.684 0.152
#> SRR490221 2 0.6693 0.123137 0.024 0.484 0.076 0.016 0.360 0.040
#> SRR490222 2 0.7048 -0.113902 0.036 0.420 0.052 0.004 0.384 0.104
#> SRR490223 2 0.7146 -0.177400 0.016 0.400 0.084 0.004 0.380 0.116
#> SRR490224 5 0.5688 0.508193 0.076 0.004 0.076 0.000 0.644 0.200
#> SRR490225 5 0.5903 0.467976 0.064 0.004 0.100 0.000 0.616 0.216
#> SRR490226 5 0.5972 0.442182 0.060 0.008 0.104 0.000 0.616 0.212
#> SRR490227 5 0.5771 0.491461 0.068 0.008 0.076 0.000 0.636 0.212
#> SRR490228 6 0.5984 0.428272 0.076 0.016 0.116 0.000 0.144 0.648
#> SRR490229 6 0.6053 0.429254 0.072 0.020 0.120 0.000 0.144 0.644
#> SRR490230 6 0.6128 0.425782 0.080 0.016 0.116 0.000 0.156 0.632
#> SRR490231 6 0.6204 0.429511 0.084 0.016 0.116 0.000 0.160 0.624
#> SRR490232 5 0.4127 0.654656 0.068 0.004 0.036 0.000 0.792 0.100
#> SRR490233 5 0.4099 0.636047 0.040 0.004 0.052 0.000 0.792 0.112
#> SRR490234 5 0.3706 0.665300 0.068 0.004 0.032 0.000 0.824 0.072
#> SRR490235 5 0.3695 0.655225 0.052 0.000 0.044 0.000 0.820 0.084
#> SRR490236 6 0.5078 0.459274 0.028 0.028 0.048 0.000 0.192 0.704
#> SRR490237 6 0.5156 0.457120 0.044 0.028 0.036 0.000 0.192 0.700
#> SRR490238 6 0.5034 0.458126 0.028 0.024 0.052 0.000 0.188 0.708
#> SRR490239 6 0.5088 0.458274 0.040 0.024 0.044 0.000 0.184 0.708
#> SRR490240 5 0.3053 0.655281 0.036 0.004 0.008 0.000 0.852 0.100
#> SRR490241 5 0.2644 0.666176 0.028 0.012 0.004 0.000 0.884 0.072
#> SRR490242 5 0.2189 0.670188 0.032 0.004 0.000 0.000 0.904 0.060
#> SRR490243 5 0.2588 0.670500 0.040 0.008 0.004 0.000 0.888 0.060
#> SRR490244 3 0.7277 0.216864 0.152 0.008 0.480 0.004 0.136 0.220
#> SRR490245 1 0.7173 -0.122205 0.408 0.000 0.332 0.008 0.156 0.096
#> SRR490246 3 0.7549 0.196846 0.104 0.024 0.476 0.008 0.184 0.204
#> SRR490247 3 0.8274 0.257705 0.288 0.056 0.360 0.012 0.184 0.100
#> SRR490248 2 0.5466 0.381624 0.008 0.568 0.352 0.032 0.004 0.036
#> SRR490249 2 0.5474 0.437814 0.008 0.596 0.316 0.032 0.004 0.044
#> SRR490250 2 0.5407 0.419282 0.008 0.588 0.332 0.032 0.004 0.036
#> SRR490251 2 0.5448 0.476556 0.008 0.616 0.292 0.040 0.004 0.040
#> SRR490252 2 0.4833 0.434289 0.024 0.656 0.012 0.016 0.288 0.004
#> SRR490253 2 0.4747 0.463303 0.024 0.676 0.016 0.008 0.268 0.008
#> SRR490254 2 0.3570 0.655123 0.016 0.820 0.008 0.016 0.132 0.008
#> SRR490255 2 0.3554 0.652211 0.020 0.812 0.004 0.016 0.144 0.004
#> SRR490256 5 0.3831 0.666417 0.100 0.020 0.016 0.000 0.816 0.048
#> SRR490257 5 0.3914 0.669597 0.088 0.024 0.020 0.000 0.816 0.052
#> SRR490258 5 0.3889 0.665051 0.080 0.028 0.020 0.000 0.820 0.052
#> SRR490259 5 0.3969 0.660588 0.124 0.004 0.012 0.000 0.788 0.072
#> SRR490260 5 0.5002 0.631260 0.172 0.004 0.044 0.000 0.708 0.072
#> SRR490261 5 0.5051 0.611846 0.188 0.000 0.036 0.000 0.688 0.088
#> SRR490262 5 0.5001 0.626843 0.180 0.004 0.040 0.000 0.704 0.072
#> SRR490263 5 0.5250 0.608744 0.192 0.004 0.044 0.000 0.680 0.080
#> SRR490264 5 0.6326 0.492336 0.112 0.008 0.124 0.000 0.604 0.152
#> SRR490265 5 0.5974 0.521795 0.104 0.008 0.116 0.000 0.644 0.128
#> SRR490266 5 0.6181 0.492315 0.100 0.008 0.128 0.000 0.620 0.144
#> SRR490267 5 0.6152 0.506438 0.112 0.008 0.112 0.000 0.624 0.144
#> SRR490268 5 0.3952 0.665902 0.104 0.008 0.016 0.000 0.800 0.072
#> SRR490269 5 0.3665 0.667738 0.104 0.008 0.016 0.000 0.820 0.052
#> SRR490270 5 0.3887 0.668161 0.108 0.008 0.016 0.000 0.804 0.064
#> SRR490271 5 0.3093 0.671572 0.092 0.004 0.008 0.000 0.852 0.044
#> SRR490272 5 0.3866 0.661684 0.100 0.020 0.024 0.000 0.816 0.040
#> SRR490273 5 0.3733 0.665311 0.108 0.008 0.020 0.000 0.816 0.048
#> SRR490274 5 0.3495 0.666254 0.088 0.008 0.020 0.000 0.836 0.048
#> SRR490275 5 0.3674 0.664220 0.096 0.008 0.024 0.000 0.824 0.048
#> SRR490276 5 0.5812 0.489109 0.072 0.044 0.040 0.000 0.660 0.184
#> SRR490277 5 0.5781 0.498720 0.068 0.044 0.036 0.000 0.656 0.196
#> SRR490278 5 0.5566 0.539312 0.068 0.052 0.036 0.000 0.692 0.152
#> SRR490279 5 0.5639 0.515501 0.068 0.044 0.036 0.000 0.676 0.176
#> SRR490280 3 0.5711 0.292878 0.020 0.112 0.676 0.032 0.008 0.152
#> SRR490281 3 0.5629 0.293342 0.020 0.104 0.684 0.032 0.008 0.152
#> SRR490282 3 0.5641 0.291045 0.020 0.112 0.680 0.028 0.008 0.152
#> SRR490283 3 0.5670 0.292654 0.020 0.108 0.680 0.032 0.008 0.152
#> SRR490284 3 0.6629 0.272406 0.092 0.004 0.528 0.008 0.088 0.280
#> SRR490285 3 0.6855 0.275714 0.128 0.004 0.484 0.000 0.104 0.280
#> SRR490286 3 0.6601 0.264124 0.088 0.008 0.508 0.000 0.096 0.300
#> SRR490287 3 0.6753 0.277905 0.124 0.004 0.488 0.000 0.092 0.292
#> SRR490288 1 0.7348 0.038063 0.392 0.004 0.280 0.004 0.236 0.084
#> SRR490289 1 0.7563 0.068677 0.368 0.004 0.252 0.008 0.272 0.096
#> SRR490290 1 0.6861 0.362903 0.576 0.012 0.156 0.028 0.168 0.060
#> SRR490291 1 0.7200 -0.103761 0.368 0.000 0.304 0.000 0.236 0.092
#> SRR490292 6 0.8194 0.296937 0.188 0.252 0.088 0.000 0.096 0.376
#> SRR490293 6 0.8066 0.293447 0.180 0.284 0.056 0.000 0.116 0.364
#> SRR490294 6 0.7997 0.302823 0.152 0.284 0.084 0.000 0.088 0.392
#> SRR490295 6 0.8252 0.230147 0.252 0.264 0.064 0.000 0.108 0.312
#> SRR490296 4 0.5492 0.532824 0.268 0.008 0.052 0.632 0.008 0.032
#> SRR490297 4 0.4786 0.629830 0.224 0.012 0.028 0.704 0.004 0.028
#> SRR490298 4 0.5158 0.623172 0.204 0.012 0.048 0.696 0.008 0.032
#> SRR490299 4 0.5113 0.621817 0.220 0.016 0.044 0.688 0.004 0.028
#> SRR490300 6 0.6981 0.406642 0.148 0.136 0.044 0.004 0.092 0.576
#> SRR490301 6 0.6298 0.458105 0.112 0.104 0.036 0.004 0.096 0.648
#> SRR490302 6 0.6101 0.457500 0.128 0.076 0.032 0.000 0.112 0.652
#> SRR490303 6 0.5992 0.459971 0.096 0.088 0.044 0.000 0.100 0.672
#> SRR490304 4 0.2806 0.757396 0.084 0.028 0.004 0.872 0.000 0.012
#> SRR490305 4 0.2487 0.762406 0.068 0.028 0.004 0.892 0.000 0.008
#> SRR490306 4 0.2613 0.761394 0.056 0.028 0.008 0.892 0.000 0.016
#> SRR490307 4 0.3436 0.740329 0.120 0.028 0.008 0.828 0.000 0.016
#> SRR490308 6 0.8731 0.258042 0.216 0.216 0.052 0.020 0.176 0.320
#> SRR490309 1 0.9577 -0.086196 0.232 0.184 0.068 0.220 0.196 0.100
#> SRR490310 2 0.9535 -0.417337 0.060 0.256 0.120 0.172 0.164 0.228
#> SRR490311 6 0.8499 0.278062 0.168 0.264 0.052 0.028 0.116 0.372
#> SRR490312 2 0.6453 0.208095 0.008 0.472 0.372 0.052 0.004 0.092
#> SRR490313 2 0.6354 0.168791 0.008 0.460 0.396 0.048 0.004 0.084
#> SRR490314 2 0.6098 0.249021 0.008 0.500 0.368 0.044 0.000 0.080
#> SRR490315 2 0.6013 0.281683 0.008 0.508 0.368 0.044 0.000 0.072
#> SRR490316 2 0.6847 0.079156 0.076 0.496 0.328 0.008 0.032 0.060
#> SRR490317 3 0.6798 0.161798 0.060 0.396 0.444 0.012 0.028 0.060
#> SRR490318 2 0.6288 0.286730 0.048 0.568 0.292 0.012 0.020 0.060
#> SRR490319 2 0.6409 0.369604 0.044 0.592 0.256 0.020 0.036 0.052
#> SRR490320 3 0.7372 0.347439 0.220 0.060 0.512 0.004 0.068 0.136
#> SRR490321 3 0.7270 0.352793 0.232 0.060 0.520 0.004 0.068 0.116
#> SRR490322 3 0.7108 0.350309 0.224 0.036 0.532 0.004 0.080 0.124
#> SRR490323 3 0.7386 0.349758 0.220 0.060 0.512 0.004 0.072 0.132
#> SRR490324 3 0.7320 0.365716 0.236 0.048 0.496 0.000 0.080 0.140
#> SRR490325 3 0.7484 0.351022 0.272 0.052 0.456 0.000 0.076 0.144
#> SRR490326 3 0.7578 0.359415 0.264 0.056 0.460 0.004 0.068 0.148
#> SRR490327 3 0.7298 0.355494 0.252 0.040 0.480 0.000 0.072 0.156
#> SRR490328 4 0.7475 0.143385 0.200 0.008 0.248 0.456 0.044 0.044
#> SRR490329 4 0.8282 -0.284187 0.276 0.004 0.264 0.300 0.096 0.060
#> SRR490330 4 0.7530 0.216734 0.152 0.008 0.232 0.488 0.072 0.048
#> SRR490331 4 0.6292 0.451973 0.080 0.012 0.236 0.604 0.024 0.044
#> SRR490332 1 0.6915 0.296340 0.568 0.240 0.044 0.036 0.072 0.040
#> SRR490333 1 0.7140 0.351088 0.584 0.164 0.044 0.112 0.064 0.032
#> SRR490334 1 0.8018 0.152738 0.484 0.228 0.104 0.068 0.060 0.056
#> SRR490335 1 0.7754 0.287684 0.548 0.112 0.136 0.048 0.072 0.084
#> SRR490336 4 0.6556 0.536868 0.196 0.056 0.096 0.608 0.016 0.028
#> SRR490337 4 0.3139 0.756731 0.068 0.036 0.024 0.864 0.004 0.004
#> SRR490338 4 0.5844 0.629787 0.152 0.040 0.076 0.684 0.016 0.032
#> SRR490339 4 0.5856 0.578711 0.200 0.028 0.088 0.648 0.004 0.032
#> SRR490340 1 0.7436 0.364450 0.556 0.160 0.060 0.020 0.104 0.100
#> SRR490341 1 0.7708 0.175612 0.488 0.240 0.088 0.012 0.080 0.092
#> SRR490342 1 0.7594 0.279606 0.524 0.200 0.072 0.016 0.092 0.096
#> SRR490343 2 0.7642 -0.124177 0.336 0.428 0.064 0.016 0.072 0.084
#> SRR490344 2 0.5409 0.372801 0.004 0.572 0.336 0.020 0.000 0.068
#> SRR490345 2 0.4848 0.481101 0.004 0.640 0.300 0.024 0.000 0.032
#> SRR490346 2 0.5762 0.370117 0.012 0.572 0.304 0.020 0.000 0.092
#> SRR490347 2 0.5068 0.436401 0.004 0.608 0.324 0.024 0.000 0.040
#> SRR490348 4 0.4995 0.455796 0.004 0.252 0.076 0.656 0.000 0.012
#> SRR490349 4 0.4858 0.401653 0.004 0.296 0.064 0.632 0.000 0.004
#> SRR490350 4 0.5172 0.172526 0.008 0.380 0.052 0.552 0.000 0.008
#> SRR490351 4 0.4814 0.456745 0.004 0.264 0.064 0.660 0.000 0.008
#> SRR490352 4 0.4357 0.298396 0.004 0.368 0.016 0.608 0.000 0.004
#> SRR490353 4 0.4114 0.475641 0.004 0.284 0.020 0.688 0.000 0.004
#> SRR490354 4 0.4568 0.210076 0.004 0.392 0.024 0.576 0.000 0.004
#> SRR490355 4 0.4443 0.185939 0.004 0.404 0.016 0.572 0.000 0.004
#> SRR490356 2 0.3340 0.693352 0.020 0.860 0.040 0.020 0.004 0.056
#> SRR490357 2 0.2612 0.720329 0.012 0.900 0.020 0.028 0.004 0.036
#> SRR490358 2 0.2813 0.706668 0.020 0.892 0.020 0.020 0.008 0.040
#> SRR490359 2 0.2636 0.714105 0.016 0.900 0.024 0.024 0.004 0.032
#> SRR490360 2 0.4854 0.554032 0.004 0.632 0.040 0.308 0.000 0.016
#> SRR490361 2 0.4748 0.230217 0.004 0.520 0.024 0.444 0.000 0.008
#> SRR490362 2 0.4520 0.354878 0.004 0.568 0.020 0.404 0.000 0.004
#> SRR490363 2 0.4447 0.428642 0.004 0.600 0.020 0.372 0.000 0.004
#> SRR490364 2 0.2828 0.724391 0.016 0.884 0.016 0.036 0.000 0.048
#> SRR490365 2 0.3074 0.720717 0.016 0.868 0.016 0.036 0.000 0.064
#> SRR490366 2 0.2900 0.728441 0.016 0.876 0.008 0.044 0.000 0.056
#> SRR490367 2 0.3144 0.721795 0.016 0.864 0.016 0.040 0.000 0.064
#> SRR490368 2 0.2393 0.741435 0.004 0.884 0.020 0.092 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.2563 0.739581 0.004 0.872 0.008 0.108 0.000 0.008
#> SRR490370 2 0.2163 0.741601 0.004 0.892 0.008 0.096 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.2386 0.739111 0.004 0.876 0.004 0.112 0.000 0.004
#> SRR490372 6 0.7235 0.184351 0.048 0.092 0.368 0.008 0.056 0.428
#> SRR490373 6 0.7326 0.130162 0.048 0.104 0.392 0.020 0.036 0.400
#> SRR490374 6 0.6973 0.152757 0.044 0.088 0.396 0.008 0.040 0.424
#> SRR490375 6 0.7133 0.165610 0.048 0.092 0.380 0.012 0.040 0.428
#> SRR490376 2 0.6569 0.321971 0.008 0.480 0.324 0.140 0.000 0.048
#> SRR490377 2 0.6810 0.256581 0.008 0.436 0.304 0.212 0.000 0.040
#> SRR490378 2 0.6953 0.196083 0.008 0.396 0.272 0.284 0.000 0.040
#> SRR490379 2 0.6953 0.176144 0.008 0.368 0.288 0.300 0.000 0.036
#> SRR490380 6 0.6625 0.005996 0.016 0.184 0.388 0.004 0.012 0.396
#> SRR490381 6 0.8403 0.219060 0.032 0.120 0.188 0.136 0.076 0.448
#> SRR490382 6 0.7578 0.222977 0.028 0.016 0.200 0.084 0.184 0.488
#> SRR490383 6 0.8678 0.149429 0.040 0.276 0.124 0.088 0.100 0.372
#> SRR490384 2 0.2903 0.739737 0.004 0.868 0.052 0.068 0.000 0.008
#> SRR490385 2 0.2794 0.740957 0.004 0.868 0.036 0.088 0.000 0.004
#> SRR490386 2 0.2563 0.741397 0.004 0.884 0.032 0.076 0.000 0.004
#> SRR490387 2 0.2718 0.741793 0.004 0.876 0.044 0.072 0.000 0.004
#> SRR490388 2 0.1793 0.732811 0.000 0.928 0.032 0.036 0.000 0.004
#> SRR490389 2 0.1649 0.732822 0.000 0.932 0.032 0.036 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.2168 0.730198 0.004 0.916 0.028 0.036 0.000 0.016
#> SRR490391 2 0.1492 0.733145 0.000 0.940 0.024 0.036 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.3306 0.732186 0.004 0.828 0.044 0.120 0.000 0.004
#> SRR490393 2 0.2519 0.741424 0.004 0.884 0.044 0.068 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.3366 0.729292 0.004 0.824 0.036 0.128 0.000 0.008
#> SRR490395 2 0.2492 0.739888 0.004 0.876 0.020 0.100 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.1155 0.734396 0.000 0.956 0.004 0.036 0.000 0.004
#> SRR490397 2 0.1297 0.735240 0.000 0.948 0.012 0.040 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.1265 0.736794 0.000 0.948 0.008 0.044 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.1442 0.735537 0.000 0.944 0.012 0.040 0.000 0.004
#> SRR490400 2 0.1951 0.740201 0.004 0.916 0.020 0.060 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.1972 0.739172 0.004 0.916 0.024 0.056 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.2126 0.741689 0.004 0.904 0.020 0.072 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.2152 0.741462 0.004 0.904 0.024 0.068 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.1338 0.732077 0.004 0.952 0.000 0.032 0.004 0.008
#> SRR490405 2 0.1557 0.733136 0.004 0.944 0.004 0.036 0.004 0.008
#> SRR490406 2 0.1557 0.733572 0.004 0.944 0.008 0.036 0.004 0.004
#> SRR490407 2 0.1514 0.733622 0.004 0.944 0.000 0.036 0.004 0.012
#> SRR490408 4 0.1116 0.764756 0.000 0.028 0.004 0.960 0.000 0.008
#> SRR490409 4 0.1116 0.764756 0.000 0.028 0.004 0.960 0.000 0.008
#> SRR490410 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490411 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490412 2 0.8173 0.219136 0.136 0.492 0.164 0.084 0.044 0.080
#> SRR490413 3 0.8781 0.217081 0.272 0.148 0.340 0.024 0.116 0.100
#> SRR490414 3 0.8343 0.278400 0.160 0.112 0.460 0.052 0.048 0.168
#> SRR490415 6 0.7694 -0.037725 0.032 0.028 0.368 0.136 0.056 0.380
#> SRR490416 1 0.5574 0.473353 0.648 0.000 0.008 0.132 0.184 0.028
#> SRR490417 1 0.5223 0.496010 0.696 0.012 0.004 0.128 0.144 0.016
#> SRR490418 1 0.5623 0.446638 0.612 0.000 0.012 0.252 0.108 0.016
#> SRR490419 1 0.5290 0.479948 0.668 0.004 0.008 0.196 0.112 0.012
#> SRR490420 1 0.4167 0.412730 0.708 0.004 0.000 0.012 0.256 0.020
#> SRR490421 1 0.4563 0.414636 0.692 0.004 0.008 0.012 0.256 0.028
#> SRR490422 1 0.4764 0.414531 0.680 0.008 0.004 0.012 0.256 0.040
#> SRR490423 1 0.4327 0.432183 0.720 0.004 0.004 0.016 0.232 0.024
#> SRR490424 1 0.6995 0.018363 0.464 0.004 0.068 0.008 0.296 0.160
#> SRR490425 1 0.7349 -0.018379 0.416 0.004 0.080 0.008 0.260 0.232
#> SRR490426 1 0.7212 -0.036216 0.428 0.004 0.072 0.008 0.292 0.196
#> SRR490427 1 0.7108 0.017881 0.456 0.004 0.080 0.008 0.292 0.160
#> SRR490428 5 0.5516 0.123104 0.444 0.004 0.020 0.016 0.484 0.032
#> SRR490429 1 0.5365 -0.019195 0.488 0.004 0.012 0.016 0.448 0.032
#> SRR490430 1 0.5311 -0.023404 0.492 0.004 0.012 0.020 0.448 0.024
#> SRR490431 5 0.4923 0.083278 0.476 0.004 0.008 0.008 0.484 0.020
#> SRR490432 5 0.5179 0.190596 0.444 0.000 0.024 0.012 0.500 0.020
#> SRR490433 5 0.5135 0.321108 0.372 0.004 0.016 0.020 0.572 0.016
#> SRR490434 1 0.5298 0.038837 0.500 0.004 0.012 0.028 0.440 0.016
#> SRR490435 1 0.5188 0.094855 0.532 0.004 0.008 0.020 0.412 0.024
#> SRR490436 5 0.6989 0.126836 0.380 0.056 0.016 0.000 0.392 0.156
#> SRR490437 1 0.7329 -0.074258 0.380 0.056 0.024 0.000 0.328 0.212
#> SRR490438 1 0.6825 -0.094250 0.404 0.052 0.008 0.000 0.372 0.164
#> SRR490439 5 0.6907 0.178725 0.372 0.040 0.020 0.000 0.404 0.164
#> SRR490440 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490441 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490442 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490443 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490444 4 0.1096 0.762123 0.020 0.004 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490445 4 0.0862 0.761243 0.016 0.000 0.004 0.972 0.000 0.008
#> SRR490446 4 0.0810 0.765137 0.004 0.008 0.004 0.976 0.000 0.008
#> SRR490447 4 0.0767 0.761311 0.012 0.000 0.004 0.976 0.000 0.008
#> SRR490448 1 0.5120 0.435683 0.672 0.008 0.008 0.040 0.244 0.028
#> SRR490449 1 0.4656 0.469271 0.708 0.004 0.004 0.056 0.216 0.012
#> SRR490450 1 0.4888 0.460504 0.684 0.004 0.008 0.056 0.236 0.012
#> SRR490451 1 0.5272 0.487617 0.688 0.004 0.004 0.100 0.172 0.032
#> SRR490452 1 0.4671 0.430541 0.700 0.004 0.008 0.016 0.236 0.036
#> SRR490453 1 0.4055 0.452927 0.744 0.000 0.004 0.016 0.212 0.024
#> SRR490454 1 0.4769 0.443356 0.700 0.004 0.004 0.016 0.220 0.056
#> SRR490455 1 0.4713 0.426976 0.688 0.004 0.004 0.012 0.244 0.048
#> SRR490456 5 0.5308 0.074922 0.468 0.004 0.012 0.016 0.472 0.028
#> SRR490457 1 0.5334 0.203052 0.548 0.000 0.008 0.036 0.380 0.028
#> SRR490458 5 0.5087 0.219997 0.432 0.004 0.004 0.012 0.516 0.032
#> SRR490459 5 0.5212 0.175323 0.432 0.004 0.008 0.020 0.512 0.024
#> SRR490460 1 0.4739 0.157524 0.568 0.004 0.004 0.020 0.396 0.008
#> SRR490461 5 0.5317 0.155751 0.440 0.008 0.012 0.012 0.500 0.028
#> SRR490462 1 0.4825 0.403748 0.676 0.012 0.008 0.020 0.264 0.020
#> SRR490463 1 0.4818 0.316001 0.624 0.004 0.008 0.024 0.328 0.012
#> SRR490464 3 0.8382 0.308705 0.220 0.060 0.416 0.040 0.192 0.072
#> SRR490465 3 0.8443 0.346629 0.164 0.088 0.476 0.112 0.084 0.076
#> SRR490466 3 0.7814 0.376062 0.260 0.048 0.484 0.084 0.060 0.064
#> SRR490467 3 0.8492 0.342560 0.136 0.104 0.480 0.100 0.100 0.080
#> SRR490468 5 0.5910 0.147724 0.404 0.084 0.000 0.016 0.480 0.016
#> SRR490469 5 0.5492 0.356181 0.344 0.060 0.004 0.008 0.568 0.016
#> SRR490470 5 0.5500 0.350602 0.340 0.072 0.000 0.012 0.564 0.012
#> SRR490471 5 0.5713 0.310362 0.340 0.084 0.000 0.016 0.548 0.012
#> SRR490472 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490473 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490474 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490475 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490476 3 0.9860 0.152572 0.176 0.132 0.248 0.148 0.140 0.156
#> SRR490477 3 0.9416 0.227786 0.168 0.168 0.336 0.096 0.096 0.136
#> SRR490478 3 0.9777 0.155154 0.168 0.124 0.272 0.128 0.148 0.160
#> SRR490479 3 0.9336 0.223316 0.140 0.208 0.340 0.100 0.092 0.120
#> SRR490480 4 0.4121 0.406711 0.384 0.004 0.004 0.604 0.000 0.004
#> SRR490481 4 0.3986 0.420393 0.384 0.000 0.004 0.608 0.000 0.004
#> SRR490482 4 0.4151 0.368115 0.412 0.000 0.004 0.576 0.000 0.008
#> SRR490483 4 0.4253 0.437082 0.372 0.000 0.008 0.608 0.000 0.012
#> SRR490484 4 0.4412 0.124157 0.480 0.000 0.008 0.500 0.000 0.012
#> SRR490485 4 0.3380 0.633728 0.244 0.000 0.004 0.748 0.000 0.004
#> SRR490486 4 0.3437 0.643572 0.236 0.000 0.004 0.752 0.000 0.008
#> SRR490487 4 0.4502 0.281470 0.428 0.004 0.008 0.548 0.000 0.012
#> SRR490488 4 0.2445 0.723684 0.120 0.000 0.004 0.868 0.000 0.008
#> SRR490489 4 0.2196 0.735340 0.108 0.000 0.004 0.884 0.000 0.004
#> SRR490490 4 0.3023 0.690716 0.180 0.000 0.004 0.808 0.000 0.008
#> SRR490491 4 0.2531 0.723848 0.128 0.000 0.004 0.860 0.000 0.008
#> SRR490492 1 0.4652 0.000354 0.528 0.012 0.004 0.444 0.004 0.008
#> SRR490493 1 0.4706 0.333164 0.620 0.008 0.012 0.340 0.016 0.004
#> SRR490494 1 0.4628 0.107959 0.556 0.008 0.008 0.416 0.008 0.004
#> SRR490495 1 0.4562 0.195179 0.584 0.012 0.004 0.388 0.004 0.008
#> SRR490496 4 0.3861 0.544940 0.316 0.000 0.004 0.672 0.000 0.008
#> SRR490497 4 0.3314 0.627480 0.256 0.000 0.004 0.740 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.3626 0.584205 0.288 0.000 0.004 0.704 0.000 0.004
#> SRR490499 4 0.3404 0.640175 0.248 0.004 0.004 0.744 0.000 0.000
#> SRR490500 1 0.6527 0.382200 0.612 0.196 0.012 0.060 0.036 0.084
#> SRR490501 1 0.6866 0.290706 0.544 0.260 0.012 0.036 0.048 0.100
#> SRR490502 1 0.6418 0.437400 0.640 0.152 0.008 0.064 0.056 0.080
#> SRR490503 1 0.6518 0.327810 0.580 0.240 0.008 0.028 0.048 0.096
#> SRR490504 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490505 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490506 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490507 4 0.1036 0.765562 0.000 0.024 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490508 4 0.0810 0.763992 0.008 0.004 0.008 0.976 0.000 0.004
#> SRR490509 4 0.1026 0.765550 0.004 0.012 0.008 0.968 0.000 0.008
#> SRR490510 4 0.1026 0.765550 0.004 0.012 0.008 0.968 0.000 0.008
#> SRR490511 4 0.1140 0.765314 0.008 0.012 0.008 0.964 0.000 0.008
#> SRR490512 4 0.2333 0.727825 0.120 0.000 0.004 0.872 0.000 0.004
#> SRR490513 4 0.2773 0.701465 0.164 0.000 0.004 0.828 0.000 0.004
#> SRR490514 4 0.3043 0.680807 0.196 0.000 0.004 0.796 0.000 0.004
#> SRR490515 4 0.3354 0.636807 0.240 0.000 0.004 0.752 0.000 0.004
#> SRR490516 4 0.1788 0.751310 0.076 0.004 0.004 0.916 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.1700 0.746015 0.080 0.000 0.004 0.916 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.1843 0.749813 0.080 0.004 0.004 0.912 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.1477 0.760314 0.048 0.008 0.004 0.940 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.1644 0.748109 0.076 0.000 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.1644 0.748406 0.076 0.000 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.1285 0.755385 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.1531 0.749238 0.068 0.000 0.004 0.928 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.4105 0.510010 0.344 0.008 0.004 0.640 0.000 0.004
#> SRR490525 4 0.3468 0.597424 0.284 0.000 0.004 0.712 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.3560 0.628740 0.256 0.008 0.004 0.732 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.3972 0.544084 0.320 0.012 0.000 0.664 0.000 0.004
#> SRR490528 4 0.2964 0.672081 0.204 0.000 0.004 0.792 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.3302 0.649203 0.232 0.000 0.004 0.760 0.000 0.004
#> SRR490530 4 0.2544 0.719784 0.140 0.004 0.004 0.852 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.2805 0.691753 0.184 0.004 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.5358 0.476472 0.700 0.016 0.024 0.184 0.052 0.024
#> SRR490533 1 0.5297 0.464213 0.700 0.016 0.024 0.192 0.044 0.024
#> SRR490534 1 0.5059 0.500390 0.732 0.012 0.020 0.144 0.072 0.020
#> SRR490535 1 0.5328 0.492144 0.716 0.024 0.024 0.160 0.052 0.024
#> SRR490536 4 0.0951 0.766286 0.004 0.020 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490537 4 0.1096 0.765810 0.004 0.020 0.004 0.964 0.000 0.008
#> SRR490538 4 0.0951 0.766286 0.004 0.020 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490539 4 0.1180 0.766133 0.004 0.024 0.004 0.960 0.000 0.008
#> SRR490540 4 0.0935 0.763272 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR490541 4 0.1219 0.757394 0.000 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR490542 4 0.1364 0.756593 0.000 0.048 0.004 0.944 0.000 0.004
#> SRR490543 4 0.1010 0.762127 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR490544 4 0.3464 0.499614 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR490545 4 0.2969 0.624686 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR490546 4 0.3607 0.423463 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR490547 4 0.3390 0.531501 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.3645 0.711700 0.012 0.800 0.012 0.160 0.004 0.012
#> SRR490549 2 0.3512 0.698723 0.008 0.792 0.004 0.180 0.004 0.012
#> SRR490550 2 0.4146 0.635662 0.016 0.716 0.008 0.248 0.000 0.012
#> SRR490551 2 0.3717 0.680474 0.016 0.768 0.004 0.200 0.000 0.012
#> SRR490552 4 0.2883 0.634589 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR490553 4 0.3371 0.513802 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR490554 4 0.3151 0.583343 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR490555 4 0.2941 0.629315 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.3513 0.716111 0.024 0.812 0.008 0.144 0.000 0.012
#> SRR490557 2 0.3943 0.678886 0.020 0.760 0.004 0.196 0.000 0.020
#> SRR490558 2 0.4016 0.692736 0.028 0.772 0.008 0.172 0.000 0.020
#> SRR490559 2 0.3765 0.711163 0.028 0.800 0.008 0.144 0.000 0.020
#> SRR490560 4 0.3930 0.250458 0.004 0.420 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.4122 0.113201 0.004 0.520 0.000 0.472 0.000 0.004
#> SRR490562 4 0.3950 0.207594 0.004 0.432 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.4076 0.267060 0.004 0.564 0.000 0.428 0.000 0.004
#> SRR490564 2 0.3912 0.689785 0.052 0.832 0.012 0.044 0.016 0.044
#> SRR490565 2 0.3873 0.694215 0.056 0.832 0.012 0.052 0.012 0.036
#> SRR490566 2 0.4039 0.690935 0.052 0.824 0.012 0.052 0.016 0.044
#> SRR490567 2 0.3621 0.701489 0.044 0.848 0.012 0.048 0.012 0.036
#> SRR490568 4 0.1121 0.763731 0.004 0.016 0.008 0.964 0.000 0.008
#> SRR490569 4 0.0976 0.763588 0.000 0.016 0.008 0.968 0.000 0.008
#> SRR490570 4 0.0976 0.763588 0.000 0.016 0.008 0.968 0.000 0.008
#> SRR490571 4 0.1223 0.763910 0.004 0.016 0.012 0.960 0.000 0.008
#> SRR490572 4 0.1285 0.755590 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR490573 4 0.1285 0.755590 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR490574 4 0.1285 0.755590 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR490575 4 0.1349 0.754168 0.000 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR490576 4 0.3833 0.182391 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR490577 4 0.3659 0.379152 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR490578 4 0.3828 0.182790 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR490579 4 0.3828 0.183757 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.2754 0.733329 0.008 0.860 0.004 0.116 0.000 0.012
#> SRR490581 2 0.2715 0.737318 0.012 0.868 0.004 0.104 0.000 0.012
#> SRR490582 2 0.2841 0.730943 0.012 0.852 0.004 0.124 0.000 0.008
#> SRR490583 2 0.3197 0.725386 0.016 0.828 0.000 0.140 0.004 0.012
#> SRR490584 2 0.4107 0.194502 0.004 0.540 0.004 0.452 0.000 0.000
#> SRR490585 4 0.4024 0.275667 0.004 0.400 0.004 0.592 0.000 0.000
#> SRR490586 4 0.4117 0.083868 0.004 0.464 0.004 0.528 0.000 0.000
#> SRR490587 4 0.3819 0.360180 0.004 0.372 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.3030 0.707447 0.008 0.816 0.000 0.168 0.000 0.008
#> SRR490589 2 0.2845 0.720652 0.008 0.836 0.000 0.148 0.000 0.008
#> SRR490590 2 0.2921 0.716344 0.008 0.828 0.000 0.156 0.000 0.008
#> SRR490591 2 0.2958 0.714480 0.008 0.824 0.000 0.160 0.000 0.008
#> SRR490592 2 0.2765 0.732125 0.004 0.848 0.016 0.132 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.2540 0.740628 0.004 0.872 0.020 0.104 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.2988 0.727984 0.004 0.836 0.016 0.140 0.000 0.004
#> SRR490595 2 0.2806 0.729567 0.004 0.844 0.016 0.136 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.2918 0.725394 0.032 0.884 0.008 0.048 0.012 0.016
#> SRR490597 2 0.2639 0.726867 0.032 0.896 0.008 0.044 0.004 0.016
#> SRR490598 2 0.3044 0.727346 0.032 0.876 0.012 0.056 0.008 0.016
#> SRR490599 2 0.2832 0.727973 0.032 0.884 0.004 0.056 0.008 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.796 0.931 0.962 0.4090 0.604 0.604
#> 3 3 0.558 0.716 0.800 0.2889 0.954 0.924
#> 4 4 0.512 0.547 0.754 0.1436 0.782 0.618
#> 5 5 0.508 0.685 0.745 0.0648 0.844 0.625
#> 6 6 0.523 0.679 0.739 0.0495 0.911 0.741
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490217 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490218 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490219 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490220 2 0.4815 0.895 0.104 0.896
#> SRR490221 2 0.4815 0.895 0.104 0.896
#> SRR490222 2 0.4815 0.895 0.104 0.896
#> SRR490223 2 0.4815 0.895 0.104 0.896
#> SRR490224 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.1633 0.960 0.976 0.024
#> SRR490233 1 0.1633 0.960 0.976 0.024
#> SRR490234 1 0.1633 0.960 0.976 0.024
#> SRR490235 1 0.1633 0.960 0.976 0.024
#> SRR490236 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490240 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490241 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490242 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490243 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490244 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.2423 0.942 0.040 0.960
#> SRR490249 2 0.2423 0.942 0.040 0.960
#> SRR490250 2 0.2423 0.942 0.040 0.960
#> SRR490251 2 0.2423 0.942 0.040 0.960
#> SRR490252 2 0.6048 0.851 0.148 0.852
#> SRR490253 2 0.6048 0.851 0.148 0.852
#> SRR490254 2 0.6048 0.851 0.148 0.852
#> SRR490255 2 0.6048 0.851 0.148 0.852
#> SRR490256 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490257 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490258 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490259 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490260 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490269 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490270 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490271 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> SRR490272 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.5946 0.845 0.856 0.144
#> SRR490289 1 0.5946 0.845 0.856 0.144
#> SRR490290 1 0.5946 0.845 0.856 0.144
#> SRR490291 1 0.5946 0.845 0.856 0.144
#> SRR490292 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490293 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490294 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490295 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490296 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490301 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490302 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490303 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490304 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490313 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490314 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490315 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490316 2 0.8016 0.728 0.244 0.756
#> SRR490317 2 0.8016 0.728 0.244 0.756
#> SRR490318 2 0.8016 0.728 0.244 0.756
#> SRR490319 2 0.8016 0.728 0.244 0.756
#> SRR490320 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> SRR490321 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> SRR490322 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> SRR490323 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> SRR490324 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.0672 0.956 0.008 0.992
#> SRR490329 2 0.0672 0.956 0.008 0.992
#> SRR490330 2 0.0672 0.956 0.008 0.992
#> SRR490331 2 0.0672 0.956 0.008 0.992
#> SRR490332 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> SRR490333 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> SRR490334 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> SRR490335 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> SRR490336 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490337 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490338 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490339 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490340 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490341 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490342 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490343 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR490344 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490345 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490346 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490347 2 0.2236 0.944 0.036 0.964
#> SRR490348 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490357 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490358 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490359 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490360 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490365 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490366 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490367 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490368 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490369 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490370 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490371 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490372 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.1633 0.949 0.024 0.976
#> SRR490377 2 0.1633 0.949 0.024 0.976
#> SRR490378 2 0.1633 0.949 0.024 0.976
#> SRR490379 2 0.1633 0.949 0.024 0.976
#> SRR490380 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490389 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490390 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490391 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490392 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490393 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490394 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490395 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490396 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490397 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490398 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490399 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490400 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490401 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490402 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490403 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490404 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490405 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490406 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490407 2 0.2603 0.939 0.044 0.956
#> SRR490408 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.7139 0.798 0.196 0.804
#> SRR490417 2 0.7139 0.798 0.196 0.804
#> SRR490418 2 0.7139 0.798 0.196 0.804
#> SRR490419 2 0.7139 0.798 0.196 0.804
#> SRR490420 2 0.9044 0.598 0.320 0.680
#> SRR490421 2 0.9044 0.598 0.320 0.680
#> SRR490422 2 0.9044 0.598 0.320 0.680
#> SRR490423 2 0.9044 0.598 0.320 0.680
#> SRR490424 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.6712 0.801 0.824 0.176
#> SRR490429 1 0.6712 0.801 0.824 0.176
#> SRR490430 1 0.6712 0.801 0.824 0.176
#> SRR490431 1 0.6712 0.801 0.824 0.176
#> SRR490432 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490433 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490434 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490435 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490436 2 0.6623 0.825 0.172 0.828
#> SRR490437 2 0.6623 0.825 0.172 0.828
#> SRR490438 2 0.6623 0.825 0.172 0.828
#> SRR490439 2 0.6623 0.825 0.172 0.828
#> SRR490440 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.8909 0.621 0.308 0.692
#> SRR490449 2 0.8909 0.621 0.308 0.692
#> SRR490450 2 0.8909 0.621 0.308 0.692
#> SRR490451 2 0.8909 0.621 0.308 0.692
#> SRR490452 1 0.4562 0.898 0.904 0.096
#> SRR490453 1 0.4562 0.898 0.904 0.096
#> SRR490454 1 0.4562 0.898 0.904 0.096
#> SRR490455 1 0.4562 0.898 0.904 0.096
#> SRR490456 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490457 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490458 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490459 2 0.7139 0.797 0.196 0.804
#> SRR490460 2 0.7219 0.792 0.200 0.800
#> SRR490461 2 0.7219 0.792 0.200 0.800
#> SRR490462 2 0.7219 0.792 0.200 0.800
#> SRR490463 2 0.7219 0.792 0.200 0.800
#> SRR490464 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.6343 0.824 0.840 0.160
#> SRR490533 1 0.6343 0.824 0.840 0.160
#> SRR490534 1 0.6343 0.824 0.840 0.160
#> SRR490535 1 0.6343 0.824 0.840 0.160
#> SRR490536 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490557 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490558 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490559 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490560 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490561 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490562 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490563 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490564 2 0.2778 0.936 0.048 0.952
#> SRR490565 2 0.2778 0.936 0.048 0.952
#> SRR490566 2 0.2778 0.936 0.048 0.952
#> SRR490567 2 0.2778 0.936 0.048 0.952
#> SRR490568 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490581 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490582 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490583 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490584 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490589 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490590 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490591 2 0.0376 0.957 0.004 0.996
#> SRR490592 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.958 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> SRR490597 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> SRR490598 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> SRR490599 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490217 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490218 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490219 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490220 2 0.6931 0.6472 0.032 0.640 0.328
#> SRR490221 2 0.6931 0.6472 0.032 0.640 0.328
#> SRR490222 2 0.6931 0.6472 0.032 0.640 0.328
#> SRR490223 2 0.6931 0.6472 0.032 0.640 0.328
#> SRR490224 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.2537 0.8923 0.920 0.000 0.080
#> SRR490233 1 0.2537 0.8923 0.920 0.000 0.080
#> SRR490234 1 0.2537 0.8923 0.920 0.000 0.080
#> SRR490235 1 0.2537 0.8923 0.920 0.000 0.080
#> SRR490236 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 2 0.8338 0.3851 0.084 0.516 0.400
#> SRR490241 2 0.8338 0.3851 0.084 0.516 0.400
#> SRR490242 2 0.8338 0.3851 0.084 0.516 0.400
#> SRR490243 2 0.8338 0.3851 0.084 0.516 0.400
#> SRR490244 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.4261 0.7552 0.012 0.848 0.140
#> SRR490249 2 0.4261 0.7552 0.012 0.848 0.140
#> SRR490250 2 0.4261 0.7552 0.012 0.848 0.140
#> SRR490251 2 0.4261 0.7552 0.012 0.848 0.140
#> SRR490252 2 0.7724 0.5549 0.060 0.588 0.352
#> SRR490253 2 0.7724 0.5549 0.060 0.588 0.352
#> SRR490254 2 0.7724 0.5549 0.060 0.588 0.352
#> SRR490255 2 0.7724 0.5549 0.060 0.588 0.352
#> SRR490256 1 0.3482 0.8392 0.872 0.000 0.128
#> SRR490257 1 0.3482 0.8392 0.872 0.000 0.128
#> SRR490258 1 0.3482 0.8392 0.872 0.000 0.128
#> SRR490259 1 0.3482 0.8392 0.872 0.000 0.128
#> SRR490260 1 0.1163 0.9359 0.972 0.000 0.028
#> SRR490261 1 0.1163 0.9359 0.972 0.000 0.028
#> SRR490262 1 0.1163 0.9359 0.972 0.000 0.028
#> SRR490263 1 0.1163 0.9359 0.972 0.000 0.028
#> SRR490264 1 0.0237 0.9484 0.996 0.000 0.004
#> SRR490265 1 0.0237 0.9484 0.996 0.000 0.004
#> SRR490266 1 0.0237 0.9484 0.996 0.000 0.004
#> SRR490267 1 0.0237 0.9484 0.996 0.000 0.004
#> SRR490268 1 0.2590 0.8958 0.924 0.004 0.072
#> SRR490269 1 0.2590 0.8958 0.924 0.004 0.072
#> SRR490270 1 0.2590 0.8958 0.924 0.004 0.072
#> SRR490271 1 0.2590 0.8958 0.924 0.004 0.072
#> SRR490272 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490273 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490274 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490275 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490276 1 0.0237 0.9485 0.996 0.000 0.004
#> SRR490277 1 0.0237 0.9485 0.996 0.000 0.004
#> SRR490278 1 0.0237 0.9485 0.996 0.000 0.004
#> SRR490279 1 0.0237 0.9485 0.996 0.000 0.004
#> SRR490280 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.7329 0.0687 0.544 0.032 0.424
#> SRR490289 1 0.7329 0.0687 0.544 0.032 0.424
#> SRR490290 1 0.7329 0.0687 0.544 0.032 0.424
#> SRR490291 1 0.7329 0.0687 0.544 0.032 0.424
#> SRR490292 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490293 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490294 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490295 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490296 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490297 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490298 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490299 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490300 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490301 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490302 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490303 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490304 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490305 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490306 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490307 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490308 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490313 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490314 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490315 2 0.4099 0.7569 0.008 0.852 0.140
#> SRR490316 2 0.8826 0.2690 0.116 0.472 0.412
#> SRR490317 2 0.8826 0.2690 0.116 0.472 0.412
#> SRR490318 2 0.8826 0.2690 0.116 0.472 0.412
#> SRR490319 2 0.8826 0.2690 0.116 0.472 0.412
#> SRR490320 1 0.4121 0.7859 0.832 0.000 0.168
#> SRR490321 1 0.4121 0.7859 0.832 0.000 0.168
#> SRR490322 1 0.4121 0.7859 0.832 0.000 0.168
#> SRR490323 1 0.4121 0.7859 0.832 0.000 0.168
#> SRR490324 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.5621 0.7138 0.000 0.692 0.308
#> SRR490329 2 0.5621 0.7138 0.000 0.692 0.308
#> SRR490330 2 0.5621 0.7138 0.000 0.692 0.308
#> SRR490331 2 0.5621 0.7138 0.000 0.692 0.308
#> SRR490332 2 0.5678 0.7083 0.000 0.684 0.316
#> SRR490333 2 0.5678 0.7083 0.000 0.684 0.316
#> SRR490334 2 0.5678 0.7083 0.000 0.684 0.316
#> SRR490335 2 0.5678 0.7083 0.000 0.684 0.316
#> SRR490336 2 0.5560 0.7170 0.000 0.700 0.300
#> SRR490337 2 0.5560 0.7170 0.000 0.700 0.300
#> SRR490338 2 0.5560 0.7170 0.000 0.700 0.300
#> SRR490339 2 0.5560 0.7170 0.000 0.700 0.300
#> SRR490340 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490341 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490342 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490343 2 0.6235 0.5802 0.000 0.564 0.436
#> SRR490344 2 0.4473 0.7597 0.008 0.828 0.164
#> SRR490345 2 0.4473 0.7597 0.008 0.828 0.164
#> SRR490346 2 0.4473 0.7597 0.008 0.828 0.164
#> SRR490347 2 0.4473 0.7597 0.008 0.828 0.164
#> SRR490348 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490349 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490350 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490351 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490352 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490353 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490354 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490355 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490356 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490357 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490358 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490359 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490360 2 0.1753 0.7543 0.000 0.952 0.048
#> SRR490361 2 0.1753 0.7543 0.000 0.952 0.048
#> SRR490362 2 0.1753 0.7543 0.000 0.952 0.048
#> SRR490363 2 0.1753 0.7543 0.000 0.952 0.048
#> SRR490364 2 0.3482 0.7731 0.000 0.872 0.128
#> SRR490365 2 0.3482 0.7731 0.000 0.872 0.128
#> SRR490366 2 0.3482 0.7731 0.000 0.872 0.128
#> SRR490367 2 0.3482 0.7731 0.000 0.872 0.128
#> SRR490368 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490369 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490370 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490371 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490372 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.3192 0.7734 0.000 0.888 0.112
#> SRR490377 2 0.3192 0.7734 0.000 0.888 0.112
#> SRR490378 2 0.3192 0.7734 0.000 0.888 0.112
#> SRR490379 2 0.3192 0.7734 0.000 0.888 0.112
#> SRR490380 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490385 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490386 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490387 2 0.1031 0.7573 0.000 0.976 0.024
#> SRR490388 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490389 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490390 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490391 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490392 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490393 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490394 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490395 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490396 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490397 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490398 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490399 2 0.1860 0.7730 0.000 0.948 0.052
#> SRR490400 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490401 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490402 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490403 2 0.1163 0.7661 0.000 0.972 0.028
#> SRR490404 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490405 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490406 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490407 2 0.4974 0.7449 0.000 0.764 0.236
#> SRR490408 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490409 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490410 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490411 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490412 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 2 0.8373 0.3950 0.088 0.524 0.388
#> SRR490417 2 0.8373 0.3950 0.088 0.524 0.388
#> SRR490418 2 0.8373 0.3950 0.088 0.524 0.388
#> SRR490419 2 0.8373 0.3950 0.088 0.524 0.388
#> SRR490420 3 0.9110 0.0481 0.140 0.420 0.440
#> SRR490421 3 0.9110 0.0481 0.140 0.420 0.440
#> SRR490422 3 0.9110 0.0481 0.140 0.420 0.440
#> SRR490423 3 0.9110 0.0481 0.140 0.420 0.440
#> SRR490424 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490425 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490426 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490427 1 0.0747 0.9427 0.984 0.000 0.016
#> SRR490428 3 0.7251 0.3629 0.348 0.040 0.612
#> SRR490429 3 0.7251 0.3629 0.348 0.040 0.612
#> SRR490430 3 0.7251 0.3629 0.348 0.040 0.612
#> SRR490431 3 0.7251 0.3629 0.348 0.040 0.612
#> SRR490432 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490433 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490434 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490435 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490436 2 0.8120 0.4399 0.072 0.532 0.396
#> SRR490437 2 0.8120 0.4399 0.072 0.532 0.396
#> SRR490438 2 0.8120 0.4399 0.072 0.532 0.396
#> SRR490439 2 0.8120 0.4399 0.072 0.532 0.396
#> SRR490440 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490441 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490442 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490443 2 0.1289 0.7573 0.000 0.968 0.032
#> SRR490444 2 0.2878 0.7672 0.000 0.904 0.096
#> SRR490445 2 0.2878 0.7672 0.000 0.904 0.096
#> SRR490446 2 0.2878 0.7672 0.000 0.904 0.096
#> SRR490447 2 0.2878 0.7672 0.000 0.904 0.096
#> SRR490448 3 0.8932 0.0160 0.124 0.420 0.456
#> SRR490449 3 0.8932 0.0160 0.124 0.420 0.456
#> SRR490450 3 0.8932 0.0160 0.124 0.420 0.456
#> SRR490451 3 0.8932 0.0160 0.124 0.420 0.456
#> SRR490452 3 0.6678 0.0142 0.480 0.008 0.512
#> SRR490453 3 0.6678 0.0142 0.480 0.008 0.512
#> SRR490454 3 0.6678 0.0142 0.480 0.008 0.512
#> SRR490455 3 0.6678 0.0142 0.480 0.008 0.512
#> SRR490456 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490457 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490458 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490459 2 0.8328 0.3902 0.084 0.520 0.396
#> SRR490460 2 0.8384 0.3840 0.088 0.520 0.392
#> SRR490461 2 0.8384 0.3840 0.088 0.520 0.392
#> SRR490462 2 0.8384 0.3840 0.088 0.520 0.392
#> SRR490463 2 0.8384 0.3840 0.088 0.520 0.392
#> SRR490464 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 2 0.5497 0.7223 0.000 0.708 0.292
#> SRR490469 2 0.5497 0.7223 0.000 0.708 0.292
#> SRR490470 2 0.5497 0.7223 0.000 0.708 0.292
#> SRR490471 2 0.5497 0.7223 0.000 0.708 0.292
#> SRR490472 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490473 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490474 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490475 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490476 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9501 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490481 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490482 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490483 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490484 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490485 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490486 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490487 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490488 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490489 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490490 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490491 2 0.5560 0.7159 0.000 0.700 0.300
#> SRR490492 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490493 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490494 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490495 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490496 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490497 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490498 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490499 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490500 2 0.5497 0.7233 0.000 0.708 0.292
#> SRR490501 2 0.5497 0.7233 0.000 0.708 0.292
#> SRR490502 2 0.5497 0.7233 0.000 0.708 0.292
#> SRR490503 2 0.5497 0.7233 0.000 0.708 0.292
#> SRR490504 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490505 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490506 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490507 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490508 2 0.2165 0.7726 0.000 0.936 0.064
#> SRR490509 2 0.2165 0.7726 0.000 0.936 0.064
#> SRR490510 2 0.2165 0.7726 0.000 0.936 0.064
#> SRR490511 2 0.2165 0.7726 0.000 0.936 0.064
#> SRR490512 2 0.5291 0.7324 0.000 0.732 0.268
#> SRR490513 2 0.5291 0.7324 0.000 0.732 0.268
#> SRR490514 2 0.5291 0.7324 0.000 0.732 0.268
#> SRR490515 2 0.5291 0.7324 0.000 0.732 0.268
#> SRR490516 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490517 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490518 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490519 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490520 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490521 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490522 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490523 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490524 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490525 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490526 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490527 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490528 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490529 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490530 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490531 2 0.5363 0.7290 0.000 0.724 0.276
#> SRR490532 3 0.6075 0.3599 0.316 0.008 0.676
#> SRR490533 3 0.6075 0.3599 0.316 0.008 0.676
#> SRR490534 3 0.6075 0.3599 0.316 0.008 0.676
#> SRR490535 3 0.6075 0.3599 0.316 0.008 0.676
#> SRR490536 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490537 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490538 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490539 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490540 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490541 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490542 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490543 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490544 2 0.0892 0.7589 0.000 0.980 0.020
#> SRR490545 2 0.0892 0.7589 0.000 0.980 0.020
#> SRR490546 2 0.0892 0.7589 0.000 0.980 0.020
#> SRR490547 2 0.0892 0.7589 0.000 0.980 0.020
#> SRR490548 2 0.1411 0.7689 0.000 0.964 0.036
#> SRR490549 2 0.1411 0.7689 0.000 0.964 0.036
#> SRR490550 2 0.1411 0.7689 0.000 0.964 0.036
#> SRR490551 2 0.1411 0.7689 0.000 0.964 0.036
#> SRR490552 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490553 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490554 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490555 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490556 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490557 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490558 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490559 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490560 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490561 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490562 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490563 2 0.1860 0.7722 0.000 0.948 0.052
#> SRR490564 2 0.5591 0.7125 0.000 0.696 0.304
#> SRR490565 2 0.5591 0.7125 0.000 0.696 0.304
#> SRR490566 2 0.5591 0.7125 0.000 0.696 0.304
#> SRR490567 2 0.5591 0.7125 0.000 0.696 0.304
#> SRR490568 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490569 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490570 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490571 2 0.1753 0.7432 0.000 0.952 0.048
#> SRR490572 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490573 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490574 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490575 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490576 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490577 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490578 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490579 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490580 2 0.1964 0.7733 0.000 0.944 0.056
#> SRR490581 2 0.1964 0.7733 0.000 0.944 0.056
#> SRR490582 2 0.1964 0.7733 0.000 0.944 0.056
#> SRR490583 2 0.1964 0.7733 0.000 0.944 0.056
#> SRR490584 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490585 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490586 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490587 2 0.1163 0.7552 0.000 0.972 0.028
#> SRR490588 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490589 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490590 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490591 2 0.1753 0.7730 0.000 0.952 0.048
#> SRR490592 2 0.1031 0.7589 0.000 0.976 0.024
#> SRR490593 2 0.1031 0.7589 0.000 0.976 0.024
#> SRR490594 2 0.1031 0.7589 0.000 0.976 0.024
#> SRR490595 2 0.1031 0.7589 0.000 0.976 0.024
#> SRR490596 2 0.6839 0.6371 0.024 0.624 0.352
#> SRR490597 2 0.6839 0.6371 0.024 0.624 0.352
#> SRR490598 2 0.6839 0.6371 0.024 0.624 0.352
#> SRR490599 2 0.6839 0.6371 0.024 0.624 0.352
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490217 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490218 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490219 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490220 1 0.7234 0.547 0.484 0.412 0.020 0.084
#> SRR490221 1 0.7234 0.547 0.484 0.412 0.020 0.084
#> SRR490222 1 0.7234 0.547 0.484 0.412 0.020 0.084
#> SRR490223 1 0.7234 0.547 0.484 0.412 0.020 0.084
#> SRR490224 3 0.0524 0.913 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490225 3 0.0524 0.913 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490226 3 0.0524 0.913 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490227 3 0.0524 0.913 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490228 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.4274 0.749 0.044 0.000 0.808 0.148
#> SRR490233 3 0.4274 0.749 0.044 0.000 0.808 0.148
#> SRR490234 3 0.4274 0.749 0.044 0.000 0.808 0.148
#> SRR490235 3 0.4274 0.749 0.044 0.000 0.808 0.148
#> SRR490236 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.7576 0.716 0.512 0.320 0.012 0.156
#> SRR490241 1 0.7576 0.716 0.512 0.320 0.012 0.156
#> SRR490242 1 0.7576 0.716 0.512 0.320 0.012 0.156
#> SRR490243 1 0.7576 0.716 0.512 0.320 0.012 0.156
#> SRR490244 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.5686 0.506 0.156 0.728 0.004 0.112
#> SRR490249 2 0.5686 0.506 0.156 0.728 0.004 0.112
#> SRR490250 2 0.5686 0.506 0.156 0.728 0.004 0.112
#> SRR490251 2 0.5686 0.506 0.156 0.728 0.004 0.112
#> SRR490252 1 0.7283 0.678 0.492 0.380 0.008 0.120
#> SRR490253 1 0.7283 0.678 0.492 0.380 0.008 0.120
#> SRR490254 1 0.7283 0.678 0.492 0.380 0.008 0.120
#> SRR490255 1 0.7283 0.678 0.492 0.380 0.008 0.120
#> SRR490256 3 0.5102 0.636 0.064 0.000 0.748 0.188
#> SRR490257 3 0.5102 0.636 0.064 0.000 0.748 0.188
#> SRR490258 3 0.5102 0.636 0.064 0.000 0.748 0.188
#> SRR490259 3 0.5102 0.636 0.064 0.000 0.748 0.188
#> SRR490260 3 0.3099 0.839 0.020 0.000 0.876 0.104
#> SRR490261 3 0.3099 0.839 0.020 0.000 0.876 0.104
#> SRR490262 3 0.3099 0.839 0.020 0.000 0.876 0.104
#> SRR490263 3 0.3099 0.839 0.020 0.000 0.876 0.104
#> SRR490264 3 0.1256 0.904 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490265 3 0.1256 0.904 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490266 3 0.1256 0.904 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490267 3 0.1256 0.904 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR490268 3 0.4370 0.741 0.044 0.000 0.800 0.156
#> SRR490269 3 0.4370 0.741 0.044 0.000 0.800 0.156
#> SRR490270 3 0.4370 0.741 0.044 0.000 0.800 0.156
#> SRR490271 3 0.4370 0.741 0.044 0.000 0.800 0.156
#> SRR490272 3 0.2522 0.866 0.016 0.000 0.908 0.076
#> SRR490273 3 0.2522 0.866 0.016 0.000 0.908 0.076
#> SRR490274 3 0.2522 0.866 0.016 0.000 0.908 0.076
#> SRR490275 3 0.2522 0.866 0.016 0.000 0.908 0.076
#> SRR490276 3 0.2300 0.875 0.016 0.000 0.920 0.064
#> SRR490277 3 0.2300 0.875 0.016 0.000 0.920 0.064
#> SRR490278 3 0.2300 0.875 0.016 0.000 0.920 0.064
#> SRR490279 3 0.2300 0.875 0.016 0.000 0.920 0.064
#> SRR490280 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 4 0.7507 0.677 0.144 0.008 0.380 0.468
#> SRR490289 4 0.7507 0.677 0.144 0.008 0.380 0.468
#> SRR490290 4 0.7507 0.677 0.144 0.008 0.380 0.468
#> SRR490291 4 0.7507 0.677 0.144 0.008 0.380 0.468
#> SRR490292 1 0.5010 0.684 0.700 0.276 0.000 0.024
#> SRR490293 1 0.5010 0.684 0.700 0.276 0.000 0.024
#> SRR490294 1 0.5010 0.684 0.700 0.276 0.000 0.024
#> SRR490295 1 0.5010 0.684 0.700 0.276 0.000 0.024
#> SRR490296 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490300 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490301 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490302 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490303 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490304 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490313 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490314 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490315 2 0.5551 0.508 0.160 0.728 0.000 0.112
#> SRR490316 1 0.8447 0.574 0.500 0.256 0.056 0.188
#> SRR490317 1 0.8447 0.574 0.500 0.256 0.056 0.188
#> SRR490318 1 0.8447 0.574 0.500 0.256 0.056 0.188
#> SRR490319 1 0.8447 0.574 0.500 0.256 0.056 0.188
#> SRR490320 3 0.6869 0.187 0.180 0.000 0.596 0.224
#> SRR490321 3 0.6869 0.187 0.180 0.000 0.596 0.224
#> SRR490322 3 0.6869 0.187 0.180 0.000 0.596 0.224
#> SRR490323 3 0.6869 0.187 0.180 0.000 0.596 0.224
#> SRR490324 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 1 0.4989 0.486 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR490329 1 0.4989 0.486 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR490330 1 0.4989 0.486 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR490331 1 0.4989 0.486 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR490332 1 0.5158 0.487 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR490333 1 0.5158 0.487 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR490334 1 0.5158 0.487 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR490335 1 0.5158 0.487 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR490336 1 0.4996 0.461 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490337 1 0.4996 0.461 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490338 1 0.4996 0.461 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490339 1 0.4996 0.461 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490340 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490341 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490342 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490343 1 0.4567 0.690 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR490344 2 0.6016 0.432 0.208 0.680 0.000 0.112
#> SRR490345 2 0.6016 0.432 0.208 0.680 0.000 0.112
#> SRR490346 2 0.6016 0.432 0.208 0.680 0.000 0.112
#> SRR490347 2 0.6016 0.432 0.208 0.680 0.000 0.112
#> SRR490348 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490349 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490350 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490351 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490352 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490354 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490355 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490356 2 0.5869 0.136 0.360 0.596 0.000 0.044
#> SRR490357 2 0.5869 0.136 0.360 0.596 0.000 0.044
#> SRR490358 2 0.5869 0.136 0.360 0.596 0.000 0.044
#> SRR490359 2 0.5869 0.136 0.360 0.596 0.000 0.044
#> SRR490360 2 0.2563 0.637 0.072 0.908 0.000 0.020
#> SRR490361 2 0.2563 0.637 0.072 0.908 0.000 0.020
#> SRR490362 2 0.2563 0.637 0.072 0.908 0.000 0.020
#> SRR490363 2 0.2563 0.637 0.072 0.908 0.000 0.020
#> SRR490364 2 0.5013 0.317 0.292 0.688 0.000 0.020
#> SRR490365 2 0.5013 0.317 0.292 0.688 0.000 0.020
#> SRR490366 2 0.5013 0.317 0.292 0.688 0.000 0.020
#> SRR490367 2 0.5013 0.317 0.292 0.688 0.000 0.020
#> SRR490368 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490369 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490370 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490371 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490372 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.4465 0.582 0.144 0.800 0.000 0.056
#> SRR490377 2 0.4465 0.582 0.144 0.800 0.000 0.056
#> SRR490378 2 0.4465 0.582 0.144 0.800 0.000 0.056
#> SRR490379 2 0.4465 0.582 0.144 0.800 0.000 0.056
#> SRR490380 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490385 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490386 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490387 2 0.0188 0.667 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490388 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490389 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490390 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490391 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490392 2 0.2256 0.666 0.056 0.924 0.000 0.020
#> SRR490393 2 0.2256 0.666 0.056 0.924 0.000 0.020
#> SRR490394 2 0.2256 0.666 0.056 0.924 0.000 0.020
#> SRR490395 2 0.2256 0.666 0.056 0.924 0.000 0.020
#> SRR490396 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490397 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490398 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490399 2 0.3108 0.641 0.112 0.872 0.000 0.016
#> SRR490400 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490401 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490402 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490403 2 0.1824 0.668 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490404 2 0.5855 0.146 0.356 0.600 0.000 0.044
#> SRR490405 2 0.5855 0.146 0.356 0.600 0.000 0.044
#> SRR490406 2 0.5855 0.146 0.356 0.600 0.000 0.044
#> SRR490407 2 0.5855 0.146 0.356 0.600 0.000 0.044
#> SRR490408 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.7705 0.715 0.500 0.328 0.016 0.156
#> SRR490417 1 0.7705 0.715 0.500 0.328 0.016 0.156
#> SRR490418 1 0.7705 0.715 0.500 0.328 0.016 0.156
#> SRR490419 1 0.7705 0.715 0.500 0.328 0.016 0.156
#> SRR490420 1 0.8377 0.582 0.472 0.220 0.036 0.272
#> SRR490421 1 0.8377 0.582 0.472 0.220 0.036 0.272
#> SRR490422 1 0.8377 0.582 0.472 0.220 0.036 0.272
#> SRR490423 1 0.8377 0.582 0.472 0.220 0.036 0.272
#> SRR490424 3 0.1284 0.904 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR490425 3 0.1284 0.904 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR490426 3 0.1284 0.904 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR490427 3 0.1284 0.904 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR490428 4 0.6349 0.789 0.148 0.008 0.164 0.680
#> SRR490429 4 0.6349 0.789 0.148 0.008 0.164 0.680
#> SRR490430 4 0.6349 0.789 0.148 0.008 0.164 0.680
#> SRR490431 4 0.6349 0.789 0.148 0.008 0.164 0.680
#> SRR490432 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490433 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490434 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490435 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490436 1 0.7431 0.716 0.512 0.344 0.012 0.132
#> SRR490437 1 0.7431 0.716 0.512 0.344 0.012 0.132
#> SRR490438 1 0.7431 0.716 0.512 0.344 0.012 0.132
#> SRR490439 1 0.7431 0.716 0.512 0.344 0.012 0.132
#> SRR490440 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0817 0.667 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.2973 0.552 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR490445 2 0.2973 0.552 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR490446 2 0.2973 0.552 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR490447 2 0.2973 0.552 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR490448 1 0.8120 0.595 0.488 0.220 0.024 0.268
#> SRR490449 1 0.8120 0.595 0.488 0.220 0.024 0.268
#> SRR490450 1 0.8120 0.595 0.488 0.220 0.024 0.268
#> SRR490451 1 0.8120 0.595 0.488 0.220 0.024 0.268
#> SRR490452 4 0.6203 0.707 0.068 0.000 0.340 0.592
#> SRR490453 4 0.6203 0.707 0.068 0.000 0.340 0.592
#> SRR490454 4 0.6203 0.707 0.068 0.000 0.340 0.592
#> SRR490455 4 0.6203 0.707 0.068 0.000 0.340 0.592
#> SRR490456 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490457 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490458 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490459 1 0.7589 0.716 0.508 0.324 0.012 0.156
#> SRR490460 1 0.7623 0.714 0.504 0.324 0.012 0.160
#> SRR490461 1 0.7623 0.714 0.504 0.324 0.012 0.160
#> SRR490462 1 0.7623 0.714 0.504 0.324 0.012 0.160
#> SRR490463 1 0.7623 0.714 0.504 0.324 0.012 0.160
#> SRR490464 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.4998 -0.372 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR490469 2 0.4998 -0.372 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR490470 2 0.4998 -0.372 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR490471 2 0.4998 -0.372 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490484 1 0.4996 0.459 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490485 1 0.4996 0.459 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490486 1 0.4996 0.459 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490487 1 0.4996 0.459 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR490488 1 0.4998 0.449 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR490489 1 0.4998 0.449 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR490490 1 0.4998 0.449 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR490491 1 0.4998 0.449 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR490492 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490500 2 0.5000 -0.407 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR490501 2 0.5000 -0.407 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR490502 2 0.5000 -0.407 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR490503 2 0.5000 -0.407 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.1716 0.656 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.1716 0.656 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.1716 0.656 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.1716 0.656 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.4972 -0.298 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.4972 -0.298 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.4972 -0.298 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.4972 -0.298 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.4989 -0.318 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR490532 4 0.5432 0.757 0.136 0.000 0.124 0.740
#> SRR490533 4 0.5432 0.757 0.136 0.000 0.124 0.740
#> SRR490534 4 0.5432 0.757 0.136 0.000 0.124 0.740
#> SRR490535 4 0.5432 0.757 0.136 0.000 0.124 0.740
#> SRR490536 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.666 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.1635 0.628 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR490541 2 0.1635 0.628 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR490542 2 0.1635 0.628 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR490543 2 0.1635 0.628 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR490544 2 0.0336 0.670 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0336 0.670 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0336 0.670 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0336 0.670 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.1978 0.665 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR490549 2 0.1978 0.665 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR490550 2 0.1978 0.665 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR490551 2 0.1978 0.665 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR490552 2 0.0592 0.671 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0592 0.671 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0592 0.671 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0592 0.671 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490557 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490558 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490559 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490560 2 0.2741 0.651 0.096 0.892 0.000 0.012
#> SRR490561 2 0.2741 0.651 0.096 0.892 0.000 0.012
#> SRR490562 2 0.2741 0.651 0.096 0.892 0.000 0.012
#> SRR490563 2 0.2741 0.651 0.096 0.892 0.000 0.012
#> SRR490564 1 0.6080 0.430 0.488 0.468 0.000 0.044
#> SRR490565 1 0.6080 0.430 0.488 0.468 0.000 0.044
#> SRR490566 1 0.6080 0.430 0.488 0.468 0.000 0.044
#> SRR490567 1 0.6080 0.430 0.488 0.468 0.000 0.044
#> SRR490568 2 0.1890 0.616 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490569 2 0.1890 0.616 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490570 2 0.1890 0.616 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490571 2 0.1890 0.616 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490572 2 0.0707 0.669 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0707 0.669 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0707 0.669 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0707 0.669 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.3166 0.637 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR490581 2 0.3166 0.637 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR490582 2 0.3166 0.637 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR490583 2 0.3166 0.637 0.116 0.868 0.000 0.016
#> SRR490584 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0817 0.669 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490589 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490590 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490591 2 0.3048 0.642 0.108 0.876 0.000 0.016
#> SRR490592 2 0.0469 0.670 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0469 0.670 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0469 0.670 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0469 0.670 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490596 1 0.6447 0.660 0.552 0.380 0.004 0.064
#> SRR490597 1 0.6447 0.660 0.552 0.380 0.004 0.064
#> SRR490598 1 0.6447 0.660 0.552 0.380 0.004 0.064
#> SRR490599 1 0.6447 0.660 0.552 0.380 0.004 0.064
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490217 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490218 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490219 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490220 4 0.7419 0.5285 0.060 0.336 0.016 0.480 0.108
#> SRR490221 4 0.7419 0.5285 0.060 0.336 0.016 0.480 0.108
#> SRR490222 4 0.7419 0.5285 0.060 0.336 0.016 0.480 0.108
#> SRR490223 4 0.7419 0.5285 0.060 0.336 0.016 0.480 0.108
#> SRR490224 3 0.0798 0.8910 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR490225 3 0.0798 0.8910 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR490226 3 0.0798 0.8910 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR490227 3 0.0798 0.8910 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR490228 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490229 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490230 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490231 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490232 3 0.4230 0.6244 0.196 0.000 0.764 0.016 0.024
#> SRR490233 3 0.4230 0.6244 0.196 0.000 0.764 0.016 0.024
#> SRR490234 3 0.4230 0.6244 0.196 0.000 0.764 0.016 0.024
#> SRR490235 3 0.4230 0.6244 0.196 0.000 0.764 0.016 0.024
#> SRR490236 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490237 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490238 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490239 3 0.0162 0.9003 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490240 4 0.6603 0.6636 0.192 0.272 0.000 0.524 0.012
#> SRR490241 4 0.6603 0.6636 0.192 0.272 0.000 0.524 0.012
#> SRR490242 4 0.6603 0.6636 0.192 0.272 0.000 0.524 0.012
#> SRR490243 4 0.6603 0.6636 0.192 0.272 0.000 0.524 0.012
#> SRR490244 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.5335 0.3667 0.004 0.492 0.004 0.032 0.468
#> SRR490249 2 0.5335 0.3667 0.004 0.492 0.004 0.032 0.468
#> SRR490250 2 0.5335 0.3667 0.004 0.492 0.004 0.032 0.468
#> SRR490251 2 0.5335 0.3667 0.004 0.492 0.004 0.032 0.468
#> SRR490252 4 0.7085 0.6540 0.136 0.324 0.000 0.488 0.052
#> SRR490253 4 0.7085 0.6540 0.136 0.324 0.000 0.488 0.052
#> SRR490254 4 0.7085 0.6540 0.136 0.324 0.000 0.488 0.052
#> SRR490255 4 0.7085 0.6540 0.136 0.324 0.000 0.488 0.052
#> SRR490256 3 0.4934 0.4711 0.244 0.000 0.700 0.028 0.028
#> SRR490257 3 0.4934 0.4711 0.244 0.000 0.700 0.028 0.028
#> SRR490258 3 0.4934 0.4711 0.244 0.000 0.700 0.028 0.028
#> SRR490259 3 0.4934 0.4711 0.244 0.000 0.700 0.028 0.028
#> SRR490260 3 0.3380 0.7652 0.124 0.000 0.840 0.008 0.028
#> SRR490261 3 0.3380 0.7652 0.124 0.000 0.840 0.008 0.028
#> SRR490262 3 0.3380 0.7652 0.124 0.000 0.840 0.008 0.028
#> SRR490263 3 0.3380 0.7652 0.124 0.000 0.840 0.008 0.028
#> SRR490264 3 0.1386 0.8783 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR490265 3 0.1386 0.8783 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR490266 3 0.1386 0.8783 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR490267 3 0.1386 0.8783 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR490268 3 0.4509 0.5916 0.208 0.000 0.744 0.024 0.024
#> SRR490269 3 0.4509 0.5916 0.208 0.000 0.744 0.024 0.024
#> SRR490270 3 0.4509 0.5916 0.208 0.000 0.744 0.024 0.024
#> SRR490271 3 0.4509 0.5916 0.208 0.000 0.744 0.024 0.024
#> SRR490272 3 0.2936 0.8043 0.096 0.000 0.872 0.008 0.024
#> SRR490273 3 0.2936 0.8043 0.096 0.000 0.872 0.008 0.024
#> SRR490274 3 0.2936 0.8043 0.096 0.000 0.872 0.008 0.024
#> SRR490275 3 0.2936 0.8043 0.096 0.000 0.872 0.008 0.024
#> SRR490276 3 0.2707 0.8216 0.080 0.000 0.888 0.008 0.024
#> SRR490277 3 0.2707 0.8216 0.080 0.000 0.888 0.008 0.024
#> SRR490278 3 0.2707 0.8216 0.080 0.000 0.888 0.008 0.024
#> SRR490279 3 0.2707 0.8216 0.080 0.000 0.888 0.008 0.024
#> SRR490280 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.8196 0.2865 0.436 0.008 0.220 0.120 0.216
#> SRR490289 1 0.8196 0.2865 0.436 0.008 0.220 0.120 0.216
#> SRR490290 1 0.8196 0.2865 0.436 0.008 0.220 0.120 0.216
#> SRR490291 1 0.8196 0.2865 0.436 0.008 0.220 0.120 0.216
#> SRR490292 4 0.4261 0.6568 0.012 0.212 0.000 0.752 0.024
#> SRR490293 4 0.4261 0.6568 0.012 0.212 0.000 0.752 0.024
#> SRR490294 4 0.4261 0.6568 0.012 0.212 0.000 0.752 0.024
#> SRR490295 4 0.4261 0.6568 0.012 0.212 0.000 0.752 0.024
#> SRR490296 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490297 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490298 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490299 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490300 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490301 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490302 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490303 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490304 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490305 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490306 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490307 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490313 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490314 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490315 2 0.5319 0.3679 0.004 0.492 0.000 0.040 0.464
#> SRR490316 4 0.8134 0.4664 0.104 0.192 0.036 0.508 0.160
#> SRR490317 4 0.8134 0.4664 0.104 0.192 0.036 0.508 0.160
#> SRR490318 4 0.8134 0.4664 0.104 0.192 0.036 0.508 0.160
#> SRR490319 4 0.8134 0.4664 0.104 0.192 0.036 0.508 0.160
#> SRR490320 5 0.7146 1.0000 0.132 0.000 0.376 0.052 0.440
#> SRR490321 5 0.7146 1.0000 0.132 0.000 0.376 0.052 0.440
#> SRR490322 5 0.7146 1.0000 0.132 0.000 0.376 0.052 0.440
#> SRR490323 5 0.7146 1.0000 0.132 0.000 0.376 0.052 0.440
#> SRR490324 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.4367 0.7167 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR490329 4 0.4367 0.7167 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR490330 4 0.4367 0.7167 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR490331 4 0.4367 0.7167 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR490332 4 0.4507 0.7185 0.004 0.412 0.000 0.580 0.004
#> SRR490333 4 0.4507 0.7185 0.004 0.412 0.000 0.580 0.004
#> SRR490334 4 0.4507 0.7185 0.004 0.412 0.000 0.580 0.004
#> SRR490335 4 0.4507 0.7185 0.004 0.412 0.000 0.580 0.004
#> SRR490336 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490337 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490338 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490339 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490340 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490341 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490342 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490343 4 0.3873 0.6631 0.008 0.212 0.000 0.768 0.012
#> SRR490344 2 0.6230 0.3420 0.012 0.516 0.000 0.108 0.364
#> SRR490345 2 0.6230 0.3420 0.012 0.516 0.000 0.108 0.364
#> SRR490346 2 0.6230 0.3420 0.012 0.516 0.000 0.108 0.364
#> SRR490347 2 0.6230 0.3420 0.012 0.516 0.000 0.108 0.364
#> SRR490348 2 0.0451 0.7812 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490349 2 0.0451 0.7812 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490350 2 0.0451 0.7812 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490351 2 0.0451 0.7812 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490352 2 0.0324 0.7807 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490353 2 0.0324 0.7807 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490354 2 0.0324 0.7807 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490355 2 0.0324 0.7807 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR490356 2 0.6602 0.0364 0.008 0.488 0.000 0.324 0.180
#> SRR490357 2 0.6602 0.0364 0.008 0.488 0.000 0.324 0.180
#> SRR490358 2 0.6602 0.0364 0.008 0.488 0.000 0.324 0.180
#> SRR490359 2 0.6602 0.0364 0.008 0.488 0.000 0.324 0.180
#> SRR490360 2 0.3684 0.6925 0.004 0.824 0.000 0.056 0.116
#> SRR490361 2 0.3684 0.6925 0.004 0.824 0.000 0.056 0.116
#> SRR490362 2 0.3684 0.6925 0.004 0.824 0.000 0.056 0.116
#> SRR490363 2 0.3684 0.6925 0.004 0.824 0.000 0.056 0.116
#> SRR490364 2 0.5289 0.1099 0.004 0.620 0.000 0.316 0.060
#> SRR490365 2 0.5289 0.1099 0.004 0.620 0.000 0.316 0.060
#> SRR490366 2 0.5289 0.1099 0.004 0.620 0.000 0.316 0.060
#> SRR490367 2 0.5289 0.1099 0.004 0.620 0.000 0.316 0.060
#> SRR490368 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490369 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490370 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490371 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490372 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.4958 0.5679 0.000 0.692 0.000 0.084 0.224
#> SRR490377 2 0.4958 0.5679 0.000 0.692 0.000 0.084 0.224
#> SRR490378 2 0.4958 0.5679 0.000 0.692 0.000 0.084 0.224
#> SRR490379 2 0.4958 0.5679 0.000 0.692 0.000 0.084 0.224
#> SRR490380 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0671 0.7822 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR490385 2 0.0671 0.7822 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR490386 2 0.0671 0.7822 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR490387 2 0.0671 0.7822 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR490388 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490389 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490390 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490391 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490392 2 0.2230 0.7727 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR490393 2 0.2230 0.7727 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR490394 2 0.2230 0.7727 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR490395 2 0.2230 0.7727 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR490396 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490397 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490398 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490399 2 0.3090 0.7316 0.000 0.856 0.000 0.104 0.040
#> SRR490400 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490401 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490402 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490403 2 0.1638 0.7720 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR490404 2 0.6616 0.0414 0.008 0.488 0.000 0.320 0.184
#> SRR490405 2 0.6616 0.0414 0.008 0.488 0.000 0.320 0.184
#> SRR490406 2 0.6616 0.0414 0.008 0.488 0.000 0.320 0.184
#> SRR490407 2 0.6616 0.0414 0.008 0.488 0.000 0.320 0.184
#> SRR490408 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490409 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490410 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490411 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.6755 0.6625 0.188 0.280 0.004 0.516 0.012
#> SRR490417 4 0.6755 0.6625 0.188 0.280 0.004 0.516 0.012
#> SRR490418 4 0.6755 0.6625 0.188 0.280 0.004 0.516 0.012
#> SRR490419 4 0.6755 0.6625 0.188 0.280 0.004 0.516 0.012
#> SRR490420 4 0.7024 0.4260 0.320 0.164 0.016 0.488 0.012
#> SRR490421 4 0.7024 0.4260 0.320 0.164 0.016 0.488 0.012
#> SRR490422 4 0.7024 0.4260 0.320 0.164 0.016 0.488 0.012
#> SRR490423 4 0.7024 0.4260 0.320 0.164 0.016 0.488 0.012
#> SRR490424 3 0.1716 0.8725 0.024 0.000 0.944 0.016 0.016
#> SRR490425 3 0.1716 0.8725 0.024 0.000 0.944 0.016 0.016
#> SRR490426 3 0.1716 0.8725 0.024 0.000 0.944 0.016 0.016
#> SRR490427 3 0.1716 0.8725 0.024 0.000 0.944 0.016 0.016
#> SRR490428 1 0.5029 0.5875 0.752 0.008 0.108 0.116 0.016
#> SRR490429 1 0.5029 0.5875 0.752 0.008 0.108 0.116 0.016
#> SRR490430 1 0.5029 0.5875 0.752 0.008 0.108 0.116 0.016
#> SRR490431 1 0.5029 0.5875 0.752 0.008 0.108 0.116 0.016
#> SRR490432 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490433 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490434 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490435 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490436 4 0.6506 0.6811 0.164 0.296 0.000 0.528 0.012
#> SRR490437 4 0.6506 0.6811 0.164 0.296 0.000 0.528 0.012
#> SRR490438 4 0.6506 0.6811 0.164 0.296 0.000 0.528 0.012
#> SRR490439 4 0.6506 0.6811 0.164 0.296 0.000 0.528 0.012
#> SRR490440 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490441 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490442 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490443 2 0.0963 0.7674 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR490444 2 0.2813 0.5503 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR490445 2 0.2813 0.5503 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR490446 2 0.2813 0.5503 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR490447 2 0.2813 0.5503 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR490448 4 0.6816 0.4487 0.312 0.164 0.008 0.504 0.012
#> SRR490449 4 0.6816 0.4487 0.312 0.164 0.008 0.504 0.012
#> SRR490450 4 0.6816 0.4487 0.312 0.164 0.008 0.504 0.012
#> SRR490451 4 0.6816 0.4487 0.312 0.164 0.008 0.504 0.012
#> SRR490452 1 0.4956 0.3209 0.664 0.000 0.292 0.028 0.016
#> SRR490453 1 0.4956 0.3209 0.664 0.000 0.292 0.028 0.016
#> SRR490454 1 0.4956 0.3209 0.664 0.000 0.292 0.028 0.016
#> SRR490455 1 0.4956 0.3209 0.664 0.000 0.292 0.028 0.016
#> SRR490456 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490457 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490458 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490459 4 0.6619 0.6624 0.192 0.276 0.000 0.520 0.012
#> SRR490460 4 0.6643 0.6599 0.196 0.276 0.000 0.516 0.012
#> SRR490461 4 0.6643 0.6599 0.196 0.276 0.000 0.516 0.012
#> SRR490462 4 0.6643 0.6599 0.196 0.276 0.000 0.516 0.012
#> SRR490463 4 0.6643 0.6599 0.196 0.276 0.000 0.516 0.012
#> SRR490464 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.4287 0.6980 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR490469 4 0.4287 0.6980 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR490470 4 0.4287 0.6980 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR490471 4 0.4287 0.6980 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR490472 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490473 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490474 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490475 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490481 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490482 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490483 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490484 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490485 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490486 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490487 4 0.4242 0.7156 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR490488 4 0.4249 0.7148 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR490489 4 0.4249 0.7148 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR490490 4 0.4249 0.7148 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR490491 4 0.4249 0.7148 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR490492 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490493 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490494 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490495 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490496 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490497 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490498 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490499 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490500 4 0.4528 0.7052 0.000 0.444 0.000 0.548 0.008
#> SRR490501 4 0.4528 0.7052 0.000 0.444 0.000 0.548 0.008
#> SRR490502 4 0.4528 0.7052 0.000 0.444 0.000 0.548 0.008
#> SRR490503 4 0.4528 0.7052 0.000 0.444 0.000 0.548 0.008
#> SRR490504 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490505 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490506 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490507 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490508 2 0.1732 0.7359 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR490509 2 0.1732 0.7359 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR490510 2 0.1732 0.7359 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR490511 2 0.1732 0.7359 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR490512 4 0.4306 0.6653 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR490513 4 0.4306 0.6653 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR490514 4 0.4306 0.6653 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR490515 4 0.4306 0.6653 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR490516 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490517 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490518 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490519 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490520 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490521 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490522 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490523 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490524 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490525 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490526 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490527 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490528 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490529 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490530 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490531 4 0.4300 0.6859 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR490532 1 0.5232 0.5037 0.732 0.000 0.032 0.108 0.128
#> SRR490533 1 0.5232 0.5037 0.732 0.000 0.032 0.108 0.128
#> SRR490534 1 0.5232 0.5037 0.732 0.000 0.032 0.108 0.128
#> SRR490535 1 0.5232 0.5037 0.732 0.000 0.032 0.108 0.128
#> SRR490536 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490537 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490538 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490539 2 0.0162 0.7800 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490540 2 0.2353 0.7157 0.004 0.908 0.000 0.028 0.060
#> SRR490541 2 0.2353 0.7157 0.004 0.908 0.000 0.028 0.060
#> SRR490542 2 0.2353 0.7157 0.004 0.908 0.000 0.028 0.060
#> SRR490543 2 0.2353 0.7157 0.004 0.908 0.000 0.028 0.060
#> SRR490544 2 0.0807 0.7838 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR490545 2 0.0807 0.7838 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR490546 2 0.0807 0.7838 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR490547 2 0.0807 0.7838 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR490548 2 0.2171 0.7675 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024
#> SRR490549 2 0.2171 0.7675 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024
#> SRR490550 2 0.2171 0.7675 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024
#> SRR490551 2 0.2171 0.7675 0.000 0.912 0.000 0.064 0.024
#> SRR490552 2 0.0510 0.7822 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR490553 2 0.0510 0.7822 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR490554 2 0.0510 0.7822 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR490555 2 0.0510 0.7822 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR490556 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490557 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490558 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490559 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490560 2 0.2769 0.7450 0.000 0.876 0.000 0.092 0.032
#> SRR490561 2 0.2769 0.7450 0.000 0.876 0.000 0.092 0.032
#> SRR490562 2 0.2769 0.7450 0.000 0.876 0.000 0.092 0.032
#> SRR490563 2 0.2769 0.7450 0.000 0.876 0.000 0.092 0.032
#> SRR490564 4 0.6170 0.5478 0.008 0.384 0.000 0.500 0.108
#> SRR490565 4 0.6170 0.5478 0.008 0.384 0.000 0.500 0.108
#> SRR490566 4 0.6170 0.5478 0.008 0.384 0.000 0.500 0.108
#> SRR490567 4 0.6170 0.5478 0.008 0.384 0.000 0.500 0.108
#> SRR490568 2 0.2713 0.6945 0.004 0.888 0.000 0.036 0.072
#> SRR490569 2 0.2713 0.6945 0.004 0.888 0.000 0.036 0.072
#> SRR490570 2 0.2713 0.6945 0.004 0.888 0.000 0.036 0.072
#> SRR490571 2 0.2713 0.6945 0.004 0.888 0.000 0.036 0.072
#> SRR490572 2 0.0703 0.7766 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR490573 2 0.0703 0.7766 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR490574 2 0.0703 0.7766 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR490575 2 0.0703 0.7766 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR490576 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490577 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490578 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490579 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490580 2 0.3141 0.7263 0.000 0.852 0.000 0.108 0.040
#> SRR490581 2 0.3141 0.7263 0.000 0.852 0.000 0.108 0.040
#> SRR490582 2 0.3141 0.7263 0.000 0.852 0.000 0.108 0.040
#> SRR490583 2 0.3141 0.7263 0.000 0.852 0.000 0.108 0.040
#> SRR490584 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490585 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490586 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490587 2 0.0794 0.7764 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490588 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490589 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490590 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490591 2 0.3012 0.7317 0.000 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR490592 2 0.0912 0.7838 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR490593 2 0.0912 0.7838 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR490594 2 0.0912 0.7838 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR490595 2 0.0912 0.7838 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR490596 4 0.6326 0.6613 0.044 0.288 0.000 0.584 0.084
#> SRR490597 4 0.6326 0.6613 0.044 0.288 0.000 0.584 0.084
#> SRR490598 4 0.6326 0.6613 0.044 0.288 0.000 0.584 0.084
#> SRR490599 4 0.6326 0.6613 0.044 0.288 0.000 0.584 0.084
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.4169 0.732 0.000 0.140 0.000 0.104 0.004 0.752
#> SRR490217 6 0.4169 0.732 0.000 0.140 0.000 0.104 0.004 0.752
#> SRR490218 6 0.4169 0.732 0.000 0.140 0.000 0.104 0.004 0.752
#> SRR490219 6 0.4169 0.732 0.000 0.140 0.000 0.104 0.004 0.752
#> SRR490220 4 0.6204 0.411 0.084 0.076 0.016 0.640 0.012 0.172
#> SRR490221 4 0.6204 0.411 0.084 0.076 0.016 0.640 0.012 0.172
#> SRR490222 4 0.6204 0.411 0.084 0.076 0.016 0.640 0.012 0.172
#> SRR490223 4 0.6204 0.411 0.084 0.076 0.016 0.640 0.012 0.172
#> SRR490224 3 0.1668 0.871 0.060 0.008 0.928 0.000 0.004 0.000
#> SRR490225 3 0.1668 0.871 0.060 0.008 0.928 0.000 0.004 0.000
#> SRR490226 3 0.1668 0.871 0.060 0.008 0.928 0.000 0.004 0.000
#> SRR490227 3 0.1668 0.871 0.060 0.008 0.928 0.000 0.004 0.000
#> SRR490228 3 0.0291 0.891 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490229 3 0.0291 0.891 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490230 3 0.0291 0.891 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490231 3 0.0291 0.891 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490232 3 0.3725 0.625 0.316 0.008 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR490233 3 0.3725 0.625 0.316 0.008 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR490234 3 0.3725 0.625 0.316 0.008 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR490235 3 0.3725 0.625 0.316 0.008 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR490236 3 0.0458 0.890 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0458 0.890 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0458 0.890 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0458 0.890 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490240 4 0.3887 0.594 0.224 0.004 0.000 0.744 0.012 0.016
#> SRR490241 4 0.3887 0.594 0.224 0.004 0.000 0.744 0.012 0.016
#> SRR490242 4 0.3887 0.594 0.224 0.004 0.000 0.744 0.012 0.016
#> SRR490243 4 0.3887 0.594 0.224 0.004 0.000 0.744 0.012 0.016
#> SRR490244 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.4199 0.728 0.004 0.148 0.000 0.100 0.000 0.748
#> SRR490249 6 0.4199 0.728 0.004 0.148 0.000 0.100 0.000 0.748
#> SRR490250 6 0.4199 0.728 0.004 0.148 0.000 0.100 0.000 0.748
#> SRR490251 6 0.4199 0.728 0.004 0.148 0.000 0.100 0.000 0.748
#> SRR490252 4 0.4491 0.608 0.152 0.024 0.000 0.752 0.008 0.064
#> SRR490253 4 0.4491 0.608 0.152 0.024 0.000 0.752 0.008 0.064
#> SRR490254 4 0.4491 0.608 0.152 0.024 0.000 0.752 0.008 0.064
#> SRR490255 4 0.4491 0.608 0.152 0.024 0.000 0.752 0.008 0.064
#> SRR490256 3 0.4571 0.516 0.344 0.008 0.620 0.008 0.020 0.000
#> SRR490257 3 0.4571 0.516 0.344 0.008 0.620 0.008 0.020 0.000
#> SRR490258 3 0.4571 0.516 0.344 0.008 0.620 0.008 0.020 0.000
#> SRR490259 3 0.4571 0.516 0.344 0.008 0.620 0.008 0.020 0.000
#> SRR490260 3 0.3479 0.760 0.212 0.008 0.768 0.000 0.012 0.000
#> SRR490261 3 0.3479 0.760 0.212 0.008 0.768 0.000 0.012 0.000
#> SRR490262 3 0.3479 0.760 0.212 0.008 0.768 0.000 0.012 0.000
#> SRR490263 3 0.3479 0.760 0.212 0.008 0.768 0.000 0.012 0.000
#> SRR490264 3 0.1866 0.863 0.084 0.008 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.1866 0.863 0.084 0.008 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.1866 0.863 0.084 0.008 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.1866 0.863 0.084 0.008 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 3 0.4091 0.585 0.340 0.004 0.644 0.000 0.008 0.004
#> SRR490269 3 0.4091 0.585 0.340 0.004 0.644 0.000 0.008 0.004
#> SRR490270 3 0.4091 0.585 0.340 0.004 0.644 0.000 0.008 0.004
#> SRR490271 3 0.4091 0.585 0.340 0.004 0.644 0.000 0.008 0.004
#> SRR490272 3 0.3166 0.791 0.184 0.008 0.800 0.000 0.008 0.000
#> SRR490273 3 0.3166 0.791 0.184 0.008 0.800 0.000 0.008 0.000
#> SRR490274 3 0.3166 0.791 0.184 0.008 0.800 0.000 0.008 0.000
#> SRR490275 3 0.3166 0.791 0.184 0.008 0.800 0.000 0.008 0.000
#> SRR490276 3 0.3030 0.804 0.168 0.008 0.816 0.000 0.008 0.000
#> SRR490277 3 0.3030 0.804 0.168 0.008 0.816 0.000 0.008 0.000
#> SRR490278 3 0.3030 0.804 0.168 0.008 0.816 0.000 0.008 0.000
#> SRR490279 3 0.3030 0.804 0.168 0.008 0.816 0.000 0.008 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.7397 0.347 0.580 0.064 0.104 0.040 0.132 0.080
#> SRR490289 1 0.7397 0.347 0.580 0.064 0.104 0.040 0.132 0.080
#> SRR490290 1 0.7397 0.347 0.580 0.064 0.104 0.040 0.132 0.080
#> SRR490291 1 0.7397 0.347 0.580 0.064 0.104 0.040 0.132 0.080
#> SRR490292 4 0.4420 0.569 0.072 0.068 0.000 0.784 0.012 0.064
#> SRR490293 4 0.4420 0.569 0.072 0.068 0.000 0.784 0.012 0.064
#> SRR490294 4 0.4420 0.569 0.072 0.068 0.000 0.784 0.012 0.064
#> SRR490295 4 0.4420 0.569 0.072 0.068 0.000 0.784 0.012 0.064
#> SRR490296 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490297 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490298 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490299 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490300 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490301 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490302 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490303 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490304 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490305 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490306 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490307 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.4309 0.732 0.004 0.140 0.000 0.104 0.004 0.748
#> SRR490313 6 0.4309 0.732 0.004 0.140 0.000 0.104 0.004 0.748
#> SRR490314 6 0.4309 0.732 0.004 0.140 0.000 0.104 0.004 0.748
#> SRR490315 6 0.4309 0.732 0.004 0.140 0.000 0.104 0.004 0.748
#> SRR490316 4 0.6833 0.331 0.204 0.048 0.004 0.576 0.072 0.096
#> SRR490317 4 0.6833 0.331 0.204 0.048 0.004 0.576 0.072 0.096
#> SRR490318 4 0.6833 0.331 0.204 0.048 0.004 0.576 0.072 0.096
#> SRR490319 4 0.6833 0.331 0.204 0.048 0.004 0.576 0.072 0.096
#> SRR490320 1 0.8697 0.316 0.312 0.128 0.232 0.000 0.168 0.160
#> SRR490321 1 0.8697 0.316 0.312 0.128 0.232 0.000 0.168 0.160
#> SRR490322 1 0.8697 0.316 0.312 0.128 0.232 0.000 0.168 0.160
#> SRR490323 1 0.8697 0.316 0.312 0.128 0.232 0.000 0.168 0.160
#> SRR490324 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.1411 0.689 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490329 4 0.1411 0.689 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490330 4 0.1411 0.689 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490331 4 0.1411 0.689 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490332 4 0.1493 0.690 0.004 0.056 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490333 4 0.1493 0.690 0.004 0.056 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490334 4 0.1493 0.690 0.004 0.056 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490335 4 0.1493 0.690 0.004 0.056 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR490336 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490337 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490338 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490339 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490340 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490341 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490342 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490343 4 0.4040 0.583 0.056 0.068 0.000 0.808 0.008 0.060
#> SRR490344 6 0.5700 0.676 0.012 0.136 0.000 0.276 0.004 0.572
#> SRR490345 6 0.5700 0.676 0.012 0.136 0.000 0.276 0.004 0.572
#> SRR490346 6 0.5700 0.676 0.012 0.136 0.000 0.276 0.004 0.572
#> SRR490347 6 0.5700 0.676 0.012 0.136 0.000 0.276 0.004 0.572
#> SRR490348 2 0.3699 0.883 0.000 0.660 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR490349 2 0.3699 0.883 0.000 0.660 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR490350 2 0.3699 0.883 0.000 0.660 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR490351 2 0.3699 0.883 0.000 0.660 0.000 0.336 0.000 0.004
#> SRR490352 2 0.3684 0.883 0.000 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.3684 0.883 0.000 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR490354 2 0.3684 0.883 0.000 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR490355 2 0.3684 0.883 0.000 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR490356 4 0.6323 -0.158 0.024 0.172 0.000 0.476 0.004 0.324
#> SRR490357 4 0.6323 -0.158 0.024 0.172 0.000 0.476 0.004 0.324
#> SRR490358 4 0.6323 -0.158 0.024 0.172 0.000 0.476 0.004 0.324
#> SRR490359 4 0.6323 -0.158 0.024 0.172 0.000 0.476 0.004 0.324
#> SRR490360 2 0.5325 0.525 0.000 0.584 0.000 0.260 0.000 0.156
#> SRR490361 2 0.5325 0.525 0.000 0.584 0.000 0.260 0.000 0.156
#> SRR490362 2 0.5325 0.525 0.000 0.584 0.000 0.260 0.000 0.156
#> SRR490363 2 0.5325 0.525 0.000 0.584 0.000 0.260 0.000 0.156
#> SRR490364 4 0.5054 0.153 0.008 0.256 0.000 0.636 0.000 0.100
#> SRR490365 4 0.5054 0.153 0.008 0.256 0.000 0.636 0.000 0.100
#> SRR490366 4 0.5054 0.153 0.008 0.256 0.000 0.636 0.000 0.100
#> SRR490367 4 0.5054 0.153 0.008 0.256 0.000 0.636 0.000 0.100
#> SRR490368 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490369 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490370 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490371 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490372 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 6 0.6237 0.220 0.004 0.304 0.000 0.328 0.000 0.364
#> SRR490377 6 0.6237 0.220 0.004 0.304 0.000 0.328 0.000 0.364
#> SRR490378 6 0.6237 0.220 0.004 0.304 0.000 0.328 0.000 0.364
#> SRR490379 6 0.6237 0.220 0.004 0.304 0.000 0.328 0.000 0.364
#> SRR490380 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.3758 0.883 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490385 2 0.3758 0.883 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490386 2 0.3758 0.883 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490387 2 0.3758 0.883 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490388 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490389 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490390 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490391 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490392 2 0.4628 0.859 0.004 0.608 0.000 0.344 0.000 0.044
#> SRR490393 2 0.4628 0.859 0.004 0.608 0.000 0.344 0.000 0.044
#> SRR490394 2 0.4628 0.859 0.004 0.608 0.000 0.344 0.000 0.044
#> SRR490395 2 0.4628 0.859 0.004 0.608 0.000 0.344 0.000 0.044
#> SRR490396 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490397 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490398 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490399 2 0.4773 0.814 0.004 0.548 0.000 0.404 0.000 0.044
#> SRR490400 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490401 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490402 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490403 2 0.4015 0.875 0.000 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012
#> SRR490404 4 0.6336 -0.160 0.024 0.176 0.000 0.476 0.004 0.320
#> SRR490405 4 0.6336 -0.160 0.024 0.176 0.000 0.476 0.004 0.320
#> SRR490406 4 0.6336 -0.160 0.024 0.176 0.000 0.476 0.004 0.320
#> SRR490407 4 0.6336 -0.160 0.024 0.176 0.000 0.476 0.004 0.320
#> SRR490408 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.3995 0.594 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490417 4 0.3995 0.594 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490418 4 0.3995 0.594 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490419 4 0.3995 0.594 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490420 4 0.5757 0.362 0.328 0.000 0.008 0.560 0.068 0.036
#> SRR490421 4 0.5757 0.362 0.328 0.000 0.008 0.560 0.068 0.036
#> SRR490422 4 0.5757 0.362 0.328 0.000 0.008 0.560 0.068 0.036
#> SRR490423 4 0.5757 0.362 0.328 0.000 0.008 0.560 0.068 0.036
#> SRR490424 3 0.2214 0.857 0.092 0.012 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR490425 3 0.2214 0.857 0.092 0.012 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR490426 3 0.2214 0.857 0.092 0.012 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR490427 3 0.2214 0.857 0.092 0.012 0.892 0.000 0.000 0.004
#> SRR490428 1 0.6250 0.199 0.584 0.012 0.068 0.044 0.272 0.020
#> SRR490429 1 0.6250 0.199 0.584 0.012 0.068 0.044 0.272 0.020
#> SRR490430 1 0.6250 0.199 0.584 0.012 0.068 0.044 0.272 0.020
#> SRR490431 1 0.6250 0.199 0.584 0.012 0.068 0.044 0.272 0.020
#> SRR490432 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490433 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490434 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490435 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490436 4 0.3888 0.621 0.184 0.016 0.000 0.772 0.012 0.016
#> SRR490437 4 0.3888 0.621 0.184 0.016 0.000 0.772 0.012 0.016
#> SRR490438 4 0.3888 0.621 0.184 0.016 0.000 0.772 0.012 0.016
#> SRR490439 4 0.3888 0.621 0.184 0.016 0.000 0.772 0.012 0.016
#> SRR490440 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.3659 0.873 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR490444 4 0.3862 -0.540 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR490445 4 0.3862 -0.540 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR490446 4 0.3862 -0.540 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR490447 4 0.3862 -0.540 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR490448 4 0.5617 0.379 0.316 0.000 0.004 0.576 0.068 0.036
#> SRR490449 4 0.5617 0.379 0.316 0.000 0.004 0.576 0.068 0.036
#> SRR490450 4 0.5617 0.379 0.316 0.000 0.004 0.576 0.068 0.036
#> SRR490451 4 0.5617 0.379 0.316 0.000 0.004 0.576 0.068 0.036
#> SRR490452 1 0.6399 0.336 0.372 0.008 0.260 0.004 0.356 0.000
#> SRR490453 1 0.6399 0.336 0.372 0.008 0.260 0.004 0.356 0.000
#> SRR490454 1 0.6399 0.336 0.372 0.008 0.260 0.004 0.356 0.000
#> SRR490455 1 0.6399 0.336 0.372 0.008 0.260 0.004 0.356 0.000
#> SRR490456 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490457 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490458 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490459 4 0.3995 0.593 0.224 0.008 0.000 0.740 0.012 0.016
#> SRR490460 4 0.4021 0.590 0.228 0.008 0.000 0.736 0.012 0.016
#> SRR490461 4 0.4021 0.590 0.228 0.008 0.000 0.736 0.012 0.016
#> SRR490462 4 0.4021 0.590 0.228 0.008 0.000 0.736 0.012 0.016
#> SRR490463 4 0.4021 0.590 0.228 0.008 0.000 0.736 0.012 0.016
#> SRR490464 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.2118 0.664 0.008 0.104 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR490469 4 0.2118 0.664 0.008 0.104 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR490470 4 0.2118 0.664 0.008 0.104 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR490471 4 0.2118 0.664 0.008 0.104 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR490472 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.1267 0.686 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.1327 0.685 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR490489 4 0.1327 0.685 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.1327 0.685 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR490491 4 0.1327 0.685 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR490492 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490500 4 0.2322 0.681 0.008 0.072 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR490501 4 0.2322 0.681 0.008 0.072 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR490502 4 0.2322 0.681 0.008 0.072 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR490503 4 0.2322 0.681 0.008 0.072 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR490504 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.3782 0.826 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.3782 0.826 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.3782 0.826 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.3782 0.826 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR490512 4 0.2219 0.635 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.2219 0.635 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.2219 0.635 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.2219 0.635 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.2048 0.652 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490532 5 0.2213 1.000 0.100 0.000 0.008 0.004 0.888 0.000
#> SRR490533 5 0.2213 1.000 0.100 0.000 0.008 0.004 0.888 0.000
#> SRR490534 5 0.2213 1.000 0.100 0.000 0.008 0.004 0.888 0.000
#> SRR490535 5 0.2213 1.000 0.100 0.000 0.008 0.004 0.888 0.000
#> SRR490536 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.3547 0.882 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.3766 0.732 0.000 0.736 0.000 0.232 0.000 0.032
#> SRR490541 2 0.3766 0.732 0.000 0.736 0.000 0.232 0.000 0.032
#> SRR490542 2 0.3766 0.732 0.000 0.736 0.000 0.232 0.000 0.032
#> SRR490543 2 0.3766 0.732 0.000 0.736 0.000 0.232 0.000 0.032
#> SRR490544 2 0.3774 0.885 0.000 0.664 0.000 0.328 0.000 0.008
#> SRR490545 2 0.3774 0.885 0.000 0.664 0.000 0.328 0.000 0.008
#> SRR490546 2 0.3774 0.885 0.000 0.664 0.000 0.328 0.000 0.008
#> SRR490547 2 0.3774 0.885 0.000 0.664 0.000 0.328 0.000 0.008
#> SRR490548 2 0.4453 0.859 0.000 0.592 0.000 0.372 0.000 0.036
#> SRR490549 2 0.4453 0.859 0.000 0.592 0.000 0.372 0.000 0.036
#> SRR490550 2 0.4453 0.859 0.000 0.592 0.000 0.372 0.000 0.036
#> SRR490551 2 0.4453 0.859 0.000 0.592 0.000 0.372 0.000 0.036
#> SRR490552 2 0.3728 0.888 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR490553 2 0.3728 0.888 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR490554 2 0.3728 0.888 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR490555 2 0.3728 0.888 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490557 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490558 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490559 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490560 2 0.4633 0.831 0.004 0.568 0.000 0.392 0.000 0.036
#> SRR490561 2 0.4633 0.831 0.004 0.568 0.000 0.392 0.000 0.036
#> SRR490562 2 0.4633 0.831 0.004 0.568 0.000 0.392 0.000 0.036
#> SRR490563 2 0.4633 0.831 0.004 0.568 0.000 0.392 0.000 0.036
#> SRR490564 4 0.4487 0.529 0.024 0.064 0.000 0.744 0.004 0.164
#> SRR490565 4 0.4487 0.529 0.024 0.064 0.000 0.744 0.004 0.164
#> SRR490566 4 0.4487 0.529 0.024 0.064 0.000 0.744 0.004 0.164
#> SRR490567 4 0.4487 0.529 0.024 0.064 0.000 0.744 0.004 0.164
#> SRR490568 2 0.3867 0.637 0.000 0.748 0.000 0.200 0.000 0.052
#> SRR490569 2 0.3867 0.637 0.000 0.748 0.000 0.200 0.000 0.052
#> SRR490570 2 0.3867 0.637 0.000 0.748 0.000 0.200 0.000 0.052
#> SRR490571 2 0.3867 0.637 0.000 0.748 0.000 0.200 0.000 0.052
#> SRR490572 2 0.3756 0.884 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR490573 2 0.3756 0.884 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR490574 2 0.3756 0.884 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR490575 2 0.3756 0.884 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR490576 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490577 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490578 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490579 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490580 2 0.4780 0.809 0.004 0.544 0.000 0.408 0.000 0.044
#> SRR490581 2 0.4780 0.809 0.004 0.544 0.000 0.408 0.000 0.044
#> SRR490582 2 0.4780 0.809 0.004 0.544 0.000 0.408 0.000 0.044
#> SRR490583 2 0.4780 0.809 0.004 0.544 0.000 0.408 0.000 0.044
#> SRR490584 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490585 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490586 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490587 2 0.3769 0.884 0.000 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR490588 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490589 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490590 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490591 2 0.4716 0.817 0.004 0.552 0.000 0.404 0.000 0.040
#> SRR490592 2 0.3758 0.885 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490593 2 0.3758 0.885 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490594 2 0.3758 0.885 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490595 2 0.3758 0.885 0.000 0.668 0.000 0.324 0.000 0.008
#> SRR490596 4 0.4648 0.584 0.092 0.036 0.000 0.748 0.004 0.120
#> SRR490597 4 0.4648 0.584 0.092 0.036 0.000 0.748 0.004 0.120
#> SRR490598 4 0.4648 0.584 0.092 0.036 0.000 0.748 0.004 0.120
#> SRR490599 4 0.4648 0.584 0.092 0.036 0.000 0.748 0.004 0.120
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.896 0.948 0.975 0.3865 0.611 0.611
#> 3 3 0.646 0.885 0.882 0.4765 0.696 0.528
#> 4 4 0.529 0.790 0.823 0.1393 0.996 0.989
#> 5 5 0.565 0.693 0.749 0.0684 0.979 0.946
#> 6 6 0.611 0.670 0.726 0.0390 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.6247 0.814 0.156 0.844
#> SRR490217 2 0.5737 0.839 0.136 0.864
#> SRR490218 2 0.6438 0.803 0.164 0.836
#> SRR490219 2 0.5946 0.829 0.144 0.856
#> SRR490220 2 0.5629 0.847 0.132 0.868
#> SRR490221 2 0.0938 0.973 0.012 0.988
#> SRR490222 2 0.5842 0.837 0.140 0.860
#> SRR490223 2 0.5519 0.852 0.128 0.872
#> SRR490224 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490225 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490226 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490227 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490228 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490229 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490230 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490231 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490232 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490233 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490234 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490235 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490236 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490237 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490238 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490239 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490240 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490245 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490246 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490247 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490248 2 0.6887 0.774 0.184 0.816
#> SRR490249 2 0.6531 0.797 0.168 0.832
#> SRR490250 2 0.5519 0.849 0.128 0.872
#> SRR490251 2 0.6712 0.786 0.176 0.824
#> SRR490252 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.4562 0.899 0.904 0.096
#> SRR490257 1 0.4939 0.888 0.892 0.108
#> SRR490258 1 0.4815 0.892 0.896 0.104
#> SRR490259 1 0.4815 0.892 0.896 0.104
#> SRR490260 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490261 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490262 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490263 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490264 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490265 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490266 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490267 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490268 1 0.4690 0.896 0.900 0.100
#> SRR490269 1 0.4690 0.896 0.900 0.100
#> SRR490270 1 0.4815 0.892 0.896 0.104
#> SRR490271 1 0.4690 0.896 0.900 0.100
#> SRR490272 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490273 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490274 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490275 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490276 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490277 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490278 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490279 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490280 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490281 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490282 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490283 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490284 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490285 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490286 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490287 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490288 1 0.6712 0.807 0.824 0.176
#> SRR490289 2 0.9815 0.252 0.420 0.580
#> SRR490290 2 0.9491 0.405 0.368 0.632
#> SRR490291 2 0.9393 0.437 0.356 0.644
#> SRR490292 2 0.1633 0.960 0.024 0.976
#> SRR490293 2 0.0938 0.971 0.012 0.988
#> SRR490294 2 0.1184 0.967 0.016 0.984
#> SRR490295 2 0.1633 0.960 0.024 0.976
#> SRR490296 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490309 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490310 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490311 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490312 2 0.8955 0.542 0.312 0.688
#> SRR490313 2 0.8443 0.624 0.272 0.728
#> SRR490314 2 0.7950 0.684 0.240 0.760
#> SRR490315 2 0.7056 0.762 0.192 0.808
#> SRR490316 2 0.6531 0.797 0.168 0.832
#> SRR490317 2 0.6531 0.797 0.168 0.832
#> SRR490318 2 0.6048 0.824 0.148 0.852
#> SRR490319 2 0.2423 0.945 0.040 0.960
#> SRR490320 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490321 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490322 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490323 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490324 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490325 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490326 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490327 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490328 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490337 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490338 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490339 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490340 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490345 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490373 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490374 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490375 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490376 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490381 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490382 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490383 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490384 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490413 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490414 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490415 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490416 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.6973 0.768 0.188 0.812
#> SRR490421 2 0.5519 0.850 0.128 0.872
#> SRR490422 2 0.4022 0.904 0.080 0.920
#> SRR490423 2 0.3879 0.908 0.076 0.924
#> SRR490424 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490425 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490426 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490427 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490428 1 0.9881 0.267 0.564 0.436
#> SRR490429 1 0.9983 0.133 0.524 0.476
#> SRR490430 1 0.9944 0.203 0.544 0.456
#> SRR490431 1 1.0000 0.056 0.504 0.496
#> SRR490432 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490452 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490453 1 0.5059 0.884 0.888 0.112
#> SRR490454 1 0.4815 0.892 0.896 0.104
#> SRR490455 1 0.4815 0.892 0.896 0.104
#> SRR490456 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490465 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490466 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490467 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490468 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490477 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490478 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490479 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR490480 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.5408 0.871 0.876 0.124
#> SRR490533 1 0.6712 0.807 0.824 0.176
#> SRR490534 1 0.7056 0.785 0.808 0.192
#> SRR490535 1 0.5737 0.857 0.864 0.136
#> SRR490536 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490569 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490570 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490571 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR490572 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 3 0.6026 0.864 0.024 0.244 0.732
#> SRR490217 3 0.5977 0.866 0.020 0.252 0.728
#> SRR490218 3 0.6066 0.865 0.024 0.248 0.728
#> SRR490219 3 0.5977 0.866 0.020 0.252 0.728
#> SRR490220 3 0.5595 0.876 0.016 0.228 0.756
#> SRR490221 3 0.5058 0.878 0.000 0.244 0.756
#> SRR490222 3 0.5639 0.877 0.016 0.232 0.752
#> SRR490223 3 0.5639 0.877 0.016 0.232 0.752
#> SRR490224 1 0.2772 0.945 0.916 0.004 0.080
#> SRR490225 1 0.2772 0.945 0.916 0.004 0.080
#> SRR490226 1 0.2772 0.945 0.916 0.004 0.080
#> SRR490227 1 0.2772 0.945 0.916 0.004 0.080
#> SRR490228 1 0.2860 0.946 0.912 0.004 0.084
#> SRR490229 1 0.2945 0.945 0.908 0.004 0.088
#> SRR490230 1 0.2945 0.945 0.908 0.004 0.088
#> SRR490231 1 0.2945 0.945 0.908 0.004 0.088
#> SRR490232 3 0.5956 0.383 0.324 0.004 0.672
#> SRR490233 3 0.5553 0.489 0.272 0.004 0.724
#> SRR490234 3 0.5553 0.489 0.272 0.004 0.724
#> SRR490235 3 0.5443 0.510 0.260 0.004 0.736
#> SRR490236 1 0.2590 0.947 0.924 0.004 0.072
#> SRR490237 1 0.2772 0.945 0.916 0.004 0.080
#> SRR490238 1 0.2772 0.945 0.916 0.004 0.080
#> SRR490239 1 0.2772 0.945 0.916 0.004 0.080
#> SRR490240 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490241 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490242 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490243 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490244 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490245 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490246 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490247 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490248 3 0.6252 0.865 0.024 0.268 0.708
#> SRR490249 3 0.6252 0.865 0.024 0.268 0.708
#> SRR490250 3 0.6027 0.866 0.016 0.272 0.712
#> SRR490251 3 0.6252 0.865 0.024 0.268 0.708
#> SRR490252 3 0.5465 0.861 0.000 0.288 0.712
#> SRR490253 3 0.5465 0.861 0.000 0.288 0.712
#> SRR490254 3 0.5465 0.861 0.000 0.288 0.712
#> SRR490255 3 0.5465 0.861 0.000 0.288 0.712
#> SRR490256 3 0.6034 0.612 0.212 0.036 0.752
#> SRR490257 3 0.6254 0.659 0.188 0.056 0.756
#> SRR490258 3 0.6304 0.654 0.192 0.056 0.752
#> SRR490259 3 0.6304 0.654 0.192 0.056 0.752
#> SRR490260 1 0.3030 0.940 0.904 0.004 0.092
#> SRR490261 1 0.3030 0.940 0.904 0.004 0.092
#> SRR490262 1 0.3030 0.940 0.904 0.004 0.092
#> SRR490263 1 0.3030 0.940 0.904 0.004 0.092
#> SRR490264 1 0.2772 0.946 0.916 0.004 0.080
#> SRR490265 1 0.2772 0.946 0.916 0.004 0.080
#> SRR490266 1 0.2772 0.946 0.916 0.004 0.080
#> SRR490267 1 0.2772 0.946 0.916 0.004 0.080
#> SRR490268 3 0.6258 0.646 0.196 0.052 0.752
#> SRR490269 3 0.6304 0.654 0.192 0.056 0.752
#> SRR490270 3 0.6254 0.659 0.188 0.056 0.756
#> SRR490271 3 0.6304 0.654 0.192 0.056 0.752
#> SRR490272 1 0.3349 0.930 0.888 0.004 0.108
#> SRR490273 1 0.3500 0.923 0.880 0.004 0.116
#> SRR490274 1 0.3425 0.927 0.884 0.004 0.112
#> SRR490275 1 0.3644 0.916 0.872 0.004 0.124
#> SRR490276 1 0.3272 0.933 0.892 0.004 0.104
#> SRR490277 1 0.3272 0.933 0.892 0.004 0.104
#> SRR490278 1 0.3349 0.930 0.888 0.004 0.108
#> SRR490279 1 0.3272 0.933 0.892 0.004 0.104
#> SRR490280 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490281 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490282 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490283 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490284 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490285 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490286 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490287 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490288 3 0.6181 0.701 0.156 0.072 0.772
#> SRR490289 3 0.5944 0.818 0.064 0.152 0.784
#> SRR490290 3 0.5835 0.831 0.052 0.164 0.784
#> SRR490291 3 0.5911 0.823 0.060 0.156 0.784
#> SRR490292 3 0.4887 0.877 0.000 0.228 0.772
#> SRR490293 3 0.4931 0.878 0.000 0.232 0.768
#> SRR490294 3 0.4931 0.878 0.000 0.232 0.768
#> SRR490295 3 0.4931 0.878 0.000 0.232 0.768
#> SRR490296 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490297 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490298 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490299 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490300 3 0.5327 0.865 0.000 0.272 0.728
#> SRR490301 3 0.5327 0.865 0.000 0.272 0.728
#> SRR490302 3 0.5327 0.865 0.000 0.272 0.728
#> SRR490303 3 0.5327 0.865 0.000 0.272 0.728
#> SRR490304 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490305 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490306 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490307 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490308 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490309 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490310 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490311 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490312 3 0.6481 0.843 0.048 0.224 0.728
#> SRR490313 3 0.6523 0.846 0.048 0.228 0.724
#> SRR490314 3 0.6465 0.850 0.044 0.232 0.724
#> SRR490315 3 0.6105 0.860 0.024 0.252 0.724
#> SRR490316 3 0.5450 0.877 0.012 0.228 0.760
#> SRR490317 3 0.5595 0.877 0.016 0.228 0.756
#> SRR490318 3 0.5450 0.877 0.012 0.228 0.760
#> SRR490319 3 0.5016 0.878 0.000 0.240 0.760
#> SRR490320 1 0.5982 0.616 0.668 0.004 0.328
#> SRR490321 1 0.5365 0.751 0.744 0.004 0.252
#> SRR490322 1 0.5365 0.751 0.744 0.004 0.252
#> SRR490323 1 0.5929 0.632 0.676 0.004 0.320
#> SRR490324 1 0.1267 0.951 0.972 0.004 0.024
#> SRR490325 1 0.1267 0.951 0.972 0.004 0.024
#> SRR490326 1 0.1267 0.951 0.972 0.004 0.024
#> SRR490327 1 0.1267 0.951 0.972 0.004 0.024
#> SRR490328 3 0.5497 0.856 0.000 0.292 0.708
#> SRR490329 3 0.5497 0.856 0.000 0.292 0.708
#> SRR490330 3 0.5529 0.852 0.000 0.296 0.704
#> SRR490331 3 0.5529 0.852 0.000 0.296 0.704
#> SRR490332 3 0.5810 0.801 0.000 0.336 0.664
#> SRR490333 2 0.6280 -0.250 0.000 0.540 0.460
#> SRR490334 2 0.5785 0.343 0.000 0.668 0.332
#> SRR490335 3 0.5968 0.753 0.000 0.364 0.636
#> SRR490336 2 0.2165 0.929 0.000 0.936 0.064
#> SRR490337 2 0.2165 0.929 0.000 0.936 0.064
#> SRR490338 2 0.2165 0.929 0.000 0.936 0.064
#> SRR490339 2 0.2165 0.929 0.000 0.936 0.064
#> SRR490340 3 0.5216 0.874 0.000 0.260 0.740
#> SRR490341 3 0.5254 0.873 0.000 0.264 0.736
#> SRR490342 3 0.5291 0.871 0.000 0.268 0.732
#> SRR490343 3 0.5254 0.873 0.000 0.264 0.736
#> SRR490344 3 0.5529 0.863 0.000 0.296 0.704
#> SRR490345 3 0.5678 0.854 0.000 0.316 0.684
#> SRR490346 3 0.5650 0.856 0.000 0.312 0.688
#> SRR490347 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR490348 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490349 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490350 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490351 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490352 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490353 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490354 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490355 2 0.0747 0.942 0.000 0.984 0.016
#> SRR490356 3 0.6033 0.832 0.004 0.336 0.660
#> SRR490357 3 0.6057 0.827 0.004 0.340 0.656
#> SRR490358 3 0.6057 0.827 0.004 0.340 0.656
#> SRR490359 3 0.6057 0.827 0.004 0.340 0.656
#> SRR490360 2 0.1643 0.925 0.000 0.956 0.044
#> SRR490361 2 0.1289 0.929 0.000 0.968 0.032
#> SRR490362 2 0.1289 0.929 0.000 0.968 0.032
#> SRR490363 2 0.1289 0.929 0.000 0.968 0.032
#> SRR490364 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490365 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490366 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490367 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490368 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490369 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490370 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490371 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490372 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490373 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490374 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490375 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490376 3 0.5859 0.831 0.000 0.344 0.656
#> SRR490377 3 0.6026 0.789 0.000 0.376 0.624
#> SRR490378 3 0.6045 0.783 0.000 0.380 0.620
#> SRR490379 3 0.6045 0.783 0.000 0.380 0.620
#> SRR490380 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490381 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490382 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490383 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490384 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490385 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490386 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490387 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490388 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490389 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490390 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490391 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490392 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490393 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490394 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490395 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490396 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490397 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490398 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490399 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490400 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490401 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490402 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490403 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490404 3 0.5882 0.826 0.000 0.348 0.652
#> SRR490405 3 0.5905 0.821 0.000 0.352 0.648
#> SRR490406 3 0.5905 0.821 0.000 0.352 0.648
#> SRR490407 3 0.5905 0.821 0.000 0.352 0.648
#> SRR490408 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490409 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490410 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490411 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490412 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490413 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490414 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490415 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490416 3 0.5397 0.866 0.000 0.280 0.720
#> SRR490417 3 0.5529 0.852 0.000 0.296 0.704
#> SRR490418 3 0.5529 0.852 0.000 0.296 0.704
#> SRR490419 3 0.5529 0.852 0.000 0.296 0.704
#> SRR490420 3 0.5305 0.857 0.020 0.192 0.788
#> SRR490421 3 0.5109 0.869 0.008 0.212 0.780
#> SRR490422 3 0.4978 0.871 0.004 0.216 0.780
#> SRR490423 3 0.4978 0.871 0.004 0.216 0.780
#> SRR490424 1 0.3112 0.940 0.900 0.004 0.096
#> SRR490425 1 0.3112 0.940 0.900 0.004 0.096
#> SRR490426 1 0.3112 0.940 0.900 0.004 0.096
#> SRR490427 1 0.3112 0.940 0.900 0.004 0.096
#> SRR490428 3 0.6144 0.793 0.088 0.132 0.780
#> SRR490429 3 0.6144 0.793 0.088 0.132 0.780
#> SRR490430 3 0.6144 0.793 0.088 0.132 0.780
#> SRR490431 3 0.6144 0.793 0.088 0.132 0.780
#> SRR490432 3 0.5327 0.870 0.000 0.272 0.728
#> SRR490433 3 0.5363 0.868 0.000 0.276 0.724
#> SRR490434 3 0.5397 0.866 0.000 0.280 0.720
#> SRR490435 3 0.5397 0.866 0.000 0.280 0.720
#> SRR490436 3 0.5497 0.856 0.000 0.292 0.708
#> SRR490437 3 0.5497 0.856 0.000 0.292 0.708
#> SRR490438 3 0.5497 0.856 0.000 0.292 0.708
#> SRR490439 3 0.5497 0.856 0.000 0.292 0.708
#> SRR490440 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490441 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490442 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490443 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490444 2 0.2261 0.927 0.000 0.932 0.068
#> SRR490445 2 0.2261 0.927 0.000 0.932 0.068
#> SRR490446 2 0.2261 0.927 0.000 0.932 0.068
#> SRR490447 2 0.2261 0.927 0.000 0.932 0.068
#> SRR490448 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490449 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490450 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490451 3 0.5016 0.877 0.000 0.240 0.760
#> SRR490452 3 0.5815 0.423 0.304 0.004 0.692
#> SRR490453 3 0.6254 0.656 0.188 0.056 0.756
#> SRR490454 3 0.6354 0.633 0.204 0.052 0.744
#> SRR490455 3 0.6258 0.643 0.196 0.052 0.752
#> SRR490456 3 0.5363 0.868 0.000 0.276 0.724
#> SRR490457 3 0.5363 0.868 0.000 0.276 0.724
#> SRR490458 3 0.5363 0.868 0.000 0.276 0.724
#> SRR490459 3 0.5363 0.868 0.000 0.276 0.724
#> SRR490460 3 0.5216 0.874 0.000 0.260 0.740
#> SRR490461 3 0.5216 0.874 0.000 0.260 0.740
#> SRR490462 3 0.5291 0.872 0.000 0.268 0.732
#> SRR490463 3 0.5254 0.873 0.000 0.264 0.736
#> SRR490464 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490465 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490466 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490467 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490468 2 0.5178 0.583 0.000 0.744 0.256
#> SRR490469 2 0.5810 0.331 0.000 0.664 0.336
#> SRR490470 2 0.5291 0.551 0.000 0.732 0.268
#> SRR490471 2 0.4974 0.634 0.000 0.764 0.236
#> SRR490472 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490473 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490474 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490475 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490476 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490477 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490478 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490479 1 0.0237 0.952 0.996 0.004 0.000
#> SRR490480 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490481 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490482 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490483 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490484 2 0.3686 0.836 0.000 0.860 0.140
#> SRR490485 2 0.2165 0.929 0.000 0.936 0.064
#> SRR490486 2 0.2165 0.929 0.000 0.936 0.064
#> SRR490487 2 0.2165 0.929 0.000 0.936 0.064
#> SRR490488 2 0.2066 0.930 0.000 0.940 0.060
#> SRR490489 2 0.2066 0.930 0.000 0.940 0.060
#> SRR490490 2 0.2066 0.930 0.000 0.940 0.060
#> SRR490491 2 0.2066 0.930 0.000 0.940 0.060
#> SRR490492 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490493 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490494 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490495 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490496 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490497 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490498 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490499 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490500 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490501 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490502 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490503 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490504 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490505 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490506 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490507 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490508 2 0.1860 0.936 0.000 0.948 0.052
#> SRR490509 2 0.1529 0.940 0.000 0.960 0.040
#> SRR490510 2 0.1643 0.939 0.000 0.956 0.044
#> SRR490511 2 0.1643 0.939 0.000 0.956 0.044
#> SRR490512 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490513 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490514 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490515 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490516 2 0.1860 0.933 0.000 0.948 0.052
#> SRR490517 2 0.1860 0.933 0.000 0.948 0.052
#> SRR490518 2 0.1860 0.933 0.000 0.948 0.052
#> SRR490519 2 0.1860 0.933 0.000 0.948 0.052
#> SRR490520 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490521 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490522 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490523 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490524 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490525 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490526 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490527 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490528 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490529 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490530 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490531 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR490532 3 0.5835 0.675 0.164 0.052 0.784
#> SRR490533 3 0.5974 0.702 0.148 0.068 0.784
#> SRR490534 3 0.5974 0.702 0.148 0.068 0.784
#> SRR490535 3 0.5875 0.682 0.160 0.056 0.784
#> SRR490536 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490537 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490538 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490539 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR490540 2 0.1529 0.922 0.000 0.960 0.040
#> SRR490541 2 0.1529 0.922 0.000 0.960 0.040
#> SRR490542 2 0.1529 0.922 0.000 0.960 0.040
#> SRR490543 2 0.1529 0.922 0.000 0.960 0.040
#> SRR490544 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490545 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490546 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490547 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR490548 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490549 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490550 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490551 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490552 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490553 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490554 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490555 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490556 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490557 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490558 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490559 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490560 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490561 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490562 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490563 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490564 2 0.5465 0.411 0.000 0.712 0.288
#> SRR490565 2 0.4702 0.631 0.000 0.788 0.212
#> SRR490566 2 0.4974 0.569 0.000 0.764 0.236
#> SRR490567 2 0.4974 0.569 0.000 0.764 0.236
#> SRR490568 2 0.1411 0.934 0.000 0.964 0.036
#> SRR490569 2 0.0892 0.944 0.000 0.980 0.020
#> SRR490570 2 0.1031 0.942 0.000 0.976 0.024
#> SRR490571 2 0.1031 0.942 0.000 0.976 0.024
#> SRR490572 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.949 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490577 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490578 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490579 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490580 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490581 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490582 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490583 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490584 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490585 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490586 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490587 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490588 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490589 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490590 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490591 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR490592 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490593 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490594 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490595 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR490596 3 0.5650 0.853 0.000 0.312 0.688
#> SRR490597 3 0.5650 0.853 0.000 0.312 0.688
#> SRR490598 3 0.5706 0.845 0.000 0.320 0.680
#> SRR490599 3 0.5650 0.853 0.000 0.312 0.688
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 1 0.5944 0.7736 0.700 NA 0.004 0.104
#> SRR490217 1 0.5944 0.7736 0.700 NA 0.004 0.104
#> SRR490218 1 0.5944 0.7736 0.700 NA 0.004 0.104
#> SRR490219 1 0.5944 0.7736 0.700 NA 0.004 0.104
#> SRR490220 1 0.3919 0.8137 0.840 NA 0.000 0.104
#> SRR490221 1 0.3919 0.8137 0.840 NA 0.000 0.104
#> SRR490222 1 0.3919 0.8137 0.840 NA 0.000 0.104
#> SRR490223 1 0.3919 0.8137 0.840 NA 0.000 0.104
#> SRR490224 3 0.2266 0.8424 0.084 NA 0.912 0.000
#> SRR490225 3 0.2266 0.8424 0.084 NA 0.912 0.000
#> SRR490226 3 0.2266 0.8424 0.084 NA 0.912 0.000
#> SRR490227 3 0.2266 0.8424 0.084 NA 0.912 0.000
#> SRR490228 3 0.2149 0.8426 0.088 NA 0.912 0.000
#> SRR490229 3 0.2281 0.8399 0.096 NA 0.904 0.000
#> SRR490230 3 0.2281 0.8399 0.096 NA 0.904 0.000
#> SRR490231 3 0.2281 0.8399 0.096 NA 0.904 0.000
#> SRR490232 1 0.4804 0.5420 0.708 NA 0.276 0.000
#> SRR490233 1 0.4690 0.5676 0.724 NA 0.260 0.000
#> SRR490234 1 0.4690 0.5676 0.724 NA 0.260 0.000
#> SRR490235 1 0.4661 0.5738 0.728 NA 0.256 0.000
#> SRR490236 3 0.2635 0.8428 0.076 NA 0.904 0.000
#> SRR490237 3 0.2635 0.8428 0.076 NA 0.904 0.000
#> SRR490238 3 0.2635 0.8428 0.076 NA 0.904 0.000
#> SRR490239 3 0.2635 0.8428 0.076 NA 0.904 0.000
#> SRR490240 1 0.2611 0.8107 0.896 NA 0.000 0.096
#> SRR490241 1 0.2611 0.8107 0.896 NA 0.000 0.096
#> SRR490242 1 0.2611 0.8107 0.896 NA 0.000 0.096
#> SRR490243 1 0.2611 0.8107 0.896 NA 0.000 0.096
#> SRR490244 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490245 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490246 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490247 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490248 1 0.6118 0.7712 0.692 NA 0.008 0.104
#> SRR490249 1 0.6118 0.7712 0.692 NA 0.008 0.104
#> SRR490250 1 0.6118 0.7712 0.692 NA 0.008 0.104
#> SRR490251 1 0.6186 0.7692 0.692 NA 0.012 0.100
#> SRR490252 1 0.4782 0.8102 0.780 NA 0.000 0.152
#> SRR490253 1 0.4852 0.8098 0.776 NA 0.000 0.152
#> SRR490254 1 0.4852 0.8098 0.776 NA 0.000 0.152
#> SRR490255 1 0.4852 0.8098 0.776 NA 0.000 0.152
#> SRR490256 1 0.4739 0.6060 0.740 NA 0.240 0.012
#> SRR490257 1 0.4895 0.6213 0.740 NA 0.232 0.020
#> SRR490258 1 0.4895 0.6213 0.740 NA 0.232 0.020
#> SRR490259 1 0.4895 0.6213 0.740 NA 0.232 0.020
#> SRR490260 3 0.3032 0.8223 0.124 NA 0.868 0.000
#> SRR490261 3 0.3088 0.8199 0.128 NA 0.864 0.000
#> SRR490262 3 0.3088 0.8199 0.128 NA 0.864 0.000
#> SRR490263 3 0.3088 0.8199 0.128 NA 0.864 0.000
#> SRR490264 3 0.2676 0.8404 0.092 NA 0.896 0.000
#> SRR490265 3 0.2676 0.8404 0.092 NA 0.896 0.000
#> SRR490266 3 0.2676 0.8404 0.092 NA 0.896 0.000
#> SRR490267 3 0.2676 0.8404 0.092 NA 0.896 0.000
#> SRR490268 1 0.4756 0.6218 0.744 NA 0.232 0.020
#> SRR490269 1 0.4756 0.6218 0.744 NA 0.232 0.020
#> SRR490270 1 0.4722 0.6268 0.748 NA 0.228 0.020
#> SRR490271 1 0.4756 0.6218 0.744 NA 0.232 0.020
#> SRR490272 3 0.3306 0.7986 0.156 NA 0.840 0.000
#> SRR490273 3 0.3355 0.7944 0.160 NA 0.836 0.000
#> SRR490274 3 0.3306 0.7986 0.156 NA 0.840 0.000
#> SRR490275 3 0.3402 0.7906 0.164 NA 0.832 0.000
#> SRR490276 3 0.3390 0.8142 0.132 NA 0.852 0.000
#> SRR490277 3 0.3443 0.8112 0.136 NA 0.848 0.000
#> SRR490278 3 0.3495 0.8077 0.140 NA 0.844 0.000
#> SRR490279 3 0.3443 0.8112 0.136 NA 0.848 0.000
#> SRR490280 3 0.3311 0.8639 0.000 NA 0.828 0.000
#> SRR490281 3 0.3311 0.8639 0.000 NA 0.828 0.000
#> SRR490282 3 0.3311 0.8639 0.000 NA 0.828 0.000
#> SRR490283 3 0.3311 0.8639 0.000 NA 0.828 0.000
#> SRR490284 3 0.3219 0.8659 0.000 NA 0.836 0.000
#> SRR490285 3 0.3219 0.8659 0.000 NA 0.836 0.000
#> SRR490286 3 0.3219 0.8659 0.000 NA 0.836 0.000
#> SRR490287 3 0.3219 0.8659 0.000 NA 0.836 0.000
#> SRR490288 1 0.4955 0.6502 0.760 NA 0.200 0.020
#> SRR490289 1 0.5064 0.7267 0.788 NA 0.132 0.060
#> SRR490290 1 0.5064 0.7267 0.788 NA 0.132 0.060
#> SRR490291 1 0.5138 0.7283 0.784 NA 0.132 0.064
#> SRR490292 1 0.3966 0.8133 0.840 NA 0.000 0.088
#> SRR490293 1 0.4163 0.8157 0.828 NA 0.000 0.096
#> SRR490294 1 0.4163 0.8157 0.828 NA 0.000 0.096
#> SRR490295 1 0.4163 0.8157 0.828 NA 0.000 0.096
#> SRR490296 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490297 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490298 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490299 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490300 1 0.5923 0.7859 0.696 NA 0.000 0.128
#> SRR490301 1 0.5972 0.7835 0.692 NA 0.000 0.132
#> SRR490302 1 0.5972 0.7835 0.692 NA 0.000 0.132
#> SRR490303 1 0.5972 0.7835 0.692 NA 0.000 0.132
#> SRR490304 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490305 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490306 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490307 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490308 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490309 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490310 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490311 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490312 1 0.6057 0.7578 0.712 NA 0.020 0.084
#> SRR490313 1 0.5950 0.7601 0.716 NA 0.016 0.084
#> SRR490314 1 0.5937 0.7614 0.712 NA 0.012 0.088
#> SRR490315 1 0.5898 0.7632 0.716 NA 0.012 0.088
#> SRR490316 1 0.4213 0.8114 0.832 NA 0.004 0.092
#> SRR490317 1 0.4292 0.8082 0.832 NA 0.008 0.088
#> SRR490318 1 0.4163 0.8130 0.828 NA 0.000 0.096
#> SRR490319 1 0.4163 0.8130 0.828 NA 0.000 0.096
#> SRR490320 3 0.5599 0.4363 0.352 NA 0.616 0.000
#> SRR490321 3 0.5389 0.5360 0.308 NA 0.660 0.000
#> SRR490322 3 0.5389 0.5360 0.308 NA 0.660 0.000
#> SRR490323 3 0.5659 0.3945 0.368 NA 0.600 0.000
#> SRR490324 3 0.3427 0.8633 0.028 NA 0.860 0.000
#> SRR490325 3 0.3427 0.8633 0.028 NA 0.860 0.000
#> SRR490326 3 0.3427 0.8633 0.028 NA 0.860 0.000
#> SRR490327 3 0.3427 0.8633 0.028 NA 0.860 0.000
#> SRR490328 1 0.5816 0.7824 0.708 NA 0.000 0.144
#> SRR490329 1 0.5862 0.7785 0.704 NA 0.000 0.148
#> SRR490330 1 0.5994 0.7702 0.692 NA 0.000 0.152
#> SRR490331 1 0.5994 0.7702 0.692 NA 0.000 0.152
#> SRR490332 1 0.6583 0.6792 0.632 NA 0.000 0.192
#> SRR490333 1 0.7554 0.1504 0.432 NA 0.000 0.376
#> SRR490334 4 0.7526 0.1150 0.372 NA 0.000 0.440
#> SRR490335 1 0.6903 0.6095 0.592 NA 0.000 0.224
#> SRR490336 4 0.4638 0.8249 0.044 NA 0.000 0.776
#> SRR490337 4 0.4638 0.8249 0.044 NA 0.000 0.776
#> SRR490338 4 0.4638 0.8249 0.044 NA 0.000 0.776
#> SRR490339 4 0.4638 0.8249 0.044 NA 0.000 0.776
#> SRR490340 1 0.4667 0.8127 0.796 NA 0.000 0.108
#> SRR490341 1 0.4667 0.8127 0.796 NA 0.000 0.108
#> SRR490342 1 0.4724 0.8120 0.792 NA 0.000 0.112
#> SRR490343 1 0.4667 0.8127 0.796 NA 0.000 0.108
#> SRR490344 1 0.5883 0.7803 0.700 NA 0.000 0.128
#> SRR490345 1 0.6071 0.7775 0.684 NA 0.000 0.144
#> SRR490346 1 0.6025 0.7788 0.688 NA 0.000 0.140
#> SRR490347 1 0.6115 0.7763 0.680 NA 0.000 0.148
#> SRR490348 4 0.1637 0.8460 0.000 NA 0.000 0.940
#> SRR490349 4 0.1637 0.8460 0.000 NA 0.000 0.940
#> SRR490350 4 0.1637 0.8460 0.000 NA 0.000 0.940
#> SRR490351 4 0.1716 0.8443 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490352 4 0.1389 0.8507 0.000 NA 0.000 0.952
#> SRR490353 4 0.1389 0.8507 0.000 NA 0.000 0.952
#> SRR490354 4 0.1389 0.8507 0.000 NA 0.000 0.952
#> SRR490355 4 0.1389 0.8507 0.000 NA 0.000 0.952
#> SRR490356 1 0.7188 0.6604 0.536 NA 0.000 0.292
#> SRR490357 1 0.7253 0.6374 0.520 NA 0.000 0.308
#> SRR490358 1 0.7205 0.6539 0.532 NA 0.000 0.296
#> SRR490359 1 0.7205 0.6539 0.532 NA 0.000 0.296
#> SRR490360 4 0.4746 0.6929 0.056 NA 0.000 0.776
#> SRR490361 4 0.4290 0.7261 0.036 NA 0.000 0.800
#> SRR490362 4 0.3900 0.7461 0.020 NA 0.000 0.816
#> SRR490363 4 0.4290 0.7261 0.036 NA 0.000 0.800
#> SRR490364 4 0.2149 0.8364 0.000 NA 0.000 0.912
#> SRR490365 4 0.2149 0.8364 0.000 NA 0.000 0.912
#> SRR490366 4 0.2149 0.8364 0.000 NA 0.000 0.912
#> SRR490367 4 0.2149 0.8364 0.000 NA 0.000 0.912
#> SRR490368 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490369 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490370 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490371 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490372 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490373 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490374 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490375 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490376 1 0.7203 0.6622 0.536 NA 0.000 0.288
#> SRR490377 1 0.7327 0.6127 0.504 NA 0.000 0.320
#> SRR490378 1 0.7327 0.6127 0.504 NA 0.000 0.320
#> SRR490379 1 0.7327 0.6127 0.504 NA 0.000 0.320
#> SRR490380 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490381 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490382 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490383 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490384 4 0.1716 0.8427 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490385 4 0.1716 0.8427 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490386 4 0.1716 0.8427 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490387 4 0.1716 0.8427 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490388 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490389 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490390 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490391 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490392 4 0.1637 0.8448 0.000 NA 0.000 0.940
#> SRR490393 4 0.1637 0.8448 0.000 NA 0.000 0.940
#> SRR490394 4 0.1637 0.8448 0.000 NA 0.000 0.940
#> SRR490395 4 0.1637 0.8448 0.000 NA 0.000 0.940
#> SRR490396 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490397 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490398 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490399 4 0.1716 0.8424 0.000 NA 0.000 0.936
#> SRR490400 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490401 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490402 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490403 4 0.1118 0.8533 0.000 NA 0.000 0.964
#> SRR490404 1 0.6915 0.6724 0.564 NA 0.000 0.296
#> SRR490405 1 0.6951 0.6595 0.556 NA 0.000 0.304
#> SRR490406 1 0.6985 0.6493 0.548 NA 0.000 0.312
#> SRR490407 1 0.6951 0.6595 0.556 NA 0.000 0.304
#> SRR490408 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490409 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490410 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490411 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490412 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490413 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490414 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490415 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490416 1 0.4969 0.7911 0.772 NA 0.000 0.140
#> SRR490417 1 0.5407 0.7672 0.740 NA 0.000 0.152
#> SRR490418 1 0.5361 0.7714 0.744 NA 0.000 0.148
#> SRR490419 1 0.5407 0.7672 0.740 NA 0.000 0.152
#> SRR490420 1 0.2179 0.7921 0.924 NA 0.012 0.064
#> SRR490421 1 0.2271 0.7999 0.916 NA 0.008 0.076
#> SRR490422 1 0.2125 0.8006 0.920 NA 0.004 0.076
#> SRR490423 1 0.2125 0.8006 0.920 NA 0.004 0.076
#> SRR490424 3 0.3032 0.8238 0.124 NA 0.868 0.000
#> SRR490425 3 0.3142 0.8190 0.132 NA 0.860 0.000
#> SRR490426 3 0.3142 0.8190 0.132 NA 0.860 0.000
#> SRR490427 3 0.3142 0.8190 0.132 NA 0.860 0.000
#> SRR490428 1 0.5071 0.6892 0.772 NA 0.168 0.044
#> SRR490429 1 0.5063 0.6973 0.776 NA 0.160 0.048
#> SRR490430 1 0.5027 0.6924 0.776 NA 0.164 0.044
#> SRR490431 1 0.5063 0.6973 0.776 NA 0.160 0.048
#> SRR490432 1 0.4072 0.8101 0.828 NA 0.000 0.120
#> SRR490433 1 0.4205 0.8085 0.820 NA 0.000 0.124
#> SRR490434 1 0.4388 0.8053 0.808 NA 0.000 0.132
#> SRR490435 1 0.4388 0.8053 0.808 NA 0.000 0.132
#> SRR490436 1 0.5257 0.7909 0.752 NA 0.000 0.144
#> SRR490437 1 0.5369 0.7860 0.744 NA 0.000 0.144
#> SRR490438 1 0.5369 0.7860 0.744 NA 0.000 0.144
#> SRR490439 1 0.5369 0.7860 0.744 NA 0.000 0.144
#> SRR490440 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490441 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490442 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490443 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490444 4 0.5033 0.8153 0.072 NA 0.000 0.760
#> SRR490445 4 0.5033 0.8153 0.072 NA 0.000 0.760
#> SRR490446 4 0.5033 0.8153 0.072 NA 0.000 0.760
#> SRR490447 4 0.5033 0.8153 0.072 NA 0.000 0.760
#> SRR490448 1 0.2843 0.8101 0.892 NA 0.000 0.088
#> SRR490449 1 0.3182 0.8125 0.876 NA 0.000 0.096
#> SRR490450 1 0.3182 0.8125 0.876 NA 0.000 0.096
#> SRR490451 1 0.3182 0.8125 0.876 NA 0.000 0.096
#> SRR490452 1 0.4663 0.5535 0.716 NA 0.272 0.000
#> SRR490453 1 0.5020 0.6238 0.736 NA 0.232 0.020
#> SRR490454 1 0.5085 0.6139 0.728 NA 0.240 0.020
#> SRR490455 1 0.5020 0.6238 0.736 NA 0.232 0.020
#> SRR490456 1 0.4234 0.8076 0.816 NA 0.000 0.132
#> SRR490457 1 0.4234 0.8076 0.816 NA 0.000 0.132
#> SRR490458 1 0.4234 0.8076 0.816 NA 0.000 0.132
#> SRR490459 1 0.4234 0.8076 0.816 NA 0.000 0.132
#> SRR490460 1 0.3818 0.8117 0.844 NA 0.000 0.108
#> SRR490461 1 0.3877 0.8117 0.840 NA 0.000 0.112
#> SRR490462 1 0.3877 0.8117 0.840 NA 0.000 0.112
#> SRR490463 1 0.3818 0.8117 0.844 NA 0.000 0.108
#> SRR490464 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490465 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490466 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490467 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490468 4 0.7478 0.2541 0.344 NA 0.000 0.468
#> SRR490469 4 0.7545 0.0477 0.396 NA 0.000 0.416
#> SRR490470 4 0.7494 0.2291 0.352 NA 0.000 0.460
#> SRR490471 4 0.7486 0.2396 0.348 NA 0.000 0.464
#> SRR490472 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490473 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490474 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490475 4 0.2473 0.8608 0.012 NA 0.000 0.908
#> SRR490476 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490477 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490478 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490479 3 0.3266 0.8657 0.000 NA 0.832 0.000
#> SRR490480 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490481 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490482 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490483 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490484 4 0.5582 0.7730 0.108 NA 0.000 0.724
#> SRR490485 4 0.4746 0.8222 0.056 NA 0.000 0.776
#> SRR490486 4 0.4746 0.8222 0.056 NA 0.000 0.776
#> SRR490487 4 0.4746 0.8222 0.056 NA 0.000 0.776
#> SRR490488 4 0.4552 0.8285 0.044 NA 0.000 0.784
#> SRR490489 4 0.4552 0.8285 0.044 NA 0.000 0.784
#> SRR490490 4 0.4552 0.8285 0.044 NA 0.000 0.784
#> SRR490491 4 0.4552 0.8285 0.044 NA 0.000 0.784
#> SRR490492 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490493 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490494 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490495 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490496 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490497 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490498 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490499 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490500 4 0.4998 0.8067 0.052 NA 0.000 0.748
#> SRR490501 4 0.4998 0.8067 0.052 NA 0.000 0.748
#> SRR490502 4 0.4998 0.8067 0.052 NA 0.000 0.748
#> SRR490503 4 0.4998 0.8067 0.052 NA 0.000 0.748
#> SRR490504 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490505 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490506 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490507 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490508 4 0.4199 0.8375 0.032 NA 0.000 0.804
#> SRR490509 4 0.4104 0.8388 0.028 NA 0.000 0.808
#> SRR490510 4 0.4199 0.8375 0.032 NA 0.000 0.804
#> SRR490511 4 0.4199 0.8375 0.032 NA 0.000 0.804
#> SRR490512 4 0.4507 0.8300 0.044 NA 0.000 0.788
#> SRR490513 4 0.4507 0.8300 0.044 NA 0.000 0.788
#> SRR490514 4 0.4507 0.8300 0.044 NA 0.000 0.788
#> SRR490515 4 0.4507 0.8300 0.044 NA 0.000 0.788
#> SRR490516 4 0.4378 0.8324 0.040 NA 0.000 0.796
#> SRR490517 4 0.4378 0.8324 0.040 NA 0.000 0.796
#> SRR490518 4 0.4378 0.8324 0.040 NA 0.000 0.796
#> SRR490519 4 0.4378 0.8324 0.040 NA 0.000 0.796
#> SRR490520 4 0.4378 0.8324 0.040 NA 0.000 0.796
#> SRR490521 4 0.4378 0.8324 0.040 NA 0.000 0.796
#> SRR490522 4 0.4378 0.8324 0.040 NA 0.000 0.796
#> SRR490523 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490524 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490525 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490526 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490527 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490528 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490529 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490530 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490531 4 0.4462 0.8310 0.044 NA 0.000 0.792
#> SRR490532 1 0.5155 0.6424 0.752 NA 0.200 0.020
#> SRR490533 1 0.5155 0.6424 0.752 NA 0.200 0.020
#> SRR490534 1 0.5155 0.6424 0.752 NA 0.200 0.020
#> SRR490535 1 0.5155 0.6424 0.752 NA 0.200 0.020
#> SRR490536 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490537 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490538 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490539 4 0.2676 0.8602 0.012 NA 0.000 0.896
#> SRR490540 4 0.2179 0.8384 0.012 NA 0.000 0.924
#> SRR490541 4 0.2179 0.8384 0.012 NA 0.000 0.924
#> SRR490542 4 0.2179 0.8384 0.012 NA 0.000 0.924
#> SRR490543 4 0.2179 0.8384 0.012 NA 0.000 0.924
#> SRR490544 4 0.0188 0.8623 0.000 NA 0.000 0.996
#> SRR490545 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490546 4 0.0188 0.8623 0.000 NA 0.000 0.996
#> SRR490547 4 0.0188 0.8623 0.000 NA 0.000 0.996
#> SRR490548 4 0.0817 0.8587 0.000 NA 0.000 0.976
#> SRR490549 4 0.0707 0.8598 0.000 NA 0.000 0.980
#> SRR490550 4 0.0707 0.8598 0.000 NA 0.000 0.980
#> SRR490551 4 0.0707 0.8598 0.000 NA 0.000 0.980
#> SRR490552 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490553 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490554 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490555 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490556 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490557 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490558 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490559 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490560 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490561 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490562 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490563 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490564 4 0.6813 0.2401 0.292 NA 0.000 0.576
#> SRR490565 4 0.6432 0.4279 0.236 NA 0.000 0.636
#> SRR490566 4 0.6617 0.3405 0.264 NA 0.000 0.608
#> SRR490567 4 0.6661 0.3299 0.264 NA 0.000 0.604
#> SRR490568 4 0.5609 0.6962 0.088 NA 0.000 0.712
#> SRR490569 4 0.5288 0.7256 0.068 NA 0.000 0.732
#> SRR490570 4 0.5421 0.7144 0.076 NA 0.000 0.724
#> SRR490571 4 0.5486 0.7087 0.080 NA 0.000 0.720
#> SRR490572 4 0.0592 0.8634 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490573 4 0.0592 0.8634 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490574 4 0.0592 0.8634 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490575 4 0.0592 0.8634 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490576 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490577 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490578 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490579 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490580 4 0.0592 0.8599 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490581 4 0.0592 0.8599 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490582 4 0.0592 0.8599 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490583 4 0.0592 0.8599 0.000 NA 0.000 0.984
#> SRR490584 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490585 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490586 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490587 4 0.0000 0.8628 0.000 NA 0.000 1.000
#> SRR490588 4 0.0188 0.8623 0.000 NA 0.000 0.996
#> SRR490589 4 0.0188 0.8623 0.000 NA 0.000 0.996
#> SRR490590 4 0.0188 0.8623 0.000 NA 0.000 0.996
#> SRR490591 4 0.0188 0.8623 0.000 NA 0.000 0.996
#> SRR490592 4 0.1211 0.8531 0.000 NA 0.000 0.960
#> SRR490593 4 0.1211 0.8531 0.000 NA 0.000 0.960
#> SRR490594 4 0.1211 0.8531 0.000 NA 0.000 0.960
#> SRR490595 4 0.1211 0.8531 0.000 NA 0.000 0.960
#> SRR490596 1 0.6179 0.7775 0.672 NA 0.000 0.188
#> SRR490597 1 0.6260 0.7753 0.664 NA 0.000 0.192
#> SRR490598 1 0.6260 0.7753 0.664 NA 0.000 0.192
#> SRR490599 1 0.6224 0.7773 0.668 NA 0.000 0.188
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 1 0.6479 0.6590 0.656 NA 0.036 0.064 NA
#> SRR490217 1 0.6463 0.6588 0.656 NA 0.032 0.068 NA
#> SRR490218 1 0.6479 0.6590 0.656 NA 0.036 0.064 NA
#> SRR490219 1 0.6463 0.6588 0.656 NA 0.032 0.068 NA
#> SRR490220 1 0.4032 0.7191 0.840 NA 0.040 0.052 NA
#> SRR490221 1 0.3943 0.7220 0.844 NA 0.032 0.056 NA
#> SRR490222 1 0.4032 0.7191 0.840 NA 0.040 0.052 NA
#> SRR490223 1 0.4032 0.7191 0.840 NA 0.040 0.052 NA
#> SRR490224 3 0.1507 0.7459 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490225 3 0.1507 0.7459 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490226 3 0.1507 0.7459 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490227 3 0.1507 0.7459 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490228 3 0.1507 0.7458 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490229 3 0.1507 0.7458 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490230 3 0.1507 0.7458 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490231 3 0.1507 0.7458 0.024 NA 0.952 0.000 NA
#> SRR490232 1 0.4783 0.3703 0.532 NA 0.452 0.000 NA
#> SRR490233 1 0.4774 0.3856 0.540 NA 0.444 0.000 NA
#> SRR490234 1 0.4769 0.3924 0.544 NA 0.440 0.000 NA
#> SRR490235 1 0.4764 0.4002 0.548 NA 0.436 0.000 NA
#> SRR490236 3 0.1612 0.7457 0.024 NA 0.948 0.000 NA
#> SRR490237 3 0.1612 0.7457 0.024 NA 0.948 0.000 NA
#> SRR490238 3 0.1612 0.7457 0.024 NA 0.948 0.000 NA
#> SRR490239 3 0.1612 0.7457 0.024 NA 0.948 0.000 NA
#> SRR490240 1 0.3048 0.7234 0.880 NA 0.036 0.060 NA
#> SRR490241 1 0.2882 0.7249 0.888 NA 0.028 0.060 NA
#> SRR490242 1 0.2967 0.7243 0.884 NA 0.032 0.060 NA
#> SRR490243 1 0.2967 0.7243 0.884 NA 0.032 0.060 NA
#> SRR490244 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490245 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490246 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490247 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490248 1 0.6687 0.6532 0.640 NA 0.036 0.060 NA
#> SRR490249 1 0.6673 0.6532 0.640 NA 0.032 0.064 NA
#> SRR490250 1 0.6653 0.6558 0.640 NA 0.028 0.068 NA
#> SRR490251 1 0.6673 0.6532 0.640 NA 0.032 0.064 NA
#> SRR490252 1 0.3684 0.7307 0.840 NA 0.000 0.092 NA
#> SRR490253 1 0.3593 0.7305 0.844 NA 0.000 0.092 NA
#> SRR490254 1 0.3666 0.7301 0.840 NA 0.000 0.092 NA
#> SRR490255 1 0.3666 0.7301 0.840 NA 0.000 0.092 NA
#> SRR490256 1 0.4464 0.4465 0.584 NA 0.408 0.000 NA
#> SRR490257 1 0.4604 0.4547 0.584 NA 0.404 0.004 NA
#> SRR490258 1 0.4604 0.4547 0.584 NA 0.404 0.004 NA
#> SRR490259 1 0.4604 0.4547 0.584 NA 0.404 0.004 NA
#> SRR490260 3 0.1430 0.7261 0.052 NA 0.944 0.000 NA
#> SRR490261 3 0.1502 0.7230 0.056 NA 0.940 0.000 NA
#> SRR490262 3 0.1502 0.7230 0.056 NA 0.940 0.000 NA
#> SRR490263 3 0.1502 0.7230 0.056 NA 0.940 0.000 NA
#> SRR490264 3 0.0992 0.7461 0.024 NA 0.968 0.000 NA
#> SRR490265 3 0.0992 0.7461 0.024 NA 0.968 0.000 NA
#> SRR490266 3 0.0992 0.7461 0.024 NA 0.968 0.000 NA
#> SRR490267 3 0.0992 0.7461 0.024 NA 0.968 0.000 NA
#> SRR490268 1 0.4367 0.4401 0.580 NA 0.416 0.000 NA
#> SRR490269 1 0.4507 0.4486 0.580 NA 0.412 0.004 NA
#> SRR490270 1 0.4507 0.4486 0.580 NA 0.412 0.004 NA
#> SRR490271 1 0.4507 0.4486 0.580 NA 0.412 0.004 NA
#> SRR490272 3 0.1908 0.6921 0.092 NA 0.908 0.000 NA
#> SRR490273 3 0.2020 0.6831 0.100 NA 0.900 0.000 NA
#> SRR490274 3 0.1908 0.6921 0.092 NA 0.908 0.000 NA
#> SRR490275 3 0.2020 0.6831 0.100 NA 0.900 0.000 NA
#> SRR490276 3 0.2006 0.7142 0.072 NA 0.916 0.000 NA
#> SRR490277 3 0.2006 0.7142 0.072 NA 0.916 0.000 NA
#> SRR490278 3 0.2069 0.7103 0.076 NA 0.912 0.000 NA
#> SRR490279 3 0.2006 0.7142 0.072 NA 0.916 0.000 NA
#> SRR490280 3 0.4341 0.7796 0.000 NA 0.592 0.000 NA
#> SRR490281 3 0.4341 0.7796 0.000 NA 0.592 0.000 NA
#> SRR490282 3 0.4341 0.7796 0.000 NA 0.592 0.000 NA
#> SRR490283 3 0.4341 0.7796 0.000 NA 0.592 0.000 NA
#> SRR490284 3 0.4060 0.7823 0.000 NA 0.640 0.000 NA
#> SRR490285 3 0.4015 0.7826 0.000 NA 0.652 0.000 NA
#> SRR490286 3 0.4015 0.7826 0.000 NA 0.652 0.000 NA
#> SRR490287 3 0.4030 0.7826 0.000 NA 0.648 0.000 NA
#> SRR490288 1 0.5326 0.5129 0.612 NA 0.340 0.004 NA
#> SRR490289 1 0.5311 0.5486 0.640 NA 0.308 0.008 NA
#> SRR490290 1 0.5311 0.5486 0.640 NA 0.308 0.008 NA
#> SRR490291 1 0.5311 0.5486 0.640 NA 0.308 0.008 NA
#> SRR490292 1 0.4898 0.7220 0.792 NA 0.032 0.060 NA
#> SRR490293 1 0.4795 0.7241 0.796 NA 0.024 0.064 NA
#> SRR490294 1 0.4795 0.7241 0.796 NA 0.024 0.064 NA
#> SRR490295 1 0.4795 0.7241 0.796 NA 0.024 0.064 NA
#> SRR490296 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490297 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490298 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490299 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490300 1 0.5462 0.7057 0.704 NA 0.000 0.104 NA
#> SRR490301 1 0.5498 0.7042 0.700 NA 0.000 0.104 NA
#> SRR490302 1 0.5498 0.7042 0.700 NA 0.000 0.104 NA
#> SRR490303 1 0.5498 0.7042 0.700 NA 0.000 0.104 NA
#> SRR490304 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490305 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490306 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490307 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490308 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490309 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490310 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490311 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490312 1 0.6306 0.6313 0.660 NA 0.060 0.032 NA
#> SRR490313 1 0.6319 0.6348 0.660 NA 0.056 0.036 NA
#> SRR490314 1 0.6328 0.6386 0.660 NA 0.052 0.040 NA
#> SRR490315 1 0.6328 0.6386 0.660 NA 0.052 0.040 NA
#> SRR490316 1 0.4405 0.7154 0.824 NA 0.044 0.044 NA
#> SRR490317 1 0.4476 0.7168 0.820 NA 0.044 0.048 NA
#> SRR490318 1 0.4402 0.7175 0.824 NA 0.040 0.048 NA
#> SRR490319 1 0.4396 0.7198 0.824 NA 0.036 0.052 NA
#> SRR490320 3 0.4742 0.4270 0.228 NA 0.720 0.000 NA
#> SRR490321 3 0.4528 0.4866 0.200 NA 0.748 0.000 NA
#> SRR490322 3 0.4528 0.4866 0.200 NA 0.748 0.000 NA
#> SRR490323 3 0.4798 0.4071 0.236 NA 0.712 0.000 NA
#> SRR490324 3 0.4137 0.7766 0.008 NA 0.732 0.000 NA
#> SRR490325 3 0.4137 0.7766 0.008 NA 0.732 0.000 NA
#> SRR490326 3 0.4137 0.7766 0.008 NA 0.732 0.000 NA
#> SRR490327 3 0.4137 0.7766 0.008 NA 0.732 0.000 NA
#> SRR490328 1 0.6103 0.6886 0.652 NA 0.000 0.100 NA
#> SRR490329 1 0.6133 0.6854 0.648 NA 0.000 0.100 NA
#> SRR490330 1 0.6207 0.6787 0.640 NA 0.000 0.104 NA
#> SRR490331 1 0.6207 0.6787 0.640 NA 0.000 0.104 NA
#> SRR490332 1 0.6556 0.5350 0.548 NA 0.000 0.160 NA
#> SRR490333 1 0.7232 0.1678 0.396 NA 0.000 0.292 NA
#> SRR490334 1 0.7193 0.0869 0.376 NA 0.000 0.312 NA
#> SRR490335 1 0.6938 0.4110 0.480 NA 0.000 0.208 NA
#> SRR490336 4 0.5028 0.7281 0.048 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490337 4 0.5028 0.7281 0.048 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490338 4 0.5028 0.7281 0.048 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490339 4 0.5028 0.7281 0.048 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490340 1 0.4649 0.7237 0.772 NA 0.000 0.096 NA
#> SRR490341 1 0.4649 0.7237 0.772 NA 0.000 0.096 NA
#> SRR490342 1 0.4649 0.7237 0.772 NA 0.000 0.096 NA
#> SRR490343 1 0.4649 0.7237 0.772 NA 0.000 0.096 NA
#> SRR490344 1 0.6155 0.6683 0.668 NA 0.012 0.084 NA
#> SRR490345 1 0.6200 0.6702 0.660 NA 0.008 0.096 NA
#> SRR490346 1 0.6101 0.6702 0.668 NA 0.008 0.088 NA
#> SRR490347 1 0.6247 0.6703 0.656 NA 0.008 0.100 NA
#> SRR490348 4 0.3110 0.7555 0.020 NA 0.000 0.876 NA
#> SRR490349 4 0.3110 0.7555 0.020 NA 0.000 0.876 NA
#> SRR490350 4 0.3110 0.7555 0.020 NA 0.000 0.876 NA
#> SRR490351 4 0.3248 0.7504 0.020 NA 0.000 0.868 NA
#> SRR490352 4 0.2747 0.7638 0.020 NA 0.000 0.896 NA
#> SRR490353 4 0.2747 0.7638 0.020 NA 0.000 0.896 NA
#> SRR490354 4 0.2747 0.7638 0.020 NA 0.000 0.896 NA
#> SRR490355 4 0.2747 0.7638 0.020 NA 0.000 0.896 NA
#> SRR490356 1 0.7005 0.5626 0.544 NA 0.000 0.260 NA
#> SRR490357 1 0.7023 0.5566 0.540 NA 0.000 0.264 NA
#> SRR490358 1 0.7005 0.5626 0.544 NA 0.000 0.260 NA
#> SRR490359 1 0.7005 0.5626 0.544 NA 0.000 0.260 NA
#> SRR490360 4 0.6007 0.5426 0.092 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490361 4 0.5513 0.6071 0.064 NA 0.000 0.716 NA
#> SRR490362 4 0.5513 0.6071 0.064 NA 0.000 0.716 NA
#> SRR490363 4 0.5513 0.6071 0.064 NA 0.000 0.716 NA
#> SRR490364 4 0.2584 0.7735 0.008 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490365 4 0.2584 0.7735 0.008 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490366 4 0.2584 0.7735 0.008 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490367 4 0.2584 0.7735 0.008 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490368 4 0.2537 0.7681 0.024 NA 0.000 0.904 NA
#> SRR490369 4 0.2445 0.7703 0.020 NA 0.000 0.908 NA
#> SRR490370 4 0.2445 0.7703 0.020 NA 0.000 0.908 NA
#> SRR490371 4 0.2445 0.7703 0.020 NA 0.000 0.908 NA
#> SRR490372 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490373 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490374 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490375 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490376 1 0.7240 0.5813 0.524 NA 0.000 0.212 NA
#> SRR490377 1 0.7432 0.5386 0.492 NA 0.000 0.240 NA
#> SRR490378 1 0.7432 0.5386 0.492 NA 0.000 0.240 NA
#> SRR490379 1 0.7432 0.5386 0.492 NA 0.000 0.240 NA
#> SRR490380 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490381 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490382 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490383 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490384 4 0.2857 0.7629 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490385 4 0.2857 0.7629 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490386 4 0.2857 0.7629 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490387 4 0.2857 0.7629 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490388 4 0.2882 0.7638 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490389 4 0.2882 0.7638 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490390 4 0.2882 0.7638 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490391 4 0.2882 0.7638 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490392 4 0.2861 0.7633 0.024 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490393 4 0.2769 0.7639 0.024 NA 0.000 0.892 NA
#> SRR490394 4 0.2861 0.7633 0.024 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490395 4 0.2769 0.7639 0.024 NA 0.000 0.892 NA
#> SRR490396 4 0.2857 0.7632 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490397 4 0.2857 0.7632 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490398 4 0.2857 0.7632 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490399 4 0.2857 0.7632 0.028 NA 0.000 0.888 NA
#> SRR490400 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490401 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490402 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490403 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490404 1 0.6982 0.5210 0.516 NA 0.000 0.288 NA
#> SRR490405 1 0.6936 0.5401 0.528 NA 0.000 0.276 NA
#> SRR490406 1 0.6982 0.5209 0.516 NA 0.000 0.288 NA
#> SRR490407 1 0.6936 0.5401 0.528 NA 0.000 0.276 NA
#> SRR490408 4 0.3081 0.7826 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490409 4 0.3081 0.7826 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490410 4 0.3081 0.7826 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490411 4 0.3081 0.7826 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490412 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490413 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490414 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490415 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490416 1 0.4897 0.7014 0.728 NA 0.000 0.112 NA
#> SRR490417 1 0.5257 0.6753 0.688 NA 0.000 0.116 NA
#> SRR490418 1 0.5289 0.6718 0.684 NA 0.000 0.116 NA
#> SRR490419 1 0.5257 0.6753 0.688 NA 0.000 0.116 NA
#> SRR490420 1 0.3715 0.6903 0.832 NA 0.112 0.024 NA
#> SRR490421 1 0.3883 0.7103 0.832 NA 0.084 0.052 NA
#> SRR490422 1 0.3883 0.7103 0.832 NA 0.084 0.052 NA
#> SRR490423 1 0.3883 0.7103 0.832 NA 0.084 0.052 NA
#> SRR490424 3 0.1770 0.7335 0.048 NA 0.936 0.000 NA
#> SRR490425 3 0.1883 0.7317 0.048 NA 0.932 0.000 NA
#> SRR490426 3 0.1883 0.7317 0.048 NA 0.932 0.000 NA
#> SRR490427 3 0.1883 0.7317 0.048 NA 0.932 0.000 NA
#> SRR490428 1 0.5294 0.5460 0.632 NA 0.320 0.012 NA
#> SRR490429 1 0.5277 0.5503 0.636 NA 0.316 0.012 NA
#> SRR490430 1 0.5294 0.5460 0.632 NA 0.320 0.012 NA
#> SRR490431 1 0.5311 0.5429 0.628 NA 0.324 0.012 NA
#> SRR490432 1 0.4091 0.7233 0.804 NA 0.008 0.092 NA
#> SRR490433 1 0.4178 0.7200 0.792 NA 0.004 0.104 NA
#> SRR490434 1 0.4178 0.7200 0.792 NA 0.004 0.104 NA
#> SRR490435 1 0.4228 0.7192 0.788 NA 0.004 0.108 NA
#> SRR490436 1 0.5052 0.7050 0.724 NA 0.004 0.112 NA
#> SRR490437 1 0.4935 0.7035 0.724 NA 0.000 0.112 NA
#> SRR490438 1 0.4935 0.7035 0.724 NA 0.000 0.112 NA
#> SRR490439 1 0.4935 0.7035 0.724 NA 0.000 0.112 NA
#> SRR490440 4 0.3141 0.7827 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490441 4 0.3141 0.7827 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490442 4 0.3141 0.7827 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490443 4 0.3141 0.7827 0.000 NA 0.000 0.832 NA
#> SRR490444 4 0.5935 0.6703 0.072 NA 0.000 0.588 NA
#> SRR490445 4 0.5935 0.6703 0.072 NA 0.000 0.588 NA
#> SRR490446 4 0.5935 0.6703 0.072 NA 0.000 0.588 NA
#> SRR490447 4 0.5935 0.6703 0.072 NA 0.000 0.588 NA
#> SRR490448 1 0.3823 0.7245 0.836 NA 0.028 0.064 NA
#> SRR490449 1 0.3765 0.7245 0.836 NA 0.020 0.064 NA
#> SRR490450 1 0.3765 0.7245 0.836 NA 0.020 0.064 NA
#> SRR490451 1 0.3765 0.7245 0.836 NA 0.020 0.064 NA
#> SRR490452 1 0.5021 0.4180 0.556 NA 0.416 0.000 NA
#> SRR490453 1 0.5119 0.4562 0.576 NA 0.392 0.004 NA
#> SRR490454 1 0.5128 0.4499 0.572 NA 0.396 0.004 NA
#> SRR490455 1 0.5119 0.4562 0.576 NA 0.392 0.004 NA
#> SRR490456 1 0.4249 0.7204 0.792 NA 0.008 0.100 NA
#> SRR490457 1 0.4249 0.7204 0.792 NA 0.008 0.100 NA
#> SRR490458 1 0.4249 0.7204 0.792 NA 0.008 0.100 NA
#> SRR490459 1 0.4249 0.7204 0.792 NA 0.008 0.100 NA
#> SRR490460 1 0.4204 0.7253 0.808 NA 0.008 0.096 NA
#> SRR490461 1 0.4256 0.7253 0.804 NA 0.008 0.100 NA
#> SRR490462 1 0.4256 0.7253 0.804 NA 0.008 0.100 NA
#> SRR490463 1 0.4204 0.7253 0.808 NA 0.008 0.096 NA
#> SRR490464 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490465 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490466 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490467 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490468 1 0.6915 0.0792 0.388 NA 0.000 0.316 NA
#> SRR490469 1 0.6897 0.1243 0.400 NA 0.000 0.304 NA
#> SRR490470 1 0.6910 0.0953 0.392 NA 0.000 0.312 NA
#> SRR490471 1 0.6924 0.0481 0.380 NA 0.000 0.324 NA
#> SRR490472 4 0.3264 0.7805 0.000 NA 0.000 0.820 NA
#> SRR490473 4 0.3264 0.7805 0.000 NA 0.000 0.820 NA
#> SRR490474 4 0.3264 0.7805 0.000 NA 0.000 0.820 NA
#> SRR490475 4 0.3264 0.7805 0.000 NA 0.000 0.820 NA
#> SRR490476 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490477 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490478 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490479 3 0.4192 0.7813 0.000 NA 0.596 0.000 NA
#> SRR490480 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490481 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490482 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490483 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490484 4 0.5882 0.6600 0.112 NA 0.000 0.600 NA
#> SRR490485 4 0.5273 0.7155 0.064 NA 0.000 0.652 NA
#> SRR490486 4 0.5273 0.7155 0.064 NA 0.000 0.652 NA
#> SRR490487 4 0.5330 0.7118 0.068 NA 0.000 0.648 NA
#> SRR490488 4 0.4817 0.7253 0.044 NA 0.000 0.656 NA
#> SRR490489 4 0.4817 0.7253 0.044 NA 0.000 0.656 NA
#> SRR490490 4 0.4817 0.7253 0.044 NA 0.000 0.656 NA
#> SRR490491 4 0.4817 0.7253 0.044 NA 0.000 0.656 NA
#> SRR490492 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490493 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490494 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490495 4 0.4930 0.7300 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490496 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490497 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490498 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490499 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490500 4 0.5607 0.6836 0.080 NA 0.000 0.612 NA
#> SRR490501 4 0.5607 0.6836 0.080 NA 0.000 0.612 NA
#> SRR490502 4 0.5556 0.6880 0.076 NA 0.000 0.616 NA
#> SRR490503 4 0.5607 0.6836 0.080 NA 0.000 0.612 NA
#> SRR490504 4 0.3318 0.7769 0.000 NA 0.000 0.808 NA
#> SRR490505 4 0.3318 0.7769 0.000 NA 0.000 0.808 NA
#> SRR490506 4 0.3318 0.7769 0.000 NA 0.000 0.808 NA
#> SRR490507 4 0.3318 0.7769 0.000 NA 0.000 0.808 NA
#> SRR490508 4 0.4900 0.7314 0.028 NA 0.000 0.660 NA
#> SRR490509 4 0.4880 0.7335 0.028 NA 0.000 0.664 NA
#> SRR490510 4 0.4880 0.7335 0.028 NA 0.000 0.664 NA
#> SRR490511 4 0.4880 0.7335 0.028 NA 0.000 0.664 NA
#> SRR490512 4 0.4844 0.7279 0.052 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490513 4 0.4844 0.7279 0.052 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490514 4 0.4844 0.7279 0.052 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490515 4 0.4844 0.7279 0.052 NA 0.000 0.668 NA
#> SRR490516 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490517 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490518 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490519 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490520 4 0.4823 0.7296 0.052 NA 0.000 0.672 NA
#> SRR490521 4 0.4823 0.7296 0.052 NA 0.000 0.672 NA
#> SRR490522 4 0.4823 0.7296 0.052 NA 0.000 0.672 NA
#> SRR490523 4 0.4823 0.7296 0.052 NA 0.000 0.672 NA
#> SRR490524 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490525 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490526 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490527 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490528 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490529 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490530 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490531 4 0.4800 0.7307 0.052 NA 0.000 0.676 NA
#> SRR490532 1 0.5533 0.4774 0.580 NA 0.356 0.000 NA
#> SRR490533 1 0.5656 0.4898 0.584 NA 0.348 0.004 NA
#> SRR490534 1 0.5669 0.4852 0.580 NA 0.352 0.004 NA
#> SRR490535 1 0.5669 0.4852 0.580 NA 0.352 0.004 NA
#> SRR490536 4 0.3236 0.7824 0.000 NA 0.000 0.828 NA
#> SRR490537 4 0.3236 0.7824 0.000 NA 0.000 0.828 NA
#> SRR490538 4 0.3236 0.7824 0.000 NA 0.000 0.828 NA
#> SRR490539 4 0.3236 0.7824 0.000 NA 0.000 0.828 NA
#> SRR490540 4 0.3934 0.7351 0.020 NA 0.000 0.824 NA
#> SRR490541 4 0.3934 0.7351 0.020 NA 0.000 0.824 NA
#> SRR490542 4 0.3934 0.7351 0.020 NA 0.000 0.824 NA
#> SRR490543 4 0.3934 0.7351 0.020 NA 0.000 0.824 NA
#> SRR490544 4 0.0740 0.7937 0.004 NA 0.000 0.980 NA
#> SRR490545 4 0.0740 0.7937 0.004 NA 0.000 0.980 NA
#> SRR490546 4 0.0740 0.7937 0.004 NA 0.000 0.980 NA
#> SRR490547 4 0.0740 0.7937 0.004 NA 0.000 0.980 NA
#> SRR490548 4 0.1026 0.7914 0.004 NA 0.000 0.968 NA
#> SRR490549 4 0.1026 0.7914 0.004 NA 0.000 0.968 NA
#> SRR490550 4 0.1026 0.7914 0.004 NA 0.000 0.968 NA
#> SRR490551 4 0.1026 0.7914 0.004 NA 0.000 0.968 NA
#> SRR490552 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490553 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490554 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490555 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490556 4 0.0451 0.7945 0.004 NA 0.000 0.988 NA
#> SRR490557 4 0.0451 0.7945 0.004 NA 0.000 0.988 NA
#> SRR490558 4 0.0451 0.7945 0.004 NA 0.000 0.988 NA
#> SRR490559 4 0.0451 0.7945 0.004 NA 0.000 0.988 NA
#> SRR490560 4 0.0162 0.7948 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490561 4 0.0162 0.7948 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490562 4 0.0162 0.7948 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490563 4 0.0162 0.7948 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490564 4 0.6683 0.1433 0.332 NA 0.000 0.528 NA
#> SRR490565 4 0.6575 0.2567 0.300 NA 0.000 0.560 NA
#> SRR490566 4 0.6619 0.2135 0.312 NA 0.000 0.548 NA
#> SRR490567 4 0.6619 0.2135 0.312 NA 0.000 0.548 NA
#> SRR490568 4 0.6866 0.5383 0.092 NA 0.000 0.584 NA
#> SRR490569 4 0.6722 0.5615 0.080 NA 0.000 0.596 NA
#> SRR490570 4 0.6722 0.5615 0.080 NA 0.000 0.596 NA
#> SRR490571 4 0.6764 0.5547 0.080 NA 0.000 0.592 NA
#> SRR490572 4 0.1557 0.7917 0.000 NA 0.000 0.940 NA
#> SRR490573 4 0.1557 0.7917 0.000 NA 0.000 0.940 NA
#> SRR490574 4 0.1557 0.7917 0.000 NA 0.000 0.940 NA
#> SRR490575 4 0.1557 0.7917 0.000 NA 0.000 0.940 NA
#> SRR490576 4 0.0290 0.7942 0.000 NA 0.000 0.992 NA
#> SRR490577 4 0.0290 0.7942 0.000 NA 0.000 0.992 NA
#> SRR490578 4 0.0290 0.7942 0.000 NA 0.000 0.992 NA
#> SRR490579 4 0.0290 0.7942 0.000 NA 0.000 0.992 NA
#> SRR490580 4 0.1243 0.7893 0.004 NA 0.000 0.960 NA
#> SRR490581 4 0.1243 0.7893 0.004 NA 0.000 0.960 NA
#> SRR490582 4 0.1243 0.7893 0.004 NA 0.000 0.960 NA
#> SRR490583 4 0.1329 0.7880 0.004 NA 0.000 0.956 NA
#> SRR490584 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490585 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490586 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490587 4 0.0162 0.7945 0.000 NA 0.000 0.996 NA
#> SRR490588 4 0.0727 0.7933 0.004 NA 0.000 0.980 NA
#> SRR490589 4 0.0613 0.7940 0.004 NA 0.000 0.984 NA
#> SRR490590 4 0.0613 0.7940 0.004 NA 0.000 0.984 NA
#> SRR490591 4 0.0613 0.7940 0.004 NA 0.000 0.984 NA
#> SRR490592 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490593 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490594 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490595 4 0.2605 0.7675 0.024 NA 0.000 0.900 NA
#> SRR490596 1 0.5581 0.6806 0.696 NA 0.000 0.148 NA
#> SRR490597 1 0.5693 0.6747 0.684 NA 0.000 0.160 NA
#> SRR490598 1 0.5729 0.6723 0.680 NA 0.000 0.164 NA
#> SRR490599 1 0.5693 0.6747 0.684 NA 0.000 0.160 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 1 0.5052 0.64978 0.620 0.048 0.004 0.308 NA 0.000
#> SRR490217 1 0.5052 0.64978 0.620 0.048 0.004 0.308 NA 0.000
#> SRR490218 1 0.5052 0.64978 0.620 0.048 0.004 0.308 NA 0.000
#> SRR490219 1 0.5052 0.64978 0.620 0.048 0.004 0.308 NA 0.000
#> SRR490220 1 0.2750 0.72154 0.888 0.036 0.012 0.052 NA 0.008
#> SRR490221 1 0.2649 0.72239 0.892 0.036 0.008 0.052 NA 0.008
#> SRR490222 1 0.2750 0.72154 0.888 0.036 0.012 0.052 NA 0.008
#> SRR490223 1 0.2750 0.72154 0.888 0.036 0.012 0.052 NA 0.008
#> SRR490224 3 0.1015 0.73401 0.012 0.000 0.968 0.012 NA 0.004
#> SRR490225 3 0.1015 0.73401 0.012 0.000 0.968 0.012 NA 0.004
#> SRR490226 3 0.1015 0.73401 0.012 0.000 0.968 0.012 NA 0.004
#> SRR490227 3 0.1015 0.73401 0.012 0.000 0.968 0.012 NA 0.004
#> SRR490228 3 0.1353 0.73379 0.012 0.000 0.952 0.024 NA 0.000
#> SRR490229 3 0.1448 0.73251 0.016 0.000 0.948 0.024 NA 0.000
#> SRR490230 3 0.1448 0.73251 0.016 0.000 0.948 0.024 NA 0.000
#> SRR490231 3 0.1448 0.73251 0.016 0.000 0.948 0.024 NA 0.000
#> SRR490232 1 0.4972 0.35531 0.500 0.000 0.452 0.032 NA 0.004
#> SRR490233 1 0.4966 0.37154 0.508 0.000 0.444 0.032 NA 0.004
#> SRR490234 1 0.4963 0.37931 0.512 0.000 0.440 0.032 NA 0.004
#> SRR490235 1 0.4960 0.38497 0.516 0.000 0.436 0.032 NA 0.004
#> SRR490236 3 0.1508 0.73340 0.012 0.000 0.948 0.016 NA 0.004
#> SRR490237 3 0.1508 0.73340 0.012 0.000 0.948 0.016 NA 0.004
#> SRR490238 3 0.1508 0.73340 0.012 0.000 0.948 0.016 NA 0.004
#> SRR490239 3 0.1508 0.73340 0.012 0.000 0.948 0.016 NA 0.004
#> SRR490240 1 0.2265 0.72327 0.912 0.032 0.024 0.004 NA 0.028
#> SRR490241 1 0.2265 0.72327 0.912 0.032 0.024 0.004 NA 0.028
#> SRR490242 1 0.2265 0.72327 0.912 0.032 0.024 0.004 NA 0.028
#> SRR490243 1 0.2265 0.72327 0.912 0.032 0.024 0.004 NA 0.028
#> SRR490244 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490245 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490246 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490247 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490248 1 0.4888 0.65926 0.644 0.048 0.004 0.288 NA 0.000
#> SRR490249 1 0.4888 0.65926 0.644 0.048 0.004 0.288 NA 0.000
#> SRR490250 1 0.4888 0.65926 0.644 0.048 0.004 0.288 NA 0.000
#> SRR490251 1 0.4888 0.65926 0.644 0.048 0.004 0.288 NA 0.000
#> SRR490252 1 0.2701 0.72949 0.888 0.056 0.000 0.020 NA 0.028
#> SRR490253 1 0.2701 0.72949 0.888 0.056 0.000 0.020 NA 0.028
#> SRR490254 1 0.2701 0.72949 0.888 0.056 0.000 0.020 NA 0.028
#> SRR490255 1 0.2701 0.72949 0.888 0.056 0.000 0.020 NA 0.028
#> SRR490256 1 0.4694 0.46435 0.572 0.004 0.392 0.016 NA 0.016
#> SRR490257 1 0.4694 0.46435 0.572 0.004 0.392 0.016 NA 0.016
#> SRR490258 1 0.4694 0.46435 0.572 0.004 0.392 0.016 NA 0.016
#> SRR490259 1 0.4694 0.46435 0.572 0.004 0.392 0.016 NA 0.016
#> SRR490260 3 0.1413 0.71814 0.036 0.000 0.948 0.008 NA 0.004
#> SRR490261 3 0.1484 0.71567 0.040 0.000 0.944 0.008 NA 0.004
#> SRR490262 3 0.1554 0.71318 0.044 0.000 0.940 0.008 NA 0.004
#> SRR490263 3 0.1484 0.71567 0.040 0.000 0.944 0.008 NA 0.004
#> SRR490264 3 0.1439 0.73107 0.012 0.000 0.952 0.016 NA 0.008
#> SRR490265 3 0.1439 0.73107 0.012 0.000 0.952 0.016 NA 0.008
#> SRR490266 3 0.1439 0.73107 0.012 0.000 0.952 0.016 NA 0.008
#> SRR490267 3 0.1439 0.73107 0.012 0.000 0.952 0.016 NA 0.008
#> SRR490268 1 0.4656 0.43779 0.552 0.004 0.416 0.016 NA 0.000
#> SRR490269 1 0.4656 0.43779 0.552 0.004 0.416 0.016 NA 0.000
#> SRR490270 1 0.4656 0.43779 0.552 0.004 0.416 0.016 NA 0.000
#> SRR490271 1 0.4656 0.43779 0.552 0.004 0.416 0.016 NA 0.000
#> SRR490272 3 0.1674 0.69590 0.068 0.000 0.924 0.004 NA 0.000
#> SRR490273 3 0.1732 0.69276 0.072 0.000 0.920 0.004 NA 0.000
#> SRR490274 3 0.1674 0.69590 0.068 0.000 0.924 0.004 NA 0.000
#> SRR490275 3 0.1843 0.68437 0.080 0.000 0.912 0.004 NA 0.000
#> SRR490276 3 0.1769 0.69825 0.060 0.000 0.924 0.012 NA 0.000
#> SRR490277 3 0.1829 0.69436 0.064 0.000 0.920 0.012 NA 0.000
#> SRR490278 3 0.1829 0.69436 0.064 0.000 0.920 0.012 NA 0.000
#> SRR490279 3 0.1829 0.69436 0.064 0.000 0.920 0.012 NA 0.000
#> SRR490280 3 0.3950 0.77225 0.000 0.000 0.564 0.004 NA 0.000
#> SRR490281 3 0.3950 0.77225 0.000 0.000 0.564 0.004 NA 0.000
#> SRR490282 3 0.3950 0.77225 0.000 0.000 0.564 0.004 NA 0.000
#> SRR490283 3 0.3950 0.77225 0.000 0.000 0.564 0.004 NA 0.000
#> SRR490284 3 0.4002 0.77366 0.000 0.000 0.588 0.008 NA 0.000
#> SRR490285 3 0.4066 0.77372 0.000 0.000 0.596 0.012 NA 0.000
#> SRR490286 3 0.4066 0.77372 0.000 0.000 0.596 0.012 NA 0.000
#> SRR490287 3 0.4066 0.77372 0.000 0.000 0.596 0.012 NA 0.000
#> SRR490288 1 0.5619 0.54562 0.608 0.004 0.284 0.032 NA 0.008
#> SRR490289 1 0.5581 0.57150 0.632 0.004 0.256 0.032 NA 0.012
#> SRR490290 1 0.5581 0.57150 0.632 0.004 0.256 0.032 NA 0.012
#> SRR490291 1 0.5581 0.57150 0.632 0.004 0.256 0.032 NA 0.012
#> SRR490292 1 0.4120 0.72347 0.820 0.028 0.016 0.036 NA 0.072
#> SRR490293 1 0.4120 0.72347 0.820 0.028 0.016 0.036 NA 0.072
#> SRR490294 1 0.4120 0.72347 0.820 0.028 0.016 0.036 NA 0.072
#> SRR490295 1 0.4120 0.72347 0.820 0.028 0.016 0.036 NA 0.072
#> SRR490296 2 0.4379 0.68187 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490297 2 0.4379 0.68187 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490298 2 0.4379 0.68187 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490299 2 0.4379 0.68187 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490300 1 0.5440 0.70622 0.692 0.068 0.000 0.044 NA 0.168
#> SRR490301 1 0.5502 0.70269 0.684 0.068 0.000 0.044 NA 0.176
#> SRR490302 1 0.5472 0.70421 0.688 0.068 0.000 0.044 NA 0.172
#> SRR490303 1 0.5472 0.70421 0.688 0.068 0.000 0.044 NA 0.172
#> SRR490304 2 0.4362 0.68616 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.392
#> SRR490305 2 0.4362 0.68616 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.392
#> SRR490306 2 0.4362 0.68616 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.392
#> SRR490307 2 0.4362 0.68616 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.392
#> SRR490308 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490309 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490310 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490311 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490312 1 0.5168 0.64841 0.644 0.024 0.024 0.284 NA 0.012
#> SRR490313 1 0.5153 0.65358 0.644 0.032 0.016 0.284 NA 0.012
#> SRR490314 1 0.5153 0.65358 0.644 0.032 0.016 0.284 NA 0.012
#> SRR490315 1 0.5153 0.65358 0.644 0.032 0.016 0.284 NA 0.012
#> SRR490316 1 0.4107 0.72103 0.820 0.036 0.016 0.072 NA 0.036
#> SRR490317 1 0.4161 0.72000 0.816 0.036 0.016 0.076 NA 0.036
#> SRR490318 1 0.4107 0.72103 0.820 0.036 0.016 0.072 NA 0.036
#> SRR490319 1 0.4107 0.72103 0.820 0.036 0.016 0.072 NA 0.036
#> SRR490320 3 0.5006 0.30897 0.256 0.000 0.656 0.056 NA 0.000
#> SRR490321 3 0.4726 0.39908 0.220 0.000 0.696 0.056 NA 0.000
#> SRR490322 3 0.4726 0.39908 0.220 0.000 0.696 0.056 NA 0.000
#> SRR490323 3 0.5006 0.30819 0.256 0.000 0.656 0.056 NA 0.000
#> SRR490324 3 0.3876 0.76712 0.000 0.000 0.700 0.024 NA 0.000
#> SRR490325 3 0.3876 0.76712 0.000 0.000 0.700 0.024 NA 0.000
#> SRR490326 3 0.3876 0.76712 0.000 0.000 0.700 0.024 NA 0.000
#> SRR490327 3 0.3876 0.76712 0.000 0.000 0.700 0.024 NA 0.000
#> SRR490328 1 0.5312 0.68157 0.668 0.060 0.000 0.028 NA 0.224
#> SRR490329 1 0.5360 0.67617 0.660 0.060 0.000 0.028 NA 0.232
#> SRR490330 1 0.5449 0.66627 0.644 0.060 0.000 0.028 NA 0.248
#> SRR490331 1 0.5428 0.66891 0.648 0.060 0.000 0.028 NA 0.244
#> SRR490332 1 0.5439 0.56207 0.572 0.100 0.000 0.004 NA 0.316
#> SRR490333 1 0.6261 0.26645 0.436 0.220 0.000 0.004 NA 0.332
#> SRR490334 1 0.6358 0.17347 0.404 0.248 0.000 0.004 NA 0.336
#> SRR490335 1 0.5915 0.44932 0.508 0.156 0.000 0.004 NA 0.324
#> SRR490336 2 0.5050 0.66481 0.020 0.540 0.000 0.008 NA 0.408
#> SRR490337 2 0.5050 0.66481 0.020 0.540 0.000 0.008 NA 0.408
#> SRR490338 2 0.5050 0.66481 0.020 0.540 0.000 0.008 NA 0.408
#> SRR490339 2 0.5050 0.66481 0.020 0.540 0.000 0.008 NA 0.408
#> SRR490340 1 0.4421 0.72634 0.780 0.044 0.000 0.044 NA 0.112
#> SRR490341 1 0.4484 0.72601 0.776 0.048 0.000 0.044 NA 0.112
#> SRR490342 1 0.4484 0.72601 0.776 0.048 0.000 0.044 NA 0.112
#> SRR490343 1 0.4484 0.72601 0.776 0.048 0.000 0.044 NA 0.112
#> SRR490344 1 0.4928 0.65984 0.636 0.064 0.004 0.288 NA 0.008
#> SRR490345 1 0.4892 0.65679 0.632 0.072 0.000 0.288 NA 0.008
#> SRR490346 1 0.4892 0.65679 0.632 0.072 0.000 0.288 NA 0.008
#> SRR490347 1 0.4892 0.65679 0.632 0.072 0.000 0.288 NA 0.008
#> SRR490348 2 0.2748 0.72094 0.020 0.872 0.000 0.092 NA 0.012
#> SRR490349 2 0.2748 0.72094 0.020 0.872 0.000 0.092 NA 0.012
#> SRR490350 2 0.2748 0.72094 0.020 0.872 0.000 0.092 NA 0.012
#> SRR490351 2 0.2798 0.71864 0.020 0.868 0.000 0.096 NA 0.012
#> SRR490352 2 0.2538 0.72712 0.020 0.888 0.000 0.076 NA 0.012
#> SRR490353 2 0.2538 0.72712 0.020 0.888 0.000 0.076 NA 0.012
#> SRR490354 2 0.2538 0.72712 0.020 0.888 0.000 0.076 NA 0.012
#> SRR490355 2 0.2538 0.72712 0.020 0.888 0.000 0.076 NA 0.012
#> SRR490356 1 0.6774 0.54232 0.488 0.244 0.000 0.216 NA 0.032
#> SRR490357 1 0.6774 0.54232 0.488 0.244 0.000 0.216 NA 0.032
#> SRR490358 1 0.6774 0.54232 0.488 0.244 0.000 0.216 NA 0.032
#> SRR490359 1 0.6774 0.54232 0.488 0.244 0.000 0.216 NA 0.032
#> SRR490360 2 0.5251 0.52603 0.084 0.668 0.000 0.216 NA 0.016
#> SRR490361 2 0.4950 0.56579 0.060 0.692 0.000 0.216 NA 0.016
#> SRR490362 2 0.4895 0.57175 0.056 0.696 0.000 0.216 NA 0.016
#> SRR490363 2 0.4950 0.56579 0.060 0.692 0.000 0.216 NA 0.016
#> SRR490364 2 0.2170 0.73562 0.016 0.912 0.000 0.056 NA 0.008
#> SRR490365 2 0.2170 0.73562 0.016 0.912 0.000 0.056 NA 0.008
#> SRR490366 2 0.2170 0.73562 0.016 0.912 0.000 0.056 NA 0.008
#> SRR490367 2 0.2170 0.73562 0.016 0.912 0.000 0.056 NA 0.008
#> SRR490368 2 0.1461 0.73542 0.016 0.940 0.000 0.044 NA 0.000
#> SRR490369 2 0.1367 0.73726 0.012 0.944 0.000 0.044 NA 0.000
#> SRR490370 2 0.1367 0.73726 0.012 0.944 0.000 0.044 NA 0.000
#> SRR490371 2 0.1367 0.73726 0.012 0.944 0.000 0.044 NA 0.000
#> SRR490372 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490373 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490374 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490375 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490376 1 0.5743 0.59210 0.520 0.176 0.000 0.300 NA 0.004
#> SRR490377 1 0.5987 0.53495 0.472 0.224 0.000 0.300 NA 0.004
#> SRR490378 1 0.5987 0.53495 0.472 0.224 0.000 0.300 NA 0.004
#> SRR490379 1 0.5987 0.53495 0.472 0.224 0.000 0.300 NA 0.004
#> SRR490380 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490381 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490382 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490383 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490384 2 0.2320 0.72039 0.024 0.892 0.000 0.080 NA 0.004
#> SRR490385 2 0.2265 0.72236 0.024 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR490386 2 0.2265 0.72236 0.024 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR490387 2 0.2265 0.72236 0.024 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR490388 2 0.2277 0.71979 0.032 0.892 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490389 2 0.2277 0.71979 0.032 0.892 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490390 2 0.2277 0.71979 0.032 0.892 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490391 2 0.2277 0.71979 0.032 0.892 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490392 2 0.2325 0.72287 0.020 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR490393 2 0.2325 0.72287 0.020 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR490394 2 0.2325 0.72287 0.020 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR490395 2 0.2325 0.72287 0.020 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR490396 2 0.2277 0.71979 0.032 0.892 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490397 2 0.2201 0.72139 0.028 0.896 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490398 2 0.2201 0.72139 0.028 0.896 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490399 2 0.2277 0.71979 0.032 0.892 0.000 0.076 NA 0.000
#> SRR490400 2 0.1807 0.72987 0.020 0.920 0.000 0.060 NA 0.000
#> SRR490401 2 0.1807 0.72987 0.020 0.920 0.000 0.060 NA 0.000
#> SRR490402 2 0.1807 0.72987 0.020 0.920 0.000 0.060 NA 0.000
#> SRR490403 2 0.1807 0.72987 0.020 0.920 0.000 0.060 NA 0.000
#> SRR490404 1 0.6356 0.50764 0.484 0.288 0.000 0.204 NA 0.016
#> SRR490405 1 0.6356 0.50764 0.484 0.288 0.000 0.204 NA 0.016
#> SRR490406 1 0.6356 0.50764 0.484 0.288 0.000 0.204 NA 0.016
#> SRR490407 1 0.6356 0.50764 0.484 0.288 0.000 0.204 NA 0.016
#> SRR490408 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490409 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490410 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490411 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490412 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490413 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490414 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490415 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490416 1 0.4089 0.70288 0.768 0.068 0.000 0.004 NA 0.152
#> SRR490417 1 0.4293 0.69280 0.744 0.068 0.000 0.004 NA 0.176
#> SRR490418 1 0.4357 0.68909 0.736 0.068 0.000 0.004 NA 0.184
#> SRR490419 1 0.4325 0.69086 0.740 0.068 0.000 0.004 NA 0.180
#> SRR490420 1 0.3225 0.70168 0.856 0.012 0.080 0.000 NA 0.024
#> SRR490421 1 0.3264 0.71123 0.860 0.024 0.064 0.000 NA 0.024
#> SRR490422 1 0.3264 0.71123 0.860 0.024 0.064 0.000 NA 0.024
#> SRR490423 1 0.3264 0.71123 0.860 0.024 0.064 0.000 NA 0.024
#> SRR490424 3 0.2228 0.70962 0.044 0.000 0.912 0.004 NA 0.024
#> SRR490425 3 0.2228 0.70962 0.044 0.000 0.912 0.004 NA 0.024
#> SRR490426 3 0.2228 0.70962 0.044 0.000 0.912 0.004 NA 0.024
#> SRR490427 3 0.2228 0.70962 0.044 0.000 0.912 0.004 NA 0.024
#> SRR490428 1 0.5036 0.56525 0.644 0.004 0.288 0.024 NA 0.008
#> SRR490429 1 0.5036 0.56525 0.644 0.004 0.288 0.024 NA 0.008
#> SRR490430 1 0.5036 0.56525 0.644 0.004 0.288 0.024 NA 0.008
#> SRR490431 1 0.5017 0.56947 0.648 0.004 0.284 0.024 NA 0.008
#> SRR490432 1 0.3935 0.71808 0.792 0.056 0.000 0.008 NA 0.132
#> SRR490433 1 0.3975 0.71670 0.788 0.056 0.000 0.008 NA 0.136
#> SRR490434 1 0.4033 0.71606 0.784 0.060 0.000 0.008 NA 0.136
#> SRR490435 1 0.4033 0.71606 0.784 0.060 0.000 0.008 NA 0.136
#> SRR490436 1 0.4294 0.70852 0.760 0.068 0.000 0.008 NA 0.152
#> SRR490437 1 0.4330 0.70709 0.756 0.068 0.000 0.008 NA 0.156
#> SRR490438 1 0.4330 0.70709 0.756 0.068 0.000 0.008 NA 0.156
#> SRR490439 1 0.4330 0.70709 0.756 0.068 0.000 0.008 NA 0.156
#> SRR490440 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490441 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490442 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490443 2 0.3940 0.73397 0.004 0.736 0.000 0.016 NA 0.232
#> SRR490444 2 0.6171 0.59607 0.092 0.480 0.000 0.016 NA 0.384
#> SRR490445 2 0.6171 0.59607 0.092 0.480 0.000 0.016 NA 0.384
#> SRR490446 2 0.6171 0.59607 0.092 0.480 0.000 0.016 NA 0.384
#> SRR490447 2 0.6171 0.59607 0.092 0.480 0.000 0.016 NA 0.384
#> SRR490448 1 0.3098 0.72510 0.872 0.028 0.008 0.008 NA 0.060
#> SRR490449 1 0.3506 0.72399 0.844 0.032 0.008 0.008 NA 0.084
#> SRR490450 1 0.3453 0.72442 0.848 0.032 0.008 0.008 NA 0.080
#> SRR490451 1 0.3453 0.72442 0.848 0.032 0.008 0.008 NA 0.080
#> SRR490452 1 0.5297 0.42278 0.536 0.000 0.396 0.016 NA 0.012
#> SRR490453 1 0.5407 0.44432 0.544 0.004 0.384 0.016 NA 0.012
#> SRR490454 1 0.5490 0.43803 0.536 0.004 0.388 0.020 NA 0.012
#> SRR490455 1 0.5407 0.44432 0.544 0.004 0.384 0.016 NA 0.012
#> SRR490456 1 0.3389 0.71846 0.824 0.060 0.000 0.000 NA 0.108
#> SRR490457 1 0.3389 0.71846 0.824 0.060 0.000 0.000 NA 0.108
#> SRR490458 1 0.3389 0.71846 0.824 0.060 0.000 0.000 NA 0.108
#> SRR490459 1 0.3389 0.71846 0.824 0.060 0.000 0.000 NA 0.108
#> SRR490460 1 0.3325 0.72204 0.836 0.044 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR490461 1 0.3325 0.72204 0.836 0.044 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR490462 1 0.3371 0.72142 0.832 0.044 0.000 0.000 NA 0.104
#> SRR490463 1 0.3325 0.72204 0.836 0.044 0.000 0.000 NA 0.100
#> SRR490464 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490465 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490466 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490467 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490468 1 0.6225 0.13813 0.428 0.272 0.000 0.000 NA 0.292
#> SRR490469 1 0.6145 0.22639 0.456 0.248 0.000 0.000 NA 0.288
#> SRR490470 1 0.6206 0.15936 0.436 0.268 0.000 0.000 NA 0.288
#> SRR490471 1 0.6225 0.13813 0.428 0.272 0.000 0.000 NA 0.292
#> SRR490472 2 0.4193 0.73176 0.004 0.724 0.000 0.020 NA 0.232
#> SRR490473 2 0.4193 0.73176 0.004 0.724 0.000 0.020 NA 0.232
#> SRR490474 2 0.4193 0.73176 0.004 0.724 0.000 0.020 NA 0.232
#> SRR490475 2 0.4193 0.73176 0.004 0.724 0.000 0.020 NA 0.232
#> SRR490476 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490477 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490478 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490479 3 0.3810 0.77520 0.000 0.000 0.572 0.000 NA 0.000
#> SRR490480 2 0.4176 0.68726 0.016 0.580 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490481 2 0.4176 0.68726 0.016 0.580 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490482 2 0.4176 0.68726 0.016 0.580 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490483 2 0.4176 0.68726 0.016 0.580 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490484 2 0.5259 0.62430 0.052 0.496 0.000 0.000 NA 0.432
#> SRR490485 2 0.4917 0.64976 0.028 0.520 0.000 0.000 NA 0.432
#> SRR490486 2 0.4850 0.65361 0.024 0.524 0.000 0.000 NA 0.432
#> SRR490487 2 0.4981 0.64582 0.032 0.516 0.000 0.000 NA 0.432
#> SRR490488 2 0.4478 0.65868 0.016 0.524 0.000 0.000 NA 0.452
#> SRR490489 2 0.4478 0.65868 0.016 0.524 0.000 0.000 NA 0.452
#> SRR490490 2 0.4478 0.65868 0.016 0.524 0.000 0.000 NA 0.452
#> SRR490491 2 0.4478 0.65868 0.016 0.524 0.000 0.000 NA 0.452
#> SRR490492 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490493 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490494 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490495 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490496 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490497 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490498 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490499 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490500 2 0.4930 0.65695 0.048 0.540 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490501 2 0.4930 0.65695 0.048 0.540 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490502 2 0.4930 0.65695 0.048 0.540 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490503 2 0.4930 0.65695 0.048 0.540 0.000 0.000 NA 0.404
#> SRR490504 2 0.4288 0.72978 0.004 0.716 0.000 0.028 NA 0.236
#> SRR490505 2 0.4288 0.72978 0.004 0.716 0.000 0.028 NA 0.236
#> SRR490506 2 0.4288 0.72978 0.004 0.716 0.000 0.028 NA 0.236
#> SRR490507 2 0.4288 0.72978 0.004 0.716 0.000 0.028 NA 0.236
#> SRR490508 2 0.5400 0.67559 0.012 0.544 0.000 0.044 NA 0.380
#> SRR490509 2 0.5392 0.67733 0.012 0.548 0.000 0.044 NA 0.376
#> SRR490510 2 0.5392 0.67733 0.012 0.548 0.000 0.044 NA 0.376
#> SRR490511 2 0.5392 0.67733 0.012 0.548 0.000 0.044 NA 0.376
#> SRR490512 2 0.4234 0.68620 0.012 0.576 0.000 0.000 NA 0.408
#> SRR490513 2 0.4234 0.68620 0.012 0.576 0.000 0.000 NA 0.408
#> SRR490514 2 0.4234 0.68620 0.012 0.576 0.000 0.000 NA 0.408
#> SRR490515 2 0.4234 0.68620 0.012 0.576 0.000 0.000 NA 0.408
#> SRR490516 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490517 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490518 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490519 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490520 2 0.4379 0.68559 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490521 2 0.4379 0.68559 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490522 2 0.4379 0.68559 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490523 2 0.4379 0.68559 0.020 0.576 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR490524 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490525 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490526 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490527 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490528 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490529 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490530 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490531 2 0.4237 0.68666 0.020 0.584 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR490532 1 0.5845 0.52977 0.588 0.004 0.296 0.012 NA 0.048
#> SRR490533 1 0.5829 0.53416 0.592 0.004 0.292 0.012 NA 0.048
#> SRR490534 1 0.5829 0.53416 0.592 0.004 0.292 0.012 NA 0.048
#> SRR490535 1 0.5829 0.53416 0.592 0.004 0.292 0.012 NA 0.048
#> SRR490536 2 0.4314 0.72492 0.004 0.704 0.000 0.020 NA 0.252
#> SRR490537 2 0.4314 0.72492 0.004 0.704 0.000 0.020 NA 0.252
#> SRR490538 2 0.4314 0.72492 0.004 0.704 0.000 0.020 NA 0.252
#> SRR490539 2 0.4314 0.72492 0.004 0.704 0.000 0.020 NA 0.252
#> SRR490540 2 0.3710 0.71436 0.020 0.832 0.000 0.076 NA 0.028
#> SRR490541 2 0.3710 0.71436 0.020 0.832 0.000 0.076 NA 0.028
#> SRR490542 2 0.3710 0.71436 0.020 0.832 0.000 0.076 NA 0.028
#> SRR490543 2 0.3710 0.71436 0.020 0.832 0.000 0.076 NA 0.028
#> SRR490544 2 0.1346 0.75090 0.000 0.952 0.000 0.024 NA 0.016
#> SRR490545 2 0.1346 0.75090 0.000 0.952 0.000 0.024 NA 0.016
#> SRR490546 2 0.1346 0.75090 0.000 0.952 0.000 0.024 NA 0.016
#> SRR490547 2 0.1346 0.75090 0.000 0.952 0.000 0.024 NA 0.016
#> SRR490548 2 0.0632 0.74964 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490549 2 0.0632 0.74964 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490550 2 0.0632 0.74964 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490551 2 0.0632 0.74964 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490552 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490553 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490554 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490555 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490556 2 0.0520 0.75386 0.000 0.984 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR490557 2 0.0520 0.75386 0.000 0.984 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR490558 2 0.0520 0.75386 0.000 0.984 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR490559 2 0.0520 0.75386 0.000 0.984 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR490560 2 0.0260 0.75407 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR490561 2 0.0260 0.75407 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR490562 2 0.0260 0.75407 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR490563 2 0.0260 0.75407 0.000 0.992 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR490564 2 0.6396 -0.00118 0.360 0.480 0.000 0.104 NA 0.044
#> SRR490565 2 0.6252 0.10797 0.332 0.512 0.000 0.104 NA 0.044
#> SRR490566 2 0.6279 0.06638 0.344 0.500 0.000 0.104 NA 0.044
#> SRR490567 2 0.6271 0.07633 0.340 0.504 0.000 0.104 NA 0.044
#> SRR490568 2 0.7599 0.43966 0.116 0.484 0.000 0.192 NA 0.156
#> SRR490569 2 0.7463 0.47463 0.100 0.500 0.000 0.192 NA 0.156
#> SRR490570 2 0.7499 0.46605 0.104 0.496 0.000 0.192 NA 0.156
#> SRR490571 2 0.7499 0.46605 0.104 0.496 0.000 0.192 NA 0.156
#> SRR490572 2 0.2362 0.74974 0.000 0.892 0.000 0.016 NA 0.080
#> SRR490573 2 0.2362 0.74974 0.000 0.892 0.000 0.016 NA 0.080
#> SRR490574 2 0.2362 0.74974 0.000 0.892 0.000 0.016 NA 0.080
#> SRR490575 2 0.2362 0.74974 0.000 0.892 0.000 0.016 NA 0.080
#> SRR490576 2 0.0767 0.75420 0.000 0.976 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490577 2 0.0767 0.75420 0.000 0.976 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490578 2 0.0767 0.75420 0.000 0.976 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490579 2 0.0767 0.75420 0.000 0.976 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490580 2 0.0632 0.74970 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490581 2 0.0632 0.74970 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490582 2 0.0632 0.74970 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490583 2 0.0632 0.74970 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR490584 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490585 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490586 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490587 2 0.0622 0.75404 0.000 0.980 0.000 0.008 NA 0.012
#> SRR490588 2 0.0260 0.75244 0.000 0.992 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR490589 2 0.0260 0.75244 0.000 0.992 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR490590 2 0.0260 0.75244 0.000 0.992 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR490591 2 0.0260 0.75244 0.000 0.992 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR490592 2 0.2247 0.72668 0.024 0.904 0.000 0.060 NA 0.012
#> SRR490593 2 0.2247 0.72668 0.024 0.904 0.000 0.060 NA 0.012
#> SRR490594 2 0.2247 0.72668 0.024 0.904 0.000 0.060 NA 0.012
#> SRR490595 2 0.2247 0.72668 0.024 0.904 0.000 0.060 NA 0.012
#> SRR490596 1 0.5587 0.66944 0.664 0.128 0.000 0.160 NA 0.012
#> SRR490597 1 0.5760 0.65774 0.644 0.148 0.000 0.160 NA 0.012
#> SRR490598 1 0.5793 0.65511 0.640 0.152 0.000 0.160 NA 0.012
#> SRR490599 1 0.5760 0.65774 0.644 0.148 0.000 0.160 NA 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.972 0.987 0.4736 0.530 0.530
#> 3 3 0.871 0.898 0.950 0.4031 0.759 0.564
#> 4 4 0.914 0.932 0.958 0.1034 0.874 0.651
#> 5 5 0.847 0.800 0.886 0.0514 0.970 0.886
#> 6 6 0.797 0.719 0.844 0.0321 0.982 0.923
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490217 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490218 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490219 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490220 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490221 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490222 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490223 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490241 1 0.8608 0.597 0.716 0.284
#> SRR490242 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490248 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490249 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490250 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490251 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR490255 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490290 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490291 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490294 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.5629 0.852 0.132 0.868
#> SRR490301 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.3431 0.928 0.064 0.936
#> SRR490303 2 0.2236 0.954 0.036 0.964
#> SRR490304 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490312 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490313 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490314 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490315 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490316 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490317 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490318 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490319 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.2778 0.943 0.048 0.952
#> SRR490329 2 0.0938 0.975 0.012 0.988
#> SRR490330 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.9087 0.540 0.324 0.676
#> SRR490341 2 0.9460 0.449 0.364 0.636
#> SRR490342 2 0.8499 0.635 0.276 0.724
#> SRR490343 2 0.9087 0.540 0.324 0.676
#> SRR490344 1 0.1633 0.969 0.976 0.024
#> SRR490345 1 0.8499 0.612 0.724 0.276
#> SRR490346 1 0.7219 0.745 0.800 0.200
#> SRR490347 1 0.7950 0.680 0.760 0.240
#> SRR490348 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR490357 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.6343 0.817 0.160 0.840
#> SRR490377 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR490378 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR490379 2 0.1843 0.961 0.028 0.972
#> SRR490380 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.7528 0.730 0.216 0.784
#> SRR490405 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR490406 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR490407 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> SRR490408 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.3584 0.924 0.068 0.932
#> SRR490417 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490420 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490432 2 0.7950 0.697 0.240 0.760
#> SRR490433 2 0.1414 0.968 0.020 0.980
#> SRR490434 2 0.1633 0.965 0.024 0.976
#> SRR490435 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> SRR490437 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490451 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR490452 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490456 2 0.4815 0.886 0.104 0.896
#> SRR490457 2 0.3584 0.924 0.068 0.932
#> SRR490458 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR490459 2 0.4161 0.907 0.084 0.916
#> SRR490460 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> SRR490461 2 0.5059 0.876 0.112 0.888
#> SRR490462 2 0.1633 0.965 0.024 0.976
#> SRR490463 2 0.6343 0.816 0.160 0.840
#> SRR490464 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490533 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490534 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490535 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR490569 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.9896 0.237 0.440 0.560
#> SRR490597 2 0.5178 0.871 0.116 0.884
#> SRR490598 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR490599 2 0.5294 0.865 0.120 0.880
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490217 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490218 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490219 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.1753 0.943 0.952 0.000 0.048
#> SRR490221 1 0.1753 0.943 0.952 0.000 0.048
#> SRR490222 1 0.1753 0.943 0.952 0.000 0.048
#> SRR490223 1 0.1753 0.943 0.952 0.000 0.048
#> SRR490224 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 3 0.6225 0.228 0.432 0.000 0.568
#> SRR490241 3 0.4931 0.682 0.232 0.000 0.768
#> SRR490242 3 0.5678 0.530 0.316 0.000 0.684
#> SRR490243 3 0.5363 0.607 0.276 0.000 0.724
#> SRR490244 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490249 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490250 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490251 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490252 3 0.5138 0.643 0.000 0.252 0.748
#> SRR490253 3 0.5591 0.545 0.000 0.304 0.696
#> SRR490254 3 0.5591 0.545 0.000 0.304 0.696
#> SRR490255 3 0.5591 0.545 0.000 0.304 0.696
#> SRR490256 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490290 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490291 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490292 1 0.5760 0.526 0.672 0.000 0.328
#> SRR490293 3 0.5529 0.570 0.296 0.000 0.704
#> SRR490294 3 0.5621 0.547 0.308 0.000 0.692
#> SRR490295 3 0.5810 0.488 0.336 0.000 0.664
#> SRR490296 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490297 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490298 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490299 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490300 3 0.0237 0.922 0.004 0.000 0.996
#> SRR490301 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490302 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490303 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490304 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490305 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490306 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490307 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490308 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490313 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490314 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490315 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490316 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490317 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490318 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490319 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 3 0.1753 0.934 0.000 0.048 0.952
#> SRR490329 3 0.1753 0.934 0.000 0.048 0.952
#> SRR490330 3 0.1753 0.934 0.000 0.048 0.952
#> SRR490331 3 0.1753 0.934 0.000 0.048 0.952
#> SRR490332 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490333 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490334 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490335 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490336 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490337 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490338 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490339 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490340 3 0.1163 0.909 0.028 0.000 0.972
#> SRR490341 3 0.1289 0.906 0.032 0.000 0.968
#> SRR490342 3 0.1289 0.906 0.032 0.000 0.968
#> SRR490343 3 0.1289 0.906 0.032 0.000 0.968
#> SRR490344 1 0.5956 0.621 0.720 0.264 0.016
#> SRR490345 2 0.6579 0.474 0.328 0.652 0.020
#> SRR490346 2 0.6962 0.261 0.412 0.568 0.020
#> SRR490347 2 0.5731 0.662 0.228 0.752 0.020
#> SRR490348 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.1529 0.896 0.000 0.960 0.040
#> SRR490357 2 0.1411 0.899 0.000 0.964 0.036
#> SRR490358 2 0.1529 0.896 0.000 0.960 0.040
#> SRR490359 2 0.1411 0.899 0.000 0.964 0.036
#> SRR490360 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0747 0.913 0.016 0.984 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0747 0.912 0.016 0.984 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490408 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490409 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490410 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490411 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490412 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490417 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490418 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490419 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490420 1 0.4235 0.793 0.824 0.000 0.176
#> SRR490421 1 0.6026 0.411 0.624 0.000 0.376
#> SRR490422 1 0.6168 0.312 0.588 0.000 0.412
#> SRR490423 1 0.5835 0.498 0.660 0.000 0.340
#> SRR490424 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490432 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490433 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490434 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490435 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490436 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490437 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490438 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490439 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490441 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490442 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490443 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490444 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490445 3 0.2066 0.932 0.000 0.060 0.940
#> SRR490446 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490447 3 0.2165 0.929 0.000 0.064 0.936
#> SRR490448 3 0.6111 0.332 0.396 0.000 0.604
#> SRR490449 3 0.2796 0.857 0.092 0.000 0.908
#> SRR490450 3 0.4121 0.774 0.168 0.000 0.832
#> SRR490451 3 0.3412 0.826 0.124 0.000 0.876
#> SRR490452 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490456 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490457 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490458 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490459 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490460 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490461 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490462 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490463 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490469 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490470 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490471 3 0.0000 0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490473 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490474 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490475 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490476 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490481 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490482 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490483 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490484 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490485 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490486 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490487 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490488 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490489 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490490 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490491 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490492 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490493 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490494 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490495 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490496 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490497 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490498 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490499 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490500 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490501 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490502 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490503 3 0.0592 0.927 0.000 0.012 0.988
#> SRR490504 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490505 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490506 2 0.5859 0.522 0.000 0.656 0.344
#> SRR490507 2 0.5882 0.515 0.000 0.652 0.348
#> SRR490508 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490509 3 0.2165 0.929 0.000 0.064 0.936
#> SRR490510 3 0.2165 0.929 0.000 0.064 0.936
#> SRR490511 3 0.2165 0.929 0.000 0.064 0.936
#> SRR490512 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490513 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490514 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490515 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490516 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490517 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490518 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490519 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490520 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490521 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490522 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490523 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490524 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490525 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490526 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490527 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490528 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490529 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490530 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490531 3 0.1964 0.935 0.000 0.056 0.944
#> SRR490532 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490533 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490534 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490535 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR490536 2 0.5859 0.523 0.000 0.656 0.344
#> SRR490537 2 0.5859 0.523 0.000 0.656 0.344
#> SRR490538 2 0.5835 0.530 0.000 0.660 0.340
#> SRR490539 2 0.5859 0.523 0.000 0.656 0.344
#> SRR490540 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.1529 0.896 0.000 0.960 0.040
#> SRR490565 2 0.1529 0.896 0.000 0.960 0.040
#> SRR490566 2 0.1529 0.896 0.000 0.960 0.040
#> SRR490567 2 0.1529 0.896 0.000 0.960 0.040
#> SRR490568 2 0.3752 0.803 0.000 0.856 0.144
#> SRR490569 2 0.3752 0.803 0.000 0.856 0.144
#> SRR490570 2 0.3752 0.803 0.000 0.856 0.144
#> SRR490571 2 0.3816 0.799 0.000 0.852 0.148
#> SRR490572 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.925 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.3967 0.837 0.072 0.884 0.044
#> SRR490597 2 0.1878 0.891 0.004 0.952 0.044
#> SRR490598 2 0.1643 0.893 0.000 0.956 0.044
#> SRR490599 2 0.1878 0.891 0.004 0.952 0.044
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 3 0.1211 0.954 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490217 3 0.1211 0.954 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490218 3 0.1211 0.954 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490219 3 0.1211 0.954 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490220 1 0.2868 0.822 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR490221 1 0.2704 0.836 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR490222 1 0.2704 0.836 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR490223 1 0.2868 0.822 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR490224 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490233 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490234 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490235 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490241 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490242 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490243 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490244 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 3 0.1545 0.949 0.040 0.008 0.952 0.000
#> SRR490249 3 0.1545 0.949 0.040 0.008 0.952 0.000
#> SRR490250 3 0.1545 0.949 0.040 0.008 0.952 0.000
#> SRR490251 3 0.1545 0.949 0.040 0.008 0.952 0.000
#> SRR490252 1 0.0376 0.924 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR490253 1 0.0376 0.924 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR490254 1 0.0376 0.924 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR490255 1 0.0376 0.924 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR490256 3 0.0469 0.974 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490257 3 0.0469 0.974 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490258 3 0.0469 0.974 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490259 3 0.0469 0.974 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490260 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490268 3 0.0469 0.974 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490269 3 0.0592 0.971 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490270 3 0.0707 0.968 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR490271 3 0.0592 0.971 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490272 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490289 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490290 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490291 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490293 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490294 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490295 1 0.0336 0.927 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490296 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490297 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490298 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490299 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490300 1 0.3726 0.808 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490301 1 0.3764 0.803 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR490302 1 0.3764 0.803 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR490303 1 0.3801 0.798 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR490304 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490305 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490306 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490307 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490308 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 3 0.0707 0.969 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR490313 3 0.0707 0.969 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR490314 3 0.0707 0.969 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR490315 3 0.0707 0.969 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR490316 3 0.1867 0.929 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490317 3 0.1867 0.929 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490318 3 0.1867 0.929 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490319 3 0.1867 0.929 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490320 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 4 0.0707 0.930 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR490329 4 0.0592 0.932 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490330 4 0.0592 0.932 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490331 4 0.0592 0.932 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490332 4 0.1940 0.874 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR490333 4 0.1474 0.899 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR490334 4 0.1474 0.899 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR490335 4 0.1474 0.899 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR490336 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490337 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490338 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490339 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490340 1 0.2888 0.896 0.872 0.000 0.004 0.124
#> SRR490341 1 0.2888 0.896 0.872 0.000 0.004 0.124
#> SRR490342 1 0.2888 0.896 0.872 0.000 0.004 0.124
#> SRR490343 1 0.2831 0.897 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR490344 3 0.6466 0.418 0.092 0.320 0.588 0.000
#> SRR490345 2 0.6229 0.501 0.088 0.628 0.284 0.000
#> SRR490346 2 0.6575 0.352 0.092 0.560 0.348 0.000
#> SRR490347 2 0.5809 0.607 0.092 0.692 0.216 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.1867 0.916 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.1867 0.916 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.1867 0.916 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.1867 0.916 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.1510 0.936 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR490377 2 0.0921 0.945 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0921 0.945 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0817 0.947 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0188 0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0188 0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0188 0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0188 0.954 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.1211 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.1211 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.1211 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.1211 0.937 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490409 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490410 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490411 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490412 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2408 0.922 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490417 1 0.2469 0.920 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490418 1 0.2530 0.918 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR490419 1 0.2530 0.918 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR490420 1 0.1637 0.908 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR490421 1 0.1854 0.918 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR490422 1 0.1888 0.921 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR490423 1 0.1854 0.918 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR490424 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490428 3 0.3975 0.690 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR490429 3 0.4040 0.676 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR490430 3 0.4164 0.648 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR490431 3 0.4008 0.683 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR490432 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490433 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490434 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490435 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490436 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490437 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490438 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490439 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490440 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490441 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490442 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490443 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490444 4 0.0524 0.934 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490445 4 0.0524 0.934 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490446 4 0.0336 0.935 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490447 4 0.0524 0.934 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490448 1 0.2131 0.930 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR490449 1 0.2048 0.938 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR490450 1 0.2142 0.936 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR490451 1 0.2142 0.936 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR490452 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490453 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490454 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490455 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490456 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490457 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490458 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490459 1 0.1867 0.937 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490460 1 0.1792 0.937 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490461 1 0.1792 0.937 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490462 1 0.1792 0.937 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490463 1 0.1792 0.937 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490464 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 1 0.2647 0.915 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR490469 1 0.2589 0.917 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR490470 1 0.2647 0.915 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR490471 1 0.2647 0.915 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR490472 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490473 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490474 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490475 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490476 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490481 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490482 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490483 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490484 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490485 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490486 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490487 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490488 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490489 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490490 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490491 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490492 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490493 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490494 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490495 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490496 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490497 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490498 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490499 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490500 4 0.1118 0.915 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490501 4 0.1118 0.915 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490502 4 0.1118 0.915 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490503 4 0.1118 0.915 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490504 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490505 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490506 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490507 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490508 4 0.0336 0.934 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490509 4 0.0336 0.934 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490510 4 0.0336 0.934 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490511 4 0.0336 0.934 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490512 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490513 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490514 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490515 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490516 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490517 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490518 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490519 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490520 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490521 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490522 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490523 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490524 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490525 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490526 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490527 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490528 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490529 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490530 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490531 4 0.0188 0.938 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490532 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490533 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490534 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490535 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490536 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490537 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490538 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490539 4 0.3219 0.831 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR490540 2 0.1211 0.951 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490541 2 0.1118 0.951 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490542 2 0.1118 0.951 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490543 2 0.1211 0.951 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490544 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490545 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490546 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490547 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490548 2 0.1389 0.948 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490549 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490550 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490551 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490552 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490553 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490554 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490555 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490556 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490557 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490558 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490559 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490560 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490561 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490562 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490563 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490564 2 0.1637 0.927 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.1637 0.927 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.1637 0.927 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.1637 0.927 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490568 4 0.3539 0.815 0.004 0.176 0.000 0.820
#> SRR490569 4 0.3356 0.818 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR490570 4 0.3539 0.815 0.004 0.176 0.000 0.820
#> SRR490571 4 0.3539 0.815 0.004 0.176 0.000 0.820
#> SRR490572 2 0.2011 0.925 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR490573 2 0.2011 0.925 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR490574 2 0.2011 0.925 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR490575 2 0.2011 0.925 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR490576 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490577 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490578 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490579 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490580 2 0.1302 0.949 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490581 2 0.1302 0.949 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490582 2 0.1302 0.949 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490583 2 0.1302 0.949 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490584 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490585 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490586 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490587 2 0.1557 0.944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR490588 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490589 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490590 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490591 2 0.1474 0.946 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490592 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.2473 0.899 0.080 0.908 0.012 0.000
#> SRR490597 2 0.1716 0.922 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.1637 0.925 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.1716 0.922 0.064 0.936 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 5 0.4114 0.692 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR490217 5 0.4114 0.692 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR490218 5 0.4114 0.692 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR490219 5 0.4101 0.692 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR490220 1 0.5376 0.536 0.612 0.000 0.080 0.000 0.308
#> SRR490221 1 0.5306 0.540 0.612 0.000 0.072 0.000 0.316
#> SRR490222 1 0.5342 0.540 0.612 0.000 0.076 0.000 0.312
#> SRR490223 1 0.5342 0.540 0.612 0.000 0.076 0.000 0.312
#> SRR490224 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490225 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490226 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490227 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490228 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490230 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490231 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490232 3 0.0404 0.943 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490233 3 0.0404 0.943 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490234 3 0.0404 0.943 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490235 3 0.0404 0.943 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490236 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490237 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490238 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490239 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490240 1 0.1124 0.848 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR490241 1 0.1124 0.850 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490242 1 0.1124 0.850 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490243 1 0.1124 0.850 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490244 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 5 0.4210 0.665 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR490249 5 0.4192 0.672 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR490250 5 0.4210 0.665 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR490251 5 0.4210 0.665 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR490252 1 0.3010 0.788 0.824 0.004 0.000 0.000 0.172
#> SRR490253 1 0.3171 0.784 0.816 0.008 0.000 0.000 0.176
#> SRR490254 1 0.3171 0.784 0.816 0.008 0.000 0.000 0.176
#> SRR490255 1 0.3171 0.784 0.816 0.008 0.000 0.000 0.176
#> SRR490256 3 0.1216 0.915 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR490257 3 0.1310 0.911 0.024 0.000 0.956 0.000 0.020
#> SRR490258 3 0.1310 0.911 0.024 0.000 0.956 0.000 0.020
#> SRR490259 3 0.1310 0.911 0.024 0.000 0.956 0.000 0.020
#> SRR490260 3 0.0404 0.943 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490261 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490262 3 0.0404 0.943 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490263 3 0.0404 0.943 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490264 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490265 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490266 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490267 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490268 3 0.1485 0.900 0.032 0.000 0.948 0.000 0.020
#> SRR490269 3 0.1568 0.895 0.036 0.000 0.944 0.000 0.020
#> SRR490270 3 0.1568 0.895 0.036 0.000 0.944 0.000 0.020
#> SRR490271 3 0.1568 0.895 0.036 0.000 0.944 0.000 0.020
#> SRR490272 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490273 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490274 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490275 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490276 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490277 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490278 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490279 3 0.0290 0.944 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490280 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490289 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490290 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490291 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490292 1 0.3398 0.776 0.780 0.000 0.004 0.000 0.216
#> SRR490293 1 0.3398 0.778 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR490294 1 0.3398 0.778 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR490295 1 0.3398 0.778 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR490296 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490297 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490298 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490299 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490300 1 0.6292 0.565 0.532 0.000 0.000 0.260 0.208
#> SRR490301 1 0.6342 0.549 0.520 0.000 0.000 0.272 0.208
#> SRR490302 1 0.6342 0.549 0.520 0.000 0.000 0.272 0.208
#> SRR490303 1 0.6342 0.549 0.520 0.000 0.000 0.272 0.208
#> SRR490304 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490305 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490306 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490307 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490308 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 5 0.4249 0.639 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR490313 5 0.4249 0.639 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR490314 5 0.4249 0.639 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR490315 5 0.4249 0.639 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR490316 3 0.5236 -0.158 0.048 0.000 0.544 0.000 0.408
#> SRR490317 3 0.5236 -0.158 0.048 0.000 0.544 0.000 0.408
#> SRR490318 3 0.5250 -0.181 0.048 0.000 0.536 0.000 0.416
#> SRR490319 3 0.5250 -0.181 0.048 0.000 0.536 0.000 0.416
#> SRR490320 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.2886 0.754 0.008 0.000 0.000 0.844 0.148
#> SRR490329 4 0.2886 0.754 0.008 0.000 0.000 0.844 0.148
#> SRR490330 4 0.2886 0.754 0.008 0.000 0.000 0.844 0.148
#> SRR490331 4 0.2763 0.757 0.004 0.000 0.000 0.848 0.148
#> SRR490332 4 0.2514 0.787 0.060 0.000 0.000 0.896 0.044
#> SRR490333 4 0.2376 0.794 0.052 0.000 0.000 0.904 0.044
#> SRR490334 4 0.2376 0.794 0.052 0.000 0.000 0.904 0.044
#> SRR490335 4 0.2376 0.794 0.052 0.000 0.000 0.904 0.044
#> SRR490336 4 0.0794 0.840 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR490337 4 0.0794 0.840 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR490338 4 0.0794 0.840 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR490339 4 0.0794 0.840 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR490340 1 0.5856 0.647 0.604 0.000 0.000 0.172 0.224
#> SRR490341 1 0.5816 0.652 0.608 0.000 0.000 0.164 0.228
#> SRR490342 1 0.5816 0.652 0.608 0.000 0.000 0.164 0.228
#> SRR490343 1 0.5816 0.652 0.608 0.000 0.000 0.164 0.228
#> SRR490344 5 0.3243 0.574 0.004 0.032 0.116 0.000 0.848
#> SRR490345 5 0.3215 0.539 0.004 0.068 0.068 0.000 0.860
#> SRR490346 5 0.3209 0.547 0.004 0.060 0.076 0.000 0.860
#> SRR490347 5 0.2989 0.515 0.004 0.080 0.044 0.000 0.872
#> SRR490348 2 0.1732 0.869 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490349 2 0.1732 0.869 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490350 2 0.1732 0.869 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490351 2 0.1732 0.869 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490352 2 0.1341 0.879 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490353 2 0.1341 0.879 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490354 2 0.1341 0.879 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490355 2 0.1341 0.879 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490356 2 0.4622 0.404 0.012 0.548 0.000 0.000 0.440
#> SRR490357 2 0.4610 0.422 0.012 0.556 0.000 0.000 0.432
#> SRR490358 2 0.4610 0.422 0.012 0.556 0.000 0.000 0.432
#> SRR490359 2 0.4610 0.422 0.012 0.556 0.000 0.000 0.432
#> SRR490360 2 0.2848 0.823 0.004 0.840 0.000 0.000 0.156
#> SRR490361 2 0.2763 0.830 0.004 0.848 0.000 0.000 0.148
#> SRR490362 2 0.2763 0.830 0.004 0.848 0.000 0.000 0.148
#> SRR490363 2 0.2763 0.830 0.004 0.848 0.000 0.000 0.148
#> SRR490364 2 0.2011 0.862 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> SRR490365 2 0.2011 0.862 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> SRR490366 2 0.2011 0.862 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> SRR490367 2 0.2011 0.862 0.004 0.908 0.000 0.000 0.088
#> SRR490368 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490369 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490370 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490371 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490372 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 5 0.4046 0.358 0.000 0.296 0.008 0.000 0.696
#> SRR490377 5 0.3816 0.337 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR490378 5 0.3816 0.337 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR490379 5 0.3816 0.337 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR490380 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0865 0.888 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR490385 2 0.0865 0.888 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR490386 2 0.0955 0.887 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR490387 2 0.0865 0.888 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR490388 2 0.1892 0.865 0.004 0.916 0.000 0.000 0.080
#> SRR490389 2 0.1892 0.865 0.004 0.916 0.000 0.000 0.080
#> SRR490390 2 0.1892 0.865 0.004 0.916 0.000 0.000 0.080
#> SRR490391 2 0.1892 0.865 0.004 0.916 0.000 0.000 0.080
#> SRR490392 2 0.0771 0.889 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR490393 2 0.0771 0.889 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR490394 2 0.0771 0.889 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR490395 2 0.0771 0.889 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR490396 2 0.1831 0.868 0.004 0.920 0.000 0.000 0.076
#> SRR490397 2 0.1831 0.868 0.004 0.920 0.000 0.000 0.076
#> SRR490398 2 0.1831 0.868 0.004 0.920 0.000 0.000 0.076
#> SRR490399 2 0.1831 0.868 0.004 0.920 0.000 0.000 0.076
#> SRR490400 2 0.0955 0.888 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR490401 2 0.0955 0.888 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR490402 2 0.0955 0.888 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR490403 2 0.0955 0.888 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR490404 2 0.4582 0.444 0.012 0.572 0.000 0.000 0.416
#> SRR490405 2 0.4582 0.444 0.012 0.572 0.000 0.000 0.416
#> SRR490406 2 0.4582 0.444 0.012 0.572 0.000 0.000 0.416
#> SRR490407 2 0.4582 0.444 0.012 0.572 0.000 0.000 0.416
#> SRR490408 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490409 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490410 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490411 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490412 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.1831 0.844 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR490417 1 0.2068 0.836 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR490418 1 0.2124 0.834 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR490419 1 0.2124 0.834 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR490420 1 0.1106 0.845 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR490421 1 0.1012 0.846 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR490422 1 0.1012 0.846 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR490423 1 0.1106 0.845 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR490424 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490425 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490426 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490427 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490428 3 0.4824 0.245 0.376 0.000 0.596 0.000 0.028
#> SRR490429 3 0.4909 0.228 0.380 0.000 0.588 0.000 0.032
#> SRR490430 3 0.4930 0.210 0.388 0.000 0.580 0.000 0.032
#> SRR490431 3 0.4886 0.245 0.372 0.000 0.596 0.000 0.032
#> SRR490432 1 0.0963 0.857 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR490433 1 0.0963 0.857 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR490434 1 0.0963 0.857 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR490435 1 0.0963 0.857 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR490436 1 0.1568 0.858 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR490437 1 0.1568 0.858 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR490438 1 0.1568 0.858 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR490439 1 0.1568 0.858 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR490440 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490441 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490442 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490443 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490444 4 0.3561 0.785 0.012 0.060 0.000 0.844 0.084
#> SRR490445 4 0.3494 0.787 0.012 0.056 0.000 0.848 0.084
#> SRR490446 4 0.3282 0.794 0.012 0.044 0.000 0.860 0.084
#> SRR490447 4 0.3561 0.785 0.012 0.060 0.000 0.844 0.084
#> SRR490448 1 0.0968 0.854 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR490449 1 0.0912 0.855 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490450 1 0.0912 0.855 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490451 1 0.0912 0.855 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490452 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490453 3 0.0693 0.936 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR490454 3 0.0579 0.939 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR490455 3 0.0290 0.945 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490456 1 0.0880 0.858 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490457 1 0.0880 0.858 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490458 1 0.0880 0.858 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490459 1 0.0880 0.858 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR490460 1 0.0609 0.857 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490461 1 0.0609 0.857 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490462 1 0.0609 0.857 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490463 1 0.0609 0.857 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.2798 0.805 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR490469 1 0.2753 0.808 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008
#> SRR490470 1 0.2798 0.805 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR490471 1 0.2798 0.805 0.852 0.000 0.000 0.140 0.008
#> SRR490472 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490473 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490474 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490475 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490476 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490485 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490486 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490487 4 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR490488 4 0.0162 0.848 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490489 4 0.0162 0.848 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490490 4 0.0162 0.848 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490491 4 0.0162 0.848 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490492 4 0.0290 0.848 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR490493 4 0.0290 0.848 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR490494 4 0.0290 0.848 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR490495 4 0.0290 0.848 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR490496 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.1981 0.806 0.048 0.000 0.000 0.924 0.028
#> SRR490501 4 0.1981 0.806 0.048 0.000 0.000 0.924 0.028
#> SRR490502 4 0.1981 0.806 0.048 0.000 0.000 0.924 0.028
#> SRR490503 4 0.1981 0.806 0.048 0.000 0.000 0.924 0.028
#> SRR490504 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490505 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490506 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490507 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490508 4 0.2046 0.820 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> SRR490509 4 0.2236 0.816 0.000 0.024 0.000 0.908 0.068
#> SRR490510 4 0.2046 0.820 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> SRR490511 4 0.2046 0.820 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> SRR490512 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490533 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490534 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490535 3 0.0290 0.943 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490536 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490537 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490538 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490539 4 0.5359 0.589 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR490540 2 0.2411 0.836 0.000 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR490541 2 0.2411 0.836 0.000 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR490542 2 0.2411 0.836 0.000 0.884 0.000 0.008 0.108
#> SRR490543 2 0.2470 0.835 0.000 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR490544 2 0.1082 0.884 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR490545 2 0.1082 0.884 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR490546 2 0.1082 0.884 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR490547 2 0.1082 0.884 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR490548 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490549 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490550 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490551 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490552 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490553 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490554 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490555 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490556 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490557 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490558 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490559 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490560 2 0.0566 0.889 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR490561 2 0.0566 0.889 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR490562 2 0.0566 0.889 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR490563 2 0.0566 0.889 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR490564 2 0.4862 0.676 0.068 0.708 0.000 0.004 0.220
#> SRR490565 2 0.4742 0.685 0.060 0.716 0.000 0.004 0.220
#> SRR490566 2 0.4803 0.681 0.064 0.712 0.000 0.004 0.220
#> SRR490567 2 0.4803 0.681 0.064 0.712 0.000 0.004 0.220
#> SRR490568 4 0.6758 0.269 0.000 0.272 0.000 0.392 0.336
#> SRR490569 4 0.6744 0.293 0.000 0.272 0.000 0.404 0.324
#> SRR490570 4 0.6749 0.285 0.000 0.272 0.000 0.400 0.328
#> SRR490571 4 0.6754 0.277 0.000 0.272 0.000 0.396 0.332
#> SRR490572 2 0.2482 0.838 0.000 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR490573 2 0.2482 0.838 0.000 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR490574 2 0.2482 0.838 0.000 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR490575 2 0.2482 0.838 0.000 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR490576 2 0.1195 0.883 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR490577 2 0.1195 0.883 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR490578 2 0.1195 0.883 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR490579 2 0.1195 0.883 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR490580 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490581 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490582 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490583 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490584 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490585 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490586 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490587 2 0.1106 0.885 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR490588 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490589 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490590 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490591 2 0.0912 0.891 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR490592 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490593 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490594 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490595 2 0.0671 0.890 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR490596 2 0.4886 0.362 0.024 0.528 0.000 0.000 0.448
#> SRR490597 2 0.4940 0.387 0.020 0.540 0.004 0.000 0.436
#> SRR490598 2 0.4793 0.396 0.020 0.544 0.000 0.000 0.436
#> SRR490599 2 0.4798 0.388 0.020 0.540 0.000 0.000 0.440
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.2877 0.740 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR490217 6 0.2841 0.739 0.000 0.000 0.164 0.000 0.012 0.824
#> SRR490218 6 0.2877 0.740 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR490219 6 0.2877 0.740 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR490220 1 0.6446 0.129 0.400 0.000 0.040 0.000 0.160 0.400
#> SRR490221 6 0.6359 -0.190 0.400 0.000 0.032 0.000 0.164 0.404
#> SRR490222 1 0.6446 0.129 0.400 0.000 0.040 0.000 0.160 0.400
#> SRR490223 1 0.6446 0.129 0.400 0.000 0.040 0.000 0.160 0.400
#> SRR490224 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490225 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490226 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490227 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490228 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.1262 0.936 0.008 0.000 0.956 0.000 0.016 0.020
#> SRR490233 3 0.1364 0.933 0.012 0.000 0.952 0.000 0.016 0.020
#> SRR490234 3 0.1364 0.933 0.012 0.000 0.952 0.000 0.016 0.020
#> SRR490235 3 0.1269 0.936 0.012 0.000 0.956 0.000 0.012 0.020
#> SRR490236 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490237 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490238 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490239 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490240 1 0.2277 0.766 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR490241 1 0.2277 0.766 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR490242 1 0.2277 0.766 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR490243 1 0.2277 0.766 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR490244 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490245 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490246 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490247 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490248 6 0.2980 0.741 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008 0.800
#> SRR490249 6 0.2980 0.741 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008 0.800
#> SRR490250 6 0.2980 0.741 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008 0.800
#> SRR490251 6 0.2980 0.741 0.000 0.000 0.192 0.000 0.008 0.800
#> SRR490252 1 0.5061 0.546 0.620 0.000 0.000 0.000 0.252 0.128
#> SRR490253 1 0.5284 0.529 0.604 0.004 0.000 0.000 0.256 0.136
#> SRR490254 1 0.5317 0.523 0.600 0.004 0.000 0.000 0.256 0.140
#> SRR490255 1 0.5317 0.523 0.600 0.004 0.000 0.000 0.256 0.140
#> SRR490256 3 0.2643 0.874 0.040 0.000 0.888 0.000 0.036 0.036
#> SRR490257 3 0.2781 0.866 0.044 0.000 0.880 0.000 0.040 0.036
#> SRR490258 3 0.2781 0.866 0.044 0.000 0.880 0.000 0.040 0.036
#> SRR490259 3 0.2781 0.866 0.044 0.000 0.880 0.000 0.040 0.036
#> SRR490260 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490261 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490262 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490263 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490264 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490265 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490266 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490267 3 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490268 3 0.2841 0.853 0.072 0.000 0.872 0.000 0.028 0.028
#> SRR490269 3 0.2841 0.853 0.072 0.000 0.872 0.000 0.028 0.028
#> SRR490270 3 0.2841 0.853 0.072 0.000 0.872 0.000 0.028 0.028
#> SRR490271 3 0.2841 0.853 0.072 0.000 0.872 0.000 0.028 0.028
#> SRR490272 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490273 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490274 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490275 3 0.0622 0.950 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR490276 3 0.0508 0.952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR490277 3 0.0508 0.952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR490278 3 0.0508 0.952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR490279 3 0.0508 0.952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR490280 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490281 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490282 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490283 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490284 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490285 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490286 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490287 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490288 3 0.1599 0.922 0.008 0.000 0.940 0.000 0.024 0.028
#> SRR490289 3 0.1700 0.919 0.012 0.000 0.936 0.000 0.024 0.028
#> SRR490290 3 0.1700 0.919 0.012 0.000 0.936 0.000 0.024 0.028
#> SRR490291 3 0.1700 0.919 0.012 0.000 0.936 0.000 0.024 0.028
#> SRR490292 1 0.5153 0.248 0.464 0.000 0.000 0.000 0.452 0.084
#> SRR490293 1 0.5153 0.248 0.464 0.000 0.000 0.000 0.452 0.084
#> SRR490294 1 0.5153 0.248 0.464 0.000 0.000 0.000 0.452 0.084
#> SRR490295 1 0.5153 0.248 0.464 0.000 0.000 0.000 0.452 0.084
#> SRR490296 4 0.0547 0.743 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR490297 4 0.0547 0.743 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR490298 4 0.0458 0.745 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR490299 4 0.0547 0.743 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR490300 5 0.6927 0.483 0.232 0.000 0.000 0.248 0.444 0.076
#> SRR490301 5 0.6927 0.483 0.232 0.000 0.000 0.248 0.444 0.076
#> SRR490302 5 0.6927 0.483 0.232 0.000 0.000 0.248 0.444 0.076
#> SRR490303 5 0.6927 0.483 0.232 0.000 0.000 0.248 0.444 0.076
#> SRR490304 4 0.0458 0.745 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR490305 4 0.0458 0.745 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR490306 4 0.0458 0.745 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR490307 4 0.0458 0.745 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR490308 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490309 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490310 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490311 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490312 6 0.3201 0.732 0.000 0.000 0.208 0.000 0.012 0.780
#> SRR490313 6 0.3171 0.735 0.000 0.000 0.204 0.000 0.012 0.784
#> SRR490314 6 0.3171 0.735 0.000 0.000 0.204 0.000 0.012 0.784
#> SRR490315 6 0.3201 0.732 0.000 0.000 0.208 0.000 0.012 0.780
#> SRR490316 6 0.6665 0.414 0.032 0.000 0.332 0.000 0.260 0.376
#> SRR490317 6 0.6659 0.417 0.032 0.000 0.324 0.000 0.260 0.384
#> SRR490318 6 0.6659 0.413 0.032 0.000 0.324 0.000 0.260 0.384
#> SRR490319 6 0.6667 0.413 0.032 0.000 0.324 0.000 0.264 0.380
#> SRR490320 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490321 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490323 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490325 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490326 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490327 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490328 4 0.4385 0.434 0.016 0.000 0.000 0.724 0.204 0.056
#> SRR490329 4 0.4356 0.442 0.016 0.000 0.000 0.728 0.200 0.056
#> SRR490330 4 0.4356 0.442 0.016 0.000 0.000 0.728 0.200 0.056
#> SRR490331 4 0.4356 0.442 0.016 0.000 0.000 0.728 0.200 0.056
#> SRR490332 4 0.3280 0.559 0.032 0.000 0.000 0.812 0.152 0.004
#> SRR490333 4 0.3242 0.565 0.032 0.000 0.000 0.816 0.148 0.004
#> SRR490334 4 0.3242 0.565 0.032 0.000 0.000 0.816 0.148 0.004
#> SRR490335 4 0.3242 0.565 0.032 0.000 0.000 0.816 0.148 0.004
#> SRR490336 4 0.0790 0.734 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR490337 4 0.0790 0.734 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR490338 4 0.0790 0.734 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR490339 4 0.0790 0.734 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR490340 5 0.6718 0.465 0.220 0.000 0.000 0.200 0.500 0.080
#> SRR490341 5 0.6718 0.465 0.220 0.000 0.000 0.200 0.500 0.080
#> SRR490342 5 0.6718 0.465 0.220 0.000 0.000 0.200 0.500 0.080
#> SRR490343 5 0.6697 0.459 0.220 0.000 0.000 0.196 0.504 0.080
#> SRR490344 6 0.2018 0.633 0.004 0.016 0.028 0.000 0.028 0.924
#> SRR490345 6 0.1844 0.617 0.004 0.024 0.012 0.000 0.028 0.932
#> SRR490346 6 0.1844 0.617 0.004 0.024 0.012 0.000 0.028 0.932
#> SRR490347 6 0.1823 0.612 0.004 0.028 0.008 0.000 0.028 0.932
#> SRR490348 2 0.3582 0.733 0.000 0.768 0.000 0.000 0.196 0.036
#> SRR490349 2 0.3649 0.734 0.000 0.764 0.000 0.000 0.196 0.040
#> SRR490350 2 0.3582 0.733 0.000 0.768 0.000 0.000 0.196 0.036
#> SRR490351 2 0.3649 0.734 0.000 0.764 0.000 0.000 0.196 0.040
#> SRR490352 2 0.2531 0.789 0.000 0.856 0.000 0.000 0.132 0.012
#> SRR490353 2 0.2531 0.789 0.000 0.856 0.000 0.000 0.132 0.012
#> SRR490354 2 0.2489 0.792 0.000 0.860 0.000 0.000 0.128 0.012
#> SRR490355 2 0.2531 0.789 0.000 0.856 0.000 0.000 0.132 0.012
#> SRR490356 2 0.6130 0.210 0.004 0.412 0.000 0.000 0.340 0.244
#> SRR490357 2 0.6093 0.233 0.004 0.424 0.000 0.000 0.340 0.232
#> SRR490358 2 0.6093 0.233 0.004 0.424 0.000 0.000 0.340 0.232
#> SRR490359 2 0.6093 0.233 0.004 0.424 0.000 0.000 0.340 0.232
#> SRR490360 2 0.4369 0.704 0.000 0.720 0.000 0.000 0.116 0.164
#> SRR490361 2 0.4232 0.719 0.000 0.736 0.000 0.000 0.116 0.148
#> SRR490362 2 0.4196 0.723 0.000 0.740 0.000 0.000 0.116 0.144
#> SRR490363 2 0.4154 0.726 0.000 0.744 0.000 0.000 0.112 0.144
#> SRR490364 2 0.3041 0.768 0.000 0.832 0.000 0.000 0.128 0.040
#> SRR490365 2 0.3041 0.768 0.000 0.832 0.000 0.000 0.128 0.040
#> SRR490366 2 0.3041 0.768 0.000 0.832 0.000 0.000 0.128 0.040
#> SRR490367 2 0.3041 0.768 0.000 0.832 0.000 0.000 0.128 0.040
#> SRR490368 2 0.1168 0.824 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR490369 2 0.1168 0.824 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR490370 2 0.1168 0.824 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR490371 2 0.1168 0.824 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR490372 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490373 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490374 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490375 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490376 6 0.3701 0.533 0.000 0.100 0.000 0.000 0.112 0.788
#> SRR490377 6 0.3745 0.532 0.000 0.100 0.000 0.000 0.116 0.784
#> SRR490378 6 0.3745 0.532 0.000 0.100 0.000 0.000 0.116 0.784
#> SRR490379 6 0.3745 0.532 0.000 0.100 0.000 0.000 0.116 0.784
#> SRR490380 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490381 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490382 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490383 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490384 2 0.1564 0.822 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR490385 2 0.1564 0.822 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR490386 2 0.1492 0.821 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490387 2 0.1564 0.822 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR490388 2 0.2376 0.801 0.000 0.888 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR490389 2 0.2376 0.801 0.000 0.888 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR490390 2 0.2376 0.801 0.000 0.888 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR490391 2 0.2376 0.801 0.000 0.888 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR490392 2 0.1492 0.822 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490393 2 0.1492 0.822 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490394 2 0.1492 0.822 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490395 2 0.1492 0.822 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490396 2 0.2433 0.799 0.000 0.884 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR490397 2 0.2433 0.799 0.000 0.884 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR490398 2 0.2433 0.799 0.000 0.884 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR490399 2 0.2433 0.799 0.000 0.884 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR490400 2 0.1492 0.818 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490401 2 0.1492 0.818 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490402 2 0.1492 0.818 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490403 2 0.1492 0.818 0.000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.024
#> SRR490404 2 0.5571 0.461 0.000 0.552 0.000 0.000 0.224 0.224
#> SRR490405 2 0.5571 0.461 0.000 0.552 0.000 0.000 0.224 0.224
#> SRR490406 2 0.5571 0.463 0.000 0.552 0.000 0.000 0.228 0.220
#> SRR490407 2 0.5571 0.463 0.000 0.552 0.000 0.000 0.228 0.220
#> SRR490408 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490409 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490410 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490411 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490412 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490413 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490414 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490415 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490416 1 0.2110 0.741 0.900 0.000 0.000 0.084 0.012 0.004
#> SRR490417 1 0.2361 0.720 0.880 0.000 0.000 0.104 0.012 0.004
#> SRR490418 1 0.2361 0.720 0.880 0.000 0.000 0.104 0.012 0.004
#> SRR490419 1 0.2361 0.720 0.880 0.000 0.000 0.104 0.012 0.004
#> SRR490420 1 0.1625 0.774 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR490421 1 0.1625 0.774 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR490422 1 0.1625 0.774 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR490423 1 0.1625 0.774 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR490424 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.957 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490428 3 0.5200 0.283 0.372 0.000 0.556 0.000 0.044 0.028
#> SRR490429 3 0.5200 0.283 0.372 0.000 0.556 0.000 0.044 0.028
#> SRR490430 3 0.5225 0.255 0.384 0.000 0.544 0.000 0.044 0.028
#> SRR490431 3 0.5237 0.292 0.364 0.000 0.560 0.000 0.048 0.028
#> SRR490432 1 0.0692 0.783 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR490433 1 0.0692 0.783 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR490434 1 0.0692 0.783 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR490435 1 0.0692 0.783 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR490436 1 0.2968 0.729 0.840 0.000 0.000 0.028 0.128 0.004
#> SRR490437 1 0.2968 0.729 0.840 0.000 0.000 0.028 0.128 0.004
#> SRR490438 1 0.2968 0.729 0.840 0.000 0.000 0.028 0.128 0.004
#> SRR490439 1 0.2968 0.729 0.840 0.000 0.000 0.028 0.128 0.004
#> SRR490440 4 0.5881 0.296 0.000 0.216 0.000 0.504 0.276 0.004
#> SRR490441 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490442 4 0.5881 0.296 0.000 0.216 0.000 0.504 0.276 0.004
#> SRR490443 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490444 4 0.4958 0.459 0.016 0.032 0.000 0.640 0.296 0.016
#> SRR490445 4 0.5024 0.455 0.016 0.036 0.000 0.636 0.296 0.016
#> SRR490446 4 0.4958 0.459 0.016 0.032 0.000 0.640 0.296 0.016
#> SRR490447 4 0.5024 0.455 0.016 0.036 0.000 0.636 0.296 0.016
#> SRR490448 1 0.1296 0.778 0.948 0.000 0.000 0.004 0.044 0.004
#> SRR490449 1 0.1296 0.778 0.948 0.000 0.000 0.004 0.044 0.004
#> SRR490450 1 0.1296 0.778 0.948 0.000 0.000 0.004 0.044 0.004
#> SRR490451 1 0.1226 0.779 0.952 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004
#> SRR490452 3 0.1511 0.929 0.012 0.000 0.944 0.000 0.032 0.012
#> SRR490453 3 0.1699 0.923 0.016 0.000 0.936 0.000 0.032 0.016
#> SRR490454 3 0.1511 0.929 0.012 0.000 0.944 0.000 0.032 0.012
#> SRR490455 3 0.1511 0.929 0.012 0.000 0.944 0.000 0.032 0.012
#> SRR490456 1 0.0862 0.784 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR490457 1 0.0862 0.784 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR490458 1 0.0862 0.784 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR490459 1 0.0862 0.784 0.972 0.000 0.000 0.016 0.004 0.008
#> SRR490460 1 0.0436 0.783 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR490461 1 0.0436 0.783 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR490462 1 0.0436 0.783 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR490463 1 0.0436 0.783 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR490464 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490465 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490466 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490467 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490468 1 0.3694 0.520 0.740 0.000 0.000 0.232 0.028 0.000
#> SRR490469 1 0.3668 0.528 0.744 0.000 0.000 0.228 0.028 0.000
#> SRR490470 1 0.3694 0.520 0.740 0.000 0.000 0.232 0.028 0.000
#> SRR490471 1 0.3694 0.520 0.740 0.000 0.000 0.232 0.028 0.000
#> SRR490472 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490473 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490474 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490475 4 0.5900 0.291 0.000 0.220 0.000 0.500 0.276 0.004
#> SRR490476 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490477 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490478 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490479 3 0.0146 0.957 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490485 4 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490486 4 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490487 4 0.0260 0.749 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR490488 4 0.0146 0.750 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490489 4 0.0146 0.750 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490490 4 0.0146 0.750 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490491 4 0.0146 0.750 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490500 4 0.2702 0.627 0.036 0.000 0.000 0.868 0.092 0.004
#> SRR490501 4 0.2702 0.627 0.036 0.000 0.000 0.868 0.092 0.004
#> SRR490502 4 0.2702 0.627 0.036 0.000 0.000 0.868 0.092 0.004
#> SRR490503 4 0.2702 0.627 0.036 0.000 0.000 0.868 0.092 0.004
#> SRR490504 4 0.6017 0.281 0.000 0.224 0.000 0.492 0.276 0.008
#> SRR490505 4 0.6017 0.281 0.000 0.224 0.000 0.492 0.276 0.008
#> SRR490506 4 0.6017 0.281 0.000 0.224 0.000 0.492 0.276 0.008
#> SRR490507 4 0.6017 0.281 0.000 0.224 0.000 0.492 0.276 0.008
#> SRR490508 4 0.3656 0.548 0.000 0.012 0.000 0.728 0.256 0.004
#> SRR490509 4 0.3744 0.544 0.000 0.016 0.000 0.724 0.256 0.004
#> SRR490510 4 0.3656 0.548 0.000 0.012 0.000 0.728 0.256 0.004
#> SRR490511 4 0.3656 0.548 0.000 0.012 0.000 0.728 0.256 0.004
#> SRR490512 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490532 3 0.0692 0.949 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR490533 3 0.0692 0.949 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR490534 3 0.0692 0.949 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR490535 3 0.0692 0.949 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR490536 4 0.6029 0.276 0.000 0.224 0.000 0.488 0.280 0.008
#> SRR490537 4 0.6029 0.276 0.000 0.224 0.000 0.488 0.280 0.008
#> SRR490538 4 0.6017 0.281 0.000 0.224 0.000 0.492 0.276 0.008
#> SRR490539 4 0.6029 0.276 0.000 0.224 0.000 0.488 0.280 0.008
#> SRR490540 2 0.4586 0.562 0.000 0.640 0.000 0.012 0.312 0.036
#> SRR490541 2 0.4586 0.562 0.000 0.640 0.000 0.012 0.312 0.036
#> SRR490542 2 0.4586 0.562 0.000 0.640 0.000 0.012 0.312 0.036
#> SRR490543 2 0.4586 0.562 0.000 0.640 0.000 0.012 0.312 0.036
#> SRR490544 2 0.2163 0.799 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490545 2 0.2163 0.799 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490546 2 0.2163 0.799 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490547 2 0.2163 0.799 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490548 2 0.1053 0.826 0.000 0.964 0.000 0.012 0.020 0.004
#> SRR490549 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490550 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490551 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490552 2 0.2163 0.800 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490553 2 0.2163 0.800 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490554 2 0.2163 0.800 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490555 2 0.2163 0.800 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092 0.000
#> SRR490556 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490557 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490558 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490559 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490560 2 0.1003 0.822 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000
#> SRR490561 2 0.1003 0.822 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000
#> SRR490562 2 0.1003 0.822 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000
#> SRR490563 2 0.1003 0.822 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000
#> SRR490564 2 0.5148 0.516 0.028 0.604 0.000 0.000 0.316 0.052
#> SRR490565 2 0.5148 0.516 0.028 0.604 0.000 0.000 0.316 0.052
#> SRR490566 2 0.5148 0.516 0.028 0.604 0.000 0.000 0.316 0.052
#> SRR490567 2 0.5148 0.516 0.028 0.604 0.000 0.000 0.316 0.052
#> SRR490568 5 0.7680 0.240 0.004 0.164 0.000 0.236 0.336 0.260
#> SRR490569 5 0.7700 0.233 0.004 0.172 0.000 0.240 0.336 0.248
#> SRR490570 5 0.7700 0.233 0.004 0.172 0.000 0.240 0.336 0.248
#> SRR490571 5 0.7682 0.236 0.004 0.164 0.000 0.240 0.336 0.256
#> SRR490572 2 0.3817 0.643 0.000 0.720 0.000 0.028 0.252 0.000
#> SRR490573 2 0.3817 0.643 0.000 0.720 0.000 0.028 0.252 0.000
#> SRR490574 2 0.3817 0.643 0.000 0.720 0.000 0.028 0.252 0.000
#> SRR490575 2 0.3817 0.643 0.000 0.720 0.000 0.028 0.252 0.000
#> SRR490576 2 0.2263 0.796 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100 0.000
#> SRR490577 2 0.2263 0.796 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100 0.000
#> SRR490578 2 0.2263 0.796 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100 0.000
#> SRR490579 2 0.2263 0.796 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100 0.000
#> SRR490580 2 0.1053 0.826 0.000 0.964 0.000 0.012 0.020 0.004
#> SRR490581 2 0.1053 0.826 0.000 0.964 0.000 0.012 0.020 0.004
#> SRR490582 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490583 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490584 2 0.2006 0.805 0.000 0.904 0.000 0.016 0.080 0.000
#> SRR490585 2 0.2006 0.805 0.000 0.904 0.000 0.016 0.080 0.000
#> SRR490586 2 0.2006 0.805 0.000 0.904 0.000 0.016 0.080 0.000
#> SRR490587 2 0.2006 0.805 0.000 0.904 0.000 0.016 0.080 0.000
#> SRR490588 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490589 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490590 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490591 2 0.1148 0.825 0.000 0.960 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR490592 2 0.0820 0.825 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490593 2 0.0820 0.825 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490594 2 0.0820 0.825 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490595 2 0.0820 0.825 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490596 2 0.6007 0.391 0.012 0.512 0.000 0.000 0.264 0.212
#> SRR490597 2 0.5976 0.404 0.012 0.520 0.000 0.000 0.256 0.212
#> SRR490598 2 0.5956 0.412 0.012 0.524 0.000 0.000 0.256 0.208
#> SRR490599 2 0.5972 0.405 0.012 0.520 0.000 0.000 0.260 0.208
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.978 0.947 0.979 0.35298 0.651 0.651
#> 3 3 0.831 0.880 0.940 0.81163 0.687 0.528
#> 4 4 0.859 0.864 0.931 0.13793 0.863 0.645
#> 5 5 0.897 0.872 0.943 0.09927 0.898 0.645
#> 6 6 0.883 0.820 0.926 0.00944 0.996 0.982
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.1633 0.9612 0.024 0.976
#> SRR490217 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.1184 0.9687 0.016 0.984
#> SRR490219 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0376 0.9588 0.996 0.004
#> SRR490233 1 0.7219 0.7432 0.800 0.200
#> SRR490234 1 0.7056 0.7543 0.808 0.192
#> SRR490235 1 0.7674 0.7075 0.776 0.224
#> SRR490236 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490240 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.1633 0.9612 0.024 0.976
#> SRR490249 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.1414 0.9651 0.020 0.980
#> SRR490252 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.9909 0.2230 0.556 0.444
#> SRR490257 2 0.9170 0.4928 0.332 0.668
#> SRR490258 2 0.9795 0.2694 0.416 0.584
#> SRR490259 2 0.9686 0.3301 0.396 0.604
#> SRR490260 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.9933 0.1961 0.548 0.452
#> SRR490269 1 0.9963 0.1562 0.536 0.464
#> SRR490270 2 0.6973 0.7612 0.188 0.812
#> SRR490271 2 1.0000 -0.0176 0.496 0.504
#> SRR490272 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490288 2 0.9944 0.1384 0.456 0.544
#> SRR490289 2 0.2778 0.9372 0.048 0.952
#> SRR490290 2 0.1184 0.9688 0.016 0.984
#> SRR490291 2 0.2603 0.9412 0.044 0.956
#> SRR490292 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.5408 0.8496 0.124 0.876
#> SRR490313 2 0.3879 0.9067 0.076 0.924
#> SRR490314 2 0.1184 0.9688 0.016 0.984
#> SRR490315 2 0.1184 0.9688 0.016 0.984
#> SRR490316 2 0.0938 0.9724 0.012 0.988
#> SRR490317 2 0.0376 0.9795 0.004 0.996
#> SRR490318 2 0.0672 0.9760 0.008 0.992
#> SRR490319 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.2603 0.9409 0.044 0.956
#> SRR490421 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490428 2 0.8144 0.6561 0.252 0.748
#> SRR490429 2 0.1414 0.9649 0.020 0.980
#> SRR490430 2 0.5059 0.8640 0.112 0.888
#> SRR490431 2 0.5737 0.8335 0.136 0.864
#> SRR490432 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490452 1 0.7299 0.7375 0.796 0.204
#> SRR490453 2 0.9552 0.3852 0.376 0.624
#> SRR490454 1 0.9977 0.1270 0.528 0.472
#> SRR490455 1 0.9881 0.2463 0.564 0.436
#> SRR490456 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9622 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.9393 0.4364 0.356 0.644
#> SRR490533 2 0.8016 0.6695 0.244 0.756
#> SRR490534 2 0.7376 0.7301 0.208 0.792
#> SRR490535 2 0.9170 0.4943 0.332 0.668
#> SRR490536 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490220 2 0.1643 0.89906 0.000 0.956 0.044
#> SRR490221 2 0.1643 0.89906 0.000 0.956 0.044
#> SRR490222 2 0.1411 0.90523 0.000 0.964 0.036
#> SRR490223 2 0.1643 0.89906 0.000 0.956 0.044
#> SRR490224 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.5298 0.77203 0.804 0.164 0.032
#> SRR490233 1 0.7348 0.39921 0.608 0.348 0.044
#> SRR490234 1 0.6936 0.54977 0.672 0.284 0.044
#> SRR490235 1 0.7459 0.33351 0.584 0.372 0.044
#> SRR490236 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 2 0.1643 0.89906 0.000 0.956 0.044
#> SRR490241 2 0.1643 0.89906 0.000 0.956 0.044
#> SRR490242 2 0.1643 0.89906 0.000 0.956 0.044
#> SRR490243 2 0.1643 0.89906 0.000 0.956 0.044
#> SRR490244 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0747 0.91869 0.000 0.984 0.016
#> SRR490253 2 0.1529 0.90217 0.000 0.960 0.040
#> SRR490254 2 0.1529 0.90217 0.000 0.960 0.040
#> SRR490255 2 0.1529 0.90225 0.000 0.960 0.040
#> SRR490256 2 0.7328 0.43471 0.344 0.612 0.044
#> SRR490257 2 0.5330 0.77050 0.144 0.812 0.044
#> SRR490258 2 0.6998 0.54572 0.292 0.664 0.044
#> SRR490259 2 0.7027 0.53812 0.296 0.660 0.044
#> SRR490260 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 2 0.7238 0.47160 0.328 0.628 0.044
#> SRR490269 2 0.7159 0.54553 0.288 0.660 0.052
#> SRR490270 2 0.5497 0.76310 0.148 0.804 0.048
#> SRR490271 2 0.7238 0.47175 0.328 0.628 0.044
#> SRR490272 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 2 0.6662 0.61734 0.252 0.704 0.044
#> SRR490289 2 0.1753 0.89839 0.000 0.952 0.048
#> SRR490290 2 0.0892 0.91608 0.000 0.980 0.020
#> SRR490291 2 0.2527 0.88868 0.020 0.936 0.044
#> SRR490292 2 0.3116 0.86593 0.000 0.892 0.108
#> SRR490293 2 0.4796 0.74779 0.000 0.780 0.220
#> SRR490294 2 0.3116 0.86550 0.000 0.892 0.108
#> SRR490295 2 0.5431 0.64802 0.000 0.716 0.284
#> SRR490296 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490297 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490298 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490299 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490300 2 0.4702 0.74996 0.000 0.788 0.212
#> SRR490301 3 0.4654 0.77552 0.000 0.208 0.792
#> SRR490302 3 0.3116 0.87706 0.000 0.108 0.892
#> SRR490303 3 0.5621 0.60183 0.000 0.308 0.692
#> SRR490304 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490305 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490306 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490307 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490308 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.2625 0.86396 0.084 0.916 0.000
#> SRR490313 2 0.1163 0.91075 0.028 0.972 0.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490316 2 0.1411 0.90514 0.000 0.964 0.036
#> SRR490317 2 0.0424 0.92357 0.000 0.992 0.008
#> SRR490318 2 0.1411 0.90521 0.000 0.964 0.036
#> SRR490319 2 0.1289 0.90796 0.000 0.968 0.032
#> SRR490320 1 0.2959 0.87594 0.900 0.100 0.000
#> SRR490321 1 0.3272 0.86951 0.892 0.104 0.004
#> SRR490322 1 0.0829 0.96126 0.984 0.012 0.004
#> SRR490323 1 0.3573 0.84989 0.876 0.120 0.004
#> SRR490324 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.3752 0.80382 0.000 0.856 0.144
#> SRR490329 2 0.1163 0.91379 0.000 0.972 0.028
#> SRR490330 2 0.6180 0.24508 0.000 0.584 0.416
#> SRR490331 2 0.4062 0.78416 0.000 0.836 0.164
#> SRR490332 3 0.1411 0.92202 0.000 0.036 0.964
#> SRR490333 3 0.2165 0.92936 0.000 0.064 0.936
#> SRR490334 3 0.3412 0.88369 0.000 0.124 0.876
#> SRR490335 3 0.1860 0.93823 0.000 0.052 0.948
#> SRR490336 3 0.1753 0.93972 0.000 0.048 0.952
#> SRR490337 3 0.2625 0.91882 0.000 0.084 0.916
#> SRR490338 3 0.4291 0.82627 0.000 0.180 0.820
#> SRR490339 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490340 3 0.3412 0.84418 0.000 0.124 0.876
#> SRR490341 2 0.5363 0.66702 0.000 0.724 0.276
#> SRR490342 3 0.4842 0.71794 0.000 0.224 0.776
#> SRR490343 2 0.5968 0.49060 0.000 0.636 0.364
#> SRR490344 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490408 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490409 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490410 3 0.1753 0.93961 0.000 0.048 0.952
#> SRR490411 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490412 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490417 3 0.0747 0.92059 0.000 0.016 0.984
#> SRR490418 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490419 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490420 3 0.0983 0.91873 0.004 0.016 0.980
#> SRR490421 3 0.2625 0.88516 0.000 0.084 0.916
#> SRR490422 3 0.4121 0.79981 0.000 0.168 0.832
#> SRR490423 3 0.0592 0.92002 0.000 0.012 0.988
#> SRR490424 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 2 0.8034 0.45485 0.080 0.584 0.336
#> SRR490429 3 0.5656 0.58598 0.004 0.284 0.712
#> SRR490430 2 0.7690 0.29204 0.048 0.536 0.416
#> SRR490431 3 0.8631 -0.00858 0.100 0.432 0.468
#> SRR490432 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490433 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490434 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490435 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490436 3 0.0237 0.91937 0.000 0.004 0.996
#> SRR490437 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490438 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490439 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490440 3 0.1753 0.93968 0.000 0.048 0.952
#> SRR490441 3 0.1753 0.93973 0.000 0.048 0.952
#> SRR490442 3 0.1753 0.93968 0.000 0.048 0.952
#> SRR490443 3 0.1964 0.93618 0.000 0.056 0.944
#> SRR490444 3 0.5529 0.65037 0.000 0.296 0.704
#> SRR490445 2 0.5678 0.52958 0.000 0.684 0.316
#> SRR490446 2 0.6280 0.05298 0.000 0.540 0.460
#> SRR490447 3 0.5835 0.56442 0.000 0.340 0.660
#> SRR490448 3 0.6192 0.21610 0.000 0.420 0.580
#> SRR490449 3 0.1411 0.91243 0.000 0.036 0.964
#> SRR490450 3 0.0747 0.92017 0.000 0.016 0.984
#> SRR490451 3 0.3752 0.82253 0.000 0.144 0.856
#> SRR490452 1 0.6106 0.70682 0.756 0.200 0.044
#> SRR490453 2 0.7580 0.43001 0.340 0.604 0.056
#> SRR490454 2 0.7740 0.14104 0.444 0.508 0.048
#> SRR490455 2 0.7685 0.32206 0.384 0.564 0.052
#> SRR490456 3 0.4062 0.80396 0.000 0.164 0.836
#> SRR490457 3 0.2261 0.89751 0.000 0.068 0.932
#> SRR490458 3 0.1753 0.91028 0.000 0.048 0.952
#> SRR490459 3 0.1411 0.91594 0.000 0.036 0.964
#> SRR490460 3 0.0237 0.91926 0.000 0.004 0.996
#> SRR490461 3 0.0424 0.91957 0.000 0.008 0.992
#> SRR490462 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490463 3 0.0747 0.91950 0.000 0.016 0.984
#> SRR490464 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490469 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490470 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490471 3 0.0000 0.91844 0.000 0.000 1.000
#> SRR490472 3 0.1753 0.93968 0.000 0.048 0.952
#> SRR490473 3 0.1753 0.93968 0.000 0.048 0.952
#> SRR490474 3 0.1753 0.93968 0.000 0.048 0.952
#> SRR490475 3 0.1860 0.93790 0.000 0.052 0.948
#> SRR490476 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.97432 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490481 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490482 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490483 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490484 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490485 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490486 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490487 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490488 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490489 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490490 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490491 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490492 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490493 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490494 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490495 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490496 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490497 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490498 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490499 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490500 3 0.0237 0.92114 0.000 0.004 0.996
#> SRR490501 3 0.0592 0.92601 0.000 0.012 0.988
#> SRR490502 3 0.0747 0.92820 0.000 0.016 0.984
#> SRR490503 3 0.0424 0.92365 0.000 0.008 0.992
#> SRR490504 3 0.2356 0.92729 0.000 0.072 0.928
#> SRR490505 3 0.4235 0.83229 0.000 0.176 0.824
#> SRR490506 3 0.2796 0.91282 0.000 0.092 0.908
#> SRR490507 3 0.1753 0.93968 0.000 0.048 0.952
#> SRR490508 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490509 3 0.1860 0.93790 0.000 0.052 0.948
#> SRR490510 3 0.2165 0.93205 0.000 0.064 0.936
#> SRR490511 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490512 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490513 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490514 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490515 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490516 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490517 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490518 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490519 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490520 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490521 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490522 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490523 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490524 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490525 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490526 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490527 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490528 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490529 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490530 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490531 3 0.1643 0.94087 0.000 0.044 0.956
#> SRR490532 2 0.9356 0.39817 0.216 0.512 0.272
#> SRR490533 2 0.8468 0.46748 0.116 0.576 0.308
#> SRR490534 3 0.8263 0.48742 0.120 0.268 0.612
#> SRR490535 3 0.8491 0.41159 0.284 0.128 0.588
#> SRR490536 3 0.2356 0.92728 0.000 0.072 0.928
#> SRR490537 3 0.1860 0.93790 0.000 0.052 0.948
#> SRR490538 3 0.3340 0.89012 0.000 0.120 0.880
#> SRR490539 3 0.2537 0.92250 0.000 0.080 0.920
#> SRR490540 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.3752 0.79084 0.000 0.856 0.144
#> SRR490557 2 0.5178 0.62618 0.000 0.744 0.256
#> SRR490558 3 0.6095 0.43530 0.000 0.392 0.608
#> SRR490559 2 0.6280 0.05114 0.000 0.540 0.460
#> SRR490560 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0237 0.92604 0.000 0.996 0.004
#> SRR490569 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0424 0.92383 0.000 0.992 0.008
#> SRR490572 2 0.5397 0.57391 0.000 0.720 0.280
#> SRR490573 2 0.5529 0.53814 0.000 0.704 0.296
#> SRR490574 2 0.6111 0.27510 0.000 0.604 0.396
#> SRR490575 2 0.4555 0.71403 0.000 0.800 0.200
#> SRR490576 2 0.0592 0.92100 0.000 0.988 0.012
#> SRR490577 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0892 0.91568 0.000 0.980 0.020
#> SRR490579 2 0.3941 0.77768 0.000 0.844 0.156
#> SRR490580 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.92824 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.3764 0.66645 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR490221 2 0.4697 0.51710 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR490222 2 0.4730 0.50795 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR490223 2 0.4877 0.39730 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR490224 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.4624 0.43469 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR490233 1 0.4222 0.63111 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR490234 1 0.4679 0.48660 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR490235 1 0.3837 0.70345 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490252 2 0.3266 0.81874 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR490253 2 0.4790 0.46273 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR490254 2 0.4331 0.64303 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR490255 2 0.4500 0.60268 0.316 0.684 0.000 0.000
#> SRR490256 1 0.0921 0.87399 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.2149 0.83923 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR490260 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.1716 0.85632 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0336 0.87837 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR490272 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0707 0.97252 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.7706 0.25357 0.436 0.328 0.236 0.000
#> SRR490289 2 0.4624 0.55133 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR490290 2 0.4040 0.72377 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR490291 1 0.5296 -0.11622 0.500 0.492 0.008 0.000
#> SRR490292 1 0.3942 0.63044 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR490293 1 0.1661 0.84943 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR490294 1 0.2704 0.78709 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR490295 1 0.1452 0.86284 0.956 0.036 0.000 0.008
#> SRR490296 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490300 1 0.7325 0.23357 0.472 0.368 0.000 0.160
#> SRR490301 4 0.4410 0.76073 0.064 0.128 0.000 0.808
#> SRR490302 4 0.5636 0.21743 0.424 0.024 0.000 0.552
#> SRR490303 4 0.6640 0.51033 0.168 0.208 0.000 0.624
#> SRR490304 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.3439 0.85705 0.048 0.868 0.084 0.000
#> SRR490313 2 0.2385 0.90500 0.052 0.920 0.028 0.000
#> SRR490314 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.4331 0.64326 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR490317 2 0.1716 0.91329 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR490318 2 0.4356 0.64143 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR490319 2 0.4134 0.68990 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR490320 3 0.1398 0.93879 0.004 0.040 0.956 0.000
#> SRR490321 3 0.1452 0.93998 0.008 0.036 0.956 0.000
#> SRR490322 3 0.0779 0.97385 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR490323 3 0.1913 0.92705 0.020 0.040 0.940 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.5957 0.42304 0.048 0.588 0.000 0.364
#> SRR490329 2 0.5416 0.63364 0.048 0.692 0.000 0.260
#> SRR490330 4 0.5735 0.27348 0.032 0.392 0.000 0.576
#> SRR490331 2 0.6087 0.29362 0.048 0.540 0.000 0.412
#> SRR490332 4 0.4012 0.72592 0.184 0.016 0.000 0.800
#> SRR490333 4 0.2179 0.86744 0.064 0.012 0.000 0.924
#> SRR490334 4 0.3616 0.80235 0.036 0.112 0.000 0.852
#> SRR490335 4 0.1151 0.89761 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR490336 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490337 4 0.1211 0.89163 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR490338 4 0.2814 0.80594 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR490339 4 0.0188 0.91196 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490340 1 0.5093 0.48052 0.640 0.012 0.000 0.348
#> SRR490341 1 0.6911 0.39394 0.560 0.304 0.000 0.136
#> SRR490342 4 0.7212 0.21665 0.324 0.160 0.000 0.516
#> SRR490343 1 0.6240 0.61754 0.668 0.156 0.000 0.176
#> SRR490344 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.1302 0.92218 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0592 0.92003 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0188 0.91804 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0336 0.91871 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0336 0.91871 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0188 0.91799 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.1302 0.92224 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.1389 0.92236 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0188 0.91209 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490409 4 0.0921 0.90237 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490410 4 0.1302 0.89396 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR490411 4 0.1716 0.88106 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR490412 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.1576 0.88205 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR490417 4 0.4356 0.56529 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR490418 1 0.4830 0.35643 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR490419 1 0.2868 0.80848 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR490420 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490421 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490422 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490423 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490424 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0469 0.88189 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490429 1 0.1302 0.87159 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0524 0.88120 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR490431 1 0.1151 0.88037 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR490432 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490433 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490434 1 0.1637 0.87603 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490435 1 0.1474 0.88095 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490436 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490437 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490438 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490439 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490440 4 0.3266 0.78878 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR490441 4 0.1557 0.88706 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR490442 4 0.2589 0.84016 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR490443 4 0.3266 0.78779 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR490444 2 0.7036 0.02905 0.124 0.492 0.000 0.384
#> SRR490445 2 0.6155 0.18936 0.412 0.536 0.000 0.052
#> SRR490446 2 0.6078 0.57224 0.152 0.684 0.000 0.164
#> SRR490447 2 0.7436 -0.00495 0.364 0.460 0.000 0.176
#> SRR490448 1 0.0927 0.88190 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR490449 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490450 1 0.1489 0.88298 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR490451 1 0.1545 0.87339 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR490452 1 0.4948 0.26989 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.87873 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490454 1 0.3801 0.69955 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR490455 1 0.2589 0.81655 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR490456 1 0.1211 0.88373 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR490457 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490458 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490459 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490460 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490461 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490462 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490463 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490464 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490469 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490470 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490471 1 0.1389 0.88320 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490472 4 0.3172 0.79667 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR490473 4 0.1940 0.87287 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR490474 4 0.1211 0.89624 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR490475 4 0.3873 0.72156 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR490476 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.99221 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490500 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490501 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490504 4 0.3074 0.80017 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR490505 4 0.4898 0.38757 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR490506 4 0.4454 0.62059 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR490507 4 0.1389 0.89034 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490508 4 0.1716 0.88100 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR490509 4 0.1792 0.87465 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR490510 4 0.1022 0.89907 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR490511 4 0.1389 0.89216 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490512 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.91372 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.2597 0.84373 0.904 0.008 0.084 0.004
#> SRR490533 1 0.0524 0.88029 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR490534 1 0.1114 0.88234 0.972 0.016 0.004 0.008
#> SRR490535 1 0.4517 0.75890 0.792 0.036 0.168 0.004
#> SRR490536 4 0.4585 0.57490 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR490537 4 0.4454 0.61729 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR490538 4 0.4746 0.50255 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR490539 4 0.4585 0.57554 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR490540 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0469 0.91950 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.1211 0.89222 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490557 2 0.2345 0.83874 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR490558 2 0.4643 0.41488 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490559 2 0.3726 0.68463 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR490560 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.2973 0.79772 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0336 0.91484 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.2704 0.82118 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0188 0.91631 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0188 0.91585 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490569 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0336 0.91418 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490572 2 0.2868 0.79559 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490573 2 0.2973 0.78503 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR490574 2 0.3400 0.73430 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR490575 2 0.2216 0.84575 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR490576 2 0.0336 0.91401 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490577 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0469 0.91187 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490579 2 0.1637 0.87574 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR490580 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0817 0.92094 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.91716 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.1389 0.92166 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490597 2 0.0469 0.91941 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0817 0.92092 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.1302 0.92224 0.044 0.956 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.3177 0.7251 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR490221 2 0.1608 0.8671 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR490222 2 0.3388 0.7241 0.200 0.792 0.000 0.000 0.008
#> SRR490223 2 0.2966 0.7478 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR490224 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.3983 0.4483 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.3424 0.6989 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.3895 0.5605 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.2966 0.7761 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0510 0.9083 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR490253 2 0.1608 0.8688 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490255 2 0.1341 0.8830 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR490256 1 0.0794 0.9185 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.1851 0.8768 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR490260 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.1478 0.8952 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0290 0.9298 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490272 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0609 0.9692 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 2 0.5725 0.5170 0.156 0.620 0.224 0.000 0.000
#> SRR490289 2 0.1608 0.8694 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR490290 2 0.1965 0.8503 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR490291 2 0.3756 0.6572 0.248 0.744 0.008 0.000 0.000
#> SRR490292 1 0.4192 0.3011 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR490293 1 0.2068 0.8627 0.904 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR490294 1 0.3109 0.7310 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR490295 1 0.1671 0.8761 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR490296 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 2 0.5777 0.0279 0.444 0.468 0.000 0.088 0.000
#> SRR490301 4 0.3861 0.7804 0.068 0.128 0.000 0.804 0.000
#> SRR490302 4 0.5071 0.2469 0.424 0.036 0.000 0.540 0.000
#> SRR490303 4 0.5664 0.5885 0.180 0.168 0.000 0.648 0.004
#> SRR490304 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.1851 0.8474 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.0880 0.8959 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.0162 0.9142 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490318 2 0.0880 0.8991 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490320 3 0.2280 0.8565 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR490321 3 0.2471 0.8378 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR490322 3 0.0912 0.9646 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> SRR490323 3 0.2561 0.8273 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.2280 0.8243 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR490329 2 0.0290 0.9122 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR490330 2 0.4138 0.3648 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR490331 2 0.2471 0.8080 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR490332 4 0.3650 0.7557 0.176 0.028 0.000 0.796 0.000
#> SRR490333 4 0.2209 0.8787 0.056 0.032 0.000 0.912 0.000
#> SRR490334 4 0.2871 0.8478 0.032 0.088 0.000 0.876 0.004
#> SRR490335 4 0.0992 0.9152 0.024 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR490336 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490337 4 0.1121 0.9037 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490338 4 0.2471 0.8221 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR490339 4 0.0290 0.9282 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR490340 1 0.4201 0.5065 0.664 0.008 0.000 0.328 0.000
#> SRR490341 2 0.5591 0.1250 0.432 0.496 0.000 0.072 0.000
#> SRR490342 4 0.6194 0.2185 0.352 0.148 0.000 0.500 0.000
#> SRR490343 1 0.5602 0.5899 0.640 0.196 0.000 0.164 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0404 0.9112 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490349 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.4306 0.0762 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR490353 2 0.4210 0.3333 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR490354 2 0.2690 0.7870 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR490355 5 0.3895 0.5140 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR490356 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0609 0.9067 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490361 2 0.0162 0.9145 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490362 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0162 0.9146 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490364 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0510 0.9088 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490366 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.1341 0.8811 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490368 2 0.4150 0.3673 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR490369 2 0.4273 0.1821 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR490370 2 0.4101 0.3993 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR490371 5 0.4126 0.3902 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR490372 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.1608 0.8683 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490385 2 0.0404 0.9110 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490386 2 0.0290 0.9129 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490387 2 0.0794 0.9016 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR490388 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9161 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0290 0.9288 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR490409 4 0.2127 0.8540 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR490410 4 0.2891 0.7794 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR490411 4 0.2605 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR490412 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.0162 0.9313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490417 4 0.3752 0.6044 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR490418 1 0.4015 0.4180 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR490419 1 0.1792 0.8624 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR490420 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490424 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490432 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490433 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490434 1 0.0290 0.9286 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR490435 1 0.0162 0.9312 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490436 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490437 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490438 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490439 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490440 5 0.4273 0.1633 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR490441 4 0.3913 0.5351 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR490442 4 0.4268 0.2211 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR490443 5 0.4201 0.2858 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR490444 5 0.2790 0.8695 0.028 0.020 0.000 0.060 0.892
#> SRR490445 2 0.7052 0.0118 0.308 0.352 0.000 0.008 0.332
#> SRR490446 5 0.2625 0.8443 0.000 0.108 0.000 0.016 0.876
#> SRR490447 5 0.6859 0.4333 0.256 0.132 0.000 0.056 0.556
#> SRR490448 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490451 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490452 1 0.4182 0.3787 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490454 1 0.3242 0.7335 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.2179 0.8547 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR490456 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490457 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490462 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490463 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490469 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490470 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490471 1 0.0000 0.9336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490472 5 0.3876 0.5137 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR490473 4 0.3424 0.6872 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR490474 4 0.3452 0.6789 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR490475 5 0.4171 0.3345 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR490476 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9887 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490501 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490504 4 0.4306 0.0466 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490505 5 0.0404 0.9287 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR490506 5 0.1671 0.8757 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR490507 4 0.2852 0.7856 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR490508 4 0.2329 0.8376 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR490509 4 0.2074 0.8575 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR490510 4 0.1216 0.9134 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020
#> SRR490511 4 0.1965 0.8650 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR490512 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 1 0.1952 0.8795 0.912 0.004 0.084 0.000 0.000
#> SRR490533 1 0.0290 0.9299 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490534 1 0.0162 0.9318 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490535 1 0.2732 0.8046 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR490536 5 0.0162 0.9331 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR490537 5 0.0703 0.9214 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR490538 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490539 5 0.0290 0.9311 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR490540 5 0.1732 0.8792 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR490541 5 0.0290 0.9321 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490542 5 0.3177 0.7261 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR490543 5 0.1043 0.9128 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR490544 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490545 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490546 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490547 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490548 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490549 5 0.0404 0.9305 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490550 5 0.0404 0.9305 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490551 5 0.0162 0.9336 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490552 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490553 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490554 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490555 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490556 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490557 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490558 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490559 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490560 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490561 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490562 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490563 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490564 5 0.3898 0.7840 0.080 0.116 0.000 0.000 0.804
#> SRR490565 5 0.0162 0.9337 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490566 5 0.1626 0.9009 0.044 0.016 0.000 0.000 0.940
#> SRR490567 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490568 5 0.0404 0.9306 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490569 5 0.0880 0.9192 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR490570 5 0.0609 0.9267 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR490571 5 0.0703 0.9242 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490572 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490573 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490574 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490575 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490576 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490577 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490578 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490579 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490580 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490581 5 0.1544 0.8904 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR490582 5 0.0162 0.9337 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490583 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490584 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490585 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490586 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490587 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490588 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490589 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490590 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490591 5 0.0000 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490592 5 0.3508 0.6494 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR490593 5 0.0162 0.9336 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490594 5 0.0963 0.9163 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490595 5 0.0510 0.9285 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR490596 2 0.3398 0.7088 0.004 0.780 0.000 0.000 0.216
#> SRR490597 5 0.3796 0.5614 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR490598 2 0.4291 0.1558 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR490599 2 0.3612 0.6298 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.2378 0.7952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR490217 6 0.2664 0.7711 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR490218 6 0.2491 0.7863 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR490219 6 0.2697 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR490220 1 0.4418 0.4494 0.708 0.000 0.000 0.000 0.192 0.100
#> SRR490221 6 0.4195 0.6724 0.076 0.000 0.000 0.000 0.200 0.724
#> SRR490222 6 0.5236 0.5274 0.156 0.008 0.000 0.000 0.200 0.636
#> SRR490223 6 0.5027 0.5299 0.160 0.000 0.000 0.000 0.200 0.640
#> SRR490224 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 5 0.5911 0.5901 0.212 0.000 0.356 0.000 0.432 0.000
#> SRR490233 5 0.5754 0.7132 0.328 0.000 0.188 0.000 0.484 0.000
#> SRR490234 5 0.5320 0.7255 0.280 0.000 0.144 0.000 0.576 0.000
#> SRR490235 5 0.4206 0.5180 0.356 0.000 0.024 0.000 0.620 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0146 0.8406 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0146 0.8406 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.1910 0.8237 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR490249 6 0.0260 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR490250 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490251 6 0.1663 0.8352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR490252 6 0.3043 0.7509 0.008 0.000 0.000 0.000 0.200 0.792
#> SRR490253 6 0.4037 0.6945 0.064 0.000 0.000 0.000 0.200 0.736
#> SRR490254 6 0.2793 0.7570 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR490255 6 0.3543 0.7307 0.032 0.000 0.000 0.000 0.200 0.768
#> SRR490256 1 0.3409 0.4783 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR490257 1 0.3482 0.4463 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR490258 1 0.3499 0.4378 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR490259 1 0.4127 0.4228 0.680 0.000 0.036 0.000 0.284 0.000
#> SRR490260 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490261 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490262 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490263 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490264 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.2902 0.6227 0.800 0.000 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR490269 1 0.1267 0.7940 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR490270 1 0.0458 0.8324 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR490271 1 0.2793 0.6218 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR490272 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490273 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490274 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490275 3 0.0717 0.9562 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR490276 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490277 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490278 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490279 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 6 0.5747 0.4081 0.144 0.000 0.192 0.000 0.044 0.620
#> SRR490289 6 0.3481 0.7511 0.048 0.000 0.000 0.000 0.160 0.792
#> SRR490290 6 0.3123 0.7798 0.040 0.000 0.000 0.000 0.136 0.824
#> SRR490291 6 0.4967 0.5751 0.160 0.000 0.004 0.000 0.172 0.664
#> SRR490292 1 0.5859 -0.0888 0.460 0.000 0.000 0.000 0.208 0.332
#> SRR490293 1 0.3864 0.5351 0.744 0.000 0.000 0.000 0.208 0.048
#> SRR490294 1 0.5015 0.2824 0.640 0.000 0.000 0.000 0.208 0.152
#> SRR490295 1 0.3842 0.5660 0.768 0.000 0.000 0.000 0.156 0.076
#> SRR490296 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490300 6 0.5187 -0.0563 0.440 0.000 0.000 0.088 0.000 0.472
#> SRR490301 4 0.3468 0.7372 0.068 0.000 0.000 0.804 0.000 0.128
#> SRR490302 4 0.4555 0.1888 0.424 0.000 0.000 0.540 0.000 0.036
#> SRR490303 4 0.5088 0.5012 0.180 0.004 0.000 0.648 0.000 0.168
#> SRR490304 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.1610 0.8076 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR490313 6 0.0777 0.8582 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004 0.972
#> SRR490314 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490315 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490316 6 0.1644 0.8403 0.004 0.000 0.000 0.000 0.076 0.920
#> SRR490317 6 0.2664 0.7709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR490318 6 0.1563 0.8475 0.012 0.000 0.000 0.000 0.056 0.932
#> SRR490319 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490320 3 0.2941 0.6953 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR490321 3 0.2883 0.7092 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR490322 3 0.2883 0.7092 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR490323 3 0.2883 0.7092 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490328 6 0.2048 0.7822 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR490329 6 0.0260 0.8686 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490330 6 0.3717 0.3692 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR490331 6 0.2219 0.7669 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR490332 4 0.3279 0.7149 0.176 0.000 0.000 0.796 0.000 0.028
#> SRR490333 4 0.1984 0.8563 0.056 0.000 0.000 0.912 0.000 0.032
#> SRR490334 4 0.2579 0.8166 0.032 0.004 0.000 0.876 0.000 0.088
#> SRR490335 4 0.0891 0.9001 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490336 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490337 4 0.0937 0.8900 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490338 4 0.2219 0.7893 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR490339 4 0.0260 0.9152 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490340 1 0.3774 0.2402 0.664 0.000 0.000 0.328 0.000 0.008
#> SRR490341 6 0.5248 0.0552 0.428 0.000 0.000 0.072 0.008 0.492
#> SRR490342 4 0.6422 0.0247 0.336 0.000 0.000 0.484 0.084 0.096
#> SRR490343 1 0.5650 0.2001 0.620 0.000 0.000 0.152 0.032 0.196
#> SRR490344 6 0.0632 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR490345 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490346 6 0.0260 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR490347 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490348 6 0.0363 0.8676 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR490349 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490350 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490351 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490352 6 0.3868 0.1043 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR490353 6 0.3782 0.3660 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR490354 6 0.2378 0.7638 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR490355 2 0.3531 0.4763 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR490356 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490357 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490358 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490359 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490360 6 0.0260 0.8694 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR490361 6 0.0146 0.8707 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR490362 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490363 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490364 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490365 6 0.0458 0.8648 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR490366 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490367 6 0.1204 0.8383 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR490368 6 0.3717 0.3662 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR490369 6 0.3838 0.1655 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR490370 6 0.3684 0.3863 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR490371 2 0.3747 0.3653 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR490372 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490377 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490378 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490379 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 6 0.1501 0.8283 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR490385 6 0.0260 0.8688 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR490386 6 0.0260 0.8688 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR490387 6 0.0547 0.8633 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR490388 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490389 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490390 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490391 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490392 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490393 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490394 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490395 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490396 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490397 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490398 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490399 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490400 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490401 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490402 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490403 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490404 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490405 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490406 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490407 6 0.0000 0.8718 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490408 4 0.0260 0.9155 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR490409 4 0.1910 0.8316 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR490410 4 0.2597 0.7535 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR490411 4 0.2340 0.7865 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.0146 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490417 4 0.3371 0.5551 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR490418 1 0.3607 0.1734 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR490419 1 0.1610 0.7172 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR490420 1 0.0458 0.8324 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490424 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490425 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490426 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490427 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490432 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490433 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490434 1 0.0260 0.8345 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490435 1 0.0146 0.8389 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490436 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490437 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490438 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490439 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490440 2 0.3838 0.1630 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR490441 4 0.3515 0.5362 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR490442 4 0.3833 0.2217 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.3774 0.2854 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.2507 0.8397 0.028 0.892 0.000 0.060 0.000 0.020
#> SRR490445 6 0.6327 -0.1763 0.300 0.332 0.000 0.008 0.000 0.360
#> SRR490446 2 0.2358 0.8174 0.000 0.876 0.000 0.016 0.000 0.108
#> SRR490447 2 0.6223 0.2646 0.256 0.548 0.000 0.056 0.000 0.140
#> SRR490448 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490451 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490452 1 0.3756 -0.1944 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490454 1 0.3052 0.3852 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004 0.000
#> SRR490455 1 0.1957 0.6645 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR490456 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490457 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490462 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490463 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490469 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490470 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490471 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490472 2 0.3482 0.5139 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR490473 4 0.3076 0.6654 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR490474 4 0.3101 0.6573 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.3747 0.3347 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490500 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490501 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490504 4 0.3868 0.0476 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0363 0.9129 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.1501 0.8514 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR490507 4 0.2562 0.7593 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR490508 4 0.2092 0.8134 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR490509 4 0.1863 0.8345 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR490510 4 0.1092 0.8971 0.000 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR490511 4 0.1765 0.8431 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.9207 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.3089 0.6847 0.844 0.000 0.060 0.000 0.092 0.004
#> SRR490533 1 0.1049 0.8135 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR490534 1 0.0935 0.8168 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR490535 1 0.3213 0.5155 0.808 0.000 0.160 0.000 0.032 0.000
#> SRR490536 2 0.0146 0.9180 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0632 0.9044 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0260 0.9158 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.1556 0.8555 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR490541 2 0.0260 0.9165 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490542 2 0.2883 0.6875 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR490543 2 0.0937 0.8930 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490544 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0363 0.9147 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490550 2 0.0458 0.9124 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490551 2 0.0146 0.9185 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490552 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.3458 0.7391 0.080 0.808 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR490565 2 0.0146 0.9186 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490566 2 0.1461 0.8795 0.044 0.940 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490567 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0363 0.9146 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490569 2 0.0790 0.9006 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490570 2 0.0547 0.9101 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490571 2 0.0632 0.9063 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490572 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.1444 0.8661 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR490582 2 0.0146 0.9186 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490583 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9200 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.3175 0.6121 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR490593 2 0.0146 0.9184 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490594 2 0.0865 0.8976 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490595 2 0.0458 0.9118 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490596 6 0.3109 0.6776 0.004 0.224 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR490597 2 0.3390 0.5544 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR490598 6 0.3854 0.1581 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR490599 6 0.3266 0.5996 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.601 0.853 0.888 0.3170 0.584 0.584
#> 3 3 0.879 0.942 0.955 0.7146 0.555 0.403
#> 4 4 0.917 0.901 0.951 0.2846 0.847 0.670
#> 5 5 0.721 0.684 0.841 0.0538 0.962 0.881
#> 6 6 0.731 0.657 0.799 0.0572 0.895 0.656
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.3431 0.8832 0.064 0.936
#> SRR490221 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490222 2 0.1633 0.9335 0.024 0.976
#> SRR490223 2 0.1414 0.9380 0.020 0.980
#> SRR490224 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490225 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490226 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490227 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490228 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490229 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490230 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490231 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490232 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490233 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490234 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490235 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490236 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490237 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490238 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490239 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490240 2 0.9129 0.1569 0.328 0.672
#> SRR490241 2 0.6887 0.6574 0.184 0.816
#> SRR490242 2 0.7453 0.5851 0.212 0.788
#> SRR490243 2 0.7745 0.5395 0.228 0.772
#> SRR490244 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490253 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490254 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490255 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490256 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490257 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490258 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490259 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490260 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490261 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490262 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490263 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490264 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490265 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490266 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490267 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490268 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490269 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490270 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490271 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490272 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490273 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490274 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490275 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490276 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490277 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490278 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490279 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490280 1 0.6048 0.6893 0.852 0.148
#> SRR490281 1 0.6148 0.6907 0.848 0.152
#> SRR490282 1 0.6148 0.6907 0.848 0.152
#> SRR490283 1 0.6438 0.6945 0.836 0.164
#> SRR490284 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490285 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490286 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490287 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490288 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490289 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490290 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490291 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490292 2 0.8909 0.2508 0.308 0.692
#> SRR490293 2 0.7815 0.5281 0.232 0.768
#> SRR490294 2 0.7528 0.5745 0.216 0.784
#> SRR490295 2 0.7883 0.5164 0.236 0.764
#> SRR490296 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490297 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490298 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490299 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490300 2 0.3584 0.8776 0.068 0.932
#> SRR490301 2 0.2778 0.9043 0.048 0.952
#> SRR490302 2 0.3584 0.8775 0.068 0.932
#> SRR490303 2 0.2603 0.9095 0.044 0.956
#> SRR490304 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490305 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490306 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490307 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490308 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.3733 0.8717 0.072 0.928
#> SRR490317 2 0.1843 0.9288 0.028 0.972
#> SRR490318 2 0.2603 0.9097 0.044 0.956
#> SRR490319 2 0.3274 0.8887 0.060 0.940
#> SRR490320 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490321 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490322 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490323 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490324 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490325 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490326 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490327 1 0.9754 0.8001 0.592 0.408
#> SRR490328 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490329 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490330 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490331 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490332 2 0.2603 0.9096 0.044 0.956
#> SRR490333 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490334 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490335 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490336 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490337 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490338 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490339 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490340 2 0.4298 0.8470 0.088 0.912
#> SRR490341 2 0.4431 0.8406 0.092 0.908
#> SRR490342 2 0.3879 0.8657 0.076 0.924
#> SRR490343 2 0.3879 0.8657 0.076 0.924
#> SRR490344 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.6048 0.6893 0.852 0.148
#> SRR490373 1 0.6048 0.6893 0.852 0.148
#> SRR490374 1 0.6048 0.6893 0.852 0.148
#> SRR490375 1 0.6048 0.6893 0.852 0.148
#> SRR490376 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0376 0.6329 0.996 0.004
#> SRR490381 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490409 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490410 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490411 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490412 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.3274 0.8888 0.060 0.940
#> SRR490417 2 0.0672 0.9508 0.008 0.992
#> SRR490418 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490419 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490420 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490421 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490422 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490423 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490424 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490425 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490426 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490427 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490428 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490429 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490430 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490431 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490432 2 0.9358 0.0268 0.352 0.648
#> SRR490433 2 0.9358 0.0268 0.352 0.648
#> SRR490434 2 0.5629 0.7688 0.132 0.868
#> SRR490435 2 0.6712 0.6750 0.176 0.824
#> SRR490436 2 0.9881 -0.3774 0.436 0.564
#> SRR490437 2 0.9580 -0.1260 0.380 0.620
#> SRR490438 2 0.9044 0.1957 0.320 0.680
#> SRR490439 2 0.9427 -0.0164 0.360 0.640
#> SRR490440 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490441 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490442 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490443 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490444 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490445 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490446 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490447 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490448 1 0.9795 0.7888 0.584 0.416
#> SRR490449 1 0.9896 0.7404 0.560 0.440
#> SRR490450 1 0.9963 0.6856 0.536 0.464
#> SRR490451 1 0.9896 0.7405 0.560 0.440
#> SRR490452 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490453 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490454 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490455 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490456 2 0.7883 0.5137 0.236 0.764
#> SRR490457 2 0.5408 0.7847 0.124 0.876
#> SRR490458 2 0.6531 0.6938 0.168 0.832
#> SRR490459 2 0.6712 0.6751 0.176 0.824
#> SRR490460 1 0.9998 0.6121 0.508 0.492
#> SRR490461 2 0.9833 -0.3322 0.424 0.576
#> SRR490462 2 0.8861 0.2650 0.304 0.696
#> SRR490463 2 0.9044 0.1927 0.320 0.680
#> SRR490464 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.3879 0.8657 0.076 0.924
#> SRR490469 2 0.3879 0.8657 0.076 0.924
#> SRR490470 2 0.3879 0.8657 0.076 0.924
#> SRR490471 2 0.3879 0.8657 0.076 0.924
#> SRR490472 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490473 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490474 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490475 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490476 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.6315 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490481 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490482 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490483 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490484 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490485 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490486 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490487 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490488 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490489 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490490 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490491 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490492 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490493 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490494 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490495 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490496 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490497 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490498 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490499 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490500 2 0.3584 0.8774 0.068 0.932
#> SRR490501 2 0.3733 0.8716 0.072 0.928
#> SRR490502 2 0.3274 0.8885 0.060 0.940
#> SRR490503 2 0.3584 0.8774 0.068 0.932
#> SRR490504 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490505 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490506 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490507 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490508 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490509 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490510 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490511 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490512 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490513 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490514 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490515 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490516 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490517 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490518 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490519 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490520 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490521 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490522 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490523 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490524 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490525 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490526 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490527 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490528 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490529 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490530 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490531 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490532 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490533 1 0.9795 0.7897 0.584 0.416
#> SRR490534 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490535 1 0.9775 0.7959 0.588 0.412
#> SRR490536 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490537 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490538 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490539 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490540 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490569 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490570 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490571 2 0.0376 0.9544 0.004 0.996
#> SRR490572 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9546 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490217 2 0.1525 0.964 0.032 0.964 0.004
#> SRR490218 2 0.2682 0.897 0.076 0.920 0.004
#> SRR490219 2 0.1129 0.978 0.020 0.976 0.004
#> SRR490220 1 0.2681 0.941 0.932 0.040 0.028
#> SRR490221 1 0.4677 0.883 0.840 0.132 0.028
#> SRR490222 1 0.3933 0.918 0.880 0.092 0.028
#> SRR490223 1 0.4324 0.901 0.860 0.112 0.028
#> SRR490224 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490225 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490226 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490227 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490228 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490229 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490230 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490231 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490232 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490233 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490234 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490235 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490236 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490237 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490238 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490239 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490240 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490241 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490242 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490243 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490244 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490249 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490250 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490251 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490252 1 0.3933 0.919 0.880 0.092 0.028
#> SRR490253 1 0.5292 0.837 0.800 0.172 0.028
#> SRR490254 1 0.5660 0.803 0.772 0.200 0.028
#> SRR490255 1 0.5292 0.840 0.800 0.172 0.028
#> SRR490256 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490257 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490258 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490259 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490260 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490261 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490262 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490263 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490264 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490265 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490266 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490267 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490268 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490269 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490270 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490271 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490272 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490273 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490274 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490275 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490276 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490277 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490278 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490279 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490280 3 0.2400 0.941 0.064 0.004 0.932
#> SRR490281 3 0.2096 0.953 0.052 0.004 0.944
#> SRR490282 3 0.2680 0.932 0.068 0.008 0.924
#> SRR490283 3 0.3213 0.902 0.092 0.008 0.900
#> SRR490284 1 0.6255 0.532 0.668 0.012 0.320
#> SRR490285 1 0.6282 0.523 0.664 0.012 0.324
#> SRR490286 1 0.6051 0.590 0.696 0.012 0.292
#> SRR490287 1 0.6200 0.549 0.676 0.012 0.312
#> SRR490288 1 0.0829 0.938 0.984 0.012 0.004
#> SRR490289 1 0.1031 0.943 0.976 0.024 0.000
#> SRR490290 1 0.1163 0.944 0.972 0.028 0.000
#> SRR490291 1 0.1163 0.944 0.972 0.028 0.000
#> SRR490292 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490293 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490294 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490295 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490296 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490297 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490298 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490299 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490300 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490301 1 0.2681 0.942 0.932 0.040 0.028
#> SRR490302 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490303 1 0.2681 0.942 0.932 0.040 0.028
#> SRR490304 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490305 1 0.1860 0.943 0.948 0.052 0.000
#> SRR490306 1 0.1860 0.943 0.948 0.052 0.000
#> SRR490307 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 2 0.1129 0.978 0.020 0.976 0.004
#> SRR490313 2 0.1267 0.974 0.024 0.972 0.004
#> SRR490314 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490315 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490316 1 0.2793 0.941 0.928 0.044 0.028
#> SRR490317 1 0.2903 0.942 0.924 0.048 0.028
#> SRR490318 1 0.2681 0.942 0.932 0.040 0.028
#> SRR490319 1 0.2903 0.941 0.924 0.048 0.028
#> SRR490320 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490321 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490322 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490323 1 0.1751 0.931 0.960 0.012 0.028
#> SRR490324 1 0.6228 0.541 0.672 0.012 0.316
#> SRR490325 1 0.6172 0.557 0.680 0.012 0.308
#> SRR490326 1 0.6255 0.532 0.668 0.012 0.320
#> SRR490327 1 0.6082 0.582 0.692 0.012 0.296
#> SRR490328 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490329 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490330 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490331 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490332 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490333 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490334 1 0.1860 0.943 0.948 0.052 0.000
#> SRR490335 1 0.1529 0.945 0.960 0.040 0.000
#> SRR490336 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490337 1 0.2066 0.941 0.940 0.060 0.000
#> SRR490338 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490339 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490340 1 0.2434 0.942 0.940 0.036 0.024
#> SRR490341 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490342 1 0.2434 0.942 0.940 0.036 0.024
#> SRR490343 1 0.2564 0.941 0.936 0.036 0.028
#> SRR490344 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490345 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490346 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490347 2 0.0983 0.982 0.016 0.980 0.004
#> SRR490348 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490357 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490358 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490359 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490360 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490361 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490362 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490363 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490364 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490365 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490366 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490367 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490368 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 3 0.2200 0.950 0.056 0.004 0.940
#> SRR490373 3 0.1989 0.956 0.048 0.004 0.948
#> SRR490374 3 0.1989 0.956 0.048 0.004 0.948
#> SRR490375 3 0.1989 0.956 0.048 0.004 0.948
#> SRR490376 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR490377 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR490378 2 0.0424 0.986 0.008 0.992 0.000
#> SRR490379 2 0.0424 0.986 0.008 0.992 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490389 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490390 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490391 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490392 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490397 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490398 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490399 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0661 0.986 0.008 0.988 0.004
#> SRR490405 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490406 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490407 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490408 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490409 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490410 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490411 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490417 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490418 1 0.1529 0.945 0.960 0.040 0.000
#> SRR490419 1 0.1529 0.945 0.960 0.040 0.000
#> SRR490420 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490421 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490422 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490423 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490424 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490425 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490426 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490427 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490428 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490429 1 0.0747 0.940 0.984 0.016 0.000
#> SRR490430 1 0.0747 0.940 0.984 0.016 0.000
#> SRR490431 1 0.1031 0.943 0.976 0.024 0.000
#> SRR490432 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490433 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490434 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490435 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490436 1 0.1647 0.945 0.960 0.036 0.004
#> SRR490437 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490438 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490439 1 0.1999 0.945 0.952 0.036 0.012
#> SRR490440 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490441 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490442 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490443 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490444 1 0.2356 0.933 0.928 0.072 0.000
#> SRR490445 1 0.2537 0.930 0.920 0.080 0.000
#> SRR490446 1 0.1964 0.942 0.944 0.056 0.000
#> SRR490447 1 0.2796 0.915 0.908 0.092 0.000
#> SRR490448 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490449 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490450 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490451 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490452 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490453 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490454 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490455 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490456 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490457 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490458 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490459 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490460 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490461 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490462 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490463 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490469 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490470 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490471 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490472 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490473 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490474 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490475 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.983 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490481 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490482 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490483 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490484 1 0.1860 0.943 0.948 0.052 0.000
#> SRR490485 1 0.1753 0.942 0.952 0.048 0.000
#> SRR490486 1 0.1753 0.942 0.952 0.048 0.000
#> SRR490487 1 0.1753 0.942 0.952 0.048 0.000
#> SRR490488 1 0.1753 0.942 0.952 0.048 0.000
#> SRR490489 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490490 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490491 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490492 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490493 1 0.1753 0.942 0.952 0.048 0.000
#> SRR490494 1 0.1753 0.942 0.952 0.048 0.000
#> SRR490495 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490496 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490497 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490498 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490499 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490500 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490501 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490502 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490503 1 0.1411 0.945 0.964 0.036 0.000
#> SRR490504 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490505 1 0.4062 0.840 0.836 0.164 0.000
#> SRR490506 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490507 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490508 1 0.2625 0.918 0.916 0.084 0.000
#> SRR490509 1 0.3267 0.891 0.884 0.116 0.000
#> SRR490510 1 0.3038 0.905 0.896 0.104 0.000
#> SRR490511 1 0.3192 0.898 0.888 0.112 0.000
#> SRR490512 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490513 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490514 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490515 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490516 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490517 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490518 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490519 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490520 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490521 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490522 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490523 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490524 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490525 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490526 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490527 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490528 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490529 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490530 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490531 1 0.1643 0.942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490532 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490533 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490534 1 0.0747 0.940 0.984 0.016 0.000
#> SRR490535 1 0.0592 0.938 0.988 0.012 0.000
#> SRR490536 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490537 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490538 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490539 1 0.3686 0.868 0.860 0.140 0.000
#> SRR490540 2 0.1643 0.947 0.044 0.956 0.000
#> SRR490541 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR490542 2 0.0747 0.982 0.016 0.984 0.000
#> SRR490543 2 0.1411 0.958 0.036 0.964 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0424 0.986 0.008 0.992 0.000
#> SRR490549 2 0.0424 0.986 0.008 0.992 0.000
#> SRR490550 2 0.0424 0.986 0.008 0.992 0.000
#> SRR490551 2 0.0424 0.986 0.008 0.992 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0592 0.985 0.012 0.988 0.000
#> SRR490557 2 0.0747 0.982 0.016 0.984 0.000
#> SRR490558 2 0.0747 0.982 0.016 0.984 0.000
#> SRR490559 2 0.0747 0.982 0.016 0.984 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.1643 0.947 0.044 0.956 0.000
#> SRR490565 2 0.1289 0.964 0.032 0.968 0.000
#> SRR490566 2 0.1529 0.953 0.040 0.960 0.000
#> SRR490567 2 0.1163 0.969 0.028 0.972 0.000
#> SRR490568 1 0.3879 0.868 0.848 0.152 0.000
#> SRR490569 1 0.3879 0.868 0.848 0.152 0.000
#> SRR490570 1 0.3879 0.868 0.848 0.152 0.000
#> SRR490571 1 0.3879 0.868 0.848 0.152 0.000
#> SRR490572 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490573 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490574 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490575 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490581 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0424 0.987 0.008 0.992 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0237 0.988 0.004 0.996 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.1643 0.948 0.044 0.956 0.000
#> SRR490597 2 0.1163 0.969 0.028 0.972 0.000
#> SRR490598 2 0.1031 0.973 0.024 0.976 0.000
#> SRR490599 2 0.1411 0.959 0.036 0.964 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.1022 0.968 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.1118 0.964 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.1211 0.961 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.1022 0.968 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490220 1 0.0707 0.888 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR490221 1 0.2469 0.807 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR490222 1 0.1637 0.856 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR490223 1 0.2216 0.824 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0921 0.971 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0921 0.971 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0921 0.971 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.1022 0.968 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490252 1 0.2011 0.837 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR490253 1 0.2921 0.768 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR490254 1 0.3074 0.753 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR490255 1 0.3024 0.758 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0188 0.898 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490270 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.2457 0.920 0.076 0.004 0.912 0.008
#> SRR490281 3 0.2528 0.917 0.080 0.004 0.908 0.008
#> SRR490282 3 0.2731 0.903 0.092 0.004 0.896 0.008
#> SRR490283 3 0.3102 0.874 0.116 0.004 0.872 0.008
#> SRR490284 1 0.5263 0.109 0.544 0.000 0.448 0.008
#> SRR490285 1 0.5263 0.109 0.544 0.000 0.448 0.008
#> SRR490286 1 0.5236 0.164 0.560 0.000 0.432 0.008
#> SRR490287 1 0.5250 0.137 0.552 0.000 0.440 0.008
#> SRR490288 1 0.0817 0.900 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490289 1 0.1716 0.896 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490290 1 0.1792 0.895 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490291 1 0.1792 0.895 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490292 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490294 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490296 1 0.4624 0.565 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR490297 1 0.4746 0.509 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR490298 1 0.4697 0.533 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR490299 1 0.4697 0.534 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR490300 1 0.0707 0.900 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490301 1 0.0707 0.900 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490302 1 0.0817 0.900 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490303 1 0.0469 0.899 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490304 1 0.4920 0.504 0.628 0.004 0.000 0.368
#> SRR490305 1 0.4964 0.477 0.616 0.004 0.000 0.380
#> SRR490306 1 0.4936 0.495 0.624 0.004 0.000 0.372
#> SRR490307 1 0.4920 0.504 0.628 0.004 0.000 0.368
#> SRR490308 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.1022 0.968 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.1118 0.964 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.1022 0.968 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.1022 0.968 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490316 1 0.0469 0.892 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR490317 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490318 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490319 1 0.0469 0.892 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.5250 0.137 0.552 0.000 0.440 0.008
#> SRR490325 1 0.5203 0.216 0.576 0.000 0.416 0.008
#> SRR490326 1 0.5257 0.123 0.548 0.000 0.444 0.008
#> SRR490327 1 0.5193 0.228 0.580 0.000 0.412 0.008
#> SRR490328 1 0.4008 0.719 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR490329 1 0.3975 0.725 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR490330 1 0.4543 0.594 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR490331 1 0.4585 0.579 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR490332 1 0.1557 0.897 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490333 1 0.1637 0.897 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490334 1 0.2216 0.882 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490335 1 0.1637 0.897 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490336 1 0.4889 0.520 0.636 0.004 0.000 0.360
#> SRR490337 1 0.4920 0.504 0.628 0.004 0.000 0.368
#> SRR490338 1 0.4872 0.529 0.640 0.004 0.000 0.356
#> SRR490339 1 0.4837 0.544 0.648 0.004 0.000 0.348
#> SRR490340 1 0.1302 0.899 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490341 1 0.0469 0.899 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490342 1 0.0469 0.899 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490343 1 0.0188 0.898 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490344 2 0.1022 0.968 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0921 0.971 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0921 0.971 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0921 0.971 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.2528 0.917 0.080 0.004 0.908 0.008
#> SRR490373 3 0.2310 0.926 0.068 0.004 0.920 0.008
#> SRR490374 3 0.2310 0.926 0.068 0.004 0.920 0.008
#> SRR490375 3 0.2310 0.926 0.068 0.004 0.920 0.008
#> SRR490376 2 0.0921 0.971 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0469 0.981 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0469 0.981 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0469 0.981 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0336 0.983 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490409 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490410 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490411 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2149 0.885 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490417 1 0.2408 0.875 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR490418 1 0.2973 0.839 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR490419 1 0.2469 0.872 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490420 1 0.1940 0.891 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490421 1 0.1867 0.893 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490422 1 0.1867 0.893 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490423 1 0.1867 0.893 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR490424 1 0.1302 0.899 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490425 1 0.1022 0.900 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490426 1 0.1118 0.900 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490427 1 0.1118 0.900 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490428 1 0.1637 0.897 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490429 1 0.1716 0.895 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490430 1 0.1716 0.895 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490431 1 0.1716 0.895 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490432 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490433 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490434 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490435 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490436 1 0.1389 0.899 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490437 1 0.1474 0.898 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490438 1 0.1557 0.897 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490439 1 0.1474 0.898 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490440 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490441 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490442 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490443 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490444 4 0.1118 0.933 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490445 4 0.0817 0.942 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR490446 4 0.3024 0.807 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR490447 4 0.1389 0.923 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR490448 1 0.2081 0.888 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490449 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490450 1 0.2149 0.885 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490451 1 0.2149 0.885 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR490452 1 0.1389 0.899 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490453 1 0.1474 0.899 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490454 1 0.1389 0.899 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR490455 1 0.1637 0.897 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490456 1 0.2011 0.890 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490457 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490458 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490459 1 0.1940 0.891 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490460 1 0.1940 0.891 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR490461 1 0.2011 0.890 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490462 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490463 1 0.2081 0.887 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR490464 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1637 0.896 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490469 1 0.1637 0.896 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490470 1 0.1557 0.897 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490471 1 0.1557 0.897 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490472 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490473 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490474 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490475 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.1022 0.936 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR490481 4 0.0469 0.949 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR490482 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490484 4 0.2868 0.823 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR490485 4 0.1792 0.903 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR490486 4 0.1474 0.919 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR490487 4 0.2647 0.842 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR490488 4 0.3074 0.804 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR490489 4 0.3172 0.793 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR490490 4 0.3569 0.741 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR490491 4 0.2868 0.824 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR490492 4 0.2921 0.817 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR490493 4 0.3688 0.719 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR490494 4 0.3569 0.738 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR490495 4 0.1716 0.907 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR490496 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490500 1 0.1637 0.897 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490501 1 0.1557 0.897 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490502 1 0.1792 0.895 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR490503 1 0.1557 0.897 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR490504 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490505 4 0.0188 0.951 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490506 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490507 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490508 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490520 4 0.1637 0.911 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR490521 4 0.1022 0.936 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR490522 4 0.1118 0.933 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR490523 4 0.1637 0.911 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR490524 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490528 4 0.0188 0.954 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490529 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.2011 0.890 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490533 1 0.2011 0.890 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490534 1 0.2011 0.890 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490535 1 0.2011 0.890 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR490536 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490537 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490538 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490539 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.3486 0.763 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR490541 2 0.1211 0.951 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490542 2 0.2216 0.892 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR490543 2 0.3444 0.769 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490544 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490551 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.1792 0.929 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.1637 0.939 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.1867 0.924 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.1557 0.943 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490568 4 0.0927 0.941 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR490569 4 0.0927 0.941 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR490570 4 0.0927 0.941 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR490571 4 0.0927 0.941 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR490572 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490573 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490574 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490575 2 0.0188 0.983 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490576 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.985 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.1389 0.953 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490597 2 0.1211 0.961 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.1302 0.957 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.1211 0.961 0.040 0.960 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.2616 0.883 0.036 0.888 0.000 0.000 0.076
#> SRR490217 2 0.2694 0.881 0.040 0.884 0.000 0.000 0.076
#> SRR490218 2 0.2843 0.877 0.048 0.876 0.000 0.000 0.076
#> SRR490219 2 0.2616 0.883 0.036 0.888 0.000 0.000 0.076
#> SRR490220 1 0.2284 0.838 0.912 0.028 0.000 0.004 0.056
#> SRR490221 1 0.3213 0.795 0.860 0.064 0.000 0.004 0.072
#> SRR490222 1 0.3081 0.804 0.868 0.056 0.000 0.004 0.072
#> SRR490223 1 0.3277 0.792 0.856 0.068 0.000 0.004 0.072
#> SRR490224 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490225 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490226 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490227 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490228 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490229 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490230 1 0.3210 0.795 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR490231 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490232 1 0.2561 0.829 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR490233 1 0.2127 0.842 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR490234 1 0.2230 0.839 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490235 1 0.2179 0.846 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR490236 1 0.3210 0.795 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR490237 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490238 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490239 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490240 1 0.1041 0.856 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR490241 1 0.1168 0.857 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR490242 1 0.1168 0.857 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR490243 1 0.1168 0.857 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR490244 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.2676 0.882 0.036 0.884 0.000 0.000 0.080
#> SRR490249 2 0.2676 0.882 0.036 0.884 0.000 0.000 0.080
#> SRR490250 2 0.2676 0.882 0.036 0.884 0.000 0.000 0.080
#> SRR490251 2 0.2616 0.883 0.036 0.888 0.000 0.000 0.076
#> SRR490252 1 0.3148 0.800 0.864 0.060 0.000 0.004 0.072
#> SRR490253 1 0.3471 0.770 0.836 0.092 0.000 0.000 0.072
#> SRR490254 1 0.3631 0.755 0.824 0.104 0.000 0.000 0.072
#> SRR490255 1 0.3471 0.767 0.836 0.092 0.000 0.000 0.072
#> SRR490256 1 0.2124 0.848 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR490257 1 0.1768 0.853 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR490258 1 0.2068 0.849 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR490259 1 0.1965 0.847 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR490260 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490261 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490262 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490263 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490264 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490265 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490266 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490267 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490268 1 0.2124 0.847 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR490269 1 0.2597 0.853 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> SRR490270 1 0.2193 0.849 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR490271 1 0.2124 0.847 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR490272 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490273 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490274 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490275 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490276 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490277 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490278 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490279 1 0.3242 0.793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR490280 3 0.2221 0.914 0.052 0.000 0.912 0.000 0.036
#> SRR490281 3 0.2291 0.908 0.056 0.000 0.908 0.000 0.036
#> SRR490282 3 0.2554 0.891 0.072 0.000 0.892 0.000 0.036
#> SRR490283 3 0.3075 0.851 0.092 0.000 0.860 0.000 0.048
#> SRR490284 1 0.5728 0.428 0.572 0.000 0.336 0.004 0.088
#> SRR490285 1 0.5701 0.447 0.580 0.000 0.328 0.004 0.088
#> SRR490286 1 0.5656 0.475 0.592 0.000 0.316 0.004 0.088
#> SRR490287 1 0.5687 0.457 0.584 0.000 0.324 0.004 0.088
#> SRR490288 1 0.2166 0.862 0.912 0.000 0.012 0.072 0.004
#> SRR490289 1 0.2361 0.853 0.892 0.000 0.012 0.096 0.000
#> SRR490290 1 0.2416 0.850 0.888 0.000 0.012 0.100 0.000
#> SRR490291 1 0.2361 0.851 0.892 0.000 0.012 0.096 0.000
#> SRR490292 1 0.1168 0.857 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR490293 1 0.1168 0.857 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR490294 1 0.1168 0.857 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR490295 1 0.1168 0.857 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR490296 4 0.4557 0.237 0.440 0.004 0.000 0.552 0.004
#> SRR490297 4 0.4557 0.237 0.440 0.004 0.000 0.552 0.004
#> SRR490298 4 0.4551 0.241 0.436 0.004 0.000 0.556 0.004
#> SRR490299 4 0.4557 0.237 0.440 0.004 0.000 0.552 0.004
#> SRR490300 1 0.1753 0.860 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR490301 1 0.1668 0.860 0.940 0.000 0.000 0.032 0.028
#> SRR490302 1 0.1568 0.861 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR490303 1 0.1753 0.860 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR490304 4 0.4538 0.272 0.428 0.004 0.000 0.564 0.004
#> SRR490305 4 0.4524 0.275 0.420 0.004 0.000 0.572 0.004
#> SRR490306 4 0.4545 0.259 0.432 0.004 0.000 0.560 0.004
#> SRR490307 4 0.4557 0.237 0.440 0.004 0.000 0.552 0.004
#> SRR490308 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0162 0.968 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.2616 0.883 0.036 0.888 0.000 0.000 0.076
#> SRR490313 2 0.2616 0.883 0.036 0.888 0.000 0.000 0.076
#> SRR490314 2 0.2676 0.882 0.036 0.884 0.000 0.000 0.080
#> SRR490315 2 0.2676 0.882 0.036 0.884 0.000 0.000 0.080
#> SRR490316 1 0.1787 0.849 0.936 0.016 0.000 0.004 0.044
#> SRR490317 1 0.1408 0.855 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR490318 1 0.1443 0.853 0.948 0.004 0.000 0.004 0.044
#> SRR490319 1 0.1947 0.848 0.932 0.016 0.004 0.004 0.044
#> SRR490320 1 0.2921 0.827 0.844 0.000 0.004 0.004 0.148
#> SRR490321 1 0.2956 0.829 0.848 0.000 0.008 0.004 0.140
#> SRR490322 1 0.3047 0.821 0.832 0.000 0.004 0.004 0.160
#> SRR490323 1 0.2956 0.829 0.848 0.000 0.008 0.004 0.140
#> SRR490324 1 0.5656 0.471 0.592 0.000 0.316 0.004 0.088
#> SRR490325 1 0.5559 0.503 0.608 0.000 0.304 0.004 0.084
#> SRR490326 1 0.5668 0.445 0.580 0.000 0.332 0.004 0.084
#> SRR490327 1 0.5592 0.491 0.600 0.000 0.312 0.004 0.084
#> SRR490328 1 0.3992 0.620 0.712 0.004 0.000 0.280 0.004
#> SRR490329 1 0.4181 0.547 0.676 0.004 0.000 0.316 0.004
#> SRR490330 1 0.4507 0.292 0.580 0.004 0.000 0.412 0.004
#> SRR490331 1 0.4347 0.450 0.636 0.004 0.000 0.356 0.004
#> SRR490332 1 0.2054 0.855 0.916 0.000 0.008 0.072 0.004
#> SRR490333 1 0.2228 0.854 0.908 0.000 0.012 0.076 0.004
#> SRR490334 1 0.2349 0.851 0.900 0.000 0.012 0.084 0.004
#> SRR490335 1 0.2228 0.854 0.908 0.000 0.012 0.076 0.004
#> SRR490336 4 0.4562 0.224 0.444 0.004 0.000 0.548 0.004
#> SRR490337 4 0.4551 0.240 0.436 0.004 0.000 0.556 0.004
#> SRR490338 4 0.4572 0.206 0.452 0.004 0.000 0.540 0.004
#> SRR490339 4 0.4567 0.218 0.448 0.004 0.000 0.544 0.004
#> SRR490340 1 0.1914 0.857 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR490341 1 0.1399 0.860 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR490342 1 0.1648 0.860 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR490343 1 0.1386 0.858 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR490344 2 0.2735 0.881 0.036 0.880 0.000 0.000 0.084
#> SRR490345 2 0.2654 0.883 0.032 0.884 0.000 0.000 0.084
#> SRR490346 2 0.2793 0.880 0.036 0.876 0.000 0.000 0.088
#> SRR490347 2 0.2654 0.883 0.032 0.884 0.000 0.000 0.084
#> SRR490348 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490349 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490350 2 0.0404 0.908 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490351 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490352 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490353 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490354 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490355 2 0.0290 0.907 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490356 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490357 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490358 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490359 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490360 2 0.1121 0.905 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR490361 2 0.1124 0.904 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR490362 2 0.0880 0.908 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490363 2 0.0963 0.906 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490364 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490365 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490366 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490367 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490368 2 0.0404 0.908 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490369 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490370 2 0.0566 0.909 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR490371 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490372 3 0.2735 0.873 0.084 0.000 0.880 0.000 0.036
#> SRR490373 3 0.1915 0.926 0.040 0.000 0.928 0.000 0.032
#> SRR490374 3 0.1992 0.923 0.044 0.000 0.924 0.000 0.032
#> SRR490375 3 0.1915 0.926 0.040 0.000 0.928 0.000 0.032
#> SRR490376 2 0.2450 0.886 0.028 0.896 0.000 0.000 0.076
#> SRR490377 2 0.2046 0.892 0.016 0.916 0.000 0.000 0.068
#> SRR490378 2 0.1942 0.894 0.012 0.920 0.000 0.000 0.068
#> SRR490379 2 0.2046 0.892 0.016 0.916 0.000 0.000 0.068
#> SRR490380 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0404 0.908 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490385 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490386 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490387 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490388 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490389 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490390 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490391 2 0.3910 0.787 0.008 0.720 0.000 0.000 0.272
#> SRR490392 2 0.0404 0.908 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490393 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490394 2 0.0404 0.908 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490395 2 0.0404 0.908 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490396 2 0.3809 0.797 0.008 0.736 0.000 0.000 0.256
#> SRR490397 2 0.3756 0.803 0.008 0.744 0.000 0.000 0.248
#> SRR490398 2 0.3266 0.834 0.004 0.796 0.000 0.000 0.200
#> SRR490399 2 0.3783 0.800 0.008 0.740 0.000 0.000 0.252
#> SRR490400 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490401 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490402 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490403 2 0.0510 0.908 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490404 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490405 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490406 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490407 2 0.4016 0.785 0.012 0.716 0.000 0.000 0.272
#> SRR490408 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490409 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490410 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490411 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490412 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.2280 0.839 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR490417 1 0.2424 0.829 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR490418 1 0.2966 0.773 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR490419 1 0.2516 0.821 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR490420 1 0.1908 0.853 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490421 1 0.1965 0.852 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR490422 1 0.1965 0.852 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR490423 1 0.1965 0.852 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR490424 1 0.1981 0.862 0.920 0.000 0.000 0.064 0.016
#> SRR490425 1 0.2104 0.863 0.916 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR490426 1 0.2104 0.863 0.916 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR490427 1 0.1914 0.863 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR490428 1 0.1908 0.853 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490429 1 0.1908 0.853 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490430 1 0.1908 0.853 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490431 1 0.1851 0.855 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR490432 1 0.2020 0.850 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR490433 1 0.2020 0.850 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR490434 1 0.2127 0.846 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR490435 1 0.2074 0.848 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR490436 1 0.1845 0.857 0.928 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR490437 1 0.1877 0.857 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR490438 1 0.1877 0.857 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR490439 1 0.1914 0.857 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR490440 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490441 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490442 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490443 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490444 4 0.1557 0.478 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR490445 4 0.1557 0.478 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR490446 4 0.2439 0.446 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR490447 4 0.1251 0.478 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR490448 1 0.2127 0.846 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR490449 1 0.2179 0.844 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR490450 1 0.2179 0.844 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR490451 1 0.2179 0.844 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR490452 1 0.1956 0.859 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR490453 1 0.1831 0.859 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR490454 1 0.1894 0.860 0.920 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR490455 1 0.1892 0.858 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR490456 1 0.2020 0.851 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR490457 1 0.2074 0.848 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR490458 1 0.2074 0.848 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR490459 1 0.1908 0.854 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR490460 1 0.1965 0.851 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR490461 1 0.1965 0.851 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR490462 1 0.1965 0.851 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR490463 1 0.2074 0.848 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1942 0.856 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR490469 1 0.2006 0.856 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR490470 1 0.1942 0.856 0.920 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR490471 1 0.2006 0.856 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR490472 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490473 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490474 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490475 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490476 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.971 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0880 0.483 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490481 4 0.0510 0.479 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0162 0.474 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490484 4 0.2890 0.406 0.160 0.000 0.000 0.836 0.004
#> SRR490485 4 0.1671 0.477 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR490486 4 0.1410 0.482 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR490487 4 0.2124 0.465 0.096 0.000 0.000 0.900 0.004
#> SRR490488 4 0.2358 0.462 0.104 0.000 0.000 0.888 0.008
#> SRR490489 4 0.2304 0.463 0.100 0.000 0.000 0.892 0.008
#> SRR490490 4 0.2660 0.444 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> SRR490491 4 0.2136 0.471 0.088 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR490492 4 0.2230 0.457 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR490493 4 0.2280 0.452 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR490494 4 0.2127 0.460 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR490495 4 0.1410 0.482 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 1 0.2006 0.856 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR490501 1 0.2006 0.856 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR490502 1 0.2006 0.856 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR490503 1 0.2006 0.856 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR490504 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490505 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490506 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490507 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490508 4 0.2338 0.288 0.000 0.004 0.000 0.884 0.112
#> SRR490509 4 0.2690 0.181 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR490510 4 0.2329 0.272 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR490511 4 0.2424 0.251 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR490512 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.1124 0.482 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004
#> SRR490521 4 0.0880 0.483 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR490522 4 0.1124 0.482 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004
#> SRR490523 4 0.1121 0.484 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0290 0.475 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0290 0.475 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490528 4 0.0290 0.476 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.471 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 1 0.2127 0.847 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR490533 1 0.2127 0.847 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR490534 1 0.2127 0.847 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR490535 1 0.2127 0.847 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR490536 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490537 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490538 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490539 4 0.4306 -0.901 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR490540 2 0.6268 0.269 0.000 0.540 0.000 0.232 0.228
#> SRR490541 2 0.5680 0.488 0.000 0.628 0.000 0.212 0.160
#> SRR490542 2 0.5836 0.445 0.000 0.608 0.000 0.216 0.176
#> SRR490543 2 0.6268 0.269 0.000 0.540 0.000 0.232 0.228
#> SRR490544 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490545 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490546 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490547 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490548 2 0.0798 0.908 0.008 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR490549 2 0.0693 0.908 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR490550 2 0.0854 0.908 0.008 0.976 0.000 0.004 0.012
#> SRR490551 2 0.0566 0.908 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR490552 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490553 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490554 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490555 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.0324 0.908 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490557 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490558 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490559 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490560 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490561 2 0.0290 0.908 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490562 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490563 2 0.0290 0.908 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490564 2 0.5617 0.682 0.124 0.620 0.000 0.000 0.256
#> SRR490565 2 0.5359 0.714 0.100 0.644 0.000 0.000 0.256
#> SRR490566 2 0.5695 0.671 0.132 0.612 0.000 0.000 0.256
#> SRR490567 2 0.5405 0.709 0.104 0.640 0.000 0.000 0.256
#> SRR490568 5 0.5002 0.996 0.008 0.016 0.000 0.484 0.492
#> SRR490569 5 0.5002 0.996 0.008 0.016 0.000 0.484 0.492
#> SRR490570 5 0.5084 0.987 0.008 0.020 0.000 0.484 0.488
#> SRR490571 5 0.5002 0.996 0.008 0.016 0.000 0.484 0.492
#> SRR490572 2 0.3489 0.780 0.000 0.820 0.000 0.036 0.144
#> SRR490573 2 0.3445 0.785 0.000 0.824 0.000 0.036 0.140
#> SRR490574 2 0.3366 0.789 0.000 0.828 0.000 0.032 0.140
#> SRR490575 2 0.3445 0.785 0.000 0.824 0.000 0.036 0.140
#> SRR490576 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490577 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490578 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490579 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490580 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490581 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490582 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490583 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490584 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490585 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490586 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490587 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490588 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490589 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490590 2 0.0451 0.908 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR490591 2 0.0324 0.908 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR490592 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490593 2 0.0290 0.907 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490594 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490595 2 0.0162 0.908 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490596 2 0.3840 0.845 0.076 0.808 0.000 0.000 0.116
#> SRR490597 2 0.3359 0.864 0.052 0.840 0.000 0.000 0.108
#> SRR490598 2 0.3201 0.870 0.052 0.852 0.000 0.000 0.096
#> SRR490599 2 0.3255 0.868 0.052 0.848 0.000 0.000 0.100
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490217 2 0.4804 0.7215 0.052 0.708 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490218 2 0.4971 0.7105 0.064 0.696 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490219 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490220 1 0.3331 0.7106 0.836 0.056 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR490221 1 0.3747 0.6695 0.804 0.072 0.000 0.000 0.108 0.016
#> SRR490222 1 0.3702 0.6748 0.808 0.072 0.000 0.000 0.104 0.016
#> SRR490223 1 0.3832 0.6645 0.800 0.072 0.000 0.000 0.108 0.020
#> SRR490224 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490225 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490226 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490227 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490228 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490229 5 0.3857 0.0569 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR490230 5 0.3851 0.0834 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR490231 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490232 1 0.3774 0.5079 0.664 0.000 0.000 0.000 0.328 0.008
#> SRR490233 1 0.3555 0.5910 0.712 0.000 0.000 0.000 0.280 0.008
#> SRR490234 1 0.3634 0.5676 0.696 0.000 0.000 0.000 0.296 0.008
#> SRR490235 1 0.3606 0.6162 0.728 0.000 0.000 0.000 0.256 0.016
#> SRR490236 1 0.3868 0.0623 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR490237 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490238 5 0.3851 0.0833 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR490239 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490240 1 0.2094 0.7830 0.908 0.000 0.000 0.008 0.068 0.016
#> SRR490241 1 0.2094 0.7830 0.908 0.000 0.000 0.008 0.068 0.016
#> SRR490242 1 0.2094 0.7830 0.908 0.000 0.000 0.008 0.068 0.016
#> SRR490243 1 0.2094 0.7830 0.908 0.000 0.000 0.008 0.068 0.016
#> SRR490244 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490249 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490250 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490251 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490252 1 0.3579 0.6859 0.816 0.060 0.000 0.000 0.108 0.016
#> SRR490253 1 0.3896 0.6549 0.792 0.080 0.000 0.000 0.112 0.016
#> SRR490254 1 0.4066 0.6382 0.780 0.080 0.000 0.000 0.120 0.020
#> SRR490255 1 0.3896 0.6549 0.792 0.080 0.000 0.000 0.112 0.016
#> SRR490256 1 0.3481 0.6624 0.756 0.000 0.000 0.004 0.228 0.012
#> SRR490257 1 0.3212 0.7108 0.800 0.000 0.000 0.004 0.180 0.016
#> SRR490258 1 0.3426 0.6732 0.764 0.000 0.000 0.004 0.220 0.012
#> SRR490259 1 0.3368 0.6531 0.756 0.000 0.000 0.000 0.232 0.012
#> SRR490260 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490261 5 0.3851 0.0849 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR490262 5 0.3851 0.0849 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR490263 5 0.3854 0.0727 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR490264 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490265 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490266 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490267 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490268 1 0.3518 0.6250 0.732 0.000 0.000 0.000 0.256 0.012
#> SRR490269 1 0.3909 0.6610 0.732 0.000 0.000 0.020 0.236 0.012
#> SRR490270 1 0.3558 0.6379 0.736 0.000 0.000 0.000 0.248 0.016
#> SRR490271 1 0.3633 0.6356 0.732 0.000 0.000 0.004 0.252 0.012
#> SRR490272 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490273 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490274 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490275 5 0.3851 0.0850 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR490276 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490277 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490278 5 0.3851 0.0825 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR490279 5 0.3847 0.0947 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR490280 3 0.2594 0.9015 0.036 0.000 0.888 0.000 0.056 0.020
#> SRR490281 3 0.2736 0.8930 0.048 0.000 0.880 0.000 0.052 0.020
#> SRR490282 3 0.2898 0.8852 0.040 0.000 0.868 0.000 0.072 0.020
#> SRR490283 3 0.3441 0.8398 0.076 0.000 0.832 0.000 0.072 0.020
#> SRR490284 1 0.6362 0.2570 0.496 0.000 0.264 0.004 0.212 0.024
#> SRR490285 1 0.6206 0.2918 0.520 0.000 0.252 0.004 0.204 0.020
#> SRR490286 1 0.6227 0.2883 0.516 0.000 0.252 0.004 0.208 0.020
#> SRR490287 1 0.6242 0.2812 0.512 0.000 0.256 0.004 0.208 0.020
#> SRR490288 1 0.2288 0.8242 0.896 0.000 0.000 0.072 0.028 0.004
#> SRR490289 1 0.1967 0.8229 0.904 0.000 0.000 0.084 0.012 0.000
#> SRR490290 1 0.1866 0.8221 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008 0.000
#> SRR490291 1 0.2009 0.8217 0.904 0.000 0.000 0.084 0.008 0.004
#> SRR490292 1 0.2151 0.7809 0.904 0.000 0.000 0.008 0.072 0.016
#> SRR490293 1 0.2094 0.7830 0.908 0.000 0.000 0.008 0.068 0.016
#> SRR490294 1 0.2094 0.7830 0.908 0.000 0.000 0.008 0.068 0.016
#> SRR490295 1 0.2094 0.7830 0.908 0.000 0.000 0.008 0.068 0.016
#> SRR490296 4 0.3930 0.5386 0.364 0.004 0.000 0.628 0.000 0.004
#> SRR490297 4 0.3905 0.5482 0.356 0.004 0.000 0.636 0.000 0.004
#> SRR490298 4 0.3905 0.5482 0.356 0.004 0.000 0.636 0.000 0.004
#> SRR490299 4 0.3918 0.5460 0.360 0.004 0.000 0.632 0.000 0.004
#> SRR490300 1 0.2290 0.8035 0.908 0.004 0.000 0.032 0.044 0.012
#> SRR490301 1 0.2214 0.8030 0.912 0.004 0.000 0.028 0.044 0.012
#> SRR490302 1 0.2078 0.8059 0.916 0.000 0.000 0.032 0.040 0.012
#> SRR490303 1 0.2058 0.7991 0.916 0.000 0.000 0.024 0.048 0.012
#> SRR490304 4 0.3905 0.5482 0.356 0.004 0.000 0.636 0.000 0.004
#> SRR490305 4 0.3892 0.5557 0.352 0.004 0.000 0.640 0.000 0.004
#> SRR490306 4 0.3892 0.5557 0.352 0.004 0.000 0.640 0.000 0.004
#> SRR490307 4 0.3892 0.5557 0.352 0.004 0.000 0.640 0.000 0.004
#> SRR490308 3 0.0260 0.9636 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490309 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0146 0.9641 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490312 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490313 2 0.4862 0.7180 0.056 0.704 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490314 2 0.4804 0.7220 0.052 0.708 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490315 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490316 1 0.2903 0.7393 0.864 0.036 0.000 0.000 0.084 0.016
#> SRR490317 1 0.2842 0.7446 0.868 0.028 0.000 0.000 0.084 0.020
#> SRR490318 1 0.2624 0.7541 0.880 0.024 0.000 0.000 0.080 0.016
#> SRR490319 1 0.2851 0.7430 0.868 0.036 0.000 0.000 0.080 0.016
#> SRR490320 1 0.3388 0.6657 0.764 0.000 0.004 0.004 0.224 0.004
#> SRR490321 1 0.3384 0.6598 0.760 0.000 0.008 0.004 0.228 0.000
#> SRR490322 1 0.3290 0.6374 0.744 0.000 0.000 0.004 0.252 0.000
#> SRR490323 1 0.3303 0.6800 0.776 0.000 0.004 0.004 0.212 0.004
#> SRR490324 1 0.6190 0.2987 0.524 0.000 0.248 0.004 0.204 0.020
#> SRR490325 1 0.6137 0.3166 0.536 0.000 0.236 0.004 0.204 0.020
#> SRR490326 1 0.6222 0.2860 0.516 0.000 0.256 0.004 0.204 0.020
#> SRR490327 1 0.6080 0.3152 0.536 0.000 0.240 0.004 0.204 0.016
#> SRR490328 1 0.4165 0.1479 0.568 0.004 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR490329 1 0.3937 0.1339 0.572 0.004 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR490330 4 0.4128 0.1958 0.488 0.004 0.000 0.504 0.004 0.000
#> SRR490331 1 0.4406 -0.0664 0.516 0.012 0.000 0.464 0.008 0.000
#> SRR490332 1 0.1429 0.8199 0.940 0.000 0.000 0.052 0.004 0.004
#> SRR490333 1 0.1732 0.8155 0.920 0.000 0.000 0.072 0.004 0.004
#> SRR490334 1 0.1843 0.8131 0.912 0.000 0.000 0.080 0.004 0.004
#> SRR490335 1 0.1555 0.8194 0.932 0.000 0.000 0.060 0.004 0.004
#> SRR490336 4 0.3954 0.5234 0.372 0.004 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR490337 4 0.3930 0.5393 0.364 0.004 0.000 0.628 0.000 0.004
#> SRR490338 4 0.3942 0.5320 0.368 0.004 0.000 0.624 0.000 0.004
#> SRR490339 4 0.3954 0.5228 0.372 0.004 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR490340 1 0.1410 0.8205 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004 0.008
#> SRR490341 1 0.1777 0.8062 0.932 0.000 0.000 0.024 0.032 0.012
#> SRR490342 1 0.1605 0.8141 0.940 0.000 0.000 0.032 0.016 0.012
#> SRR490343 1 0.1726 0.7928 0.932 0.000 0.000 0.012 0.044 0.012
#> SRR490344 2 0.4745 0.7252 0.048 0.712 0.000 0.000 0.192 0.048
#> SRR490345 2 0.4654 0.7309 0.044 0.720 0.000 0.000 0.188 0.048
#> SRR490346 2 0.4833 0.7155 0.052 0.704 0.000 0.000 0.196 0.048
#> SRR490347 2 0.4716 0.7280 0.048 0.716 0.000 0.000 0.188 0.048
#> SRR490348 2 0.2003 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.044 0.044
#> SRR490349 2 0.1644 0.8266 0.000 0.932 0.000 0.000 0.040 0.028
#> SRR490350 2 0.1934 0.8217 0.000 0.916 0.000 0.000 0.040 0.044
#> SRR490351 2 0.2003 0.8200 0.000 0.912 0.000 0.000 0.044 0.044
#> SRR490352 2 0.1794 0.8241 0.000 0.924 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR490353 2 0.1498 0.8282 0.000 0.940 0.000 0.000 0.032 0.028
#> SRR490354 2 0.1863 0.8229 0.000 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR490355 2 0.1649 0.8265 0.000 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR490356 5 0.6095 -0.2351 0.020 0.380 0.000 0.000 0.448 0.152
#> SRR490357 5 0.6098 -0.2389 0.020 0.384 0.000 0.000 0.444 0.152
#> SRR490358 5 0.6095 -0.2351 0.020 0.380 0.000 0.000 0.448 0.152
#> SRR490359 5 0.6095 -0.2351 0.020 0.380 0.000 0.000 0.448 0.152
#> SRR490360 2 0.2556 0.8225 0.012 0.888 0.000 0.000 0.052 0.048
#> SRR490361 2 0.2287 0.8284 0.012 0.904 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR490362 2 0.2390 0.8250 0.008 0.896 0.000 0.000 0.052 0.044
#> SRR490363 2 0.2325 0.8261 0.008 0.900 0.000 0.000 0.044 0.048
#> SRR490364 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490365 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490366 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490367 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490368 2 0.2263 0.8157 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR490369 2 0.2328 0.8132 0.000 0.892 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR490370 2 0.2328 0.8132 0.000 0.892 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR490371 2 0.2328 0.8132 0.000 0.892 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR490372 3 0.3276 0.8534 0.068 0.000 0.844 0.000 0.068 0.020
#> SRR490373 3 0.2383 0.9108 0.028 0.000 0.900 0.000 0.052 0.020
#> SRR490374 3 0.2467 0.9069 0.036 0.000 0.896 0.000 0.048 0.020
#> SRR490375 3 0.2318 0.9134 0.028 0.000 0.904 0.000 0.048 0.020
#> SRR490376 2 0.4560 0.7365 0.040 0.728 0.000 0.000 0.184 0.048
#> SRR490377 2 0.4302 0.7569 0.040 0.756 0.000 0.000 0.160 0.044
#> SRR490378 2 0.3785 0.7857 0.040 0.804 0.000 0.000 0.120 0.036
#> SRR490379 2 0.3977 0.7769 0.040 0.788 0.000 0.000 0.132 0.040
#> SRR490380 3 0.0260 0.9636 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490381 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.2328 0.8130 0.000 0.892 0.000 0.000 0.052 0.056
#> SRR490385 2 0.2265 0.8125 0.000 0.896 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR490386 2 0.2328 0.8130 0.000 0.892 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR490387 2 0.2265 0.8125 0.000 0.896 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR490388 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490389 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490390 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490391 5 0.6032 -0.2465 0.016 0.392 0.000 0.000 0.440 0.152
#> SRR490392 2 0.2265 0.8125 0.000 0.896 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR490393 2 0.2201 0.8149 0.000 0.900 0.000 0.000 0.052 0.048
#> SRR490394 2 0.2134 0.8171 0.000 0.904 0.000 0.000 0.052 0.044
#> SRR490395 2 0.2001 0.8207 0.000 0.912 0.000 0.000 0.048 0.040
#> SRR490396 5 0.5915 -0.2785 0.012 0.408 0.000 0.000 0.436 0.144
#> SRR490397 5 0.5893 -0.3045 0.012 0.420 0.000 0.000 0.428 0.140
#> SRR490398 2 0.5835 0.3489 0.012 0.452 0.000 0.000 0.404 0.132
#> SRR490399 5 0.5916 -0.2870 0.012 0.412 0.000 0.000 0.432 0.144
#> SRR490400 2 0.2263 0.8131 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR490401 2 0.2263 0.8131 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR490402 2 0.2328 0.8132 0.000 0.892 0.000 0.000 0.056 0.052
#> SRR490403 2 0.2263 0.8131 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056 0.048
#> SRR490404 5 0.6098 -0.2389 0.020 0.384 0.000 0.000 0.444 0.152
#> SRR490405 5 0.6095 -0.2351 0.020 0.380 0.000 0.000 0.448 0.152
#> SRR490406 5 0.6095 -0.2351 0.020 0.380 0.000 0.000 0.448 0.152
#> SRR490407 5 0.6095 -0.2351 0.020 0.380 0.000 0.000 0.448 0.152
#> SRR490408 6 0.2915 0.9351 0.000 0.008 0.000 0.184 0.000 0.808
#> SRR490409 6 0.2915 0.9351 0.000 0.008 0.000 0.184 0.000 0.808
#> SRR490410 6 0.2915 0.9351 0.000 0.008 0.000 0.184 0.000 0.808
#> SRR490411 6 0.2915 0.9351 0.000 0.008 0.000 0.184 0.000 0.808
#> SRR490412 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0146 0.9650 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490416 1 0.2243 0.8109 0.880 0.000 0.000 0.112 0.004 0.004
#> SRR490417 1 0.2196 0.8117 0.884 0.000 0.000 0.108 0.004 0.004
#> SRR490418 1 0.2624 0.7834 0.844 0.000 0.000 0.148 0.004 0.004
#> SRR490419 1 0.2288 0.8066 0.876 0.000 0.000 0.116 0.004 0.004
#> SRR490420 1 0.2113 0.8187 0.896 0.000 0.000 0.092 0.008 0.004
#> SRR490421 1 0.2051 0.8174 0.896 0.000 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490422 1 0.2001 0.8185 0.900 0.000 0.000 0.092 0.004 0.004
#> SRR490423 1 0.2051 0.8174 0.896 0.000 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490424 1 0.2544 0.8163 0.888 0.000 0.004 0.060 0.044 0.004
#> SRR490425 1 0.2675 0.8075 0.880 0.000 0.004 0.052 0.060 0.004
#> SRR490426 1 0.2737 0.8111 0.876 0.000 0.004 0.060 0.056 0.004
#> SRR490427 1 0.2675 0.8127 0.880 0.000 0.004 0.060 0.052 0.004
#> SRR490428 1 0.2238 0.8209 0.900 0.000 0.004 0.076 0.016 0.004
#> SRR490429 1 0.2153 0.8211 0.900 0.000 0.004 0.084 0.008 0.004
#> SRR490430 1 0.2238 0.8209 0.900 0.000 0.004 0.076 0.016 0.004
#> SRR490431 1 0.2095 0.8210 0.904 0.000 0.000 0.076 0.016 0.004
#> SRR490432 1 0.2001 0.8185 0.900 0.000 0.000 0.092 0.004 0.004
#> SRR490433 1 0.2001 0.8193 0.900 0.000 0.000 0.092 0.004 0.004
#> SRR490434 1 0.2101 0.8157 0.892 0.000 0.000 0.100 0.004 0.004
#> SRR490435 1 0.2001 0.8193 0.900 0.000 0.000 0.092 0.004 0.004
#> SRR490436 1 0.1124 0.8179 0.956 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR490437 1 0.1196 0.8190 0.952 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490438 1 0.1196 0.8190 0.952 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR490439 1 0.1268 0.8180 0.952 0.000 0.000 0.036 0.004 0.008
#> SRR490440 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490441 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490442 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490443 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490444 4 0.1974 0.8002 0.048 0.012 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR490445 4 0.1873 0.8019 0.048 0.008 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR490446 4 0.2182 0.7876 0.076 0.004 0.000 0.900 0.000 0.020
#> SRR490447 4 0.1737 0.8019 0.040 0.008 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR490448 1 0.2051 0.8178 0.896 0.000 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490449 1 0.2051 0.8178 0.896 0.000 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490450 1 0.2101 0.8159 0.892 0.000 0.000 0.100 0.004 0.004
#> SRR490451 1 0.2149 0.8138 0.888 0.000 0.000 0.104 0.004 0.004
#> SRR490452 1 0.2536 0.8172 0.888 0.000 0.004 0.064 0.040 0.004
#> SRR490453 1 0.2316 0.8203 0.900 0.000 0.004 0.064 0.028 0.004
#> SRR490454 1 0.2406 0.8172 0.896 0.000 0.004 0.060 0.036 0.004
#> SRR490455 1 0.2353 0.8199 0.896 0.000 0.004 0.072 0.024 0.004
#> SRR490456 1 0.2051 0.8174 0.896 0.000 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490457 1 0.2051 0.8174 0.896 0.000 0.000 0.096 0.004 0.004
#> SRR490458 1 0.2163 0.8181 0.892 0.000 0.000 0.096 0.004 0.008
#> SRR490459 1 0.1949 0.8198 0.904 0.000 0.000 0.088 0.004 0.004
#> SRR490460 1 0.1949 0.8198 0.904 0.000 0.000 0.088 0.004 0.004
#> SRR490461 1 0.1949 0.8198 0.904 0.000 0.000 0.088 0.004 0.004
#> SRR490462 1 0.1949 0.8198 0.904 0.000 0.000 0.088 0.004 0.004
#> SRR490463 1 0.2001 0.8185 0.900 0.000 0.000 0.092 0.004 0.004
#> SRR490464 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1364 0.8198 0.944 0.000 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR490469 1 0.1410 0.8190 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004 0.008
#> SRR490470 1 0.1410 0.8190 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004 0.008
#> SRR490471 1 0.1542 0.8204 0.936 0.000 0.000 0.052 0.004 0.008
#> SRR490472 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490473 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490474 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490475 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490476 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9663 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0146 0.8135 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0146 0.8068 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490482 4 0.0000 0.8102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0146 0.8134 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.2730 0.6811 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.1075 0.8098 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.1075 0.8100 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.1267 0.8034 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.1049 0.8150 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR490489 4 0.1049 0.8150 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR490490 4 0.1082 0.8128 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR490491 4 0.1049 0.8150 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR490492 4 0.1732 0.7964 0.072 0.000 0.000 0.920 0.004 0.004
#> SRR490493 4 0.1531 0.8023 0.068 0.000 0.000 0.928 0.004 0.000
#> SRR490494 4 0.1615 0.8032 0.064 0.000 0.000 0.928 0.004 0.004
#> SRR490495 4 0.1429 0.8079 0.052 0.000 0.000 0.940 0.004 0.004
#> SRR490496 4 0.0291 0.8122 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR490497 4 0.0146 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490498 4 0.0146 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490499 4 0.0146 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490500 1 0.1477 0.8197 0.940 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR490501 1 0.1265 0.8197 0.948 0.000 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR490502 1 0.1477 0.8196 0.940 0.000 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR490503 1 0.1410 0.8190 0.944 0.000 0.000 0.044 0.004 0.008
#> SRR490504 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490505 6 0.2946 0.9335 0.004 0.004 0.000 0.184 0.000 0.808
#> SRR490506 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490507 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490508 4 0.3606 0.4334 0.004 0.008 0.000 0.724 0.000 0.264
#> SRR490509 4 0.3899 0.1399 0.000 0.008 0.000 0.628 0.000 0.364
#> SRR490510 4 0.3827 0.3277 0.004 0.008 0.000 0.680 0.000 0.308
#> SRR490511 4 0.3925 0.2577 0.004 0.008 0.000 0.656 0.000 0.332
#> SRR490512 4 0.0146 0.8136 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0146 0.8136 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0146 0.8136 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0260 0.8150 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0363 0.8016 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490517 4 0.0260 0.8041 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490518 4 0.0363 0.8016 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490519 4 0.0508 0.8066 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR490520 4 0.0692 0.8155 0.020 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR490521 4 0.0458 0.8162 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0603 0.8156 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR490523 4 0.0891 0.8154 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490524 4 0.0146 0.8134 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0260 0.8143 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0146 0.8134 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0291 0.8122 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR490528 4 0.0260 0.8141 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.8102 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0146 0.8136 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0146 0.8136 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.2255 0.8200 0.892 0.000 0.000 0.088 0.016 0.004
#> SRR490533 1 0.2255 0.8200 0.892 0.000 0.000 0.088 0.016 0.004
#> SRR490534 1 0.2255 0.8200 0.892 0.000 0.000 0.088 0.016 0.004
#> SRR490535 1 0.2255 0.8200 0.892 0.000 0.000 0.088 0.016 0.004
#> SRR490536 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490537 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490538 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490539 6 0.2838 0.9375 0.000 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR490540 6 0.5828 0.2526 0.016 0.404 0.000 0.104 0.004 0.472
#> SRR490541 2 0.5875 -0.0818 0.020 0.460 0.000 0.100 0.004 0.416
#> SRR490542 2 0.5841 -0.1311 0.016 0.448 0.000 0.104 0.004 0.428
#> SRR490543 6 0.5828 0.2526 0.016 0.404 0.000 0.104 0.004 0.472
#> SRR490544 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490545 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490546 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490547 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490548 2 0.2466 0.8142 0.008 0.872 0.000 0.000 0.112 0.008
#> SRR490549 2 0.2666 0.8131 0.012 0.864 0.000 0.000 0.112 0.012
#> SRR490550 2 0.2666 0.8131 0.012 0.864 0.000 0.000 0.112 0.012
#> SRR490551 2 0.2520 0.8144 0.012 0.872 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR490552 2 0.0291 0.8332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490553 2 0.0405 0.8334 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR490554 2 0.0405 0.8334 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR490555 2 0.0291 0.8332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490556 2 0.2308 0.8175 0.004 0.880 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR490557 2 0.2373 0.8165 0.008 0.880 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490558 2 0.2373 0.8165 0.008 0.880 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490559 2 0.2373 0.8165 0.008 0.880 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490560 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490561 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490562 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490563 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490564 5 0.6967 -0.1578 0.192 0.360 0.000 0.000 0.372 0.076
#> SRR490565 2 0.6888 0.1687 0.172 0.376 0.000 0.000 0.376 0.076
#> SRR490566 5 0.7015 -0.1439 0.196 0.352 0.000 0.000 0.372 0.080
#> SRR490567 5 0.6923 -0.1785 0.172 0.368 0.000 0.000 0.380 0.080
#> SRR490568 6 0.3789 0.9003 0.016 0.028 0.000 0.168 0.004 0.784
#> SRR490569 6 0.3789 0.9003 0.016 0.028 0.000 0.168 0.004 0.784
#> SRR490570 6 0.3789 0.9003 0.016 0.028 0.000 0.168 0.004 0.784
#> SRR490571 6 0.3789 0.9003 0.016 0.028 0.000 0.168 0.004 0.784
#> SRR490572 2 0.3713 0.5381 0.000 0.704 0.000 0.008 0.004 0.284
#> SRR490573 2 0.3713 0.5395 0.000 0.704 0.000 0.008 0.004 0.284
#> SRR490574 2 0.3713 0.5399 0.000 0.704 0.000 0.008 0.004 0.284
#> SRR490575 2 0.3713 0.5396 0.000 0.704 0.000 0.008 0.004 0.284
#> SRR490576 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490577 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490578 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490579 2 0.0146 0.8330 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR490580 2 0.2261 0.8170 0.004 0.884 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490581 2 0.2308 0.8160 0.004 0.880 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR490582 2 0.2118 0.8178 0.000 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490583 2 0.2308 0.8160 0.004 0.880 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR490584 2 0.0520 0.8334 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR490585 2 0.0291 0.8332 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490586 2 0.0405 0.8335 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR490587 2 0.0291 0.8336 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR490588 2 0.2261 0.8170 0.004 0.884 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490589 2 0.2118 0.8178 0.000 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490590 2 0.2373 0.8165 0.008 0.880 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR490591 2 0.2070 0.8192 0.000 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR490592 2 0.0508 0.8330 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR490593 2 0.0820 0.8325 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490594 2 0.0622 0.8330 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR490595 2 0.0520 0.8332 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR490596 2 0.5396 0.6487 0.092 0.644 0.000 0.000 0.224 0.040
#> SRR490597 2 0.5233 0.6733 0.084 0.664 0.000 0.000 0.212 0.040
#> SRR490598 2 0.5273 0.6696 0.080 0.660 0.000 0.000 0.216 0.044
#> SRR490599 2 0.5328 0.6590 0.088 0.652 0.000 0.000 0.220 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.867 0.905 0.962 0.4778 0.520 0.520
#> 3 3 0.537 0.627 0.824 0.2908 0.831 0.684
#> 4 4 0.435 0.577 0.719 0.1359 0.802 0.538
#> 5 5 0.501 0.498 0.696 0.0843 0.909 0.697
#> 6 6 0.540 0.438 0.680 0.0379 0.912 0.668
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490220 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490221 1 0.7674 0.71973 0.776 0.224
#> SRR490222 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490223 1 0.0376 0.94088 0.996 0.004
#> SRR490224 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490244 1 0.2236 0.91883 0.964 0.036
#> SRR490245 1 0.2043 0.92173 0.968 0.032
#> SRR490246 1 0.3274 0.89999 0.940 0.060
#> SRR490247 1 0.2043 0.92196 0.968 0.032
#> SRR490248 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490252 1 0.0938 0.93576 0.988 0.012
#> SRR490253 1 0.5946 0.82085 0.856 0.144
#> SRR490254 2 0.9988 0.01433 0.480 0.520
#> SRR490255 1 0.9661 0.40590 0.608 0.392
#> SRR490256 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490280 2 0.7602 0.70090 0.220 0.780
#> SRR490281 2 0.7056 0.74615 0.192 0.808
#> SRR490282 2 0.9896 0.18486 0.440 0.560
#> SRR490283 2 0.8443 0.61525 0.272 0.728
#> SRR490284 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490289 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490290 1 0.0672 0.93848 0.992 0.008
#> SRR490291 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490292 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490293 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490294 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490295 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490300 1 0.0376 0.94086 0.996 0.004
#> SRR490301 1 0.1414 0.93009 0.980 0.020
#> SRR490302 1 0.0672 0.93842 0.992 0.008
#> SRR490303 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.8955 0.57034 0.688 0.312
#> SRR490309 2 1.0000 -0.03459 0.496 0.504
#> SRR490310 1 0.9661 0.39602 0.608 0.392
#> SRR490311 1 0.4939 0.85637 0.892 0.108
#> SRR490312 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.9996 -0.00232 0.488 0.512
#> SRR490317 2 0.7674 0.69708 0.224 0.776
#> SRR490318 2 0.9710 0.30847 0.400 0.600
#> SRR490319 1 0.9944 0.20692 0.544 0.456
#> SRR490320 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0376 0.94088 0.996 0.004
#> SRR490327 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.1633 0.94825 0.024 0.976
#> SRR490329 2 0.1843 0.94449 0.028 0.972
#> SRR490330 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490332 1 0.7602 0.72135 0.780 0.220
#> SRR490333 2 0.7453 0.71560 0.212 0.788
#> SRR490334 2 0.8555 0.59527 0.280 0.720
#> SRR490335 1 0.9686 0.38849 0.604 0.396
#> SRR490336 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490340 1 0.0376 0.94089 0.996 0.004
#> SRR490341 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490342 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490343 1 0.0672 0.93857 0.992 0.008
#> SRR490344 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0672 0.96300 0.008 0.992
#> SRR490357 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0672 0.96301 0.008 0.992
#> SRR490359 2 0.1184 0.95569 0.016 0.984
#> SRR490360 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490372 2 0.9963 0.09611 0.464 0.536
#> SRR490373 2 0.7299 0.72700 0.204 0.796
#> SRR490374 2 0.8763 0.56282 0.296 0.704
#> SRR490375 2 0.7528 0.70902 0.216 0.784
#> SRR490376 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490380 2 0.5519 0.83490 0.128 0.872
#> SRR490381 2 0.9954 0.10236 0.460 0.540
#> SRR490382 1 0.3114 0.90268 0.944 0.056
#> SRR490383 1 0.6048 0.81533 0.852 0.148
#> SRR490384 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490412 2 0.7883 0.67926 0.236 0.764
#> SRR490413 1 0.5737 0.82800 0.864 0.136
#> SRR490414 1 0.9754 0.35137 0.592 0.408
#> SRR490415 1 0.9286 0.50992 0.656 0.344
#> SRR490416 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490417 1 0.4815 0.86055 0.896 0.104
#> SRR490418 1 0.9044 0.56154 0.680 0.320
#> SRR490419 1 0.8386 0.65262 0.732 0.268
#> SRR490420 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490430 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490432 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490433 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490434 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490435 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490436 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490437 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490438 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490439 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490449 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490450 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490451 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490452 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490456 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490457 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490458 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490459 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490460 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490462 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490463 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490464 1 0.4562 0.86688 0.904 0.096
#> SRR490465 1 0.9866 0.28438 0.568 0.432
#> SRR490466 1 0.8909 0.58271 0.692 0.308
#> SRR490467 1 0.9323 0.50225 0.652 0.348
#> SRR490468 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490469 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490470 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490471 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490476 2 0.9732 0.28991 0.404 0.596
#> SRR490477 1 0.9988 0.12277 0.520 0.480
#> SRR490478 1 0.9491 0.45440 0.632 0.368
#> SRR490479 2 0.7883 0.67544 0.236 0.764
#> SRR490480 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490500 1 0.9732 0.36611 0.596 0.404
#> SRR490501 1 0.9170 0.53381 0.668 0.332
#> SRR490502 1 0.9922 0.23656 0.552 0.448
#> SRR490503 1 0.8608 0.62272 0.716 0.284
#> SRR490504 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.1184 0.93324 0.984 0.016
#> SRR490533 1 0.3733 0.88919 0.928 0.072
#> SRR490534 1 0.0000 0.94316 1.000 0.000
#> SRR490535 1 0.0672 0.93847 0.992 0.008
#> SRR490536 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.1184 0.95578 0.016 0.984
#> SRR490565 2 0.0672 0.96297 0.008 0.992
#> SRR490566 2 0.1184 0.95573 0.016 0.984
#> SRR490567 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.97008 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 3 0.5988 0.38526 0.000 0.368 0.632
#> SRR490217 3 0.6111 0.32166 0.000 0.396 0.604
#> SRR490218 3 0.5905 0.41013 0.000 0.352 0.648
#> SRR490219 3 0.5926 0.40500 0.000 0.356 0.644
#> SRR490220 1 0.5291 0.71735 0.732 0.000 0.268
#> SRR490221 3 0.7666 0.38558 0.288 0.076 0.636
#> SRR490222 3 0.6587 0.02794 0.424 0.008 0.568
#> SRR490223 3 0.6527 0.09117 0.404 0.008 0.588
#> SRR490224 1 0.4178 0.81757 0.828 0.000 0.172
#> SRR490225 1 0.4121 0.82056 0.832 0.000 0.168
#> SRR490226 1 0.4452 0.80858 0.808 0.000 0.192
#> SRR490227 1 0.4235 0.81639 0.824 0.000 0.176
#> SRR490228 1 0.4796 0.78579 0.780 0.000 0.220
#> SRR490229 1 0.4931 0.77343 0.768 0.000 0.232
#> SRR490230 1 0.4750 0.78764 0.784 0.000 0.216
#> SRR490231 1 0.4750 0.79026 0.784 0.000 0.216
#> SRR490232 1 0.3412 0.83653 0.876 0.000 0.124
#> SRR490233 1 0.3116 0.84080 0.892 0.000 0.108
#> SRR490234 1 0.2959 0.84316 0.900 0.000 0.100
#> SRR490235 1 0.3686 0.83194 0.860 0.000 0.140
#> SRR490236 1 0.5529 0.71549 0.704 0.000 0.296
#> SRR490237 1 0.5216 0.75350 0.740 0.000 0.260
#> SRR490238 1 0.5497 0.71958 0.708 0.000 0.292
#> SRR490239 1 0.5098 0.76561 0.752 0.000 0.248
#> SRR490240 1 0.4346 0.80559 0.816 0.000 0.184
#> SRR490241 1 0.3482 0.83576 0.872 0.000 0.128
#> SRR490242 1 0.3192 0.84261 0.888 0.000 0.112
#> SRR490243 1 0.3192 0.84154 0.888 0.000 0.112
#> SRR490244 3 0.6148 0.31819 0.244 0.028 0.728
#> SRR490245 1 0.7652 0.30697 0.512 0.044 0.444
#> SRR490246 3 0.6897 0.20431 0.292 0.040 0.668
#> SRR490247 3 0.7056 0.04417 0.404 0.024 0.572
#> SRR490248 3 0.5859 0.41608 0.000 0.344 0.656
#> SRR490249 3 0.6111 0.32146 0.000 0.396 0.604
#> SRR490250 3 0.6008 0.37036 0.000 0.372 0.628
#> SRR490251 3 0.6225 0.22919 0.000 0.432 0.568
#> SRR490252 1 0.7291 0.38573 0.604 0.040 0.356
#> SRR490253 1 0.8264 0.00341 0.488 0.076 0.436
#> SRR490254 3 0.9441 0.39377 0.200 0.316 0.484
#> SRR490255 3 0.9750 0.33926 0.368 0.228 0.404
#> SRR490256 1 0.4062 0.81789 0.836 0.000 0.164
#> SRR490257 1 0.3116 0.84325 0.892 0.000 0.108
#> SRR490258 1 0.3482 0.83690 0.872 0.000 0.128
#> SRR490259 1 0.3038 0.84477 0.896 0.000 0.104
#> SRR490260 1 0.2448 0.84755 0.924 0.000 0.076
#> SRR490261 1 0.2448 0.84792 0.924 0.000 0.076
#> SRR490262 1 0.2261 0.84825 0.932 0.000 0.068
#> SRR490263 1 0.2261 0.84828 0.932 0.000 0.068
#> SRR490264 1 0.4178 0.81820 0.828 0.000 0.172
#> SRR490265 1 0.4062 0.82192 0.836 0.000 0.164
#> SRR490266 1 0.4291 0.81464 0.820 0.000 0.180
#> SRR490267 1 0.3941 0.82587 0.844 0.000 0.156
#> SRR490268 1 0.2711 0.84539 0.912 0.000 0.088
#> SRR490269 1 0.2625 0.84621 0.916 0.000 0.084
#> SRR490270 1 0.2625 0.84621 0.916 0.000 0.084
#> SRR490271 1 0.2625 0.84621 0.916 0.000 0.084
#> SRR490272 1 0.2625 0.84631 0.916 0.000 0.084
#> SRR490273 1 0.2625 0.84631 0.916 0.000 0.084
#> SRR490274 1 0.2796 0.84473 0.908 0.000 0.092
#> SRR490275 1 0.2711 0.84522 0.912 0.000 0.088
#> SRR490276 1 0.3412 0.83645 0.876 0.000 0.124
#> SRR490277 1 0.3116 0.84166 0.892 0.000 0.108
#> SRR490278 1 0.3192 0.84107 0.888 0.000 0.112
#> SRR490279 1 0.3038 0.84260 0.896 0.000 0.104
#> SRR490280 3 0.2903 0.56281 0.028 0.048 0.924
#> SRR490281 3 0.2434 0.55057 0.036 0.024 0.940
#> SRR490282 3 0.2152 0.54616 0.036 0.016 0.948
#> SRR490283 3 0.3042 0.55641 0.040 0.040 0.920
#> SRR490284 3 0.6410 -0.13826 0.420 0.004 0.576
#> SRR490285 3 0.6309 -0.33392 0.496 0.000 0.504
#> SRR490286 3 0.6286 -0.26103 0.464 0.000 0.536
#> SRR490287 3 0.6483 -0.20867 0.452 0.004 0.544
#> SRR490288 1 0.1643 0.84613 0.956 0.000 0.044
#> SRR490289 1 0.1529 0.84693 0.960 0.000 0.040
#> SRR490290 1 0.1919 0.83969 0.956 0.024 0.020
#> SRR490291 1 0.1753 0.84718 0.952 0.000 0.048
#> SRR490292 1 0.5560 0.62467 0.700 0.000 0.300
#> SRR490293 1 0.5058 0.72459 0.756 0.000 0.244
#> SRR490294 1 0.5363 0.69793 0.724 0.000 0.276
#> SRR490295 1 0.5178 0.70122 0.744 0.000 0.256
#> SRR490296 2 0.0475 0.80050 0.004 0.992 0.004
#> SRR490297 2 0.0424 0.79821 0.008 0.992 0.000
#> SRR490298 2 0.0424 0.79821 0.008 0.992 0.000
#> SRR490299 2 0.0237 0.79946 0.004 0.996 0.000
#> SRR490300 1 0.5875 0.78084 0.784 0.056 0.160
#> SRR490301 1 0.7036 0.68837 0.720 0.096 0.184
#> SRR490302 1 0.5955 0.77621 0.772 0.048 0.180
#> SRR490303 1 0.5597 0.77812 0.764 0.020 0.216
#> SRR490304 2 0.0237 0.80050 0.000 0.996 0.004
#> SRR490305 2 0.0237 0.80050 0.000 0.996 0.004
#> SRR490306 2 0.0237 0.80050 0.000 0.996 0.004
#> SRR490307 2 0.0237 0.80050 0.000 0.996 0.004
#> SRR490308 3 0.6181 0.52061 0.156 0.072 0.772
#> SRR490309 2 0.9623 -0.14525 0.232 0.464 0.304
#> SRR490310 3 0.5449 0.53516 0.116 0.068 0.816
#> SRR490311 3 0.7640 0.14193 0.372 0.052 0.576
#> SRR490312 3 0.5706 0.44510 0.000 0.320 0.680
#> SRR490313 3 0.5138 0.51303 0.000 0.252 0.748
#> SRR490314 3 0.4974 0.52384 0.000 0.236 0.764
#> SRR490315 3 0.5948 0.39254 0.000 0.360 0.640
#> SRR490316 3 0.9228 0.32254 0.156 0.380 0.464
#> SRR490317 3 0.7262 0.44295 0.044 0.332 0.624
#> SRR490318 3 0.8439 0.38504 0.096 0.368 0.536
#> SRR490319 3 0.9243 0.40223 0.168 0.340 0.492
#> SRR490320 1 0.5216 0.69917 0.740 0.000 0.260
#> SRR490321 1 0.4842 0.72742 0.776 0.000 0.224
#> SRR490322 1 0.4750 0.75502 0.784 0.000 0.216
#> SRR490323 1 0.5529 0.65837 0.704 0.000 0.296
#> SRR490324 3 0.5882 0.09087 0.348 0.000 0.652
#> SRR490325 3 0.5650 0.17625 0.312 0.000 0.688
#> SRR490326 3 0.5706 0.16918 0.320 0.000 0.680
#> SRR490327 3 0.6008 0.01539 0.372 0.000 0.628
#> SRR490328 2 0.1964 0.77533 0.056 0.944 0.000
#> SRR490329 2 0.2261 0.76665 0.068 0.932 0.000
#> SRR490330 2 0.0475 0.80055 0.004 0.992 0.004
#> SRR490331 2 0.0661 0.80112 0.004 0.988 0.008
#> SRR490332 1 0.5156 0.54323 0.776 0.216 0.008
#> SRR490333 2 0.6104 0.33455 0.348 0.648 0.004
#> SRR490334 2 0.6421 0.16692 0.424 0.572 0.004
#> SRR490335 1 0.6297 0.23825 0.640 0.352 0.008
#> SRR490336 2 0.0475 0.80047 0.004 0.992 0.004
#> SRR490337 2 0.0237 0.80050 0.000 0.996 0.004
#> SRR490338 2 0.0475 0.80047 0.004 0.992 0.004
#> SRR490339 2 0.0661 0.79959 0.008 0.988 0.004
#> SRR490340 1 0.2050 0.84216 0.952 0.020 0.028
#> SRR490341 1 0.2200 0.84672 0.940 0.004 0.056
#> SRR490342 1 0.2301 0.84421 0.936 0.004 0.060
#> SRR490343 1 0.5036 0.73656 0.832 0.048 0.120
#> SRR490344 3 0.5905 0.40512 0.000 0.352 0.648
#> SRR490345 3 0.6168 0.28295 0.000 0.412 0.588
#> SRR490346 3 0.5905 0.40270 0.000 0.352 0.648
#> SRR490347 3 0.6126 0.31232 0.000 0.400 0.600
#> SRR490348 2 0.6026 0.39489 0.000 0.624 0.376
#> SRR490349 2 0.6008 0.40994 0.000 0.628 0.372
#> SRR490350 2 0.6045 0.39031 0.000 0.620 0.380
#> SRR490351 2 0.6204 0.28004 0.000 0.576 0.424
#> SRR490352 2 0.3879 0.72684 0.000 0.848 0.152
#> SRR490353 2 0.3879 0.72665 0.000 0.848 0.152
#> SRR490354 2 0.4452 0.68676 0.000 0.808 0.192
#> SRR490355 2 0.4399 0.69121 0.000 0.812 0.188
#> SRR490356 3 0.6215 0.23695 0.000 0.428 0.572
#> SRR490357 3 0.6215 0.23600 0.000 0.428 0.572
#> SRR490358 3 0.6154 0.28888 0.000 0.408 0.592
#> SRR490359 3 0.6204 0.24713 0.000 0.424 0.576
#> SRR490360 2 0.6045 0.39491 0.000 0.620 0.380
#> SRR490361 2 0.5138 0.61490 0.000 0.748 0.252
#> SRR490362 2 0.5678 0.51886 0.000 0.684 0.316
#> SRR490363 2 0.4796 0.65531 0.000 0.780 0.220
#> SRR490364 2 0.6299 0.11081 0.000 0.524 0.476
#> SRR490365 2 0.6299 0.11081 0.000 0.524 0.476
#> SRR490366 2 0.6299 0.11081 0.000 0.524 0.476
#> SRR490367 2 0.6295 0.12550 0.000 0.528 0.472
#> SRR490368 2 0.5859 0.46808 0.000 0.656 0.344
#> SRR490369 2 0.5560 0.54402 0.000 0.700 0.300
#> SRR490370 2 0.5810 0.48279 0.000 0.664 0.336
#> SRR490371 2 0.5706 0.51109 0.000 0.680 0.320
#> SRR490372 3 0.0983 0.55406 0.016 0.004 0.980
#> SRR490373 3 0.1620 0.56629 0.012 0.024 0.964
#> SRR490374 3 0.1129 0.55168 0.020 0.004 0.976
#> SRR490375 3 0.1491 0.56369 0.016 0.016 0.968
#> SRR490376 3 0.6267 0.16570 0.000 0.452 0.548
#> SRR490377 3 0.6280 0.14114 0.000 0.460 0.540
#> SRR490378 2 0.6305 0.04994 0.000 0.516 0.484
#> SRR490379 2 0.6302 0.06686 0.000 0.520 0.480
#> SRR490380 3 0.2096 0.58594 0.004 0.052 0.944
#> SRR490381 3 0.4845 0.58524 0.052 0.104 0.844
#> SRR490382 3 0.6354 0.35807 0.196 0.056 0.748
#> SRR490383 3 0.3845 0.50541 0.116 0.012 0.872
#> SRR490384 2 0.6111 0.35648 0.000 0.604 0.396
#> SRR490385 2 0.6079 0.37585 0.000 0.612 0.388
#> SRR490386 2 0.6126 0.34636 0.000 0.600 0.400
#> SRR490387 2 0.6140 0.33581 0.000 0.596 0.404
#> SRR490388 2 0.6308 0.04655 0.000 0.508 0.492
#> SRR490389 2 0.6308 0.04654 0.000 0.508 0.492
#> SRR490390 2 0.6307 0.06310 0.000 0.512 0.488
#> SRR490391 2 0.6307 0.06310 0.000 0.512 0.488
#> SRR490392 2 0.6095 0.36637 0.000 0.608 0.392
#> SRR490393 2 0.6095 0.36600 0.000 0.608 0.392
#> SRR490394 2 0.6095 0.36669 0.000 0.608 0.392
#> SRR490395 2 0.5835 0.47566 0.000 0.660 0.340
#> SRR490396 2 0.6252 0.22031 0.000 0.556 0.444
#> SRR490397 2 0.6274 0.18153 0.000 0.544 0.456
#> SRR490398 2 0.6244 0.23305 0.000 0.560 0.440
#> SRR490399 2 0.6267 0.19500 0.000 0.548 0.452
#> SRR490400 2 0.6008 0.41146 0.000 0.628 0.372
#> SRR490401 2 0.6045 0.39377 0.000 0.620 0.380
#> SRR490402 2 0.5948 0.43636 0.000 0.640 0.360
#> SRR490403 2 0.5835 0.47560 0.000 0.660 0.340
#> SRR490404 3 0.6267 0.16574 0.000 0.452 0.548
#> SRR490405 3 0.6274 0.15104 0.000 0.456 0.544
#> SRR490406 3 0.6280 0.13669 0.000 0.460 0.540
#> SRR490407 3 0.6274 0.15174 0.000 0.456 0.544
#> SRR490408 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490412 2 0.7145 0.45743 0.072 0.692 0.236
#> SRR490413 1 0.8128 0.20561 0.492 0.068 0.440
#> SRR490414 3 0.7702 0.42592 0.180 0.140 0.680
#> SRR490415 3 0.9484 0.23422 0.264 0.240 0.496
#> SRR490416 1 0.2866 0.80275 0.916 0.076 0.008
#> SRR490417 1 0.5098 0.56373 0.752 0.248 0.000
#> SRR490418 1 0.6126 0.24453 0.600 0.400 0.000
#> SRR490419 1 0.5760 0.40326 0.672 0.328 0.000
#> SRR490420 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490422 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490423 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490424 1 0.1289 0.84469 0.968 0.000 0.032
#> SRR490425 1 0.1289 0.84666 0.968 0.000 0.032
#> SRR490426 1 0.1643 0.84843 0.956 0.000 0.044
#> SRR490427 1 0.1289 0.84666 0.968 0.000 0.032
#> SRR490428 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.0237 0.84945 0.996 0.000 0.004
#> SRR490430 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490432 1 0.0237 0.84945 0.996 0.000 0.004
#> SRR490433 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490434 1 0.0424 0.84860 0.992 0.000 0.008
#> SRR490435 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490436 1 0.1289 0.85112 0.968 0.000 0.032
#> SRR490437 1 0.1031 0.85103 0.976 0.000 0.024
#> SRR490438 1 0.1163 0.85124 0.972 0.000 0.028
#> SRR490439 1 0.1411 0.85073 0.964 0.000 0.036
#> SRR490440 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0592 0.79685 0.012 0.988 0.000
#> SRR490445 2 0.1031 0.79095 0.024 0.976 0.000
#> SRR490446 2 0.0424 0.79820 0.008 0.992 0.000
#> SRR490447 2 0.0592 0.79658 0.012 0.988 0.000
#> SRR490448 1 0.1170 0.84579 0.976 0.008 0.016
#> SRR490449 1 0.1636 0.84127 0.964 0.020 0.016
#> SRR490450 1 0.1337 0.84454 0.972 0.012 0.016
#> SRR490451 1 0.2383 0.82782 0.940 0.044 0.016
#> SRR490452 1 0.0592 0.84847 0.988 0.000 0.012
#> SRR490453 1 0.0592 0.84847 0.988 0.000 0.012
#> SRR490454 1 0.0237 0.84926 0.996 0.000 0.004
#> SRR490455 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490456 1 0.0747 0.84949 0.984 0.000 0.016
#> SRR490457 1 0.0747 0.84949 0.984 0.000 0.016
#> SRR490458 1 0.0237 0.85023 0.996 0.000 0.004
#> SRR490459 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490461 1 0.0000 0.84976 1.000 0.000 0.000
#> SRR490462 1 0.0237 0.84926 0.996 0.000 0.004
#> SRR490463 1 0.0237 0.84926 0.996 0.000 0.004
#> SRR490464 1 0.8055 0.34556 0.496 0.064 0.440
#> SRR490465 3 0.7844 0.46062 0.108 0.240 0.652
#> SRR490466 3 0.5519 0.52199 0.120 0.068 0.812
#> SRR490467 3 0.4423 0.54171 0.088 0.048 0.864
#> SRR490468 1 0.1163 0.84162 0.972 0.028 0.000
#> SRR490469 1 0.1170 0.84782 0.976 0.016 0.008
#> SRR490470 1 0.1129 0.84600 0.976 0.020 0.004
#> SRR490471 1 0.1267 0.84433 0.972 0.024 0.004
#> SRR490472 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490476 2 0.9930 -0.36041 0.276 0.364 0.360
#> SRR490477 3 0.9358 0.41244 0.240 0.244 0.516
#> SRR490478 3 0.9401 0.27895 0.280 0.216 0.504
#> SRR490479 3 0.9061 0.40862 0.148 0.348 0.504
#> SRR490480 2 0.2261 0.75870 0.068 0.932 0.000
#> SRR490481 2 0.2261 0.75859 0.068 0.932 0.000
#> SRR490482 2 0.2261 0.75898 0.068 0.932 0.000
#> SRR490483 2 0.2356 0.75493 0.072 0.928 0.000
#> SRR490484 2 0.3551 0.67804 0.132 0.868 0.000
#> SRR490485 2 0.2261 0.75903 0.068 0.932 0.000
#> SRR490486 2 0.2356 0.75502 0.072 0.928 0.000
#> SRR490487 2 0.2537 0.74641 0.080 0.920 0.000
#> SRR490488 2 0.2165 0.76235 0.064 0.936 0.000
#> SRR490489 2 0.2261 0.75859 0.068 0.932 0.000
#> SRR490490 2 0.2356 0.75454 0.072 0.928 0.000
#> SRR490491 2 0.2165 0.76235 0.064 0.936 0.000
#> SRR490492 2 0.2625 0.74165 0.084 0.916 0.000
#> SRR490493 2 0.2860 0.74370 0.084 0.912 0.004
#> SRR490494 2 0.2945 0.73875 0.088 0.908 0.004
#> SRR490495 2 0.2878 0.72691 0.096 0.904 0.000
#> SRR490496 2 0.1411 0.78414 0.036 0.964 0.000
#> SRR490497 2 0.1163 0.78843 0.028 0.972 0.000
#> SRR490498 2 0.1289 0.78610 0.032 0.968 0.000
#> SRR490499 2 0.1163 0.78843 0.028 0.972 0.000
#> SRR490500 1 0.6047 0.34310 0.680 0.312 0.008
#> SRR490501 1 0.5580 0.47122 0.736 0.256 0.008
#> SRR490502 1 0.6379 0.19743 0.624 0.368 0.008
#> SRR490503 1 0.5024 0.55081 0.776 0.220 0.004
#> SRR490504 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 2 0.1860 0.77205 0.052 0.948 0.000
#> SRR490513 2 0.2165 0.76230 0.064 0.936 0.000
#> SRR490514 2 0.2066 0.76546 0.060 0.940 0.000
#> SRR490515 2 0.2165 0.76230 0.064 0.936 0.000
#> SRR490516 2 0.0424 0.79814 0.008 0.992 0.000
#> SRR490517 2 0.0424 0.79817 0.008 0.992 0.000
#> SRR490518 2 0.0237 0.79931 0.004 0.996 0.000
#> SRR490519 2 0.0237 0.79931 0.004 0.996 0.000
#> SRR490520 2 0.1411 0.78346 0.036 0.964 0.000
#> SRR490521 2 0.1289 0.78616 0.032 0.968 0.000
#> SRR490522 2 0.1289 0.78616 0.032 0.968 0.000
#> SRR490523 2 0.1529 0.78095 0.040 0.960 0.000
#> SRR490524 2 0.2165 0.76298 0.064 0.936 0.000
#> SRR490525 2 0.2165 0.76298 0.064 0.936 0.000
#> SRR490526 2 0.1860 0.77241 0.052 0.948 0.000
#> SRR490527 2 0.1753 0.77549 0.048 0.952 0.000
#> SRR490528 2 0.1860 0.77218 0.052 0.948 0.000
#> SRR490529 2 0.1753 0.77575 0.048 0.952 0.000
#> SRR490530 2 0.1411 0.78376 0.036 0.964 0.000
#> SRR490531 2 0.1964 0.76940 0.056 0.944 0.000
#> SRR490532 1 0.5298 0.68613 0.804 0.164 0.032
#> SRR490533 1 0.6955 0.38767 0.636 0.332 0.032
#> SRR490534 1 0.2846 0.81705 0.924 0.056 0.020
#> SRR490535 1 0.5521 0.66176 0.788 0.180 0.032
#> SRR490536 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0747 0.79982 0.000 0.984 0.016
#> SRR490542 2 0.0424 0.80042 0.000 0.992 0.008
#> SRR490543 2 0.0237 0.80049 0.000 0.996 0.004
#> SRR490544 2 0.1860 0.79251 0.000 0.948 0.052
#> SRR490545 2 0.1753 0.79375 0.000 0.952 0.048
#> SRR490546 2 0.2356 0.78438 0.000 0.928 0.072
#> SRR490547 2 0.1860 0.79254 0.000 0.948 0.052
#> SRR490548 2 0.2878 0.77069 0.000 0.904 0.096
#> SRR490549 2 0.3038 0.76531 0.000 0.896 0.104
#> SRR490550 2 0.2165 0.78774 0.000 0.936 0.064
#> SRR490551 2 0.2448 0.78196 0.000 0.924 0.076
#> SRR490552 2 0.1289 0.79761 0.000 0.968 0.032
#> SRR490553 2 0.1860 0.79244 0.000 0.948 0.052
#> SRR490554 2 0.1643 0.79498 0.000 0.956 0.044
#> SRR490555 2 0.1411 0.79680 0.000 0.964 0.036
#> SRR490556 2 0.2711 0.77565 0.000 0.912 0.088
#> SRR490557 2 0.2165 0.78808 0.000 0.936 0.064
#> SRR490558 2 0.2165 0.78826 0.000 0.936 0.064
#> SRR490559 2 0.2796 0.77383 0.000 0.908 0.092
#> SRR490560 2 0.1411 0.79680 0.000 0.964 0.036
#> SRR490561 2 0.1411 0.79680 0.000 0.964 0.036
#> SRR490562 2 0.1411 0.79680 0.000 0.964 0.036
#> SRR490563 2 0.1643 0.79503 0.000 0.956 0.044
#> SRR490564 2 0.6859 0.26078 0.016 0.564 0.420
#> SRR490565 2 0.6298 0.37128 0.004 0.608 0.388
#> SRR490566 2 0.6298 0.37164 0.004 0.608 0.388
#> SRR490567 2 0.6345 0.34201 0.004 0.596 0.400
#> SRR490568 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.80022 0.000 1.000 0.000
#> SRR490572 2 0.1031 0.79916 0.000 0.976 0.024
#> SRR490573 2 0.1163 0.79855 0.000 0.972 0.028
#> SRR490574 2 0.0892 0.79937 0.000 0.980 0.020
#> SRR490575 2 0.1031 0.79916 0.000 0.976 0.024
#> SRR490576 2 0.1643 0.79474 0.000 0.956 0.044
#> SRR490577 2 0.2165 0.78774 0.000 0.936 0.064
#> SRR490578 2 0.1753 0.79365 0.000 0.952 0.048
#> SRR490579 2 0.1753 0.79365 0.000 0.952 0.048
#> SRR490580 2 0.4555 0.67931 0.000 0.800 0.200
#> SRR490581 2 0.5058 0.62549 0.000 0.756 0.244
#> SRR490582 2 0.4974 0.63527 0.000 0.764 0.236
#> SRR490583 2 0.4346 0.69536 0.000 0.816 0.184
#> SRR490584 2 0.2448 0.78191 0.000 0.924 0.076
#> SRR490585 2 0.2165 0.78788 0.000 0.936 0.064
#> SRR490586 2 0.2165 0.78791 0.000 0.936 0.064
#> SRR490587 2 0.2165 0.78774 0.000 0.936 0.064
#> SRR490588 2 0.2878 0.77106 0.000 0.904 0.096
#> SRR490589 2 0.2959 0.76809 0.000 0.900 0.100
#> SRR490590 2 0.2878 0.77071 0.000 0.904 0.096
#> SRR490591 2 0.2711 0.77516 0.000 0.912 0.088
#> SRR490592 2 0.3267 0.75670 0.000 0.884 0.116
#> SRR490593 2 0.5178 0.60901 0.000 0.744 0.256
#> SRR490594 2 0.3482 0.74769 0.000 0.872 0.128
#> SRR490595 2 0.3941 0.72353 0.000 0.844 0.156
#> SRR490596 2 0.6330 0.35252 0.004 0.600 0.396
#> SRR490597 2 0.5905 0.45311 0.000 0.648 0.352
#> SRR490598 2 0.5497 0.55518 0.000 0.708 0.292
#> SRR490599 2 0.5706 0.50898 0.000 0.680 0.320
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.684 0.32260 0.000 0.560 0.316 0.124
#> SRR490217 2 0.682 0.50148 0.004 0.616 0.224 0.156
#> SRR490218 3 0.728 0.10986 0.004 0.412 0.456 0.128
#> SRR490219 2 0.657 0.39060 0.000 0.600 0.288 0.112
#> SRR490220 1 0.672 0.43883 0.600 0.260 0.140 0.000
#> SRR490221 2 0.774 0.14872 0.188 0.592 0.172 0.048
#> SRR490222 2 0.725 -0.09859 0.304 0.548 0.140 0.008
#> SRR490223 2 0.714 0.03246 0.252 0.592 0.144 0.012
#> SRR490224 1 0.579 0.58606 0.688 0.084 0.228 0.000
#> SRR490225 1 0.585 0.58009 0.680 0.084 0.236 0.000
#> SRR490226 1 0.612 0.53492 0.640 0.084 0.276 0.000
#> SRR490227 1 0.594 0.56875 0.668 0.084 0.248 0.000
#> SRR490228 1 0.680 0.34485 0.520 0.104 0.376 0.000
#> SRR490229 1 0.684 0.24100 0.472 0.100 0.428 0.000
#> SRR490230 1 0.682 0.34443 0.512 0.104 0.384 0.000
#> SRR490231 1 0.681 0.34719 0.516 0.104 0.380 0.000
#> SRR490232 1 0.453 0.64659 0.800 0.068 0.132 0.000
#> SRR490233 1 0.477 0.64327 0.784 0.076 0.140 0.000
#> SRR490234 1 0.439 0.65735 0.812 0.072 0.116 0.000
#> SRR490235 1 0.504 0.63610 0.768 0.096 0.136 0.000
#> SRR490236 1 0.691 0.47408 0.564 0.140 0.296 0.000
#> SRR490237 1 0.677 0.49713 0.584 0.132 0.284 0.000
#> SRR490238 1 0.677 0.49565 0.584 0.132 0.284 0.000
#> SRR490239 1 0.679 0.50260 0.584 0.136 0.280 0.000
#> SRR490240 1 0.535 0.62620 0.744 0.152 0.104 0.000
#> SRR490241 1 0.540 0.63061 0.748 0.156 0.092 0.004
#> SRR490242 1 0.534 0.62791 0.744 0.156 0.100 0.000
#> SRR490243 1 0.484 0.65211 0.784 0.116 0.100 0.000
#> SRR490244 3 0.557 0.71905 0.116 0.112 0.756 0.016
#> SRR490245 3 0.687 0.59841 0.228 0.068 0.652 0.052
#> SRR490246 3 0.543 0.66439 0.172 0.060 0.752 0.016
#> SRR490247 3 0.777 0.52727 0.268 0.160 0.544 0.028
#> SRR490248 2 0.554 0.59165 0.000 0.728 0.164 0.108
#> SRR490249 2 0.523 0.64479 0.000 0.756 0.116 0.128
#> SRR490250 2 0.532 0.61795 0.000 0.748 0.140 0.112
#> SRR490251 2 0.530 0.66755 0.000 0.748 0.104 0.148
#> SRR490252 2 0.656 0.17915 0.312 0.612 0.028 0.048
#> SRR490253 2 0.625 0.35426 0.232 0.680 0.024 0.064
#> SRR490254 2 0.626 0.49758 0.164 0.712 0.032 0.092
#> SRR490255 2 0.654 0.49461 0.188 0.680 0.024 0.108
#> SRR490256 1 0.533 0.64720 0.748 0.132 0.120 0.000
#> SRR490257 1 0.467 0.66654 0.796 0.108 0.096 0.000
#> SRR490258 1 0.518 0.65259 0.760 0.120 0.120 0.000
#> SRR490259 1 0.471 0.67096 0.792 0.088 0.120 0.000
#> SRR490260 1 0.394 0.67041 0.840 0.060 0.100 0.000
#> SRR490261 1 0.394 0.67289 0.840 0.060 0.100 0.000
#> SRR490262 1 0.386 0.67168 0.844 0.056 0.100 0.000
#> SRR490263 1 0.373 0.67414 0.852 0.056 0.092 0.000
#> SRR490264 1 0.528 0.61256 0.736 0.072 0.192 0.000
#> SRR490265 1 0.532 0.60270 0.732 0.072 0.196 0.000
#> SRR490266 1 0.569 0.58903 0.708 0.096 0.196 0.000
#> SRR490267 1 0.505 0.62424 0.756 0.068 0.176 0.000
#> SRR490268 1 0.416 0.66604 0.828 0.076 0.096 0.000
#> SRR490269 1 0.397 0.67126 0.840 0.080 0.080 0.000
#> SRR490270 1 0.417 0.66734 0.828 0.084 0.088 0.000
#> SRR490271 1 0.390 0.67208 0.844 0.076 0.080 0.000
#> SRR490272 1 0.435 0.67146 0.824 0.084 0.088 0.004
#> SRR490273 1 0.411 0.66993 0.832 0.084 0.084 0.000
#> SRR490274 1 0.424 0.66765 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR490275 1 0.436 0.66774 0.816 0.096 0.088 0.000
#> SRR490276 1 0.512 0.64873 0.764 0.120 0.116 0.000
#> SRR490277 1 0.512 0.65185 0.764 0.120 0.116 0.000
#> SRR490278 1 0.519 0.66005 0.768 0.112 0.116 0.004
#> SRR490279 1 0.518 0.65252 0.760 0.120 0.120 0.000
#> SRR490280 3 0.456 0.72901 0.004 0.180 0.784 0.032
#> SRR490281 3 0.445 0.72884 0.004 0.188 0.784 0.024
#> SRR490282 3 0.429 0.73141 0.016 0.180 0.796 0.008
#> SRR490283 3 0.436 0.73090 0.008 0.176 0.796 0.020
#> SRR490284 3 0.334 0.69659 0.100 0.032 0.868 0.000
#> SRR490285 3 0.419 0.63643 0.172 0.028 0.800 0.000
#> SRR490286 3 0.344 0.69600 0.100 0.036 0.864 0.000
#> SRR490287 3 0.337 0.69792 0.096 0.036 0.868 0.000
#> SRR490288 1 0.687 0.53802 0.640 0.032 0.240 0.088
#> SRR490289 1 0.641 0.53798 0.648 0.020 0.268 0.064
#> SRR490290 1 0.696 0.51386 0.632 0.016 0.156 0.196
#> SRR490291 1 0.666 0.53878 0.648 0.028 0.248 0.076
#> SRR490292 2 0.674 -0.28089 0.428 0.480 0.092 0.000
#> SRR490293 2 0.655 -0.26609 0.436 0.488 0.076 0.000
#> SRR490294 1 0.715 0.13461 0.448 0.420 0.132 0.000
#> SRR490295 2 0.690 -0.29319 0.440 0.476 0.072 0.012
#> SRR490296 4 0.435 0.77074 0.056 0.056 0.044 0.844
#> SRR490297 4 0.406 0.77576 0.060 0.056 0.028 0.856
#> SRR490298 4 0.392 0.77710 0.048 0.056 0.032 0.864
#> SRR490299 4 0.335 0.78034 0.024 0.060 0.028 0.888
#> SRR490300 1 0.746 0.49131 0.564 0.216 0.208 0.012
#> SRR490301 1 0.828 0.31190 0.476 0.300 0.188 0.036
#> SRR490302 1 0.784 0.46629 0.556 0.216 0.196 0.032
#> SRR490303 1 0.800 0.38409 0.500 0.224 0.256 0.020
#> SRR490304 4 0.278 0.77911 0.020 0.084 0.000 0.896
#> SRR490305 4 0.240 0.77928 0.012 0.076 0.000 0.912
#> SRR490306 4 0.261 0.77651 0.012 0.088 0.000 0.900
#> SRR490307 4 0.320 0.78097 0.032 0.080 0.004 0.884
#> SRR490308 2 0.781 -0.21685 0.152 0.512 0.312 0.024
#> SRR490309 4 0.967 -0.11369 0.168 0.240 0.216 0.376
#> SRR490310 3 0.775 0.44675 0.100 0.420 0.444 0.036
#> SRR490311 1 0.863 -0.08783 0.384 0.288 0.296 0.032
#> SRR490312 2 0.690 0.33710 0.000 0.556 0.312 0.132
#> SRR490313 3 0.628 0.20431 0.000 0.464 0.480 0.056
#> SRR490314 2 0.643 0.16362 0.000 0.552 0.372 0.076
#> SRR490315 2 0.635 0.47261 0.000 0.636 0.252 0.112
#> SRR490316 2 0.770 0.52171 0.060 0.608 0.176 0.156
#> SRR490317 2 0.764 0.08397 0.032 0.484 0.384 0.100
#> SRR490318 2 0.803 0.13859 0.044 0.476 0.360 0.120
#> SRR490319 2 0.875 0.24745 0.096 0.480 0.280 0.144
#> SRR490320 3 0.768 0.14819 0.420 0.116 0.440 0.024
#> SRR490321 1 0.797 -0.05678 0.444 0.108 0.404 0.044
#> SRR490322 1 0.747 0.00372 0.448 0.088 0.436 0.028
#> SRR490323 3 0.768 0.27070 0.376 0.120 0.480 0.024
#> SRR490324 3 0.461 0.71568 0.096 0.104 0.800 0.000
#> SRR490325 3 0.473 0.71457 0.100 0.108 0.792 0.000
#> SRR490326 3 0.455 0.71663 0.092 0.104 0.804 0.000
#> SRR490327 3 0.461 0.71125 0.108 0.092 0.800 0.000
#> SRR490328 4 0.503 0.69043 0.052 0.036 0.112 0.800
#> SRR490329 4 0.611 0.64519 0.080 0.044 0.144 0.732
#> SRR490330 4 0.490 0.70073 0.016 0.052 0.140 0.792
#> SRR490331 4 0.521 0.67707 0.008 0.064 0.168 0.760
#> SRR490332 1 0.736 0.49612 0.620 0.072 0.076 0.232
#> SRR490333 4 0.835 0.21008 0.324 0.136 0.060 0.480
#> SRR490334 4 0.796 0.03208 0.372 0.084 0.064 0.480
#> SRR490335 1 0.793 0.31517 0.500 0.068 0.080 0.352
#> SRR490336 4 0.324 0.78134 0.020 0.060 0.028 0.892
#> SRR490337 4 0.272 0.78171 0.012 0.068 0.012 0.908
#> SRR490338 4 0.362 0.78001 0.028 0.064 0.032 0.876
#> SRR490339 4 0.411 0.77190 0.044 0.052 0.048 0.856
#> SRR490340 1 0.769 0.53971 0.628 0.108 0.140 0.124
#> SRR490341 1 0.800 0.44801 0.572 0.224 0.136 0.068
#> SRR490342 1 0.809 0.48177 0.588 0.152 0.160 0.100
#> SRR490343 2 0.895 -0.01821 0.348 0.412 0.112 0.128
#> SRR490344 2 0.580 0.55692 0.000 0.700 0.196 0.104
#> SRR490345 2 0.521 0.66281 0.000 0.756 0.104 0.140
#> SRR490346 2 0.565 0.60161 0.000 0.720 0.164 0.116
#> SRR490347 2 0.553 0.64066 0.000 0.732 0.132 0.136
#> SRR490348 2 0.633 0.39018 0.000 0.496 0.060 0.444
#> SRR490349 2 0.655 0.49056 0.000 0.524 0.080 0.396
#> SRR490350 2 0.601 0.55898 0.000 0.572 0.048 0.380
#> SRR490351 2 0.656 0.57917 0.000 0.564 0.092 0.344
#> SRR490352 4 0.528 -0.16571 0.000 0.468 0.008 0.524
#> SRR490353 4 0.555 -0.01598 0.000 0.428 0.020 0.552
#> SRR490354 2 0.526 0.42686 0.000 0.548 0.008 0.444
#> SRR490355 2 0.550 0.37826 0.000 0.520 0.016 0.464
#> SRR490356 2 0.363 0.69383 0.004 0.848 0.020 0.128
#> SRR490357 2 0.374 0.69537 0.004 0.844 0.024 0.128
#> SRR490358 2 0.405 0.68543 0.012 0.836 0.028 0.124
#> SRR490359 2 0.396 0.67600 0.016 0.844 0.024 0.116
#> SRR490360 2 0.520 0.59092 0.000 0.612 0.012 0.376
#> SRR490361 2 0.547 0.45306 0.000 0.544 0.016 0.440
#> SRR490362 2 0.527 0.60746 0.000 0.620 0.016 0.364
#> SRR490363 2 0.541 0.52219 0.000 0.576 0.016 0.408
#> SRR490364 2 0.407 0.73207 0.004 0.792 0.008 0.196
#> SRR490365 2 0.402 0.73215 0.000 0.792 0.012 0.196
#> SRR490366 2 0.411 0.73182 0.004 0.788 0.008 0.200
#> SRR490367 2 0.415 0.73145 0.004 0.784 0.008 0.204
#> SRR490368 2 0.407 0.71711 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR490369 2 0.422 0.70354 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR490370 2 0.416 0.70813 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR490371 2 0.425 0.70069 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR490372 3 0.511 0.69290 0.024 0.292 0.684 0.000
#> SRR490373 3 0.495 0.70703 0.016 0.272 0.708 0.004
#> SRR490374 3 0.469 0.70444 0.012 0.276 0.712 0.000
#> SRR490375 3 0.498 0.70785 0.016 0.276 0.704 0.004
#> SRR490376 2 0.666 0.62704 0.000 0.616 0.152 0.232
#> SRR490377 2 0.665 0.62708 0.000 0.612 0.140 0.248
#> SRR490378 2 0.681 0.53616 0.000 0.544 0.112 0.344
#> SRR490379 2 0.689 0.49185 0.000 0.516 0.112 0.372
#> SRR490380 3 0.540 0.68215 0.012 0.284 0.684 0.020
#> SRR490381 3 0.643 0.71422 0.036 0.220 0.680 0.064
#> SRR490382 3 0.593 0.67845 0.116 0.076 0.752 0.056
#> SRR490383 3 0.803 0.53569 0.196 0.308 0.476 0.020
#> SRR490384 2 0.439 0.72432 0.000 0.752 0.012 0.236
#> SRR490385 2 0.430 0.72239 0.000 0.752 0.008 0.240
#> SRR490386 2 0.405 0.72647 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR490387 2 0.391 0.72473 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR490388 2 0.372 0.72961 0.000 0.812 0.008 0.180
#> SRR490389 2 0.377 0.73025 0.000 0.808 0.008 0.184
#> SRR490390 2 0.377 0.73025 0.000 0.808 0.008 0.184
#> SRR490391 2 0.377 0.73025 0.000 0.808 0.008 0.184
#> SRR490392 2 0.494 0.69728 0.000 0.700 0.020 0.280
#> SRR490393 2 0.423 0.72624 0.000 0.760 0.008 0.232
#> SRR490394 2 0.455 0.71540 0.000 0.732 0.012 0.256
#> SRR490395 2 0.451 0.70744 0.000 0.724 0.008 0.268
#> SRR490396 2 0.369 0.72970 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR490397 2 0.387 0.73001 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR490398 2 0.409 0.72900 0.000 0.776 0.008 0.216
#> SRR490399 2 0.395 0.72863 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR490400 2 0.398 0.72175 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR490401 2 0.401 0.72019 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR490402 2 0.407 0.71621 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR490403 2 0.410 0.71362 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR490404 2 0.355 0.70660 0.000 0.840 0.016 0.144
#> SRR490405 2 0.365 0.71271 0.000 0.832 0.016 0.152
#> SRR490406 2 0.355 0.70830 0.000 0.840 0.016 0.144
#> SRR490407 2 0.355 0.70763 0.000 0.840 0.016 0.144
#> SRR490408 4 0.241 0.77140 0.000 0.084 0.008 0.908
#> SRR490409 4 0.255 0.76712 0.000 0.092 0.008 0.900
#> SRR490410 4 0.248 0.76961 0.000 0.088 0.008 0.904
#> SRR490411 4 0.255 0.76670 0.000 0.092 0.008 0.900
#> SRR490412 2 0.884 0.20189 0.056 0.424 0.268 0.252
#> SRR490413 3 0.811 0.27342 0.360 0.128 0.468 0.044
#> SRR490414 3 0.733 0.64854 0.176 0.128 0.640 0.056
#> SRR490415 3 0.743 0.60479 0.128 0.064 0.636 0.172
#> SRR490416 1 0.611 0.49410 0.652 0.028 0.032 0.288
#> SRR490417 1 0.629 0.36309 0.556 0.028 0.020 0.396
#> SRR490418 4 0.626 -0.00606 0.428 0.020 0.024 0.528
#> SRR490419 1 0.639 0.15940 0.476 0.024 0.024 0.476
#> SRR490420 1 0.410 0.67467 0.844 0.016 0.040 0.100
#> SRR490421 1 0.377 0.68100 0.864 0.016 0.040 0.080
#> SRR490422 1 0.397 0.67512 0.852 0.016 0.040 0.092
#> SRR490423 1 0.421 0.66984 0.840 0.016 0.048 0.096
#> SRR490424 1 0.526 0.65930 0.780 0.032 0.136 0.052
#> SRR490425 1 0.537 0.66111 0.768 0.032 0.152 0.048
#> SRR490426 1 0.505 0.66615 0.792 0.032 0.132 0.044
#> SRR490427 1 0.516 0.65737 0.780 0.032 0.148 0.040
#> SRR490428 1 0.299 0.69210 0.904 0.016 0.036 0.044
#> SRR490429 1 0.335 0.69012 0.884 0.012 0.036 0.068
#> SRR490430 1 0.252 0.69227 0.920 0.012 0.016 0.052
#> SRR490431 1 0.269 0.69207 0.916 0.016 0.024 0.044
#> SRR490432 1 0.271 0.69216 0.908 0.008 0.016 0.068
#> SRR490433 1 0.327 0.68580 0.884 0.008 0.032 0.076
#> SRR490434 1 0.387 0.67600 0.844 0.008 0.028 0.120
#> SRR490435 1 0.326 0.68658 0.880 0.012 0.016 0.092
#> SRR490436 1 0.403 0.69148 0.852 0.080 0.052 0.016
#> SRR490437 1 0.477 0.69226 0.816 0.092 0.064 0.028
#> SRR490438 1 0.431 0.69298 0.840 0.084 0.052 0.024
#> SRR490439 1 0.427 0.68879 0.836 0.100 0.048 0.016
#> SRR490440 4 0.261 0.76375 0.000 0.096 0.008 0.896
#> SRR490441 4 0.241 0.77094 0.000 0.084 0.008 0.908
#> SRR490442 4 0.241 0.77146 0.000 0.084 0.008 0.908
#> SRR490443 4 0.234 0.77285 0.000 0.080 0.008 0.912
#> SRR490444 4 0.130 0.77882 0.016 0.020 0.000 0.964
#> SRR490445 4 0.147 0.77954 0.012 0.024 0.004 0.960
#> SRR490446 4 0.210 0.78162 0.012 0.044 0.008 0.936
#> SRR490447 4 0.182 0.78035 0.008 0.032 0.012 0.948
#> SRR490448 1 0.567 0.62379 0.756 0.036 0.064 0.144
#> SRR490449 1 0.584 0.60432 0.736 0.036 0.056 0.172
#> SRR490450 1 0.557 0.62998 0.764 0.032 0.072 0.132
#> SRR490451 1 0.622 0.53287 0.672 0.032 0.044 0.252
#> SRR490452 1 0.480 0.65981 0.812 0.024 0.064 0.100
#> SRR490453 1 0.468 0.66344 0.812 0.012 0.080 0.096
#> SRR490454 1 0.425 0.67284 0.840 0.016 0.060 0.084
#> SRR490455 1 0.379 0.68030 0.860 0.012 0.040 0.088
#> SRR490456 1 0.396 0.67434 0.844 0.020 0.020 0.116
#> SRR490457 1 0.390 0.67347 0.848 0.016 0.024 0.112
#> SRR490458 1 0.285 0.68772 0.896 0.016 0.004 0.084
#> SRR490459 1 0.286 0.69091 0.900 0.012 0.012 0.076
#> SRR490460 1 0.320 0.68657 0.888 0.012 0.024 0.076
#> SRR490461 1 0.310 0.68918 0.892 0.008 0.028 0.072
#> SRR490462 1 0.392 0.67360 0.852 0.016 0.032 0.100
#> SRR490463 1 0.395 0.67185 0.848 0.012 0.036 0.104
#> SRR490464 3 0.814 0.46280 0.296 0.144 0.512 0.048
#> SRR490465 3 0.727 0.63619 0.068 0.096 0.644 0.192
#> SRR490466 3 0.693 0.72607 0.092 0.208 0.656 0.044
#> SRR490467 3 0.675 0.73212 0.076 0.216 0.664 0.044
#> SRR490468 1 0.503 0.64723 0.792 0.064 0.020 0.124
#> SRR490469 1 0.423 0.67900 0.840 0.052 0.016 0.092
#> SRR490470 1 0.482 0.65472 0.808 0.068 0.020 0.104
#> SRR490471 1 0.509 0.64479 0.788 0.064 0.020 0.128
#> SRR490472 4 0.241 0.77094 0.000 0.084 0.008 0.908
#> SRR490473 4 0.227 0.77429 0.000 0.076 0.008 0.916
#> SRR490474 4 0.227 0.77429 0.000 0.076 0.008 0.916
#> SRR490475 4 0.233 0.77001 0.000 0.088 0.004 0.908
#> SRR490476 3 0.984 0.41517 0.180 0.284 0.312 0.224
#> SRR490477 2 0.927 -0.40674 0.144 0.396 0.320 0.140
#> SRR490478 3 0.915 0.55215 0.168 0.216 0.468 0.148
#> SRR490479 2 0.878 -0.08286 0.072 0.452 0.296 0.180
#> SRR490480 4 0.264 0.74424 0.072 0.016 0.004 0.908
#> SRR490481 4 0.256 0.74835 0.068 0.016 0.004 0.912
#> SRR490482 4 0.312 0.73365 0.084 0.016 0.012 0.888
#> SRR490483 4 0.335 0.73129 0.084 0.016 0.020 0.880
#> SRR490484 4 0.506 0.62857 0.156 0.024 0.040 0.780
#> SRR490485 4 0.310 0.73656 0.076 0.012 0.020 0.892
#> SRR490486 4 0.363 0.72122 0.088 0.016 0.028 0.868
#> SRR490487 4 0.441 0.67324 0.128 0.016 0.036 0.820
#> SRR490488 4 0.154 0.76002 0.032 0.008 0.004 0.956
#> SRR490489 4 0.169 0.75973 0.032 0.008 0.008 0.952
#> SRR490490 4 0.227 0.74570 0.052 0.008 0.012 0.928
#> SRR490491 4 0.164 0.76121 0.036 0.008 0.004 0.952
#> SRR490492 4 0.378 0.70679 0.112 0.012 0.024 0.852
#> SRR490493 4 0.420 0.68606 0.128 0.012 0.032 0.828
#> SRR490494 4 0.390 0.70011 0.120 0.012 0.024 0.844
#> SRR490495 4 0.457 0.66594 0.140 0.016 0.036 0.808
#> SRR490496 4 0.277 0.76138 0.060 0.024 0.008 0.908
#> SRR490497 4 0.297 0.76534 0.060 0.032 0.008 0.900
#> SRR490498 4 0.313 0.76058 0.060 0.028 0.016 0.896
#> SRR490499 4 0.318 0.76238 0.064 0.032 0.012 0.892
#> SRR490500 1 0.784 0.33498 0.508 0.088 0.056 0.348
#> SRR490501 1 0.819 0.31851 0.500 0.136 0.052 0.312
#> SRR490502 1 0.778 0.32846 0.508 0.088 0.052 0.352
#> SRR490503 1 0.822 0.34595 0.504 0.120 0.064 0.312
#> SRR490504 4 0.241 0.77191 0.000 0.084 0.008 0.908
#> SRR490505 4 0.261 0.76752 0.000 0.088 0.012 0.900
#> SRR490506 4 0.213 0.77499 0.000 0.076 0.004 0.920
#> SRR490507 4 0.233 0.77487 0.000 0.072 0.012 0.916
#> SRR490508 4 0.209 0.77958 0.004 0.064 0.004 0.928
#> SRR490509 4 0.198 0.77780 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR490510 4 0.216 0.77882 0.004 0.068 0.004 0.924
#> SRR490511 4 0.190 0.77876 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR490512 4 0.173 0.76446 0.040 0.008 0.004 0.948
#> SRR490513 4 0.268 0.75539 0.060 0.016 0.012 0.912
#> SRR490514 4 0.243 0.75470 0.060 0.008 0.012 0.920
#> SRR490515 4 0.284 0.74584 0.068 0.012 0.016 0.904
#> SRR490516 4 0.283 0.77835 0.040 0.044 0.008 0.908
#> SRR490517 4 0.240 0.77770 0.044 0.028 0.004 0.924
#> SRR490518 4 0.260 0.77954 0.040 0.040 0.004 0.916
#> SRR490519 4 0.276 0.78182 0.036 0.052 0.004 0.908
#> SRR490520 4 0.144 0.77048 0.028 0.008 0.004 0.960
#> SRR490521 4 0.157 0.77488 0.028 0.012 0.004 0.956
#> SRR490522 4 0.139 0.77541 0.028 0.012 0.000 0.960
#> SRR490523 4 0.126 0.77132 0.028 0.008 0.000 0.964
#> SRR490524 4 0.334 0.73216 0.084 0.012 0.024 0.880
#> SRR490525 4 0.327 0.73383 0.080 0.012 0.024 0.884
#> SRR490526 4 0.327 0.73503 0.080 0.012 0.024 0.884
#> SRR490527 4 0.340 0.73973 0.080 0.020 0.020 0.880
#> SRR490528 4 0.272 0.74776 0.068 0.012 0.012 0.908
#> SRR490529 4 0.302 0.74293 0.072 0.012 0.020 0.896
#> SRR490530 4 0.264 0.76126 0.052 0.020 0.012 0.916
#> SRR490531 4 0.279 0.74624 0.072 0.012 0.012 0.904
#> SRR490532 1 0.741 0.39935 0.552 0.036 0.088 0.324
#> SRR490533 1 0.771 0.22406 0.436 0.036 0.096 0.432
#> SRR490534 1 0.683 0.52991 0.652 0.040 0.080 0.228
#> SRR490535 1 0.733 0.44905 0.584 0.036 0.096 0.284
#> SRR490536 4 0.247 0.77248 0.000 0.080 0.012 0.908
#> SRR490537 4 0.227 0.77524 0.000 0.076 0.008 0.916
#> SRR490538 4 0.234 0.77389 0.000 0.080 0.008 0.912
#> SRR490539 4 0.241 0.77153 0.000 0.084 0.008 0.908
#> SRR490540 4 0.321 0.74845 0.000 0.104 0.024 0.872
#> SRR490541 4 0.338 0.73737 0.000 0.116 0.024 0.860
#> SRR490542 4 0.327 0.74500 0.000 0.108 0.024 0.868
#> SRR490543 4 0.327 0.74524 0.000 0.108 0.024 0.868
#> SRR490544 4 0.507 0.27138 0.000 0.372 0.008 0.620
#> SRR490545 4 0.508 0.25753 0.000 0.376 0.008 0.616
#> SRR490546 4 0.525 -0.00165 0.000 0.440 0.008 0.552
#> SRR490547 4 0.500 0.43873 0.000 0.308 0.016 0.676
#> SRR490548 2 0.532 0.50676 0.008 0.592 0.004 0.396
#> SRR490549 2 0.525 0.45974 0.004 0.572 0.004 0.420
#> SRR490550 4 0.558 -0.10602 0.008 0.464 0.008 0.520
#> SRR490551 2 0.541 0.39332 0.008 0.552 0.004 0.436
#> SRR490552 4 0.439 0.59085 0.000 0.236 0.012 0.752
#> SRR490553 4 0.487 0.44888 0.000 0.304 0.012 0.684
#> SRR490554 4 0.467 0.48282 0.000 0.292 0.008 0.700
#> SRR490555 4 0.439 0.59228 0.000 0.236 0.012 0.752
#> SRR490556 2 0.506 0.57624 0.004 0.632 0.004 0.360
#> SRR490557 2 0.529 0.52867 0.008 0.604 0.004 0.384
#> SRR490558 2 0.520 0.49082 0.004 0.592 0.004 0.400
#> SRR490559 2 0.510 0.55913 0.004 0.624 0.004 0.368
#> SRR490560 4 0.508 0.10002 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR490561 4 0.507 0.14047 0.000 0.416 0.004 0.580
#> SRR490562 4 0.506 0.13476 0.000 0.412 0.004 0.584
#> SRR490563 4 0.498 -0.07755 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR490564 2 0.537 0.70929 0.044 0.756 0.024 0.176
#> SRR490565 2 0.499 0.71404 0.020 0.740 0.012 0.228
#> SRR490566 2 0.525 0.71169 0.028 0.724 0.012 0.236
#> SRR490567 2 0.499 0.71587 0.020 0.740 0.012 0.228
#> SRR490568 4 0.274 0.76889 0.000 0.076 0.024 0.900
#> SRR490569 4 0.281 0.76763 0.000 0.080 0.024 0.896
#> SRR490570 4 0.281 0.76763 0.000 0.080 0.024 0.896
#> SRR490571 4 0.281 0.76763 0.000 0.080 0.024 0.896
#> SRR490572 4 0.338 0.73737 0.000 0.116 0.024 0.860
#> SRR490573 4 0.344 0.73371 0.000 0.120 0.024 0.856
#> SRR490574 4 0.327 0.74381 0.000 0.108 0.024 0.868
#> SRR490575 4 0.350 0.72752 0.000 0.124 0.024 0.852
#> SRR490576 4 0.472 0.46676 0.000 0.300 0.008 0.692
#> SRR490577 4 0.501 0.32280 0.000 0.356 0.008 0.636
#> SRR490578 4 0.490 0.30354 0.000 0.364 0.004 0.632
#> SRR490579 4 0.476 0.39927 0.000 0.332 0.004 0.664
#> SRR490580 2 0.482 0.61378 0.004 0.652 0.000 0.344
#> SRR490581 2 0.468 0.65181 0.004 0.680 0.000 0.316
#> SRR490582 2 0.454 0.64488 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR490583 2 0.498 0.61662 0.004 0.652 0.004 0.340
#> SRR490584 4 0.530 -0.24427 0.000 0.496 0.008 0.496
#> SRR490585 4 0.526 0.18607 0.000 0.392 0.012 0.596
#> SRR490586 4 0.527 -0.07507 0.000 0.456 0.008 0.536
#> SRR490587 4 0.516 0.16684 0.000 0.400 0.008 0.592
#> SRR490588 2 0.510 0.56830 0.004 0.624 0.004 0.368
#> SRR490589 2 0.506 0.58285 0.004 0.632 0.004 0.360
#> SRR490590 2 0.506 0.58357 0.004 0.632 0.004 0.360
#> SRR490591 2 0.510 0.56819 0.004 0.624 0.004 0.368
#> SRR490592 2 0.476 0.64133 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR490593 2 0.430 0.69338 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR490594 2 0.466 0.62310 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR490595 2 0.452 0.65688 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR490596 2 0.469 0.72576 0.012 0.756 0.012 0.220
#> SRR490597 2 0.460 0.71783 0.004 0.744 0.012 0.240
#> SRR490598 2 0.460 0.70861 0.004 0.732 0.008 0.256
#> SRR490599 2 0.489 0.70782 0.008 0.720 0.012 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 3 0.5941 0.06566 0.000 0.448 0.472 0.064 0.016
#> SRR490217 2 0.6436 0.27404 0.000 0.528 0.324 0.132 0.016
#> SRR490218 3 0.5990 0.35858 0.000 0.340 0.568 0.064 0.028
#> SRR490219 2 0.5711 0.10447 0.000 0.508 0.428 0.048 0.016
#> SRR490220 1 0.4812 0.49848 0.760 0.148 0.048 0.000 0.044
#> SRR490221 2 0.6591 0.19995 0.340 0.532 0.092 0.008 0.028
#> SRR490222 1 0.6411 -0.03401 0.476 0.424 0.064 0.008 0.028
#> SRR490223 2 0.6141 0.10117 0.428 0.492 0.044 0.008 0.028
#> SRR490224 1 0.4406 0.57446 0.788 0.016 0.096 0.000 0.100
#> SRR490225 1 0.4508 0.57264 0.780 0.016 0.100 0.000 0.104
#> SRR490226 1 0.4796 0.55795 0.756 0.016 0.124 0.000 0.104
#> SRR490227 1 0.4606 0.56464 0.768 0.012 0.112 0.000 0.108
#> SRR490228 1 0.7296 0.15538 0.384 0.024 0.264 0.000 0.328
#> SRR490229 1 0.7346 0.09299 0.356 0.024 0.292 0.000 0.328
#> SRR490230 1 0.7276 0.18129 0.404 0.024 0.272 0.000 0.300
#> SRR490231 1 0.7251 0.21075 0.412 0.024 0.260 0.000 0.304
#> SRR490232 1 0.1981 0.61700 0.924 0.000 0.028 0.000 0.048
#> SRR490233 1 0.1990 0.61230 0.928 0.004 0.028 0.000 0.040
#> SRR490234 1 0.1960 0.61530 0.928 0.004 0.020 0.000 0.048
#> SRR490235 1 0.2468 0.61462 0.908 0.004 0.036 0.004 0.048
#> SRR490236 1 0.6429 0.40547 0.604 0.032 0.176 0.000 0.188
#> SRR490237 1 0.6488 0.39022 0.596 0.032 0.184 0.000 0.188
#> SRR490238 1 0.6558 0.38812 0.592 0.036 0.180 0.000 0.192
#> SRR490239 1 0.6368 0.41235 0.612 0.032 0.172 0.000 0.184
#> SRR490240 1 0.1168 0.61427 0.960 0.008 0.000 0.000 0.032
#> SRR490241 1 0.1300 0.61245 0.956 0.016 0.000 0.000 0.028
#> SRR490242 1 0.1686 0.61109 0.944 0.020 0.008 0.000 0.028
#> SRR490243 1 0.1525 0.61298 0.948 0.012 0.004 0.000 0.036
#> SRR490244 3 0.6653 0.61252 0.156 0.048 0.640 0.020 0.136
#> SRR490245 3 0.6853 0.51073 0.124 0.024 0.576 0.024 0.252
#> SRR490246 3 0.6417 0.59873 0.184 0.020 0.652 0.040 0.104
#> SRR490247 3 0.7577 0.36559 0.188 0.052 0.468 0.008 0.284
#> SRR490248 2 0.4317 0.56479 0.000 0.748 0.212 0.032 0.008
#> SRR490249 2 0.4330 0.57665 0.000 0.752 0.204 0.036 0.008
#> SRR490250 2 0.4501 0.56337 0.000 0.740 0.212 0.036 0.012
#> SRR490251 2 0.4377 0.58812 0.000 0.756 0.192 0.044 0.008
#> SRR490252 2 0.5614 0.34441 0.332 0.600 0.008 0.008 0.052
#> SRR490253 2 0.5041 0.50840 0.236 0.700 0.004 0.012 0.048
#> SRR490254 2 0.4449 0.62176 0.152 0.784 0.008 0.028 0.028
#> SRR490255 2 0.5221 0.56912 0.200 0.720 0.012 0.028 0.040
#> SRR490256 1 0.3429 0.60189 0.848 0.040 0.012 0.000 0.100
#> SRR490257 1 0.2748 0.60894 0.880 0.016 0.008 0.000 0.096
#> SRR490258 1 0.3166 0.60643 0.856 0.020 0.012 0.000 0.112
#> SRR490259 1 0.2956 0.60037 0.848 0.008 0.004 0.000 0.140
#> SRR490260 1 0.3219 0.59840 0.840 0.000 0.020 0.004 0.136
#> SRR490261 1 0.3308 0.59390 0.832 0.000 0.020 0.004 0.144
#> SRR490262 1 0.3236 0.59043 0.828 0.000 0.020 0.000 0.152
#> SRR490263 1 0.3476 0.58320 0.816 0.000 0.020 0.004 0.160
#> SRR490264 1 0.5200 0.52656 0.724 0.012 0.112 0.004 0.148
#> SRR490265 1 0.4699 0.54972 0.768 0.012 0.092 0.004 0.124
#> SRR490266 1 0.5310 0.52524 0.724 0.020 0.112 0.004 0.140
#> SRR490267 1 0.5072 0.53596 0.736 0.012 0.108 0.004 0.140
#> SRR490268 1 0.1644 0.61739 0.940 0.008 0.004 0.000 0.048
#> SRR490269 1 0.1644 0.61702 0.940 0.008 0.004 0.000 0.048
#> SRR490270 1 0.1770 0.61788 0.936 0.008 0.008 0.000 0.048
#> SRR490271 1 0.1798 0.61515 0.928 0.004 0.004 0.000 0.064
#> SRR490272 1 0.2527 0.61463 0.900 0.020 0.004 0.004 0.072
#> SRR490273 1 0.2322 0.61471 0.912 0.012 0.008 0.004 0.064
#> SRR490274 1 0.2165 0.61399 0.920 0.016 0.004 0.004 0.056
#> SRR490275 1 0.2326 0.61576 0.908 0.012 0.004 0.004 0.072
#> SRR490276 1 0.3531 0.59543 0.852 0.036 0.032 0.000 0.080
#> SRR490277 1 0.3426 0.59991 0.856 0.032 0.028 0.000 0.084
#> SRR490278 1 0.3284 0.60357 0.864 0.028 0.028 0.000 0.080
#> SRR490279 1 0.3669 0.59933 0.844 0.036 0.036 0.000 0.084
#> SRR490280 3 0.3367 0.65821 0.004 0.088 0.860 0.016 0.032
#> SRR490281 3 0.3574 0.65843 0.004 0.096 0.848 0.020 0.032
#> SRR490282 3 0.3469 0.65894 0.012 0.088 0.856 0.008 0.036
#> SRR490283 3 0.3627 0.65940 0.016 0.092 0.848 0.008 0.036
#> SRR490284 3 0.4400 0.62518 0.048 0.016 0.772 0.000 0.164
#> SRR490285 3 0.4985 0.61132 0.084 0.016 0.732 0.000 0.168
#> SRR490286 3 0.4322 0.62935 0.048 0.016 0.780 0.000 0.156
#> SRR490287 3 0.4211 0.63217 0.044 0.016 0.788 0.000 0.152
#> SRR490288 5 0.7142 0.36193 0.164 0.008 0.244 0.044 0.540
#> SRR490289 5 0.7221 0.29678 0.248 0.008 0.216 0.028 0.500
#> SRR490290 5 0.7402 0.46934 0.172 0.008 0.104 0.156 0.560
#> SRR490291 5 0.7013 0.29854 0.236 0.008 0.216 0.020 0.520
#> SRR490292 2 0.7117 0.19179 0.152 0.524 0.060 0.000 0.264
#> SRR490293 2 0.7328 0.10706 0.228 0.480 0.048 0.000 0.244
#> SRR490294 2 0.7647 0.07897 0.224 0.472 0.084 0.000 0.220
#> SRR490295 2 0.7347 0.17015 0.200 0.508 0.052 0.004 0.236
#> SRR490296 4 0.5682 0.54666 0.000 0.032 0.052 0.628 0.288
#> SRR490297 4 0.4866 0.65508 0.000 0.036 0.020 0.708 0.236
#> SRR490298 4 0.5037 0.64372 0.000 0.032 0.032 0.700 0.236
#> SRR490299 4 0.5172 0.66401 0.000 0.040 0.044 0.712 0.204
#> SRR490300 5 0.8325 -0.01922 0.288 0.228 0.120 0.004 0.360
#> SRR490301 5 0.8476 -0.05469 0.244 0.292 0.108 0.012 0.344
#> SRR490302 1 0.8249 0.11306 0.356 0.180 0.128 0.004 0.332
#> SRR490303 1 0.8622 -0.02859 0.312 0.232 0.152 0.008 0.296
#> SRR490304 4 0.2234 0.76168 0.000 0.044 0.004 0.916 0.036
#> SRR490305 4 0.2067 0.76150 0.000 0.048 0.000 0.920 0.032
#> SRR490306 4 0.1800 0.76168 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020
#> SRR490307 4 0.3441 0.74979 0.000 0.056 0.008 0.848 0.088
#> SRR490308 2 0.8042 -0.14270 0.124 0.452 0.264 0.008 0.152
#> SRR490309 5 0.9766 -0.11449 0.108 0.240 0.176 0.232 0.244
#> SRR490310 3 0.8583 0.47887 0.136 0.308 0.404 0.048 0.104
#> SRR490311 1 0.8769 -0.08796 0.328 0.180 0.256 0.012 0.224
#> SRR490312 2 0.5632 0.21076 0.000 0.540 0.396 0.052 0.012
#> SRR490313 3 0.5586 0.21609 0.004 0.416 0.532 0.032 0.016
#> SRR490314 2 0.5508 0.15437 0.000 0.532 0.416 0.036 0.016
#> SRR490315 2 0.5316 0.34121 0.000 0.600 0.348 0.040 0.012
#> SRR490316 2 0.7238 0.16945 0.032 0.544 0.244 0.024 0.156
#> SRR490317 3 0.6556 0.46169 0.004 0.364 0.492 0.012 0.128
#> SRR490318 3 0.7173 0.40760 0.024 0.376 0.448 0.016 0.136
#> SRR490319 2 0.7583 -0.33104 0.036 0.408 0.356 0.012 0.188
#> SRR490320 5 0.6591 -0.08621 0.060 0.068 0.356 0.000 0.516
#> SRR490321 5 0.6432 -0.06127 0.056 0.060 0.356 0.000 0.528
#> SRR490322 5 0.6444 -0.03265 0.080 0.040 0.356 0.000 0.524
#> SRR490323 5 0.6529 -0.13331 0.060 0.060 0.376 0.000 0.504
#> SRR490324 3 0.5113 0.61210 0.032 0.044 0.724 0.004 0.196
#> SRR490325 3 0.5579 0.60673 0.040 0.056 0.700 0.008 0.196
#> SRR490326 3 0.5382 0.59999 0.028 0.052 0.704 0.008 0.208
#> SRR490327 3 0.5158 0.57468 0.024 0.036 0.692 0.004 0.244
#> SRR490328 4 0.6716 0.24091 0.000 0.012 0.192 0.492 0.304
#> SRR490329 4 0.7332 0.06484 0.024 0.008 0.204 0.436 0.328
#> SRR490330 4 0.6864 0.23261 0.000 0.016 0.288 0.484 0.212
#> SRR490331 4 0.6897 0.17272 0.000 0.024 0.336 0.472 0.168
#> SRR490332 5 0.7596 0.48651 0.120 0.152 0.044 0.100 0.584
#> SRR490333 5 0.7563 0.42274 0.056 0.184 0.020 0.212 0.528
#> SRR490334 5 0.7517 0.46039 0.064 0.108 0.036 0.244 0.548
#> SRR490335 5 0.7140 0.51223 0.092 0.084 0.040 0.164 0.620
#> SRR490336 4 0.5447 0.67090 0.000 0.048 0.072 0.712 0.168
#> SRR490337 4 0.3666 0.74527 0.000 0.048 0.020 0.840 0.092
#> SRR490338 4 0.5132 0.66599 0.000 0.040 0.040 0.712 0.208
#> SRR490339 4 0.6080 0.46347 0.000 0.036 0.064 0.576 0.324
#> SRR490340 5 0.7265 0.47459 0.148 0.128 0.056 0.056 0.612
#> SRR490341 5 0.7483 0.40003 0.144 0.192 0.076 0.024 0.564
#> SRR490342 5 0.7504 0.43354 0.136 0.164 0.088 0.032 0.580
#> SRR490343 2 0.7551 0.05474 0.064 0.464 0.056 0.052 0.364
#> SRR490344 2 0.4833 0.46382 0.000 0.676 0.284 0.024 0.016
#> SRR490345 2 0.4195 0.59883 0.000 0.768 0.188 0.036 0.008
#> SRR490346 2 0.4548 0.51579 0.000 0.708 0.256 0.028 0.008
#> SRR490347 2 0.4468 0.56834 0.000 0.740 0.212 0.040 0.008
#> SRR490348 4 0.5664 -0.07936 0.000 0.412 0.068 0.516 0.004
#> SRR490349 4 0.5966 -0.22486 0.000 0.432 0.108 0.460 0.000
#> SRR490350 2 0.5652 0.41206 0.000 0.524 0.068 0.404 0.004
#> SRR490351 2 0.6316 0.34828 0.000 0.464 0.136 0.396 0.004
#> SRR490352 2 0.4452 0.22291 0.000 0.500 0.004 0.496 0.000
#> SRR490353 4 0.4415 -0.03264 0.000 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR490354 2 0.4528 0.37031 0.000 0.548 0.008 0.444 0.000
#> SRR490355 2 0.4824 0.31028 0.000 0.512 0.020 0.468 0.000
#> SRR490356 2 0.2101 0.69417 0.008 0.932 0.016 0.020 0.024
#> SRR490357 2 0.1975 0.69816 0.004 0.936 0.016 0.024 0.020
#> SRR490358 2 0.2388 0.69358 0.012 0.920 0.016 0.020 0.032
#> SRR490359 2 0.2303 0.69391 0.016 0.924 0.012 0.020 0.028
#> SRR490360 2 0.4986 0.56070 0.000 0.624 0.036 0.336 0.004
#> SRR490361 2 0.4590 0.42868 0.000 0.568 0.012 0.420 0.000
#> SRR490362 2 0.4639 0.55903 0.000 0.632 0.024 0.344 0.000
#> SRR490363 2 0.4425 0.48865 0.000 0.600 0.008 0.392 0.000
#> SRR490364 2 0.2947 0.71542 0.012 0.892 0.012 0.044 0.040
#> SRR490365 2 0.2974 0.71295 0.012 0.892 0.016 0.040 0.040
#> SRR490366 2 0.2749 0.71807 0.012 0.900 0.008 0.048 0.032
#> SRR490367 2 0.2933 0.71983 0.012 0.892 0.012 0.052 0.032
#> SRR490368 2 0.2424 0.73286 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR490369 2 0.2719 0.73046 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR490370 2 0.2719 0.73060 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR490371 2 0.2674 0.73116 0.000 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR490372 3 0.6438 0.65131 0.088 0.160 0.656 0.008 0.088
#> SRR490373 3 0.6422 0.65481 0.076 0.164 0.660 0.012 0.088
#> SRR490374 3 0.5980 0.65893 0.060 0.152 0.692 0.008 0.088
#> SRR490375 3 0.6535 0.65127 0.076 0.172 0.652 0.016 0.084
#> SRR490376 2 0.6392 0.43387 0.000 0.556 0.228 0.208 0.008
#> SRR490377 2 0.6493 0.43905 0.000 0.552 0.224 0.212 0.012
#> SRR490378 2 0.6345 0.43190 0.000 0.536 0.152 0.304 0.008
#> SRR490379 2 0.6529 0.34407 0.000 0.456 0.172 0.368 0.004
#> SRR490380 3 0.6050 0.65583 0.048 0.188 0.672 0.008 0.084
#> SRR490381 3 0.7830 0.62181 0.092 0.140 0.572 0.068 0.128
#> SRR490382 3 0.7081 0.55881 0.216 0.040 0.592 0.036 0.116
#> SRR490383 3 0.8518 0.29638 0.316 0.188 0.356 0.016 0.124
#> SRR490384 2 0.2561 0.72689 0.000 0.884 0.020 0.096 0.000
#> SRR490385 2 0.2761 0.72584 0.000 0.872 0.024 0.104 0.000
#> SRR490386 2 0.2362 0.72389 0.000 0.900 0.024 0.076 0.000
#> SRR490387 2 0.2351 0.72734 0.000 0.896 0.016 0.088 0.000
#> SRR490388 2 0.1731 0.71177 0.000 0.940 0.012 0.040 0.008
#> SRR490389 2 0.1618 0.71193 0.000 0.944 0.008 0.040 0.008
#> SRR490390 2 0.1731 0.71191 0.000 0.940 0.008 0.040 0.012
#> SRR490391 2 0.1618 0.71193 0.000 0.944 0.008 0.040 0.008
#> SRR490392 2 0.3565 0.71410 0.000 0.816 0.040 0.144 0.000
#> SRR490393 2 0.2761 0.73015 0.000 0.872 0.024 0.104 0.000
#> SRR490394 2 0.3432 0.72315 0.000 0.828 0.040 0.132 0.000
#> SRR490395 2 0.3055 0.72957 0.000 0.840 0.016 0.144 0.000
#> SRR490396 2 0.1557 0.71896 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR490397 2 0.1357 0.71732 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR490398 2 0.1502 0.72045 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR490399 2 0.1628 0.72045 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR490400 2 0.2392 0.73316 0.000 0.888 0.004 0.104 0.004
#> SRR490401 2 0.2124 0.73170 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR490402 2 0.2389 0.73314 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR490403 2 0.2513 0.73331 0.000 0.876 0.000 0.116 0.008
#> SRR490404 2 0.1243 0.70419 0.000 0.960 0.008 0.028 0.004
#> SRR490405 2 0.1538 0.71041 0.000 0.948 0.008 0.036 0.008
#> SRR490406 2 0.1356 0.70473 0.000 0.956 0.012 0.028 0.004
#> SRR490407 2 0.1596 0.70463 0.000 0.948 0.012 0.028 0.012
#> SRR490408 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490409 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490410 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490411 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490412 2 0.8593 0.13431 0.060 0.464 0.200 0.100 0.176
#> SRR490413 5 0.8019 -0.00942 0.156 0.112 0.280 0.008 0.444
#> SRR490414 3 0.7564 0.49821 0.120 0.084 0.504 0.012 0.280
#> SRR490415 3 0.8040 0.48325 0.172 0.012 0.492 0.172 0.152
#> SRR490416 5 0.6612 0.39365 0.296 0.000 0.000 0.248 0.456
#> SRR490417 5 0.6679 0.42813 0.244 0.004 0.000 0.276 0.476
#> SRR490418 4 0.6642 -0.29931 0.168 0.008 0.000 0.412 0.412
#> SRR490419 5 0.6554 0.41698 0.164 0.008 0.000 0.348 0.480
#> SRR490420 5 0.5078 0.12624 0.424 0.000 0.004 0.028 0.544
#> SRR490421 5 0.4947 0.19626 0.396 0.004 0.000 0.024 0.576
#> SRR490422 5 0.5256 0.13704 0.420 0.008 0.000 0.032 0.540
#> SRR490423 5 0.5170 0.06832 0.440 0.000 0.004 0.032 0.524
#> SRR490424 1 0.5709 0.15593 0.472 0.000 0.036 0.024 0.468
#> SRR490425 1 0.5663 0.25939 0.500 0.000 0.044 0.016 0.440
#> SRR490426 1 0.5455 0.36166 0.560 0.000 0.036 0.016 0.388
#> SRR490427 1 0.5694 0.23570 0.504 0.000 0.036 0.024 0.436
#> SRR490428 1 0.4800 0.31579 0.604 0.000 0.000 0.028 0.368
#> SRR490429 1 0.4890 0.15567 0.524 0.000 0.000 0.024 0.452
#> SRR490430 1 0.4626 0.34063 0.616 0.000 0.000 0.020 0.364
#> SRR490431 1 0.4675 0.32970 0.600 0.000 0.000 0.020 0.380
#> SRR490432 1 0.4935 0.33339 0.616 0.000 0.000 0.040 0.344
#> SRR490433 1 0.5281 0.24133 0.564 0.000 0.004 0.044 0.388
#> SRR490434 1 0.5378 0.17979 0.548 0.000 0.000 0.060 0.392
#> SRR490435 1 0.5250 0.16394 0.536 0.000 0.000 0.048 0.416
#> SRR490436 1 0.5696 0.40860 0.628 0.028 0.032 0.012 0.300
#> SRR490437 1 0.5828 0.38009 0.588 0.032 0.032 0.008 0.340
#> SRR490438 1 0.6058 0.34898 0.564 0.048 0.028 0.008 0.352
#> SRR490439 1 0.5166 0.48188 0.680 0.024 0.024 0.008 0.264
#> SRR490440 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490441 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490442 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490443 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490444 4 0.0912 0.75446 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR490445 4 0.0693 0.75481 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR490446 4 0.0579 0.75503 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR490447 4 0.0451 0.75383 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR490448 5 0.5801 0.36413 0.324 0.000 0.008 0.088 0.580
#> SRR490449 5 0.6210 0.41115 0.288 0.004 0.012 0.116 0.580
#> SRR490450 5 0.6169 0.38981 0.312 0.000 0.016 0.108 0.564
#> SRR490451 5 0.6713 0.45277 0.236 0.004 0.008 0.232 0.520
#> SRR490452 5 0.5436 0.28887 0.356 0.000 0.016 0.040 0.588
#> SRR490453 5 0.5591 0.28945 0.352 0.000 0.024 0.040 0.584
#> SRR490454 5 0.5687 0.25736 0.376 0.008 0.016 0.036 0.564
#> SRR490455 5 0.5707 0.22201 0.396 0.008 0.012 0.040 0.544
#> SRR490456 1 0.5440 0.05632 0.480 0.004 0.000 0.048 0.468
#> SRR490457 1 0.5383 0.20201 0.540 0.000 0.004 0.048 0.408
#> SRR490458 1 0.5068 0.30910 0.592 0.000 0.000 0.044 0.364
#> SRR490459 1 0.5095 0.24974 0.560 0.000 0.000 0.040 0.400
#> SRR490460 1 0.5454 0.08491 0.504 0.012 0.000 0.036 0.448
#> SRR490461 1 0.5217 0.25780 0.576 0.004 0.004 0.032 0.384
#> SRR490462 5 0.5651 0.08457 0.444 0.008 0.000 0.056 0.492
#> SRR490463 1 0.5591 0.03103 0.496 0.004 0.000 0.060 0.440
#> SRR490464 3 0.8024 0.38003 0.296 0.052 0.460 0.044 0.148
#> SRR490465 3 0.7708 0.55175 0.100 0.072 0.568 0.192 0.068
#> SRR490466 3 0.6714 0.65159 0.104 0.128 0.652 0.020 0.096
#> SRR490467 3 0.6697 0.65337 0.096 0.132 0.656 0.024 0.092
#> SRR490468 1 0.6766 -0.00828 0.464 0.064 0.004 0.060 0.408
#> SRR490469 1 0.6344 0.16495 0.520 0.052 0.004 0.044 0.380
#> SRR490470 1 0.6681 0.03555 0.476 0.076 0.004 0.044 0.400
#> SRR490471 1 0.6794 0.02948 0.476 0.072 0.004 0.056 0.392
#> SRR490472 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490473 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490474 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490475 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490476 3 0.9769 0.20262 0.196 0.120 0.284 0.176 0.224
#> SRR490477 3 0.9576 0.36073 0.132 0.204 0.304 0.108 0.252
#> SRR490478 3 0.9130 0.38507 0.140 0.092 0.400 0.132 0.236
#> SRR490479 3 0.9390 0.40137 0.096 0.260 0.320 0.108 0.216
#> SRR490480 4 0.3817 0.61396 0.000 0.004 0.004 0.740 0.252
#> SRR490481 4 0.3430 0.65184 0.000 0.004 0.000 0.776 0.220
#> SRR490482 4 0.4240 0.55050 0.000 0.008 0.004 0.684 0.304
#> SRR490483 4 0.3968 0.59755 0.000 0.004 0.004 0.716 0.276
#> SRR490484 4 0.4591 0.16407 0.000 0.004 0.004 0.516 0.476
#> SRR490485 4 0.3884 0.58246 0.000 0.004 0.000 0.708 0.288
#> SRR490486 4 0.4142 0.55293 0.000 0.004 0.004 0.684 0.308
#> SRR490487 4 0.4480 0.37113 0.000 0.004 0.004 0.592 0.400
#> SRR490488 4 0.1908 0.73098 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR490489 4 0.2020 0.72836 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR490490 4 0.2605 0.70709 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR490491 4 0.2179 0.72602 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR490492 4 0.4861 0.28128 0.000 0.024 0.000 0.548 0.428
#> SRR490493 4 0.5029 0.22490 0.000 0.024 0.004 0.528 0.444
#> SRR490494 4 0.4988 0.30039 0.000 0.024 0.004 0.556 0.416
#> SRR490495 4 0.5218 0.18143 0.004 0.020 0.008 0.512 0.456
#> SRR490496 4 0.3628 0.66287 0.000 0.012 0.000 0.772 0.216
#> SRR490497 4 0.3353 0.67839 0.000 0.008 0.000 0.796 0.196
#> SRR490498 4 0.3628 0.66492 0.000 0.012 0.000 0.772 0.216
#> SRR490499 4 0.3462 0.68170 0.000 0.012 0.000 0.792 0.196
#> SRR490500 5 0.7456 0.47249 0.140 0.136 0.012 0.144 0.568
#> SRR490501 5 0.7892 0.40548 0.152 0.208 0.012 0.124 0.504
#> SRR490502 5 0.7518 0.47146 0.148 0.132 0.008 0.160 0.552
#> SRR490503 5 0.7539 0.44997 0.152 0.160 0.012 0.120 0.556
#> SRR490504 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490505 4 0.1121 0.75887 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490506 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490507 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490508 4 0.0703 0.75909 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR490509 4 0.0963 0.76046 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490510 4 0.0963 0.76046 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490511 4 0.0880 0.76012 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR490512 4 0.2813 0.69269 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR490513 4 0.3491 0.64903 0.000 0.004 0.000 0.768 0.228
#> SRR490514 4 0.3607 0.63335 0.000 0.004 0.000 0.752 0.244
#> SRR490515 4 0.3550 0.63877 0.000 0.004 0.000 0.760 0.236
#> SRR490516 4 0.2358 0.73672 0.000 0.008 0.000 0.888 0.104
#> SRR490517 4 0.2338 0.73062 0.000 0.004 0.000 0.884 0.112
#> SRR490518 4 0.2416 0.73709 0.000 0.012 0.000 0.888 0.100
#> SRR490519 4 0.2519 0.74176 0.000 0.016 0.000 0.884 0.100
#> SRR490520 4 0.1792 0.73612 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR490521 4 0.1638 0.74439 0.000 0.004 0.000 0.932 0.064
#> SRR490522 4 0.1502 0.74701 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR490523 4 0.1704 0.74302 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR490524 4 0.4244 0.60007 0.000 0.016 0.004 0.712 0.268
#> SRR490525 4 0.4337 0.57597 0.000 0.016 0.004 0.696 0.284
#> SRR490526 4 0.3962 0.63772 0.000 0.012 0.004 0.744 0.240
#> SRR490527 4 0.4061 0.63230 0.000 0.016 0.004 0.740 0.240
#> SRR490528 4 0.3487 0.66108 0.000 0.008 0.000 0.780 0.212
#> SRR490529 4 0.4044 0.61712 0.000 0.012 0.004 0.732 0.252
#> SRR490530 4 0.2929 0.70368 0.000 0.008 0.000 0.840 0.152
#> SRR490531 4 0.3388 0.67300 0.000 0.008 0.000 0.792 0.200
#> SRR490532 5 0.5988 0.50319 0.136 0.000 0.024 0.196 0.644
#> SRR490533 5 0.6012 0.49375 0.112 0.000 0.024 0.236 0.628
#> SRR490534 5 0.6255 0.49144 0.196 0.008 0.024 0.136 0.636
#> SRR490535 5 0.5881 0.50394 0.140 0.000 0.020 0.188 0.652
#> SRR490536 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490537 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490538 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490539 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490540 4 0.1608 0.74538 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490541 4 0.1671 0.74341 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR490542 4 0.1671 0.74341 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR490543 4 0.1608 0.74538 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490544 4 0.4383 0.11161 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR490545 4 0.4310 0.22126 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR490546 4 0.4437 -0.03554 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR490547 4 0.4135 0.35750 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004
#> SRR490548 2 0.3991 0.71482 0.000 0.780 0.000 0.172 0.048
#> SRR490549 2 0.4168 0.70696 0.000 0.764 0.000 0.184 0.052
#> SRR490550 2 0.4697 0.55662 0.000 0.648 0.000 0.320 0.032
#> SRR490551 2 0.4497 0.68343 0.000 0.732 0.000 0.208 0.060
#> SRR490552 4 0.3430 0.58013 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> SRR490553 4 0.4135 0.34986 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004
#> SRR490554 4 0.4066 0.39121 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR490555 4 0.3662 0.53936 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR490556 2 0.4119 0.71598 0.000 0.780 0.000 0.152 0.068
#> SRR490557 2 0.4276 0.70718 0.000 0.764 0.000 0.168 0.068
#> SRR490558 2 0.4502 0.69723 0.000 0.744 0.000 0.180 0.076
#> SRR490559 2 0.4215 0.70824 0.000 0.768 0.000 0.168 0.064
#> SRR490560 2 0.4713 0.28704 0.000 0.544 0.000 0.440 0.016
#> SRR490561 2 0.4774 0.32090 0.000 0.556 0.000 0.424 0.020
#> SRR490562 2 0.4787 0.30364 0.000 0.548 0.000 0.432 0.020
#> SRR490563 2 0.4473 0.55438 0.000 0.656 0.000 0.324 0.020
#> SRR490564 2 0.4569 0.67466 0.024 0.800 0.024 0.044 0.108
#> SRR490565 2 0.4443 0.68955 0.020 0.808 0.020 0.056 0.096
#> SRR490566 2 0.4478 0.69301 0.020 0.804 0.016 0.064 0.096
#> SRR490567 2 0.4390 0.69232 0.020 0.812 0.020 0.056 0.092
#> SRR490568 4 0.0963 0.76031 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490569 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490570 4 0.1121 0.75887 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490571 4 0.1043 0.76053 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR490572 4 0.1732 0.74128 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR490573 4 0.1732 0.74128 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR490574 4 0.1608 0.74711 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490575 4 0.1732 0.74128 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR490576 4 0.4118 0.36147 0.000 0.336 0.000 0.660 0.004
#> SRR490577 4 0.4299 0.23527 0.000 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR490578 4 0.4225 0.30045 0.000 0.364 0.000 0.632 0.004
#> SRR490579 4 0.4225 0.30260 0.000 0.364 0.000 0.632 0.004
#> SRR490580 2 0.3810 0.72072 0.000 0.792 0.000 0.168 0.040
#> SRR490581 2 0.3309 0.72883 0.000 0.836 0.000 0.128 0.036
#> SRR490582 2 0.3536 0.72508 0.000 0.812 0.000 0.156 0.032
#> SRR490583 2 0.3731 0.72298 0.000 0.800 0.000 0.160 0.040
#> SRR490584 2 0.4375 0.39345 0.000 0.576 0.000 0.420 0.004
#> SRR490585 4 0.4420 0.00594 0.000 0.448 0.000 0.548 0.004
#> SRR490586 2 0.4452 0.16783 0.000 0.500 0.000 0.496 0.004
#> SRR490587 4 0.4390 0.07832 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> SRR490588 2 0.3848 0.71580 0.000 0.788 0.000 0.172 0.040
#> SRR490589 2 0.3694 0.71841 0.000 0.796 0.000 0.172 0.032
#> SRR490590 2 0.3771 0.72086 0.000 0.796 0.000 0.164 0.040
#> SRR490591 2 0.3810 0.71563 0.000 0.788 0.000 0.176 0.036
#> SRR490592 2 0.3246 0.71859 0.000 0.808 0.000 0.184 0.008
#> SRR490593 2 0.2877 0.73141 0.000 0.848 0.004 0.144 0.004
#> SRR490594 2 0.3209 0.71960 0.000 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR490595 2 0.3171 0.72128 0.000 0.816 0.000 0.176 0.008
#> SRR490596 2 0.3530 0.70699 0.008 0.848 0.004 0.052 0.088
#> SRR490597 2 0.3598 0.70898 0.008 0.844 0.004 0.056 0.088
#> SRR490598 2 0.3708 0.70624 0.008 0.836 0.004 0.056 0.096
#> SRR490599 2 0.3373 0.71779 0.004 0.856 0.004 0.068 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 3 0.5883 0.30097 0.000 0.264 0.584 0.092 0.000 0.060
#> SRR490217 3 0.6620 0.13797 0.000 0.316 0.464 0.156 0.000 0.064
#> SRR490218 3 0.5835 0.32116 0.000 0.204 0.620 0.104 0.000 0.072
#> SRR490219 3 0.6209 0.19338 0.000 0.332 0.508 0.092 0.000 0.068
#> SRR490220 5 0.5141 0.55320 0.024 0.080 0.076 0.000 0.736 0.084
#> SRR490221 2 0.7623 -0.15428 0.012 0.388 0.132 0.016 0.340 0.112
#> SRR490222 5 0.6892 -0.01236 0.012 0.316 0.104 0.004 0.480 0.084
#> SRR490223 5 0.6718 -0.09988 0.012 0.392 0.072 0.000 0.424 0.100
#> SRR490224 5 0.4658 0.53060 0.044 0.008 0.028 0.000 0.720 0.200
#> SRR490225 5 0.4886 0.51976 0.048 0.008 0.036 0.000 0.704 0.204
#> SRR490226 5 0.4925 0.50545 0.044 0.008 0.044 0.000 0.704 0.200
#> SRR490227 5 0.4749 0.51376 0.040 0.008 0.032 0.000 0.708 0.212
#> SRR490228 6 0.6123 0.50722 0.088 0.004 0.092 0.000 0.220 0.596
#> SRR490229 6 0.6197 0.48875 0.084 0.004 0.116 0.000 0.200 0.596
#> SRR490230 6 0.6121 0.50338 0.084 0.004 0.096 0.000 0.220 0.596
#> SRR490231 6 0.6099 0.51418 0.088 0.004 0.080 0.000 0.240 0.588
#> SRR490232 5 0.2939 0.66073 0.036 0.004 0.016 0.000 0.868 0.076
#> SRR490233 5 0.2748 0.65486 0.020 0.004 0.012 0.000 0.872 0.092
#> SRR490234 5 0.2747 0.67325 0.036 0.004 0.008 0.000 0.876 0.076
#> SRR490235 5 0.2547 0.66432 0.020 0.004 0.020 0.000 0.892 0.064
#> SRR490236 6 0.6222 0.41490 0.052 0.020 0.056 0.000 0.404 0.468
#> SRR490237 6 0.6150 0.43947 0.056 0.020 0.048 0.000 0.384 0.492
#> SRR490238 6 0.6201 0.45863 0.048 0.024 0.056 0.000 0.372 0.500
#> SRR490239 6 0.6253 0.43846 0.060 0.020 0.052 0.000 0.388 0.480
#> SRR490240 5 0.2194 0.68352 0.036 0.008 0.004 0.000 0.912 0.040
#> SRR490241 5 0.2151 0.68320 0.032 0.012 0.004 0.000 0.916 0.036
#> SRR490242 5 0.1881 0.68756 0.040 0.004 0.008 0.000 0.928 0.020
#> SRR490243 5 0.1970 0.68563 0.044 0.000 0.008 0.000 0.920 0.028
#> SRR490244 3 0.6898 0.23130 0.024 0.040 0.488 0.012 0.116 0.320
#> SRR490245 3 0.7660 0.17257 0.164 0.012 0.428 0.008 0.140 0.248
#> SRR490246 3 0.7036 0.13354 0.024 0.020 0.476 0.016 0.200 0.264
#> SRR490247 3 0.8529 0.10110 0.164 0.068 0.340 0.008 0.160 0.260
#> SRR490248 2 0.4810 0.37047 0.000 0.588 0.360 0.040 0.000 0.012
#> SRR490249 2 0.4880 0.39861 0.000 0.596 0.344 0.048 0.000 0.012
#> SRR490250 2 0.4970 0.36079 0.000 0.580 0.356 0.052 0.000 0.012
#> SRR490251 2 0.5090 0.39222 0.000 0.580 0.344 0.064 0.000 0.012
#> SRR490252 2 0.5602 0.16721 0.032 0.536 0.008 0.012 0.384 0.028
#> SRR490253 2 0.5689 0.40675 0.032 0.628 0.016 0.020 0.268 0.036
#> SRR490254 2 0.4629 0.61816 0.028 0.764 0.016 0.028 0.144 0.020
#> SRR490255 2 0.5274 0.50119 0.032 0.672 0.008 0.032 0.236 0.020
#> SRR490256 5 0.3876 0.68346 0.088 0.028 0.012 0.000 0.816 0.056
#> SRR490257 5 0.4089 0.68134 0.100 0.012 0.020 0.000 0.796 0.072
#> SRR490258 5 0.3843 0.68159 0.088 0.004 0.020 0.000 0.808 0.080
#> SRR490259 5 0.4120 0.67800 0.136 0.004 0.024 0.000 0.780 0.056
#> SRR490260 5 0.4334 0.66737 0.112 0.008 0.028 0.000 0.776 0.076
#> SRR490261 5 0.4578 0.65378 0.144 0.008 0.024 0.000 0.748 0.076
#> SRR490262 5 0.4545 0.65731 0.136 0.008 0.032 0.000 0.756 0.068
#> SRR490263 5 0.4914 0.63900 0.152 0.008 0.036 0.000 0.724 0.080
#> SRR490264 5 0.5776 0.52492 0.088 0.012 0.088 0.004 0.676 0.132
#> SRR490265 5 0.5418 0.54786 0.080 0.008 0.080 0.004 0.704 0.124
#> SRR490266 5 0.5871 0.52295 0.092 0.016 0.088 0.004 0.672 0.128
#> SRR490267 5 0.5558 0.54320 0.092 0.008 0.080 0.004 0.692 0.124
#> SRR490268 5 0.2070 0.68930 0.048 0.000 0.000 0.000 0.908 0.044
#> SRR490269 5 0.2000 0.68912 0.048 0.000 0.004 0.000 0.916 0.032
#> SRR490270 5 0.2144 0.68771 0.048 0.000 0.004 0.000 0.908 0.040
#> SRR490271 5 0.1924 0.68860 0.048 0.000 0.004 0.000 0.920 0.028
#> SRR490272 5 0.3205 0.67591 0.060 0.000 0.028 0.000 0.852 0.060
#> SRR490273 5 0.2665 0.68415 0.060 0.000 0.024 0.000 0.884 0.032
#> SRR490274 5 0.3227 0.67541 0.056 0.004 0.028 0.000 0.856 0.056
#> SRR490275 5 0.3121 0.68505 0.068 0.000 0.024 0.000 0.856 0.052
#> SRR490276 5 0.4520 0.60076 0.072 0.024 0.020 0.000 0.768 0.116
#> SRR490277 5 0.4379 0.61847 0.084 0.020 0.016 0.000 0.776 0.104
#> SRR490278 5 0.4472 0.61364 0.060 0.028 0.020 0.000 0.772 0.120
#> SRR490279 5 0.4784 0.61289 0.084 0.028 0.024 0.000 0.752 0.112
#> SRR490280 3 0.3355 0.39398 0.016 0.028 0.840 0.012 0.000 0.104
#> SRR490281 3 0.3524 0.39411 0.016 0.032 0.836 0.012 0.004 0.100
#> SRR490282 3 0.3225 0.39265 0.016 0.024 0.844 0.008 0.000 0.108
#> SRR490283 3 0.3303 0.39349 0.016 0.028 0.840 0.008 0.000 0.108
#> SRR490284 3 0.5590 0.31851 0.064 0.012 0.608 0.004 0.024 0.288
#> SRR490285 3 0.6154 0.28065 0.076 0.012 0.560 0.004 0.048 0.300
#> SRR490286 3 0.5486 0.32104 0.064 0.012 0.604 0.004 0.016 0.300
#> SRR490287 3 0.5552 0.32012 0.072 0.012 0.604 0.004 0.016 0.292
#> SRR490288 1 0.7235 0.25046 0.516 0.008 0.172 0.024 0.080 0.200
#> SRR490289 1 0.7855 0.07311 0.396 0.008 0.172 0.016 0.148 0.260
#> SRR490290 1 0.6983 0.37441 0.584 0.008 0.100 0.072 0.064 0.172
#> SRR490291 1 0.7783 0.15535 0.440 0.012 0.156 0.020 0.136 0.236
#> SRR490292 2 0.6967 -0.11494 0.200 0.444 0.008 0.000 0.060 0.288
#> SRR490293 2 0.6954 0.00733 0.188 0.484 0.004 0.000 0.092 0.232
#> SRR490294 2 0.7348 -0.22817 0.156 0.408 0.016 0.000 0.100 0.320
#> SRR490295 2 0.6949 0.07998 0.200 0.504 0.016 0.000 0.068 0.212
#> SRR490296 4 0.6315 0.27939 0.352 0.016 0.036 0.496 0.000 0.100
#> SRR490297 4 0.5254 0.54877 0.232 0.008 0.028 0.660 0.000 0.072
#> SRR490298 4 0.5288 0.50586 0.268 0.000 0.036 0.628 0.000 0.068
#> SRR490299 4 0.5218 0.57314 0.200 0.008 0.032 0.680 0.000 0.080
#> SRR490300 6 0.7090 0.41096 0.160 0.204 0.012 0.000 0.120 0.504
#> SRR490301 6 0.6970 0.34196 0.132 0.276 0.008 0.000 0.104 0.480
#> SRR490302 6 0.7076 0.48983 0.128 0.156 0.016 0.000 0.180 0.520
#> SRR490303 6 0.7141 0.42731 0.096 0.212 0.036 0.000 0.132 0.524
#> SRR490304 4 0.2373 0.71875 0.064 0.016 0.004 0.900 0.000 0.016
#> SRR490305 4 0.1889 0.72286 0.056 0.020 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR490306 4 0.1889 0.72246 0.056 0.020 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR490307 4 0.3481 0.69787 0.100 0.040 0.004 0.832 0.000 0.024
#> SRR490308 2 0.8239 -0.21512 0.092 0.400 0.200 0.016 0.056 0.236
#> SRR490309 1 0.9915 -0.17249 0.196 0.168 0.188 0.188 0.116 0.144
#> SRR490310 6 0.8656 0.01104 0.028 0.220 0.260 0.040 0.140 0.312
#> SRR490311 6 0.8498 0.36555 0.128 0.112 0.172 0.004 0.200 0.384
#> SRR490312 3 0.5768 0.08139 0.000 0.376 0.508 0.080 0.000 0.036
#> SRR490313 3 0.5248 0.30847 0.000 0.292 0.616 0.052 0.000 0.040
#> SRR490314 3 0.5426 0.03758 0.000 0.412 0.504 0.056 0.000 0.028
#> SRR490315 2 0.5585 0.10213 0.000 0.452 0.452 0.068 0.000 0.028
#> SRR490316 2 0.7504 -0.01204 0.124 0.484 0.212 0.012 0.016 0.152
#> SRR490317 3 0.7656 0.22630 0.108 0.292 0.372 0.004 0.012 0.212
#> SRR490318 2 0.7542 -0.35220 0.104 0.356 0.328 0.008 0.004 0.200
#> SRR490319 2 0.8122 -0.32263 0.144 0.344 0.304 0.020 0.016 0.172
#> SRR490320 1 0.7408 -0.17427 0.360 0.068 0.296 0.000 0.016 0.260
#> SRR490321 1 0.7267 -0.15215 0.376 0.064 0.308 0.000 0.012 0.240
#> SRR490322 1 0.7566 -0.20623 0.340 0.072 0.316 0.000 0.024 0.248
#> SRR490323 1 0.7575 -0.22026 0.332 0.072 0.320 0.004 0.016 0.256
#> SRR490324 3 0.5675 0.31239 0.084 0.008 0.592 0.004 0.020 0.292
#> SRR490325 3 0.6163 0.31658 0.096 0.028 0.568 0.004 0.020 0.284
#> SRR490326 3 0.5711 0.32459 0.092 0.020 0.596 0.004 0.008 0.280
#> SRR490327 3 0.5619 0.30586 0.100 0.008 0.580 0.004 0.008 0.300
#> SRR490328 4 0.7699 -0.09695 0.276 0.004 0.200 0.332 0.000 0.188
#> SRR490329 4 0.7892 -0.24263 0.244 0.008 0.268 0.280 0.000 0.200
#> SRR490330 4 0.7440 0.04703 0.152 0.004 0.240 0.412 0.000 0.192
#> SRR490331 4 0.7456 -0.06631 0.108 0.012 0.300 0.392 0.000 0.188
#> SRR490332 1 0.6574 0.30628 0.560 0.208 0.020 0.024 0.012 0.176
#> SRR490333 1 0.6468 0.32420 0.568 0.236 0.004 0.076 0.008 0.108
#> SRR490334 1 0.6970 0.35358 0.564 0.136 0.032 0.092 0.004 0.172
#> SRR490335 1 0.6677 0.35827 0.600 0.140 0.044 0.060 0.004 0.152
#> SRR490336 4 0.6613 0.44076 0.224 0.024 0.060 0.572 0.004 0.116
#> SRR490337 4 0.4992 0.62470 0.144 0.020 0.032 0.728 0.000 0.076
#> SRR490338 4 0.5919 0.53059 0.204 0.028 0.040 0.636 0.000 0.092
#> SRR490339 4 0.7029 0.15400 0.356 0.020 0.076 0.428 0.000 0.120
#> SRR490340 1 0.6075 0.33425 0.628 0.180 0.040 0.012 0.008 0.132
#> SRR490341 1 0.6471 0.16748 0.500 0.332 0.048 0.004 0.008 0.108
#> SRR490342 1 0.6574 0.23625 0.540 0.232 0.048 0.008 0.004 0.168
#> SRR490343 2 0.6269 0.10328 0.368 0.488 0.036 0.004 0.008 0.096
#> SRR490344 2 0.5377 0.26505 0.000 0.536 0.380 0.028 0.000 0.056
#> SRR490345 2 0.5315 0.39272 0.000 0.588 0.324 0.044 0.000 0.044
#> SRR490346 2 0.5360 0.32429 0.000 0.556 0.360 0.040 0.000 0.044
#> SRR490347 2 0.5313 0.35755 0.000 0.572 0.344 0.048 0.000 0.036
#> SRR490348 4 0.5287 0.33423 0.000 0.224 0.176 0.600 0.000 0.000
#> SRR490349 4 0.5681 0.15737 0.000 0.296 0.168 0.532 0.000 0.004
#> SRR490350 4 0.5888 -0.12556 0.000 0.384 0.156 0.452 0.000 0.008
#> SRR490351 4 0.5999 0.12217 0.000 0.276 0.220 0.496 0.000 0.008
#> SRR490352 4 0.4641 0.10274 0.000 0.404 0.044 0.552 0.000 0.000
#> SRR490353 4 0.4371 0.28421 0.000 0.344 0.036 0.620 0.000 0.000
#> SRR490354 4 0.4676 0.00925 0.000 0.428 0.044 0.528 0.000 0.000
#> SRR490355 4 0.4886 -0.06009 0.000 0.432 0.060 0.508 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.2527 0.70613 0.008 0.900 0.024 0.032 0.000 0.036
#> SRR490357 2 0.2494 0.70626 0.004 0.900 0.028 0.032 0.000 0.036
#> SRR490358 2 0.2545 0.70912 0.012 0.900 0.020 0.032 0.000 0.036
#> SRR490359 2 0.2415 0.71093 0.004 0.904 0.024 0.036 0.000 0.032
#> SRR490360 2 0.5067 0.45433 0.000 0.556 0.088 0.356 0.000 0.000
#> SRR490361 4 0.4698 -0.10361 0.000 0.452 0.044 0.504 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.4689 0.28611 0.000 0.516 0.044 0.440 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.4379 0.41215 0.000 0.576 0.028 0.396 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.2925 0.71379 0.020 0.876 0.008 0.044 0.000 0.052
#> SRR490365 2 0.3007 0.71291 0.024 0.872 0.008 0.044 0.000 0.052
#> SRR490366 2 0.2774 0.71565 0.016 0.884 0.008 0.044 0.000 0.048
#> SRR490367 2 0.2938 0.71409 0.016 0.876 0.012 0.044 0.000 0.052
#> SRR490368 2 0.2404 0.72895 0.000 0.872 0.016 0.112 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.2346 0.72887 0.000 0.868 0.008 0.124 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.2455 0.72897 0.000 0.872 0.012 0.112 0.000 0.004
#> SRR490371 2 0.2544 0.72936 0.000 0.864 0.012 0.120 0.000 0.004
#> SRR490372 3 0.6548 0.23128 0.008 0.120 0.476 0.004 0.044 0.348
#> SRR490373 3 0.6668 0.24127 0.008 0.120 0.484 0.008 0.048 0.332
#> SRR490374 3 0.6456 0.25596 0.008 0.112 0.496 0.008 0.036 0.340
#> SRR490375 3 0.6691 0.24127 0.008 0.112 0.488 0.012 0.048 0.332
#> SRR490376 2 0.6439 0.15596 0.000 0.376 0.340 0.268 0.000 0.016
#> SRR490377 2 0.6484 0.08881 0.000 0.340 0.340 0.304 0.000 0.016
#> SRR490378 4 0.6250 -0.24210 0.000 0.332 0.320 0.344 0.000 0.004
#> SRR490379 4 0.6136 -0.01465 0.000 0.268 0.300 0.428 0.000 0.004
#> SRR490380 3 0.6299 0.27836 0.004 0.148 0.528 0.008 0.024 0.288
#> SRR490381 6 0.7633 -0.06603 0.008 0.092 0.348 0.048 0.100 0.404
#> SRR490382 6 0.6747 0.04012 0.004 0.004 0.368 0.040 0.172 0.412
#> SRR490383 6 0.7807 0.33674 0.016 0.128 0.168 0.008 0.312 0.368
#> SRR490384 2 0.3352 0.71178 0.000 0.820 0.056 0.120 0.000 0.004
#> SRR490385 2 0.3495 0.70572 0.000 0.808 0.060 0.128 0.000 0.004
#> SRR490386 2 0.2964 0.72192 0.000 0.848 0.040 0.108 0.000 0.004
#> SRR490387 2 0.2798 0.72271 0.000 0.852 0.036 0.112 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.1511 0.71845 0.000 0.940 0.012 0.044 0.000 0.004
#> SRR490389 2 0.1605 0.71724 0.000 0.936 0.016 0.044 0.000 0.004
#> SRR490390 2 0.1873 0.71706 0.000 0.924 0.020 0.048 0.000 0.008
#> SRR490391 2 0.1785 0.71745 0.000 0.928 0.016 0.048 0.000 0.008
#> SRR490392 2 0.3772 0.68733 0.000 0.772 0.068 0.160 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.2776 0.72582 0.000 0.860 0.032 0.104 0.000 0.004
#> SRR490394 2 0.3647 0.69765 0.000 0.788 0.052 0.156 0.000 0.004
#> SRR490395 2 0.3114 0.71812 0.000 0.832 0.036 0.128 0.000 0.004
#> SRR490396 2 0.1542 0.72291 0.000 0.936 0.008 0.052 0.000 0.004
#> SRR490397 2 0.1668 0.72521 0.000 0.928 0.008 0.060 0.000 0.004
#> SRR490398 2 0.1769 0.72442 0.000 0.924 0.012 0.060 0.000 0.004
#> SRR490399 2 0.1851 0.72337 0.004 0.924 0.012 0.056 0.000 0.004
#> SRR490400 2 0.2070 0.72865 0.000 0.896 0.012 0.092 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.2214 0.72820 0.000 0.888 0.016 0.096 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.2356 0.72841 0.000 0.884 0.016 0.096 0.000 0.004
#> SRR490403 2 0.2361 0.72923 0.000 0.880 0.012 0.104 0.000 0.004
#> SRR490404 2 0.1749 0.71296 0.004 0.936 0.012 0.032 0.000 0.016
#> SRR490405 2 0.1623 0.71343 0.004 0.940 0.004 0.032 0.000 0.020
#> SRR490406 2 0.1553 0.71144 0.004 0.944 0.012 0.032 0.000 0.008
#> SRR490407 2 0.1623 0.71333 0.004 0.940 0.004 0.032 0.000 0.020
#> SRR490408 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490409 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490410 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490411 4 0.0508 0.72578 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490412 2 0.8167 0.13388 0.108 0.484 0.152 0.064 0.036 0.156
#> SRR490413 1 0.8684 -0.21582 0.284 0.084 0.256 0.004 0.152 0.220
#> SRR490414 3 0.7920 0.13319 0.168 0.048 0.436 0.004 0.120 0.224
#> SRR490415 6 0.8316 0.04740 0.052 0.016 0.264 0.164 0.120 0.384
#> SRR490416 1 0.6142 0.46312 0.604 0.008 0.008 0.176 0.172 0.032
#> SRR490417 1 0.5660 0.48901 0.648 0.016 0.000 0.192 0.116 0.028
#> SRR490418 1 0.5732 0.41342 0.580 0.012 0.000 0.304 0.076 0.028
#> SRR490419 1 0.5439 0.47604 0.640 0.012 0.000 0.244 0.080 0.024
#> SRR490420 1 0.4474 0.41298 0.708 0.004 0.004 0.004 0.228 0.052
#> SRR490421 1 0.4240 0.41123 0.716 0.000 0.004 0.004 0.232 0.044
#> SRR490422 1 0.4362 0.40904 0.708 0.004 0.004 0.008 0.244 0.032
#> SRR490423 1 0.4854 0.35479 0.656 0.008 0.004 0.008 0.280 0.044
#> SRR490424 1 0.7408 0.00370 0.388 0.016 0.068 0.004 0.320 0.204
#> SRR490425 1 0.7398 -0.04614 0.360 0.016 0.072 0.000 0.324 0.228
#> SRR490426 1 0.7308 -0.03567 0.376 0.016 0.068 0.000 0.332 0.208
#> SRR490427 1 0.7358 0.00701 0.384 0.016 0.076 0.000 0.320 0.204
#> SRR490428 5 0.4344 0.25042 0.424 0.004 0.000 0.000 0.556 0.016
#> SRR490429 1 0.4597 -0.06824 0.492 0.004 0.004 0.000 0.480 0.020
#> SRR490430 5 0.4394 0.27769 0.408 0.004 0.000 0.000 0.568 0.020
#> SRR490431 5 0.4484 0.26019 0.416 0.004 0.008 0.000 0.560 0.012
#> SRR490432 5 0.4920 0.22049 0.420 0.004 0.004 0.008 0.536 0.028
#> SRR490433 5 0.4660 0.13944 0.460 0.004 0.000 0.004 0.508 0.024
#> SRR490434 5 0.5229 0.05834 0.460 0.008 0.004 0.020 0.484 0.024
#> SRR490435 1 0.5308 0.08534 0.508 0.004 0.004 0.024 0.428 0.032
#> SRR490436 1 0.7152 -0.01175 0.376 0.088 0.008 0.000 0.368 0.160
#> SRR490437 1 0.6976 0.00974 0.384 0.048 0.008 0.000 0.344 0.216
#> SRR490438 1 0.7037 0.09593 0.412 0.080 0.004 0.000 0.328 0.176
#> SRR490439 5 0.6704 0.10283 0.360 0.052 0.008 0.000 0.436 0.144
#> SRR490440 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490441 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490442 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490443 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490444 4 0.0713 0.71835 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR490445 4 0.0865 0.71612 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR490446 4 0.0692 0.72188 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490447 4 0.0547 0.72093 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490448 1 0.4123 0.50466 0.780 0.000 0.000 0.064 0.124 0.032
#> SRR490449 1 0.4137 0.51215 0.780 0.000 0.000 0.080 0.112 0.028
#> SRR490450 1 0.4602 0.50615 0.744 0.000 0.000 0.076 0.136 0.044
#> SRR490451 1 0.4314 0.51265 0.756 0.000 0.000 0.140 0.084 0.020
#> SRR490452 1 0.3678 0.44012 0.752 0.000 0.000 0.004 0.220 0.024
#> SRR490453 1 0.3786 0.44550 0.748 0.000 0.000 0.008 0.220 0.024
#> SRR490454 1 0.4215 0.43240 0.720 0.000 0.004 0.004 0.228 0.044
#> SRR490455 1 0.4427 0.37221 0.660 0.004 0.000 0.000 0.292 0.044
#> SRR490456 1 0.4836 0.28924 0.604 0.004 0.000 0.012 0.344 0.036
#> SRR490457 1 0.5455 0.27040 0.572 0.008 0.004 0.032 0.348 0.036
#> SRR490458 5 0.4802 0.12946 0.460 0.008 0.000 0.012 0.504 0.016
#> SRR490459 1 0.4949 -0.03213 0.488 0.008 0.000 0.012 0.468 0.024
#> SRR490460 1 0.4138 0.26451 0.616 0.000 0.004 0.000 0.368 0.012
#> SRR490461 5 0.4117 0.18535 0.464 0.000 0.004 0.000 0.528 0.004
#> SRR490462 1 0.4160 0.37966 0.684 0.000 0.000 0.008 0.284 0.024
#> SRR490463 1 0.4653 0.31360 0.628 0.004 0.004 0.020 0.332 0.012
#> SRR490464 3 0.8310 -0.02628 0.080 0.048 0.408 0.036 0.244 0.184
#> SRR490465 3 0.7619 0.19379 0.040 0.028 0.520 0.192 0.084 0.136
#> SRR490466 3 0.6779 0.28757 0.040 0.052 0.608 0.024 0.108 0.168
#> SRR490467 3 0.6575 0.29979 0.028 0.064 0.636 0.032 0.096 0.144
#> SRR490468 1 0.5285 0.29641 0.572 0.052 0.000 0.012 0.352 0.012
#> SRR490469 1 0.5262 0.11706 0.504 0.040 0.000 0.012 0.432 0.012
#> SRR490470 1 0.5540 0.25713 0.548 0.064 0.000 0.012 0.360 0.016
#> SRR490471 1 0.5633 0.25387 0.536 0.064 0.000 0.012 0.368 0.020
#> SRR490472 4 0.0520 0.72631 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490473 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490474 4 0.0520 0.72631 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490475 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.9846 0.06107 0.180 0.164 0.248 0.144 0.124 0.140
#> SRR490477 3 0.9471 0.10592 0.216 0.176 0.280 0.080 0.080 0.168
#> SRR490478 3 0.9459 0.13056 0.172 0.112 0.324 0.112 0.096 0.184
#> SRR490479 3 0.9384 0.17053 0.168 0.212 0.316 0.092 0.080 0.132
#> SRR490480 4 0.3899 0.44350 0.364 0.000 0.000 0.628 0.000 0.008
#> SRR490481 4 0.3782 0.46432 0.360 0.000 0.000 0.636 0.000 0.004
#> SRR490482 4 0.3961 0.32216 0.440 0.000 0.000 0.556 0.000 0.004
#> SRR490483 4 0.4161 0.43895 0.376 0.004 0.000 0.608 0.000 0.012
#> SRR490484 1 0.4809 0.29664 0.628 0.008 0.016 0.320 0.000 0.028
#> SRR490485 4 0.4552 0.36337 0.408 0.008 0.004 0.564 0.000 0.016
#> SRR490486 4 0.4537 0.41533 0.384 0.012 0.000 0.584 0.000 0.020
#> SRR490487 1 0.4862 -0.05914 0.520 0.012 0.008 0.440 0.000 0.020
#> SRR490488 4 0.2692 0.66429 0.148 0.000 0.000 0.840 0.000 0.012
#> SRR490489 4 0.2178 0.68023 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.3043 0.63121 0.200 0.000 0.000 0.792 0.000 0.008
#> SRR490491 4 0.2879 0.65289 0.176 0.004 0.000 0.816 0.000 0.004
#> SRR490492 1 0.4868 0.13993 0.580 0.032 0.000 0.368 0.000 0.020
#> SRR490493 1 0.4933 0.25407 0.612 0.040 0.000 0.324 0.000 0.024
#> SRR490494 1 0.5145 0.19728 0.584 0.040 0.000 0.348 0.004 0.024
#> SRR490495 1 0.5092 0.27159 0.612 0.040 0.000 0.312 0.000 0.036
#> SRR490496 4 0.3925 0.51916 0.332 0.008 0.000 0.656 0.000 0.004
#> SRR490497 4 0.3894 0.52632 0.324 0.008 0.000 0.664 0.000 0.004
#> SRR490498 4 0.3955 0.51116 0.340 0.008 0.000 0.648 0.000 0.004
#> SRR490499 4 0.3748 0.55969 0.300 0.012 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR490500 1 0.5564 0.36992 0.648 0.224 0.004 0.052 0.004 0.068
#> SRR490501 1 0.6441 0.28604 0.556 0.280 0.004 0.048 0.024 0.088
#> SRR490502 1 0.5958 0.37229 0.632 0.216 0.004 0.060 0.016 0.072
#> SRR490503 1 0.6427 0.30787 0.568 0.256 0.004 0.048 0.020 0.104
#> SRR490504 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490505 4 0.0260 0.72526 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR490506 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490507 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490508 4 0.0632 0.72219 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490509 4 0.0508 0.72484 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490510 4 0.0692 0.72359 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490511 4 0.0405 0.72558 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490512 4 0.3163 0.63122 0.212 0.004 0.000 0.780 0.000 0.004
#> SRR490513 4 0.3861 0.53073 0.316 0.004 0.000 0.672 0.000 0.008
#> SRR490514 4 0.3791 0.55263 0.300 0.004 0.000 0.688 0.000 0.008
#> SRR490515 4 0.4127 0.45546 0.364 0.004 0.000 0.620 0.000 0.012
#> SRR490516 4 0.2624 0.68089 0.148 0.004 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR490517 4 0.2624 0.67986 0.148 0.004 0.000 0.844 0.000 0.004
#> SRR490518 4 0.2584 0.68452 0.144 0.004 0.000 0.848 0.000 0.004
#> SRR490519 4 0.2420 0.69100 0.128 0.004 0.000 0.864 0.000 0.004
#> SRR490520 4 0.2178 0.68499 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.2377 0.68763 0.124 0.004 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR490522 4 0.1910 0.69550 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.2048 0.69022 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.4427 0.38167 0.408 0.012 0.000 0.568 0.000 0.012
#> SRR490525 4 0.4364 0.35188 0.424 0.008 0.000 0.556 0.000 0.012
#> SRR490526 4 0.4274 0.44259 0.380 0.012 0.000 0.600 0.000 0.008
#> SRR490527 4 0.4494 0.39699 0.400 0.016 0.000 0.572 0.000 0.012
#> SRR490528 4 0.3626 0.56760 0.288 0.004 0.000 0.704 0.000 0.004
#> SRR490529 4 0.4034 0.47307 0.364 0.008 0.000 0.624 0.000 0.004
#> SRR490530 4 0.3512 0.60815 0.248 0.004 0.000 0.740 0.000 0.008
#> SRR490531 4 0.3772 0.53390 0.320 0.004 0.000 0.672 0.000 0.004
#> SRR490532 1 0.4332 0.49906 0.772 0.000 0.008 0.124 0.024 0.072
#> SRR490533 1 0.4226 0.49892 0.784 0.004 0.004 0.116 0.024 0.068
#> SRR490534 1 0.3858 0.51774 0.816 0.000 0.004 0.076 0.052 0.052
#> SRR490535 1 0.3923 0.50841 0.824 0.008 0.012 0.068 0.028 0.060
#> SRR490536 4 0.0405 0.72608 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490537 4 0.0405 0.72477 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490538 4 0.0291 0.72536 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR490539 4 0.0508 0.72578 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490540 4 0.0632 0.72180 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR490541 4 0.0935 0.71859 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR490542 4 0.0858 0.71996 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR490543 4 0.0858 0.71936 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR490544 4 0.4105 0.34625 0.004 0.344 0.004 0.640 0.000 0.008
#> SRR490545 4 0.3756 0.42342 0.004 0.316 0.004 0.676 0.000 0.000
#> SRR490546 4 0.4269 0.19680 0.004 0.404 0.008 0.580 0.000 0.004
#> SRR490547 4 0.3452 0.51442 0.004 0.256 0.004 0.736 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.4465 0.69905 0.068 0.740 0.008 0.172 0.000 0.012
#> SRR490549 2 0.4433 0.68892 0.068 0.736 0.008 0.180 0.000 0.008
#> SRR490550 2 0.5361 0.50425 0.060 0.592 0.008 0.320 0.000 0.020
#> SRR490551 2 0.4694 0.67948 0.080 0.716 0.004 0.184 0.000 0.016
#> SRR490552 4 0.3087 0.60878 0.004 0.184 0.004 0.804 0.000 0.004
#> SRR490553 4 0.3681 0.48680 0.004 0.272 0.004 0.716 0.000 0.004
#> SRR490554 4 0.3764 0.46308 0.004 0.288 0.004 0.700 0.000 0.004
#> SRR490555 4 0.3332 0.57622 0.004 0.216 0.004 0.772 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.3818 0.71865 0.064 0.800 0.004 0.120 0.000 0.012
#> SRR490557 2 0.4370 0.70002 0.084 0.756 0.004 0.140 0.000 0.016
#> SRR490558 2 0.4668 0.68516 0.096 0.732 0.004 0.148 0.000 0.020
#> SRR490559 2 0.4520 0.69886 0.080 0.752 0.004 0.136 0.000 0.028
#> SRR490560 2 0.4378 0.22296 0.016 0.528 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR490561 2 0.4698 0.27909 0.028 0.536 0.004 0.428 0.000 0.004
#> SRR490562 2 0.4509 0.22020 0.016 0.524 0.004 0.452 0.000 0.004
#> SRR490563 2 0.4074 0.54246 0.016 0.656 0.000 0.324 0.000 0.004
#> SRR490564 2 0.3896 0.67798 0.096 0.812 0.008 0.036 0.000 0.048
#> SRR490565 2 0.3867 0.68179 0.088 0.816 0.008 0.040 0.000 0.048
#> SRR490566 2 0.4057 0.67802 0.092 0.808 0.008 0.040 0.004 0.048
#> SRR490567 2 0.3799 0.68169 0.088 0.820 0.008 0.036 0.000 0.048
#> SRR490568 4 0.0405 0.72487 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR490569 4 0.0260 0.72509 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR490570 4 0.0508 0.72401 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR490571 4 0.0405 0.72487 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR490572 4 0.0790 0.72006 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR490573 4 0.0858 0.71936 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR490574 4 0.0790 0.72006 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR490575 4 0.0935 0.71859 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR490576 4 0.3628 0.49438 0.008 0.268 0.004 0.720 0.000 0.000
#> SRR490577 4 0.3653 0.44460 0.000 0.300 0.008 0.692 0.000 0.000
#> SRR490578 4 0.3646 0.45959 0.004 0.292 0.004 0.700 0.000 0.000
#> SRR490579 4 0.3733 0.46906 0.008 0.288 0.004 0.700 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.3209 0.72815 0.032 0.836 0.004 0.120 0.000 0.008
#> SRR490581 2 0.3036 0.72976 0.036 0.848 0.004 0.108 0.000 0.004
#> SRR490582 2 0.3313 0.72063 0.036 0.812 0.000 0.148 0.000 0.004
#> SRR490583 2 0.3224 0.72560 0.040 0.824 0.000 0.132 0.000 0.004
#> SRR490584 2 0.4323 0.17265 0.008 0.508 0.008 0.476 0.000 0.000
#> SRR490585 4 0.4015 0.21560 0.004 0.396 0.004 0.596 0.000 0.000
#> SRR490586 4 0.4311 0.11673 0.004 0.428 0.008 0.556 0.000 0.004
#> SRR490587 4 0.3850 0.35464 0.004 0.340 0.004 0.652 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.3777 0.70879 0.040 0.784 0.004 0.164 0.000 0.008
#> SRR490589 2 0.3777 0.70762 0.040 0.784 0.004 0.164 0.000 0.008
#> SRR490590 2 0.3638 0.71448 0.036 0.796 0.004 0.156 0.000 0.008
#> SRR490591 2 0.3709 0.71085 0.036 0.788 0.004 0.164 0.000 0.008
#> SRR490592 2 0.3324 0.71288 0.004 0.808 0.016 0.164 0.000 0.008
#> SRR490593 2 0.2695 0.72279 0.004 0.844 0.008 0.144 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.3317 0.71254 0.016 0.804 0.012 0.168 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.3406 0.71533 0.008 0.808 0.012 0.160 0.000 0.012
#> SRR490596 2 0.3162 0.70472 0.064 0.860 0.000 0.040 0.004 0.032
#> SRR490597 2 0.3032 0.71059 0.056 0.872 0.004 0.040 0.004 0.024
#> SRR490598 2 0.3502 0.70001 0.084 0.840 0.004 0.040 0.004 0.028
#> SRR490599 2 0.3118 0.71082 0.068 0.860 0.000 0.048 0.004 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 1.000 0.1532 0.847 0.847
#> 3 3 0.922 0.913 0.955 0.4395 0.998 0.998
#> 4 4 0.940 0.867 0.959 0.1467 0.927 0.914
#> 5 5 0.938 0.893 0.959 0.0668 0.981 0.975
#> 6 6 0.978 0.922 0.968 0.0282 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490233 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490235 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490260 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490261 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490262 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490264 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490265 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490266 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490267 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490268 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490269 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490271 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490272 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490273 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490275 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490279 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490280 1 0.278 0.954 0.952 0.048
#> SRR490281 1 0.278 0.954 0.952 0.048
#> SRR490282 1 0.278 0.954 0.952 0.048
#> SRR490283 1 0.278 0.954 0.952 0.048
#> SRR490284 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490285 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490288 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490321 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490322 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490323 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490326 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490327 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490424 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490425 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490426 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490427 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490428 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490453 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490533 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490534 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490535 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490536 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490217 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490218 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490219 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490220 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490221 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490222 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490223 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490224 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490225 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490226 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490227 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490228 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490229 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490230 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490231 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490232 2 0.226 0.904 0.000 0.932 0.068
#> SRR490233 2 0.226 0.904 0.000 0.932 0.068
#> SRR490234 2 0.226 0.904 0.000 0.932 0.068
#> SRR490235 2 0.226 0.904 0.000 0.932 0.068
#> SRR490236 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490237 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490238 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490239 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490240 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490241 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490242 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490243 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490244 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490245 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490246 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490247 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490248 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490249 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490250 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490251 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490252 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490253 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490254 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490255 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490256 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490257 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490258 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490259 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490260 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490261 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490262 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490263 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490264 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490265 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490266 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490267 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490268 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490269 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490270 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490271 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490272 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490273 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490274 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490275 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490276 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490277 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490278 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490279 2 0.604 0.516 0.000 0.620 0.380
#> SRR490280 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 2 0.651 0.465 0.008 0.592 0.400
#> SRR490285 2 0.651 0.465 0.008 0.592 0.400
#> SRR490286 2 0.651 0.465 0.008 0.592 0.400
#> SRR490287 2 0.651 0.465 0.008 0.592 0.400
#> SRR490288 2 0.141 0.930 0.000 0.964 0.036
#> SRR490289 2 0.141 0.930 0.000 0.964 0.036
#> SRR490290 2 0.141 0.930 0.000 0.964 0.036
#> SRR490291 2 0.141 0.930 0.000 0.964 0.036
#> SRR490292 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490293 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490294 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490295 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490296 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490301 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490302 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490303 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490304 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490309 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490310 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490311 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490312 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490313 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490314 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490315 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490316 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490317 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490318 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490319 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490320 2 0.129 0.933 0.000 0.968 0.032
#> SRR490321 2 0.129 0.933 0.000 0.968 0.032
#> SRR490322 2 0.129 0.933 0.000 0.968 0.032
#> SRR490323 2 0.129 0.933 0.000 0.968 0.032
#> SRR490324 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490325 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490326 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490327 2 0.613 0.481 0.000 0.600 0.400
#> SRR490328 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490329 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490330 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490331 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490332 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490333 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490334 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490335 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490336 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490337 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490338 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490340 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490341 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490342 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490343 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490344 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490345 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490346 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490347 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490348 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490357 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490358 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490359 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490360 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490365 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490366 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490367 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490368 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490373 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490374 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490375 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490376 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490377 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490381 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490382 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490383 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490384 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490405 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490406 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490407 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490408 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490412 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490413 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490414 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490415 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490416 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490417 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490418 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490419 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490420 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490421 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490422 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490423 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490424 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490425 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490426 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490427 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490428 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490429 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490430 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490431 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490432 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490433 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490434 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490435 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490436 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490437 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490438 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490439 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490440 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490442 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490443 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490445 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490446 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490447 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490448 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490449 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490450 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490451 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490452 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490453 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490454 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490455 2 0.196 0.914 0.000 0.944 0.056
#> SRR490456 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490457 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490458 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490459 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490460 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490461 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490462 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490463 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490464 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490465 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490466 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490467 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490468 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490469 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490470 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490471 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490472 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490473 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490474 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490475 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490476 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490477 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490478 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490479 3 0.613 1.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR490480 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490501 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490502 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490503 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490504 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490505 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490506 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490507 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490508 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490533 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490534 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490535 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490536 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490539 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490565 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490566 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490567 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490568 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490569 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490570 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490571 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490572 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490597 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490598 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR490599 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490220 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490221 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490222 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490223 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490224 1 0.443 0.723 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.443 0.723 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.443 0.723 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.443 0.723 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.460 0.739 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.460 0.739 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.460 0.739 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.460 0.739 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR490232 2 0.179 0.873 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490233 2 0.179 0.873 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490234 2 0.179 0.873 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490235 2 0.179 0.873 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.485 0.696 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.485 0.696 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.485 0.696 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.485 0.696 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR490240 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490241 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490242 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490243 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490252 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490253 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490254 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490255 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490256 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490257 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490258 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490259 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490260 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490261 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490262 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490263 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490264 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490265 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490266 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490267 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490268 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490269 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490270 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490271 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490272 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490273 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490274 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490275 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490276 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490277 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490278 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490279 2 0.497 -0.322 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR490280 4 0.353 1.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR490281 4 0.353 1.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR490282 4 0.353 1.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR490283 4 0.353 1.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR490284 1 0.128 -0.170 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR490285 1 0.128 -0.170 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR490286 1 0.128 -0.170 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR490287 1 0.128 -0.170 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR490288 2 0.112 0.915 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490289 2 0.112 0.915 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490290 2 0.112 0.915 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490291 2 0.112 0.915 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490292 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490293 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490294 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490295 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490296 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490300 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490301 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490302 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490303 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490304 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490317 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490318 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490319 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490320 2 0.102 0.920 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490321 2 0.102 0.920 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490322 2 0.102 0.920 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490323 2 0.102 0.920 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490324 2 0.738 -0.535 0.352 0.476 0.000 0.172
#> SRR490325 2 0.738 -0.535 0.352 0.476 0.000 0.172
#> SRR490326 2 0.738 -0.535 0.352 0.476 0.000 0.172
#> SRR490327 2 0.738 -0.535 0.352 0.476 0.000 0.172
#> SRR490328 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490329 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490330 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490331 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490332 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490333 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490334 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490335 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490336 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490337 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490338 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490339 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490340 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490341 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490342 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490343 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490344 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490408 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490417 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490418 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490419 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490420 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490421 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490422 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490423 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490424 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490429 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490430 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490431 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490432 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490433 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490434 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490435 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490436 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490437 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490438 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490439 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490440 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490445 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490446 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490447 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490448 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490449 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490450 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490451 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490452 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490453 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490454 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490455 2 0.156 0.890 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR490456 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490457 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490458 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490459 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490460 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490461 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490462 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490463 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490469 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490470 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490471 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490472 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490484 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490485 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490486 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490487 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490488 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490489 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490490 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490491 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490492 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490500 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490501 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490502 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490503 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490504 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490532 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490533 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490534 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490535 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490536 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490544 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490569 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490570 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490572 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490597 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.000 0.956 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490217 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490218 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490219 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490220 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490221 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490222 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490223 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490224 5 0.2505 0.7625 0.00 0.020 0.00 0.092 0.888
#> SRR490225 5 0.2505 0.7625 0.00 0.020 0.00 0.092 0.888
#> SRR490226 5 0.2505 0.7625 0.00 0.020 0.00 0.092 0.888
#> SRR490227 5 0.2505 0.7625 0.00 0.020 0.00 0.092 0.888
#> SRR490228 5 0.2230 0.7980 0.00 0.000 0.00 0.116 0.884
#> SRR490229 5 0.2230 0.7980 0.00 0.000 0.00 0.116 0.884
#> SRR490230 5 0.2230 0.7980 0.00 0.000 0.00 0.116 0.884
#> SRR490231 5 0.2230 0.7980 0.00 0.000 0.00 0.116 0.884
#> SRR490232 4 0.1544 0.8950 0.00 0.000 0.00 0.932 0.068
#> SRR490233 4 0.1544 0.8950 0.00 0.000 0.00 0.932 0.068
#> SRR490234 4 0.1544 0.8950 0.00 0.000 0.00 0.932 0.068
#> SRR490235 4 0.1544 0.8950 0.00 0.000 0.00 0.932 0.068
#> SRR490236 5 0.3821 0.6395 0.00 0.020 0.00 0.216 0.764
#> SRR490237 5 0.3821 0.6395 0.00 0.020 0.00 0.216 0.764
#> SRR490238 5 0.3821 0.6395 0.00 0.020 0.00 0.216 0.764
#> SRR490239 5 0.3821 0.6395 0.00 0.020 0.00 0.216 0.764
#> SRR490240 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490241 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490242 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490243 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490248 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490249 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490250 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490251 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490252 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490253 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490254 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490255 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490256 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490257 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490258 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490259 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490260 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490261 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490262 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490263 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490264 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490265 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490266 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490267 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490268 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490269 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490270 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490271 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490272 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490273 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490274 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490275 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490276 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490277 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490278 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490279 4 0.4300 -0.1419 0.00 0.000 0.00 0.524 0.476
#> SRR490280 1 0.2929 1.0000 0.82 0.000 0.18 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.2929 1.0000 0.82 0.000 0.18 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.2929 1.0000 0.82 0.000 0.18 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.2929 1.0000 0.82 0.000 0.18 0.000 0.000
#> SRR490284 2 0.6481 -0.0985 0.18 0.496 0.00 0.004 0.320
#> SRR490285 2 0.6481 -0.0985 0.18 0.496 0.00 0.004 0.320
#> SRR490286 2 0.6481 -0.0985 0.18 0.496 0.00 0.004 0.320
#> SRR490287 2 0.6481 -0.0985 0.18 0.496 0.00 0.004 0.320
#> SRR490288 4 0.0963 0.9309 0.00 0.000 0.00 0.964 0.036
#> SRR490289 4 0.0963 0.9309 0.00 0.000 0.00 0.964 0.036
#> SRR490290 4 0.0963 0.9309 0.00 0.000 0.00 0.964 0.036
#> SRR490291 4 0.0963 0.9309 0.00 0.000 0.00 0.964 0.036
#> SRR490292 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490293 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490294 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490295 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490296 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490300 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490301 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490302 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490303 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490304 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490312 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490313 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490314 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490315 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490316 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490317 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490318 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490319 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490320 4 0.0880 0.9357 0.00 0.000 0.00 0.968 0.032
#> SRR490321 4 0.0880 0.9357 0.00 0.000 0.00 0.968 0.032
#> SRR490322 4 0.0880 0.9357 0.00 0.000 0.00 0.968 0.032
#> SRR490323 4 0.0880 0.9357 0.00 0.000 0.00 0.968 0.032
#> SRR490324 2 0.6127 0.2056 0.00 0.532 0.00 0.316 0.152
#> SRR490325 2 0.6127 0.2056 0.00 0.532 0.00 0.316 0.152
#> SRR490326 2 0.6127 0.2056 0.00 0.532 0.00 0.316 0.152
#> SRR490327 2 0.6127 0.2056 0.00 0.532 0.00 0.316 0.152
#> SRR490328 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490329 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490330 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490331 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490332 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490333 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490334 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490335 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490336 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490337 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490338 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490339 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490340 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490341 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490342 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490343 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490344 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490345 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490346 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490347 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490348 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490349 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490350 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490351 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490352 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490353 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490354 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490355 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490356 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490357 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490358 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490359 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490360 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490361 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490362 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490363 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490364 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490365 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490366 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490367 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490368 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490369 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490370 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490371 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490376 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490377 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490378 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490379 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490384 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490385 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490386 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490387 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490388 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490389 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490390 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490391 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490392 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490393 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490394 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490395 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490396 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490397 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490398 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490399 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490400 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490401 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490402 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490403 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490404 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490405 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490406 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490407 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490409 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490410 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490411 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490417 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490418 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490419 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490420 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490421 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490422 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490423 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490424 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490425 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490426 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490427 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490428 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490429 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490430 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490431 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490432 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490433 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490434 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490435 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490436 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490437 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490438 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490439 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490440 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490441 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490442 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490443 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490444 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490445 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490446 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490447 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490448 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490449 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490450 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490451 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490452 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490453 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490454 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490455 4 0.1341 0.9092 0.00 0.000 0.00 0.944 0.056
#> SRR490456 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490457 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490458 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490459 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490460 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490461 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490462 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490463 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490468 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490469 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490470 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490471 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490472 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490473 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490474 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490475 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.00 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490501 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490504 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490505 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490506 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490507 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490508 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490529 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490530 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490531 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490532 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490533 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490534 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490535 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490536 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490537 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490538 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490539 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490540 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490541 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490542 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490543 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490544 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490545 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490546 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490547 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490548 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490549 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490550 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490551 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490552 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490553 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490554 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490555 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490556 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490557 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490558 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490559 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490560 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490561 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490562 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490563 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490564 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490565 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490566 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490567 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490568 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490569 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490570 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490571 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490572 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490573 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490574 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490575 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490576 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490577 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490578 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490579 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490580 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490581 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490582 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490583 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490584 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490585 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490586 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490587 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490588 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490589 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490590 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490591 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490592 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490593 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490594 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490595 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490596 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490597 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490598 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR490599 4 0.0000 0.9666 0.00 0.000 0.00 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490220 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490221 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490222 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490223 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490224 6 0.2129 0.8563 0.040 0.056 0.00 0.000 0.000 0.904
#> SRR490225 6 0.2129 0.8563 0.040 0.056 0.00 0.000 0.000 0.904
#> SRR490226 6 0.2129 0.8563 0.040 0.056 0.00 0.000 0.000 0.904
#> SRR490227 6 0.2129 0.8563 0.040 0.056 0.00 0.000 0.000 0.904
#> SRR490228 6 0.2437 0.8583 0.000 0.072 0.00 0.036 0.004 0.888
#> SRR490229 6 0.2437 0.8583 0.000 0.072 0.00 0.036 0.004 0.888
#> SRR490230 6 0.2437 0.8583 0.000 0.072 0.00 0.036 0.004 0.888
#> SRR490231 6 0.2437 0.8583 0.000 0.072 0.00 0.036 0.004 0.888
#> SRR490232 2 0.1387 0.8979 0.000 0.932 0.00 0.000 0.000 0.068
#> SRR490233 2 0.1387 0.8979 0.000 0.932 0.00 0.000 0.000 0.068
#> SRR490234 2 0.1387 0.8979 0.000 0.932 0.00 0.000 0.000 0.068
#> SRR490235 2 0.1387 0.8979 0.000 0.932 0.00 0.000 0.000 0.068
#> SRR490236 6 0.4400 0.7668 0.004 0.096 0.00 0.008 0.148 0.744
#> SRR490237 6 0.4400 0.7668 0.004 0.096 0.00 0.008 0.148 0.744
#> SRR490238 6 0.4400 0.7668 0.004 0.096 0.00 0.008 0.148 0.744
#> SRR490239 6 0.4400 0.7668 0.004 0.096 0.00 0.008 0.148 0.744
#> SRR490240 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490256 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490257 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490258 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490259 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490260 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490261 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490262 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490263 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490264 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490265 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490266 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490267 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490268 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490269 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490270 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490271 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490272 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490273 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490274 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490275 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490276 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490277 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490278 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490279 2 0.3991 -0.0198 0.004 0.524 0.00 0.000 0.000 0.472
#> SRR490280 4 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.04 0.960 0.000 0.000
#> SRR490281 4 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.04 0.960 0.000 0.000
#> SRR490282 4 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.04 0.960 0.000 0.000
#> SRR490283 4 0.0937 1.0000 0.000 0.000 0.04 0.960 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 2 0.0865 0.9326 0.000 0.964 0.00 0.000 0.000 0.036
#> SRR490289 2 0.0865 0.9326 0.000 0.964 0.00 0.000 0.000 0.036
#> SRR490290 2 0.0865 0.9326 0.000 0.964 0.00 0.000 0.000 0.036
#> SRR490291 2 0.0865 0.9326 0.000 0.964 0.00 0.000 0.000 0.036
#> SRR490292 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490293 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490320 2 0.0790 0.9373 0.000 0.968 0.00 0.000 0.000 0.032
#> SRR490321 2 0.0790 0.9373 0.000 0.968 0.00 0.000 0.000 0.032
#> SRR490322 2 0.0790 0.9373 0.000 0.968 0.00 0.000 0.000 0.032
#> SRR490323 2 0.0790 0.9373 0.000 0.968 0.00 0.000 0.000 0.032
#> SRR490324 5 0.2300 1.0000 0.000 0.144 0.00 0.000 0.856 0.000
#> SRR490325 5 0.2300 1.0000 0.000 0.144 0.00 0.000 0.856 0.000
#> SRR490326 5 0.2300 1.0000 0.000 0.144 0.00 0.000 0.856 0.000
#> SRR490327 5 0.2300 1.0000 0.000 0.144 0.00 0.000 0.856 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490420 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490421 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490422 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490423 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490424 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490425 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490426 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490427 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490428 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490429 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490430 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490431 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490432 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490448 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490449 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490452 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490453 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490454 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490455 2 0.1204 0.9116 0.000 0.944 0.00 0.000 0.000 0.056
#> SRR490456 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490532 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490533 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490534 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490535 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.9674 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.998 0.1569 0.847 0.847
#> 3 3 1.000 0.959 0.986 1.3501 0.777 0.737
#> 4 4 0.623 0.527 0.788 0.5159 0.981 0.970
#> 5 5 0.636 0.795 0.845 0.1726 0.699 0.521
#> 6 6 0.636 0.526 0.774 0.0855 0.967 0.906
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490224 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490225 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490226 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490227 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490228 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490229 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490230 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490231 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490232 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490233 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490234 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490235 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490236 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490237 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490238 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490239 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490240 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490260 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490261 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490262 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490263 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490264 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490265 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490266 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490267 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490268 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490269 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490271 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490272 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490273 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490274 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490275 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490276 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490277 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490278 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490279 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490280 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR490283 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490284 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490285 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490286 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490287 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490288 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490321 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490322 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490323 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490324 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490325 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490326 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490327 2 0.2236 0.965 0.036 0.964
#> SRR490328 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490424 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490425 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490426 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490427 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490428 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490453 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490533 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490534 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490535 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490217 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490218 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490219 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490220 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490221 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490222 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490223 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490224 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490225 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490226 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490227 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490228 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490229 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490230 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490231 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490232 1 0.0592 0.8929 0.988 0.012 0
#> SRR490233 1 0.0892 0.8840 0.980 0.020 0
#> SRR490234 1 0.1643 0.8523 0.956 0.044 0
#> SRR490235 1 0.1031 0.8792 0.976 0.024 0
#> SRR490236 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490237 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490238 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490239 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490240 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490241 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490242 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490243 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490248 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490249 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490250 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490251 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490252 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490253 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490254 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490255 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490256 1 0.4504 0.6215 0.804 0.196 0
#> SRR490257 1 0.6215 0.3053 0.572 0.428 0
#> SRR490258 1 0.5098 0.5397 0.752 0.248 0
#> SRR490259 1 0.5678 0.4404 0.684 0.316 0
#> SRR490260 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490261 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490262 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490263 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490264 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490265 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490266 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490267 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490268 1 0.6309 0.0714 0.500 0.500 0
#> SRR490269 2 0.6154 0.2555 0.408 0.592 0
#> SRR490270 2 0.6252 0.1322 0.444 0.556 0
#> SRR490271 2 0.6180 0.2296 0.416 0.584 0
#> SRR490272 1 0.0424 0.8970 0.992 0.008 0
#> SRR490273 1 0.0424 0.8970 0.992 0.008 0
#> SRR490274 1 0.0592 0.8930 0.988 0.012 0
#> SRR490275 1 0.1163 0.8739 0.972 0.028 0
#> SRR490276 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490277 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490278 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490279 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490280 1 0.0000 0.8933 1.000 0.000 0
#> SRR490281 1 0.0000 0.8933 1.000 0.000 0
#> SRR490282 1 0.0000 0.8933 1.000 0.000 0
#> SRR490283 1 0.0000 0.8933 1.000 0.000 0
#> SRR490284 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490285 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490286 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490287 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490288 2 0.1163 0.9636 0.028 0.972 0
#> SRR490289 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490290 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490291 2 0.0424 0.9838 0.008 0.992 0
#> SRR490292 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490293 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490294 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490295 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490296 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490297 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490298 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490299 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490300 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490301 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490302 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490303 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490304 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490305 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490306 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490307 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490312 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490313 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490314 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490315 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490316 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490317 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490318 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490319 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490320 1 0.2625 0.7925 0.916 0.084 0
#> SRR490321 1 0.1964 0.8349 0.944 0.056 0
#> SRR490322 1 0.4452 0.6275 0.808 0.192 0
#> SRR490323 1 0.4504 0.6215 0.804 0.196 0
#> SRR490324 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490325 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490326 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490327 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490328 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490329 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490330 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490331 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490332 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490333 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490334 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490335 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490336 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490337 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490338 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490339 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490340 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490341 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490342 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490343 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490344 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490345 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490346 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490347 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490348 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490349 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490350 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490351 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490352 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490353 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490354 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490355 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490356 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490357 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490358 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490359 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490360 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490361 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490362 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490363 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490364 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490365 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490366 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490367 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490368 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490369 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490370 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490371 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490376 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490377 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490378 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490379 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490384 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490385 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490386 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490387 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490388 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490389 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490390 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490391 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490392 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490393 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490394 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490395 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490396 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490397 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490398 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490399 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490400 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490401 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490402 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490403 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490404 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490405 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490406 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490407 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490408 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490409 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490410 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490411 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490416 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490417 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490418 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490419 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490420 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490421 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490422 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490423 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490424 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490425 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490426 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490427 1 0.0237 0.9003 0.996 0.004 0
#> SRR490428 2 0.2066 0.9285 0.060 0.940 0
#> SRR490429 2 0.0424 0.9838 0.008 0.992 0
#> SRR490430 2 0.1860 0.9377 0.052 0.948 0
#> SRR490431 2 0.1289 0.9593 0.032 0.968 0
#> SRR490432 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490433 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490434 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490435 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490436 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490437 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490438 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490439 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490440 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490441 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490442 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490443 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490444 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490445 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490446 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490447 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490448 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490449 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490450 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490451 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490452 1 0.6235 0.2900 0.564 0.436 0
#> SRR490453 2 0.4654 0.7212 0.208 0.792 0
#> SRR490454 2 0.4654 0.7212 0.208 0.792 0
#> SRR490455 2 0.4887 0.6864 0.228 0.772 0
#> SRR490456 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490457 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490458 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490459 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490460 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490461 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490462 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490463 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490468 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490469 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490470 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490471 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490472 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490473 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490474 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490475 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1
#> SRR490480 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490481 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490482 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490483 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490484 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490485 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490486 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490487 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490488 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490489 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490490 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490491 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490492 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490493 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490494 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490495 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490496 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490497 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490498 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490499 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490500 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490501 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490502 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490503 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490504 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490505 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490506 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490507 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490508 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490509 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490510 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490511 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490512 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490513 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490514 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490515 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490516 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490517 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490518 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490519 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490520 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490521 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490522 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490523 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490524 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490525 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490526 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490527 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490528 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490529 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490530 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490531 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490532 2 0.2537 0.9049 0.080 0.920 0
#> SRR490533 2 0.1860 0.9376 0.052 0.948 0
#> SRR490534 2 0.1643 0.9464 0.044 0.956 0
#> SRR490535 2 0.1860 0.9376 0.052 0.948 0
#> SRR490536 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490537 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490538 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490539 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490540 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490541 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490542 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490543 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490544 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490545 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490546 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490547 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490548 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490549 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490550 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490551 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490552 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490553 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490554 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490555 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490556 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490557 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490558 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490559 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490560 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490561 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490562 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490563 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490564 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490565 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490566 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490567 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490568 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490569 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490570 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490571 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490572 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490573 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490574 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490575 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490576 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490577 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490578 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490579 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490580 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490581 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490582 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490583 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490584 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490585 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490586 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490587 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490588 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490589 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490590 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490591 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490592 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490593 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490594 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490595 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490596 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490597 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490598 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
#> SRR490599 2 0.0000 0.9917 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.4193 -0.13426 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR490217 2 0.3907 -0.01948 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR490218 2 0.3942 -0.03215 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490219 2 0.4103 -0.09621 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR490220 2 0.4661 -0.37019 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR490221 2 0.4679 -0.38090 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR490222 2 0.4679 -0.38090 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR490223 2 0.4679 -0.38090 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR490224 1 0.0336 0.81496 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490225 1 0.0336 0.81496 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490226 1 0.0336 0.81496 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490227 1 0.0336 0.81496 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490228 1 0.0188 0.81579 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490229 1 0.0188 0.81579 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490230 1 0.0188 0.81579 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490231 1 0.0188 0.81579 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490232 4 0.7521 0.55904 0.368 0.188 0.000 0.444
#> SRR490233 4 0.7521 0.55904 0.368 0.188 0.000 0.444
#> SRR490234 4 0.7540 0.57097 0.364 0.192 0.000 0.444
#> SRR490235 4 0.7540 0.57097 0.364 0.192 0.000 0.444
#> SRR490236 1 0.0469 0.81615 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490237 1 0.0469 0.81615 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490238 1 0.0469 0.81615 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490239 1 0.0469 0.81615 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490240 2 0.4817 -0.47568 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490241 2 0.4804 -0.46529 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490242 2 0.4804 -0.46529 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490243 2 0.4817 -0.47568 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490244 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.2704 0.26253 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR490249 2 0.2345 0.30939 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR490250 2 0.2530 0.28665 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR490251 2 0.2530 0.28660 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR490252 2 0.4164 -0.12544 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR490253 2 0.4103 -0.10048 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR490254 2 0.4134 -0.11339 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR490255 2 0.4103 -0.10048 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR490256 4 0.7412 0.84516 0.168 0.388 0.000 0.444
#> SRR490257 4 0.7279 0.85516 0.148 0.408 0.000 0.444
#> SRR490258 4 0.7307 0.85748 0.152 0.404 0.000 0.444
#> SRR490259 4 0.7335 0.85789 0.156 0.400 0.000 0.444
#> SRR490260 1 0.3837 0.77641 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR490261 1 0.3837 0.77641 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR490262 1 0.3837 0.77641 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR490263 1 0.3837 0.77641 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR490264 1 0.3726 0.78205 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490265 1 0.3726 0.78205 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490266 1 0.3726 0.78205 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490267 1 0.3726 0.78205 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490268 4 0.7335 0.85789 0.156 0.400 0.000 0.444
#> SRR490269 4 0.7083 0.81974 0.124 0.432 0.000 0.444
#> SRR490270 4 0.7335 0.85768 0.156 0.400 0.000 0.444
#> SRR490271 4 0.7186 0.84047 0.136 0.420 0.000 0.444
#> SRR490272 1 0.4889 0.58169 0.636 0.004 0.000 0.360
#> SRR490273 1 0.4905 0.57303 0.632 0.004 0.000 0.364
#> SRR490274 1 0.4905 0.57303 0.632 0.004 0.000 0.364
#> SRR490275 1 0.5040 0.56368 0.628 0.008 0.000 0.364
#> SRR490276 1 0.3801 0.77844 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR490277 1 0.4155 0.75869 0.756 0.004 0.000 0.240
#> SRR490278 1 0.4188 0.75464 0.752 0.004 0.000 0.244
#> SRR490279 1 0.3801 0.77844 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR490280 1 0.2216 0.76924 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490281 1 0.2216 0.76924 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490282 1 0.2216 0.76924 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490283 1 0.2216 0.76924 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR490284 1 0.0707 0.81133 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490285 1 0.0707 0.81133 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490286 1 0.0707 0.81133 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490287 1 0.0707 0.81133 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490288 2 0.5712 -0.55114 0.032 0.584 0.000 0.384
#> SRR490289 2 0.5233 -0.38602 0.020 0.648 0.000 0.332
#> SRR490290 2 0.5298 -0.47790 0.016 0.612 0.000 0.372
#> SRR490291 2 0.5371 -0.46900 0.020 0.616 0.000 0.364
#> SRR490292 2 0.4817 -0.47568 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490293 2 0.4817 -0.47568 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490294 2 0.4817 -0.47568 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490295 2 0.4817 -0.47568 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490296 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490297 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490298 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490299 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490300 2 0.3942 -0.03607 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490301 2 0.3942 -0.03607 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490302 2 0.3942 -0.03607 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490303 2 0.3942 -0.03607 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490304 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490305 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490306 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490307 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490308 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.3942 -0.03442 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR490313 2 0.3837 0.00344 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR490314 2 0.3649 0.05493 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR490315 2 0.3764 0.02437 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR490316 2 0.4250 -0.16150 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR490317 2 0.3907 -0.02172 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR490318 2 0.3873 -0.00904 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR490319 2 0.3873 -0.00904 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR490320 1 0.5161 0.47502 0.592 0.008 0.000 0.400
#> SRR490321 1 0.5220 0.39946 0.568 0.008 0.000 0.424
#> SRR490322 1 0.5636 0.33654 0.552 0.024 0.000 0.424
#> SRR490323 1 0.5444 0.37144 0.560 0.016 0.000 0.424
#> SRR490324 1 0.0592 0.81321 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490325 1 0.0592 0.81321 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490326 1 0.0592 0.81321 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490327 1 0.0592 0.81321 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490328 2 0.0592 0.43192 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490329 2 0.2149 0.53953 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR490330 2 0.1940 0.52819 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR490331 2 0.2469 0.55729 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR490332 2 0.1118 0.40418 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490333 2 0.0817 0.42138 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490334 2 0.0921 0.43708 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490335 2 0.0921 0.41583 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490336 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490337 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490338 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490339 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490340 2 0.3726 0.03849 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR490341 2 0.3266 0.15274 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR490342 2 0.3266 0.15270 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR490343 2 0.3569 0.08213 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR490344 2 0.1389 0.47735 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490345 2 0.2081 0.53546 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR490346 2 0.1867 0.52462 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR490347 2 0.1474 0.48154 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490348 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490349 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490350 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490351 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490352 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490353 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490354 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490355 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490356 2 0.0592 0.43197 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490357 2 0.0921 0.41579 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490358 2 0.0707 0.42683 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490359 2 0.0817 0.42141 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490360 2 0.4877 0.71748 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR490361 2 0.4877 0.71748 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR490362 2 0.4877 0.71748 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR490363 2 0.4877 0.71748 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR490364 2 0.4776 0.72675 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR490365 2 0.4790 0.72855 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR490366 2 0.4776 0.73039 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR490367 2 0.4776 0.73039 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR490368 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490369 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490370 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490371 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490372 3 0.1022 0.97964 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR490373 3 0.1022 0.97964 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR490374 3 0.1022 0.97964 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR490375 3 0.1022 0.97964 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR490376 2 0.3311 0.60879 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR490377 2 0.3726 0.63692 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR490378 2 0.3356 0.61173 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR490379 2 0.4356 0.68674 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR490380 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490385 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490386 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490387 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490388 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490389 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490390 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490391 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490392 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490393 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490394 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490395 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490396 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490397 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490398 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490399 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490400 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490401 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490402 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490403 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490404 2 0.0188 0.45559 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490405 2 0.0336 0.46021 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490406 2 0.0469 0.46446 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490407 2 0.0707 0.47338 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490408 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490409 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490410 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490411 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490412 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.1022 0.42141 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490417 2 0.0817 0.43190 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490418 2 0.1022 0.44190 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490419 2 0.1474 0.45599 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR490420 2 0.4804 -0.46529 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490421 2 0.4761 -0.43404 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490422 2 0.4776 -0.44446 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR490423 2 0.4776 -0.44446 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR490424 1 0.4382 0.70287 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR490425 1 0.4431 0.69085 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR490426 1 0.4382 0.70287 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR490427 1 0.4406 0.69710 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR490428 2 0.5999 -0.62824 0.044 0.552 0.000 0.404
#> SRR490429 2 0.5735 -0.57009 0.032 0.576 0.000 0.392
#> SRR490430 2 0.6031 -0.60242 0.048 0.564 0.000 0.388
#> SRR490431 2 0.5894 -0.59012 0.040 0.568 0.000 0.392
#> SRR490432 2 0.3801 0.01500 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR490433 2 0.3726 0.03840 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR490434 2 0.3074 0.18966 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR490435 2 0.3444 0.11317 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490436 2 0.4624 -0.35200 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR490437 2 0.4624 -0.35200 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR490438 2 0.4624 -0.35200 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR490439 2 0.4624 -0.35200 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR490440 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490441 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490442 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490443 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490444 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490445 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490446 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490447 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490448 2 0.4164 -0.12368 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR490449 2 0.3873 -0.00902 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR490450 2 0.4072 -0.08543 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR490451 2 0.4040 -0.07267 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR490452 4 0.7249 0.85127 0.144 0.412 0.000 0.444
#> SRR490453 2 0.6514 -0.71147 0.076 0.516 0.000 0.408
#> SRR490454 2 0.6514 -0.71147 0.076 0.516 0.000 0.408
#> SRR490455 2 0.6580 -0.73718 0.080 0.504 0.000 0.416
#> SRR490456 2 0.3975 -0.04878 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR490457 2 0.4008 -0.06173 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR490458 2 0.3873 -0.01044 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR490459 2 0.4304 -0.18935 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR490460 2 0.4643 -0.35942 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490461 2 0.4454 -0.25882 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR490462 2 0.4661 -0.37018 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR490463 2 0.4564 -0.31580 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR490464 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.1302 0.39212 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490469 2 0.1211 0.39825 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490470 2 0.1118 0.40418 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490471 2 0.1302 0.39212 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490472 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490473 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490474 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490475 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490476 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.99665 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490481 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490482 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490483 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490484 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490485 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490486 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490487 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490488 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490489 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490490 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490491 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490492 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490493 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490494 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490495 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490496 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490497 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490498 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490499 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490500 2 0.4072 0.63187 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR490501 2 0.4072 0.63187 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR490502 2 0.4134 0.63744 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR490503 2 0.4072 0.63187 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR490504 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490505 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490506 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490507 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490508 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490509 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490510 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490511 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490512 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490513 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490514 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490515 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490516 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490517 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490518 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490519 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490520 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490521 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490522 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490523 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490524 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490525 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490526 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490527 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490528 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490529 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490530 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490531 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490532 2 0.6243 -0.64007 0.060 0.548 0.000 0.392
#> SRR490533 2 0.5897 -0.54615 0.044 0.588 0.000 0.368
#> SRR490534 2 0.5497 -0.32719 0.044 0.672 0.000 0.284
#> SRR490535 2 0.5936 -0.57365 0.044 0.576 0.000 0.380
#> SRR490536 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490537 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490538 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490539 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490540 2 0.4866 0.72063 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR490541 2 0.4866 0.72063 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR490542 2 0.4866 0.72063 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR490543 2 0.4866 0.72063 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR490544 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490545 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490546 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490547 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490548 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490549 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490550 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490551 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490552 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490553 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490554 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490555 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490556 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490557 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490558 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490559 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490560 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490561 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490562 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490563 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490564 2 0.0707 0.42674 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490565 2 0.0592 0.44203 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490566 2 0.0817 0.42134 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490567 2 0.0817 0.42134 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490568 2 0.4888 0.71436 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490569 2 0.4888 0.71436 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490570 2 0.4888 0.71436 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490571 2 0.4888 0.71436 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490572 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490573 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490574 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490575 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490576 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490577 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490578 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490579 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490580 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490581 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490582 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490583 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490584 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490585 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490586 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490587 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490588 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490589 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490590 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490591 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490592 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490593 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490594 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490595 2 0.4804 0.73376 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR490596 2 0.0336 0.44183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490597 2 0.0469 0.44642 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490598 2 0.0336 0.44183 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490599 2 0.0336 0.44183 0.000 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 1 0.3215 0.798 0.852 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490217 1 0.3269 0.799 0.848 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490218 1 0.3269 0.799 0.848 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490219 1 0.3215 0.798 0.852 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490220 1 0.2305 0.803 0.896 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490221 1 0.2305 0.803 0.896 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490222 1 0.2305 0.803 0.896 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490223 1 0.2305 0.803 0.896 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490224 3 0.3876 0.730 0.000 0.000 0.684 0.000 NA
#> SRR490225 3 0.3876 0.730 0.000 0.000 0.684 0.000 NA
#> SRR490226 3 0.3876 0.730 0.000 0.000 0.684 0.000 NA
#> SRR490227 3 0.3876 0.730 0.000 0.000 0.684 0.000 NA
#> SRR490228 3 0.4366 0.725 0.016 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR490229 3 0.4366 0.725 0.016 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR490230 3 0.4366 0.725 0.016 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR490231 3 0.4366 0.725 0.016 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR490232 3 0.5509 0.427 0.360 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR490233 3 0.5509 0.427 0.360 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR490234 3 0.5520 0.421 0.364 0.000 0.560 0.000 NA
#> SRR490235 3 0.5520 0.421 0.364 0.000 0.560 0.000 NA
#> SRR490236 3 0.3790 0.737 0.004 0.000 0.724 0.000 NA
#> SRR490237 3 0.3790 0.737 0.004 0.000 0.724 0.000 NA
#> SRR490238 3 0.3790 0.737 0.004 0.000 0.724 0.000 NA
#> SRR490239 3 0.3790 0.737 0.004 0.000 0.724 0.000 NA
#> SRR490240 1 0.2293 0.796 0.900 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR490241 1 0.2293 0.796 0.900 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR490242 1 0.2293 0.796 0.900 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR490243 1 0.2293 0.796 0.900 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR490244 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490245 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490246 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490247 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490248 1 0.4878 0.710 0.676 0.000 0.000 0.264 NA
#> SRR490249 1 0.5203 0.639 0.608 0.000 0.000 0.332 NA
#> SRR490250 1 0.5260 0.607 0.592 0.000 0.000 0.348 NA
#> SRR490251 1 0.4988 0.696 0.656 0.000 0.000 0.284 NA
#> SRR490252 1 0.3037 0.804 0.860 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490253 1 0.3037 0.804 0.860 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490254 1 0.3112 0.804 0.856 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490255 1 0.3112 0.804 0.856 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490256 1 0.5328 0.207 0.584 0.000 0.352 0.000 NA
#> SRR490257 1 0.5260 0.258 0.604 0.000 0.332 0.000 NA
#> SRR490258 1 0.5316 0.217 0.588 0.000 0.348 0.000 NA
#> SRR490259 1 0.5316 0.217 0.588 0.000 0.348 0.000 NA
#> SRR490260 3 0.1041 0.744 0.032 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR490261 3 0.1041 0.744 0.032 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR490262 3 0.1041 0.744 0.032 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR490263 3 0.1041 0.744 0.032 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR490264 3 0.1310 0.745 0.024 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR490265 3 0.1310 0.745 0.024 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR490266 3 0.1310 0.745 0.024 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR490267 3 0.1310 0.745 0.024 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR490268 1 0.5200 0.313 0.628 0.000 0.304 0.000 NA
#> SRR490269 1 0.5295 0.342 0.636 0.000 0.292 0.004 NA
#> SRR490270 1 0.5218 0.305 0.624 0.000 0.308 0.000 NA
#> SRR490271 1 0.5144 0.338 0.640 0.000 0.292 0.000 NA
#> SRR490272 3 0.3655 0.673 0.160 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR490273 3 0.3655 0.673 0.160 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR490274 3 0.3655 0.673 0.160 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR490275 3 0.3655 0.673 0.160 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR490276 3 0.0794 0.743 0.028 0.000 0.972 0.000 NA
#> SRR490277 3 0.0880 0.743 0.032 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR490278 3 0.1197 0.740 0.048 0.000 0.952 0.000 NA
#> SRR490279 3 0.0794 0.743 0.028 0.000 0.972 0.000 NA
#> SRR490280 3 0.4746 0.657 0.016 0.000 0.504 0.000 NA
#> SRR490281 3 0.4746 0.657 0.016 0.000 0.504 0.000 NA
#> SRR490282 3 0.4746 0.657 0.016 0.000 0.504 0.000 NA
#> SRR490283 3 0.4746 0.657 0.016 0.000 0.504 0.000 NA
#> SRR490284 3 0.4582 0.697 0.012 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR490285 3 0.4582 0.697 0.012 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR490286 3 0.4582 0.697 0.012 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR490287 3 0.4582 0.697 0.012 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR490288 1 0.3525 0.738 0.856 0.000 0.036 0.048 NA
#> SRR490289 1 0.3584 0.748 0.852 0.000 0.032 0.056 NA
#> SRR490290 1 0.3584 0.748 0.852 0.000 0.032 0.056 NA
#> SRR490291 1 0.3584 0.748 0.852 0.000 0.032 0.056 NA
#> SRR490292 1 0.2804 0.782 0.884 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR490293 1 0.2830 0.793 0.876 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR490294 1 0.2830 0.793 0.876 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR490295 1 0.2830 0.793 0.876 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR490296 4 0.2411 0.809 0.108 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR490297 4 0.2563 0.792 0.120 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490298 4 0.2411 0.809 0.108 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR490299 4 0.1830 0.861 0.068 0.000 0.000 0.924 NA
#> SRR490300 1 0.2983 0.805 0.864 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490301 1 0.2983 0.805 0.864 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490302 1 0.3037 0.806 0.860 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490303 1 0.2983 0.805 0.864 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490304 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490305 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490306 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490307 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490308 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490309 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490310 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490311 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490312 1 0.3471 0.794 0.836 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490313 1 0.3780 0.792 0.812 0.000 0.000 0.116 NA
#> SRR490314 1 0.4010 0.787 0.792 0.000 0.000 0.136 NA
#> SRR490315 1 0.3828 0.791 0.808 0.000 0.000 0.120 NA
#> SRR490316 1 0.2927 0.800 0.868 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490317 1 0.3090 0.804 0.856 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR490318 1 0.3090 0.804 0.856 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR490319 1 0.3090 0.804 0.856 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR490320 3 0.5004 0.613 0.216 0.000 0.692 0.000 NA
#> SRR490321 3 0.5060 0.606 0.224 0.000 0.684 0.000 NA
#> SRR490322 3 0.5088 0.603 0.228 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR490323 3 0.5088 0.603 0.228 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR490324 3 0.4425 0.706 0.008 0.000 0.600 0.000 NA
#> SRR490325 3 0.4425 0.706 0.008 0.000 0.600 0.000 NA
#> SRR490326 3 0.4425 0.706 0.008 0.000 0.600 0.000 NA
#> SRR490327 3 0.4425 0.706 0.008 0.000 0.600 0.000 NA
#> SRR490328 1 0.4655 0.684 0.644 0.000 0.000 0.328 NA
#> SRR490329 1 0.4924 0.513 0.552 0.000 0.000 0.420 NA
#> SRR490330 1 0.4948 0.471 0.536 0.000 0.000 0.436 NA
#> SRR490331 1 0.4979 0.357 0.492 0.000 0.000 0.480 NA
#> SRR490332 1 0.4780 0.735 0.692 0.000 0.000 0.248 NA
#> SRR490333 1 0.4830 0.730 0.684 0.000 0.000 0.256 NA
#> SRR490334 1 0.4885 0.718 0.668 0.000 0.000 0.276 NA
#> SRR490335 1 0.4806 0.733 0.688 0.000 0.000 0.252 NA
#> SRR490336 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490337 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490338 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490339 4 0.0290 0.914 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490340 1 0.3237 0.804 0.848 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR490341 1 0.3798 0.794 0.808 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR490342 1 0.3752 0.796 0.812 0.000 0.000 0.124 NA
#> SRR490343 1 0.3339 0.803 0.840 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR490344 1 0.5650 0.338 0.468 0.000 0.000 0.456 NA
#> SRR490345 4 0.5641 -0.236 0.436 0.000 0.000 0.488 NA
#> SRR490346 4 0.5641 -0.244 0.436 0.000 0.000 0.488 NA
#> SRR490347 1 0.5649 0.356 0.472 0.000 0.000 0.452 NA
#> SRR490348 4 0.0880 0.914 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR490349 4 0.0880 0.914 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR490350 4 0.0880 0.914 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR490351 4 0.0880 0.914 0.000 0.000 0.000 0.968 NA
#> SRR490352 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490353 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490354 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490355 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490356 1 0.5489 0.710 0.648 0.000 0.000 0.216 NA
#> SRR490357 1 0.5489 0.710 0.648 0.000 0.000 0.216 NA
#> SRR490358 1 0.5516 0.707 0.644 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR490359 1 0.5434 0.716 0.656 0.000 0.000 0.208 NA
#> SRR490360 4 0.3093 0.868 0.008 0.000 0.000 0.824 NA
#> SRR490361 4 0.3093 0.868 0.008 0.000 0.000 0.824 NA
#> SRR490362 4 0.3093 0.868 0.008 0.000 0.000 0.824 NA
#> SRR490363 4 0.3093 0.868 0.008 0.000 0.000 0.824 NA
#> SRR490364 4 0.5972 0.375 0.276 0.000 0.000 0.572 NA
#> SRR490365 4 0.5895 0.424 0.260 0.000 0.000 0.588 NA
#> SRR490366 4 0.5895 0.424 0.260 0.000 0.000 0.588 NA
#> SRR490367 4 0.5895 0.424 0.260 0.000 0.000 0.588 NA
#> SRR490368 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490369 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490370 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490371 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490372 2 0.0955 0.979 0.004 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR490373 2 0.0955 0.979 0.004 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR490374 2 0.0955 0.979 0.004 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR490375 2 0.0955 0.979 0.004 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR490376 4 0.5200 0.316 0.304 0.000 0.000 0.628 NA
#> SRR490377 4 0.4972 0.456 0.260 0.000 0.000 0.672 NA
#> SRR490378 4 0.5252 0.274 0.316 0.000 0.000 0.616 NA
#> SRR490379 4 0.4372 0.670 0.172 0.000 0.000 0.756 NA
#> SRR490380 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490381 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490382 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490383 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490384 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490385 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490386 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490387 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490388 4 0.3622 0.850 0.048 0.000 0.000 0.816 NA
#> SRR490389 4 0.3622 0.850 0.048 0.000 0.000 0.816 NA
#> SRR490390 4 0.3622 0.850 0.048 0.000 0.000 0.816 NA
#> SRR490391 4 0.3622 0.850 0.048 0.000 0.000 0.816 NA
#> SRR490392 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490393 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490394 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490395 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490396 4 0.3622 0.850 0.048 0.000 0.000 0.816 NA
#> SRR490397 4 0.3477 0.858 0.040 0.000 0.000 0.824 NA
#> SRR490398 4 0.3551 0.855 0.044 0.000 0.000 0.820 NA
#> SRR490399 4 0.3551 0.855 0.044 0.000 0.000 0.820 NA
#> SRR490400 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490401 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490402 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490403 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490404 1 0.6054 0.576 0.548 0.000 0.000 0.304 NA
#> SRR490405 1 0.6008 0.598 0.560 0.000 0.000 0.292 NA
#> SRR490406 1 0.6175 0.511 0.516 0.000 0.000 0.332 NA
#> SRR490407 1 0.6162 0.550 0.532 0.000 0.000 0.308 NA
#> SRR490408 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490409 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490410 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490411 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490412 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490413 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490414 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490415 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490416 1 0.4350 0.735 0.704 0.000 0.000 0.268 NA
#> SRR490417 1 0.4420 0.727 0.692 0.000 0.000 0.280 NA
#> SRR490418 1 0.4442 0.724 0.688 0.000 0.000 0.284 NA
#> SRR490419 1 0.4442 0.724 0.688 0.000 0.000 0.284 NA
#> SRR490420 1 0.2331 0.791 0.900 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR490421 1 0.2189 0.796 0.904 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR490422 1 0.2189 0.796 0.904 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR490423 1 0.2189 0.796 0.904 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR490424 3 0.2426 0.730 0.064 0.000 0.900 0.000 NA
#> SRR490425 3 0.2554 0.727 0.072 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR490426 3 0.2491 0.729 0.068 0.000 0.896 0.000 NA
#> SRR490427 3 0.2491 0.729 0.068 0.000 0.896 0.000 NA
#> SRR490428 1 0.3713 0.701 0.844 0.000 0.056 0.032 NA
#> SRR490429 1 0.3724 0.707 0.844 0.000 0.052 0.036 NA
#> SRR490430 1 0.3724 0.707 0.844 0.000 0.052 0.036 NA
#> SRR490431 1 0.3724 0.707 0.844 0.000 0.052 0.036 NA
#> SRR490432 1 0.2416 0.805 0.888 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490433 1 0.2616 0.806 0.880 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490434 1 0.3399 0.790 0.812 0.000 0.000 0.168 NA
#> SRR490435 1 0.3106 0.800 0.840 0.000 0.000 0.140 NA
#> SRR490436 1 0.2850 0.803 0.872 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490437 1 0.2850 0.803 0.872 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490438 1 0.2850 0.803 0.872 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490439 1 0.2850 0.803 0.872 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490440 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490441 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490442 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490443 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490444 4 0.0798 0.905 0.016 0.000 0.000 0.976 NA
#> SRR490445 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490446 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490447 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490448 1 0.2249 0.803 0.896 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490449 1 0.2358 0.805 0.888 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR490450 1 0.2249 0.803 0.896 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490451 1 0.2304 0.805 0.892 0.000 0.000 0.100 NA
#> SRR490452 1 0.4078 0.577 0.784 0.000 0.148 0.000 NA
#> SRR490453 1 0.3844 0.695 0.836 0.000 0.064 0.032 NA
#> SRR490454 1 0.3844 0.695 0.836 0.000 0.064 0.032 NA
#> SRR490455 1 0.3824 0.688 0.836 0.000 0.068 0.028 NA
#> SRR490456 1 0.2361 0.805 0.892 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490457 1 0.2361 0.805 0.892 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490458 1 0.2361 0.805 0.892 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490459 1 0.2361 0.805 0.892 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR490460 1 0.2305 0.803 0.896 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490461 1 0.2193 0.804 0.900 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490462 1 0.2193 0.804 0.900 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490463 1 0.2193 0.804 0.900 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR490464 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490465 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490466 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490467 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490468 1 0.4647 0.758 0.732 0.000 0.000 0.184 NA
#> SRR490469 1 0.4647 0.758 0.732 0.000 0.000 0.184 NA
#> SRR490470 1 0.4647 0.758 0.732 0.000 0.000 0.184 NA
#> SRR490471 1 0.4647 0.758 0.732 0.000 0.000 0.184 NA
#> SRR490472 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490473 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490474 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490475 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490476 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490477 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR490480 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490481 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490482 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490483 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490484 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490485 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490486 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490487 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490488 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490489 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490490 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490491 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490492 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490493 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490494 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490495 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490496 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490497 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490498 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490499 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490500 1 0.5406 0.374 0.480 0.000 0.000 0.464 NA
#> SRR490501 1 0.5406 0.374 0.480 0.000 0.000 0.464 NA
#> SRR490502 1 0.5406 0.374 0.480 0.000 0.000 0.464 NA
#> SRR490503 1 0.5406 0.374 0.480 0.000 0.000 0.464 NA
#> SRR490504 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490505 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490506 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490507 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490508 4 0.0404 0.912 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490509 4 0.0404 0.912 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490510 4 0.0404 0.912 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490511 4 0.0404 0.912 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490512 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490513 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490514 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490515 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490516 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490517 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490518 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490519 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490520 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490521 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490522 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490523 4 0.0162 0.914 0.000 0.000 0.000 0.996 NA
#> SRR490524 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR490525 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR490526 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR490527 4 0.0000 0.914 0.000 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR490528 4 0.1043 0.913 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> SRR490529 4 0.1043 0.913 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> SRR490530 4 0.1043 0.913 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> SRR490531 4 0.1043 0.913 0.000 0.000 0.000 0.960 NA
#> SRR490532 1 0.4138 0.681 0.812 0.000 0.056 0.028 NA
#> SRR490533 1 0.4138 0.681 0.812 0.000 0.056 0.028 NA
#> SRR490534 1 0.4299 0.690 0.804 0.000 0.056 0.036 NA
#> SRR490535 1 0.4138 0.681 0.812 0.000 0.056 0.028 NA
#> SRR490536 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490537 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490538 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490539 4 0.0290 0.913 0.000 0.000 0.000 0.992 NA
#> SRR490540 4 0.1197 0.910 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR490541 4 0.1197 0.910 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR490542 4 0.1197 0.910 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR490543 4 0.1121 0.910 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR490544 4 0.2074 0.902 0.000 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR490545 4 0.2074 0.902 0.000 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR490546 4 0.2074 0.902 0.000 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR490547 4 0.2074 0.902 0.000 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR490548 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490549 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490550 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490551 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490552 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490553 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490554 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490555 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490556 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490557 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490558 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490559 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490560 4 0.2329 0.896 0.000 0.000 0.000 0.876 NA
#> SRR490561 4 0.2329 0.896 0.000 0.000 0.000 0.876 NA
#> SRR490562 4 0.2329 0.896 0.000 0.000 0.000 0.876 NA
#> SRR490563 4 0.2329 0.896 0.000 0.000 0.000 0.876 NA
#> SRR490564 1 0.5638 0.698 0.632 0.000 0.000 0.216 NA
#> SRR490565 1 0.5740 0.684 0.616 0.000 0.000 0.232 NA
#> SRR490566 1 0.5638 0.698 0.632 0.000 0.000 0.216 NA
#> SRR490567 1 0.5638 0.698 0.632 0.000 0.000 0.216 NA
#> SRR490568 4 0.1740 0.880 0.012 0.000 0.000 0.932 NA
#> SRR490569 4 0.1740 0.880 0.012 0.000 0.000 0.932 NA
#> SRR490570 4 0.1740 0.880 0.012 0.000 0.000 0.932 NA
#> SRR490571 4 0.1740 0.880 0.012 0.000 0.000 0.932 NA
#> SRR490572 4 0.0404 0.914 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490573 4 0.0404 0.914 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490574 4 0.0404 0.914 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490575 4 0.0404 0.914 0.000 0.000 0.000 0.988 NA
#> SRR490576 4 0.1671 0.908 0.000 0.000 0.000 0.924 NA
#> SRR490577 4 0.1671 0.908 0.000 0.000 0.000 0.924 NA
#> SRR490578 4 0.1671 0.908 0.000 0.000 0.000 0.924 NA
#> SRR490579 4 0.1671 0.908 0.000 0.000 0.000 0.924 NA
#> SRR490580 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490581 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490582 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490583 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490584 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490585 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490586 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490587 4 0.2020 0.902 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR490588 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490589 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490590 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490591 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490592 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490593 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490594 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490595 4 0.2377 0.894 0.000 0.000 0.000 0.872 NA
#> SRR490596 1 0.5555 0.709 0.640 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR490597 1 0.5748 0.680 0.608 0.000 0.000 0.252 NA
#> SRR490598 1 0.5775 0.681 0.608 0.000 0.000 0.244 NA
#> SRR490599 1 0.5680 0.691 0.620 0.000 0.000 0.240 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 1 0.3897 0.6284 0.808 0.060 0.000 0.076 0.000 0.056
#> SRR490217 1 0.3955 0.6276 0.804 0.064 0.000 0.076 0.000 0.056
#> SRR490218 1 0.4010 0.6254 0.800 0.068 0.000 0.076 0.000 0.056
#> SRR490219 1 0.3955 0.6276 0.804 0.064 0.000 0.076 0.000 0.056
#> SRR490220 1 0.1644 0.6609 0.932 0.052 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490221 1 0.1644 0.6609 0.932 0.052 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490222 1 0.1644 0.6609 0.932 0.052 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490223 1 0.1644 0.6609 0.932 0.052 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490224 5 0.4344 -0.6547 0.004 0.000 0.000 0.016 0.556 0.424
#> SRR490225 5 0.4344 -0.6547 0.004 0.000 0.000 0.016 0.556 0.424
#> SRR490226 5 0.4344 -0.6547 0.004 0.000 0.000 0.016 0.556 0.424
#> SRR490227 5 0.4338 -0.6445 0.004 0.000 0.000 0.016 0.560 0.420
#> SRR490228 5 0.4493 -0.6375 0.004 0.000 0.000 0.024 0.548 0.424
#> SRR490229 5 0.4493 -0.6375 0.004 0.000 0.000 0.024 0.548 0.424
#> SRR490230 5 0.4493 -0.6375 0.004 0.000 0.000 0.024 0.548 0.424
#> SRR490231 5 0.4493 -0.6375 0.004 0.000 0.000 0.024 0.548 0.424
#> SRR490232 5 0.4868 0.3510 0.296 0.000 0.000 0.060 0.632 0.012
#> SRR490233 5 0.4868 0.3510 0.296 0.000 0.000 0.060 0.632 0.012
#> SRR490234 5 0.4917 0.3406 0.308 0.000 0.000 0.060 0.620 0.012
#> SRR490235 5 0.4917 0.3406 0.308 0.000 0.000 0.060 0.620 0.012
#> SRR490236 5 0.4468 -0.5121 0.008 0.000 0.000 0.024 0.604 0.364
#> SRR490237 5 0.4468 -0.5121 0.008 0.000 0.000 0.024 0.604 0.364
#> SRR490238 5 0.4468 -0.5121 0.008 0.000 0.000 0.024 0.604 0.364
#> SRR490239 5 0.4468 -0.5121 0.008 0.000 0.000 0.024 0.604 0.364
#> SRR490240 1 0.1624 0.6581 0.936 0.040 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR490241 1 0.1624 0.6581 0.936 0.040 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR490242 1 0.1624 0.6581 0.936 0.040 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR490243 1 0.1624 0.6581 0.936 0.040 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR490244 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490248 1 0.4995 0.4401 0.700 0.176 0.000 0.080 0.000 0.044
#> SRR490249 1 0.5248 0.3436 0.664 0.212 0.000 0.080 0.000 0.044
#> SRR490250 1 0.5332 0.2860 0.636 0.252 0.000 0.068 0.000 0.044
#> SRR490251 1 0.5113 0.4033 0.684 0.192 0.000 0.080 0.000 0.044
#> SRR490252 1 0.2532 0.6372 0.884 0.052 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR490253 1 0.2532 0.6372 0.884 0.052 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR490254 1 0.2591 0.6339 0.880 0.052 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR490255 1 0.2591 0.6339 0.880 0.052 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR490256 1 0.5350 0.0313 0.496 0.000 0.000 0.060 0.424 0.020
#> SRR490257 1 0.5434 0.1471 0.528 0.004 0.000 0.060 0.388 0.020
#> SRR490258 1 0.5338 0.0740 0.508 0.000 0.000 0.060 0.412 0.020
#> SRR490259 1 0.5338 0.0740 0.508 0.000 0.000 0.060 0.412 0.020
#> SRR490260 5 0.0951 0.5329 0.020 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008
#> SRR490261 5 0.0951 0.5329 0.020 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008
#> SRR490262 5 0.0951 0.5329 0.020 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008
#> SRR490263 5 0.0951 0.5329 0.020 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008
#> SRR490264 5 0.1448 0.5098 0.016 0.000 0.000 0.012 0.948 0.024
#> SRR490265 5 0.1448 0.5098 0.016 0.000 0.000 0.012 0.948 0.024
#> SRR490266 5 0.1448 0.5098 0.016 0.000 0.000 0.012 0.948 0.024
#> SRR490267 5 0.1448 0.5098 0.016 0.000 0.000 0.012 0.948 0.024
#> SRR490268 1 0.5155 0.3157 0.596 0.004 0.000 0.056 0.328 0.016
#> SRR490269 1 0.5142 0.3252 0.600 0.004 0.000 0.056 0.324 0.016
#> SRR490270 1 0.5217 0.2702 0.576 0.004 0.000 0.056 0.348 0.016
#> SRR490271 1 0.5099 0.3365 0.612 0.004 0.000 0.056 0.312 0.016
#> SRR490272 5 0.2294 0.5371 0.076 0.000 0.000 0.020 0.896 0.008
#> SRR490273 5 0.2349 0.5364 0.080 0.000 0.000 0.020 0.892 0.008
#> SRR490274 5 0.2349 0.5364 0.080 0.000 0.000 0.020 0.892 0.008
#> SRR490275 5 0.2402 0.5343 0.084 0.000 0.000 0.020 0.888 0.008
#> SRR490276 5 0.1173 0.5288 0.016 0.000 0.000 0.016 0.960 0.008
#> SRR490277 5 0.1173 0.5288 0.016 0.000 0.000 0.016 0.960 0.008
#> SRR490278 5 0.1426 0.5354 0.028 0.000 0.000 0.016 0.948 0.008
#> SRR490279 5 0.1173 0.5288 0.016 0.000 0.000 0.016 0.960 0.008
#> SRR490280 6 0.4531 0.8085 0.004 0.000 0.000 0.036 0.352 0.608
#> SRR490281 6 0.4531 0.8085 0.004 0.000 0.000 0.036 0.352 0.608
#> SRR490282 6 0.4531 0.8085 0.004 0.000 0.000 0.036 0.352 0.608
#> SRR490283 6 0.4531 0.8085 0.004 0.000 0.000 0.036 0.352 0.608
#> SRR490284 6 0.4767 0.8528 0.004 0.000 0.000 0.040 0.444 0.512
#> SRR490285 6 0.4767 0.8528 0.004 0.000 0.000 0.040 0.444 0.512
#> SRR490286 6 0.4767 0.8528 0.004 0.000 0.000 0.040 0.444 0.512
#> SRR490287 6 0.4767 0.8528 0.004 0.000 0.000 0.040 0.444 0.512
#> SRR490288 1 0.2979 0.6430 0.876 0.036 0.000 0.052 0.016 0.020
#> SRR490289 1 0.2979 0.6430 0.876 0.036 0.000 0.052 0.016 0.020
#> SRR490290 1 0.2979 0.6430 0.876 0.036 0.000 0.052 0.016 0.020
#> SRR490291 1 0.2979 0.6430 0.876 0.036 0.000 0.052 0.016 0.020
#> SRR490292 1 0.2424 0.6528 0.900 0.036 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR490293 1 0.2424 0.6528 0.900 0.036 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR490294 1 0.2424 0.6528 0.900 0.036 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR490295 1 0.2424 0.6528 0.900 0.036 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR490296 2 0.1196 0.6931 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490297 2 0.1524 0.6700 0.060 0.932 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490298 2 0.1196 0.6931 0.040 0.952 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490299 2 0.1265 0.6882 0.044 0.948 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490300 1 0.3043 0.6393 0.860 0.064 0.000 0.056 0.000 0.020
#> SRR490301 1 0.3043 0.6393 0.860 0.064 0.000 0.056 0.000 0.020
#> SRR490302 1 0.3043 0.6393 0.860 0.064 0.000 0.056 0.000 0.020
#> SRR490303 1 0.3043 0.6393 0.860 0.064 0.000 0.056 0.000 0.020
#> SRR490304 2 0.0260 0.7271 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0260 0.7271 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0146 0.7262 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0363 0.7276 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0146 0.9907 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490309 3 0.0146 0.9907 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490310 3 0.0146 0.9907 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490311 3 0.0146 0.9907 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490312 1 0.3876 0.6281 0.808 0.080 0.000 0.068 0.000 0.044
#> SRR490313 1 0.4166 0.6051 0.784 0.104 0.000 0.068 0.000 0.044
#> SRR490314 1 0.4812 0.5104 0.716 0.172 0.000 0.068 0.000 0.044
#> SRR490315 1 0.4645 0.5413 0.736 0.152 0.000 0.068 0.000 0.044
#> SRR490316 1 0.2645 0.6566 0.884 0.056 0.000 0.044 0.000 0.016
#> SRR490317 1 0.2765 0.6558 0.876 0.064 0.000 0.044 0.000 0.016
#> SRR490318 1 0.2706 0.6567 0.880 0.060 0.000 0.044 0.000 0.016
#> SRR490319 1 0.2765 0.6558 0.876 0.064 0.000 0.044 0.000 0.016
#> SRR490320 5 0.4562 0.4600 0.156 0.000 0.000 0.064 0.740 0.040
#> SRR490321 5 0.4562 0.4600 0.156 0.000 0.000 0.064 0.740 0.040
#> SRR490322 5 0.4695 0.4472 0.172 0.000 0.000 0.064 0.724 0.040
#> SRR490323 5 0.4727 0.4428 0.176 0.000 0.000 0.064 0.720 0.040
#> SRR490324 6 0.4763 0.8311 0.008 0.000 0.000 0.032 0.476 0.484
#> SRR490325 6 0.4763 0.8311 0.008 0.000 0.000 0.032 0.476 0.484
#> SRR490326 6 0.4763 0.8311 0.008 0.000 0.000 0.032 0.476 0.484
#> SRR490327 6 0.4763 0.8311 0.008 0.000 0.000 0.032 0.476 0.484
#> SRR490328 1 0.4669 0.1433 0.592 0.364 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR490329 2 0.5127 -0.3870 0.452 0.480 0.000 0.060 0.000 0.008
#> SRR490330 2 0.5083 -0.4028 0.468 0.468 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR490331 2 0.5119 -0.3608 0.436 0.496 0.000 0.060 0.000 0.008
#> SRR490332 1 0.4522 0.3944 0.720 0.168 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR490333 1 0.4893 0.2893 0.668 0.220 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR490334 1 0.4917 0.2813 0.664 0.224 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR490335 1 0.4868 0.2984 0.672 0.216 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR490336 2 0.0405 0.7249 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490337 2 0.0405 0.7249 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490338 2 0.0405 0.7249 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490339 2 0.0405 0.7249 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR490340 1 0.3301 0.6263 0.844 0.064 0.000 0.068 0.000 0.024
#> SRR490341 1 0.3439 0.6070 0.832 0.068 0.000 0.080 0.000 0.020
#> SRR490342 1 0.3382 0.6127 0.836 0.064 0.000 0.080 0.000 0.020
#> SRR490343 1 0.3329 0.6179 0.840 0.064 0.000 0.076 0.000 0.020
#> SRR490344 1 0.5758 -0.1288 0.488 0.392 0.000 0.096 0.000 0.024
#> SRR490345 1 0.5782 -0.1614 0.460 0.420 0.000 0.096 0.000 0.024
#> SRR490346 1 0.5749 -0.1668 0.460 0.424 0.000 0.092 0.000 0.024
#> SRR490347 1 0.5747 -0.1112 0.496 0.384 0.000 0.096 0.000 0.024
#> SRR490348 2 0.1408 0.7251 0.000 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR490349 2 0.1408 0.7251 0.000 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR490350 2 0.1408 0.7251 0.000 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR490351 2 0.1408 0.7251 0.000 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR490352 2 0.3927 0.6164 0.000 0.644 0.000 0.344 0.000 0.012
#> SRR490353 2 0.3927 0.6164 0.000 0.644 0.000 0.344 0.000 0.012
#> SRR490354 2 0.3927 0.6164 0.000 0.644 0.000 0.344 0.000 0.012
#> SRR490355 2 0.3927 0.6164 0.000 0.644 0.000 0.344 0.000 0.012
#> SRR490356 1 0.5358 -0.3953 0.580 0.088 0.000 0.316 0.000 0.016
#> SRR490357 1 0.5344 -0.3759 0.584 0.088 0.000 0.312 0.000 0.016
#> SRR490358 1 0.5358 -0.3953 0.580 0.088 0.000 0.316 0.000 0.016
#> SRR490359 1 0.5372 -0.3656 0.584 0.092 0.000 0.308 0.000 0.016
#> SRR490360 2 0.4537 0.5425 0.000 0.552 0.000 0.412 0.000 0.036
#> SRR490361 2 0.4537 0.5425 0.000 0.552 0.000 0.412 0.000 0.036
#> SRR490362 2 0.4537 0.5425 0.000 0.552 0.000 0.412 0.000 0.036
#> SRR490363 2 0.4537 0.5425 0.000 0.552 0.000 0.412 0.000 0.036
#> SRR490364 2 0.6319 -0.4445 0.288 0.356 0.000 0.348 0.000 0.008
#> SRR490365 2 0.6308 -0.4144 0.280 0.364 0.000 0.348 0.000 0.008
#> SRR490366 2 0.6308 -0.4144 0.280 0.364 0.000 0.348 0.000 0.008
#> SRR490367 2 0.6308 -0.4144 0.280 0.364 0.000 0.348 0.000 0.008
#> SRR490368 2 0.3915 0.5689 0.000 0.584 0.000 0.412 0.000 0.004
#> SRR490369 2 0.3915 0.5689 0.000 0.584 0.000 0.412 0.000 0.004
#> SRR490370 2 0.3915 0.5689 0.000 0.584 0.000 0.412 0.000 0.004
#> SRR490371 2 0.3915 0.5689 0.000 0.584 0.000 0.412 0.000 0.004
#> SRR490372 3 0.1511 0.9569 0.004 0.000 0.940 0.012 0.000 0.044
#> SRR490373 3 0.1511 0.9569 0.004 0.000 0.940 0.012 0.000 0.044
#> SRR490374 3 0.1511 0.9569 0.004 0.000 0.940 0.012 0.000 0.044
#> SRR490375 3 0.1511 0.9569 0.004 0.000 0.940 0.012 0.000 0.044
#> SRR490376 2 0.5508 -0.2416 0.348 0.532 0.000 0.112 0.000 0.008
#> SRR490377 2 0.5229 0.0416 0.276 0.608 0.000 0.108 0.000 0.008
#> SRR490378 2 0.5498 -0.2289 0.344 0.536 0.000 0.112 0.000 0.008
#> SRR490379 2 0.5037 0.2260 0.224 0.652 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR490380 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0146 0.9909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.4109 0.5628 0.000 0.576 0.000 0.412 0.000 0.012
#> SRR490385 2 0.4101 0.5673 0.000 0.580 0.000 0.408 0.000 0.012
#> SRR490386 2 0.4109 0.5628 0.000 0.576 0.000 0.412 0.000 0.012
#> SRR490387 2 0.4101 0.5673 0.000 0.580 0.000 0.408 0.000 0.012
#> SRR490388 2 0.4523 0.4506 0.032 0.516 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR490389 2 0.4393 0.4685 0.024 0.524 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.4393 0.4685 0.024 0.524 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.4393 0.4685 0.024 0.524 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.4589 0.4232 0.036 0.504 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.4589 0.4232 0.036 0.504 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.4589 0.4232 0.036 0.504 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.4589 0.4232 0.036 0.504 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490404 4 0.5759 0.9617 0.428 0.120 0.000 0.440 0.000 0.012
#> SRR490405 4 0.5670 0.9370 0.440 0.108 0.000 0.440 0.000 0.012
#> SRR490406 4 0.5866 0.9446 0.412 0.136 0.000 0.440 0.000 0.012
#> SRR490407 4 0.5786 0.9622 0.420 0.124 0.000 0.444 0.000 0.012
#> SRR490408 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490409 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490410 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490411 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490412 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.3998 0.3777 0.712 0.248 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR490417 1 0.3933 0.3818 0.716 0.248 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR490418 1 0.4089 0.3445 0.696 0.264 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR490419 1 0.4151 0.3326 0.692 0.264 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR490420 1 0.1788 0.6568 0.928 0.040 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR490421 1 0.1777 0.6593 0.928 0.044 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR490422 1 0.1777 0.6593 0.928 0.044 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR490423 1 0.1777 0.6593 0.928 0.044 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR490424 5 0.2573 0.5271 0.044 0.000 0.000 0.064 0.884 0.008
#> SRR490425 5 0.2573 0.5271 0.044 0.000 0.000 0.064 0.884 0.008
#> SRR490426 5 0.2573 0.5271 0.044 0.000 0.000 0.064 0.884 0.008
#> SRR490427 5 0.2573 0.5271 0.044 0.000 0.000 0.064 0.884 0.008
#> SRR490428 1 0.3230 0.6066 0.860 0.016 0.000 0.064 0.040 0.020
#> SRR490429 1 0.3386 0.6150 0.852 0.024 0.000 0.068 0.036 0.020
#> SRR490430 1 0.3288 0.6071 0.856 0.016 0.000 0.068 0.040 0.020
#> SRR490431 1 0.3304 0.6110 0.856 0.020 0.000 0.068 0.036 0.020
#> SRR490432 1 0.1745 0.6527 0.920 0.068 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR490433 1 0.1946 0.6510 0.912 0.072 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490434 1 0.2405 0.6337 0.880 0.100 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR490435 1 0.2214 0.6417 0.892 0.092 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490436 1 0.2621 0.6391 0.884 0.052 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR490437 1 0.2621 0.6391 0.884 0.052 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR490438 1 0.2621 0.6391 0.884 0.052 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR490439 1 0.2621 0.6391 0.884 0.052 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR490440 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490441 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490442 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490443 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490444 2 0.0976 0.7191 0.008 0.968 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR490445 2 0.0717 0.7239 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR490446 2 0.0717 0.7239 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR490447 2 0.0717 0.7239 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR490448 1 0.1863 0.6621 0.920 0.060 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR490449 1 0.1829 0.6612 0.920 0.064 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR490450 1 0.1923 0.6615 0.916 0.064 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR490451 1 0.1923 0.6615 0.916 0.064 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR490452 1 0.4311 0.5271 0.776 0.004 0.000 0.084 0.104 0.032
#> SRR490453 1 0.3836 0.5922 0.824 0.020 0.000 0.080 0.044 0.032
#> SRR490454 1 0.3836 0.5922 0.824 0.020 0.000 0.080 0.044 0.032
#> SRR490455 1 0.3836 0.5922 0.824 0.020 0.000 0.080 0.044 0.032
#> SRR490456 1 0.1895 0.6499 0.912 0.072 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR490457 1 0.1838 0.6516 0.916 0.068 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR490458 1 0.1838 0.6510 0.916 0.068 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR490459 1 0.1657 0.6549 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR490460 1 0.1285 0.6591 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490461 1 0.1285 0.6591 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490462 1 0.1285 0.6591 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490463 1 0.1285 0.6591 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.4188 0.4330 0.756 0.096 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR490469 1 0.4141 0.4380 0.760 0.092 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR490470 1 0.4188 0.4330 0.756 0.096 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR490471 1 0.4188 0.4330 0.756 0.096 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR490472 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490473 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490474 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490475 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490476 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9916 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490491 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0146 0.7270 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0146 0.7270 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0146 0.7270 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0146 0.7270 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490500 1 0.5593 -0.1879 0.516 0.356 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR490501 1 0.5593 -0.1879 0.516 0.356 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR490502 1 0.5593 -0.1879 0.516 0.356 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR490503 1 0.5593 -0.1879 0.516 0.356 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR490504 2 0.0806 0.7231 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR490505 2 0.0806 0.7231 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR490506 2 0.0806 0.7231 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR490507 2 0.0806 0.7231 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR490508 2 0.0725 0.7219 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR490509 2 0.0725 0.7219 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR490510 2 0.0725 0.7219 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR490511 2 0.0725 0.7219 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR490512 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0146 0.7254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.7260 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490524 2 0.1387 0.7199 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.1610 0.7158 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.1610 0.7158 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.1387 0.7199 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.2762 0.6807 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR490529 2 0.2823 0.6776 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.2823 0.6776 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.2823 0.6776 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.4153 0.5701 0.792 0.016 0.000 0.120 0.040 0.032
#> SRR490533 1 0.4153 0.5701 0.792 0.016 0.000 0.120 0.040 0.032
#> SRR490534 1 0.4238 0.5724 0.788 0.020 0.000 0.120 0.040 0.032
#> SRR490535 1 0.4153 0.5701 0.792 0.016 0.000 0.120 0.040 0.032
#> SRR490536 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490537 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490538 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490539 2 0.0717 0.7243 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR490540 2 0.2404 0.7053 0.000 0.884 0.000 0.080 0.000 0.036
#> SRR490541 2 0.2404 0.7053 0.000 0.884 0.000 0.080 0.000 0.036
#> SRR490542 2 0.2404 0.7053 0.000 0.884 0.000 0.080 0.000 0.036
#> SRR490543 2 0.2404 0.7053 0.000 0.884 0.000 0.080 0.000 0.036
#> SRR490544 2 0.4026 0.6123 0.000 0.636 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR490545 2 0.4026 0.6123 0.000 0.636 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR490546 2 0.4026 0.6123 0.000 0.636 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR490547 2 0.4026 0.6123 0.000 0.636 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR490548 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490553 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490554 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490555 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490556 2 0.3810 0.5500 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.3810 0.5500 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.3810 0.5500 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.3810 0.5500 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.3899 0.5764 0.000 0.592 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490561 2 0.3899 0.5764 0.000 0.592 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490562 2 0.3899 0.5764 0.000 0.592 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490563 2 0.3899 0.5764 0.000 0.592 0.000 0.404 0.000 0.004
#> SRR490564 1 0.5466 -0.6438 0.528 0.084 0.000 0.372 0.000 0.016
#> SRR490565 1 0.5466 -0.6438 0.528 0.084 0.000 0.372 0.000 0.016
#> SRR490566 1 0.5466 -0.6438 0.528 0.084 0.000 0.372 0.000 0.016
#> SRR490567 1 0.5466 -0.6438 0.528 0.084 0.000 0.372 0.000 0.016
#> SRR490568 2 0.2962 0.6469 0.000 0.848 0.000 0.068 0.000 0.084
#> SRR490569 2 0.2962 0.6469 0.000 0.848 0.000 0.068 0.000 0.084
#> SRR490570 2 0.2962 0.6469 0.000 0.848 0.000 0.068 0.000 0.084
#> SRR490571 2 0.2962 0.6469 0.000 0.848 0.000 0.068 0.000 0.084
#> SRR490572 2 0.1225 0.7266 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR490573 2 0.1225 0.7266 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR490574 2 0.1225 0.7266 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR490575 2 0.1225 0.7266 0.000 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR490576 2 0.3670 0.6482 0.000 0.704 0.000 0.284 0.000 0.012
#> SRR490577 2 0.3650 0.6501 0.000 0.708 0.000 0.280 0.000 0.012
#> SRR490578 2 0.3650 0.6501 0.000 0.708 0.000 0.280 0.000 0.012
#> SRR490579 2 0.3650 0.6501 0.000 0.708 0.000 0.280 0.000 0.012
#> SRR490580 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490585 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490586 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490587 2 0.3833 0.6171 0.000 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR490588 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.3789 0.5650 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.3797 0.5626 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR490596 1 0.5431 -0.5755 0.544 0.084 0.000 0.356 0.000 0.016
#> SRR490597 1 0.5515 -0.7588 0.496 0.084 0.000 0.404 0.000 0.016
#> SRR490598 1 0.5527 -0.7973 0.484 0.084 0.000 0.416 0.000 0.016
#> SRR490599 1 0.5515 -0.7588 0.496 0.084 0.000 0.404 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.984 0.943 0.978 0.3812 0.614 0.614
#> 3 3 0.761 0.829 0.929 0.5295 0.785 0.657
#> 4 4 0.607 0.696 0.764 0.1974 0.788 0.530
#> 5 5 0.663 0.650 0.785 0.0714 0.954 0.832
#> 6 6 0.688 0.655 0.796 0.0497 0.927 0.713
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0938 0.97497 0.012 0.988
#> SRR490217 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490240 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490257 1 0.2043 0.92232 0.968 0.032
#> SRR490258 1 0.1633 0.92878 0.976 0.024
#> SRR490259 1 0.0376 0.94357 0.996 0.004
#> SRR490260 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490268 1 0.4022 0.88004 0.920 0.080
#> SRR490269 1 0.6531 0.78647 0.832 0.168
#> SRR490270 1 0.1414 0.93186 0.980 0.020
#> SRR490271 1 0.7056 0.75668 0.808 0.192
#> SRR490272 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490288 2 0.9922 0.11651 0.448 0.552
#> SRR490289 2 0.9686 0.29016 0.396 0.604
#> SRR490290 2 0.9686 0.29016 0.396 0.604
#> SRR490291 2 0.9815 0.21437 0.420 0.580
#> SRR490292 1 0.9996 0.12169 0.512 0.488
#> SRR490293 2 0.8955 0.51074 0.312 0.688
#> SRR490294 2 0.9754 0.25374 0.408 0.592
#> SRR490295 2 0.7528 0.70123 0.216 0.784
#> SRR490296 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.8016 0.65045 0.244 0.756
#> SRR490313 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.1414 0.96652 0.020 0.980
#> SRR490317 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0376 0.94357 0.996 0.004
#> SRR490323 1 0.0938 0.93788 0.988 0.012
#> SRR490324 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.0938 0.97498 0.012 0.988
#> SRR490421 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.9710 0.38984 0.600 0.400
#> SRR490429 1 1.0000 0.07667 0.500 0.500
#> SRR490430 1 0.9710 0.38984 0.600 0.400
#> SRR490431 2 0.9988 -0.00977 0.480 0.520
#> SRR490432 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490452 1 0.4939 0.85262 0.892 0.108
#> SRR490453 1 0.9608 0.42788 0.616 0.384
#> SRR490454 1 0.9580 0.43694 0.620 0.380
#> SRR490455 1 0.8909 0.58065 0.692 0.308
#> SRR490456 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.94626 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.9686 0.39964 0.604 0.396
#> SRR490533 1 0.9775 0.35901 0.588 0.412
#> SRR490534 1 0.9850 0.31503 0.572 0.428
#> SRR490535 1 0.9795 0.34836 0.584 0.416
#> SRR490536 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.98721 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.6308 -0.0479 0.000 0.508 0.492
#> SRR490217 2 0.6308 -0.0479 0.000 0.508 0.492
#> SRR490218 2 0.6299 0.0179 0.000 0.524 0.476
#> SRR490219 2 0.6308 -0.0479 0.000 0.508 0.492
#> SRR490220 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490221 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490222 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490223 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490224 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490233 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490234 1 0.0592 0.9653 0.988 0.000 0.012
#> SRR490235 1 0.0592 0.9653 0.988 0.000 0.012
#> SRR490236 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490241 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490242 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490243 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.5465 0.5666 0.000 0.712 0.288
#> SRR490249 2 0.5465 0.5666 0.000 0.712 0.288
#> SRR490250 2 0.5465 0.5666 0.000 0.712 0.288
#> SRR490251 2 0.5465 0.5666 0.000 0.712 0.288
#> SRR490252 3 0.2448 0.7815 0.000 0.076 0.924
#> SRR490253 3 0.2448 0.7815 0.000 0.076 0.924
#> SRR490254 3 0.2448 0.7815 0.000 0.076 0.924
#> SRR490255 3 0.2448 0.7815 0.000 0.076 0.924
#> SRR490256 1 0.5291 0.6241 0.732 0.000 0.268
#> SRR490257 1 0.6274 0.1878 0.544 0.000 0.456
#> SRR490258 1 0.6204 0.2799 0.576 0.000 0.424
#> SRR490259 1 0.6252 0.2235 0.556 0.000 0.444
#> SRR490260 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490261 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490262 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490263 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490264 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490265 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490266 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490267 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490268 3 0.5948 0.3540 0.360 0.000 0.640
#> SRR490269 3 0.5591 0.4654 0.304 0.000 0.696
#> SRR490270 3 0.5678 0.4447 0.316 0.000 0.684
#> SRR490271 3 0.5678 0.4447 0.316 0.000 0.684
#> SRR490272 1 0.0592 0.9653 0.988 0.000 0.012
#> SRR490273 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490274 1 0.0592 0.9653 0.988 0.000 0.012
#> SRR490275 1 0.0592 0.9653 0.988 0.000 0.012
#> SRR490276 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490277 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490278 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490279 1 0.0424 0.9677 0.992 0.000 0.008
#> SRR490280 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 3 0.7031 0.6714 0.088 0.196 0.716
#> SRR490289 3 0.7381 0.6421 0.080 0.244 0.676
#> SRR490290 3 0.7014 0.6671 0.080 0.208 0.712
#> SRR490291 3 0.7419 0.6426 0.088 0.232 0.680
#> SRR490292 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490293 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490294 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490295 3 0.0000 0.7900 0.000 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 3 0.5291 0.6311 0.000 0.268 0.732
#> SRR490301 3 0.5216 0.6427 0.000 0.260 0.740
#> SRR490302 3 0.5291 0.6311 0.000 0.268 0.732
#> SRR490303 3 0.5497 0.5922 0.000 0.292 0.708
#> SRR490304 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 3 0.6513 0.1368 0.004 0.476 0.520
#> SRR490313 2 0.6286 0.0761 0.000 0.536 0.464
#> SRR490314 2 0.6291 0.0631 0.000 0.532 0.468
#> SRR490315 2 0.6295 0.0456 0.000 0.528 0.472
#> SRR490316 3 0.5291 0.6405 0.000 0.268 0.732
#> SRR490317 3 0.5810 0.5231 0.000 0.336 0.664
#> SRR490318 3 0.6008 0.4467 0.000 0.372 0.628
#> SRR490319 3 0.6079 0.4085 0.000 0.388 0.612
#> SRR490320 1 0.0237 0.9692 0.996 0.000 0.004
#> SRR490321 1 0.0237 0.9692 0.996 0.000 0.004
#> SRR490322 1 0.0892 0.9578 0.980 0.000 0.020
#> SRR490323 1 0.2165 0.9111 0.936 0.000 0.064
#> SRR490324 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490332 2 0.3340 0.8298 0.000 0.880 0.120
#> SRR490333 2 0.3116 0.8418 0.000 0.892 0.108
#> SRR490334 2 0.3116 0.8418 0.000 0.892 0.108
#> SRR490335 2 0.3192 0.8376 0.000 0.888 0.112
#> SRR490336 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490340 3 0.5560 0.5806 0.000 0.300 0.700
#> SRR490341 3 0.5678 0.5519 0.000 0.316 0.684
#> SRR490342 3 0.5678 0.5508 0.000 0.316 0.684
#> SRR490343 3 0.5650 0.5583 0.000 0.312 0.688
#> SRR490344 2 0.3340 0.8267 0.000 0.880 0.120
#> SRR490345 2 0.3340 0.8267 0.000 0.880 0.120
#> SRR490346 2 0.3340 0.8267 0.000 0.880 0.120
#> SRR490347 2 0.3816 0.7937 0.000 0.852 0.148
#> SRR490348 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.6280 0.1412 0.000 0.540 0.460
#> SRR490357 2 0.6280 0.1412 0.000 0.540 0.460
#> SRR490358 2 0.6280 0.1412 0.000 0.540 0.460
#> SRR490359 2 0.6280 0.1412 0.000 0.540 0.460
#> SRR490360 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.4842 0.6731 0.000 0.776 0.224
#> SRR490365 2 0.4750 0.6862 0.000 0.784 0.216
#> SRR490366 2 0.4654 0.6991 0.000 0.792 0.208
#> SRR490367 2 0.4750 0.6862 0.000 0.784 0.216
#> SRR490368 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 2 0.3116 0.8417 0.000 0.892 0.108
#> SRR490405 2 0.3192 0.8380 0.000 0.888 0.112
#> SRR490406 2 0.3116 0.8417 0.000 0.892 0.108
#> SRR490407 2 0.3038 0.8456 0.000 0.896 0.104
#> SRR490408 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 2 0.5465 0.5879 0.000 0.712 0.288
#> SRR490417 2 0.5397 0.6027 0.000 0.720 0.280
#> SRR490418 2 0.5363 0.6095 0.000 0.724 0.276
#> SRR490419 2 0.5178 0.6459 0.000 0.744 0.256
#> SRR490420 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490421 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490422 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490423 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490424 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 3 0.2496 0.7542 0.068 0.004 0.928
#> SRR490429 3 0.1765 0.7737 0.040 0.004 0.956
#> SRR490430 3 0.2584 0.7607 0.064 0.008 0.928
#> SRR490431 3 0.1765 0.7737 0.040 0.004 0.956
#> SRR490432 3 0.3752 0.7479 0.000 0.144 0.856
#> SRR490433 3 0.3752 0.7479 0.000 0.144 0.856
#> SRR490434 3 0.3752 0.7479 0.000 0.144 0.856
#> SRR490435 3 0.3752 0.7479 0.000 0.144 0.856
#> SRR490436 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490437 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490438 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490439 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490440 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490448 3 0.0747 0.7962 0.000 0.016 0.984
#> SRR490449 3 0.1860 0.7894 0.000 0.052 0.948
#> SRR490450 3 0.0747 0.7962 0.000 0.016 0.984
#> SRR490451 3 0.1031 0.7963 0.000 0.024 0.976
#> SRR490452 1 0.6305 0.0979 0.516 0.000 0.484
#> SRR490453 3 0.4682 0.6374 0.192 0.004 0.804
#> SRR490454 3 0.4682 0.6374 0.192 0.004 0.804
#> SRR490455 3 0.4733 0.6326 0.196 0.004 0.800
#> SRR490456 3 0.1031 0.7962 0.000 0.024 0.976
#> SRR490457 3 0.1031 0.7962 0.000 0.024 0.976
#> SRR490458 3 0.1031 0.7962 0.000 0.024 0.976
#> SRR490459 3 0.1031 0.7962 0.000 0.024 0.976
#> SRR490460 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490461 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490462 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490463 3 0.0424 0.7953 0.000 0.008 0.992
#> SRR490464 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 3 0.6180 0.3258 0.000 0.416 0.584
#> SRR490469 3 0.6180 0.3258 0.000 0.416 0.584
#> SRR490470 3 0.6180 0.3258 0.000 0.416 0.584
#> SRR490471 3 0.6180 0.3258 0.000 0.416 0.584
#> SRR490472 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.9706 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 2 0.5760 0.4974 0.000 0.672 0.328
#> SRR490501 2 0.5760 0.4974 0.000 0.672 0.328
#> SRR490502 2 0.5760 0.4974 0.000 0.672 0.328
#> SRR490503 2 0.5760 0.4974 0.000 0.672 0.328
#> SRR490504 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 3 0.7223 0.2074 0.424 0.028 0.548
#> SRR490533 3 0.7102 0.2205 0.420 0.024 0.556
#> SRR490534 3 0.6836 0.2436 0.412 0.016 0.572
#> SRR490535 3 0.6984 0.2213 0.420 0.020 0.560
#> SRR490536 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 2 0.5835 0.4729 0.000 0.660 0.340
#> SRR490565 2 0.5835 0.4729 0.000 0.660 0.340
#> SRR490566 2 0.5835 0.4729 0.000 0.660 0.340
#> SRR490567 2 0.5835 0.4729 0.000 0.660 0.340
#> SRR490568 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9338 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 2 0.3686 0.8085 0.000 0.860 0.140
#> SRR490597 2 0.3192 0.8370 0.000 0.888 0.112
#> SRR490598 2 0.3192 0.8370 0.000 0.888 0.112
#> SRR490599 2 0.3192 0.8370 0.000 0.888 0.112
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 4 0.6419 0.0293 0.420 0.068 0.000 0.512
#> SRR490217 4 0.6305 0.0469 0.424 0.060 0.000 0.516
#> SRR490218 4 0.6170 0.0918 0.420 0.052 0.000 0.528
#> SRR490219 4 0.6360 0.0449 0.420 0.064 0.000 0.516
#> SRR490220 1 0.5627 0.7658 0.692 0.240 0.000 0.068
#> SRR490221 1 0.5627 0.7658 0.692 0.240 0.000 0.068
#> SRR490222 1 0.5627 0.7658 0.692 0.240 0.000 0.068
#> SRR490223 1 0.5627 0.7658 0.692 0.240 0.000 0.068
#> SRR490224 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490232 3 0.5152 0.7367 0.316 0.020 0.664 0.000
#> SRR490233 3 0.5173 0.7324 0.320 0.020 0.660 0.000
#> SRR490234 3 0.5193 0.7279 0.324 0.020 0.656 0.000
#> SRR490235 3 0.5213 0.7231 0.328 0.020 0.652 0.000
#> SRR490236 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490237 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490238 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490239 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.3801 0.7453 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.3801 0.7453 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.3801 0.7453 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.3801 0.7453 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.7479 0.5085 0.196 0.480 0.000 0.324
#> SRR490249 2 0.7501 0.5021 0.196 0.472 0.000 0.332
#> SRR490250 2 0.7511 0.4939 0.196 0.468 0.000 0.336
#> SRR490251 2 0.7438 0.5252 0.188 0.484 0.000 0.328
#> SRR490252 2 0.3099 0.3569 0.104 0.876 0.000 0.020
#> SRR490253 2 0.3099 0.3569 0.104 0.876 0.000 0.020
#> SRR490254 2 0.3099 0.3569 0.104 0.876 0.000 0.020
#> SRR490255 2 0.3037 0.3639 0.100 0.880 0.000 0.020
#> SRR490256 1 0.5465 -0.1957 0.588 0.020 0.392 0.000
#> SRR490257 1 0.5271 -0.0278 0.640 0.020 0.340 0.000
#> SRR490258 1 0.5323 -0.0679 0.628 0.020 0.352 0.000
#> SRR490259 1 0.5306 -0.0547 0.632 0.020 0.348 0.000
#> SRR490260 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490261 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490262 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490263 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490264 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490265 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490266 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490267 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490268 1 0.4361 0.3424 0.772 0.020 0.208 0.000
#> SRR490269 1 0.4079 0.3976 0.800 0.020 0.180 0.000
#> SRR490270 1 0.4079 0.3976 0.800 0.020 0.180 0.000
#> SRR490271 1 0.4079 0.3976 0.800 0.020 0.180 0.000
#> SRR490272 3 0.5013 0.7612 0.292 0.020 0.688 0.000
#> SRR490273 3 0.5038 0.7575 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR490274 3 0.5038 0.7575 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR490275 3 0.5062 0.7538 0.300 0.020 0.680 0.000
#> SRR490276 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490277 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490278 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490279 3 0.4797 0.7869 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.6691 0.6589 0.652 0.104 0.020 0.224
#> SRR490289 1 0.6531 0.6041 0.640 0.080 0.016 0.264
#> SRR490290 1 0.6373 0.6249 0.656 0.084 0.012 0.248
#> SRR490291 1 0.6731 0.6037 0.632 0.080 0.024 0.264
#> SRR490292 1 0.4661 0.7258 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR490293 1 0.4661 0.7258 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR490294 1 0.4661 0.7258 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR490295 1 0.4679 0.7249 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR490296 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490300 4 0.7586 -0.2381 0.200 0.364 0.000 0.436
#> SRR490301 4 0.7591 -0.2443 0.200 0.368 0.000 0.432
#> SRR490302 4 0.7569 -0.2332 0.196 0.368 0.000 0.436
#> SRR490303 4 0.7495 -0.2006 0.184 0.368 0.000 0.448
#> SRR490304 4 0.1867 0.7580 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR490305 4 0.1792 0.7626 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR490306 4 0.1637 0.7725 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR490307 4 0.2011 0.7472 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR490308 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 4 0.6430 0.0022 0.428 0.068 0.000 0.504
#> SRR490313 4 0.6407 0.1704 0.384 0.072 0.000 0.544
#> SRR490314 4 0.6357 0.1644 0.388 0.068 0.000 0.544
#> SRR490315 4 0.6296 0.1692 0.388 0.064 0.000 0.548
#> SRR490316 1 0.6833 0.5999 0.584 0.144 0.000 0.272
#> SRR490317 1 0.6568 0.4838 0.572 0.096 0.000 0.332
#> SRR490318 1 0.6310 0.4322 0.576 0.072 0.000 0.352
#> SRR490319 1 0.6421 0.3990 0.556 0.076 0.000 0.368
#> SRR490320 3 0.4826 0.7842 0.264 0.020 0.716 0.000
#> SRR490321 3 0.4797 0.7868 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR490322 3 0.4882 0.7780 0.272 0.020 0.708 0.000
#> SRR490323 3 0.5038 0.7569 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR490324 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490328 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490329 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490330 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490331 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.5163 0.1193 0.004 0.516 0.000 0.480
#> SRR490333 4 0.5168 -0.1332 0.004 0.492 0.000 0.504
#> SRR490334 4 0.5158 -0.0385 0.004 0.472 0.000 0.524
#> SRR490335 4 0.5163 -0.0727 0.004 0.480 0.000 0.516
#> SRR490336 4 0.0188 0.8328 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490337 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490338 4 0.0336 0.8291 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490339 4 0.0188 0.8328 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490340 2 0.5383 0.2838 0.160 0.740 0.000 0.100
#> SRR490341 2 0.5160 0.3649 0.136 0.760 0.000 0.104
#> SRR490342 2 0.4948 0.3948 0.124 0.776 0.000 0.100
#> SRR490343 2 0.5209 0.3420 0.140 0.756 0.000 0.104
#> SRR490344 4 0.5279 -0.0699 0.012 0.400 0.000 0.588
#> SRR490345 4 0.5231 0.0125 0.012 0.384 0.000 0.604
#> SRR490346 4 0.5204 0.0532 0.012 0.376 0.000 0.612
#> SRR490347 4 0.5231 0.0125 0.012 0.384 0.000 0.604
#> SRR490348 4 0.1389 0.7934 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490349 4 0.1389 0.7934 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490350 4 0.1389 0.7934 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490351 4 0.1389 0.7934 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490352 2 0.4898 0.7348 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR490353 2 0.4898 0.7348 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR490354 2 0.4898 0.7348 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR490355 2 0.4898 0.7348 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR490356 2 0.2053 0.5828 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR490357 2 0.2053 0.5828 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR490358 2 0.2053 0.5828 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR490359 2 0.2053 0.5828 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR490360 2 0.4761 0.7874 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490361 2 0.4761 0.7874 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490362 2 0.4761 0.7874 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490363 2 0.4761 0.7874 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490364 2 0.2334 0.6046 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR490365 2 0.2334 0.6046 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR490366 2 0.2334 0.6046 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR490367 2 0.2334 0.6046 0.004 0.908 0.000 0.088
#> SRR490368 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490369 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490370 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490371 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490372 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 4 0.3486 0.5818 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR490377 4 0.3486 0.5830 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR490378 4 0.3444 0.5904 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR490379 4 0.3311 0.6147 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR490380 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490385 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490386 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490387 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490388 2 0.4605 0.7826 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR490389 2 0.4605 0.7826 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR490390 2 0.4605 0.7826 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR490391 2 0.4605 0.7826 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR490392 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490393 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490394 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490395 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490396 2 0.4643 0.7855 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490397 2 0.4643 0.7855 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490398 2 0.4643 0.7855 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490399 2 0.4643 0.7855 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490400 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490401 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490402 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490403 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490404 2 0.3444 0.7112 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490405 2 0.3444 0.7112 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490406 2 0.3444 0.7112 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490407 2 0.3444 0.7112 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490408 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490409 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490410 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490411 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 4 0.4920 0.5460 0.052 0.192 0.000 0.756
#> SRR490417 4 0.4798 0.5674 0.052 0.180 0.000 0.768
#> SRR490418 4 0.4798 0.5674 0.052 0.180 0.000 0.768
#> SRR490419 4 0.4839 0.5597 0.052 0.184 0.000 0.764
#> SRR490420 1 0.5090 0.7623 0.728 0.228 0.000 0.044
#> SRR490421 1 0.5247 0.7640 0.720 0.228 0.000 0.052
#> SRR490422 1 0.5321 0.7646 0.716 0.228 0.000 0.056
#> SRR490423 1 0.5247 0.7640 0.720 0.228 0.000 0.052
#> SRR490424 3 0.2843 0.8658 0.088 0.020 0.892 0.000
#> SRR490425 3 0.3392 0.8506 0.124 0.020 0.856 0.000
#> SRR490426 3 0.3501 0.8474 0.132 0.020 0.848 0.000
#> SRR490427 3 0.3554 0.8457 0.136 0.020 0.844 0.000
#> SRR490428 1 0.3569 0.7383 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.3942 0.7448 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR490430 1 0.3873 0.7434 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR490431 1 0.3942 0.7447 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR490432 1 0.7529 0.5976 0.488 0.224 0.000 0.288
#> SRR490433 1 0.7585 0.5718 0.472 0.224 0.000 0.304
#> SRR490434 1 0.7620 0.5521 0.460 0.224 0.000 0.316
#> SRR490435 1 0.7620 0.5521 0.460 0.224 0.000 0.316
#> SRR490436 1 0.6495 0.7261 0.560 0.356 0.000 0.084
#> SRR490437 1 0.6536 0.7278 0.560 0.352 0.000 0.088
#> SRR490438 1 0.6495 0.7261 0.560 0.356 0.000 0.084
#> SRR490439 1 0.6495 0.7261 0.560 0.356 0.000 0.084
#> SRR490440 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490441 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490442 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490443 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490444 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490445 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490446 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490447 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.6167 0.7620 0.652 0.248 0.000 0.100
#> SRR490449 1 0.6422 0.7562 0.632 0.248 0.000 0.120
#> SRR490450 1 0.6323 0.7588 0.640 0.248 0.000 0.112
#> SRR490451 1 0.6373 0.7574 0.636 0.248 0.000 0.116
#> SRR490452 1 0.4737 0.2351 0.728 0.020 0.252 0.000
#> SRR490453 1 0.4994 0.7128 0.796 0.128 0.044 0.032
#> SRR490454 1 0.4987 0.7080 0.792 0.136 0.048 0.024
#> SRR490455 1 0.5023 0.7041 0.796 0.124 0.048 0.032
#> SRR490456 1 0.7702 0.6249 0.452 0.288 0.000 0.260
#> SRR490457 1 0.7702 0.6249 0.452 0.288 0.000 0.260
#> SRR490458 1 0.7702 0.6249 0.452 0.288 0.000 0.260
#> SRR490459 1 0.7702 0.6249 0.452 0.288 0.000 0.260
#> SRR490460 1 0.5953 0.7637 0.656 0.268 0.000 0.076
#> SRR490461 1 0.6040 0.7624 0.648 0.272 0.000 0.080
#> SRR490462 1 0.5979 0.7628 0.652 0.272 0.000 0.076
#> SRR490463 1 0.6040 0.7624 0.648 0.272 0.000 0.080
#> SRR490464 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.4948 0.3099 0.124 0.776 0.000 0.100
#> SRR490469 2 0.4948 0.3099 0.124 0.776 0.000 0.100
#> SRR490470 2 0.4948 0.3099 0.124 0.776 0.000 0.100
#> SRR490471 2 0.4948 0.3099 0.124 0.776 0.000 0.100
#> SRR490472 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490473 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490474 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490475 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.9062 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490500 4 0.5331 0.3716 0.024 0.332 0.000 0.644
#> SRR490501 4 0.5331 0.3716 0.024 0.332 0.000 0.644
#> SRR490502 4 0.5331 0.3716 0.024 0.332 0.000 0.644
#> SRR490503 4 0.5331 0.3716 0.024 0.332 0.000 0.644
#> SRR490504 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490505 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490506 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490507 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490508 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490524 4 0.2345 0.7169 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR490525 4 0.2647 0.6838 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR490526 4 0.2647 0.6838 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR490527 4 0.2345 0.7166 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR490528 4 0.3907 0.4285 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR490529 4 0.4072 0.3659 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490530 4 0.4072 0.3659 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490531 4 0.4072 0.3659 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR490532 1 0.7950 0.2401 0.444 0.232 0.316 0.008
#> SRR490533 1 0.8308 0.2767 0.420 0.248 0.312 0.020
#> SRR490534 1 0.7773 0.2826 0.428 0.264 0.308 0.000
#> SRR490535 1 0.7869 0.2586 0.440 0.244 0.312 0.004
#> SRR490536 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490537 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490538 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490539 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490540 4 0.1389 0.7945 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490541 4 0.1389 0.7945 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR490542 4 0.1474 0.7900 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR490543 4 0.1118 0.8062 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR490544 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490545 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490546 2 0.4898 0.7348 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR490547 2 0.4898 0.7348 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR490548 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490549 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490550 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490551 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490552 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490553 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490554 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490555 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490556 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490557 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490558 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490559 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490560 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490561 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490562 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490563 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490564 2 0.2124 0.5718 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR490565 2 0.2124 0.5718 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR490566 2 0.2124 0.5718 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR490567 2 0.2124 0.5718 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR490568 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490569 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490570 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490571 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490572 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490573 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490574 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490575 4 0.0000 0.8363 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490576 4 0.3569 0.5563 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR490577 4 0.3569 0.5563 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR490578 4 0.3444 0.5837 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR490579 4 0.3444 0.5837 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR490580 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490581 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490582 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490583 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490584 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490585 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490586 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490587 2 0.4888 0.7409 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR490588 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490589 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490590 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490591 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490592 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490593 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490594 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490595 2 0.4746 0.7912 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR490596 2 0.2921 0.6736 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR490597 2 0.3444 0.7117 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490598 2 0.3356 0.7071 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR490599 2 0.3356 0.7071 0.000 0.824 0.000 0.176
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 5 0.7523 0.38330 0.248 0.060 0.000 0.232 0.460
#> SRR490217 5 0.7521 0.38888 0.228 0.060 0.000 0.252 0.460
#> SRR490218 5 0.7483 0.38116 0.200 0.060 0.000 0.280 0.460
#> SRR490219 5 0.7524 0.38551 0.244 0.060 0.000 0.236 0.460
#> SRR490220 1 0.4086 0.41767 0.704 0.012 0.000 0.000 0.284
#> SRR490221 1 0.4086 0.41767 0.704 0.012 0.000 0.000 0.284
#> SRR490222 1 0.4086 0.41767 0.704 0.012 0.000 0.000 0.284
#> SRR490223 1 0.4086 0.41767 0.704 0.012 0.000 0.000 0.284
#> SRR490224 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 3 0.5405 0.46460 0.056 0.000 0.484 0.000 0.460
#> SRR490233 3 0.5405 0.46460 0.056 0.000 0.484 0.000 0.460
#> SRR490234 3 0.5457 0.45744 0.060 0.000 0.480 0.000 0.460
#> SRR490235 3 0.5457 0.45744 0.060 0.000 0.480 0.000 0.460
#> SRR490236 3 0.0162 0.85351 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490237 3 0.0162 0.85351 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490238 3 0.0162 0.85351 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490239 3 0.0162 0.85351 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490240 1 0.2574 0.60093 0.876 0.012 0.000 0.000 0.112
#> SRR490241 1 0.2574 0.60093 0.876 0.012 0.000 0.000 0.112
#> SRR490242 1 0.2574 0.60093 0.876 0.012 0.000 0.000 0.112
#> SRR490243 1 0.2574 0.60093 0.876 0.012 0.000 0.000 0.112
#> SRR490244 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 5 0.7384 0.21351 0.068 0.340 0.000 0.144 0.448
#> SRR490249 5 0.7418 0.20343 0.068 0.344 0.000 0.148 0.440
#> SRR490250 5 0.7510 0.26556 0.068 0.312 0.000 0.172 0.448
#> SRR490251 5 0.7418 0.20343 0.068 0.344 0.000 0.148 0.440
#> SRR490252 2 0.4425 0.35324 0.244 0.716 0.000 0.000 0.040
#> SRR490253 2 0.4398 0.36155 0.240 0.720 0.000 0.000 0.040
#> SRR490254 2 0.4398 0.36155 0.240 0.720 0.000 0.000 0.040
#> SRR490255 2 0.4398 0.36155 0.240 0.720 0.000 0.000 0.040
#> SRR490256 5 0.6410 -0.01423 0.212 0.000 0.284 0.000 0.504
#> SRR490257 5 0.6442 0.07466 0.244 0.000 0.252 0.000 0.504
#> SRR490258 5 0.6441 0.06443 0.240 0.000 0.256 0.000 0.504
#> SRR490259 5 0.6442 0.07466 0.244 0.000 0.252 0.000 0.504
#> SRR490260 3 0.4161 0.63428 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR490261 3 0.4161 0.63428 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR490262 3 0.4161 0.63428 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR490263 3 0.4161 0.63428 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR490264 3 0.4101 0.65123 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490265 3 0.4101 0.65123 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490266 3 0.4101 0.65123 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490267 3 0.4101 0.65123 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR490268 5 0.5959 0.02885 0.388 0.000 0.112 0.000 0.500
#> SRR490269 5 0.5826 0.00584 0.404 0.000 0.096 0.000 0.500
#> SRR490270 5 0.5790 -0.00108 0.408 0.000 0.092 0.000 0.500
#> SRR490271 5 0.5826 0.00584 0.404 0.000 0.096 0.000 0.500
#> SRR490272 3 0.4861 0.56305 0.024 0.000 0.548 0.000 0.428
#> SRR490273 3 0.4861 0.56305 0.024 0.000 0.548 0.000 0.428
#> SRR490274 3 0.4861 0.56305 0.024 0.000 0.548 0.000 0.428
#> SRR490275 3 0.4861 0.56305 0.024 0.000 0.548 0.000 0.428
#> SRR490276 3 0.4150 0.63803 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490277 3 0.4150 0.63803 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490278 3 0.4150 0.63803 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490279 3 0.4150 0.63803 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR490280 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 5 0.6864 0.19066 0.392 0.040 0.000 0.116 0.452
#> SRR490289 5 0.6918 0.21283 0.380 0.040 0.000 0.124 0.456
#> SRR490290 5 0.6864 0.19091 0.392 0.040 0.000 0.116 0.452
#> SRR490291 5 0.6913 0.21878 0.376 0.040 0.000 0.124 0.460
#> SRR490292 1 0.6060 0.51867 0.576 0.208 0.000 0.000 0.216
#> SRR490293 1 0.6060 0.51867 0.576 0.208 0.000 0.000 0.216
#> SRR490294 1 0.6060 0.51867 0.576 0.208 0.000 0.000 0.216
#> SRR490295 1 0.6060 0.51867 0.576 0.208 0.000 0.000 0.216
#> SRR490296 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490300 1 0.8069 0.32773 0.436 0.196 0.000 0.216 0.152
#> SRR490301 1 0.8077 0.32956 0.436 0.196 0.000 0.212 0.156
#> SRR490302 1 0.8069 0.32773 0.436 0.196 0.000 0.216 0.152
#> SRR490303 1 0.8103 0.31478 0.428 0.196 0.000 0.224 0.152
#> SRR490304 4 0.1121 0.84794 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490305 4 0.0963 0.85499 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490306 4 0.0963 0.85499 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490307 4 0.1478 0.82787 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 5 0.7402 0.38523 0.236 0.052 0.000 0.240 0.472
#> SRR490313 5 0.7385 0.38943 0.212 0.052 0.000 0.264 0.472
#> SRR490314 5 0.7379 0.38775 0.208 0.052 0.000 0.268 0.472
#> SRR490315 5 0.7385 0.38943 0.212 0.052 0.000 0.264 0.472
#> SRR490316 5 0.7139 0.29904 0.332 0.048 0.000 0.148 0.472
#> SRR490317 5 0.7314 0.33724 0.308 0.048 0.000 0.184 0.460
#> SRR490318 5 0.7305 0.34835 0.296 0.048 0.000 0.188 0.468
#> SRR490319 5 0.7326 0.35639 0.288 0.048 0.000 0.196 0.468
#> SRR490320 3 0.4517 0.64240 0.004 0.008 0.616 0.000 0.372
#> SRR490321 3 0.4517 0.64240 0.004 0.008 0.616 0.000 0.372
#> SRR490322 3 0.4517 0.64240 0.004 0.008 0.616 0.000 0.372
#> SRR490323 3 0.4530 0.63896 0.004 0.008 0.612 0.000 0.376
#> SRR490324 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490329 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490330 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490331 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490332 2 0.6106 0.21425 0.072 0.484 0.000 0.424 0.020
#> SRR490333 4 0.5974 -0.18913 0.060 0.460 0.000 0.460 0.020
#> SRR490334 4 0.5972 -0.14488 0.060 0.448 0.000 0.472 0.020
#> SRR490335 2 0.6022 0.18934 0.064 0.468 0.000 0.448 0.020
#> SRR490336 4 0.0162 0.87837 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490337 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490338 4 0.0162 0.87837 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490339 4 0.0162 0.87837 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490340 2 0.5969 0.17932 0.236 0.632 0.000 0.024 0.108
#> SRR490341 2 0.5946 0.23953 0.220 0.644 0.000 0.028 0.108
#> SRR490342 2 0.5811 0.25682 0.212 0.656 0.000 0.024 0.108
#> SRR490343 2 0.6023 0.19981 0.232 0.632 0.000 0.028 0.108
#> SRR490344 4 0.7160 -0.16308 0.020 0.232 0.000 0.388 0.360
#> SRR490345 4 0.7133 -0.14915 0.020 0.224 0.000 0.396 0.360
#> SRR490346 4 0.7087 -0.12904 0.020 0.212 0.000 0.408 0.360
#> SRR490347 4 0.7118 -0.14241 0.020 0.220 0.000 0.400 0.360
#> SRR490348 4 0.1357 0.84719 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR490349 4 0.1430 0.84372 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR490350 4 0.1430 0.84372 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR490351 4 0.1430 0.84372 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR490352 2 0.3932 0.72855 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR490353 2 0.3876 0.74609 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR490354 2 0.3837 0.75722 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR490355 2 0.3913 0.73475 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR490356 2 0.4233 0.51667 0.108 0.804 0.000 0.024 0.064
#> SRR490357 2 0.4233 0.51667 0.108 0.804 0.000 0.024 0.064
#> SRR490358 2 0.4233 0.51667 0.108 0.804 0.000 0.024 0.064
#> SRR490359 2 0.4233 0.51667 0.108 0.804 0.000 0.024 0.064
#> SRR490360 2 0.3612 0.79629 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR490361 2 0.3612 0.79629 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR490362 2 0.3612 0.79629 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR490363 2 0.3612 0.79629 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR490364 2 0.4046 0.53889 0.092 0.820 0.000 0.028 0.060
#> SRR490365 2 0.3877 0.55247 0.080 0.832 0.000 0.028 0.060
#> SRR490366 2 0.3877 0.55247 0.080 0.832 0.000 0.028 0.060
#> SRR490367 2 0.3877 0.55247 0.080 0.832 0.000 0.028 0.060
#> SRR490368 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490369 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490370 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490371 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 4 0.5693 0.48096 0.004 0.164 0.000 0.644 0.188
#> SRR490377 4 0.5693 0.48050 0.004 0.164 0.000 0.644 0.188
#> SRR490378 4 0.5723 0.47119 0.004 0.164 0.000 0.640 0.192
#> SRR490379 4 0.5587 0.49861 0.004 0.152 0.000 0.656 0.188
#> SRR490380 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.3636 0.79291 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR490385 2 0.3636 0.79291 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR490386 2 0.3636 0.79291 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR490387 2 0.3636 0.79291 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR490388 2 0.3366 0.80016 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR490389 2 0.3366 0.80016 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR490390 2 0.3366 0.80016 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR490391 2 0.3366 0.80016 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR490392 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490393 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490394 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490395 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490396 2 0.3336 0.79811 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR490397 2 0.3336 0.79811 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR490398 2 0.3336 0.79811 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR490399 2 0.3336 0.79811 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR490400 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490401 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490402 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490403 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490404 2 0.1990 0.64142 0.004 0.928 0.000 0.040 0.028
#> SRR490405 2 0.1990 0.64142 0.004 0.928 0.000 0.040 0.028
#> SRR490406 2 0.2036 0.63759 0.008 0.928 0.000 0.036 0.028
#> SRR490407 2 0.1990 0.64142 0.004 0.928 0.000 0.040 0.028
#> SRR490408 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490409 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490410 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490411 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490412 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.3970 0.56396 0.224 0.024 0.000 0.752 0.000
#> SRR490417 4 0.3940 0.57202 0.220 0.024 0.000 0.756 0.000
#> SRR490418 4 0.3940 0.57193 0.220 0.024 0.000 0.756 0.000
#> SRR490419 4 0.3940 0.57202 0.220 0.024 0.000 0.756 0.000
#> SRR490420 1 0.1408 0.61805 0.948 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR490421 1 0.1331 0.61921 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040
#> SRR490422 1 0.1331 0.61921 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040
#> SRR490423 1 0.1331 0.61921 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040
#> SRR490424 3 0.2648 0.78375 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR490425 3 0.2966 0.76651 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490426 3 0.3109 0.75814 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR490427 3 0.3305 0.74464 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR490428 1 0.4384 0.51417 0.728 0.044 0.000 0.000 0.228
#> SRR490429 1 0.4254 0.52384 0.740 0.040 0.000 0.000 0.220
#> SRR490430 1 0.4424 0.51670 0.728 0.048 0.000 0.000 0.224
#> SRR490431 1 0.4394 0.52091 0.732 0.048 0.000 0.000 0.220
#> SRR490432 1 0.4377 0.51609 0.760 0.048 0.000 0.184 0.008
#> SRR490433 1 0.4412 0.51050 0.756 0.048 0.000 0.188 0.008
#> SRR490434 1 0.4392 0.49586 0.748 0.048 0.000 0.200 0.004
#> SRR490435 1 0.4392 0.49586 0.748 0.048 0.000 0.200 0.004
#> SRR490436 1 0.5064 0.56868 0.712 0.204 0.000 0.016 0.068
#> SRR490437 1 0.5064 0.56868 0.712 0.204 0.000 0.016 0.068
#> SRR490438 1 0.5064 0.56868 0.712 0.204 0.000 0.016 0.068
#> SRR490439 1 0.5064 0.56868 0.712 0.204 0.000 0.016 0.068
#> SRR490440 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490441 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490442 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490443 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490444 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490445 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490446 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490447 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490448 1 0.2980 0.61277 0.884 0.024 0.000 0.056 0.036
#> SRR490449 1 0.3255 0.60247 0.868 0.024 0.000 0.068 0.040
#> SRR490450 1 0.3058 0.61154 0.880 0.024 0.000 0.056 0.040
#> SRR490451 1 0.3191 0.60633 0.872 0.024 0.000 0.064 0.040
#> SRR490452 5 0.6090 0.06890 0.348 0.000 0.136 0.000 0.516
#> SRR490453 1 0.5059 0.37607 0.652 0.004 0.052 0.000 0.292
#> SRR490454 1 0.4995 0.38322 0.656 0.004 0.048 0.000 0.292
#> SRR490455 1 0.5098 0.36300 0.644 0.004 0.052 0.000 0.300
#> SRR490456 1 0.4499 0.54858 0.764 0.060 0.000 0.164 0.012
#> SRR490457 1 0.4460 0.55342 0.768 0.060 0.000 0.160 0.012
#> SRR490458 1 0.4499 0.54858 0.764 0.060 0.000 0.164 0.012
#> SRR490459 1 0.4460 0.55266 0.768 0.060 0.000 0.160 0.012
#> SRR490460 1 0.1787 0.63573 0.936 0.044 0.000 0.016 0.004
#> SRR490461 1 0.1978 0.63631 0.928 0.044 0.000 0.024 0.004
#> SRR490462 1 0.1960 0.63620 0.928 0.048 0.000 0.020 0.004
#> SRR490463 1 0.1885 0.63622 0.932 0.044 0.000 0.020 0.004
#> SRR490464 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 2 0.5779 -0.26173 0.448 0.488 0.000 0.032 0.032
#> SRR490469 2 0.5779 -0.26173 0.448 0.488 0.000 0.032 0.032
#> SRR490470 2 0.5779 -0.26173 0.448 0.488 0.000 0.032 0.032
#> SRR490471 2 0.5779 -0.26173 0.448 0.488 0.000 0.032 0.032
#> SRR490472 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490473 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490474 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490475 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490476 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.85489 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.7634 -0.17372 0.272 0.240 0.000 0.428 0.060
#> SRR490501 4 0.7634 -0.17372 0.272 0.240 0.000 0.428 0.060
#> SRR490502 4 0.7634 -0.17372 0.272 0.240 0.000 0.428 0.060
#> SRR490503 4 0.7645 -0.18442 0.276 0.240 0.000 0.424 0.060
#> SRR490504 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490505 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490506 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490507 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490508 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490509 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490510 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490511 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490512 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.88014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.2605 0.71261 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR490525 4 0.2690 0.69966 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR490526 4 0.2690 0.69966 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR490527 4 0.2561 0.71889 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR490528 4 0.3707 0.42285 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR490529 4 0.3774 0.39027 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR490530 4 0.3774 0.39027 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR490531 4 0.3774 0.39027 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR490532 5 0.8599 -0.03182 0.300 0.192 0.200 0.004 0.304
#> SRR490533 1 0.8616 0.00759 0.312 0.204 0.196 0.004 0.284
#> SRR490534 1 0.8574 0.01066 0.320 0.192 0.192 0.004 0.292
#> SRR490535 1 0.8607 0.01059 0.312 0.200 0.196 0.004 0.288
#> SRR490536 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490537 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490538 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490539 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490540 4 0.1357 0.84699 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR490541 4 0.1357 0.84699 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR490542 4 0.1357 0.84699 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR490543 4 0.1357 0.84699 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR490544 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490545 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490546 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490547 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490548 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490549 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490550 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490551 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490552 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490553 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490554 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490555 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490556 2 0.3480 0.80465 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR490557 2 0.3480 0.80465 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR490558 2 0.3480 0.80465 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR490559 2 0.3480 0.80465 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR490560 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490561 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490562 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490563 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490564 2 0.3982 0.50345 0.116 0.812 0.000 0.012 0.060
#> SRR490565 2 0.3982 0.50345 0.116 0.812 0.000 0.012 0.060
#> SRR490566 2 0.3982 0.50345 0.116 0.812 0.000 0.012 0.060
#> SRR490567 2 0.3982 0.50345 0.116 0.812 0.000 0.012 0.060
#> SRR490568 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490569 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490570 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490571 4 0.0162 0.87983 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490572 4 0.0324 0.87820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR490573 4 0.0324 0.87820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR490574 4 0.0324 0.87820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR490575 4 0.0324 0.87820 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR490576 4 0.3395 0.58885 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR490577 4 0.3395 0.58885 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR490578 4 0.3366 0.59705 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR490579 4 0.3395 0.58885 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR490580 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490581 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490582 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490583 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490584 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490585 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490586 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490587 2 0.3816 0.76230 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR490588 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490589 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490590 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490591 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490592 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490593 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490594 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490595 2 0.3534 0.80522 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR490596 2 0.2351 0.63317 0.020 0.916 0.000 0.036 0.028
#> SRR490597 2 0.2253 0.63552 0.016 0.920 0.000 0.036 0.028
#> SRR490598 2 0.2253 0.63552 0.016 0.920 0.000 0.036 0.028
#> SRR490599 2 0.2253 0.63552 0.016 0.920 0.000 0.036 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 6 0.2600 0.57420 0.016 0.008 0.000 0.072 0.016 0.888
#> SRR490217 6 0.3143 0.58137 0.016 0.020 0.000 0.092 0.016 0.856
#> SRR490218 6 0.3379 0.57857 0.016 0.020 0.000 0.112 0.016 0.836
#> SRR490219 6 0.2710 0.57699 0.016 0.008 0.000 0.080 0.016 0.880
#> SRR490220 6 0.4903 0.00993 0.360 0.000 0.000 0.000 0.072 0.568
#> SRR490221 6 0.4846 0.02973 0.356 0.000 0.000 0.000 0.068 0.576
#> SRR490222 6 0.4835 0.03851 0.352 0.000 0.000 0.000 0.068 0.580
#> SRR490223 6 0.4846 0.02238 0.356 0.000 0.000 0.000 0.068 0.576
#> SRR490224 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490229 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 5 0.2597 0.61174 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR490233 5 0.2491 0.60870 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR490234 5 0.2378 0.60503 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR490235 5 0.2378 0.60503 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR490236 3 0.0458 0.94518 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR490237 3 0.0547 0.94045 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR490238 3 0.0547 0.94045 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR490239 3 0.0458 0.94518 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR490240 1 0.5989 0.36113 0.456 0.008 0.000 0.000 0.356 0.180
#> SRR490241 1 0.5989 0.36113 0.456 0.008 0.000 0.000 0.356 0.180
#> SRR490242 1 0.5983 0.36453 0.460 0.008 0.000 0.000 0.352 0.180
#> SRR490243 1 0.5994 0.35726 0.452 0.008 0.000 0.000 0.360 0.180
#> SRR490244 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 6 0.5210 0.42809 0.008 0.288 0.000 0.088 0.004 0.612
#> SRR490249 6 0.5302 0.43469 0.008 0.280 0.000 0.100 0.004 0.608
#> SRR490250 6 0.5306 0.44015 0.008 0.272 0.000 0.104 0.004 0.612
#> SRR490251 6 0.5278 0.43207 0.008 0.284 0.000 0.096 0.004 0.608
#> SRR490252 2 0.4776 0.28135 0.340 0.604 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR490253 2 0.4776 0.28135 0.340 0.604 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR490254 2 0.4776 0.28135 0.340 0.604 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR490255 2 0.4776 0.28135 0.340 0.604 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR490256 5 0.1265 0.55350 0.000 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR490257 5 0.1265 0.55350 0.000 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR490258 5 0.1265 0.55350 0.000 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR490259 5 0.1265 0.55350 0.000 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR490260 5 0.3838 0.43508 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR490261 5 0.3838 0.43508 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR490262 5 0.3838 0.43508 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR490263 5 0.3838 0.43508 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR490264 5 0.3857 0.39510 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR490265 5 0.3857 0.39510 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR490266 5 0.3854 0.40392 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR490267 5 0.3857 0.39510 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR490268 5 0.1096 0.53129 0.008 0.004 0.020 0.000 0.964 0.004
#> SRR490269 5 0.1007 0.52775 0.008 0.004 0.016 0.000 0.968 0.004
#> SRR490270 5 0.1007 0.52775 0.008 0.004 0.016 0.000 0.968 0.004
#> SRR490271 5 0.1007 0.52775 0.008 0.004 0.016 0.000 0.968 0.004
#> SRR490272 5 0.3659 0.53307 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR490273 5 0.3659 0.53307 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR490274 5 0.3659 0.53307 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR490275 5 0.3659 0.53307 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR490276 5 0.3843 0.42831 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR490277 5 0.3843 0.42831 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR490278 5 0.3843 0.42831 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR490279 5 0.3843 0.42831 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR490280 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490281 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490282 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490283 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490284 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490287 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490288 6 0.4719 0.34421 0.040 0.000 0.000 0.016 0.308 0.636
#> SRR490289 6 0.4794 0.35598 0.036 0.000 0.000 0.024 0.304 0.636
#> SRR490290 6 0.4719 0.34313 0.040 0.000 0.000 0.016 0.308 0.636
#> SRR490291 6 0.4745 0.35301 0.032 0.000 0.000 0.024 0.308 0.636
#> SRR490292 1 0.5484 0.43193 0.676 0.112 0.000 0.000 0.088 0.124
#> SRR490293 1 0.5400 0.43616 0.684 0.112 0.000 0.000 0.084 0.120
#> SRR490294 1 0.5484 0.43193 0.676 0.112 0.000 0.000 0.088 0.124
#> SRR490295 1 0.5484 0.43193 0.676 0.112 0.000 0.000 0.088 0.124
#> SRR490296 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490297 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490298 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490299 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490300 1 0.5282 0.43938 0.684 0.104 0.000 0.056 0.000 0.156
#> SRR490301 1 0.5200 0.44024 0.688 0.104 0.000 0.048 0.000 0.160
#> SRR490302 1 0.5337 0.43688 0.680 0.104 0.000 0.060 0.000 0.156
#> SRR490303 1 0.5390 0.43425 0.676 0.104 0.000 0.064 0.000 0.156
#> SRR490304 4 0.1867 0.83484 0.020 0.064 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR490305 4 0.1807 0.83806 0.020 0.060 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR490306 4 0.1745 0.84156 0.020 0.056 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR490307 4 0.1983 0.82737 0.020 0.072 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 6 0.2575 0.57950 0.004 0.000 0.000 0.100 0.024 0.872
#> SRR490313 6 0.2851 0.57240 0.004 0.000 0.000 0.132 0.020 0.844
#> SRR490314 6 0.2932 0.56869 0.004 0.000 0.000 0.140 0.020 0.836
#> SRR490315 6 0.2932 0.56869 0.004 0.000 0.000 0.140 0.020 0.836
#> SRR490316 6 0.2903 0.52598 0.056 0.000 0.000 0.036 0.036 0.872
#> SRR490317 6 0.3159 0.54510 0.056 0.000 0.000 0.056 0.032 0.856
#> SRR490318 6 0.3278 0.55117 0.056 0.000 0.000 0.064 0.032 0.848
#> SRR490319 6 0.3210 0.55510 0.048 0.000 0.000 0.068 0.032 0.852
#> SRR490320 5 0.4341 0.47720 0.000 0.000 0.412 0.000 0.564 0.024
#> SRR490321 5 0.4341 0.47720 0.000 0.000 0.412 0.000 0.564 0.024
#> SRR490322 5 0.4341 0.47720 0.000 0.000 0.412 0.000 0.564 0.024
#> SRR490323 5 0.4341 0.47720 0.000 0.000 0.412 0.000 0.564 0.024
#> SRR490324 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490325 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490326 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490327 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490328 4 0.0891 0.87203 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490329 4 0.0891 0.87203 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490330 4 0.0891 0.87203 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490331 4 0.0891 0.87203 0.024 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008
#> SRR490332 4 0.6236 0.01765 0.248 0.340 0.000 0.404 0.000 0.008
#> SRR490333 4 0.6149 0.10788 0.224 0.332 0.000 0.436 0.000 0.008
#> SRR490334 4 0.6145 0.10073 0.220 0.340 0.000 0.432 0.000 0.008
#> SRR490335 4 0.6160 0.09216 0.224 0.340 0.000 0.428 0.000 0.008
#> SRR490336 4 0.1092 0.86828 0.020 0.020 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR490337 4 0.1092 0.86828 0.020 0.020 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR490338 4 0.1176 0.86604 0.020 0.024 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR490339 4 0.1092 0.86828 0.020 0.020 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR490340 1 0.4876 0.35522 0.620 0.308 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR490341 1 0.4921 0.34361 0.608 0.320 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR490342 1 0.4891 0.35081 0.616 0.312 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR490343 1 0.4876 0.35522 0.620 0.308 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR490344 6 0.6019 0.31424 0.000 0.244 0.000 0.356 0.000 0.400
#> SRR490345 6 0.6019 0.31080 0.000 0.244 0.000 0.356 0.000 0.400
#> SRR490346 6 0.5967 0.29133 0.000 0.224 0.000 0.372 0.000 0.404
#> SRR490347 6 0.5976 0.30800 0.000 0.228 0.000 0.364 0.000 0.408
#> SRR490348 4 0.2234 0.77207 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR490349 4 0.2234 0.77207 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR490350 4 0.2234 0.77207 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR490351 4 0.2234 0.77207 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR490352 2 0.2994 0.77742 0.000 0.788 0.000 0.208 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.2994 0.77742 0.000 0.788 0.000 0.208 0.000 0.004
#> SRR490354 2 0.2762 0.79660 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.3023 0.77201 0.000 0.784 0.000 0.212 0.000 0.004
#> SRR490356 2 0.4234 0.07945 0.440 0.544 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490357 2 0.4234 0.07945 0.440 0.544 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490358 2 0.4234 0.07945 0.440 0.544 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490359 2 0.4234 0.07945 0.440 0.544 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490360 2 0.2340 0.83594 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.2340 0.83594 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.2340 0.83594 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.2340 0.83594 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.4199 0.09331 0.444 0.544 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR490365 2 0.4189 0.11714 0.436 0.552 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR490366 2 0.4189 0.11714 0.436 0.552 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR490367 2 0.4189 0.11714 0.436 0.552 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR490368 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490376 4 0.5622 0.21048 0.000 0.212 0.000 0.540 0.000 0.248
#> SRR490377 4 0.5516 0.25866 0.000 0.196 0.000 0.560 0.000 0.244
#> SRR490378 4 0.5534 0.24648 0.000 0.196 0.000 0.556 0.000 0.248
#> SRR490379 4 0.5417 0.29518 0.000 0.180 0.000 0.576 0.000 0.244
#> SRR490380 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.2340 0.83588 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.2340 0.83588 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.2340 0.83588 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.2340 0.83588 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.2191 0.82526 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR490389 2 0.2191 0.82526 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR490390 2 0.2191 0.82526 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR490391 2 0.2191 0.82526 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR490392 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.2100 0.81928 0.000 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR490397 2 0.2100 0.81928 0.000 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR490398 2 0.2100 0.81928 0.000 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR490399 2 0.2100 0.81928 0.000 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR490400 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.2342 0.64587 0.088 0.888 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR490405 2 0.2342 0.64587 0.088 0.888 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR490406 2 0.2342 0.64587 0.088 0.888 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR490407 2 0.2290 0.64898 0.084 0.892 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR490408 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490409 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490410 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490411 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490412 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 4 0.5237 0.37868 0.264 0.004 0.000 0.628 0.012 0.092
#> SRR490417 4 0.5218 0.38700 0.260 0.004 0.000 0.632 0.012 0.092
#> SRR490418 4 0.5174 0.39676 0.260 0.004 0.000 0.636 0.012 0.088
#> SRR490419 4 0.5174 0.39666 0.260 0.004 0.000 0.636 0.012 0.088
#> SRR490420 1 0.5963 0.33910 0.452 0.000 0.000 0.000 0.276 0.272
#> SRR490421 1 0.5951 0.34233 0.456 0.000 0.000 0.000 0.272 0.272
#> SRR490422 1 0.5951 0.34233 0.456 0.000 0.000 0.000 0.272 0.272
#> SRR490423 1 0.5951 0.34233 0.456 0.000 0.000 0.000 0.272 0.272
#> SRR490424 3 0.3409 0.38113 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR490425 3 0.3634 0.19879 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR490426 3 0.3672 0.15802 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR490427 3 0.3756 0.02722 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR490428 5 0.5641 -0.02847 0.288 0.020 0.000 0.000 0.572 0.120
#> SRR490429 5 0.5650 -0.04671 0.300 0.020 0.000 0.000 0.564 0.116
#> SRR490430 5 0.5569 -0.01086 0.288 0.020 0.000 0.000 0.580 0.112
#> SRR490431 5 0.5677 -0.06775 0.308 0.020 0.000 0.000 0.556 0.116
#> SRR490432 1 0.6642 0.37199 0.536 0.012 0.000 0.196 0.056 0.200
#> SRR490433 1 0.6619 0.37466 0.540 0.012 0.000 0.196 0.056 0.196
#> SRR490434 1 0.6553 0.35384 0.540 0.012 0.000 0.216 0.048 0.184
#> SRR490435 1 0.6553 0.35384 0.540 0.012 0.000 0.216 0.048 0.184
#> SRR490436 1 0.1888 0.52625 0.916 0.068 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR490437 1 0.1888 0.52625 0.916 0.068 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR490438 1 0.1888 0.52625 0.916 0.068 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR490439 1 0.1888 0.52625 0.916 0.068 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR490440 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490441 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490442 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490443 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490444 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490445 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490446 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490447 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490448 1 0.6296 0.40397 0.520 0.000 0.000 0.044 0.164 0.272
#> SRR490449 1 0.6607 0.39023 0.508 0.000 0.000 0.076 0.164 0.252
#> SRR490450 1 0.6305 0.40738 0.528 0.000 0.000 0.048 0.164 0.260
#> SRR490451 1 0.6504 0.39373 0.512 0.000 0.000 0.064 0.164 0.260
#> SRR490452 5 0.2280 0.48811 0.012 0.004 0.016 0.000 0.904 0.064
#> SRR490453 5 0.5116 0.18190 0.132 0.008 0.004 0.000 0.664 0.192
#> SRR490454 5 0.5209 0.16098 0.172 0.008 0.004 0.000 0.656 0.160
#> SRR490455 5 0.5131 0.17981 0.140 0.008 0.004 0.000 0.664 0.184
#> SRR490456 1 0.6414 0.41309 0.564 0.012 0.000 0.152 0.052 0.220
#> SRR490457 1 0.6422 0.41209 0.564 0.012 0.000 0.156 0.052 0.216
#> SRR490458 1 0.6422 0.41209 0.564 0.012 0.000 0.156 0.052 0.216
#> SRR490459 1 0.6375 0.41786 0.568 0.012 0.000 0.144 0.052 0.224
#> SRR490460 1 0.5101 0.47372 0.640 0.004 0.000 0.000 0.140 0.216
#> SRR490461 1 0.5101 0.47372 0.640 0.004 0.000 0.000 0.140 0.216
#> SRR490462 1 0.5101 0.47372 0.640 0.004 0.000 0.000 0.140 0.216
#> SRR490463 1 0.5101 0.47372 0.640 0.004 0.000 0.000 0.140 0.216
#> SRR490464 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.4632 0.48616 0.728 0.192 0.000 0.028 0.012 0.040
#> SRR490469 1 0.4661 0.48376 0.724 0.196 0.000 0.028 0.012 0.040
#> SRR490470 1 0.4661 0.48376 0.724 0.196 0.000 0.028 0.012 0.040
#> SRR490471 1 0.4661 0.48376 0.724 0.196 0.000 0.028 0.012 0.040
#> SRR490472 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490473 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490474 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490475 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490476 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.96219 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490485 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490486 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490487 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0458 0.87649 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0458 0.87649 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0458 0.87649 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490491 4 0.0458 0.87649 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR490492 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490500 1 0.4843 0.39040 0.664 0.144 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR490501 1 0.4843 0.39040 0.664 0.144 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR490502 1 0.4843 0.39040 0.664 0.144 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR490503 1 0.4843 0.39040 0.664 0.144 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR490504 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490505 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490506 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490507 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490508 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490509 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490510 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490511 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490512 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0547 0.87608 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0363 0.87663 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0363 0.87663 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0363 0.87663 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0363 0.87663 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR490524 4 0.2491 0.78677 0.020 0.112 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR490525 4 0.2624 0.77333 0.020 0.124 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR490526 4 0.2581 0.77778 0.020 0.120 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR490527 4 0.2398 0.79484 0.020 0.104 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR490528 4 0.4099 0.31341 0.016 0.372 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR490529 4 0.4110 0.30270 0.016 0.376 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR490530 4 0.4121 0.29120 0.016 0.380 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR490531 4 0.4121 0.29120 0.016 0.380 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR490532 5 0.6694 0.23539 0.140 0.136 0.028 0.000 0.588 0.108
#> SRR490533 5 0.7058 0.17518 0.172 0.136 0.028 0.004 0.552 0.108
#> SRR490534 5 0.6918 0.18428 0.176 0.124 0.024 0.004 0.564 0.108
#> SRR490535 5 0.6987 0.18756 0.176 0.124 0.028 0.004 0.560 0.108
#> SRR490536 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490537 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490538 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490539 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490540 4 0.2278 0.76824 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR490541 4 0.2278 0.76824 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR490542 4 0.2278 0.76824 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR490543 4 0.2234 0.77291 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR490544 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490549 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490550 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490551 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490552 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490553 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490555 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490556 2 0.2135 0.83129 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR490557 2 0.2135 0.83129 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR490558 2 0.2135 0.83129 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR490559 2 0.2135 0.83129 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR490560 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.4282 0.10962 0.420 0.560 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490565 2 0.4276 0.11821 0.416 0.564 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490566 2 0.4282 0.10767 0.420 0.560 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490567 2 0.4282 0.10767 0.420 0.560 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490568 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490569 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490570 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490571 4 0.0146 0.87590 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490572 4 0.0291 0.87460 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR490573 4 0.0508 0.87129 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR490574 4 0.0508 0.87129 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR490575 4 0.0508 0.87129 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR490576 4 0.3756 0.40830 0.000 0.352 0.000 0.644 0.000 0.004
#> SRR490577 4 0.3782 0.38788 0.000 0.360 0.000 0.636 0.000 0.004
#> SRR490578 4 0.3668 0.46765 0.000 0.328 0.000 0.668 0.000 0.004
#> SRR490579 4 0.3714 0.43870 0.000 0.340 0.000 0.656 0.000 0.004
#> SRR490580 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490581 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490582 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490583 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490584 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.2664 0.80959 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.2260 0.83682 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.2260 0.83682 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.2260 0.83682 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.2260 0.83682 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.2300 0.83808 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.2776 0.62501 0.112 0.860 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR490597 2 0.2635 0.63607 0.100 0.872 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR490598 2 0.2635 0.63607 0.100 0.872 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR490599 2 0.2635 0.63607 0.100 0.872 0.000 0.004 0.004 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.1501 0.847 0.847
#> 3 3 0.531 0.826 0.903 2.6233 0.584 0.508
#> 4 4 0.701 0.766 0.894 0.2898 0.766 0.508
#> 5 5 0.702 0.766 0.888 0.0159 0.976 0.921
#> 6 6 0.709 0.732 0.862 0.0681 0.905 0.687
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490233 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490235 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490260 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490261 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490262 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490264 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490265 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490266 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490267 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490268 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490269 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490271 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490272 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490273 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490275 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490279 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490280 1 0.595 0.835 0.856 0.144
#> SRR490281 1 0.738 0.755 0.792 0.208
#> SRR490282 1 0.904 0.559 0.680 0.320
#> SRR490283 1 0.781 0.719 0.768 0.232
#> SRR490284 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490285 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490288 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490321 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490322 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490323 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490326 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490327 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490424 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490425 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490426 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490427 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490428 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490453 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490533 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490534 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490535 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490536 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 1 0.5706 0.51550 0.680 0.320 0.000
#> SRR490217 1 0.5621 0.56161 0.692 0.308 0.000
#> SRR490218 2 0.6192 0.41415 0.420 0.580 0.000
#> SRR490219 1 0.6286 -0.00629 0.536 0.464 0.000
#> SRR490220 1 0.1643 0.86942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490221 1 0.1529 0.87022 0.960 0.040 0.000
#> SRR490222 1 0.1411 0.87086 0.964 0.036 0.000
#> SRR490223 1 0.0424 0.87310 0.992 0.008 0.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 1 0.5058 0.68781 0.756 0.244 0.000
#> SRR490249 1 0.5678 0.64056 0.684 0.316 0.000
#> SRR490250 1 0.5397 0.63120 0.720 0.280 0.000
#> SRR490251 1 0.5678 0.56790 0.684 0.316 0.000
#> SRR490252 1 0.1964 0.86648 0.944 0.056 0.000
#> SRR490253 1 0.2448 0.85954 0.924 0.076 0.000
#> SRR490254 1 0.1964 0.86689 0.944 0.056 0.000
#> SRR490255 1 0.2066 0.86552 0.940 0.060 0.000
#> SRR490256 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.4399 0.75766 0.188 0.000 0.812
#> SRR490281 3 0.5363 0.63282 0.276 0.000 0.724
#> SRR490282 3 0.6095 0.40862 0.392 0.000 0.608
#> SRR490283 3 0.5706 0.56460 0.320 0.000 0.680
#> SRR490284 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490288 1 0.0892 0.87261 0.980 0.020 0.000
#> SRR490289 1 0.3038 0.83947 0.896 0.104 0.000
#> SRR490290 1 0.2261 0.85901 0.932 0.068 0.000
#> SRR490291 1 0.3551 0.81231 0.868 0.132 0.000
#> SRR490292 1 0.0592 0.87308 0.988 0.012 0.000
#> SRR490293 1 0.1031 0.87224 0.976 0.024 0.000
#> SRR490294 1 0.0237 0.87294 0.996 0.004 0.000
#> SRR490295 1 0.0237 0.87294 0.996 0.004 0.000
#> SRR490296 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490297 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490298 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490299 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490300 1 0.5835 0.47512 0.660 0.340 0.000
#> SRR490301 1 0.5363 0.62014 0.724 0.276 0.000
#> SRR490302 1 0.4887 0.70787 0.772 0.228 0.000
#> SRR490303 1 0.5178 0.66112 0.744 0.256 0.000
#> SRR490304 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490305 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490306 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490307 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 1 0.5591 0.56452 0.696 0.304 0.000
#> SRR490313 1 0.6126 0.29564 0.600 0.400 0.000
#> SRR490314 1 0.6267 0.09719 0.548 0.452 0.000
#> SRR490315 1 0.5859 0.46849 0.656 0.344 0.000
#> SRR490316 1 0.3619 0.81497 0.864 0.136 0.000
#> SRR490317 1 0.6215 0.19364 0.572 0.428 0.000
#> SRR490318 1 0.5138 0.66863 0.748 0.252 0.000
#> SRR490319 1 0.5733 0.52058 0.676 0.324 0.000
#> SRR490320 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490321 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490322 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490323 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490328 2 0.5397 0.71986 0.280 0.720 0.000
#> SRR490329 2 0.4178 0.86305 0.172 0.828 0.000
#> SRR490330 2 0.4555 0.83366 0.200 0.800 0.000
#> SRR490331 2 0.4842 0.80399 0.224 0.776 0.000
#> SRR490332 2 0.6286 0.26484 0.464 0.536 0.000
#> SRR490333 2 0.6154 0.44481 0.408 0.592 0.000
#> SRR490334 2 0.6111 0.47652 0.396 0.604 0.000
#> SRR490335 2 0.6026 0.52757 0.376 0.624 0.000
#> SRR490336 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490337 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490338 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490339 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490340 1 0.3619 0.81670 0.864 0.136 0.000
#> SRR490341 1 0.2878 0.84810 0.904 0.096 0.000
#> SRR490342 1 0.2878 0.84811 0.904 0.096 0.000
#> SRR490343 1 0.2959 0.84559 0.900 0.100 0.000
#> SRR490344 2 0.5859 0.59874 0.344 0.656 0.000
#> SRR490345 2 0.4555 0.83601 0.200 0.800 0.000
#> SRR490346 2 0.4062 0.87045 0.164 0.836 0.000
#> SRR490347 2 0.4504 0.84000 0.196 0.804 0.000
#> SRR490348 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490349 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490350 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490351 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 1 0.3816 0.81479 0.852 0.148 0.000
#> SRR490357 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490358 1 0.4887 0.74623 0.772 0.228 0.000
#> SRR490359 1 0.3686 0.81381 0.860 0.140 0.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490364 2 0.6225 0.35458 0.432 0.568 0.000
#> SRR490365 2 0.5058 0.78186 0.244 0.756 0.000
#> SRR490366 2 0.5465 0.71122 0.288 0.712 0.000
#> SRR490367 2 0.4750 0.81807 0.216 0.784 0.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490376 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490377 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490378 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490379 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0747 0.86526 0.016 0.984 0.000
#> SRR490389 2 0.0592 0.86451 0.012 0.988 0.000
#> SRR490390 2 0.0424 0.86378 0.008 0.992 0.000
#> SRR490391 2 0.0747 0.86412 0.016 0.984 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0237 0.86086 0.004 0.996 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0237 0.86090 0.004 0.996 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490404 1 0.6154 0.50576 0.592 0.408 0.000
#> SRR490405 1 0.6168 0.49733 0.588 0.412 0.000
#> SRR490406 1 0.6168 0.49733 0.588 0.412 0.000
#> SRR490407 1 0.6235 0.44785 0.564 0.436 0.000
#> SRR490408 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490409 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490410 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490411 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 1 0.5785 0.50507 0.668 0.332 0.000
#> SRR490417 1 0.6286 0.03694 0.536 0.464 0.000
#> SRR490418 2 0.6286 0.26231 0.464 0.536 0.000
#> SRR490419 2 0.6235 0.36013 0.436 0.564 0.000
#> SRR490420 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490421 1 0.0892 0.87267 0.980 0.020 0.000
#> SRR490422 1 0.0237 0.87294 0.996 0.004 0.000
#> SRR490423 1 0.0237 0.87294 0.996 0.004 0.000
#> SRR490424 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490425 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0237 0.87294 0.996 0.004 0.000
#> SRR490429 1 0.0237 0.87294 0.996 0.004 0.000
#> SRR490430 1 0.0424 0.87298 0.992 0.008 0.000
#> SRR490431 1 0.0592 0.87316 0.988 0.012 0.000
#> SRR490432 1 0.2537 0.85724 0.920 0.080 0.000
#> SRR490433 1 0.2537 0.85724 0.920 0.080 0.000
#> SRR490434 1 0.2878 0.84830 0.904 0.096 0.000
#> SRR490435 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490436 1 0.1964 0.86648 0.944 0.056 0.000
#> SRR490437 1 0.1643 0.86942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490438 1 0.2165 0.86397 0.936 0.064 0.000
#> SRR490439 1 0.1529 0.87022 0.960 0.040 0.000
#> SRR490440 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490441 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490442 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490443 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490444 2 0.4235 0.85918 0.176 0.824 0.000
#> SRR490445 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490446 2 0.4178 0.86310 0.172 0.828 0.000
#> SRR490447 2 0.4887 0.79872 0.228 0.772 0.000
#> SRR490448 1 0.2537 0.85724 0.920 0.080 0.000
#> SRR490449 1 0.2625 0.85520 0.916 0.084 0.000
#> SRR490450 1 0.2356 0.86080 0.928 0.072 0.000
#> SRR490451 1 0.2537 0.85724 0.920 0.080 0.000
#> SRR490452 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490453 1 0.0237 0.87294 0.996 0.004 0.000
#> SRR490454 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490455 1 0.0000 0.87242 1.000 0.000 0.000
#> SRR490456 1 0.2537 0.85724 0.920 0.080 0.000
#> SRR490457 1 0.2537 0.85724 0.920 0.080 0.000
#> SRR490458 1 0.2537 0.85724 0.920 0.080 0.000
#> SRR490459 1 0.2356 0.86080 0.928 0.072 0.000
#> SRR490460 1 0.1289 0.87138 0.968 0.032 0.000
#> SRR490461 1 0.1753 0.86852 0.952 0.048 0.000
#> SRR490462 1 0.1643 0.86942 0.956 0.044 0.000
#> SRR490463 1 0.1753 0.86852 0.952 0.048 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490469 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490470 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490471 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490472 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490473 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490474 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490475 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.96045 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490481 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490482 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490483 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490484 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490485 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490486 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490487 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490488 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490489 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490490 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490491 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490492 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490493 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490494 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490495 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490496 2 0.3941 0.87411 0.156 0.844 0.000
#> SRR490497 2 0.3816 0.87473 0.148 0.852 0.000
#> SRR490498 2 0.3879 0.87444 0.152 0.848 0.000
#> SRR490499 2 0.3340 0.87524 0.120 0.880 0.000
#> SRR490500 2 0.5810 0.62210 0.336 0.664 0.000
#> SRR490501 2 0.5859 0.60338 0.344 0.656 0.000
#> SRR490502 2 0.5706 0.65140 0.320 0.680 0.000
#> SRR490503 2 0.5431 0.71357 0.284 0.716 0.000
#> SRR490504 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490505 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490506 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490507 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490508 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490509 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490510 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490511 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490512 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490513 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490514 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490515 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490516 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490517 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490518 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490519 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490520 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490521 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490522 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490523 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490524 2 0.3482 0.87529 0.128 0.872 0.000
#> SRR490525 2 0.1031 0.86679 0.024 0.976 0.000
#> SRR490526 2 0.3267 0.87526 0.116 0.884 0.000
#> SRR490527 2 0.2537 0.87366 0.080 0.920 0.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490532 1 0.2165 0.86441 0.936 0.064 0.000
#> SRR490533 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490534 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490535 1 0.2711 0.85301 0.912 0.088 0.000
#> SRR490536 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490537 2 0.3879 0.87445 0.152 0.848 0.000
#> SRR490538 2 0.3116 0.87509 0.108 0.892 0.000
#> SRR490539 2 0.3816 0.87481 0.148 0.852 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490564 1 0.5988 0.57228 0.632 0.368 0.000
#> SRR490565 1 0.6140 0.50887 0.596 0.404 0.000
#> SRR490566 1 0.5835 0.60662 0.660 0.340 0.000
#> SRR490567 1 0.5948 0.58393 0.640 0.360 0.000
#> SRR490568 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490569 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490570 2 0.3816 0.87489 0.148 0.852 0.000
#> SRR490571 2 0.4002 0.87368 0.160 0.840 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.86225 0.000 1.000 0.000
#> SRR490596 1 0.5529 0.66719 0.704 0.296 0.000
#> SRR490597 1 0.5678 0.63149 0.684 0.316 0.000
#> SRR490598 1 0.6026 0.55556 0.624 0.376 0.000
#> SRR490599 1 0.5988 0.57301 0.632 0.368 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.7661 0.34609 0.264 0.464 0.000 0.272
#> SRR490217 2 0.7539 0.36942 0.256 0.492 0.000 0.252
#> SRR490218 2 0.6968 0.46278 0.140 0.552 0.000 0.308
#> SRR490219 4 0.7504 0.08239 0.192 0.344 0.000 0.464
#> SRR490220 1 0.4356 0.76494 0.804 0.048 0.000 0.148
#> SRR490221 1 0.3591 0.76787 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR490222 1 0.3123 0.77657 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR490223 1 0.1716 0.82180 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR490224 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490232 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490233 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490234 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490235 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490236 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490240 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490241 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490242 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490243 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.5141 0.56787 0.268 0.700 0.000 0.032
#> SRR490249 2 0.5141 0.56970 0.268 0.700 0.000 0.032
#> SRR490250 2 0.4798 0.68767 0.180 0.768 0.000 0.052
#> SRR490251 2 0.5410 0.66253 0.192 0.728 0.000 0.080
#> SRR490252 1 0.5577 0.48250 0.636 0.328 0.000 0.036
#> SRR490253 1 0.5698 0.42368 0.608 0.356 0.000 0.036
#> SRR490254 1 0.5713 0.41007 0.604 0.360 0.000 0.036
#> SRR490255 1 0.5805 0.34393 0.576 0.388 0.000 0.036
#> SRR490256 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490257 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490258 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490259 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490260 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490261 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490262 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490263 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490264 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490265 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490266 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490267 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490268 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490269 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490270 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490271 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490272 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490273 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490274 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490275 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490276 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490277 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490278 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490279 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490280 3 0.4193 0.69169 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR490281 3 0.4817 0.52353 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR490282 3 0.4888 0.47535 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR490283 3 0.4855 0.50136 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0188 0.83574 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490287 1 0.0469 0.83546 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR490288 1 0.4114 0.76033 0.828 0.112 0.000 0.060
#> SRR490289 1 0.4348 0.74539 0.780 0.024 0.000 0.196
#> SRR490290 1 0.3749 0.78310 0.840 0.032 0.000 0.128
#> SRR490291 1 0.6651 0.53052 0.616 0.236 0.000 0.148
#> SRR490292 1 0.2494 0.81610 0.916 0.036 0.000 0.048
#> SRR490293 1 0.2480 0.81044 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR490294 1 0.1209 0.83112 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR490295 1 0.1118 0.83088 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR490296 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490297 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490298 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490299 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490300 4 0.4522 0.42618 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR490301 4 0.4741 0.39744 0.328 0.004 0.000 0.668
#> SRR490302 4 0.4961 -0.00922 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR490303 4 0.4790 0.24720 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR490304 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 4 0.7831 0.04963 0.280 0.312 0.000 0.408
#> SRR490313 2 0.7283 0.43705 0.184 0.524 0.000 0.292
#> SRR490314 4 0.7182 -0.05546 0.136 0.412 0.000 0.452
#> SRR490315 2 0.7620 0.31833 0.224 0.460 0.000 0.316
#> SRR490316 2 0.6805 0.17706 0.400 0.500 0.000 0.100
#> SRR490317 4 0.7608 0.10804 0.216 0.328 0.000 0.456
#> SRR490318 2 0.6121 0.46342 0.308 0.620 0.000 0.072
#> SRR490319 2 0.7660 0.29258 0.276 0.464 0.000 0.260
#> SRR490320 1 0.1022 0.83160 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490321 1 0.0817 0.83369 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490322 1 0.1022 0.83160 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR490323 1 0.0817 0.83369 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490324 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0707 0.83447 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR490328 4 0.2868 0.78060 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR490329 4 0.3266 0.73874 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR490330 4 0.0817 0.89154 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490331 4 0.0188 0.90432 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490332 4 0.4182 0.69490 0.180 0.024 0.000 0.796
#> SRR490333 4 0.2741 0.81760 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR490334 4 0.2402 0.83934 0.076 0.012 0.000 0.912
#> SRR490335 4 0.2943 0.82802 0.076 0.032 0.000 0.892
#> SRR490336 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490337 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490338 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490339 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490340 1 0.5793 0.52265 0.600 0.040 0.000 0.360
#> SRR490341 1 0.6726 0.46700 0.584 0.292 0.000 0.124
#> SRR490342 1 0.6840 0.54991 0.600 0.220 0.000 0.180
#> SRR490343 1 0.6816 0.56609 0.604 0.212 0.000 0.184
#> SRR490344 2 0.6111 0.35318 0.052 0.556 0.000 0.392
#> SRR490345 2 0.4814 0.57036 0.008 0.676 0.000 0.316
#> SRR490346 2 0.4989 0.18379 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR490347 4 0.5212 0.19509 0.008 0.420 0.000 0.572
#> SRR490348 2 0.4643 0.52068 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490349 2 0.4477 0.57777 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR490350 2 0.4643 0.49895 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR490351 4 0.4996 -0.02241 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR490352 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0469 0.83743 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490356 2 0.4914 0.65921 0.208 0.748 0.000 0.044
#> SRR490357 2 0.5498 0.55213 0.272 0.680 0.000 0.048
#> SRR490358 2 0.4839 0.67071 0.200 0.756 0.000 0.044
#> SRR490359 2 0.5927 0.54992 0.264 0.660 0.000 0.076
#> SRR490360 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.3937 0.72656 0.012 0.800 0.000 0.188
#> SRR490365 2 0.2647 0.78538 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR490366 2 0.3172 0.75505 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR490367 2 0.3219 0.75173 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR490368 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.4164 0.65635 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR490377 2 0.4564 0.55498 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR490378 2 0.4543 0.56407 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR490379 2 0.4866 0.40058 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR490380 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0469 0.83692 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490389 2 0.0336 0.83822 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490390 2 0.0188 0.83926 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490391 2 0.0336 0.83822 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490392 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490409 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490410 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490411 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 4 0.4981 -0.07522 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR490417 4 0.4103 0.57276 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR490418 4 0.3444 0.70405 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR490419 4 0.2647 0.79396 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR490420 1 0.0592 0.83507 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490421 1 0.2469 0.80291 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR490422 1 0.1474 0.82673 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR490423 1 0.1637 0.82363 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR490424 1 0.0592 0.83509 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490425 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490426 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.83573 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490428 1 0.0188 0.83459 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR490429 1 0.1284 0.83175 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR490430 1 0.1488 0.83011 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR490431 1 0.2399 0.81842 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR490432 1 0.4730 0.54776 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR490433 1 0.4746 0.54064 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR490434 1 0.4855 0.47680 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR490435 1 0.4843 0.48576 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR490436 1 0.3873 0.73056 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR490437 1 0.3726 0.74157 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR490438 1 0.3975 0.71908 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR490439 1 0.3569 0.75094 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR490440 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490441 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490442 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490443 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490444 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490445 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490446 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490447 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.4730 0.54776 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR490449 1 0.4761 0.53337 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR490450 1 0.4661 0.57449 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR490451 1 0.4713 0.55487 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR490452 1 0.0188 0.83578 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR490453 1 0.0336 0.83562 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR490454 1 0.0817 0.83427 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR490455 1 0.0592 0.83533 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR490456 1 0.4713 0.55479 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR490457 1 0.4713 0.55479 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR490458 1 0.4730 0.54776 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR490459 1 0.4522 0.61792 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR490460 1 0.3649 0.74799 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR490461 1 0.4134 0.69661 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR490462 1 0.4040 0.71007 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR490463 1 0.4134 0.69652 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR490464 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 1 0.4843 0.48576 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR490469 1 0.4843 0.48576 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR490470 1 0.4843 0.48576 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR490471 1 0.4843 0.48576 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR490472 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490473 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490474 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490475 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.95256 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490484 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490485 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490486 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490490 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490491 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490496 4 0.0188 0.90402 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490497 4 0.0188 0.90402 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490498 4 0.0188 0.90402 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490499 4 0.0188 0.90402 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490500 4 0.0336 0.90100 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490501 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490502 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490503 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490504 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490505 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490506 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490507 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490508 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490524 4 0.0469 0.89846 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490525 4 0.0921 0.88497 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490526 4 0.0592 0.89529 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490527 4 0.0336 0.90128 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490528 4 0.1022 0.88132 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR490529 4 0.1022 0.88132 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR490530 4 0.1022 0.88132 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR490531 4 0.1022 0.88132 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR490532 1 0.4624 0.58683 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR490533 1 0.5990 0.55162 0.608 0.056 0.000 0.336
#> SRR490534 1 0.4978 0.50703 0.612 0.004 0.000 0.384
#> SRR490535 1 0.5284 0.52949 0.616 0.016 0.000 0.368
#> SRR490536 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490537 4 0.0188 0.90390 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490538 4 0.0592 0.89515 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490539 4 0.0336 0.90130 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490540 4 0.4925 0.27354 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR490541 4 0.4605 0.49955 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR490542 4 0.4746 0.43023 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR490543 4 0.4477 0.54407 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR490544 2 0.3123 0.74625 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR490545 2 0.1389 0.82219 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490546 2 0.4454 0.53281 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR490547 2 0.3444 0.71984 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR490548 2 0.0921 0.83269 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490549 2 0.0817 0.83343 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490550 2 0.3400 0.71321 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR490551 2 0.2281 0.79292 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR490552 2 0.1302 0.82137 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490553 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0188 0.83907 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490555 2 0.0188 0.83907 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490556 2 0.1867 0.80974 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR490557 2 0.3356 0.71408 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR490558 2 0.3172 0.73190 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR490559 2 0.2281 0.78625 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR490560 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490564 2 0.5607 -0.03664 0.484 0.496 0.000 0.020
#> SRR490565 2 0.2500 0.81309 0.040 0.916 0.000 0.044
#> SRR490566 2 0.5636 0.19232 0.424 0.552 0.000 0.024
#> SRR490567 1 0.6143 0.11694 0.496 0.456 0.000 0.048
#> SRR490568 4 0.0336 0.90199 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490569 4 0.0921 0.88918 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490570 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490571 4 0.0000 0.90637 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490572 4 0.1211 0.87730 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR490573 4 0.2011 0.84889 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR490574 4 0.1716 0.86036 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR490575 4 0.1637 0.86434 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR490576 4 0.4477 0.54378 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR490577 4 0.4477 0.54378 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR490578 4 0.4477 0.54378 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR490579 4 0.4605 0.49688 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR490580 2 0.2973 0.76471 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR490581 2 0.1022 0.83057 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490582 2 0.0469 0.83799 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490583 2 0.1302 0.82711 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490584 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.84020 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.5693 0.59943 0.240 0.688 0.000 0.072
#> SRR490597 2 0.4459 0.69734 0.188 0.780 0.000 0.032
#> SRR490598 2 0.2494 0.81024 0.048 0.916 0.000 0.036
#> SRR490599 2 0.1724 0.82356 0.032 0.948 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 2 0.6640 0.30198 0.320 0.468 0.000 0.208 0.004
#> SRR490217 2 0.6588 0.33519 0.308 0.484 0.000 0.204 0.004
#> SRR490218 2 0.6302 0.43904 0.192 0.552 0.000 0.252 0.004
#> SRR490219 4 0.6833 -0.04121 0.244 0.348 0.000 0.404 0.004
#> SRR490220 1 0.2871 0.76886 0.876 0.032 0.000 0.088 0.004
#> SRR490221 1 0.2497 0.76610 0.880 0.004 0.000 0.112 0.004
#> SRR490222 1 0.2179 0.77359 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR490223 1 0.1444 0.80516 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR490224 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490225 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490226 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490227 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490228 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490229 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490230 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490231 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490232 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490233 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490234 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490235 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490236 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490237 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490238 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490239 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490240 1 0.1908 0.81028 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR490241 1 0.1908 0.81028 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR490242 1 0.1908 0.81028 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR490243 1 0.1908 0.81028 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR490244 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490248 2 0.4598 0.49819 0.312 0.664 0.000 0.016 0.008
#> SRR490249 2 0.4471 0.51723 0.292 0.684 0.000 0.020 0.004
#> SRR490250 2 0.4438 0.60783 0.228 0.732 0.000 0.032 0.008
#> SRR490251 2 0.4820 0.58368 0.240 0.700 0.000 0.056 0.004
#> SRR490252 1 0.4096 0.61014 0.744 0.232 0.000 0.020 0.004
#> SRR490253 1 0.4286 0.57351 0.716 0.260 0.000 0.020 0.004
#> SRR490254 1 0.4311 0.56747 0.712 0.264 0.000 0.020 0.004
#> SRR490255 1 0.4492 0.52466 0.680 0.296 0.000 0.020 0.004
#> SRR490256 1 0.1478 0.81101 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR490257 1 0.1544 0.81140 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR490258 1 0.1341 0.81077 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490259 1 0.1410 0.81107 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490260 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490261 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490262 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490263 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490264 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490265 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490266 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490267 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490268 1 0.1341 0.81034 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490269 1 0.1341 0.81034 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490270 1 0.1341 0.81034 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490271 1 0.1341 0.81034 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490272 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490273 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490274 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490275 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490276 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490277 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490278 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490279 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490280 5 0.1205 0.99541 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR490281 5 0.1205 0.99541 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR490282 5 0.1124 0.99543 0.004 0.000 0.036 0.000 0.960
#> SRR490283 5 0.1124 0.99543 0.004 0.000 0.036 0.000 0.960
#> SRR490284 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490285 1 0.1792 0.81116 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR490286 1 0.1671 0.81227 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR490287 1 0.1502 0.81316 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR490288 1 0.3008 0.74863 0.868 0.092 0.000 0.036 0.004
#> SRR490289 1 0.3342 0.74540 0.836 0.020 0.000 0.136 0.008
#> SRR490290 1 0.2953 0.76391 0.868 0.028 0.000 0.100 0.004
#> SRR490291 1 0.5598 0.47663 0.636 0.248 0.000 0.112 0.004
#> SRR490292 1 0.1471 0.79735 0.952 0.020 0.000 0.024 0.004
#> SRR490293 1 0.1843 0.79256 0.932 0.008 0.000 0.052 0.008
#> SRR490294 1 0.0833 0.80266 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR490295 1 0.0798 0.80255 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR490296 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490297 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490298 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490299 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490300 4 0.4575 0.29354 0.392 0.008 0.000 0.596 0.004
#> SRR490301 4 0.4557 0.13921 0.440 0.004 0.000 0.552 0.004
#> SRR490302 1 0.4430 0.23518 0.540 0.000 0.000 0.456 0.004
#> SRR490303 4 0.4443 0.00408 0.472 0.000 0.000 0.524 0.004
#> SRR490304 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490305 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490306 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490307 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490312 4 0.6953 -0.06158 0.332 0.312 0.000 0.352 0.004
#> SRR490313 2 0.6567 0.40183 0.232 0.524 0.000 0.236 0.008
#> SRR490314 2 0.6723 0.16396 0.184 0.416 0.000 0.392 0.008
#> SRR490315 2 0.6821 0.31774 0.272 0.464 0.000 0.256 0.008
#> SRR490316 1 0.5837 -0.06249 0.460 0.456 0.000 0.080 0.004
#> SRR490317 4 0.6942 0.06080 0.264 0.308 0.000 0.420 0.008
#> SRR490318 2 0.5370 0.40583 0.356 0.588 0.000 0.048 0.008
#> SRR490319 2 0.6764 0.25077 0.328 0.436 0.000 0.232 0.004
#> SRR490320 1 0.1549 0.80844 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR490321 1 0.1774 0.81121 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR490322 1 0.1117 0.80689 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR490323 1 0.1774 0.81122 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR490324 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490325 1 0.1792 0.81118 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR490326 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490327 1 0.1697 0.81385 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR490328 4 0.3849 0.72941 0.052 0.136 0.000 0.808 0.004
#> SRR490329 4 0.4177 0.68628 0.052 0.168 0.000 0.776 0.004
#> SRR490330 4 0.2125 0.85065 0.052 0.024 0.000 0.920 0.004
#> SRR490331 4 0.1591 0.86339 0.052 0.004 0.000 0.940 0.004
#> SRR490332 4 0.4388 0.61344 0.244 0.024 0.000 0.724 0.008
#> SRR490333 4 0.3239 0.75313 0.156 0.012 0.000 0.828 0.004
#> SRR490334 4 0.2976 0.78341 0.132 0.012 0.000 0.852 0.004
#> SRR490335 4 0.3463 0.77178 0.124 0.032 0.000 0.836 0.008
#> SRR490336 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490337 4 0.1282 0.87113 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR490338 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490339 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490340 1 0.4540 0.61562 0.700 0.024 0.000 0.268 0.008
#> SRR490341 1 0.5555 0.51134 0.640 0.260 0.000 0.092 0.008
#> SRR490342 1 0.5315 0.61551 0.696 0.160 0.000 0.136 0.008
#> SRR490343 1 0.5351 0.61051 0.692 0.164 0.000 0.136 0.008
#> SRR490344 2 0.5898 0.40530 0.100 0.548 0.000 0.348 0.004
#> SRR490345 2 0.5080 0.55052 0.056 0.656 0.000 0.284 0.004
#> SRR490346 2 0.5449 0.29223 0.052 0.532 0.000 0.412 0.004
#> SRR490347 4 0.5566 0.09290 0.060 0.416 0.000 0.520 0.004
#> SRR490348 2 0.5059 0.54191 0.052 0.652 0.000 0.292 0.004
#> SRR490349 2 0.4883 0.58276 0.052 0.684 0.000 0.260 0.004
#> SRR490350 2 0.5059 0.53297 0.052 0.652 0.000 0.292 0.004
#> SRR490351 2 0.5495 0.11827 0.052 0.480 0.000 0.464 0.004
#> SRR490352 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0290 0.81738 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR490356 2 0.4441 0.58045 0.252 0.716 0.000 0.024 0.008
#> SRR490357 2 0.4906 0.47760 0.324 0.640 0.000 0.028 0.008
#> SRR490358 2 0.4275 0.60442 0.228 0.740 0.000 0.024 0.008
#> SRR490359 2 0.5268 0.48094 0.312 0.628 0.000 0.052 0.008
#> SRR490360 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490364 2 0.4045 0.70221 0.064 0.796 0.000 0.136 0.004
#> SRR490365 2 0.3289 0.74663 0.048 0.852 0.000 0.096 0.004
#> SRR490366 2 0.3642 0.72349 0.048 0.824 0.000 0.124 0.004
#> SRR490367 2 0.3712 0.71977 0.052 0.820 0.000 0.124 0.004
#> SRR490368 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490372 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490373 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490374 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490375 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490376 2 0.4615 0.62416 0.052 0.724 0.000 0.220 0.004
#> SRR490377 2 0.4932 0.56212 0.048 0.668 0.000 0.280 0.004
#> SRR490378 2 0.4975 0.55904 0.052 0.668 0.000 0.276 0.004
#> SRR490379 2 0.5317 0.44805 0.052 0.588 0.000 0.356 0.004
#> SRR490380 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.0162 0.81856 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490408 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.4448 0.13933 0.516 0.000 0.000 0.480 0.004
#> SRR490417 4 0.4047 0.49624 0.320 0.000 0.000 0.676 0.004
#> SRR490418 4 0.3521 0.65511 0.232 0.000 0.000 0.764 0.004
#> SRR490419 4 0.3010 0.73925 0.172 0.000 0.000 0.824 0.004
#> SRR490420 1 0.1041 0.81031 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR490421 1 0.1877 0.79203 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR490422 1 0.1300 0.80449 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR490423 1 0.0992 0.80195 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR490424 1 0.1768 0.81346 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR490425 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490426 1 0.1851 0.81029 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490427 1 0.1792 0.81112 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR490428 1 0.1341 0.81034 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490429 1 0.1356 0.81132 0.956 0.004 0.000 0.012 0.028
#> SRR490430 1 0.1211 0.80769 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR490431 1 0.1623 0.80514 0.948 0.016 0.000 0.020 0.016
#> SRR490432 1 0.3756 0.65425 0.744 0.000 0.000 0.248 0.008
#> SRR490433 1 0.3783 0.64995 0.740 0.000 0.000 0.252 0.008
#> SRR490434 1 0.4108 0.60024 0.684 0.000 0.000 0.308 0.008
#> SRR490435 1 0.3957 0.61672 0.712 0.000 0.000 0.280 0.008
#> SRR490436 1 0.2843 0.74576 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR490437 1 0.2753 0.75126 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008
#> SRR490438 1 0.2843 0.74595 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008
#> SRR490439 1 0.2707 0.75723 0.860 0.000 0.000 0.132 0.008
#> SRR490440 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490442 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490443 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490445 4 0.0771 0.88750 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR490446 4 0.1430 0.86510 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> SRR490447 4 0.0865 0.88497 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR490448 1 0.3756 0.65425 0.744 0.000 0.000 0.248 0.008
#> SRR490449 1 0.3809 0.64554 0.736 0.000 0.000 0.256 0.008
#> SRR490450 1 0.3642 0.67034 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008
#> SRR490451 1 0.3728 0.65856 0.748 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR490452 1 0.1430 0.81171 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR490453 1 0.0963 0.81101 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490454 1 0.0912 0.80731 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR490455 1 0.1251 0.81227 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR490456 1 0.3728 0.65848 0.748 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR490457 1 0.3728 0.65848 0.748 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR490458 1 0.3756 0.65425 0.744 0.000 0.000 0.248 0.008
#> SRR490459 1 0.3487 0.68944 0.780 0.000 0.000 0.212 0.008
#> SRR490460 1 0.2563 0.76224 0.872 0.000 0.000 0.120 0.008
#> SRR490461 1 0.3053 0.73069 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR490462 1 0.2929 0.73994 0.840 0.000 0.000 0.152 0.008
#> SRR490463 1 0.3053 0.73076 0.828 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR490464 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.4118 0.58529 0.660 0.000 0.000 0.336 0.004
#> SRR490469 1 0.4118 0.58529 0.660 0.000 0.000 0.336 0.004
#> SRR490470 1 0.4101 0.58825 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR490471 1 0.4118 0.58529 0.660 0.000 0.000 0.336 0.004
#> SRR490472 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490473 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490474 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490475 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 4 0.0290 0.89629 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490485 4 0.0290 0.89629 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490486 4 0.0404 0.89435 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490487 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 4 0.0671 0.88977 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR490491 4 0.0162 0.89780 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490492 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 4 0.0510 0.88941 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR490501 4 0.0290 0.89501 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490502 4 0.0290 0.89657 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490503 4 0.0290 0.89657 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490504 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490505 4 0.0290 0.89622 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490506 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490507 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490508 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490512 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490525 4 0.0404 0.88953 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490526 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490527 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490528 4 0.0510 0.88573 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490529 4 0.0510 0.88573 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490530 4 0.0510 0.88573 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490531 4 0.0510 0.88573 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490532 1 0.3642 0.67015 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008
#> SRR490533 1 0.4686 0.64263 0.716 0.044 0.000 0.232 0.008
#> SRR490534 1 0.3949 0.61375 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR490535 1 0.4190 0.63891 0.724 0.012 0.000 0.256 0.008
#> SRR490536 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 4 0.0404 0.88948 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490539 4 0.0162 0.89629 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490540 4 0.4219 0.27781 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR490541 4 0.3895 0.51306 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR490542 4 0.4030 0.44285 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR490543 4 0.3796 0.55001 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR490544 2 0.2773 0.70177 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR490545 2 0.1197 0.79789 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR490546 2 0.3857 0.48025 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR490547 2 0.3039 0.66929 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR490548 2 0.0794 0.81014 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR490549 2 0.0880 0.80826 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR490550 2 0.2929 0.67745 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR490551 2 0.2074 0.75840 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR490552 2 0.1121 0.79690 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0162 0.81830 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490555 2 0.0162 0.81830 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR490556 2 0.1965 0.77137 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR490557 2 0.2929 0.66494 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR490558 2 0.2852 0.68072 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR490559 2 0.1965 0.75530 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490564 1 0.5125 0.27668 0.544 0.416 0.000 0.040 0.000
#> SRR490565 2 0.3697 0.71542 0.100 0.820 0.000 0.080 0.000
#> SRR490566 1 0.5293 0.10666 0.492 0.460 0.000 0.048 0.000
#> SRR490567 1 0.5520 0.36851 0.560 0.364 0.000 0.076 0.000
#> SRR490568 4 0.1059 0.88517 0.020 0.008 0.000 0.968 0.004
#> SRR490569 4 0.1560 0.87340 0.020 0.028 0.000 0.948 0.004
#> SRR490570 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490571 4 0.0000 0.89925 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490572 4 0.0703 0.88167 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR490573 4 0.1478 0.84970 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR490574 4 0.1197 0.86293 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR490575 4 0.1121 0.86735 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490576 4 0.3876 0.52725 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR490577 4 0.3913 0.51677 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR490578 4 0.3816 0.54234 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR490579 4 0.4030 0.46012 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR490580 2 0.3003 0.69576 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR490581 2 0.1608 0.79059 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR490582 2 0.0703 0.81263 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR490583 2 0.1792 0.78493 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.81990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490596 2 0.5289 0.51094 0.252 0.652 0.000 0.096 0.000
#> SRR490597 2 0.4480 0.63607 0.180 0.752 0.000 0.064 0.004
#> SRR490598 2 0.2588 0.77567 0.048 0.892 0.000 0.060 0.000
#> SRR490599 2 0.1753 0.79700 0.032 0.936 0.000 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 1 0.6273 0.2067 0.504 0.328 0 0.100 0.068 0
#> SRR490217 1 0.5780 0.2077 0.528 0.352 0 0.080 0.040 0
#> SRR490218 2 0.6189 0.1225 0.400 0.428 0 0.144 0.028 0
#> SRR490219 1 0.6792 0.0935 0.408 0.300 0 0.244 0.048 0
#> SRR490220 1 0.0363 0.7286 0.988 0.000 0 0.000 0.012 0
#> SRR490221 1 0.0458 0.7276 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0
#> SRR490222 1 0.0458 0.7276 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0
#> SRR490223 1 0.1556 0.6857 0.920 0.000 0 0.000 0.080 0
#> SRR490224 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490225 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490226 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490227 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490228 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490229 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490230 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490231 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490232 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490233 5 0.3101 0.9072 0.244 0.000 0 0.000 0.756 0
#> SRR490234 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490235 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490236 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490237 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490238 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490239 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490240 5 0.2996 0.9215 0.228 0.000 0 0.000 0.772 0
#> SRR490241 5 0.2996 0.9215 0.228 0.000 0 0.000 0.772 0
#> SRR490242 5 0.2996 0.9215 0.228 0.000 0 0.000 0.772 0
#> SRR490243 5 0.2996 0.9215 0.228 0.000 0 0.000 0.772 0
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490248 1 0.4062 0.0790 0.552 0.440 0 0.000 0.008 0
#> SRR490249 2 0.3975 0.2103 0.452 0.544 0 0.000 0.004 0
#> SRR490250 2 0.4306 0.2041 0.464 0.520 0 0.012 0.004 0
#> SRR490251 2 0.4331 0.2135 0.464 0.516 0 0.020 0.000 0
#> SRR490252 1 0.0458 0.7276 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0
#> SRR490253 1 0.0820 0.7289 0.972 0.012 0 0.000 0.016 0
#> SRR490254 1 0.1461 0.7181 0.940 0.044 0 0.000 0.016 0
#> SRR490255 1 0.1391 0.7203 0.944 0.040 0 0.000 0.016 0
#> SRR490256 5 0.3531 0.7939 0.328 0.000 0 0.000 0.672 0
#> SRR490257 5 0.3446 0.8238 0.308 0.000 0 0.000 0.692 0
#> SRR490258 5 0.3672 0.7235 0.368 0.000 0 0.000 0.632 0
#> SRR490259 5 0.3866 0.4581 0.484 0.000 0 0.000 0.516 0
#> SRR490260 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490261 5 0.2912 0.9295 0.216 0.000 0 0.000 0.784 0
#> SRR490262 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490263 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490264 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490265 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490266 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490267 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490268 1 0.3592 0.1322 0.656 0.000 0 0.000 0.344 0
#> SRR490269 1 0.3371 0.2840 0.708 0.000 0 0.000 0.292 0
#> SRR490270 1 0.3390 0.2744 0.704 0.000 0 0.000 0.296 0
#> SRR490271 1 0.3371 0.2840 0.708 0.000 0 0.000 0.292 0
#> SRR490272 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490273 5 0.3309 0.8639 0.280 0.000 0 0.000 0.720 0
#> SRR490274 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490275 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490276 5 0.2912 0.9294 0.216 0.000 0 0.000 0.784 0
#> SRR490277 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490278 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490279 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490280 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR490281 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR490282 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR490283 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0 0.000 0.000 1
#> SRR490284 5 0.0146 0.6165 0.004 0.000 0 0.000 0.996 0
#> SRR490285 5 0.0260 0.6161 0.008 0.000 0 0.000 0.992 0
#> SRR490286 5 0.0458 0.6154 0.016 0.000 0 0.000 0.984 0
#> SRR490287 5 0.1663 0.5674 0.088 0.000 0 0.000 0.912 0
#> SRR490288 1 0.2258 0.6965 0.896 0.060 0 0.000 0.044 0
#> SRR490289 1 0.1297 0.7230 0.948 0.000 0 0.040 0.012 0
#> SRR490290 1 0.1949 0.7182 0.924 0.020 0 0.020 0.036 0
#> SRR490291 1 0.3825 0.6126 0.776 0.172 0 0.036 0.016 0
#> SRR490292 1 0.0363 0.7287 0.988 0.000 0 0.000 0.012 0
#> SRR490293 1 0.0632 0.7259 0.976 0.000 0 0.000 0.024 0
#> SRR490294 1 0.0458 0.7286 0.984 0.000 0 0.000 0.016 0
#> SRR490295 1 0.0363 0.7287 0.988 0.000 0 0.000 0.012 0
#> SRR490296 4 0.2793 0.7211 0.200 0.000 0 0.800 0.000 0
#> SRR490297 4 0.2793 0.7211 0.200 0.000 0 0.800 0.000 0
#> SRR490298 4 0.2793 0.7211 0.200 0.000 0 0.800 0.000 0
#> SRR490299 4 0.2793 0.7211 0.200 0.000 0 0.800 0.000 0
#> SRR490300 1 0.3934 0.3099 0.616 0.008 0 0.376 0.000 0
#> SRR490301 1 0.3636 0.4088 0.676 0.004 0 0.320 0.000 0
#> SRR490302 1 0.2854 0.5789 0.792 0.000 0 0.208 0.000 0
#> SRR490303 1 0.3330 0.4786 0.716 0.000 0 0.284 0.000 0
#> SRR490304 4 0.0146 0.8833 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0
#> SRR490305 4 0.0146 0.8833 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0
#> SRR490306 4 0.0146 0.8833 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0
#> SRR490307 4 0.0146 0.8833 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490312 1 0.5831 0.2931 0.540 0.292 0 0.152 0.016 0
#> SRR490313 1 0.5631 -0.0421 0.452 0.416 0 0.128 0.004 0
#> SRR490314 1 0.5979 0.0227 0.436 0.364 0 0.196 0.004 0
#> SRR490315 1 0.5353 0.0810 0.500 0.388 0 0.112 0.000 0
#> SRR490316 1 0.4235 0.4622 0.684 0.280 0 0.024 0.012 0
#> SRR490317 1 0.5869 0.2850 0.512 0.244 0 0.240 0.004 0
#> SRR490318 1 0.4178 0.2605 0.608 0.372 0 0.020 0.000 0
#> SRR490319 1 0.5408 0.2897 0.560 0.312 0 0.124 0.004 0
#> SRR490320 5 0.3828 0.5420 0.440 0.000 0 0.000 0.560 0
#> SRR490321 5 0.3747 0.6388 0.396 0.000 0 0.000 0.604 0
#> SRR490322 1 0.3838 -0.2578 0.552 0.000 0 0.000 0.448 0
#> SRR490323 5 0.3727 0.6473 0.388 0.000 0 0.000 0.612 0
#> SRR490324 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490325 5 0.2883 0.9310 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490326 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490327 5 0.3221 0.8736 0.264 0.000 0 0.000 0.736 0
#> SRR490328 4 0.5121 0.4568 0.272 0.124 0 0.604 0.000 0
#> SRR490329 4 0.5027 0.5242 0.200 0.160 0 0.640 0.000 0
#> SRR490330 4 0.3394 0.7007 0.200 0.024 0 0.776 0.000 0
#> SRR490331 4 0.2933 0.7182 0.200 0.004 0 0.796 0.000 0
#> SRR490332 4 0.4157 0.2496 0.444 0.012 0 0.544 0.000 0
#> SRR490333 4 0.3634 0.5944 0.296 0.008 0 0.696 0.000 0
#> SRR490334 4 0.3670 0.6090 0.284 0.012 0 0.704 0.000 0
#> SRR490335 4 0.4060 0.5851 0.284 0.032 0 0.684 0.000 0
#> SRR490336 4 0.2762 0.7253 0.196 0.000 0 0.804 0.000 0
#> SRR490337 4 0.2664 0.7376 0.184 0.000 0 0.816 0.000 0
#> SRR490338 4 0.2793 0.7211 0.200 0.000 0 0.800 0.000 0
#> SRR490339 4 0.2793 0.7211 0.200 0.000 0 0.800 0.000 0
#> SRR490340 1 0.0865 0.7279 0.964 0.000 0 0.036 0.000 0
#> SRR490341 1 0.1814 0.6894 0.900 0.100 0 0.000 0.000 0
#> SRR490342 1 0.0603 0.7312 0.980 0.016 0 0.004 0.000 0
#> SRR490343 1 0.0717 0.7310 0.976 0.016 0 0.008 0.000 0
#> SRR490344 2 0.5779 0.2882 0.340 0.472 0 0.188 0.000 0
#> SRR490345 2 0.5536 0.4257 0.292 0.540 0 0.168 0.000 0
#> SRR490346 2 0.5870 0.3233 0.292 0.476 0 0.232 0.000 0
#> SRR490347 2 0.6095 0.1750 0.308 0.388 0 0.304 0.000 0
#> SRR490348 2 0.5501 0.4483 0.236 0.564 0 0.200 0.000 0
#> SRR490349 2 0.5330 0.4873 0.232 0.592 0 0.176 0.000 0
#> SRR490350 2 0.5345 0.4999 0.220 0.592 0 0.188 0.000 0
#> SRR490351 2 0.5919 0.1946 0.212 0.424 0 0.364 0.000 0
#> SRR490352 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490353 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490354 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490355 2 0.0146 0.8073 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0
#> SRR490356 2 0.3864 0.1837 0.480 0.520 0 0.000 0.000 0
#> SRR490357 1 0.3810 0.1215 0.572 0.428 0 0.000 0.000 0
#> SRR490358 2 0.3747 0.3899 0.396 0.604 0 0.000 0.000 0
#> SRR490359 1 0.3804 0.1173 0.576 0.424 0 0.000 0.000 0
#> SRR490360 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490361 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490362 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490363 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490364 2 0.3428 0.5876 0.304 0.696 0 0.000 0.000 0
#> SRR490365 2 0.3695 0.6247 0.272 0.712 0 0.016 0.000 0
#> SRR490366 2 0.3778 0.6227 0.272 0.708 0 0.020 0.000 0
#> SRR490367 2 0.3834 0.6263 0.268 0.708 0 0.024 0.000 0
#> SRR490368 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490369 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490370 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490371 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490372 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490373 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490374 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490375 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490376 2 0.5426 0.4377 0.292 0.556 0 0.152 0.000 0
#> SRR490377 2 0.5466 0.4494 0.280 0.556 0 0.164 0.000 0
#> SRR490378 2 0.5561 0.4087 0.292 0.536 0 0.172 0.000 0
#> SRR490379 2 0.5980 0.2683 0.292 0.444 0 0.264 0.000 0
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490384 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490385 2 0.0363 0.8067 0.012 0.988 0 0.000 0.000 0
#> SRR490386 2 0.1141 0.7979 0.052 0.948 0 0.000 0.000 0
#> SRR490387 2 0.1075 0.7990 0.048 0.952 0 0.000 0.000 0
#> SRR490388 2 0.1814 0.7801 0.100 0.900 0 0.000 0.000 0
#> SRR490389 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490390 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490391 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490392 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490393 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490394 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490395 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490396 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490397 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490398 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490399 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490400 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490401 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490402 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490403 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490404 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490405 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490406 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490407 2 0.1714 0.7841 0.092 0.908 0 0.000 0.000 0
#> SRR490408 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490409 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490410 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490411 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490416 1 0.3515 0.4630 0.676 0.000 0 0.324 0.000 0
#> SRR490417 4 0.3867 0.1081 0.488 0.000 0 0.512 0.000 0
#> SRR490418 4 0.3774 0.3541 0.408 0.000 0 0.592 0.000 0
#> SRR490419 4 0.3547 0.5343 0.332 0.000 0 0.668 0.000 0
#> SRR490420 1 0.2762 0.5114 0.804 0.000 0 0.000 0.196 0
#> SRR490421 1 0.0260 0.7294 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0
#> SRR490422 1 0.0713 0.7222 0.972 0.000 0 0.000 0.028 0
#> SRR490423 1 0.0363 0.7278 0.988 0.000 0 0.000 0.012 0
#> SRR490424 5 0.3244 0.8677 0.268 0.000 0 0.000 0.732 0
#> SRR490425 5 0.2883 0.9321 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490426 5 0.2854 0.9330 0.208 0.000 0 0.000 0.792 0
#> SRR490427 5 0.2883 0.9310 0.212 0.000 0 0.000 0.788 0
#> SRR490428 1 0.3244 0.3489 0.732 0.000 0 0.000 0.268 0
#> SRR490429 1 0.2378 0.5829 0.848 0.000 0 0.000 0.152 0
#> SRR490430 1 0.2092 0.6275 0.876 0.000 0 0.000 0.124 0
#> SRR490431 1 0.1267 0.6980 0.940 0.000 0 0.000 0.060 0
#> SRR490432 1 0.0000 0.7293 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490433 1 0.0000 0.7293 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490434 1 0.2854 0.5935 0.792 0.000 0 0.208 0.000 0
#> SRR490435 1 0.1714 0.6869 0.908 0.000 0 0.092 0.000 0
#> SRR490436 1 0.0260 0.7293 0.992 0.000 0 0.000 0.008 0
#> SRR490437 1 0.0363 0.7284 0.988 0.000 0 0.000 0.012 0
#> SRR490438 1 0.0713 0.7216 0.972 0.000 0 0.000 0.028 0
#> SRR490439 1 0.0865 0.7166 0.964 0.000 0 0.000 0.036 0
#> SRR490440 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490441 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490442 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490443 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490444 4 0.2793 0.7211 0.200 0.000 0 0.800 0.000 0
#> SRR490445 4 0.1663 0.8270 0.088 0.000 0 0.912 0.000 0
#> SRR490446 4 0.2730 0.7294 0.192 0.000 0 0.808 0.000 0
#> SRR490447 4 0.1610 0.8300 0.084 0.000 0 0.916 0.000 0
#> SRR490448 1 0.1610 0.6942 0.916 0.000 0 0.084 0.000 0
#> SRR490449 1 0.1556 0.6975 0.920 0.000 0 0.080 0.000 0
#> SRR490450 1 0.1524 0.7081 0.932 0.000 0 0.060 0.008 0
#> SRR490451 1 0.1387 0.7069 0.932 0.000 0 0.068 0.000 0
#> SRR490452 1 0.3288 0.3317 0.724 0.000 0 0.000 0.276 0
#> SRR490453 1 0.2854 0.4846 0.792 0.000 0 0.000 0.208 0
#> SRR490454 1 0.1663 0.6722 0.912 0.000 0 0.000 0.088 0
#> SRR490455 1 0.2969 0.4560 0.776 0.000 0 0.000 0.224 0
#> SRR490456 1 0.0363 0.7306 0.988 0.000 0 0.012 0.000 0
#> SRR490457 1 0.0547 0.7298 0.980 0.000 0 0.020 0.000 0
#> SRR490458 1 0.0000 0.7293 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490459 1 0.0000 0.7293 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490460 1 0.1564 0.7082 0.936 0.000 0 0.024 0.040 0
#> SRR490461 1 0.1327 0.7095 0.936 0.000 0 0.064 0.000 0
#> SRR490462 1 0.0146 0.7303 0.996 0.000 0 0.004 0.000 0
#> SRR490463 1 0.0000 0.7293 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490468 1 0.2996 0.5504 0.772 0.000 0 0.228 0.000 0
#> SRR490469 1 0.3351 0.4896 0.712 0.000 0 0.288 0.000 0
#> SRR490470 1 0.3198 0.5249 0.740 0.000 0 0.260 0.000 0
#> SRR490471 1 0.3266 0.5081 0.728 0.000 0 0.272 0.000 0
#> SRR490472 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490473 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490474 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490475 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000 0
#> SRR490480 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490481 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490482 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490483 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490484 4 0.0547 0.8758 0.020 0.000 0 0.980 0.000 0
#> SRR490485 4 0.0458 0.8779 0.016 0.000 0 0.984 0.000 0
#> SRR490486 4 0.0547 0.8757 0.020 0.000 0 0.980 0.000 0
#> SRR490487 4 0.0146 0.8833 0.004 0.000 0 0.996 0.000 0
#> SRR490488 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490489 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490490 4 0.1387 0.8422 0.068 0.000 0 0.932 0.000 0
#> SRR490491 4 0.0260 0.8816 0.008 0.000 0 0.992 0.000 0
#> SRR490492 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490493 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490494 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490495 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490496 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490497 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490498 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490499 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490500 4 0.1007 0.8611 0.044 0.000 0 0.956 0.000 0
#> SRR490501 4 0.1075 0.8607 0.048 0.000 0 0.952 0.000 0
#> SRR490502 4 0.1141 0.8582 0.052 0.000 0 0.948 0.000 0
#> SRR490503 4 0.0632 0.8742 0.024 0.000 0 0.976 0.000 0
#> SRR490504 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490505 4 0.0458 0.8776 0.016 0.000 0 0.984 0.000 0
#> SRR490506 4 0.0260 0.8815 0.008 0.000 0 0.992 0.000 0
#> SRR490507 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490508 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490509 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490510 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490511 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490512 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490513 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490514 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490515 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490516 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490517 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490518 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490519 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490520 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490521 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490522 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490523 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490524 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490525 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490526 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490527 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490528 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490529 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490530 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490531 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490532 1 0.0000 0.7293 1.000 0.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490533 1 0.0363 0.7315 0.988 0.000 0 0.012 0.000 0
#> SRR490534 1 0.2823 0.5947 0.796 0.000 0 0.204 0.000 0
#> SRR490535 1 0.1444 0.7074 0.928 0.000 0 0.072 0.000 0
#> SRR490536 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490537 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490538 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490539 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490540 4 0.3847 0.1485 0.000 0.456 0 0.544 0.000 0
#> SRR490541 4 0.3547 0.4576 0.000 0.332 0 0.668 0.000 0
#> SRR490542 4 0.3695 0.3577 0.000 0.376 0 0.624 0.000 0
#> SRR490543 4 0.3482 0.4822 0.000 0.316 0 0.684 0.000 0
#> SRR490544 2 0.2562 0.6638 0.000 0.828 0 0.172 0.000 0
#> SRR490545 2 0.0937 0.7887 0.000 0.960 0 0.040 0.000 0
#> SRR490546 2 0.3126 0.5293 0.000 0.752 0 0.248 0.000 0
#> SRR490547 2 0.2631 0.6505 0.000 0.820 0 0.180 0.000 0
#> SRR490548 2 0.0790 0.7970 0.000 0.968 0 0.032 0.000 0
#> SRR490549 2 0.0937 0.7938 0.000 0.960 0 0.040 0.000 0
#> SRR490550 2 0.2003 0.7286 0.000 0.884 0 0.116 0.000 0
#> SRR490551 2 0.1556 0.7605 0.000 0.920 0 0.080 0.000 0
#> SRR490552 2 0.0937 0.7868 0.000 0.960 0 0.040 0.000 0
#> SRR490553 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490554 2 0.0146 0.8065 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0
#> SRR490555 2 0.0146 0.8065 0.000 0.996 0 0.004 0.000 0
#> SRR490556 2 0.1957 0.7414 0.000 0.888 0 0.112 0.000 0
#> SRR490557 2 0.2416 0.6627 0.000 0.844 0 0.156 0.000 0
#> SRR490558 2 0.2416 0.6687 0.000 0.844 0 0.156 0.000 0
#> SRR490559 2 0.1610 0.7467 0.000 0.916 0 0.084 0.000 0
#> SRR490560 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490561 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490562 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490563 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490564 1 0.4522 0.4443 0.672 0.252 0 0.076 0.000 0
#> SRR490565 2 0.4783 0.5872 0.204 0.668 0 0.128 0.000 0
#> SRR490566 1 0.4918 0.3752 0.596 0.320 0 0.084 0.000 0
#> SRR490567 1 0.4573 0.4827 0.692 0.196 0 0.112 0.000 0
#> SRR490568 4 0.1584 0.8432 0.064 0.008 0 0.928 0.000 0
#> SRR490569 4 0.2201 0.8220 0.076 0.028 0 0.896 0.000 0
#> SRR490570 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490571 4 0.0000 0.8847 0.000 0.000 0 1.000 0.000 0
#> SRR490572 4 0.0260 0.8796 0.000 0.008 0 0.992 0.000 0
#> SRR490573 4 0.1141 0.8423 0.000 0.052 0 0.948 0.000 0
#> SRR490574 4 0.0865 0.8578 0.000 0.036 0 0.964 0.000 0
#> SRR490575 4 0.0790 0.8609 0.000 0.032 0 0.968 0.000 0
#> SRR490576 4 0.3810 0.2631 0.000 0.428 0 0.572 0.000 0
#> SRR490577 4 0.3854 0.1735 0.000 0.464 0 0.536 0.000 0
#> SRR490578 4 0.3737 0.3480 0.000 0.392 0 0.608 0.000 0
#> SRR490579 4 0.3867 0.1053 0.000 0.488 0 0.512 0.000 0
#> SRR490580 2 0.2941 0.6289 0.000 0.780 0 0.220 0.000 0
#> SRR490581 2 0.1556 0.7730 0.000 0.920 0 0.080 0.000 0
#> SRR490582 2 0.0790 0.7990 0.000 0.968 0 0.032 0.000 0
#> SRR490583 2 0.2003 0.7459 0.000 0.884 0 0.116 0.000 0
#> SRR490584 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490585 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490586 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490587 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490588 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490589 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490590 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490591 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490592 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490593 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490594 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490595 2 0.0000 0.8081 0.000 1.000 0 0.000 0.000 0
#> SRR490596 2 0.5515 0.2526 0.372 0.492 0 0.136 0.000 0
#> SRR490597 2 0.5083 0.4941 0.280 0.604 0 0.116 0.000 0
#> SRR490598 2 0.3908 0.7052 0.132 0.768 0 0.100 0.000 0
#> SRR490599 2 0.3354 0.7371 0.128 0.812 0 0.060 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.992 0.2947 0.704 0.704
#> 3 3 0.557 0.803 0.819 0.3236 0.965 0.950
#> 4 4 0.403 0.568 0.744 0.4232 0.746 0.628
#> 5 5 0.691 0.763 0.860 0.2999 0.794 0.545
#> 6 6 0.579 0.565 0.763 0.0651 0.946 0.807
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490217 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490218 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490219 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490220 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490221 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490222 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490223 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490224 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490232 2 0.3114 0.937 0.056 0.944
#> SRR490233 2 0.3733 0.919 0.072 0.928
#> SRR490234 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490235 2 0.4690 0.885 0.100 0.900
#> SRR490236 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR490237 1 0.0672 0.970 0.992 0.008
#> SRR490238 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR490239 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> SRR490240 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490241 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490242 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490243 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490244 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490245 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490249 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490250 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490251 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490252 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490253 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490254 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490255 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490256 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490257 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490258 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490259 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490260 1 0.2236 0.953 0.964 0.036
#> SRR490261 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> SRR490262 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> SRR490263 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> SRR490264 1 0.2778 0.944 0.952 0.048
#> SRR490265 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> SRR490266 1 0.2423 0.950 0.960 0.040
#> SRR490267 1 0.2423 0.950 0.960 0.040
#> SRR490268 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490269 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490270 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490271 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490272 1 0.6801 0.796 0.820 0.180
#> SRR490273 1 0.5946 0.842 0.856 0.144
#> SRR490274 1 0.7815 0.720 0.768 0.232
#> SRR490275 1 0.9635 0.402 0.612 0.388
#> SRR490276 1 0.1633 0.961 0.976 0.024
#> SRR490277 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> SRR490278 1 0.4298 0.905 0.912 0.088
#> SRR490279 1 0.1414 0.963 0.980 0.020
#> SRR490280 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490288 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490289 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490290 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490292 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490293 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490294 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490295 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490296 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490301 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490302 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490303 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490304 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490312 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490313 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490314 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490315 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490316 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490317 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490318 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490319 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490320 2 0.4298 0.899 0.088 0.912
#> SRR490321 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> SRR490322 2 0.0376 0.992 0.004 0.996
#> SRR490323 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490324 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490329 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490330 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490331 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490332 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490333 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490335 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490336 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490341 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490342 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490343 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490344 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490345 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490346 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490347 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490348 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490357 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490358 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490359 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490360 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490377 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490378 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490379 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490380 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490383 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490405 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490406 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490407 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490413 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490414 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490416 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490417 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490418 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490419 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490420 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490421 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490422 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490423 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490424 1 0.8813 0.593 0.700 0.300
#> SRR490425 2 0.6973 0.760 0.188 0.812
#> SRR490426 2 0.9427 0.424 0.360 0.640
#> SRR490427 2 0.9963 0.106 0.464 0.536
#> SRR490428 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490429 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490430 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490431 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490432 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490433 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490434 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490435 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490436 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490437 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490438 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490439 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490448 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490449 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490450 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490451 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490452 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490453 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490454 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490455 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490456 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490457 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490458 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490459 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490460 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490461 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490462 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490463 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490464 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490466 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490469 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490470 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490472 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490477 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490478 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490479 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490532 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490533 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490534 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490535 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490565 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490567 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490597 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490598 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR490599 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490217 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490218 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490219 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490220 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490221 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490222 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490223 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490224 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490225 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490226 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490227 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490228 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490229 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490230 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490231 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490232 2 0.5859 0.741 0.344 0.656 0.000
#> SRR490233 2 0.5560 0.798 0.300 0.700 0.000
#> SRR490234 2 0.5363 0.823 0.276 0.724 0.000
#> SRR490235 2 0.5291 0.831 0.268 0.732 0.000
#> SRR490236 1 0.6348 0.510 0.740 0.048 0.212
#> SRR490237 1 0.6159 0.526 0.756 0.048 0.196
#> SRR490238 1 0.6007 0.535 0.768 0.048 0.184
#> SRR490239 1 0.6302 0.514 0.744 0.048 0.208
#> SRR490240 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490241 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490242 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490243 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490244 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490245 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490246 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490247 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490248 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490249 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490250 2 0.4796 0.848 0.220 0.780 0.000
#> SRR490251 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490252 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490253 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490254 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490255 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490256 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490257 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490258 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490259 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490260 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490261 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490262 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490263 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490264 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490265 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490266 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490267 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490268 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490269 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490270 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490271 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490272 1 0.2356 0.632 0.928 0.072 0.000
#> SRR490273 1 0.2356 0.632 0.928 0.072 0.000
#> SRR490274 1 0.2448 0.628 0.924 0.076 0.000
#> SRR490275 1 0.3267 0.582 0.884 0.116 0.000
#> SRR490276 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490277 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490278 1 0.2066 0.642 0.940 0.060 0.000
#> SRR490279 1 0.2651 0.638 0.928 0.060 0.012
#> SRR490280 3 0.5810 0.584 0.336 0.000 0.664
#> SRR490281 3 0.5810 0.584 0.336 0.000 0.664
#> SRR490282 3 0.5810 0.584 0.336 0.000 0.664
#> SRR490283 3 0.5810 0.584 0.336 0.000 0.664
#> SRR490284 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490285 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490286 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490287 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490288 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490289 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490290 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490291 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490292 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490293 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490294 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490295 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490296 2 0.4605 0.848 0.204 0.796 0.000
#> SRR490297 2 0.4842 0.847 0.224 0.776 0.000
#> SRR490298 2 0.4291 0.849 0.180 0.820 0.000
#> SRR490299 2 0.4504 0.848 0.196 0.804 0.000
#> SRR490300 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490301 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490302 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490303 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490304 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490305 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490306 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490307 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490308 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490309 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490310 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490311 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490312 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490313 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490314 2 0.5016 0.846 0.240 0.760 0.000
#> SRR490315 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490316 2 0.5216 0.837 0.260 0.740 0.000
#> SRR490317 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490318 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490319 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490320 1 0.5760 0.232 0.672 0.328 0.000
#> SRR490321 2 0.6309 0.427 0.496 0.504 0.000
#> SRR490322 2 0.5785 0.758 0.332 0.668 0.000
#> SRR490323 2 0.6062 0.678 0.384 0.616 0.000
#> SRR490324 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490325 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490326 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490327 1 0.5254 0.415 0.736 0.000 0.264
#> SRR490328 2 0.5058 0.846 0.244 0.756 0.000
#> SRR490329 2 0.5058 0.846 0.244 0.756 0.000
#> SRR490330 2 0.4750 0.848 0.216 0.784 0.000
#> SRR490331 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490332 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490333 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490334 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490335 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490336 2 0.2537 0.849 0.080 0.920 0.000
#> SRR490337 2 0.2625 0.849 0.084 0.916 0.000
#> SRR490338 2 0.1529 0.847 0.040 0.960 0.000
#> SRR490339 2 0.2878 0.849 0.096 0.904 0.000
#> SRR490340 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490341 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490342 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490343 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490344 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490345 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490346 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490347 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490348 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490350 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490351 2 0.1031 0.845 0.024 0.976 0.000
#> SRR490352 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490353 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490354 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490355 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490356 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490357 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490358 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490359 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490360 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490361 2 0.0424 0.840 0.008 0.992 0.000
#> SRR490362 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490363 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490364 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490365 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490366 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490367 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490368 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490369 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490370 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490371 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490372 3 0.5431 0.640 0.284 0.000 0.716
#> SRR490373 3 0.5431 0.640 0.284 0.000 0.716
#> SRR490374 3 0.5431 0.640 0.284 0.000 0.716
#> SRR490375 3 0.5431 0.640 0.284 0.000 0.716
#> SRR490376 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490377 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490378 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490379 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490380 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490381 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490382 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490383 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490384 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490385 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490386 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490387 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490388 2 0.2165 0.848 0.064 0.936 0.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490390 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490391 2 0.0424 0.842 0.008 0.992 0.000
#> SRR490392 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490393 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490394 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490395 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490396 2 0.5016 0.846 0.240 0.760 0.000
#> SRR490397 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490398 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490399 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490400 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490401 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490402 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490403 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490404 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490405 2 0.5058 0.846 0.244 0.756 0.000
#> SRR490406 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490407 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490408 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490411 2 0.0747 0.844 0.016 0.984 0.000
#> SRR490412 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490413 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490414 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490415 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490416 2 0.5058 0.846 0.244 0.756 0.000
#> SRR490417 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490418 2 0.5016 0.846 0.240 0.760 0.000
#> SRR490419 2 0.5016 0.846 0.240 0.760 0.000
#> SRR490420 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490421 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490422 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490423 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490424 1 0.5722 0.563 0.800 0.132 0.068
#> SRR490425 1 0.6102 0.271 0.672 0.320 0.008
#> SRR490426 1 0.7558 0.405 0.644 0.284 0.072
#> SRR490427 1 0.7637 0.355 0.616 0.320 0.064
#> SRR490428 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490429 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490430 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490431 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490432 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490433 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490434 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490435 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490436 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490437 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490438 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490439 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490440 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490441 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490442 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490444 2 0.5058 0.846 0.244 0.756 0.000
#> SRR490445 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490446 2 0.5016 0.846 0.240 0.760 0.000
#> SRR490447 2 0.4974 0.847 0.236 0.764 0.000
#> SRR490448 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490449 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490450 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490451 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490452 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490453 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490454 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490455 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490456 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490457 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490458 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490459 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490460 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490461 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490462 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490463 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490464 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490465 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490466 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490467 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490468 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490469 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490470 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490471 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490472 2 0.0424 0.842 0.008 0.992 0.000
#> SRR490473 2 0.0424 0.842 0.008 0.992 0.000
#> SRR490474 2 0.1031 0.845 0.024 0.976 0.000
#> SRR490475 2 0.1529 0.846 0.040 0.960 0.000
#> SRR490476 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490477 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490478 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490479 3 0.0000 0.906 0.000 0.000 1.000
#> SRR490480 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 2 0.2959 0.850 0.100 0.900 0.000
#> SRR490485 2 0.2711 0.850 0.088 0.912 0.000
#> SRR490486 2 0.2878 0.848 0.096 0.904 0.000
#> SRR490487 2 0.1163 0.845 0.028 0.972 0.000
#> SRR490488 2 0.0747 0.844 0.016 0.984 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 2 0.1643 0.847 0.044 0.956 0.000
#> SRR490491 2 0.3038 0.850 0.104 0.896 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490497 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490498 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490499 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490500 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490501 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490502 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490503 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490504 2 0.2878 0.849 0.096 0.904 0.000
#> SRR490505 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490506 2 0.2356 0.849 0.072 0.928 0.000
#> SRR490507 2 0.1163 0.845 0.028 0.972 0.000
#> SRR490508 2 0.0747 0.844 0.016 0.984 0.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490511 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0424 0.842 0.008 0.992 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490517 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490518 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490519 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0592 0.843 0.012 0.988 0.000
#> SRR490523 2 0.2625 0.848 0.084 0.916 0.000
#> SRR490524 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490525 2 0.0424 0.840 0.008 0.992 0.000
#> SRR490526 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490527 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490528 2 0.0592 0.841 0.012 0.988 0.000
#> SRR490529 2 0.0424 0.840 0.008 0.992 0.000
#> SRR490530 2 0.0747 0.842 0.016 0.984 0.000
#> SRR490531 2 0.0747 0.842 0.016 0.984 0.000
#> SRR490532 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490533 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490534 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490535 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490536 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490538 2 0.0237 0.841 0.004 0.996 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.1163 0.845 0.028 0.972 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490545 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490546 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490547 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490548 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490549 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490550 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490551 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490552 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490553 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490554 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490555 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490556 2 0.4796 0.848 0.220 0.780 0.000
#> SRR490557 2 0.2165 0.848 0.064 0.936 0.000
#> SRR490558 2 0.4235 0.849 0.176 0.824 0.000
#> SRR490559 2 0.2066 0.847 0.060 0.940 0.000
#> SRR490560 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490561 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490562 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490563 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490564 2 0.5178 0.840 0.256 0.744 0.000
#> SRR490565 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490566 2 0.5138 0.843 0.252 0.748 0.000
#> SRR490567 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490568 2 0.0592 0.843 0.012 0.988 0.000
#> SRR490569 2 0.0424 0.842 0.008 0.992 0.000
#> SRR490570 2 0.2356 0.849 0.072 0.928 0.000
#> SRR490571 2 0.1031 0.845 0.024 0.976 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.840 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490577 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490578 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490579 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490580 2 0.0892 0.843 0.020 0.980 0.000
#> SRR490581 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490582 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490583 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490584 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490585 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490586 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490587 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490588 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490589 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490590 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490591 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490592 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490593 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490594 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490595 2 0.0237 0.838 0.004 0.996 0.000
#> SRR490596 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490597 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490598 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
#> SRR490599 2 0.5098 0.845 0.248 0.752 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 4 0.1256 0.67111 0.008 0.028 0.000 0.964
#> SRR490217 4 0.0927 0.67689 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR490218 4 0.0707 0.67842 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR490219 4 0.1004 0.67510 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR490220 4 0.0188 0.67976 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490221 4 0.0376 0.67975 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490222 4 0.0524 0.67965 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490223 4 0.0804 0.67870 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR490224 1 0.3991 0.73876 0.832 0.048 0.120 0.000
#> SRR490225 1 0.3441 0.74035 0.856 0.024 0.120 0.000
#> SRR490226 1 0.3542 0.74010 0.852 0.028 0.120 0.000
#> SRR490227 1 0.3335 0.74035 0.860 0.020 0.120 0.000
#> SRR490228 1 0.4150 0.73777 0.824 0.056 0.120 0.000
#> SRR490229 1 0.3047 0.74109 0.872 0.012 0.116 0.000
#> SRR490230 1 0.4150 0.73777 0.824 0.056 0.120 0.000
#> SRR490231 1 0.4072 0.73825 0.828 0.052 0.120 0.000
#> SRR490232 4 0.4114 0.55735 0.060 0.112 0.000 0.828
#> SRR490233 4 0.3697 0.57548 0.048 0.100 0.000 0.852
#> SRR490234 4 0.2635 0.63032 0.020 0.076 0.000 0.904
#> SRR490235 4 0.4072 0.54550 0.052 0.120 0.000 0.828
#> SRR490236 1 0.4080 0.74725 0.848 0.048 0.088 0.016
#> SRR490237 1 0.4163 0.74898 0.848 0.048 0.080 0.024
#> SRR490238 1 0.4080 0.74725 0.848 0.048 0.088 0.016
#> SRR490239 1 0.4080 0.74725 0.848 0.048 0.088 0.016
#> SRR490240 4 0.0376 0.67986 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490241 4 0.0376 0.67936 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490242 4 0.0376 0.67986 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490243 4 0.0524 0.67959 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490244 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490248 4 0.0779 0.68036 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490249 4 0.0657 0.67964 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490250 4 0.0804 0.67892 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR490251 4 0.0657 0.67964 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490252 4 0.0657 0.67882 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490253 4 0.0376 0.67936 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490254 4 0.0376 0.67936 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490255 4 0.0657 0.67875 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490256 4 0.3707 0.57175 0.028 0.132 0.000 0.840
#> SRR490257 4 0.2861 0.61945 0.016 0.096 0.000 0.888
#> SRR490258 4 0.2450 0.63339 0.016 0.072 0.000 0.912
#> SRR490259 4 0.3390 0.58270 0.016 0.132 0.000 0.852
#> SRR490260 1 0.5330 0.73228 0.748 0.132 0.000 0.120
#> SRR490261 1 0.5382 0.72976 0.744 0.132 0.000 0.124
#> SRR490262 1 0.5382 0.72976 0.744 0.132 0.000 0.124
#> SRR490263 1 0.5382 0.72976 0.744 0.132 0.000 0.124
#> SRR490264 1 0.5330 0.73164 0.748 0.132 0.000 0.120
#> SRR490265 1 0.5277 0.73393 0.752 0.132 0.000 0.116
#> SRR490266 1 0.5277 0.73393 0.752 0.132 0.000 0.116
#> SRR490267 1 0.5277 0.73393 0.752 0.132 0.000 0.116
#> SRR490268 4 0.3606 0.57185 0.020 0.140 0.000 0.840
#> SRR490269 4 0.3443 0.57840 0.016 0.136 0.000 0.848
#> SRR490270 4 0.3760 0.56613 0.028 0.136 0.000 0.836
#> SRR490271 4 0.3161 0.59457 0.012 0.124 0.000 0.864
#> SRR490272 1 0.5849 0.68984 0.704 0.132 0.000 0.164
#> SRR490273 1 0.5815 0.69904 0.708 0.140 0.000 0.152
#> SRR490274 1 0.6025 0.67562 0.688 0.140 0.000 0.172
#> SRR490275 1 0.6509 0.60120 0.632 0.140 0.000 0.228
#> SRR490276 1 0.5167 0.73394 0.760 0.132 0.000 0.108
#> SRR490277 1 0.5277 0.73393 0.752 0.132 0.000 0.116
#> SRR490278 1 0.5581 0.71518 0.728 0.132 0.000 0.140
#> SRR490279 1 0.5167 0.73394 0.760 0.132 0.000 0.108
#> SRR490280 1 0.5814 0.61140 0.644 0.056 0.300 0.000
#> SRR490281 1 0.5814 0.61140 0.644 0.056 0.300 0.000
#> SRR490282 1 0.5814 0.61140 0.644 0.056 0.300 0.000
#> SRR490283 1 0.5814 0.61140 0.644 0.056 0.300 0.000
#> SRR490284 1 0.4513 0.73323 0.804 0.076 0.120 0.000
#> SRR490285 1 0.4444 0.73426 0.808 0.072 0.120 0.000
#> SRR490286 1 0.4513 0.73323 0.804 0.076 0.120 0.000
#> SRR490287 1 0.4374 0.73648 0.812 0.068 0.120 0.000
#> SRR490288 4 0.1059 0.67546 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR490289 4 0.1059 0.67545 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR490290 4 0.1510 0.66690 0.016 0.028 0.000 0.956
#> SRR490291 4 0.1004 0.67491 0.004 0.024 0.000 0.972
#> SRR490292 4 0.3108 0.60327 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR490293 4 0.2988 0.60588 0.012 0.112 0.000 0.876
#> SRR490294 4 0.2859 0.60813 0.008 0.112 0.000 0.880
#> SRR490295 4 0.2053 0.64677 0.004 0.072 0.000 0.924
#> SRR490296 4 0.5464 0.37284 0.064 0.228 0.000 0.708
#> SRR490297 4 0.5394 0.37902 0.060 0.228 0.000 0.712
#> SRR490298 4 0.5354 0.37551 0.056 0.232 0.000 0.712
#> SRR490299 4 0.5631 0.35432 0.072 0.232 0.000 0.696
#> SRR490300 4 0.0707 0.67858 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR490301 4 0.0921 0.67558 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490302 4 0.0592 0.67809 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR490303 4 0.0817 0.67573 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR490304 4 0.6337 -0.47874 0.060 0.464 0.000 0.476
#> SRR490305 4 0.6337 -0.49005 0.060 0.464 0.000 0.476
#> SRR490306 2 0.6334 0.55626 0.060 0.484 0.000 0.456
#> SRR490307 2 0.6299 0.66379 0.060 0.520 0.000 0.420
#> SRR490308 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490312 4 0.0804 0.67787 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR490313 4 0.0779 0.68003 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490314 4 0.0779 0.68003 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490315 4 0.0804 0.67787 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR490316 4 0.1174 0.67342 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR490317 4 0.0672 0.67894 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR490318 4 0.0672 0.67894 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR490319 4 0.1174 0.67342 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR490320 4 0.6911 -0.10823 0.336 0.124 0.000 0.540
#> SRR490321 4 0.5496 0.42235 0.160 0.108 0.000 0.732
#> SRR490322 4 0.3734 0.56763 0.044 0.108 0.000 0.848
#> SRR490323 4 0.4487 0.52140 0.092 0.100 0.000 0.808
#> SRR490324 1 0.3991 0.73845 0.832 0.048 0.120 0.000
#> SRR490325 1 0.4513 0.73404 0.804 0.076 0.120 0.000
#> SRR490326 1 0.4513 0.73425 0.804 0.076 0.120 0.000
#> SRR490327 1 0.4581 0.73288 0.800 0.080 0.120 0.000
#> SRR490328 4 0.0804 0.67892 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR490329 4 0.1488 0.67057 0.032 0.012 0.000 0.956
#> SRR490330 4 0.2546 0.63945 0.060 0.028 0.000 0.912
#> SRR490331 4 0.1388 0.67237 0.028 0.012 0.000 0.960
#> SRR490332 4 0.0524 0.68031 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490333 4 0.0524 0.67998 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490334 4 0.1398 0.66892 0.040 0.004 0.000 0.956
#> SRR490335 4 0.0895 0.67696 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR490336 4 0.5810 0.29788 0.072 0.256 0.000 0.672
#> SRR490337 4 0.5837 0.28801 0.072 0.260 0.000 0.668
#> SRR490338 4 0.5837 0.29781 0.072 0.260 0.000 0.668
#> SRR490339 4 0.5753 0.31725 0.072 0.248 0.000 0.680
#> SRR490340 4 0.1867 0.64697 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR490341 4 0.1637 0.65506 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR490342 4 0.2266 0.64197 0.004 0.084 0.000 0.912
#> SRR490343 4 0.0921 0.67412 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490344 4 0.0927 0.68027 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR490345 4 0.0804 0.68017 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR490346 4 0.0804 0.68051 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR490347 4 0.0672 0.68056 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR490348 4 0.6355 0.02425 0.076 0.348 0.000 0.576
#> SRR490349 4 0.6310 0.01807 0.072 0.352 0.000 0.576
#> SRR490350 4 0.6309 0.06426 0.076 0.336 0.000 0.588
#> SRR490351 4 0.6309 0.07981 0.076 0.336 0.000 0.588
#> SRR490352 4 0.6270 -0.22794 0.060 0.404 0.000 0.536
#> SRR490353 4 0.6324 -0.21751 0.064 0.400 0.000 0.536
#> SRR490354 4 0.6315 -0.35032 0.060 0.432 0.000 0.508
#> SRR490355 4 0.6299 -0.29671 0.060 0.420 0.000 0.520
#> SRR490356 4 0.2469 0.64521 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR490357 4 0.2469 0.65139 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR490358 4 0.0921 0.67695 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR490359 4 0.1557 0.66862 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR490360 4 0.5420 0.32260 0.044 0.272 0.000 0.684
#> SRR490361 4 0.5745 0.25394 0.056 0.288 0.000 0.656
#> SRR490362 4 0.5668 0.23701 0.048 0.300 0.000 0.652
#> SRR490363 4 0.5602 -0.15920 0.024 0.408 0.000 0.568
#> SRR490364 4 0.5400 0.22396 0.020 0.372 0.000 0.608
#> SRR490365 4 0.5487 0.15709 0.020 0.400 0.000 0.580
#> SRR490366 4 0.5428 0.19590 0.020 0.380 0.000 0.600
#> SRR490367 4 0.5173 0.37296 0.020 0.320 0.000 0.660
#> SRR490368 2 0.4933 0.87478 0.016 0.688 0.000 0.296
#> SRR490369 2 0.4883 0.87008 0.016 0.696 0.000 0.288
#> SRR490370 2 0.4883 0.87008 0.016 0.696 0.000 0.288
#> SRR490371 2 0.4883 0.87008 0.016 0.696 0.000 0.288
#> SRR490372 1 0.4866 0.50576 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR490373 1 0.4866 0.50576 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR490374 1 0.4866 0.50576 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR490375 1 0.4866 0.50576 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR490376 4 0.0927 0.67942 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR490377 4 0.0927 0.67942 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR490378 4 0.0672 0.68056 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR490379 4 0.0804 0.68023 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR490380 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490384 4 0.6305 -0.31516 0.060 0.424 0.000 0.516
#> SRR490385 4 0.6332 -0.23465 0.064 0.404 0.000 0.532
#> SRR490386 4 0.6336 -0.46300 0.060 0.460 0.000 0.480
#> SRR490387 4 0.6299 -0.29835 0.060 0.420 0.000 0.520
#> SRR490388 4 0.5645 0.01138 0.032 0.364 0.000 0.604
#> SRR490389 2 0.6504 0.58676 0.072 0.476 0.000 0.452
#> SRR490390 2 0.6395 0.58033 0.064 0.476 0.000 0.460
#> SRR490391 4 0.6376 -0.31996 0.068 0.396 0.000 0.536
#> SRR490392 2 0.5815 0.68410 0.032 0.540 0.000 0.428
#> SRR490393 2 0.5159 0.83528 0.012 0.624 0.000 0.364
#> SRR490394 2 0.5657 0.67070 0.024 0.540 0.000 0.436
#> SRR490395 2 0.5159 0.83528 0.012 0.624 0.000 0.364
#> SRR490396 4 0.4797 0.45545 0.020 0.260 0.000 0.720
#> SRR490397 4 0.5038 0.39941 0.020 0.296 0.000 0.684
#> SRR490398 4 0.5062 0.39627 0.020 0.300 0.000 0.680
#> SRR490399 4 0.4963 0.41590 0.020 0.284 0.000 0.696
#> SRR490400 2 0.5193 0.86590 0.020 0.656 0.000 0.324
#> SRR490401 2 0.4933 0.87256 0.016 0.688 0.000 0.296
#> SRR490402 2 0.4908 0.87007 0.016 0.692 0.000 0.292
#> SRR490403 2 0.5003 0.87336 0.016 0.676 0.000 0.308
#> SRR490404 4 0.3649 0.58175 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR490405 4 0.3726 0.57443 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR490406 4 0.3801 0.56612 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR490407 4 0.3801 0.56612 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR490408 4 0.6263 -0.00963 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490409 4 0.6249 0.00904 0.068 0.352 0.000 0.580
#> SRR490410 4 0.6263 -0.00963 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490411 4 0.6234 0.02511 0.068 0.348 0.000 0.584
#> SRR490412 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490416 4 0.1256 0.67261 0.028 0.008 0.000 0.964
#> SRR490417 4 0.0524 0.68048 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR490418 4 0.1854 0.65977 0.048 0.012 0.000 0.940
#> SRR490419 4 0.1888 0.65983 0.044 0.016 0.000 0.940
#> SRR490420 4 0.0804 0.67816 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR490421 4 0.0188 0.67993 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490422 4 0.0376 0.67986 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490423 4 0.0376 0.67986 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490424 1 0.6561 0.59998 0.636 0.124 0.004 0.236
#> SRR490425 1 0.6800 0.33151 0.460 0.096 0.000 0.444
#> SRR490426 1 0.7419 0.46652 0.508 0.144 0.008 0.340
#> SRR490427 1 0.6923 0.55765 0.588 0.136 0.004 0.272
#> SRR490428 4 0.1256 0.67264 0.008 0.028 0.000 0.964
#> SRR490429 4 0.0657 0.67953 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490430 4 0.0779 0.67831 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR490431 4 0.0657 0.67953 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR490432 4 0.0376 0.68043 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490433 4 0.0188 0.67958 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490434 4 0.0336 0.67977 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR490435 4 0.0188 0.67958 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490436 4 0.1637 0.65572 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR490437 4 0.1557 0.66020 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR490438 4 0.1978 0.65027 0.004 0.068 0.000 0.928
#> SRR490439 4 0.1902 0.65137 0.004 0.064 0.000 0.932
#> SRR490440 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490441 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490442 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490443 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490444 4 0.2831 0.59659 0.004 0.120 0.000 0.876
#> SRR490445 4 0.3024 0.58414 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR490446 4 0.3695 0.54574 0.016 0.156 0.000 0.828
#> SRR490447 4 0.3443 0.57348 0.016 0.136 0.000 0.848
#> SRR490448 4 0.0188 0.67957 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490449 4 0.0000 0.67909 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR490450 4 0.0188 0.67976 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490451 4 0.0188 0.67993 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490452 4 0.2142 0.64611 0.016 0.056 0.000 0.928
#> SRR490453 4 0.0804 0.67792 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR490454 4 0.0524 0.67964 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490455 4 0.0927 0.67658 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR490456 4 0.0188 0.67976 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490457 4 0.0188 0.67958 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490458 4 0.0188 0.67958 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR490459 4 0.0376 0.67975 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR490460 4 0.0188 0.67887 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR490461 4 0.0336 0.67873 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR490462 4 0.0524 0.67963 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR490463 4 0.0469 0.67930 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR490464 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490468 4 0.1902 0.66754 0.004 0.064 0.000 0.932
#> SRR490469 4 0.1109 0.67739 0.004 0.028 0.000 0.968
#> SRR490470 4 0.1305 0.67588 0.004 0.036 0.000 0.960
#> SRR490471 4 0.1489 0.67298 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR490472 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490473 4 0.6249 0.04415 0.068 0.352 0.000 0.580
#> SRR490474 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490475 4 0.6310 0.03445 0.072 0.352 0.000 0.576
#> SRR490476 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490480 4 0.6280 0.02225 0.072 0.344 0.000 0.584
#> SRR490481 4 0.6280 0.02225 0.072 0.344 0.000 0.584
#> SRR490482 4 0.6280 0.02225 0.072 0.344 0.000 0.584
#> SRR490483 4 0.6280 0.02225 0.072 0.344 0.000 0.584
#> SRR490484 4 0.3621 0.59730 0.068 0.072 0.000 0.860
#> SRR490485 4 0.5901 0.23879 0.068 0.280 0.000 0.652
#> SRR490486 4 0.4669 0.46587 0.036 0.200 0.000 0.764
#> SRR490487 4 0.5240 0.43707 0.072 0.188 0.000 0.740
#> SRR490488 4 0.6240 0.11551 0.076 0.320 0.000 0.604
#> SRR490489 4 0.6324 0.04613 0.076 0.340 0.000 0.584
#> SRR490490 4 0.6075 0.21636 0.076 0.288 0.000 0.636
#> SRR490491 4 0.6028 0.23328 0.076 0.280 0.000 0.644
#> SRR490492 2 0.6290 0.79575 0.068 0.568 0.000 0.364
#> SRR490493 2 0.6234 0.81143 0.068 0.584 0.000 0.348
#> SRR490494 2 0.6219 0.81582 0.068 0.588 0.000 0.344
#> SRR490495 2 0.6171 0.81707 0.064 0.588 0.000 0.348
#> SRR490496 2 0.5898 0.85528 0.056 0.628 0.000 0.316
#> SRR490497 2 0.5827 0.85285 0.052 0.632 0.000 0.316
#> SRR490498 2 0.5754 0.86081 0.048 0.636 0.000 0.316
#> SRR490499 2 0.5966 0.85249 0.060 0.624 0.000 0.316
#> SRR490500 4 0.5364 0.15300 0.016 0.392 0.000 0.592
#> SRR490501 4 0.5435 0.02812 0.016 0.420 0.000 0.564
#> SRR490502 4 0.5517 0.06028 0.020 0.412 0.000 0.568
#> SRR490503 4 0.5279 0.11017 0.012 0.400 0.000 0.588
#> SRR490504 4 0.6324 0.07004 0.076 0.340 0.000 0.584
#> SRR490505 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490506 4 0.6355 0.04181 0.076 0.348 0.000 0.576
#> SRR490507 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490508 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490509 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490510 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490511 4 0.6369 0.02605 0.076 0.352 0.000 0.572
#> SRR490512 4 0.6232 0.07996 0.072 0.332 0.000 0.596
#> SRR490513 4 0.6280 0.02225 0.072 0.344 0.000 0.584
#> SRR490514 4 0.6258 0.10016 0.076 0.324 0.000 0.600
#> SRR490515 4 0.6280 0.02225 0.072 0.344 0.000 0.584
#> SRR490516 2 0.6091 0.82489 0.060 0.596 0.000 0.344
#> SRR490517 2 0.6163 0.79740 0.060 0.576 0.000 0.364
#> SRR490518 2 0.6121 0.81474 0.060 0.588 0.000 0.352
#> SRR490519 2 0.6292 0.68283 0.060 0.524 0.000 0.416
#> SRR490520 4 0.5755 0.12012 0.044 0.332 0.000 0.624
#> SRR490521 4 0.6277 -0.04346 0.068 0.360 0.000 0.572
#> SRR490522 4 0.5271 0.21270 0.024 0.320 0.000 0.656
#> SRR490523 4 0.4795 0.31169 0.012 0.292 0.000 0.696
#> SRR490524 2 0.5013 0.87123 0.020 0.688 0.000 0.292
#> SRR490525 2 0.5207 0.86376 0.028 0.680 0.000 0.292
#> SRR490526 2 0.5207 0.86376 0.028 0.680 0.000 0.292
#> SRR490527 2 0.5182 0.86347 0.028 0.684 0.000 0.288
#> SRR490528 2 0.5088 0.85665 0.024 0.688 0.000 0.288
#> SRR490529 2 0.5157 0.85523 0.028 0.688 0.000 0.284
#> SRR490530 2 0.5036 0.85290 0.024 0.696 0.000 0.280
#> SRR490531 2 0.5182 0.85341 0.028 0.684 0.000 0.288
#> SRR490532 4 0.1940 0.64586 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR490533 4 0.1792 0.65205 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR490534 4 0.1637 0.65804 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR490535 4 0.2011 0.64243 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR490536 4 0.6263 -0.00963 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490537 4 0.6263 -0.00963 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490538 4 0.6263 -0.00963 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490539 4 0.6263 -0.00963 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490540 4 0.5847 0.14180 0.052 0.320 0.000 0.628
#> SRR490541 4 0.6263 -0.02129 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490542 4 0.6249 -0.00425 0.068 0.352 0.000 0.580
#> SRR490543 4 0.6249 -0.00425 0.068 0.352 0.000 0.580
#> SRR490544 2 0.5186 0.87247 0.016 0.640 0.000 0.344
#> SRR490545 2 0.5203 0.86963 0.016 0.636 0.000 0.348
#> SRR490546 2 0.5110 0.86605 0.012 0.636 0.000 0.352
#> SRR490547 2 0.5159 0.85495 0.012 0.624 0.000 0.364
#> SRR490548 2 0.5105 0.84957 0.028 0.696 0.000 0.276
#> SRR490549 2 0.5254 0.87456 0.028 0.672 0.000 0.300
#> SRR490550 2 0.4963 0.86337 0.020 0.696 0.000 0.284
#> SRR490551 2 0.4857 0.86539 0.016 0.700 0.000 0.284
#> SRR490552 2 0.5070 0.84758 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR490553 2 0.5112 0.82373 0.008 0.608 0.000 0.384
#> SRR490554 2 0.5143 0.86172 0.012 0.628 0.000 0.360
#> SRR490555 2 0.5055 0.85259 0.008 0.624 0.000 0.368
#> SRR490556 2 0.5508 0.69215 0.020 0.572 0.000 0.408
#> SRR490557 2 0.5364 0.84927 0.028 0.652 0.000 0.320
#> SRR490558 2 0.5543 0.79029 0.028 0.612 0.000 0.360
#> SRR490559 2 0.5343 0.85364 0.028 0.656 0.000 0.316
#> SRR490560 2 0.5062 0.87515 0.020 0.680 0.000 0.300
#> SRR490561 2 0.4957 0.87649 0.016 0.684 0.000 0.300
#> SRR490562 2 0.5062 0.87485 0.020 0.680 0.000 0.300
#> SRR490563 2 0.4980 0.87597 0.016 0.680 0.000 0.304
#> SRR490564 4 0.3945 0.57309 0.004 0.216 0.000 0.780
#> SRR490565 4 0.3982 0.57060 0.004 0.220 0.000 0.776
#> SRR490566 4 0.3945 0.57309 0.004 0.216 0.000 0.780
#> SRR490567 4 0.3945 0.57309 0.004 0.216 0.000 0.780
#> SRR490568 4 0.5429 0.42925 0.072 0.208 0.000 0.720
#> SRR490569 4 0.5499 0.41843 0.072 0.216 0.000 0.712
#> SRR490570 4 0.5533 0.40447 0.072 0.220 0.000 0.708
#> SRR490571 4 0.5631 0.37875 0.076 0.224 0.000 0.700
#> SRR490572 4 0.6263 -0.02129 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490573 4 0.6277 -0.03999 0.068 0.360 0.000 0.572
#> SRR490574 4 0.6263 -0.02129 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490575 4 0.6263 -0.02129 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR490576 2 0.5024 0.85766 0.008 0.632 0.000 0.360
#> SRR490577 2 0.5070 0.84384 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR490578 2 0.5099 0.83181 0.008 0.612 0.000 0.380
#> SRR490579 2 0.5024 0.85766 0.008 0.632 0.000 0.360
#> SRR490580 2 0.6044 0.70500 0.044 0.528 0.000 0.428
#> SRR490581 2 0.5723 0.80895 0.032 0.580 0.000 0.388
#> SRR490582 2 0.5781 0.81806 0.036 0.584 0.000 0.380
#> SRR490583 2 0.5614 0.86922 0.036 0.628 0.000 0.336
#> SRR490584 2 0.5186 0.87105 0.016 0.640 0.000 0.344
#> SRR490585 2 0.5186 0.87105 0.016 0.640 0.000 0.344
#> SRR490586 2 0.5075 0.87064 0.012 0.644 0.000 0.344
#> SRR490587 2 0.5203 0.87052 0.016 0.636 0.000 0.348
#> SRR490588 2 0.5062 0.87415 0.020 0.680 0.000 0.300
#> SRR490589 2 0.5130 0.87815 0.020 0.668 0.000 0.312
#> SRR490590 2 0.5207 0.86681 0.028 0.680 0.000 0.292
#> SRR490591 2 0.5182 0.86398 0.028 0.684 0.000 0.288
#> SRR490592 2 0.5250 0.87023 0.024 0.660 0.000 0.316
#> SRR490593 2 0.4910 0.85504 0.020 0.704 0.000 0.276
#> SRR490594 2 0.5013 0.87320 0.020 0.688 0.000 0.292
#> SRR490595 2 0.5300 0.87710 0.028 0.664 0.000 0.308
#> SRR490596 4 0.1978 0.66439 0.004 0.068 0.000 0.928
#> SRR490597 4 0.2593 0.64776 0.004 0.104 0.000 0.892
#> SRR490598 4 0.3583 0.59382 0.004 0.180 0.000 0.816
#> SRR490599 4 0.3271 0.63262 0.012 0.132 0.000 0.856
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 1 0.1124 0.8902 0.960 0.004 0.000 0.036 0
#> SRR490217 1 0.1357 0.8888 0.948 0.004 0.000 0.048 0
#> SRR490218 1 0.1444 0.8857 0.948 0.012 0.000 0.040 0
#> SRR490219 1 0.1408 0.8879 0.948 0.008 0.000 0.044 0
#> SRR490220 1 0.0865 0.8911 0.972 0.004 0.000 0.024 0
#> SRR490221 1 0.1124 0.8884 0.960 0.004 0.000 0.036 0
#> SRR490222 1 0.1124 0.8884 0.960 0.004 0.000 0.036 0
#> SRR490223 1 0.1571 0.8884 0.936 0.004 0.000 0.060 0
#> SRR490224 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490225 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490226 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490227 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490228 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490229 3 0.0162 0.9111 0.000 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR490230 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490231 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490232 1 0.2418 0.8362 0.912 0.020 0.024 0.044 0
#> SRR490233 1 0.2124 0.8465 0.924 0.020 0.012 0.044 0
#> SRR490234 1 0.1725 0.8537 0.936 0.020 0.000 0.044 0
#> SRR490235 1 0.2507 0.8351 0.908 0.020 0.028 0.044 0
#> SRR490236 3 0.1913 0.9024 0.008 0.016 0.932 0.044 0
#> SRR490237 3 0.2026 0.9017 0.012 0.016 0.928 0.044 0
#> SRR490238 3 0.2086 0.9010 0.008 0.020 0.924 0.048 0
#> SRR490239 3 0.1913 0.9024 0.008 0.016 0.932 0.044 0
#> SRR490240 1 0.0404 0.8906 0.988 0.000 0.000 0.012 0
#> SRR490241 1 0.0290 0.8900 0.992 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR490242 1 0.0671 0.8919 0.980 0.004 0.000 0.016 0
#> SRR490243 1 0.0510 0.8914 0.984 0.000 0.000 0.016 0
#> SRR490244 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490245 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490246 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490247 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490248 1 0.1444 0.8857 0.948 0.012 0.000 0.040 0
#> SRR490249 1 0.1522 0.8847 0.944 0.012 0.000 0.044 0
#> SRR490250 1 0.2408 0.8551 0.892 0.016 0.000 0.092 0
#> SRR490251 1 0.1701 0.8822 0.936 0.016 0.000 0.048 0
#> SRR490252 1 0.0807 0.8898 0.976 0.012 0.000 0.012 0
#> SRR490253 1 0.0807 0.8898 0.976 0.012 0.000 0.012 0
#> SRR490254 1 0.0807 0.8898 0.976 0.012 0.000 0.012 0
#> SRR490255 1 0.0807 0.8898 0.976 0.012 0.000 0.012 0
#> SRR490256 1 0.1725 0.8542 0.936 0.020 0.000 0.044 0
#> SRR490257 1 0.1300 0.8690 0.956 0.016 0.000 0.028 0
#> SRR490258 1 0.1725 0.8542 0.936 0.020 0.000 0.044 0
#> SRR490259 1 0.1725 0.8542 0.936 0.020 0.000 0.044 0
#> SRR490260 3 0.3046 0.8898 0.052 0.020 0.880 0.048 0
#> SRR490261 3 0.3115 0.8865 0.056 0.020 0.876 0.048 0
#> SRR490262 3 0.3046 0.8898 0.052 0.020 0.880 0.048 0
#> SRR490263 3 0.3046 0.8898 0.052 0.020 0.880 0.048 0
#> SRR490264 3 0.3046 0.8898 0.052 0.020 0.880 0.048 0
#> SRR490265 3 0.3046 0.8898 0.052 0.020 0.880 0.048 0
#> SRR490266 3 0.3046 0.8898 0.052 0.020 0.880 0.048 0
#> SRR490267 3 0.3046 0.8898 0.052 0.020 0.880 0.048 0
#> SRR490268 1 0.1725 0.8542 0.936 0.020 0.000 0.044 0
#> SRR490269 1 0.1725 0.8542 0.936 0.020 0.000 0.044 0
#> SRR490270 1 0.1818 0.8515 0.932 0.024 0.000 0.044 0
#> SRR490271 1 0.1725 0.8542 0.936 0.020 0.000 0.044 0
#> SRR490272 3 0.4070 0.8040 0.124 0.020 0.808 0.048 0
#> SRR490273 3 0.3876 0.8262 0.108 0.020 0.824 0.048 0
#> SRR490274 3 0.4206 0.7869 0.136 0.020 0.796 0.048 0
#> SRR490275 3 0.5391 0.5194 0.304 0.020 0.632 0.044 0
#> SRR490276 3 0.2975 0.8912 0.048 0.020 0.884 0.048 0
#> SRR490277 3 0.3115 0.8865 0.056 0.020 0.876 0.048 0
#> SRR490278 3 0.3183 0.8826 0.060 0.020 0.872 0.048 0
#> SRR490279 3 0.2825 0.8935 0.040 0.020 0.892 0.048 0
#> SRR490280 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490281 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490282 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490283 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490284 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490285 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490286 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490287 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490288 1 0.1205 0.8900 0.956 0.004 0.000 0.040 0
#> SRR490289 1 0.1357 0.8900 0.948 0.004 0.000 0.048 0
#> SRR490290 1 0.1704 0.8852 0.928 0.004 0.000 0.068 0
#> SRR490291 1 0.0794 0.8914 0.972 0.000 0.000 0.028 0
#> SRR490292 1 0.0671 0.8820 0.980 0.004 0.000 0.016 0
#> SRR490293 1 0.0566 0.8839 0.984 0.004 0.000 0.012 0
#> SRR490294 1 0.0162 0.8879 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR490295 1 0.0162 0.8879 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR490296 4 0.3909 0.6997 0.216 0.024 0.000 0.760 0
#> SRR490297 4 0.4206 0.6324 0.272 0.020 0.000 0.708 0
#> SRR490298 4 0.3970 0.6782 0.236 0.020 0.000 0.744 0
#> SRR490299 4 0.3513 0.7372 0.180 0.020 0.000 0.800 0
#> SRR490300 1 0.0955 0.8908 0.968 0.004 0.000 0.028 0
#> SRR490301 1 0.1082 0.8904 0.964 0.008 0.000 0.028 0
#> SRR490302 1 0.1106 0.8905 0.964 0.012 0.000 0.024 0
#> SRR490303 1 0.0992 0.8909 0.968 0.008 0.000 0.024 0
#> SRR490304 4 0.4655 0.4491 0.028 0.328 0.000 0.644 0
#> SRR490305 4 0.4789 0.2775 0.024 0.392 0.000 0.584 0
#> SRR490306 4 0.4966 0.2436 0.032 0.404 0.000 0.564 0
#> SRR490307 4 0.4890 0.0586 0.024 0.452 0.000 0.524 0
#> SRR490308 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490309 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490310 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490311 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490312 1 0.1041 0.8911 0.964 0.004 0.000 0.032 0
#> SRR490313 1 0.1205 0.8871 0.956 0.004 0.000 0.040 0
#> SRR490314 1 0.1205 0.8871 0.956 0.004 0.000 0.040 0
#> SRR490315 1 0.1205 0.8871 0.956 0.004 0.000 0.040 0
#> SRR490316 1 0.1282 0.8898 0.952 0.004 0.000 0.044 0
#> SRR490317 1 0.1282 0.8859 0.952 0.004 0.000 0.044 0
#> SRR490318 1 0.1357 0.8873 0.948 0.004 0.000 0.048 0
#> SRR490319 1 0.1357 0.8888 0.948 0.004 0.000 0.048 0
#> SRR490320 1 0.3442 0.7796 0.852 0.016 0.088 0.044 0
#> SRR490321 1 0.2326 0.8379 0.916 0.020 0.020 0.044 0
#> SRR490322 1 0.2026 0.8464 0.928 0.016 0.012 0.044 0
#> SRR490323 1 0.2026 0.8464 0.928 0.016 0.012 0.044 0
#> SRR490324 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490325 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490326 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490327 3 0.0000 0.9114 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR490328 1 0.3055 0.7946 0.840 0.016 0.000 0.144 0
#> SRR490329 1 0.4114 0.5964 0.712 0.016 0.000 0.272 0
#> SRR490330 1 0.4608 0.4351 0.640 0.024 0.000 0.336 0
#> SRR490331 1 0.3999 0.6506 0.740 0.020 0.000 0.240 0
#> SRR490332 1 0.1571 0.8829 0.936 0.004 0.000 0.060 0
#> SRR490333 1 0.1965 0.8809 0.924 0.024 0.000 0.052 0
#> SRR490334 1 0.3852 0.6906 0.760 0.020 0.000 0.220 0
#> SRR490335 1 0.2305 0.8576 0.896 0.012 0.000 0.092 0
#> SRR490336 4 0.3193 0.7756 0.132 0.028 0.000 0.840 0
#> SRR490337 4 0.3182 0.7833 0.124 0.032 0.000 0.844 0
#> SRR490338 4 0.3134 0.7870 0.120 0.032 0.000 0.848 0
#> SRR490339 4 0.3194 0.7629 0.148 0.020 0.000 0.832 0
#> SRR490340 1 0.0451 0.8899 0.988 0.004 0.000 0.008 0
#> SRR490341 1 0.0798 0.8907 0.976 0.016 0.000 0.008 0
#> SRR490342 1 0.0912 0.8902 0.972 0.016 0.000 0.012 0
#> SRR490343 1 0.0693 0.8909 0.980 0.012 0.000 0.008 0
#> SRR490344 1 0.2707 0.8281 0.860 0.008 0.000 0.132 0
#> SRR490345 1 0.3421 0.7404 0.788 0.008 0.000 0.204 0
#> SRR490346 1 0.3013 0.7965 0.832 0.008 0.000 0.160 0
#> SRR490347 1 0.2411 0.8517 0.884 0.008 0.000 0.108 0
#> SRR490348 4 0.1764 0.8050 0.064 0.008 0.000 0.928 0
#> SRR490349 4 0.2193 0.8045 0.060 0.028 0.000 0.912 0
#> SRR490350 4 0.1768 0.8040 0.072 0.004 0.000 0.924 0
#> SRR490351 4 0.2130 0.8058 0.080 0.012 0.000 0.908 0
#> SRR490352 4 0.3724 0.6770 0.028 0.184 0.000 0.788 0
#> SRR490353 4 0.3760 0.6713 0.028 0.188 0.000 0.784 0
#> SRR490354 4 0.3909 0.6299 0.024 0.216 0.000 0.760 0
#> SRR490355 4 0.3710 0.6643 0.024 0.192 0.000 0.784 0
#> SRR490356 1 0.1364 0.8859 0.952 0.036 0.000 0.012 0
#> SRR490357 1 0.1168 0.8883 0.960 0.032 0.000 0.008 0
#> SRR490358 1 0.1310 0.8894 0.956 0.024 0.000 0.020 0
#> SRR490359 1 0.1211 0.8892 0.960 0.024 0.000 0.016 0
#> SRR490360 4 0.6500 0.3123 0.276 0.236 0.000 0.488 0
#> SRR490361 4 0.6326 0.3788 0.248 0.224 0.000 0.528 0
#> SRR490362 4 0.6245 0.3963 0.220 0.236 0.000 0.544 0
#> SRR490363 4 0.6381 0.0322 0.168 0.384 0.000 0.448 0
#> SRR490364 1 0.5048 0.1853 0.492 0.476 0.000 0.032 0
#> SRR490365 1 0.5047 0.1982 0.496 0.472 0.000 0.032 0
#> SRR490366 1 0.5049 0.1752 0.488 0.480 0.000 0.032 0
#> SRR490367 1 0.4961 0.2719 0.524 0.448 0.000 0.028 0
#> SRR490368 2 0.2329 0.7920 0.000 0.876 0.000 0.124 0
#> SRR490369 2 0.1908 0.7998 0.000 0.908 0.000 0.092 0
#> SRR490370 2 0.1851 0.8001 0.000 0.912 0.000 0.088 0
#> SRR490371 2 0.1851 0.8001 0.000 0.912 0.000 0.088 0
#> SRR490372 3 0.0579 0.9049 0.000 0.008 0.984 0.008 0
#> SRR490373 3 0.0579 0.9049 0.000 0.008 0.984 0.008 0
#> SRR490374 3 0.0579 0.9049 0.000 0.008 0.984 0.008 0
#> SRR490375 3 0.0579 0.9049 0.000 0.008 0.984 0.008 0
#> SRR490376 1 0.3809 0.6588 0.736 0.008 0.000 0.256 0
#> SRR490377 1 0.3890 0.6609 0.736 0.012 0.000 0.252 0
#> SRR490378 1 0.3242 0.7809 0.816 0.012 0.000 0.172 0
#> SRR490379 1 0.3942 0.6456 0.728 0.012 0.000 0.260 0
#> SRR490380 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490381 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490382 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490383 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490384 4 0.3929 0.6450 0.028 0.208 0.000 0.764 0
#> SRR490385 4 0.3863 0.6549 0.028 0.200 0.000 0.772 0
#> SRR490386 4 0.4141 0.6088 0.028 0.236 0.000 0.736 0
#> SRR490387 4 0.3745 0.6590 0.024 0.196 0.000 0.780 0
#> SRR490388 1 0.6749 -0.1228 0.388 0.348 0.000 0.264 0
#> SRR490389 4 0.6275 0.3485 0.176 0.308 0.000 0.516 0
#> SRR490390 4 0.6447 0.2655 0.192 0.336 0.000 0.472 0
#> SRR490391 4 0.6685 0.2607 0.284 0.280 0.000 0.436 0
#> SRR490392 2 0.4461 0.7023 0.052 0.728 0.000 0.220 0
#> SRR490393 2 0.2873 0.7875 0.016 0.856 0.000 0.128 0
#> SRR490394 2 0.4276 0.7314 0.068 0.764 0.000 0.168 0
#> SRR490395 2 0.3399 0.7671 0.020 0.812 0.000 0.168 0
#> SRR490396 1 0.5019 0.3890 0.568 0.396 0.000 0.036 0
#> SRR490397 1 0.5065 0.3252 0.544 0.420 0.000 0.036 0
#> SRR490398 1 0.5065 0.3259 0.544 0.420 0.000 0.036 0
#> SRR490399 1 0.5059 0.3362 0.548 0.416 0.000 0.036 0
#> SRR490400 2 0.1956 0.7977 0.008 0.916 0.000 0.076 0
#> SRR490401 2 0.1638 0.7953 0.004 0.932 0.000 0.064 0
#> SRR490402 2 0.1704 0.7966 0.004 0.928 0.000 0.068 0
#> SRR490403 2 0.1956 0.7990 0.008 0.916 0.000 0.076 0
#> SRR490404 1 0.1725 0.8779 0.936 0.044 0.000 0.020 0
#> SRR490405 1 0.1965 0.8726 0.924 0.052 0.000 0.024 0
#> SRR490406 1 0.1965 0.8726 0.924 0.052 0.000 0.024 0
#> SRR490407 1 0.1965 0.8726 0.924 0.052 0.000 0.024 0
#> SRR490408 4 0.2104 0.8021 0.060 0.024 0.000 0.916 0
#> SRR490409 4 0.2171 0.8038 0.064 0.024 0.000 0.912 0
#> SRR490410 4 0.2193 0.8020 0.060 0.028 0.000 0.912 0
#> SRR490411 4 0.2325 0.8057 0.068 0.028 0.000 0.904 0
#> SRR490412 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490413 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490414 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490415 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490416 1 0.3476 0.7607 0.804 0.020 0.000 0.176 0
#> SRR490417 1 0.3055 0.8043 0.840 0.016 0.000 0.144 0
#> SRR490418 1 0.4181 0.6122 0.712 0.020 0.000 0.268 0
#> SRR490419 1 0.4380 0.5331 0.676 0.020 0.000 0.304 0
#> SRR490420 1 0.1041 0.8913 0.964 0.004 0.000 0.032 0
#> SRR490421 1 0.1281 0.8891 0.956 0.012 0.000 0.032 0
#> SRR490422 1 0.1282 0.8904 0.952 0.004 0.000 0.044 0
#> SRR490423 1 0.1168 0.8898 0.960 0.008 0.000 0.032 0
#> SRR490424 3 0.4442 0.7114 0.184 0.016 0.760 0.040 0
#> SRR490425 1 0.5157 0.3948 0.628 0.012 0.324 0.036 0
#> SRR490426 1 0.5467 0.2714 0.584 0.020 0.360 0.036 0
#> SRR490427 3 0.5601 0.2089 0.440 0.016 0.504 0.040 0
#> SRR490428 1 0.0324 0.8868 0.992 0.004 0.000 0.004 0
#> SRR490429 1 0.0324 0.8894 0.992 0.004 0.000 0.004 0
#> SRR490430 1 0.0324 0.8894 0.992 0.004 0.000 0.004 0
#> SRR490431 1 0.0324 0.8894 0.992 0.004 0.000 0.004 0
#> SRR490432 1 0.1626 0.8828 0.940 0.016 0.000 0.044 0
#> SRR490433 1 0.1701 0.8809 0.936 0.016 0.000 0.048 0
#> SRR490434 1 0.2079 0.8712 0.916 0.020 0.000 0.064 0
#> SRR490435 1 0.1981 0.8710 0.920 0.016 0.000 0.064 0
#> SRR490436 1 0.0671 0.8909 0.980 0.004 0.000 0.016 0
#> SRR490437 1 0.0566 0.8897 0.984 0.004 0.000 0.012 0
#> SRR490438 1 0.0671 0.8909 0.980 0.004 0.000 0.016 0
#> SRR490439 1 0.0671 0.8909 0.980 0.004 0.000 0.016 0
#> SRR490440 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490441 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490442 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490443 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490444 4 0.4653 0.2036 0.472 0.012 0.000 0.516 0
#> SRR490445 4 0.4434 0.2526 0.460 0.004 0.000 0.536 0
#> SRR490446 4 0.4620 0.4386 0.392 0.016 0.000 0.592 0
#> SRR490447 4 0.4415 0.4605 0.388 0.008 0.000 0.604 0
#> SRR490448 1 0.1408 0.8852 0.948 0.008 0.000 0.044 0
#> SRR490449 1 0.1626 0.8828 0.940 0.016 0.000 0.044 0
#> SRR490450 1 0.1522 0.8843 0.944 0.012 0.000 0.044 0
#> SRR490451 1 0.1626 0.8828 0.940 0.016 0.000 0.044 0
#> SRR490452 1 0.1364 0.8651 0.952 0.012 0.000 0.036 0
#> SRR490453 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR490454 1 0.0000 0.8882 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR490455 1 0.0162 0.8874 0.996 0.000 0.000 0.004 0
#> SRR490456 1 0.1626 0.8828 0.940 0.016 0.000 0.044 0
#> SRR490457 1 0.1626 0.8828 0.940 0.016 0.000 0.044 0
#> SRR490458 1 0.1626 0.8828 0.940 0.016 0.000 0.044 0
#> SRR490459 1 0.1282 0.8859 0.952 0.004 0.000 0.044 0
#> SRR490460 1 0.0609 0.8911 0.980 0.000 0.000 0.020 0
#> SRR490461 1 0.0771 0.8918 0.976 0.004 0.000 0.020 0
#> SRR490462 1 0.0880 0.8902 0.968 0.000 0.000 0.032 0
#> SRR490463 1 0.0794 0.8906 0.972 0.000 0.000 0.028 0
#> SRR490464 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490465 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490466 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490467 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490468 1 0.1216 0.8903 0.960 0.020 0.000 0.020 0
#> SRR490469 1 0.1018 0.8908 0.968 0.016 0.000 0.016 0
#> SRR490470 1 0.1117 0.8906 0.964 0.020 0.000 0.016 0
#> SRR490471 1 0.1216 0.8903 0.960 0.020 0.000 0.020 0
#> SRR490472 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490473 4 0.1638 0.8037 0.064 0.004 0.000 0.932 0
#> SRR490474 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490475 4 0.1544 0.8034 0.068 0.000 0.000 0.932 0
#> SRR490476 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490477 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490478 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490479 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR490480 4 0.2491 0.8043 0.068 0.036 0.000 0.896 0
#> SRR490481 4 0.2514 0.8008 0.060 0.044 0.000 0.896 0
#> SRR490482 4 0.2514 0.8010 0.060 0.044 0.000 0.896 0
#> SRR490483 4 0.2359 0.8025 0.060 0.036 0.000 0.904 0
#> SRR490484 4 0.3940 0.6926 0.220 0.024 0.000 0.756 0
#> SRR490485 4 0.3012 0.7845 0.124 0.024 0.000 0.852 0
#> SRR490486 4 0.3994 0.7217 0.188 0.040 0.000 0.772 0
#> SRR490487 4 0.3400 0.7732 0.136 0.036 0.000 0.828 0
#> SRR490488 4 0.2293 0.8047 0.084 0.016 0.000 0.900 0
#> SRR490489 4 0.2325 0.8056 0.068 0.028 0.000 0.904 0
#> SRR490490 4 0.2540 0.8027 0.088 0.024 0.000 0.888 0
#> SRR490491 4 0.2873 0.7869 0.120 0.020 0.000 0.860 0
#> SRR490492 4 0.5550 0.2697 0.076 0.376 0.000 0.548 0
#> SRR490493 4 0.5175 0.2119 0.044 0.408 0.000 0.548 0
#> SRR490494 4 0.5401 0.1958 0.060 0.404 0.000 0.536 0
#> SRR490495 4 0.5322 0.2438 0.056 0.392 0.000 0.552 0
#> SRR490496 2 0.3561 0.6965 0.000 0.740 0.000 0.260 0
#> SRR490497 2 0.3561 0.6968 0.000 0.740 0.000 0.260 0
#> SRR490498 2 0.3561 0.6968 0.000 0.740 0.000 0.260 0
#> SRR490499 2 0.3707 0.6704 0.000 0.716 0.000 0.284 0
#> SRR490500 1 0.5103 0.2323 0.512 0.452 0.000 0.036 0
#> SRR490501 1 0.5168 0.2257 0.508 0.452 0.000 0.040 0
#> SRR490502 1 0.5173 0.2050 0.500 0.460 0.000 0.040 0
#> SRR490503 1 0.5112 0.1917 0.496 0.468 0.000 0.036 0
#> SRR490504 4 0.1478 0.8010 0.064 0.000 0.000 0.936 0
#> SRR490505 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490506 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490507 4 0.1410 0.8010 0.060 0.000 0.000 0.940 0
#> SRR490508 4 0.1704 0.8050 0.068 0.004 0.000 0.928 0
#> SRR490509 4 0.1478 0.8026 0.064 0.000 0.000 0.936 0
#> SRR490510 4 0.1571 0.8019 0.060 0.004 0.000 0.936 0
#> SRR490511 4 0.1544 0.8033 0.068 0.000 0.000 0.932 0
#> SRR490512 4 0.2426 0.8057 0.064 0.036 0.000 0.900 0
#> SRR490513 4 0.2325 0.8055 0.068 0.028 0.000 0.904 0
#> SRR490514 4 0.2388 0.8065 0.072 0.028 0.000 0.900 0
#> SRR490515 4 0.2359 0.8025 0.060 0.036 0.000 0.904 0
#> SRR490516 4 0.4632 0.0192 0.012 0.448 0.000 0.540 0
#> SRR490517 4 0.4114 0.5370 0.016 0.272 0.000 0.712 0
#> SRR490518 4 0.4323 0.3923 0.012 0.332 0.000 0.656 0
#> SRR490519 4 0.3438 0.6895 0.020 0.172 0.000 0.808 0
#> SRR490520 4 0.3682 0.7820 0.108 0.072 0.000 0.820 0
#> SRR490521 4 0.3102 0.7797 0.056 0.084 0.000 0.860 0
#> SRR490522 4 0.4114 0.7445 0.164 0.060 0.000 0.776 0
#> SRR490523 4 0.4575 0.6575 0.236 0.052 0.000 0.712 0
#> SRR490524 2 0.1892 0.7966 0.004 0.916 0.000 0.080 0
#> SRR490525 2 0.1638 0.7956 0.004 0.932 0.000 0.064 0
#> SRR490526 2 0.1704 0.7951 0.004 0.928 0.000 0.068 0
#> SRR490527 2 0.1571 0.7938 0.004 0.936 0.000 0.060 0
#> SRR490528 2 0.1205 0.7824 0.004 0.956 0.000 0.040 0
#> SRR490529 2 0.1282 0.7860 0.004 0.952 0.000 0.044 0
#> SRR490530 2 0.1430 0.7913 0.004 0.944 0.000 0.052 0
#> SRR490531 2 0.1357 0.7890 0.004 0.948 0.000 0.048 0
#> SRR490532 1 0.0162 0.8879 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR490533 1 0.0162 0.8879 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR490534 1 0.0162 0.8879 0.996 0.004 0.000 0.000 0
#> SRR490535 1 0.0290 0.8894 0.992 0.008 0.000 0.000 0
#> SRR490536 4 0.2359 0.8019 0.060 0.036 0.000 0.904 0
#> SRR490537 4 0.2193 0.8026 0.060 0.028 0.000 0.912 0
#> SRR490538 4 0.2426 0.8033 0.064 0.036 0.000 0.900 0
#> SRR490539 4 0.2438 0.8012 0.060 0.040 0.000 0.900 0
#> SRR490540 4 0.3262 0.7854 0.124 0.036 0.000 0.840 0
#> SRR490541 4 0.2729 0.7925 0.056 0.060 0.000 0.884 0
#> SRR490542 4 0.2580 0.8011 0.064 0.044 0.000 0.892 0
#> SRR490543 4 0.2580 0.8011 0.064 0.044 0.000 0.892 0
#> SRR490544 2 0.4327 0.5503 0.008 0.632 0.000 0.360 0
#> SRR490545 2 0.4527 0.4888 0.012 0.596 0.000 0.392 0
#> SRR490546 2 0.4446 0.4794 0.008 0.592 0.000 0.400 0
#> SRR490547 2 0.4630 0.4713 0.016 0.588 0.000 0.396 0
#> SRR490548 2 0.1544 0.7979 0.000 0.932 0.000 0.068 0
#> SRR490549 2 0.2074 0.7981 0.000 0.896 0.000 0.104 0
#> SRR490550 2 0.1792 0.8010 0.000 0.916 0.000 0.084 0
#> SRR490551 2 0.1671 0.7991 0.000 0.924 0.000 0.076 0
#> SRR490552 2 0.4547 0.4702 0.012 0.588 0.000 0.400 0
#> SRR490553 2 0.4574 0.4405 0.012 0.576 0.000 0.412 0
#> SRR490554 2 0.4446 0.4794 0.008 0.592 0.000 0.400 0
#> SRR490555 2 0.4640 0.4629 0.016 0.584 0.000 0.400 0
#> SRR490556 2 0.4073 0.5497 0.216 0.752 0.000 0.032 0
#> SRR490557 2 0.2378 0.7671 0.048 0.904 0.000 0.048 0
#> SRR490558 2 0.2905 0.7124 0.096 0.868 0.000 0.036 0
#> SRR490559 2 0.2370 0.7565 0.056 0.904 0.000 0.040 0
#> SRR490560 2 0.2124 0.8010 0.004 0.900 0.000 0.096 0
#> SRR490561 2 0.2179 0.8007 0.004 0.896 0.000 0.100 0
#> SRR490562 2 0.2179 0.8007 0.004 0.896 0.000 0.100 0
#> SRR490563 2 0.2179 0.8007 0.004 0.896 0.000 0.100 0
#> SRR490564 1 0.1836 0.8772 0.932 0.036 0.000 0.032 0
#> SRR490565 1 0.1836 0.8772 0.932 0.036 0.000 0.032 0
#> SRR490566 1 0.1836 0.8769 0.932 0.036 0.000 0.032 0
#> SRR490567 1 0.1661 0.8785 0.940 0.036 0.000 0.024 0
#> SRR490568 4 0.2848 0.7581 0.156 0.004 0.000 0.840 0
#> SRR490569 4 0.2488 0.7794 0.124 0.004 0.000 0.872 0
#> SRR490570 4 0.2389 0.7856 0.116 0.004 0.000 0.880 0
#> SRR490571 4 0.2293 0.8003 0.084 0.016 0.000 0.900 0
#> SRR490572 4 0.2659 0.7918 0.052 0.060 0.000 0.888 0
#> SRR490573 4 0.2726 0.7900 0.052 0.064 0.000 0.884 0
#> SRR490574 4 0.2654 0.7880 0.048 0.064 0.000 0.888 0
#> SRR490575 4 0.2654 0.7880 0.048 0.064 0.000 0.888 0
#> SRR490576 2 0.4549 0.3268 0.008 0.528 0.000 0.464 0
#> SRR490577 2 0.4559 0.2828 0.008 0.512 0.000 0.480 0
#> SRR490578 2 0.4560 0.2766 0.008 0.508 0.000 0.484 0
#> SRR490579 2 0.4557 0.2885 0.008 0.516 0.000 0.476 0
#> SRR490580 2 0.5435 0.4337 0.072 0.576 0.000 0.352 0
#> SRR490581 2 0.4901 0.6264 0.060 0.672 0.000 0.268 0
#> SRR490582 2 0.4734 0.5865 0.036 0.652 0.000 0.312 0
#> SRR490583 2 0.4026 0.6955 0.020 0.736 0.000 0.244 0
#> SRR490584 2 0.4547 0.4702 0.012 0.588 0.000 0.400 0
#> SRR490585 2 0.4547 0.4702 0.012 0.588 0.000 0.400 0
#> SRR490586 2 0.4436 0.4877 0.008 0.596 0.000 0.396 0
#> SRR490587 2 0.4436 0.4877 0.008 0.596 0.000 0.396 0
#> SRR490588 2 0.1638 0.7974 0.004 0.932 0.000 0.064 0
#> SRR490589 2 0.1764 0.7979 0.008 0.928 0.000 0.064 0
#> SRR490590 2 0.1502 0.7943 0.004 0.940 0.000 0.056 0
#> SRR490591 2 0.1502 0.7943 0.004 0.940 0.000 0.056 0
#> SRR490592 2 0.1830 0.7970 0.008 0.924 0.000 0.068 0
#> SRR490593 2 0.1410 0.7919 0.000 0.940 0.000 0.060 0
#> SRR490594 2 0.1608 0.7959 0.000 0.928 0.000 0.072 0
#> SRR490595 2 0.3163 0.7724 0.012 0.824 0.000 0.164 0
#> SRR490596 1 0.1211 0.8866 0.960 0.024 0.000 0.016 0
#> SRR490597 1 0.1661 0.8805 0.940 0.036 0.000 0.024 0
#> SRR490598 1 0.1818 0.8752 0.932 0.044 0.000 0.024 0
#> SRR490599 1 0.1469 0.8833 0.948 0.036 0.000 0.016 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 1 0.3893 0.7763 0.784 0.000 0.000 0.048 0.020 0.148
#> SRR490217 1 0.3920 0.7644 0.768 0.000 0.000 0.056 0.008 0.168
#> SRR490218 1 0.3733 0.7879 0.804 0.004 0.000 0.068 0.008 0.116
#> SRR490219 1 0.4097 0.7695 0.764 0.000 0.000 0.052 0.020 0.164
#> SRR490220 1 0.1257 0.8013 0.952 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR490221 1 0.2959 0.7944 0.852 0.000 0.000 0.036 0.008 0.104
#> SRR490222 1 0.3251 0.7862 0.828 0.000 0.000 0.040 0.008 0.124
#> SRR490223 1 0.4094 0.7807 0.776 0.000 0.000 0.056 0.028 0.140
#> SRR490224 5 0.3684 -0.4715 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR490225 5 0.3634 -0.4214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR490226 5 0.3672 -0.4551 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR490227 5 0.3592 -0.3892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR490228 5 0.3684 -0.4791 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR490229 5 0.3634 -0.4367 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR490230 5 0.3684 -0.4791 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR490231 5 0.3672 -0.4659 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR490232 1 0.5110 0.1608 0.480 0.000 0.000 0.000 0.440 0.080
#> SRR490233 1 0.5105 0.1861 0.488 0.000 0.000 0.000 0.432 0.080
#> SRR490234 1 0.5065 0.2882 0.524 0.000 0.000 0.000 0.396 0.080
#> SRR490235 1 0.5175 0.2044 0.492 0.000 0.000 0.000 0.420 0.088
#> SRR490236 5 0.2527 0.1414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR490237 5 0.1910 0.2679 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR490238 5 0.2527 0.1414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR490239 5 0.2527 0.1414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR490240 1 0.2828 0.7825 0.872 0.000 0.000 0.020 0.072 0.036
#> SRR490241 1 0.2371 0.7850 0.900 0.000 0.000 0.016 0.052 0.032
#> SRR490242 1 0.2812 0.7802 0.872 0.000 0.000 0.016 0.072 0.040
#> SRR490243 1 0.2955 0.7715 0.860 0.000 0.000 0.016 0.088 0.036
#> SRR490244 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490245 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490246 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490247 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490248 1 0.4282 0.7583 0.732 0.004 0.000 0.084 0.000 0.180
#> SRR490249 1 0.4403 0.7551 0.724 0.004 0.000 0.100 0.000 0.172
#> SRR490250 1 0.4536 0.7410 0.700 0.000 0.000 0.120 0.000 0.180
#> SRR490251 1 0.4283 0.7531 0.724 0.000 0.000 0.096 0.000 0.180
#> SRR490252 1 0.2072 0.7952 0.924 0.012 0.000 0.016 0.024 0.024
#> SRR490253 1 0.2072 0.7952 0.924 0.012 0.000 0.016 0.024 0.024
#> SRR490254 1 0.2072 0.7952 0.924 0.012 0.000 0.016 0.024 0.024
#> SRR490255 1 0.1989 0.7952 0.928 0.012 0.000 0.016 0.020 0.024
#> SRR490256 1 0.5059 0.3089 0.528 0.000 0.000 0.000 0.392 0.080
#> SRR490257 1 0.4900 0.4375 0.592 0.000 0.000 0.000 0.328 0.080
#> SRR490258 1 0.5020 0.3553 0.548 0.000 0.000 0.000 0.372 0.080
#> SRR490259 1 0.4983 0.3860 0.564 0.000 0.000 0.000 0.356 0.080
#> SRR490260 5 0.0146 0.4036 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490261 5 0.0260 0.4061 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490262 5 0.0260 0.4061 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490263 5 0.0260 0.4061 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490264 5 0.0405 0.4049 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR490265 5 0.0146 0.4036 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490266 5 0.0146 0.4036 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490267 5 0.0146 0.4036 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490268 1 0.5020 0.3548 0.548 0.000 0.000 0.000 0.372 0.080
#> SRR490269 1 0.4926 0.4312 0.584 0.000 0.000 0.000 0.336 0.080
#> SRR490270 1 0.5020 0.3567 0.548 0.000 0.000 0.000 0.372 0.080
#> SRR490271 1 0.4926 0.4310 0.584 0.000 0.000 0.000 0.336 0.080
#> SRR490272 5 0.0632 0.4001 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490273 5 0.0632 0.4011 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR490274 5 0.0777 0.3992 0.024 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR490275 5 0.1471 0.3617 0.064 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR490276 5 0.0146 0.4036 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR490277 5 0.0260 0.4061 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR490278 5 0.0363 0.4057 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR490279 5 0.0603 0.3935 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR490280 5 0.3854 -0.7707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR490281 5 0.3854 -0.7707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR490282 5 0.3854 -0.7707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR490283 5 0.3854 -0.7707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR490284 5 0.3782 -0.5925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR490285 5 0.3782 -0.5925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR490286 5 0.3782 -0.5925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR490287 5 0.3782 -0.5925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR490288 1 0.3483 0.7969 0.832 0.000 0.000 0.044 0.036 0.088
#> SRR490289 1 0.4107 0.7635 0.760 0.000 0.000 0.056 0.016 0.168
#> SRR490290 1 0.4254 0.7708 0.760 0.000 0.000 0.052 0.032 0.156
#> SRR490291 1 0.3875 0.7738 0.776 0.000 0.000 0.036 0.020 0.168
#> SRR490292 1 0.3618 0.7283 0.808 0.008 0.000 0.000 0.104 0.080
#> SRR490293 1 0.3512 0.7476 0.828 0.012 0.000 0.004 0.076 0.080
#> SRR490294 1 0.3459 0.7506 0.832 0.012 0.000 0.004 0.072 0.080
#> SRR490295 1 0.3423 0.7678 0.844 0.012 0.000 0.016 0.056 0.072
#> SRR490296 4 0.4629 0.5646 0.256 0.024 0.000 0.680 0.000 0.040
#> SRR490297 4 0.4712 0.5230 0.288 0.020 0.000 0.652 0.000 0.040
#> SRR490298 4 0.4595 0.5525 0.264 0.020 0.000 0.676 0.000 0.040
#> SRR490299 4 0.4537 0.5815 0.240 0.024 0.000 0.696 0.000 0.040
#> SRR490300 1 0.2130 0.8037 0.916 0.008 0.000 0.048 0.008 0.020
#> SRR490301 1 0.2063 0.8034 0.920 0.008 0.000 0.044 0.008 0.020
#> SRR490302 1 0.1881 0.8031 0.928 0.008 0.000 0.040 0.004 0.020
#> SRR490303 1 0.2095 0.8020 0.920 0.012 0.000 0.040 0.008 0.020
#> SRR490304 4 0.4537 0.2131 0.000 0.412 0.000 0.552 0.000 0.036
#> SRR490305 4 0.4589 0.0254 0.000 0.460 0.000 0.504 0.000 0.036
#> SRR490306 4 0.4598 0.0274 0.004 0.464 0.000 0.504 0.000 0.028
#> SRR490307 2 0.4534 0.0726 0.000 0.496 0.000 0.472 0.000 0.032
#> SRR490308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490312 1 0.4596 0.7674 0.736 0.000 0.000 0.064 0.040 0.160
#> SRR490313 1 0.4466 0.7664 0.740 0.004 0.000 0.072 0.016 0.168
#> SRR490314 1 0.4511 0.7614 0.732 0.004 0.000 0.080 0.012 0.172
#> SRR490315 1 0.4572 0.7614 0.728 0.000 0.000 0.076 0.024 0.172
#> SRR490316 1 0.4122 0.7730 0.764 0.000 0.000 0.056 0.020 0.160
#> SRR490317 1 0.4324 0.7518 0.736 0.000 0.000 0.060 0.016 0.188
#> SRR490318 1 0.4075 0.7651 0.760 0.000 0.000 0.060 0.012 0.168
#> SRR490319 1 0.4267 0.7534 0.740 0.000 0.000 0.056 0.016 0.188
#> SRR490320 5 0.5079 0.1153 0.380 0.000 0.000 0.000 0.536 0.084
#> SRR490321 5 0.5152 -0.0966 0.448 0.000 0.000 0.000 0.468 0.084
#> SRR490322 1 0.5123 0.2513 0.508 0.000 0.000 0.000 0.408 0.084
#> SRR490323 1 0.5132 0.2271 0.500 0.000 0.000 0.000 0.416 0.084
#> SRR490324 5 0.3782 -0.5925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR490325 5 0.3782 -0.5925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR490326 5 0.3782 -0.5925 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR490327 5 0.3797 -0.6223 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR490328 1 0.5067 0.6803 0.636 0.000 0.000 0.184 0.000 0.180
#> SRR490329 1 0.5366 0.5403 0.568 0.000 0.000 0.284 0.000 0.148
#> SRR490330 1 0.5282 0.5503 0.584 0.004 0.000 0.296 0.000 0.116
#> SRR490331 1 0.5671 0.5297 0.544 0.004 0.000 0.272 0.000 0.180
#> SRR490332 1 0.2487 0.8009 0.888 0.004 0.000 0.076 0.004 0.028
#> SRR490333 1 0.3054 0.7901 0.852 0.016 0.000 0.096 0.000 0.036
#> SRR490334 1 0.4838 0.6987 0.696 0.020 0.000 0.192 0.000 0.092
#> SRR490335 1 0.4293 0.7551 0.740 0.004 0.000 0.144 0.000 0.112
#> SRR490336 4 0.4100 0.6734 0.152 0.036 0.000 0.772 0.000 0.040
#> SRR490337 4 0.3975 0.6913 0.132 0.036 0.000 0.788 0.000 0.044
#> SRR490338 4 0.3977 0.6922 0.132 0.040 0.000 0.788 0.000 0.040
#> SRR490339 4 0.4235 0.6570 0.168 0.032 0.000 0.756 0.000 0.044
#> SRR490340 1 0.1620 0.7969 0.940 0.012 0.000 0.024 0.000 0.024
#> SRR490341 1 0.1630 0.7973 0.940 0.016 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR490342 1 0.1882 0.7955 0.928 0.020 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR490343 1 0.1680 0.7970 0.940 0.012 0.000 0.024 0.004 0.020
#> SRR490344 1 0.5184 0.7037 0.652 0.000 0.000 0.148 0.012 0.188
#> SRR490345 1 0.5173 0.6761 0.636 0.000 0.000 0.188 0.004 0.172
#> SRR490346 1 0.5341 0.6843 0.632 0.000 0.000 0.168 0.012 0.188
#> SRR490347 1 0.5016 0.7189 0.664 0.000 0.000 0.136 0.008 0.192
#> SRR490348 4 0.2247 0.7598 0.012 0.024 0.000 0.904 0.000 0.060
#> SRR490349 4 0.2495 0.7614 0.016 0.032 0.000 0.892 0.000 0.060
#> SRR490350 4 0.2923 0.7597 0.052 0.020 0.000 0.868 0.000 0.060
#> SRR490351 4 0.2798 0.7604 0.048 0.020 0.000 0.876 0.000 0.056
#> SRR490352 4 0.3377 0.6470 0.000 0.188 0.000 0.784 0.000 0.028
#> SRR490353 4 0.3424 0.6284 0.000 0.204 0.000 0.772 0.000 0.024
#> SRR490354 4 0.4014 0.5738 0.000 0.240 0.000 0.716 0.000 0.044
#> SRR490355 4 0.3744 0.6249 0.000 0.200 0.000 0.756 0.000 0.044
#> SRR490356 1 0.2137 0.7898 0.912 0.048 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR490357 1 0.1844 0.7990 0.932 0.024 0.000 0.028 0.004 0.012
#> SRR490358 1 0.1911 0.8014 0.928 0.020 0.000 0.036 0.004 0.012
#> SRR490359 1 0.1780 0.7951 0.932 0.028 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR490360 4 0.5783 0.4361 0.136 0.256 0.000 0.580 0.000 0.028
#> SRR490361 4 0.5551 0.4926 0.116 0.244 0.000 0.612 0.000 0.028
#> SRR490362 4 0.5682 0.4493 0.124 0.256 0.000 0.592 0.000 0.028
#> SRR490363 4 0.5845 0.2128 0.104 0.360 0.000 0.508 0.000 0.028
#> SRR490364 2 0.5082 0.1414 0.416 0.524 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR490365 2 0.5082 0.1414 0.416 0.524 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR490366 2 0.5082 0.1414 0.416 0.524 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR490367 2 0.5045 0.0916 0.436 0.508 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR490368 2 0.2526 0.6762 0.004 0.876 0.000 0.096 0.000 0.024
#> SRR490369 2 0.2149 0.6829 0.004 0.900 0.000 0.080 0.000 0.016
#> SRR490370 2 0.2095 0.6833 0.004 0.904 0.000 0.076 0.000 0.016
#> SRR490371 2 0.2203 0.6819 0.004 0.896 0.000 0.084 0.000 0.016
#> SRR490372 6 0.4225 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.480 0.508
#> SRR490373 6 0.4225 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.480 0.508
#> SRR490374 6 0.4225 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.480 0.508
#> SRR490375 6 0.4225 1.0000 0.000 0.000 0.008 0.004 0.480 0.508
#> SRR490376 1 0.5647 0.5662 0.552 0.000 0.000 0.260 0.004 0.184
#> SRR490377 1 0.5873 0.5207 0.528 0.004 0.000 0.272 0.004 0.192
#> SRR490378 1 0.5628 0.6128 0.576 0.000 0.000 0.224 0.008 0.192
#> SRR490379 1 0.5999 0.4670 0.500 0.004 0.000 0.284 0.004 0.208
#> SRR490380 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490381 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490382 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490383 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490384 4 0.4085 0.5745 0.000 0.232 0.000 0.716 0.000 0.052
#> SRR490385 4 0.4245 0.5824 0.008 0.228 0.000 0.716 0.000 0.048
#> SRR490386 4 0.4312 0.5054 0.000 0.272 0.000 0.676 0.000 0.052
#> SRR490387 4 0.3947 0.5949 0.000 0.220 0.000 0.732 0.000 0.048
#> SRR490388 2 0.6556 0.1900 0.308 0.392 0.000 0.276 0.000 0.024
#> SRR490389 2 0.6061 0.0921 0.156 0.424 0.000 0.404 0.000 0.016
#> SRR490390 2 0.6182 0.1909 0.172 0.452 0.000 0.356 0.000 0.020
#> SRR490391 2 0.6535 0.0837 0.248 0.372 0.000 0.356 0.000 0.024
#> SRR490392 2 0.4341 0.6092 0.024 0.736 0.000 0.192 0.000 0.048
#> SRR490393 2 0.3080 0.6767 0.012 0.848 0.000 0.100 0.000 0.040
#> SRR490394 2 0.3833 0.6579 0.028 0.800 0.000 0.120 0.000 0.052
#> SRR490395 2 0.3585 0.6440 0.004 0.792 0.000 0.156 0.000 0.048
#> SRR490396 1 0.5116 0.0427 0.476 0.464 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR490397 2 0.5053 0.0522 0.448 0.496 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR490398 2 0.5106 0.0758 0.440 0.500 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR490399 2 0.4996 0.0466 0.452 0.496 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR490400 2 0.1750 0.6880 0.012 0.932 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR490401 2 0.1268 0.6849 0.004 0.952 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR490402 2 0.1010 0.6873 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR490403 2 0.1296 0.6873 0.004 0.952 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR490404 1 0.2852 0.7821 0.880 0.020 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490405 1 0.2852 0.7821 0.880 0.020 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490406 1 0.2852 0.7821 0.880 0.020 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490407 1 0.2935 0.7820 0.876 0.024 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490408 4 0.2526 0.7425 0.004 0.024 0.000 0.876 0.000 0.096
#> SRR490409 4 0.2526 0.7425 0.004 0.024 0.000 0.876 0.000 0.096
#> SRR490410 4 0.2604 0.7445 0.004 0.028 0.000 0.872 0.000 0.096
#> SRR490411 4 0.2666 0.7461 0.008 0.028 0.000 0.872 0.000 0.092
#> SRR490412 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490413 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490414 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490415 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490416 1 0.4825 0.7072 0.668 0.000 0.000 0.152 0.000 0.180
#> SRR490417 1 0.4990 0.7073 0.660 0.000 0.000 0.152 0.004 0.184
#> SRR490418 1 0.4982 0.6874 0.648 0.000 0.000 0.176 0.000 0.176
#> SRR490419 1 0.5113 0.6758 0.644 0.004 0.000 0.188 0.000 0.164
#> SRR490420 1 0.2563 0.8002 0.892 0.000 0.000 0.036 0.044 0.028
#> SRR490421 1 0.1829 0.8035 0.928 0.000 0.000 0.036 0.008 0.028
#> SRR490422 1 0.2570 0.8036 0.892 0.000 0.000 0.040 0.032 0.036
#> SRR490423 1 0.2471 0.8033 0.896 0.000 0.000 0.044 0.020 0.040
#> SRR490424 5 0.4316 0.2846 0.128 0.000 0.000 0.000 0.728 0.144
#> SRR490425 5 0.5169 0.2212 0.292 0.000 0.000 0.000 0.588 0.120
#> SRR490426 5 0.5252 0.2268 0.264 0.000 0.000 0.000 0.592 0.144
#> SRR490427 5 0.5167 0.2341 0.240 0.000 0.000 0.000 0.612 0.148
#> SRR490428 1 0.4355 0.6522 0.724 0.000 0.000 0.016 0.208 0.052
#> SRR490429 1 0.3669 0.7230 0.800 0.000 0.000 0.016 0.140 0.044
#> SRR490430 1 0.4403 0.6283 0.712 0.000 0.000 0.016 0.224 0.048
#> SRR490431 1 0.3991 0.6875 0.764 0.000 0.000 0.016 0.176 0.044
#> SRR490432 1 0.4169 0.7632 0.744 0.004 0.000 0.080 0.000 0.172
#> SRR490433 1 0.3997 0.7718 0.764 0.004 0.000 0.080 0.000 0.152
#> SRR490434 1 0.4422 0.7526 0.720 0.004 0.000 0.096 0.000 0.180
#> SRR490435 1 0.4313 0.7570 0.732 0.004 0.000 0.092 0.000 0.172
#> SRR490436 1 0.1325 0.7978 0.956 0.012 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR490437 1 0.1325 0.7980 0.956 0.012 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR490438 1 0.1508 0.7976 0.948 0.012 0.000 0.016 0.004 0.020
#> SRR490439 1 0.1414 0.7975 0.952 0.012 0.000 0.012 0.004 0.020
#> SRR490440 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490441 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490442 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490443 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490444 4 0.4252 0.2983 0.396 0.008 0.000 0.588 0.004 0.004
#> SRR490445 4 0.4234 0.3268 0.388 0.008 0.000 0.596 0.004 0.004
#> SRR490446 4 0.3910 0.4794 0.328 0.008 0.000 0.660 0.000 0.004
#> SRR490447 4 0.4004 0.4768 0.328 0.012 0.000 0.656 0.000 0.004
#> SRR490448 1 0.3771 0.7642 0.764 0.000 0.000 0.056 0.000 0.180
#> SRR490449 1 0.4024 0.7649 0.752 0.004 0.000 0.064 0.000 0.180
#> SRR490450 1 0.3861 0.7578 0.756 0.000 0.000 0.060 0.000 0.184
#> SRR490451 1 0.4024 0.7595 0.752 0.004 0.000 0.064 0.000 0.180
#> SRR490452 1 0.4865 0.5144 0.632 0.000 0.000 0.004 0.284 0.080
#> SRR490453 1 0.3725 0.7179 0.796 0.000 0.000 0.012 0.136 0.056
#> SRR490454 1 0.3459 0.7409 0.824 0.000 0.000 0.016 0.108 0.052
#> SRR490455 1 0.3737 0.6965 0.780 0.000 0.000 0.008 0.168 0.044
#> SRR490456 1 0.3439 0.7855 0.808 0.000 0.000 0.072 0.000 0.120
#> SRR490457 1 0.3254 0.7850 0.820 0.000 0.000 0.056 0.000 0.124
#> SRR490458 1 0.3860 0.7697 0.764 0.000 0.000 0.072 0.000 0.164
#> SRR490459 1 0.2923 0.7908 0.848 0.000 0.000 0.052 0.000 0.100
#> SRR490460 1 0.1498 0.8019 0.940 0.000 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR490461 1 0.1262 0.7990 0.956 0.008 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR490462 1 0.1478 0.8020 0.944 0.004 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR490463 1 0.1401 0.8011 0.948 0.004 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR490464 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490465 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490466 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490467 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490468 1 0.1905 0.7956 0.932 0.016 0.000 0.020 0.020 0.012
#> SRR490469 1 0.1817 0.7961 0.936 0.016 0.000 0.016 0.020 0.012
#> SRR490470 1 0.1817 0.7961 0.936 0.016 0.000 0.016 0.020 0.012
#> SRR490471 1 0.1905 0.7956 0.932 0.016 0.000 0.020 0.020 0.012
#> SRR490472 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490473 4 0.2376 0.7462 0.008 0.012 0.000 0.884 0.000 0.096
#> SRR490474 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490475 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490476 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490477 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490478 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490479 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR490480 4 0.2851 0.7445 0.040 0.040 0.000 0.876 0.000 0.044
#> SRR490481 4 0.2767 0.7433 0.028 0.048 0.000 0.880 0.000 0.044
#> SRR490482 4 0.2893 0.7415 0.028 0.056 0.000 0.872 0.000 0.044
#> SRR490483 4 0.2633 0.7455 0.028 0.044 0.000 0.888 0.000 0.040
#> SRR490484 4 0.4610 0.5966 0.220 0.028 0.000 0.704 0.000 0.048
#> SRR490485 4 0.3839 0.6968 0.132 0.032 0.000 0.796 0.000 0.040
#> SRR490486 4 0.4530 0.6499 0.160 0.036 0.000 0.740 0.000 0.064
#> SRR490487 4 0.3940 0.7043 0.116 0.040 0.000 0.796 0.000 0.048
#> SRR490488 4 0.2954 0.7455 0.060 0.028 0.000 0.868 0.000 0.044
#> SRR490489 4 0.2486 0.7470 0.024 0.040 0.000 0.896 0.000 0.040
#> SRR490490 4 0.3077 0.7389 0.068 0.032 0.000 0.860 0.000 0.040
#> SRR490491 4 0.3576 0.7169 0.108 0.028 0.000 0.820 0.000 0.044
#> SRR490492 4 0.5651 0.1808 0.096 0.368 0.000 0.516 0.000 0.020
#> SRR490493 4 0.5028 0.1271 0.036 0.420 0.000 0.524 0.000 0.020
#> SRR490494 4 0.5239 0.1225 0.052 0.412 0.000 0.516 0.000 0.020
#> SRR490495 4 0.5338 0.1153 0.060 0.412 0.000 0.508 0.000 0.020
#> SRR490496 2 0.3954 0.5099 0.004 0.684 0.000 0.296 0.000 0.016
#> SRR490497 2 0.3997 0.5166 0.004 0.688 0.000 0.288 0.000 0.020
#> SRR490498 2 0.3879 0.5117 0.000 0.688 0.000 0.292 0.000 0.020
#> SRR490499 2 0.3952 0.4914 0.000 0.672 0.000 0.308 0.000 0.020
#> SRR490500 2 0.5123 0.0696 0.448 0.492 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR490501 2 0.5260 0.0379 0.452 0.484 0.000 0.028 0.004 0.032
#> SRR490502 2 0.5300 0.1077 0.432 0.496 0.000 0.036 0.000 0.036
#> SRR490503 2 0.5186 0.0722 0.444 0.492 0.000 0.028 0.000 0.036
#> SRR490504 4 0.2101 0.7425 0.004 0.004 0.000 0.892 0.000 0.100
#> SRR490505 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490506 4 0.2101 0.7425 0.004 0.004 0.000 0.892 0.000 0.100
#> SRR490507 4 0.2051 0.7421 0.004 0.004 0.000 0.896 0.000 0.096
#> SRR490508 4 0.2264 0.7563 0.012 0.004 0.000 0.888 0.000 0.096
#> SRR490509 4 0.2339 0.7572 0.020 0.012 0.000 0.896 0.000 0.072
#> SRR490510 4 0.2013 0.7524 0.008 0.008 0.000 0.908 0.000 0.076
#> SRR490511 4 0.2395 0.7572 0.020 0.012 0.000 0.892 0.000 0.076
#> SRR490512 4 0.2415 0.7505 0.024 0.036 0.000 0.900 0.000 0.040
#> SRR490513 4 0.2494 0.7489 0.028 0.036 0.000 0.896 0.000 0.040
#> SRR490514 4 0.2332 0.7484 0.020 0.036 0.000 0.904 0.000 0.040
#> SRR490515 4 0.2245 0.7489 0.016 0.036 0.000 0.908 0.000 0.040
#> SRR490516 4 0.4427 0.1609 0.004 0.428 0.000 0.548 0.000 0.020
#> SRR490517 4 0.4317 0.4168 0.004 0.328 0.000 0.640 0.000 0.028
#> SRR490518 4 0.4652 0.3416 0.004 0.352 0.000 0.600 0.000 0.044
#> SRR490519 4 0.4127 0.5775 0.004 0.236 0.000 0.716 0.000 0.044
#> SRR490520 4 0.3329 0.7372 0.052 0.072 0.000 0.844 0.000 0.032
#> SRR490521 4 0.3219 0.7307 0.028 0.084 0.000 0.848 0.000 0.040
#> SRR490522 4 0.3375 0.7199 0.112 0.056 0.000 0.824 0.000 0.008
#> SRR490523 4 0.3996 0.6541 0.180 0.048 0.000 0.760 0.000 0.012
#> SRR490524 2 0.2356 0.6833 0.000 0.884 0.000 0.096 0.004 0.016
#> SRR490525 2 0.1554 0.6878 0.004 0.940 0.000 0.044 0.004 0.008
#> SRR490526 2 0.1923 0.6869 0.000 0.916 0.000 0.064 0.004 0.016
#> SRR490527 2 0.1606 0.6889 0.000 0.932 0.000 0.056 0.004 0.008
#> SRR490528 2 0.1096 0.6821 0.004 0.964 0.000 0.020 0.004 0.008
#> SRR490529 2 0.1109 0.6822 0.004 0.964 0.000 0.016 0.004 0.012
#> SRR490530 2 0.1381 0.6842 0.004 0.952 0.000 0.020 0.004 0.020
#> SRR490531 2 0.1204 0.6829 0.004 0.960 0.000 0.016 0.004 0.016
#> SRR490532 1 0.3415 0.7532 0.836 0.008 0.000 0.008 0.068 0.080
#> SRR490533 1 0.3149 0.7645 0.856 0.008 0.000 0.012 0.044 0.080
#> SRR490534 1 0.3133 0.7698 0.860 0.008 0.000 0.016 0.044 0.072
#> SRR490535 1 0.2996 0.7662 0.864 0.008 0.000 0.008 0.044 0.076
#> SRR490536 4 0.2554 0.7447 0.004 0.028 0.000 0.876 0.000 0.092
#> SRR490537 4 0.2604 0.7434 0.004 0.028 0.000 0.872 0.000 0.096
#> SRR490538 4 0.2791 0.7458 0.008 0.032 0.000 0.864 0.000 0.096
#> SRR490539 4 0.2630 0.7455 0.004 0.032 0.000 0.872 0.000 0.092
#> SRR490540 4 0.2851 0.7607 0.040 0.032 0.000 0.880 0.004 0.044
#> SRR490541 4 0.2645 0.7547 0.008 0.056 0.000 0.880 0.000 0.056
#> SRR490542 4 0.2201 0.7575 0.004 0.036 0.000 0.904 0.000 0.056
#> SRR490543 4 0.2459 0.7616 0.020 0.032 0.000 0.896 0.000 0.052
#> SRR490544 2 0.4467 0.4244 0.000 0.632 0.000 0.320 0.000 0.048
#> SRR490545 2 0.4497 0.4111 0.000 0.624 0.000 0.328 0.000 0.048
#> SRR490546 2 0.4567 0.4035 0.000 0.616 0.000 0.332 0.000 0.052
#> SRR490547 2 0.4594 0.3916 0.000 0.608 0.000 0.340 0.000 0.052
#> SRR490548 2 0.1644 0.6891 0.004 0.932 0.000 0.052 0.000 0.012
#> SRR490549 2 0.2149 0.6852 0.004 0.900 0.000 0.080 0.000 0.016
#> SRR490550 2 0.1956 0.6865 0.004 0.908 0.000 0.080 0.000 0.008
#> SRR490551 2 0.2213 0.6799 0.004 0.888 0.000 0.100 0.000 0.008
#> SRR490552 2 0.4684 0.3399 0.000 0.576 0.000 0.372 0.000 0.052
#> SRR490553 2 0.4675 0.3457 0.000 0.580 0.000 0.368 0.000 0.052
#> SRR490554 2 0.4664 0.3522 0.000 0.584 0.000 0.364 0.000 0.052
#> SRR490555 2 0.4675 0.3457 0.000 0.580 0.000 0.368 0.000 0.052
#> SRR490556 2 0.3567 0.5784 0.168 0.796 0.000 0.012 0.008 0.016
#> SRR490557 2 0.1963 0.6690 0.044 0.924 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR490558 2 0.3078 0.6244 0.112 0.848 0.000 0.020 0.004 0.016
#> SRR490559 2 0.1994 0.6636 0.052 0.920 0.000 0.008 0.004 0.016
#> SRR490560 2 0.2237 0.6844 0.004 0.896 0.000 0.080 0.000 0.020
#> SRR490561 2 0.2182 0.6860 0.004 0.900 0.000 0.076 0.000 0.020
#> SRR490562 2 0.2182 0.6875 0.004 0.900 0.000 0.076 0.000 0.020
#> SRR490563 2 0.2342 0.6826 0.004 0.888 0.000 0.088 0.000 0.020
#> SRR490564 1 0.2765 0.7818 0.884 0.016 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490565 1 0.2765 0.7818 0.884 0.016 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490566 1 0.2765 0.7818 0.884 0.016 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490567 1 0.2765 0.7818 0.884 0.016 0.000 0.016 0.020 0.064
#> SRR490568 4 0.2765 0.7498 0.064 0.008 0.000 0.872 0.000 0.056
#> SRR490569 4 0.2706 0.7511 0.060 0.008 0.000 0.876 0.000 0.056
#> SRR490570 4 0.2213 0.7565 0.020 0.004 0.000 0.904 0.004 0.068
#> SRR490571 4 0.2655 0.7611 0.036 0.020 0.000 0.884 0.000 0.060
#> SRR490572 4 0.2771 0.7494 0.004 0.060 0.000 0.868 0.000 0.068
#> SRR490573 4 0.2982 0.7527 0.012 0.060 0.000 0.860 0.000 0.068
#> SRR490574 4 0.2830 0.7470 0.004 0.064 0.000 0.864 0.000 0.068
#> SRR490575 4 0.2771 0.7494 0.004 0.060 0.000 0.868 0.000 0.068
#> SRR490576 2 0.4463 0.1619 0.000 0.516 0.000 0.456 0.000 0.028
#> SRR490577 2 0.4256 0.1641 0.000 0.520 0.000 0.464 0.000 0.016
#> SRR490578 2 0.4181 0.1371 0.000 0.512 0.000 0.476 0.000 0.012
#> SRR490579 2 0.4463 0.1619 0.000 0.516 0.000 0.456 0.000 0.028
#> SRR490580 2 0.4910 0.4958 0.032 0.644 0.000 0.284 0.000 0.040
#> SRR490581 2 0.4513 0.5720 0.040 0.700 0.000 0.236 0.000 0.024
#> SRR490582 2 0.4537 0.5621 0.040 0.696 0.000 0.240 0.000 0.024
#> SRR490583 2 0.3963 0.6013 0.016 0.748 0.000 0.208 0.000 0.028
#> SRR490584 2 0.4567 0.4035 0.000 0.616 0.000 0.332 0.000 0.052
#> SRR490585 2 0.4567 0.4035 0.000 0.616 0.000 0.332 0.000 0.052
#> SRR490586 2 0.4567 0.4035 0.000 0.616 0.000 0.332 0.000 0.052
#> SRR490587 2 0.4567 0.4035 0.000 0.616 0.000 0.332 0.000 0.052
#> SRR490588 2 0.1464 0.6857 0.004 0.944 0.000 0.036 0.000 0.016
#> SRR490589 2 0.1863 0.6872 0.004 0.920 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR490590 2 0.1377 0.6837 0.004 0.952 0.000 0.024 0.004 0.016
#> SRR490591 2 0.1109 0.6779 0.004 0.964 0.000 0.012 0.004 0.016
#> SRR490592 2 0.1116 0.6862 0.004 0.960 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR490593 2 0.1390 0.6816 0.004 0.948 0.000 0.032 0.000 0.016
#> SRR490594 2 0.2039 0.6819 0.004 0.908 0.000 0.072 0.000 0.016
#> SRR490595 2 0.3073 0.6555 0.004 0.816 0.000 0.164 0.000 0.016
#> SRR490596 1 0.2122 0.7938 0.916 0.028 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR490597 1 0.2189 0.7940 0.916 0.028 0.000 0.024 0.004 0.028
#> SRR490598 1 0.2415 0.7915 0.904 0.032 0.000 0.024 0.004 0.036
#> SRR490599 1 0.2198 0.7925 0.912 0.032 0.000 0.024 0.000 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 5966 rows and 384 columns.
#> Top rows (597, 1194, 1790, 2386, 2983) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.602 0.823 0.917 0.4277 0.543 0.543
#> 3 3 0.572 0.746 0.873 0.2400 0.788 0.650
#> 4 4 0.553 0.627 0.814 0.0797 0.914 0.826
#> 5 5 0.521 0.615 0.792 0.0230 0.944 0.882
#> 6 6 0.507 0.573 0.759 0.0353 0.958 0.912
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR490216 1 0.8861 0.6817 0.696 0.304
#> SRR490217 1 0.8909 0.6759 0.692 0.308
#> SRR490218 1 1.0000 0.2059 0.500 0.500
#> SRR490219 1 0.8327 0.7276 0.736 0.264
#> SRR490220 1 0.9815 0.4609 0.580 0.420
#> SRR490221 1 0.9963 0.3335 0.536 0.464
#> SRR490222 1 0.9954 0.3463 0.540 0.460
#> SRR490223 1 0.9833 0.4504 0.576 0.424
#> SRR490224 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490225 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490226 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490227 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490228 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490229 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490230 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490231 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490232 1 0.3879 0.8285 0.924 0.076
#> SRR490233 1 0.2603 0.8349 0.956 0.044
#> SRR490234 1 0.6623 0.7939 0.828 0.172
#> SRR490235 1 0.3733 0.8295 0.928 0.072
#> SRR490236 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490237 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490238 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490239 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490240 1 0.9286 0.6200 0.656 0.344
#> SRR490241 1 0.9460 0.5845 0.636 0.364
#> SRR490242 1 0.9460 0.5844 0.636 0.364
#> SRR490243 1 0.9000 0.6638 0.684 0.316
#> SRR490244 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490245 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490246 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490247 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490248 2 0.9944 -0.0299 0.456 0.544
#> SRR490249 1 0.9996 0.2511 0.512 0.488
#> SRR490250 2 0.9775 0.1631 0.412 0.588
#> SRR490251 2 0.9608 0.2678 0.384 0.616
#> SRR490252 2 0.8443 0.5789 0.272 0.728
#> SRR490253 2 0.8608 0.5518 0.284 0.716
#> SRR490254 2 0.8144 0.6206 0.252 0.748
#> SRR490255 2 0.6247 0.7808 0.156 0.844
#> SRR490256 1 0.6623 0.7940 0.828 0.172
#> SRR490257 1 0.7219 0.7790 0.800 0.200
#> SRR490258 1 0.7056 0.7835 0.808 0.192
#> SRR490259 1 0.7139 0.7813 0.804 0.196
#> SRR490260 1 0.0672 0.8376 0.992 0.008
#> SRR490261 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490262 1 0.2948 0.8336 0.948 0.052
#> SRR490263 1 0.0938 0.8375 0.988 0.012
#> SRR490264 1 0.0672 0.8376 0.992 0.008
#> SRR490265 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490266 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490267 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490268 1 0.7219 0.7789 0.800 0.200
#> SRR490269 1 0.8144 0.7386 0.748 0.252
#> SRR490270 1 0.7883 0.7528 0.764 0.236
#> SRR490271 1 0.7883 0.7527 0.764 0.236
#> SRR490272 1 0.4298 0.8254 0.912 0.088
#> SRR490273 1 0.3274 0.8320 0.940 0.060
#> SRR490274 1 0.2236 0.8359 0.964 0.036
#> SRR490275 1 0.4562 0.8231 0.904 0.096
#> SRR490276 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490277 1 0.1633 0.8369 0.976 0.024
#> SRR490278 1 0.0672 0.8376 0.992 0.008
#> SRR490279 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490280 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490281 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490282 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490283 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490284 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490285 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490286 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490287 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490288 1 0.7528 0.7681 0.784 0.216
#> SRR490289 1 0.9393 0.5994 0.644 0.356
#> SRR490290 1 0.7219 0.7794 0.800 0.200
#> SRR490291 1 0.8144 0.7387 0.748 0.252
#> SRR490292 1 0.9552 0.5610 0.624 0.376
#> SRR490293 1 0.9866 0.4291 0.568 0.432
#> SRR490294 1 0.9552 0.5610 0.624 0.376
#> SRR490295 1 0.8955 0.6694 0.688 0.312
#> SRR490296 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490297 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490299 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490300 2 0.6623 0.7584 0.172 0.828
#> SRR490301 2 0.6048 0.7913 0.148 0.852
#> SRR490302 2 0.6887 0.7400 0.184 0.816
#> SRR490303 2 0.4298 0.8618 0.088 0.912
#> SRR490304 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490305 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490306 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490307 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490308 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490309 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490310 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490311 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490312 1 0.7950 0.7495 0.760 0.240
#> SRR490313 1 0.9661 0.5273 0.608 0.392
#> SRR490314 1 0.9833 0.4504 0.576 0.424
#> SRR490315 1 0.9491 0.5772 0.632 0.368
#> SRR490316 1 0.9044 0.6580 0.680 0.320
#> SRR490317 1 0.9833 0.4506 0.576 0.424
#> SRR490318 1 0.9393 0.5994 0.644 0.356
#> SRR490319 1 0.9754 0.4902 0.592 0.408
#> SRR490320 1 0.4562 0.8231 0.904 0.096
#> SRR490321 1 0.5737 0.8094 0.864 0.136
#> SRR490322 1 0.5842 0.8079 0.860 0.140
#> SRR490323 1 0.6531 0.7959 0.832 0.168
#> SRR490324 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490325 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490326 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490327 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490328 2 0.4939 0.8395 0.108 0.892
#> SRR490329 2 0.2236 0.9099 0.036 0.964
#> SRR490330 2 0.4161 0.8655 0.084 0.916
#> SRR490331 2 0.1414 0.9229 0.020 0.980
#> SRR490332 2 0.1633 0.9198 0.024 0.976
#> SRR490333 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490334 2 0.0376 0.9348 0.004 0.996
#> SRR490335 2 0.1633 0.9198 0.024 0.976
#> SRR490336 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490337 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490339 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490340 2 0.9087 0.4519 0.324 0.676
#> SRR490341 2 0.8207 0.6125 0.256 0.744
#> SRR490342 2 0.4298 0.8617 0.088 0.912
#> SRR490343 2 0.8861 0.5040 0.304 0.696
#> SRR490344 2 0.8443 0.5788 0.272 0.728
#> SRR490345 2 0.5408 0.8214 0.124 0.876
#> SRR490346 2 0.7528 0.6882 0.216 0.784
#> SRR490347 2 0.9460 0.3339 0.364 0.636
#> SRR490348 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490349 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490350 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490351 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490356 2 0.5946 0.7964 0.144 0.856
#> SRR490357 2 0.5842 0.8015 0.140 0.860
#> SRR490358 2 0.5519 0.8165 0.128 0.872
#> SRR490359 2 0.6048 0.7911 0.148 0.852
#> SRR490360 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490362 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490363 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490364 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490365 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490366 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490367 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490368 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490369 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490370 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490371 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490372 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490373 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490374 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490375 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490376 2 0.2778 0.8994 0.048 0.952
#> SRR490377 2 0.0938 0.9290 0.012 0.988
#> SRR490378 2 0.2948 0.8958 0.052 0.948
#> SRR490379 2 0.0672 0.9320 0.008 0.992
#> SRR490380 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490381 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490382 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490383 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490384 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490386 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490388 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490389 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490390 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490391 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490392 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490393 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490394 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490395 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490396 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490397 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490398 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490399 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490400 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490401 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490402 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490403 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490404 2 0.6531 0.7641 0.168 0.832
#> SRR490405 2 0.4022 0.8694 0.080 0.920
#> SRR490406 2 0.3274 0.8883 0.060 0.940
#> SRR490407 2 0.0938 0.9290 0.012 0.988
#> SRR490408 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490409 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490410 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490411 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490412 1 0.2236 0.8326 0.964 0.036
#> SRR490413 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490414 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490415 1 0.0376 0.8374 0.996 0.004
#> SRR490416 2 0.4815 0.8441 0.104 0.896
#> SRR490417 2 0.4298 0.8616 0.088 0.912
#> SRR490418 2 0.4161 0.8655 0.084 0.916
#> SRR490419 2 0.1414 0.9229 0.020 0.980
#> SRR490420 1 0.8661 0.7006 0.712 0.288
#> SRR490421 1 0.9087 0.6522 0.676 0.324
#> SRR490422 1 0.8813 0.6861 0.700 0.300
#> SRR490423 1 0.8763 0.6910 0.704 0.296
#> SRR490424 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490425 1 0.2603 0.8349 0.956 0.044
#> SRR490426 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490427 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490428 1 0.7376 0.7737 0.792 0.208
#> SRR490429 1 0.8267 0.7308 0.740 0.260
#> SRR490430 1 0.7674 0.7622 0.776 0.224
#> SRR490431 1 0.8661 0.7009 0.712 0.288
#> SRR490432 2 0.9881 0.0617 0.436 0.564
#> SRR490433 2 0.9552 0.2940 0.376 0.624
#> SRR490434 2 0.8386 0.5864 0.268 0.732
#> SRR490435 2 0.8955 0.4830 0.312 0.688
#> SRR490436 2 0.8661 0.5429 0.288 0.712
#> SRR490437 2 0.7453 0.6950 0.212 0.788
#> SRR490438 2 0.6531 0.7641 0.168 0.832
#> SRR490439 2 0.7745 0.6666 0.228 0.772
#> SRR490440 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490441 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490442 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490443 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490444 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490446 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490447 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490448 1 0.9909 0.3948 0.556 0.444
#> SRR490449 2 0.9944 -0.0304 0.456 0.544
#> SRR490450 2 0.9998 -0.1837 0.492 0.508
#> SRR490451 1 0.9580 0.5531 0.620 0.380
#> SRR490452 1 0.6048 0.8047 0.852 0.148
#> SRR490453 1 0.7376 0.7736 0.792 0.208
#> SRR490454 1 0.8016 0.7461 0.756 0.244
#> SRR490455 1 0.7139 0.7813 0.804 0.196
#> SRR490456 2 0.6048 0.7913 0.148 0.852
#> SRR490457 2 0.6973 0.7338 0.188 0.812
#> SRR490458 2 0.7453 0.6948 0.212 0.788
#> SRR490459 2 0.7745 0.6662 0.228 0.772
#> SRR490460 2 1.0000 -0.2153 0.500 0.500
#> SRR490461 2 0.9209 0.4189 0.336 0.664
#> SRR490462 2 0.9635 0.2535 0.388 0.612
#> SRR490463 2 0.9795 0.1473 0.416 0.584
#> SRR490464 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490465 1 0.1184 0.8374 0.984 0.016
#> SRR490466 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490467 1 0.0000 0.8368 1.000 0.000
#> SRR490468 2 0.0376 0.9348 0.004 0.996
#> SRR490469 2 0.0672 0.9319 0.008 0.992
#> SRR490470 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490471 2 0.0376 0.9348 0.004 0.996
#> SRR490472 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490473 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490474 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490475 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490476 1 0.9998 0.1580 0.508 0.492
#> SRR490477 1 0.2043 0.8315 0.968 0.032
#> SRR490478 1 0.2236 0.8360 0.964 0.036
#> SRR490479 1 0.6973 0.7691 0.812 0.188
#> SRR490480 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490490 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490495 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490500 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490501 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490502 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490503 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490504 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490505 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490506 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490507 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490509 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490510 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490511 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490524 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490525 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490526 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490527 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490528 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490529 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490530 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490531 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490532 1 0.8443 0.7188 0.728 0.272
#> SRR490533 1 0.9209 0.6333 0.664 0.336
#> SRR490534 1 0.8713 0.6959 0.708 0.292
#> SRR490535 1 0.8608 0.7053 0.716 0.284
#> SRR490536 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490537 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490542 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490544 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490545 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490546 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490547 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490548 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490549 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490550 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490551 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490556 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490557 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490558 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490559 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490560 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490561 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490562 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490563 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490564 2 0.0376 0.9348 0.004 0.996
#> SRR490565 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490566 2 0.0376 0.9348 0.004 0.996
#> SRR490567 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490568 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490569 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490570 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490571 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490580 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490581 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490582 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490583 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490584 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490585 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490586 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490587 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490588 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490589 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490590 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490591 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490592 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490593 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490594 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490595 2 0.0000 0.9375 0.000 1.000
#> SRR490596 2 0.6623 0.7581 0.172 0.828
#> SRR490597 2 0.4431 0.8573 0.092 0.908
#> SRR490598 2 0.1843 0.9164 0.028 0.972
#> SRR490599 2 0.6343 0.7750 0.160 0.840
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR490216 2 0.9599 -0.01999 0.292 0.472 0.236
#> SRR490217 2 0.9151 -0.25408 0.420 0.436 0.144
#> SRR490218 2 0.7397 0.61193 0.148 0.704 0.148
#> SRR490219 2 0.9790 -0.13434 0.292 0.436 0.272
#> SRR490220 1 0.4784 0.72636 0.796 0.200 0.004
#> SRR490221 1 0.4733 0.72774 0.800 0.196 0.004
#> SRR490222 1 0.4110 0.74742 0.844 0.152 0.004
#> SRR490223 1 0.4862 0.74082 0.820 0.160 0.020
#> SRR490224 1 0.5244 0.40660 0.756 0.004 0.240
#> SRR490225 1 0.5325 0.39825 0.748 0.004 0.248
#> SRR490226 1 0.4682 0.50205 0.804 0.004 0.192
#> SRR490227 1 0.4645 0.49935 0.816 0.008 0.176
#> SRR490228 1 0.4834 0.49002 0.792 0.004 0.204
#> SRR490229 1 0.4291 0.53628 0.840 0.008 0.152
#> SRR490230 1 0.4861 0.48830 0.800 0.008 0.192
#> SRR490231 1 0.4755 0.50983 0.808 0.008 0.184
#> SRR490232 1 0.3896 0.71543 0.888 0.060 0.052
#> SRR490233 1 0.3694 0.70755 0.896 0.052 0.052
#> SRR490234 1 0.3967 0.72854 0.884 0.072 0.044
#> SRR490235 1 0.3694 0.70990 0.896 0.052 0.052
#> SRR490236 1 0.3879 0.54766 0.848 0.000 0.152
#> SRR490237 1 0.3116 0.60261 0.892 0.000 0.108
#> SRR490238 1 0.2959 0.61203 0.900 0.000 0.100
#> SRR490239 1 0.3267 0.59759 0.884 0.000 0.116
#> SRR490240 1 0.2959 0.75183 0.900 0.100 0.000
#> SRR490241 1 0.2878 0.75135 0.904 0.096 0.000
#> SRR490242 1 0.2796 0.75059 0.908 0.092 0.000
#> SRR490243 1 0.2796 0.75059 0.908 0.092 0.000
#> SRR490244 3 0.2590 0.85119 0.072 0.004 0.924
#> SRR490245 3 0.2261 0.85125 0.068 0.000 0.932
#> SRR490246 3 0.1643 0.84685 0.044 0.000 0.956
#> SRR490247 3 0.2066 0.85044 0.060 0.000 0.940
#> SRR490248 2 0.7800 0.52092 0.204 0.668 0.128
#> SRR490249 2 0.7218 0.44179 0.296 0.652 0.052
#> SRR490250 2 0.6728 0.65871 0.124 0.748 0.128
#> SRR490251 2 0.5760 0.73366 0.064 0.796 0.140
#> SRR490252 1 0.4842 0.70709 0.776 0.224 0.000
#> SRR490253 1 0.5216 0.67809 0.740 0.260 0.000
#> SRR490254 1 0.5254 0.67496 0.736 0.264 0.000
#> SRR490255 1 0.5733 0.61572 0.676 0.324 0.000
#> SRR490256 1 0.2400 0.73867 0.932 0.064 0.004
#> SRR490257 1 0.2356 0.74388 0.928 0.072 0.000
#> SRR490258 1 0.2680 0.74052 0.924 0.068 0.008
#> SRR490259 1 0.2261 0.74200 0.932 0.068 0.000
#> SRR490260 1 0.1832 0.67157 0.956 0.008 0.036
#> SRR490261 1 0.2383 0.67975 0.940 0.016 0.044
#> SRR490262 1 0.2569 0.70595 0.936 0.032 0.032
#> SRR490263 1 0.2269 0.68198 0.944 0.016 0.040
#> SRR490264 1 0.3370 0.67428 0.904 0.024 0.072
#> SRR490265 1 0.2866 0.64614 0.916 0.008 0.076
#> SRR490266 1 0.2590 0.64273 0.924 0.004 0.072
#> SRR490267 1 0.2680 0.64944 0.924 0.008 0.068
#> SRR490268 1 0.2261 0.74200 0.932 0.068 0.000
#> SRR490269 1 0.2356 0.74393 0.928 0.072 0.000
#> SRR490270 1 0.2261 0.74200 0.932 0.068 0.000
#> SRR490271 1 0.2261 0.74200 0.932 0.068 0.000
#> SRR490272 1 0.2269 0.71938 0.944 0.040 0.016
#> SRR490273 1 0.2050 0.70799 0.952 0.028 0.020
#> SRR490274 1 0.2187 0.70670 0.948 0.028 0.024
#> SRR490275 1 0.2564 0.71303 0.936 0.036 0.028
#> SRR490276 1 0.1765 0.66422 0.956 0.004 0.040
#> SRR490277 1 0.2050 0.69609 0.952 0.020 0.028
#> SRR490278 1 0.3039 0.70559 0.920 0.036 0.044
#> SRR490279 1 0.1860 0.64894 0.948 0.000 0.052
#> SRR490280 3 0.1643 0.84782 0.044 0.000 0.956
#> SRR490281 3 0.1643 0.84782 0.044 0.000 0.956
#> SRR490282 3 0.1643 0.84782 0.044 0.000 0.956
#> SRR490283 3 0.1643 0.84782 0.044 0.000 0.956
#> SRR490284 3 0.5202 0.81464 0.220 0.008 0.772
#> SRR490285 3 0.5737 0.78752 0.256 0.012 0.732
#> SRR490286 3 0.6205 0.67825 0.336 0.008 0.656
#> SRR490287 3 0.5202 0.81208 0.220 0.008 0.772
#> SRR490288 1 0.5585 0.71585 0.812 0.092 0.096
#> SRR490289 1 0.7605 0.68303 0.684 0.192 0.124
#> SRR490290 1 0.5639 0.70602 0.808 0.080 0.112
#> SRR490291 1 0.9025 0.47118 0.544 0.172 0.284
#> SRR490292 1 0.4293 0.74235 0.832 0.164 0.004
#> SRR490293 1 0.4465 0.73709 0.820 0.176 0.004
#> SRR490294 1 0.3784 0.75051 0.864 0.132 0.004
#> SRR490295 1 0.3112 0.75144 0.900 0.096 0.004
#> SRR490296 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490297 2 0.0747 0.90577 0.016 0.984 0.000
#> SRR490298 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490299 2 0.0747 0.90566 0.016 0.984 0.000
#> SRR490300 2 0.5431 0.56724 0.284 0.716 0.000
#> SRR490301 2 0.6140 0.24079 0.404 0.596 0.000
#> SRR490302 2 0.5431 0.57220 0.284 0.716 0.000
#> SRR490303 2 0.4062 0.76740 0.164 0.836 0.000
#> SRR490304 2 0.0592 0.90715 0.012 0.988 0.000
#> SRR490305 2 0.0592 0.90683 0.012 0.988 0.000
#> SRR490306 2 0.0237 0.90788 0.004 0.996 0.000
#> SRR490307 2 0.0592 0.90683 0.012 0.988 0.000
#> SRR490308 3 0.4346 0.84994 0.184 0.000 0.816
#> SRR490309 3 0.4346 0.84994 0.184 0.000 0.816
#> SRR490310 3 0.4121 0.85438 0.168 0.000 0.832
#> SRR490311 3 0.4291 0.85085 0.180 0.000 0.820
#> SRR490312 3 0.9623 0.09452 0.304 0.232 0.464
#> SRR490313 2 0.8650 0.35701 0.144 0.580 0.276
#> SRR490314 2 0.9399 0.11775 0.208 0.500 0.292
#> SRR490315 2 0.9340 0.13488 0.192 0.500 0.308
#> SRR490316 1 0.6001 0.73284 0.772 0.176 0.052
#> SRR490317 1 0.6630 0.63478 0.672 0.300 0.028
#> SRR490318 1 0.7128 0.64441 0.664 0.284 0.052
#> SRR490319 1 0.8034 0.55867 0.584 0.336 0.080
#> SRR490320 1 0.6254 0.59726 0.756 0.056 0.188
#> SRR490321 1 0.6004 0.63732 0.780 0.064 0.156
#> SRR490322 1 0.5449 0.68173 0.816 0.068 0.116
#> SRR490323 1 0.5915 0.68854 0.792 0.080 0.128
#> SRR490324 3 0.5497 0.75239 0.292 0.000 0.708
#> SRR490325 3 0.5948 0.67742 0.360 0.000 0.640
#> SRR490326 3 0.6026 0.63945 0.376 0.000 0.624
#> SRR490327 3 0.4796 0.82842 0.220 0.000 0.780
#> SRR490328 2 0.2165 0.87756 0.064 0.936 0.000
#> SRR490329 2 0.1411 0.89850 0.036 0.964 0.000
#> SRR490330 2 0.1643 0.89165 0.044 0.956 0.000
#> SRR490331 2 0.1289 0.90086 0.032 0.968 0.000
#> SRR490332 2 0.5529 0.55909 0.296 0.704 0.000
#> SRR490333 2 0.4504 0.73286 0.196 0.804 0.000
#> SRR490334 2 0.3752 0.79653 0.144 0.856 0.000
#> SRR490335 2 0.5363 0.58850 0.276 0.724 0.000
#> SRR490336 2 0.0237 0.90797 0.004 0.996 0.000
#> SRR490337 2 0.0237 0.90797 0.004 0.996 0.000
#> SRR490338 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 2 0.0747 0.90577 0.016 0.984 0.000
#> SRR490340 1 0.5905 0.57120 0.648 0.352 0.000
#> SRR490341 1 0.6168 0.42382 0.588 0.412 0.000
#> SRR490342 2 0.6291 0.01595 0.468 0.532 0.000
#> SRR490343 1 0.6062 0.50570 0.616 0.384 0.000
#> SRR490344 2 0.2878 0.84506 0.096 0.904 0.000
#> SRR490345 2 0.1529 0.89284 0.040 0.960 0.000
#> SRR490346 2 0.2860 0.85679 0.084 0.912 0.004
#> SRR490347 2 0.4235 0.75332 0.176 0.824 0.000
#> SRR490348 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490349 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490350 2 0.0424 0.90476 0.008 0.992 0.000
#> SRR490351 2 0.0424 0.90476 0.008 0.992 0.000
#> SRR490352 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490355 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 2 0.6252 0.10195 0.444 0.556 0.000
#> SRR490357 2 0.6252 0.10539 0.444 0.556 0.000
#> SRR490358 2 0.6286 0.01619 0.464 0.536 0.000
#> SRR490359 2 0.6267 0.06778 0.452 0.548 0.000
#> SRR490360 2 0.0592 0.90714 0.012 0.988 0.000
#> SRR490361 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490362 2 0.0237 0.90784 0.004 0.996 0.000
#> SRR490363 2 0.0592 0.90714 0.012 0.988 0.000
#> SRR490364 2 0.2356 0.86946 0.072 0.928 0.000
#> SRR490365 2 0.2448 0.86780 0.076 0.924 0.000
#> SRR490366 2 0.1753 0.88917 0.048 0.952 0.000
#> SRR490367 2 0.1529 0.89477 0.040 0.960 0.000
#> SRR490368 2 0.0592 0.90694 0.012 0.988 0.000
#> SRR490369 2 0.0592 0.90694 0.012 0.988 0.000
#> SRR490370 2 0.0747 0.90578 0.016 0.984 0.000
#> SRR490371 2 0.0424 0.90746 0.008 0.992 0.000
#> SRR490372 3 0.4291 0.85438 0.180 0.000 0.820
#> SRR490373 3 0.4346 0.85289 0.184 0.000 0.816
#> SRR490374 3 0.4291 0.85438 0.180 0.000 0.820
#> SRR490375 3 0.4291 0.85438 0.180 0.000 0.820
#> SRR490376 2 0.2066 0.88404 0.060 0.940 0.000
#> SRR490377 2 0.1163 0.90272 0.028 0.972 0.000
#> SRR490378 2 0.1753 0.89096 0.048 0.952 0.000
#> SRR490379 2 0.1031 0.90453 0.024 0.976 0.000
#> SRR490380 3 0.1860 0.85020 0.052 0.000 0.948
#> SRR490381 3 0.1964 0.85184 0.056 0.000 0.944
#> SRR490382 3 0.4047 0.85548 0.148 0.004 0.848
#> SRR490383 3 0.2165 0.85536 0.064 0.000 0.936
#> SRR490384 2 0.0747 0.90592 0.016 0.984 0.000
#> SRR490385 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0237 0.90788 0.004 0.996 0.000
#> SRR490387 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490388 2 0.1860 0.88617 0.052 0.948 0.000
#> SRR490389 2 0.1964 0.88299 0.056 0.944 0.000
#> SRR490390 2 0.1964 0.88296 0.056 0.944 0.000
#> SRR490391 2 0.2066 0.88106 0.060 0.940 0.000
#> SRR490392 2 0.1031 0.90460 0.024 0.976 0.000
#> SRR490393 2 0.0892 0.90531 0.020 0.980 0.000
#> SRR490394 2 0.0892 0.90554 0.020 0.980 0.000
#> SRR490395 2 0.0592 0.90715 0.012 0.988 0.000
#> SRR490396 2 0.2165 0.88164 0.064 0.936 0.000
#> SRR490397 2 0.2261 0.87836 0.068 0.932 0.000
#> SRR490398 2 0.2448 0.87178 0.076 0.924 0.000
#> SRR490399 2 0.2261 0.87841 0.068 0.932 0.000
#> SRR490400 2 0.1163 0.90299 0.028 0.972 0.000
#> SRR490401 2 0.1289 0.90130 0.032 0.968 0.000
#> SRR490402 2 0.1031 0.90421 0.024 0.976 0.000
#> SRR490403 2 0.0892 0.90554 0.020 0.980 0.000
#> SRR490404 2 0.6180 0.23086 0.416 0.584 0.000
#> SRR490405 2 0.6095 0.31133 0.392 0.608 0.000
#> SRR490406 2 0.5859 0.44594 0.344 0.656 0.000
#> SRR490407 2 0.4931 0.67577 0.232 0.768 0.000
#> SRR490408 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490409 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490410 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490411 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490412 3 0.6955 0.34135 0.488 0.016 0.496
#> SRR490413 1 0.6442 -0.18937 0.564 0.004 0.432
#> SRR490414 3 0.6192 0.48566 0.420 0.000 0.580
#> SRR490415 1 0.6577 -0.14438 0.572 0.008 0.420
#> SRR490416 2 0.5968 0.38374 0.364 0.636 0.000
#> SRR490417 2 0.6008 0.36324 0.372 0.628 0.000
#> SRR490418 2 0.5810 0.45992 0.336 0.664 0.000
#> SRR490419 2 0.5098 0.64292 0.248 0.752 0.000
#> SRR490420 1 0.3030 0.75101 0.904 0.092 0.004
#> SRR490421 1 0.3644 0.75201 0.872 0.124 0.004
#> SRR490422 1 0.3532 0.75267 0.884 0.108 0.008
#> SRR490423 1 0.3267 0.75287 0.884 0.116 0.000
#> SRR490424 1 0.5958 0.29061 0.692 0.008 0.300
#> SRR490425 1 0.5677 0.62360 0.792 0.048 0.160
#> SRR490426 1 0.5070 0.46111 0.772 0.004 0.224
#> SRR490427 1 0.4805 0.54568 0.812 0.012 0.176
#> SRR490428 1 0.2939 0.74054 0.916 0.072 0.012
#> SRR490429 1 0.3192 0.75290 0.888 0.112 0.000
#> SRR490430 1 0.3192 0.75309 0.888 0.112 0.000
#> SRR490431 1 0.2796 0.75059 0.908 0.092 0.000
#> SRR490432 1 0.5178 0.68758 0.744 0.256 0.000
#> SRR490433 1 0.5363 0.66927 0.724 0.276 0.000
#> SRR490434 1 0.6079 0.49669 0.612 0.388 0.000
#> SRR490435 1 0.5968 0.56330 0.636 0.364 0.000
#> SRR490436 1 0.3941 0.74610 0.844 0.156 0.000
#> SRR490437 1 0.4346 0.73525 0.816 0.184 0.000
#> SRR490438 1 0.4399 0.73313 0.812 0.188 0.000
#> SRR490439 1 0.4452 0.73051 0.808 0.192 0.000
#> SRR490440 2 0.0424 0.90476 0.008 0.992 0.000
#> SRR490441 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490442 2 0.0661 0.90240 0.008 0.988 0.004
#> SRR490443 2 0.0424 0.90476 0.008 0.992 0.000
#> SRR490444 2 0.0892 0.90579 0.020 0.980 0.000
#> SRR490445 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490446 2 0.0892 0.90501 0.020 0.980 0.000
#> SRR490447 2 0.0424 0.90748 0.008 0.992 0.000
#> SRR490448 1 0.4974 0.70063 0.764 0.236 0.000
#> SRR490449 1 0.5678 0.63117 0.684 0.316 0.000
#> SRR490450 1 0.5678 0.63349 0.684 0.316 0.000
#> SRR490451 1 0.5831 0.66365 0.708 0.284 0.008
#> SRR490452 1 0.3456 0.73124 0.904 0.060 0.036
#> SRR490453 1 0.2866 0.74523 0.916 0.076 0.008
#> SRR490454 1 0.3896 0.75199 0.864 0.128 0.008
#> SRR490455 1 0.3276 0.73448 0.908 0.068 0.024
#> SRR490456 1 0.6309 0.15658 0.504 0.496 0.000
#> SRR490457 1 0.6180 0.43622 0.584 0.416 0.000
#> SRR490458 1 0.6026 0.53938 0.624 0.376 0.000
#> SRR490459 1 0.6026 0.53017 0.624 0.376 0.000
#> SRR490460 1 0.4121 0.74231 0.832 0.168 0.000
#> SRR490461 1 0.5138 0.68834 0.748 0.252 0.000
#> SRR490462 1 0.4605 0.72327 0.796 0.204 0.000
#> SRR490463 1 0.4974 0.70142 0.764 0.236 0.000
#> SRR490464 3 0.3038 0.86046 0.104 0.000 0.896
#> SRR490465 3 0.4679 0.85661 0.148 0.020 0.832
#> SRR490466 3 0.3686 0.86282 0.140 0.000 0.860
#> SRR490467 3 0.3752 0.86270 0.144 0.000 0.856
#> SRR490468 1 0.5968 0.54459 0.636 0.364 0.000
#> SRR490469 1 0.5948 0.55294 0.640 0.360 0.000
#> SRR490470 1 0.6045 0.50757 0.620 0.380 0.000
#> SRR490471 1 0.5926 0.56219 0.644 0.356 0.000
#> SRR490472 2 0.0424 0.90476 0.008 0.992 0.000
#> SRR490473 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490474 2 0.0661 0.90197 0.004 0.988 0.008
#> SRR490475 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490476 2 0.9913 -0.23657 0.336 0.388 0.276
#> SRR490477 1 0.5874 0.50281 0.760 0.032 0.208
#> SRR490478 3 0.5595 0.82302 0.228 0.016 0.756
#> SRR490479 1 0.8250 -0.05332 0.528 0.080 0.392
#> SRR490480 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490481 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490482 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490483 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490484 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490485 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490486 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490487 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490488 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490489 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490490 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490491 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490492 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490493 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490494 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490495 2 0.0237 0.90788 0.004 0.996 0.000
#> SRR490496 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490497 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490499 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490500 2 0.2959 0.84453 0.100 0.900 0.000
#> SRR490501 2 0.2878 0.84856 0.096 0.904 0.000
#> SRR490502 2 0.2261 0.87438 0.068 0.932 0.000
#> SRR490503 2 0.2165 0.87764 0.064 0.936 0.000
#> SRR490504 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490505 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490506 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490507 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490508 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490509 2 0.0661 0.90244 0.008 0.988 0.004
#> SRR490510 2 0.0424 0.90476 0.008 0.992 0.000
#> SRR490511 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490512 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490513 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490514 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490515 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490516 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490517 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490518 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490519 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490520 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490521 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490522 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490523 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490524 2 0.1031 0.90455 0.024 0.976 0.000
#> SRR490525 2 0.1163 0.90299 0.028 0.972 0.000
#> SRR490526 2 0.1289 0.90130 0.032 0.968 0.000
#> SRR490527 2 0.0892 0.90531 0.020 0.980 0.000
#> SRR490528 2 0.1289 0.90130 0.032 0.968 0.000
#> SRR490529 2 0.1163 0.90293 0.028 0.972 0.000
#> SRR490530 2 0.1163 0.90293 0.028 0.972 0.000
#> SRR490531 2 0.1163 0.90293 0.028 0.972 0.000
#> SRR490532 1 0.4840 0.74255 0.816 0.168 0.016
#> SRR490533 1 0.4413 0.74582 0.832 0.160 0.008
#> SRR490534 1 0.4531 0.74232 0.824 0.168 0.008
#> SRR490535 1 0.5012 0.72245 0.788 0.204 0.008
#> SRR490536 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490537 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490538 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490539 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490540 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490541 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490542 2 0.0237 0.90654 0.004 0.996 0.000
#> SRR490543 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490544 2 0.0237 0.90721 0.004 0.996 0.000
#> SRR490545 2 0.0237 0.90721 0.004 0.996 0.000
#> SRR490546 2 0.0237 0.90721 0.004 0.996 0.000
#> SRR490547 2 0.0237 0.90721 0.004 0.996 0.000
#> SRR490548 2 0.0747 0.90612 0.016 0.984 0.000
#> SRR490549 2 0.0892 0.90554 0.020 0.980 0.000
#> SRR490550 2 0.0424 0.90709 0.008 0.992 0.000
#> SRR490551 2 0.0592 0.90715 0.012 0.988 0.000
#> SRR490552 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490553 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490554 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490555 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490556 2 0.1411 0.89950 0.036 0.964 0.000
#> SRR490557 2 0.1411 0.89950 0.036 0.964 0.000
#> SRR490558 2 0.1411 0.89950 0.036 0.964 0.000
#> SRR490559 2 0.1411 0.89950 0.036 0.964 0.000
#> SRR490560 2 0.0747 0.90578 0.016 0.984 0.000
#> SRR490561 2 0.0747 0.90578 0.016 0.984 0.000
#> SRR490562 2 0.0747 0.90578 0.016 0.984 0.000
#> SRR490563 2 0.0747 0.90578 0.016 0.984 0.000
#> SRR490564 2 0.6267 0.09156 0.452 0.548 0.000
#> SRR490565 2 0.6079 0.32322 0.388 0.612 0.000
#> SRR490566 2 0.6295 0.00309 0.472 0.528 0.000
#> SRR490567 2 0.6267 0.09081 0.452 0.548 0.000
#> SRR490568 2 0.0475 0.90463 0.004 0.992 0.004
#> SRR490569 2 0.0848 0.89956 0.008 0.984 0.008
#> SRR490570 2 0.0475 0.90463 0.004 0.992 0.004
#> SRR490571 2 0.0424 0.90476 0.008 0.992 0.000
#> SRR490572 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490573 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490574 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490575 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490576 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490577 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490579 2 0.0000 0.90794 0.000 1.000 0.000
#> SRR490580 2 0.0892 0.90509 0.020 0.980 0.000
#> SRR490581 2 0.0892 0.90502 0.020 0.980 0.000
#> SRR490582 2 0.1163 0.90296 0.028 0.972 0.000
#> SRR490583 2 0.0892 0.90502 0.020 0.980 0.000
#> SRR490584 2 0.0424 0.90709 0.008 0.992 0.000
#> SRR490585 2 0.0592 0.90606 0.012 0.988 0.000
#> SRR490586 2 0.0592 0.90606 0.012 0.988 0.000
#> SRR490587 2 0.0424 0.90709 0.008 0.992 0.000
#> SRR490588 2 0.1163 0.90299 0.028 0.972 0.000
#> SRR490589 2 0.1163 0.90299 0.028 0.972 0.000
#> SRR490590 2 0.1289 0.90141 0.032 0.968 0.000
#> SRR490591 2 0.1031 0.90421 0.024 0.976 0.000
#> SRR490592 2 0.1163 0.90293 0.028 0.972 0.000
#> SRR490593 2 0.1031 0.90421 0.024 0.976 0.000
#> SRR490594 2 0.1163 0.90339 0.028 0.972 0.000
#> SRR490595 2 0.1289 0.90146 0.032 0.968 0.000
#> SRR490596 1 0.6309 0.13547 0.504 0.496 0.000
#> SRR490597 2 0.5988 0.38202 0.368 0.632 0.000
#> SRR490598 2 0.6008 0.36848 0.372 0.628 0.000
#> SRR490599 2 0.6154 0.25477 0.408 0.592 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR490216 2 0.7958 0.44298 0.112 0.596 0.104 0.188
#> SRR490217 2 0.7403 0.44338 0.128 0.604 0.036 0.232
#> SRR490218 2 0.5441 0.75598 0.088 0.784 0.052 0.076
#> SRR490219 2 0.7673 0.46850 0.096 0.612 0.088 0.204
#> SRR490220 1 0.7254 0.36075 0.524 0.300 0.000 0.176
#> SRR490221 1 0.6758 0.39181 0.604 0.240 0.000 0.156
#> SRR490222 1 0.7193 0.34237 0.552 0.240 0.000 0.208
#> SRR490223 1 0.7632 0.20255 0.468 0.244 0.000 0.288
#> SRR490224 4 0.5894 0.55079 0.392 0.000 0.040 0.568
#> SRR490225 4 0.6583 0.54246 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR490226 4 0.6265 0.50013 0.444 0.000 0.056 0.500
#> SRR490227 4 0.5847 0.54793 0.404 0.000 0.036 0.560
#> SRR490228 4 0.5673 0.54969 0.372 0.000 0.032 0.596
#> SRR490229 4 0.5398 0.54550 0.404 0.000 0.016 0.580
#> SRR490230 4 0.5510 0.54988 0.376 0.000 0.024 0.600
#> SRR490231 4 0.5453 0.54856 0.388 0.000 0.020 0.592
#> SRR490232 1 0.3668 0.33277 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR490233 1 0.3768 0.35535 0.808 0.008 0.000 0.184
#> SRR490234 1 0.3196 0.41286 0.856 0.008 0.000 0.136
#> SRR490235 1 0.3105 0.39562 0.856 0.004 0.000 0.140
#> SRR490236 1 0.5696 -0.43217 0.496 0.000 0.024 0.480
#> SRR490237 1 0.5329 -0.24981 0.568 0.000 0.012 0.420
#> SRR490238 1 0.5353 -0.28810 0.556 0.000 0.012 0.432
#> SRR490239 1 0.5478 -0.32876 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR490240 1 0.3009 0.53205 0.892 0.052 0.000 0.056
#> SRR490241 1 0.3239 0.52990 0.880 0.052 0.000 0.068
#> SRR490242 1 0.2131 0.52512 0.932 0.036 0.000 0.032
#> SRR490243 1 0.3056 0.52453 0.888 0.040 0.000 0.072
#> SRR490244 3 0.3568 0.73235 0.024 0.004 0.856 0.116
#> SRR490245 3 0.3108 0.73246 0.016 0.000 0.872 0.112
#> SRR490246 3 0.1902 0.72815 0.004 0.000 0.932 0.064
#> SRR490247 3 0.2466 0.72949 0.004 0.000 0.900 0.096
#> SRR490248 2 0.6213 0.62844 0.180 0.708 0.028 0.084
#> SRR490249 2 0.4901 0.72344 0.160 0.780 0.008 0.052
#> SRR490250 2 0.5791 0.71684 0.108 0.760 0.048 0.084
#> SRR490251 2 0.4458 0.78986 0.080 0.836 0.044 0.040
#> SRR490252 1 0.4589 0.51429 0.784 0.168 0.000 0.048
#> SRR490253 1 0.4994 0.49244 0.744 0.208 0.000 0.048
#> SRR490254 1 0.4957 0.49505 0.748 0.204 0.000 0.048
#> SRR490255 1 0.5491 0.45468 0.688 0.260 0.000 0.052
#> SRR490256 1 0.2255 0.48326 0.920 0.012 0.000 0.068
#> SRR490257 1 0.2224 0.51866 0.928 0.032 0.000 0.040
#> SRR490258 1 0.2174 0.49979 0.928 0.020 0.000 0.052
#> SRR490259 1 0.1706 0.50477 0.948 0.016 0.000 0.036
#> SRR490260 1 0.2714 0.44216 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR490261 1 0.2334 0.45788 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR490262 1 0.2654 0.43961 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR490263 1 0.2466 0.45565 0.900 0.004 0.000 0.096
#> SRR490264 1 0.3631 0.36918 0.824 0.004 0.004 0.168
#> SRR490265 1 0.3721 0.35140 0.816 0.004 0.004 0.176
#> SRR490266 1 0.3538 0.36111 0.832 0.004 0.004 0.160
#> SRR490267 1 0.3631 0.36084 0.824 0.004 0.004 0.168
#> SRR490268 1 0.2610 0.47964 0.900 0.012 0.000 0.088
#> SRR490269 1 0.2142 0.50311 0.928 0.016 0.000 0.056
#> SRR490270 1 0.1970 0.48543 0.932 0.008 0.000 0.060
#> SRR490271 1 0.1854 0.49706 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR490272 1 0.2593 0.44570 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR490273 1 0.2480 0.45961 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR490274 1 0.2675 0.44745 0.892 0.008 0.000 0.100
#> SRR490275 1 0.2654 0.44138 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR490276 1 0.2401 0.45425 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR490277 1 0.2530 0.44302 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR490278 1 0.2593 0.45628 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR490279 1 0.2737 0.45243 0.888 0.008 0.000 0.104
#> SRR490280 3 0.1824 0.72220 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR490281 3 0.1824 0.72220 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR490282 3 0.1824 0.72220 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR490283 3 0.1824 0.72220 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR490284 4 0.7173 -0.21327 0.116 0.004 0.440 0.440
#> SRR490285 3 0.7408 0.15860 0.128 0.008 0.432 0.432
#> SRR490286 4 0.7515 -0.06138 0.160 0.004 0.384 0.452
#> SRR490287 3 0.7173 0.15417 0.116 0.004 0.440 0.440
#> SRR490288 1 0.7310 -0.11724 0.496 0.052 0.048 0.404
#> SRR490289 4 0.8503 0.13867 0.344 0.156 0.056 0.444
#> SRR490290 1 0.7145 -0.27763 0.488 0.028 0.064 0.420
#> SRR490291 4 0.9511 0.09336 0.312 0.204 0.128 0.356
#> SRR490292 1 0.5325 0.51713 0.744 0.160 0.000 0.096
#> SRR490293 1 0.5247 0.51904 0.752 0.148 0.000 0.100
#> SRR490294 1 0.4547 0.52771 0.804 0.104 0.000 0.092
#> SRR490295 1 0.4150 0.51147 0.824 0.056 0.000 0.120
#> SRR490296 2 0.0672 0.88792 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR490297 2 0.0927 0.88867 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR490298 2 0.0804 0.88836 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR490299 2 0.0524 0.88789 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR490300 2 0.6068 0.58558 0.116 0.676 0.000 0.208
#> SRR490301 2 0.6015 0.54118 0.080 0.652 0.000 0.268
#> SRR490302 2 0.5140 0.72423 0.096 0.760 0.000 0.144
#> SRR490303 2 0.4552 0.76152 0.072 0.800 0.000 0.128
#> SRR490304 2 0.1211 0.88354 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR490305 2 0.1118 0.88448 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490306 2 0.1022 0.88538 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490307 2 0.1118 0.88448 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR490308 3 0.6056 0.66371 0.092 0.000 0.660 0.248
#> SRR490309 3 0.6056 0.66371 0.092 0.000 0.660 0.248
#> SRR490310 3 0.5907 0.67119 0.080 0.000 0.668 0.252
#> SRR490311 3 0.5970 0.66921 0.088 0.000 0.668 0.244
#> SRR490312 4 0.8999 0.14777 0.084 0.232 0.236 0.448
#> SRR490313 2 0.7991 0.27978 0.040 0.536 0.160 0.264
#> SRR490314 2 0.8039 0.14374 0.044 0.496 0.128 0.332
#> SRR490315 2 0.8696 -0.05728 0.060 0.440 0.184 0.316
#> SRR490316 1 0.7951 0.10873 0.496 0.124 0.040 0.340
#> SRR490317 1 0.7711 0.26191 0.428 0.340 0.000 0.232
#> SRR490318 1 0.7768 0.30096 0.492 0.312 0.012 0.184
#> SRR490319 2 0.8375 -0.32181 0.324 0.356 0.016 0.304
#> SRR490320 1 0.5479 0.29341 0.740 0.016 0.052 0.192
#> SRR490321 1 0.4861 0.28028 0.764 0.008 0.032 0.196
#> SRR490322 1 0.4627 0.39100 0.772 0.028 0.004 0.196
#> SRR490323 1 0.5009 0.43027 0.776 0.036 0.020 0.168
#> SRR490324 4 0.7673 0.11039 0.204 0.004 0.316 0.476
#> SRR490325 4 0.7430 0.24218 0.228 0.000 0.260 0.512
#> SRR490326 4 0.7599 0.22055 0.228 0.004 0.260 0.508
#> SRR490327 4 0.7554 -0.03786 0.152 0.008 0.368 0.472
#> SRR490328 2 0.3082 0.85442 0.032 0.884 0.000 0.084
#> SRR490329 2 0.1724 0.88701 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR490330 2 0.1624 0.88519 0.028 0.952 0.000 0.020
#> SRR490331 2 0.1520 0.88793 0.024 0.956 0.000 0.020
#> SRR490332 2 0.4833 0.66503 0.228 0.740 0.000 0.032
#> SRR490333 2 0.4365 0.72940 0.188 0.784 0.000 0.028
#> SRR490334 2 0.3707 0.80014 0.132 0.840 0.000 0.028
#> SRR490335 2 0.4706 0.67389 0.224 0.748 0.000 0.028
#> SRR490336 2 0.0657 0.88856 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR490337 2 0.0927 0.88863 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR490338 2 0.0657 0.88856 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR490339 2 0.1677 0.88385 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR490340 1 0.6278 0.32255 0.532 0.408 0.000 0.060
#> SRR490341 1 0.6204 0.19205 0.500 0.448 0.000 0.052
#> SRR490342 2 0.5912 0.08471 0.440 0.524 0.000 0.036
#> SRR490343 1 0.6211 0.14928 0.488 0.460 0.000 0.052
#> SRR490344 2 0.3037 0.84389 0.076 0.888 0.000 0.036
#> SRR490345 2 0.2032 0.88210 0.028 0.936 0.000 0.036
#> SRR490346 2 0.2466 0.86988 0.028 0.916 0.000 0.056
#> SRR490347 2 0.2816 0.85247 0.064 0.900 0.000 0.036
#> SRR490348 2 0.1022 0.88106 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490349 2 0.1022 0.88086 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490350 2 0.1118 0.87966 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490351 2 0.1118 0.88012 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490352 2 0.0188 0.88763 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.0469 0.88604 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490354 2 0.0336 0.88737 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490355 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490356 2 0.5872 0.28536 0.384 0.576 0.000 0.040
#> SRR490357 2 0.5730 0.39729 0.344 0.616 0.000 0.040
#> SRR490358 2 0.5677 0.43691 0.332 0.628 0.000 0.040
#> SRR490359 2 0.5573 0.36265 0.368 0.604 0.000 0.028
#> SRR490360 2 0.1022 0.88557 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR490361 2 0.0524 0.88873 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490362 2 0.0592 0.88806 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490363 2 0.0779 0.88873 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR490364 2 0.2060 0.87817 0.052 0.932 0.000 0.016
#> SRR490365 2 0.2101 0.87343 0.060 0.928 0.000 0.012
#> SRR490366 2 0.1767 0.88068 0.044 0.944 0.000 0.012
#> SRR490367 2 0.1975 0.87985 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR490368 2 0.1305 0.88420 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR490369 2 0.1489 0.88170 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR490370 2 0.1398 0.88263 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR490371 2 0.1305 0.88387 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR490372 3 0.6028 0.65810 0.076 0.000 0.644 0.280
#> SRR490373 3 0.6004 0.66059 0.076 0.000 0.648 0.276
#> SRR490374 3 0.5941 0.66281 0.072 0.000 0.652 0.276
#> SRR490375 3 0.6028 0.65810 0.076 0.000 0.644 0.280
#> SRR490376 2 0.1724 0.88894 0.032 0.948 0.000 0.020
#> SRR490377 2 0.1510 0.88558 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR490378 2 0.2224 0.88033 0.032 0.928 0.000 0.040
#> SRR490379 2 0.1545 0.88168 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR490380 3 0.2611 0.72854 0.008 0.000 0.896 0.096
#> SRR490381 3 0.3441 0.72783 0.024 0.000 0.856 0.120
#> SRR490382 3 0.5218 0.66663 0.064 0.000 0.736 0.200
#> SRR490383 3 0.3763 0.72634 0.024 0.000 0.832 0.144
#> SRR490384 2 0.1356 0.88487 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR490385 2 0.0469 0.88796 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490386 2 0.0336 0.88810 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490387 2 0.0336 0.88852 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490388 2 0.2522 0.86150 0.076 0.908 0.000 0.016
#> SRR490389 2 0.2450 0.86395 0.072 0.912 0.000 0.016
#> SRR490390 2 0.2522 0.86150 0.076 0.908 0.000 0.016
#> SRR490391 2 0.2450 0.86435 0.072 0.912 0.000 0.016
#> SRR490392 2 0.1807 0.87786 0.052 0.940 0.000 0.008
#> SRR490393 2 0.1489 0.88170 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR490394 2 0.1635 0.88101 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR490395 2 0.1398 0.88263 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR490396 2 0.2542 0.85827 0.084 0.904 0.000 0.012
#> SRR490397 2 0.2546 0.85425 0.092 0.900 0.000 0.008
#> SRR490398 2 0.2546 0.85420 0.092 0.900 0.000 0.008
#> SRR490399 2 0.2611 0.85136 0.096 0.896 0.000 0.008
#> SRR490400 2 0.2048 0.87211 0.064 0.928 0.000 0.008
#> SRR490401 2 0.1890 0.87584 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490402 2 0.2124 0.87024 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR490403 2 0.2048 0.87211 0.064 0.928 0.000 0.008
#> SRR490404 2 0.5858 -0.01138 0.468 0.500 0.000 0.032
#> SRR490405 2 0.5931 0.00381 0.460 0.504 0.000 0.036
#> SRR490406 2 0.5833 0.10187 0.440 0.528 0.000 0.032
#> SRR490407 2 0.5311 0.47226 0.328 0.648 0.000 0.024
#> SRR490408 2 0.1118 0.87932 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490409 2 0.1211 0.87750 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490410 2 0.1118 0.87932 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490411 2 0.1118 0.87932 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490412 3 0.8267 0.09303 0.252 0.016 0.400 0.332
#> SRR490413 3 0.7922 -0.13613 0.336 0.000 0.344 0.320
#> SRR490414 3 0.7506 0.33726 0.204 0.004 0.520 0.272
#> SRR490415 4 0.8069 0.08788 0.320 0.004 0.316 0.360
#> SRR490416 2 0.4610 0.65285 0.236 0.744 0.000 0.020
#> SRR490417 2 0.4840 0.63817 0.240 0.732 0.000 0.028
#> SRR490418 2 0.4253 0.70786 0.208 0.776 0.000 0.016
#> SRR490419 2 0.3925 0.75423 0.176 0.808 0.000 0.016
#> SRR490420 1 0.4679 0.45536 0.772 0.044 0.000 0.184
#> SRR490421 1 0.4875 0.50180 0.772 0.068 0.000 0.160
#> SRR490422 1 0.4405 0.50436 0.800 0.048 0.000 0.152
#> SRR490423 1 0.4949 0.48217 0.760 0.060 0.000 0.180
#> SRR490424 4 0.7275 0.51423 0.376 0.000 0.152 0.472
#> SRR490425 1 0.6293 -0.41497 0.504 0.008 0.040 0.448
#> SRR490426 1 0.6537 -0.42324 0.500 0.000 0.076 0.424
#> SRR490427 1 0.6007 -0.18723 0.604 0.000 0.056 0.340
#> SRR490428 1 0.3907 0.48354 0.828 0.032 0.000 0.140
#> SRR490429 1 0.3691 0.53533 0.856 0.068 0.000 0.076
#> SRR490430 1 0.3828 0.52952 0.848 0.068 0.000 0.084
#> SRR490431 1 0.3758 0.51591 0.848 0.048 0.000 0.104
#> SRR490432 1 0.6874 0.39868 0.568 0.296 0.000 0.136
#> SRR490433 1 0.6637 0.39244 0.572 0.324 0.000 0.104
#> SRR490434 2 0.6591 -0.00511 0.424 0.496 0.000 0.080
#> SRR490435 2 0.6650 -0.06939 0.432 0.484 0.000 0.084
#> SRR490436 1 0.4724 0.52416 0.792 0.112 0.000 0.096
#> SRR490437 1 0.5670 0.50124 0.720 0.152 0.000 0.128
#> SRR490438 1 0.5199 0.51811 0.756 0.144 0.000 0.100
#> SRR490439 1 0.5624 0.50041 0.720 0.172 0.000 0.108
#> SRR490440 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490441 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490442 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490443 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490444 2 0.1059 0.88901 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR490445 2 0.0657 0.88714 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR490446 2 0.1059 0.88828 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR490447 2 0.0779 0.88670 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR490448 1 0.7401 0.35344 0.496 0.316 0.000 0.188
#> SRR490449 2 0.7248 -0.25883 0.432 0.440 0.004 0.124
#> SRR490450 2 0.7912 -0.21780 0.324 0.424 0.004 0.248
#> SRR490451 1 0.7958 0.23251 0.384 0.364 0.004 0.248
#> SRR490452 1 0.3770 0.50037 0.852 0.040 0.004 0.104
#> SRR490453 1 0.3934 0.51329 0.836 0.048 0.000 0.116
#> SRR490454 1 0.3716 0.53794 0.852 0.096 0.000 0.052
#> SRR490455 1 0.3435 0.50732 0.864 0.036 0.000 0.100
#> SRR490456 2 0.6634 0.26877 0.336 0.564 0.000 0.100
#> SRR490457 2 0.6791 0.03931 0.392 0.508 0.000 0.100
#> SRR490458 2 0.6895 -0.02696 0.400 0.492 0.000 0.108
#> SRR490459 2 0.6834 -0.08735 0.424 0.476 0.000 0.100
#> SRR490460 1 0.4700 0.52755 0.792 0.124 0.000 0.084
#> SRR490461 1 0.6052 0.44043 0.640 0.284 0.000 0.076
#> SRR490462 1 0.5109 0.50400 0.744 0.196 0.000 0.060
#> SRR490463 1 0.6219 0.44941 0.640 0.264 0.000 0.096
#> SRR490464 3 0.4415 0.72118 0.056 0.000 0.804 0.140
#> SRR490465 3 0.5471 0.68223 0.064 0.004 0.724 0.208
#> SRR490466 3 0.5118 0.70405 0.072 0.000 0.752 0.176
#> SRR490467 3 0.5122 0.69997 0.080 0.000 0.756 0.164
#> SRR490468 1 0.5698 0.38715 0.608 0.356 0.000 0.036
#> SRR490469 1 0.5473 0.41793 0.644 0.324 0.000 0.032
#> SRR490470 1 0.5773 0.40239 0.620 0.336 0.000 0.044
#> SRR490471 1 0.5658 0.41028 0.632 0.328 0.000 0.040
#> SRR490472 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490473 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490474 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490475 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490476 4 0.9964 0.17246 0.228 0.264 0.224 0.284
#> SRR490477 4 0.7093 0.46883 0.436 0.004 0.108 0.452
#> SRR490478 3 0.7161 0.48229 0.096 0.012 0.496 0.396
#> SRR490479 4 0.8925 0.35983 0.292 0.064 0.228 0.416
#> SRR490480 2 0.0469 0.88595 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490481 2 0.0707 0.88493 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490482 2 0.0592 0.88591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490483 2 0.0707 0.88493 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490484 2 0.1004 0.88593 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR490485 2 0.0921 0.88326 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490486 2 0.1022 0.88167 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490487 2 0.0921 0.88326 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490488 2 0.1211 0.87807 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490489 2 0.1118 0.87985 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490490 2 0.1211 0.87807 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490491 2 0.1118 0.88029 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR490492 2 0.0524 0.88755 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR490493 2 0.0469 0.88746 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490494 2 0.0524 0.88871 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490495 2 0.0469 0.88840 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490496 2 0.0657 0.88835 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR490497 2 0.0469 0.88806 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490498 2 0.0524 0.88822 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490499 2 0.0524 0.88811 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR490500 2 0.2706 0.85447 0.080 0.900 0.000 0.020
#> SRR490501 2 0.2706 0.85717 0.080 0.900 0.000 0.020
#> SRR490502 2 0.2489 0.86690 0.068 0.912 0.000 0.020
#> SRR490503 2 0.2329 0.86509 0.072 0.916 0.000 0.012
#> SRR490504 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490505 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490506 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490507 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490508 2 0.1022 0.88144 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490509 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490510 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490511 2 0.1302 0.87602 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR490512 2 0.0921 0.88262 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490513 2 0.0817 0.88402 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490514 2 0.0817 0.88441 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490515 2 0.1022 0.88157 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490516 2 0.0657 0.88708 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR490517 2 0.0469 0.88595 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490518 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490519 2 0.0469 0.88595 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490520 2 0.0469 0.88595 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490521 2 0.0592 0.88514 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490522 2 0.0592 0.88514 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR490523 2 0.0469 0.88595 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490524 2 0.1302 0.88260 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR490525 2 0.1389 0.88119 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490526 2 0.1389 0.88119 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR490527 2 0.1302 0.88254 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR490528 2 0.1661 0.87901 0.052 0.944 0.000 0.004
#> SRR490529 2 0.1474 0.87992 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR490530 2 0.1474 0.87992 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR490531 2 0.1474 0.87992 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR490532 1 0.4633 0.51412 0.780 0.172 0.000 0.048
#> SRR490533 1 0.5792 0.49124 0.720 0.156 0.004 0.120
#> SRR490534 1 0.5383 0.50726 0.740 0.160 0.000 0.100
#> SRR490535 1 0.5798 0.47639 0.704 0.184 0.000 0.112
#> SRR490536 2 0.0817 0.88329 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490537 2 0.1022 0.88092 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR490538 2 0.0921 0.88207 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490539 2 0.0921 0.88207 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490540 2 0.0817 0.88329 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490541 2 0.0817 0.88320 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR490542 2 0.0921 0.88207 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490543 2 0.0921 0.88207 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR490544 2 0.0336 0.88813 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490545 2 0.0469 0.88812 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR490546 2 0.0188 0.88792 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR490547 2 0.0336 0.88809 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR490548 2 0.1209 0.88475 0.032 0.964 0.000 0.004
#> SRR490549 2 0.1743 0.87701 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR490550 2 0.1004 0.88664 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR490551 2 0.1109 0.88558 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR490552 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490553 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490554 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490555 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490556 2 0.1902 0.87366 0.064 0.932 0.000 0.004
#> SRR490557 2 0.1902 0.87366 0.064 0.932 0.000 0.004
#> SRR490558 2 0.1902 0.87366 0.064 0.932 0.000 0.004
#> SRR490559 2 0.1978 0.87186 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR490560 2 0.1305 0.88387 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR490561 2 0.1305 0.88387 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR490562 2 0.1398 0.88309 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR490563 2 0.1305 0.88387 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR490564 1 0.5938 0.10622 0.488 0.476 0.000 0.036
#> SRR490565 2 0.5846 0.05013 0.452 0.516 0.000 0.032
#> SRR490566 1 0.5912 0.23873 0.524 0.440 0.000 0.036
#> SRR490567 1 0.5935 0.13391 0.496 0.468 0.000 0.036
#> SRR490568 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490569 2 0.1389 0.87375 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR490570 2 0.1211 0.87807 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490571 2 0.1211 0.87807 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR490572 2 0.0707 0.88411 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490573 2 0.0707 0.88411 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490574 2 0.0707 0.88411 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490575 2 0.0707 0.88411 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR490576 2 0.0469 0.88595 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR490577 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490578 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490579 2 0.0336 0.88655 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR490580 2 0.1890 0.87584 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR490581 2 0.1743 0.87701 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR490582 2 0.1743 0.87694 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR490583 2 0.1489 0.88182 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR490584 2 0.0592 0.88773 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490585 2 0.0592 0.88773 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR490586 2 0.0707 0.88723 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490587 2 0.0707 0.88723 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR490588 2 0.1824 0.87521 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490589 2 0.1824 0.87521 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490590 2 0.1824 0.87521 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490591 2 0.1824 0.87521 0.060 0.936 0.000 0.004
#> SRR490592 2 0.2124 0.87024 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR490593 2 0.1902 0.87371 0.064 0.932 0.000 0.004
#> SRR490594 2 0.2124 0.86989 0.068 0.924 0.000 0.008
#> SRR490595 2 0.1978 0.87170 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR490596 1 0.6044 0.27422 0.528 0.428 0.000 0.044
#> SRR490597 2 0.5996 0.03945 0.448 0.512 0.000 0.040
#> SRR490598 2 0.5816 0.26086 0.392 0.572 0.000 0.036
#> SRR490599 1 0.6010 0.11799 0.488 0.472 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR490216 4 0.6510 0.5551 0.076 0.152 0.076 0.668 0.028
#> SRR490217 4 0.5983 0.5967 0.088 0.156 0.020 0.696 0.040
#> SRR490218 4 0.5090 0.7544 0.056 0.088 0.060 0.776 0.020
#> SRR490219 4 0.6026 0.6116 0.052 0.156 0.076 0.696 0.020
#> SRR490220 4 0.7264 -0.1884 0.388 0.148 0.000 0.412 0.052
#> SRR490221 1 0.7363 0.1165 0.404 0.148 0.000 0.388 0.060
#> SRR490222 1 0.7382 0.1428 0.436 0.148 0.000 0.352 0.064
#> SRR490223 4 0.8166 -0.2983 0.308 0.232 0.000 0.348 0.112
#> SRR490224 5 0.7073 0.5566 0.280 0.228 0.024 0.000 0.468
#> SRR490225 5 0.7333 0.5485 0.288 0.236 0.036 0.000 0.440
#> SRR490226 5 0.7100 0.5084 0.356 0.216 0.020 0.000 0.408
#> SRR490227 5 0.6951 0.5501 0.312 0.216 0.016 0.000 0.456
#> SRR490228 5 0.7076 0.5472 0.236 0.220 0.028 0.004 0.512
#> SRR490229 5 0.7002 0.5580 0.260 0.228 0.024 0.000 0.488
#> SRR490230 5 0.7117 0.5439 0.236 0.244 0.024 0.004 0.492
#> SRR490231 5 0.6769 0.5644 0.252 0.220 0.016 0.000 0.512
#> SRR490232 1 0.4311 0.3358 0.776 0.076 0.004 0.000 0.144
#> SRR490233 1 0.3459 0.4024 0.832 0.052 0.000 0.000 0.116
#> SRR490234 1 0.3132 0.4399 0.864 0.036 0.008 0.000 0.092
#> SRR490235 1 0.3248 0.4276 0.852 0.040 0.004 0.000 0.104
#> SRR490236 5 0.6682 0.4415 0.420 0.088 0.044 0.000 0.448
#> SRR490237 1 0.6360 -0.4907 0.464 0.064 0.040 0.000 0.432
#> SRR490238 1 0.6362 -0.5043 0.456 0.064 0.040 0.000 0.440
#> SRR490239 1 0.6515 -0.5213 0.448 0.072 0.044 0.000 0.436
#> SRR490240 1 0.2170 0.5543 0.924 0.020 0.000 0.036 0.020
#> SRR490241 1 0.1974 0.5539 0.932 0.016 0.000 0.036 0.016
#> SRR490242 1 0.1623 0.5425 0.948 0.016 0.000 0.020 0.016
#> SRR490243 1 0.1710 0.5457 0.944 0.020 0.000 0.024 0.012
#> SRR490244 3 0.5109 0.7153 0.008 0.132 0.728 0.004 0.128
#> SRR490245 3 0.4583 0.7267 0.008 0.100 0.764 0.000 0.128
#> SRR490246 3 0.3567 0.7282 0.004 0.112 0.832 0.000 0.052
#> SRR490247 3 0.3854 0.7278 0.004 0.100 0.816 0.000 0.080
#> SRR490248 4 0.5468 0.6866 0.092 0.160 0.024 0.716 0.008
#> SRR490249 4 0.4337 0.7860 0.076 0.104 0.016 0.800 0.004
#> SRR490250 4 0.5016 0.7383 0.044 0.160 0.044 0.748 0.004
#> SRR490251 4 0.4658 0.7716 0.048 0.108 0.052 0.788 0.004
#> SRR490252 1 0.4796 0.5126 0.740 0.088 0.000 0.164 0.008
#> SRR490253 1 0.5406 0.4682 0.684 0.104 0.000 0.200 0.012
#> SRR490254 1 0.5377 0.4751 0.692 0.084 0.000 0.204 0.020
#> SRR490255 1 0.5622 0.3973 0.628 0.108 0.000 0.260 0.004
#> SRR490256 1 0.2103 0.5068 0.920 0.020 0.000 0.004 0.056
#> SRR490257 1 0.2122 0.5502 0.924 0.008 0.000 0.032 0.036
#> SRR490258 1 0.1901 0.5116 0.932 0.024 0.000 0.004 0.040
#> SRR490259 1 0.1960 0.5126 0.928 0.020 0.000 0.004 0.048
#> SRR490260 1 0.2570 0.4682 0.888 0.028 0.000 0.000 0.084
#> SRR490261 1 0.2569 0.4835 0.892 0.040 0.000 0.000 0.068
#> SRR490262 1 0.2171 0.4872 0.912 0.024 0.000 0.000 0.064
#> SRR490263 1 0.2270 0.4823 0.904 0.020 0.000 0.000 0.076
#> SRR490264 1 0.4072 0.3995 0.800 0.056 0.004 0.004 0.136
#> SRR490265 1 0.4311 0.3523 0.776 0.076 0.004 0.000 0.144
#> SRR490266 1 0.4189 0.3587 0.788 0.060 0.008 0.000 0.144
#> SRR490267 1 0.4404 0.3501 0.776 0.056 0.008 0.004 0.156
#> SRR490268 1 0.1569 0.5219 0.948 0.012 0.000 0.008 0.032
#> SRR490269 1 0.1524 0.5378 0.952 0.016 0.000 0.016 0.016
#> SRR490270 1 0.1074 0.5189 0.968 0.012 0.000 0.004 0.016
#> SRR490271 1 0.0579 0.5271 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR490272 1 0.3058 0.4963 0.876 0.036 0.004 0.008 0.076
#> SRR490273 1 0.2484 0.4828 0.900 0.028 0.004 0.000 0.068
#> SRR490274 1 0.3154 0.4767 0.868 0.032 0.004 0.008 0.088
#> SRR490275 1 0.3154 0.4602 0.868 0.032 0.008 0.004 0.088
#> SRR490276 1 0.3167 0.4670 0.864 0.036 0.004 0.004 0.092
#> SRR490277 1 0.2919 0.4577 0.868 0.024 0.004 0.000 0.104
#> SRR490278 1 0.2644 0.4949 0.896 0.028 0.004 0.004 0.068
#> SRR490279 1 0.3299 0.4620 0.856 0.040 0.004 0.004 0.096
#> SRR490280 3 0.2376 0.7251 0.000 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR490281 3 0.2376 0.7251 0.000 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR490282 3 0.2376 0.7251 0.000 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR490283 3 0.2376 0.7251 0.000 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR490284 2 0.7607 0.0417 0.064 0.508 0.228 0.012 0.188
#> SRR490285 2 0.7638 0.0532 0.068 0.508 0.224 0.012 0.188
#> SRR490286 2 0.7780 0.0182 0.092 0.496 0.204 0.008 0.200
#> SRR490287 2 0.7607 0.0410 0.064 0.508 0.228 0.012 0.188
#> SRR490288 1 0.6642 -0.1723 0.448 0.432 0.004 0.040 0.076
#> SRR490289 2 0.8146 0.1673 0.252 0.452 0.028 0.200 0.068
#> SRR490290 2 0.7308 -0.0984 0.352 0.476 0.016 0.052 0.104
#> SRR490291 2 0.8319 0.2089 0.208 0.432 0.052 0.260 0.048
#> SRR490292 1 0.5181 0.5173 0.716 0.124 0.000 0.148 0.012
#> SRR490293 1 0.5457 0.5102 0.704 0.124 0.000 0.148 0.024
#> SRR490294 1 0.5340 0.5266 0.728 0.120 0.000 0.112 0.040
#> SRR490295 1 0.5206 0.5237 0.744 0.120 0.000 0.080 0.056
#> SRR490296 4 0.0404 0.8680 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490297 4 0.0510 0.8688 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490298 4 0.0404 0.8680 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490299 4 0.0404 0.8680 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR490300 4 0.6124 0.6099 0.052 0.152 0.000 0.660 0.136
#> SRR490301 4 0.6185 0.5747 0.044 0.184 0.000 0.644 0.128
#> SRR490302 4 0.4147 0.7930 0.040 0.128 0.000 0.804 0.028
#> SRR490303 4 0.4594 0.7737 0.040 0.128 0.000 0.780 0.052
#> SRR490304 4 0.0671 0.8683 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490305 4 0.0671 0.8683 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490306 4 0.0671 0.8683 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR490307 4 0.0798 0.8677 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR490308 3 0.6832 0.5970 0.072 0.088 0.536 0.000 0.304
#> SRR490309 3 0.6763 0.6037 0.068 0.084 0.536 0.000 0.312
#> SRR490310 3 0.6803 0.5987 0.072 0.088 0.544 0.000 0.296
#> SRR490311 3 0.6697 0.6101 0.064 0.084 0.544 0.000 0.308
#> SRR490312 2 0.8254 0.1897 0.028 0.484 0.140 0.208 0.140
#> SRR490313 4 0.7078 0.2552 0.020 0.312 0.084 0.532 0.052
#> SRR490314 4 0.7409 -0.1339 0.012 0.392 0.076 0.432 0.088
#> SRR490315 4 0.7490 -0.1703 0.020 0.404 0.088 0.420 0.068
#> SRR490316 2 0.7109 0.1211 0.348 0.468 0.008 0.148 0.028
#> SRR490317 4 0.7120 -0.2099 0.288 0.336 0.000 0.364 0.012
#> SRR490318 1 0.7358 0.0781 0.380 0.244 0.008 0.352 0.016
#> SRR490319 2 0.7214 0.0826 0.224 0.400 0.012 0.356 0.008
#> SRR490320 1 0.5703 0.2554 0.692 0.188 0.044 0.004 0.072
#> SRR490321 1 0.6046 0.1627 0.652 0.208 0.032 0.004 0.104
#> SRR490322 1 0.5115 0.4289 0.748 0.124 0.008 0.020 0.100
#> SRR490323 1 0.5230 0.4576 0.752 0.124 0.012 0.036 0.076
#> SRR490324 2 0.7549 0.0211 0.120 0.536 0.124 0.008 0.212
#> SRR490325 2 0.7441 0.0102 0.124 0.540 0.100 0.008 0.228
#> SRR490326 2 0.7407 0.0111 0.116 0.544 0.104 0.008 0.228
#> SRR490327 2 0.7480 0.0422 0.092 0.540 0.152 0.008 0.208
#> SRR490328 4 0.2660 0.8354 0.008 0.128 0.000 0.864 0.000
#> SRR490329 4 0.1341 0.8667 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR490330 4 0.1644 0.8638 0.008 0.048 0.000 0.940 0.004
#> SRR490331 4 0.1331 0.8687 0.008 0.040 0.000 0.952 0.000
#> SRR490332 4 0.4886 0.6668 0.188 0.100 0.000 0.712 0.000
#> SRR490333 4 0.4300 0.7486 0.132 0.096 0.000 0.772 0.000
#> SRR490334 4 0.4262 0.7530 0.124 0.100 0.000 0.776 0.000
#> SRR490335 4 0.4761 0.6905 0.168 0.104 0.000 0.728 0.000
#> SRR490336 4 0.0671 0.8699 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR490337 4 0.0451 0.8685 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR490338 4 0.0000 0.8680 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490339 4 0.0807 0.8694 0.012 0.012 0.000 0.976 0.000
#> SRR490340 1 0.6270 0.2157 0.472 0.116 0.000 0.404 0.008
#> SRR490341 4 0.6273 0.0247 0.408 0.116 0.000 0.468 0.008
#> SRR490342 4 0.6123 0.2279 0.360 0.108 0.000 0.524 0.008
#> SRR490343 4 0.6070 -0.0799 0.436 0.120 0.000 0.444 0.000
#> SRR490344 4 0.3524 0.8253 0.032 0.116 0.004 0.840 0.008
#> SRR490345 4 0.2837 0.8468 0.016 0.100 0.004 0.876 0.004
#> SRR490346 4 0.2722 0.8452 0.008 0.120 0.000 0.868 0.004
#> SRR490347 4 0.3313 0.8340 0.024 0.104 0.004 0.856 0.012
#> SRR490348 4 0.0771 0.8645 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR490349 4 0.0865 0.8636 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490350 4 0.0771 0.8647 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR490351 4 0.1041 0.8618 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490352 4 0.0000 0.8680 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490353 4 0.0000 0.8680 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490354 4 0.0162 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490355 4 0.0000 0.8680 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490356 4 0.6021 0.4845 0.268 0.104 0.000 0.608 0.020
#> SRR490357 4 0.5254 0.6182 0.216 0.100 0.000 0.680 0.004
#> SRR490358 4 0.5238 0.6510 0.192 0.104 0.000 0.696 0.008
#> SRR490359 4 0.5310 0.6044 0.224 0.100 0.000 0.672 0.004
#> SRR490360 4 0.0671 0.8689 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR490361 4 0.0671 0.8689 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR490362 4 0.0671 0.8689 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR490363 4 0.0566 0.8699 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR490364 4 0.2388 0.8505 0.028 0.072 0.000 0.900 0.000
#> SRR490365 4 0.2708 0.8434 0.044 0.072 0.000 0.884 0.000
#> SRR490366 4 0.2270 0.8519 0.020 0.076 0.000 0.904 0.000
#> SRR490367 4 0.2208 0.8534 0.020 0.072 0.000 0.908 0.000
#> SRR490368 4 0.1701 0.8613 0.016 0.048 0.000 0.936 0.000
#> SRR490369 4 0.1845 0.8589 0.016 0.056 0.000 0.928 0.000
#> SRR490370 4 0.1872 0.8589 0.020 0.052 0.000 0.928 0.000
#> SRR490371 4 0.1774 0.8602 0.016 0.052 0.000 0.932 0.000
#> SRR490372 3 0.5798 0.6883 0.020 0.080 0.620 0.000 0.280
#> SRR490373 3 0.5798 0.6883 0.020 0.080 0.620 0.000 0.280
#> SRR490374 3 0.5798 0.6883 0.020 0.080 0.620 0.000 0.280
#> SRR490375 3 0.5798 0.6883 0.020 0.080 0.620 0.000 0.280
#> SRR490376 4 0.1522 0.8687 0.012 0.044 0.000 0.944 0.000
#> SRR490377 4 0.1608 0.8650 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR490378 4 0.2237 0.8570 0.008 0.084 0.004 0.904 0.000
#> SRR490379 4 0.1410 0.8674 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR490380 3 0.2735 0.7369 0.000 0.036 0.880 0.000 0.084
#> SRR490381 3 0.3924 0.7298 0.004 0.068 0.808 0.000 0.120
#> SRR490382 3 0.6523 0.5883 0.064 0.156 0.624 0.000 0.156
#> SRR490383 3 0.5195 0.7128 0.024 0.092 0.724 0.000 0.160
#> SRR490384 4 0.1502 0.8625 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000
#> SRR490385 4 0.0566 0.8698 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> SRR490386 4 0.0963 0.8666 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490387 4 0.0609 0.8697 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR490388 4 0.3102 0.8268 0.056 0.084 0.000 0.860 0.000
#> SRR490389 4 0.3043 0.8294 0.056 0.080 0.000 0.864 0.000
#> SRR490390 4 0.3169 0.8240 0.060 0.084 0.000 0.856 0.000
#> SRR490391 4 0.2962 0.8323 0.048 0.084 0.000 0.868 0.000
#> SRR490392 4 0.2104 0.8560 0.024 0.060 0.000 0.916 0.000
#> SRR490393 4 0.1981 0.8567 0.016 0.064 0.000 0.920 0.000
#> SRR490394 4 0.1893 0.8597 0.024 0.048 0.000 0.928 0.000
#> SRR490395 4 0.1872 0.8588 0.020 0.052 0.000 0.928 0.000
#> SRR490396 4 0.3354 0.8164 0.068 0.088 0.000 0.844 0.000
#> SRR490397 4 0.3479 0.8094 0.080 0.084 0.000 0.836 0.000
#> SRR490398 4 0.3359 0.8159 0.072 0.084 0.000 0.844 0.000
#> SRR490399 4 0.3479 0.8093 0.080 0.084 0.000 0.836 0.000
#> SRR490400 4 0.2325 0.8507 0.028 0.068 0.000 0.904 0.000
#> SRR490401 4 0.2325 0.8508 0.028 0.068 0.000 0.904 0.000
#> SRR490402 4 0.2473 0.8474 0.032 0.072 0.000 0.896 0.000
#> SRR490403 4 0.2079 0.8546 0.020 0.064 0.000 0.916 0.000
#> SRR490404 4 0.6164 0.1744 0.380 0.108 0.000 0.504 0.008
#> SRR490405 4 0.6177 0.1514 0.388 0.108 0.000 0.496 0.008
#> SRR490406 4 0.5946 0.3263 0.336 0.108 0.000 0.552 0.004
#> SRR490407 4 0.5509 0.5504 0.248 0.104 0.000 0.644 0.004
#> SRR490408 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490409 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490410 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490411 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490412 3 0.8567 -0.0942 0.204 0.124 0.352 0.016 0.304
#> SRR490413 1 0.8492 -0.5596 0.308 0.136 0.276 0.004 0.276
#> SRR490414 3 0.7404 0.3119 0.136 0.100 0.512 0.000 0.252
#> SRR490415 5 0.8395 0.2391 0.300 0.120 0.256 0.004 0.320
#> SRR490416 4 0.4700 0.6972 0.184 0.088 0.000 0.728 0.000
#> SRR490417 4 0.4627 0.7044 0.188 0.080 0.000 0.732 0.000
#> SRR490418 4 0.4083 0.7656 0.132 0.080 0.000 0.788 0.000
#> SRR490419 4 0.3875 0.7895 0.124 0.072 0.000 0.804 0.000
#> SRR490420 1 0.4779 0.4971 0.772 0.100 0.000 0.036 0.092
#> SRR490421 1 0.5173 0.5195 0.752 0.084 0.000 0.080 0.084
#> SRR490422 1 0.4726 0.5378 0.780 0.100 0.000 0.068 0.052
#> SRR490423 1 0.5582 0.4981 0.720 0.108 0.000 0.080 0.092
#> SRR490424 2 0.7778 -0.4572 0.320 0.328 0.044 0.004 0.304
#> SRR490425 1 0.7161 -0.4751 0.412 0.252 0.012 0.004 0.320
#> SRR490426 1 0.7301 -0.4672 0.428 0.232 0.032 0.000 0.308
#> SRR490427 1 0.6950 -0.2709 0.512 0.220 0.028 0.000 0.240
#> SRR490428 1 0.3388 0.5372 0.864 0.040 0.000 0.040 0.056
#> SRR490429 1 0.3310 0.5619 0.860 0.040 0.000 0.084 0.016
#> SRR490430 1 0.3097 0.5613 0.876 0.032 0.000 0.068 0.024
#> SRR490431 1 0.2940 0.5524 0.888 0.040 0.000 0.040 0.032
#> SRR490432 4 0.6639 -0.1052 0.416 0.084 0.000 0.456 0.044
#> SRR490433 1 0.6474 0.1239 0.448 0.092 0.000 0.432 0.028
#> SRR490434 4 0.5583 0.4827 0.288 0.092 0.000 0.616 0.004
#> SRR490435 4 0.5871 0.4356 0.304 0.092 0.000 0.592 0.012
#> SRR490436 1 0.5516 0.5165 0.712 0.132 0.000 0.116 0.040
#> SRR490437 1 0.6650 0.3896 0.588 0.132 0.000 0.228 0.052
#> SRR490438 1 0.6154 0.4715 0.652 0.128 0.000 0.172 0.048
#> SRR490439 1 0.6264 0.4397 0.632 0.124 0.000 0.200 0.044
#> SRR490440 4 0.1282 0.8562 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490441 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490442 4 0.1502 0.8504 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR490443 4 0.1282 0.8556 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490444 4 0.0865 0.8675 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490445 4 0.0833 0.8669 0.004 0.016 0.000 0.976 0.004
#> SRR490446 4 0.0960 0.8682 0.008 0.016 0.000 0.972 0.004
#> SRR490447 4 0.0671 0.8656 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR490448 4 0.7437 -0.1608 0.368 0.128 0.000 0.424 0.080
#> SRR490449 4 0.7108 0.1028 0.340 0.100 0.004 0.492 0.064
#> SRR490450 4 0.7637 0.1393 0.244 0.176 0.004 0.492 0.084
#> SRR490451 4 0.7719 -0.0271 0.304 0.140 0.004 0.456 0.096
#> SRR490452 1 0.3700 0.5458 0.852 0.048 0.004 0.044 0.052
#> SRR490453 1 0.3629 0.5463 0.848 0.068 0.000 0.056 0.028
#> SRR490454 1 0.3804 0.5595 0.832 0.056 0.000 0.092 0.020
#> SRR490455 1 0.3584 0.5389 0.852 0.056 0.000 0.032 0.060
#> SRR490456 4 0.5437 0.6116 0.204 0.104 0.000 0.680 0.012
#> SRR490457 4 0.5809 0.4648 0.280 0.088 0.000 0.616 0.016
#> SRR490458 4 0.6143 0.4257 0.276 0.104 0.000 0.596 0.024
#> SRR490459 4 0.5790 0.4735 0.276 0.096 0.000 0.616 0.012
#> SRR490460 1 0.4670 0.5374 0.756 0.100 0.000 0.136 0.008
#> SRR490461 1 0.5651 0.3759 0.616 0.088 0.000 0.288 0.008
#> SRR490462 1 0.5359 0.4866 0.692 0.108 0.000 0.188 0.012
#> SRR490463 1 0.5996 0.3444 0.580 0.092 0.000 0.312 0.016
#> SRR490464 3 0.5041 0.7137 0.032 0.064 0.736 0.000 0.168
#> SRR490465 3 0.6731 0.6471 0.040 0.128 0.620 0.020 0.192
#> SRR490466 3 0.6221 0.6593 0.072 0.088 0.648 0.000 0.192
#> SRR490467 3 0.5924 0.6841 0.048 0.088 0.664 0.000 0.200
#> SRR490468 1 0.5707 0.3122 0.568 0.084 0.000 0.344 0.004
#> SRR490469 1 0.5605 0.3387 0.588 0.080 0.000 0.328 0.004
#> SRR490470 1 0.5821 0.3152 0.564 0.084 0.000 0.344 0.008
#> SRR490471 1 0.5508 0.3506 0.604 0.076 0.000 0.316 0.004
#> SRR490472 4 0.1331 0.8556 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR490473 4 0.1205 0.8575 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR490474 4 0.1205 0.8575 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR490475 4 0.1205 0.8575 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR490476 5 0.9953 -0.1035 0.176 0.176 0.216 0.192 0.240
#> SRR490477 5 0.7243 0.4610 0.320 0.104 0.076 0.004 0.496
#> SRR490478 5 0.7685 -0.3920 0.040 0.228 0.328 0.008 0.396
#> SRR490479 5 0.8749 0.3552 0.184 0.184 0.212 0.024 0.396
#> SRR490480 4 0.0865 0.8661 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490481 4 0.0703 0.8666 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR490482 4 0.0510 0.8678 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR490483 4 0.0671 0.8672 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR490484 4 0.1282 0.8640 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490485 4 0.1124 0.8632 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR490486 4 0.1121 0.8630 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490487 4 0.0955 0.8647 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR490488 4 0.1282 0.8580 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490489 4 0.1124 0.8598 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR490490 4 0.1502 0.8525 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR490491 4 0.1282 0.8576 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490492 4 0.0963 0.8702 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR490493 4 0.1121 0.8688 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR490494 4 0.0794 0.8697 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR490495 4 0.0794 0.8697 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR490496 4 0.0290 0.8688 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR490497 4 0.0451 0.8685 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR490498 4 0.0162 0.8681 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR490499 4 0.0613 0.8684 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR490500 4 0.3268 0.8261 0.060 0.080 0.000 0.856 0.004
#> SRR490501 4 0.3260 0.8262 0.056 0.084 0.000 0.856 0.004
#> SRR490502 4 0.3105 0.8326 0.044 0.088 0.000 0.864 0.004
#> SRR490503 4 0.3133 0.8322 0.052 0.080 0.000 0.864 0.004
#> SRR490504 4 0.1124 0.8594 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR490505 4 0.1124 0.8590 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR490506 4 0.1205 0.8580 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR490507 4 0.1282 0.8558 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490508 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490509 4 0.1282 0.8572 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490510 4 0.1357 0.8542 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR490511 4 0.1205 0.8581 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR490512 4 0.1124 0.8618 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR490513 4 0.1041 0.8635 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490514 4 0.1041 0.8634 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490515 4 0.1205 0.8612 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR490516 4 0.0566 0.8677 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR490517 4 0.0451 0.8667 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490518 4 0.0451 0.8667 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490519 4 0.0771 0.8645 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR490520 4 0.0771 0.8647 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR490521 4 0.0955 0.8620 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR490522 4 0.0771 0.8645 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR490523 4 0.0865 0.8634 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490524 4 0.1310 0.8660 0.024 0.020 0.000 0.956 0.000
#> SRR490525 4 0.1310 0.8660 0.024 0.020 0.000 0.956 0.000
#> SRR490526 4 0.1211 0.8665 0.024 0.016 0.000 0.960 0.000
#> SRR490527 4 0.1216 0.8664 0.020 0.020 0.000 0.960 0.000
#> SRR490528 4 0.1117 0.8664 0.020 0.016 0.000 0.964 0.000
#> SRR490529 4 0.1173 0.8671 0.020 0.012 0.000 0.964 0.004
#> SRR490530 4 0.1012 0.8666 0.020 0.012 0.000 0.968 0.000
#> SRR490531 4 0.1173 0.8671 0.020 0.012 0.000 0.964 0.004
#> SRR490532 1 0.4863 0.5394 0.756 0.076 0.000 0.140 0.028
#> SRR490533 1 0.6445 0.4499 0.640 0.092 0.004 0.188 0.076
#> SRR490534 1 0.5087 0.5377 0.748 0.088 0.000 0.124 0.040
#> SRR490535 1 0.5651 0.4760 0.680 0.100 0.000 0.192 0.028
#> SRR490536 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490537 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490538 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490539 4 0.0955 0.8620 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR490540 4 0.1041 0.8617 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490541 4 0.0955 0.8620 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR490542 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490543 4 0.1041 0.8604 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR490544 4 0.0324 0.8683 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR490545 4 0.0613 0.8686 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR490546 4 0.0486 0.8684 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR490547 4 0.0613 0.8686 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR490548 4 0.1740 0.8602 0.012 0.056 0.000 0.932 0.000
#> SRR490549 4 0.2069 0.8540 0.012 0.076 0.000 0.912 0.000
#> SRR490550 4 0.1830 0.8577 0.008 0.068 0.000 0.924 0.000
#> SRR490551 4 0.2006 0.8555 0.012 0.072 0.000 0.916 0.000
#> SRR490552 4 0.0451 0.8685 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490553 4 0.0324 0.8683 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR490554 4 0.0162 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490555 4 0.0162 0.8677 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR490556 4 0.2813 0.8377 0.040 0.084 0.000 0.876 0.000
#> SRR490557 4 0.2595 0.8443 0.032 0.080 0.000 0.888 0.000
#> SRR490558 4 0.2676 0.8423 0.036 0.080 0.000 0.884 0.000
#> SRR490559 4 0.2754 0.8406 0.040 0.080 0.000 0.880 0.000
#> SRR490560 4 0.1399 0.8648 0.020 0.028 0.000 0.952 0.000
#> SRR490561 4 0.1648 0.8623 0.020 0.040 0.000 0.940 0.000
#> SRR490562 4 0.1310 0.8655 0.020 0.024 0.000 0.956 0.000
#> SRR490563 4 0.1310 0.8655 0.020 0.024 0.000 0.956 0.000
#> SRR490564 4 0.6196 0.0154 0.424 0.096 0.000 0.468 0.012
#> SRR490565 4 0.5974 0.2069 0.380 0.100 0.000 0.516 0.004
#> SRR490566 1 0.6146 0.0648 0.448 0.100 0.000 0.444 0.008
#> SRR490567 4 0.5887 0.0524 0.424 0.100 0.000 0.476 0.000
#> SRR490568 4 0.1357 0.8564 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR490569 4 0.1704 0.8467 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR490570 4 0.1124 0.8599 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR490571 4 0.1282 0.8579 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR490572 4 0.0865 0.8634 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490573 4 0.0865 0.8633 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490574 4 0.0865 0.8633 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490575 4 0.0865 0.8634 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR490576 4 0.0324 0.8672 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR490577 4 0.0000 0.8680 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR490578 4 0.0566 0.8676 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR490579 4 0.0451 0.8679 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR490580 4 0.1877 0.8583 0.012 0.064 0.000 0.924 0.000
#> SRR490581 4 0.2331 0.8491 0.020 0.080 0.000 0.900 0.000
#> SRR490582 4 0.2362 0.8492 0.024 0.076 0.000 0.900 0.000
#> SRR490583 4 0.2144 0.8536 0.020 0.068 0.000 0.912 0.000
#> SRR490584 4 0.0451 0.8684 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR490585 4 0.0693 0.8681 0.008 0.012 0.000 0.980 0.000
#> SRR490586 4 0.0912 0.8672 0.016 0.012 0.000 0.972 0.000
#> SRR490587 4 0.0912 0.8672 0.016 0.012 0.000 0.972 0.000
#> SRR490588 4 0.2482 0.8457 0.024 0.084 0.000 0.892 0.000
#> SRR490589 4 0.2300 0.8508 0.024 0.072 0.000 0.904 0.000
#> SRR490590 4 0.2388 0.8494 0.028 0.072 0.000 0.900 0.000
#> SRR490591 4 0.2362 0.8493 0.024 0.076 0.000 0.900 0.000
#> SRR490592 4 0.2300 0.8515 0.024 0.072 0.000 0.904 0.000
#> SRR490593 4 0.2554 0.8457 0.036 0.072 0.000 0.892 0.000
#> SRR490594 4 0.2676 0.8415 0.036 0.080 0.000 0.884 0.000
#> SRR490595 4 0.2473 0.8475 0.032 0.072 0.000 0.896 0.000
#> SRR490596 1 0.6059 0.2052 0.480 0.104 0.000 0.412 0.004
#> SRR490597 4 0.5868 0.1831 0.392 0.088 0.000 0.516 0.004
#> SRR490598 4 0.5778 0.3832 0.324 0.096 0.000 0.576 0.004
#> SRR490599 1 0.6195 0.2194 0.472 0.120 0.000 0.404 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR490216 2 0.6648 0.50542 0.028 0.640 0.068 0.044 0.104 0.116
#> SRR490217 2 0.5789 0.58592 0.080 0.696 0.008 0.028 0.088 0.100
#> SRR490218 2 0.4846 0.73514 0.040 0.776 0.040 0.016 0.048 0.080
#> SRR490219 2 0.5487 0.62968 0.040 0.724 0.028 0.028 0.056 0.124
#> SRR490220 2 0.6998 0.12264 0.288 0.448 0.000 0.008 0.068 0.188
#> SRR490221 2 0.7052 -0.06887 0.324 0.396 0.000 0.004 0.068 0.208
#> SRR490222 2 0.7076 0.01143 0.316 0.420 0.000 0.008 0.072 0.184
#> SRR490223 2 0.7528 -0.10203 0.260 0.396 0.000 0.008 0.136 0.200
#> SRR490224 5 0.5844 0.56266 0.176 0.000 0.016 0.052 0.648 0.108
#> SRR490225 5 0.6316 0.56051 0.192 0.000 0.032 0.060 0.612 0.104
#> SRR490226 5 0.6252 0.55687 0.248 0.000 0.008 0.064 0.572 0.108
#> SRR490227 5 0.5972 0.56731 0.212 0.000 0.012 0.056 0.620 0.100
#> SRR490228 5 0.4463 0.50087 0.100 0.000 0.032 0.024 0.780 0.064
#> SRR490229 5 0.4270 0.51495 0.112 0.000 0.028 0.020 0.788 0.052
#> SRR490230 5 0.4327 0.50897 0.104 0.000 0.028 0.016 0.784 0.068
#> SRR490231 5 0.4226 0.50892 0.108 0.000 0.028 0.020 0.792 0.052
#> SRR490232 1 0.5267 0.18995 0.672 0.000 0.000 0.056 0.196 0.076
#> SRR490233 1 0.4164 0.37064 0.776 0.000 0.000 0.032 0.128 0.064
#> SRR490234 1 0.4243 0.40086 0.776 0.000 0.000 0.040 0.112 0.072
#> SRR490235 1 0.4151 0.37533 0.780 0.000 0.000 0.036 0.120 0.064
#> SRR490236 5 0.7865 0.36975 0.268 0.000 0.032 0.256 0.344 0.100
#> SRR490237 1 0.7809 -0.59201 0.316 0.000 0.028 0.252 0.308 0.096
#> SRR490238 5 0.7833 0.37911 0.300 0.000 0.028 0.252 0.320 0.100
#> SRR490239 5 0.7826 0.38184 0.288 0.000 0.028 0.252 0.332 0.100
#> SRR490240 1 0.2562 0.55905 0.896 0.032 0.000 0.008 0.016 0.048
#> SRR490241 1 0.2131 0.54067 0.920 0.016 0.000 0.012 0.016 0.036
#> SRR490242 1 0.2526 0.55100 0.896 0.020 0.000 0.004 0.028 0.052
#> SRR490243 1 0.2503 0.54791 0.896 0.012 0.000 0.008 0.024 0.060
#> SRR490244 3 0.5960 0.34154 0.028 0.004 0.628 0.232 0.060 0.048
#> SRR490245 3 0.5444 0.35711 0.028 0.000 0.652 0.240 0.052 0.028
#> SRR490246 3 0.3804 0.42797 0.004 0.000 0.792 0.152 0.032 0.020
#> SRR490247 3 0.3965 0.41764 0.008 0.000 0.772 0.176 0.028 0.016
#> SRR490248 2 0.5279 0.65814 0.104 0.700 0.008 0.016 0.016 0.156
#> SRR490249 2 0.4419 0.72696 0.096 0.760 0.004 0.008 0.008 0.124
#> SRR490250 2 0.5086 0.68792 0.072 0.716 0.016 0.020 0.008 0.168
#> SRR490251 2 0.4819 0.71164 0.068 0.744 0.032 0.012 0.004 0.140
#> SRR490252 1 0.4440 0.52016 0.724 0.116 0.000 0.004 0.000 0.156
#> SRR490253 1 0.4833 0.49964 0.692 0.132 0.000 0.004 0.004 0.168
#> SRR490254 1 0.4738 0.50178 0.704 0.136 0.000 0.004 0.004 0.152
#> SRR490255 1 0.5116 0.43311 0.644 0.184 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR490256 1 0.2961 0.48548 0.872 0.004 0.000 0.032 0.032 0.060
#> SRR490257 1 0.3054 0.52360 0.868 0.012 0.000 0.020 0.032 0.068
#> SRR490258 1 0.2588 0.50111 0.888 0.004 0.000 0.008 0.040 0.060
#> SRR490259 1 0.2713 0.51878 0.884 0.008 0.000 0.024 0.016 0.068
#> SRR490260 1 0.3779 0.42129 0.812 0.000 0.000 0.036 0.060 0.092
#> SRR490261 1 0.3153 0.45821 0.856 0.000 0.000 0.032 0.048 0.064
#> SRR490262 1 0.3671 0.42909 0.820 0.000 0.000 0.032 0.068 0.080
#> SRR490263 1 0.3203 0.45178 0.852 0.000 0.000 0.028 0.056 0.064
#> SRR490264 1 0.5493 0.28037 0.684 0.004 0.000 0.124 0.084 0.104
#> SRR490265 1 0.5658 0.24790 0.668 0.004 0.000 0.128 0.088 0.112
#> SRR490266 1 0.5372 0.28906 0.696 0.004 0.000 0.116 0.084 0.100
#> SRR490267 1 0.5402 0.25233 0.684 0.000 0.000 0.124 0.088 0.104
#> SRR490268 1 0.2587 0.51450 0.892 0.004 0.000 0.016 0.052 0.036
#> SRR490269 1 0.2827 0.52718 0.880 0.004 0.000 0.024 0.040 0.052
#> SRR490270 1 0.1938 0.52429 0.928 0.004 0.000 0.016 0.028 0.024
#> SRR490271 1 0.2345 0.50587 0.908 0.004 0.000 0.028 0.032 0.028
#> SRR490272 1 0.3803 0.45141 0.820 0.004 0.000 0.072 0.048 0.056
#> SRR490273 1 0.3462 0.43859 0.836 0.000 0.000 0.072 0.036 0.056
#> SRR490274 1 0.4012 0.41335 0.804 0.004 0.000 0.088 0.052 0.052
#> SRR490275 1 0.3935 0.40879 0.804 0.000 0.000 0.084 0.064 0.048
#> SRR490276 1 0.3474 0.43244 0.836 0.000 0.000 0.072 0.044 0.048
#> SRR490277 1 0.3481 0.43395 0.836 0.000 0.000 0.068 0.044 0.052
#> SRR490278 1 0.3168 0.45249 0.852 0.000 0.000 0.076 0.024 0.048
#> SRR490279 1 0.3536 0.42948 0.832 0.000 0.000 0.072 0.044 0.052
#> SRR490280 3 0.1148 0.46294 0.000 0.000 0.960 0.004 0.016 0.020
#> SRR490281 3 0.1148 0.46294 0.000 0.000 0.960 0.004 0.016 0.020
#> SRR490282 3 0.1148 0.46294 0.000 0.000 0.960 0.004 0.016 0.020
#> SRR490283 3 0.1148 0.46294 0.000 0.000 0.960 0.004 0.016 0.020
#> SRR490284 6 0.8512 -0.21625 0.044 0.004 0.232 0.228 0.236 0.256
#> SRR490285 6 0.8586 -0.22033 0.052 0.004 0.236 0.224 0.240 0.244
#> SRR490286 6 0.8588 -0.21752 0.052 0.004 0.232 0.232 0.236 0.244
#> SRR490287 3 0.8512 -0.02470 0.044 0.004 0.252 0.232 0.224 0.244
#> SRR490288 1 0.7663 -0.24981 0.364 0.028 0.008 0.068 0.192 0.340
#> SRR490289 6 0.8527 0.24299 0.168 0.212 0.028 0.040 0.172 0.380
#> SRR490290 6 0.8032 -0.17441 0.300 0.036 0.032 0.052 0.208 0.372
#> SRR490291 6 0.8705 0.28746 0.156 0.256 0.044 0.080 0.088 0.376
#> SRR490292 1 0.5240 0.49154 0.660 0.120 0.000 0.004 0.016 0.200
#> SRR490293 1 0.4926 0.52757 0.700 0.088 0.000 0.008 0.016 0.188
#> SRR490294 1 0.4669 0.54090 0.728 0.080 0.000 0.000 0.032 0.160
#> SRR490295 1 0.4822 0.52759 0.716 0.052 0.000 0.004 0.044 0.184
#> SRR490296 2 0.0692 0.84176 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490297 2 0.0692 0.84259 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490298 2 0.0405 0.84116 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490299 2 0.0603 0.84222 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490300 2 0.6796 0.39487 0.100 0.552 0.000 0.016 0.144 0.188
#> SRR490301 2 0.6298 0.49051 0.060 0.596 0.000 0.016 0.128 0.200
#> SRR490302 2 0.5522 0.63101 0.092 0.672 0.000 0.008 0.056 0.172
#> SRR490303 2 0.5533 0.63522 0.080 0.676 0.000 0.008 0.072 0.164
#> SRR490304 2 0.0806 0.84015 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490305 2 0.0717 0.84051 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490306 2 0.0692 0.84086 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490307 2 0.0806 0.84015 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490308 3 0.7006 0.17105 0.040 0.000 0.436 0.364 0.104 0.056
#> SRR490309 3 0.7006 0.17105 0.040 0.000 0.436 0.364 0.104 0.056
#> SRR490310 3 0.6975 0.17744 0.044 0.000 0.444 0.360 0.100 0.052
#> SRR490311 3 0.6964 0.16909 0.040 0.000 0.436 0.368 0.104 0.052
#> SRR490312 6 0.8349 0.22654 0.020 0.208 0.084 0.076 0.200 0.412
#> SRR490313 2 0.7653 0.13378 0.032 0.488 0.084 0.044 0.088 0.264
#> SRR490314 2 0.7445 -0.16410 0.020 0.420 0.048 0.044 0.108 0.360
#> SRR490315 2 0.8055 -0.23947 0.028 0.392 0.092 0.048 0.112 0.328
#> SRR490316 6 0.7447 0.17012 0.280 0.124 0.000 0.052 0.084 0.460
#> SRR490317 6 0.7245 0.07051 0.244 0.336 0.000 0.028 0.036 0.356
#> SRR490318 2 0.7551 -0.28397 0.300 0.340 0.016 0.028 0.028 0.288
#> SRR490319 6 0.7939 0.21237 0.172 0.308 0.008 0.056 0.072 0.384
#> SRR490320 1 0.6358 0.20417 0.596 0.004 0.032 0.048 0.088 0.232
#> SRR490321 1 0.6395 0.08632 0.572 0.000 0.020 0.068 0.092 0.248
#> SRR490322 1 0.6168 0.28591 0.616 0.012 0.008 0.064 0.084 0.216
#> SRR490323 1 0.6115 0.34708 0.636 0.020 0.020 0.052 0.060 0.212
#> SRR490324 6 0.7985 -0.11196 0.076 0.004 0.072 0.200 0.228 0.420
#> SRR490325 6 0.7925 -0.12607 0.080 0.004 0.060 0.200 0.236 0.420
#> SRR490326 6 0.7665 -0.11134 0.068 0.004 0.044 0.208 0.240 0.436
#> SRR490327 6 0.7915 -0.07767 0.040 0.008 0.096 0.212 0.220 0.424
#> SRR490328 2 0.3186 0.79445 0.040 0.848 0.000 0.008 0.008 0.096
#> SRR490329 2 0.1219 0.84347 0.004 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR490330 2 0.2069 0.83056 0.020 0.908 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR490331 2 0.1434 0.83989 0.012 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR490332 2 0.5173 0.55346 0.200 0.620 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR490333 2 0.4892 0.61481 0.164 0.660 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR490334 2 0.4620 0.65799 0.132 0.692 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR490335 2 0.4893 0.61267 0.168 0.660 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490336 2 0.0717 0.84288 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490337 2 0.0458 0.84086 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490338 2 0.0363 0.84012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490339 2 0.0806 0.84015 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490340 1 0.5862 0.18826 0.452 0.344 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR490341 2 0.5852 -0.02560 0.388 0.420 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR490342 2 0.5779 0.18435 0.340 0.472 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR490343 2 0.5807 0.05352 0.376 0.440 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR490344 2 0.3966 0.74696 0.072 0.772 0.000 0.000 0.008 0.148
#> SRR490345 2 0.3150 0.78628 0.052 0.828 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR490346 2 0.3194 0.79476 0.032 0.828 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR490347 2 0.3760 0.76909 0.052 0.800 0.000 0.000 0.020 0.128
#> SRR490348 2 0.0972 0.83625 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR490349 2 0.0603 0.83727 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR490350 2 0.0858 0.83503 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR490351 2 0.0972 0.83474 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR490352 2 0.0291 0.84025 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490353 2 0.0260 0.83930 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490354 2 0.0291 0.84025 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490355 2 0.0508 0.84078 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490356 2 0.5383 0.48626 0.248 0.580 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR490357 2 0.5448 0.50564 0.224 0.592 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR490358 2 0.5278 0.57551 0.188 0.632 0.000 0.000 0.008 0.172
#> SRR490359 2 0.5229 0.56920 0.192 0.628 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR490360 2 0.0909 0.84090 0.012 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490361 2 0.0806 0.84056 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490362 2 0.0717 0.84091 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490363 2 0.0692 0.84197 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490364 2 0.3385 0.77910 0.036 0.812 0.000 0.000 0.008 0.144
#> SRR490365 2 0.3202 0.78459 0.040 0.816 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR490366 2 0.3240 0.78040 0.040 0.812 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR490367 2 0.3053 0.79382 0.024 0.828 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR490368 2 0.1524 0.83408 0.008 0.932 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR490369 2 0.1745 0.83178 0.012 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR490370 2 0.1462 0.83562 0.008 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490371 2 0.1584 0.83342 0.008 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR490372 4 0.5101 0.34453 0.020 0.000 0.384 0.556 0.036 0.004
#> SRR490373 4 0.5101 0.34453 0.020 0.000 0.384 0.556 0.036 0.004
#> SRR490374 4 0.5101 0.34453 0.020 0.000 0.384 0.556 0.036 0.004
#> SRR490375 4 0.5101 0.34453 0.020 0.000 0.384 0.556 0.036 0.004
#> SRR490376 2 0.0891 0.84323 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490377 2 0.2099 0.83015 0.008 0.904 0.000 0.004 0.004 0.080
#> SRR490378 2 0.2418 0.82566 0.008 0.884 0.000 0.004 0.008 0.096
#> SRR490379 2 0.1555 0.83914 0.004 0.932 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR490380 3 0.3170 0.43871 0.004 0.000 0.836 0.120 0.036 0.004
#> SRR490381 3 0.3777 0.41958 0.008 0.000 0.784 0.164 0.040 0.004
#> SRR490382 3 0.6890 0.29398 0.044 0.008 0.584 0.172 0.124 0.068
#> SRR490383 3 0.5156 0.39527 0.028 0.000 0.688 0.204 0.064 0.016
#> SRR490384 2 0.1367 0.83708 0.012 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR490385 2 0.0972 0.84270 0.008 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490386 2 0.1462 0.83485 0.008 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490387 2 0.0777 0.84207 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490388 2 0.3694 0.75111 0.076 0.784 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490389 2 0.3626 0.75505 0.068 0.788 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR490390 2 0.3475 0.76396 0.060 0.800 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490391 2 0.3893 0.73622 0.092 0.768 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490392 2 0.2094 0.82634 0.020 0.900 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR490393 2 0.1918 0.82585 0.008 0.904 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490394 2 0.1462 0.83549 0.008 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR490395 2 0.1701 0.83134 0.008 0.920 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR490396 2 0.3806 0.74629 0.088 0.776 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490397 2 0.3678 0.75527 0.084 0.788 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR490398 2 0.3947 0.73558 0.100 0.764 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR490399 2 0.3845 0.74388 0.088 0.772 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR490400 2 0.2263 0.81792 0.016 0.884 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR490401 2 0.2250 0.82061 0.020 0.888 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR490402 2 0.2633 0.80935 0.032 0.864 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR490403 2 0.2263 0.81952 0.016 0.884 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR490404 2 0.5753 0.12325 0.364 0.460 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR490405 2 0.6045 0.08120 0.360 0.448 0.000 0.004 0.004 0.184
#> SRR490406 2 0.5894 0.15530 0.344 0.468 0.000 0.004 0.000 0.184
#> SRR490407 2 0.5586 0.35358 0.292 0.532 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR490408 2 0.1082 0.82814 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR490409 2 0.1010 0.82996 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490410 2 0.0865 0.83079 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490411 2 0.0865 0.83079 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490412 3 0.8840 -0.18540 0.136 0.032 0.336 0.252 0.176 0.068
#> SRR490413 4 0.8724 0.11616 0.216 0.000 0.244 0.268 0.168 0.104
#> SRR490414 3 0.7581 -0.04228 0.092 0.004 0.492 0.216 0.140 0.056
#> SRR490415 4 0.8740 0.10000 0.208 0.000 0.232 0.256 0.208 0.096
#> SRR490416 2 0.4653 0.63343 0.196 0.684 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR490417 2 0.4515 0.67813 0.160 0.716 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR490418 2 0.4256 0.70143 0.140 0.744 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR490419 2 0.4369 0.68031 0.164 0.720 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490420 1 0.5272 0.46868 0.684 0.032 0.000 0.008 0.100 0.176
#> SRR490421 1 0.5459 0.50746 0.664 0.076 0.000 0.004 0.060 0.196
#> SRR490422 1 0.4990 0.52071 0.708 0.048 0.000 0.004 0.064 0.176
#> SRR490423 1 0.5863 0.48837 0.628 0.084 0.000 0.008 0.068 0.212
#> SRR490424 5 0.7676 0.47285 0.220 0.000 0.052 0.056 0.380 0.292
#> SRR490425 5 0.7243 0.46831 0.316 0.004 0.004 0.068 0.376 0.232
#> SRR490426 5 0.7256 0.47637 0.316 0.000 0.024 0.056 0.408 0.196
#> SRR490427 1 0.6943 -0.42976 0.416 0.000 0.004 0.060 0.316 0.204
#> SRR490428 1 0.3814 0.53155 0.816 0.032 0.000 0.004 0.076 0.072
#> SRR490429 1 0.3327 0.56038 0.844 0.040 0.000 0.008 0.016 0.092
#> SRR490430 1 0.3275 0.55860 0.852 0.040 0.000 0.004 0.032 0.072
#> SRR490431 1 0.4247 0.54367 0.780 0.036 0.000 0.008 0.048 0.128
#> SRR490432 2 0.6915 0.00925 0.312 0.428 0.000 0.016 0.036 0.208
#> SRR490433 2 0.6496 -0.06989 0.376 0.412 0.000 0.004 0.028 0.180
#> SRR490434 2 0.5791 0.45878 0.232 0.576 0.000 0.004 0.012 0.176
#> SRR490435 2 0.5926 0.46621 0.204 0.576 0.000 0.004 0.020 0.196
#> SRR490436 1 0.5492 0.47009 0.632 0.132 0.000 0.000 0.028 0.208
#> SRR490437 1 0.6047 0.33962 0.552 0.216 0.000 0.000 0.028 0.204
#> SRR490438 1 0.5677 0.42677 0.612 0.168 0.000 0.000 0.028 0.192
#> SRR490439 1 0.6206 0.33811 0.544 0.224 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR490440 2 0.1584 0.81387 0.000 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR490441 2 0.1152 0.82794 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR490442 2 0.1082 0.82814 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR490443 2 0.1285 0.82131 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR490444 2 0.1155 0.84196 0.004 0.956 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490445 2 0.0935 0.84052 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR490446 2 0.1010 0.83969 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490447 2 0.1003 0.83887 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR490448 2 0.7433 -0.03725 0.248 0.424 0.000 0.016 0.096 0.216
#> SRR490449 2 0.6802 0.29115 0.224 0.520 0.000 0.016 0.060 0.180
#> SRR490450 2 0.6949 0.27708 0.160 0.532 0.000 0.028 0.072 0.208
#> SRR490451 2 0.6937 0.27869 0.184 0.528 0.000 0.016 0.092 0.180
#> SRR490452 1 0.3943 0.51629 0.800 0.020 0.000 0.004 0.084 0.092
#> SRR490453 1 0.4693 0.52748 0.760 0.040 0.000 0.016 0.080 0.104
#> SRR490454 1 0.4157 0.56188 0.784 0.068 0.000 0.008 0.020 0.120
#> SRR490455 1 0.3855 0.50557 0.804 0.016 0.000 0.004 0.080 0.096
#> SRR490456 2 0.5855 0.51605 0.172 0.608 0.000 0.004 0.032 0.184
#> SRR490457 2 0.5958 0.46025 0.244 0.580 0.000 0.004 0.032 0.140
#> SRR490458 2 0.5961 0.46849 0.232 0.584 0.000 0.004 0.032 0.148
#> SRR490459 2 0.5935 0.46971 0.240 0.580 0.000 0.004 0.028 0.148
#> SRR490460 1 0.4978 0.52323 0.696 0.112 0.000 0.008 0.012 0.172
#> SRR490461 1 0.5609 0.30339 0.552 0.276 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR490462 1 0.5393 0.42498 0.620 0.188 0.000 0.004 0.004 0.184
#> SRR490463 1 0.6145 0.27515 0.516 0.280 0.000 0.012 0.008 0.184
#> SRR490464 3 0.5580 0.33963 0.024 0.000 0.660 0.212 0.056 0.048
#> SRR490465 3 0.7356 0.25575 0.036 0.008 0.520 0.196 0.152 0.088
#> SRR490466 3 0.6477 0.30482 0.036 0.000 0.584 0.224 0.100 0.056
#> SRR490467 3 0.6420 0.31868 0.040 0.000 0.600 0.196 0.116 0.048
#> SRR490468 1 0.5459 0.33479 0.580 0.260 0.000 0.004 0.000 0.156
#> SRR490469 1 0.5411 0.34492 0.588 0.256 0.000 0.004 0.000 0.152
#> SRR490470 1 0.5417 0.33397 0.584 0.264 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR490471 1 0.5227 0.38747 0.620 0.232 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR490472 2 0.1285 0.82077 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR490473 2 0.1007 0.82753 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR490474 2 0.1141 0.82403 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR490475 2 0.1141 0.82297 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR490476 2 0.9873 -0.62033 0.144 0.240 0.160 0.184 0.136 0.136
#> SRR490477 5 0.8514 0.32838 0.192 0.004 0.068 0.236 0.336 0.164
#> SRR490478 4 0.8080 -0.04136 0.044 0.012 0.280 0.360 0.228 0.076
#> SRR490479 5 0.8954 0.21146 0.128 0.040 0.184 0.144 0.384 0.120
#> SRR490480 2 0.0363 0.83935 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490481 2 0.0622 0.84111 0.008 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490482 2 0.0508 0.84041 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490483 2 0.0363 0.83935 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490484 2 0.1226 0.83872 0.004 0.952 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR490485 2 0.0713 0.83742 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490486 2 0.0865 0.83876 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490487 2 0.0713 0.83753 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490488 2 0.0865 0.83243 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490489 2 0.0790 0.83274 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490490 2 0.1152 0.82977 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR490491 2 0.1082 0.83000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR490492 2 0.0972 0.84286 0.008 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490493 2 0.1265 0.84201 0.008 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR490494 2 0.1049 0.84299 0.008 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490495 2 0.0972 0.84302 0.008 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490496 2 0.0363 0.84112 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490497 2 0.0260 0.84016 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490498 2 0.0146 0.84002 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490499 2 0.0363 0.84066 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490500 2 0.4085 0.72465 0.096 0.748 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490501 2 0.4026 0.72684 0.088 0.752 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR490502 2 0.3893 0.73786 0.080 0.764 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490503 2 0.3991 0.73246 0.088 0.756 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490504 2 0.1075 0.82532 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR490505 2 0.1196 0.82648 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR490506 2 0.1152 0.82556 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR490507 2 0.1219 0.82335 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR490508 2 0.1010 0.82972 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490509 2 0.1010 0.82996 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490510 2 0.1219 0.82377 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR490511 2 0.1010 0.82996 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR490512 2 0.0937 0.83222 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490513 2 0.0865 0.83395 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490514 2 0.1082 0.83411 0.004 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR490515 2 0.1007 0.83187 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR490516 2 0.0260 0.83832 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490517 2 0.0260 0.83832 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490518 2 0.0260 0.83832 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490519 2 0.0260 0.83832 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490520 2 0.0146 0.83847 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490521 2 0.0146 0.83847 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490522 2 0.0146 0.83847 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490523 2 0.0146 0.83847 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR490524 2 0.1003 0.84055 0.016 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490525 2 0.1074 0.84072 0.012 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490526 2 0.1088 0.84030 0.016 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR490527 2 0.0909 0.84131 0.012 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490528 2 0.0717 0.84051 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490529 2 0.0717 0.84051 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490530 2 0.0820 0.84093 0.012 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490531 2 0.0717 0.84051 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490532 1 0.5101 0.52837 0.708 0.116 0.000 0.016 0.020 0.140
#> SRR490533 1 0.6658 0.43043 0.580 0.136 0.000 0.048 0.048 0.188
#> SRR490534 1 0.5264 0.51891 0.684 0.124 0.000 0.020 0.012 0.160
#> SRR490535 1 0.6128 0.42382 0.592 0.176 0.000 0.020 0.024 0.188
#> SRR490536 2 0.0865 0.83079 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490537 2 0.0865 0.83079 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR490538 2 0.0790 0.83228 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490539 2 0.0790 0.83145 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490540 2 0.0692 0.83493 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR490541 2 0.0547 0.83567 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490542 2 0.0858 0.83331 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR490543 2 0.0713 0.83271 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR490544 2 0.0603 0.84107 0.004 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490545 2 0.0717 0.84124 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490546 2 0.0508 0.84041 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490547 2 0.0520 0.84054 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490548 2 0.1802 0.83062 0.012 0.916 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR490549 2 0.2311 0.81720 0.016 0.880 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR490550 2 0.2060 0.82440 0.016 0.900 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR490551 2 0.1802 0.82897 0.012 0.916 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR490552 2 0.0405 0.83985 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490553 2 0.0520 0.84067 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490554 2 0.0508 0.84084 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR490555 2 0.0405 0.83985 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490556 2 0.2887 0.79734 0.036 0.844 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR490557 2 0.2740 0.80245 0.028 0.852 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR490558 2 0.2843 0.80027 0.036 0.848 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR490559 2 0.2798 0.80439 0.036 0.852 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR490560 2 0.1049 0.83994 0.008 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490561 2 0.1265 0.83849 0.008 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR490562 2 0.1049 0.83994 0.008 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490563 2 0.1049 0.83994 0.008 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR490564 1 0.5927 0.11884 0.420 0.396 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR490565 2 0.5818 -0.01598 0.392 0.424 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR490566 1 0.5758 0.19795 0.476 0.340 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR490567 1 0.5813 0.14760 0.432 0.384 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR490568 2 0.1500 0.81768 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR490569 2 0.1644 0.82171 0.000 0.932 0.000 0.004 0.012 0.052
#> SRR490570 2 0.0935 0.83203 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR490571 2 0.1265 0.83086 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR490572 2 0.0458 0.83657 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490573 2 0.0547 0.83708 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490574 2 0.0547 0.83541 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490575 2 0.0458 0.83795 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490576 2 0.0260 0.83909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490577 2 0.0260 0.83909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490578 2 0.0260 0.83909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490579 2 0.0260 0.83909 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR490580 2 0.2070 0.82152 0.012 0.896 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR490581 2 0.2651 0.80467 0.028 0.860 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR490582 2 0.2311 0.81431 0.016 0.880 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR490583 2 0.2214 0.81907 0.016 0.888 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR490584 2 0.0717 0.84004 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490585 2 0.0717 0.84004 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490586 2 0.0806 0.84056 0.008 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR490587 2 0.0717 0.84004 0.008 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR490588 2 0.2480 0.81200 0.024 0.872 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR490589 2 0.2214 0.82036 0.016 0.888 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR490590 2 0.2333 0.81854 0.024 0.884 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR490591 2 0.2301 0.81882 0.020 0.884 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR490592 2 0.2509 0.81692 0.036 0.876 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490593 2 0.2282 0.82177 0.024 0.888 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR490594 2 0.2775 0.80635 0.040 0.856 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR490595 2 0.2527 0.81611 0.040 0.876 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR490596 1 0.5732 0.11909 0.448 0.404 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR490597 2 0.5759 0.01977 0.408 0.440 0.000 0.004 0.000 0.148
#> SRR490598 2 0.5616 0.22029 0.352 0.492 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR490599 1 0.5797 0.13814 0.448 0.392 0.000 0.004 0.000 0.156
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0