Date: 2019-12-25 23:40:44 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17245 418
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:mclust | 3 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | 2 |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.982 | 0.984 | ** | |
| MAD:mclust | 3 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | 2 |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:skmeans | 4 | 1.000 | 0.985 | 0.980 | ** | 2,3 |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.977 | 0.992 | ** | |
| ATC:NMF | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:NMF | 6 | 0.986 | 0.940 | 0.969 | ** | |
| CV:hclust | 6 | 0.972 | 0.950 | 0.971 | ** | 2,3,4,5 |
| ATC:hclust | 5 | 0.966 | 0.944 | 0.963 | ** | 3,4 |
| SD:NMF | 3 | 0.962 | 0.936 | 0.970 | ** | 2 |
| MAD:skmeans | 3 | 0.961 | 0.949 | 0.972 | ** | 2 |
| CV:pam | 6 | 0.954 | 0.929 | 0.965 | ** | 3,4,5 |
| MAD:pam | 6 | 0.946 | 0.893 | 0.948 | * | 5 |
| CV:skmeans | 6 | 0.939 | 0.900 | 0.937 | * | 2,3,4,5 |
| SD:pam | 5 | 0.937 | 0.887 | 0.954 | * | |
| SD:skmeans | 6 | 0.931 | 0.860 | 0.914 | * | 2 |
| CV:mclust | 6 | 0.924 | 0.915 | 0.954 | * | |
| SD:hclust | 6 | 0.918 | 0.865 | 0.919 | * | |
| MAD:NMF | 2 | 0.910 | 0.953 | 0.978 | * | |
| ATC:pam | 6 | 0.903 | 0.891 | 0.932 | * | 2,3,4,5 |
| MAD:hclust | 6 | 0.872 | 0.911 | 0.909 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.530 | 0.928 | 0.941 | ||
| CV:kmeans | 2 | 0.463 | 0.866 | 0.899 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 1.000 1.000 0.498 0.502 0.502
#> CV:NMF 2 0.819 0.965 0.981 0.498 0.502 0.502
#> MAD:NMF 2 0.910 0.953 0.978 0.499 0.502 0.502
#> ATC:NMF 2 1.000 1.000 1.000 0.498 0.502 0.502
#> SD:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.498 0.502 0.502
#> CV:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.498 0.502 0.502
#> MAD:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.498 0.502 0.502
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.993 0.996 0.499 0.502 0.502
#> SD:mclust 2 1.000 0.999 0.998 0.368 0.633 0.633
#> CV:mclust 2 0.521 0.917 0.924 0.281 0.740 0.740
#> MAD:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.368 0.633 0.633
#> ATC:mclust 2 1.000 0.977 0.992 0.376 0.633 0.633
#> SD:kmeans 2 0.530 0.928 0.941 0.493 0.502 0.502
#> CV:kmeans 2 0.463 0.866 0.899 0.495 0.502 0.502
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.982 0.984 0.494 0.502 0.502
#> ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.498 0.502 0.502
#> SD:pam 2 0.762 0.882 0.949 0.487 0.515 0.515
#> CV:pam 2 0.386 0.722 0.871 0.452 0.508 0.508
#> MAD:pam 2 0.760 0.897 0.957 0.483 0.518 0.518
#> ATC:pam 2 1.000 0.964 0.986 0.500 0.502 0.502
#> SD:hclust 2 0.386 0.639 0.813 0.460 0.526 0.526
#> CV:hclust 2 1.000 1.000 1.000 0.498 0.502 0.502
#> MAD:hclust 2 0.375 0.783 0.878 0.478 0.502 0.502
#> ATC:hclust 2 0.858 0.934 0.970 0.490 0.502 0.502
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.962 0.936 0.970 0.273 0.857 0.716
#> CV:NMF 3 0.842 0.868 0.926 0.258 0.874 0.749
#> MAD:NMF 3 0.811 0.903 0.930 0.264 0.857 0.716
#> ATC:NMF 3 0.853 0.935 0.936 0.234 0.868 0.736
#> SD:skmeans 3 0.765 0.817 0.901 0.300 0.862 0.725
#> CV:skmeans 3 0.944 0.943 0.969 0.291 0.855 0.712
#> MAD:skmeans 3 0.961 0.949 0.972 0.269 0.862 0.725
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.999 0.997 0.232 0.883 0.768
#> SD:mclust 3 1.000 1.000 1.000 0.506 0.814 0.706
#> CV:mclust 3 0.869 0.927 0.966 0.858 0.707 0.604
#> MAD:mclust 3 1.000 1.000 1.000 0.504 0.814 0.706
#> ATC:mclust 3 0.710 0.759 0.897 0.634 0.722 0.561
#> SD:kmeans 3 0.631 0.784 0.841 0.303 0.862 0.725
#> CV:kmeans 3 0.553 0.516 0.725 0.290 0.674 0.445
#> MAD:kmeans 3 0.606 0.727 0.840 0.299 0.883 0.768
#> ATC:kmeans 3 0.654 0.809 0.890 0.256 0.802 0.622
#> SD:pam 3 0.870 0.874 0.948 0.358 0.683 0.460
#> CV:pam 3 1.000 0.989 0.995 0.435 0.652 0.425
#> MAD:pam 3 0.718 0.852 0.923 0.368 0.704 0.485
#> ATC:pam 3 1.000 0.988 0.995 0.319 0.781 0.588
#> SD:hclust 3 0.621 0.515 0.712 0.406 0.859 0.732
#> CV:hclust 3 1.000 1.000 1.000 0.290 0.855 0.712
#> MAD:hclust 3 0.623 0.810 0.869 0.302 0.883 0.768
#> ATC:hclust 3 0.918 0.927 0.966 0.281 0.883 0.768
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.672 0.566 0.687 0.1422 0.823 0.550
#> CV:NMF 4 0.709 0.802 0.864 0.1627 0.794 0.510
#> MAD:NMF 4 0.634 0.656 0.762 0.1469 0.940 0.836
#> ATC:NMF 4 0.773 0.791 0.826 0.1356 0.879 0.678
#> SD:skmeans 4 0.845 0.935 0.927 0.1306 0.901 0.728
#> CV:skmeans 4 0.940 0.928 0.959 0.1613 0.894 0.704
#> MAD:skmeans 4 0.780 0.888 0.903 0.1461 0.899 0.722
#> ATC:skmeans 4 1.000 0.985 0.980 0.0982 0.941 0.848
#> SD:mclust 4 0.861 0.909 0.939 0.2980 0.816 0.589
#> CV:mclust 4 0.766 0.848 0.907 0.4056 0.816 0.589
#> MAD:mclust 4 0.861 0.877 0.923 0.2888 0.816 0.589
#> ATC:mclust 4 0.663 0.802 0.860 0.1589 0.827 0.571
#> SD:kmeans 4 0.620 0.717 0.708 0.1082 0.951 0.866
#> CV:kmeans 4 0.722 0.886 0.863 0.1269 0.894 0.704
#> MAD:kmeans 4 0.613 0.689 0.721 0.1192 0.822 0.570
#> ATC:kmeans 4 0.647 0.748 0.796 0.1083 0.977 0.935
#> SD:pam 4 0.783 0.795 0.898 0.1197 0.798 0.497
#> CV:pam 4 1.000 0.974 0.988 0.1303 0.785 0.485
#> MAD:pam 4 0.765 0.865 0.923 0.1204 0.853 0.603
#> ATC:pam 4 0.978 0.946 0.962 0.0315 0.920 0.784
#> SD:hclust 4 0.776 0.755 0.836 0.1057 0.905 0.754
#> CV:hclust 4 1.000 0.992 0.994 0.1629 0.894 0.704
#> MAD:hclust 4 0.812 0.860 0.893 0.1427 0.883 0.704
#> ATC:hclust 4 0.978 0.957 0.971 0.0734 0.941 0.848
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.775 0.591 0.736 0.0825 0.851 0.509
#> CV:NMF 5 0.747 0.647 0.753 0.0769 0.886 0.605
#> MAD:NMF 5 0.654 0.685 0.782 0.0787 0.845 0.548
#> ATC:NMF 5 0.711 0.657 0.799 0.0347 0.933 0.777
#> SD:skmeans 5 0.894 0.886 0.921 0.0718 0.927 0.735
#> CV:skmeans 5 0.956 0.890 0.950 0.0554 0.939 0.764
#> MAD:skmeans 5 0.887 0.918 0.928 0.0742 0.918 0.707
#> ATC:skmeans 5 0.845 0.951 0.892 0.0750 0.927 0.777
#> SD:mclust 5 0.777 0.818 0.859 0.0606 0.965 0.869
#> CV:mclust 5 0.864 0.923 0.881 0.0456 0.973 0.898
#> MAD:mclust 5 0.768 0.785 0.879 0.0595 0.911 0.693
#> ATC:mclust 5 0.718 0.790 0.836 0.0489 0.892 0.653
#> SD:kmeans 5 0.694 0.745 0.787 0.0818 0.867 0.596
#> CV:kmeans 5 0.706 0.711 0.803 0.0662 0.989 0.958
#> MAD:kmeans 5 0.689 0.751 0.793 0.0675 0.889 0.617
#> ATC:kmeans 5 0.641 0.660 0.698 0.0652 0.921 0.775
#> SD:pam 5 0.937 0.887 0.954 0.0754 0.879 0.585
#> CV:pam 5 0.922 0.918 0.957 0.0873 0.866 0.557
#> MAD:pam 5 0.942 0.914 0.959 0.0752 0.876 0.578
#> ATC:pam 5 0.966 0.919 0.962 0.0787 0.932 0.791
#> SD:hclust 5 0.825 0.776 0.862 0.0906 0.869 0.584
#> CV:hclust 5 0.921 0.908 0.916 0.0530 0.962 0.847
#> MAD:hclust 5 0.800 0.740 0.832 0.0663 1.000 1.000
#> ATC:hclust 5 0.966 0.944 0.963 0.1042 0.927 0.777
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.887 0.928 0.921 0.0394 0.935 0.709
#> CV:NMF 6 0.986 0.940 0.969 0.0519 0.926 0.673
#> MAD:NMF 6 0.860 0.889 0.881 0.0358 0.899 0.588
#> ATC:NMF 6 0.752 0.919 0.819 0.0795 0.867 0.539
#> SD:skmeans 6 0.931 0.860 0.914 0.0404 0.968 0.849
#> CV:skmeans 6 0.939 0.900 0.937 0.0408 0.921 0.660
#> MAD:skmeans 6 0.888 0.874 0.905 0.0421 0.954 0.790
#> ATC:skmeans 6 0.834 0.848 0.852 0.0698 1.000 1.000
#> SD:mclust 6 0.801 0.777 0.792 0.0539 0.965 0.847
#> CV:mclust 6 0.924 0.915 0.954 0.0498 0.965 0.854
#> MAD:mclust 6 0.823 0.839 0.841 0.0577 0.934 0.723
#> ATC:mclust 6 0.765 0.811 0.860 0.0683 0.965 0.852
#> SD:kmeans 6 0.724 0.685 0.761 0.0419 0.987 0.935
#> CV:kmeans 6 0.774 0.788 0.795 0.0456 0.933 0.736
#> MAD:kmeans 6 0.723 0.700 0.756 0.0431 0.964 0.837
#> ATC:kmeans 6 0.726 0.681 0.735 0.0508 0.903 0.678
#> SD:pam 6 0.891 0.856 0.914 0.0332 0.957 0.794
#> CV:pam 6 0.954 0.929 0.965 0.0328 0.963 0.821
#> MAD:pam 6 0.946 0.893 0.948 0.0286 0.975 0.879
#> ATC:pam 6 0.903 0.891 0.932 0.0308 0.975 0.909
#> SD:hclust 6 0.918 0.865 0.919 0.0533 0.930 0.695
#> CV:hclust 6 0.972 0.950 0.971 0.0353 0.949 0.771
#> MAD:hclust 6 0.872 0.911 0.909 0.0613 0.892 0.630
#> ATC:hclust 6 0.930 0.962 0.962 0.0244 0.989 0.957
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.386 0.639 0.813 0.4599 0.526 0.526
#> 3 3 0.621 0.515 0.712 0.4064 0.859 0.732
#> 4 4 0.776 0.755 0.836 0.1057 0.905 0.754
#> 5 5 0.825 0.776 0.862 0.0906 0.869 0.584
#> 6 6 0.918 0.865 0.919 0.0533 0.930 0.695
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902933 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902934 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902935 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902936 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902937 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902938 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902939 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902940 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902941 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902942 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902997 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902998 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR902999 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903000 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903001 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903008 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903009 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903010 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903011 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903012 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903013 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903002 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903003 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903004 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903005 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903006 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903007 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903014 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903033 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903034 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903035 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903036 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903037 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903038 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903039 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903040 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903041 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903042 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903043 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903044 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903045 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903046 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903047 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903048 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903049 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903050 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903051 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903052 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903053 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903054 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903055 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903056 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903057 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903058 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903059 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903060 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903061 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903062 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903063 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903064 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903065 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903066 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903067 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903068 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903069 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903070 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903071 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903072 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903073 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903074 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903075 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903076 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903077 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903078 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903079 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903080 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903081 1 0.971 0.466 0.600 0.400
#> SRR903082 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903115 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903116 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903117 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903118 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903119 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903121 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903122 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903124 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903125 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903126 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903127 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903128 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903129 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903130 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903131 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903132 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903133 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903134 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903135 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903136 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903137 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903146 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903139 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903140 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903141 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903142 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903143 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903144 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903145 1 0.975 0.462 0.592 0.408
#> SRR903154 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 0.631 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903211 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903212 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903213 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903214 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903215 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903216 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903217 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903202 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903219 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903220 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903221 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903222 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903223 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903224 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903225 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903226 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903227 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903228 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903229 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903230 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903231 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903232 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903233 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903242 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903243 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903244 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903245 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903246 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903247 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903248 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903249 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903234 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903235 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903236 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903237 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903238 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903239 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903240 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903241 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903258 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903259 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903260 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903261 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903262 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903263 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903264 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903265 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903250 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903251 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903252 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903253 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903254 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903255 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903256 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903257 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903266 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903267 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903268 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903270 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903271 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903272 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903273 1 0.722 0.545 0.800 0.200
#> SRR903274 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903275 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903276 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903277 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903278 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903279 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903280 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903281 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903282 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903283 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903284 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903285 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903286 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903287 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903288 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903289 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903290 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903291 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903292 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903293 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903294 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903295 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903296 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903297 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903298 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903299 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903300 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903301 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903302 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903303 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903304 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903305 1 0.827 0.424 0.740 0.260
#> SRR903306 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.000 0.757 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903325 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903326 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903327 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903328 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903329 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903330 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903331 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903332 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903333 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903334 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903335 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903336 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903337 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903338 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903339 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903340 2 0.971 0.695 0.400 0.600
#> SRR903341 2 0.971 0.695 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902921 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902922 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902923 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902924 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902925 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902926 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902927 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902928 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902929 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902930 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902931 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902932 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902943 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902944 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902945 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902946 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902947 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902954 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902955 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902956 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902957 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902958 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902959 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902948 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902949 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902950 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902951 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902952 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902953 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902960 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902961 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902962 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902963 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902964 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902965 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902966 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902967 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902968 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902969 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902970 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902971 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902972 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902973 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902974 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902975 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902976 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902977 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902978 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902980 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902981 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902982 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902983 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902984 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902985 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902986 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902987 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902988 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902989 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902990 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902991 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902992 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902993 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902994 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902995 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR902996 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903015 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903016 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903017 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903018 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903019 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903020 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903021 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903022 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903023 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903024 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903025 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903026 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903027 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903028 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903029 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903030 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903031 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903032 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903051 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903052 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903053 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903054 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903055 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903056 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903057 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903058 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903059 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903060 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903061 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903062 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903063 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903064 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903065 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903066 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903067 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903068 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903069 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903070 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903071 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903072 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903073 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903074 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903075 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903076 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903077 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903078 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903079 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903080 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903081 3 0.629 0.376 0.464 0.000 0.536
#> SRR903082 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903083 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903084 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903085 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903086 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903087 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903088 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903089 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903090 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903091 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903092 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903093 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903094 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903095 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903096 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903097 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903098 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903099 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903100 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903101 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903102 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903103 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903104 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903105 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903106 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903107 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903108 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903109 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903110 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903111 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903112 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903113 2 0.613 0.696 0.400 0.600 0.000
#> SRR903114 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903115 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903116 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903117 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903118 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903119 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903121 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903122 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903124 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903125 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903126 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903127 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903128 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903129 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903130 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903131 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903132 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903133 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903134 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903135 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903136 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903137 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903146 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903147 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903148 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903149 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903150 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903151 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903152 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903153 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903138 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903139 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903140 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903141 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903142 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903143 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903144 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903145 3 0.630 0.371 0.472 0.000 0.528
#> SRR903154 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903155 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903156 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903157 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903158 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903159 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903160 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903161 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903162 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903163 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903164 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903165 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903166 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903167 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903168 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903169 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903178 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903179 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903180 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903181 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903182 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903183 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903184 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903185 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903170 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903171 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903172 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903173 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903174 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903175 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903176 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903177 2 0.615 0.692 0.408 0.592 0.000
#> SRR903186 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903187 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903188 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903189 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903190 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903191 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903192 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903193 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903194 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903195 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903196 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903197 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903198 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903199 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903200 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903201 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903210 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903203 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903204 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903205 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903206 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903207 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903208 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903209 3 0.000 0.396 0.000 0.000 1.000
#> SRR903218 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903243 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903244 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903245 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903246 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903247 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903248 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903249 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903234 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903259 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903260 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903261 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903262 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903263 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903264 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903265 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903250 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903251 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903252 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903253 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903254 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903255 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903256 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903257 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903266 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903267 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903268 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903270 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903271 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903272 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903273 1 0.629 0.388 0.536 0.000 0.464
#> SRR903274 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903275 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903276 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903277 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903278 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903279 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903280 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903281 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903282 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903283 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903284 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903285 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903286 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903287 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903288 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903289 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903290 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903291 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903292 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903293 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903294 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903295 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903296 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903297 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903298 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903299 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903300 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903301 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903302 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903303 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903304 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903305 1 0.650 0.587 0.536 0.460 0.004
#> SRR903306 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903307 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903308 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903309 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903310 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903311 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903312 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903313 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903314 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903315 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903316 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903317 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903318 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903319 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903320 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903321 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903322 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903323 3 0.581 0.290 0.336 0.000 0.664
#> SRR903324 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 0.781 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902932 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902933 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902934 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902935 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902936 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902937 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902938 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902939 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902940 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902941 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902942 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR902996 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902997 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902998 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR902999 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903000 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903001 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903008 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903009 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903010 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903011 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903012 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903013 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903002 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903003 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903004 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903005 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903006 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903007 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903014 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903032 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903033 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903034 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903035 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903036 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903037 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903038 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903039 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903040 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903041 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903042 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903043 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903044 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903045 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903046 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903047 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903048 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903049 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.00 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.686 0.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903114 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903115 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903116 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903117 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903118 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903119 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903121 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903122 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903124 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903125 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903126 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903127 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903128 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903129 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903130 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903131 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903132 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903133 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903134 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903135 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903136 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903137 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903146 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903147 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903148 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903149 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903150 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903151 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903152 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903153 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903138 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903139 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903140 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903141 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903142 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903143 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903144 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903145 1 0.0336 0.995 0.992 0.008 0.00 0.000
#> SRR903154 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903155 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903156 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903157 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903158 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903159 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903160 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903161 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903162 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903163 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903164 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903165 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903166 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903167 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903168 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903169 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903178 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903179 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903180 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903181 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903182 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903183 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903184 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903185 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903170 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903171 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903172 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903173 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903174 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903175 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903176 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903177 4 0.0336 0.682 0.000 0.008 0.00 0.992
#> SRR903186 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903187 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903188 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903189 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903190 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903191 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903192 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903193 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903194 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903195 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903196 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903197 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903198 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903199 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903200 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903201 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903210 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903211 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903212 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903213 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903214 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903215 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903216 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903217 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903202 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903203 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903204 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903205 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903206 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903207 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903208 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903209 3 0.4713 0.569 0.360 0.000 0.64 0.000
#> SRR903218 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903219 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903220 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903221 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903222 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903223 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903224 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903225 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903226 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903227 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903228 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903229 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903230 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903231 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903232 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903233 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903242 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903243 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903244 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903245 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903246 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903247 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903248 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903249 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903234 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903235 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903236 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903237 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903238 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903239 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903240 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903241 4 0.4855 0.759 0.000 0.400 0.00 0.600
#> SRR903258 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903259 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903260 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903261 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903262 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903263 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903264 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903265 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903250 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903251 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903252 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903253 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903254 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903255 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903256 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903257 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903266 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903267 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903268 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903270 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903271 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903272 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903273 2 0.4977 0.412 0.000 0.540 0.46 0.000
#> SRR903274 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903275 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903276 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903277 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903278 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903279 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903280 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903281 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903298 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903299 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903300 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903301 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903302 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903303 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903304 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903305 2 0.0000 0.568 0.000 1.000 0.00 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.00 0.000
#> SRR903324 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903325 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903326 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903327 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903328 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903329 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903330 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903331 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903332 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903333 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903334 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903335 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903336 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903337 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903338 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903339 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903340 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
#> SRR903341 4 0.4977 0.748 0.000 0.460 0.00 0.540
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902932 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902933 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902934 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902935 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902936 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902937 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902938 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902939 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902940 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902941 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR902996 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902997 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902998 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR902999 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903000 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903001 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903008 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903009 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903010 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903011 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903012 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903013 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903002 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903003 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903004 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903005 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903006 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903007 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903032 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903033 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903034 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903035 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903036 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903037 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903038 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903039 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903040 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903041 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903042 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903043 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903044 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903045 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903046 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903047 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903048 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903049 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903050 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903051 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903052 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903053 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903054 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903055 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903056 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903057 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903058 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903059 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903060 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903061 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903062 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903063 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903064 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903065 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903066 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903067 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903068 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903069 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903070 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903071 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903072 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903073 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903074 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903075 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903076 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903077 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903078 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903079 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903080 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903081 1 0.000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903082 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903083 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903084 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903085 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903086 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903087 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903088 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903089 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903090 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903091 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903092 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903093 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903094 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903095 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903096 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903097 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903098 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903099 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903100 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903101 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903102 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903103 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903104 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903105 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903106 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903107 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903108 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903109 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903110 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903111 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903112 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903113 4 0.311 0.993 0.000 0.200 0.000 0.800 0.00
#> SRR903114 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903115 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903116 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903117 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903118 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903119 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903121 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903122 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903124 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903125 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903126 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903127 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903128 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903129 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903130 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903131 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903132 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903133 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903134 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903135 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903136 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903137 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903146 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903147 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903148 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903149 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903150 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903151 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903152 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903153 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903138 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903139 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903140 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903141 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903142 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903143 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903144 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903145 1 0.029 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.00
#> SRR903154 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903155 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903156 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903157 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903158 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903159 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903160 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903161 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903162 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903163 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903164 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903165 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903166 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903167 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903168 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903169 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903178 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903179 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903180 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903181 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903182 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903183 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903184 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903185 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903170 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903171 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903172 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903173 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903174 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903175 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903176 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903177 4 0.304 0.993 0.000 0.192 0.000 0.808 0.00
#> SRR903186 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903187 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903188 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903189 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903190 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903191 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903192 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903193 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903194 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903195 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903196 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903197 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903198 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903199 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903200 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903201 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903210 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903211 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903212 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903213 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903214 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903215 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903216 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903217 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903202 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903203 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903204 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903205 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903206 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903207 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903208 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903209 5 0.661 0.246 0.344 0.000 0.004 0.192 0.46
#> SRR903218 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903219 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903220 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903221 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903222 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903223 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903224 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903225 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903226 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903227 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903228 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903229 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903230 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903231 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903232 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903233 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903242 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903243 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903244 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903245 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903246 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903247 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903248 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903249 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903234 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903235 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903236 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903237 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903238 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903239 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903240 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903241 2 0.418 0.387 0.000 0.600 0.000 0.400 0.00
#> SRR903258 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903259 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903260 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903261 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903262 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903263 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903264 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903265 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903250 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903251 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903252 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903253 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903254 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903255 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903256 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903257 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903266 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903267 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903268 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903270 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903271 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903272 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903273 5 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 1.00
#> SRR903274 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903275 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903276 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903277 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903278 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903279 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903280 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903281 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903282 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903283 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903284 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903285 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903286 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903287 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903288 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903289 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903290 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903291 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903292 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903293 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903294 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903295 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903296 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903297 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903298 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903299 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903300 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903301 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903302 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903303 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903304 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903305 5 0.429 0.218 0.000 0.460 0.000 0.000 0.54
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.00
#> SRR903324 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903325 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903326 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903327 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903328 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903329 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903330 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903331 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903332 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903333 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903334 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903335 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903336 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903337 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903338 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903339 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903340 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR903341 2 0.000 0.819 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903050 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903051 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903052 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903053 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903054 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903055 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903056 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903057 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903058 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903059 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903060 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903061 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903062 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903063 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903064 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903065 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903066 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903067 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903068 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903069 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903070 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903071 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903072 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903073 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903074 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903075 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903076 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903077 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903078 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903079 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903080 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903081 1 0.385 0.996 0.540 0.000 0 0.000 0.46 0.00
#> SRR903082 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903083 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903084 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903085 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903086 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903087 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903088 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903089 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903090 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903091 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903092 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903093 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903094 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903095 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903096 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903097 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903098 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903099 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903100 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903101 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903102 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903103 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903104 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903105 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903106 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903107 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903108 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903109 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903110 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903111 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903112 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903113 4 0.399 0.788 0.000 0.008 0 0.592 0.00 0.40
#> SRR903114 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903115 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903116 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903117 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903118 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903119 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903121 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903122 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903124 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903125 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903126 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903127 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903128 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903129 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903130 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903131 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903132 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903133 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903134 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903135 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903136 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903137 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903146 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903147 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903148 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903149 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903150 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903151 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903152 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903153 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903138 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903139 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903140 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903141 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903142 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903143 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903144 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903145 1 0.408 0.996 0.532 0.000 0 0.008 0.46 0.00
#> SRR903154 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903155 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903156 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903157 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903158 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903159 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903160 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903161 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903162 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903163 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903164 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903165 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903166 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903167 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903168 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903169 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903178 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903179 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903180 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903181 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903182 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903183 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903184 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903185 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903170 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903171 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903172 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903173 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903174 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903175 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903176 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903177 4 0.376 0.786 0.000 0.000 0 0.600 0.00 0.40
#> SRR903186 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903187 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903188 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903189 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903190 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903191 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903192 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903193 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903194 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903195 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903196 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903197 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903198 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903199 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903200 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903201 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903210 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903211 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903212 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903213 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903214 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903215 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903216 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903217 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903202 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903203 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903204 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903205 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903206 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903207 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903208 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903209 5 0.385 1.000 0.460 0.000 0 0.000 0.54 0.00
#> SRR903218 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903219 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903220 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903221 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903222 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903223 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903224 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903225 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903226 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903227 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903228 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903229 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903230 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903231 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903232 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903233 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903242 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903243 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903244 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903245 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903246 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903247 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903248 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903249 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903234 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903235 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903236 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903237 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903238 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903239 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903240 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903241 4 0.279 0.452 0.000 0.200 0 0.800 0.00 0.00
#> SRR903258 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903259 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903260 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903261 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903262 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903263 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903264 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903265 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903250 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903251 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903252 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903253 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903254 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903255 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903256 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903257 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903266 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903267 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903268 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903270 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903271 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903272 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903273 6 0.385 0.508 0.460 0.000 0 0.000 0.00 0.54
#> SRR903274 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903275 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903276 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903277 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903278 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903279 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903280 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903281 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903282 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903283 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903284 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903285 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903286 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903287 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903288 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903289 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903290 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903291 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903292 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903293 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903294 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903295 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903296 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903297 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903298 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903299 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903300 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903301 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903302 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903303 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903304 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903305 6 0.376 0.698 0.000 0.000 0 0.400 0.00 0.60
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.00 0.00
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0 0.000 0.00 0.00
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.530 0.928 0.941 0.4925 0.502 0.502
#> 3 3 0.631 0.784 0.841 0.3026 0.862 0.725
#> 4 4 0.620 0.717 0.708 0.1082 0.951 0.866
#> 5 5 0.694 0.745 0.787 0.0818 0.867 0.596
#> 6 6 0.724 0.685 0.761 0.0419 0.987 0.935
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902921 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902922 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902923 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902924 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902925 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902926 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902927 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902928 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902929 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902930 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902931 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902932 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902933 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902934 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902935 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902936 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902937 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902938 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902939 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902940 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902941 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902942 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902943 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902944 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902945 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902946 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902947 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902954 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902955 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902956 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902957 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902958 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902959 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902948 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902949 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902950 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902951 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902952 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902953 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902960 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902961 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902962 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902963 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902964 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902965 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902966 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902967 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902968 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902969 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902970 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902971 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902972 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902973 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902974 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902975 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902976 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902977 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902978 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902980 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902981 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902982 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902983 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902984 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902985 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902986 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902987 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902988 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902989 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902990 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902991 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902992 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902993 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902994 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902995 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR902996 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902997 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902998 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR902999 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903000 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903001 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903008 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903009 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903010 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903011 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903012 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903013 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903002 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903003 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903004 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903005 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903006 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903007 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903014 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903015 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903016 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903017 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903018 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903019 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903020 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903021 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903022 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903023 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903024 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903025 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903026 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903027 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903028 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903029 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903030 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903031 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903032 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903033 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903034 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903035 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903036 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903037 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903038 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903039 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903040 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903041 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903042 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903043 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903044 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903045 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903046 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903047 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903048 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903049 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903050 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903051 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903052 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903053 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903054 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903055 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903056 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903057 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903058 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903059 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903060 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903061 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903062 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903063 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903064 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903065 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903066 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903067 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903068 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903069 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903070 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903071 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903072 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903073 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903074 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903075 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903076 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903077 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903078 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903079 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903080 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903081 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903082 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903115 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903116 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903117 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903118 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903119 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903121 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903122 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903124 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903125 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903126 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903127 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903128 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903129 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903130 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903131 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903132 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903133 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903134 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903135 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903136 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903137 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903146 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903139 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903140 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903141 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903142 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903143 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903144 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903145 1 0.605 0.881 0.852 0.148
#> SRR903154 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.936 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903195 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903196 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903197 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903198 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903199 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903200 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903201 1 0.518 0.889 0.884 0.116
#> SRR903210 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903203 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903204 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903205 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903206 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903207 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903208 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903209 1 0.184 0.930 0.972 0.028
#> SRR903218 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903243 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903244 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903245 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903246 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903247 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903248 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903249 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903234 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 0.933 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903259 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903260 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903261 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903262 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903263 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903264 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903265 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903250 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903251 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903252 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903253 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903254 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903255 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903256 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903257 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903266 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903267 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903268 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903270 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903271 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903272 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903273 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903274 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903275 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903276 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903277 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903278 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903279 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903280 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903281 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903282 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903283 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903284 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903285 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903286 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903287 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903288 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903289 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903290 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903291 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903292 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903293 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903294 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903295 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903296 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903297 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903298 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903299 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903300 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903301 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903302 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903303 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903304 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903305 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903306 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903307 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903308 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903309 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903310 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903311 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903312 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903313 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903314 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903315 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903316 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903317 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903318 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903319 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903320 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903321 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903322 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903323 1 0.163 0.945 0.976 0.024
#> SRR903324 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903325 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903326 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903327 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903328 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903329 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903330 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903331 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903332 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903333 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903334 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903335 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903336 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903337 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903338 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903339 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903340 2 0.518 0.931 0.116 0.884
#> SRR903341 2 0.518 0.931 0.116 0.884
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902933 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902934 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902935 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902936 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902937 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902938 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902939 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902940 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902941 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902942 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902997 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902998 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR902999 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903000 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903001 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903008 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903009 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903010 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903011 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903012 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903013 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903002 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903003 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903004 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903005 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903006 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903007 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903014 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903033 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903034 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903035 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903036 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903037 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903038 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903039 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903040 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903041 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903042 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903043 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903044 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903045 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903046 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903047 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903048 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903049 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903050 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903051 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903052 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903053 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903054 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903055 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903056 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903057 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903058 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903059 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903060 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903061 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903062 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903063 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903064 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903065 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903066 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903067 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903068 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903069 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903070 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903071 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903072 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903073 1 0.4750 0.832 0.784 0.000 0.216
#> SRR903074 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903075 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903076 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903077 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903078 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903079 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903080 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903081 1 0.4702 0.832 0.788 0.000 0.212
#> SRR903082 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903083 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903084 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903085 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903086 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903087 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903088 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903089 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903090 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903091 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903092 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903093 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903094 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903095 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903096 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903097 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903098 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903099 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903100 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903101 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903102 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903103 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903104 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903105 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903106 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903107 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903108 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903109 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903110 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903111 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903112 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903113 2 0.6079 0.722 0.388 0.612 0.000
#> SRR903114 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903115 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903116 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903117 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903118 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903119 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903121 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903122 1 0.3752 0.819 0.856 0.000 0.144
#> SRR903124 1 0.3752 0.819 0.856 0.000 0.144
#> SRR903125 1 0.3752 0.819 0.856 0.000 0.144
#> SRR903126 1 0.3752 0.819 0.856 0.000 0.144
#> SRR903127 1 0.3752 0.819 0.856 0.000 0.144
#> SRR903128 1 0.3752 0.819 0.856 0.000 0.144
#> SRR903129 1 0.3752 0.819 0.856 0.000 0.144
#> SRR903130 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903131 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903132 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903133 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903134 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903135 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903136 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903137 1 0.3551 0.814 0.868 0.000 0.132
#> SRR903146 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903147 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903148 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903149 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903150 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903151 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903152 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903153 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903138 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903139 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903140 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903141 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903142 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903143 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903144 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903145 1 0.3482 0.812 0.872 0.000 0.128
#> SRR903154 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903155 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903156 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903157 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903158 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903159 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903160 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903161 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903162 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903163 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903164 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903165 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903166 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903167 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903168 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903169 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903178 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903179 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903180 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903181 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903182 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903183 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903184 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903185 3 0.2772 0.822 0.080 0.004 0.916
#> SRR903170 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903171 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903172 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903173 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903174 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903175 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903176 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903177 2 0.6225 0.703 0.432 0.568 0.000
#> SRR903186 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903187 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903188 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903189 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903190 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903191 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903192 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903193 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903194 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903195 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903196 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903197 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903198 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903199 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903200 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903201 1 0.6286 0.486 0.536 0.000 0.464
#> SRR903210 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903211 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903212 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903213 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903214 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903215 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903216 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903217 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903202 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903203 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903204 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903205 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903206 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903207 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903208 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903209 1 0.6500 0.481 0.532 0.004 0.464
#> SRR903218 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903219 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903220 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903221 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903222 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903223 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903224 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903225 2 0.2625 0.846 0.084 0.916 0.000
#> SRR903226 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903227 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903228 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903229 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903230 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903231 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903232 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903233 2 0.2796 0.846 0.092 0.908 0.000
#> SRR903242 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903243 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903244 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903245 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903246 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903247 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903248 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903249 3 0.6282 0.309 0.384 0.004 0.612
#> SRR903234 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903235 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903236 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903237 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903238 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903239 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903240 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903241 2 0.3192 0.845 0.112 0.888 0.000
#> SRR903258 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903259 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903260 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903261 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903262 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903263 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903264 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903265 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903250 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903251 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903252 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903253 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903254 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903255 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903256 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903257 3 0.5517 0.605 0.268 0.004 0.728
#> SRR903266 3 0.6209 0.361 0.368 0.004 0.628
#> SRR903267 3 0.6209 0.361 0.368 0.004 0.628
#> SRR903268 3 0.6209 0.361 0.368 0.004 0.628
#> SRR903270 3 0.6209 0.361 0.368 0.004 0.628
#> SRR903271 3 0.6209 0.361 0.368 0.004 0.628
#> SRR903272 3 0.6209 0.361 0.368 0.004 0.628
#> SRR903273 3 0.6209 0.361 0.368 0.004 0.628
#> SRR903274 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903275 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903276 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903277 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903278 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903279 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903280 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903281 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903282 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903283 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903284 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903285 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903286 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903287 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903288 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903289 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903290 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903291 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903292 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903293 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903294 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903295 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903296 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903297 2 0.2959 0.826 0.100 0.900 0.000
#> SRR903298 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903299 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903300 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903301 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903302 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903303 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903304 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903305 2 0.3941 0.832 0.156 0.844 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903325 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903326 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903327 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903328 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903329 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903330 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903331 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903332 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903333 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903334 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903335 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903336 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903337 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903338 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903339 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903340 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
#> SRR903341 2 0.0237 0.841 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902933 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902934 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902935 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902936 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902937 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902938 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902939 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902940 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902941 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902942 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902943 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902944 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902945 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902946 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902947 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902954 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902955 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902956 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902957 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902958 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902959 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902948 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902949 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902950 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902951 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902952 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902953 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902960 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902961 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902962 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902963 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902964 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902965 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902966 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902967 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902968 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902969 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902970 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902971 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902972 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902973 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902974 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902975 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902976 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902977 3 0.130 0.932 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR902978 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR902997 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR902998 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR902999 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903000 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903001 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903008 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903009 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903010 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903011 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903012 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903013 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903002 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903003 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903004 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903005 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903006 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903007 4 0.541 0.671 0.012 0.480 0.000 0.508
#> SRR903014 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903033 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903034 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903035 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903036 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903037 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903038 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903039 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903040 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903041 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903042 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903043 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903044 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903045 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903046 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903047 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903048 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903049 4 0.500 0.671 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR903050 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903051 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903052 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903053 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903054 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903055 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903056 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903057 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903058 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903059 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903060 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903061 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903062 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903063 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903064 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903065 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903066 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903067 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903068 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903069 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903070 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903071 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903072 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903073 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903074 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903075 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903076 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903077 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903078 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903079 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903080 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903081 1 0.287 0.807 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903082 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903083 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903084 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903085 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903086 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903087 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903088 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903089 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903090 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903091 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903092 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903093 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903094 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903095 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903096 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903097 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903098 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903099 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903100 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903101 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903102 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903103 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903104 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903105 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903106 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903107 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903108 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903109 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903110 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903111 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903112 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903113 4 0.327 0.625 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR903114 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903115 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903116 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903117 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903118 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903119 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903121 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903122 1 0.362 0.776 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR903124 1 0.362 0.776 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR903125 1 0.362 0.776 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR903126 1 0.362 0.776 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR903127 1 0.362 0.776 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR903128 1 0.362 0.776 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR903129 1 0.362 0.776 0.860 0.064 0.076 0.000
#> SRR903130 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903131 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903132 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903133 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903134 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903135 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903136 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903137 1 0.355 0.775 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR903146 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903147 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903148 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903149 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903150 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903151 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903152 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903153 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903138 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903139 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903140 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903141 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903142 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903143 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903144 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903145 1 0.380 0.773 0.860 0.064 0.068 0.008
#> SRR903154 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903155 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903156 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903157 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903158 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903159 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903160 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903161 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903162 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903163 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903164 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903165 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903166 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903167 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903168 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903169 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903178 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903179 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903180 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903181 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903182 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903183 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903184 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903185 3 0.536 0.338 0.036 0.288 0.676 0.000
#> SRR903170 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903171 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903172 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903173 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903174 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903175 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903176 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903177 4 0.505 0.593 0.176 0.068 0.000 0.756
#> SRR903186 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903187 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903188 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903189 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903190 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903191 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903192 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903193 1 0.737 0.469 0.524 0.244 0.232 0.000
#> SRR903194 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903195 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903196 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903197 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903198 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903199 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903200 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903201 1 0.696 0.553 0.584 0.188 0.228 0.000
#> SRR903210 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903211 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903212 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903213 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903214 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903215 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903216 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903217 4 0.325 0.687 0.008 0.140 0.000 0.852
#> SRR903202 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903203 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903204 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903205 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903206 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903207 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903208 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903209 1 0.735 0.476 0.528 0.240 0.232 0.000
#> SRR903218 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903219 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903220 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903221 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903222 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903223 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903224 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903225 4 0.419 0.688 0.008 0.228 0.000 0.764
#> SRR903226 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903227 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903228 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903229 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903230 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903231 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903232 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903233 4 0.416 0.688 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR903242 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903243 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903244 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903245 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903246 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903247 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903248 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903249 2 0.762 0.784 0.208 0.432 0.360 0.000
#> SRR903234 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903235 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903236 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903237 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903238 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903239 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903240 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903241 4 0.227 0.678 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR903258 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903259 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903260 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903261 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903262 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903263 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903264 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903265 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903250 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903251 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903252 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903253 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903254 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903255 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903256 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903257 2 0.742 0.790 0.168 0.432 0.400 0.000
#> SRR903266 2 0.759 0.794 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR903267 2 0.759 0.794 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR903268 2 0.759 0.794 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR903270 2 0.759 0.794 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR903271 2 0.759 0.794 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR903272 2 0.759 0.794 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR903273 2 0.759 0.794 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR903274 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903275 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903276 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903277 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903278 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903279 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903280 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903281 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903282 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903283 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903284 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903285 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903286 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903287 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903288 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903289 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903290 4 0.671 0.516 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903291 2 0.671 -0.532 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903292 4 0.671 0.516 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903293 4 0.671 0.516 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903294 2 0.671 -0.532 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903295 2 0.671 -0.532 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903296 2 0.671 -0.532 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903297 4 0.671 0.516 0.088 0.456 0.000 0.456
#> SRR903298 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903299 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903300 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903301 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903302 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903303 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903304 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903305 4 0.669 0.528 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR903306 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 0.947 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903325 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903326 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903327 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903328 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903329 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903330 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903331 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903332 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903333 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903334 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903335 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903336 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903337 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903338 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903339 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903340 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR903341 4 0.517 0.671 0.004 0.488 0.000 0.508
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902921 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902922 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902923 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902924 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902925 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902926 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902927 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902928 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902929 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902930 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902931 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902932 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902933 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902934 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902935 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902936 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902937 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902938 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902939 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902940 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902941 2 0.6804 0.987 0.004 0.440 0.000 0.276 0.280
#> SRR902942 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902943 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902944 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902945 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902946 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902947 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902954 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902955 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902956 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902957 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902958 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902959 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902948 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902949 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902950 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902951 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902952 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902953 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902960 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902961 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902962 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902963 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902964 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902965 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902966 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902967 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902968 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902969 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902970 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902971 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902972 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902973 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902974 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902975 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902976 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902977 3 0.3002 0.878 0.000 0.116 0.856 0.000 0.028
#> SRR902978 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902980 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902981 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902982 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902983 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902984 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902985 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902986 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902987 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902988 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902989 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902990 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902991 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902992 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902993 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902994 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902995 3 0.0671 0.907 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR902996 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR902997 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR902998 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR902999 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903000 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903001 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903008 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903009 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903010 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903011 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903012 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903013 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903002 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903003 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903004 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903005 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903006 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903007 2 0.7068 0.979 0.016 0.436 0.000 0.276 0.272
#> SRR903014 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903015 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903016 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903017 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903018 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903019 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903020 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903021 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903022 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903023 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903024 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903025 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903026 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903027 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903028 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903029 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903030 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903031 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903032 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903033 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903034 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903035 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903036 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903037 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903038 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903039 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903040 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903041 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903042 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903043 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903044 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903045 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903046 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903047 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903048 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903049 2 0.6662 0.988 0.000 0.444 0.000 0.276 0.280
#> SRR903050 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903051 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903052 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903053 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903054 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903055 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903056 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903057 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903058 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903059 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903060 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903061 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903062 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903063 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903064 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903065 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903066 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903067 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903068 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903069 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903070 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903071 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903072 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903073 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903074 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903075 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903076 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903077 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903078 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903079 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903080 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903081 1 0.3201 0.814 0.872 0.024 0.044 0.060 0.000
#> SRR903082 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903083 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903084 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903085 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903086 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903087 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903088 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903089 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903090 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903091 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903092 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903093 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903094 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903095 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903096 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903097 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903098 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903099 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903100 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903101 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903102 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903103 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903104 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903105 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903106 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903107 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903108 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903109 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903110 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903111 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903112 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903113 4 0.0671 0.755 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR903114 1 0.4929 0.783 0.780 0.064 0.008 0.080 0.068
#> SRR903115 1 0.4929 0.783 0.780 0.064 0.008 0.080 0.068
#> SRR903116 1 0.4929 0.783 0.780 0.064 0.008 0.080 0.068
#> SRR903117 1 0.4929 0.783 0.780 0.064 0.008 0.080 0.068
#> SRR903118 1 0.4929 0.783 0.780 0.064 0.008 0.080 0.068
#> SRR903119 1 0.4929 0.783 0.780 0.064 0.008 0.080 0.068
#> SRR903121 1 0.4929 0.783 0.780 0.064 0.008 0.080 0.068
#> SRR903122 1 0.5047 0.778 0.772 0.064 0.008 0.080 0.076
#> SRR903124 1 0.5047 0.778 0.772 0.064 0.008 0.080 0.076
#> SRR903125 1 0.5047 0.778 0.772 0.064 0.008 0.080 0.076
#> SRR903126 1 0.5047 0.778 0.772 0.064 0.008 0.080 0.076
#> SRR903127 1 0.5047 0.778 0.772 0.064 0.008 0.080 0.076
#> SRR903128 1 0.5047 0.778 0.772 0.064 0.008 0.080 0.076
#> SRR903129 1 0.5047 0.778 0.772 0.064 0.008 0.080 0.076
#> SRR903130 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903131 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903132 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903133 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903134 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903135 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903136 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903137 1 0.4988 0.781 0.776 0.064 0.008 0.080 0.072
#> SRR903146 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903147 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903148 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903149 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903150 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903151 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903152 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903153 4 0.3361 0.744 0.024 0.036 0.000 0.860 0.080
#> SRR903138 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903139 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903140 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903141 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903142 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903143 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903144 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903145 1 0.4867 0.785 0.784 0.064 0.008 0.080 0.064
#> SRR903154 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903155 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903156 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903157 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903158 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903159 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903160 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903161 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903162 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903163 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903164 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903165 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903166 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903167 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903168 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903169 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903178 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903179 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903180 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903181 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903182 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903183 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903184 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903185 3 0.6426 0.380 0.084 0.392 0.492 0.000 0.032
#> SRR903170 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903171 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903172 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903173 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903174 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903175 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903176 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903177 4 0.3439 0.745 0.024 0.040 0.000 0.856 0.080
#> SRR903186 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903187 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903188 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903189 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903190 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903191 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903192 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903193 1 0.5964 0.556 0.592 0.312 0.064 0.000 0.032
#> SRR903194 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903195 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903196 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903197 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903198 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903199 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903200 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903201 1 0.5311 0.619 0.660 0.264 0.064 0.000 0.012
#> SRR903210 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903211 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903212 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903213 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903214 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903215 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903216 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903217 4 0.5513 0.399 0.012 0.084 0.000 0.652 0.252
#> SRR903202 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903203 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903204 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903205 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903206 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903207 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903208 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903209 1 0.5784 0.581 0.620 0.288 0.064 0.000 0.028
#> SRR903218 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903219 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903220 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903221 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903222 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903223 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903224 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903225 4 0.6475 0.025 0.012 0.156 0.000 0.528 0.304
#> SRR903226 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903227 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903228 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903229 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903230 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903231 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903232 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903233 4 0.6415 0.072 0.012 0.152 0.000 0.540 0.296
#> SRR903242 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903243 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903244 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903245 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903246 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903247 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903248 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903249 5 0.7569 0.565 0.116 0.292 0.120 0.000 0.472
#> SRR903234 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903235 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903236 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903237 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903238 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903239 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903240 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903241 4 0.4450 0.577 0.012 0.044 0.000 0.756 0.188
#> SRR903258 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903259 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903260 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903261 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903262 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903263 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903264 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903265 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903250 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903251 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903252 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903253 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903254 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903255 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903256 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903257 5 0.7531 0.577 0.096 0.288 0.140 0.000 0.476
#> SRR903266 5 0.7564 0.572 0.108 0.292 0.128 0.000 0.472
#> SRR903267 5 0.7564 0.572 0.108 0.292 0.128 0.000 0.472
#> SRR903268 5 0.7564 0.572 0.108 0.292 0.128 0.000 0.472
#> SRR903270 5 0.7564 0.572 0.108 0.292 0.128 0.000 0.472
#> SRR903271 5 0.7564 0.572 0.108 0.292 0.128 0.000 0.472
#> SRR903272 5 0.7564 0.572 0.108 0.292 0.128 0.000 0.472
#> SRR903273 5 0.7564 0.572 0.108 0.292 0.128 0.000 0.472
#> SRR903274 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903275 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903276 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903277 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903278 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903279 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903280 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903281 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903282 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903283 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903284 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903285 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903286 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903287 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903288 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903289 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903290 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903291 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903292 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903293 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903294 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903295 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903296 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903297 5 0.2408 0.475 0.000 0.016 0.000 0.092 0.892
#> SRR903298 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903299 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903300 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903301 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903302 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903303 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903304 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903305 5 0.2732 0.537 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR903306 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903307 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903308 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903309 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903310 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903311 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903312 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903313 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903314 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903315 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903316 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903317 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903318 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903319 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903320 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903321 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903322 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903323 3 0.0609 0.910 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903324 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903325 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903326 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903327 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903328 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903329 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903330 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903331 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903332 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903333 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903334 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903335 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903336 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903337 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903338 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903339 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903340 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
#> SRR903341 2 0.7005 0.985 0.012 0.432 0.000 0.276 0.280
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902933 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902934 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902935 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902936 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902937 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902938 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902939 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902940 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902941 2 0.2432 0.9662 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024 0.000
#> SRR902942 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902943 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902944 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902945 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902946 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902947 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902954 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902955 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902956 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902957 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902958 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902959 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902948 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902949 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902950 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902951 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902952 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902953 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902960 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902961 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902962 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902963 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902964 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902965 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902966 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902967 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902968 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902969 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902970 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902971 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902972 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902973 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902974 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902975 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902976 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902977 3 0.5066 0.7148 0.000 0.016 0.680 0.004 0.192 0.108
#> SRR902978 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902980 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902981 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902982 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902983 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902984 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902985 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902986 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902987 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902988 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902989 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902990 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902991 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902992 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902993 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902994 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902995 3 0.3214 0.7935 0.000 0.068 0.860 0.028 0.012 0.032
#> SRR902996 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR902997 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR902998 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR902999 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903000 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903001 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903008 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903009 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903010 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903011 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903012 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903013 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903002 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903003 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903004 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903005 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903006 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903007 2 0.3497 0.9416 0.004 0.820 0.000 0.100 0.072 0.004
#> SRR903014 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903015 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903016 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903017 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903018 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903019 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903020 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903021 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903022 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903023 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903024 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903025 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903026 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903027 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903028 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903029 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903030 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903031 3 0.0146 0.8312 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903032 2 0.2425 0.9676 0.008 0.880 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903033 2 0.2425 0.9676 0.008 0.880 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903034 2 0.2425 0.9676 0.008 0.880 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903035 2 0.2425 0.9676 0.008 0.880 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903036 2 0.2425 0.9676 0.008 0.880 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903037 2 0.2425 0.9676 0.008 0.880 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903038 2 0.2213 0.9681 0.004 0.888 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR903039 2 0.2213 0.9681 0.004 0.888 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR903040 2 0.2213 0.9681 0.004 0.888 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR903041 2 0.2213 0.9681 0.004 0.888 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR903042 2 0.2213 0.9681 0.004 0.888 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR903043 2 0.2213 0.9681 0.004 0.888 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR903044 2 0.2313 0.9676 0.004 0.884 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903045 2 0.2313 0.9676 0.004 0.884 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903046 2 0.2313 0.9676 0.004 0.884 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903047 2 0.2313 0.9676 0.004 0.884 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903048 2 0.2313 0.9676 0.004 0.884 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903049 2 0.2313 0.9676 0.004 0.884 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR903050 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0865 0.7388 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903083 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903084 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903085 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903086 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903087 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903088 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903089 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903090 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903091 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903092 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903093 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903094 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903095 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903096 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903097 4 0.3026 0.7483 0.068 0.036 0.000 0.868 0.008 0.020
#> SRR903098 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903099 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903100 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903101 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903102 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903103 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903104 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903105 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903106 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903107 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903108 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903109 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903110 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903111 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903112 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903113 4 0.2982 0.7483 0.064 0.036 0.000 0.872 0.012 0.016
#> SRR903114 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903115 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903116 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903117 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903118 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903119 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903121 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903122 1 0.4773 0.7128 0.768 0.008 0.020 0.036 0.080 0.088
#> SRR903124 1 0.4773 0.7128 0.768 0.008 0.020 0.036 0.080 0.088
#> SRR903125 1 0.4773 0.7128 0.768 0.008 0.020 0.036 0.080 0.088
#> SRR903126 1 0.4773 0.7128 0.768 0.008 0.020 0.036 0.080 0.088
#> SRR903127 1 0.4773 0.7128 0.768 0.008 0.020 0.036 0.080 0.088
#> SRR903128 1 0.4773 0.7128 0.768 0.008 0.020 0.036 0.080 0.088
#> SRR903129 1 0.4773 0.7128 0.768 0.008 0.020 0.036 0.080 0.088
#> SRR903130 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903131 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903132 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903133 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903134 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903135 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903136 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903137 1 0.4674 0.7180 0.776 0.008 0.020 0.036 0.080 0.080
#> SRR903146 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903147 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903148 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903149 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903150 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903151 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903152 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903153 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903138 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903139 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903140 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903141 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903142 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903143 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903144 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903145 1 0.4571 0.7221 0.784 0.008 0.020 0.036 0.076 0.076
#> SRR903154 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903155 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903156 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903157 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903158 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903159 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903160 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903161 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903162 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903163 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903164 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903165 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903166 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903167 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903168 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903169 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903178 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903179 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903180 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903181 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903182 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903183 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903184 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903185 5 0.5163 0.6868 0.052 0.008 0.316 0.000 0.608 0.016
#> SRR903170 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903171 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903172 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903173 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903174 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903175 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903176 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903177 4 0.3721 0.7364 0.072 0.000 0.000 0.820 0.060 0.048
#> SRR903186 1 0.4985 -0.1308 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903187 1 0.4985 -0.1308 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903188 5 0.4985 0.0400 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903189 5 0.4985 0.0400 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903190 1 0.4985 -0.1308 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903191 5 0.4985 0.0400 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903192 1 0.4985 -0.1308 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903193 5 0.4985 0.0400 0.472 0.000 0.048 0.000 0.472 0.008
#> SRR903194 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903195 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903196 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903197 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903198 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903199 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903200 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903201 1 0.4942 0.0732 0.532 0.000 0.048 0.000 0.412 0.008
#> SRR903210 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903211 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903212 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903213 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903214 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903215 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903216 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903217 4 0.6566 0.4692 0.000 0.192 0.000 0.536 0.088 0.184
#> SRR903202 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903203 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903204 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903205 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903206 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903207 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903208 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903209 1 0.4978 -0.0440 0.496 0.000 0.048 0.000 0.448 0.008
#> SRR903218 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903219 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903220 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903221 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903222 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903223 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903224 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903225 4 0.7047 0.2046 0.000 0.324 0.000 0.396 0.088 0.192
#> SRR903226 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903227 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903228 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903229 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903230 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903231 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903232 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903233 4 0.7032 0.2344 0.000 0.312 0.000 0.408 0.088 0.192
#> SRR903242 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903243 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903244 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903245 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903246 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903247 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903248 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903249 6 0.5602 0.4972 0.040 0.000 0.056 0.000 0.408 0.496
#> SRR903234 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903235 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903236 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903237 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903238 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903239 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903240 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903241 4 0.6334 0.5200 0.000 0.152 0.000 0.576 0.096 0.176
#> SRR903258 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903259 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903260 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903261 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903262 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903263 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903264 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903265 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903250 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903251 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903252 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903253 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903254 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903255 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903256 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903257 6 0.5601 0.4963 0.028 0.000 0.072 0.000 0.404 0.496
#> SRR903266 6 0.5592 0.4990 0.036 0.000 0.060 0.000 0.408 0.496
#> SRR903267 6 0.5592 0.4990 0.036 0.000 0.060 0.000 0.408 0.496
#> SRR903268 6 0.5592 0.4990 0.036 0.000 0.060 0.000 0.408 0.496
#> SRR903270 6 0.5592 0.4990 0.036 0.000 0.060 0.000 0.408 0.496
#> SRR903271 6 0.5592 0.4990 0.036 0.000 0.060 0.000 0.408 0.496
#> SRR903272 6 0.5592 0.4990 0.036 0.000 0.060 0.000 0.408 0.496
#> SRR903273 6 0.5592 0.4990 0.036 0.000 0.060 0.000 0.408 0.496
#> SRR903274 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903275 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903276 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903277 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903278 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903279 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903280 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903281 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903282 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903283 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903284 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903285 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903286 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903287 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903288 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903289 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903290 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903291 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903292 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903293 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903294 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903295 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903296 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903297 6 0.4002 0.6408 0.000 0.188 0.000 0.068 0.000 0.744
#> SRR903298 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903299 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903300 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903301 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903302 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903303 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903304 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903305 6 0.4094 0.6542 0.000 0.168 0.000 0.088 0.000 0.744
#> SRR903306 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.8314 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903325 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903326 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903327 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903328 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903329 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903330 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903331 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903332 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903333 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903334 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903335 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903336 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903337 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903338 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903339 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903340 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR903341 2 0.2361 0.9664 0.004 0.880 0.000 0.104 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 0.765 0.817 0.901 0.2995 0.862 0.725
#> 4 4 0.845 0.935 0.927 0.1306 0.901 0.728
#> 5 5 0.894 0.886 0.921 0.0718 0.927 0.735
#> 6 6 0.931 0.860 0.914 0.0404 0.968 0.849
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0 1 1 0
#> SRR902921 1 0 1 1 0
#> SRR902922 1 0 1 1 0
#> SRR902923 1 0 1 1 0
#> SRR902924 1 0 1 1 0
#> SRR902925 1 0 1 1 0
#> SRR902926 1 0 1 1 0
#> SRR902927 1 0 1 1 0
#> SRR902928 1 0 1 1 0
#> SRR902929 1 0 1 1 0
#> SRR902930 1 0 1 1 0
#> SRR902931 1 0 1 1 0
#> SRR902932 2 0 1 0 1
#> SRR902933 2 0 1 0 1
#> SRR902934 2 0 1 0 1
#> SRR902935 2 0 1 0 1
#> SRR902936 2 0 1 0 1
#> SRR902937 2 0 1 0 1
#> SRR902938 2 0 1 0 1
#> SRR902939 2 0 1 0 1
#> SRR902940 2 0 1 0 1
#> SRR902941 2 0 1 0 1
#> SRR902942 1 0 1 1 0
#> SRR902943 1 0 1 1 0
#> SRR902944 1 0 1 1 0
#> SRR902945 1 0 1 1 0
#> SRR902946 1 0 1 1 0
#> SRR902947 1 0 1 1 0
#> SRR902954 1 0 1 1 0
#> SRR902955 1 0 1 1 0
#> SRR902956 1 0 1 1 0
#> SRR902957 1 0 1 1 0
#> SRR902958 1 0 1 1 0
#> SRR902959 1 0 1 1 0
#> SRR902948 1 0 1 1 0
#> SRR902949 1 0 1 1 0
#> SRR902950 1 0 1 1 0
#> SRR902951 1 0 1 1 0
#> SRR902952 1 0 1 1 0
#> SRR902953 1 0 1 1 0
#> SRR902960 1 0 1 1 0
#> SRR902961 1 0 1 1 0
#> SRR902962 1 0 1 1 0
#> SRR902963 1 0 1 1 0
#> SRR902964 1 0 1 1 0
#> SRR902965 1 0 1 1 0
#> SRR902966 1 0 1 1 0
#> SRR902967 1 0 1 1 0
#> SRR902968 1 0 1 1 0
#> SRR902969 1 0 1 1 0
#> SRR902970 1 0 1 1 0
#> SRR902971 1 0 1 1 0
#> SRR902972 1 0 1 1 0
#> SRR902973 1 0 1 1 0
#> SRR902974 1 0 1 1 0
#> SRR902975 1 0 1 1 0
#> SRR902976 1 0 1 1 0
#> SRR902977 1 0 1 1 0
#> SRR902978 1 0 1 1 0
#> SRR902980 1 0 1 1 0
#> SRR902981 1 0 1 1 0
#> SRR902982 1 0 1 1 0
#> SRR902983 1 0 1 1 0
#> SRR902984 1 0 1 1 0
#> SRR902985 1 0 1 1 0
#> SRR902986 1 0 1 1 0
#> SRR902987 1 0 1 1 0
#> SRR902988 1 0 1 1 0
#> SRR902989 1 0 1 1 0
#> SRR902990 1 0 1 1 0
#> SRR902991 1 0 1 1 0
#> SRR902992 1 0 1 1 0
#> SRR902993 1 0 1 1 0
#> SRR902994 1 0 1 1 0
#> SRR902995 1 0 1 1 0
#> SRR902996 2 0 1 0 1
#> SRR902997 2 0 1 0 1
#> SRR902998 2 0 1 0 1
#> SRR902999 2 0 1 0 1
#> SRR903000 2 0 1 0 1
#> SRR903001 2 0 1 0 1
#> SRR903008 2 0 1 0 1
#> SRR903009 2 0 1 0 1
#> SRR903010 2 0 1 0 1
#> SRR903011 2 0 1 0 1
#> SRR903012 2 0 1 0 1
#> SRR903013 2 0 1 0 1
#> SRR903002 2 0 1 0 1
#> SRR903003 2 0 1 0 1
#> SRR903004 2 0 1 0 1
#> SRR903005 2 0 1 0 1
#> SRR903006 2 0 1 0 1
#> SRR903007 2 0 1 0 1
#> SRR903014 1 0 1 1 0
#> SRR903015 1 0 1 1 0
#> SRR903016 1 0 1 1 0
#> SRR903017 1 0 1 1 0
#> SRR903018 1 0 1 1 0
#> SRR903019 1 0 1 1 0
#> SRR903020 1 0 1 1 0
#> SRR903021 1 0 1 1 0
#> SRR903022 1 0 1 1 0
#> SRR903023 1 0 1 1 0
#> SRR903024 1 0 1 1 0
#> SRR903025 1 0 1 1 0
#> SRR903026 1 0 1 1 0
#> SRR903027 1 0 1 1 0
#> SRR903028 1 0 1 1 0
#> SRR903029 1 0 1 1 0
#> SRR903030 1 0 1 1 0
#> SRR903031 1 0 1 1 0
#> SRR903032 2 0 1 0 1
#> SRR903033 2 0 1 0 1
#> SRR903034 2 0 1 0 1
#> SRR903035 2 0 1 0 1
#> SRR903036 2 0 1 0 1
#> SRR903037 2 0 1 0 1
#> SRR903038 2 0 1 0 1
#> SRR903039 2 0 1 0 1
#> SRR903040 2 0 1 0 1
#> SRR903041 2 0 1 0 1
#> SRR903042 2 0 1 0 1
#> SRR903043 2 0 1 0 1
#> SRR903044 2 0 1 0 1
#> SRR903045 2 0 1 0 1
#> SRR903046 2 0 1 0 1
#> SRR903047 2 0 1 0 1
#> SRR903048 2 0 1 0 1
#> SRR903049 2 0 1 0 1
#> SRR903050 1 0 1 1 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0
#> SRR903082 2 0 1 0 1
#> SRR903083 2 0 1 0 1
#> SRR903084 2 0 1 0 1
#> SRR903085 2 0 1 0 1
#> SRR903086 2 0 1 0 1
#> SRR903087 2 0 1 0 1
#> SRR903088 2 0 1 0 1
#> SRR903089 2 0 1 0 1
#> SRR903090 2 0 1 0 1
#> SRR903091 2 0 1 0 1
#> SRR903092 2 0 1 0 1
#> SRR903093 2 0 1 0 1
#> SRR903094 2 0 1 0 1
#> SRR903095 2 0 1 0 1
#> SRR903096 2 0 1 0 1
#> SRR903097 2 0 1 0 1
#> SRR903098 2 0 1 0 1
#> SRR903099 2 0 1 0 1
#> SRR903100 2 0 1 0 1
#> SRR903101 2 0 1 0 1
#> SRR903102 2 0 1 0 1
#> SRR903103 2 0 1 0 1
#> SRR903104 2 0 1 0 1
#> SRR903105 2 0 1 0 1
#> SRR903106 2 0 1 0 1
#> SRR903107 2 0 1 0 1
#> SRR903108 2 0 1 0 1
#> SRR903109 2 0 1 0 1
#> SRR903110 2 0 1 0 1
#> SRR903111 2 0 1 0 1
#> SRR903112 2 0 1 0 1
#> SRR903113 2 0 1 0 1
#> SRR903114 1 0 1 1 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0
#> SRR903146 2 0 1 0 1
#> SRR903147 2 0 1 0 1
#> SRR903148 2 0 1 0 1
#> SRR903149 2 0 1 0 1
#> SRR903150 2 0 1 0 1
#> SRR903151 2 0 1 0 1
#> SRR903152 2 0 1 0 1
#> SRR903153 2 0 1 0 1
#> SRR903138 1 0 1 1 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0
#> SRR903154 2 0 1 0 1
#> SRR903155 2 0 1 0 1
#> SRR903156 2 0 1 0 1
#> SRR903157 2 0 1 0 1
#> SRR903158 2 0 1 0 1
#> SRR903159 2 0 1 0 1
#> SRR903160 2 0 1 0 1
#> SRR903161 2 0 1 0 1
#> SRR903162 2 0 1 0 1
#> SRR903163 2 0 1 0 1
#> SRR903164 2 0 1 0 1
#> SRR903165 2 0 1 0 1
#> SRR903166 2 0 1 0 1
#> SRR903167 2 0 1 0 1
#> SRR903168 2 0 1 0 1
#> SRR903169 2 0 1 0 1
#> SRR903178 1 0 1 1 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0
#> SRR903170 2 0 1 0 1
#> SRR903171 2 0 1 0 1
#> SRR903172 2 0 1 0 1
#> SRR903173 2 0 1 0 1
#> SRR903174 2 0 1 0 1
#> SRR903175 2 0 1 0 1
#> SRR903176 2 0 1 0 1
#> SRR903177 2 0 1 0 1
#> SRR903186 1 0 1 1 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0
#> SRR903210 2 0 1 0 1
#> SRR903211 2 0 1 0 1
#> SRR903212 2 0 1 0 1
#> SRR903213 2 0 1 0 1
#> SRR903214 2 0 1 0 1
#> SRR903215 2 0 1 0 1
#> SRR903216 2 0 1 0 1
#> SRR903217 2 0 1 0 1
#> SRR903202 1 0 1 1 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0
#> SRR903218 2 0 1 0 1
#> SRR903219 2 0 1 0 1
#> SRR903220 2 0 1 0 1
#> SRR903221 2 0 1 0 1
#> SRR903222 2 0 1 0 1
#> SRR903223 2 0 1 0 1
#> SRR903224 2 0 1 0 1
#> SRR903225 2 0 1 0 1
#> SRR903226 2 0 1 0 1
#> SRR903227 2 0 1 0 1
#> SRR903228 2 0 1 0 1
#> SRR903229 2 0 1 0 1
#> SRR903230 2 0 1 0 1
#> SRR903231 2 0 1 0 1
#> SRR903232 2 0 1 0 1
#> SRR903233 2 0 1 0 1
#> SRR903242 1 0 1 1 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0
#> SRR903234 2 0 1 0 1
#> SRR903235 2 0 1 0 1
#> SRR903236 2 0 1 0 1
#> SRR903237 2 0 1 0 1
#> SRR903238 2 0 1 0 1
#> SRR903239 2 0 1 0 1
#> SRR903240 2 0 1 0 1
#> SRR903241 2 0 1 0 1
#> SRR903258 1 0 1 1 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0
#> SRR903274 2 0 1 0 1
#> SRR903275 2 0 1 0 1
#> SRR903276 2 0 1 0 1
#> SRR903277 2 0 1 0 1
#> SRR903278 2 0 1 0 1
#> SRR903279 2 0 1 0 1
#> SRR903280 2 0 1 0 1
#> SRR903281 2 0 1 0 1
#> SRR903282 2 0 1 0 1
#> SRR903283 2 0 1 0 1
#> SRR903284 2 0 1 0 1
#> SRR903285 2 0 1 0 1
#> SRR903286 2 0 1 0 1
#> SRR903287 2 0 1 0 1
#> SRR903288 2 0 1 0 1
#> SRR903289 2 0 1 0 1
#> SRR903290 2 0 1 0 1
#> SRR903291 2 0 1 0 1
#> SRR903292 2 0 1 0 1
#> SRR903293 2 0 1 0 1
#> SRR903294 2 0 1 0 1
#> SRR903295 2 0 1 0 1
#> SRR903296 2 0 1 0 1
#> SRR903297 2 0 1 0 1
#> SRR903298 2 0 1 0 1
#> SRR903299 2 0 1 0 1
#> SRR903300 2 0 1 0 1
#> SRR903301 2 0 1 0 1
#> SRR903302 2 0 1 0 1
#> SRR903303 2 0 1 0 1
#> SRR903304 2 0 1 0 1
#> SRR903305 2 0 1 0 1
#> SRR903306 1 0 1 1 0
#> SRR903307 1 0 1 1 0
#> SRR903308 1 0 1 1 0
#> SRR903309 1 0 1 1 0
#> SRR903310 1 0 1 1 0
#> SRR903311 1 0 1 1 0
#> SRR903312 1 0 1 1 0
#> SRR903313 1 0 1 1 0
#> SRR903314 1 0 1 1 0
#> SRR903315 1 0 1 1 0
#> SRR903316 1 0 1 1 0
#> SRR903317 1 0 1 1 0
#> SRR903318 1 0 1 1 0
#> SRR903319 1 0 1 1 0
#> SRR903320 1 0 1 1 0
#> SRR903321 1 0 1 1 0
#> SRR903322 1 0 1 1 0
#> SRR903323 1 0 1 1 0
#> SRR903324 2 0 1 0 1
#> SRR903325 2 0 1 0 1
#> SRR903326 2 0 1 0 1
#> SRR903327 2 0 1 0 1
#> SRR903328 2 0 1 0 1
#> SRR903329 2 0 1 0 1
#> SRR903330 2 0 1 0 1
#> SRR903331 2 0 1 0 1
#> SRR903332 2 0 1 0 1
#> SRR903333 2 0 1 0 1
#> SRR903334 2 0 1 0 1
#> SRR903335 2 0 1 0 1
#> SRR903336 2 0 1 0 1
#> SRR903337 2 0 1 0 1
#> SRR903338 2 0 1 0 1
#> SRR903339 2 0 1 0 1
#> SRR903340 2 0 1 0 1
#> SRR903341 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903050 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903051 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903052 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903053 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903054 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903055 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903056 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903057 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903058 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903059 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903060 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903061 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903062 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903063 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903064 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903065 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903066 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903067 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903068 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903069 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903070 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903071 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903072 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903073 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903074 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903075 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903076 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903077 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903078 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903079 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903080 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903081 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903082 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903083 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903084 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903085 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903086 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903087 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903088 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903089 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903090 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903091 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903092 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903093 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903094 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903095 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903096 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903097 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903098 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903099 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903100 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903101 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903102 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903103 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903104 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903105 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903106 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903107 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903108 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903109 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903110 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903111 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903112 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903113 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903114 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903115 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903116 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903117 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903118 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903119 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903121 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903122 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903124 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903125 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903126 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903127 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903128 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903129 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903130 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903131 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903132 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903133 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903134 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903135 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903136 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903137 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903146 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903147 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903148 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903149 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903150 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903151 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903152 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903153 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903138 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903139 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903140 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903141 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903142 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903143 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903144 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903145 1 0.0892 0.849 0.980 0.00 0.020
#> SRR903154 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903155 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903156 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903157 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903158 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903159 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903160 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903161 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903162 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903163 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903164 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903165 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903166 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903167 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903168 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903169 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903178 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903179 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903180 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903181 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903182 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903183 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903184 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903185 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903170 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903171 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903172 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903173 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903174 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903175 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903176 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903177 2 0.6126 0.603 0.400 0.60 0.000
#> SRR903186 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903187 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903188 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903189 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903190 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903191 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903192 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903193 1 0.6204 0.375 0.576 0.00 0.424
#> SRR903194 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903195 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903196 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903197 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903198 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903199 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903200 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903201 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903210 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903202 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903203 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903204 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903205 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903206 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903207 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903208 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903209 1 0.6192 0.384 0.580 0.00 0.420
#> SRR903218 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903242 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903243 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903244 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903245 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903246 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903247 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903248 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903249 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903234 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903258 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903259 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903260 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903261 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903262 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903263 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903264 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903265 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903250 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903251 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903252 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903253 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903254 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903255 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903256 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903257 3 0.3267 0.890 0.116 0.00 0.884
#> SRR903266 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903267 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903268 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903270 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903271 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903272 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903273 3 0.3619 0.869 0.136 0.00 0.864
#> SRR903274 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903275 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903276 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903277 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903278 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903279 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903280 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903281 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903282 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903283 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903284 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903285 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903286 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903287 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903288 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903289 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903290 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903291 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903292 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903293 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903294 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903295 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903296 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903297 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903298 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903299 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903300 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903301 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903302 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903303 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903304 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903305 2 0.0892 0.839 0.020 0.98 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.970 0.000 0.00 1.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.848 0.000 1.00 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903051 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903052 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903053 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903054 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903055 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903056 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903057 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903058 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903059 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903060 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903061 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903062 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903063 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903064 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903065 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903066 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903067 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903068 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903069 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903070 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903071 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903072 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903073 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903074 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903075 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903076 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903077 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903078 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903079 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903080 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903081 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903082 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903083 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903084 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903085 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903086 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903087 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903088 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903089 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903090 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903091 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903092 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903093 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903094 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903095 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903096 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903097 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903098 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903099 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903100 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903101 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903102 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903103 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903104 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903105 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903106 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903107 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903108 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903109 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903110 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903111 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903112 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903113 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903114 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903115 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903116 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903117 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903118 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903119 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903121 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903122 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903124 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903125 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903126 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903127 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903128 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903129 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903130 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903131 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903132 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903133 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903134 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903135 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903136 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903137 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903146 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903147 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903148 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903149 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903150 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903151 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903152 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903153 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903138 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903139 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903140 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903141 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903142 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903143 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903144 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903145 1 0.1022 0.987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR903154 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903155 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903156 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903157 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903158 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903159 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903160 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903161 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903162 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903163 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903164 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903165 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903166 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903167 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903168 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903169 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903178 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903179 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903180 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903181 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903182 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903183 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903184 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903185 3 0.1488 0.928 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR903170 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903171 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903172 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903173 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903174 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903175 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903176 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903177 4 0.3764 0.993 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR903186 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903187 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903188 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903189 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903190 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903191 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903192 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903193 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903194 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903195 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903196 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903197 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903198 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903199 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903200 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903201 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903210 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903202 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903203 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903204 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903205 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903206 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903207 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903208 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903209 1 0.0469 0.967 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903218 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903242 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903243 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903244 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903245 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903246 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903247 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903248 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903249 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903234 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903235 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903236 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903237 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903238 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903239 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903240 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903241 4 0.4134 0.943 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR903258 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903259 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903260 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903261 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903262 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903263 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903264 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903265 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903250 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903251 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903252 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903253 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903254 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903255 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903256 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903257 3 0.4728 0.814 0.032 0.000 0.752 0.216
#> SRR903266 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903267 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903268 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903270 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903271 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903272 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903273 3 0.4818 0.811 0.036 0.000 0.748 0.216
#> SRR903274 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903275 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903276 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903277 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903278 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903279 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903280 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903281 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903282 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903283 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903284 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903285 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903286 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903287 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903288 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903289 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903290 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903291 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903292 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903293 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903294 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903295 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903296 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903297 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903298 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903299 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903300 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903301 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903302 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903303 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903304 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903305 2 0.3649 0.802 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903306 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.948 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902933 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902934 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902935 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902936 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902937 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902938 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902939 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902940 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902941 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902997 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902998 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902999 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903000 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903001 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903008 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903009 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903010 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903011 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903012 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903013 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903002 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903003 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903004 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903005 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903006 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903007 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903033 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903034 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903035 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903036 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903037 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903038 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903039 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903040 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903041 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903042 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903043 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903044 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903045 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903046 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903047 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903048 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903049 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903083 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903084 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903085 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903086 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903087 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903088 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903089 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903090 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903091 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903092 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903093 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903094 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903095 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903096 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903097 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903098 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903099 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903100 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903101 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903102 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903103 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903104 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903105 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903106 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903107 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903108 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903109 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903110 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903111 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903112 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903113 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903114 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903115 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903116 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903117 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903118 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903119 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903121 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903122 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903124 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903125 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903126 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903127 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903128 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903129 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903130 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903131 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903132 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903133 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903134 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903135 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903136 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903137 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903146 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903147 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903148 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903149 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903150 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903151 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903152 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903153 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903138 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903139 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903140 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903141 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903142 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903143 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903144 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903145 1 0.0290 0.995 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903154 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903155 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903156 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903157 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903158 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903159 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903160 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903161 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903162 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903163 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903164 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903165 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903166 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903167 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903168 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903169 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903178 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903179 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903180 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903181 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903182 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903183 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903184 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903185 5 0.4517 0.324 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR903170 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903171 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903172 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903173 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903174 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903175 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903176 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903177 4 0.0290 0.991 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903186 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903187 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903188 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903189 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903190 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903191 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903192 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903193 5 0.4268 0.464 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903194 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903195 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903196 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903197 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903198 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903199 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903200 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903201 5 0.4287 0.437 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR903210 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903211 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903212 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903213 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903214 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903215 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903216 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903217 2 0.3596 0.791 0.000 0.784 0.000 0.200 0.016
#> SRR903202 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903203 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903204 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903205 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903206 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903207 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903208 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903209 5 0.4273 0.459 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903218 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903219 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903220 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903221 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903222 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903223 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903224 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903225 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903226 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903227 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903228 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903229 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903230 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903231 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903232 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903233 2 0.2920 0.845 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR903242 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903243 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903244 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903245 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903246 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903247 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903248 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903249 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903234 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903235 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903236 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903237 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903238 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903239 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903240 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903241 4 0.1914 0.927 0.000 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR903258 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903259 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903260 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903261 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903262 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903263 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903264 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903265 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903250 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903251 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903252 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903253 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903254 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903255 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903256 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903257 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903266 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903267 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903268 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903270 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903271 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903272 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903273 5 0.0963 0.737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903274 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903275 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903276 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903277 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903278 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903279 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903280 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903281 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903282 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903283 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903284 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903285 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903286 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903287 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903288 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903289 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903290 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903291 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903292 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903293 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903294 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903295 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903296 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903297 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903298 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903299 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903300 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903301 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903302 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903303 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903304 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903305 2 0.3774 0.742 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903325 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903326 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903327 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903328 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903329 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903330 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903331 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903332 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903333 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903334 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903335 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903336 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903337 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903338 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903339 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903340 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903341 2 0.0703 0.888 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902943 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902944 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902945 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902946 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902947 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902954 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902955 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902956 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902957 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902958 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902959 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902948 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902949 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902950 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902951 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902952 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902953 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902960 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902961 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902962 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902963 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902964 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902965 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902966 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902967 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902968 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902969 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902970 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902971 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902972 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902973 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902974 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902975 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902976 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902977 3 0.0146 0.9977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902978 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903051 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903052 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903053 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903054 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903055 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903056 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903057 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903058 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903059 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903060 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903061 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903062 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903063 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903064 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903065 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903066 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903067 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903068 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903069 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903070 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903071 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903072 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903073 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903074 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903075 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903076 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903077 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903078 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903079 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903080 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903081 1 0.0865 0.9678 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR903082 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903083 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903084 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903085 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903086 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903087 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903088 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903089 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903090 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903091 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903092 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903093 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903094 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903095 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903096 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903097 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903098 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903099 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903100 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903101 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903102 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903103 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903104 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903105 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903106 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903107 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903108 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903109 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903110 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903111 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903112 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903113 4 0.0260 0.9534 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903114 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903115 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903116 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903117 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903118 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903119 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903121 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903122 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903124 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903125 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903126 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903127 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903128 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903129 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903130 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903131 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903132 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903133 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903134 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903135 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903136 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903137 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903146 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903139 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903140 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903141 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903142 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903143 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903144 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903145 1 0.0632 0.9660 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR903154 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903179 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903180 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903181 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903182 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903183 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903184 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903185 5 0.4676 0.5674 0.008 0.000 0.312 0.000 0.632 0.048
#> SRR903170 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903187 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903188 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903189 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903190 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903191 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903192 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903193 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903194 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903195 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903196 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903197 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903198 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903199 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903200 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903201 5 0.4575 0.5810 0.352 0.000 0.000 0.000 0.600 0.048
#> SRR903210 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903211 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903212 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903213 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903214 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903215 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903216 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903217 2 0.6342 0.0319 0.000 0.336 0.000 0.332 0.008 0.324
#> SRR903202 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903203 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903204 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903205 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903206 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903207 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903208 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903209 5 0.4452 0.6312 0.316 0.000 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR903218 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903219 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903220 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903221 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903222 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903223 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903224 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903225 2 0.5611 0.3510 0.000 0.536 0.000 0.132 0.008 0.324
#> SRR903226 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903227 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903228 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903229 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903230 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903231 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903232 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903233 2 0.5642 0.3461 0.000 0.532 0.000 0.136 0.008 0.324
#> SRR903242 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903243 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903244 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903245 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903246 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903247 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903248 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903249 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903234 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903235 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903236 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903237 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903238 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903239 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903240 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903241 4 0.4259 0.5082 0.000 0.020 0.000 0.648 0.008 0.324
#> SRR903258 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903259 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903260 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903261 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903262 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903263 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903264 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903265 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903250 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903251 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903252 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903253 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903254 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903255 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903256 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903257 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903266 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903267 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903268 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903270 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903271 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903272 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903273 5 0.1333 0.7464 0.000 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR903274 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903275 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903276 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903277 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903278 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903279 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903280 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903281 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903282 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903283 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903284 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903285 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903286 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903287 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903288 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903289 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903290 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903291 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903292 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903293 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903294 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903295 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903296 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903297 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903298 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903299 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903300 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903301 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903302 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903303 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903304 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903305 6 0.2277 1.0000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.032 0.892
#> SRR903306 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.9987 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.762 0.882 0.949 0.4874 0.515 0.515
#> 3 3 0.870 0.874 0.948 0.3576 0.683 0.460
#> 4 4 0.783 0.795 0.898 0.1197 0.798 0.497
#> 5 5 0.937 0.887 0.954 0.0754 0.879 0.585
#> 6 6 0.891 0.856 0.914 0.0332 0.957 0.794
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903050 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903051 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903052 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903053 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903054 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903055 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903056 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903057 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903058 1 0.9944 0.00932 0.544 0.456
#> SRR903059 1 1.0000 -0.14562 0.504 0.496
#> SRR903060 1 0.9963 -0.02353 0.536 0.464
#> SRR903061 1 0.9896 0.07277 0.560 0.440
#> SRR903062 1 1.0000 -0.15996 0.500 0.500
#> SRR903063 1 1.0000 -0.14563 0.504 0.496
#> SRR903064 1 0.9983 -0.07113 0.524 0.476
#> SRR903065 2 1.0000 0.16590 0.496 0.504
#> SRR903066 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903067 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903068 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903069 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903070 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903071 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903072 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903073 2 0.9710 0.44694 0.400 0.600
#> SRR903074 2 0.9608 0.48160 0.384 0.616
#> SRR903075 2 0.9635 0.47317 0.388 0.612
#> SRR903076 2 0.9580 0.48981 0.380 0.620
#> SRR903077 2 0.9608 0.48160 0.384 0.616
#> SRR903078 2 0.9552 0.49787 0.376 0.624
#> SRR903079 2 0.9635 0.47317 0.388 0.612
#> SRR903080 2 0.9608 0.48160 0.384 0.616
#> SRR903081 2 0.9552 0.49787 0.376 0.624
#> SRR903082 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903114 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903115 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903116 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903117 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903118 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903119 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903121 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903122 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903124 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903125 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903126 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903127 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903128 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903129 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903130 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903131 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903132 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903133 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903134 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903135 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903136 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903137 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903146 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903138 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903139 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903140 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903141 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903142 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903143 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903144 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903145 2 0.8207 0.69550 0.256 0.744
#> SRR903154 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903243 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903244 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903245 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903246 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903247 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903248 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903249 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903234 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903259 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903260 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903261 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903262 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903263 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903264 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903265 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903250 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903251 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903252 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903253 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903254 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903255 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903256 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903257 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903266 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903267 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903268 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903270 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903271 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903272 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903273 1 0.0672 0.97048 0.992 0.008
#> SRR903274 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.0000 0.97592 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.92319 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903082 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903083 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903084 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903085 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903086 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903087 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903088 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903089 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903090 1 0.6225 0.3578 0.568 0.432 0.000
#> SRR903091 1 0.6215 0.3677 0.572 0.428 0.000
#> SRR903092 1 0.6180 0.3965 0.584 0.416 0.000
#> SRR903093 1 0.6244 0.3371 0.560 0.440 0.000
#> SRR903094 1 0.6244 0.3371 0.560 0.440 0.000
#> SRR903095 1 0.6225 0.3578 0.568 0.432 0.000
#> SRR903096 1 0.6192 0.3870 0.580 0.420 0.000
#> SRR903097 1 0.6180 0.3965 0.584 0.416 0.000
#> SRR903098 1 0.6095 0.4481 0.608 0.392 0.000
#> SRR903099 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903100 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903101 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903102 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903103 1 0.6079 0.4558 0.612 0.388 0.000
#> SRR903104 1 0.6126 0.4323 0.600 0.400 0.000
#> SRR903105 1 0.6079 0.4558 0.612 0.388 0.000
#> SRR903106 1 0.5882 0.5246 0.652 0.348 0.000
#> SRR903107 1 0.6026 0.4780 0.624 0.376 0.000
#> SRR903108 1 0.5988 0.4919 0.632 0.368 0.000
#> SRR903109 1 0.6045 0.4708 0.620 0.380 0.000
#> SRR903110 1 0.6045 0.4708 0.620 0.380 0.000
#> SRR903111 1 0.5988 0.4919 0.632 0.368 0.000
#> SRR903112 1 0.6026 0.4780 0.624 0.376 0.000
#> SRR903113 1 0.5968 0.4986 0.636 0.364 0.000
#> SRR903114 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903146 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903154 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903179 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903180 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903181 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903182 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903183 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903184 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903185 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903170 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 1 0.0892 0.8822 0.980 0.000 0.020
#> SRR903187 1 0.1529 0.8665 0.960 0.000 0.040
#> SRR903188 1 0.0892 0.8822 0.980 0.000 0.020
#> SRR903189 1 0.2066 0.8492 0.940 0.000 0.060
#> SRR903190 1 0.0747 0.8851 0.984 0.000 0.016
#> SRR903191 1 0.1163 0.8761 0.972 0.000 0.028
#> SRR903192 1 0.1529 0.8665 0.960 0.000 0.040
#> SRR903193 1 0.1411 0.8697 0.964 0.000 0.036
#> SRR903194 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903210 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903243 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903234 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 3 0.6126 0.3959 0.400 0.000 0.600
#> SRR903259 3 0.6126 0.3959 0.400 0.000 0.600
#> SRR903260 3 0.6126 0.3959 0.400 0.000 0.600
#> SRR903261 3 0.6126 0.3959 0.400 0.000 0.600
#> SRR903262 3 0.6126 0.3959 0.400 0.000 0.600
#> SRR903263 3 0.6126 0.3959 0.400 0.000 0.600
#> SRR903264 3 0.6126 0.3959 0.400 0.000 0.600
#> SRR903265 3 0.6168 0.3663 0.412 0.000 0.588
#> SRR903250 1 0.6299 -0.0275 0.524 0.000 0.476
#> SRR903251 1 0.6309 -0.1008 0.504 0.000 0.496
#> SRR903252 1 0.6280 0.0335 0.540 0.000 0.460
#> SRR903253 1 0.6305 -0.0574 0.516 0.000 0.484
#> SRR903254 1 0.6280 0.0332 0.540 0.000 0.460
#> SRR903255 3 0.6308 0.1302 0.492 0.000 0.508
#> SRR903256 3 0.6274 0.2452 0.456 0.000 0.544
#> SRR903257 1 0.6180 0.1833 0.584 0.000 0.416
#> SRR903266 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903267 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903268 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903270 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903271 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903272 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903273 1 0.0000 0.8966 1.000 0.000 0.000
#> SRR903274 2 0.4555 0.7284 0.200 0.800 0.000
#> SRR903275 2 0.4555 0.7284 0.200 0.800 0.000
#> SRR903276 2 0.4555 0.7284 0.200 0.800 0.000
#> SRR903277 2 0.4555 0.7284 0.200 0.800 0.000
#> SRR903278 2 0.4452 0.7410 0.192 0.808 0.000
#> SRR903279 2 0.4555 0.7284 0.200 0.800 0.000
#> SRR903280 2 0.4504 0.7348 0.196 0.804 0.000
#> SRR903281 2 0.4605 0.7216 0.204 0.796 0.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903298 2 0.0424 0.9773 0.008 0.992 0.000
#> SRR903299 2 0.0424 0.9773 0.008 0.992 0.000
#> SRR903300 2 0.0237 0.9813 0.004 0.996 0.000
#> SRR903301 2 0.0424 0.9773 0.008 0.992 0.000
#> SRR903302 2 0.0237 0.9813 0.004 0.996 0.000
#> SRR903303 2 0.0237 0.9813 0.004 0.996 0.000
#> SRR903304 2 0.0237 0.9813 0.004 0.996 0.000
#> SRR903305 2 0.0237 0.9813 0.004 0.996 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.9632 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.9849 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903083 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903084 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903085 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903086 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903087 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903088 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903089 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903090 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903091 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903092 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903093 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903094 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903095 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903096 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903097 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903098 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903099 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903100 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903101 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903102 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903103 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903104 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903105 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903106 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903107 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903108 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903109 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903110 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903111 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903112 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903113 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903114 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903115 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903116 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903117 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903118 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903119 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903121 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903122 4 0.4989 0.113 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR903124 4 0.4989 0.113 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR903125 4 0.4989 0.113 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR903126 4 0.4989 0.113 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR903127 4 0.4989 0.113 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR903128 4 0.4989 0.113 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR903129 4 0.4989 0.113 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR903130 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903131 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903132 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903133 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903134 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903135 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903136 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903137 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903146 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903147 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903148 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903149 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903150 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903151 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903152 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903153 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903138 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903139 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903140 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903141 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903142 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903143 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903144 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903145 1 0.4304 0.624 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903154 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903155 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903156 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903157 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903158 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903159 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903160 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903161 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903162 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903163 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903164 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903165 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903166 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903167 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903168 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903169 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903178 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903179 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903180 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903181 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903182 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903183 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903184 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903185 3 0.4304 0.673 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR903170 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903171 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903172 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903173 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903174 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903175 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903176 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903177 4 0.2081 0.784 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903186 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903187 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903188 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903189 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903190 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903191 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903192 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903193 1 0.0188 0.884 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903210 4 0.2589 0.776 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR903211 4 0.2589 0.776 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR903212 4 0.2760 0.767 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR903213 4 0.2704 0.770 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR903214 4 0.2589 0.776 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR903215 4 0.2647 0.773 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903216 4 0.2589 0.776 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR903217 4 0.2704 0.770 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR903202 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903218 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903219 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903220 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903221 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903222 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903223 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903224 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903225 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903226 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903227 2 0.2216 0.906 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR903228 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903229 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903230 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903231 2 0.2216 0.906 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR903232 2 0.2081 0.913 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR903233 2 0.2345 0.898 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR903242 3 0.7743 0.226 0.368 0.000 0.400 0.232
#> SRR903243 3 0.7743 0.226 0.368 0.000 0.400 0.232
#> SRR903244 3 0.7743 0.226 0.368 0.000 0.400 0.232
#> SRR903245 3 0.7726 0.234 0.368 0.000 0.404 0.228
#> SRR903246 3 0.7743 0.226 0.368 0.000 0.400 0.232
#> SRR903247 3 0.7743 0.226 0.368 0.000 0.400 0.232
#> SRR903248 3 0.7726 0.234 0.368 0.000 0.404 0.228
#> SRR903249 3 0.7743 0.226 0.368 0.000 0.400 0.232
#> SRR903234 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903235 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903236 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903237 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903238 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903239 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903240 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903241 4 0.1118 0.820 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR903258 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903259 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903260 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903261 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903262 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903263 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903264 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903265 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903250 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903251 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903252 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903253 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903254 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903255 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903256 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903257 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903266 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903267 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903268 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903270 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903271 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903272 3 0.5742 0.545 0.368 0.000 0.596 0.036
#> SRR903273 3 0.5971 0.530 0.368 0.000 0.584 0.048
#> SRR903274 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903275 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903276 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903277 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903278 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903279 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903280 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903281 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903282 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903283 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903284 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903285 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903286 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903287 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903288 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903289 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903290 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903291 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903292 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903293 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903294 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903295 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903296 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903297 2 0.3610 0.795 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903298 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903299 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903300 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903301 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903302 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903303 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903304 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903305 4 0.4679 0.506 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR903306 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.882 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903122 5 0.407 0.4291 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR903124 5 0.407 0.4291 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR903125 5 0.423 0.2954 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR903126 5 0.361 0.5878 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR903127 5 0.424 0.2732 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR903128 5 0.382 0.5368 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR903129 5 0.427 0.2258 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR903130 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903131 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903132 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903133 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903134 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903135 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903136 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903137 1 0.311 0.7217 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903146 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903179 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903180 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903181 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903182 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903183 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903184 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903185 5 0.427 0.2792 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR903170 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903187 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903188 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903189 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903190 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903191 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903192 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903193 5 0.427 0.2942 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR903194 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.9354 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903210 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 5 0.431 0.1527 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR903203 5 0.430 0.2278 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903204 1 0.429 -0.0481 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR903205 1 0.431 -0.1476 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR903206 5 0.431 0.1527 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR903207 1 0.430 -0.0774 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR903208 5 0.430 0.1788 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR903209 1 0.430 -0.1199 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR903218 2 0.260 0.8305 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR903219 2 0.260 0.8304 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR903220 2 0.293 0.7958 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR903221 2 0.233 0.8525 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR903222 2 0.265 0.8265 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR903223 2 0.269 0.8223 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR903224 2 0.247 0.8417 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903225 2 0.277 0.8137 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR903226 2 0.440 0.5686 0.000 0.656 0.000 0.328 0.016
#> SRR903227 2 0.451 0.5145 0.000 0.628 0.000 0.356 0.016
#> SRR903228 2 0.448 0.5309 0.000 0.636 0.000 0.348 0.016
#> SRR903229 2 0.448 0.5309 0.000 0.636 0.000 0.348 0.016
#> SRR903230 2 0.450 0.5228 0.000 0.632 0.000 0.352 0.016
#> SRR903231 2 0.451 0.5145 0.000 0.628 0.000 0.356 0.016
#> SRR903232 2 0.443 0.5540 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR903233 2 0.451 0.5145 0.000 0.628 0.000 0.356 0.016
#> SRR903242 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903243 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903244 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903245 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903246 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903247 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903248 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903249 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903234 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 4 0.000 1.0000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903259 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903260 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903261 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903262 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903263 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903264 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903265 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903250 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903251 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903252 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903253 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903254 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903255 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903256 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903257 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903266 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903267 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903268 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903270 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903271 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903272 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903273 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903274 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 5 0.000 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 0.9453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.883 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903115 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903116 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903117 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903118 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903119 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903121 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903122 5 0.0146 0.706 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903124 5 0.0146 0.706 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903125 5 0.0260 0.705 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR903126 5 0.0000 0.707 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903127 5 0.0260 0.705 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR903128 5 0.0146 0.706 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903129 5 0.0260 0.705 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR903130 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903131 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903132 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903133 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903134 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903135 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903136 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903137 1 0.2793 0.822 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903146 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903147 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903148 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903149 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903150 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903151 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903152 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903153 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903138 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903139 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903140 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903141 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903142 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903143 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903144 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903145 1 0.2664 0.831 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR903154 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903155 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903156 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903157 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903158 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903159 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903160 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903161 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903162 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903163 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903164 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903165 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903166 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903167 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903168 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903169 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903178 5 0.3672 0.493 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR903179 5 0.3695 0.478 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR903180 5 0.3563 0.546 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR903181 5 0.3706 0.470 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR903182 5 0.3695 0.478 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR903183 5 0.3684 0.486 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR903184 5 0.3695 0.478 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR903185 5 0.3684 0.486 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR903170 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903171 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903172 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903173 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903174 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903175 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903176 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903177 4 0.2664 0.839 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR903186 5 0.3198 0.667 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR903187 5 0.3198 0.667 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR903188 5 0.3198 0.667 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR903189 5 0.3198 0.667 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR903190 5 0.3198 0.667 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR903191 5 0.3198 0.667 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR903192 5 0.3175 0.670 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR903193 5 0.3198 0.667 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR903194 1 0.2562 0.710 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR903195 1 0.2454 0.727 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR903196 1 0.2454 0.727 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR903197 1 0.2527 0.716 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR903198 1 0.2003 0.782 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR903199 1 0.2527 0.716 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR903200 1 0.2597 0.703 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR903201 1 0.1075 0.849 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR903210 4 0.3647 0.292 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR903211 4 0.3634 0.303 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR903212 4 0.3592 0.336 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR903213 4 0.3351 0.471 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR903214 4 0.3371 0.462 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR903215 4 0.3695 0.243 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR903216 4 0.3647 0.292 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR903217 4 0.3309 0.488 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR903202 5 0.3847 0.344 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR903203 5 0.3828 0.381 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR903204 1 0.3868 -0.232 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR903205 5 0.3866 0.269 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR903206 5 0.3860 0.303 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR903207 5 0.3868 0.233 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR903208 5 0.3851 0.334 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR903209 5 0.3864 0.281 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR903218 6 0.5531 0.527 0.000 0.316 0.000 0.156 0.000 0.528
#> SRR903219 6 0.5558 0.525 0.000 0.316 0.000 0.160 0.000 0.524
#> SRR903220 6 0.5672 0.529 0.000 0.304 0.000 0.184 0.000 0.512
#> SRR903221 6 0.5442 0.502 0.000 0.336 0.000 0.136 0.000 0.528
#> SRR903222 6 0.5558 0.525 0.000 0.316 0.000 0.160 0.000 0.524
#> SRR903223 6 0.5561 0.535 0.000 0.308 0.000 0.164 0.000 0.528
#> SRR903224 6 0.5509 0.511 0.000 0.328 0.000 0.148 0.000 0.524
#> SRR903225 6 0.5587 0.533 0.000 0.308 0.000 0.168 0.000 0.524
#> SRR903226 6 0.5390 0.531 0.000 0.132 0.000 0.328 0.000 0.540
#> SRR903227 6 0.5223 0.501 0.000 0.104 0.000 0.356 0.000 0.540
#> SRR903228 6 0.5276 0.511 0.000 0.112 0.000 0.348 0.000 0.540
#> SRR903229 6 0.5276 0.511 0.000 0.112 0.000 0.348 0.000 0.540
#> SRR903230 6 0.5250 0.506 0.000 0.108 0.000 0.352 0.000 0.540
#> SRR903231 6 0.5223 0.501 0.000 0.104 0.000 0.356 0.000 0.540
#> SRR903232 6 0.5347 0.524 0.000 0.124 0.000 0.336 0.000 0.540
#> SRR903233 6 0.5223 0.501 0.000 0.104 0.000 0.356 0.000 0.540
#> SRR903242 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903243 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903244 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903245 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903246 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903247 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903248 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903249 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903234 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903235 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903236 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903237 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903238 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903239 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903240 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903241 4 0.0000 0.868 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903258 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903259 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903260 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903261 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903262 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903263 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903264 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903265 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903250 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903251 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903252 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903253 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903254 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903255 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903256 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903257 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903266 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903267 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903268 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903270 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903271 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903272 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903273 5 0.2664 0.785 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR903274 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 6 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.998 0.3677 0.633 0.633
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5057 0.814 0.706
#> 4 4 0.861 0.909 0.939 0.2980 0.816 0.589
#> 5 5 0.777 0.818 0.859 0.0606 0.965 0.869
#> 6 6 0.801 0.777 0.792 0.0539 0.965 0.847
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902921 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902922 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902923 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902924 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902925 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902926 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902927 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902928 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902929 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902930 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902931 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902932 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902933 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902934 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902935 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902936 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902937 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902938 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902939 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902940 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902941 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902942 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902943 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902944 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902945 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902946 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902947 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902954 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902955 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902956 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902957 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902958 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902959 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902948 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902949 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902950 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902951 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902952 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902953 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902960 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902961 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902962 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902963 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902964 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902965 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902966 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902967 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902968 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902969 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902970 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902971 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902972 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902973 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902974 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902975 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902976 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902977 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902978 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902980 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902981 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902982 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902983 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902984 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902985 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902986 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902987 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902988 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902989 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902990 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902991 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902992 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902993 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902994 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902995 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR902996 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902997 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902998 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR902999 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903000 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903001 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903008 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903009 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903010 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903011 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903012 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903013 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903002 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903003 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903004 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903005 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903006 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903007 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903014 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903015 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903016 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903017 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903018 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903019 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903020 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903021 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903022 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903023 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903024 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903025 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903026 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903027 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903028 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903029 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903030 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903031 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903032 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903033 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903034 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903035 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903036 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903037 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903038 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903039 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903040 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903041 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903042 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903043 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903044 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903045 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903046 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903047 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903048 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903049 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903050 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903051 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903052 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903053 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903054 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903055 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903056 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903057 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903058 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903059 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903061 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903063 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903065 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903066 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903067 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903068 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903069 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903071 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903072 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903073 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903074 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903075 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903077 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903078 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903079 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903081 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903082 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903119 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903124 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903128 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903129 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903130 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903131 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903132 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903133 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903134 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903135 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903136 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903137 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903146 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903138 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903139 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903140 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903141 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903142 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903143 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903144 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903145 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903154 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903178 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903179 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903180 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903181 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903182 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903183 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903184 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903185 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903170 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903186 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903187 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903188 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903189 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903190 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903191 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903192 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903193 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903194 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903195 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903196 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903197 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903198 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903199 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903200 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903201 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903210 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903202 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903203 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903204 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903205 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903206 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903207 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903208 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903209 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903242 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903243 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903244 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903245 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903246 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903247 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903248 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903249 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903234 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903258 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903259 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903260 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903261 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903262 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903263 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903264 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903265 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903250 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903251 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903252 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903253 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903254 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903255 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903256 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903257 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903266 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903267 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903268 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903270 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903271 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903272 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903273 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903274 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903307 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903308 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903309 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903310 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903311 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903312 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903313 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903314 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903315 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903316 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903317 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903318 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903319 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903320 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903321 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903322 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903323 1 0.0376 1.000 0.996 0.004
#> SRR903324 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903325 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903326 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903327 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903328 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903329 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903330 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903331 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903332 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903333 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903334 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903335 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903336 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903337 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903338 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903339 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903340 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR903341 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0 1 0 0 1
#> SRR902921 3 0 1 0 0 1
#> SRR902922 3 0 1 0 0 1
#> SRR902923 3 0 1 0 0 1
#> SRR902924 3 0 1 0 0 1
#> SRR902925 3 0 1 0 0 1
#> SRR902926 3 0 1 0 0 1
#> SRR902927 3 0 1 0 0 1
#> SRR902928 3 0 1 0 0 1
#> SRR902929 3 0 1 0 0 1
#> SRR902930 3 0 1 0 0 1
#> SRR902931 3 0 1 0 0 1
#> SRR902932 2 0 1 0 1 0
#> SRR902933 2 0 1 0 1 0
#> SRR902934 2 0 1 0 1 0
#> SRR902935 2 0 1 0 1 0
#> SRR902936 2 0 1 0 1 0
#> SRR902937 2 0 1 0 1 0
#> SRR902938 2 0 1 0 1 0
#> SRR902939 2 0 1 0 1 0
#> SRR902940 2 0 1 0 1 0
#> SRR902941 2 0 1 0 1 0
#> SRR902942 3 0 1 0 0 1
#> SRR902943 3 0 1 0 0 1
#> SRR902944 3 0 1 0 0 1
#> SRR902945 3 0 1 0 0 1
#> SRR902946 3 0 1 0 0 1
#> SRR902947 3 0 1 0 0 1
#> SRR902954 3 0 1 0 0 1
#> SRR902955 3 0 1 0 0 1
#> SRR902956 3 0 1 0 0 1
#> SRR902957 3 0 1 0 0 1
#> SRR902958 3 0 1 0 0 1
#> SRR902959 3 0 1 0 0 1
#> SRR902948 3 0 1 0 0 1
#> SRR902949 3 0 1 0 0 1
#> SRR902950 3 0 1 0 0 1
#> SRR902951 3 0 1 0 0 1
#> SRR902952 3 0 1 0 0 1
#> SRR902953 3 0 1 0 0 1
#> SRR902960 3 0 1 0 0 1
#> SRR902961 3 0 1 0 0 1
#> SRR902962 3 0 1 0 0 1
#> SRR902963 3 0 1 0 0 1
#> SRR902964 3 0 1 0 0 1
#> SRR902965 3 0 1 0 0 1
#> SRR902966 3 0 1 0 0 1
#> SRR902967 3 0 1 0 0 1
#> SRR902968 3 0 1 0 0 1
#> SRR902969 3 0 1 0 0 1
#> SRR902970 3 0 1 0 0 1
#> SRR902971 3 0 1 0 0 1
#> SRR902972 3 0 1 0 0 1
#> SRR902973 3 0 1 0 0 1
#> SRR902974 3 0 1 0 0 1
#> SRR902975 3 0 1 0 0 1
#> SRR902976 3 0 1 0 0 1
#> SRR902977 3 0 1 0 0 1
#> SRR902978 3 0 1 0 0 1
#> SRR902980 3 0 1 0 0 1
#> SRR902981 3 0 1 0 0 1
#> SRR902982 3 0 1 0 0 1
#> SRR902983 3 0 1 0 0 1
#> SRR902984 3 0 1 0 0 1
#> SRR902985 3 0 1 0 0 1
#> SRR902986 3 0 1 0 0 1
#> SRR902987 3 0 1 0 0 1
#> SRR902988 3 0 1 0 0 1
#> SRR902989 3 0 1 0 0 1
#> SRR902990 3 0 1 0 0 1
#> SRR902991 3 0 1 0 0 1
#> SRR902992 3 0 1 0 0 1
#> SRR902993 3 0 1 0 0 1
#> SRR902994 3 0 1 0 0 1
#> SRR902995 3 0 1 0 0 1
#> SRR902996 2 0 1 0 1 0
#> SRR902997 2 0 1 0 1 0
#> SRR902998 2 0 1 0 1 0
#> SRR902999 2 0 1 0 1 0
#> SRR903000 2 0 1 0 1 0
#> SRR903001 2 0 1 0 1 0
#> SRR903008 2 0 1 0 1 0
#> SRR903009 2 0 1 0 1 0
#> SRR903010 2 0 1 0 1 0
#> SRR903011 2 0 1 0 1 0
#> SRR903012 2 0 1 0 1 0
#> SRR903013 2 0 1 0 1 0
#> SRR903002 2 0 1 0 1 0
#> SRR903003 2 0 1 0 1 0
#> SRR903004 2 0 1 0 1 0
#> SRR903005 2 0 1 0 1 0
#> SRR903006 2 0 1 0 1 0
#> SRR903007 2 0 1 0 1 0
#> SRR903014 3 0 1 0 0 1
#> SRR903015 3 0 1 0 0 1
#> SRR903016 3 0 1 0 0 1
#> SRR903017 3 0 1 0 0 1
#> SRR903018 3 0 1 0 0 1
#> SRR903019 3 0 1 0 0 1
#> SRR903020 3 0 1 0 0 1
#> SRR903021 3 0 1 0 0 1
#> SRR903022 3 0 1 0 0 1
#> SRR903023 3 0 1 0 0 1
#> SRR903024 3 0 1 0 0 1
#> SRR903025 3 0 1 0 0 1
#> SRR903026 3 0 1 0 0 1
#> SRR903027 3 0 1 0 0 1
#> SRR903028 3 0 1 0 0 1
#> SRR903029 3 0 1 0 0 1
#> SRR903030 3 0 1 0 0 1
#> SRR903031 3 0 1 0 0 1
#> SRR903032 2 0 1 0 1 0
#> SRR903033 2 0 1 0 1 0
#> SRR903034 2 0 1 0 1 0
#> SRR903035 2 0 1 0 1 0
#> SRR903036 2 0 1 0 1 0
#> SRR903037 2 0 1 0 1 0
#> SRR903038 2 0 1 0 1 0
#> SRR903039 2 0 1 0 1 0
#> SRR903040 2 0 1 0 1 0
#> SRR903041 2 0 1 0 1 0
#> SRR903042 2 0 1 0 1 0
#> SRR903043 2 0 1 0 1 0
#> SRR903044 2 0 1 0 1 0
#> SRR903045 2 0 1 0 1 0
#> SRR903046 2 0 1 0 1 0
#> SRR903047 2 0 1 0 1 0
#> SRR903048 2 0 1 0 1 0
#> SRR903049 2 0 1 0 1 0
#> SRR903050 1 0 1 1 0 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0 0
#> SRR903082 1 0 1 1 0 0
#> SRR903083 1 0 1 1 0 0
#> SRR903084 1 0 1 1 0 0
#> SRR903085 1 0 1 1 0 0
#> SRR903086 1 0 1 1 0 0
#> SRR903087 1 0 1 1 0 0
#> SRR903088 1 0 1 1 0 0
#> SRR903089 1 0 1 1 0 0
#> SRR903090 1 0 1 1 0 0
#> SRR903091 1 0 1 1 0 0
#> SRR903092 1 0 1 1 0 0
#> SRR903093 1 0 1 1 0 0
#> SRR903094 1 0 1 1 0 0
#> SRR903095 1 0 1 1 0 0
#> SRR903096 1 0 1 1 0 0
#> SRR903097 1 0 1 1 0 0
#> SRR903098 1 0 1 1 0 0
#> SRR903099 1 0 1 1 0 0
#> SRR903100 1 0 1 1 0 0
#> SRR903101 1 0 1 1 0 0
#> SRR903102 1 0 1 1 0 0
#> SRR903103 1 0 1 1 0 0
#> SRR903104 1 0 1 1 0 0
#> SRR903105 1 0 1 1 0 0
#> SRR903106 1 0 1 1 0 0
#> SRR903107 1 0 1 1 0 0
#> SRR903108 1 0 1 1 0 0
#> SRR903109 1 0 1 1 0 0
#> SRR903110 1 0 1 1 0 0
#> SRR903111 1 0 1 1 0 0
#> SRR903112 1 0 1 1 0 0
#> SRR903113 1 0 1 1 0 0
#> SRR903114 1 0 1 1 0 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0 0
#> SRR903146 1 0 1 1 0 0
#> SRR903147 1 0 1 1 0 0
#> SRR903148 1 0 1 1 0 0
#> SRR903149 1 0 1 1 0 0
#> SRR903150 1 0 1 1 0 0
#> SRR903151 1 0 1 1 0 0
#> SRR903152 1 0 1 1 0 0
#> SRR903153 1 0 1 1 0 0
#> SRR903138 1 0 1 1 0 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0 0
#> SRR903154 1 0 1 1 0 0
#> SRR903155 1 0 1 1 0 0
#> SRR903156 1 0 1 1 0 0
#> SRR903157 1 0 1 1 0 0
#> SRR903158 1 0 1 1 0 0
#> SRR903159 1 0 1 1 0 0
#> SRR903160 1 0 1 1 0 0
#> SRR903161 1 0 1 1 0 0
#> SRR903162 1 0 1 1 0 0
#> SRR903163 1 0 1 1 0 0
#> SRR903164 1 0 1 1 0 0
#> SRR903165 1 0 1 1 0 0
#> SRR903166 1 0 1 1 0 0
#> SRR903167 1 0 1 1 0 0
#> SRR903168 1 0 1 1 0 0
#> SRR903169 1 0 1 1 0 0
#> SRR903178 1 0 1 1 0 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0 0
#> SRR903170 1 0 1 1 0 0
#> SRR903171 1 0 1 1 0 0
#> SRR903172 1 0 1 1 0 0
#> SRR903173 1 0 1 1 0 0
#> SRR903174 1 0 1 1 0 0
#> SRR903175 1 0 1 1 0 0
#> SRR903176 1 0 1 1 0 0
#> SRR903177 1 0 1 1 0 0
#> SRR903186 1 0 1 1 0 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0 0
#> SRR903210 1 0 1 1 0 0
#> SRR903211 1 0 1 1 0 0
#> SRR903212 1 0 1 1 0 0
#> SRR903213 1 0 1 1 0 0
#> SRR903214 1 0 1 1 0 0
#> SRR903215 1 0 1 1 0 0
#> SRR903216 1 0 1 1 0 0
#> SRR903217 1 0 1 1 0 0
#> SRR903202 1 0 1 1 0 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0 0
#> SRR903218 1 0 1 1 0 0
#> SRR903219 1 0 1 1 0 0
#> SRR903220 1 0 1 1 0 0
#> SRR903221 1 0 1 1 0 0
#> SRR903222 1 0 1 1 0 0
#> SRR903223 1 0 1 1 0 0
#> SRR903224 1 0 1 1 0 0
#> SRR903225 1 0 1 1 0 0
#> SRR903226 1 0 1 1 0 0
#> SRR903227 1 0 1 1 0 0
#> SRR903228 1 0 1 1 0 0
#> SRR903229 1 0 1 1 0 0
#> SRR903230 1 0 1 1 0 0
#> SRR903231 1 0 1 1 0 0
#> SRR903232 1 0 1 1 0 0
#> SRR903233 1 0 1 1 0 0
#> SRR903242 1 0 1 1 0 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0 0
#> SRR903234 1 0 1 1 0 0
#> SRR903235 1 0 1 1 0 0
#> SRR903236 1 0 1 1 0 0
#> SRR903237 1 0 1 1 0 0
#> SRR903238 1 0 1 1 0 0
#> SRR903239 1 0 1 1 0 0
#> SRR903240 1 0 1 1 0 0
#> SRR903241 1 0 1 1 0 0
#> SRR903258 1 0 1 1 0 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0 0
#> SRR903274 1 0 1 1 0 0
#> SRR903275 1 0 1 1 0 0
#> SRR903276 1 0 1 1 0 0
#> SRR903277 1 0 1 1 0 0
#> SRR903278 1 0 1 1 0 0
#> SRR903279 1 0 1 1 0 0
#> SRR903280 1 0 1 1 0 0
#> SRR903281 1 0 1 1 0 0
#> SRR903282 1 0 1 1 0 0
#> SRR903283 1 0 1 1 0 0
#> SRR903284 1 0 1 1 0 0
#> SRR903285 1 0 1 1 0 0
#> SRR903286 1 0 1 1 0 0
#> SRR903287 1 0 1 1 0 0
#> SRR903288 1 0 1 1 0 0
#> SRR903289 1 0 1 1 0 0
#> SRR903290 1 0 1 1 0 0
#> SRR903291 1 0 1 1 0 0
#> SRR903292 1 0 1 1 0 0
#> SRR903293 1 0 1 1 0 0
#> SRR903294 1 0 1 1 0 0
#> SRR903295 1 0 1 1 0 0
#> SRR903296 1 0 1 1 0 0
#> SRR903297 1 0 1 1 0 0
#> SRR903298 1 0 1 1 0 0
#> SRR903299 1 0 1 1 0 0
#> SRR903300 1 0 1 1 0 0
#> SRR903301 1 0 1 1 0 0
#> SRR903302 1 0 1 1 0 0
#> SRR903303 1 0 1 1 0 0
#> SRR903304 1 0 1 1 0 0
#> SRR903305 1 0 1 1 0 0
#> SRR903306 3 0 1 0 0 1
#> SRR903307 3 0 1 0 0 1
#> SRR903308 3 0 1 0 0 1
#> SRR903309 3 0 1 0 0 1
#> SRR903310 3 0 1 0 0 1
#> SRR903311 3 0 1 0 0 1
#> SRR903312 3 0 1 0 0 1
#> SRR903313 3 0 1 0 0 1
#> SRR903314 3 0 1 0 0 1
#> SRR903315 3 0 1 0 0 1
#> SRR903316 3 0 1 0 0 1
#> SRR903317 3 0 1 0 0 1
#> SRR903318 3 0 1 0 0 1
#> SRR903319 3 0 1 0 0 1
#> SRR903320 3 0 1 0 0 1
#> SRR903321 3 0 1 0 0 1
#> SRR903322 3 0 1 0 0 1
#> SRR903323 3 0 1 0 0 1
#> SRR903324 2 0 1 0 1 0
#> SRR903325 2 0 1 0 1 0
#> SRR903326 2 0 1 0 1 0
#> SRR903327 2 0 1 0 1 0
#> SRR903328 2 0 1 0 1 0
#> SRR903329 2 0 1 0 1 0
#> SRR903330 2 0 1 0 1 0
#> SRR903331 2 0 1 0 1 0
#> SRR903332 2 0 1 0 1 0
#> SRR903333 2 0 1 0 1 0
#> SRR903334 2 0 1 0 1 0
#> SRR903335 2 0 1 0 1 0
#> SRR903336 2 0 1 0 1 0
#> SRR903337 2 0 1 0 1 0
#> SRR903338 2 0 1 0 1 0
#> SRR903339 2 0 1 0 1 0
#> SRR903340 2 0 1 0 1 0
#> SRR903341 2 0 1 0 1 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903050 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903051 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903052 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903053 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903054 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903055 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903056 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903057 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903058 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903059 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903060 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903061 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903062 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903063 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903064 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903065 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903066 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903067 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903068 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903069 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903070 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903071 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903072 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903073 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903074 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903075 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903076 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903077 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903078 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903079 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903080 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903081 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903082 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903083 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903084 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903085 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903086 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903087 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903088 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903089 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903090 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903091 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903092 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903093 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903094 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903095 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903096 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903097 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903098 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903099 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903100 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903101 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903102 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903103 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903104 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903105 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903106 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903107 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903108 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903109 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903110 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903111 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903112 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903113 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903114 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903115 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903116 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903117 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903118 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903119 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903121 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903122 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903124 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903125 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903126 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903127 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903128 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903129 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903130 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903131 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903132 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903133 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903134 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903135 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903136 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903137 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903146 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903147 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903148 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903149 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903150 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903151 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903152 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903153 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903138 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903139 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903140 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903141 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903142 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903143 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903144 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903145 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903154 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903155 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903156 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903157 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903158 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903159 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903160 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903161 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903162 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903163 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903164 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903165 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903166 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903167 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903168 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903169 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903178 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903179 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903180 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903181 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903182 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903183 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903184 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903185 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903170 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903171 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903172 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903173 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903174 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903175 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903176 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903177 1 0.485 1.000 0.6 0 0 0.4
#> SRR903186 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903187 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903188 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903189 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903190 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903191 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903192 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903193 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903194 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903195 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903196 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903197 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903198 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903199 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903200 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903201 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903210 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903211 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903212 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903213 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903214 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903215 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903216 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903217 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903202 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903203 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903204 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903205 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903206 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903207 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903208 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903209 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903218 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903219 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903220 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903221 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903222 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903223 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903224 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903225 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903226 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903227 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903228 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903229 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903230 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903231 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903232 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903233 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903242 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903243 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903244 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903245 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903246 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903247 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903248 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903249 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903234 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903235 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903236 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903237 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903238 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903239 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903240 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903241 4 0.000 0.667 0.0 0 0 1.0
#> SRR903258 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903259 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903260 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903261 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903262 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903263 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903264 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903265 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903250 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903251 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903252 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903253 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903254 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903255 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903256 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903257 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903266 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903267 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903268 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903270 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903271 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903272 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903273 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903274 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903275 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903276 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903277 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903278 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903279 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903280 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903281 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903282 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903283 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903284 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903285 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903286 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903287 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903288 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903289 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903290 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903291 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903292 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903293 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903294 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903295 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903296 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903297 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903298 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903299 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903300 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903301 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903302 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903303 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903304 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903305 4 0.485 0.736 0.4 0 0 0.6
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.0
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.0
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902921 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902922 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902923 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902924 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902925 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902926 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902927 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902928 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902929 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902930 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902931 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902942 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902943 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902944 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902945 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902946 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902947 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902954 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902955 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902956 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902957 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902958 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902959 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902948 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902949 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902950 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902951 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902952 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902953 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902960 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902961 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902962 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902963 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902964 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902965 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902966 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902967 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902968 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902969 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902970 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902971 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902972 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902973 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902974 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902975 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902976 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902977 3 0.351 0.855 0.252 0 0.748 0.000 0.0
#> SRR902978 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902980 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902981 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902982 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902983 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902984 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902985 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902986 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902987 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902988 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902989 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902990 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902991 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902992 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902993 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902994 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902995 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903014 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903015 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903016 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903017 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903018 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903019 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903020 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903021 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903022 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903023 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903024 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903025 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903026 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903027 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903028 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903029 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903030 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903031 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903050 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903051 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903052 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903053 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903054 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903055 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903056 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903057 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903058 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903059 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903060 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903061 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903062 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903063 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903064 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903065 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903066 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903067 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903068 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903069 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903070 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903071 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903072 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903073 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903074 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903075 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903076 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903077 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903078 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903079 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903080 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903081 1 0.428 1.000 0.544 0 0.000 0.456 0.0
#> SRR903082 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903083 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903084 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903085 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903086 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903087 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903088 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903089 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903090 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903091 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903092 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903093 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903094 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903095 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903096 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903097 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903098 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903099 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903100 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903101 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903102 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903103 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903104 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903105 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903106 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903107 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903108 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903109 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903110 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903111 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903112 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903113 4 0.314 0.691 0.204 0 0.000 0.796 0.0
#> SRR903114 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903115 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903116 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903117 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903118 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903119 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903121 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903122 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903124 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903125 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903126 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903127 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903128 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903129 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903130 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903131 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903132 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903133 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903134 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903135 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903136 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903137 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903146 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903147 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903148 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903149 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903150 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903151 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903152 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903153 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903138 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903139 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903140 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903141 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903142 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903143 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903144 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903145 4 0.167 0.718 0.076 0 0.000 0.924 0.0
#> SRR903154 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903155 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903156 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903157 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903158 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903159 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903160 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903161 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903162 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903163 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903164 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903165 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903166 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903167 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903168 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903169 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903178 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903179 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903180 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903181 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903182 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903183 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903184 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903185 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903170 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903171 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903172 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903173 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903174 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903175 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903176 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903177 4 0.000 0.777 0.000 0 0.000 1.000 0.0
#> SRR903186 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903187 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903188 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903189 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903190 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903191 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903192 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903193 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903194 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903195 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903196 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903197 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903198 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903199 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903200 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903201 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903210 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903211 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903212 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903213 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903214 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903215 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903216 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903217 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903202 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903203 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903204 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903205 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903206 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903207 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903208 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903209 5 0.535 0.615 0.072 0 0.000 0.328 0.6
#> SRR903218 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903219 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903220 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903221 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903222 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903223 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903224 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903225 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903226 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903227 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903228 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903229 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903230 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903231 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903232 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903233 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903242 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903243 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903244 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903245 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903246 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903247 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903248 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903249 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903234 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903235 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903236 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903237 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903238 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903239 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903240 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903241 5 0.443 0.632 0.008 0 0.000 0.392 0.6
#> SRR903258 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903259 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903260 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903261 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903262 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903263 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903264 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903265 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903250 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903251 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903252 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903253 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903254 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903255 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903256 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903257 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903266 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903267 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903268 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903270 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903271 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903272 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903273 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903274 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903275 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903276 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903277 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903278 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903279 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903280 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903281 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903282 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903283 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903284 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903285 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903286 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903287 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903288 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903289 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903290 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903291 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903292 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903293 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903294 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903295 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903296 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903297 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903298 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903299 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903300 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903301 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903302 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903303 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903304 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903305 5 0.000 0.740 0.000 0 0.000 0.000 1.0
#> SRR903306 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903307 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903308 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903309 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903310 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903311 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903312 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903313 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903314 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903315 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903316 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903317 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903318 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903319 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903320 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903321 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903322 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903323 3 0.000 0.923 0.000 0 1.000 0.000 0.0
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902943 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902944 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902945 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902946 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902947 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902954 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902955 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902956 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902957 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902958 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902959 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902948 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902949 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902950 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902951 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902952 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902953 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902960 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902961 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902962 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902963 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902964 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902965 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902966 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902967 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902968 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902969 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902970 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902971 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902972 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902973 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902974 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902975 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902976 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902977 3 0.387 0.674 0.000 0 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR902978 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903051 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903052 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903053 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903054 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903055 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903056 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903057 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903058 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903059 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903060 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903061 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903062 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903063 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903064 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903065 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903066 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903067 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903068 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903069 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903070 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903071 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903072 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903073 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903074 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903075 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903076 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903077 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903078 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903079 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903080 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903081 1 0.329 1.000 0.724 0 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR903082 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.000 0.699 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903115 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903116 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903117 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903118 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903119 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903121 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903122 4 0.480 0.719 0.064 0 0.000 0.616 0.316 0.004
#> SRR903124 4 0.480 0.719 0.064 0 0.000 0.616 0.316 0.004
#> SRR903125 4 0.480 0.719 0.064 0 0.000 0.616 0.316 0.004
#> SRR903126 4 0.480 0.719 0.064 0 0.000 0.616 0.316 0.004
#> SRR903127 4 0.480 0.719 0.064 0 0.000 0.616 0.316 0.004
#> SRR903128 4 0.480 0.719 0.064 0 0.000 0.616 0.316 0.004
#> SRR903129 4 0.480 0.719 0.064 0 0.000 0.616 0.316 0.004
#> SRR903130 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903131 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903132 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903133 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903134 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903135 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903136 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903137 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903146 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903147 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903148 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903149 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903150 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903151 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903152 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903153 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903138 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903139 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903140 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903141 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903142 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903143 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903144 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903145 4 0.467 0.721 0.064 0 0.000 0.620 0.316 0.000
#> SRR903154 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903155 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903156 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903157 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903158 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903159 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903160 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903161 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903162 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903163 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903164 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903165 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903166 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903167 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903168 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903169 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903178 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903179 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903180 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903181 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903182 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903183 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903184 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903185 5 0.539 0.991 0.060 0 0.000 0.024 0.516 0.400
#> SRR903170 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903171 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903172 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903173 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903174 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903175 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903176 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903177 4 0.466 0.779 0.096 0 0.000 0.668 0.236 0.000
#> SRR903186 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903187 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903188 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903189 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903190 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903191 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903192 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903193 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903194 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903195 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903196 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903197 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903198 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903199 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903200 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903201 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903210 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903211 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903212 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903213 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903214 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903215 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903216 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903217 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903202 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903203 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903204 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903205 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903206 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903207 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903208 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903209 5 0.545 0.997 0.060 0 0.000 0.028 0.516 0.396
#> SRR903218 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903219 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903220 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903221 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903222 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903223 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903224 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903225 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903226 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903227 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903228 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903229 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903230 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903231 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903232 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903233 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903242 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903243 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903244 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903245 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903246 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903247 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903248 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903249 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903234 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903235 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903236 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903237 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903238 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903239 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903240 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903241 6 0.546 0.400 0.292 0 0.000 0.068 0.040 0.600
#> SRR903258 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903259 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903260 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903261 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903262 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903263 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903264 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903265 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903250 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903251 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903252 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903253 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903254 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903255 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903256 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903257 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903266 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903267 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903268 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903270 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903271 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903272 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903273 6 0.279 0.514 0.000 0 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR903274 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 6 0.000 0.641 0.000 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 0.837 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 0.962 0.936 0.970 0.2735 0.857 0.716
#> 4 4 0.672 0.566 0.687 0.1422 0.823 0.550
#> 5 5 0.775 0.591 0.736 0.0825 0.851 0.509
#> 6 6 0.887 0.928 0.921 0.0394 0.935 0.709
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0 1 1 0
#> SRR902921 1 0 1 1 0
#> SRR902922 1 0 1 1 0
#> SRR902923 1 0 1 1 0
#> SRR902924 1 0 1 1 0
#> SRR902925 1 0 1 1 0
#> SRR902926 1 0 1 1 0
#> SRR902927 1 0 1 1 0
#> SRR902928 1 0 1 1 0
#> SRR902929 1 0 1 1 0
#> SRR902930 1 0 1 1 0
#> SRR902931 1 0 1 1 0
#> SRR902932 2 0 1 0 1
#> SRR902933 2 0 1 0 1
#> SRR902934 2 0 1 0 1
#> SRR902935 2 0 1 0 1
#> SRR902936 2 0 1 0 1
#> SRR902937 2 0 1 0 1
#> SRR902938 2 0 1 0 1
#> SRR902939 2 0 1 0 1
#> SRR902940 2 0 1 0 1
#> SRR902941 2 0 1 0 1
#> SRR902942 1 0 1 1 0
#> SRR902943 1 0 1 1 0
#> SRR902944 1 0 1 1 0
#> SRR902945 1 0 1 1 0
#> SRR902946 1 0 1 1 0
#> SRR902947 1 0 1 1 0
#> SRR902954 1 0 1 1 0
#> SRR902955 1 0 1 1 0
#> SRR902956 1 0 1 1 0
#> SRR902957 1 0 1 1 0
#> SRR902958 1 0 1 1 0
#> SRR902959 1 0 1 1 0
#> SRR902948 1 0 1 1 0
#> SRR902949 1 0 1 1 0
#> SRR902950 1 0 1 1 0
#> SRR902951 1 0 1 1 0
#> SRR902952 1 0 1 1 0
#> SRR902953 1 0 1 1 0
#> SRR902960 1 0 1 1 0
#> SRR902961 1 0 1 1 0
#> SRR902962 1 0 1 1 0
#> SRR902963 1 0 1 1 0
#> SRR902964 1 0 1 1 0
#> SRR902965 1 0 1 1 0
#> SRR902966 1 0 1 1 0
#> SRR902967 1 0 1 1 0
#> SRR902968 1 0 1 1 0
#> SRR902969 1 0 1 1 0
#> SRR902970 1 0 1 1 0
#> SRR902971 1 0 1 1 0
#> SRR902972 1 0 1 1 0
#> SRR902973 1 0 1 1 0
#> SRR902974 1 0 1 1 0
#> SRR902975 1 0 1 1 0
#> SRR902976 1 0 1 1 0
#> SRR902977 1 0 1 1 0
#> SRR902978 1 0 1 1 0
#> SRR902980 1 0 1 1 0
#> SRR902981 1 0 1 1 0
#> SRR902982 1 0 1 1 0
#> SRR902983 1 0 1 1 0
#> SRR902984 1 0 1 1 0
#> SRR902985 1 0 1 1 0
#> SRR902986 1 0 1 1 0
#> SRR902987 1 0 1 1 0
#> SRR902988 1 0 1 1 0
#> SRR902989 1 0 1 1 0
#> SRR902990 1 0 1 1 0
#> SRR902991 1 0 1 1 0
#> SRR902992 1 0 1 1 0
#> SRR902993 1 0 1 1 0
#> SRR902994 1 0 1 1 0
#> SRR902995 1 0 1 1 0
#> SRR902996 2 0 1 0 1
#> SRR902997 2 0 1 0 1
#> SRR902998 2 0 1 0 1
#> SRR902999 2 0 1 0 1
#> SRR903000 2 0 1 0 1
#> SRR903001 2 0 1 0 1
#> SRR903008 2 0 1 0 1
#> SRR903009 2 0 1 0 1
#> SRR903010 2 0 1 0 1
#> SRR903011 2 0 1 0 1
#> SRR903012 2 0 1 0 1
#> SRR903013 2 0 1 0 1
#> SRR903002 2 0 1 0 1
#> SRR903003 2 0 1 0 1
#> SRR903004 2 0 1 0 1
#> SRR903005 2 0 1 0 1
#> SRR903006 2 0 1 0 1
#> SRR903007 2 0 1 0 1
#> SRR903014 1 0 1 1 0
#> SRR903015 1 0 1 1 0
#> SRR903016 1 0 1 1 0
#> SRR903017 1 0 1 1 0
#> SRR903018 1 0 1 1 0
#> SRR903019 1 0 1 1 0
#> SRR903020 1 0 1 1 0
#> SRR903021 1 0 1 1 0
#> SRR903022 1 0 1 1 0
#> SRR903023 1 0 1 1 0
#> SRR903024 1 0 1 1 0
#> SRR903025 1 0 1 1 0
#> SRR903026 1 0 1 1 0
#> SRR903027 1 0 1 1 0
#> SRR903028 1 0 1 1 0
#> SRR903029 1 0 1 1 0
#> SRR903030 1 0 1 1 0
#> SRR903031 1 0 1 1 0
#> SRR903032 2 0 1 0 1
#> SRR903033 2 0 1 0 1
#> SRR903034 2 0 1 0 1
#> SRR903035 2 0 1 0 1
#> SRR903036 2 0 1 0 1
#> SRR903037 2 0 1 0 1
#> SRR903038 2 0 1 0 1
#> SRR903039 2 0 1 0 1
#> SRR903040 2 0 1 0 1
#> SRR903041 2 0 1 0 1
#> SRR903042 2 0 1 0 1
#> SRR903043 2 0 1 0 1
#> SRR903044 2 0 1 0 1
#> SRR903045 2 0 1 0 1
#> SRR903046 2 0 1 0 1
#> SRR903047 2 0 1 0 1
#> SRR903048 2 0 1 0 1
#> SRR903049 2 0 1 0 1
#> SRR903050 1 0 1 1 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0
#> SRR903082 2 0 1 0 1
#> SRR903083 2 0 1 0 1
#> SRR903084 2 0 1 0 1
#> SRR903085 2 0 1 0 1
#> SRR903086 2 0 1 0 1
#> SRR903087 2 0 1 0 1
#> SRR903088 2 0 1 0 1
#> SRR903089 2 0 1 0 1
#> SRR903090 2 0 1 0 1
#> SRR903091 2 0 1 0 1
#> SRR903092 2 0 1 0 1
#> SRR903093 2 0 1 0 1
#> SRR903094 2 0 1 0 1
#> SRR903095 2 0 1 0 1
#> SRR903096 2 0 1 0 1
#> SRR903097 2 0 1 0 1
#> SRR903098 2 0 1 0 1
#> SRR903099 2 0 1 0 1
#> SRR903100 2 0 1 0 1
#> SRR903101 2 0 1 0 1
#> SRR903102 2 0 1 0 1
#> SRR903103 2 0 1 0 1
#> SRR903104 2 0 1 0 1
#> SRR903105 2 0 1 0 1
#> SRR903106 2 0 1 0 1
#> SRR903107 2 0 1 0 1
#> SRR903108 2 0 1 0 1
#> SRR903109 2 0 1 0 1
#> SRR903110 2 0 1 0 1
#> SRR903111 2 0 1 0 1
#> SRR903112 2 0 1 0 1
#> SRR903113 2 0 1 0 1
#> SRR903114 1 0 1 1 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0
#> SRR903146 2 0 1 0 1
#> SRR903147 2 0 1 0 1
#> SRR903148 2 0 1 0 1
#> SRR903149 2 0 1 0 1
#> SRR903150 2 0 1 0 1
#> SRR903151 2 0 1 0 1
#> SRR903152 2 0 1 0 1
#> SRR903153 2 0 1 0 1
#> SRR903138 1 0 1 1 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0
#> SRR903154 2 0 1 0 1
#> SRR903155 2 0 1 0 1
#> SRR903156 2 0 1 0 1
#> SRR903157 2 0 1 0 1
#> SRR903158 2 0 1 0 1
#> SRR903159 2 0 1 0 1
#> SRR903160 2 0 1 0 1
#> SRR903161 2 0 1 0 1
#> SRR903162 2 0 1 0 1
#> SRR903163 2 0 1 0 1
#> SRR903164 2 0 1 0 1
#> SRR903165 2 0 1 0 1
#> SRR903166 2 0 1 0 1
#> SRR903167 2 0 1 0 1
#> SRR903168 2 0 1 0 1
#> SRR903169 2 0 1 0 1
#> SRR903178 1 0 1 1 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0
#> SRR903170 2 0 1 0 1
#> SRR903171 2 0 1 0 1
#> SRR903172 2 0 1 0 1
#> SRR903173 2 0 1 0 1
#> SRR903174 2 0 1 0 1
#> SRR903175 2 0 1 0 1
#> SRR903176 2 0 1 0 1
#> SRR903177 2 0 1 0 1
#> SRR903186 1 0 1 1 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0
#> SRR903210 2 0 1 0 1
#> SRR903211 2 0 1 0 1
#> SRR903212 2 0 1 0 1
#> SRR903213 2 0 1 0 1
#> SRR903214 2 0 1 0 1
#> SRR903215 2 0 1 0 1
#> SRR903216 2 0 1 0 1
#> SRR903217 2 0 1 0 1
#> SRR903202 1 0 1 1 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0
#> SRR903218 2 0 1 0 1
#> SRR903219 2 0 1 0 1
#> SRR903220 2 0 1 0 1
#> SRR903221 2 0 1 0 1
#> SRR903222 2 0 1 0 1
#> SRR903223 2 0 1 0 1
#> SRR903224 2 0 1 0 1
#> SRR903225 2 0 1 0 1
#> SRR903226 2 0 1 0 1
#> SRR903227 2 0 1 0 1
#> SRR903228 2 0 1 0 1
#> SRR903229 2 0 1 0 1
#> SRR903230 2 0 1 0 1
#> SRR903231 2 0 1 0 1
#> SRR903232 2 0 1 0 1
#> SRR903233 2 0 1 0 1
#> SRR903242 1 0 1 1 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0
#> SRR903234 2 0 1 0 1
#> SRR903235 2 0 1 0 1
#> SRR903236 2 0 1 0 1
#> SRR903237 2 0 1 0 1
#> SRR903238 2 0 1 0 1
#> SRR903239 2 0 1 0 1
#> SRR903240 2 0 1 0 1
#> SRR903241 2 0 1 0 1
#> SRR903258 1 0 1 1 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0
#> SRR903274 2 0 1 0 1
#> SRR903275 2 0 1 0 1
#> SRR903276 2 0 1 0 1
#> SRR903277 2 0 1 0 1
#> SRR903278 2 0 1 0 1
#> SRR903279 2 0 1 0 1
#> SRR903280 2 0 1 0 1
#> SRR903281 2 0 1 0 1
#> SRR903282 2 0 1 0 1
#> SRR903283 2 0 1 0 1
#> SRR903284 2 0 1 0 1
#> SRR903285 2 0 1 0 1
#> SRR903286 2 0 1 0 1
#> SRR903287 2 0 1 0 1
#> SRR903288 2 0 1 0 1
#> SRR903289 2 0 1 0 1
#> SRR903290 2 0 1 0 1
#> SRR903291 2 0 1 0 1
#> SRR903292 2 0 1 0 1
#> SRR903293 2 0 1 0 1
#> SRR903294 2 0 1 0 1
#> SRR903295 2 0 1 0 1
#> SRR903296 2 0 1 0 1
#> SRR903297 2 0 1 0 1
#> SRR903298 2 0 1 0 1
#> SRR903299 2 0 1 0 1
#> SRR903300 2 0 1 0 1
#> SRR903301 2 0 1 0 1
#> SRR903302 2 0 1 0 1
#> SRR903303 2 0 1 0 1
#> SRR903304 2 0 1 0 1
#> SRR903305 2 0 1 0 1
#> SRR903306 1 0 1 1 0
#> SRR903307 1 0 1 1 0
#> SRR903308 1 0 1 1 0
#> SRR903309 1 0 1 1 0
#> SRR903310 1 0 1 1 0
#> SRR903311 1 0 1 1 0
#> SRR903312 1 0 1 1 0
#> SRR903313 1 0 1 1 0
#> SRR903314 1 0 1 1 0
#> SRR903315 1 0 1 1 0
#> SRR903316 1 0 1 1 0
#> SRR903317 1 0 1 1 0
#> SRR903318 1 0 1 1 0
#> SRR903319 1 0 1 1 0
#> SRR903320 1 0 1 1 0
#> SRR903321 1 0 1 1 0
#> SRR903322 1 0 1 1 0
#> SRR903323 1 0 1 1 0
#> SRR903324 2 0 1 0 1
#> SRR903325 2 0 1 0 1
#> SRR903326 2 0 1 0 1
#> SRR903327 2 0 1 0 1
#> SRR903328 2 0 1 0 1
#> SRR903329 2 0 1 0 1
#> SRR903330 2 0 1 0 1
#> SRR903331 2 0 1 0 1
#> SRR903332 2 0 1 0 1
#> SRR903333 2 0 1 0 1
#> SRR903334 2 0 1 0 1
#> SRR903335 2 0 1 0 1
#> SRR903336 2 0 1 0 1
#> SRR903337 2 0 1 0 1
#> SRR903338 2 0 1 0 1
#> SRR903339 2 0 1 0 1
#> SRR903340 2 0 1 0 1
#> SRR903341 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR902921 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR902922 3 0.0592 0.8937 0.012 0 0.988
#> SRR902923 3 0.0592 0.8937 0.012 0 0.988
#> SRR902924 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR902925 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR902926 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR902927 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR902928 3 0.1031 0.8915 0.024 0 0.976
#> SRR902929 3 0.0747 0.8931 0.016 0 0.984
#> SRR902930 3 0.0892 0.8924 0.020 0 0.980
#> SRR902931 3 0.1031 0.8915 0.024 0 0.976
#> SRR902932 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902942 1 0.6215 0.0713 0.572 0 0.428
#> SRR902943 1 0.6168 0.1332 0.588 0 0.412
#> SRR902944 1 0.6204 0.0873 0.576 0 0.424
#> SRR902945 1 0.6168 0.1332 0.588 0 0.412
#> SRR902946 1 0.6215 0.0713 0.572 0 0.428
#> SRR902947 1 0.6225 0.0548 0.568 0 0.432
#> SRR902954 3 0.6260 0.3679 0.448 0 0.552
#> SRR902955 3 0.6260 0.3679 0.448 0 0.552
#> SRR902956 3 0.6260 0.3679 0.448 0 0.552
#> SRR902957 3 0.6260 0.3679 0.448 0 0.552
#> SRR902958 3 0.6252 0.3785 0.444 0 0.556
#> SRR902959 3 0.6260 0.3679 0.448 0 0.552
#> SRR902948 3 0.6225 0.4089 0.432 0 0.568
#> SRR902949 3 0.6235 0.3991 0.436 0 0.564
#> SRR902950 3 0.6225 0.4089 0.432 0 0.568
#> SRR902951 3 0.6235 0.3991 0.436 0 0.564
#> SRR902952 3 0.6192 0.4364 0.420 0 0.580
#> SRR902953 3 0.6215 0.4183 0.428 0 0.572
#> SRR902960 3 0.4399 0.7932 0.188 0 0.812
#> SRR902961 3 0.4399 0.7932 0.188 0 0.812
#> SRR902962 3 0.4346 0.7964 0.184 0 0.816
#> SRR902963 3 0.4346 0.7964 0.184 0 0.816
#> SRR902964 3 0.4291 0.7994 0.180 0 0.820
#> SRR902965 3 0.4291 0.7994 0.180 0 0.820
#> SRR902966 3 0.4931 0.7517 0.232 0 0.768
#> SRR902967 3 0.4974 0.7469 0.236 0 0.764
#> SRR902968 3 0.4974 0.7469 0.236 0 0.764
#> SRR902969 3 0.4931 0.7517 0.232 0 0.768
#> SRR902970 3 0.4842 0.7605 0.224 0 0.776
#> SRR902971 3 0.4931 0.7517 0.232 0 0.768
#> SRR902972 3 0.4842 0.7605 0.224 0 0.776
#> SRR902973 3 0.4796 0.7647 0.220 0 0.780
#> SRR902974 3 0.4796 0.7647 0.220 0 0.780
#> SRR902975 3 0.4796 0.7647 0.220 0 0.780
#> SRR902976 3 0.4796 0.7647 0.220 0 0.780
#> SRR902977 3 0.4796 0.7647 0.220 0 0.780
#> SRR902978 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.8905 0.000 0 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903014 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903015 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903016 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903017 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903018 3 0.1163 0.8905 0.028 0 0.972
#> SRR903019 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903020 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903021 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903022 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903023 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903024 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903025 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903026 3 0.1163 0.8905 0.028 0 0.972
#> SRR903027 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903028 3 0.1163 0.8905 0.028 0 0.972
#> SRR903029 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903030 3 0.1163 0.8905 0.028 0 0.972
#> SRR903031 3 0.1289 0.8892 0.032 0 0.968
#> SRR903032 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903082 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903083 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903084 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903085 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903086 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903087 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903088 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903089 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903090 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903091 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903092 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903093 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903094 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903095 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903096 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903097 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903098 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903099 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903100 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903101 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903102 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903103 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903104 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903105 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903106 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903107 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903108 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903109 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903110 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903111 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903112 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903113 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903114 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903146 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903147 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903148 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903149 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903150 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903151 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903152 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903153 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903138 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903154 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903155 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903156 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903157 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903158 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903159 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903160 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903161 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903162 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903163 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903164 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903165 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903166 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903167 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903168 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903169 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903178 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903179 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903180 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903181 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903182 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903183 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903184 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903185 1 0.0237 0.9727 0.996 0 0.004
#> SRR903170 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903171 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903172 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903173 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903174 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903175 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903176 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903177 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903186 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903210 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903202 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903242 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903243 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903234 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903258 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903259 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903260 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903261 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903262 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903263 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903264 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903265 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903250 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903251 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903252 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903253 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903254 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903255 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903256 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903257 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903266 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903267 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903268 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903270 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903271 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903272 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903273 1 0.0000 0.9766 1.000 0 0.000
#> SRR903274 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903275 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903276 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903277 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903278 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903279 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903280 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903281 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903282 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903283 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903284 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903285 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903286 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903287 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903288 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903289 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903290 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903298 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903299 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903300 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903301 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903302 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903303 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903304 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903305 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903306 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903307 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903308 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903309 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903310 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903311 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903312 3 0.0237 0.8925 0.004 0 0.996
#> SRR903313 3 0.0237 0.8925 0.004 0 0.996
#> SRR903314 3 0.0237 0.8925 0.004 0 0.996
#> SRR903315 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903316 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903317 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903318 3 0.0237 0.8925 0.004 0 0.996
#> SRR903319 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903320 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903321 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903322 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903323 3 0.0424 0.8940 0.008 0 0.992
#> SRR903324 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0188 0.8841 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0336 0.8828 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR902923 3 0.0188 0.8841 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902924 3 0.0188 0.8841 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902925 3 0.0188 0.8841 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0188 0.8841 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902928 3 0.0188 0.8845 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902929 3 0.0336 0.8828 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR902930 3 0.0336 0.8828 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR902931 3 0.0336 0.8828 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR902932 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902933 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902934 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902935 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902936 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902937 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902938 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902939 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902940 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902941 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR902942 3 0.6238 0.7172 0.112 0.236 0.652 0.000
#> SRR902943 3 0.6238 0.7172 0.112 0.236 0.652 0.000
#> SRR902944 3 0.6238 0.7172 0.112 0.236 0.652 0.000
#> SRR902945 3 0.6187 0.7216 0.108 0.236 0.656 0.000
#> SRR902946 3 0.6187 0.7227 0.108 0.236 0.656 0.000
#> SRR902947 3 0.6134 0.7269 0.104 0.236 0.660 0.000
#> SRR902954 3 0.5386 0.7771 0.056 0.236 0.708 0.000
#> SRR902955 3 0.5386 0.7771 0.056 0.236 0.708 0.000
#> SRR902956 3 0.5386 0.7771 0.056 0.236 0.708 0.000
#> SRR902957 3 0.5458 0.7746 0.060 0.236 0.704 0.000
#> SRR902958 3 0.5386 0.7771 0.056 0.236 0.708 0.000
#> SRR902959 3 0.5386 0.7771 0.056 0.236 0.708 0.000
#> SRR902948 3 0.5386 0.7771 0.056 0.236 0.708 0.000
#> SRR902949 3 0.5312 0.7811 0.052 0.236 0.712 0.000
#> SRR902950 3 0.5312 0.7811 0.052 0.236 0.712 0.000
#> SRR902951 3 0.5312 0.7811 0.052 0.236 0.712 0.000
#> SRR902952 3 0.5312 0.7811 0.052 0.236 0.712 0.000
#> SRR902953 3 0.5312 0.7811 0.052 0.236 0.712 0.000
#> SRR902960 3 0.4088 0.8164 0.004 0.232 0.764 0.000
#> SRR902961 3 0.4088 0.8164 0.004 0.232 0.764 0.000
#> SRR902962 3 0.4122 0.8141 0.004 0.236 0.760 0.000
#> SRR902963 3 0.4088 0.8164 0.004 0.232 0.764 0.000
#> SRR902964 3 0.4088 0.8164 0.004 0.232 0.764 0.000
#> SRR902965 3 0.4088 0.8164 0.004 0.232 0.764 0.000
#> SRR902966 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902967 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902968 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902969 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902970 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902971 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902972 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902973 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902974 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902975 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902976 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902977 3 0.4262 0.8117 0.008 0.236 0.756 0.000
#> SRR902978 3 0.2011 0.8782 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR902980 3 0.2469 0.8703 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR902981 3 0.2469 0.8703 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR902982 3 0.2589 0.8675 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR902983 3 0.2345 0.8727 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR902984 3 0.1716 0.8818 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902985 3 0.1474 0.8834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR902986 3 0.1557 0.8829 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR902987 3 0.1637 0.8824 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR902988 3 0.1474 0.8834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR902989 3 0.1474 0.8834 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR902990 3 0.1637 0.8824 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR902991 3 0.1716 0.8818 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902992 3 0.1792 0.8811 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR902993 3 0.1716 0.8818 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902994 3 0.1637 0.8824 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR902995 3 0.1867 0.8802 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902996 2 0.5294 0.3620 0.000 0.508 0.008 0.484
#> SRR902997 2 0.5292 0.3601 0.000 0.512 0.008 0.480
#> SRR902998 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR902999 2 0.5165 0.3626 0.000 0.512 0.004 0.484
#> SRR903000 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903001 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903008 2 0.5165 0.3626 0.000 0.512 0.004 0.484
#> SRR903009 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903010 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903011 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903012 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903013 2 0.4999 0.3610 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR903002 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903003 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903004 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903005 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903006 2 0.5167 0.3636 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR903007 2 0.4999 0.3610 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR903014 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.5168 0.3613 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR903033 2 0.5168 0.3613 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR903034 2 0.5295 0.3598 0.000 0.504 0.008 0.488
#> SRR903035 2 0.5295 0.3598 0.000 0.504 0.008 0.488
#> SRR903036 2 0.5295 0.3598 0.000 0.504 0.008 0.488
#> SRR903037 2 0.5295 0.3598 0.000 0.504 0.008 0.488
#> SRR903038 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903039 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903040 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903041 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903042 2 0.5168 0.3613 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR903043 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903044 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903045 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903046 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903047 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903048 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903049 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903050 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903051 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903052 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903053 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903054 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903055 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903056 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903057 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903058 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903059 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903060 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903061 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903062 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903063 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903064 1 0.0469 0.7531 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR903065 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903066 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903067 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903068 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903069 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903070 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903071 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903072 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903073 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903074 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903075 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903076 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903077 1 0.0188 0.7546 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903078 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903079 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903080 1 0.0188 0.7546 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903081 1 0.0336 0.7550 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.3810 0.6888 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR903115 1 0.3810 0.6888 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR903116 1 0.3810 0.6888 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR903117 1 0.3810 0.6888 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR903118 1 0.3810 0.6888 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR903119 1 0.3768 0.6919 0.808 0.000 0.008 0.184
#> SRR903121 1 0.3810 0.6888 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR903122 1 0.5345 0.3816 0.560 0.000 0.012 0.428
#> SRR903124 1 0.5345 0.3816 0.560 0.000 0.012 0.428
#> SRR903125 1 0.5337 0.3884 0.564 0.000 0.012 0.424
#> SRR903126 1 0.5345 0.3816 0.560 0.000 0.012 0.428
#> SRR903127 1 0.5345 0.3816 0.560 0.000 0.012 0.428
#> SRR903128 1 0.5345 0.3816 0.560 0.000 0.012 0.428
#> SRR903129 1 0.5329 0.3950 0.568 0.000 0.012 0.420
#> SRR903130 1 0.4516 0.6288 0.736 0.000 0.012 0.252
#> SRR903131 1 0.4546 0.6246 0.732 0.000 0.012 0.256
#> SRR903132 1 0.4576 0.6202 0.728 0.000 0.012 0.260
#> SRR903133 1 0.4453 0.6368 0.744 0.000 0.012 0.244
#> SRR903134 1 0.4546 0.6246 0.732 0.000 0.012 0.256
#> SRR903135 1 0.4606 0.6159 0.724 0.000 0.012 0.264
#> SRR903136 1 0.4546 0.6246 0.732 0.000 0.012 0.256
#> SRR903137 1 0.4546 0.6246 0.732 0.000 0.012 0.256
#> SRR903146 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.3591 0.7016 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR903139 1 0.3591 0.7016 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR903140 1 0.3591 0.7016 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR903141 1 0.3545 0.7036 0.828 0.000 0.008 0.164
#> SRR903142 1 0.3545 0.7036 0.828 0.000 0.008 0.164
#> SRR903143 1 0.3591 0.7016 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR903144 1 0.3498 0.7053 0.832 0.000 0.008 0.160
#> SRR903145 1 0.3545 0.7036 0.828 0.000 0.008 0.164
#> SRR903154 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903178 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903179 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903180 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903181 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903182 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903183 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903184 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903185 2 0.7771 -0.3731 0.276 0.432 0.292 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903187 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903188 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903189 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903190 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903191 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903192 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903193 1 0.5028 0.6295 0.596 0.400 0.004 0.000
#> SRR903194 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.4103 0.6832 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR903210 4 0.3873 0.5831 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR903211 4 0.3942 0.5682 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR903212 4 0.3942 0.5682 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR903213 4 0.3907 0.5758 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR903214 4 0.3873 0.5831 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR903215 4 0.3942 0.5682 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR903216 4 0.3907 0.5758 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR903217 4 0.3873 0.5831 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR903202 1 0.4855 0.6514 0.644 0.352 0.004 0.000
#> SRR903203 1 0.4837 0.6528 0.648 0.348 0.004 0.000
#> SRR903204 1 0.4837 0.6528 0.648 0.348 0.004 0.000
#> SRR903205 1 0.4800 0.6556 0.656 0.340 0.004 0.000
#> SRR903206 1 0.4837 0.6528 0.648 0.348 0.004 0.000
#> SRR903207 1 0.4819 0.6543 0.652 0.344 0.004 0.000
#> SRR903208 1 0.4837 0.6528 0.648 0.348 0.004 0.000
#> SRR903209 1 0.4819 0.6543 0.652 0.344 0.004 0.000
#> SRR903218 4 0.4981 -0.1360 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR903219 4 0.4972 -0.1045 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR903220 4 0.4967 -0.0889 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR903221 4 0.4981 -0.1360 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR903222 4 0.4972 -0.1045 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR903223 4 0.4967 -0.0889 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR903224 4 0.4977 -0.1202 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR903225 4 0.4977 -0.1202 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR903226 4 0.4916 0.0239 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR903227 4 0.4907 0.0357 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR903228 4 0.4907 0.0357 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR903229 4 0.4916 0.0239 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR903230 4 0.4916 0.0239 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR903231 4 0.4898 0.0507 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR903232 4 0.4916 0.0239 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR903233 4 0.4898 0.0507 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR903242 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903243 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903244 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903245 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903246 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903247 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903248 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903249 1 0.6156 0.5516 0.484 0.476 0.032 0.008
#> SRR903234 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903235 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903236 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903237 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903238 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903239 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903240 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903241 4 0.3400 0.6570 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903258 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903259 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903260 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903261 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903262 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903263 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903264 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903265 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903250 2 0.6311 -0.5328 0.456 0.492 0.048 0.004
#> SRR903251 2 0.6240 -0.5264 0.452 0.500 0.044 0.004
#> SRR903252 2 0.6240 -0.5264 0.452 0.500 0.044 0.004
#> SRR903253 2 0.6245 -0.5360 0.460 0.492 0.044 0.004
#> SRR903254 2 0.6245 -0.5360 0.460 0.492 0.044 0.004
#> SRR903255 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903256 2 0.6306 -0.5231 0.448 0.500 0.048 0.004
#> SRR903257 2 0.6245 -0.5360 0.460 0.492 0.044 0.004
#> SRR903266 1 0.6249 0.5440 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR903267 1 0.6249 0.5440 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR903268 2 0.6249 -0.5523 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR903270 1 0.6249 0.5440 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR903271 1 0.6249 0.5440 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR903272 1 0.6249 0.5440 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR903273 1 0.6249 0.5440 0.476 0.476 0.044 0.004
#> SRR903274 2 0.4800 0.3715 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR903275 2 0.4800 0.3715 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR903276 2 0.4800 0.3715 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR903277 2 0.4800 0.3715 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR903278 2 0.4800 0.3715 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR903279 2 0.4800 0.3715 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR903280 2 0.4800 0.3715 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR903281 2 0.4819 0.3666 0.004 0.652 0.000 0.344
#> SRR903282 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903283 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903284 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903285 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903286 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903287 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903288 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903289 2 0.4605 0.3753 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR903290 2 0.4535 0.3780 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR903291 2 0.4535 0.3780 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR903292 2 0.4560 0.3762 0.000 0.700 0.004 0.296
#> SRR903293 2 0.4535 0.3780 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR903294 2 0.4535 0.3780 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR903295 2 0.4560 0.3762 0.000 0.700 0.004 0.296
#> SRR903296 2 0.4560 0.3762 0.000 0.700 0.004 0.296
#> SRR903297 2 0.4560 0.3762 0.000 0.700 0.004 0.296
#> SRR903298 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903299 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903300 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903301 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903302 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903303 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903304 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903305 2 0.4661 0.3706 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR903306 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.8855 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903325 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903326 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903327 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903328 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903329 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903330 2 0.5168 0.3613 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR903331 2 0.5168 0.3613 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR903332 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903333 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903334 2 0.5168 0.3613 0.000 0.504 0.004 0.492
#> SRR903335 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903336 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903337 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903338 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903339 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903340 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR903341 2 0.5000 0.3601 0.000 0.504 0.000 0.496
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.1082 0.823 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR902921 3 0.0898 0.822 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR902922 3 0.0693 0.820 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR902923 3 0.1082 0.823 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR902924 3 0.0771 0.822 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR902925 3 0.0955 0.823 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR902926 3 0.0898 0.822 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR902927 3 0.0865 0.823 0.000 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR902928 3 0.1082 0.823 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR902929 3 0.1082 0.823 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR902930 3 0.1168 0.823 0.000 0.032 0.960 0.000 0.008
#> SRR902931 3 0.1251 0.822 0.000 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR902932 2 0.6734 0.520 0.000 0.500 0.056 0.084 0.360
#> SRR902933 2 0.6734 0.520 0.000 0.500 0.056 0.084 0.360
#> SRR902934 2 0.6734 0.520 0.000 0.500 0.056 0.084 0.360
#> SRR902935 2 0.6734 0.520 0.000 0.500 0.056 0.084 0.360
#> SRR902936 2 0.6749 0.524 0.000 0.500 0.064 0.076 0.360
#> SRR902937 2 0.6749 0.524 0.000 0.500 0.064 0.076 0.360
#> SRR902938 2 0.6749 0.524 0.000 0.500 0.064 0.076 0.360
#> SRR902939 2 0.6262 0.457 0.000 0.500 0.004 0.136 0.360
#> SRR902940 2 0.6262 0.457 0.000 0.500 0.004 0.136 0.360
#> SRR902941 2 0.6262 0.457 0.000 0.500 0.004 0.136 0.360
#> SRR902942 3 0.4219 0.682 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.4219 0.682 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.4219 0.682 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.4219 0.682 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.4219 0.682 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.4219 0.682 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.4210 0.686 0.000 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.2648 0.791 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.2891 0.782 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.2813 0.785 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.2929 0.781 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.2852 0.784 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0963 0.823 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0963 0.823 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0963 0.823 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.1043 0.822 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0963 0.823 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0963 0.823 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0963 0.823 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.1043 0.822 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.1121 0.822 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.1121 0.822 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0963 0.823 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.1197 0.821 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.6709 0.522 0.000 0.500 0.072 0.064 0.364
#> SRR902997 2 0.6705 0.519 0.000 0.500 0.076 0.060 0.364
#> SRR902998 2 0.6705 0.519 0.000 0.500 0.076 0.060 0.364
#> SRR902999 2 0.6705 0.519 0.000 0.500 0.076 0.060 0.364
#> SRR903000 2 0.6709 0.522 0.000 0.500 0.072 0.064 0.364
#> SRR903001 2 0.6709 0.522 0.000 0.500 0.072 0.064 0.364
#> SRR903008 2 0.6705 0.519 0.000 0.500 0.076 0.060 0.364
#> SRR903009 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903010 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903011 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903012 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903013 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903002 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903003 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903004 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903005 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903006 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903007 2 0.6711 0.524 0.000 0.500 0.068 0.068 0.364
#> SRR903014 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903015 3 0.0290 0.816 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903016 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903017 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903018 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903019 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903020 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0162 0.820 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.6942 0.517 0.000 0.500 0.084 0.076 0.340
#> SRR903033 2 0.6942 0.517 0.000 0.500 0.084 0.076 0.340
#> SRR903034 2 0.6938 0.516 0.000 0.500 0.088 0.072 0.340
#> SRR903035 2 0.6938 0.516 0.000 0.500 0.088 0.072 0.340
#> SRR903036 2 0.6954 0.509 0.000 0.500 0.100 0.064 0.336
#> SRR903037 2 0.6938 0.516 0.000 0.500 0.088 0.072 0.340
#> SRR903038 2 0.6831 0.524 0.000 0.500 0.076 0.072 0.352
#> SRR903039 2 0.6828 0.522 0.000 0.500 0.080 0.068 0.352
#> SRR903040 2 0.6864 0.520 0.000 0.500 0.084 0.068 0.348
#> SRR903041 2 0.6792 0.525 0.000 0.500 0.072 0.072 0.356
#> SRR903042 2 0.6828 0.522 0.000 0.500 0.080 0.068 0.352
#> SRR903043 2 0.6791 0.524 0.000 0.500 0.076 0.068 0.356
#> SRR903044 2 0.6723 0.516 0.000 0.500 0.052 0.088 0.360
#> SRR903045 2 0.6770 0.518 0.000 0.500 0.056 0.088 0.356
#> SRR903046 2 0.6708 0.512 0.000 0.500 0.048 0.092 0.360
#> SRR903047 2 0.6723 0.516 0.000 0.500 0.052 0.088 0.360
#> SRR903048 2 0.6780 0.521 0.000 0.500 0.060 0.084 0.356
#> SRR903049 2 0.6757 0.514 0.000 0.500 0.052 0.092 0.356
#> SRR903050 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903083 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903084 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903085 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903086 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903087 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903088 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903089 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903090 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903091 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903092 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903093 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903094 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903095 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903096 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903097 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903098 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903099 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903100 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903101 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903102 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903103 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903104 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903105 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903106 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903107 4 0.0404 0.971 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR903108 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903109 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903110 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903111 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903112 4 0.0404 0.971 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR903113 4 0.0290 0.976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903114 1 0.1732 0.879 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR903115 1 0.1908 0.871 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR903116 1 0.1732 0.879 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR903117 1 0.1732 0.879 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR903118 1 0.1671 0.882 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR903119 1 0.1732 0.879 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR903121 1 0.1792 0.877 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR903122 1 0.4452 0.232 0.500 0.000 0.004 0.496 0.000
#> SRR903124 1 0.4452 0.232 0.500 0.000 0.004 0.496 0.000
#> SRR903125 1 0.4452 0.232 0.500 0.000 0.004 0.496 0.000
#> SRR903126 4 0.4452 -0.245 0.496 0.000 0.004 0.500 0.000
#> SRR903127 1 0.4452 0.232 0.500 0.000 0.004 0.496 0.000
#> SRR903128 4 0.4452 -0.245 0.496 0.000 0.004 0.500 0.000
#> SRR903129 1 0.4305 0.263 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR903130 1 0.3534 0.720 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR903131 1 0.3612 0.705 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR903132 1 0.3534 0.720 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR903133 1 0.3424 0.738 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR903134 1 0.3586 0.710 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR903135 1 0.3508 0.725 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR903136 1 0.3612 0.705 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR903137 1 0.3480 0.729 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.1478 0.887 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR903139 1 0.1410 0.889 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR903140 1 0.1410 0.889 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR903141 1 0.1341 0.891 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR903142 1 0.1341 0.891 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR903143 1 0.1544 0.886 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR903144 1 0.1341 0.891 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR903145 1 0.1341 0.891 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 2 0.7231 -0.180 0.076 0.448 0.108 0.000 0.368
#> SRR903179 2 0.7231 -0.180 0.076 0.448 0.108 0.000 0.368
#> SRR903180 2 0.7231 -0.180 0.076 0.448 0.108 0.000 0.368
#> SRR903181 2 0.7231 -0.180 0.076 0.448 0.108 0.000 0.368
#> SRR903182 2 0.7239 -0.180 0.080 0.448 0.104 0.000 0.368
#> SRR903183 2 0.7231 -0.180 0.076 0.448 0.108 0.000 0.368
#> SRR903184 2 0.7221 -0.180 0.072 0.448 0.112 0.000 0.368
#> SRR903185 2 0.7231 -0.180 0.076 0.448 0.108 0.000 0.368
#> SRR903170 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.976 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903187 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903188 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903189 2 0.6661 -0.171 0.176 0.448 0.008 0.000 0.368
#> SRR903190 2 0.6661 -0.171 0.176 0.448 0.008 0.000 0.368
#> SRR903191 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903192 2 0.6661 -0.171 0.176 0.448 0.008 0.000 0.368
#> SRR903193 2 0.6661 -0.171 0.176 0.448 0.008 0.000 0.368
#> SRR903194 2 0.6976 -0.166 0.256 0.380 0.008 0.000 0.356
#> SRR903195 2 0.7017 -0.166 0.276 0.360 0.008 0.000 0.356
#> SRR903196 2 0.7003 -0.166 0.268 0.368 0.008 0.000 0.356
#> SRR903197 2 0.7003 -0.165 0.268 0.368 0.008 0.000 0.356
#> SRR903198 2 0.7011 -0.166 0.272 0.364 0.008 0.000 0.356
#> SRR903199 2 0.6986 -0.166 0.260 0.376 0.008 0.000 0.356
#> SRR903200 2 0.6986 -0.166 0.260 0.376 0.008 0.000 0.356
#> SRR903201 5 0.7050 0.151 0.308 0.328 0.008 0.000 0.356
#> SRR903210 5 0.4161 0.300 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR903211 5 0.4161 0.300 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR903212 5 0.4171 0.296 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR903213 5 0.4171 0.296 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR903214 5 0.4171 0.296 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR903215 5 0.4161 0.300 0.000 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR903216 5 0.4171 0.296 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR903217 5 0.4171 0.296 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR903202 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903203 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903204 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903205 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903206 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903207 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903208 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903209 2 0.6679 -0.169 0.180 0.448 0.008 0.000 0.364
#> SRR903218 5 0.5704 0.245 0.000 0.148 0.000 0.232 0.620
#> SRR903219 5 0.5693 0.249 0.000 0.144 0.000 0.236 0.620
#> SRR903220 5 0.5680 0.253 0.000 0.140 0.000 0.240 0.620
#> SRR903221 5 0.5704 0.245 0.000 0.148 0.000 0.232 0.620
#> SRR903222 5 0.5704 0.245 0.000 0.148 0.000 0.232 0.620
#> SRR903223 5 0.5666 0.257 0.000 0.136 0.000 0.244 0.620
#> SRR903224 5 0.5704 0.245 0.000 0.148 0.000 0.232 0.620
#> SRR903225 5 0.5693 0.249 0.000 0.144 0.000 0.236 0.620
#> SRR903226 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903227 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903228 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903229 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903230 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903231 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903232 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903233 5 0.4126 0.317 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR903242 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903243 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903244 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903245 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903246 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903247 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903248 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903249 5 0.5637 0.307 0.056 0.428 0.008 0.000 0.508
#> SRR903234 5 0.4304 0.136 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR903235 5 0.4302 0.146 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR903236 5 0.4304 0.136 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516
#> SRR903237 5 0.4294 0.170 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR903238 5 0.4297 0.163 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR903239 5 0.4300 0.153 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR903240 5 0.4302 0.146 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR903241 5 0.4302 0.146 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR903258 5 0.5617 0.315 0.056 0.412 0.008 0.000 0.524
#> SRR903259 5 0.5623 0.314 0.056 0.416 0.008 0.000 0.520
#> SRR903260 5 0.5623 0.314 0.056 0.416 0.008 0.000 0.520
#> SRR903261 5 0.5617 0.315 0.056 0.412 0.008 0.000 0.524
#> SRR903262 5 0.5623 0.313 0.056 0.416 0.008 0.000 0.520
#> SRR903263 5 0.5623 0.314 0.056 0.416 0.008 0.000 0.520
#> SRR903264 5 0.5597 0.317 0.056 0.400 0.008 0.000 0.536
#> SRR903265 5 0.5623 0.314 0.056 0.416 0.008 0.000 0.520
#> SRR903250 5 0.5628 0.312 0.056 0.420 0.008 0.000 0.516
#> SRR903251 5 0.5623 0.314 0.056 0.416 0.008 0.000 0.520
#> SRR903252 5 0.5617 0.315 0.056 0.412 0.008 0.000 0.524
#> SRR903253 5 0.5628 0.312 0.056 0.420 0.008 0.000 0.516
#> SRR903254 5 0.5628 0.312 0.056 0.420 0.008 0.000 0.516
#> SRR903255 5 0.5611 0.315 0.056 0.408 0.008 0.000 0.528
#> SRR903256 5 0.5628 0.312 0.056 0.420 0.008 0.000 0.516
#> SRR903257 5 0.5633 0.309 0.056 0.424 0.008 0.000 0.512
#> SRR903266 5 0.5645 0.299 0.056 0.436 0.008 0.000 0.500
#> SRR903267 5 0.5633 0.309 0.056 0.424 0.008 0.000 0.512
#> SRR903268 5 0.5641 0.303 0.056 0.432 0.008 0.000 0.504
#> SRR903270 5 0.5641 0.303 0.056 0.432 0.008 0.000 0.504
#> SRR903271 5 0.5641 0.303 0.056 0.432 0.008 0.000 0.504
#> SRR903272 5 0.5641 0.303 0.056 0.432 0.008 0.000 0.504
#> SRR903273 5 0.5645 0.299 0.056 0.436 0.008 0.000 0.500
#> SRR903274 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903275 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903276 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903277 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903278 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903279 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903280 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903281 5 0.0671 0.433 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR903282 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903283 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903284 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903285 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903286 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903287 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903288 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903289 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903290 5 0.3280 0.261 0.000 0.176 0.000 0.012 0.812
#> SRR903291 5 0.3242 0.266 0.000 0.172 0.000 0.012 0.816
#> SRR903292 5 0.3242 0.266 0.000 0.172 0.000 0.012 0.816
#> SRR903293 5 0.3242 0.266 0.000 0.172 0.000 0.012 0.816
#> SRR903294 5 0.3242 0.266 0.000 0.172 0.000 0.012 0.816
#> SRR903295 5 0.3280 0.261 0.000 0.176 0.000 0.012 0.812
#> SRR903296 5 0.3203 0.271 0.000 0.168 0.000 0.012 0.820
#> SRR903297 5 0.3163 0.276 0.000 0.164 0.000 0.012 0.824
#> SRR903298 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903299 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903300 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903301 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903302 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903303 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903304 5 0.0510 0.432 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR903305 5 0.0404 0.432 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR903306 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903307 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903308 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903309 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903310 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903311 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903312 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903315 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903318 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903321 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903322 3 0.0000 0.819 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903324 2 0.6749 0.524 0.000 0.500 0.064 0.076 0.360
#> SRR903325 2 0.6743 0.523 0.000 0.500 0.060 0.080 0.360
#> SRR903326 2 0.6743 0.523 0.000 0.500 0.060 0.080 0.360
#> SRR903327 2 0.6749 0.524 0.000 0.500 0.064 0.076 0.360
#> SRR903328 2 0.6749 0.524 0.000 0.500 0.064 0.076 0.360
#> SRR903329 2 0.6734 0.520 0.000 0.500 0.056 0.084 0.360
#> SRR903330 2 0.6751 0.525 0.000 0.500 0.072 0.068 0.360
#> SRR903331 2 0.6751 0.525 0.000 0.500 0.072 0.068 0.360
#> SRR903332 2 0.6751 0.525 0.000 0.500 0.072 0.068 0.360
#> SRR903333 2 0.6751 0.525 0.000 0.500 0.072 0.068 0.360
#> SRR903334 2 0.6751 0.525 0.000 0.500 0.072 0.068 0.360
#> SRR903335 2 0.6751 0.525 0.000 0.500 0.072 0.068 0.360
#> SRR903336 2 0.6749 0.524 0.000 0.500 0.064 0.076 0.360
#> SRR903337 2 0.6743 0.523 0.000 0.500 0.060 0.080 0.360
#> SRR903338 2 0.6743 0.523 0.000 0.500 0.060 0.080 0.360
#> SRR903339 2 0.6743 0.523 0.000 0.500 0.060 0.080 0.360
#> SRR903340 2 0.6734 0.520 0.000 0.500 0.056 0.084 0.360
#> SRR903341 2 0.6734 0.520 0.000 0.500 0.056 0.084 0.360
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902921 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902922 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902923 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902924 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902925 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902926 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902927 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902928 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902929 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902930 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902931 3 0.0260 0.921 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902932 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR902933 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR902934 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR902935 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR902936 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR902937 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR902938 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR902939 2 0.3190 0.992 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR902940 2 0.3190 0.992 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR902941 2 0.3190 0.992 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR902942 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902943 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902944 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902945 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902946 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902947 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902954 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902955 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902956 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902957 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902958 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902959 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902948 3 0.2762 0.852 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR902949 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902950 3 0.2762 0.852 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR902951 3 0.2762 0.852 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR902952 3 0.2762 0.852 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR902953 3 0.2793 0.849 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902960 3 0.2762 0.853 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR902961 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902962 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902963 3 0.2762 0.853 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR902964 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902965 3 0.2762 0.853 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR902966 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902967 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902968 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902969 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902970 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902971 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902972 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902973 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902974 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902975 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902976 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902977 3 0.2793 0.851 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR902978 3 0.0937 0.916 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR902980 3 0.0937 0.916 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR902981 3 0.0865 0.917 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR902982 3 0.0937 0.916 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR902983 3 0.0865 0.917 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR902984 3 0.0632 0.919 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902985 3 0.0632 0.919 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902986 3 0.0632 0.919 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902987 3 0.0713 0.919 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902988 3 0.0632 0.919 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902989 3 0.0632 0.919 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR902990 3 0.0713 0.919 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902991 3 0.0713 0.919 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902992 3 0.0713 0.919 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902993 3 0.0713 0.919 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902994 3 0.0713 0.919 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902995 3 0.0713 0.919 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902996 2 0.2996 0.988 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR902997 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR902998 2 0.2969 0.991 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR902999 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR903000 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR903001 2 0.2969 0.991 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR903008 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR903009 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR903010 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR903011 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR903012 2 0.2941 0.993 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR903013 2 0.2969 0.991 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR903002 2 0.2969 0.991 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR903003 2 0.3081 0.989 0.000 0.776 0.004 0.000 0.000 0.220
#> SRR903004 2 0.2996 0.988 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR903005 2 0.3109 0.986 0.000 0.772 0.004 0.000 0.000 0.224
#> SRR903006 2 0.3109 0.986 0.000 0.772 0.004 0.000 0.000 0.224
#> SRR903007 2 0.2996 0.988 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR903014 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903027 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903028 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903029 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903030 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903031 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903032 2 0.3404 0.983 0.000 0.760 0.000 0.016 0.000 0.224
#> SRR903033 2 0.3404 0.983 0.000 0.760 0.000 0.016 0.000 0.224
#> SRR903034 2 0.3314 0.988 0.000 0.764 0.000 0.012 0.000 0.224
#> SRR903035 2 0.3404 0.983 0.000 0.760 0.000 0.016 0.000 0.224
#> SRR903036 2 0.3404 0.983 0.000 0.760 0.000 0.016 0.000 0.224
#> SRR903037 2 0.3314 0.988 0.000 0.764 0.000 0.012 0.000 0.224
#> SRR903038 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903039 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903040 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903041 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903042 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903043 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903044 2 0.3190 0.993 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR903045 2 0.3190 0.993 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR903046 2 0.3190 0.993 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR903047 2 0.3190 0.993 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR903048 2 0.3190 0.993 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR903049 2 0.3190 0.993 0.000 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR903050 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903051 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903052 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903053 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903054 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903055 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903056 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903057 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903058 1 0.0405 0.931 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR903059 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903060 1 0.0405 0.931 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR903061 1 0.0405 0.931 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR903062 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903063 1 0.0405 0.931 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR903064 1 0.0405 0.931 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR903065 1 0.0405 0.931 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR903066 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903067 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903068 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903069 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903070 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903071 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903072 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903073 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903074 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903075 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903076 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903077 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903078 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903079 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903080 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903081 1 0.0260 0.933 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903082 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903083 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903086 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903088 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903089 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903090 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903093 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903094 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903098 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903099 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903104 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903107 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903108 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903111 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903113 4 0.0146 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903114 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903122 4 0.3782 0.407 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000 0.000
#> SRR903124 4 0.3782 0.407 0.360 0.000 0.004 0.636 0.000 0.000
#> SRR903125 4 0.3728 0.446 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000 0.000
#> SRR903126 4 0.3874 0.412 0.356 0.000 0.008 0.636 0.000 0.000
#> SRR903127 4 0.3728 0.446 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000 0.000
#> SRR903128 4 0.3728 0.446 0.344 0.000 0.004 0.652 0.000 0.000
#> SRR903129 4 0.3756 0.427 0.352 0.000 0.004 0.644 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.3706 0.434 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.3706 0.434 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.3672 0.462 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.3620 0.495 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.3706 0.434 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.3684 0.453 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.3684 0.453 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.3647 0.479 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0632 0.925 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.0547 0.927 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.0547 0.927 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.0547 0.927 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.0547 0.927 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.0547 0.927 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.0547 0.927 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.0547 0.927 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903179 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903180 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903181 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903182 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903183 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903184 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903185 5 0.0458 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 5 0.0717 0.972 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR903187 5 0.0717 0.972 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR903188 5 0.0717 0.972 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR903189 5 0.0622 0.973 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903190 5 0.0717 0.972 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR903191 5 0.0717 0.972 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR903192 5 0.0622 0.973 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903193 5 0.0717 0.972 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000
#> SRR903194 5 0.2951 0.874 0.092 0.044 0.008 0.000 0.856 0.000
#> SRR903195 5 0.2979 0.861 0.112 0.032 0.008 0.000 0.848 0.000
#> SRR903196 5 0.3075 0.859 0.108 0.040 0.008 0.000 0.844 0.000
#> SRR903197 5 0.3075 0.859 0.108 0.040 0.008 0.000 0.844 0.000
#> SRR903198 5 0.2933 0.866 0.108 0.032 0.008 0.000 0.852 0.000
#> SRR903199 5 0.2981 0.868 0.100 0.040 0.008 0.000 0.852 0.000
#> SRR903200 5 0.2900 0.879 0.088 0.044 0.008 0.000 0.860 0.000
#> SRR903201 5 0.3075 0.859 0.108 0.040 0.008 0.000 0.844 0.000
#> SRR903210 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903211 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903212 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903213 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903214 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903215 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903216 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903217 6 0.1082 0.973 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR903202 5 0.0891 0.969 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR903203 5 0.1036 0.967 0.024 0.004 0.008 0.000 0.964 0.000
#> SRR903204 5 0.0891 0.969 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR903205 5 0.0891 0.969 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR903206 5 0.0891 0.969 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR903207 5 0.0891 0.969 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR903208 5 0.0891 0.969 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR903209 5 0.0891 0.969 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR903218 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903219 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903220 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903221 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903222 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903223 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903224 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903225 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903226 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903227 6 0.0713 0.979 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903228 6 0.0713 0.979 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903229 6 0.0790 0.978 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR903230 6 0.0713 0.979 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903231 6 0.0713 0.979 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903232 6 0.0713 0.979 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903233 6 0.0713 0.979 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903242 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903243 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903244 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903245 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903246 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903247 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903248 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903249 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903234 6 0.1556 0.931 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR903235 6 0.1501 0.936 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903236 6 0.1663 0.919 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR903237 6 0.1501 0.936 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903238 6 0.1444 0.941 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR903239 6 0.1501 0.936 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903240 6 0.1501 0.936 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903241 6 0.1501 0.936 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903258 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903259 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903260 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903261 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903262 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903263 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903264 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903265 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903250 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903251 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903252 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903253 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903254 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903255 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903256 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903257 5 0.0405 0.974 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR903266 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903267 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903268 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903270 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903271 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903272 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903273 5 0.0405 0.975 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR903274 6 0.1138 0.977 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012 0.960
#> SRR903275 6 0.1232 0.974 0.000 0.004 0.000 0.024 0.016 0.956
#> SRR903276 6 0.1232 0.974 0.000 0.004 0.000 0.024 0.016 0.956
#> SRR903277 6 0.1138 0.977 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012 0.960
#> SRR903278 6 0.1138 0.977 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012 0.960
#> SRR903279 6 0.1138 0.977 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012 0.960
#> SRR903280 6 0.1138 0.977 0.000 0.004 0.000 0.024 0.012 0.960
#> SRR903281 6 0.1232 0.974 0.000 0.004 0.000 0.024 0.016 0.956
#> SRR903282 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903283 6 0.1003 0.980 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR903284 6 0.1003 0.980 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR903285 6 0.1003 0.980 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR903286 6 0.0922 0.979 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004 0.968
#> SRR903287 6 0.1036 0.978 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.964
#> SRR903288 6 0.0858 0.979 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR903289 6 0.1036 0.978 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.964
#> SRR903290 6 0.1138 0.954 0.000 0.024 0.000 0.004 0.012 0.960
#> SRR903291 6 0.1149 0.958 0.000 0.024 0.000 0.008 0.008 0.960
#> SRR903292 6 0.1149 0.958 0.000 0.024 0.000 0.008 0.008 0.960
#> SRR903293 6 0.1138 0.961 0.000 0.024 0.000 0.012 0.004 0.960
#> SRR903294 6 0.1149 0.958 0.000 0.024 0.000 0.008 0.008 0.960
#> SRR903295 6 0.1138 0.961 0.000 0.024 0.000 0.012 0.004 0.960
#> SRR903296 6 0.1149 0.958 0.000 0.024 0.000 0.008 0.008 0.960
#> SRR903297 6 0.1149 0.958 0.000 0.024 0.000 0.008 0.008 0.960
#> SRR903298 6 0.1003 0.980 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR903299 6 0.1036 0.978 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.964
#> SRR903300 6 0.1036 0.978 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.964
#> SRR903301 6 0.1036 0.978 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.964
#> SRR903302 6 0.1003 0.980 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR903303 6 0.1036 0.978 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.964
#> SRR903304 6 0.1003 0.980 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR903305 6 0.1036 0.978 0.000 0.004 0.000 0.024 0.008 0.964
#> SRR903306 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903307 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903308 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903309 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903310 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903311 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903312 3 0.0405 0.919 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR903313 3 0.0291 0.919 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR903314 3 0.0291 0.919 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR903315 3 0.0405 0.919 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR903316 3 0.0405 0.919 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR903317 3 0.0405 0.919 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR903318 3 0.0291 0.919 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR903319 3 0.0405 0.919 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR903320 3 0.0291 0.919 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR903321 3 0.0405 0.919 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR903322 3 0.0405 0.919 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR903323 3 0.0291 0.920 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR903324 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903325 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903326 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903327 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903328 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903329 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903330 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903331 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903332 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903333 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903334 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903335 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903336 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903337 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903338 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903339 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903340 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR903341 2 0.3081 0.995 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.2904 0.855 0.712
#> 4 4 1.000 0.992 0.994 0.1629 0.894 0.704
#> 5 5 0.921 0.908 0.916 0.0530 0.962 0.847
#> 6 6 0.972 0.950 0.971 0.0353 0.949 0.771
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0 1 1 0
#> SRR902921 1 0 1 1 0
#> SRR902922 1 0 1 1 0
#> SRR902923 1 0 1 1 0
#> SRR902924 1 0 1 1 0
#> SRR902925 1 0 1 1 0
#> SRR902926 1 0 1 1 0
#> SRR902927 1 0 1 1 0
#> SRR902928 1 0 1 1 0
#> SRR902929 1 0 1 1 0
#> SRR902930 1 0 1 1 0
#> SRR902931 1 0 1 1 0
#> SRR902932 2 0 1 0 1
#> SRR902933 2 0 1 0 1
#> SRR902934 2 0 1 0 1
#> SRR902935 2 0 1 0 1
#> SRR902936 2 0 1 0 1
#> SRR902937 2 0 1 0 1
#> SRR902938 2 0 1 0 1
#> SRR902939 2 0 1 0 1
#> SRR902940 2 0 1 0 1
#> SRR902941 2 0 1 0 1
#> SRR902942 1 0 1 1 0
#> SRR902943 1 0 1 1 0
#> SRR902944 1 0 1 1 0
#> SRR902945 1 0 1 1 0
#> SRR902946 1 0 1 1 0
#> SRR902947 1 0 1 1 0
#> SRR902954 1 0 1 1 0
#> SRR902955 1 0 1 1 0
#> SRR902956 1 0 1 1 0
#> SRR902957 1 0 1 1 0
#> SRR902958 1 0 1 1 0
#> SRR902959 1 0 1 1 0
#> SRR902948 1 0 1 1 0
#> SRR902949 1 0 1 1 0
#> SRR902950 1 0 1 1 0
#> SRR902951 1 0 1 1 0
#> SRR902952 1 0 1 1 0
#> SRR902953 1 0 1 1 0
#> SRR902960 1 0 1 1 0
#> SRR902961 1 0 1 1 0
#> SRR902962 1 0 1 1 0
#> SRR902963 1 0 1 1 0
#> SRR902964 1 0 1 1 0
#> SRR902965 1 0 1 1 0
#> SRR902966 1 0 1 1 0
#> SRR902967 1 0 1 1 0
#> SRR902968 1 0 1 1 0
#> SRR902969 1 0 1 1 0
#> SRR902970 1 0 1 1 0
#> SRR902971 1 0 1 1 0
#> SRR902972 1 0 1 1 0
#> SRR902973 1 0 1 1 0
#> SRR902974 1 0 1 1 0
#> SRR902975 1 0 1 1 0
#> SRR902976 1 0 1 1 0
#> SRR902977 1 0 1 1 0
#> SRR902978 1 0 1 1 0
#> SRR902980 1 0 1 1 0
#> SRR902981 1 0 1 1 0
#> SRR902982 1 0 1 1 0
#> SRR902983 1 0 1 1 0
#> SRR902984 1 0 1 1 0
#> SRR902985 1 0 1 1 0
#> SRR902986 1 0 1 1 0
#> SRR902987 1 0 1 1 0
#> SRR902988 1 0 1 1 0
#> SRR902989 1 0 1 1 0
#> SRR902990 1 0 1 1 0
#> SRR902991 1 0 1 1 0
#> SRR902992 1 0 1 1 0
#> SRR902993 1 0 1 1 0
#> SRR902994 1 0 1 1 0
#> SRR902995 1 0 1 1 0
#> SRR902996 2 0 1 0 1
#> SRR902997 2 0 1 0 1
#> SRR902998 2 0 1 0 1
#> SRR902999 2 0 1 0 1
#> SRR903000 2 0 1 0 1
#> SRR903001 2 0 1 0 1
#> SRR903008 2 0 1 0 1
#> SRR903009 2 0 1 0 1
#> SRR903010 2 0 1 0 1
#> SRR903011 2 0 1 0 1
#> SRR903012 2 0 1 0 1
#> SRR903013 2 0 1 0 1
#> SRR903002 2 0 1 0 1
#> SRR903003 2 0 1 0 1
#> SRR903004 2 0 1 0 1
#> SRR903005 2 0 1 0 1
#> SRR903006 2 0 1 0 1
#> SRR903007 2 0 1 0 1
#> SRR903014 1 0 1 1 0
#> SRR903015 1 0 1 1 0
#> SRR903016 1 0 1 1 0
#> SRR903017 1 0 1 1 0
#> SRR903018 1 0 1 1 0
#> SRR903019 1 0 1 1 0
#> SRR903020 1 0 1 1 0
#> SRR903021 1 0 1 1 0
#> SRR903022 1 0 1 1 0
#> SRR903023 1 0 1 1 0
#> SRR903024 1 0 1 1 0
#> SRR903025 1 0 1 1 0
#> SRR903026 1 0 1 1 0
#> SRR903027 1 0 1 1 0
#> SRR903028 1 0 1 1 0
#> SRR903029 1 0 1 1 0
#> SRR903030 1 0 1 1 0
#> SRR903031 1 0 1 1 0
#> SRR903032 2 0 1 0 1
#> SRR903033 2 0 1 0 1
#> SRR903034 2 0 1 0 1
#> SRR903035 2 0 1 0 1
#> SRR903036 2 0 1 0 1
#> SRR903037 2 0 1 0 1
#> SRR903038 2 0 1 0 1
#> SRR903039 2 0 1 0 1
#> SRR903040 2 0 1 0 1
#> SRR903041 2 0 1 0 1
#> SRR903042 2 0 1 0 1
#> SRR903043 2 0 1 0 1
#> SRR903044 2 0 1 0 1
#> SRR903045 2 0 1 0 1
#> SRR903046 2 0 1 0 1
#> SRR903047 2 0 1 0 1
#> SRR903048 2 0 1 0 1
#> SRR903049 2 0 1 0 1
#> SRR903050 1 0 1 1 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0
#> SRR903082 2 0 1 0 1
#> SRR903083 2 0 1 0 1
#> SRR903084 2 0 1 0 1
#> SRR903085 2 0 1 0 1
#> SRR903086 2 0 1 0 1
#> SRR903087 2 0 1 0 1
#> SRR903088 2 0 1 0 1
#> SRR903089 2 0 1 0 1
#> SRR903090 2 0 1 0 1
#> SRR903091 2 0 1 0 1
#> SRR903092 2 0 1 0 1
#> SRR903093 2 0 1 0 1
#> SRR903094 2 0 1 0 1
#> SRR903095 2 0 1 0 1
#> SRR903096 2 0 1 0 1
#> SRR903097 2 0 1 0 1
#> SRR903098 2 0 1 0 1
#> SRR903099 2 0 1 0 1
#> SRR903100 2 0 1 0 1
#> SRR903101 2 0 1 0 1
#> SRR903102 2 0 1 0 1
#> SRR903103 2 0 1 0 1
#> SRR903104 2 0 1 0 1
#> SRR903105 2 0 1 0 1
#> SRR903106 2 0 1 0 1
#> SRR903107 2 0 1 0 1
#> SRR903108 2 0 1 0 1
#> SRR903109 2 0 1 0 1
#> SRR903110 2 0 1 0 1
#> SRR903111 2 0 1 0 1
#> SRR903112 2 0 1 0 1
#> SRR903113 2 0 1 0 1
#> SRR903114 1 0 1 1 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0
#> SRR903146 2 0 1 0 1
#> SRR903147 2 0 1 0 1
#> SRR903148 2 0 1 0 1
#> SRR903149 2 0 1 0 1
#> SRR903150 2 0 1 0 1
#> SRR903151 2 0 1 0 1
#> SRR903152 2 0 1 0 1
#> SRR903153 2 0 1 0 1
#> SRR903138 1 0 1 1 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0
#> SRR903154 2 0 1 0 1
#> SRR903155 2 0 1 0 1
#> SRR903156 2 0 1 0 1
#> SRR903157 2 0 1 0 1
#> SRR903158 2 0 1 0 1
#> SRR903159 2 0 1 0 1
#> SRR903160 2 0 1 0 1
#> SRR903161 2 0 1 0 1
#> SRR903162 2 0 1 0 1
#> SRR903163 2 0 1 0 1
#> SRR903164 2 0 1 0 1
#> SRR903165 2 0 1 0 1
#> SRR903166 2 0 1 0 1
#> SRR903167 2 0 1 0 1
#> SRR903168 2 0 1 0 1
#> SRR903169 2 0 1 0 1
#> SRR903178 1 0 1 1 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0
#> SRR903170 2 0 1 0 1
#> SRR903171 2 0 1 0 1
#> SRR903172 2 0 1 0 1
#> SRR903173 2 0 1 0 1
#> SRR903174 2 0 1 0 1
#> SRR903175 2 0 1 0 1
#> SRR903176 2 0 1 0 1
#> SRR903177 2 0 1 0 1
#> SRR903186 1 0 1 1 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0
#> SRR903210 2 0 1 0 1
#> SRR903211 2 0 1 0 1
#> SRR903212 2 0 1 0 1
#> SRR903213 2 0 1 0 1
#> SRR903214 2 0 1 0 1
#> SRR903215 2 0 1 0 1
#> SRR903216 2 0 1 0 1
#> SRR903217 2 0 1 0 1
#> SRR903202 1 0 1 1 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0
#> SRR903218 2 0 1 0 1
#> SRR903219 2 0 1 0 1
#> SRR903220 2 0 1 0 1
#> SRR903221 2 0 1 0 1
#> SRR903222 2 0 1 0 1
#> SRR903223 2 0 1 0 1
#> SRR903224 2 0 1 0 1
#> SRR903225 2 0 1 0 1
#> SRR903226 2 0 1 0 1
#> SRR903227 2 0 1 0 1
#> SRR903228 2 0 1 0 1
#> SRR903229 2 0 1 0 1
#> SRR903230 2 0 1 0 1
#> SRR903231 2 0 1 0 1
#> SRR903232 2 0 1 0 1
#> SRR903233 2 0 1 0 1
#> SRR903242 1 0 1 1 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0
#> SRR903234 2 0 1 0 1
#> SRR903235 2 0 1 0 1
#> SRR903236 2 0 1 0 1
#> SRR903237 2 0 1 0 1
#> SRR903238 2 0 1 0 1
#> SRR903239 2 0 1 0 1
#> SRR903240 2 0 1 0 1
#> SRR903241 2 0 1 0 1
#> SRR903258 1 0 1 1 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0
#> SRR903274 2 0 1 0 1
#> SRR903275 2 0 1 0 1
#> SRR903276 2 0 1 0 1
#> SRR903277 2 0 1 0 1
#> SRR903278 2 0 1 0 1
#> SRR903279 2 0 1 0 1
#> SRR903280 2 0 1 0 1
#> SRR903281 2 0 1 0 1
#> SRR903282 2 0 1 0 1
#> SRR903283 2 0 1 0 1
#> SRR903284 2 0 1 0 1
#> SRR903285 2 0 1 0 1
#> SRR903286 2 0 1 0 1
#> SRR903287 2 0 1 0 1
#> SRR903288 2 0 1 0 1
#> SRR903289 2 0 1 0 1
#> SRR903290 2 0 1 0 1
#> SRR903291 2 0 1 0 1
#> SRR903292 2 0 1 0 1
#> SRR903293 2 0 1 0 1
#> SRR903294 2 0 1 0 1
#> SRR903295 2 0 1 0 1
#> SRR903296 2 0 1 0 1
#> SRR903297 2 0 1 0 1
#> SRR903298 2 0 1 0 1
#> SRR903299 2 0 1 0 1
#> SRR903300 2 0 1 0 1
#> SRR903301 2 0 1 0 1
#> SRR903302 2 0 1 0 1
#> SRR903303 2 0 1 0 1
#> SRR903304 2 0 1 0 1
#> SRR903305 2 0 1 0 1
#> SRR903306 1 0 1 1 0
#> SRR903307 1 0 1 1 0
#> SRR903308 1 0 1 1 0
#> SRR903309 1 0 1 1 0
#> SRR903310 1 0 1 1 0
#> SRR903311 1 0 1 1 0
#> SRR903312 1 0 1 1 0
#> SRR903313 1 0 1 1 0
#> SRR903314 1 0 1 1 0
#> SRR903315 1 0 1 1 0
#> SRR903316 1 0 1 1 0
#> SRR903317 1 0 1 1 0
#> SRR903318 1 0 1 1 0
#> SRR903319 1 0 1 1 0
#> SRR903320 1 0 1 1 0
#> SRR903321 1 0 1 1 0
#> SRR903322 1 0 1 1 0
#> SRR903323 1 0 1 1 0
#> SRR903324 2 0 1 0 1
#> SRR903325 2 0 1 0 1
#> SRR903326 2 0 1 0 1
#> SRR903327 2 0 1 0 1
#> SRR903328 2 0 1 0 1
#> SRR903329 2 0 1 0 1
#> SRR903330 2 0 1 0 1
#> SRR903331 2 0 1 0 1
#> SRR903332 2 0 1 0 1
#> SRR903333 2 0 1 0 1
#> SRR903334 2 0 1 0 1
#> SRR903335 2 0 1 0 1
#> SRR903336 2 0 1 0 1
#> SRR903337 2 0 1 0 1
#> SRR903338 2 0 1 0 1
#> SRR903339 2 0 1 0 1
#> SRR903340 2 0 1 0 1
#> SRR903341 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0 1 0 0 1
#> SRR902921 3 0 1 0 0 1
#> SRR902922 3 0 1 0 0 1
#> SRR902923 3 0 1 0 0 1
#> SRR902924 3 0 1 0 0 1
#> SRR902925 3 0 1 0 0 1
#> SRR902926 3 0 1 0 0 1
#> SRR902927 3 0 1 0 0 1
#> SRR902928 3 0 1 0 0 1
#> SRR902929 3 0 1 0 0 1
#> SRR902930 3 0 1 0 0 1
#> SRR902931 3 0 1 0 0 1
#> SRR902932 2 0 1 0 1 0
#> SRR902933 2 0 1 0 1 0
#> SRR902934 2 0 1 0 1 0
#> SRR902935 2 0 1 0 1 0
#> SRR902936 2 0 1 0 1 0
#> SRR902937 2 0 1 0 1 0
#> SRR902938 2 0 1 0 1 0
#> SRR902939 2 0 1 0 1 0
#> SRR902940 2 0 1 0 1 0
#> SRR902941 2 0 1 0 1 0
#> SRR902942 3 0 1 0 0 1
#> SRR902943 3 0 1 0 0 1
#> SRR902944 3 0 1 0 0 1
#> SRR902945 3 0 1 0 0 1
#> SRR902946 3 0 1 0 0 1
#> SRR902947 3 0 1 0 0 1
#> SRR902954 3 0 1 0 0 1
#> SRR902955 3 0 1 0 0 1
#> SRR902956 3 0 1 0 0 1
#> SRR902957 3 0 1 0 0 1
#> SRR902958 3 0 1 0 0 1
#> SRR902959 3 0 1 0 0 1
#> SRR902948 3 0 1 0 0 1
#> SRR902949 3 0 1 0 0 1
#> SRR902950 3 0 1 0 0 1
#> SRR902951 3 0 1 0 0 1
#> SRR902952 3 0 1 0 0 1
#> SRR902953 3 0 1 0 0 1
#> SRR902960 3 0 1 0 0 1
#> SRR902961 3 0 1 0 0 1
#> SRR902962 3 0 1 0 0 1
#> SRR902963 3 0 1 0 0 1
#> SRR902964 3 0 1 0 0 1
#> SRR902965 3 0 1 0 0 1
#> SRR902966 3 0 1 0 0 1
#> SRR902967 3 0 1 0 0 1
#> SRR902968 3 0 1 0 0 1
#> SRR902969 3 0 1 0 0 1
#> SRR902970 3 0 1 0 0 1
#> SRR902971 3 0 1 0 0 1
#> SRR902972 3 0 1 0 0 1
#> SRR902973 3 0 1 0 0 1
#> SRR902974 3 0 1 0 0 1
#> SRR902975 3 0 1 0 0 1
#> SRR902976 3 0 1 0 0 1
#> SRR902977 3 0 1 0 0 1
#> SRR902978 3 0 1 0 0 1
#> SRR902980 3 0 1 0 0 1
#> SRR902981 3 0 1 0 0 1
#> SRR902982 3 0 1 0 0 1
#> SRR902983 3 0 1 0 0 1
#> SRR902984 3 0 1 0 0 1
#> SRR902985 3 0 1 0 0 1
#> SRR902986 3 0 1 0 0 1
#> SRR902987 3 0 1 0 0 1
#> SRR902988 3 0 1 0 0 1
#> SRR902989 3 0 1 0 0 1
#> SRR902990 3 0 1 0 0 1
#> SRR902991 3 0 1 0 0 1
#> SRR902992 3 0 1 0 0 1
#> SRR902993 3 0 1 0 0 1
#> SRR902994 3 0 1 0 0 1
#> SRR902995 3 0 1 0 0 1
#> SRR902996 2 0 1 0 1 0
#> SRR902997 2 0 1 0 1 0
#> SRR902998 2 0 1 0 1 0
#> SRR902999 2 0 1 0 1 0
#> SRR903000 2 0 1 0 1 0
#> SRR903001 2 0 1 0 1 0
#> SRR903008 2 0 1 0 1 0
#> SRR903009 2 0 1 0 1 0
#> SRR903010 2 0 1 0 1 0
#> SRR903011 2 0 1 0 1 0
#> SRR903012 2 0 1 0 1 0
#> SRR903013 2 0 1 0 1 0
#> SRR903002 2 0 1 0 1 0
#> SRR903003 2 0 1 0 1 0
#> SRR903004 2 0 1 0 1 0
#> SRR903005 2 0 1 0 1 0
#> SRR903006 2 0 1 0 1 0
#> SRR903007 2 0 1 0 1 0
#> SRR903014 3 0 1 0 0 1
#> SRR903015 3 0 1 0 0 1
#> SRR903016 3 0 1 0 0 1
#> SRR903017 3 0 1 0 0 1
#> SRR903018 3 0 1 0 0 1
#> SRR903019 3 0 1 0 0 1
#> SRR903020 3 0 1 0 0 1
#> SRR903021 3 0 1 0 0 1
#> SRR903022 3 0 1 0 0 1
#> SRR903023 3 0 1 0 0 1
#> SRR903024 3 0 1 0 0 1
#> SRR903025 3 0 1 0 0 1
#> SRR903026 3 0 1 0 0 1
#> SRR903027 3 0 1 0 0 1
#> SRR903028 3 0 1 0 0 1
#> SRR903029 3 0 1 0 0 1
#> SRR903030 3 0 1 0 0 1
#> SRR903031 3 0 1 0 0 1
#> SRR903032 2 0 1 0 1 0
#> SRR903033 2 0 1 0 1 0
#> SRR903034 2 0 1 0 1 0
#> SRR903035 2 0 1 0 1 0
#> SRR903036 2 0 1 0 1 0
#> SRR903037 2 0 1 0 1 0
#> SRR903038 2 0 1 0 1 0
#> SRR903039 2 0 1 0 1 0
#> SRR903040 2 0 1 0 1 0
#> SRR903041 2 0 1 0 1 0
#> SRR903042 2 0 1 0 1 0
#> SRR903043 2 0 1 0 1 0
#> SRR903044 2 0 1 0 1 0
#> SRR903045 2 0 1 0 1 0
#> SRR903046 2 0 1 0 1 0
#> SRR903047 2 0 1 0 1 0
#> SRR903048 2 0 1 0 1 0
#> SRR903049 2 0 1 0 1 0
#> SRR903050 1 0 1 1 0 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0 0
#> SRR903082 2 0 1 0 1 0
#> SRR903083 2 0 1 0 1 0
#> SRR903084 2 0 1 0 1 0
#> SRR903085 2 0 1 0 1 0
#> SRR903086 2 0 1 0 1 0
#> SRR903087 2 0 1 0 1 0
#> SRR903088 2 0 1 0 1 0
#> SRR903089 2 0 1 0 1 0
#> SRR903090 2 0 1 0 1 0
#> SRR903091 2 0 1 0 1 0
#> SRR903092 2 0 1 0 1 0
#> SRR903093 2 0 1 0 1 0
#> SRR903094 2 0 1 0 1 0
#> SRR903095 2 0 1 0 1 0
#> SRR903096 2 0 1 0 1 0
#> SRR903097 2 0 1 0 1 0
#> SRR903098 2 0 1 0 1 0
#> SRR903099 2 0 1 0 1 0
#> SRR903100 2 0 1 0 1 0
#> SRR903101 2 0 1 0 1 0
#> SRR903102 2 0 1 0 1 0
#> SRR903103 2 0 1 0 1 0
#> SRR903104 2 0 1 0 1 0
#> SRR903105 2 0 1 0 1 0
#> SRR903106 2 0 1 0 1 0
#> SRR903107 2 0 1 0 1 0
#> SRR903108 2 0 1 0 1 0
#> SRR903109 2 0 1 0 1 0
#> SRR903110 2 0 1 0 1 0
#> SRR903111 2 0 1 0 1 0
#> SRR903112 2 0 1 0 1 0
#> SRR903113 2 0 1 0 1 0
#> SRR903114 1 0 1 1 0 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0 0
#> SRR903146 2 0 1 0 1 0
#> SRR903147 2 0 1 0 1 0
#> SRR903148 2 0 1 0 1 0
#> SRR903149 2 0 1 0 1 0
#> SRR903150 2 0 1 0 1 0
#> SRR903151 2 0 1 0 1 0
#> SRR903152 2 0 1 0 1 0
#> SRR903153 2 0 1 0 1 0
#> SRR903138 1 0 1 1 0 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0 0
#> SRR903154 2 0 1 0 1 0
#> SRR903155 2 0 1 0 1 0
#> SRR903156 2 0 1 0 1 0
#> SRR903157 2 0 1 0 1 0
#> SRR903158 2 0 1 0 1 0
#> SRR903159 2 0 1 0 1 0
#> SRR903160 2 0 1 0 1 0
#> SRR903161 2 0 1 0 1 0
#> SRR903162 2 0 1 0 1 0
#> SRR903163 2 0 1 0 1 0
#> SRR903164 2 0 1 0 1 0
#> SRR903165 2 0 1 0 1 0
#> SRR903166 2 0 1 0 1 0
#> SRR903167 2 0 1 0 1 0
#> SRR903168 2 0 1 0 1 0
#> SRR903169 2 0 1 0 1 0
#> SRR903178 1 0 1 1 0 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0 0
#> SRR903170 2 0 1 0 1 0
#> SRR903171 2 0 1 0 1 0
#> SRR903172 2 0 1 0 1 0
#> SRR903173 2 0 1 0 1 0
#> SRR903174 2 0 1 0 1 0
#> SRR903175 2 0 1 0 1 0
#> SRR903176 2 0 1 0 1 0
#> SRR903177 2 0 1 0 1 0
#> SRR903186 1 0 1 1 0 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0 0
#> SRR903210 2 0 1 0 1 0
#> SRR903211 2 0 1 0 1 0
#> SRR903212 2 0 1 0 1 0
#> SRR903213 2 0 1 0 1 0
#> SRR903214 2 0 1 0 1 0
#> SRR903215 2 0 1 0 1 0
#> SRR903216 2 0 1 0 1 0
#> SRR903217 2 0 1 0 1 0
#> SRR903202 1 0 1 1 0 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0 0
#> SRR903218 2 0 1 0 1 0
#> SRR903219 2 0 1 0 1 0
#> SRR903220 2 0 1 0 1 0
#> SRR903221 2 0 1 0 1 0
#> SRR903222 2 0 1 0 1 0
#> SRR903223 2 0 1 0 1 0
#> SRR903224 2 0 1 0 1 0
#> SRR903225 2 0 1 0 1 0
#> SRR903226 2 0 1 0 1 0
#> SRR903227 2 0 1 0 1 0
#> SRR903228 2 0 1 0 1 0
#> SRR903229 2 0 1 0 1 0
#> SRR903230 2 0 1 0 1 0
#> SRR903231 2 0 1 0 1 0
#> SRR903232 2 0 1 0 1 0
#> SRR903233 2 0 1 0 1 0
#> SRR903242 1 0 1 1 0 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0 0
#> SRR903234 2 0 1 0 1 0
#> SRR903235 2 0 1 0 1 0
#> SRR903236 2 0 1 0 1 0
#> SRR903237 2 0 1 0 1 0
#> SRR903238 2 0 1 0 1 0
#> SRR903239 2 0 1 0 1 0
#> SRR903240 2 0 1 0 1 0
#> SRR903241 2 0 1 0 1 0
#> SRR903258 1 0 1 1 0 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0 0
#> SRR903274 2 0 1 0 1 0
#> SRR903275 2 0 1 0 1 0
#> SRR903276 2 0 1 0 1 0
#> SRR903277 2 0 1 0 1 0
#> SRR903278 2 0 1 0 1 0
#> SRR903279 2 0 1 0 1 0
#> SRR903280 2 0 1 0 1 0
#> SRR903281 2 0 1 0 1 0
#> SRR903282 2 0 1 0 1 0
#> SRR903283 2 0 1 0 1 0
#> SRR903284 2 0 1 0 1 0
#> SRR903285 2 0 1 0 1 0
#> SRR903286 2 0 1 0 1 0
#> SRR903287 2 0 1 0 1 0
#> SRR903288 2 0 1 0 1 0
#> SRR903289 2 0 1 0 1 0
#> SRR903290 2 0 1 0 1 0
#> SRR903291 2 0 1 0 1 0
#> SRR903292 2 0 1 0 1 0
#> SRR903293 2 0 1 0 1 0
#> SRR903294 2 0 1 0 1 0
#> SRR903295 2 0 1 0 1 0
#> SRR903296 2 0 1 0 1 0
#> SRR903297 2 0 1 0 1 0
#> SRR903298 2 0 1 0 1 0
#> SRR903299 2 0 1 0 1 0
#> SRR903300 2 0 1 0 1 0
#> SRR903301 2 0 1 0 1 0
#> SRR903302 2 0 1 0 1 0
#> SRR903303 2 0 1 0 1 0
#> SRR903304 2 0 1 0 1 0
#> SRR903305 2 0 1 0 1 0
#> SRR903306 3 0 1 0 0 1
#> SRR903307 3 0 1 0 0 1
#> SRR903308 3 0 1 0 0 1
#> SRR903309 3 0 1 0 0 1
#> SRR903310 3 0 1 0 0 1
#> SRR903311 3 0 1 0 0 1
#> SRR903312 3 0 1 0 0 1
#> SRR903313 3 0 1 0 0 1
#> SRR903314 3 0 1 0 0 1
#> SRR903315 3 0 1 0 0 1
#> SRR903316 3 0 1 0 0 1
#> SRR903317 3 0 1 0 0 1
#> SRR903318 3 0 1 0 0 1
#> SRR903319 3 0 1 0 0 1
#> SRR903320 3 0 1 0 0 1
#> SRR903321 3 0 1 0 0 1
#> SRR903322 3 0 1 0 0 1
#> SRR903323 3 0 1 0 0 1
#> SRR903324 2 0 1 0 1 0
#> SRR903325 2 0 1 0 1 0
#> SRR903326 2 0 1 0 1 0
#> SRR903327 2 0 1 0 1 0
#> SRR903328 2 0 1 0 1 0
#> SRR903329 2 0 1 0 1 0
#> SRR903330 2 0 1 0 1 0
#> SRR903331 2 0 1 0 1 0
#> SRR903332 2 0 1 0 1 0
#> SRR903333 2 0 1 0 1 0
#> SRR903334 2 0 1 0 1 0
#> SRR903335 2 0 1 0 1 0
#> SRR903336 2 0 1 0 1 0
#> SRR903337 2 0 1 0 1 0
#> SRR903338 2 0 1 0 1 0
#> SRR903339 2 0 1 0 1 0
#> SRR903340 2 0 1 0 1 0
#> SRR903341 2 0 1 0 1 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903114 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903138 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903178 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903179 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903180 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903181 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903182 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903183 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903184 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903185 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.983 0 0.000 0 1.000
#> SRR903186 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903210 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903211 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903212 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903213 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903214 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903215 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903216 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903217 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903202 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903218 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903219 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903220 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903221 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903222 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903223 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903224 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903225 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903226 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903227 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903228 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903229 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903230 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903231 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903232 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903233 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903242 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903243 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903234 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903235 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903236 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903237 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903238 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903239 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903240 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903241 4 0.1389 0.965 0 0.048 0 0.952
#> SRR903258 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903259 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903260 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903261 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903262 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903263 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903264 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903265 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903250 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903251 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903252 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903253 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903254 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903255 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903256 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903257 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903266 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903267 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903268 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903270 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903271 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903272 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903273 1 0.0000 1.000 1 0.000 0 0.000
#> SRR903274 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903275 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903276 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903277 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903278 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903279 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903280 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903281 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903282 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903283 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903284 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903285 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903286 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903287 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903288 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903289 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903290 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903291 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903292 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903293 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903294 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903295 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903296 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903297 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903298 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903299 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903300 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903301 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903302 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903303 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903304 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903305 2 0.0921 0.980 0 0.972 0 0.028
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0 0.000 1 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.990 0 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903083 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903084 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903085 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903086 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903087 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903088 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903089 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903090 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903091 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903092 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903093 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903094 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903095 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903096 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903097 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903098 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903099 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903100 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903101 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903102 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903103 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903104 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903105 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903106 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903107 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903108 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903109 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903110 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903111 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903112 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903113 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.840 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903163 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903164 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903165 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903166 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903167 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903168 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903169 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903178 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903179 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903180 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903181 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903182 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903183 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903184 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903185 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903170 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.000 0.977 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR903186 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903187 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903188 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903189 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903190 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903191 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903192 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903193 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903194 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903195 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903196 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903197 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903198 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903199 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903200 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903201 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903210 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903211 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903212 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903213 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903214 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903215 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903216 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903217 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903202 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903203 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903204 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903205 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903206 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903207 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903208 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903209 1 0.422 0.241 0.584 0.000 0 0.000 0.416
#> SRR903218 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903219 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903220 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903221 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903222 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903223 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903224 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903225 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903226 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903227 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903228 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903229 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903230 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903231 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903232 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903233 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903242 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903243 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903244 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903245 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903246 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903247 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903248 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903249 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903234 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903235 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903236 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903237 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903238 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903239 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903240 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903241 4 0.184 0.953 0.000 0.016 0 0.928 0.056
#> SRR903258 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903259 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903260 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903261 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903262 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903263 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903264 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903265 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903250 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903251 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903252 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903253 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903254 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903255 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903256 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903257 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903266 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903267 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903268 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903270 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903271 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903272 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903273 5 0.297 1.000 0.184 0.000 0 0.000 0.816
#> SRR903274 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903275 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903276 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903277 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903278 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903279 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903280 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903281 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903282 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903283 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903284 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903285 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903286 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903287 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903288 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903289 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903290 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903291 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903292 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903293 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903294 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903295 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903296 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903297 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903298 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903299 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903300 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903301 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903302 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903303 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903304 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903305 2 0.312 0.887 0.000 0.812 0 0.004 0.184
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 0.946 0.000 1.000 0 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903050 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903051 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903052 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903053 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903054 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903055 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903056 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903057 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903058 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903059 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903060 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903061 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903062 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903063 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903064 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903065 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903066 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903067 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903068 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903069 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903070 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903071 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903072 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903073 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903074 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903075 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903076 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903077 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903078 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903079 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903080 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903081 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903082 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903083 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903084 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903085 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903086 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903087 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903088 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903089 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903090 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903091 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903092 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903093 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903094 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903095 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903096 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903097 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903098 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903099 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903100 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903101 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903102 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903103 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903104 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903105 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903106 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903107 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903108 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903109 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903110 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903111 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903112 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903113 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903114 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903115 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903116 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903117 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903118 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903119 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903121 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903122 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903124 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903125 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903126 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903127 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903128 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903129 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903130 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903131 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903132 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903133 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903134 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903135 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903136 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903137 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903146 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903147 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903148 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903149 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903150 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903151 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903152 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903153 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903138 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903139 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903140 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903141 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903142 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903143 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903144 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903145 1 0.000 1.000 1.0 0 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903154 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903155 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903156 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903157 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903158 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903159 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903160 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903161 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903162 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903163 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903164 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903165 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903166 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903167 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903168 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903169 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903178 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903179 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903180 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903181 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903182 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903183 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903184 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903185 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903170 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903171 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903172 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903173 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903174 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903175 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903176 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903177 4 0.000 0.973 0.0 0 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903186 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903187 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903188 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903189 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903190 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903191 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903192 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903193 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903194 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903195 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903196 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903197 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903198 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903199 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903200 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903201 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903210 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903211 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903212 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903213 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903214 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903215 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903216 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903217 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903202 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903203 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903204 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903205 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903206 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903207 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903208 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903209 5 0.376 0.581 0.4 0 0 0.000 0.6 0.000
#> SRR903218 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903219 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903220 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903221 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903222 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903223 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903224 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903225 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903226 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903227 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903228 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903229 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903230 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903231 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903232 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903233 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903242 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903243 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903244 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903245 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903246 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903247 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903248 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903249 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903234 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903235 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903236 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903237 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903238 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903239 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903240 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903241 4 0.150 0.945 0.0 0 0 0.924 0.0 0.076
#> SRR903258 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903259 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903260 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903261 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903262 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903263 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903264 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903265 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903250 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903251 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903252 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903253 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903254 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903255 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903256 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903257 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903266 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903267 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903268 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903270 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903271 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903272 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903273 5 0.000 0.806 0.0 0 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903274 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903275 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903276 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903277 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903278 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903279 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903280 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903281 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903282 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903283 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903284 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903285 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903286 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903287 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903288 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903289 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903290 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903291 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903292 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903293 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903294 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903295 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903296 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903297 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903298 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903299 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903300 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903301 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903302 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903303 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903304 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903305 6 0.000 1.000 0.0 0 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.0 0 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.0 1 0 0.000 0.0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.463 0.866 0.899 0.4946 0.502 0.502
#> 3 3 0.553 0.516 0.725 0.2898 0.674 0.445
#> 4 4 0.722 0.886 0.863 0.1269 0.894 0.704
#> 5 5 0.706 0.711 0.803 0.0662 0.989 0.958
#> 6 6 0.774 0.788 0.795 0.0456 0.933 0.736
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902921 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902922 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902923 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902924 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902925 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902926 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902927 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902928 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902929 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902930 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902931 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902932 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902933 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902934 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902935 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902936 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902937 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902938 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902939 2 0.7139 0.841 0.196 0.804
#> SRR902940 2 0.7139 0.841 0.196 0.804
#> SRR902941 2 0.7139 0.841 0.196 0.804
#> SRR902942 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902943 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902944 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902945 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902946 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902947 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902954 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902955 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902956 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902957 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902958 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902959 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902948 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902949 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902950 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902951 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902952 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902953 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902960 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902961 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902962 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902963 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902964 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902965 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902966 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902967 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902968 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902969 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902970 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902971 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902972 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902973 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902974 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902975 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902976 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902977 1 0.1184 0.866 0.984 0.016
#> SRR902978 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902980 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902981 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902982 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902983 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902984 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902985 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902986 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902987 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902988 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902989 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902990 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902991 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902992 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902993 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902994 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902995 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR902996 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902997 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902998 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR902999 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903000 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903001 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903008 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903009 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903010 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903011 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903012 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903013 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903002 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903003 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903004 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903005 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903006 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903007 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903014 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903015 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903016 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903017 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903018 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903019 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903020 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903021 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903022 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903023 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903024 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903025 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903026 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903027 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903028 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903029 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903030 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903031 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903032 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903033 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903034 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903035 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903036 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903037 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903038 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903039 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903040 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903041 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903042 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903043 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903044 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903045 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903046 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903047 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903048 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903049 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903050 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903051 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903052 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903053 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903054 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903055 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903056 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903057 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903058 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903059 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903060 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903061 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903062 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903063 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903064 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903065 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903066 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903067 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903068 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903069 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903070 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903071 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903072 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903073 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903074 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903075 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903076 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903077 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903078 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903079 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903080 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903081 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903082 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903115 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903116 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903117 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903118 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903119 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903121 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903122 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903124 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903125 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903126 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903127 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903128 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903129 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903130 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903131 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903132 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903133 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903134 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903135 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903136 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903137 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903146 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903139 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903140 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903141 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903142 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903143 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903144 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903145 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903154 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903179 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903180 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903181 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903182 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903183 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903184 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903185 1 0.4562 0.869 0.904 0.096
#> SRR903170 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903187 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903188 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903189 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903190 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903191 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903192 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903193 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903194 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903195 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903196 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903197 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903198 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903199 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903200 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903201 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903210 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903203 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903204 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903205 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903206 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903207 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903208 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903209 1 0.7219 0.854 0.800 0.200
#> SRR903218 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903243 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903244 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903245 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903246 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903247 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903248 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903249 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903234 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903259 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903260 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903261 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903262 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903263 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903264 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903265 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903250 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903251 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903252 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903253 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903254 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903255 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903256 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903257 1 0.6973 0.843 0.812 0.188
#> SRR903266 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903267 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903268 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903270 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903271 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903272 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903273 1 0.8499 0.814 0.724 0.276
#> SRR903274 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903291 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903292 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903293 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903294 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903295 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903296 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903297 2 0.6531 0.852 0.168 0.832
#> SRR903298 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.0000 0.909 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903307 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903308 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903309 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903310 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903311 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903312 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903313 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903314 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903315 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903316 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903317 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903318 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903319 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903320 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903321 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903322 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903323 1 0.0672 0.863 0.992 0.008
#> SRR903324 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903325 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903326 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903327 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903328 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903329 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903330 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903331 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903332 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903333 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903334 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903335 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903336 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903337 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903338 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903339 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903340 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
#> SRR903341 2 0.7219 0.839 0.200 0.800
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902933 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902934 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902935 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902936 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902937 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902938 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902939 1 0.6489 -0.429 0.540 0.456 0.004
#> SRR902940 1 0.6489 -0.429 0.540 0.456 0.004
#> SRR902941 1 0.6489 -0.429 0.540 0.456 0.004
#> SRR902942 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902943 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902944 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902945 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902946 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902947 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902954 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902955 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902956 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902957 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902958 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902959 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902948 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902949 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902950 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902951 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902952 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902953 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902960 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902961 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902962 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902963 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902964 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902965 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902966 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902967 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902968 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902969 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902970 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902971 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902972 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902973 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902974 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902975 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902976 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902977 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> SRR902978 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902997 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902998 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR902999 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903000 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903001 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903008 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903009 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903010 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903011 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903012 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903013 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903002 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903003 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903004 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903005 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903006 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903007 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903014 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903033 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903034 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903035 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903036 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903037 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903038 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903039 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903040 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903041 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903042 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903043 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903044 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903045 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903046 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903047 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903048 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903049 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903050 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903051 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903052 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903053 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903054 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903055 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903056 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903057 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903058 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903059 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903060 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903061 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903062 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903063 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903064 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903065 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903066 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903067 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903068 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903069 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903070 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903071 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903072 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903073 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903074 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903075 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903076 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903077 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903078 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903079 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903080 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903081 1 0.9706 0.411 0.456 0.268 0.276
#> SRR903082 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903115 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903116 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903117 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903118 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903119 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903121 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903122 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903124 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903125 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903126 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903127 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903128 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903129 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903130 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903131 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903132 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903133 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903134 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903135 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903136 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903137 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903146 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903139 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903140 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903141 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903142 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903143 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903144 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903145 1 0.8932 0.466 0.456 0.420 0.124
#> SRR903154 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903179 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903180 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903181 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903182 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903183 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903184 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903185 3 0.6215 0.283 0.428 0.000 0.572
#> SRR903170 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 2 0.0000 0.747 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903187 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903188 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903189 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903190 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903191 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903192 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903193 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903194 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903195 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903196 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903197 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903198 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903199 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903200 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903201 1 0.9676 0.397 0.460 0.252 0.288
#> SRR903210 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903211 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903212 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903213 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903214 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903215 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903216 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903217 2 0.5431 0.757 0.284 0.716 0.000
#> SRR903202 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903203 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903204 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903205 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903206 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903207 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903208 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903209 1 0.9648 0.378 0.460 0.236 0.304
#> SRR903218 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903219 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903220 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903221 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903222 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903223 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903224 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903225 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903226 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903227 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903228 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903229 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903230 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903231 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903232 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903233 2 0.5465 0.756 0.288 0.712 0.000
#> SRR903242 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903243 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903244 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903245 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903246 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903247 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903248 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903249 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903234 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903235 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903236 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903237 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903238 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903239 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903240 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903241 2 0.5363 0.759 0.276 0.724 0.000
#> SRR903258 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903259 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903260 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903261 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903262 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903263 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903264 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903265 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903250 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903251 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903252 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903253 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903254 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903255 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903256 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903257 1 0.9730 0.300 0.428 0.232 0.340
#> SRR903266 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903267 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903268 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903270 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903271 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903272 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903273 1 0.9588 0.444 0.460 0.324 0.216
#> SRR903274 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903275 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903276 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903277 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903278 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903279 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903280 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903281 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903282 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903283 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903284 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903285 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903286 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903287 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903288 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903289 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903290 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903291 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903292 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903293 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903294 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903295 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903296 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903297 2 0.6252 0.694 0.344 0.648 0.008
#> SRR903298 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903299 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903300 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903301 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903302 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903303 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903304 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903305 2 0.5497 0.755 0.292 0.708 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903325 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903326 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903327 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903328 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903329 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903330 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903331 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903332 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903333 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903334 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903335 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903336 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903337 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903338 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903339 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903340 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
#> SRR903341 1 0.6647 -0.423 0.540 0.452 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902933 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902934 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902935 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902936 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902937 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902938 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902939 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902940 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902941 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR902942 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902943 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902944 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902945 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902946 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902947 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902954 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902955 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902956 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902957 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902958 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902959 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902948 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902949 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902950 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902951 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902952 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902953 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902960 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902961 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902962 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902963 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902964 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902965 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902966 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902967 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902968 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902969 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902970 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902971 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902972 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902973 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902974 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902975 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902976 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902977 3 0.2999 0.924 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR902978 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902980 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902981 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902982 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902983 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902984 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902985 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902986 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902987 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902988 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902989 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902990 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902991 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902992 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902993 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902994 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902995 3 0.0188 0.957 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902996 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR902997 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR902998 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR902999 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903000 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903001 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903008 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903009 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903010 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903011 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903012 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903013 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903002 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903003 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903004 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903005 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903006 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903007 2 0.4538 0.983 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR903014 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903033 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903034 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903035 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903036 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903037 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903038 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903039 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903040 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903041 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903042 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903043 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903044 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903045 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903046 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903047 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903048 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903049 2 0.4086 0.991 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR903050 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903051 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903052 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903053 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903054 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903055 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903056 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903057 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903058 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903059 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903060 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903061 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903062 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903063 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903064 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903065 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903066 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903067 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903068 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903069 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903070 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903071 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903072 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903073 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903074 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903075 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903076 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903077 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903078 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903079 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903080 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903081 1 0.2563 0.892 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR903082 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903083 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903084 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903085 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903086 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903087 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903088 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903089 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903090 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903091 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903092 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903093 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903094 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903095 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903096 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903097 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903098 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903099 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903100 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903101 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903102 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903103 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903104 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903105 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903106 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903107 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903108 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903109 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903110 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903111 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903112 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903113 4 0.2741 0.857 0.096 0.012 0.000 0.892
#> SRR903114 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903115 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903116 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903117 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903118 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903119 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903121 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903122 1 0.3607 0.874 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR903124 1 0.3607 0.874 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR903125 1 0.3607 0.874 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR903126 1 0.3607 0.874 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR903127 1 0.3607 0.874 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR903128 1 0.3607 0.874 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR903129 1 0.3607 0.874 0.864 0.008 0.032 0.096
#> SRR903130 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903131 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903132 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903133 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903134 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903135 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903136 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903137 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903146 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903147 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903148 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903149 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903150 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903151 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903152 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903153 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903138 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903139 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903140 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903141 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903142 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903143 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903144 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903145 1 0.3670 0.873 0.860 0.008 0.032 0.100
#> SRR903154 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903155 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903156 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903157 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903158 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903159 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903160 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903161 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903162 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903163 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903164 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903165 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903166 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903167 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903168 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903169 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903178 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903179 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903180 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903181 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903182 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903183 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903184 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903185 1 0.6063 0.746 0.680 0.124 0.196 0.000
#> SRR903170 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903171 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903172 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903173 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903174 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903175 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903176 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903177 4 0.2281 0.857 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR903186 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903187 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903188 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903189 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903190 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903191 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903192 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903193 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903194 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903195 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903196 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903197 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903198 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903199 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903200 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903201 1 0.3107 0.889 0.884 0.036 0.080 0.000
#> SRR903210 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903211 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903212 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903213 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903214 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903215 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903216 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903217 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903202 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903203 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903204 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903205 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903206 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903207 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903208 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903209 1 0.3198 0.889 0.880 0.040 0.080 0.000
#> SRR903218 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903219 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903220 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903221 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903222 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903223 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903224 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903225 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903226 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903227 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903228 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903229 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903230 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903231 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903232 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903233 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903242 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903243 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903244 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903245 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903246 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903247 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903248 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903249 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903234 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903235 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903236 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903237 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903238 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903239 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903240 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903241 4 0.2081 0.832 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR903258 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903259 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903260 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903261 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903262 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903263 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903264 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903265 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903250 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903251 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903252 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903253 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903254 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903255 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903256 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903257 1 0.7326 0.796 0.656 0.116 0.140 0.088
#> SRR903266 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903267 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903268 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903270 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903271 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903272 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903273 1 0.6001 0.859 0.748 0.112 0.056 0.084
#> SRR903274 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903275 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903276 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903277 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903278 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903279 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903280 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903281 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903282 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903283 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903284 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903285 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903286 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903287 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903288 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903289 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903290 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903291 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903292 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903293 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903294 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903295 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903296 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903297 4 0.5069 0.389 0.016 0.320 0.000 0.664
#> SRR903298 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903299 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903300 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903301 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903302 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903303 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903304 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903305 4 0.3108 0.803 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR903306 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903325 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903326 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903327 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903328 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903329 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903330 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903331 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903332 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903333 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903334 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903335 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903336 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903337 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903338 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903339 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903340 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903341 2 0.3764 0.991 0.000 0.784 0.000 0.216
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902933 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902934 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902935 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902936 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902937 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902938 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902939 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902940 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902941 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR902942 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902943 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902944 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902945 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902946 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902947 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902954 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902955 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902956 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902957 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902958 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902959 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902948 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902949 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902950 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902951 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902952 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902953 3 0.5077 0.824 0.016 0.052 0.692 0.000 0.240
#> SRR902960 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902961 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902962 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902963 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902964 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902965 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902966 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902967 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902968 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902969 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902970 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902971 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902972 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902973 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902974 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902975 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902976 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902977 3 0.5114 0.824 0.016 0.056 0.692 0.000 0.236
#> SRR902978 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902980 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902981 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902982 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902983 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902984 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902985 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902986 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902987 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902988 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902989 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902990 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902991 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902992 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902993 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902994 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902995 3 0.1924 0.885 0.004 0.064 0.924 0.000 0.008
#> SRR902996 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR902997 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR902998 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR902999 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903000 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903001 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903008 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903009 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903010 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903011 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903012 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903013 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903002 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903003 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903004 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903005 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903006 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903007 2 0.3844 0.957 0.008 0.808 0.000 0.144 0.040
#> SRR903014 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903033 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903034 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903035 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903036 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903037 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903038 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903039 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903040 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903041 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903042 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903043 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903044 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903045 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903046 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903047 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903048 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903049 2 0.2953 0.976 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012
#> SRR903050 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903051 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903052 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903053 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903054 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903055 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903056 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903057 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903058 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903059 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903060 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903061 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903062 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903063 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903064 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903065 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903066 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903067 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903068 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903069 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903070 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903071 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903072 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903073 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903074 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903075 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903076 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903077 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903078 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903079 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903080 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903081 1 0.2386 0.794 0.912 0.004 0.032 0.048 0.004
#> SRR903082 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903083 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903084 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903085 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903086 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903087 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903088 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903089 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903090 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903091 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903092 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903093 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903094 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903095 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903096 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903097 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903098 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903099 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903100 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903101 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903102 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903103 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903104 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903105 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903106 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903107 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903108 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903109 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903110 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903111 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903112 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903113 4 0.0693 0.678 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR903114 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903115 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903116 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903117 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903118 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903119 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903121 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903122 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903124 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903125 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903126 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903127 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903128 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903129 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903130 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903131 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903132 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903133 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903134 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903135 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903136 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903137 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903146 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903147 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903148 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903149 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903150 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903151 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903152 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903153 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903138 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903139 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903140 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903141 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903142 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903143 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903144 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903145 1 0.3365 0.776 0.836 0.000 0.000 0.120 0.044
#> SRR903154 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903155 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903156 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903157 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903158 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903159 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903160 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903161 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903162 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903163 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903164 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903165 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903166 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903167 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903168 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903169 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903178 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903179 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903180 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903181 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903182 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903183 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903184 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903185 1 0.6453 0.625 0.544 0.024 0.120 0.000 0.312
#> SRR903170 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903171 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903172 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903173 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903174 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903175 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903176 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903177 4 0.1485 0.670 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR903186 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903187 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903188 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903189 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903190 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903191 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903192 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903193 1 0.3924 0.778 0.800 0.012 0.032 0.000 0.156
#> SRR903194 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903195 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903196 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903197 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903198 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903199 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903200 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903201 1 0.3427 0.787 0.844 0.012 0.032 0.000 0.112
#> SRR903210 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903211 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903212 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903213 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903214 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903215 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903216 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903217 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903202 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903203 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903204 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903205 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903206 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903207 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903208 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903209 1 0.3755 0.782 0.816 0.012 0.032 0.000 0.140
#> SRR903218 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903219 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903220 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903221 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903222 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903223 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903224 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903225 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903226 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903227 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903228 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903229 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903230 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903231 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903232 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903233 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903242 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903243 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903244 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903245 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903246 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903247 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903248 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903249 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903234 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903235 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903236 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903237 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903238 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903239 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903240 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903241 4 0.4518 0.487 0.012 0.044 0.000 0.748 0.196
#> SRR903258 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903259 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903260 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903261 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903262 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903263 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903264 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903265 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903250 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903251 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903252 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903253 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903254 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903255 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903256 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903257 1 0.5727 0.632 0.488 0.000 0.016 0.048 0.448
#> SRR903266 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903267 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903268 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903270 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903271 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903272 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903273 1 0.5417 0.653 0.516 0.000 0.004 0.048 0.432
#> SRR903274 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903275 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903276 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903277 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903278 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903279 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903280 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903281 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903282 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903283 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903284 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903285 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903286 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903287 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903288 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903289 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903290 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903291 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903292 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903293 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903294 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903295 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903296 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903297 5 0.6597 1.000 0.000 0.224 0.000 0.332 0.444
#> SRR903298 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903299 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903300 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903301 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903302 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903303 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903304 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903305 4 0.5777 -0.491 0.000 0.088 0.000 0.468 0.444
#> SRR903306 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0162 0.897 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903325 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903326 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903327 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903328 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903329 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903330 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903331 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903332 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903333 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903334 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903335 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903336 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903337 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903338 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903339 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903340 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
#> SRR903341 2 0.3035 0.974 0.004 0.844 0.004 0.144 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902921 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902922 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902923 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902924 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902925 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902926 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902927 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902928 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902929 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902930 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902931 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR902932 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902933 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902934 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902935 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902936 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902937 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902938 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902939 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902940 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902941 2 0.3253 0.951 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR902942 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902943 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902944 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902945 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902946 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902947 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902954 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902955 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902956 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902957 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902958 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902959 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902948 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902949 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902950 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902951 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902952 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902953 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902960 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902961 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902962 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902963 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902964 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902965 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902966 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902967 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902968 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902969 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902970 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902971 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902972 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902973 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902974 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902975 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902976 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902977 3 0.4924 0.729 0.008 0.000 0.596 0.000 0.060 0.336
#> SRR902978 3 0.2818 0.821 0.000 0.048 0.876 0.000 0.052 0.024
#> SRR902980 3 0.2818 0.821 0.000 0.048 0.876 0.000 0.052 0.024
#> SRR902981 3 0.2818 0.821 0.000 0.048 0.876 0.000 0.052 0.024
#> SRR902982 3 0.2818 0.821 0.000 0.048 0.876 0.000 0.052 0.024
#> SRR902983 3 0.2818 0.821 0.000 0.048 0.876 0.000 0.052 0.024
#> SRR902984 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902985 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902986 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902987 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902988 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902989 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902990 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902991 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902992 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902993 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902994 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902995 3 0.2818 0.820 0.000 0.052 0.876 0.000 0.048 0.024
#> SRR902996 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR902997 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR902998 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR902999 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903000 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903001 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903008 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903009 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903010 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903011 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903012 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903013 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903002 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903003 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903004 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903005 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903006 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903007 2 0.3401 0.938 0.004 0.840 0.000 0.088 0.024 0.044
#> SRR903014 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903015 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903016 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903017 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903018 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903019 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903020 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR903021 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR903022 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR903023 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR903024 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR903025 3 0.0291 0.845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR903026 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903027 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903028 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903029 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903030 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903031 3 0.0405 0.845 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR903032 2 0.3253 0.953 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR903033 2 0.3253 0.953 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR903034 2 0.3253 0.953 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR903035 2 0.3253 0.953 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR903036 2 0.3253 0.953 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR903037 2 0.3253 0.953 0.004 0.848 0.000 0.088 0.040 0.020
#> SRR903038 2 0.3097 0.954 0.004 0.856 0.000 0.088 0.036 0.016
#> SRR903039 2 0.3097 0.954 0.004 0.856 0.000 0.088 0.036 0.016
#> SRR903040 2 0.3097 0.954 0.004 0.856 0.000 0.088 0.036 0.016
#> SRR903041 2 0.3097 0.954 0.004 0.856 0.000 0.088 0.036 0.016
#> SRR903042 2 0.3097 0.954 0.004 0.856 0.000 0.088 0.036 0.016
#> SRR903043 2 0.3097 0.954 0.004 0.856 0.000 0.088 0.036 0.016
#> SRR903044 2 0.3183 0.953 0.004 0.852 0.000 0.088 0.036 0.020
#> SRR903045 2 0.3183 0.953 0.004 0.852 0.000 0.088 0.036 0.020
#> SRR903046 2 0.3183 0.953 0.004 0.852 0.000 0.088 0.036 0.020
#> SRR903047 2 0.3183 0.953 0.004 0.852 0.000 0.088 0.036 0.020
#> SRR903048 2 0.3183 0.953 0.004 0.852 0.000 0.088 0.036 0.020
#> SRR903049 2 0.3183 0.953 0.004 0.852 0.000 0.088 0.036 0.020
#> SRR903050 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0260 0.779 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0508 0.812 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903115 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903116 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903117 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903118 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903119 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903121 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903122 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903124 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903125 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903126 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903127 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903128 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903129 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903130 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903131 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903132 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903133 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903134 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903135 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903136 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903137 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903146 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903147 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903148 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903149 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903150 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903151 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903152 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903153 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903138 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903139 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903140 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903141 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903142 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903143 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903144 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903145 1 0.3961 0.727 0.800 0.000 0.000 0.044 0.096 0.060
#> SRR903154 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903155 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903156 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903157 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903158 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903159 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903160 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903161 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903162 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903163 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903164 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903165 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903166 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903167 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903168 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903169 4 0.1820 0.799 0.012 0.000 0.000 0.928 0.016 0.044
#> SRR903178 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903179 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903180 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903181 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903182 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903183 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903184 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903185 5 0.7383 0.420 0.328 0.032 0.060 0.000 0.396 0.184
#> SRR903170 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903171 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903172 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903173 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903174 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903175 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903176 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903177 4 0.1913 0.798 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR903186 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903187 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903188 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903189 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903190 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903191 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903192 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903193 1 0.5533 0.444 0.648 0.032 0.012 0.000 0.220 0.088
#> SRR903194 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903195 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903196 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903197 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903198 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903199 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903200 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903201 1 0.5003 0.571 0.720 0.032 0.012 0.000 0.148 0.088
#> SRR903210 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903211 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903212 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903213 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903214 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903215 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903216 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903217 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903202 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903203 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903204 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903205 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903206 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903207 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903208 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903209 1 0.5263 0.523 0.688 0.032 0.012 0.000 0.180 0.088
#> SRR903218 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903219 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903220 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903221 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903222 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903223 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903224 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903225 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903226 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903227 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903228 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903229 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903230 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903231 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903232 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903233 4 0.4074 0.554 0.000 0.012 0.000 0.704 0.020 0.264
#> SRR903242 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903243 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903244 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903245 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903246 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903247 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903248 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903249 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903234 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903235 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903236 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903237 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903238 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903239 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903240 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903241 4 0.4052 0.561 0.000 0.012 0.000 0.708 0.020 0.260
#> SRR903258 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903259 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903260 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903261 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903262 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903263 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903264 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903265 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903250 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903251 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903252 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903253 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903254 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903255 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903256 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903257 5 0.4236 0.858 0.208 0.000 0.012 0.020 0.740 0.020
#> SRR903266 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903267 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903268 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903270 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903271 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903272 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903273 5 0.3653 0.850 0.228 0.000 0.004 0.020 0.748 0.000
#> SRR903274 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903275 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903276 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903277 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903278 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903279 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903280 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903281 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903282 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903283 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903284 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903285 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903286 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903287 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903288 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903289 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903290 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903291 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903292 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903293 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903294 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903295 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903296 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903297 6 0.7454 0.867 0.000 0.136 0.000 0.228 0.296 0.340
#> SRR903298 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903299 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903300 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903301 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903302 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903303 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903304 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903305 6 0.6944 0.951 0.000 0.052 0.000 0.312 0.296 0.340
#> SRR903306 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.845 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903325 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903326 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903327 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903328 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903329 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903330 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903331 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903332 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903333 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903334 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903335 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903336 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903337 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903338 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903339 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903340 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR903341 2 0.1918 0.956 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 0.944 0.943 0.969 0.2910 0.855 0.712
#> 4 4 0.940 0.928 0.959 0.1613 0.894 0.704
#> 5 5 0.956 0.890 0.950 0.0554 0.939 0.764
#> 6 6 0.939 0.900 0.937 0.0408 0.921 0.660
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0 1 1 0
#> SRR902921 1 0 1 1 0
#> SRR902922 1 0 1 1 0
#> SRR902923 1 0 1 1 0
#> SRR902924 1 0 1 1 0
#> SRR902925 1 0 1 1 0
#> SRR902926 1 0 1 1 0
#> SRR902927 1 0 1 1 0
#> SRR902928 1 0 1 1 0
#> SRR902929 1 0 1 1 0
#> SRR902930 1 0 1 1 0
#> SRR902931 1 0 1 1 0
#> SRR902932 2 0 1 0 1
#> SRR902933 2 0 1 0 1
#> SRR902934 2 0 1 0 1
#> SRR902935 2 0 1 0 1
#> SRR902936 2 0 1 0 1
#> SRR902937 2 0 1 0 1
#> SRR902938 2 0 1 0 1
#> SRR902939 2 0 1 0 1
#> SRR902940 2 0 1 0 1
#> SRR902941 2 0 1 0 1
#> SRR902942 1 0 1 1 0
#> SRR902943 1 0 1 1 0
#> SRR902944 1 0 1 1 0
#> SRR902945 1 0 1 1 0
#> SRR902946 1 0 1 1 0
#> SRR902947 1 0 1 1 0
#> SRR902954 1 0 1 1 0
#> SRR902955 1 0 1 1 0
#> SRR902956 1 0 1 1 0
#> SRR902957 1 0 1 1 0
#> SRR902958 1 0 1 1 0
#> SRR902959 1 0 1 1 0
#> SRR902948 1 0 1 1 0
#> SRR902949 1 0 1 1 0
#> SRR902950 1 0 1 1 0
#> SRR902951 1 0 1 1 0
#> SRR902952 1 0 1 1 0
#> SRR902953 1 0 1 1 0
#> SRR902960 1 0 1 1 0
#> SRR902961 1 0 1 1 0
#> SRR902962 1 0 1 1 0
#> SRR902963 1 0 1 1 0
#> SRR902964 1 0 1 1 0
#> SRR902965 1 0 1 1 0
#> SRR902966 1 0 1 1 0
#> SRR902967 1 0 1 1 0
#> SRR902968 1 0 1 1 0
#> SRR902969 1 0 1 1 0
#> SRR902970 1 0 1 1 0
#> SRR902971 1 0 1 1 0
#> SRR902972 1 0 1 1 0
#> SRR902973 1 0 1 1 0
#> SRR902974 1 0 1 1 0
#> SRR902975 1 0 1 1 0
#> SRR902976 1 0 1 1 0
#> SRR902977 1 0 1 1 0
#> SRR902978 1 0 1 1 0
#> SRR902980 1 0 1 1 0
#> SRR902981 1 0 1 1 0
#> SRR902982 1 0 1 1 0
#> SRR902983 1 0 1 1 0
#> SRR902984 1 0 1 1 0
#> SRR902985 1 0 1 1 0
#> SRR902986 1 0 1 1 0
#> SRR902987 1 0 1 1 0
#> SRR902988 1 0 1 1 0
#> SRR902989 1 0 1 1 0
#> SRR902990 1 0 1 1 0
#> SRR902991 1 0 1 1 0
#> SRR902992 1 0 1 1 0
#> SRR902993 1 0 1 1 0
#> SRR902994 1 0 1 1 0
#> SRR902995 1 0 1 1 0
#> SRR902996 2 0 1 0 1
#> SRR902997 2 0 1 0 1
#> SRR902998 2 0 1 0 1
#> SRR902999 2 0 1 0 1
#> SRR903000 2 0 1 0 1
#> SRR903001 2 0 1 0 1
#> SRR903008 2 0 1 0 1
#> SRR903009 2 0 1 0 1
#> SRR903010 2 0 1 0 1
#> SRR903011 2 0 1 0 1
#> SRR903012 2 0 1 0 1
#> SRR903013 2 0 1 0 1
#> SRR903002 2 0 1 0 1
#> SRR903003 2 0 1 0 1
#> SRR903004 2 0 1 0 1
#> SRR903005 2 0 1 0 1
#> SRR903006 2 0 1 0 1
#> SRR903007 2 0 1 0 1
#> SRR903014 1 0 1 1 0
#> SRR903015 1 0 1 1 0
#> SRR903016 1 0 1 1 0
#> SRR903017 1 0 1 1 0
#> SRR903018 1 0 1 1 0
#> SRR903019 1 0 1 1 0
#> SRR903020 1 0 1 1 0
#> SRR903021 1 0 1 1 0
#> SRR903022 1 0 1 1 0
#> SRR903023 1 0 1 1 0
#> SRR903024 1 0 1 1 0
#> SRR903025 1 0 1 1 0
#> SRR903026 1 0 1 1 0
#> SRR903027 1 0 1 1 0
#> SRR903028 1 0 1 1 0
#> SRR903029 1 0 1 1 0
#> SRR903030 1 0 1 1 0
#> SRR903031 1 0 1 1 0
#> SRR903032 2 0 1 0 1
#> SRR903033 2 0 1 0 1
#> SRR903034 2 0 1 0 1
#> SRR903035 2 0 1 0 1
#> SRR903036 2 0 1 0 1
#> SRR903037 2 0 1 0 1
#> SRR903038 2 0 1 0 1
#> SRR903039 2 0 1 0 1
#> SRR903040 2 0 1 0 1
#> SRR903041 2 0 1 0 1
#> SRR903042 2 0 1 0 1
#> SRR903043 2 0 1 0 1
#> SRR903044 2 0 1 0 1
#> SRR903045 2 0 1 0 1
#> SRR903046 2 0 1 0 1
#> SRR903047 2 0 1 0 1
#> SRR903048 2 0 1 0 1
#> SRR903049 2 0 1 0 1
#> SRR903050 1 0 1 1 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0
#> SRR903082 2 0 1 0 1
#> SRR903083 2 0 1 0 1
#> SRR903084 2 0 1 0 1
#> SRR903085 2 0 1 0 1
#> SRR903086 2 0 1 0 1
#> SRR903087 2 0 1 0 1
#> SRR903088 2 0 1 0 1
#> SRR903089 2 0 1 0 1
#> SRR903090 2 0 1 0 1
#> SRR903091 2 0 1 0 1
#> SRR903092 2 0 1 0 1
#> SRR903093 2 0 1 0 1
#> SRR903094 2 0 1 0 1
#> SRR903095 2 0 1 0 1
#> SRR903096 2 0 1 0 1
#> SRR903097 2 0 1 0 1
#> SRR903098 2 0 1 0 1
#> SRR903099 2 0 1 0 1
#> SRR903100 2 0 1 0 1
#> SRR903101 2 0 1 0 1
#> SRR903102 2 0 1 0 1
#> SRR903103 2 0 1 0 1
#> SRR903104 2 0 1 0 1
#> SRR903105 2 0 1 0 1
#> SRR903106 2 0 1 0 1
#> SRR903107 2 0 1 0 1
#> SRR903108 2 0 1 0 1
#> SRR903109 2 0 1 0 1
#> SRR903110 2 0 1 0 1
#> SRR903111 2 0 1 0 1
#> SRR903112 2 0 1 0 1
#> SRR903113 2 0 1 0 1
#> SRR903114 1 0 1 1 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0
#> SRR903146 2 0 1 0 1
#> SRR903147 2 0 1 0 1
#> SRR903148 2 0 1 0 1
#> SRR903149 2 0 1 0 1
#> SRR903150 2 0 1 0 1
#> SRR903151 2 0 1 0 1
#> SRR903152 2 0 1 0 1
#> SRR903153 2 0 1 0 1
#> SRR903138 1 0 1 1 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0
#> SRR903154 2 0 1 0 1
#> SRR903155 2 0 1 0 1
#> SRR903156 2 0 1 0 1
#> SRR903157 2 0 1 0 1
#> SRR903158 2 0 1 0 1
#> SRR903159 2 0 1 0 1
#> SRR903160 2 0 1 0 1
#> SRR903161 2 0 1 0 1
#> SRR903162 2 0 1 0 1
#> SRR903163 2 0 1 0 1
#> SRR903164 2 0 1 0 1
#> SRR903165 2 0 1 0 1
#> SRR903166 2 0 1 0 1
#> SRR903167 2 0 1 0 1
#> SRR903168 2 0 1 0 1
#> SRR903169 2 0 1 0 1
#> SRR903178 1 0 1 1 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0
#> SRR903170 2 0 1 0 1
#> SRR903171 2 0 1 0 1
#> SRR903172 2 0 1 0 1
#> SRR903173 2 0 1 0 1
#> SRR903174 2 0 1 0 1
#> SRR903175 2 0 1 0 1
#> SRR903176 2 0 1 0 1
#> SRR903177 2 0 1 0 1
#> SRR903186 1 0 1 1 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0
#> SRR903210 2 0 1 0 1
#> SRR903211 2 0 1 0 1
#> SRR903212 2 0 1 0 1
#> SRR903213 2 0 1 0 1
#> SRR903214 2 0 1 0 1
#> SRR903215 2 0 1 0 1
#> SRR903216 2 0 1 0 1
#> SRR903217 2 0 1 0 1
#> SRR903202 1 0 1 1 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0
#> SRR903218 2 0 1 0 1
#> SRR903219 2 0 1 0 1
#> SRR903220 2 0 1 0 1
#> SRR903221 2 0 1 0 1
#> SRR903222 2 0 1 0 1
#> SRR903223 2 0 1 0 1
#> SRR903224 2 0 1 0 1
#> SRR903225 2 0 1 0 1
#> SRR903226 2 0 1 0 1
#> SRR903227 2 0 1 0 1
#> SRR903228 2 0 1 0 1
#> SRR903229 2 0 1 0 1
#> SRR903230 2 0 1 0 1
#> SRR903231 2 0 1 0 1
#> SRR903232 2 0 1 0 1
#> SRR903233 2 0 1 0 1
#> SRR903242 1 0 1 1 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0
#> SRR903234 2 0 1 0 1
#> SRR903235 2 0 1 0 1
#> SRR903236 2 0 1 0 1
#> SRR903237 2 0 1 0 1
#> SRR903238 2 0 1 0 1
#> SRR903239 2 0 1 0 1
#> SRR903240 2 0 1 0 1
#> SRR903241 2 0 1 0 1
#> SRR903258 1 0 1 1 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0
#> SRR903274 2 0 1 0 1
#> SRR903275 2 0 1 0 1
#> SRR903276 2 0 1 0 1
#> SRR903277 2 0 1 0 1
#> SRR903278 2 0 1 0 1
#> SRR903279 2 0 1 0 1
#> SRR903280 2 0 1 0 1
#> SRR903281 2 0 1 0 1
#> SRR903282 2 0 1 0 1
#> SRR903283 2 0 1 0 1
#> SRR903284 2 0 1 0 1
#> SRR903285 2 0 1 0 1
#> SRR903286 2 0 1 0 1
#> SRR903287 2 0 1 0 1
#> SRR903288 2 0 1 0 1
#> SRR903289 2 0 1 0 1
#> SRR903290 2 0 1 0 1
#> SRR903291 2 0 1 0 1
#> SRR903292 2 0 1 0 1
#> SRR903293 2 0 1 0 1
#> SRR903294 2 0 1 0 1
#> SRR903295 2 0 1 0 1
#> SRR903296 2 0 1 0 1
#> SRR903297 2 0 1 0 1
#> SRR903298 2 0 1 0 1
#> SRR903299 2 0 1 0 1
#> SRR903300 2 0 1 0 1
#> SRR903301 2 0 1 0 1
#> SRR903302 2 0 1 0 1
#> SRR903303 2 0 1 0 1
#> SRR903304 2 0 1 0 1
#> SRR903305 2 0 1 0 1
#> SRR903306 1 0 1 1 0
#> SRR903307 1 0 1 1 0
#> SRR903308 1 0 1 1 0
#> SRR903309 1 0 1 1 0
#> SRR903310 1 0 1 1 0
#> SRR903311 1 0 1 1 0
#> SRR903312 1 0 1 1 0
#> SRR903313 1 0 1 1 0
#> SRR903314 1 0 1 1 0
#> SRR903315 1 0 1 1 0
#> SRR903316 1 0 1 1 0
#> SRR903317 1 0 1 1 0
#> SRR903318 1 0 1 1 0
#> SRR903319 1 0 1 1 0
#> SRR903320 1 0 1 1 0
#> SRR903321 1 0 1 1 0
#> SRR903322 1 0 1 1 0
#> SRR903323 1 0 1 1 0
#> SRR903324 2 0 1 0 1
#> SRR903325 2 0 1 0 1
#> SRR903326 2 0 1 0 1
#> SRR903327 2 0 1 0 1
#> SRR903328 2 0 1 0 1
#> SRR903329 2 0 1 0 1
#> SRR903330 2 0 1 0 1
#> SRR903331 2 0 1 0 1
#> SRR903332 2 0 1 0 1
#> SRR903333 2 0 1 0 1
#> SRR903334 2 0 1 0 1
#> SRR903335 2 0 1 0 1
#> SRR903336 2 0 1 0 1
#> SRR903337 2 0 1 0 1
#> SRR903338 2 0 1 0 1
#> SRR903339 2 0 1 0 1
#> SRR903340 2 0 1 0 1
#> SRR903341 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903050 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903051 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903052 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903053 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903054 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903055 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903056 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903057 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903058 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903059 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903060 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903061 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903062 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903063 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903064 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903065 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903066 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903067 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903068 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903069 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903070 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903071 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903072 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903073 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903074 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903075 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903076 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903077 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903078 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903079 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903080 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903081 1 0.0892 0.982 0.980 0.00 0.020
#> SRR903082 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903083 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903084 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903085 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903086 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903087 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903088 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903089 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903090 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903091 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903092 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903093 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903094 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903095 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903096 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903097 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903098 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903099 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903100 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903101 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903102 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903103 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903104 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903105 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903106 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903107 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903108 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903109 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903110 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903111 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903112 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903113 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903114 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903146 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903147 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903148 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903149 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903150 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903151 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903152 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903153 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903138 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 0.973 1.000 0.00 0.000
#> SRR903154 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903155 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903156 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903157 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903158 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903159 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903160 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903161 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903162 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903163 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903164 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903165 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903166 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903167 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903168 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903169 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903178 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903179 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903180 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903181 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903182 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903183 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903184 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903185 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903170 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903171 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903172 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903173 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903174 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903175 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903176 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903177 2 0.1529 0.976 0.040 0.96 0.000
#> SRR903186 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903187 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903188 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903189 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903190 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903191 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903192 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903193 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903194 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903195 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903196 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903197 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903198 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903199 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903200 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903201 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903210 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903202 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903203 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903204 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903205 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903206 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903207 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903208 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903209 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903218 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903242 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903243 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903244 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903245 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903246 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903247 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903248 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903249 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903234 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903258 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903259 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903260 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903261 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903262 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903263 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903264 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903265 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903250 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903251 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903252 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903253 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903254 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903255 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903256 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903257 3 0.5882 0.545 0.348 0.00 0.652
#> SRR903266 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903267 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903268 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903270 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903271 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903272 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903273 1 0.1529 0.977 0.960 0.00 0.040
#> SRR903274 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903275 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903276 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903277 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903278 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903279 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903280 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903281 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903298 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903299 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903300 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903301 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903302 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903303 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903304 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903305 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.927 0.000 0.00 1.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.988 0.000 1.00 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903051 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903052 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903053 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903054 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903055 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903056 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903057 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903058 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903059 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903060 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903061 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903062 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903063 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903064 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903065 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903066 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903067 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903068 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903069 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903070 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903071 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903072 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903073 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903074 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903075 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903076 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903077 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903078 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903079 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903080 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903081 1 0.0707 0.981 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR903082 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903083 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903084 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903085 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903086 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903087 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903088 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903089 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903090 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903091 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903092 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903093 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903094 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903095 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903096 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903097 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903098 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903099 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903100 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903101 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903102 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903103 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903104 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903105 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903106 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903107 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903108 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903109 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903110 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903111 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903112 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903113 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903114 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903115 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903116 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903117 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903118 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903119 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903121 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903122 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903124 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903125 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903126 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903127 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903128 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903129 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903130 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903131 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903132 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903133 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903134 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903135 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903136 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903137 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903146 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903147 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903148 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903149 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903150 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903151 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903152 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903153 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903138 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903139 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903140 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903141 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903142 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903143 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903144 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903145 1 0.1389 0.971 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR903154 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903155 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903156 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903157 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903158 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903159 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903160 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903161 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903162 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903163 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903164 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903165 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903166 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903167 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903168 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903169 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903178 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903179 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903180 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903181 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903182 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903183 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903184 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903185 3 0.4917 0.587 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR903170 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903171 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903172 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903173 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903174 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903175 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903176 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903177 4 0.0469 0.952 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR903186 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903187 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903188 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903189 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903190 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903191 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903192 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903193 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903194 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903195 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903196 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903197 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903198 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903199 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903200 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903201 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903210 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903211 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903212 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903213 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903214 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903215 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903216 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903217 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903202 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903203 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903204 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903205 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903206 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903207 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903208 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903209 1 0.0336 0.976 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903218 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903219 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903220 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903221 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903222 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903223 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903224 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903225 4 0.4761 0.494 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903226 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903227 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903228 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903229 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903230 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903231 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903232 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903233 4 0.2281 0.902 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903242 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903243 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903244 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903245 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903246 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903247 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903248 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903249 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903234 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903235 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903236 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903237 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903238 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903239 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903240 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903241 4 0.1637 0.929 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR903258 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903259 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903260 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903261 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903262 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903263 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903264 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903265 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903250 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903251 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903252 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903253 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903254 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903255 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903256 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903257 3 0.5038 0.584 0.336 0.000 0.652 0.012
#> SRR903266 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903267 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903268 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903270 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903271 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903272 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903273 1 0.0469 0.975 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903274 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903275 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903276 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903277 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903278 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903279 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903280 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903281 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903282 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903283 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903284 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903285 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903286 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903287 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903288 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903289 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903290 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903298 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903299 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903300 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903301 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903302 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903303 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903304 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903305 2 0.1118 0.969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903306 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903051 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903052 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903053 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903054 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903055 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903056 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903057 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903058 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903059 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903060 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903061 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903062 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903063 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903064 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903065 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903066 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903067 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903068 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903069 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903070 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903071 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903072 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903073 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903074 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903075 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903076 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903077 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903078 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903079 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903080 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903081 1 0.0290 0.9270 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR903082 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903115 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903116 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903117 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903118 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903119 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903121 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903122 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903124 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903125 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903126 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903127 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903128 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903129 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903130 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903131 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903132 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903133 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903134 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903135 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903136 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903137 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903139 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903140 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903141 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903142 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903143 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903144 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903145 1 0.0162 0.9264 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903179 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903180 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903181 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903182 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903183 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903184 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903185 5 0.3282 0.6998 0.008 0.000 0.188 0.000 0.804
#> SRR903170 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.9531 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903187 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903188 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903189 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903190 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903191 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903192 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903193 5 0.4297 0.2946 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR903194 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903195 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903196 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903197 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903198 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903199 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903200 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903201 1 0.4278 -0.0582 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR903210 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903211 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903212 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903213 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903214 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903215 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903216 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903217 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903202 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903203 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903204 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903205 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903206 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903207 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903208 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903209 5 0.4306 0.2419 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR903218 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903219 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903220 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903221 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903222 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903223 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903224 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903225 4 0.4759 0.4959 0.004 0.336 0.000 0.636 0.024
#> SRR903226 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903227 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903228 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903229 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903230 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903231 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903232 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903233 4 0.2196 0.8984 0.004 0.056 0.000 0.916 0.024
#> SRR903242 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903243 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903244 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903245 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903246 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903247 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903248 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903249 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903234 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903235 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903236 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903237 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903238 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903239 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903240 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903241 4 0.0865 0.9417 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR903258 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903259 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903260 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903261 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903262 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903263 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903264 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903265 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903250 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903251 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903252 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903253 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903254 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903255 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903256 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903257 5 0.0898 0.7950 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR903266 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903267 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903268 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903270 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903271 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903272 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903273 5 0.0794 0.7936 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR903274 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903275 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903276 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903277 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903278 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903279 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903280 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903281 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903282 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903283 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903284 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903285 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903286 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903287 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903288 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903289 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903290 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903291 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903292 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903293 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903294 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903295 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903296 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903297 2 0.1041 0.9610 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR903298 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903299 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903300 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903301 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903302 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903303 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903304 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903305 2 0.2381 0.9313 0.004 0.908 0.000 0.052 0.036
#> SRR903306 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902943 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902944 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902945 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902946 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902947 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902954 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902955 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902956 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902957 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902958 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902959 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902948 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902949 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902950 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902951 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902952 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902953 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902960 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902961 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902962 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902963 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902964 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902965 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902966 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902967 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902968 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902969 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902970 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902971 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902972 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902973 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902974 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902975 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902976 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902977 3 0.0713 0.984 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR902978 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903115 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903116 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903117 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903118 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903119 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903121 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903122 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903124 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903125 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903126 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903127 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903128 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903129 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903130 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903131 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903132 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903133 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903134 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903135 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903136 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903137 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903146 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903139 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903140 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903141 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903142 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903143 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903144 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903145 1 0.1194 0.836 0.956 0.000 0.000 0.008 0.004 0.032
#> SRR903154 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903179 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903180 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903181 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903182 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903183 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903184 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903185 5 0.4272 0.768 0.040 0.000 0.164 0.000 0.756 0.040
#> SRR903170 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903187 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903188 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903189 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903190 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903191 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903192 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903193 1 0.4407 0.223 0.496 0.000 0.000 0.000 0.480 0.024
#> SRR903194 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903195 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903196 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903197 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903198 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903199 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903200 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903201 1 0.4230 0.469 0.612 0.000 0.000 0.000 0.364 0.024
#> SRR903210 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903211 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903212 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903213 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903214 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903215 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903216 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903217 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903202 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903203 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903204 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903205 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903206 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903207 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903208 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903209 1 0.4381 0.327 0.536 0.000 0.000 0.000 0.440 0.024
#> SRR903218 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903219 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903220 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903221 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903222 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903223 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903224 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903225 6 0.3695 0.819 0.000 0.024 0.000 0.244 0.000 0.732
#> SRR903226 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903227 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903228 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903229 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903230 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903231 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903232 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903233 6 0.3445 0.812 0.000 0.008 0.000 0.260 0.000 0.732
#> SRR903242 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903243 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903244 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903245 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903246 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903247 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903248 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903249 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903234 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903235 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903236 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903237 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903238 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903239 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903240 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903241 6 0.3244 0.805 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903258 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903259 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903260 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903261 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903262 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903263 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903264 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903265 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903250 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903251 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903252 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903253 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903254 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903255 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903256 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903257 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903266 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903267 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903268 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903270 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903271 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903272 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903273 5 0.0000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903274 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903275 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903276 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903277 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903278 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903279 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903280 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903281 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903282 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903283 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903284 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903285 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903286 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903287 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903288 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903289 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903290 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903291 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903292 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903293 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903294 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903295 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903296 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903297 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903298 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903299 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903300 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903301 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903302 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903303 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903304 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903305 6 0.1610 0.840 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR903306 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.386 0.722 0.871 0.4517 0.508 0.508
#> 3 3 1.000 0.989 0.995 0.4346 0.652 0.425
#> 4 4 1.000 0.974 0.988 0.1303 0.785 0.485
#> 5 5 0.922 0.918 0.957 0.0873 0.866 0.557
#> 6 6 0.954 0.929 0.965 0.0328 0.963 0.821
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903051 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903052 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903053 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903054 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903055 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903056 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903057 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903058 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903059 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903060 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903061 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903062 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903063 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903064 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903065 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903066 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903067 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903068 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903069 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903070 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903071 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903072 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903073 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903074 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903075 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903076 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903077 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903078 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903079 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903080 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903081 1 0.9896 0.0953 0.560 0.440
#> SRR903082 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903083 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903084 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903085 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903086 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903087 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903088 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903089 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903090 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903091 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903092 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903093 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903094 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903095 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903096 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903097 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903098 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903099 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903100 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903101 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903102 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903103 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903104 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903105 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903106 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903107 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903108 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903109 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903110 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903111 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903112 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903113 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903114 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903115 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903116 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903117 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903118 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903119 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903121 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903122 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903124 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903125 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903126 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903127 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903128 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903129 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903130 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903131 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903132 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903133 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903134 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903135 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903136 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903137 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903146 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903147 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903148 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903149 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903150 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903151 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903152 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903153 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903138 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903139 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903140 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903141 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903142 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903143 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903144 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903145 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903154 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903155 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903156 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903157 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903158 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903159 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903160 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903161 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903162 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903163 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903164 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903165 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903166 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903167 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903168 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903169 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903178 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903171 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903172 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903173 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903174 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903175 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903176 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903177 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903186 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.7299 0.6445 0.796 0.204
#> SRR903195 1 0.7376 0.6386 0.792 0.208
#> SRR903196 1 0.7219 0.6500 0.800 0.200
#> SRR903197 1 0.6623 0.6865 0.828 0.172
#> SRR903198 1 0.7299 0.6445 0.796 0.204
#> SRR903199 1 0.6973 0.6661 0.812 0.188
#> SRR903200 1 0.6712 0.6816 0.824 0.176
#> SRR903201 1 0.7602 0.6203 0.780 0.220
#> SRR903210 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903242 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903243 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903244 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903245 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903246 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903247 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903248 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903249 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903234 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.8608 0.5075 0.716 0.284
#> SRR903259 1 0.8661 0.5003 0.712 0.288
#> SRR903260 1 0.8608 0.5075 0.716 0.284
#> SRR903261 1 0.8608 0.5075 0.716 0.284
#> SRR903262 1 0.8608 0.5075 0.716 0.284
#> SRR903263 1 0.8608 0.5075 0.716 0.284
#> SRR903264 1 0.8661 0.5003 0.712 0.288
#> SRR903265 1 0.8608 0.5075 0.716 0.284
#> SRR903250 1 0.8713 0.4928 0.708 0.292
#> SRR903251 1 0.8813 0.4771 0.700 0.300
#> SRR903252 1 0.8909 0.4602 0.692 0.308
#> SRR903253 1 0.8763 0.4850 0.704 0.296
#> SRR903254 1 0.8813 0.4769 0.700 0.300
#> SRR903255 1 0.8861 0.4684 0.696 0.304
#> SRR903256 1 0.8763 0.4852 0.704 0.296
#> SRR903257 1 0.9248 0.3833 0.660 0.340
#> SRR903266 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903267 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903268 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903270 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903271 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903272 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903273 2 0.9427 0.5916 0.360 0.640
#> SRR903274 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903275 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903276 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903277 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903278 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903279 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903280 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903281 2 0.7745 0.7706 0.228 0.772
#> SRR903282 2 0.0376 0.8130 0.004 0.996
#> SRR903283 2 0.0376 0.8130 0.004 0.996
#> SRR903284 2 0.0938 0.8122 0.012 0.988
#> SRR903285 2 0.0376 0.8130 0.004 0.996
#> SRR903286 2 0.0376 0.8130 0.004 0.996
#> SRR903287 2 0.0376 0.8130 0.004 0.996
#> SRR903288 2 0.0376 0.8130 0.004 0.996
#> SRR903289 2 0.0376 0.8130 0.004 0.996
#> SRR903290 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.4022 0.8042 0.080 0.920
#> SRR903299 2 0.4161 0.8037 0.084 0.916
#> SRR903300 2 0.4161 0.8037 0.084 0.916
#> SRR903301 2 0.4161 0.8037 0.084 0.916
#> SRR903302 2 0.4161 0.8037 0.084 0.916
#> SRR903303 2 0.4690 0.8008 0.100 0.900
#> SRR903304 2 0.4161 0.8037 0.084 0.916
#> SRR903305 2 0.4815 0.8002 0.104 0.896
#> SRR903306 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.0000 0.8494 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.8131 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903082 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903146 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903154 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903179 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903180 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903181 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903182 3 0.0747 0.982 0.016 0.000 0.984
#> SRR903183 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903184 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903185 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903170 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903210 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903243 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903234 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903259 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903260 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903261 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903262 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903263 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903264 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903265 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903250 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903251 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903252 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903253 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903254 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903255 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903256 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903257 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903266 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903267 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903268 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903270 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903271 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903272 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903273 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000
#> SRR903274 1 0.4842 0.719 0.776 0.224 0.000
#> SRR903275 1 0.5431 0.614 0.716 0.284 0.000
#> SRR903276 1 0.2537 0.910 0.920 0.080 0.000
#> SRR903277 1 0.4887 0.713 0.772 0.228 0.000
#> SRR903278 1 0.5254 0.651 0.736 0.264 0.000
#> SRR903279 1 0.4796 0.725 0.780 0.220 0.000
#> SRR903280 1 0.4931 0.706 0.768 0.232 0.000
#> SRR903281 1 0.3482 0.853 0.872 0.128 0.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903298 2 0.0424 0.989 0.008 0.992 0.000
#> SRR903299 2 0.1163 0.968 0.028 0.972 0.000
#> SRR903300 2 0.1031 0.972 0.024 0.976 0.000
#> SRR903301 2 0.2625 0.902 0.084 0.916 0.000
#> SRR903302 2 0.1031 0.972 0.024 0.976 0.000
#> SRR903303 2 0.1163 0.968 0.028 0.972 0.000
#> SRR903304 2 0.2537 0.907 0.080 0.920 0.000
#> SRR903305 2 0.1529 0.954 0.040 0.960 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903114 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903115 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903116 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903117 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903118 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903119 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903121 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903122 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903124 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903125 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903126 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903127 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903128 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903129 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903130 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903131 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903132 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903133 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903134 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903135 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903136 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903137 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903146 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903138 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903139 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903140 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903141 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903142 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903143 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903144 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903145 4 0.0592 0.977 0.016 0.000 0 0.984
#> SRR903154 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903210 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903211 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903212 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903213 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903214 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903215 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903216 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903217 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903218 4 0.3356 0.783 0.000 0.176 0 0.824
#> SRR903219 4 0.3649 0.740 0.000 0.204 0 0.796
#> SRR903220 4 0.3074 0.817 0.000 0.152 0 0.848
#> SRR903221 4 0.3764 0.721 0.000 0.216 0 0.784
#> SRR903222 4 0.3569 0.753 0.000 0.196 0 0.804
#> SRR903223 4 0.3649 0.740 0.000 0.204 0 0.796
#> SRR903224 4 0.3528 0.759 0.000 0.192 0 0.808
#> SRR903225 4 0.2760 0.849 0.000 0.128 0 0.872
#> SRR903226 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903227 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903228 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903229 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903230 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903231 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903232 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903233 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903234 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903235 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903236 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903237 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903238 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903239 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903240 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903241 4 0.0000 0.984 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903258 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903260 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903261 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903263 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903264 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903265 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903252 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903253 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903254 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903255 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903256 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903257 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903266 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903267 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903268 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903270 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903271 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903272 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903273 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903274 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903275 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903276 4 0.0469 0.979 0.000 0.012 0 0.988
#> SRR903277 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903278 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903279 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903280 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903281 4 0.0469 0.979 0.000 0.012 0 0.988
#> SRR903282 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903283 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903284 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903285 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903286 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903287 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903288 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903289 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903290 2 0.4624 0.514 0.000 0.660 0 0.340
#> SRR903291 2 0.4585 0.531 0.000 0.668 0 0.332
#> SRR903292 2 0.4585 0.531 0.000 0.668 0 0.332
#> SRR903293 2 0.4624 0.514 0.000 0.660 0 0.340
#> SRR903294 2 0.4431 0.585 0.000 0.696 0 0.304
#> SRR903295 2 0.4406 0.592 0.000 0.700 0 0.300
#> SRR903296 2 0.4679 0.487 0.000 0.648 0 0.352
#> SRR903297 2 0.4643 0.506 0.000 0.656 0 0.344
#> SRR903298 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903299 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903300 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903301 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903302 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903303 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903304 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903305 4 0.0592 0.977 0.000 0.016 0 0.984
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.957 0.000 1.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903115 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903116 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903117 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903118 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903119 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903121 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903122 5 0.4165 0.459 0.320 0.000 0.000 0.008 0.672
#> SRR903124 5 0.4235 0.427 0.336 0.000 0.000 0.008 0.656
#> SRR903125 5 0.4183 0.451 0.324 0.000 0.000 0.008 0.668
#> SRR903126 5 0.4165 0.459 0.320 0.000 0.000 0.008 0.672
#> SRR903127 5 0.4201 0.443 0.328 0.000 0.000 0.008 0.664
#> SRR903128 5 0.4165 0.459 0.320 0.000 0.000 0.008 0.672
#> SRR903129 5 0.4268 0.409 0.344 0.000 0.000 0.008 0.648
#> SRR903130 1 0.3013 0.831 0.832 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR903131 1 0.3013 0.831 0.832 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR903132 1 0.3013 0.831 0.832 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR903133 1 0.3013 0.831 0.832 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR903134 1 0.3053 0.828 0.828 0.000 0.000 0.008 0.164
#> SRR903135 1 0.3053 0.828 0.828 0.000 0.000 0.008 0.164
#> SRR903136 1 0.3053 0.828 0.828 0.000 0.000 0.008 0.164
#> SRR903137 1 0.3053 0.828 0.828 0.000 0.000 0.008 0.164
#> SRR903146 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903139 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903140 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903141 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903142 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903143 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903144 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903145 1 0.2971 0.835 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR903154 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 5 0.6301 0.387 0.300 0.000 0.184 0.000 0.516
#> SRR903179 5 0.6301 0.387 0.300 0.000 0.184 0.000 0.516
#> SRR903180 5 0.6323 0.391 0.292 0.000 0.192 0.000 0.516
#> SRR903181 5 0.6301 0.387 0.300 0.000 0.184 0.000 0.516
#> SRR903182 5 0.6301 0.387 0.300 0.000 0.184 0.000 0.516
#> SRR903183 5 0.6301 0.387 0.300 0.000 0.184 0.000 0.516
#> SRR903184 5 0.6313 0.389 0.296 0.000 0.188 0.000 0.516
#> SRR903185 5 0.6301 0.387 0.300 0.000 0.184 0.000 0.516
#> SRR903170 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 1 0.3395 0.678 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903187 1 0.3366 0.685 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR903188 1 0.3395 0.678 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903189 1 0.3395 0.678 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903190 1 0.3395 0.678 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903191 1 0.3366 0.685 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR903192 1 0.3395 0.678 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903193 1 0.3395 0.678 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903194 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903210 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903211 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903212 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903213 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903214 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903215 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903216 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903217 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903202 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903203 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903204 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903205 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903206 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903207 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903208 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903209 1 0.0162 0.912 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR903218 4 0.3305 0.759 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR903219 4 0.3336 0.753 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR903220 4 0.3305 0.759 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR903221 4 0.3491 0.749 0.000 0.004 0.000 0.768 0.228
#> SRR903222 4 0.3305 0.759 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR903223 4 0.3305 0.759 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR903224 4 0.3305 0.759 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR903225 4 0.3305 0.759 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR903226 4 0.2773 0.830 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR903227 4 0.2648 0.843 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR903228 4 0.2732 0.834 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR903229 4 0.2561 0.851 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR903230 4 0.2516 0.854 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR903231 4 0.2561 0.851 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR903232 4 0.2891 0.817 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR903233 4 0.2561 0.851 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR903242 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903243 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903244 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903245 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903246 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903247 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903248 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903249 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903234 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903235 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903236 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903237 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903238 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903239 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903240 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903241 4 0.0290 0.962 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903258 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903259 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903260 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903261 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903262 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903263 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903264 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903265 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903250 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903251 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903252 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903253 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903254 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903255 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903256 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903257 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903266 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903267 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903268 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903270 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903271 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903272 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903273 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903274 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 5 0.3305 0.679 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR903291 5 0.3274 0.684 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR903292 5 0.3336 0.674 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR903293 5 0.3274 0.684 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR903294 5 0.3366 0.668 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR903295 5 0.3586 0.620 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR903296 5 0.3274 0.684 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR903297 5 0.3395 0.663 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR903298 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 5 0.0000 0.886 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903115 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903116 1 0.2595 0.806 0.836 0 0 0.004 0.160 0.000
#> SRR903117 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903118 1 0.2738 0.794 0.820 0 0 0.004 0.176 0.000
#> SRR903119 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903121 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903122 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903124 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903125 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903126 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903127 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903128 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903129 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903130 1 0.3163 0.744 0.764 0 0 0.004 0.232 0.000
#> SRR903131 1 0.3052 0.761 0.780 0 0 0.004 0.216 0.000
#> SRR903132 1 0.3189 0.739 0.760 0 0 0.004 0.236 0.000
#> SRR903133 1 0.2933 0.775 0.796 0 0 0.004 0.200 0.000
#> SRR903134 1 0.3023 0.764 0.784 0 0 0.004 0.212 0.000
#> SRR903135 1 0.3081 0.757 0.776 0 0 0.004 0.220 0.000
#> SRR903136 1 0.3337 0.710 0.736 0 0 0.004 0.260 0.000
#> SRR903137 1 0.3136 0.748 0.768 0 0 0.004 0.228 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903139 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903140 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903141 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903142 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903143 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903144 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903145 1 0.2558 0.808 0.840 0 0 0.004 0.156 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903179 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903180 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903181 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903182 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903183 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903184 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903185 5 0.2454 0.811 0.160 0 0 0.000 0.840 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.999 0.000 0 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 1 0.3797 0.307 0.580 0 0 0.000 0.420 0.000
#> SRR903187 1 0.3789 0.318 0.584 0 0 0.000 0.416 0.000
#> SRR903188 1 0.3810 0.284 0.572 0 0 0.000 0.428 0.000
#> SRR903189 1 0.3804 0.296 0.576 0 0 0.000 0.424 0.000
#> SRR903190 1 0.3804 0.296 0.576 0 0 0.000 0.424 0.000
#> SRR903191 1 0.3774 0.339 0.592 0 0 0.000 0.408 0.000
#> SRR903192 1 0.3817 0.272 0.568 0 0 0.000 0.432 0.000
#> SRR903193 1 0.3804 0.296 0.576 0 0 0.000 0.424 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.870 1.000 0 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903210 4 0.0260 0.992 0.000 0 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR903211 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903212 4 0.0260 0.992 0.000 0 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR903213 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903214 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903215 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903216 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903217 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903202 1 0.2631 0.747 0.820 0 0 0.000 0.180 0.000
#> SRR903203 1 0.2697 0.738 0.812 0 0 0.000 0.188 0.000
#> SRR903204 1 0.2416 0.771 0.844 0 0 0.000 0.156 0.000
#> SRR903205 1 0.2454 0.767 0.840 0 0 0.000 0.160 0.000
#> SRR903206 1 0.2597 0.751 0.824 0 0 0.000 0.176 0.000
#> SRR903207 1 0.2562 0.755 0.828 0 0 0.000 0.172 0.000
#> SRR903208 1 0.2664 0.742 0.816 0 0 0.000 0.184 0.000
#> SRR903209 1 0.2378 0.774 0.848 0 0 0.000 0.152 0.000
#> SRR903218 6 0.2003 0.840 0.000 0 0 0.116 0.000 0.884
#> SRR903219 6 0.1814 0.849 0.000 0 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR903220 6 0.2092 0.835 0.000 0 0 0.124 0.000 0.876
#> SRR903221 6 0.2003 0.840 0.000 0 0 0.116 0.000 0.884
#> SRR903222 6 0.1714 0.853 0.000 0 0 0.092 0.000 0.908
#> SRR903223 6 0.2048 0.838 0.000 0 0 0.120 0.000 0.880
#> SRR903224 6 0.2048 0.838 0.000 0 0 0.120 0.000 0.880
#> SRR903225 6 0.2048 0.838 0.000 0 0 0.120 0.000 0.880
#> SRR903226 6 0.3765 0.465 0.000 0 0 0.404 0.000 0.596
#> SRR903227 6 0.3756 0.473 0.000 0 0 0.400 0.000 0.600
#> SRR903228 6 0.3765 0.465 0.000 0 0 0.404 0.000 0.596
#> SRR903229 6 0.3774 0.456 0.000 0 0 0.408 0.000 0.592
#> SRR903230 6 0.3774 0.456 0.000 0 0 0.408 0.000 0.592
#> SRR903231 6 0.3765 0.465 0.000 0 0 0.404 0.000 0.596
#> SRR903232 6 0.3747 0.481 0.000 0 0 0.396 0.000 0.604
#> SRR903233 6 0.3782 0.446 0.000 0 0 0.412 0.000 0.588
#> SRR903242 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903243 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903244 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903245 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903246 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903247 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903248 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903249 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903234 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903235 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903236 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903237 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903238 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903239 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903240 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903241 4 0.0146 0.996 0.000 0 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR903258 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903259 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903260 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903261 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903262 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903263 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903264 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903265 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903250 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903251 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903252 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903253 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903254 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903255 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903256 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903257 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903266 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903267 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903268 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903270 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903271 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903272 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903273 5 0.0000 0.964 0.000 0 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903274 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 6 0.0000 0.895 0.000 0 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1 0 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.521 0.917 0.924 0.2812 0.740 0.740
#> 3 3 0.869 0.927 0.966 0.8582 0.707 0.604
#> 4 4 0.766 0.848 0.907 0.4056 0.816 0.589
#> 5 5 0.864 0.923 0.881 0.0456 0.973 0.898
#> 6 6 0.924 0.915 0.954 0.0498 0.965 0.854
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902921 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902922 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902923 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902924 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902925 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902926 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902927 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902928 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902929 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902930 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902931 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902932 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902933 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902934 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902935 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902936 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902937 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902938 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902939 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902940 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902941 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902942 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902943 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902944 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902945 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902946 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902947 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902954 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902955 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902956 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902957 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902958 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902959 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902948 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902949 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902950 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902951 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902952 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902953 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902960 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902961 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902962 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902963 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902964 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902965 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902966 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902967 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902968 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902969 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902970 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902971 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902972 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902973 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902974 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902975 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902976 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902977 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902978 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902980 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902981 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902982 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902983 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902984 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902985 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902986 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902987 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902988 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902989 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902990 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902991 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902992 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902993 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902994 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902995 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR902996 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902997 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902998 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR902999 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903000 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903001 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903008 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903009 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903010 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903011 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903012 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903013 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903002 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903003 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903004 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903005 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903006 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903007 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903014 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903015 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903016 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903017 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903018 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903019 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903020 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903021 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903022 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903023 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903024 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903025 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903026 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903027 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903028 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903029 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903030 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903031 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903032 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903033 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903034 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903035 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903036 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903037 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903038 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903039 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903040 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903041 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903042 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903043 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903044 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903045 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903046 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903047 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903048 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903049 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903050 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903082 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903083 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903084 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903085 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903086 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903087 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903088 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903089 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903090 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903091 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903092 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903093 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903094 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903095 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903096 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903097 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903098 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903099 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903100 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903101 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903102 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903103 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903104 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903105 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903106 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903107 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903108 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903109 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903110 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903111 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903112 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903113 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903122 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903146 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903147 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903148 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903149 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903150 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903151 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903152 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903153 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903154 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903155 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903156 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903157 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903158 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903159 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903160 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903161 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903162 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903163 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903164 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903165 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903166 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903167 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903168 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903169 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903178 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903170 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903171 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903172 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903173 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903174 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903175 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903176 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903177 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903186 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903210 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903211 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903212 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903213 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903214 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903215 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903216 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903217 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903202 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903218 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903219 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903220 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903221 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903222 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903223 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903224 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903225 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903226 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903227 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903228 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903229 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903230 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903231 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903232 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903233 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903242 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903243 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903244 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903245 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903246 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903247 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903248 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903249 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903234 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903235 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903236 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903237 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903238 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903239 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903240 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903241 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903258 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903259 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903260 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903261 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903262 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903263 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903264 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903265 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903250 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903251 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903252 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903253 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903254 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903255 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903256 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903257 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903266 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903267 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903268 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903270 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903271 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903272 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903273 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903274 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903275 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903276 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903277 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903278 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903279 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903280 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903281 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903282 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903283 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903284 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903285 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903286 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903287 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903288 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903289 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903290 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903291 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903292 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903293 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903294 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903295 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903296 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903297 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903298 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903299 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903300 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903301 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903302 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903303 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903304 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903305 1 0.000 0.932 1.000 0.000
#> SRR903306 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903307 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903308 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903309 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903310 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903311 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903312 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903313 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903314 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903315 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903316 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903317 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903318 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903319 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903320 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903321 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903322 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903323 1 0.706 0.826 0.808 0.192
#> SRR903324 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903325 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903326 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903327 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903328 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903329 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903330 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903331 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903332 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903333 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903334 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903335 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903336 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903337 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903338 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903339 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903340 2 0.706 1.000 0.192 0.808
#> SRR903341 2 0.706 1.000 0.192 0.808
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902921 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902922 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902923 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902924 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902925 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902926 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902927 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902928 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902929 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902930 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902931 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902942 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902943 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902944 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902945 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902946 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902947 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902954 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902955 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902956 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902957 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902958 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902959 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902948 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902949 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902950 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902951 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902952 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902953 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902960 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902961 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902962 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902963 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902964 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902965 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902966 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902967 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902968 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902969 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902970 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902971 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902972 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902973 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902974 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902975 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902976 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902977 3 0.613 0.567 0.4 0 0.6
#> SRR902978 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902980 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902981 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902982 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902983 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902984 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902985 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902986 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902987 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902988 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902989 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902990 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902991 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902992 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902993 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902994 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902995 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903014 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903015 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903016 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903017 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903018 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903019 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903020 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903021 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903022 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903023 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903024 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903025 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903026 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903027 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903028 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903029 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903030 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903031 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903050 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903051 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903052 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903053 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903054 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903055 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903056 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903057 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903058 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903059 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903060 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903061 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903062 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903063 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903064 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903065 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903066 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903067 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903068 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903069 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903070 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903071 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903072 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903073 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903074 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903075 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903076 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903077 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903078 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903079 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903080 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903081 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903082 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903083 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903084 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903085 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903086 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903087 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903088 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903089 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903090 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903091 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903092 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903093 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903094 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903095 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903096 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903097 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903098 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903099 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903100 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903101 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903102 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903103 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903104 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903105 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903106 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903107 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903108 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903109 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903110 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903111 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903112 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903113 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903114 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903115 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903116 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903117 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903118 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903119 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903121 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903122 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903124 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903125 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903126 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903127 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903128 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903129 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903130 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903131 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903132 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903133 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903134 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903135 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903136 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903137 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903146 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903147 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903148 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903149 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903150 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903151 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903152 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903153 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903138 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903139 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903140 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903141 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903142 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903143 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903144 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903145 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903154 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903155 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903156 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903157 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903158 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903159 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903160 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903161 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903162 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903163 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903164 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903165 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903166 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903167 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903168 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903169 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903178 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903179 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903180 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903181 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903182 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903183 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903184 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903185 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903170 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903171 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903172 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903173 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903174 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903175 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903176 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903177 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903186 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903187 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903188 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903189 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903190 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903191 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903192 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903193 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903194 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903195 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903196 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903197 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903198 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903199 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903200 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903201 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903210 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903211 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903212 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903213 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903214 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903215 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903216 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903217 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903202 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903203 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903204 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903205 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903206 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903207 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903208 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903209 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903218 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903219 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903220 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903221 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903222 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903223 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903224 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903225 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903226 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903227 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903228 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903229 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903230 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903231 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903232 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903233 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903242 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903243 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903244 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903245 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903246 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903247 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903248 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903249 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903234 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903235 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903236 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903237 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903238 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903239 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903240 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903241 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903258 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903259 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903260 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903261 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903262 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903263 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903264 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903265 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903250 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903251 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903252 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903253 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903254 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903255 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903256 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903257 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903266 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903267 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903268 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903270 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903271 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903272 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903273 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903274 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903275 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903276 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903277 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903278 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903279 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903280 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903281 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903282 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903283 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903284 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903285 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903286 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903287 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903288 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903289 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903290 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903291 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903292 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903293 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903294 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903295 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903296 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903297 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903298 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903299 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903300 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903301 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903302 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903303 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903304 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903305 1 0.000 1.000 1.0 0 0.0
#> SRR903306 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903307 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903308 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903309 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903310 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903311 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903312 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903313 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903314 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903315 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903316 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903317 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903318 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903319 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903320 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903321 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903322 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903323 3 0.000 0.773 0.0 0 1.0
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.0 1 0.0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902943 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902944 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902945 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902946 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902947 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902954 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902955 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902956 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902957 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902958 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902959 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902948 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902949 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902950 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902951 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902952 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902953 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902960 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902961 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902962 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902963 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902964 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902965 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902966 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902967 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902968 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902969 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902970 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902971 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902972 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902973 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902974 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902975 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902976 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902977 3 0.164 0.952 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR902978 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903083 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903084 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903085 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903086 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903087 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903088 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903089 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903090 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903091 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903092 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903093 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903094 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903095 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903096 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903097 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903098 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903099 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903100 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903101 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903102 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903103 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903104 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903105 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903106 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903107 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903108 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903109 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903110 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903111 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903112 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903113 1 0.460 0.655 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903146 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903147 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903148 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903149 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903150 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903151 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903152 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903153 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.867 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903154 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903155 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903156 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903157 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903158 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903159 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903160 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903161 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903162 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903163 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903164 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903165 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903166 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903167 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903168 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903169 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903178 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903179 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903180 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903181 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903182 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903183 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903184 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903185 4 0.460 0.603 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR903170 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903171 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903172 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903173 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903174 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903175 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903176 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903177 1 0.259 0.852 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR903186 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903187 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903188 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903189 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903190 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903191 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903192 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903193 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903194 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903195 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903196 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903197 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903198 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903199 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903200 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903201 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903210 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903211 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903212 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903213 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903214 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903215 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903216 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903217 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903202 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903203 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903204 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903205 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903206 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903207 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903208 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903209 4 0.494 0.601 0.008 0.000 0.340 0.652
#> SRR903218 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903219 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903220 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903221 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903222 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903223 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903224 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903225 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903226 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903227 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903228 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903229 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903230 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903231 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903232 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903233 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903242 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903243 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903244 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903245 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903246 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903247 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903248 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903249 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903234 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903235 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903236 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903237 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903238 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903239 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903240 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903241 4 0.470 0.649 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR903258 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903259 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903260 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903261 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903262 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903263 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903264 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903265 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903250 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903251 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903252 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903253 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903254 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903255 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903256 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903257 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903266 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903267 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903268 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903270 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903271 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903272 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903273 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903274 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 4 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 0.975 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902942 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902943 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902944 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902945 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902946 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902947 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902954 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902955 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902956 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902957 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902958 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902959 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902948 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902949 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902950 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902951 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902952 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902953 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902960 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902961 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902962 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902963 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902964 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902965 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902966 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902967 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902968 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902969 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902970 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902971 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902972 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902973 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902974 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902975 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902976 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902977 1 0.6519 1.000 0.448 0.000 0.38 0.004 0.168
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903050 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903051 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903052 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903053 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903054 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903055 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903056 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903057 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903058 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903059 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903060 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903061 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903062 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903063 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903064 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903065 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903066 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903067 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903068 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903069 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903070 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903071 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903072 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903073 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903074 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903075 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903076 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903077 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903078 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903079 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903080 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903081 4 0.2813 0.692 0.168 0.000 0.00 0.832 0.000
#> SRR903082 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903083 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903084 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903085 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903086 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903087 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903088 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903089 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903090 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903091 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903092 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903093 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903094 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903095 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903096 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903097 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903098 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903099 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903100 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903101 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903102 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903103 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903104 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903105 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903106 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903107 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903108 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903109 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903110 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903111 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903112 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903113 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903114 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903115 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903116 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903117 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903118 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903119 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903121 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903122 4 0.0963 0.739 0.000 0.000 0.00 0.964 0.036
#> SRR903124 4 0.0963 0.739 0.000 0.000 0.00 0.964 0.036
#> SRR903125 4 0.0963 0.739 0.000 0.000 0.00 0.964 0.036
#> SRR903126 4 0.1121 0.733 0.000 0.000 0.00 0.956 0.044
#> SRR903127 4 0.1043 0.736 0.000 0.000 0.00 0.960 0.040
#> SRR903128 4 0.0880 0.741 0.000 0.000 0.00 0.968 0.032
#> SRR903129 4 0.0794 0.744 0.000 0.000 0.00 0.972 0.028
#> SRR903130 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903131 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903132 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903133 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903134 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903135 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903136 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903137 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903146 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903147 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903148 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903149 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903150 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903151 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903152 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903153 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903138 4 0.0290 0.753 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008
#> SRR903139 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903140 4 0.0290 0.753 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008
#> SRR903141 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903142 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903143 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903144 4 0.0000 0.755 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR903145 4 0.0404 0.751 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012
#> SRR903154 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903155 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903156 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903157 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903158 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903159 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903160 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903161 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903162 4 0.4403 0.778 0.000 0.384 0.00 0.608 0.008
#> SRR903163 4 0.4403 0.778 0.000 0.384 0.00 0.608 0.008
#> SRR903164 4 0.4403 0.778 0.000 0.384 0.00 0.608 0.008
#> SRR903165 4 0.4403 0.778 0.000 0.384 0.00 0.608 0.008
#> SRR903166 4 0.4599 0.772 0.000 0.384 0.00 0.600 0.016
#> SRR903167 4 0.4403 0.778 0.000 0.384 0.00 0.608 0.008
#> SRR903168 4 0.4403 0.778 0.000 0.384 0.00 0.608 0.008
#> SRR903169 4 0.4403 0.778 0.000 0.384 0.00 0.608 0.008
#> SRR903178 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903179 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903180 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903181 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903182 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903183 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903184 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903185 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903170 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903171 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903172 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903173 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903174 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903175 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903176 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903177 4 0.4138 0.783 0.000 0.384 0.00 0.616 0.000
#> SRR903186 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903187 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903188 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903189 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903190 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903191 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903192 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903193 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903194 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903195 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903196 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903197 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903198 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903199 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903200 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903201 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903210 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903211 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903212 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903213 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903214 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903215 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903216 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903217 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903202 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903203 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903204 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903205 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903206 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903207 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903208 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903209 5 0.0451 0.990 0.008 0.000 0.00 0.004 0.988
#> SRR903218 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903219 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903220 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903221 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903222 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903223 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903224 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903225 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903226 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903227 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903228 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903229 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903230 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903231 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903232 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903233 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903242 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903243 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903244 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903245 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903246 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903247 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903248 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903249 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903234 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903235 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903236 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903237 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903238 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903239 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903240 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903241 5 0.0162 0.994 0.000 0.000 0.00 0.004 0.996
#> SRR903258 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903259 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903260 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903261 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903262 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903263 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903264 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903265 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903250 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903251 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903252 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903253 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903254 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903255 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903256 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903257 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903266 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903267 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903268 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903270 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903271 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903272 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903273 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903274 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903275 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903276 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903277 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903278 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903279 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903280 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903281 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903282 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903283 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903284 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903285 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903286 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903287 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903288 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903289 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903290 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903291 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903292 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903293 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903294 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903295 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903296 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903297 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903298 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903299 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903300 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903301 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903302 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903303 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903304 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903305 5 0.0000 0.995 0.000 0.000 0.00 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.4138 1.000 0.384 0.616 0.00 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902943 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902944 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902945 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902946 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902947 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902954 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902955 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902956 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902957 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902958 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902959 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902948 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902949 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902950 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902951 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902952 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902953 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902960 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902961 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902962 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902963 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902964 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902965 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902966 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902967 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902968 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902969 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902970 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902971 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902972 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902973 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902974 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902975 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902976 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902977 6 0.0291 1.000 0.004 0 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0146 1.000 0.996 0 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903115 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903116 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903117 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903118 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903119 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903121 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903122 4 0.5265 0.356 0.400 0 0.000 0.500 0.100 0.000
#> SRR903124 4 0.5265 0.356 0.400 0 0.000 0.500 0.100 0.000
#> SRR903125 4 0.5265 0.356 0.400 0 0.000 0.500 0.100 0.000
#> SRR903126 4 0.5265 0.356 0.400 0 0.000 0.500 0.100 0.000
#> SRR903127 4 0.5265 0.356 0.400 0 0.000 0.500 0.100 0.000
#> SRR903128 4 0.5265 0.356 0.400 0 0.000 0.500 0.100 0.000
#> SRR903129 4 0.5265 0.356 0.400 0 0.000 0.500 0.100 0.000
#> SRR903130 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903131 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903132 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903133 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903134 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903135 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903136 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903137 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903139 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903140 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903141 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903142 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903143 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903144 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903145 4 0.3756 0.517 0.400 0 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903179 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903180 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903181 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903182 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903183 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903184 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903185 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903170 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.847 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903187 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903188 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903189 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903190 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903191 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903192 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903193 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903194 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903195 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903196 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903197 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903198 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903199 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903200 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903201 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903210 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903211 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903212 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903213 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903214 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903215 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903216 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903217 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903202 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903203 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903204 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903205 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903206 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903207 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903208 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903209 5 0.2738 0.837 0.004 0 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR903218 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903219 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903220 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903221 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903222 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903223 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903224 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903225 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903226 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903227 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903228 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903229 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903230 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903231 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903232 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903233 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903242 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903243 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903244 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903245 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903246 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903247 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903248 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903249 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903234 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903235 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903236 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903237 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903238 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903239 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903240 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903241 5 0.0551 0.945 0.004 0 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR903258 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903259 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903260 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903261 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903262 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903263 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903264 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903265 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903250 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903251 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903252 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903253 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903254 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903255 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903256 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903257 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903266 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903267 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903268 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903270 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903271 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903272 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903273 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903274 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903275 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903276 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903277 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903278 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903279 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903280 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903281 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903282 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903283 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903284 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903285 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903286 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903287 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903288 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903289 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903290 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903291 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903292 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903293 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903294 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903295 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903296 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903297 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903298 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903299 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903300 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903301 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903302 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903303 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903304 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903305 5 0.0000 0.948 0.000 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.819 0.965 0.981 0.4978 0.502 0.502
#> 3 3 0.842 0.868 0.926 0.2584 0.874 0.749
#> 4 4 0.709 0.802 0.864 0.1627 0.794 0.510
#> 5 5 0.747 0.647 0.753 0.0769 0.886 0.605
#> 6 6 0.986 0.940 0.969 0.0519 0.926 0.673
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903115 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903116 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903117 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903118 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903119 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903121 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903122 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903124 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903125 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903126 1 0.714 0.800 0.804 0.196
#> SRR903127 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903128 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903129 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903130 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903131 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903132 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903133 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903134 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903135 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903136 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903137 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903146 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903139 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903140 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903141 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903142 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903143 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903144 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903145 1 0.722 0.796 0.800 0.200
#> SRR903154 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.644 0.834 0.836 0.164
#> SRR903243 1 0.634 0.838 0.840 0.160
#> SRR903244 1 0.595 0.854 0.856 0.144
#> SRR903245 1 0.595 0.854 0.856 0.144
#> SRR903246 1 0.552 0.868 0.872 0.128
#> SRR903247 1 0.605 0.850 0.852 0.148
#> SRR903248 1 0.644 0.834 0.836 0.164
#> SRR903249 1 0.552 0.868 0.872 0.128
#> SRR903234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903259 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903260 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903261 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903262 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903263 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903264 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903265 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903250 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903251 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903252 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903253 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903254 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903255 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903256 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903257 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903266 1 0.494 0.886 0.892 0.108
#> SRR903267 1 0.529 0.875 0.880 0.120
#> SRR903268 1 0.456 0.895 0.904 0.096
#> SRR903270 1 0.430 0.902 0.912 0.088
#> SRR903271 1 0.443 0.899 0.908 0.092
#> SRR903272 1 0.506 0.882 0.888 0.112
#> SRR903273 1 0.469 0.892 0.900 0.100
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.000 0.964 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.2878 0.95031 0.096 0.000 0.904
#> SRR902921 3 0.2878 0.95031 0.096 0.000 0.904
#> SRR902922 3 0.3038 0.94370 0.104 0.000 0.896
#> SRR902923 3 0.2959 0.94705 0.100 0.000 0.900
#> SRR902924 3 0.2796 0.95304 0.092 0.000 0.908
#> SRR902925 3 0.2796 0.95293 0.092 0.000 0.908
#> SRR902926 3 0.2878 0.95031 0.096 0.000 0.904
#> SRR902927 3 0.2878 0.95031 0.096 0.000 0.904
#> SRR902928 3 0.3192 0.93609 0.112 0.000 0.888
#> SRR902929 3 0.3116 0.94003 0.108 0.000 0.892
#> SRR902930 3 0.3116 0.94003 0.108 0.000 0.892
#> SRR902931 3 0.3192 0.93609 0.112 0.000 0.888
#> SRR902932 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902933 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902934 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902935 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902936 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902937 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902938 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902939 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902940 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902941 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902942 1 0.3619 0.73794 0.864 0.000 0.136
#> SRR902943 1 0.3340 0.75507 0.880 0.000 0.120
#> SRR902944 1 0.3551 0.74240 0.868 0.000 0.132
#> SRR902945 1 0.3340 0.75507 0.880 0.000 0.120
#> SRR902946 1 0.3551 0.74240 0.868 0.000 0.132
#> SRR902947 1 0.3619 0.73794 0.864 0.000 0.136
#> SRR902954 1 0.5465 0.51190 0.712 0.000 0.288
#> SRR902955 1 0.5431 0.51941 0.716 0.000 0.284
#> SRR902956 1 0.5650 0.46392 0.688 0.000 0.312
#> SRR902957 1 0.5621 0.47233 0.692 0.000 0.308
#> SRR902958 1 0.5591 0.48050 0.696 0.000 0.304
#> SRR902959 1 0.5497 0.50424 0.708 0.000 0.292
#> SRR902948 1 0.5760 0.42894 0.672 0.000 0.328
#> SRR902949 1 0.5835 0.40098 0.660 0.000 0.340
#> SRR902950 1 0.5810 0.41051 0.664 0.000 0.336
#> SRR902951 1 0.5785 0.41983 0.668 0.000 0.332
#> SRR902952 1 0.5859 0.39123 0.656 0.000 0.344
#> SRR902953 1 0.5905 0.37114 0.648 0.000 0.352
#> SRR902960 3 0.6180 0.41337 0.416 0.000 0.584
#> SRR902961 3 0.6180 0.41337 0.416 0.000 0.584
#> SRR902962 3 0.6204 0.39033 0.424 0.000 0.576
#> SRR902963 3 0.6180 0.41337 0.416 0.000 0.584
#> SRR902964 3 0.6252 0.32873 0.444 0.000 0.556
#> SRR902965 3 0.6140 0.44502 0.404 0.000 0.596
#> SRR902966 1 0.6260 0.07065 0.552 0.000 0.448
#> SRR902967 1 0.6235 0.11536 0.564 0.000 0.436
#> SRR902968 1 0.6244 0.10081 0.560 0.000 0.440
#> SRR902969 1 0.6267 0.05499 0.548 0.000 0.452
#> SRR902970 1 0.6280 0.02236 0.540 0.000 0.460
#> SRR902971 1 0.6252 0.08591 0.556 0.000 0.444
#> SRR902972 1 0.6291 -0.01203 0.532 0.000 0.468
#> SRR902973 1 0.6267 0.05499 0.548 0.000 0.452
#> SRR902974 1 0.6280 0.02236 0.540 0.000 0.460
#> SRR902975 1 0.6291 -0.01203 0.532 0.000 0.468
#> SRR902976 1 0.6295 -0.02938 0.528 0.000 0.472
#> SRR902977 1 0.6286 0.00533 0.536 0.000 0.464
#> SRR902978 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR902980 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR902981 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR902982 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR902983 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR902984 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902985 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902986 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902987 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902988 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902989 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902990 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902991 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902992 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902993 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902994 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902995 3 0.2448 0.95619 0.076 0.000 0.924
#> SRR902996 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902997 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902998 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR902999 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903000 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903001 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903008 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903009 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903010 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903011 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903012 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903013 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903002 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903003 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903004 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903005 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903006 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903007 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903014 3 0.2711 0.95527 0.088 0.000 0.912
#> SRR903015 3 0.2711 0.95527 0.088 0.000 0.912
#> SRR903016 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903017 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903018 3 0.2625 0.95714 0.084 0.000 0.916
#> SRR903019 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903020 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903021 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903022 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903023 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903024 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903025 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903026 3 0.2711 0.95527 0.088 0.000 0.912
#> SRR903027 3 0.2625 0.95714 0.084 0.000 0.916
#> SRR903028 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903029 3 0.2796 0.95304 0.092 0.000 0.908
#> SRR903030 3 0.2711 0.95527 0.088 0.000 0.912
#> SRR903031 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903032 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903033 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903034 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903035 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903036 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903037 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903038 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903039 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903040 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903041 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903042 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903043 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903044 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903045 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903046 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903047 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903048 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903049 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903050 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903082 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903115 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903116 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903117 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903118 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903119 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903121 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903122 1 0.4291 0.75952 0.820 0.180 0.000
#> SRR903124 1 0.4291 0.75952 0.820 0.180 0.000
#> SRR903125 1 0.3879 0.78163 0.848 0.152 0.000
#> SRR903126 1 0.3686 0.79058 0.860 0.140 0.000
#> SRR903127 1 0.4062 0.77256 0.836 0.164 0.000
#> SRR903128 1 0.4062 0.77251 0.836 0.164 0.000
#> SRR903129 1 0.3340 0.80446 0.880 0.120 0.000
#> SRR903130 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903131 1 0.4504 0.74571 0.804 0.196 0.000
#> SRR903132 1 0.4504 0.74571 0.804 0.196 0.000
#> SRR903133 1 0.4504 0.74571 0.804 0.196 0.000
#> SRR903134 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903135 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903136 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903137 1 0.4504 0.74571 0.804 0.196 0.000
#> SRR903146 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903139 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903140 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903141 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903142 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903143 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903144 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903145 1 0.4555 0.74200 0.800 0.200 0.000
#> SRR903154 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903179 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903180 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903181 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903182 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903183 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903184 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903185 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903170 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903210 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.85067 1.000 0.000 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 1 0.3267 0.80657 0.884 0.116 0.000
#> SRR903243 1 0.3116 0.81166 0.892 0.108 0.000
#> SRR903244 1 0.2959 0.81609 0.900 0.100 0.000
#> SRR903245 1 0.2878 0.81811 0.904 0.096 0.000
#> SRR903246 1 0.2878 0.81808 0.904 0.096 0.000
#> SRR903247 1 0.3038 0.81390 0.896 0.104 0.000
#> SRR903248 1 0.3038 0.81407 0.896 0.104 0.000
#> SRR903249 1 0.2878 0.81811 0.904 0.096 0.000
#> SRR903234 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 1 0.1163 0.84585 0.972 0.028 0.000
#> SRR903259 1 0.0747 0.84880 0.984 0.016 0.000
#> SRR903260 1 0.1289 0.84483 0.968 0.032 0.000
#> SRR903261 1 0.1031 0.84679 0.976 0.024 0.000
#> SRR903262 1 0.1289 0.84483 0.968 0.032 0.000
#> SRR903263 1 0.1031 0.84679 0.976 0.024 0.000
#> SRR903264 1 0.1289 0.84483 0.968 0.032 0.000
#> SRR903265 1 0.0892 0.84758 0.980 0.020 0.000
#> SRR903250 1 0.1289 0.84483 0.968 0.032 0.000
#> SRR903251 1 0.1529 0.84268 0.960 0.040 0.000
#> SRR903252 1 0.1643 0.84113 0.956 0.044 0.000
#> SRR903253 1 0.1411 0.84353 0.964 0.036 0.000
#> SRR903254 1 0.1529 0.84212 0.960 0.040 0.000
#> SRR903255 1 0.1411 0.84360 0.964 0.036 0.000
#> SRR903256 1 0.1289 0.84483 0.968 0.032 0.000
#> SRR903257 1 0.1643 0.84048 0.956 0.044 0.000
#> SRR903266 1 0.2878 0.81808 0.904 0.096 0.000
#> SRR903267 1 0.2959 0.81609 0.900 0.100 0.000
#> SRR903268 1 0.2711 0.82139 0.912 0.088 0.000
#> SRR903270 1 0.2537 0.82425 0.920 0.080 0.000
#> SRR903271 1 0.2537 0.82425 0.920 0.080 0.000
#> SRR903272 1 0.2711 0.82139 0.912 0.088 0.000
#> SRR903273 1 0.2625 0.82284 0.916 0.084 0.000
#> SRR903274 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903275 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903276 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903277 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903278 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903279 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903280 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903281 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903290 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903291 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903292 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903293 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903294 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903295 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903296 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903297 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903298 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903299 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903300 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903301 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903302 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903303 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903304 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903305 2 0.0000 0.97220 0.000 1.000 0.000
#> SRR903306 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903307 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903308 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903309 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903310 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903311 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903312 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903313 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903314 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903315 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903316 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903317 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903318 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903319 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903320 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903321 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903322 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903323 3 0.2537 0.95872 0.080 0.000 0.920
#> SRR903324 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903325 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903326 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903327 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903328 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903329 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903330 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903331 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903332 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903333 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903334 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903335 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903336 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903337 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903338 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903339 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903340 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
#> SRR903341 2 0.2448 0.95296 0.000 0.924 0.076
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902921 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902922 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902923 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902924 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902925 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902926 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902927 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902928 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902929 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902930 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902931 3 0.0188 0.866 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902932 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902933 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902934 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902935 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902936 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902937 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902938 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902939 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902940 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902941 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR902942 3 0.1284 0.856 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR902943 3 0.1388 0.854 0.028 0.012 0.960 0.000
#> SRR902944 3 0.1284 0.856 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR902945 3 0.1388 0.854 0.028 0.012 0.960 0.000
#> SRR902946 3 0.1388 0.854 0.028 0.012 0.960 0.000
#> SRR902947 3 0.1284 0.856 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR902954 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902955 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902956 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902957 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902958 3 0.0804 0.862 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR902959 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902948 3 0.0804 0.862 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR902949 3 0.0804 0.862 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR902950 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902951 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902952 3 0.0657 0.863 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR902953 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902960 3 0.0657 0.863 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR902961 3 0.0657 0.863 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR902962 3 0.0657 0.863 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR902963 3 0.0657 0.863 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR902964 3 0.0657 0.863 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR902965 3 0.0657 0.863 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR902966 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902967 3 0.1284 0.856 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR902968 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902969 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902970 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902971 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902972 3 0.0937 0.861 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR902973 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902974 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902975 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902976 3 0.0804 0.862 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR902977 3 0.1059 0.860 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR902978 3 0.0817 0.865 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR902980 3 0.0707 0.865 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR902981 3 0.0707 0.865 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR902982 3 0.0469 0.866 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR902983 3 0.0817 0.865 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR902984 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902985 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902986 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902987 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902988 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902989 3 0.1716 0.860 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902990 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902991 3 0.1716 0.860 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902992 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR902993 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902994 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR902995 3 0.1637 0.861 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR902996 2 0.2589 0.926 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR902997 2 0.2530 0.921 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR902998 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR902999 2 0.2530 0.921 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR903000 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR903001 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR903008 2 0.2530 0.921 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR903009 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR903010 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR903011 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR903012 2 0.2704 0.934 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR903013 2 0.2704 0.934 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR903002 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR903003 2 0.2647 0.930 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR903004 2 0.2868 0.943 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR903005 2 0.2814 0.940 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR903006 2 0.2868 0.943 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR903007 2 0.2868 0.943 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR903014 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR903015 3 0.1716 0.859 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR903016 3 0.2011 0.853 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR903017 3 0.2011 0.853 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR903018 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR903019 3 0.2345 0.840 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR903020 3 0.1940 0.855 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR903021 3 0.1940 0.855 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR903022 3 0.2081 0.850 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903023 3 0.1867 0.857 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR903024 3 0.2281 0.843 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR903025 3 0.2216 0.845 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR903026 3 0.1211 0.864 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR903027 3 0.1118 0.864 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR903028 3 0.1118 0.864 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR903029 3 0.1474 0.862 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR903030 3 0.1716 0.859 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR903031 3 0.1118 0.864 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR903032 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903033 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903034 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903035 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903036 2 0.3172 0.956 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR903037 2 0.3172 0.956 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR903038 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903039 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903040 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903041 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903042 2 0.3172 0.956 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR903043 2 0.3172 0.956 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR903044 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903045 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903046 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903047 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903048 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903049 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903050 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.809 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903115 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903116 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903117 1 0.4304 0.679 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903118 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903119 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903121 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903122 1 0.4661 0.579 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR903124 1 0.4830 0.495 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR903125 1 0.4713 0.560 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR903126 1 0.4679 0.575 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR903127 1 0.4730 0.554 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR903128 1 0.4830 0.494 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR903129 1 0.4661 0.584 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR903130 1 0.4382 0.665 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR903131 1 0.4356 0.670 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR903132 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903133 1 0.4304 0.679 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903134 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903135 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903136 1 0.4304 0.678 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903137 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903146 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903139 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903140 1 0.4304 0.679 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903141 1 0.4304 0.679 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903142 1 0.4277 0.683 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR903143 1 0.4304 0.679 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR903144 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903145 1 0.4331 0.675 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR903154 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903178 3 0.5256 0.386 0.392 0.012 0.596 0.000
#> SRR903179 3 0.5290 0.361 0.404 0.012 0.584 0.000
#> SRR903180 3 0.5143 0.451 0.360 0.012 0.628 0.000
#> SRR903181 3 0.5204 0.420 0.376 0.012 0.612 0.000
#> SRR903182 3 0.5290 0.361 0.404 0.012 0.584 0.000
#> SRR903183 3 0.5290 0.361 0.404 0.012 0.584 0.000
#> SRR903184 3 0.5159 0.443 0.364 0.012 0.624 0.000
#> SRR903185 3 0.5290 0.361 0.404 0.012 0.584 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.902 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903187 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903188 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903189 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903190 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903191 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903192 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903193 1 0.3529 0.744 0.836 0.012 0.152 0.000
#> SRR903194 1 0.2401 0.781 0.904 0.004 0.092 0.000
#> SRR903195 1 0.1743 0.795 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR903196 1 0.1902 0.792 0.932 0.004 0.064 0.000
#> SRR903197 1 0.1978 0.791 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR903198 1 0.1824 0.794 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR903199 1 0.1576 0.797 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR903200 1 0.2773 0.769 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR903201 1 0.1743 0.795 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR903210 4 0.2281 0.874 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR903211 4 0.2216 0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR903212 4 0.2216 0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR903213 4 0.2216 0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR903214 4 0.2216 0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR903215 4 0.2216 0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR903216 4 0.2216 0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR903217 4 0.2149 0.878 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR903202 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903203 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903204 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903205 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903206 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903207 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903208 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903209 1 0.3401 0.747 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR903218 4 0.2647 0.857 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903219 4 0.2760 0.851 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR903220 4 0.2589 0.860 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR903221 4 0.2704 0.854 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR903222 4 0.2647 0.857 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903223 4 0.2647 0.857 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903224 4 0.2647 0.857 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903225 4 0.2589 0.860 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR903226 4 0.2469 0.866 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR903227 4 0.2408 0.869 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903228 4 0.2469 0.866 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR903229 4 0.2408 0.869 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903230 4 0.2469 0.866 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR903231 4 0.2469 0.866 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR903232 4 0.2469 0.866 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR903233 4 0.2408 0.869 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903242 1 0.5084 0.723 0.764 0.012 0.180 0.044
#> SRR903243 1 0.5165 0.722 0.760 0.012 0.180 0.048
#> SRR903244 1 0.4419 0.719 0.792 0.012 0.180 0.016
#> SRR903245 1 0.5166 0.714 0.756 0.012 0.188 0.044
#> SRR903246 1 0.5083 0.714 0.760 0.012 0.188 0.040
#> SRR903247 1 0.4996 0.714 0.764 0.012 0.188 0.036
#> SRR903248 1 0.5166 0.714 0.756 0.012 0.188 0.044
#> SRR903249 1 0.4955 0.718 0.768 0.012 0.184 0.036
#> SRR903234 4 0.1867 0.885 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR903235 4 0.1867 0.885 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR903236 4 0.1792 0.886 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR903237 4 0.1940 0.883 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903238 4 0.1940 0.883 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903239 4 0.1867 0.885 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR903240 4 0.1940 0.883 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903241 4 0.1940 0.883 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR903258 3 0.5576 0.247 0.444 0.020 0.536 0.000
#> SRR903259 3 0.5755 0.229 0.444 0.028 0.528 0.000
#> SRR903260 3 0.5497 0.210 0.460 0.016 0.524 0.000
#> SRR903261 3 0.5668 0.238 0.444 0.024 0.532 0.000
#> SRR903262 3 0.5888 0.238 0.440 0.016 0.532 0.012
#> SRR903263 3 0.5668 0.239 0.444 0.024 0.532 0.000
#> SRR903264 3 0.5902 0.266 0.428 0.028 0.540 0.004
#> SRR903265 3 0.5497 0.210 0.460 0.016 0.524 0.000
#> SRR903250 3 0.5662 0.210 0.456 0.016 0.524 0.004
#> SRR903251 3 0.5497 0.210 0.460 0.016 0.524 0.000
#> SRR903252 3 0.5783 0.226 0.448 0.016 0.528 0.008
#> SRR903253 3 0.5658 0.222 0.452 0.016 0.528 0.004
#> SRR903254 3 0.5497 0.210 0.460 0.016 0.524 0.000
#> SRR903255 3 0.5594 0.201 0.460 0.020 0.520 0.000
#> SRR903256 3 0.5500 0.197 0.464 0.016 0.520 0.000
#> SRR903257 3 0.5500 0.197 0.464 0.016 0.520 0.000
#> SRR903266 1 0.5045 0.511 0.680 0.012 0.304 0.004
#> SRR903267 1 0.5257 0.530 0.680 0.012 0.296 0.012
#> SRR903268 1 0.5281 0.522 0.676 0.012 0.300 0.012
#> SRR903270 1 0.5392 0.523 0.672 0.012 0.300 0.016
#> SRR903271 1 0.5415 0.514 0.668 0.012 0.304 0.016
#> SRR903272 1 0.5595 0.525 0.664 0.012 0.300 0.024
#> SRR903273 1 0.5885 0.512 0.648 0.012 0.304 0.036
#> SRR903274 4 0.3486 0.781 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR903275 4 0.3688 0.752 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR903276 4 0.3266 0.807 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR903277 4 0.3266 0.807 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR903278 4 0.3400 0.792 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903279 4 0.3610 0.764 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR903280 4 0.3400 0.792 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903281 4 0.3400 0.792 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR903282 4 0.4500 0.527 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903283 4 0.4382 0.578 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR903284 4 0.4356 0.585 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR903285 4 0.4331 0.596 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR903286 4 0.4431 0.557 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR903287 4 0.4454 0.546 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR903288 4 0.4500 0.527 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903289 4 0.4193 0.640 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR903290 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903291 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903292 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903293 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903294 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903295 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903296 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903297 2 0.4564 0.724 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR903298 4 0.3801 0.732 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR903299 4 0.3907 0.711 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR903300 4 0.3688 0.752 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR903301 4 0.3610 0.764 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR903302 4 0.3942 0.704 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR903303 4 0.3837 0.726 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR903304 4 0.3688 0.752 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR903305 4 0.4072 0.673 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR903306 3 0.1716 0.859 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR903307 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR903308 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR903309 3 0.1940 0.855 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR903310 3 0.1557 0.861 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR903311 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR903312 3 0.2011 0.853 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR903313 3 0.2011 0.853 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR903314 3 0.2011 0.853 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR903315 3 0.2149 0.848 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR903316 3 0.2081 0.850 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903317 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR903318 3 0.1716 0.859 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR903319 3 0.1940 0.855 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR903320 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR903321 3 0.2216 0.845 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR903322 3 0.1557 0.861 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR903323 3 0.1792 0.858 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR903324 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903325 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903326 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903327 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903328 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903329 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903330 2 0.3074 0.953 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR903331 2 0.3074 0.953 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR903332 2 0.3172 0.956 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR903333 2 0.3074 0.953 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR903334 2 0.3172 0.956 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR903335 2 0.3074 0.953 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR903336 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903337 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903338 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903339 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903340 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR903341 2 0.3219 0.958 0.000 0.836 0.000 0.164
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.1197 0.93316 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR902921 3 0.1197 0.93316 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR902922 3 0.1043 0.93447 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR902923 3 0.1197 0.93316 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR902924 3 0.1043 0.93447 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR902925 3 0.1121 0.93386 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR902926 3 0.1043 0.93447 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR902927 3 0.1043 0.93447 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR902928 3 0.1197 0.93316 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR902929 3 0.1197 0.93316 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR902930 3 0.1197 0.93316 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR902931 3 0.1197 0.93316 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR902932 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902943 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902944 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902945 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902946 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902947 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902954 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902955 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902956 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902957 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902958 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902959 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902948 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902949 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902950 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902951 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902952 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902953 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902960 3 0.2329 0.90720 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR902961 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902962 3 0.2329 0.90720 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR902963 3 0.2329 0.90720 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR902964 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902965 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902966 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902967 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902968 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902969 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902970 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902971 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902972 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902973 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902974 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902975 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902976 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902977 3 0.2377 0.90548 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR902978 3 0.0609 0.93564 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902980 3 0.0609 0.93564 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902981 3 0.0794 0.93548 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR902982 3 0.0880 0.93524 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR902983 3 0.0609 0.93564 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902984 3 0.0703 0.92317 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902985 3 0.0703 0.92317 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902986 3 0.0703 0.92317 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902987 3 0.0794 0.92046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR902988 3 0.0794 0.92046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR902989 3 0.0703 0.92317 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902990 3 0.0703 0.92317 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902991 3 0.0703 0.93070 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902992 3 0.0794 0.92539 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR902993 3 0.0703 0.92317 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902994 3 0.0703 0.92349 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR902995 3 0.0510 0.93056 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902996 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0794 0.92046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903015 3 0.0404 0.92887 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903016 3 0.0794 0.92046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903017 3 0.0794 0.92046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903018 3 0.0609 0.92530 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903019 3 0.0794 0.92046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903020 3 0.0609 0.92556 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903021 3 0.0609 0.92530 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903022 3 0.0703 0.92335 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903023 3 0.0510 0.92713 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903024 3 0.0703 0.92335 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903025 3 0.0794 0.92046 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903026 3 0.0510 0.93550 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903027 3 0.0404 0.93529 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903028 3 0.0510 0.93550 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903029 3 0.0290 0.93466 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903030 3 0.0290 0.93466 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903031 3 0.0404 0.93529 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903032 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903034 2 0.0290 0.93995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903035 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903036 2 0.0290 0.93995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903037 2 0.0290 0.93995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903038 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903039 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903041 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903042 2 0.0290 0.93995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903043 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903044 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0290 0.93995 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903049 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.70927 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.4251 0.55878 0.624 0.000 0.000 0.372 0.004
#> SRR903115 1 0.4238 0.56270 0.628 0.000 0.000 0.368 0.004
#> SRR903116 1 0.4060 0.57288 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR903117 1 0.4114 0.55688 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR903118 1 0.4126 0.55243 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR903119 1 0.4101 0.56155 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR903121 1 0.4138 0.54771 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR903122 1 0.4307 0.36939 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR903124 4 0.4305 -0.35311 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR903125 4 0.4304 -0.34525 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR903126 4 0.4304 -0.34626 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR903127 4 0.4302 -0.33856 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR903128 4 0.4287 -0.29199 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR903129 4 0.4300 -0.33088 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR903130 1 0.4249 0.48428 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR903131 1 0.4249 0.48428 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR903132 1 0.4273 0.45765 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR903133 1 0.4210 0.51213 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR903134 1 0.4219 0.50704 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR903135 1 0.4235 0.49595 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR903136 1 0.4249 0.48428 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR903137 1 0.4235 0.49595 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.4045 0.57716 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR903139 1 0.4015 0.58384 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR903140 1 0.3999 0.58691 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR903141 1 0.4045 0.57716 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR903142 1 0.4151 0.58518 0.652 0.000 0.000 0.344 0.004
#> SRR903143 1 0.3999 0.58691 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR903144 1 0.4196 0.57507 0.640 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR903145 1 0.4030 0.58050 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 5 0.6343 0.40297 0.200 0.000 0.284 0.000 0.516
#> SRR903179 5 0.6343 0.40297 0.200 0.000 0.284 0.000 0.516
#> SRR903180 5 0.6288 0.36842 0.180 0.000 0.304 0.000 0.516
#> SRR903181 5 0.6301 0.37553 0.184 0.000 0.300 0.000 0.516
#> SRR903182 5 0.6343 0.40297 0.200 0.000 0.284 0.000 0.516
#> SRR903183 5 0.6343 0.40297 0.200 0.000 0.284 0.000 0.516
#> SRR903184 5 0.6275 0.35997 0.176 0.000 0.308 0.000 0.516
#> SRR903185 5 0.6343 0.40297 0.200 0.000 0.284 0.000 0.516
#> SRR903170 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.72098 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903187 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903188 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903189 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903190 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903191 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903192 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903193 5 0.5691 0.36576 0.400 0.000 0.084 0.000 0.516
#> SRR903194 1 0.4210 0.03399 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR903195 1 0.4192 0.05567 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR903196 1 0.4201 0.04521 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR903197 1 0.4210 0.03399 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR903198 1 0.4201 0.04521 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR903199 1 0.4192 0.05567 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR903200 1 0.4210 0.03399 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR903201 1 0.4192 0.05558 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR903210 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903211 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903212 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903213 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903214 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903215 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903216 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903217 4 0.6589 0.27389 0.000 0.212 0.000 0.424 0.364
#> SRR903202 5 0.5227 0.29721 0.448 0.000 0.044 0.000 0.508
#> SRR903203 5 0.5227 0.29721 0.448 0.000 0.044 0.000 0.508
#> SRR903204 5 0.5106 0.28237 0.456 0.000 0.036 0.000 0.508
#> SRR903205 5 0.5042 0.27458 0.460 0.000 0.032 0.000 0.508
#> SRR903206 5 0.5168 0.29027 0.452 0.000 0.040 0.000 0.508
#> SRR903207 5 0.5168 0.29027 0.452 0.000 0.040 0.000 0.508
#> SRR903208 5 0.5227 0.29721 0.448 0.000 0.044 0.000 0.508
#> SRR903209 5 0.5042 0.27458 0.460 0.000 0.032 0.000 0.508
#> SRR903218 4 0.6638 0.25950 0.000 0.224 0.000 0.412 0.364
#> SRR903219 4 0.6653 0.25373 0.000 0.228 0.000 0.408 0.364
#> SRR903220 4 0.6638 0.25950 0.000 0.224 0.000 0.412 0.364
#> SRR903221 4 0.6653 0.25373 0.000 0.228 0.000 0.408 0.364
#> SRR903222 4 0.6638 0.25950 0.000 0.224 0.000 0.412 0.364
#> SRR903223 4 0.6638 0.25950 0.000 0.224 0.000 0.412 0.364
#> SRR903224 4 0.6638 0.25950 0.000 0.224 0.000 0.412 0.364
#> SRR903225 4 0.6638 0.25950 0.000 0.224 0.000 0.412 0.364
#> SRR903226 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903227 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903228 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903229 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903230 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903231 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903232 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903233 4 0.6622 0.26509 0.000 0.220 0.000 0.416 0.364
#> SRR903242 5 0.5215 0.50443 0.256 0.000 0.088 0.000 0.656
#> SRR903243 5 0.5215 0.50443 0.256 0.000 0.088 0.000 0.656
#> SRR903244 5 0.5238 0.50156 0.260 0.000 0.088 0.000 0.652
#> SRR903245 5 0.5240 0.50718 0.252 0.000 0.092 0.000 0.656
#> SRR903246 5 0.5240 0.50718 0.252 0.000 0.092 0.000 0.656
#> SRR903247 5 0.5216 0.50942 0.248 0.000 0.092 0.000 0.660
#> SRR903248 5 0.5240 0.50718 0.252 0.000 0.092 0.000 0.656
#> SRR903249 5 0.5215 0.50443 0.256 0.000 0.088 0.000 0.656
#> SRR903234 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903235 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903236 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903237 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903238 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903239 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903240 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903241 4 0.6428 0.30060 0.000 0.180 0.000 0.456 0.364
#> SRR903258 5 0.3970 0.54024 0.056 0.000 0.156 0.000 0.788
#> SRR903259 5 0.4309 0.54663 0.084 0.000 0.148 0.000 0.768
#> SRR903260 5 0.4364 0.54655 0.088 0.000 0.148 0.000 0.764
#> SRR903261 5 0.4254 0.54671 0.080 0.000 0.148 0.000 0.772
#> SRR903262 5 0.4309 0.54663 0.084 0.000 0.148 0.000 0.768
#> SRR903263 5 0.4179 0.54437 0.072 0.000 0.152 0.000 0.776
#> SRR903264 5 0.3995 0.54152 0.060 0.000 0.152 0.000 0.788
#> SRR903265 5 0.4309 0.54664 0.084 0.000 0.148 0.000 0.768
#> SRR903250 5 0.4386 0.54716 0.096 0.000 0.140 0.000 0.764
#> SRR903251 5 0.4334 0.54735 0.092 0.000 0.140 0.000 0.768
#> SRR903252 5 0.4226 0.54683 0.084 0.000 0.140 0.000 0.776
#> SRR903253 5 0.4226 0.54683 0.084 0.000 0.140 0.000 0.776
#> SRR903254 5 0.4343 0.54705 0.096 0.000 0.136 0.000 0.768
#> SRR903255 5 0.4280 0.54725 0.088 0.000 0.140 0.000 0.772
#> SRR903256 5 0.4334 0.54735 0.092 0.000 0.140 0.000 0.768
#> SRR903257 5 0.4444 0.54635 0.104 0.000 0.136 0.000 0.760
#> SRR903266 5 0.5164 0.51690 0.232 0.000 0.096 0.000 0.672
#> SRR903267 5 0.5190 0.51545 0.236 0.000 0.096 0.000 0.668
#> SRR903268 5 0.5164 0.51677 0.232 0.000 0.096 0.000 0.672
#> SRR903270 5 0.5215 0.51395 0.240 0.000 0.096 0.000 0.664
#> SRR903271 5 0.5215 0.51395 0.240 0.000 0.096 0.000 0.664
#> SRR903272 5 0.5215 0.51395 0.240 0.000 0.096 0.000 0.664
#> SRR903273 5 0.5215 0.51395 0.240 0.000 0.096 0.000 0.664
#> SRR903274 5 0.6510 0.00444 0.000 0.224 0.000 0.296 0.480
#> SRR903275 5 0.6510 0.00444 0.000 0.224 0.000 0.296 0.480
#> SRR903276 5 0.6522 -0.00359 0.000 0.224 0.000 0.300 0.476
#> SRR903277 5 0.6522 -0.00359 0.000 0.224 0.000 0.300 0.476
#> SRR903278 5 0.6522 -0.00359 0.000 0.224 0.000 0.300 0.476
#> SRR903279 5 0.6498 0.01145 0.000 0.224 0.000 0.292 0.484
#> SRR903280 5 0.6510 0.00444 0.000 0.224 0.000 0.296 0.480
#> SRR903281 5 0.6522 -0.00359 0.000 0.224 0.000 0.300 0.476
#> SRR903282 5 0.6562 0.00997 0.000 0.244 0.000 0.284 0.472
#> SRR903283 5 0.6553 0.00261 0.000 0.236 0.000 0.292 0.472
#> SRR903284 5 0.6553 0.00261 0.000 0.236 0.000 0.292 0.472
#> SRR903285 5 0.6553 0.00261 0.000 0.236 0.000 0.292 0.472
#> SRR903286 5 0.6557 0.00647 0.000 0.240 0.000 0.288 0.472
#> SRR903287 5 0.6562 0.00997 0.000 0.244 0.000 0.284 0.472
#> SRR903288 5 0.6545 0.01380 0.000 0.240 0.000 0.284 0.476
#> SRR903289 5 0.6547 -0.00207 0.000 0.232 0.000 0.296 0.472
#> SRR903290 2 0.4464 0.41659 0.000 0.584 0.000 0.008 0.408
#> SRR903291 2 0.4481 0.40275 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416
#> SRR903292 2 0.4481 0.40275 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416
#> SRR903293 2 0.4455 0.42351 0.000 0.588 0.000 0.008 0.404
#> SRR903294 2 0.4446 0.43015 0.000 0.592 0.000 0.008 0.400
#> SRR903295 2 0.4446 0.43018 0.000 0.592 0.000 0.008 0.400
#> SRR903296 2 0.4473 0.41026 0.000 0.580 0.000 0.008 0.412
#> SRR903297 2 0.4473 0.41026 0.000 0.580 0.000 0.008 0.412
#> SRR903298 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903299 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903300 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903301 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903302 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903303 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903304 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903305 5 0.6533 -0.01280 0.000 0.224 0.000 0.304 0.472
#> SRR903306 3 0.0404 0.93529 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903307 3 0.0162 0.93401 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903308 3 0.0162 0.93398 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903309 3 0.0404 0.93193 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903310 3 0.0404 0.93529 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903311 3 0.0162 0.93401 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903312 3 0.0000 0.93299 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0703 0.92335 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903314 3 0.0510 0.92713 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903315 3 0.0510 0.92713 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903316 3 0.0510 0.92713 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903317 3 0.0290 0.93309 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903318 3 0.0404 0.93529 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903319 3 0.0162 0.93184 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903320 3 0.0162 0.93401 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903321 3 0.0703 0.92335 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903322 3 0.0404 0.93529 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903323 3 0.0162 0.93184 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903324 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903325 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903327 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903328 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903331 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903332 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903334 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903336 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903340 2 0.0000 0.94490 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0162 0.94317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902921 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902922 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902923 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902924 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902925 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902926 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902927 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902928 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902929 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902930 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902931 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902932 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902943 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902944 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902945 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902946 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902947 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902954 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902955 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902956 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902957 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902958 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902959 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902948 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902949 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902950 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902951 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902952 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902953 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902960 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902961 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902962 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902963 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902964 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902965 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902966 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902967 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902968 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902969 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902970 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902971 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902972 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902973 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902974 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902975 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902976 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902977 3 0.0458 0.99036 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR902978 3 0.0146 0.99295 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902980 3 0.0146 0.99295 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902981 3 0.0146 0.99295 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902982 3 0.0146 0.99295 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902983 3 0.0146 0.99295 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902984 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.99349 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903015 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903016 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903017 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903018 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903019 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903020 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903021 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903022 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903023 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903024 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903025 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903026 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903027 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903028 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903029 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903030 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903031 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903032 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903052 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903053 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903058 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903059 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903060 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903061 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903062 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903063 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903064 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903065 1 0.0146 0.86425 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.86466 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903086 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903088 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903090 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903091 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903092 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903093 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903094 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903095 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903097 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903098 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.3175 0.72524 0.744 0.00 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.3151 0.73042 0.748 0.00 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.3076 0.74468 0.760 0.00 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR903122 4 0.3843 -0.00329 0.452 0.00 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR903124 4 0.3823 0.05532 0.436 0.00 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR903125 4 0.3647 0.32319 0.360 0.00 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR903126 4 0.3684 0.29021 0.372 0.00 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR903127 4 0.3727 0.24220 0.388 0.00 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR903128 4 0.3659 0.31130 0.364 0.00 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR903129 4 0.3515 0.41980 0.324 0.00 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.3843 0.34091 0.548 0.00 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.3843 0.34091 0.548 0.00 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR903132 4 0.3867 -0.16202 0.488 0.00 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.3620 0.57292 0.648 0.00 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.3804 0.41763 0.576 0.00 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.3774 0.45608 0.592 0.00 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.3867 0.22423 0.512 0.00 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.3810 0.40761 0.572 0.00 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.0146 0.94084 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903147 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903149 4 0.0146 0.94084 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903150 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903151 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903152 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.94035 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.2883 0.77374 0.788 0.00 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.2883 0.77374 0.788 0.00 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.2883 0.77374 0.788 0.00 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.2883 0.77374 0.788 0.00 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.2912 0.77089 0.784 0.00 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.0363 0.93771 0.000 0.00 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903155 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903156 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903157 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903158 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903159 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903160 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903161 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903162 4 0.0363 0.93771 0.000 0.00 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903163 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903164 4 0.0363 0.93771 0.000 0.00 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903165 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903166 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903167 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903168 4 0.0363 0.93771 0.000 0.00 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903169 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903178 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903179 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903180 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903181 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903182 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903183 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903184 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903185 5 0.0146 0.98560 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903170 4 0.0363 0.93771 0.000 0.00 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903171 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903172 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903173 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903174 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903175 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903176 4 0.0260 0.94075 0.000 0.00 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903177 4 0.0146 0.94104 0.000 0.00 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903186 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903187 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903188 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903189 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903190 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903191 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903192 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903193 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903194 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903195 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903196 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903197 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903198 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903199 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903200 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903201 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903210 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903211 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903212 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903213 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903214 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903215 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903216 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903217 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903202 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903203 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903204 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903205 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903206 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903207 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903208 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903209 5 0.0146 0.98670 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR903218 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903219 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903220 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903221 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903222 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903223 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903224 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903225 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903226 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903227 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903228 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903229 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903230 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903231 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903232 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903233 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903242 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903243 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903244 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903245 5 0.0363 0.98662 0.000 0.00 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR903246 5 0.0363 0.98662 0.000 0.00 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR903247 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903248 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903249 5 0.0363 0.98662 0.000 0.00 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR903234 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903235 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903236 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903237 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903238 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903239 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903240 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903241 6 0.0632 0.98724 0.000 0.00 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR903258 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903259 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903260 5 0.0632 0.98314 0.000 0.00 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR903261 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903262 5 0.0632 0.98314 0.000 0.00 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR903263 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903264 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903265 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903250 5 0.0632 0.98314 0.000 0.00 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR903251 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903252 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903253 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903254 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903255 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903256 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903257 5 0.0713 0.98096 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR903266 5 0.0632 0.98314 0.000 0.00 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR903267 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903268 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903270 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903271 5 0.0458 0.98614 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR903272 5 0.0632 0.98314 0.000 0.00 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR903273 5 0.0547 0.98476 0.000 0.00 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR903274 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903275 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903276 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903277 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903278 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903279 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903280 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903281 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903282 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903283 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903284 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903285 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903286 6 0.0692 0.98168 0.000 0.00 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR903287 6 0.0692 0.98168 0.000 0.00 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR903288 6 0.0692 0.98168 0.000 0.00 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR903289 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903290 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903291 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903292 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903293 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903294 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903295 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903296 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903297 6 0.0692 0.97616 0.000 0.02 0.000 0.000 0.004 0.976
#> SRR903298 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903299 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903300 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903301 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903302 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903303 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903304 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903305 6 0.0717 0.98524 0.000 0.00 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR903306 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903307 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903308 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903309 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903310 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903311 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903312 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903313 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903314 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903315 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903316 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903317 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903318 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903319 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903320 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903321 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903322 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903323 3 0.0146 0.99363 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903324 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.00000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.375 0.783 0.878 0.4780 0.502 0.502
#> 3 3 0.623 0.810 0.869 0.3025 0.883 0.768
#> 4 4 0.812 0.860 0.893 0.1427 0.883 0.704
#> 5 5 0.800 0.740 0.832 0.0663 1.000 1.000
#> 6 6 0.872 0.911 0.909 0.0613 0.892 0.630
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902921 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902922 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902923 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902924 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902925 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902926 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902927 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902928 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902929 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902930 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902931 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902932 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902943 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902944 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902945 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902946 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902947 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902954 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902955 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902956 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902957 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902958 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902959 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902948 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902949 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902950 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902951 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902952 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902953 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902960 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902961 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902962 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902963 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902964 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902965 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902966 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902967 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902968 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902969 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902970 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902971 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902972 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902973 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902974 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902975 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902976 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902977 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902978 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902980 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902981 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902982 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902983 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902984 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902985 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902986 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902987 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902988 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902989 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902990 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902991 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902992 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902993 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902994 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902995 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR902996 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903015 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903016 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903017 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903018 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903019 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903020 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903021 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903022 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903023 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903024 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903025 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903026 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903027 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903028 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903029 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903030 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903031 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903032 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903083 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903084 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903085 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903086 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903087 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903088 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903089 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903090 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903091 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903092 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903093 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903094 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903095 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903096 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903097 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903098 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903099 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903100 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903101 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903102 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903103 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903104 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903105 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903106 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903107 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903108 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903109 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903110 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903111 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903112 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903113 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903114 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903122 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903146 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903147 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903148 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903149 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903150 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903151 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903152 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903153 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903138 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.802 1.000 0.000
#> SRR903154 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903155 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903156 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903157 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903158 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903159 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903160 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903161 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903162 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903163 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903164 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903165 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903166 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903167 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903168 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903169 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903178 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903179 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903180 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903181 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903182 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903183 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903184 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903185 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903170 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903171 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903172 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903173 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903174 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903175 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903176 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903177 2 0.653 0.802 0.168 0.832
#> SRR903186 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903187 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903188 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903189 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903190 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903191 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903192 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903193 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903194 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903195 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903196 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903197 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903198 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903199 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903200 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903201 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903210 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903203 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903204 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903205 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903206 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903207 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903208 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903209 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903218 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903243 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903244 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903245 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903246 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903247 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903248 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903249 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903234 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903259 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903260 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903261 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903262 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903263 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903264 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903265 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903250 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903251 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903252 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903253 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903254 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903255 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903256 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903257 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903266 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903267 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903268 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903270 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903271 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903272 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903273 1 0.990 0.504 0.560 0.440
#> SRR903274 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903275 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903276 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903277 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903278 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903279 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903280 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903281 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903282 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903283 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903284 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903285 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903286 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903287 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903288 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903289 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903290 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903291 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903292 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903293 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903294 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903295 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903296 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903297 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903298 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903299 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903300 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903301 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903302 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903303 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903304 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903305 2 0.913 0.344 0.328 0.672
#> SRR903306 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903307 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903308 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903309 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903310 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903311 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903312 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903313 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903314 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903315 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903316 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903317 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903318 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903319 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903320 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903321 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903322 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903323 1 0.653 0.886 0.832 0.168
#> SRR903324 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.000 0.850 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.000 0.850 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903051 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903052 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903053 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903054 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903055 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903056 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903057 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903058 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903059 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903060 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903061 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903062 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903063 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903064 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903065 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903066 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903067 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903068 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903069 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903070 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903071 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903072 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903073 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903074 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903075 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903076 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903077 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903078 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903079 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903080 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903081 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903082 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903083 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903084 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903085 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903086 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903087 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903088 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903089 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903090 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903091 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903092 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903093 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903094 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903095 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903096 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903097 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903098 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903099 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903100 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903101 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903102 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903103 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903104 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903105 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903106 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903107 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903108 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903109 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903110 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903111 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903112 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903113 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903114 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903115 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903116 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903117 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903118 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903119 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903121 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903122 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903124 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903125 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903126 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903127 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903128 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903129 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903130 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903131 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903132 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903133 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903134 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903135 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903136 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903137 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903146 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903147 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903148 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903149 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903150 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903151 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903152 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903153 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903138 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903139 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903140 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903141 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903142 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903143 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903144 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903145 1 0.529 1.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR903154 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903155 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903156 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903157 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903158 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903159 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903160 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903161 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903162 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903163 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903164 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903165 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903166 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903167 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903168 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903169 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903178 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903179 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903180 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903181 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903182 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903183 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903184 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903185 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903170 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903171 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903172 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903173 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903174 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903175 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903176 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903177 2 0.412 0.764 0.168 0.832 0.000
#> SRR903186 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903187 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903188 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903189 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903190 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903191 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903192 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903193 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903194 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903195 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903196 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903197 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903198 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903199 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903200 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903201 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903210 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903203 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903204 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903205 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903206 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903207 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903208 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903209 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903218 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903243 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903244 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903245 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903246 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903247 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903248 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903249 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903234 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903259 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903260 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903261 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903262 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903263 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903264 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903265 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903250 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903251 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903252 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903253 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903254 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903255 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903256 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903257 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903266 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903267 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903268 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903270 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903271 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903272 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903273 3 0.552 0.694 0.268 0.004 0.728
#> SRR903274 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903275 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903276 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903277 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903278 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903279 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903280 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903281 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903282 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903283 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903284 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903285 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903286 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903287 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903288 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903289 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903290 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903291 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903292 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903293 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903294 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903295 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903296 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903297 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903298 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903299 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903300 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903301 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903302 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903303 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903304 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903305 2 0.987 0.125 0.268 0.404 0.328
#> SRR903306 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.000 0.926 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 0.822 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902932 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902933 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902934 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902935 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902936 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902937 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902938 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902939 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902940 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902941 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR902996 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902997 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902998 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR902999 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903000 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903001 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903008 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903009 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903010 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903011 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903012 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903013 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903002 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903003 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903004 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903005 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903006 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903007 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903032 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903033 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903034 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903035 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903036 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903037 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903038 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903039 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903040 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903041 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903042 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903043 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903044 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903045 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903046 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903047 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903048 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903049 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903050 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903051 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903052 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903053 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903054 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903055 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903056 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903057 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903058 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903059 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903060 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903061 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903062 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903063 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903064 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903065 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903066 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903067 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903068 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903069 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903070 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903071 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903072 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903073 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903074 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903075 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903076 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903077 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903078 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903079 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903080 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903081 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903082 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903083 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903084 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903085 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903086 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903087 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903088 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903089 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903090 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903091 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903092 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903093 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903094 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903095 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903096 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903097 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903098 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903099 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903100 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903101 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903102 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903103 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903104 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903105 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903106 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903107 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903108 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903109 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903110 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903111 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903112 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903113 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903114 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903115 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903116 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903117 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903118 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903119 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903121 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903122 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903124 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903125 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903126 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903127 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903128 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903129 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903130 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903131 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903132 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903133 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903134 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903135 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903136 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903137 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903146 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903147 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903148 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903149 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903150 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903151 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903152 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903153 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903138 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903139 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903140 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903141 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903142 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903143 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903144 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903145 1 0.000 1.000 1 0.000 0.0 0.000
#> SRR903154 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903155 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903156 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903157 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903158 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903159 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903160 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903161 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903162 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903163 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903164 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903165 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903166 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903167 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903168 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903169 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903178 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903179 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903180 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903181 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903182 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903183 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903184 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903185 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903170 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903171 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903172 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903173 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903174 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903175 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903176 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903177 4 0.000 0.782 0 0.000 0.0 1.000
#> SRR903186 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903187 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903188 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903189 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903190 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903191 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903192 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903193 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903194 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903195 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903196 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903197 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903198 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903199 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903200 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903201 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903210 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903211 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903212 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903213 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903214 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903215 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903216 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903217 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903202 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903203 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903204 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903205 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903206 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903207 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903208 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903209 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903218 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903219 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903220 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903221 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903222 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903223 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903224 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903225 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903226 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903227 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903228 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903229 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903230 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903231 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903232 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903233 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903242 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903243 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903244 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903245 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903246 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903247 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903248 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903249 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903234 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903235 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903236 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903237 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903238 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903239 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903240 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903241 4 0.369 0.807 0 0.208 0.0 0.792
#> SRR903258 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903259 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903260 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903261 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903262 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903263 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903264 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903265 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903250 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903251 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903252 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903253 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903254 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903255 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903256 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903257 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903266 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903267 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903268 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903270 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903271 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903272 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903273 2 0.485 0.597 0 0.600 0.4 0.000
#> SRR903274 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903275 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903276 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903277 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903278 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903279 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903280 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903281 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903282 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903283 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903284 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903285 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903286 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903287 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903288 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903289 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903290 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903291 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903292 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903293 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903294 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903295 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903296 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903297 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903298 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903299 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903300 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903301 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903302 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903303 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903304 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903305 2 0.000 0.672 0 1.000 0.0 0.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0 0.000 1.0 0.000
#> SRR903324 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903325 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903326 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903327 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903328 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903329 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903330 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903331 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903332 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903333 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903334 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903335 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903336 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903337 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903338 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903339 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903340 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
#> SRR903341 4 0.485 0.762 0 0.400 0.0 0.600
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902921 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902922 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902923 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902924 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902925 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902926 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902927 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902928 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902929 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902930 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902931 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902932 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902933 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902934 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902935 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902936 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902937 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902938 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902939 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902940 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902941 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902942 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902943 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902944 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902945 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902946 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902947 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902954 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902955 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902956 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902957 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902958 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902959 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902948 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902949 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902950 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902951 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902952 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902953 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902960 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902961 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902962 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902963 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902964 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902965 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902966 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902967 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902968 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902969 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902970 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902971 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902972 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902973 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902974 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902975 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902976 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902977 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902978 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902980 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902981 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902982 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902983 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902984 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902985 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902986 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902987 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902988 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902989 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902990 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902991 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902992 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902993 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902994 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902995 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR902996 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902997 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902998 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR902999 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903000 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903001 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903008 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903009 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903010 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903011 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903012 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903013 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903002 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903003 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903004 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903005 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903006 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903007 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903014 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903015 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903016 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903017 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903018 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903019 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903020 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903021 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903022 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903023 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903024 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903025 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903026 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903027 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903028 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903029 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903030 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903031 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903032 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903033 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903034 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903035 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903036 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903037 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903038 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903039 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903040 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903041 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903042 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903043 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903044 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903045 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903046 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903047 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903048 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903049 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903050 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903051 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903052 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903053 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903054 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903055 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903056 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903057 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903058 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903059 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903060 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903061 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903062 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903063 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903064 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903065 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903066 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903067 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903068 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903069 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903070 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903071 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903072 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903073 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903074 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903075 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903076 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903077 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903078 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903079 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903080 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903081 1 0.000 0.93779 1.000 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903082 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903083 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903084 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903085 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903086 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903087 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903088 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903089 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903090 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903091 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903092 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903093 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903094 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903095 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903096 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903097 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903098 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903099 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903100 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903101 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903102 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903103 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903104 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903105 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903106 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903107 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903108 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903109 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903110 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903111 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903112 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903113 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903114 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903115 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903116 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903117 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903118 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903119 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903121 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903122 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903124 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903125 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903126 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903127 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903128 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903129 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903130 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903131 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903132 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903133 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903134 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903135 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903136 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903137 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903146 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903147 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903148 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903149 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903150 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903151 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903152 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903153 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903138 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903139 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903140 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903141 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903142 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903143 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903144 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903145 1 0.277 0.93345 0.836 NA 0.000 0.000 0.0
#> SRR903154 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903155 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903156 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903157 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903158 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903159 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903160 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903161 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903162 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903163 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903164 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903165 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903166 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903167 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903168 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903169 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903178 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903179 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903180 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903181 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903182 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903183 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903184 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903185 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903170 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903171 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903172 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903173 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903174 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903175 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903176 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903177 4 0.418 0.77633 0.000 NA 0.000 0.600 0.0
#> SRR903186 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903187 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903188 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903189 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903190 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903191 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903192 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903193 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903194 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903195 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903196 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903197 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903198 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903199 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903200 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903201 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903210 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903211 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903212 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903213 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903214 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903215 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903216 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903217 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903202 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903203 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903204 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903205 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903206 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903207 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903208 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903209 3 0.418 -0.00665 0.000 NA 0.600 0.000 0.4
#> SRR903218 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903219 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903220 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903221 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903222 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903223 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903224 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903225 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903226 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903227 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903228 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903229 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903230 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903231 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903232 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903233 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903242 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903243 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903244 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903245 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903246 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903247 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903248 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903249 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903234 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903235 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903236 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903237 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903238 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903239 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903240 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903241 4 0.304 0.80183 0.000 NA 0.000 0.808 0.0
#> SRR903258 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903259 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903260 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903261 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903262 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903263 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903264 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903265 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903250 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903251 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903252 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903253 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903254 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903255 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903256 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903257 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903266 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903267 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903268 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903270 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903271 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903272 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903273 5 0.000 0.73311 0.000 NA 0.000 0.000 1.0
#> SRR903274 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903275 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903276 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903277 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903278 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903279 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903280 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903281 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903282 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903283 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903284 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903285 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903286 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903287 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903288 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903289 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903290 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903291 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903292 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903293 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903294 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903295 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903296 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903297 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903298 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903299 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903300 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903301 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903302 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903303 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903304 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903305 5 0.418 0.74099 0.000 NA 0.000 0.400 0.6
#> SRR903306 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903307 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903308 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903309 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903310 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903311 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903312 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903313 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903314 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903315 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903316 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903317 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903318 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903319 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903320 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903321 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903322 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903323 3 0.426 0.80479 0.000 NA 0.564 0.000 0.0
#> SRR903324 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903325 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903326 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903327 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903328 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903329 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903330 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903331 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903332 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903333 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903334 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903335 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903336 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903337 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903338 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903339 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903340 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
#> SRR903341 4 0.000 0.75462 0.000 NA 0.000 1.000 0.0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903050 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903051 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903052 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903053 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903054 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903055 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903056 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903057 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903058 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903059 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903060 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903061 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903062 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903063 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903064 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903065 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903066 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903067 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903068 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903069 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903070 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903071 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903072 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903073 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903074 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903075 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903076 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903077 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903078 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903079 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903080 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903081 1 0.000 0.918 1.0 0.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903082 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903083 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903084 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903085 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903086 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903087 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903088 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903089 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903090 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903091 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903092 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903093 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903094 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903095 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903096 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903097 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903098 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903099 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903100 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903101 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903102 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903103 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903104 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903105 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903106 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903107 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903108 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903109 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903110 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903111 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903112 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903113 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903114 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903115 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903116 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903117 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903118 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903119 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903121 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903122 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903124 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903125 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903126 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903127 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903128 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903129 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903130 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903131 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903132 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903133 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903134 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903135 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903136 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903137 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903146 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903147 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903148 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903149 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903150 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903151 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903152 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903153 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903138 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903139 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903140 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903141 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903142 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903143 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903144 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903145 1 0.279 0.912 0.8 0.000 0 0.200 0.0 0.0
#> SRR903154 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903155 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903156 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903157 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903158 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903159 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903160 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903161 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903162 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903163 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903164 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903165 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903166 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903167 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903168 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903169 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903178 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903179 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903180 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903181 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903182 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903183 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903184 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903185 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903170 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903171 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903172 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903173 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903174 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903175 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903176 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903177 4 0.279 0.905 0.0 0.200 0 0.800 0.0 0.0
#> SRR903186 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903187 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903188 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903189 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903190 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903191 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903192 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903193 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903194 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903195 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903196 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903197 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903198 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903199 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903200 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903201 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903210 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903211 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903212 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903213 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903214 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903215 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903216 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903217 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903202 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903203 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903204 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903205 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903206 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903207 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903208 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903209 5 0.000 1.000 0.0 0.000 0 0.000 1.0 0.0
#> SRR903218 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903219 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903220 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903221 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903222 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903223 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903224 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903225 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903226 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903227 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903228 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903229 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903230 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903231 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903232 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903233 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903242 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903243 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903244 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903245 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903246 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903247 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903248 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903249 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903234 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903235 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903236 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903237 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903238 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903239 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903240 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903241 4 0.377 0.763 0.0 0.408 0 0.592 0.0 0.0
#> SRR903258 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903259 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903260 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903261 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903262 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903263 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903264 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903265 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903250 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903251 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903252 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903253 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903254 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903255 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903256 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903257 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903266 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903267 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903268 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903270 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903271 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903272 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903273 6 0.376 0.656 0.0 0.000 0 0.000 0.4 0.6
#> SRR903274 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903275 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903276 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903277 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903278 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903279 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903280 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903281 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903282 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903283 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903284 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903285 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903286 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903287 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903288 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903289 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903290 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903291 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903292 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903293 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903294 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903295 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903296 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903297 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903298 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903299 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903300 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903301 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903302 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903303 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903304 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903305 6 0.000 0.759 0.0 0.000 0 0.000 0.0 1.0
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.0 0.000 1 0.000 0.0 0.0
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.0 1.000 0 0.000 0.0 0.0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.984 0.4944 0.502 0.502
#> 3 3 0.606 0.727 0.840 0.2991 0.883 0.768
#> 4 4 0.613 0.689 0.721 0.1192 0.822 0.570
#> 5 5 0.689 0.751 0.793 0.0675 0.889 0.617
#> 6 6 0.723 0.700 0.756 0.0431 0.964 0.837
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902921 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902922 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902923 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902924 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902925 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902926 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902927 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902928 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902929 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902930 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902931 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902943 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902944 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902945 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902946 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902947 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902954 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902955 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902956 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902957 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902958 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902959 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902948 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902949 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902950 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902951 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902952 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902953 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902960 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902961 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902962 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902963 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902964 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902965 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902966 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902967 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902968 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902969 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902970 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902971 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902972 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902973 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902974 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902975 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902976 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902977 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902978 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902980 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902981 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902982 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902983 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902984 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902985 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902986 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902987 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902988 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902989 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902990 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902991 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902992 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902993 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902994 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902995 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903015 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903016 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903017 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903018 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903019 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903020 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903021 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903022 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903023 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903024 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903025 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903026 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903027 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903028 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903029 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903030 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903031 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903115 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903116 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903117 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903118 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903119 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903121 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903122 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903124 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903125 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903126 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903127 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903128 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903129 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903130 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903131 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903132 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903133 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903134 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903135 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903136 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903137 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903146 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903139 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903140 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903141 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903142 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903143 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903144 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903145 1 0.343 0.948 0.936 0.064
#> SRR903154 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.971 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903243 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903244 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903245 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903246 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903247 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903248 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903249 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903259 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903260 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903261 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903262 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903263 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903264 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903265 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903250 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903251 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903252 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903253 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903254 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903255 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903256 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903257 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903266 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903267 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903268 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903270 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903271 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903272 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903273 1 0.416 0.943 0.916 0.084
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903307 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903308 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903309 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903310 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903311 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903312 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903313 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903314 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903315 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903316 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903317 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903318 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903319 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903320 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903321 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903322 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903323 1 0.141 0.977 0.980 0.020
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902933 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902934 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902935 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902936 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902937 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902938 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902939 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902940 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902941 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902942 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902997 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902998 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR902999 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903000 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903001 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903008 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903009 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903010 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903011 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903012 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903013 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903002 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903003 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903004 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903005 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903006 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903007 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903014 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903033 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903034 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903035 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903036 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903037 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903038 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903039 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903040 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903041 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903042 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903043 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903044 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903045 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903046 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903047 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903048 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903049 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903050 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903051 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903052 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903053 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903054 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903055 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903056 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903057 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903058 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903059 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903060 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903061 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903062 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903063 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903064 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903065 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903066 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903067 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903068 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903069 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903070 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903071 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903072 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903073 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903074 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903075 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903076 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903077 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903078 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903079 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903080 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903081 1 0.5327 0.8353 0.728 0.000 0.272
#> SRR903082 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903083 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903084 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903085 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903086 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903087 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903088 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903089 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903090 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903091 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903092 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903093 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903094 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903095 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903096 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903097 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903098 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903099 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903100 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903101 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903102 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903103 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903104 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903105 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903106 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903107 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903108 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903109 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903110 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903111 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903112 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903113 2 0.6008 0.6845 0.372 0.628 0.000
#> SRR903114 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903115 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903116 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903117 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903118 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903119 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903121 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903122 1 0.3682 0.8467 0.876 0.008 0.116
#> SRR903124 1 0.3682 0.8467 0.876 0.008 0.116
#> SRR903125 1 0.3682 0.8467 0.876 0.008 0.116
#> SRR903126 1 0.3682 0.8467 0.876 0.008 0.116
#> SRR903127 1 0.3682 0.8467 0.876 0.008 0.116
#> SRR903128 1 0.3682 0.8467 0.876 0.008 0.116
#> SRR903129 1 0.3682 0.8467 0.876 0.008 0.116
#> SRR903130 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903131 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903132 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903133 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903134 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903135 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903136 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903137 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903146 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903147 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903148 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903149 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903150 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903151 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903152 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903153 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903138 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903139 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903140 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903141 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903142 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903143 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903144 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903145 1 0.2955 0.8414 0.912 0.008 0.080
#> SRR903154 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903155 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903156 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903157 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903158 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903159 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903160 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903161 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903162 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903163 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903164 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903165 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903166 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903167 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903168 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903169 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903178 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903179 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903180 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903181 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903182 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903183 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903184 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903185 3 0.0237 0.8223 0.000 0.004 0.996
#> SRR903170 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903171 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903172 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903173 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903174 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903175 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903176 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903177 2 0.6154 0.6629 0.408 0.592 0.000
#> SRR903186 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903187 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903188 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903189 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903190 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903191 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903192 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903193 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903194 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903195 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903196 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903197 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903198 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903199 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903200 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903201 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903210 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903211 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903212 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903213 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903214 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903215 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903216 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903217 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903202 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903203 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903204 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903205 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903206 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903207 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903208 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903209 3 0.6521 -0.0771 0.496 0.004 0.500
#> SRR903218 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903219 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903220 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903221 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903222 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903223 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903224 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903225 2 0.2261 0.8285 0.068 0.932 0.000
#> SRR903226 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903227 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903228 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903229 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903230 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903231 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903232 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903233 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903242 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903243 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903244 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903245 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903246 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903247 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903248 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903249 3 0.6849 0.4012 0.380 0.020 0.600
#> SRR903234 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903235 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903236 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903237 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903238 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903239 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903240 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903241 2 0.2356 0.8284 0.072 0.928 0.000
#> SRR903258 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903259 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903260 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903261 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903262 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903263 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903264 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903265 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903250 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903251 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903252 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903253 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903254 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903255 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903256 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903257 3 0.6229 0.5737 0.280 0.020 0.700
#> SRR903266 3 0.6717 0.4589 0.352 0.020 0.628
#> SRR903267 3 0.6717 0.4589 0.352 0.020 0.628
#> SRR903268 3 0.6717 0.4589 0.352 0.020 0.628
#> SRR903270 3 0.6717 0.4589 0.352 0.020 0.628
#> SRR903271 3 0.6717 0.4589 0.352 0.020 0.628
#> SRR903272 3 0.6717 0.4589 0.352 0.020 0.628
#> SRR903273 3 0.6717 0.4589 0.352 0.020 0.628
#> SRR903274 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903275 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903276 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903277 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903278 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903279 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903280 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903281 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903282 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903283 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903284 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903285 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903286 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903287 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903288 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903289 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903290 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903291 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903292 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903293 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903294 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903295 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903296 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903297 2 0.2796 0.8027 0.092 0.908 0.000
#> SRR903298 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903299 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903300 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903301 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903302 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903303 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903304 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903305 2 0.3816 0.8065 0.148 0.852 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.8252 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903325 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903326 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903327 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903328 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903329 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903330 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903331 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903332 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903333 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903334 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903335 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903336 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903337 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903338 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903339 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903340 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
#> SRR903341 2 0.1647 0.8224 0.036 0.960 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902943 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902944 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902945 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902946 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902947 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902954 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902955 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902956 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902957 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902958 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902959 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902948 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902949 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902950 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902951 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902952 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902953 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902960 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902961 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902962 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902963 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902964 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902965 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902966 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902967 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902968 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902969 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902970 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902971 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902972 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902973 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902974 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902975 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902976 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902977 3 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902978 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0336 0.7107 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903051 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903052 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903053 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903054 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903055 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903056 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903057 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903058 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903059 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903060 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903061 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903062 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903063 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903064 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903065 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903066 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903067 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903068 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903069 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903070 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903071 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903072 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903073 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903074 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903075 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903076 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903077 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903078 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903079 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903080 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903081 1 0.5861 0.7504 0.704 0.000 0.144 0.152
#> SRR903082 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903083 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903084 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903085 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903086 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903087 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903088 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903089 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903090 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903091 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903092 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903093 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903094 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903095 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903096 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903097 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903098 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903099 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903100 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903101 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903102 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903103 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903104 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903105 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903106 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903107 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903108 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903109 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903110 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903111 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903112 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903113 4 0.4761 0.9443 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR903114 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903115 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903116 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903117 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903118 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903119 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903121 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903122 1 0.4661 0.6965 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR903124 1 0.4661 0.6965 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR903125 1 0.4661 0.6965 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR903126 1 0.4661 0.6965 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR903127 1 0.4661 0.6965 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR903128 1 0.4661 0.6965 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR903129 1 0.4661 0.6965 0.728 0.000 0.016 0.256
#> SRR903130 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903131 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903132 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903133 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903134 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903135 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903136 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903137 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903146 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903147 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903148 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903149 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903150 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903151 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903152 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903153 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903138 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903139 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903140 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903141 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903142 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903143 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903144 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903145 1 0.4635 0.6921 0.720 0.000 0.012 0.268
#> SRR903154 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903155 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903156 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903157 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903158 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903159 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903160 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903161 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903162 4 0.4522 0.9444 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR903163 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903164 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903165 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903166 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903167 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903168 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903169 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903178 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903179 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903180 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903181 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903182 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903183 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903184 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903185 3 0.4820 0.6778 0.060 0.000 0.772 0.168
#> SRR903170 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903171 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903172 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903173 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903174 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903175 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903176 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903177 4 0.4500 0.9458 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR903186 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903187 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903188 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903189 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903190 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903191 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903192 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903193 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903194 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903195 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903196 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903197 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903198 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903199 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903200 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903201 1 0.6552 0.6293 0.628 0.000 0.228 0.144
#> SRR903210 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903211 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903212 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903213 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903214 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903215 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903216 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903217 2 0.5951 0.2930 0.064 0.636 0.000 0.300
#> SRR903202 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903203 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903204 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903205 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903206 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903207 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903208 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903209 1 0.6594 0.6275 0.624 0.000 0.228 0.148
#> SRR903218 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903219 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903220 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903221 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903222 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903223 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903224 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903225 2 0.5218 0.5283 0.064 0.736 0.000 0.200
#> SRR903226 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903227 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903228 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903229 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903230 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903231 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903232 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903233 2 0.5363 0.5027 0.064 0.720 0.000 0.216
#> SRR903242 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903243 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903244 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903245 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903246 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903247 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903248 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903249 1 0.8195 0.2470 0.408 0.012 0.276 0.304
#> SRR903234 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903235 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903236 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903237 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903238 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903239 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903240 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903241 2 0.6306 -0.1232 0.064 0.544 0.000 0.392
#> SRR903258 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903259 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903260 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903261 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903262 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903263 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903264 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903265 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903250 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903251 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903252 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903253 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903254 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903255 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903256 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903257 3 0.8286 -0.0515 0.332 0.012 0.352 0.304
#> SRR903266 1 0.8243 0.1999 0.388 0.012 0.296 0.304
#> SRR903267 1 0.8243 0.1999 0.388 0.012 0.296 0.304
#> SRR903268 1 0.8243 0.1999 0.388 0.012 0.296 0.304
#> SRR903270 1 0.8243 0.1999 0.388 0.012 0.296 0.304
#> SRR903271 1 0.8243 0.1999 0.388 0.012 0.296 0.304
#> SRR903272 1 0.8243 0.1999 0.388 0.012 0.296 0.304
#> SRR903273 1 0.8243 0.1999 0.388 0.012 0.296 0.304
#> SRR903274 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903275 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903276 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903277 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903278 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903279 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903280 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903281 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903282 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903283 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903284 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903285 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903286 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903287 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903288 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903289 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903290 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903291 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903292 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903293 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903294 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903295 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903296 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903297 2 0.6946 0.5138 0.200 0.588 0.000 0.212
#> SRR903298 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903299 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903300 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903301 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903302 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903303 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903304 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903305 2 0.7380 0.4644 0.200 0.512 0.000 0.288
#> SRR903306 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.7121 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902921 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902922 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902923 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902924 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902925 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902926 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902927 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902928 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902929 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902930 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902931 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR902932 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0162 0.880 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902943 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902944 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902945 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902946 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902947 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902954 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902955 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902956 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902957 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902958 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902959 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902948 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902949 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902950 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902951 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902952 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902953 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902960 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902961 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902962 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902963 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902964 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902965 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902966 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902967 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902968 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902969 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902970 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902971 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902972 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902973 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902974 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902975 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902976 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902977 3 0.2293 0.901 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016
#> SRR902978 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902980 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902981 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902982 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902983 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902984 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902985 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902986 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902987 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902988 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902989 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902990 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902991 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902992 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902993 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902994 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902995 3 0.0566 0.918 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR902996 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR902997 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR902998 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR902999 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903000 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903001 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903008 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903009 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903010 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903011 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903012 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903013 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903002 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903003 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903004 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903005 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903006 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903007 2 0.0867 0.874 0.008 0.976 0.000 0.008 0.008
#> SRR903014 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903015 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903016 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903017 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903018 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903019 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903020 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903021 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903022 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903023 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903024 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903025 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903026 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903027 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903028 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903029 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903030 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903031 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.880 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903051 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903052 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903053 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903054 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903055 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903056 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903057 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903058 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903059 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903060 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903061 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903062 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903063 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903064 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903065 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903066 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903067 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903068 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903069 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903070 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903071 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903072 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903073 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903074 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903075 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903076 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903077 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903078 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903079 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903080 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903081 1 0.1768 0.803 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR903082 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903083 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903084 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903085 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903086 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903087 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903088 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903089 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903090 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903091 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903092 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903093 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903094 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903095 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903096 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903097 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903098 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903099 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903100 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903101 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903102 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903103 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903104 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903105 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903106 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903107 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903108 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903109 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903110 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903111 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903112 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903113 4 0.5398 0.880 0.056 0.240 0.000 0.676 0.028
#> SRR903114 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903115 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903116 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903117 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903118 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903119 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903121 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903122 1 0.3778 0.762 0.820 0.000 0.004 0.068 0.108
#> SRR903124 1 0.3778 0.762 0.820 0.000 0.004 0.068 0.108
#> SRR903125 1 0.3778 0.762 0.820 0.000 0.004 0.068 0.108
#> SRR903126 1 0.3778 0.762 0.820 0.000 0.004 0.068 0.108
#> SRR903127 1 0.3778 0.762 0.820 0.000 0.004 0.068 0.108
#> SRR903128 1 0.3778 0.762 0.820 0.000 0.004 0.068 0.108
#> SRR903129 1 0.3778 0.762 0.820 0.000 0.004 0.068 0.108
#> SRR903130 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903131 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903132 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903133 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903134 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903135 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903136 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903137 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903146 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903147 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903148 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903149 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903150 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903151 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903152 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903153 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903138 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903139 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903140 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903141 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903142 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903143 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903144 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903145 1 0.3736 0.765 0.824 0.000 0.004 0.072 0.100
#> SRR903154 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903155 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903156 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903157 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903158 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903159 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903160 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903161 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903162 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903163 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903164 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903165 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903166 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903167 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903168 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903169 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903178 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903179 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903180 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903181 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903182 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903183 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903184 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903185 3 0.5880 0.493 0.000 0.000 0.568 0.128 0.304
#> SRR903170 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903171 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903172 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903173 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903174 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903175 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903176 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903177 4 0.5095 0.878 0.068 0.208 0.000 0.708 0.016
#> SRR903186 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903187 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903188 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903189 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903190 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903191 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903192 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903193 1 0.6989 0.581 0.536 0.000 0.096 0.084 0.284
#> SRR903194 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903195 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903196 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903197 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903198 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903199 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903200 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903201 1 0.6687 0.608 0.568 0.000 0.096 0.064 0.272
#> SRR903210 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903211 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903212 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903213 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903214 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903215 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903216 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903217 4 0.6719 0.392 0.028 0.416 0.000 0.436 0.120
#> SRR903202 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903203 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903204 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903205 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903206 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903207 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903208 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903209 1 0.6776 0.600 0.556 0.000 0.096 0.068 0.280
#> SRR903218 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903219 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903220 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903221 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903222 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903223 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903224 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903225 2 0.6381 0.297 0.028 0.588 0.000 0.252 0.132
#> SRR903226 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903227 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903228 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903229 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903230 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903231 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903232 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903233 2 0.6528 0.175 0.028 0.552 0.000 0.292 0.128
#> SRR903242 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903243 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903244 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903245 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903246 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903247 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903248 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903249 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903234 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903235 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903236 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903237 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903238 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903239 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903240 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903241 4 0.6631 0.567 0.028 0.348 0.000 0.504 0.120
#> SRR903258 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903259 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903260 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903261 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903262 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903263 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903264 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903265 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903250 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903251 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903252 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903253 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903254 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903255 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903256 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903257 5 0.4645 0.540 0.072 0.004 0.168 0.004 0.752
#> SRR903266 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903267 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903268 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903270 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903271 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903272 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903273 5 0.4696 0.528 0.096 0.004 0.140 0.004 0.756
#> SRR903274 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903275 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903276 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903277 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903278 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903279 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903280 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903281 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903282 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903283 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903284 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903285 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903286 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903287 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903288 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903289 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903290 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903291 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903292 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903293 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903294 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903295 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903296 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903297 5 0.5670 0.413 0.000 0.388 0.000 0.084 0.528
#> SRR903298 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903299 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903300 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903301 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903302 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903303 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903304 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903305 5 0.5989 0.463 0.000 0.336 0.000 0.128 0.536
#> SRR903306 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903307 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903308 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903309 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903310 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903311 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903312 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903313 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903314 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903315 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903316 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903317 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903318 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903319 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903320 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903321 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903322 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903323 3 0.1043 0.921 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR903324 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903325 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903326 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903327 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903328 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903329 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903330 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903331 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903332 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903333 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903334 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903335 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903336 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903337 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903338 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903339 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903340 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903341 2 0.0162 0.880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902933 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902934 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902935 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902936 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902937 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902938 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902939 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902940 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902941 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR902942 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902943 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902944 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902945 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902946 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902947 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902954 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902955 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902956 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902957 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902958 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902959 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902948 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902949 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902950 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902951 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902952 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902953 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902960 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902961 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902962 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902963 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902964 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902965 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902966 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902967 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902968 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902969 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902970 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902971 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902972 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902973 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902974 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902975 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902976 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902977 3 0.4022 0.658 0.000 0.040 0.708 0.000 0.252 0.000
#> SRR902978 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902980 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902981 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902982 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902983 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902984 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902985 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902986 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902987 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902988 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902989 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902990 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902991 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902992 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902993 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902994 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902995 3 0.2423 0.782 0.004 0.048 0.896 0.000 0.048 0.004
#> SRR902996 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR902997 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR902998 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR902999 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903000 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903001 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903008 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903009 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903010 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903011 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903012 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903013 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903002 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903003 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903004 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903005 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903006 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903007 2 0.3874 0.944 0.016 0.788 0.000 0.136 0.060 0.000
#> SRR903014 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903015 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903016 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903017 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903018 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903019 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903020 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903021 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903022 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903023 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903024 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903025 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903026 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903027 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903028 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903029 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903030 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903031 3 0.0146 0.805 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR903032 2 0.2473 0.975 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008 0.000
#> SRR903033 2 0.2473 0.975 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008 0.000
#> SRR903034 2 0.2473 0.975 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008 0.000
#> SRR903035 2 0.2473 0.975 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008 0.000
#> SRR903036 2 0.2473 0.975 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008 0.000
#> SRR903037 2 0.2473 0.975 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008 0.000
#> SRR903038 2 0.2219 0.976 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.2219 0.976 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.2219 0.976 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.2219 0.976 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.2219 0.976 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.2219 0.976 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903045 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903046 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903047 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903048 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903049 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903050 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.1605 0.717 0.936 0.004 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903083 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903084 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903085 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903086 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903087 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903088 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903089 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903090 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903091 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903092 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903093 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903094 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903095 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903096 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903097 4 0.2050 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.032 0.008
#> SRR903098 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903099 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903100 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903101 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903102 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903103 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903104 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903105 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903106 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903107 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903108 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903109 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903110 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903111 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903112 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903113 4 0.2074 0.765 0.004 0.036 0.000 0.920 0.028 0.012
#> SRR903114 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903115 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903116 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903117 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903118 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903119 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903121 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903122 1 0.5519 0.683 0.692 0.024 0.000 0.084 0.148 0.052
#> SRR903124 1 0.5519 0.683 0.692 0.024 0.000 0.084 0.148 0.052
#> SRR903125 1 0.5519 0.683 0.692 0.024 0.000 0.084 0.148 0.052
#> SRR903126 1 0.5519 0.683 0.692 0.024 0.000 0.084 0.148 0.052
#> SRR903127 1 0.5519 0.683 0.692 0.024 0.000 0.084 0.148 0.052
#> SRR903128 1 0.5519 0.683 0.692 0.024 0.000 0.084 0.148 0.052
#> SRR903129 1 0.5519 0.683 0.692 0.024 0.000 0.084 0.148 0.052
#> SRR903130 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903131 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903132 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903133 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903134 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903135 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903136 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903137 1 0.5507 0.683 0.692 0.024 0.000 0.088 0.148 0.048
#> SRR903146 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903147 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903148 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903149 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903150 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903151 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903152 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903153 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903138 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903139 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903140 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903141 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903142 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903143 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903144 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903145 1 0.5545 0.683 0.692 0.028 0.000 0.088 0.144 0.048
#> SRR903154 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903155 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903156 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903157 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903158 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903159 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903160 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903161 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903162 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903163 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903164 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903165 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903166 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903167 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903168 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903169 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903178 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903179 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903180 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903181 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903182 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903183 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903184 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903185 5 0.5966 1.000 0.008 0.000 0.372 0.000 0.448 0.172
#> SRR903170 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903171 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903172 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903173 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903174 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903175 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903176 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903177 4 0.1951 0.765 0.020 0.000 0.000 0.916 0.060 0.004
#> SRR903186 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903187 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903188 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903189 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903190 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903191 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903192 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903193 1 0.6637 0.289 0.460 0.008 0.044 0.000 0.332 0.156
#> SRR903194 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903195 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903196 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903197 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903198 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903199 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903200 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903201 1 0.6541 0.353 0.500 0.008 0.044 0.000 0.292 0.156
#> SRR903210 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903211 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903212 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903213 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903214 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903215 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903216 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903217 4 0.6809 0.508 0.004 0.176 0.000 0.532 0.128 0.160
#> SRR903202 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903203 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903204 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903205 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903206 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903207 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903208 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903209 1 0.6564 0.341 0.492 0.008 0.044 0.000 0.300 0.156
#> SRR903218 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903219 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903220 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903221 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903222 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903223 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903224 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903225 4 0.7331 0.278 0.004 0.292 0.000 0.404 0.128 0.172
#> SRR903226 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903227 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903228 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903229 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903230 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903231 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903232 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903233 4 0.7288 0.326 0.004 0.272 0.000 0.424 0.128 0.172
#> SRR903242 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903243 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903244 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903245 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903246 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903247 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903248 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903249 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903234 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903235 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903236 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903237 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903238 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903239 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903240 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903241 4 0.6426 0.570 0.004 0.124 0.000 0.584 0.128 0.160
#> SRR903258 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903259 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903260 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903261 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903262 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903263 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903264 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903265 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903250 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903251 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903252 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903253 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903254 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903255 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903256 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903257 6 0.5458 0.456 0.044 0.004 0.080 0.000 0.224 0.648
#> SRR903266 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903267 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903268 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903270 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903271 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903272 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903273 6 0.5484 0.463 0.056 0.004 0.068 0.000 0.224 0.648
#> SRR903274 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903275 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903276 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903277 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903278 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903279 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903280 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903281 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903282 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903283 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903284 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903285 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903286 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903287 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903288 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903289 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903290 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903291 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903292 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903293 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903294 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903295 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903296 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903297 6 0.4566 0.573 0.000 0.220 0.000 0.084 0.004 0.692
#> SRR903298 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903299 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903300 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903301 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903302 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903303 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903304 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903305 6 0.4583 0.604 0.000 0.176 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR903306 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0146 0.805 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903325 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903326 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903327 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903328 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903329 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903330 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903331 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903332 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903333 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903334 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903335 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903336 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903337 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903338 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903339 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903340 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR903341 2 0.2362 0.976 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 0.961 0.949 0.972 0.2691 0.862 0.725
#> 4 4 0.780 0.888 0.903 0.1461 0.899 0.722
#> 5 5 0.887 0.918 0.928 0.0742 0.918 0.707
#> 6 6 0.888 0.874 0.905 0.0421 0.954 0.790
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0 1 1 0
#> SRR902921 1 0 1 1 0
#> SRR902922 1 0 1 1 0
#> SRR902923 1 0 1 1 0
#> SRR902924 1 0 1 1 0
#> SRR902925 1 0 1 1 0
#> SRR902926 1 0 1 1 0
#> SRR902927 1 0 1 1 0
#> SRR902928 1 0 1 1 0
#> SRR902929 1 0 1 1 0
#> SRR902930 1 0 1 1 0
#> SRR902931 1 0 1 1 0
#> SRR902932 2 0 1 0 1
#> SRR902933 2 0 1 0 1
#> SRR902934 2 0 1 0 1
#> SRR902935 2 0 1 0 1
#> SRR902936 2 0 1 0 1
#> SRR902937 2 0 1 0 1
#> SRR902938 2 0 1 0 1
#> SRR902939 2 0 1 0 1
#> SRR902940 2 0 1 0 1
#> SRR902941 2 0 1 0 1
#> SRR902942 1 0 1 1 0
#> SRR902943 1 0 1 1 0
#> SRR902944 1 0 1 1 0
#> SRR902945 1 0 1 1 0
#> SRR902946 1 0 1 1 0
#> SRR902947 1 0 1 1 0
#> SRR902954 1 0 1 1 0
#> SRR902955 1 0 1 1 0
#> SRR902956 1 0 1 1 0
#> SRR902957 1 0 1 1 0
#> SRR902958 1 0 1 1 0
#> SRR902959 1 0 1 1 0
#> SRR902948 1 0 1 1 0
#> SRR902949 1 0 1 1 0
#> SRR902950 1 0 1 1 0
#> SRR902951 1 0 1 1 0
#> SRR902952 1 0 1 1 0
#> SRR902953 1 0 1 1 0
#> SRR902960 1 0 1 1 0
#> SRR902961 1 0 1 1 0
#> SRR902962 1 0 1 1 0
#> SRR902963 1 0 1 1 0
#> SRR902964 1 0 1 1 0
#> SRR902965 1 0 1 1 0
#> SRR902966 1 0 1 1 0
#> SRR902967 1 0 1 1 0
#> SRR902968 1 0 1 1 0
#> SRR902969 1 0 1 1 0
#> SRR902970 1 0 1 1 0
#> SRR902971 1 0 1 1 0
#> SRR902972 1 0 1 1 0
#> SRR902973 1 0 1 1 0
#> SRR902974 1 0 1 1 0
#> SRR902975 1 0 1 1 0
#> SRR902976 1 0 1 1 0
#> SRR902977 1 0 1 1 0
#> SRR902978 1 0 1 1 0
#> SRR902980 1 0 1 1 0
#> SRR902981 1 0 1 1 0
#> SRR902982 1 0 1 1 0
#> SRR902983 1 0 1 1 0
#> SRR902984 1 0 1 1 0
#> SRR902985 1 0 1 1 0
#> SRR902986 1 0 1 1 0
#> SRR902987 1 0 1 1 0
#> SRR902988 1 0 1 1 0
#> SRR902989 1 0 1 1 0
#> SRR902990 1 0 1 1 0
#> SRR902991 1 0 1 1 0
#> SRR902992 1 0 1 1 0
#> SRR902993 1 0 1 1 0
#> SRR902994 1 0 1 1 0
#> SRR902995 1 0 1 1 0
#> SRR902996 2 0 1 0 1
#> SRR902997 2 0 1 0 1
#> SRR902998 2 0 1 0 1
#> SRR902999 2 0 1 0 1
#> SRR903000 2 0 1 0 1
#> SRR903001 2 0 1 0 1
#> SRR903008 2 0 1 0 1
#> SRR903009 2 0 1 0 1
#> SRR903010 2 0 1 0 1
#> SRR903011 2 0 1 0 1
#> SRR903012 2 0 1 0 1
#> SRR903013 2 0 1 0 1
#> SRR903002 2 0 1 0 1
#> SRR903003 2 0 1 0 1
#> SRR903004 2 0 1 0 1
#> SRR903005 2 0 1 0 1
#> SRR903006 2 0 1 0 1
#> SRR903007 2 0 1 0 1
#> SRR903014 1 0 1 1 0
#> SRR903015 1 0 1 1 0
#> SRR903016 1 0 1 1 0
#> SRR903017 1 0 1 1 0
#> SRR903018 1 0 1 1 0
#> SRR903019 1 0 1 1 0
#> SRR903020 1 0 1 1 0
#> SRR903021 1 0 1 1 0
#> SRR903022 1 0 1 1 0
#> SRR903023 1 0 1 1 0
#> SRR903024 1 0 1 1 0
#> SRR903025 1 0 1 1 0
#> SRR903026 1 0 1 1 0
#> SRR903027 1 0 1 1 0
#> SRR903028 1 0 1 1 0
#> SRR903029 1 0 1 1 0
#> SRR903030 1 0 1 1 0
#> SRR903031 1 0 1 1 0
#> SRR903032 2 0 1 0 1
#> SRR903033 2 0 1 0 1
#> SRR903034 2 0 1 0 1
#> SRR903035 2 0 1 0 1
#> SRR903036 2 0 1 0 1
#> SRR903037 2 0 1 0 1
#> SRR903038 2 0 1 0 1
#> SRR903039 2 0 1 0 1
#> SRR903040 2 0 1 0 1
#> SRR903041 2 0 1 0 1
#> SRR903042 2 0 1 0 1
#> SRR903043 2 0 1 0 1
#> SRR903044 2 0 1 0 1
#> SRR903045 2 0 1 0 1
#> SRR903046 2 0 1 0 1
#> SRR903047 2 0 1 0 1
#> SRR903048 2 0 1 0 1
#> SRR903049 2 0 1 0 1
#> SRR903050 1 0 1 1 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0
#> SRR903082 2 0 1 0 1
#> SRR903083 2 0 1 0 1
#> SRR903084 2 0 1 0 1
#> SRR903085 2 0 1 0 1
#> SRR903086 2 0 1 0 1
#> SRR903087 2 0 1 0 1
#> SRR903088 2 0 1 0 1
#> SRR903089 2 0 1 0 1
#> SRR903090 2 0 1 0 1
#> SRR903091 2 0 1 0 1
#> SRR903092 2 0 1 0 1
#> SRR903093 2 0 1 0 1
#> SRR903094 2 0 1 0 1
#> SRR903095 2 0 1 0 1
#> SRR903096 2 0 1 0 1
#> SRR903097 2 0 1 0 1
#> SRR903098 2 0 1 0 1
#> SRR903099 2 0 1 0 1
#> SRR903100 2 0 1 0 1
#> SRR903101 2 0 1 0 1
#> SRR903102 2 0 1 0 1
#> SRR903103 2 0 1 0 1
#> SRR903104 2 0 1 0 1
#> SRR903105 2 0 1 0 1
#> SRR903106 2 0 1 0 1
#> SRR903107 2 0 1 0 1
#> SRR903108 2 0 1 0 1
#> SRR903109 2 0 1 0 1
#> SRR903110 2 0 1 0 1
#> SRR903111 2 0 1 0 1
#> SRR903112 2 0 1 0 1
#> SRR903113 2 0 1 0 1
#> SRR903114 1 0 1 1 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0
#> SRR903146 2 0 1 0 1
#> SRR903147 2 0 1 0 1
#> SRR903148 2 0 1 0 1
#> SRR903149 2 0 1 0 1
#> SRR903150 2 0 1 0 1
#> SRR903151 2 0 1 0 1
#> SRR903152 2 0 1 0 1
#> SRR903153 2 0 1 0 1
#> SRR903138 1 0 1 1 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0
#> SRR903154 2 0 1 0 1
#> SRR903155 2 0 1 0 1
#> SRR903156 2 0 1 0 1
#> SRR903157 2 0 1 0 1
#> SRR903158 2 0 1 0 1
#> SRR903159 2 0 1 0 1
#> SRR903160 2 0 1 0 1
#> SRR903161 2 0 1 0 1
#> SRR903162 2 0 1 0 1
#> SRR903163 2 0 1 0 1
#> SRR903164 2 0 1 0 1
#> SRR903165 2 0 1 0 1
#> SRR903166 2 0 1 0 1
#> SRR903167 2 0 1 0 1
#> SRR903168 2 0 1 0 1
#> SRR903169 2 0 1 0 1
#> SRR903178 1 0 1 1 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0
#> SRR903170 2 0 1 0 1
#> SRR903171 2 0 1 0 1
#> SRR903172 2 0 1 0 1
#> SRR903173 2 0 1 0 1
#> SRR903174 2 0 1 0 1
#> SRR903175 2 0 1 0 1
#> SRR903176 2 0 1 0 1
#> SRR903177 2 0 1 0 1
#> SRR903186 1 0 1 1 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0
#> SRR903210 2 0 1 0 1
#> SRR903211 2 0 1 0 1
#> SRR903212 2 0 1 0 1
#> SRR903213 2 0 1 0 1
#> SRR903214 2 0 1 0 1
#> SRR903215 2 0 1 0 1
#> SRR903216 2 0 1 0 1
#> SRR903217 2 0 1 0 1
#> SRR903202 1 0 1 1 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0
#> SRR903218 2 0 1 0 1
#> SRR903219 2 0 1 0 1
#> SRR903220 2 0 1 0 1
#> SRR903221 2 0 1 0 1
#> SRR903222 2 0 1 0 1
#> SRR903223 2 0 1 0 1
#> SRR903224 2 0 1 0 1
#> SRR903225 2 0 1 0 1
#> SRR903226 2 0 1 0 1
#> SRR903227 2 0 1 0 1
#> SRR903228 2 0 1 0 1
#> SRR903229 2 0 1 0 1
#> SRR903230 2 0 1 0 1
#> SRR903231 2 0 1 0 1
#> SRR903232 2 0 1 0 1
#> SRR903233 2 0 1 0 1
#> SRR903242 1 0 1 1 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0
#> SRR903234 2 0 1 0 1
#> SRR903235 2 0 1 0 1
#> SRR903236 2 0 1 0 1
#> SRR903237 2 0 1 0 1
#> SRR903238 2 0 1 0 1
#> SRR903239 2 0 1 0 1
#> SRR903240 2 0 1 0 1
#> SRR903241 2 0 1 0 1
#> SRR903258 1 0 1 1 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0
#> SRR903274 2 0 1 0 1
#> SRR903275 2 0 1 0 1
#> SRR903276 2 0 1 0 1
#> SRR903277 2 0 1 0 1
#> SRR903278 2 0 1 0 1
#> SRR903279 2 0 1 0 1
#> SRR903280 2 0 1 0 1
#> SRR903281 2 0 1 0 1
#> SRR903282 2 0 1 0 1
#> SRR903283 2 0 1 0 1
#> SRR903284 2 0 1 0 1
#> SRR903285 2 0 1 0 1
#> SRR903286 2 0 1 0 1
#> SRR903287 2 0 1 0 1
#> SRR903288 2 0 1 0 1
#> SRR903289 2 0 1 0 1
#> SRR903290 2 0 1 0 1
#> SRR903291 2 0 1 0 1
#> SRR903292 2 0 1 0 1
#> SRR903293 2 0 1 0 1
#> SRR903294 2 0 1 0 1
#> SRR903295 2 0 1 0 1
#> SRR903296 2 0 1 0 1
#> SRR903297 2 0 1 0 1
#> SRR903298 2 0 1 0 1
#> SRR903299 2 0 1 0 1
#> SRR903300 2 0 1 0 1
#> SRR903301 2 0 1 0 1
#> SRR903302 2 0 1 0 1
#> SRR903303 2 0 1 0 1
#> SRR903304 2 0 1 0 1
#> SRR903305 2 0 1 0 1
#> SRR903306 1 0 1 1 0
#> SRR903307 1 0 1 1 0
#> SRR903308 1 0 1 1 0
#> SRR903309 1 0 1 1 0
#> SRR903310 1 0 1 1 0
#> SRR903311 1 0 1 1 0
#> SRR903312 1 0 1 1 0
#> SRR903313 1 0 1 1 0
#> SRR903314 1 0 1 1 0
#> SRR903315 1 0 1 1 0
#> SRR903316 1 0 1 1 0
#> SRR903317 1 0 1 1 0
#> SRR903318 1 0 1 1 0
#> SRR903319 1 0 1 1 0
#> SRR903320 1 0 1 1 0
#> SRR903321 1 0 1 1 0
#> SRR903322 1 0 1 1 0
#> SRR903323 1 0 1 1 0
#> SRR903324 2 0 1 0 1
#> SRR903325 2 0 1 0 1
#> SRR903326 2 0 1 0 1
#> SRR903327 2 0 1 0 1
#> SRR903328 2 0 1 0 1
#> SRR903329 2 0 1 0 1
#> SRR903330 2 0 1 0 1
#> SRR903331 2 0 1 0 1
#> SRR903332 2 0 1 0 1
#> SRR903333 2 0 1 0 1
#> SRR903334 2 0 1 0 1
#> SRR903335 2 0 1 0 1
#> SRR903336 2 0 1 0 1
#> SRR903337 2 0 1 0 1
#> SRR903338 2 0 1 0 1
#> SRR903339 2 0 1 0 1
#> SRR903340 2 0 1 0 1
#> SRR903341 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902932 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902933 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902934 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902935 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902936 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902937 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902938 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902939 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902940 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902941 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR902996 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902997 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902998 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR902999 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903000 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903001 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903008 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903009 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903010 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903011 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903012 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903013 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903002 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903003 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903004 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903005 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903006 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903007 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903032 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903033 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903034 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903035 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903036 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903037 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903038 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903039 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903040 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903041 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903042 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903043 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903044 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903045 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903046 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903047 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903048 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903049 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903050 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903082 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903083 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903084 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903085 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903086 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903087 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903088 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903089 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903090 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903091 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903092 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903093 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903094 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903095 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903096 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903097 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903098 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903099 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903100 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903101 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903102 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903103 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903104 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903105 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903106 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903107 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903108 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903109 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903110 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903111 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903112 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903113 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903114 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903122 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903146 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903147 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903148 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903149 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903150 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903151 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903152 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903153 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903138 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.904 1.000 0.00 0.000
#> SRR903154 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903155 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903156 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903157 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903158 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903159 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903160 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903161 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903162 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903163 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903164 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903165 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903166 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903167 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903168 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903169 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903178 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903179 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903180 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903181 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903182 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903183 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903184 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903185 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903170 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903171 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903172 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903173 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903174 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903175 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903176 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903177 2 0.207 0.958 0.060 0.94 0.000
#> SRR903186 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903187 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903188 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903189 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903190 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903191 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903192 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903193 1 0.629 0.318 0.536 0.00 0.464
#> SRR903194 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903195 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903196 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903197 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903198 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903199 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903200 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903201 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903210 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903211 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903212 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903213 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903214 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903215 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903216 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903217 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903202 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903203 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903204 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903205 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903206 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903207 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903208 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903209 1 0.522 0.712 0.740 0.00 0.260
#> SRR903218 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903219 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903220 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903221 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903222 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903223 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903224 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903225 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903226 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903227 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903228 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903229 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903230 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903231 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903232 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903233 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903242 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903243 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903244 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903245 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903246 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903247 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903248 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903249 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903234 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903235 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903236 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903237 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903238 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903239 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903240 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903241 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903258 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903259 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903260 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903261 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903262 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903263 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903264 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903265 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903250 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903251 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903252 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903253 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903254 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903255 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903256 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903257 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903266 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903267 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903268 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903270 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903271 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903272 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903273 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903274 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903275 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903276 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903277 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903278 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903279 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903280 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903281 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903282 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903283 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903284 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903285 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903286 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903287 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903288 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903289 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903290 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903291 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903292 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903293 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903294 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903295 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903296 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903297 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903298 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903299 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903300 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903301 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903302 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903303 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903304 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903305 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.00 1.000
#> SRR903324 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903325 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903326 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903327 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903328 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903329 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903330 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903331 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903332 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903333 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903334 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903335 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903336 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903337 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903338 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903339 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903340 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
#> SRR903341 2 0.000 0.980 0.000 1.00 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902933 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902934 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902935 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902936 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902937 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902938 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902939 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902940 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902941 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902942 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902997 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902998 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR902999 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903000 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903001 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903008 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903009 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903010 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903011 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903012 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903013 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903002 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903003 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903004 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903005 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903006 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903007 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903014 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903033 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903034 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903035 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903036 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903037 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903038 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903039 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903040 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903041 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903042 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903043 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903044 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903045 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903046 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903047 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903048 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903049 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903050 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903051 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903052 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903053 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903054 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903055 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903056 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903057 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903058 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903059 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903060 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903061 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903062 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903063 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903064 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903065 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903066 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903067 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903068 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903069 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903070 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903071 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903072 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903073 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903074 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903075 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903076 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903077 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903078 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903079 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903080 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903081 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903082 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903083 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903084 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903085 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903086 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903087 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903088 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903089 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903090 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903091 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903092 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903093 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903094 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903095 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903096 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903097 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903098 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903099 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903100 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903101 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903102 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903103 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903104 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903105 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903106 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903107 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903108 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903109 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903110 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903111 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903112 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903113 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903114 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903115 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903116 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903117 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903118 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903119 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903121 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903122 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903124 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903125 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903126 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903127 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903128 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903129 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903130 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903131 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903132 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903133 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903134 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903135 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903136 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903137 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903146 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903147 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903148 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903149 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903150 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903151 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903152 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903153 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903138 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903139 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903140 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903141 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903142 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903143 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903144 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903145 1 0.0336 0.915 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR903154 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903155 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903156 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903157 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903158 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903159 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903160 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903161 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903162 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903163 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903164 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903165 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903166 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903167 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903168 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903169 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903178 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903179 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903180 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903181 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903182 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903183 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903184 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903185 3 0.0672 0.936 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR903170 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903171 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903172 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903173 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903174 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903175 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903176 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903177 4 0.2408 0.969 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR903186 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903187 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903188 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903189 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903190 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903191 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903192 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903193 1 0.5112 0.502 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR903194 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903195 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903196 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903197 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903198 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903199 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903200 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903201 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903210 2 0.5000 0.029 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903211 2 0.5000 0.029 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903212 4 0.5000 -0.050 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903213 2 0.5000 0.029 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903214 4 0.5000 -0.050 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903215 4 0.5000 -0.050 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903216 4 0.5000 -0.050 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903217 2 0.5000 0.029 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR903202 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903203 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903204 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903205 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903206 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903207 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903208 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903209 1 0.3933 0.793 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR903218 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903219 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903220 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903221 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903222 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903223 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903224 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903225 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903226 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903227 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903228 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903229 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903230 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903231 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903232 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903233 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903242 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903243 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903244 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903245 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903246 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903247 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903248 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903249 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903234 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903235 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903236 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903237 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903238 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903239 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903240 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903241 4 0.2647 0.952 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR903258 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903259 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903260 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903261 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903262 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903263 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903264 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903265 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903250 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903251 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903252 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903253 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903254 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903255 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903256 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903257 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903266 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903267 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903268 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903270 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903271 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903272 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903273 3 0.5529 0.794 0.008 0.140 0.748 0.104
#> SRR903274 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903275 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903276 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903277 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903278 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903279 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903280 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903281 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903282 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903283 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903284 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903285 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903286 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903287 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903288 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903289 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903298 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903299 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903300 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903301 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903302 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903303 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903304 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903305 2 0.0000 0.837 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903325 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903326 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903327 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903328 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903329 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903330 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903331 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903332 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903333 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903334 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903335 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903336 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903337 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903338 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903339 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903340 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903341 2 0.2973 0.922 0.000 0.856 0.000 0.144
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902933 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902934 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902935 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902936 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902937 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902938 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902939 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902940 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902941 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902997 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902998 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902999 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903000 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903001 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903008 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903009 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903010 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903011 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903012 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903013 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903002 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903003 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903004 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903005 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903006 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903007 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903033 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903034 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903035 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903036 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903037 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903038 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903039 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903040 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903041 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903042 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903043 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903044 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903045 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903046 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903047 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903048 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903049 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903050 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903051 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903052 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903053 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903054 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903055 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903056 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903057 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903058 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903059 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903060 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903061 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903062 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903063 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903064 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903065 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903066 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903067 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903068 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903069 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903070 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903071 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903072 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903073 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903074 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903075 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903076 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903077 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903078 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903079 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903080 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903081 1 0.0162 0.989 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR903082 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903083 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903084 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903085 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903086 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903087 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903088 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903089 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903090 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903091 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903092 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903093 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903094 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903095 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903096 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903097 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903098 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903099 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903100 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903101 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903102 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903103 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903104 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903105 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903106 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903107 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903108 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903109 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903110 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903111 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903112 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903113 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903114 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903115 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903116 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903117 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903118 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903119 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903121 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903122 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903124 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903125 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903126 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903127 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903128 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903129 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903130 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903131 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903132 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903133 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903134 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903135 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903136 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903137 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903146 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903147 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903148 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903149 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903150 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903151 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903152 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903153 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903138 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903139 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903140 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903141 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903142 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903143 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903144 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903145 1 0.0794 0.988 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR903154 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903155 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903156 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903157 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903158 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903159 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903160 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903161 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903162 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903163 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903164 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903165 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903166 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903167 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903168 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903169 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903178 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903179 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903180 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903181 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903182 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903183 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903184 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903185 5 0.4238 0.636 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR903170 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903171 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903172 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903173 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903174 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903175 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903176 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903177 4 0.0794 0.979 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903186 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903187 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903188 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903189 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903190 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903191 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903192 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903193 5 0.5792 0.771 0.184 0.000 0.180 0.004 0.632
#> SRR903194 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903195 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903196 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903197 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903198 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903199 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903200 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903201 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903210 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903211 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903212 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903213 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903214 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903215 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903216 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903217 2 0.4723 0.241 0.000 0.536 0.000 0.448 0.016
#> SRR903202 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903203 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903204 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903205 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903206 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903207 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903208 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903209 5 0.5814 0.763 0.200 0.000 0.168 0.004 0.628
#> SRR903218 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903219 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903220 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903221 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903222 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903223 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903224 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903225 2 0.2046 0.905 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016
#> SRR903226 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903227 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903228 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903229 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903230 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903231 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903232 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903233 2 0.2172 0.901 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR903242 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903243 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903244 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903245 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903246 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903247 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903248 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903249 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903234 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903235 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903236 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903237 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903238 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903239 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903240 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903241 4 0.3264 0.821 0.000 0.164 0.000 0.820 0.016
#> SRR903258 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903259 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903260 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903261 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903262 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903263 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903264 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903265 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903250 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903251 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903252 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903253 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903254 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903255 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903256 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903257 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903266 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903267 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903268 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903270 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903271 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903272 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903273 5 0.1571 0.823 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> SRR903274 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903275 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903276 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903277 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903278 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903279 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903280 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903281 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903282 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903283 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903284 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903285 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903286 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903287 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903288 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903289 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903290 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903291 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903292 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903293 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903294 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903295 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903296 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903297 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903298 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903299 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903300 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903301 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903302 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903303 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903304 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903305 2 0.2536 0.866 0.004 0.868 0.000 0.000 0.128
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903325 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903326 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903327 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903328 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903329 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903330 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903331 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903332 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903333 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903334 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903335 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903336 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903337 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903338 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903339 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903340 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903341 2 0.0880 0.923 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902943 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902944 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902945 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902946 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902947 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902954 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902955 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902956 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902957 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902958 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902959 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902948 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902949 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902950 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902951 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902952 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902953 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902960 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902961 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902962 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902963 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902964 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902965 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902966 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902967 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902968 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902969 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902970 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902971 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902972 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902973 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902974 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902975 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902976 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902977 3 0.0260 0.995 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR902978 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903051 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903052 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903053 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903054 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903055 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903056 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903057 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903058 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903059 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903060 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903061 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903062 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903063 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903064 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903065 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903066 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903067 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903068 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903069 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903070 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903071 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903072 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903073 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903074 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903075 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903076 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903077 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903078 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903079 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903080 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903081 1 0.2361 0.935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR903082 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.0363 0.932 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903179 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903180 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903181 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903182 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903183 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903184 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903185 5 0.4688 0.624 0.000 0.004 0.328 0.000 0.616 0.052
#> SRR903170 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.927 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903187 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903188 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903189 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903190 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903191 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903192 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903193 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903194 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903195 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903196 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903197 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903198 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903199 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903200 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903201 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903210 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903211 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903212 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903213 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903214 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903215 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903216 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903217 4 0.5354 0.577 0.000 0.140 0.000 0.660 0.032 0.168
#> SRR903202 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903203 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903204 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903205 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903206 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903207 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903208 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903209 5 0.5883 0.743 0.140 0.004 0.076 0.000 0.640 0.140
#> SRR903218 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903219 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903220 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903221 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903222 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903223 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903224 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903225 2 0.6328 0.245 0.000 0.468 0.000 0.328 0.032 0.172
#> SRR903226 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903227 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903228 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903229 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903230 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903231 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903232 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903233 2 0.6377 0.205 0.000 0.436 0.000 0.360 0.032 0.172
#> SRR903242 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903243 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903244 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903245 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903246 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903247 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903248 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903249 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903234 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903235 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903236 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903237 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903238 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903239 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903240 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903241 4 0.5009 0.633 0.000 0.104 0.000 0.696 0.032 0.168
#> SRR903258 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903259 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903260 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903261 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903262 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903263 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903264 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903265 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903250 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903251 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903252 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903253 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903254 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903255 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903256 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903257 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903266 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903267 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903268 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903270 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903271 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903272 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903273 5 0.1498 0.796 0.000 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR903274 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903275 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903276 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903277 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903278 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903279 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903280 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903281 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903282 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903283 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903284 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903285 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903286 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903287 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903288 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903289 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903290 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903291 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903292 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903293 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903294 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903295 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903296 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903297 6 0.2340 0.995 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR903298 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903299 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903300 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903301 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903302 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903303 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903304 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903305 6 0.2442 0.998 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852
#> SRR903306 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0458 0.858 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.760 0.897 0.957 0.4835 0.518 0.518
#> 3 3 0.718 0.852 0.923 0.3676 0.704 0.485
#> 4 4 0.765 0.865 0.923 0.1204 0.853 0.603
#> 5 5 0.942 0.914 0.959 0.0752 0.876 0.578
#> 6 6 0.946 0.893 0.948 0.0286 0.975 0.879
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 5
There is also optional best \(k\) = 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903050 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903051 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903052 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903053 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903054 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903055 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903056 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903057 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903058 1 0.997 0.048200 0.532 0.468
#> SRR903059 2 1.000 0.101527 0.492 0.508
#> SRR903060 1 0.999 -0.000257 0.520 0.480
#> SRR903061 1 0.995 0.079103 0.540 0.460
#> SRR903062 1 0.999 -0.000257 0.520 0.480
#> SRR903063 2 0.999 0.130644 0.484 0.516
#> SRR903064 2 1.000 0.101527 0.492 0.508
#> SRR903065 2 1.000 0.116242 0.488 0.512
#> SRR903066 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903067 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903068 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903069 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903070 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903071 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903072 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903073 2 0.971 0.385118 0.400 0.600
#> SRR903074 2 0.781 0.696098 0.232 0.768
#> SRR903075 2 0.788 0.690569 0.236 0.764
#> SRR903076 2 0.767 0.706764 0.224 0.776
#> SRR903077 2 0.775 0.701488 0.228 0.772
#> SRR903078 2 0.781 0.696098 0.232 0.768
#> SRR903079 2 0.795 0.684908 0.240 0.760
#> SRR903080 2 0.788 0.690569 0.236 0.764
#> SRR903081 2 0.781 0.696098 0.232 0.768
#> SRR903082 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903114 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903115 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903116 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903117 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903118 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903119 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903121 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903122 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903124 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903125 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903126 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903127 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903128 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903129 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903130 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903131 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903132 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903133 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903134 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903135 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903136 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903137 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903146 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903138 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903139 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903140 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903141 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903142 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903143 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903144 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903145 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903154 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903243 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903244 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903245 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903246 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903247 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903248 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903249 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903234 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.697 0.788857 0.812 0.188
#> SRR903259 1 0.697 0.788857 0.812 0.188
#> SRR903260 1 0.680 0.797210 0.820 0.180
#> SRR903261 1 0.680 0.797210 0.820 0.180
#> SRR903262 1 0.605 0.828323 0.852 0.148
#> SRR903263 1 0.697 0.788857 0.812 0.188
#> SRR903264 1 0.644 0.813097 0.836 0.164
#> SRR903265 1 0.697 0.788857 0.812 0.188
#> SRR903250 1 0.706 0.784446 0.808 0.192
#> SRR903251 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903252 1 0.714 0.779808 0.804 0.196
#> SRR903253 1 0.706 0.784446 0.808 0.192
#> SRR903254 1 0.706 0.784446 0.808 0.192
#> SRR903255 1 0.706 0.784446 0.808 0.192
#> SRR903256 1 0.714 0.779808 0.804 0.196
#> SRR903257 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903266 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903267 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903268 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903270 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903271 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903272 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903273 1 0.722 0.775029 0.800 0.200
#> SRR903274 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.000 0.948075 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.000 0.956506 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903051 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903052 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903053 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903054 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903055 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903056 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903057 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903058 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903059 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903060 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903061 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903062 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903063 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903064 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903065 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903066 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903067 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903068 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903069 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903070 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903071 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903072 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903073 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903074 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903075 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903076 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903077 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903078 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903079 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903080 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903081 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903082 1 0.6225 0.1076 0.568 0.432 0.000
#> SRR903083 1 0.6225 0.1076 0.568 0.432 0.000
#> SRR903084 1 0.6225 0.1076 0.568 0.432 0.000
#> SRR903085 1 0.6180 0.1645 0.584 0.416 0.000
#> SRR903086 1 0.6235 0.0924 0.564 0.436 0.000
#> SRR903087 1 0.6260 0.0450 0.552 0.448 0.000
#> SRR903088 1 0.6260 0.0450 0.552 0.448 0.000
#> SRR903089 1 0.6111 0.2301 0.604 0.396 0.000
#> SRR903090 2 0.4750 0.8145 0.216 0.784 0.000
#> SRR903091 2 0.4750 0.8145 0.216 0.784 0.000
#> SRR903092 2 0.4796 0.8096 0.220 0.780 0.000
#> SRR903093 2 0.4750 0.8145 0.216 0.784 0.000
#> SRR903094 2 0.4796 0.8096 0.220 0.780 0.000
#> SRR903095 2 0.4750 0.8145 0.216 0.784 0.000
#> SRR903096 2 0.4750 0.8145 0.216 0.784 0.000
#> SRR903097 2 0.4750 0.8145 0.216 0.784 0.000
#> SRR903098 1 0.5621 0.4627 0.692 0.308 0.000
#> SRR903099 1 0.5621 0.4627 0.692 0.308 0.000
#> SRR903100 1 0.5760 0.4170 0.672 0.328 0.000
#> SRR903101 1 0.5621 0.4627 0.692 0.308 0.000
#> SRR903102 1 0.5785 0.4074 0.668 0.332 0.000
#> SRR903103 1 0.5465 0.5039 0.712 0.288 0.000
#> SRR903104 1 0.5621 0.4627 0.692 0.308 0.000
#> SRR903105 1 0.5397 0.5195 0.720 0.280 0.000
#> SRR903106 1 0.4750 0.6285 0.784 0.216 0.000
#> SRR903107 1 0.4842 0.6165 0.776 0.224 0.000
#> SRR903108 1 0.4750 0.6285 0.784 0.216 0.000
#> SRR903109 1 0.4887 0.6103 0.772 0.228 0.000
#> SRR903110 1 0.4887 0.6103 0.772 0.228 0.000
#> SRR903111 1 0.4654 0.6399 0.792 0.208 0.000
#> SRR903112 1 0.4702 0.6343 0.788 0.212 0.000
#> SRR903113 1 0.4796 0.6226 0.780 0.220 0.000
#> SRR903114 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903146 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903154 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903179 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903180 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903181 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903182 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903183 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903184 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903185 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903170 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903187 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903188 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903189 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903190 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903191 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903192 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903193 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903194 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903195 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903196 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903197 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903198 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903199 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903200 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903201 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903210 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0237 0.9304 0.004 0.996 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0237 0.9304 0.004 0.996 0.000
#> SRR903217 2 0.0237 0.9304 0.004 0.996 0.000
#> SRR903202 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903203 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903204 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903205 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903206 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903207 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903208 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903209 1 0.4555 0.7733 0.800 0.000 0.200
#> SRR903218 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903243 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903234 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903235 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903236 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903237 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903238 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903239 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903240 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903241 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903258 3 0.5397 0.6524 0.280 0.000 0.720
#> SRR903259 3 0.5327 0.6629 0.272 0.000 0.728
#> SRR903260 3 0.5138 0.6867 0.252 0.000 0.748
#> SRR903261 3 0.5178 0.6822 0.256 0.000 0.744
#> SRR903262 3 0.5058 0.6952 0.244 0.000 0.756
#> SRR903263 3 0.5363 0.6577 0.276 0.000 0.724
#> SRR903264 3 0.5098 0.6910 0.248 0.000 0.752
#> SRR903265 3 0.5216 0.6776 0.260 0.000 0.740
#> SRR903250 3 0.5431 0.6468 0.284 0.000 0.716
#> SRR903251 3 0.5591 0.6165 0.304 0.000 0.696
#> SRR903252 3 0.5733 0.5830 0.324 0.000 0.676
#> SRR903253 3 0.5397 0.6524 0.280 0.000 0.720
#> SRR903254 3 0.5431 0.6468 0.284 0.000 0.716
#> SRR903255 3 0.5560 0.6228 0.300 0.000 0.700
#> SRR903256 3 0.5529 0.6290 0.296 0.000 0.704
#> SRR903257 3 0.5760 0.5759 0.328 0.000 0.672
#> SRR903266 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903267 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903268 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903270 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903271 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903272 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903273 1 0.0000 0.8547 1.000 0.000 0.000
#> SRR903274 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903275 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903276 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903277 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903278 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903279 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903280 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903281 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903282 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903283 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903284 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903285 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903286 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903287 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903288 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903289 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903290 2 0.2261 0.9049 0.068 0.932 0.000
#> SRR903291 2 0.2066 0.9084 0.060 0.940 0.000
#> SRR903292 2 0.2066 0.9084 0.060 0.940 0.000
#> SRR903293 2 0.2711 0.8955 0.088 0.912 0.000
#> SRR903294 2 0.2165 0.9066 0.064 0.936 0.000
#> SRR903295 2 0.2448 0.9013 0.076 0.924 0.000
#> SRR903296 2 0.2356 0.9031 0.072 0.928 0.000
#> SRR903297 2 0.2537 0.8994 0.080 0.920 0.000
#> SRR903298 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903299 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903300 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903301 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903302 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903303 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903304 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903305 2 0.4555 0.8323 0.200 0.800 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.9317 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903051 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903052 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903053 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903054 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903055 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903056 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903057 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903058 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903059 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903060 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903061 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903062 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903063 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903064 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903065 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903066 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903067 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903068 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903069 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903070 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903071 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903072 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903073 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903074 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903075 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903076 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903077 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903078 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903079 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903080 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903081 1 0.0817 0.840 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903083 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903084 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903085 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903086 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903087 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903088 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903089 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903090 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903091 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903092 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903094 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903095 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903096 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903097 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903098 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903099 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903100 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903101 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903102 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903103 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903104 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903105 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903106 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903107 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903108 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903109 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903110 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903111 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903112 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903113 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903115 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903116 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903117 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903118 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903119 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903121 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903122 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903124 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903125 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903126 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903127 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903128 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903129 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903130 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903131 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903132 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903133 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903134 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903135 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903136 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903137 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903146 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903147 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903148 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903149 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903150 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903151 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903152 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903153 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903139 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903140 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903141 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903142 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903143 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903144 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903145 1 0.3610 0.759 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR903154 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903155 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903156 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903157 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903158 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903159 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903160 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903161 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903162 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903163 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903164 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903165 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903166 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903167 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903168 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903169 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903178 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903179 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903180 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903181 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903182 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903183 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903184 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903185 3 0.3610 0.743 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903171 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903172 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903173 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903174 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903175 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903176 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903177 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903187 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903188 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903189 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903190 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903191 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903192 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903193 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903194 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903195 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903196 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903197 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903198 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903199 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903200 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903201 1 0.3569 0.755 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR903210 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903211 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903212 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903213 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903214 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903215 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903216 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903217 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903203 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903204 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903205 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903206 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903207 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903208 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903209 1 0.3610 0.751 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903226 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR903227 2 0.2814 0.843 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR903228 2 0.2530 0.863 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR903229 2 0.2011 0.888 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR903230 2 0.2530 0.863 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR903231 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR903232 2 0.2408 0.870 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR903233 2 0.2814 0.843 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR903242 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903243 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903244 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903245 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903246 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903247 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903248 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903249 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903234 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903235 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903236 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903237 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903238 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903239 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903240 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903241 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903258 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903259 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903260 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903261 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903262 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903263 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903264 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903265 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903250 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903251 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903252 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903253 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903254 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903255 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903256 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903257 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903266 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903267 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903268 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903270 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903271 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903272 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903273 3 0.4855 0.564 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR903274 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903275 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903276 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903277 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903278 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903279 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903280 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903281 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903282 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903283 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903284 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903285 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903286 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903287 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903288 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903289 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903290 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903291 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903292 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903293 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903294 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903295 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903296 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903297 2 0.0817 0.925 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR903298 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903299 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903300 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903301 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903302 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903303 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903304 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903305 2 0.4387 0.774 0.024 0.776 0.000 0.200
#> SRR903306 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903115 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903116 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903117 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903118 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903119 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903121 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903122 5 0.300 0.692 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR903124 5 0.300 0.692 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR903125 5 0.318 0.662 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR903126 5 0.307 0.680 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR903127 5 0.311 0.675 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR903128 5 0.300 0.692 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR903129 5 0.324 0.649 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903130 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903131 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903132 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903133 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903134 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903135 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903136 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903137 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903146 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903139 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903140 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903141 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903142 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903143 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903144 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903145 1 0.311 0.825 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR903154 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 5 0.423 0.339 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR903179 5 0.419 0.387 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR903180 5 0.419 0.387 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR903181 5 0.426 0.297 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR903182 5 0.423 0.349 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR903183 5 0.429 0.239 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR903184 5 0.422 0.359 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR903185 5 0.425 0.318 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR903170 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903187 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903188 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903189 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903190 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903191 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903192 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903193 5 0.324 0.714 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR903194 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.912 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903210 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 5 0.420 0.442 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR903203 5 0.419 0.450 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR903204 5 0.420 0.442 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR903205 5 0.421 0.433 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR903206 5 0.419 0.450 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR903207 5 0.421 0.433 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR903208 5 0.421 0.433 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR903209 5 0.421 0.433 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR903218 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903219 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903220 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903221 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903222 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903223 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903224 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903225 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903226 2 0.395 0.545 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR903227 2 0.400 0.522 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR903228 2 0.398 0.530 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR903229 2 0.389 0.568 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR903230 2 0.398 0.530 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR903231 2 0.400 0.522 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR903232 2 0.389 0.568 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR903233 2 0.406 0.487 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR903242 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903243 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903244 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903245 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903246 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903247 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903248 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903249 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903234 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903259 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903260 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903261 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903262 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903263 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903264 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903265 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903250 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903251 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903252 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903253 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903254 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903255 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903256 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903257 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903266 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903267 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903268 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903270 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903271 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903272 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903273 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903274 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 5 0.000 0.877 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.9065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903115 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903116 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903117 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903118 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903119 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903121 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903122 5 0.2491 0.6771 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR903124 5 0.2491 0.6771 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR903125 5 0.2664 0.6508 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR903126 5 0.2562 0.6672 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR903127 5 0.2597 0.6619 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR903128 5 0.2491 0.6771 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR903129 5 0.2730 0.6390 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR903130 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903131 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903132 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903133 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903134 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903135 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903136 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903137 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903139 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903140 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903141 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903142 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903143 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903144 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903145 1 0.2793 0.8240 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903163 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903164 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903165 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903166 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903167 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903168 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903169 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903178 5 0.3782 0.3855 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR903179 5 0.3765 0.4027 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR903180 5 0.3774 0.3942 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR903181 5 0.3817 0.3364 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR903182 5 0.3789 0.3764 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR903183 5 0.3828 0.3149 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR903184 5 0.3789 0.3764 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR903185 5 0.3797 0.3667 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903187 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903188 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903189 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903190 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903191 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903192 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903193 5 0.2854 0.7114 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR903194 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903195 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903196 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903197 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903198 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903199 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903200 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903201 1 0.0260 0.9024 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903210 4 0.2300 0.8234 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR903211 4 0.1444 0.9150 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR903212 4 0.1267 0.9284 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR903213 4 0.0865 0.9528 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903214 4 0.0363 0.9753 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903215 4 0.1267 0.9285 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR903216 4 0.1075 0.9411 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR903217 4 0.0547 0.9681 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903202 5 0.3765 0.4909 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR903203 5 0.3756 0.4982 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR903204 5 0.3765 0.4909 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR903205 5 0.3756 0.4982 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR903206 5 0.3756 0.4982 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR903207 5 0.3774 0.4831 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR903208 5 0.3756 0.4982 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR903209 5 0.3774 0.4831 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR903218 2 0.3151 0.6613 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR903219 2 0.3175 0.6555 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR903220 2 0.3076 0.6776 0.000 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR903221 2 0.3023 0.6880 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR903222 2 0.3151 0.6613 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR903223 2 0.3050 0.6829 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903224 2 0.3050 0.6829 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR903225 2 0.3151 0.6613 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR903226 2 0.6112 0.0715 0.000 0.368 0.000 0.332 0.000 0.300
#> SRR903227 2 0.6117 0.0518 0.000 0.356 0.000 0.344 0.000 0.300
#> SRR903228 2 0.6116 0.0588 0.000 0.360 0.000 0.340 0.000 0.300
#> SRR903229 2 0.6103 0.0901 0.000 0.380 0.000 0.320 0.000 0.300
#> SRR903230 2 0.6116 0.0588 0.000 0.360 0.000 0.340 0.000 0.300
#> SRR903231 2 0.6117 0.0520 0.000 0.356 0.000 0.344 0.000 0.300
#> SRR903232 2 0.6103 0.0902 0.000 0.380 0.000 0.320 0.000 0.300
#> SRR903233 4 0.6116 -0.1361 0.000 0.340 0.000 0.360 0.000 0.300
#> SRR903242 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903243 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903244 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903245 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903246 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903247 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903248 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903249 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903234 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903235 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903236 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903237 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903238 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903239 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903240 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903241 4 0.0000 0.9858 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903258 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903259 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903260 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903261 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903262 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903263 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903264 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903265 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903250 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903251 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903252 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903253 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903254 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903255 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903256 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903257 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903266 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903267 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903268 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903270 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903271 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903272 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903273 5 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903274 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.9151 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3680 0.633 0.633
#> 3 3 1.000 1.000 1.000 0.5044 0.814 0.706
#> 4 4 0.861 0.877 0.923 0.2888 0.816 0.589
#> 5 5 0.768 0.785 0.879 0.0595 0.911 0.693
#> 6 6 0.823 0.839 0.841 0.0577 0.934 0.723
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0 1 1 0
#> SRR902921 1 0 1 1 0
#> SRR902922 1 0 1 1 0
#> SRR902923 1 0 1 1 0
#> SRR902924 1 0 1 1 0
#> SRR902925 1 0 1 1 0
#> SRR902926 1 0 1 1 0
#> SRR902927 1 0 1 1 0
#> SRR902928 1 0 1 1 0
#> SRR902929 1 0 1 1 0
#> SRR902930 1 0 1 1 0
#> SRR902931 1 0 1 1 0
#> SRR902932 2 0 1 0 1
#> SRR902933 2 0 1 0 1
#> SRR902934 2 0 1 0 1
#> SRR902935 2 0 1 0 1
#> SRR902936 2 0 1 0 1
#> SRR902937 2 0 1 0 1
#> SRR902938 2 0 1 0 1
#> SRR902939 2 0 1 0 1
#> SRR902940 2 0 1 0 1
#> SRR902941 2 0 1 0 1
#> SRR902942 1 0 1 1 0
#> SRR902943 1 0 1 1 0
#> SRR902944 1 0 1 1 0
#> SRR902945 1 0 1 1 0
#> SRR902946 1 0 1 1 0
#> SRR902947 1 0 1 1 0
#> SRR902954 1 0 1 1 0
#> SRR902955 1 0 1 1 0
#> SRR902956 1 0 1 1 0
#> SRR902957 1 0 1 1 0
#> SRR902958 1 0 1 1 0
#> SRR902959 1 0 1 1 0
#> SRR902948 1 0 1 1 0
#> SRR902949 1 0 1 1 0
#> SRR902950 1 0 1 1 0
#> SRR902951 1 0 1 1 0
#> SRR902952 1 0 1 1 0
#> SRR902953 1 0 1 1 0
#> SRR902960 1 0 1 1 0
#> SRR902961 1 0 1 1 0
#> SRR902962 1 0 1 1 0
#> SRR902963 1 0 1 1 0
#> SRR902964 1 0 1 1 0
#> SRR902965 1 0 1 1 0
#> SRR902966 1 0 1 1 0
#> SRR902967 1 0 1 1 0
#> SRR902968 1 0 1 1 0
#> SRR902969 1 0 1 1 0
#> SRR902970 1 0 1 1 0
#> SRR902971 1 0 1 1 0
#> SRR902972 1 0 1 1 0
#> SRR902973 1 0 1 1 0
#> SRR902974 1 0 1 1 0
#> SRR902975 1 0 1 1 0
#> SRR902976 1 0 1 1 0
#> SRR902977 1 0 1 1 0
#> SRR902978 1 0 1 1 0
#> SRR902980 1 0 1 1 0
#> SRR902981 1 0 1 1 0
#> SRR902982 1 0 1 1 0
#> SRR902983 1 0 1 1 0
#> SRR902984 1 0 1 1 0
#> SRR902985 1 0 1 1 0
#> SRR902986 1 0 1 1 0
#> SRR902987 1 0 1 1 0
#> SRR902988 1 0 1 1 0
#> SRR902989 1 0 1 1 0
#> SRR902990 1 0 1 1 0
#> SRR902991 1 0 1 1 0
#> SRR902992 1 0 1 1 0
#> SRR902993 1 0 1 1 0
#> SRR902994 1 0 1 1 0
#> SRR902995 1 0 1 1 0
#> SRR902996 2 0 1 0 1
#> SRR902997 2 0 1 0 1
#> SRR902998 2 0 1 0 1
#> SRR902999 2 0 1 0 1
#> SRR903000 2 0 1 0 1
#> SRR903001 2 0 1 0 1
#> SRR903008 2 0 1 0 1
#> SRR903009 2 0 1 0 1
#> SRR903010 2 0 1 0 1
#> SRR903011 2 0 1 0 1
#> SRR903012 2 0 1 0 1
#> SRR903013 2 0 1 0 1
#> SRR903002 2 0 1 0 1
#> SRR903003 2 0 1 0 1
#> SRR903004 2 0 1 0 1
#> SRR903005 2 0 1 0 1
#> SRR903006 2 0 1 0 1
#> SRR903007 2 0 1 0 1
#> SRR903014 1 0 1 1 0
#> SRR903015 1 0 1 1 0
#> SRR903016 1 0 1 1 0
#> SRR903017 1 0 1 1 0
#> SRR903018 1 0 1 1 0
#> SRR903019 1 0 1 1 0
#> SRR903020 1 0 1 1 0
#> SRR903021 1 0 1 1 0
#> SRR903022 1 0 1 1 0
#> SRR903023 1 0 1 1 0
#> SRR903024 1 0 1 1 0
#> SRR903025 1 0 1 1 0
#> SRR903026 1 0 1 1 0
#> SRR903027 1 0 1 1 0
#> SRR903028 1 0 1 1 0
#> SRR903029 1 0 1 1 0
#> SRR903030 1 0 1 1 0
#> SRR903031 1 0 1 1 0
#> SRR903032 2 0 1 0 1
#> SRR903033 2 0 1 0 1
#> SRR903034 2 0 1 0 1
#> SRR903035 2 0 1 0 1
#> SRR903036 2 0 1 0 1
#> SRR903037 2 0 1 0 1
#> SRR903038 2 0 1 0 1
#> SRR903039 2 0 1 0 1
#> SRR903040 2 0 1 0 1
#> SRR903041 2 0 1 0 1
#> SRR903042 2 0 1 0 1
#> SRR903043 2 0 1 0 1
#> SRR903044 2 0 1 0 1
#> SRR903045 2 0 1 0 1
#> SRR903046 2 0 1 0 1
#> SRR903047 2 0 1 0 1
#> SRR903048 2 0 1 0 1
#> SRR903049 2 0 1 0 1
#> SRR903050 2 0 1 0 1
#> SRR903051 2 0 1 0 1
#> SRR903052 2 0 1 0 1
#> SRR903053 2 0 1 0 1
#> SRR903054 2 0 1 0 1
#> SRR903055 2 0 1 0 1
#> SRR903056 2 0 1 0 1
#> SRR903057 2 0 1 0 1
#> SRR903058 2 0 1 0 1
#> SRR903059 2 0 1 0 1
#> SRR903060 2 0 1 0 1
#> SRR903061 2 0 1 0 1
#> SRR903062 2 0 1 0 1
#> SRR903063 2 0 1 0 1
#> SRR903064 2 0 1 0 1
#> SRR903065 2 0 1 0 1
#> SRR903066 2 0 1 0 1
#> SRR903067 2 0 1 0 1
#> SRR903068 2 0 1 0 1
#> SRR903069 2 0 1 0 1
#> SRR903070 2 0 1 0 1
#> SRR903071 2 0 1 0 1
#> SRR903072 2 0 1 0 1
#> SRR903073 2 0 1 0 1
#> SRR903074 2 0 1 0 1
#> SRR903075 2 0 1 0 1
#> SRR903076 2 0 1 0 1
#> SRR903077 2 0 1 0 1
#> SRR903078 2 0 1 0 1
#> SRR903079 2 0 1 0 1
#> SRR903080 2 0 1 0 1
#> SRR903081 2 0 1 0 1
#> SRR903082 2 0 1 0 1
#> SRR903083 2 0 1 0 1
#> SRR903084 2 0 1 0 1
#> SRR903085 2 0 1 0 1
#> SRR903086 2 0 1 0 1
#> SRR903087 2 0 1 0 1
#> SRR903088 2 0 1 0 1
#> SRR903089 2 0 1 0 1
#> SRR903090 2 0 1 0 1
#> SRR903091 2 0 1 0 1
#> SRR903092 2 0 1 0 1
#> SRR903093 2 0 1 0 1
#> SRR903094 2 0 1 0 1
#> SRR903095 2 0 1 0 1
#> SRR903096 2 0 1 0 1
#> SRR903097 2 0 1 0 1
#> SRR903098 2 0 1 0 1
#> SRR903099 2 0 1 0 1
#> SRR903100 2 0 1 0 1
#> SRR903101 2 0 1 0 1
#> SRR903102 2 0 1 0 1
#> SRR903103 2 0 1 0 1
#> SRR903104 2 0 1 0 1
#> SRR903105 2 0 1 0 1
#> SRR903106 2 0 1 0 1
#> SRR903107 2 0 1 0 1
#> SRR903108 2 0 1 0 1
#> SRR903109 2 0 1 0 1
#> SRR903110 2 0 1 0 1
#> SRR903111 2 0 1 0 1
#> SRR903112 2 0 1 0 1
#> SRR903113 2 0 1 0 1
#> SRR903114 2 0 1 0 1
#> SRR903115 2 0 1 0 1
#> SRR903116 2 0 1 0 1
#> SRR903117 2 0 1 0 1
#> SRR903118 2 0 1 0 1
#> SRR903119 2 0 1 0 1
#> SRR903121 2 0 1 0 1
#> SRR903122 2 0 1 0 1
#> SRR903124 2 0 1 0 1
#> SRR903125 2 0 1 0 1
#> SRR903126 2 0 1 0 1
#> SRR903127 2 0 1 0 1
#> SRR903128 2 0 1 0 1
#> SRR903129 2 0 1 0 1
#> SRR903130 2 0 1 0 1
#> SRR903131 2 0 1 0 1
#> SRR903132 2 0 1 0 1
#> SRR903133 2 0 1 0 1
#> SRR903134 2 0 1 0 1
#> SRR903135 2 0 1 0 1
#> SRR903136 2 0 1 0 1
#> SRR903137 2 0 1 0 1
#> SRR903146 2 0 1 0 1
#> SRR903147 2 0 1 0 1
#> SRR903148 2 0 1 0 1
#> SRR903149 2 0 1 0 1
#> SRR903150 2 0 1 0 1
#> SRR903151 2 0 1 0 1
#> SRR903152 2 0 1 0 1
#> SRR903153 2 0 1 0 1
#> SRR903138 2 0 1 0 1
#> SRR903139 2 0 1 0 1
#> SRR903140 2 0 1 0 1
#> SRR903141 2 0 1 0 1
#> SRR903142 2 0 1 0 1
#> SRR903143 2 0 1 0 1
#> SRR903144 2 0 1 0 1
#> SRR903145 2 0 1 0 1
#> SRR903154 2 0 1 0 1
#> SRR903155 2 0 1 0 1
#> SRR903156 2 0 1 0 1
#> SRR903157 2 0 1 0 1
#> SRR903158 2 0 1 0 1
#> SRR903159 2 0 1 0 1
#> SRR903160 2 0 1 0 1
#> SRR903161 2 0 1 0 1
#> SRR903162 2 0 1 0 1
#> SRR903163 2 0 1 0 1
#> SRR903164 2 0 1 0 1
#> SRR903165 2 0 1 0 1
#> SRR903166 2 0 1 0 1
#> SRR903167 2 0 1 0 1
#> SRR903168 2 0 1 0 1
#> SRR903169 2 0 1 0 1
#> SRR903178 2 0 1 0 1
#> SRR903179 2 0 1 0 1
#> SRR903180 2 0 1 0 1
#> SRR903181 2 0 1 0 1
#> SRR903182 2 0 1 0 1
#> SRR903183 2 0 1 0 1
#> SRR903184 2 0 1 0 1
#> SRR903185 2 0 1 0 1
#> SRR903170 2 0 1 0 1
#> SRR903171 2 0 1 0 1
#> SRR903172 2 0 1 0 1
#> SRR903173 2 0 1 0 1
#> SRR903174 2 0 1 0 1
#> SRR903175 2 0 1 0 1
#> SRR903176 2 0 1 0 1
#> SRR903177 2 0 1 0 1
#> SRR903186 2 0 1 0 1
#> SRR903187 2 0 1 0 1
#> SRR903188 2 0 1 0 1
#> SRR903189 2 0 1 0 1
#> SRR903190 2 0 1 0 1
#> SRR903191 2 0 1 0 1
#> SRR903192 2 0 1 0 1
#> SRR903193 2 0 1 0 1
#> SRR903194 2 0 1 0 1
#> SRR903195 2 0 1 0 1
#> SRR903196 2 0 1 0 1
#> SRR903197 2 0 1 0 1
#> SRR903198 2 0 1 0 1
#> SRR903199 2 0 1 0 1
#> SRR903200 2 0 1 0 1
#> SRR903201 2 0 1 0 1
#> SRR903210 2 0 1 0 1
#> SRR903211 2 0 1 0 1
#> SRR903212 2 0 1 0 1
#> SRR903213 2 0 1 0 1
#> SRR903214 2 0 1 0 1
#> SRR903215 2 0 1 0 1
#> SRR903216 2 0 1 0 1
#> SRR903217 2 0 1 0 1
#> SRR903202 2 0 1 0 1
#> SRR903203 2 0 1 0 1
#> SRR903204 2 0 1 0 1
#> SRR903205 2 0 1 0 1
#> SRR903206 2 0 1 0 1
#> SRR903207 2 0 1 0 1
#> SRR903208 2 0 1 0 1
#> SRR903209 2 0 1 0 1
#> SRR903218 2 0 1 0 1
#> SRR903219 2 0 1 0 1
#> SRR903220 2 0 1 0 1
#> SRR903221 2 0 1 0 1
#> SRR903222 2 0 1 0 1
#> SRR903223 2 0 1 0 1
#> SRR903224 2 0 1 0 1
#> SRR903225 2 0 1 0 1
#> SRR903226 2 0 1 0 1
#> SRR903227 2 0 1 0 1
#> SRR903228 2 0 1 0 1
#> SRR903229 2 0 1 0 1
#> SRR903230 2 0 1 0 1
#> SRR903231 2 0 1 0 1
#> SRR903232 2 0 1 0 1
#> SRR903233 2 0 1 0 1
#> SRR903242 2 0 1 0 1
#> SRR903243 2 0 1 0 1
#> SRR903244 2 0 1 0 1
#> SRR903245 2 0 1 0 1
#> SRR903246 2 0 1 0 1
#> SRR903247 2 0 1 0 1
#> SRR903248 2 0 1 0 1
#> SRR903249 2 0 1 0 1
#> SRR903234 2 0 1 0 1
#> SRR903235 2 0 1 0 1
#> SRR903236 2 0 1 0 1
#> SRR903237 2 0 1 0 1
#> SRR903238 2 0 1 0 1
#> SRR903239 2 0 1 0 1
#> SRR903240 2 0 1 0 1
#> SRR903241 2 0 1 0 1
#> SRR903258 2 0 1 0 1
#> SRR903259 2 0 1 0 1
#> SRR903260 2 0 1 0 1
#> SRR903261 2 0 1 0 1
#> SRR903262 2 0 1 0 1
#> SRR903263 2 0 1 0 1
#> SRR903264 2 0 1 0 1
#> SRR903265 2 0 1 0 1
#> SRR903250 2 0 1 0 1
#> SRR903251 2 0 1 0 1
#> SRR903252 2 0 1 0 1
#> SRR903253 2 0 1 0 1
#> SRR903254 2 0 1 0 1
#> SRR903255 2 0 1 0 1
#> SRR903256 2 0 1 0 1
#> SRR903257 2 0 1 0 1
#> SRR903266 2 0 1 0 1
#> SRR903267 2 0 1 0 1
#> SRR903268 2 0 1 0 1
#> SRR903270 2 0 1 0 1
#> SRR903271 2 0 1 0 1
#> SRR903272 2 0 1 0 1
#> SRR903273 2 0 1 0 1
#> SRR903274 2 0 1 0 1
#> SRR903275 2 0 1 0 1
#> SRR903276 2 0 1 0 1
#> SRR903277 2 0 1 0 1
#> SRR903278 2 0 1 0 1
#> SRR903279 2 0 1 0 1
#> SRR903280 2 0 1 0 1
#> SRR903281 2 0 1 0 1
#> SRR903282 2 0 1 0 1
#> SRR903283 2 0 1 0 1
#> SRR903284 2 0 1 0 1
#> SRR903285 2 0 1 0 1
#> SRR903286 2 0 1 0 1
#> SRR903287 2 0 1 0 1
#> SRR903288 2 0 1 0 1
#> SRR903289 2 0 1 0 1
#> SRR903290 2 0 1 0 1
#> SRR903291 2 0 1 0 1
#> SRR903292 2 0 1 0 1
#> SRR903293 2 0 1 0 1
#> SRR903294 2 0 1 0 1
#> SRR903295 2 0 1 0 1
#> SRR903296 2 0 1 0 1
#> SRR903297 2 0 1 0 1
#> SRR903298 2 0 1 0 1
#> SRR903299 2 0 1 0 1
#> SRR903300 2 0 1 0 1
#> SRR903301 2 0 1 0 1
#> SRR903302 2 0 1 0 1
#> SRR903303 2 0 1 0 1
#> SRR903304 2 0 1 0 1
#> SRR903305 2 0 1 0 1
#> SRR903306 1 0 1 1 0
#> SRR903307 1 0 1 1 0
#> SRR903308 1 0 1 1 0
#> SRR903309 1 0 1 1 0
#> SRR903310 1 0 1 1 0
#> SRR903311 1 0 1 1 0
#> SRR903312 1 0 1 1 0
#> SRR903313 1 0 1 1 0
#> SRR903314 1 0 1 1 0
#> SRR903315 1 0 1 1 0
#> SRR903316 1 0 1 1 0
#> SRR903317 1 0 1 1 0
#> SRR903318 1 0 1 1 0
#> SRR903319 1 0 1 1 0
#> SRR903320 1 0 1 1 0
#> SRR903321 1 0 1 1 0
#> SRR903322 1 0 1 1 0
#> SRR903323 1 0 1 1 0
#> SRR903324 2 0 1 0 1
#> SRR903325 2 0 1 0 1
#> SRR903326 2 0 1 0 1
#> SRR903327 2 0 1 0 1
#> SRR903328 2 0 1 0 1
#> SRR903329 2 0 1 0 1
#> SRR903330 2 0 1 0 1
#> SRR903331 2 0 1 0 1
#> SRR903332 2 0 1 0 1
#> SRR903333 2 0 1 0 1
#> SRR903334 2 0 1 0 1
#> SRR903335 2 0 1 0 1
#> SRR903336 2 0 1 0 1
#> SRR903337 2 0 1 0 1
#> SRR903338 2 0 1 0 1
#> SRR903339 2 0 1 0 1
#> SRR903340 2 0 1 0 1
#> SRR903341 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0 1 0 0 1
#> SRR902921 3 0 1 0 0 1
#> SRR902922 3 0 1 0 0 1
#> SRR902923 3 0 1 0 0 1
#> SRR902924 3 0 1 0 0 1
#> SRR902925 3 0 1 0 0 1
#> SRR902926 3 0 1 0 0 1
#> SRR902927 3 0 1 0 0 1
#> SRR902928 3 0 1 0 0 1
#> SRR902929 3 0 1 0 0 1
#> SRR902930 3 0 1 0 0 1
#> SRR902931 3 0 1 0 0 1
#> SRR902932 2 0 1 0 1 0
#> SRR902933 2 0 1 0 1 0
#> SRR902934 2 0 1 0 1 0
#> SRR902935 2 0 1 0 1 0
#> SRR902936 2 0 1 0 1 0
#> SRR902937 2 0 1 0 1 0
#> SRR902938 2 0 1 0 1 0
#> SRR902939 2 0 1 0 1 0
#> SRR902940 2 0 1 0 1 0
#> SRR902941 2 0 1 0 1 0
#> SRR902942 3 0 1 0 0 1
#> SRR902943 3 0 1 0 0 1
#> SRR902944 3 0 1 0 0 1
#> SRR902945 3 0 1 0 0 1
#> SRR902946 3 0 1 0 0 1
#> SRR902947 3 0 1 0 0 1
#> SRR902954 3 0 1 0 0 1
#> SRR902955 3 0 1 0 0 1
#> SRR902956 3 0 1 0 0 1
#> SRR902957 3 0 1 0 0 1
#> SRR902958 3 0 1 0 0 1
#> SRR902959 3 0 1 0 0 1
#> SRR902948 3 0 1 0 0 1
#> SRR902949 3 0 1 0 0 1
#> SRR902950 3 0 1 0 0 1
#> SRR902951 3 0 1 0 0 1
#> SRR902952 3 0 1 0 0 1
#> SRR902953 3 0 1 0 0 1
#> SRR902960 3 0 1 0 0 1
#> SRR902961 3 0 1 0 0 1
#> SRR902962 3 0 1 0 0 1
#> SRR902963 3 0 1 0 0 1
#> SRR902964 3 0 1 0 0 1
#> SRR902965 3 0 1 0 0 1
#> SRR902966 3 0 1 0 0 1
#> SRR902967 3 0 1 0 0 1
#> SRR902968 3 0 1 0 0 1
#> SRR902969 3 0 1 0 0 1
#> SRR902970 3 0 1 0 0 1
#> SRR902971 3 0 1 0 0 1
#> SRR902972 3 0 1 0 0 1
#> SRR902973 3 0 1 0 0 1
#> SRR902974 3 0 1 0 0 1
#> SRR902975 3 0 1 0 0 1
#> SRR902976 3 0 1 0 0 1
#> SRR902977 3 0 1 0 0 1
#> SRR902978 3 0 1 0 0 1
#> SRR902980 3 0 1 0 0 1
#> SRR902981 3 0 1 0 0 1
#> SRR902982 3 0 1 0 0 1
#> SRR902983 3 0 1 0 0 1
#> SRR902984 3 0 1 0 0 1
#> SRR902985 3 0 1 0 0 1
#> SRR902986 3 0 1 0 0 1
#> SRR902987 3 0 1 0 0 1
#> SRR902988 3 0 1 0 0 1
#> SRR902989 3 0 1 0 0 1
#> SRR902990 3 0 1 0 0 1
#> SRR902991 3 0 1 0 0 1
#> SRR902992 3 0 1 0 0 1
#> SRR902993 3 0 1 0 0 1
#> SRR902994 3 0 1 0 0 1
#> SRR902995 3 0 1 0 0 1
#> SRR902996 2 0 1 0 1 0
#> SRR902997 2 0 1 0 1 0
#> SRR902998 2 0 1 0 1 0
#> SRR902999 2 0 1 0 1 0
#> SRR903000 2 0 1 0 1 0
#> SRR903001 2 0 1 0 1 0
#> SRR903008 2 0 1 0 1 0
#> SRR903009 2 0 1 0 1 0
#> SRR903010 2 0 1 0 1 0
#> SRR903011 2 0 1 0 1 0
#> SRR903012 2 0 1 0 1 0
#> SRR903013 2 0 1 0 1 0
#> SRR903002 2 0 1 0 1 0
#> SRR903003 2 0 1 0 1 0
#> SRR903004 2 0 1 0 1 0
#> SRR903005 2 0 1 0 1 0
#> SRR903006 2 0 1 0 1 0
#> SRR903007 2 0 1 0 1 0
#> SRR903014 3 0 1 0 0 1
#> SRR903015 3 0 1 0 0 1
#> SRR903016 3 0 1 0 0 1
#> SRR903017 3 0 1 0 0 1
#> SRR903018 3 0 1 0 0 1
#> SRR903019 3 0 1 0 0 1
#> SRR903020 3 0 1 0 0 1
#> SRR903021 3 0 1 0 0 1
#> SRR903022 3 0 1 0 0 1
#> SRR903023 3 0 1 0 0 1
#> SRR903024 3 0 1 0 0 1
#> SRR903025 3 0 1 0 0 1
#> SRR903026 3 0 1 0 0 1
#> SRR903027 3 0 1 0 0 1
#> SRR903028 3 0 1 0 0 1
#> SRR903029 3 0 1 0 0 1
#> SRR903030 3 0 1 0 0 1
#> SRR903031 3 0 1 0 0 1
#> SRR903032 2 0 1 0 1 0
#> SRR903033 2 0 1 0 1 0
#> SRR903034 2 0 1 0 1 0
#> SRR903035 2 0 1 0 1 0
#> SRR903036 2 0 1 0 1 0
#> SRR903037 2 0 1 0 1 0
#> SRR903038 2 0 1 0 1 0
#> SRR903039 2 0 1 0 1 0
#> SRR903040 2 0 1 0 1 0
#> SRR903041 2 0 1 0 1 0
#> SRR903042 2 0 1 0 1 0
#> SRR903043 2 0 1 0 1 0
#> SRR903044 2 0 1 0 1 0
#> SRR903045 2 0 1 0 1 0
#> SRR903046 2 0 1 0 1 0
#> SRR903047 2 0 1 0 1 0
#> SRR903048 2 0 1 0 1 0
#> SRR903049 2 0 1 0 1 0
#> SRR903050 1 0 1 1 0 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0 0
#> SRR903082 1 0 1 1 0 0
#> SRR903083 1 0 1 1 0 0
#> SRR903084 1 0 1 1 0 0
#> SRR903085 1 0 1 1 0 0
#> SRR903086 1 0 1 1 0 0
#> SRR903087 1 0 1 1 0 0
#> SRR903088 1 0 1 1 0 0
#> SRR903089 1 0 1 1 0 0
#> SRR903090 1 0 1 1 0 0
#> SRR903091 1 0 1 1 0 0
#> SRR903092 1 0 1 1 0 0
#> SRR903093 1 0 1 1 0 0
#> SRR903094 1 0 1 1 0 0
#> SRR903095 1 0 1 1 0 0
#> SRR903096 1 0 1 1 0 0
#> SRR903097 1 0 1 1 0 0
#> SRR903098 1 0 1 1 0 0
#> SRR903099 1 0 1 1 0 0
#> SRR903100 1 0 1 1 0 0
#> SRR903101 1 0 1 1 0 0
#> SRR903102 1 0 1 1 0 0
#> SRR903103 1 0 1 1 0 0
#> SRR903104 1 0 1 1 0 0
#> SRR903105 1 0 1 1 0 0
#> SRR903106 1 0 1 1 0 0
#> SRR903107 1 0 1 1 0 0
#> SRR903108 1 0 1 1 0 0
#> SRR903109 1 0 1 1 0 0
#> SRR903110 1 0 1 1 0 0
#> SRR903111 1 0 1 1 0 0
#> SRR903112 1 0 1 1 0 0
#> SRR903113 1 0 1 1 0 0
#> SRR903114 1 0 1 1 0 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0 0
#> SRR903146 1 0 1 1 0 0
#> SRR903147 1 0 1 1 0 0
#> SRR903148 1 0 1 1 0 0
#> SRR903149 1 0 1 1 0 0
#> SRR903150 1 0 1 1 0 0
#> SRR903151 1 0 1 1 0 0
#> SRR903152 1 0 1 1 0 0
#> SRR903153 1 0 1 1 0 0
#> SRR903138 1 0 1 1 0 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0 0
#> SRR903154 1 0 1 1 0 0
#> SRR903155 1 0 1 1 0 0
#> SRR903156 1 0 1 1 0 0
#> SRR903157 1 0 1 1 0 0
#> SRR903158 1 0 1 1 0 0
#> SRR903159 1 0 1 1 0 0
#> SRR903160 1 0 1 1 0 0
#> SRR903161 1 0 1 1 0 0
#> SRR903162 1 0 1 1 0 0
#> SRR903163 1 0 1 1 0 0
#> SRR903164 1 0 1 1 0 0
#> SRR903165 1 0 1 1 0 0
#> SRR903166 1 0 1 1 0 0
#> SRR903167 1 0 1 1 0 0
#> SRR903168 1 0 1 1 0 0
#> SRR903169 1 0 1 1 0 0
#> SRR903178 1 0 1 1 0 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0 0
#> SRR903170 1 0 1 1 0 0
#> SRR903171 1 0 1 1 0 0
#> SRR903172 1 0 1 1 0 0
#> SRR903173 1 0 1 1 0 0
#> SRR903174 1 0 1 1 0 0
#> SRR903175 1 0 1 1 0 0
#> SRR903176 1 0 1 1 0 0
#> SRR903177 1 0 1 1 0 0
#> SRR903186 1 0 1 1 0 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0 0
#> SRR903210 1 0 1 1 0 0
#> SRR903211 1 0 1 1 0 0
#> SRR903212 1 0 1 1 0 0
#> SRR903213 1 0 1 1 0 0
#> SRR903214 1 0 1 1 0 0
#> SRR903215 1 0 1 1 0 0
#> SRR903216 1 0 1 1 0 0
#> SRR903217 1 0 1 1 0 0
#> SRR903202 1 0 1 1 0 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0 0
#> SRR903218 1 0 1 1 0 0
#> SRR903219 1 0 1 1 0 0
#> SRR903220 1 0 1 1 0 0
#> SRR903221 1 0 1 1 0 0
#> SRR903222 1 0 1 1 0 0
#> SRR903223 1 0 1 1 0 0
#> SRR903224 1 0 1 1 0 0
#> SRR903225 1 0 1 1 0 0
#> SRR903226 1 0 1 1 0 0
#> SRR903227 1 0 1 1 0 0
#> SRR903228 1 0 1 1 0 0
#> SRR903229 1 0 1 1 0 0
#> SRR903230 1 0 1 1 0 0
#> SRR903231 1 0 1 1 0 0
#> SRR903232 1 0 1 1 0 0
#> SRR903233 1 0 1 1 0 0
#> SRR903242 1 0 1 1 0 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0 0
#> SRR903234 1 0 1 1 0 0
#> SRR903235 1 0 1 1 0 0
#> SRR903236 1 0 1 1 0 0
#> SRR903237 1 0 1 1 0 0
#> SRR903238 1 0 1 1 0 0
#> SRR903239 1 0 1 1 0 0
#> SRR903240 1 0 1 1 0 0
#> SRR903241 1 0 1 1 0 0
#> SRR903258 1 0 1 1 0 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0 0
#> SRR903274 1 0 1 1 0 0
#> SRR903275 1 0 1 1 0 0
#> SRR903276 1 0 1 1 0 0
#> SRR903277 1 0 1 1 0 0
#> SRR903278 1 0 1 1 0 0
#> SRR903279 1 0 1 1 0 0
#> SRR903280 1 0 1 1 0 0
#> SRR903281 1 0 1 1 0 0
#> SRR903282 1 0 1 1 0 0
#> SRR903283 1 0 1 1 0 0
#> SRR903284 1 0 1 1 0 0
#> SRR903285 1 0 1 1 0 0
#> SRR903286 1 0 1 1 0 0
#> SRR903287 1 0 1 1 0 0
#> SRR903288 1 0 1 1 0 0
#> SRR903289 1 0 1 1 0 0
#> SRR903290 1 0 1 1 0 0
#> SRR903291 1 0 1 1 0 0
#> SRR903292 1 0 1 1 0 0
#> SRR903293 1 0 1 1 0 0
#> SRR903294 1 0 1 1 0 0
#> SRR903295 1 0 1 1 0 0
#> SRR903296 1 0 1 1 0 0
#> SRR903297 1 0 1 1 0 0
#> SRR903298 1 0 1 1 0 0
#> SRR903299 1 0 1 1 0 0
#> SRR903300 1 0 1 1 0 0
#> SRR903301 1 0 1 1 0 0
#> SRR903302 1 0 1 1 0 0
#> SRR903303 1 0 1 1 0 0
#> SRR903304 1 0 1 1 0 0
#> SRR903305 1 0 1 1 0 0
#> SRR903306 3 0 1 0 0 1
#> SRR903307 3 0 1 0 0 1
#> SRR903308 3 0 1 0 0 1
#> SRR903309 3 0 1 0 0 1
#> SRR903310 3 0 1 0 0 1
#> SRR903311 3 0 1 0 0 1
#> SRR903312 3 0 1 0 0 1
#> SRR903313 3 0 1 0 0 1
#> SRR903314 3 0 1 0 0 1
#> SRR903315 3 0 1 0 0 1
#> SRR903316 3 0 1 0 0 1
#> SRR903317 3 0 1 0 0 1
#> SRR903318 3 0 1 0 0 1
#> SRR903319 3 0 1 0 0 1
#> SRR903320 3 0 1 0 0 1
#> SRR903321 3 0 1 0 0 1
#> SRR903322 3 0 1 0 0 1
#> SRR903323 3 0 1 0 0 1
#> SRR903324 2 0 1 0 1 0
#> SRR903325 2 0 1 0 1 0
#> SRR903326 2 0 1 0 1 0
#> SRR903327 2 0 1 0 1 0
#> SRR903328 2 0 1 0 1 0
#> SRR903329 2 0 1 0 1 0
#> SRR903330 2 0 1 0 1 0
#> SRR903331 2 0 1 0 1 0
#> SRR903332 2 0 1 0 1 0
#> SRR903333 2 0 1 0 1 0
#> SRR903334 2 0 1 0 1 0
#> SRR903335 2 0 1 0 1 0
#> SRR903336 2 0 1 0 1 0
#> SRR903337 2 0 1 0 1 0
#> SRR903338 2 0 1 0 1 0
#> SRR903339 2 0 1 0 1 0
#> SRR903340 2 0 1 0 1 0
#> SRR903341 2 0 1 0 1 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902932 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902933 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902934 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902935 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902936 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902937 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902938 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902939 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902940 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902941 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR902996 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902997 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902998 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR902999 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903000 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903001 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903008 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903009 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903010 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903011 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903012 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903013 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903002 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903003 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903004 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903005 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903006 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903007 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903032 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903033 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903034 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903035 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903036 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903037 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903038 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903039 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903040 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903041 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903042 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903043 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903044 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903045 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903046 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903047 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903048 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903049 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903050 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903051 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903052 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903053 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903054 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903055 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903056 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903057 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903058 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903059 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903060 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903061 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903062 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903063 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903064 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903065 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903066 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903067 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903068 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903069 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903070 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903071 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903072 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903073 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903074 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903075 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903076 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903077 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903078 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903079 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903080 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903081 1 0.485 0.955 0.600 0.0 0 0.400
#> SRR903082 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903083 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903084 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903085 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903086 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903087 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903088 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903089 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903090 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903091 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903092 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903093 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903094 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903095 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903096 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903097 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903098 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903099 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903100 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903101 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903102 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903103 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903104 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903105 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903106 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903107 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903108 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903109 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903110 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903111 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903112 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903113 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903114 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903115 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903116 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903117 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903118 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903119 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903121 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903122 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903124 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903125 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903126 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903127 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903128 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903129 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903130 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903131 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903132 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903133 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903134 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903135 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903136 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903137 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903146 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903147 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903148 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903149 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903150 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903151 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903152 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903153 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903138 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903139 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903140 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903141 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903142 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903143 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903144 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903145 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903154 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903155 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903156 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903157 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903158 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903159 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903160 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903161 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903162 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903163 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903164 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903165 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903166 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903167 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903168 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903169 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903178 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903179 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903180 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903181 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903182 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903183 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903184 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903185 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903170 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903171 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903172 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903173 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903174 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903175 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903176 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903177 1 0.495 0.985 0.560 0.0 0 0.440
#> SRR903186 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903187 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903188 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903189 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903190 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903191 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903192 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903193 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903194 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903195 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903196 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903197 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903198 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903199 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903200 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903201 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903210 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903211 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903212 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903213 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903214 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903215 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903216 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903217 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903202 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903203 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903204 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903205 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903206 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903207 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903208 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903209 4 0.215 0.459 0.088 0.0 0 0.912
#> SRR903218 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903219 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903220 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903221 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903222 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903223 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903224 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903225 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903226 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903227 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903228 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903229 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903230 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903231 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903232 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903233 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903242 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903243 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903244 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903245 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903246 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903247 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903248 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903249 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903234 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903235 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903236 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903237 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903238 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903239 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903240 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903241 4 0.000 0.591 0.000 0.0 0 1.000
#> SRR903258 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903259 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903260 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903261 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903262 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903263 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903264 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903265 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903250 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903251 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903252 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903253 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903254 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903255 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903256 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903257 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903266 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903267 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903268 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903270 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903271 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903272 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903273 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903274 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903275 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903276 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903277 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903278 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903279 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903280 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903281 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903282 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903283 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903284 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903285 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903286 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903287 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903288 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903289 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903290 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903291 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903292 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903293 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903294 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903295 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903296 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903297 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903298 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903299 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903300 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903301 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903302 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903303 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903304 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903305 4 0.485 0.710 0.000 0.4 0 0.600
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1 0.000
#> SRR903324 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903325 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903326 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903327 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903328 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903329 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903330 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903331 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903332 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903333 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903334 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903335 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903336 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903337 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903338 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903339 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903340 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
#> SRR903341 2 0.485 1.000 0.400 0.6 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.238 0.92456 0.128 0 0.872 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903051 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903052 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903053 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903054 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903055 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903056 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903057 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903058 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903059 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903060 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903061 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903062 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903063 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903064 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903065 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903066 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903067 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903068 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903069 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903070 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903071 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903072 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903073 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903074 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903075 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903076 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903077 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903078 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903079 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903080 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903081 1 0.324 1.00000 0.784 0 0.000 0.216 0.000
#> SRR903082 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903083 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903084 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903085 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903086 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903087 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903088 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903089 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903090 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903091 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903092 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903093 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903094 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903095 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903096 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903097 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903098 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903099 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903100 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903101 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903102 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903103 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903104 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903105 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903106 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903107 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903108 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903109 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903110 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903111 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903112 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903113 4 0.185 0.74928 0.088 0 0.000 0.912 0.000
#> SRR903114 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903115 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903116 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903117 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903118 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903119 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903121 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903122 4 0.185 0.77285 0.000 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR903124 4 0.185 0.77285 0.000 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR903125 4 0.185 0.77285 0.000 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR903126 4 0.185 0.77285 0.000 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR903127 4 0.185 0.77285 0.000 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR903128 4 0.185 0.77285 0.000 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR903129 4 0.185 0.77285 0.000 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR903130 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903131 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903132 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903133 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903134 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903135 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903136 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903137 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903146 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903147 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903148 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903149 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903150 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903151 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903152 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903153 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903138 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903139 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903140 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903141 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903142 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903143 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903144 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903145 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903154 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903155 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903156 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903157 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903158 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903159 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903160 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903161 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903162 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903163 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903164 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903165 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903166 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903167 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903168 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903169 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903178 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903179 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903180 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903181 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903182 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903183 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903184 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903185 5 0.430 0.18006 0.000 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR903170 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903171 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903172 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903173 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903174 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903175 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903176 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903177 4 0.104 0.80519 0.000 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR903186 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903187 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903188 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903189 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903190 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903191 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903192 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903193 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903194 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903195 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903196 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903197 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903198 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903199 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903200 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903201 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903210 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903211 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903212 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903213 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903214 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903215 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903216 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903217 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903202 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903203 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903204 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903205 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903206 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903207 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903208 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903209 4 0.429 -0.00545 0.000 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR903218 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903219 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903220 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903221 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903222 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903223 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903224 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903225 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903226 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903227 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903228 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903229 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903230 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903231 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903232 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903233 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903242 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903243 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903244 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903245 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903246 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903247 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903248 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903249 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903234 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903235 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903236 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903237 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903238 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903239 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903240 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903241 5 0.418 0.41881 0.000 0 0.000 0.400 0.600
#> SRR903258 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903259 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903260 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903261 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903262 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903263 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903264 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903265 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903250 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903251 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903252 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903253 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903254 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903255 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903256 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903257 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903266 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903267 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903268 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903270 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903271 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903272 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903273 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903274 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 5 0.000 0.76589 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 0.95935 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902943 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902944 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902945 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902946 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902947 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902954 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902955 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902956 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902957 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902958 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902959 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902948 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902949 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902950 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902951 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902952 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902953 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902960 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902961 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902962 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902963 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902964 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902965 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902966 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902967 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902968 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902969 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902970 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902971 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902972 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902973 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902974 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902975 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902976 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902977 3 0.252 0.905 0.000 0 0.844 0.152 0.000 0.004
#> SRR902978 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 1.000 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903083 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903084 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903085 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903086 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903087 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903088 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903089 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903090 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903091 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903092 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903093 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903094 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903095 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903096 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903097 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903098 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903099 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903100 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903101 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903102 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903103 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903104 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903105 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903106 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903107 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903108 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903109 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903110 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903111 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903112 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903113 4 0.238 0.640 0.000 0 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR903114 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903115 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903116 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903117 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903118 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903119 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903121 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903122 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903124 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903125 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903126 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903127 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903128 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903129 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903130 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903131 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903132 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903133 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903134 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903135 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903136 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903137 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903146 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903147 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903148 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903149 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903150 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903151 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903152 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903153 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903138 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903139 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903140 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903141 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903142 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903143 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903144 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903145 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903154 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903155 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903156 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903157 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903158 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903159 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903160 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903161 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903162 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903163 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903164 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903165 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903166 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903167 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903168 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903169 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903178 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903179 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903180 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903181 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903182 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903183 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903184 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903185 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903170 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903171 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903172 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903173 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903174 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903175 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903176 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903177 4 0.514 0.790 0.088 0 0.000 0.520 0.392 0.000
#> SRR903186 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903187 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903188 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903189 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903190 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903191 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903192 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903193 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903194 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903195 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903196 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903197 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903198 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903199 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903200 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903201 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903210 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903211 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903212 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903213 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903214 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903215 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903216 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903217 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903202 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903203 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903204 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903205 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903206 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903207 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903208 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903209 5 0.192 0.600 0.088 0 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR903218 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903219 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903220 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903221 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903222 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903223 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903224 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903225 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903226 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903227 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903228 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903229 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903230 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903231 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903232 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903233 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903242 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903243 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903244 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903245 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903246 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903247 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903248 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903249 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903234 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903235 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903236 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903237 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903238 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903239 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903240 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903241 5 0.486 0.563 0.000 0 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR903258 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903259 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903260 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903261 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903262 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903263 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903264 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903265 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903250 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903251 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903252 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903253 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903254 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903255 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903256 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903257 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903266 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903267 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903268 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903270 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903271 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903272 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903273 6 0.385 0.855 0.000 0 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR903274 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903275 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903276 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903277 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903278 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903279 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903280 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903281 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903282 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903283 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903284 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903285 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903286 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903287 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903288 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903289 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903290 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903291 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903292 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903293 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903294 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903295 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903296 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903297 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903298 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903299 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903300 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903301 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903302 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903303 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903304 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903305 6 0.322 0.858 0.000 0 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR903306 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 0.949 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.910 0.953 0.978 0.4989 0.502 0.502
#> 3 3 0.811 0.903 0.930 0.2639 0.857 0.716
#> 4 4 0.634 0.656 0.762 0.1469 0.940 0.836
#> 5 5 0.654 0.685 0.782 0.0787 0.845 0.548
#> 6 6 0.860 0.889 0.881 0.0358 0.899 0.588
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.9129 0.574 0.672 0.328
#> SRR903115 1 0.9248 0.551 0.660 0.340
#> SRR903116 1 0.9087 0.582 0.676 0.324
#> SRR903117 1 0.9000 0.596 0.684 0.316
#> SRR903118 1 0.9087 0.582 0.676 0.324
#> SRR903119 1 0.9000 0.596 0.684 0.316
#> SRR903121 1 0.9460 0.501 0.636 0.364
#> SRR903122 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903124 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903125 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903126 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903127 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903128 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903129 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903130 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903131 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903132 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903133 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903134 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903135 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903136 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903137 1 0.7219 0.774 0.800 0.200
#> SRR903146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.9635 0.447 0.612 0.388
#> SRR903139 1 0.9635 0.447 0.612 0.388
#> SRR903140 1 0.9635 0.447 0.612 0.388
#> SRR903141 1 0.9608 0.457 0.616 0.384
#> SRR903142 1 0.9522 0.484 0.628 0.372
#> SRR903143 1 0.9522 0.484 0.628 0.372
#> SRR903144 1 0.9608 0.457 0.616 0.384
#> SRR903145 1 0.9635 0.447 0.612 0.388
#> SRR903154 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.4815 0.875 0.896 0.104
#> SRR903243 1 0.4815 0.875 0.896 0.104
#> SRR903244 1 0.4431 0.886 0.908 0.092
#> SRR903245 1 0.4022 0.897 0.920 0.080
#> SRR903246 1 0.4431 0.886 0.908 0.092
#> SRR903247 1 0.4690 0.879 0.900 0.100
#> SRR903248 1 0.4431 0.886 0.908 0.092
#> SRR903249 1 0.4939 0.872 0.892 0.108
#> SRR903234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903259 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903260 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903261 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903262 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903263 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903264 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903265 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903250 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903251 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903252 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903253 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903254 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903255 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903256 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903257 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903266 1 0.0672 0.953 0.992 0.008
#> SRR903267 1 0.0938 0.950 0.988 0.012
#> SRR903268 1 0.0938 0.950 0.988 0.012
#> SRR903270 1 0.0672 0.953 0.992 0.008
#> SRR903271 1 0.1184 0.947 0.984 0.016
#> SRR903272 1 0.0672 0.953 0.992 0.008
#> SRR903273 1 0.1414 0.944 0.980 0.020
#> SRR903274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.0000 0.959 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.2165 0.9253 0.064 0.000 0.936
#> SRR902921 3 0.2261 0.9250 0.068 0.000 0.932
#> SRR902922 3 0.2261 0.9250 0.068 0.000 0.932
#> SRR902923 3 0.2165 0.9253 0.064 0.000 0.936
#> SRR902924 3 0.1529 0.9250 0.040 0.000 0.960
#> SRR902925 3 0.1529 0.9250 0.040 0.000 0.960
#> SRR902926 3 0.1643 0.9253 0.044 0.000 0.956
#> SRR902927 3 0.1860 0.9256 0.052 0.000 0.948
#> SRR902928 3 0.2356 0.9244 0.072 0.000 0.928
#> SRR902929 3 0.2356 0.9244 0.072 0.000 0.928
#> SRR902930 3 0.2356 0.9244 0.072 0.000 0.928
#> SRR902931 3 0.2356 0.9244 0.072 0.000 0.928
#> SRR902932 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 1 0.6305 -0.1089 0.516 0.000 0.484
#> SRR902943 1 0.6299 -0.0765 0.524 0.000 0.476
#> SRR902944 1 0.6305 -0.1089 0.516 0.000 0.484
#> SRR902945 1 0.6295 -0.0600 0.528 0.000 0.472
#> SRR902946 1 0.6305 -0.1089 0.516 0.000 0.484
#> SRR902947 1 0.6307 -0.1250 0.512 0.000 0.488
#> SRR902954 3 0.5678 0.6728 0.316 0.000 0.684
#> SRR902955 3 0.5785 0.6414 0.332 0.000 0.668
#> SRR902956 3 0.5760 0.6495 0.328 0.000 0.672
#> SRR902957 3 0.5706 0.6652 0.320 0.000 0.680
#> SRR902958 3 0.5650 0.6800 0.312 0.000 0.688
#> SRR902959 3 0.5678 0.6728 0.316 0.000 0.684
#> SRR902948 3 0.5431 0.7267 0.284 0.000 0.716
#> SRR902949 3 0.5591 0.6940 0.304 0.000 0.696
#> SRR902950 3 0.5497 0.7140 0.292 0.000 0.708
#> SRR902951 3 0.5465 0.7204 0.288 0.000 0.712
#> SRR902952 3 0.5397 0.7327 0.280 0.000 0.720
#> SRR902953 3 0.5431 0.7267 0.284 0.000 0.716
#> SRR902960 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902961 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902962 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902963 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902964 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902965 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902966 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902967 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902968 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902969 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902970 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902971 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902972 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902973 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902974 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902975 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902976 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902977 3 0.3752 0.8928 0.144 0.000 0.856
#> SRR902978 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR902980 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR902981 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR902982 3 0.0747 0.9184 0.016 0.000 0.984
#> SRR902983 3 0.1163 0.9235 0.028 0.000 0.972
#> SRR902984 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.9087 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.2448 0.9235 0.076 0.000 0.924
#> SRR903015 3 0.2448 0.9235 0.076 0.000 0.924
#> SRR903016 3 0.2356 0.9244 0.072 0.000 0.928
#> SRR903017 3 0.2448 0.9235 0.076 0.000 0.924
#> SRR903018 3 0.2261 0.9250 0.068 0.000 0.932
#> SRR903019 3 0.2356 0.9244 0.072 0.000 0.928
#> SRR903020 3 0.1289 0.9241 0.032 0.000 0.968
#> SRR903021 3 0.1289 0.9241 0.032 0.000 0.968
#> SRR903022 3 0.1860 0.9256 0.052 0.000 0.948
#> SRR903023 3 0.1289 0.9241 0.032 0.000 0.968
#> SRR903024 3 0.1411 0.9246 0.036 0.000 0.964
#> SRR903025 3 0.1964 0.9256 0.056 0.000 0.944
#> SRR903026 3 0.2448 0.9235 0.076 0.000 0.924
#> SRR903027 3 0.2625 0.9208 0.084 0.000 0.916
#> SRR903028 3 0.2625 0.9208 0.084 0.000 0.916
#> SRR903029 3 0.2625 0.9208 0.084 0.000 0.916
#> SRR903030 3 0.2448 0.9235 0.076 0.000 0.924
#> SRR903031 3 0.2537 0.9222 0.080 0.000 0.920
#> SRR903032 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903051 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903052 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903053 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903054 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903055 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903056 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903057 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903058 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903059 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903060 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903061 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903062 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903063 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903064 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903065 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903066 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903067 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903068 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903069 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903070 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903071 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903072 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903073 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903074 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903075 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903076 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903077 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903078 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903079 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903080 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903081 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903082 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903083 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903084 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903085 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903086 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903087 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903088 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903089 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903090 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903091 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903092 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903093 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903094 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903095 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903096 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903097 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903098 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903099 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903100 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903101 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903102 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903103 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903104 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903105 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903106 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903107 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903108 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903109 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903110 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903111 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903112 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903113 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903114 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903115 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903116 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903117 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903118 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903119 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903121 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903122 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903124 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903125 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903126 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903127 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903128 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903129 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903130 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903131 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903132 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903133 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903134 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903135 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903136 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903137 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903146 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903147 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903148 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903149 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903150 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903151 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903152 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903153 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903138 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903139 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903140 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903141 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903142 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903143 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903144 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903145 1 0.3752 0.7847 0.856 0.144 0.000
#> SRR903154 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903155 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903156 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903157 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903158 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903159 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903160 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903161 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903162 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903163 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903164 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903165 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903166 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903167 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903168 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903169 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903178 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903179 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903180 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903181 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903182 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903183 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903184 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903185 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903170 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903171 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903172 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903173 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903174 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903175 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903176 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903177 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903186 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903187 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903188 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903189 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903190 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903191 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903192 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903193 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903194 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903195 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903196 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903197 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903198 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903199 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903200 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903201 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903210 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903211 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903212 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903213 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903214 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903215 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903216 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903217 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903202 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903203 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903204 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903205 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903206 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903207 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903208 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903209 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903218 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.1163 0.9742 0.028 0.972 0.000
#> SRR903227 2 0.1411 0.9750 0.036 0.964 0.000
#> SRR903228 2 0.1163 0.9742 0.028 0.972 0.000
#> SRR903229 2 0.1031 0.9737 0.024 0.976 0.000
#> SRR903230 2 0.1031 0.9737 0.024 0.976 0.000
#> SRR903231 2 0.1031 0.9737 0.024 0.976 0.000
#> SRR903232 2 0.1163 0.9742 0.028 0.972 0.000
#> SRR903233 2 0.1289 0.9746 0.032 0.968 0.000
#> SRR903242 1 0.2711 0.8234 0.912 0.088 0.000
#> SRR903243 1 0.2625 0.8262 0.916 0.084 0.000
#> SRR903244 1 0.2537 0.8285 0.920 0.080 0.000
#> SRR903245 1 0.2537 0.8285 0.920 0.080 0.000
#> SRR903246 1 0.2537 0.8285 0.920 0.080 0.000
#> SRR903247 1 0.2625 0.8262 0.916 0.084 0.000
#> SRR903248 1 0.2625 0.8262 0.916 0.084 0.000
#> SRR903249 1 0.2625 0.8262 0.916 0.084 0.000
#> SRR903234 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903235 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903236 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903237 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903238 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903239 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903240 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903241 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903258 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903259 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903260 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903261 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903262 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903263 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903264 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903265 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903250 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903251 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903252 1 0.2550 0.8815 0.932 0.012 0.056
#> SRR903253 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903254 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903255 1 0.2384 0.8832 0.936 0.008 0.056
#> SRR903256 1 0.2200 0.8848 0.940 0.004 0.056
#> SRR903257 1 0.1964 0.8858 0.944 0.000 0.056
#> SRR903266 1 0.1163 0.8530 0.972 0.028 0.000
#> SRR903267 1 0.1964 0.8412 0.944 0.056 0.000
#> SRR903268 1 0.1643 0.8468 0.956 0.044 0.000
#> SRR903270 1 0.1643 0.8468 0.956 0.044 0.000
#> SRR903271 1 0.1964 0.8412 0.944 0.056 0.000
#> SRR903272 1 0.1643 0.8469 0.956 0.044 0.000
#> SRR903273 1 0.1753 0.8450 0.952 0.048 0.000
#> SRR903274 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903275 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903276 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903277 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903278 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903279 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903280 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903281 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903282 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903283 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903284 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903285 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903286 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903287 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903288 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903289 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903290 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903291 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903292 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903293 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903294 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903295 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903296 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903297 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903298 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903299 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903300 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903301 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903302 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903303 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903304 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903305 2 0.1964 0.9768 0.056 0.944 0.000
#> SRR903306 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903307 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903308 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903309 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903310 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903311 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903312 3 0.0592 0.9161 0.012 0.000 0.988
#> SRR903313 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903314 3 0.0747 0.9184 0.016 0.000 0.984
#> SRR903315 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903316 3 0.0592 0.9161 0.012 0.000 0.988
#> SRR903317 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903318 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903319 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903320 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903321 3 0.1163 0.9234 0.028 0.000 0.972
#> SRR903322 3 0.1031 0.9224 0.024 0.000 0.976
#> SRR903323 3 0.1163 0.9234 0.028 0.000 0.972
#> SRR903324 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.9703 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902921 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902922 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902923 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902924 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902925 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902926 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902927 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902928 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902929 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902930 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902931 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR902932 4 0.0927 0.7157 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR902933 4 0.0927 0.7157 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR902934 4 0.0927 0.7157 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR902935 4 0.0927 0.7157 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR902936 4 0.0927 0.7157 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR902937 4 0.0927 0.7157 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR902938 4 0.0927 0.7157 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR902939 4 0.1151 0.7160 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR902940 4 0.1151 0.7160 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR902941 4 0.1151 0.7160 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR902942 3 0.5472 0.7005 0.044 0.280 0.676 0.000
#> SRR902943 3 0.5697 0.6832 0.056 0.280 0.664 0.000
#> SRR902944 3 0.5472 0.7005 0.044 0.280 0.676 0.000
#> SRR902945 3 0.5767 0.6766 0.060 0.280 0.660 0.000
#> SRR902946 3 0.5649 0.6830 0.052 0.284 0.664 0.000
#> SRR902947 3 0.5472 0.7005 0.044 0.280 0.676 0.000
#> SRR902954 3 0.4103 0.7803 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR902955 3 0.4283 0.7767 0.004 0.256 0.740 0.000
#> SRR902956 3 0.4283 0.7767 0.004 0.256 0.740 0.000
#> SRR902957 3 0.4040 0.7875 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR902958 3 0.4103 0.7803 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR902959 3 0.4283 0.7767 0.004 0.256 0.740 0.000
#> SRR902948 3 0.4008 0.7908 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR902949 3 0.4072 0.7840 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR902950 3 0.4040 0.7883 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR902951 3 0.4072 0.7840 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR902952 3 0.3975 0.7947 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR902953 3 0.4040 0.7875 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR902960 3 0.3837 0.8052 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR902961 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902962 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902963 3 0.3837 0.8052 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR902964 3 0.3837 0.8052 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR902965 3 0.3837 0.8052 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR902966 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902967 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902968 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902969 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902970 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902971 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902972 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902973 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902974 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902975 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902976 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902977 3 0.3873 0.8025 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR902978 3 0.1716 0.8814 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902980 3 0.1792 0.8800 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR902981 3 0.1637 0.8823 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR902982 3 0.1940 0.8772 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR902983 3 0.1716 0.8814 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902984 3 0.1716 0.8813 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902985 3 0.1557 0.8826 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR902986 3 0.1557 0.8826 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR902987 3 0.1716 0.8813 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902988 3 0.1637 0.8820 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR902989 3 0.1557 0.8826 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR902990 3 0.1637 0.8820 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR902991 3 0.1716 0.8813 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902992 3 0.1716 0.8813 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902993 3 0.1716 0.8813 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902994 3 0.1557 0.8826 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR902995 3 0.1716 0.8813 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR902996 4 0.1929 0.6952 0.000 0.024 0.036 0.940
#> SRR902997 4 0.1833 0.6973 0.000 0.024 0.032 0.944
#> SRR902998 4 0.1733 0.6993 0.000 0.024 0.028 0.948
#> SRR902999 4 0.1733 0.6993 0.000 0.024 0.028 0.948
#> SRR903000 4 0.1833 0.6973 0.000 0.024 0.032 0.944
#> SRR903001 4 0.1520 0.7028 0.000 0.024 0.020 0.956
#> SRR903008 4 0.1520 0.7027 0.000 0.020 0.024 0.956
#> SRR903009 4 0.1411 0.7042 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR903010 4 0.1297 0.7056 0.000 0.020 0.016 0.964
#> SRR903011 4 0.1174 0.7067 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR903012 4 0.1174 0.7067 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR903013 4 0.1174 0.7067 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR903002 4 0.1520 0.7028 0.000 0.024 0.020 0.956
#> SRR903003 4 0.1406 0.7042 0.000 0.024 0.016 0.960
#> SRR903004 4 0.1406 0.7042 0.000 0.024 0.016 0.960
#> SRR903005 4 0.1284 0.7053 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR903006 4 0.1297 0.7056 0.000 0.020 0.016 0.964
#> SRR903007 4 0.1284 0.7053 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR903014 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR903027 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR903028 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR903029 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR903030 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR903031 3 0.0188 0.8861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR903032 4 0.2353 0.7138 0.056 0.008 0.012 0.924
#> SRR903033 4 0.2186 0.7147 0.048 0.008 0.012 0.932
#> SRR903034 4 0.2433 0.7132 0.060 0.008 0.012 0.920
#> SRR903035 4 0.2271 0.7143 0.052 0.008 0.012 0.928
#> SRR903036 4 0.2271 0.7143 0.052 0.008 0.012 0.928
#> SRR903037 4 0.2186 0.7147 0.048 0.008 0.012 0.932
#> SRR903038 4 0.1114 0.7149 0.016 0.008 0.004 0.972
#> SRR903039 4 0.1114 0.7149 0.016 0.008 0.004 0.972
#> SRR903040 4 0.1262 0.7138 0.016 0.008 0.008 0.968
#> SRR903041 4 0.1262 0.7138 0.016 0.008 0.008 0.968
#> SRR903042 4 0.1262 0.7138 0.016 0.008 0.008 0.968
#> SRR903043 4 0.1262 0.7138 0.016 0.008 0.008 0.968
#> SRR903044 4 0.1635 0.7165 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR903045 4 0.1635 0.7165 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR903046 4 0.1452 0.7164 0.036 0.008 0.000 0.956
#> SRR903047 4 0.1635 0.7165 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR903048 4 0.1635 0.7165 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR903049 4 0.1635 0.7165 0.044 0.008 0.000 0.948
#> SRR903050 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903051 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903052 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903053 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903054 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903055 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903056 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903057 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903058 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903059 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903060 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903061 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903062 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903063 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903064 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903065 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903066 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903067 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903068 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903069 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903070 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903071 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903072 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903073 1 0.5269 0.7313 0.620 0.364 0.016 0.000
#> SRR903074 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903075 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903076 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903077 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903078 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903079 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903080 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903081 1 0.5174 0.7309 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR903082 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903083 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903084 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903085 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903086 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903087 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903088 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903089 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903090 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903091 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903092 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903093 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903094 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903095 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903096 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903097 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903098 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903099 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903100 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903101 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903102 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903103 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903104 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903105 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903106 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903107 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903108 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903109 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903110 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903111 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903112 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903113 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903114 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903115 1 0.4907 0.7358 0.764 0.176 0.000 0.060
#> SRR903116 1 0.4907 0.7358 0.764 0.176 0.000 0.060
#> SRR903117 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903118 1 0.4907 0.7358 0.764 0.176 0.000 0.060
#> SRR903119 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903121 1 0.4907 0.7358 0.764 0.176 0.000 0.060
#> SRR903122 1 0.3312 0.6420 0.876 0.072 0.000 0.052
#> SRR903124 1 0.3312 0.6420 0.876 0.072 0.000 0.052
#> SRR903125 1 0.3312 0.6420 0.876 0.072 0.000 0.052
#> SRR903126 1 0.3320 0.6327 0.876 0.068 0.000 0.056
#> SRR903127 1 0.3312 0.6420 0.876 0.072 0.000 0.052
#> SRR903128 1 0.3239 0.6367 0.880 0.068 0.000 0.052
#> SRR903129 1 0.3453 0.6506 0.868 0.080 0.000 0.052
#> SRR903130 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903131 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903132 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903133 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903134 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903135 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903136 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903137 1 0.4436 0.7240 0.800 0.148 0.000 0.052
#> SRR903146 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903147 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903148 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903149 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903150 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903151 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903152 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903153 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903138 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903139 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903140 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903141 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903142 1 0.4990 0.7370 0.756 0.184 0.000 0.060
#> SRR903143 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903144 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903145 1 0.4949 0.7376 0.760 0.180 0.000 0.060
#> SRR903154 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903155 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903156 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903157 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903158 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903159 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903160 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903161 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903162 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903163 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903164 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903165 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903166 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903167 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903168 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903169 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903178 2 0.6808 0.4191 0.164 0.600 0.236 0.000
#> SRR903179 2 0.6808 0.4191 0.164 0.600 0.236 0.000
#> SRR903180 2 0.6808 0.4191 0.164 0.600 0.236 0.000
#> SRR903181 2 0.6834 0.4173 0.164 0.596 0.240 0.000
#> SRR903182 2 0.6808 0.4191 0.164 0.600 0.236 0.000
#> SRR903183 2 0.6808 0.4191 0.164 0.600 0.236 0.000
#> SRR903184 2 0.6808 0.4191 0.164 0.600 0.236 0.000
#> SRR903185 2 0.6808 0.4191 0.164 0.600 0.236 0.000
#> SRR903170 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903171 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903172 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903173 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903174 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903175 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903176 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903177 4 0.4746 0.6612 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR903186 2 0.4290 0.3475 0.212 0.772 0.016 0.000
#> SRR903187 2 0.4290 0.3475 0.212 0.772 0.016 0.000
#> SRR903188 2 0.4290 0.3474 0.212 0.772 0.016 0.000
#> SRR903189 2 0.4214 0.3586 0.204 0.780 0.016 0.000
#> SRR903190 2 0.4253 0.3535 0.208 0.776 0.016 0.000
#> SRR903191 2 0.4253 0.3535 0.208 0.776 0.016 0.000
#> SRR903192 2 0.4175 0.3633 0.200 0.784 0.016 0.000
#> SRR903193 2 0.4253 0.3535 0.208 0.776 0.016 0.000
#> SRR903194 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903195 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903196 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903197 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903198 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903199 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903200 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903201 2 0.5364 -0.1076 0.392 0.592 0.016 0.000
#> SRR903210 4 0.6776 0.6420 0.216 0.176 0.000 0.608
#> SRR903211 4 0.6776 0.6420 0.216 0.176 0.000 0.608
#> SRR903212 4 0.6776 0.6420 0.216 0.176 0.000 0.608
#> SRR903213 4 0.6776 0.6420 0.216 0.176 0.000 0.608
#> SRR903214 4 0.6776 0.6420 0.216 0.176 0.000 0.608
#> SRR903215 4 0.6805 0.6411 0.220 0.176 0.000 0.604
#> SRR903216 4 0.6776 0.6420 0.216 0.176 0.000 0.608
#> SRR903217 4 0.6805 0.6411 0.220 0.176 0.000 0.604
#> SRR903202 2 0.5149 0.0808 0.336 0.648 0.016 0.000
#> SRR903203 2 0.5149 0.0808 0.336 0.648 0.016 0.000
#> SRR903204 2 0.5167 0.0690 0.340 0.644 0.016 0.000
#> SRR903205 2 0.5167 0.0690 0.340 0.644 0.016 0.000
#> SRR903206 2 0.5149 0.0808 0.336 0.648 0.016 0.000
#> SRR903207 2 0.5167 0.0690 0.340 0.644 0.016 0.000
#> SRR903208 2 0.5149 0.0808 0.336 0.648 0.016 0.000
#> SRR903209 2 0.5167 0.0690 0.340 0.644 0.016 0.000
#> SRR903218 4 0.4238 0.6322 0.028 0.176 0.000 0.796
#> SRR903219 4 0.4332 0.6337 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR903220 4 0.4332 0.6337 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR903221 4 0.4332 0.6337 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR903222 4 0.4332 0.6337 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR903223 4 0.4332 0.6337 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR903224 4 0.4238 0.6322 0.028 0.176 0.000 0.796
#> SRR903225 4 0.4332 0.6337 0.032 0.176 0.000 0.792
#> SRR903226 4 0.4907 0.6415 0.060 0.176 0.000 0.764
#> SRR903227 4 0.4907 0.6415 0.060 0.176 0.000 0.764
#> SRR903228 4 0.4907 0.6415 0.060 0.176 0.000 0.764
#> SRR903229 4 0.4832 0.6414 0.056 0.176 0.000 0.768
#> SRR903230 4 0.4907 0.6415 0.060 0.176 0.000 0.764
#> SRR903231 4 0.4907 0.6415 0.060 0.176 0.000 0.764
#> SRR903232 4 0.4907 0.6415 0.060 0.176 0.000 0.764
#> SRR903233 4 0.4907 0.6415 0.060 0.176 0.000 0.764
#> SRR903242 2 0.3432 0.6106 0.004 0.848 0.008 0.140
#> SRR903243 2 0.3432 0.6106 0.004 0.848 0.008 0.140
#> SRR903244 2 0.3216 0.6050 0.004 0.864 0.008 0.124
#> SRR903245 2 0.3326 0.6085 0.004 0.856 0.008 0.132
#> SRR903246 2 0.3326 0.6085 0.004 0.856 0.008 0.132
#> SRR903247 2 0.3380 0.6097 0.004 0.852 0.008 0.136
#> SRR903248 2 0.3432 0.6106 0.004 0.848 0.008 0.140
#> SRR903249 2 0.3272 0.6069 0.004 0.860 0.008 0.128
#> SRR903234 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903235 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903236 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903237 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903238 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903239 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903240 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903241 4 0.6942 0.6364 0.240 0.176 0.000 0.584
#> SRR903258 2 0.4485 0.5887 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR903259 2 0.4353 0.5994 0.000 0.756 0.012 0.232
#> SRR903260 2 0.4420 0.5941 0.000 0.748 0.012 0.240
#> SRR903261 2 0.4485 0.5887 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR903262 2 0.4420 0.5941 0.000 0.748 0.012 0.240
#> SRR903263 2 0.4485 0.5887 0.000 0.740 0.012 0.248
#> SRR903264 2 0.4453 0.5910 0.000 0.744 0.012 0.244
#> SRR903265 2 0.4353 0.5994 0.000 0.756 0.012 0.232
#> SRR903250 2 0.4319 0.6013 0.000 0.760 0.012 0.228
#> SRR903251 2 0.4353 0.5998 0.000 0.756 0.012 0.232
#> SRR903252 2 0.4353 0.5998 0.000 0.756 0.012 0.232
#> SRR903253 2 0.4284 0.6027 0.000 0.764 0.012 0.224
#> SRR903254 2 0.4284 0.6027 0.000 0.764 0.012 0.224
#> SRR903255 2 0.4387 0.5975 0.000 0.752 0.012 0.236
#> SRR903256 2 0.4319 0.6013 0.000 0.760 0.012 0.228
#> SRR903257 2 0.4284 0.6024 0.000 0.764 0.012 0.224
#> SRR903266 2 0.3680 0.6123 0.004 0.828 0.008 0.160
#> SRR903267 2 0.3680 0.6123 0.004 0.828 0.008 0.160
#> SRR903268 2 0.3680 0.6123 0.004 0.828 0.008 0.160
#> SRR903270 2 0.3680 0.6123 0.004 0.828 0.008 0.160
#> SRR903271 2 0.3680 0.6123 0.004 0.828 0.008 0.160
#> SRR903272 2 0.3680 0.6123 0.004 0.828 0.008 0.160
#> SRR903273 2 0.3680 0.6123 0.004 0.828 0.008 0.160
#> SRR903274 4 0.4991 0.3483 0.004 0.388 0.000 0.608
#> SRR903275 4 0.4991 0.3483 0.004 0.388 0.000 0.608
#> SRR903276 4 0.4978 0.3556 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903277 4 0.4991 0.3483 0.004 0.388 0.000 0.608
#> SRR903278 4 0.4991 0.3483 0.004 0.388 0.000 0.608
#> SRR903279 4 0.5016 0.3312 0.004 0.396 0.000 0.600
#> SRR903280 4 0.4991 0.3483 0.004 0.388 0.000 0.608
#> SRR903281 4 0.4991 0.3473 0.004 0.388 0.000 0.608
#> SRR903282 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903283 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903284 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903285 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903286 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903287 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903288 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903289 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903290 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903291 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903292 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903293 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903294 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903295 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903296 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903297 4 0.5016 0.3276 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR903298 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903299 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903300 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903301 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903302 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903303 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903304 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903305 4 0.4978 0.3567 0.004 0.384 0.000 0.612
#> SRR903306 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.8850 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 4 0.0712 0.7132 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR903325 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903326 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903327 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903328 4 0.0712 0.7132 0.004 0.008 0.004 0.984
#> SRR903329 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903330 4 0.0672 0.7114 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR903331 4 0.0672 0.7114 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR903332 4 0.0859 0.7121 0.004 0.008 0.008 0.980
#> SRR903333 4 0.0672 0.7114 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR903334 4 0.0672 0.7114 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR903335 4 0.0672 0.7114 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR903336 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903337 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903338 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903339 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903340 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR903341 4 0.0524 0.7140 0.004 0.008 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902921 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902922 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902923 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902924 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902925 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902926 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902927 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902928 3 0.0609 0.9557 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902929 3 0.0510 0.9581 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR902930 3 0.0609 0.9557 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902931 3 0.0609 0.9557 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR902932 2 0.5656 0.4961 0.000 0.588 0.104 0.308 0.000
#> SRR902933 2 0.5656 0.4960 0.000 0.588 0.104 0.308 0.000
#> SRR902934 2 0.5600 0.4889 0.000 0.588 0.096 0.316 0.000
#> SRR902935 2 0.5656 0.4961 0.000 0.588 0.104 0.308 0.000
#> SRR902936 2 0.5868 0.5021 0.000 0.576 0.132 0.292 0.000
#> SRR902937 2 0.5906 0.5077 0.000 0.576 0.140 0.284 0.000
#> SRR902938 2 0.5906 0.5077 0.000 0.576 0.140 0.284 0.000
#> SRR902939 2 0.4341 0.3908 0.000 0.592 0.004 0.404 0.000
#> SRR902940 2 0.4350 0.3840 0.000 0.588 0.004 0.408 0.000
#> SRR902941 2 0.4350 0.3840 0.000 0.588 0.004 0.408 0.000
#> SRR902942 5 0.4302 0.3680 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR902943 5 0.4302 0.3680 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR902944 5 0.4300 0.3717 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR902945 5 0.4302 0.3680 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR902946 5 0.4300 0.3717 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR902947 5 0.4302 0.3680 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR902954 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902955 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902956 5 0.4304 0.3637 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR902957 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902958 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902959 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902948 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902949 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902950 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902951 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902952 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902953 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902960 5 0.4307 0.3451 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR902961 5 0.4307 0.3451 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR902962 5 0.4307 0.3451 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR902963 5 0.4307 0.3451 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR902964 5 0.4307 0.3451 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR902965 5 0.4307 0.3451 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR902966 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902967 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902968 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902969 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902970 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902971 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902972 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902973 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902974 5 0.4305 0.3592 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR902975 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902976 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902977 5 0.4306 0.3529 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR902978 3 0.2930 0.7587 0.004 0.000 0.832 0.000 0.164
#> SRR902980 3 0.3231 0.6919 0.004 0.000 0.800 0.000 0.196
#> SRR902981 3 0.2806 0.7810 0.004 0.000 0.844 0.000 0.152
#> SRR902982 3 0.3300 0.6777 0.004 0.000 0.792 0.000 0.204
#> SRR902983 3 0.3010 0.7461 0.004 0.000 0.824 0.000 0.172
#> SRR902984 3 0.1502 0.9264 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR902985 3 0.1357 0.9338 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR902986 3 0.1430 0.9303 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> SRR902987 3 0.1502 0.9264 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR902988 3 0.1430 0.9303 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> SRR902989 3 0.1430 0.9304 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> SRR902990 3 0.1502 0.9264 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR902991 3 0.1502 0.9264 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR902992 3 0.1502 0.9264 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR902993 3 0.1502 0.9264 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR902994 3 0.1357 0.9338 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR902995 3 0.1502 0.9264 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR902996 2 0.5324 0.5908 0.000 0.668 0.204 0.128 0.000
#> SRR902997 2 0.5394 0.5880 0.000 0.660 0.208 0.132 0.000
#> SRR902998 2 0.5365 0.5896 0.000 0.664 0.204 0.132 0.000
#> SRR902999 2 0.5335 0.5910 0.000 0.668 0.200 0.132 0.000
#> SRR903000 2 0.5335 0.5910 0.000 0.668 0.200 0.132 0.000
#> SRR903001 2 0.5335 0.5910 0.000 0.668 0.200 0.132 0.000
#> SRR903008 2 0.5489 0.5834 0.000 0.648 0.216 0.136 0.000
#> SRR903009 2 0.5335 0.5910 0.000 0.668 0.200 0.132 0.000
#> SRR903010 2 0.5305 0.5921 0.000 0.672 0.196 0.132 0.000
#> SRR903011 2 0.5434 0.5871 0.000 0.656 0.208 0.136 0.000
#> SRR903012 2 0.5405 0.5886 0.000 0.660 0.204 0.136 0.000
#> SRR903013 2 0.5444 0.5872 0.000 0.656 0.204 0.140 0.000
#> SRR903002 2 0.5335 0.5910 0.000 0.668 0.200 0.132 0.000
#> SRR903003 2 0.5422 0.5865 0.000 0.656 0.212 0.132 0.000
#> SRR903004 2 0.5274 0.5930 0.000 0.676 0.192 0.132 0.000
#> SRR903005 2 0.5335 0.5910 0.000 0.668 0.200 0.132 0.000
#> SRR903006 2 0.5394 0.5883 0.000 0.660 0.208 0.132 0.000
#> SRR903007 2 0.5283 0.5933 0.000 0.676 0.188 0.136 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.6112 0.4227 0.000 0.516 0.140 0.344 0.000
#> SRR903033 2 0.6124 0.4328 0.000 0.520 0.144 0.336 0.000
#> SRR903034 2 0.6144 0.4358 0.000 0.520 0.148 0.332 0.000
#> SRR903035 2 0.6182 0.4418 0.000 0.520 0.156 0.324 0.000
#> SRR903036 2 0.6217 0.4470 0.000 0.520 0.164 0.316 0.000
#> SRR903037 2 0.6164 0.4389 0.000 0.520 0.152 0.328 0.000
#> SRR903038 2 0.6053 0.5353 0.000 0.576 0.196 0.228 0.000
#> SRR903039 2 0.6060 0.5391 0.000 0.576 0.208 0.216 0.000
#> SRR903040 2 0.6083 0.5340 0.000 0.572 0.204 0.224 0.000
#> SRR903041 2 0.6053 0.5353 0.000 0.576 0.196 0.228 0.000
#> SRR903042 2 0.6061 0.5400 0.000 0.576 0.212 0.212 0.000
#> SRR903043 2 0.6061 0.5401 0.000 0.576 0.212 0.212 0.000
#> SRR903044 2 0.5386 0.4216 0.000 0.564 0.064 0.372 0.000
#> SRR903045 2 0.5378 0.3895 0.000 0.548 0.060 0.392 0.000
#> SRR903046 2 0.5313 0.3987 0.000 0.556 0.056 0.388 0.000
#> SRR903047 2 0.5272 0.3868 0.000 0.552 0.052 0.396 0.000
#> SRR903048 2 0.5386 0.3820 0.000 0.544 0.060 0.396 0.000
#> SRR903049 2 0.5338 0.3763 0.000 0.544 0.056 0.400 0.000
#> SRR903050 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903051 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903052 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903053 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903054 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903055 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903056 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903057 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903058 1 0.1956 0.8706 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR903059 1 0.1956 0.8706 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR903060 1 0.2116 0.8692 0.912 0.004 0.008 0.000 0.076
#> SRR903061 1 0.1956 0.8706 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR903062 1 0.1956 0.8706 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR903063 1 0.1956 0.8706 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR903064 1 0.1956 0.8706 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR903065 1 0.1956 0.8706 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR903066 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903067 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903068 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903069 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903070 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903071 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903072 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903073 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903074 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903075 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903076 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903077 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903078 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903079 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903080 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903081 1 0.1892 0.8719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR903082 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903083 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903084 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903085 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903086 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903087 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903088 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903089 4 0.0290 0.9355 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903090 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903091 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903092 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903093 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903094 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903095 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903096 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903097 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903098 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903099 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903100 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903101 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903102 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903103 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903104 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903105 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903106 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903107 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903108 4 0.0290 0.9355 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903109 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903110 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903111 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903112 4 0.0290 0.9355 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903113 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903114 1 0.3300 0.8035 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR903115 1 0.3300 0.8035 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR903116 1 0.3300 0.8035 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR903117 1 0.3300 0.8035 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR903118 1 0.3300 0.8035 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR903119 1 0.3333 0.8000 0.788 0.004 0.000 0.208 0.000
#> SRR903121 1 0.3300 0.8035 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR903122 4 0.4704 -0.1933 0.480 0.004 0.008 0.508 0.000
#> SRR903124 4 0.4596 -0.2416 0.496 0.004 0.004 0.496 0.000
#> SRR903125 4 0.4593 -0.1821 0.480 0.004 0.004 0.512 0.000
#> SRR903126 4 0.4448 -0.1773 0.480 0.000 0.004 0.516 0.000
#> SRR903127 4 0.4557 -0.1722 0.476 0.000 0.008 0.516 0.000
#> SRR903128 4 0.4538 -0.0817 0.452 0.000 0.008 0.540 0.000
#> SRR903129 1 0.4594 0.2579 0.508 0.004 0.004 0.484 0.000
#> SRR903130 1 0.3928 0.7011 0.700 0.004 0.000 0.296 0.000
#> SRR903131 1 0.3928 0.7011 0.700 0.004 0.000 0.296 0.000
#> SRR903132 1 0.3928 0.7011 0.700 0.004 0.000 0.296 0.000
#> SRR903133 1 0.3884 0.7118 0.708 0.004 0.000 0.288 0.000
#> SRR903134 1 0.3928 0.7011 0.700 0.004 0.000 0.296 0.000
#> SRR903135 1 0.3884 0.7118 0.708 0.004 0.000 0.288 0.000
#> SRR903136 1 0.3906 0.7065 0.704 0.004 0.000 0.292 0.000
#> SRR903137 1 0.3928 0.7011 0.700 0.004 0.000 0.296 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.3266 0.8061 0.796 0.004 0.000 0.200 0.000
#> SRR903139 1 0.3231 0.8083 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR903140 1 0.3231 0.8083 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR903141 1 0.3231 0.8083 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR903142 1 0.3231 0.8084 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR903143 1 0.3231 0.8084 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR903144 1 0.3266 0.8061 0.796 0.004 0.000 0.200 0.000
#> SRR903145 1 0.3231 0.8083 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903163 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903164 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903165 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903166 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903167 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903168 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903169 4 0.0162 0.9402 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903178 5 0.2338 0.6961 0.004 0.000 0.112 0.000 0.884
#> SRR903179 5 0.2338 0.6961 0.004 0.000 0.112 0.000 0.884
#> SRR903180 5 0.2338 0.6961 0.004 0.000 0.112 0.000 0.884
#> SRR903181 5 0.2497 0.6959 0.004 0.004 0.112 0.000 0.880
#> SRR903182 5 0.2338 0.6961 0.004 0.000 0.112 0.000 0.884
#> SRR903183 5 0.2497 0.6959 0.004 0.004 0.112 0.000 0.880
#> SRR903184 5 0.2497 0.6959 0.004 0.004 0.112 0.000 0.880
#> SRR903185 5 0.2497 0.6959 0.004 0.004 0.112 0.000 0.880
#> SRR903170 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.9392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 5 0.2733 0.6739 0.112 0.012 0.004 0.000 0.872
#> SRR903187 5 0.2733 0.6739 0.112 0.012 0.004 0.000 0.872
#> SRR903188 5 0.2621 0.6743 0.112 0.008 0.004 0.000 0.876
#> SRR903189 5 0.2621 0.6743 0.112 0.008 0.004 0.000 0.876
#> SRR903190 5 0.2733 0.6739 0.112 0.012 0.004 0.000 0.872
#> SRR903191 5 0.2733 0.6739 0.112 0.012 0.004 0.000 0.872
#> SRR903192 5 0.2621 0.6743 0.112 0.008 0.004 0.000 0.876
#> SRR903193 5 0.2621 0.6743 0.112 0.008 0.004 0.000 0.876
#> SRR903194 5 0.2909 0.6615 0.140 0.012 0.000 0.000 0.848
#> SRR903195 5 0.2909 0.6615 0.140 0.012 0.000 0.000 0.848
#> SRR903196 5 0.2909 0.6615 0.140 0.012 0.000 0.000 0.848
#> SRR903197 5 0.2909 0.6615 0.140 0.012 0.000 0.000 0.848
#> SRR903198 5 0.2909 0.6615 0.140 0.012 0.000 0.000 0.848
#> SRR903199 5 0.2909 0.6615 0.140 0.012 0.000 0.000 0.848
#> SRR903200 5 0.2909 0.6615 0.140 0.012 0.000 0.000 0.848
#> SRR903201 5 0.2953 0.6588 0.144 0.012 0.000 0.000 0.844
#> SRR903210 2 0.5781 0.4591 0.000 0.576 0.000 0.308 0.116
#> SRR903211 2 0.5730 0.4516 0.000 0.576 0.000 0.316 0.108
#> SRR903212 2 0.5781 0.4591 0.000 0.576 0.000 0.308 0.116
#> SRR903213 2 0.5730 0.4516 0.000 0.576 0.000 0.316 0.108
#> SRR903214 2 0.5756 0.4554 0.000 0.576 0.000 0.312 0.112
#> SRR903215 2 0.5781 0.4591 0.000 0.576 0.000 0.308 0.116
#> SRR903216 2 0.5730 0.4516 0.000 0.576 0.000 0.316 0.108
#> SRR903217 2 0.5730 0.4516 0.000 0.576 0.000 0.316 0.108
#> SRR903202 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903203 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903204 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903205 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903206 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903207 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903208 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903209 5 0.2771 0.6665 0.128 0.012 0.000 0.000 0.860
#> SRR903218 2 0.4901 0.5659 0.000 0.716 0.000 0.168 0.116
#> SRR903219 2 0.4901 0.5659 0.000 0.716 0.000 0.168 0.116
#> SRR903220 2 0.4971 0.5610 0.000 0.708 0.000 0.176 0.116
#> SRR903221 2 0.4901 0.5659 0.000 0.716 0.000 0.168 0.116
#> SRR903222 2 0.4901 0.5659 0.000 0.716 0.000 0.168 0.116
#> SRR903223 2 0.4936 0.5635 0.000 0.712 0.000 0.172 0.116
#> SRR903224 2 0.4901 0.5659 0.000 0.716 0.000 0.168 0.116
#> SRR903225 2 0.4936 0.5635 0.000 0.712 0.000 0.172 0.116
#> SRR903226 2 0.5678 0.4748 0.000 0.600 0.000 0.284 0.116
#> SRR903227 2 0.5678 0.4748 0.000 0.600 0.000 0.284 0.116
#> SRR903228 2 0.5697 0.4706 0.000 0.596 0.000 0.288 0.116
#> SRR903229 2 0.5678 0.4748 0.000 0.600 0.000 0.284 0.116
#> SRR903230 2 0.5678 0.4748 0.000 0.600 0.000 0.284 0.116
#> SRR903231 2 0.5697 0.4706 0.000 0.596 0.000 0.288 0.116
#> SRR903232 2 0.5678 0.4748 0.000 0.600 0.000 0.284 0.116
#> SRR903233 2 0.5697 0.4706 0.000 0.596 0.000 0.288 0.116
#> SRR903242 5 0.1732 0.6661 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR903243 5 0.1851 0.6607 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR903244 5 0.1792 0.6649 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903245 5 0.1792 0.6635 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903246 5 0.1792 0.6635 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903247 5 0.1732 0.6661 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR903248 5 0.1732 0.6667 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR903249 5 0.1792 0.6635 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903234 2 0.5785 0.3705 0.000 0.504 0.000 0.404 0.092
#> SRR903235 2 0.5785 0.3705 0.000 0.504 0.000 0.404 0.092
#> SRR903236 2 0.5790 0.3626 0.000 0.500 0.000 0.408 0.092
#> SRR903237 2 0.5785 0.3705 0.000 0.504 0.000 0.404 0.092
#> SRR903238 2 0.5779 0.3755 0.000 0.508 0.000 0.400 0.092
#> SRR903239 2 0.5795 0.3617 0.000 0.496 0.000 0.412 0.092
#> SRR903240 2 0.5785 0.3705 0.000 0.504 0.000 0.404 0.092
#> SRR903241 2 0.5779 0.3755 0.000 0.508 0.000 0.400 0.092
#> SRR903258 5 0.2519 0.6656 0.000 0.100 0.016 0.000 0.884
#> SRR903259 5 0.2408 0.6708 0.000 0.092 0.016 0.000 0.892
#> SRR903260 5 0.2573 0.6627 0.000 0.104 0.016 0.000 0.880
#> SRR903261 5 0.2625 0.6597 0.000 0.108 0.016 0.000 0.876
#> SRR903262 5 0.2573 0.6627 0.000 0.104 0.016 0.000 0.880
#> SRR903263 5 0.2573 0.6627 0.000 0.104 0.016 0.000 0.880
#> SRR903264 5 0.2777 0.6486 0.000 0.120 0.016 0.000 0.864
#> SRR903265 5 0.2519 0.6656 0.000 0.100 0.016 0.000 0.884
#> SRR903250 5 0.2519 0.6656 0.000 0.100 0.016 0.000 0.884
#> SRR903251 5 0.2677 0.6563 0.000 0.112 0.016 0.000 0.872
#> SRR903252 5 0.2411 0.6525 0.000 0.108 0.008 0.000 0.884
#> SRR903253 5 0.2193 0.6651 0.000 0.092 0.008 0.000 0.900
#> SRR903254 5 0.2305 0.6679 0.000 0.092 0.012 0.000 0.896
#> SRR903255 5 0.2625 0.6597 0.000 0.108 0.016 0.000 0.876
#> SRR903256 5 0.2519 0.6649 0.000 0.100 0.016 0.000 0.884
#> SRR903257 5 0.2305 0.6670 0.000 0.092 0.012 0.000 0.896
#> SRR903266 5 0.1792 0.6635 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903267 5 0.1851 0.6609 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR903268 5 0.1792 0.6626 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903270 5 0.1792 0.6635 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903271 5 0.1851 0.6609 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR903272 5 0.1792 0.6626 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR903273 5 0.1732 0.6666 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR903274 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903275 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903276 2 0.5080 0.5159 0.000 0.628 0.000 0.056 0.316
#> SRR903277 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903278 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903279 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903280 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903281 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903282 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903283 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903284 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903285 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903286 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903287 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903288 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903289 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903290 2 0.3993 0.5769 0.000 0.756 0.000 0.028 0.216
#> SRR903291 2 0.4197 0.5795 0.004 0.752 0.000 0.032 0.212
#> SRR903292 2 0.4087 0.5823 0.000 0.756 0.000 0.036 0.208
#> SRR903293 2 0.4042 0.5798 0.000 0.756 0.000 0.032 0.212
#> SRR903294 2 0.4087 0.5823 0.000 0.756 0.000 0.036 0.208
#> SRR903295 2 0.4042 0.5798 0.000 0.756 0.000 0.032 0.212
#> SRR903296 2 0.4119 0.5805 0.000 0.752 0.000 0.036 0.212
#> SRR903297 2 0.4119 0.5805 0.000 0.752 0.000 0.036 0.212
#> SRR903298 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903299 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903300 2 0.5080 0.5159 0.000 0.628 0.000 0.056 0.316
#> SRR903301 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903302 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903303 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903304 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903305 2 0.5019 0.5129 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR903306 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.9621 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.5608 0.5779 0.000 0.640 0.172 0.188 0.000
#> SRR903325 2 0.5590 0.5737 0.000 0.640 0.156 0.204 0.000
#> SRR903326 2 0.5725 0.5685 0.000 0.624 0.172 0.204 0.000
#> SRR903327 2 0.5590 0.5737 0.000 0.640 0.156 0.204 0.000
#> SRR903328 2 0.5659 0.5716 0.000 0.632 0.164 0.204 0.000
#> SRR903329 2 0.5659 0.5716 0.000 0.632 0.164 0.204 0.000
#> SRR903330 2 0.5605 0.5808 0.000 0.640 0.192 0.168 0.000
#> SRR903331 2 0.5605 0.5808 0.000 0.640 0.192 0.168 0.000
#> SRR903332 2 0.5635 0.5793 0.000 0.636 0.196 0.168 0.000
#> SRR903333 2 0.5635 0.5793 0.000 0.636 0.196 0.168 0.000
#> SRR903334 2 0.5720 0.5735 0.000 0.624 0.208 0.168 0.000
#> SRR903335 2 0.5610 0.5802 0.000 0.640 0.184 0.176 0.000
#> SRR903336 2 0.5664 0.5727 0.000 0.632 0.168 0.200 0.000
#> SRR903337 2 0.5590 0.5737 0.000 0.640 0.156 0.204 0.000
#> SRR903338 2 0.5692 0.5702 0.000 0.628 0.168 0.204 0.000
#> SRR903339 2 0.5756 0.5667 0.000 0.620 0.176 0.204 0.000
#> SRR903340 2 0.5590 0.5737 0.000 0.640 0.156 0.204 0.000
#> SRR903341 2 0.5583 0.5724 0.000 0.640 0.152 0.208 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.1471 0.950 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.1411 0.951 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.1531 0.948 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.1531 0.948 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.1471 0.950 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.1471 0.950 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.1471 0.950 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.1610 0.937 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.1610 0.937 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.1610 0.937 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.3288 0.762 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR902943 3 0.3266 0.766 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR902944 3 0.3288 0.762 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR902945 3 0.3288 0.762 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR902946 3 0.3266 0.766 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR902947 3 0.3266 0.766 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR902954 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902955 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902956 3 0.3266 0.766 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR902957 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902958 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902959 3 0.3266 0.766 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR902948 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902949 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902950 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902951 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902952 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902953 3 0.3221 0.773 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR902960 3 0.3151 0.780 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR902961 3 0.3314 0.777 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256 0.000
#> SRR902962 3 0.3175 0.778 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR902963 3 0.3175 0.778 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR902964 3 0.3175 0.778 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR902965 3 0.3151 0.780 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR902966 3 0.3383 0.768 0.004 0.000 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR902967 3 0.3383 0.768 0.004 0.000 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR902968 3 0.3383 0.768 0.004 0.000 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR902969 3 0.3360 0.771 0.004 0.000 0.732 0.000 0.264 0.000
#> SRR902970 3 0.3383 0.768 0.004 0.000 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR902971 3 0.3383 0.768 0.004 0.000 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR902972 3 0.3383 0.768 0.004 0.000 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR902973 3 0.3314 0.777 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256 0.000
#> SRR902974 3 0.3314 0.777 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256 0.000
#> SRR902975 3 0.3314 0.777 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256 0.000
#> SRR902976 3 0.3337 0.774 0.004 0.000 0.736 0.000 0.260 0.000
#> SRR902977 3 0.3360 0.771 0.004 0.000 0.732 0.000 0.264 0.000
#> SRR902978 3 0.1010 0.883 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR902980 3 0.1082 0.881 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR902981 3 0.1010 0.883 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR902982 3 0.1082 0.881 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR902983 3 0.1082 0.881 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR902984 3 0.0748 0.888 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016 0.000
#> SRR902985 3 0.0653 0.888 0.004 0.004 0.980 0.000 0.012 0.000
#> SRR902986 3 0.0508 0.889 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR902987 3 0.0748 0.888 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016 0.000
#> SRR902988 3 0.0748 0.888 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016 0.000
#> SRR902989 3 0.0603 0.888 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR902990 3 0.0603 0.888 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR902991 3 0.0603 0.888 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR902992 3 0.0603 0.888 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR902993 3 0.0603 0.888 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR902994 3 0.0603 0.888 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR902995 3 0.0603 0.888 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR902996 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR902997 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR902998 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR902999 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903000 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903001 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903008 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903009 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903010 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903011 2 0.1434 0.943 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR903012 2 0.1434 0.943 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR903013 2 0.1434 0.943 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR903002 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903003 2 0.1434 0.943 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR903004 2 0.1332 0.940 0.000 0.952 0.012 0.008 0.000 0.028
#> SRR903005 2 0.1434 0.943 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR903006 2 0.1434 0.943 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR903007 2 0.1434 0.943 0.000 0.948 0.012 0.012 0.000 0.028
#> SRR903014 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0260 0.890 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.2006 0.918 0.000 0.892 0.004 0.104 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.1958 0.922 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.2020 0.927 0.000 0.896 0.008 0.096 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.1918 0.935 0.000 0.904 0.008 0.088 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.2020 0.927 0.000 0.896 0.008 0.096 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.1918 0.935 0.000 0.904 0.008 0.088 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.1584 0.950 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.1584 0.950 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.1584 0.950 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.1524 0.952 0.000 0.932 0.008 0.060 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.1584 0.950 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.1584 0.950 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.1700 0.941 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.1753 0.938 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.1806 0.935 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.1806 0.935 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.1806 0.935 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.1806 0.935 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903051 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903052 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903053 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903054 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903055 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903056 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903057 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903058 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903059 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903060 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903061 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903062 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903063 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903064 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903065 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903066 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903067 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903068 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903069 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903070 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903071 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903072 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903073 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903074 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903075 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903076 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903077 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903078 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903079 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903080 1 0.0603 0.863 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR903081 1 0.0622 0.862 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903084 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903099 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903100 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903101 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903102 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903103 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903104 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903105 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903106 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903107 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903108 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903109 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903110 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903111 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903112 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903113 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903114 1 0.2902 0.779 0.800 0.000 0.000 0.196 0.000 0.004
#> SRR903115 1 0.2871 0.783 0.804 0.000 0.000 0.192 0.000 0.004
#> SRR903116 1 0.3011 0.781 0.800 0.004 0.000 0.192 0.000 0.004
#> SRR903117 1 0.3011 0.781 0.800 0.004 0.000 0.192 0.000 0.004
#> SRR903118 1 0.2871 0.783 0.804 0.000 0.000 0.192 0.000 0.004
#> SRR903119 1 0.3043 0.777 0.796 0.004 0.000 0.196 0.000 0.004
#> SRR903121 1 0.2902 0.779 0.800 0.000 0.000 0.196 0.000 0.004
#> SRR903122 4 0.4444 0.385 0.316 0.008 0.032 0.644 0.000 0.000
#> SRR903124 4 0.4411 0.275 0.356 0.004 0.028 0.612 0.000 0.000
#> SRR903125 4 0.4359 0.402 0.312 0.008 0.028 0.652 0.000 0.000
#> SRR903126 4 0.4331 0.351 0.332 0.004 0.028 0.636 0.000 0.000
#> SRR903127 4 0.4303 0.399 0.316 0.008 0.024 0.652 0.000 0.000
#> SRR903128 4 0.4122 0.411 0.316 0.004 0.020 0.660 0.000 0.000
#> SRR903129 4 0.4406 0.369 0.324 0.008 0.028 0.640 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.4122 0.281 0.520 0.004 0.000 0.472 0.000 0.004
#> SRR903131 1 0.4227 0.224 0.500 0.008 0.000 0.488 0.000 0.004
#> SRR903132 1 0.4224 0.263 0.512 0.008 0.000 0.476 0.000 0.004
#> SRR903133 1 0.4111 0.325 0.536 0.004 0.000 0.456 0.000 0.004
#> SRR903134 1 0.4226 0.237 0.504 0.008 0.000 0.484 0.000 0.004
#> SRR903135 1 0.4220 0.287 0.520 0.008 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR903136 1 0.4117 0.303 0.528 0.004 0.000 0.464 0.000 0.004
#> SRR903137 1 0.4127 0.244 0.508 0.004 0.000 0.484 0.000 0.004
#> SRR903146 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903147 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903148 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903149 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903150 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903151 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903152 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903153 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903138 1 0.2838 0.786 0.808 0.000 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR903139 1 0.2703 0.796 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR903140 1 0.2703 0.796 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR903141 1 0.2703 0.796 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR903142 1 0.2805 0.789 0.812 0.000 0.000 0.184 0.000 0.004
#> SRR903143 1 0.2805 0.789 0.812 0.000 0.000 0.184 0.000 0.004
#> SRR903144 1 0.2838 0.786 0.808 0.000 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR903145 1 0.2703 0.796 0.824 0.000 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR903154 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903155 4 0.0291 0.951 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR903156 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903157 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903158 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903159 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903160 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903161 4 0.0146 0.952 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903162 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903163 4 0.0291 0.951 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR903164 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903165 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903166 4 0.0146 0.953 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903167 4 0.0405 0.947 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR903168 4 0.0405 0.947 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR903169 4 0.0291 0.951 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR903178 5 0.0951 0.941 0.008 0.000 0.020 0.000 0.968 0.004
#> SRR903179 5 0.0951 0.941 0.008 0.000 0.020 0.000 0.968 0.004
#> SRR903180 5 0.0806 0.941 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000
#> SRR903181 5 0.0891 0.939 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR903182 5 0.0891 0.939 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR903183 5 0.0891 0.939 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR903184 5 0.0891 0.939 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR903185 5 0.0891 0.939 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR903170 4 0.0146 0.952 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903171 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903172 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903173 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903174 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903175 4 0.0146 0.952 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903176 4 0.0146 0.952 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR903177 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903186 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903187 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903188 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903189 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903190 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903191 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903192 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903193 5 0.0865 0.944 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR903194 5 0.2499 0.903 0.048 0.000 0.000 0.000 0.880 0.072
#> SRR903195 5 0.2554 0.900 0.048 0.000 0.000 0.000 0.876 0.076
#> SRR903196 5 0.2608 0.897 0.048 0.000 0.000 0.000 0.872 0.080
#> SRR903197 5 0.2384 0.909 0.048 0.000 0.000 0.000 0.888 0.064
#> SRR903198 5 0.2442 0.906 0.048 0.000 0.000 0.000 0.884 0.068
#> SRR903199 5 0.2442 0.906 0.048 0.000 0.000 0.000 0.884 0.068
#> SRR903200 5 0.2318 0.913 0.044 0.000 0.000 0.000 0.892 0.064
#> SRR903201 5 0.2786 0.885 0.056 0.000 0.000 0.000 0.860 0.084
#> SRR903210 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903211 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903212 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903213 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903214 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903215 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903216 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903217 6 0.4641 0.954 0.000 0.248 0.000 0.088 0.000 0.664
#> SRR903202 5 0.1152 0.941 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR903203 5 0.1007 0.942 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR903204 5 0.1007 0.942 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR903205 5 0.1007 0.942 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR903206 5 0.1007 0.942 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR903207 5 0.1007 0.942 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR903208 5 0.0937 0.943 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR903209 5 0.1007 0.942 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR903218 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903219 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903220 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903221 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903222 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903223 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903224 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903225 6 0.4527 0.965 0.000 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR903226 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903227 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903228 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903229 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903230 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903231 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903232 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903233 6 0.4565 0.962 0.000 0.260 0.000 0.076 0.000 0.664
#> SRR903242 5 0.1807 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> SRR903243 5 0.1867 0.937 0.000 0.020 0.000 0.000 0.916 0.064
#> SRR903244 5 0.1867 0.937 0.000 0.020 0.000 0.000 0.916 0.064
#> SRR903245 5 0.1807 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> SRR903246 5 0.1807 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> SRR903247 5 0.1867 0.937 0.000 0.020 0.000 0.000 0.916 0.064
#> SRR903248 5 0.1807 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> SRR903249 5 0.1807 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> SRR903234 6 0.4819 0.926 0.000 0.228 0.000 0.116 0.000 0.656
#> SRR903235 6 0.4804 0.932 0.000 0.232 0.000 0.112 0.000 0.656
#> SRR903236 6 0.4819 0.926 0.000 0.228 0.000 0.116 0.000 0.656
#> SRR903237 6 0.4804 0.932 0.000 0.232 0.000 0.112 0.000 0.656
#> SRR903238 6 0.4804 0.932 0.000 0.232 0.000 0.112 0.000 0.656
#> SRR903239 6 0.4819 0.926 0.000 0.228 0.000 0.116 0.000 0.656
#> SRR903240 6 0.4804 0.932 0.000 0.232 0.000 0.112 0.000 0.656
#> SRR903241 6 0.4819 0.926 0.000 0.228 0.000 0.116 0.000 0.656
#> SRR903258 5 0.1461 0.950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR903259 5 0.1367 0.951 0.000 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044
#> SRR903260 5 0.1461 0.950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR903261 5 0.1391 0.951 0.000 0.016 0.000 0.000 0.944 0.040
#> SRR903262 5 0.1320 0.951 0.000 0.016 0.000 0.000 0.948 0.036
#> SRR903263 5 0.1461 0.950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR903264 5 0.1461 0.950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR903265 5 0.1391 0.951 0.000 0.016 0.000 0.000 0.944 0.040
#> SRR903250 5 0.1528 0.948 0.000 0.016 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR903251 5 0.1391 0.950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.944 0.040
#> SRR903252 5 0.1320 0.951 0.000 0.016 0.000 0.000 0.948 0.036
#> SRR903253 5 0.1461 0.950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR903254 5 0.1461 0.950 0.000 0.016 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR903255 5 0.1320 0.951 0.000 0.016 0.000 0.000 0.948 0.036
#> SRR903256 5 0.1528 0.949 0.000 0.016 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR903257 5 0.1528 0.948 0.000 0.016 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR903266 5 0.1745 0.942 0.000 0.020 0.000 0.000 0.924 0.056
#> SRR903267 5 0.1682 0.944 0.000 0.020 0.000 0.000 0.928 0.052
#> SRR903268 5 0.1807 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> SRR903270 5 0.1745 0.942 0.000 0.020 0.000 0.000 0.924 0.056
#> SRR903271 5 0.1745 0.942 0.000 0.020 0.000 0.000 0.924 0.056
#> SRR903272 5 0.1807 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.920 0.060
#> SRR903273 5 0.1682 0.944 0.000 0.020 0.000 0.000 0.928 0.052
#> SRR903274 6 0.4998 0.960 0.000 0.268 0.000 0.056 0.028 0.648
#> SRR903275 6 0.5195 0.950 0.000 0.268 0.000 0.056 0.040 0.636
#> SRR903276 6 0.5086 0.957 0.000 0.272 0.000 0.056 0.032 0.640
#> SRR903277 6 0.4946 0.962 0.000 0.272 0.000 0.056 0.024 0.648
#> SRR903278 6 0.5152 0.953 0.000 0.272 0.000 0.056 0.036 0.636
#> SRR903279 6 0.5086 0.957 0.000 0.272 0.000 0.056 0.032 0.640
#> SRR903280 6 0.4946 0.962 0.000 0.272 0.000 0.056 0.024 0.648
#> SRR903281 6 0.5086 0.957 0.000 0.272 0.000 0.056 0.032 0.640
#> SRR903282 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903283 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903284 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903285 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903286 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903287 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903288 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903289 6 0.4687 0.963 0.000 0.280 0.000 0.052 0.012 0.656
#> SRR903290 6 0.4694 0.951 0.000 0.288 0.000 0.044 0.016 0.652
#> SRR903291 6 0.4694 0.951 0.000 0.288 0.000 0.044 0.016 0.652
#> SRR903292 6 0.4694 0.951 0.000 0.288 0.000 0.044 0.016 0.652
#> SRR903293 6 0.4753 0.955 0.000 0.288 0.000 0.048 0.016 0.648
#> SRR903294 6 0.4632 0.947 0.000 0.288 0.000 0.040 0.016 0.656
#> SRR903295 6 0.4753 0.955 0.000 0.288 0.000 0.048 0.016 0.648
#> SRR903296 6 0.4753 0.955 0.000 0.288 0.000 0.048 0.016 0.648
#> SRR903297 6 0.4753 0.955 0.000 0.288 0.000 0.048 0.016 0.648
#> SRR903298 6 0.4790 0.965 0.000 0.272 0.000 0.056 0.016 0.656
#> SRR903299 6 0.4790 0.965 0.000 0.272 0.000 0.056 0.016 0.656
#> SRR903300 6 0.4870 0.964 0.000 0.272 0.000 0.056 0.020 0.652
#> SRR903301 6 0.4870 0.964 0.000 0.272 0.000 0.056 0.020 0.652
#> SRR903302 6 0.4724 0.965 0.000 0.276 0.000 0.056 0.012 0.656
#> SRR903303 6 0.4870 0.964 0.000 0.272 0.000 0.056 0.020 0.652
#> SRR903304 6 0.4870 0.964 0.000 0.272 0.000 0.056 0.020 0.652
#> SRR903305 6 0.4870 0.964 0.000 0.272 0.000 0.056 0.020 0.652
#> SRR903306 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0146 0.890 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0909 0.952 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.1049 0.955 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0972 0.954 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0891 0.953 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0972 0.954 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.1124 0.955 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0909 0.952 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0909 0.952 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0909 0.952 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0909 0.952 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0909 0.952 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0909 0.952 0.000 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0972 0.954 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.1049 0.955 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.1124 0.955 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.1049 0.955 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.1049 0.955 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.1049 0.955 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.858 0.934 0.970 0.4898 0.502 0.502
#> 3 3 0.918 0.927 0.966 0.2812 0.883 0.768
#> 4 4 0.978 0.957 0.971 0.0734 0.941 0.848
#> 5 5 0.966 0.944 0.963 0.1042 0.927 0.777
#> 6 6 0.930 0.962 0.962 0.0244 0.989 0.957
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4
There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903115 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903116 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903117 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903118 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903119 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903121 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903122 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903124 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903125 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903126 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903127 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903128 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903129 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903130 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903131 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903132 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903133 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903134 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903135 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903136 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903137 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903146 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903139 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903140 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903141 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903142 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903143 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903144 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903145 1 0.260 0.956 0.956 0.044
#> SRR903154 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903243 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903244 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903245 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903246 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903247 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903248 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903249 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903234 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903259 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903260 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903261 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903262 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903263 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903264 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903265 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903250 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903251 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903252 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903253 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903254 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903255 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903256 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903257 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903266 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903267 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903268 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903270 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903271 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903272 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903273 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903274 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903275 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903276 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903277 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903278 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903279 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903280 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903281 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903282 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903283 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903284 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903285 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903286 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903287 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903288 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903289 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903290 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903291 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903292 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903293 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903294 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903295 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903296 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903297 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903298 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903299 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903300 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903301 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903302 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903303 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903304 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903305 2 0.939 0.529 0.356 0.644
#> SRR903306 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.000 0.937 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.000 0.937 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902932 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902933 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902934 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902935 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902936 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902937 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902938 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902939 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902940 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902941 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR902996 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902997 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902998 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR902999 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903000 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903001 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903008 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903009 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903010 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903011 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903012 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903013 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903002 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903003 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903004 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903005 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903006 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903007 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903032 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903033 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903034 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903035 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903036 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903037 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903038 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903039 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903040 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903041 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903042 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903043 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903044 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903045 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903046 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903047 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903048 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903049 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903050 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903051 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903052 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903053 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903054 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903055 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903056 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903057 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903058 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903059 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903060 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903061 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903062 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903063 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903064 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903065 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903066 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903067 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903068 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903069 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903070 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903071 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903072 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903073 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903074 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903075 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903076 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903077 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903078 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903079 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903080 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903081 1 0.175 0.973 0.952 0.0 0.048
#> SRR903082 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903083 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903084 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903085 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903086 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903087 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903088 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903089 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903090 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903091 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903092 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903093 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903094 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903095 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903096 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903097 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903098 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903099 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903100 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903101 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903102 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903103 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903104 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903105 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903106 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903107 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903108 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903109 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903110 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903111 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903112 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903113 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903114 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903122 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903146 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903147 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903148 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903149 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903150 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903151 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903152 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903153 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903138 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.971 1.000 0.0 0.000
#> SRR903154 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903155 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903156 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903157 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903158 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903159 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903160 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903161 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903162 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903163 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903164 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903165 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903166 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903167 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903168 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903169 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903178 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903179 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903180 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903181 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903182 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903183 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903184 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903185 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903170 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903171 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903172 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903173 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903174 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903175 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903176 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903177 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903186 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903187 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903188 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903189 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903190 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903191 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903192 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903193 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903194 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903195 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903196 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903197 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903198 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903199 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903200 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903201 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903210 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903211 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903212 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903213 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903214 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903215 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903216 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903217 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903202 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903203 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903204 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903205 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903206 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903207 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903208 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903209 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903218 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903219 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903220 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903221 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903222 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903223 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903224 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903225 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903226 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903227 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903228 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903229 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903230 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903231 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903232 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903233 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903242 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903243 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903244 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903245 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903246 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903247 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903248 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903249 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903234 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903235 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903236 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903237 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903238 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903239 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903240 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903241 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903258 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903259 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903260 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903261 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903262 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903263 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903264 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903265 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903250 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903251 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903252 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903253 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903254 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903255 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903256 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903257 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903266 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903267 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903268 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903270 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903271 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903272 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903273 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903274 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903275 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903276 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903277 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903278 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903279 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903280 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903281 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903282 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903283 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903284 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903285 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903286 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903287 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903288 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903289 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903290 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903291 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903292 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903293 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903294 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903295 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903296 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903297 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903298 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903299 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903300 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903301 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903302 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903303 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903304 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903305 2 0.613 0.453 0.400 0.6 0.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.0 1.000
#> SRR903324 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903325 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903326 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903327 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903328 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903329 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903330 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903331 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903332 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903333 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903334 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903335 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903336 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903337 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903338 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903339 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903340 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
#> SRR903341 2 0.000 0.929 0.000 1.0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902932 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902933 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902934 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902935 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902936 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902937 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902938 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902939 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902940 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902941 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR902996 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902997 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902998 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR902999 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903000 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903001 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903008 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903009 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903010 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903011 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903012 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903013 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903002 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903003 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903004 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903005 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903006 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903007 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903032 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903033 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903034 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903035 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903036 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903037 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903038 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903039 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903040 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903041 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903042 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903043 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903044 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903045 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903046 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903047 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903048 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903049 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903050 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903051 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903052 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903053 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903054 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903055 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903056 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903057 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903058 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903059 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903060 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903061 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903062 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903063 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903064 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903065 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903066 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903067 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903068 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903069 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903070 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903071 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903072 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903073 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903074 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903075 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903076 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903077 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903078 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903079 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903080 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903081 1 0.000 0.764 1.0 0.0 0 0
#> SRR903082 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903083 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903084 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903085 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903086 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903087 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903088 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903089 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903090 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903091 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903092 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903093 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903094 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903095 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903096 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903097 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903098 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903099 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903100 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903101 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903102 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903103 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903104 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903105 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903106 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903107 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903108 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903109 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903110 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903111 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903112 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903113 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903114 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903115 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903116 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903117 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903118 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903119 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903121 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903122 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903124 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903125 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903126 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903127 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903128 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903129 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903130 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903131 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903132 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903133 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903134 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903135 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903136 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903137 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903146 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903147 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903148 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903149 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903150 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903151 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903152 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903153 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903138 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903139 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903140 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903141 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903142 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903143 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903144 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903145 1 0.485 0.650 0.6 0.4 0 0
#> SRR903154 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903155 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903156 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903157 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903158 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903159 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903160 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903161 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903162 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903163 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903164 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903165 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903166 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903167 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903168 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903169 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903178 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903179 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903180 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903181 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903182 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903183 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903184 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903185 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903170 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903171 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903172 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903173 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903174 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903175 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903176 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903177 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903186 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903187 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903188 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903189 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903190 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903191 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903192 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903193 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903194 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903195 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903196 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903197 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903198 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903199 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903200 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903201 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903210 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903211 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903212 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903213 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903214 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903215 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903216 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903217 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903202 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903203 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903204 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903205 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903206 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903207 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903208 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903209 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903218 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903219 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903220 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903221 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903222 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903223 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903224 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903225 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903226 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903227 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903228 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903229 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903230 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903231 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903232 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903233 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903242 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903243 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903244 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903245 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903246 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903247 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903248 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903249 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903234 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903235 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903236 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903237 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903238 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903239 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903240 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903241 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903258 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903259 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903260 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903261 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903262 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903263 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903264 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903265 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903250 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903251 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903252 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903253 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903254 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903255 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903256 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903257 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903266 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903267 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903268 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903270 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903271 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903272 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903273 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.0 1.0 0 0
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1 0
#> SRR903324 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903325 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903326 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903327 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903328 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903329 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903330 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903331 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903332 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903333 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903334 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903335 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903336 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903337 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903338 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903339 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903340 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
#> SRR903341 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0 1
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902932 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902933 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902934 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902935 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902936 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902937 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902938 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902939 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902940 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902941 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR902996 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902997 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902998 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR902999 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903000 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903001 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903008 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903009 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903010 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903011 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903012 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903013 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903002 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903003 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903004 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903005 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903006 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903007 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903032 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903033 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903034 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903035 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903036 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903037 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903038 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903039 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903040 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903041 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903042 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903043 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903044 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903045 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903046 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903047 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903048 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903049 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903050 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903051 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903052 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903053 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903054 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903055 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903056 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903057 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903058 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903059 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903060 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903061 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903062 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903063 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903064 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903065 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903066 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903067 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903068 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903069 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903070 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903071 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903072 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903073 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903074 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903075 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903076 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903077 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903078 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903079 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903080 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903081 1 0.418 0.764 0.6 0.4 0.000 0 0.000
#> SRR903082 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903083 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903084 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903085 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903086 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903087 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903088 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903089 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903090 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903091 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903092 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903093 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903094 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903095 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903096 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903097 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903098 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903099 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903100 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903101 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903102 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903103 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903104 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903105 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903106 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903107 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903108 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903109 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903110 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903111 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903112 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903113 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903114 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903115 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903116 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903117 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903118 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903119 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903121 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903122 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903146 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903147 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903148 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903149 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903150 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903151 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903152 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903153 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903138 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903139 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903140 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903141 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903142 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903143 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903144 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903145 1 0.000 0.650 1.0 0.0 0.000 0 0.000
#> SRR903154 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903155 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903156 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903157 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903158 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903159 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903160 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903161 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903162 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903163 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903164 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903165 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903166 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903167 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903168 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903169 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903178 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903179 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903180 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903181 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903182 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903183 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903184 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903185 5 0.281 0.857 0.0 0.0 0.168 0 0.832
#> SRR903170 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903171 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903172 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903173 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903174 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903175 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903176 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903177 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903186 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903187 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903188 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903189 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903190 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903191 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903192 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903193 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903194 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903195 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903196 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903197 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903198 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903199 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903200 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903201 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903210 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903211 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903212 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903213 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903214 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903215 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903216 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903217 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903202 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903203 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903204 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903205 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903206 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903207 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903208 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903209 5 0.196 0.924 0.0 0.0 0.096 0 0.904
#> SRR903218 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903219 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903220 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903221 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903222 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903223 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903224 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903225 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903226 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903227 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903228 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903229 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903230 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903231 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903232 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903233 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903242 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903243 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903244 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903245 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903246 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903247 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903248 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903249 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903234 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903235 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903236 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903237 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903238 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903239 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903240 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903241 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903258 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903259 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903260 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903261 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903262 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903263 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903264 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903265 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903250 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903251 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903252 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903253 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903254 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903255 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903256 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903257 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903266 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903267 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903268 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903270 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903271 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903272 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903273 5 0.000 0.924 0.0 0.0 0.000 0 1.000
#> SRR903274 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903275 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903276 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903277 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903278 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903279 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903280 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903281 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903282 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903283 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903284 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903285 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903286 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903287 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903288 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903289 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903290 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903291 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903292 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903293 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903294 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903295 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903296 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903297 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903298 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903299 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903300 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903301 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903302 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903303 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903304 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903305 2 0.418 1.000 0.4 0.6 0.000 0 0.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.0 0.0 1.000 0 0.000
#> SRR903324 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903325 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903326 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903327 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903328 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903329 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903330 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903331 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903332 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903333 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903334 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903335 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903336 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903337 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903338 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903339 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903340 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
#> SRR903341 4 0.000 1.000 0.0 0.0 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902932 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902933 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902934 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902935 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902936 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902937 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902938 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902939 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902940 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902941 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR902996 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902997 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902998 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR902999 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903000 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903001 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903008 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903009 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903010 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903011 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903012 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903013 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903002 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903003 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903004 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903005 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903006 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903007 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903032 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903033 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903034 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903035 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903036 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903037 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903038 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903039 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903040 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903041 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903042 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903043 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903044 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903045 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903046 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903047 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903048 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903049 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903050 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903051 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903052 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903053 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903054 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903055 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903056 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903057 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903058 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903059 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903060 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903061 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903062 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903063 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903064 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903065 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903066 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903067 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903068 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903069 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903070 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903071 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903072 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903073 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903074 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903075 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903076 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903077 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903078 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903079 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903080 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903081 1 0.000 1.000 1 0.0 0.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903082 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903083 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903084 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903085 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903086 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903087 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903088 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903089 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903090 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903091 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903092 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903093 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903094 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903095 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903096 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903097 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903098 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903099 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903100 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903101 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903102 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903103 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903104 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903105 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903106 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903107 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903108 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903109 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903110 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903111 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903112 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903113 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903114 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903115 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903116 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903117 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903118 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903119 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903121 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903122 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903124 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903125 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903126 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903127 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903128 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903129 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903130 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903131 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903132 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903133 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903134 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903135 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903136 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903137 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903146 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903147 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903148 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903149 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903150 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903151 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903152 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903153 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903138 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903139 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903140 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903141 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903142 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903143 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903144 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903145 2 0.279 1.000 0 0.8 0.000 0.0 0.000 0.2
#> SRR903154 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903155 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903156 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903157 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903158 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903159 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903160 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903161 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903162 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903163 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903164 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903165 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903166 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903167 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903168 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903169 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903178 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903179 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903180 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903181 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903182 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903183 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903184 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903185 5 0.253 0.853 0 0.0 0.168 0.0 0.832 0.0
#> SRR903170 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903171 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903172 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903173 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903174 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903175 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903176 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903177 4 0.279 0.831 0 0.2 0.000 0.8 0.000 0.0
#> SRR903186 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903187 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903188 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903189 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903190 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903191 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903192 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903193 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903194 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903195 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903196 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903197 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903198 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903199 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903200 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903201 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903210 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903211 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903212 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903213 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903214 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903215 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903216 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903217 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903202 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903203 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903204 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903205 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903206 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903207 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903208 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903209 5 0.176 0.922 0 0.0 0.096 0.0 0.904 0.0
#> SRR903218 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903219 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903220 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903221 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903222 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903223 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903224 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903225 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903226 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903227 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903228 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903229 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903230 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903231 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903232 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903233 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903242 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903243 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903244 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903245 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903246 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903247 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903248 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903249 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903234 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903235 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903236 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903237 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903238 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903239 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903240 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903241 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903258 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903259 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903260 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903261 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903262 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903263 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903264 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903265 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903250 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903251 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903252 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903253 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903254 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903255 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903256 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903257 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903266 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903267 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903268 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903270 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903271 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903272 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903273 5 0.000 0.922 0 0.0 0.000 0.0 1.000 0.0
#> SRR903274 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903275 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903276 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903277 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903278 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903279 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903280 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903281 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903282 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903283 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903284 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903285 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903286 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903287 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903288 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903289 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903290 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903291 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903292 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903293 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903294 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903295 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903296 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903297 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903298 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903299 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903300 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903301 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903302 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903303 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903304 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903305 6 0.000 1.000 0 0.0 0.000 0.0 0.000 1.0
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0 0.0 1.000 0.0 0.000 0.0
#> SRR903324 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903325 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903326 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903327 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903328 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903329 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903330 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903331 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903332 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903333 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903334 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903335 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903336 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903337 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903338 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903339 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903340 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
#> SRR903341 4 0.000 0.962 0 0.0 0.000 1.0 0.000 0.0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 0.654 0.809 0.890 0.2564 0.802 0.622
#> 4 4 0.647 0.748 0.796 0.1083 0.977 0.935
#> 5 5 0.641 0.660 0.698 0.0652 0.921 0.775
#> 6 6 0.726 0.681 0.735 0.0508 0.903 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903115 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903116 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903117 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903118 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903119 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903121 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903139 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903140 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903141 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903142 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903143 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903144 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903145 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR903154 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903243 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903234 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903260 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903261 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903263 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903264 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903265 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903250 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903251 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903252 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903253 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903254 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903255 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903256 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903257 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903266 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903267 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903268 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903270 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903271 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903272 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903273 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903274 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902933 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902934 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902935 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902936 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902937 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902938 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902939 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902940 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902941 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902997 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902998 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR902999 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903000 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903001 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903008 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903009 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903010 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903011 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903012 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903013 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903002 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903003 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903004 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903005 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903006 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903007 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903033 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903034 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903035 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903036 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903037 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903038 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903039 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903040 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903041 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903042 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903043 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903044 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903045 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903046 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903047 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903048 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903049 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903050 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903051 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903052 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903053 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903054 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903055 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903056 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903057 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903058 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903059 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903060 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903061 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903062 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903063 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903064 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903065 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903066 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903067 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903068 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903069 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903070 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903071 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903072 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903073 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903074 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903075 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903076 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903077 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903078 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903079 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903080 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903081 1 0.6008 0.435 0.628 0.000 0.372
#> SRR903082 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903083 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903084 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903085 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903086 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903087 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903088 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903089 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903090 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903091 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903092 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903093 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903094 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903095 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903096 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903097 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903098 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903099 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903100 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903101 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903102 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903103 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903104 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903105 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903106 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903107 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903108 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903109 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903110 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903111 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903112 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903113 2 0.3116 0.902 0.108 0.892 0.000
#> SRR903114 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903115 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903116 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903117 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903118 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903119 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903121 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903122 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903124 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903125 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903126 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903127 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903128 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903129 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903130 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903131 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903132 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903133 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903134 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903135 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903136 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903137 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903146 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903147 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903148 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903149 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903150 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903151 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903152 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903153 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903138 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903139 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903140 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903141 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903142 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903143 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903144 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903145 1 0.3412 0.652 0.876 0.000 0.124
#> SRR903154 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903155 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903156 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903157 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903158 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903159 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903160 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903161 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903162 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903163 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903164 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903165 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903166 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903167 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903168 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903169 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903178 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903179 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903180 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903181 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903182 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903183 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903184 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903185 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903170 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903171 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903172 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903173 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903174 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903175 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903176 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903177 2 0.3340 0.893 0.120 0.880 0.000
#> SRR903186 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903187 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903188 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903189 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903190 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903191 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903192 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903193 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903194 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903195 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903196 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903197 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903198 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903199 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903200 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903201 3 0.3412 0.863 0.124 0.000 0.876
#> SRR903210 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903203 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903204 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903205 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903206 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903207 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903208 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903209 3 0.2448 0.899 0.076 0.000 0.924
#> SRR903218 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903243 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903244 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903245 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903246 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903247 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903248 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903249 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903234 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.951 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903259 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903260 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903261 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903262 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903263 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903264 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903265 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903250 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903251 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903252 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903253 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903254 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903255 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903256 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903257 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903266 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903267 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903268 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903270 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903271 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903272 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903273 3 0.4504 0.795 0.196 0.000 0.804
#> SRR903274 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903275 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903276 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903277 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903278 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903279 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903280 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903281 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903282 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903283 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903284 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903285 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903286 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903287 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903288 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903289 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903290 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903291 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903292 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903293 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903294 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903295 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903296 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903297 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903298 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903299 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903300 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903301 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903302 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903303 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903304 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903305 1 0.6280 0.244 0.540 0.460 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.938 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903325 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903326 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903327 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903328 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903329 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903330 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903331 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903332 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903333 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903334 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903335 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903336 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903337 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903338 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903339 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903340 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
#> SRR903341 2 0.0237 0.952 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902933 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902934 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902935 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902936 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902937 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902938 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902939 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902940 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902941 4 0.0000 0.827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902961 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902962 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902963 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902964 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902965 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902966 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902967 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902968 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902969 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902970 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902971 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902972 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902973 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902974 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902975 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902976 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902977 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902978 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902980 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902981 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902982 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902983 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902984 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902985 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902986 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902987 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902988 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902989 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902990 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902991 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902992 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902993 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902994 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902995 3 0.0336 0.834 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR902996 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR902997 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR902998 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR902999 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903000 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903001 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903008 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903009 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903010 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903011 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903012 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903013 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903002 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903003 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903004 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903005 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903006 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903007 4 0.0921 0.817 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR903014 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903033 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903034 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903035 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903036 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903037 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903038 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903039 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903040 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903041 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903042 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903043 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903044 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903045 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903046 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903047 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903048 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903049 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903050 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903051 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903052 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903053 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903054 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903055 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903056 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903057 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903058 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903059 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903060 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903061 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903062 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903063 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903064 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903065 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903066 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903067 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903068 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903069 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903070 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903071 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903072 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903073 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903074 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903075 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903076 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903077 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903078 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903079 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903080 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903081 1 0.3801 0.729 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR903082 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903083 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903084 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903085 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903086 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903087 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903088 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903089 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903090 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903091 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903092 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903093 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903094 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903095 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903096 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903097 4 0.4401 0.729 0.004 0.272 0.000 0.724
#> SRR903098 4 0.4511 0.729 0.008 0.268 0.000 0.724
#> SRR903099 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903100 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903101 4 0.4606 0.729 0.012 0.264 0.000 0.724
#> SRR903102 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903103 4 0.4606 0.729 0.012 0.264 0.000 0.724
#> SRR903104 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903105 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903106 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903107 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903108 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903109 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903110 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903111 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903112 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903113 4 0.4690 0.729 0.016 0.260 0.000 0.724
#> SRR903114 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903115 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903116 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903117 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903118 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903119 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903121 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903122 1 0.4375 0.546 0.788 0.180 0.032 0.000
#> SRR903124 1 0.4375 0.546 0.788 0.180 0.032 0.000
#> SRR903125 1 0.4375 0.546 0.788 0.180 0.032 0.000
#> SRR903126 1 0.4375 0.546 0.788 0.180 0.032 0.000
#> SRR903127 1 0.4375 0.546 0.788 0.180 0.032 0.000
#> SRR903128 1 0.4375 0.546 0.788 0.180 0.032 0.000
#> SRR903129 1 0.4375 0.546 0.788 0.180 0.032 0.000
#> SRR903130 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903131 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903132 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903133 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903134 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903135 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903136 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903137 1 0.4289 0.555 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903146 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903147 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903148 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903149 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903150 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903151 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903152 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903153 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903138 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903139 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903140 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903141 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903142 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903143 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903144 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903145 1 0.4289 0.552 0.796 0.172 0.032 0.000
#> SRR903154 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903155 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903156 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903157 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903158 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903159 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903160 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903161 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903162 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903163 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903164 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903165 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903166 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903167 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903168 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903169 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903178 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903179 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903180 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903181 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903182 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903183 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903184 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903185 3 0.2760 0.784 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR903170 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903171 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903172 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903173 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903174 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903175 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903176 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903177 4 0.6340 0.509 0.096 0.284 0.000 0.620
#> SRR903186 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903187 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903188 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903189 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903190 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903191 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903192 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903193 3 0.6295 0.657 0.132 0.212 0.656 0.000
#> SRR903194 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903195 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903196 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903197 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903198 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903199 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903200 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903201 3 0.6781 0.611 0.180 0.212 0.608 0.000
#> SRR903210 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903211 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903212 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903213 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903214 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903215 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903216 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903217 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903202 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903203 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903204 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903205 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903206 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903207 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903208 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903209 3 0.6429 0.647 0.144 0.212 0.644 0.000
#> SRR903218 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903219 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903220 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903221 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903222 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903223 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903224 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903225 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903226 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903227 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903228 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903229 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903230 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903231 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903232 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903233 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903242 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903243 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903244 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903245 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903246 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903247 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903248 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903249 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903234 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903235 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903236 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903237 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903238 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903239 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903240 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903241 4 0.2412 0.821 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR903258 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903259 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903260 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903261 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903262 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903263 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903264 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903265 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903250 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903251 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903252 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903253 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903254 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903255 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903256 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903257 3 0.7205 0.527 0.172 0.296 0.532 0.000
#> SRR903266 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903267 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903268 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903270 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903271 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903272 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903273 3 0.7222 0.521 0.172 0.300 0.528 0.000
#> SRR903274 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903275 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903276 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903277 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903278 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903279 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903280 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903281 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903282 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903283 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903284 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903285 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903286 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903287 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903288 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903289 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903290 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903291 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903292 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903293 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903294 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903295 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903296 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903297 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903298 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903299 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903300 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903301 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903302 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903303 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903304 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903305 2 0.7666 1.000 0.388 0.400 0.000 0.212
#> SRR903306 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.835 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903325 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903326 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903327 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903328 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903329 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903330 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903331 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903332 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903333 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903334 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903335 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903336 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903337 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903338 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903339 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903340 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR903341 4 0.0188 0.827 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902933 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902934 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902935 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902936 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902937 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902938 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902939 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902940 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902941 4 0.4287 0.794 0.000 NA 0.000 0.540 0.000
#> SRR902942 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.1410 0.801 0.000 NA 0.940 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902961 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902962 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902963 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902964 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902965 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902966 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902967 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902968 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902969 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902970 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902971 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902972 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902973 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902974 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902975 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902976 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902977 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902978 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902980 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902981 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902982 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902983 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902984 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902985 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902986 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902987 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902988 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902989 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902990 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902991 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902992 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902993 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902994 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902995 3 0.2707 0.775 0.000 NA 0.860 0.000 0.008
#> SRR902996 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR902997 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR902998 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR902999 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903000 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903001 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903008 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903009 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903010 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903011 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903012 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903013 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903002 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903003 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903004 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903005 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903006 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903007 4 0.4883 0.790 0.004 NA 0.000 0.516 0.016
#> SRR903014 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903033 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903034 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903035 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903036 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903037 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903038 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903039 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903040 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903041 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903042 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903043 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903044 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903045 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903046 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903047 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903048 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903049 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903050 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903051 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903052 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903053 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903054 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903055 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903056 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903057 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903058 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903059 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903060 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903061 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903062 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903063 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903064 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903065 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903066 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903067 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903068 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903069 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903070 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903071 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903072 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903073 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903074 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903075 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903076 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903077 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903078 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903079 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903080 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903081 1 0.7169 0.444 0.564 NA 0.112 0.000 0.188
#> SRR903082 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903083 4 0.6012 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.164
#> SRR903084 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903085 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903086 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903087 4 0.6012 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.164
#> SRR903088 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903089 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903090 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903091 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903092 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903093 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903094 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903095 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903096 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903097 4 0.6000 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.160
#> SRR903098 4 0.6012 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.164
#> SRR903099 4 0.6043 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.176
#> SRR903100 4 0.6043 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.176
#> SRR903101 4 0.6023 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.168
#> SRR903102 4 0.6034 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.172
#> SRR903103 4 0.6012 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.164
#> SRR903104 4 0.6034 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.172
#> SRR903105 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903106 4 0.6043 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.176
#> SRR903107 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903108 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903109 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903110 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903111 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903112 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903113 4 0.6052 0.685 0.000 NA 0.000 0.572 0.180
#> SRR903114 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.0566 0.643 0.984 NA 0.012 0.000 0.004
#> SRR903124 1 0.0566 0.643 0.984 NA 0.012 0.000 0.004
#> SRR903125 1 0.0566 0.643 0.984 NA 0.012 0.000 0.004
#> SRR903126 1 0.0566 0.643 0.984 NA 0.012 0.000 0.004
#> SRR903127 1 0.0566 0.643 0.984 NA 0.012 0.000 0.004
#> SRR903128 1 0.0566 0.643 0.984 NA 0.012 0.000 0.004
#> SRR903129 1 0.0566 0.643 0.984 NA 0.012 0.000 0.004
#> SRR903130 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903147 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903148 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903149 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903150 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903151 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903152 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903153 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903138 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.0404 0.645 0.988 NA 0.012 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903155 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903156 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903157 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903158 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903159 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903160 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903161 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903162 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903163 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903164 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903165 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903166 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903167 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903168 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903169 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903178 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903179 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903180 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903181 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903182 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903183 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903184 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903185 3 0.3909 0.410 0.000 NA 0.760 0.000 0.216
#> SRR903170 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903171 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903172 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903173 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903174 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903175 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903176 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903177 4 0.2012 0.603 0.060 NA 0.000 0.920 0.020
#> SRR903186 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903187 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903188 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903189 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903190 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903191 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903192 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903193 3 0.5863 -0.621 0.048 NA 0.508 0.000 0.420
#> SRR903194 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903195 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903196 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903197 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903198 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903199 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903200 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903201 5 0.6120 0.774 0.060 NA 0.448 0.000 0.464
#> SRR903210 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903211 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903212 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903213 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903214 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903215 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903216 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903217 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903202 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903203 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903204 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903205 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903206 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903207 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903208 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903209 3 0.5876 -0.654 0.048 NA 0.496 0.000 0.432
#> SRR903218 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903219 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903220 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903221 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903222 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903223 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903224 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903225 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903226 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903227 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903228 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903229 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903230 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903231 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903232 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903233 4 0.5162 0.783 0.000 NA 0.000 0.628 0.064
#> SRR903242 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903243 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903244 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903245 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903246 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903247 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903248 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903249 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903234 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903235 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903236 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903237 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903238 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903239 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903240 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903241 4 0.5237 0.782 0.000 NA 0.000 0.628 0.072
#> SRR903258 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903259 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903260 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903261 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903262 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903263 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903264 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903265 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903250 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903251 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903252 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903253 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903254 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903255 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903256 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903257 5 0.5708 0.947 0.096 NA 0.348 0.000 0.556
#> SRR903266 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903267 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903268 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903270 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903271 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903272 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903273 5 0.5739 0.947 0.100 NA 0.344 0.000 0.556
#> SRR903274 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903275 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903276 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903277 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903278 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903279 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903280 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903281 1 0.7419 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.104
#> SRR903282 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903283 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903284 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903285 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903286 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903287 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903288 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903289 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903290 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903291 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903292 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903293 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903294 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903295 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903296 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903297 1 0.7422 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.108
#> SRR903298 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903299 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903300 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903301 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903302 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903303 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903304 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903305 1 0.7415 0.520 0.496 NA 0.000 0.280 0.100
#> SRR903306 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.805 0.000 NA 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903325 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903326 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903327 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903328 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903329 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903330 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903331 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903332 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903333 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903334 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903335 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903336 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903337 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903338 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903339 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903340 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
#> SRR903341 4 0.4283 0.795 0.000 NA 0.000 0.544 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902921 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902922 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902923 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902924 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902925 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902926 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902927 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902928 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902929 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902930 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902931 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR902932 2 0.0000 0.535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0146 0.534 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR902937 2 0.0146 0.534 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR902938 2 0.0146 0.534 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.535 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902943 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902944 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902945 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902946 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902947 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902954 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902955 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902956 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902957 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902958 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902959 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902948 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902949 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902950 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902951 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902952 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902953 3 0.2736 0.826 0.000 0.000 0.876 0.076 0.020 0.028
#> SRR902960 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902961 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902962 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902963 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902964 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902965 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902966 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902967 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902968 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902969 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902970 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902971 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902972 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902973 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902974 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902975 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902976 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902977 3 0.4139 0.776 0.000 0.000 0.744 0.200 0.032 0.024
#> SRR902978 3 0.4063 0.774 0.000 0.000 0.740 0.212 0.032 0.016
#> SRR902980 3 0.4063 0.774 0.000 0.000 0.740 0.212 0.032 0.016
#> SRR902981 3 0.4063 0.774 0.000 0.000 0.740 0.212 0.032 0.016
#> SRR902982 3 0.4063 0.774 0.000 0.000 0.740 0.212 0.032 0.016
#> SRR902983 3 0.4063 0.774 0.000 0.000 0.740 0.212 0.032 0.016
#> SRR902984 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902985 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902986 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902987 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902988 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902989 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902990 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902991 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902992 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902993 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902994 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902995 3 0.4035 0.776 0.000 0.000 0.744 0.208 0.032 0.016
#> SRR902996 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR902997 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR902998 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR902999 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903000 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903001 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903008 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903009 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903010 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903011 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903012 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903013 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903002 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903003 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903004 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903005 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903006 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903007 2 0.2143 0.499 0.012 0.916 0.000 0.016 0.048 0.008
#> SRR903014 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903015 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903016 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903017 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903018 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903019 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903020 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903021 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903022 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903023 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903024 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903025 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903026 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903027 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903028 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903029 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903030 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903031 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903032 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903051 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903052 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903053 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903054 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903055 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903056 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903057 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903058 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903059 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903060 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903061 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903062 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903063 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903064 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903065 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903066 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903067 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903068 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903069 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903070 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903071 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903072 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903073 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903074 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903075 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903076 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903077 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903078 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903079 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903080 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903081 1 0.1265 0.748 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR903082 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903083 4 0.3979 0.989 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004 0.000
#> SRR903084 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903085 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903086 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903087 4 0.3847 0.988 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR903088 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903089 4 0.3847 0.988 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR903090 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903091 4 0.3847 0.988 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR903092 4 0.3847 0.988 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR903093 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903094 4 0.3847 0.988 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR903095 4 0.3847 0.988 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR903096 4 0.3847 0.988 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR903097 4 0.3979 0.988 0.004 0.456 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR903098 4 0.4211 0.988 0.000 0.456 0.000 0.532 0.008 0.004
#> SRR903099 4 0.4431 0.986 0.004 0.456 0.000 0.524 0.012 0.004
#> SRR903100 4 0.4431 0.986 0.004 0.456 0.000 0.524 0.012 0.004
#> SRR903101 4 0.4211 0.988 0.004 0.456 0.000 0.532 0.008 0.000
#> SRR903102 4 0.4481 0.986 0.008 0.456 0.000 0.520 0.016 0.000
#> SRR903103 4 0.4080 0.988 0.000 0.456 0.000 0.536 0.008 0.000
#> SRR903104 4 0.4300 0.987 0.004 0.456 0.000 0.528 0.012 0.000
#> SRR903105 4 0.4300 0.987 0.000 0.456 0.000 0.528 0.012 0.004
#> SRR903106 4 0.4644 0.981 0.012 0.456 0.000 0.512 0.020 0.000
#> SRR903107 4 0.4481 0.984 0.008 0.456 0.000 0.520 0.016 0.000
#> SRR903108 4 0.4569 0.983 0.012 0.456 0.000 0.516 0.016 0.000
#> SRR903109 4 0.4569 0.983 0.012 0.456 0.000 0.516 0.016 0.000
#> SRR903110 4 0.4644 0.981 0.012 0.456 0.000 0.512 0.020 0.000
#> SRR903111 4 0.4569 0.983 0.012 0.456 0.000 0.516 0.016 0.000
#> SRR903112 4 0.4569 0.983 0.012 0.456 0.000 0.516 0.016 0.000
#> SRR903113 4 0.4481 0.984 0.008 0.456 0.000 0.520 0.016 0.000
#> SRR903114 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903115 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903116 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903117 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903118 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903119 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903121 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903122 1 0.5768 0.630 0.564 0.000 0.000 0.048 0.080 0.308
#> SRR903124 1 0.5768 0.630 0.564 0.000 0.000 0.048 0.080 0.308
#> SRR903125 1 0.5768 0.630 0.564 0.000 0.000 0.048 0.080 0.308
#> SRR903126 1 0.5768 0.630 0.564 0.000 0.000 0.048 0.080 0.308
#> SRR903127 1 0.5768 0.630 0.564 0.000 0.000 0.048 0.080 0.308
#> SRR903128 1 0.5768 0.630 0.564 0.000 0.000 0.048 0.080 0.308
#> SRR903129 1 0.5768 0.630 0.564 0.000 0.000 0.048 0.080 0.308
#> SRR903130 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903131 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903132 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903133 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903134 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903135 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903136 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903137 1 0.5740 0.639 0.572 0.000 0.000 0.048 0.080 0.300
#> SRR903146 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903147 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903148 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903149 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903150 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903151 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903152 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903153 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903138 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903139 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903140 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903141 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903142 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903143 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903144 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903145 1 0.5684 0.640 0.576 0.000 0.000 0.044 0.080 0.300
#> SRR903154 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903155 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903156 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903157 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903158 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903159 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903160 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903161 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903162 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903163 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903164 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903165 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903166 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903167 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903168 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903169 2 0.7599 0.145 0.012 0.376 0.000 0.216 0.120 0.276
#> SRR903178 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903179 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903180 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903181 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903182 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903183 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903184 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903185 3 0.4361 0.352 0.000 0.000 0.716 0.040 0.224 0.020
#> SRR903170 2 0.7544 0.144 0.016 0.376 0.000 0.244 0.092 0.272
#> SRR903171 2 0.7544 0.144 0.016 0.376 0.000 0.244 0.092 0.272
#> SRR903172 2 0.7544 0.144 0.016 0.376 0.000 0.244 0.092 0.272
#> SRR903173 2 0.7544 0.144 0.016 0.376 0.000 0.244 0.092 0.272
#> SRR903174 2 0.7544 0.144 0.016 0.376 0.000 0.244 0.092 0.272
#> SRR903175 2 0.7582 0.145 0.016 0.376 0.000 0.232 0.100 0.276
#> SRR903176 2 0.7544 0.144 0.016 0.376 0.000 0.244 0.092 0.272
#> SRR903177 2 0.7580 0.144 0.020 0.376 0.000 0.244 0.088 0.272
#> SRR903186 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903187 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903188 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903189 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903190 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903191 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903192 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903193 5 0.6679 0.776 0.132 0.000 0.392 0.036 0.420 0.020
#> SRR903194 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903195 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903196 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903197 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903198 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903199 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903200 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903201 5 0.6783 0.803 0.152 0.000 0.364 0.036 0.428 0.020
#> SRR903210 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903211 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903212 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903213 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903214 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903215 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903216 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903217 2 0.4924 0.276 0.000 0.704 0.000 0.156 0.112 0.028
#> SRR903202 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903203 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903204 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903205 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903206 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903207 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903208 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903209 5 0.6726 0.788 0.140 0.000 0.384 0.036 0.420 0.020
#> SRR903218 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903219 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903220 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903221 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903222 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903223 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903224 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903225 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903226 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903227 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903228 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903229 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903230 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903231 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903232 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903233 2 0.4866 0.285 0.000 0.708 0.000 0.144 0.124 0.024
#> SRR903242 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903243 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903244 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903245 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903246 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903247 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903248 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903249 5 0.6001 0.860 0.140 0.000 0.232 0.008 0.588 0.032
#> SRR903234 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903235 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903236 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903237 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903238 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903239 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903240 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903241 2 0.4931 0.276 0.000 0.704 0.000 0.152 0.116 0.028
#> SRR903258 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903259 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903260 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903261 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903262 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903263 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903264 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903265 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903250 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903251 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903252 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903253 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903254 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903255 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903256 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903257 5 0.5888 0.866 0.140 0.000 0.244 0.000 0.580 0.036
#> SRR903266 5 0.6021 0.863 0.140 0.000 0.236 0.008 0.584 0.032
#> SRR903267 5 0.6021 0.863 0.140 0.000 0.236 0.008 0.584 0.032
#> SRR903268 5 0.6021 0.863 0.140 0.000 0.236 0.008 0.584 0.032
#> SRR903270 5 0.6021 0.863 0.140 0.000 0.236 0.008 0.584 0.032
#> SRR903271 5 0.6021 0.863 0.140 0.000 0.236 0.008 0.584 0.032
#> SRR903272 5 0.6021 0.863 0.140 0.000 0.236 0.008 0.584 0.032
#> SRR903273 5 0.6021 0.863 0.140 0.000 0.236 0.008 0.584 0.032
#> SRR903274 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903275 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903276 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903277 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903278 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903279 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903280 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903281 6 0.2631 0.996 0.076 0.044 0.000 0.004 0.000 0.876
#> SRR903282 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903283 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903284 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903285 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903286 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903287 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903288 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903289 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903290 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903291 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903292 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903293 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903294 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903295 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903296 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903297 6 0.2934 0.991 0.076 0.044 0.000 0.000 0.016 0.864
#> SRR903298 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903299 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903300 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903301 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903302 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903303 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903304 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903305 6 0.2488 0.996 0.076 0.044 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR903306 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903307 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903308 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903309 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903310 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903311 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903312 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903313 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903314 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903315 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903316 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903317 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903318 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903319 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903320 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903321 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903322 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903323 3 0.0146 0.840 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR903324 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0146 0.538 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.996 0.4988 0.502 0.502
#> 3 3 1.000 0.999 0.997 0.2317 0.883 0.768
#> 4 4 1.000 0.985 0.980 0.0982 0.941 0.848
#> 5 5 0.845 0.951 0.892 0.0750 0.927 0.777
#> 6 6 0.834 0.848 0.852 0.0698 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.373 0.925 0.928 0.072
#> SRR903115 1 0.388 0.921 0.924 0.076
#> SRR903116 1 0.388 0.921 0.924 0.076
#> SRR903117 1 0.373 0.925 0.928 0.072
#> SRR903118 1 0.358 0.929 0.932 0.068
#> SRR903119 1 0.358 0.929 0.932 0.068
#> SRR903121 1 0.358 0.929 0.932 0.068
#> SRR903122 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903146 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.552 0.861 0.872 0.128
#> SRR903139 1 0.563 0.856 0.868 0.132
#> SRR903140 1 0.552 0.861 0.872 0.128
#> SRR903141 1 0.552 0.861 0.872 0.128
#> SRR903142 1 0.552 0.861 0.872 0.128
#> SRR903143 1 0.552 0.861 0.872 0.128
#> SRR903144 1 0.518 0.876 0.884 0.116
#> SRR903145 1 0.552 0.861 0.872 0.128
#> SRR903154 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903243 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903244 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903245 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903246 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903247 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903248 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903249 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903259 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903260 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903261 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903262 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903263 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903264 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903265 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903250 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903251 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903252 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903253 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903254 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903255 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903256 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903257 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903266 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903267 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903268 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903270 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903271 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903272 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903273 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903032 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903051 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903052 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903053 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903054 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903055 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903056 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903057 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903058 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903059 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903060 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903061 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903062 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903063 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903064 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903065 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903066 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903067 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903068 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903069 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903070 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903071 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903072 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903073 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903074 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903075 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903076 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903077 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903078 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903079 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903080 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903081 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903082 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903083 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903084 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903085 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903086 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903087 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903088 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903089 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903090 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903091 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903092 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903093 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903094 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903095 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903097 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903098 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903099 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903101 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903102 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903103 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903104 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903105 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903114 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903115 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903116 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903117 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903118 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903119 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903121 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903122 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903124 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903125 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903126 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903127 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903128 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903129 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903130 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903131 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903132 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903133 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903134 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903135 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903136 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903137 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903146 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903147 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903148 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903149 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903150 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903151 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903152 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903153 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903138 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903139 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903140 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903141 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903142 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903143 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903144 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903145 1 0.0592 1.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903154 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903155 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903156 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903157 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903158 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903159 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903160 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903161 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903162 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903163 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903164 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903165 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903166 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903167 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903168 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903169 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903178 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903179 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903180 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903181 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903182 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903183 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903184 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903185 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903170 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903171 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903172 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903173 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903174 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903175 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903176 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903177 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903186 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903187 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903188 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903189 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903190 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903191 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903192 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903193 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903194 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903195 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903196 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903197 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903198 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903199 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903200 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903201 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903210 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903203 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903204 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903205 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903206 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903207 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903208 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903209 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903218 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903243 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903244 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903245 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903246 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903247 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903248 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903249 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903234 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903259 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903260 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903261 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903262 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903263 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903264 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903265 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903250 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903251 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903252 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903253 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903254 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903255 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903256 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903257 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903266 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903267 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903268 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903270 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903271 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903272 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903273 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903274 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903275 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903276 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903277 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903278 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903279 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903280 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903281 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903282 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903283 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903284 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903285 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903286 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903287 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903288 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903289 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903290 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903291 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903292 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903293 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903294 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903295 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903296 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903297 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903298 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903299 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903300 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903301 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903302 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903303 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903304 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903305 2 0.0592 0.991 0.012 0.988 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902933 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902934 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902935 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902936 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902937 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902938 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902939 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902940 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902941 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902942 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902961 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902962 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902963 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902964 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902965 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902966 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902967 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902968 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902969 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902970 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902971 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902972 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902973 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902974 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902975 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902976 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902977 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902978 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902997 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902998 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902999 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903000 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903001 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903008 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903009 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903010 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903011 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903012 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903013 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903002 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903003 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903004 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903005 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903006 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903007 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903014 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903033 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903034 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903035 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903036 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903037 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903038 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903039 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903040 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903041 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903042 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903043 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903044 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903045 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903046 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903047 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903048 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903049 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903083 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903084 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903085 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903086 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903087 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903088 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903089 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903090 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903091 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903092 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903093 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903094 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903095 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903096 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903097 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903098 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903099 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903100 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903101 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903102 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903103 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903104 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903105 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903106 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903107 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903108 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903109 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903110 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903111 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903112 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903113 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903147 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903148 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903149 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903150 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903151 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903152 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903153 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.0188 0.998 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903155 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903156 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903157 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903158 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903159 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903160 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903161 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903162 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903163 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903164 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903165 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903166 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903167 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903168 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903169 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903178 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903179 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903180 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903181 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903182 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903183 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903184 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903185 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903170 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903171 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903172 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903173 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903174 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903175 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903176 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903177 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903186 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903187 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903188 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903189 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903190 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903191 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903192 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903193 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903194 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903195 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903196 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903197 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903198 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903199 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903200 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903201 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903210 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903211 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903212 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903213 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903214 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903215 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903216 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903217 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903202 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903203 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903204 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903205 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903206 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903207 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903208 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903209 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903218 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903219 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903220 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903221 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903222 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903223 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903224 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903225 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903226 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903227 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903228 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903229 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903230 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903231 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903232 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903233 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903242 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903243 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903244 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903245 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903246 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903247 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903248 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903249 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903234 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903235 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903236 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903237 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903238 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903239 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903240 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903241 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903258 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903259 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903260 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903261 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903262 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903263 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903264 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903265 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903250 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903251 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903252 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903253 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903254 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903255 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903256 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903257 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903266 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903267 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903268 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903270 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903271 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903272 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903273 3 0.2081 0.950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR903274 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903275 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903276 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903277 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903278 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903279 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903280 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903281 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903282 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903283 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903284 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903285 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903286 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903287 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903288 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903289 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903290 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903291 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903292 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903293 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903294 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903295 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903296 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903297 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903298 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903299 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903300 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903301 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903302 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903303 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903304 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903305 2 0.2149 1.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903306 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903325 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903326 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903327 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903328 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903329 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903330 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903331 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903332 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903333 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903334 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903335 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903336 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903337 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903338 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903339 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903340 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903341 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR902996 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902997 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902998 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR902999 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903000 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903001 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903008 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903009 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903010 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903011 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903012 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903013 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903002 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903003 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903004 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903005 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903006 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903007 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903043 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903044 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.865 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903083 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903084 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903085 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903086 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903087 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903088 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903089 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903090 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903091 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903092 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903093 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903094 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903095 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903096 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903097 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903098 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903099 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903100 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903101 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903102 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903103 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903104 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903105 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903106 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903107 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903108 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903109 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903110 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903111 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903112 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903113 4 0.207 0.937 0.000 0 0.000 0.896 0.104
#> SRR903114 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903115 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903116 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903117 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903118 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903119 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903121 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903122 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903124 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903125 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903126 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903127 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903128 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903129 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903130 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903131 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903132 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903133 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903134 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903135 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903136 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903137 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903146 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903147 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903148 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903149 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903150 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903151 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903152 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903153 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903138 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903139 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903140 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903141 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903142 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903143 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903144 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903145 1 0.384 0.855 0.692 0 0.000 0.000 0.308
#> SRR903154 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903155 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903156 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903157 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903158 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903159 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903160 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903161 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903162 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903163 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903164 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903165 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903166 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903167 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903168 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903169 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903178 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903179 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903180 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903181 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903182 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903183 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903184 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903185 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903170 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903171 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903172 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903173 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903174 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903175 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903176 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903177 4 0.223 0.932 0.000 0 0.000 0.884 0.116
#> SRR903186 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903187 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903188 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903189 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903190 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903191 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903192 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903193 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903194 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903195 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903196 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903197 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903198 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903199 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903200 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903201 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903210 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903203 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903204 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903205 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903206 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903207 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903208 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903209 5 0.430 0.937 0.000 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR903218 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903219 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903220 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903221 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903222 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903223 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903224 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903225 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903226 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903227 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903228 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903229 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903230 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903231 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903232 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903233 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903242 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903243 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903244 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903245 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903246 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903247 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903248 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903249 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903234 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903235 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903236 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903237 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903238 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903239 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903240 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903241 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903258 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903259 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903260 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903261 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903262 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903263 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903264 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903265 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903250 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903251 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903252 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903253 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903254 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903255 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903256 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903257 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903266 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903267 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903268 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903270 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903271 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903272 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903273 5 0.423 0.940 0.000 0 0.424 0.000 0.576
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903325 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903326 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903327 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903328 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903329 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903330 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903331 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903332 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903333 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903334 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903335 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903336 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903337 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903338 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903339 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903340 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR903341 4 0.000 0.959 0.000 0 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902921 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902922 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902923 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902924 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902925 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902926 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902927 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902928 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902929 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902930 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902931 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR902932 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902933 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902934 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902935 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902936 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902937 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902938 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902939 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902940 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902941 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR902942 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902943 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902944 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902945 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902946 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902947 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902954 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902955 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902956 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902957 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902958 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902959 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902948 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902949 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902950 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902951 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902952 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902953 3 0.0000 0.995 0.000 NA 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902960 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902961 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902962 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902963 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902964 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902965 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902966 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902967 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902968 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902969 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902970 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902971 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902972 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902973 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902974 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902975 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902976 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902977 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902978 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902980 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902981 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902982 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902983 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902984 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902985 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902986 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902987 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902988 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902989 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902990 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902991 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902992 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902993 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902994 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902995 3 0.0146 0.994 0.000 NA 0.996 0.000 0.000 0
#> SRR902996 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR902997 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR902998 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR902999 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903000 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903001 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903008 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903009 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903010 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903011 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903012 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903013 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903002 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903003 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903004 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903005 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903006 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903007 4 0.0146 0.798 0.000 NA 0.000 0.996 0.004 0
#> SRR903014 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903015 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903016 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903017 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903018 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903019 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903020 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903021 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903022 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903023 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903024 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903025 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903026 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903027 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903028 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903029 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903030 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903031 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903032 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903033 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903034 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903035 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903036 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903037 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903038 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903039 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903040 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903041 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903042 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903043 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903044 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903045 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903046 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903047 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903048 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903049 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903050 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903051 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903052 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903053 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903054 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903055 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903056 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903057 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903058 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903059 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903060 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903061 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903062 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903063 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903064 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903065 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903066 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903067 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903068 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903069 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903070 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903071 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903072 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903073 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903074 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903075 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903076 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903077 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903078 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903079 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903080 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903081 1 0.5226 0.752 0.460 NA 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR903082 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903083 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903084 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903085 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903086 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903087 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903088 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903089 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903090 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903091 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903092 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903093 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903094 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903095 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903096 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903097 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903098 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903099 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903100 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903101 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903102 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903103 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903104 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903105 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903106 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903107 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903108 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903109 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903110 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903111 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903112 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903113 4 0.3838 0.700 0.000 NA 0.000 0.552 0.000 0
#> SRR903114 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903115 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903116 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903117 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903118 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903119 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903121 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903122 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903124 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903125 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903126 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903127 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903128 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903129 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903130 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903131 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903132 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903133 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903134 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903135 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903136 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903137 1 0.0260 0.730 0.992 NA 0.000 0.000 0.008 0
#> SRR903146 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903147 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903148 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903149 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903150 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903151 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903152 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903153 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903138 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903139 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903140 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903141 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903142 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903143 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903144 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903145 1 0.0000 0.730 1.000 NA 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903154 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903155 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903156 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903157 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903158 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903159 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903160 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903161 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903162 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903163 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903164 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903165 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903166 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903167 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903168 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903169 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903178 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903179 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903180 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903181 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903182 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903183 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903184 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903185 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903170 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903171 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903172 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903173 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903174 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903175 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903176 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903177 4 0.3868 0.675 0.000 NA 0.000 0.504 0.000 0
#> SRR903186 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903187 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903188 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903189 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903190 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903191 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903192 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903193 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903194 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903195 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903196 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903197 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903198 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903199 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903200 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903201 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903210 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903211 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903212 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903213 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903214 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903215 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903216 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903217 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903202 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903203 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903204 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903205 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903206 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903207 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903208 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903209 5 0.4024 0.882 0.000 NA 0.264 0.000 0.700 0
#> SRR903218 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903219 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903220 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903221 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903222 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903223 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903224 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903225 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903226 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903227 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903228 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903229 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903230 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903231 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903232 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903233 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903242 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903243 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903244 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903245 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903246 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903247 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903248 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903249 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903234 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903235 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903236 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903237 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903238 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903239 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903240 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903241 4 0.1285 0.799 0.000 NA 0.000 0.944 0.004 0
#> SRR903258 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903259 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903260 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903261 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903262 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903263 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903264 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903265 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903250 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903251 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903252 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903253 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903254 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903255 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903256 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903257 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903266 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903267 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903268 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903270 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903271 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903272 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903273 5 0.1910 0.878 0.000 NA 0.108 0.000 0.892 0
#> SRR903274 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903275 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903276 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903277 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903278 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903279 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903280 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903281 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903282 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903283 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903284 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903285 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903286 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903287 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903288 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903289 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903290 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903291 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903292 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903293 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903294 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903295 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903296 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903297 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903298 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903299 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903300 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903301 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903302 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903303 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903304 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903305 6 0.0000 1.000 0.000 NA 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903306 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903307 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903308 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903309 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903310 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903311 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903312 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903313 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903314 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903315 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903316 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903317 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903318 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903319 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903320 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903321 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903322 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903323 3 0.0260 0.995 0.000 NA 0.992 0.000 0.000 0
#> SRR903324 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903325 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903326 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903327 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903328 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903329 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903330 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903331 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903332 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903333 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903334 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903335 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903336 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903337 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903338 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903339 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903340 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR903341 4 0.0146 0.799 0.000 NA 0.000 0.996 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.964 0.986 0.4997 0.502 0.502
#> 3 3 1.000 0.988 0.995 0.3192 0.781 0.588
#> 4 4 0.978 0.946 0.962 0.0315 0.920 0.784
#> 5 5 0.966 0.919 0.962 0.0787 0.932 0.791
#> 6 6 0.903 0.891 0.932 0.0308 0.975 0.909
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902921 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902922 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902923 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902924 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902925 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902926 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902927 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902928 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902929 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902930 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902931 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902932 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902933 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902934 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902935 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902936 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902937 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902938 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902939 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902940 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902941 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902942 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902943 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902944 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902945 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902946 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902947 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902954 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902955 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902956 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902957 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902958 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902959 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902948 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902949 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902950 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902951 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902952 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902953 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902960 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902961 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902962 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902963 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902964 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902965 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902966 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902967 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902968 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902969 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902970 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902971 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902972 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902973 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902974 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902975 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902976 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902977 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902978 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902980 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902981 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902982 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902983 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902984 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902985 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902986 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902987 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902988 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902989 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902990 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902991 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902992 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902993 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902994 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902995 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR902996 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902997 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR902999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903000 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903008 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903009 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903011 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903012 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903013 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903002 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903003 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903004 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903005 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903006 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903014 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903015 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903016 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903017 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903018 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903019 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903020 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903021 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903022 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903023 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903024 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903025 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903026 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903027 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903028 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903029 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903030 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903031 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903035 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903036 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903037 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903039 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903040 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903041 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903043 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903044 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903045 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903046 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903047 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903048 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903082 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903083 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903084 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903086 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903087 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903090 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903091 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903092 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903094 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903095 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903096 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903097 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903098 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903099 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903100 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903104 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903105 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903106 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903108 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903110 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903112 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903114 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903115 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903116 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903117 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903118 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903119 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903121 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903122 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903124 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903125 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903126 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903127 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903128 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903129 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903130 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903131 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903132 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903133 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903134 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903135 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903136 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903137 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903146 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903147 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903148 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903149 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903150 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903151 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903152 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903153 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903138 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903139 1 0.973 0.364 0.596 0.404
#> SRR903140 1 0.971 0.374 0.600 0.400
#> SRR903141 1 0.980 0.332 0.584 0.416
#> SRR903142 1 0.975 0.354 0.592 0.408
#> SRR903143 1 0.973 0.364 0.596 0.404
#> SRR903144 1 0.973 0.364 0.596 0.404
#> SRR903145 1 0.973 0.364 0.596 0.404
#> SRR903154 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903155 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903156 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903157 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903158 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903159 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903160 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903161 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903162 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903163 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903164 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903165 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903166 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903167 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903168 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903169 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903178 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903179 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903180 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903181 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903182 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903183 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903184 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903185 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903170 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903171 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903172 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903173 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903174 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903175 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903176 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903177 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903186 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903187 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903188 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903189 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903190 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903191 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903192 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903193 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903194 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903195 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903196 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903197 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903198 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903199 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903200 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903201 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903210 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903211 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903212 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903213 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903214 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903202 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903203 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903204 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903205 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903206 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903207 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903208 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903209 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903218 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903219 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903221 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903222 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903226 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903227 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903228 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903229 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903233 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903242 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903243 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903244 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903245 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903246 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903247 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903248 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903249 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903235 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903237 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903258 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903259 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903260 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903261 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903262 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903263 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903264 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903265 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903250 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903251 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903252 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903253 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903254 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903255 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903256 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903257 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903266 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903267 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903268 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903270 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903271 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903272 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903273 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903306 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903307 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903308 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903309 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903310 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903311 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903312 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903313 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903314 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903315 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903316 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903317 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903318 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903319 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903320 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903321 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903322 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903323 1 0.000 0.973 1.000 0.000
#> SRR903324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903326 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903327 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903329 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903333 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903334 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903336 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903337 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903338 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903340 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR903341 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902960 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902961 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902962 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902963 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902964 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902965 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902966 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902967 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902968 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902969 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902970 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902971 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902972 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902973 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902974 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902975 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902976 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902977 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902978 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902980 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902981 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902982 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902983 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902984 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902985 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902986 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902987 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902988 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902989 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902990 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902991 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902992 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902993 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902994 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902995 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR902996 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903032 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903050 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903051 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903052 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903053 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903054 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903055 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903056 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903057 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903058 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903059 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903060 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903061 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903062 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903063 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903064 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903065 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903066 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903067 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903068 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903069 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903070 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903071 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903072 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903073 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903074 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903075 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903076 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903077 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903078 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903079 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903080 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903081 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903082 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903083 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903084 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903085 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903086 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903087 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903088 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903089 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903090 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903091 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903092 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903093 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903094 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903095 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903096 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903097 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903098 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903099 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903100 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903101 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903102 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903103 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903104 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903105 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903106 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903108 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903109 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903110 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903111 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903112 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903113 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903114 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903146 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903147 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903148 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903149 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903150 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903151 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903152 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903153 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903138 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903154 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903155 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903156 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903157 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903158 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903159 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903160 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903161 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903162 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903163 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903164 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903165 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903166 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903167 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903168 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903169 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903178 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903179 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903180 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903181 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903182 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903183 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903184 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903185 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903170 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903171 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903172 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903173 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903174 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903175 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903176 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903177 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903186 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903187 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903188 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903189 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903190 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903191 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903192 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903193 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903194 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903195 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903196 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903197 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903198 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903199 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903200 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903201 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903210 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903202 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903203 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903204 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903205 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903206 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903207 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903208 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903209 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903218 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903219 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903220 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903221 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903222 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903223 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903224 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903225 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903226 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903227 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903228 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903229 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903230 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903231 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903232 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903233 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903242 1 0.0592 0.970 0.988 0 0.012
#> SRR903243 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903244 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903245 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903246 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903247 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903248 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903249 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903234 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903235 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903236 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903237 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903238 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903239 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903240 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903241 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903258 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903259 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903260 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903261 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903262 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903263 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903264 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903265 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903250 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903251 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903252 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903253 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903254 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903255 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903256 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903257 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903266 1 0.6095 0.387 0.608 0 0.392
#> SRR903267 1 0.5058 0.689 0.756 0 0.244
#> SRR903268 1 0.6008 0.437 0.628 0 0.372
#> SRR903270 1 0.5678 0.561 0.684 0 0.316
#> SRR903271 1 0.5363 0.635 0.724 0 0.276
#> SRR903272 1 0.5560 0.592 0.700 0 0.300
#> SRR903273 1 0.4555 0.755 0.800 0 0.200
#> SRR903274 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903275 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903276 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903277 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903278 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903279 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903280 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903281 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903282 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903283 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903284 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903285 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903286 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903287 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903288 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903289 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903290 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903291 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903292 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903293 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903294 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903295 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903296 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903297 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903298 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903299 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903300 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903301 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903302 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903303 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903304 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903305 1 0.0000 0.980 1.000 0 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0 1.000
#> SRR903324 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902921 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902922 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902923 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902924 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902925 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902926 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902927 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902928 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902929 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902930 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902931 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902932 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902933 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902934 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902935 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902936 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902937 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902938 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902939 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902940 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902941 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902942 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902943 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902944 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902945 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902946 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902947 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902954 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902955 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902956 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902957 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902958 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902959 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902948 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902949 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902950 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902951 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902952 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902953 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902960 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902961 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902962 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902963 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902964 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902965 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902966 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902967 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902968 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902969 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902970 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902971 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902972 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902973 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902974 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902975 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902976 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902977 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902978 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902980 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902981 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902982 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902983 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902984 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902985 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902986 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902987 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902988 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902989 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902990 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902991 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902992 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902993 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902994 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902995 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR902996 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902997 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902998 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR902999 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903000 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903001 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903008 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903009 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903010 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903011 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903012 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903013 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903002 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903003 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903004 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903005 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903006 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903007 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903014 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903015 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903016 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903017 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903018 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903019 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903020 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903021 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903022 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903023 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903024 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903025 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903026 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903027 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903028 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903029 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903030 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903031 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903032 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903033 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903034 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903035 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903036 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903037 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903038 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903039 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903040 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903041 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903042 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903043 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903044 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903045 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903046 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903047 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903048 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903049 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903050 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903051 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903052 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903053 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903054 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903055 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903056 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903057 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903058 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903059 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903060 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903061 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903062 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903063 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903064 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903065 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903066 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903067 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903068 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903069 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903070 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903071 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903072 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903073 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903074 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903075 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903076 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903077 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903078 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903079 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903080 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903081 1 0.000 0.814 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903082 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903083 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903084 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903085 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903086 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903087 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903088 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903089 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903090 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903091 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903092 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903093 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903094 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903095 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903096 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903097 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903098 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903099 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903100 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903101 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903102 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903103 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903104 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903105 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903106 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903107 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903108 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903109 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903110 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903111 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903112 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903113 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903114 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903115 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903116 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903117 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903118 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903119 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903121 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903122 1 0.361 0.781 0.800 0.200 0.000 0
#> SRR903124 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903125 1 0.357 0.782 0.804 0.196 0.000 0
#> SRR903126 1 0.361 0.781 0.800 0.200 0.000 0
#> SRR903127 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903128 1 0.361 0.781 0.800 0.200 0.000 0
#> SRR903129 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903130 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903131 1 0.373 0.771 0.788 0.212 0.000 0
#> SRR903132 1 0.384 0.758 0.776 0.224 0.000 0
#> SRR903133 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903134 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903135 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903136 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903137 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903146 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903147 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903148 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903149 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903150 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903151 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903152 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903153 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903138 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903139 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903140 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903141 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903142 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903143 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903144 1 0.361 0.781 0.800 0.200 0.000 0
#> SRR903145 1 0.365 0.780 0.796 0.204 0.000 0
#> SRR903154 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903155 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903156 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903157 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903158 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903159 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903160 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903161 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903162 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903163 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903164 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903165 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903166 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903167 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903168 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903169 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903178 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903179 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903180 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903181 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903182 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903183 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903184 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903185 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903170 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903171 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903172 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903173 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903174 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903175 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903176 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903177 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903186 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903187 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903188 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903189 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903190 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903191 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903192 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903193 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903194 1 0.492 0.340 0.572 0.000 0.428 0
#> SRR903195 1 0.497 0.274 0.548 0.000 0.452 0
#> SRR903196 1 0.488 0.388 0.592 0.000 0.408 0
#> SRR903197 1 0.500 0.147 0.508 0.000 0.492 0
#> SRR903198 1 0.500 0.133 0.504 0.000 0.496 0
#> SRR903199 1 0.499 0.201 0.524 0.000 0.476 0
#> SRR903200 3 0.500 -0.122 0.496 0.000 0.504 0
#> SRR903201 1 0.487 0.392 0.596 0.000 0.404 0
#> SRR903210 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903211 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903212 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903213 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903214 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903215 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903216 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903217 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903202 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903203 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903204 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903205 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903206 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903207 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903208 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903209 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903218 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903219 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903220 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903221 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903222 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903223 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903224 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903225 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903226 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903227 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903228 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903229 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903230 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903231 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903232 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903233 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903242 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903243 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903244 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903245 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903246 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903247 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903248 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903249 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903234 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903235 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903236 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903237 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903238 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903239 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903240 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903241 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903258 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903259 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903260 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903261 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903262 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903263 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903264 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903265 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903250 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903251 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903252 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903253 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903254 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903255 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903256 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903257 3 0.172 0.946 0.000 0.064 0.936 0
#> SRR903266 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903267 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903268 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903270 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903271 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903272 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903273 3 0.205 0.940 0.008 0.064 0.928 0
#> SRR903274 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903275 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903276 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903277 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903278 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903279 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903280 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903281 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903282 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903283 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903284 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903285 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903286 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903287 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903288 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903289 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903290 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903291 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903292 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903293 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903294 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903295 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903296 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903297 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903298 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903299 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903300 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903301 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903302 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903303 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903304 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903305 2 0.172 1.000 0.064 0.936 0.000 0
#> SRR903306 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903307 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903308 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903309 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903310 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903311 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903312 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903313 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903314 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903315 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903316 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903317 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903318 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903319 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903320 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903321 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903322 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903323 3 0.000 0.984 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903324 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903325 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903326 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903327 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903328 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903329 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903330 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903331 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903332 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903333 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903334 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903335 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903336 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903337 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903338 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903339 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903340 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903341 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902921 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902922 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902923 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902924 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902925 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902926 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902927 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902928 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902929 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902930 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902931 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902932 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902933 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902934 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902935 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902936 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902937 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902938 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902939 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902940 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902941 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902942 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902943 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902944 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902945 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902946 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902947 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902954 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902955 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902956 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902957 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902958 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902959 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902948 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902949 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902950 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902951 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902952 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902953 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902960 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902961 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902962 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902963 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902964 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902965 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902966 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902967 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902968 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902969 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902970 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902971 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902972 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902973 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902974 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902975 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902976 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902977 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902978 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902980 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902981 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902982 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902983 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902984 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902985 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902986 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902987 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902988 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902989 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902990 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902991 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902992 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902993 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902994 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902995 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR902996 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902997 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902998 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR902999 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903000 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903001 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903008 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903009 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903010 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903011 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903012 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903013 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903002 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903003 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903004 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903005 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903006 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903007 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903014 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903015 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903016 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903017 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903018 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903019 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903020 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903021 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903022 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903023 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903024 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903025 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903026 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903027 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903028 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903029 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903030 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903031 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903032 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903033 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903034 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903035 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903036 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903037 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903038 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903039 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903040 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903041 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903042 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903043 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903044 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903045 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903046 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903047 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903048 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903049 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903050 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.873 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR903082 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903083 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903084 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903085 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903086 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903087 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903088 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903089 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903090 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903091 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903092 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903093 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903094 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903095 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903096 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903097 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903098 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903099 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903100 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903101 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903102 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903103 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903104 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903105 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903106 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903107 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903108 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903109 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903110 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903111 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903112 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903113 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903114 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903115 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903116 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903117 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903118 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903119 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903121 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903122 5 0.300 0.677 0.000 0.188 0.000 0 0.812
#> SRR903124 5 0.311 0.663 0.000 0.200 0.000 0 0.800
#> SRR903125 5 0.304 0.673 0.000 0.192 0.000 0 0.808
#> SRR903126 5 0.304 0.673 0.000 0.192 0.000 0 0.808
#> SRR903127 5 0.307 0.668 0.000 0.196 0.000 0 0.804
#> SRR903128 5 0.304 0.673 0.000 0.192 0.000 0 0.808
#> SRR903129 5 0.307 0.668 0.000 0.196 0.000 0 0.804
#> SRR903130 1 0.440 0.760 0.712 0.252 0.000 0 0.036
#> SRR903131 1 0.488 0.723 0.676 0.264 0.000 0 0.060
#> SRR903132 1 0.512 0.694 0.652 0.276 0.000 0 0.072
#> SRR903133 1 0.450 0.753 0.704 0.256 0.000 0 0.040
#> SRR903134 1 0.457 0.749 0.700 0.256 0.000 0 0.044
#> SRR903135 1 0.443 0.756 0.708 0.256 0.000 0 0.036
#> SRR903136 1 0.392 0.774 0.732 0.256 0.000 0 0.012
#> SRR903137 1 0.392 0.774 0.732 0.256 0.000 0 0.012
#> SRR903146 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903147 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903148 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903149 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903150 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903151 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903152 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903153 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903138 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903139 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903140 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903141 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903142 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903143 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903144 1 0.351 0.784 0.748 0.252 0.000 0 0.000
#> SRR903145 1 0.353 0.782 0.744 0.256 0.000 0 0.000
#> SRR903154 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903155 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903156 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903157 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903158 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903159 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903160 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903161 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903162 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903163 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903164 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903165 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903166 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903167 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903168 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903169 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903178 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903179 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903180 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903181 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903182 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903183 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903184 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903185 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903170 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903171 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903172 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903173 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903174 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903175 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903176 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903177 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903186 3 0.400 0.392 0.000 0.000 0.656 0 0.344
#> SRR903187 3 0.373 0.531 0.000 0.000 0.712 0 0.288
#> SRR903188 3 0.380 0.504 0.000 0.000 0.700 0 0.300
#> SRR903189 3 0.382 0.495 0.000 0.000 0.696 0 0.304
#> SRR903190 3 0.382 0.495 0.000 0.000 0.696 0 0.304
#> SRR903191 3 0.391 0.446 0.000 0.000 0.676 0 0.324
#> SRR903192 3 0.402 0.381 0.000 0.000 0.652 0 0.348
#> SRR903193 3 0.380 0.504 0.000 0.000 0.700 0 0.300
#> SRR903194 5 0.327 0.701 0.000 0.000 0.220 0 0.780
#> SRR903195 5 0.327 0.701 0.000 0.000 0.220 0 0.780
#> SRR903196 5 0.321 0.706 0.000 0.000 0.212 0 0.788
#> SRR903197 5 0.364 0.659 0.000 0.000 0.272 0 0.728
#> SRR903198 5 0.361 0.662 0.000 0.000 0.268 0 0.732
#> SRR903199 5 0.342 0.685 0.000 0.000 0.240 0 0.760
#> SRR903200 5 0.375 0.634 0.000 0.000 0.292 0 0.708
#> SRR903201 5 0.324 0.704 0.000 0.000 0.216 0 0.784
#> SRR903210 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903211 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903212 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903213 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903214 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903215 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903216 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903217 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903202 5 0.429 0.286 0.000 0.000 0.460 0 0.540
#> SRR903203 5 0.430 0.239 0.000 0.000 0.476 0 0.524
#> SRR903204 5 0.431 0.185 0.000 0.000 0.492 0 0.508
#> SRR903205 5 0.430 0.227 0.000 0.000 0.480 0 0.520
#> SRR903206 5 0.430 0.252 0.000 0.000 0.472 0 0.528
#> SRR903207 3 0.430 -0.134 0.000 0.000 0.512 0 0.488
#> SRR903208 5 0.430 0.227 0.000 0.000 0.480 0 0.520
#> SRR903209 5 0.429 0.275 0.000 0.000 0.464 0 0.536
#> SRR903218 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903219 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903220 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903221 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903222 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903223 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903224 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903225 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903226 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903227 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903228 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903229 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903230 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903231 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903232 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903233 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903242 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903243 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903244 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903245 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903246 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903247 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903248 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903249 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903234 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903235 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903236 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903237 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903238 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903239 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903240 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903241 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903258 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903259 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903260 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903261 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903262 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903263 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903264 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903265 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903250 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903251 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903252 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903253 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903254 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903255 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903256 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903257 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903266 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903267 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903268 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903270 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903271 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903272 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903273 5 0.000 0.823 0.000 0.000 0.000 0 1.000
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR903306 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903307 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903308 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903309 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903310 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903311 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903312 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903313 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903314 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903315 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903316 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903317 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903318 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903319 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903320 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903321 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903322 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903323 3 0.000 0.970 0.000 0.000 1.000 0 0.000
#> SRR903324 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903325 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903326 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903327 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903328 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903329 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903330 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903331 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903332 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903333 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903334 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903335 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903336 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903337 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903338 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903339 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903340 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR903341 4 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902921 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902922 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902923 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902924 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902925 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902926 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902927 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902928 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902929 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902930 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902931 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902932 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902933 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902934 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902935 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902936 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902937 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902938 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902939 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902940 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902941 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902942 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902943 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902944 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902945 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902946 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902947 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902954 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902955 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902956 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902957 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902958 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902959 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902948 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902949 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902950 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902951 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902952 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902953 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902960 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902961 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902962 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902963 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902964 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902965 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902966 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902967 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902968 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902969 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902970 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902971 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902972 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902973 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902974 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902975 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902976 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902977 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902978 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902980 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902981 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902982 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902983 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902984 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902985 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902986 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902987 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902988 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902989 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902990 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902991 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902992 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902993 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902994 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902995 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR902996 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902997 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902998 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR902999 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903000 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903001 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903008 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903009 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903010 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903011 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903012 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903013 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903002 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903003 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903004 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903005 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903006 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903007 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903014 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903015 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903016 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903017 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903018 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903019 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903020 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903021 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903022 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903023 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903024 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903025 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903026 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903027 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903028 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903029 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903030 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903031 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903032 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903033 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903034 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903035 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903036 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903037 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903038 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903039 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903040 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903041 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903042 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903043 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903044 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903045 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903046 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903047 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903048 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903049 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903050 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903051 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903052 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903053 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903054 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903055 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903056 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903058 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903059 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903060 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903061 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903062 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903063 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903064 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903065 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903066 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903067 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903068 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903069 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903070 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903071 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903072 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903073 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903074 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903075 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903076 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903077 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903078 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903079 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903080 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903081 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903082 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903083 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903084 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903085 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903086 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903087 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903088 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903089 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903090 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903091 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903092 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903093 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903094 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903095 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903096 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903097 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903098 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903099 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903100 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903101 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903102 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903103 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903104 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903105 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903106 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903107 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903108 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903109 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903110 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903111 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903112 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903113 4 0.3023 0.8387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0
#> SRR903114 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903115 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903116 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903117 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903118 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903119 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903121 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903122 2 0.3151 0.6476 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0
#> SRR903124 2 0.3151 0.6476 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0
#> SRR903125 2 0.3151 0.6476 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0
#> SRR903126 2 0.3151 0.6476 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0
#> SRR903127 2 0.3151 0.6476 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0
#> SRR903128 2 0.3151 0.6476 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0
#> SRR903129 2 0.3151 0.6476 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0
#> SRR903130 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903131 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903132 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903133 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903134 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903135 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903136 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903137 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903146 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903147 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903148 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903149 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903150 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903151 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903152 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903153 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903138 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903139 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903140 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903141 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903142 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903143 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903144 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903145 2 0.3151 0.8888 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR903154 4 0.2416 0.8761 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 0
#> SRR903155 4 0.2491 0.8729 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0
#> SRR903156 4 0.2491 0.8729 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0
#> SRR903157 4 0.2491 0.8729 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0
#> SRR903158 4 0.2378 0.8777 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0
#> SRR903159 4 0.2219 0.8837 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0
#> SRR903160 4 0.2454 0.8745 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0
#> SRR903161 4 0.2491 0.8729 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0
#> SRR903162 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903163 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903164 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903165 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903166 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903167 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903168 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903169 4 0.0547 0.9191 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0
#> SRR903178 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903179 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903180 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903181 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903182 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903183 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903184 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903185 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903170 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903171 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903172 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903173 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903174 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903175 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903176 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903177 4 0.2941 0.8474 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0
#> SRR903186 3 0.3592 0.4424 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344 0
#> SRR903187 3 0.3371 0.5520 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292 0
#> SRR903188 3 0.3428 0.5290 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304 0
#> SRR903189 3 0.3446 0.5210 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308 0
#> SRR903190 3 0.3464 0.5129 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 0
#> SRR903191 3 0.3531 0.4787 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328 0
#> SRR903192 3 0.3607 0.4332 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348 0
#> SRR903193 3 0.3428 0.5290 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304 0
#> SRR903194 5 0.3290 0.6413 0.004 0.000 0.252 0.000 0.744 0
#> SRR903195 5 0.3383 0.6246 0.004 0.000 0.268 0.000 0.728 0
#> SRR903196 5 0.3081 0.6720 0.004 0.000 0.220 0.000 0.776 0
#> SRR903197 5 0.3584 0.5792 0.004 0.000 0.308 0.000 0.688 0
#> SRR903198 5 0.3482 0.5710 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684 0
#> SRR903199 5 0.3330 0.6086 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716 0
#> SRR903200 5 0.3464 0.5761 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688 0
#> SRR903201 5 0.3189 0.6571 0.004 0.000 0.236 0.000 0.760 0
#> SRR903210 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903211 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903212 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903213 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903214 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903215 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903216 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903217 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903202 5 0.3868 0.0541 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0
#> SRR903203 3 0.3864 0.0296 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0
#> SRR903204 3 0.3862 0.0454 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0
#> SRR903205 3 0.3864 0.0296 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0
#> SRR903206 3 0.3864 0.0296 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0
#> SRR903207 3 0.3857 0.0756 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0
#> SRR903208 3 0.3862 0.0454 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0
#> SRR903209 3 0.3867 -0.0036 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488 0
#> SRR903218 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903219 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903220 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903221 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903222 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903223 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903224 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903225 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903226 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903227 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903228 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903229 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903230 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903231 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903232 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903233 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903242 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903243 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903244 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903245 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903246 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903247 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903248 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903249 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903234 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903235 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903236 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903237 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903238 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903239 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903240 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903241 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903258 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903259 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903260 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903261 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903262 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903263 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903264 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903265 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903250 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903251 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903252 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903253 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903254 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903255 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903256 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903257 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903266 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903267 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903268 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903270 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903271 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903272 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903273 5 0.0000 0.8843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR903274 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903275 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903276 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903277 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903278 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903279 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903280 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903281 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903282 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903283 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903284 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903285 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903286 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903287 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903288 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903289 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903290 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903291 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903292 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903293 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903294 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903295 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903296 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903297 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903298 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903299 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903300 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903301 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903302 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903303 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903304 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903305 6 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR903306 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903307 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903308 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903309 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903310 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903311 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903312 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903313 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903314 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903315 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903316 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903317 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903318 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903319 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903320 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903321 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903322 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903323 3 0.0000 0.9456 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR903324 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903325 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903326 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903327 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903328 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903329 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903330 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903331 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903332 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903333 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903334 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903335 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903336 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903337 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903338 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903339 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903340 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR903341 4 0.0000 0.9277 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.992 0.3764 0.633 0.633
#> 3 3 0.710 0.759 0.897 0.6344 0.722 0.561
#> 4 4 0.663 0.802 0.860 0.1589 0.827 0.571
#> 5 5 0.718 0.790 0.836 0.0489 0.892 0.653
#> 6 6 0.765 0.811 0.860 0.0683 0.965 0.852
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902921 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902922 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902923 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902924 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902925 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902926 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902927 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902928 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902929 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902930 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902931 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902932 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902933 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902934 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902935 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902936 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902937 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902938 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902939 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902940 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902941 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902942 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902943 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902944 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902945 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902946 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902947 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902954 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902955 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902956 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902957 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902958 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902959 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902948 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902949 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902950 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902951 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902952 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902953 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902960 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902961 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902962 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902963 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902964 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902965 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902966 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902967 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902968 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902969 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902970 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902971 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902972 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902973 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902974 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902975 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902976 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902977 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902978 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902980 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902981 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902982 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902983 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902984 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902985 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902986 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902987 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902988 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902989 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902990 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902991 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902992 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902993 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902994 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902995 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR902996 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902997 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902998 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR902999 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903000 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903001 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903008 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903009 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903010 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903011 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903012 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903013 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903002 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903003 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903004 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903005 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903006 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903007 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903014 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903015 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903016 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903017 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903018 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903019 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903020 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903021 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903022 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903023 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903024 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903025 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903026 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903027 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903028 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903029 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903030 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903031 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903032 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903033 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903034 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903035 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903036 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903037 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903038 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903039 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903040 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903041 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903042 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903043 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903044 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903045 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903046 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903047 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903048 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903049 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903050 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903051 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903052 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903053 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903054 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903055 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903056 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903057 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903058 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903059 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903060 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903061 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903062 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903063 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903064 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903065 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903066 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903067 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903068 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903069 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903070 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903071 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903072 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903073 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903074 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903075 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903076 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903077 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903078 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903079 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903080 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903081 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903082 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903083 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903084 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903085 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903086 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903087 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903088 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903089 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903090 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903091 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903092 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903093 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903094 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903095 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903096 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903097 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903098 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903099 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903100 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903101 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903102 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903103 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903104 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903105 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903106 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903107 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903108 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903109 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903110 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903111 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903112 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903113 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903114 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903115 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903116 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903117 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903118 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903119 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903121 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903122 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903124 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903125 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903126 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903127 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903128 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903129 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903130 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903131 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903132 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903133 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903134 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903135 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903136 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903137 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903146 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903147 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903148 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903149 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903150 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903151 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903152 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903153 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903138 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903139 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903140 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903141 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903142 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903143 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903144 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903145 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903154 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903155 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903156 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903157 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903158 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903159 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903160 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903161 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903162 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903163 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903164 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903165 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903166 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903167 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903168 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903169 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903178 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903179 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903180 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903181 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903182 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903183 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903184 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903185 2 0.99 0.232 0.44 0.56
#> SRR903170 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903171 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903172 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903173 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903174 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903175 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903176 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903177 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903186 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903187 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903188 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903189 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903190 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903191 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903192 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903193 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903194 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903195 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903196 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903197 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903198 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903199 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903200 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903201 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903210 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903211 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903212 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903213 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903214 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903215 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903216 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903217 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903202 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903203 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903204 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903205 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903206 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903207 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903208 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903209 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903218 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903219 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903220 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903221 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903222 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903223 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903224 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903225 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903226 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903227 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903228 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903229 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903230 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903231 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903232 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903233 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903242 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903243 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903244 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903245 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903246 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903247 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903248 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903249 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903234 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903235 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903236 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903237 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903238 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903239 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903240 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903241 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903258 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903259 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903260 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903261 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903262 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903263 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903264 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903265 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903250 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903251 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903252 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903253 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903254 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903255 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903256 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903257 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903266 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903267 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903268 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903270 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903271 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903272 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903273 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903274 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903275 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903276 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903277 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903278 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903279 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903280 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903281 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903282 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903283 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903284 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903285 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903286 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903287 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903288 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903289 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903290 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903291 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903292 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903293 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903294 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903295 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903296 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903297 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903298 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903299 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903300 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903301 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903302 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903303 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903304 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903305 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903306 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903307 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903308 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903309 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903310 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903311 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903312 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903313 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903314 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903315 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903316 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903317 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903318 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903319 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903320 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903321 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903322 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903323 1 0.00 1.000 1.00 0.00
#> SRR903324 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903325 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903326 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903327 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903328 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903329 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903330 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903331 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903332 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903333 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903334 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903335 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903336 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903337 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903338 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903339 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903340 2 0.00 0.989 0.00 1.00
#> SRR903341 2 0.00 0.989 0.00 1.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902921 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902922 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902923 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902924 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902925 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902926 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902927 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902928 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902929 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902930 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902931 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902932 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902933 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902934 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902935 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902936 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902937 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902938 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902939 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902940 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902941 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902942 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902943 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902944 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902945 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902946 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902947 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902954 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902955 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902956 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902957 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902958 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902959 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902948 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902949 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902950 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902951 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902952 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902953 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902960 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902961 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902962 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902963 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902964 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902965 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902966 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902967 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902968 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902969 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902970 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902971 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902972 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902973 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902974 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902975 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902976 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902977 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902978 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902980 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902981 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902982 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902983 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902984 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902985 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902986 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902987 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902988 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902989 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902990 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902991 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902992 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902993 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902994 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902995 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR902996 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902997 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902998 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR902999 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903000 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903001 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903008 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903009 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903010 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903011 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903012 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903013 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903002 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903003 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903004 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903005 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903006 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903007 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903014 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903015 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903016 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903017 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903018 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903019 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903020 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903021 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903022 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903023 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903024 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903025 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903026 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903027 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903028 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903029 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903030 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903031 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903032 2 0.103 0.7356 0.024 0.976 0.0
#> SRR903033 2 0.103 0.7356 0.024 0.976 0.0
#> SRR903034 2 0.103 0.7356 0.024 0.976 0.0
#> SRR903035 2 0.103 0.7356 0.024 0.976 0.0
#> SRR903036 2 0.103 0.7356 0.024 0.976 0.0
#> SRR903037 2 0.103 0.7356 0.024 0.976 0.0
#> SRR903038 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903039 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903040 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903041 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903042 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903043 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903044 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903045 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903046 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903047 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903048 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903049 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903050 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903051 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903052 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903053 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903054 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903055 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903056 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903057 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903058 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903059 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903060 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903061 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903062 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903063 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903064 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903065 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903066 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903067 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903068 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903069 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903070 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903071 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903072 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903073 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903074 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903075 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903076 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903077 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903078 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903079 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903080 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903081 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903082 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903083 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903084 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903085 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903086 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903087 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903088 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903089 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903090 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903091 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903092 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903093 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903094 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903095 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903096 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903097 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903098 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903099 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903100 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903101 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903102 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903103 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903104 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903105 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903106 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903107 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903108 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903109 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903110 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903111 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903112 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903113 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903114 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903115 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903116 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903117 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903118 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903119 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903121 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903122 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903124 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903125 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903126 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903127 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903128 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903129 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903130 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903131 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903132 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903133 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903134 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903135 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903136 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903137 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903146 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903147 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903148 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903149 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903150 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903151 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903152 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903153 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903138 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903139 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903140 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903141 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903142 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903143 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903144 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903145 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903154 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903155 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903156 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903157 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903158 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903159 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903160 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903161 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903162 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903163 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903164 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903165 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903166 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903167 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903168 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903169 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903178 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903179 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903180 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903181 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903182 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903183 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903184 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903185 1 0.613 0.3900 0.600 0.000 0.4
#> SRR903170 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903171 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903172 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903173 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903174 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903175 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903176 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903177 1 0.625 -0.0878 0.556 0.444 0.0
#> SRR903186 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903187 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903188 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903189 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903190 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903191 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903192 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903193 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903194 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903195 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903196 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903197 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903198 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903199 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903200 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903201 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903210 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903211 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903212 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903213 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903214 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903215 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903216 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903217 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903202 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903203 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903204 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903205 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903206 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903207 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903208 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903209 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903218 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903219 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903220 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903221 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903222 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903223 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903224 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903225 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903226 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903227 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903228 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903229 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903230 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903231 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903232 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903233 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903242 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903243 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903244 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903245 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903246 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903247 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903248 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903249 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903234 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903235 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903236 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903237 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903238 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903239 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903240 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903241 2 0.611 0.6032 0.396 0.604 0.0
#> SRR903258 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903259 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903260 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903261 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903262 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903263 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903264 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903265 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903250 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903251 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903252 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903253 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903254 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903255 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903256 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903257 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903266 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903267 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903268 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903270 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903271 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903272 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903273 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903274 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903275 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903276 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903277 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903278 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903279 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903280 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903281 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903282 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903283 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903284 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903285 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903286 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903287 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903288 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903289 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903290 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903291 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903292 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903293 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903294 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903295 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903296 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903297 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903298 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903299 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903300 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903301 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903302 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903303 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903304 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903305 1 0.000 0.8716 1.000 0.000 0.0
#> SRR903306 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903307 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903308 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903309 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903310 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903311 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903312 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903313 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903314 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903315 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903316 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903317 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903318 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903319 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903320 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903321 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903322 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903323 3 0.000 1.0000 0.000 0.000 1.0
#> SRR903324 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903325 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903326 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903327 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903328 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903329 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903330 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903331 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903332 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903333 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903334 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903335 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903336 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903337 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903338 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903339 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903340 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
#> SRR903341 2 0.000 0.7395 0.000 1.000 0.0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902921 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902922 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902923 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902924 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902926 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902929 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902930 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902931 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902932 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902933 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902934 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902935 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902936 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902937 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902938 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902939 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902940 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902941 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902942 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902943 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902944 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902945 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902946 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902947 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902954 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902955 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902956 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902957 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902958 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902959 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902948 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902949 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902950 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902951 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902952 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902953 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902960 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902961 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902962 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902963 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902964 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902965 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902966 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902967 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902968 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902969 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902970 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902971 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902972 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902973 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902974 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902975 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902976 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902977 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902978 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902980 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902981 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902982 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902983 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902984 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902985 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902986 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902987 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902988 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902989 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902990 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902991 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902992 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902993 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902994 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902995 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902996 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902997 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902998 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR902999 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903000 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903001 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903008 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903009 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903010 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903011 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903012 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903013 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903002 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903003 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903004 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903005 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903006 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903007 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903014 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903015 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903016 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903017 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903018 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903019 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903020 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903023 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903027 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903028 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903029 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903030 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903031 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903032 4 0.139 0.688 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR903033 4 0.139 0.688 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR903034 4 0.139 0.688 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR903035 4 0.139 0.688 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR903036 4 0.139 0.688 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR903037 4 0.139 0.688 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR903038 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903039 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903040 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903041 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903042 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903043 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903044 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903045 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903046 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903047 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903048 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903049 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903050 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903051 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903052 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903053 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903054 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903055 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903056 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903057 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903058 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903059 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903060 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903061 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903062 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903063 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903064 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903065 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903066 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903067 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903068 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903069 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903070 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903071 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903072 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903073 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903074 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903075 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903076 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903077 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903078 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903079 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903080 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903081 1 0.000 0.794 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903082 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903083 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903084 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903085 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903086 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903087 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903088 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903089 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903090 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903091 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903092 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903093 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903094 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903095 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903096 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903097 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903098 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903099 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903100 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903101 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903102 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903103 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903104 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903105 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903106 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903107 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903108 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903109 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903110 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903111 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903112 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903113 4 0.484 0.590 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR903114 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903115 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903116 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903117 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903118 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903119 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903121 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903122 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903124 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903125 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903126 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903127 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903128 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903129 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903130 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903131 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903132 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903133 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903134 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903135 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903136 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903137 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903146 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903147 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903148 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903149 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903150 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903151 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903152 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903153 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903138 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903139 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903140 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903141 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903142 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903143 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903144 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903145 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903154 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903155 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903156 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903157 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903158 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903159 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903160 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903161 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903162 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903163 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903164 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903165 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903166 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903167 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903168 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903169 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903178 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903179 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903180 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903181 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903182 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903183 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903184 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903185 1 0.757 0.426 0.412 0.192 0.396 0.000
#> SRR903170 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903171 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903172 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903173 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903174 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903175 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903176 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903177 4 0.736 0.370 0.396 0.160 0.000 0.444
#> SRR903186 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903187 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903188 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903189 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903190 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903191 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903192 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903193 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903194 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903195 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903196 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903197 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903198 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903199 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903200 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903201 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903210 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903211 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903212 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903213 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903214 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903215 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903216 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903217 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903202 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903203 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903204 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903205 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903206 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903207 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903208 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903209 1 0.357 0.863 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR903218 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903219 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903220 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903221 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903222 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903223 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903224 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903225 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903226 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903227 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903228 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903229 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903230 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903231 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903232 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903233 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903242 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903243 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903244 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903245 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903246 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903247 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903248 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903249 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903234 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903235 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903236 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903237 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903238 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903239 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903240 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903241 4 0.676 0.649 0.192 0.196 0.000 0.612
#> SRR903258 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903259 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903260 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903261 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903262 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903263 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903264 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903265 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903250 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903251 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903252 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903253 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903254 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903255 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903256 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903257 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903266 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903267 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903268 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903270 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903271 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903272 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903273 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903274 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903275 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903276 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903277 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903278 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903279 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903280 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903281 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903282 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903283 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903284 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903285 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903286 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903287 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903288 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903289 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903290 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903291 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903292 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903293 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903294 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903295 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903296 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903297 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903298 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903299 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903300 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903301 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903302 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903303 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903304 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903305 2 0.000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903306 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903307 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903308 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903309 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903310 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903311 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903312 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903313 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903316 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903317 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903319 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903321 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903322 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903323 3 0.000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903324 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903325 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903326 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903327 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903328 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903329 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903330 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903331 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903332 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903333 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903334 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903335 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903336 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903337 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903338 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903339 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903340 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903341 4 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR902960 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902961 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902962 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902963 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902964 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902965 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902966 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902967 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902968 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902969 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902970 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902971 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902972 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902973 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902974 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902975 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902976 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902977 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902978 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902980 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902981 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902982 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902983 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902984 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902985 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902986 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902987 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902988 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902989 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902990 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902991 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902992 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902993 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902994 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902995 4 0.3837 1.000 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR902996 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902997 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902998 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR902999 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903000 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903001 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903008 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903009 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903010 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903011 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903012 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903013 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903002 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903003 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903004 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903005 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903006 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903007 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903032 2 0.0404 0.770 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0404 0.770 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0404 0.770 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0404 0.770 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0404 0.770 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0404 0.770 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903043 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903050 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903051 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903052 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903053 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903054 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903055 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903056 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903057 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903058 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903059 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903060 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903061 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903062 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903063 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903064 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903065 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903066 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903067 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903068 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903069 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903070 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903071 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903072 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903073 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903074 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903075 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903076 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903077 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903078 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903079 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903080 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903081 1 0.2074 0.727 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR903082 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903083 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903084 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903085 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903086 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903087 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903088 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903089 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903090 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903091 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903092 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903093 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903094 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903095 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903096 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903097 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903098 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903099 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903100 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903101 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903102 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903103 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903104 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903105 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903106 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903107 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903108 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903109 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903110 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903111 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903112 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903113 2 0.5964 0.630 0.232 0.588 0.000 0.180 0.000
#> SRR903114 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903115 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903116 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903117 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903118 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903119 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903121 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903122 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903124 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903125 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903126 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903127 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903128 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903129 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903130 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903131 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903132 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903133 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903134 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903135 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903136 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903137 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903146 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903147 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903148 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903149 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903150 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903151 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903152 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903153 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903138 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903139 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903140 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903141 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903142 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903143 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903144 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903145 1 0.1965 0.785 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR903154 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903155 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903156 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903157 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903158 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903159 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903160 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903161 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903162 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903163 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903164 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903165 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903166 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903167 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903168 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903169 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903178 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903179 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903180 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903181 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903182 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903183 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903184 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903185 1 0.2983 0.777 0.864 0.000 0.040 0.000 0.096
#> SRR903170 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903171 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903172 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903173 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903174 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903175 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903176 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903177 1 0.6437 0.139 0.460 0.420 0.000 0.024 0.096
#> SRR903186 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903187 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903188 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903189 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903190 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903191 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903192 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903193 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903194 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903195 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903196 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903197 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903198 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903199 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903200 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903201 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903210 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903211 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903212 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903213 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903214 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903215 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903216 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903217 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903202 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903203 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903204 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903205 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903206 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903207 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903208 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903209 1 0.2653 0.783 0.880 0.000 0.024 0.000 0.096
#> SRR903218 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903219 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903220 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903221 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903222 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903223 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903224 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903225 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903226 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903227 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903228 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903229 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903230 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903231 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903232 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903233 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903242 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903243 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903244 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903245 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903246 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903247 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903248 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903249 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903234 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903235 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903236 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903237 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903238 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903239 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903240 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903241 2 0.6503 0.633 0.192 0.580 0.000 0.024 0.204
#> SRR903258 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903259 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903260 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903261 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903262 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903263 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903264 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903265 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903250 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903251 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903252 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903253 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903254 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903255 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903256 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903257 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903266 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903267 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903268 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903270 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903271 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903272 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903273 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903274 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903275 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903276 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903277 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903278 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903279 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903280 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903281 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903282 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903283 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903284 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903285 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903286 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903287 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903288 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903289 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903290 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903291 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903292 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903293 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903294 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903295 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903296 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903297 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903298 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903299 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903300 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903301 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903302 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903303 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903304 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903305 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR903324 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903325 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903326 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903327 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903328 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903329 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903330 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903331 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903332 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903333 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903334 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903335 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903336 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903337 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903338 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903339 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903340 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR903341 2 0.0000 0.773 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902921 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902922 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902923 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902925 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902926 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902928 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902929 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902930 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902931 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902932 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902933 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902934 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902935 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902936 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902937 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902938 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902939 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902940 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902941 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902942 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902943 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902944 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902945 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902946 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902947 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902955 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902956 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902957 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902958 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902949 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902950 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902951 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902952 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902953 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR902960 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902961 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902962 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902963 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902964 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902965 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902966 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902967 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902968 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902969 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902970 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902971 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902972 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902973 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902974 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902975 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902976 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902977 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902978 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902980 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902981 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902982 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902983 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902984 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902985 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902986 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902987 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902988 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902989 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902990 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902991 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902992 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902993 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902994 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902995 5 0.2048 1.000 0.000 0.000 0.12 0.000 0.88 0.000
#> SRR902996 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902997 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902998 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR902999 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903000 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903001 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903008 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903009 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903010 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903011 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903012 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903013 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903002 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903003 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903004 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903005 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903006 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903007 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903015 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903016 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903017 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903018 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903022 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903026 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903027 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903028 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903029 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903030 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903031 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903032 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903033 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903034 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903035 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903036 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903037 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903038 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903039 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903040 2 0.3464 0.647 0.000 0.688 0.00 0.312 0.00 0.000
#> SRR903041 2 0.3464 0.647 0.000 0.688 0.00 0.312 0.00 0.000
#> SRR903042 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903043 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903044 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903045 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903046 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903047 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903048 2 0.3464 0.647 0.000 0.688 0.00 0.312 0.00 0.000
#> SRR903049 2 0.3428 0.645 0.000 0.696 0.00 0.304 0.00 0.000
#> SRR903050 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903051 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903052 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903053 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903054 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903055 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903056 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903057 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903058 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903059 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903060 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903061 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903062 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903063 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903064 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903065 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903066 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903067 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903068 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903069 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903070 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903071 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903072 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903073 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903074 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903075 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903076 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903077 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903078 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903079 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903080 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903081 1 0.3685 0.754 0.796 0.120 0.00 0.004 0.08 0.000
#> SRR903082 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903083 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903084 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903085 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903086 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903087 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903088 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903089 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903090 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903091 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903092 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903093 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903094 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903095 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903096 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903097 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903098 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903099 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903100 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903101 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903102 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903103 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903104 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903105 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903106 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903107 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903108 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903109 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903110 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903111 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903112 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903113 4 0.0146 1.000 0.000 0.004 0.00 0.996 0.00 0.000
#> SRR903114 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903115 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903116 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903117 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903118 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903119 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903121 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903122 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903124 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903125 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903126 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903127 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903128 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903129 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903130 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903131 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903132 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903133 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903134 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903135 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903136 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903137 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903146 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903147 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903148 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903149 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903150 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903151 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903152 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903153 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903138 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903139 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903140 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903141 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903142 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903143 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903144 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903145 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903154 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903155 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903156 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903157 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903158 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903159 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903160 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903161 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903162 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903163 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903164 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903165 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903166 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903167 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903168 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903169 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903178 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903179 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903180 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903181 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903182 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903183 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903184 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903185 1 0.0937 0.798 0.960 0.000 0.04 0.000 0.00 0.000
#> SRR903170 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903171 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903172 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903173 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903174 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903175 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903176 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903177 1 0.4584 0.448 0.556 0.404 0.00 0.000 0.04 0.000
#> SRR903186 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903187 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903188 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903189 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903190 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903191 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903192 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903193 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903194 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903195 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903196 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903197 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903198 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903199 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903200 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903201 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903210 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903211 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903212 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903213 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903214 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903215 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903216 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903217 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903202 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903203 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903204 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903205 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903206 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903207 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903208 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903209 1 0.0000 0.819 1.000 0.000 0.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903218 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903219 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903220 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903221 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903222 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903223 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903224 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903225 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903226 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903227 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903228 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903229 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903230 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903231 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903232 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903233 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903242 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903243 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903244 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903245 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903246 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903247 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903248 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903249 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903234 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903235 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903236 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903237 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903238 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903239 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903240 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903241 2 0.7729 0.397 0.192 0.444 0.00 0.120 0.04 0.204
#> SRR903258 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903259 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903260 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903261 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903262 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903263 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903264 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903265 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903250 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903251 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903252 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903253 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903254 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903255 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903256 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903257 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903266 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903267 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903268 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903270 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903271 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903272 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903273 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903274 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903275 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903276 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903277 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903278 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903279 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903280 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903281 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903282 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903283 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903284 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903285 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903286 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903287 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903288 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903289 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903290 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903291 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903292 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903293 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903294 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903295 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903296 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903297 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903298 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903299 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903300 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903301 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903302 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903303 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903304 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903305 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.00 0.000 0.00 1.000
#> SRR903306 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903307 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903308 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903309 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903310 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903311 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903312 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903313 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903315 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903316 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903317 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903318 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903319 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903320 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903321 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903322 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903323 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.00 0.000 0.00 0.000
#> SRR903324 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903325 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903326 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903327 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903328 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903329 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903330 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903331 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903332 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903333 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903334 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903335 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903336 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903337 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903338 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903339 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903340 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
#> SRR903341 2 0.3482 0.648 0.000 0.684 0.00 0.316 0.00 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17245 rows and 418 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.4984 0.502 0.502
#> 3 3 0.853 0.935 0.936 0.2341 0.868 0.736
#> 4 4 0.773 0.791 0.826 0.1356 0.879 0.678
#> 5 5 0.711 0.657 0.799 0.0347 0.933 0.777
#> 6 6 0.752 0.919 0.819 0.0795 0.867 0.539
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR902920 1 0 1 1 0
#> SRR902921 1 0 1 1 0
#> SRR902922 1 0 1 1 0
#> SRR902923 1 0 1 1 0
#> SRR902924 1 0 1 1 0
#> SRR902925 1 0 1 1 0
#> SRR902926 1 0 1 1 0
#> SRR902927 1 0 1 1 0
#> SRR902928 1 0 1 1 0
#> SRR902929 1 0 1 1 0
#> SRR902930 1 0 1 1 0
#> SRR902931 1 0 1 1 0
#> SRR902932 2 0 1 0 1
#> SRR902933 2 0 1 0 1
#> SRR902934 2 0 1 0 1
#> SRR902935 2 0 1 0 1
#> SRR902936 2 0 1 0 1
#> SRR902937 2 0 1 0 1
#> SRR902938 2 0 1 0 1
#> SRR902939 2 0 1 0 1
#> SRR902940 2 0 1 0 1
#> SRR902941 2 0 1 0 1
#> SRR902942 1 0 1 1 0
#> SRR902943 1 0 1 1 0
#> SRR902944 1 0 1 1 0
#> SRR902945 1 0 1 1 0
#> SRR902946 1 0 1 1 0
#> SRR902947 1 0 1 1 0
#> SRR902954 1 0 1 1 0
#> SRR902955 1 0 1 1 0
#> SRR902956 1 0 1 1 0
#> SRR902957 1 0 1 1 0
#> SRR902958 1 0 1 1 0
#> SRR902959 1 0 1 1 0
#> SRR902948 1 0 1 1 0
#> SRR902949 1 0 1 1 0
#> SRR902950 1 0 1 1 0
#> SRR902951 1 0 1 1 0
#> SRR902952 1 0 1 1 0
#> SRR902953 1 0 1 1 0
#> SRR902960 1 0 1 1 0
#> SRR902961 1 0 1 1 0
#> SRR902962 1 0 1 1 0
#> SRR902963 1 0 1 1 0
#> SRR902964 1 0 1 1 0
#> SRR902965 1 0 1 1 0
#> SRR902966 1 0 1 1 0
#> SRR902967 1 0 1 1 0
#> SRR902968 1 0 1 1 0
#> SRR902969 1 0 1 1 0
#> SRR902970 1 0 1 1 0
#> SRR902971 1 0 1 1 0
#> SRR902972 1 0 1 1 0
#> SRR902973 1 0 1 1 0
#> SRR902974 1 0 1 1 0
#> SRR902975 1 0 1 1 0
#> SRR902976 1 0 1 1 0
#> SRR902977 1 0 1 1 0
#> SRR902978 1 0 1 1 0
#> SRR902980 1 0 1 1 0
#> SRR902981 1 0 1 1 0
#> SRR902982 1 0 1 1 0
#> SRR902983 1 0 1 1 0
#> SRR902984 1 0 1 1 0
#> SRR902985 1 0 1 1 0
#> SRR902986 1 0 1 1 0
#> SRR902987 1 0 1 1 0
#> SRR902988 1 0 1 1 0
#> SRR902989 1 0 1 1 0
#> SRR902990 1 0 1 1 0
#> SRR902991 1 0 1 1 0
#> SRR902992 1 0 1 1 0
#> SRR902993 1 0 1 1 0
#> SRR902994 1 0 1 1 0
#> SRR902995 1 0 1 1 0
#> SRR902996 2 0 1 0 1
#> SRR902997 2 0 1 0 1
#> SRR902998 2 0 1 0 1
#> SRR902999 2 0 1 0 1
#> SRR903000 2 0 1 0 1
#> SRR903001 2 0 1 0 1
#> SRR903008 2 0 1 0 1
#> SRR903009 2 0 1 0 1
#> SRR903010 2 0 1 0 1
#> SRR903011 2 0 1 0 1
#> SRR903012 2 0 1 0 1
#> SRR903013 2 0 1 0 1
#> SRR903002 2 0 1 0 1
#> SRR903003 2 0 1 0 1
#> SRR903004 2 0 1 0 1
#> SRR903005 2 0 1 0 1
#> SRR903006 2 0 1 0 1
#> SRR903007 2 0 1 0 1
#> SRR903014 1 0 1 1 0
#> SRR903015 1 0 1 1 0
#> SRR903016 1 0 1 1 0
#> SRR903017 1 0 1 1 0
#> SRR903018 1 0 1 1 0
#> SRR903019 1 0 1 1 0
#> SRR903020 1 0 1 1 0
#> SRR903021 1 0 1 1 0
#> SRR903022 1 0 1 1 0
#> SRR903023 1 0 1 1 0
#> SRR903024 1 0 1 1 0
#> SRR903025 1 0 1 1 0
#> SRR903026 1 0 1 1 0
#> SRR903027 1 0 1 1 0
#> SRR903028 1 0 1 1 0
#> SRR903029 1 0 1 1 0
#> SRR903030 1 0 1 1 0
#> SRR903031 1 0 1 1 0
#> SRR903032 2 0 1 0 1
#> SRR903033 2 0 1 0 1
#> SRR903034 2 0 1 0 1
#> SRR903035 2 0 1 0 1
#> SRR903036 2 0 1 0 1
#> SRR903037 2 0 1 0 1
#> SRR903038 2 0 1 0 1
#> SRR903039 2 0 1 0 1
#> SRR903040 2 0 1 0 1
#> SRR903041 2 0 1 0 1
#> SRR903042 2 0 1 0 1
#> SRR903043 2 0 1 0 1
#> SRR903044 2 0 1 0 1
#> SRR903045 2 0 1 0 1
#> SRR903046 2 0 1 0 1
#> SRR903047 2 0 1 0 1
#> SRR903048 2 0 1 0 1
#> SRR903049 2 0 1 0 1
#> SRR903050 1 0 1 1 0
#> SRR903051 1 0 1 1 0
#> SRR903052 1 0 1 1 0
#> SRR903053 1 0 1 1 0
#> SRR903054 1 0 1 1 0
#> SRR903055 1 0 1 1 0
#> SRR903056 1 0 1 1 0
#> SRR903057 1 0 1 1 0
#> SRR903058 1 0 1 1 0
#> SRR903059 1 0 1 1 0
#> SRR903060 1 0 1 1 0
#> SRR903061 1 0 1 1 0
#> SRR903062 1 0 1 1 0
#> SRR903063 1 0 1 1 0
#> SRR903064 1 0 1 1 0
#> SRR903065 1 0 1 1 0
#> SRR903066 1 0 1 1 0
#> SRR903067 1 0 1 1 0
#> SRR903068 1 0 1 1 0
#> SRR903069 1 0 1 1 0
#> SRR903070 1 0 1 1 0
#> SRR903071 1 0 1 1 0
#> SRR903072 1 0 1 1 0
#> SRR903073 1 0 1 1 0
#> SRR903074 1 0 1 1 0
#> SRR903075 1 0 1 1 0
#> SRR903076 1 0 1 1 0
#> SRR903077 1 0 1 1 0
#> SRR903078 1 0 1 1 0
#> SRR903079 1 0 1 1 0
#> SRR903080 1 0 1 1 0
#> SRR903081 1 0 1 1 0
#> SRR903082 2 0 1 0 1
#> SRR903083 2 0 1 0 1
#> SRR903084 2 0 1 0 1
#> SRR903085 2 0 1 0 1
#> SRR903086 2 0 1 0 1
#> SRR903087 2 0 1 0 1
#> SRR903088 2 0 1 0 1
#> SRR903089 2 0 1 0 1
#> SRR903090 2 0 1 0 1
#> SRR903091 2 0 1 0 1
#> SRR903092 2 0 1 0 1
#> SRR903093 2 0 1 0 1
#> SRR903094 2 0 1 0 1
#> SRR903095 2 0 1 0 1
#> SRR903096 2 0 1 0 1
#> SRR903097 2 0 1 0 1
#> SRR903098 2 0 1 0 1
#> SRR903099 2 0 1 0 1
#> SRR903100 2 0 1 0 1
#> SRR903101 2 0 1 0 1
#> SRR903102 2 0 1 0 1
#> SRR903103 2 0 1 0 1
#> SRR903104 2 0 1 0 1
#> SRR903105 2 0 1 0 1
#> SRR903106 2 0 1 0 1
#> SRR903107 2 0 1 0 1
#> SRR903108 2 0 1 0 1
#> SRR903109 2 0 1 0 1
#> SRR903110 2 0 1 0 1
#> SRR903111 2 0 1 0 1
#> SRR903112 2 0 1 0 1
#> SRR903113 2 0 1 0 1
#> SRR903114 1 0 1 1 0
#> SRR903115 1 0 1 1 0
#> SRR903116 1 0 1 1 0
#> SRR903117 1 0 1 1 0
#> SRR903118 1 0 1 1 0
#> SRR903119 1 0 1 1 0
#> SRR903121 1 0 1 1 0
#> SRR903122 1 0 1 1 0
#> SRR903124 1 0 1 1 0
#> SRR903125 1 0 1 1 0
#> SRR903126 1 0 1 1 0
#> SRR903127 1 0 1 1 0
#> SRR903128 1 0 1 1 0
#> SRR903129 1 0 1 1 0
#> SRR903130 1 0 1 1 0
#> SRR903131 1 0 1 1 0
#> SRR903132 1 0 1 1 0
#> SRR903133 1 0 1 1 0
#> SRR903134 1 0 1 1 0
#> SRR903135 1 0 1 1 0
#> SRR903136 1 0 1 1 0
#> SRR903137 1 0 1 1 0
#> SRR903146 2 0 1 0 1
#> SRR903147 2 0 1 0 1
#> SRR903148 2 0 1 0 1
#> SRR903149 2 0 1 0 1
#> SRR903150 2 0 1 0 1
#> SRR903151 2 0 1 0 1
#> SRR903152 2 0 1 0 1
#> SRR903153 2 0 1 0 1
#> SRR903138 1 0 1 1 0
#> SRR903139 1 0 1 1 0
#> SRR903140 1 0 1 1 0
#> SRR903141 1 0 1 1 0
#> SRR903142 1 0 1 1 0
#> SRR903143 1 0 1 1 0
#> SRR903144 1 0 1 1 0
#> SRR903145 1 0 1 1 0
#> SRR903154 2 0 1 0 1
#> SRR903155 2 0 1 0 1
#> SRR903156 2 0 1 0 1
#> SRR903157 2 0 1 0 1
#> SRR903158 2 0 1 0 1
#> SRR903159 2 0 1 0 1
#> SRR903160 2 0 1 0 1
#> SRR903161 2 0 1 0 1
#> SRR903162 2 0 1 0 1
#> SRR903163 2 0 1 0 1
#> SRR903164 2 0 1 0 1
#> SRR903165 2 0 1 0 1
#> SRR903166 2 0 1 0 1
#> SRR903167 2 0 1 0 1
#> SRR903168 2 0 1 0 1
#> SRR903169 2 0 1 0 1
#> SRR903178 1 0 1 1 0
#> SRR903179 1 0 1 1 0
#> SRR903180 1 0 1 1 0
#> SRR903181 1 0 1 1 0
#> SRR903182 1 0 1 1 0
#> SRR903183 1 0 1 1 0
#> SRR903184 1 0 1 1 0
#> SRR903185 1 0 1 1 0
#> SRR903170 2 0 1 0 1
#> SRR903171 2 0 1 0 1
#> SRR903172 2 0 1 0 1
#> SRR903173 2 0 1 0 1
#> SRR903174 2 0 1 0 1
#> SRR903175 2 0 1 0 1
#> SRR903176 2 0 1 0 1
#> SRR903177 2 0 1 0 1
#> SRR903186 1 0 1 1 0
#> SRR903187 1 0 1 1 0
#> SRR903188 1 0 1 1 0
#> SRR903189 1 0 1 1 0
#> SRR903190 1 0 1 1 0
#> SRR903191 1 0 1 1 0
#> SRR903192 1 0 1 1 0
#> SRR903193 1 0 1 1 0
#> SRR903194 1 0 1 1 0
#> SRR903195 1 0 1 1 0
#> SRR903196 1 0 1 1 0
#> SRR903197 1 0 1 1 0
#> SRR903198 1 0 1 1 0
#> SRR903199 1 0 1 1 0
#> SRR903200 1 0 1 1 0
#> SRR903201 1 0 1 1 0
#> SRR903210 2 0 1 0 1
#> SRR903211 2 0 1 0 1
#> SRR903212 2 0 1 0 1
#> SRR903213 2 0 1 0 1
#> SRR903214 2 0 1 0 1
#> SRR903215 2 0 1 0 1
#> SRR903216 2 0 1 0 1
#> SRR903217 2 0 1 0 1
#> SRR903202 1 0 1 1 0
#> SRR903203 1 0 1 1 0
#> SRR903204 1 0 1 1 0
#> SRR903205 1 0 1 1 0
#> SRR903206 1 0 1 1 0
#> SRR903207 1 0 1 1 0
#> SRR903208 1 0 1 1 0
#> SRR903209 1 0 1 1 0
#> SRR903218 2 0 1 0 1
#> SRR903219 2 0 1 0 1
#> SRR903220 2 0 1 0 1
#> SRR903221 2 0 1 0 1
#> SRR903222 2 0 1 0 1
#> SRR903223 2 0 1 0 1
#> SRR903224 2 0 1 0 1
#> SRR903225 2 0 1 0 1
#> SRR903226 2 0 1 0 1
#> SRR903227 2 0 1 0 1
#> SRR903228 2 0 1 0 1
#> SRR903229 2 0 1 0 1
#> SRR903230 2 0 1 0 1
#> SRR903231 2 0 1 0 1
#> SRR903232 2 0 1 0 1
#> SRR903233 2 0 1 0 1
#> SRR903242 1 0 1 1 0
#> SRR903243 1 0 1 1 0
#> SRR903244 1 0 1 1 0
#> SRR903245 1 0 1 1 0
#> SRR903246 1 0 1 1 0
#> SRR903247 1 0 1 1 0
#> SRR903248 1 0 1 1 0
#> SRR903249 1 0 1 1 0
#> SRR903234 2 0 1 0 1
#> SRR903235 2 0 1 0 1
#> SRR903236 2 0 1 0 1
#> SRR903237 2 0 1 0 1
#> SRR903238 2 0 1 0 1
#> SRR903239 2 0 1 0 1
#> SRR903240 2 0 1 0 1
#> SRR903241 2 0 1 0 1
#> SRR903258 1 0 1 1 0
#> SRR903259 1 0 1 1 0
#> SRR903260 1 0 1 1 0
#> SRR903261 1 0 1 1 0
#> SRR903262 1 0 1 1 0
#> SRR903263 1 0 1 1 0
#> SRR903264 1 0 1 1 0
#> SRR903265 1 0 1 1 0
#> SRR903250 1 0 1 1 0
#> SRR903251 1 0 1 1 0
#> SRR903252 1 0 1 1 0
#> SRR903253 1 0 1 1 0
#> SRR903254 1 0 1 1 0
#> SRR903255 1 0 1 1 0
#> SRR903256 1 0 1 1 0
#> SRR903257 1 0 1 1 0
#> SRR903266 1 0 1 1 0
#> SRR903267 1 0 1 1 0
#> SRR903268 1 0 1 1 0
#> SRR903270 1 0 1 1 0
#> SRR903271 1 0 1 1 0
#> SRR903272 1 0 1 1 0
#> SRR903273 1 0 1 1 0
#> SRR903274 2 0 1 0 1
#> SRR903275 2 0 1 0 1
#> SRR903276 2 0 1 0 1
#> SRR903277 2 0 1 0 1
#> SRR903278 2 0 1 0 1
#> SRR903279 2 0 1 0 1
#> SRR903280 2 0 1 0 1
#> SRR903281 2 0 1 0 1
#> SRR903282 2 0 1 0 1
#> SRR903283 2 0 1 0 1
#> SRR903284 2 0 1 0 1
#> SRR903285 2 0 1 0 1
#> SRR903286 2 0 1 0 1
#> SRR903287 2 0 1 0 1
#> SRR903288 2 0 1 0 1
#> SRR903289 2 0 1 0 1
#> SRR903290 2 0 1 0 1
#> SRR903291 2 0 1 0 1
#> SRR903292 2 0 1 0 1
#> SRR903293 2 0 1 0 1
#> SRR903294 2 0 1 0 1
#> SRR903295 2 0 1 0 1
#> SRR903296 2 0 1 0 1
#> SRR903297 2 0 1 0 1
#> SRR903298 2 0 1 0 1
#> SRR903299 2 0 1 0 1
#> SRR903300 2 0 1 0 1
#> SRR903301 2 0 1 0 1
#> SRR903302 2 0 1 0 1
#> SRR903303 2 0 1 0 1
#> SRR903304 2 0 1 0 1
#> SRR903305 2 0 1 0 1
#> SRR903306 1 0 1 1 0
#> SRR903307 1 0 1 1 0
#> SRR903308 1 0 1 1 0
#> SRR903309 1 0 1 1 0
#> SRR903310 1 0 1 1 0
#> SRR903311 1 0 1 1 0
#> SRR903312 1 0 1 1 0
#> SRR903313 1 0 1 1 0
#> SRR903314 1 0 1 1 0
#> SRR903315 1 0 1 1 0
#> SRR903316 1 0 1 1 0
#> SRR903317 1 0 1 1 0
#> SRR903318 1 0 1 1 0
#> SRR903319 1 0 1 1 0
#> SRR903320 1 0 1 1 0
#> SRR903321 1 0 1 1 0
#> SRR903322 1 0 1 1 0
#> SRR903323 1 0 1 1 0
#> SRR903324 2 0 1 0 1
#> SRR903325 2 0 1 0 1
#> SRR903326 2 0 1 0 1
#> SRR903327 2 0 1 0 1
#> SRR903328 2 0 1 0 1
#> SRR903329 2 0 1 0 1
#> SRR903330 2 0 1 0 1
#> SRR903331 2 0 1 0 1
#> SRR903332 2 0 1 0 1
#> SRR903333 2 0 1 0 1
#> SRR903334 2 0 1 0 1
#> SRR903335 2 0 1 0 1
#> SRR903336 2 0 1 0 1
#> SRR903337 2 0 1 0 1
#> SRR903338 2 0 1 0 1
#> SRR903339 2 0 1 0 1
#> SRR903340 2 0 1 0 1
#> SRR903341 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR902920 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902921 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902922 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902923 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902925 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902926 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902928 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902929 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902930 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902931 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR902932 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902933 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902934 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902935 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902936 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902937 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902938 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902939 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902940 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902941 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR902942 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902943 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902944 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902945 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902946 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902947 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902954 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902955 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902956 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902957 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902958 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902959 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902948 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902949 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902950 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902951 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902952 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902953 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR902960 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902961 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902962 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902963 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902964 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902965 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902966 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902967 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902968 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902969 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902970 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902971 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902972 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902973 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902974 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902975 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902976 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902977 3 0.1031 0.91758 0.024 0.000 0.976
#> SRR902978 3 0.0892 0.91980 0.020 0.000 0.980
#> SRR902980 3 0.0892 0.91980 0.020 0.000 0.980
#> SRR902981 3 0.0892 0.91980 0.020 0.000 0.980
#> SRR902982 3 0.0892 0.91980 0.020 0.000 0.980
#> SRR902983 3 0.0892 0.91980 0.020 0.000 0.980
#> SRR902984 3 0.1163 0.91461 0.028 0.000 0.972
#> SRR902985 3 0.1163 0.91461 0.028 0.000 0.972
#> SRR902986 3 0.1289 0.91124 0.032 0.000 0.968
#> SRR902987 3 0.1289 0.91124 0.032 0.000 0.968
#> SRR902988 3 0.1289 0.91124 0.032 0.000 0.968
#> SRR902989 3 0.1163 0.91461 0.028 0.000 0.972
#> SRR902990 3 0.1163 0.91461 0.028 0.000 0.972
#> SRR902991 3 0.1289 0.91124 0.032 0.000 0.968
#> SRR902992 3 0.1163 0.91461 0.028 0.000 0.972
#> SRR902993 3 0.1163 0.91461 0.028 0.000 0.972
#> SRR902994 3 0.1289 0.91124 0.032 0.000 0.968
#> SRR902995 3 0.1163 0.91461 0.028 0.000 0.972
#> SRR902996 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR902997 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR902998 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR902999 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903000 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903001 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903008 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903009 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903010 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903011 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903012 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903013 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903002 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903003 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903004 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903005 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903006 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903007 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903014 3 0.0592 0.92599 0.012 0.000 0.988
#> SRR903015 3 0.0747 0.92418 0.016 0.000 0.984
#> SRR903016 3 0.0424 0.92760 0.008 0.000 0.992
#> SRR903017 3 0.0424 0.92760 0.008 0.000 0.992
#> SRR903018 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903019 3 0.0424 0.92760 0.008 0.000 0.992
#> SRR903020 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903022 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903026 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903027 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903028 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903029 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903030 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903031 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903032 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903033 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903034 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903035 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903036 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903037 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903038 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903039 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903040 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903041 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903042 2 0.0237 0.98631 0.004 0.996 0.000
#> SRR903043 2 0.0237 0.98631 0.004 0.996 0.000
#> SRR903044 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903045 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903046 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903047 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903048 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903049 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903050 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903051 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903052 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903053 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903054 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903055 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903056 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903057 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903058 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903059 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903060 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903061 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903062 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903063 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903064 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903065 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903066 1 0.4235 0.96550 0.824 0.000 0.176
#> SRR903067 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903068 1 0.4178 0.96158 0.828 0.000 0.172
#> SRR903069 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903070 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903071 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903072 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903073 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903074 1 0.3686 0.92778 0.860 0.000 0.140
#> SRR903075 1 0.3752 0.93250 0.856 0.000 0.144
#> SRR903076 1 0.4002 0.94944 0.840 0.000 0.160
#> SRR903077 1 0.3686 0.92778 0.860 0.000 0.140
#> SRR903078 1 0.3816 0.93694 0.852 0.000 0.148
#> SRR903079 1 0.3816 0.93694 0.852 0.000 0.148
#> SRR903080 1 0.3752 0.93250 0.856 0.000 0.144
#> SRR903081 1 0.3816 0.93694 0.852 0.000 0.148
#> SRR903082 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903083 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903084 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903085 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903086 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903087 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903088 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903089 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903090 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903091 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903092 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903093 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903094 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903095 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903096 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903097 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903098 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903099 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903100 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903101 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903102 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903103 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903104 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903105 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903106 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903107 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903108 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903109 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903110 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903111 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903112 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903113 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903114 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903115 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903116 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903117 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903118 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903119 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903121 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903122 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903124 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903125 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903126 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903127 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903128 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903129 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903130 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903131 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903132 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903133 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903134 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903135 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903136 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903137 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903146 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903147 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903148 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903149 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903150 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903151 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903152 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903153 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903138 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903139 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903140 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903141 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903142 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903143 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903144 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903145 1 0.4399 0.97652 0.812 0.000 0.188
#> SRR903154 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903155 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903156 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903157 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903158 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903159 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903160 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903161 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903162 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903163 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903164 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903165 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903166 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903167 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903168 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903169 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903178 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903179 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903180 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903181 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903182 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903183 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903184 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903185 3 0.2878 0.87379 0.096 0.000 0.904
#> SRR903170 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903171 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903172 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903173 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903174 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903175 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903176 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903177 2 0.1031 0.98220 0.024 0.976 0.000
#> SRR903186 3 0.6274 -0.12720 0.456 0.000 0.544
#> SRR903187 3 0.6204 0.02827 0.424 0.000 0.576
#> SRR903188 3 0.6235 -0.03143 0.436 0.000 0.564
#> SRR903189 3 0.6244 -0.05115 0.440 0.000 0.560
#> SRR903190 3 0.6215 0.00856 0.428 0.000 0.572
#> SRR903191 3 0.6204 0.02827 0.424 0.000 0.576
#> SRR903192 3 0.6260 -0.08975 0.448 0.000 0.552
#> SRR903193 3 0.6235 -0.03143 0.436 0.000 0.564
#> SRR903194 1 0.4504 0.97090 0.804 0.000 0.196
#> SRR903195 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903196 1 0.4452 0.97428 0.808 0.000 0.192
#> SRR903197 1 0.4504 0.97090 0.804 0.000 0.196
#> SRR903198 1 0.4555 0.96690 0.800 0.000 0.200
#> SRR903199 1 0.4555 0.96690 0.800 0.000 0.200
#> SRR903200 1 0.4504 0.97090 0.804 0.000 0.196
#> SRR903201 1 0.4504 0.97090 0.804 0.000 0.196
#> SRR903210 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903211 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903212 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903213 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903214 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903215 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903216 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903217 2 0.0000 0.98629 0.000 1.000 0.000
#> SRR903202 1 0.5465 0.85300 0.712 0.000 0.288
#> SRR903203 1 0.5591 0.82646 0.696 0.000 0.304
#> SRR903204 1 0.5591 0.82646 0.696 0.000 0.304
#> SRR903205 1 0.5465 0.85300 0.712 0.000 0.288
#> SRR903206 1 0.5497 0.84671 0.708 0.000 0.292
#> SRR903207 1 0.5650 0.81192 0.688 0.000 0.312
#> SRR903208 1 0.5497 0.84671 0.708 0.000 0.292
#> SRR903209 1 0.5465 0.85300 0.712 0.000 0.288
#> SRR903218 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903219 2 0.0747 0.98543 0.016 0.984 0.000
#> SRR903220 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903221 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903222 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903223 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903224 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903225 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903226 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903227 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903228 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903229 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903230 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903231 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903232 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903233 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903242 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903243 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903244 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903245 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903246 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903247 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903248 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903249 3 0.3038 0.86556 0.104 0.000 0.896
#> SRR903234 2 0.0747 0.98397 0.016 0.984 0.000
#> SRR903235 2 0.0747 0.98397 0.016 0.984 0.000
#> SRR903236 2 0.0747 0.98397 0.016 0.984 0.000
#> SRR903237 2 0.0592 0.98473 0.012 0.988 0.000
#> SRR903238 2 0.0592 0.98473 0.012 0.988 0.000
#> SRR903239 2 0.0592 0.98473 0.012 0.988 0.000
#> SRR903240 2 0.0592 0.98473 0.012 0.988 0.000
#> SRR903241 2 0.0592 0.98473 0.012 0.988 0.000
#> SRR903258 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903259 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903260 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903261 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903262 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903263 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903264 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903265 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903250 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903251 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903252 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903253 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903254 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903255 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903256 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903257 3 0.2625 0.88410 0.084 0.000 0.916
#> SRR903266 3 0.2959 0.86987 0.100 0.000 0.900
#> SRR903267 3 0.2959 0.86987 0.100 0.000 0.900
#> SRR903268 3 0.2959 0.86987 0.100 0.000 0.900
#> SRR903270 3 0.2959 0.86987 0.100 0.000 0.900
#> SRR903271 3 0.2959 0.86987 0.100 0.000 0.900
#> SRR903272 3 0.2959 0.86987 0.100 0.000 0.900
#> SRR903273 3 0.2959 0.86987 0.100 0.000 0.900
#> SRR903274 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903275 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903276 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903277 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903278 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903279 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903280 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903281 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903282 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903283 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903284 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903285 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903286 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903287 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903288 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903289 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903290 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903291 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903292 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903293 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903294 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903295 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903296 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903297 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903298 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903299 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903300 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903301 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903302 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903303 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903304 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903305 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903306 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903307 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903308 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903309 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903310 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903311 3 0.0237 0.92888 0.004 0.000 0.996
#> SRR903312 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903313 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903315 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903316 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903317 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903318 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903319 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903320 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903321 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903322 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903323 3 0.0000 0.92884 0.000 0.000 1.000
#> SRR903324 2 0.0747 0.98538 0.016 0.984 0.000
#> SRR903325 2 0.0747 0.98538 0.016 0.984 0.000
#> SRR903326 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903327 2 0.0747 0.98538 0.016 0.984 0.000
#> SRR903328 2 0.0747 0.98538 0.016 0.984 0.000
#> SRR903329 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903330 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903331 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903332 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903333 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903334 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903335 2 0.0892 0.98472 0.020 0.980 0.000
#> SRR903336 2 0.0747 0.98538 0.016 0.984 0.000
#> SRR903337 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903338 2 0.0747 0.98538 0.016 0.984 0.000
#> SRR903339 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903340 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
#> SRR903341 2 0.0592 0.98585 0.012 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR902920 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902921 3 0.0336 0.9150 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR902922 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902923 3 0.0336 0.9150 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR902924 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902925 3 0.0336 0.9130 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR902926 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902927 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR902928 3 0.0336 0.9150 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR902929 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902930 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902931 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR902932 2 0.4477 0.1616 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR902933 2 0.4406 0.2221 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR902934 2 0.4500 0.1350 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR902935 2 0.4564 0.0647 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR902936 2 0.4250 0.3343 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR902937 2 0.4431 0.2043 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR902938 2 0.4040 0.4395 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR902939 2 0.4989 -0.6881 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR902940 2 0.4989 -0.6881 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR902941 2 0.4989 -0.6881 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR902942 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR902943 3 0.1022 0.9091 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR902944 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR902945 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR902946 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR902947 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR902954 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902955 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902956 3 0.0707 0.9132 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR902957 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902958 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902959 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902948 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902949 3 0.0707 0.9132 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR902950 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902951 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902952 3 0.0707 0.9132 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR902953 3 0.0817 0.9123 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR902960 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902961 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902962 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902963 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902964 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902965 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902966 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902967 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902968 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902969 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902970 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902971 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902972 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902973 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902974 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902975 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902976 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902977 3 0.0707 0.9091 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR902978 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902980 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902981 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902982 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902983 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902984 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902985 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902986 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902987 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902988 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902989 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902990 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902991 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902992 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902993 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902994 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902995 3 0.0817 0.9072 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR902996 2 0.1022 0.7958 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR902997 2 0.1211 0.7937 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR902998 2 0.1211 0.7937 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR902999 2 0.1118 0.7949 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903000 2 0.1211 0.7937 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR903001 2 0.1211 0.7937 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR903008 2 0.1557 0.7862 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR903009 2 0.1302 0.7921 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR903010 2 0.1302 0.7921 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR903011 2 0.2011 0.7662 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR903012 2 0.1557 0.7849 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR903013 2 0.1302 0.7921 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR903002 2 0.1211 0.7937 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR903003 2 0.1302 0.7927 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR903004 2 0.1211 0.7937 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR903005 2 0.1302 0.7927 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR903006 2 0.1474 0.7888 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR903007 2 0.1637 0.7833 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR903014 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903015 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903016 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903017 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903018 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903019 3 0.0921 0.9109 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR903020 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903021 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903022 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903023 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903024 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903025 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903026 3 0.0336 0.9150 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903027 3 0.0707 0.9132 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR903028 3 0.0592 0.9140 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903029 3 0.0592 0.9140 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR903030 3 0.0336 0.9150 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR903031 3 0.0707 0.9132 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR903032 4 0.4948 0.9431 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR903033 4 0.4941 0.9503 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR903034 4 0.4948 0.9431 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR903035 4 0.4948 0.9431 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR903036 4 0.4948 0.9431 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR903037 4 0.4948 0.9431 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR903038 2 0.4916 -0.4955 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR903039 2 0.4925 -0.5133 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR903040 2 0.4955 -0.5800 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR903041 2 0.4933 -0.5285 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR903042 2 0.4866 -0.4049 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR903043 2 0.4925 -0.5109 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR903044 4 0.4967 0.9175 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR903045 4 0.4977 0.8982 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR903046 4 0.4972 0.9083 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR903047 4 0.4972 0.9083 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR903048 4 0.4972 0.9083 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR903049 4 0.4972 0.9083 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR903050 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903051 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903052 1 0.0469 0.8990 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903053 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903054 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903055 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903056 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903057 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903058 1 0.0469 0.8990 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903059 1 0.0469 0.8990 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903060 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903061 1 0.0469 0.8990 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903062 1 0.0469 0.8990 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903063 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903064 1 0.0469 0.8990 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR903065 1 0.0592 0.8982 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR903066 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903067 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903068 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903069 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903070 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903071 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903072 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903073 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903074 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903075 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903076 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903077 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903078 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903079 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903080 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903081 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR903082 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903083 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903084 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903085 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903086 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903087 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903088 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903089 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903090 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903091 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903092 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903093 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903094 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903095 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903096 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903097 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903098 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903099 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903100 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903101 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903102 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903103 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903104 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903105 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903106 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903107 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903108 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903109 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903110 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903111 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903112 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903113 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903114 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903115 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903116 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903117 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903118 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903119 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903121 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903122 1 0.2868 0.8318 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR903124 1 0.2973 0.8245 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR903125 1 0.3024 0.8210 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR903126 1 0.2760 0.8384 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR903127 1 0.2973 0.8247 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR903128 1 0.3123 0.8128 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR903129 1 0.3219 0.8047 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR903130 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903131 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903132 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903133 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903134 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903135 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903136 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903137 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903146 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903147 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903148 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903149 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903150 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903151 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903152 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903153 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903138 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903139 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903140 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903141 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903142 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903143 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903144 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903145 1 0.0817 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR903154 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903155 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903156 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903157 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903158 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903159 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903160 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903161 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903162 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903163 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903164 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903165 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903166 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903167 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903168 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903169 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903178 3 0.2402 0.8769 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR903179 3 0.2402 0.8769 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR903180 3 0.2522 0.8747 0.076 0.000 0.908 0.016
#> SRR903181 3 0.2402 0.8769 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR903182 3 0.2402 0.8769 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR903183 3 0.2402 0.8769 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR903184 3 0.2402 0.8769 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR903185 3 0.2402 0.8769 0.076 0.000 0.912 0.012
#> SRR903170 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903171 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903172 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903173 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903174 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903175 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903176 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903177 4 0.4888 0.9877 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR903186 3 0.6143 0.0321 0.456 0.000 0.496 0.048
#> SRR903187 3 0.6108 0.1581 0.424 0.000 0.528 0.048
#> SRR903188 3 0.6114 0.1436 0.428 0.000 0.524 0.048
#> SRR903189 3 0.6125 0.1134 0.436 0.000 0.516 0.048
#> SRR903190 3 0.6102 0.1722 0.420 0.000 0.532 0.048
#> SRR903191 3 0.6087 0.1996 0.412 0.000 0.540 0.048
#> SRR903192 3 0.6145 0.0157 0.460 0.000 0.492 0.048
#> SRR903193 3 0.6120 0.1287 0.432 0.000 0.520 0.048
#> SRR903194 1 0.2224 0.8891 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR903195 1 0.2224 0.8891 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR903196 1 0.2319 0.8890 0.924 0.000 0.040 0.036
#> SRR903197 1 0.2313 0.8873 0.924 0.000 0.044 0.032
#> SRR903198 1 0.2483 0.8830 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR903199 1 0.2399 0.8853 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR903200 1 0.2399 0.8853 0.920 0.000 0.048 0.032
#> SRR903201 1 0.2224 0.8891 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR903210 2 0.1389 0.7899 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR903211 2 0.1118 0.7951 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR903212 2 0.1389 0.7899 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR903213 2 0.1474 0.7871 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR903214 2 0.1302 0.7924 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR903215 2 0.1389 0.7910 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR903216 2 0.1302 0.7923 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR903217 2 0.1867 0.7718 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR903202 1 0.4877 0.7354 0.752 0.000 0.204 0.044
#> SRR903203 1 0.5056 0.7071 0.732 0.000 0.224 0.044
#> SRR903204 1 0.4951 0.7246 0.744 0.000 0.212 0.044
#> SRR903205 1 0.4877 0.7354 0.752 0.000 0.204 0.044
#> SRR903206 1 0.4986 0.7189 0.740 0.000 0.216 0.044
#> SRR903207 1 0.5056 0.7070 0.732 0.000 0.224 0.044
#> SRR903208 1 0.4951 0.7245 0.744 0.000 0.212 0.044
#> SRR903209 1 0.4877 0.7354 0.752 0.000 0.204 0.044
#> SRR903218 2 0.0336 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903219 2 0.0336 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903220 2 0.0336 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903221 2 0.0469 0.7961 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR903222 2 0.0336 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903223 2 0.0336 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903224 2 0.0336 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903225 2 0.0336 0.7978 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR903226 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903227 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903228 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903229 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903230 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903231 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903232 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903233 2 0.0188 0.7993 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR903242 1 0.7214 0.3820 0.540 0.048 0.360 0.052
#> SRR903243 1 0.7102 0.3568 0.536 0.040 0.372 0.052
#> SRR903244 1 0.7043 0.4121 0.556 0.040 0.352 0.052
#> SRR903245 1 0.7036 0.3494 0.536 0.036 0.376 0.052
#> SRR903246 1 0.7036 0.3495 0.536 0.036 0.376 0.052
#> SRR903247 1 0.7076 0.4383 0.564 0.044 0.340 0.052
#> SRR903248 1 0.6979 0.4057 0.556 0.036 0.356 0.052
#> SRR903249 1 0.6991 0.3949 0.552 0.036 0.360 0.052
#> SRR903234 2 0.4382 0.2394 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR903235 2 0.4134 0.3956 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR903236 2 0.4331 0.2793 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR903237 2 0.3975 0.4631 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR903238 2 0.4103 0.4112 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR903239 2 0.4134 0.3943 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR903240 2 0.3688 0.5541 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR903241 2 0.4040 0.4381 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR903258 3 0.3182 0.8684 0.064 0.012 0.892 0.032
#> SRR903259 3 0.3052 0.8707 0.064 0.008 0.896 0.032
#> SRR903260 3 0.3182 0.8684 0.064 0.012 0.892 0.032
#> SRR903261 3 0.3182 0.8684 0.064 0.012 0.892 0.032
#> SRR903262 3 0.3276 0.8661 0.064 0.012 0.888 0.036
#> SRR903263 3 0.3257 0.8651 0.068 0.012 0.888 0.032
#> SRR903264 3 0.3182 0.8684 0.064 0.012 0.892 0.032
#> SRR903265 3 0.3257 0.8651 0.068 0.012 0.888 0.032
#> SRR903250 3 0.3351 0.8627 0.068 0.012 0.884 0.036
#> SRR903251 3 0.3442 0.8600 0.068 0.012 0.880 0.040
#> SRR903252 3 0.3442 0.8600 0.068 0.012 0.880 0.040
#> SRR903253 3 0.3351 0.8627 0.068 0.012 0.884 0.036
#> SRR903254 3 0.3351 0.8627 0.068 0.012 0.884 0.036
#> SRR903255 3 0.3471 0.8601 0.068 0.016 0.880 0.036
#> SRR903256 3 0.3442 0.8600 0.068 0.012 0.880 0.040
#> SRR903257 3 0.3351 0.8627 0.068 0.012 0.884 0.036
#> SRR903266 3 0.7118 0.2939 0.352 0.044 0.552 0.052
#> SRR903267 3 0.7246 0.2233 0.372 0.048 0.528 0.052
#> SRR903268 3 0.6800 0.3229 0.352 0.028 0.568 0.052
#> SRR903270 3 0.7214 0.2618 0.360 0.048 0.540 0.052
#> SRR903271 3 0.6839 0.2884 0.364 0.028 0.556 0.052
#> SRR903272 3 0.6911 0.2929 0.360 0.032 0.556 0.052
#> SRR903273 3 0.7622 0.0409 0.408 0.068 0.472 0.052
#> SRR903274 2 0.1022 0.7843 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR903275 2 0.0921 0.7885 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903276 2 0.1022 0.7843 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR903277 2 0.1022 0.7843 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR903278 2 0.1022 0.7843 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR903279 2 0.1022 0.7843 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR903280 2 0.0921 0.7885 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903281 2 0.1022 0.7843 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR903282 2 0.0817 0.7920 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903283 2 0.0817 0.7920 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903284 2 0.0817 0.7920 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903285 2 0.0817 0.7920 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903286 2 0.0921 0.7889 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR903287 2 0.0707 0.7944 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903288 2 0.0817 0.7920 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903289 2 0.0707 0.7944 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903290 2 0.1042 0.7878 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR903291 2 0.0895 0.7919 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR903292 2 0.1174 0.7825 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR903293 2 0.1042 0.7878 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR903294 2 0.1042 0.7878 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR903295 2 0.1004 0.7888 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR903296 2 0.1297 0.7765 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR903297 2 0.0707 0.7945 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903298 2 0.0707 0.7944 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903299 2 0.0592 0.7961 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903300 2 0.0592 0.7961 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903301 2 0.0817 0.7920 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903302 2 0.0817 0.7920 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR903303 2 0.0592 0.7961 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903304 2 0.0707 0.7944 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR903305 2 0.0592 0.7961 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR903306 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903307 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903308 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903309 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903310 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903311 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903312 3 0.0336 0.9130 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903313 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903314 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903315 3 0.0188 0.9140 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR903316 3 0.0336 0.9130 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR903317 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903318 3 0.0188 0.9140 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR903319 3 0.0000 0.9148 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR903320 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903321 3 0.0524 0.9143 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR903322 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903323 3 0.0188 0.9152 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR903324 2 0.3074 0.6643 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR903325 2 0.3172 0.6508 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR903326 2 0.3266 0.6361 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR903327 2 0.3444 0.6042 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR903328 2 0.3610 0.5708 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR903329 2 0.3907 0.4833 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR903330 2 0.1557 0.7851 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR903331 2 0.2011 0.7638 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR903332 2 0.1637 0.7820 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR903333 2 0.1940 0.7676 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR903334 2 0.2149 0.7545 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR903335 2 0.1940 0.7676 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR903336 2 0.3649 0.5597 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR903337 2 0.3764 0.5292 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903338 2 0.3569 0.5785 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR903339 2 0.3764 0.5292 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR903340 2 0.3726 0.5398 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR903341 2 0.4164 0.3724 0.000 0.736 0.000 0.264
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR902920 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902921 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902922 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902923 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902924 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR902925 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR902926 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902927 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902928 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902929 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902930 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902931 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902932 2 0.6003 -0.212 0.000 0.444 0.000 0.444 NA
#> SRR902933 4 0.6003 0.210 0.000 0.440 0.000 0.448 NA
#> SRR902934 4 0.6003 0.195 0.000 0.444 0.000 0.444 NA
#> SRR902935 2 0.6003 -0.212 0.000 0.444 0.000 0.444 NA
#> SRR902936 4 0.6003 0.210 0.000 0.440 0.000 0.448 NA
#> SRR902937 4 0.6003 0.210 0.000 0.440 0.000 0.448 NA
#> SRR902938 4 0.6003 0.210 0.000 0.440 0.000 0.448 NA
#> SRR902939 4 0.5992 0.285 0.000 0.416 0.000 0.472 NA
#> SRR902940 4 0.5992 0.285 0.000 0.416 0.000 0.472 NA
#> SRR902941 4 0.5992 0.285 0.000 0.416 0.000 0.472 NA
#> SRR902942 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902943 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902944 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902945 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902946 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902947 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902954 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902955 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902956 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902957 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902958 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902959 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902948 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902949 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902950 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902951 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902952 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902953 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR902960 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902961 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902962 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902963 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902964 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902965 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902966 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902967 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902968 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902969 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902970 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902971 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902972 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902973 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902974 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902975 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902976 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902977 3 0.0290 0.881 0.000 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR902978 3 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR902980 3 0.0566 0.878 0.000 0.000 0.984 0.012 NA
#> SRR902981 3 0.0566 0.878 0.000 0.000 0.984 0.012 NA
#> SRR902982 3 0.0566 0.878 0.000 0.000 0.984 0.012 NA
#> SRR902983 3 0.0566 0.878 0.000 0.000 0.984 0.012 NA
#> SRR902984 3 0.0771 0.874 0.000 0.000 0.976 0.020 NA
#> SRR902985 3 0.0771 0.874 0.000 0.000 0.976 0.020 NA
#> SRR902986 3 0.0771 0.874 0.000 0.000 0.976 0.020 NA
#> SRR902987 3 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR902988 3 0.0771 0.874 0.000 0.000 0.976 0.020 NA
#> SRR902989 3 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR902990 3 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR902991 3 0.0771 0.874 0.000 0.000 0.976 0.020 NA
#> SRR902992 3 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR902993 3 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR902994 3 0.0771 0.874 0.000 0.000 0.976 0.020 NA
#> SRR902995 3 0.0671 0.876 0.000 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR902996 2 0.5992 -0.132 0.000 0.472 0.000 0.416 NA
#> SRR902997 2 0.5992 -0.132 0.000 0.472 0.000 0.416 NA
#> SRR902998 2 0.5995 -0.140 0.000 0.468 0.000 0.420 NA
#> SRR902999 2 0.5995 -0.140 0.000 0.468 0.000 0.420 NA
#> SRR903000 2 0.5995 -0.140 0.000 0.468 0.000 0.420 NA
#> SRR903001 2 0.5998 -0.150 0.000 0.464 0.000 0.424 NA
#> SRR903008 2 0.6000 -0.161 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903009 2 0.5998 -0.150 0.000 0.464 0.000 0.424 NA
#> SRR903010 2 0.5998 -0.150 0.000 0.464 0.000 0.424 NA
#> SRR903011 2 0.6000 -0.161 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903012 2 0.6000 -0.161 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903013 2 0.5998 -0.150 0.000 0.464 0.000 0.424 NA
#> SRR903002 2 0.5995 -0.140 0.000 0.468 0.000 0.420 NA
#> SRR903003 2 0.5995 -0.140 0.000 0.468 0.000 0.420 NA
#> SRR903004 2 0.5995 -0.140 0.000 0.468 0.000 0.420 NA
#> SRR903005 2 0.5995 -0.140 0.000 0.468 0.000 0.420 NA
#> SRR903006 2 0.6000 -0.161 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903007 2 0.5998 -0.150 0.000 0.464 0.000 0.424 NA
#> SRR903014 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903015 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903016 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903017 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903018 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903019 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903020 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903021 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903022 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903023 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903024 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903025 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903026 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903027 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903028 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903029 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903030 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903031 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903032 4 0.5799 0.495 0.000 0.324 0.000 0.564 NA
#> SRR903033 4 0.5813 0.489 0.000 0.328 0.000 0.560 NA
#> SRR903034 4 0.5813 0.487 0.000 0.328 0.000 0.560 NA
#> SRR903035 4 0.5813 0.488 0.000 0.328 0.000 0.560 NA
#> SRR903036 4 0.5826 0.481 0.000 0.332 0.000 0.556 NA
#> SRR903037 4 0.5838 0.473 0.000 0.336 0.000 0.552 NA
#> SRR903038 4 0.6002 0.224 0.000 0.436 0.000 0.452 NA
#> SRR903039 4 0.6002 0.224 0.000 0.436 0.000 0.452 NA
#> SRR903040 4 0.6002 0.224 0.000 0.436 0.000 0.452 NA
#> SRR903041 4 0.6003 0.210 0.000 0.440 0.000 0.448 NA
#> SRR903042 4 0.6003 0.210 0.000 0.440 0.000 0.448 NA
#> SRR903043 4 0.6002 0.224 0.000 0.436 0.000 0.452 NA
#> SRR903044 4 0.5959 0.358 0.000 0.388 0.000 0.500 NA
#> SRR903045 4 0.5946 0.378 0.000 0.380 0.000 0.508 NA
#> SRR903046 4 0.5959 0.358 0.000 0.388 0.000 0.500 NA
#> SRR903047 4 0.5953 0.367 0.000 0.384 0.000 0.504 NA
#> SRR903048 4 0.5953 0.369 0.000 0.384 0.000 0.504 NA
#> SRR903049 4 0.5938 0.387 0.000 0.376 0.000 0.512 NA
#> SRR903050 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903051 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903052 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903053 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903054 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903055 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903056 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903057 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903058 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903059 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903060 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903061 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903062 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903063 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903064 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903065 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903066 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903067 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903068 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903069 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903070 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903071 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903072 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903073 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903074 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903075 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903076 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903077 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903078 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903079 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903080 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903081 1 0.0162 0.905 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR903082 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903083 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903084 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903085 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903086 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903087 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903088 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903089 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903090 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903091 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903092 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903093 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903094 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903095 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903096 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903097 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903098 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903099 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903100 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903101 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903102 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903103 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903104 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903105 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903106 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903107 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903108 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903109 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903110 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903111 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903112 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903113 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903114 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903115 1 0.0898 0.904 0.972 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903116 1 0.1106 0.902 0.964 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR903117 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903118 1 0.1106 0.902 0.964 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR903119 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903121 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903122 1 0.5830 0.450 0.588 0.004 0.336 0.044 NA
#> SRR903124 1 0.5530 0.515 0.624 0.004 0.312 0.032 NA
#> SRR903125 1 0.5863 0.369 0.560 0.004 0.368 0.040 NA
#> SRR903126 1 0.5688 0.498 0.612 0.004 0.316 0.040 NA
#> SRR903127 1 0.5902 0.389 0.568 0.004 0.356 0.032 NA
#> SRR903128 1 0.5625 0.462 0.600 0.004 0.336 0.032 NA
#> SRR903129 1 0.6112 0.286 0.528 0.004 0.388 0.036 NA
#> SRR903130 1 0.1403 0.898 0.952 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR903131 1 0.2171 0.887 0.924 0.000 0.028 0.016 NA
#> SRR903132 1 0.1653 0.895 0.944 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR903133 1 0.1653 0.895 0.944 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR903134 1 0.2086 0.888 0.928 0.000 0.028 0.016 NA
#> SRR903135 1 0.1739 0.893 0.940 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR903136 1 0.1653 0.895 0.944 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR903137 1 0.1403 0.898 0.952 0.000 0.024 0.000 NA
#> SRR903146 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903147 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903148 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903149 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903150 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903151 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903152 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903153 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903138 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903139 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903140 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903141 1 0.0898 0.904 0.972 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903142 1 0.0992 0.903 0.968 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903143 1 0.0798 0.904 0.976 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903144 1 0.0898 0.904 0.972 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903145 1 0.0898 0.904 0.972 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR903154 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903155 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903156 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903157 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903158 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903159 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903160 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903161 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903162 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903163 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903164 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903165 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903166 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903167 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903168 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903169 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903178 3 0.3038 0.828 0.024 0.016 0.872 0.000 NA
#> SRR903179 3 0.3095 0.827 0.024 0.016 0.868 0.000 NA
#> SRR903180 3 0.3038 0.828 0.024 0.016 0.872 0.000 NA
#> SRR903181 3 0.3038 0.828 0.024 0.016 0.872 0.000 NA
#> SRR903182 3 0.3038 0.828 0.024 0.016 0.872 0.000 NA
#> SRR903183 3 0.3038 0.828 0.024 0.016 0.872 0.000 NA
#> SRR903184 3 0.3038 0.828 0.024 0.016 0.872 0.000 NA
#> SRR903185 3 0.3038 0.828 0.024 0.016 0.872 0.000 NA
#> SRR903170 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903171 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903172 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903173 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903174 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903175 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903176 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903177 4 0.2966 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816 NA
#> SRR903186 3 0.6110 0.608 0.156 0.016 0.616 0.000 NA
#> SRR903187 3 0.6040 0.620 0.148 0.016 0.624 0.000 NA
#> SRR903188 3 0.6110 0.608 0.156 0.016 0.616 0.000 NA
#> SRR903189 3 0.6075 0.614 0.152 0.016 0.620 0.000 NA
#> SRR903190 3 0.6040 0.620 0.148 0.016 0.624 0.000 NA
#> SRR903191 3 0.6040 0.620 0.148 0.016 0.624 0.000 NA
#> SRR903192 3 0.6110 0.608 0.156 0.016 0.616 0.000 NA
#> SRR903193 3 0.6040 0.620 0.148 0.016 0.624 0.000 NA
#> SRR903194 1 0.5943 0.657 0.632 0.016 0.132 0.000 NA
#> SRR903195 1 0.6056 0.640 0.620 0.016 0.144 0.000 NA
#> SRR903196 1 0.5982 0.651 0.628 0.016 0.136 0.000 NA
#> SRR903197 1 0.6136 0.624 0.612 0.016 0.156 0.000 NA
#> SRR903198 1 0.6169 0.618 0.608 0.016 0.160 0.000 NA
#> SRR903199 1 0.6259 0.601 0.596 0.016 0.168 0.000 NA
#> SRR903200 1 0.6195 0.615 0.604 0.016 0.160 0.000 NA
#> SRR903201 1 0.6092 0.634 0.616 0.016 0.148 0.000 NA
#> SRR903210 2 0.2561 0.560 0.000 0.856 0.000 0.144 NA
#> SRR903211 2 0.2329 0.575 0.000 0.876 0.000 0.124 NA
#> SRR903212 2 0.2471 0.567 0.000 0.864 0.000 0.136 NA
#> SRR903213 2 0.2561 0.560 0.000 0.856 0.000 0.144 NA
#> SRR903214 2 0.2471 0.566 0.000 0.864 0.000 0.136 NA
#> SRR903215 2 0.2605 0.556 0.000 0.852 0.000 0.148 NA
#> SRR903216 2 0.2424 0.570 0.000 0.868 0.000 0.132 NA
#> SRR903217 2 0.2690 0.548 0.000 0.844 0.000 0.156 NA
#> SRR903202 3 0.6864 0.352 0.276 0.016 0.488 0.000 NA
#> SRR903203 3 0.6829 0.370 0.272 0.016 0.496 0.000 NA
#> SRR903204 3 0.6844 0.360 0.276 0.016 0.492 0.000 NA
#> SRR903205 3 0.6891 0.331 0.284 0.016 0.480 0.000 NA
#> SRR903206 3 0.6864 0.352 0.276 0.016 0.488 0.000 NA
#> SRR903207 3 0.6829 0.370 0.272 0.016 0.496 0.000 NA
#> SRR903208 3 0.6849 0.363 0.272 0.016 0.492 0.000 NA
#> SRR903209 3 0.6884 0.327 0.288 0.016 0.480 0.000 NA
#> SRR903218 2 0.1522 0.610 0.000 0.944 0.000 0.044 NA
#> SRR903219 2 0.1430 0.610 0.000 0.944 0.000 0.052 NA
#> SRR903220 2 0.1597 0.608 0.000 0.940 0.000 0.048 NA
#> SRR903221 2 0.1522 0.610 0.000 0.944 0.000 0.044 NA
#> SRR903222 2 0.1597 0.609 0.000 0.940 0.000 0.048 NA
#> SRR903223 2 0.1670 0.608 0.000 0.936 0.000 0.052 NA
#> SRR903224 2 0.1408 0.611 0.000 0.948 0.000 0.044 NA
#> SRR903225 2 0.1522 0.610 0.000 0.944 0.000 0.044 NA
#> SRR903226 2 0.1341 0.611 0.000 0.944 0.000 0.056 NA
#> SRR903227 2 0.1341 0.611 0.000 0.944 0.000 0.056 NA
#> SRR903228 2 0.1341 0.611 0.000 0.944 0.000 0.056 NA
#> SRR903229 2 0.1571 0.609 0.000 0.936 0.000 0.060 NA
#> SRR903230 2 0.1341 0.611 0.000 0.944 0.000 0.056 NA
#> SRR903231 2 0.1608 0.605 0.000 0.928 0.000 0.072 NA
#> SRR903232 2 0.1571 0.609 0.000 0.936 0.000 0.060 NA
#> SRR903233 2 0.1478 0.608 0.000 0.936 0.000 0.064 NA
#> SRR903242 3 0.6967 0.545 0.040 0.188 0.532 0.000 NA
#> SRR903243 3 0.6967 0.545 0.040 0.188 0.532 0.000 NA
#> SRR903244 3 0.6857 0.567 0.040 0.172 0.548 0.000 NA
#> SRR903245 3 0.6828 0.572 0.040 0.168 0.552 0.000 NA
#> SRR903246 3 0.6857 0.567 0.040 0.172 0.548 0.000 NA
#> SRR903247 3 0.6992 0.540 0.040 0.192 0.528 0.000 NA
#> SRR903248 3 0.6940 0.551 0.040 0.184 0.536 0.000 NA
#> SRR903249 3 0.6940 0.551 0.040 0.184 0.536 0.000 NA
#> SRR903234 2 0.3636 0.411 0.000 0.728 0.000 0.272 NA
#> SRR903235 2 0.3612 0.417 0.000 0.732 0.000 0.268 NA
#> SRR903236 2 0.3612 0.417 0.000 0.732 0.000 0.268 NA
#> SRR903237 2 0.3586 0.422 0.000 0.736 0.000 0.264 NA
#> SRR903238 2 0.3586 0.421 0.000 0.736 0.000 0.264 NA
#> SRR903239 2 0.3636 0.411 0.000 0.728 0.000 0.272 NA
#> SRR903240 2 0.3586 0.423 0.000 0.736 0.000 0.264 NA
#> SRR903241 2 0.3612 0.418 0.000 0.732 0.000 0.268 NA
#> SRR903258 3 0.4338 0.770 0.028 0.020 0.764 0.000 NA
#> SRR903259 3 0.4231 0.778 0.028 0.020 0.776 0.000 NA
#> SRR903260 3 0.4303 0.773 0.028 0.020 0.768 0.000 NA
#> SRR903261 3 0.4267 0.775 0.028 0.020 0.772 0.000 NA
#> SRR903262 3 0.4219 0.776 0.024 0.020 0.772 0.000 NA
#> SRR903263 3 0.4338 0.770 0.028 0.020 0.764 0.000 NA
#> SRR903264 3 0.4231 0.778 0.028 0.020 0.776 0.000 NA
#> SRR903265 3 0.4356 0.774 0.028 0.024 0.768 0.000 NA
#> SRR903250 3 0.4373 0.767 0.028 0.020 0.760 0.000 NA
#> SRR903251 3 0.4391 0.771 0.028 0.024 0.764 0.000 NA
#> SRR903252 3 0.4338 0.770 0.028 0.020 0.764 0.000 NA
#> SRR903253 3 0.4426 0.768 0.028 0.024 0.760 0.000 NA
#> SRR903254 3 0.4338 0.770 0.028 0.020 0.764 0.000 NA
#> SRR903255 3 0.4338 0.770 0.028 0.020 0.764 0.000 NA
#> SRR903256 3 0.4461 0.766 0.028 0.024 0.756 0.000 NA
#> SRR903257 3 0.4303 0.773 0.028 0.020 0.768 0.000 NA
#> SRR903266 3 0.6281 0.643 0.036 0.116 0.612 0.000 NA
#> SRR903267 3 0.6239 0.648 0.036 0.112 0.616 0.000 NA
#> SRR903268 3 0.6082 0.663 0.036 0.100 0.632 0.000 NA
#> SRR903270 3 0.6361 0.634 0.036 0.124 0.604 0.000 NA
#> SRR903271 3 0.6196 0.652 0.036 0.108 0.620 0.000 NA
#> SRR903272 3 0.6196 0.652 0.036 0.108 0.620 0.000 NA
#> SRR903273 3 0.6400 0.630 0.036 0.128 0.600 0.000 NA
#> SRR903274 2 0.2011 0.585 0.000 0.908 0.000 0.004 NA
#> SRR903275 2 0.2124 0.579 0.000 0.900 0.000 0.004 NA
#> SRR903276 2 0.2338 0.567 0.000 0.884 0.000 0.004 NA
#> SRR903277 2 0.2179 0.577 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> SRR903278 2 0.2124 0.579 0.000 0.900 0.000 0.004 NA
#> SRR903279 2 0.2179 0.576 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> SRR903280 2 0.2179 0.577 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> SRR903281 2 0.2179 0.576 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> SRR903282 2 0.0880 0.615 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR903283 2 0.1043 0.612 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR903284 2 0.0880 0.615 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR903285 2 0.0794 0.615 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR903286 2 0.0794 0.615 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR903287 2 0.0880 0.615 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR903288 2 0.1043 0.612 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR903289 2 0.0880 0.614 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR903290 2 0.0324 0.616 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR903291 2 0.0324 0.616 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR903292 2 0.0451 0.616 0.000 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR903293 2 0.0324 0.616 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR903294 2 0.0324 0.616 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR903295 2 0.0324 0.616 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR903296 2 0.0324 0.616 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR903297 2 0.0324 0.616 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR903298 2 0.1043 0.612 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR903299 2 0.1197 0.609 0.000 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR903300 2 0.1357 0.608 0.000 0.948 0.000 0.004 NA
#> SRR903301 2 0.1205 0.612 0.000 0.956 0.000 0.004 NA
#> SRR903302 2 0.1197 0.609 0.000 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR903303 2 0.1121 0.611 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR903304 2 0.1043 0.612 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR903305 2 0.1270 0.607 0.000 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR903306 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903307 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903308 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903309 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903310 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903311 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903312 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903313 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903314 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903315 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903316 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903317 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903318 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903319 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903320 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903321 3 0.0162 0.882 0.000 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR903322 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903323 3 0.0000 0.883 0.000 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR903324 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903325 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903326 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903327 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903328 2 0.6001 -0.175 0.000 0.456 0.000 0.432 NA
#> SRR903329 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903330 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903331 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903332 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903333 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903334 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903335 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903336 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903337 2 0.6001 -0.175 0.000 0.456 0.000 0.432 NA
#> SRR903338 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903339 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
#> SRR903340 2 0.6001 -0.175 0.000 0.456 0.000 0.432 NA
#> SRR903341 2 0.6000 -0.164 0.000 0.460 0.000 0.428 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR902920 3 0.1075 0.964 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR902921 3 0.1141 0.960 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR902922 3 0.1007 0.967 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR902923 3 0.1075 0.964 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR902924 3 0.1075 0.964 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR902925 3 0.1075 0.964 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR902926 3 0.1075 0.964 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR902927 3 0.1075 0.964 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR902928 3 0.1141 0.960 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR902929 3 0.1141 0.960 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR902930 3 0.1075 0.964 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR902931 3 0.1141 0.960 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR902932 2 0.1334 0.895 0.000 0.948 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR902933 2 0.1257 0.893 0.000 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR902934 2 0.1245 0.896 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR902935 2 0.1168 0.895 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR902936 2 0.1461 0.894 0.000 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR902937 2 0.1461 0.895 0.000 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR902938 2 0.1391 0.895 0.000 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR902939 2 0.1219 0.840 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR902940 2 0.1285 0.836 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR902941 2 0.1219 0.840 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004
#> SRR902942 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902943 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902944 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902945 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902946 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902947 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902954 3 0.0260 0.970 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902955 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902956 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902957 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902958 3 0.0260 0.970 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902959 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902948 3 0.0260 0.970 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902949 3 0.0260 0.970 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902950 3 0.0260 0.970 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902951 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902952 3 0.0405 0.967 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR902953 3 0.0260 0.970 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902960 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902961 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902962 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902963 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902964 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902965 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902966 3 0.0790 0.974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902967 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902968 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902969 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902970 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902971 3 0.0790 0.974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR902972 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902973 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902974 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902975 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902976 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902977 3 0.0713 0.976 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR902978 3 0.0260 0.974 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902980 3 0.0363 0.975 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR902981 3 0.0260 0.974 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902982 3 0.0260 0.974 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902983 3 0.0260 0.974 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR902984 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902985 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902986 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902987 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902988 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902989 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902990 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902991 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902992 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902993 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902994 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902995 3 0.0458 0.977 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR902996 2 0.2346 0.829 0.000 0.868 0.000 0.008 0.000 0.124
#> SRR902997 2 0.2278 0.833 0.000 0.868 0.000 0.004 0.000 0.128
#> SRR902998 2 0.2146 0.843 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR902999 2 0.2234 0.832 0.000 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR903000 2 0.2146 0.843 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR903001 2 0.1957 0.849 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR903008 2 0.1957 0.853 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR903009 2 0.1957 0.853 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR903010 2 0.2048 0.845 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR903011 2 0.1957 0.853 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR903012 2 0.2003 0.849 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR903013 2 0.1910 0.853 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR903002 2 0.2092 0.840 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR903003 2 0.2092 0.840 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR903004 2 0.2092 0.840 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR903005 2 0.2092 0.840 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR903006 2 0.2092 0.840 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR903007 2 0.2092 0.840 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR903014 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903015 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903016 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903017 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903018 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903019 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903020 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903021 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903022 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903023 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903024 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903025 3 0.0458 0.976 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR903026 3 0.0260 0.976 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903027 3 0.0260 0.976 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903028 3 0.0260 0.976 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903029 3 0.0363 0.976 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR903030 3 0.0260 0.976 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903031 3 0.0260 0.976 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR903032 2 0.2039 0.806 0.000 0.904 0.000 0.076 0.000 0.020
#> SRR903033 2 0.2066 0.818 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR903034 2 0.2066 0.818 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR903035 2 0.2066 0.818 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR903036 2 0.2066 0.818 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR903037 2 0.2145 0.825 0.000 0.900 0.000 0.072 0.000 0.028
#> SRR903038 2 0.0993 0.895 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR903039 2 0.0909 0.895 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR903040 2 0.0993 0.895 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR903041 2 0.0891 0.897 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR903042 2 0.0993 0.895 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR903043 2 0.0993 0.895 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR903044 2 0.1265 0.847 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR903045 2 0.1398 0.835 0.000 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR903046 2 0.1462 0.829 0.000 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR903047 2 0.1462 0.829 0.000 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR903048 2 0.1333 0.841 0.000 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR903049 2 0.1462 0.829 0.000 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR903050 1 0.0405 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR903051 1 0.0520 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR903052 1 0.0520 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR903053 1 0.0260 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903054 1 0.0405 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR903055 1 0.0405 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR903056 1 0.0520 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR903057 1 0.0260 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903058 1 0.0405 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR903059 1 0.0260 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903060 1 0.0551 0.916 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR903061 1 0.0405 0.917 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR903062 1 0.0260 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903063 1 0.0551 0.916 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR903064 1 0.0260 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR903065 1 0.0405 0.916 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR903066 1 0.0508 0.914 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR903067 1 0.0363 0.915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR903068 1 0.0363 0.915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR903069 1 0.0363 0.915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR903070 1 0.0363 0.915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR903071 1 0.0363 0.915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR903072 1 0.0363 0.915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR903073 1 0.0363 0.915 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR903074 1 0.0935 0.912 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR903075 1 0.0935 0.912 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR903076 1 0.0858 0.912 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR903077 1 0.0935 0.912 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR903078 1 0.1010 0.910 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR903079 1 0.0935 0.912 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR903080 1 0.0858 0.912 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR903081 1 0.0935 0.912 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR903082 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903083 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903084 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903085 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903086 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903087 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903088 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903089 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903090 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903091 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903092 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903093 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903094 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903095 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903096 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903097 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903098 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903099 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903100 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903101 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903102 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903103 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903104 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903105 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903106 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903107 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903108 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903109 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903110 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903111 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903112 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903113 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903114 1 0.1321 0.914 0.952 0.000 0.000 0.020 0.024 0.004
#> SRR903115 1 0.1321 0.914 0.952 0.000 0.000 0.020 0.024 0.004
#> SRR903116 1 0.1478 0.911 0.944 0.000 0.000 0.020 0.032 0.004
#> SRR903117 1 0.1401 0.912 0.948 0.000 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR903118 1 0.1401 0.912 0.948 0.000 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR903119 1 0.1401 0.912 0.948 0.000 0.000 0.020 0.028 0.004
#> SRR903121 1 0.1321 0.914 0.952 0.000 0.000 0.020 0.024 0.004
#> SRR903122 1 0.7009 0.489 0.476 0.016 0.048 0.264 0.192 0.004
#> SRR903124 1 0.6525 0.586 0.548 0.012 0.044 0.244 0.148 0.004
#> SRR903125 1 0.7115 0.499 0.484 0.020 0.056 0.240 0.196 0.004
#> SRR903126 1 0.6632 0.531 0.508 0.004 0.044 0.248 0.192 0.004
#> SRR903127 1 0.6733 0.500 0.488 0.004 0.044 0.248 0.212 0.004
#> SRR903128 1 0.6924 0.481 0.480 0.008 0.052 0.236 0.220 0.004
#> SRR903129 1 0.7374 0.437 0.440 0.020 0.068 0.260 0.208 0.004
#> SRR903130 1 0.3478 0.844 0.820 0.000 0.004 0.108 0.064 0.004
#> SRR903131 1 0.3731 0.832 0.800 0.000 0.004 0.116 0.076 0.004
#> SRR903132 1 0.3812 0.821 0.788 0.000 0.004 0.140 0.064 0.004
#> SRR903133 1 0.3181 0.861 0.844 0.000 0.004 0.088 0.060 0.004
#> SRR903134 1 0.3534 0.843 0.816 0.000 0.004 0.108 0.068 0.004
#> SRR903135 1 0.3856 0.822 0.788 0.000 0.004 0.128 0.076 0.004
#> SRR903136 1 0.3442 0.848 0.824 0.000 0.004 0.100 0.068 0.004
#> SRR903137 1 0.3315 0.852 0.832 0.000 0.004 0.104 0.056 0.004
#> SRR903146 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903147 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903148 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903149 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903150 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903151 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903152 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903153 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903138 1 0.1321 0.914 0.952 0.000 0.000 0.020 0.024 0.004
#> SRR903139 1 0.1237 0.914 0.956 0.000 0.000 0.020 0.020 0.004
#> SRR903140 1 0.1434 0.913 0.948 0.000 0.000 0.020 0.024 0.008
#> SRR903141 1 0.1148 0.915 0.960 0.000 0.000 0.016 0.020 0.004
#> SRR903142 1 0.1405 0.913 0.948 0.000 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR903143 1 0.1237 0.914 0.956 0.000 0.000 0.020 0.020 0.004
#> SRR903144 1 0.1237 0.914 0.956 0.000 0.000 0.020 0.020 0.004
#> SRR903145 1 0.1321 0.914 0.952 0.000 0.000 0.020 0.024 0.004
#> SRR903154 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903155 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903156 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903157 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903158 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903159 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903160 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903161 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903162 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903163 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903164 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903165 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903166 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903167 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903168 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903169 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903178 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903179 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903180 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903181 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903182 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903183 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903184 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903185 5 0.3221 0.918 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR903170 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903171 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903172 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903173 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903174 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903175 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903176 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903177 4 0.4250 1.000 0.000 0.456 0.000 0.528 0.000 0.016
#> SRR903186 5 0.3885 0.920 0.048 0.000 0.192 0.000 0.756 0.004
#> SRR903187 5 0.3916 0.921 0.048 0.000 0.196 0.000 0.752 0.004
#> SRR903188 5 0.3916 0.921 0.048 0.000 0.196 0.000 0.752 0.004
#> SRR903189 5 0.3916 0.921 0.048 0.000 0.196 0.000 0.752 0.004
#> SRR903190 5 0.3916 0.921 0.048 0.000 0.196 0.000 0.752 0.004
#> SRR903191 5 0.3916 0.921 0.048 0.000 0.196 0.000 0.752 0.004
#> SRR903192 5 0.3885 0.920 0.048 0.000 0.192 0.000 0.756 0.004
#> SRR903193 5 0.3916 0.921 0.048 0.000 0.196 0.000 0.752 0.004
#> SRR903194 5 0.4411 0.855 0.120 0.000 0.148 0.000 0.728 0.004
#> SRR903195 5 0.4406 0.862 0.116 0.000 0.152 0.000 0.728 0.004
#> SRR903196 5 0.4411 0.855 0.120 0.000 0.148 0.000 0.728 0.004
#> SRR903197 5 0.4411 0.855 0.120 0.000 0.148 0.000 0.728 0.004
#> SRR903198 5 0.4406 0.862 0.116 0.000 0.152 0.000 0.728 0.004
#> SRR903199 5 0.4406 0.862 0.116 0.000 0.152 0.000 0.728 0.004
#> SRR903200 5 0.4364 0.865 0.112 0.000 0.152 0.000 0.732 0.004
#> SRR903201 5 0.4406 0.862 0.116 0.000 0.152 0.000 0.728 0.004
#> SRR903210 6 0.3637 0.880 0.000 0.164 0.000 0.056 0.000 0.780
#> SRR903211 6 0.3672 0.881 0.000 0.168 0.000 0.056 0.000 0.776
#> SRR903212 6 0.3672 0.881 0.000 0.168 0.000 0.056 0.000 0.776
#> SRR903213 6 0.3730 0.879 0.000 0.168 0.000 0.060 0.000 0.772
#> SRR903214 6 0.3637 0.882 0.000 0.164 0.000 0.056 0.000 0.780
#> SRR903215 6 0.3730 0.880 0.000 0.168 0.000 0.060 0.000 0.772
#> SRR903216 6 0.3672 0.880 0.000 0.168 0.000 0.056 0.000 0.776
#> SRR903217 6 0.3730 0.877 0.000 0.168 0.000 0.060 0.000 0.772
#> SRR903202 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903203 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903204 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903205 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903206 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903207 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903208 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903209 5 0.3992 0.910 0.064 0.000 0.176 0.000 0.756 0.004
#> SRR903218 6 0.3440 0.882 0.000 0.196 0.000 0.028 0.000 0.776
#> SRR903219 6 0.3409 0.883 0.000 0.192 0.000 0.028 0.000 0.780
#> SRR903220 6 0.3409 0.883 0.000 0.192 0.000 0.028 0.000 0.780
#> SRR903221 6 0.3301 0.883 0.000 0.188 0.000 0.024 0.000 0.788
#> SRR903222 6 0.3409 0.883 0.000 0.192 0.000 0.028 0.000 0.780
#> SRR903223 6 0.3377 0.884 0.000 0.188 0.000 0.028 0.000 0.784
#> SRR903224 6 0.3450 0.884 0.000 0.188 0.000 0.032 0.000 0.780
#> SRR903225 6 0.3409 0.883 0.000 0.192 0.000 0.028 0.000 0.780
#> SRR903226 6 0.3522 0.885 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR903227 6 0.3522 0.885 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR903228 6 0.3522 0.885 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR903229 6 0.3522 0.885 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR903230 6 0.3522 0.885 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR903231 6 0.3522 0.885 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR903232 6 0.3490 0.885 0.000 0.176 0.000 0.040 0.000 0.784
#> SRR903233 6 0.3522 0.885 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> SRR903242 5 0.3918 0.927 0.008 0.000 0.208 0.000 0.748 0.036
#> SRR903243 5 0.3878 0.929 0.008 0.000 0.212 0.000 0.748 0.032
#> SRR903244 5 0.3918 0.927 0.008 0.000 0.208 0.000 0.748 0.036
#> SRR903245 5 0.3947 0.928 0.008 0.000 0.212 0.000 0.744 0.036
#> SRR903246 5 0.3947 0.928 0.008 0.000 0.212 0.000 0.744 0.036
#> SRR903247 5 0.3890 0.926 0.008 0.000 0.204 0.000 0.752 0.036
#> SRR903248 5 0.3918 0.927 0.008 0.000 0.208 0.000 0.748 0.036
#> SRR903249 5 0.3918 0.927 0.008 0.000 0.208 0.000 0.748 0.036
#> SRR903234 6 0.3912 0.865 0.000 0.164 0.000 0.076 0.000 0.760
#> SRR903235 6 0.3912 0.865 0.000 0.164 0.000 0.076 0.000 0.760
#> SRR903236 6 0.3946 0.861 0.000 0.168 0.000 0.076 0.000 0.756
#> SRR903237 6 0.3860 0.871 0.000 0.164 0.000 0.072 0.000 0.764
#> SRR903238 6 0.3946 0.861 0.000 0.168 0.000 0.076 0.000 0.756
#> SRR903239 6 0.4012 0.852 0.000 0.176 0.000 0.076 0.000 0.748
#> SRR903240 6 0.3894 0.868 0.000 0.168 0.000 0.072 0.000 0.760
#> SRR903241 6 0.3894 0.868 0.000 0.168 0.000 0.072 0.000 0.760
#> SRR903258 5 0.3778 0.911 0.000 0.000 0.272 0.000 0.708 0.020
#> SRR903259 5 0.3936 0.906 0.000 0.000 0.276 0.004 0.700 0.020
#> SRR903260 5 0.3915 0.910 0.000 0.000 0.272 0.004 0.704 0.020
#> SRR903261 5 0.3717 0.907 0.000 0.000 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR903262 5 0.3894 0.913 0.000 0.000 0.268 0.004 0.708 0.020
#> SRR903263 5 0.3936 0.906 0.000 0.000 0.276 0.004 0.700 0.020
#> SRR903264 5 0.3936 0.906 0.000 0.000 0.276 0.004 0.700 0.020
#> SRR903265 5 0.3915 0.910 0.000 0.000 0.272 0.004 0.704 0.020
#> SRR903250 5 0.3756 0.914 0.000 0.000 0.268 0.000 0.712 0.020
#> SRR903251 5 0.3778 0.911 0.000 0.000 0.272 0.000 0.708 0.020
#> SRR903252 5 0.3756 0.914 0.000 0.000 0.268 0.000 0.712 0.020
#> SRR903253 5 0.3894 0.913 0.000 0.000 0.268 0.004 0.708 0.020
#> SRR903254 5 0.3778 0.911 0.000 0.000 0.272 0.000 0.708 0.020
#> SRR903255 5 0.3894 0.913 0.000 0.000 0.268 0.004 0.708 0.020
#> SRR903256 5 0.3894 0.913 0.000 0.000 0.268 0.004 0.708 0.020
#> SRR903257 5 0.3915 0.910 0.000 0.000 0.272 0.004 0.704 0.020
#> SRR903266 5 0.3766 0.926 0.000 0.000 0.232 0.000 0.736 0.032
#> SRR903267 5 0.3821 0.925 0.000 0.000 0.220 0.000 0.740 0.040
#> SRR903268 5 0.3740 0.927 0.000 0.000 0.228 0.000 0.740 0.032
#> SRR903270 5 0.3766 0.926 0.000 0.000 0.232 0.000 0.736 0.032
#> SRR903271 5 0.3740 0.927 0.000 0.000 0.228 0.000 0.740 0.032
#> SRR903272 5 0.3782 0.926 0.000 0.000 0.224 0.000 0.740 0.036
#> SRR903273 5 0.3848 0.925 0.000 0.000 0.224 0.000 0.736 0.040
#> SRR903274 6 0.3893 0.851 0.000 0.080 0.000 0.000 0.156 0.764
#> SRR903275 6 0.3960 0.833 0.000 0.072 0.000 0.000 0.176 0.752
#> SRR903276 6 0.3912 0.845 0.000 0.076 0.000 0.000 0.164 0.760
#> SRR903277 6 0.3928 0.848 0.000 0.080 0.000 0.000 0.160 0.760
#> SRR903278 6 0.3963 0.845 0.000 0.080 0.000 0.000 0.164 0.756
#> SRR903279 6 0.3963 0.845 0.000 0.080 0.000 0.000 0.164 0.756
#> SRR903280 6 0.3928 0.848 0.000 0.080 0.000 0.000 0.160 0.760
#> SRR903281 6 0.3928 0.848 0.000 0.080 0.000 0.000 0.160 0.760
#> SRR903282 6 0.3693 0.884 0.000 0.120 0.000 0.000 0.092 0.788
#> SRR903283 6 0.3792 0.879 0.000 0.112 0.000 0.000 0.108 0.780
#> SRR903284 6 0.3686 0.885 0.000 0.124 0.000 0.000 0.088 0.788
#> SRR903285 6 0.3777 0.887 0.000 0.124 0.000 0.004 0.084 0.788
#> SRR903286 6 0.3785 0.884 0.000 0.120 0.000 0.004 0.088 0.788
#> SRR903287 6 0.3686 0.885 0.000 0.124 0.000 0.000 0.088 0.788
#> SRR903288 6 0.3745 0.883 0.000 0.116 0.000 0.000 0.100 0.784
#> SRR903289 6 0.3735 0.887 0.000 0.120 0.000 0.004 0.084 0.792
#> SRR903290 6 0.3356 0.886 0.000 0.140 0.000 0.000 0.052 0.808
#> SRR903291 6 0.3356 0.886 0.000 0.140 0.000 0.000 0.052 0.808
#> SRR903292 6 0.3332 0.885 0.000 0.144 0.000 0.000 0.048 0.808
#> SRR903293 6 0.3356 0.886 0.000 0.140 0.000 0.000 0.052 0.808
#> SRR903294 6 0.3356 0.886 0.000 0.140 0.000 0.000 0.052 0.808
#> SRR903295 6 0.3356 0.886 0.000 0.140 0.000 0.000 0.052 0.808
#> SRR903296 6 0.3332 0.885 0.000 0.144 0.000 0.000 0.048 0.808
#> SRR903297 6 0.3416 0.885 0.000 0.140 0.000 0.000 0.056 0.804
#> SRR903298 6 0.3701 0.884 0.000 0.112 0.000 0.000 0.100 0.788
#> SRR903299 6 0.3887 0.880 0.000 0.104 0.000 0.004 0.112 0.780
#> SRR903300 6 0.4053 0.871 0.000 0.104 0.000 0.004 0.128 0.764
#> SRR903301 6 0.3888 0.881 0.000 0.108 0.000 0.004 0.108 0.780
#> SRR903302 6 0.3887 0.880 0.000 0.104 0.000 0.004 0.112 0.780
#> SRR903303 6 0.3843 0.882 0.000 0.108 0.000 0.004 0.104 0.784
#> SRR903304 6 0.3843 0.882 0.000 0.108 0.000 0.004 0.104 0.784
#> SRR903305 6 0.3932 0.879 0.000 0.108 0.000 0.004 0.112 0.776
#> SRR903306 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903307 3 0.0865 0.971 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR903308 3 0.0865 0.971 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR903309 3 0.0865 0.971 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR903310 3 0.0790 0.973 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903311 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903312 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903313 3 0.0713 0.974 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR903314 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903315 3 0.0713 0.974 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR903316 3 0.0865 0.971 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR903317 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903318 3 0.0713 0.974 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR903319 3 0.0865 0.971 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR903320 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903321 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903322 3 0.0790 0.972 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR903323 3 0.0713 0.974 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR903324 2 0.0820 0.893 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR903325 2 0.0909 0.891 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR903326 2 0.0820 0.893 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR903327 2 0.0717 0.893 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR903328 2 0.0725 0.893 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR903329 2 0.0914 0.890 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR903330 2 0.0909 0.891 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR903331 2 0.0909 0.891 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR903332 2 0.0820 0.893 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR903333 2 0.0909 0.891 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR903334 2 0.0820 0.893 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR903335 2 0.0820 0.893 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR903336 2 0.0820 0.894 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR903337 2 0.0820 0.891 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR903338 2 0.0914 0.893 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR903339 2 0.0622 0.894 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR903340 2 0.0717 0.891 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR903341 2 0.0909 0.889 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0